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gi|1 : gagggttcagcgcaacactattgtaactccgttttttccaaatatctttttttttttgcatcaattactctagttttacaatgtgcatcttgtgttaaaatttggtctaatatttcaaataactttgaagatattcacttttggtgaaaatattgtatgtcaaatacactaATTA--TTTGGTGCAA-AACTA--TTGTA----AC------T-------T-G-Aatcttggaaacctttatttatatcggtgtaaaaatattgtaacttgaattttgaatttgaattttattaaacccatttatcatgtataaccacatttttatttagtccatggatattgcaatacaagtttcaaatgataagaaaatctttcaagattctgaagaaatacaggtataaatatatattttttttttttttttttttttttacttaatctttgaaaacattttactttgataaaaaagtaattttagtcagatgagtatgttaaatgttttattgatatggacattagtgacaatgaaatggaagattaatatagttattgtgctataaaagaaccatttgttgatattttgttaaaaaatctgattatcgaaatttacagtgaattttttggtttgcatttgttttaataaaaaggccgtccaatctaacaataacattcaatacacttttactttataccagttatacctttactttaccaatatatcccttttggatgcttccagatgagatattatttaattacctggtacagtcagtattattctttttaatatatcagtactagacgtcaacattatctaattattttaaaatggcttttcaagaaccaaaacaatatattttagatttcgataaattttgggttatcagagttaacttttaattataccaattgaataaattagcacaatgtgggtagtggggttggtatggggtatggcggatacagagtgtacagccgatagttgaaatggtaaagtggatctagagggtacagcagct
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-4086 ) : TCGAGGGCTCAGCGCAANACTATTGTAACTC-CGTTTTTT---CC----AAAAATC---GTTTTTTT---GCATAAATTACTNTAGTTTTACAATGTGCATCTTGTGTTAAAATTTGGTCCTGATATTTTAAATA-ATTTCGAAGAT-ATTCACTTTTGGTGAAAATATTGTATCT-CAAA--TAC---TCA------CTAATTNTTTAGCGCAAAACTANTGTA----ACTCGAGT--------TACAATAGTTTTGCACCAAA------TAATATCTTGGAAACCTTTATTTATATCGGTGCAAAACTATTGTAAC-------TTGAA---TTTAAATTTTATTAA----ACCCA---GTTATCATGTATAACCACACT-TTTATTTAGTC-CAAGAATATTGCAATACA--AGTTTCAA-----ATGATAGTTCAGGAAAA-TCTTGCA---AGA--TTTTGAAGAAATACAGGTATAGAG-A-------------CTTTTTTT-TTT----------TT---TT-----ANTNAATCTTTG---------AAAACA----TTTTAATTTGATAAAAAA-GTAANTTTAGTCAGATGAGTATGTTAAATGTTTTATTGATTTGGACAT------TAGTG-----ACAATGAAATGGATGATTAATATAGTTA-TTGTGCTATAAAAGAACCAT--TTGTTGATATTTTGTTAAAAAATCTGATTATTAAAATTTGCAGTG-AATTTTTTG-GTTTGC---ATTTTTTTT-T--AA-TAAAAAGGCCGTCCAATCTAACAATATTACTCAACACAC--TTTT--AATTTATACCAATTATAACTTTACTNAACCAATATATCCCTTTTGAATACTTCCAGAATGAGATATTATTCTAATTACCT--GGTACACTCAGTATTATTCTTTTTAATATATC----AGTACTAGAAGTCAACA--GTATCTAATTATTTTAAAATGGCTGTTAA---AGAACCAAAACAATATATTTTAGATATCGATAAACCTTGGTTTCTCAGAGTTAACTTTTAATTATACCAATTGAATAA---AGCACAATGTGGGTAGTGGGGTTGGTATGG-----GGTATGGTGGATACAG-AGTGTACAGC-GGATAGCTG-AGATGGTAAAGTGGATCTAGAGGGTACAGCAGCT
