lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444 2222222222222 11111111111 1111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000
lowQualScore : 8 2222222222 5555555555555 5 0 5 0 6 99999999999 55 6666 4 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 6 2222 3 0 3 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55
lowQualScore : . .......... ............. . . . . . ........... .. .... . . ......................................................................................... . . .... . . . . ........................................................................ ..
lowQualScore : 0 8888888888 3333333333333 0 2 1 1 2 11111111111 55 2222 2 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 8 8888 6 4 1 8 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88
consensus : TCAGACAAG-AACACTGAA-GA--CGGACTAGACGTCACA-CATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAAA-TAC---GCCATGAGCTCGAACGNTTC-AT----TTG-C--GTA----AT-T--C-GA--AT-G-AAGAAGTCT----AGN--GA-GC-T---GNGATG--N---T-CN-ATTTGCATACTAA-CGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAGTGGAC-GGTCG---AAAANNA--GGTT-----GAACACTAAATA-NAC---A-TTGA------TAATT-----AGTGANGTTTTAACAAAATA
Reference ( gi|2 ) : TCAGACAAG-AACATTGAA-TA--CGGACTAAACATCACACCACA-CATCACGCGACAAAACA--A--A--ATGAA-TAC---GCCATGAGCTCGAATTATTC-CT----TTG-C--GTA----AT-T--C-GA--GT-G-AAGAAGTCT----TGA--GA-GC-T---ACAATG--G---T-CA-ATTTACATATTAA-TGTTCAGAATTATGTCA-TTGCCAGTAGAC-GCTCG---AAAACAA--GATT-----AAAAACTAAATA-TAC---G-TTGA------TAA-------AGTGACGTTTTAACAAAATA
gi|5 : TCAGACAAT-AACTTTGGA-GG--CGGACTA------------TA-CAGCATGTGA----ACA--A--AGGACAAA-TACACAGCCATGAGCTCGAA-----------------C--G------AT-T-----A--GT-GGAAGAAGTAT----AGT--GA-GT-T---GGGA-G--G---TGCA-TTTTGCGTA--AAGCGCTCAGAAAGACGACA-TTAC-A--AGAC--CTT----AAAAGAA--CATTTTACTGACCACTAAATA-CGT---A-TTTA------TTA-------AGTGAAGTTTTACCAAAATA
gi|1 : cCAGACAAG-AACACCGAA-AA--CGGACTAAATGTCACACTATA-AAACACGTGACAAAA-A--A--C--GTTAACTACT--G--ATGAGTTCGAGTTGTTCACTTATATTA-T--GTATATCAT-TAAA-GA--GT-G---GAAGTATGGTATGGT-GG-GC-T---TGGATG--C---T-TT-ATTTGAACGATAA-CGCTCAGGATGACGTAA-TCACCAGTagacct
gi|4 : CAGATAAG-AACA--------------CTTAACCTTACAATATA-CATCACGTGACA---CA--T--A---TAAA-TA----GTCATGACCCTGAACACTTC-AT----TTG-T--GTATC--AT-T--T-AA--TG-G-AAGAA---------GA--AA-GCGT---GCTGTGTCGTTTT-CA-A-TTATATGCTAA-CTCTCAGAATGACGTCA-TTACAAGT---C-GTT--------------GGTT-------AAACTGAACA-T-------TTAA------TAAGTT----AGTG-CGTttgttggtcggacatttaacacattttttatttaaataattttaataaaattgggccccgaaacgt
gi|6 : AGACAAACAACACTAAAAGA--CGGACTAGTAATCACAACATA-GAGTACGAGACAAAAAC--A--A--ATAAT-TAC---GTCATGAGCTCGAATGTTTC-AT----TTG-C--ATA----GT-A--CTGA--ATGG-AAGACGTGG----TGA--GACGC-T---A-AATT--T---A-CA-ATTTATTAAATAA-CGCTTCGAATTATATCacgctaatggacacttaaataataaataa
gi|3 : aagcattaattagtttacgtttaACAAG-AACGCTAAA--AGGCAGACTTGACA--ATA----G-CATCACATGACAAAACA--A--A--AAAAA-TAC---ACCATGAGATGGAACGTTTA-CT----TTC-CATATA----AT-T----GA--AT-GAAAGAAATCT----AGT--GA-GC-T---GAAACG--C---T-TT-ATTTATATATTGA-CGTTCATAGTGACATCA-CTGTCAATgcatgtcttgccgataa
gi|8 : caGACTAGTCATTATATCAGA-CATCACACTGCAAA-CATCA--A--ATAAA-CA----GTCATCAATTTGAGCGCTTC-AT----TTA-C--GTA----CCAT--C-GA--AT-G-GA-AAGTCT----AGT--GA-GC-T---GTGATG--C---T-TA-ATTTCCATGCTTA-TACCCAAAATGATGTCA-TTGGCTGTGGtaggttggacacttaacacgtgcttttctaggtgaagctatatcatcacaaaacccctaaaacgt
gi|10 : gaaaagtaAATGTCACA--AGA-CATCACGTGGCAAA-CA--ATAA--ATAAC-TAC---GCCA-AAGTTC-----------------TGAC--GT------T-T--C-AA--AT-G-GGAAAGT--------A--CA--C-T---ACGA----G---T-AT-GTTTGCATACTAA-C---CAGTGTGATGCCC-TTGCCAGTGGTT-GGTCG---GAACTTA--GAAT-----GAACACTA------AC---A-GCGA------AAATG-----AGTGACGTTTTAACttgggacaaaaattaagttgaacacaaaa
gi|7 : CACAACATCACATGCAAAAACA--A--A---CAAT-TAC---ATCACGAGTACTAAATATTC-GT----TTG-C--ATA----------C-AA--TG-G-AAGAAGTCA----AAG--GA-AC-C---GGGATG--T---T-TC-ATTTGCATGTTAA-CAATGAGAATGGTG-CATTTGGTAGTGGTT-GGTTG---AAAATAA--GTTT-----TAACATTCAATA-
gi|18 : gATTC-AT----TTG-C--ATA----ACAT--T-GA--AT-GGAAGAAGTCT----AGT--GA-GC-TGGGACAAT-------T-C--ATTTGCATAagttaaatggagtatttatagactaaacaaaaaaaaa
gi|11 : tggggcgT----TTG-C--GTA----ACAT--T-GATAG--G-AAGAAGTCT----------A-GT-C---A-------G---C-CAGATCTA---GCTAA-TGATTAGAATGATGTCA-TTGTCAGT-GATAGGTCG---AGAATTA--GACT-----GAACAC--AATA-TA
gi|14 : acataacattgaagggtaaacgtctaatgaacaggaacgtttcatT----TGAATGA-GC-A---GGGATG--C---T-TC-ATTTTTATACTAA-CATCCAGAATGGTGTCA-TTGCCTGTAAGT-GGTAG---AAAaa
gi|12 : atctaaaatgagcagcaacatgaatttaactttaaaacttaaggcctacaaca-ATTTGCATATTAA-CGCTCAGAATAACGTTA-TTACAAGTTGAT-GGTCG---AAAACTA--GGCC-----GAACTCTAAATA-catt
gi|9 : cttc-ATTTGCATACTTA-TGCTTAGAATGATGTTG-TTGACAGTGAGT-GGTTGGTAAAAAAAATTGGTT-----TAACGCTAAATA-AGC---AATTGAGTGTTTTAATTGAATAAGTGAGGTTTTAACAAAAagtgagcttctaaatattttttttatacaaaaataaacaaacatttgtaccatacgggttgaatgttgttactatt
gi|19 : agatgcctc-ATTTGCATACTAA-CACTTAAAATAATGCCA-TTGCCAATAaaggtccaacactcgcttaaactcttatgggtactgtgttctatttt
gi|15 : ttc-ATTGGCATACTAA-CACTGAGAATGATGACA-TTGCAAGT-GACTGGTTG---ACAAGTA--GGTT-----GAACATTAATTAAGACCGTG-TTAA------CA-----------GAAGTTTGAACAAAATAtgttggtcaacgattagg
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): GTTAGTCCAGTGAACTGGAACGCTTTATTTGCAAACTAACGCTGAGAATGGTGCCATTGCCAGTTGTTAGTAGAAATTGATATCACGTGATAAATTATAGTGTAATTAAAGTCGTAACAAAATAGACCAC
Unaligned ( gi|16 ): GAGCTATGACGTTTTATTTTCAAGCTAACGCTCAGAATGACGTAATGACCATTGGCTCATCAGAATTTCATACTGAACACATAATATGTTTTTTAATTGAA
Unaligned ( gi|17 ): TCTAGTGAGTTGGGATGTTTCATTTGCATTAAAATGCCCAGACTGATAACATTGCCAGTGGCTATACTAAAATAAGGTCGAA
Unaligned ( gi|20 ): TCTCACTCCCTTTGGTTGCTAATTTGCTATGTTTGGTAATTTCTATTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11 2222222222222 111111111 111 555555555555555555 1 11111 44444444444444444
lowQualScore : 6 3 44 8888888888888 3 4 2 4 222222222 2 111 3 55 4 3 666666666666666666 3 7 0 3 44 555 2 4 33 3 55 333 4444 0 0 2 88888 88888 777777 77777 2 2 6666 0 3 2 5 1 33333333333333333 6 6
lowQualScore : . . .. ............. . . . . ......... . ... . .. . . .................. . . . . .. ... . . .. . .. ... .... . . . ..... ..... ...... ..... . . .... . . . . . ................. . .
