lowQualScore                  :                     11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                      111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                  
lowQualScore                  :                     00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000                111111    11111111    222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                             1111111111111111          22         
lowQualScore                  :                     00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000        1       555555 0  77777777    111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111    3 44  3   3      5       6666666666666666          99         
lowQualScore                  :                     .................................................................        .       ...... .  ........    ...............................................................................................................    . ..  .   .      .       ................          ..         
lowQualScore                  :                     22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222        4       000000 6  33333333    777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777    1 11  2   7      0       3333333333333333          00         
consensus                     :           TGTCCGTTTA-CTGTTA-T--TTGCC-----CGTTGCAACTTAACCT--T-GTCTANC-TAA-CTTCTCGTG---CAGTTTTGATGCAATTC-----AATTG-AG----ACTTGGGA--AT---NANCA---ATATNTA--TGGNCATGN-AT---G---TATT--CTC--NCG--------ACATTCNGATCG-TATT-TTT-TTTCTACC---GG-AA---TTATGTCCCTTTCAGATTTGACNATTTTTGGTGGG--GGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
Reference ( gi|2 )            :           TGTCTGTTTATCTGTT--T--CTGCCATGTCCATTACAACTTAACCT--T-CTCTAAC-TAA-TTTCTCCTG---CAGTTTTGATGCAATTC-----AATTA-AA----ACTTAGGA--AT---AAACA---ATATGTAG-TAGACATAA-AT---G---TATT--CTC--CGG--------GCATTTAGATTG-TGTT-TTT-TTTCTGCC-CTGG-AA---CTATGCCCTTTTCAGGTTTGATAATTTTTGATGGG--GGGACCTGCATTCAACGAATGTTGCTTGTTAGA
gi|3                          :           TGTTCGTTTTGCTGCTAGT--TTGTT-TGTTCGTTACA-CTTTATCT--T-GTC-ATG-TAAGCTTCTTGTT---CATTTTTT-TACAATTC-----TTTTG-AA----ACTAGGGG--ATTTTCATCA---ACG--------GACATGC-AT---G---TATT--CTA--ACG--------ACATTTGGATCGGTATT-ATT-TTTC-G----TGA-AG---TTCTGTCCTTTTCAGATTTGACAATTTTGGATGGGTCAGGA-----ATTCAACGAA
gi|14                         :           TGTCTGTTCATCTATC--TGACTGC---------TACAACCTA-CAT--T-TTCTGGC-TAA----CTTGTG---TAGTTTTGATACAATTCGATGGAATTA-AAGGATATTTATGA--Aatttcttctatg
gi|7                          :               TGTTTA---GTTA-T--TTGCCA----CAT-----CTTAACCC--T-GTCAACC-CAA-CTTC-CATGA--CAGTTTTGATACAATTC-----ATTTG-AG----ACTTGGGC--AT-----ACT---ATACTTAATTGGTCATAA-GC---A---TGTT--CTC--ATG--------ACATTCTGATTG-CATT-
gi|4                          : gcatcttaaccctgttttgccaggagttatgtgccttttacaATTGCAACTTAACCTAAT-GTC-AGTGTAA----CTCCTGTCACAGTTTTAATGCAATAA-----AGTTT-AG----ACTT-------T---GTATA---AT-TGT---TA-ACATTT-ATTGGG---CATG--CTC--CTGTTGTTGCTGCATTCTGATTG-CGTTATTTATTTCAGCT-------A---TTAAGTCGCTTTCAGATTTGACATTTTTTGGCAGG--GA-ATCTGAATTCATTGA-TTTTGCTTGTatattaccagaa
gi|8                          :                                           gTTGCAACTTAACCT--TGCTTTA-------CTTCTACCA---CAGTATTTCTGCAATTC-----AATGGCGG----ATTTGGGATTTT---ATCTA---ACATTTAT-TGGATATGA-CT---A---TGTTGACTC--TTA--------GAATCCTGCTTG-TATTATTT-TTCCTACA---GT-AATTGCTGTGTCATTTTCAa
gi|9                          :                                                                                  G---CAGTTTTGATGTAATT------AATTG-AC----ACATGGAA--AT---AActgagtggaccgttttaagcaggga
gi|11                         :                            ttgtccatgctattttcattaagcttttccatatagcatttaatcttgttagtccatctggtacaGATGCAATTC-----AATGG-AA----ACCTGGGG--AT---TATCATCGATATAAAG-TGTCCATGC-AT---G---TTTT--ATCAAGGG--------ACATTTGGATCA-AAT----------TACCAC--G-AG---TGATGTCCCCTTAAGATCTGATAATTTTT-AT-AG--GGAACCTttttaataattaattgggctgtcactacattctggttgcattattttccag
gi|12                         :                                                                                                                                           A---ATATATA--TATGCACAATGT---GGTTTATT--GTC--CAA--------ACATTTAGATT--TACT-TAT-TTT----C-CTAGCAA---TTATGGCA-TTTCAGATTTGACTTCTTTTGCT-AA--GGACCCTGAATTCAACAAAT-TTTCTTGT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                TT-ATT-TTTCTA-----GG-A--------GTCTCTTTGAGATTTGATCATTTTTAGTGGG--GG-ACTTGAATTCATTGAAT-TTGCCTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                           TATGCCCTTT-CAGGTTTGATCATGTTTGA-GCG--GGGACCAGAATTCAACGAA-ACTACTTGTTaaatttgaatttacac
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                        atgtcacggtattctaatcgcattatttgtccagctgtGCCCTTT-CAGATTTGACCATTTTTGGAAGA--GAGGGCAGAATTCAATGAAT-TTGCT
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CATATTAAGTTTGTCAGAAGCTTATGCCTCTTTTCCATTATATAAAAATTTATTGCACATCAGACCATGTCAGCATAACTCCTGCCACAGTTTGGTGCAATTCAAATGAAACTTGATGAAAATTATAAATATTAATTGGACATATGCATGTTGATACAACATTCTATTCAGCAGCAATGCATTATTTGTCTAACTATCCCTATTTTACTTATTTCGGAAGGAAATCTGAATTCAATGGCTTTGCTTG
Unaligned ( gi|5 ): AGTGGTCAAGTCCATATTCCCCAAGCATTTTGATTGATTTTTATGCAAGGAGTTATGCCCCTTTTCTATATATAACATCTTGACTACGTCAGCATACCATGGCTTTTATTCAGTTCACTTGAGGCTTTGTGGGATGAATTCTAACATAAATTTAACATATGCATGTTTTTATGACATTCTGAACACACCCCTTTCAAAT
Unaligned ( gi|6 ): ATAGCAAACTTATCTTGTCGGTCCAATTTAATCAGCAGTTTTTGACATTGCAATTCAGTGTGAGACTTTTGCGTTATTATTAACATTAATTGACCATGCTCATGTCACACACAGCGTTTATTGCATTAGATTTTTTTATGCCCCTTTCAGAGTTGACCAATTTTTGGAAGACTTGGATTCTCTTGTTTG
Unaligned ( gi|10 ): CCCTTTTTTATGTTTAATATTTTGGATTAATGACATTGGGATATCATCAGTATTGAGTGGACTTGTGCATATTCTCAGAGTATTCTGATAAGATGTTTTGCCAGTAGTTATGTCCCTTTTCCATGTATAGTAATT
Unaligned ( gi|15 ): CAACATTTGGTTGGCATTACTCTTCATGTTTGTCTGCCCTTTTTCTGATTTGGCCATTTTCTCAGGGAGGTATCAATTCAATGAATTTTCTTCT
Unaligned ( gi|18 ): TTGACCCTTTATGATATGGCCGTTTTTGGTTCAGACCAGAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                 44444444444444      3333333                     22222        2222222222                                             11   11111111111       22            1111111111111111                 1111111111111   4444444444444444444444444444                                 2222                                
lowQualScore                  :            0    44444444444444    0 1111111     2    66   66    11111   4    8888888888       777777           4444 44  77777777    55 3 00000000000    22 55 6  1 6666  8888888888888888  77777      4   7777777777777   5555555555555555555555555555    0      3  44       3 1     3 1111   11   2             4  0      
lowQualScore                  :            .    ..............    . .......     .    ..   ..    .....   .    ..........       ......           .... ..  ........    .. . ...........    .. .. .  . ....  ................  .....      .   .............   ............................    .      .  ..       . .     . ....   ..   .             .  .      