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gi|5 : CGAGGGCTCAGTGCAAAACTATTGTAACTC-TGTTTTTT---CC----AAAAATT---GTTTTTTTTTTGTATAAATTACTTTAGTTTTACAATGTGCATTTTGTGTTAAAATTTGGTCCTGATATTTTAAATA-ATTTTGAAGAT-ATTCACTTTTGGTGAAAATATTGTATCT-CAAA--TAC-----A------TTAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNNNNNN--------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NTGAA---TTTAAATTTTATTAA----ACCCA---GTTATCATGTATAATCACACT-TTTATTTAGTC-CAAGAATATTGCAATACA--AGTTTCAA-----ATGAAAGCTCAGGGAAA-TCTTGCA---AGA--TTTTGAAGAAATACAGGTATAGAG-G-------------TTTTTTTTGTTT----------TT---TT-----ACTAAATCTTTA---------AAAACA----TTTTAATTTGATAAAAAAAGAAAATTTAGTCA-ATAAATATGTTAAATGTTTTATTGATTTGAATAT------TGGTG-----TCAATAAAATGGACGATTAATATAGTTA-ATGTGCTATAAAAGAACCAT--TTGTTGATATTTTGTTAAAAAATCTGATTATTAAAATTTGC--TG-AAATTTTTGTGTTTGC---ATTTTTTTT-TTTAA-TAAAAAGGCCGTCCAATCTAACAATGTTACTCAACACAC--TTTTTTAATTTATACCAATTGTAACT-----AAACCAAT---------TTGAATACTTCCAGAATGAGATATTATTCTAATTACCT--GGTACACTCGGTATTATTCTTTTTAATATATC----AGTACTAGAAGTCGACA--GTATCTAATTATTTTAAAATGGCTGTTAA---AGAACCAAAACAAAATATTTTAGATATCGATAAACCTTTGTTTCTCATAG-----TTCTAATTACACCAATTGAATAA---AGCACAATGTGGGTAGTGGGGTTGGTATGG-----GGTATGGTGGATACAG-AGTGTACAGT-GGATAGCTG-AGATGGTAAAGTAAATCTAAAGGGTACAGCAGCT
gi|6 : CTC-CGTTTTTT---CCAAAAAAAAAT-----TTTTTTG---GCATAAATTACTATAGTTTTACAATGTGCATCTTGTGTTAAAATTTGGTCCTGATATTTTATACATTTTTTTAAAAT-ATTCACTTTTGGTGAAAGTATTGTATCT-CAAA--TA-----CA------CTAATTCTTTAGCACAAAACTATTGTA----ACTTGAGT--------CACAATAGTTTTGCACCAAA------TAATATCTTGGAAACCTTTATTTATATCGGT-C----CTA----AAA-------TTGAA---TTTAAATTTTATTAA----ACCCA---GTTATCATGTATTACCACACT-TTTATTTAGTC-CAAGAATATTGCAATAAA--AGTTTCAAAATTTATGATAGTTCAGGAAAA-TTTTGCA---AGA--TTTTGAAGAAATACAGGTATAGAG-A-------------CTTTTTTT-TTT----------TT---TTTTTTAAATAAATCTTTG---------AAAATA----TTTTAATTTGATAAAAAA-GTATTTTAAGTCAGATGAGTATGTTAAATGTTTTATTGATTTGGACAT------TAGTG-----ACAATAAAATGGATGATTAATATAGTTA-TTTTGCTATAAAAGAACCAT--TTGTTGATATTCTGTTAAAAAATCTGGTTATTAATATTTGCAGTG-AATTTTTTG-GTTTGC---ATTTTTTTT-T--AA-TAAAAAGGCTGTCCAATCTAACAATATTACTCA--ACAC--TTTT--AATTTATACCAGTTATAACTTGACTAAACCAATATATCCCTTTTGAATACTTCCAGAATGAGATATTATTCTTATTACCT--GGTACACTCAGTATTCTTCTTTTTAATATATC----AGTACTAGAAGTCAATA--GTATTTAATTATTTTAAAACGGCTGTTAA---AGAACCAAAACAATATATTTTAGATATCGATAAACCTTGGTTTCTCAGAGTTAACTTTAAATTATGCCAATTGAATAA---AGCACAATGCGGGTAGTGGGGTTGGTATGG-----GATATGGTGGATACAG-AGTGTACAGC-GGATAGATG-AGATGGTAAAGCGGATCTAGAGGGTACAGCAGCa
gi|7 : GAGGGCTCAGCGCAACACTATTGTAACTC-CGTTT
