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gi|15                         :  aAAAAAAGTTCTGTGTTTCAGG-CAACCCGACCCTACCTGGCAAAAATAC-CCGACCCTGG--ACTT-T-TTTTTTAC-GATTTTCCGAATTTTTGGTTTGTTCCGCGCTATCGGAGAATTCTATTTGAGAAGCCCAATA
gi|1                          :   aAAAAAGTTCTGTGTTTCAAG-CAACCCGACCCTACCTGGCAAAAATAC-CCGACCCTAG--AC-T-TATTTTTTAC-GAGTTTCCAAATTTTT-GTTTGTTCCGCGCTACCAGAGAATTATATTTGAGAAGCCCAGTAAAACATT--AAAA--AA---T----CGTATTTCCCAACAGTCAGCATATCTTGT--------------------ATACGTTAATCCATTTAA-TTC-----ACACTA-GTC-GCAAT-AT----------ATAATTGTCAAAAAAACAACTAATCA---------GTG-------------------TCCAGCTGTGA-GATAATCCAATGGCGATGGAGTAAA----------------------ACAACCGATA------TATC------GTAAA---------GATA----AA--CTCCGCCCTTATCAGTAGTAAGCCAGTCAGATTTAACATGGTATCAGAAATACCC----GTGAT---C-AAA-AATT---GCTTTTTT--T---ATT------ATA-ACTTT-TTGGTCTGCTTT-CGGATAAAGAAGCAAGTGAATCTTCAAAGTTTGTCTCACAAAACCGAAAACAAATCTC-AACATTAATTTCAAAAAT--TTCAAAACTATTCGCTGTGGTT--ACAAA-TTTTCGG--CA----T----TTTTT-ACATTTTGCTT--TCATA----------GTTTACA--CGAGATTTTAAC-TTTTTAACAGAAAAAGAAGAATGTG--ATA-TAGGTTTG--AACCCTTGACAA-TTCTGCAGGTC-TGTTTATTTTCATATTTTAAACTGACAAAACGGGTTTTTTT-TGTAGGTC-AAAATAAGCGATGTGTTAATGTCATGTGTTTTCGCGATTTTTAAAAAGTACGT-TTTCTCAA-AGTTAATGG--ATTGAAATGTAT-A--CCTTGTGAACATACCT-TGAAGTTGTGCACATTCAATG---TTT-AAAACACTTTAGGTTCTCAAAGTACTACTTAT--TGGTTTTACACTTT----TTTA-----AACCAAGGACTTAAATAGAGGTTATTGAAAACCAATTTTAAAACATGATG-AACAAATTA---TAATTATATAATAA-TGAACAAATTAATGTTTTCCTAACAGTGATCTTCTTAAACCTCAATTGAAAAGTGTTTCTCCAATTCTTCCTGAATAGTTTTCCACTT
gi|4                          :   acAAAAGTTCTGTGTTTCGGGGCAACCCGAC---------------------GACCGTAG--AC-T-T-TTTTTTAC-GCTTTTACGAATTTGT-GTTTGTTCCGCGCTACCAGAGAATTCTATTTGAGAAGCCCAGTAAAACATACAAAAA--A----T----TATATTTCCCAACAGTCAGCATATCTTGT--------------------TTACGTTCACCCCTTTAA-TTC-----ACACTA-GTC-CCAAT-AT----------A------------------CAA-TCA---------TCAACAAACCAATTAATCAGGGTCAAGCTGTGA-GATAACCCCATGGCGATGGAGTAAAAAT--------TA-AGCGA-ACACAATCGTAA------TATC------TTAAA---------GATA----AA--CTCCGCCCTTATCAATAGTAAGCCAATCAGATTTAAGATGATATCAGAAATACCC----GTGAT---C-AAA-AATT---GC-TTTTT--T---ATT------ACA-ACTTTAATGCTCTGCTGT-TAGATACAGCAGCAAGTGATACTTCAAAGTTTGCCTCTCAAATCCAAAAACAAATCTC-AATATTAATTTCTCAAAT--TTCAAAACTATTCGCTGTCGTT--ACAAA-TTTTCGG--CATTTTT----TTTTTTACATTTTGCTT--T-------------------CA--CGAGATTTGAACCTTCTTAACTGGAAAAGAAAAATGTT--ATA-TTGGTTTG--AACCCTTAACAA-TCCAGTAGGTT-TGTTTATTTTCGTATTTTAAACTGACGAAATAAT-TAT-TT-TGCAGGTC-AAAATCAGCGATGTGTTAATGTCATGTGTTTTCGCGATTTCCAAAATGTATGT-TTTCTCAA-AGTTAATGG--ATTGAAATGTAT-A--CCTTGTGTACATACAT-TGAAGTTGGGCAAATACATTG---TTTTAAACCACTTTAGGTTCTCAAAGTACTACTAAT--TGGGTTTACACTTT----TTTA-----AACCAAGGACTTAATTAGAGA----TGAAAACCAATTTTAAAAAATGATG-AAAAAA--A---AAGATATATAATAATTGA--AAATAAATGTTTTCGAAACAGTGATCTTCTTAAACTTCAGTTGAAAA-TGTTTCTCCAATTTTTCTTGAATGGTTTTCCACTT
gi|5                          :        AGTTCTGTGTTTCGGG-CAACCCGACCTTACCTTGTAAAAATAC-CTGACCCTAG--AC-A-T-TTTTTAAC-AATTTTCCGAATTTTT-GTTTGTCCCGCACTACTAGAGAATTCTATTAGAGAAGCCCAGTAAAACA-T--AAA-------------CATATTTTCCAACAGTCAGCATATCCTGT--------------------ATACGTTAATCCCTTTAA-TTC-----ACACTA-GTT-CCAAT-AA----------A------------------CAA-TCA---------TCAACAAACCAATTGATCAGTGTCCAGCTGCGA-GATAACTCCATGGCGATGGAGTA----------------------GCACAATCGTAA------TATC------GTAAA---------GATA----AA--CTCCGCTCTTATCAGTAGTAAGCCAATCAGATTTAAGATGCTCTCAGATATA
