lowQualScore : 111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 22 99999999999999999999999999999999999999999999999 22222222 2222 111 2222 33 1111111 11 222222222 111 11111111111 11111 111111111 111111111111111111111 222222222222222222222222 1 111 222 1 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 1 1 7777777777777777777 55555555555 333333 2222222 111 111 1111111 111111 1 77777777777777777777777777777777777777777 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1 22222222 2 1
lowQualScore : 4 4 33333 33 33 44 33 77777777777777777777777777777777777777777777777 0 5 66666666 2 33 7777 333 2 5 8888 5 33 2 2 8888 2 33 22 2 77 8888888 888 2 77 33 333333333 2 55 7777 5 666 88888888888 7 66666 4 333333333 0 3 444444444444444444444 8 666666666666666666666666 33 5 1 222 5 111 7 2 5 5 2 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 000 0 3 1 2 4 1 1111111111111111111 33333333333 3 4 111111 55 55 0000000 7 333 1 4 000 8888888 5 777777 777 4 77 3 5 3 44 99999999999999999999999999999999999999999 66 0 3 3 77777 3 6666 5 2 444 33 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 3 4 5 4 55 88888888 6 2 4 5 6 6
lowQualScore : . . ..... .. .. .. .. ............................................... . . ........ . .. .... ... . . .... . .. . . .... . .. .. . .. ....... ... . .. .. ......... . .. .... . ... ........... . ..... . ......... . . ..................... . ........................ .. . . ... . ... . . . . . .......................................................................... . ... . . . . . . ................... ........... . . ...... .. .. ....... . ... . . ... ....... . ...... ... . .. . . . .. ......................................... .. . . . ..... . .... . . ... .. ................................................................................................. . . . . . .. ........ . . . . . .
lowQualScore : 5 2 44444 44 44 11 44 55555555555555555555555555555555555555555555555 1 9 99999999 9 00 2222 777 7 3 5555 0 77 7 7 7777 7 77 66 9 99 8888888 444 9 66 99 333333333 9 55 3333 1 999 22222222222 3 00000 0 444444444 5 5 000000000000000000000 6 333333333333333333333333 77 2 9 444 0 555 6 2 3 7 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 999 2 6 4 0 0 6 5555555555555555555 99999999999 0 0 666666 55 55 0000000 4 666 4 0 222 6666666 0 999999 000 0 77 3 4 1 22 33333333333333333333333333333333333333333 88 8 1 1 77777 1 5555 1 7 777 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 9 0 8 4 4 55 77777777 7 5 0 0 0 0
consensus : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAA--A--T--ATA-TCA--TTATA--T--T---TATT--G--ATACTG-CTNTA-----TANTTT----TGTCAAAATTGAACATAAN------AT-AAA-GTT--TNAGAGC---T-T-TT-A--ACGA--AT-G-A-C-AAT-AGAA--GAAACAAT-GAA--ATG------TGA-GNT-TTT-TGT--GGAATTTCATTG-CCCTT-A-AT-GTTGA--AGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAGTAC-CG-TG-----TGTGA-C-CACCGTTTGCGTTCACTA-CCGCTTGG----CA--TCTGCGTCTCATACTGCGAA------T-AAGACGGTACGT-TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--C-----CAC--TCTTC--AATAAGTGCTTG--CACAAGCT-GTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCT-----------GG--------CT----N--------GTCCCATAGAT------GCTC--GAT--GG--GCT---TAA-ATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAG-AACTTGAACGT---TNTTTT---GTCTCAGAAACTCAGA-TC--ATGTTATTCTGGACTTATTG-AAGAGTG----G--AATGCCATC--C-------CCGAATAN--CGAANACTNTG-------AAA-TTCCACAAAAA---TC-TCACA-T-TTC-ATTGTTTCTT--CTATTGGTCG-T---TCGT-----AA----AA---N---T--CTT-AAAACTT-T-ATT-----T-T----ATGTTCAATTTTGAC-AAA---A-ATAG---------G--------T--A--------T--C--------AAA--ATA------C-----TG-A---AT-----ATA----TNN--------CACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATAGTT--GNACTACTCTTNTANTGCATATTGCTTGA
Reference ( gi|1 ) : TATATACTGGCGGTCAATGAAAATGCACCATGGA--A--T--AT--TCA--TTATA-AT--T--ATATT--G--ATACTA-CTATAGA--ATAACTG----TGTCAAAATTAAACATACA------AT-AAA-GTT--AAAGAGC---T-T-TT-A--ACAA--AT-G-A-C-GAT-AGAA--GAAAGTAT-GAA--ATG------AGA-GTT-TTTGTGT--GAAATTTCATCG-CTCTT-A-AT-GTTAA--AGGATGAAAATTGAAGTTCACAAATCAGTAC-TG-TG-----TGTGA-C-TACGGTTTGCGTTCACTA-CCGCTTGG----TA--CCTGCGTCTCATACTGCAAA------T-AAAACGGTACATATGTATTCGGTATTAGGGGATGG-------TATC--C-----CAA--TCTTC--AATATGTGCTTG--CACAAGCT-GTATTTTGTTATTGATCACGTGACGCCAGT-TGTAGACCT-----------AA--------CT----T--------GT-------AT------GTTC--TAT--GG--GTT---TAA-ATCTTCCGAAAACGTTGGCCAGTGCAG-ACCTTGTACGT---TCTTTTGCAGCCTCAGAAACTCAGA-TCAAATGTTATTCTGGATTTATTG-AAGAGAA----G--AATGTCATC--C-------CCGAATAA--CGAACACTTTG-------AAA-TGCTGCTAAAA---TC-TCATA-T-T-C-ATTGTTTCTT--CTATTCACCG-T---TCAT-----AC----AA---C---C--CTCAAAAACTT-T-ATT-----T-T----ATGTTCAATTTTGTC-AAA---A-ATAG---------G--------T--A--------T--C--------AAA--ATG------C-----TG-A---A------ATA----TAA--------CAGGGT-GCGTTTCCTTTGGCCGCCAGT--ATTCTT--GAACT-CTCTTGTATTGCAGACTACTTGAGAA
gi|4 : TATATACTGGCGGTCAATGGAAACGCAACAAGAA--A--T--ATACCCAATTTAGACAT--T--ATATTTTG--ATACTG-CTTT-TC--CTATTTT----TGTCAAAATTAACCAAAAC------AT-AAC-GTT--TTAGAGC---T-TGTT-T--ACGA--ATCG-G-C-AAT-AGAA--GAAACAAT-AGACTATC------AGA-TTT-TTT-TGT--GAAATATCTTTG-TCTTT-A-CT-ATTAATAGGGGTGAACATAAAAGTTCACAAATCAGTACATA-TACCTTTTGCGG-C-AACTTTTAACGTTCACTA-TTAATTGA----CT--TCTGCGTCTCATAAAGCAAATTCATGT-AAGAC-GT-----TGTATTTGATATGGGGGGGGGGGGGGCGACATT--C-----CGC--TCTTC--ATTACGT-CATG--CATAA
gi|12 : gttgtcacgtgacgcccgttgtacatcttgcgttcaggcagctcccatagatgcttaatatggcttaaatctgccgaaaacgctggttaggttagaatttaaacgtttttgtgtcttagaaactcttatgTATGTACTGACAGTCAATGAAAATGCACCATGAA--ATCT--AC--TCA--TTGT--AT--T-----TT--G--AGACCG-CTGTAtttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|11 : caaataagatactagctcccttattgaaaagtggttaaccactctcaaataccgagtaaaataatgtattcccagtatgaaatgcagatgtaaagcggtagtgaacgcaaattatggtcatgcattgatttgtgaactttgattttcacccttcaacattgaagacaaaaaaataggTATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAATTA--T--AC--CCA--TCAT---T--T--TTTTC------TACTG-CTATAagatgaaaggttcttgttgca
gi|20 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggacgtactgaagagtggaacgccatccccaataccgaatataatgtattcgcagtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaattgacaaaaatagaTATATACTGAAGGTCAATG--GACGCACCATGAA--A--TGCAC--TCA--TTATA-TT--TTGCTGTT--G--ATataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|3 : tacctgcaaatagacatacaATATATTGACGATCAATGAAAACGCACCATGAA--A--T--ATAATCA--TTATA--T--T-----TC--G--ATAATG-CTCTACA---TAAATT----CGTCAAAATTGAACATAAT------AC-AAC-ATTTCAAAGC-C---C-T-TT-A--ACAA--AT-A-A-C-CATTGGAG--GAAACAAT-GAA--ATG------TGA-GAT-TT-ATGT--GGAATTTCAATG--TCTTCA-AT-ATTGA--AGTGTGAAAA---AGGTTCACAAAGCAGTGC-CG-TG-----TGTGA-C-CACCGTTTGCATTC-TTATCCGTATGG----CA--TCAGCGCCACATACTGCAAA------T-AAGAC---------GTATTCAATATTGAAGAATAG-------CAAT--A-----CAC--TCTTC--AGTAATTACTTG--TACAAGCT-GTTCCTTACTGTTGATCACCTGACGCCCGT-TGTACATCTGGCGATCA---AG--------CT----G--------GTCCCGTAGAT------ATTC--GAT--AG--GGC---CAACATTTGCAGACAACGCTGGCCAGGGCAG-ATCTTGAATGC---TATTTTG-----TCA------------CAAG----ATTCTGAGCTTATTC-AAGAGTG----GTAGATGCCACC--C-------CTCAATAC--CGAAcacgaaaatctgcataaccccgttggacat
gi|16 : tagttctgcatttaacaaataattgtattagagtaactatatatagctggagtagtgcagATGTACTGATGGTCAATGAACAGGCACAATTG------T--AT--T----TTA----------ATATT--GCTATAC---CTAT---------TTT----TGTCAAAATTGAATATAAG------AT-AAA-GTT--TGAGAGCT--T-T-TT-A--ACGA--AT-G-ACC-AAT-AGAAATGACA--AA-GAA--ACG------TGA--TT-TT--TGT--GAAATTTCAtgcaacgtctgttacacaattca
gi|15 : ATATACTGAAGGTCAAT------------------A--T--AT--TCA--TTATA-GTAAG--ATACT--G--GTATAA-CTAT------T--TTT----TGTCAA---T---CATAAA------AT-AAT-GTT--TTA-AGC---T-T-TT-T--TTAGGTAT-G-G-CCAAT-AGAA--GAAACAAT-GAA--ATG------TGA-TTT-TTTTTTTAAGGAATTTCATTG--TCTTGA-AT-ATTGA--TGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAACCAGTTC-TA-Tatt
gi|5 : TATACTGACTGTCAATAAGAATGCACC-------A--T--AC--TC-----ATA-A---T--ATTTT--G--ATAC-A-CC--------TAATTT----TGTCAGAATTGAACATAAC------ATAAAA-GTT--TTAGACCTT-T-T-TT-A--TC-A--AT-G-ACC-AAT-ACAA--GAAACAAT-GAA--ATG------TGA-GAT-TTT-TGT--AGAATT----------------T-GTAGA--AGGGAGAAAA-------TCACAAATTAGT-C-TACTG-----TGTGA-C-AAATGTTCGCATTCACTT-CCGCTTGG----CA--TTTG--------------------------------ACAT----ATTCAATATTTGGGAATGG-------CATT--C-----CAA--TCTTCAAAATAAGTGATTGCACACAAGCT-GCTCCTTGTTGTTGATCACATGATGCCTGT-TGTATACCT-----------GA--------CG----TCCATGCTAGTACCACAGAT------GCTC--AATA-GA--GTT---TAA-ATCTACTGAAAATGATGACCAGGGCA-----------GT---TATTTT---GTCTCAGAAACTCAGA-TC-----TTATTTTGGACTTATTG-AATA-------------GCCATC--C-------CCCAATAT--CAAATAC
gi|14 : aacTATATTGATGGTCAATGAAAACGCACCATTAAAGA--T--AT--TCA--TTA-A-A----------------GTAC-----ATAAA--ATA---G----CGTTAAAA--AAAT-------------------------AGAGC---T-T-TT-A--ACGA--AT-G-ACC-AAT-AGAC--GAAACT-T-GAAATATG------AGA-TTT-TTTTGGC--GGAATTCCATTG-CCTTT-A-GT-ag
gi|9 : gcaaacggaggtcgctcactcacggaATACCAACAGTCATTGAAAACGCAACAT-----A--T--AT--TGA--T--------------ATT--G---TCCAA-CTAT---------TTT----TGTCAAAATTGAACA-------------AAATGTT--TAAGAGC---T-T-TTTA--ACTT--AC-G-ATC-AAC-AGAA--CAAACAAT-GAA--ATG------TGA-GAT-TT-GTGT--AGAATTGTATTG-CCTTTCA-AT--TTGA--AGGGTGA-----GAAGTTCGTA--TCAGTAT-CG-AG-----TTCGG-C-CACCGTTTGTGTTCATTA-CCGCTTGG----CA--GCTGCGTCTAATACT----A------TGAAAACG--ACAT-TGTATTCAGTATT-GGGGGTGA-------CATC--CACTCTTAAACTCTTA--AACACGTGTCTG--CACAAGCT-ATTCTTTGTTGTTGATCgttatactactattgtaatgcaattatattgctataatcaattaatatgtttaaactaaacta
gi|8 : atctttgtacgagtgtcaattcgataatatactgACTGACGATCAATGAAATCGTACCATAAA--A--T--ACACTCA--TTATA--T--T-----TT--G--AGAATG-C--------GTAATTT----TGTCAAAATTGAATATAAA------AT-ACA-ATG--TAAGAGT---T-T-TT-ATTACAA--AT-G-A-CTAAA-AGCA--GAAACAAT-GAA--ATG------TAA-GTTGTTTGTGT--AAAATTCGATTG-CCTTA-A-AT-GTTG----GAATG----TTGAA-----------AGTAG-CG-CC-----TGTGA-CCTGCG-TTTGCGtagcctcgtgcgtgctgtc
gi|10 : ttccactctccaaaaacctggtacgagccgttcattgtttttattcacgttacgcccgcatgtccaagctggtcccatgaatgctcattagggattaaacatgtcgcaaacgtggccaggttagaactttaacgttttctgtcttagaaactcagatgttattctggactcCGGCCAATGCAAACACAATATGAG--A--T--ATAGTCA--TTATA--T--T-----TT--G--ATAGTA-CT-TAAC--CTAACCT----CGTCACGGC-GAGCATA-A------AT-AAG-GCT--TTAGAGG---T-T-TT-A--ACGA--AG-G-A-TTAAT-AGAA--GAAACAAA-GAA--ATG------TAA-GAC-TTT-TGT--GGAGTGTTATAA--TCTT-ACAT--TTGC--AGT-TGAAAATCAAATTTCATAAATCAGTAT-CG-TG-----TGTAG-C-CACCGTTTGCATTCATTA-CCACTTGG----TATCTCTGCGTCTGGTACTTCGAA------T-GAG-----ACAT-TGTATCCGGTGCAATGGGGTGT-------TATC--C-----CCC--GCTTC--AATA
gi|17 : GATCAATGGAAATGCATTGTGGA--A--T--ATACTCA--TTATC-CT--------TT--G--ATACTG-TTTTTTC--CTAGTTT----TGTCAAAACTGAACATA-A------AT-GAA-GTT---TAGAGCA--T-T-TT-T--ACAA--AT-C-ATT-AAC-AAAA--GAAAa
gi|2 : gcattgCAAT-AAAACGCACCGTGAA--A--T--AT--TC---TCA-A-AT--T-----TC--A--ATACTGCCTTTAGAT-CTACCTGTTTTTGTCAAAAGTGAACACGAT------AT-AAA-GTT--TTACAGCTATT-T-TT-C--ACGA--AC-GTT-C-AAT-AGAA--GAAGCAAT-GAC--ATGT-----AAA-GTT-TTTG-G---GAACTTTTGTTGACTCGT-A-CT-Gat
gi|7 : tcatctacgtctcatactgcgagtacgacgttgcattcggtactacggattggcaatcgtcaataagtgtttgaataatctgtttcttgttgttgatcttgtgacccccgttgtacacctgacatcaacgctggtcccatagatgcttgatagtggttagatcatccgataatactggacagtgcagaactcgaacgttattctgtctatgaaactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattaaggcagaacttgaacgtaaatctgtctcagaaactcaaactcagatgtttttctggacgtattgaagagttgaatgttatccttcaataccgaataaagcgtcAATGAAAACGCACCATGAA--A--T--ATACTCG--TTATA-----T--ATATT--GT-ATACTG-CTATACG--TTATTTT----TGTCAAAATTAAACATAAA------AT-AAG-GTT--TAAGATT---T-G-TT-T--ACGA--AT-G-ACC-AAT-AGAA--GAAACAAT-GAA--ACGTAAAAAAAA-A-----TGTGT--GGAAATTCATGG-CCTTG-A-AT-ATTGA--AGAGTGAGAATCAAAGTTCACAAATGCGTAC-CC-TA-----TTTGACC-TA--ATTTGCGTTCACCA-------------TA--CC-G---CTCATTCTGCGAA------T-A----GGT-----TGTATTCGGTAT-----GATGA-------CAAT--C-----AAC--TTTTC--AATAAGT
gi|6 : tgacatgcacccagtctcgctgctcgaaagggcttaaatcggcgggaaacgctgtccagggcattacttgaacgttattctgtctcagaaacttagatatcattctgaCACCATAAA--A--T--ATACTCA--TTATA---------TATT--G--CTACTG-CTCTACC---TATGTT----TGTCAAAATTGAACATACATGTATAAT-AAA-GTT--TAAGACC---TAT-TT-A--ACGA--AT-G-G-C-CAT--GAA--TCAA---T-GAA--ATG------TAA-GGT-TTTTTAT--TAT-TTTCATTG-C-CTT-A-ATTGCTGA--GGGGTGAAATTCAAAGTCCACAAATCAAAAT-AA-TG-----TTTGA-C-CACCGTTTGCAGTTGCTA-CCGCTTGA----AA--TCTGCATCTCATAAAGTAAA------T-AAAAC-GT-----TGTATTCGG--TCAGGT--TGG-------CATT--C-----CAC--TCTTC--AATA
gi|13 : ttttcaatcagtgcttgcacaatctgttccgtgctgttaatcacatgatctcctttgaaaacctgatgtccaggctggtcccatagatgctcgataaggcctaaattaccagggcaggaccttaacattgtccaagaaactcagatattattctggattATA-AC--T--ATGCT--G--ATATGA--TAAAGATGATGGCTA----TGT--AAATTCACAATGCG------AT-CTA-GTT--TCAGAGC---T-TGTT-AT-ACGA--AT-G-ATC-AAT-TGAC--GAA--T-T-GAC--A-G------AGAAGAT-TGT-TGT--GGAATTTCATTG-CCGTA-A-AT-GTTGA--AGAATGAAAC----AGTTCACAAATCAGAAC-TG-TG-----TGTGATC-GAC-GTTTGTGTCCACTA-CCGCTTGT----CA--TCTGCGTCTCATACTACGA--------------GGC-----TGTTTTCGGTATTA
gi|21 : ---T-T-TT-A--ACGA--AT-G-G-CTAAC-AAAA--GAAA-CATTGAA--GTG------TAA-GTT-TCT-TGT--GAAATTTCATTG--TCTTAA-AT-GTTAT--GGGATGAAAATTG-AGTTCACAAATAAGtaagacagaa
gi|12 : gctATTTTTTTG--TCTTCA-AT-GTTGA--AGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAATCAATGC------------ATGA-C-CATAATTTGCGTTCACTA-CCGCTTTA----CA--TCTGCATTTCATACTGGGAA------T----ACATTAT---TTTACTCGGTATTTGAGAGTGG-------TTAA--C-----CAC--TTTTC--AATAAGGG----------AGCTAGTATCTTATT
gi|11 : caAGTAC-GA-TC-----TGTGA-C-CATCGTTTGCGTCCACTA-CCGATTGGCATCTA--CGTACGTCTCATACTGCGAA---------------TACAT-TATATTCGGTATT-GGGGATGG-------CGTT--C-----CAC--TCTTC--AGTACGTaggtacagcggtctcaaaatacaatgagtagatttcatggtgcattttcattgactgtcagtacataagatgaaaggttcttgttgca
gi|2 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggA--TCTACGTCTCATACTGCGAG------T----ACG--ACGT-TGCATTCGGTACTACGGATTGG-------------------CAA--TCGTC--AATAAGTGTTTG--AATAATCT-GTTTCTTGTTGTTGATCTTGTGACCCCCGT-TGTACACCT-----------GACATCAACGCT----G--------GTCCCATAGAT------GCTT--GAT--AGT-GGT---TAG-ATCATCCGATAATACTGGACAGTGCAG-AACTCGAACGT---TATTCT---GTCTATGAAACTCctaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|3 : tcAACAG-ACGT-TGCATTCGGTATTGAGGGGTGG-------CATCTAC-----CAC--TCTTG--AATAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattaaggcagaacttgaacgtaaatctgtctcagaaactcaaactcagatgtttttctggacgtattgaagagttgaatgttatccttcaataccgaataaagcgtccagtacgagtcaacaaaagttcccaaaaactttacatgtcattgcttcttctattgaacgttcgtgaaaaatagctgtaaaactttatatcgtgttcacttttgacaaaaacaggtagatctaaaggcagtattgaaatttgagaatatttcacggtgcgttttattg