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gi|7 : gagggctcagcgcaacactattgtaactccgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAACA----TTTTAATTTGATAATAAA-GTAA-TTTAGTCAGATGAGTATGTTAAATGTTTTATTGATTTGGACAT------TAGTG-----ACAATGAAATCGATGATTAATA-ATTAA-TTGTGCTATAAAAGAGCCAT-------------------AAAAATCTGATTATTAAAATTTGCAGTG-AATTGTTTG-GTTTGC---ATTTTTTTTAT--AA-TAAAAAGGCCGTCCAATCGAACAATATTACTCAACATAC--TTTT--AATGTATACCAATTATAACTTTACTTAACCAATATATCCCTTTTGAAAACTTCCAAAATGAAATATTATTCTAATTACCT--GGTACACTCAGTATTATTCTTTTTAATATATCAGTAAGTACTAGAAGTCAACACTGTATCTAATTATTTTAAAATGGCTGTTAA---AGAACCAAAACAATATATTTTAGATATCAATAAACCTTGGTTTCTCAGAATTAATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacattttaatttgataataaagtaatttagtcagatgagtatgttaaatgttttattgatttggacattagtgacaatgaaatcgatgattaataattaattgtgctataaaagagccataaaaatctgattattaaaatttgcagtgaattgtttggtttgcattttttttataataaaaaggccgtccaatcgaacaatattactcaacatacttttaatgtataccaattataactttacttaaccaatatatcccttttgaaaacttccaaaatgaaatattattctaattacctggtacactcagtattattctttttaatatatcagtaagtactagaagtcaacactgtatctaattattttaaaatggctgttaaagaaccaaaacaatatattttagatatcaataaaccttggtttctcagaattaattt
gi|8 : gagggctcagcgcaacactattgtaactccgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaatttaaattttattaaacccagttatcttgtataaccacacttttatttagtccaagaatattgcaatacattagtttcaaatgatagttcagaaaaatctagcaagattttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGAGGGCTCAGCGCAATACTATTGTAACTC-TGTTTTTTTCTCC----AAAAATA---GTTTTTTTTTTGCATAAATTACTATAGTTTTACAATGTGCATCTTGTGTTAAA-TTTGGTCCTGATATTTTAAATA-ATTTTGAAGAT-ATTCACATTTGGTGAAAATATTGTATCT-CAAA--TACACGTTA------TTAATTCTTGAGCGCAAAACTAGTGTA----ACTTGAGT--------TACACTAGTTTTGCACCAAA------TAATATCTTGGAAACCTTTATTTATATCGGTGCAAAACTATTGTAAA-------TTGAA---TTTAAGTTTTACCAA----ACCCA---ATTATCATGTATAACCACACT-TTTATTCAGTT-CAAGAATATTGCAATACA--AGTTTCAA-----ATAATAGTTCAGGAAAA-TCTTTCA---AGA--TTTTGAAGAAATACAGGTATAAAATA-------------CTTTCTTT-TTT----------TT---TT-----TTTTCATCTTTG---------AAAACA----TTTAACTTTGATTAAAAA-GTAGTTTTAGTCAGATGGGTATGTTAAATATTTTATTGATATGGACAT------ATGTG-----ATAATTAAATGGATAATTTATATAGTTA-TTGTGCTATAAAAGATCAAT--TTGTTGATATTTTGTT-AAAAGTCTGATTATTCAAATTTGCAGTG-AGTTTTTTT-GCTTGC---A-TTTTTTT-T--AA-TAAAAAGGCCGTCAAATCTAACAATATTTCTCAACACAC--TTTT--AATTTATAACAATTTTAACTTTACTGAACCAATATATCCCTTTTGAATACTTCCAGAATGAGATATTATTCTAATTACCT--GGTACACTCAGTATTATTCCTTTTGATATATC----AGTACTAGAAGTCAACA--GTATCTAATTGTTTAAAAATG
