lowQualScore                  :                                    1111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                       111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                 
lowQualScore                  :            8888888                 5555555555555555555555555555555555555555555   1                         77777777777777777777777777777777777          55555      1           11        2                        2222222                     11    22                        2    1    2222                 222            22                         1                      111     22222222      11      1111     1111         111                111111      1  11111        1     11        1        22222      33333333333333             11    111  5555555555555555555555          2222222    1           44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444  11       1            1    111  55555555555555555    1    1      2222                 11111  1       999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999        3333             888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888     1111111          444444444  1111      1             1    11         
lowQualScore                  :          6 3333333              6  4444444444444444444444444444444444444444444   7       6   6  6          33333333333333333333333333333333333   6      33333 6    5   2  3  2 33        3                        5555555                 11  11    88 0 6  77    4           0    5    7777   3    6        444  8   2     44            0   1      1 1   5 66     2    88   999 0   22222222      99    3 3333     2222 6    8  444 1  99    7     777777  1   0  11111    11  0 2   33  0   3 0   2    11111 3  2 44444444444444   2         11    111  8888888888888888888888          6666666 0  3       66  00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000  00  8    5      9  9  7    666  99999999999999999    3    2      6666        3  7  8  99999  5    0  222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222  9     1111   3     6   000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000     6666666   77777  000000000  8888   9  0  3          5    11  8      
lowQualScore                  :          . .......              .  ...........................................   .       .   .  .          ...................................   .      ..... .    .   .  .  . ..        .                        .......                 ..  ..    .. . .  ..    .           .    .    ....   .    .        ...  .   .     ..            .   .      . .   . ..     .    ..   ... .   ........      ..    . ....     .... .    .  ... .  ..    .     ......  .   .  .....    ..  . .   ..  .   . .   .    ..... .  . ..............   .         ..    ...  ......................          ....... .  .       ..  .................................................................  ..  .    .      .  .  .    ...  .................    .    .      ....        .  .  .  .....  .    .  ...............................................................................................................................................................................................................  .     ....   .     .   ...............................................................     .......   .....  .........  ....   .  .  .          .    ..  .      
lowQualScore                  :          0 0000000              0  0000000000000000000000000000000000000000000   0       0   0  0          00000000000000000000000000000000000   0      00000 0    5   5  0  5 55        0                        0000000                 66  00    22 8 0  88    2           0    0    8888   2    6        000  8   5     22            6   0      4 2   0 44     8    66   444 8   44444444      00    2 0000     2222 7    0  000 8  88    2     222222  2   0  00000    55  0 5   22  2   5 5   5    00000 5  0 55555555555555   0         55    000  2222222222222222222222          0000000 8  2       66  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888  33  3    7      0  0  3    333  33333333333333333    3    0      6666        5  0  2  00000  8    8  888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888  0     3333   7     0   000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000     2222222   55555  000000000  8888   2  0  7          0    00  3      
consensus                     : NAATTTGTTCA--TAATTGGCCAGCTACAGAAATACT-TTTTAAGACATTCATATCTGGGTTTTTTTCTGTAATAAGTGCAAACTAACAAAAAATGGTATTCATTTT--ACGACATTCGGAATAGCAAAATTAT-CACATTATGTTATTTCTTTGT-TATTGTTGCANCGNCCNCNNTCTACTTCTAAGTTGTGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTCATTGTATGATATCGAGATATGGTTCTAAGAGTAAANNNGTGTTTAAATCGACAATAAGATAATAGNCCTTGACGAGTTATTTATATTACTATACCAAGNTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCNTTGTTT--T-A--TTGAATCAAATTNT-A--TATCANA--AGTAAG-TT---GGTTGATCCANATGTTTGAT--AGTCCT-AG-GTTNTCAAGAAT-ANTTTTTATCTGANANGCCNAGTTNAGACCNTTAT-ACG-TGACGT--CGTTATTCGCGTCATCTTTTAGCATNNTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-------TTATCAAATTTTAAAAGT--TA-CGAATC-----CAGTAACGAATCATA---ATTTTTCTNA-TAT-TTACAA-GGTAC-ATCGACCAAATTCTCCATACAGGCCATCTANG-TT-GT-G-ATTTATT----AACG-ATAAGAATTTT-CTACAAAATTTNGTATGAATAGNT-TCGATATATT---TTCCATC-----GT-----TCGCG-ACC-------TCA--------GAACCGTAGTT--TAGTACGGAAGCG-ACNAGANNATC-NA-ANANGTTACATTTTTC------T-------T----TN---TTTTTAAAT-CGTTTTGATTAAAAACAAAAAANAGAC--GCGCATAG-----GATG-ATGTTCCGC-A--CGTTT-TGAGTTCT-TN-CCANTTACCGTTT-TNAAAAA-GT--ACACTTAAGATATTTAAACGA-CGT-ACAC--TTTCTAN----A-C-TC-ATTGT-ATAGNNAAAAATCNTG----ATT--TGT---ATGTCTACCNTTTTCGAATATCGTTACTTTAGTTTT
Reference ( gi|2 )            : AAATTTGTTTAGGTAA--GGCCAGCTACAGAAGTAAGGTTTTAAAA-ATTT---TCTACGAAGATCTCTGTATCTTGGGCATACTAACAGAAAGTGATATTCATTTTCGACAATATTTGAACTA-CAAAAT-ATGCATACCCTGTCATTTCTAGGTATGTTGTTATAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTCTTTTTATTGTATGGTATCGAGATATGATTC-AAGAGTAAAAAAATGTTTAAAACGACAGTATG-TACTAAGCCTTGATGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGGTGGTATTGGTCAA-TAATTCTTTGTTT--T-A--TTGAATCAAATTGT-A--TATCATA--AGTAAG-TT---GATTTATCCAAATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTGTCAAGAAT-ACTTTTAATCTGATAGGCCCAGTTCAGGTCATTGT-ACG-TTACAT--TGTTGTTTGCGTCATTTTTTGACATGGTATACACTCTTT----TGACAACAGAATTA-------TTATCAAATTTTAAAA----TA-CGAATC-----CAATAACAAATCATATGTATTTGCCTCACTGT-TCTCAATGGAA--GTCGCCCTAATTATCCATATAGACCGTCTATG-TTTGTAG-ATCGATA----AACA-ATAAGAATTTTGCGACAAAATTTAGTATGGATTGTT-TCTATATATT---TCCCTTC-----GT-----TTTTG--CC-------TCA--------GAACGGTAATT--AAGTATGGATACA-ACTAGAGTGTC-CA-AAAGTTTACATTTTTC------TC------T----TT---TTTTTAAAATCATTTTGATTGAATATAGAAAAAAGACT-GTACATGGCTTTTGACGCATGTTCGGCAATACATTTTTGGGTTCTGTG-CCAGTTACCATTTAAAAAAAAAATAAACACCTAAG-TATTTCAATGA-TGTAACAC--TTTCGAG----A-CGTTCATTAT-ACAGAAAAAAATCCTG----ACT--TGT---ATGTCTTCCCTTTTCAAATAGCATTACTTAAGTTTT
gi|15                         :  AATTTGTTCA--TAATTGGCCAGCTACAGAAATACT-TTTTAAGACATTCATATCTGGGTTTTTTTCTGTAATAAGTGCAAACTAACAAAAAATGGTATTCATTTT---CAATATTCGGA
gi|17                         :                                          ttgtgagatgaatatatttcaataatctttttaaaatagatgtttggcttgcacataactgtgatttgACGACATT--AAATAGCAAAATTAT-CACATTATGTTATTTCTTTGT-TATTGTTGCAGCGATCGCCGTCTATTTC-AAATTGTGAGACGATAATCGAAAT---C---TATTTTAAGCAATTTTG-ATTTGTTTTC-TTGAATGATgagcta
gi|11                         :                                                                                                                                                                TTGT-ATATCACCCTCATTCTACTTCTAAGTTATGTGATGATAGCCTGAAT---C---TACTTAGTGCAATTTTAAATTAATTTTC-TTGTACAATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTTTGTTTATATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGA-GAGTTATTTATAGTATTATACCATGATTGTTTATATTGATCAAGTAAT--CGTGTT--------TTGAGT--AATTCTAA--TATTATATCAGTAttgttgatat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                   TAACGGTAATCTAAATATACATGTACTTAAATCAATTTTGA----------ACTG-AT--TATCTAGATATGATTC-AAGAGTAAATGAGTGT---AAACGACAGTAGG-TAATAAGACTTGACATGTTATTTATGTTACTGAACCAAGTTTGGTGGTATTGATCGG-TAAATA-TTGTTT--T-A--TTGAATCAAATTGT-G--TATCGTA--AGTAAG-TT---AATTGTTTTTAATATTTGAT--AGTCCT-AG-GTAGTCAAGAAT-ACTTTTAATCCGATATGCCAAGTTAAGACCATTAT-AC--TGACAT--AGTTGTTTGTATCA-TTTTCAACATGGTATCAATTGTTT----TGACAACATAACTA-------TTATCAAATTTTCAAtt
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                     ttcccaaTCTATAT---C---TACTTAAAGCACTTTTGAATTTCTTTTCAT-GTATGGTATCGAGATAGGATTC-AAGAGTACACGAGTGTTTAAAACGACAGTATA-TACTAAGCCTTGTCGAGTTATTTATGTTACGGTACCAAG-TTGGTGTTATTGGTCAA-TACTTCTTTGTTT--T-A--TTGAATTAAATTGT-A--TATCAAA--AGTAAG-TT---GATTGAT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                           AATTTATTTTC-TTGTAAGATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTGTGTTTAAATCGACAATAaa
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aAATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGG-GAGTTATTTATAGTACTATACCATGATTGTTTATATTGATCAA-GTATACGT-GTTT--TGA--GTAATTCTAATATT-A--TATCAGT--ATTATG-TTCTTGGTTGACCCATAAATT--ATTCAGCTCT-AG-GGTTTCCAGGAT-AATTTTTATTTGAGATGCCCAGTTAAGACCATTAT-AAC-TGATGT--TGTTATTTGCGTCATCCTTTAGCATATTATATACTAGTT----TTACAGTAGAGTTA-------CTATTTAATTTTATAA----TT-CGTATC-----CAGTAACGAATCATATTTATTTTTCTGATTATGTTT--GTGGTA--CTCTAGCTAATTCTCTATACAGGCC-TTTAAGATTGGTTG-ACTTATT----AACA-ATAAGTATTTT-CTGCAAAATTTTGTATGTACAAGT-TCGATATCTT---TTCCATC-----GT-----TTGCA--CCCCAGACTTCA--------GAGCAATAATT--TAATACAGAAGAG-ACTAGTTTATC-AA-ACATGTTACATTTTTC------T-------T----TC---GTTTTAAATTCGTATTGATTAAAAACCAAAAACAGACT-GTACATAGATTTAGATGCATGTTCCGCTATACATTTATGTGTCCTATT-CCATACACCGTTTTTGAAAACTGT-AACACCCAAG-TATTTAAACGA-CG--ACACTATTTCTAA----T-CTTCTATTGT-ATAAGTAGAAGTCATGTGACACT--TGC---ATG-CCACTTTTTTGAAATATCATAACTTTAGTTTTag
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAGTTATTTATATTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAACATCGA-GGATTCGCTGTATGAT-ACGTTTAAT---ATTAA-AAGTACCAGT--ATCAAA-TT---GCTTTTGCCAGATGTA-GGT--CATCCTTAT-TTTATCAAATAT-AGTTTTTATATTATAAGCTCAGTTCATTCCCCTAT-ATG-TAATGT--TATTATCCACATCACGTTTTAGTAATTTAT---CTATATAAAATAA-AATAGGATTAGTTGTTTTTAT-AAGTTTT---A----T--CGAGTT-----T-TTAGC--ATAATA---ATTTTTTTTA-TGT-AGACAA-GGAAT-ATCGACCAAGTTCCCCATACAGGCCATCAAGG-TTTGTAGAATTTTTT----TACG-TTTAAAACTTTTCTTAAAAATTTAAAATGAATTAGT-TCTATGTATT---TTGATTCATAATGC-----CCCCGCACC-------TCA--------GCACTGTAGTT--TAATACTGAACCA-ACACGACGATC-AA-ACAATTTACACTTATCGAATGATG------T----GA---TTTATA-------TTTGGTTAAAAACAATAAATAAA---GCGCATAA-----GATGAATGTTGTGCAAGTCGTTTTTGAGTTCTTTC-CCAGTTTCCGTTT-TTGTAGAAATGTAT-TTTAAGATACTTAAACGATTGTTCTAC--ATTTAAT----ATCGT--ATTGT-ATAATGTAAAATTATG----AGT--TGT---GTAGTTGTCCTTTTCGAATATCATTATCTTTGTTTTacttgtattgatttttaatttatacgtattacaataattttctatgtccttgagcattaattgtaatgatgacggagatgttgcaaataacact
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ctaCATA--A-TAATCTT---GGTTCATCCACATGTTTGCT--AAACCT-AGTGTCTCCAACATTCACTTT--ATCTGAAAAGCCGAATTC---TCTTTGTTATAATTA-ATGCCATTATTTGCGTCCTCTTTTAA-ATTG-AAATGCT-------------ACAGAATTA-------TTGTCAGCTTTTAAAAGTTTTA-C----C-----CAATAACGAAACATAattcgtatttcacactcacactcgttacagtatcgttcaagattatttaacatacattgtaatgcctgtggcgtttctacgaataagactgtgtcgtctgcaaaaatgagaataataagtttttaattcatttatagttaaataccatcaatatctattttgtatttatattatctaaaatgtcatttacgaaaaataagaacattaaactacagctcgggtcaccctgtttaactcccactttcgattctataaagtttgatttaagtacgctatacatagcttgcaaagccataactatttttgaaggtttaagagtttctgccataggtataggcgatcgattttatcgaaacattttcgtattcacaaacgcactataaagtttttatttaggaattaaatgcttttgttatcatggactgtataataaagatacaatcaatagttgattttcccttttggaagctgaactgatttggtattatttcatcaattttatggtccatctggttaacctgtttaataaaatttgaaaacaaagttttccttatatatttatccttatatatgcccctgtattttcttttgcattttcagtgtcaccgcctttaaatattgaaacaataataccctctctcatcaggttttagtgtactcgctggttctaaatagtttattgaaaagttttaatagaaaagttgaactttcttcaaaagagtgtttaaatacttctgacatcaataatttattaataatgtctggcacattcactgttaaaaccgcggttgacttaatccttataattatgtaaaacatcataatcatgtcgttctacacaattacggcttgtttatttgtttgcttggtgttct