gi|5 : tagttctgcatttaacaaataattgtattagagtaactatatatagctggagtagtgcagatatattgacgatcaatgaaaacgcaccatgaaatataatcattatatttcgataatgctctacataaattcgtcaaaattgaacataatacaacatttcaaagccctttaacaaataaccattggaggaaacaatgaaatgtgagatttatgtggaatttcaatgtcttcaatattgaagtgtgaaaaaggttcacaaagcagtgccgtgtgtgaccaccgtttgcattcttatccgtatggcatcagcgccacatactgcaaataagacgtattcaatattgaagaatagcaatacactcttcagtaattacttgtacaagctgttccttactgttgatcacctgacgcccgttgtacatctggcgatcaagctggtcccgtagatattcgatagggccaacatttgcagacaacgctggccagggcagatcttgaatgctattttgtcacaagattctgagctTGTATTTGATATTGGGGGATGGC------TAT---T-----CAA--Tacacaattca
gi|18 : aactatactgactgtcaataagaatgcaccatactcataatattttgatacacctaattttgtcagaattgaacataacataaaagttttagaccttttttatcaatgaccaatacaagaaacaatgaaatgtgagatttttgtagaatttgtagaagggagaaaatcacaaattagtctactgtgtgacaaatgttcgcattcacttccgcttggcatttgacatattcaatatttgggaatggcattccaatcttcaaaataagtgattgcacacaagctgctccttgttgttgatcacatgatgcctgttgtatacctgacgtccatgctagtaccacagatgctcaatagagtttaaatctactgaaaatgatgaccagggcagttattttgtctcagaaactcagatcttattttggacttGTATTCGGTATCGGGGAAT---------TA----------CAC--TCGTC--AATAAGTGCTTG--AACAAGCT-GTTCCTTGCTGCTGGTCACGTGACATCCGT-TGTAAATCT-----------g
gi|2 : agtatggcgctgtttttagcTATTCGGTATTGAAGGATAA-------CATT--C-----AAC--TCTTC--AATACGTggtaccataggtgctcgggc
gi|8 : tcatctacgtctcatactgcgagtacgacgttgcattcggtactacggattggcaatcgtcaataagtgtttgaataatctgtttcttgttgttgatcttgtgacccccgttgtacacctgacatcaacgctggtcccatagatgcttgatagtggttagatcatccgataatactggacagtgcagaactcgaacgttattctgtctatgaaactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattaaggcagaacttgaacgtaaatctgtctcagaaactcaaactcagatgtttttctggTT--C-----CAC--TCTCC--AAAA---ACCTGG-TACGAGCC-GTTCATTGTTTTTATTCACGTTACGCCCGCATGT---CCA-----------AG--------CT----G--------GTCCCATGAAT------GCTC---ATTAGG--GAT---TAA-ACATGTCGCAAACGT-GGCCAGGTTAG-AACTTTAACGT---TTTCT----GTCTTAGAAACTCAGA-T-----GTTATTCTGGACTaagcgtccagtacgagtcaacaaaagttcccaaaaactttacatgtcattgcttcttctattgaacgttcgtgaaaaatagctgtaaaactttatatcgtgttcacttttgacaaaaacaggtagatctaaaggcagtattgaaatttgagaatatttcacggtgcgttttattg
gi|6 : --TTTTC--AATCAGTGCTTG--CACAATCT-GTTCCGTGCTGTTAATCACATGATCTCCTT-TGAAAACCT-----------GA--------------T--------GT-------CCAGGCTGGTCC--CAT--AGATGCTCGATAA-GGCCT----AAA--TTA-CCAGGGCAGGACCTTA-ACAT---T--------GTCCAAGAAACTCAGA-T-----ATTATTCTGGATTTATTG-AAGAGTG----G--AATGCCAAC--CTGA----CCGAAT-A--C-AACGTTTTccgcaaacgcaggtcacaggcgctactttcaacattccaacatttaaggcaatcgaattttacacaaacaacttacatttcattgtttctgcttttagtcatttgtaataaaaactcttacattgtattttatattcaattttgacaaaattacgcattctcaaaatataatgagtgtattttatggtacgatttcattgatcgtcagt
gi|4 : TTG-TCACGTGACGCCCGT-TGTACATCTTGCGTTCAGGCAG--------CTCCCAT--------AG-------AT------GCTTAATAT--GG---CT---TAA-ATCTGCCGAAAACGCTGGTTAGGTTAG-AATTTAAACGT-----TTTTGT-GTCTTAGAAACTC----TT--ATGTTATGCATGACGTAATG-AAGAGCG----G--AATGTCGCC--C-------CCatttactttatgagatgcagatttcaagcggtagcaactgcaaacggtggtcaaacattattttgatttgtggactttgaatttcacccctcagcaattaaggcaatgaaaataataaaaaaccttacatttcattgattcatggccattcgttaaataggtcttaaactttattatacatgtatgttcaattttgacaaacataggtagagcagtagcaatatataatgagtatattttatggtg
gi|7 : g--GG--GCT---TAA-ATCGGCGGGAAACGCTGTCCAGGGCAT-TACTTGAACGT---TATTCTGT---CTCAGAAACTTAGA-T-----ATCATTCTGAACTTATTG-AAAAGTT----G--ATTGTCATCATA-------CCGAATAcccccccccatatcaaatacaacgtcttacatgaatttgctttatgagacgcagaagtcaattaatagtgaacgttaaaagttgccgcaaaaggtatatgtactgatttgtgaacttttatgttcacccctattaatagtaaagacaaagatatttcacaaaaaaatctgatagtctattgtttcttctattgccgattcgtaaacaagctctaaaacgttatgttttggttaattttgacaaaaataggaaaagcagtatcaaaatataatgtctaaattgggtatatttcttgttgcgtttccattgaccgccagtatatatttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|11 : tgacatgcacccagtctcgctgctcgaaaG--GCT---TAA-GTCTGTCGAAAACGCTGGCCAGGACAG-AACTTGTTAG----TCTAT------CTCAGAAATGCAG------ATGTTATTCTGGACGTACTG-AAGAGTG----G--AACGCCATC--C-------CC-AATAC--CGAATAcaacctattcgcagaatgagcggtatggtgaacgcaaattaggtcaaatagggtacgcatttgtgaactttgattctcactcttcaatattcaaggccatgaatttccacacatttttttttacgtttcattgtttcttctattggtcattcgtaaacaaatcttaaaccttattttatgtttaattttgacaaaaataacgtatagcagtatacaatatatataacgagtatatttcatggtgcgttttcatt
gi|2 : GCAG-AACTTGAACGTAAATCT------GTCTCAGAAACTCAAACTCAGATGTTTTTCTGGACGTATTG-AAGAGTT----G--AATGTTATC--CTTCAATACCGAATAAAGCGTCCAGTACGAGTCAACAAA-AGTTCCCAAAA---ACTTTACA-TGT-C-ATTGCTTCTT--CTATTGAACG-T---TCGTGAAAAAT----AG---C---T--GT--AAAACTT-T-ATA-----T-C----GTGTTCACTTTTGAC-AAA---A-ACAG---------G--------TAGA--------T--C--------TAA--AGG------CAGTATTG-A---A------ATT----TGAGAATATTTCACGGT-GCGTTTtaatgtattcgcagtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|19 : tcatctacgtctcatactgcgagtacgacgttgcattcggtactacggattggcaatcgtcaataagtgtttgaataatctgtttcttgttgttgatcttgtgacccccgttgtacacctgacatcaacgctggtcccatagatgcttgatagtggttagatcatccgataatactggacagtgcagaactcgaacgttattctgtctatgaaactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattaagGCAG-AACTTGATCGT---TGTTGTTCTATCTCAGAAACTC--A-T---GTATTGTACTGGACTTATTGTGAAAGTG----G--AAGGTTATC--C-------CCATATAtattg
gi|6 : GG-TCAAACATTATTTTG-ATTTGT-------GGACTTTG--AATTTCACC--C-------CTCAGCAA--TTAAGGCAATG-------AAAATAATAA-AAAA---CC-TTACA-T-TTC-ATTGATTCATGGCCATTC---G-T---TAA------AT----AG---G---T--CTTAAA--CTT-T-ATTATACATGT----ATGTTCAATTTTGAC-AAA---C-ATAG---------G--------T--A--------tatatactagtatccacatatacataagtaaa
gi|5 : ttttcaatcagtgcttgcacaatctgttccgtgctgttaatcacatgatctcctttgaaaacctgatgtccaggctggtcccatagatgctcgataaggcctaaattaccagggcaggaccttaacattgtccaagaaactcagatattattctggatttattgaagagtggaatgccaacctgaccgaatacaacgttttatttactttatgagatgcagatttcaagcggtagcaactgcaaacggtTTG-AAGATTG----G--AATGCCATT--C-------CCAAATAT--TGAATA-TGTC-------AAA-TGCgagcagtagcaatatataatgagtatattttatggtg
gi|3 : aactatactgactgtcaataagaatgcaccatactcataatattttgatacacctaattttgtcagaattgaacataacataaaagttttagaccttttttatcaatgaccaatacaagaaacaatgaaatgtgagatttttgtagaatttgtagaagggagaaaatcacaaattagtctactgtgtgacaaatgttcgcattcacttccgcttgAATAT--TGAAGACATTG-------AAA-TTCCACATAAA---TC-TCACA-T-TTC-ATTGTTTCCT--CCAATGGTTA-T---TTGTT----AA----AG---G---G--CTTTGAAATGT-T-GTA-----T-T----ATGTTCAATTTTGAC-GAATTTATGTAG---------AGCAT----T--A--------T--C--------GAA--ATA------TAA---TG-AT--T------ATA----TTT--------CATGGT-GCGTTTTCATTGATCGTCAAT--ATATCT--GCACTACTCaataagtgattgcacacaagctgctccttgttgttgatcacatgatgcctgttgtatacctgacgtccatgctagtaccacagatgctcaatagagtttaaatctactgaaaatgatgaccagggcagttattttgtctcagaaactcagatcttattttggacttattgaatagccatcccccaatatcaaatacag
gi|16 : tagttctgcatttaacaaataattgtattagagtaactatatatagctgTTG-------AAA-TTTCACAAAAA---TC-ACGT--T-T-C-TTTGTCATTT--CTATTGGTCA-T---TCGTTAA--AA----AG---C---T--CTCAAA--CTT-T-ATC-----T-T----ATATTCAATTTTGAC-AAA---A-ATAG---------G--------T--A--------T--A--------GCA--ATA------T-----TA-A---A------ATA----CAA--------T--TGT-GCCTGTTCATTGACCATCAGT--Agaagtgtgaaaaaggttcacaaagcagtgccgtgtgtgaccaccgtttgcattcttatccgtatggcatcagcgccacatactgcaaataagacgtattcaatattgaagaatagcaatacactcttcagtaattacttgtacaagctgttccttactgttgatcacctgacgcccgttgtacatctggcgatcaagctggtcccgtagatattcgatagggccaacatttgcagacaacgctggccagggcagatcttgaatgctattttgtcacaagattctgagcttattcaagagtggtagatgccacccctcaataccgaatgcaacgtctgttacacaattca
gi|14 : atgTG-------GAA-TTCCGCCAAAAAAATC-TCATATT-T-C-A-AGTTTCGT--CTATT----G-G---TCAT----------------T---C--GTTAAAAGCTC-T-ATT-----T-TTTTAACGCT--ATTTTAT-----------------------G--------T--A--------C--T--------TTA--ATG-------------------A------ATATCTTTAA--------T--GGT-GCGTTTTCATTGACCATCAAT--ATAGTT--ATACTACTATTGTAATGCAtt
gi|5 : gcaaacggaggtcgctcactcacggaactaaaggcaa-------AAA-TTCTACAAAAA---TC-TCACA-T-TTC-ATTGTTTCTT--GTATTGGTCA-T---TGAT-----AA----AA---AAGGT--CT--AAAACTT-TTATG-----T-T----ATGTTCAATTCTGAC-AAA---A-TTAGGT-------G--------T--A--------T--C--------AAA--ATA------T-----TATG---A------GTA----T-------------GGT-GCATTCTTATTGACAGTCAGT--ATattatattgctataatcaattaatatgtttaaactaaacta
gi|9 : aactAA-TTCTACACAAA---TC-TCACA-T-TTC-ATTGTTTGTT--CTGTTGATCG-TAAGTTAA-----AA----AG---C---T--CTTAAA------C-ATT-----T-T------GTTCAATTTTGAC-AAA---A-ATAGTT-------G--------G--A-----------C--------AAT--AT-------C------------A------ATA----T-----------ATGTT-GCGTTTTCAATGACTGTTGGT--ATgtagaagggagaaaatcacaaattagtctactgtgtgacaaatgttcgcattcacttccgcttggcatttgacatattcaatatttgggaatggcattccaatcttcaaaataagtgattgcacacaagctgctccttgttgttgatcacatgatgcctgttgtatacctgacgtccatgctagtaccacagatgctcaatagagtttaaatctactgaaaatgatgaccagggcagttattttgtctcagaaactcagatcttattttggacttattgaatagccatcccccaatatcaaatacag
gi|4 : atctttgtacgagtgtcaattcgataatatactgAAAA---TC-TGATA-G-T-CTATTGTTTCTT--CTATT-GCCGAT---TCGT-----A-----AA---C---AAGCTCTAAAACGT-T-ATG-----T-T----TTGGTTAATTTTGAC-AAA---A-ATAGGAAAAGCA-G--------T--A--------T--C--------AAA--ATATAATGTC-----TA-A---ATTGGGTATA----TTT--------CTTGTT-GCGTTTCCATTGACCGCCAGT--ATgtattgcctttcaatttgaagggtgagaagttcgtatcagtatcgagttcggccaccgtttgtgttcattaccgcttggcagctgcgtctaatactatgaaaacgacattgtattcagtattgggggtgacatccactcttaaactcttaaacacgtgtctgcacaagctattctttgttgttgatctagcctcgtgcgtgctgtc
gi|10 : gttgtcacgtgacgcccgttgtacatcttgcgttcaggcagctcccatagatgcttaatatggcttaaatctgccgaaaacgctggttaggttagaatttaaacgtttttgtgtcttagaaactcttatgttatgcatgacgtaatgaagagcggaatgtcgccccccccccccccatatcaaatacaacgtcttacatgaatttgctttatgagacgcagaagtcaattaatagtgaacgttaaaagttgccgcaaaaggtatatgtactgatttgtgaacttttatgttcacccctattaatagtaaagacaaagatatttcacaaaAAAG---TC-TTACA-T-TTC-TTTGTTTCTT--CTATTAATCC-T---TCGT-----TA----AA---A---C--CTCTAAAGCCT-T-A-T-----T-T----ATGCTC-GCCGTGAC-GAG---G-TTAG---------GTTAAGTACT--A--------T--C--------AAA--ATA------TAA---TG-A---CT-----ATA----TCT--------CATATT-GTGTTTGCATTGGCCGatatttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|15 : AAAA---TC-ACAT--T-T-C-ATTGTTTCTT--CTATTGGCCA-T---ACCTAAA--AA----AA---G---C--TT--AAAACAT-T-ATT-----T-T----ATG---A---TTGACAAAA---A-ATAG---------T--------T--A--------T--tgtggagtgttataatcttacatttgcagttgaaaatcaaatttcataaatcagtatcgtgtgtagccaccgtttgcattcattaccacttggtatctctgcgtctggtacttcgaatgagacattgtatccggtgcaatggggtgttatcccccgcttcaataa
gi|8 : atagaactggtttgtgaactttgattttcacccatcaatattcaagacaatgaaattccttaaaaaaCAT--T-T-C-ATTGTTTCTG--CTTTTAGTCA-T---TTGT-----AATAAAAA---C---T--CTTACA---TTGT-ATT-----T-T----ATATTCAATTTTGAC-AAA---A-TTAC---------G--------C--ATTC-----T--C--------AAA--ATA------TAA---TG-A---GT-----GTA----TTT--------TATGGT-ACGATTTCATTGATCGTCAGT--accagtatcttactataatgaatatattgaccttcagtatat
gi|7 : ttccactctccaaaaacctggtacgagccgttcattgtttttattcacgttacgcccgcatgtccaagctggtcccatgaatgctcattagggattaaacatgtcgcaaacgtggccaggttagaactttaacgttttctgtcttagaaactcagatgttattctggactccgcaaacgcaggtcacaggcgctactttcaacattccaacatttaaggcaatcgaattttacacaaacaactta-T-T-C-ATTGTTTCTT--CTATTGGTCA-T---TCGTAA---AC----AA---A---T--CTT--AAACCT-T-ATT-----T-T----ATGTTTAATTTTGAC-AAA---A-ATAAC--------G--------T--A--------TAGC--------AGT--ATA------C--------A---ATAT---ATA----TAA--------C-GAGT-ATATTTC
gi|17 : tgacatgcacccagtctcgctgctcgaaagggcttaaatcggcgggaaacgctgtccagggcattacttgaacgttattctgtctcagaaacttagatatcattctgaacttattgaaaagttgattgtcatcataccgaatacaacctattcgcagaatgagcggtatggtgaacgcaaattaggtcaaatagggtacgcatttgtgaactttgattctcactcttcaatattcaaggccatgaatttccacacatttttttttacgt-C-ATTGTTTCTT--TTGTTAATGA-T---TTGT-----AA----AAATGC---T--CT---AAACTT-C-ATT-----T------ATGTTCAGTTTTGAC-AAA---A-CTAGGAAAAAACAG--------T--A--------T--C--------AAAGGATA------A-----TG-A---GT-----ATA----TTC--------CACAAT-GCATTTCCATTGatggtgcgttttcatt
gi|11 : gTTGAC-AAA---A-ATAG---------A--------T--A--------TAGCAGTAGAAAAAA--ATG------A-----TG-----G------GTA----TAATT------CATGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATatcat
gi|12 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggacgtactgaagagtggaacgccatccccaataccgaatataatgtattcgcagtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaa-AAA---A-ATAG---------G--------T--ACAGCGGTCT--C--------AAA--ATA------CAA---TG-A---GT-----AGA----TTT--------CATGGT-GCATTTTCATTGACTGTCAGT--Aataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|22 : caaataagatactagctcccttattgaaaagtggttaaccactctcaaataccgagtaaaataatgtattcccagtatgaaatgcagatgtaaagcggtagtgaacgcaaattatggtcatgcattgatttgtgaactttgattttcacccttcaacattgaagacaaAA--ATG------T-----TG-ATAAA------AT-----TAT--------CAAAGTCGCTTTTTCTTTATACGTCGGTGAATTGTTAGGAACT-CTCTTTTATTGCATATTGCTTGAcataagatgaaaggttcttgttgca
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGCAGTTATGCTATTTGTGTAATATTATGAATTGCTATAAACAGTTAATACGTTTAAAC
Unaligned ( gi|24 ): CTTACAATCTCTTTAGATTTCAATTTCTATTTATCGAATTATGTTACATAC
Unaligned ( gi|25 ): TAAATAAATGAAGCAGTAGTAGTAGTTTTACG
Alignments
lowQualScore : 3333333333333 2222 5555555 111 888888888888888888 11 1111111 88888888888888888 2222 444444444 11111111111 111111 55555555555555555555555555 11111111 444444444444444444 555555555555555555555555555555555555 11 11 2 2222
lowQualScore : 0 1 0 6666666666666 2 3333 3 4 0000000 555 3 555 3 3 8888888 3 3 33 77 8 555 99999 2 888 2 555 44 2 555 3 555 0 5 3 77 3 3 3 44 8 888888 44 88 55 3 0 44 7777 111111111111111111 3 22 5 0000000 2 44 33 6666 6666 0 66 1 5 1 2 44444444444444444 2 2 1 7777 4 22 0 2 2 5 7777 666 666666666 8888 4 1 55 99999999999 333333 1 1 66666666666666666666666666 55555555 1 3 3 0 1 555555555555555555 3 3 1 2 66 55 333333333333333333333333333333333333 5 22 6 8 1 11 33 8 88 1 3 1 1 8888
lowQualScore : . . . ............. . .... . . ....... ... . ... . . ....... . . .. .. . ... ..... . ... . ... .. . ... . ... . . . .. . . . .. . ...... .. .. .. . . .. .... .................. . .. . ....... . .. .. .... .... . .. . . . . ................. . . . .... . .. . . . . .... ... ......... .... . . .. ........... ...... . . .......................... ........ . . . . . .................. . . . . .. .. .................................... . .. . . . .. .. . .. . . . . ....
