lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 22 2222 1111111 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333 7777777777 33 1 11 22222222222 222 8888888888888888888888888888 1 1 1 6666666666666666666666666666666666666 11 111 11 44444444444444444444444 1 555555555555555 111 111111 1111 1 33333333 11 1 1
lowQualScore : 1 6 22 7777 7 6666666 5 5 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 6 5555555555 1 2222222222 3 00 3 88 11111111111 6 3 111 4 3 9999999999999999999999999999 2 99 0 7 0 5 0000000000000000000000000000000000000 11 0 888 44 55555555555555555555555 6 7 1 5 222222222222222 3 000 5 4 444444 0000 77 0 0 4 00000000 99 3 3 5 6 7
lowQualScore : . . .. .... . ....... . . ...................................................................................................................................................................................... . . .......... . .......... . .. . .. ........... . . ... . . ............................ . .. . . . . ..................................... .. . ... .. ....................... . . . . ............... . ... . . ...... .... .. . . . ........ .. . . . . .
lowQualScore : 4 0 66 0000 2 2222222 9 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 3333333333 0 0000000000 7 77 3 33 00000000000 0 7 333 0 2 8888888888888888888888888888 5 55 5 0 2 0 7777777777777777777777777777777777777 00 2 888 88 77777777777777777777777 7 7 7 0 777777777777777 9 000 7 3 888888 1111 99 7 4 3 33333333 33 1 1 4 2 0
consensus : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTNNNAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAATATTTTAA---GA--------T---G----------N--------A--G--T------T-------AAG-----AA----ATTGAT----T------GTA--CGTA-G-TA-A--T-TA-AC-ATCAAAGGTC-A-C--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACANGTCG-GT-TCG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAATATNGAGTTAGNAATTAAGAAATTGAC---CAATG--AC-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATGAGGGAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAANCAGANC-GATNAGGT-AA-ATGGG------AGACAGACCTTGCCGAGGTTAACATGNTAGN--TTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAACATGNTAGTTTGTGAATTAG---AACTT-AG--A-TAGAGATAGA---AACAA-TTATTGATA---A--ATAT---A--AACATNTGAATAAA-N-TGA-TTTAAATGAA-ACC-ACCCTAG-TTTGAGTGTCTGTTATGCCA
Reference ( gi|1 ) : ATTATGGTAGTTGAGAACTGGTATAATGTTTTAAAATTCATAAA-------TTGGTTTAATGTTTTAA---GG--------T---G----------T--------A--G--T------T-------AAG-----AA----GTTG------T------GTA--CCTA-G-TA-A--T-TA-AC-ATCAAATGTC-A-CTGCAAGTC-----AATGA-------TGACAGACAGCTGCAGATGATGTG----CAAGATATAACCCTA-GG---TT--TATCACTAATAAAATATGACAGGTCA-GT-TTG--GGATAATATATATGCGGGTTCAATATGGACTGAGTAATTAAGAAATTGAC---TTATA--ACCA--GGTAGTAATTGAAGTTGACCAATCAGGAAAAAGGGCACGAGGCCTTTTTGGGAGTGTAATAAAACAGAAC-GATGGAGT-AA-GTGAG------AGACAAGCCTTGCTAAGAGTAACATGCTAGA--TTTAGATAGATGTTTTTGAGGTTAAGATGTTAATTTGTGCATTAG---A-TTT-AT--T-TAGAAATAGA---AACAA-TTATTGAGA---A--ATAT---A--AACGTTTAAATAAA-A-TGACTTTAAATTGA-ACC-ACCCT-G-TTTGAGTGTCAGTTATGCCA
gi|10 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATG-TATACAATTCTTAAA-------TTTTGTTAATATTTAAA---AA--------T---G----------G--------A--G--T------T-------GTA-----GA----GTGG------A------GAA--ATCA-G-TT-G--T-AT-AC-ATCAAAGGTC-A-CT-CATGTC-----A
gi|12 : tgttatATTATGTTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTAT-AAAATTCTTAAA-------TTGTGTTAATATTTAAAAATGG--------A---G----------TTTGCGCAGA--G--T------T-------AAG-----AA----ATTGAT----T------GTA--T-----------------AC-ATCAAAGGTCAA-C--CATGTC-----AActta
gi|15 : ttatATTATGGTAGTTAAGAATTCTCATAATG-TGTAAAATTCTTAAA-------TTG------TGTTTTA------------------G----------A--------A--G--T------G-------GAG-----AA----ATTATT----T------GTA--TTCA-G-CA-AGGT-CA-AC---C--ATGTC-A-Cc
gi|8 : tgttatATTATGGTACTTGATAATTTATATAATGTATAAGAAATCATAAA-------TTGTTGTTATAATTTAA---GA--------T---G----------G--------A--G--TTTTAGAT-------AGGTAACAAA----ATTG------T------TTA--CATATG-T-----T-TATACAATCAAAGGTC-A-
gi|6 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTTTAATG-TATACAATTCTTAAAATGTTTTTTTTTTTAA--TTTTAA---GA--------T---GCAATTTAAAAT--------A--GAAT------T-------AAG-----AAATTGATTG------T------ATA--CGTAGG-TATA--T-T--GC-ATCAAAGGTC-A-accatgacaacttaa
gi|2 : atTTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGGATAAAAGCTCATGAA-------TTGATTCAATATTTTAA---AA--------T---G----------G--------A--G--T------TTAAAGCAAAGCTAGAAA----GTTGATTATATACAAAGGTA--CATA-G-GT-A--TATA-AC-ATCAAAGGTC-AAC--CATGTCGAAATAATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GT---CT--TATCAT--ATAGAG-ATGACATGTTG-GTCTTG--TGATAAGATATGGGTGTGTTTAATATTGACTTAGAAATTACGAAATTGAC---CAATA--ACCAATAATAGTGA-TGAA-CTGACCTATCAGGGAAAAGGGCTCGAGGATTTTTTGGTAATGTGA-AAAACAGAAT-GATATGGT-CA-GTCAG------AGAAAAACCTTGCAGAGGGTAACATGCT-----T---------CGCTT---AGGTTAAGATGTTAACTTGCGACTTAGAAAA-TAT-ATAGTATATAGTTAGA---AACAA-TAATTGAGA---A--ATAaccatgtcgacttaa
gi|18 : TTATGGTAGTTGAGAATTTTTATAATGTATAAAAAATCATAAA-------TTGATTTAATATTT
gi|9 : TGGTA----GTTATAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAATATGTTAA---AGATGAAATTTAAAG----------T--------AATG--T------T-------AAG-----CA----ATTGAT----T------GTAAACATA-GGTA-A--A-TA-AC-ATCAAAGATC-A-gtatatggag
gi|3 : tatattaATGTAGCCTTATGG---TTATTGTCATT--TAGAG-ATGACAATCCGTGT-TCG--GGGTAAGAT-TAGGAGTGTTTAATATAGAGATAGTAATTAAGAAAATGA--------G--A--A--GTTAGTTAT--GAGTTGACCAGTGCGGAAATAAAGCTCATTGCCTTTTTGGTAGTGTGAAGGGTCAATTT-TATGAGGTTAACATGGGGGTTTTAGACAGACATTGACGAGGTTAGTATAGGAGT--TTTAGACAGACCGTACTGAGGTTAACATGGGAGTTTGTGAATTAGA--A-CTC-AG--A-TACAGATGGA---AACAA-TTATTGATA---A--TTACTCAA--AACATTTGAATAAATT-TGAA-TTAAATGAA-ACCAACCCA-G-TTTGGGTGTTTGTTATaccatgtcgtcgtaatga
gi|17 : ACACAGCCTCA-GGGTTCT--TGTCAT--ATAGAA-ATGACAGGTC--GT-TTAATGGATAAGACATGAGTGTGTTTAATGT
gi|13 : TATGGAGTTAGTTATTAAGAA-TTGACCATTTGTA--A-----GGTAATAAT--GAGTTAACCAATGGGGGAATAAGACTCGAGGCCGTTTTGGTAGGGTaaagtt
gi|4 : ttaaatAGAAATCAAGGAATTGAT---CAATGGGAC----GTTAATAAT--AAGTTGGCCAATAAGGATATAGGGTTCAAAGCCTTTTTGGTTGTATGG-AAAGAAGAGCTGATTAGGG-AG-ATG-G------AGACATACTTCG-TGAGGTTAACATGATAGG--TTgggaagtatagctagatagt
gi|5 : gatgaaatgaaaagcaattgtagcctttagcagctcgtgttttgggtgagttagtggtttgtttaaatt------AGACAGACCTTGCTTAGGTCAACATG--AGAATTTTAGACAGACTTTGGTCAGACTAACATAAGAGTTTGTGAATTAA---AACTT-AG--A-TAGTGATAGA---AACAA-TTATTGAGA---A--TTAT---A--AATATCTGAATAAATT-TGA-GTTAAATGAA-ACT-ACCGTAG-TT----TATCTGTTATGCgtgaattaaaaccaagaaagagagagaacaaattattgatagttaacaaaacatgtgaattaaattgaattgagccaccctgtttgagtgtctgttatgcc
gi|11 : gttttTTAGACATACCTTAGTGAGGTTAACATGGTAGTTTATGAAGTAG---AACTT-GG--T-TAGAGAAAGA---AAAAA-ATATTAATA---ATTATAT---A--AATGT--GAATAAA-G-----------------CC-AACCTAG-TTTGAGTGTCTGTTATGCC
gi|7 : AGATAGACTTTAGTGAGGTTTAGATGTTAGCTTGTGAATTAG---A-TTTTAT--A-TAAGGATAAA---AACAA-TTATTGAGA---A--ATAT---ATAAACATGTGAATAAA-A-TGACGTTAAATGAA-ACC-ACCTTAG-TTTGAGTGTATGTTATGCC
gi|4 : TGAGGTTAACATGATAGGTTGTGAATTAA---A-ACC-A------AGAAAGAGAGAGAACAAATTATTGATAGTTA--ACA----A--AACATGTGAATTAA-A-T-----TGAATTGA-GCC-ACCCT-G-TTTGAGTGTCTGTTATGCC
gi|14 : gatgaaatgaaaagcaattgtagcctttagcagctcgtgttttgggtgagttagtggtttgtttaaattagaaatcaaggaattgatcaatgggacgttaataataagttggccaataaggatatagggttcaaagcctttttggttgtatggaaagaagagctgattagggagatggagacatacttcgTAATTT-TGAATTAG---AACTT-AG--A-CAGAGATAGA---AACAA-ATATTTATA---ATTATAT---A--ATTATGTGAATAAA-CTTGA-GTTAAATGAA-AAC-ACCTTAG-TTTGAATGTCTGTTATGCC
gi|19 : --ATAT---A--AACATGTGAATAAA-A-TGACTTTAAATGAA-ACC-ACCCT-ATTTTGAGTGTCTGTTATGC
gi|21 : tATGTTTA--TACA-C-CGAGTTTAGATGAA-ACC-ATCCTAG-TTTGAGTGTCTGTTATGCCAa
gi|20 : GTCTGAATAAA-A-TGAATTTTTATGAA-ACC-ATCCT-G-TATGCGTGTCTGTTATGCCA
gi|23 : tgtCTTTAAATAAA-ACA-ACCCT-G-TTTGAGTGTCTGTTAT
gi|22 : TTAAAT-GACGCC-ATCCT-ACTTTGAGTGTATGTTATGCC
gi|24 : agAATGAA-ACC-ATCCT-G-TTTGAGTGTCTGTTGTGCCA
gi|25 : A-ACC-ACCCT-G-TTTGAGTGTCTGTTATACCA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): GCTATATTATGGTATTTAAGAATTCTTATAAAATATAAATTTCTTAAAGTAGATTTAAGAAATCGTTTGTATACATCAAAGGTCAACCATTTCAACTTGA
Alignments
lowQualScore : 222 1111111 111111111111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 11 22222 3333333 2222 1 2222222 11 1 1 111 44444444444 11 1111 222222 11 11111 11 22222222 1
lowQualScore : 4 222 1 3333333 66 222222222222 55 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 6 4 00 22222 2222222 555 2 4 2 4444 0 0000000 33 0 1 6 8 000 0 1 99 3 1 1 0 3333 44444444444 1 11 3 1 8 99 1 8 22 1111 8 333333 1 99 0 11 3 33 0 1 88 7 3 1 5 3 22222 0 5 3 888 22 888 1 4 22222222 2
lowQualScore : . ... . ....... .. ............ .. . ........................................................................................... . . . .. ..... ....... ... . . . .... . ....... .. . . . . ... . . .. . . . . .... ........... . .. . . . .. . . .. .... . ...... . .. . .. . .. . . .. . . . . . ..... . . . ... .. ... . . ........ .
