lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 44444444444444 1 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111
lowQualScore : 1 55555555555555 1 2 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888
lowQualScore : . .............. . . . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ...
lowQualScore : 0 11111111111111 8 0 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 000
consensus : NTTGTCGTCCGTAATTTATT---T----GACCTCTTTTCTGAAACCACTGAAC--AGA--TTNTT--AT----C-----TTG---GTC---A-------CA-----ACGTTCCTTGGG--TGNTG-C--GCTTTCAGA-NTTG----T--G-TT---T-TTG--TGGCTTCA--CC--A-A--ATCCAAT----ATGG---CCGCC--GTTA-C---T--A------AAAAT-----AGA----C---------T-AAAATT---GA-GAA------AATTTC------AA---AT--NA----A---T-----C----T---C---TGA--AAC-CC---CTTA--TTCAA---T---G---AT-NA--A---AT---TTC----------A---CGTGCATGATCC-TTGGA-TCAACC---NT-CA-C-A---AGT---TT-----TT--T---TT--------TTGTTTT-T-TT--TT----G-T--C---A--AAAT-ATTCAAGATGGCTG--TC-AT----A--GG--GC--TTC-GAANTTTGCAT-TG-NATTATA--AAGAATTATGTAT-AAAATGACAACTACT--------GC-CTCAAAA---TTTAATGAA---AAT-TNATC--TGANG-C---CCNTGG---GTGC---TTCA-A--TNTTCGTTNTTGGTGNCTGGNAANTNTACGTGCAATA-TGGAATCATAACTAA
Reference ( gi|3 ) : TTTGTTGTCCATAACTTATT---T----GACTTCTTTTCTGAAACCACTTAAC--A----TTACT--AT----C-----TTG---GTG---A-------CA-----AAGTTCCTTGGG--TGGTG-C--ACTTTCAGA-ACTG----T--G-TT---T-TCG--TGGCTTCA--CC--A-A--ATCCAAT----ATGG---CCAAC--ATTA-C---T--A------AAAAT-----AAA----C---------T-GAAATT---GA-GAA------AGTTTC------AA---AT--TA----A---T-----C----T---C---TGA--AAC-CC---CTTA--TTCAA---T---G---AT-AA--A---AT---TTC----------G---TATGTTTGATCC-TTGGA-TCAACC--AAT-CA-C-A---AGT---TT-----TT--T---TT--------TTGTTTT-T-TT--TT---AG-T--CTC-A--AAAT-ATTGAAGATGGCTG--TC-CT----A--GG--GC--TTG-GAAGTTGGCAT-TG-TATTATA--AAGAGTTATGTATTAAAATGACAACTGCTC-AAA--TAC-CTCAAGAGTTTTTAATGAA---AGT-TTATC-TTGAGG-CG--CCTTGGGATGTGCATTTTCAGA--TTTTTGTTTTTAGTGACT-GCAAGTACATGTACAACAGCATAATCATGGTTAA
gi|14 : TTATTGTCCGTCA--TATT---------ACCGGTTTCCTGTAATCACTACAC--A----TTGAG--AG----C-----ATG---GTC---G-------CA-----GTGTTCCTCGCA--TGATG-C--CATATCAGA-TTTG----T--G-TT---T-T-G--TGTTATTG--CC--T-ATTATTCAAT----ATGG---TAAAT--A-GA-G---T--G------AAATT-----GAA--------------T-ACAATT---GA-GAT------AATTTC------AA---AT--GA----A---G-----CATATT---C---TAA--AAC-TC-------------------------AT-GA--A---AT---TCT----------G---TGTGTTTGATTC-TTG
gi|7 : TTGTCATCTGCAATTT-TT---TCAAAGACTTCT---CTGATACAAATAAAC--AAATTTTACTGAAA----C-----TTG---GTT---A-------CA-----ATGTTCCTTGGGACTGCTG-T--CCTTTAAGA-TTTA----A--G-TT---TGTTG--T--CATTA--CA--ATA--ATTCATT----ATAA---CTACT--GTTT-C---T-------------------------------------------T---AA-GA---------CTTC------------T--TG-------------------T---C---TGA--AAC-CC---CTTT--TTCAA---TATTG---AC-CA--A---AC---TCA----------A---TGTGCAAAATCC-TCTG--------------CA-T-A---A--------------------TT--------TTGTTTT-T-----------G-T--C------AACT-ATTCAAGATTGCTG--TC-AT----A--GG--GA--CCC-AAAATTTACAT-TG-AGTTATATTGAGAACTATAAA--AAAATAACAACTACattctcagatttgtatttttg
gi|12 : TCCATAATTTCTTAAAT----GA--TCTTT-CTGAAACCACTGAAC--AGATTTCATTAAAG----C-----TTA---GCC---A-------TA-----ACATTTCATAGG--TGATGTC--AATT--AGG-TTTG----T--G-TT---C-TT---TTGTTCCA--TC-------ATTCAAA----ATGG---ACACT--GTTA-TTGGT--A------AAAAT-----AGA----T---------T-AAGAT
gi|5 : aaaatatctgtttcaaaaataaaatgaaatgttttatgtactttattggctcaactgagctattcctgtagctagttcttcacacttatccttcatccTTATA---T----GACCTCTTTTCTGCAATCATTGAAC--AGG--TTTTT--AT----T-----T--------------------A-----AAA----TTGGG--TGTTG-CTAACTTT-----GCT-----T----TT---T-TCA--T---TACAGCCC--ATA--ATTCAAA----ATGG---CCGCT--GTTA-C---T--T------AATAT-----AGA----CAAAA-----T--AAATT---GT-AAA------CATTTA------CA---GT------------T-----C----T---C---TAA--AAC-CTGG-TTTAATTTTAA---T--------T-AA--A---A----TTA----------A---TGTGAATAATCC-TAAGA-TCAGTC--TCT-CT-CAA---AGT---TT-----TTG-T---TT--------TTGTTTT-T-GTCATT----G-T------A--ACAT-ATTTAAGATTACTG--TC-AC----A--GAT-GT--CTGTGAA--TGATATATG-TATAATA--GAAA---------TAAAGTGACAGCTTTTCTAAATCTGCATTCATAA---TTTAATGAA---AAT-TGACC----AGGTTGTTCTCTAGGAGGTGCAAATTCAAA--a
gi|15 : ctttctgttcttaaattctCTTCTTTTTTTAAATCATTGAA----------ACT--AT----------TTGATTGTGCTCA-------CA-----AGATTACTTGGA--TTTTG-C--CCTTTT-----TTA----T--ATTT---T-TTT--TGTCTTCG--CC--C-A----TCAATTAAAATGG---CCTCC--GATC-T---T--A------AAAAT-----GAA----C---------T-TAAATT---GA-ATG------GATTCC------AA---AC--GAC---G---T-----CTT--T---C---TGA--AACACCGTACGTA--TGCAA---TGGCG---AT-AA--T---AT---TTC----------A---CGTGCACGATCA-TTGGA-act
gi|11 : gTTCTCTGAAACTGCTGAAC--A----T------AT----------TTG---TTG---AACCTCGTCATT---GTGTTTTATGGA--TGATA-C--ATTTTCCAA-TTTG----T--G-TT---T-T-G--TGGCT---------A-T--ATCCAAT----ATGG---TCGCT--ATTA-C---T--A------AAAAT-----AGC----T---------T-TGTGTT---GA-GAT------AATTCCACGCGGAA---AC--TA--------------C----T---C---TGA--AAC-AT---CTGA--CTGAA---T---GCA-GT-GT--G---GTG--TTC----------A---TATGCCTGATTC-TTAGG-TTATCCTTTAT-CA---ACTTGGT---GT-----TT--T---TT--------TTGTTTT-T-----------G--------A--AAAT-ATTCAACATAGCatctgtgtttgatgtttt
gi|1 : TCTCTGAAACCACTGAAC--AGA--TT-TT--AT----CAAAACTTGT--GTT---A-------CATTATTATGCTCCTTTGG--TAGTG-C--ACTTTCAGC-A----------G-GT---T-TTG--TGGC--CAT-CT--C-A--ATCCAAT----ACAG---CCACC--ATTT-C---T-------------T-----AGC----C---------T-ATAATT---GA-GAA------AA-TTC------AA---ACAACA----AC--T-----C----CA--C---TAA--AAT-CC---CTAC--TTCAA---T---G---AT-GATTA---ATC--TTC----------A---------TGAACC-TTGGT-TCAATCTTGAC----C-A---AGT---TT-----GTA-T---TT--------TTGTTcacc
gi|4 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaatacctttaattgagaTTCTTAAATCATTGAACTAA----TTTTT--GTTAAAC-----TTG---GTC---A-------CA-----ATGTTTCT-GGA--TGGTG-C--ACTTTCAAA-TCTG----T--G-TCC--T-TC------CTTCT--CC--A-A--ATTCAAT----ATGG---CCGAC--AGTATT---T--A------AATATTTACAAAA----C---------TAGAGA-----AA-AAA------A---CC------AAAACAT--TG----A---------C----A---C---TGA--AAC-CA---CTAG--TGCAA---T---A---CT-AA------------TC----------A---GAT-T----TCC-TGAAA-TCAACC---TT-TATC-A---AGT---TT-----TT--G---TC--------TTCTTgacacaaatatgcaagatgacccccatgaggccagttctgaaagggttgaactgattttgataaaacttgttcagtgtttcttgggtggtacacttttttaattgtttttatttttttggccacctaaagtccaatatgagacttgttactaaaaatagactacatgaagaaaatttataacagcatctgcattgtaaccacttatttaacagcaaagttccacggacatgatcttggtcaaccttaagttgttgttttcatctatcttagtaaaatagtccagatggatggatgctactaagcttcaaattttgcattgaattctatcttgaaatcaaatga
gi|1 : cattcagtatacatgtagGTTTCTTGGG--TGGTA-C--ACTTTTTTA-ATTGTTTTT--A-TT---T-TTT--TGGC--CA--CCTAA-A--GTCCAAT----ATGA-----GACTTGTTA-C---T--A------AAAAT-----AGA----C---------T--ACATG---AA-GAA------AATTT------------AT--AACAGCA---T-----C----TGCAT---TGT--AAC-CA---CTTA--TTTAA---C---A---GC-AA--A---GT---TCC----------A---CGGACATGAT-C-TTGG--TCAACC----T----T-A---AGT---TG-----TT--G---TT--------TTCATCT-A-TC--TT---AG-T------A--AAAT-AGTCCAGATGGATGGATG-CT----ACTAA--GC--TTC-AAATTTTGCAT-TG-AATTCTA--acaatgaataaaaggcagccaccaagtttaaaatgaatatgaataacataggaaaaatataaaacatataaactaatttaagtaagattttattataattttccttgagatgttcctatttagatttaccgtaatttttttagtggccaccttgaatccagtatacctgccattactaataatagaat
gi|13 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaatacctttaattgagatctctgaaaccactgaacagattttatcaaaacttgtgttacattattatgctcctttggtagtgcactttcagcaggttttgtggccatctcaatccaatacagccaccatttcttagcctataattgagaaaattcaaacaacaactccactaaaatccctacttcaatgatgattaatcttcatgaaccttggttcaatcttgaccaagtttgtatttttgttgacacaaatatgcaagatgacccccatgaggccagttctgaaagggttgaactgattttgataaaacttgttcagtGTTCCTTAAA--TTTTG-C--CTTCCCAGA-TTTG----TATG-TT---T-TTG--TTGC--CA--TC--A-ATTATCCAGT----ATGG---CCATT--GATA-C---T--A------AAAAT----------------------T-GCAAC----------------AACTTC------AA---AT--GAC---ATCTT-----C----T---C---TGA--TAC-CT---TTTT--TTCAA---T---G---------------------C----------A---------TGATCCTTTGGG-CTGAC----------------------TC-----TC--T---CT--------TTGTCTT-C-TT--T-----G-T--CAT-A--AACT-ATTCAAGATGTCTG--CC-AT----A--Gtcttgaaatcaaatga
gi|8 : tttctaacttttagatgacttctctgaaactatGTTCCTTAGG---GGTG-C--GACTTCAAA-ATTG----------T---T-TC---------CA--CCA-A-A--ATACAAT----GTGA---CTGCC--ATTG-C---T--A------TTAAT-----AAATGGGC---------T-AAAATC---AG-GAAACTTTGAATTTC------AA---A---CA----A---T-----------------------AACGCC---CATA--TTCAG---T---aaatgtaa
gi|19 : cctttggtcagcctccctcaagtataaatatttttttgtcaatagttgccataggaactctaagtttagaattttgttataaaataaggcaatgtaaacaataacaacttctctaaatctatattcagtatgtcattaaaagtggatcacattCCTTGGG--TGGTT-T--GCTTTCA---ACTG----T---------T-TGG--TTGCCT---------------------------------------TTA-C---T--T------TAAAT-----TGA----C---------T-TAAATT---TA-GAA------AATATC------AA---AT--AAG---A---T-----C----T---CCTCTGA--AAT-CC---CTTA--TTCAAAGCT---G---ATCAA--A---ATTTATTT----------GCACTATGTTTGattgac
gi|6 : GGG--TGCTG-T---CCTTCAGACACCTCT--T--G-TT---T-T----TGGCAACC--CC--A-A--ATCCAAT----ATCG---TTGCC--ATTA-G---T--A------TAAAT-----AAA----C---------T-AAAGCT---AA-GAA------ATTATC------AA---ACAGTA----T---TTG---C----T---C---TAA--AAC-CC---A--A--TGC-----T---G---AT-CA--A---AT---TGC----------A---TTTGTATAGTCT-TTGCG-TCAACC---TT-TA-------------TT-----TT--T---TTGATGATCGTCGTTTT-T-AT--GT---AGAT--CT------AAT-ATTAAATA-GG--G--TC-CCCATGA--GGAAACCATTT-GAATTTGA-----G-GAATATC--AGGAA--ATGTATAAAAACGGCATCTACT-----------CTCAAGA-TGTTTAA--AC---CAT-TTCTCATTAAA-------CTTGG-----------TCACACTTTTTCGTTGTTGGTGCCTGGGAAATGTACGTACA
gi|2 : TTCAGA-ATTG----T--G-TT---T-TTGACTG-CCTCA--TT--A-A--ATG-AAT----ATAGA--CCGCT--GTTA-C---T--A------AAA-T-----ATC----T---------T-AAGATT---GA-AGA------AATATC------AA---ATGGCA----A---C-----A----T---T---TCATTAAG-CC---CGTA--CTTAAAACT---G---AT-GA--A---AC---TTC----------C---TGTGTATGGTCC-TTGGC-TCAATC--ATT-AA-C-G---GGC---TT-----ATACA---TT--------TCATCAT-T-----------G-T------A--AAAT-ATTTAAAATGACTG--CC-AT----G--GT--GC--T----------GC----G-TAAAATA--TGGAA--ATGTATCAGAATGCCAACTG----------AC-CTTAAA-----CTAATGAACCGATTGTCATC-ATGTTG-CT--TCATGGT-TGTGCCTTTTC-----TATTTGTTTT-----ACTGGCAACTCTATTTGCAATA-TGGAATCATAACTAA
gi|10 : TTCAGA-ATGG----T--G-TTAATTGTTG--CGGCCTGA--------A--AGCTAAT----ATGG---CTGAC--ATTG-C---T--ATTAATAAAAAA-----AGA----T---------C-AAAATT---GAAGAA------A---TA------AA---AA--GA----A---CATTGCC----T---C---TGA--AAC-AC---CTTT--CTCAA---T---G---TT-GA--ACAAAC---TTCATACAATCATG---TATGCATGGTAC-TTTGA-TCAG-------------A---GAT---TG-----TG--T---TG--------TTGTTTT-T-TT--TC---TG-TTCCTCTG--AGAT-ATCCAGGATTGCCA--CC-AT----A--GG--GA--TGT-GAAGTTTGCAT-Ttaattgcccataattgagaaaaatctcaaacaataaatccaaagtaaccacttattcaatgtttttttttaaaactccacgaactcgatctctccgtcaatatttctattttcttctttgtatagtatagaattgttgacacaaggctgcaaagtttaaatcgggttatacatgaatgcagacga
gi|9 : -TT---T-TTT--TGCCTCCA--AT--A-A---TTCAAG----ATTG---CCCCC--ATAA-C---T--T------AAAAT-----AAA----TAAAAAAGTGT-AAAATT---GA-GAA------AATTTC------AA---AC--------------------------------GA--AAC-C------------------T---G---AC-CA--A---CT---GTC----------A---CATG---AATC--TTGGA-ATAATC--ACTTCA-C-------T---CTGCCATTT--TAAGTT--------TTGTTTTGT-TT--TT---GA-T--CAC-AGTAAATTATTCAAGATGGCTG--TCACA----A--GG--AC--AC--AAAATTTGCAT-TG-AATTA-G--AAGATTTGTG-AT--AAATGAaagcttttatggttttcaaa
gi|17 : ggtggacctatcaaatttgtgagctgtttttttA--CA--A-A--ATTCAAT----ATGGATACCA-T--ATTG-C---TTTG------AAAAT-----AGA----C---------T-AAAGCT---GC-GAA------AATATC------A-----T--CA----A---------C----T---C---TTA--AAA-CA---AT-A--TT----------G---AT-CA--A---AC---TTT----------A---TGTGCCTGATCC-GTGGG-CCAGTT--TCT-TT-C-A---AGCATGTG-----TT--T---TT--------TTGTTTT-TGTT--TTACAAG-C--TTC-A--AAAT-
gi|16 : tggttgccatA----C---------T-AAAATTTTTAA-AAA------AA---C------AA---ATGATATC--A---C-----C----T---C---TTA--TAC-CT---GTTA--TTCAA---T---GCTGAT-CA--A---AC---TTC----------A---CATGCATAGTC--TCGGAGTCAACCTTAAT-CA-------A-------------T--T---TT--------ATGTTTT-T-TG--TT----G-T--CAT-A--AAAT-ATTGAAAA---ATG--TC-----------A--GC--ATG-G--GTT-GCAA-AGTTTTTATA--A--AGTTATGTgg
9 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTAATTGAAATGTTAGTTTAAATACAGATGAACTATTCCTGTAGAAGGCTGTCCCATGTTGTCCACCGACATCCACAATTTCTCTTGAACCACTGAACAGATTTGATTGAAATTTGATCAGGTTCCATGGG
Unaligned ( gi|20 ): AAATATTCCAAGGAAACATAATGTACTGATTTGTATTTTTAACTCATCTGAGCTATTCCTGTAGTCGGCTCTCTATTGTTGTCCGTCATCCACATTTTTTAAAATGACTTCCCTGAAAC
Unaligned ( gi|21 ): TGCATCCACAATTTCATTAAATGACTTCTTCTCTGAAACAAACAAACATATCAATATTAATTGGAACTTTGTTGCAATGTCCCATTTCAGATTTATGTTTATTATTATCACGTATAAT
Unaligned ( gi|22 ): GCTCGGCTGAGTTATACATGTAGCAAACTTCGTCATCGTTTGTCATCATTTTTTTAAAAATGACTTTCTCCTAACCCACTGAGTAGATTTTATTGGAATTTGATCACAATTTTTC
Unaligned ( gi|23 ): TGTTTTTTTCCTGGCAACCCTGGATCCAATATGTCTGCCATAGTTGAAAATATACAAAAAATGATAATTGTTCAATTTAATGTTAATCAAATTCCATGTGCATGGTCATTTG
Unaligned ( gi|24 ): ACAACTACTTCAGATATTTACTCAGCTTTAAATAATAGCAGATCATGTTGTTCCTTAGGTGGTGCCACTTAAATTGTAGTTCT
Unaligned ( gi|25 ): TTGTCATCTACAAGTTTTAAATAACTTTATTGTCTTTGAAACAATTGAACAGATTTTATTGTAACTTGGTTAGAA
Unaligned ( gi|26 ): TTCTTTAGGCCAGCCTATTTTTATAGATTTTTTTCTGCATGATTGCCACAAAGGCCCATTAACTTTG
Unaligned ( gi|27 ): ACTTCTGTTCTGAAACCATTGAACAGATTTTATTGAAATTTGATCAAATCTATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 4444444444444444444 111111111 11 11111111 22222222222222222222222 111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333 11111 111111111 44444444444 22222 44444444444444444444444 111 11 444444444444444444444444444444444 11 2
lowQualScore : 1 5 0000 2 1 3 4444444444444444444 2 1 222222222 2 55 3 2 66 33 4444 333 00000000 333 4 55555555555555555555555 2 0 4444 1 1 1 0 22 1 333 555555555 1 0 777777777 333 555 2 2 555555 22 6666666666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666 2 2 4444 5 000000000000000 555 2 2 2 888 44 44444 777 55 777 2 777777777 5 22222222222 00000 88888888888888888888888 3 444 33 1 000000000000000000000000000000000 1 0 1 11 1 6 1 1 1 0 0 0 2
lowQualScore : . . .... . . . ................... . . ......... . .. . . .. .. .... ... ........ ... . ....................... . . .... . . . . .. . ... ......... . . ......... ... ... . . ...... .. .......... ........................................................................................................................................................ ..... . . .... . ............... ... . . . ... .. ..... ... .. ... . ......... . ........... ..... ....................... . ... .. . ................................. . . . .. . . . . . . . . .
