lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 11111 33333 1 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111111 11 4444444444444444 111111111111111111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 222222 1111111
lowQualScore : 55555 11111 0 33 6 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999 4 33 77777777777777 88 1 3333 1 3 3333333333333333 0 3333 0 1 1 777777777777777777777777 44 333 22 1 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 3 8 1 777 222222 888 6666666 55 8
lowQualScore : ..... ..... . .. . . .................................................. . .. .............. .. . .... . . ................ . .... . . . ........................ .. ... .. . . .............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. .. . . . ... ...... ... ....... .. .
lowQualScore : 00000 55555 0 55 2 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999 6 99 44444444444444 33 2 4444 6 2 2222222222222222 1 4444 4 5 5 222222222222222222222222 11 000 44 7 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 0 0 0 888 555555 888 2222222 22 2
consensus : AAATTTNAT-ATTTTAT---AA-ATTCCCTTCCTGGCCAAAAGCCAG-G-GGCATA---------CG---------C-------TCAGGGAAC-T--TTCTACTTGTA--AA-N--GGT---CNNTCTGTTTCATT--AGACG----T-T-T-NA--A-GATAT---GTGTGCATC----TTACGAT-ACAG-AC---NAA-----------C------TAA--TCTTG---A--T-C-AT-----------C-TT--------C--A---A-G--CT-TGC-----------T-T--T--------G---------A---G--AA---CA--------A-------G-------A----T----G---AT---CAA-G-AC--TA----TG-A-----N-----T------G----T--AT----CG--T-AAG-AT-G--CA---CAN----AC----TTT---G--A-A-ACGTC-T-A----AT-GAA-------ACA-------------ATT----TGT---AGCAACAA----A-CT---------A---N---------CA---TTGC-------C-------TTACACATCCGTCACAATANCAA---ACTACC---ACAGTC---TTGTA-------CATCCNTCACAATAACAAACTA
Reference ( gi|7 ) : AAATTTGAT-ATTTTCT---AA-ATTCCCTTCCTGGCTAAATGTCAG-G-GATATA---------CA---------C---T---TCAGAGAAA-A--TTCTGCTTATA--AA-A--GGT---CATTCTGTTTCATTT-AGATG----T-T-T-AA--A-GATAT---GTGTGCATC----TTATGAT-ACAG-AC---CAA-----------C------TAA--TCTTG---A--T-C-AT-----------C-TT--------C--A---A-G--CT-TGA-----------T-T--T--------G---------A---G--AA---CA--------A-------G-------A----T----G---AT---CAT-G-AC--TA----TG-A-----A-----T------G----T--AT----CA--T-AAG-AT-G--CA---CAG----AC----TTT---G--A-A-ATGTC-T-G----AT-GAA-------ACA-------------ATT----TGT---AGTAACAA----A-CT---------A---C---------CA---TTGC-------C-------TTGTACATCCATCACAGTAGCAA---ACTACC---ATGGTC---TTGTA-------CATCCATCACAGTAACAAACTA
gi|16 : AAATT-AAT-ATTTTAT---GACATTTCCTTCCTGGTTAAAGGCCAG----ATATAAGTGCAAAGCA---------CATGTG--TAAGGGAAC-A--ATCTACCTGTA--AT-T--GGT---CTATCTGTTTCATT--AGATG----T-AAT-AA--A----AT---ATGGGCATC----TTATGAC-AGAG-AC---AAA-----------
gi|23 : aaatgctgacaaaatattATTTTATCATTTTGTTTGAA-ATTCCCTTTATGGCTGATAGCCAGAG-GGCATA---------TA-------------------------------TCCG--TATA--GA-T--GGT---CCTTCTATTTCATTT-AGATG----T-T-T-TC--A-GATA-----TGTACGTC----TTACGAC-ACAG-gtctacat
gi|4 : TGTT-GTTTTAG---AA-ATTCTCTTCCTGACCAAAAGCCAG-G-TGTATA---------CATGGAAGAGTC---TGCATCAAGGAAC-T--TTCTACCTGTA--AA-C--GGT---C----TGTTTCATTG-AGATG----T-T-T-CT--A-AACAT---ATATGCATC----TTA-------AG-A-----AA------------------TAA--ACTTA---A--T-A-A---------------------------A---A-G--C--------------------------------------------A--AA---CATAGG----A-------G-------A----C----A---AT---TAA-G-AT--TA-----G-A-----T-----A------G----T--ATAAACCA--T-ACA-GT-G--CA---CA-----AC----TTT---A--A-A-ATGTC-T-A----AT-AAA-------ACA-------------GAT----TGC---A--AGCCT----G-CT---------A---T---------AA---TTA----------------TTACACATCTGCAACAATATCAA---ACTTCCTAAATCAAT---TTGTA-------CAT
gi|10 : tataaaa---AA-AT--CCTTTCTGGCCAAAAGCCAA-GCGA-ATG---------CG---------C---------AAAGCGACACTTTCTGTTCGTA--AT-A--GCC---CGTG-TGTTTCATTG-AGGTA----T-T-T-TA-------AT---ATGTGCATC----GCAAATT-GCAG-G--------------------------------TT-------T-C-GT-----------T-TT--------T--G---ATG--CT-T-A-----------T-T--T--------T---------A---G--AAAAGCA--------AGCGTC--G-------A----C----GCTAAT---CAA-G-AT--TAG---TT-A-----T-----T------T----TGAAT----CG--T-GAA-CT-G--CA---CAC----ACTATATTT---ATTA-A-ACGTC-T-A----AT-GAA-------Aaaggtctttccaccctgaatatgtttctgactttatgtcaacgtcaacttcctattaaatcaaataacatttag
gi|5 : tttttaggTTCCTGGCCAAAGGCAAA-G-GGCATG---------CA-----------------TCAGGGAAC-C--ATCTTCTAGTA--AA-C--TTT---CAATTTGTTTCATTT-AGATG----T-T-C-AA--A--ACAG---ACATGCATC----TTATGAT-ACAG-AC---TTA-----------C------TAA--CCTTG---A--T-C-AC-----------C-TT--------C--A---ATG--CA-TGC-----------T-T--T------------------A---G--AAATGCA--------A-------ACACCC--A----T----A---ATGCACAA-G-AC--------TG-GTTCTTC-----T------G----C--AT----CG--T-GAG-AT-G--CT---CTA----AC----TCT---C--A-A-ATGTT-T-G----AT-AAA-------ACA-------------G------------ACCAACCA----GTCT---------A---C---------AA---TAAT-------TA------TTATACATCAGTAACAATAACAA---AATACC---TCAGTA---TTGCA-------CATgaggcgaaatgctaatccgtttg
gi|3 : agaattttaaattactatgataattactcatgtacttgtatcttggTA---------CG---------C---A---TCATAGAAC-T--TTCTACCCACT--GG-C--GGT---CTGTCTGTTTTATTT-AGAAG----T-T-T-----T-GAAAT---GTG----TT----TTATGAT-TCAG-AT---CAAAAACAGACTGGC------TAT--GCTTG---A--T-A-ATG----------C-TT--------G--ATATA-T--CT-TGATAATCTCTGTTT-T--T--------GTTTAATA--A---A--AG---CA--------A-------GCATCAAAA----T----T---AT---CAA-G-AC--TGGT--TG-GT----C-----T------G----T--AT----CG--T-AAG-AC-G--CA---TGA----AC----TTTCAAGC-A-A-ACGAA-A-G----AT-TAA-------TTG-------------GTT----TGT---AATAATAA-------T---------A---A---------TA---ATGC-----------------ACATATGTGTCAT-----CAA---ACTCTC---A--GTC---TTTCA-------CATCCAACACATTAACAgatactgatacactac
gi|28 : aagg---TCATGGAAT-T--TTCTACATGTA--AA-A--GGT---CAATCTGTTTCATTA-AAATG----T-T-T-Acgttaccttatttactaaatactgacatattctaacctttacacaaccaacaaatgcacatttggaattgataatttatgacaattcactgtttcaaagcagctgtgcagcagatttcttgct
gi|26 : aagcgcatgtcCGGAGAAA-T--TTCTTCTTGTA--AA-T--ACT---TTGTCTGTTTCA-TT-AGATG----C-T-T-AA--A--AC-T---GAAAGCGTC----TAGTGAT-GCAG-Ataaacaca
gi|12 : acgcatgcaAGAGAGC-T--TTCTATTTA-A--CA-A--CGC---C--TTTGTTAAGTTA-AGATGATTTT-T-T-AA--------T---ACGTACATC----CTTTAAT-ACAT-AC---ACA-----------C------TAA--CCACG---A--T-C-AT-----------C-CT--------C--G---ATG--CT-TGC-----------TGT--T--------AC--------A---C--AATT-TA--------A-------GT------G----TC---G---GT---TAT-G-TC--CA----AG-G-----G-----T------GGTT-T--GT----C-------G-AT-G--T------------C----TTT------A-G-ACGTT---------C-GAA-------ACA----------------------T---A-CGACAG----A-CT---------A---A---------CAGGTTTGCAATATTAC-------TTTCACATCCACCACAATAACAA---ACTATC---Aata
gi|8 : ta--TTCTATTTGTA--AA-C--AGT---CTGTCTGTTTTATTTCAGAC-----T-T-T-AT--A-AA-AT---TTGAGCATC----TTGTGAC-ACAG-AC---TAA-----------C------TGA--TCTTC---A--C-C-AT-----------CTTT--------T--A---T-G--CT-TGC-----------T-T--T--------T---------A---G--AAAATCAAGTATTTGA-------G-------A----T----G---TT---CGA-G-AC--TAAC--TG-A-----T-----TC-----A----T--AT----CG--T-AAG--------A---CAGTTTAAC----TTT---C--A-A-ACTTC-T-A----AT-GGA-------ACA-------------G-------AC---AGCAATTA----A-CTGATTTTGCAA---T---------CA---TTA----------------TTGCACATCCGTCACAATAACAAATTACTACA---ATAGTA---TTGTA-------caac
gi|9 : cacacatgcaaccagaagttCTTATA--A-------T---CATTTTATTTCATTA-AGATG----T-T-T-AA--A-AATA-----TGAGCATC----CTATGAT-ACAC-AC---TTA-----------C------TAA--TCTCG---A--T-A-AA-----------G-TT--------C--G---ACG--CT-TGC-----------T-T--T--------C---------A---G---A---CA--------AACGTCGTG-------T----T----GT--TT---CAA-G-AG--TAGTT-TG-T-----C-----T------G----T--AT----CACTT-A---------------------AC----TTT---A--A-A-ATGTT-T-A----ATCTAA-------ACA-------------ATgtgagctattacatttata
gi|4 : aatTTATA--GC-A--GGCTTGCAATCTGTTTTATT--AGACA----T-T-T-TA--A-AGT------TGTGCACT----GTATGGT-TTAT-AC---TAT-----------C------TAA--TCTTA---A--T-T-GT-----------C-TC--------CT-A---T-G--TT-TGC-----------T-T--T-------------------------------------------------------------T--------AT---TAA-G-TT--TA----T--------------T---------------T----CT--T-AAG-AT-G--CA---TAT----ATG---TTTA--G--A-A-ACATC-TCA----AT-GAA-------ACA-------------atacttaatcgttaaatattgtaatctttattgtgtatacgtcacaaaaacaatctatctcagaattgcccatcattaaaattataaacgacaa
gi|2 : tataaaatgttgttttagaaattctcttcctgaccaaaagccaggtgtatacatggaagagtctgcatcaaggaactttctacctgtaaacggtcTTATAGCAA-ATTGGT---TAATCTGTTTTAAT--AGATG----T-T-T-CA--A-ACTTT---GTGAG--TC----TAATTAT-AAAA-AC---AAA-----------CTTTTCTTAAT-TCTTA---A--T-CAAT-----------T-TT--------C--A---T-G--TT-TGCTTT--------T-T--T--------G---------ACACA--AA---TATCAG----A-------G-------G----C----G---AT---CAA-G-AT--TAGTC-TGTA-----G-----G------G----T--AT-----A--T-AAC-AT-G--CA---TA-----------TTT---G--ATA-ACTTCTT-G----AT-GAA-------ACA-------------ttattacacatctgcaacaatatcaaacttcctaaatcaatttgtacataaggtctttccaccctgaatatgtttctgactttatgtcaacgtcaacttcctattaaatcaaataacatttag
gi|11 : tttttttagaaaatctgggaaatttctatctgtccgtcTTATA--AACA--GGT-----TTGTGTTATA----AGAAG----T-T-T-TA--TTGA-AT---TTGTGCATC----TTGGGAT-ACAA-AC---CAA-------------------AATGTCTAA---A--T-G-GT-----------C-TTTGA-----C--A---C-A--CT---------------T-T--T--------GT--------A------------A--------A-------G-------G----TA---A---AT---AAA-G-AC--TA----TT-G-----A-----T------A----T--A-----------AAG-AT-G--CA---C-------T----TTT---G--A-A-Actattacaaatccattacaactacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|5 : agtgtatgcatttgaggaaatttcaatctggaaacagtctgttttgatttaaaagt--GGT---TGGTCTGTTTTATC--AAACA----T-T-T-GAG-A-GTTA------GAGCATC----TCACGAT-GCAG-AA---GAA-----------C------CAG--TCTTGTGCA--T-T-ATGGGTGTTTGCAT-TT--------CTAA---A-G--CA-TGC-----------A-T--T--------G---------A---------------------A-------G-------G----T----G---AT---CAA-G-GT--TA----GT-A-----AGTC--T------G----T--AT----CA--T-AAG-AT-G--CATGTCTG-----T----TTT---G----A-ACATC-TAA----AT-GAA-------ACA-------------AAT----TGatatcacacattcagaacaatctcaaacatagctgttattttttt
gi|6 : agaattttaaattactatgataattactcatgtacttgtatcttggttcctggccaaaggcaaagggcatgcatcagggaaccatcttctagtaaactttT---CAT-CTGTTTTATTT-AGATC----T-T-T-TA--A-AATA-----AGTGCGTC----TTGTGAT-TAAG-AC---TCA-----------C------AAA--TCTTG---T--T-C-AT-----------C-AT--------C--A---A-G--CA-AGC-----------T-T-------------------------G--AA----A--------A-------G-----------------G---AT---CAA-G-AC--TAGCACTGTA-----AGTC--T------G----T--AT----TG--C-AAG-AT-G--CA---TAA----AC----TTT---A--A-A-ACGTC-T-A----AT-AAG-------ACAGACCTCGATTCACATC----TGTTACAATAACAA----A-CT---------A---agtctacaataattattatacatcagtaacaataacaaaatacctcagtattgcacatgatactgatacactac
gi|8 : ttttttttaaaaagtccagacgtgccaagcacatgttgtaagtaacttcctaacttgtatatttcTCTGTTCCATT--AGAAG----T-T-TGAA--A-GTTAA---AC-TG--TC----TTACGAT-ATGA-AT---CAG-----------T------TAG--TCTCG---A--A-C-AT-----------C-T---------C--A---A-ATACT-TGA-----------T-T--TTCT-----A---------A---A--AG---CA--------A-------GC------A----TAAAAG---AT---GGT-G-AA--GA----TC-A-----G-----TTAGTCTG----T--GT----CA--C-AAG-AT-G--CT---CAA----AT----TTT---A--T-A-AAGTC-T-GAA--AT-AAA-------ACA-------------actactccagttttgttgtttactattattagattacatcaatacactatacaccctgagcaaggcaaaaatatgaa
gi|6 : cacacatgcaaccagaagttttctatttgtaaacagtctgtcTCTGTCTTATT--AGACG----T-T-TTAA--A-G---T---TTATGCATC----TTGCAAT-ACAG-ACTTACAGTG---------C------TAG--TCTTG---A--T-C-CT-----------T-TT--------C--A---A-G--CT-TGC-----------T-TGAT--------G---------AT--G--AA---CA--------A-------G-------A----T---------T---TGT-G-AG--TC----TT-A--------------------------AT----CA--C-AAG-AC-G--CA---CTT----AT----TTT---A--A-A-AGATC-TAA----AT-AAA-------ACA-------------cagcaattaactgattttgcaatcattattgcacatccgtcacaataacaaattactacaatagtattgtagtgagctattacatttata
gi|1 : ttttttttaaaaagtccagacgtgccaagcacatgttgtaagtaacttcctaacttgtatatttctcatcTCTGTTTCATT--AGAAG----T-T-T-TA--A-AAT------TGTGCATC----TTGTGAT-ACAG-AG---TAA-----------C------TAG--TA-TA---A--T-C-AT-----------C-TTC-------C--A---C-G--CT-TGC-----------T-T--T--------cctcgattcacatctgttacaataacaaactaactactccagttttgttgtttactattattagattacatcaatacactatacaccctgagcaaggcaaaaatatgaa
gi|24 : tgtaaaacacttttcaaaaagtctttccctagccaagtctcggcgtaagtgtgaggcgcatgcgtcagacacatttgacccgtcatttcgatgtgttcaaatatgttcgtctttagatgcagattcacctttagaTCTGTTTTATT--AGATA----T-T-T-TA--A---CGT---TTGTGCATC----GTACAAT-CTAG-GC---TAA-----------C------TAA--TCTTG---AGGT-C-AT-----------A-TT--------C--ccacaatttaaccggtttgctattattattacacatccgtcacaatatcaaaatacttgagtaggccacttcggccttgaatacatgtatttgttgctgactctggatccaacaacttcattaaaagtagtatttaaatggtaaacctgtaaaaaacacgcaattgtacgcgtgaactttatcaacgttattgtttataacagttaacgccatttttctttattaccgttctaaatcagtttgtgctgcaggtatagtttttaatctcatttgactttgtctatttagttgaagagcaagatgcta
gi|2 : agcatgTCTGTTTCATCA-AGAAG----T-TAT-CA--A--ATAT---G----CATG----TTAT-AT-ACCCTAC---AGA-----------C------TAA--TCTTG---A--T-C-GC-----------C-TC--------T--G---A-----T---A-----------T-T--T--------GTGTCAAAAAA---GCAAA---CA--------T-------G-------AAAATT----G---AT---TAA-GAAT--TA----AG-A-----AAAGTTT------GTTTTT--AT----AA--T-TAG-AC-T--CA---CAA----AG----TTT---G--A-A-ACATC-T-A----TT-AAA-------ACA-------------G------------ATTAACCA----ATTT---------G---C---------TA---TAAC-------TA------TTACAAATCCATTACAcaacaaactaacaagtctgcaataaatatcggtcacaa
gi|10 : tttttttagaaaatctgggaaatttctatctgtccgCTCTTTCATT--AGACG----T-T-T-AAT-A-AATATAGTGTGTGCAGT----TCACGAT-TCAA-AA---TAA-----------C------TAA--TCTTG---A--T-T-AG-----------C-GT--------C--G---ACG--CT-TGC-----------T-T--TTC------T---------A---A--AA---TA--------A-------G-----------------C---AT---CAA-A-A----A----CG-A-----AACC--T------G----C--AA----TT--T-GCG-AT-G--CA---CAT----A------TT---A--A-A-ATACC-TCA----AT-GAA-------ACA-------------actacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|1 : tttttaggaaatcctttctggccaaaagccaagcgaatgcgcaaagcgacactttctgttcgtaatagcccgtgTCATTT-CGATG----TGT-T-CA--A----AT---ATGTTCGTC----TTTAGAT-GCAG-AT----------------------------------------T-C-AC-----------C-TTTAGAAAAGC--A---A-G--CG-TGG------------------------------------------------A--------A-------G-------A----T----G---AT---TAT---AC--TAG---TT-A-----C-----TCT----G----T--AT----CA--C-AAG-AT-G--CA---CA-----AT----TTT---A--A-A-ACTTC-T-A----AT-GAAACAGACCACA-------------ATT------------TAACCGGTTTG-CT---------A---T---------TA---TTA----------------TTACACATCCGTCACAATATCAA---AATACgcgaaatgctaatccgtttg