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|13 : aacataaGTGAAACTATTGTATCCGTAAATAA--------AAC-----TAATT--TTAGTGGGAAACTATTGTA----TCTACAGTAATGTAGATACAATAGTTTTACACT---------TAGCAT-TTCGAAATGTTT---TA-ATAAAT--AAGA-TATTGTAAC-------Tcctatagatacatgaccttattaaatatcagtgtcaaattccacctcaaaacagtaaaaaaatgataagtgtgaaactattgtatccgtaaataaaactaattttagtgggaaactattgtatctacagtaatgtagatacaatagttttacacttagcatttcgaaatgttttaataaataagatattgtaact
gi|14 : aacataacgagatttcggcgtgaaactatggtatctgacattttcaccaaaaatcattattttacataaatgacttaaattcctatagatacatgaccttattaaatatcagtgtcaaattccacctcaaaacagtaaaaaaatgataagtAT--TTGTTTCTATCTTCTTAAA---TATGATTATTAAAATTTGAAGTG-AATTTTTCG-GTTTGT---A-TTTTTTT-T--AA-T-AAAAGGTCGTTCTATATAACAATATTATTAAAGACGC--TTTT--AATTAACACCAATTACATC-TTGCTAAACCAATATATCCCTTGTGGATATTTGCAGAATGAGA---TATTCTAATTACC----ATACACTCAGTACCATTA-TTTTAATTTATC----AGTACT--------ACA--GTATCTAAATATTTT
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gi|2 : tA---AAA--TTTTTAAAAAATAAATTTATATA--A-------------TTTTTTTT-TTT----------TT---TT-----------TTTTT--------------------------TTTACTAAAAAA-GAAATTTCAGTCA-ATGAATATATTAAATGTTTTATTGATTTGAATAC------TGATG-----TCAATAAAATGGATGATTAATATAGTTA-ATGTGCTATAAAAGAACCATCTTTGTTGATATTTTGTTAAAAAATCTGATTATTAAAATTTGC--TGAAATTTTTTC-ATTTGC---ATTTTTTTT-T---T-TAAAAAGGCCATCCAATCTAACAATGTTACTCAACACACTTTTTT--AATTTATACCAATTATAACTTTACTAAACCAATATATCTCTTTTGAATACTTCCAGAATGAGGTATTATTCTAATTACCT--GGTACACTCAGTATTATTCTTTTTAATATATC----AGTACTAGAAGTCGACA--GAATCTAATTATTTTAAAATGGCTGTTAA---AGAACCAAAACAAAATATTTTAGTTATCGATAAACCTTGGTTTCTCAGAGTTAACTTCTAATTACAACAATTGAATGA---AGCA-CAATG-TGGGTAATGGGGTTGGTA---TGG-----GGTATGGTGGATACAG-AGTGCA--CAGTG--C---ATAGCTG-AGATGGTAAAGTGGATCTAGAGGGTACAGCAGCTtataatttttttttttttttttttttttactaaaaaagaaatttcagtcaatgaatatattaaatgttttattgatttgaatactgatgtcaataaaatggatgattaatatagttaatgtgctataaaagaaccatctttgttgatattttgttaaaaaatctgattattaaaatttgctgaaattttttcatttgcatttttttttttaaaaaggccatccaatctaacaatgttactcaacacacttttttaatttataccaattataactttactaaaccaatatatctcttttgaatacttccagaatgaggtattattctaattacctggtacactcagtattattctttttaatatatcagtactagaagtcgacagaatctaattattttaaaatggctgttaaagaaccaaaacaaaatattttagttatcgataaaccttggtttctcagagttaacttctaattacaacaattgaatgaagcacaatgtgggtaatggggttggtatggggtatggtggatacagagtgcacagtgcatagctgagatggtaaagtggatctagagggtacagcagct
