lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111 11111 111111111
lowQualScore : 6 1 4 99 44 5555555555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000000 555 33333 0 3 44 3 222222222 1 2
lowQualScore : . . . .. .. .......... ...................................................................................................... ....... ... ..... . . .. . ......... . .
lowQualScore : 0 0 0 22 66 9999999999 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8888888 888 77777 4 1 66 1 666666666 4 0
consensus : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTCNTGTTCATTATTGCACCNAGAGTA--CAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATANGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
Reference ( gi|5 ) : AATATACAGAAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTA--CAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|7 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTA--CAGCTTACATTGTC----------ATTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----GCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAAAGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATATATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|2 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTAGTTCATTATTGCACCTAGAGTA--CAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCTCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTACTCATTGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTACAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|1 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTA--CAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCCCT-------GCCTAAATGAATTCTTCTGAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTACTCATTGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCTCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAA-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|11 : AATATTCAGGAGACCTTCCGATACCTTTTTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGAGAGTT--TAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTATTGTTAACG------CCTTTCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAACATGAGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTAAAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATG
gi|8 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTGATGTTAATTATTGCACAGAGAGTA--CAGCTTGCATTGTCACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGTCCT-------GCATAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACA------CCCTGCTCATAGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATGAGCCCAT--TCTAATAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATAT-----------AC--TTAGTACCATG
gi|10 : AATATACAGGAGACC----AATACCTTTCTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGAGAGTT--TAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNTTTGTCCTGCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTAATA------ACGCCAAGCACATCAGAATTATGCAAGGACTGTGAATATGAGCCCAA--TGTAACATTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATG
gi|12 : AATATACAGGAGACCTTCCGATACCTTTTTATGTTCATGTTCATTATTGCAC--AGAGTGTTTAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACT
gi|6 : ATAAACAGGAGACCTTATGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCAAGAGTA--AAGCTTGCATTGTC----------ACTGCAAGGCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGGCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACAGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGCAACAGTGATAATAGAAAAAAA-TTACTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGCgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccctgcttaaatgaattctgagtagatataacgctctgctcatcagaattatgcaaggaatgtgaatatgagcccaatgtaacagtgataatatacacaatttagtttagatatactatatttagtaccatg
gi|3 : TATACAGGAGACTTTCCAATACCTTTTTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGATAGTA--CAGCTTGCATTGTC----------ATTACAAGACACT
gi|4 : tATACAGGAGACCTGACGATACTTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTA--CAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCTCT-------GCTTAAATGAATTCT---GAGTAGCGATAACGGATACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTAAGTACCATGCgttnnnnnnnnnntnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccctgcttaaatgatttctgtgtagtgataacgccctgctcatgggaattatgcaaggaatgtgaatacgatcaaattgtaacagtgataatagacacaatttagaatagatatacgatatttattt
gi|15 : aaCAGGAGACCTTCCGATACCATTTTATGGTCATGTTCATTATTGCATTAAGAGTA--CA
gi|9 : tttGGAGACCTTACGATACCTTTTAATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTCGAGTA--CAGCTTGTAATGTC----------ACTATAAGTCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGGAGTGATGATGGTTACGCCCTGCTCATCGGATTAATGCAAAGAATGTAAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAGAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTAAGTACCATGC
gi|12 : ----TGCCCT-------GCTTAAATGAATTCT---GAGTAG--ATA----TAACGCTCTGCTCATCAGAATTATGCAAGGAATGTGAATATGAGCCCAA--TGTAACAGTGATAATATACACAAT-TTAGTTTAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATG
gi|3 : aatatacaggagaccttccgatacctttttatgttcatgttcattattgcacagagtgtttagcttgcattgtcactacaaggcactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCCCT-------GCTTAAATGATTTCT---GTGTAGTGATAACG------CCCTGCTCATGGGAATTATGCAAGGAATGTGA--ATACGATCAAATTGTAACAGTGATAATAGACACAAT-TTAGAATAGATATACGATATT-------TA
gi|13 : ttatacaggagactttccaatacctttttatgttcatgctcattattgcacagatagtacagcttgcattgtcattacaagacactgttnnnnnnnnnntnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGCCCT-------ACCTAAATGAATTCT---GGGTAGTGATAA----TAC--CCTTCTCGTGGGAATTATACAAAGCAGGTGATTATGAAACCAT--TCTAACAGTAATAATAGACAGAAT-TTAATATAGACATACTGTATT-------TAttt
gi|14 : GTGATAGTAGA-AAAATGCTACCATAGATATACTATATTAAGGAAATACACTTTTATTATCATttac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATACCAGGTCATGTCCAGTTTAAGTTTTTATTTACTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 111111111
lowQualScore : 0 11 11 4444444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000000 555 0 999 1 44 2 000000000 0 1
lowQualScore : . .. .. .......... .................................................................................................. ....... ... . ... . .. . ......... . .
