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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-458 ) : CCCCAAGATTATA--AAA----C--TCTN--GAGT-TCATACTCAACTG-AG-----T-----T-----C------C--AA--T-T-----C-AA-----CCA---A----T-GGA-AG---CCTNGCTTTT---ATT-GCA--------A---CATGGA----TT--T-TG-AT-TGGT-----T-G-------A--T----T----T-----G-----A---G-----A--CTC--A--GTT--GAG--TATGACCTCAG---GANATTT--ACAACCTC-GTGACCTGG
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|28 : ctaa--AAA----C--TCTG--AAGG-TCATACCCAAATG-AG-----T-----T-----CAGCT--T--AA--A-C-----C-GA-----CCA---A----T-GGT-AG---TCTGGCTTTT---ATC-ATAGACGTCTTA---CATATA----TT--T-TG-AT-TGGT-----T-G-------A--T----T----T-----A----A-----c
gi|29 : AGT-TCATACTGAACTA-AG-----T-----T-----CAA----C--AA--G---------AA-----CCA---AGCTGT-GAA-AG---CCTGACTTTG---GTT-GCA--------A---TACGAA----TT--T-TG-AT-TGGT-----A-A-------A--T----T----T-----G----A-----G-----atc
gi|3 : tttatA--AAA----C--CCT---GAGT-TCATGCTCTTCTT-AG-----T-----T-----TATCCT-C--AA--T-T-----T-AA-----CCA---A----T-AGA-------CTTGTTTTT---ATT-GCA--------A---CGTGAA----TT--T-TG-AT-TGGT-----T-G-------C--T----T----T-----ccaacattaatt
gi|3 : GCTTTT---ATT-GCA--------A---CATGGA----AT--C-AG-AT-TTGT-----T-G-------C--T----T----T-----A----A-----cgtttcaacattaattttgattcggtgcttttattgcaacatggaatcagatttgttgctttaa
gi|31 : aaaaccctgagttcatgctcttcttagtttatcctcaatttaaccaatagacttgtttttattgcaacgtgaattttgattggttgctttcgtttcaacattaattttgattcggtCAACTG-A----------------------------AA--C-------C-GA-----CTG---A----T-GAA-AG---TCTGGGCTTT---AGC-GTA--------A---TATTAA----TT--T-TG-AT-TGGT-----TCGATCGATCA--T----T----T-----G----AGCT--G-----AT-CTC--A--GTT--GAC-----TATGAA
gi|32 : taCAAG-TTGAA--AAA----C-----A--GTGT-TCATGCTCAAATA-AA-----TCTTTCT-----T------C--AA--C-T-----G-AA-----CCA---G----T-TG-------CCTTGCTCGC---ATT-GCA--------A---TATGGA----AT--T-AG-AT-TGGT-----ta
gi|33 : caggaACTG-AG-----TAGTT-T-----CT-----C--AA--T-T-----C-AA-----CCA---A----T-GGA-AG---GCTTGCTTTC---ATT-GCA--------A---TATAGA----TTAATATGCGT-TGGT-----T-G-------
gi|34 : tGCTTTT---ATT-GCA--------A---CATGGA----AT--C-AG-AT-TTGT-----T-G-------C--TTTAAT----T-----G----G-----A-----A--CTT--A--ATA--TAC-----TATGAACTCAA---GAG--G-T-TTT--ATTACATT-GTtgtcataaaccggctgtgtat
gi|35 : CATACTCAACAG-AG-----T-----T-----G------A--AACCT-T-----C-AA-----------A----T-GGA-AG---CCT-GTTTTT---ATT-GTA--------A---CAATAA----TT--T-TG-AT-TGGTCAAC-T-A-------A--T----C----T-----G----A-----------A--CTcgccag
gi|36 : CCCCAAAATTATATAAAA----T--TCTGTGAAGT-TCATACTCACCTG-AG-----T-----TGAG--C------T--AA----------C-AA-----CAA---G----T-AGC-AGACACTTCGCTTTT---Att
gi|37 : g-AT-TTGT-----T-G-------A--T----T----T-----G----ATAATAA-----A--CTC--A--GTG--AAG-----CGTGAGTTCTG---GA-----T-TTT--ACAAC
gi|38 : CCAAGATTATA--GAA----C--TCAG--GAGT-TCATACTCAAGTG-GC-----T-----T---------------AA--T-TA----T-AA-----CCA---gga