lowQualScore : 7 7 33 2222222222222 4 4 4 6 333333333 1 000 0 55 5 6 111111111111111111 6 3 9 6 66 444 0 5 22 3 33 777 7777 7 6 4 77777 99999 333333 11111 9 9 5555 7 3 8 7 3 66666666666666666 6 6
consensus : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GA-AT-G-AA-GAA--GT---CTAGTGAGCTGGG--ACGCTTCATTTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAGTG-GNTGGT-CG--AAAATTA---GGT-----TGA-A-CAC----TAAAT-ANAC-ATTGA------TAATN-----AGTGAAGTTTTAACAAAATA
Reference ( family-460 ) : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAAATAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GA-AT-G-AA-GAA--GT---CTAGNGAGCTGNG--ATGNTCNATTTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAGTG-GACGGT-CG--AAAANNA---GGT-----TGA-A-CAC----TAAAT-ANAC-ATTGA------TAATT-----AGTGANGTTTTAACAAAATA
gi|1 : CAGACAAG-AACACCGAA-AACGGACTAAATGTCACA-CTATA-AAACACGTGACAAAAAA--C--G--TTAACTACT--G----ATGAGTTCGAGTTGTTCACTT-ATATT--ATGTATATCATTAAAGA-GT-GGAA-GTATGGT---ATGGTGGGCTTGG--ATGCTTTATTTGAA---CGA----TAACGCTCAGGATGACGTAA-TCACCAGT-------T-TG-------TT---GGT-----CGG-A-CAT----TTA---ACAC-ATTTT------TTATTTA---AATAA--TTTTAATAAAAT
gi|10 : ATGTCACA---AGA-CATCACGTGGCAAA-CA--ATAA--ATAACTAC---GCC--A-AAGTTCTGACGTTTCA---------------------------A-AT-G-GG-AAA--GTACACTA-CGAGT------ATG-----TTTGCA---TAC----TAAC---CAGTGTGATGCCC-TTGCCAGTG-GTTGGT-CG--GAACTTA---GAA-----TGA-A-CAC----TA------AC-AGCGA------AAATG-----AGTGACGTTTTAACtgggccccgaaacgt
gi|11 : aAC---GTCTAATGAACAGGAACGTTTCATTTTGCGTA--ACA----TT------GATAG-G-AA-GAA--GT---CTAGTCAGCCA------GATCTA----------GC----TAATGATTAGAATGATGTCA-TTGTCAGTG-ATAGGT-CG--AGAATTA---GAC-----TGA-A-CAC------AAT-ATA
gi|12 : acataacattgaagggtaaTTCATTTGCA---TAT----TAACGCTCAGAATAACGTTA-TTACAAGTT-GATGGT-CG--AAAACTA---GGC-----CGA-A-CTC----TAAAT-Aaa
gi|13 : cA--GT---CCAGTGAACTGGA--ACGCTTTATTTGCA---AAC----TAACGCTGAGAATGGTGCCA-TTGCCAGTT-GTTAGT-AG--AAA---------T-----TGATATCACGTGATAAAT--TAT-AGTG-------TAATT-----A---AAGTCGTAACAAAATAagtgagcttctaaatattttttttatacaaaaataaacaaacatttgtaccatacgggttgaatgttgttactatt
gi|14 : gttAATGAGCAGGG--ATGCTTCATTTTTA---TAC----TAACATCCAGAATGGTGTCA-TTGCCTGTA-AGTGGT-AG--AAAgaccac
gi|15 : atctaaaatgagcagcaacatgaatttaactttaaaacttaaggcctacaacattgG--ATGCCTTATTGGCA---TAC----TAACACTGAGAATGATGACA-TTGCAAGTG-ACTGGT-TG--ACAAGTA---GGT-----TGA-A-CAT----TAATTAAGAC-CGTGT------TAA-C-----A--GAAGTTTGAACAAAATAcatt
gi|16 : atGAGCTATG--ACGTTTTATTTTCA---AGC----TAACGCTCAGAATGACGTAA-TGACCATTG-Gga
gi|17 : T---CTAGTGAGTTGGG--ATGTTTCATTTGCA---TTA----AAATGCCCAGACTGATAACA-TTGCCAGTG-G-CTATACT--AAAATAA---GGT-----CGA-A-ctcatcagaatttcatactgaacacataatatgttttttaattgaa
gi|18 : CGATTCATTT-GCATA--ACA----TT------GA-AT-GGAA-GAA--GT---CTAGTGAGCTGGG--ACAATTCATTTGCA---TA
gi|19 : tggggTTCATTTGCA---TAC----TAACACTTAAAATAATGCCA-TTGCCAATATGTTGGT-CA--ACGATTA---GG
gi|2 : TCAGACAAG-AACATTGAA-TACGGACTAAACATCACA-CCACA-CATCACGCGACAAAACA--A--A--ATGAATAC---GCC--ATGAGCTCGAATTATTCCTTT-GCGTA--AT-----TC------GA-GT-G-AA-GAA--GT---CTTGAGAGCTACA--ATGGTCAATTTACA---TAT----TAATGTTCAGAATTATGTCA-TTGCCAGTA-GACGCT-CG--AAAACAA---GAT-----TAA-A-AAC----TAAAT-ATAC-GTTGA------TAA-------AGTGACGTTTTAACAAAATA
gi|3 : ACAAG-AACGCTAAAAGGCAGACTTGACA--------ATAGCATCACATGACAAAACA--A--A--AAAAATAC---ACC--ATGAGATGGAACGTTTACTTT-CCATATAAT-----T-------GA-AT-G-AAAGAA--AT---CTAGTGAGCTGAA--ACGCTTTATTTATA---TAT----TGACGTTCATAGTGACATCA-CTGTC------------------AATTA---GGT-----TGG-A-CAC----TTAAC-A
gi|4 : caCAGATAAG-AACACT-----------TA-ACCTTACAAT-ATA-CATCACGTGACA---CA--T--A---TAAATA----GTC--ATGACCCTGAACACTTCATTT-GTGTATCAT-----TT-------A-ATGG-AA-GAA--G----AAAGCGTGCTGTGTCGTTTTCAA-TTATA---TGC----TAACTCTCAGAATGACGTCA-TTACAAGTC-GTTGGT-TA--AA----------C-----TGA-A-CAT----TTAAT-Acgtgcttttctaggtgaagctatatcatcacaaaacccctaaaacgt
gi|5 : TCAGACAAT-AACTTTGGA-GGCGGACT-------------ATA-CAGCATGTG----AACA--A--AGGACAAATACACAGCC--ATGAGCTCGAACG----ATTA-GTG-------------------------G-AA-GAA--GT---ATAGTGAGTTGGG--AGGTGCATTTTGCG---TAA-----AGCGCTCAGAAAGACGACA-TTACAA----GACCTT-----AAAAGAA---CATTTTACTGA-C-CAC----TAAAT-ACGT-ATTTA------T--TA-----AGTGAAGTTTTACCAAAATAagttagtgcgtacgctaatggacacttaaataataaataa
gi|6 : cAGACAAACAACACTAAAAGACGGACTAGTAATCACAAC-ATA-GAGTACGAGACAAAAAC--A--A--ATAATTAC---GTC--ATGAGCTCGAATGTTTCATTT-GCATA--GT-----ACT-----GA-ATGG-AA-GAC--GT----------GGTGAG--ACGCTAAATTTACAATTTATTAAATAACGCTTCGAATTATATCagacct
gi|7 : aagcattaattagtttacgtttaCA-C-A-A-CATCACATGCAAAAACA--A--A---CAATTAC---ATC--ACGAGTACTAAATATTCGTTT-GCATA----------C-------A-AT-GGAA-GAA--GT---CAAAGGAACCGGG--ATGTTTCATTTGCA---TGT----TAACAATGAGAATGGTG-CATTTGGTAGTG-GTTGGT-TG--AAAATAA---GTT-----TTA-A-CAT----TCAAT-Agcatgtcttgccgataa
gi|8 : gGACTAGTCATTATATC-AGA-CATCACACTGCAAA-CATCA--A--ATAAACA----GTC--ATCAATTTGAGCGCTTCATTT-ACGTA--CCA----TC------GA-AT-G-GA--AA--GT---CTAGTGAGCTGTG--ATGCTTAATTTCCA---TGC----TTATACCCAAAATGATGTCA-TTGGCTGTG-GTTGGGACA--AAAATTA---AGT-----TGA-A-CAC----AAAAagttaaatggagtatttatagactaaacaaaaaaaaa
gi|9 : gaaaagtaG--ATGCCTCATTTGCA---TAC----TTATGCTTAGAATGATGTTG-TTGACAGTG-AGTGGT-TGGTAAAAAAAATTGGT-----TTA-A-CGC----TAAAT-AAGCAATTGAGTGTTTTAATTGAATAAGTGAGGTTTTAACAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCTCACTCCCTTTGGTTGCTAATTTGCTATGTTTGGTAATTTCTATTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11 333333333333 111111111 111 555555555555555555 1 33333333333 11111111
lowQualScore : 6 3 44 000000000000 3 4 4 222222222 1 111 3 55 4 3 666666666666666666 3 3 0 3 44 555 0 2 44 0 2 333 4444 0 0 2 2 44 1 888888888 2 33 2 2 9999 444 22222222222 3 00000000 1
lowQualScore : . . .. ............ . . . ......... . ... . .. . . .................. . . . . .. ... . . .. . . ... .... . . . . .. . ......... . .. . . .... ... ........... . ........ .