lowQualScore : 4 7 1111 7 1 0 7777777777777777777 9 5 777777777 4 66 4 5 66 11 9999 777 44444444 555 0 88888888888888888888888 0 2 2222 9 9 3 3 66 9 333 222222222 9 9 666666666 333 555 0 0 888888 99 3333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222 7 9 1111 7 444444444444444 000 9 9 9 111 66 66666 999 77 000 6 666666666 0 00000000000 00000 22222222222222222222222 2 555 88 0 111111111111111111111111111111111 0 7 0 00 0 7 0 0 0 7 7 0 5
consensus : NTTGTCGTCCGTAATTT-ATT---TGACCTCTTTTCTGAAACCACTGAACAGATT--N-TT---AT-----C--TTG-GTCACA-----ATGTTCCTTG-GG--TGNTG-CNCTTTC--AGAT---TT---GT----G---TT---T-TT-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TAAA---ATT---G-AG-AA------AATTTC------A---AACG--A----AT-----C----T---CTGA--AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC-T---TC-A--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T-ATT-CAAGATGGCCG--CCATA--GGGCTGCGAA--GTTTGCATT---GAATTATA--AA-GAATTATGTA---------T-AAAATGACAA-----CTA---C-----TAC-CTCAAGA---TTTAATGAA--AAT--TTATCA-TGANGC-CCTTGG---GTGC-TTTTCA-A--TTTTCGTTTTTGGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
Reference ( family-422 ) : NTTGTCGTCCGTAATTT-ATT---TGACCTCTTTTCTGAAACCACTGAACAGATT--N-TT---AT-----C--TTG-GTCACA-----ACGTTCCTTG-GG--TGNTG-CGCTTTC--AGAN---TT---GT----G---TT---T-TT-G--TGGCTTCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TAAA---ATT---G-AG-AA------AATTTC------A---AATN--A----AT-----C----T---CTGA--AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC-N---TC-A--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T-ATT-CAAGATGGCTG--TCATA--GGGCTTCGAA--NTTTGCATT---GNATTATA--AA-GAATTATGTA---------T-AAAATGACAA-----CTA---C-----TGC-CTCAAAA---TTTAATGAA--AAT--TNATC--TGANGC-CCNTGG---GTGC---TTCA-A--TNTTCGTTNTTGGTGNCTGGNAANTNTACGTGCAATA-TGGAATCATAACTAA
gi|1 : TTT-AAT---TGAGATCT---CTGAAACCACTGAACAGATT----TT---ATCAAAAC--TTGTGTTACATTATTATGCTCCTTT-GG--TAGTG-CACTTTC--AGCA--------------G---GT---T-TT-G--TGGC--CAT-CT--C-A--A-TCCAAT----ACA-G-CCACCAT--TT-C---T--------------TAGCC---------TATA---ATT---G-AG-AA------AA-TTC------A---AACA--AC---AA-----C----TCCACTAA--AAT-CC---CTACTTCAA---T---G-------ATGA-------TTAATC----------TTCATGAACC-TTGGT-TCAA---TC-T---TG-AC-CAA----G-----------------T-----TTGTATTT-TTG--T-TG---AC-----AC---A---AA-T-ATG-CAAGATGACCC--CCATG--AGGC
gi|1 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaataccTTCTGAAAGGGTTGAACTGATT--T-TG---ATAAAA-C--TTG-TTCA-------GTGTTTCTTG-GG--TGGTA-CACTTTT--TTAA---TT---GTTTTTA---TT---T-TT-T--TGGC--CA--CCTAA-A--G-TCCAAT----ATGAG-AC-TTGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TACA-----T---GAAG-AA------AATTT------------ATA--ACAGCAT-----C----TGCATTGT--AAC-CA---CTTATTTAA---C---A-------GCAAA---GT-TCCACG----------GACATGAT-C-TTGG--TCAA---CC-T---T------AA----GTTGT-----TG-T---TT-----TCAT-CTA-TCT--T-AG---T------A----A---AA-T-AGT-CCAGATGGATGGATGCTACTAAGCTTCAAA--TTTTGCATT---GAATTCTA--cagttctgaaagggttgaactgattttgataaaacttgttcagtgtttcttgggtggtacacttttttaattgtttttatttttttggccacctaaagtccaatatgagacttgttactaaaaatagactacatgaagaaaatttataacagcatctgcattgtaaccacttatttaacagcaaagttccacggacatgatcttggtcaaccttaagttgttgttttcatctatcttagtaaaatagtccagatggatggatgctactaagcttcaaattttgcattgaattctatcttgaaatcaaatga
gi|10 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaatacctttaattgagatctctgaaaccactgaacagattttatcaaaacttgtgttacattattatgctcctttggtagtgcactttcagcaggttttgtggccatctcaatccaatacagccaccatttcttagcctataattgagaaaattcaaacaacaactccactaaaatccctacttcaatgatgattaatcttcatgaaccttggttcaatcttgaccaagtttgtatttttgttgacacaaatatgcaagatgacccccatgaggccagTTC--AGAA---TG---GT----G---TTAATTGTT-G--CGGCCTGA--------A--A-GCTAAT----ATG-G-CTGACAT--TG-C---T--ATTAATAA-AAAAAGAT---------CAAA---ATT---G-AA-GA------AAT--A------A---AAAG--A----ACATTGCC----T---CTGA--AAC-AC---CTTTCTCAA---T---G-------TTGAACAAAC-TTCATACAATCATGTATGCATGGTAC-TTTGA-TCAG-----------------AG----ATT-G-----TG-T---TG-----TTGT-TTT-TTT--TCTG---TTCCTCTG----A---GA-T-ATC-CAGGATTGCCA--CCATA--GGGATGTGAA--GTTTGCATT---tcttgaaatcaaatga
gi|11 : TTCTCTGAAACTGCTGAACATATT--TGTTG--AA-----C--CTC-GTCATT-----GTGTTTTATG-GA--TGATA-CATTTTC--CAAT---TT---GT----G---TT---T-T--G--TGGCT---------A-T--A-TCCAAT----ATG-G-TCGCTAT--TA-C---T--A------A-AAATAGCT---------TTGT---GTT---G-AG-AT------AATTCCACGCGGA---AACT--A-----------C----T---CTGA--AAC-AT---CTGACTGAA---T---GCA-----GTGTG---GTGTTCATA----------TGCCTGATTC-TTAGG-TTAT---CC-T---TT-AT-CAACTTGGTG-T-----TT-T---TT-----TTG------TTT--T-TG----------A----A---AA-T-ATT-CAACATAGCaagcttttatggttttcaaa
gi|12 : TCCTCCATAATTT-CTTAAATGATCT---TTCTGAAACCACTGAACAGATTTCA-TTAA-AG-----C--TTA-GCCATA-----ACATTTCATA-GG--TGATGTCAATT----AGGT---TT---GT----G---TT---C-TT----TTGTTCCA--TC-------A-TTCAAA----ATG-G-ACACTGT--TA-TTGGT--A------A-AAATAGAT---------TAAG---ATcacc
gi|13 : aaaatatctgtttcaaaaataaaatgaaatgttttatgtactttattggctcaactgagctattcctgtagctagttcttcacacttatccttcaACT-----ATGTTCCTTA-AA--TTTTG-CCTTCCC--AGAT---TT---GTAT--G---TT---T-TT-G--TTGC--CA--TC--A-ATTA-TCCAGT----ATG-G-CCATTGA--TA-C---T--A------A-AAAT----------------------T---G-CA-AC------AACTTC------A---AATG--AC---AT-----C----TTCTCTGA--TAC-CT---TTTTTTCAA------------------------------------------TGCATGATCCTTTGGG-CTGA---CT-C---TC------------------------T---CT-----TTG--TCT-TCT--T-TG---TC-----AT---A---AACT-ATT-CAAGATGTCTG--CCATA--Ga
gi|14 : tttctaacttttagatgacttctctgaaTTATTGTCCGTCAT---ATT-----ACCGGTTTCCTGTAATCACT--ACACATT--G-AG---AG-----C--ATG-GTCGCA-----GTGTTCCTCG-CA--TGATG-CCATATC--AGAT---TT---GT----G---T----T-TT-G--TGTTATTG--CC--T-ATTA-TTCAAT----ATG--------GT--AA-A---T--AGAGT--G-AAATTGAA---------TACA---ATT---G-AG-AT------AATTTC------A---AATG--A----AG-----CATATT---CTAA--AAC-TC---------------------------ATGAA---AT-TCTGTG----------TGTTTGATTC-TT-GA-T-------------TC-T--CAG----ATT-T-----GTAT---TT-----TTGaaatgtaa
gi|15 : CTTCTTTTTTTAAATCATTGAA---ACT--A-TTTG-AT-----T--GTG-CTCACA-----AGATTACTTG-GA--TTTTG-CCCTTTTTTATAT---TT-------------TT---T-TT-G--T--CTTCG--CC--C-A-----TCAATTAAAATG-G-CCTCCGA--TC-T---T--A------A-AAATGAAC---------TTAA---ATT---G-AA-TG------GATTCC------A---AACG--AC---GT-----C----TTT-CTGA--AACACCGTACGTATGCAA---T---GGCG----ATAAT---AT-TTCACG----------TGCACGATCA-TTGGA-
gi|16 : gAC---------TAAA---ATTTTTA-AA-AA------AA---C------A---AATG--ATATCAC-----C----T---CTTA--TAC-CT---GTTATTCAA---T---GCTG----ATCAA---AC-TTCACA----------TGCATAGTC--TCGGAGTCAA---CC-T---TA-AT-CAA---------------T-T---TT-----ATGT-TTT-TTG--T-TG---TCAT---A----A---AA-T-ATTGAAAAATGTCAG---CAT---GGGTTGCAAA--GTTT-----------TTATA--AA-G--TTATGTatctgtgtttgatgtttt
gi|17 : A--CA--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-ATACCATATTG-C---TTTG------A-AAATAGAC---------TAAA---GCT---G-CG-AA------AATATC-----------ATC--A----A------C----T---CTTA--AAA-CA---A-TAT-------T---G-------ATCAA---AC-TTTATG----------TGCCTGATCC-GTGGG-CCAGTTTCT-T---TC-AAGCAT----G-T-G-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TGT--T------TT-----A----C---AA-G-CTT-CAAAATGGtagg
gi|18 : tggttgccatTTCTCTTGAACCACTGAACAGATTTGA-TTGAAAT--------TTG-ATC--------AGGTTCCATG-GG--
gi|19 : aattaattgaaatgttagtttaaatacagatgaactattcctgtagaaggctgtcccatgttgtccaccgacatccacaatTG-G-TTGCCTT--TA-C---T--T------T-AAATTGAC---------TTAA---ATT---T-AG-AA------AATATC------A---AATA--AG---ATCTC--C----T---CTGA--AAT-CC---CTTATTCAAAGCT---G-------ATCAA---AA-TTTATT----------TGCACTATGT-TTG
gi|2 : ccttgggtggtttgctttcaactgttTTC--AGAA---TT---GT----G---TT---T-TT-GACTG-CCTCA--TT--A-A--A-TG-AAT----ATA-GACCGCTGT--TA-C---T--A------A-AA-TATCT---------TAAG---ATT---G-AA-GA------AATATC------A---AATGGCA----AC-----A----T---TTCATTAAG-CC---CGTACTTAAAACT---G-------ATGAA---AC-TTCCTG----------TGTATGGTCC-TTGGC-TCAA---TC-A---TTAA--CGG----GCT-T-----AT-A---CA-----T--T-TCA-TCA--T-TG---T------A----A---AA-T-ATT-TAAAATGACTG--CCATG--GTGCTGCG------------T---AAA--ATA--TG-GAA--ATGTA---------TCAGAATGCCAA-----CTG----------AC-CTTAAA-----CTAATGAACCGATTGTCATCA-TGTTGCTTCATGGTT-GTGCCTTTTC-----TATTTGTTTT-----ACTGGCAACTCTATTTGCAATA-TGGAATCATAACTAA
gi|2 : CTTAAACTAATGAACCGATT--G-TC---AT-----C--ATG-TT-----------GCTTCATG-GT--TG-TG-CCTTTTC---TAT---TT---GT---------T---T-TA-C--TGGCAACT--CT--A-T--T-TGCAAT----ATG-G-A-ATCAT--AA-C---T--A------A-TAATTGCC---------CATA---ATT---G-AGAAA------AATCTC------AAACAATA--A----AT-----C--------CAAAGTAAC-CA---CTTATTCAA---T---GTTTTTTTTTAAA---AC-TCCACG----------AACTCGATCT-CT-----------CC-G---TC-A---AT----ATT-T-----CT-A---TT--------T-TCT-TCT--T-TG---T------A----T---AG-T-AT---AGAATTGTTG--ACACA--AGGCTGCAAA--GTTTAAATC---GGGTTATA--CATGAATtaattgcccataattgagaaaaatctcaaacaataaatccaaagtaaccacttattcaatgtttttttttaaaactccacgaactcgatctctccgtcaatatttctattttcttctttgtatagtatagaattgttgacacaaggctgcaaagtttaaatcgggttatacatgaatgcagacga
gi|21 : ttcagaattgtgtttttgactgcctcattaaatgaatatagaccgctgttactaaaatatcttaagattgaagaaatatcaaatggcaacatttcattaagcccgtacttaaaactgatgaaacttcctgtgtatggtccttggctcaatcattaacgggcttatacatttcatcattgtaaaatatttaaaatgactgccatggtgctgcgtaaaatatggaaatgtatcagaatgccaactgacCATCCACAATTTCATTAAATGACTTCTTCTCTGAAACAAACAAACATATC--A-AT---AT-----TAATTG-G----A-----AC-TTTGTTGCAA--TGTCC-CA-TTTC--AGAT---TT---AT----G---TT---T-gcagacga
gi|23 : tgT---GT----T---TT---T-TT-CC-TGGCAACC--CT--G-G--A-TCCAAT----ATG-T-CTGCCAT--AG-T---T--G------A-AAATATAC---------AAAA---AAT---G-AT-AA------TTGTTC------A---ATTT--A----AT-----G----T------------------------------T---A-------ATCAA---AT-TCCATG----------TGCATGGTCA-TTattattatcacgtataat
gi|27 : ACTTCTGTTCTGAAACCATTGAACAGATT----TT---AT-----tg
gi|3 : TTGTTGTCCATAACTT-ATT---TGACTTCTTTTCTGAAACCACTTAACA--TT--A-CT---AT-----C--TTG-GTGACA-----AAGTTCCTTG-GG--TGGTG-CACTTTC--AGAA---CT---GT----G---TT---T-TC-G--TGGCTTCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCAACAT--TA-C---T--A------A-AAATAAAC---------TGAA---ATT---G-AG-AA------AGTTTC------A---AATT--A----AT-----C----T---CTGA--AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATAAA---AT-TTCGTA----------TGTTTGATCC-TTGGA-TCAA---CCAA---TC-A--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TAGTCTC-----A----A---AA-T-ATT-GAAGATGGCTG--TCCTA--GGGCTTGGAA--GTTGGCATT---GTATTATA--AA-GAGTTATGTAT--------T-AAAATGACAA-----CTG---CTCAAATAC-CTCAAGAGTTTTTAATGAA--AGT--TTATCT-TGAGGCGCCTTGGGATGTGCATTTTCAGA--TTTTTGTTTTTAGTGACT-GCAAGTACATGTACAACAGCATAATCATGGTTAAtgaaatttgatcaaatctatg
gi|4 : tTTCTTAAATCATTGAACTAATT--T-TT---GTTAAA-C--TTG-GTCACA-----ATGTTTCT-G-GA--TGGTG-CACTTTC--AAAT---CT---GT----G---TC---C-TT-C-----CTTCT--CC--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-CCGACAG--TATT---T--A------A-ATATTTAC----------AAA---ACTA--G-AG-AA------AA----------A---AACC--AAAACATTGA--C----A---CTGA--AAC-CA---CTAGTGCAATACT---A-------ATCAG---AT-T----------------------TCC-TGAAA-TCAA---CC-T---TT-AT-CAA----GTT-T-----TT-G---TC-----TTCT-T
gi|4 : cattcagtatacatgtagTTATA-----ATTTTCCTTG-AGA-TGTTC-CTATTT---AGAT---TTACCGT----AATTTT---T-TTAG--TGGC--CA--CCTTG-A--A-TCCAGT----ATA-C-CTGCCAT--TA-C---T--A------A-TAATAGAacaatgaataaaaggcagccaccaagtttaaaatgaatatgaataacataggaaaaatataaaacatataaactaatttaagtaagattttattataattttccttgagatgttcctatttagatttaccgtaatttttttagtggccaccttgaatccagtatacctgccattactaataatagaat
gi|5 : cattcagtatacatgtagttcttaaatcattgaactaatttttgttaaacttggtcacaatgtttctggatggtgcactttcaaatctgtgtccttccttctccaaattcaatatggccgacagtatttaaatatttacaaaactagagaaaaaaaccaaaacattgacactgaaaccactagtgcaatactaatcagatttcctgaaatcaacctttatcaagtttttgtcttcttacaatgaataaaaggcagccaccaagtttaaaatgaatatgaataacataggaaaaatataaaacatataaactaatttaagtaagattttaTTT-ATA---TGACCTCTTTTCTGCAATCATTGAACAGGTT--T-TT---AT-----T--T------AAA-----A------TTG-GG--TGTTG-C-----T--A-AC---TT----T----G---CT---T-TT-T--TCATTACAGCCC--ATA--A-TTCAAA----ATG-G-CCGCTGT--TA-C---T--T------A-ATATAGAC---------AAAATAAATT---G-TA-AA------CATTTA------C---AGT---------T-----C----T---CTAA--AAC-C-----TGGTTTAA---TTTTA-------ATTAA---AA-TTAATG----------TGAATAATCC-TAAGA-TCAG---TC-TCTCTC-A---AA----GTT-T-----TTGT---TT-----TTGT-TTT-TGTCAT-TG---T------A----A---CA-T-ATT-TAAGATTACTG--TCACA--G-------AT--GTCTG---T---GAATGATA---------TATGTATAATAGAAAT-AAAGTGACAGCTTTTCTAAATC-----TGCATTCATAA---TTTAATGAA--AAT--TGACC--at
gi|6 : ctttctgttcttaaattcG-GG--TGCTG-T-CCTTC--AGACACCTC---TT----G---TT---T-TT-G----GCAACC--CC--A-A--A-TCCAAT----ATC-G-TTGCCAT--TA-G---T--A------T-AAATAAAC---------TAAA---GCT---A-AG-AA------ATTATC------A---AACA--GT---ATTTG--C----T---CTAA--AAC-CC---A--ATGC-----T---G-------ATCAA---AT-TGCATT----------TGTATAGTCT-TTGCG-TCAA---CC-T---TT-A-----------T-T-----TT-T---TTGATGATCGT-CGT-TTT--TATG---TA-----G----ATCTAA-T-ATT-AAATAGGGTCC--CCATG--AGG----AAACCATTTGAATTTGAGGAATATC--AG-GAA--ATGTA---------TAAAAACGGCAT-----CTA---C-----T---CTCAAGATG-TTTAA--AC--CAT--TTCTCATTAAA----CTTGG-----------TCACACTTTTTCGTTGTTGGTGCCTGGGAAATGTACGTACAaggttgttctctaggaggtgcaaattcaaaact
gi|7 : TTGTCATCTGCAATTT-TTT---CAAAGACTTCTCTGATACAAATAAACAAATT----TT---ACTGAAAC--TTG-GTTACA-----ATGTTCCTTG-GGACTGCTG-TCCTTTA--AGAT---TT---AA----G---TT---TGTT-G--T--CATTA--CA--ATA--A-TTCATT----ATA-A-CTACTGT--TT-C---T--T------A-A----GAC---------T---------------------------TCT-----------------------T-----G----T---CTGA--AAC-CC---CTTTTTCAA---TATTG-------ACCAA---AC-TCAATG----------TGCAAAATCC-T-------------C-T---GC-A--TAA---------------------TT-----TTGT-TTT-T-------G---TC-----A----A---C--T-ATT-CAAGATTGCTG--TCATA--GGGACCCAAA--ATTTACATT---GAGTTATATTGA-GAACTATA-A---------A-AAAATAACAA-----CTA---C-----
gi|8 : G-ATCACA-----TTGTTCCTTA-GG---GGTG-CGACTTC--AAAA---TT---GT------------------------TTCCA--CC--A-A--AATACAAT----GTG-A-CTGCCAT--TG-C---T--ATTA---ATAAATGGGC---------TAAA---ATC---A-GG-AAACTTTGAATTTC------A---AA-C--A----AT--------------------AACGCC---CATATTCAG---T---
gi|9 : cctttggtcagcctccctcaagtataaatatttttttgtcaatagttgccataggaactctaagtttagaattttgttataaaataaggcaatgtaaacaataacaacttctctaaatctatattcagtatgtcattaaaagtg---TT---T-TT-T--TGCCTCCA--AT--A-A----TTCAAG----ATT-G-CCCCCAT--AA-C---T--T------A-AAATAAATAAAAAAGTGTAAA---ATT---G-AG-AA------AATTTC------A---AAC--------------------------GA--AAC-C----------------T---G-------ACCAA---CT-GTCACA----------TGAAT----C-TTGGA-ATAA---TC-ACT-TC-A--C-------TC-TGCCATTT-TAAGTT-----TTGT-TTTGTTT--T-TGA--TC-----ACAGTA---AA-TTATT-CAAGATGGCTG--TCACA--AGGACACAAA--ATTTGCATT---GAATTA-G--AA-GATTTGTG-A---------T--AAATGAattgac
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATTCCAAGGAAACATAATGTACTGATTTGTATTTTTAACTCATCTGAGCTATTCCTGTAGTCGGCTCTCTATTGTTGTCCGTCATCCACATTTTTTAAAATGACTTCCCTGAAAC
Unaligned ( gi|22 ): GCTCGGCTGAGTTATACATGTAGCAAACTTCGTCATCGTTTGTCATCATTTTTTTAAAAATGACTTTCTCCTAACCCACTGAGTAGATTTTATTGGAATTTGATCACAATTTTTC
Unaligned ( gi|24 ): ACAACTACTTCAGATATTTACTCAGCTTTAAATAATAGCAGATCATGTTGTTCCTTAGGTGGTGCCACTTAAATTGTAGTTCT
Unaligned ( gi|25 ): TTGTCATCTACAAGTTTTAAATAACTTTATTGTCTTTGAAACAATTGAACAGATTTTATTGTAACTTGGTTAGAA
Unaligned ( gi|26 ): TTCTTTAGGCCAGCCTATTTTTATAGATTTTTTTCTGCATGATTGCCACAAAGGCCCATTAACTTTG
Alignments
lowQualScore : 2222 555555555555555555 111111111111111 2222222222222222222222222 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333 1111111 2222222222222222 6666666666666666666666666666666 11 11 777777777777777777777777777777777777777777777 1
lowQualScore : 1 5 0000 2 1 3 555 888888888888888888 2 7777777 33 55 4 2 44 22 2 88888888 3333 555555555555555 4 2 1111111111111111111111111 0 4444 1 1 1 0 22 1 333 555555555 1 88888888888888 555 2 2 555555 22 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666 33 2 33 5 3333333333333333333 2 66 00 5555 0 4444 3333333 222 666 777 3 99999999 55 6666 4 4444444444444444 5 1111111111111111111111111111111 88 11 11 0 000000000000000000000000000000000000000000000 77 0 6 1 1 0 5 1
lowQualScore : . . .... . . . ... .................. . ....... .. .. . . .. .. . ........ .... ............... . . ......................... . .... . . . . .. . ... ......... . .............. ... . . ...... .. .. ...................................................................................................................................................... ..... .. . .. . ................... . .. .. .... . .... ....... ... ... ... . ........ .. .... . ................ . ............................... .. .. .. . ............................................. .. . . . . . . .