lowQualScore : 2 55 88 6666666666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000000 444 8 999 0 22 9 444444444 4 1
consensus : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTCNTGTTCATTATTGCACCNAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATANGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
Reference ( family-454 ) : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTCNTGTTCATTATTGCACCNAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATANGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|1 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCCCT-------GCCTAAATGAATTCTTCTGAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTACTCATTGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCTCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAA-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|10 : AATATACAGGAGACC----AATACCTTTCTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGAGAGTTTAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNTTTGTCCTGCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTAATA------ACGCCAAGCACATCAGAATTATGCAAGGACTGTGAATATGAGCCCAA--TGTAACATTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATG
gi|11 : AATATTCAGGAGACCTTCCGATACCTTTTTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGAGAGTTTAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTATTGTTAACG------CCTTTCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAACATGAGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTAAAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATG
gi|12 : AATATACAGGAGACCTTCCGATACCTTTTTATGTTCATGTTCATTATTGCACAGAGTGTTTAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTG
gi|12 : ----TGCCCT-------GCTTAAATGAATTCT---GAGTAG--ATA----TAACGCTCTGCTCATCAGAATTATGCAAGGAATGTGAATATGAGCCCAA--TGTAACAGTGATAATATACACAAT-TTAGTTTAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccctgcttaaatgaattctgagtagatataacgctctgctcatcagaattatgcaaggaatgtgaatatgagcccaatgtaacagtgataatatacacaatttagtttagatatactatatttagtaccatg
gi|13 : aatatacaggagaccttccgatacctttttatgttcatgttcattattgcacagagtgtttagcttgcattgtcactacaaggcactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCCCT-------ACCTAAATGAATTCT---GGGTAGTGATAA----TAC--CCTTCTCGTGGGAATTATACAAAGCAGGTGATTATGAAACCAT--TCTAACAGTAATAATAGACAGAAT-TTAATATAGACATACTGTATT-------TA
gi|14 : GTGATAGTAGA-AAAATGCTACCATAGATATACTATATTAAGGAAATACACTTTTATTATCATttac
gi|15 : CAGGAGACCTTCCGATACCATTTTATGGTCATGTTCATTATTGCATTAAGAGTACA
gi|2 : tttAATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTAGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCTCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTACTCATTGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTACAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|3 : TATACAGGAGACTTTCCAATACCTTTTTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGATAGTACAGCTTGCATTGTC----------ATTACAAGACACTGTT
gi|3 : tGCCCT-------GCTTAAATGATTTCT---GTGTAGTGATAACG------CCCTGCTCATGGGAATTATGCAAGGAATGTGA--ATACGATCAAATTGTAACAGTGATAATAGACACAAT-TTAGAATAGATATACGATATT-------TAnnnnnnnnnntnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccctgcttaaatgatttctgtgtagtgataacgccctgctcatgggaattatgcaaggaatgtgaatacgatcaaattgtaacagtgataatagacacaatttagaatagatatacgatatttattt
gi|4 : ttatacaggagactttccaatacctttttatgttcatgctcattattgcacagatagtacagcttgcattgtcattacaagacactgttnnnnnnnnnntnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncATACAGGAGACCTGACGATACTTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCTCT-------GCTTAAATGAATTCT---GAGTAGCGATAACGGATACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTAAGTACCATGCttt
gi|5 : aaAATATACAGAAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|6 : ATAAACAGGAGACCTTATGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCAAGAGTAAAGCTTGCATTGTC----------ACTGCAAGGCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGGCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACAGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGCAACAGTGATAATAGAAAAAAA-TTACTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|7 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTACATTGTC----------ATTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----GCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAAAGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATATATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|8 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTGATGTTAATTATTGCACAGAGAGTACAGCTTGCATTGTCACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGTCCT-------GCATAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACA------CCCTGCTCATAGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATGAGCCCAT--TCTAATAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATAT-----------AC--TTAGTACCATG
gi|9 : GGAGACCTTACGATACCTTTTAATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTCGAGTACAGCTTGTAATGTC----------ACTATAAGTCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGGAGTGATGATGGTTACGCCCTGCTCATCGGATTAATGCAAAGAATGTAAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAGAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTAAGTACCATGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATACCAGGTCATGTCCAGTTTAAGTTTTTATTTACTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 111111111
lowQualScore : 0 11 11 4444444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000000 555 0 999 1 44 2 000000000 0 1
lowQualScore : . .. .. .......... .................................................................................................. ....... ... . ... . .. . ......... . .
lowQualScore : 2 55 88 6666666666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000000 444 8 999 0 22 9 444444444 4 1
consensus : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTCNTGTTCATTATTGCACCNAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATANGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
Reference ( family-454 ) : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTCNTGTTCATTATTGCACCNAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATANGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|1 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCCCT-------GCCTAAATGAATTCTTCTGAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTACTCATTGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCTCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAA-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|10 : AATATACAGGAGACC----AATACCTTTCTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGAGAGTTTAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNTTTGTCCTGCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTAATA------ACGCCAAGCACATCAGAATTATGCAAGGACTGTGAATATGAGCCCAA--TGTAACATTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATG
gi|11 : AATATTCAGGAGACCTTCCGATACCTTTTTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGAGAGTTTAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTATTGTTAACG------CCTTTCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAACATGAGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTAAAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATG
gi|12 : AATATACAGGAGACCTTCCGATACCTTTTTATGTTCATGTTCATTATTGCACAGAGTGTTTAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTG
gi|12 : ----TGCCCT-------GCTTAAATGAATTCT---GAGTAG--ATA----TAACGCTCTGCTCATCAGAATTATGCAAGGAATGTGAATATGAGCCCAA--TGTAACAGTGATAATATACACAAT-TTAGTTTAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccctgcttaaatgaattctgagtagatataacgctctgctcatcagaattatgcaaggaatgtgaatatgagcccaatgtaacagtgataatatacacaatttagtttagatatactatatttagtaccatg
gi|13 : aatatacaggagaccttccgatacctttttatgttcatgttcattattgcacagagtgtttagcttgcattgtcactacaaggcactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCCCT-------ACCTAAATGAATTCT---GGGTAGTGATAA----TAC--CCTTCTCGTGGGAATTATACAAAGCAGGTGATTATGAAACCAT--TCTAACAGTAATAATAGACAGAAT-TTAATATAGACATACTGTATT-------TA
gi|14 : GTGATAGTAGA-AAAATGCTACCATAGATATACTATATTAAGGAAATACACTTTTATTATCATttac
gi|15 : CAGGAGACCTTCCGATACCATTTTATGGTCATGTTCATTATTGCATTAAGAGTACA
gi|2 : tttAATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTAGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCTCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTACTCATTGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTACAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|3 : TATACAGGAGACTTTCCAATACCTTTTTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGATAGTACAGCTTGCATTGTC----------ATTACAAGACACTGTT