lowQualScore : 0 555 4 0000000 66 444444444444 00 4 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 7 4 66 22222 0000000 555 5 0 5 0000 0 2222222 88 0 0 0 0 888 8 4 22 3 0 0 8 4444 44444444444 0 00 2 4 0 00 0 0 22 8888 8 000000 4 66 6 44 8 11 7 7 00 9 0 4 0 4 55555 4 0 0 888 22 888 0 0 55555555 0
consensus : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAAT-GTANTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGATT----------G--T--AC-TA-GT--AT-TA-AC-ATCAAAGGTCAA-C--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TCG-GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCAAT-G--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTA-GAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NTGA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
Reference ( family-3987 ) : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAAT-GTNNNAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------NA------------GT------T--------AAG-----AAATTGATT----------G--T--ACGTA-GTA-AT-TA-AC-ATCAAAGGTC-A-C--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACANGTCG-GT-TCG-GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATNGAGTTAGNAATTAAGAAATTGACCAAT-G--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATGAGGGAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAN-CAGANC-GATNAGGT-AA-ATGGG------AGACAGACCTTGCCGAGGTTAACATGNTAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAACATGNTAGTTTGTGAATTA-GAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGATA---A--ATAT---AAACATNTGAA-TAAA-NTGA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|1 : ATTATGGTAGTTGAGAACTGGTATAAT-GTTTTAAAATTCATAAA-------TTGGTTTAAT------GT----TTT-AAGGTG-----------TA------------GT------T--------AAG-----AAGTTG--T----------G--T--ACCTA-GTA-AT-TA-AC-ATCAAATGTC-A-CTGCAAGTC-----AATGA-------TGACAGACAGCTGCAGATGATGTG----CAAGATATAACCCTA-GG---TT--TATCACTAATAAAATATGACAGGTCA-GT-TTG-GGATAATATATATGCGGGTTCAA--TATGGACTGAGTAATTAAGAAATTGACTTAT-A--A-CCA--GGTAGTAATTGAAGTTGACCAATCAGGAAAAAGGGCACGAGGCCTTTTTGGGAGTGTAATAAAA-CAGAAC-GATGGAGT-AA-GTGAG------AGACAAGCCTTGCTAAGAGTAACATGCTAGATTTAGATAGATGTTTTTGAGGTTAAGATGTTAATTTGTGCATTA-G-ATTTATTTAG-----AAATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--ATAT---AAACGTTTAAA-TAAA-ATGACT-TTAAATTGAACCACCCT-GTTTGAGTGTCAGTTATGCCA
gi|10 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAAT-GT-ATACAATTCTTAAA-------TTTTGTTAAT------AT----TTA-AAAATG-----------GA------------GT------TGTAGAGTGGAG-----AAATCAGTT----------G--T--AT--------------AC-ATCAAAGGTC-A-CT-CATGTC-----A
gi|11 : tgttatTTAGACATACCTTAGTGAGGTTAACATGGTAGTTTATGAAGTA-GAACTTGGTTAG-----AGAAAGAAAA-AAATATTAATA---A--TTAT---ATAAATGTGAA-TAAA-G----------------CCAACCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCctta
gi|12 : ATTATGTTAGTTAAGAATTCTTTTAAT-GTAT-AAAATTCTTAAA-------TTGTGTTAAT------AT----TTA-AAAATGGAGTTTGCGCAGA------------GT------T--------AAG-----AAATTGATT----------G--T--AT--------------AC-ATCAAAGGTCAA-C--CATGTC-----AA
gi|13 : ttatTTAAATTATGGAGTTAGTTATTAAGAA-TTGACCATTTG--T-A-A--GGTAATAAT--GAGTTAACCAATGGGGGAATAAGACTCGAGGCCGTTTTGGTAGGGTGG-GAAG-TATAGC-c
gi|14 : TAATTT-TGAATTA-GAACTTAGACAG-----AGATAGAAAC-AAATATTTATA---ATTATAT---AATTATGTGAA-TAAACTTGA-G-TTAAATGAAAACACCTTAGTTTGAATGTCTGTTATGCCtagatagt
gi|15 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTCATAAT-GT-GTAAAATTCTTAAA-------TTG------T------GT----TTT-A----G-----------AA------------GT------G--------GAG-----AAATTATTT----------G--T------------AT-T---C-AGC-AAGGTCAA-C--CATGTC-----A
gi|16 : tgttatATTATGGTATTTAAGAATTCTTATAAA-AT-ATAAATTTCTTAAA---------GT-----------------------AGAT---------------------------T------T--------AAG-----AAATCGTTT----------G--T--AT--------------AC-ATCAAAGGTCAA-C--CATTTC-----AAc
gi|17 : gctatACACAGCCTCA-GGGTTCT--TGTCAT--ATAGAA-ATGACAGGTCG-TT-TAATGGATAAGACATGAGTGTGTTTAA--TGTAAAGTTcttga
gi|18 : TTATGGTAGTTGAGAATTTTTATAAT-GTATAAAAAATCATAAA-------TTGATTTAAT------AT----TTG-TATATG-----------GA------------G
gi|19 : --ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-ATGACT-TTAAATGAAACCACCCTATTTTGAGTGTCTGTTATGC
gi|2 : tTTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAAT-GGATAAAAGCTCATGAA-------TTGATTCAAT------AT----TTT-AAAATG-----------GA------------GT------TTAAAGCA-AAGCTAGAAAGTTGATTATATACAAAGG--T--ACATA-GGT-ATATA-AC-ATCAAAGGTC-AAC--CATGTCGAAATAATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GT---CT--TATCAT--ATAGAG-ATGACATGTTG-GTCTTG-TGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATTGACTTAGAAATTACGAAATTGACCAAT-A--ACC-AATAATAGTGAT--GAACTGACCTATCAGGGAAAAGGGCTCGAGGATTTTTTGGTAATGTGA-AAAA-CAGAAT-GATATGGT-CA-GTCAG------AGAAAAACCTTGCAGAGGGTAACATGC-----TTCG------CTT----AGGTTAAGATGTTAACTTGCGACTTA-GAAAATATATAGTATATAGTTAGAAAC-AATAATTGAGA---A--ATAa
gi|20 : TCTGAA-TAAA-ATGAAT-TTTTATGAAACCATCCT-GTATGCGTGTCTGTTATGCCA
gi|21 : tgtgA-TACA-CCGAGT-TTAGATGAAACCATCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|22 : atgttt-TTAAATGACGCCATCCTACTTTGAGTGTATGTTATGCC
gi|23 : ag-T-TTAAATAAAACAACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTAT
gi|24 : cAATGAAACCATCCT-GTTTGAGTGTCTGTTGTGCCA
gi|25 : AAACCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATACCA
gi|3 : ATGTAGCCTTATGG---TTATTGTCAT--TTAGAG-ATGACAATCCGTGT-TCG-GGGTAAGAT-TAGGAGTGTTTAA--TATAGAGATAGTAATTAAGAAAATGA------G--A---A--GTTAGTTAT--GAGTTGACCAGTGCGGAAATAAAGCTCATTGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AGGGTCAATTT-TATGAGGTTAACATGGGGGTTTTAGACAGACATTGACGAGGTTAGTATAGGAGTTTTAGACAGACCGTACTGAGGTTAACATGGGAGTTTGTGAATTA-GAACTCAGATAC-----AGATGGAAAC-AATTATTGATA---A--TTACTCAAAACATTTGAA-TAAATTTGA-A-TTAAATGAAACCAACCCAGTTTGGGTGTTTGTTATc
gi|4 : CAGCTCGTGT-TTT-GGGTGAGTTAGTGGTTTGTTTAA--------ATTAGAAATCAAGGAATTGATCAAT-GGGA-C----GTTAATAAT--AAGTTGGCCAATAAGGATATAGGGTTCAAAGCCTTTTTGGTTGTATGG-AAAG-AAGAGCTGATTAGGG-AG-AT-GG------AGACATACTTCG-TGAGGTTAACATGATAGGTT-------------GTGA-ATTAA--------------AACCAAGAA---AGAGAG-----AG-----AACAAATTATTGATAGTTA--ACA----AAACATGTGAATTAAA-TTG-------AATTGAGCCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATGCC
gi|5 : gatgaaatgaaaagcaattgtagcctttag------AGACAGACCTTGCTTAGGTCAACATGAGAATTTTAGACAGACTTTGGTCAGACTAACATAAGAGTTTGTGAATTA-AAACTTAGATAG-----TGATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--TTAT---AAATATCTGAA-TAAATTTGA-G-TTAAATGAAACTACCGTAGTT----TATCTGTTATGC
gi|6 : gttttATTATGGTAGTTAAGAATTCTTTTAAT-GT-ATACAATTCTTAAAATGTTTTTTTTTTTAATTTTAAGATGCAATTT-AAAATA-----------GA------------AT------T--------AAG-----AAATTGATT----------GTAT--ACGTAGGTATAT-T--GC-ATCAAAGGTCAA-C--CATGTC-----GA
gi|7 : atAGATAGACTTTAGTGAGGTTTAGATGTTAGCTTGTGAATTA-GATTTTATATAA-----GGATAAAAAC-AATTATTGAGA---AATATAT---AAACATGTGAA-TAAA-ATGA-CGTTAAATGAAACCACCTTAGTTTGAGTGTATGTTATGCCcttaa
gi|8 : ATTATGGTACTTGATAATTTATATAAT-GTATAAGAAATCATAAA-------TTGTTGTTAT------AA----TTT-AAGATG-----------GA------------GTTTTAGAT--------AGGTAACAAAATTG-TT-------------T--ACATATGT---T-TATACAATCAAAGGTCAA-C--CATGAC-----AA
gi|9 : TTATGGTAGTTATAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----GTTAAAGATG-----------AAATTTAAAGTAATGT------T--------AAG-----CAATTGATT----------G--TAAACATAGGTA-AA-TA-AC-ATCAAAGATCAA-C--CATGTCGTCGTAATGActtaa
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111111 111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22222 3333333 2222 1 2222222 11 1 1 4444444444444444 11 1111 222222 11111 11 222222222 1
lowQualScore : 88 1 3333333 66 222222222222 55 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 66 22222 2222222 1 1 1 1 1 4444 0 0000000 33 0 0 888 0 1 99 3 1 1 3 3333333333333333 1 11 1 1 8 8 1 8 11 1111 8 333333 1 5 0 99 3 33 0 1 88 1 1 2 1 3 22222 0 5 1 888 22 888 4 222222222 2
lowQualScore : .. . ....... .. ............ .. . ........................................................................................ . .. ..... ....... . . . . . .... . ....... .. . . ... . . .. . . . . ................ . .. . . . . . . .. .... . ...... . . . .. . .. . . .. . . . . . ..... . . . ... .. ... . ......... .