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    attgttaaacaGAAAACAACATTA-------T-AT-AAATTGTAAAAAT--TAGCGAATTGAGTTCAGTAAGAAGT--------TTTACC-AAATAT-TTATAAGGGTACCACCACCCAAATTTTCCATAGAGCGCATCTATA-TT----G-ATTGATTTTCTAACACATAA-AATGTTACTACAAAATTTCGTGTGAATAGTT-TC--TATGTTGGGTCC--TC-----ATGGAAGTCCCGGACT-------TCG--------CAAGCATAGTTTAAAG--TGGA-ACAGACAAGAGAATCACATAAA--CTACATTTCTC------TTGAAAGATATGGTTATATTTTTGAATACATTGT-ATAGCTTATA-AAGTAAGACGAGTGCATAGC---TGA---ATG-TCG------------TGAGTTCT-TGACCAATTACCGTTTAAAAAAAA-------ACTTCAGATATCTAAATGA-TGTAACCA--TTTCTAGTTTCA-C-TTAATTAT-TGAGTTAAA----CTG-----TTGGTGTGGAATGTCTACCGTTTTCAAATACCGTT--TTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acgattttgtcaatgttttatgatcttgaaaaACCAAATTCAGT--GAGTAGTAATCAATATATT---TTCCATC-----GG-----GTGAA--CC-------CCAAACTTCAAGAACCGTAATT--TAGTACAGAAGCC-ACTAGAGTGT--CA-AATGGTTAGAGTTTTC------ctgattttgaaaaaaatcat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttccctataacagccagtcagattatttgacctcttaacaagtaaaTTATTACAGAAAAAAACCCAG----ATA--TGA---ATGTCTTaaaagttggttattcaacttgcttaaaatcaataaata

Unaligned ( gi|4 ): CCTTAGAGCCAACACGTGTATGAATAAGTTTTTGCCATAATAAAACCTTTATCTATATTGGCATAAGCACGTTCGTATTCCGAGAATGCACAATATATTTTCTTTTTTTCACAAAGTAATTTTATAATTAAGGAATGTAAATATAAATATTCAATTTGTTGTTGATTTTCCTTTTTGAAACCCGAATTGATTTTGATTTATTGTCTGGTATTTCCTTGACAAATTTGCTAAACGATTTAATGCAATTTGTGAATATTTTTTTCCTAATTATTCTTCGATAATTCTTCACATTTTAGCGGCTTCTCTTTTTAAAGATGGATGCTATATATATACATTACCCTCACCCCATTATTTCGGATATTCACCGTTTTCAAATAATTTATTAAACAATTTTAATAAAAATGGTTGTATAATATAGAGTGTGCTTTTGAAAATTTCAGCTATTAATTTGTCATAGCCAGGGACCTTATTATTATTCTGAGATTAAATTGCCTGTTTTAATTCTATGTCAGTGATTAGGACATCGAAATCGTCGTCATGACAACTCGGTATTTCCTGTTCCGGTTGTTGGCTTTGTTCTCCCTCGTACATAGACCTAAAATGCACATAGAAATATTTTACATTTAGTTCTCTGAGAGAGTTTCTGGTGAATTGTAATATTTCTTTACTTGCTTCCAAAACTGTTTAGGTTAATTTGTTTTTGCATTTTCTGAAATACGCTTATTCT
Unaligned ( gi|6 ): AATCTTAATAGACAAGTCGATTTGATTAAAAACTGAGAATAAATTATGCTTAGCAAACGTAGAATGTTTTGCGATTTTTTTTTGGTGTTCTAATCAAACTGCCGTTTTTTAAGAAGTGCACGCCTAAATATTTGAAGGATTTTACTGTTTCTAATAAAGCGTTGTTGATATTAAAATTAGTCTTCTATTTTCAAATATCTTTATTTTTGTTTTCTTTGTGTTACTTTTAAACCCCCACATTTGTCCGTATTGATACATACATCATTTATCATTGACTTCAATTCTTCGGTGGAATACGCGAATATGCACGCATCATTTGCAAAACATATGAATAATTTTGTTTCGTCTAATGTTAATACCCCATCAATGTATACTATCAATGATGTCGTTTGTAAATTAGAGAAATAGCAGACTTGAACTCC
Unaligned ( gi|8 ): AAGAACACTCATAGTCTAAGAATGCACAATATACTTTCTTTTTTTTTTCACTTAGTAATTTTATGATTAGGGAATTATAAAAAAAATTTACAGTCTGTTGTTGATTTTCCTTTCTGAAACCCGAATTTATTTTGATTATTTTTGTTGACCATTTTGTTAAAAGATTCAATAAAATCTGCAAATATATTTTTCTAAATAAAACTATTTATAAGAGTTACGCCTCGATAATGTTTACGTTTTCGTGCCTTCCGTTTTAAAGATGGGTGCTGTGCATTTGACAATTCCAGCAATTATTTT
Unaligned ( gi|9 ): ATGACAATGATTTTGCAGTTATCTATACTTGTTCATGTTTCATTGTAAGCAAATGCGTTGCGCACGGGCCACATTTATATATCTTAAAGTTTCAATGAAATTATCGTGTGACGAAAATAAAAAAAAGAAGTTCATATACTTTTGCATGTTTGTACTCACTATACTATTCTAACTTACTGGTTATTAGTATTAGAATACCAACTTTGCTTATAAATATTGAGAATTCTCTGTAAAATAAGATTAATACTAAAATATTGACATGAAATTG
Unaligned ( gi|10 ): ACCATGTAATATCTTCCAGTCTCAATAGCAACAGCATGCGATGAAAGTCGAAATTAAGTTAGAGCAATTCTAAACTTTTTTTAAAAAAAATACAGTTACAATATTGTTCCAGTACATATATATGTTTGTATTTACTATAATGTTCTAAATCACTAGAGTTATTTGTTTTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAATATCGATAATTCACTGTATAATAAGTTTAATTTTATAAGTACCAGTACCAGTATCAAATTGGTTTTGCCAGATG
Unaligned ( gi|16 ): ACATGTTTGCCCATAGTGTTGTATATCATTTAACATTGAAATGCTTCGATGGAATACGCGAATAAGCACACATCTTCTAATGTCAATACCCCATTAATGTCAGAGTGTATACTATCGATGATGTCATTTGTAAATAAGAGAAACAGCAGACTTGAACTC
Unaligned ( gi|18 ): GCTATATTACTCTCACTCCACGGTTTCGGATATTAGCCGTTTTCAAATAATTTATTAAATAGTTTAAATAAAAAT
Unaligned ( gi|19 ): AGATTAGTCGATCTCTTACCACATAACACGTTCCTGCAAAAGTTAGTATGTATAAGTTTCGCTATCTTTTACAT

lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            11111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                22   11                 222        1    222      1111        1111                               222       1      1      1  2                     2                            1                        1111111                            1                        2    1                         111             1                                                          1                          333333333     111                    11                          11                                11                                         22222222                               1  33333   22222   1111            222       2222222           222222                                2   33333           2222   11111111                                     222         7777777777777777777777777                                                           888888888888888888888888888     22222222222   111                     3333        00000000000000000000000000000000     1111        2222               222222     444444         1           444444444444444444444444444444      11111  2222222     22222222222                                        
lowQualScore                  :                                77   88                 555        5    111    2 5555        0000 3   4                         555 0 0   2 0 3  5      5  0      3          77  0          1  1  1 22    0   2  0  0                  8888888                      1     9 3   1      1           0    0    333    0    7        000  0   1      3                         1      3        0 6   3  22      3     3       1       1    222222222     111 2  2     1   0 6   11     8   8   1    77   1  11  1      1 1   1    1  4  1     33 1    4      2       8      3  222  99   33333333 1 6          6    9           3  11111   00000   7777    3  6    888     1 4444444 2  22 3   111111  33  4           8   8  3    1 4   88888     7     5555   44444444  4        1  1  2  6  1 6  9    1   000   3 99  4444444444444444444444444    8     3            1   444  1   22   1  6666           444444444444444444444444444     55555555555   111 1   6      77   3   8888 2      88888888888888888888888888888888   8 7777 4    8 1111  8 1      8   444444     666666  3      0        1  888888888888888888888888888888  8   33333  4444444     55555555555   8 0 5  4  1     2      4       4     
lowQualScore                  :                                ..   ..                 ...        .    ...    . ....        .... .   .                         ... . .   . . .  .      .  .      .          ..  .          .  .  . ..    .   .  .  .                  .......                      .     . .   .      .           .    .    ...    .    .        ...  .   .      .                         .      .        . .   .  ..      .     .       .       .    .........     ... .  .     .   . .   ..     .   .   .    ..   .  ..  .      . .   .    .  .  .     .. .    .      .       .      .  ...  ..   ........ . .          .    .           .  .....   .....   ....    .  .    ...     . ....... .  .. .   ......  ..  .           .   .  .    . .   .....     .     ....   ........  .        .  .  .  .  . .  .    .   ...   . ..  .........................    .     .            .   ...  .   ..   .  ....           ...........................     ...........   ... .   .      ..   .   .... .      ................................   . .... .    . ....  . .      .   ......     ......  .      .        .  ..............................  .   .....  .......     ...........   . . .  .  .     .      .       .     
lowQualScore                  :                                55   55                 555        0    555    5 0000        5555 0   0                         777 7 7   0 7 0  0      5  0      0          00  0          0  0  0 00    7   3  7  7                  0000000                      5     5 2   8      4           4    0    000    8    8        888  6   0      2                         0      7        7 7   5  77      3     7       0       0    000000000     777 2  5     0   8 0   00     0   0   0    22   0  00  4      0 0   0    0  4  0     22 4    6      8       2      2  888  66   00000000 0 7          7    3           2  44444   00000   0000    2  0    000     2 2222222 2  00 2   888888  22  0           0   2  8    0 0   00000     7     3333   22222222  3        0  7  2  7  0 7  3    5   888   5 22  6666666666666666666666666    0     2            4   666  0   00   0  0000           666666666666666666666666666     22222222222   777 5   7      88   3   2222 8      66666666666666666666666666666666   0 0000 4    0 2222  0 0      0   444444     222222  8      6        4  000000000000000000000000000000  0   00000  0000000     88888888888   0 8 6  4  0     8      6       0     
consensus                     :                     NAATTTGTTCAGGTAATTGGCCAGCTACAGAAGTANNGTTTTAAGACATTCATATCTGNGNNNNTCTCTGTANCNNGNGCANACTAACAGAAAGTGGTATTCATTTT--ACGATATTCGAANTAGCAAAATTATGCACACCNTGTCATTTCTNNGTATGTTGTTGCAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTC-TTGTACGATATCGAGATATGATTCTAAGAGTAAAANAGTGTTTAAATCGACAGTAAGATAATAAGCCTTGACGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCGTTGTTTT-ATTGAATCAAATTNTATATCANAAGT---------AAGTT---GATTNATCCANATATTTGAT--AATCC-TAG-GTTNTCAAGAATANTT--TTTATCTGATANGCCCAGTTCAGNCCGTTATACGTGACGTCGTTATTTGCGTCATCTTTTAACATNGTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAAGTTN-CGAATC-----CAG----TAACGAATCATAT-TATTTTTC---TTA-TGTTCGCAAGG-NAC-GTCGNCCNAATTCTCCATA-CAGGCCATCTANGTTTG-TT--GATCTNTTAACACA-TAAGAATTTT-CTGCAAAATTTAGTATGNAT-AGTT-TCGATATATTT---TCCAT--CG------T-----TCCC------G-ACTTC-AGAACCGTAATTTAATACGGAANCGACTAGAGTATCAAACAGNTTACATTTTTC-AA--T----T--------------TNTTTTT--AAA-T-CGTTTT---GATTA-AAAACAAAAAATAGA-CT-GTGCATAGCTTT-GACGC---ATGTTCTGC-ATA---CGTTTT-T----GNGTTC-T-T-NCC-AGTTACCG-TTT--T--TAAAAA--GTA-ACACCTAAGATATTTAAACGATTG---T-ACAC-ATTTCTA--GNC--T--CA-TTG--T--AT--AGTNAAAAATCNTG----ACTTGT-ATGTCTNCCNTTTTCAAATATCATTACTTTNGTTTT
Reference ( family-404 )      :                     NAATTTGTTCA--TAATTGGCCAGCTACAGAAATACT-TTTTAAGACATTCATATCTGGGTTTTTTTCTGTAATAAGTGCAAACTAACAAAAAATGGTATTCATTTT--ACGACATTCGGAATAGCAAAATTAT-CACATTATGTTATTTCTTTGT-TATTGTTGCANCGNCCNCNNTCTACTTCTAAGTTGTGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTCATTGTATGATATCGAGATATGGTTCTAAGAGTAAANNNGTGTTTAAATCGACAATAAGATAATAGNCCTTGACGAGTTATTTATATTACTATACCAAGNTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCNTTGTTTT-ATTGAATCAAATTNTATATCANAAGT---------AAGTT---GGTTGATCCANATGTTTGAT--AGTCC-TAG-GTTNTCAAGAATANTT--TTTATCTGANANGCCNAGTTNAGACCNTTATACGTGACGTCGTTATTCGCGTCATCTTTTAGCATNNTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAAGTTA-CGAATC-----CAG----TAACGAATCATA---ATTTTTC---TNA-TATTTACAAGG-TAC-ATCGACCAAATTCTCCATA-CAGGCCATCTANG-TTG--T--GATTTATTAACG-A-TAAGAATTTT-CTACAAAATTTNGTATGAAT-AGNT-TCGATATATTT---TCCAT--CG------T-----TCGC------G-ACCTC-AGAACCGTAGTTTAGTACGGAAGCGACNAGANNATCNAANANGTTACATTTTTC-----T----T--------------TNTTTTT--AAA-T-CGTTTT---GATTA-AAAACAAAAAANAGA-C--GCGCATAG-----GATG----ATGTTCCGC---A---CG-TTT-T----GAGTTC-T-T-NCC-ANTTACCG-TTT--T--NAAAAA--GT--ACACTTAAGATATTTAAACGA-CG---T-ACAC--TTTCTA--NAC--T--CA-TTG--T--AT--AGNNAAAAATCNTG----ATTTGT-ATGTCTACCNTTTTCGAATATCGTTACTTTAGTTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAGTTATTTATATTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAACATCGA-GGATTCGCTGTATG-AT------ACGTTTAATATTAAAAGTACCAGTATCAAATT---GCTTTTGCCAGATG-TAGGT--CATCCTTAT-TTTATCAAATATAGTT--TTTATATTATAAGCTCAGTTCATTCCCCTATATGTAATGTTATTATCCACATCACGTTTTAGTAATTTAT---CTATATAAAATAA-AATAGGATTAGTTGT----TTTTATAAGTTT-T--ATC-----GAGTTTTTAGC--ATAATA---ATTTTTT---TTA-TGTAGACAAGG-AAT-ATCGACCAAGTTCCCCATA-CAGGCCATCAAGGTTTG--TAGAATTTTTTTACGTT-TAAAACTTTT-CTTAAAAATTTAAAATGAAT-TAGT-TCTATGTATTTTGATTCATAATG------C-----CCCC------GCACCTC-AGCACTGTAGTTTAATACTGAACCAACACGACGATCAAACAATTTACACTTATCGAA--TGATGT--------------GATTTAT--A--------TTT---GGTTA-AAAACAATAAATAAA----GCGCATAA-----GATGA---ATGTTGTGC---AAGTCGTTTT-T----GAGTTCTT-T-CCC-AGTTTCCG-TTT--TTGTAGAAAT-GT--AT-TTTAAGATACTTAAACGATTGTTCT-ACAT--TTAATA--T-C--G--TA-TTG--T--AT--AATGTAAAATTATG----AGTTGT-GTAGTTGTCCTTTTCGAATATCATTATCTTTGTTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                        ctaATCACCCTCATTCTACTTCTAAGTTATGTGATGATAGCCTGAAT---C---TACTTAGTGCAATTTTAAATTAATTTTC-TTGTACAATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTTTGTTTATATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGA-GAGTTATTTATAGTATTATACCATGATTGTTTATATTGATCAAGTAA-TCG-TGTTTTGAGTAATTCTAATATTATATCAattcgtatttcacactcacactcgttacagtatcgttcaagattatttaacatacattgtaatgcctgtggcgtttctacgaataagactgtgtcgtctgcaaaaatgagaataataagtttttaattcatttatagttaaataccatcaatatctattttgtatttatattatctaaaatgtcatttacgaaaaataagaacattaaactacagctcgggtcaccctgtttaactcccactttcgattctataaagtttgatttaagtacgctatacatagcttgcaaagccataactatttttgaaggtttaagagtttctgccataggtataggcgatcgattttatcgaaacattttcgtattcacaaacgcactataaagtttttatttaggaattaaatgcttttgttatcatggactgtataataaagatacaatcaatagttgattttcccttttggaagctgaactgatttggtattatttcatcaattttatggtccatctggttaacctgtttaataaaatttgaaaacaaagttttccttatatatttatccttatatatgcccctgtattttcttttgcattttcagtgtcaccgcctttaaatattgaaacaataataccctctctcatcaggttttagtgtactcgctggttctaaatagtttattgaaaagttttaatagaaaagttgaactttcttcaaaagagtgtttaaatacttctgacatcaataatttattaataatgtctggcacattcactgttaaaaccgcggttgacttaatccttataattatgtaaaacatcataatcatgtcgttctacacaattacggcttgtttatttgtttgcttggtgttct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                          ttgtatTCTATAT---C---TACTTAAAGCACTTTTGAATTTCTTTTCAT-GTATGGTATCGAGATAGGATTC-AAGAGTACACGAGTGTTTAAAACGACAGTA-TATACTAAGCCTTGTCGAGTTATTTATGTTACGGTACCAAGTTGGTGT-TATTGGTCAA-TACTTCTTTGTTTT-ATTGAATTAAATTGTATATCAAAAGT---------AAGTT---GATTGATgtatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           TTCCCTATAACAG-CCAGTCAGA-TTA--TTTGACCTCTTAACA-AGTAAAA---------CCAAATTCAGT--GAGT-AGTAATCAATATATTT---TCCAT--CGGGTGAAC-----CCCA------A-ACTTCAAGAACCGTAATTTAGTACAGAAGCCACTAGAGTGTCAAAT-GGTTAGAGTTTTCAAAAGT----T--------------GGTTATT--CAA------CTT---GCTTA-AAATCAATAAATAaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TT---GGTTCATCCACATGTTTGCT--AAACC-TAGTGTCTCCAA---CATTCACTTTATCTGAAAAGCCGAATTCTCTTTGTTATAATTAATGCCATTATTTGCGTCCTCTTTTAA-ATTG-AAATGCT-------------ACAGAATTA-TTGTCAGCTTTTAAAAGTTT-T--ACC-----CAA----TAACGAAACATA---