gi|17 : tgtaaaacacttttcaaaaagtctttccctagccaagtctcggcgtaagtgtgaggcgcatgcgtcagacacatttgacccgATTT-ATATG----T-T-T-TA--A--AT-T---GTGTACAGC----ATTCGAT-ACA--ACA--TAA-----------C------TAA--TTTTG---A--T-C-AT-----------C-TT--------C--T---A-T--ATGTGC-----------T-T--T--------T---------A---A--AG---CA--------G-------GC------A----C----A--------CATAG-ACTATA----TG-A-----AT----T------G----T--AT----TG--T-AAA-CT-GAACA---CAA-----------TT---G--A-ACACGTC-T-T----AT-AAA-------AC---------------------------GGCAACAG----A-TT---------A---G---------C-----TGC-------T-------TTGTAttgagtaggccacttcggccttgaatacatgtatttgttgctgactctggatccaacaacttcattaaaagtagtatttaaatggtaaacctgtaaaaaacacgcaattgtacgcgtgaactttatcaacgttattgtttataacagttaacgccatttttctttattaccgttctaaatcagtttgtgctgcaggtatagtttttaatctcatttgactttgtctatttagttgaagagcaagatgcta
gi|3 : -AGA-G----T-T-T-GATGA-CACAT---ATGTGCATTATTATTATTATTACAA-AC---CAA-----------T------TAA--TCTT-------T-C-GT-----------T-T------------------G--CT-TGA-----------
gi|3 : aaggtacgcatcatagaactttctacccactggcggtctgtctgttttatttagaagttttgaaatgtgttttatgattcagatcaaaaacagactggctatgcttgataatgcttgatatatcttgataatctctgtttttgtttaataaaagcaagcatcaaaattatcaagactggttggtctgtatcgtaagacgcatgaacttTGCGTC----TTACGAT-ACAG-AC---CAA-----------C------CAG--TCTTG---A--T-A-AT-----------T-TT--------G--A---T-G--CT-TGC-----------T-T--TTATTAAACA---------A---A--AA---CAG-------A-------G-------A----T----T---AT---CAA-G-ATA-TA----TC-A-----A------------G----C--AT----TA--TCAAGCATAG--C----CAG----TCTGTTTTT---G--A------TC-T-GAATCAT-AAA-------ACAC------------ATT----Tcagtctttcacatccaacacattaacacgttaccttatttactaaatactgacatattctaacctttacacaaccaacaaatgcacatttggaattgataatttatgacaattcactgtttcaaagcagctgtgcagcagatttcttgct
gi|9 : aaggtacgcatcatagaactttctacccactggcggtctgtctgttttatttagaagttttgTGAT-ACAG-AC---AAA-----------C------TAC--TCTTG---A--AAC-AA-----------C-AC--------G--A---C-G--TT-TG------------T-C--T--------G---------A---A--AG---CA--------A-------GCGTCGA-ACT--T----T---AT---CGA-G-AT--TA----GT-A-----AGTG--T------G----T--AT----CA--T-AGG-AT-G--CT---CAT----AT----TTT---T--A-A-ACATCTT-A----AT-GAA-------ATA-------------Atgaactttcaagcaaacgaaagattaattggtttgtaataataataataatgcacatatgtgtcatcaaactctcagtctttcacatccaacacattaacacgttaccttatttactaaatactgacatattctaacctttacacaaccaacaaatgcacatttggaattgataatttatgacaattcactgtttcaaagcagctgtgcagcagatttcttgct
gi|16 : aatcttataatcatt-G-AC--TT----TG-T-----C-----T------C----T--GT----CA--T-AAG-AT-G--CC---CAT----AT----TTT---A--T-T-ACATC-T-A----AT-GAA-------ACA-------------cttaactttaaaatgtttaatctaaacaatatacttaatcgttaaatattgtaatctttattgtgtatacgtcacaaaaacaatctatctcagaattgcccatcattaaaattataaacgacaa
gi|18 : aaatgctgacaaaatattaaattaatattttatgacatttccttcctggttaaaggccagatataagtgcaaagcacatgtgtaagggaacaatctacctgtaattggtctatc-----T------A----T--AT----CA--T-TTG-AT-G--CA---CAA----AT----TTT---A--A-A-ATGTC-T-A----AT-AAA-------ACAGACA---------ATTATGATGT----GTAATAA----A-AT---------A---TAACACAAATCAGT-TTGT-------CATGATTACTGCACATTCGTCACAATAACAA---ACTACT---TTAACC---TTGTACATTTCACATCCTTCACAAAAACAAATTAtacat
gi|24 : --AT----TG--T-ACG-AT-G--CA---CAA----AC----GTT---A--A-A-ATATC-T-A----AT-AAA-------ACA--------------------------GACAACAA----A-CT---------A---A---------CA---c
gi|27 : agcatggaatatgacctcaagattagttagcctagTAACAA----A-CT---------AGCTC---------TA---TCTCAAT----C-------TTTCACATCCGTCATACTATCGA---ACTACC---TCAGTC---TTGTT-------CATCATTCACAATAACAAACTAagtctgcaataaatatcggtcacaa
gi|14 : aACATCCGTCACAATATGAA---ACTACC---ACAGTCGTTTCGTA-------CA
gi|12 : aaaactaacaggttttctataatgttcacC---TTTCA-------CATCCACCACAATAACAAACTAcgaggtcgttttgagcctgaatgtctgtattttgctgacacaaaatcaaacaacttatgttttaaccattaatattaaaagtacctaacaagctattgcacgtttggaagtgattgtgtgattgtacatagcattcttaa
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTACCACAAGACGCATATCTAACACTACAGACAAAAGACCAGCCAGTTTACTATTATTACACATGTCTCAGTATCATTTCATACACAAGTTCATTTCAACACTGAATATGTGTATTATTTTGTTGTTGACTCCGGGTCAAACAACTCTATACCATTATATCATAACAAATAAAAGGTTAAGTATTTAAATAGTAAACCATTACACAACAAGCAATTGTACGTCTGGAATT
Unaligned ( gi|15 ): ACTAATTATTCTATATTGTAAGGATGTTTGATAATGCAGTAGACAGACTAACCAGTATGTTATAATTATTACAGATATGTCGCAAACACAAATTACCTCAGTTATTTTGTACTCTAGGTCATTTCTCGCCTGAATATGTATATTAGTGCTGAATCTCAATCCAACAACTTTA
Unaligned ( gi|19 ): ACAAATATCATGATGTAAATTGAATTAGAAAGTCCGTTTCTGACCGGAGGCCACATGTATGCGTATATCGCATGCGTAAAGACACTTGTTACTAGCAATAAGTCCGTCGGTTTCATTTGGATGTTTAACCAAATAATA
Unaligned ( gi|20 ): TCATTTTAGCTAACTCCAGGTGAGATAACTTTATATAATAAATACAATAATATAAAACTAATACAATATTAAGCATTTAAATGGCAACATTTCCACAACAAGCAATAGTACGTTTCAAATTAA
Unaligned ( gi|21 ): GTATTGAAACAACAAATCTTTACACCACAACAAGAAATTGTACACTTAGAAATGATTATTATTTGCAGTTAAATGTAATTCTCTATATGTCTTTCAAAGCATTTGTGCTGCAAGTTTCTTA
Unaligned ( gi|22 ): GCAGACTAAACATTCCGTCTATTTCACAAGACGTTTTAACAGACATGCCTTTGACAGTACACACCAACCGGTGTGTCATAATTATTCCAAATCTGTCGCAACAAACTAATTCTCATTAT
Unaligned ( gi|25 ): ATATATATTTGTTTAATCATTTCAACCCTGGGTATGTGTATTTGTTGTTGACAGACTCTGGGTCAAACAACTTTATTATAAAGTTTTAAA
Unaligned ( gi|29 ): CAATTAACCGGCTTTTCATATTTATTTCACATCCGTCAGAATAACATACTTCATCAGTATTGTA
Unaligned ( gi|30 ): AAATATAATTCTCTATATCACTTTCTTCAAAGCATCTGTATAATCTGCAGGTTTCTTGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTTTTTGTGATCTAAATTTGATGTTGTGTTCGGTAAGGGTGACCAAGCTTATGCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 11111 11111111111 22222222222222222222 1 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 1111 1111111
lowQualScore : 88 0 1111 6 1 555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 2 77777777 3 66 5 6 333 1 1 22 55555 1 3 5 00000000000 2 555 777777 11111111111111111111 66 33 2 2 2 4 22 555 2 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 444 444 1 33 33333333 3333 1111111 1
lowQualScore : .. . .... . . ................................................... . . ........ . .. . . ... . . .. ..... . . . ........... . ... ...... .................... .. .. . . . . .. ... . ....................................................................................................................................................................................................................................................................... ... ... . .. ........ .... ....... .
lowQualScore : 33 0 3333 7 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444 9 5 77777777 8 00 7 2 333 9 0 88 55555 7 1 4 00000000000 1 111 222222 77777777777777777777 33 77 7 7 7 3 99 000 9 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 777 0 66 88888888 3333 8888888 0
consensus : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-ATTCCCTTCCTGGCCGAAGGCCA-------G-G-----------G------GCATAC------------GC-T-CAGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAAC-GGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG---TT-TTA--A-AATATGTGTGCATCTTATGAT-----------ACAG-ACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA--TC-ATC-TT-CGA-GCT-TGC---T-T--T-N-A---GAA---C--A--------A-------G--------A----C-G---A--T---CA-AG-ACTAG-----T---G-A-----CT--G----T--AT----CG--TAAGATGCACA----AAC----TTTG--A-A-ACGTC-T-AA--T-GAA-------A---CA----A----TT----TG--TAG-CAACAA----A----CT---------AN---------C---A---TTG----C------------TTA---C---ACATCCGTCACAATANCAAACT-ACCN---C---AGTC---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
Reference ( family-43 ) : AAATTTNAT-ATTTTAT---AA-ATTCCCTTCCTGGCCAAAAGCCA-------G-G-----------G------GCATAC------------GC-T-CAGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAAN-GGTCNNTCTGTTTCA-TT--A-GACG---TT-TNA--A-GATATGTGTGCATCTTACGAT-----------ACAG-ACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA--TC-ATC-TT-CAA-GCT-TGC---T-T--T-G-A---GAA---C--A--------A-------G--------A----T-G---A--T---CA-AG-ACTA------T---G-A-----NT--G----T--AT----CG--TAAGATGCACA----NAC----TTTG--A-A-ACGTC-T-AA--T-GAA-------A---CA----A----TT----TG--TAG-CAACAA----A----CT---------AN---------C---A---TTG----C-------C----TTA---C---ACATCCGTCACAATANCAAACT-ACCA---C---AGTC---TTGT-------ACATCCNTCACAATAACAAACTA
gi|1 : TAAAT-TGT-GGTCTGTTTCA-TT--A-GAAG---TT-TTA--A-AAT---TGTGCATCTTGTGAT-----------ACAG-AGT-AAC------TA--------------------G--TA-TAA--TC-ATC-TTCCAC-GCT-TGC---T-T--T-T-C---TA-------A--------A-------G--------G----T-G---A---------------A------T-----------CT--G----C--AT----CT--AAAGACGAACA----TA-----TTTG--A-ACACATC-GAAA--T-GA
gi|1 : tgtaaaacacttttcaaaaagtctttccctagccaagtctcggcgtaagtgtgaggcgcatgcgtcagacacatttgacccg--A--------A-------G--------A----T-G---A--T---TA--T-ACTAG-----T---T-A-----CTCTG----T--AT----CA--CAAGATGCACA-----AT----TTTA--A-A-ACTTC-T-AA--T-GAAACAGACCA---CA----A----TT----T--------AACCGGTTTG----CT---------AT---------T---A---TTA-----------------TTA---C---ACATCCGTCACAATATCAAAAT-ACaccggtttgctattattattacacatccgtcacaatatcaaaatacttgagtaggccacttcggccttgaatacatgtatttgttgctgactctggatccaacaacttcattaaaagtagtatttaaatggtaaacctgtaaaaaacacgcaattgtacgcgtgaactttatcaacgttattgtttataacagttaacgccatttttctttattaccgttctaaatcagtttgtgctgcaggtatagtttttaatctcatttgactttgtctatttagttgaagagcaagatgcta
gi|10 : tgtaaaacacttttcaaaaagtctttccctagccaagtctcggcgtaagtgtgaggcgcatgcgtcagacacatttgacccgtcatttcgatgtgttcaaatatgttcgtctttagatgcagattcacctttagaaaagcaagcgtggTTTTAGG--AA-AT--CCTTTCTGGCCAAAAGCCA-------A-G-----------C------GAATGC------------GC-A-AAGCGACACTTTCTG-TTCGT-AAT-AGCCCGTGTGTTTCA-TTG-A-GGTA---TT-TTA-------ATATGTGCATCGCAAATT-----------GCAG-G---------------------------------------TT----TC-GTT-TT-TGATGCT-TAT---T-T--TAG-A---AAAG--C--A--------AGCGTC--G--------A----C-GCTAA--T---CA-AG-ATTAG-----T---T-A-----TT--T----TGAAT----CG--TGAACTGCACA----CACTATATTTATTA-A-ACGTC-T-AA--T-GAA-------A---ttgagtaggccacttcggccttgaatacatgtatttgttgctgactctggatccaacaacttcattaaaagtagtatttaaatggtaaacctgtaaaaaacacgcaattgtacgcgtgaactttatcaacgttattgtttataacagttaacgccatttttctttattaccgttctaaatcagtttgtgctgcaggtatagtttttaatctcatttgactttgtctatttagttgaagagcaagatgcta
gi|11 : tTA-TTTATAAAC-AG---GTTTGTGTTA-TA--A-GAAG---TT-TTA--TTGA-ATTTGTGCATCTTGGGAT-----------ACAA-ACC-AA--------A--------------------ATGTCTAAA--TG-GTC-TT-TGA--CA-CAC---T-T--T-T-G---TA-------A--------A-------G--------G----TAA---A--T---AA-AG-ACTA------T---T-G-----AT--A----T--A----------AAGATGCAC-------T----TTTGA-A-A-ACTTT-T-AAATC-AAA-------A---CA----gaggcgaaatgctaatccgtttg
gi|12 : agtgtatgcatttgaggaaatttcaatctggaaacagtcAGAGA-GCTTTCTA-TTTAACAAC-G---CCTTTGTTAAG-TT--AAGATGATTTT-TTA--A-----TACGTACATCCTTTAAT-----------ACAT-ACA-CAC------TA--------------------A--CCACGA--TC-ATC-CT-CGATGCT-TGC---TGT--T-ACA---CAA---TTTA--------A-------GTGTCGGTTA----T-G---T--C---CA-AG-G--G------T---G-G-----TT-------T--GT----CG------ATGT---------C----TTT---A-G-ACGTT-C-------GAA-------A---CA-------------------TA--CGACAG----A----CT---------AA---------C---AGGTTTG----CAATATTAC----TTT---C---ACATCCACCACAATAACAAACT-ATCA---C---Atcacacattcagaacaatctcaaacatagctgttattttttt
gi|14 : ta----TCA---C---ACATCCGTCACAATATGAAACT-ACCA---C---AGTCGTTTCGT-------ACAac
gi|16 : aaaactaacaggttttctataatgtAAATT-AAT-ATTTTAT---GACATTTCCTTCCTGGTTAAAGGCCA-------G-ATATAAGTGCAAA------GCACAT------------GTGT-AAGGGA-ACAATCTA-CCTGTAATT-GGTCTATCTGTTTCA-TT--A-GATG---TA-ATA--A-AATATG-G-GCATCTTATGAC-----------AGAG-ACA-AAcgaggtcgttttgagcctgaatgtctgtattttgctgacacaaaatcaaacaacttatgttttaaccattaatattaaaagtacctaacaagctattgcacgtttggaagtgattgtgtgattgtacatagcattcttaa
gi|17 : aaatgctgacaaaatatt-TT--A-TATG---TT-TTA--A--AT-TGTGTACAGCATTCGAT-----------ACA--ACATAAC------TA--------------------A--TTTTGA--TC-ATC-TT-CTA-TATGTGC---T-T--T-T-A---AAG---C--A--------G-------GC-------A----C-A----------CATAG-ACTA------TATGA-A-----TT--G----T--AT----TG--TAAACTGAACA----CAA-----TTG--A-ACACGTC-T-TA--T-AAA-------A---C---------------------GG-CAACAG----A----TT---------AG---------C--------TG----C-------T----TTgtctacat
gi|18 : atT--A----T--AT----CA--TTTGATGCACA----AAT----TTTA--A-A-ATGTC-T-AA--T-AAA-------A---CAGACAA----TTATGATG--T-G-TAATAA----A----AT---------ATAACACAAATC---AGT-TTG----T-------CATGATTA---CTGCACATTCGTCACAATAACAAACT-ACTT---T---AACC---TTGTACATTTCACATCCTTCACAAAAACAAATTAgta
gi|19 : TTAG---AA-AGTCCGTTTCTGACCGGAGGCCACATGTATG-C-----------GTATATCGCATGC------------G--T-AAAGAC-ACTTGTTA-CTAGCAATA-AGTCCGTCGGTTTCATTT--G-GATG---TT-TAA--c
gi|2 : acaaatatcatgatgtaaattgaa-T-CTGGGA-AATTTCTA-TCTGT--------CCGTCTGTTTCA-TC--AAGAAG---TTATCA--A--ATATG----CATGTTAT-AT-----------ACCCTACA-GAC------TA--------------------A--TCTTGA--TC-GCC-TC-TGATATT-TGT---G-T--C-A-A---AAAAG-C--A--------AACAT---G--------AAAATT-G---A--T---TA-AGAATTA------A---G-AAAAGTTT--GTTTTT--AT----AA--TTAGACTCACA----AAG----TTTG--A-A-ACATC-T-AT--T-AAA-------A---CAG---A----TT-------------AACCA----ATTTGCT---------AT---------A---A---CTA-----------------TTA---C---AAATCCATTACAAccaaataata
gi|2 : tttttttagaaaaGCAAATTGGTTAATCTGTTTTA-AT--A-GATG---TT-TCA--A-ACTTTGTGAG--TCTAATTAT-----------AAAA-ACA-AACTTTTCTTA--------------------AT-TCTTAA--TCAATT-TT-CAT-GTT-TGCTTTT-T--T-G-ACACAAA---T--ATCAG----A-------G--------G----C-G---A--T---CA-AG-ATTAGTC---T---GTA-----GG--G----T--AT-----A--TAACATGCATA-----------TTTG--ATA-ACTTCTT-GA--T-GAA-------A---CA----ctacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|22 : tttttttagaaaatctgggaaatttctatctgtccgtcTAAAC-ATTCCGTCTATTTCA-CA--A-GACG---TT-TTAACA-GACA----TGCCTTTGACAGT-----------ACAC-ACC-AAC------tataactattacaaatccattacaactacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|23 : gcagacATTTTATCATTTTGTTTGAA-ATTCCCTTTATGGCTGATAGCCA-------GAG-----------G------GCATA---------------------------TATC---CGTATAGAT-GGTCCTTCTATTTCA-TTT-A-GATG---TT-TTC--A-GATATGTACG--TCTTACGAC-----------ACAG-cggtgtgtcataattattccaaatctgtcgcaacaaactaattctcattat
gi|24 : TCTGTTTTA-TT--A-GATA---TT-TTA--A---CGTTTGTGCATCGTACAAT-----------CTAG-GCT-AAC------TA--------------------A--TCTTGAGGTC-ATA-TT-C
gi|24 : agcatg--A--------A-------T--------A----T-G---ACCT---CA-AG-ATTAGT----TA--G-C-----CT--A----G--AT----TG--TACGATGCACA----AAC----GTTA--A-A-ATATC-T-AA--T-AAA-------A---CA--------------------GA-CAACAA----A----CT---------AA---------C---AAGTCTG----C-------A----ATA---A---ATATCGGTCACAAcaacaaactaacaagtctgcaataaatatcggtcacaa
gi|26 : agcatgg------GCAT--------------GC-A-CGGAGA-AATTTCTT-CTTGTAAAT-ACTTTGTCTGTTTCA-TT--A-GATG---CT-TAA--A--AC-TGAAAGCGTCTAGTGAT-----------GCAG-A
gi|27 : acAACAA----A----CT---------AG---------CTCTA---TCT----CAAT----C----TTT---C---ACATCCGTCATACTATCGAACT-ACCT---C---AGTC---TTGT-------TCATCATTCACAATAACAAACTAata
gi|28 : at------GCATGT-------------C-T-CATGGA-ATTTTCTA-CATGTAAAA-GGTCAATCTGTTTCA-TTA-A-AATG---TT-T
gi|29 : aagc----TTT---C---ACATCCGTCAGAATAACATACT--TCAT--C---AGTA---TTGT-------Aataaacaca
