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Reference ( gi|6 )            :       AATTTGCTCAATACGAA-AGACCAAAA-GGCCTATTAGTACATGTGTTACAATACAA----TCA--------TA---CATA-AGAT-----GTCAATGACGAGTTCAAA--ACATAATACAAAATGTA----TAGTAATAATTATTCCAATT----TTTTCTCAACACAAAAATAATGTCAAAAGTAT--TATGCA--ATCTCACTAACAC---AT--CTGTACTAATTTAATAAC---TTTAATT--GCCACCATTATCAAAT----TTTATAACAGTATGTGCACAC--AAT-CAACTATCTATT-TGTCATTT-----GTTATACCTATCGA-------TTA-CTACTTTAAAAAGAATGTTTGATTA
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gi|4                          :       atTTCACTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCCTATCAGTATACCTGTTACAATACA----------------TA---T-TA-AGAT-----ATTAATGACGAGTTCAGT--ACATAATACAAAGTGTA----TAGTAATAATTATTTCA--C----TTTTCTTAACACAAAAATAATGCCAAATATAT--CATGAA--ATATCACTAACACAT-AT--CTGTACTAATTAAATTAC---TCTTTTC--GTCACTATAATTAAAT----ATTATAtgttttgtttcttttctcaaagctttta
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gi|12                         :  tatatacTTTATTCATTACAAA-ATACCAA----------T-GTACACATGTTACAACACAA----TCACACAACCATA---CATA-AGATATCATGTCAATGACGAATTCAAT--GCACAATACTTACCGTA----CAGTAATTATaaaatattatataatatttcgtttccttttatgaaagattggatgtatacatattatttttatgcagcaatatttattacgtttttcgtatattgtgattgttataattcaattatttcggcatgtttgattttttccagtcgtgtttttaaatatagct
gi|15                         :   atctacTTTCTTCAATACAAA-AGACAAAAA-GGCCTATTGGTGTACATGTTGCATTACc
gi|3                          :            acTCAATACAAA-ATATCAAAA-TTCCTATAGATATACAAGTTATAATACAA----GTG--------TA---CGTA-ATTT-----TTCAATTACttatca
gi|11                         :        cgttttTCAATACAAATAGACCAAGA-GGTCTAGCAATACACATGTTAC-----------TTA--------TA---T-TA-AG---------CCATGATGAA-TCAAATTAAATAATATCAATTGCAACACTCGTTAAAATTATctttttttcaacacaaaagtaatgtcaaaagtattacgtaacatcactaacacatatctgtactagtttaaaacacttttaaccaccattatcaaagttacatttacacgcaattaaatactattcttttataagttgaacatatcaaatatcaactttagaacaaagttcgtttatctataacacaatgtttcgtttctcaaagcttatatatagatgtatatagcaagatgttttatggctttcgtaagtcatgctttttataattcaattaatttcggtgtatttgatcttttccagcagtgctatataaattttgc
gi|13                         :   actcgtatagtagaagatagtcatACCAAAAAGGCCTATCAGTACACATGTTACAATACAA----CTA--------TA---CATA-ATAT-----GTCACT-ACGAAAT-AAA--ACATAAAGAAAAATGc
gi|14                         :                         atACCAAAA-GGGCTATCAGTACACATGTTACAGTACAC----TCA--------TG---CATA-AGAT-----GTCAA
gi|5                          :                             CAAAA-TTCATATCAGTATACCCGTTACAAT---------CA--------TA---CATA-AGCT-----GTCAATGACTAGCTCAAT--ACTTAATACAAATCATA----GAGTAATAATTAATC-AACT----GTT-ATCAACACAGACGTAATGTTATAAGTAG--TATGTATTACCCCAAAAACAT---AT--TTGTAGTAATTTAATAAC---TC--ATTTCGCCATCATTATTAAAT----GTTATAATAACAT-TG-ATACGAAAT-CAAATATC---------ATAA-----GTTATACATACAAA-------ATC-CCAGTTTAGGAAGAAGGTTCGAGTAatacattactatgaaattat
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gi|2                          :                                AA-GACCTATCAGTATATATCTTACAATAAAA----CCA--------CA----ATA-AGAT-----GCCAATGACGAAATCAAT--GCATAATATCAAGCGTA----CAGTAATAATT---CTACTTC---TTTTTTTAACACAAAAGTAATGACAAAAGTATATCATGTA--ATATCACCAACAC---ATATCTGTACAAATTTAATAACAC-CTT--TC--GCCACCATTATCAAAT----GTTATAATAATATTTATACAC--AAT-CAACCATCAATT-TATCATTTATTTAGTTATACCTATCAA-------ATA-TCATTTTAAGAAGAAAGTTCCATTAa
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                           atgATATGCACAC--AAT-CAAATAGCAATT-GATCATTT-----GTTA----TGTCGA-------TTA---A-TTTAAGAAGAATATTCGATTAagattaagatattattaatata