gi|8                          :                     GGG-GAACCAGATCCTAAGTGGCAAAAAAAAGCCTACC------A-------TTTTTAG-GATTTTTCGAGTTTTTTGTTTGTTCCATGCATCCAGAGAATTCTATTTGAAAAGCCTGATAAAA---------A--A----C-------ATTTCCCAACAGTCGGCATATCTAGT--------------------ATACGTTAATCC---------------ACACTA-GTC-CCAATCATCAACAAGCCAA------------------CTA---A---------CTGGCG----------------TCCAGCTGTGA-GATTACCCTATGGCGATGGAGTA---TT--------TA-TGTGGT---------------------T------GCAAA---------GGT-----AAA-CCCCGTCCTTACCAGTAGTAAGCCAATCAGATTTAAGATGATATCAGAAAGTCCC----GTGAC---C-AGA-AATT---GC-TTATT--T---ATTATGATTTTACACTTTAATGGTCTGCTCT-CGGATATAAAAGCAAGTGAAATTTCAAAGTT-GTCTCTTAAAACTGAAAACAAATCTC-AGTGTTAATTTTACAAAT--AACAAA-CTATTCGCTGCAGTG--ACAAAATTTTTAG--CA----T----T-GTTCACATTTTACTT--TCATA----------GTT---------G-----------TTTAACTGAAAAAGAAGA--------CA-TTGATTTG--AACTCGTAACAA-TCCTGCAGGTC-TGTTTATTTTCATATTTTTAACAGATAAAACAA---ATTTTCTGCAAGTC-AAAATCCTCAATGTGTTGATGTCAT-TG-------GA---TTAAAATGTAgaagcaagtgaaacttcaaagtgtgtctctcaaaaccaaaaacaaatctcaatattaatttcacaaatttcaaaactattcgttgcggttacaaattttcggcatttttttacattttactttcatagtttacacgagatttcaaccttttaaactggtaaagaagaatgttatattgatttaaacccttaacaatcctggtggtctgttaattttcataatttaaatgacaaaacaatttttttgcaggtgaaaatcagcgatgtgttaatgtcgtgtgttttcgcgatttttaaaatgtacgttttctcaaaattaatggataatgtatgccttgtgtacatacatcaaagttgtgctcatacattgtttaaaatcactttaggatttcactaatttgctttacacttttttaaaccaaggacctaaatagagattattaaaccaattttaaaaaatgatgaaaaaaaaaagatatataatattgaacaaattaatgttttcgaaacagtgatcttcttaaacttcaattgaaaagtatttctccaattcttcctgaatagttttctactt
gi|9                          :                                                                                        aaaacagttgttggtgggCGGGCTACCAGAGAATTCAGTTTGATAAGTCTGGTAAATCAT---AAAATGG----T----CATGTTTCCTAACAGTTGTGATATCAAGA--------------------ATAAGTTAATCCCTTTGTCTCATGGTGACCCTA-GTC-CCAAT-AA----------A------------------CAA-TCAAAAGATCAATTAATCAATG------------TCCAGCTGTGACAATACCCAAATGATGATGGAG--AAATTTGGAGGCACACTTCCACACACAA-CATAAACAATATATCATGACTGTAAACAAGAACTAGATGCATAAA--CTCCACCCTCACCAGGAGTAAGACA-----------GATGGTATCAGAAATATCCTGACGTGATTACACAGA-AATTC--AT-TTATT--TG--ATT------ATACACTTTAAT----TGCACT-TCAATAAAGAAGCAAATTAAATTTTAAAG------------AAC-AAAAACAAATTTC------CAATT------AT--T--GAAACT-TTCGCTGCTTTT--ACAAA-TTTTGGGCCTA----TAGTATTGT----ATTTTGCTAAATCATA----------GTTTACC--TGAGATT---------TTAA-----------------T--ATT-TTGG----------CTT--CAA-TCATACAGGGT-TGATTATT---AAGT---AAATCAACAAAACG---CATTTTCTGGATGAC-AAAAATAGCG--GTGTTAGTGTCATG-GTTTTCACAATTTTCTAATTGTACA--TTTCTCGATTTTTAACAGAC-TTGAAGCTTAC-A--CCTTATGttaccttgtgtacatacatatgatttaaatacctgtt