gi|3 : caattaaccggcttttcatatttaTAC------------GCAT-CATAGA-ACTTTCTA-CCCACTGGC-GGTCTGTCTGTTTTA-TTT-A-GAAG---TT-TT-----GAAATGTGT----TTTATGATTCAGATCAAAAACAG-ACT-GGC------TATGCTTGATAATGCTTGATATA--TCTTGA--TA-ATC-TC-TGT-TTT-TGT---T-TAAT-A-A---AAG---C--A--------A-------GCATCAAA-A----T-T---A--T---CA-AG-ACTGGT----T---G-GT----CT--G----T--AT----CG--TAAGACGCATG----AAC----TTTC--A-A-GCA-----AA--C-GAA-------AGATTA----ATTGGTT----TG--TAA-TAATAA----------T---------AA---------T---A---ATG----C--------------A---C---ATATGTGTC-----ATCAAACT---CT---C---AGTC---TTTC-------ACATCCAACACATTAACA
gi|4 : aaggT-GTTTTAG---AA-ATTCTCTTCCTGACCAAAAGCCA-------G-G-----------T------GTATACATGGAAGAGTCTGCAT-CAAGGA-ACTTTCTA-CCTGTAAAC-GGTC----TGTTTCA-TTG-A-GATG---TT-TCT--A-AACATATATGCATCTTA-----------------AG-A---AA-------TA--------------------A--ACTTAA--TA-A-------AA-GC---------------------AAA---C--ATAGG----A-------G--------A----C-A---A--T---TA-AG-ATTA----------G-A-----TA--G----T--ATAAACCA--TACAGTGCACA-----AC----TTTA--A-A-ATGTC-T-AA--T-AAA-------A---CA----G----AT----TG--CA---AGCCT----G----CT---------AT---------A---A---TTA-----------------TTA---C---ACATCTGCAACAATATCAAACT-TCCT---A---AATCAATTTGT-------ACATcgttaccttatttactaaatactgacatattctaacctttacacaaccaacaaatgcacatttggaattgataatttatgacaattcactgtttcaaagcagctgtgcagcagatttcttgct
gi|5 : tataaaatgtTTCCTGGCCAAAGGCAA-------A-G-----------G------GCATGC------------A--T-CAGGGA-ACCATCTT-CTAGTAAAC-TTTCAATTTGTTTCATTT--A-GATG----T-TCA--A-AACAGACATGCATCTTATGAT-----------ACAG-ACT-TAC------TA--------------------A--CCTTGA--TC-ACC-TT-CAATGCA-TGC---T-T--T---A---GAAATGC--A--------A-------ACACCC---A----T-A---A--TGCACA-AG-AC--------T---G-GTTCTTCT--G----C--AT----CG--TGAGATGCTCT----AAC----TCTC--A-A-ATGTT-T-GA--T-AAA-------A---CA----G---------------AC-CAACCAGTCTA----CA---------AT---------A---A---TTA-----------------TTA---T---ACATCAGTAACAATAACAAAAT-ACCT---C---AGTA---TTGC-------ACATaaggtctttccaccctgaatatgtttctgactttatgtcaacgtcaacttcctattaaatcaaataacatttag
gi|6 : agaattttaaattactatgataattactcatgtacttgtatcttggGCCA-------A-G-------------------CACAT------------GT-TGTAAGTA-ACTTCCTAACTTGTATAT-TTCTCATCTGTTTTA-TTT-A-GATC---TT-TTA--A-AATAAGTGCG--TCTTGTGAT-----------TAAG-ACT-CAC------AA--------------------A--TCTTGT--TC-ATC-AT-CAA-GCA-AGC---T-T----------GAA------A--------A-------G---------------G---A--T---CA-AG-ACTAGCACTGT---A-A-----GTCTG----T--AT----TG--CAAGATGCATA----AAC----TTTA--A-A-ACGTC-T-AA--T-AAG-------A---CA------------------------GAC-----------CT----------C---------G---A---TT------------------------C---ACATCTGTTACAATAACAAACTAACTACTCC---AGTT---TTGT-------gatactgatacactac
gi|7 : ttttttttaaaaagtccagacgtAAATTTGAT-ATTTTCT---AA-ATTCCCTTCCTGGCTAAATGTCA-------G-G-----------G------ATATAC------------AC-TTCAGAGA-AAATTCTG-CTTATAAAA-GGTCATTCTGTTTCA-TTT-A-GATG---TT-TAA--A-GATATGTGTGCATCTTATGAT-----------ACAG-ACC-AAC------TA--------------------A--TCTTGA--TC-ATC-TT-CAA-GCT-TGA---T-T--T-G-A---GAA---C--A--------A-------G--------A----T-G---A--T---CA-TG-ACTA------T---G-A-----AT--G----T--AT----CA--TAAGATGCACA----GAC----TTTG--A-A-ATGTC-T-GA--T-GAA-------A---CA----A----TT----TG--TAG-TAACAA----A----CT---------AC---------C---A---TTG----C-------C----TTG---T---ACATCCATCACAGTAGCAAACT-ACCA---T---GGTC---TTGT-------ACATCCATCACAGTAACAAACTAtgtttactattattagattacatcaatacactatacaccctgagcaaggcaaaaatatgaa
gi|8 : GAA-GTTTTCTA-TTTGTAAAC-AGTCTGTCTGTTTTA-TTTCA-GAC----TT-TAT--A-AA-ATTTGAGCATCTTGTGAC-----------ACAG-ACT-AAC------TG--------------------A--TCTTCA--CC-ATCTTT-TAT-GCT-TGC---T-T--T-T-A---GAAAATC--AAGTATTTGA-------G--------A----T-G---T--T---CG-AG-ACTAAC----T---G-A-----TTC-A----T--AT----CG--TAAG----ACAGTTTAAC----TTTC--A-A-ACTTC-T-AA--T-GGA-------A---CA----G-----------A--CAG-CAATTA----A----CTGATTTTGCAAT---------C---A---TTA-----------------TTG---C---ACATCCGTCACAATAACAAATT-ACTA---CAATAGTA---TTGT-------A
gi|9 : cacacatgcaacca-CTTATAA-----TCATTTTATTTCA-TT--AAGATG---TT-TAA--A-AATATGAG--CATCCTATGAT-----------ACAC-ACT-TAC------TA--------------------A--TCTCGA--TA-AAG-TT-CGACGCT-TGC---T-T--T-C-A---G-A---C--A--------AACGTCGTG--------T----T-GT--T--T---CA-AG-AGTAGTT---T---G-T-----CT--G----T--AT----CACTTA--------------AC----TTTA--A-A-ATGTT-T-AA--TCTAA-------A---CA----A----TA----TACTTAATCGTTAA----A--------------------------T---A---TTGTAATC-------T----TTATTGT---GTATACGTCACAAAAACAATCT-ATCT---C---AGAA---TTGC-------CCAT-CATTAAAATTATAAACgtgagctattacatttata
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTACCACAAGACGCATATCTAACACTACAGACAAAAGACCAGCCAGTTTACTATTATTACACATGTCTCAGTATCATTTCATACACAAGTTCATTTCAACACTGAATATGTGTATTATTTTGTTGTTGACTCCGGGTCAAACAACTCTATACCATTATATCATAACAAATAAAAGGTTAAGTATTTAAATAGTAAACCATTACACAACAAGCAATTGTACGTCTGGAATT
Unaligned ( gi|15 ): ACTAATTATTCTATATTGTAAGGATGTTTGATAATGCAGTAGACAGACTAACCAGTATGTTATAATTATTACAGATATGTCGCAAACACAAATTACCTCAGTTATTTTGTACTCTAGGTCATTTCTCGCCTGAATATGTATATTAGTGCTGAATCTCAATCCAACAACTTTA
Unaligned ( gi|20 ): TCATTTTAGCTAACTCCAGGTGAGATAACTTTATATAATAAATACAATAATATAAAACTAATACAATATTAAGCATTTAAATGGCAACATTTCCACAACAAGCAATAGTACGTTTCAAATTAA
Unaligned ( gi|21 ): GTATTGAAACAACAAATCTTTACACCACAACAAGAAATTGTACACTTAGAAATGATTATTATTTGCAGTTAAATGTAATTCTCTATATGTCTTTCAAAGCATTTGTGCTGCAAGTTTCTTA
Unaligned ( gi|25 ): ATATATATTTGTTTAATCATTTCAACCCTGGGTATGTGTATTTGTTGTTGACAGACTCTGGGTCAAACAACTTTATTATAAAGTTTTAAA
Unaligned ( gi|30 ): AAATATAATTCTCTATATCACTTTCTTCAAAGCATCTGTATAATCTGCAGGTTTCTTGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTTTTTGTGATCTAAATTTGATGTTGTGTTCGGTAAGGGTGACCAAGCTTATGCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 1111 1111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 111111 22222222222222222222222 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111 1111111111111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111111
lowQualScore : 88 0 6666 5 2222 6666666 3 4 333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 1 2 555 2 1 99 3 1 1 5555 666666 11 99999999999 1 1 444 666666 00000000000000000000000 33 4 33 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 33 1111111111 33 4444444444444 33 999 2 4 0 2 2 33 2 7777777 444 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555 444 1 6666 1 555 3333 1111111 1
lowQualScore : .. . .... . .... ....... . . ................................................... . . . ... . . .. . . . .... ...... .. ........... . . ... ...... ....................... .. . .. . ............................................................................................................. .. .. .......... .. ............. .. ... . . . . . .. . ....... ... . ........................................................................................... ..... ... . .... . ... .... ....... .
lowQualScore : 33 0 7777 7 1111 2222222 1 4 222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 4 4 888 1 7 88 5 7 7 7777 222222 66 00000000000 9 0 999 444444 33333333333333333333333 22 7 22 7 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 11 8888888888 11 1111111111111 11 333 2 4 5 2 2 11 2 6666666 111 5 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444 444 0 1111 0 444 3333 8888888 4
consensus : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCA-------G-G-----------G------GCATGC------------GC-T-CAGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTACGAT-----------A-CAGACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA--TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTT--T-----TAGAA----CA--------A-------G-------A----CG---------AT---CA-AGAC----T--A---G-------T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATG--CAC-A----AAC----TT--TG--A-A-ACGTC-T-AA--T-GAA-------A---C-A----A----TT------TG--TA--CAA---------CAA----A----C----T---------AN-----CA---TTG-------C----TTA----C---ACATCCGTCACAATANCA----AACTACCTC---AGTC---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
Reference ( family-43 ) : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCA-------G-G-----------G------GCATAC------------GC-T-CAGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA--TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTT--T-----NAGAA----CA--------A-------G-------A----CG---------AT---CA-AGAC----T--A---G-------T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATG--CAC-A----AAC----TT--TG--A-A-ACGTC-T-AA--T-GAA-------A---C-A----A----TT------TG--TAG-CAA---------CAA----A----C----T---------AN-----CA---TTG-------C----TTA----C---ACATCCGTCACAATANCA----AACTACCNC---AGTC---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
gi|1 : TTTCAA---AA-AGTCTTTCCCTAGCCAAGTCTCGGCGTAAGTGTGA-------G-G-----------C------GCATGC------------G--T-CAGACA-------CA-TTTG---AC---CCGTC-ATTTC--------GATG-TGT-T-C--AAATATGT-T-CGTCTTTAGAT-----------G-CAGATT-CAC------C------------------------TTTAGA--AA-AGC-----AA-GCG-TG-------------GAA----------------------G-------A----TG---------AT---TA--TAC----T--A---G-------T--T-A--CTCTGT--AT----CA----CAAGATG--CAC-A----A-T----TT--TA--A-A-ACTTC-T-AA--T-GAAACAGACCA---C-A----A----TT------T--------AA---------CCGGTTTG----C----T---------AT-----TA---TTA------------TTA----C---ACATCCGTCACAATATCA----AAATACTTG---AGT
gi|1 : tgtaaaacactGTCTGTTTCA-TT--A-GAAG-TTT-T-A--AAAT---TGTGCATCTTGTGAT-----------A-CAGAGT-AAC------TA--------------------G--TA-TAA--TC-ATCTT--CCACGCT-TGCTT--T-----T--------C------------------------------------------T---AA-AG-------------G-------T--G-AATCT--GC--AT----CT----AAAGACG--AAC-A----TA-----TT--TG--A-ACACATC-GAAA--T-GAaggccacttcggccttgaatacatgtatttgttgctgactctggatccaacaacttcattaaaagtagtatttaaatggtaaacctgtaaaaaacacgcaattgtacgcgtgaactttatcaacgttattgtttataacagttaacgccatttttctttattaccgttctaaatcagtttgtgctgcaggtatagtttttaatctcatttgactttgtctatttagttgaagagcaagatgcta
gi|10 : tgtaaaacacttttcaaaaagtctttccctagccaagtctcggcgtaagtgtgaggcgcatgcgtcagacacatttgacccgTTTTAGG--AA-A----T--CCT-------TTCTGGCCAAAA-GCCA-------A-G-----------C------GAATGC------------GC-A-AAGCGACACTTTCTG-TTCGTAA-TAGCCCGTGTGTTTCA-TTG-A-GGTA-TTT-T-A------ATATGTGCATCGCAAATT-----------G-CAGG---------------------------------------TT----TC-GTTTT--TGATGCT-TA-TT--T-----TAGAAAAG-CA--------AGCGTC--G-------A----CGCTA------AT---CA-AGAT----T--A---G-------T--T-A--TT--TTGAAT----CG----TGAACTG--CAC-A----CACTATATT--TATTA-A-ACGTC-T-AA--T-GAA-------A---cacaatttaaccggtttgctattattattacacatccgtcacaatatcaaaatacttgagtaggccacttcggccttgaatacatgtatttgttgctgactctggatccaacaacttcattaaaagtagtatttaaatggtaaacctgtaaaaaacacgcaattgtacgcgtgaactttatcaacgttattgtttataacagttaacgccatttttctttattaccgttctaaatcagtttgtgctgcaggtatagtttttaatctcatttgactttgtctatttagttgaagagcaagatgcta
gi|11 : t------GTATGC------------AT-T-TGAGGA-AATTTCAA-TCTGGAAACAGTCTGT---TTTGA-TTT-A-AAAG-TTT-TCA--AAA-----GTGCATCTT----T-----------A-TA--TC-AA-------TA--------------------G--TCTTTA--TTTACCTTTACAA-AAG-TG-TG--T-----CA--------A--------A-------G-------A----CC---------AT---TT-AGACATTTT--G---G-------T-------TT--GT--AT----CC----CAAGATG--CAC-A----AAT----TCAATA--A-A-ACTTC-T-TA--T-AAC-------A---CAA----A----CC------TG--T---TTA---------TAA----A---------T---------AT-----C---------------------A----C---ACATTCAGAACAATCTCA----AACgaggcgaaatgctaatccgtttg
gi|11 : agtTA-TTTATAAACAG---GTTTGTGTTA-TA--A-GAAG-TTT-T-ATTGAAT-T-TGTGCATCTTGGGAT-----------A-CAAACC-AA--------A--------------------ATGTCTAAA--TG-GTCTT--TGA--CA-CACTT--T-----TGTAA-----A--------G-------G-------T----AA---------AT---AA-AGAC----T--A---T-------T--G-A---T--AT--A------------AAGATG--CAC--------T----TT--TGA-A-A-ACTTT-T-AAATC-AAA-------A---C-A----atagctgttattttttt
gi|12 : agtgtatgcatttgaggaaatttcaatctggaaacagtcAGAGA-GCTTTCTA-TTTAACAACG--CC-TTTGTTAAG-TT--AAGATGATTT-T-T--TAATACGTA--CATCCTTTAAT-----------A-CATACA-CAC------TA--------------------A--CCACGA--TC-ATCCT--CGATGCT-TGCTG--T-----TA-CA----CA--------ATTTAAGTG-------T----CG---------GT---TA-TGTC----C--AAGGG-------T--G-G--TT---T--GT----C--------GATG--T----------C----TT--T---A-G-ACGTT-------C-GAA-------A---C-A---------------------TA--CGA---------CAG----A----C----T---------AA-----CAGGTTTG-------CAATATTACTTTC---ACATCCACCACAATAACA----AACTATCAC---Atcacacattcagaacaatctcaaacatagctgttattttttt
gi|14 : taTG-------T----TCA----C---ACATCCGTCACAATATGA----AACTACCAC---AGTCGTTTCGT-------ACAac
gi|16 : aaaactaacaggttttctataaAAATT-AAT-ATTTTAT---GACA----TTTCCT-------TCCTGGTTAAAG-GCCA-------G-ATATAAGTGCAAA------GCACAT------------GTGT-AAGGGA-ACAATCTA-CCTGTAATTGGTCTATCTGTTTCA-TT--A-GATG-TAA-T-A--AAATATG-G-GCATCTTATGAC-----------A-GAGACA-AAcgaggtcgttttgagcctgaatgtctgtattttgctgacacaaaatcaaacaacttatgttttaaccattaatattaaaagtacctaacaagctattgcacgtttggaagtgattgtgtgattgtacatagcattcttaa
gi|17 : aaatgctgacaaaatatt-TT--A-TATG-TTT-T-A--AA-T-TGTGTACAGCATTCGAT-----------A-CA-ACATAAC------TA--------------------A--TTTTGA--TC-ATCTT--CTA-TATGTGCTT--T-----TAAAG----CA--------G-------GC------A----CA--------------CATAGAC----T--AT--A-------T--GAA--TT--GT--AT----TG----TAAACTGAACAC-A----A-------T--TG--A-ACACGTC-T-TA--T-AAA-------A---C------------------------GG-CAA---------CAG----A----T----T---------AG-----C-----TG-------C----TTgtctacat
gi|18 : atT--AT--AT----CA----TTTGATG--CAC-A----AAT----TT--TA--A-A-ATGTC-T-AA--T-AAA-------A---C-AGACAA----TTATGATGTG--TAA-TAAAATATAACACAA----A----T----C---------AGTTTGTCA---T-G-------A----TTA----CTGCACATTCGTCACAATAACA----AACTACTTT---AACC---TTGTACATTTCACATCCTTCACAAAAACAAATTAtgta
gi|19 : TTAG---AA-A----GTCCGT-------TTCTGACCGGAG-GCCACATGTATG-C-----------GTATATCGCATGC------------G--T-AAAGAC-ACTTGTTA-CTAGCAATAAGTCCGTCGGTTTCATTT--G-GATG-TTT-A-ACCAAATAc
gi|2 : acaaatatcatgatgtaaattgaa-T-CTGGGA-AATTTCTA-TCTGT-------CCGTCTGTTTCA-TCA-A-GAAG-TTA-T-C--AAATA----TGCATGTTAT-AT-----------ACCCTACA-GAC------TA--------------------A--TCTTGA--TC-GCCTC--TGATATT-TGTGT--C-----AAAAAAG--CA--------AACAT---G-------AAAATTG---------AT---TA-AGAA----TTAA---GAAAAGTTT--G-T--TT--TT--AT----AA----TTAGACT--CAC-A----AAG----TT--TG--A-A-ACATC-T-AT--T-AAA-------A---C-AG---A----TT---------------AA---------CCA----ATTTGC----T---------AT-----AA---CTA------------TTA----C---AAATCCATTACAAata
gi|2 : tttttttagaaaaGGTTAATCTGTTTTA-AT--A-GATG-TTT-C-A--AACTTTGTGAG--TCTAATTAT-----------A-AAAACA-AACTTTTCTTA--------------------AT-TCTTAA--TCAATTTT--CAT-GTT-TGCTT--TTTTGACACAAATATCAG-------A-------G-------G----CG---------AT---CA-AGAT----T--A---G-------T-------CT--GT--AG----GGTATATAACATG--CAT-A-----------TT--TG--ATA-ACTTCTT-GA--T-GAA-------A---C-A----ctacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|22 : tttttttagaaaatctgggaaatttctatctgtccgtcTAAACATTCCGTCTATTTCA-CA--A-GACG-TTT-T-A--ACAGA--CATGCCTTTGACAGT-----------A-CACACC-AAC------aatttgctataactattacaaatccattacaactacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|23 : gcagacATTTTATCATTTTGTTTGAA-A----TTCCCT-------TTATGGCTGATA-GCCA-------GAG-----------G------GCATA---------------------------TATC---CGTATAGATGGTCCTTCTATTTCA-TTT-A-GATG-TTT-T-C--AGATA--TGTACGTCTTACGAC-----------A-CAGcggtgtgtcataattattccaaatctgtcgcaacaaactaattctcattat
