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Reference ( family-3958 ) : NNAAAT-CATAGCTGCACTTAA-------ACATAGCGG---AA----G-----T--T-TCTT--T----TT--GT----TCAGT-AAT-------GGCACG-T-T-CACGTAAATTTTGTGGAATTTT----AGGCATATTAAAAA---CTAGGAAAAACT-GAA-C-A-A-ATTTCA--ATG--TTTTT-CAACGTC--TTTT-TCTTA----T-G-ACAAT--------AA--AGTC----T-----AT-------------------A---------C-----G---------A-------------T----T--------G-A----TT-TGA----T-------A-AAC-AC--G-GAACATACTGGT---CCGTGCA-TGCACGT-------GGAAAT-----CGACTTTC--ACGTTGTCTATTTTGTCT--AATGC--G--CACGT---GCT--AGTT-ACAA-T-T-----G-GT-TT-TATCTGACAC------TT--------A-----------------AT------------A--GT-----------------T-------------G-------------T-AG------GTCAT-T-T---TACAT-GT-TTATTTCTTT-TTATAACATTAAA-------AA--TA--T----AT-GT-----ATGAAAATCGGANGTTTC--TTGTT-GTTTTGTTC
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gi|9 : gaaaacaAAAT-TACAGCTGCATTTAA-------ACATGGTGG---AAT---G-----T--T-
gi|9 : gtttgaaattaTGTTGAATTTT----AGGCATTTTCAAAA---CTAGGAAAA-CT-GAA-C-A-A-ATTTCT--ATG--TTTTT-C--------TTTA-TCTCA----TTG-ACAAT--------AA--A-------C-----AG-------------------A---------CA----G---------AAAGT---------T----T--------G-A----TT-TGA----T-------A-AAC-AC--A-GACCATACTGGT---CCATGCA-TGCCTGT-------GGAGAT-----TGACTTTC--ACATTGTCTATTTTGTCT--AATGT--G--CACAT---GAT--TGTT-AAAATT-T-----A-TT-TT-TATCTGACCC------TT--------A-----------------ATCTTTGCCCAAC-A--CTA----------------T-------------G-------------T-AG------CTCAT-T-T---TACAT-GT-TTATTTCTTT-TTATAACATTAAA-------A----A--T----AT-GT-----ATGAAAAATGGATTTTTT--TTTTT-GTTgaattttaggcattttcaaaactaggaaaactgaacaaatttctatgtttttctttatctcattgacaataaacagacagaaagtttgatttgataaacacagaccatactggtccatgcatgcctgtggagattgactttcacattgtctattttgtctaatgtgcacatgattgttaaaatttatttttatctgacccttaatctttgcccaacactatgtagctcattttacatgtttatttctttttataacattaaaaatatgtatgaaaaatggatttttttttttgttcag
blockSeqs : A CGATCGA CGG AAAA GTGCA AA C T GA GCTG . CCCC G TACTTAT G . G A GTTC TTT C A G T AT T TT AG TT T CTTTTTCACAATATTG GCATTTAT TC TATAAAATCAGAAAACTAATAT AGTA GAATGTTA T AAGT A ATTT TAAAAAA T A AAG A A . GTGGA AG CA AT TT TAC . A T A TCAAA A C C TTTCTG AATCGTTCACCCGAAAGTTCAAACTATG T ACCTAG A . . A C G AAAAAAT CC GG TTAA C TATAG C ATTTG AG
blockSeqs : T T . T . . . T G TAC . . . . A . . . . . G A . . TG . . . T A CTTTTTTTCTGATTG GGTATTT . TATAAAAACAGACTATAAGT . . . . . . . . . GT . . . . . . . . . . . T . . . . . . AATATTTCGCCCGAAACTACATATG . . . . . . . . . A . . . . G TTG A
blockSeqs : . . . . . . . G . C . . . . G . . . . . A T . . A . . . T T AGTTTTTGTTATTG . . TATATAATCAGACAGAAAGT . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATTGTTCGCCCGAAGCTATG . . . . . . . . . . . . . . A ATG G