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gi|40 : CCCCGAGGTTATA--AAA----C--TACA--GAGG-TCATACTCAACTG-AG-----T-----T-----
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gi|7 : gGATTATA--AAG----C--TCTG--CAAT-TCATACCCAACCG-AC-----T-----T-----CAGGGAAC--A-----T-----C-AA-----CCA---A----A-AGA-AG---CCTGGCTTTA---ATT-GTA--------A---CATGAA----TG--T-TG-AT-TGGT-----T-A-------A--T----T----T-----A----A-----G-----A--TGA--A--GCT--GAGGATTTTATGATATTAG---GGCTTG-T-TTG--ACGA
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gi|9 : ggattcgatgtATA--AAA----C--TATT--GAGT-CCAAACTTAGCTC-A------T-----T-----T------C--AG--T-T-----T-AAACTTACTG---A----T-GGA--------TTACTCTT---ATT-GCA--------A---TAAGAC----TT--T-TG-AT-TGGT-----T-G-------A--T----T----T----------A-----T-----A--CTG--A--TTT------------------------AA---G-T-TTT--ACAAACTT-GTGACCTGG
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blockSeqs : . CACC . . TTGAGCT AC . . . . . . . A . . C . . A . . . . . . . G . . G G . C . A . . . . .
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blockSeqs : . CT . . TTCAAC TT . . . . . . . T . . T . . A . . . . . . . A . . G G . C . . .
blockSeqs : . TT . . ATAA TT . . . . . . . G . . C . . G . . . . . . . C . . G A . G . . .
blockSeqs : . CA . . TTTC TC . . . . . . . T . . C . . G . . . . . . . C . . G G . . . . .
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blockSeqs : . TTTC T . . . . . . . G . . C . . A . . . . . . . A . . A .
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CTTTGCTGAGTTTATCTTTAGTTCAGTCAACGGAAGTACAAAATGTTATTCTTTCACTGCAACTTGAAATTTATTTGTTTGAATGAAACTTAGCGGAGTATAAAGTTTGAGAATGTGATTTTATAACTTT
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Unaligned ( gi|39 ): TGTCATGTGTGTTGATTCACCGTTATATGGTTCAAGGGAGACAACACA
Alignments
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Reference ( family-458 ) : CCCCAAGATTATA--AAA----C--TCTN--GAGT-TCATACTCAACTG-AGTTTATC-C-T-C----AA--T-TC-AACCA--A----T-GGAAG---CCTNG---------CTTTT---ATT-GCA--------A---CATGGA----TT--T-TG-AT-TGGT-----T-G-------A--T----T----T-----G----A---G-----A--CTC--A--GTT--GAG-----TATGAA--CTCAG---GA----G-T-TTT--ACAACCTC-GTGACCTGG
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gi|11 : CCCAAGGCTA-A--ACA----C---CAT--GAGT-TCATGCTCAACTG-ATTTTATC-C-T-C----AA--T-TC-AACCA--A----T-GGCAG---CCTAG---------CTTTC---ATT-GCA--------A---CATGGAATTCTT--T-TG-GT-TGGT-----TGG-------A--G----T----T----------A---A-----A--CAG--A--GTT--GAA-----TATTAA--TTTA----CA----G-T-TTa
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gi|21 : ataaatctgggcatgggataaaccgtgtgtttaaCCA--GAGT-TTATGCGCAGCTG-AGGGTATC-T-C-C----AA--C-TC-AACCA--A----T-AGAAG---CCTTG---------CTTTC---AAT-GAA--------A---AATGGA----AT--T-TG-AT-TGGT-----T-G-------G--T----T----T-----A----A---GTGGA-A--CTC--A--GTT--CAG-----TACAAA--TT