gi|24 : GTCTGTTTTA-TT--A-GATA-TTT-T-----AACGTTTGTGCATCGTACAAT-----------C-TAGGCT-AAC------TA--------------------A--TCTTGAGGTC-ATATT--C
gi|24 : agcatgGAA----TA--------T-------G-------A----CC----------T---CA-AGAT----T--A---G-------TTAG-C--CT--AG--AT----TG----TACGATG--CAC-A----AAC----GT--TA--A-A-ATATC-T-AA--T-AAA-------A---C-A----------------------GA-CAA---------CAA----A----C----T---------AA-----CAAGTCTG-------CA---ATA----A---ATATCGGTCACAAaacaaactaacaagtctgcaataaatatcggtcacaa
gi|26 : agcatg------GCAT--------------GC-A-CGGAGA-AATTTCTT-CTTGTAAATACTTTGTCTGTTTCA-TT--A-GATG--CT-T-A--AAAC-TGAAAGCGTCTAGTGAT-----------G-CAGA
gi|27 : acAA---------CAA----A----C----T---------AG-----CT---CTATCTCAATC----TTT----C---ACATCCGTCATACTATCG----AACTACCTC---AGTC---TTGT-------TCATCATTCACAATAACAAACTAata
gi|28 : at------GCATGT-------------C-T-CATGGA-ATTTTCTA-CATGTAAAAGGTCAATCTGTTTCA-TTA-A-AATG-TTTAT-A--AA
gi|29 : aagc----TTT----C---ACATCCGTCAGAATAACA----TACTTCATC---AGTA---TTGT-------Acaca
gi|3 : caattaaccggcttttcatatttaTAC------------GCAT-CATAGA-ACTTTCTA-CCCACTGGCGGTCTGTCTGTTTTA-TTT-A-GAAG-TTT-T-G--AAATGTGT------TTTATGATTCAGATCAAAAA-CAGACT-GGC------TATGCTTGATAATGCTTGATATA--TCTTGA--TA-ATCTC--TGT-TTT-TGTTTAAT-----AAAAG----CA--------A-------GCATCAAAA----TT---------AT---CA-AGAC----T--G---G-------TTGG-T--CT--GT--AT----CG----TAAGACG--CAT-G----AAC----TT--TC--A-A-GCA-----AA--C-GAA-------AGATT-A----ATTGGTT------TG--TAA-TAA---------TAA--------------T---------AA-----TA---ATG-------C------A----C---ATATGTGTC-----ATCA----AACT--CTC---AGTC---TTTC-------ACATCCAACACATTAACA
gi|4 : aaggT-GTTTTAG---AA-A----TTCTCT-------TCCTGACCAAAA-GCCA-------G-G-----------T------GTATACATGGAAGAGTCTGCAT-CAAGGA-ACTTTCTA-CCTGTAAACG----GTCTGTTTCA-TTG-A-GATG-TTT-C-T--AAACATATATGCATCTTA------------------AGA---AA-------TA--------------------A--ACTTAA--TA-A-------AA-GC-----------------AAA----CATAGG----A-------G-------A----CA---------AT---TA-AGAT----T--A--------------G-A--TA--GT--ATAAACCA----TACAGTG--CAC------AAC----TT--TA--A-A-ATGTC-T-AA--T-AAA-------A---C-A----G----AT------TG--CA---AG---------CCT----G----C----T---------AT-----AA---TTA------------TTA----C---ACATCTGCAACAATATCA----AACTTCCTA---AATCAATTTGT-------ACATcgttaccttatttactaaatactgacatattctaacctttacacaaccaacaaatgcacatttggaattgataatttatgacaattcactgtttcaaagcagctgtgcagcagatttcttgct
gi|5 : tataaaatgtT-------TCCTGGCCAAAG-GCAA-------A-G-----------G------GCATGC------------A--T-CAGGGA-ACCATCTT-CTAGTAAACTTTCAATTTGTTTCA-TTT-A-GATG-TTC---A--AAACAGACATGCATCTTATGAT-----------A-CAGACT-TAC------TA--------------------A--CCTTGA--TC-ACCTT--CAATGCA-TGCTT--T------AGAAATG-CA--------A-------ACACCC--A----TA---------ATGCACA-AGAC----T--G---G-------T--T-CTTCT--GC--AT----CG----TGAGATG--CTC-T----AAC----TC--TC--A-A-ATGTT-T-GA--T-AAA-------A---C-A----G-----------------AC-CAA---------CCAGTCTA----C----A---------AT-----AA---TTA------------TTA----T---ACATCAGTAACAATAACA----AAATACCTC---AGTA---TTGC-------ACATaaggtctttccaccctgaatatgtttctgactttatgtcaacgtcaacttcctattaaatcaaataacatttag
gi|6 : agaattttaaattactatgataattactcatgtacttgtatcttgg-GCCA-------A-G-------------------CACAT------------GT-TGTAAGTA-ACTTCCTAACTTGTATATTTCTCATCTGTTTTA-TTT-A-GATC-TTT-T-A--AAATAAGTGCG--TCTTGTGAT-----------T-AAGACT-CAC------AA--------------------A--TCTTGT--TC-ATCAT--CAA-GCA-AGCTT----------GAA-----A--------A-------G-------------G---------AT---CA-AGAC----T--A---GCACTG--T--A-AGTCT--GT--AT----TG----CAAGATG--CAT-A----AAC----TT--TA--A-A-ACGTC-T-AA--T-AAG-------A---C-A----G-----------------------------------------------------------AC-----C----TCG-------A----TT-----C---ACATCTGTTACAATAACAAACTAACTACTCC---AGTT---TTGT-------gatactgatacactac
gi|7 : ttttttttaaaaagtccagacgtAAATTTGAT-ATTTTCT---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCTAAAT-GTCA-------G-G-----------G------ATATAC------------AC-TTCAGAGA-AAATTCTG-CTTATAAAAGGTCATTCTGTTTCA-TTT-A-GATG-TTT-A-A--AGATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACC-AAC------TA--------------------A--TCTTGA--TC-ATCTT--CAA-GCT-TGATT--T-----GAGAA----CA--------A-------G-------A----TG---------AT---CA-TGAC----T--A-----------T--G-A--AT--GT--AT----CA----TAAGATG--CAC-A----GAC----TT--TG--A-A-ATGTC-T-GA--T-GAA-------A---C-A----A----TT------TG--TAG-TAA---------CAA----A----C----T---------AC-----CA---TTGC------C----TTG----T---ACATCCATCACAGTAGCA----AACTACCAT---GGTC---TTGT-------ACATCCATCACAGTAACAAACTAtgtttactattattagattacatcaatacactatacaccctgagcaaggcaaaaatatgaa
gi|8 : GAA-GTTTTCTA-TTTGTAAACAGTCTGTCTGTTTTA-TTTCA-GACT-TTA-T-A--AAAT-T-TGAGCATCTTGTGAC-----------A-CAGACT-AAC------TG--------------------A--TCTTCA--CC-ATCTT--TTATGCT-TGCTT--T-----TAGAAAAT-CAAGTATTTGA-------G-------A----TG---------TT---CG-AGAC----T--A---AC------T--G-A--TTC-AT--AT----CG----TAAG------AC-AGTTTAAC----TT--TC--A-A-ACTTC-T-AA--T-GGA-------A---C-A----G-------------A--CAG-CAA---------TTA----A----C----TGATTTTGCAAT-----CA---TTA------------TTG----C---ACATCCGTCACAATAACA----AATTACTACAATAGTA---TTGT-------A
gi|9 : cacacatgcaaccaTTTATTTCA-TT--AAGATG-TTT-A-A--AAATATGAG--CATCCTATGAT-----------A-CACACT-TAC------TA--------------------A--TCTCGA--TA-AAGTT--CGACGCT-TGCTT--T-----CAG-A----CA--------A---------------A----CGTCGTGTTGTTT---CA-AGAG----T--A---GTT-----T--G-T--CT--GT--AT-------------------CACTT----AAC----TT--TA--A-A-ATGTT-T-AA--TCTAA-------A---C-A----A----TA------TACTTAATCGT---------TAA----A----TATTGT---------AA-----TC---TTT-------A----TTG----T---GTATACGTCACAAAAACA----ATCTATCTC---AGAA---TTGC-------CCAT-CATTAAAATTATAAACgtgagctattacatttata
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTACCACAAGACGCATATCTAACACTACAGACAAAAGACCAGCCAGTTTACTATTATTACACATGTCTCAGTATCATTTCATACACAAGTTCATTTCAACACTGAATATGTGTATTATTTTGTTGTTGACTCCGGGTCAAACAACTCTATACCATTATATCATAACAAATAAAAGGTTAAGTATTTAAATAGTAAACCATTACACAACAAGCAATTGTACGTCTGGAATT
Unaligned ( gi|15 ): ACTAATTATTCTATATTGTAAGGATGTTTGATAATGCAGTAGACAGACTAACCAGTATGTTATAATTATTACAGATATGTCGCAAACACAAATTACCTCAGTTATTTTGTACTCTAGGTCATTTCTCGCCTGAATATGTATATTAGTGCTGAATCTCAATCCAACAACTTTA
Unaligned ( gi|20 ): TCATTTTAGCTAACTCCAGGTGAGATAACTTTATATAATAAATACAATAATATAAAACTAATACAATATTAAGCATTTAAATGGCAACATTTCCACAACAAGCAATAGTACGTTTCAAATTAA
Unaligned ( gi|21 ): GTATTGAAACAACAAATCTTTACACCACAACAAGAAATTGTACACTTAGAAATGATTATTATTTGCAGTTAAATGTAATTCTCTATATGTCTTTCAAAGCATTTGTGCTGCAAGTTTCTTA
Unaligned ( gi|25 ): ATATATATTTGTTTAATCATTTCAACCCTGGGTATGTGTATTTGTTGTTGACAGACTCTGGGTCAAACAACTTTATTATAAAGTTTTAAA
Unaligned ( gi|30 ): AAATATAATTCTCTATATCACTTTCTTCAAAGCATCTGTATAATCTGCAGGTTTCTTGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTTTTTGTGATCTAAATTTGATGTTGTGTTCGGTAAGGGTGACCAAGCTTATGCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 1111 1111111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444 11 111111 11111111111 22222222222222222222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 1111111111111 111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111111
lowQualScore : 88 0 6666 5 2222 6666666 3 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 1 2 555 2 3 77 5 1 1 1 55 333333 88 00000000000 33 666 55555555555555555555555555555555 2 2 0 33 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 33 2222222222 33 2222222222222 33 000 2 2 0 2 33 2 444 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5555 444 1 66666666 555 2222 0000000 1
lowQualScore : .. . .... . .... ....... . . ..................................................... . . . ... . . .. . . . . .. ...... .. ........... .. ... ................................ . . . .. . .................................................................................................................. .. .. .......... .. ............. .. ... . . . . .. . ... . ..................................................................................................... .... ... . ........ ... .... ....... .
lowQualScore : 33 0 7777 7 1111 2222222 1 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 4 4 888 1 8 99 7 9 9 9 22 111111 00 00000000000 00 555 11111111111111111111111111111111 7 7 6 77 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 22 2222222222 22 6666666666666 22 555 4 4 2 4 22 4 111 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0000 111 0 99999999 444 7777 8888888 4
consensus : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCA-------G-------------GC------GCATGC------------GC-T-CAGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTATGAT-----------ACAG-ACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTTT--T-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----CG---------AT---CA-AGAC----T-------A---G-----T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATG--CAC-A----AAC----TT--TA--A-A-ACGTC-TAA--T-GAAA---C-A----G-----T----TGT-A-C--AA----CA---A----A----C----T---------AN---------CA---TTG-------C-----T--------TA----C---ACATCCGTCACAATANCAAACTACCT----C---AG---TC---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
Reference ( family-43 ) : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCA-------G-------------GG------GCATGC------------GC-T-CAGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTACGAT-----------ACAG-ACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTTT--T-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----CG---------AT---CA-AGAC----T-------A---G-----T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATG--CAC-A----AAC----TT--TG--A-A-ACGTC-TAA--T-GAAA---C-A----A----TT----TGT-A-C--AA----CA---A----A----C----T---------AN---------CA---TTG-------C-----T--------TA----C---ACATCCGTCACAATANCAAACTACCT----C---AG---TC---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
gi|1 : TTTCAA---AA-AGTCTTTCCCTAGCCAAGTCTCGGCGTAAGTGTGA-------G-------------GC------GCATGC------------G--T-CAGACA-------CA-TTTG---AC---CCGTC-ATTTC--------GATG-TGT-T-C--AAATATGT-T-CGTCTTTAGAT-----------GCAG-ATT-CAC------C------------------------TTTAGA-AA-AGC-----AA-GCG-TG-------------GAA--------------------------G-----A----TG---------AT---TA--TAC----T-------A---G-----T--T-A--CTCTGT--AT----CA----CAAGATG--CAC-A----A-T----TT--TA--A-A-ACTTC-TAA--T-GAAA---C-A----G--------------A-C--CA----CA---A----T----T----T---------AA---------CCGGTTTG-------C-----TATTATTATTA----C---ACATCCGTCACAATATCAAAATACTT----G---AG---T
gi|10 : tgtaaaacactTTTTAGG--AA-A----T--CCT-------TTCTGGCCAAAA-GCCA-------A-------------GC------GAATGC------------GC-A-AAGCGACACTTTCTG-TTCGTAA-TAGCCCGTGTGTTTCA-TTG-A-GGTA-TTT-T-A------ATATGTGCATCGCAAATT-----------GCAG-G---------------------------------------TT---TC-GTTTT--TGATGCT-TA-TTT--T-----AGAAAAG-----CA--------AGCGTC--G-----A----CGCTA------AT---CA-AGAT----T-------A---G-----T--T-A--TT--TTGAAT----CG----TGAACTG--CAC-A----CACTATATT--TATTA-A-ACGTC-TAA--T-GAAA---aggccacttcggccttgaatacatgtatttgttgctgactctggatccaacaacttcattaaaagtagtatttaaatggtaaacctgtaaaaaacacgcaattgtacgcgtgaactttatcaacgttattgtttataacagttaacgccatttttctttattaccgttctaaatcagtttgtgctgcaggtatagtttttaatctcatttgactttgtctatttagttgaagagcaagatgcta
gi|11 : t------GTATGC------------AT-T-TGAGGA-AATTTCAA-TCTGGAAACAGTCTGT---TTTGA-TTT-A-AAAG-TTT-TCA--AAA-----GTGCATCTT----T-----------AT---ATC-AA-------TA--------------------G--TCTTTATTT-ACCTTTACAA-AAG-TG-TGT--C-----A------------A--------A-------G-----A----CC---------AT---TT-AGACATTTT-------G---G-----T-------TT--GT--AT----CC----CAAGATG--CAC-A----AAT----TCAATA--A-A-ACTTC-TTA--T-AACA---CAA----A----CC----TGT---T--TA----TA---A----A---------T---------AT---------C------------------------------A----C---ACATTCAGAACAATCTCAAACgaggcgaaatgctaatccgtttg
gi|11 : agtTA-TTTATAAACAG---GTTTGTGTTA-TA--A-GAAG-TTT-T-ATTGAAT-T-TGTGCATCTTGGGAT-----------ACAA-ACC-AA--------A--------------------ATGTCTAAA-TG-GTCTT--TGA--CA-CACTTT--T-----GTAA---------A--------G-------G-----T----AA---------AT---AA-AGAC----T-------A---T-----T--G-A---T--AT--A------------AAGATG--CAC--------T----TT--TGA-A-A-ACTTT-TAAATC-AAAA---C-A----atagctgttattttttt
gi|12 : agtgtatgcatttgaggaaatttcaatctggaaacagtcAGAGA-GCTTTCTA-TTTAACAACG--CC-TTTGTTAAG-TT--AAGATGATTT-T-T--TAATACGTA--CATCCTTTAAT-----------ACAT-ACA-CAC------TA--------------------A--CCACGA-TC-ATCCT--CGATGCT-TGCTGT--T-----A-CA--------CA--------ATTTAAGTG-----T----CG---------GT---TA-TGTC----C-------AAGGG-----T--G-G--TT---T--GT----C--------GATG--T----------C----TT--T---A-G-ACGTT------C-GAAA---C-A-----------------T-A-C--GA----CA---G----A----C----T---------AA---------CAGGTTTG-------CAATA-T--------TACTTTC---ACATCCACCACAATAACAAACTATCA----C---Atcacacattcagaacaatctcaaacatagctgttattttttt
gi|14 : taTG-------T-----T--------CA----C---ACATCCGTCACAATATGAAACTACCA----C---AG---TCGTTTCGT-------ACAac
gi|15 : aaaactaacaggttttctataa-----T--------TA----C---AGATATGTCGCAAACACAAATTACCT----C---AGTTATT---TTGT-------ACcgaggtcgttttgagcctgaatgtctgtattttgctgacacaaaatcaaacaacttatgttttaaccattaatattaaaagtacctaacaagctattgcacgtttggaagtgattgtgtgattgtacatagcattcttaa
gi|16 : actaattattctatattgtaaggatgtttgataatgcagtagacagactaaccagtatgttataattaAAATT-AAT-ATTTTAT---GACA----TTTCCT-------TCCTGGTTAAAG-GCCA-------GATATAAGTGCAAAGC------ACATGT------------G--T-AAGGGA-ACAATCTA-CCTGTAATTGGTCTATCTGTTTCA-TT--A-GATG-TAA-T-A--AAATATG-G-GCATCTTATGAC-----------AGAG-ACA-AAtctaggtcatttctcgcctgaatatgtatattagtgctgaatctcaatccaacaacttta
gi|17 : aaatgctgacaaaatatt-TT--A-TATG-TTT-T-A--AA-T-TGTGTACAGCATTCGAT-----------ACA--ACATAAC------TA--------------------A--TTTTGA-TC-ATCTT--CTA-TATGTGCTTT--T-----AAAG--------CA--------G-------GC----A----CA--------------CATAGAC----T-------AT--A-----T--GAA--TT--GT--AT----TG----TAAACTGAACAC-A----A-------T--TG--A-ACACGTC-TTA--T-AAAA---C-G-------------------G-C--AA----CA---G----A----T----T---------AG---------C-----TG-------C-----T--------Tgtctacat
gi|18 : atT--AT--AT----CA----TTTGATG--CAC-A----AAT----TT--TA--A-A-ATGTC-TAA--T-AAAA---C-AGACAA----TTATGATGT-G-T--AA----TA---A----A----A----T---------ATAACACAAATCAGT-TTG-------TCATGAT--------TA----CTGCACATTCGTCACAATAACAAACTACTT----T---AA---CC---TTGTACATTTCACATCCTTCACAAAAACAAATTAtgta
gi|19 : TTAG---AA-A----GTCCGT-------TTCTGACCGGAG-GCCACATGTATG-------------CGTATATCGCATGC------------G--T-AAAGAC-ACTTGTTA-CTAGCAATAAGTCCGTCGGTTTCATTT--G-GATG-TTT-A-ACCAAATAc