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . G . . . . . A A . . A . . . T C TTGTTATCTTACTG . . TATAAAATAAGACTGAAAGT . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTCTTTTCCCCTGAGCTATG . . . . . . . . . . . . . . A GTG G
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . G . . . . . A A . . A . . . T C CTCTTTCTTATTG . . TGTAATATCAGACTAAAATA . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATATTTCGCCAAAAACTATG . . . . . . . . . . . . . . A TTG T
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . G . . . . . G A . . A . . . T C ATTTATCTTATTA . . TATAAAGTAAGACTGAAAAA . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATCGTTCGCCCGAAACTATG . . . . . . . . . . . . . . T TTT G
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . G . . . . . G A . . A . . . T C CTTTTTCTGATTG . . TCCAAAATCAGACTGAAAGG . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATCGTTAGCCAAAAACGATA . . . . . . . . . . . . . . A TTG C
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . G . . . . . G A . . G . . . C C CTTTTTCTTATTT . . TATAAAATCAGACTGAAAGT . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATCGTTCGTCCGAAACTCTG . . . . . . . . . . . . . . C TTT G
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . . A . . . . . G A . . A . . . T C CTGTTATCTATTG . . CATAAACTCAGA . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATTGTTCACTCGAAACTATG . . . . . . . . . . . . . . A TG G
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . G . . . . . G A . . A . . . T A CTTTTATTTATTC . . TATAAAGTCAGA . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATCGTTCCCCCGAAACTATG . . . . . . . . . . . . . . T TT G
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . G . . . . . T A . . A . . . T C CATTTTCTTATTG . . CAGACAGAAAGT . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . TATACTTCGCCTGAAACTACG . . . . . . . . . . . . . . T A G
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . A . . . . . G A . . A . . . G C TGCTTTCCTATTA . . GGACATAACGT . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATAGTGTCATCCTGAAACTG . . . . . . . . . . . . . . A . G
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . G . . . . . G A . . A . . . T C CTTATTCTCATG . . AGACTAAAAGA . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATCTTTGCCCAACACTATG . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . A . . . . . T . . . A . . . T C TTTATCTCATTG . . TATAAAT . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTTCGCCCAAAACGATG . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : . . . . . . . C . . . . . . G . . . . . G . . . A . . . T A TTTCTTATTG . . TATACGA . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . AAAACCGTG . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . C . . . . . . A . . . . . A . . . A . . . T C TGGTAG . . AGACTGA . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATAGTTG . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . C . . . . . G . . . A . . . T C CTGT . . CAGAGT . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . AATAGT . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . A . . . T . ATTG . . TATACA . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATACA . . . . . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . A . . . T . TG . . TGAAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AACCG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . CT . . TGAAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . GAA . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . AGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : ** A** *** ******* ** *** TTG** G*
originalCons : NNAAAT-CATAGCTGCACTTAA-------ACATAGCGG---AA----G-----T--T-TCTT--T----TT--GT----TCAGT-AAT-------GGCACG-T-T-CACGTAAATTTTGTGGAATTTT----AGGCATATTAAAAA---CTAGGAAAAACT-GAA-C-A-A-ATTTCA--ATG--TTTTT-CAACGTC--TTTT-TCTTA----T-G-ACAAT--------AA--AGTC----T-----AT-------------------A---------C-----G---------A-------------T----T--------G-A----TT-TGA----T-------A-AAC-AC--G-GAACATACTGGT---CCGTGCA-TGCACGT-------GGAAAT-----CGACTTTC--ACGTTGTCTATTTTGTCT--AATGC--G--CACGT---GCT--AGTT-ACAA-T-T-----G-GT-TT-TATCTGACAC------TT--------A-----------------AT------------A--GT-----------------T-------------G-------------T-AG------GTCAT-T-T---TACAT-GT-TTATTTCTTT-TTATAACATTAAA-------AA--TA--T----AT-GT-----ATGAAAATCGGANGTTTC--TTGTT-GTTTTGTTC
finalCons : NNAAAT-CATAGCTGCACTTAA-------ACATAGCGG---AA----G-----T--T-TCTT--T----TT--GT----TCAGT-AAT-------GGCACG-T-T-CACGTAAATTTTGTGGAATTTT----AGGCATATTAAAAA---CTAGGAAAAACT-GAA-CA--A-ATTTCA--ATG--TTTTT-CAACGTC--TTTT-TCTTA----T-G-ACAAT--------AA--AGTC----T-----AT-------------------A---------C-----G---------A-------------T----T--------G-A----TT-TGA----T-------A-AAC-AC--G-GAACATACTGGT---CCGTGCA-TGCACGT-------GGAAAT-----CGACTTTC--ACGTTGTCTATTTTGTCT--AATGC--G--CACGT---GCT--AGTT-ACAA-T-T-----G-GT-TT-TATCTGACAC------TT--------A-----------------AT------------A--GT-----------------T-------------G-------------T-AG------GTCAT-T-T---TACAT-GT-TTATTTCTTT-TTATAACATTAAA-------AA--TA--T----AT-GT-----ATGAAAATCGGANGTTTCTTG--TTG-TTTTGTTC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|40 ): GAAACCACACGTTTCTTGTTTTGTTCTTTATATAA
Alignments