lowQualScore                  :            7    55555555555555    2 8888888     0    33   11    77777   4    4444444444       444444           5555 00  55555555    99 6 66666666666    77 88 7  0 5555  7777777777777777  44444      2   6666666666666   6666666666666666666666666666    8      1  66       3 0     3 7777   55   4             4  1      
consensus                     :        TGTCCGTTT-A-CCGTTA-----TCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCNGNC-TAA-CTTC-TCGC---G-CAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T--GGGA--A-TTA--TC-A---ATATTTA--T-GGAC--A-TGC--G-CGT--ATT--CTC--ACGGCATTCTGATC---------G-CATT---N-TT-TTTCTACC--G-G-AAT---TATGTCCCTTT-CA--GATTTGA-CNATTTT-TGGCGGGGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
Reference ( family-456 )      :        TGTCCGTTT-A-CTGTTA-----TTTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCTANC-TAA-CTTC-TCGT---G-CAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T--GGGA--A-TNA--NC-A---ATATNTA--T-GGNC--A-TGN--A-TGT--ATT--CTC--NCGACATTCNGATC---------G-TATT---T-TT-TTTCTACC--G-G-AAT---TATGTCCCTTT-CA--GATTTGA-CNATTTT-TGGTGGGGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
gi|1                          :                                            TTGCACATCAGACCA--TGTC-AGCATAA-CTCC-TGCC---A-CAGTTT--GG---TGCAATTCAAA-TG-A-AAC-TTGAT--GAAA--A-TTA--TA-A---ATATTAAT-T-GGACATA-TGC--A-TGTTGAT--------ACAACATTCTATTCAGCAGCAATG-CATT---A-TT-TGTCT---------AAC---TA--TCCCT--------ATTTTA-CTTATTT-CGG-AAGGAAATCTGAATTCAATGGCT-TTGCTTG
gi|10                         :                                                          catattaagtttgtcagaagcttatgcctcttttccattatataaaaatttaAT-TA-ATGACAT---T--GGGAT-A-TCA--TC-A---GTATTGAG-T-GGAC--T-TGT--G-CAT--ATT--CTC--AGAGTATTCTGATA---------A-GATG---T-TT-T----GCC--A-GTAGT---TATGTCCCTTT-
gi|11                         :                                                                      cccttttttatgtttaatattttgg-GA---TGCAATTCAAT-GG-A-AAC-C---T--GGGG--A-TTA--TC-ATCGATATAAAG-T-GTCC--A-TGC--A-TGT--TTT--ATCAAGGGACATTTGGATC---------A-AAT-------------TACC--ACG-AGT---GATGTCCCCTT-AA--GATCTGA-TAATTTT-T-AT-AGGGAACCTtccatgtatagtaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                  ---ATATATA--T-GCAC--AATGT--GGTTT--ATT--GTC--CAAACATTTAGATT-----------TACT---TATT-TTCCTAGC------AAT---TATGGCA-TTT-CA--GATTTGA-CTTCTTT-TGCTAAGGAC-CCTGAATTCAACAAAT-TTTCTTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                       aatTC--ACGGTATTCTAATC---------G-CATT---A-TT-TGTCCAGC--T-G---T---TATG-CCCTTT-CA--GGTTTGA-TCATGTT-TGA-GCGGGGACCAGAATTCAACGAAA-CTACTTGTT
gi|14                         :     atgTGTCTGTTC-A-TC--TA-----TCTGAC-----TGCTACAACCTA--CAT--TTTCTGGC-TAA-CTT----GT---G-TAGTTTT-GA---TACAATTCGAT------------------GGA--ATTAA--AG-G---ATATTTA--T-G
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                         TGCCCTTTTTCT--GATTTGG-CCATTTTCTCAGGGAGGTATC--AATTCAATGAAT-TTTCTTaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                       caacatttggttggcattactcttcatgtttgtcTT---A-TT-TTTCTA----G-G-A--------GTCTCTTT-GA--GATTTGA-TCATTTT-TAGT-GGGGGACTTGAATTCATTGAAT-TTGCCTGTct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                            CCCTTT-CA--GATTTGA-CCATTTT-TGGAAGAGAGGGCAGAATTCAATGAAT-TTGCTaaatttgaatttacac
gi|2                          :   tacagTGTCTGTTT-ATCTGTT------TCTGCCATGTCCATTACAACTTA-ACCT--TCTCTAAC-TAA-TTTC-TCCT---G-CAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TA-A-AAC-T---T--AGGA--A-TAA--AC-A---ATATGTAG-T-AGAC--A-TAA--A-TGT--ATT--CTC--CGGGCATTTAGATT---------G-TGTT---T-TT-TTTCTGCCCTG-G-AAC---TATGCCCTTTT-CA--GGTTTGA-TAATTTT-TGATGGGGGGACCTGCATTCAACGAATGTTGCTTGTTgg
gi|3                          :        TGTTCGTTTTG-CTGCTAGTTTGTTTGTT-----CGTTACA-CTTT-ATCT--TGTC-ATG-TAAGCTTC-TTGT---T-CATTTTT-T----TACAATTCTTT-TG-A-AAC-T---A--GGGG--A-TTT--TC-A------TCAA--C-GGAC--A-TGC--A-TGT--ATT--CTA--ACGACATTTGGATC---------GGTATT---A-TT-TTTCG--T--G-A-AGT---TCTGTCCTTTT-CA--GATTTGA-CAATTTT-GGATGGGT---CAGGAATTCAACGAAA-TTTCTTaga
gi|4                          :                                            TTGCAACTTA-ACCTAATGTCAGTG-TAA-CTCC-T-GTC--A-CAGTTTT-AA---TGCAATAAAGT-TT-A-GAC-T---T--TGTATAA-TTG--TT-A---ACATTTA--TTGGGC--A-TGC--T-CCT--GTT--GTT--GCTGCATTCTGATT---------G-CGTTA--T-TTATTTCAGCT-------AT---TAAGTCGCTTT-CA--GATTTGA-CATTTTT-TGGC-AGGGAATCTGAATTCATTGATT-TTGCTTGTctatg
gi|6                          :                                              gaAACTTA--TCT--TGTCGGTC-CAA-TTTAATCA----G-CAGTTTTTGACATTGCAATTCAGTGTG-A-GAC-T---TTTGCGTT-A-TTA--TT-A---ACATTAA--TTGACC--A-TGCTCA-TGTC-A----CAC--ACAGCGTTT--ATT---------G-CATTAGAT-TT-TTT-----------------TATGCCCCTTT-CA--GAGTTGACCAATTTT-T----GGAAGACTTGGATTCa
gi|7                          :       atagcaGTTT-A---GTTA-----TTTGCC---------ACATCTTA-ACCC--TGTCAACC-CAA-CTTC--CAT---GACAGTTTT-GA---TACAATTCATT-TG-A-GAC-T---T--GGGC--A-T----AC-T---ATACTTAATT-GGTC--A-TAA--G-CAT--GTT--CTC--ATGACATTCTGATT---------G-CATT---A-TA-T---TACC--A-G-AAtcttgtttg
gi|8                          : gcatcttaaccctgttttgccaggagttatgtgccttttacatTTGCAACTTA-ACCT--TG-CT----TTA-CTTC-TACC---A-CAGTATT-TC---TGCAATTCAAT-GGCG-GAT-T---T--GGGAT-T-TTA--TCTA---ACATTTAT-T-GGAT--A-TGA--C-TAT--GTTGACTC--TTAGAATCCTGCTT---------G-TATTA--T-TT-TTCCTACA--G-T-AATTGCTGTGTCATTTT-CACTGAGTGGA-CCGTTTT-AAGCAGGG
gi|9                          :                                                 ATTTA-ATCT--TGTTAGTC-CA----TC-TGGTACAG-CAGTTTT-GA---TGTAATT-AAT-TG-A-CAC-A---T--GGAA--A-TAATTTT-A---ATAATTAATT-GGGC----TG----------------TC--ACTACATTCTGGTT---------G-CATT---A-TT-TTCCa
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): AGTGGTCAAGTCCATATTCCCCAAGCATTTTGATTGATTTTTATGCAAGGAGTTATGCCCCTTTTCTATATATAACATCTTGACTACGTCAGCATACCATGGCTTTTATTCAGTTCACTTGAGGCTTTGTGGGATGAATTCTAACATAAATTTAACATATGCATGTTTTTATGACATTCTGAACACACCCCTTTCAAAT
Unaligned ( gi|18 ): TTGACCCTTTATGATATGGCCGTTTTTGGTTCAGACCAGAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                       44444444444444      3333333                                2222222222                                   11111111      11          111         22           11111111                      1111111111            44444444444444444444                                 11111                                  
lowQualScore                  :                                                                  0    88888888888888    0 1111111     2    66   66    222        8888888888       777777           3  3 3   3 22222222  44  44  44  444 333   44  0 33 3    333  22222222  999   1  44     2   2222222222 3    444   22222222222222222222    0      3  44       3 44      77777 44  99                 4  0      
lowQualScore                  :                                                                  .    ..............    . .......     .    ..   ..    ...        ..........       ......           .  . .   . ........  ..  ..  ..  ... ...   ..  . .. .    ...  ........  ...   .  ..     .   .......... .    ...   ....................    .      .  ..       . ..      ..... ..  ..                 .  .      