gi|9                          :                                                              agaagaacttcactcaatacaaaagaccaaaaggcctatcagtatacctgttacaatacatattaagatattaatgacgagttcagtacataatacaaagtgtatagtaataattatttcacttttcttaacacaaaaataatgccaaatatatcatgaaatatcactaacacatatctgtactaattaaattactcttttcgtcactataattaaatattatataatagaCAC--AAC-CAATTAACAATT-TATCATTA-----GTTTTACCTATCAAAAACAATTTA-ATA-TTTAAGAAG---GTTTGATTAttgcacacaaacatataaatttaggaagaatattcgatta
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGATTTCTTTTCTCAAAGCGTTTATATATGTATGTAGAAAGTTTTTTTTAACGTTTTTCGTACGTCGTGATCGTTATACTTCAATTATTTTCGGTATATTATGTCGTTTCTAGTAGTATCATTTTTTTATTGCAT
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Reference ( family-4598 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       NNTTTATTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCCTATCAGTACACATGTTACAATACAATCA--------TACATAAGAT-----GTCAATGACGAANTCAA--TACATAATACAAANCGT-ACA---GTAAT-----AATTATTCC-ATTTTTTCTCAACACAAAAGTAATGTCAAAAGTAT--CATGTAATATCACTAACACAT-ATCTGTACTAATTTAATAAC-TC-T-T--T-C-GCCACCATTATCAAATGTTATAATAATATTTGCACACAATCAAATA-TCAATTTATCA-----TTNGTTATACNTATCGANTATCANTTTAA----GAAGAANGTTCGATTA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     actcgtatagtagaagatagTTTATTCATTACAAA-ATACCAA---------T--GTACACATGTTACAACACAATCACACAACCATACATAAGATATCATGTCAATGACGAATTCAA--TGCACAATACTTACCGT-ACA---GTAAT-----TATc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atctacACCAAAAAGGCCTATCAGTACACATGTTACAATACAACTA--------TACATAATAT-----GTCACT-ACGAAATAAA---ACATAAc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atACCAAAA-GGGCTATCAGTACACATGTTACAGTACACTCA--------TGCATAAGAT-----GTCAAagaaaaatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTCTTCAATACAAA-AGACAAAAA-GGCCTATTGGTGTACATGTTGCATTACatacattactatgaaattat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acCAAAA-TGACTATCAGTATACATGTTACAGTACAATCG--------TACACAAGAT-----ttatca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA-GACCTATCAGTATATATCTTACAATAAAACCA--------CA-ATAAGAT-----GCCAATGACGAAATCAA--TGCATAATATCAAGCGT-ACA---GTAAT-----AATTCTACT--TCTTTTTTTAACACAAAAGTAATGACAAAAGTATATCATGTAATATCACCAACACAT-ATCTGTACAAATTTAATAACACC-T-T--T-C-GCCACCATTATCAAATGTTATAATAATATTTATACACAATCAACCA-TCAATTTATCATTTATTTAGTTATACCTATCAAATATCATTTTAA----GAAGAAAGTTCCATTAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      aacctcaagttatacatatttgaatttacataatgTTT-TTCAATACAAA-ATATCAAAA-TTCCTATAGATATACAAGTTATAATACAAGTG--------TACGTAATTT-----TTCAATTACtcgttagtataatgtttcgtttcttttctcaaagttttatatatgtatgtacttcttttataactagtggacctagttttatttaatcgttaacaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cgATAATACAAGT-GT-AC----GTAATTTTTCAATTA--CC---TTTTTTTCAACACAAAAGTAATGTCAAAAGTAT--TACGTAACATCACTAACACAT-ATCTGTACTAGTTTAA-AAC-AC-T-T--T-TAACCACCATTATCAAA-GTT------ACATTTACACGCAATTAAATA-CTATTCTTTTA-----TAAGTTGAACATATCAAATATCAACTTTA----GAACAAAGTTCGTTTActttttttcaacacaaaagtaatgtcaaaagtattacgtaacatcactaacacatatctgtactagtttaaaacacttttaaccaccattatcaaagttacatttacacgcaattaaatactattcttttataagttgaacatatcaaatatcaactttagaacaaagttcgtttatctataacacaatgtttcgtttctcaaagcttatatatagatgtatatagcaagatgttttatggctttcgtaagtcatgctttttataattcaattaatttcggtgtatttgatcttttccagcagtgctatataaattttgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                            