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lowQualScore                  :           6       6        555 22 4444             7   5   22    2     2       5    
lowQualScore                  :           .       .        ... .. ....             .   .   ..    .     .       .    
lowQualScore                  :           6       6        333 99 5555             4   7   99    1     2       8    
consensus                     :   AAGACATTAGCGATTTAGTTAGTTATTAA--T----GGTTAGAGGGCAAATACACAA--TACA-TTTCG-AACACCCCTCGT
Reference ( gi|3 )            :   AAGACATTGGCGATTTCGTTAGTTACTTA--T----GGTTAGAGGGCAAGTACTCAA--TACA-TTTCG-AACACCCTTCGT
gi|2                          :   AAGACATTAGCGATTTAGTTAGTTATTAA--T----TGTTAGAGGACATATACACAA--TACA-TTACG-AACACCC
gi|1                          :   AAGGCATTAGCGATTTAGTTAGTAATTGA--T----GGTTAGATGGCAACTGAACAC--TACA-TTTCG-AACACCCCTCGTcctcg
gi|8                          :   AAGACACTAGCAATTTAGTAAATT---TA--T----GGTTAGAGGGCAAATACACGA--TATA-TTACG-AACATCCCTCGTat
gi|15                         :  gAAGACATTAGCGATTT----AGTTATTTA--T----GGTTTGAAGACAAATACACAA--TACA-TACAA-AACACCCT
gi|13                         : tgAAGACATTAGCGATTTACTTAGTT-------------GTTACTGGGCAAATACACAA--TACACTTTTGTAACACCCCTCGTc
gi|16                         :  gAAGACAGTATCAATTTAGTTAGTTA--TAAGT----GGTTAGGGGA--------CAA--TACA-TTTCT--ACACCCCTTGT
gi|5                          :  tgAGACATTAGCGATATAGTTAGTTATTAA--T----GATAAGAGGATAAATACACAA--TACA-GTTCG-AATACCCCTCGTa
gi|4                          :    AGACATTAGCGATTTGGTCAGGTATTAA--T----AAGTAGAAGGCAGATACACAA--TACA-TTTCG-GACATCCCTCGT
gi|11                         :    AGACATTAGCAATTTAGTTACTTATTAA--T----GGTTAGAGAGCAAATACACAA--TATA-TTTCA-ACCATCCC
gi|6                          :    AGCCATTTACGATTTAGTTACTTATTAA--T----GGTTAAAGGGCTAACACCCAA--TACA-TTCCG-AACTGCCCTCG
gi|7                          :    cGATATAAGCGATTTAGTTAGTTAATAA--T----GGTTAAAGGGCAAATACACGA--TACA-TTTCG-AACACCCC
gi|10                         :     GACAATAGCGA----ATTAGTTATTAA--T----GGTAAGAGGGCAAATACACAAATTACA-TTTCG-AACACCCCACGTtat
gi|12                         :       CATTAACGATTTAGTTACTTATTTA--T----GGTGATAGGACAAATACACAA--AACA-TTTTG-AACAGCCCTCGTa
gi|9                          :       CATTATCGATTTAGTTACTTATTAA--T----GGTAAGGGGACAAATACAGAA--TACA-TTTCG-AACAACCCTCGT
gi|17                         :           gcCGATTTAGTTAGTTATAGA--T----GGTAAGAGAGCAATTACACAA--TACA-TTTCA-AACACTCATC
gi|19                         :               ATTTAGCTTGTTATTAA--T----AGTTAAAGAGCAAATACACAA--TACA-TTT
gi|18                         :               aagacGTAAGTTATTAA--T----GGTAAGCGGGCAAATGCACAA--TACA-ATTCG-AACACCCCTCGTg
gi|14                         :                   caTTAGTTATTTA--TCAGAGGTTAAAGGGCTAACACCCAA--TACA-TTCCG-AACCGCCCTCGa
gi|20                         :                     ccatttactat--T----GGTTAGAGGGCAAATACACAT--TACA-TTT-A-AACACCCCTCGT

Unaligned ( gi|21 ): AAAGCCATTAACGATTTAGTTACTTACAATAA

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lowQualScore                  :                           .                             ..    .     .    .        
lowQualScore                  :                           2                             88    0     1    1        
consensus                     :      AAGACATTAGCGATTTAGTTAGTTATTAATGGTTAGAGGGCAAATACACAA--TACA-TTTCG-AACA-CCCCTCGT
Reference ( family-407 )      :      AAGACATTAGCGATTTAGTTAGTTATTAATGGTTAGAGGGCAAATACACAA--TACA-TTTCG-AACA-CCCCTCGT
gi|1                          :      AAGGCATTAGCGATTTAGTTAGTAATTGATGGTTAGATGGCAACTGAACAC--TACA-TTTCG-AACA-CCCCTCGT
gi|10                         :        GACAATAGCGA----ATTAGTTATTAATGGTAAGAGGGCAAATACACAAATTACA-TTTCG-AACA-CCCCACGTat
gi|11                         :       AGACATTAGCAATTTAGTTACTTATTAATGGTTAGAGAGCAAATACACAA--TATA-TTTCA-ACCA-TCCCTa
gi|12                         :          CATTAACGATTTAGTTACTTATTTATGGTGATAGGACAAATACACAA--AACA-TTTTG-AACA-GCCCTCGT
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gi|17                         :              tgCGATTTAGTTAGTTATAGATGGTAAGAGAGCAATTACACAA--TACA-TTTCA-AACA-CTCATCa
gi|18                         :                      AGTAAGTTATTAATGGTAAGCGGGCAAATGCACAA--TACA-ATTCG-AACA-CCCCTCGT
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gi|2                          : aagacAAGACATTAGCGATTTAGTTAGTTATTAATTGTTAGAGGACATATACACAA--TACA-TTACG-AACACCCCCTCGg
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gi|21                         :      AAGCCATTAACGATTTAGTTACTTA
gi|3                          :     aAAGACATTGGCGATTTCGTTAGTTACTTATGGTTAGAGGGCAAGTACTCAA--TACA-TTTCG-AACA-CCCTTCGTcaataa
gi|4                          :       AGACATTAGCGATTTGGTCAGGTATTAATAAGTAGAAGGCAGATACACAA--TACA-TTTCG-GACA-TCCCTCGT
gi|5                          :       AGACATTAGCGATATAGTTAGTTATTAATGATAAGAGGATAAATACACAA--TACA-GTTCG-AATA-CCCCTCGT
gi|6                          :       AGCCATTTACGATTTAGTTACTTATTAATGGTTAAAGGGCTAACACCCAA--TACA-TTCCG-AACT-GCCCTCG
gi|7                          :       cGATATAAGCGATTTAGTTAGTTAATAATGGTTAAAGGGCAAATACACGA--TACA-TTTCG-AACA-CCCCT
gi|8                          :      AAGACACTAGCAATTTAGTAA---ATTTATGGTTAGAGGGCAAATACACGA--TATA-TTACG-AACA-TCCCTCGTtat
gi|9                          :         gCATTATCGATTTAGTTACTTATTAATGGTAAGGGGACAAATACAGAA--TACA-TTTCG-AACA-ACCCTCGT

