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gi|3                          :        GTTACATT-ATGAGTCACAACTCTTACTTTGTTA-TAT--GTAT---ACACA----ATCACCATAATATAT--ATGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----ACATGCAATCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATA----TA--TCCTC--CCAG---ATT----T-A-CA-GTTA--CATAA
gi|2                          :        GTTACATT-ATGGGACACAACTCTTACTATGTTA-TAT--GTAT---ACACA----ATCACCATTATAT------GAGTTAC---TGTTCTTGATTA--TATATATATATA-T----GCATGCATCCTCTCTTATA--GCATCATTACATATAGGTCACTCTTGGAATAAACATCTAAACCGGAC-C-------CACGCCTTAACAATATC----TA--TCATC--CCAG---ACA----T-A-CT-ATAA--CATAAca
gi|11                         :       tGTTACATT-ATGTGACACAACTCTTACTATGTTA-TAT--GTAT---ACACA----ATCACCATTATA------TGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----GCATGCATCCTCTCTGATG--GCAACATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACA-------------------------CCTTTACAATATC----TA--TCCTG--CCAG---ACA----TAA-CG-ATAA--c
gi|5                          :      ctGTTACATT-ATGAGACACAACTCTAGCTATGATA-TAT--GTAT---ACACA----ATCACCATTATAT------GAGTTAC---TATTTTTGATTC--TAAA------TACT----GCATGCATTCTCTCTAATA--GCATCATTACATATCGGCCACTCTTGGAATAATCATCTTAACTGGAC-A-------TGCACCTTTATACTATC----TC--TCCTT--CCAG---ATA----TAA-CA--TAG--CATAAct
gi|6                          :       tGTTGCATT-ATGGGACAAAACTCTTACTATAT-A-TAT--GTAT---ACGCA----ATCACT--------T--ATGAGTTAC---TGTTCTTTACCC--TATT------TACT----GCATGCATCCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGGTCACTCTTTAAATAAACATCATAACTGGAC-A-------TATGCCTTTACAATATT----TC--TCCTT--CCAGTCTACA----C-C-CA--TAA--CATAAt
gi|8                          :       tGTCACATT-ATGGGACACAACTCTTATTATGTTA-TAT--GTAT---ACATT----ATCATCATT---T-T--ATGAGTAAC---TGTTCTTGATTC--TAAA------AACT----GAATGCATCCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGACCACTCTTGGAACAAACAT------TGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----TA--TCCTC--Cc
gi|9                          :       tGTTACATT-ATGGGGCACAACTCTAGCTGTATTA-AAT--GTAT---ACACA----ATCACCAGTATATGTTTCTGA---AC---CGTT----ATGC--TA-----------------CATGCATCCTCTCTGATA--GCATCATAACATACAAGTCACTGTTGGAATAAACATCTTAACTGGATAA-------TATGCCTTTCCATTTTC----TC--TCGTT--CCAGTTAACA----C-C-CA-AAAA--CATAAtcccagcaaatcatagtttaac
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gi|18                         :         TTACATTGTTG-GATACAACGTTAGCCAGGTTAGTAT--GTAC---ACACT----ATCACCAGTATATA---ATA----AT---TGTTCTTCAGTC--CTTA------TA-T----aatgtcacttcctactacatgaatct
gi|19                         :                  TGGGACACAACTCTAGCT--------AT--GC-T---ACACA----CTCACTATTATAG------GAGTTAC---TGTTCTTGAACC--TATT------TACT----GCA-G-----TTACTGAGA--GCGTTtacatc
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTCGACGTATGTCTTTGTACTCTCCTTCCAGTCTGCGTACATAACATAACATGGTGTTAGGAGAAAAAAAAATTATGAATTGTATATATTAAGGTTTTTAAATTTGAAGGTT
Unaligned ( gi|21 ): AACATTATGGGAGACAGTTTTAGCAATGTTACATACTATCACCCATTATTTGAGTTACCATTTTTAAAGCTTCATG






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Reference ( family-433 )      :       GTTACATTATGGGACACAACTCTNGCTATGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCATTATATAT--ATGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----GCATGCATCCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----TA--TCCTC--CCAG---ACA----T-ACA---A--TAA--CATAA
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gi|10                         :      tcTTACATAATGGGACACAACTCTAACTATGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCACTATAT------GAGTTAC---TGTTCTTGAT--------------------------GCATCCTCTCTGATA--GCATCATAACATATCGGTCACTTTTGGAATACACATATTAAATGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----TT--TCATC--CCAG---ACA----T-ACA---A---AA--CATAAc
gi|11                         :     taGTTACATTATGTGACACAACTCTTACTATGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCATTATA------TGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----GCATGCATCCTCTCTGATG--GCAACATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACA-------------------------CCTTTACAATATC----TA--TCCTG--CCAG---ACA----TAACG---A--TAA--c