gi|3 : tGCCCT-------GCTTAAATGATTTCT---GTGTAGTGATAACG------CCCTGCTCATGGGAATTATGCAAGGAATGTGA--ATACGATCAAATTGTAACAGTGATAATAGACACAAT-TTAGAATAGATATACGATATT-------TAnnnnnnnnnntnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccctgcttaaatgatttctgtgtagtgataacgccctgctcatgggaattatgcaaggaatgtgaatacgatcaaattgtaacagtgataatagacacaatttagaatagatatacgatatttattt
gi|4 : ttatacaggagactttccaatacctttttatgttcatgctcattattgcacagatagtacagcttgcattgtcattacaagacactgttnnnnnnnnnntnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncATACAGGAGACCTGACGATACTTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCTCT-------GCTTAAATGAATTCT---GAGTAGCGATAACGGATACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTAAGTACCATGCttt
gi|5 : aaAATATACAGAAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|6 : ATAAACAGGAGACCTTATGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCAAGAGTAAAGCTTGCATTGTC----------ACTGCAAGGCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGGCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACAGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGCAACAGTGATAATAGAAAAAAA-TTACTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|7 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTACATTGTC----------ATTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----GCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAAAGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATATATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|8 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTGATGTTAATTATTGCACAGAGAGTACAGCTTGCATTGTCACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGTCCT-------GCATAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACA------CCCTGCTCATAGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATGAGCCCAT--TCTAATAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATAT-----------AC--TTAGTACCATG
gi|9 : GGAGACCTTACGATACCTTTTAATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTCGAGTACAGCTTGTAATGTC----------ACTATAAGTCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGGAGTGATGATGGTTACGCCCTGCTCATCGGATTAATGCAAAGAATGTAAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAGAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTAAGTACCATGC
blockSeqs : CA AG ACTACAAGGC NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN TTGTCCT . GTT A AT G TTAAGGAAA T
blockSeqs : CA AG . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . GAT A . . TT T
blockSeqs : CA AG . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . GTT A . . TT T
blockSeqs : CA TA . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . GTT A . . TT T
blockSeqs : TT CT . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT . . GTT T . . TT T
blockSeqs : CA AG . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . GTT C . . TT T
blockSeqs : TT CT . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT . . TA T . . TT T
blockSeqs : TT CT . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . T T . . TT .
blockSeqs : TT CA . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . . T . . TT .
blockSeqs : TT CT . . . . T . . T .
blockSeqs : GA AG . . . . A . . . .
blockSeqs : TT CT . . . T . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ***
originalCons : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTCNTGTTCATTATTGCACCNAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATANGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
finalCons : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTCNTGTTCATTATTGCACCNAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATANGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATACCAGGTCATGTCCAGTTTAAGTTTTTATTTACTGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 111111111
lowQualScore : 0 11 11 4444444444 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000000 555 0 999 1 44 2 000000000 0 1
lowQualScore : . .. .. .......... .................................................................................................. ....... ... . ... . .. . ......... . .