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consensus : NNAAAT-CATAGCTGCACTTAA-------ACATAGCGG---AA----G-----T--T-TCTT--T----TT--GT----TCAGT-AAT-------GGCACG-T-T-CACGTAAATTTTGTGGAATTTT----AGGCATATTAAAAA---CTAGGAAAAACT-GAA-C-A-A-ATTTCA--ATG--TTTTT-CAACGTC--TTTT-TCTTA----T-G-ACAAT--------AA--AGTC----T-----AT-------------------A---------C-----G---------A-------------T----T--------G-A----TT-TGA----T-------A-AAC-AC--G-GAACATACTGGT---CCGTGCA-TGCACGT-------GGAAAT-----CGACTTTC--ACGTTGTCTATTTTGTCT--AATGC--G--CACGT---GCT--AGTT-ACAA-T-T-----G-GT-TT-TATCTGACAC------TT--------A-----------------AT------------A--GT-----------------T-------------G-------------T-AG------GTCAT-T-T---TACAT-GT-TTATTTCTTT-TTATAACATTAAA-------AA--TA--T----AT-GT-----ATGAAAATCGGANGTTTC--TTGTT-GTTTTGTTC
Reference ( family-3958 ) : NNAAAT-CATAGCTGCACTTAA-------ACATAGCGG---AA----G-----T--T-TCTT--T----TT--GT----TCAGT-AAT-------GGCACG-T-T-CACGTAAATTTTGTGGAATTTT----AGGCATATTAAAAA---CTAGGAAAAACT-GAA-C-A-A-ATTTCA--ATG--TTTTT-CAACGTC--TTTT-TCTTA----T-G-ACAAT--------AA--AGTC----T-----AT-------------------A---------C-----G---------A-------------T----T--------G-A----TT-TGA----T-------A-AAC-AC--G-GAACATACTGGT---CCGTGCA-TGCACGT-------GGAAAT-----CGACTTTC--ACGTTGTCTATTTTGTCT--AATGC--G--CACGT---GCT--AGTT-ACAA-T-T-----G-GT-TT-TATCTGACAC------TT--------A-----------------AT------------A--GT-----------------T-------------G-------------T-AG------GTCAT-T-T---TACAT-GT-TTATTTCTTT-TTATAACATTAAA-------AA--TA--T----AT-GT-----ATGAAAATCGGANGTTTC--TTGTT-GTTTTGTTC
gi|1 : AAAT-CGTAGCTGTAC-------------ATAGCGG---AA----G-----T--T-CCTT--T----TTTTGT----TCAGA-AAC-------AGAACAAT-T-CGAGTAAAGTTTGTTGAATTTT----A--------------------GAAAA----------------TTCA--ATG--TATTT-CAACATC--TATT-TCTTA----TTG-ACAAT--------AA--AGTC----T-----ATAAAATCAGACTACTGGTAAA---------C-----ATTTT-----A-------------T----T--------A-A----TT-TGA----T-------A-TTC-AC--A-GGACAAACTGGTATATTGTGCA-TGTACATTATTATAAGAAAA-----CAACTTTC--ACGT---CTATTTTGTCT--AATGT--G--CCCGT---GCTTAAGTT-ACAA-T-T-----G-GT-TA-TATTTGACAC------TT--------AAACATTCCTCCAAAACTAT------------A--ATATTA-------------T-------------G-------------C-AG------GTCGT-TATGTATACAT-GT-TTATTCCTTT-TTATAACTTCAAA-------AA--TT--T----AT-GT-----TTGAAATACAAACGTTTC--TT-T---TTTTGTT
gi|10 : aaaacaaAAGT-CATAGTTGCACTTAA-------ACATTGCAG---AC----G-----T--T-GTAT--T----CT--GT----TCAGT-AAT-------GGCACG-T-T-CATGTAAATTTTGTGGAATTTT----AGACATAATATAAA---CT-CGACAAACT-CAA-T---A-ATTACA--ATA--TTTTT-CAATGTCTTTTTT-TCTGAT---T-G-ACAAT---------A--AGTT----C-----AG-------------------A---------------G---------T-------------T----T--------G-G----TT-TGA----A-------G-AAC-AC--G-GACCATAGCGGT---CCGTGCA-CGCACGT-------GGAAAT-----CGACTTTC--ACGTTCTCTGTTTTGTCC--CGTGC--ATTCACGT---Gtgaagta
gi|10 : gagaaaaacaa---CCGTGCA-TTCACGT-------GGAATT-----CGGCTTTC--ACGTTGTCTATTTTGTCC--CGTGCATG--CACGT---gaattcggctttcacgttgtctattttgtcccgtgcatgcacgt