lowQualScore : 99 4 0000000 66 444444444444 00 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 11 22222 0000000 0 0 0 0 0 0000 0 2222222 88 0 6 888 8 4 22 7 0 4 8 6666666666666666 0 00 0 4 0 0 4 0 55 8888 8 000000 4 0 6 88 8 11 7 7 00 0 0 2 4 4 55555 4 0 0 888 22 888 0 555555555 0
consensus : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GTT--------AAG-----AAATTGNTT----------GT--AT---TA-G---T-A-T-TA-ACA-TCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTGGGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
Reference ( family-3987 ) : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTANTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GTT--------AAG-----AAATTGATT----------GT--AC---TA-G---T-A-T-TA-ACA-TCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TCGGGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|1 : ATTATGGTAGTTGAGAACTGGTATAATGTTTTAAAATTCATAAA-------TTGGTTTAAT------GT----TTT-AAGGTG-----------TA------------GTT--------AAG-----AAGTTG--T----------GT--ACC--TA-G---T-AAT-TA-ACA-TCAAATGTCA-CTGCAAGTC-----AATGA-------TGACAGACAGCTGCAGATGATGTG----CAAGATATAACCCTA-GG---TT--TATCACTAATAAAATATGACAGGTCA-GT-TTGGGATAATATATATGCGGGTTCAA--TATGGACTGAGTAATTAAGAAATTGACTT-ATA--A-CCA--GGTAGTAATTGAAGTTGACCAATCAGGAAAAAGGGCACGAGGCCTTTTTGGGAGTGTAATAAAA-CAGAAC-GATGGAGT-AA-GTGAG------AGACAAGCCTTGCTAAGAGTAACATGCTAGATTTAGATAGATGTTTTTGAGGTTAAGATGTTAATTTGTGCATTAG-ATTTATTTAG-----AAATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--ATAT---AAACGTTTAAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATTGAACCACCCT-GTTTGAGTGTCAGTTATGCCA
gi|10 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTA-TACAATTCTTAAA-------TTTTGTTAAT------AT----TTA-AAAATG-----------GA------------GTTGTAGAGTGGAG-----AAATCAGTT----------GT--AT-------------------ACA-TCAAAGGTCACT--CATGTC-----A
gi|11 : tgttatTTAGACATACCTTAGTGAGGTTAACATGGTAGTTTATGAAGTAGAACTTGGTTAG-----AGAAAGAAAA-AAATATTAATA---A--TTAT---ATAAATGTGAA-TAAA-G-----------------CCAACCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCctta
gi|12 : ATTATGTTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTA-TAAAATTCTTAAA-------TTGTGTTAAT------AT----TTA-AAAATGGAGTTTGCGCAGA------------GTT--------AAG-----AAATTGATT----------GT--AT-------------------ACA-TCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AA
gi|13 : ttatTTAAATTATGGAGTTAGTTATTAAG-AATTGACCATTTG--T-A-A--GGTAATAAT--GAGTTAACCAATGGGGGAATAAGACTCGAGGCCGTTTTGGTAGGGTGG-GAAG-TATAGC-c
gi|14 : TAATTT-TGAATTAGAACTTAGACAG-----AGATAGAAAC-AAATATTTATA---ATTATAT---AATTATGTGAA-TAAA-CTTGA-G-TTAAATGAAAACACCTTAGTTTGAATGTCTGTTATGCCtagatagt
gi|15 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTCATAATGT-GTAAAATTCTTAAA-------TTG------T------GT----TTT-A----G-----------AA------------GTG--------GAG-----AAATTATTT----------GT--AT---T----------------CA-GC-AAGGTCAAC--CATGTC-----A
gi|16 : tgttatATTATGGTATTTAAGAATTCTTATAAAATA-TAAATTTCTTAAA---------GT-----------------------AGAT---------------------------TT--------AAG-----AAATCGTTT----------GT--AT-------------------ACA-TCAAAGGTCAAC--CATTTC-----AAc
gi|17 : gctatACACAGCCTCA-GGGTTCT--TGTCAT--ATAGAA-ATGACAGGTCGTTT-AATGGATAAGACATGAGTGTGTTTAA--TGTAAAGTTcttga
gi|18 : TTATGGTAGTTGAGAATTTTTATAATGTATAAAAAATCATAAA-------TTGATTTAAT------AT----TTG-TATATG-----------GA------------G
gi|19 : --ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATGAAACCACCCTATTTTGAGTGTCTGTTATGC
gi|2 : tTTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGGATAAAAGCTCATGAA-------TTGATTCAAT------AT----TTT-AAAATG-----------GA------------GTTTAAAGCA-AAGCTAGAAAGTTGATTATATACAAAGGT--ACA--TA-GG--T-A-TATA-ACA-TCAAAGGTCAAC--CATGTCGAAATAATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GT---CT--TATCAT--ATAGAG-ATGACATGTTG-GTCTTGTGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATTGACTTAGAAATTACGAAATTGACCA-ATA--ACC-AATAATAGTGAT--GAACTGACCTATCAGGGAAAAGGGCTCGAGGATTTTTTGGTAATGTGA-AAAA-CAGAAT-GATATGGT-CA-GTCAG------AGAAAAACCTTGCAGAGGGTAACATGC-----TTCG------CTT----AGGTTAAGATGTTAACTTGCGACTTAGAAAATATATAGTATATAGTTAGAAAC-AATAATTGAGA---A--ATAa
gi|20 : TGAA-TAAA-AT-GAAT-TTTTATGAAACCATCCT-GTATGCGTGTCTGTTATGCCA
gi|21 : tgtgtcATGTTTA-TACA-CC-GAGT-TTAGATGAAACCATCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|22 : -TTAAATGACGCCATCCTACTTTGAGTGTATGTTATGCC
gi|23 : ag-T-TTAAATAAAACAACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTAT
gi|24 : cAATGAAACCATCCT-GTTTGAGTGTCTGTTGTGCCA
gi|25 : AAACCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATACCA
gi|3 : ATGTAGCCTTATGG---TTATTGTCAT--TTAGAG-ATGACAATCCGTGT-TCGGGGTAAGAT-TAGGAGTGTTTAA--TATAGAGATAGTAATTAAGAAAATGA------G--A---A--GTTAGTTAT--GAGTTGACCAGTGCGGAAATAAAGCTCATTGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AGGGTCAATTT-TATGAGGTTAACATGGGGGTTTTAGACAGACATTGACGAGGTTAGTATAGGAGTTTTAGACAGACCGTACTGAGGTTAACATGGGAGTTTGTGAATTAGAACTCAGATAC-----AGATGGAAAC-AATTATTGATA---A--TTACTCAAAACATTTGAA-TAAATTT-GA-A-TTAAATGAAACCAACCCAGTTTGGGTGTTTGTTATc
gi|4 : CAGCTCGTGT-TTTGGGTGAGTTAGTGGTTTGTTTAA--------ATTAGAAATCAAGGAATTGATCA-ATGGGA-C----GTTAATAAT--AAGTTGGCCAATAAGGATATAGGGTTCAAAGCCTTTTTGGTTGTATGG-AAAG-AAGAGCTGATTAGGG-AG-AT-GG------AGACATACTTCG-TGAGGTTAACATGATAGGTT-------------GTGA-ATTAAAA--CCA-----------AGAA---AGAGAG-----AG-----AACAAATTATTGATAGTTA--ACA----AAACATGTGAATTAAA-TT-G-------AATTGAGCCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATGCC
gi|5 : gatgaaatgaaaagcaattgtagcctttag------AGACAGACCTTGCTTAGGTCAACATGAGAATTTTAGACAGACTTTGGTCAGACTAACATAAGAGTTTGTGAATTAAAACTTAGATAG-----TGATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--TTAT---AAATATCTGAA-TAAATTT-GA-G-TTAAATGAAACTACCGTAGTT----TATCTGTTATGC
gi|6 : gttttATTATGGTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTA-TACAATTCTTAAAATGTTTTTTTTTTTAATTTTAAGATGCAATTT-AAAATA-----------GA------------ATT--------AAG-----AAATTGATT----------GT--ATACGTA-GGTAT-A-T-T--GCA-TCAAAGGTCAAC--CATGTC-----GA
gi|7 : atAGATAGACTTTAGTGAGGTTTAGATGTTAGCTTGTGAATTAGATTTTATATAA-----GGATAAAAAC-AATTATTGAGA---AATATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GA-CGTTAAATGAAACCACCTTAGTTTGAGTGTATGTTATGCCcttaa
gi|8 : ATTATGGTACTTGATAATTTATATAATGTATAAGAAATCATAAA-------TTGTTGTTAT------AA----TTT-AAGATG-----------GA------------GTTTTAGAT--AGGTAACAAAATTGTTT----------AC--A----TATG---T---T-TATACAATCAAAGGTCAAC--CATGAC-----AA
gi|9 : ATTATGGTAGTTA------------------TAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----GTTAAAGATG-----------AAATTTAAAGTAATGTT--------AAG-----CAATTGATT----------GTAAACA--TAGG---TAA-A-TA-ACA-TCAAAGATCAAC--CATGTCGTCGTAATGActtaa
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555 22222 111111111111111111111111111111 22222 3333333 2222 1 2222222 11 1 11 11 4444444444444444 11 1111 222222 11111 11 222222222 1
lowQualScore : 66 1 3333333 66 222222222222 1 55 333333333333333333333333333333333333333333 22222 5 000000000000000000000000000000 4 66 22222 2222222 1 1 1 1 1 4444 0 0000000 33 0 88 8 11 0 1 99 3 1 1 3 3333333333333333 1 11 1 1 8 8 1 8 11 1111 8 333333 1 5 0 99 3 33 0 1 88 1 1 2 1 3 22222 0 5 1 888 22 888 4 222222222 2
lowQualScore : .. . ....... .. ............ . .. .......................................... ..... . .............................. . .. ..... ....... . . . . . .... . ....... .. . .. . .. . . .. . . . . ................ . .. . . . . . . .. .... . ...... . . . .. . .. . . .. . . . . . ..... . . . ... .. ... . ......... .