gi|15                         : attgttaaacacataataatcAATTTGTTCA--TAATTGGCCAGCTACAGAAATACT-TTTTAAGACATTCATATCTGGGTTTTTTTCTGTAATAAGTGCAAACTAACAAAAAATGGTATTCATTTT---CAATATTCGGA
gi|17                         :                                                            ttgtgagatgaatatatttcaataatctttttaaaatagatgtttggcttgcacataactgtgatttg--ACGACATT--AAATAGCAAAATTAT-CACATTATGTTATTTCTTTGT-TATTGTTGCAGCGATCGCCGTCTATTTC-AAATTGTGAGACGATAATCGAAAT---C---TATTTTAAGCAATTTTG-ATTTGTTTTC-TTGAATGATgagcta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         --GATCTCTTACCACA-TAACACGTTC-CTGCAAAAGTTAGTATGTATAAGTT-TCGCTATCTTT---TACAT--ttgttgatat
gi|2                          :             agattagtcAATTTGTTTAGGTAA--GGCCAGCTACAGAAGTAAGGTTTTAAAA-ATTT---TCTACGAAGATCTCTGTATCTTGGGCATACTAACAGAAAGTGATATTCATTTTCGACAATATTTGAACTA-CAAAAT-ATGCATACCCTGTCATTTCTAGGTATGTTGTTATAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTCTTTTTATTGTATGGTATCGAGATATGATTC-AAGAGTAAAAAAATGTTTAAAACGACAGTATG-TACTAAGCCTTGATGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGGTGGTATTGGTCAA-TAATTCTTTGTTTT-ATTGAATCAAATTGTATATCATAAGT---------AAGTT---GATTTATCCAAATATTTGAT--AATCC-TAG-GTTGTCAAGAATACTT--TTAATCTGATAGGCCCAGTTCAGGTCATTGTACGTTACATTGTTGTTTGCGTCATTTTTTGACATGGTATACACTCTTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAA--TA-CGAATC-----CAA----TAACAAATCATATGTATTTGCC---TCACTGTTCTCAATG-GAA-GTCGCCCTAATTATCCATA-TAGACCGTCTATGTTTG--TA-GATCGATAAACA-A-TAAGAATTTTGCGACAAAATTTAGTATGGAT-TGTT-TCTATATATTT---CCCTT--CG------T-----TTTT------G--CCTC-AGAACGGTAATTAAGTATGGATACAACTAGAGTGTCCAAAAGTTTACATTTTTC-----T----C--------------TTTTTTTTAAAA-T-CATTTT---GATTG-AATATAGAAAAAAGA-CT-GTACATGGCTTTTGACGC---ATGTTCGGCAATA---CATTTT-T----GGGTTC-TGT-GCC-AGTTACCA-TTTAAA--AAAAAA--ATAAACACCTAAG-TATTTCAATGA-TG---TAACAC--TTTCGA--GACGTT--CA-TTA--T--AC--AGAAAAAAATCCTG----ACTTGT-ATGTCTTCCCTTTTCAAATAGCATTACTTAAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                              aAATTTATTTTC-TTGTAAGATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTGTGTTTAAATCGACAATAAG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aAATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGG-GAGTTATTTATAGTACTATACCATGATTGTTTATATTGATCAA-GTATACGT-GTTTTGAGTAATTCTAATATTATATCAGTATT---------ATGTTCTTGGTTGACCCATAAATT--ATTCAGCTC-TAG-GGTTTCCAGGATAATT--TTTATTTGAGATGCCCAGTTAAGACCATTATAACTGATGTTGTTATTTGCGTCATCCTTTAGCATATTATATACTAGTT----TTACAGTAGAGTTA-CTATTTAATTTTATAA-TT--CGTATC-----CAG----TAACGAATCATATTTATTTTTCTGATTA-TGTTTGT--GG-TAC--TCTAGCTAATTCTCTATA-CAGGCC-TTTAAGATTGGTT--GACTTATTAACA-A-TAAGTATTTT-CTGCAAAATTTTGTATGTAC-AAGT-TCGATATCTTT---TCCAT--CG------T-----TTGCACCCCAG-ACTTC-AGAGCAATAATTTAATACAGAAGAGACTAGTTTATCAAACATGTTACATTTTTC-----T----T--------------TCGTTTT--AAATT-CGTATT---GATTA-AAAACCAAAAACAGA-CT-GTACATAGATTTAGATGC---ATGTTCCGCTATA---CA-TTTAT----GTGTCC-TAT-TCC-ATACACCG-TTT--T--TGAAAACTGTA-ACACCCAAG-TATTTAAACGA-CG-----ACACTATTTCTA--ATC--TTCTA-TTG--T--AT--AAGTAGAAGTCATGTGACACTTGC-ATG-CCACTTTTTTGAAATATCATAACTTTAGTTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAAAACAACATTA-T-AT-AAATTGTAAAAATTAGCGAATTGAGTTCAG----TAA-GAA--------GTTTTAC---CAAATATTTATAAGGGTACCACCACCCAAATTTTCCATA-GAGCGCATCTATA-TTGATT--GATTTTCTAACACA-TAA-AATGTTACTACAAAATTTCGTGTGAAT-AGTT-TC--TATGTTGGG-TCC-T--CA------TGGAAGTCCC------GGACTTC-GCAAGCATAGTTTAAAGTGGAACAGACAAGAGAATCACATAAACTACATTTCTC-----T----TGAAAGATATGGTTATATTTTT--GAA-TACATTGTATAGCTTATAAAGTA------AGA-CGAGTGCATAG------------------CTGA---A---TG-TCG-T----GAGTTC-T-TGACC-AATTACCG-TTT--A--AAAAAA--A-----ACTTCAGATATCTAAATGA-TG---T-A-ACCATTTCTA--GTT--T--CACTTAATT--ATTGAGTT-AAACTGTTG----GTGTGGAATGTCTACCGTTTTCAAATACCGTTacttgtattgatttttaatttatacgtattacaataattttctatgtccttgagcattaattgtaatgatgacggagatgttgcaaataacact
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          acgattttgtcaatgttttatgatcttgaaaa--AAG-T-CGATTT---GATTA-AAAACTGAGAATAAATT--ATGCTTAGCA---AACGTAGAATGTTTTGCG--A---TT-TTT-TTTTGGTGTTC-T-A-ATCAAACTGCCGTTTT--T--TAAGAA--GTGCACGCCTAA-ATATTTGAAGGATTT---T-ACTG--TTTCTAATAAA--G--CG-TTG--TTGAT--ATT--AAAAT-------------T-A-GTCTTCTATTTTCAAATATCTTTATTTTTGTTTTttaactgattttgaaaaaaatcat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                          aatcttaatagacTAACGGTAATCTAAATATACATGTACTTAAATCAATTTTGAACTGATT-------------ATCTAGATATGATTC-AAGAGTAAATGAGTGT--AAA-CGACAGTAGG-TAATAAGACTTGACATGTTATTTATGTTACTGAACCAAGTTTGGTGGTATTGATCGG-TAAAT-ATTGTTTT-ATTGAATCAAATTGTGTATCGTAAGT---------AAGTT---AATTGTTTTTAATATTTGAT--AGTCC-TAG-GTAGTCAAGAATACTT--TTAATCCGATATGCCAAGTTAAGACCATTATAC-TGACATAGTTGTTTGTATCAT-TTTCAACATGGTATCAATTGTTT----TGACAACATAACTA-TTATCAAATTTTCAActttgtgttacttttaaacccccacatttgtccgtattgatacatacatcatttatcattgacttcaattcttcggtggaatacgcgaatatgcacgcatcatttgcaaaacatatgaataattttgtttcgtctaatgttaataccccatcaatgtatactatcaatgatgtcgtttgtaaattagagaaatagcagacttgaactcc

Unaligned ( gi|4 ): CCTTAGAGCCAACACGTGTATGAATAAGTTTTTGCCATAATAAAACCTTTATCTATATTGGCATAAGCACGTTCGTATTCCGAGAATGCACAATATATTTTCTTTTTTTCACAAAGTAATTTTATAATTAAGGAATGTAAATATAAATATTCAATTTGTTGTTGATTTTCCTTTTTGAAACCCGAATTGATTTTGATTTATTGTCTGGTATTTCCTTGACAAATTTGCTAAACGATTTAATGCAATTTGTGAATATTTTTTTCCTAATTATTCTTCGATAATTCTTCACATTTTAGCGGCTTCTCTTTTTAAAGATGGATGCTATATATATACATTACCCTCACCCCATTATTTCGGATATTCACCGTTTTCAAATAATTTATTAAACAATTTTAATAAAAATGGTTGTATAATATAGAGTGTGCTTTTGAAAATTTCAGCTATTAATTTGTCATAGCCAGGGACCTTATTATTATTCTGAGATTAAATTGCCTGTTTTAATTCTATGTCAGTGATTAGGACATCGAAATCGTCGTCATGACAACTCGGTATTTCCTGTTCCGGTTGTTGGCTTTGTTCTCCCTCGTACATAGACCTAAAATGCACATAGAAATATTTTACATTTAGTTCTCTGAGAGAGTTTCTGGTGAATTGTAATATTTCTTTACTTGCTTCCAAAACTGTTTAGGTTAATTTGTTTTTGCATTTTCTGAAATACGCTTATTCT
Unaligned ( gi|8 ): AAGAACACTCATAGTCTAAGAATGCACAATATACTTTCTTTTTTTTTTCACTTAGTAATTTTATGATTAGGGAATTATAAAAAAAATTTACAGTCTGTTGTTGATTTTCCTTTCTGAAACCCGAATTTATTTTGATTATTTTTGTTGACCATTTTGTTAAAAGATTCAATAAAATCTGCAAATATATTTTTCTAAATAAAACTATTTATAAGAGTTACGCCTCGATAATGTTTACGTTTTCGTGCCTTCCGTTTTAAAGATGGGTGCTGTGCATTTGACAATTCCAGCAATTATTTT
Unaligned ( gi|9 ): ATGACAATGATTTTGCAGTTATCTATACTTGTTCATGTTTCATTGTAAGCAAATGCGTTGCGCACGGGCCACATTTATATATCTTAAAGTTTCAATGAAATTATCGTGTGACGAAAATAAAAAAAAGAAGTTCATATACTTTTGCATGTTTGTACTCACTATACTATTCTAACTTACTGGTTATTAGTATTAGAATACCAACTTTGCTTATAAATATTGAGAATTCTCTGTAAAATAAGATTAATACTAAAATATTGACATGAAATTG
Unaligned ( gi|10 ): ACCATGTAATATCTTCCAGTCTCAATAGCAACAGCATGCGATGAAAGTCGAAATTAAGTTAGAGCAATTCTAAACTTTTTTTAAAAAAAATACAGTTACAATATTGTTCCAGTACATATATATGTTTGTATTTACTATAATGTTCTAAATCACTAGAGTTATTTGTTTTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAATATCGATAATTCACTGTATAATAAGTTTAATTTTATAAGTACCAGTACCAGTATCAAATTGGTTTTGCCAGATG
Unaligned ( gi|16 ): ACATGTTTGCCCATAGTGTTGTATATCATTTAACATTGAAATGCTTCGATGGAATACGCGAATAAGCACACATCTTCTAATGTCAATACCCCATTAATGTCAGAGTGTATACTATCGATGATGTCATTTGTAAATAAGAGAAACAGCAGACTTGAACTC
Unaligned ( gi|18 ): GCTATATTACTCTCACTCCACGGTTTCGGATATTAGCCGTTTTCAAATAATTTATTAAATAGTTTAAATAAAAAT

lowQualScore                  :                                11   11                 111        1    222                                                     222       1             1  1                     1                            1                        1111111                                                     2    1                         111             1                                                          1                           333333333    111                1   11                          11                                11                            1            22222222                               22222222   22222    1111           3333       2222222           222222                                                    1    11111111                                     111111         5555555555555555555555555                                                           8888888888888888888888        222222   111                     11        44444444444444         333333                2222               11111      22222222        1           333333333333333333333333333333333333   111  2222222     22222222222   111                                    
lowQualScore                  :                                77   88                 777        5    111    1 4444        1 22 1   1                         555 0     2   88 6      5  5      1          22  5                  3         2                        8888888                      1     6     6      1           0    0    333    0    7        000  0          3                                3        0 6   3  22      3     3       1       1     222222222    111    1     1     0   11      8  8   1    77   1  11  1      1 1           1  4     33 1    4              8      0  1 0    3  33333333 1 6          6    9           66666666   00000    7777   3  6    0000     1 4444444    9999   222222  11  1           8   8  3    1 6  7  2 6    1      3    44444444  3           1  1 666  3 6  9    1  555555   3 99  9999999999999999999999999     8    3            1   222  1    1      4444           0000000000000000000000        111111   111 1   6       2   1   33        55555555555555    777  777777 22  1 8 1    8 1111  8 1      88  88888      88888888        0        1  555555555555555555555555555555555555   111  4444444     99999999999   444 0 5  1  1                    1     
lowQualScore                  :                                ..   ..                 ...        .    ...    . ....        . .. .   .                         ... .     .   .. .      .  .      .          ..  .                  .         .                        .......                      .     .     .      .           .    .    ...    .    .        ...  .          .                                .        . .   .  ..      .     .       .       .     .........    ...    .     .     .   ..      .  .   .    ..   .  ..  .      . .           .  .     .. .    .              .      .  . .    .  ........ . .          .    .           ........   .....    ....   .  .    ....     . .......    ....   ......  ..  .           .   .  .    . .  .  . .    .      .    ........  .           .  . ...  . .  .    .  ......   . ..  .........................     .    .            .   ...  .    .      ....           ......................        ......   ... .   .       .   .   ..        ..............    ...  ...... ..  . . .    . ....  . .      ..  .....      ........        .        .  ....................................   ...  .......     ...........   ... . .  .  .                    .     
