lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 11111 111 1111111 111 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 11111 1 2222 44444444444444444444 1 1111 1 11111 88888888888888888888888888888888888888888 111111111 44444444444444444
lowQualScore : 88 6 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 111 4 6 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 5 1 55555 333 2 77 88 1 5 0000000 555 3 5 9 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444 5 1 4 0000 5 00000000000000000000 5 5 0 8888 99 6 11111 77777777777777777777777777777777777777777 999999999 4 4 22222222222222222 7 2
lowQualScore : .. . ................................................................................................................ . ... . . ..................................................... . . ..... ... . .. .. . . ....... ... . . . .......................................................................................................... ..... . . . .... . .................... . . . .... .. . ..... ......................................... ......... . . ................. . .
lowQualScore : 55 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 777 3 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 1 77777 333 2 22 44 4 7 9999999 777 4 7 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 33333 7 4 0 1111 3 88888888888888888888 0 7 7 1111 11 8 11111 66666666666666666666666666666666666666666 666666666 4 4 88888888888888888 0 5
consensus : NNNNNNNNNNNNATCACGTTACTTATACATCTCAGCACTNCTTGTTGGTCGATTGGTCGATTACCGATCACNTGNTAACCA-CGG------GCGA--TATNCACCT--AGGAAA---AGTGA-----A-A--------NTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTC-GCAAANA-CATAGT----A----ATAAA--A---GTTAT------GNCGTCAAACATTGATTACGC--TAAATTGTTTACGTCGA-CGTCATT-TAAAT-TTAG-A-AAGTG---ATAT-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------TT--CTC-ATTT-----------TAGCAA------TACAACAGAA----AT--G--T---------C----ATAA-----TAATA-AAACANT---TACTGTCTGATGNTA--TCGGCCGTC-AATATCCAAATC-TATGGAC-CCGATCTATGN-GATATTCA-----CC----TC---G--GTATT----C---GTC----TCGGTGA-ATATCACAT-------ANATCAGGTCCATAGA-TTT-GANNATCGACCT-CAN---CATCAGACAATAACTNTATAA
Reference ( gi|1 ) : GTAATTAATAGTATTATGTTATTTATAAAACTC--CACTGCT-AT-----GATT--------ACCGATTACGT-TT--CCA----------GTGT--TATTCACCC--AGGAAA---AGTGA-----A-A--------GTTTTCAAAACA---AATGCATGTGTGTCAAGAATC-ACAAATA-CATAA-----A----ATAGA--A---GTTAT------GTTGTCAAACATTGCTTATGT--TCAATCATTTACGTCAA-TGTCATC-TAAAT-TTAA-A-AAATG---ATGT-TAAAT-------TG-GAAA---A----T-----------TT--CTC-GCTT-----------TAGCAA------TACAACAGAA----AT--G--T---------C----CTAA-----TAATA-AAAGACT---GACTGTCCGGTGCAA--TCGGTCGTC-AATATTCAACTC-TATGGAC-CGAATCTATGG-GATAGTCA-----CC----TC---G--GTATT----CT--GCC----TCGGTGA-CTATCACAT-------ACATCAGGTCCATAGA-TTT-GACT-TTGACCT-CAA---CATCAGACAATAAATGTATAA
gi|2 : ATTACATTACTTATA---CTCAGTATTTCTTATTGGTCAATT--------ACCGATCACCT-GT--CCACCAATAGAAAATGA--TATGTGTCT--GGAAAA---AGTGA-----T-A--------TTGTTCCAAACA---AAAGCACGTGTATCAAGAGTC-ACCAAGG-CATAG-----AAAGTATAAAACA---ATGAT------GGCGTCAAACATTAAATACGC--TAAATTGTTTACGTCGACTG-CATT-TAAAT-TGGG-A-AAGGG---ATAT-TTTTT-------TG-TAAATACA----T-----------AT--TTT-ATTA-----------TAGATA------TACCACAGGA----AT--G--TGTATATGA-C----ATAACATATTAATA-AAGCACT---TACTGT
gi|3 : tcTCATG--ACTTATACATTTT--CACTGTT-GT-----GATTGGTCGATTACCGATCACGTGTTAACCAATGGA-----GCGTCATATACAGCTTAAGGTAT---GGT---------A--------TTATTGAAAATA---TACACACGTATGTCAAGATAC-GCAAGTA-CATAGTC---A----GTATA--AACCGTTATTATGACGTT-TTGAACATTGATTTCGT--TAAAATGTTTAAGTCAG-CGTTATT-TACAT-TTAG-ACAAATAT--AT-T-TAAATA------TA-AAAA---A----------------------------------------AACAACAGATGTACAACAGAA----AA--G--T---------
gi|16 : tA----------GTAA--TATTCACCT--GAGAAA---AGT-------A-ATTTATCTTATTTTCAAAACA---AACGTACGTGTGTCAAGACTC-GTCAATA-CCTAATC---A----GGAGT--G---GTTAT------GACGTCataaatcatttataatgaaacgcttgtatctactgtt
gi|7 : --TGTCCACCC--ACAAGATTAAATGATATTTA-A--------TTGTTTAAAACA---AATGTACGTGTGTCAAGGATCTCCAAAGAGGAGTA-----A----ATGAC--A---GTCAA------GACATCAAACATTGATTATGC--TAAATTGTTTATGTTGA-TGTTA
gi|5 : ttttatgactaataaatttctgaagttacaattggtcatttgctgatcatg--TATACATCT--AAACAA---ATTGA-----T-A--------GTTCTTAGAACAGTTAAGATACGTATGTCAAGGAAA-GCAAACT-CATAATACAGA----ACAAA--A---GGTAT------TACTTTAATCATCGATTACGC--CTTATTATTTACGTCGA-CGTTAAG-TAAAT-TTGG-A-AAGTG---ATAT-TTAATGCGATAATGCGAAA---ACGCCT-----------TTGGCTC-TCTTTTAAATACATGTAGCGA------TACAACA
gi|8 : GGAAA---ATTGG-----ATA--------GTGTTCAAAACA---AATGCACGGGTGTCAAGAGT-----------ATAG-----A----ATA-----------AT-------------AA---TGATTATGT--TGAA-CAT---CGTAGA-CGTCGTC-TAAAT-TTAGCA-AAGTG---ATAT-TAAAT-------GA-GATA---A----T-----------TT--CTT-A-TT-----------TATCAA------TACAATATAAATTTAT--G--TAA-------T----ATAA-----TGATG-AAACATT---GACTG
gi|9 : A-----A----TTAAA--A---GTGAC------GT---CAAACAGTGGTAAAGA--GAAATTGTTTACGTCGA-CGTCTTT-TAAAT-TCAA-A----TGGGCAT-T-T---T-------T--------------T-----------TT--TTC-AGTT-----------TAACAT------TACAACAGAA----AT--GCAT---------CAGTGATAA-----TAATT-AAACACT---TATTGTCTAATGCTA--TCTGT
gi|4 : agtattaaatGTCAATTATTGATCATGTGATCAATG--TTAAGTTGA-CGTTATT-TAAGT-TTAG-A-AG-TG---ATGTATTAAT-------GG-GATT---G----T-----------TT--TTCTATTT-----------T--TAA------TA-AACCG-------T--G--T---------A----ATAA-----TAATA-AAACAGTTAATATTGTTTGATAATA--TTG---GTC-AAAACCCAAATC-TATGTAC-CTGATCTATGG-GATATTCA-----CC----TC---G--ACCTT----CG--GTT----TC-ATGA-ATATCACTT-------ATATCGGGTCCATAGATTTT-GATA-TTGG--T-CAATATTATCAGACGATAAgaatctatgaaact
gi|11 : ttacgattgTTTACATCAA-CGTCATCGTA--TGTTAG-A-AAGTG---CTAT-TAAAT-------GG-GAAA---A----TGGGAACATTTCTT--CTA-ATTC-----------TATCAA------TGCAATAGAA----AC--G--TAACAATAGTC----GTAA-----CAATATAACGATT---AA-TGTCTGATGGTA--TCGGCC----AATATCCAAATA-TATGGAC-Cctttac
gi|6 : gt-----------TT--CGC-ATTT-----------TTGCAA------TATAATCTAACGT-ATTAG--T---------A----ATAC-----TAATA-AAACAGT---CACTGACTGATG--A--T--GTAGGCTAATGTTCAAGTCAGATG-AC-CTTATCCCTAA-AATAAGTA-----CC----TC-------TA------CT--GTCACTGTTGATGA-ACATCACAT-------AGATTAGGCCCAAGGA-CCA-GACA-TCAATCT-CAT---CATCAGACACTATCTTTATAAtg
gi|10 : --G--T---------C----ATGA-----TGATA-ATACATT---TAATACC---TGCAACATCGGCC----AAAATCCAAATA-TATTGTC-CATATTTATAACAATA-TGA-----TA----TT---T--GTATTGTCTCTTGGTT----TCGGTGA-GTATCACAT-------GTCTCATATCCATAGG-TTT-GAATATTGATAT-------CATTAGATAAAAAAca
gi|17 : GTC-AATATTAAAATC-TACGGAC-GTGGTATATGT-AATATTCA-----CCGAAACCAAAG--GTAT----------------------A--TATCACGT-------AGATCAGTTGCAAATA-TTT-Gct
gi|10 : cgaaataTC-AATATTCAAACC-TATGGATATGAGAC-ATGT-GATACTCA-----CC----cg
gi|4 : gtcatgatgataatacatttaatacctgcaacatcggccaaaatccaaatatattgtccatatttataacaatatgatatttgtattgtctcttggtttcC-AATATCAAAATC-TATGGAC-CCGATATAAGT-GATATTCATGAAACC----GA---A--G------------GTC----GAGGTGA-ATATCCCAT-------AGATCAGGTACATAGA-TTTGGGTT-TTGAC---CAATATTATCAAACAATAtatcattagataaaaaact
gi|13 : ttacgattggtcaattattgatcatgtgatcaatgttaagttgacgttatttaagtttagaagtgatgtattaatgggattgtttttctatttttaataaaccgtgtaataataataaaacagttaaATCTTTGG-GATATTCA-----CT----TC---ACAGCATG----TG--ACC----AGGGTAAATTATCACATTTACAAAATATT--GTCCATAGA-CTT-GACA-CCGACAT-CAT---CATCAGACAATAACTGTATgtcaatattatcagacgataactttac
gi|17 : ATCTACGT-GATATATA-----CC----TT---T--G------------GTT----TCGGTGA-ATATTACAT-------ATACCACGTCCGTAGA-TTT-TAATATTGACC
gi|19 : cgaaatacaaatatttgcaactgTCTATGG-ATTTTTCA-----TC----TC---G--GTTTT----CA--GCC----TAGACAA-ATATCAAAT-------AAATCAGGTCCAGAGA-TTT-g
gi|11 : CAGGTCCATATA-TTT-GGATATTGGCCGATAC---CATCAGACATTAA
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): ACATTATTATGTGACTTATCAATTCCCGCTGTTACGATTGGTTAAGTACTGACACGTGTCAATCAACTATTGTGTACTTCTTAATATAGAGCAAGTATGCTGCAAATTATCGATTAAAT
Unaligned ( gi|14 ): TATTATATGAATCATAAAACTTCGTTGCTTGGACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTTACAGGATTCCGAAGTGATATTCACTTGAGAAAACAAACG
Unaligned ( gi|15 ): ATTATATGAATCATAAAACTTCGTTGCTTGGACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTTACAGGATTCCGAAGTGATATTCACTTGAGAAAACAAACGT
Unaligned ( gi|18 ): TGTATTATAAATTTCCACTGTTATGATTGGTCGCTTAACATATCACGTAGCCGCCAACAGCCAATGGTA
Unaligned ( gi|20 ): ATATAAAATACATAATGTCTGATAATATCTGTCAATATCAAAATGCATGGACAGCTGA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 888888888888888888888888888 000000000000000000000000000000 4444444444 111 333333333333333333333 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 222 11 11 1111111 33333333333 11111111 1111111 11 1111
lowQualScore : 0 3 6 999999999999999999999999999 2 1 333333333333333333333333333333 1 0 66 66 4 4444444444 1 6 000 4 1 22 5 1 0 55 444444444444444444444 2 1 66 2 11111 2 5 0 5 5 5 0 0 5 5 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444 1 777 5 2 1 3 2 333 0 00 0 00 7777777 44444444444 33333333 5 8888888 1 00 55 0 1111 3 1 1
lowQualScore : . . . ........................... . . .............................. . . .. .. . .......... . . ... . . .. . . . .. ..................... . . .. . ..... . . . . . . . . . . .. ......................................................... . ...... ................................................. . ... . . . . . ... . .. . .. ....... ........... ........ . ....... . .. .. . .... . . .