lowQualScore : 8 9 1 9999999999999 9 7777 1 0 8888888 222 1 444 3 3 8888888 3 3 99 11 6 999 11111 9 000 9 444 66 2 888 3 888 3 0 5 22 3 3 7 66 4 888888 66 55 00 6 5 66 1111 111111111111111111 3 33 0 8888888 5 22 99 1111 1111 1 11 0 0 4 2 66666666666666666 8 5 9 3333 4 11 1 9 8 8 7777 444 222222222 5555 0 6 55 00000000000 000000 0 0 44444444444444444444444444 00000000 2 2 2 2 2 555555555555555555 0 2 2 5 00 88 333333333333333333333333333333333333 6 00 4 0 4 55 88 3 33 0 7 0 0 3333
consensus : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACT----------CATTATA-TT-TATTG-ATACTGCTNT---ACC-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAGC-T-T-TT--A--ACGAAT-GA-C-AAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-A-A-TGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TC----TGCGTCTCATACTGCGAA------TAAG-CG--ACGT-TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTC--AA----TAA----GTGCTTG--CACAAGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCT--------G-C----A-GCTGGTCCCATAGATGCTCGATA-G-G-GCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCAG--TC--A--TGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGTGG--AATGC-----------CATCC---CC-AATACCGAATA-------C----TATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGTNA--AAAACT--CT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGT--ACT-TCAAAA-----TGT--TG-A--AT------ATATTTCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
Reference ( family-414 ) : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATA-T----------CATTATA-TT-TATTG-ATACTGCTNT---A---TA--NTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAGC-T-T-TT--A--ACGAAT-GA-C-AAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCCTT-A-A-TGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TC----TGCGTCTCATACTGCGAA------TAAGACGGTACGT-TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTC--AA----TAA----GTGCTTG--CACAAGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCT--------G--------GCTNGTCCCATAGATGCTCGAT--G-G-GCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTNTT---TT---GTCTCAGAAACTCAGA-TC--A--TGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGTGG--AATGC-----------CATCC---CCGAATANCGAANA-------C----TNTGA---------AATTC--CAC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT----AAAANT--CT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGT--A---TCAAAA-----TAC--TG-A--AT------ATATNNCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATAGTT--GNACTACTCTTNTANTGC----ATATTGCTTGA
gi|1 : TATATACTGGCGGTCAATGAAAATGCACCATGGAATAT--T----------CATTATAATTATATTG-ATACTACTAT---AGAATA--ACTGT-G---TCAAAATTAAA-CAT-A-----CAA-T-AAA-GTTA-AAGAGC-T-T-TT--A--ACAAAT-GA-C-GAT-AGAAGAA---AGTATGAAATGA--GAGTTT---TTGTGT---GAAATTTCATCGCTCTT-A-A-TGTTA--AAGGATGAAAATTGAAGTTCACAAATCAG------T--ACTGTGTGTGACTACGGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGTA--CC----TGCGTCTCATACTGCAAA------TAAAACGGTACATATGTATTCGGTATTAGGGGATGG-------TATC--CCAATCTTC--AA----TAT----GTGCTTG--CACAAGCTGTATTTTGTTATTGATCACGTGACGCCAGT-TGTAGACCT--------A--------ACTTGT-------ATGTTCTAT--G-G-GTTTAAATCTTCCGAAAACGTTGGCCAGTGCAGACCTTGTACGTTCTT---TTGCAGCCTCAGAAACTCAGA-TCAAA--TGTTATTCTGGATTT----ATTG-AAGAGAAG--AATGT-----------CATCC---CCGAATAACGAACA-------C----TTTGA---------AATGC--TGC---TAAAATCTCATA-TTCATTGTTTCTTCTATTCACCGTTCAT----ACAACC--CT-CAAAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGTCAAAAATAGGT--A---TCAAAA-----TGC--TG-A--A-------ATATAACAGGGT-GCGTTTCCTTTGGCCGCCAGT--ATTCTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----AGACTACTTGA
gi|10 : CGGCCAATGCAAACACAATATGAGATATAGT----------CATTATA-TT-T--TG-ATAGTACTTA---ACC-TA--ACCTC-G---TCACGGC-GAG-CAT-A-----A-A-T-AAG-GCTT-TAGAGG-T-T-TT--A--ACGAAG-GA-TTAAT-AGAAGAA---ACAAAGAAATGT--AAGACT---TT-TGT---GGAGTGTTAT-AATCTT-ACA-T-TTG--CAGT-TGAAAATCAAATTTCATAAATCAG------T--ATCGTGTGTAGCCACCGTTTGCATTCAT--TA-CCACTTGGTATCTC----TGCGTCTGGTACTTCGAA------TGAG-----ACAT-TGTATCCGGTGCAATGGGGTGT-------TATC--CCCCGCTTC--AA----TAA----gaa
gi|11 : -G-GCTTAAGTCTGTCGAAAACGCTGGCCAGGACAGAACTT----GTTAGT---CT---ATCTCAGAAATGCAG------A--TGTTATTCTGGACGT----ACTG-AAGAGTGG--AACGC-----------CATCC---CC-AATACCGAATA-------
gi|11 : AG------T--ACGATCTGTGACCATCGTTTGCGTCCAC--TA-CCGATTGGCA--TCTACGTACGTCTCATACTGCGAA--------------TACAT-TATATTCGGTATT-GGGGATGG-------CGTT--CCACTCTTC--AG----TAC----GTtaatgtattcgcagtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|11 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggTATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAATTATACC----------CATCATT-TT-TTTC---TACTGCTAT---ATC-TA--TTTTT-G---TCAActaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|12 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggacgtactgaagagtggaacgccatccccaataccgaatataatgtattcgcagtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaaATTTTTTTGTCTTC-A-A-TGTTG--AAGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAATCAA------T--GC-----ATGACCATAATTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTTACA--TC----TGCATTTCATACTGGGAA------T---ACATTA--T-TTTACTCGGTATTTGAGAGTGG---------TTAACCACTTTTC--AA----TAA----Gataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|12 : caaataagatactagctccTATGTACTGACAGTCAATGAAAATGCACCATGAAATCTACT----------CATTGTA-TT---TTG-AGACCGCTGT---ACC-TATTTTTTT-GTCTTCAATGTTGAAGGGTGA-----AAA-TCAAA-GTTCACAAA-------TC--A--ATGCAT-GA-C-CAT-Aaggtacagcggtctcaaaatacaatgagtagatttcatggtgcattttcattgactgtcagtacataagatgaaaggttcttgttgca
gi|13 : caaataagatactagctcccttattgaaaagtggttaaccactctcaaataccgagtaaaataatgtattcccagtatgaaatgcagatgtaaagcggtagtgaacgcaaatA-GTTT-CAGAGC-T-TGTT--AT-ACGAAT-GATC-AAT-TGACGAATTGACA--GAGA------AGATT---GT-TGT---GGAATTTCATTGCCGTA-A-A-TGTTG--AAGAATGAAA--C--AGTTCACAAATCAG------A--ACTGTGTGTGATCGACGTTTGTGTCCAC--TA-CCGCTTGTCA--TC----TGCGTCTCATACTACGAG-----------------GC-TGTTTTCGGTATTagatgaaaggttcttgttgca
gi|14 : ataactatgctgatatgataaagatgatggctatgtaaattcacaatgcgatctAAGG-------C----AATGG---------AATTC--CGCCAAAAAAATCTCATATTTCAA-GTTTCGTCTATTGGTCATTCGTTA--AAAGCT--CT------ATTTT-TTTAACGCT--ATTTT-------AT--GT--ACT-TTAA------------TG-A--AT------ATCTTTAATGGT-GCGTTTTCATTGACCATCAAT--ATAGTT--ATACTACTATTGTAATGCAATTATATTGCTataagacagaa
gi|15 : gcaaacggaggtcgctcactcacggaactaATATACTGAAGGTCAAT----------------ATAT--T----------CATTATA-GT-AA--G-ATACTGGTAT---AAC-TA--TTTTTTG---TCAA---T----CAT-A-----AAA-T-AAT-GTTT-TA-AGC-T-T-TT--TTTAGGTAT-GG-CCAAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GATTTT---TT-TTTTAAGGAATTTCATTGTCTTG-A-A-TATTG--ATGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAACCAG------T--ataatcaattaatatgtttaaactaaacta
gi|16 : atagaATGTACTGATGGTCAATGAACAGGCA-CA----------------------ATTGTA-TT---TTA-ATATTGCTAT---ACC-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-TAT-A-----AGA-T-AAA-GTTT-GAGAGCTT-T-TT--A--ACGAAT-GACC-AAT-AGAAATG---ACAAAGAAACGT--GA--TT---TT-TGT---GAAATTTCA
gi|17 : ATGATCAATGGAAATGCATTGTGGAATATACT----------CATTATC-CT-T--TG-ATACTGTTTTTTCC---TA--GTTTT-G---TCAAAACTGAA-CAT-A-----A-A-T-GAA-GTTT--AGAGCAT-T-TT--T--ACAAAT-CATT-AAC-AAAAGAA---ACAATGatt
gi|18 : gGTATTCGGTATCGGGGA------------ATT--ACACTCGTC--AA----TAA----GTGCTTG--AACAAGCTGTTCCTTGCTGCTGGTCACGTGACATCCGT-TGTAAATCT--------G------------GTACCATAGGTGCTCG
gi|19 : agtatggcgctgtttttagcGCAGAACTTGATCGTTGTTGTTCT---ATCTCAGAAACTCA----T--G--TATTGTACTGGACTT----ATTGTGAAAGTGG--AAGGT-----------TATCC---CCATATAggc
gi|2 : CA--TC----TACGTCTCATACTGCGAG------TA---CG--ACGT-TGCATTCGGTACTACGGATTGG-------CA------A-TCGTC--AA----TAA----GTGTTTG--AATAATCTGTTTCTTGTTGTTGATCTTGTGACCCCCGT-TGTACACCT--------GACATCAACGCTGGTCCCATAGATGCTTGAT--A-GTGGTTAGATCATCCGATAATACTGGACAGTGCAGAACTCGAACGTTATT---CT---GTCTATGAAACTCtatatactagtatccacatatacataagtaaa
gi|2 : tAAGGCAGAACTTGAACGTAAAT---CT---GTCTCAGAAACTCAAACTC--AGATGTTTTTCTGGACGT----ATTG-AAGAGTTG--AATGT-----------TATCC---TTCAATACCGAATAAAGCGTCCAG--TACGAGTCAACAAAAGTTC--C-C---AAAAACTTTACATGTCATTGCTTCTTCTATTGAACGTTCGTG---AAAAATAGCTGT-AAAACTTTATATCGTGTTCACTTTTGACAAAAACAGGTAGA---TCTAAAGGCAGTAT--TGAA--ATTTGAGAATATTTCACGGT-GCGTTTT-ATTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattaaggcagaacttgaacgtaaatctgtctcagaaactcaaactcagatgtttttctggacgtattgaagagttgaatgttatccttcaataccgaataaagcgtccagtacgagtcaacaaaagttcccaaaaactttacatgtcattgcttcttctattgaacgttcgtgaaaaatagctgtaaaactttatatcgtgttcacttttgacaaaaacaggtagatctaaaggcagtattgaaatttgagaatatttcacggtgcgttttattg
gi|20 : tcatctacgtctcatactgcgagtacgacgttgcattcggtactacggattggcaatcgtcaataagtgtttgaataatctgtttcttgttgttgatcttgtgacccccgttgtacacctgacatcaacgctggtcccatagatgcttgatagtggttagatcatccgataatactggacagtgcagaactcgaacgttattctgtctatgaaactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattTATATACTGAAGGTCAATG--GACGCACCATGAAATGCACT----------CATTATA-TT-T
gi|21 : tacctgcaaatagacataca-T-T-TT--A--ACGAAT-GG-CTAAC-AAAAGAA---ACATTGAAGTGT--AAGTTT---CT-TGT---GAAATTTCATTGTCTTA-A-A-TGTTA--TGGGATGAAAATTG-AGTTCACAAATAAG------tgctgttgatcacgaaaatctgcataaccccgttggacat
gi|22 : gctAAA-----TGT--TG-ATAAA------AT-TATCAAAGTCGCTTTTTCTTTATACGTCGGTGAATTGTTAGGAACT-CTCTTTTATTGC----ATATTGCTTGA
gi|3 : ATATATTGACGATCAATGAAAACGCACCATGAAATATAAT----------CATTATA-TT-T--CG-ATAATGCTCT---ACA-TA--AATTC-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ATA-C-AAC-ATTT-CAAAGC-CCT-TT--A--ACAAAT-AA-C-CATTGGAGGAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TA-TGT---GGAATTTCAATGTCTTC-A-A-TATTG--AAGTGTGAAAA---AGGTTCACAAAGCAG------T--GCCGTGTGTGACCACCGTTTGCATTC-T--TATCCGTATGGCA--TC----AGCGCCACATACTGCAAA------TAAGACG---------TATTCAATATTGAAGAATAG-------CAAT--ACACTCTTC--AG----TAA----TTACTTG--TACAAGCTGTTCCTTACTGTTGATCACCTGACGCCCGT-TGTACATCT--------GGCGATCAAGCTGGTCCCGTAGATATTCGATA-G-G-GCCAACATTTGCAGACAACGCTGGCCAGGGCAGATCTTGAATGCTATT---TT---GTCACA-------AG-------------ATTCTGAGCTT----ATTC-AAGAGTGGTAGATGC-----------CACCC---CTCAATACCGAATG-------CAACGTCTG------------TTA--CAC---AAatgaat
gi|4 : tagttctgcatttaacaaataattgtattagagtaactatatatagctggagtagtgcagGTTG-TCACGTGACGCCCGT-TGTACATCTTGCGTTCAG--------GCAGCTCCCATAGATGCTTAAT--ATG-GCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGTTAGGTTAGAATTTAAACGTTTTT---GT---GTCTTAGAAACTC----TT--A--TGTTATGCATGACGT----AATG-AAGAGCGG--AATGT-----------CGCCC---CCttca
gi|4 : TATATACTGGCGGTCAATGGAAACGCAACAAGAAATATA-CCCAATTTAGACATTATA-TT---TTG-ATACTGCTTTTC-C---TA--TTTTT-G---TCAAAATTAAC-CAA-A-----ACA-T-AAC-GTTT-TAGAGC-T-TGTT--T--ACGAATCGG-C-AAT-AGAAGAA---ACAATAGACTATCAGATTTT---TT-TGT---GAAATATCTTTGTCTTT-A-C-TATTAATAGGGGTGAACATAAAAGTTCACAAATCAGTACATAT--ACCTTTTGCGGCAACTTTTAACGTTCAC--TA-TTAATTGACT--TC----TGCGTCTCATAAAGCAAATTCATGTAAG-----ACGT-TGTATTTGATATGGGGGGGGGGGGGGCGACATT--CCGCTCTTC--AT----TAC----GT-CATG--CATAAcccccccccatatcaaatacaacgtcttacatgaatttgctttatgagacgcagaagtcaattaatagtgaacgttaaaagttgccgcaaaaggtatatgtactgatttgtgaacttttatgttcacccctattaatagtaaagacaaagatatttcacaaaaaaatctgatagtctattgtttcttctattgccgattcgtaaacaagctctaaaacgttatgttttggttaattttgacaaaaataggaaaagcagtatcaaaatataatgtctaaattgggtatatttcttgttgcgtttccattgaccgccagtatatatttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|5 : gttgtcacgtgacgcccgttgtacatcttgcgttcaggcagctcccatagatgcttaatatggcttaaatctgccgaaaacgctggttaggttagaatttaaacgtttttgtgtcttagaaactcttatgTATACTGACTGTCAATAAGAATGCACCAT-----AC--T----------CATAATA-TT-T--TG-ATACACCT----------A--ATTTT-G---TCAGAATTGAA-CAT-A-----ACA-T-AAAAGTTT-TAGACC-T-T-TTTTA--TC-AAT-GA-CCAAT-ACAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TT-TGT---AGAATTT----------------GTAG--AAGGGAGAAAATC-------ACAAATTAG------TCTAC--TGTGTGACAAATGTTCGCATTCAC--TT-CCGCTTGGCA--TT----TGA----CATATT-C-AA------TA-----------------------TTTGGGAATGG-------CATT--CCAATCTTCAAAA----TAA----GTGATTGCACACAAGCTGCTCCTTGTTGTTGATCACATGATGCCTGT-TGTATACCT--------GACGTCCATGCTAGTACCACAGATGCTCAATA-G-A-GTTTAAATCTACTGAAAATGATGACCAGGGCA----------GTTATT---TT---GTCTCAGAAACTCAGA-TC-------TTATTTTGGACTT----ATTG-AATA---------GC-----------CATCC---CCCAATATCAAATA-------C----tttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|6 : aacTTTTC--AA----TCA----GTGCTTG--CACAATCTGTTCCGTGCTGTTAATCACATGATCTCCTT-TGAAAACCTGATGTCCAG--------GCTGGTCCCATAGATGCTCGATA-A-G-GCCTAAATT--------------ACCAGGGCAGGACCTTAACA--------TT---GTCCAAGAAACTCAG------A--TATTATTCTGGATTT----ATTG-AAGAGTGG--AATGC-----------CAACCTGACCGAATAag
gi|6 : CACCATAAAATATACT----------CATTATA-T---ATTG-CTACTGCTCT---ACC-TA--TGTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-ACATGTATAAT-AAA-GTTT-AAGACC-TAT-TT--A--ACGAAT-GG-C-CAT-----GAA---TCAATGAAATGT--AAGGTT---TT-TTA---TTATTTTCATTG-CCTT-A-ATTGCTG--AGGGGTGAAATTCAAAGTCCACAAATCAA------A--ATAATGTTTGACCACCGTTTGCAGTTGC--TA-CCGCTTGAAA--TC----TGCATCTCATAAAGTAAA------TAAA-----ACGT-TGTATTCGGT----CAGGTTGG-------CATT--CCACTCTTC--AA----TAA----ATcaacgttttatttactttatgagatgcagatttcaagcggtagcaactgcaaacggtggtcaaacattattttgatttgtggactttgaatttcacccctcagcaattaaggcaatgaaaataataaaaaaccttacatttcattgattcatggccattcgttaaataggtcttaaactttattatacatgtatgttcaattttgacaaacataggtagagcagtagcaatatataatgagtatattttatggtg
gi|7 : ttttcaatcagtgcttgcacaatctgttccgtgctgttaatcacatgatctcctttgaaaacctgatgtccaggctggtcccatagatgctcgataaggcctaaattaccagggcaggaccttaacattgtccaagaaactcagatattattctggTGCTCGAAA-G-G-GCTTAAATCGGCGGGAAACGCTGTCCAGGGCATTACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTTAG------A--TATCATTCTGAACTT----ATTG-AAAAGTTG--ATTGT-----------CATC--------ATACCGAATA-------C----
gi|7 : tgacatgcacccagtctcgcAATGAAAACGCACCATGAAATATACT----------CGTTATA-TA-TATTGTATACTGCTAT---ACGTTA--TTTTT-G---TCAAAATTAAA-CAT-A-----AAA-T-AAG-GTTT-AAGATT-T-G-TT--T--ACGAAT-GA-CCAAT-AGAAGAA---ACAATGAAACGT--AAAAAAAAATG-TGT---GGAAATTCATGGCCTTG-A-A-TATTG--AAGAGTGAGAATCAAAGTTCACAAATGCG------T--ACCCTATTTGACC-TAATTTGCGTTCACCATA-CCG--------------------CTCATTCTGCGAA------TAG--------GT-TGTATTCGGTAT-----GATGA-------CAAT--CAACTTTTC--AA----TAA----GTaacctattcgcagaatgagcggtatggtgaacgcaaattaggtcaaatagggtacgcatttgtgaactttgattctcactcttcaatattcaaggccatgaatttccacacatttttttttacgtttcattgtttcttctattggtcattcgtaaacaaatcttaaaccttattttatgtttaattttgacaaaaataacgtatagcagtatacaatatatataacgagtatatttcatggtgcgttttcatt
gi|8 : tgacatgcacccagtctcgctgctcgaaagggcttaaatcggcgggaaacgctgtccagggcattacttgaacgttattctgtctcagaaacttagatatcattctgaTT--CCACTCTCC--AA----AAA----C--CTGG--TACGAGCCGTTCATTGTTTTTATTCACGTTACGCCCGCATGTCCA-----------A--------GCTGGTCCCATGAATGCTC-ATTAG-G-GATTAAACATGTCGCAAACG-TGGCCAGGTTAGAACTTTAACGTT-TT---CT---GTCTTAGAAACTCAG------A--TGTTATTCTGGACTCCGCAAACG-CAG-GTCA--CAGGCGCTACTTTCAACATTC---C--AACATTTAAGG-------C----AATCG---------AATTTTACAC---AAACAACTTACATTTCATTGTTTCTGCTTTTAGTCATTTGTAATAAAAACT--CT-T--ACATTGTATTTTATATTCAATTTTGACAAAATTACGC--ATTCTCAAAA-----TATAATG-A--GT------GTATTTTATGGT-ACGATTTCATTGATCGTCAGT--
gi|9 : ATACCAACAGTCATTGAAAACGC-------AACATA-----------------------TATTG-ATATTG-TCC---AAC-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-C---A-----AAA-T-----GTTT-AAGAGCTT-T-TT--A--ACTTAC-GATC-AAC-AGAACAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TG-TGT---AGAATTGTATTGCCTTTCA-A-T-TTG--AAGGGTGA-----GAAGTTCGT--ATCAG------T--ATCGAGTTCGGCCACCGTTTGTGTTCAT--TA-CCGCTTGGCA--GC----TGCGTCTAATACTATG---------AAAACG--ACAT-TGTATTCAGTATT-GGGGGTGA-------CA-T--CCACTCTTA--AACTCTTAAACACGTGTCTG--CACAAGCTATTCTTTGTTGTTGATC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGCAGTTATGCTATTTGTGTAATATTATGAATTGCTATAAACAGTTAATACGTTTAAAC
Unaligned ( gi|24 ): CTTACAATCTCTTTAGATTTCAATTTCTATTTATCGAATTATGTTACATAC
Unaligned ( gi|25 ): TAAATAAATGAAGCAGTAGTAGTAGTTTTACG
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222 11111 111 111111111 555555555555555 11 1111111 1111 777777777777777777777777 444444444 11111111 1111111 4444444444444444444444444444444 11 111 222 11 3333 777777777777777 1111 11 11 11 1 2222
lowQualScore : 2 1 111111111 2 3333 3 3 2 3 3 555 3 555 3 3 8888888 3 3 33 77 5 555 22222 2 888 2 555 44 2 555 3 555 0 55 3 44 8 000000000 55 55 3 0 44 7777 222222222222222 3 22 5 0000000 2 44 0000 6666 0 66 1 5 1 22 333333333333333333333333 1 1 0 22 0 2 3 666 666 666666666 8888 4 8888 55 44444444 4 4444444 55 0 7777777777777777777777777777777 3 11 3 444 1 3 3 0 1 444 00 6666 3 3 1 2 66 55 444444444444444 0 8888 33 8 6 8 1 11 33 88 3 8888
lowQualScore : . . ......... . .... . . . . . ... . ... . . ....... . . .. .. . ... ..... . ... . ... .. . ... . ... . .. . .. . ......... .. .. . . .. .... ............... . .. . ....... . .. .... .... . .. . . . .. ........................ . . . .. . . . ... ... ......... .... . .... .. ........ . ....... .. . ............................... . .. . ... . . . . . ... .. .... . . . . .. .. ............... . .... .. . . . . .. .. .. . ....