gi|11 : gagaaaaacaaaagtcatagttgcacttaaacattgcagacgttgtattctgttcagtaatggcacgttcatgtaaattttgtggaattttagacataatataaactcgacaaactcaataattacaatatttttcaatgtctttttttctgattgacaataagttcagagtttggtttgaagaacacggaccatagcggtccgtgcacgcacgtggaaatcgactttcacgttctctgttttgtc----TCAGT-AAT-------GACAAG-T-T-CACG--------GTA------T----AGACA-ATAAAACA---CTAGAAAAAA---------------------A-G--TTTTT-CA------------TGGTA------G-ACGAT--------AA--AATC----T-----AT-------------------AAAAT-----CA----G---------AAAACTAATAT---T----T--------G-A----TT-TGA----T-------A-AAC-AT--G-GAACAAACTGG------ATGTAATGCACGT-------GGAAAT-----CGACATTA--ACTATGTCTATTTTGTCT--AATGC--A--CTTAT---GC--------ATAT-G-T-----G-GT-TG-TATATTGCAC------TA--------A-----------------AT------------T--GTTCGCCCGAAGCTA----T-------------G-------------T-AG------GTCAA-T-T---TACAT-GT-ATATATATTT-TTATAACCTTAAA-------AG--TA--T----AT-GC-----ATTAAAATCGAACATTTC--TTGTT-ATATT
gi|12 : AAAT-CAAAGCTGCAGTTAA-------ACAGAGCGG---AA---------------TTGT--T----TT--GT--------T-AAT---------TAC--------CGGAA---TTGTGTAGTTTT----GGGAATATGAAAAA---A-AAGTAAATCT-G-A-C-ATA-ATTTTA--ATG--TATTT-CAAAGTC--TCTT-TCTTAT---T-G-ACTAT--------TA--AGTC----T-----AT-------------------A---------C---------------A-------------T----T--------A-G----TC-TGAATTTT-------ATATT-AC--G-GAACATACTGGT---CCATGCG-TGCACGT-------GGAATT-----CAACTT----GTGTTTTCCA-----TCT--AGTGT--A--CACAT---GCT--TGTT-ACCA-T-T-----T-GT-TA-TAGCAGACCC------TC--------A-----------------CTCTTTTCCCCTG-A--GCTA---------------T-------------G-------------T-AG------GTCAT-T-T---AACAcag
gi|13 : aaaca-CATTACTGCACTTAA-------ACATAGTG----AA----G-----T--T-TGTT--T----TT--AT----TTAGT-AAT-------GGTACG-T-T-CATGCAAATATTGCGGAATTCT----AGGCAAATAAAAAT---CTAAG-AAAACT-GAG-C-A-A-ACTTCA--ATG--TTTCT-CAATGTA--TTTA-TCTTAT---T-A-ACAAT--------AC--GGTC----C-----ATAA-----------------A---------CTCA--G---------A-------------C----TGAATGTTAG-A----TT-TGA----T-------A-AAT-AC----------ACTGCT---CCGTGCA-AACGCGT-------GGAAAT-----CGATTTTC--ACGTTTTCTATTTTGTCT--AAGGC--A--CACGT---GCT--AGTT-ACAA-T-T-----GAGT-Tg
gi|14 : gtcaaaaacacaataa----T-G-ACAAT--------AA--TGTC----T-----AT-------------------AAAGT-----CA----G---------A-------------T----T--------G-AAAGTTT-TGG----TTAAAAAAA-AACAACAAG-AAACATACTGGT---TCGTGTA-TGCACGT-------GGAAAT-----CGACTTTT--ACGTTGTCTATTATGTCT--AATT--------TGT---GCT--AGGA-ACAA-C-T-----G-GTCTT-TGTCTGACGC------TT--------A-----------------AT------------A--TTTCGCCAAAAACTA----T-------------G-------------T-GG------GTCAT-T-T---CACAT-GC-TTATTTCGTT-TTATAACAAT-AA-------AA--TA--T----AT-GT-----ATGAAAAT---AGATTGT--ATGTT-GTGTTGTT
