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lowQualScore                  :                    .    ......                        .      .          .        .......      .......                                                      .. .     ..............................................   ...            .    ......        .                               .        
lowQualScore                  :                    2    666666                        7      0          9        7777777      7777777                                                      66 7     7777777777777777777777777777777777777777777777   777            7    222222        6                               9        
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Reference ( gi|4 )            :  CCCTGTCGGTAGGGATTATAATT------TACCGACTGCTCGTTCCAAGCAGAGGGGTAATATCCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCCGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------A----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCAGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|5                          :  CCCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TGCCGACTGCTCGTTCCAAGCAGAGGGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGCGACGACCCATGCAGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------G----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGACGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|9                          :  CCCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TACCGACTGCTCGTTCCAAGCAGAGGGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGATCGTGGGTGGCGACCCGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGA-----GCAG-----------A----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCGC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|14                         :  CTCTATCGGTCCTGTTTATAATT------TATCGAGTACTTGTTCCAGGCAGAGGGGTACGATCCTTCCC----AAGCCAGCCCCTCCCCCCC-------TCCC--CCAT--GTGGCGACCCGTGCGGTTGGCTAAAGGAATCCTG
gi|13                         : cCTCTGTTGACAGGAATTA-GATTAGGAAATACCAACTGCTTGTTCCGGGCTGAGGGGCAAGATTCTCC----GAAAGGAA-------GCAACC-------TGTTGACCGT----------------GGTTGGATGTAGGAGTCC-----GTTA---GCTGTA------------A----------CT----------------C-----CTG---AAACACAACAC---------------------GGTTTC-AGCCAAGAC---AGGTCGGt
gi|8                          :   CCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TGTCGACTGCTCGATCCAAGCAGAGGGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCG-CCCGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCTGCAG-----------G----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|6                          :   CCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TACCGACTGCTCGTTCCAAGCAGATGGGTAAGATTCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCCGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGTGCCGCAG-----------G----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTAGTCCGGATTTTAAGTCAAAACGGTAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|12                         :   CCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TGCCGAATGCTCGTTCCAAGCAGA-GGGTAAGATCCTCCCCGAAAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACTGTGAATGGCGACCCGTACGATTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------A----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAA
gi|10                         :   CCTGTCGATAGGGATTAGAATT------TACCGACTGC------------GA-----------CTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCCGTACGGTTGGATTAAGGAGTCCTGGTGGATGAGAGATGCAG-----------G----------AG----------------T-----CTG---CGAATCAATACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATAGGCCCCGGTC
gi|2                          :    CTGTCGGCAGGGAGTAGAATT------TACCGACTGCTTGTTCCGAGCAGAGAGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGAAA-------CGCATC-------TGTTGACCGTGGGTGGCAACCCGTGCGGTTGGGTGTAGGAGCCCTGCAGGTTGAGCAACGCAGGCGTCTGATAGA----------AG----------------TAACATCTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGG
gi|1                          :   tCTGTCGGTAGTCATTAGAATA------TACTGACTGTTTATTCCCAACAAAGGTGTAAGATCCCATCAA-GAAAGGAA-------CTTACC-------TGTTGATCGCATGTGGCGACCGGTGATGGTGGGTGAAGGATTACTGGTGTTTGAGAGACGCAGGAACCTGA---A----------AGTACATGTAGTAACT--T-----TTG---CGACACAACACA-TAAC------TTTGGTCCGGAGTTC-AGTCAAGATACAAGATCGGATGGT-CTCGATCc
gi|7                          :     TGTCGGTAGGGATTAGAATT------TACCGACTGCTCGTTCCAAGCAGATGGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGAAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCTGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------A----------AG----------------T-----GTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCAGTCT
gi|3                          :    caGCCGGTAGGGATTAAAATT------TACCAACTGATTGCTCCGAGCAGAGGAGTAAGATCCTCCCCA-AAAAAGAA-------CCCACC-------TGTTTACCGAGGGAAGCGAACAGTACGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGTGACACAG-----------A----------GGTCTGATAGTAGTTGCTT-----CTG---CGGCGCATCACA-CCAC------TTTGGTCTGGATTTCAAGTAAGGTCGAGAGGTCGGATGGG-CCC-GTCT
gi|11                         :                                        CTTGTTCCAAGCAGAGGGGTAAGATCCTCCCCG-AGAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTAGATGGCGACCCGTACGGTTGGATAAAGGAGTCCTAGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------G----------AA----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCTGGTCT
gi|18                         :                                               CAAGCAGTGTGGTAAGATCATCCCCG-AAAACGAA-------ACCACCTATTGAGTGTTGACCGTG
gi|15                         :                                                                    gtggctgtcaatAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCCGTGCGGTTAGATGAAGGAGTTCTGGTG-------------------------------------G----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGAAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|16                         :                                                                                                                                   TGGATAAAGCAGTTGTGGTGGTTGAACGACGTAG-----------AGTCTGACAGTAG----------------TAATTTCTG---CGTCACAACTCATCCA-------TTTGGTCTAGATTTCA-GTCAAGACGGGAGGCTGGGTGGG-CCCAGTC
gi|17                         :                                                                                                                                                      GGTTGA-TGTCGCTG----------------------------------------C-----CTGGCACCACGTGAAACA-CCACGTCCTCTCCCGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                       CAC------TTAAGTCCGGATTTAAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGG





Alignments
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lowQualScore                  :                         888888                                          2        8888888      8888888                                                      11 1     9999999999999999999999999999999999999999999999   444            2    666666                                        2        
lowQualScore                  :                         ......                                          .        .......      .......                                                      .. .     ..............................................   ...            .    ......                                        .        
lowQualScore                  :                         888888                                          7        1111111      1111111                                                      22 9     3333333333333333333333333333333333333333333333   444            5    888888                                        7        
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Reference ( family-4314 )     :  CCCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TACCGACTGCTCGTTCCAAGCAGAGGGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCCGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------A----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|1                          :    CTGTCGGTAGTCATTAGAATA------TACTGACTGTTTATTCCCAACAAAGGTGTAAGATCCCATCAA-GAAAGGAA-------CTTACC-------TGTTGATCGCATGTGGCGACCGGTGATGGTGGGTGAAGGATTACTGGTGTTTGAGAGACGCAGGAACCTGA---A----------AGTACATGTAGTAACT--T-----TTG---CGACACAACACA-TAAC------TTTGGTCCGGAGTTC-AGTCAAGATACAAGATCGGATGGT-CTCGATC
gi|10                         :   CCTGTCGATAGGGATTAGAATT------TACCGACTGC---------------------GA--CTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCCGTACGGTTGGATTAAGGAGTCCTGGTGGATGAGAGATGCAG-----------G----------AG----------------T-----CTG---CGAATCAATACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATAGGCCCCGGTC
gi|11                         :                                        CTTGTTCCAAGCAGAGGGGTAAGATCCTCCCCG-AGAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTAGATGGCGACCCGTACGGTTGGATAAAGGAGTCCTAGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------G----------AA----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCTGGTCT
gi|12                         :   CCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TGCCGAATGCTCGTTCCAAGCAGA-GGGTAAGATCCTCCCCGAAAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACTGTGAATGGCGACCCGTACGATTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------A----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAA
gi|13                         :  CTCTGTTGACAGGAATTAGA-TTAGGAAATACCAACTGCTTGTTCCGGGCTGAGGGGCAAGATTCTCC----GAAAGGAA-------GCAACC-------TGTTGACCGT----------------GGTTGGATGTAGGAGTCC-----GTTA---GCTGTA------------A----------CT----------------C-----CTG---AAACACAACAC---------------------GGTTTC-AGCCAAGAC---AGGTCGG