lowQualScore : 8 9 444444444 9 7777 1 1 1 1 1 111 1 444 3 3 8888888 3 3 99 11 7 999 00000 9 000 9 444 66 2 888 3 888 1 55 7 66 4 888888888 55 00 6 5 66 1111 888888888888888 3 33 0 8888888 5 22 0000 1111 1 11 0 0 4 00 111111111111111111111111 9 1 8 11 1 9 5 444 444 444444444 5555 0 5555 55 55555555 0 7777777 55 7 3333333333333333333333333333333 8 00 2 000 2 2 2 2 2 555 88 2222 0 2 2 5 00 88 888888888888888 8 0000 44 0 4 0 4 55 88 33 3 3333
consensus : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCA---------TTATA-TT-TATTG-ATACTG-CTNTAC-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAGC-T-T-TT--A--ACGAAT-GA-C-AAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TC----TGCGTCTCATACTGCGAA------T-AA--G--ACGT-TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----GTGCTTGCACA--AGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCT---------G-----C-----A--GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAGGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCAG------A--TGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------C--T-------ATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT--TAAAAAC-TCT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGTA---CT----------TCAAAATGT--TGAGNATATT-TCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
Reference ( family-414 ) : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCA---------TTATA-TT-TATTG-ATACTG-CTNTAC-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAGC-T-T-TT--A--ACGAAT-GA-C-AAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TC----TGCGTCTCATACTGCGAA------T-AAGCG--ACGT-TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----GTGCTTGCACA--AGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCT---------G-----C-----A--GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAGGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCAG--TC--A--TGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------C--T-------ATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT--NAAAAAC-TCT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGTA---CT----------TCAAAATGT--TGAATATATT-TCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
gi|1 : TATATACTGGCGGTCAATGAAAATGCACCATGGAATAT--TCA---------TTATAATTATATTG-ATACTA-CTATAG-AATA--ACTGT-G---TCAAAATTAAA-CAT-A-----CAA-T-AAA-GTTA-AAGAGC-T-T-TT--A--ACAAAT-GA-C-GAT-AGAAGAA---AGTATGAAATGA--GAGTTT---TTGTGT---GAAATTTCATCGCTCTT-AATGTTA--AAGGATGAAAATTGAAGTTCACAAATCAG------T--ACTGTGTGTGACTACGGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGTA--CC----TGCGTCTCATACTGCAAA------TAAAACGGTACATATGTATTCGGTATTAGGGGATGG-------TATC--CCAATCTTCAA----TAT----GTGCTTGCACA--AGCTGTATTTTGTTATTGATCACGTGACGCCAGT-TGTAGACCT---------------------A--ACTTGT-------ATGTTCTAT-GGGTTTAAATCTTCCGAAAACGTTGGCCAGTGCAGACCTTGTACGTTCTT---TTGCAGCCTCAGAAACTCAGA-TCAAA--TGTTATTCTGGATTT----ATTG-AAGAGA----AG--AATG--------TCAT-CCC-CGA---ATA--ACGAACA-------C--T-------TTGA---------AATGC--TGC---TAAAATCTCATA-TTCATTGTTTCTTCTATTCACCGTTCAT----ACAAC-CCT-CAAAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGTCAAAAATAGGTA---------------TCAAAATGC--TGAA-ATATA-ACAGGGT-GCGTTTCCTTTGGCCGCCAGT--ATTCTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----AGACTACTTGA
gi|10 : CGGCCAATGCAAACACAATATGAGATATAGTCA---------TTATA-TT-T--TG-ATAGTA-CTTAAC-C-TA--ACCTC-G---TCACGGC-GAG-CAT-A-----A-A-T-AAG-GCTT-TAGAGG-T-T-TT--A--ACGAAG-GA-TTAAT-AGAAGAA---ACAAAGAAATGT--AAGACT---TT-TGT---GGAGTGTTATAATCTTA-CAT-TTG--CAGT-TGAAAATCAAATTTCATAAATCAG------T--ATCGTGTGTAGCCACCGTTTGCATTCAT--TA-CCACTTGGTATCTC----TGCGTCTGGTACTTCGAA------T-GA--G--ACAT-TGTATCCGGTGCAATGGGGTGT-------TATC--CCCCGCTTCAA----TAA----gaa
gi|11 : GGCTTAAGTCTGTCGAAAACGCTGGCCAGGACAGAACTTG----TTAGT---CT---ATCTCAGAAATGCAG------A--TGTTATTCTGGACGT----ACTG-AAGAGT----GG--AACG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------T--A-------ATGT---------A--TT--CGC---A
gi|11 : AG------T--ACGATCTGTGACCATCGTTTGCGTCCAC--TA-CCGATTGGCA--TCTACGTACGTCTCATACTGCGAA------T--------ACAT-TATATTCGGTATT-GGGGATGG-------CGTT--CCACTCTTCAG----TAC----GTgtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|11 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggTATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAATTATACCCA---------TCATT-TT-TTTC---TACTG-CTATAT-C-TA--TTTTT-G---TCAActaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|12 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggacgtactgaagagtggaacgccatccccaataccgaatataatgtattcgcagtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaaATTTTTTTGTCTTC-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAATCA-------------ATGCATGACCATAATTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTTACA--TC----TGCATTTCATACTGGGAA------T-A--CA--TTAT-TTTACTCGGTATTTGAGAGTGG---------TTAACCACTTTTCAA----TAA----Gataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|12 : caaataagatactagctccTATGTACTGACAGTCAATGAAAATGCACCATGAAATCTACTCA---------TTGTA-TT---TTG-AGACCG-CTGTAC-C-TATTTTTTT-GTCTTCAATGTTGAAGGGTGA-----AAA-TCAAA-GTTCACAAA-------TC--A--ATGCAT-GA-C-CAT-Aaggtacagcggtctcaaaatacaatgagtagatttcatggtgcattttcattgactgtcagtacataagatgaaaggttcttgttgca
gi|13 : caaataagatactagctcccttattgaaaagtggttaaccactctcaaataccgagtaaaataatgtattcccagtatgaaatgcagatgtaaagcggtagtgaacgcaaatA-GTTT-CAGAGC-T-TGTT--AT-ACGAAT-GATC-AAT-TGACGAATTGACA--GAGA------AGATT---GT-TGT---GGAATTTCATTGCCGTA-AATGTTG--AAGAATGAAA--C--AGTTCACAAATCAG------A--ACTGTGTGTGATCGACGTTTGTGTCCAC--TA-CCGCTTGTCA--TC----TGCGTCTCATACTACGAG-----------------GC-TGTTTTCGGTATTagatgaaaggttcttgttgca
gi|14 : ataactatgctgatatgataaagatgatggctatgtaaattcacaatgcgatct-------ATGG---------AATTC--CGCCAAAAAAATCTCATATTTCAA-GTTTCGTCTATTGGTCATTCGT--TAAAAGC-TCT------ATTTT-TTTAACGCT--ATTTT-------AT--GTA---CT----------TTAA-------TGAATATCTT-TAATGGT-GCGTTTTCATTGACCATCAAT--ATAGTT--ATACTACTATTGTAATGCAATTATATTGCTataagacagaa
gi|15 : gcaaacggaggtcgctcactcacggaactaaaggcaAATATATTCA---------TTATA-GT-AA--G-ATACTG-GTATAA-C-TA--TTTTTTG---TCAA---T----CAT-A-----AAA-T-AAT-GTTT-TA-AGC-T-T-TT--TTTAGGTAT-GG-CCAAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GATTTT---TT-TTTTAAGGAATTTCATTGTCTTG-AATATTG--ATGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAACCAG------T--ataatcaattaatatgtttaaactaaacta
gi|16 : atagaATGTACTGATGGTCAATGAACAGGCA-CA------------A---------TTGTA-TT---TTA-ATATTG-CTATAC-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-TAT-A-----AGA-T-AAA-GTTT-GAGAGCTT-T-TT--A--ACGAAT-GACC-AAT-AGAAATG---ACAAAGAAACGT--GA--TT---TT-TGT---GAAATTTCAgaccttcagtatat
gi|17 : ATGATCAATGGAAATGCATTGTGGAATATACTCA---------TTATC-CT---TTG-ATACTGTTTTTTC-C-TA--GTTTT-G---TCAAAACTGAA-CAT-A-----A-A-T-GAA-GTTT--AGAGCAT-T-TT--T--ACAAAT-CATT-AAC-AAAAGAA---ACAATGatt
gi|18 : gGTATTCGGTATCGGGGA------------ATT--ACACTCGTCAA----TAA----GTGCTTGAACA--AGCTGTTCCTTGCTGCTGGTCACGTGACATCCGT-TGTAAAT---------------------------CTGGTACCATAGGTGCTCG
gi|19 : agtatggcgctgtttttagcGCAGAACTTGATCGTTGTTGTTCT---ATCTCAGAAACTCA----T--G--TATTGTACTGGACTT----ATTGTGAAAGT----GG--AAGG--------TTAT-CCC-C-ATATATA--T---ATA-------C--T-------Aggc
gi|2 : CA--TC----TACGTCTCATACTGCGAG------T-A--CG--ACGT-TGCATTCGGTACTACGGATTGG-------CA------A-TCGTCAA----TAA----GTGTTTGAATA--ATCTGTTTCTTGTTGTTGATCTTGTGACCCCCGT-TGTACACCT---------GACAT-C-----AACGCTGGTCCCATAGATGCTTGATAGTGGTTAGATCATCCGATAATACTGGACAGTGCAGAACTCGAACGTTATT---CT---GTCTATGAAACTCgtatccacatatacataagtaaa
gi|2 : tAAGGCAGAACTTGAACGTAAAT---CT---GTCTCAGAAACTCAAACTC--AGATGTTTTTCTGGACGT----ATTG-AAGAGT----TG--AATG--------TTAT-CCTTC-A---ATA--CCGAATAAAGCGTCCAGT-------ACGAGTCAACAAAAGTTC--C-C---AAAAACTTTACATGTCATTGCTTCTTCTATTGAACGTTCGT--GAAAAATAGCTGT-AAAACTTTATATCGTGTTCACTTTTGACAAAAACAGGTAGATCTAAAGGCAGTATTGAAAT-T--TGAGAATATT-TCACGGT-GCGTTTT-ATTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattaaggcagaacttgaacgtaaatctgtctcagaaactcaaactcagatgtttttctggacgtattgaagagttgaatgttatccttcaataccgaataaagcgtccagtacgagtcaacaaaagttcccaaaaactttacatgtcattgcttcttctattgaacgttcgtgaaaaatagctgtaaaactttatatcgtgttcacttttgacaaaaacaggtagatctaaaggcagtattgaaatttgagaatatttcacggtgcgttttattg
gi|20 : tcatctacgtctcatactgcgagtacgacgttgcattcggtactacggattggcaatcgtcaataagtgtttgaataatctgtttcttgttgttgatcttgtgacccccgttgtacacctgacatcaacgctggtcccatagatgcttgatagtggttagatcatccgataatactggacagtgcagaactcgaacgttattctgtctatgaaactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattTATATACTGAAGGTCAATGGA--CGCACCATGAAATGCACTCA---------TTATA-TT-T
gi|21 : tacctgcaaatagacataca-T-T-TT--A--ACGAAT-GG-CTAAC-AAAAGAA---ACATTGAAGTGT--AAGTTT---CT-TGT---GAAATTTCATTGTCTTA-AATGTTA--TGGGATGAAAATTG-AGTTCACAAATAAG------tgctgttgatcacgaaaatctgcataaccccgttggacat
gi|22 : gctAAATGT--TGATAAAATTATCAAAGTCGCTTTTTCTTTATACGTCGGTGAATTGTTAGGAACT-CTCTTTTATTGC----ATATTGCTTGA
gi|3 : ATATATTGACGATCAATGAAAACGCACCATGAAATATAATCA---------TTATA-TT-T--CG-ATAATG-CTCTAC-A-TA--AATTC-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ATA-C-AAC-ATTT-CAAAGC-CCT-TT--A--ACAAAT-AA-C-CATTGGAGGAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TA-TGT---GGAATTTCAATGTCTTC-AATATTG--AAGTGTGAAAA---AGGTTCACAAAGCAG------T--GCCGTGTGTGACCACCGTTTGCATTC-T--TATCCGTATGGCA--TC----AGCGCCACATACTGCAAA------T-AAG----ACGT----ATTCAATATTGAAGAATAG-------CAAT--ACACTCTTCAG----TAA----TTACTTGTACA--AGCTGTTCCTTACTGTTGATCACCTGACGCCCGT-TGTACATCTG--------G-----CGATCAA--GCTGGTCCCGTAGATATTCGATAGGGCCAACATTTGCAGACAACGCTGGCCAGGGCAGATCTTGAATGCTATT---TT---GTCACA-------AG-------------ATTCTGAGCTT----ATTC-AAGAGT----GGTAGATG--------CCAC-CCCTC-A---ATA--CCGAATG-------C--atgaat
gi|4 : tagttctgcatttaacaaataattgtattagagtaactatatatagctggagtagtgcagGTTG-TCACGTGACGCCCGT-TGTACATCTTGCGTTCAGG-----C-----A--GCT---CCCATAGATGCTTAATATGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGTTAGGTTAGAATTTAAACGTTTTT---GT---GTCTTAGAAACTC----TT--A--TGTTATGCATGACGT----AATG-AAGAGC----GG--AATGTCGCCCCCCCCC-CCC-C-C---ATA--TCAAATA-------C--aacgtctgttacacaattca
gi|4 : TATATACTGGCGGTCAATGGAAACGCAACAAGAAATATACCCAATTTAGACATTATA-TT-T--TG-ATACTG-CTTTTC-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTAAC-CAA-A-----ACA-T-AAC-GTTT-TAGAGC-T-TGTT--T--ACGAATCGG-C-AAT-AGAAGAA---ACAATAGACTATCAGATTTT---TT-TGT---GAAATATCTTTGTCTTT-ACTATTAATAGGGGTGAACATAAAAGTTCACAAATCAGTACATAT--ACCTTTTGCGGCAACTTTTAACGTTCAC--TA-TTAATTGACT--TC----TGCGTCTCATAAAGCAAATTCATGT-AA--G--ACGT-TGTATTTGATATGGGGGGGGGGGGGGCGACATT--CCGCTCTTCAT----TAC----GT-CATGCATA--Aaacgtcttacatgaatttgctttatgagacgcagaagtcaattaatagtgaacgttaaaagttgccgcaaaaggtatatgtactgatttgtgaacttttatgttcacccctattaatagtaaagacaaagatatttcacaaaaaaatctgatagtctattgtttcttctattgccgattcgtaaacaagctctaaaacgttatgttttggttaattttgacaaaaataggaaaagcagtatcaaaatataatgtctaaattgggtatatttcttgttgcgtttccattgaccgccagtatatatttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|5 : gttgtcacgtgacgcccgttgtacatcttgcgttcaggcagctcccatagatgcttaatatggcttaaatctgccgaaaacgctggttaggttagaatttaaacgtttttgtgtcttagaaactcttatgTATACTGACTGTCAATAAGAATGCACCAT-------ACTCA---------TAATA-TT-T--TG-ATAC-------AC-C-TA--ATTTT-G---TCAGAATTGAA-CAT-A-----ACA-T-AAAAGTTT-TAGACC-T-T-TTTTA--TC-AAT-GA-CCAAT-ACAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TT-TGT---AGAATTT--------------GTAG--AAGGGAGAAAATC-------ACAAATTAG------TCTAC--TGTGTGACAAATGTTCGCATTCAC--TT-CCGCTTGGCA--TT----T-----------------------------G--ACAT----ATTCAATATTTGGGAATGG-------CATT--CCAATCTTCAAAA--TAA----GTGATTGCACACAAGCTGCTCCTTGTTGTTGATCACATGATGCCTGT-TGTATACCT---------GACGTCC-----AT-GCTAGTACCACAGATGCTCAATAGAGTTTAAATCTACTGAAAATGATGACCAGGGCA----------GTTATT---TT---GTCTCAGAAACTCAG------A--TCTTATTTTGGACTT----ATTG-AATA-------------G--------CCATCCCC-C-A---ATA--TCAAATA-------C--tttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|6 : aacTTTTCAA----TCA----GTGCTTGCACA--ATCTGTTCCGTGCTGTTAATCACATGATCTCCTT-TGAAAACCT---------GATGTCC-----AG-GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAAGGCCTAAATT--------------ACCAGGGCAGGACCTTAACAT--------T---GTCCAAGAAACTCAG------A--TATTATTCTGGATTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAA-CCT--------GA--CCGAATA-------C--ag
gi|6 : CACCATAAAATATACTCA---------TTATA-T---ATTG-CTACTG-CTCTAC-C-TA--TGTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-ACATGTATAAT-AAA-GTTT-AAGACC-TAT-TT--A--ACGAAT-GG-C-CAT-----GAA---TCAATGAAATGT--AAGGTT---TT-TTA---TTATTTTCATTGCCTTA-ATTGCTG--AGGGGTGAAATTCAAAGTCCACAAATCAA------A--ATAATGTTTGACCACCGTTTGCAGTTGC--TA-CCGCTTGAAA--TC----TGCATCTCATAAAGTAAA------T-AA--A--ACGT-TGTATTCGGT----CAGGTTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----ATaacgttttatttactttatgagatgcagatttcaagcggtagcaactgcaaacggtggtcaaacattattttgatttgtggactttgaatttcacccctcagcaattaaggcaatgaaaataataaaaaaccttacatttcattgattcatggccattcgttaaataggtcttaaactttattatacatgtatgttcaattttgacaaacataggtagagcagtagcaatatataatgagtatattttatggtg
gi|7 : ttttcaatcagtgcttgcacaatctgttccgtgctgttaatcacatgatctcctttgaaaacctgatgtccaggctggtcccatagatgctcgataaggcctaaattaccagggcaggaccttaacattgtccaagaaactcagatattattctggACAT---------G-----C-----A--CCCAGTCTC---GCTGCTCGAAAGGGCTTAAATCGGCGGGAAACGCTGTCCAGGGCATTACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTTAG------A--TATCATTCTGAACTT----ATTG-AAAAGT----TG--ATTG--------TCAT-C---------ATA--CCGAATA-------C--