gi|10                         :                                                                                                                                                                           TTTCCCAACAGTCAGCATATCTAGT--------------------ATATGTTAATCCCTTTAA-TTC-----AC-CTTAGTC-CCAAT-AT----------A------------------CAA-TCA---------TCAAGCCAATTAATTGGCG---TCCAGCTGTGA-GATTACCCCGTGGCGATTGAGTGA---T--------TA-TGCGGCACATAATCATAA------TA------------------------------AA--CTCCGCCCTTATCAGTAGTAAGCCAATAAGATTTAAGATGATATCAGAAAGACCT----GTGAT---C-AGA-AATC---GC-TTATTA-TG--ATT------TTACAC-TTAATGGTCTGCTCT-CAGATATAGAAGCAAGTGAAACTTCAAAGTTTGTC--TCAAAACCAAAAACAAATCTT-AATATCAATTTTAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TGTGA-GTTAACACCATGGCGATGGAGTAAAATG--------TA-TGCGGCACACAATCGTAA------TAAC------ATAAA---------GAT-----AAACTTC-GCCCTTATCAGTAGTAAGCCAATCAGCTTTAAGATGGTATTAGAAATACCC----CTGAT---A-AAA-AATT---GC-TTATT--T---ATT------ATA-ACTTTAATGGTCTGCTCT-CAGATATAGAAGCAAGTGAAACTTCAAAGTTTGTCTCTCAAAACCAAAAACAAATCTC-AATATTAATTTCACAAAT--TTCAAAAGTACTCGCTGCGGTT--ACAAA-TTTTCGG--CAT---T----TTTTTTACATTTTGCTT--TCATA----------GTTTGCA--CAAGATTTTAACCTTTTTAACTGGAAAAAAAGAAAGTT--ATA-TTGGTTTG--AACCCTTAACAA-TTTTGCAGGTC-TGTTTATTTTCATATTTTAAACTGGCAAAACAT--TTTTTT-TGCAGGTCAAAAATCAGTGATGTG-TAATGACATGTGTTTTCGCGATTTTCAAAATGTACGT-TTTATCAA-ACTTAATGG--ATTGAAATGTAT-A--CTTTGTGTTCATACAT-TGAA-TTTTGCACATACATTG---CTTAAAAACACTTTAGGTTCTCAAAGTACTACTAAT--TGG-------CTTTACACTTTTTTTA-AACCAAGGACTTAAAAAGAGATGATTGAAAACCAATTTTAAAAAATAATG-GAAAAA--ATGTAA---ATATAATAA-TGAACAAATGAATGTTTTCCAAACAGTGATCTTCTTAAACTTCAATTGAAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncagagatgccaacccttaattactgaaaataagagt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AT---A-AAATAGAT---GA-TTATTA-TGAAATT------TCA-AATTTCATGGTCTGCACTGCAATTAAAGA-GCAAATGAAACTTCAAAGTTTAT-TCTAAACATTAAAAACAAATCTC-AATATAAAATTTACAAATGATTCA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tgaattaaaacttcAA-AATTTGTGG-TTATTATT---ATT------TTACACTACGATGGTC-----------------CGCAAATGAAACTTCAAAGC----CTCTCAACAACAAAAACAAATCTC-AATATAAAATTTGCG--------AAAACTATTTGCTAC--TT--AT-------------TA----TG---TTGTTTACAAATTGTTT--TCATAAGTGACGTTTATTTACA--TATGGTTTAAATAATTTTAGCT-TAAAAGATGAATGCC--ATG-TTGGTTTG--AACATTTAAAAAGTAATGCAGGTCATGTACA-----ATGTTTTAATC-AACAAAACAA--ctggtaattttattggttaca
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tTGCTCT-CAGATATAGAAGCAAGTGAAACTTCAAAGTGTGTCTCTCAAAACCAAAAACAAATCTC-AATATTAATTTCACAAAT--TTCAAAACTATTCGTTGCGGTT--ACAAA-TTTTCGG--CA----T----TTTTTTACATTTTACTT--TCATA----------GTTTACA--CGAGATTTCAACCTTTTAAACTGGTAAAGAAGAATGTT--ATA-TTGATTTA--AACCCTTAACAA-TCCTGGTGGTC-TGTTAATTTTCATAATTTAAA-TGACAAAACAA--TTTTTT-TGCAGGTG-AAAATCAGCGATGTGTTAATGTCGTGTGTTTTCGCGATTTTTAAAATGTACGT-TTTCTCAA-AATTAATGGAT-----AATGTAT-G--CCTTGTGTACATACAT-CAAAGTTGTGCTCATACATTG---TTTAAAATCACTTTAGGATTTC--------ACTAAT--TTG-------CTTTACACTTTTTTA--AACCAAGGACCTAAATAGAGATTATT--AAACCAATTTTAAAAAATGATGAAAAAAA--A---AAGATATATAATAT-TGAACAAATTAATGTTTTCGAAACAGTGATCTTCTTAAACTTCAATTGAAAAGTATTTCTCCAATTCTTCCTGAATAGTTTTCTACTT