lowQualScore : 7 7 33 000000000000 4 4 6 333333333 0 000 0 55 5 6 111111111111111111 6 6 9 6 66 444 5 9 11 8 1 777 7777 7 6 4 4 00 8 555555555 4 22 9 9 6666 333 22222222222 5 00000000 5
consensus : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GA-AT-G-AA-GAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACG-CTTCA-TTTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-CG------AAA-ATT--AGGTTGA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NTGAT--AATAAGTGAAGTTTTAACAAAATA
Reference ( family-460 ) : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GA-AT-G-AA-GAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACG-CTTCA-TTTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GNTGGT-CG------AAA-ATT--AGGTTGA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------TTGAT--AATNAGTGAAGTTTTAACAAAATA
gi|1 : CAGACAAG-AACACCGAA-AACGGACTAAATGTCACA-CTATA-AAACACGTGACAAAAAA--C--G--TTAACTACT--G----ATGAGTTCGAGTTGTTCACTT-ATATT--ATGTATATCATTAAAGA-GT-GGAA-GTATGGT---ATGGTGGGCTTGGATG-CTTTA-TTTGAA---CGA----TAACGCTCAGGATGACGTAA-TCACCAGTTT-GTTGGT-CG------GAC-ATT--
gi|10 : ATGTCACA---AGA-CATCACGTGGCAAA-CA--ATAA--ATAACTAC---GCC--A-AAGTTCTGACGTTTCA---------------------------A-AT-G-GG-AAA--GTACACTA-CGAGT----ATG-------TTTGCA---TAC----TAAC---CAGTGTGATGCCC-TTGCCAG-TG-GTTGGT-CG------GAA-CTT--AGAATGA-A-CAC----TA------ACA----------GCGAA--AATGAGTGACGTTTTAACtaacacattttttatttaaataattttaataaaattgggccccgaaacgt
gi|11 : aAC---GTCTAATGAACAGGAACGTTTCATTTTGCGTA--ACA----TT------GATAG-G-AA-GAA--GT---CTAGTCAGCCAG---------A-TCTA------GC----TAATGATTAGAATGATGTCA-TTGTCAG-TG-ATAGGT-CG------AGA-ATT--AGACTGA-A-CAC------AAT-ATA
gi|12 : acataacattgaagggtaa-CTTCA-TTTGCA---TAT----TAACGCTCAGAATAACGTTA-TTACAAG-TT-GATGGT-CG------AAA-ACT--AGGCCGA-A-CTC----TAAAT-Aaa
gi|13 : A--GT---CCAGTGAACTGGAACG-CTTTA-TTTGCA---AAC----TAACGCTGAGAATGGTGCCA-TTGCCAG-TT-GTTAGT-AG------AAA---------TTGATATCACGTGATAAAT--TATA----------GTG-T--AATTA---AAGTCGTAACAAAATAagtgagcttctaaatattttttttatacaaaaataaacaaacatttgtaccatacgggttgaatgttgttactatt
gi|14 : gttAATGAGCAGGGATG-CTTCA-TTTTTA---TAC----TAACATCCAGAATGGTGTCA-TTGCCTG-TA-AGTGGT-AG------AAACATT--gaccac
gi|15 : atctaaaatgagcagcaacatgaatttaactttaaaacttaaggcctacaacattgGATG-CCTTA-TTGGCA---TAC----TAACACTGAGAATGATGACA-TTGCAAG-TG-ACTGGT-TG------ACA-AGT--AGGTTGA-A-CAT----TAATTAAGACC----------GTGTT--AACA---GAAGTTTGAACAAAATA
gi|16 : atGAGCTATGACG-TTTTA-TTTTCA---AGC----TAACGCTCAGAATGACGTAA-TGACCAT-TG-GCTCAT-C-------AGA-ATTTCATACTGA-A-CACA---TAAga
gi|17 : T---CTAGTGAGTTGGGATG-TTTCA-TTTGCA---TTA----AAATGCCCAGACTGATAACA-TTGCCAG-TG-GCTATA-CT------AAA-ATA--AGGTCGA-A-tatgttttttaattgaa
gi|18 : CGATTCATTT-GCATA--ACA----TT------GA-AT-GGAA-GAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACA-ATTCA-TTTGCA---TA
gi|19 : tggggTTCA-TTTGCA---TAC----TAACACTTAAAATAATGCCA-TTGCCAA-TATGTTGGT-CA------ACG-ATT--AGG
gi|2 : TCAGACAAG-AACATTGAA-TACGGACTAAACATCACA-CCACA-CATCACGCGACAAAACA--A--A--ATGAATAC---GCC--ATGAGCTCGAATTATTCCTTT-GCGTA--AT-----TC------GA-GT-G-AA-GAA--GT---CTTGAGAGCTACAATG-GTCAA-TTTACA---TAT----TAATGTTCAGAATTATGTCA-TTGCCAG-TA-GACGCT-CG------AAA-ACA--AGATTAA-A-AAC----TAAAT-ATACG----------TTGAT--AA--AGTGACGTTTTAACAAAATA
gi|3 : ACAAG-AACGCTAAAAGGCAGACTTGACA--------ATAGCATCACATGACAAAACA--A--A--AAAAATAC---ACC--ATGAGATGGAACGTTTACTTT-CCATATAAT-----T-------GA-AT-G-AAAGAA--AT---CTAGTGAGCTGAAACG-CTTTA-TTTATA---TAT----TGACGTTCATAGTGACATCA-CTGTC-----------------------A-ATT--AGGTTGG-A-CAC----TTAAC-A
gi|4 : caCAGATAAG-AACACT-----------TA-ACCTTACAAT-ATA-CATCACGTGACA---CA--T--A---TAAATA----GTC--ATGACCCTGAACACTTCATTT-GTGTATCAT-----TT-------A-ATGG-AA-GAA--G----AAAGCGTGCTGTGTCGTTTTCA-ATTATA---TGC----TAACTCTCAGAATGACGTCA-TTACAAG-TC-GTTGG---------------TT--AAACTGA-A-CAT----TTAAT-Acgtgcttttctaggtgaagctatatcatcacaaaacccctaaaacgt
gi|5 : TCAGACAAT-AACTTTGGA-GGCGGACTA-------------TA-CAGCATGTGA----ACA--A--AGGACAAATACACAGCC--ATGAGCTCGAACG----ATTA-GTG-------------------------G-AA-GAA--GT---ATAGTGAGTTGGGA-G-GTGCATTTTGCG---TAA-----AGCGCTCAGAAAGACGACA-TTACAAG-AC-CTTAAA-AG------AAC-ATT--TTACTGA-C-CAC----TAAAT-ACGTA----------TTTAT----TAAGTGAAGTTTTACCAAAATAagttagtgcgtacgctaatggacacttaaataataaataa
gi|6 : cAGACAAACAACACTAAAAGACGGACTAGTAATCACAAC-ATA-GAGTACGAGACAAAAAC--A--A--ATAATTAC---GTC--ATGAGCTCGAATGTTTCATTT-GCATA--GT-----ACT-----GA-AT-G----GAA--GA---C--GTGG--TGAGACG-CTAAA-TTTACAATTTATTAAATAACGCTTCGAATTATATCagacct
gi|7 : aagcattaattagtttacgtttaCA-C-A-A-CATCACATGCAAAAACA--A--A---CAATTAC---ATC--ACGAGTACTAAATATTCGTTT-GCATA----------C-------A-AT-GGAA-GAA--GT---CAAAGGAACCGGGATG-TTTCA-TTTGCA---TGT----TAACAATGAGAATGGTG-CATTTGGTAG-TG-GTTGGT-TG------AAA-ATA--AGTTTTA-A-CAT----TCAAT-Agcatgtcttgccgataa
gi|8 : gGACTAGTCATTATATC-AGA-CATCACACTGCAAA-CATCA--A--ATAAACA----GTC--ATCAATTTGAGCGCTTCATTT-ACGTA--CCA----TC------GA-AT-G-GA--AA--GT---CTAGTGAGCTGTGATG-CTTAA-TTTCCA---TGC----TTATACCCAAAATGATGTCA-TTGGCTG-TG-GTTGGGACA------AAA-ATT--AAGTTGA-A-CAC----AAAAagttaaatggagtatttatagactaaacaaaaaaaaa
gi|9 : gaaaagtaGATG-CCTCA-TTTGCA---TAC----TTATGCTTAGAATGATGTTG-TTGACAG-TG-AGTGGT-TGGTAAAAAAA-ATT---GGTTTA-A-CGC----TAAAT-AAGCAATTGAGTGTTTTAATTGAATAAGTGAGGTTTTAACAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCTCACTCCCTTTGGTTGCTAATTTGCTATGTTTGGTAATTTCTATTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11 333333333333 111111111 111 555555555555555555 1 1111111111111 444444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 6 3 44 000000000000 3 4 4 222222222 1 111 3 55 4 3 666666666666666666 3 4 3 44 555 1 0 2 1 22 2 333 4444 0 0 2 2 44 0 2222222222222 2 5555555 77777 2 2 9999 0 222222222222222222222222222 0 5 22222
lowQualScore : . . .. ............ . . . ......... . ... . .. . . .................. . . . .. ... . . . . .. . ... .... . . . . .. . ............. . ....... ..... . . .... . ........................... . . .....