gi|2 : acaaatatcatgatgtaaattgaa-T-CTGGGA-AATTTCTA-TCTGT-------CCGTCTGTTTCA-TC--AAGAAG-TTA-T-C--AAATATG----CATGTTAT-AT-----------ACCCTACA-GAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-GCCTC--TGATATT-TG-TGT--C-----AAAAAAG-----CA--------AACAT---G-----AAAATTG---------AT---TA-AGAA----TTAAGAAAA---G-----TTTG-T--TT--TT--AT----AA----TTAGACT--CAC-A----AAG----TT--TG--A-A-ACATC-TAT--T-AAAA---C-AG---A----TT-------------AA----CC---A----ATTTGC----T---------AT---------AA---CTA-------------T--------TA----C---AAATCCATTACAAata
gi|2 : tttttttagaaaaGGTTAATCTGTTTTA-AT--A-GATG-TTT-C-A--AACTTTGTGAG--TCTAATTAT-----------AAAA-ACA-AACTTTTCTTA--------------------AT-TCTTAA-TCAATTTT--CAT-GTT-TGCTTT--TTTGACACAAATAT----CAG-------A-------G-----G----CG---------AT---CA-AGAT----T-------A---G-----T-------CT--GT--AG----GGTATATAACATG--CAT-A-----------TT--TG--ATA-ACTTCTTGA--T-GAAA---C-A----ctacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|22 : tttttttagaaaatctgggaaatttctatctgtccgtcTAAACATTCCGTCTATTTCA-CA--A-GACG-TTT-T-A--ACAGA--CATGCCTTTGACAGT-----------ACAC-ACC-AAC------aatttgctataactattacaaatccattacaactacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|23 : gcagacATTTTATCATTTTGTTTGAA-A----TTCCCT-------TTATGGCTGATA-GCCA-------GA------------GG------GCATA---------------------------TATC---CGTATAGATGGTCCTTCTATTTCA-TTT-A-GATG-TTT-T-C--AGATATGTACG--TCTTACGAC-----------ACAG-cggtgtgtcataattattccaaatctgtcgcaacaaactaattctcattat
gi|24 : --T-----GGAA--------TA--------T-------G-----A----CC----------T---CA-AGAT----T-------A---G-----TTAG-C--CT--AG--AT----TG----TACGATG--CAC-A----AAC----GT--TA--A-A-ATATC-TAA--T-AAAA---C-A----G--------------A-C--AA----CA---A----A----C----T---------AA---------CAAGTCTG-------CA----A--------TA----A---ATATCGGTCACAA
gi|26 : agca------GCATGC------------AC----GGAGA-AATTTCTT-CTTGTAAATACTTTGTCTGTTTCA-TT--A-GATG--CT-T-A--AAAC-TGAAAGCGTCTAGTGAT-----------GCAG-A
gi|27 : ac-A-T--AA----CA---A----A----C----T---------AG---------CT---CTATCTCAATC-----T--------TT----C---ACATCCGTCATACTATCGAACTACCT----C---AG---TC---TTGT-------TCATCATTCACAATAACAAACTAata
gi|28 : ------GCATGT-------------C-T-CATGGA-ATTTTCTA-CATGTAAAAGGTCAATCTGTTTCA-TTA-A-AATG-TTTAT-A--AA
gi|29 : aagc-----T--------TT----C---ACATCCGTCAGAATAACATACTTCAT----C---AG---TA---TTGT-------Acaca
gi|3 : caattaaccggcttttcatatttaTAC------------GCAT-CATAGA-ACTTTCTA-CCCACTGGCGGTCTGTCTGTTTTA-TTT-A-GAAG-TTT-T-G--AAATGTGT------TTTATGATTCAGATCAAAAACAG-ACT-GGC------TATGCTTGATAATGCTTGATATA--TCTTGA-TA-ATCTC--TGT-TTT-TG-TTTAAT-----AAAAGCAAGCATCA--------A-------A-----A----TT---------AT---CA-AGAC----T-------G---G-----TTGG-T--CT--GT--AT----CG----TAAGACG--CAT-G----AAC----TT--TC--A-A-GCA----AA--C-GAAAGATT-A----ATTGGTT----TGTAA-T--AA----TA---A--------------T---------AA---------TA---ATG-------C---------------A----C---ATATGTGTC-----ATCAAACT--CT----C---AG---TC---TTTC-------ACATCCAACACATTAACA
gi|4 : aaggT-GTTTTAG---AA-A----TTCTCT-------TCCTGACCAAAA-GCCA-------G-------------GT------GTATACATGGAAGAGTCTGCAT-CAAGGA-ACTTTCTA-CCTGTAAACG----GTCTGTTTCA-TTG-A-GATG-TTT-C-T--AAACATATATGCATCTTA-----------------AG-A---AA-------TA--------------------A--ACTTAA-TA-A-------AA-GC-----------------AAA--------CATAGG----A-------G-----A----CA---------AT---TA-AGAT----T-------A------------G-A--TA--GT--ATAAACCA----TACAGTG--CAC------AAC----TT--TA--A-A-ATGTC-TAA--T-AAAA---C-A----G----AT----TGC-A----AG----CC---T----G----C----T---------AT---------AA---TTA-------------T--------TA----C---ACATCTGCAACAATATCAAACTTCCT----A---AA---TCAATTTGT-------ACATcgttaccttatttactaaatactgacatattctaacctttacacaaccaacaaatgcacatttggaattgataatttatgacaattcactgtttcaaagcagctgtgcagcagatttcttgct
gi|5 : tataaaatgtT-------TCCTGGCCAAAG-GCAA-------A-------------GG------GCATGC------------A--T-CAGGGA-ACCATCTT-CTAGTAAACTTTCAATTTGTTTCATTT--A-GATG--TT-C-A--AAACAGACATGCATCTTATGAT-----------ACAG-ACT-TAC------TA--------------------A--CCTTGA-TC-ACCTT--CAATGCA-TGC-TT--T-----AGAAATG-----CA--------A-------ACACCCA----TA---------ATGCACA-AGAC----T-------G---G-----T--T-CTTCT--GC--AT----CG----TGAGATG--CTC-T----AAC----TC--TC--A-A-ATGTT-TGA--T-AAAA---C-A----------------GA-C-C--AA----CC---AGTCTA----C----A---------AT---------AA---TTA-------------T--------TA----T---ACATCAGTAACAATAACAAAATACCT----C---AG---TA---TTGC-------ACATaaggtctttccaccctgaatatgtttctgactttatgtcaacgtcaacttcctattaaatcaaataacatttag
gi|6 : agaattttaaattactatgataattactcatgtacttgtatcttgg-GCCA-------A-------------GC------ACATGT------------TG-T--AAGTA-ACTTCCTAACTTGTATATTTCTCATCTGTTTTA-TTT-A-GATC-TTT-T-A--AAATAAGTGCG--TCTTGTGAT-----------TAAG-ACT-CAC------AA--------------------A--TCTTGT-TC-ATCAT--CAA-GCA-AGCTT----------GAA---------A--------A-------G-----------G---------AT---CA-AGAC----T-------A---GCACTGT--A-AGTCT--GT--AT----TG----CAAGATG--CAT-A----AAC----TT--TA--A-A-ACGTC-TAA--T-AAGA---C-A----G-------------------------------------------------------AC---------C----TCG-------A-----T--------T-----C---ACATCTGTTACAATAACAAACTAACTACTCC---AG---TT---TTGT-------gatactgatacactac
gi|7 : ttttttttaaaaagtccagacgtAAATTTGAT-ATTTTCT---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCTAAAT-GTCA-------G-------------GG------ATATAC------------AC-TTCAGAGA-AAATTCTG-CTTATAAAAGGTCATTCTGTTTCA-TTT-A-GATG-TTT-A-A--AGATATGTGTGCATCTTATGAT-----------ACAG-ACC-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CAA-GCT-TGATTT--G-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----TG---------AT---CA-TGAC----T-------A---------T--G-A--AT--GT--AT----CA----TAAGATG--CAC-A----GAC----TT--TG--A-A-ATGTC-TGA--T-GAAA---C-A----A----TT----TGT-AGT--AA----CA---A----A----C----T---------AC---------CA---TTGC------C-----T--------TG----T---ACATCCATCACAGTAGCAAACTACCA----T---GG---TC---TTGT-------ACATCCATCACAGTAACAAACTAtgtttactattattagattacatcaatacactatacaccctgagcaaggcaaaaatatgaa
gi|8 : CATGC------------AA-C-CAGA-A-GTTTTCTA-TTTGTAAACAGTCTGTCTGTTTTA-TTTCA-GACT-TTA-T-A--AAAT-T-TGAGCATCTTGTGAC-----------ACAG-ACT-AAC------TG--------------------A--TCTTCA-CC-ATCTT--TTATGCT-TGCTTT--T-----AGAAAAT-----CAAGTATTTGA-------G-----A----TG---------TT---CG-AGAC----T-------A---AC----T--G-A--TTC-AT--AT----CG----TAAG------AC-AGTTTAAC----TT--TC--A-A-ACTTC-TAA--T-GGAA---C-A----G--------------A-C--AG----CAATTA----A----C----TGATTTTGCAAT---------CA---TTA-------------T--------TG----C---ACATCCGTCACAATAACAAATTACTA----CAATAG---TA---TTGT-------A
gi|9 : cacaTTTATTTCA-TT--AAGATG-TTT-A-A--AAATATGAG--CATCCTATGAT-----------ACAC-ACT-TAC------TA--------------------A--TCTCGA-TA-AAGTT--CGACGCT-TGCTTT--C-----AG-A--------CA--------A-------------A----CGTCGTGTTGTTT---CA-AGAG----T-------A---GTT---T--G-T--CT--GT--AT-------------------CACTT----AAC----TT--TA--A-A-ATGTT-TAA--TCTAAA---C-A----A----------TAT-A-CTTAATCGTTA---A----A----TATTGT---------AA---------TC---TTT-------A-----T--------TG----T---GTATACGTCACAAAAACAATCTATCT----C---AG---AA---TTGC-------CCAT-CATTAAAATTATAAACgtgagctattacatttata
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTACCACAAGACGCATATCTAACACTACAGACAAAAGACCAGCCAGTTTACTATTATTACACATGTCTCAGTATCATTTCATACACAAGTTCATTTCAACACTGAATATGTGTATTATTTTGTTGTTGACTCCGGGTCAAACAACTCTATACCATTATATCATAACAAATAAAAGGTTAAGTATTTAAATAGTAAACCATTACACAACAAGCAATTGTACGTCTGGAATT
Unaligned ( gi|20 ): TCATTTTAGCTAACTCCAGGTGAGATAACTTTATATAATAAATACAATAATATAAAACTAATACAATATTAAGCATTTAAATGGCAACATTTCCACAACAAGCAATAGTACGTTTCAAATTAA
Unaligned ( gi|21 ): GTATTGAAACAACAAATCTTTACACCACAACAAGAAATTGTACACTTAGAAATGATTATTATTTGCAGTTAAATGTAATTCTCTATATGTCTTTCAAAGCATTTGTGCTGCAAGTTTCTTA
Unaligned ( gi|25 ): ATATATATTTGTTTAATCATTTCAACCCTGGGTATGTGTATTTGTTGTTGACAGACTCTGGGTCAAACAACTTTATTATAAAGTTTTAAA
Unaligned ( gi|30 ): AAATATAATTCTCTATATCACTTTCTTCAAAGCATCTGTATAATCTGCAGGTTTCTTGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTTTTTGTGATCTAAATTTGATGTTGTGTTCGGTAAGGGTGACCAAGCTTATGCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 1111 1111111 2222222222222 4444444444444444444444444444 22 111111 11111111111 22222222222222222222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 1111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111111
lowQualScore : 88 0 6666 5 2222 6666666 3 4 0000000000000 7777777777777777777777777777 5 2 2 555 2 1 11 3 1 222 55 666666 22 00000000000 2 0 666 55555555555555555555555555555555 2 2 0 33 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 33 2222222222 1111111111111 33 6666 2 0 2 33 2 444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555 444 1 88888888 3333 1111111 1
lowQualScore : .. . .... . .... ....... . . ............. ............................ . . . ... . . .. . . ... .. ...... .. ........... . . ... ................................ . . . .. . ............................................................................................................... .. .. .......... ............. .. .... . . . .. . ... ............................................................................................ ..... ... . ........ .... ....... .
lowQualScore : 33 0 7777 7 1111 2222222 1 4 0000000000000 3333333333333333333333333333 0 9 4 888 1 9 77 8 9 333 22 666666 11 00000000000 1 9 555 11111111111111111111111111111111 7 7 6 77 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 22 2222222222 2222222222222 22 4444 4 2 4 22 4 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444 444 0 22222222 3333 8888888 4
consensus : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCAG-------------GCGCATGC------------GC---T-C--------AGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTTT--T-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----CG---------AT---CA-AGAC----T--A---G-------T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATGCAC-A----AAC----TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-GAAA---CAG-------T--TG---TA-C--AA----CA---A----A----C----T---------AN---------CA---TTG-------C--------TTA----C---ACATCCGTCACAATANCAAACTACCT----C---AGTC---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
Reference ( family-43 ) : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCAG-------------GCGCATGC------------GC---T-C--------AGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTTT--T-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----CG---------AT---CA-AGAC----T--A---G-------T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATGCAC-A----AAC----TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-GAAA---CAG-------T--TG---TA-C--AA----CA---A----A----C----T---------AN---------CA---TTG-------C--------TTA----C---ACATCCGTCACAATANCAAACTACCT----C---AGTC---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
gi|1 : TTTCAA---AA-AGTCTTTCCCTAGCCAAGTCTCGGCGTAAGTGTGAG-------------GCGCATGC------------G----T-C--------AGACA-------CA-TTTG---AC---CCGTC-ATTTC--------GATG-TGT-T-C--AAATATGT-T-CGTCTTTAGAT-----------G-CAGATT-CAC------C------------------------TTTAGA-AA-AGC-----AA-GCG-TG-------------GAA--------------------------G-----A----TG---------AT---TA--TAC----T--A---G-------T--T-A--CTCTGT--AT----CA----CAAGATGCAC-A----A-T----TT--T-A--A-AACTTC-TAA--T-GAAA---CAG----------------A-C--CA----CA---A----T----T----T---------AA---------CCGGTTTG-------CTATTATTATTA----C---ACATCCGTCACAATATCAAAATACTT----G---AGT
gi|10 : tgtaaaacactTTTTAGG--AA-A----T--CCT-------TTCTGGCCAAAA-GCCAA-------------GCGAATGC------------GC---A-A--------AGCGACACTTTCTG-TTCGTAA-TAGCCCGTGTGTTTCA-TTG-A-GGTA-TTT-T-A------ATATGTGCATCGCAAATT-----------G-CAGG---------------------------------------TT---TC-GTTTT--TGATGCT-TA-TTT--T-----AGAAAAG-----CA--------AGCGTC--G-----A----CGCTA------AT---CA-AGAT----T--A---G-------T--T-A--TT--TTGAAT----CG----TGAACTGCAC-A----CACTATATT--T-ATTA-AACGTC-TAA--T-GAAA---GAG-------aggccacttcggccttgaatacatgtatttgttgctgactctggatccaacaacttcattaaaagtagtatttaaatggtaaacctgtaaaaaacacgcaattgtacgcgtgaactttatcaacgttattgtttataacagttaacgccatttttctttattaccgttctaaatcagtttgtgctgcaggtatagtttttaatctcatttgactttgtctatttagttgaagagcaagatgcta
gi|11 : t-------------GTGTATGC------------AT---T-T--------GAGGA-AATTTCAA-TCTGGAAACAGTCTGT---TTTGA-TTT-A-AAAG-TTT-TCA--AAA-----GTGCATCTT----T-----------A-T--ATC-AA-------TA--------------------G--TCTTTATTT-ACCTTTACAA-AAG-TG-TGT--C-----A------------A--------A-------G-----A----CC---------AT---TT-AGACATTTT--G---G-------T-------TT--GT--AT----CC----CAAGATGCAC-A----AAT----TCAAT-A--A-AACTTC-TTA--T-AACA---CAAAC-----C--TG---T--T--TA----TA---A----A---------T---------AT---------C-------------------------A----C---ACATTCAGAACAATCTCAAACgcgaaatgctaatccgtttg
gi|11 : aTA-TTTATAAACAG---GTTTGTGTTA-TA--A-GAAG-TTT-T-ATTGAAT-T-TGTGCATCTTGGGAT-----------A-CAAACC-AA--------A--------------------ATGTCTAAA-TG-GTCTT--TGA--CA-CACTTT--T-----GTAA---------A--------G-------G-----T----AA---------AT---AA-AGAC----T--A---T-------T--G-A---T--AT--A------------AAGATGCAC--------T----TT--TGA--A-AACTTT-TAAATC-AAAA---CAG-------atagctgttattttttt
gi|12 : agtgtatgcatttgaggaaatttcaatctggaaacagt--------AGAGA-GCTTTCTA-TTTAACAACG--CC-TTTGTTAAG-TT--AAGATGATTT-T-T--TAATACGTA--CATCCTTTAAT-----------A-CATACA-CAC------TA--------------------A--CCACGA-TC-ATCCT--CGATGCT-TGCTGT--T-----A-CA--------CA--------ATTTAAGTG-----T----CG---------GT---TA-TGTC----C--AAGGG-------T--G-G--TT---T--GT----C--------GATGT----------C----TT--T----A-GACGTT------C-GAAA---CA----------------TA-C--GA----CA---G----A----C----T---------AA---------CAGGTTTG-------CAATA----TTACTTTC---ACATCCACCACAATAACAAACTATCA----C---Atcacacattcagaacaatctcaaacatagctgttattttttt
gi|14 : taTG-------T--------TCA----C---ACATCCGTCACAATATGAAACTACCA----C---AGTCGTTTCGT-------ACAac
gi|16 : aaaactaacaggttttctataaAAATT-AAT-ATTTTAT---GACA----TTTCCT-------TCCTGGTTAAAG-GCCAGATATAAGTGCAAAGCACATGT------------G----T-A--------AGGGA-ACAATCTA-CCTGTAATTGGTCTATCTGTTTCA-TT--A-GATG-TAA-T-A--AAATATG-G-GCATCTTATGAC-----------A-GAGACA-AAcgaggtcgttttgagcctgaatgtctgtattttgctgacacaaaatcaaacaacttatgttttaaccattaatattaaaagtacctaacaagctattgcacgtttggaagtgattgtgtgattgtacatagcattcttaa
gi|17 : aaatgctgacaaaatatt-TT--A-TATG-TTT-T-A--AA-T-TGTGTACAGCATTCGAT-----------A-CA-ACATAAC------TA--------------------A--TTTTGA-TC-ATCTT--CTA-TATGTGCTTT--T-----AAAG--------CA--------G-------GC----A----CA--------------CATAGAC----T--AT--A-------T--GAA--TT--GT--AT----TG----TAAACTGAAC-A----CAA----TT--G-A--A-CACGTC-TTA--T-AAAA---CGG------------------C--AA----CA---G----A----T----T---------AG---------C-----TG-------C--------TTgtctacat