gi|12                         :     ctGTTGCATTATGGGACACA--------TA-GT-----------------ATTA-CCA----GTAT--ATGAGCTAC---TGTTCTTGATTC--TTTA------TATT----ATATGCAACCTCTGTCATATTTTTTTATTATGTTTCTGTCAC--------TAAACATCTTAACAGGAC-A-------TACGCCTTTATATTACCATTATA--TCTCCGTCCAG---TCA------ACA---C--CAAACCATAAct
gi|13                         :                                     tTA-TAT--ATATATATA---------TATATAT--ATGAGGTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----GCATGCATTCTCTCTGATA--GCATCATTACATAACGGTCATTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TATTCCTTTACAATATA----TT--TCCTC--CCAG---ACA----ct
gi|14                         :                                                   aattttcaaaaaaaaaaTAT--ATGAGTTAC---TTTTCTTATTTC--TATA------TA-C-----TATGCATCCTTTCTGATA--GCATCATTATATATTGGTCACTCTTGGAATAAACGTCGTAACAGGAT-A-------TACACTCTTACAATATC----TA--TCCTC--ACAG---ACC----T-ACC---ATGTAA--CGTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                   catGAC-G-------TATGTCTTTGTA----C----TC--TCCTT--CCAGTCTGCG----T-ACA------TAA--CATAAc
gi|16                         :   tttcGTTACATTA-GGGA----ACTCTTACAATGTTA-TAT--GAATACACAATCA-CCAT----TAT--GTGAGTTACAAGTGTT-TTAATcatggtgttaggagaaaaaaaaattatgaattgtatatattaaggtttttaaatttgaaggtt
gi|17                         : tgtaactTTACATTATGGGACACAACTCTAGCAATGTTA-AAT--ATA-ACACACTCA-TGAT----TAC--ATGAGTTAC---TGTTgaacagtaatacataat
gi|18                         :        TTACATTGTTGGATACAACGTTAGCCAGGTTAGTAT--GTACACACTATCA-CCAGTATATA---ATA----AT---TGTTCTTCAGTC--CTTA------TA-T-------TACATCaatgtcacttcctactacatgaatct
gi|19                         :              TATGGGACACAACTCTAGCTATGC-----------TACACACTCA-CTAT----TAT--AGGAGTTAC---TGTTCTTGAACC--TATT------TACT----GCA
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gi|21                         :         tACATTATGGGAGACAGTTTTAGCAATGTTA-CAT--------ACTATCACCCATTAT-T-----TGAGTTAC---CATTTTTAAcacgatgaaatgatccgtgatcata
gi|22                         :                      aCAACTCTTACTTTGTTA-TAT--GCATAGACAATCA-CCATagcttcatg
gi|3                          :   tgtcGTTACATTATGAGTCACAACTCTTACTTTGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCATAATATAT--ATGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----ACATGCAATCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATA----TA--TCCTC--CCAG---ATT----T-ACA---G--TTA--CATAA
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Alignments
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consensus                     :       GTTACATTATGGGACACAACTCTNGCTATGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCATTATATAT--ATGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----GCATGCATCCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----TA--TCCTC--CCAG---ACA----T-ACA---A--TAA--CATAA
Reference ( family-433 )      :       GTTACATTATGGGACACAACTCTNGCTATGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCATTATATAT--ATGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----GCATGCATCCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----TA--TCCTC--CCAG---ACA----T-ACA---A--TAA--CATAA
gi|1                          :        TTACATAATGGGACACATTTCTTACTTTGTTA-TATATGTATTCATTATCA-CCATTACATAT--ATGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-TAAATGCATGCATCCTCTCTGATA--ACATCATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----AA--TCCTC--CTAG---ACA----T-ACA---G--TAA--CATAA
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gi|8                          :       GTCACATTATGGGACACAACTCTTATTATGTTA-TAT--GTATACATTATCA-TCATT---T-T--ATGAGTAAC---TGTTCTTGATTC--TAAA------AACT----GAATGCATCCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGACCACTCTTGGAACAAACAT------TGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----TA--TCCTC--C
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blockSeqs                     :                              T         .   .              .   TAATATATA          .              .     .       CTG                      .                                                . .                       .    T       .     TTA   TA       ATGT     . 