lowQualScore : 7 2 5 555555555555555555555555555 0 0 555555555555555555555555555555 0 2 99 11 3 0000000000 0 6 000 0 0 44 7 0 7 44 999999999999999999999 0 0 11 2 22222 0 0 1 0 0 0 4 1 0 0 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 888888 9999999999999999999999999999999999999999999999999 0 000 7 0 0 0 5 222 1 00 7 00 4444444 66666666666 99999999 7 6666666 0 99 00 7 2222 2 0 0
consensus : NNNNNNNNNNNNATTACGTTACTTATAT--ATCTTA-CACTTC-TTGCT----CGATTGGTCAATTACCGATCACGTG-TTAACCA-C-GG--------G----TG--ATATNCACCT--GGGA--AAAGTGA-----A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGACGTC--AAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAATN-TATGGACCTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
Reference ( family-4534 ) : NNNNNNNNNNNNATCACGTTACTTATAC--ATCTCAGCACTNC-TTGTTGGT-CGATTGGTCGATTACCGATCACNTG-NTAACCA-CGG---------G----CG--ATATNCACCT--AGGA--AAAGTGA-----A----ANTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAGT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGNCGTC--AAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATT-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACANT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAATC-TATGGACCCGATCTATGN------GATATTCACCTCG--G-TATTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ANATCAGGTCCATAGATTTGANNATCGACC--TCANCATCAGACAATAACTNTATAA
gi|1 : ATTATGTTATTTATAA--AACTC--CACTGC-T----------AT-----GATTACCGATTACGT--TT--CCA-------------G----TG--TTATTCACCC--AGGA--AAAGTGA-----A----AGTTTTCAAAACA---AATGCATGTGTGTCAAGAATCAC-AAATACATAA--A----A---T-A-GA-A-----GTTATGTTGTC--AAACATTGCTTATGTTC--AATCATTTACGTCAATGTCATC-TAAAT-TTAA-A-AAATGATG-T-TAAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-GCTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CC----TA--------A-----TAATAAAAGACT---GACTGTCCGGTGCAATCGGTCGTCAATATTCAACTC-TATGGACCGAATCTATGG------GATAGTCACCTCG--G-TATTCTGCC----TC--GGTGACT-ATCACAT-------ACATCAGGTCCATAGATTTGACT-TTGACC--TCAACATCAGACAATAAATGTATAA
gi|10 : gtaattaatagt---------G--T--------CA----TG--------A-----TGATAATACATT---TAATACCTG-CAACATCGGCC---AAAATCCAAATA-TATTGTCCATATTTATAACAATATGATATTTGTATTG--TCTCTTG-GTT----TC--GGTGAGT-ATCACAT-------GTCTCATATCCATAGGTTTGAATATTGA-----TATCATTAGATAAAAA
gi|11 : TTTACATCAACGTCATCGTA--TGTTAG-A-AAGTGCTA-T-TAAAT-------GG-GAAA---A----TGGGAACATTTCT----TCTA-ATTC---------TATCAA------TGCAATAGAA----ACGTAACAATAG--T--------CG----TA--------A-----CAATATAACGAT---TAATGTCTGATGGTATCGGC---CAATATCCAAATA-TATGGACCTGact
gi|12 : gtACATTA-TTATGT--GACTTATCAATTC-CCGCTGTTACGATTGGTTAAGTACTGA-CACGTG-TCAATCA-
gi|13 : ATCTTTGG------GATATTCACTTCACAG-CATGT-GAC-----CAGGGTAAATTATCACATTTACAAAATATT--GTCCATAGACTTGAC-ACCGACA--TCATCATCAGACAATAACTGTATactattgtgtacttcttaatatagagcaagtatgctgcaaattatcgattaaat
gi|14 : TTATATGAATCATAAAACTTCGTTGCTTG---GACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTTA-CAGGATTCCGAAG----TG--ATATTCACTT--GAGA--AAA
gi|15 : taTTATATGAATCATAAAACTTCGTTGCTTG---GACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTTA-CAGGATTCCGAAG----TG--ATATTCACTT--GAGA--AAAcaaacg
gi|16 : a--ATATTCACCT--GAGA--AAAGTAATTT--ATCTTATT-TTCAAAACA---AACGTACGTGTGTCAAGACTCGT-CAATACCTAAT-C----A---G-G-AGTG-----GTTATGACGTC--caaacgt
gi|17 : agtaAATA--CAAATA-TTTGCAACTGATCTACGT------GATATATACCT--------TTG-GTT----TC--GGTGAAT-ATTACAT-------ATACCACGTCCGTAGATTTTAATATTGACC--
gi|19 : cgaTCTATGG------ATTTTTCATCTCG--G-TTTTCAGCC----TA--GACAAAT-ATCAAAT-------AAATCAGGTCCAGAGATTTg
gi|2 : ATTACATTACTTATAC-----TCAGTATTTC-TT---------ATTGGTCAATTACCGATCACCTG-TCCACCA-ATA---------GAAAATG--ATATGTGTCT--GGAA--AAAGTGA-----T----ATTGTTCCAAACA---AAAGCACGTGTATCAAGAGTCAC-CAAGGCATAGA-A----AGTAT-A-AA-ACA---ATGATGGCGTC--AAACATTAAATACGCTA--AATTGTTTACGTCGACTGCATT-TAAAT-TGGG-A-AAGGGATA-T-TTTTT-------TG-TAAATACA----T-----------A----TTTT-ATTA---------TAGATA------TACCACAGGA----AT---------G--TGTATATGACA----TA--------ACATATTAATAAAGCACT---TACTGT
gi|20 : tcATAAAATACA---TAATGTCTGATAATAT---CTGTCAATATCAAAATG-CATGGAC
gi|3 : atTCATG--ACTTATAC--ATTTT--CACTG--TTGT------GATTGGTCGATTACCGATCACGTG-TTAACCAATGGA--------G----CGTCATATACAGCTTAAGGT--ATGGT------------ATTATTGAAAATA---TACACACGTATGTCAAGATACGC-AAGTACATAGTCA----G---T-ATAA-ACCGTTATTATGACGTTTTGAACATTGATTTCGTTA--AAATGTTTAAGTCAGCGTTATT-TACAT-TTAG-ACAAAT-ATATT-TAAATA------TA-AAAA---A----------------------------------------AACAACAGATGTACAACAGAA----AA---------G--T---------A----TAAATCATTTA-----TAATGAAACGCT---TG-TATCTACTGTTagctga
gi|4 : t-CGATTGGTCAATTATTGATCATGTG-AT
gi|4 : ttaGTC--AATTATTGATCATGTGATCAAT-GTT-AAGTTGACGTTATT-TAAGT-TTAG-A-A-GTGATG-TATTAAT-------GG-GATT---G----T-----------T----TTTCTATTT---------T--TAA------TA-AACCG-------T---------G--T--------AA----TA--------A-----TAATAAAACAGTTAATATTGTTTGATAATATTG---GTCAAAACCCAAATC-TATGTACCTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--A-CCTTCGGTT----TC---ATGAAT-ATCACTT-------ATATCGGGTCCATAGATTTTGATATTGGTCAAT-ATTATCAGACGATAACTTTAcaatgttaagttgacgttatttaagtttagaagtgatgtattaatgggattgtttttctatttttaataaaccgtgtaataataataaaacagttaatattgtttgataatattggtcaaaacccaaatctatgtacctgatctatgggatattcacctcgaccttcggtttcatgaatatcacttatatcgggtccatagattttgatattggtcaatattatcagacgataactttac
gi|5 : ttacgattgTATACATCT--AAAC--AAATTGA-----T----AGTTCTTAGAACAGTTAAGATACGTATGTCAAGGAAAGC-AAACTCATAAT-ACAGAA---C-A-AA-A-----GGTATTACTTT--AATCATCGATTACGCCT--TATTATTTACGTCGACGTTAAG-TAAAT-TTGG-A-AAGTGATA-T-TTAATGCGATAATGCGAAA---ACGCCT-----------TTGGCTCTC-TTTTAAATACATGTAGCGA------TACAACAc
gi|6 : -----------T----TCGC-ATTT---------TTGCAA------TATAATCTAACGT-ATTA-------G--T--------AA----TA--------C-----TAATAAAACAGT---CACTGACTGATGATGTAGGC---TAATGTTCAAGTCAGAT-GACCTTATCCCTAA------AATAAGTACCTC-----TACT--GTCACTGTT--GATGAAC-ATCACAT-------AGATTAGGCCCAAGGACCAGA-CATCAATC--TCATCATCAGACACTATCTTTATAA
gi|7 : -CAATTGGTCATTTGCTGATCATGTG-T---CCA-C------------------------CCAC----AAGATTAAA-TGATATTTA----ATTGTTTAAAACA---AATGTACGTGTGTCAAGGATCTCCAAAGAGG-AGT-A----AA--T-G-AC-A-----GTCAAGACATC--AAACATTGATTATGCTA--AATTGTTTATGTTGATGTTAca
gi|8 : ttttatgactaataaatttctgaagttaGGA--AAATTGG-----AT---AGTGTTCAAAACA---AATGCACGGGTGTCAAGAGT----ATAGA-ATAAT-A----A---T-G-A---------TTATGTTG-----AACAT----------------------CGTAGACGTCGTC-TAAAT-TTAGCA-AAGTGATA-T-TAAAT-------GA-GATA---A----T-----------T----TCTT-A-TT---------TATCAA------TACAATATAAATTTAT---------G--TAA------TA----TA--------A-----TGATGAAACATT---GACTG
gi|9 : AAT-A----A---TTA-AA-A-----GT---GACGTC--AAACAGTGGTAAAGAGA--AATTGTTTACGTCGACGTCTTT-TAAAT-TCA--A-ATG-GGCA-T-TT--T-------T--------------T-----------T----TTTC-AGTT---------TAACAT------TACAACAGAA----AT---------GCAT--------CAGTGATA--------A-----TAATTAAACACT---TATTGTCTAATGCTATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGTATTATAAATTTCCACTGTTATGATTGGTCGCTTAACATATCACGTAGCCGCCAACAGCCAATGGTA
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888888888888 999999999999999999999999999 33333333 111 333333333333333333333 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 22222 111111 33333333333 11111111 1111111 1 1111
lowQualScore : 0 666666666666666666666666666666 444444444444444444444444444 1 3 55 888 55555555 6 3 000 4 1 22 5 1 0 55 444444444444444444444 0 1 99999 2 11111 2 66 0 5 5 5 0 0 5 5 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444 0 777 5 2 1 55555 0 66 4 77 666666 22222222222 33333333 5 8888888 0 00 1 0 1111 3 1
lowQualScore : . .............................. ........................... . . .. ... ........ . . ... . . .. . . . .. ..................... . . ..... . ..... . .. . . . . . . . . .. ......................................................... . ...... ................................................. . ... . . . ..... . .. . .. ...... ........... ........ . ....... . .. . . .... . .