lowQualScore                  :                                                                  7    00000000000000    2 8888888     0    33   11    777        7777777777       333333           3  3 3   3 77777777  66  66  66  999 888   22  7 88 1    999  11111111  777   4  22     5   8888888888 1    999   55555555555555555555    8      1  66       3 33      66666 66  88                 4  1      
consensus                     :                                                              TGTCCGTTT-ATC-GTTA-----TCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCAGNCTAACTTC-TNNC---G-CAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA--AT--TATC-A---ATA--TTTA--T-GGAC-A-TGCGCGT--GTT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTA--TTT--TT-CTACC--GGAAT---TATGTCCCTTT-CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
Reference ( family-456 )      :                                                              TGTCCGTTT-ACC-GTTA-----TCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCNGNCTAACTTC-TCGC---G-CAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA--AT--TATC-A---ATA--TTTA--T-GGAC-A-TGCGCGT--ATT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTN--TTT--TT-CTACC--GGAAT---TATGTCCCTTT-CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
gi|1                          :                                                                                                  TTGCACATCAGACCA--TGTCAGCATAACTCC-TGCC---A-CAGTTT--GG---TGCAATTCAAA-TG-A-AAC-TTGAT----GA--AA--AT--TATA-A---ATA--TTAAT-T-GGAC-A-TATGCAT--GTT--GATACAA--CATTCTATTCAGCAGCAATG-CATTA--TTT--GT-CT-------AAC---TA--TCCCT--------ATTTTA-CTTATTT-----CGGAAGGAAATCTGAATTCAATGGCT-TTGCTTG
gi|10                         :                                                                                                              catattaagtttgtcagaagcttatgcctcttttccattatataaaaatttaAT-TA-ATGACAT---T----GG--GAT-AT--CATC-A---GTA--TTGAG-T-GGAC-T-TGTGCAT--ATT--CTCAGAG--TATTCTGATA---------A-GA-TG--TTT--TG-CCA----GTAGT---TATGTCCCTTT-
gi|11                         :                                                                                                                          cccttttttatgtttaatattttgg-GA---TGCAATTCAAT-GG-A-AAC-C---T----GG--GG--AT--TATC-ATCGATA--TAAAG-T-GTCC-A-TGCATGT--TTT--ATCAAGGGACATTTGGATC---------A-AATTA----------CCAC----GAGT---GATGTCCCCTT-AA--GATCTGA-T-AATTTTTA---TA--GGGAACCTtccatgtatagtaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                         ---ATA--TATA--T-GCAC-AATGTG-GTTTATT--GTCCAAA--CATTTAGATT---------T-ACTTA--TTT--TC-CTAGC----AAT---TATGGCA-TTT-CA--GATTTGA-C-T-TCTTTT-GCTA--AGGACCCTGAATTCAACAAAT-TTTCTTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                            aatTCACGG--TATTCTAATC---------G-CATTA--TTT--GT-CCAGC--TG--T---TATG-CCCTTT-CA--GGTTTGA-T-CATGTTTGAGCGG--GG--ACCAGAATTCAACGAAA-CTACTTGTT
gi|14                         :                                                           atgTGTCTGTTC-ATC---TA-----TCTGAC-----TGCTACAACCTA--CAT--TTTCTGGCTAACTT----GT---G-TAGTTTT-GA---TACAATTCGAT--------------------G--GA--AT--TA---AAGGATA--TTTA--T-GAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGCCCTTTTTCT--GATTTGG-C-CATTTTCT--CAG--GGAGGTATCAATTCAATGAAT-TTTCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                            caacatttggttggcattactcttcatgtttgtcTTA--TTT--TT-CTA----GGA--------GTCTCTTT-GA--GATTTGA-T-CATTTTTA-GTGG--GGG-ACTTGAATTCATTGAAT-TTGCCTGTct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CCCTTT-CA--GATTTGA-C-CATTTTTG-GAAG--AGAGGGCAGAATTCAATGAAT-TTGCTaaatttgaatttacac
gi|2                          :                                                         tacagTGTCTGTTT-ATCTGTT------TCTGCCATGTCCATTACAACTTA-ACCT--TCTCTAACTAATTTC-TCCT---G-CAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TA-A-AAC-T---T----AG--GA--AT--AAAC-A---ATA--TGTAG-T-AGAC-A-TAAATGT--ATT--CTCCGGG--CATTTAGATT---------G-TGTTT--TTT--TT-CTGCCCTGGAAC---TATGCCCTTTT-CA--GGTTTGA-T-AATTTTTG-ATGG--GGGGACCTGCATTCAACGAATGTTGCTTGTTgg
gi|3                          :                                                              TGTTCGTTTTGCT-GCTAGTTTGTTTGTT-----CGTTACA-CTTT-ATCT--TGTCATGTAAGCTTC-TTGT---T-CATTTTT-T----TACAATTCTTT-TG-A-AAC-T---A----GG--GG--AT--TTTC-A---TCA-----A--C-GGAC-A-TGCATGT--ATT--CTAACGA--CATTTGGATC---------GGTATTA--TTT--TT-CG--T--GAAGT---TCTGTCCTTTT-CA--GATTTGA-C-AATTTTGG-ATGG--GT---CAGGAATTCAACGAAA-TTTCTTaga
gi|4                          :                                                                                                  TTGCAACTTA-ACCTAATGTCAGTGTAACTCC-TGTC---A-CAGTTTT-AA---TGCAATAAAGT-TT-A-GAC-T---T----TG--TATAAT--TGTT-A---ACA--TTTA--TTGGGC-A-TGCTCCT--GTT--GTTGCTG--CATTCTGATT---------G-CGTTA--TTTATTT-CAGCT-----AT---TAAGTCGCTTT-CA--GATTTGA-C-ATTTTTTG-GC-A--GGGAATCTGAATTCATTGATT-TTGCTTGTctatg
gi|5                          :                                                                                                                                            gaGCTTT-TA---TTCAGTTCACT-TG-A-GGC-T---TTGTGGGATGA--AT--TCTA-AC--ATAAATTTA------AC-A-TATGCAT--GTT--TTTATGA--CATTCTGAAC---------A-CACCC--CTT--Ta
gi|6                          : agtggtcaagtccatattccccaagcattttgattgatttttatgcaaggagttatgccccttttctatatataacatcttgactacgtcagcataccatgAACTTA--TCT--TGTCGGTCCAATTTAATCA----G-CAGTTTTTGACATTGCAATTCAGTGTG-A-GAC-T---TTT--GC--GTT-AT--TATT-A---ACA--TTAA--T-TGACCA-TGCTCAT--GTCA-CACACAG--CGTTT--ATT---------G-CATTAGATTT--TT------------T---TATGCCCCTTT-CA--GAGTTGACC-AATTTTT-----G--GAAGACTTGGATTCcaaat
gi|7                          :                                                             atagcaGTTT-A---GTTA-----TTTGCC---------ACATCTTA-ACCC--TGTCAACCCAACTTC--CAT---GACAGTTTT-GA---TACAATTCATT-TG-A-GAC-T---T----GG--GC--A---TA-C-T---ATA--CTTAATT-GGTC-A-TAAGCAT--GTT--CTCATGA--CATTCTGATT---------G-CATTA--TAT------TACC--AGAAtcttgtttg
gi|8                          :                                                       gcatcttaaccctgttttgccaggagttatgtgccttttacatTTGCAACTTA-ACCT--TG----CTTTACTTC-TACC---A-CAGTATT-TC---TGCAATTCAAT-GGCG-GAT-T---T----GG--GAT-TT--TATCTA---ACA--TTTAT-T-GGAT-A-TGACTAT--GTTGACTCTTAG--AATCCTGCTT---------G-TATTA--TTT--TTCCTACA--GTAATTGCTGTGTCATTTT-CACTGAGTGGA-C-CGTTTTAA-GCAG--GG
gi|9                          :                                                                                                       ATTTA-ATCT--TGTTAGTCCA---TC-TGGTACAG-CAGTTTT-GA---TGTAATT-AAT-TG-A-CAC-A---T----GG--AA--ATAATTTT-A---ATA--ATTAATT-GGGC---TG-------------TCACTA--CATTCTGGTT---------G-CATTA--TTT--TC-Ca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGACCCTTTATGATATGGCCGTTTTTGGTTCAGACCAGAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                              2222         3333333                                 111                                    11111111      11          111         22          1111                        1111111111            55555555555555555555                                     22222222                               
lowQualScore                  :                                                                        6     5555  7    0 1111111     2    66   66    111         222        777777           3  3 3   3 22222222  44  44  44  444 555   44  1 55 3    3   0000    999   0  44     2   3333333333 3     33   00000000000000000000      555     44  44       3 44      22222222  33                 4  0      
lowQualScore                  :                                                                        .     ....  .    . .......     .    ..   ..    ...         ...        ......           .  . .   . ........  ..  ..  ..  ... ...   ..  . .. .    .   ....    ...   .  ..     .   .......... .     ..   ....................      ...     ..  ..       . ..      ........  ..                 .  .      