lowQualScore                  :                                55   55                 000        0    555    0 0000        0 00 0   0                         777 7     0   33 7      5  0      0          00  5                  7         0                        0000000                      5     7     3      4           4    0    444    8    8        888  6          2                                7        7 7   5  77      3     7       0       0     000000000    777    0     0     6   00      0  0   0    22   0  00  4      0 0           0  6     22 4    6              2      0  0 8    8  00000000 0 7          7    3           00000000   00000    0000   2  0    2222     2 5555555    8888   888888  22  0           0   2  8    0 7  7  2 7    0      5    22222222  7           7  0 888  2 7  3    5  888888   5 22  6666666666666666666666666     0    2            4   444  4    0      6666           2222222222222222222222        888888   777 5   7       2   8   88        66666666666666    666  444444 22  0 0 0    0 2222  0 4      88  22222      88888888        6        4  666666666666666666666666666666666666   888  0000000     22222222222   000 8 6  0  0                    0     
consensus                     :                     NAATTTGTTCAGGTAATTGGCCAGCTACAGAAGTANNGTTTTAAGACATTCATATCTGNGNNNNTCTCTGTANCNNGNGCANACTAACAGAAAGTGGTATTCATTTT--ACGATATTCGAANTAGCAAAATTATGCACACCNTGTCATTTCTNNGTATGTTGTTGCAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTC-TTGTACGATATCGAGATATGATTCTAAGAGTAAAANAGTGTTTAAATCGACAGTAAGATAATAAGCCTTGACGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCGTTGTTTT-ATTGAATCAAATTNTATATCANAAGTA---------AGTT---GATTNATCCANATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTNTCAAGAATANTT--TTTATCTGATANGCCCAGTTCAGNCCGTTATACGTGACGTCGTTATTTGCGTCATCTTTTAACATGGTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAAGTTT-CGAATC-----CAGT----AACGAATCATA-T-TATTTTTC---TTA-TGTTCGCAAGGG-AC-GTCGNCCNAATTCTCCATA-CAGGCCATCTAGG-TTNGTNG-ATCTNTTAACACATAAGAATTTT-CTGCAAAATTTAGTATGNA-T-AGTT-TCGATATATT--T---TCCAT--CG------T-----T----CCC--G-ACTTCA-GAACCGTAATTTAATACGGAANCGACTAGAGTATCAAACAGNTTACATTTTTC---AAA-------T----T-TNTTTTTAAA-T-CGTTTT---GATTA-AAAACAANAAATAGACTGTGCATAGC-TTT-GACGC---ATGTTCCGC-ATA--CGTTTTT-GNGTTC-T-T-NCC-AGTTACCG-TTT--T--TAAAAA--GT-A-ACACCTAAGATATTTAAACGATTGT-AC-AC-GTTTCT-----AGTN--T--C--A-TTG--TAT--AGTNAAAAATCNTG----ACTTGT---ATGTCTNCCNTTTTCAAATATCATTACTTTNGTTTT
Reference ( family-404 )      :                     NAATTTGTTCAGGTAATTGGCCAGCTACAGAAGTANNGTTTTAAGACATTCATATCTGNGNNNNTCTCTGTANCNNGNGCANACTAACAGAAAGTGGTATTCATTTT--ACGATATTCGAANTAGCAAAATTATGCACACCNTGTCATTTCTNNGTATGTTGTTGCAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTC-TTGTACGATATCGAGATATGATTCTAAGAGTAAAANAGTGTTTAAATCGACAGTAAGATAATAAGCCTTGACGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCGTTGTTTT-ATTGAATCAAATTNTATATCANAAGTA---------AGTT---GATTNATCCANATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTNTCAAGAATANTT--TTTATCTGATANGCCCAGTTCAGNCCGTTATACGTGACGTCGTTATTTGCGTCATCTTTTAACATNGTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAAGTTN-CGAATC-----CAGT----AACGAATCATA-T-TATTTTTC---TTA-TGTTCGCAAGGN-AC-GTCGNCCNAATTCTCCATA-CAGGCCATCTANG-TTTGTTG-ATCTNTTAACACATAAGAATTTT-CTGCAAAATTTAGTATGNA-T-AGTT-TCGATATATT--T---TCCAT--CG------T-----T----CCC--G-ACTTCA-GAACCGTAATTTAATACGGAANCGACTAGAGTATCAAACAGNTTACATTTTTC---AA--------T----T-TNTTTTTAAA-T-CGTTTT---GATTA-AAAACAAAAAATAGACTGTGCATAGC-TTT-GACGC---ATGTTCTGC-ATA--CGTTTTT-GNGTTC-T-T-NCC-AGTTACCG-TTT--T--TAAAAA--GT-A-ACACCTAAGATATTTAAACGATTGT-AC-AC-ATTTCT-----AGNC--T--C--A-TTG--TAT--AGTNAAAAATCNTG----ACTTGT---ATGTCTNCCNTTTTCAAATATCATTACTTTNGTTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAGTTATTTATATTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAACATCGA-GGATTCGCTGTATG-AT------ACGTTTAATATTAAAAGTACCAGTATCAAATT---GCTTTTGCCAGATGTA-GGT--CATCCTTAT-TTTATCAAATATAGTT--TTTATATTATAAGCTCAGTTCATTCCCCTATATGTAATGTTATTATCCACATCACGTTTTAG--TAATTTAT-CTATATAAAATAA-AATAGGATTAGTTGT----TTTTATAAGTTT-T--ATC-----GAGTTTTTAGC--ATAATA----ATTTTTT---TTA-TGTAGACAAGGA-AT-ATCGACCAAGTTCCCCATA-CAGGCCATCAAGG-TTTGTAGAATTTTTTTACGTTTAAAACTTTT-CTTAAAAATTTAAAATGAATT-AG-T-TCTATGTATT--TTGATTCATAATG------C-----C----CCC--GCACCTCA-GCACTGTAGTTTAATACTGAACCAACACGACGATCAAACAATTTACACTTATCG--AA--------TGATGT-GATTTATA--------TTT---GGTTA-AAAACAATAAATAAA--GCGCATAA------GATGA---ATGTTGTGC-A-AGTCGTTTTT-GAGTTCTT-T-CCC-AGTTTCCG-TTT--TTGTAGAAAT-GT-A---TTTTAAGATACTTAAACGATTGT-TCTAC-ATT--T-----AATA--T--CGTA-TTG--TAT--AATGTAAAATTATG----AGTTGT---GTAGTTGTCCTTTTCGAATATCATTATCTTTGTTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                             ctaCCTCATTCTACTTCTAAGTTATGTGATGATAGCCTGAAT---C---TACTTAGTGCAATTTTAAATTAATTTTC-TTGTACAATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTTTGTTTATATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGA-GAGTTATTTATAGTATTATACCATGATTGTTTATATTGATCAAGTAA-TCG-TGTTTTGAGTAATTCTAATATTATATCAattcgtatttcacactcacactcgttacagtatcgttcaagattatttaacatacattgtaatgcctgtggcgtttctacgaataagactgtgtcgtctgcaaaaatgagaataataagtttttaattcatttatagttaaataccatcaatatctattttgtatttatattatctaaaatgtcatttacgaaaaataagaacattaaactacagctcgggtcaccctgtttaactcccactttcgattctataaagtttgatttaagtacgctatacatagcttgcaaagccataactatttttgaaggtttaagagtttctgccataggtataggcgatcgattttatcgaaacattttcgtattcacaaacgcactataaagtttttatttaggaattaaatgcttttgttatcatggactgtataataaagatacaatcaatagttgattttcccttttggaagctgaactgatttggtattatttcatcaattttatggtccatctggttaacctgtttaataaaatttgaaaacaaagttttccttatatatttatccttatatatgcccctgtattttcttttgcattttcagtgtcaccgcctttaaatattgaaacaataataccctctctcatcaggttttagtgtactcgctggttctaaatagtttattgaaaagttttaatagaaaagttgaactttcttcaaaagagtgtttaaatacttctgacatcaataatttattaataatgtctggcacattcactgttaaaaccgcggttgacttaatccttataattatgtaaaacatcataatcatgtcgttctacacaattacggcttgtttatttgtttgcttggtgttct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                     ttgtatatcacTCTATAT---C---TACTTAAAGCACTTTTGAATTTCTTTTC-ATGTATGGTATCGAGATAGGATTC-AAGAGTACACGAGTGTTTAAAACGACAGTA-TATACTAAGCCTTGTCGAGTTATTTATGTTACGGTACCAAGTTGGTGT-TATTGGTCAA-TACTTCTTTGTTTT-ATTGAATTAAATTGTATATCAAAAGTA---------AGTT---GATTGATgtatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTCCCTATAACAG-CCAGTCAGA-TTATTTG-ACCTCTTAACAAGTAAAA---------CCAAATTCAGT--GAG-T-AGTAATCAATATATT--T---TCCAT--CGGGTGAAC-----C----CCA--A-ACTTCAAGAACCGTAATTTAGTACAGAAGCCACTAGAGTGTCAAAT-GGTTAGAGTTTTC---AAAAG-----T----T-GGTTATTCAA------CTT---GCTTA-AAATCAATAAATAaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TT---GGTTCATCCACATGTTTGCT--AAACCT-AGTGTCTCCAA---CATTCACTTTATCTGAAAAGCCGAATTCTCTTTGTTATAATTAATGCCATTATTTGCGTCCTCTTTTAA-ATTG-AAATGCT-------------ACAGAATTA-TTGTCAGCTTTTAAAAGTTT-T--ACC-----CAAT----AACGAAACATA-
gi|15                         : attgttaaacacataataatcAATTTGTTCA--TAATTGGCCAGCTACAGAAATACT-TTTTAAGACATTCATATCTGGGTTTTTTTCTGTAATAAGTGCAAACTAACAAAAAATGGTATTCATTTT---CAATATTCGGAG-AGC
gi|17                         :                                                            ttgtgagatgaatatatttcaataatctttttaaaatagatgtttggcttgcacataactgtgatttg--ACGACATT--AAATAGCAAAATTAT-CACATTATGTTATTTCTTTGT-TATTGTTGCAGCGATCGCCGTCTATTTC-AAATTGTGAGACGATAATCGAAAT---C---TATTTTAAGCAATTTTG-ATTTGTTTTC-TTGAATGATta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGA-TTAGTCG-ATCTCTTACCACATAACACGTTC-CTGCAAAAGTTAGTATGTA-TAAGTT-TCGCTATCTT--T---TACAT--ttgttgatat
gi|2                          :                      AATTTGTTTAGGTAA--GGCCAGCTACAGAAGTAAGGTTTTAAAA-ATTT---TCTACGAAGATCTCTGTATCTTGGGCATACTAACAGAAAGTGATATTCATTTTCGACAATATTTGAACTA-CAAAAT-ATGCATACCCTGTCATTTCTAGGTATGTTGTTATAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTCTTTTTATTGTATGGTATCGAGATATGATTC-AAGAGTAAAAAAATGTTTAAAACGACAGTATG-TACTAAGCCTTGATGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGGTGGTATTGGTCAA-TAATTCTTTGTTTT-ATTGAATCAAATTGTATATCATAAGTA---------AGTT---GATTTATCCAAATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTGTCAAGAATACTT--TTAATCTGATAGGCCCAGTTCAGGTCATTGTACGTTACATTGTTGTTTGCGTCATTTTTTGACATGGTATACACTCTTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAA--TA-CGAATC-----CAAT----AACAAATCATA-TGTATTTGCC---TCACTGTTCTCAATGG-AA-GTCGCCCTAATTATCCATA-TAGACCGTCTATG-TTTGTAG-ATCGATAAACA-ATAAGAATTTTGCGACAAAATTTAGTATGGA-T-TGTT-TCTATATATT--T---CCCTT--CG------T-----T----TTT--G--CCTCA-GAACGGTAATTAAGTATGGATACAACTAGAGTGTCCAAAAGTTTACATTTTTC---TC--------T----T-TTTTTTAAAA-T-CATTTT---GATTG-AATATAGAAAAAAGACTGTACATGGCTTTT-GACGC---ATGTTCGGCAATA--CATTTTT-GGGTTC-TGT-GCC-AGTTACCA-TTTAAA--AAAAAA--ATAA-ACACCTAAG-TATTTCAATGA-TGTAAC-AC--TTTCG-----AGACGTT--C--A-TTA--TAC--AGAAAAAAATCCTG----ACTTGT---ATGTCTTCCCTTTTCAAATAGCATTACTTAAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                              aAATTTATTTTC-TTGTAAGATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTGTGTTTAAATCGACAATAAG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aAATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGG-GAGTTATTTATAGTACTATACCATGATTGTTTATATTGATCAA-GTATACGT-GTTTTGAGTAATTCTAATATTATATCAGTATTA---------TGTTCTTGGTTGACCCATAAATT--ATTCAGCTCT-AG-GGTTTCCAGGATAATT--TTTATTTGAGATGCCCAGTTAAGACCATTATAACTGATGTTGTTATTTGCGTCATCCTTTAGCATATTATATACTAGTT----TTACAGTAGAGTTA-CTATTTAATTTTATAA--TT-CGTATC-----CAGT----AACGAATCATATT-TATTTTTCTGATTA-TGTTTGT--GGT-AC--TCTAGCTAATTCTCTATA-CAGGCC-TTTAAGATTGGTTG-ACTTATTAACA-ATAAGTATTTT-CTGCAAAATTTTGTATGTA-C-AAGT-TCGATATCTT--T---TCCAT--CG------T-----TTGCACCCCAG-ACTTCA-GAGCAATAATTTAATACAGAAGAGACTAGTTTATCAAACATGTTACATTTTTC-------------T----T-TCGTTTTAAATT-CGTATT---GATTA-AAAACCAAAAACAGACTGTACATAGA-TTTAGATGC---ATGTTCCGCTATA--CATTTAT-GTGTCC-TAT-TCC-ATACACCG-TTT--T--TGAAAACTGT-A-ACACCCAAG-TATTTAAACGA-CG--AC-ACTATTTCT-----AATC--TTCT--A-TTG--TAT--AAGTAGAAGTCATGTGACACTTGC---ATG-CCACTTTTTTGAAATATCATAACTTTAGTTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAAAACAACATTA-T-AT-AAATTGTAAAAATTAGCGAATTGAGTTCAGT----AA-GAA---------GTTTTAC---CAAATATTTATAAGGGTACCACCACCCAAATTTTCCATA-GAGCGCATCTATA-TTGATTG-ATTTTCTAACACATAA-AATGTTACTACAAAATTTCGTGTGAA-T-AGTT-TC--TATGTTGGG---TCC-T--CA------TGGAAGT----CCCG-G-ACTTCG-CAAGCATAGTTTAAAGTGGAACAGACAAGAGAATCACATAAACTACATTTCTCTTGAAAGATATGGT----TATATTTTTGAA-TACATTGTATAGCTTATAAAGTAAGA---CGA--GTGCATAGC---T-GA------ATGT-----------CG----T-GAGTTC-T-TGACC-AATTACCG---T--T--TAAAAA-----A-AAACTTCAGATATCTAAATGA-TGT-AA-CC-ATTTCT-----AGTT--T--C--ACTTAATTATTGAGTT-AAACTGTTG----G--TGTGGAATGTCTACCGTTTTCAAATACCGTTacttgtattgatttttaatttatacgtattacaataattttctatgtccttgagcattaattgtaatgatgacggagatgttgcaaataacact
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       acgattttgtcaatgttttatgatcttgaaaaAAG-T-CGATTT---GATTA-AAAACTGAGAATAAATTATGCTTAGC---A-AACGTAGAATGTTTTGCGATT--TTTTTTTGGTGTTC-T-A-ATCAAACTGCCGTTTT--T--TAAGAA--GT-GCACGCCTAA-ATATTTGAAGGATTTT-AC--T-GTTTCTAATAAAGCG--T--T--G-TTG---AT--ATT--AAAAT-------------T---A-GTCTTCTATTTTCAAATATCTTTATTTTTGTTTTttaactgattttgaaaaaaatcat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                          aatcttaatagacTAACGGTAATCTAAATATACATGTACTTAAATCAATTTTGAACTGATT-------------ATCTAGATATGATTC-AAGAGTAAATGAGTGT--AAA-CGACAGTAGG-TAATAAGACTTGACATGTTATTTATGTTACTGAACCAAGTTTGGTGGTATTGATCGG-TAAAT-ATTGTTTT-ATTGAATCAAATTGTGTATCGTAAGTA---------AGTT---AATTGTTTTTAATATTTGAT--AGTCCT-AG-GTAGTCAAGAATACTT--TTAATCCGATATGCCAAGTTAAGACCATTATAC-TGACATAGTTGTTTGTATCAT-TTTCAACATGGTATCAATTGTTT----TGACAACATAACTA-TTATCAAATTTTCAActttgtgttacttttaaacccccacatttgtccgtattgatacatacatcatttatcattgacttcaattcttcggtggaatacgcgaatatgcacgcatcatttgcaaaacatatgaataattttgtttcgtctaatgttaataccccatcaatgtatactatcaatgatgtcgtttgtaaattagagaaatagcagacttgaactcc

Unaligned ( gi|4 ): CCTTAGAGCCAACACGTGTATGAATAAGTTTTTGCCATAATAAAACCTTTATCTATATTGGCATAAGCACGTTCGTATTCCGAGAATGCACAATATATTTTCTTTTTTTCACAAAGTAATTTTATAATTAAGGAATGTAAATATAAATATTCAATTTGTTGTTGATTTTCCTTTTTGAAACCCGAATTGATTTTGATTTATTGTCTGGTATTTCCTTGACAAATTTGCTAAACGATTTAATGCAATTTGTGAATATTTTTTTCCTAATTATTCTTCGATAATTCTTCACATTTTAGCGGCTTCTCTTTTTAAAGATGGATGCTATATATATACATTACCCTCACCCCATTATTTCGGATATTCACCGTTTTCAAATAATTTATTAAACAATTTTAATAAAAATGGTTGTATAATATAGAGTGTGCTTTTGAAAATTTCAGCTATTAATTTGTCATAGCCAGGGACCTTATTATTATTCTGAGATTAAATTGCCTGTTTTAATTCTATGTCAGTGATTAGGACATCGAAATCGTCGTCATGACAACTCGGTATTTCCTGTTCCGGTTGTTGGCTTTGTTCTCCCTCGTACATAGACCTAAAATGCACATAGAAATATTTTACATTTAGTTCTCTGAGAGAGTTTCTGGTGAATTGTAATATTTCTTTACTTGCTTCCAAAACTGTTTAGGTTAATTTGTTTTTGCATTTTCTGAAATACGCTTATTCT
Unaligned ( gi|8 ): AAGAACACTCATAGTCTAAGAATGCACAATATACTTTCTTTTTTTTTTCACTTAGTAATTTTATGATTAGGGAATTATAAAAAAAATTTACAGTCTGTTGTTGATTTTCCTTTCTGAAACCCGAATTTATTTTGATTATTTTTGTTGACCATTTTGTTAAAAGATTCAATAAAATCTGCAAATATATTTTTCTAAATAAAACTATTTATAAGAGTTACGCCTCGATAATGTTTACGTTTTCGTGCCTTCCGTTTTAAAGATGGGTGCTGTGCATTTGACAATTCCAGCAATTATTTT
Unaligned ( gi|9 ): ATGACAATGATTTTGCAGTTATCTATACTTGTTCATGTTTCATTGTAAGCAAATGCGTTGCGCACGGGCCACATTTATATATCTTAAAGTTTCAATGAAATTATCGTGTGACGAAAATAAAAAAAAGAAGTTCATATACTTTTGCATGTTTGTACTCACTATACTATTCTAACTTACTGGTTATTAGTATTAGAATACCAACTTTGCTTATAAATATTGAGAATTCTCTGTAAAATAAGATTAATACTAAAATATTGACATGAAATTG
Unaligned ( gi|10 ): ACCATGTAATATCTTCCAGTCTCAATAGCAACAGCATGCGATGAAAGTCGAAATTAAGTTAGAGCAATTCTAAACTTTTTTTAAAAAAAATACAGTTACAATATTGTTCCAGTACATATATATGTTTGTATTTACTATAATGTTCTAAATCACTAGAGTTATTTGTTTTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAATATCGATAATTCACTGTATAATAAGTTTAATTTTATAAGTACCAGTACCAGTATCAAATTGGTTTTGCCAGATG
Unaligned ( gi|16 ): ACATGTTTGCCCATAGTGTTGTATATCATTTAACATTGAAATGCTTCGATGGAATACGCGAATAAGCACACATCTTCTAATGTCAATACCCCATTAATGTCAGAGTGTATACTATCGATGATGTCATTTGTAAATAAGAGAAACAGCAGACTTGAACTC
Unaligned ( gi|18 ): GCTATATTACTCTCACTCCACGGTTTCGGATATTAGCCGTTTTCAAATAATTTATTAAATAGTTTAAATAAAAAT

lowQualScore                  :                                11   11                 111        1    222                                                     222       1             1  1                     1                            1                        1111111                                                     2    1                         111             1                                                          1                           333333333    111                1   11                          11                                11                                         22222222                               3333333333333       1111           3333       2222222           222222                                                   1    11111111                                     111111         5555555555555555555555555                                                           7777777777777777777777     22222222222   111                     11        4444444444444444444444444444444              2222              2222222     22222222        1           333333333333       3333333333333333333333333333333     22222222222   111                                    
lowQualScore                  :                                77   88                 777        5    111    1 4444        1 22 1   1                         555 0     2   88 6      5  5      1          22  5                  3         2                        8888888                      1     6     6      1           0    0    333    0    7        000  0          3                                3        0 6   3  22      3     3       1       1     222222222    111    1     1     0   11      8  8   1    77   1  11  1      1 1           1  4     33 1    4              8      3 44 0    3  33333333 1 6          6    9           9999999999999       7777   3  6    0000     1 4444444    9999   222222  11  1           8   8     4  0  1  1 6    1      3    44444444  3           1  1 666  3 6  9    1  555555   3 99  9999999999999999999999999     8    3            1   222  1    1      4444           7777777777777777777777     55555555555   111 1   6       1   1   33        6666666666666666666666666666666   1  99    8 1111   99      0  2222222     88888888        0        1  333333333333  0    2222222222222222222222222222222     99999999999   444 0 5  1  1                    1     
lowQualScore                  :                                ..   ..                 ...        .    ...    . ....        . .. .   .                         ... .     .   .. .      .  .      .          ..  .                  .         .                        .......                      .     .     .      .           .    .    ...    .    .        ...  .          .                                .        . .   .  ..      .     .       .       .     .........    ...    .     .     .   ..      .  .   .    ..   .  ..  .      . .           .  .     .. .    .              .      . .. .    .  ........ . .          .    .           .............       ....   .  .    ....     . .......    ....   ......  ..  .           .   .     .  .  .  . .    .      .    ........  .           .  . ...  . .  .    .  ......   . ..  .........................     .    .            .   ...  .    .      ....           ......................     ...........   ... .   .       .   .   ..        ...............................   .  ..    . ....   ..      .  .......     ........        .        .  ............  .    ...............................     ...........   ... . .  .  .                    .     