lowQualScore : 4 7 1111 7 1 0 000 555555555555555555 7 3333333 11 33 1 4 99 99 1 88888888 8888 666666666666666 0 1 9999999999999999999999999 2 2222 9 9 3 3 66 9 333 222222222 9 22222222222222 555 0 0 888888 99 88 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 55 7 77 3 6666666666666666666 7 33 66 7777 9 4444 4444444 111 999 444 3 33333333 00 5555 0 7777777777777777 7 5555555555555555555555555555555 88 00 00 2 555555555555555555555555555555555555555555555 55 8 7 0 0 7 0 0
consensus : NTTGTCGTCCGTAATTT-ATT---TGACCTCTTTTCTGAAACCACTGAACAGAT---T--N-TT---AT--AA-CTTG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TA---AAATT---G-AG-AA------AATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---TG-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAA-----CTA---C-----TAC-CTCAAGA---TTTAA-TGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CCTTG-G---GCG-C-T----TTTCG-ATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
Reference ( family-422 ) : NTTGTCGTCCGTAATTT-ATT---TGACCTCTTTTCTGAAACCACTGAACAGAT---T--N-TT---AT-----CTTG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TA---AAATT---G-AG-AA------AATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---TG-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAATG-ACAA-----CTA---C-----TAC-CTCAAGA---TTTAA-TGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CCTTG-G---GTG-C-T----TTTCA-ATTT-TCG-----TTTTTGGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
gi|1 : TTT-AAT---TGAGATCT---CTGAAACCACTGAACAGAT---T----TT---ATCAAAACTTGTGTTACATTATTATGCTCCTTT--GG--TAGTG-CACTTTC--AGCA-----------------G------------GTT-T-T-G--TGGC--CAT-CT--C-A--A-TCCAAT----ACA-G-CCACCAT--TT-C---T--------------TAGCC---------TA---TAATT---G-AG-AA------AA-TTCA--AAC-A--AC---AA-----C----TCCACTAA---AAT-CC---CTACTTCAA---TG-------ATGA-------TTAATC----------TTCATGAACC-TTGGT-TCAA---TC--T---TGAC-CAA----G-----------------T-----TTGTATTT-TTG--T-TG---AC-----AC---A---AA-T--ATGCAA----GATGACCCCCATGA--GGCCAGTTCTGAAAG--GGTTG-AAC-T----GATTTTGATA--A-A-
gi|1 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaataccTTCTGAAAGGGTTGAACTGAT---T--T-TG---ATAAAA-CTTG-TTCA-------GTGTTTCTTG--GG--TGGTA-CACTTTT--TT-AATTGT---TT---TT--A------------TTT-T-T-T--TGGC--CA--CCTAA-A--G-TCCAAT----ATGAG-AC-TTGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TA---CA--T---GAAG-AA------AATTTAT--AACAG--C----AT-----C----TGCATTGT---AAC-CA---CTTATTTAA---CA-------GCAAA---GT-TCCACG----------GACATGAT-C-TTGG--TCAA---CC--T---T-----AA----GTTGT-----TG-T---TT-----TCAT-CTA-TCT--T-AG---T------A----A---AA-T--AGTCCAGATGGATGGATGCTACTA--AG------CTTCAAA--TTTTG-CAT-T----GAATT--CTA--acttgttcagtgtttcttgggtggtacacttttttaattgtttttatttttttggccacctaaagtccaatatgagacttgttactaaaaatagactacatgaagaaaatttataacagcatctgcattgtaaccacttatttaacagcaaagttccacggacatgatcttggtcaaccttaagttgttgttttcatctatcttagtaaaatagtccagatggatggatgctactaagcttcaaattttgcattgaattctatcttgaaatcaaatga
gi|10 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaatacctttaattgagatctctgaaaccactgaacagattttatcaaaacttgtgttacattattatgctcctttggtagtgcactttcagcaggttttgtggccatctcaatccaatacagccaccatttcttagcctataattgagaaaattcaaacaacaactccactaaaatccctacttcaatgatgattaatcttcatgaaccttggttcaatcttgaccaagtttgtatttttgttgacacaaatatgcaagatgacccccatgaggccagTTC--AG-A----A---TG---GT--G------------TTAAT-T-G--TTGCGGCC--TG--A-A--A-GCTAAT----ATG-G-CTGACAT--TG-C---T--ATTAATAA-AAAAAGAT---------CA---AAATT---G-AA-GA------AAT--AA--AAA-G--A----ACATTGCC----T---CTGA---AAC-AC---CTTTCTCAA---TG-------TTGAACAAAC-TTCATACAATCATGTATGCATGGTAC-TTTGA-TCAG-----------------AG----ATT-G-----TG-T---TG-----TTGT-TTT-TTT--TCTG---TTCCTCTG----A---GA-T--ATCCAG----GATTGCCACCATAG--GG------ATGTGAA--GTTTG-CAT-T----AAtcttgaaatcaaatga
gi|11 : TTCTCTGAAACTGCTGAACATAT---T--TGTTG--AA-----CCTC-GTCATT-----GTGTTTTATG--GA--TGATA-CATTTTC--CA-A----T---TT---GT--G------------TTT-T---G--TGGCTATA-------------TCCAAT----ATG-G-TCGCTAT--TA-C---T--A------A-AAATAGCT---------TT---GTGTT---G-AG-AT------AATTCCA--CGC-GGAA----ACTA---C----T---CTGA---AAC-AT---CTGACTGAA---TGCA-----GTGTG---GTGTTCATA----------TGCCTGATTC-TTAGG-TTAT---CC--T---TTAT-CAACTTGGTG-T-----TT-T---TT-----TTG------TTT--T-TG----------A----A---AA-T--ATTCAA----CATAGCCACCgcttttatggttttcaaa
gi|12 : TCCTCCATAATTT-CTTAAATGATCT---TTCTGAAACCACTGAACAGAT---TTCA-TTAA-AG-----CTTA-GCCATA-----ACATTTCATA--GG--TGATGTCAATT----AG-G----T---TT---GT--G------------TTC-T-T----TTGTTCCA--TC-------A-TTCAAA----ATG-G-ACACTGT--TA-TTGGT--A------A-AAATAGAT---------TA---AGAT
gi|13 : aaaatatctgtttcaaaaataaaatgaaatgttttatgtactttattggctcaactgagctattcctgtagctagttcttcacacttatccttcaACT-----ATGTTCCTTA--AA--TTTTG-CCTTCCC--AG-A----T---TT---GTATG------------TTT-T-T-G--TTGC--CA--TC--A-ATTA-TCCAGT----ATG-G-CCATTGA--TA-C---T--A------A-AAAT----------------------T---G-CA-AC------AACTTCA--AAT-G--AC---AT-----C----TTCTCTGA---TAC-CT---TTTTTTCAA---------------------------------------TGCATGATCCTTTGGG-CTGA---CT--C---TC-----------------------T---CT-----TTG--TCT-TCT--T-TG---TC-----AT---A---AACT--ATTCAA----GATGTCTGCCATAG--a
gi|14 : tttctaacttttagatgacttctctgaaTTATTGTCCGTCAT---ATT-----ACCGGTTTCCTGTAATCACT--ACACAT---T--G-AG---AG-----CATG-GTCGCA-----GTGTTCCTCG--CA--TGATG-CCATATC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-TGT-G--TTATTGC---CT--ATT--A-TTCAAT----ATG--------GT--AA-A---T--AGAGT--G-AAATTGAA---------TA---CAATT---G-AG-AT------AATTTCA--AAT-G--A----AG-----CATATT---CTAA---AAC-TC------------------------ATGAA---AT-TCTGTG----------TGTTTGATTC-TTGA-------------T---TCT--CAG----ATT-T-----GTAT---TT-----TTGaaatgtaa
gi|15 : CTTCTTTTTTTAAATCATTGAA---AC---T--A-TTTG-AT-----TGTG-CTCACA-----AGATTACTTG--GA--TTTTG-CCCTTTTTTAT-A----T---TT--------------------TTT-T-T-G--T--CTTCG--CC--C-A-----TCAATTAAAATG-G-CCTCCGA--TC-T---T--A------A-AAATGAAC---------TT---AAATT---G-AA-TG------GATTCCA--AAC-G--AC---GT-----C----TTT-CTGA---AACACCGTACGTATGCAA---TGGCG----ATAAT---AT-TTCACG----------TGCACGATCA-TTGGA-
gi|16 : gAC---------TA---AAATTTTTA-AA-AA------AA---CA--AAT-G--ATATCAC-----C----T---CTTA---TAC-CT---GTTATTCAA---TGCTG----ATCAA---AC-TTCACA----------TGCATAGTC--TCGGAGTCAA---CC--T---TAAT-CAA---------------T-T---TT-----ATGT-TTT-TTG--T-TG---TCAT---A----A---AA-T--ATTGAA----AAATGTCAGCAT-G--GG------TTGCAAA--GTTT--------------TT--ATA--A-A-G--T-TATG-----Tatctgtgtttgatgtttt
gi|17 : -G--TTGCCATA--CA--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-ATACCATATTG-C---TTTG------A-AAATAGAC---------TA---AAGCT---G-CG-AA------AATATCATCAAC----------T-----C----T----TAA---AAC-AA-----TAT-------TG-------ATCAA---AC-TTTATG----------TGCCTGATCC-GTGGG-CCAGTTTCT--T---TCAAGCAT----G-T-G-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TGT--T------TT-----A----C---AA-G--CTTCAA----AATGGtagg
gi|18 : tgTTCTCTTGAACCACTGAACAGAT---TTGA-TTGAAAT------TTG-ATC--------AGGTTCCATG--GG--
gi|19 : aattaattgaaatgttagtttaaatacagatgaactattcctgtagaaggctgtcccatgttgtccaccgacatccacaatTG-G-TTGCCTT--TA-C---T--T------T-AAATTGAC---------TT---AAATT---T-AG-AA------AATATCA--AAT-A--AG---ATCTC--C----T---CTGA---AAT-CC---CTTATTCAAAGCTG-------ATCAA---AA-TTTATT----------TGCACTATGT-TTG
gi|2 : ccttgggtggtttgctttcaactgttTTC--AG-A----A---TT---GT--G------------TTT-T-T-GACTGCCT-CA--TT--A-A--A-TG-AAT----ATA-GACCGCTGT--TA-C---T--A------A-AA-TATCT---------TA---AGATT---G-AA-GA------AATATCA--AAT-GGCA----AC-----A----T---TTCATT-AAG-CC---CGTACTTAAAACTG-------ATGAA---AC-TTCCTG----------TGTATGGTCC-TTGGC-TCAA---TCA-T---TAA--CGG----GCT-T-----AT-A---CA-----T--T-TCA-TCA--T-TG---T------A----A---AA-T--ATTTAA----AATGACTGCCATGG--TG------CTGCG--------------T----AAA----ATA--T-G-GAA---ATG-----TA-TCAGAATG-CCAA-----CTG----------AC-CTTAAA-----CTAA-TGAACCGATTGTCATCATGT-TGCTTCATG-GTT-GTGCC-T----TTTCT-ATTT---G-----TTTT-----ACTGGCAACTCTATTTGCAATA-TGGAATCATAACTAA
gi|2 : CTTAAACTAATGAACCGAT---T--G-TC---AT-----C---------------ATGTTGCTTCATGG--TTGTG-CCTTTTC---T-A----T---TT---GT----------------TT-T-A-C--TGGCAACT--CT--A-T--T-TGCAAT----ATG-G-A-ATCAT--AA-C---T--A------A-TAATTGCC---------CA---TAATT---G-AGAAA------AATCTCA--AAC----A----ATAA---A----T---CCAAAGTAAC-CA---CTTATTCAA---TGTTTTTTTTTAAA---AC-TCCACG----------AACTCGATCT-CT-----------CC--G---TCA---AT----ATT-T-----CT-A---TT--------T-TCT-TCT--T-TG---T------A----T---AG-T--AT--AG----AATTGTTGACACAA--GG------CTGCAAA--GTTTA-AAT-C----GGGTT--ATA--C-ATGAAT-taattgcccataattgagaaaaatctcaaacaataaatccaaagtaaccacttattcaatgtttttttttaaaactccacgaactcgatctctccgtcaatatttctattttcttctttgtatagtatagaattgttgacacaaggctgcaaagtttaaatcgggttatacatgaatgcagacga
gi|21 : ttcagaattgtgtttttgactgcctcattaaatgaatatagaccgctgttactaaaatatcttaagattgaagaaatatcaaatggcaacatttcattaagcccgtacttaaaactgatgaaacttcctgtgtatggtccttggctcaatcattaacgggcttatacatttcatcattgtaaaatatttaaaatgactgccatggtgctgcgtaaaatatggaaatgtatcagaatgccaactgacCATCCACAATTTCATTAAATGACTTCTTCTCTGAAACAAACAAACATATCAAT--A-TTA--ATTGGAACTTT-GTTGCA-----ATGTCCC-----------------ATTTC--AG-A----T---TT---AT--G------------TTT-gcagacga
gi|23 : tgT---GT--T------------TTT-T-T-CC-TGGCAACC--CT--G-G--A-TCCAAT----ATG-T-CTGCCAT--AG-T---T--G------A-AAATATAC---------AA---AAAAT---G-AT-AA------TTGTTCA-------------------------------------------------ATTTAA---TGTTA----ATCAA---AT-TCCATG----------TGCATGGTCA-TTattattatcacgtataat
gi|27 : ACTTCTGTTCTGAAACCATTGAACAGAT---T----TT---ATTGAAATTTG-ATCA-A-----ATtg
gi|3 : TTGTTGTCCATAACTT-ATT---TGACTTCTTTTCTGAAACCACTTAACA--T---T--A-CT---AT-----CTTG-GTGACA-----AAGTTCCTTG--GG--TGGTG-CACTTTC--AG-A----A---CT---GT--G------------TTT-T-C-G--TGGCTTCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCAACAT--TA-C---T--A------A-AAATAAAC---------TG---AAATT---G-AG-AA------AGTTTCA--AAT-T--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---TG-------ATAAA---AT-TTCGTA----------TGTTTGATCC-TTGGA-TCAA---CCA-A---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TAGTCTC-----A----A---AA-T--ATTGAA----GATGGCTGTCCTAG--GG------CTTGGAA--GTTGG-CAT-T----GTATT--ATA--A-A-GAGT-TATG-----TATT-AAAATG-ACAA-----CTG---CTCAAATAC-CTCAAGAGTTTTTAA-TGAA--AGT--TTATCTTGA-GGCGCCTTG-GGATGTG-CAT----TTTCAGATTT-TTG-----TTTTTAGTGACT-GCAAGTACATGTACAACAGCATAATCATGGTTAActatg
gi|4 : tTTCTTAAATCATTGAACTAAT---T--T-TT---GTTAAA-CTTG-GTCACA-----ATGTTTCT-G--GA--TGGTG-CACTTTC--AA-A----T---CT---GT--G------------TCC-T-T-C-----CTTCT--CC--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-CCGACAG--TATT---T--A------A-ATATTTAC----------A---AAACTA--G-AG-AA------AA----A--AAC-C--AAAACATTGA--C----A---CTGA---AAC-CA---CTAGTGCAATACTA-------ATCAG---AT-T----------------------TCC-TGAAA-TCAA---CC--T---TTAT-CAA----G------------T---TT-----TTGT-CTT-CTT----------------A----C---AA-TGAAT--AA----AA-GGCAGCCA----------------CCAA--GTTTA-AAA-T----GAA-T--ATG--A-A-TAACATAGGAAAAATA-T-AAAACATATAA-------A---C-----TA--------A---TTTAAGTAAG--ATT--TTATTATAATTTT-CCTTGAG---ATG-T-TCCTATTTAG-ATTTACCGTAATTTTTTTAGTGGC
gi|4 : cattcagtatacatgtagTTATA-----ATTTTCCTTG--AGA-TGTTC-CTATTT---AG-A----T---TTACCGT--AATT---------TTT-T-TAG--TGGC--CA--CCTTG-A--A-TCCAGT----ATA-C-CTGCCAT--TA-C---T--A------A-TAATAGAcaccttgaatccagtatacctgccattactaataatagaat
gi|5 : cattcagtatacatgtagttcttaaatcattgaactaatttttgttaaacttggtcacaatgtttctggatggtgcactttcaaatctgtgtccttccttctccaaattcaatatggccgacagtatttaaatatttacaaaactagagaaaaaaaccaaaacattgacactgaaaccactagtgcaatactaatcagatttcctgaaatcaacctttatcaagtttttgtcttcttacaatgaataaaaggcagccaccaagtttaaaatgaatatgaataacataggaaaaatataaaacatataaactaatttaagtaagattttaTTT-ATA---TGACCTCTTTTCTGCAATCATTGAACAGGT---T--T-TT---AT-----------TTAAA-----A------TTG--GG--TGTTG-CT--------A-A----C---TT----T--G------------CTT-T-T-T--TCATTACAGCCC--ATA--A-TTCAAA----ATG-G-CCGCTGT--TA-C---T--T------A-ATATAGAC---------AAAATAAATT---G-TA-AA------CATTT-----AC-A--G----TT-----C----T---CTAA---AA---C---CTGGTTTAATTTTA-------ATTAA---AA-TTAATG----------TGAATAATCC-TAAGA-TCAG---TC--TCTCTCA---AA----GTT-T-----TTGT---TT-----TTGT-TTT-TGTCAT-TG---T------A----A---CA-T--ATTTAA----GATTACTGTCACAGATGT------CTGTGAA-----TGATATAT----G---T--ATA--ATA-GAA------------A-T-AAAGTG-ACAGCTTTTCTAAATC-----TGCATTCATAA---TTTAA-TGAA--AAT--TGACCAat
gi|6 : ctttctgttcttaaattcG--GG--TGCTG-TCCTT-C--AG-A----CACCTC---TT--G------------TTT-T-T-G----GCAACC--CC--A-A--A-TCCAAT----ATC-G-TTGCCAT--TA-G---T--A------T-AAATAAAC---------TA---AAGCT---A-AG-AA------ATTATCA--AACAG--T----ATTTG--C----T---CTAA---AAC-CC---A--ATGC-----TG-------ATCAA---AT-TGCATT----------TGTATAGTCT-TTGCG-TCAA---CC--T---TTA-----------T-T-----TT-T---TTGATGATCGT-CGT-TTT--TATG---TA-----G----ATCTAA-T--ATTAAA----TAGGGTCCCCATGA--GG----------AAACCATTTG-AAT-TTGAGGAA-T--ATC--A-G-GAA---ATG-----TA-TAAAAACG-GCAT-----CTA---C-----T---CTCAAGATG-TTTAA---AC--CAT--TTCTCATTA-AA---CTTG-G---TCA-C-A----CT-----TTT-TCG-----TTGTTGGTGCCTGGGAAATGTACGTACAggttgttctctaggaggtgcaaattcaaaact
gi|7 : TTGTCATCTGCAATTT-TTT---CAAAGACTTCTCTGATACAAATAAACAAAT---T----TT---ACTGAAACTTG-GTTACA-----ATGTTCCTTG--GGACTGCTG-TCCTTTA--AG-A----T---TT---AA--G------------TTTGT-T-G--TCATTACA------ATA--A-TTCATT----ATA-A-CTACTGT--TT-C---T--T------A-----AGAC---------T---------------------------TCT-----------------T-----G----T---CTGA---AAC-CC---CTTTTTCAATATTG-------ACCAA---AC-TCAATG----------TGCAAAATCC-T-------------C--T---GCA--TAA---------------------TT-----TTG------TTT--T-TG---TC----------A---AC-T--ATTCAA----GATTGCTGTCATAG--GG------ACCCAAA--ATTTA-CAT-T----GAGTT--ATATTG-A-GAAC-TATA------A-A-AAAATA-ACAA-----CTA---C-----
gi|8 : G-ATCACA-----TTGTTCCTTA--GG---GGTG-CGACTTC--AA-A----A---TT---GT-----------------------------TTCCA--CC--A-A--AATACAAT----GTG-A-CTGCCAT--TG-C---T--ATTA---ATAAATGGGC---------TA---AAATC---A-GG-AAACTTTGAATTTCA--AAC----A----AT---------------------AACGCC---CATATTCAG---T
gi|9 : cctttggtcagcctccctcaagtataaatatttttttgtcaatagttgccataggaactctaagtttagaattttgttataaaataaggcaatgtaaacaataacaacttctctaaatctatattcagtatgtcattaaaagtg--GG--TG--G-ACCTATC--AA-A----T---TT---GT--GAGCTGTTTTTTTTTT-T-T-T--TGCCTCCA--AT--A-A----TTCAAG----ATT-G-CCCCCAT--AA-C---T--T------A-AAATAAATAAAAAAGTGTA---AAATT---G-AG-AA------AATTTCA--AAC-G--A----A-----------------------AC-C----------------TG-------ACCAA---CT-GTCACA----------TGAAT----C-TTGGA-ATAA---TCACT---TCA--C-------TC-TGCCATTT-TAAGTT-----TTGT-TTTGTTT--T-TGA--TC-----ACAGTA---AA-TT-ATTCAA----GATGGCTGTCACAA--GG------ACACAAA--ATTTG-CAT-T----GAATT--A-G--A-A-GATT-TGTG------A-T--AAATG-Aattgac
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATTCCAAGGAAACATAATGTACTGATTTGTATTTTTAACTCATCTGAGCTATTCCTGTAGTCGGCTCTCTATTGTTGTCCGTCATCCACATTTTTTAAAATGACTTCCCTGAAAC
Unaligned ( gi|22 ): GCTCGGCTGAGTTATACATGTAGCAAACTTCGTCATCGTTTGTCATCATTTTTTTAAAAATGACTTTCTCCTAACCCACTGAGTAGATTTTATTGGAATTTGATCACAATTTTTC
Unaligned ( gi|24 ): ACAACTACTTCAGATATTTACTCAGCTTTAAATAATAGCAGATCATGTTGTTCCTTAGGTGGTGCCACTTAAATTGTAGTTCT
Unaligned ( gi|25 ): TTGTCATCTACAAGTTTTAAATAACTTTATTGTCTTTGAAACAATTGAACAGATTTTATTGTAACTTGGTTAGAA
Unaligned ( gi|26 ): TTCTTTAGGCCAGCCTATTTTTATAGATTTTTTTCTGCATGATTGCCACAAAGGCCCATTAACTTTG
Alignments
lowQualScore : 111 33333333333333333 111111111111111 22222222222222222222 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333 1111111 2222222222222222 66666666666666666666666666666 11 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1
lowQualScore : 2 0 66 5 777 3 444 444 1 2 33 444 44444444444444444 2 2 6666666 0 33 55 4 2 44 22 2 88888888 3333 555555555555555 4 2 22222222222222222222 22 2 0 4444 1 1 1 0 22 1 333 555555555 1 777777777 333 555 2 2 555555 22 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666 33 2 33 5 3333333333333333333 2 66 00 5555 0 4444 3333333 222 666 777 3 99999999 55 6666 4 4444444444444444 0 6 88888888888888888888888888888 88 11 11 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666 44 0 6 1 1 0 5 1
lowQualScore : . . .. . ... . ... ... . . .. ... ................. . . ....... . .. .. . . .. .. . ........ .... ............... . . .................... .. . . .... . . . . .. . ... ......... . ......... ... ... . . ...... .. .. ......................................................................................................................................................... ..... .. . .. . ................... . .. .. .... . .... ....... ... ... ... . ........ .. .... . ................ . . ............................. .. .. .. . ................................................. .. . . . . . . .