gi|7 : tgAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCG---------TTATA-TA-TATTGTATACTG-CTATACGT-TA--TTTTT-G---TCAAAATTAAA-CAT-A-----AAA-T-AAG-GTTT-AAGATT-T-G-TT--T--ACGAAT-GA-CCAAT-AGAAGAA---ACAATGAAACGT--AAAAAAAAATG-TGT---GGAAATTCATGGCCTTG-AATATTG--AAGAGTGAGAATCAAAGTTCACAAATGCG------T--ACCCTATTTGACC-TAATTTGCGTTCACCATA-CCG--------------------CTCATTCTGCGAA------T-AG-------GT-TGTATTCGGTAT-----GATGA-------CAAT--CAACTTTTCAA----TAA----GTaacctattcgcagaatgagcggtatggtgaacgcaaattaggtcaaatagggtacgcatttgtgaactttgattctcactcttcaatattcaaggccatgaatttccacacatttttttttacgtttcattgtttcttctattggtcattcgtaaacaaatcttaaaccttattttatgtttaattttgacaaaaataacgtatagcagtatacaatatatataacgagtatatttcatggtgcgttttcatt
gi|8 : tgacatgcacccagtctcgctgctcgaaagggcttaaatcggcgggaaacgctgtccagggcattacttgaacgttattctgtctcagaaacttagatatcattctgaTT--CCACTCTCCAA----AAA----C--CTGGTACG--AGCCGTTCATTGTTTTTATTCACGTTACGCCCGCATGTCCA------------------------A--GCTGGTCCCATGAATGCTCATTAGGGATTAAACATGTCGCAAACG-TGGCCAGGTTAGAACTTTAACGTT-TT---CT---GTCTTAGAAACTCAG------A--TGTTATTCTGGACTCCGCAAACG-CAG-GTCACAGG----CG--------CTAC-TTT-C-A---ACATTCC-AACA-------T--TTAAGGCAATCG---------AATTTTACAC---AAACAACTTACATTTCATTGTTTCTGCTTTTAGTCATTTGTAATAAAAAC-TCT-T--ACATTGTATTTTATATTCAATTTTGACAAAATTACGCA---TTC---------TCAAAATATAATGAGTGTATT-TTATGGT-ACGATTTCATTGATCGTCAGT--
gi|9 : ATACCAACAGTCATTGAAAACGCA-------ACATA----------------------TATTG-ATATTG--TCCAA-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CA--------AAA-T-----GTTT-AAGAGC-T-T-TTT-A--ACTTAC-GATC-AAC-AGAACAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TG-TGT---AGAATTGTATTGCCTTTCAAT-TTG--AAGGGTGA-----GAAGTTCGTA--TCAG------T--ATCGAGTTCGGCCACCGTTTGTGTTCAT--TA-CCGCTTGGCA--GC----TGCGTCTAATACTATGA---------AAACG--ACAT-TGTATTCAGTATT-GGGGGTGA-------CA-T--CCACTCTTAAACTCTTAAACACGTGTCTGCACA--AGCTATTCTTTGTTGTTGATC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGCAGTTATGCTATTTGTGTAATATTATGAATTGCTATAAACAGTTAATACGTTTAAAC
Unaligned ( gi|24 ): CTTACAATCTCTTTAGATTTCAATTTCTATTTATCGAATTATGTTACATAC
Unaligned ( gi|25 ): TAAATAAATGAAGCAGTAGTAGTAGTTTTACG
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222 11111 111 1111111111 1111111 1111 777777777777777777777777 111111111111 11111111 1111111 4444444444444444444444444444444 11 111 222 11 3333 777777777777777 1111 11 11 1 2222
lowQualScore : 2 1 111111111 2 4444 3 2 333 3 555 3 555 3 3 8888888 3 3 33 77 5 555 22222 2 888 2 555 44 2 555 3 555 0 55 3 44 8 888888 44 88 55 3 0 44 7777 5555555555 3 88888 88 7 0000000 2 44 0000 6666 0 66 1 5 1 22 333333333333333333333333 1 1 0 22 0 2 3 666 666 666666666666 8888 4 8888 55 44444444 4 4444444 55 0 7777777777777777777777777777777 3 11 3 444 1 3 3 0 1 333 00 6666 3 3 1 2 66 55 444444444444444 0 8888 99 8 6 8 1 11 33 88 3 8888
lowQualScore : . . ......... . .... . . ... . ... . ... . . ....... . . .. .. . ... ..... . ... . ... .. . ... . ... . .. . .. . ...... .. .. .. . . .. .... .......... . ..... .. . ....... . .. .... .... . .. . . . .. ........................ . . . .. . . . ... ... ............ .... . .... .. ........ . ....... .. . ............................... . .. . ... . . . . . ... .. .... . . . . .. .. ............... . .... .. . . . . .. .. .. . ....
lowQualScore : 8 9 444444444 9 0000 1 1 222 1 111 1 444 3 3 8888888 3 3 99 11 7 999 00000 9 000 9 444 66 2 888 3 888 1 55 7 66 4 888888 66 55 00 6 5 66 1111 8888888888 3 33333 11 8 8888888 5 22 0000 1111 1 11 0 0 4 00 111111111111111111111111 9 1 8 11 1 9 5 444 444 555555555555 5555 0 5555 55 55555555 0 7777777 55 7 3333333333333333333333333333333 8 00 2 000 2 2 2 2 2 000 88 2222 0 2 2 5 00 88 888888888888888 8 0000 22 0 4 0 4 55 88 33 3 3333
consensus : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCA---------TTATA-TT-TATTG-ATACTGCTNTA-C-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAGC-T-T-TT--A--ACGAAT-GA-C-AAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TCTGCGT----CTCATACTGCGAA------TAAGAC-GT-----TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----GTGCTTGCACA--AGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCT---------G-----C-----A--GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAGGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCA------G-----ATGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------C--T-------ATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT--TAAAAAC-TCT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGTA---CT----------TCAAAATGT--TGAGAATATT-TCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
Reference ( family-414 ) : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCA---------TTATA-TT-TATTG-ATACTGCTNTA-C-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAGC-T-T-TT--A--ACGAAT-GA-C-AAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TCTGCGT----CTCATACTGCGAA------TAAGAC-GT-----TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----GTGCTTGCACA--AGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCT---------G-----C-----A--GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAGGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCA------G-----ATGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------C--T-------ATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT--TAAAAAC-TCT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGTA---CT----------TCAAAATGT--TGAGNATATT-TCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
gi|1 : TATATACTGGCGGTCAATGAAAATGCACCATGGAATAT--TCA---------TTATAATTATATTG-ATACTACTATA-G-AATA--ACTGT-G---TCAAAATTAAA-CAT-A-----CAA-T-AAA-GTTA-AAGAGC-T-T-TT--A--ACAAAT-GA-C-GAT-AGAAGAA---AGTATGAAATGA--GAGTTT---TTGTGT---GAAATTTCATCGCTCTT-AATGTTA--AAGGATGAAAATTGAAGTTCACAAATCAG------T--ACTGTGTGTGACTACGGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGTA--CCTGCGT----CTCATACTGCAAA------TAAAACGGTACATATGTATTCGGTATTAGGGGATGG-------TATC--CCAATCTTCAA----TAT----GTGCTTGCACA--AGCTGTATTTTGTTATTGATCACGTGACGCCAGT-TGTAGACCT---------------------A--ACTTGT-------ATGTTCTAT-GGGTTTAAATCTTCCGAAAACGTTGGCCAGTGCAGACCTTGTACGTTCTT---TTGCAGCCTCAGAAACTCA------GATCAAATGTTATTCTGGATTT----ATTG-AAGAGA----AG--AATG--------TCAT-CCC-CGA---ATA--ACGAACA-------C--T-------TTGA---------AATGC--TGC---TAAAATCTCATA-TTCATTGTTTCTTCTATTCACCGTTCAT----ACAAC-CCT-CAAAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGTCAAAAATAGGTA---------------TCAAAATGC--TGA-AATATA-ACAGGGT-GCGTTTCCTTTGGCCGCCAGT--ATTCTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----AGACTACTTGA
gi|10 : CGGCCAATGCAAACACAATATGAGATATAGTCA---------TTATA-TT-T--TG-ATAGTACTTAA-C-C-TA--ACCTC-G---TCACGGC-GAG-CAT-A-----A-A-T-AAG-GCTT-TAGAGG-T-T-TT--A--ACGAAG-GA-TTAAT-AGAAGAA---ACAAAGAAATGT--AAGACT---TT-TGT---GGAGTGTTATAATCTTA-CAT-TTG--CAGT-TGAAAATCAAATTTCATAAATCAG------T--ATCGTGTGTAGCCACCGTTTGCATTCAT--TA-CCACTTGGTATCTCTGCGT----CTGGTACTTCGAA------TGAGAC-AT-----TGTATCCGGTGCAATGGGGTGT-------TATC--CCCCGCTTCAA----TAA----gaa
gi|11 : GGCTTAAGTCTGTCGAAAACGCTGGCCAGGACAGAACTTG----TTAGT---CT---ATCTCAGAAATGCA------G-----ATGTTATTCTGGACGT----ACTG-AAGAGT----GG--AACG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------T--A-------ATGT---------A--TT--CGC---A
gi|11 : AG------T--ACGATCTGTGACCATCGTTTGCGTCCAC--TA-CCGATTGGCA--TCTACGTACGTCTCATACTGCGAA------TA---C-AT-----TATATTCGGTATTGGGGA-TGG-------CGTT--CCACTCTTCAG----TAC----GTgtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|11 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggTATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAATTATACCCA---------TCATT-TT-TTTC---TACTGCTATA-T-C-TA--TTTTT-G---TCAActaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|12 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggacgtactgaagagtggaacgccatccccaataccgaatataatgtattcgcagtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaaATTTTTTTGTCTTC-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAATCAA------T--GC-----ATGACCATAATTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTTACA--TCTGCAT----TTCATACTGGGAA------TACATT-AT-----TTTACTCGGTATTTGAGAGTGG---------TTAACCACTTTTCAA----TAA----Gataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|12 : caaataagatactagctccTATGTACTGACAGTCAATGAAAATGCACCATGAAATCTACTCA---------TTGTA-TT---TTG-AGACCGCTGTA-C-C-TATTTTTTT-GTCTTCAATGTTGAAGGGTGA-----AAA-TCAAA-GTTCACAAA-------TC--A--ATGCAT-GA-C-CAT-Aaggtacagcggtctcaaaatacaatgagtagatttcatggtgcattttcattgactgtcagtacataagatgaaaggttcttgttgca
gi|13 : caaataagatactagctcccttattgaaaagtggttaaccactctcaaataccgagtaaaataatgtattcccagtatgaaatgcagatgtaaagcggtagtgaacgcaaatA-GTTT-CAGAGC-T-TGTT--AT-ACGAAT-GATC-AAT-TGACGAATTGACA--GAGA------AGATT---GT-TGT---GGAATTTCATTGCCGTA-AATGTTG--AAGAATGAAA--C--AGTTCACAAATCAG------A--ACTGTGTGTGATCGACGTTTGTGTCCAC--TA-CCGCTTGTCA--TCTGCGT----CTCATACTACGAG-------------GC-----TGTTTTCGGTATTagatgaaaggttcttgttgca
gi|14 : ataactatgctgatatgataaagatgatggctatgtaaattcacaatgcgatct-------ATGG---------AATTC--CGCCAAAAAAATCTCATATTTCAA-GTTTCGTCTATTGGTCATTCGT--TAAAAGC-TCT------ATTTT-TTTAACGCT--ATTTT-------AT--GTA---CT----------TTAA-------TGAATATCTT-TAATGGT-GCGTTTTCATTGACCATCAAT--ATAGTT--ATACTACTATTGTAATGCAATTATATTGCTataagacagaa
gi|15 : gcaaacggaggtcgctcactcacggaactaaaggcaAATATATTCA---------TTATA-GT-AA--G-ATACTGGTATA-A-C-TA--TTTTTTG---TCAA---T----CAT-A-----AAA-T-AAT-GTTT-TA-AGC-T-T-TT--TTTAGGTAT-GG-CCAAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GATTTT---TT-TTTTAAGGAATTTCATTGTCTTG-AATATTG--ATGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAACCAG------T--ataatcaattaatatgtttaaactaaacta
gi|16 : atagaATGTACTGATGGTCAATGAACAGGCA-CA------------A---------TTGTA-TT---TTA-ATATTGCTATA-C-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-TAT-A-----AGA-T-AAA-GTTT-GAGAGCTT-T-TT--A--ACGAAT-GACC-AAT-AGAAATG---ACAAAGAAACGT--GA--TT---TT-TGT---GAAATTTCAgaccttcagtatat
gi|17 : ATGATCAATGGAAATGCATTGTGGAATATACTCA---------TTATC-CT-T--TG-ATACTGTTTTTTC-C-TA--GTTTT-G---TCAAAACTGAA-CAT-A-----A-A-T-GAA-GTTT--AGAGCAT-T-TT--T--ACAAAT-CATT-AAC-AAAAGAA---ACAATGatt
gi|18 : gGTATTCGGTATCGGGGA------------ATT--ACACTCGTCAA----TAA----GTGCTTGAACA--AGCTGTTCCTTGCTGCTGGTCACGTGACATCCGT-TGTAAAT---------------------------CTGGTACCATAGGTGCTCG
gi|19 : agtatggcgctgtttttagcGCAGAACTTGATCGTTGTTGTTCT---ATCTCAGAAACTCA------T-----GTATTGTACTGGACTT----ATTGTGAAAGT----GG--AAGG--------TTAT-CCC-C-ATATATA--T---ATA-------C--T-------Aggc
gi|2 : CA--TCTACGT----CTCATACTGCGAG------TACGAC-GT-----TGCATTCGGTACTACGGATTGG-------CA------A-TCGTCAA----TAA----GTGTTTGAATA--ATCTGTTTCTTGTTGTTGATCTTGTGACCCCCGT-TGTACACCT---------GACAT-C-----AACGCTGGTCCCATAGATGCTTGATAGTGGTTAGATCATCCGATAATACTGGACAGTGCAGAACTCGAACGTTATT---CT---GTCTATGAAACTCgtatccacatatacataagtaaa
gi|2 : tAAGGCAGAACTTGAACGTAAAT---CT---GTCTCAGAAACTCAAACTCAG-----ATGTTTTTCTGGACGT----ATTG-AAGAGT----TG--AATG--------TTAT-CCTTC-A---ATA--CCGAATAAAGCGTCCAGT-------ACGAGTCAACAAAAGTTC--C-C---AAAAACTTTACATGTCATTGCTTCTTCTATTGAACGTTCGT--GAAAAATAGCTGT-AAAACTTTATATCGTGTTCACTTTTGACAAAAACAGGTAGATCTAAAGGCAGTATTGAAAT-T--TGAGAATATT-TCACGGT-GCGTTTT-ATTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattaaggcagaacttgaacgtaaatctgtctcagaaactcaaactcagatgtttttctggacgtattgaagagttgaatgttatccttcaataccgaataaagcgtccagtacgagtcaacaaaagttcccaaaaactttacatgtcattgcttcttctattgaacgttcgtgaaaaatagctgtaaaactttatatcgtgttcacttttgacaaaaacaggtagatctaaaggcagtattgaaatttgagaatatttcacggtgcgttttattg
gi|20 : tcatctacgtctcatactgcgagtacgacgttgcattcggtactacggattggcaatcgtcaataagtgtttgaataatctgtttcttgttgttgatcttgtgacccccgttgtacacctgacatcaacgctggtcccatagatgcttgatagtggttagatcatccgataatactggacagtgcagaactcgaacgttattctgtctatgaaactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattTATATACTGAAGGTCAATGGA--CGCACCATGAAATGCACTCA---------TTATA-TT-T
gi|21 : tacctgcaaatagacataca-T-T-TT--A--ACGAAT-GG-CTAAC-AAAAGAA---ACATTGAAGTGT--AAGTTT---CT-TGT---GAAATTTCATTGTCTTA-AATGTTA--TGGGATGAAAATTG-AGTTCACAAATAAG------tgctgttgatcacgaaaatctgcataaccccgttggacat
gi|22 : gctAAATGT--TGATAAAATTATCAAAGTCGCTTTTTCTTTATACGTCGGTGAATTGTTAGGAACT-CTCTTTTATTGC----ATATTGCTTGA
gi|3 : ATATATTGACGATCAATGAAAACGCACCATGAAATATAATCA---------TTATA-TT-T--CG-ATAATGCTCTA-C-A-TA--AATTC-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ATA-C-AAC-ATTT-CAAAGC-CCT-TT--A--ACAAAT-AA-C-CATTGGAGGAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TA-TGT---GGAATTTCAATGTCTTC-AATATTG--AAGTGTGAAAA---AGGTTCACAAAGCAG------T--GCCGTGTGTGACCACCGTTTGCATTC-T--TATCCGTATGGCA--TCAGCGC----CACATACTGCAAA------TAAGAC-GT--------ATTCAATATTGAAGAATAG-------CAAT--ACACTCTTCAG----TAA----TTACTTGTACA--AGCTGTTCCTTACTGTTGATCACCTGACGCCCGT-TGTACATCTG--------G-----CGATCAA--GCTGGTCCCGTAGATATTCGATAGGGCCAACATTTGCAGACAACGCTGGCCAGGGCAGATCTTGAATGCTATT---TT---GTCACA-------A------G----------ATTCTGAGCTT----ATTC-AAGAGT----GGTAGATG--------CCAC-CCCTC-A---ATA--CCGAATG-------C--atgaat
gi|4 : tagttctgcatttaacaaataattgtattagagtaactatatatagctggagtagtgcagGTTG-TCACGTGACGCCCGT-TGTACATCTTGCGTTCAGG-----C-----A--GCT---CCCATAGATGCTTAATATGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGTTAGGTTAGAATTTAAACGTTTTT---GT---GTCTTAGAAACTCT------T-----ATGTTATGCATGACGT----AATG-AAGAGC----GG--AATGTCGCCCCCCCCC-CCC-C-C---ATA--TCAAATA-------C--aacgtctgttacacaattca