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TACA--CTAGACTTTGATATGTTTAACTGAGAAAAAAGAATGTC--ATA-ATGATTTT--CACACTTAACAA-GGATGCAGGTC-TGTTTATTTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            taTAACAG-GTGTGCAGGTC-TGTTTATTTCCACATTTCAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aacaagatgacattttttaataag-AAGA-CGATGATGTGCAAATGT---GGGCTTTCACAATTTTCAAATTGT--GTATTTCTTGA-AATTAACAGAC-TTGAAATATAT-ATACTTTATGTACATACAT-T--AGTTGTGCACATACATTGTTTTTTAAAAA-ACTTATGGTCCTCAAATTGCCACCAAT--tggataa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaatcagctaacacattttctggatgataATTAAAATGTATTA--CCTTGTGTACATACATATGA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           aaaacagttgttggtgggggggaaccagatcctaagtggcaaaaaaaagcctaccatttttaggatttttcgagttttttgtttgttccatgcatccagagaattctatttgaaaagcctgataaaaaacatttcccaacagtcggcatatctagtatacgttaatccacactagtcccaatcatcaacaagccaactaactggcgtccagctgtgagattaccctatggcgatggagtatttatgtggttgcaaaggtaaaccccgtccttaccagtagtaagccaatcagatttaagatgatatcagaaagtcccgtgaccagaaattgcttatttattatgattttacactttaatggtctgctctcggatataaaagcaagtgaaatttcaaagttgtctcttaaaactgaaaacaaatctcagtgttaattttacaaataacaaactattcgctgcagtgacaaaatttttagcattgttcacattttactttcatagttgtttaactgaaaaagaagacattgatttgaactcgtaacaatcctgcaggtctgtttattttcatatttttaacagataaaacaaattttctgcaagtcaaaatcctcaatgtgttgatgtcattggTATACATGTAC-TGAAGTTGTGCATAGACATTG---TTTAA--------TAAGAACTCAAATTGCCTCCAGTAATGG-------CTTT----TTT-------ACCCAGTATTTAAtttaaatacctgtt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): AATTTAACACAGGAAGGTAATTTTTGAGATTGTAATTTGTAAATTTATTGTGGCTTATAATTATGTTGATAATTTCTTTTCAT






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Reference ( family-4029 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AAAAAAGTTCTGTGTTTCGGG-CAACCCGACCCTACCTGGCAAAAATACCCGACCCTAGA--C-T-T-TTTTTT-ACGATTTTCCGAATTTTT-GTTTGTTCCGCGCTACCAGAGAATTCTATTTGAGAAGCCCGGTAAAACATT--AAAA--A---T--CATATTTCCCAACAGTCAGCATATCTTGT--------------------ATACGTTAATCCCTTTAA-TTCA------CACTAGTCCCAAT-AT--ACAATCA-----TCGA-----CGA---A-------AT--C--------TCCAGCTGTGA-GATAACCCNATGGCGATGGAGTAAAATTT--ATGCG-------GCACACAATCGTAA------TATC------GTAAA------------G-ATAAACTCCGCCCTTATCAGTAGTAAGCCAATCAGATTTAAGATGGTATCAGAAATACCC----GTGAT---A-AAAAATT---GCTTATT--T-ATTAT------ACACTTTAATGGTCTG-CTCT-CAGATANAGAAGCAAGTGAAACTTCAAAGTTTGTCTCTCAAAACCAAAAACAAATCTC-AA---TATTAATT----TCACAAAT--TTCAAAACTATTCGCTGCGGTT--ACAAA-TTTTCGGCAT-TTN-T-TT----ACATTTTGCTT--TCATA----------GTTTACA--CGAGATTTTAACCTTTTTAACTGGAAAAGAAGAATGTTA--TATT--GGTTTGAA-CCCTTAACAA-TCNTGCAGGTC-TGTTTATTTTCATATTTTAAACCGAC-AAAACAA--TTTTTTTGCAGGTC-AAAATCAGCGATGTGTTAATGTCATGTGTTTTCGCGATTTTCAAAATGTACGT-TTTCTCAA-ANTTAACGGA-ATTGAAATGTA-TA--CCTTGTGTACATACAT-TGAAGTTGTGCACATACATTG---TTTAAAAACACTTTAGGTTCTCAAAGTACTACTAAT--TGGCTTTACATTTTTT---AACCAAGGACTTAAATAGAGATTATTGAAAACCAATTTTAAAAAATGATG-AAAAAA--AAAGATATATAATAA-TGAACAAATGAATGTTTTCCAAACAGTGATCTTCTTAAACTTCAATTGAAAAGTGTTTCTCCAATTCTTCCTGAATAGTTTTCCACTT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tAAAAAAAATCTTTAA---AA--AAGT----TTACAAAA--TTCAAAACTATTCACTGCCATTTTACAAA-TTTT-----------T-TT-----CATTT-GCTT--TCATACA--------GTTTACAATC-ATATATTAAATTTTTTAGCTGTAAATGAAAAATGCTA--TCTT--GATTTAAA-TACTTAAAAA-GCATGCAAGTC-TGTTTATTTTCATTTTCTAAATCAA--------------------AG----AAAA-CAGCAATTTGTTAATGTCA--TGTTTTC
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTTCATGGTCTG-CACTGCAATTAAAGA-GCAAATGAAACTTCAAAGTTTAT-TCTAAACATTAAAAACAAATCTC-AA---TATAAAAT----TTACAAATGATTCA