cgtttttcaatacaaaatatcaaaattcctatagatatacaagttTTCACTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCCTATCAGTATACCTGTTACAATACA------------TAT-TAAGAT-----ATTAATGACGAGTTCAG--TACATAATACAAAGTGT-ATA---GTAAT-----AATTATTTC-ACTTTT-CTTAACACAAAAATAATGCCAAATATAT--CATGAAATATCACTAACACAT-ATCTGTACTAATTAAATTAC-TCTT-T--T-C-GTCACTATAATTAAATATTAT-ATAATA---G---ATAATCGAATA-Ttctataacacaatgtttcgtttctcaaagcttatatatagatgtatatagcaagatgttttatggctttcgtaagtcatgctttttataattcaattaatttcggtgtatttgatcttttccagcagtgctatataaattttgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     agaagaacAATAT--GCACACAATCAAATA-GCAATTGATCA-----TTTGTTA----TGTCGATT---AATTTAA----GAAGAATATTCGATTAtcttcttaaattaatcgacataacaaatgatcaattgctatttgattgtgtgcatatttgcacacaaacatataaatttaggaagaatattcgatta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agaagaacttcactcaatacaaaagaccaaaaggcctatcagtatacctgttacaatacatattaagatattaatgacgagttcagtacataatacaaagtgtatagtaataattatttcacttttcttaacacaaaaataatgccaaatatatcatgaaatatcactaacacatatctgtactaattaaattactcttttcgtcactataattaaatattatataatagaTATAAATTTAG----GAAGAATATTCGATTAtgcacacaaacatataaatttaggaagaatattcgatta
gi|5                          : agaagaacttcactcaatacaaaagaccaaaaggcctatcagtatacctgttacaatacatattaagatattaatgacgagttcagtacataatacaaagtgtatagtaataattatttcacttttcttaacacaaaaataatgccaaatatatcatgaaatatcactaacacatatctgtactaattaaattactcttttcgtcactataattaaatattatataatagataatcgaatattcttcttaaattaatcgacataacaaatgatcaattgctatttgattgtgtgcatatttgcacacaaacaTTTATTAACTACAAA-AT-TCA--------TATCAGTATACCCGTTACA-----ATCA--------TACATAAGCT-----GTCAATGACTAGCTCAA--TACTTAATACAAATCAT-AGA---GTAAT-----AATTAATCA-A-CTGTTATCAACACAGACGTAATGTTATAAGTAG--TATGTATTACCCCAAAAACAT-ATTTGTAGTAATTTAATAAC-TCAT-T--T-C-GCCATCATTATTAAATGTTATAATAACATTGATACGAAATCAAATA-TCA---TA----------AGTTATACATACAAAATCCCAGTTTAG----GAAGAAGGTTCGAGTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tcTTTGCTCAATACGAA-AGACCAAAA-GGCCTATTAGTACATGTGTTACAATACAATCA--------TACATAAGAT-----GTCAATGACGAGTTCAA--AACATAATACAAAATGT-ATA---GTAAT-----AATTATTCCAATTTTTTCTCAACACAAAAATAATGTCAAAAGTAT--TATGCAATCTCACTAACAC---ATCTGTACTAATTTAATAAC-T--T-TAAT-T-GCCACCATTATCAAATTTTATAACAGTATGTGCACACAATCAACTA-TCTATTTGTCA-----TTTGTTATACCTATCGATTACTACTTTAA----AAAGAATGTTTGATTAtctataatataaagttatacatacaaaatcccagtttaggaagaaggttcgagt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaTTTATTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCTTATTAGTACACATGCTACAATACAATCG--------TACATAAGAT-----GTCAATGACG-----AA--TACATAATACATTTTGT------------------ATTATTTC-A-CTTTTCTTAACACAGAATTAATGTCAAAAGTAT--CATGTAATCTCACTAACACAT-AT-------------------------------ACCACCATTATCAAATATTATAATAATATTTGCACACAATCAAATA-TCAATTTATCA-----TCTGTTATACCTATCAATTATCAATTGAA----GAAGAATGTTCGATTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atA--TGCATAATGCAAAGTGT-ACA---GTATT-----AAGTATTCC-ACTTTTTC--AACACAAAAGTAATGTCAAAAGCAT--CATGCAATATCACCAACACATAATCTGTATTCATTTAATAGC-TC-CAT--T-C-ACCACCATTATCAAATGTTAAAATAAGATTtgttttgtttcttttctcaaagctttta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CACAACCAATTA-ACAATTTATCA-----TTAGTTTTACCTATCAAA-AACAATTTAATATTTAAGAAGGTTTGATTAaagatattattaatata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4598 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       NNTTTATTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCCTATCAGTACACATGTTACAATACAATCA--------TACATAAGAT-----GTCAATGACGAANTCAA--TACATAATACAAANCGT-ACA---GTAAT-----AATTATTCC-AC--CTTTTCTCAACACAAAAGTAATGTCAAAAGTAT--CATGCAATATCACTAACACAT-ATCTGTACTAATTTAATAAC-TC-T-T--T-C-GCCACCATTATCAAATGTTATAATAATATTTGCACACAATCAAATA-TCAATTTATCA-----TTNGTTATACCTATCGANTATCAATTTAA----GAAGAANGTTCGATTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTATTCAATACAAA-AGACCAAAA-TACCTTACATTACACA-------ATACAATAA--------TATGTAAGAT-----GTCAATGACGAAATGTA--TGCTTTATTCAAGTCTT-ACA---GTTAT-----AATTATTC--------------AACGAAAAAGTAAT----------------GC-----------CACAT-ATCTGTACTAATTTAAAAAC-TT-T-T--TTC-GCCACCATCATCAAATGATGTTTTAATATGTGTACACAATAAAAAAATCAATTTAACA-----TTTGTTATACATATCGATTATCAGTTTAA----GAAGATGGTTCAAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tatatacTCATTCAATACAAATAGACCAAGA-GGTCTAGCAATACACATGTTAC-------TTA--------TAT-TAAG---------CCATGATGAA-TCAAATTAAATAATATCAATTGCAACACTCGTTAA-----AATTATaaaatattatataatatttcgtttccttttatgaaagattggatgtatacatattatttttatgcagcaatatttattacgtttttcgtatattgtgattgttataattcaattatttcggcatgtttgattttttccagtcgtgtttttaaatatagct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     actcgtatagtagaagatagTTTATTCATTACAAA-ATACCAA---------T--GTACACATGTTACAACACAATCACACAACCATACATAAGATATCATGTCAATGACGAATTCAA--TGCACAATACTTACCGT-ACA---GTAAT-----TATc
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     atctacACCAAAAAGGCCTATCAGTACACATGTTACAATACAACTA--------TACATAATAT-----GTCACT-ACGAAATAAA---ACATAAc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atACCAAAA-GGGCTATCAGTACACATGTTACAGTACACTCA--------TGCATAAGAT-----GTCAAagaaaaatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTCTTCAATACAAA-AGACAAAAA-GGCCTATTGGTGTACATGTTGCATTACatacattactatgaaattat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acCAAAA-TGACTATCAGTATACATGTTACAGTACAATCG--------TACACAAGAT-----ttatca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA-GACCTATCAGTATATATCTTACAATAAAACCA--------CA-ATAAGAT-----GCCAATGACGAAATCAA--TGCATAATATCAAGCGT-ACA---GTAAT-----AATT---CT-ACTTCTTTTTTTAACACAAAAGTAATGACAAAAGTATATCATGTAATATCACCAACACAT-ATCTGTACAAATTTAATAACACC-T-T--T-C-GCCACCATTATCAAATGTTATAATAATATTTATACACAATCAACCA-TCAATTTATCATTTATTTAGTTATACCTATCAAATATCATTTTAA----GAAGAAAGTTCCATTAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      aacctcaagttatacatatttgaatttacataatgTTT-TTCAATACAAA-ATATCAAAA-TTCCTATAGATATACAAGTTATAATACAAGTG--------TACGTAATTT-----TTCAATTACtcgttagtataatgtttcgtttcttttctcaaagttttatatatgtatgtacttcttttataactagtggacctagttttatttaatcgttaacaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cgATAATACAAGT-GT-AC----GTAATTTTTCAATTAC-----C--TTTTTTTCAACACAAAAGTAATGTCAAAAGTAT--TACGTAACATCACTAACACAT-ATCTGTACTAGTTTAA-AAC-AC-T-T--T-TAACCACCATTATCAAA-GTT------ACATTTACACGCAATTAAATA-CTATTCTTTTA-----TAAGTTGAACATATCAAATATCAACTTTA----GAACAAAGTTCGTTTActttttttcaacacaaaagtaatgtcaaaagtattacgtaacatcactaacacatatctgtactagtttaaaacacttttaaccaccattatcaaagttacatttacacgcaattaaatactattcttttataagttgaacatatcaaatatcaactttagaacaaagttcgtttatctataacacaatgtttcgtttctcaaagcttatatatagatgtatatagcaagatgttttatggctttcgtaagtcatgctttttataattcaattaatttcggtgtatttgatcttttccagcagtgctatataaattttgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                            