lowQualScore : 7 7 33 000000000000 4 4 6 333333333 0 000 0 55 5 6 111111111111111111 6 5 6 66 444 7 5 9 9 99 1 777 7777 7 6 4 4 00 9 4444444444444 4 2222222 11111 9 9 6666 5 333333333333333333333333333 8 0 55555
consensus : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GA-ATGGAA-GAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACGCTT-CA-TTTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------AAA-AT----T--AGGTT-----GA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NT--GAT--AATAAGTGAAGT-TTTA-----ACAAAATA
Reference ( family-460 ) : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GA-ATG-AA-GAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACGCTT-CA-TTTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------AAA-AT----T--AGGTT-----GA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NT--GAT--AATAAGTGAAGT-TTTA-----ACAAAATA
gi|1 : CAGACAAG-AACACCGAA-AACGGACTAAATGTCACA-CTATA-AAACACGTGACAAAAAA--C--G--TTAACTACT--G----ATGAGTTCGAGTTGTTCACTT-ATATT--ATGTATATCATTAAAGA-GTGGAA-GTATGGT---ATGGTGGGCTTGGATGCTT-TA-TTTGAA---CGA----TAACGCTCAGGATGACGTAA-TCACCAGTTT-GTTGGT-----CG------GAC-AT----T--
gi|10 : ATGTCACA---AGA-CATCACGTGGCAAA-CA--ATAA--ATAACTAC---GCC--A-AAGTTCTGACGTTTCA---------------------------A-ATG-GG-AAA--GTACACTA-CGAGT----ATG-------TTTGCA---TAC----TAAC---CAGTGTGATGCCC-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------GAA-CT----T--AGAAT-----GA-A-CAC----TA------ACA----------GC--GAA--AATGAGTGACGT-TTTA-----ACtaacacattttttatttaaataattttaataaaattgggccccgaaacgt
gi|11 : aAC---GTCTAATGAACAGGAACGTTTCATTTTGCGTA--ACA----TT------GATAGG-AA-GAA--GT---CTAGTCAGCCAG---------A-TCTA------GC----TAATGATTAGAATGATGTCA-TTGTCAG-TG-ATAGGT-----CG------AGA-AT----T--AGACT-----GA-A-CAC------AAT-ATA
gi|12 : acataacattgaagggtaaCTT-CA-TTTGCA---TAT----TAACGCTCAGAATAACGTTA-TTACAAG-TT-GATGGT-----CG------AAA-AC----T--AGGCC-----GA-A-CTC----TAAAT-A---A----------GT--GAaa
gi|13 : A--GT---CCAGTGAACTGGAACGCTT-TA-TTTGCA---AAC----TAACGCTGAGAATGGTGCCA-TTGCCAG-TT-GTTAGT-----AG------AAA-------------TT-----GATATCACGTGATAAAT--TATA----------GT--G-T--AAT---TAAAGT-CGTA-----ACAAAATAgcttctaaatattttttttatacaaaaataaacaaacatttgtaccatacgggttgaatgttgttactatt
gi|14 : gttAATGAGCAGGGATGCTT-CA-TTTTTA---TAC----TAACATCCAGAATGGTGTCA-TTGCCTG-TA-AGTGGT-----AG------AAACAT----T--gaccac
gi|15 : atctaaaatgagcagcaacatgaatttaactttaaaacttaaggcctacaacattgGATGCCT-TA-TTGGCA---TAC----TAACACTGAGAATGATGACA-TTGCAAG-TG-ACTGGT-----TG------ACA-AG----T--AGGTT-----GA-A-CAT----TAATTAAGACC----------GT--GTT--AACA---GAAGT-TTGA-----ACAAAATA
gi|16 : atGAGCTATGACGTTT-TA-TTTTCA---AGC----TAACGCTCAGAATGACGTAA-TGACCAT-TG-GCTCAT-----C-------AGA-AT----TTCATACT-----GA-A-CACA---TAAga
gi|17 : T---CTAGTGAGTTGGGATGTTT-CA-TTTGCA---TTA----AAATGCCCAGACTGATAACA-TTGCCAG-TG-GCTATA-----CT------AAA-AT----A--AGGTC-----GA-A-tatgttttttaattgaa
gi|18 : CGATTCATTT-GCATA--ACA----TT------GA-ATGGAA-GAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACAATT-CA-TTTGCA---TA
gi|19 : tggggTT-CA-TTTGCA---TAC----TAACACTTAAAATAATGCCA-TTGCCAA-TATGTTGGT-----CA------ACG-AT----T--AGG
gi|2 : TCAGACAAG-AACATTGAA-TACGGACTAAACATCACA-CCACA-CATCACGCGACAAAACA--A--A--ATGAATAC---GCC--ATGAGCTCGAATTATTCCTTT-GCGTA--AT-----TC------GA-GTG-AA-GAA--GT---CTTGAGAGCTACAATGGTC-AA-TTTACA---TAT----TAATGTTCAGAATTATGTCA-TTGCCAG-TA-GACGCT-----CG------AAA-AC----A--AGATT-----AA-A-AAC----TAAAT-ATACG----------TT--GAT--A--AAGTGACGT-TTTA-----ACAAAATA
gi|3 : ACAAG-AACGCTAAAAGGCAGACTTGACA--------ATAGCATCACATGACAAAACA--A--A--AAAAATAC---ACC--ATGAGATGGAACGTTTACTTT-CCATATAAT-----T-------GA-ATG-AAAGAA--AT---CTAGTGAGCTGAAACGCTT-TA-TTTATA---TAT----TGACGTTCATAGTGACATCA-CTGTC---------------------------A-AT----T--AGGTT-----GG-A-CAC----TTAAC-ACGTG----------CT--T-T--TCTAGGTGAAGC-TATATCATCACAAAA
gi|4 : caCAGATAAG-AACACT-----------TA-ACCTTACAAT-ATA-CATCACGTGACA---CA--T--A---TAAATA----GTC--ATGACCCTGAACACTTCATTT-GTGTATCAT-----TT-------A-ATGGAA-GAA--GA---A-AGCGTGCTGTGTCGTTTTCA-ATTATA---TGC----TAACTCTCAGAATGACGTCA-TTACAAG-TC-GTTGGTTAAACTG------AAC-ATTTAAT--AAGTTAGTGCGT-A-CGC----T-AAT-GGACA----------CTTAAAT--AATAAATAAcccctaaaacgt
gi|5 : TCAGACAAT-AACTTTGGA-GGCGGACTA-------------TA-CAGCATGTGA----ACA--A--AGGACAAATACACAGCC--ATGAGCTCGAACG----ATTA-GTG------------------------G-AA-GAA--GT---ATAGTGAGTTGGGA-GGTG-CATTTTGCG---TAA-----AGCGCTCAGAAAGACGACA-TTACAAG-AC-CTTAAA-----AG------AAC-AT----T--TTACT-----GA-C-CAC----TAAAT-ACGTA----------TT--TAT----TAAGTGAAGT-TTTA-----CCAAAATA
gi|6 : cAGACAAACAACACTAAAAGACGGACTAGTAATCACAAC-ATA-GAGTACGAGACAAAAAC--A--A--ATAATTAC---GTC--ATGAGCTCGAATGTTTCATTT-GCATA--GT-----ACT-----GA-ATG----GAA--GA---C--GTGG--TGAGACGCTA-AA-TTTACAATTTATTAAATAACGCTTCGAATTATATCagacct
gi|7 : aagcattaattagtttacgtttaCA-C-A-A-CATCACATGCAAAAACA--A--A---CAATTAC---ATC--ACGAGTACTAAATATTCGTTT-GCATA----------C-------A-ATGGAA-GAA--GT---CAAAGGAACCGGGATGTTT-CA-TTTGCA---TGT----TAACAATGAGAATGGTG-CATTTGGTAG-TG-GTTGGT-----TG------AAA-AT----A--AGTTT-----TA-A-CAT----TCAAT-A---A----------GT---------TAAATGGAGTATTTA-----gcatgtcttgccgataa
gi|8 : gGACTAGTCATTATATC-AGA-CATCACACTGCAAA-CATCA--A--ATAAACA----GTC--ATCAATTTGAGCGCTTCATTT-ACGTA--CCA----TC------GA-ATG-GA--AA--GT---CTAGTGAGCTGTGATGCTT-AA-TTTCCA---TGC----TTATACCCAAAATGATGTCA-TTGGCTG-TG-GTTGGGA----CA------AAA-AT----T--AAGTT-----GA-A-CAC----AAAAtagactaaacaaaaaaaaa