lowQualScore : 2 55 88 6666666666 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000000 444 8 999 0 22 9 444444444 4 1
consensus : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTCNTGTTCATTATTGCACCNAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATANGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
Reference ( family-454 ) : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTCNTGTTCATTATTGCACCNAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATANGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|1 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCCCT-------GCCTAAATGAATTCTTCTGAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTACTCATTGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCTCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAA-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|10 : AATATACAGGAGACC----AATACCTTTCTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGAGAGTTTAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNTTTGTCCTGCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTAATA------ACGCCAAGCACATCAGAATTATGCAAGGACTGTGAATATGAGCCCAA--TGTAACATTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATG
gi|11 : AATATTCAGGAGACCTTCCGATACCTTTTTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGAGAGTTTAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTATTGTTAACG------CCTTTCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAACATGAGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTAAAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATG
gi|12 : AATATACAGGAGACCTTCCGATACCTTTTTATGTTCATGTTCATTATTGCACAGAGTGTTTAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTG
gi|12 : ----TGCCCT-------GCTTAAATGAATTCT---GAGTAG--ATA----TAACGCTCTGCTCATCAGAATTATGCAAGGAATGTGAATATGAGCCCAA--TGTAACAGTGATAATATACACAAT-TTAGTTTAGATATACTATA---------------TTTAGTACCATGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgccctgcttaaatgaattctgagtagatataacgctctgctcatcagaattatgcaaggaatgtgaatatgagcccaatgtaacagtgataatatacacaatttagtttagatatactatatttagtaccatg
gi|13 : aatatacaggagaccttccgatacctttttatgttcatgttcattattgcacagagtgtttagcttgcattgtcactacaaggcactgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGCCCT-------ACCTAAATGAATTCT---GGGTAGTGATAA----TAC--CCTTCTCGTGGGAATTATACAAAGCAGGTGATTATGAAACCAT--TCTAACAGTAATAATAGACAGAAT-TTAATATAGACATACTGTATT-------TA
gi|14 : GTGATAGTAGA-AAAATGCTACCATAGATATACTATATTAAGGAAATACACTTTTATTATCATttac
gi|15 : CAGGAGACCTTCCGATACCATTTTATGGTCATGTTCATTATTGCATTAAGAGTACA
gi|2 : tttAATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTAGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCTCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTACTCATTGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTACAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|3 : TATACAGGAGACTTTCCAATACCTTTTTATGTTCATGCTCATTATTGCACAGATAGTACAGCTTGCATTGTC----------ATTACAAGACACTGTT
gi|3 : tGCCCT-------GCTTAAATGATTTCT---GTGTAGTGATAACG------CCCTGCTCATGGGAATTATGCAAGGAATGTGA--ATACGATCAAATTGTAACAGTGATAATAGACACAAT-TTAGAATAGATATACGATATT-------TAnnnnnnnnnntnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncgccctgcttaaatgatttctgtgtagtgataacgccctgctcatgggaattatgcaaggaatgtgaatacgatcaaattgtaacagtgataatagacacaatttagaatagatatacgatatttattt
gi|4 : ttatacaggagactttccaatacctttttatgttcatgctcattattgcacagatagtacagcttgcattgtcattacaagacactgttnnnnnnnnnntnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncATACAGGAGACCTGACGATACTTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTGTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTGCTCT-------GCTTAAATGAATTCT---GAGTAGCGATAACGGATACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTAAGTACCATGCttt
gi|5 : aaAATATACAGAAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTGCATTGTC----------ACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|6 : ATAAACAGGAGACCTTATGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCAAGAGTAAAGCTTGCATTGTC----------ACTGCAAGGCATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGGCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACAGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGCAACAGTGATAATAGAAAAAAA-TTACTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|7 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTAGAGTACAGCTTACATTGTC----------ATTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT-----GCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAAAGGTTACGCCCTGCTCATCGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATATATATACTATATT-------TAGACTTTTAGTACCATGC
gi|8 : AATATACAGGAGACCTTACGATACCTTTTTATGTTGATGTTAATTATTGCACAGAGAGTACAGCTTGCATTGTCACTACAAGGCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGTCCT-------GCATAAATGAATTCT---GAGTAGTGATAACA------CCCTGCTCATAGGAATTATGCAAGGAATGTGAATATGAGCCCAT--TCTAATAGTGATAATAGACAAAAT-TTAGTATAGATATACTATAT-----------AC--TTAGTACCATG
gi|9 : GGAGACCTTACGATACCTTTTAATGTTTTTGTTCATTATTGCACCTCGAGTACAGCTTGTAATGTC----------ACTATAAGTCACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TGCCCT-------GCCTAAATGAATTCT---GAGGAGTGATGATGGTTACGCCCTGCTCATCGGATTAATGCAAAGAATGTAAATATATGCCCAA--TGTAACAGTGATAATAGACAGAAT-TTAGTATAGATATACTATATT-------TAGACTTTAAGTACCATGC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): ATACCAGGTCATGTCCAGTTTAAGTTTTTATTTACTGT