lowQualScore : 7 555555555555555555555555555555 777777777777777777777777777 0 4 77 666 44444444 6 0 000 0 0 44 7 0 7 44 999999999999999999999 8 0 66666 2 22222 0 11 1 0 0 0 4 1 0 0 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 888888 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7 000 7 0 0 22222 1 77 3 99 444444 66666666666 99999999 7 6666666 3 99 3 7 2222 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNNATTACGTTACTTATA---ATCTTA-CA-CTTC-TTGCT----CG-ATTGGTCAATTACCGATCACGTGT-CAACC-ACGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAG--TGA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--G--TCGAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAATN-TATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
Reference ( family-4534 ) : NNNNNNNNNNNNATTACGTTACTTATAT--ATCTTA-CA-CTTC-TTGCT----CG-ATTGGTCAATTACCGATCACGTGT-TAACC-ACGG---------G------TGATATNCACCTGGGAAAAG--TGA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--G--TCAAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAATN-TATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
gi|1 : ATTATGTTATTTATAA--AACTC--CA-CT-----GCT-------AT-----GATTACCGATTACGT-T-T--CC-A------------G------TGTTATTCACCCAGGAAAAG--TGA---A----AGTTTTCAAAACA---AATGCATGTGTGTCAAGAATCAC-AAATACATAA--A----A---T-A-GA-A-----GTTATGTT--G--TCAAACATTGCTTATGTTC--AATCATTTACGTCAATGTCATC-TAAAT-TTAA-A-AAATGATG-T-TAAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-GCTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CC----TA--------A-----TAATAAAAGACT---GACTGTCCGGTGCAATCGGTCGTCAATATTCAACTC-TATGGAC--CGAATCTATGG------GATAGTCACCTCG--G-TATTCTGCC----TC--GGTGACT-ATCACAT-------ACATCAGGTCCATAGATTTGACT-TTGACC--TCAACATCAGACAATAAATGTATAA
gi|10 : gtaattaatagt---------G--T--------CA----TG--------A-----TGATAATACATT---TAATACCTG-CAACATCGGCC---AAAATCCAAATA-TATTGTC--CATATTTATAACAATATGATATTTGTATTG--TCTCTTG-GTT----TC--GGTGAGT-ATCACAT-------GTCTCATATCCATAGGTTTGAATATTGA-----TATCATTAGATAAAAA
gi|11 : TTTACATCAACGTCATCGTA--TGTTAG-A-AAGTGCTA-T-TAAAT-------GG-GAAA---A----TGGGAACATTTCT----TCTA-ATTC---------TATCAA------TGCAATAGAA----ACGTAACAATAG--T--------CG----TA--------A-----CAATATAACGAT---TAATGTCTGATGGTATCGGC---CAATATCCAAATA-TATGGAC--CTGact
gi|12 : gtATTATGTGACTTAT-----------CA-ATTC-CCGCTGTTACG-ATTGGTTAAGTACTGA-CACGTGT-CAATC-A
gi|13 : acattATCTTTGG------GATATTCACTTCACAG-CATGT-GAC-----CAGGGTAAATTATCACATTTACAAAATATT--GTCCATAGACTTGA-CACCGACA--TCATCATCAGACAATAACTGTATactattgtgtacttcttaatatagagcaagtatgctgcaaattatcgattaaat
gi|14 : TTATATGAATCATA-AAACTTCGTTGCT----TGGACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTT-ACAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAA
gi|15 : taTTATATGAATCATA-AAACTTCGTTGCT----TGGACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTT-ACAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAAcaaacg
gi|16 : a---------G------TAATATTCACCTGAGAAAAG--TAATTTATCTTATT-TTCAAAACA---AACGTACGTGTGTCAAGACTCGT-CAATACCTAAT-C----A---G-G-AGTG-----GTTATGAC--G--TCcaaacgt
gi|17 : aAATA--CAAATA-TTTGCAA--CTGATCTACGT------GATATATACCT--------TTG-GTT----TC--GGTGAAT-ATTACAT-------ATACCACGTCCGTAGATTTTAATATTGACC--
gi|19 : cgaTCTATGG------ATTTTTCATCTCG--G-TTTTCAGCC----TA--GACAAAT-ATCAAAT-------AAATCAGGTCCAGAGATTTg
gi|2 : ATTACATTACTTATA-----CTCAGTA-TTTC-TT----------ATTGGTCAATTACCGATCACCTGT-CCACC-AATA---------GAAAA--TGATATGTGTCTGGAAAAAG--TGA---T----ATTGTTCCAAACA---AAAGCACGTGTATCAAGAGTCAC-CAAGGCATAGA-A----AGTAT-A-AA-ACA---ATGATGGC--G--TCAAACATTAAATACGCTA--AATTGTTTACGTCGACTGCATT-TAAAT-TGGG-A-AAGGGATA-T-TTTTT-------TG-TAAATACA----T-----------A----TTTT-ATTA---------TAGATA------TACCACAGGA----AT---------G--TGTATATGACA----TA--------ACATATTAATAAAGCACT---TACTGT
gi|20 : tcATAAAATACA---TAATGTCTGATAATATC---TGTCAATATCAAAATG-CATGGACAGCTGA
gi|3 : atACTTATAC--ATTTT--CA-CTG--TTGT------G-ATTGGTCGATTACCGATCACGTGT-TAACCAATGGAGC------G------TCATATACAGCTT---AAGGTATGG---T----ATTATTGAAAATA---TACACACGTATGTCAAGATACGC-AAGTACATAGTCA----G---T-ATAA-ACCGTTATTATGAC--GTTTTGAACATTGATTTCGTTA--AAATGTTTAAGTCAGCGTTATT-TACAT-TTAG-ACAAAT-ATATT-TAAATA------TA-AAAA---A----------------------------------------AACAACAGATGTACAACAGAA----AA---------G--T---------A----TAAATCATTTA-----TAATGAAACGCT---TG-TATCTACTGTT
gi|4 : ttcatgTTACGATTGG--TCAATTATTGATCATGTGATCAAT-GTT-AAGTTGACGTTATT-TAAGT-TTAG-A-A-GTGATG-TATTAAT-------GG-GATT---G----T-----------T----TTTCTATTT---------T--TAA------TA-AACCG-------T---------G--T--------AA----TA--------A-----TAATAAAACAGTTAATATTGTTTGATAATATTG---GTCAAAACCCAAATC-TATGTAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--A-CCTTCGGTT----TC---ATGAAT-ATCACTT-------ATATCGGGTCCATAGATTTTGATATTGGTCAAT-ATTATCAGACGATAACTTTA
gi|5 : TATACATCTAAACAAAT--TGAT--A----GTTCTT-AGAACAGTTAAGATACGTATGTCAAGGAAAGC-AAACTCATAAT-ACAGAA---C-A-AA-A-----GGTATTAC--T--TTAATCATCGATTACGCCT--TATTATTTACGTCGACGTTAAG-TAAAT-TTGG-A-AAGTGATA-T-TTAATGCGATAATGCGAAA---ACGCCT-----------TTGGCTCTC-TTTTAAATACATGTAGCGA------TACAACAc
gi|6 : -----------T----TCGC-ATTT---------TTGCAA------TATAATCTAACGT-ATTA-------G--T--------AA----TA--------C-----TAATAAAACAGT---CACTGACTGATGATGTAGGCT---AATGTTCAAGTCAGATG-AC--CTTATCCCTAA------AATAAGTACCTC-----TACT--GTCACTGTT--GATGAAC-ATCACAT-------AGATTAGGCCCAAGGACCAGA-CATCAATC--TCATCATCAGACACTATCTTTATAA
gi|7 : ----CA-ATTGGTCATTTGCTGATCATGTGT-CCACCCACAA---------GATTAAATGATATTTA------------------------ATTGTTTAAAACA---AATGTACGTGTGTCAAGGATCTCCAAAGAGG-AGT-A----AA--T-G-AC-A-----GTCAAGAC--A--TCAAACATTGATTATGCTA--AATTGTTTATGTTGATGTTAca
gi|8 : ttttatgactaataaatttctgaagttaGGAAAAT--TGG---AT---AGTGTTCAAAACA---AATGCACGGGTGTCAAGAGT----ATAGA-ATAAT-A----A---T-G-A---------TTATG-------TTGAACAT----------------------CGTAGACGTCGTC-TAAAT-TTAGCA-AAGTGATA-T-TAAAT-------GA-GATA---A----T-----------T----TCTT-A-TT---------TATCAA------TACAATATAAATTTAT---------G--TAA------TA----TA--------A-----TGATGAAACATT---GACTG
gi|9 : AAT-A----A---TTA-AA-A-----GT---GAC--G--TCAAACAGTGGTAAAGAGA--AATTGTTTACGTCGACGTCTTT-TAAAT-TCA--A-ATG-GGCA-T-TT--T-------T--------------T-----------T----TTTC-AGTT---------TAACAT------TACAACAGAA----AT---------GCAT--------CAGTGATA--------A-----TAATTAAACACT---TATTGTCTAATGCTATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGTATTATAAATTTCCACTGTTATGATTGGTCGCTTAACATATCACGTAGCCGCCAACAGCCAATGGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 8888888888888888888888888888 000000000000000000000000000 333333333333 111 333333333333333333333 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 22222 111111 33333333333 11111111 1111111 1 1111
lowQualScore : 0 2222222222222222222222222222 000000000000000000000000000 0 3 55 0 777777777777 6 3 000 4 1 22 5 1 0 55 444444444444444444444 0 1 66 888 2 11111 2 66 0 5 5 5 0 0 5 5 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444 0 777 5 2 1 55555 0 66 4 77 666666 22222222222 33333333 5 8888888 0 00 1 0 1111 3 1
lowQualScore : . ............................ ........................... . . .. . ............ . . ... . . .. . . . .. ..................... . . .. ... . ..... . .. . . . . . . . . .. ......................................................... . ...... ................................................. . ... . . . ..... . .. . .. ...... ........... ........ . ....... . .. . . .... . .