gi|9 : gaaaagtaGATGCCT-CA-TTTGCA---TAC----TTATGCTTAGAATGATGTTG-TTGACAG-TG-AGTGGT-----TGGTAAAAAAA-AT----T---GGTT-----TA-A-CGC----TAAAT-AAGCAATTGAGTGTTTT--AATTGAATAAGTGAGGT-TTTA-----ACAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCTCACTCCCTTTGGTTGCTAATTTGCTATGTTTGGTAATTTCTATTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11 2222222222222 111111111 111 555555555555555555 1111111111111 444444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 6 3 44 8888888888888 3 4 2 4 222222222 1 111 3 55 1 3 1 111111111111111111 44 555 0 0 2 44 0 2 2 333 4444 0 0 2 2 44 0 2222222222222 2 5555555 77777 2 2 9999 0 222222222222222222222222222 0 5 22222
lowQualScore : . . .. ............. . . . . ......... . ... . .. . . . .................. .. ... . . . .. . . . ... .... . . . . .. . ............. . ....... ..... . . .... . ........................... . . .....
lowQualScore : 7 7 33 2222222222222 4 4 4 6 333333333 0 000 0 55 0 6 8 666666666666666666 22 000 7 4 2 22 2 0 0 555 7777 7 6 4 4 00 9 4444444444444 4 2222222 11111 9 9 6666 5 333333333333333333333333333 8 0 55555
consensus : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GAATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACG-CTTCA-T-TTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------AAA-AT----T--AGGTT-----GA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NT--GAT--AATAAGTGAAGT-TTTA-----ACAAAATA
Reference ( family-460 ) : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GAATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACG-CTTCA-T-TTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------AAA-AT----T--AGGTT-----GA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NT--GAT--AATAAGTGAAGT-TTTA-----ACAAAATA
gi|1 : CAGACAAG-AACACCGAA-AACGGACTAAATGTCACA-CTATA-AAACACGTGACAAAAAA--C--G--TTAACTACT--G----ATGAGTTCGAGTTGTTCACTT-ATATT--ATGTATATCATTAAAGAGTGGAAGTATGGT---ATGGTGGGCTTGGATG-CTTTA-T-TTGAA---CGA----TAACGCTCAGGATGACGTAA-TCACCAGTTT-GTTGGT-----CG------GAC-AT----T--
gi|10 : ATGTCACA---AGA-CATCACGTGGCAAA-CA--ATAA--ATAACTAC---GCC--A-AAGTTCTGACGTTTCA---------------------------AATGGGA-AA--GTACACTA-CGAGT----ATG-------T-TTGCA---TAC----TAAC---CAGTGTGATGCCC-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------GAA-CT----T--AGAAT-----GA-A-CAC----TA------ACA----------GC--GAA--AATGAGTGACGT-TTTA-----ACtaacacattttttatttaaataattttaataaaattgggccccgaaacgt
gi|11 : a-----TT------GAAGGGTAAAC--GT---CTAATGAACAGGAACG-TTTCA-TTTTGCG---TA
gi|11 : acataacaAC---GTCTAATGAACAGGAACGTTTCATTTTGCGTA--ACA----TT------GATAGGAAGAA--GT---CTAGTCAGCCAG---------A-T-CTA------GC----TAATGATTAGAATGATGTCA-TTGTCAG-TG-ATAGGT-----CG------AGA-AT----T--AGACT-----GA-A-CAC------AAT-ATAacattgataggaagaagtctagtcagccagatctagctaatgattagaatgatgtcattgtcagtgataggtcgagaattagactgaacacaatataaa
gi|12 : acataacattgaagggtaa-CTTCA-T-TTGCA---TAT----TAACGCTCAGAATAACGTTA-TTACAAG-TT-GATGGT-----CG------AAA-AC----T--AGGCC-----GA-A-CTC----TAAAT-A---A----------GT--GAaa
gi|13 : A--GT---CCAGTGAACTGGAACG-CTTTA-T-TTGCA---AAC----TAACGCTGAGAATGGTGCCA-TTGCCAG-TT-GTTAGT-----AG------AAA-------------TT-----GATATCACGTGATAAAT--TATA----------GT--G-T--AAT---TAAAGT-CGTA-----ACAAAATAgcttctaaatattttttttatacaaaaataaacaaacatttgtaccatacgggttgaatgttgttactatt
gi|14 : gttAATGAGCAGGGATG-CTTCA-T-TTTTA---TAC----TAACATCCAGAATGGTGTCA-TTGCCTG-TA-AGTGGT-----AG------AAACAT----T--gaccac
gi|15 : atctaaaatgagcagcaacatgaatttaactttaaaacttaaggcctacaacattgGATG-CCTTA-T-TGGCA---TAC----TAACACTGAGAATGATGACA-TTGCAAG-TG-ACTGGT-----TG------ACA-AG----T--AGGTT-----GA-A-CAT----TAATTAAGACC----------GT--GTT--AACA---GAAGT-TTGA-----ACAAAATA
gi|16 : atGAGCTATGACG-TTTTA-T-TTTCA---AGC----TAACGCTCAGAATGACGTAA-TGACCAT-TG-GCTCAT-----C-------AGA-AT----TTCATACT-----GA-A-CACA---TAAga
gi|17 : T---CTAGTGAGTTGGGATG-TTTCA-T-TTGCA---TTA----AAATGCCCAGACTGATAACA-TTGCCAG-TG-GCTATA-----CT------AAA-AT----A--AGGTC-----GA-A-tatgttttttaattgaa
gi|18 : CGATTCATTT-GCATA--ACA----TT------GAATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACA-ATTCA-T-TTGCA---TA
gi|19 : tggggTTCA-T-TTGCA---TAC----TAACACTTAAAATAATGCCA-TTGCCAA-TATGTTGGT-----CA------ACG-AT----T--AGG
gi|2 : TCAGACAAG-AACATTGAA-TACGGACTAAACATCACACC-ACA-CATCACGCGACAAAACA--A--A--ATGAATAC---GCC--ATGAGCTCGAATTATTCCTTT-GCGTA--AT-----TC------GAGT-GAAGAA--GT---CTTGAGAGCTACAATG-GTCAA-T-TTACA---TAT----TAATGTTCAGAATTATGTCA-TTGCCAG-TA-GACGCT-----CG------AAA-AC----A--AGATT-----AA-A-AAC----TAAAT-ATACG----------TT--GAT--A--AAGTGACGT-TTTA-----ACAAAATA
gi|3 : ACAAG-AACGCTAAAAGGCAGACTTGACA--------ATAGCATCACATGACAAAACA--A--A--AAAAATAC---ACC--ATGAGATGGAACGTTTACTTT-CCATATAAT-----T-------GAATGAAAGAA--AT---CTAGTGAGCTGAAACG-CTTTA-T-TTATA---TAT----TGACGTTCATAGTGACATCA-CTGTC---------------------------A-AT----T--AGGTT-----GG-A-CAC----TTAAC-ACGTG----------CT--T-T--TCTAGGTGAAGC-TATATCATCACAAAA
gi|4 : caCAGATAAG-AACACT-----------TA-ACCTTACAAT-ATA-CATCACGTGACA---CA--T--A---TAAATA----GTC--ATGACCCTGAACACTTCATTT-GTGTATCAT-----TT-------AATGGAAGAA--G----AAAGCGTGCTGTGTCGTTTTCA-A-TTATA---TGC----TAACTCTCAGAATGACGTCA-TTACAAG-TC-GTTGGTTAAACTG------AAC-ATTTAAT--AAGTTAGTGCGT-A-CGC----T-AAT-GGACA----------CTTAAAT--AATAAATAAcccctaaaacgt