gi|15 : acatttttgttagttatttggcataaatACTTTA-------ACATAGCGG---AA----G-----T--G-T-----T----TA--GT----TCAGT-AAT-------GGCTCG-T-T-CACGGACTTTTTGTGAAATTTT----AGACATATTAAAAT---CTAAGAAAA-CT-GAA-CTG-A-ATTTCA--ATG--TTTTT-GAACGTAG-TTTT-TGTTA----TTG-ATAAT--------AA--AGTC----T-----AT-------------------AAAAA-----CA----G---------ACTATAAGT-----T----T--------G-A----TT-TAA------------A-ATC-AC--G-GAAGATACTGGT---CCGTGCA-CGCACGG-------GAAAAT-----CGACTTTC--ACG--------------T--AATGA--G--CACGT---GCT--TGTT-AC-A-T-T-----G-GT-TT-TATCTGACAC------TT--------A-----------------AT------------A--TT-----------------T-------------ga
gi|16 : GAAATTTT----GGACATATTAAAAA---CTGGGAAG--CT-GAA-C-A-C-ATATTA--TAG--ACTAT-AAA-GT---------------------ACA-T--------AA--AATCGGA-C-----AT-------------------AA--------C-----G---------T-------------T----T--------G-A----TT-TCG----T-------A-AAC-AC--G-GAACATACTGGG---TCGGGTA-TGCAAGT-------GTAAAT-----TGATTTCC--ACGTTGTCTTTTTTGTCT--GTTGT------ATCT---GAT--ACTT-A--A-T-C-----G----TC-TACCCGA-AC----------------------------------AT------------A---------------------C-------------A-------------T-AG------GCCAT-T-T---TGCTT-CT-TTATTTCTTT-TTATAACATTAAA-------CA--CA--T----AT-GA-----ATGAAAATCAGAAGTTTC-----TT-GTTTTGTTCtgct
gi|17 : AAAT-TACAGCTGCACTTAA-------ACATAGCGGCGGAA----GGTGCAT--T-TTTC--G----TT--TT----TCATT-TTT-------A--ACG-T-T-TAAGTATTCTTTGTGGAACTTT----AGGCATATTAAAAA---CGAGG-ATCACT-GAATC-A-A-A-TTCA--ATG--TTTTC-CAACGTT--TGTTATCTTAC---T-G-ACAAT--------GA--AGTC----T-----AT-------------------A---------A-----A---------T-------------T----T--------C-A----TC-TTA----C-------A-ATT-AC--G-GAACGTACTGGTA--CCA-GCG-TGCTCGC-------GGAATTGTGGACGAGTTTC--ACGCTGTCAAGTGAGTCT--AATGC--G--AACGT---agtg
gi|18 : taaaaacaaGGTATATTAAAAA----TAGGAAAA-CT-AAA-G-A-T-ATTTCA--ATG--TTTTT-CAACATC--TTTT-TCTGAT---T-G-ACCAT--------AT--AGTC----T-----AT-------------------A---------T-----A---------ATCAGACAGAAAGTT----T--------G-G----TT-TGG----T-------A-AAC-AC----GAACATACTGTT---CCGTGCA-TGCACGT-------GGAAAT-----CTACTTTC--TCGTTGTCTATTATGTATCAAATGT--G--CACGT---GTC--AGTT-ACAA-T-T-----G-GT-TT-TATCCGACAC------TT--------A-----------------AT------------C--GTTCGCCCGAAACTA----T-------------G-------------C-AG------GTCAT-T-T---TACAT-GT-TTATTTCTTT-GTATAA
gi|19 : ---CCGTGCA-TGCACGT-------GGAAAT-----CGACTCTC--ACGTTGTCTATTTTGTCT--AATGA--G--CACCT---GTT--ACCT-ACAA-T-T-----T-GT-
gi|19 : T--ATTT-GTAA-T-T-----A-GT-TT-TATCTGACAG------TT--------A-----------------AT------------C--GT-----------------T-------------AGCCAAAAACGATAT-AT------GTCAT-T-T---TACAT-GT-TTATTTCTTT-TTATAACATCAAG-------CA--TAGGTTTAAAT-GT-----ATGGAAATTGGAAGTTTC--GTGTT-TTTaggaagcgcaatagactattttataattttgcgctatataaatgtcatgtatttgtatttatttgtaattagttttatctgacagttaatcgttagccaaaaacgatatatgtcattttacatgtttatttctttttataacatcaagcataggtttaaatgtatggaaattggaagtttcgtgttttt