gi|4 : TATATACTGGCGGTCAATGGAAACGCAACAAGAAATATACCCAATTTAGACATTATA-TT-T--TG-ATACTGCTTTT-C-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTAAC-CAA-A-----ACA-T-AAC-GTTT-TAGAGC-T-TGTT--T--ACGAATCGG-C-AAT-AGAAGAA---ACAATAGACTATCAGATTTT---TT-TGT---GAAATATCTTTGTCTTT-ACTATTAATAGGGGTGAACATAAAAGTTCACAAATCAGTACATAT--ACCTTTTGCGGCAACTTTTAACGTTCAC--TA-TTAATTGACT--TCTGCGT----CTCATAAAGCAAATTCATGTAAGAC-GT-----TGTATTTGATATGGGGGGGGGGGGGGCGACATT--CCGCTCTTCAT----TAC----GT-CATGCATA--Aaacgtcttacatgaatttgctttatgagacgcagaagtcaattaatagtgaacgttaaaagttgccgcaaaaggtatatgtactgatttgtgaacttttatgttcacccctattaatagtaaagacaaagatatttcacaaaaaaatctgatagtctattgtttcttctattgccgattcgtaaacaagctctaaaacgttatgttttggttaattttgacaaaaataggaaaagcagtatcaaaatataatgtctaaattgggtatatttcttgttgcgtttccattgaccgccagtatatatttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|5 : gttgtcacgtgacgcccgttgtacatcttgcgttcaggcagctcccatagatgcttaatatggcttaaatctgccgaaaacgctggttaggttagaatttaaacgtttttgtgtcttagaaactcttatgTATACTGACTGTCAATAAGAATGCACCAT-------ACTCA---------TAATA-TT-T--TG-ATAC------A-C-C-TA--ATTTT-G---TCAGAATTGAA-CAT-A-----ACA-T-AAAAGTTT-TAGACC-T-T-TTTTA--TC-AAT-GA-CCAAT-ACAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TT-TGT---AGAATTT--------------GTAG--AAGGGAGAAAATC-------ACAAATTAG------TCTAC--TGTGTGACAAATGTTCGCATTCAC--TT-CCGCTTGGCA--TTTG------------------------------AC-AT--------ATTCAATATTTGGGAATGG-------CATT--CCAATCTTCAAAA--TAA----GTGATTGCACACAAGCTGCTCCTTGTTGTTGATCACATGATGCCTGT-TGTATACCT---------GACGTCC-----AT-GCTAGTACCACAGATGCTCAATAGAGTTTAAATCTACTGAAAATGATGACCAGGGCA----------GTTATT---TT---GTCTCAGAAACTCA------G-----ATCTTATTTTGGACTT----ATTG-AATA-------------G--------CCATCCCC-C-A---ATA--TCAAATA-------C--tttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|6 : aacTTTTCAA----TCA----GTGCTTGCACA--ATCTGTTCCGTGCTGTTAATCACATGATCTCCTT-TGAAAACCT---------GATGTCC-----AG-GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAAGGCCTAAATT--------------ACCAGGGCAGGACCTTAACAT--------T---GTCCAAGAAACTCA------G-----ATATTATTCTGGATTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAA-CCT--------GA--CCGAATA-------C--ag
gi|6 : CACCATAAAATATACTCA---------TTATA-T---ATTG-CTACTGCTCTA-C-C-TA--TGTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-ACATGTATAAT-AAA-GTTT-AAGACC-TAT-TT--A--ACGAAT-GG-C-CAT-----GAA---TCAATGAAATGT--AAGGTT---TT-TTA---TTATTTTCATTGCCTTA-ATTGCTG--AGGGGTGAAATTCAAAGTCCACAAATCAA------A--ATAATGTTTGACCACCGTTTGCAGTTGC--TA-CCGCTTGAAA--TCTGCAT----CTCATAAAGTAAA------TAAAAC-GT-----TGTATTCGGT----CAGGTTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----ATaacgttttatttactttatgagatgcagatttcaagcggtagcaactgcaaacggtggtcaaacattattttgatttgtggactttgaatttcacccctcagcaattaaggcaatgaaaataataaaaaaccttacatttcattgattcatggccattcgttaaataggtcttaaactttattatacatgtatgttcaattttgacaaacataggtagagcagtagcaatatataatgagtatattttatggtg
gi|7 : ttttcaatcagtgcttgcacaatctgttccgtgctgttaatcacatgatctcctttgaaaacctgatgtccaggctggtcccatagatgctcgataaggcctaaattaccagggcaggaccttaacattgtccaagaaactcagatattattctggACAT---------G-----C-----A--CCCAGTCTC---GCTGCTCGAAAGGGCTTAAATCGGCGGGAAACGCTGTCCAGGGCATTACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTTA------G-----ATATCATTCTGAACTT----ATTG-AAAAGT----TG--ATTG--------TCAT-C---------ATA--CCGAATA-------C--
gi|7 : tgAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCG---------TTATA-TA-TATTGTATACTGCTATA-CGT-TA--TTTTT-G---TCAAAATTAAA-CAT-A-----AAA-T-AAG-GTTT-AAGATT-T-G-TT--T--ACGAAT-GA-CCAAT-AGAAGAA---ACAATGAAACGT--AAAAAAAAATG-TGT---GGAAATTCATGGCCTTG-AATATTG--AAGAGTGAGAATCAAAGTTCACAAATGCG------T--ACCCTATTTGACC-TAATTTGCGTTCACCATA-CCG--------------------CTCATTCTGCGAA------TAG----GT-----TGTATTCGGTAT-----GATGA-------CAAT--CAACTTTTCAA----TAA----GTaacctattcgcagaatgagcggtatggtgaacgcaaattaggtcaaatagggtacgcatttgtgaactttgattctcactcttcaatattcaaggccatgaatttccacacatttttttttacgtttcattgtttcttctattggtcattcgtaaacaaatcttaaaccttattttatgtttaattttgacaaaaataacgtatagcagtatacaatatatataacgagtatatttcatggtgcgttttcatt
gi|8 : tgacatgcacccagtctcgctgctcgaaagggcttaaatcggcgggaaacgctgtccagggcattacttgaacgttattctgtctcagaaacttagatatcattctgaTT--CCACTCTCCAA----AAA----C--CTGGTACG--AGCCGTTCATTGTTTTTATTCACGTTACGCCCGCATGTCCA------------------------A--GCTGGTCCCATGAATGCTCATTAGGGATTAAACATGTCGCAAACG-TGGCCAGGTTAGAACTTTAACGTT-TT---CT---GTCTTAGAAACTCA------G-----ATGTTATTCTGGACTCCGCAAACG-CAG-GTCACAGG----CG--------CTAC-TTT-C-A---ACATTCC-AACA-------T--TTAAGGCAATCG---------AATTTTACAC---AAACAACTTACATTTCATTGTTTCTGCTTTTAGTCATTTGTAATAAAAAC-TCT-T--ACATTGTATTTTATATTCAATTTTGACAAAATTACGCA---TTC---------TCAAAATATAATGAGTGTATT-TTATGGT-ACGATTTCATTGATCGTCAGT--
gi|9 : ATACCAACAGTCATTGAAAACGCA-------ACATA----------------------TATTG-ATATTG-TCCA-A-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CA--------AAA-T-----GTTT-AAGAGC-T-T-TTT-A--ACTTAC-GATC-AAC-AGAACAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TG-TGT---AGAATTGTATTGCCTTTCAAT-TTG--AAGGGTGA-----GAAGTTCGTA--TCAG------T--ATCGAGTTCGGCCACCGTTTGTGTTCAT--TA-CCGCTTGGCA--GCTGCGT----CTAATACTATGAA------AACGAC-AT-----TGTATTCAGTATT-GGGGGTGA-------CA-T--CCACTCTTAAACTCTTAAACACGTGTCTGCACA--AGCTATTCTTTGTTGTTGATC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGCAGTTATGCTATTTGTGTAATATTATGAATTGCTATAAACAGTTAATACGTTTAAAC
Unaligned ( gi|24 ): CTTACAATCTCTTTAGATTTCAATTTCTATTTATCGAATTATGTTACATAC
Unaligned ( gi|25 ): TAAATAAATGAAGCAGTAGTAGTAGTTTTACG
Alignments
lowQualScore : 111111111 2222 11111 111 1111111111 1111111 1111 777777777777777777777777 111111111111 11111111 1111111 4444444444444444444444444444444 11 111 222 11 3333 777777777777777 1111 11 11 1 2222
lowQualScore : 2 1 111111111 2 4444 3 2 333 3 555 3 555 3 3 8888888 3 3 33 77 5 555 22222 2 888 2 555 44 2 555 3 555 0 55 3 44 8 888888 44 88 55 3 0 44 7777 5555555555 3 88888 88 7 0000000 2 44 0000 6666 0 66 1 5 1 22 333333333333333333333333 1 1 0 22 0 2 3 666 666 666666666666 8888 4 8888 55 44444444 4 4444444 55 0 7777777777777777777777777777777 3 11 3 444 1 3 3 0 1 333 00 6666 3 3 1 2 66 55 444444444444444 0 8888 99 8 6 8 1 11 33 88 3 8888
lowQualScore : . . ......... . .... . . ... . ... . ... . . ....... . . .. .. . ... ..... . ... . ... .. . ... . ... . .. . .. . ...... .. .. .. . . .. .... .......... . ..... .. . ....... . .. .... .... . .. . . . .. ........................ . . . .. . . . ... ... ............ .... . .... .. ........ . ....... .. . ............................... . .. . ... . . . . . ... .. .... . . . . .. .. ............... . .... .. . . . . .. .. .. . ....
lowQualScore : 8 9 444444444 9 0000 1 1 222 1 111 1 444 3 3 8888888 3 3 99 11 7 999 00000 9 000 9 444 66 2 888 3 888 1 55 7 66 4 888888 66 55 00 6 5 66 1111 8888888888 3 33333 11 8 8888888 5 22 0000 1111 1 11 0 0 4 00 111111111111111111111111 9 1 8 11 1 9 5 444 444 555555555555 5555 0 5555 55 55555555 0 7777777 55 7 3333333333333333333333333333333 8 00 2 000 2 2 2 2 2 000 88 2222 0 2 2 5 00 88 888888888888888 8 0000 66 0 4 0 4 55 88 33 3 3333
consensus : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCA---------TTATA-TT-TATTG-ATACTGCTNTA-C-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAGC-T-T-TT--A--ACGAAT-GA-C-AAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TCTGCGT----CTCATACTGCGAA------TAAGAC-GT-----TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----GTGCTTGCACA--AGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCT---------G-----C-----A--GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAGGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCA------G-----ATGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------C--T-------ATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT--TAAAAAC-TCT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGTA---CT----------TCAAAATGT--TGAGAATATT-TCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
Reference ( family-414 ) : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCA---------TTATA-TT-TATTG-ATACTGCTNTA-C-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAGC-T-T-TT--A--ACGAAT-GA-C-AAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TCTGCGT----CTCATACTGCGAA------TAAGAC-GT-----TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----GTGCTTGCACA--AGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCT---------G-----C-----A--GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAGGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCA------G-----ATGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------C--T-------ATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT--TAAAAAC-TCT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGTA---CT----------TCAAAATGT--TGAGAATATT-TCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
gi|1 : TATATACTGGCGGTCAATGAAAATGCACCATGGAATAT--TCA---------TTATAATTATATTG-ATACTACTATA-G-AATA--ACTGT-G---TCAAAATTAAA-CAT-A-----CAA-T-AAA-GTTA-AAGAGC-T-T-TT--A--ACAAAT-GA-C-GAT-AGAAGAA---AGTATGAAATGA--GAGTTT---TTGTGT---GAAATTTCATCGCTCTT-AATGTTA--AAGGATGAAAATTGAAGTTCACAAATCAG------T--ACTGTGTGTGACTACGGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGTA--CCTGCGT----CTCATACTGCAAA------TAAAACGGTACATATGTATTCGGTATTAGGGGATGG-------TATC--CCAATCTTCAA----TAT----GTGCTTGCACA--AGCTGTATTTTGTTATTGATCACGTGACGCCAGT-TGTAGACCT---------------------A--ACTTGT-------ATGTTCTAT-GGGTTTAAATCTTCCGAAAACGTTGGCCAGTGCAGACCTTGTACGTTCTT---TTGCAGCCTCAGAAACTCA------GATCAAATGTTATTCTGGATTT----ATTG-AAGAGA----AG--AATG--------TCAT-CCC-CGA---ATA--ACGAACA-------C--T-------TTGA---------AATGC--TGC---TAAAATCTCATA-TTCATTGTTTCTTCTATTCACCGTTCAT----ACAAC-CCT-CAAAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGTCAAAAATAGGTA---------------TCAAAATGC--TGA-AATATA-ACAGGGT-GCGTTTCCTTTGGCCGCCAGT--ATTCTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----AGACTACTTGA
gi|10 : CGGCCAATGCAAACACAATATGAGATATAGTCA---------TTATA-TT-T--TG-ATAGTACTTAA-C-C-TA--ACCTC-G---TCACGGC-GAG-CAT-A-----A-A-T-AAG-GCTT-TAGAGG-T-T-TT--A--ACGAAG-GA-TTAAT-AGAAGAA---ACAAAGAAATGT--AAGACT---TT-TGT---GGAGTGTTATAATCTTA-CAT-TTG--CAGT-TGAAAATCAAATTTCATAAATCAG------T--ATCGTGTGTAGCCACCGTTTGCATTCAT--TA-CCACTTGGTATCTCTGCGT----CTGGTACTTCGAA------TGAGAC-AT-----TGTATCCGGTGCAATGGGGTGT-------TATC--CCCCGCTTCAA----TAA----gaa
gi|11 : GGCTTAAGTCTGTCGAAAACGCTGGCCAGGACAGAACTTG----TTAGT---CT---ATCTCAGAAATGCA------G-----ATGTTATTCTGGACGT----ACTG-AAGAGT----GG--AACG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------T--A-------ATGT---------A--TT--CGC---A
gi|11 : AG------T--ACGATCTGTGACCATCGTTTGCGTCCAC--TA-CCGATTGGCA--TCTACGTACGTCTCATACTGCGAA------TA---C-AT-----TATATTCGGTATTGGGGA-TGG-------CGTT--CCACTCTTCAG----TAC----GTgtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|11 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggTATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAATTATACCCA---------TCATT-TT-TTTC---TACTGCTATA-T-C-TA--TTTTT-G---TCAActaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|12 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggacgtactgaagagtggaacgccatccccaataccgaatataatgtattcgcagtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaaATTTTTTTGTCTTC-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAATCAA------T--GC-----ATGACCATAATTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTTACA--TCTGCAT----TTCATACTGGGAA------TACATT-AT-----TTTACTCGGTATTTGAGAGTGG---------TTAACCACTTTTCAA----TAA----Gataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|12 : caaataagatactagctccTATGTACTGACAGTCAATGAAAATGCACCATGAAATCTACTCA---------TTGTA-TT---TTG-AGACCGCTGTA-C-C-TATTTTTTT-GTCTTCAATGTTGAAGGGTGA-----AAA-TCAAA-GTTCACAAA-------TC--A--ATGCAT-GA-C-CAT-Aaggtacagcggtctcaaaatacaatgagtagatttcatggtgcattttcattgactgtcagtacataagatgaaaggttcttgttgca
gi|13 : caaataagatactagctcccttattgaaaagtggttaaccactctcaaataccgagtaaaataatgtattcccagtatgaaatgcagatgtaaagcggtagtgaacgcaaatA-GTTT-CAGAGC-T-TGTT--AT-ACGAAT-GATC-AAT-TGACGAATTGACA--GAGA------AGATT---GT-TGT---GGAATTTCATTGCCGTA-AATGTTG--AAGAATGAAA--C--AGTTCACAAATCAG------A--ACTGTGTGTGATCGACGTTTGTGTCCAC--TA-CCGCTTGTCA--TCTGCGT----CTCATACTACGAG-------------GC-----TGTTTTCGGTATTagatgaaaggttcttgttgca
gi|14 : ataactatgctgatatgataaagatgatggctatgtaaattcacaatgcgatct-------ATGG---------AATTC--CGCCAAAAAAATCTCATATTTCAA-GTTTCGTCTATTGGTCATTCGT--TAAAAGC-TCT------ATTTT-TTTAACGCT--ATTTT-------AT--GTA---CT----------TTAA-------TGAATATCTT-TAATGGT-GCGTTTTCATTGACCATCAAT--ATAGTT--ATACTACTATTGTAATGCAATTATATTGCTataagacagaa
gi|15 : gcaaacggaggtcgctcactcacggaactaaaggcaAATATATTCA---------TTATA-GT-AA--G-ATACTGGTATA-A-C-TA--TTTTTTG---TCAA---T----CAT-A-----AAA-T-AAT-GTTT-TA-AGC-T-T-TT--TTTAGGTAT-GG-CCAAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GATTTT---TT-TTTTAAGGAATTTCATTGTCTTG-AATATTG--ATGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAACCAG------T--ataatcaattaatatgtttaaactaaacta
gi|16 : atagaATGTACTGATGGTCAATGAACAGGCA-CA------------A---------TTGTA-TT---TTA-ATATTGCTATA-C-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-TAT-A-----AGA-T-AAA-GTTT-GAGAGCTT-T-TT--A--ACGAAT-GACC-AAT-AGAAATG---ACAAAGAAACGT--GA--TT---TT-TGT---GAAATTTCAgaccttcagtatat
gi|17 : ATGATCAATGGAAATGCATTGTGGAATATACTCA---------TTATC-CT-T--TG-ATACTGTTTTTTC-C-TA--GTTTT-G---TCAAAACTGAA-CAT-A-----A-A-T-GAA-GTTT--AGAGCAT-T-TT--T--ACAAAT-CATT-AAC-AAAAGAA---ACAATGatt
gi|18 : gGTATTCGGTATCGGGGA------------ATT--ACACTCGTCAA----TAA----GTGCTTGAACA--AGCTGTTCCTTGCTGCTGGTCACGTGACATCCGT-TGTAAAT---------------------------CTGGTACCATAGGTGCTCG
gi|19 : agtatggcgctgtttttagcGCAGAACTTGATCGTTGTTGTTCT---ATCTCAGAAACTCA------T-----GTATTGTACTGGACTT----ATTGTGAAAGT----GG--AAGG--------TTAT-CCC-C-ATATATA--T---ATA-------C--T-------Aggc