gi|5 : TCAGACAAT-AACTTTGGA-GGCGGACT-------------ATA-CAGCATGTG----AACA--A--AGGACAAATACACAGCC--ATGAGCTCGAACGATT-----------------------------AGTGGAAGAA--GT---ATAGTGAGTTGGGA-G-GTGCATT-TTGCG---TAA-----AGCGCTCAGAAAGACGACA-TTACAAG-AC-CTTAAA-----AG------AAC-AT----T--TTACT-----GA-C-CAC----TAAAT-ACGTA----------TT--TAT----TAAGTGAAGT-TTTA-----CCAAAATA
gi|6 : cAGACAAACAACACTAAAAGACGGACTAGTAATCACAAC-ATA-GAGTACGAGACAAAAAC--A--A--ATAATTAC---GTC--ATGAGCTCGAATGTTTCATTT-GCATA--GT-----ACT-----GAATGGAAGAC--G-----TGGTGA-----GACG-CTAAA-T-TTACAATTTATTAAATAACGCTTCGAATTATATCagacct
gi|7 : aagcattaattagtttacgtttaCA-C-A-A-CATCACATGCAAAAACA--A--A---CAATTAC---ATC--ACGAGTACTAAATATTCGTTT-GCATA----------C-------AATGGAAGAA--GT---CAAAGGAACCGGGATG-TTTCA-T-TTGCA---TGT----TAACAATGAGAATGGTG-CATTTGGTAG-TG-GTTGGT-----TG------AAA-AT----A--AGTTT-----TA-A-CAT----TCAAT-A---A----------GT---------TAAATGGAGTATTTA-----gcatgtcttgccgataa
gi|8 : gGACTAGTCATTATATC-AGA-CATCACACTGCAAA-CATCA--A--ATAAACA----GTC--ATCAATTTGAGCGCTTCATTT-ACGTA--CCA----TC------GAATGGAA--A--GT---CTAGTGAGCTGTGATG-CTTAA-T-TTCCA---TGC----TTATACCCAAAATGATGTCA-TTGGCTG-TG-GTTGGGA----CA------AAA-AT----T--AAGTT-----GA-A-CAC----AAAAtagactaaacaaaaaaaaa
gi|9 : gaaaagtaGATG-CCTCA-T-TTGCA---TAC----TTATGCTTAGAATGATGTTG-TTGACAG-TG-AGTGGT-----TGGTAAAAAAA-AT----T---GGTT-----TA-A-CGC----TAAAT-AAGCAATTGAGTGTTTT--AATTGAATAAGTGAGGT-TTTA-----ACAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCTCACTCCCTTTGGTTGCTAATTTGCTATGTTTGGTAATTTCTATTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11 2222222222222 111111111 111 555555555555555555 1111111111111 444444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 6 3 44 8888888888888 3 4 2 4 222222222 1 111 3 55 1 3 1 111111111111111111 44 555 0 0 2 44 0 2 2 333 4444 0 0 2 2 44 0 2222222222222 2 5555555 77777 2 2 9999 0 222222222222222222222222222 0 5 22222
lowQualScore : . . .. ............. . . . . ......... . ... . .. . . . .................. .. ... . . . .. . . . ... .... . . . . .. . ............. . ....... ..... . . .... . ........................... . . .....
lowQualScore : 7 7 33 2222222222222 4 4 4 6 333333333 0 000 0 55 0 6 8 666666666666666666 22 000 7 4 2 22 2 0 0 555 7777 7 6 4 4 00 9 4444444444444 4 2222222 11111 9 9 6666 5 333333333333333333333333333 8 0 55555
consensus : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GAATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACG-CTTCA-T-TTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------AAA-AT----T--AGGTT-----GA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NT--GAT--AATAAGTGAAGT-TTTA-----ACAAAATA
Reference ( family-460 ) : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GAATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACG-CTTCA-T-TTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------AAA-AT----T--AGGTT-----GA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NT--GAT--AATAAGTGAAGT-TTTA-----ACAAAATA
gi|1 : CAGACAAG-AACACCGAA-AACGGACTAAATGTCACA-CTATA-AAACACGTGACAAAAAA--C--G--TTAACTACT--G----ATGAGTTCGAGTTGTTCACTT-ATATT--ATGTATATCATTAAAGAGTGGAAGTATGGT---ATGGTGGGCTTGGATG-CTTTA-T-TTGAA---CGA----TAACGCTCAGGATGACGTAA-TCACCAGTTT-GTTGGT-----CG------GAC-AT----T--
gi|10 : ATGTCACA---AGA-CATCACGTGGCAAA-CA--ATAA--ATAACTAC---GCC--A-AAGTTCTGACGTTTCA---------------------------AATGGGA-AA--GTACACTA-CGAGT----ATG-------T-TTGCA---TAC----TAAC---CAGTGTGATGCCC-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------GAA-CT----T--AGAAT-----GA-A-CAC----TA------ACA----------GC--GAA--AATGAGTGACGT-TTTA-----ACtaacacattttttatttaaataattttaataaaattgggccccgaaacgt
gi|11 : a-----TT------GAAGGGTAAAC--GT---CTAATGAACAGGAACG-TTTCA-TTTTGCG---TA
gi|11 : acataacaAC---GTCTAATGAACAGGAACGTTTCATTTTGCGTA--ACA----TT------GATAGGAAGAA--GT---CTAGTCAGCCAG---------A-T-CTA------GC----TAATGATTAGAATGATGTCA-TTGTCAG-TG-ATAGGT-----CG------AGA-AT----T--AGACT-----GA-A-CAC------AAT-ATAacattgataggaagaagtctagtcagccagatctagctaatgattagaatgatgtcattgtcagtgataggtcgagaattagactgaacacaatataaa
gi|12 : acataacattgaagggtaa-CTTCA-T-TTGCA---TAT----TAACGCTCAGAATAACGTTA-TTACAAG-TT-GATGGT-----CG------AAA-AC----T--AGGCC-----GA-A-CTC----TAAAT-A---A----------GT--GAaa
gi|13 : A--GT---CCAGTGAACTGGAACG-CTTTA-T-TTGCA---AAC----TAACGCTGAGAATGGTGCCA-TTGCCAG-TT-GTTAGT-----AG------AAA-------------TT-----GATATCACGTGATAAAT--TATA----------GT--G-T--AAT---TAAAGT-CGTA-----ACAAAATAgcttctaaatattttttttatacaaaaataaacaaacatttgtaccatacgggttgaatgttgttactatt
gi|14 : gttAATGAGCAGGGATG-CTTCA-T-TTTTA---TAC----TAACATCCAGAATGGTGTCA-TTGCCTG-TA-AGTGGT-----AG------AAACAT----T--gaccac
gi|15 : atctaaaatgagcagcaacatgaatttaactttaaaacttaaggcctacaacattgGATG-CCTTA-T-TGGCA---TAC----TAACACTGAGAATGATGACA-TTGCAAG-TG-ACTGGT-----TG------ACA-AG----T--AGGTT-----GA-A-CAT----TAATTAAGACC----------GT--GTT--AACA---GAAGT-TTGA-----ACAAAATA
gi|16 : atGAGCTATGACG-TTTTA-T-TTTCA---AGC----TAACGCTCAGAATGACGTAA-TGACCAT-TG-GCTCAT-----C-------AGA-AT----TTCATACT-----GA-A-CACA---TAAga
gi|17 : T---CTAGTGAGTTGGGATG-TTTCA-T-TTGCA---TTA----AAATGCCCAGACTGATAACA-TTGCCAG-TG-GCTATA-----CT------AAA-AT----A--AGGTC-----GA-A-tatgttttttaattgaa
gi|18 : CGATTCATTT-GCATA--ACA----TT------GAATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACA-ATTCA-T-TTGCA---TA