cgtttttcaatacaaaatatcaaaattcctatagatatacaagttTTCACTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCCTATCAGTATACCTGTTACAATACA------------TAT-TAAGAT-----ATTAATGACGAGTTCAG--TACATAATACAAAGTGT-ATA---GTAAT-----AATTATTTC-AC---TTTTCTTAACACAAAAATAATGCCAAATATAT--CATGAAATATCACTAACACAT-ATCTGTACTAATTAAATTAC-TCTT-T--T-C-GTCACTATAATTAAATATTAT-ATAATA---G---ATAATCGAATA-Ttctataacacaatgtttcgtttctcaaagcttatatatagatgtatatagcaagatgttttatggctttcgtaagtcatgctttttataattcaattaatttcggtgtatttgatcttttccagcagtgctatataaattttgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agaagaacAATAT--GCACACAATCAAATA-GCAATTGATCA-----TTTGTTA----TGTCGATT---AATTTAA----GAAGAATATTCGATTAtcttcttaaattaatcgacataacaaatgatcaattgctatttgattgtgtgcatatttgcacacaaacatataaatttaggaagaatattcgatta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agaagaacttcactcaatacaaaagaccaaaaggcctatcagtatacctgttacaatacatattaagatattaatgacgagttcagtacataatacaaagtgtatagtaataattatttcacttttcttaacacaaaaataatgccaaatatatcatgaaatatcactaacacatatctgtactaattaaattactcttttcgtcactataattaaatattatataatagaTATAAATTTAG----GAAGAATATTCGATTAtgcacacaaacatataaatttaggaagaatattcgatta
gi|5                          : agaagaacttcactcaatacaaaagaccaaaaggcctatcagtatacctgttacaatacatattaagatattaatgacgagttcagtacataatacaaagtgtatagtaataattatttcacttttcttaacacaaaaataatgccaaatatatcatgaaatatcactaacacatatctgtactaattaaattactcttttcgtcactataattaaatattatataatagataatcgaatattcttcttaaattaatcgacataacaaatgatcaattgctatttgattgtgtgcatatttgcacacaaacaTTTATTAACTACAAA-AT-TCA--------TATCAGTATACCCGTTACA-----ATCA--------TACATAAGCT-----GTCAATGACTAGCTCAA--TACTTAATACAAATCAT-AGA---GTAAT-----AATTAAT-C-AA--CTGTTATCAACACAGACGTAATGTTATAAGTAG--TATGTATTACCCCAAAAACAT-ATTTGTAGTAATTTAATAAC-TCAT-T--T-C-GCCATCATTATTAAATGTTATAATAACATTGATACGAAATCAAATA-TCA---TA----------AGTTATACATACAAAATCCCAGTTTAG----GAAGAAGGTTCGAGTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tcTTTGCTCAATACGAA-AGACCAAAA-GGCCTATTAGTACATGTGTTACAATACAATCA--------TACATAAGAT-----GTCAATGACGAGTTCAA--AACATAATACAAAATGT-ATA---GTAAT-----AATTATTCCAAT--TTTTTCTCAACACAAAAATAATGTCAAAAGTAT--TATGCAATCTCACTAACAC---ATCTGTACTAATTTAATAAC-T--T-TAAT-T-GCCACCATTATCAAATTTTATAACAGTATGTGCACACAATCAACTA-TCTATTTGTCA-----TTTGTTATACCTATCGATTACTACTTTAA----AAAGAATGTTTGATTAtctataatataaagttatacatacaaaatcccagtttaggaagaaggttcgagt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaTTTATTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCTTATTAGTACACATGCTACAATACAATCG--------TACATAAGAT-----GTCAATGACG-----AA--TACATAATACATTTTGT------------------ATTATTTC-A---CTTTTCTTAACACAGAATTAATGTCAAAAGTAT--CATGTAATCTCACTAACACAT-AT-------------------------------ACCACCATTATCAAATATTATAATAATATTTGCACACAATCAAATA-TCAATTTATCA-----TCTGTTATACCTATCAATTATCAATTGAA----GAAGAATGTTCGATTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atA--TGCATAATGCAAAGTGT-ACA---GTATT-----AAGTATTCC-AC--TTTTTC--AACACAAAAGTAATGTCAAAAGCAT--CATGCAATATCACCAACACATAATCTGTATTCATTTAATAGC-TC-CAT--T-C-ACCACCATTATCAAATGTTAAAATAAGATTtgttttgtttcttttctcaaagctttta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CACAACCAATTA-ACAATTTATCA-----TTAGTTTTACCTATCAAA-AACAATTTAATATTTAAGAAGGTTTGATTAaagatattattaatata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-4598 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       NNTTTATTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCCTATCAGTACACATGTTACAATACAATCA--------TACATAAGAT-----GTCAATGACGAANTCAA--TACATAATACAAANCGT-ACA---GTAAT-----AATTATTCC-AC--CTTTTCTCAACACAAAAGTAATGTCAAAAGTAT--CATGCAATATCACTAACACAT-ATCTGTACTAATTTAATAAC-TC-T-T--T-C-GCCACCATTATCAAATGTTATAATAATATTTGCACACAATCAAATA-TCAATTTATCA-----TTNGTTATACCTATCGANTATCAATTTAA----GAAGAANGTTCGATTA
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     actcgtatagtagaagatagTTTATTCATTACAAA-ATACCAA---------T--GTACACATGTTACAACACAATCACACAACCATACATAAGATATCATGTCAATGACGAATTCAA--TGCACAATACTTACCGT-ACA---GTAAT-----TATc