lowQualScore : 77 4 0000000 66 444444444444 0 44 222222222222222222222222222222222222222222 22222 3 888888888888888888888888888888 4 11 22222 0000000 0 0 0 0 0 0000 0 2222222 88 0 66 0 00 8 4 22 7 0 4 8 6666666666666666 0 00 0 4 0 0 4 0 55 8888 8 000000 4 0 6 88 8 11 7 7 00 0 0 2 4 4 55555 4 0 0 888 22 888 0 555555555 0
consensus : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTTAA-GATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGTA----T-----------T-G---TA-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
Reference ( family-3987 ) : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTTAA-GATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGTA----T-----------TAG---TA-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|1 : ATTATGGTAGTTGAGAACTGGTATAATGTTTTAAAATTCATAAA-------TTGGTTTAAT------GT----TTTAA-GGTG-----------TA------------GT------T--------AAG-----AAGTTG--TGTA----CC----------TAG---TAAT-TA-AC-ATCAAATGTCA-CTGCAAGTC-----AATGA-------TGACAGACAGCTGCAGATGATGTG----CAAGATATAACCCTA-GG---TT--TATCACTAATAAAATATGACAGGTCA-GT-TTG--GGATAATATATATGCGGGTTCAA--TATGGACTGAGTAATTAAGAAATTGACTT-ATA--A-CCA--GGTAGTAATTGAAGTTGACCAATCAGGAAAAAGGGCACGAGGCCTTTTTGGGAGTGTAATAAAA-CAGAAC-GATGGAGT-AA-GTGAG------AGACAAGCCTTGCTAAGAGTAACATGCTAGATTTAGATAGATGTTTTTGAGGTTAAGATGTTAATTTGTGCATTAG-ATTTATTTAG-----AAATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--ATAT---AAACGTTTAAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATTGAACCACCCT-GTTTGAGTGTCAGTTATGCCA
gi|10 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTA-TACAATTCTTAAA-------TTTTGTTAAT------AT----TTAAA-AATG-----------GA------------GT------TGTAGAGTGGAG-----AAATCAGTTGTA----T-------------------------AC-ATCAAAGGTCACT--CATGTC-----A
gi|11 : tgttatTTAGACATACCTTAGTGAGGTTAACATGGTAGTTTATGAAGTAGAACTTGGTTAG-----AGAAAGAAAA-AAATATTAATA---A--TTAT---ATAAATGTGAA-TAAA-G-----------------CCAACCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCctta
gi|12 : ATTATGTTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTAT-AAAATTCTTAAA-------TTGTGTTAAT------AT----TTAAA-AATGGAGTTTGCGCAGA------------GT------T--------AAG-----AAATTGATTGTA----T-------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AA
gi|13 : ttatTTAAATTATGGAGTTAGTTATTAAG-AATTGACCATTTG--T-A-A--GGTAATAAT--GAGTTAACCAATGGGGGAATAAGACTCGAGGCCGTTTTGGTAGGGTGG-GAAG-TATAGC-c
gi|14 : TAATTT-TGAATTAGAACTTAGACAG-----AGATAGAAAC-AAATATTTATA---ATTATAT---AATTATGTGAA-TAAA-CTTGA-G-TTAAATGAAAACACCTTAGTTTGAATGTCTGTTATGCCtagatagt
gi|15 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTCATAATGTG-TAAAATTCTTAAA-------TTG------T------GT----TTTA-----G-----------AA------------GT------G--------GAG-----AAATTATTTGTA----T-----------T--------------C-AGC-AAGGTCAAC--CATGTC-----A
gi|16 : tgttatATTATGGTATTTAAGAATTCTTATAAAATAT-AAATTTCTTAAA---------GT----------------------A-GAT---------------------------T------T--------AAG-----AAATCGTTTGTA----T-------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATTTC-----AAc
gi|17 : gctatACACAGCCTCA-GGGTTCT--TGTCAT--ATAGAA-ATGACAGGTC--GT-TTAATGGATAAGACATGAGTGTGTTTAA--TGTAAAGTTcttga
gi|18 : TTATGGTAGTTGAGAATTTTTATAATGTATAAAAAATCATAAA-------TTGATTTAAT------AT----TTGTA-TATG-----------GA------------G
gi|19 : --ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATGAAACCACCCTATTTTGAGTGTCTGTTATGC
gi|2 : tTTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGGATAAAAGCTCATGAA-------TTGATTCAAT------AT----TTTAA-AATG-----------GA------------GT------TTAAAGCA-AAGCTAGAAAGTTGATTATA----TACAAAGGTACATAGG--TA-TATA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTCGAAATAATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GT---CT--TATCAT--ATAGAG-ATGACATGTTG-GTCTTG--TGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATTGACTTAGAAATTACGAAATTGACCA-ATA--ACC-AATAATAGTGAT--GAACTGACCTATCAGGGAAAAGGGCTCGAGGATTTTTTGGTAATGTGA-AAAA-CAGAAT-GATATGGT-CA-GTCAG------AGAAAAACCTTGCAGAGGGTAACATGC-----TTCG------CTT----AGGTTAAGATGTTAACTTGCGACTTAGAAAATATATAGTATATAGTTAGAAAC-AATAATTGAGA---A--ATAa
gi|20 : TGAA-TAAA-AT-GAAT-TTTTATGAAACCATCCT-GTATGCGTGTCTGTTATGCCA
gi|21 : tgtgtcATGTTTA-TACA-CC-GAGT-TTAGATGAAACCATCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|22 : -TTAAATGACGCCATCCTACTTTGAGTGTATGTTATGCC
gi|23 : ag-T-TTAAATAAAACAACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTAT
gi|24 : cAATGAAACCATCCT-GTTTGAGTGTCTGTTGTGCCA
gi|25 : AAACCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATACCA
gi|3 : ATGTAGCCTTATGG---TTATTGTCAT--TTAGAG-ATGACAATCCGTGT-TCG--GGGTAAGAT-TAGGAGTGTTTAA--TATAGAGATAGTAATTAAGAAAATGA------G--A---A--GTTAGTTAT--GAGTTGACCAGTGCGGAAATAAAGCTCATTGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AGGGTCAATTT-TATGAGGTTAACATGGGGGTTTTAGACAGACATTGACGAGGTTAGTATAGGAGTTTTAGACAGACCGTACTGAGGTTAACATGGGAGTTTGTGAATTAGAACTCAGATAC-----AGATGGAAAC-AATTATTGATA---A--TTACTCAAAACATTTGAA-TAAATTT-GA-A-TTAAATGAAACCAACCCAGTTTGGGTGTTTGTTATc
gi|4 : CAGCTCGTGT-TTT--GGGTGAGTTAGTGGTTTGTTTAA--------ATTAGAAATCAAGGAATTGATCA-ATGGGA-C----GTTAATAAT--AAGTTGGCCAATAAGGATATAGGGTTCAAAGCCTTTTTGGTTGTATGG-AAAG-AAGAGCTGATTAGGG-AG-AT-GG------AGACATACTTCG-TGAGGTTAACATGATAGGTT-------------GTGA-ATTAAAA--CCA-----------AGAA---AGAGAG-----AG-----AACAAATTATTGATAGTTA--ACA----AAACATGTGAATTAAA-TT-G-------AATTGAGCCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATGCC
gi|5 : gatgaaatgaaaagcaattgtagcctttag------AGACAGACCTTGCTTAGGTCAACATGAGAATTTTAGACAGACTTTGGTCAGACTAACATAAGAGTTTGTGAATTAAAACTTAGATAG-----TGATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--TTAT---AAATATCTGAA-TAAATTT-GA-G-TTAAATGAAACTACCGTAGTT----TATCTGTTATGC
gi|6 : gttttATTATGGTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTA-TACAATTCTTAAAATGTTTTTTTTTTTAATTTTAAGATGCAATTTAA-AATA-----------GA------------AT------T--------AAG-----AAATTGATTGTA----TACG--------TAGGTATA-T-T--GC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----GA
gi|7 : atAGATAGACTTTAGTGAGGTTTAGATGTTAGCTTGTGAATTAGATTTTATATAA-----GGATAAAAAC-AATTATTGAGA---AATATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GA-CGTTAAATGAAACCACCTTAGTTTGAGTGTATGTTATGCCcttaa
gi|8 : ATTATGGTACTTGATAATTTATATAATGTATAAGAAATCATAAA-------TTGTTGTTAT------AA----TTTAA-GATG-----------GA------------GTTTTAGAT--------AGGTAACAAAATTGTTTACA----T-----------ATG---T--T-TATACAATCAAAGGTCAAC--CATGAC-----AA
gi|9 : ATTATGGTAGTTA------------------TAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----GTTAAAGATG-----------AAATTTAAAGTAATGT------T--------AAG-----CAATTGATTGTAAACAT-----------AGG---TA-AATA-AC-ATCAAAGATCAAC--CATGTCGTCGTAATGActtaa
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111
lowQualScore : 11 1111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555 22222 000000000000000000000000 22222 3333333 2222 1 2222222 11 1 11 11 4444444444444444 11 1111 222222 11111 11 222222222 1
lowQualScore : 66 1 3333333 66 222222222222 55 1 333333333333333333333333333333333333333333 22222 5 9999 66 999999999999999999999999 4 66 22222 2222222 1 1 1 1 1 4444 0 0000000 33 0 88 8 11 0 1 99 3 1 1 3 3333333333333333 1 11 1 1 8 8 1 8 11 1111 8 333333 1 5 0 99 3 33 0 1 88 1 1 2 1 3 22222 0 5 1 888 22 888 4 222222222 2
lowQualScore : .. . ....... .. ............ .. . .......................................... ..... . .... .. ........................ . .. ..... ....... . . . . . .... . ....... .. . .. . .. . . .. . . . . ................ . .. . . . . . . .. .... . ...... . . . .. . .. . . .. . . . . . ..... . . . ... .. ... . ......... .
lowQualScore : 77 4 0000000 66 444444444444 00 4 222222222222222222222222222222222222222222 22222 3 4444 11 000000000000000000000000 4 11 22222 0000000 0 0 0 0 0 0000 0 2222222 88 0 66 0 00 8 4 22 7 0 4 8 6666666666666666 0 00 0 4 0 0 4 0 55 8888 8 000000 4 0 6 88 8 11 7 7 00 0 0 2 4 4 55555 4 0 0 888 22 888 0 555555555 0
consensus : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----A--TA----------T--GT-A-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
Reference ( family-3987 ) : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----A--T-----------T--GT-A-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|1 : ATTATGGTAGTTGAGAACTGGTATAATGTTTTAAAATTCATAAA-------TTGGTTTAAT------GT----TTT-AAGGTG-----------TA------------GT------T--------AAG-----AAGTTG--TGT----ACCT-----------A--GT-AAT-TA-AC-ATCAAATGTCA-CTGCAAGTC-----AATGA-------TGACAGACAGCTGCAGATGATGTG----CAAGATATAACCCTA-GG---TT--TATCACTAATAAAATATGACAGGTCA-GT-TTG--GGATAATATATATGCGGGTTCAA--TATGGACTGAGTAATTAAGAAATTGACTT-ATA--A-CCA--GGTAGTAATTGAAGTTGACCAATCAGGAAAAAGGGCACGAGGCCTTTTTGGGAGTGTAATAAAA-CAGAAC-GATGGAGT-AA-GTGAG------AGACAAGCCTTGCTAAGAGTAACATGCTAGATTTAGATAGATGTTTTTGAGGTTAAGATGTTAATTTGTGCATTAG-ATTTATTTAG-----AAATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--ATAT---AAACGTTTAAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATTGAACCACCCT-GTTTGAGTGTCAGTTATGCCA
gi|10 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTA-TACAATTCTTAAA-------TTTTGTTAAT------AT----TTA-AAAATG-----------GA------------GT------TGTAGAGTGGAG-----AAATCAGTTGT----A--T------------------------AC-ATCAAAGGTCACT--CATGTC-----A
gi|11 : tgttatTTAGACATACCTTAGTGAGGTTAACATGGTAGTTTATGAAGTAGAACTTGGTTAG-----AGAAAGAAAA-AAATATTAATA---A--TTAT---ATAAATGTGAA-TAAA-G-----------------CCAACCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCctta
gi|12 : ATTATGTTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTAT-AAAATTCTTAAA-------TTGTGTTAAT------AT----TTA-AAAATGGAGTTTGCGCAGA------------GT------T--------AAG-----AAATTGATTGT----A--T------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AA
gi|13 : ttatTTAAATTATGGAGTTAGTTATTAAG-AATTGACCATTTG--T-A-A--GGTAATAAT--GAGTTAACCAATGGGGGAATAAGACTCGAGGCCGTTTTGGTAGGGTGG-GAAG-TATAGC-c
gi|14 : TAATTT-TGAATTAGAACTTAGACAG-----AGATAGAAAC-AAATATTTATA---ATTATAT---AATTATGTGAA-TAAA-CTTGA-G-TTAAATGAAAACACCTTAGTTTGAATGTCTGTTATGCCtagatagt
gi|15 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTCATAATGTG-TAAAATTCTTAAA-------TTG------T------GT----TTT-A----G-----------AA------------GT------G--------GAG-----AAATTATTTGT----A--T-----------T-------------C-AGC-AAGGTCAAC--CATGTC-----A
gi|16 : tgttatATTATGGTATTTAAGAATTCTTATAAAATAT-AAATTTCTTAAA---------GT-----------------------AGAT---------------------------T------T--------AAG-----AAATCGTTTGT----A--T------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATTTC-----AAc
gi|17 : gctatACACAGCCTCA-GGGTTCT--TGTCAT--ATAGAA-ATGACAGGTC--GT-TTAATGGATAAGACATGAGTGTGTTTAA--TGTAAAGTTcttga
gi|18 : TTATGGTAGTTGAGAATTTTTATAATGTATAAAAAATCATAAA-------TTGATTTAAT------AT----TTG-TATATG-----------GA------------G
gi|19 : --ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATGAAACCACCCTATTTTGAGTGTCTGTTATGC
gi|2 : tTTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGGATAAAAGCTCATGAA-------TTGATTCAAT------AT----TTT-AAAATG-----------GA------------GT------TTAAAGCA-AAGCTAGAAAGTTGATTAT----A--TACAAAGGTACATAGGT-A-TATA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTCGAAATAATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GT---CT--TATCAT--ATAGAG-ATGACATGTTG-GTCTTG--TGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATTGACTTAGAAATTACGAAATTGACCA-ATA--ACC-AATAATAGTGAT--GAACTGACCTATCAGGGAAAAGGGCTCGAGGATTTTTTGGTAATGTGA-AAAA-CAGAAT-GATATGGT-CA-GTCAG------AGAAAAACCTTGCAGAGGGTAACATGC-----TTCG------CTT----AGGTTAAGATGTTAACTTGCGACTTAGAAAATATATAGTATATAGTTAGAAAC-AATAATTGAGA---A--ATAa