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aTACA--CTAGACTTTGATATGTTTAACTGAGAAAAAAGAATGTCA--TAAT--GATTTTCA-CACTTAACAA-GGATGCAGGTC-TGTTTATTTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        taTATACATGTAC-TGAAGTTGTGCATAGACATTG---TTTAA--------TAAGAACTCAAATTGCCTCCAGTAATGGCTTT---TTT-------ACCCAGTATTTAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TAACAG-GTGTGCAGGTC-TGTTTATTTCCACATTTCAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aacaagatgacattttttaataagAAAAAAGTTCTGTGTTTCGGG-CAACCCGACCCTACCTGGCAAAAAAACCCGACCCTAGAAAT-TGT-TTTTTT-ACGATTTTACGAAT-----GTTTGTTCCGCGCTACCAGTGAATTCTATTTCAGAAGCCCAGTAAAACATA--AAAA--AAAAT--CCTATTTCCCAACAGTCAGCATATCTTATGTATATGATACGTAAACATAATATGTTAATCCCTTTAA-ATCA------CACTATTCCCAAT-AT--AAAATCA-----TCAA-----C------------------------------------A-GATAACTTAATGGGGATGGAGTAA---TT--ATGCG-------GCACACAATCATAA------T--C------GTAAA------------G-ATAAACTCCGCCCTTAACAGTAGTAAGCCAGTCAGATTTTAGATGGTATCAGATATACCT----GTGAT---A-AAAAAT----GCTTATT--T-ATTAT------A-ACTTTAATGGTCTG-CTCT-CAGATAAAGGAGCAAGTGAAACTTCAAAGTTTGTCACTCAAAAC-AAAAACAAATCTC-AA---TATTAATT----TCACAAAC--TTCAAAACTATTCGCTGCGGTT--ACAAA-TT--CG-----------------ACATTTTGCTT--TCATA----------GTTTAAA--CAAGATTTTAACCTTTTTAACTGAAAAAGAATAATGTTAAATATTTTGGTTGGAAACCCATAATAA-TCGTACAGGTC-TATTTATGTTCATAGTTTAAACCGAC-AAAACA---TTTTTTTGCAGGTC-AACGTTAGCGATGCGTTAATGTCATGTGTTTTCGCGATTTTCAAAATGTACGT-TTTCTCAA-AGTTAATGGA--TTGAAATGTA-TA--CCTTGTGTACATACAT-TGAAAGAGTGCACATACAATG---TTTAAAAACACTTTAAGTTCTCAAAGTACTACAAAT--TGGCTTTACATTTTTTTTAAAACAAGGACTTTAATAGAGATTATTGAAAACCGATTTTGAAAAATGAC------AA--AAAGATATATAGCAA-TGTACAAATGAATGTTTTCCAAACAGTGATTTTCTTAAACTTCAATTAAATTGTGTTTCTCCAATTCTTCCTGAATAGTTGTCCGCTTtggataa
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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tAAAAAAAATCTTTAA---AA--AAGT----TTACAAAA--TTCAAAACTATTCACTGCCATTTTACAAA-TTTT-----------T-TT-----CATTT-GCTT--TCATACA--------GTTTACAATC-ATATATTAAATTTTTTAGCTGTAAATGAAAAATGCTA--TCTT--GATTTAAA-TACTTAAAAA-GCATGCAAGTC-TGTTTATTTTCATTTTCTAAATCAA--------------------AG----AAAA-CAGCAATTTGTTAATGTCA--TGTTTTC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAAATCAGCTAACACA----TTTTCTGGATGAT-AAAGACGATGATGTGCAAATGT---GGGCTTTCACAATTTTCAAATTGT--GTATTTCTTGA-AATTAACAGA-CTTGAAATATATATACTTTATGTACATACAT-T--AGTTGTGCACATACATTGTTTTTTAAAAA-ACTTATGGTCCTCAAATTGCCACCAAT--
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTTCATGGTCTG-CACTGCAATTAAAGA-GCAAATGAAACTTCAAAGTTTAT-TCTAAACATTAAAAACAAATCTC-AA---TATAAAAT----TTACAAATGATTCA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgaattaaaacttcataaaatagatgattattatgaaatttcaaaAAAAAAGTTCTGTGTTTCAGG-CAACCCGACCCTACCTGGCAAAAATACCCGACCCTGGA--CTT-T-TTTTTT-ACGATTTTCCGAATTTTTGGTTTGTTCCGCGCTATCGGAGAATTCTATTTGAGAAGCCCAATActggtaattttattggttaca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aTACA--CTAGACTTTGATATGTTTAACTGAGAAAAAAGAATGTCA--TAAT--GATTTTCA-CACTTAACAA-GGATGCAGGTC-TGTTTATTTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taTATACATGTAC-TGAAGTTGTGCATAGACATTG---TTTAA--------TAAGAACTCAAATTGCCTCCAGTAATGGCTTT----TTT------ACCCAGTATTTAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAACAG-GTGTGCAGGTC-TGTTTATTTCCACATTTCAA