gi|3 : tgagggctcagcgcaaaactaatgtaactccatttttccaaaaattgttttttttgcataaataactatagttttacaatgtgcatcttgtgttaaaatttggtcctgatattttaaataattttgaagatattcacttatggtgaaaatattgtatctcaaatacattaattcttannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcttggtaaccattatttatatcggtgtaaaattattgtaacttgaatttaaattttattaaacccagttatcatgtataaccacacttttatttagtccaagaatattgcattacaagtttcaaatgaaagctcaggaaaatcttgaaagattttgaagaaatacaggtatagagactttttttttttttttttttttttttaaaaGAGGGTTCAGCGCAACACTATTGTAACTC-CGTTTTTT---CCAAATATCT-TTTTTTTTTTGCATCAATTACTCTAGTTTTACAATGTGCATCTTGTGTTAAAATTTGGTC-TAATATTTCAAATA-ACTTTGAAGAT-ATTCACTTTTGGTGAAAATATTGTATGT-CAAATAC--------A-C-----TAATTCTTTAGCGCAAAACTAGTGTA----ACT-------TG-AGTTACACTAGTTTTGCACCAAA------TAATATCTTGGAAACCTTTATTTATATCGGTGTAAAAATATTGTAACTTGAATTTTGAA---TTTGAATTTTATTAA----ACCCA---TTTATCATGTATAACCACATT-TTTATTTAGTC-CATGGATATTGCAATACA--AGTTTCAA-----ATGAT-----AAGAAAA-TCTTTCA---AGA--TTCTGAAGAAATACAGGTATAAAT-ATATATTTTTTTTTTTTTTTTT-TTT----------TT---TT-----ACTTAATCTTTG---------AAAACA----TTTTACTTTGATAAAAAA-GTAATTTTAGTCAGATGAGTATGTTAAATGTTTTATTGATATGGACAT------TAGTG-----ACAATGAAATGGAAGATTAATATAGTTA-TTGTGCTATAAAAGAACCAT--TTGTTGATATTTTGTTAAAAAATCTGATTATCGAAATTTACAGTG-AATTTTTTG-GTTTGC---A-TTTGTTT-T--AA-TAAAAAGGCCGTCCAATCTAACAATAACATTCAATACAC--TTTT--ACTTTATACCAGTTATACCTTTACTTTACCAATATATCCCTTTTGGATGCTTCCAG-ATGAGATATTATT-TAATTACCT--GGTACAGTCAGTATTATTCTTTTTAATATATC----AGTACTAGACGTCAACA--TTATCTAATTATTTTAAAATGGCTTTTCA---AGAACCAAAACAATATATTTTAGATTTCGATAAATTTTGGGTTATCAGAGTTAACTTTTAATTATACCAATTGAATAAATTAGCA-CAATG-TGGGTAGTGGGGTTGGTA---TGG-----GGTATGGCGGATACAG-AGTGTA--CAGCC--G---ATAGTTG-AAATGGTAAAGTGGATCTAGAGGGTACAGCAGCT
gi|4 : TCGAGGGCTCAGCGCAACACTATTGTAACTC-TGTTTTTTTT-CCAAAAATCG-TTTTTTT---GCATAAATAACTATAGTTTTACAATGTGTGTCTTGTGTTAAAATTTGGTCCAGATATTTTAAATA-ATTTTGAAGAT-ATTCACTTTTGGTGAAAATATTGTATCT-CAAATACTCAAATATA-C-----TAATTCTTTAGCTCAAAATTATTGTA----ACT-------TG-AGTTACAATAGTTTTGCACCAAA------TAATATCTTGGAAACCTTTATTTATATCGGTGTAAAACTATTGTAAC-------TTGAA---TTTAAATTTTATTAA----ACCCA---GTTATCATGTATAACCACACT-TTTATTTAGTC-CAAGAATATTGCAATACA--AGTTTCAA-----ATGATAGTTCAGGAAAA-TCTTTCA---AGA--TTTTGAAGAAATACAGGTAAAGAG-A-------------CTTTTTTT-TTT----------TT---TT-----AATAAATTTTTA---------AAAACA----TTTTAATTTAATAAAAAA-GTAAATTTAGTCAGATGAGTATGTT-AATGTTTTATTGATTTGGACAT------AAGTG-----ACAATAAAATAGTTGATTAATATAGTTA-TTGTGCTATAAAAGAACCTT--TTGTTGATATTTTGTTAAAAAATCTGATTATTAAAATTTGCAGTG-AATTTTTTG-GTTTGC---ATTTTTTTT-T--AA-TAAAAAGGCCATCCAATCTCACAATATTACTCAACACAC--TTTT--AATTTTTACCAATTATAACTTTACTAAACCAATATATCCCTTTTGAATACTTCCAGAATGAGAT---------ATGACCTCAGGTACACTCAGTATTATTCTTTTTAATATATC----AGTACTAGAAGTCAACA--GTATCTAATTATTTTAAAATGGCTGTTAACTTAGAACCAAAACAATACATTTTAGATATTGATTAACCTTTGTTTCCAAGAGTTAACTTTTAATTATACCAATTGAATAA---AGCA-CAATG-TGGGTAGTGGGGTTGGTA---TGG-----GGTATGGTGGATACAG-AGTGTA--CAGCA--G---ATAGTTT-AGATGGTGGAGTGGATGTAGAGGGTGCAGCAGCT