blockSeqs                     :                              T         .   .              .   TTATATATA          .              .     .       CTG                      .                                                . .                       .    A       .     .     T        AT       . 
blockSeqs                     :                              A         .   .              .   TATATATA           .              .     .       CTG                      .                                                . .                       .    A       .     .     T        CC       . 
blockSeqs                     :                              A         .   .              .   GTATATAA           .              .     .       CTG                      .                                                . .                       .    T       .     .     T        AT       . 
blockSeqs                     :                              A         .   .              .   CTATAT             .              .     .       TG                       .                                                . .                       .    A       .     .     T        GT       . 
blockSeqs                     :                              T         .   .              .   TTATAT             .              .     .       TG                       .                                                . .                       .    C       .     .     T        GT       . 
blockSeqs                     :                              C         .   .              .   TTATAT             .              .     .       TG                       .                                                . .                       .    A       .     .     T        AT       . 
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blockSeqs                     :                              T         .   .              .   TTATA              .              .     .       TG                       .                                                . .                       .    A       .     .     T        A        . 
blockSeqs                     :                              T         .   .              .   GTATA              .              .     .       TA                       .                                                . .                       .    C       .     .     C        T        . 
blockSeqs                     :                              T         .   .              .   TTATG              .              .     .       C                        .                                                . .                       .    C       .     .     .        A        . 
blockSeqs                     :                              A         .   .              .   TTACA              .              .     .       T                        .                                                . .                       .    A       .     .                         
blockSeqs                     :                              T         .   .              .   TTATA              .              .     .       .                                                                         . .                       .    C       .                               
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Reference ( family-433 )      :       GTTACATTATGGGACACAACTCTNGCTATGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCAT----TA----TA----TGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----GCATGCATCCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----TA--TCCTC--CCAG---ACA----T-ACA---A--TAA--CATAA
gi|1                          :        TTACATAATGGGACACATTTCTTACTTTGTTA-TATATGTATTCATTATCA-CCAT----TACATATA----TGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-TAAATGCATGCATCCTCTCTGATA--ACATCATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----AA--TCCTC--CTAG---ACA----T-ACA---G--TAA--CATAA