lowQualScore                  :                                                                        0     7777  0    2 8888888     0    33   11    222         666        333333           3  3 3   3 77777777  66  66  66  999 000   66  5 88 3    6   5555    222   2  22     3   5555555555 1     99   00000000000000000000      444     22  66       3 33      44444444  00                 4  1      
consensus                     :                                                                    TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCAGNCTAACTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA--AT--TATC-A---ATA--TTTA--T-GGAC-ATGCGCGTGTT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTA--TTT--TT-CTACC--GGAAT---TATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
Reference ( family-456 )      :                                                                    TGTCCGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCAGNCTAACTTCTNNCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA--AT--TATC-A---ATA--TTTA--T-GGAC-ATGCGCGTGTT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTA--TTT--TT-CTACC--GGAAT---TATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
gi|1                          :                                                                                                  TTGCACATCAGACCA--TGTCAGCATAACTCCTGCCACAGTTT--GG---TGCAATTCAAA-TG-A-AAC-TTGAT----GA--AA--AT--TATA-A---ATA--TTAAT-T-GGAC-ATATGCATGTT--GATACAA--CATTCTATTCAGCAGCAATG-CATTA--TTT--GT-CT-------AAC---TA--TC---CCT---------ATTTTA-CTTATTT-----CGGAAGGAAATCTGAATTCAATGGCT-TTGCTTG
gi|10                         :                                                                                                         catattaagtttgtcagaagcttatgcctcttttccattatataaaaatttaAT-TA-ATGACAT---T----GG--GAT-AT--CATC-A---GTA--TTGAG-T-GGAC-TTGTGCATATT--CTCAGAG--TATTCTGATA---------A-GA-TG--TTT--TG-CCA----GTAGT---TATGTC---CCTTT--
gi|11                         :                                                                                                                     cccttttttatgtttaatattttgg-GA---TGCAATTCAAT-GG-A-AAC-C---T----GG--GG--AT--TATC-ATCGATA--TAAAG-T-GTCC-ATGCATGTTTT--ATCAAGGGACATTTGGATC---------A-AATTA----------CCAC----GAGT---GATGTC---CCCTT--AA--GATCTGA-T-AATTTTTA---TA--GGGAACCTtccatgtatagtaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                      TTA--TTT--TC-CTAGC----AAT---TATGGC---A-TTT--CA--GATTTGA-C-T-TCTTTT-GCTA--AGGACCCTGAATTCAACAAAT-TTTCTTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                       aatatatatatgcacaatgtggtttattgtccaaacatttagatttacTCACGG--TATTCTAATC---------G-CATTA--TTT--GT-CCAGC--TG--T---TATG-C---CCTTT--CA--GGTTTGA-T-CATGTTTGAGC----GGGGACCAGAATTCAACGAAA-CTACTTGTT
gi|14                         :                                                                 atgTGTCTGTTCATC---TATCTGAC-----TGCTACAACCTA--CAT--TTTCTGGCTAACTTGT---GTAGTTTT-GA---TACAATTCGAT--------------------G--GA--AT--TA---AAGGATA--TTTA--T-GAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                             --CATTTGGTTG---------G-CATTA--CTC--TT-C---------ATG--TTTGTCTGCCCTTTTTCT--GATTTGG-C-CATTTTCT--CAG--GGAGGTATCAATTCAATGAAT-TTTCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   caaTTA--TTT--TT-CTA----GGA--------GTC---TCTTT--GA--GATTTGA-T-CATTTTTA-GTGG--GGG-ACTTGAATTCATTGAAT-TTGCCTGTct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       C---CCTTT--CA--GATTTGA-C-CATTTTTG-GAAG--AGAGGGCAGAATTCAATGAAT-TTGCTaaatttgaatttacac
gi|2                          :                                                               tacagTGTCTGTTTATCTGTT-TCTGCCATGTCCATTACAACTTA-ACCT--TCTCTAACTAATTTCTCCTGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TA-A-AAC-T---T----AG--GA--AT--AAAC-A---ATA--TGTAG-T-AGAC-ATAAATGTATT--CTCCGGG--CATTTAGATT---------G-TGTTT--TTT--TT-CTGCCCTGGAAC---TATGCC---CTTTT--CA--GGTTTGA-T-AATTTTTG-ATGG--GGGGACCTGCATTCAACGAATGTTGCTTGTTgg
gi|3                          :                                                                                  TTGTTTGTT-----CGTTACA-CTTT-ATCT--TGTCATGTAAGCTTCTTGTTCATTTTT-T----TACAATTCTTT-TG-A-AAC-T---A----GG--GG--AT--TTTC-A---TCA-----A--C-GGAC-ATGCATGTATT--CTAACGA--CATTTGGATC---------GGTATTA--TTT--TT-CG--T--GAAGT---TCTGTC---CTTTT--CA--GATTTGA-C-AATTTTGG-ATGG--GT---CAGGAATTCAACGAAA-TTTCTTaga
gi|4                          :                                                                               tgttcgttttgctgctagtTTGCAACTTA-ACCTAATGTCAGTGTAACTCCTGTCACAGTTTT-AA---TGCAATAAAGT-TT-A-GAC-T---T----TG--TATAAT--TGTT-A---ACA--TTTA--TTGGGC-ATGCTCCTGTT--GTTGCTG--CATTCTGATT---------G-CGTTA--TTTATTT-CAGCT-----AT---TAAGTC---GCTTT--CA--GATTTGA-C-ATTTTTTG-GC-A--GGGAATCTGAATTCATTGATT-TTGCTTGTctatg
gi|5                          :                                                                                                                                       gaGCTTT-TA---TTCAGTTCACT-TG-A-GGC-T---TTGTGGGATGA--AT--TCTA-AC--ATAAATTTA------AC-ATATGCATGTT--TTTATGA--CATTCTGAAC---------A-CAa
gi|6                          : agtggtcaagtccatattccccaagcattttgattgatttttatgcaaggagttatgccccttttctatatataacatcttgactacgtcagcataccatgAACTTA--TCT--TGTCGGTCCAATTTAATCAGCAGTTTTTGACATTGCAATTCAGTGTG-A-GAC-T---TTT--GC--GTT-AT--TATT-A---ACA--TTAA--T-TGACCATGCTCATGTCA-CACACAG--CGTTT--ATT---------G-CATTAGATTT--TT------------T---TATGCC---CCTTT--CA--GAGTTGACC-AATTTTT-----G--GAAGACTTGGATTCcccctttcaaat
gi|7                          :                                                                   atagcaGTTTA---GTTATTTGCC---------ACATCTTA-ACCC--TGTCAACCCAACTTCCATGACAGTTTT-GA---TACAATTCATT-TG-A-GAC-T---T----GG--GC--A---TA-C-T---ATA--CTTAATT-GGTC-ATAAGCATGTT--CTCATGA--CATTCTGATT---------G-CATTA--TAT------TACC--AGAAtcttgtttg
gi|8                          :                                                       gcatcttaaccctgttttgccaggagttatgtgccttttacatTTGCAACTTA-ACCT--TG----CTTTACTTCTACCACAGTATT-TC---TGCAATTCAAT-GGCG-GAT-T---T----GG--GAT-TT--TATCTA---ACA--TTTAT-T-GGAT-ATGACTATGTTGACTCTTAG--AATCCTGCTT---------G-TATTA--TTT--TTCCTACA--GTAATTGCTGTGTC---ATTTT--CACTGAGTGGA-C-CGTTTTAA-GCAG--GG
gi|9                          :                                                                                                       ATTTA-ATCT--TGTTAGTCCATCTGGTACAGCAGTTTT-GA---TGTAATT-AAT-TG-A-CAC-A---T----GG--AA--ATAATTTT-A---ATA--ATTAATT-GGGC--TG-----------TCACTA--CATTCTGGTT---------G-CATTA--TTT--TC-Ca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGACCCTTTATGATATGGCCGTTTTTGGTTCAGACCAGAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                                                    2222         3333333                                                                        11111111      11          111         22          1111                        1111111111            55555555555555555555                                     22222222                               
lowQualScore                  :                                                    5555  7    0 1111111     3    44   55    0 11        8888       777777           3  3 3   3 22222222  44  44  44  444 555   44  1 55 3    3   0000    999   0  44     2   3333333333 3     33   00000000000000000000      555     44  44       3 44      22222222  33                 4  0      
lowQualScore                  :                                                    ....  .    . .......     .    ..   ..    . ..        ....       ......           .  . .   . ........  ..  ..  ..  ... ...   ..  . .. .    .   ....    ...   .  ..     .   .......... .     ..   ....................      ...     ..  ..       . ..      ........  ..                 .  .      