lowQualScore                  :                                55   55                 000        0    555    0 0000        0 00 0   0                         777 7     0   33 7      5  0      0          00  5                  7         0                        0000000                      5     7     3      4           4    0    444    8    8        888  6          2                                7        7 7   5  77      3     7       0       0     000000000    777    0     0     6   00      0  0   0    22   0  00  4      0 0           0  6     22 4    6              2      2 00 8    8  00000000 0 7          7    3           4444444444444       0000   2  0    2222     2 5555555    8888   000000  22  0           0   2     4  7  0  0 7    0      5    22222222  7           7  0 888  2 7  3    5  888888   5 22  6666666666666666666666666     0    2            4   444  4    0      6666           4444444444444444444444     22222222222   777 5   7       0   8   88        0000000000000000000000000000000   0  00    0 2222   44      8  4444444     88888888        6        4  888888888888  8    2222222222222222222222222222222     22222222222   000 8 6  0  0                    0     
consensus                     :                     NAATTTGTTCAGGTAATTGGCCAGCTACAGAAGTANNGTTTTAAGACATTCATATCTGNGNNNNTCTCTGTANCNNGNGCANACTAACAGAAAGTGGTATTCATTTT--ACGATATTCGAANTAGCAAAATTATGCACACCNTGTCATTTCTNNGTATGTTGTTGCAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTC-TTGTACGATATCGAGATATGATTCTAAGAGTAAAANAGTGTTTAAATCGACAGTAAGATAATAAGCCTTGACGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCGTTGTTTT-ATTGAATCAAATTNTATATCANAAGTA---------AGTT---GATTNATCCANATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTNTCAAGAATANTT--TTTATCTGATANGCCCAGTTCAGNCCGTTATACGTGACGTCGTTATTTGCGTCATCTTTTAACATGGTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAAGTT------TCGAATCCAGT----AACGAATCATA-T-TATTTTTC---TTA-TGTTCGCAAGGG-AC-GTCGNCCNAATTCTCCATA-CAGGCCATCNAGATTNGTNG-ATCTNTTAACACATAAGAATTTT-CTGCAAAATTTAGTATGNA-T-AGTT-TCGATATATT--T---TCCAT--CG------T-----T----CCC--G-ACTTCA-GAACCGTAATTTAATACGGAANCGACTAGAGTATCAAACAGNTTACATTTTTC---GAA-------T----T-TNTTTTT--AAA-T-CGTTTT---GATTA-AAAACAANAAATAGACTGTGCATAGC-TTT-GACGCA---TGTTCCGC-ATA--CGTTTTTGG-GTTC-T-T-NCCAG-TTACCGTTT--T--T-AAAAA--GT-A-ACACCTAAGATATTTAAACGATTGT-AC-AC-GTTTCTAA--TN--T--C--A-TTG--T--AT--AGTNAAAAATCNTG----ACTTGT---ATGTCTNCCNTTTTCAAATATCATTACTTTNGTTTT
Reference ( family-404 )      :                     NAATTTGTTCAGGTAATTGGCCAGCTACAGAAGTANNGTTTTAAGACATTCATATCTGNGNNNNTCTCTGTANCNNGNGCANACTAACAGAAAGTGGTATTCATTTT--ACGATATTCGAANTAGCAAAATTATGCACACCNTGTCATTTCTNNGTATGTTGTTGCAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTC-TTGTACGATATCGAGATATGATTCTAAGAGTAAAANAGTGTTTAAATCGACAGTAAGATAATAAGCCTTGACGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCGTTGTTTT-ATTGAATCAAATTNTATATCANAAGTA---------AGTT---GATTNATCCANATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTNTCAAGAATANTT--TTTATCTGATANGCCCAGTTCAGNCCGTTATACGTGACGTCGTTATTTGCGTCATCTTTTAACATGGTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAAGTT------TCGAATCCAGT----AACGAATCATA-T-TATTTTTC---TTA-TGTTCGCAAGGG-AC-GTCGNCCNAATTCTCCATA-CAGGCCATCTAGGTTNGTNG-ATCTNTTAACACATAAGAATTTT-CTGCAAAATTTAGTATGNA-T-AGTT-TCGATATATT--T---TCCAT--CG------T-----T----CCC--G-ACTTCA-GAACCGTAATTTAATACGGAANCGACTAGAGTATCAAACAGNTTACATTTTTC---AAA-------T----T-TNTTTTT--AAA-T-CGTTTT---GATTA-AAAACAANAAATAGACTGTGCATAGC-TTT-GACGCA---TGTTCCGC-ATA--CGTTTTTGN-GTTC-T-T-NCCAG-TTACCGTTT--T--T-AAAAA--GT-A-ACACCTAAGATATTTAAACGATTGT-AC-AC-GTTTCTAG--TN--T--C--A-TTG--T--AT--AGTNAAAAATCNTG----ACTTGT---ATGTCTNCCNTTTTCAAATATCATTACTTTNGTTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAGTTATTTATATTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAACATCGA-GGATTCGCTGTATG-AT------ACGTTTAATATTAAAAGTACCAGTATCAAATT---GCTTTTGCCAGATGTA-GGT--CATCCTTAT-TTTATCAAATATAGTT--TTTATATTATAAGCTCAGTTCATTCCCCTATATGTAATGTTATTATCCACATCACGTTTTAGTA--ATTTAT-CTATATAAAATAA-AATAGGATTAGTTGT----TTTTATAAGTT------TT--ATCGAGTTTTTAGC--ATAATA----ATTTTTT---TTA-TGTAGACAAGGA-AT-ATCGACCAAGTTCCCCATA-CAGGCCATCAAGGTTTGTAGAATTTTTTTACGTTTAAAACTTTT-CTTAAAAATTTAAAATGAATT-AG-T-TCTATGTATT--TTGATTCATAATG------C-----C----CCC--GCACCTCA-GCACTGTAGTTTAATACTGAACCAACACGACGATCAAACAATTTACACTTATC---GAA-------TGATGT-GATTTAT--A--------TTT---GGTTA-AAAACAATAAATAAA--GCGCATAA------GATGAA---TGTTGTGC-A-AGTCGTTTTTGA-GTTCTT-T-CCCAG-TTTCCGTTT--TTGT-AGAAAT-GT-A---TTTTAAGATACTTAAACGATTGT-TCTAC-ATT--TAA--TA--T--CGTA-TTG--T--AT--AATGTAAAATTATG----AGTTGT---GTAGTTGTCCTTTTCGAATATCATTATCTTTGTTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                             ctaCCTCATTCTACTTCTAAGTTATGTGATGATAGCCTGAAT---C---TACTTAGTGCAATTTTAAATTAATTTTC-TTGTACAATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTTTGTTTATATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGA-GAGTTATTTATAGTATTATACCATGATTGTTTATATTGATCAAGTAA-TCG-TGTTTTGAGTAATTCTAATATTATATCAattcgtatttcacactcacactcgttacagtatcgttcaagattatttaacatacattgtaatgcctgtggcgtttctacgaataagactgtgtcgtctgcaaaaatgagaataataagtttttaattcatttatagttaaataccatcaatatctattttgtatttatattatctaaaatgtcatttacgaaaaataagaacattaaactacagctcgggtcaccctgtttaactcccactttcgattctataaagtttgatttaagtacgctatacatagcttgcaaagccataactatttttgaaggtttaagagtttctgccataggtataggcgatcgattttatcgaaacattttcgtattcacaaacgcactataaagtttttatttaggaattaaatgcttttgttatcatggactgtataataaagatacaatcaatagttgattttcccttttggaagctgaactgatttggtattatttcatcaattttatggtccatctggttaacctgtttaataaaatttgaaaacaaagttttccttatatatttatccttatatatgcccctgtattttcttttgcattttcagtgtcaccgcctttaaatattgaaacaataataccctctctcatcaggttttagtgtactcgctggttctaaatagtttattgaaaagttttaatagaaaagttgaactttcttcaaaagagtgtttaaatacttctgacatcaataatttattaataatgtctggcacattcactgttaaaaccgcggttgacttaatccttataattatgtaaaacatcataatcatgtcgttctacacaattacggcttgtttatttgtttgcttggtgttct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                     ttgtatatcacTCTATAT---C---TACTTAAAGCACTTTTGAATTTCTTTTC-ATGTATGGTATCGAGATAGGATTC-AAGAGTACACGAGTGTTTAAAACGACAGTA-TATACTAAGCCTTGTCGAGTTATTTATGTTACGGTACCAAGTTGGTGT-TATTGGTCAA-TACTTCTTTGTTTT-ATTGAATTAAATTGTATATCAAAAGTA---------AGTT---GATTGATgtatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTCCCTATAACAG-CCAGTCAGATTATTTG-ACCTCTTAACAAGTAAAA---------CCAAATTCAGT--GAG-T-AGTAATCAATATATT--T---TCCAT--CGGGTGAAC-----C----CCA--A-ACTTCAAGAACCGTAATTTAGTACAGAAGCCACTAGAGTGTCAAAT-GGTTAGAGTTTTC---AAAAG-----T----T-GGTTATT--CAA------CTT---GCTTA-AAATCAATAAATAaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TT---GGTTCATCCACATGTTTGCT--AAACCT-AGTGTCTCCAA---CATTCACTTTATCTGAAAAGCCGAATTCTCTTTGTTATAATTAATGCCATTATTTGCGTCCTCTTTTAA-ATTG-AAATGCT-------------ACAGAATTA-TTGTCAGCTTTTAAAAGTT------TT--ACCCAAT----AACGAAACATA-
gi|15                         : attgttaaacacataataatcAATTTGTTCA--TAATTGGCCAGCTACAGAAATACT-TTTTAAGACATTCATATCTGGGTTTTTTTCTGTAATAAGTGCAAACTAACAAAAAATGGTATTCATTTT---CAATATTCGGAG-AGC
gi|17                         :                                                            ttgtgagatgaatatatttcaataatctttttaaaatagatgtttggcttgcacataactgtgatttg--ACGACATT--AAATAGCAAAATTAT-CACATTATGTTATTTCTTTGT-TATTGTTGCAGCGATCGCCGTCTATTTC-AAATTGTGAGACGATAATCGAAAT---C---TATTTTAAGCAATTTTG-ATTTGTTTTC-TTGAATGATta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTAGTCG-ATCTCTTACCACATAACACGTTC-CTGCAAAAGTTAGTATGTA-TAAGTT-TCGCTATCTT--T---TACAT--ttgttgatat
gi|2                          :                      AATTTGTTTAGGTAA--GGCCAGCTACAGAAGTAAGGTTTTAAAA-ATTT---TCTACGAAGATCTCTGTATCTTGGGCATACTAACAGAAAGTGATATTCATTTTCGACAATATTTGAACTA-CAAAAT-ATGCATACCCTGTCATTTCTAGGTATGTTGTTATAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTCTTTTTATTGTATGGTATCGAGATATGATTC-AAGAGTAAAAAAATGTTTAAAACGACAGTATG-TACTAAGCCTTGATGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGGTGGTATTGGTCAA-TAATTCTTTGTTTT-ATTGAATCAAATTGTATATCATAAGTA---------AGTT---GATTTATCCAAATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTGTCAAGAATACTT--TTAATCTGATAGGCCCAGTTCAGGTCATTGTACGTTACATTGTTGTTTGCGTCATTTTTTGACATGGTATACACTCTTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAA--T------ACGAATCCAAT----AACAAATCATA-TGTATTTGCC---TCACTGTTCTCAATGG-AA-GTCGCCCTAATTATCCATA-TAGACCGTCTATGTTTGTAG-ATCGATAAACA-ATAAGAATTTTGCGACAAAATTTAGTATGGA-T-TGTT-TCTATATATT--T---CCCTT--CG------T-----T----TTT--G--CCTCA-GAACGGTAATTAAGTATGGATACAACTAGAGTGTCCAAAAGTTTACATTTTTC-------------T----C-TTTTTTTTAAAA-T-CATTTT---GATTG-AATATAGAAAAAAGACTGTACATGGCTTTT-GACGCA---TGTTCGGCAATA--CATTTTTGG-GTTC-TGT-GCCAG-TTACCATTTAAA--A-AAAAA--ATAA-ACACCTAAG-TATTTCAATGA-TGTAAC-AC--TTTCGAGACGT--T--C--A-TTA--T--AC--AGAAAAAAATCCTG----ACTTGT---ATGTCTTCCCTTTTCAAATAGCATTACTTAAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                              aAATTTATTTTC-TTGTAAGATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTGTGTTTAAATCGACAATAAG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aAATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGG-GAGTTATTTATAGTACTATACCATGATTGTTTATATTGATCAA-GTATACGT-GTTTTGAGTAATTCTAATATTATATCAGTATTA---------TGTTCTTGGTTGACCCATAAATT--ATTCAGCTCT-AG-GGTTTCCAGGATAATT--TTTATTTGAGATGCCCAGTTAAGACCATTATAACTGATGTTGTTATTTGCGTCATCCTTTAGCATATTATATACTAGTT----TTACAGTAGAGTTA-CTATTTAATTTTATAA--T------TCGTATCCAGT----AACGAATCATATT-TATTTTTCTGATTA-TGTTTGT--GGT-AC--TCTAGCTAATTCTCTATA-CAGGCCTTTAAGATTGGTTG-ACTTATTAACA-ATAAGTATTTT-CTGCAAAATTTTGTATGTA-C-AAGT-TCGATATCTT--T---TCCAT--CG------T-----TTGCACCCCAG-ACTTCA-GAGCAATAATTTAATACAGAAGAGACTAGTTTATCAAACATGTTACATTTTTC-------------T----T-TCGTTTT--AAATT-CGTATT---GATTA-AAAACCAAAAACAGACTGTACATAGA-TTTAGATGCA---TGTTCCGCTATA--CATTTATGT-GTCC-TAT-TCCAT-ACACCGTTT--T--T-GAAAACTGT-A-ACACCCAAG-TATTTAAACGA-CG--AC-ACTATTTCTAA--TC--TTCT--A-TTG--T--AT--AAGTAGAAGTCATGTGACACTTGC---ATG-CCACTTTTTTGAAATATCATAACTTTAGTTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAAAACAACATTA-T-AT-AAATTGTAAAAATTAGCGAATTGAGTTCAGT----AA-GAA---------GTTTTAC---CAAATATTTATAAGGGTACCACCACCCAAATTTTCCATA-GAGCGCATCTATATTGATTG-ATTTTCTAACACATAA-AATGTTACTACAAAATTTCGTGTGAA-T-AGTT-TC--TATGTTGGG---TCC-T--CA------TGGAAGT----CCCG-G-ACTTCG-CAAGCATAGTTTAAAGTGGAACAGACAAGAGAATCACATAAACTACATTTCTCTTGAAAGATATGGT----TATATTTTT--GAA-TACATTGTATAGCTTATAAAGTAAGA---CGA--GTGCATAGC---T-GA---A---TGT--CG-------------TGA-GTTC-T-TGACCAA-TTACCG--T--T--T-AAAAA-----A-AAACTTCAGATATCTAAATGA-TGT-AA-CC-ATTTCTAG--TT--T--C--ACTTAATT--ATTGAGTT-AAACTGTTG----G--TGTGGAATGTCTACCGTTTTCAAATACCGTTacttgtattgatttttaatttatacgtattacaataattttctatgtccttgagcattaattgtaatgatgacggagatgttgcaaataacact
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      acgattttgtcaatgttttatgatcttgaaaa--AAG-T-CGATTT---GATTA-AAAACTGAGAATAAATTATGCTTAGC-A---AACGTAGAATGTTTTGCGATT--TTTTTTTGGTGTTC-T-A-ATCAAACTGCCGTTT--T--TTAAGAA--GT-GCACGCCTAA-ATATTTGAAGGATTTT-AC--T-GTTTCTAA--TAAAG--C--G-TTG--TTGAT--ATT--AAAAT-------------T---A-GTCTTCTATTTTCAAATATCTTTATTTTTGTTTTttaactgattttgaaaaaaatcat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                          aatcttaatagacTAACGGTAATCTAAATATACATGTACTTAAATCAATTTTGAACTGATT-------------ATCTAGATATGATTC-AAGAGTAAATGAGTGT--AAA-CGACAGTAGG-TAATAAGACTTGACATGTTATTTATGTTACTGAACCAAGTTTGGTGGTATTGATCGG-TAAAT-ATTGTTTT-ATTGAATCAAATTGTGTATCGTAAGTA---------AGTT---AATTGTTTTTAATATTTGAT--AGTCCT-AG-GTAGTCAAGAATACTT--TTAATCCGATATGCCAAGTTAAGACCATTATAC-TGACATAGTTGTTTGTATCAT-TTTCAACATGGTATCAATTGTTT----TGACAACATAACTA-TTATCAAATTTTCAActttgtgttacttttaaacccccacatttgtccgtattgatacatacatcatttatcattgacttcaattcttcggtggaatacgcgaatatgcacgcatcatttgcaaaacatatgaataattttgtttcgtctaatgttaataccccatcaatgtatactatcaatgatgtcgtttgtaaattagagaaatagcagacttgaactcc