gi|19 : tggggTTCA-T-TTGCA---TAC----TAACACTTAAAATAATGCCA-TTGCCAA-TATGTTGGT-----CA------ACG-AT----T--AGG
gi|2 : TCAGACAAG-AACATTGAA-TACGGACTAAACATCACACC-ACA-CATCACGCGACAAAACA--A--A--ATGAATAC---GCC--ATGAGCTCGAATTATTCCTTT-GCGTA--AT-----TC------GAGT-GAAGAA--GT---CTTGAGAGCTACAATG-GTCAA-T-TTACA---TAT----TAATGTTCAGAATTATGTCA-TTGCCAG-TA-GACGCT-----CG------AAA-AC----A--AGATT-----AA-A-AAC----TAAAT-ATACG----------TT--GAT--A--AAGTGACGT-TTTA-----ACAAAATA
gi|3 : ACAAG-AACGCTAAAAGGCAGACTTGACA--------ATAGCATCACATGACAAAACA--A--A--AAAAATAC---ACC--ATGAGATGGAACGTTTACTTT-CCATATAAT-----T-------GAATGAAAGAA--AT---CTAGTGAGCTGAAACG-CTTTA-T-TTATA---TAT----TGACGTTCATAGTGACATCA-CTGTC---------------------------A-AT----T--AGGTT-----GG-A-CAC----TTAAC-ACGTG----------CT--T-T--TCTAGGTGAAGC-TATATCATCACAAAA
gi|4 : caCAGATAAG-AACACT-----------TA-ACCTTACAAT-ATA-CATCACGTGACA---CA--T--A---TAAATA----GTC--ATGACCCTGAACACTTCATTT-GTGTATCAT-----TT-------AATGGAAGAA--G----AAAGCGTGCTGTGTCGTTTTCA-A-TTATA---TGC----TAACTCTCAGAATGACGTCA-TTACAAG-TC-GTTGGTTAAACTG------AAC-ATTTAAT--AAGTTAGTGCGT-A-CGC----T-AAT-GGACA----------CTTAAAT--AATAAATAAcccctaaaacgt
gi|5 : TCAGACAAT-AACTTTGGA-GGCGGACT-------------ATA-CAGCATGTG----AACA--A--AGGACAAATACACAGCC--ATGAGCTCGAACGATT-----------------------------AGTGGAAGAA--GT---ATAGTGAGTTGGGA-G-GTGCATT-TTGCG---TAA-----AGCGCTCAGAAAGACGACA-TTACAAG-AC-CTTAAA-----AG------AAC-AT----T--TTACT-----GA-C-CAC----TAAAT-ACGTA----------TT--TAT----TAAGTGAAGT-TTTA-----CCAAAATA
gi|6 : cAGACAAACAACACTAAAAGACGGACTAGTAATCACAAC-ATA-GAGTACGAGACAAAAAC--A--A--ATAATTAC---GTC--ATGAGCTCGAATGTTTCATTT-GCATA--GT-----ACT-----GAATGGAAGAC--G-----TGGTGA-----GACG-CTAAA-T-TTACAATTTATTAAATAACGCTTCGAATTATATCagacct
gi|7 : aagcattaattagtttacgtttaCA-C-A-A-CATCACATGCAAAAACA--A--A---CAATTAC---ATC--ACGAGTACTAAATATTCGTTT-GCATA----------C-------AATGGAAGAA--GT---CAAAGGAACCGGGATG-TTTCA-T-TTGCA---TGT----TAACAATGAGAATGGTG-CATTTGGTAG-TG-GTTGGT-----TG------AAA-AT----A--AGTTT-----TA-A-CAT----TCAAT-A---A----------GT---------TAAATGGAGTATTTA-----gcatgtcttgccgataa
gi|8 : gGACTAGTCATTATATC-AGA-CATCACACTGCAAA-CATCA--A--ATAAACA----GTC--ATCAATTTGAGCGCTTCATTT-ACGTA--CCA----TC------GAATGGAA--A--GT---CTAGTGAGCTGTGATG-CTTAA-T-TTCCA---TGC----TTATACCCAAAATGATGTCA-TTGGCTG-TG-GTTGGGA----CA------AAA-AT----T--AAGTT-----GA-A-CAC----AAAAtagactaaacaaaaaaaaa
gi|9 : gaaaagtaGATG-CCTCA-T-TTGCA---TAC----TTATGCTTAGAATGATGTTG-TTGACAG-TG-AGTGGT-----TGGTAAAAAAA-AT----T---GGTT-----TA-A-CGC----TAAAT-AAGCAATTGAGTGTTTT--AATTGAATAAGTGAGGT-TTTA-----ACAAAA
blockSeqs : C G AG AAACATCACACC G G G A ATAAA C ACA C TA T T G ACATTG . ACA T TT T T ATT TAAA T . AT TGGTAAAA C TTAAT AGTGC T T GTGA AAGCAATTGAGTGTTTTAATTGAA A TCATC
blockSeqs : . A AG AGTAATCACAAC C . A A AAGGA A . T . T . A ACATTG . . C T . . . . . . G TAAACTG . TTC . . . A GGACACTTAAATAA . .
blockSeqs : . G T AGTCATTATATC T . A A TCAAA A . C . A . G TAATTG . . C C . . . . . . G ACA . T . . . . AAGACCGTGTTAA . .
blockSeqs : . A G AACCTTACAAT T . A A AAA A . C . A . A TCATTT . . T C . . . . . . T CG . T . . . . ATACGTTGATA . .
blockSeqs : . . . TGACA T . A A AAA A . T . T . G GTACTG . . T C . . . . . . T CG . T . . . . ACGTGCTTTTC . .
blockSeqs : . T . C . AAA T . C . C . A CCATCG . . C C . . . . . . A CG . T . . . . TATAGTGTAA . .
blockSeqs : G . G . TA T . T . A . A ATTCG . . T T . . . . . . G AG . T . . . . ACGTATTTAT . .
blockSeqs : . . . . AA A . T . T . G C . . C T . . . . . . G AG . A . . . . AAGT
blockSeqs : . T . A . . . . . T A . . . . . . G TG . T . . . .
blockSeqs : C . . . . . C G . . . . . . A CT . A . . . .
blockSeqs : . . C C . . . . . . C CA . T . . . .
blockSeqs : . . C G . . . . . . C CG . T . . . .
blockSeqs : . T C . . . . . . G AG . A . . .
blockSeqs : T T . . . . . . G TG . T
blockSeqs : T C . . . . . . G C . T
blockSeqs : . C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : AAA****** *** NCATTG************ **
originalCons : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTA--AT-----TC------GAATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACG-CTTCA-T-TTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------AAA-AT----T--AGGTT-----GA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NT--GAT--AATAAGTGAAGT-TTTA-----ACAAAATA
finalCons : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACAAAA------TAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-GCGTANCATTG------------AATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACG-CTTCA-T-TTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------AAA-AT----T--AGGTT-----GA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NT--GAT--AATAAGTGAAGT-TTTA-----ACAAAATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCTCACTCCCTTTGGTTGCTAATTTGCTATGTTTGGTAATTTCTATTTTGT
Alignments
lowQualScore : 11 333333333333 111111111 111 11111111111111111111 1111111111111 444444444444444444444444444 11111
lowQualScore : 6 3 44 000000000000 3 4 4 222222222 1 111 3 55 1 55555555555555555555 44 555 0 0 2 2 22 4 333 4444 0 0 2 2 44 0 2222222222222 2 5555555 77777 2 2 9999 0 222222222222222222222222222 0 5 22222
lowQualScore : . . .. ............ . . . ......... . ... . .. . .................... .. ... . . . . .. . ... .... . . . . .. . ............. . ....... ..... . . .... . ........................... . . .....