lowQualScore : 2 7 99 0 555 0 777 444 7 9 44 444 55555555555555555 5 5 7777777 4 11 33 1 4 99 99 1 88888888 8888 666666666666666 0 1 44444444444444444444 88 0 2 2222 9 9 3 3 66 9 333 222222222 9 666666666 333 555 0 0 888888 99 88 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 55 7 77 3 6666666666666666666 7 33 66 7777 9 4444 4444444 111 999 444 3 33333333 00 5555 0 7777777777777777 7 7 11111111111111111111111111111 88 00 00 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555 00 8 7 0 0 7 0 0
consensus : NTTGTCGTCCGCAA--TTT-ATT---TGACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T--NT--T-AT---AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAACT-------A-C-----TAC-CTCAAGA---TTTAA-TGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CC-----TTG-G---GCGC-T----TTTC-GATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
Reference ( family-422 ) : NTTGTCGTCCGTAA--TTT-ATT---TGACCTCTTT---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T--NT--T-AT---AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAACT-------A-C-----TAC-CTCAAGA---TTTAA-TGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CC-----TTG-G---GCGC-T----TTTC-GATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
gi|1 : --TTT-AAT---TGAGATCT------CTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T---T--T-ATCAAAA--CT-TGTGTTACATTATTATGCTCCTTT--GG--TAGTG-CACTTTC--AGCA-----------------G------------GTT-T-T-G--TGGC--CAT-CT--C-A--A-TCCAAT----ACA-G-CCACCAT--TT-C---T--------------TAGCC---------TATA---ATT---G-AG-AAA------A-TTCA--AAC-A--AC---AA-----C----TCCACTAA---AAT-CC---CTACTTCAA---T---G-------ATGA-------TTAATC----------TTCATGAACC-TTGGT-TCAA---TC--T---TGAC-CAA----G-----------------T-----TTGTATTT-TTG--T-TG---AC-----AC---A---AA-T--ATGCAA----GATGACCCCCATGA--GGCCAGTTCTGAAAG--GGTTG-AAC-T----GATTTTGATA--A-A-
gi|1 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaataccT---TCTGAAAGG---GTTGAACTGA--T---T--TT--G-AT---AAAACT-TG-TTCA-------GTGTTTCTTG--GG--TGGTA-CACTTTT--TT-AATTGT---TT---TT--A------------TTT-T-T-T--TGGC--CA--CCTAA-A--G-TCCAAT----ATGAG-AC-TTGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TACA-----T---GAAG-AAA------ATTTAT--AACAG--C----AT-----C----TGCATTGT---AAC-CA---CTTATTTAA---C---A-------GCAAA---GT-TCCACG----------GACATGAT-C-TTGG--TCAA---CC--T---T-----AA----GTTGT-----TG-T---TT-----TCAT-CTA-TCT--T-AG---T------A----A---AA-T--AGTCCAGATGGATGGATGCTACTA--AG------CTTCAAA--TTTTG-CAT-T----GAATT--CTA--acttgttcagtgtttcttgggtggtacacttttttaattgtttttatttttttggccacctaaagtccaatatgagacttgttactaaaaatagactacatgaagaaaatttataacagcatctgcattgtaaccacttatttaacagcaaagttccacggacatgatcttggtcaaccttaagttgttgttttcatctatcttagtaaaatagtccagatggatggatgctactaagcttcaaattttgcattgaattctatcttgaaatcaaatga
gi|10 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaatacctttaattgagatctctgaaaccactgaacagattttatcaaaacttgtgttacattattatgctcctttggtagtgcactttcagcaggttttgtggccatctcaatccaatacagccaccatttcttagcctataattgagaaaattcaaacaacaactccactaaaatccctacttcaatgatgattaatcttcatgaaccttggttcaatcttgaccaagtttgtatttttgttgacacaaatatgcaagatgacccccatgaggccagTTC--AG-A----A---TG---GT--G------------TTAAT-T-G--TTGCGGCC--TG--A-A--A-GCTAAT----ATG-G-CTGACAT--TG-C---T--ATTAATAA-AAAAAGAT---------CAAA---ATT---G-AA-GAA------AT--AA--AAA-G--A----ACATTGCC----T---CTGA---AAC-AC---CTTTCTCAA---T---G-------TTGAACAAAC-TTCATACAATCATGTATGCATGGTAC-TTTGA-TCAG-----------------AG----ATT-G-----TG-T---TG-----TTGT-TTT-TTT--TCTG---TTCCTCTG----A---GA-T--ATCCAG----GATTGCCACCATAG--GG------ATGTGAA--GTTTG-CAT-T----AAtcttgaaatcaaatga
gi|11 : TTC---TCTGAAACT---GCTGAACATA--T---T--TG--T-TG---AA--CC-TC-GTCATT-----GTGTTTTATG--GA--TGATA-CATTTTC--CA-A----T---TT---GT--G-------------TT-T-T-G--TGGCTAT------------A-TCCAAT----ATG-G-TCGCTAT--TA-C---T--A------A-AAATAGCT---------TTGT---GTT---G-AG-ATA------ATTCCA--CGC-GGAA----ACTA---C----T---CTGA---AAC-AT---CTGACTGAA---T---GCA-----GTGTG---GTGTTCATA----------TGCCTGATTC-TTAGG-TTAT---CC--T---TTAT-CAACTTGGTG-T-----TT-T---TT-----TTG------TTT--T-TG----------A----A---AA-T--ATTCAA----CATAGCCACCgcttttatggttttcaaa
gi|12 : TCCTCCATAA--TTT-CTTAAATGATCT---T---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---TTCAT--T-AA---AG--CT-TA-GCCATA-----ACATTTCATA--GG--TGATGTCAATT----AG-G----T---TT---GT--G------------TTC-T-T----TTGTTCCA--TC-------A-TTCAAA----ATG-G-ACACTGT--TA-TTGGT--A------A-AAATAGAT---------TAAG---AT
gi|13 : aaaatatctgtttcaaaaataaaatgaaatgttttatgtactttattggctcaactgagctattcctgtagctagttcttcacacttatccttcaACT-----ATGTTCCTTA--AA--TTTTG-CCTTCCC--AG-A----T---TT---GTATG------------TTT-T-T-G--TTGC--CA--TC--A-ATTA-TCCAGT----ATG-G-CCATTGA--TA-C---T--A------A-AAAT----------------------T---G-CA-ACA------ACTTCA--AAT-G--AC---AT-----C----TTCTCTGA---TAC-CT---TTTTTTCAA------------------------------------------TGCATGATCCTTTGGG-CTGA---CT--C---TC-----------------------T---CT-----TTG--TCT-TCT--T-TG---TC-----AT---A---AACT--ATTCAA----GATGTCTGCCATAG--a
gi|14 : tttctaacttttagatgacttctctgaaTTATTGTCCGTCA--T---ATT-----ACCGGTTT---CCTGTAATC---ACT--ACACA--T---T--G-----AG---AG--CA-TG-GTCGCA-----GTGTTCCTCG--CA--TGATG-CCATATC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-TGT-G--TTATTGC---CT--ATT--A-TTCAAT----ATG--------GT--AA-A---T--AGAGT--G-AAATTGAA---------TACA---ATT---G-AG-ATA------ATTTCA--AAT-G--A----AG-----CATATT---CTAA---AAC-TC---------------------------ATGAA---AT-TCTGTG----------TGTTTGATTC-TTGA-------------T---TCT--CAG----ATT-T-----GTAT---TT-----TTGaaatgtaa
gi|15 : CTTCTTT---TTTTAAATC---ATTGAA---A--C---T--AT--T--T---GA--TTGTG-CTCACA-----AGATTACTTG--GA--TTTTG-CCCTTTTTTAT-A----T---TT--------------------TTT-T-T-G--T--CTTCG--CC--C-A-----TCAATTAAAATG-G-CCTCCGA--TC-T---T--A------A-AAATGAAC---------TTAA---ATT---G-AA-TGG------ATTCCA--AAC-G--AC---GT-----C----TTT-CTGA---AACACCGTACGTATGCAA---T---GGCG----ATAAT---AT-TTCACG----------TGCACGATCA-TTGGA-
gi|16 : gAC---------TAAA---ATTTTTA-AA-AAA------A---CA--AAT-G--ATATCAC-----C----T---CTTA---TAC-CT---GTTATTCAA---T---GCTG----ATCAA---AC-TTCACA----------TGCATAGTC--TCGGAGTCAA---CC--T---TAAT-CAA---------------T-T---TT-----ATGT-TTT-TTG--T-TG---TCAT---A----A---AA-T--ATTGAA----AAATGTCAGCAT-G--GG------TTGCAAA--GTTT--------------TT--ATA--A-A-G--T-TATG-----Tatctgtgtttgatgtttt
gi|17 : -G--TTGCCATA--CA--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-ATACCATATTG-C---TTTG------A-AAATAGAC---------TAAA---GCT---G-CG-AAA------ATATCATCAAC----------T-----C----T----TAA---AAC-AA-----TAT-------T---G-------ATCAA---AC-TTTATG----------TGCCTGATCC-GTGGG-CCAGTTTCT--T---TCAAGCAT----G-T-G-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TGT--T------TT-----A----C---AA-G--CTTCAA----AATGGtagg
gi|18 : tgTTC---TCTTGAACC---ACTGAACAGA--T---TTGAT--T-GA---AA--TT-TG-ATC--------AGGTTCCATG--GG--
gi|19 : aattaattgaaatgttagtttaaatacagatgaactattcctgtagaaggctgtcccatgttgtccaccgacatccacaatTG-G-TTGCCTT--TA-C---T--T------T-AAATTGAC---------TTAA---ATT---T-AG-AAA------ATATCA--AAT-A--AG---ATCTC--C----T---CTGA---AAT-CC---CTTATTCAAAGCT---G-------ATCAA---AA-TTTATT----------TGCACTATGT-TTG
gi|2 : ccttgggtggtttgctttcaactgttTTC--AG-A----A---TT---GT--G------------TTT-T-T-GACTGCCT-CA--TT--A-A--A-TG-AAT----ATA-GACCGCTGT--TA-C---T--A------A-AA-TATCT---------TAAG---ATT---G-AA-GAA------ATATCA--AAT-GGCA----AC-----A----T---TTCATT-AAG-CC---CGTACTTAAAACT---G-------ATGAA---AC-TTCCTG----------TGTATGGTCC-TTGGC-TCAA---TCA-T---TAA--CGG----GCT-T-----AT-A---CA-----T--T-TCA-TCA--T-TG---T------A----A---AA-T--ATTTAA----AATGACTGCCATGG--TG------CTGCG--------------T----AAA----ATA--T-G-GAA---ATG-----TA-TCAGAATG-CCAACT-------G--------AC-CTTAAA-----CTAA-TGAACCGATTGTCATCATGT-TGC-TTCATGGTTG-T---GC-C-T----TTTC-TATTT---G-----TTTT-----ACTGGCAACTCTATTTGCAATA-TGGAATCATAACTAA
gi|2 : CTTAAACT---AATGAACCGA--T---T-----------------------GTCATC-----ATGTTGCTTCATGG--TTGTG-CCTTTTC---T-A----T---TT---GT----------------TT-T-A-C--TGGCAACT--CT--A-T--T-TGCAAT----ATG-G-A-ATCAT--AA-C---T--A------A-TAATTGCC---------CATA---ATT---G-AGAAAA------ATCTCA--AAC----A----ATAA---A----T---CCAAAGTAAC-CA---CTTATTCAA---T---GTTTTTTTTTAAA---AC-TCCACG----------AACTCGATCT-CT-----------CC--G---TCA---AT----ATT-T-----CT-A---TT--------T-TCT-TCT--T-TG---T------A----T---AG-T--AT--AG----AATTGTTGACACAA--GG------CTGCAAA--GTTTA-AAT-C----GGGTT--ATA--C-ATGAAT-taattgcccataattgagaaaaatctcaaacaataaatccaaagtaaccacttattcaatgtttttttttaaaactccacgaactcgatctctccgtcaatatttctattttcttctttgtatagtatagaattgttgacacaaggctgcaaagtttaaatcgggttatacatgaatgcagacga
gi|21 : ttcagaattgtgtttttgactgcctcattaaatgaatatagaccgctgttactaaaatatcttaagattgaagaaatatcaaatggcaacatttcattaagcccgtacttaaaactgatgaaacttcctgtgtatggtccttggctcaatcattaacgggcttatacatttcatcattgtaaaatatttaaaatgactgccatggtgctgcgtaaaatatggaaatgtatcagaatgccaactgacCATCCACAA--TTTCATTAAATGACTTCTTC---TCTGAAACA---AACAAACATA--TCAAT--AT--TAATTGGAA--CT-TT-GTTGCA-----ATGTCCC-----------------ATTTC--AG-A----T---TT---AT--G------------TTT-gcagacga
gi|23 : tgT---GT--T------------TTT-T-T-CC-TGGCAACC--CT--G-G--A-TCCAAT----ATG-T-CTGCCAT--AG-T---T--G------A-AAATATAC---------AAAA---AAT---G-AT-AAT------TGTTCA-------------------------------------------------ATTTAA---T---GTTA----ATCAA---AT-TCCATG----------TGCATGGTCA-TTattattatcacgtataat
gi|25 : TTGTCATCTACAAGTTTT-AAA---TAACTTTATTGTCTTTGAAACA---ATTGAACAGATTT---T--AT--T-GT---AA--CT-TG-GTTAGA-----Atg
gi|27 : ACTTCTGT---TCTGAAACC---ATTGAACAGA--T---T---T--T-ATTGAAA--TT-TG-ATCA-A-----AT
gi|3 : TTGTTGTCCATAA--CTT-ATT---TGACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTTAACA----T---T--AC--T-AT-------CT-TG-GTGACA-----AAGTTCCTTG--GG--TGGTG-CACTTTC--AG-A----A---CT---GT--G------------TTT-T-C-G--TGGCTTCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCAACAT--TA-C---T--A------A-AAATAAAC---------TGAA---ATT---G-AG-AAA------GTTTCA--AAT-T--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATAAA---AT-TTCGTA----------TGTTTGATCC-TTGGA-TCAA---CCA-A---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TAGTCTC-----A----A---AA-T--ATTGAA----GATGGCTGTCCTAG--GG------CTTGGAA--GTTGG-CAT-T----GTATT--ATA--A-A-GAGT-TATG-----TATT-AAAATG-ACAACT-------G-CTCAAATAC-CTCAAGAGTTTTTAA-TGAA--AGT--TTATCTTGA-GGCGCC-----TTG-GGATGTGCAT----TTTCAGATTT-TTG-----TTTTTAGTGACT-GCAAGTACATGTACAACAGCATAATCATGGTTAActatg
gi|4 : tT---TCTTAAATC---ATTGAACTAA--T---T--TT--T-GTTA-AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTTCT-G--GA--TGGTG-CACTTTC--AA-A----T---CT---GT--G------------TCC-T-T------CCTTCT--CC--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-CCGACAG--TATT---T--A------A-ATATTTAC----------AAA---ACTA--G-AG-AAA------A----A--AAC-C--AAAACATTGA--C----A---CTGA---AAC-CA---CTAGTGCAATACT---A-------ATCAG---AT-T----------------------TCC-TGAAA-TCAA---CC--T---TTAT-CAA----G------------T---TT-----TTGT-CTT-CTT----------------A----C---AA-TGAAT--AA----AA-GGCAGCCA----------------CCAA--GTTTA-AAA-T----GAA-T--ATG--A-A-TAACATAGGAAAAATA-T-AAAACATATAA---------A-C-----TA--------A---TTTAAGTAAG--ATT--TTATTATAATTTT-CC-----TTGAG---ATGT-TCCTATTTA-GATTTACCGTAATTTTTTTAGTGGC
gi|4 : cattcagtatacatgtagTTATA-----ATTTTCCTTG--AGA-TGTTC-CTATTT---AG-A----T---TTACCGT--AATT---------TTT-T-TAG--TGGC--CA--CCTTG-A--A-TCCAGT----ATA-C-CTGCCAT--TA-C---T--A------A-TAATAGAcaccttgaatccagtatacctgccattactaataatagaat
gi|5 : cattcagtatacatgtagttcttaaatcattgaactaatttttgttaaacttggtcacaatgtttctggatggtgcactttcaaatctgtgtccttccttctccaaattcaatatggccgacagtatttaaatatttacaaaactagagaaaaaaaccaaaacattgacactgaaaccactagtgcaatactaatcagatttcctgaaatcaacctttatcaagtttttgtcttcttacaatgaataaaaggcagccaccaagtttaaaatgaatatgaataacataggaaaaatataaaacatataaactaatttaagtaagatttta--TTT-ATA---TGACCTCTTT---TCTGCAATC---ATTGAACAGG--T---T--TT--T-AT--------------TTAAA-----AT------TG--GG--TGTTG-CT--------A-A----C---TT----T--G------------CTT-T-T-T--TCATTACAGCCC--ATA--A-TTCAAA----ATG-G-CCGCTGT--TA-C---T--T------A-ATATAGAC---------AAAATAAATT---G-TA-AAC------ATTT-----AC-A--G----TT-----C----T---CTAA---AAC-C-----TGGTTTAA---TTTTA-------ATTAA---AA-TTAATG----------TGAATAATCC-TAAGA-TCAG---TC--TCTCTCA---AA----GTT-T-----TTGT---TT-----TTGT-TTT-TGTCAT-TG---T------A----A---CA-T--ATTTAA----GATTACTGTCACAGATGT------CTGTGAA-----TGATATAT----G---T--ATA--ATA-GAA------------A-T-AAAGTG-ACAGCTTTTCTAAATC-----TGCATTCATAA---TTTAA-TGAA--AAT--TGACCAat
gi|6 : ctttctgttcttaaattcG--GG--TGCTG-TCCTT-C--AG-A----CACCTC---TT--G------------TTT-T-T-G----GCAACC--CC--A-A--A-TCCAAT----ATC-G-TTGCCAT--TA-G---T--A------T-AAATAAAC---------TAAA---GCT---A-AG-AAA------TTATCA--AACAG--T----ATTTG--C----T---CTAA---AAC-CC---A--ATGC-----T---G-------ATCAA---AT-TGCATT----------TGTATAGTCT-TTGCG-TCAA---CC--T---TTA-----------T-T-----TT-T---TTGATGATCGT-CGT-TTT--TATG---TA-----G----ATCTAA-T--ATTAAA----TAGGGTCCCCATGA--GG----------AAACCATTTG-AAT-TTGAGGAA-T--ATC--A-G-GAA---ATG-----TA-TAAAAACG-GCATCT-------A-C-----T---CTCAAGATG-TTTAA---AC--CAT--TTCTCATTA-AA---C-----TTG-G---TCAC-A----CT-----TTT-TCG-----TTGTTGGTGCCTGGGAAATGTACGTACAggttgttctctaggaggtgcaaattcaaaact
gi|7 : TTGTCATCTGCAA--TTT-TTT---CAAAGACTTC---TCTGATACA---AATAAACAAA--T---T--TTACT-GA---AA--CT-TG-GTTACA-----ATGTTCCTTG--GGACTGCTG-TCCTTTA--AG-A----T---TT---AA--G------------TTTGT-T-G--TCATTACA------ATA--A-TTCATT----ATA-A-CTACTGT--TT-C---T--T------A-----AGAC---------T---------------------------TCT-----------------T-----G----T---CTGA---AAC-CC---CTTTTTCAATATT---G-------ACCAA---AC-TCAATG----------TGCAAAATCC-T-------------C--T---GCA--TAA---------------------TT-----TTG------TTT--T-TG---TC----------A---AC-T--ATTCAA----GATTGCTGTCATAG--GG------ACCCAAA--ATTTA-CAT-T----GAGTT--ATATTG-A-GAAC-TATA------A-A-AAAATA-ACAACT-------A-C-----
gi|8 : CTTC---TCT-AAATCTATATTCAGTATG--T---C--AT--T-AA---AA--GT-GG-ATCACA-----TTGTTCCTTA--GG---GGTG-CGACTTC--AA-A----A---TT---GT-----------------------------TTCCA--CC--A-A--AATACAAT----GTG-A-CTGCCAT--TG-C---T--ATTA---ATAAATGGGC---------TAAA---ATC---A-GG-AAACTTTGAATTTCA--AAC----A----AT---------------------AACGCC---CATATTCAG---T---