gi|18 : atT--AT--AT----CA----TTTGATGCAC-A----AAT----TT--T-A--A-AATGTC-TAA--T-AAAA---CAGACAATTATGATG---TG-T--AA----TA---A----A----A----T---------ATAACACAAATCAGT-TTG-------TCATGA---TTA----CTGCACATTCGTCACAATAACAAACTACTT----T---AACC---TTGTACATTTCACATCCTTCACAAAAACAAATTAtgta
gi|19 : TTAG---AA-A----GTCCGT-------TTCTGACCGGAG-GCCAC-------------ATGTATGC------------GTATAT-CGCATGCGTAAAGACACTTGTTA-CTAGCAATAAGTCCGTCGGTTTCATTT--G-GATG-TTT-A-ACCAAATAc
gi|2 : acaaatatcatgatgtaaattgaa---T-C--------TGGGA-AATTTCTA-TCTGT-------CCGTCTGTTTCA-TCA-A-GAAG-TTA-T-C--AAATA----TGCATGTTAT-AT-----------ACCCTACA-GAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-GCCTC--TGATATT-TG-TGT--C-----AAAAAAG-----CA--------AACAT---G-----AAAATTG---------AT---TA-AGAA----TTAA---GAAAAGTTT--G-T--TT--TT--AT----AA----TTAGACTCAC-A----AAG----TT--T-G--A-AACATC-TAT--T-AAAA---CAGA------T--T----------AA----CC---A----ATTTGC----T---------AT---------AA---CTA----------------TTA----C---AAATCCATTACAAata
gi|2 : tttttttagaaaaGGTTAATCTGTTTTA-AT--A-GATG-TTT-C-A--AACTTTGTGAG--TCTAATTAT-----------A-AAAACA-AACTTTTCTTA--------------------AT-TCTTAA-TCAATTTT--CAT-GTT-TGCTTT--TTTGACACAAATAT----CAG-------A-------G-----G----CG---------AT---CA-AGAT----T--A---G-------T-------CT--GT--AG----GGTATATAACATGCAT-A-----------TT--T-G--ATAACTTCTTGA--T-GAAA---CAG-------ctacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|22 : tttttttagaaaatctgggaaatttctatctgtccgtTAAACATTCCGTCTATTTCA-CA--A-GACG-TTT-T-A--ACAGA--CATGCCTTTGACAGT-----------A-CACACC-AAC------aatttgctataactattacaaatccattacaactacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|23 : gcagacATTTTATCATTTTGTTTGAA-A----TTCCCT-------TTATGGCTGATA-GCCAG-------------------------------------------------AGGGC-A-TATATC-CGTATAGATGGTCCTTCTATTTCA-TTT-A-GATG-TTT-T-C--AGATA--TGTACGTCTTACGAC-----------A-CAGcggtgtgtcataattattccaaatctgtcgcaacaaactaattctcattat
gi|24 : --T-----GGAA--------TA--------T-------G-----A----CC----------T---CA-AGAT----T--A---G-------TTAG-C--CT--AG--AT----TG----TACGATGCAC-A----AAC----GT--T-A--A-AATATC-TAA--T-AAAA---CAG----------------A-C--AA----CA---A----A----C----T---------AA---------CAAGTCTG-------CA-------ATA----A---ATATCGGTCACAA
gi|26 : agcaCGCATGC------------AC--------------GGAGA-AATTTCTT-CTTGTAAATACTTTGTCTGTTTCA-TT--A-GATG--CT-T-A--AAAC-TGAAAGCGTCTAGTGAT-----------G-CAGA
gi|27 : aA-T--AA----CA---A----A----C----T---------AG---------CT---CTATCTCAATC--------TTT----C---ACATCCGTCATACTATCGAACTACCT----C---AGTC---TTGT-------TCATCATTCACAATAACAAACTAata
gi|28 : AA-------------GCGCATGT-------------C---T-C--------ATGGA-ATTTTCTA-CATGTAAAAGGTCAATCTGTTTCA-TTA-A-AATG-TTTAT-A--AA
gi|29 : --------TTT----C---ACATCCGTCAGAATAACATACTTCAT----C---AGTA---TTGT-------Acaca
gi|3 : caattaaccggcttttcatatttaTAC------------GCA--T-C--------ATAGA-ACTTTCTA-CCCACTGGCGGTCTGTCTGTTTTA-TTT-A-GAAG-TTT-T-G--AAATGTGT------TTTATGATTCAGATCAAAAA-CAGACT-GGC------TATGCTTGATAATGCTTGATATA--TCTTGA-TA-ATCTC--TGT-TTT-TG-TTTAAT-----AAAAGCAAGCATCA--------A-------A-----A----TT---------AT---CA-AGAC----T--G---G-------TTGG-T--CT--GT--AT----CG----TAAGACGCAT-G----AAC----TT--T-C--A-AGCA----AA--C-GAAAGATTAA-------T--TGGTTTG-T--AA----TA---AT---A----A----T---------AA---------TA---ATG-------C----------A----C---ATATGTGTC-----ATCAAACT--CT----C---AGTC---TTTC-------ACATCCAACACATTAACA
gi|4 : aaggT-GTTTTAG---AA-A----TTCTCT-------TCCTGACCAAAA-GCCAG-------------GTGTATACATGGAAGAGTCTGCA--T-C--------AAGGA-ACTTTCTA-CCTGTAAACG----GTCTGTTTCA-TTG-A-GATG-TTT-C-T--AAACATATATGCATCTTA------------------AGA---AA-------TA--------------------A--ACTTAA-TA-A-------AA-GC-----------------AAA--------CATAGG----A-------G-----A----CA---------AT---TA-AGAT----T--A--------------G-A--TA--GT--ATAAACCA----TACAGTGCAC------AAC----TT--T-A--A-AATGTC-TAA--T-AAAA---CAGA------T--TG---CA----AG----CC---T----G----C----T---------AT---------AA---TTA----------------TTA----C---ACATCTGCAACAATATCAAACTTCCT----A---AATCAATTTGT-------ACATcgttaccttatttactaaatactgacatattctaacctttacacaaccaacaaatgcacatttggaattgataatttatgacaattcactgtttcaaagcagctgtgcagcagatttcttgct
gi|5 : tataaaatgtT-------TCCTGGCCAAAG-GCAAA-------------GGGCATGC------------A----T-C--------AGGGA-ACCATCTT-CTAGTAAACTTTCAATTTGTTTCA-TTT-A-GATG-TTC---A--AAACAGACATGCATCTTATGAT-----------A-CAGACT-TAC------TA--------------------A--CCTTGA-TC-ACCTT--CAATGCA-TGC-TT--T-----AGAAATG-----CA--------A-------ACACCCA----TA---------ATGCACA-AGAC----T--G---G-------T--T-CTTCT--GC--AT----CG----TGAGATGCTC-T----AAC----TC--T-C--A-AATGTT-TGA--T-AAAA---CAG----------------ACC--AA----CC---AGTCTA----C----A---------AT---------AA---TTA----------------TTA----T---ACATCAGTAACAATAACAAAATACCT----C---AGTA---TTGC-------ACATaaggtctttccaccctgaatatgtttctgactttatgtcaacgtcaacttcctattaaatcaaataacatttag
gi|6 : agaattttaaattactatgataattactcatgtacttgtatcttgg-GCCAA-------------GCACATGT------------TG---T----------AAGTA-ACTTCCTAACTTGTATATTTCTCATCTGTTTTA-TTT-A-GATC-TTT-T-A--AAATAAGTGCG--TCTTGTGAT-----------T-AAGACT-CAC------AA--------------------A--TCTTGT-TC-ATCAT--CAA-GCA-AGCTT----------GAA---------A--------A-------G-----------G---------AT---CA-AGAC----T--A---GCACTG--T--A-AGTCT--GT--AT----TG----CAAGATGCAT-A----AAC----TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-AAGA---CAG---------------------------------------------------------AC---------C----TCG-------A--------TT-----C---ACATCTGTTACAATAACAAACTAACTACTCC---AGTT---TTGT-------gatactgatacactac
gi|7 : ttttttttaaaaagtccagacgtAAATTTGAT-ATTTTCT---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCTAAAT-GTCAG-------------GGATATAC------------AC---TTC--------AGAGA-AAATTCTG-CTTATAAAAGGTCATTCTGTTTCA-TTT-A-GATG-TTT-A-A--AGATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACC-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CAA-GCT-TGATTT--G-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----TG---------AT---CA-TGAC----T--A-----------T--G-A--AT--GT--AT----CA----TAAGATGCAC-A----GAC----TT--T-G--A-AATGTC-TGA--T-GAAA---CAAT------T--TG---TAGT--AA----CA---A----A----C----T---------AC---------CA---TTGC------C--------TTG----T---ACATCCATCACAGTAGCAAACTACCA----T---GGTC---TTGT-------ACATCCATCACAGTAACAAACTAtgtttactattattagattacatcaatacactatacaccctgagcaaggcaaaaatatgaa
gi|8 : CACATGC------------AA---C-C--------AGA-A-GTTTTCTA-TTTGTAAACAGTCTGTCTGTTTTA-TTTCA-GACT-TTA-T-A--AAAT-T-TGAGCATCTTGTGAC-----------A-CAGACT-AAC------TG--------------------A--TCTTCA-CC-ATCTT--TTATGCT-TGCTTT--T-----AGAAAAT-----CAAGTATTTGA-------G-----A----TG---------TT---CG-AGAC----T--A---AC------T--G-A--TTC-AT--AT----CG----TAAG----AC-AGTTTAAC----TT--T-C--A-AACTTC-TAA--T-GGAA---CAG----------------A-C--AG----CAATTA----A----C----TGATTTTGCAAT---------CA---TTA----------------TTG----C---ACATCCGTCACAATAACAAATTACTA----CAATAGTA---TTGT-------A
gi|9 : caTTTATTTCA-TT--AAGATG-TTT-A-A--AAATATGAG--CATCCTATGAT-----------A-CACACT-TAC------TA--------------------A--TCTCGA-TA-AAGTT--CGACGCT-TGCTTT--C-----AG-A--------CA--------A-------------A----CGTCGTGTTGTTT---CA-AGAG----T--A---GTT-----T--G-T--CT--GT--AT-----------------CACTT----AAC----TT--T-A--A-AATGTT-TAA--TCTAAA---CAA----------TA---TA-CTTAATCGTTA---A----A----TATTGT---------AA---------TC---TTT-------A--------TTG----T---GTATACGTCACAAAAACAATCTATCT----C---AGAA---TTGC-------CCAT-CATTAAAATTATAAACgtgagctattacatttata
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTACCACAAGACGCATATCTAACACTACAGACAAAAGACCAGCCAGTTTACTATTATTACACATGTCTCAGTATCATTTCATACACAAGTTCATTTCAACACTGAATATGTGTATTATTTTGTTGTTGACTCCGGGTCAAACAACTCTATACCATTATATCATAACAAATAAAAGGTTAAGTATTTAAATAGTAAACCATTACACAACAAGCAATTGTACGTCTGGAATT
Unaligned ( gi|15 ): ACTAATTATTCTATATTGTAAGGATGTTTGATAATGCAGTAGACAGACTAACCAGTATGTTATAATTATTACAGATATGTCGCAAACACAAATTACCTCAGTTATTTTGTACTCTAGGTCATTTCTCGCCTGAATATGTATATTAGTGCTGAATCTCAATCCAACAACTTTA
Unaligned ( gi|20 ): TCATTTTAGCTAACTCCAGGTGAGATAACTTTATATAATAAATACAATAATATAAAACTAATACAATATTAAGCATTTAAATGGCAACATTTCCACAACAAGCAATAGTACGTTTCAAATTAA
Unaligned ( gi|21 ): GTATTGAAACAACAAATCTTTACACCACAACAAGAAATTGTACACTTAGAAATGATTATTATTTGCAGTTAAATGTAATTCTCTATATGTCTTTCAAAGCATTTGTGCTGCAAGTTTCTTA
Unaligned ( gi|25 ): ATATATATTTGTTTAATCATTTCAACCCTGGGTATGTGTATTTGTTGTTGACAGACTCTGGGTCAAACAACTTTATTATAAAGTTTTAAA
Unaligned ( gi|30 ): AAATATAATTCTCTATATCACTTTCTTCAAAGCATCTGTATAATCTGCAGGTTTCTTGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTTTTTGTGATCTAAATTTGATGTTGTGTTCGGTAAGGGTGACCAAGCTTATGCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 1111 1111111 2222222222222 4444444444444444444444444444 22 111111 11111111111 22222222222222222222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 1111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1111111
lowQualScore : 88 0 6666 5 2222 6666666 3 4 0000000000000 7777777777777777777777777777 5 2 2 555 2 1 11 3 1 222 55 666666 22 00000000000 2 0 666 55555555555555555555555555555555 2 2 0 33 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 33 2222222222 1111111111111 33 6666 2 0 2 33 2 444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555 444 1 88888888 3333 1111111 1
lowQualScore : .. . .... . .... ....... . . ............. ............................ . . . ... . . .. . . ... .. ...... .. ........... . . ... ................................ . . . .. . ............................................................................................................... .. .. .......... ............. .. .... . . . .. . ... ............................................................................................ ..... ... . ........ .... ....... .
lowQualScore : 33 0 7777 7 1111 2222222 1 4 0000000000000 3333333333333333333333333333 0 9 4 888 1 9 77 8 9 333 22 666666 11 00000000000 1 9 555 11111111111111111111111111111111 7 7 6 77 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 22 2222222222 2222222222222 22 4444 4 2 4 22 4 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444 444 0 22222222 3333 8888888 4
consensus : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCAG-------------GCGCATGC------------GC---T-C--------AGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTTT--T-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----CG---------AT---CA-AGAC----T--A---G-------T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATGCAC-A----AAC----TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-GAAA---CAG-------T--TG---TA-C--AA----CA---A----A----C----T---------AN---------CA---TTG-------C--------TTA----C---ACATCCGTCACAATANCAAACTACCT----C---AGTC---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
Reference ( family-43 ) : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCAG-------------GCGCATGC------------GC---T-C--------AGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTTT--T-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----CG---------AT---CA-AGAC----T--A---G-------T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATGCAC-A----AAC----TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-GAAA---CAG-------T--TG---TA-C--AA----CA---A----A----C----T---------AN---------CA---TTG-------C--------TTA----C---ACATCCGTCACAATANCAAACTACCT----C---AGTC---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
gi|1 : TTTCAA---AA-AGTCTTTCCCTAGCCAAGTCTCGGCGTAAGTGTGAG-------------GCGCATGC------------G----T-C--------AGACA-------CA-TTTG---AC---CCGTC-ATTTC--------GATG-TGT-T-C--AAATATGT-T-CGTCTTTAGAT-----------G-CAGATT-CAC------C------------------------TTTAGA-AA-AGC-----AA-GCG-TG-------------GAA--------------------------G-----A----TG---------AT---TA--TAC----T--A---G-------T--T-A--CTCTGT--AT----CA----CAAGATGCAC-A----A-T----TT--T-A--A-AACTTC-TAA--T-GAAA---CAG----------------A-C--CA----CA---A----T----T----T---------AA---------CCGGTTTG-------CTATTATTATTA----C---ACATCCGTCACAATATCAAAATACTT----G---AGT
gi|10 : tgtaaaacactTTTTAGG--AA-A----T--CCT-------TTCTGGCCAAAA-GCCAA-------------GCGAATGC------------GC---A-A--------AGCGACACTTTCTG-TTCGTAA-TAGCCCGTGTGTTTCA-TTG-A-GGTA-TTT-T-A------ATATGTGCATCGCAAATT-----------G-CAGG---------------------------------------TT---TC-GTTTT--TGATGCT-TA-TTT--T-----AGAAAAG-----CA--------AGCGTC--G-----A----CGCTA------AT---CA-AGAT----T--A---G-------T--T-A--TT--TTGAAT----CG----TGAACTGCAC-A----CACTATATT--T-ATTA-AACGTC-TAA--T-GAAA---GAG-------aggccacttcggccttgaatacatgtatttgttgctgactctggatccaacaacttcattaaaagtagtatttaaatggtaaacctgtaaaaaacacgcaattgtacgcgtgaactttatcaacgttattgtttataacagttaacgccatttttctttattaccgttctaaatcagtttgtgctgcaggtatagtttttaatctcatttgactttgtctatttagttgaagagcaagatgcta
gi|11 : t-------------GTGTATGC------------AT---T-T--------GAGGA-AATTTCAA-TCTGGAAACAGTCTGT---TTTGA-TTT-A-AAAG-TTT-TCA--AAA-----GTGCATCTT----T-----------A-T--ATC-AA-------TA--------------------G--TCTTTATTT-ACCTTTACAA-AAG-TG-TGT--C-----A------------A--------A-------G-----A----CC---------AT---TT-AGACATTTT--G---G-------T-------TT--GT--AT----CC----CAAGATGCAC-A----AAT----TCAAT-A--A-AACTTC-TTA--T-AACA---CAAAC-----C--TG---T--T--TA----TA---A----A---------T---------AT---------C-------------------------A----C---ACATTCAGAACAATCTCAAACgcgaaatgctaatccgtttg
gi|11 : aTA-TTTATAAACAG---GTTTGTGTTA-TA--A-GAAG-TTT-T-ATTGAAT-T-TGTGCATCTTGGGAT-----------A-CAAACC-AA--------A--------------------ATGTCTAAA-TG-GTCTT--TGA--CA-CACTTT--T-----GTAA---------A--------G-------G-----T----AA---------AT---AA-AGAC----T--A---T-------T--G-A---T--AT--A------------AAGATGCAC--------T----TT--TGA--A-AACTTT-TAAATC-AAAA---CAG-------atagctgttattttttt
gi|12 : agtgtatgcatttgaggaaatttcaatctggaaacagt--------AGAGA-GCTTTCTA-TTTAACAACG--CC-TTTGTTAAG-TT--AAGATGATTT-T-T--TAATACGTA--CATCCTTTAAT-----------A-CATACA-CAC------TA--------------------A--CCACGA-TC-ATCCT--CGATGCT-TGCTGT--T-----A-CA--------CA--------ATTTAAGTG-----T----CG---------GT---TA-TGTC----C--AAGGG-------T--G-G--TT---T--GT----C--------GATGT----------C----TT--T----A-GACGTT------C-GAAA---CA----------------TA-C--GA----CA---G----A----C----T---------AA---------CAGGTTTG-------CAATA----TTACTTTC---ACATCCACCACAATAACAAACTATCA----C---Atcacacattcagaacaatctcaaacatagctgttattttttt
gi|14 : taTG-------T--------TCA----C---ACATCCGTCACAATATGAAACTACCA----C---AGTCGTTTCGT-------ACAac
gi|16 : aaaactaacaggttttctataaAAATT-AAT-ATTTTAT---GACA----TTTCCT-------TCCTGGTTAAAG-GCCAGATATAAGTGCAAAGCACATGT------------G----T-A--------AGGGA-ACAATCTA-CCTGTAATTGGTCTATCTGTTTCA-TT--A-GATG-TAA-T-A--AAATATG-G-GCATCTTATGAC-----------A-GAGACA-AAcgaggtcgttttgagcctgaatgtctgtattttgctgacacaaaatcaaacaacttatgttttaaccattaatattaaaagtacctaacaagctattgcacgtttggaagtgattgtgtgattgtacatagcattcttaa