lowQualScore                  :                                                    7777  0    2 8888888     5    88   55    1 77        2222       333333           3  3 3   3 77777777  66  66  66  999 000   66  5 88 3    6   5555    222   2  22     3   5555555555 1     99   00000000000000000000      444     22  66       3 33      44444444  00                 4  1      
consensus                     :                                          TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCAGCCTAACTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA--AT--TATC-A---ATA--TTTA--T-GGAC-ATGCGCGTGTT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTA--TTT--TT-CTACC--GGAAT---TATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
Reference ( family-456 )      :                                          TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCAGNCTAACTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA--AT--TATC-A---ATA--TTTA--T-GGAC-ATGCGCGTGTT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTA--TTT--TT-CTACC--GGAAT---TATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
gi|1                          :                                                                        TTGCACATCAGACCA--TGTCAGCATAACTCCTGCCACAGTTT--GG---TGCAATTCAAA-TG-A-AAC-TTGAT----GA--AA--AT--TATA-A---ATA--TTAAT-T-GGAC-ATATGCATGTT--GATACAA--CATTCTATTCAGCAGCAATG-CATTA--TTT--GT-CT-------AAC---TA--TC---CCT---------ATTTTA-CTTATTT-----CGGAAGGAAATCTGAATTCAATGGCT-TTGCTTG
gi|10                         :                                                                               catattaagtttgtcagaagcttatgcctcttttccattatataaaaatttaAT-TA-ATGACAT---T----GG--GAT-AT--CATC-A---GTA--TTGAG-T-GGAC-TTGTGCATATT--CTCAGAG--TATTCTGATA---------A-GA-TG--TTT--TG-CCA----GTAGT---TATGTC---CCTTT--
gi|11                         :                                                                                           cccttttttatgtttaatattttgg-GA---TGCAATTCAAT-GG-A-AAC-C---T----GG--GG--AT--TATC-ATCGATA--TAAAG-T-GTCC-ATGCATGTTTT--ATCAAGGGACATTTGGATC---------A-AATTA----------CCAC----GAGT---GATGTC---CCCTT--AA--GATCTGA-T-AATTTTTA---TA--GGGAACCTtccatgtatagtaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                            TTA--TTT--TC-CTAGC----AAT---TATGGC---A-TTT--CA--GATTTGA-C-T-TCTTTT-GCTA--AGGACCCTGAATTCAACAAAT-TTTCTTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                             aatatatatatgcacaatgtggtttattgtccaaacatttagatttacTCACGG--TATTCTAATC---------G-CATTA--TTT--GT-CCAGC--TG--T---TATG-C---CCTTT--CA--GGTTTGA-T-CATGTTTGAGC----GGGGACCAGAATTCAACGAAA-CTACTTGTT
gi|14                         :                                       atgTGTCTGTTCATC---TATCTGAC-----TGCTACAACCTA--CAT--TTTCTGGCTAACTTGT---GTAGTTTT-GA---TACAATTCGAT--------------------G--GA--AT--TA---AAGGATA--TTTA--T-GAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                   --CATTTGGTTG---------G-CATTA--CTC--TT-C---------ATG--TTTGTCTGCCCTTTTTCT--GATTTGG-C-CATTTTCT--CAG--GGAGGTATCAATTCAATGAAT-TTTCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                         caaTTA--TTT--TT-CTA----GGA--------GTC---TCTTT--GA--GATTTGA-T-CATTTTTA-GTGG--GGG-ACTTGAATTCATTGAAT-TTGCCTGTct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             C---CCTTT--CA--GATTTGA-C-CATTTTTG-GAAG--AGAGGGCAGAATTCAATGAAT-TTGCTaaatttgaatttacac
gi|2                          :                                     tacagTGTCTGTTTATCTGTT-TCTGCCATGTCCATTACAACTTA-ACCT--TCTCTAACTAATTTCTCCTGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TA-A-AAC-T---T----AG--GA--AT--AAAC-A---ATA--TGTAG-T-AGAC-ATAAATGTATT--CTCCGGG--CATTTAGATT---------G-TGTTT--TTT--TT-CTGCCCTGGAAC---TATGCC---CTTTT--CA--GGTTTGA-T-AATTTTTG-ATGG--GGGGACCTGCATTCAACGAATGTTGCTTGTTgg
gi|3                          :                                                        TTGTTTGTT-----CGTTACA-CTTT-ATCT--TGTCATGTAAGCTTCTTGTTCATTTTT-T----TACAATTCTTT-TG-A-AAC-T---A----GG--GG--AT--TTTC-A---TCA-----A--C-GGAC-ATGCATGTATT--CTAACGA--CATTTGGATC---------GGTATTA--TTT--TT-CG--T--GAAGT---TCTGTC---CTTTT--CA--GATTTGA-C-AATTTTGG-ATGG--GT---CAGGAATTCAACGAAA-TTTCTTaga
gi|4                          :                                                     tgttcgttttgctgctagtTTGCAACTTA-ACCTAATGTCAGTGTAACTCCTGTCACAGTTTT-AA---TGCAATAAAGT-TT-A-GAC-T---T----TG--TATAAT--TGTT-A---ACA--TTTA--TTGGGC-ATGCTCCTGTT--GTTGCTG--CATTCTGATT---------G-CGTTA--TTTATTT-CAGCT-----AT---TAAGTC---GCTTT--CA--GATTTGA-C-ATTTTTTG-GC-A--GGGAATCTGAATTCATTGATT-TTGCTTGTctatg
gi|5                          :                                                                         gaCATCTTG-ACTA--CGTCAGCATA-------CCATGGCTTT-TA---TTCAGTTCACT-TG-A-GGC-T---TTGTGGGATGA--AT--TCTA-AC--ATAAATTTA------AC-ATATGCATGTT--TTTATGA--CATTCTGAAC---------A-CAa
gi|6                          : agtggtcaagtccatattccccaagcattttgattgatttttatgcaaggagttatgccccttttctatatataaAACTTA--TCT--TGTCGGTCCAATTTAATCAGCAGTTTTTGACATTGCAATTCAGTGTG-A-GAC-T---TTT--GC--GTT-AT--TATT-A---ACA--TTAA--T-TGACCATGCTCATGTCA-CACACAG--CGTTT--ATT---------G-CATTAGATTT--TT------------T---TATGCC---CCTTT--CA--GAGTTGACC-AATTTTT-----G--GAAGACTTGGATTCcccctttcaaat
gi|7                          :                                        atagcaTGTTTA---GTTATTTGCC---------ACATCTTA-ACCC--TGTCAACCCAACTTCCATGACAGTTTT-GA---TACAATTCATT-TG-A-GAC-T---T----GG--GC--A---TA-C-T---ATA--CTTAATT-GGTC-ATAAGCATGTT--CTCATGA--CATTCTGATT---------G-CATTA--TAT------TACC--AGAAtcttgtttg
gi|8                          :                              gcatcttaaccctgttttgccaggagttatgtgccttttacaTTGCAACTTA-ACCT--TG----CTTTACTTCTACCACAGTATT-TC---TGCAATTCAAT-GGCG-GAT-T---T----GG--GAT-TT--TATCTA---ACA--TTTAT-T-GGAT-ATGACTATGTTGACTCTTAG--AATCCTGCTT---------G-TATTA--TTT--TTCCTACA--GTAATTGCTGTGTC---ATTTT--CACTGAGTGGA-C-CGTTTTAA-GCAG--GG
gi|9                          :                                                                             ATTTA-ATCT--TGTTAGTCCATCTGGTACAGCAGTTTT-GA---TGTAATT-AAT-TG-A-CAC-A---T----GG--AA--ATAATTTT-A---ATA--ATTAATT-GGGC--TG-----------TCACTA--CATTCTGGTT---------G-CATTA--TTT--TC-Ca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGACCCTTTATGATATGGCCGTTTTTGGTTCAGACCAGAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                                                    2222         3333333                                                                          111111111111111          111         22         1111                        1111111111                  44444444444444                                     22222222                               
lowQualScore                  :                                                    5555  7    0 1111111     3    44   55    44 66   4     8888       777777           3  3 3   3 333333333333333  44  444 555   44  1 99     3   0000    999   0  44     2   3333333333 3     33  33   2 99999999999999      555     44  44       3 44      66666666  0                  4  0      
lowQualScore                  :                                                    ....  .    . .......     .    ..   ..    .. ..   .     ....       ......           .  . .   . ...............  ..  ... ...   ..  . ..     .   ....    ...   .  ..     .   .......... .     ..  ..   . ..............      ...     ..  ..       . ..      ........  .                  .  .      