Unaligned ( gi|4 ): CCTTAGAGCCAACACGTGTATGAATAAGTTTTTGCCATAATAAAACCTTTATCTATATTGGCATAAGCACGTTCGTATTCCGAGAATGCACAATATATTTTCTTTTTTTCACAAAGTAATTTTATAATTAAGGAATGTAAATATAAATATTCAATTTGTTGTTGATTTTCCTTTTTGAAACCCGAATTGATTTTGATTTATTGTCTGGTATTTCCTTGACAAATTTGCTAAACGATTTAATGCAATTTGTGAATATTTTTTTCCTAATTATTCTTCGATAATTCTTCACATTTTAGCGGCTTCTCTTTTTAAAGATGGATGCTATATATATACATTACCCTCACCCCATTATTTCGGATATTCACCGTTTTCAAATAATTTATTAAACAATTTTAATAAAAATGGTTGTATAATATAGAGTGTGCTTTTGAAAATTTCAGCTATTAATTTGTCATAGCCAGGGACCTTATTATTATTCTGAGATTAAATTGCCTGTTTTAATTCTATGTCAGTGATTAGGACATCGAAATCGTCGTCATGACAACTCGGTATTTCCTGTTCCGGTTGTTGGCTTTGTTCTCCCTCGTACATAGACCTAAAATGCACATAGAAATATTTTACATTTAGTTCTCTGAGAGAGTTTCTGGTGAATTGTAATATTTCTTTACTTGCTTCCAAAACTGTTTAGGTTAATTTGTTTTTGCATTTTCTGAAATACGCTTATTCT
Unaligned ( gi|8 ): AAGAACACTCATAGTCTAAGAATGCACAATATACTTTCTTTTTTTTTTCACTTAGTAATTTTATGATTAGGGAATTATAAAAAAAATTTACAGTCTGTTGTTGATTTTCCTTTCTGAAACCCGAATTTATTTTGATTATTTTTGTTGACCATTTTGTTAAAAGATTCAATAAAATCTGCAAATATATTTTTCTAAATAAAACTATTTATAAGAGTTACGCCTCGATAATGTTTACGTTTTCGTGCCTTCCGTTTTAAAGATGGGTGCTGTGCATTTGACAATTCCAGCAATTATTTT
Unaligned ( gi|9 ): ATGACAATGATTTTGCAGTTATCTATACTTGTTCATGTTTCATTGTAAGCAAATGCGTTGCGCACGGGCCACATTTATATATCTTAAAGTTTCAATGAAATTATCGTGTGACGAAAATAAAAAAAAGAAGTTCATATACTTTTGCATGTTTGTACTCACTATACTATTCTAACTTACTGGTTATTAGTATTAGAATACCAACTTTGCTTATAAATATTGAGAATTCTCTGTAAAATAAGATTAATACTAAAATATTGACATGAAATTG
Unaligned ( gi|10 ): ACCATGTAATATCTTCCAGTCTCAATAGCAACAGCATGCGATGAAAGTCGAAATTAAGTTAGAGCAATTCTAAACTTTTTTTAAAAAAAATACAGTTACAATATTGTTCCAGTACATATATATGTTTGTATTTACTATAATGTTCTAAATCACTAGAGTTATTTGTTTTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAATATCGATAATTCACTGTATAATAAGTTTAATTTTATAAGTACCAGTACCAGTATCAAATTGGTTTTGCCAGATG
Unaligned ( gi|16 ): ACATGTTTGCCCATAGTGTTGTATATCATTTAACATTGAAATGCTTCGATGGAATACGCGAATAAGCACACATCTTCTAATGTCAATACCCCATTAATGTCAGAGTGTATACTATCGATGATGTCATTTGTAAATAAGAGAAACAGCAGACTTGAACTC
Unaligned ( gi|18 ): GCTATATTACTCTCACTCCACGGTTTCGGATATTAGCCGTTTTCAAATAATTTATTAAATAGTTTAAATAAAAAT

lowQualScore                  :                                11   11                 111        1    222                                                     222       1             1  1                     1                            1                        1111111                                                     2    1                         111             1                                                          1                           333333333    111                1   11                          11                                11                                         22222222                               3333333333333       1111           3333       2222222           222222                                                   1    11111111                                     111111         5555555555555555555555555                                                           7777777777777777777777     22222222222   111                     11        4444444444444444444444444444444              2222              2222222     22222222        1           333333333333         33333333333333333333333333333     22222222222   111                                    
lowQualScore                  :                                77   88                 777        5    111    1 4444        1 22 1   1                         555 0     2   88 6      5  5      1          22  5                  3         2                        8888888                      1     6     6      1           0    0    333    0    7        000  0          3                                3        0 6   3  22      3     3       1       1     222222222    111    1     1     0   11      8  8   1    77   1  11  1      1 1           1  4     33 1    4              8      3 44 0    3  33333333 1 6          6    9           9999999999999       7777   3  6    0000     1 4444444    9999   222222  11  1           8   8     1     1  1 6    1      3    44444444  3           1  1 666  3 6  9    1  555555   3 99  9999999999999999999999999     8    3            1   222  1    1      4444           7777777777777777777777     55555555555   111 1   6       1   1   33        6666666666666666666666666666666   1  99    8 1111   99      0  2222222     88888888        0        1  333333333333  0   8  33333333333333333333333333333     99999999999   444 0 5  1  1                    1     
lowQualScore                  :                                ..   ..                 ...        .    ...    . ....        . .. .   .                         ... .     .   .. .      .  .      .          ..  .                  .         .                        .......                      .     .     .      .           .    .    ...    .    .        ...  .          .                                .        . .   .  ..      .     .       .       .     .........    ...    .     .     .   ..      .  .   .    ..   .  ..  .      . .           .  .     .. .    .              .      . .. .    .  ........ . .          .    .           .............       ....   .  .    ....     . .......    ....   ......  ..  .           .   .     .     .  . .    .      .    ........  .           .  . ...  . .  .    .  ......   . ..  .........................     .    .            .   ...  .    .      ....           ......................     ...........   ... .   .       .   .   ..        ...............................   .  ..    . ....   ..      .  .......     ........        .        .  ............  .   .  .............................     ...........   ... . .  .  .                    .     
lowQualScore                  :                                55   55                 000        0    555    0 0000        0 00 0   0                         777 7     0   33 7      5  0      0          00  5                  7         0                        0000000                      5     7     3      4           4    0    444    8    8        888  6          2                                7        7 7   5  77      3     7       0       0     000000000    777    0     0     6   00      0  0   0    22   0  00  4      0 0           0  6     22 4    6              2      2 00 8    8  00000000 0 7          7    3           4444444444444       0000   2  0    2222     2 5555555    8888   000000  22  0           0   2     0     0  0 7    0      5    22222222  7           7  0 888  2 7  3    5  888888   5 22  6666666666666666666666666     0    2            4   444  4    0      6666           0000000000000000000000     22222222222   777 5   7       0   8   88        0000000000000000000000000000000   0  44    0 2222   44      8  4444444     88888888        6        4  888888888888  8   0  44444444444444444444444444444     22222222222   000 8 6  0  0                    0     
consensus                     :                     NAATTTGTTCAGGTAATTGGCCAGCTACAGAAGTANNGTTTTAAGACATTCATATCTGNGNNNNTCTCTGTANCNNGNGCANACTAACAGAAAGTGGTATTCATTTT--ACGATATTCGAANTAGCAAAATTATGCACACCNTGTCATTTCTNNGTATGTTGTTGCAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTC-TTGTACGATATCGAGATATGATTCTAAGAGTAAAANAGTGTTTAAATCGACAGTAAGATAATAAGCCTTGACGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCGTTGTTTT-ATTGAATCAAATTNTATATCANAAGTA---------AGTT---GATTNATCCANATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTNTCAAGAATANTT--TTTATCTGATANGCCCAGTTCAGNCCGTTATACGTGACGTCGTTATTTGCGTCATCTTTTAACATGGTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAAGTT------TCGAATCCAGT----AACGAATCATA-T-TATTTTTC---TTA-TGTTCGCAAGGG-AC-GTCGNCCNAATTCTCCATA-CAGGCCATCNAGATTNGTNG-ATCTNTTAACACATAAGAATTTT-CTGCAAAATTTAGTATGNA-T-AGTT-TCGATATATT--T---TCCAT--CG------T-----T----CCC--G-ACTTCA-GAACCGTAATTTAATACGGAANCGACTAGAGTATCAAACAGNTTACATTTTTC--GAAAG------T----T-TNTTTTT--AAA-T-CGTTTT---GATTA-AAAACAANAAATAGACTGTGCATAGC-TTT-GACGCA---TGTTCCGC-ATA--CGTTTTTGG-GTTC-T-T-NCCAG-TTACCGTTT--T--T-AAAAA--GT-A-ACACCTAAGATATTTAAACGATTGT-AC-AC-GTTTCTA-AT-N--T--C--A-TTG--T--AT--AGTNAAAAATCNTG----ACTTGT---ATGTCTNCCNTTTTCAAATATCATTACTTTNGTTTT
Reference ( family-404 )      :                     NAATTTGTTCAGGTAATTGGCCAGCTACAGAAGTANNGTTTTAAGACATTCATATCTGNGNNNNTCTCTGTANCNNGNGCANACTAACAGAAAGTGGTATTCATTTT--ACGATATTCGAANTAGCAAAATTATGCACACCNTGTCATTTCTNNGTATGTTGTTGCAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTC-TTGTACGATATCGAGATATGATTCTAAGAGTAAAANAGTGTTTAAATCGACAGTAAGATAATAAGCCTTGACGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCGTTGTTTT-ATTGAATCAAATTNTATATCANAAGTA---------AGTT---GATTNATCCANATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTNTCAAGAATANTT--TTTATCTGATANGCCCAGTTCAGNCCGTTATACGTGACGTCGTTATTTGCGTCATCTTTTAACATGGTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAAGTT------TCGAATCCAGT----AACGAATCATA-T-TATTTTTC---TTA-TGTTCGCAAGGG-AC-GTCGNCCNAATTCTCCATA-CAGGCCATCNAGATTNGTNG-ATCTNTTAACACATAAGAATTTT-CTGCAAAATTTAGTATGNA-T-AGTT-TCGATATATT--T---TCCAT--CG------T-----T----CCC--G-ACTTCA-GAACCGTAATTTAATACGGAANCGACTAGAGTATCAAACAGNTTACATTTTTC--GAA--------T----T-TNTTTTT--AAA-T-CGTTTT---GATTA-AAAACAANAAATAGACTGTGCATAGC-TTT-GACGCA---TGTTCCGC-ATA--CGTTTTTGG-GTTC-T-T-NCCAG-TTACCGTTT--T--T-AAAAA--GT-A-ACACCTAAGATATTTAAACGATTGT-AC-AC-GTTTCTA-AT-N--T--C--A-TTG--T--AT--AGTNAAAAATCNTG----ACTTGT---ATGTCTNCCNTTTTCAAATATCATTACTTTNGTTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAGTTATTTATATTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAACATCGA-GGATTCGCTGTATG-AT------ACGTTTAATATTAAAAGTACCAGTATCAAATT---GCTTTTGCCAGATGTA-GGT--CATCCTTAT-TTTATCAAATATAGTT--TTTATATTATAAGCTCAGTTCATTCCCCTATATGTAATGTTATTATCCACATCACGTTTTAGTA--ATTTAT-CTATATAAAATAA-AATAGGATTAGTTGT----TTTTATAAGTT------TT--ATCGAGTTTTTAGC--ATAATA----ATTTTTT---TTA-TGTAGACAAGGA-AT-ATCGACCAAGTTCCCCATA-CAGGCCATCAAGGTTTGTAGAATTTTTTTACGTTTAAAACTTTT-CTTAAAAATTTAAAATGAATT-AG-T-TCTATGTATT--TTGATTCATAATG------C-----C----CCC--GCACCTCA-GCACTGTAGTTTAATACTGAACCAACACGACGATCAAACAATTTACACTTATC--GAA--------TGATGT-GATTTAT--A--------TTT---GGTTA-AAAACAATAAATAAA--GCGCATAA------GATGAA---TGTTGTGC-A-AGTCGTTTTTGA-GTTCTT-T-CCCAG-TTTCCGTTT--TTGT-AGAAAT-GT-A---TTTTAAGATACTTAAACGATTGT-TCTAC-ATT--TA-AT-A--T--CGTA-TTG--T--AT--AATGTAAAATTATG----AGTTGT---GTAGTTGTCCTTTTCGAATATCATTATCTTTGTTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                             ctaCCTCATTCTACTTCTAAGTTATGTGATGATAGCCTGAAT---C---TACTTAGTGCAATTTTAAATTAATTTTC-TTGTACAATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTTTGTTTATATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGA-GAGTTATTTATAGTATTATACCATGATTGTTTATATTGATCAAGTAA-TCG-TGTTTTGAGTAATTCTAATATTATATCAattcgtatttcacactcacactcgttacagtatcgttcaagattatttaacatacattgtaatgcctgtggcgtttctacgaataagactgtgtcgtctgcaaaaatgagaataataagtttttaattcatttatagttaaataccatcaatatctattttgtatttatattatctaaaatgtcatttacgaaaaataagaacattaaactacagctcgggtcaccctgtttaactcccactttcgattctataaagtttgatttaagtacgctatacatagcttgcaaagccataactatttttgaaggtttaagagtttctgccataggtataggcgatcgattttatcgaaacattttcgtattcacaaacgcactataaagtttttatttaggaattaaatgcttttgttatcatggactgtataataaagatacaatcaatagttgattttcccttttggaagctgaactgatttggtattatttcatcaattttatggtccatctggttaacctgtttaataaaatttgaaaacaaagttttccttatatatttatccttatatatgcccctgtattttcttttgcattttcagtgtcaccgcctttaaatattgaaacaataataccctctctcatcaggttttagtgtactcgctggttctaaatagtttattgaaaagttttaatagaaaagttgaactttcttcaaaagagtgtttaaatacttctgacatcaataatttattaataatgtctggcacattcactgttaaaaccgcggttgacttaatccttataattatgtaaaacatcataatcatgtcgttctacacaattacggcttgtttatttgtttgcttggtgttct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                     ttgtatatcacTCTATAT---C---TACTTAAAGCACTTTTGAATTTCTTTTC-ATGTATGGTATCGAGATAGGATTC-AAGAGTACACGAGTGTTTAAAACGACAGTA-TATACTAAGCCTTGTCGAGTTATTTATGTTACGGTACCAAGTTGGTGT-TATTGGTCAA-TACTTCTTTGTTTT-ATTGAATTAAATTGTATATCAAAAGTA---------AGTT---GATTGATgtatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTCCCTATAACAG-CCAGTCAGATTATTTG-ACCTCTTAACAAGTAAAA---------CCAAATTCAGT--GAG-T-AGTAATCAATATATT--T---TCCAT--CGGGTGAAC-----C----CCA--A-ACTTCAAGAACCGTAATTTAGTACAGAAGCCACTAGAGTGTCAAAT-GGTTAGAGTTTTC--AAAAG------T----T-GGTTATT--CAA------CTT---GCTTA-AAATCAATAAATAaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TT---GGTTCATCCACATGTTTGCT--AAACCT-AGTGTCTCCAA---CATTCACTTTATCTGAAAAGCCGAATTCTCTTTGTTATAATTAATGCCATTATTTGCGTCCTCTTTTAA-ATTG-AAATGCT-------------ACAGAATTA-TTGTCAGCTTTTAAAAGTT------TT--ACCCAAT----AACGAAACATA-