gi|17 : aaatgctgacaaaatatt-TT--A-TATG-TTT-T-A--AA-T-TGTGTACAGCATTCGAT-----------A-CA-ACATAAC------TA--------------------A--TTTTGA-TC-ATCTT--CTA-TATGTGCTTT--T-----AAAG--------CA--------G-------GC----A----CA--------------CATAGAC----T--AT--A-------T--GAA--TT--GT--AT----TG----TAAACTGAAC-A----CAA----TT--G-A--A-CACGTC-TTA--T-AAAA---CGG------------------C--AA----CA---G----A----T----T---------AG---------C-----TG-------C--------TTgtctacat
gi|18 : atT--AT--AT----CA----TTTGATGCAC-A----AAT----TT--T-A--A-AATGTC-TAA--T-AAAA---CAGACAATTATGATG---TG-T--AA----TA---A----A----A----T---------ATAACACAAATCAGT-TTG-------TCATGA---TTA----CTGCACATTCGTCACAATAACAAACTACTT----T---AACC---TTGTACATTTCACATCCTTCACAAAAACAAATTAtgta
gi|19 : TTAG---AA-A----GTCCGT-------TTCTGACCGGAG-GCCAC-------------ATGTATGC------------GTATAT-CGCATGCGTAAAGACACTTGTTA-CTAGCAATAAGTCCGTCGGTTTCATTT--G-GATG-TTT-A-ACCAAATAc
gi|2 : acaaatatcatgatgtaaattgaa---T-C--------TGGGA-AATTTCTA-TCTGT-------CCGTCTGTTTCA-TCA-A-GAAG-TTA-T-C--AAATA----TGCATGTTAT-AT-----------ACCCTACA-GAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-GCCTC--TGATATT-TG-TGT--C-----AAAAAAG-----CA--------AACAT---G-----AAAATTG---------AT---TA-AGAA----TTAA---GAAAAGTTT--G-T--TT--TT--AT----AA----TTAGACTCAC-A----AAG----TT--T-G--A-AACATC-TAT--T-AAAA---CAGA------T--T----------AA----CC---A----ATTTGC----T---------AT---------AA---CTA----------------TTA----C---AAATCCATTACAAata
gi|2 : tttttttagaaaaGGTTAATCTGTTTTA-AT--A-GATG-TTT-C-A--AACTTTGTGAG--TCTAATTAT-----------A-AAAACA-AACTTTTCTTA--------------------AT-TCTTAA-TCAATTTT--CAT-GTT-TGCTTT--TTTGACACAAATAT----CAG-------A-------G-----G----CG---------AT---CA-AGAT----T--A---G-------T-------CT--GT--AG----GGTATATAACATGCAT-A-----------TT--T-G--ATAACTTCTTGA--T-GAAA---CAG-------ctacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|22 : tttttttagaaaatctgggaaatttctatctgtccgtTAAACATTCCGTCTATTTCA-CA--A-GACG-TTT-T-A--ACAGA--CATGCCTTTGACAGT-----------A-CACACC-AAC------aatttgctataactattacaaatccattacaactacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|23 : gcagacATTTTATCATTTTGTTTGAA-A----TTCCCT-------TTATGGCTGATA-GCCAG-------------------------------------------------AGGGC-A-TATATC-CGTATAGATGGTCCTTCTATTTCA-TTT-A-GATG-TTT-T-C--AGATA--TGTACGTCTTACGAC-----------A-CAGcggtgtgtcataattattccaaatctgtcgcaacaaactaattctcattat
gi|24 : --T-----GGAA--------TA--------T-------G-----A----CC----------T---CA-AGAT----T--A---G-------TTAG-C--CT--AG--AT----TG----TACGATGCAC-A----AAC----GT--T-A--A-AATATC-TAA--T-AAAA---CAG----------------A-C--AA----CA---A----A----C----T---------AA---------CAAGTCTG-------CA-------ATA----A---ATATCGGTCACAA
gi|26 : agcaCGCATGC------------AC--------------GGAGA-AATTTCTT-CTTGTAAATACTTTGTCTGTTTCA-TT--A-GATG--CT-T-A--AAAC-TGAAAGCGTCTAGTGAT-----------G-CAGA
gi|27 : aA-T--AA----CA---A----A----C----T---------AG---------CT---CTATCTCAATC--------TTT----C---ACATCCGTCATACTATCGAACTACCT----C---AGTC---TTGT-------TCATCATTCACAATAACAAACTAata
gi|28 : AA-------------GCGCATGT-------------C---T-C--------ATGGA-ATTTTCTA-CATGTAAAAGGTCAATCTGTTTCA-TTA-A-AATG-TTTAT-A--AA
gi|29 : --------TTT----C---ACATCCGTCAGAATAACATACTTCAT----C---AGTA---TTGT-------Acaca
gi|3 : caattaaccggcttttcatatttaTAC------------GCA--T-C--------ATAGA-ACTTTCTA-CCCACTGGCGGTCTGTCTGTTTTA-TTT-A-GAAG-TTT-T-G--AAATGTGT------TTTATGATTCAGATCAAAAA-CAGACT-GGC------TATGCTTGATAATGCTTGATATA--TCTTGA-TA-ATCTC--TGT-TTT-TG-TTTAAT-----AAAAGCAAGCATCA--------A-------A-----A----TT---------AT---CA-AGAC----T--G---G-------TTGG-T--CT--GT--AT----CG----TAAGACGCAT-G----AAC----TT--T-C--A-AGCA----AA--C-GAAAGATTAA-------T--TGGTTTG-T--AA----TA---AT---A----A----T---------AA---------TA---ATG-------C----------A----C---ATATGTGTC-----ATCAAACT--CT----C---AGTC---TTTC-------ACATCCAACACATTAACA
gi|4 : aaggT-GTTTTAG---AA-A----TTCTCT-------TCCTGACCAAAA-GCCAG-------------GTGTATACATGGAAGAGTCTGCA--T-C--------AAGGA-ACTTTCTA-CCTGTAAACG----GTCTGTTTCA-TTG-A-GATG-TTT-C-T--AAACATATATGCATCTTA------------------AGA---AA-------TA--------------------A--ACTTAA-TA-A-------AA-GC-----------------AAA--------CATAGG----A-------G-----A----CA---------AT---TA-AGAT----T--A--------------G-A--TA--GT--ATAAACCA----TACAGTGCAC------AAC----TT--T-A--A-AATGTC-TAA--T-AAAA---CAGA------T--TG---CA----AG----CC---T----G----C----T---------AT---------AA---TTA----------------TTA----C---ACATCTGCAACAATATCAAACTTCCT----A---AATCAATTTGT-------ACATcgttaccttatttactaaatactgacatattctaacctttacacaaccaacaaatgcacatttggaattgataatttatgacaattcactgtttcaaagcagctgtgcagcagatttcttgct
gi|5 : tataaaatgtT-------TCCTGGCCAAAG-GCAAA-------------GGGCATGC------------A----T-C--------AGGGA-ACCATCTT-CTAGTAAACTTTCAATTTGTTTCA-TTT-A-GATG-TTC---A--AAACAGACATGCATCTTATGAT-----------A-CAGACT-TAC------TA--------------------A--CCTTGA-TC-ACCTT--CAATGCA-TGC-TT--T-----AGAAATG-----CA--------A-------ACACCCA----TA---------ATGCACA-AGAC----T--G---G-------T--T-CTTCT--GC--AT----CG----TGAGATGCTC-T----AAC----TC--T-C--A-AATGTT-TGA--T-AAAA---CAG----------------ACC--AA----CC---AGTCTA----C----A---------AT---------AA---TTA----------------TTA----T---ACATCAGTAACAATAACAAAATACCT----C---AGTA---TTGC-------ACATaaggtctttccaccctgaatatgtttctgactttatgtcaacgtcaacttcctattaaatcaaataacatttag
gi|6 : agaattttaaattactatgataattactcatgtacttgtatcttgg-GCCAA-------------GCACATGT------------TG---T----------AAGTA-ACTTCCTAACTTGTATATTTCTCATCTGTTTTA-TTT-A-GATC-TTT-T-A--AAATAAGTGCG--TCTTGTGAT-----------T-AAGACT-CAC------AA--------------------A--TCTTGT-TC-ATCAT--CAA-GCA-AGCTT----------GAA---------A--------A-------G-----------G---------AT---CA-AGAC----T--A---GCACTG--T--A-AGTCT--GT--AT----TG----CAAGATGCAT-A----AAC----TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-AAGA---CAG---------------------------------------------------------AC---------C----TCG-------A--------TT-----C---ACATCTGTTACAATAACAAACTAACTACTCC---AGTT---TTGT-------gatactgatacactac
gi|7 : ttttttttaaaaagtccagacgtAAATTTGAT-ATTTTCT---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCTAAAT-GTCAG-------------GGATATAC------------AC---TTC--------AGAGA-AAATTCTG-CTTATAAAAGGTCATTCTGTTTCA-TTT-A-GATG-TTT-A-A--AGATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACC-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CAA-GCT-TGATTT--G-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----TG---------AT---CA-TGAC----T--A-----------T--G-A--AT--GT--AT----CA----TAAGATGCAC-A----GAC----TT--T-G--A-AATGTC-TGA--T-GAAA---CAAT------T--TG---TAGT--AA----CA---A----A----C----T---------AC---------CA---TTGC------C--------TTG----T---ACATCCATCACAGTAGCAAACTACCA----T---GGTC---TTGT-------ACATCCATCACAGTAACAAACTAtgtttactattattagattacatcaatacactatacaccctgagcaaggcaaaaatatgaa
gi|8 : CACATGC------------AA---C-C--------AGA-A-GTTTTCTA-TTTGTAAACAGTCTGTCTGTTTTA-TTTCA-GACT-TTA-T-A--AAAT-T-TGAGCATCTTGTGAC-----------A-CAGACT-AAC------TG--------------------A--TCTTCA-CC-ATCTT--TTATGCT-TGCTTT--T-----AGAAAAT-----CAAGTATTTGA-------G-----A----TG---------TT---CG-AGAC----T--A---AC------T--G-A--TTC-AT--AT----CG----TAAG----AC-AGTTTAAC----TT--T-C--A-AACTTC-TAA--T-GGAA---CAG----------------A-C--AG----CAATTA----A----C----TGATTTTGCAAT---------CA---TTA----------------TTG----C---ACATCCGTCACAATAACAAATTACTA----CAATAGTA---TTGT-------A
gi|9 : caTTTATTTCA-TT--AAGATG-TTT-A-A--AAATATGAG--CATCCTATGAT-----------A-CACACT-TAC------TA--------------------A--TCTCGA-TA-AAGTT--CGACGCT-TGCTTT--C-----AG-A--------CA--------A-------------A----CGTCGTGTTGTTT---CA-AGAG----T--A---GTT-----T--G-T--CT--GT--AT-----------------CACTT----AAC----TT--T-A--A-AATGTT-TAA--TCTAAA---CAA----------TA---TA-CTTAATCGTTA---A----A----TATTGT---------AA---------TC---TTT-------A--------TTG----T---GTATACGTCACAAAAACAATCTATCT----C---AGAA---TTGC-------CCAT-CATTAAAATTATAAACgtgagctattacatttata
blockSeqs : TT C TTTG C . . A . ATATAAGTGCAAA ATGGAAGAGTCTGCATC C C A AGC C T TC A A TC TT ATATGT AA TCAGATCAAAA C ATA CTATGCTTGATAATGCTTGATATA T A TA TATTTGTGTCAAAAAAGCAAACATGAAAATTGATTAAGAATTAAGAAAAGTTTGTT C GA GGTATA ACACTATA AA ATT T T AT C GAT ACAATTATGATGTGTAATAAAATATAACACAAATCAGTTTGTCATGA ACTTT TGC T ACTCC CAAT ACATTTC T
blockSeqs : TG . GG . . . A . . GTATATCGCATGCGT C A . AGT T . G A . AT CC TTGTGA GG . . CA CTTTTCTTAAT . . . TGCATGCTTTAGAAATGCAAACACCCATAATGCACAAGACTGGTTCTTC . . AAACCA AGTTTAAC . GA . . . . . TATACTTAATCGTTAAATATTGTAATCTTTA A . A CAAT C . A
blockSeqs : . T . . . G . . GCATC . C . GGT C . T . . T . ATATAT TT . . CA AATG . . . TGCTTGCTTTTAGAAAATCAAGTATTTGAGATGTTCGAGACTAACTGAT . . CG TTAAC . A . . . . . ACAGCAATTAACTGATTTTGCAATCATTA A . T C C . A
blockSeqs : G . . . G . . ACTTC . C . AGT T . A . . T . AGACAT AT . . AC CTAA . . . TGCTTATTTTAGAAAAGCAAGCGTCGACGCTAATCAAGATTAGTTAT . . CC AAAT . A . . . . . TACGACAGACTAACAGGTTTGCAATA A . A C A . A
blockSeqs : G . . . A . . GCAA . C . GGT C . T . . T . AAGTGC TC . . AA CTAA . . . TTTTGTTTAATAAAAGCAAGCATCAAAATTATCAAGACTGGTTGGTC . . TG ACAA . A . . . . . TTGGTTTGTAATAATAATAATAATGC A . T T C .
blockSeqs : T . . . A . . ATTT . A . ATT C . A . . T . ATGTGT AT . . AG CTAA . . . TGCTTGCTGTTACACAATTTAAGTGTCGGTTATGTCCAAGGGTGGT . . CA AAAT . G . . . . . TTTGTAGTAACAAACTACCATTGCC A . A C A .
blockSeqs : . A . . AACC . A . GGT A . T . . T . ACGTA AT . . AA CTAA . . . CGCTTGCTTTCAGACAAACGTCGTGTTGTTTCAAGAGTAGTTTGTC . . AA AAAG . G . . . . . ATTAACCAATTTGCTATAACTA T . T C T .
blockSeqs : . . GTA . T . ACT C . G . . A . TGTGT AC . . CA CAAA . . . GTTTGCTTTTTTGACACAAATATCAGAGGCGATCAAGATTAGTC . . TG AAAC . A . . . . . ACAACAAACTAACAAGTCTGCA T . T C C .
blockSeqs : . CTC . C . GGT C . T . . T . TGAAA AC . . TG CTAA . . . TATGTGCTTTTAAAGCAGGCACACATAGACTATATGAAT . . CG GAAC . C . . . . . ACCAACCAGTCTACAATAATTA A . A A A .
blockSeqs : . ATC . C . GGT T . T . . C . ATGAG GT . . TT CTGA . . . GCAAGCTTGAAAAGGATCAAGACTAGCACTGTAAGTC . . CG TAAC . A . . . . . ATTGCAAGCCTGCTATAATTA A . A C A .
blockSeqs : TGT . C . TTT A . T . . T . TTGT AT . . TC CTAA . . . GCTTGATTTGAGAACAAGATGATCATGACTATGAA . . TG AAAC . C . . . . . ACCTGTTTATAAATATC A . G T
blockSeqs : AC . C . TTC T . . . . T . ATGG AT . . CA TAG . . . AAGTGTGTCAAAGACCATTTAGACATTTTGGTT . . CA AGAC . A . . . . . CAACAGATTAGCTGC G . A C
blockSeqs : . . A . GGT A . . . . T . ACAT GT . . TA TAA . . . CACACTTTTGTAAAGGTAAATAAAGACTATTGA . . CG AAC . G . . . . . ACCTCGA G . A
blockSeqs : . T . AGT C . . . . T . ATGT AT . . TT . . . . GCAAACATAGGAGACAATTAAGATTAGAT . . C T . C . . . . . G .
blockSeqs : . . . AG A . . . . C . GTGT GT . . A . . . C . A . . . . . . .
blockSeqs : . G T . . . . T . TTGA AT . . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . A . GT A . .
blockSeqs : . . . . . . T . AT . . .
blockSeqs : . . . . A .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : **** ******* GGT ** ATGTGT CTAA**************************** ** AAAC********* N***
originalCons : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCAG-------------GCGCATGC------------GC---T-C--------AGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTTT--T-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----CG---------AT---CA-AGAC----T--A---G-------T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATGCAC-A----AAC----TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-GAAA---CAG-------T--TG---TA-C--AA----CA---A----A----C----T---------AN---------CA---TTG-------C--------TTA----C---ACATCCGTCACAATANCAAACTACCT----C---AGTC---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
finalCons : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCAG-------------GCGCATGC------------GC---T-C--------AGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACN-AACTAA----------------------------TCTTGA-TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTTT--T-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----CG---------AT---CA-AGAC----T--A---G-------T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATGCACAAAC---------TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-GAAA---CAG-------T--TG---TA-C--AA----CA---A----A----C----T---------AN---------CA---TTG-------C--------TTA----C---ACATCCGTCACAATANCAAACTACCT----C---AGTN---TTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTACCACAAGACGCATATCTAACACTACAGACAAAAGACCAGCCAGTTTACTATTATTACACATGTCTCAGTATCATTTCATACACAAGTTCATTTCAACACTGAATATGTGTATTATTTTGTTGTTGACTCCGGGTCAAACAACTCTATACCATTATATCATAACAAATAAAAGGTTAAGTATTTAAATAGTAAACCATTACACAACAAGCAATTGTACGTCTGGAATT
Unaligned ( gi|15 ): ACTAATTATTCTATATTGTAAGGATGTTTGATAATGCAGTAGACAGACTAACCAGTATGTTATAATTATTACAGATATGTCGCAAACACAAATTACCTCAGTTATTTTGTACTCTAGGTCATTTCTCGCCTGAATATGTATATTAGTGCTGAATCTCAATCCAACAACTTTA
Unaligned ( gi|20 ): TCATTTTAGCTAACTCCAGGTGAGATAACTTTATATAATAAATACAATAATATAAAACTAATACAATATTAAGCATTTAAATGGCAACATTTCCACAACAAGCAATAGTACGTTTCAAATTAA
Unaligned ( gi|21 ): GTATTGAAACAACAAATCTTTACACCACAACAAGAAATTGTACACTTAGAAATGATTATTATTTGCAGTTAAATGTAATTCTCTATATGTCTTTCAAAGCATTTGTGCTGCAAGTTTCTTA
Unaligned ( gi|25 ): ATATATATTTGTTTAATCATTTCAACCCTGGGTATGTGTATTTGTTGTTGACAGACTCTGGGTCAAACAACTTTATTATAAAGTTTTAAA
Unaligned ( gi|30 ): AAATATAATTCTCTATATCACTTTCTTCAAAGCATCTGTATAATCTGCAGGTTTCTTGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTTTTTGTGATCTAAATTTGATGTTGTGTTCGGTAAGGGTGACCAAGCTTATGCTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 1111 1111111 2222222222222 4444444444444444444444444444 22 111111 11111111111 22222222222222222222222222222222 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111 1111111111111 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111
lowQualScore : 88 0 6666 5 2222 6666666 3 4 0000000000000 7777777777777777777777777777 5 2 2 555 2 1 11 3 1 222 55 666666 22 00000000000 2 0 666 55555555555555555555555555555555 2 2 0 33 0 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 33 2222222222 1111111111111 33 6666 2 0 2 33 2 444 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 55555 444 1 88888888 555 6666 1111111 1
lowQualScore : .. . .... . .... ....... . . ............. ............................ . . . ... . . .. . . ... .. ...... .. ........... . . ... ................................ . . . .. . ............................................................................................................... .. .. .......... ............. .. .... . . . .. . ... ............................................................................................ ..... ... . ........ ... .... ....... .