lowQualScore : 7 3333333333333333333333333333 999999999999999999999999999 5 4 77 7 999999999999 6 0 000 0 0 44 7 0 7 44 999999999999999999999 8 0 11 111 2 22222 0 11 1 0 0 0 4 1 0 0 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 888888 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7 000 7 0 0 22222 1 77 3 99 444444 66666666666 99999999 7 6666666 3 99 3 7 2222 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNNATTACGTTACTTATA-A-NTT--CACTTC-TTGCT----CG-ATTGGTCAATTACCGATCACGTGTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAATN-TATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
Reference ( family-4534 ) : NNNNNNNNNNNNATTACGTTACTTATA-ATCTTA-CACTTC-TTGCT----CG-ATTGGTCAATTACCGATCACGTGTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAATN-TATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
gi|1 : ATTATGTTATTTATA-AAACTC-CACT-----GCT-------AT-----GATTACCGATTACGTTTC----C-A-------------G------TGTTATTCACCCAGGAAAAGT--GA---A----AGTTTTCAAAACA---AATGCATGTGTGTCAAGAATCAC-AAATACATAA--A----A---T-A-GA-A-----GTTATGTT--GTC--AAACATTGCTTATGTTC--AATCATTTACGTCAATGTCATC-TAAAT-TTAA-A-AAATGATG-T-TAAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-GCTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CC----TA--------A-----TAATAAAAGACT---GACTGTCCGGTGCAATCGGTCGTCAATATTCAACTC-TATGGAC--CGAATCTATGG------GATAGTCACCTCG--G-TATTCTGCC----TC--GGTGACT-ATCACAT-------ACATCAGGTCCATAGATTTGACT-TTGACC--TCAACATCAGACAATAAATGTATAA
gi|10 : gtaattaatagt---------G--T--------CA----TG--------A-----TGATAATACATT---TAATACCTG-CAACATCGGCC---AAAATCCAAATA-TATTGTC--CATATTTATAACAATATGATATTTGTATTG--TCTCTTG-GTT----TC--GGTGAGT-ATCACAT-------GTCTCATATCCATAGGTTTGAATATTGA-----TATCATTAGATAAAAA
gi|11 : TTTACATCAACGTCATCGTA--TGTTAG-A-AAGTGCTA-T-TAAAT-------GG-GAAA---A----TGGGAACATTTCT----TCTA-ATTC---------TATCAA------TGCAATAGAA----ACGTAACAATAG--T--------CG----TA--------A-----CAATATAACGAT---TAATGTCTGATGGTATCGGC---CAATATCCAAATA-TATGGAC--CTGact
gi|12 : gtATTATGTGACTTAT---------CAATTC-CCGCTGTTACG-ATTGGTTAAGTACTGA-CACGTGTC-AATC-A-
gi|13 : acattATCTTTGG------GATATTCACTTCACAG-CATGT-GAC-----CAGGGTAAATTATCACATTTACAAAATATT--GTCCATAGACTTGA-CACCGACA--TCATCATCAGACAATAACTGTATactattgtgtacttcttaatatagagcaagtatgctgcaaattatcgattaaat
gi|14 : ACTTCGTTGCT----TGGACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTT-A-CAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAA
gi|15 : tattatatgaatcataaaACTTCGTTGCT----TGGACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTT-A-CAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAAcaaacg
gi|16 : attatatgaatcataaa---------G------TAATATTCACCTGAGAAAAGT--AATTTATCTTATT-TTCAAAACA---AACGTACGTGTGTCAAGACTCGT-CAATACCTAAT-C----A---G-G-AGTG-----GTTATGAC--GTC--caaacgt
gi|17 : aAATA--CAAATA-TTTGCAA--CTGATCTACGT------GATATATACCT--------TTG-GTT----TC--GGTGAAT-ATTACAT-------ATACCACGTCCGTAGATTTTAATATTGACC--
gi|19 : cgaTCTATGG------ATTTTTCATCTCG--G-TTTTCAGCC----TA--GACAAAT-ATCAAAT-------AAATCAGGTCCAGAGATTTg
gi|2 : ATTACATTACTTATA---CTCAGTATTTC-TT----------ATTGGTCAATTACCGATCACCTGTC-CACC-A-ATA---------GAAAA--TGATATGTGTCTGGAAAAAGT--GA---T----ATTGTTCCAAACA---AAAGCACGTGTATCAAGAGTCAC-CAAGGCATAGA-A----AGTAT-A-AA-ACA---ATGATGGC--GTC--AAACATTAAATACGCTA--AATTGTTTACGTCGACTGCATT-TAAAT-TGGG-A-AAGGGATA-T-TTTTT-------TG-TAAATACA----T-----------A----TTTT-ATTA---------TAGATA------TACCACAGGA----AT---------G--TGTATATGACA----TA--------ACATATTAATAAAGCACT---TACTGT
gi|20 : tcATAAAATACA---TAATGTCTGATAATATC---TGTCAATATCAAAATG-CATGGACAGCTGA
gi|3 : atACTTATACATTTT--CACTG--TTGT------G-ATTGGTCGATTACCGATCACGTGTT-AACC-AATGGAGC------G------TCATATACAGCTT---AAGGTATGG---T----ATTATTGAAAATA---TACACACGTATGTCAAGATACGC-AAGTACATAGTCA----G---T-ATAA-ACCGTTATTATGAC--GTTTTGAACATTGATTTCGTTA--AAATGTTTAAGTCAGCGTTATT-TACAT-TTAG-ACAAAT-ATATT-TAAATA------TA-AAAA---A----------------------------------------AACAACAGATGTACAACAGAA----AA---------G--T---------A----TAAATCATTTA-----TAATGAAACGCT---TG-TATCTACTGTT
gi|4 : ttcatgTTACGATTGGTC--AATTATTGATCATGTGATCAAT-GTT-AAGTTGACGTTATT-TAAGT-TTAG-A-A-GTGATG-TATTAAT-------GG-GATT---G----T-----------T----TTTCTATTT---------T--TAA------TA-AACCG-------T---------G--T--------AA----TA--------A-----TAATAAAACAGTTAATATTGTTTGATAATATTG---GTCAAAACCCAAATC-TATGTAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--A-CCTTCGGTT----TC---ATGAAT-ATCACTT-------ATATCGGGTCCATAGATTTTGATATTGGTCAAT-ATTATCAGACGATAACTTTA
gi|5 : TATACATCTAAACAAATT--GAT--A----GTTCTT-AGAACAGTTAAGATACGTATGTCAAGGAAAGC-AAACTCATAAT-ACAGAA---C-A-AA-A-----GGTATTAC--TTT--AATCATCGATTACGCCT--TATTATTTACGTCGACGTTAAG-TAAAT-TTGG-A-AAGTGATA-T-TTAATGCGATAATGCGAAA---ACGCCT-----------TTGGCTCTC-TTTTAAATACATGTAGCGA------TACAACAc
gi|6 : -----------T----TCGC-ATTT---------TTGCAA------TATAATCTAACGT-ATTA-------G--T--------AA----TA--------C-----TAATAAAACAGT---CACTGACTGATGATGTAGGCT---AATGTTCAAGTCAGATG-AC--CTTATCCCTAA------AATAAGTACCTC-----TACT--GTCACTGTT--GATGAAC-ATCACAT-------AGATTAGGCCCAAGGACCAGA-CATCAATC--TCATCATCAGACACTATCTTTATAA
gi|7 : ----CA-ATTGGTCATTTGCTGATCATGTGTC-CACCCA-CAA---------GATTAAATGATATTTA------------------------ATTGTTTAAAACA---AATGTACGTGTGTCAAGGATCTCCAAAGAGG-AGT-A----AA--T-G-AC-A-----GTCAAGAC--ATC--AAACATTGATTATGCTA--AATTGTTTATGTTGATGTTAca
gi|8 : ttttatgactaataaatttctgaagttaGGAAAATT--GG---AT---AGTGTTCAAAACA---AATGCACGGGTGTCAAGAGT----ATAGA-ATAAT-A----A---T-G-A---------TTATG-----TT--GAACAT----------------------CGTAGACGTCGTC-TAAAT-TTAGCA-AAGTGATA-T-TAAAT-------GA-GATA---A----T-----------T----TCTT-A-TT---------TATCAA------TACAATATAAATTTAT---------G--TAA------TA----TA--------A-----TGATGAAACATT---GACTG
gi|9 : AAT-A----A---TTA-AA-A-----GT---GAC--GTC--AAACAGTGGTAAAGAGA--AATTGTTTACGTCGACGTCTTT-TAAAT-TCA--A-ATG-GGCA-T-TT--T-------T--------------T-----------T----TTTC-AGTT---------TAACAT------TACAACAGAA----AT---------GCAT--------CAGTGATA--------A-----TAATTAAACACT---TATTGTCTAATGCTATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGTATTATAAATTTCCACTGTTATGATTGGTCGCTTAACATATCACGTAGCCGCCAACAGCCAATGGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 777777777777777777777777 000000000000000000000000000 333333333333 111 333333333333333333333 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 55555555555555555555555555555555 22222222222222 222 111111 33333333333 11111111 1111111 1 1111
lowQualScore : 2 5 1 444444444444444444444444 000000000000000000000000000 0 3 55 0 777777777777 6 3 000 4 1 22 5 1 0 55 444444444444444444444 0 1 66 888 2 11111 2 66 0 5 5 5 0 0 5 5 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 222222 55555555555555555555555555555555 00000000000000 0 777 5 2 1 3 2 111 0 66 4 77 666666 22222222222 33333333 5 8888888 0 00 1 0 1111 3 1
lowQualScore : . . . ........................ ........................... . . .. . ............ . . ... . . .. . . . .. ..................... . . .. ... . ..... . .. . . . . . . . . .. ......................................................... . ...... ................................ .............. . ... . . . . . ... . .. . .. ...... ........... ........ . ....... . .. . . .... . .
lowQualScore : 8 4 0 666666666666666666666666 999999999999999999999999999 5 4 77 7 999999999999 6 0 000 0 0 44 7 0 7 44 999999999999999999999 8 0 11 111 2 22222 0 11 1 0 0 0 4 1 0 0 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 888888 11111111111111111111111111111111 99999999999999 7 000 7 0 0 0 5 777 1 77 3 99 444444 66666666666 99999999 7 6666666 3 99 3 7 2222 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATA---AAT---ACTTCGTTGCT-CG-ATTGGTCAATTACCGATCACGTGTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------C----ATA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAATN-TATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
Reference ( family-4534 ) : NNNNNNNNNNNNATTACGTTACTTATA---ANTT-CACTTC-TTGCT-CG-ATTGGTCAATTACCGATCACGTGTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------C----ATA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAATN-TATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
gi|1 : ATTATGTTATTTATA---AA----ACTCCACTGCT----AT-----GATTACCGATTACGTTTC----C-A-------------G------TGTTATTCACCCAGGAAAAGT--GA---A----AGTTTTCAAAACA---AATGCATGTGTGTCAAGAATCAC-AAATACATAA--A----A---T-A-GA-A-----GTTATGTT--GTC--AAACATTGCTTATGTTC--AATCATTTACGTCAATGTCATC-TAAAT-TTAA-A-AAATGATG-T-TAAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-GCTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------C----CTA--------A-----TAATAAAAGACT---GACTGTCCGGTGCAATCGGTCGTCAATATTCAACTC-TATGGAC--CGAATCTATGG------GATAGTCACCTCG--G-TATTCTGCC----TC--GGTGACT-ATCACAT-------ACATCAGGTCCATAGATTTGACT-TTGACC--TCAACATCAGACAATAAATGTATAA
gi|10 : gtaattaatagt---------G--T--------C----ATG--------A-----TGATAATACATT---TAATACCTG-CAACATCGGCC---AAAATCCAAATA-TATTGTC--CATATTTATAACAATATGATATTTGTATTG--TCTCTTG-GTT----TC--GGTGAGT-ATCACAT-------GTCTCATATCCATAGGTTTGAATATTGA-----TATCATTAGATAAAAA
gi|11 : TTTACATCAACGTCATCGTA--TGTTAG-A-AAGTGCTA-T-TAAAT-------GG-GAAA---A----TGGGAACATTTCT----TCTA-ATTC---------TATCAA------TGCAATAGAA----ACGTAACAATAG--T--------C----GTA--------A-----CAATATAACGAT---TAATGTCTGATGGTATCGGC---CAATATCCAAATA-TATGGAC--CTGact
gi|12 : gtATTATGTGACTTATC---AATT-C-CCGC-T-GTTACG-ATTGGTTAAGTACTGA-CACGTGTC-AATC-A-
gi|13 : acattATCTTTGG------GATATTCACTTCACAG-CATGT-GAC-----CAGGGTAAATTATCACATTTACAAAATATT--GTCCATAGACTTGA-CACCGACA--TCATCATCAGACAATAACTGTATactattgtgtacttcttaatatagagcaagtatgctgcaaattatcgattaaat
gi|14 : ATTATATGAATCATA---AA----ACTTCGTTGCT-TGGACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTT-A-CAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAA
gi|15 : tATTATATGAATCATA---AA----ACTTCGTTGCT-TGGACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTT-A-CAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAAcaaacg
gi|16 : ---------G------TAATATTCACCTGAGAAAAGT--AATTTATCTTATT-TTCAAAACA---AACGTACGTGTGTCAAGACTCGT-CAATACCTAAT-C----A---G-G-AGTG-----GTTATGAC--GTC--caaacgt
gi|17 : aAATA--CAAATA-TTTGCAA--CTGATCTACGT------GATATATACCT--------TTG-GTT----TC--GGTGAAT-ATTACAT-------ATACCACGTCCGTAGATTTTAATATTGACC--
gi|19 : cgaTCTATGG------ATTTTTCATCTCG--G-TTTTCAGCC----TA--GACAAAT-ATCAAAT-------AAATCAGGTCCAGAGATTTg
gi|2 : ATTACATTACTTATACTCAGT---ATTTC-TT-------ATTGGTCAATTACCGATCACCTGTC-CACC-A-ATA---------GAAAA--TGATATGTGTCTGGAAAAAGT--GA---T----ATTGTTCCAAACA---AAAGCACGTGTATCAAGAGTCAC-CAAGGCATAGA-A----AGTAT-A-AA-ACA---ATGATGGC--GTC--AAACATTAAATACGCTA--AATTGTTTACGTCGACTGCATT-TAAAT-TGGG-A-AAGGGATA-T-TTTTT-------TG-TAAATACA----T-----------A----TTTT-ATTA---------TAGATA------TACCACAGGA----AT---------G--TGTATATGAC----ATA--------ACATATTAATAAAGCACT---TACTGT