gi|14                         :  CTCTATCGGTCCTGTTTATAATT------TATCGAGTACTTGTTCCAGGCAGAGGGGTACGATCCTTCCC----AAGCCAGCCCCTCCCCCCC-------TCCC--CCAT--GTGGCGACCCGTGCGGTTGGCTAAAGGAATCCTG
gi|15                         :                                                                               cAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCCGTGCGGTTAGATGAAGGAGTTCTGGTG-------------------------------------G----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGAAGGTCGGATGGG-CCCGGTCTt
gi|16                         :                                                                                                                                   TGGATAAAGCAGTTGTGGTGGTTGAACGACGTAG-----------AGTCTGACAGTAG----------------TAATTTCTG---CGTCACAACTCATCCA-------TTTGGTCTAGATTTCA-GTCAAGACGGGAGGCTGGGTGGG-CCCAGTC
gi|17                         :                                                                                                                                                      GGTTGA-TGTCGCTG----------------------------------------C-----CTGGCACCACGTGAAACA-CCACGTCCTCTCCCGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|18                         :                                               CAAGCAGTGTGGTAAGATCATCCCCG-AAAACGAA-------ACCACCTATTGAGTGTTGACCGTG
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                           gtggctgtcaatCAC------TTAAGTCCGGATTTAAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGG
gi|2                          :    CTGTCGGCAGGGAGTAGAATT------TACCGACTGCTTGTTCCGAGCAGAGAGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGAAA-------CGCATC-------TGTTGACCGTGGGTGGCAACCCGTGCGGTTGGGTGTAGGAGCCCTGCAGGTTGAGCAACGCAGGCGTCTGATAGA----------AG----------------TAACATCTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGGac
gi|3                          :     tGCCGGTAGGGATTAAAATT------TACCAACTGATTGCTCCGAGCAGAGGAGTAAGATCCTCCCCA-AAAAAGAA-------CCCACC-------TGTTTACCGAGGGAAGCGAACAGTACGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGTGACACAG-----------A----------GGTCTGATAGTAGTTGCTT-----CTG---CGGCGCATCACA-CCAC------TTTGGTCTGGATTTCAAGTAAGGTCGAGAGGTCGGATGGG-CCC-GTCTc
gi|4                          :  CCCTGTCGGTAGGGATTATAATT------TACCGACTGCTCGTTCCAAGCAGAGGGGTAATATCCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCCGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------A----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCAGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|5                          :  CCCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TGCCGACTGCTCGTTCCAAGCAGAGGGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGCGACGACCCATGCAGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------G----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGACGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|6                          :   CCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TACCGACTGCTCGTTCCAAGCAGATGGGTAAGATTCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCCGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGTGCCGCAG-----------G----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTAGTCCGGATTTTAAGTCAAAACGGTAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|7                          :     TGTCGGTAGGGATTAGAATT------TACCGACTGCTCGTTCCAAGCAGATGGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGAAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCGACCTGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCCGCAG-----------A----------AG----------------T-----GTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCAGTCT
gi|8                          : caCCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TGTCGACTGCTCGATCCAAGCAGAGGGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGACCGTGGGTGGCG-CCCGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGCGCTGCAG-----------G----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCAC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT
gi|9                          :  CCCTGTCGGTAGGGATTAGAATT------TACCGACTGCTCGTTCCAAGCAGAGGGGTAAGATCCTCCCCG-AAAAGGAA-------CCCACC-------TGTTGATCGTGGGTGGCGACCCGTGCGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGA-----GCAG-----------A----------AG----------------T-----CTG---CGACGCAACACA-CCGC------TTTGGTCCGGATTTCAAGTCAAGACGGGAGGTCGGATGGG-CCCGGTCT





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gi|3                          :     tGCCGGTAGGGATTAAAATT------TACCAACTGATTGCTCCGAGCAGAGGAGTAAGATCCTCCCCA-AAAAAGAA-------CCCACC-------TGTTTACCGAGGGAAGCGAACAGTACGGTTGGATGAAGGAGTCCTGGTGGTTGAGTGACA----------CAGA--------GGTCTGATAGTAGTTGCTT-----C----------------------TG---CGGCGCATCACA-CCAC------TTTGGTCTGGATTTCAAGTAAGGTCGAGAGGTCGGATGGG-CCC-GTCTc
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