gi|15                         : attgttaaacacataataatcAATTTGTTCA--TAATTGGCCAGCTACAGAAATACT-TTTTAAGACATTCATATCTGGGTTTTTTTCTGTAATAAGTGCAAACTAACAAAAAATGGTATTCATTTT---CAATATTCGGAG-AGC
gi|17                         :                                                            ttgtgagatgaatatatttcaataatctttttaaaatagatgtttggcttgcacataactgtgatttg--ACGACATT--AAATAGCAAAATTAT-CACATTATGTTATTTCTTTGT-TATTGTTGCAGCGATCGCCGTCTATTTC-AAATTGTGAGACGATAATCGAAAT---C---TATTTTAAGCAATTTTG-ATTTGTTTTC-TTGAATGATta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTAGTCG-ATCTCTTACCACATAACACGTTC-CTGCAAAAGTTAGTATGTA-TAAGTT-TCGCTATCTT--T---TACAT--ttgttgatat
gi|2                          :                      AATTTGTTTAGGTAA--GGCCAGCTACAGAAGTAAGGTTTTAAAA-ATTT---TCTACGAAGATCTCTGTATCTTGGGCATACTAACAGAAAGTGATATTCATTTTCGACAATATTTGAACTA-CAAAAT-ATGCATACCCTGTCATTTCTAGGTATGTTGTTATAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTCTTTTTATTGTATGGTATCGAGATATGATTC-AAGAGTAAAAAAATGTTTAAAACGACAGTATG-TACTAAGCCTTGATGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGGTGGTATTGGTCAA-TAATTCTTTGTTTT-ATTGAATCAAATTGTATATCATAAGTA---------AGTT---GATTTATCCAAATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTGTCAAGAATACTT--TTAATCTGATAGGCCCAGTTCAGGTCATTGTACGTTACATTGTTGTTTGCGTCATTTTTTGACATGGTATACACTCTTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAA--T------ACGAATCCAAT----AACAAATCATA-TGTATTTGCC---TCACTGTTCTCAATGG-AA-GTCGCCCTAATTATCCATA-TAGACCGTCTATGTTTGTAG-ATCGATAAACA-ATAAGAATTTTGCGACAAAATTTAGTATGGA-T-TGTT-TCTATATATT--T---CCCTT--CG------T-----T----TTT--G--CCTCA-GAACGGTAATTAAGTATGGATACAACTAGAGTGTCCAAAAGTTTACATTTTTC-------------T----C-TTTTTTTTAAAA-T-CATTTT---GATTG-AATATAGAAAAAAGACTGTACATGGCTTTT-GACGCA---TGTTCGGCAATA--CATTTTTGG-GTTC-TGT-GCCAG-TTACCATTTAAA--A-AAAAA--ATAA-ACACCTAAG-TATTTCAATGA-TGTAAC-AC--TTTCGAGACGT--T--C--A-TTA--T--AC--AGAAAAAAATCCTG----ACTTGT---ATGTCTTCCCTTTTCAAATAGCATTACTTAAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                              aAATTTATTTTC-TTGTAAGATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTGTGTTTAAATCGACAATAAG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aAATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGG-GAGTTATTTATAGTACTATACCATGATTGTTTATATTGATCAA-GTATACGT-GTTTTGAGTAATTCTAATATTATATCAGTATTA---------TGTTCTTGGTTGACCCATAAATT--ATTCAGCTCT-AG-GGTTTCCAGGATAATT--TTTATTTGAGATGCCCAGTTAAGACCATTATAACTGATGTTGTTATTTGCGTCATCCTTTAGCATATTATATACTAGTT----TTACAGTAGAGTTA-CTATTTAATTTTATAA--T------TCGTATCCAGT----AACGAATCATATT-TATTTTTCTGATTA-TGTTTGT--GGT-AC--TCTAGCTAATTCTCTATA-CAGGCCTTTAAGATTGGTTG-ACTTATTAACA-ATAAGTATTTT-CTGCAAAATTTTGTATGTA-C-AAGT-TCGATATCTT--T---TCCAT--CG------T-----TTGCACCCCAG-ACTTCA-GAGCAATAATTTAATACAGAAGAGACTAGTTTATCAAACATGTTACATTTTTC-------------T----T-TCGTTTT--AAATT-CGTATT---GATTA-AAAACCAAAAACAGACTGTACATAGA-TTTAGATGCA---TGTTCCGCTATA--CATTTATGT-GTCC-TAT-TCCAT-ACACCGTTT--T--T-GAAAACTGT-A-ACACCCAAG-TATTTAAACGA-CG--AC-ACTATTTCTA-AT-C--TTCT--A-TTG--T--AT--AAGTAGAAGTCATGTGACACTTGC---ATG-CCACTTTTTTGAAATATCATAACTTTAGTTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAAAACAACATTA-T-AT-AAATTGTAAAAATTAGCGAATTGAGTTCAGT----AA-GAA---------GTTTTAC---CAAATATTTATAAGGGTACCACCACCCAAATTTTCCATA-GAGCGCATCTATATTGATTG-ATTTTCTAACACATAA-AATGTTACTACAAAATTTCGTGTGAA-T-AGTT-TC--TATGTTGGG---TCC-T--CA------TGGAAGT----CCCG-G-ACTTCG-CAAGCATAGTTTAAAGTGGAACAGACAAGAGAATCACATAAACTACATTTCTCTTGAAAGATATGGT----TATATTTTT--GAA-TACATTGTATAGCTTATAAAGTAAGA---CGA--GTGCATAGC---T-GA---A---TGT--CG-------------TGA-GTTC-T-TGACCAA-TTACCG--T--T--T-AAAAA-----A-AAACTTCAGATATCTAAATGA-TGT-AA-CC-ATTTCTA-GT-T--T--C--ACTTAATT--ATTGAGTT-AAACTGTTG----G--TGTGGAATGTCTACCGTTTTCAAATACCGTTacttgtattgatttttaatttatacgtattacaataattttctatgtccttgagcattaattgtaatgatgacggagatgttgcaaataacact
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      acgattttgtcaatgttttatgatcttgaaaa--AAG-T-CGATTT---GATTA-AAAACTGAGAATAAATTATGCTTAGC-A---AACGTAGAATGTTTTGCGATT--TTTTTTTGGTGTTC-T-A-ATCAAACTGCCGTTT--T--TTAAGAA--GT-GCACGCCTAA-ATATTTGAAGGATTTT-AC--T-GTTTCTA-AT-AAAG--C--G-TTG--TTGAT--ATT--AAAAT-------------T---A-GTCTTCTATTTTCAAATATCTTTATTTTTGTTTTttaactgattttgaaaaaaatcat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                          aatcttaatagacTAACGGTAATCTAAATATACATGTACTTAAATCAATTTTGAACTGATT-------------ATCTAGATATGATTC-AAGAGTAAATGAGTGT--AAA-CGACAGTAGG-TAATAAGACTTGACATGTTATTTATGTTACTGAACCAAGTTTGGTGGTATTGATCGG-TAAAT-ATTGTTTT-ATTGAATCAAATTGTGTATCGTAAGTA---------AGTT---AATTGTTTTTAATATTTGAT--AGTCCT-AG-GTAGTCAAGAATACTT--TTAATCCGATATGCCAAGTTAAGACCATTATAC-TGACATAGTTGTTTGTATCAT-TTTCAACATGGTATCAATTGTTT----TGACAACATAACTA-TTATCAAATTTTCAActttgtgttacttttaaacccccacatttgtccgtattgatacatacatcatttatcattgacttcaattcttcggtggaatacgcgaatatgcacgcatcatttgcaaaacatatgaataattttgtttcgtctaatgttaataccccatcaatgtatactatcaatgatgtcgtttgtaaattagagaaatagcagacttgaactcc

Unaligned ( gi|4 ): CCTTAGAGCCAACACGTGTATGAATAAGTTTTTGCCATAATAAAACCTTTATCTATATTGGCATAAGCACGTTCGTATTCCGAGAATGCACAATATATTTTCTTTTTTTCACAAAGTAATTTTATAATTAAGGAATGTAAATATAAATATTCAATTTGTTGTTGATTTTCCTTTTTGAAACCCGAATTGATTTTGATTTATTGTCTGGTATTTCCTTGACAAATTTGCTAAACGATTTAATGCAATTTGTGAATATTTTTTTCCTAATTATTCTTCGATAATTCTTCACATTTTAGCGGCTTCTCTTTTTAAAGATGGATGCTATATATATACATTACCCTCACCCCATTATTTCGGATATTCACCGTTTTCAAATAATTTATTAAACAATTTTAATAAAAATGGTTGTATAATATAGAGTGTGCTTTTGAAAATTTCAGCTATTAATTTGTCATAGCCAGGGACCTTATTATTATTCTGAGATTAAATTGCCTGTTTTAATTCTATGTCAGTGATTAGGACATCGAAATCGTCGTCATGACAACTCGGTATTTCCTGTTCCGGTTGTTGGCTTTGTTCTCCCTCGTACATAGACCTAAAATGCACATAGAAATATTTTACATTTAGTTCTCTGAGAGAGTTTCTGGTGAATTGTAATATTTCTTTACTTGCTTCCAAAACTGTTTAGGTTAATTTGTTTTTGCATTTTCTGAAATACGCTTATTCT
Unaligned ( gi|8 ): AAGAACACTCATAGTCTAAGAATGCACAATATACTTTCTTTTTTTTTTCACTTAGTAATTTTATGATTAGGGAATTATAAAAAAAATTTACAGTCTGTTGTTGATTTTCCTTTCTGAAACCCGAATTTATTTTGATTATTTTTGTTGACCATTTTGTTAAAAGATTCAATAAAATCTGCAAATATATTTTTCTAAATAAAACTATTTATAAGAGTTACGCCTCGATAATGTTTACGTTTTCGTGCCTTCCGTTTTAAAGATGGGTGCTGTGCATTTGACAATTCCAGCAATTATTTT
Unaligned ( gi|9 ): ATGACAATGATTTTGCAGTTATCTATACTTGTTCATGTTTCATTGTAAGCAAATGCGTTGCGCACGGGCCACATTTATATATCTTAAAGTTTCAATGAAATTATCGTGTGACGAAAATAAAAAAAAGAAGTTCATATACTTTTGCATGTTTGTACTCACTATACTATTCTAACTTACTGGTTATTAGTATTAGAATACCAACTTTGCTTATAAATATTGAGAATTCTCTGTAAAATAAGATTAATACTAAAATATTGACATGAAATTG
Unaligned ( gi|10 ): ACCATGTAATATCTTCCAGTCTCAATAGCAACAGCATGCGATGAAAGTCGAAATTAAGTTAGAGCAATTCTAAACTTTTTTTAAAAAAAATACAGTTACAATATTGTTCCAGTACATATATATGTTTGTATTTACTATAATGTTCTAAATCACTAGAGTTATTTGTTTTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAATATCGATAATTCACTGTATAATAAGTTTAATTTTATAAGTACCAGTACCAGTATCAAATTGGTTTTGCCAGATG
Unaligned ( gi|16 ): ACATGTTTGCCCATAGTGTTGTATATCATTTAACATTGAAATGCTTCGATGGAATACGCGAATAAGCACACATCTTCTAATGTCAATACCCCATTAATGTCAGAGTGTATACTATCGATGATGTCATTTGTAAATAAGAGAAACAGCAGACTTGAACTC
Unaligned ( gi|18 ): GCTATATTACTCTCACTCCACGGTTTCGGATATTAGCCGTTTTCAAATAATTTATTAAATAGTTTAAATAAAAAT

lowQualScore                  :                                11   11                 111        1    222                                                     222       1             1  1                     1                            1                        1111111                                                     2    1                         111             1                                                          1                           333333333    111                1   11                          11                                11                                         22222222                               3333333333333       1111           3333       2222222           222222                                                   1    11111111                                     111111         5555555555555555555555555                                                           5555555555555555555         222222   111                     11        4444444444444444444444444444444              2222              2222222     22222222        1           333333333333         33333333333333333333333333333     22222222222   111                                    
lowQualScore                  :                                77   88                 777        5    111    1 4444        1 22 1   1                         555 0     2   88 6      5  5      1          22  5                  3         2                        8888888                      1     6     6      1           0    0    333    0    7        000  0          3                                3        0 6   3  22      3     3       1       1     222222222    111    1     1     0   11      8  8   1    77   1  11  1      1 1           1  4     33 1    4              8      3 44 0    3  33333333 1 6          6    9           9999999999999       7777   3  6    0000     1 4444444    9999   222222  11  1           8   8     1     1  1 6    1      3    44444444  3           1  1 666  3 6  9    1  555555   3 99  9999999999999999999999999     8    3            1   222  1    1      4444           4444444444444444444    99   666666   111 1   6       1   1   33        6666666666666666666666666666666   1  99    8 1111   99      0  2222222     88888888        0        1  333333333333  0   8  33333333333333333333333333333     99999999999   444 0 5  1  1                    1     
lowQualScore                  :                                ..   ..                 ...        .    ...    . ....        . .. .   .                         ... .     .   .. .      .  .      .          ..  .                  .         .                        .......                      .     .     .      .           .    .    ...    .    .        ...  .          .                                .        . .   .  ..      .     .       .       .     .........    ...    .     .     .   ..      .  .   .    ..   .  ..  .      . .           .  .     .. .    .              .      . .. .    .  ........ . .          .    .           .............       ....   .  .    ....     . .......    ....   ......  ..  .           .   .     .     .  . .    .      .    ........  .           .  . ...  . .  .    .  ......   . ..  .........................     .    .            .   ...  .    .      ....           ...................    ..   ......   ... .   .       .   .   ..        ...............................   .  ..    . ....   ..      .  .......     ........        .        .  ............  .   .  .............................     ...........   ... . .  .  .                    .     