lowQualScore                  :                                                    7777  0    2 8888888     5    88   55    11 44   0     2222       333333           3  3 3   3 222222222222222  66  999 000   66  5 22     6   5555    222   2  22     3   5555555555 1     99  99   9 99999999999999      444     22  66       3 33      66666666  4                  4  1      
consensus                     :                                          TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCA-GCCTAA-CTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA-AT--TATC-A---ATA--TTTA--TGGAC-ATGCGCGTGTT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTA--TT--TTT-CTACC--GGAAT---TATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
Reference ( family-456 )      :                                          TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCA-GCCTAA-CTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA-AT--TATC-A---ATA--TTTA--TGGAC-ATGCGCGTGTT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTA--TT--TTT-CTACC--GGAAT---TATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
gi|1                          :                                                                        TTGCACATCAGACCA--TGTCA-GCATAA-CTCCTGCCACAG-TTT-GG---TGCAATTCAAA-TG-A-AAC-TTGAT----GA--AA-AT--TATA-A---ATA--TTAAT-TGGAC-ATATGCATGTT--GATACAA--CATTCTATTCAGCAGCAATG-CATTA--TT--TGT-CT-------AAC---TA--TC---CCT---------ATTTTA-CTTATTT-----CGGAAGGAAATCTGAATTCAATGGCT-TTGCTTG
gi|10                         :                                                                                 catattaagtttgtcagaagcttatgcctcttttccattatataaaaatttaAT-TA-ATGACAT---T----GG--GATAT--CATC-A---GTA--TTGAG-TGGAC-TTGTGCATATT--CTCAGAG--TATTCTGATA---------A-GA-TG--TT--TTG-CCA----GTAGT---TATGTC---CCTTT--
gi|11                         :                                                                                             cccttttttatgtttaatattttgg-GA---TGCAATTCAAT-GG-A-AAC-C---T----GG--GG-AT--TATC-ATCGATA--TAAAG-TGTCC-ATGCATGTTTT--ATCAAGGGACATTTGGATC---------A-AATTA----------CCAC----GAGT---GATGTC---CCCTT--AA--GATCTGA-T-AATTTTTA---TA--GGGAACCTtccatgtatagtaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                            TTA--TT--TTC-CTAGC----AAT---TATGGC---A-TTT--CA--GATTTGA-C-T-TCTTTT-GCTA--AGGACCCTGAATTCAACAAAT-TTTCTTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                             aatatatatatgcacaatgtggtttattgtccaaacatttagatttacTCACGG--TATTCTAATC---------G-CATTA--TT--TGT-CCAGC--TG--T---TATG-C---CCTTT--CA--GGTTTGA-T-CATGTTTGAGC----GGGGACCAGAATTCAACGAAA-CTACTTGTT
gi|14                         :                                       atgTGTCTGTTCATC---TATCTGAC-----TGCTACAACCTA--CAT--TTTCT-GGCTAA-CTTGT---GTAGTTTT-GA---TACAATTCGAT--------------------G--GA-AT--TA---AAGGATA--TTTA--TGAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                   --CATTTGGTTG---------G-CATTA--CT--CTT-C---------ATG--TTTGTCTGCCCTTTTTCT--GATTTGG-C-CATTTTCT--CAG--GGAGGTATCAATTCAATGAAT-TTTCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                         caaTTA--TT--TTT-CTA----GGA--------GTC---TCTTT--GA--GATTTGA-T-CATTTTTA-GT-G--GGGGACTTGAATTCATTGAAT-TTGCCTGTct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             C---CCTTT--CA--GATTTGA-C-CATTTTTG-GAAG--AGAGGGCAGAATTCAATGAAT-TTGCTaaatttgaatttacac
gi|2                          :                                     tacagTGTCTGTTTATCTGTT-TCTGCCATGTCCATTACAACTTA-ACCT--TCTCT-AACTAA-TTTCTCCTGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TA-A-AAC-T---T----AG--GA-AT--AAAC-A---ATA--TGTAG-TAGAC-ATAAATGTATT--CTCCGGG--CATTTAGATT---------G-TGTTT--TT--TTT-CTGCCCTGGAAC---TATGCC---CTTTT--CA--GGTTTGA-T-AATTTTTG-ATGG--GGGGACCTGCATTCAACGAATGTTGCTTGTTgg
gi|3                          :                                                        TTGTTTGTT-----CGTTACA-CTTT-ATCT--TGTCATG--TAAGCTTCTTGTTCATTTTT-T----TACAATTCTTT-TG-A-AAC-T---A----GG--GG-AT--TTTC-A---TCA-----A--CGGAC-ATGCATGTATT--CTAACGA--CATTTGGATC---------GGTATTA--TT--TTT-CG--T--GAAGT---TCTGTC---CTTTT--CA--GATTTGA-C-AATTTTGG-ATGG--GT---CAGGAATTCAACGAAA-TTTCTTaga
gi|4                          :                                                     tgttcgttttgctgctagtTTGCAACTTA-ACCTAATGTCA-GTGTAA-CTCCTGTCACAGTTTT-AA---TGCAATAAAGT-TT-A-GAC-T---T----TGTATA-AT--TGTT-A---ACA--TTTAT-TGGGC-ATGCTCCTGTT--GTTGCTG--CATTCTGATT---------G-CGTTA--TTTATTT-CAGCT-----AT---TAAGTC---GCTTT--CA--GATTTGA-C-ATTTTTTG-GC-A--GGGAATCTGAATTCATTGATT-TTGCTTGTctatg
gi|5                          :                                                                         gaCATCTTG-ACTA--CGTCA-GCATA--------CCATGGCTTT-TA---TTCAGTTCACT-TG-A-GGC-T---TTGTGGGATGA-AT--TCTA-AC--ATAAATTTA-----AC-ATATGCATGTT--TTTATGA--CATTCTGAAC---------A-CAa
gi|6                          : agtggtcaagtccatattccccaagcattttgattgatttttatgcaaggagttatgccccttttctatatataaAACTTA--TCT--TGTCG-GTCCAA-TTTAATCAGCAGTTTTTGACATTGCAATTCAGTGTG-A-GAC-T---TTT--GC--GTTAT--TATT-A---ACA--TTAA--TTGACCATGCTCATGTCA-CACACAG--CGTTT--ATT---------G-CATTAGATT--TTT------------T---TATGCC---CCTTT--CA--GAGTTGACC-AATTTTT-----G--GAAGACTTGGATTCcccctttcaaat
gi|7                          :                                        atagcaTGTTTA---GTTATTTGCC---------ACATCTTA-ACCC--TGTCA-ACCCAA-CTTCCATGACAGTTTT-GA---TACAATTCATT-TG-A-GAC-T---T----GG--GC-A---TA-C-T---ATA--CTTAATTGGTC-ATAAGCATGTT--CTCATGA--CATTCTGATT---------G-CATTA--TA--T----TACC--AGAAtcttgtttg
gi|8                          :                              gcatcttaaccctgttttgccaggagttatgtgccttttacaTTGCAACTTA-ACCT--TG-----CTTTA-CTTCTACCACAGTATT-TC---TGCAATTCAAT-GGCG-GAT-T---T----GG--GATTT--TATCTA---ACA--TTTAT-TGGAT-ATGACTATGTTGACTCTTAG--AATCCTGCTT---------G-TATTA--TT--TTTCCTACA--GTAATTGCTGTGTC---ATTTT--CACTGAGTGGA-C-CGTTTTAA-GCAG--GG
gi|9                          :                                                                             ATTTA-ATCT--TGTTA-GTCCAT-CTGGTACAGCAGTTTT-GA---TGTAATT-AAT-TG-A-CAC-A---T----GG--AA-ATAATTTT-A---ATA--ATTAATTGGGC--TG-----------TCACTA--CATTCTGGTT---------G-CATTA--TT--TTC-Ca
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGACCCTTTATGATATGGCCGTTTTTGGTTCAGACCAGAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                                                    2222         3333333                                                                          111111111111111          111         22         1111                        1111111111                  44444444444444                                     22222222                               
lowQualScore                  :                                                    5555  7    0 1111111     3    44   55    44 66   4     8888       777777           3  3 3   3 333333333333333  44  444 555   44  1 99     3   0000    999   0  44     2   3333333333 3     33  33   2 99999999999999      555     44  44       3 44      66666666  0                  4  0      
lowQualScore                  :                                                    ....  .    . .......     .    ..   ..    .. ..   .     ....       ......           .  . .   . ...............  ..  ... ...   ..  . ..     .   ....    ...   .  ..     .   .......... .     ..  ..   . ..............      ...     ..  ..       . ..      ........  .                  .  .      
lowQualScore                  :                                                    7777  0    2 8888888     5    88   55    11 44   0     2222       333333           3  3 3   3 222222222222222  66  999 000   66  5 22     6   5555    222   2  22     3   5555555555 1     99  99   9 99999999999999      444     22  66       3 33      66666666  4                  4  1      
consensus                     :                                          TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCA-GCCTAA-CTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA-AT--TATC-A---ATA--TTTA--TGGAC-ATGCGCGTGTT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTA--TT--TTT-CTACC--GGAAT---TATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
Reference ( family-456 )      :                                          TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCA-GCCTAA-CTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA-AT--TATC-A---ATA--TTTA--TGGAC-ATGCGCGTGTT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTA--TT--TTT-CTACC--GGAAT---TATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
gi|1                          :                                                                        TTGCACATCAGACCA--TGTCA-GCATAA-CTCCTGCCACAG-TTT-GG---TGCAATTCAAA-TG-A-AAC-TTGAT----GA--AA-AT--TATA-A---ATA--TTAAT-TGGAC-ATATGCATGTT--GATACAA--CATTCTATTCAGCAGCAATG-CATTA--TT--TGT-CT-------AAC---TA--TC---CCT---------ATTTTA-CTTATTT-----CGGAAGGAAATCTGAATTCAATGGCT-TTGCTTG
gi|10                         :                                                                                 catattaagtttgtcagaagcttatgcctcttttccattatataaaaatttaAT-TA-ATGACAT---T----GG--GATAT--CATC-A---GTA--TTGAG-TGGAC-TTGTGCATATT--CTCAGAG--TATTCTGATA---------A-GA-TG--TT--TTG-CCA----GTAGT---TATGTC---CCTTT--
gi|11                         :                                                                                             cccttttttatgtttaatattttgg-GA---TGCAATTCAAT-GG-A-AAC-C---T----GG--GG-AT--TATC-ATCGATA--TAAAG-TGTCC-ATGCATGTTTT--ATCAAGGGACATTTGGATC---------A-AATTA----------CCAC----GAGT---GATGTC---CCCTT--AA--GATCTGA-T-AATTTTTA---TA--GGGAACCTtccatgtatagtaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                            TTA--TT--TTC-CTAGC----AAT---TATGGC---A-TTT--CA--GATTTGA-C-T-TCTTTT-GCTA--AGGACCCTGAATTCAACAAAT-TTTCTTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                             aatatatatatgcacaatgtggtttattgtccaaacatttagatttacTCACGG--TATTCTAATC---------G-CATTA--TT--TGT-CCAGC--TG--T---TATG-C---CCTTT--CA--GGTTTGA-T-CATGTTTGAGC----GGGGACCAGAATTCAACGAAA-CTACTTGTT