lowQualScore : 33 0 7777 7 1111 2222222 1 4 0000000000000 3333333333333333333333333333 0 9 4 888 1 9 77 8 9 333 22 666666 11 00000000000 1 9 555 11111111111111111111111111111111 7 7 6 77 8 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 66 22 2222222222 2222222222222 22 4444 4 2 4 22 4 111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444 444 0 22222222 444 8888 8888888 4
consensus : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCAG-------------GCGCATGC------------GC---T-C--------AGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTTT--T-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----CG---------AT---CA-AGAC----T--A---G-------T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATGCAC-A----AAC----TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-GAAA---CAG-------T--TG---TA-C--AA----CA---A----A----C----T---------AN---------CA---TTG-------C--------TTA----C---ACATCCGTCACAATANCAAACTACCT----C---A---GT---NTTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
Reference ( family-43 ) : AAATTTNAT-ATTTTAN---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCCGAAG-GCCAG-------------GCGCATGC------------GC---T-C--------AGGGA-ACTTTCTA-CTTGTAAACGGTCCGTCTGTTTCA-TT--A-GATG-TTT-T-A--AAATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACN-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CGA-GCT-TGCTTT--T-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----CG---------AT---CA-AGAC----T--A---G-------T--G-A--CT--GT--AT----CG----TAAGATGCAC-A----AAC----TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-GAAA---CAG-------T--TG---TA-C--AA----CA---A----A----C----T---------AN---------CA---TTG-------C--------TTA----C---ACATCCGTCACAATANCAAACTACCT----C---A---GT---NTTGT-------ACATCCATCACAATAACAAACTA
gi|1 : TTTCAA---AA-AGTCTTTCCCTAGCCAAGTCTCGGCGTAAGTGTGAG-------------GCGCATGC------------G----T-C--------AGACA-------CA-TTTG---AC---CCGTC-ATTTC--------GATG-TGT-T-C--AAATATGT-T-CGTCTTTAGAT-----------G-CAGATT-CAC------C------------------------TTTAGA-AA-AGC-----AA-GCG-TG-------------GAA--------------------------G-----A----TG---------AT---TA--TAC----T--A---G-------T--T-A--CTCTGT--AT----CA----CAAGATGCAC-A----A-T----TT--T-A--A-AACTTC-TAA--T-GAAA---CAG----------------A-C--CA----CA---A----T----T----T---------AA---------CCGGTTTG-------CTATTATTATTA----C---ACATCCGTCACAATATCAAAATACTT----G---A---GT---
gi|10 : tgtaaaacactTTTTAGG--AA-A----T--CCT-------TTCTGGCCAAAA-GCCAA-------------GCGAATGC------------GC---A-A--------AGCGACACTTTCTG-TTCGTAA-TAGCCCGTGTGTTTCA-TTG-A-GGTA-TTT-T-A------ATATGTGCATCGCAAATT-----------G-CAGG---------------------------------------TT---TC-GTTTT--TGATGCT-TA-TTT--T-----AGAAAAG-----CA--------AGCGTC--G-----A----CGCTA------AT---CA-AGAT----T--A---G-------T--T-A--TT--TTGAAT----CG----TGAACTGCAC-A----CACTATATT--T-ATTA-AACGTC-TAA--T-GAAA---GAG-------aggccacttcggccttgaatacatgtatttgttgctgactctggatccaacaacttcattaaaagtagtatttaaatggtaaacctgtaaaaaacacgcaattgtacgcgtgaactttatcaacgttattgtttataacagttaacgccatttttctttattaccgttctaaatcagtttgtgctgcaggtatagtttttaatctcatttgactttgtctatttagttgaagagcaagatgcta
gi|11 : t-------------GTGTATGC------------AT---T-T--------GAGGA-AATTTCAA-TCTGGAAACAGTCTGT---TTTGA-TTT-A-AAAG-TTT-TCA--AAA-----GTGCATCTT----T-----------A-T--ATC-AA-------TA--------------------G--TCTTTATTT-ACCTTTACAA-AAG-TG-TGT--C-----A------------A--------A-------G-----A----CC---------AT---TT-AGACATTTT--G---G-------T-------TT--GT--AT----CC----CAAGATGCAC-A----AAT----TCAAT-A--A-AACTTC-TTA--T-AACA---CAAAC-----C--TG---T--T--TA----TA---A----A---------T---------AT---------C-------------------------A----C---ACATTCAGAACAATCTCAAACgcgaaatgctaatccgtttg
gi|11 : aTA-TTTATAAACAG---GTTTGTGTTA-TA--A-GAAG-TTT-T-ATTGAAT-T-TGTGCATCTTGGGAT-----------A-CAAACC-AA--------A--------------------ATGTCTAAA-TG-GTCTT--TGA--CA-CACTTT--T-----GTAA---------A--------G-------G-----T----AA---------AT---AA-AGAC----T--A---T-------T--G-A---T--AT--A------------AAGATGCAC--------T----TT--TGA--A-AACTTT-TAAATC-AAAA---CAG-------atagctgttattttttt
gi|12 : agtgtatgcatttgaggaaatttcaatctggaaacagt--------AGAGA-GCTTTCTA-TTTAACAACG--CC-TTTGTTAAG-TT--AAGATGATTT-T-T--TAATACGTA--CATCCTTTAAT-----------A-CATACA-CAC------TA--------------------A--CCACGA-TC-ATCCT--CGATGCT-TGCTGT--T-----A-CA--------CA--------ATTTAAGTG-----T----CG---------GT---TA-TGTC----C--AAGGG-------T--G-G--TT---T--GT----C--------GATGT----------C----TT--T----A-GACGTT------C-GAAA---CA----------------TA-C--GA----CA---G----A----C----T---------AA---------CAGGTTTG-------CAATA----TTACTTTC---ACATCCACCACAATAACAAACTATCA----C---A---tcacacattcagaacaatctcaaacatagctgttattttttt
gi|14 : taTG-------T--------TCA----C---ACATCCGTCACAATATGAAACTACCA----C---AGTCGT---TTCGT-------ACAac
gi|16 : aaaactaacaggttttctataaAAATT-AAT-ATTTTAT---GACA----TTTCCT-------TCCTGGTTAAAG-GCCAGATATAAGTGCAAAGCACATGT------------G----T-A--------AGGGA-ACAATCTA-CCTGTAATTGGTCTATCTGTTTCA-TT--A-GATG-TAA-T-A--AAATATG-G-GCATCTTATGAC-----------A-GAGACA-AAcgaggtcgttttgagcctgaatgtctgtattttgctgacacaaaatcaaacaacttatgttttaaccattaatattaaaagtacctaacaagctattgcacgtttggaagtgattgtgtgattgtacatagcattcttaa
gi|17 : aaatgctgacaaaatatt-TT--A-TATG-TTT-T-A--AA-T-TGTGTACAGCATTCGAT-----------A-CA-ACATAAC------TA--------------------A--TTTTGA-TC-ATCTT--CTA-TATGTGCTTT--T-----AAAG--------CA--------G-------GC----A----CA--------------CATAGAC----T--AT--A-------T--GAA--TT--GT--AT----TG----TAAACTGAAC-A----CAA----TT--G-A--A-CACGTC-TTA--T-AAAA---CGG------------------C--AA----CA---G----A----T----T---------AG---------C-----TG-------C--------TTgtctacat
gi|18 : atT--AT--AT----CA----TTTGATGCAC-A----AAT----TT--T-A--A-AATGTC-TAA--T-AAAA---CAGACAATTATGATG---TG-T--AA----TA---A----A----A----T---------ATAACACAAATCAGT-TTG-------TCATGA---TTA----CTGCACATTCGTCACAATAACAAACTACTT----T---A---AC---CTTGTACATTTCACATCCTTCACAAAAACAAATTAtgta
gi|19 : TTAG---AA-A----GTCCGT-------TTCTGACCGGAG-GCCAC-------------ATGTATGC------------GTATAT-CGCATGCGTAAAGACACTTGTTA-CTAGCAATAAGTCCGTCGGTTTCATTT--G-GATG-TTT-A-ACCAAATAc
gi|2 : acaaatatcatgatgtaaattgaa---T-C--------TGGGA-AATTTCTA-TCTGT-------CCGTCTGTTTCA-TCA-A-GAAG-TTA-T-C--AAATA----TGCATGTTAT-AT-----------ACCCTACA-GAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-GCCTC--TGATATT-TG-TGT--C-----AAAAAAG-----CA--------AACAT---G-----AAAATTG---------AT---TA-AGAA----TTAA---GAAAAGTTT--G-T--TT--TT--AT----AA----TTAGACTCAC-A----AAG----TT--T-G--A-AACATC-TAT--T-AAAA---CAGA------T--T----------AA----CC---A----ATTTGC----T---------AT---------AA---CTA----------------TTA----C---AAATCCATTACAAata
gi|2 : tttttttagaaaaGGTTAATCTGTTTTA-AT--A-GATG-TTT-C-A--AACTTTGTGAG--TCTAATTAT-----------A-AAAACA-AACTTTTCTTA--------------------AT-TCTTAA-TCAATTTT--CAT-GTT-TGCTTT--TTTGACACAAATAT----CAG-------A-------G-----G----CG---------AT---CA-AGAT----T--A---G-------T-------CT--GT--AG----GGTATATAACATGCAT-A-----------TT--T-G--ATAACTTCTTGA--T-GAAA---CAG-------ctacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|22 : tttttttagaaaatctgggaaatttctatctgtccgtTAAACATTCCGTCTATTTCA-CA--A-GACG-TTT-T-A--ACAGA--CATGCCTTTGACAGT-----------A-CACACC-AAC------aatttgctataactattacaaatccattacaactacacttgtcgattcacacacaaggcggtttagactctgctgacttttgccaactttaagtcaaacaactttataatgtaacaattaaaatgttgagtatttaaacaataaaccctttagacaacaatcaaattttacacaaattttacacaagtttgaaatagaggattcagttggcagttgagtgtaattctctgcatcacttcttcaaagtaggttctctgtgctgaagtttctctttaactttgattt
gi|23 : gcagacATTTTATCATTTTGTTTGAA-A----TTCCCT-------TTATGGCTGATA-GCCAG-------------------------------------------------AGGGC-A-TATATC-CGTATAGATGGTCCTTCTATTTCA-TTT-A-GATG-TTT-T-C--AGATA--TGTACGTCTTACGAC-----------A-CAGcggtgtgtcataattattccaaatctgtcgcaacaaactaattctcattat
gi|24 : --T-----GGAA--------TA--------T-------G-----A----CC----------T---CA-AGAT----T--A---G-------TTAG-C--CT--AG--AT----TG----TACGATGCAC-A----AAC----GT--T-A--A-AATATC-TAA--T-AAAA---CAG----------------A-C--AA----CA---A----A----C----T---------AA---------CAAGTCTG-------CA-------ATA----A---ATATCGGTCACAA
gi|26 : agcaCGCATGC------------AC--------------GGAGA-AATTTCTT-CTTGTAAATACTTTGTCTGTTTCA-TT--A-GATG--CT-T-A--AAAC-TGAAAGCGTCTAGTGAT-----------G-CAGA
gi|27 : aA-T--AA----CA---A----A----C----T---------AG---------CT---CTATCTCAATC--------TTT----C---ACATCCGTCATACTATCGAACTACCT----C---A---GT---CTTGT-------TCATCATTCACAATAACAAACTAata
gi|28 : AA-------------GCGCATGT-------------C---T-C--------ATGGA-ATTTTCTA-CATGTAAAAGGTCAATCTGTTTCA-TTA-A-AATG-TTTAT-A--AA
gi|29 : --------TTT----C---ACATCCGTCAGAATAACATACTTCAT----C---A---GT---ATTGT-------Acaca
gi|3 : caattaaccggcttttcatatttaTAC------------GCA--T-C--------ATAGA-ACTTTCTA-CCCACTGGCGGTCTGTCTGTTTTA-TTT-A-GAAG-TTT-T-G--AAATGTGT------TTTATGATTCAGATCAAAAA-CAGACT-GGC------TATGCTTGATAATGCTTGATATA--TCTTGA-TA-ATCTC--TGT-TTT-TG-TTTAAT-----AAAAGCAAGCATCA--------A-------A-----A----TT---------AT---CA-AGAC----T--G---G-------TTGG-T--CT--GT--AT----CG----TAAGACGCAT-G----AAC----TT--T-C--A-AGCA----AA--C-GAAAGATTAA-------T--TGGTTTG-T--AA----TA---AT---A----A----T---------AA---------TA---ATG-------C----------A----C---ATATGTGTC-----ATCAAACT--CT----C---A---GT---CTTTC-------ACATCCAACACATTAACA
gi|4 : aaggT-GTTTTAG---AA-A----TTCTCT-------TCCTGACCAAAA-GCCAG-------------GTGTATACATGGAAGAGTCTGCA--T-C--------AAGGA-ACTTTCTA-CCTGTAAACG----GTCTGTTTCA-TTG-A-GATG-TTT-C-T--AAACATATATGCATCTTA------------------AGA---AA-------TA--------------------A--ACTTAA-TA-A-------AA-GC-----------------AAA--------CATAGG----A-------G-----A----CA---------AT---TA-AGAT----T--A--------------G-A--TA--GT--ATAAACCA----TACAGTGCAC------AAC----TT--T-A--A-AATGTC-TAA--T-AAAA---CAGA------T--TG---CA----AG----CC---T----G----C----T---------AT---------AA---TTA----------------TTA----C---ACATCTGCAACAATATCAAACTTCCT----A---A---ATCAATTTGT-------ACATcgttaccttatttactaaatactgacatattctaacctttacacaaccaacaaatgcacatttggaattgataatttatgacaattcactgtttcaaagcagctgtgcagcagatttcttgct
gi|5 : tataaaatgtT-------TCCTGGCCAAAG-GCAAA-------------GGGCATGC------------A----T-C--------AGGGA-ACCATCTT-CTAGTAAACTTTCAATTTGTTTCA-TTT-A-GATG-TTC---A--AAACAGACATGCATCTTATGAT-----------A-CAGACT-TAC------TA--------------------A--CCTTGA-TC-ACCTT--CAATGCA-TGC-TT--T-----AGAAATG-----CA--------A-------ACACCCA----TA---------ATGCACA-AGAC----T--G---G-------T--T-CTTCT--GC--AT----CG----TGAGATGCTC-T----AAC----TC--T-C--A-AATGTT-TGA--T-AAAA---CAG----------------ACC--AA----CC---AGTCTA----C----A---------AT---------AA---TTA----------------TTA----T---ACATCAGTAACAATAACAAAATACCT----C---A---GT---ATTGC-------ACATaaggtctttccaccctgaatatgtttctgactttatgtcaacgtcaacttcctattaaatcaaataacatttag
gi|6 : agaattttaaattactatgataattactcatgtacttgtatcttgg-GCCAA-------------GCACATGT------------TG---T----------AAGTA-ACTTCCTAACTTGTATATTTCTCATCTGTTTTA-TTT-A-GATC-TTT-T-A--AAATAAGTGCG--TCTTGTGAT-----------T-AAGACT-CAC------AA--------------------A--TCTTGT-TC-ATCAT--CAA-GCA-AGCTT----------GAA---------A--------A-------G-----------G---------AT---CA-AGAC----T--A---GCACTG--T--A-AGTCT--GT--AT----TG----CAAGATGCAT-A----AAC----TT--T-A--A-AACGTC-TAA--T-AAGA---CAG---------------------------------------------------------AC---------C----TCG-------A--------TT-----C---ACATCTGTTACAATAACAAACTAACTACTCC---A---GT---TTTGT-------gatactgatacactac
gi|7 : ttttttttaaaaagtccagacgtAAATTTGAT-ATTTTCT---AA-A----TTCCCT-------TCCTGGCTAAAT-GTCAG-------------GGATATAC------------AC---TTC--------AGAGA-AAATTCTG-CTTATAAAAGGTCATTCTGTTTCA-TTT-A-GATG-TTT-A-A--AGATATGTGTGCATCTTATGAT-----------A-CAGACC-AAC------TA--------------------A--TCTTGA-TC-ATCTT--CAA-GCT-TGATTT--G-----AGAA--------CA--------A-------G-----A----TG---------AT---CA-TGAC----T--A-----------T--G-A--AT--GT--AT----CA----TAAGATGCAC-A----GAC----TT--T-G--A-AATGTC-TGA--T-GAAA---CAAT------T--TG---TAGT--AA----CA---A----A----C----T---------AC---------CA---TTGC------C--------TTG----T---ACATCCATCACAGTAGCAAACTACCA----T---G---GT---CTTGT-------ACATCCATCACAGTAACAAACTAtgtttactattattagattacatcaatacactatacaccctgagcaaggcaaaaatatgaa
gi|8 : CACATGC------------AA---C-C--------AGA-A-GTTTTCTA-TTTGTAAACAGTCTGTCTGTTTTA-TTTCA-GACT-TTA-T-A--AAAT-T-TGAGCATCTTGTGAC-----------A-CAGACT-AAC------TG--------------------A--TCTTCA-CC-ATCTT--TTATGCT-TGCTTT--T-----AGAAAAT-----CAAGTATTTGA-------G-----A----TG---------TT---CG-AGAC----T--A---AC------T--G-A--TTC-AT--AT----CG----TAAG----AC-AGTTTAAC----TT--T-C--A-AACTTC-TAA--T-GGAA---CAG----------------A-C--AG----CAATTA----A----C----TGATTTTGCAAT---------CA---TTA----------------TTG----C---ACATCCGTCACAATAACAAATTACTA----CAATA---GT---ATTGT-------A
gi|9 : caTTTATTTCA-TT--AAGATG-TTT-A-A--AAATATGAG--CATCCTATGAT-----------A-CACACT-TAC------TA--------------------A--TCTCGA-TA-AAGTT--CGACGCT-TGCTTT--C-----AG-A--------CA--------A-------------A----CGTCGTGTTGTTT---CA-AGAG----T--A---GTT-----T--G-T--CT--GT--AT-----------------CACTT----AAC----TT--T-A--A-AATGTT-TAA--TCTAAA---CAA----------TA---TA-CTTAATCGTTA---A----A----TATTGT---------AA---------TC---TTT-------A--------TTG----T---GTATACGTCACAAAAACAATCTATCT----C---A---GA---ATTGC-------CCAT-CATTAAAATTATAAACgtgagctattacatttata
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTACCACAAGACGCATATCTAACACTACAGACAAAAGACCAGCCAGTTTACTATTATTACACATGTCTCAGTATCATTTCATACACAAGTTCATTTCAACACTGAATATGTGTATTATTTTGTTGTTGACTCCGGGTCAAACAACTCTATACCATTATATCATAACAAATAAAAGGTTAAGTATTTAAATAGTAAACCATTACACAACAAGCAATTGTACGTCTGGAATT
Unaligned ( gi|15 ): ACTAATTATTCTATATTGTAAGGATGTTTGATAATGCAGTAGACAGACTAACCAGTATGTTATAATTATTACAGATATGTCGCAAACACAAATTACCTCAGTTATTTTGTACTCTAGGTCATTTCTCGCCTGAATATGTATATTAGTGCTGAATCTCAATCCAACAACTTTA
Unaligned ( gi|20 ): TCATTTTAGCTAACTCCAGGTGAGATAACTTTATATAATAAATACAATAATATAAAACTAATACAATATTAAGCATTTAAATGGCAACATTTCCACAACAAGCAATAGTACGTTTCAAATTAA
Unaligned ( gi|21 ): GTATTGAAACAACAAATCTTTACACCACAACAAGAAATTGTACACTTAGAAATGATTATTATTTGCAGTTAAATGTAATTCTCTATATGTCTTTCAAAGCATTTGTGCTGCAAGTTTCTTA
Unaligned ( gi|25 ): ATATATATTTGTTTAATCATTTCAACCCTGGGTATGTGTATTTGTTGTTGACAGACTCTGGGTCAAACAACTTTATTATAAAGTTTTAAA
Unaligned ( gi|30 ): AAATATAATTCTCTATATCACTTTCTTCAAAGCATCTGTATAATCTGCAGGTTTCTTGTT
Unaligned ( gi|31 ): GTTTTTGTGATCTAAATTTGATGTTGTGTTCGGTAAGGGTGACCAAGCTTATGCTA