gi|10                         :      tcTTACATAATGGGACACAACTCTAACTATGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCAC----TA----TA----TGAGTTAC---TGTTCTTGAT--------------------------GCATCCTCTCTGATA--GCATCATAACATATCGGTCACTTTTGGAATACACATATTAAATGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----TT--TCATC--CCAG---ACA----T-ACA---A---AA--CATAAc
gi|11                         :     taGTTACATTATGTGACACAACTCTTACTATGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCAT----TA----TA----TGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----GCATGCATCCTCTCTGATG--GCAACATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACA-------------------------CCTTTACAATATC----TA--TCCTG--CCAG---ACA----TAACG---A--TAA--c
gi|12                         :     ctGTTGCATTATGGGACACA--------TA-GT-----------------ATTA-CCAG----TA----TA----TGAGCTAC---TGTTCTTGATTC--TTTA------TATT----ATATGCAACCTCTGTCATATTTTTTTATTATGTTTCTGTCAC--------TAAACATCTTAACAGGAC-A-------TACGCCTTTATATTACCATTATA--TCTCCGTCCAG---TCA------ACA---C--CAAACCATAAct
gi|13                         :                                     tTA-TAT--ATATATATA------TATA---TA----TA----TGAGGTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----GCATGCATTCTCTCTGATA--GCATCATTACATAACGGTCATTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TATTCCTTTACAATATA----TT--TCCTC--CCAG---ACA----ct
gi|14                         :                                            aattttcaaaaaaaaaaCAT----TA----TA----TGAGTTAC---TTTTCTTATTTC--TATA------TA-C-----TATGCATCCTTTCTGATA--GCATCATTATATATTGGTCACTCTTGGAATAAACGTCGTAACAGGAT-A-------TACACTCTTACAATATC----TA--TCCTC--ACAG---ACC----T-ACC---ATGTAA--CGTAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                            GAC-G-------TATGTCTTTGTA----C----TC--TCCTT--CCAGTCTGCG----T-ACA------TAA--CATAAc
gi|16                         :   tttcGTTACATTA-GGGA----ACTCTTACAATGTTA-TAT--GAATACACAATCA-CCAT----TA----TG----TGAGTTACAAGTGTT-TTAATcatggtgttaggagaaaaaaaaattatgaattgtatatattaaggtttttaaatttgaaggtt
gi|17                         : tgtaactTTACATTATGGGACACAACTCTAGCAATGTTA-AAT--ATA-ACACACTCA-TGAT----TA----CA----TGAGTTAC---TGTTgaacagtaatacataat
gi|18                         :        TTACATTGTTGGATACAACGTTAGCCAGGTTAGTAT--GTACACACTATCA-CCAG----TA----TA----T-AATAAT---TGTTCTTCAGTC--CTTA------TA-T-------TACATCaatgtcacttcctactacatgaatct
gi|19                         :              TATGGGACACAACTCTAGCTATGCTA-----------CACACTCA-CTAT----TA----TA----GGAGTTAC---TGTTCTTGAACC--TATT------TACT----GCA
gi|2                          :       GTTACATTATGGGACACAACTCTTACTATGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCAT----TA----TA----TGAGTTAC---TGTTCTTGATTA--TATATATATATA-T----GCATGCATCCTCTCTTATA--GCATCATTACATATAGGTCACTCTTGGAATAAACATCTAAACCGGAC-C-------CACGCCTTAACAATATC----TA--TCATC--CCAG---ACA----T-ACT---A--TAA--CATAAgttactgagagcgtt
gi|20                         :      tGTTACATTATGGGACACAACTCTCGCTATGCTA-TAT--GTATGCAGAATAA-CTAc
gi|21                         :         tACATTATGGGAGACAGTTTTAGCAATGTTA-CAT--------ACTATCACCCAT----TA----TT----TGAGTTAC---CATTTTTAAcacgatgaaatgatccgtgatcata
gi|22                         :                      aCAACTCTTACTTTGTTA-TAT--GCATAGACAATCA-CCAT----agcttcatg
gi|3                          :   tgtcGTTACATTATGAGTCACAACTCTTACTTTGTTA-TAT--GTATACACAATCA-CCATAATATA----TA----TGAGTTAC---TGTTCTTGATTC--TATA------TA-T----ACATGCAATCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGGTCACTCTTGGAATAAACATCTTAACTGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATA----TA--TCCTC--CCAG---ATT----T-ACA---G--TTA--CATAA
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gi|7                          :       tTTACATTATGGGACACAACTCTAGCTATGTTA-AAT--GTATACACAGTAA-CCAG----TA----TA----TG-----------TTCCTGAACCGTTATA------T--T----ACATGCAACCTATCTGATA--GAGTCATAACATATCAGTCACTCTTGGAATAAACTTCTTAACTGGCC-AATAAGAGTACGCCTTT----TATT----TATTTCCTT--CCAG---TCAGTACC-ACA---A---AA--CATAAc
gi|8                          :       GTCACATTATGGGACACAACTCTTATTATGTTA-TAT--GTATACATTATCA-TCAT----TT----TA----TGAGTAAC---TGTTCTTGATTC--TAAA------AACT----GAATGCATCCTCTCTGATA--GCATCATTACATATCGACCACTCTTGGAACAAACAT------TGGAC-A-------TACGCCTTTACAATATC----TA--TCCTC--C
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