gi|14                         :                                       atgTGTCTGTTCATC---TATCTGAC-----TGCTACAACCTA--CAT--TTTCT-GGCTAA-CTTGT---GTAGTTTT-GA---TACAATTCGAT--------------------G--GA-AT--TA---AAGGATA--TTTA--TGAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                   --CATTTGGTTG---------G-CATTA--CT--CTT-C---------ATG--TTTGTCTGCCCTTTTTCT--GATTTGG-C-CATTTTCT--CAG--GGAGGTATCAATTCAATGAAT-TTTCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                         caaTTA--TT--TTT-CTA----GGA--------GTC---TCTTT--GA--GATTTGA-T-CATTTTTA-GT-G--GGGGACTTGAATTCATTGAAT-TTGCCTGTct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             C---CCTTT--CA--GATTTGA-C-CATTTTTG-GAAG--AGAGGGCAGAATTCAATGAAT-TTGCTaaatttgaatttacac
gi|2                          :                                     tacagTGTCTGTTTATCTGTT-TCTGCCATGTCCATTACAACTTA-ACCT--TCTCT-AACTAA-TTTCTCCTGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TA-A-AAC-T---T----AG--GA-AT--AAAC-A---ATA--TGTAG-TAGAC-ATAAATGTATT--CTCCGGG--CATTTAGATT---------G-TGTTT--TT--TTT-CTGCCCTGGAAC---TATGCC---CTTTT--CA--GGTTTGA-T-AATTTTTG-ATGG--GGGGACCTGCATTCAACGAATGTTGCTTGTTgg
gi|3                          :                                                        TTGTTTGTT-----CGTTACA-CTTT-ATCT--TGTCATG--TAAGCTTCTTGTTCATTTTT-T----TACAATTCTTT-TG-A-AAC-T---A----GG--GG-AT--TTTC-A---TCA-----A--CGGAC-ATGCATGTATT--CTAACGA--CATTTGGATC---------GGTATTA--TT--TTT-CG--T--GAAGT---TCTGTC---CTTTT--CA--GATTTGA-C-AATTTTGG-ATGG--GT---CAGGAATTCAACGAAA-TTTCTTaga
gi|4                          :                                                     tgttcgttttgctgctagtTTGCAACTTA-ACCTAATGTCA-GTGTAA-CTCCTGTCACAGTTTT-AA---TGCAATAAAGT-TT-A-GAC-T---T----TGTATA-AT--TGTT-A---ACA--TTTAT-TGGGC-ATGCTCCTGTT--GTTGCTG--CATTCTGATT---------G-CGTTA--TTTATTT-CAGCT-----AT---TAAGTC---GCTTT--CA--GATTTGA-C-ATTTTTTG-GC-A--GGGAATCTGAATTCATTGATT-TTGCTTGTctatg
gi|5                          :                                                                         gaCATCTTG-ACTA--CGTCA-GCATA--------CCATGGCTTT-TA---TTCAGTTCACT-TG-A-GGC-T---TTGTGGGATGA-AT--TCTA-AC--ATAAATTTA-----AC-ATATGCATGTT--TTTATGA--CATTCTGAAC---------A-CAa
gi|6                          : agtggtcaagtccatattccccaagcattttgattgatttttatgcaaggagttatgccccttttctatatataaAACTTA--TCT--TGTCG-GTCCAA-TTTAATCAGCAGTTTTTGACATTGCAATTCAGTGTG-A-GAC-T---TTT--GC--GTTAT--TATT-A---ACA--TTAA--TTGACCATGCTCATGTCA-CACACAG--CGTTT--ATT---------G-CATTAGATT--TTT------------T---TATGCC---CCTTT--CA--GAGTTGACC-AATTTTT-----G--GAAGACTTGGATTCcccctttcaaat
gi|7                          :                                        atagcaTGTTTA---GTTATTTGCC---------ACATCTTA-ACCC--TGTCA-ACCCAA-CTTCCATGACAGTTTT-GA---TACAATTCATT-TG-A-GAC-T---T----GG--GC-A---TA-C-T---ATA--CTTAATTGGTC-ATAAGCATGTT--CTCATGA--CATTCTGATT---------G-CATTA--TA--T----TACC--AGAAtcttgtttg
gi|8                          :                              gcatcttaaccctgttttgccaggagttatgtgccttttacaTTGCAACTTA-ACCT--TG-----CTTTA-CTTCTACCACAGTATT-TC---TGCAATTCAAT-GGCG-GAT-T---T----GG--GATTT--TATCTA---ACA--TTTAT-TGGAT-ATGACTATGTTGACTCTTAG--AATCCTGCTT---------G-TATTA--TT--TTTCCTACA--GTAATTGCTGTGTC---ATTTT--CACTGAGTGGA-C-CGTTTTAA-GCAG--GG
gi|9                          :                                                                             ATTTA-ATCT--TGTTA-GTCCAT-CTGGTACAGCAGTTTT-GA---TGTAATT-AAT-TG-A-CAC-A---T----GG--AA-ATAATTTT-A---ATA--ATTAATTGGGC--TG-----------TCACTA--CATTCTGGTT---------G-CATTA--TT--TTC-Ca


blockSeqs                     :                                                    TCTG  G      ATGTCCA     A    A    AA    AT GC   G     CCTG       TGACAT           G  C T   A TTGTGGGATGA      AA  TCT TCG   AA  G AT     C   TGCA    GAC      GA     T   A          G     GA  TA   C TACAGTAATTGC        TGC     TT  CT       C A       TGCTA                        G
blockSeqs                     :                                                    G     A      CG          A    A    .     T  AC   .     TGTT       GA               .  . .   . TTTGCGTT         .   TC  AGG   .   A AT     .   CATG    AC       .      G   C          .     .   .    . TGCCCTGGAAC         .       .   .        . T       GGAAG                        .
blockSeqs                     :                                                          .      .           A    A    .     T  TG   .     GTCA       GA               .  . .   . TTGTATA          .   TC  C     .   T G      .   AATG    C        .      T   C          .     .   .    . CAGTAGT             .       .   .        . C       GATGG                        .
blockSeqs                     :                                                                             T    A    .     A  CA   .     TCAG       GA               .  . .   . TGGGAT           .   AC  .     .   T G      .   CATG    A        .      G   G          .     .   .    . CACGAGT             .       .   .        . C       GATGG                        .
blockSeqs                     :                                                                             A    A    .     A  TC   .     ATGA       AA               .  . .   . TGGGAT           .   TC  .     .   T G      .   CTCC    C        .      A   T          .     .   .    . TAGCAAT             .       .   .        . C       AGCAG                        .
blockSeqs                     :                                                                             T    A    .     G  CC   .     ACCA       TA               .  . .   . TGGGG            .   TT  .     .   T T      .   TGCA    C        .      G   C          .     .   .    . CAGCTGT             .       .   .        . C       GAGC                         .
blockSeqs                     :                                                                             A    A    .     A  CT   .     ACAG       GA               .  . .   . TAGGA            .   TA  .     .   A T      .   CTCA    G        .      T   T          .     .   .    . GTGAAGT             .       .   .        . A       TCAG                         .
blockSeqs                     :                                                                             A    .    .     A  TC   .     CCA        TC               .  . .   . AGGGG            .   TT  .     .   T .      .   AGCA    T        .      T   C          .     .   .    . AGCTAT              .       .   .        . A       AGTG                         .
blockSeqs                     :                                                                             .    .    .     .  .    .     G          GA               .  . .   . TGGGC            .   TT  .     .   T .      .   ACTA    C        .      T   T          .     .   .    . TAGGA               .       .   .        . A       GGCA                          
blockSeqs                     :                                                                                                                      T                .  . .   . TGGAA            .   C   .     .   T .      .   .       .        .      T   T          .     .   .    . ATG                 .       .   .        . A       ATA                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                       .  . .   . GGA              .   .   .     .   . .                           .      T   T          .     .   .    . T                   .       .   .        . C       G                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                   .      .   T          .     .   .    .                     .       .                                                    
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                               .   .    .                                                                                  


blockSeqCons                  :                                                                                  A*                                                              TGGGAT*********                                                             T*********                  CAGNAGT*******                             N*
originalCons                  :                                          TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCA-GCCTAA-CTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-T---T----GG--GA-AT--TATC-A---ATA--TTTA--TGGAC-ATGCGCGTGTT--CTCACGG--CATTCTGATC---------G-CATTA--TT--TTT-CTACC--GGAAT---TATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-C-NATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
finalCons                     :                                          TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTAA-CCT--TGTCA-GCCTAA-CTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-TTGGGAT---------AT--TATC-A---ATA--TTTA--TGGAC-ATGCGCGTGTT--CTCACGG--CATTCTGATT---------G-CATTA--TT--TTT-CCAGNAGT-------TATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-CN-ATTTTTG-GCGG--GGGGACCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGACCCTTTATGATATGGCCGTTTTTGGTTCAGACCAGAACTC






Alignments
lowQualScore                  :                                                    2222         3333333                                                                           111        11111                   2222         1111                           1111111111111                                                                   22222                                  
lowQualScore                  :                                                    5555  7    0 1111111     3    44   55    44 66   4     8888       777777           3  3 3   3  555 44 3 3 00000 3  3 44 3   44  1 2222    3 3  2222 44   888   22 33     0    4444444444444    33   2  8888888888888888   1  1 555     33  44       3 44      11111    1 55                4  0      
lowQualScore                  :                                                    ....  .    . .......     .    ..   ..    .. ..   .     ....       ......           .  . .   .  ... .. . . ..... .  . .. .   ..  . ....    . .  .... ..   ...   .. ..     .    .............    ..   .  ................   .  . ...     ..  ..       . ..      .....    . ..                .  .      