lowQualScore : 7 7 33 000000000000 4 4 6 333333333 0 000 0 55 0 88888888888888888888 22 000 7 4 2 1 22 0 555 7777 7 6 4 4 00 9 4444444444444 4 2222222 11111 9 9 6666 5 333333333333333333333333333 8 0 55555
consensus : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-------GCGTANCATT---GAATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACGCTT-CA-TTTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------AAA-AT----T--AGGTT-----GA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NT--GAT--AATAAGTGAAGT-TTTA-----ACAAAATA
Reference ( family-460 ) : TCAGACAAG-AACACTGAA-GACGGACTAGACGTCACA-C-ATA-CATCACGTGACAAAACA--A--A--ATAANTAC---GCC--ATGAGCTCGAACGNTTCATTT-------GCGTANCATT---GAATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACGCTT-CA-TTTGCA---TAC----TAACGCTCAGAATGACGTCA-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------AAA-AT----T--AGGTT-----GA-A-CAC----TAAAT-ANACA----------NT--GAT--AATAAGTGAAGT-TTTA-----ACAAAATA
gi|1 : CAGACAAG-AACACCGAA-AACGGACTAAATGTCACA-CTATA-AAACACGTGACAAAAAA--C--G--TTAACTACT--G----ATGAGTTCGAGTTGTTCACTTATATTATGTATATCATTAAAGAGTGGAAGTATGGT---ATGGTGGGCTTGGATGCTT-TA-TTTGAA---CGA----TAACGCTCAGGATGACGTAA-TCACCAGTTT-GTTGGT-----CG------GAC-AT----T--
gi|10 : ATGTCACA---AGA-CATCACGTGGCAAA-CA--ATAA--ATAACTAC---GCC--A-AAGTTCTGACGTTTCA------------------------AATGGGA-AA--GTACACTA-CGAGT----ATG-------TTTGCA---TAC----TAAC---CAGTGTGATGCCC-TTGCCAG-TG-GTTGGT-----CG------GAA-CT----T--AGAAT-----GA-A-CAC----TA------ACA----------GC--GAA--AATGAGTGACGT-TTTA-----ACtaacacattttttatttaaataattttaataaaattgggccccgaaacgt
gi|11 : aCATAACATT---GAAGGGTAAAC--GT---CTAATGAACAGGAACGTTT-CATTTTGCG---TA
gi|11 : aAC---GTCTAATGAACAGGAACGTTTCATTTT------GCGTAACATT---GATAGGAAGAA--GT---CTAGTCAGCCAG---------A-TCTA------GC----TAATGATTAGAATGATGTCA-TTGTCAG-TG-ATAGGT-----CG------AGA-AT----T--AGACT-----GA-A-CAC------AAT-ATAacattgataggaagaagtctagtcagccagatctagctaatgattagaatgatgtcattgtcagtgataggtcgagaattagactgaacacaatataaa
gi|12 : acataacattgaagggtaaCTT-CA-TTTGCA---TAT----TAACGCTCAGAATAACGTTA-TTACAAG-TT-GATGGT-----CG------AAA-AC----T--AGGCC-----GA-A-CTC----TAAAT-A---A----------GT--GAaa
gi|13 : A--GT---CCAGTGAACTGGAACGCTT-TA-TTTGCA---AAC----TAACGCTGAGAATGGTGCCA-TTGCCAG-TT-GTTAGT-----AG------AAA-------------TT-----GATATCACGTGATAAAT--TATA----------GT--G-T--AAT---TAAAGT-CGTA-----ACAAAATAgcttctaaatattttttttatacaaaaataaacaaacatttgtaccatacgggttgaatgttgttactatt
gi|14 : gttAATGAGCAGGGATGCTT-CA-TTTTTA---TAC----TAACATCCAGAATGGTGTCA-TTGCCTG-TA-AGTGGT-----AG------AAACAT----T--gaccac
gi|15 : atctaaaatgagcagcaacatgaatttaactttaaaacttaaggcctacaacattgGATGCCT-TA-TTGGCA---TAC----TAACACTGAGAATGATGACA-TTGCAAG-TG-ACTGGT-----TG------ACA-AG----T--AGGTT-----GA-A-CAT----TAATTAAGACC----------GT--GTT--AACA---GAAGT-TTGA-----ACAAAATA
gi|16 : atGAGCTATGACGTTT-TA-TTTTCA---AGC----TAACGCTCAGAATGACGTAA-TGACCAT-TG-GCTCAT-----C-------AGA-AT----TTCATACT-----GA-A-CACA---TAAga
gi|17 : T---CTAGTGAGTTGGGATGTTT-CA-TTTGCA---TTA----AAATGCCCAGACTGATAACA-TTGCCAG-TG-GCTATA-----CT------AAA-AT----A--AGGTC-----GA-A-tatgttttttaattgaa
gi|18 : CGATTCATTT-------GCATAACATT---GAATGGAAGAA--GT---CTAGTGAGCTGGGACAATT-CA-TTTGCA---TA
gi|19 : tggggTT-CA-TTTGCA---TAC----TAACACTTAAAATAATGCCA-TTGCCAA-TATGTTGGT-----CA------ACG-AT----T--AGG
gi|2 : TCAGACAAG-AACATTGAA-TACGGACTAAACATCACA-CCACA-CATCACGCGACAAAACA--A--A--ATGAATAC---GCC--ATGAGCTCGAATTATTCCTTT-------GCGTA--ATTC--GAGTG-AAGAA--GT---CTTGAGAGCTACAATGGTC-AA-TTTACA---TAT----TAATGTTCAGAATTATGTCA-TTGCCAG-TA-GACGCT-----CG------AAA-AC----A--AGATT-----AA-A-AAC----TAAAT-ATACG----------TT--GAT--A--AAGTGACGT-TTTA-----ACAAAATA
gi|3 : ACAAG-AACGCTAAAAGGCAGACTTGACA--------ATAGCATCACATGACAAAACA--A--A--AAAAATAC---ACC--ATGAGATGGAACGTTTACTTT-------CCATATAATT---GAATGAAAGAA--AT---CTAGTGAGCTGAAACGCTT-TA-TTTATA---TAT----TGACGTTCATAGTGACATCA-CTGTC---------------------------A-AT----T--AGGTT-----GG-A-CAC----TTAAC-ACGTG----------CT--T-T--TCTAGGTGAAGC-TATATCATCACAAAA
gi|4 : caCAGATAAG-AACACT-----------TA-ACCTTACAAT-ATA-CATCACGTGACA---CA--T--A---TAAATA----GTC--ATGACCCTGAACACTTCATTT-------GTGTATCATT---TAATGGAAGAA--GA---A-AGCGTGCTGTGTCGTTTTCA-ATTATA---TGC----TAACTCTCAGAATGACGTCA-TTACAAG-TC-GTTGGTTAAACTG------AAC-ATTTAAT--AAGTTAGTGCGT-A-CGC----T-AAT-GGACA----------CTTAAAT--AATAAATAAcccctaaaacgt
gi|5 : TCAGACAAT-AACTTTGGA-GGCGGACTA-------------TA-CAGCATGTGA----ACA--A--AGGACAAATACACAGCC--ATGAGCTCGAACGATT--------------------------AGTGGAAGAA--GT---ATAGTGAGTTGGGA-GGTG-CATTTTGCG---TAA-----AGCGCTCAGAAAGACGACA-TTACAAG-AC-CTTAAA-----AG------AAC-AT----T--TTACT-----GA-C-CAC----TAAAT-ACGTA----------TT--TAT----TAAGTGAAGT-TTTA-----CCAAAATA
gi|6 : cAGACAAACAACACTAAAAGACGGACTAGTAATCACAAC-ATA-GAGTACGAGACAAAAAC--A--A--ATAATTAC---GTC--ATGAGCTCGAATGTTTCATTT-------GCATAGTACT---GAATGGAAGAC--G-----TGGTGA-----GACGCTA-AA-TTTACAATTTATTAAATAACGCTTCGAATTATATCagacct
gi|7 : aagcattaattagtttacgtttaCA-C-A-A-CATCACATGCAAAAACA--A--A---CAATTAC---ATC--ACGAGTACTAAATATTCGTTT-------GCATAC--------AATGGAAGAA--GT---CAAAGGAACCGGGATGTTT-CA-TTTGCA---TGT----TAACAATGAGAATGGTG-CATTTGGTAG-TG-GTTGGT-----TG------AAA-AT----A--AGTTT-----TA-A-CAT----TCAAT-A---A----------GT---------TAAATGGAGTATTTA-----gcatgtcttgccgataa
gi|8 : gGACTAGTCATTATATC-AGA-CATCACACTGCAAA-CATCA--A--ATAAACA----GTC--ATCAATTTGAGCGCTTCATTT-------ACGTACCATC---GAATGGAA--A--GT---CTAGTGAGCTGTGATGCTT-AA-TTTCCA---TGC----TTATACCCAAAATGATGTCA-TTGGCTG-TG-GTTGGGA----CA------AAA-AT----T--AAGTT-----GA-A-CAC----AAAAtagactaaacaaaaaaaaa
gi|9 : gaaaagtaGATGCCT-CA-TTTGCA---TAC----TTATGCTTAGAATGATGTTG-TTGACAG-TG-AGTGGT-----TGGTAAAAAAA-AT----T---GGTT-----TA-A-CGC----TAAAT-AAGCAATTGAGTGTTTT--AATTGAATAAGTGAGGT-TTTA-----ACAAAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): TCTCACTCCCTTTGGTTGCTAATTTGCTATGTTTGGTAATTTCTATTTTGT