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aacaagatgacattttttaataagAAAAAAGTTCTGTGTTTCGGG-CAACCCGACCCTACCTGGCAAAAAAACCCGACCCTAGAAAT-TGT-TTTTTT-ACGATTTTACGAAT-----GTTTGTTCCGCGCTACCAGTGAATTCTATTTCAGAAGCCCAGTAAAACATA--AAAA--AAAAT--CCTATTTCCCAACAGTCAGCATATCTTATGTATATGATACGTAAACATAATATGTTAATCCCTTTAA-ATCA------CACTATTCCCAAT-AT--AAAATCATCAA-----CA------------------------------------GATAACTTAATGGGGATGGAGTAA---TT--ATGCG-------GCACACAATCATAA------T--C------GTAAA------------G-ATAAACTCCGCCCTTAACAGTAGTAAGCCAGTCAGATTTTAGATGGTATCAGATATACCT----GTGAT---A-AAAAAT----GCTTATT--T-ATTAT------A-ACTTTAATGGTCTG-CTCT-CAGATAAAGGAGCAAGTGAAACTTCAAAGTTTGTCACTCAAAAC-AAAAACAAATCTC-AA---TATTAATT----TCACAAAC--TTCAAAACTATTCGCTGCGGTT--ACAAA-TT--CG-----------------ACATTTTGCTT--TCATA----------GTTTAAA--CAAGATTTTAACCTTTTTAACTGAAAAAGAATAATGTTAAATATTTTGGTTGGAAACCCATAATAA-TCGTACAGGTC-TATTTATGTTCATAGTTTAAACCGAC-AAAACA---TTTTTTTGCAGGTC-AACGTTAGCGATGCGTTAATGTCATGTGTTTTCGCGATTTTCAAAATGTACGT-TTTCTCAA-AGTTAATGGA--TTGAAATGTATA--CCTTGTGTACATACAT-TGAAAGAGTGCACATACAATG---TTTAAAAACACTTTAAGTTCTCAAAGTACTACAAAT--TGGCTTTACATTTTTTTTAAAACAAGGACTTTAATAGAGATTATTGAAAACCGATTTTGAAAAATGAC------AA--AAAGATATATAGCAA-TGTACAAATGAATGTTTTCCAAACAGTGATTTTCTTAAACTTCAATTAAATTGTGTTTCTCCAATTCTTCCTGAATAGTTGTCCGCTTtggataa
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Reference ( family-4029 )     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               AAAAAAGTTCTGTGTTTCGGG-CAACCCGACCCTACCTGGCAAAAATACCCGACCCTAGA--C-T-T-TTTTTT-ACGATTTTCCGAATTTTT-GTTTGTTCCGCGCTACCAGAGAATTCTATTTGAGAAGCCCAGTAAAACATT--AAAA--A---T--CATATTTCCCAACAGTCAGCATATCTTGT--------------------ATACGTTAATCCCTTTAA-TTCA------CACTAGTCCCAAT-AT--ACAATCATCAA-----CAA---A-------ATC-----GG-GTCCAGCTGTGA-GATAACCCCATGGCGATGGAGTAAAATTT--ATGCG-------GCACACAATCGTAA------TATC------GTAAA------------G-ATAAACTCCGCCCTTATCAGTAGTAAGCCAATCAGATTTAAGATGGTATCAGAAATACCC----GTGAT---A-AAAAATT---GCTTATT--T-ATTAT------ACACTTTAATGGTCTG-CTCT-CAGATANAGAAGCAAGTGAAACTTCAAAGTTTGTCTCTCAAAACCAAAAACAAATCTC-AA---TATTAATT----TCACAAAT--TTCAAAACTATTCGCTGCGGTT--ACAAA-TTTTCGGCAT-TT-GT-TT----ACATTTTGCTT--TCATA----------GTTTACA--CGAGATTTTAACCTTTTTAACTGGAAAAGAAGAATGTTA--TATT--GGTTTGAA-CCCTTAACAA-TCNTGCAGGTC-TGTTTATTTTCATATTTTAAACCGAC-AAAACAA--TTTTTTTGCAGGTC-AAAATCAGCGATGTGTTAATGTCATGTGTTTTCGCGATTTTCAAAATGTACGT-TTTCTCAA-AGTTAATGGA-ATTGAAATGTATA--CCTTGTGTACATACAT-TGAAGTTGTGCACATACATTG---TTTAAAAACACTTTAGGTTCTCAAAGTACTACTAAT--TGGCTTTACACTTTTTT--AACCAAGGACTTAAATAGAGATTATTGAAAACCAATTTTAAAAAATGATG-AAAAAA--AAAGATATATAATAA-TGAACAAATGAATGTTTTCCAAACAGTGATCTTCTTAAACTTCAATTGAAAAGTGTTTCTCCAATTCTTCCTGAATAGTTTTCCACTT
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gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAAATCAGCTAACACA----TTTTCTGGATGAT-AAAGACGATGATGTGCAAATGT---GGGCTTTCACAATTTTCAAATTGT--GTATTTCTTGA-AATTAACAGA-CTTGAAATATATATACTTTATGTACATACAT-T--AGTTGTGCACATACATTGTTTTTTAAAAA-ACTTATGGTCCTCAAATTGCCACCAAT--