gi|20 : tcATAAAATACA---TAATGTCTGATAATAT---CTGTCAATATCAAAATG-CATGGACAGCTGA
gi|3 : atACTTATAC--ATTTTCACTG--TTGT---G-ATTGGTCGATTACCGATCACGTGTT-AACC-AATGGAGC------G------TCATATACAGCTT---AAGGTATGG---T----ATTATTGAAAATA---TACACACGTATGTCAAGATACGC-AAGTACATAGTCA----G---T-ATAA-ACCGTTATTATGAC--GTTTTGAACATTGATTTCGTTA--AAATGTTTAAGTCAGCGTTATT-TACAT-TTAG-ACAAAT-ATATT-TAAATA------TA-AAAA---A----------------------------------------AACAACAGATGTACAACAGAA----AA---------G--T-------------ATAAATCATTTA-----TAATGAAACGCT---TG-TATCTACTGTT
gi|4 : ttcatgTTACGATTGGTC--AATTATTGATCATGTGATCAAT-GTT-AAGTTGACGTTATT-TAAGT-TTAG-A-A-GTGATG-TATTAAT-------GG-GATT---G----T-----------T----TTTCTATTT---------T--TAA------TA-AACCG-------T---------G--T--------A----ATA--------A-----TAATAAAACAGTTAATATTGTTTGATAATATTG---GTCAAAACCCAAATC-TATGTAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--A-CCTTCGGTT----TC---ATGAAT-ATCACTT-------ATATCGGGTCCATAGATTTTGATATTGGTCAAT-ATTATCAGACGATAACTTTA
gi|5 : TATACATCTAAACAAATT--GAT--A----GTTCTT-AGAACAGTTAAGATACGTATGTCAAGGAAAGC-AAACTCATAAT-ACAGAA---C-A-AA-A-----GGTATTAC--TTT--AATCATCGATTACGCCT--TATTATTTACGTCGACGTTAAG-TAAAT-TTGG-A-AAGTGATA-T-TTAATGCGATAATGCGAAA---ACGCCT-----------TTGGCTCTC-TTTTAAATACATGTAGCGA------TACAACAc
gi|6 : -----------T----TCGC-ATTT---------TTGCAA------TATAATCTAACGT-ATTA-------G--T--------A----ATA--------C-----TAATAAAACAGT---CACTGACTGATGATGTAGGCT---AATGTTCAAGTCAGATG-AC--CTTATCCCTAA------AATAAGTACCTC-----TACT--GTCACTGTT--GATGAAC-ATCACAT-------AGATTAGGCCCAAGGACCAGA-CATCAATC--TCATCATCAGACACTATCTTTATAA
gi|7 : -CA-ATTGGTCATTTGCTGATCATGTGTC-CACCCA-CAA---------GATTAAATGATATTTA------------------------ATTGTTTAAAACA---AATGTACGTGTGTCAAGGATCTCCAAAGAGG-AGT-A----AA--T-G-AC-A-----GTCAAGAC--ATC--AAACATTGATTATGCTA--AATTGTTTATGTTGATGTTAca
gi|8 : ttttatgactaataaatttctgaagttaGGAAAATT--GG---AT---AGTGTTCAAAACA---AATGCACGGGTGTCAAGAGT----ATAGA-ATAAT-A----A---T-G-A---------TTATG-----TT--GAACAT----------------------CGTAGACGTCGTC-TAAAT-TTAGCA-AAGTGATA-T-TAAAT-------GA-GATA---A----T-----------T----TCTT-A-TT---------TATCAA------TACAATATAAATTTAT---------G--TAA------T----ATA--------A-----TGATGAAACATT---GACTG
gi|9 : AAT-A----A---TTA-AA-A-----GT---GAC--GTC--AAACAGTGGTAAAGAGA--AATTGTTTACGTCGACGTCTTT-TAAAT-TCA--A-ATG-GGCA-T-TT--T-------T--------------T-----------T----TTTC-AGTT---------TAACAT------TACAACAGAA----AT---------GCAT--------CAGTGATA--------A-----TAATTAAACACT---TATTGTCTAATGCTATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGTATTATAAATTTCCACTGTTATGATTGGTCGCTTAACATATCACGTAGCCGCCAACAGCCAATGGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 3333333333333333333 000000000000000000000000000 333333333333 111 333333333333333333333 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 222 111111 33333333333 11111111 1111111 1111
lowQualScore : 000 7777777777777777777 000000000000000000000000000 0 3 55 0 777777777777 6 3 000 4 1 22 5 1 0 55 444444444444444444444 0 1 66 888 2 11111 2 66 0 5 5 5 0 0 5 5 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444 0 777 5 2 1 3 2 333 0 66 0 77 666666 22222222222 33333333 5 8888888 0 00 44 0 1111 3 1
lowQualScore : ... ................... ........................... . . .. . ............ . . ... . . .. . . . .. ..................... . . .. ... . ..... . .. . . . . . . . . .. ......................................................... . ...... ................................................. . ... . . . . . ... . .. . .. ...... ........... ........ . ....... . .. .. . .... . .
lowQualScore : 000 4444444444444444444 999999999999999999999999999 5 4 77 7 999999999999 6 0 000 0 0 44 7 0 7 44 999999999999999999999 8 0 11 111 2 22222 0 11 1 0 0 0 4 1 0 0 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 888888 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7 000 7 0 0 0 5 222 1 77 7 99 444444 66666666666 99999999 7 6666666 3 99 88 7 2222 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATA---AATACTTC----GCTGCT-T-GATTGGTCAATTACCGATCACGTGTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
Reference ( family-4534 ) : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATA---AATACTTC----GTTGCT-C-GATTGGTCAATTACCGATCACGTGTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAAT-NTATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
gi|1 : ATTATGTTATTTATA---AA-ACTCC----ACTGCT----AT-----GATTACCGATTACGTTTC----C-A-------------G------TGTTATTCACCCAGGAAAAGT--GA---A----AGTTTTCAAAACA---AATGCATGTGTGTCAAGAATCAC-AAATACATAA--A----A---T-A-GA-A-----GTTATGTT--GTC--AAACATTGCTTATGTTC--AATCATTTACGTCAATGTCATC-TAAAT-TTAA-A-AAATGATG-T-TAAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-GCTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CC----TA--------A-----TAATAAAAGACT---GACTGTCCGGTGCAATCGGTCGTCAATATTCAACT-CTATGGAC--CGAATCTATGG------GATAGTCACCTCG--G-TATTCTGCC----TC--GGTGACT-ATCACAT-------ACATCAGGTCCATAGATTTGACT-TTGACC--TCAACATCAGACAATAAATGTATAA
gi|10 : gtaattaatagt---------G--T--------CA----TG--------A-----TGATAATACATT---TAATACCTG-CAACATCGGCC---AAAATCCAAAT-ATATTGTC--CATATTTATAACAATATGATATTTGTATTG--TCTCTTG-GTT----TC--GGTGAGT-ATCACAT-------GTCTCATATCCATAGGTTTGAATATTGA-----TATCATTAGATAAAAA
gi|11 : TTTACATCAACGTCATCGTA--TGTTAG-A-AAGTGCTA-T-TAAAT-------GG-GAAA---A----TGGGAACATTTCT----TCTA-ATTC---------TATCAA------TGCAATAGAA----ACGTAACAATAG--T--------CG----TA--------A-----CAATATAACGAT---TAATGTCTGATGGTATCGGC---CAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGact
gi|12 : gtATTATGTGACTTATC---AATTC-CC----GCTGTTAC-GATTGGTTAAGTACTGA-CACGTGTC-AATC-A-
gi|13 : acattATCTTTGG------GATATTCACTTCACAG-CATGT-GAC-----CAGGGTAAATTATCACATTTACAAAATATT--GTCCATAGACTTGA-CACCGACA--TCATCATCAGACAATAACTGTATactattgtgtacttcttaatatagagcaagtatgctgcaaattatcgattaaat
gi|14 : ATTATATGAATCATA---AA-ACTTC----GTTGCT-TGGACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTT-A-CAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAA
gi|15 : tATTATATGAATCATA---AA-ACTTC----GTTGCT-TGGACTGGTCAATGACCGATCATGTGTCTATTT-A-CAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAAcaaacg
gi|16 : ---------G------TAATATTCACCTGAGAAAAGT--AATTTATCTTATT-TTCAAAACA---AACGTACGTGTGTCAAGACTCGT-CAATACCTAAT-C----A---G-G-AGTG-----GTTATGAC--GTC--caaacgt
gi|17 : aAATA--CAAAT-ATTTGCAA--CTGATCTACGT------GATATATACCT--------TTG-GTT----TC--GGTGAAT-ATTACAT-------ATACCACGTCCGTAGATTTTAATATTGACC--
gi|19 : cgaTCTATGG------ATTTTTCATCTCG--G-TTTTCAGCC----TA--GACAAAT-ATCAAAT-------AAATCAGGTCCAGAGATTTg
gi|2 : ATTACATTACTTATACTCAGTATTTC-----TT-------ATTGGTCAATTACCGATCACCTGTC-CACC-A-ATA---------GAAAA--TGATATGTGTCTGGAAAAAGT--GA---T----ATTGTTCCAAACA---AAAGCACGTGTATCAAGAGTCAC-CAAGGCATAGA-A----AGTAT-A-AA-ACA---ATGATGGC--GTC--AAACATTAAATACGCTA--AATTGTTTACGTCGACTGCATT-TAAAT-TGGG-A-AAGGGATA-T-TTTTT-------TG-TAAATACA----T-----------A----TTTT-ATTA---------TAGATA------TACCACAGGA----AT---------G--TGTATATGACA----TA--------ACATATTAATAAAGCACT---TACTGT
gi|20 : tcATAAAATACA---TAATGTCTGATAATAT---CTGTCAATATCAAAAT-GCATGGACAGCTGA
gi|3 : atATGACTTATA---CAT-TTTC----ACTGTTGT-GATTGGTCGATTACCGATCACGTGTT-AACC-AATGGAGC------G------TCATATACAGCTT---AAGGTATGG---T----ATTATTGAAAATA---TACACACGTATGTCAAGATACGC-AAGTACATAGTCA----G---T-ATAA-ACCGTTATTATGAC--GTTTTGAACATTGATTTCGTTA--AAATGTTTAAGTCAGCGTTATT-TACAT-TTAG-ACAAAT-ATATT-TAAATA------TA-AAAA---A----------------------------------------AACAACAGATGTACAACAGAA----AA---------G--T---------A----TAAATCATTTA-----TAATGAAACGCT---TG-TATCTACTGTT
gi|4 : ttcTTACGATTGGTC--AATTATTGATCATGTGATCAAT-GTT-AAGTTGACGTTATT-TAAGT-TTAG-A-A-GTGATG-TATTAAT-------GG-GATT---G----T-----------T----TTTCTATTT---------T--TAA------TA-AACCG-------T---------G--T--------AA----TA--------A-----TAATAAAACAGTTAATATTGTTTGATAATATTG---GTCAAAACCCAAAT-CTATGTAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--A-CCTTCGGTT----TC---ATGAAT-ATCACTT-------ATATCGGGTCCATAGATTTTGATATTGGTCAAT-ATTATCAGACGATAACTTTA
gi|5 : TATACATCTAAACAAATT--GAT--A----GTTCTT-AGAACAGTTAAGATACGTATGTCAAGGAAAGC-AAACTCATAAT-ACAGAA---C-A-AA-A-----GGTATTAC--TTT--AATCATCGATTACGCCT--TATTATTTACGTCGACGTTAAG-TAAAT-TTGG-A-AAGTGATA-T-TTAATGCGATAATGCGAAA---ACGCCT-----------TTGGCTCTC-TTTTAAATACATGTAGCGA------TACAACAc
gi|6 : -----------T----TCGC-ATTT---------TTGCAA------TATAATCTAACGT-ATTA-------G--T--------AA----TA--------C-----TAATAAAACAGT---CACTGACTGATGATGTAGGC---TAATGTTCAAGTCAGAT-GAC--CTTATCCCTAA------AATAAGTACCTC-----TACT--GTCACTGTT--GATGAAC-ATCACAT-------AGATTAGGCCCAAGGACCAG-ACATCAATC--TCATCATCAGACACTATCTTTATAA
gi|7 : TTTTATGACTAATA---AAT--TTCTGAAGTTAC----AATTGGTCATTTGCTGATCATGTGTC-CACCCA-CAA---------GATTAAATGATATTTA------------------------ATTGTTTAAAACA---AATGTACGTGTGTCAAGGATCTCCAAAGAGG-AGT-A----AA--T-G-AC-A-----GTCAAGAC--ATC--AAACATTGATTATGCTA--AATTGTTTATGTTGATGTTAca
gi|8 : GGAAAATT--GG---AT---AGTGTTCAAAACA---AATGCACGGGTGTCAAGAGT----ATAGA-ATAAT-A----A---T-G-A---------TTATG-----TT--GAACAT----------------------CGTAGACGTCGTC-TAAAT-TTAGCA-AAGTGATA-T-TAAAT-------GA-GATA---A----T-----------T----TCTT-A-TT---------TATCAA------TACAATATAAATTTAT---------G--TAA------TA----TA--------A-----TGATGAAACATT---GACTG
gi|9 : AAT-A----A---TTA-AA-A-----GT---GAC--GTC--AAACAGTGGTAAAGAGA--AATTGTTTACGTCGACGTCTTT-TAAAT-TCA--A-ATG-GGCA-T-TT--T-------T--------------T-----------T----TTTC-AGTT---------TAACAT------TACAACAGAA----AT---------GCAT--------CAGTGATA--------A-----TAATTAAACACT---TATTGTCTAATGCTATC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGTATTATAAATTTCCACTGTTATGATTGGTCGCTTAACATATCACGTAGCCGCCAACAGCCAATGGTA
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 1111 999999999999999999999999999 333333333333 111 333333333333333333333 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 222 111111 33333333333 11111111 1111111 1111
lowQualScore : 888 00000000000000000000 5 0000 555555555555555555555555555 0 3 55 0 777777777777 6 3 000 4 1 22 5 1 0 55 444444444444444444444 0 1 66 888 2 11111 2 66 0 5 5 5 0 0 5 5 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444 0 777 5 2 1 3 2 333 0 5 0 77 666666 22222222222 33333333 5 8888888 0 00 44 0 1111 3 1
lowQualScore : ... .................... . .... ........................... . . .. . ............ . . ... . . .. . . . .. ..................... . . .. ... . ..... . .. . . . . . . . . .. ......................................................... . ...... ................................................. . ... . . . . . ... . . . .. ...... ........... ........ . ....... . .. .. . .... . .