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atACCAAAA-GGGCTATCAGTACACATGTTACAGTACACTCA--------TGCATAAGAT-----GTCAAagaaaaatg
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTCTTCAATACAAA-AGACAAAAA-GGCCTATTGGTGTACATGTTGCATTACatacattactatgaaattat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acCAAAA-TGACTATCAGTATACATGTTACAGTACAATCG--------TACACAAGAT-----ttatca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA-GACCTATCAGTATATATCTTACAATAAAACCA--------CA-ATAAGAT-----GCCAATGACGAAATCAA--TGCATAATATCAAGCGT-ACA---GTAAT-----AATT---CT-ACTTCTTTTTTTAACACAAAAGTAATGACAAAAGTATATCATGTAATATCACCAACACAT-ATCTGTACAAATTTAATAACACC-T-T--T-C-GCCACCATTATCAAATGTTATAATAATATTTATACACAATCAACCA-TCAATTTATCATTTATTTAGTTATACCTATCAAATATCATTTTAA----GAAGAAAGTTCCATTAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      aacctcaagttatacatatttgaatttacataatgTTT-TTCAATACAAA-ATATCAAAA-TTCCTATAGATATACAAGTTATAATACAAGTG--------TACGTAATTT-----TTCAATTACtcgttagtataatgtttcgtttcttttctcaaagttttatatatgtatgtacttcttttataactagtggacctagttttatttaatcgttaacaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cgATAATACAAGT-GT-AC----GTAATTTTTCAATTAC-----C--TTTTTTTCAACACAAAAGTAATGTCAAAAGTAT--TACGTAACATCACTAACACAT-ATCTGTACTAGTTTAA-AAC-AC-T-T--T-TAACCACCATTATCAAA-GTT------ACATTTACACGCAATTAAATA-CTATTCTTTTA-----TAAGTTGAACATATCAAATATCAACTTTA----GAACAAAGTTCGTTTActttttttcaacacaaaagtaatgtcaaaagtattacgtaacatcactaacacatatctgtactagtttaaaacacttttaaccaccattatcaaagttacatttacacgcaattaaatactattcttttataagttgaacatatcaaatatcaactttagaacaaagttcgtttatctataacacaatgtttcgtttctcaaagcttatatatagatgtatatagcaagatgttttatggctttcgtaagtcatgctttttataattcaattaatttcggtgtatttgatcttttccagcagtgctatataaattttgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                            cgtttttcaatacaaaatatcaaaattcctatagatatacaagttTTCACTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCCTATCAGTATACCTGTTACAATACA------------TAT-TAAGAT-----ATTAATGACGAGTTCAG--TACATAATACAAAGTGT-ATA---GTAAT-----AATTATTTC-AC---TTTTCTTAACACAAAAATAATGCCAAATATAT--CATGAAATATCACTAACACAT-ATCTGTACTAATTAAATTAC-TCTT-T--T-C-GTCACTATAATTAAATATTAT-ATAATA---G---ATAATCGAATA-Ttctataacacaatgtttcgtttctcaaagcttatatatagatgtatatagcaagatgttttatggctttcgtaagtcatgctttttataattcaattaatttcggtgtatttgatcttttccagcagtgctatataaattttgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       agaagaacAATAT--GCACACAATCAAATA-GCAATTGATCA-----TTTGTTA----TGTCGATT---AATTTAA----GAAGAATATTCGATTAtcttcttaaattaatcgacataacaaatgatcaattgctatttgattgtgtgcatatttgcacacaaacatataaatttaggaagaatattcgatta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 agaagaacttcactcaatacaaaagaccaaaaggcctatcagtatacctgttacaatacatattaagatattaatgacgagttcagtacataatacaaagtgtatagtaataattatttcacttttcttaacacaaaaataatgccaaatatatcatgaaatatcactaacacatatctgtactaattaaattactcttttcgtcactataattaaatattatataatagaTATAAATTTAG----GAAGAATATTCGATTAtgcacacaaacatataaatttaggaagaatattcgatta
gi|5                          : agaagaacttcactcaatacaaaagaccaaaaggcctatcagtatacctgttacaatacatattaagatattaatgacgagttcagtacataatacaaagtgtatagtaataattatttcacttttcttaacacaaaaataatgccaaatatatcatgaaatatcactaacacatatctgtactaattaaattactcttttcgtcactataattaaatattatataatagataatcgaatattcttcttaaattaatcgacataacaaatgatcaattgctatttgattgtgtgcatatttgcacacaaacaTTTATTAACTACAAA-AT-TCA--------TATCAGTATACCCGTTACA-----ATCA--------TACATAAGCT-----GTCAATGACTAGCTCAA--TACTTAATACAAATCAT-AGA---GTAAT-----AATTAAT-C-AA--CTGTTATCAACACAGACGTAATGTTATAAGTAG--TATGTATTACCCCAAAAACAT-ATTTGTAGTAATTTAATAAC-TCAT-T--T-C-GCCATCATTATTAAATGTTATAATAACATTGATACGAAATCAAATA-TCA---TA----------AGTTATACATACAAAATCCCAGTTTAG----GAAGAAGGTTCGAGTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tcTTTGCTCAATACGAA-AGACCAAAA-GGCCTATTAGTACATGTGTTACAATACAATCA--------TACATAAGAT-----GTCAATGACGAGTTCAA--AACATAATACAAAATGT-ATA---GTAAT-----AATTATTCCAAT--TTTTTCTCAACACAAAAATAATGTCAAAAGTAT--TATGCAATCTCACTAACAC---ATCTGTACTAATTTAATAAC-T--T-TAAT-T-GCCACCATTATCAAATTTTATAACAGTATGTGCACACAATCAACTA-TCTATTTGTCA-----TTTGTTATACCTATCGATTACTACTTTAA----AAAGAATGTTTGATTAtctataatataaagttatacatacaaaatcccagtttaggaagaaggttcgagt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaTTTATTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCTTATTAGTACACATGCTACAATACAATCG--------TACATAAGAT-----GTCAATGACG-----AA--TACATAATACATTTTGT------------------ATTATTTC-A---CTTTTCTTAACACAGAATTAATGTCAAAAGTAT--CATGTAATCTCACTAACACAT-AT-------------------------------ACCACCATTATCAAATATTATAATAATATTTGCACACAATCAAATA-TCAATTTATCA-----TCTGTTATACCTATCAATTATCAATTGAA----GAAGAATGTTCGATTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atA--TGCATAATGCAAAGTGT-ACA---GTATT-----AAGTATTCC-AC--TTTTTC--AACACAAAAGTAATGTCAAAAGCAT--CATGCAATATCACCAACACATAATCTGTATTCATTTAATAGC-TC-CAT--T-C-ACCACCATTATCAAATGTTAAAATAAGATTtgttttgtttcttttctcaaagctttta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CACAACCAATTA-ACAATTTATCA-----TTAGTTTTACCTATCAAA-AACAATTTAATATTTAAGAAGGTTTGATTAaagatattattaatata


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T         A                                CACAACCA   A      ATCAT            T    AT             TT  A   CTC     TTTTC      CTACTTC      TTT                         AT    T        C       A                T   ACCTTTC                           A       T  T             .           TTTAT  A       C      A           TATT      A
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTCTTCAATACAAA-AGACAAAAA-GGCCTATTGGTGTACATGTTGCATTACatacattactatgaaattat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           acCAAAA-TGACTATCAGTATACATGTTACAGTACAATCG--------TACACAAGAT-----ttatca
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AA-GACCTATCAGTATATATCTTACAATAAAACCA--------CA-ATAAGAT-----GCCAATGACGAAATCAA--TGCATAATATCAAGCGT-ACA---GTAAT-----AATTCTACTT--CTTTTTTTAACACAAAAGTAATGACAAAAGTATATCATGTAATATCACCAACACAT-ATCTGTACAAATTTAATAACACC-T-T--T-C-GCCACCATTATCAAATGTTATAATAATATTTATACACAATCAACCA-TCAATTTATCATTTATTTAGTTATACCTATCAAATATCATTTTAA----GAAGAAAGTTCCATTAa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      aacctcaagttatacatatttgaatttacataatgTTT-TTCAATACAAA-ATATCAAAA-TTCCTATAGATATACAAGTTATAATACAAGTG--------TACGTAATTT-----TTCAATTACtcgttagtataatgtttcgtttcttttctcaaagttttatatatgtatgtacttcttttataactagtggacctagttttatttaatcgttaacaat
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              cgATAATACAAGT-GT-AC----GTAATTTTTCAATTA--CC---TTTTTTTCAACACAAAAGTAATGTCAAAAG--TATTACGTAACATCACTAACACAT-ATCTGTACTAGTTTAA-AAC-AC-T-T--T-TAACCACCATTATCAAA-GTT------ACATTTACACGCAATTAAATA-CTATTCTTTTA-----TAAGTTGAACATATCAAATATCAACTTTA----GAACAAAGTTCGTTTActttttttcaacacaaaagtaatgtcaaaagtattacgtaacatcactaacacatatctgtactagtttaaaacacttttaaccaccattatcaaagttacatttacacgcaattaaatactattcttttataagttgaacatatcaaatatcaactttagaacaaagttcgtttatctataacacaatgtttcgtttctcaaagcttatatatagatgtatatagcaagatgttttatggctttcgtaagtcatgctttttataattcaattaatttcggtgtatttgatcttttccagcagtgctatataaattttgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                            