lowQualScore                  :                                                    7777  0    2 8888888     5    88   55    11 44   0     2222       333333           3  3 3   3  000 66 3 3 55555 3  7 88 3   66  5 8888    1 1  2222 22   222   88 77     9    6666666666666    77   7  8888888888888888   5  9 000     99  66       3 33      88888    2 00                4  1      
consensus                     :                                          TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCA-GCCTAA-CTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-TT---G--G-G-A--T--A-TTATC-A-ATA--TTTA--T-GGAC-A-TGCGCGT--GTT--CTCACGG--CATTCTGATT----------G-CATTA--TTT-TT----C---CAGNA---GTTATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-CN-ATTTTTG-GCGGGGGGA--CCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
Reference ( family-456 )      :                                          TGTCTGTTTATC-GTTATCTGCC-----CGTTGCAACTTA-ACCT--TGTCA-GCCTAA-CTTCTNCCGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TG-A-GAC-TT---G--G-G-A--T--A-TTATC-A-ATA--TTTA--T-GGAC-A-TGCGCGT--GTT--CTCACGG--CATTCTGATT----------G-CATTA--TTT-TT----C---CAGNA---GTTATGTC---CCTTT--CA--GATTTGA-CN-ATTTTTG-GCGGGGGGA--CCTGAATTCAACGAAT-TTGCTTGTT
gi|1                          :                                                                        TTGCACATCAGACCA--TGTCA-GCATAA-CTCCTGCCACAGTTT--GG---TGCAATTCAAA-TG-A-AAC-TT---GATG-A-A--A--A-TTATA-A-ATA--TTAA--TTGGAC-A-TATGCAT--GTT--GATACAA--CATTCT-ATTCAGCAGCAATG-CATTA--TTT-GT----C---TAAC--------TATC---CCT---------ATTTTA-CTTATTT-----CGGAAGGAAATCTGAATTCAATGGCT-TTGCTTG
gi|10                         :                                                                                 catattaagtttgtcagaagcttatgcctcttttccattatataaaaatttaAT-TA-ATGACATT---G--G-G-A--T--A-TCATC-A-GTA--TTGAG-T-GGAC-T-TGTGCAT--ATT--CTCAGAG--TATTCTGATA----------A-GAT-G--TTT-TG----C---CAGTA---GTTATGTC---CCTTT--
gi|11                         :                                                                                             cccttttttatgtttaatattttgg-GA---TGCAATTCAAT-GG-A-AAC-CT---G--G-G-GATT--A-TCATC-G-ATA--TAAAG-T-GTCC-A-TGCATGT--TTT--ATCAAGGGACATTTGGATC----------A-AATTA------------C---CACGA---GTGATGTC---CCCTT--AA--GATCTGA-TA-ATTTTTA---TAGGGAA--CCTtccatgtatagtaatt
gi|12                         :                                                                                                                                                                            -ATA--TATA--T-GCAC-AATGTG-GTTTATT--GTCCAAA--CATTTAGATT----------T-ACTTA--TTT-TC----C---TAGCA---ATTATGGC---A-TTT--CA--GATTTGA-CT--TCTTTT-GCTAAGGAC--CCTGAATTCAACAAAT-TTTCTTGT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                             aatTCACGG--TATTCTAATC----------G-CATTA--TTT-GT----C---CAGCT---GTTATG-C---CCTTT--CA--GGTTTGA-TC-ATGTTTGAGC--GGGGA--CCAGAATTCAACGAAA-CTACTTGTT
gi|14                         :                                       atgTGTCTGTTCATC---TATCTGAC-----TGCTACAACCTA--CAT--TTTCT-GGCTAA-CTTGT---GTAGTTTT-GA---TACAATTCGAT----G-GAA-TTAA-A--G-G-A--T--A-TT
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                      --CATT-TGGTT----------GGCATTA--CTC-TT----C------AT---GTT-TGTCTGCCCTTTTTCT--GATTTGG-CC-ATTTTCT--CAGGGAGG--TATCAATTCAATGAAT-TTTCTTtatgaa
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                             caaTTA--TTT-TT----C---TAGGA---GT-----C---TCTTT--GA--GATTTGA-TC-ATTTTTA-GTGGGGG-A--CTTGAATTCATTGAAT-TTGCCTGTct
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  C---CCTTT--CA--GATTTGA-CC-ATTTTTG-GAAGAGAGG--GCAGAATTCAATGAAT-TTGCTaaatttgaatttacac
gi|2                          :                                     tacagTGTCTGTTTATCTGTT-TCTGCCATGTCCATTACAACTTA-ACCT--TCTCT-AACTAA-TTTCTCCTGCAGTTTT-GA---TGCAATTCAAT-TA-A-AAC-TT---A--G-G-A-----A-TAAAC-A-ATA--TGTAG-T-AGAC-A-TAAATGT--ATT--CTCCGGG--CATTTAGATT----------G-TGTTT--TTT-TTCTGCC---CTGGA---ACTATGCC---CTTTT--CA--GGTTTGA-TA-ATTTTTG-ATGGGGGGA--CCTGCATTCAACGAATGTTGCTTGTTgg
gi|3                          :                                                        TTGTTTGTT-----CGTTACA-CTTT-ATCT--TGTCATG--TAAGCTTCTTGTTCATTTTT-T----TACAATTCTTT-TG-A-AAC-TA---G--G-G-G-----A-TTTTC-A-TCA-----A--C-GGAC-A-TGCATGT--ATT--CTAACGA--CATTTGGATC----------GGTATTA--TTT-TT----C---GTGAA---GTTCTGTC---CTTTT--CA--GATTTGA-CA-ATTTTGG-ATGGGT-----CAGGAATTCAACGAAA-TTTCTTaga
gi|4                          :                                                     tgttcgttttgctgctagtTTGCAACTTA-ACCTAATGTCA-GTGTAA-CTCCTGTCACAGTTTT-AA---TGCAATAAAGT-TT-A-GAC-TT---T--G-T-A--T--AATTGTT-A-ACA--TTTA--TTGGGC-A-TGCTCCT--GTT--GTTGCTG--CATTCTGATT----------G-CGTTA--TTTATT----T---CAGCT---ATTAAGTC---GCTTT--CA--GATTTGA-CA-TTTTTTG-GC-AGGGAA--TCTGAATTCATTGATT-TTGCTTGTctatg
gi|5                          :                                                                                                                                                                                    ga--T-GGTC-A-AGTCCAT--ATT--CCCCAAG--CATTTTGATT----------G--ATTT--TTA-TG----C---AAGGA---GTTATGCC---CCTTT--a
gi|5                          :                                                                         agCATCTTG-ACTA--CGTCA-GCATA--------CCATGGCTTT-TA---TTCAGTTCACT-TG-A-GGC-TTTGTG--G-G-A--TGAA-TTCTA-ACATAAATTTA------AC-A-TATGCAT--GTT--TTTATGA--CATTCTGAtctatatataacatcttgactacgtcagcataccatggcttttattcagttcacttgaggctttgtgggatgaattctaacataaatttaacatatgcatgtttttatgacattctgaacacacccctttcaaat
gi|6                          : agtggtcaagtccatattccccaagcattttgattgatttttatgcaaggagttatgccccttttctatatataaAACTTA--TCT--TGTCG-GTCCAA-TTTAATCAGCAGTTTTTGACATTGCAATTCAGTGTG-A-GAC-TTTT-G--C-G-T--T--A-TTATT-A-ACA--TTAA--T-TGACCA-TGCTCAT--GTCA-CACACAG--CGTTT--ATT----------G-CATTAGATTT-TT-----------------TTATGCC---CCTTT--CA--GAGTTGACCA-ATTTTT-----GGAAGA--CTTGGATTCacacacccctttcaaat
gi|7                          :                                        atagcaTGTTTA---GTTATTTGCC---------ACATCTTA-ACCC--TGTCA-ACCCAA-CTTCCATGACAGTTTT-GA---TACAATTCATT-TG-A-GAC-TT---G--G-GCA--T--A-CT------ATA--CTTAATT-GGTC-A-TAAGCAT--GTT--CTCATGA--CATTCTGATT----------G-CATTA--TAT-TA----C---CAGAA---tcttgtttg
gi|8                          :                              gcatcttaaccctgttttgccaggagttatgtgccttttacaTTGCAACTTA-ACCT--TG-----CTTTA-CTTCTACCACAGTATT-TC---TGCAATTCAAT-GGCG-GAT-TT---G--G-G-A--T--T-TTATCTA-ACA--TTTAT-T-GGAT-A-TGACTAT--GTTGACTCTTAG--AATCCTGCTT----------G-TATTA--TTT-TT----CCTACAGTAATTGCTGTGTC---ATTTT--CACTGAGTGGA-CC-GTTTTAA-GCAGGG
gi|9                          :                                                                             ATTTA-ATCT--TGTTA-GTCCAT-CTGGTACAGCAGTTTT-GA---TGTAATT-AAT-TG-A-CAC-AT---G--GAA-A--T--A-ATTTT-A-ATA--ATTAATT-GGGC---TG-------------TCACTA--CATTCTGGTT----------G-CATTA---TT-TT----C---CAGa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TTGACCCTTTATGATATGGCCGTTTTTGGTTCAGACCAGAACTC