gi|20 : TGAA-TAAA-AT-GAAT-TTTTATGAAACCATCCT-GTATGCGTGTCTGTTATGCCA
gi|21 : tgtgtcATGTTTA-TACA-CC-GAGT-TTAGATGAAACCATCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|22 : -TTAAATGACGCCATCCTACTTTGAGTGTATGTTATGCC
gi|23 : ag-T-TTAAATAAAACAACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTAT
gi|24 : cAATGAAACCATCCT-GTTTGAGTGTCTGTTGTGCCA
gi|25 : AAACCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATACCA
gi|3 : ATGTAGCCTTATGG---TTATTGTCAT--TTAGAG-ATGACAATCCGTGT-TCG--GGGTAAGAT-TAGGAGTGTTTAA--TATAGAGATAGTAATTAAGAAAATGA------G--A---A--GTTAGTTAT--GAGTTGACCAGTGCGGAAATAAAGCTCATTGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AGGGTCAATTT-TATGAGGTTAACATGGGGGTTTTAGACAGACATTGACGAGGTTAGTATAGGAGTTTTAGACAGACCGTACTGAGGTTAACATGGGAGTTTGTGAATTAGAACTCAGATAC-----AGATGGAAAC-AATTATTGATA---A--TTACTCAAAACATTTGAA-TAAATTT-GA-A-TTAAATGAAACCAACCCAGTTTGGGTGTTTGTTATc
gi|4 : CAGCTCGTGT-TTT--GGGTGAGTTAGTGGTTTGTTTAA--------ATTAGAAATCAAGGAATTGATCA-ATGGGA-C----GTTAATAAT--AAGTTGGCCAATAAGGATATAGGGTTCAAAGCCTTTTTGGTTGTATGG-AAAG-AAGAGCTGATTAGGG-AG-AT-GG------AGACATACTTCG-TGAGGTTAACATGATAGGTT-------------GTGA-ATTAAAA--CCA-----------AGAA---AGAGAG-----AG-----AACAAATTATTGATAGTTA--ACA----AAACATGTGAATTAAA-TT-G-------AATTGAGCCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATGCC
gi|5 : gatgaaatgaaaagcaattgtagcctttag------AGACAGACCTTGCTTAGGTCAACATGAGAATTTTAGACAGACTTTGGTCAGACTAACATAAGAGTTTGTGAATTAAAACTTAGATAG-----TGATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--TTAT---AAATATCTGAA-TAAATTT-GA-G-TTAAATGAAACTACCGTAGTT----TATCTGTTATGC
gi|6 : gttttATTATGGTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTA-TACAATTCTTAAAATGTTTTTTTTTTTAATTTTAAGATGCAATTT-AAAATA-----------GA------------AT------T--------AAG-----AAATTGATTGT----A--TACGTAGG----T--AT-A-T-T--GC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----GA
gi|7 : atAGATAGACTTTAGTGAGGTTTAGATGTTAGCTTGTGAATTAGATTTTATATAA-----GGATAAAAAC-AATTATTGAGA---AATATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GA-CGTTAAATGAAACCACCTTAGTTTGAGTGTATGTTATGCCcttaa
gi|8 : ATTATGGTACTTGATAATTTATATAATGTATAAGAAATCATAAA-------TTGTTGTTAT------AA----TTT-AAGATG-----------GA------------GTTTTAGAT--------AGGTAACAAAATTGTTTAC----A--TA----------T--GT---T-TATACAATCAAAGGTCAAC--CATGAC-----AA
gi|9 : ATTATGGTAGTTA------------------TAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----GTTAAAGATG-----------AAATTTAAAGTAATGT------T--------AAG-----CAATTGATTGTAAACA--TA----------G--GTAA-A-TA-AC-ATCAAAGATCAAC--CATGTCGTCGTAATGActtaa
Alignments
lowQualScore : 11 1111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555 22222 999999999999999999999999999999 22222 3333333 2222 1 2222222 11 1 11 11 4444444444444444 11 1111 222222 11111 11 222222222 1
lowQualScore : 66 1 3333333 66 222222222222 55 1 333333333333333333333333333333333333333333 22222 5 9999 777777777777777777777777777777 4 66 22222 2222222 1 1 1 1 1 4444 0 0000000 33 0 88 8 11 0 1 99 3 1 1 3 3333333333333333 1 11 1 1 8 8 1 8 11 1111 8 333333 1 5 0 99 3 33 0 1 88 1 1 2 1 3 22222 0 5 1 888 22 888 4 222222222 2
lowQualScore : .. . ....... .. ............ .. . .......................................... ..... . .... .............................. . .. ..... ....... . . . . . .... . ....... .. . .. . .. . . .. . . . . ................ . .. . . . . . . .. .... . ...... . . . .. . .. . . .. . . . . . ..... . . . ... .. ... . ......... .
lowQualScore : 77 4 0000000 66 444444444444 00 4 222222222222222222222222222222222222222222 22222 3 4444 888888888888888888888888888888 4 11 22222 0000000 0 0 0 0 0 0000 0 2222222 88 0 66 0 00 8 4 22 7 0 4 8 6666666666666666 0 00 0 4 0 0 4 0 55 8888 8 000000 4 0 6 88 8 11 7 7 00 0 0 2 4 4 55555 4 0 0 888 22 888 0 555555555 0
consensus : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----ATA-------------G------T-A-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
Reference ( family-3987 ) : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----ATAT------------G------T-A-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|1 : ATTATGGTAGTTGAGAACTGGTATAATGTTTTAAAATTCATAAA-------TTGGTTTAAT------GT----TTT-AAGGTG-----------TA------------GT------T--------AAG-----AAGTTG--TGT----ACCTA-----------G------T-AAT-TA-AC-ATCAAATGTCA-CTGCAAGTC-----AATGA-------TGACAGACAGCTGCAGATGATGTG----CAAGATATAACCCTA-GG---TT--TATCACTAATAAAATATGACAGGTCA-GT-TTG--GGATAATATATATGCGGGTTCAA--TATGGACTGAGTAATTAAGAAATTGACTT-ATA--A-CCA--GGTAGTAATTGAAGTTGACCAATCAGGAAAAAGGGCACGAGGCCTTTTTGGGAGTGTAATAAAA-CAGAAC-GATGGAGT-AA-GTGAG------AGACAAGCCTTGCTAAGAGTAACATGCTAGATTTAGATAGATGTTTTTGAGGTTAAGATGTTAATTTGTGCATTAG-ATTTATTTAG-----AAATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--ATAT---AAACGTTTAAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATTGAACCACCCT-GTTTGAGTGTCAGTTATGCCA
gi|10 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTA-TACAATTCTTAAA-------TTTTGTTAAT------AT----TTA-AAAATG-----------GA------------GT------TGTAGAGTGGAG-----AAATCAGTTGT----AT------------------------------AC-ATCAAAGGTCACT--CATGTC-----A
gi|11 : tgttatTTAGACATACCTTAGTGAGGTTAACATGGTAGTTTATGAAGTAGAACTTGGTTAG-----AGAAAGAAAA-AAATATTAATA---A--TTAT---ATAAATGTGAA-TAAA-G-----------------CCAACCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCctta
gi|12 : ATTATGTTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTAT-AAAATTCTTAAA-------TTGTGTTAAT------AT----TTA-AAAATGGAGTTTGCGCAGA------------GT------T--------AAG-----AAATTGATTGT----AT------------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AA
gi|13 : ttatTTAAATTATGGAGTTAGTTATTAAG-AATTGACCATTTG--T-A-A--GGTAATAAT--GAGTTAACCAATGGGGGAATAAGACTCGAGGCCGTTTTGGTAGGGTGG-GAAG-TATAGC-c
gi|14 : TAATTT-TGAATTAGAACTTAGACAG-----AGATAGAAAC-AAATATTTATA---ATTATAT---AATTATGTGAA-TAAA-CTTGA-G-TTAAATGAAAACACCTTAGTTTGAATGTCTGTTATGCCtagatagt
gi|15 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTCATAATGTG-TAAAATTCTTAAA-------TTG------T------GT----TTT-A----G-----------AA------------GT------G--------GAG-----AAATTATTTGT----AT-------------------------T-CA-GC-----AAGGTCAAC--CATGTC-----A
gi|16 : tgttatATTATGGTATTTAAGAATTCTTATAAAATAT-AAATTTCTTAAA---------GT-----------------------AGAT---------------------------T------T--------AAG-----AAATCGTTTGT----AT------------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATTTC-----AAc
gi|17 : gctatACACAGCCTCA-GGGTTCT--TGTCAT--ATAGAA-ATGACAGGTC--GT-TTAATGGATAAGACATGAGTGTGTTTAA--TGTAAAGTTcttga
gi|18 : TTATGGTAGTTGAGAATTTTTATAATGTATAAAAAATCATAAA-------TTGATTTAAT------AT----TTG-TATATG-----------GA------------G
gi|19 : --ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATGAAACCACCCTATTTTGAGTGTCTGTTATGC
gi|2 : tTTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGGATAAAAGCTCATGAA-------TTGATTCAAT------AT----TTT-AAAATG-----------GA------------GT------TTAAAGCA-AAGCTAGAAAGTTGATTAT----ATACAAAGGTACATAGG------T-A-TATA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTCGAAATAATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GT---CT--TATCAT--ATAGAG-ATGACATGTTG-GTCTTG--TGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATTGACTTAGAAATTACGAAATTGACCA-ATA--ACC-AATAATAGTGAT--GAACTGACCTATCAGGGAAAAGGGCTCGAGGATTTTTTGGTAATGTGA-AAAA-CAGAAT-GATATGGT-CA-GTCAG------AGAAAAACCTTGCAGAGGGTAACATGC-----TTCG------CTT----AGGTTAAGATGTTAACTTGCGACTTAGAAAATATATAGTATATAGTTAGAAAC-AATAATTGAGA---A--ATAa
gi|20 : TGAA-TAAA-AT-GAAT-TTTTATGAAACCATCCT-GTATGCGTGTCTGTTATGCCA
gi|21 : tgtgtcATGTTTA-TACA-CC-GAGT-TTAGATGAAACCATCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|22 : -TTAAATGACGCCATCCTACTTTGAGTGTATGTTATGCC
gi|23 : ag-T-TTAAATAAAACAACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTAT
gi|24 : cAATGAAACCATCCT-GTTTGAGTGTCTGTTGTGCCA
gi|25 : AAACCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATACCA
gi|3 : ATGTAGCCTTATGG---TTATTGTCAT--TTAGAG-ATGACAATCCGTGT-TCG--GGGTAAGAT-TAGGAGTGTTTAA--TATAGAGATAGTAATTAAGAAAATGA------G--A---A--GTTAGTTAT--GAGTTGACCAGTGCGGAAATAAAGCTCATTGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AGGGTCAATTT-TATGAGGTTAACATGGGGGTTTTAGACAGACATTGACGAGGTTAGTATAGGAGTTTTAGACAGACCGTACTGAGGTTAACATGGGAGTTTGTGAATTAGAACTCAGATAC-----AGATGGAAAC-AATTATTGATA---A--TTACTCAAAACATTTGAA-TAAATTT-GA-A-TTAAATGAAACCAACCCAGTTTGGGTGTTTGTTATc
gi|4 : CAGCTCGTGT-TTT--GGGTGAGTTAGTGGTTTGTTTAA--------ATTAGAAATCAAGGAATTGATCA-ATGGGA-C----GTTAATAAT--AAGTTGGCCAATAAGGATATAGGGTTCAAAGCCTTTTTGGTTGTATGG-AAAG-AAGAGCTGATTAGGG-AG-AT-GG------AGACATACTTCG-TGAGGTTAACATGATAGGTT-------------GTGA-ATTAAAA--CCA-----------AGAA---AGAGAG-----AG-----AACAAATTATTGATAGTTA--ACA----AAACATGTGAATTAAA-TT-G-------AATTGAGCCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATGCC
gi|5 : gatgaaatgaaaagcaattgtagcctttag------AGACAGACCTTGCTTAGGTCAACATGAGAATTTTAGACAGACTTTGGTCAGACTAACATAAGAGTTTGTGAATTAAAACTTAGATAG-----TGATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--TTAT---AAATATCTGAA-TAAATTT-GA-G-TTAAATGAAACTACCGTAGTT----TATCTGTTATGC
gi|6 : gttttATTATGGTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTA-TACAATTCTTAAAATGTTTTTTTTTTTAATTTTAAGATGCAATTT-AAAATA-----------GA------------AT------T--------AAG-----AAATTGATTGT----ATAC------------GTAGGTAT-A-T-T--GC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----GA
gi|7 : atAGATAGACTTTAGTGAGGTTTAGATGTTAGCTTGTGAATTAGATTTTATATAA-----GGATAAAAAC-AATTATTGAGA---AATATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GA-CGTTAAATGAAACCACCTTAGTTTGAGTGTATGTTATGCCcttaa
gi|8 : ATTATGGTACTTGATAATTTATATAATGTATAAGAAATCATAAA-------TTGTTGTTAT------AA----TTT-AAGATG-----------GA------------GTTTTAGAT--------AGGTAACAAAATTGTTTAC----ATAT------------G------T---T-TATACAATCAAAGGTCAAC--CATGAC-----AA
gi|9 : ATTATGGTAGTTA------------------TAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----GTTAAAGATG-----------AAATTTAAAGTAATGT------T--------AAG-----CAATTGATTGTAAACATAG------------G------TAA-A-TA-AC-ATCAAAGATCAAC--CATGTCGTCGTAATGActtaa
Alignments
lowQualScore : 11 1111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555 22222 999999999999999999999999 22222 3333333 2222 1 2222222 11 1 11 11 4444444444444444 11 1111 222222 11111 11 222222222 1
lowQualScore : 66 1 3333333 66 222222222222 55 1 333333333333333333333333333333333333333333 22222 5 9999 66 333333333333333333333333 4 66 22222 2222222 1 1 1 1 1 4444 0 0000000 33 0 88 8 11 0 1 99 3 1 1 3 3333333333333333 1 11 1 1 8 8 1 8 11 1111 8 333333 1 5 0 99 3 33 0 1 88 1 1 2 1 3 22222 0 5 1 888 22 888 4 222222222 2
lowQualScore : .. . ....... .. ............ .. . .......................................... ..... . .... .. ........................ . .. ..... ....... . . . . . .... . ....... .. . .. . .. . . .. . . . . ................ . .. . . . . . . .. .... . ...... . . . .. . .. . . .. . . . . . ..... . . . ... .. ... . ......... .