gi|9 : cctttggtcagcctccctcaagtataaatatttttttgtcaatagttgccataggaactctaagtttagaattttgttataaaataaggcaatgtaaacaataacaa--GG--TG--G-ACCTATC--AA-A----T---TT---GT--GAGCTGTTTTTTTTTT-T-T-T--TGCCTCCA--AT--A-A----TTCAAG----ATT-G-CCCCCAT--AA-C---T--T------A-AAATAAATAAAAAAGTGTAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----A-----------------------AC-C----------------T---G-------ACCAA---CT-GTCACA----------TGAAT----C-TTGGA-ATAA---TCACT---TCA--C-------TC-TGCCATTT-TAAGTT-----TTGT-TTTGTTT--T-TGA--TC-----ACAGTA---AA-TT-ATTCAA----GATGGCTGTCACAA--GG------ACACAAA--ATTTG-CAT-T----GAATT--A-G--A-A-GATT-TGTG------A-T-AAAattgac
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATTCCAAGGAAACATAATGTACTGATTTGTATTTTTAACTCATCTGAGCTATTCCTGTAGTCGGCTCTCTATTGTTGTCCGTCATCCACATTTTTTAAAATGACTTCCCTGAAAC
Unaligned ( gi|22 ): GCTCGGCTGAGTTATACATGTAGCAAACTTCGTCATCGTTTGTCATCATTTTTTTAAAAATGACTTTCTCCTAACCCACTGAGTAGATTTTATTGGAATTTGATCACAATTTTTC
Unaligned ( gi|24 ): ACAACTACTTCAGATATTTACTCAGCTTTAAATAATAGCAGATCATGTTGTTCCTTAGGTGGTGCCACTTAAATTGTAGTTCT
Unaligned ( gi|26 ): TTCTTTAGGCCAGCCTATTTTTATAGATTTTTTTCTGCATGATTGCCACAAAGGCCCATTAACTTTG
Alignments
lowQualScore : 111 3333333333 3333333333333 111111111111111 22222222222222222222 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333 1111111 2222222222222222 66666666666666666666666666666 11 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1
lowQualScore : 2 000 66 66 4444444444 0 444 1 444 1 2 33 444 6666666666666 33 2 2 5555555 0 33 55 4 2 44 22 2 88888888 3333 555555555555555 4 2 22222222222222222222 22 2 0 4444 1 1 1 0 22 1 333 555555555 1 777777777 333 555 2 2 555555 22 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666 33 2 33 5 3333333333333333333 2 66 00 5555 0 4444 3333333 222 666 777 3 99999999 55 6666 4 4444444444444444 0 6 88888888888888888888888888888 88 11 11 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666 44 0 6 1 1 0 5 1
lowQualScore : . ... .. .. .......... . ... . ... . . .. ... ............. .. . . ....... . .. .. . . .. .. . ........ .... ............... . . .................... .. . . .... . . . . .. . ... ......... . ......... ... ... . . ...... .. .. ......................................................................................................................................................... ..... .. . .. . ................... . .. .. .... . .... ....... ... ... ... . ........ .. .... . ................ . . ............................. .. .. .. . ................................................. .. . . . . . . .
lowQualScore : 7 111 11 44 2222222222 8 444 8 111 0 2 22 111 5555555555555 22 4 4 4444444 4 11 33 1 4 99 99 1 88888888 8888 666666666666666 0 1 44444444444444444444 88 0 2 2222 9 9 3 3 66 9 333 222222222 9 666666666 333 555 0 0 888888 99 88 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 55 7 77 3 6666666666666666666 7 33 66 7777 9 4444 4444444 111 999 444 3 33333333 00 5555 0 7777777777777777 7 7 11111111111111111111111111111 88 00 00 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555 00 8 7 0 0 7 0 0
consensus : NTTGTCGTCCG-CAA--TTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T--NT--T-AT---AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAACT-------A-C-----TAC-CTCAAGA---TTTAA-TGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CC-----TTG-G---GCGC-T----TTTC-GATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
Reference ( family-422 ) : NTTGTCGTCCG-CAA--TTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T--NT--T-AT---AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAACT-------A-C-----TAC-CTCAAGA---TTTAA-TGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CC-----TTG-G---GCGC-T----TTTC-GATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
gi|1 : --TTT-AAT---T------GAGATCT------CTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T---T--T-ATCAAAA--CT-TGTGTTACATTATTATGCTCCTTT--GG--TAGTG-CACTTTC--AGCA-----------------G------------GTT-T-T-G--TGGC--CAT-CT--C-A--A-TCCAAT----ACA-G-CCACCAT--TT-C---T--------------TAGCC---------TATA---ATT---G-AG-AAA------A-TTCA--AAC-A--AC---AA-----C----TCCACTAA---AAT-CC---CTACTTCAA---T---G-------ATGA-------TTAATC----------TTCATGAACC-TTGGT-TCAA---TC--T---TGAC-CAA----G-----------------T-----TTGTATTT-TTG--T-TG---AC-----AC---A---AA-T--ATGCAA----GATGACCCCCATGA--GGCCAGTTCTGAAAG--GGTTG-AAC-T----GATTTTGATA--A-A-
gi|1 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaataccT---TCTGAAAGG---GTTGAACTGA--T---T--TT--G-AT---AAAACT-TG-TTCA-------GTGTTTCTTG--GG--TGGTA-CACTTTT--TT-AATTGT---TT---TT--A------------TTT-T-T-T--TGGC--CA--CCTAA-A--G-TCCAAT----ATGAG-AC-TTGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TACA-----T---GAAG-AAA------ATTTAT--AACAG--C----AT-----C----TGCATTGT---AAC-CA---CTTATTTAA---C---A-------GCAAA---GT-TCCACG----------GACATGAT-C-TTGG--TCAA---CC--T---T-----AA----GTTGT-----TG-T---TT-----TCAT-CTA-TCT--T-AG---T------A----A---AA-T--AGTCCAGATGGATGGATGCTACTA--AG------CTTCAAA--TTTTG-CAT-T----GAATT--CTA--acttgttcagtgtttcttgggtggtacacttttttaattgtttttatttttttggccacctaaagtccaatatgagacttgttactaaaaatagactacatgaagaaaatttataacagcatctgcattgtaaccacttatttaacagcaaagttccacggacatgatcttggtcaaccttaagttgttgttttcatctatcttagtaaaatagtccagatggatggatgctactaagcttcaaattttgcattgaattctatcttgaaatcaaatga
gi|10 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaatacctttaattgagatctctgaaaccactgaacagattttatcaaaacttgtgttacattattatgctcctttggtagtgcactttcagcaggttttgtggccatctcaatccaatacagccaccatttcttagcctataattgagaaaattcaaacaacaactccactaaaatccctacttcaatgatgattaatcttcatgaaccttggttcaatcttgaccaagtttgtatttttgttgacacaaatatgcaagatgacccccatgaggccagTTC--AG-A----A---TG---GT--G------------TTAAT-T-G--TTGCGGCC--TG--A-A--A-GCTAAT----ATG-G-CTGACAT--TG-C---T--ATTAATAA-AAAAAGAT---------CAAA---ATT---G-AA-GAA------AT--AA--AAA-G--A----ACATTGCC----T---CTGA---AAC-AC---CTTTCTCAA---T---G-------TTGAACAAAC-TTCATACAATCATGTATGCATGGTAC-TTTGA-TCAG-----------------AG----ATT-G-----TG-T---TG-----TTGT-TTT-TTT--TCTG---TTCCTCTG----A---GA-T--ATCCAG----GATTGCCACCATAG--GG------ATGTGAA--GTTTG-CAT-T----AAtcttgaaatcaaatga
gi|11 : TTC---TCTGAAACT---GCTGAACATA--T---T--TG--T-TG---AA--CC-TC-GTCATT-----GTGTTTTATG--GA--TGATA-CATTTTC--CA-A----T---TT---GT--G-------------TT-T-T-G--TGGCTAT------------A-TCCAAT----ATG-G-TCGCTAT--TA-C---T--A------A-AAATAGCT---------TTGT---GTT---G-AG-ATA------ATTCCA--CGC-GGAA----ACTA---C----T---CTGA---AAC-AT---CTGACTGAA---T---GCA-----GTGTG---GTGTTCATA----------TGCCTGATTC-TTAGG-TTAT---CC--T---TTAT-CAACTTGGTG-T-----TT-T---TT-----TTG------TTT--T-TG----------A----A---AA-T--ATTCAA----CATAGCCACCgcttttatggttttcaaa
gi|12 : TCCTCCA-TAA--TTT-CTTAAAT------GA--TCTTT----CTGAAACC---ACTGAACAGA--T---TTCAT--T-AA---AG--CT-TA-GCCATA-----ACATTTCATA--GG--TGATGTCAATT----AG-G----T---TT---GT--G------------TTC-T-T----TTGTTCCA--TC-------A-TTCAAA----ATG-G-ACACTGT--TA-TTGGT--A------A-AAATAGAT---------TAAG---AT
gi|13 : aaaatatctgtttcaaaaataaaatgaaatgttttatgtactttattggctcaactgagctattcctgtagctagttcttcacacttatccttcaACT-----ATGTTCCTTA--AA--TTTTG-CCTTCCC--AG-A----T---TT---GTATG------------TTT-T-T-G--TTGC--CA--TC--A-ATTA-TCCAGT----ATG-G-CCATTGA--TA-C---T--A------A-AAAT----------------------T---G-CA-ACA------ACTTCA--AAT-G--AC---AT-----C----TTCTCTGA---TAC-CT---TTTTTTCAA------------------------------------------TGCATGATCCTTTGGG-CTGA---CT--C---TC-----------------------T---CT-----TTG--TCT-TCT--T-TG---TC-----AT---A---AACT--ATTCAA----GATGTCTGCCATAG--a
gi|14 : tttctaacttttagatgacttctctgaaTTATTGTCCGTCA-----T-ATT-----------ACCGGTTT---CCTGTAATC---ACT--ACACA--T---T--G-----AG---AG--CA-TG-GTCGCA-----GTGTTCCTCG--CA--TGATG-CCATATC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-TGT-G--TTATTGC---CT--ATT--A-TTCAAT----ATG--------GT--AA-A---T--AGAGT--G-AAATTGAA---------TACA---ATT---G-AG-ATA------ATTTCA--AAT-G--A----AG-----CATATT---CTAA---AAC-TC---------------------------ATGAA---AT-TCTGTG----------TGTTTGATTC-TTGA-------------T---TCT--CAG----ATT-T-----GTAT---TT-----TTGaaatgtaa
gi|15 : CTTCTTT---TTTTAAATC---ATTGAA---A--C---T--AT--T--T---GA--TTGTG-CTCACA-----AGATTACTTG--GA--TTTTG-CCCTTTTTTAT-A----T---TT--------------------TTT-T-T-G--T--CTTCG--CC--C-A-----TCAATTAAAATG-G-CCTCCGA--TC-T---T--A------A-AAATGAAC---------TTAA---ATT---G-AA-TGG------ATTCCA--AAC-G--AC---GT-----C----TTT-CTGA---AACACCGTACGTATGCAA---T---GGCG----ATAAT---AT-TTCACG----------TGCACGATCA-TTGGA-
gi|16 : gAC---------TAAA---ATTTTTA-AA-AAA------A---CA--AAT-G--ATATCAC-----C----T---CTTA---TAC-CT---GTTATTCAA---T---GCTG----ATCAA---AC-TTCACA----------TGCATAGTC--TCGGAGTCAA---CC--T---TAAT-CAA---------------T-T---TT-----ATGT-TTT-TTG--T-TG---TCAT---A----A---AA-T--ATTGAA----AAATGTCAGCAT-G--GG------TTGCAAA--GTTT--------------TT--ATA--A-A-G--T-TATG-----Tatctgtgtttgatgtttt
gi|17 : -G--TTGCCATA--CA--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-ATACCATATTG-C---TTTG------A-AAATAGAC---------TAAA---GCT---G-CG-AAA------ATATCATCAAC----------T-----C----T----TAA---AAC-AA-----TAT-------T---G-------ATCAA---AC-TTTATG----------TGCCTGATCC-GTGGG-CCAGTTTCT--T---TCAAGCAT----G-T-G-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TGT--T------TT-----A----C---AA-G--CTTCAA----AATGGtagg
gi|18 : tgTTC---TCTTGAACC---ACTGAACAGA--T---TTGAT--T-GA---AA--TT-TG-ATC--------AGGTTCCATG--GG--
gi|19 : aattaattgaaatgttagtttaaatacagatgaactattcctgtagaaggctgtcccatgttgtccaccgacatccacaatTG-G-TTGCCTT--TA-C---T--T------T-AAATTGAC---------TTAA---ATT---T-AG-AAA------ATATCA--AAT-A--AG---ATCTC--C----T---CTGA---AAT-CC---CTTATTCAAAGCT---G-------ATCAA---AA-TTTATT----------TGCACTATGT-TTG
gi|2 : ccttgggtggtttgctttcaactgttTTC--AG-A----A---TT---GT--G------------TTT-T-T-GACTGCCT-CA--TT--A-A--A-TG-AAT----ATA-GACCGCTGT--TA-C---T--A------A-AA-TATCT---------TAAG---ATT---G-AA-GAA------ATATCA--AAT-GGCA----AC-----A----T---TTCATT-AAG-CC---CGTACTTAAAACT---G-------ATGAA---AC-TTCCTG----------TGTATGGTCC-TTGGC-TCAA---TCA-T---TAA--CGG----GCT-T-----AT-A---CA-----T--T-TCA-TCA--T-TG---T------A----A---AA-T--ATTTAA----AATGACTGCCATGG--TG------CTGCG--------------T----AAA----ATA--T-G-GAA---ATG-----TA-TCAGAATG-CCAACT-------G--------AC-CTTAAA-----CTAA-TGAACCGATTGTCATCATGT-TGC-TTCATGGTTG-T---GC-C-T----TTTC-TATTT---G-----TTTT-----ACTGGCAACTCTATTTGCAATA-TGGAATCATAACTAA
gi|2 : CTTAAACT---AATGAACCGA--T---T-----------------------GTCATC-----ATGTTGCTTCATGG--TTGTG-CCTTTTC---T-A----T---TT---GT----------------TT-T-A-C--TGGCAACT--CT--A-T--T-TGCAAT----ATG-G-A-ATCAT--AA-C---T--A------A-TAATTGCC---------CATA---ATT---G-AGAAAA------ATCTCA--AAC----A----ATAA---A----T---CCAAAGTAAC-CA---CTTATTCAA---T---GTTTTTTTTTAAA---AC-TCCACG----------AACTCGATCT-CT-----------CC--G---TCA---AT----ATT-T-----CT-A---TT--------T-TCT-TCT--T-TG---T------A----T---AG-T--AT--AG----AATTGTTGACACAA--GG------CTGCAAA--GTTTA-AAT-C----GGGTT--ATA--C-ATGAAT-taattgcccataattgagaaaaatctcaaacaataaatccaaagtaaccacttattcaatgtttttttttaaaactccacgaactcgatctctccgtcaatatttctattttcttctttgtatagtatagaattgttgacacaaggctgcaaagtttaaatcgggttatacatgaatgcagacga
gi|21 : ttcagaattgtgtttttgactgcctcattaaatgaatatagaccgctgttactaaaatatcttaagattgaagaaatatcaaatggcaacatttcattaagcccgtacttaaaactgatgaaacttcctgtgtatggtccttggctcaatcattaacgggcttatacatttcatcattgtaaaatatttaaaatgactgccatggtgctgcgtaaaatatggaaatgtatcagaatgccaactgacCATCCA-CAA--TTTCATTAAAT------GACTTCTTC---TCTGAAACA---AACAAACATA--TCAAT--AT--TAATTGGAA--CT-TT-GTTGCA-----ATGTCCC-----------------ATTTC--AG-A----T---TT---AT--G------------TTT-gcagacga
gi|22 : tgTTGTCATC-----A--TTT-TTT---TAAAAATGACTT-TCT---CCT-AACCC---ACTGAGTAGA--T---T---T--T-ATTGGAA--TT-TG-ATCACA-----ATTTTTCattattatcacgtataat
gi|23 : gctcggctgagttatacatgtagcaaacttcgtcatcgtT---GT--T------------TTT-T-T-CC-TGGCAACC--CT--G-G--A-TCCAAT----ATG-T-CTGCCAT--AG-T---T--G------A-AAATATAC---------AAAA---AAT---G-AT-AAT------TGTTCA-------------------------------------------------ATTTAA---T---GTTA----ATCAA---AT-TCCATG----------TGCATGGTCA-TT
gi|25 : TTGTCATCTA-CAAGTTTT-AAA---T------AACTTTATTGTCTTTGAAACA---ATTGAACAGATTT---T--AT--T-GT---AA--CT-TG-GTTAGA-----Atg
gi|27 : ACTTCTGT---TCTGAAACC---ATTGAACAGA--T---T---T--T-ATTGAAA--TT-TG-ATCA-A-----AT
gi|3 : TTGTTGTCCA-TAA--CTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTTAACA----T---T--AC--T-AT-------CT-TG-GTGACA-----AAGTTCCTTG--GG--TGGTG-CACTTTC--AG-A----A---CT---GT--G------------TTT-T-C-G--TGGCTTCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCAACAT--TA-C---T--A------A-AAATAAAC---------TGAA---ATT---G-AG-AAA------GTTTCA--AAT-T--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATAAA---AT-TTCGTA----------TGTTTGATCC-TTGGA-TCAA---CCA-A---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TAGTCTC-----A----A---AA-T--ATTGAA----GATGGCTGTCCTAG--GG------CTTGGAA--GTTGG-CAT-T----GTATT--ATA--A-A-GAGT-TATG-----TATT-AAAATG-ACAACT-------G-CTCAAATAC-CTCAAGAGTTTTTAA-TGAA--AGT--TTATCTTGA-GGCGCC-----TTG-GGATGTGCAT----TTTCAGATTT-TTG-----TTTTTAGTGACT-GCAAGTACATGTACAACAGCATAATCATGGTTAActatg
gi|4 : tT---TCTTAAATC---ATTGAACTAA--T---T--TT--T-GTTA-AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTTCT-G--GA--TGGTG-CACTTTC--AA-A----T---CT---GT--G------------TCC-T-T------CCTTCT--CC--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-CCGACAG--TATT---T--A------A-ATATTTAC----------AAA---ACTA--G-AG-AAA------A----A--AAC-C--AAAACATTGA--C----A---CTGA---AAC-CA---CTAGTGCAATACT---A-------ATCAG---AT-T----------------------TCC-TGAAA-TCAA---CC--T---TTAT-CAA----G------------T---TT-----TTGT-CTT-CTT----------------A----C---AA-TGAAT--AA----AA-GGCAGCCA----------------CCAA--GTTTA-AAA-T----GAA-T--ATG--A-A-TAACATAGGAAAAATA-T-AAAACATATAA---------A-C-----TA--------A---TTTAAGTAAG--ATT--TTATTATAATTTT-CC-----TTGAG---ATGT-TCCTATTTA-GATTTACCGTAATTTTTTTAGTGGC