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTTCATGGTCTG-CACTGCAATTAAAGA-GCAAATGAAACTTCAAAGTTTAT-TCTAAACATTAAAAACAAATCTC-AA---TATAAAAT----TTACAAATGATTCA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgaattaaaacttcataaaatagatgattattatgaaatttcaaaAAAAAAGTTCTGTGTTTCAGG-CAACCCGACCCTACCTGGCAAAAATACCCGACCCTGGA--CTT-T-TTTTTT-ACGATTTTCCGAATTTTTGGTTTGTTCCGCGCTATCGGAGAATTCTATTTGAGAAGCCCAATActggtaattttattggttaca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aTACA--CTAGACTTTGATATGTTTAACTGAGAAAAAAGAATGTCA--TAAT--GATTTTCA-CACTTAACAA-GGATGCAGGTC-TGTTTATTTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taTATACATGTAC-TGAAGTTGTGCATAGACATTG---TTTAA--------TAAGAACTCAAATTGCCTCCAGTAATGGCTTT----TTT------ACCCAGTATTTAA
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAACAG-GTGTGCAGGTC-TGTTTATTTCCACATTTCAA
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aaTGTGA-GTTAACACCATGGCGATGGAGTAAAATGT--ATGCG-------GCACACAATCGTAA------TAAC------ATAAA------------G-ATAAACTTCGCCCTTATCAGTAGTAAGCCAATCAGCTTTAAGATGGTATTAGAAATACCC----CTGAT---A-AAAAATT---GCTTATT--T-ATTAT------A-ACTTTAATGGTCTG-CTCT-CAGATATAGAAGCAAGTGAAACTTCAAAGTTTGTCTCTCAAAACCAAAAACAAATCTC-AA---TATTAATT----TCACAAAT--TTCAAAAGTACTCGCTGCGGTT--ACAAA-TTTTCGGCAT-TT-TT-TTT---ACATTTTGCTT--TCATA----------GTTTGCA--CAAGATTTTAACCTTTTTAACTGGAAAAAAAGAAAGTTA--TATT--GGTTTGAA-CCCTTAACAA-TTTTGCAGGTC-TGTTTATTTTCATATTTTAAACTGGC-AAAACAT--TTTTTTTGCAGGTCAAAAATCAGTGATGTG-TAATGACATGTGTTTTCGCGATTTTCAAAATGTACGT-TTTATCAA-ACTTAATGG--ATTGAAATGTATA--CTTTGTGTTCATACAT-TGAA-TTTTGCACATACATTG---CTTAAAAACACTTTAGGTTCTCAAAGTACTACTAAT--TGGCTTTACACTTTTTTTAAACCAAGGACTTAAAAAGAGATGATTGAAAACCAATTTTAAAAAATAATG-GAAAAA--ATGTAAATATAATAA-TGAACAAATGAATGTTTTCCAAACAGTGATCTTCTTAAACTTCAATTGAA
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gi|9                          : aaaacagttgttggtgggggggaaccagatcctaagtggcaaaaaaaagcctaccatttttaggatttttcgagttttttgtttgttccatgcatccagagaattctatttgaaaagcctgataaaaaacatttcccaacagtcggcatatctagtatacgttaatccacactagtcccaatcatcaacaagccaactaactggcgtccagctgtgagattaccctatggcgatggagtatttatgtggttgcaaaggtaaaccccgtccttaccagtagtaagccaatcagatttaagatgatatcagaaagtcccgtgaccagaaattgcttatttattatgattttacactttaatggtctgctctcggatataaaagcaagtgaaatttcaaagttgtctcttaaaactgaaaacaaatctcagtgttaattttacaaataacaaactattcgctgcagtgacaaaatttttagcattgttcacattttactttcatagttgtttaactgaaaaagaagacattgatttgaactcgtaacaatcctgcaggtctgtttattttcatatttttaacagataaaacaaattttctgcaagtcaaaatcctcaatgtgttgatgtcattggattaaaatgtatCGGGCTACCAGAGAATTCAGTTTGATAAGTCTGGTAAATCAT---AAAATGG---T--CATGTTTCCTAACAGTTGTGATATCAAGA--------------------ATAAGTTAATCCCTTTGT-CTCATGGTGACCCTAGTCCCAAT-AA--ACAATCA--AAAGAT-CAATT-A-------ATC-----AATGTCCAGCTGTGACAATACCCAAATGATGATGGAG--AAATTTGGAGGCACACTTCCACACACAA-CATAAACAATATATCATGACTGTAAACAAGAACTAGATGCATAAACTCCACCCTCACCAGGAGTAAGACA-----------GATGGTATCAGAAATATCCTGACGTGATTACACAGAAATTC--ATTTATT--TGATTAT------ACACTTTAAT----TG-CACT-TCAATAAAGAAGCAAATTAAATTTTAAAG------------AAC-AAAAACAAATTTC---------CAATT----------AT--T--GAAACT-TTCGCTGCTTTT--ACAAA-TTTTGGGCCT-ATAGTATT----GTATTTTGCTAAATCATA----------GTTTACC--TGAGATT---------TTAA-----------------TA--TTTT--GGCTT-----------CAA-TCATACAGGGT-TGATTATT---AAGT---AAATCAAC-AAAACGC--ATTTTCTGGATGAC-AAAAATAGCG--GTGTTAGTGTCATG-GTTTTCACAATTTTCTAATTGTACA--TTTCTCGATTTTTAACAGA-CTTGAAGCTTACA--CCTTATGtttaaatacctgtt