lowQualScore : 888 66666666666666666666 0 6666 000000000000000000000000000 5 4 77 7 999999999999 6 0 000 0 0 44 7 0 7 44 999999999999999999999 8 0 11 111 2 22222 0 11 1 0 0 0 4 1 0 0 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 888888 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7 000 7 0 0 0 5 222 1 7 7 99 444444 66666666666 99999999 7 6666666 3 99 88 7 2222 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATA---AATACTTC----GCTGCT-T-GATTGGTCGATTACCG-ATCACGT----GTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
Reference ( family-4534 ) : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATA---AATACTTC----GCTGCT-T-GATTGGTCAATTACCG-ATCACGT----GTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
gi|1 : ATTATGTTATTTATA---AA-ACTCC----ACTGCT----AT-----GATTACCG-ATTACGT----TTC----C-A-------------G------TGTTATTCACCCAGGAAAAGT--GA---A----AGTTTTCAAAACA---AATGCATGTGTGTCAAGAATCAC-AAATACATAA--A----A---T-A-GA-A-----GTTATGTT--GTC--AAACATTGCTTATGTTC--AATCATTTACGTCAATGTCATC-TAAAT-TTAA-A-AAATGATG-T-TAAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-GCTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CC----TA--------A-----TAATAAAAGACT---GACTGTCCGGTGCAATCGGTCGTCAATATTCAACT-CTATGGAC--CGAATCTATGG------GATAGTCACCTCG--G-TATTCTGCC----TC--GGTGACT-ATCACAT-------ACATCAGGTCCATAGATTTGACT-TTGACC--TCAACATCAGACAATAAATGTATAA
gi|10 : gtaattaatagt---------G--T--------CA----TG--------A-----TGATAATACATT---TAATACCTG-CAACATCGGCC---AAAATCCAAAT-ATATTGTC--CATATTTATAACAATATGATATTTGTATTG--TCTCTTG-GTT----TC--GGTGAGT-ATCACAT-------GTCTCATATCCATAGGTTTGAATATTGA-----TATCATTAGATAAAAA
gi|11 : TTTACATCAACGTCATCGTA--TGTTAG-A-AAGTGCTA-T-TAAAT-------GG-GAAA---A----TGGGAACATTTCT----TCTA-ATTC---------TATCAA------TGCAATAGAA----ACGTAACAATAG--T--------CG----TA--------A-----CAATATAACGAT---TAATGTCTGATGGTATCGGC---CAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGact
gi|12 : gtATTATGTGACTTATC---AATTC-CC----GCTGTTAC-GATTGGTTAAGTACTG-A-CACGT----GTC-AATC-A-
gi|13 : acattATCTTTGG------GATATTCACTTCACAG-CATGT-GAC-----CAGGGTAAATTATCACATTTACAAAATATT--GTCCATAGACTTGA-CACCGACA--TCATCATCAGACAATAACTGTATactattgtgtacttcttaatatagagcaagtatgctgcaaattatcgattaaat
gi|14 : ATTATATGAATCATA---AA-ACTTC----GTTGCT-TGGACTGGTCAATGACCG-ATCATGT----GTCTATTT-A-CAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAA
gi|15 : tATTATATGAATCATA---AA-ACTTC----GTTGCT-TGGACTGGTCAATGACCG-ATCATGT----GTCTATTT-A-CAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAAcaaacg
gi|16 : ---------G------TAATATTCACCTGAGAAAAGT--AATTTATCTTATT-TTCAAAACA---AACGTACGTGTGTCAAGACTCGT-CAATACCTAAT-C----A---G-G-AGTG-----GTTATGAC--GTC--caaacgt
gi|17 : aAATA--CAAAT-ATTTGCAA--CTGATCTACGT------GATATATACCT--------TTG-GTT----TC--GGTGAAT-ATTACAT-------ATACCACGTCCGTAGATTTTAATATTGACC--
gi|18 : cgaTTATA---AAT-TTCC----ACTGTTAT-GATTGGTCGCTTAACATATCACGTAGCCGCC-AACg
gi|19 : tgtaTCTATGG------ATTTTTCATCTCG--G-TTTTCAGCC----TA--GACAAAT-ATCAAAT-------AAATCAGGTCCAGAGATTTagccaatggta
gi|2 : ATTACATTACTTATACTCAGTATTTC---------T-T--ATTGGTCAATTACCG-ATCACCT----GTC-CACC-A-ATA---------GAAAA--TGATATGTGTCTGGAAAAAGT--GA---T----ATTGTTCCAAACA---AAAGCACGTGTATCAAGAGTCAC-CAAGGCATAGA-A----AGTAT-A-AA-ACA---ATGATGGC--GTC--AAACATTAAATACGCTA--AATTGTTTACGTCGACTGCATT-TAAAT-TGGG-A-AAGGGATA-T-TTTTT-------TG-TAAATACA----T-----------A----TTTT-ATTA---------TAGATA------TACCACAGGA----AT---------G--TGTATATGACA----TA--------ACATATTAATAAAGCACT---TACTGT
gi|20 : tcATAAAATACA---TAATGTCTGATAATAT---CTGTCAATATCAAAAT-GCATGGACAGCTGA
gi|3 : atATGACTTATA---CAT-TTTC----ACTGTTGT-GATTGGTCGATTACCG-ATCACGT----GTT-AACC-AATGGAGC------G------TCATATACAGCTT---AAGGTATGG---T----ATTATTGAAAATA---TACACACGTATGTCAAGATACGC-AAGTACATAGTCA----G---T-ATAA-ACCGTTATTATGAC--GTTTTGAACATTGATTTCGTTA--AAATGTTTAAGTCAGCGTTATT-TACAT-TTAG-ACAAAT-ATATT-TAAATA------TA-AAAA---A----------------------------------------AACAACAGATGTACAACAGAA----AA---------G--T---------A----TAAATCATTTA-----TAATGAAACGCT---TG-TATCTACTGTT
gi|4 : ttcTTACGATTGGTC--AATTATTGATCATGTGATCAAT-GTT-AAGTTGACGTTATT-TAAGT-TTAG-A-A-GTGATG-TATTAAT-------GG-GATT---G----T-----------T----TTTCTATTT---------T--TAA------TA-AACCG-------T---------G--T--------AA----TA--------A-----TAATAAAACAGTTAATATTGTTTGATAATATTG---GTCAAAACCCAAAT-CTATGTAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--A-CCTTCGGTT----TC---ATGAAT-ATCACTT-------ATATCGGGTCCATAGATTTTGATATTGGTCAAT-ATTATCAGACGATAACTTTA
gi|5 : TATACATCTAAACAAATT--GAT--A----GTTCTT-AGAACAGTTAAGATACGTATGTCAAGGAAAGC-AAACTCATAAT-ACAGAA---C-A-AA-A-----GGTATTAC--TTT--AATCATCGATTACGCCT--TATTATTTACGTCGACGTTAAG-TAAAT-TTGG-A-AAGTGATA-T-TTAATGCGATAATGCGAAA---ACGCCT-----------TTGGCTCTC-TTTTAAATACATGTAGCGA------TACAACAc
gi|6 : -----------T----TCGC-ATTT---------TTGCAA------TATAATCTAACGT-ATTA-------G--T--------AA----TA--------C-----TAATAAAACAGT---CACTGACTGATGATGTAGGC---TAATGTTCAAGTCAGAT-GAC--CTTATCCCTAA------AATAAGTACCTC-----TACT--GTCACTGTT--GATGAAC-ATCACAT-------AGATTAGGCCCAAGGACCAG-ACATCAATC--TCATCATCAGACACTATCTTTATAA
gi|7 : TTTTATGACTAATA---AAT--TTCTGAAGTTAC----AATTGGTCATTTGCTG-ATCATGT----GTC-CACCCA-CAA---------GATTAAATGATATTTA------------------------ATTGTTTAAAACA---AATGTACGTGTGTCAAGGATCTCCAAAGAGG-AGT-A----AA--T-G-AC-A-----GTCAAGAC--ATC--AAACATTGATTATGCTA--AATTGTTTATGTTGATGTTAca
gi|8 : GGAAAATT--GG---AT---AGTGTTCAAAACA---AATGCACGGGTGTCAAGAGT----ATAGA-ATAAT-A----A---T-G-A---------TTATG-----TT--GAACAT----------------------CGTAGACGTCGTC-TAAAT-TTAGCA-AAGTGATA-T-TAAAT-------GA-GATA---A----T-----------T----TCTT-A-TT---------TATCAA------TACAATATAAATTTAT---------G--TAA------TA----TA--------A-----TGATGAAACATT---GACTG
gi|9 : AAT-A----A---TTA-AA-A-----GT---GAC--GTC--AAACAGTGGTAAAGAGA--AATTGTTTACGTCGACGTCTTT-TAAAT-TCA--A-ATG-GGCA-T-TT--T-------T--------------T-----------T----TTTC-AGTT---------TAACAT------TACAACAGAA----AT---------GCAT--------CAGTGATA--------A-----TAATTAAACACT---TATTGTCTAATGCTATC
Alignments
lowQualScore : 33333333333333333333 1111 999999999999999999999999999 333333333333 111 333333333333333333333 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 222 111111 33333333333 11111111 1111111 1111
lowQualScore : 888 00000000000000000000 5 0000 555555555555555555555555555 0 3 55 0 777777777777 6 3 000 4 1 22 5 1 0 55 444444444444444444444 0 1 66 888 2 11111 2 66 0 5 5 5 0 0 5 5 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444 0 777 5 2 1 3 2 333 0 5 0 77 666666 22222222222 33333333 5 8888888 0 00 44 0 1111 3 1
lowQualScore : ... .................... . .... ........................... . . .. . ............ . . ... . . .. . . . .. ..................... . . .. ... . ..... . .. . . . . . . . . .. ......................................................... . ...... ................................................. . ... . . . . . ... . . . .. ...... ........... ........ . ....... . .. .. . .... . .