lowQualScore : 77 4 0000000 66 444444444444 00 4 222222222222222222222222222222222222222222 22222 3 4444 11 888888888888888888888888 4 11 22222 0000000 0 0 0 0 0 0000 0 2222222 88 0 66 0 00 8 4 22 7 0 4 8 6666666666666666 0 00 0 4 0 0 4 0 55 8888 8 000000 4 0 6 88 8 11 7 7 00 0 0 2 4 4 55555 4 0 0 888 22 888 0 555555555 0
consensus : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----A--TA-------------GT-A-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
Reference ( family-3987 ) : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----A--TA-------------GT-A-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|1 : ATTATGGTAGTTGAGAACTGGTATAATGTTTTAAAATTCATAAA-------TTGGTTTAAT------GT----TTT-AAGGTG-----------TA------------GT------T--------AAG-----AAGTTG--TGT----ACCTA-------------GT-AAT-TA-AC-ATCAAATGTCA-CTGCAAGTC-----AATGA-------TGACAGACAGCTGCAGATGATGTG----CAAGATATAACCCTA-GG---TT--TATCACTAATAAAATATGACAGGTCA-GT-TTG--GGATAATATATATGCGGGTTCAA--TATGGACTGAGTAATTAAGAAATTGACTT-ATA--A-CCA--GGTAGTAATTGAAGTTGACCAATCAGGAAAAAGGGCACGAGGCCTTTTTGGGAGTGTAATAAAA-CAGAAC-GATGGAGT-AA-GTGAG------AGACAAGCCTTGCTAAGAGTAACATGCTAGATTTAGATAGATGTTTTTGAGGTTAAGATGTTAATTTGTGCATTAG-ATTTATTTAG-----AAATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--ATAT---AAACGTTTAAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATTGAACCACCCT-GTTTGAGTGTCAGTTATGCCA
gi|10 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTA-TACAATTCTTAAA-------TTTTGTTAAT------AT----TTA-AAAATG-----------GA------------GT------TGTAGAGTGGAG-----AAATCAGTTGT----A--T------------------------AC-ATCAAAGGTCACT--CATGTC-----A
gi|11 : tgttatTTAGACATACCTTAGTGAGGTTAACATGGTAGTTTATGAAGTAGAACTTGGTTAG-----AGAAAGAAAA-AAATATTAATA---A--TTAT---ATAAATGTGAA-TAAA-G-----------------CCAACCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCctta
gi|12 : ATTATGTTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTAT-AAAATTCTTAAA-------TTGTGTTAAT------AT----TTA-AAAATGGAGTTTGCGCAGA------------GT------T--------AAG-----AAATTGATTGT----A--T------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AA
gi|13 : ttatTTAAATTATGGAGTTAGTTATTAAG-AATTGACCATTTG--T-A-A--GGTAATAAT--GAGTTAACCAATGGGGGAATAAGACTCGAGGCCGTTTTGGTAGGGTGG-GAAG-TATAGC-c
gi|14 : TAATTT-TGAATTAGAACTTAGACAG-----AGATAGAAAC-AAATATTTATA---ATTATAT---AATTATGTGAA-TAAA-CTTGA-G-TTAAATGAAAACACCTTAGTTTGAATGTCTGTTATGCCtagatagt
gi|15 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTCATAATGTG-TAAAATTCTTAAA-------TTG------T------GT----TTT-A----G-----------AA------------GT------G--------GAG-----AAATTATTTGT----A--T-------------------T-CA-GC-----AAGGTCAAC--CATGTC-----A
gi|16 : tgttatATTATGGTATTTAAGAATTCTTATAAAATAT-AAATTTCTTAAA---------GT-----------------------AGAT---------------------------T------T--------AAG-----AAATCGTTTGT----A--T------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATTTC-----AAc
gi|17 : gctatACACAGCCTCA-GGGTTCT--TGTCAT--ATAGAA-ATGACAGGTC--GT-TTAATGGATAAGACATGAGTGTGTTTAA--TGTAAAGTTcttga
gi|18 : TTATGGTAGTTGAGAATTTTTATAATGTATAAAAAATCATAAA-------TTGATTTAAT------AT----TTG-TATATG-----------GA------------G
gi|19 : --ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATGAAACCACCCTATTTTGAGTGTCTGTTATGC
gi|2 : tTTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGGATAAAAGCTCATGAA-------TTGATTCAAT------AT----TTT-AAAATG-----------GA------------GT------TTAAAGCA-AAGCTAGAAAGTTGATTAT----A--TACAAAGGTACATAGGT-A-TATA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTCGAAATAATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GT---CT--TATCAT--ATAGAG-ATGACATGTTG-GTCTTG--TGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATTGACTTAGAAATTACGAAATTGACCA-ATA--ACC-AATAATAGTGAT--GAACTGACCTATCAGGGAAAAGGGCTCGAGGATTTTTTGGTAATGTGA-AAAA-CAGAAT-GATATGGT-CA-GTCAG------AGAAAAACCTTGCAGAGGGTAACATGC-----TTCG------CTT----AGGTTAAGATGTTAACTTGCGACTTAGAAAATATATAGTATATAGTTAGAAAC-AATAATTGAGA---A--ATAa
gi|20 : TGAA-TAAA-AT-GAAT-TTTTATGAAACCATCCT-GTATGCGTGTCTGTTATGCCA
gi|21 : tgtgtcATGTTTA-TACA-CC-GAGT-TTAGATGAAACCATCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|22 : -TTAAATGACGCCATCCTACTTTGAGTGTATGTTATGCC
gi|23 : ag-T-TTAAATAAAACAACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTAT
gi|24 : cAATGAAACCATCCT-GTTTGAGTGTCTGTTGTGCCA
gi|25 : AAACCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATACCA
gi|3 : ATGTAGCCTTATGG---TTATTGTCAT--TTAGAG-ATGACAATCCGTGT-TCG--GGGTAAGAT-TAGGAGTGTTTAA--TATAGAGATAGTAATTAAGAAAATGA------G--A---A--GTTAGTTAT--GAGTTGACCAGTGCGGAAATAAAGCTCATTGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AGGGTCAATTT-TATGAGGTTAACATGGGGGTTTTAGACAGACATTGACGAGGTTAGTATAGGAGTTTTAGACAGACCGTACTGAGGTTAACATGGGAGTTTGTGAATTAGAACTCAGATAC-----AGATGGAAAC-AATTATTGATA---A--TTACTCAAAACATTTGAA-TAAATTT-GA-A-TTAAATGAAACCAACCCAGTTTGGGTGTTTGTTATc
gi|4 : CAGCTCGTGT-TTT--GGGTGAGTTAGTGGTTTGTTTAA--------ATTAGAAATCAAGGAATTGATCA-ATGGGA-C----GTTAATAAT--AAGTTGGCCAATAAGGATATAGGGTTCAAAGCCTTTTTGGTTGTATGG-AAAG-AAGAGCTGATTAGGG-AG-AT-GG------AGACATACTTCG-TGAGGTTAACATGATAGGTT-------------GTGA-ATTAAAA--CCA-----------AGAA---AGAGAG-----AG-----AACAAATTATTGATAGTTA--ACA----AAACATGTGAATTAAA-TT-G-------AATTGAGCCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATGCC
gi|5 : gatgaaatgaaaagcaattgtagcctttag------AGACAGACCTTGCTTAGGTCAACATGAGAATTTTAGACAGACTTTGGTCAGACTAACATAAGAGTTTGTGAATTAAAACTTAGATAG-----TGATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--TTAT---AAATATCTGAA-TAAATTT-GA-G-TTAAATGAAACTACCGTAGTT----TATCTGTTATGC
gi|6 : gttttATTATGGTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTA-TACAATTCTTAAAATGTTTTTTTTTTTAATTTTAAGATGCAATTT-AAAATA-----------GA------------AT------T--------AAG-----AAATTGATTGT----A--TACGTAG--------GT-A-TATT-GC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----GA
gi|7 : atAGATAGACTTTAGTGAGGTTTAGATGTTAGCTTGTGAATTAGATTTTATATAA-----GGATAAAAAC-AATTATTGAGA---AATATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GA-CGTTAAATGAAACCACCTTAGTTTGAGTGTATGTTATGCCcttaa
gi|8 : ATTATGGTACTTGATAATTTATATAATGTATAAGAAATCATAAA-------TTGTTGTTAT------AA----TTT-AAGATG-----------GA------------GTTTTAGAT--------AGGTAACAAAATTGTTTAC----A--TAT------------GT---T-TATACAATCAAAGGTCAAC--CATGAC-----AA
gi|9 : ATTATGGTAGTTA------------------TAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----GTTAAAGATG-----------AAATTTAAAGTAATGT------T--------AAG-----CAATTGATTGTAAACA--TAG------------GTAA-A-TA-AC-ATCAAAGATCAAC--CATGTCGTCGTAATGActtaa
Alignments
lowQualScore : 11 1111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555 22222 999999999999999999999999 22222 3333333 2222 1 2222222 11 1 11 11 4444444444444444 11 1111 222222 11111 11 222222222 1
lowQualScore : 66 1 3333333 66 222222222222 55 1 333333333333333333333333333333333333333333 22222 5 9999 66 333333333333333333333333 4 66 22222 2222222 1 1 1 1 1 4444 0 0000000 33 0 88 8 11 0 1 99 3 1 1 3 3333333333333333 1 11 1 1 8 8 1 8 11 1111 8 333333 1 5 0 99 3 33 0 1 88 1 1 2 1 3 22222 0 5 1 888 22 888 4 222222222 2
lowQualScore : .. . ....... .. ............ .. . .......................................... ..... . .... .. ........................ . .. ..... ....... . . . . . .... . ....... .. . .. . .. . . .. . . . . ................ . .. . . . . . . .. .... . ...... . . . .. . .. . . .. . . . . . ..... . . . ... .. ... . ......... .