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gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tAAAAAAAATCTTTAA---AA--AAGT----TTACAAAA--TTCAAAACTATTCACTGCCATTTTACAAA-TTTT-----------T-TT-----CATTT-GCTT--TCATACA--------GTTTACAATC-ATATATTAAATTTTTTAGCTGTAAATGAAAAATGCTA--TCTT--GATTTAAA-TACTTAAAAA-GCATGCAAGTC-TGTTTATTTTCATTTTCTAAATCAA--------------------AG----AAAA-CAGCAATTTGTTAATGTCA--TGTTTTC
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TAAATCAGCTAACACA----TTTTCTGGATGAT-AAAGACGATGATGTGCAAATGT---GGGCTTTCACAATTTTCAAATTGT--GTATTTCTTGA-AATTAACAGA-CTTGAAATATATATACTTTATGTACATACAT-T--AGTTGTGCACATACATTGTTTTTTAAAAA-ACTTATGGTCCTCAAATTGCCACCAAT--
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TTTCATGGTCTG-CACTGCAATTAAAGA-GCAAATGAAACTTCAAAGTTTAT-TCTAAACATTAAAAACAAATCTC-AA---TATAAAAT----TTACAAATGATTCA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgaattaaaacttcataaaatagatgattattatgaaatttcaaaAAAAAAGTTCTGTGTTTCAGG-CAACCCGACCCTACCTGGCAAAAATACCCGACCCTGGA--CTT-T-TTTTTT-ACGATTTTCCGAATTTTTGGTTTGTTCCGCGCTATCGGAGAATTCTATTTGAGAAGCCCAATActggtaattttattggttaca
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aTACA--CTAGACTTTGATATGTTTAACTGAGAAAAAAGAATGTCA--TAAT--GATTTTCA-CACTTAACAA-GGATGCAGGTC-TGTTTATTTT
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taTATACATGTAC-TGAAGTTGTGCATAGACATTG---TTTAA--------TAAGAACTCAAATTGCCTCCAGTAATGGCTTT
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             TAACAG-GTGTGCAGGTC-TGTTTATTTCCACATTTCAAtttacccagtatttaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aacaagatgacattttttaataagAAAAAAGTTCTGTGTTTCGGG-CAACCCGACCCTACCTGGCAAAAAAACCCGACCCTAGAAAT-TGT-TTTTTT-ACGATTTTACGAAT-----GTTTGTTCCGCGCTACCAGTGAATTCTATTTCAGAAGCCCAGTAAAACATA--AAAA--AAAAT--CCTATTTCCCAACAGTCAGCATATCTTATGTATATGATACGTAAACATAATATGTTAATCCCTTTAA-ATCA------CACTATTCCCAAT-AT--AAAATCATCAA-----CA------------------------------------GATAACTTAATGGGGATGGAGTAA---TT--ATGCG-------GCACACAATCATAA------T--C------GTAAA------------G-ATAAACTCCGCCCTTAACAGTAGTAAGCCAGTCAGATTTTAGATGGTATCAGATATACCT----GTGAT---A-AAAAAT----GCTTATT--T-ATTAT------A-ACTTTAATGGTCTG-CTCT-CAGATAAAGGAGCAAGTGAAACTTCAAAGTTTGTCACTCAAAAC-AAAAACAAATCTC-AA---TATTAATT----TCACAAAC--TTCAAAACTATTCGCTGCGGTT--ACAAA-TT--CG-----------------ACATTTTGCTT--TCATA----------GTTTAAA--CAAGATTTTAACCTTTTTAACTGAAAAAGAATAATGTTAAATATTTTGGTTGGAAACCCATAATAA-TCGTACAGGTC-TATTTATGTTCATAGTTTAAACCGAC-AAAACA---TTTTTTTGCAGGTC-AACGTTAGCGATGCGTTAATGTCATGTGTTTTCGCGATTTTCAAAATGTACGT-TTTCTCAA-AGTTAATGGA--TTGAAATGTATA--CCTTGTGTACATACAT-TGAAAGAGTGCACATACAATG---TTTAAAAACACTTTAAGTTCTCAAAGTACTACAAAT--TGGCTTTACATT-TTTTTTAAAACAAGGACTTTAATAGAGATTATTGAAAACCGATTTTGAAAAATGAC------AA--AAAGATATATAGCAA-TGTACAAATGAATGTTTTCCAAACAGTGATTTTCTTAAACTTCAATTAAATTGTGTTTCTCCAATTCTTCCTGAATAGTTGTCCGCTTtggataa
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Unaligned ( gi|18 ): AATTTAACACAGGAAGGTAATTTTTGAGATTGTAATTTGTAAATTTATTGTGGCTTATAATTATGTTGATAATTTCTTTTCAT