lowQualScore : 888 66666666666666666666 0 6666 000000000000000000000000000 5 4 77 7 999999999999 6 0 000 0 0 44 7 0 7 44 999999999999999999999 8 0 11 111 2 22222 0 11 1 0 0 0 4 1 0 0 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 888888 9999999999999999999999999999999999999999999999999 7 000 7 0 0 0 5 222 1 7 7 99 444444 66666666666 99999999 7 6666666 3 99 88 7 2222 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATA---AATACTTC----GCTGCT-T-GATTGGTCGATTACCG-ATCACGT----GTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
Reference ( family-4534 ) : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATA---AATACTTC----GCTGCT-T-GATTGGTCGATTACCG-ATCACGT----GTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
gi|1 : ATTATGTTATTTATA---AA-ACTCC----ACTGCT----AT-----GATTACCG-ATTACGT----TTC----C-A-------------G------TGTTATTCACCCAGGAAAAGT--GA---A----AGTTTTCAAAACA---AATGCATGTGTGTCAAGAATCAC-AAATACATAA--A----A---T-A-GA-A-----GTTATGTT--GTC--AAACATTGCTTATGTTC--AATCATTTACGTCAATGTCATC-TAAAT-TTAA-A-AAATGATG-T-TAAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-GCTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CC----TA--------A-----TAATAAAAGACT---GACTGTCCGGTGCAATCGGTCGTCAATATTCAACT-CTATGGAC--CGAATCTATGG------GATAGTCACCTCG--G-TATTCTGCC----TC--GGTGACT-ATCACAT-------ACATCAGGTCCATAGATTTGACT-TTGACC--TCAACATCAGACAATAAATGTATAA
gi|10 : gtaattaatagt---------G--T--------CA----TG--------A-----TGATAATACATT---TAATACCTG-CAACATCGGCC---AAAATCCAAAT-ATATTGTC--CATATTTATAACAATATGATATTTGTATTG--TCTCTTG-GTT----TC--GGTGAGT-ATCACAT-------GTCTCATATCCATAGGTTTGAATATTGA-----TATCATTAGATAAAAA
gi|11 : TTTACATCAACGTCATCGTA--TGTTAG-A-AAGTGCTA-T-TAAAT-------GG-GAAA---A----TGGGAACATTTCT----TCTA-ATTC---------TATCAA------TGCAATAGAA----ACGTAACAATAG--T--------CG----TA--------A-----CAATATAACGAT---TAATGTCTGATGGTATCGGC---CAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGact
gi|12 : gtATTATGTGACTTATC---AATTC-CC----GCTGTTAC-GATTGGTTAAGTACTG-A-CACGT----GTC-AATC-A-
gi|13 : acattATCTTTGG------GATATTCACTTCACAG-CATGT-GAC-----CAGGGTAAATTATCACATTTACAAAATATT--GTCCATAGACTTGA-CACCGACA--TCATCATCAGACAATAACTGTATactattgtgtacttcttaatatagagcaagtatgctgcaaattatcgattaaat
gi|14 : ATTATATGAATCATA---AA-ACTTC----GTTGCT-TGGACTGGTCAATGACCG-ATCATGT----GTCTATTT-A-CAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAA
gi|15 : tATTATATGAATCATA---AA-ACTTC----GTTGCT-TGGACTGGTCAATGACCG-ATCATGT----GTCTATTT-A-CAGGATTCCGAAG------TGATATTCACTTGAGAAAAcaaacg
gi|16 : ---------G------TAATATTCACCTGAGAAAAGT--AATTTATCTTATT-TTCAAAACA---AACGTACGTGTGTCAAGACTCGT-CAATACCTAAT-C----A---G-G-AGTG-----GTTATGAC--GTC--caaacgt
gi|17 : aAATA--CAAAT-ATTTGCAA--CTGATCTACGT------GATATATACCT--------TTG-GTT----TC--GGTGAAT-ATTACAT-------ATACCACGTCCGTAGATTTTAATATTGACC--
gi|18 : cgaTTATA---AAT-TTCC----ACTGTTAT-GATTGGTCGCTTAACATATCACGTAGCCGCC-AACg
gi|19 : tgtaTCTATGG------ATTTTTCATCTCG--G-TTTTCAGCC----TA--GACAAAT-ATCAAAT-------AAATCAGGTCCAGAGATTTagccaatggta
gi|2 : ATTACATTACTTATACTCAGTATTTC---------T-T--ATTGGTCAATTACCG-ATCACCT----GTC-CACC-A-ATA---------GAAAA--TGATATGTGTCTGGAAAAAGT--GA---T----ATTGTTCCAAACA---AAAGCACGTGTATCAAGAGTCAC-CAAGGCATAGA-A----AGTAT-A-AA-ACA---ATGATGGC--GTC--AAACATTAAATACGCTA--AATTGTTTACGTCGACTGCATT-TAAAT-TGGG-A-AAGGGATA-T-TTTTT-------TG-TAAATACA----T-----------A----TTTT-ATTA---------TAGATA------TACCACAGGA----AT---------G--TGTATATGACA----TA--------ACATATTAATAAAGCACT---TACTGT
gi|20 : tcATAAAATACA---TAATGTCTGATAATAT---CTGTCAATATCAAAAT-GCATGGACAGCTGA
gi|3 : atATGACTTATA---CAT-TTTC----ACTGTTGT-GATTGGTCGATTACCG-ATCACGT----GTT-AACC-AATGGAGC------G------TCATATACAGCTT---AAGGTATGG---T----ATTATTGAAAATA---TACACACGTATGTCAAGATACGC-AAGTACATAGTCA----G---T-ATAA-ACCGTTATTATGAC--GTTTTGAACATTGATTTCGTTA--AAATGTTTAAGTCAGCGTTATT-TACAT-TTAG-ACAAAT-ATATT-TAAATA------TA-AAAA---A----------------------------------------AACAACAGATGTACAACAGAA----AA---------G--T---------A----TAAATCATTTA-----TAATGAAACGCT---TG-TATCTACTGTT
gi|4 : ttcTTACGATTGGTC--AATTATTGATCATGTGATCAAT-GTT-AAGTTGACGTTATT-TAAGT-TTAG-A-A-GTGATG-TATTAAT-------GG-GATT---G----T-----------T----TTTCTATTT---------T--TAA------TA-AACCG-------T---------G--T--------AA----TA--------A-----TAATAAAACAGTTAATATTGTTTGATAATATTG---GTCAAAACCCAAAT-CTATGTAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--A-CCTTCGGTT----TC---ATGAAT-ATCACTT-------ATATCGGGTCCATAGATTTTGATATTGGTCAAT-ATTATCAGACGATAACTTTA
gi|5 : TATACATCTAAACAAATT--GAT--A----GTTCTT-AGAACAGTTAAGATACGTATGTCAAGGAAAGC-AAACTCATAAT-ACAGAA---C-A-AA-A-----GGTATTAC--TTT--AATCATCGATTACGCCT--TATTATTTACGTCGACGTTAAG-TAAAT-TTGG-A-AAGTGATA-T-TTAATGCGATAATGCGAAA---ACGCCT-----------TTGGCTCTC-TTTTAAATACATGTAGCGA------TACAACAc
gi|6 : -----------T----TCGC-ATTT---------TTGCAA------TATAATCTAACGT-ATTA-------G--T--------AA----TA--------C-----TAATAAAACAGT---CACTGACTGATGATGTAGGC---TAATGTTCAAGTCAGAT-GAC--CTTATCCCTAA------AATAAGTACCTC-----TACT--GTCACTGTT--GATGAAC-ATCACAT-------AGATTAGGCCCAAGGACCAG-ACATCAATC--TCATCATCAGACACTATCTTTATAA
gi|7 : TTTTATGACTAATA---AAT--TTCTGAAGTTAC----AATTGGTCATTTGCTG-ATCATGT----GTC-CACCCA-CAA---------GATTAAATGATATTTA------------------------ATTGTTTAAAACA---AATGTACGTGTGTCAAGGATCTCCAAAGAGG-AGT-A----AA--T-G-AC-A-----GTCAAGAC--ATC--AAACATTGATTATGCTA--AATTGTTTATGTTGATGTTAca
gi|8 : GGAAAATT--GG---AT---AGTGTTCAAAACA---AATGCACGGGTGTCAAGAGT----ATAGA-ATAAT-A----A---T-G-A---------TTATG-----TT--GAACAT----------------------CGTAGACGTCGTC-TAAAT-TTAGCA-AAGTGATA-T-TAAAT-------GA-GATA---A----T-----------T----TCTT-A-TT---------TATCAA------TACAATATAAATTTAT---------G--TAA------TA----TA--------A-----TGATGAAACATT---GACTG
gi|9 : AAT-A----A---TTA-AA-A-----GT---GAC--GTC--AAACAGTGGTAAAGAGA--AATTGTTTACGTCGACGTCTTT-TAAAT-TCA--A-ATG-GGCA-T-TT--T-------T--------------T-----------T----TTTC-AGTT---------TAACAT------TACAACAGAA----AT---------GCAT--------CAGTGATA--------A-----TAATTAAACACT---TATTGTCTAATGCTATC
blockSeqs : CTC TTCCCGCTGTTACG T AGCC TATTTACAGGATTCCGAAG C GA AATTTATCTT G C GTT C C CG C T TC GTATAAACCGTT A TG TTG C TGATC T CG G C C T A AA GCGATAATGCGAAAACGCCTTTGGCTCTCTTTTAAATACATG T CAGATG ATGTGTATATGACATAACATAT TAA A A A C G TGT C AG CAATAT ACAGCATGT ACTGTT T TTACAAA AA TCAA T G
blockSeqs : . ACTTCGTTGCTTGG . . TATTTACAGGATTCCGAAG C GA ATGGT A C . A G CA . G T AGTATAAAACA G . A C CTA T T . . . . . TT GGGAAAATGGGAACATTTCTTCTAATTC G . ACGTAACAATAGTCGTAA . A A G C G GT . . . GTCTCTTG CAG . . AA CA C T
blockSeqs : . ACTTCGTTGCTTGG . . CACCCACAAGATTAAA C GA GATA C G . C T CG . T A CAGAACAAAA A . A T TTA T T . . . . . AA TGTAAATACATATTTTATTA A . AAGTATAAATCATTTA . C C A T G C . . . GGTTTTCA TC . . GA CC C T
blockSeqs : . TTTCCACTGTTATG . . CACCAATAGAAAA T GG GGAT G T . G A AG . C T AGGAGTG A . A C CCT T T . . . . . TA GGGATTGTTTTTCTATTT G . ATTTATGTAATATAA . A A T A . . . . . GACCTTCG TC . . A TC .
blockSeqs : . TTTTCACTGTTGTG . . AACCAATGGAGCG G AA GAT G C . T A CT . G T AATGACA A . A T CTA T G . . . . . TA GAGATAATTTCTTATT G . ATGCATCAGTGATAA . T A A C . . . . . TACT TA . . A .
blockSeqs : . TTTCTGAAGTTACA . . T T . . . . T G . . G T ATTAAAA A . G A AGA . C . . . . . AA TTTTTTCAGTT T . CGTATTAGTAATAC . C A A . . . . TTG TC . .