lowQualScore                  :                                55   55                 000        0    555    0 0000        0 00 0   0                         777 7     0   33 7      5  0      0          00  5                  7         0                        0000000                      5     7     3      4           4    0    444    8    8        888  6          2                                7        7 7   5  77      3     7       0       0     000000000    777    0     0     6   00      0  0   0    22   0  00  4      0 0           0  6     22 4    6              2      2 00 8    8  00000000 0 7          7    3           4444444444444       0000   2  0    2222     2 5555555    8888   000000  22  0           0   2     0     0  0 7    0      5    22222222  7           7  0 888  2 7  3    5  888888   5 22  6666666666666666666666666     0    2            4   444  4    0      6666           6666666666666666666    22   000000   777 5   7       0   8   88        0000000000000000000000000000000   0  44    0 2222   44      8  4444444     88888888        6        4  888888888888  8   0  44444444444444444444444444444     22222222222   000 8 6  0  0                    0     
consensus                     :                     NAATTTGTTCAGGTAATTGGCCAGCTACAGAAGTANNGTTTTAAGACATTCATATCTGNGNNNNTCTCTGTANCNNGNGCANACTAACAGAAAGTGGTATTCATTTT--ACGATATTCGAANTAGCAAAATTATGCACACCNTGTCATTTCTNNGTATGTTGTTGCAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTC-TTGTACGATATCGAGATATGATTCTAAGAGTAAAANAGTGTTTAAATCGACAGTAAGATAATAAGCCTTGACGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCGTTGTTTT-ATTGAATCAAATTNTATATCANAAGTA---------AGTT---GATTNATCCANATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTNTCAAGAATANTT--TTTATCTGATANGCCCAGTTCAGNCCGTTATACGTGACGTCGTTATTTGCGTCATCTTTTAACATGGTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAAGTT------TCGAATCCAGT----AACGAATCATA-T-TATTTTTC---TTA-TGTTCGCAAGGG-AC-GTCGNCCNAATTCTCCATA-CAGGCCATCNAGATTNGTNG-ATCTNTTAACACATAAGAATTTT-CTGCAAAATTTAGTATGNA-T-AGTT-TCGATATATT--T---TCCAT--CG------T-----T----CCC--G-ACTTCA-GAACCGTAATTTAATACGGAANCGACTAGAGTATCAAACAGNTTACATTTTTC--GAAA------GTT-TNTTTTT--AAA-T-CGTTTT---GATTA-AAAACAANAAATAGACTGTGCATAGC-TTT-GACGCA---TGTTCCGC-ATA--CGTTTTTGG-GTTC-T-T-NCCAG-TTACCGTTT--T--T-AAAAA--GT-A-ACACCTAAGATATTTAAACGATTGT-AC-AC-GTTTCTA-AT-N--T--C--A-TTG--T--AT--AGTNAAAAATCNTG----ACTTGT---ATGTCTNCCNTTTTCAAATATCATTACTTTNGTTTT
Reference ( family-404 )      :                     NAATTTGTTCAGGTAATTGGCCAGCTACAGAAGTANNGTTTTAAGACATTCATATCTGNGNNNNTCTCTGTANCNNGNGCANACTAACAGAAAGTGGTATTCATTTT--ACGATATTCGAANTAGCAAAATTATGCACACCNTGTCATTTCTNNGTATGTTGTTGCAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTATTTTC-TTGTACGATATCGAGATATGATTCTAAGAGTAAAANAGTGTTTAAATCGACAGTAAGATAATAAGCCTTGACGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGTTTGTATTGATCGA-TAATTCGTTGTTTT-ATTGAATCAAATTNTATATCANAAGTA---------AGTT---GATTNATCCANATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTNTCAAGAATANTT--TTTATCTGATANGCCCAGTTCAGNCCGTTATACGTGACGTCGTTATTTGCGTCATCTTTTAACATGGTATATACTATTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAAGTT------TCGAATCCAGT----AACGAATCATA-T-TATTTTTC---TTA-TGTTCGCAAGGG-AC-GTCGNCCNAATTCTCCATA-CAGGCCATCNAGATTNGTNG-ATCTNTTAACACATAAGAATTTT-CTGCAAAATTTAGTATGNA-T-AGTT-TCGATATATT--T---TCCAT--CG------T-----T----CCC--G-ACTTCA-GAACCGTAATTTAATACGGAANCGACTAGAGTATCAAACAGNTTACATTTTTC--GAAA------GTT-TNTTTTT--AAA-T-CGTTTT---GATTA-AAAACAANAAATAGACTGTGCATAGC-TTT-GACGCA---TGTTCCGC-ATA--CGTTTTTGG-GTTC-T-T-NCCAG-TTACCGTTT--T--T-AAAAA--GT-A-ACACCTAAGATATTTAAACGATTGT-AC-AC-GTTTCTA-AT-N--T--C--A-TTG--T--AT--AGTNAAAAATCNTG----ACTTGT---ATGTCTNCCNTTTTCAAATATCATTACTTTNGTTTT
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAGTTATTTATATTAGAATACCAACTTTGTTTGTAAACATCGA-GGATTCGCTGTATG-AT------ACGTTTAATATTAAAAGTACCAGTATCAAATT---GCTTTTGCCAGATGTA-GGT--CATCCTTAT-TTTATCAAATATAGTT--TTTATATTATAAGCTCAGTTCATTCCCCTATATGTAATGTTATTATCCACATCACGTTTTAGTA--ATTTAT-CTATATAAAATAA-AATAGGATTAGTTGT----TTTTATAAGTT------TT--ATCGAGTTTTTAGC--ATAATA----ATTTTTT---TTA-TGTAGACAAGGA-AT-ATCGACCAAGTTCCCCATA-CAGGCCATCAAGGTTTGTAGAATTTTTTTACGTTTAAAACTTTT-CTTAAAAATTTAAAATGAATT-AG-T-TCTATGTATT--TTGATTCATAATG------C-----C----CCC--GCACCTCA-GCACTGTAGTTTAATACTGAACCAACACGACGATCAAACAATTTACACTTATC--GAAT------GAT-GTGATTT--ATA------TTT---GGTTA-AAAACAATAAATAAA--GCGCATAA------GATGAA---TGTTGTGC-A-AGTCGTTTTTGA-GTTCTT-T-CCCAG-TTTCCGTTT--TTGT-AGAAAT-GT-A---TTTTAAGATACTTAAACGATTGT-TCTAC-ATT--TA-AT-A--T--CGTA-TTG--T--AT--AATGTAAAATTATG----AGTTGT---GTAGTTGTCCTTTTCGAATATCATTATCTTTGTTTT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                             ctaCCTCATTCTACTTCTAAGTTATGTGATGATAGCCTGAAT---C---TACTTAGTGCAATTTTAAATTAATTTTC-TTGTACAATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTTTGTTTATATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGA-GAGTTATTTATAGTATTATACCATGATTGTTTATATTGATCAAGTAA-TCG-TGTTTTGAGTAATTCTAATATTATATCAattcgtatttcacactcacactcgttacagtatcgttcaagattatttaacatacattgtaatgcctgtggcgtttctacgaataagactgtgtcgtctgcaaaaatgagaataataagtttttaattcatttatagttaaataccatcaatatctattttgtatttatattatctaaaatgtcatttacgaaaaataagaacattaaactacagctcgggtcaccctgtttaactcccactttcgattctataaagtttgatttaagtacgctatacatagcttgcaaagccataactatttttgaaggtttaagagtttctgccataggtataggcgatcgattttatcgaaacattttcgtattcacaaacgcactataaagtttttatttaggaattaaatgcttttgttatcatggactgtataataaagatacaatcaatagttgattttcccttttggaagctgaactgatttggtattatttcatcaattttatggtccatctggttaacctgtttaataaaatttgaaaacaaagttttccttatatatttatccttatatatgcccctgtattttcttttgcattttcagtgtcaccgcctttaaatattgaaacaataataccctctctcatcaggttttagtgtactcgctggttctaaatagtttattgaaaagttttaatagaaaagttgaactttcttcaaaagagtgtttaaatacttctgacatcaataatttattaataatgtctggcacattcactgttaaaaccgcggttgacttaatccttataattatgtaaaacatcataatcatgtcgttctacacaattacggcttgtttatttgtttgcttggtgttct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                     ttgtatatcacTCTATAT---C---TACTTAAAGCACTTTTGAATTTCTTTTC-ATGTATGGTATCGAGATAGGATTC-AAGAGTACACGAGTGTTTAAAACGACAGTA-TATACTAAGCCTTGTCGAGTTATTTATGTTACGGTACCAAGTTGGTGT-TATTGGTCAA-TACTTCTTTGTTTT-ATTGAATTAAATTGTATATCAAAAGTA---------AGTT---GATTGATgtatt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTCCCTATAACAG-CCAGTCAGATTATTTG-ACCTCTTAACAAGTAAAA---------CCAAATTCAGT--GAG-T-AGTAATCAATATATT--T---TCCAT--CGGGTGAAC-----C----CCA--A-ACTTCAAGAACCGTAATTTAGTACAGAAGCCACTAGAGTGTCAAAT-GGTTAGAGTTTTC--AAAA------GTT-GGTTATT--CAA------CTT---GCTTA-AAATCAATAAATAaa
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TT---GGTTCATCCACATGTTTGCT--AAACCT-AGTGTCTCCAA---CATTCACTTTATCTGAAAAGCCGAATTCTCTTTGTTATAATTAATGCCATTATTTGCGTCCTCTTTTAA-ATTG-AAATGCT-------------ACAGAATTA-TTGTCAGCTTTTAAAAGTT------TT--ACCCAAT----AACGAAACATA-
gi|15                         : attgttaaacacataataatcAATTTGTTCA--TAATTGGCCAGCTACAGAAATACT-TTTTAAGACATTCATATCTGGGTTTTTTTCTGTAATAAGTGCAAACTAACAAAAAATGGTATTCATTTT---CAATATTCGGAG-AGC
gi|17                         :                                                            ttgtgagatgaatatatttcaataatctttttaaaatagatgtttggcttgcacataactgtgatttg--ACGACATT--AAATAGCAAAATTAT-CACATTATGTTATTTCTTTGT-TATTGTTGCAGCGATCGCCGTCTATTTC-AAATTGTGAGACGATAATCGAAAT---C---TATTTTAAGCAATTTTG-ATTTGTTTTC-TTGAATGATta
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                AGATTAGTCG-ATCTCTTACCACATAACACGTTC-CTGCAAAAGTTAGTATGTA-TAAGTT-TCGCTATCTT--T---TACAT--ttgttgatat
gi|2                          :                      AATTTGTTTAGGTAA--GGCCAGCTACAGAAGTAAGGTTTTAAAA-ATTT---TCTACGAAGATCTCTGTATCTTGGGCATACTAACAGAAAGTGATATTCATTTTCGACAATATTTGAACTA-CAAAAT-ATGCATACCCTGTCATTTCTAGGTATGTTGTTATAGCGACCGCGTTCTATTTCCAAATTATGTGACGATAATCTAAAT---C---TACTTAAAGCAATTTTGAATTTCTTTTTATTGTATGGTATCGAGATATGATTC-AAGAGTAAAAAAATGTTTAAAACGACAGTATG-TACTAAGCCTTGATGAGTTATTTATGTTACTGTACCAAGTTTGGTGGTATTGGTCAA-TAATTCTTTGTTTT-ATTGAATCAAATTGTATATCATAAGTA---------AGTT---GATTTATCCAAATATTTGAT--AATCCT-AG-GTTGTCAAGAATACTT--TTAATCTGATAGGCCCAGTTCAGGTCATTGTACGTTACATTGTTGTTTGCGTCATTTTTTGACATGGTATACACTCTTT----TGACAACAGAATTA-TTATCAAATTTTAAAA--T------ACGAATCCAAT----AACAAATCATA-TGTATTTGCC---TCACTGTTCTCAATGG-AA-GTCGCCCTAATTATCCATA-TAGACCGTCTATGTTTGTAG-ATCGATAAACA-ATAAGAATTTTGCGACAAAATTTAGTATGGA-T-TGTT-TCTATATATT--T---CCCTT--CG------T-----T----TTT--G--CCTCA-GAACGGTAATTAAGTATGGATACAACTAGAGTGTCCAAAAGTTTACATTTTTC-------------TC-TTTTTTTTAAAA-T-CATTTT---GATTG-AATATAGAAAAAAGACTGTACATGGCTTTT-GACGCA---TGTTCGGCAATA--CATTTTTGG-GTTC-TGT-GCCAG-TTACCATTTAAA--A-AAAAA--ATAA-ACACCTAAG-TATTTCAATGA-TGTAAC-AC--TTTCGAGACGT--T--C--A-TTA--T--AC--AGAAAAAAATCCTG----ACTTGT---ATGTCTTCCCTTTTCAAATAGCATTACTTAAGTTTT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                              aAATTTATTTTC-TTGTAAGATATCAAGATATGGTTCTAAGA-TAAAATTGTGTTTAAATCGACAATAAG
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aAATCGACAATAAGATAATAGTCTTTGG-GAGTTATTTATAGTACTATACCATGATTGTTTATATTGATCAA-GTATACGT-GTTTTGAGTAATTCTAATATTATATCAGTATTA---------TGTTCTTGGTTGACCCATAAATT--ATTCAGCTCT-AG-GGTTTCCAGGATAATT--TTTATTTGAGATGCCCAGTTAAGACCATTATAACTGATGTTGTTATTTGCGTCATCCTTTAGCATATTATATACTAGTT----TTACAGTAGAGTTA-CTATTTAATTTTATAA--T------TCGTATCCAGT----AACGAATCATATT-TATTTTTCTGATTA-TGTTTGT--GGT-AC--TCTAGCTAATTCTCTATA-CAGGCCTTTAAGATTGGTTG-ACTTATTAACA-ATAAGTATTTT-CTGCAAAATTTTGTATGTA-C-AAGT-TCGATATCTT--T---TCCAT--CG------T-----TTGCACCCCAG-ACTTCA-GAGCAATAATTTAATACAGAAGAGACTAGTTTATCAAACATGTTACATTTTTC-------------TT-TCGTTTT--AAATT-CGTATT---GATTA-AAAACCAAAAACAGACTGTACATAGA-TTTAGATGCA---TGTTCCGCTATA--CATTTATGT-GTCC-TAT-TCCAT-ACACCGTTT--T--T-GAAAACTGT-A-ACACCCAAG-TATTTAAACGA-CG--AC-ACTATTTCTA-AT-C--TTCT--A-TTG--T--AT--AAGTAGAAGTCATGTGACACTTGC---ATG-CCACTTTTTTGAAATATCATAACTTTAGTTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GAAAACAACATTA-T-AT-AAATTGTAAAAATTAGCGAATTGAGTTCAGT----AA-GAA---------GTTTTAC---CAAATATTTATAAGGGTACCACCACCCAAATTTTCCATA-GAGCGCATCTATATTGATTG-ATTTTCTAACACATAA-AATGTTACTACAAAATTTCGTGTGAA-T-AGTT-TC--TATGTTGGG---TCC-T--CA------TGGAAGT----CCCG-G-ACTTCG-CAAGCATAGTTTAAAGTGGAACAGACAAGAGAATCACATAAACTACATTTCTCTTGAAAGATATGGTTATATTTTT--GAA-TACATTGTATAGCTTATAAAGTAAGA---CGA--GTGCATAGC---T-GA---A---TGT--CG-------------TGA-GTTC-T-TGACCAA-TTACCG--T--T--T-AAAAA-----A-AAACTTCAGATATCTAAATGA-TGT-AA-CC-ATTTCTA-GT-T--T--C--ACTTAATT--ATTGAGTT-AAACTGTTG----G--TGTGGAATGTCTACCGTTTTCAAATACCGTTacttgtattgatttttaatttatacgtattacaataattttctatgtccttgagcattaattgtaatgatgacggagatgttgcaaataacact
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  acgattttgtcaatgttttatgatcttgaaaa--AAG-T-CGATTT---GATTA-AAAACTGAGAATAAATTATGCTTAGC-A---AACGTAGAATGTTTTGCGATT--TTTTTTTGGTGTTC-T-A-ATCAAACTGCCGTTT--T--TTAAGAA--GT-GCACGCCTAA-ATATTTGAAGGATTTT-AC--T-GTTTCTA-AT-AAAG--C--G-TTG--TTGAT--ATT--AAAAT-------------T---A-GTCTTCTATTTTCAAATATCTTTATTTTTGTTTTttaactgattttgaaaaaaatcat
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                          aatcttaatagacTAACGGTAATCTAAATATACATGTACTTAAATCAATTTTGAACTGATT-------------ATCTAGATATGATTC-AAGAGTAAATGAGTGT--AAA-CGACAGTAGG-TAATAAGACTTGACATGTTATTTATGTTACTGAACCAAGTTTGGTGGTATTGATCGG-TAAAT-ATTGTTTT-ATTGAATCAAATTGTGTATCGTAAGTA---------AGTT---AATTGTTTTTAATATTTGAT--AGTCCT-AG-GTAGTCAAGAATACTT--TTAATCCGATATGCCAAGTTAAGACCATTATAC-TGACATAGTTGTTTGTATCAT-TTTCAACATGGTATCAATTGTTT----TGACAACATAACTA-TTATCAAATTTTCAActttgtgttacttttaaacccccacatttgtccgtattgatacatacatcatttatcattgacttcaattcttcggtggaatacgcgaatatgcacgcatcatttgcaaaacatatgaataattttgtttcgtctaatgttaataccccatcaatgtatactatcaatgatgtcgtttgtaaattagagaaatagcagacttgaactcc