gi|2 : ccgtgcatgcacgtggaaatcgactctcacgttgtctattttgtctaatgagcacctgttacctacaatttgtaggaagcgcaatagactattttataattttgcgctatataaatgtcatgtatttgtattA----G-----T--TCTCTT--TGCTGTT--GT----TCAAT-AGT-------GGC-CG-T-T-CCCATCAATTTTGTTGA-TTTTGTTCAGCCTTATTAAAAA---CTAGGAAAA-CT-GAA-C-A-A-ATTTCA--ATG--TTTT--CTTCGTC--TTTT-TCTTA----T-TTACAAT--------AA--AGTC----T-----AT-------------------AAAATAAGACT-----G---------AAAGT---------T----T--------G-A----TT-TGA----T-------A-AAC-AC--G-AAGAATACTA--------CGCA-TGCACGT-------GGAAAT-----CGACTTTA--ACGT---CTATTTTGTCT--AATTT--G--CACGT---ACT--AGTT-ATAA-T-C-----A-GT-TT-TACCTGAAACTTTCTGTT--------A-----------------AT------------A--TTTCGCCCGAAACTACATAT-------------G-------------T-AG------GTCATAA-A---TACAT-GA-TTATTGCTTT-TAAAAACATTGAG-------AA--TA--T----AT-GT-----ATCAAAATCG
gi|20 : aaaacaaaagtcatagcatgcagaagtcacttttttgttc----G-----T--T-TCTT--T---------------CAGT-AAT-------TGCACA-T-T-CATGTACATTTTGTTGAAT-------------ATTTAAAA---CTAG-AAAAACT-G-----------------ATA--TTTT------AT-----------------T-G-AAAAT--------CA--AGTC----T-----GA-------------------A---------A-----G-----------------------T----T--------ATA----TT-TGA----T-------A-AAC-AA--T-GCAGATACTGGT---CCGTGCA-TGCACGT-------GAAAAT-----CGGCGTTC--ATTTCGTCTATTTTGTTT--AATGC--G--CACGT---ACC--AGTT-ACAC-T-T-----G-GT-TT-TATCTGACAC------TT--------A-----------------AT------------C--GTTCGTCCGAAACTC----T-------------G-------------T-AG------GTCAT-T-T---TAC
gi|21 : cCGA---AA----G-----T-----ATT--T----TC--GT----TCAGTGAAT-------T-TATG-T-T-CACAAACATTTAATGGAATTTT----AGGCATATTAAAA----CTATGAAAA-CT-GCA-C-G-A-ATTTCA--ATG--TTTT--CAACGGC--TGT------------------AT--------AATCAGAC----T-----GA-------------------A---------A-----G-----------------------T----T--------A-A----GTATGA----T-------A-AAC-AC--G-GAATATACTGGT---ACGTACA-TGCACGT-------G-AAAT-----CGACGTTC--ATGATGTCTATTTCGTCT--AATGC--G--CACGT---GGT--AGTT-ATAA-C-T-----G-TT-Tg
gi|22 : acatcgaaaagcAAAT-CATACCTGCACTTTTT------ATATAGCAA---AA----A-----AAAT-AATT--T----TT--GT----TCAGT-AATTACTTATGGCATG-T-T-AAC-TGAATTTTGTGGTATTAT----AGGCATATTAAAAA---CTAGG-AAAACT-GAA-C-A-T-ATTTCATTATT--TTTTT-T-ACATC--TTTT-TCTTA----
gi|23 : agaggtcgaaaacaAGCATACTGGT---CAGTACA-TGCACGT-------GGATAT-----CAATGTT---ATGTTGTCTATTTTGTCA--AATGT--G--CACGT---GAT--ATTT-ACAA-TATTCAAAG-TT-TT-TATCGGACAC------CG--------T-----------------AT------------T--GTTCACTCGAAACTA----T-------------G-------------C-AG------GTCAT-T-T---AACATAAT-ATATTTC-----TATAACATTTAA-------AT--CA--T----AT-AT-----ATGGAAATCTGAAGTTTC---TG---GTTTTGTTCctgtcagtgtgcaaatttgaagattttgaggagatgatctcat
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gi|25 : AA-T-T-----G-GT-TG-TGCCCAACAC------TT--------A-----------------AT------------C--GT-----------------TCCCCCGAAACTATG-------------T-AG------GTCAC-T-T---TACAT-----T-TTTCTTT-TTGTAACATTAAA-------AA--TT--T----AT-GT-----ATGAAAATCGGATGTTTaaattgtttgc