blockSeqs : . TATTTCTT . . . . T ATGA A . A . . . T . . . . . T ATAAAAAA A . TGTAATAA . C . C
blockSeqs : . . . . . T
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TTTCCGCTGTTNCG****** CACCNACAGGATTGAAG********** GAT********* T* ANTAANA************** ACGTATNAATATAA*********************************** N**
originalCons : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATA---AATACTTC----GCTGCT-T-GATTGGTCGATTACCG-ATCACGT----GTC-AACC-A-CGG---------G------TGATATTCACCTGGGAAAAGT--GA---A----ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-A----A---T-A-AA-A-----GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAA----AT---------G--T--------CA----TA--------A-----TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCCGTCAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
finalCons : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATA---AATTTCCGCTGTTNCG------ATTGGTCGATTACCG-ATCACGT----GTCCACCNACAGGATTGAAG----------TGATATTCACCTGGGAAAAGTGAT---------ATTGTTCAAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAAT-AANTAANA--------------GTTATGAC--GTC--GAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAAACGTATNAATATAA-----------------------------------TAATAAAACACT---TACTGTCTGATGNTATCGGCN--CAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCTCG--G-TNTTC-GTC----TC--GGTGAAT-ATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
Alignments
lowQualScore : 1111 222222 1111111111 111 111111111111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 444444444444444444 1111 3333 111111 333333333333 11111111 1111111 1111
lowQualScore : 0 3 3 2222 5 0 2 2 1 1 777777 77 0 3 55 888 9999999999 4 3 77 000 4 1 22 77 3 1 99999 5 888888888888 0 1 99999 2 2 11111 2 66 0 5 5 5 0 0 5 5 11 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 222222 11 0 555555555555555555 0 2222 2 1 2222 0 5 4 77 666666 222222222222 33333333 5 8888888 0 00 44 0 1111 3 1
lowQualScore : . . . .... . . . . . . ...... .. . . .. ... .......... . . .. ... . . .. .. . . ..... . ............ . . ..... . . ..... . .. . . . . . . . . .. ......................................................... . ...... .. . .................. . .... . . .... . . . .. ...... ............ ........ . ....... . .. .. . .... . .
lowQualScore : 1 8 4 5555 0 2 2 8 4 0 000000 99 5 4 77 666 0000000000 9 0 99 000 0 0 44 00 0 4 11111 9 666666666666 8 0 66666 0 2 22222 0 11 1 0 0 0 4 1 0 0 44 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 888888 22 9 111111111111111111 7 7777 0 0 5555 1 7 3 99 444444 000000000000 99999999 7 6666666 3 99 88 7 2222 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATAAANCTCCGCTGTTNCG-ATTGGTCGATTACCG-ATCACGTGTCCACCAACAGGATT--GAAGTG--ATATTCACCTGGGAAAAG--TG-AT-------ATTGTTC--AAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAATACATAATA---AGTA----ANA-----GTTATGAC--G--TCGAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAAACGTAT--------NAAT-A----TAATAATAAAACACTTA---CTGTCTGATGNTATCGGC--TCAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCT--CGG-TNTTC-GTC----TC--GGTGAA-TATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
Reference ( family-4534 ) : NNNNNNNNNNNNATTATATGACTTATAAATTTCCGCTGTTNCG-ATTGGTCGATTACCG-ATCACGTGTCCACCNACAGGATT--GAAGTG--ATATTCACCTGGGAAAAG--TG-AT-------ATTGTTC--AAAACA---AACGCACGTGTGTCAAGANTCGC-AAANACATAATA---ANTA----ANA-----GTTATGAC--G--TCGAACATTGATTACGCTA--AATTGTTTACGTCGACGTCATC-TAAAT-TTAG-A-AAGTGATA-T-TNAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-ATTT---------TAGCAA------TACAACAGAAACGTAT--------NAAT-A----TAATAATAAAACACTTA---CTGTCTGATGNTATCGGC--NCAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCT--CGG-TNTTC-GTC----TC--GGTGAA-TATCACAT-------ATATCAGGTCCATAGATTTGAATATCGACC--TCATCATCAGACAATAACTNTATAA
gi|1 : ATTATGTTATTTATAAAACTCCACTGCT----AT-----GATTACCG-ATTACGTTTCCA----------------GTG--TTATTCACCCAGGAAAAG--TG-AA-------AGTTTTC--AAAACA---AATGCATGTGTGTCAAGAATCAC-AAATACATAA-----AATA----GAA-----GTTATGTT--G--TCAAACATTGCTTATGTTC--AATCATTTACGTCAATGTCATC-TAAAT-TTAA-A-AAATGATG-T-TAAAT-------TG-GAAA---A----T-----------T----TCTC-GCTT---------TAGCAA------TACAACAGAAATGT-------------C-C----TAATAATAAAAGACTGA---CTGTCCGGTGCAATCGGTCGTCAATATTCAACT-CTATGGAC--CGAATCTATGG------GATAGTCACCT--CGG-TATTCTGCC----TC--GGTGAC-TATCACAT-------ACATCAGGTCCATAGATTTGACT-TTGACC--TCAACATCAGACAATAAATGTATAA
gi|10 : gtaattaatagt-A----TGATGATAATACATTTA---ATACCTG-CAACATCGGC---CAAAATCCAAAT-ATATTGTC--CATATTTATAACAATATGATATTTGTAT--TGTCTCTTG-GTT----TC--GGTGAG-TATCACAT-------GTCTCATATCCATAGGTTTGAATATTGA-----TATCATTAGATAAAAA
gi|11 : gtcTTTACATCAACGTCATCGTA--TGTTAG-A-AAGTGCTA-T-TAAAT-------GG-GAAA---A----TGGGAACATTTCT----TCTA-ATTC---------TATCAA------TGCAATAGAAACGTAA--------CAAT-AGTCGTAACAATATAACGATTA---ATGTCTGATGGTATCGGC---CAATATCCAAAT-ATATGGAC--CTGact
gi|12 : gtATTATGTGACTTATCAATTCCCGCTGTTACG-ATTGGTTAAGTACTG-A-CACGTGTCAATCAAC
gi|13 : acattATCTTTGG------GATATTCACTTCACAG-CATGT-GAC-----CAGGGTAAATTATCACATTTACAAAATATT--GTCCATAGACTTG-ACACCGACA--TCATCATCAGACAATAACTGTATtattgtgtacttcttaatatagagcaagtatgctgcaaattatcgattaaat
gi|14 : ATTATATGAATCATAAAACTTCGTTGCTTGG-ACTGGTCAATGACCG-ATCATGTGTCTATTTACAGGATTCCGAAGTG--ATATTCACTTGAGAAAA
gi|15 : tATTATATGAATCATAAAACTTCGTTGCTTGG-ACTGGTCAATGACCG-ATCATGTGTCTATTTACAGGATTCCGAAGTG--ATATTCACTTGAGAAAAcaaacg
gi|16 : AGTA--ATATTCACCTGAGAAAAG--TA-ATTTATCTTATT-TTC--AAAACA---AACGTACGTGTGTCAAGACTCGT-CAATACCTAATC---AGGA----GTG-----GTTATGAC--G--TCcaaacgt
gi|17 : AATA--CAAAT-ATTTGCAA--CTGATCTACGT------GATATATACCT--------TTG-GTT----TC--GGTGAA-TATTACAT-------ATACCACGTCCGTAGATTTTAATATTGACC--
gi|18 : cgaTTATAAATTTCCACTGTTATG-ATTGGTCGCTTAACATATCACGTAGCCGCCAACAGg
gi|19 : tgtaTCTATGG------ATTTTTCATCT--CGG-TTTTCAGCC----TA--GACAAA-TATCAAAT-------AAATCAGGTCCAGAGATTTccaatggta
gi|2 : ATTACATTACTTATA---CTCAG-TATTTCTTATTGGTCAATTACCG-ATCACCTGTCCACCAATAGAA------AATG--ATATGTGTCTGGAAAAAG--TG-AT-------ATTGTTC--CAAACA---AAAGCACGTGTATCAAGAGTCAC-CAAGGCATAGAA---AGTATAAAACA-----ATGATGGC--G--TCAAACATTAAATACGCTA--AATTGTTTACGTCGACTGCATT-TAAAT-TGGG-A-AAGGGATA-T-TTTTT-------TG-TAAATACA----T-----------A----TTTT-ATTA---------TAGATA------TACCACAGGAATGTGTATATGACATAAC-A----TATTAATAAAGCACTTA---CTGT
gi|20 : tcATAAAATACATA---ATGTCTGATAATATCTG---TCAATATCAAAAT-GCATGGACAGCTGA
gi|3 : atATGACTTATACATTTTCACTGTTGTG-ATTGGTCGATTACCG-ATCACGTGTTAACCAA------T--GGAGCGTCATATACAGCTT---AAGGTATG-GT-------ATTATTG--AAAATA---TACACACGTATGTCAAGATACGC-AAGTACATAGTC---AGTAT---AAACCGTTATTATGAC--GTTTTGAACATTGATTTCGTTA--AAATGTTTAAGTCAGCGTTATT-TACAT-TTAG-ACAAAT-ATATT-TAAATA------TA-AAAA---A----------------------------------------AACAACAGATGTACAACAGAAAAGTAT--------AAATCAT---TTATAATGAAACGCTTG----TATCTACTGTT
gi|4 : ttcTTACGATTGG--TCAATTATTGATCATGTGATCAAT-GTT-AAGTTGACGTTATT-TAAGT-TTAG-A-A-GTGATG-TATTAAT-------GG-GATT---G----T-----------T----TTTCTATTT---------T--TAA------TA-AAC-----CGTGT--------AA--------TAATAATAAAACAGTTAATATTGTTTGATAATATTGG---TCAAAACCCAAAT-CTATGTAC--CTGATCTATGG------GATATTCACCT--CGA-CCTTCGGTT----TC---ATGAA-TATCACTT-------ATATCGGGTCCATAGATTTTGATATTGGTCAAT-ATTATCAGACGATAACTTTA
gi|5 : TATACATCTAAACAAAT--TG-AT-------A--GTTCTTAGAACAGTTAAGATACGTATGTCAAGGAAAGC-AAACTCATAATACAGAACA----AAA-----GGTATTAC--T--TTAATCATCGATTACGCCT--TATTATTTACGTCGACGTTAAG-TAAAT-TTGG-A-AAGTGATA-T-TTAATGCGATAATGCGAAA---ACGCCT-----------TTGGCTCTC-TTTTAAATACATGTAGCGA------TACAACAc
gi|6 : -----------T----TCGC-ATTT---------TTGCAA------TATAATCTAA-CGTAT--------TAGT-AA---TACTAATAAAACAGTCA---CTGACTGATGATGTAGGC--T-AATGTTCAAGTCAGATG-AC--CTTATCCCTAA------AATAAGTACCT--C---TACT--GTCACTGTT--GATGAA-CATCACAT-------AGATTAGGCCCAAGGACCAGA-CATCAATC--TCATCATCAGACACTATCTTTATAA
gi|7 : TTTTATGACTAATAAATTTCTGAAGTTACA-ATTGGTCATTTGCTG-ATCATGTGTCCACCCACAAGATT--AAA-TG--ATATTTA-------------------------ATTGTTT--AAAACA---AATGTACGTGTGTCAAGGATCTCCAAAGAGG-AGTA---AATG----ACA-----GTCAAGAC--A--TCAAACATTGATTATGCTA--AATTGTTTATGTTGATGTTAca
gi|8 : GGAAAAT--TGGAT-------AGTGTTC--AAAACA---AATGCACGGGTGTCAAGAGT--------ATAGAATA---A-TA----ATG-----ATTATG-------TTGAACAT----------------------CGTAGACGTCGTC-TAAAT-TTAGCA-AAGTGATA-T-TAAAT-------GA-GATA---A----T-----------T----TCTT-A-TT---------TATCAA------TACAATATAAATTTATG-------TAAT-A----TAATGATGAAACATTGA---CTG
gi|9 : AATA---ATTA----AAA-----GT---GAC--G--TCAAACAGTGGTAAAGAGA--AATTGTTTACGTCGACGTCTTT-TAAAT-TCA--A-ATG-GGCA-T-TT--T-------T--------------T-----------T----TTTC-AGTT---------TAACAT------TACAACAGAAATGCAT--------CAGTGA----TAATAATTAAACACTTA---TTGTCTAATGCTATC