gi|2 : CA--TCTACGT----CTCATACTGCGAG------TACGAC-GT-----TGCATTCGGTACTACGGATTGG-------CA------A-TCGTCAA----TAA----GTGTTTGAATA--ATCTGTTTCTTGTTGTTGATCTTGTGACCCCCGT-TGTACACCT---------GACAT-C-----AACGCTGGTCCCATAGATGCTTGATAGTGGTTAGATCATCCGATAATACTGGACAGTGCAGAACTCGAACGTTATT---CT---GTCTATGAAACTCgtatccacatatacataagtaaa
gi|2 : tAAGGCAGAACTTGAACGTAAAT---CT---GTCTCAGAAACTCAAACTCAG-----ATGTTTTTCTGGACGT----ATTG-AAGAGT----TG--AATG--------TTAT-CCTTC-A---ATA--CCGAATAAAGCGTCCAGT-------ACGAGTCAACAAAAGTTC--C-C---AAAAACTTTACATGTCATTGCTTCTTCTATTGAACGTTCGT--GAAAAATAGCTGT-AAAACTTTATATCGTGTTCACTTTTGACAAAAACAGGTAGATCTAAAGGCAGTATTGAAAT-T--TGAGAATATT-TCACGGT-GCGTTTT-ATTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattaaggcagaacttgaacgtaaatctgtctcagaaactcaaactcagatgtttttctggacgtattgaagagttgaatgttatccttcaataccgaataaagcgtccagtacgagtcaacaaaagttcccaaaaactttacatgtcattgcttcttctattgaacgttcgtgaaaaatagctgtaaaactttatatcgtgttcacttttgacaaaaacaggtagatctaaaggcagtattgaaatttgagaatatttcacggtgcgttttattg
gi|20 : tcatctacgtctcatactgcgagtacgacgttgcattcggtactacggattggcaatcgtcaataagtgtttgaataatctgtttcttgttgttgatcttgtgacccccgttgtacacctgacatcaacgctggtcccatagatgcttgatagtggttagatcatccgataatactggacagtgcagaactcgaacgttattctgtctatgaaactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattTATATACTGAAGGTCAATGGA--CGCACCATGAAATGCACTCA---------TTATA-TT-T
gi|21 : tacctgcaaatagacataca-T-T-TT--A--ACGAAT-GG-CTAAC-AAAAGAA---ACATTGAAGTGT--AAGTTT---CT-TGT---GAAATTTCATTGTCTTA-AATGTTA--TGGGATGAAAATTG-AGTTCACAAATAAG------tgctgttgatcacgaaaatctgcataaccccgttggacat
gi|22 : gctAAATGT--TGATAAAATTATCAAAGTCGCTTTTTCTTTATACGTCGGTGAATTGTTAGGAACT-CTCTTTTATTGC----ATATTGCTTGA
gi|3 : ATATATTGACGATCAATGAAAACGCACCATGAAATATAATCA---------TTATA-TT-T--CG-ATAATGCTCTA-C-A-TA--AATTC-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ATA-C-AAC-ATTT-CAAAGC-CCT-TT--A--ACAAAT-AA-C-CATTGGAGGAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TA-TGT---GGAATTTCAATGTCTTC-AATATTG--AAGTGTGAAAA---AGGTTCACAAAGCAG------T--GCCGTGTGTGACCACCGTTTGCATTC-T--TATCCGTATGGCA--TCAGCGC----CACATACTGCAAA------TAAGAC-GT--------ATTCAATATTGAAGAATAG-------CAAT--ACACTCTTCAG----TAA----TTACTTGTACA--AGCTGTTCCTTACTGTTGATCACCTGACGCCCGT-TGTACATCTG--------G-----CGATCAA--GCTGGTCCCGTAGATATTCGATAGGGCCAACATTTGCAGACAACGCTGGCCAGGGCAGATCTTGAATGCTATT---TT---GTCACA-------A------G----------ATTCTGAGCTT----ATTC-AAGAGT----GGTAGATG--------CCAC-CCCTC-A---ATA--CCGAATG-------C--atgaat
gi|4 : tagttctgcatttaacaaataattgtattagagtaactatatatagctggagtagtgcagGTTG-TCACGTGACGCCCGT-TGTACATCTTGCGTTCAGG-----C-----A--GCT---CCCATAGATGCTTAATATGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGTTAGGTTAGAATTTAAACGTTTTT---GT---GTCTTAGAAACTCT------T-----ATGTTATGCATGACGT----AATG-AAGAGC----GG--AATGTCGCCCCCCCCC-CCC-C-C---ATA--TCAAATA-------C--aacgtctgttacacaattca
gi|4 : TATATACTGGCGGTCAATGGAAACGCAACAAGAAATATACCCAATTTAGACATTATA-TT-T--TG-ATACTGCTTTT-C-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTAAC-CAA-A-----ACA-T-AAC-GTTT-TAGAGC-T-TGTT--T--ACGAATCGG-C-AAT-AGAAGAA---ACAATAGACTATCAGATTTT---TT-TGT---GAAATATCTTTGTCTTT-ACTATTAATAGGGGTGAACATAAAAGTTCACAAATCAGTACATAT--ACCTTTTGCGGCAACTTTTAACGTTCAC--TA-TTAATTGACT--TCTGCGT----CTCATAAAGCAAATTCATGTAAGAC-GT-----TGTATTTGATATGGGGGGGGGGGGGGCGACATT--CCGCTCTTCAT----TAC----GT-CATGCATA--Aaacgtcttacatgaatttgctttatgagacgcagaagtcaattaatagtgaacgttaaaagttgccgcaaaaggtatatgtactgatttgtgaacttttatgttcacccctattaatagtaaagacaaagatatttcacaaaaaaatctgatagtctattgtttcttctattgccgattcgtaaacaagctctaaaacgttatgttttggttaattttgacaaaaataggaaaagcagtatcaaaatataatgtctaaattgggtatatttcttgttgcgtttccattgaccgccagtatatatttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|5 : gttgtcacgtgacgcccgttgtacatcttgcgttcaggcagctcccatagatgcttaatatggcttaaatctgccgaaaacgctggttaggttagaatttaaacgtttttgtgtcttagaaactcttatgTATACTGACTGTCAATAAGAATGCACCAT-------ACTCA---------TAATA-TT-T--TG-ATAC------A-C-C-TA--ATTTT-G---TCAGAATTGAA-CAT-A-----ACA-T-AAAAGTTT-TAGACC-T-T-TTTTA--TC-AAT-GA-CCAAT-ACAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TT-TGT---AGAATTT--------------GTAG--AAGGGAGAAAATC-------ACAAATTAG------TCTAC--TGTGTGACAAATGTTCGCATTCAC--TT-CCGCTTGGCA--TTTG------------------------------AC-AT--------ATTCAATATTTGGGAATGG-------CATT--CCAATCTTCAAAA--TAA----GTGATTGCACACAAGCTGCTCCTTGTTGTTGATCACATGATGCCTGT-TGTATACCT---------GACGTCC-----AT-GCTAGTACCACAGATGCTCAATAGAGTTTAAATCTACTGAAAATGATGACCAGGGCA----------GTTATT---TT---GTCTCAGAAACTCA------G-----ATCTTATTTTGGACTT----ATTG-AATA-------------G--------CCATCCCC-C-A---ATA--TCAAATA-------C--tttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|6 : aacTTTTCAA----TCA----GTGCTTGCACA--ATCTGTTCCGTGCTGTTAATCACATGATCTCCTT-TGAAAACCT---------GATGTCC-----AG-GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAAGGCCTAAATT--------------ACCAGGGCAGGACCTTAACAT--------T---GTCCAAGAAACTCA------G-----ATATTATTCTGGATTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAA-CCT--------GA--CCGAATA-------C--ag
gi|6 : CACCATAAAATATACTCA---------TTATA-T---ATTG-CTACTGCTCTA-C-C-TA--TGTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-ACATGTATAAT-AAA-GTTT-AAGACC-TAT-TT--A--ACGAAT-GG-C-CAT-----GAA---TCAATGAAATGT--AAGGTT---TT-TTA---TTATTTTCATTGCCTTA-ATTGCTG--AGGGGTGAAATTCAAAGTCCACAAATCAA------A--ATAATGTTTGACCACCGTTTGCAGTTGC--TA-CCGCTTGAAA--TCTGCAT----CTCATAAAGTAAA------TAAAAC-GT-----TGTATTCGGT----CAGGTTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----ATaacgttttatttactttatgagatgcagatttcaagcggtagcaactgcaaacggtggtcaaacattattttgatttgtggactttgaatttcacccctcagcaattaaggcaatgaaaataataaaaaaccttacatttcattgattcatggccattcgttaaataggtcttaaactttattatacatgtatgttcaattttgacaaacataggtagagcagtagcaatatataatgagtatattttatggtg
gi|7 : ttttcaatcagtgcttgcacaatctgttccgtgctgttaatcacatgatctcctttgaaaacctgatgtccaggctggtcccatagatgctcgataaggcctaaattaccagggcaggaccttaacattgtccaagaaactcagatattattctggACAT---------G-----C-----A--CCCAGTCTC---GCTGCTCGAAAGGGCTTAAATCGGCGGGAAACGCTGTCCAGGGCATTACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTTA------G-----ATATCATTCTGAACTT----ATTG-AAAAGT----TG--ATTG--------TCAT-C---------ATA--CCGAATA-------C--
gi|7 : tgAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCG---------TTATA-TA-TATTGTATACTGCTATA-CGT-TA--TTTTT-G---TCAAAATTAAA-CAT-A-----AAA-T-AAG-GTTT-AAGATT-T-G-TT--T--ACGAAT-GA-CCAAT-AGAAGAA---ACAATGAAACGT--AAAAAAAAATG-TGT---GGAAATTCATGGCCTTG-AATATTG--AAGAGTGAGAATCAAAGTTCACAAATGCG------T--ACCCTATTTGACC-TAATTTGCGTTCACCATA-CCG--------------------CTCATTCTGCGAA------TAG----GT-----TGTATTCGGTAT-----GATGA-------CAAT--CAACTTTTCAA----TAA----GTaacctattcgcagaatgagcggtatggtgaacgcaaattaggtcaaatagggtacgcatttgtgaactttgattctcactcttcaatattcaaggccatgaatttccacacatttttttttacgtttcattgtttcttctattggtcattcgtaaacaaatcttaaaccttattttatgtttaattttgacaaaaataacgtatagcagtatacaatatatataacgagtatatttcatggtgcgttttcatt
gi|8 : tgacatgcacccagtctcgctgctcgaaagggcttaaatcggcgggaaacgctgtccagggcattacttgaacgttattctgtctcagaaacttagatatcattctgaTT--CCACTCTCCAA----AAA----C--CTGGTACG--AGCCGTTCATTGTTTTTATTCACGTTACGCCCGCATGTCCA------------------------A--GCTGGTCCCATGAATGCTCATTAGGGATTAAACATGTCGCAAACG-TGGCCAGGTTAGAACTTTAACGTT-TT---CT---GTCTTAGAAACTCA------G-----ATGTTATTCTGGACTCCGCAAACG-CAG-GTCACAGG----CG--------CTAC-TTT-C-A---ACATTCC-AACA-------T--TTAAGGCAATCG---------AATTTTACAC---AAACAACTTACATTTCATTGTTTCTGCTTTTAGTCATTTGTAATAAAAAC-TCT-T--ACATTGTATTTTATATTCAATTTTGACAAAATTACGCA---TTC---------TCAAAATATAATGAGTGTATT-TTATGGT-ACGATTTCATTGATCGTCAGT--
gi|9 : ATACCAACAGTCATTGAAAACGCA-------ACATA----------------------TATTG-ATATTG-TCCA-A-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CA--------AAA-T-----GTTT-AAGAGC-T-T-TTT-A--ACTTAC-GATC-AAC-AGAACAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TG-TGT---AGAATTGTATTGCCTTTCAAT-TTG--AAGGGTGA-----GAAGTTCGTA--TCAG------T--ATCGAGTTCGGCCACCGTTTGTGTTCAT--TA-CCGCTTGGCA--GCTGCGT----CTAATACTATGAA------AACGAC-AT-----TGTATTCAGTATT-GGGGGTGA-------CA-T--CCACTCTTAAACTCTTAAACACGTGTCTGCACA--AGCTATTCTTTGTTGTTGATC
blockSeqs : A G ATTTAGACA . TTT T T TC . TTT T TCT G G CATGTAT A C AA AC T TG TTT C TT T TTG CA A AAA . TAA TC G AT A TACATA CT CG CA T TC ACGT TTCATGTAAG . . AA G GGGGCGA T AA CTCT ACAC CA G A A CC TGCGTTCAGGCA G A TG C A GTT . AACTCAG CGCA T CACA TA TCGCCCCC C CATAT TT AAGCGTCCAGTACGAGTCAACAAA A TA G CAA T T T T AAT AG GTA A A A C GA AG GATCTAAAGGCAGTA ATAA AT A T C A AC GA AG A AATT
blockSeqs : C C . . TAT . A CG . A . . . . AA . . G T A CT TTA . TC . . . A . . . A G . A . . GA . . . . TGAG . . TG G . T . AA . . A . C TC GACATCAAC G C AT C G . . G . . . . . . TCA . TTTAAGGCAATCG G . G . C T T A T T T C A C C GA AC TTC GT GA . C . A TA . . . .
blockSeqs : C C . . TAT . G C . T . . . . AA . . A C . TG AT . CC . . . T . . . C A . A . . TG . . . . TACA . . TT T . T . . . . A . C TC GGCGATCAA G C TG C A . . T . . . . . . TCA . TAATGT A . A . A T . T G T . . . T . . . CT T TA . A . T AT .
blockSeqs : T T . . AA . A T . T . . . . AG . . A T . AT TA . CC . . . T . . . A G . G . . CG . . . . TACG . . CG A . T . . . . A . C CC GACGTCCAT A C TG C A . . G . . . . . . CA . . . . . . GT . T . A
blockSeqs : C C . . AT . A C . T . . . . AT . . T G . T A . TT . . . A . . . G A . A . . CT . . . . TAAG . . TA G . A . . . . A . T CC GATGTCCAG G A TA A A . . T . . . . . . CC .
blockSeqs : C C . . T . T A . G . . . . AC . . A C . T A . CT . . . T . . . A A . A . . AA . . . . TAAA . . TG A . T . . . . T . A CA GCA A C GG C T . . G . . . . . . CA .
blockSeqs : A A . . T . C C . A . . . . AC . . A T . T A . CC . . . A . . . C G . A . . CC . . . . AACG . . GG T . T . . . . A . C T A G C TG . A . . G . . . . . . CA .
blockSeqs : C C . . T . T C . T . . . . AA . . C T . T T . CC . . . G . . . T G . G . . CG . . . . TAG . . TT A . T . . . . . . . . C . . A . . G . . . . . . . .
blockSeqs : C C . . T . C C . A . . . . AA . . C A . T A . TC . . . A . . . A A . . . . . . . . . TA . . T G . A . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : C C . . T . A C . T . . . . A . . A A . T A . C . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . C . . T . C C . T . . . . A . . G A . G T . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . T . . A . T . . . . . T A . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . C . . .
blockSeqCons : T*** CC* ***** GGCGTCCA**************** *** G*********** CA***** GN
originalCons : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCA---------TTATA-TT-TATTG-ATACTGCTNTA-C-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAGC-T-T-TT--A--ACGAAT-GA-C-AAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TCTGCGT----CTCATACTGCGAA------TAAGAC-GT-----TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----GTGCTTGCACA--AGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCT---------G-----C-----A--GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAGGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCA------G-----ATGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------C--T-------ATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT--TAAAAAC-TCT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGTA---CT----------TCAAAATGT--TGAGAATATT-TCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
finalCons : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCA---------TTATA-TTT---TG-ATACTGCTNTA-C-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAGC-T-T-TT--A--ACGAAT-GACC-AAT-AGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TCTGCGT----CTCATACTGCGAA------TAAGAC-GT-----TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----GTGCTTGCACA--AGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGT-TGTACACCTGGCGTCCA----------------GCTGGTCCCATAGATGCTCGATAGGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCAG-----------ATGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAT-CCCCA-----ATA--CCGAATA-------C--T-------ATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT--TAAAAAC-TCT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGTA---CT----------TCAAAATGT--TGAGNATATT-TCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGCAGTTATGCTATTTGTGTAATATTATGAATTGCTATAAACAGTTAATACGTTTAAAC
Unaligned ( gi|24 ): CTTACAATCTCTTTAGATTTCAATTTCTATTTATCGAATTATGTTACATAC
Unaligned ( gi|25 ): TAAATAAATGAAGCAGTAGTAGTAGTTTTACG
Alignments
lowQualScore : 111111111 11111 11111111111111111111 1111111 1111 222222222222 111111111111 11111111 1111111 4444444444444444444444444444444 11 111 222 11 3333 777777777777777 1111 11 11 1 2222
lowQualScore : 0 0 0 111111111 2 2 777 2 2 2 3 3 555 3 555 3 3 8888888 3 3 33 77 3 5 2 5 22222 555 44 2 555 3 555 0 55 3 44 8 888888 44 88 55 3 0 44 7777 77777777777777777777 88 7 0000000 2 44 0000 6666 0 66 1 1 2 333333333333 1 0 22 0 2 3 666 666 666666666666 8888 4 8888 55 44444444 4 4444444 55 0 7777777777777777777777777777777 3 11 3 444 1 3 3 0 1 333 00 6666 3 3 1 2 66 55 444444444444444 0 8888 99 8 6 8 1 11 33 88 3 8888
lowQualScore : . . . ......... . . ... . . . . . ... . ... . . ....... . . .. .. . . . . ..... ... .. . ... . ... . .. . .. . ...... .. .. .. . . .. .... .................... .. . ....... . .. .... .... . .. . . . ............ . . .. . . . ... ... ............ .... . .... .. ........ . ....... .. . ............................... . .. . ... . . . . . ... .. .... . . . . .. .. ............... . .... .. . . . . .. .. .. . ....