gi|5 : CGAGGGCTCAGTGCAAAACTATTGTAACTC-TGTTTTTT---CCAAAAATTG-TTTTTTTTTTGTATAAATTACTTTAGTTTTACAATGTGCATTTTGTGTTAAAATTTGGTCCTGATATTTTAAATA-ATTTTGAAGAT-ATTCACTTTTGGTGAAAATATTGTATCT-CAAATAC--------A-T-----TAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNN-------NN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-------NTGAA---TTTAAATTTTATTAA----ACCCA---GTTATCATGTATAATCACACT-TTTATTTAGTC-CAAGAATATTGCAATACA--AGTTTCAA-----ATGAAAGCTCAGGGAAA-TCTTGCA---AGA--TTTTGAAGAAATACAGGTATAGAG-G-------------TTTTTTTTGTTT----------TT---TT-----ACTAAATCTTTA---------AAAACA----TTTTAATTTGATAAAAAAAGAAAATTTAGTCA-ATAAATATGTTAAATGTTTTATTGATTTGAATAT------TGGTG-----TCAATAAAATGGACGATTAATATAGTTA-ATGTGCTATAAAAGAACCAT--TTGTTGATATTTTGTTAAAAAATCTGATTATTAAAATTTGC--TG-AAATTTTTGTGTTTGC---ATTTTTTTT-TTTAA-TAAAAAGGCCGTCCAATCTAACAATGTTACTCAACACAC--TTTTTTAATTTATACCAATTGTAACT-----AAACCAAT---------TTGAATACTTCCAGAATGAGATATTATTCTAATTACCT--GGTACACTCGGTATTATTCTTTTTAATATATC----AGTACTAGAAGTCGACA--GTATCTAATTATTTTAAAATGGCTGTTAA---AGAACCAAAACAAAATATTTTAGATATCGATAAACCTTTGTTTCTCATAG-----TTCTAATTACACCAATTGAATAA---AGCA-CAATG-TGGGTAGTGGGGTTGGTA---TGG-----GGTATGGTGGATACAG-AGTGTA--CAGTG--G---ATAGCTG-AGATGGTAAAGTAAATCTAAAGGGTACAGCAGCT
gi|6 : CTC-CGTTTTTT---CCAAAAAAAAATTTTTTTG--GCATAAATTACTATAGTTTTACAATGTGCATCTTGTGTTAAAATTTGGTCCTGATATTTTATACATTTTTTTAAAAT-ATTCACTTTTGGTGAAAGTATTGTATCT-CAAATAC--------A-C-----TAATTCTTTAGCACAAAACTATTGTA----ACT-------TG-AGTCACAATAGTTTTGCACCAAA------TAATATCTTGGAAACCTTTATTTATATCGGT-C----CTA----AAA-------TTGAA---TTTAAATTTTATTAA----ACCCA---GTTATCATGTATTACCACACT-TTTATTTAGTC-CAAGAATATTGCAATAAA--AGTTTCAAAATTTATGATAGTTCAGGAAAA-TTTTGCA---AGA--TTTTGAAGAAATACAGGTATAGAG-A-------------CTTTTTTT-TTT----------TT---TTTTTTAAATAAATCTTTG---------AAAATA----TTTTAATTTGATAAAAAA-GTATTTTAAGTCAGATGAGTATGTTAAATGTTTTATTGATTTGGACAT------TAGTG-----ACAATAAAATGGATGATTAATATAGTTA-TTTTGCTATAAAAGAACCAT--TTGTTGATATTCTGTTAAAAAATCTGGTTATTAATATTTGCAGTG-AATTTTTTG-GTTTGC---ATTTTTTTT-T--AA-TAAAAAGGCTGTCCAATCTAACAATATTACTCA--ACAC--TTTT--AATTTATACCAGTTATAACTTGACTAAACCAATATATCCCTTTTGAATACTTCCAGAATGAGATATTATTCTTATTACCT--GGTACACTCAGTATTCTTCTTTTTAATATATC----AGTACTAGAAGTCAATA--GTATTTAATTATTTTAAAACGGCTGTTAA---AGAACCAAAACAATATATTTTAGATATCGATAAACCTTGGTTTCTCAGAGTTAACTTTAAATTATGCCAATTGAATAA---AGCA-CAATG-CGGGTAGTGGGGTTGGTA---TGG-----GATATGGTGGATACAG-AGTGTA--CAGCG--G---ATAGATG-AGATGGTAAAGCGGATCTAGAGGGTACAGCAGCa
gi|7 : GAGGGCTCAGCGCAACACTATTGTAACTC-CGTTT