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gi|24 : AATATTATA--AAA---------TT--AAAT-CCATACTGAATCT-AGTTCAGC---T-A----AA--A-CA-AACCA--A----T-GGAAG---CCTGA---------CTTTT---ATT-GCA--------A---CATGAA----TT--T-TG-A
gi|25 : atgactgccctggccaa-TC-AACCA--A----C-AGAAA---ACTTG---------CTTTT---ATTAGTC--------A---CATCGA----TT--A-AG-TT-TGTT-----T-G-------G--T----T----T-----G----A---G-----aataaactcaagg
gi|26 : atccttgctttcaAAA---TCTTG---------CATTT---ATT-GTA--------A---CATGAC----TT--T-TG-AT-TGGT-----T-G-------G--T----T----T-----GTGTCT---G-----A--CTC--A--GTT--GAG-----CAGGAA--ATCTA---GA----G-C-TTT--TTAACCTTGGTG-CCTGcagaactggattgactgaaatatgctattaacttgaggcctgcac
gi|27 : ccaatggttatatactaCCCCAAGATCATA--AAA----CATTTTC--GA---TCTTACTAAATTG-AGTTCA-G-C-T-A----AA--A-CC-AACCA--A----T-ATAAG---CCTAT---------TTTTT---ATG-G----------------TGAA----TT--T---------GT-----T-A-------A--T----T----T-----G----A---GCCAA-A--CTC--A--c
gi|28 : ctaa--AAA----C--TCTG--AAGG-TCATACCCAAATG-AGTTCAGC-T-T-A----AA--C--C-GACCA--A----T-GGTAG---TCTGG---------CTTTT---ATC-ATAGACGTCTTA---CATATA----TT--T-TG-AT-TGGT-----T-G-------A--T----T----T-----A----A---c
gi|29 : AGT-TCATACTGAACTA-AGTTCAAC----------AA--G----AACCA--AGCTGT-GAAAG---CCTGA---------CTTTG---GTT-GCA--------A---TACGAA----TT--T-TG-AT-TGGT-----A-A-------A--T----T----T-----G----A---G-----atc
gi|3 : tttatA--AAA----C--CCT---GAGT-TCATGCTCTTCTT-AGTTTATC-C-T-C----AA--T-TT-AACCA--A----T-AGA------CTTG---------TTTTT---ATT-GCA--------A---CGTGAA----TT--T-TG-AT-TGGT-----T-G-------C--T----T----T-----ccaacattaatt
gi|3 : G---------CTTTT---ATT-GCA--------A---CATGGA----AT--C-AG-AT-TTGT-----T-G-------C--T----T----T-----A----A---cgtttcaacattaattttgattcggtgcttttattgcaacatggaatcagatttgttgctttaa
gi|30 : aaaaccctgagttcatgctcttcttagtttatcctcaatttaaccaatagacttgtttttattgcaacgtgaattttgattggttgctttcgtttcaacattaattttgattcggtAGT-TTATGTTCAAGTT-TATCTATC-C-T-C----AA--T-TC---CTA-----------CAG---CCTTG---------CTTTC---ATT-GCA--------T---CATGAC----TT--T-AG-AG-AGGT-----T-G-------G--T----T----T-----G----AGTGG-----A--ATT--A--GTT--TAG-----
gi|31 : aC-GACTG--A----T-GAAAG---TCTGG---------GCTTT---AGC-GTA--------A---TATTAA----TT--T-TG-AT-TGGT-----TCGATCGATCA--T----T----T-----G----AGCTG-----AT-CTC--A--GTT--GAC-----TATGAA--aacc
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gi|34 : tG---------CTTTT---ATT-GCA--------A---CATGGA----AT--C-AG-AT-TTGT-----T-G-------C--TTTAAT----T-----G----G---A-----A--CTT--A--ATA--TAC-----TATGAA--CTCAA---GAG---G-T-TTT--ATTACATT-GTtgtcataaaccggctgtgtat
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gi|38 : gCCAAGATTATA--GAA----C--TCAG--GAGT-TCATACTCAAGTG--GCTTA
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Unaligned ( gi|39 ): TGTCATGTGTGTTGATTCACCGTTATATGGTTCAAGGGAGACAACACA