lowQualScore : 77 4 0000000 66 444444444444 00 4 222222222222222222222222222222222222222222 22222 3 4444 11 888888888888888888888888 4 11 22222 0000000 0 0 0 0 0 0000 0 2222222 88 0 66 0 00 8 4 22 7 0 4 8 6666666666666666 0 00 0 4 0 0 4 0 55 8888 8 000000 4 0 6 88 8 11 7 7 00 0 0 2 4 4 55555 4 0 0 888 22 888 0 555555555 0
consensus : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----A--TA-------------GT-A-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
Reference ( family-3987 ) : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----A--TA-------------GT-A-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|1 : ATTATGGTAGTTGAGAACTGGTATAATGTTTTAAAATTCATAAA-------TTGGTTTAAT------GT----TTT-AAGGTG-----------TA------------GT------T--------AAG-----AAGTTG--TGT----ACCTA-------------GT-AAT-TA-AC-ATCAAATGTCA-CTGCAAGTC-----AATGA-------TGACAGACAGCTGCAGATGATGTG----CAAGATATAACCCTA-GG---TT--TATCACTAATAAAATATGACAGGTCA-GT-TTG--GGATAATATATATGCGGGTTCAA--TATGGACTGAGTAATTAAGAAATTGACTT-ATA--A-CCA--GGTAGTAATTGAAGTTGACCAATCAGGAAAAAGGGCACGAGGCCTTTTTGGGAGTGTAATAAAA-CAGAAC-GATGGAGT-AA-GTGAG------AGACAAGCCTTGCTAAGAGTAACATGCTAGATTTAGATAGATGTTTTTGAGGTTAAGATGTTAATTTGTGCATTAG-ATTTATTTAG-----AAATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--ATAT---AAACGTTTAAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATTGAACCACCCT-GTTTGAGTGTCAGTTATGCCA
gi|10 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTA-TACAATTCTTAAA-------TTTTGTTAAT------AT----TTA-AAAATG-----------GA------------GT------TGTAGAGTGGAG-----AAATCAGTTGT----A--T------------------------AC-ATCAAAGGTCACT--CATGTC-----A
gi|11 : tgttatTTAGACATACCTTAGTGAGGTTAACATGGTAGTTTATGAAGTAGAACTTGGTTAG-----AGAAAGAAAA-AAATATTAATA---A--TTAT---ATAAATGTGAA-TAAA-G-----------------CCAACCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCctta
gi|12 : ATTATGTTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTAT-AAAATTCTTAAA-------TTGTGTTAAT------AT----TTA-AAAATGGAGTTTGCGCAGA------------GT------T--------AAG-----AAATTGATTGT----A--T------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AA
gi|13 : ttatTTAAATTATGGAGTTAGTTATTAAG-AATTGACCATTTG--T-A-A--GGTAATAAT--GAGTTAACCAATGGGGGAATAAGACTCGAGGCCGTTTTGGTAGGGTGG-GAAG-TATAGC-c
gi|14 : TAATTT-TGAATTAGAACTTAGACAG-----AGATAGAAAC-AAATATTTATA---ATTATAT---AATTATGTGAA-TAAA-CTTGA-G-TTAAATGAAAACACCTTAGTTTGAATGTCTGTTATGCCtagatagt
gi|15 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTCATAATGTG-TAAAATTCTTAAA-------TTG------T------GT----TTT-A----G-----------AA------------GT------G--------GAG-----AAATTATTTGT----A--T-------------------T-CA-GC-----AAGGTCAAC--CATGTC-----A
gi|16 : tgttatATTATGGTATTTAAGAATTCTTATAAAATAT-AAATTTCTTAAA---------GT-----------------------AGAT---------------------------T------T--------AAG-----AAATCGTTTGT----A--T------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATTTC-----AAc
gi|17 : gctatACACAGCCTCA-GGGTTCT--TGTCAT--ATAGAA-ATGACAGGTC--GT-TTAATGGATAAGACATGAGTGTGTTTAA--TGTAAAGTTcttga
gi|18 : TTATGGTAGTTGAGAATTTTTATAATGTATAAAAAATCATAAA-------TTGATTTAAT------AT----TTG-TATATG-----------GA------------G
gi|19 : --ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATGAAACCACCCTATTTTGAGTGTCTGTTATGC
gi|2 : tTTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGGATAAAAGCTCATGAA-------TTGATTCAAT------AT----TTT-AAAATG-----------GA------------GT------TTAAAGCA-AAGCTAGAAAGTTGATTAT----A--TACAAAGGTACATAGGT-A-TATA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTCGAAATAATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GT---CT--TATCAT--ATAGAG-ATGACATGTTG-GTCTTG--TGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATTGACTTAGAAATTACGAAATTGACCA-ATA--ACC-AATAATAGTGAT--GAACTGACCTATCAGGGAAAAGGGCTCGAGGATTTTTTGGTAATGTGA-AAAA-CAGAAT-GATATGGT-CA-GTCAG------AGAAAAACCTTGCAGAGGGTAACATGC-----TTCG------CTT----AGGTTAAGATGTTAACTTGCGACTTAGAAAATATATAGTATATAGTTAGAAAC-AATAATTGAGA---A--ATAa
gi|20 : TGAA-TAAA-AT-GAAT-TTTTATGAAACCATCCT-GTATGCGTGTCTGTTATGCCA
gi|21 : tgtgtcATGTTTA-TACA-CC-GAGT-TTAGATGAAACCATCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|22 : -TTAAATGACGCCATCCTACTTTGAGTGTATGTTATGCC
gi|23 : ag-T-TTAAATAAAACAACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTAT
gi|24 : cAATGAAACCATCCT-GTTTGAGTGTCTGTTGTGCCA
gi|25 : AAACCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATACCA
gi|3 : ATGTAGCCTTATGG---TTATTGTCAT--TTAGAG-ATGACAATCCGTGT-TCG--GGGTAAGAT-TAGGAGTGTTTAA--TATAGAGATAGTAATTAAGAAAATGA------G--A---A--GTTAGTTAT--GAGTTGACCAGTGCGGAAATAAAGCTCATTGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AGGGTCAATTT-TATGAGGTTAACATGGGGGTTTTAGACAGACATTGACGAGGTTAGTATAGGAGTTTTAGACAGACCGTACTGAGGTTAACATGGGAGTTTGTGAATTAGAACTCAGATAC-----AGATGGAAAC-AATTATTGATA---A--TTACTCAAAACATTTGAA-TAAATTT-GA-A-TTAAATGAAACCAACCCAGTTTGGGTGTTTGTTATc
gi|4 : CAGCTCGTGT-TTT--GGGTGAGTTAGTGGTTTGTTTAA--------ATTAGAAATCAAGGAATTGATCA-ATGGGA-C----GTTAATAAT--AAGTTGGCCAATAAGGATATAGGGTTCAAAGCCTTTTTGGTTGTATGG-AAAG-AAGAGCTGATTAGGG-AG-AT-GG------AGACATACTTCG-TGAGGTTAACATGATAGGTT-------------GTGA-ATTAAAA--CCA-----------AGAA---AGAGAG-----AG-----AACAAATTATTGATAGTTA--ACA----AAACATGTGAATTAAA-TT-G-------AATTGAGCCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATGCC
gi|5 : gatgaaatgaaaagcaattgtagcctttag------AGACAGACCTTGCTTAGGTCAACATGAGAATTTTAGACAGACTTTGGTCAGACTAACATAAGAGTTTGTGAATTAAAACTTAGATAG-----TGATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--TTAT---AAATATCTGAA-TAAATTT-GA-G-TTAAATGAAACTACCGTAGTT----TATCTGTTATGC
gi|6 : gttttATTATGGTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTA-TACAATTCTTAAAATGTTTTTTTTTTTAATTTTAAGATGCAATTT-AAAATA-----------GA------------AT------T--------AAG-----AAATTGATTGT----A--TACGTAG--------GT-A-TATT-GC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----GA
gi|7 : atAGATAGACTTTAGTGAGGTTTAGATGTTAGCTTGTGAATTAGATTTTATATAA-----GGATAAAAAC-AATTATTGAGA---AATATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GA-CGTTAAATGAAACCACCTTAGTTTGAGTGTATGTTATGCCcttaa
gi|8 : ATTATGGTACTTGATAATTTATATAATGTATAAGAAATCATAAA-------TTGTTGTTAT------AA----TTT-AAGATG-----------GA------------GTTTTAGAT--------AGGTAACAAAATTGTTTAC----A--TAT------------GT---T-TATACAATCAAAGGTCAAC--CATGAC-----AA
gi|9 : ATTATGGTAGTTA------------------TAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----GTTAAAGATG-----------AAATTTAAAGTAATGT------T--------AAG-----CAATTGATTGTAAACA--TAG------------GTAA-A-TA-AC-ATCAAAGATCAAC--CATGTCGTCGTAATGActtaa
blockSeqs : TA T ATGTTTT TG TTTAAGATGCAA TA A AAATTTAAAGTAATGTT CTAGA G AAAC . ACAAAGGTACATAGGTATATA A . GAAAT GGTGATA T A G A G ACAA T GTTCT . . GT C AT G AT G G T A CCAATAACCAAT G . G T . T G T AT TAAC C GGTTTT A C GG T AC C AG C G G A C TATAT A T GTT TT TCA T CTTGAG A
blockSeqs : TA T . TG AT A A GAGTTTGCGCAGAGTT TAACA A . . ACGTAGGTATATT . . GTCGT . TTAT . . GT . . G . A G A A CCATTTGTAA A . C A . . A . GA CA G . G A AT G AC C AC G T A G C . . T . AT . . ATGACT A
blockSeqs : TA T . AT AT A G GAGTTGTAGAGTG . T . . AGGTAAATA . . . . CT . . G . . A . T C T G TCAATGGGAC T . G T . . T . TA AG . . T C AG T AC C GG C G A G A . . G . . . . ATGAAT A
blockSeqs : T T . AT GT T T GAGTTTAAAGCA . T . . ATGTTTAT . . . . . . T . A G A . GAA T . A T . . G . . G . C . AT T AG A C G G C . . T . . . . CCGAGT A
blockSeqs : T A . TT AT G A GAGTTTTAGAT . A . . TCA . . . . . A . T G C A G G C . . T . . . . TTTGAA A
blockSeqs : T A . TT AT T A AAGTG . A . . . . . . . . . G T G . T . . G . . . . TTTGAG A
blockSeqs : T T . TT AA T G GAATT . T . . . . . . . . . . . G . . . . ATGACG A
blockSeqs : T A . T AT T G TT . A . . . . . . . . TTG A
blockSeqs : T T . . . . . . G .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqs : .
blockSeqCons : T* ** AGTTA******************* ** G* **
originalCons : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTATTAAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----A--TA-------------GT-A-T-TA-AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
finalCons : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTAT-AAAATTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----A--TAGTTA-------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCG-GT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-C-A--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111111111 555555555555555555555555555555555555555555 22222 9999999999999999999999999999999999999 22222 2222222 2222 1 2222222 11 1 11 11 444444444444444 11 1111 222222 11111 11 222222222 1
lowQualScore : 8 4 4 1 3333333 66 222222222222 55 1 333333333333333333333333333333333333333333 22222 5 3333333333333333333333333333333333333 4 66 22222 3333333 1 1 1 1 1 4444 0 0000000 33 0 99 8 11 0 1 99 3 1 1 3 333333333333333 1 11 1 1 8 8 1 8 11 1111 8 333333 1 5 0 99 3 33 0 1 88 1 1 2 1 3 22222 0 5 1 888 22 888 4 222222222 2
lowQualScore : . . . . ....... .. ............ .. . .......................................... ..... . ..................................... . .. ..... ....... . . . . . .... . ....... .. . .. . .. . . .. . . . . ............... . .. . . . . . . .. .... . ...... . . . .. . .. . . .. . . . . . ..... . . . ... .. ... . ......... .
lowQualScore : 0 0 0 4 0000000 66 444444444444 00 4 222222222222222222222222222222222222222222 22222 3 7777777777777777777777777777777777777 4 11 22222 8888888 0 0 0 0 0 0000 0 2222222 88 0 22 0 00 8 4 22 7 0 4 8 666666666666666 0 00 0 4 0 0 4 0 55 8888 8 000000 4 0 6 88 8 11 7 7 00 0 0 2 4 4 55555 4 0 0 888 22 888 0 555555555 0
consensus : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTAT-AA-AA-TTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----A-----TA-------------G-T---TA----AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCGTGT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--ACCA--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
Reference ( family-3987 ) : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTAT-AA-AA-TTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----TTT-AAGATG-----------GA------------GT------T--------AAG-----AAATTGNTTGT----A-----TA-------------G-T---TA----AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AATGAGGTGATATGACAGACNGNTGNAGANGANGTGACAACAAGATATAGCCTTA-GG---CT--TGTCAT--ATAGAG-ATGACAGGTCG-GT-TTG--GGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATGGAGTTAGTAATTAAGAAATTGACCA-ATG--A-CA--GNTAGTAAT--GAGTTGACCAATNAGGAAATAGGGCTCGAGGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AAAG-CAGAGC-GATGAGGT-AA-GTGGG------AGACAGACCTTGCTGAGGTTAACATGNNAGNTTTAGACAGACCTTAGTGAGGTTAANATGNTAGTTTGTGAATTAGAACTTAGATAG-----AGATAGAAAC-AATTATTGANA---A--ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-NT-GA-T-TTAAATGAAACCACCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|1 : ATTATGGTAGTTGAGAACTGGTATAATGTTTTAA-AA-TTCATAAA-------TTGGTTTAAT------GT----TTT-AAGGTG-----------TA------------GT------T--------AAG-----AAGTTG--TGT----ACCTAGTA-------------A-T---TA----AC-ATCAAATGTC-ACTGCAAGTC-----AATG-------ATGACAGACAGCTGCAGATGATGTG----CAAGATATAACCCTA-GG---TT--TATCACTAATAAAATATGACAGGTCA-GT-TTG--GGATAATATATATGCGGGTTCAA--TATGGACTGAGTAATTAAGAAATTGACTT-ATA--ACCA--GGTAGTAATTGAAGTTGACCAATCAGGAAAAAGGGCACGAGGCCTTTTTGGGAGTGTAATAAAA-CAGAAC-GATGGAGT-AA-GTGAG------AGACAAGCCTTGCTAAGAGTAACATGCTAGATTTAGATAGATGTTTTTGAGGTTAAGATGTTAATTTGTGCATTAG-ATTTATTTAG-----AAATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--ATAT---AAACGTTTAAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATTGAACCACCCT-GTTTGAGTGTCAGTTATGCCA
gi|10 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGTAT-AC-AA-TTCTTAAA-------TTTTGTTAAT------AT----TTA-AAAATG-----------GA------------GT------TGTAGAGTGGAG-----AAATCAGTTGT----A-----T--------------------------AC-ATCAAAGGTCACT--CATGTC-----A
gi|11 : tgttatTTAGACATACCTTAGTGAGGTTAACATGGTAGTTTATGAAGTAGAACTTGGTTAG-----AGAAAGAAAA-AAATATTAATA---A--TTAT---ATAAATGTGAA-TAAA-G-----------------CCAACCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCctta
gi|12 : ATTATGTTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTAT-AA-AA-TTCTTAAA-------TTGTGTTAAT------AT----TTA-AAAATGGAGTTTGCGCAGA------------GT------T--------AAG-----AAATTGATTGT----A-----T--------------------------AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----AA
gi|13 : ttatTTAAATTATGGAGTTAGTTATTAAG-AATTGACCATTTG--T-AA--GGTAATAAT--GAGTTAACCAATGGGGGAATAAGACTCGAGGCCGTTTTGGTAGGGTGG-GAAG-TATAGC-c
gi|14 : TAATTT-TGAATTAGAACTTAGACAG-----AGATAGAAAC-AAATATTTATA---ATTATAT---AATTATGTGAA-TAAA-CTTGA-G-TTAAATGAAAACACCTTAGTTTGAATGTCTGTTATGCCtagatagt
gi|15 : ATTATGGTAGTTAAGAATTCTCATAATGTGT-AA-AA-TTCTTAAA-------TTG------T------GT----TTT-A----G-----------AA------------GT------G--------GAG-----AAATTATTTGT----A-----T----------------T---CA----GC-----AAGGTCAAC--CATGTC-----A
gi|16 : tgttatATTATGGTATTTAAGAATTCTTATAAAATAT-AA-AT-TTCTTAAA---------GT-----------------------AGAT---------------------------T------T--------AAG-----AAATCGTTTGT----A-----TA--------------------------C-ATCAAAGGTCAAC--CATTTC-----AAc
gi|17 : gctatACACAGCCTCA-GGGTTCT--TGTCAT--ATAGAA-ATGACAGGTC--GT-TTAATGGATAAGACATGAGTGTGTTTAA--TGTAAAGTTcttga
gi|18 : TTATGGTAGTTGAGAATTTTTATAATGTATAAA-AA-ATCATAAA-------TTGATTTAAT------AT----TTG-TATATG-----------GA------------G
gi|19 : --ATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GACT-TTAAATGAAACCACCCTATTTTGAGTGTCTGTTATGC
gi|2 : tTTATGGTAGTTAAGAATTCTTATAATGGAT-AA-AAGCTCATGAA-------TTGATTCAAT------AT----TTT-AAAATG-----------GA------------GT------TTAAAGCA-AAGCTAGAAAGTTGATTAT----A-----TACAAAGGTACATAGG-TATATA----AC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTCGAAATAATGAGGTGATATGACAGACTAATGGAGAAGAGATGACAACAAGATATAGCCTTA-GT---CT--TATCAT--ATAGAG-ATGACATGTTG-GTCTTG--TGATAAGATATGGGTGTGTTTAA--TATTGACTTAGAAATTACGAAATTGACCA-ATA--ACCAATAATAGTGAT--GAACTGACCTATCAGGGAAAAGGGCTCGAGGATTTTTTGGTAATGTGA-AAAA-CAGAAT-GATATGGT-CA-GTCAG------AGAAAAACCTTGCAGAGGGTAACATGC-----TTCG------CTT----AGGTTAAGATGTTAACTTGCGACTTAGAAAATATATAGTATATAGTTAGAAAC-AATAATTGAGA---A--ATAa
gi|20 : TGAA-TAAA-AT-GAAT-TTTTATGAAACCATCCT-GTATGCGTGTCTGTTATGCCA
gi|21 : tgtgtcATGTTTA-TACA-CC-GAGT-TTAGATGAAACCATCCTAGTTTGAGTGTCTGTTATGCCA
gi|22 : -TTAAATGACGCCATCCTACTTTGAGTGTATGTTATGCC
gi|23 : ag-T-TTAAATAAAACAACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTAT
gi|24 : cAATGAAACCATCCT-GTTTGAGTGTCTGTTGTGCCA
gi|25 : AAACCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATACCA
gi|3 : ATGTAGCCTTATGG---TTATTGTCAT--TTAGAG-ATGACAATCCGTGT-TCG--GGGTAAGAT-TAGGAGTGTTTAA--TATAGAGATAGTAATTAAGAAAATGA------G--A--A--GTTAGTTAT--GAGTTGACCAGTGCGGAAATAAAGCTCATTGCCTTTTTGGTAGTGTGA-AGGGTCAATTT-TATGAGGTTAACATGGGGGTTTTAGACAGACATTGACGAGGTTAGTATAGGAGTTTTAGACAGACCGTACTGAGGTTAACATGGGAGTTTGTGAATTAGAACTCAGATAC-----AGATGGAAAC-AATTATTGATA---A--TTACTCAAAACATTTGAA-TAAATTT-GA-A-TTAAATGAAACCAACCCAGTTTGGGTGTTTGTTATc
gi|4 : CAGCTCGTGT-TTT--GGGTGAGTTAGTGGTTTGTTTAA--------ATTAGAAATCAAGGAATTGATCA-ATGGGA-C---GTTAATAAT--AAGTTGGCCAATAAGGATATAGGGTTCAAAGCCTTTTTGGTTGTATGG-AAAG-AAGAGCTGATTAGGG-AG-AT-GG------AGACATACTTCG-TGAGGTTAACATGATAGGTT-------------GTGA-ATTAAAA--CCA-----------AGAA---AGAGAG-----AG-----AACAAATTATTGATAGTTA--ACA----AAACATGTGAATTAAA-TT-G-------AATTGAGCCACCCT-GTTTGAGTGTCTGTTATGCC
gi|5 : gatgaaatgaaaagcaattgtagcctttag------AGACAGACCTTGCTTAGGTCAACATGAGAATTTTAGACAGACTTTGGTCAGACTAACATAAGAGTTTGTGAATTAAAACTTAGATAG-----TGATAGAAAC-AATTATTGAGA---A--TTAT---AAATATCTGAA-TAAATTT-GA-G-TTAAATGAAACTACCGTAGTT----TATCTGTTATGC
gi|6 : gttttATTATGGTAGTTAAGAATTCTTTTAATGTAT-AC-AA-TTCTTAAAATGTTTTTTTTTTTAATTTTAAGATGCAATTT-AAAATA-----------GA------------AT------T--------AAG-----AAATTGATTGT----A-----TAC------------G-TAGGTATATTGC-ATCAAAGGTCAAC--CATGTC-----GA
gi|7 : atAGATAGACTTTAGTGAGGTTTAGATGTTAGCTTGTGAATTAGATTTTATATAA-----GGATAAAAAC-AATTATTGAGA---AATATAT---AAACATGTGAA-TAAA-AT-GA-CGTTAAATGAAACCACCTTAGTTTGAGTGTATGTTATGCCcttaa
gi|8 : ATTATGGTACTTGATAATTTATATAATGTAT-AAGAA-ATCATAAA-------TTGTTGTTAT------AA----TTT-AAGATG-----------GA------------GTTTTAGAT--------AGGTAACAAAATTGTTTAC----A-----TAT------------GTT---TAT---ACAATCAAAGGTCAAC--CATGAC-----AA
gi|9 : TAT-AA-AA-TTCTTAAA-------TTGTTTTAAT------AT----GTTAAAGATG-----------AAATTTAAAGTAATGT------T--------AAG-----CAATTGATTGTAAACA-----TAG------------G-TAAATA----AC-ATCAAAGATCAAC--CATGTCGTCGTAATGActtaa