gi|4 : cattcagtatacatgtagTTATA-----ATTTTCCTTG--AGA-TGTTC-CTATTT---AG-A----T---TTACCGT--AATT---------TTT-T-TAG--TGGC--CA--CCTTG-A--A-TCCAGT----ATA-C-CTGCCAT--TA-C---T--A------A-TAATAGAcaccttgaatccagtatacctgccattactaataatagaat
gi|5 : cattcagtatacatgtagttcttaaatcattgaactaatttttgttaaacttggtcacaatgtttctggatggtgcactttcaaatctgtgtccttccttctccaaattcaatatggccgacagtatttaaatatttacaaaactagagaaaaaaaccaaaacattgacactgaaaccactagtgcaatactaatcagatttcctgaaatcaacctttatcaagtttttgtcttcttacaatgaataaaaggcagccaccaagtttaaaatgaatatgaataacataggaaaaatataaaacatataaactaatttaagtaagatttta--TTT-ATA---T------GACCTCTTT---TCTGCAATC---ATTGAACAGG--T---T--TT--T-AT--------------TTAAA-----AT------TG--GG--TGTTG-CT--------A-A----C---TT----T--G------------CTT-T-T-T--TCATTACAGCCC--ATA--A-TTCAAA----ATG-G-CCGCTGT--TA-C---T--T------A-ATATAGAC---------AAAATAAATT---G-TA-AAC------ATTT-----AC-A--G----TT-----C----T---CTAA---AAC-C-----TGGTTTAA---TTTTA-------ATTAA---AA-TTAATG----------TGAATAATCC-TAAGA-TCAG---TC--TCTCTCA---AA----GTT-T-----TTGT---TT-----TTGT-TTT-TGTCAT-TG---T------A----A---CA-T--ATTTAA----GATTACTGTCACAGATGT------CTGTGAA-----TGATATAT----G---T--ATA--ATA-GAA------------A-T-AAAGTG-ACAGCTTTTCTAAATC-----TGCATTCATAA---TTTAA-TGAA--AAT--TGACCAat
gi|6 : ctttctgttcttaaattcG--GG--TGCTG-TCCTT-C--AG-A----CACCTC---TT--G------------TTT-T-T-G----GCAACC--CC--A-A--A-TCCAAT----ATC-G-TTGCCAT--TA-G---T--A------T-AAATAAAC---------TAAA---GCT---A-AG-AAA------TTATCA--AACAG--T----ATTTG--C----T---CTAA---AAC-CC---A--ATGC-----T---G-------ATCAA---AT-TGCATT----------TGTATAGTCT-TTGCG-TCAA---CC--T---TTA-----------T-T-----TT-T---TTGATGATCGT-CGT-TTT--TATG---TA-----G----ATCTAA-T--ATTAAA----TAGGGTCCCCATGA--GG----------AAACCATTTG-AAT-TTGAGGAA-T--ATC--A-G-GAA---ATG-----TA-TAAAAACG-GCATCT-------A-C-----T---CTCAAGATG-TTTAA---AC--CAT--TTCTCATTA-AA---C-----TTG-G---TCAC-A----CT-----TTT-TCG-----TTGTTGGTGCCTGGGAAATGTACGTACAggttgttctctaggaggtgcaaattcaaaact
gi|7 : TTGTCATCTG-CAA--TTT--TT---TCAAA--GACTTCT------CTGATACA---AATAAACAAA--T---T--TTACT-GA---AA--CT-TG-GTTACA-----ATGTTCCTTG--GGACTGCTG-TCCTTTA--AG-A----T---TT---AA--G------------TTTGT-T-G--TCATTACA------ATA--A-TTCATT----ATA-A-CTACTGT--TT-C---T--T------A-----AGAC---------T---------------------------TCT-----------------T-----G----T---CTGA---AAC-CC---CTTTTTCAATATT---G-------ACCAA---AC-TCAATG----------TGCAAAATCC-T-------------C--T---GCA--TAA---------------------TT-----TTG------TTT--T-TG---TC----------A---AC-T--ATTCAA----GATTGCTGTCATAG--GG------ACCCAAA--ATTTA-CAT-T----GAGTT--ATATTG-A-GAAC-TATA------A-A-AAAATA-ACAACT-------A-C-----
gi|8 : CTTC---TCT-AAATCTATATTCAGTATG--T---C--AT--T-AA---AA--GT-GG-ATCACA-----TTGTTCCTTA--GG---GGTG-CGACTTC--AA-A----A---TT---GT-----------------------------TTCCA--CC--A-A--AATACAAT----GTG-A-CTGCCAT--TG-C---T--ATTA---ATAAATGGGC---------TAAA---ATC---A-GG-AAACTTTGAATTTCA--AAC----A----AT---------------------AACGCC---CATATTCAG---T---
gi|9 : cctttggtcagcctccctcaagtataaatatttttttgtcaatagttgccataggaactctaagtttagaattttgttataaaataaggcaatgtaaacaataacaa--GG--TG--G-ACCTATC--AA-A----T---TT---GT--GAGCTGTTTTTTTTTT-T-T-T--TGCCTCCA--AT--A-A----TTCAAG----ATT-G-CCCCCAT--AA-C---T--T------A-AAATAAATAAAAAAGTGTAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----A-----------------------AC-C----------------T---G-------ACCAA---CT-GTCACA----------TGAAT----C-TTGGA-ATAA---TCACT---TCA--C-------TC-TGCCATTT-TAAGTT-----TTGT-TTTGTTT--T-TGA--TC-----ACAGTA---AA-TT-ATTCAA----GATGGCTGTCACAA--GG------ACACAAA--ATTTG-CAT-T----GAATT--A-G--A-A-GATT-TGTG------A-T-AAAattgac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATTCCAAGGAAACATAATGTACTGATTTGTATTTTTAACTCATCTGAGCTATTCCTGTAGTCGGCTCTCTATTGTTGTCCGTCATCCACATTTTTTAAAATGACTTCCCTGAAAC
Unaligned ( gi|24 ): ACAACTACTTCAGATATTTACTCAGCTTTAAATAATAGCAGATCATGTTGTTCCTTAGGTGGTGCCACTTAAATTGTAGTTCT
Unaligned ( gi|26 ): TTCTTTAGGCCAGCCTATTTTTATAGATTTTTTTCTGCATGATTGCCACAAAGGCCCATTAACTTTG
Alignments
lowQualScore : 111 3333333333 3333333333333 111111111111111 22222222222222222222 111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333333 1111111 2222222222222222 66666666666666666666666666666 11 11 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1
lowQualScore : 2 000 66 66 4444444444 0 444 1 444 1 2 33 444 6666666666666 33 2 2 5555555 0 33 55 4 2 44 22 2 88888888 3333 555555555555555 4 2 22222222222222222222 22 2 0 4444 1 1 1 0 22 1 333 555555555 1 777777777 333 555 2 2 555555 22 22 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666 33 2 33 5 3333333333333333333 2 66 00 5555 0 4444 3333333 222 666 777 3 99999999 55 6666 4 4444444444444444 0 6 88888888888888888888888888888 88 11 11 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666 44 0 6 1 1 0 5 1
lowQualScore : . ... .. .. .......... . ... . ... . . .. ... ............. .. . . ....... . .. .. . . .. .. . ........ .... ............... . . .................... .. . . .... . . . . .. . ... ......... . ......... ... ... . . ...... .. .. ......................................................................................................................................................... ..... .. . .. . ................... . .. .. .... . .... ....... ... ... ... . ........ .. .... . ................ . . ............................. .. .. .. . ................................................. .. . . . . . . .
lowQualScore : 7 111 11 44 2222222222 8 444 8 111 0 2 22 111 5555555555555 22 4 4 4444444 4 11 33 1 4 99 99 1 88888888 8888 666666666666666 0 1 44444444444444444444 88 0 2 2222 9 9 3 3 66 9 333 222222222 9 666666666 333 555 0 0 888888 99 88 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222 55 7 77 3 6666666666666666666 7 33 66 7777 9 4444 4444444 111 999 444 3 33333333 00 5555 0 7777777777777777 7 7 11111111111111111111111111111 88 00 00 2 5555555555555555555555555555555555555555555555555 00 8 7 0 0 7 0 0
consensus : NTTGTCGTCCG-CAA--TTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T--NT--T-AT---AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAACT-------A-C-----TAC-CTCAAGA---TTTAA-TGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CC-----TTG-G---GCGC-T----TTTC-GATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
Reference ( family-422 ) : NTTGTCGTCCG-CAA--TTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T--NT--T-AT---AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAACT-------A-C-----TAC-CTCAAGA---TTTAA-TGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CC-----TTG-G---GCGC-T----TTTC-GATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
gi|1 : --TTT-AAT---T------GAGATCT------CTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T---T--T-ATCAAAA--CT-TGTGTTACATTATTATGCTCCTTT--GG--TAGTG-CACTTTC--AGCA-----------------G------------GTT-T-T-G--TGGC--CAT-CT--C-A--A-TCCAAT----ACA-G-CCACCAT--TT-C---T--------------TAGCC---------TATA---ATT---G-AG-AAA------A-TTCA--AAC-A--AC---AA-----C----TCCACTAA---AAT-CC---CTACTTCAA---T---G-------ATGA-------TTAATC----------TTCATGAACC-TTGGT-TCAA---TC--T---TGAC-CAA----G-----------------T-----TTGTATTT-TTG--T-TG---AC-----AC---A---AA-T--ATGCAA----GATGACCCCCATGA--GGCCAGTTCTGAAAG--GGTTG-AAC-T----GATTTTGATA--A-A-
gi|1 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaataccT---TCTGAAAGG---GTTGAACTGA--T---T--TT--G-AT---AAAACT-TG-TTCA-------GTGTTTCTTG--GG--TGGTA-CACTTTT--TT-AATTGT---TT---TT--A------------TTT-T-T-T--TGGC--CA--CCTAA-A--G-TCCAAT----ATGAG-AC-TTGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TACA-----T---GAAG-AAA------ATTTAT--AACAG--C----AT-----C----TGCATTGT---AAC-CA---CTTATTTAA---C---A-------GCAAA---GT-TCCACG----------GACATGAT-C-TTGG--TCAA---CC--T---T-----AA----GTTGT-----TG-T---TT-----TCAT-CTA-TCT--T-AG---T------A----A---AA-T--AGTCCAGATGGATGGATGCTACTA--AG------CTTCAAA--TTTTG-CAT-T----GAATT--CTA--acttgttcagtgtttcttgggtggtacacttttttaattgtttttatttttttggccacctaaagtccaatatgagacttgttactaaaaatagactacatgaagaaaatttataacagcatctgcattgtaaccacttatttaacagcaaagttccacggacatgatcttggtcaaccttaagttgttgttttcatctatcttagtaaaatagtccagatggatggatgctactaagcttcaaattttgcattgaattctatcttgaaatcaaatga
gi|10 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaatacctttaattgagatctctgaaaccactgaacagattttatcaaaacttgtgttacattattatgctcctttggtagtgcactttcagcaggttttgtggccatctcaatccaatacagccaccatttcttagcctataattgagaaaattcaaacaacaactccactaaaatccctacttcaatgatgattaatcttcatgaaccttggttcaatcttgaccaagtttgtatttttgttgacacaaatatgcaagatgacccccatgaggccagTTC--AG-A----A---TG---GT--G------------TTAAT-T-G--TTGCGGCC--TG--A-A--A-GCTAAT----ATG-G-CTGACAT--TG-C---T--ATTAATAA-AAAAAGAT---------CAAA---ATT---G-AA-GAA------AT--AA--AAA-G--A----ACATTGCC----T---CTGA---AAC-AC---CTTTCTCAA---T---G-------TTGAACAAAC-TTCATACAATCATGTATGCATGGTAC-TTTGA-TCAG-----------------AG----ATT-G-----TG-T---TG-----TTGT-TTT-TTT--TCTG---TTCCTCTG----A---GA-T--ATCCAG----GATTGCCACCATAG--GG------ATGTGAA--GTTTG-CAT-T----AAtcttgaaatcaaatga
gi|11 : TTC---TCTGAAACT---GCTGAACATA--T---T--TG--T-TG---AA--CC-TC-GTCATT-----GTGTTTTATG--GA--TGATA-CATTTTC--CA-A----T---TT---GT--G-------------TT-T-T-G--TGGCTAT------------A-TCCAAT----ATG-G-TCGCTAT--TA-C---T--A------A-AAATAGCT---------TTGT---GTT---G-AG-ATA------ATTCCA--CGC-GGAA----ACTA---C----T---CTGA---AAC-AT---CTGACTGAA---T---GCA-----GTGTG---GTGTTCATA----------TGCCTGATTC-TTAGG-TTAT---CC--T---TTAT-CAACTTGGTG-T-----TT-T---TT-----TTG------TTT--T-TG----------A----A---AA-T--ATTCAA----CATAGCCACCgcttttatggttttcaaa
gi|12 : TCCTCCA-TAA--TTT-CTTAAAT------GA--TCTTT----CTGAAACC---ACTGAACAGA--T---TTCAT--T-AA---AG--CT-TA-GCCATA-----ACATTTCATA--GG--TGATGTCAATT----AG-G----T---TT---GT--G------------TTC-T-T----TTGTTCCA--TC-------A-TTCAAA----ATG-G-ACACTGT--TA-TTGGT--A------A-AAATAGAT---------TAAG---AT
gi|13 : aaaatatctgtttcaaaaataaaatgaaatgttttatgtactttattggctcaactgagctattcctgtagctagttcttcacacttatccttcaACT-----ATGTTCCTTA--AA--TTTTG-CCTTCCC--AG-A----T---TT---GTATG------------TTT-T-T-G--TTGC--CA--TC--A-ATTA-TCCAGT----ATG-G-CCATTGA--TA-C---T--A------A-AAAT----------------------T---G-CA-ACA------ACTTCA--AAT-G--AC---AT-----C----TTCTCTGA---TAC-CT---TTTTTTCAA------------------------------------------TGCATGATCCTTTGGG-CTGA---CT--C---TC-----------------------T---CT-----TTG--TCT-TCT--T-TG---TC-----AT---A---AACT--ATTCAA----GATGTCTGCCATAG--a
gi|14 : tttctaacttttagatgacttctctgaaTTATTGTCCGTCA-----T-ATT-----------ACCGGTTT---CCTGTAATC---ACT--ACACA--T---T--G-----AG---AG--CA-TG-GTCGCA-----GTGTTCCTCG--CA--TGATG-CCATATC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-TGT-G--TTATTGC---CT--ATT--A-TTCAAT----ATG--------GT--AA-A---T--AGAGT--G-AAATTGAA---------TACA---ATT---G-AG-ATA------ATTTCA--AAT-G--A----AG-----CATATT---CTAA---AAC-TC---------------------------ATGAA---AT-TCTGTG----------TGTTTGATTC-TTGA-------------T---TCT--CAG----ATT-T-----GTAT---TT-----TTGaaatgtaa
gi|15 : CTTCTTT---TTTTAAATC---ATTGAA---A--C---T--AT--T--T---GA--TTGTG-CTCACA-----AGATTACTTG--GA--TTTTG-CCCTTTTTTAT-A----T---TT--------------------TTT-T-T-G--T--CTTCG--CC--C-A-----TCAATTAAAATG-G-CCTCCGA--TC-T---T--A------A-AAATGAAC---------TTAA---ATT---G-AA-TGG------ATTCCA--AAC-G--AC---GT-----C----TTT-CTGA---AACACCGTACGTATGCAA---T---GGCG----ATAAT---AT-TTCACG----------TGCACGATCA-TTGGA-
gi|16 : gAC---------TAAA---ATTTTTA-AA-AAA------A---CA--AAT-G--ATATCAC-----C----T---CTTA---TAC-CT---GTTATTCAA---T---GCTG----ATCAA---AC-TTCACA----------TGCATAGTC--TCGGAGTCAA---CC--T---TAAT-CAA---------------T-T---TT-----ATGT-TTT-TTG--T-TG---TCAT---A----A---AA-T--ATTGAA----AAATGTCAGCAT-G--GG------TTGCAAA--GTTT--------------TT--ATA--A-A-G--T-TATG-----Tatctgtgtttgatgtttt
gi|17 : -G--TTGCCATA--CA--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-ATACCATATTG-C---TTTG------A-AAATAGAC---------TAAA---GCT---G-CG-AAA------ATATCATCAAC----------T-----C----T----TAA---AAC-AA-----TAT-------T---G-------ATCAA---AC-TTTATG----------TGCCTGATCC-GTGGG-CCAGTTTCT--T---TCAAGCAT----G-T-G-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TGT--T------TT-----A----C---AA-G--CTTCAA----AATGGtagg
gi|18 : tgTTC---TCTTGAACC---ACTGAACAGA--T---TTGAT--T-GA---AA--TT-TG-ATC--------AGGTTCCATG--GG--
gi|19 : aattaattgaaatgttagtttaaatacagatgaactattcctgtagaaggctgtcccatgttgtccaccgacatccacaatTG-G-TTGCCTT--TA-C---T--T------T-AAATTGAC---------TTAA---ATT---T-AG-AAA------ATATCA--AAT-A--AG---ATCTC--C----T---CTGA---AAT-CC---CTTATTCAAAGCT---G-------ATCAA---AA-TTTATT----------TGCACTATGT-TTG
gi|2 : ccttgggtggtttgctttcaactgttTTC--AG-A----A---TT---GT--G------------TTT-T-T-GACTGCCT-CA--TT--A-A--A-TG-AAT----ATA-GACCGCTGT--TA-C---T--A------A-AA-TATCT---------TAAG---ATT---G-AA-GAA------ATATCA--AAT-GGCA----AC-----A----T---TTCATT-AAG-CC---CGTACTTAAAACT---G-------ATGAA---AC-TTCCTG----------TGTATGGTCC-TTGGC-TCAA---TCA-T---TAA--CGG----GCT-T-----AT-A---CA-----T--T-TCA-TCA--T-TG---T------A----A---AA-T--ATTTAA----AATGACTGCCATGG--TG------CTGCG--------------T----AAA----ATA--T-G-GAA---ATG-----TA-TCAGAATG-CCAACT-------G--------AC-CTTAAA-----CTAA-TGAACCGATTGTCATCATGT-TGC-TTCATGGTTG-T---GC-C-T----TTTC-TATTT---G-----TTTT-----ACTGGCAACTCTATTTGCAATA-TGGAATCATAACTAA
gi|2 : CTTAAACT---AATGAACCGA--T---T-----------------------GTCATC-----ATGTTGCTTCATGG--TTGTG-CCTTTTC---T-A----T---TT---GT----------------TT-T-A-C--TGGCAACT--CT--A-T--T-TGCAAT----ATG-G-A-ATCAT--AA-C---T--A------A-TAATTGCC---------CATA---ATT---G-AGAAAA------ATCTCA--AAC----A----ATAA---A----T---CCAAAGTAAC-CA---CTTATTCAA---T---GTTTTTTTTTAAA---AC-TCCACG----------AACTCGATCT-CT-----------CC--G---TCA---AT----ATT-T-----CT-A---TT--------T-TCT-TCT--T-TG---T------A----T---AG-T--AT--AG----AATTGTTGACACAA--GG------CTGCAAA--GTTTA-AAT-C----GGGTT--ATA--C-ATGAAT-taattgcccataattgagaaaaatctcaaacaataaatccaaagtaaccacttattcaatgtttttttttaaaactccacgaactcgatctctccgtcaatatttctattttcttctttgtatagtatagaattgttgacacaaggctgcaaagtttaaatcgggttatacatgaatgcagacga