lowQualScore : 8 8 1 444444444 9 9 999 9 9 1 1 1 111 1 444 3 3 8888888 3 3 99 11 1 7 9 7 00000 444 66 2 888 3 888 1 55 7 66 4 888888 66 55 00 6 5 66 1111 22222222222222222222 11 8 8888888 5 22 0000 1111 1 11 0 4 5 888888888888 1 8 11 1 9 5 444 444 555555555555 5555 0 5555 55 55555555 0 7777777 55 7 3333333333333333333333333333333 8 00 2 000 2 2 2 2 2 000 88 2222 0 2 2 5 00 88 888888888888888 8 0000 22 0 4 0 4 55 88 33 3 3333
consensus : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCA---------TTATA-T-T---TTG-ATACTG-CTNTAC-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAG-C-T-T-TT--A--ACGAATGACCAATAGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TCTGCGT----CTCATACTGCGAA------TAAGAC-GT-----TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----GTGCTTGCACA--AGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGTTGTACACCTGACG-TCCA-G-CTGGTCCCATAGATGCTCGATAGGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCA------G-----ATGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------C--T-------ATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT--TAAAAAC-TCT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGTA---CT----------TCAAAATGT--TGAGAATATT-TCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
Reference ( family-414 ) : TATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAAATATACTCA---------TTATA-T-T---TTG-ATACTG-CTNTAC-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ANA-T-AAA-GTTT-NAGAG-C-T-T-TT--A--ACGAATGACCAATAGAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGNTT---TT-TGT---GGAATTTCATTGCCTTN-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCGAAGTTCACAAATCAG------T--ACCGTGTGTGACCACCGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGCA--TCTGCGT----CTCATACTGCGAA------TAAGAC-GT-----TGTATTCGGTATTGGGGGGTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----GTGCTTGCACA--AGCTGTTCCTTGTTGTTGATCACGTGACGCCCGTTGTACACCTGGCG-TCCA-G-CTGGTCCCATAGATGCTCGATAGGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGCCAGGGCAGAACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTCA------G-----ATGTTATTCTGGACTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------C--T-------ATGG---------AATTC--CGC---AAAAATCTCACATTTCATTGTTTCTTCTATTGGTCGTTCGT--TAAAAAC-TCT-T-AAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGACAAAAATAGGTA---CT----------TCAAAATGT--TGAGNATATT-TCACGGT-GCGTTTTCATTGACCGTCAGT--ATTGTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----ATATTGCTTGA
gi|1 : TATATACTGGCGGTCAATGAAAATGCACCATGGAATAT--TCA---------TTATAAT-TATATTG-ATACTA-CTATAG-AATA--ACTGT-G---TCAAAATTAAA-CAT-A-----CAA-T-AAA-GTTA-AAGAG-C-T-T-TT--A--ACAAATGAC-GATAGAAGAA---AGTATGAAATGA--GAGTTT---TTGTGT---GAAATTTCATCGCTCTT-AATGTTA--AAGGATGAAAATTGAAGTTCACAAATCAG------T--ACTGTGTGTGACTACGGTTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTGGTA--CCTGCGT----CTCATACTGCAAA------TAAAACGGTACATATGTATTCGGTATTAGGGGATGG-------TATC--CCAATCTTCAA----TAT----GTGCTTGCACA--AGCTGTATTTTGTTATTGATCACGTGACGCCAGTTGTAGACCT--------A-A-CTTGT-------ATGTTCTAT-GGGTTTAAATCTTCCGAAAACGTTGGCCAGTGCAGACCTTGTACGTTCTT---TTGCAGCCTCAGAAACTCA------GATCAAATGTTATTCTGGATTT----ATTG-AAGAGA----AG--AATG--------TCAT-CCC-CGA---ATA--ACGAACA-------C--T-------TTGA---------AATGC--TGC---TAAAATCTCATA-TTCATTGTTTCTTCTATTCACCGTTCAT----ACAAC-CCT-CAAAAACTTTATTTTATGTTCAATTTTGTCAAAAATAGGTA---------------TCAAAATGC--TGA-AATATA-ACAGGGT-GCGTTTCCTTTGGCCGCCAGT--ATTCTT--GAACT-CTCTTGTATTGC----AGACTACTTGA
gi|10 : CGGCCAATGCAAACACAATATGAGATATAGTCA---------TTATA-T-T---TTG-ATAGTA-CTTAAC-C-TA--ACCTC-G---TCACGGC-GAG-CAT-A-----A-A-T-AAG-GCTT-TAGAG-G-T-T-TT--A--ACGAAGGATTAATAGAAGAA---ACAAAGAAATGT--AAGACT---TT-TGT---GGAGTGTTATAATCTTA-CAT-TTG--CAGT-TGAAAATCAAATTTCATAAATCAG------T--ATCGTGTGTAGCCACCGTTTGCATTCAT--TA-CCACTTGGTATCTCTGCGT----CTGGTACTTCGAA------TGAGAC-AT-----TGTATCCGGTGCAATGGGGTGT-------TATC--CCCCGCTTCAA----TAA----gaa
gi|11 : GGCTTAAGTCTGTCGAAAACGCTGGCCAGGACAGAACTTG----TTAGT---CT---ATCTCAGAAATGCA------G-----ATGTTATTCTGGACGT----ACTG-AAGAGT----GG--AACG--------CCAT-CCC-C-A---ATA--CCGAATA-------T--A-------ATGT---------A--TT--CGC---A
gi|11 : AG------T--ACGATCTGTGACCATCGTTTGCGTCCAC--TA-CCGATTGGCA--TCTACGTACGTCTCATACTGCGAA------TA---C-AT-----TATATTCGGTATTGGGGA-TGG-------CGTT--CCACTCTTCAG----TAC----GTgtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|11 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggTATATACTGACGGTCAATGAAAACGCACCATGAATTATACCCA---------TCATT-T-T---TTT-CTACTG-CTATAT-C-TA--TTTTT-G---TCAActaaaattgacaaaaatagatatagcagtagaaaaaaatgatgggtataattcatggtgcgttttcattgaccgtcagtatataataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|12 : ggcttaagtctgtcgaaaacgctggccaggacagaacttgttagtctatctcagaaatgcagatgttattctggacgtactgaagagtggaacgccatccccaataccgaatataatgtattcgcagtatgagacgtacgtagatgccaatcggtagtggacgcaaacgatggtcacagatcgtactctaaaaATTTTTTTGTCTTC-AATGTTG--AAGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAATCAA------T--GC-----ATGACCATAATTTGCGTTCAC--TA-CCGCTTTACA--TCTGCAT----TTCATACTGGGAA------TACATT-AT-----TTTACTCGGTATTTGAGAGTGG---------TTAACCACTTTTCAA----TAA----Gataaatagagacttcaaaacacatttg
gi|12 : caaataagatactagctccTATGTACTGACAGTCAATGAAAATGCACCATGAAATCTACTCA---------TTGTA-T-T---TTG-AGACCG-CTGTAC-C-TATTTTTTT-GTCTTCAATGTTGAAGGGTGA-----AAA-TCAAA-GTTCACAAA--------TC--A--ATGCATGACCAaggtacagcggtctcaaaatacaatgagtagatttcatggtgcattttcattgactgtcagtacataagatgaaaggttcttgttgca
gi|13 : caaataagatactagctcccttattgaaaagtggttaaccactctcaaataccgagtaaaataatgtattcccagtatgaaatgcagatgtaaagcggtagtgaacgcaaattaA-GTTT-CAGAG-C-T-TGTT--AT-ACGAATGATCAATTGACGAATTGACA--GAGA------AGATT---GT-TGT---GGAATTTCATTGCCGTA-AATGTTG--AAGAATGAAA--C--AGTTCACAAATCAG------A--ACTGTGTGTGATCGACGTTTGTGTCCAC--TA-CCGCTTGTCA--TCTGCGT----CTCATACTACGAG-------------GC-----TGTTTTCGGTATTagatgaaaggttcttgttgca
gi|14 : ataactatgctgatatgataaagatgatggctatgtaaattcacaatgcgatct-------ATGG---------AATTC--CGCCAAAAAAATCTCATATTTCAA-GTTTCGTCTATTGGTCATTCGT--TAAAAGC-TCT------ATTTT-TTTAACGCT--ATTTT-------AT--GTA---CT----------TTAA-------TGAATATCTT-TAATGGT-GCGTTTTCATTGACCATCAAT--ATAGTT--ATACTACTATTGTAATGCAATTATATTGCTataagacagaa
gi|15 : gcaaacggaggtcgctcactcacggaactaaaggcaAATATATTCA---------TTATA-G-T---AAG-ATACTG-GTATAA-C-TA--TTTTTTG---TCAA---T----CAT-A-----AAA-T-AAT-GTTT-TA-AG-C-T-T-TT--TTTAGGTATGGCCAATAGAAGAA---ACAATGAAATGT--GATTTT---TT-TTTTAAGGAATTTCATTGTCTTG-AATATTG--ATGGGTGAAAATCAAAGTTCACAAACCAG------T--ataatcaattaatatgtttaaactaaacta
gi|16 : atagaATGTACTGATGGTCAATGAACAGGCA-CA------------A---------TTGTA-T-T---TTA-ATATTG-CTATAC-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-TAT-A-----AGA-T-AAA-GTTT-GAGAG-CTT-T-TT--A--ACGAATGACCAATAGAAATG---ACAAAGAAACGT--GA--TT---TT-TGT---GAAATTTCAgaccttcagtatat
gi|17 : ATGATCAATGGAAATGCATTGTGGAATATACTCA---------TTATC-C-T---TTG-ATACTGTTTTTTC-C-TA--GTTTT-G---TCAAAACTGAA-CAT-A-----A-A-T-GAA-GTTT--AGAG-CAT-T-TT--T--ACAAATCATTAACAAAAGAA---ACAATGatt
gi|18 : gGTATTCGGTATCGGGGA------------ATT--ACACTCGTCAA----TAA----GTGCTTGAACA--AGCTGTTCCTTGCTGCTGGTCACGTGACATCCGTTGTAAAT--------------CTGGTACCATAGGTGCTCG
gi|19 : agtatggcgctgtttttagcGCAGAACTTGATCGTTGTTGTTCT---ATCTCAGAAACTCA------T-----GTATTGTACTGGACTT----ATTGTGAAAGT----GG--AAGG--------TTAT-CCC-C-ATATATA--T---ATA-------C--T-------Aggc
gi|2 : CA--TCTACGT----CTCATACTGCGAG------TACGAC-GT-----TGCATTCGGTACTACGGATTGG-------CA------A-TCGTCAA----TAA----GTGTTTGAATA--ATCTGTTTCTTGTTGTTGATCTTGTGACCCCCGTTGTACACCTGACA-TCAACG-CTGGTCCCATAGATGCTTGATAGTGGTTAGATCATCCGATAATACTGGACAGTGCAGAACTCGAACGTTATT---CT---GTCTATGAAACTCgtatccacatatacataagtaaa
gi|2 : tAAGGCAGAACTTGAACGTAAAT---CT---GTCTCAGAAACTCAAACTCAG-----ATGTTTTTCTGGACGT----ATTG-AAGAGT----TG--AATG--------TTAT-CCTTC-A---ATA--CCGAATAAAGCGTCCAGT-------ACGAGTCAACAAAAGTTC--C-C---AAAAACTTTACATGTCATTGCTTCTTCTATTGAACGTTCGT--GAAAAATAGCTGT-AAAACTTTATATCGTGTTCACTTTTGACAAAAACAGGTAGATCTAAAGGCAGTATTGAAAT-T--TGAGAATATT-TCACGGT-GCGTTTT-ATTGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattaaggcagaacttgaacgtaaatctgtctcagaaactcaaactcagatgtttttctggacgtattgaagagttgaatgttatccttcaataccgaataaagcgtccagtacgagtcaacaaaagttcccaaaaactttacatgtcattgcttcttctattgaacgttcgtgaaaaatagctgtaaaactttatatcgtgttcacttttgacaaaaacaggtagatctaaaggcagtattgaaatttgagaatatttcacggtgcgttttattg
gi|20 : tcatctacgtctcatactgcgagtacgacgttgcattcggtactacggattggcaatcgtcaataagtgtttgaataatctgtttcttgttgttgatcttgtgacccccgttgtacacctgacatcaacgctggtcccatagatgcttgatagtggttagatcatccgataatactggacagtgcagaactcgaacgttattctgtctatgaaactcnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttagcagcctagaagttattatggacttattaacttattTATATACTGAAGGTCAATGGA--CGCACCATGAAATGCACTCA---------TTATA-T-T---TTG-CTGTTG-
gi|21 : tacctgcaaatagacataca-T-T-TT--A--ACGAATGGCTAACAAAAGAA---ACATTGAAGTGT--AAGTTT---CT-TGT---GAAATTTCATTGTCTTA-AATGTTA--TGGGATGAAAATTG-AGTTCACAAATAAG------atcacgaaaatctgcataaccccgttggacat
gi|22 : gctAAATGT--TGATAAAATTATCAAAGTCGCTTTTTCTTTATACGTCGGTGAATTGTTAGGAACT-CTCTTTTATTGC----ATATTGCTTGA
gi|3 : ATATATTGACGATCAATGAAAACGCACCATGAAATATAATCA---------TTATA-T-T---TCG-ATAATG-CTCTAC-A-TA--AATTC-G---TCAAAATTGAA-CAT-A-----ATA-C-AAC-ATTT-CAAAGCC-C-T-TT--A--ACAAATAACCATTGGAGGAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TA-TGT---GGAATTTCAATGTCTTC-AATATTG--AAGTGTGAAAA---AGGTTCACAAAGCAG------T--GCCGTGTGTGACCACCGTTTGCATTC-T--TATCCGTATGGCA--TCAGCGC----CACATACTGCAAA------TAAGAC---------GTATTCAATATTGAAGAATAG-------CAAT--ACACTCTTCAG----TAA----TTACTTGTACA--AGCTGTTCCTTACTGTTGATCACCTGACGCCCGTTGTACATCTGGCGATCAA-G-CTGGTCCCGTAGATATTCGATAGGGCCAACATTTGCAGACAACGCTGGCCAGGGCAGATCTTGAATGCTATT---TT---GTCACA-------A------G----------ATTCTGAGCTT----ATTC-AAGAGT----GGTAGATG--------CCAC-CCCTC-A---ATA--CCGAATG-------C--atgaat
gi|4 : tagttctgcatttaacaaataattgtattagagtaactatatatagctggagtagtgcagGTTG-TCACGTGACGCCCGTTGTACATCTTGCG-TTCA-GGCAGCTCCCATAGATGCTTAATATGGCTTAAATCTGCCGAAAACGCTGGTTAGGTTAGAATTTAAACGTTTTT---GT---GTCTTAGAAACTCT------T-----ATGTTATGCATGACGT----AATG-AAGAGC----GG--AATGTCGCCCCCCCCC-CCC-C-C---ATA--TCAAATA-------C--aacgtctgttacacaattca
gi|4 : TATATACTGGCGGTCAATGGAAACGCAACAAGAAATATACCCAATTTAGACATTATA-T-T---TTG-ATACTG-CTTTTC-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTAAC-CAA-A-----ACA-T-AAC-GTTT-TAGAG-C-T-TGTT--T--ACGAATCGGCAATAGAAGAA---ACAATAGACTATCAGATTTT---TT-TGT---GAAATATCTTTGTCTTT-ACTATTAATAGGGGTGAACATAAAAGTTCACAAATCAGTACATAT--ACCTTTTGCGGCAACTTTTAACGTTCAC--TA-TTAATTGACT--TCTGCGT----CTCATAAAGCAAATTCATGTAAGAC-GT-----TGTATTTGATATGGGGGGGGGGGGGGCGACATT--CCGCTCTTCAT----TAC----GT-CATGCATA--Aaacgtcttacatgaatttgctttatgagacgcagaagtcaattaatagtgaacgttaaaagttgccgcaaaaggtatatgtactgatttgtgaacttttatgttcacccctattaatagtaaagacaaagatatttcacaaaaaaatctgatagtctattgtttcttctattgccgattcgtaaacaagctctaaaacgttatgttttggttaattttgacaaaaataggaaaagcagtatcaaaatataatgtctaaattgggtatatttcttgttgcgtttccattgaccgccagtatatatttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|5 : gttgtcacgtgacgcccgttgtacatcttgcgttcaggcagctcccatagatgcttaatatggcttaaatctgccgaaaacgctggttaggttagaatttaaacgtttttgtgtcttagaaactcttatgTATACTGACTGTCAATAAGAATGCACCAT-------ACTCA---------TAATA-T-T---TTG-ATAC-------AC-C-TA--ATTTT-G---TCAGAATTGAA-CAT-A-----ACA-T-AAAAGTTT-TAGAC-C-T-T-TTTTA--TC-AATGACCAATACAAGAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TT-TGT---AGAATTT--------------GTAG--AAGGGAGAAAATC-------ACAAATTAG------TCTAC--TGTGTGACAAATGTTCGCATTCAC--TT-CCGCTTGGCA--TTTG------------------------------AC-AT--------ATTCAATATTTGGGAATGG-------CATT--CCAATCTTCAAAA--TAA----GTGATTGCACACAAGCTGCTCCTTGTTGTTGATCACATGATGCCTGTTGTATACCTGACG-TCCATG-CTAGTACCACAGATGCTCAATAGAGTTTAAATCTACTGAAAATGATGACCAGGGCA----------GTTATT---TT---GTCTCAGAAACTCA------G-----ATCTTATTTTGGACTT----ATTG-AATA-------------G--------CCATCCCC-C-A---ATA--TCAAATA-------C--tttcaagaataaatattcagtagtagccagttttaagt
gi|6 : aacTTTTCAA----TCA----GTGCTTGCACA--ATCTGTTCCGTGCTGTTAATCACATGATCTCCTTTGAAAACCTGATG-TCCAGG-CTGGTCCCATAGATGCTCGATAAGGCCTAAATT--------------ACCAGGGCAGGACCTTAACAT--------T---GTCCAAGAAACTCA------G-----ATATTATTCTGGATTT----ATTG-AAGAGT----GG--AATG--------CCAA-CCT--------GA--CCGAATA-------C--ag
gi|6 : CACCATAAAATATACTCA---------TTATA-T-A---TTG-CTACTG-CTCTAC-C-TA--TGTTT-G---TCAAAATTGAA-CAT-ACATGTATAAT-AAA-GTTT-AAGAC-C-TAT-TT--A--ACGAATGGCCA-T----GAA---TCAATGAAATGT--AAGGTT---TT-TTA---TTATTTTCATTGCCTTA-ATTGCTG--AGGGGTGAAATTCAAAGTCCACAAATCAA------A--ATAATGTTTGACCACCGTTTGCAGTTGC--TA-CCGCTTGAAA--TCTGCAT----CTCATAAAGTAAA------TAAAAC-GT-----TGTATTCGGT----CAGGTTGG-------CATT--CCACTCTTCAA----TAA----ATaacgttttatttactttatgagatgcagatttcaagcggtagcaactgcaaacggtggtcaaacattattttgatttgtggactttgaatttcacccctcagcaattaaggcaatgaaaataataaaaaaccttacatttcattgattcatggccattcgttaaataggtcttaaactttattatacatgtatgttcaattttgacaaacataggtagagcagtagcaatatataatgagtatattttatggtg
gi|7 : ttttcaatcagtgcttgcacaatctgttccgtgctgttaatcacatgatctcctttgaaaacctgatgtccaggctggtcccatagatgctcgataaggcctaaattaccagggcaggaccttaacattgtccaagaaactcagatattattctggTGACA-TGCA-C-CCAGTCTC---GCTGCTCGAAAGGGCTTAAATCGGCGGGAAACGCTGTCCAGGGCATTACTTGAACGTTATT---CT---GTCTCAGAAACTTA------G-----ATATCATTCTGAACTT----ATTG-AAAAGT----TG--ATTG--------TCAT-C---------ATA--CCGAATA-------C--
gi|7 : AATGAAAACGCACCATGAAATATACTCG---------TTATA-TATA--TTGTATACTG-CTATACGT-TA--TTTTT-G---TCAAAATTAAA-CAT-A-----AAA-T-AAG-GTTT-AAGAT-T-T-G-TT--T--ACGAATGACCAATAGAAGAA---ACAATGAAACGT--AAAAAAAAATG-TGT---GGAAATTCATGGCCTTG-AATATTG--AAGAGTGAGAATCAAAGTTCACAAATGCG------T--ACCCTATTTGACC-TAATTTGCGTTCACCATA-CCG--------------------CTCATTCTGCGAA------TAG----GT-----TGTATTCGGTAT-----GATGA-------CAAT--CAACTTTTCAA----TAA----GTaacctattcgcagaatgagcggtatggtgaacgcaaattaggtcaaatagggtacgcatttgtgaactttgattctcactcttcaatattcaaggccatgaatttccacacatttttttttacgtttcattgtttcttctattggtcattcgtaaacaaatcttaaaccttattttatgtttaattttgacaaaaataacgtatagcagtatacaatatatataacgagtatatttcatggtgcgttttcatt
gi|8 : tgacatgcacccagtctcgctgctcgaaagggcttaaatcggcgggaaacgctgtccagggcattacttgaacgttattctgtctcagaaacttagatatcattctgaTT--CCACTCTCCAA----AAA----C--CTGGTACG--AGCCGTTCATTGTTTTTATTCACGTTACGCCCG-----CAT-----G-TCCAAG-CTGGTCCCATGAATGCTCATTAGGGATTAAACATGTCGCAAACG-TGGCCAGGTTAGAACTTTAACGTT-TT---CT---GTCTTAGAAACTCA------G-----ATGTTATTCTGGACTCCGCAAACG-CAG-GTCACAGG----CG--------CTAC-TTT-C-A---ACATTCC-AACA-------T--TTAAGGCAATCG---------AATTTTACAC---AAACAACTTACATTTCATTGTTTCTGCTTTTAGTCATTTGTAATAAAAAC-TCT-T--ACATTGTATTTTATATTCAATTTTGACAAAATTACGCA---TTC---------TCAAAATATAATGAGTGTATT-TTATGGT-ACGATTTCATTGATCGTCAGT--
gi|9 : ATACCAACAGTCATTGAAAACGCAACAT-----------------------ATA-T-T-----G-ATATTG--TCCAA-C-TA--TTTTT-G---TCAAAATTGAA-CA--------AAA-T-----GTTT-AAGAG-C-T-T-TTT-A--ACTTACGATCAACAGAACAA---ACAATGAAATGT--GAGATT---TG-TGT---AGAATTGTATTGCCTTTCAAT-TTG--AAGGGTGA-----GAAGTTCGTA--TCAG------T--ATCGAGTTCGGCCACCGTTTGTGTTCAT--TA-CCGCTTGGCA--GCTGCGT----CTAATACTATGAA------AACGAC-AT-----TGTATTCAGTATT-GGGGGTGA-------CA-T--CCACTCTTAAACTCTTAAACACGTGTCTGCACA--AGCTATTCTTTGTTGTTGATC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGCAGTTATGCTATTTGTGTAATATTATGAATTGCTATAAACAGTTAATACGTTTAAAC
Unaligned ( gi|24 ): CTTACAATCTCTTTAGATTTCAATTTCTATTTATCGAATTATGTTACATAC
Unaligned ( gi|25 ): TAAATAAATGAAGCAGTAGTAGTAGTTTTACG