cgtttttcaatacaaaatatcaaaattcctatagatatacaagttTTCACTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCCTATCAGTATACCTGTTACAATACA------------TAT-TAAGAT-----ATTAATGACGAGTTCAG--TACATAATACAAAGTGT-ATA---GTAAT-----AATTATTTCA--CTTTTCTTAACACAAAAATAATGCCAAATA--TATCATGAAATATCACTAACACAT-ATCTGTACTAATTAAATTAC-TCTT-T--T-C-GTCACTATAATTAAATATTAT-ATAATA---G---ATAATCGAATA-Ttctataacacaatgtttcgtttctcaaagcttatatatagatgtatatagcaagatgttttatggctttcgtaagtcatgctttttataattcaattaatttcggtgtatttgatcttttccagcagtgctatataaattttgc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     agaagaacAATAT--GCACACAATCAAATA-GCAATTGATCA-----TTTGTTA----TGTCGATT---AATTTAA----GAAGAATATTCGATTAtcttcttaaattaatcgacataacaaatgatcaattgctatttgattgtgtgcatatttgcacacaaacatataaatttaggaagaatattcgatta
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               agaagaacttcactcaatacaaaagaccaaaaggcctatcagtatacctgttacaatacatattaagatattaatgacgagttcagtacataatacaaagtgtatagtaataattatttcacttttcttaacacaaaaataatgccaaatatatcatgaaatatcactaacacatatctgtactaattaaattactcttttcgtcactataattaaatattatataatagaTATAAATTTAG----GAAGAATATTCGATTAtgcacacaaacatataaatttaggaagaatattcgatta
gi|5                          : agaagaacttcactcaatacaaaagaccaaaaggcctatcagtatacctgttacaatacatattaagatattaatgacgagttcagtacataatacaaagtgtatagtaataattatttcacttttcttaacacaaaaataatgccaaatatatcatgaaatatcactaacacatatctgtactaattaaattactcttttcgtcactataattaaatattatataatagataatcgaatattcttcttaaattaatcgacataacaaatgatcaattgctatttgattgtgtgcatatttgcacacaaacaTTTATTAACTACAAA-AT-TCA--------TATCAGTATACCCGTTACA-----ATCA--------TACATAAGCT-----GTCAATGACTAGCTCAA--TACTTAATACAAATCAT-AGA---GTAAT-----AATTAATCAA--CTGTTATCAACACAGACGTAATGTTATAAG--TAGTATGTATTACCCCAAAAACAT-ATTTGTAGTAATTTAATAAC-TCAT-T--T-C-GCCATCATTATTAAATGTTATAATAACATTGATACGAAATCAAATA-TCA---TA----------AGTTATACATACAAAATCCCAGTTTAG----GAAGAAGGTTCGAGTA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tcTTTGCTCAATACGAA-AGACCAAAA-GGCCTATTAGTACATGTGTTACAATACAATCA--------TACATAAGAT-----GTCAATGACGAGTTCAA--AACATAATACAAAATGT-ATA---GTAAT-----AATTATTCCAATTTTTTCTCAACACAAAAATAATGTCAAAAG--TATTATGCAATCTCACTAACAC---ATCTGTACTAATTTAATAAC-T--T-TAAT-T-GCCACCATTATCAAATTTTATAACAGTATGTGCACACAATCAACTA-TCTATTTGTCA-----TTTGTTATACCTATCGATTACTACTTTAA----AAAGAATGTTTGATTAtctataatataaagttatacatacaaaatcccagtttaggaagaaggttcgagt
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaTTTATTCAATACAAA-AGACCAAAA-GGCTTATTAGTACACATGCTACAATACAATCG--------TACATAAGAT-----GTCAATGACGAA-------TACATAATACATTTTGT-A-----------------TTATTTCA--CTTTTCTTAACACAGAATTAATGTCAAAAG--TATCATGTAATCTCACTAACACAT-AT-------------------------------ACCACCATTATCAAATATTATAATAATATTTGCACACAATCAAATA-TCAATTTATCA-----TCTGTTATACCTATCAATTATCAATTGAA----GAAGAATGTTCGATTA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        atA--TGCATAATGCAAAGTGT-ACA---GTATT-----AAGTATTCCA--CTTTT-TCAACACAAAAGTAATGTCAAAAG--CATCATGCAATATCACCAACACATAATCTGTATTCATTTAATAGC-TC-CAT--T-C-ACCACCATTATCAAATGTTAAAATAAGATTtgttttgtttcttttctcaaagctttta
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CACAACCAATTA-ACAATTTATCA-----TTAGTTTTACCTATCAAA-AACAATTTAATATTTAAGAAGGTTTGATTAaagatattattaatata
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGATTTCTTTTCTCAAAGCGTTTATATATGTATGTAGAAAGTTTTTTTTAACGTTTTTCGTACGTCGTGATCGTTATACTTCAATTATTTTCGGTATATTATGTCGTTTCTAGTAGTATCATTTTTTTATTGCAT
Unaligned ( gi|17 ): AAAACAAATCCGGCATATTGGGTCTTTTCCAGTAATATGTATTT