gi|21 : ttcagaattgtgtttttgactgcctcattaaatgaatatagaccgctgttactaaaatatcttaagattgaagaaatatcaaatggcaacatttcattaagcccgtacttaaaactgatgaaacttcctgtgtatggtccttggctcaatcattaacgggcttatacatttcatcattgtaaaatatttaaaatgactgccatggtgctgcgtaaaatatggaaatgtatcagaatgccaactgacCATCCA-CAA--TTTCATTAAAT------GACTTCTTC---TCTGAAACA---AACAAACATA--TCAAT--AT--TAATTGGAA--CT-TT-GTTGCA-----ATGTCCC-----------------ATTTC--AG-A----T---TT---AT--G------------TTT-gcagacga
gi|22 : tgTTGTCATC-----A--TTT-TTT---TAAAAATGACTT-TCT---CCT-AACCC---ACTGAGTAGA--T---T---T--T-ATTGGAA--TT-TG-ATCACA-----ATTTTTCattattatcacgtataat
gi|23 : gctcggctgagttatacatgtagcaaacttcgtcatcgtT---GT--T------------TTT-T-T-CC-TGGCAACC--CT--G-G--A-TCCAAT----ATG-T-CTGCCAT--AG-T---T--G------A-AAATATAC---------AAAA---AAT---G-AT-AAT------TGTTCA-------------------------------------------------ATTTAA---T---GTTA----ATCAA---AT-TCCATG----------TGCATGGTCA-TT
gi|25 : TTGTCATCTA-CAAGTTTT-AAA---T------AACTTTATTGTCTTTGAAACA---ATTGAACAGATTT---T--AT--T-GT---AA--CT-TG-GTTAGA-----Atg
gi|27 : ACTTCTGT---TCTGAAACC---ATTGAACAGA--T---T---T--T-ATTGAAA--TT-TG-ATCA-A-----AT
gi|3 : TTGTTGTCCA-TAA--CTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTTAACA----T---T--AC--T-AT-------CT-TG-GTGACA-----AAGTTCCTTG--GG--TGGTG-CACTTTC--AG-A----A---CT---GT--G------------TTT-T-C-G--TGGCTTCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCAACAT--TA-C---T--A------A-AAATAAAC---------TGAA---ATT---G-AG-AAA------GTTTCA--AAT-T--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATAAA---AT-TTCGTA----------TGTTTGATCC-TTGGA-TCAA---CCA-A---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TAGTCTC-----A----A---AA-T--ATTGAA----GATGGCTGTCCTAG--GG------CTTGGAA--GTTGG-CAT-T----GTATT--ATA--A-A-GAGT-TATG-----TATT-AAAATG-ACAACT-------G-CTCAAATAC-CTCAAGAGTTTTTAA-TGAA--AGT--TTATCTTGA-GGCGCC-----TTG-GGATGTGCAT----TTTCAGATTT-TTG-----TTTTTAGTGACT-GCAAGTACATGTACAACAGCATAATCATGGTTAActatg
gi|4 : tT---TCTTAAATC---ATTGAACTAA--T---T--TT--T-GTTA-AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTTCT-G--GA--TGGTG-CACTTTC--AA-A----T---CT---GT--G------------TCC-T-T------CCTTCT--CC--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-CCGACAG--TATT---T--A------A-ATATTTAC----------AAA---ACTA--G-AG-AAA------A----A--AAC-C--AAAACATTGA--C----A---CTGA---AAC-CA---CTAGTGCAATACT---A-------ATCAG---AT-T----------------------TCC-TGAAA-TCAA---CC--T---TTAT-CAA----G------------T---TT-----TTGT-CTT-CTT----------------A----C---AA-TGAAT--AA----AA-GGCAGCCA----------------CCAA--GTTTA-AAA-T----GAA-T--ATG--A-A-TAACATAGGAAAAATA-T-AAAACATATAA---------A-C-----TA--------A---TTTAAGTAAG--ATT--TTATTATAATTTT-CC-----TTGAG---ATGT-TCCTATTTA-GATTTACCGTAATTTTTTTAGTGGC
gi|4 : cattcagtatacatgtagTTATA-----ATTTTCCTTG--AGA-TGTTC-CTATTT---AG-A----T---TTACCGT--AATT---------TTT-T-TAG--TGGC--CA--CCTTG-A--A-TCCAGT----ATA-C-CTGCCAT--TA-C---T--A------A-TAATAGAcaccttgaatccagtatacctgccattactaataatagaat
gi|5 : cattcagtatacatgtagttcttaaatcattgaactaatttttgttaaacttggtcacaatgtttctggatggtgcactttcaaatctgtgtccttccttctccaaattcaatatggccgacagtatttaaatatttacaaaactagagaaaaaaaccaaaacattgacactgaaaccactagtgcaatactaatcagatttcctgaaatcaacctttatcaagtttttgtcttcttacaatgaataaaaggcagccaccaagtttaaaatgaatatgaataacataggaaaaatataaaacatataaactaatttaagtaagatttta--TTT-ATA---T------GACCTCTTT---TCTGCAATC---ATTGAACAGG--T---T--TT--T-AT--------------TTAAA-----AT------TG--GG--TGTTG-CT--------A-A----C---TT----T--G------------CTT-T-T-T--TCATTACAGCCC--ATA--A-TTCAAA----ATG-G-CCGCTGT--TA-C---T--T------A-ATATAGAC---------AAAATAAATT---G-TA-AAC------ATTT-----AC-A--G----TT-----C----T---CTAA---AAC-C-----TGGTTTAA---TTTTA-------ATTAA---AA-TTAATG----------TGAATAATCC-TAAGA-TCAG---TC--TCTCTCA---AA----GTT-T-----TTGT---TT-----TTGT-TTT-TGTCAT-TG---T------A----A---CA-T--ATTTAA----GATTACTGTCACAGATGT------CTGTGAA-----TGATATAT----G---T--ATA--ATA-GAA------------A-T-AAAGTG-ACAGCTTTTCTAAATC-----TGCATTCATAA---TTTAA-TGAA--AAT--TGACCAat
gi|6 : ctttctgttcttaaattcG--GG--TGCTG-TCCTT-C--AG-A----CACCTC---TT--G------------TTT-T-T-G----GCAACC--CC--A-A--A-TCCAAT----ATC-G-TTGCCAT--TA-G---T--A------T-AAATAAAC---------TAAA---GCT---A-AG-AAA------TTATCA--AACAG--T----ATTTG--C----T---CTAA---AAC-CC---A--ATGC-----T---G-------ATCAA---AT-TGCATT----------TGTATAGTCT-TTGCG-TCAA---CC--T---TTA-----------T-T-----TT-T---TTGATGATCGT-CGT-TTT--TATG---TA-----G----ATCTAA-T--ATTAAA----TAGGGTCCCCATGA--GG----------AAACCATTTG-AAT-TTGAGGAA-T--ATC--A-G-GAA---ATG-----TA-TAAAAACG-GCATCT-------A-C-----T---CTCAAGATG-TTTAA---AC--CAT--TTCTCATTA-AA---C-----TTG-G---TCAC-A----CT-----TTT-TCG-----TTGTTGGTGCCTGGGAAATGTACGTACAggttgttctctaggaggtgcaaattcaaaact
gi|7 : TTGTCATCTG-CAA--TTT--TT---TCAAA--GACTTCT------CTGATACA---AATAAACAAA--T---T--TTACT-GA---AA--CT-TG-GTTACA-----ATGTTCCTTG--GGACTGCTG-TCCTTTA--AG-A----T---TT---AA--G------------TTTGT-T-G--TCATTACA------ATA--A-TTCATT----ATA-A-CTACTGT--TT-C---T--T------A-----AGAC---------T---------------------------TCT-----------------T-----G----T---CTGA---AAC-CC---CTTTTTCAATATT---G-------ACCAA---AC-TCAATG----------TGCAAAATCC-T-------------C--T---GCA--TAA---------------------TT-----TTG------TTT--T-TG---TC----------A---AC-T--ATTCAA----GATTGCTGTCATAG--GG------ACCCAAA--ATTTA-CAT-T----GAGTT--ATATTG-A-GAAC-TATA------A-A-AAAATA-ACAACT-------A-C-----
gi|8 : CTTC---TCT-AAATCTATATTCAGTATG--T---C--AT--T-AA---AA--GT-GG-ATCACA-----TTGTTCCTTA--GG---GGTG-CGACTTC--AA-A----A---TT---GT-----------------------------TTCCA--CC--A-A--AATACAAT----GTG-A-CTGCCAT--TG-C---T--ATTA---ATAAATGGGC---------TAAA---ATC---A-GG-AAACTTTGAATTTCA--AAC----A----AT---------------------AACGCC---CATATTCAG---T---
gi|9 : cctttggtcagcctccctcaagtataaatatttttttgtcaatagttgccataggaactctaagtttagaattttgttataaaataaggcaatgtaaacaataacaa--GG--TG--G-ACCTATC--AA-A----T---TT---GT--GAGCTGTTTTTTTTTT-T-T-T--TGCCTCCA--AT--A-A----TTCAAG----ATT-G-CCCCCAT--AA-C---T--T------A-AAATAAATAAAAAAGTGTAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----A-----------------------AC-C----------------T---G-------ACCAA---CT-GTCACA----------TGAAT----C-TTGGA-ATAA---TCACT---TCA--C-------TC-TGCCATTT-TAAGTT-----TTGT-TTTGTTT--T-TGA--TC-----ACAGTA---AA-TT-ATTCAA----GATGGCTGTCACAA--GG------ACACAAA--ATTTG-CAT-T----GAATT--A-G--A-A-GATT-TGTG------A-T-AAAattgac
blockSeqs : G CGT GT CA TAAAAAT GTC G TAT T G TT CAA ATTAATTGG AA G . TT AT AC G T AC TT . ATTGT ACCG GAGCTGTTTTTTT A G TTCATTACAGCCCAT TT A TAAA A A G AT T TGG ATTAATA T AAAAAAGTG TAA TTT A A CTTTGA TT TC GGAAACTACTCTGAAACATCTGACTGAATGCAGTGTGGTGTTCATATGCCTGATTCTTAGGTTATCCTTTATCAACTTGGTGTTTT GATGA T G CA C TTCCTCTGA C GA GATG AGAT C TCA CCA GAT A TGAGGAA . TTG T CATAGGAAAAATAT T TTTCTAAATCTGCATTCATAA GT . . TTTTCCTTGAGATGTTCCTATTTAGATTTACCGTAATT TA G G A G T
blockSeqs : A CA . C TCAAA . G . C T . . TCATTAA . . . TA . A A . AT . . CACC T AATT G . GACTGCCTCATTA . . . . . G . . . AGAGT . . . A . . . TT . GAACATTGCCTCTGAAACACCTTTCTCAATGTTGAACAAACTTCATACAATCATGTATGCATGGTACTTTGATCAGAGATTGTGT . T . . A ATCACAGTA . T . TA A GTG T GC . GAAT . AT . TTATGTATT . GCTCAAATACCTCAAGAGTT T . . GGCGCCTTGGGATGTGCATTTTCAGATTTTTG TA . A G
blockSeqs : A TA . A AAAT . G . C G . . TGATTGA . . . CT . . A . AA . . A G ATG . . CCTGGCAACCCTG . . . . . A . . . ATTA . . . . . . . CT . GGCAACATTTCATTAAGCCCGTACTTAAAACTGATGAAACTTCCTGTGTATGGTCCTTGGCTCAATCATTAACGGGCTTATA . T . . . GTCTCAA . . . AG T GCA G GC . GGGT . A . ATGTATA . ACTCTCAAGATG T . . AACTTGGTCACACTTTTTCG TG
blockSeqs : A CA . T AAAT . G . C C . . TTATTGG . . . CA . . T . CT . . T G A . . AGTGGCCACCTTG . . . . . A . . . TTG . . . . . . . TT . AGTTCTCTAAAACCTGGTTTAATTTTAATTAAAATTAATGTGAATAATCCTAAGATCAGTCTCTCTCAAAGTTTTTGT . T . . . TAGATCT . . . AG C GCG G AA . GTAT . T . CTATAAA . ACTAA . . .
blockSeqs : G TG . A T . T . T G . . TTATTGA . . . CA . . A . CA . . T G G . . TTGGCCACCTAA . . . . . T . . . A . . . . . . . TT . GATATCACCTCTTATACCTGTTATTCAATGCTGATCAAACTTCACATGCATAGTCTCGGAGTCAACCTTAATCAATT . T . . . TCATAA . . . GG C GCA G GC . GAGT . C . TTGTGAT .
blockSeqs : A . . A T . T . C G . . TTTGTTA . . . TC . . T . CC . . T G G . . GTTGCGGCCTGA . . . . . A . . . A . . . . . . . TA . AATAAATCCAAAGTAACCACTTATTCAATGTTTTTTTTTAAAACTCCACGAACTCGATCTCTCCGTCAATATTTCTA . T . . . TCATA . . . AA C TGG G AA . GAAT . A . AT
blockSeqs : . A T . T . A T . . TTACTGA . . . CA . . G . CT . . T G G . . GTTATTGCCTAT . . . . . G . . . A . . . . . . . TA . TAATCTCTGAAACCCCTTATTCAATGATAAAATTTCGTATGTTTGATCCTTGGATCAACCAATCACAAGTTTTTT . T . . . TTAC . . . AG C GTG G GA . AAA . A .
blockSeqs : . . . . G . A G . . TTGAT . . . CA . . G . AC . . T G G . . GTTGCCATACAA . . . . . G . . . A . . . . . . . TA . AGCATCTGCATTGTAACCACTTATTTAACAGCAAAGTTCCACGGACATGATCTTGGTCAACCTTAAGTTGTTGT . T . . . TAA . . . GA A CCA A AC . GAA . A .
blockSeqs : . G . C G . . TGTTG . . . GA . . G . AC . . A G G . . CTGGCAACTCTA . . . . . A . . . A . . . . . . . TC . AGTATTTGCTCTAAAACCCAATGCTGATCAAATTGCATTTGTATAGTCTTTGCGTCAACCTTTATTTTT . T . . . TAA . . . AG A ACA A GC . T . A .
blockSeqs : . G . T G . . ATTGT . . . CA . . T . TA . . T A G . . GTGGCTTCACCA . . . . . G . . . T . . . . . . . GT . TCTTAAAACAATATTGATCAAACTTTATGTGCCTGATCCGTGGGCCAGTTTCTTTCAAGCATGTGTTT . T . . . TAT . . . AA . CC . . . G .
blockSeqs : . G . T A . . ACTAT . . . CA . . T . CC . . T G T . . TTGCCTCCAATA . . . . . A . . . A . . . . . . . TT . CAAAACATTGACACTGAAACCACTAGTGCAATACTAATCAGATTTCCTGAAATCAACCTTTATCAAGT . T . . . TAA . . . G . A . . .
blockSeqs : . T . C G . . TTTAT . . . TA . . C . CC . . A G G . . GTCATTACAAT . . . . . G . . . A . . . . . . . TT . GAAGCATATTCTAAAACTCATGAAATTCTGTGTGTTTGATTCTTGATTCTCAGATTTGTAT . . . . . TCA . . . .
blockSeqs : . G . T A . . ATTAA . . . AA . . C . GA . . T G G . . TTGTTCCATC . . . . . G . . . G . . . . . . . TA . GAAACCTGACCAACTGTCACATGAATCTTGGAATAATCACTTCACTCTGCCATTTTAAG . . . . . AA . . .
blockSeqs : . G . T T . . ATTT . . . CA . . G . CC . . T T G . . GTTGCCATCA . . . . . G . . . A . . . . . . . TC . TGTCTGAAACCCCTTTTTCAATATTGACCAAACTCAATGTGCAAAATCCTCTGCATAA . . . . . AC . . .
blockSeqs : . . . A . . . GAG . . . CA . . . . A . . C A G . . GTCTTCGCCC . . . . . G . . . A . . . . . . . TT . GACATCTTCTCTGATACCTTTTTTTCAATGCATGATCCTTTGGGCTGACTCTCT .
blockSeqs : . . T . . . . . . . A . . . . T . . T G G . . GGCAACCCCA . . . . . A . . . A . . . . . . . TT .
blockSeqs : . . . . . A G . . . CCTTCTCCA . . . . . G . . . T . . . . . . . T .
blockSeqs : . . . T . . . . GTGGCTAT . . . . . C . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TTCCACCA . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T . . .
blockSeqCons : CA***** T******* G*** GTGGCTNCACCA******** A******** TT T* TAA**************** C****** ** NCTCTAAT********************* ** **
originalCons : NTTGTCGTCCG-CAA--TTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T--NT--T-AT---AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TG---TC-----A----A---AA-T--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAACT-------A-C-----TAC-CTCAAGA---TTTAA-TGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CC-----TTG-G---GCGC-T----TTTC-GATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
finalCons : NTTGTCGTCCG-CAA--TTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T--NT--T-AT---AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-AT-------TTG---T--G------------TTT-T-TGTGGCTNCACCA--------A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---TA--------A-AAATAGAC---------TAAA---ATT---G-AG-AAA------ATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---CTGA---AAC-CC---CTTATTCAA---T---G-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--CAA----GTT-T-----TT-T---TT-----TTGT-TTT-TTT--T-TGTAA----------------AA-T--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GGC------TGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAACTNCTCTAAT---------------------TTTAA-TGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CC-----TTG-G---GCGC-T----TTTC-GATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATTCCAAGGAAACATAATGTACTGATTTGTATTTTTAACTCATCTGAGCTATTCCTGTAGTCGGCTCTCTATTGTTGTCCGTCATCCACATTTTTTAAAATGACTTCCCTGAAAC
Unaligned ( gi|24 ): ACAACTACTTCAGATATTTACTCAGCTTTAAATAATAGCAGATCATGTTGTTCCTTAGGTGGTGCCACTTAAATTGTAGTTCT
Unaligned ( gi|26 ): TTCTTTAGGCCAGCCTATTTTTATAGATTTTTTTCTGCATGATTGCCACAAAGGCCCATTAACTTTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 3333333333 3333333333333 111111111111111 22222222222222222222 111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222222222222 1111111 2222222222222222 11 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 2 000 66 66 4444444444 0 444 1 444 1 2 33 444 6666666666666 33 2 2 5555555 0 33 55 4 2 44 22 2 88888888 3333 555555555555555 4 2 22222222222222222222 22 2 0 4444 1 1 1 0 22 1 333 555555555 1 88888888888888 555 2 2 555555 2 22 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 333 33 0 222222222222 2 111111111111111111111111111111111111111111111111 66666 0 2 222222222222222222222 2 5555 33 00 5555 0 4444 3333333 222 666 777 3 99999999 55 6666 4 4444444444444444 0 6 00 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 44 0 6 1 1 0 5 1
lowQualScore : . ... .. .. .......... . ... . ... . . .. ... ............. .. . . ....... . .. .. . . .. .. . ........ .... ............... . . .................... .. . . .... . . . . .. . ... ......... . .............. ... . . ...... . .. ................................................................. . ... .. . ............ . ................................................ ..... . . ..................... . .... .. .. .... . .... ....... ... ... ... . ........ .. .... . ................ . . .. ........................................................................................................ .. . . . . . . .