gi|7 : TGAA---TTTAAATTTTATTAA----ACCCA---GTTATCTTGTATAACCACACT-TTTATTTAGTC-CAAGAATATTGCAATACATTAGTTTCAA-----ATGATAGTTCAGAAAAA-TCTAGCA---AGA--TTTTGAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaatttaaattttattaaacccagttatcttgtataaccacacttttatttagtccaagaatattgcaatacattagtttcaaatgatagttcagaaaaatctagcaagattttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacattttaatttgataataaagtaatttagtcagatgagtatgttaaatgttttattgatttggacattagtgacaatgaaatcgatgattaataattaattgtgctataaaagagccataaaaatctgattattaaaatttgcagtgaattgtttggtttgcattttttttataataaaaaggccgtccaatcgaacaatattactcaacatacttttaatgtataccaattataactttacttaaccaatatatcccttttgaaaacttccaaaatgaaatattattctaattacctggtacactcagtattattctttttaatatatcagtaagtactagaagtcaacactgtatctaattattttaaaatggctgttaaagaaccaaaacaatatattttagatatcaataaaccttggtttctcagaattaattt
gi|7 : gagggctcagcgcaacactattgtaactccgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAAACA----TTTTAATTTGATAATAAA-GTAATTT-AGTCAGATGAGTATGTTAAATGTTTTATTGATTTGGACAT------TAGTG-----ACAATGAAATCGATGATTAATA-ATTAA-TTGTGCTATAAAAGAGCCAT-------------------AAAAATCTGATTATTAAAATTTGCAGTG-AATTGTTTG-GTTTGC---ATTTTTTTTAT--AA-TAAAAAGGCCGTCCAATCGAACAATATTACTCAACATAC--TTTT--AATGTATACCAATTATAACTTTACTTAACCAATATATCCCTTTTGAAAACTTCCAAAATGAAATATTATTCTAATTACCT--GGTACACTCAGTATTATTCTTTTTAATATATCAGTAAGTACTAGAAGTCAACACTGTATCTAATTATTTTAAAATGGCTGTTAA---AGAACCAAAACAATATATTTTAGATATCAATAAACCTTGGTTTCTCAGAATTAATTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaaacattttaatttgataataaagtaatttagtcagatgagtatgttaaatgttttattgatttggacattagtgacaatgaaatcgatgattaataattaattgtgctataaaagagccataaaaatctgattattaaaatttgcagtgaattgtttggtttgcattttttttataataaaaaggccgtccaatcgaacaatattactcaacatacttttaatgtataccaattataactttacttaaccaatatatcccttttgaaaacttccaaaatgaaatattattctaattacctggtacactcagtattattctttttaatatatcagtaagtactagaagtcaacactgtatctaattattttaaaatggctgttaaagaaccaaaacaatatattttagatatcaataaaccttggtttctcagaattaattt
gi|8 : gagggctcagcgcaacactattgtaactccgtttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntgaatttaaattttattaaacccagttatcttgtataaccacacttttatttagtccaagaatattgcaatacattagtttcaaatgatagttcagaaaaatctagcaagattttgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTCGAGGGCTCAGCGCAATACTATTGTAACTC-TGTTTTTTTCTCCAAAAATAG-TTTTTTTTTTGCATAAATTACTATAGTTTTACAATGTGCATCTTGTGTTAAA-TTTGGTCCTGATATTTTAAATA-ATTTTGAAGAT-ATTCACATTTGGTGAAAATATTGTATCT-CAAATAC--------A-CGTTATTAATTCTTGAGCGCAAAACTAGTGTA----ACT-------TG-AGTTACACTAGTTTTGCACCAAA------TAATATCTTGGAAACCTTTATTTATATCGGTGCAAAACTATTGTAAA-------TTGAA---TTTAAGTTTTACCAA----ACCCA---ATTATCATGTATAACCACACT-TTTATTCAGTT-CAAGAATATTGCAATACA--AGTTTCAA-----ATAATAGTTCAGGAAAA-TCTTTCA---AGA--TTTTGAAGAAATACAGGTATAAAATA-------------CTTTCTTT-TTT----------TT---TT-----TTTTCATCTTTG---------AAAACA----TTTAACTTTGATTAAAAA-GTAGTTTTAGTCAGATGGGTATGTTAAATATTTTATTGATATGGACAT------ATGTG-----ATAATTAAATGGATAATTTATATAGTTA-TTGTGCTATAAAAGATCAAT--TTGTTGATATTTTGTT-AAAAGTCTGATTATTCAAATTTGCAGTG-AGTTTTTTT-GCTTGC---A-TTTTTTT-T--AA-TAAAAAGGCCGTCAAATCTAACAATATTTCTCAACACAC--TTTT--AATTTATAACAATTTTAACTTTACTGAACCAATATATCCCTTTTGAATACTTCCAGAATGAGATATTATTCTAATTACCT--GGTACACTCAGTATTATTCCTTTTGATATATC----AGTACTAGAAGTCAACA--GTATCTAATTGTTTAAAAATG
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAGTACAATATAGATGTCAAACAGCTACAATGAAATATACACTTTCTCAAATTAATTTCATGTTGCATGCTTTTTCTGTGATACTTTGTCTTAGTTGGCTATATAAGCCAGAATAAATGTATATTCTGCACTTAGTTTCACAGACACTAAAGGTAACGTCCAACTAACTAGTCAATCAGCTTAATTAGACTCTCTCTCTCCCT
Unaligned ( gi|16 ): AGGCTTGGCGTGAAACTCCTGTACCTGACATTTTCACAAAAAAATGCTTTCTTACACAAATTGCTTTGTTTCCAATAGATACATTACCTTAAAAATTTTATTGTCAAATTCCACCTCAAAACAGTAAAATAAATGATTAGTGTGAAACTATTGTATCTGCAACTAAAACAAA
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Reference ( family-4086 ) : TCGAGGGCTCAGCGCAANACTATTGTAACTC-CGTTTTTT---CCAAAAATCG-TTTTTTTT--GCATAAATTACTNTAGTTTTACAATGTGCATCTTGTGTTAAAATTTGGTCCTGATATTTTAAATA-ATTTTGAAGAT-ATTCACTTTTGGTGAAAATATTGTATCT-CAAATAC--------A-C-----TAATTCTTNAGCGCAAAACTATTGTA----ACT-------TG-AGTTACAATAGTTTTGCACCAAA------TAATATCTTGGAAACCTTTATTTATATCGGTGCAAAACTATTGTAAC-------TTGAA---TTTAAATTTTATTAA----ACCCA---GTTATCATGTATAACCACACT-TTTATTTAGTC-CAAGAATATTGCAATACA--AGTTTCAA-----ATGATAGTTCAGGAAAA-TCTTGCA---AGA--TTTTGAAGAAATACAGGTATAGAG-A-------------CTTTTTTT-TTT----------TT---TT-----ACTNAATCTTTG---------AAAACA----TTTTAATTTGATAAAAAA-GTAATTTTAGTCAGATGAGTATGTTAAATGTTTTATTGATTTGGACAT------TAGTG-----ACAATGAAATGGATGATTAATATAGTTA-TTGTGCTATAAAAGAACCAT--TTGTTGATATTTTGTTAAAAAATCTGATTATTAAAATTTGCAGTG-AATTTTTTG-GTTTGC---ATTTTTTTT-T--AA-TAAAAAGGCCGTCCAATCTAACAATATTACTCAACACAC--TTTT--AATTTATACCAATTATAACTTTACTNAACCAATATATCCCTTTTGAATACTTCCAGAATGAGATATTATTCTAATTACCT--GGTACACTCAGTATTATTCTTTTTAATATATC----AGTACTAGAAGTCAACA--GTATCTAATTATTTTAAAATGGCTGTTAA---AGAACCAAAACAATATATTTTAGATATCGATAAACCTTGGTTTCTCAGAGTTAACTTTTAATTATACCAATTGAATAA---AGCA-CAATG-CGGGTAGTGGGGTTGGTA---TGG-----GGTATGGTGGATGCAG-AGGGTA--CAGCN--G---GTAGCTG-AGNTGGTATGGTGGATGTAGAGGGTACAGCAGCT
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