lowQualScore                  :                           1                             22    2     2    2        
lowQualScore                  :                           .                             ..    .     .    .        
lowQualScore                  :                           2                             88    0     1    1        
consensus                     :      AAGACATTAGCGATTTAGTTAGTTATTAATGGTTAGAGGGCAAATACACAA--TACA-TTTCG-AACA-CCCCTCGT
Reference ( family-407 )      :      AAGACATTAGCGATTTAGTTAGTTATTAATGGTTAGAGGGCAAATACACAA--TACA-TTTCG-AACA-CCCCTCGT
gi|1                          :      AAGGCATTAGCGATTTAGTTAGTAATTGATGGTTAGATGGCAACTGAACAC--TACA-TTTCG-AACA-CCCCTCGT
gi|10                         :        GACAATAGCGA----ATTAGTTATTAATGGTAAGAGGGCAAATACACAAATTACA-TTTCG-AACA-CCCCACGTat
gi|11                         :       AGACATTAGCAATTTAGTTACTTATTAATGGTTAGAGAGCAAATACACAA--TATA-TTTCA-ACCA-TCCCTa
gi|12                         :          CATTAACGATTTAGTTACTTATTTATGGTGATAGGACAAATACACAA--AACA-TTTTG-AACA-GCCCTCGT
gi|13                         :      AAGACATTAGCGATTTACTTAGTTGTTACT-------GGGCAAATACACAA--TACACTTTTGTAACA-CCCCTCGT
gi|14                         :         gCATTTACTATTTAGTTATTTATCAGAGGTTAAAGGGCTAACACCCAA--TACA-TTCCG-AACC-GCCCTCG
gi|15                         :     cAAGACATTAGCGATTTAGTTATTTAT----GGTTTGAAGACAAATACACAA--TACA-TACAA-AACA-CCC
gi|16                         :    tgAAGACAGTATCAATTTAGTTAGTTATAAGTGGTTAGGGG--------ACAA--TACA-TTTCT--ACA-CCCCTTGTtc
gi|17                         :              tgCGATTTAGTTAGTTATAGATGGTAAGAGAGCAATTACACAA--TACA-TTTCA-AACA-CTCATCa
gi|18                         :                      AGTAAGTTATTAATGGTAAGCGGGCAAATGCACAA--TACA-ATTCG-AACA-CCCCTCGT
gi|19                         :                 cATTTAGCTTGTTATTAATAGTTAAAGAGCAAATACACAA--TACA-TTTa
gi|2                          : aagacAAGACATTAGCGATTTAGTTAGTTATTAATTGTTAGAGGACATATACACAA--TACA-TTACG-AACACCCCCTCGg
gi|20                         :                                   TGGTTAGAGGGCAAATACACAT--TACA-TTT-A-AACA-CCCCTCGT
gi|21                         :      AAGCCATTAACGATTTAGTTACTTA
gi|3                          :     aAAGACATTGGCGATTTCGTTAGTTACTTATGGTTAGAGGGCAAGTACTCAA--TACA-TTTCG-AACA-CCCTTCGTcaataa
gi|4                          :       AGACATTAGCGATTTGGTCAGGTATTAATAAGTAGAAGGCAGATACACAA--TACA-TTTCG-GACA-TCCCTCGT
gi|5                          :       AGACATTAGCGATATAGTTAGTTATTAATGATAAGAGGATAAATACACAA--TACA-GTTCG-AATA-CCCCTCGT
gi|6                          :       AGCCATTTACGATTTAGTTACTTATTAATGGTTAAAGGGCTAACACCCAA--TACA-TTCCG-AACT-GCCCTCG
gi|7                          :       cGATATAAGCGATTTAGTTAGTTAATAATGGTTAAAGGGCAAATACACGA--TACA-TTTCG-AACA-CCCCT
gi|8                          :      AAGACACTAGCAATTTAGTAA---ATTTATGGTTAGAGGGCAAATACACGA--TATA-TTACG-AACA-TCCCTCGTtat
gi|9                          :         gCATTATCGATTTAGTTACTTATTAATGGTAAGGGGACAAATACAGAA--TACA-TTTCG-AACA-ACCCTCGT


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blockSeqs                     :                           .                             .     .           


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