lowQualScore : 7 111 11 44 2222222222 8 444 8 111 0 2 22 111 5555555555555 22 4 4 4444444 4 11 33 1 4 99 99 1 88888888 8888 666666666666666 0 1 44444444444444444444 88 0 2 2222 9 9 3 3 66 9 333 222222222 9 22222222222222 555 0 0 888888 6 88 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 7 777 11 1 777777777777 1 888888888888888888888888888888888888888888888888 22222 5 1 444444444444444444444 7 7777 77 66 7777 9 4444 4444444 111 999 444 3 33333333 00 5555 0 7777777777777777 7 7 00 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00 8 7 0 0 7 0 0
consensus : NTTGTCGTCCG-CAA--TTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T--NT--T-AT---AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TA---AAATT---G-AG-AA------AATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---C---TGA---AAC-CC---CTTATTCAA---TG-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--C-----------AA----GTT-TTT-TTT-----TTGTTTTTTT--T-T---G---T------A-A----AAT--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAACT-ACTCT---AA------------T------------TTTAATGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CC-----TTG-G---GCGC-T----TTTC-GATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
Reference ( family-422 ) : NTTGTCGTCCG-CAA--TTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T--NT--T-AT---AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTCCTTG--GG--TGNTG-CNCTTTC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-T-T-G--TGGCTNCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCGCCGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TA---AAATT---G-AG-AA------AATTTCA--AAC-G--A----AT-----C----T---C---TGA---AAC-CC---CTTATTCAA---TG-------ATNAA---AT-TTCACG----------TGCATGATCC-TTGGA-TCAA---CC--T---TCA--C-----------AA----GTT-TTT-TTT-----TTGTTTTTTT--T-T---G---T------A-A----AAT--ATTCAA----GATGGCCGCCATAG--GG------CTGCGAA--GTTTG-CAT-T----GAATT--ATA--A-A-GAAT-TATG-----TA-T-AAAACG-ACAACT-NCTCT---AA------------T------------TTTAATGAA--AAT--TTATCATGA-NGC-CC-----TTG-G---GCGC-T----TTTC-GATTT-TCG-----TTTTTAGTGACTGGCAANTNTACGTACAACAGCGNAATCATGGCTAA
gi|1 : --TTT-AAT---T------GAGATCT------CTGAAACC---ACTGAACAGA--T---T---T--T-ATCAAAA--CT-TGTGTTACATTATTATGCTCCTTT--GG--TAGTG-CACTTTC--AGCA-----------------G------------GTT-T-T-G--TGGC--CA--TCT-C-A--A-TCCAAT----ACA-G-CCACCAT--TT-C---T--------------TAGCC---------TA---TAATT---G-AG-AA------AATT-CA--AAC-A--AC---AA-----C----T---CCACTAA---AAT-CC---CTACTTCAA---TG-------ATGA-------TTAATC----------TTCATGAACC-TTGGT-TCAA---TC--T---TGA--CC----------AA----GTT-TGTATTT-----TTGTT-------------GA--C------ACA----AAT--ATGCAA----GATGACCCCCATGA--GGCCAGTTCTGAAAG--GGTTG-AAC-T----GATTTTGATA--A-A-
gi|1 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaataccT---TCTGAAAGG---GTTGAACTGA--T---T--TT--G-AT---AAAACT-TG-TTCA-------GTGTTTCTTG--GG--TGGTA-CACTTTT--TT-AATTGT---TT---TT--A------------TTT-T-T-T--TGGC--CA--CCTAA-A--G-TCCAAT----ATGAG-AC-TTGT--TA-C---T--A------A-AAATAGAC---------TA---CA--T---GAAG-AA------AATTTAT--AACAG--C----AT-----C----TGCAT---TGT---AAC-CA---CTTATTTAA---CA-------GCAAA---GT-TCCACG----------GACATGAT-C-TTGG--TCAA---CC--T---T----------------AA----GTTGTTG-TTT-----TCATCTATCT--T-A---G---T------A-A----AAT--AGTCCAGATGGATGGATGCTACTA--AG------CTTCAAA--TTTTG-CAT-T----GAATT--CTA--acttgttcagtgtttcttgggtggtacacttttttaattgtttttatttttttggccacctaaagtccaatatgagacttgttactaaaaatagactacatgaagaaaatttataacagcatctgcattgtaaccacttatttaacagcaaagttccacggacatgatcttggtcaaccttaagttgttgttttcatctatcttagtaaaatagtccagatggatggatgctactaagcttcaaattttgcattgaattctatcttgaaatcaaatga
gi|10 : aagatcacaatatttttaattcagcagagtagatgcaacatcatcatccagaatacctttaattgagatctctgaaaccactgaacagattttatcaaaacttgtgttacattattatgctcctttggtagtgcactttcagcaggttttgtggccatctcaatccaatacagccaccatttcttagcctataattgagaaaattcaaacaacaactccactaaaatccctacttcaatgatgattaatcttcatgaaccttggttcaatcttgaccaagtttgtatttttgttgacacaaatatgcaagatgacccccatgaggccagTTC--AG-A----A---TG---GT--G------------TTAAT-T-G--TTGCGGCC--TG--A-A--A-GCTAAT----ATG-G-CTGACAT--TG-C---T--ATTAATAA-AAAAAGAT---------CA---AAATT---G-AA-GA------AAT--AA--AAA-G--A----ACATTGCC----T---C---TGA---AAC-AC---CTTTCTCAA---TG-------TTGAACAAAC-TTCATACAATCATGTATGCATGGTAC-TTTGA-TCAG----------------------------AG----ATT-GTG-TTG-----TTGTTTTTTT--TCT---G---TTCCTCTG-A----GAT--ATCCAG----GATTGCCACCATAG--GG------ATGTGAA--GTTTG-CAT-T----AAtcttgaaatcaaatga
gi|11 : TTC---TCTGAAACT---GCTGAACATA--T---T--TG--T-TG---AA--CC-TC-GTCATT-----GTGTTTTATG--GA--TGATA-CATTTTC--CA-A----T---TT---GT--G-------------TT-T-T-G--TGGCTAT------------A-TCCAAT----ATG-G-TCGCTAT--TA-C---T--A------A-AAATAGCT---------TT---GTGTT---G-AG-AT------AATTCCA--CGC-GGAA----ACTA---C----T---C---TGA---AAC-AT---CTGACTGAA---TGCA-----GTGTG---GTGTTCATA----------TGCCTGATTC-TTAGG-TTAT---CC--T---TTAT-C-----------AACTTGGTG-TTT-TTT-----TTG----TTT--T-T---G----------A-A----AAT--ATTCAA----CATAGCCACCgcttttatggttttcaaa
gi|12 : TCCTCCA-TAA--TTT-CTTAAAT------GA--TCTTT----CTGAAACC---ACTGAACAGA--T---TTCAT--T-AA---AG--CT-TA-GCCATA-----ACATTTCATA--GG--TGATGTCAATT----AG-G----T---TT---GT--G------------TTC-T-T----TTGTTCCA--TC-------A-TTCAAA----ATG-G-ACACTGT--TA-TTGGT--A------A-AAATAGAT---------TA---AGAT
gi|13 : aaaatatctgtttcaaaaataaaatgaaatgttttatgtactttattggctcaactgagctattcctgtagctagttcttcacacttatccttcaACT-----ATGTTCCTTA--AA--TTTTG-CCTTCCC--AG-A----T---TT---GTATG------------TTT-T-T-G--TTGC--CA--TC--A-ATTA-TCCAGT----ATG-G-CCATTGA--TA-C---T--A------A-AAAT----------------------T---G-CA-AC------AACTTCA--AAT-G--AC---AT-----C----TTCTC---TGA---TAC-CT---TTTTTTCAA---------------------------------------TGCATGATCCTTTGGG-CTGA---CT--C---TC--------------------------TC-TTT-----GTCTTCTTTG--T-C---A---T------A-A----ACT--ATTCAA----GATGTCTGCCATAG--a
gi|14 : tttctaacttttagatgacttctctgaaTTATTGTCCGTCA-----T-ATT-----------ACCGGTTT---CCTGTAATC---ACT--ACACA--T---T--G-----AG---AG--CA-TG-GTCGCA-----GTGTTCCTCG--CA--TGATG-CCATATC--AG-A----T---TT---GT--G------------TTT-TGT-G--TTATTGC---CT--ATT--A-TTCAAT----ATG--------GT--AA-A---T--AGAGT--G-AAATTGAA---------TA---CAATT---G-AG-AT------AATTTCA--AAT-G--A----AG-----CATATT---C---TAA---AAC-TC------------------------ATGAA---AT-TCTGTG----------TGTTTGATTC-TTGA-------------T---TCT--C-----------AG----ATT-TGTATTT-----TTGaaatgtaa
gi|15 : CTTCTTT---TTTTAAATC---ATTGAA---A--C---T--AT--T--T---GA--TTGTG-CTCACA-----AGATTACTTG--GA--TTTTG-CCCTTTTTTAT-A----T---TT--------------------TTT-T-T-G--T--CTTCG--CC--C-A-----TCAATTAAAATG-G-CCTCCGA--TC-T---T--A------A-AAATGAAC---------TT---AAATT---G-AA-TG------GATTCCA--AAC-G--AC---GT-----C----TTT-C---TGA---AACACCGTACGTATGCAA---TGGCG----ATAAT---AT-TTCACG----------TGCACGATCA-TTGGA-
gi|16 : gAC---------TA---AAATTTTTA-AA-AA------AA---CA--AAT-G--ATATCAC-----C----T---C---TTA---TAC-CT---GTTATTCAA---TGCTG----ATCAA---AC-TTCACA----------TGCATAGTC--TCGGAGTCAA---CC--T---TAAT-C-----------AA----------T-TTT-----ATGTTTTTTG--T-T---GTCAT------A-A----AAT--ATTGAA----AAATGTCAGCAT-G--GG------TTGCAAA--GTTT--------------TT--ATA--A-A-G--T-TATG-----Tatctgtgtttgatgtttt
gi|17 : -G--TTGCCATA--CA--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-ATACCATATTG-C---TTTG------A-AAATAGAC---------TA---AAGCT---G-CG-AA------AATATCATCAAC----------T-----C----T-------TAA---AAC-AA-----TAT-------TG-------ATCAA---AC-TTTATG----------TGCCTGATCC-GTGGG-CCAGTTTCT--T---TCAAGC-----------AT----G-T-GTT-TTT-----TTGTTTTTGT--T-T-------T------A-C----AAG--CTTCAA----AATGGtagg
gi|18 : tgTTC---TCTTGAACC---ACTGAACAGA--T---TTGAT--T-GA---AA--TT-TG-ATC--------AGGTTCCATG--GG--
gi|19 : aattaattgaaatgttagtttaaatacagatgaactattcctgtagaaggctgtcccatgttgtccaccgacatccacaatTG-G-TTGCCTT--TA-C---T--T------T-AAATTGAC---------TT---AAATT---T-AG-AA------AATATCA--AAT-A--AG---ATCTC--C----T---C---TGA---AAT-CC---CTTATTCAAAGCTG-------ATCAA---AA-TTTATT----------TGCACTATGT-TTG
gi|2 : ccttgggtggtttgctttcaactgttTTC--AG-A----A---TT---GT--G------------TTT-T-T-GACTGCCT-CA--TT--A-A--A-TG-AAT----ATA-GACCGCTGT--TA-C---T--A------A-AA-TATCT---------TA---AGATT---G-AA-GA------AATATCA--AAT-GGCA----AC-----A----T---T---TCATT-AAG-CC---CGTACTTAAAACTG-------ATGAA---AC-TTCCTG----------TGTATGGTCC-TTGGC-TCAA---TCA-T---TAA--C-----------GG----GCT-TAT-ACA-----T--TTCATCA--T-T---G---T------A-A----AAT--ATTTAA----AATGACTGCCATGG--TG------CTGCG--------------T----AAA----ATA--T-G-GAA---ATG-----TA-TCAGAATG-CCAACTGACCTT---AA-------------------------ACTAATGAACCGATTGTCATCATGT-TGC-TTCATGGTTG-T---GC-C-T----TTTC-TATTT---G-----TTTT-----ACTGGCAACTCTATTTGCAATA-TGGAATCATAACTAA
gi|2 : CTTAAACT---AATGAACCGA--T---T-----------------------GTCATC-----ATGTTGCTTCATGG--TTGTG-CCTTTTC---T-A----T---TT---GT----------------TT-T-A-C--TGGCAACT--CT--A-T--T-TGCAAT----ATG-G-A-ATCAT--AA-C---T--A------A-TAATTGCC---------CA---TAATT---G-AGAAA------AATCTCA--AAC----A----ATAA---A----T---C---CAAAGTAAC-CA---CTTATTCAA---TGTTTTTTTTTAAA---AC-TCCACG----------AACTCGATCT-CT-----------CC--G---TCA--------------AT----ATT-TCT-ATT--------TTCTTCT--T-T---G---T------A-T----AGT--AT--AG----AATTGTTGACACAA--GG------CTGCAAA--GTTTA-AAT-C----GGGTT--ATA--C-ATGAAT-taattgcccataattgagaaaaatctcaaacaataaatccaaagtaaccacttattcaatgtttttttttaaaactccacgaactcgatctctccgtcaatatttctattttcttctttgtatagtatagaattgttgacacaaggctgcaaagtttaaatcgggttatacatgaatgcagacga
gi|21 : ttcagaattgtgtttttgactgcctcattaaatgaatatagaccgctgttactaaaatatcttaagattgaagaaatatcaaatggcaacatttcattaagcccgtacttaaaactgatgaaacttcctgtgtatggtccttggctcaatcattaacgggcttatacatttcatcattgtaaaatatttaaaatgactgccatggtgctgcgtaaaatatggaaatgtatcagaatgccaactgacCATCCA-CAA--TTTCATTAAAT------GACTTCTTC---TCTGAAACA---AACAAACATA--TCAAT--AT--TAATTGGAA--CT-TT-GTTGCA-----ATGTCCC-----------------ATTTC--AG-A----T---TT---AT--G------------TTT-gcagacga
gi|22 : tgTTGTCATC-----A--TTT-TTT---TAAAAATGACTT-TCT---CCT-AACCC---ACTGAGTAGA--T---T---T--T-ATTGGAA--TT-TG-ATCACA-----ATTTTTCattattatcacgtataat
gi|23 : gctcggctgagttatacatgtagcaaacttcgtcatcgtT---GT--T------------TTT-T-T-CC-TGGCAACC--CT--G-G--A-TCCAAT----ATG-T-CTGCCAT--AG-T---T--G------A-AAATATAC---------AA---AAAAT---G-AT-AA------TTGTTCA----------------------------------------------------ATTTAA---TGTTA----ATCAA---AT-TCCATG----------TGCATGGTCA-TT
gi|25 : TTGTCATCTA-CAAGTTTT-AAA---T------AACTTTATTGTCTTTGAAACA---ATTGAACAGATTT---T--AT--T-GT---AA--CT-TG-GTTAGA-----Atg
gi|27 : ACTTCTGT---TCTGAAACC---ATTGAACAGA--T---T---T--T-ATTGAAA--TT-TG-ATCA-A-----AT
gi|3 : TTGTTGTCCA-TAA--CTT-ATT---T------GACTTCTTT---TCTGAAACC---ACTTAACA----T---T--AC--T-AT-------CT-TG-GTGACA-----AAGTTCCTTG--GG--TGGTG-CACTTTC--AG-A----A---CT---GT--G------------TTT-T-C-G--TGGCTTCA--CC--A-A--A-TCCAAT----ATG-G-CCAACAT--TA-C---T--A------A-AAATAAAC---------TG---AAATT---G-AG-AA------AGTTTCA--AAT-T--A----AT-----C----T---C---TGA---AAC-CC---CTTATTCAA---TG-------ATAAA---AT-TTCGTA----------TGTTTGATCC-TTGGA-TCAA---CCA-A---TCA--C-----------AA----GTT-TTT-TTT-----TTGTTTTTTT--T-TA--G---TCTC---A-A----AAT--ATTGAA----GATGGCTGTCCTAG--GG------CTTGGAA--GTTGG-CAT-T----GTATT--ATA--A-A-GAGT-TATG-----TATT-AAAATG-ACAACT-GCTCA---AATACCTCAAGAGTT------------TTTAATGAA--AGT--TTATCTTGA-GGCGCC-----TTG-GGATGTGCAT----TTTCAGATTT-TTG-----TTTTTAGTGACT-GCAAGTACATGTACAACAGCATAATCATGGTTAActatg
gi|4 : tT---TCTTAAATC---ATTGAACTAA--T---T--TT--T-GTTA-AA--CT-TG-GTCACA-----ATGTTTCT-G--GA--TGGTG-CACTTTC--AA-A----T---CT---GT--G------------TCC-T-T------CCTTCT--CC--A-A--A-TTCAAT----ATG-G-CCGACAG--TATT---T--A------A-ATATTTAC----------A---AAACTA--G-AG-AA------AA----A--AAC-C--AAAACATTGA--C----A---C---TGA---AAC-CA---CTAGTGCAATACTA-------ATCAG---AT-T----------------------TCC-TGAAA-TCAA---CC--T---TTAT-C-----------AA----G-------TTT-----TTGTCTTCT-------------T------A-C----AATGAAT--AA----AA-GGCAGCCA----------------CCAA--GTTTA-AAA-T----GAA-T--ATG--A-A-TAACATAGGAAAAATA-T-AAAACATATAAA-----CT---AA------------T------------TTAAGTAAG--ATT--TTATTATAATTTT-CC-----TTGAG---ATGT-TCCTATTTA-GATTTACCGTAATTTTTTTAGTGGC
gi|4 : cattcagtatacatgtagTTATA-----ATTTTCCTTG--AGA-TGTTC-CTATTT---AG-A----T---TTACCGT--AATT---------TTT-T-TAG--TGGC--CA--CCTTG-A--A-TCCAGT----ATA-C-CTGCCAT--TA-C---T--A------A-TAATAGAcaccttgaatccagtatacctgccattactaataatagaat
gi|5 : cattcagtatacatgtagttcttaaatcattgaactaatttttgttaaacttggtcacaatgtttctggatggtgcactttcaaatctgtgtccttccttctccaaattcaatatggccgacagtatttaaatatttacaaaactagagaaaaaaaccaaaacattgacactgaaaccactagtgcaatactaatcagatttcctgaaatcaacctttatcaagtttttgtcttcttacaatgaataaaaggcagccaccaagtttaaaatgaatatgaataacataggaaaaatataaaacatataaactaatttaagtaagatttta--TTT-ATA---T------GACCTCTTT---TCTGCAATC---ATTGAACAGG--T---T--TT--T-AT--------------TTAAA-----AT------TG--GG--TGTTG-CT--------A-A----C---TT----T--G------------CTT-T-T-T--TCATTACAGCCC--ATA--A-TTCAAA----ATG-G-CCGCTGT--TA-C---T--T------A-ATATAGAC---------AAAATAAATT---G-TA-AA------CATTT-----AC-A--G----TT-----C----T---C---TAA---AA---C---CTGGTTTAATTTTA-------ATTAA---AA-TTAATG----------TGAATAATCC-TAAGA-TCAG---TC--TCTCTCA--------------AA----GTT-TTTGTTT-----TTGTTTTTGTCAT-T---G---T------A-A----CAT--ATTTAA----GATTACTGTCACAGATGT------CTGTGAA-----TGATATAT----G---T--ATA--ATA-GAA------------A-T-AAAGTG-ACAGCT-TTTCTA--AA------------TCTGCATTCATAATTTAATGAA--AAT--TGACCAat
gi|6 : ctttctgttcttaaattcG--GG--TGCTG-TCCTT-C--AG-A----CACCTC---TT--G------------TTT-T-T-G----GCAACC--CC--A-A--A-TCCAAT----ATC-G-TTGCCAT--TA-G---T--A------T-AAATAAAC---------TA---AAGCT---A-AG-AA------ATTATCA--AACAG--T----ATTTG--C----T---C---TAA---AAC-CC---A--ATGC-----TG-------ATCAA---AT-TGCATT----------TGTATAGTCT-TTGCG-TCAA---CC--T---TTA----------------------T-TTT-TTTGATGATCGTCGTTTT--TAT---G---T------A-GATCTAAT--ATTAAA----TAGGGTCCCCATGA--GG----------AAACCATTTG-AAT-TTGAGGAA-T--ATC--A-G-GAA---ATG-----TA-TAAAAACG-GCATCT-ACTCTCAAGA------------TG-----------TTTAA--AC--CAT--TTCTCATTA-AA---C-----TTG-G---TCAC-A----CT-----TTT-TCG-----TTGTTGGTGCCTGGGAAATGTACGTACAggttgttctctaggaggtgcaaattcaaaact
gi|7 : TTGTCATCTG-CAA--TTT--TT---TCAAA--GACTTCT------CTGATACA---AATAAACAAA--T---T--TTACT-GA---AA--CT-TG-GTTACA-----ATGTTCCTTG--GGACTGCTG-TCCTTTA--AG-A----T---TT---AA--G------------TTTGT-T-G--TCATTACA------ATA--A-TTCATT----ATA-A-CTACTGT--TT-C---T--T------A-----AGAC---------T---------------------------TCT-----------------T-----G----T---C---TGA---AAC-CC---CTTTTTCAATATTG-------ACCAA---AC-TCAATG----------TGCAAAATCC-T-------------C--T---GCA--T-----------AA-------------TT-----TTG----TTT--T-T---G---T------C-A----ACT--ATTCAA----GATTGCTGTCATAG--GG------ACCCAAA--ATTTA-CAT-T----GAGTT--ATATTG-A-GAAC-TATA------A-A-AAAATA-ACAACT-AC
gi|8 : CTTC---TCT-AAATCTATATTCAGTATG--T---C--AT--T-AA---AA--GT-GG-ATCACA-----TTGTTCCTTA--GG---GGTG-CGACTTC--AA-A----A---TT---GT-----------------------------TTCCA--CC--A-A--AATACAAT----GTG-A-CTGCCAT--TG-C---T--ATTA---ATAAATGGGC---------TA---AAATC---A-GG-AAACTTTGAATTTCA--AAC----A----AT------------------------AACGCC---CATATTCAG---T
gi|9 : cctttggtcagcctccctcaagtataaatatttttttgtcaatagttgccataggaactctaagtttagaattttgttataaaataaggcaatgtaaacaataacaa--GG--TG--G-ACCTATC--AA-A----T---TT---GT--GAGCTGTTTTTTTTTT-T-T-T--TGCCTCCA--AT--A-A----TTCAAG----ATT-G-CCCCCAT--AA-C---T--T------A-AAATAAATAAAAAAGTGTA---AAATT---G-AG-AA------AATTTCA--AAC-G--A----A--------------------------AC-C----------------TG-------ACCAA---CT-GTCACA----------TGAAT----C-TTGGA-ATAA---TCACT---TCA--CTCTGCCATTTTAA----GTT-TTG-TTT-----T-GTTTTTGA--T-CACAG---T------A-A----ATT--ATTCAA----GATGGCTGTCACAA--GG------ACACAAA--ATTTG-CAT-T----GAATT--A-G--A-A-GATT-TGTG------A-T-AAAattgac
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AAATATTCCAAGGAAACATAATGTACTGATTTGTATTTTTAACTCATCTGAGCTATTCCTGTAGTCGGCTCTCTATTGTTGTCCGTCATCCACATTTTTTAAAATGACTTCCCTGAAAC
Unaligned ( gi|24 ): ACAACTACTTCAGATATTTACTCAGCTTTAAATAATAGCAGATCATGTTGTTCCTTAGGTGGTGCCACTTAAATTGTAGTTCT
Unaligned ( gi|26 ): TTCTTTAGGCCAGCCTATTTTTATAGATTTTTTTCTGCATGATTGCCACAAAGGCCCATTAACTTTG