gi|26 : atacacaactggaaagaaattagatttgttcacatgatcattcacaacatctatctaagggtatacatactcaaactAT-------GACACG-T-T-CTCGTAAATGGAACAGAAATTA----AGGCATGTTGTAAA---CTAT-AAAAACT-GAA-C-A-A-GTATCA--ATG--TATTG-TATAGTA--TT--------------G-ACAAT--------AA--AGTA----T-----GT-------------------AATAT-----C-----AGACTAAAATA-------------T----T--------G-A----TT-TGA----T-------G-AAC-AC--GTAAACATACTGGT---CCGATCA-TGCACCT-------GGAAAT-----
gi|27 : AT-AACAGCTGCACTTAA-------ACATAGCCG---AA----G-----T--T-TTTCG-T----TT--GT----GAAAT-AAT-------GGCATG-T-T-CGCGTTACTTTTG-GGAATTTT----AGGCATATTAATAA---CTA-GAACAACT-AAA-C-A-A-ATTTCA--GTG--TGTTT-TAACATT--TATT-
gi|28 : aaaacaatGAAAT-----CGACTTTC--ATGGTGTCTATTT-ATAT--AATGC--A--CTCGTTACACG--AGTT-ACAC-T-T-----G-TG-TT-TGTCAGACAC------TT--------A-----------------AT------------A--GT----------------------------------------------------------GT-T-T---TACAT-GT-TTATTTATTT-TTATAACATTAAA-------CA--TA--T----AC-GT-----ATTGAAATTGGAAGTTTC-----TT-CTTTTGTTCgatagcatattctatgatataagt
gi|29 : AA-------AAAAAGCGG---TA----G-----T--A-T-TT--G----AT--GT----TCAGC-AAT-------GGCATG-T-T-CACTTAAA-TTTGTAGAGTTTT----AAACATTTTAAAAA---CTA-AAACAACTGGGA-C---A-ATTTTG--ATG--TTTTT-CATCGTC--TGTTATCTAT----T-G-ACAAT--------GG--AGTT----T-----Aaata
gi|3 : gtcgcaAATACAAAGTTGCACTTTA-------ACATAGAGG---AA----G-----T--T-TCTT--TC---TT--GT----TCAGT-AAT-------GACACG-TGTACATGTAAGTTTTGTGGAATTTC----AGACAAACTAAAAA---CTAGGAAA---T-----C-A-ATGTCTCA--ATG--TTTTT-CAACGTC--TTTT-TCACAATATT-G-ACAAT--------GG--AGTC----T-----AT-------------------AAAGTAAGACT-----G---------AAAAA---------T----T--------G-A----TT-AGA----T-------A-AAT------------------T---CTGTGCA-TGCACGT-------GG-AGT-----CGACTTTT--ACGTTGTTTATTGTGTCT--AATTG--A--CATGT---GCT--A--C-ACG---------------TT-TATCTGACAC------TT--------A-----------------ATCGTTCACCCGAAA--GTTCAAACTA---------T-------------G-------------C-AGACCTAGGTAAT-T-A---TATAC-GT-TTATTTCATT-T-------TTAGA-------AA--TA--T----ATCATTATAGATGAAAACCATACGTTTC--TTGTT-aatc
gi|30 : aacaaaaacTT-ACAG-T-T-----G-GG-GT-TGCCCTACAC------TTTTTCGCCCA-----------------AA------------AC-GA-----------------T-------------G-------------T-AG------GTCAG-T-T---AACGT-TTCTTATTAAGTT-TTATAACATT-AA-------AA--TG--T----AT-GT-----AT-AAAATCGGAAGTTTCATTTGTT-G--TTGTTCtt
gi|31 : T-TT-TATCTGACGC------CC--------A-----------------AA------------ACCGT-------------------------------G-------------T-AG------GT----T-G---TATAC-GT-GTATTCCTTT-TTATAACAATGAA-------AA--TA--T----AT-GT-----ATGTAAATCGGATGTTTC----ATT--TTTTGTTCcgt
gi|32 : aagtggtttcatctgacac-AG------GTCAC-T-T-----CAT-GT-TTATCTTTTT-TTTTA-CATTAAA-------AAA-TA--T----AT-GC-----CTGAAAATCGGATGTTCC--TT-----TTTTGTTCagt
gi|33 : ttaatcgttcgcccgaaactatacTAA-------ACCTATAAA---AA----G-----T--T-TCTT--T----TT--AT----GCA-T-AAT-------GGAACG-T-T-CACGTAAATTTTGTGGAATGTA----AGGCATATTAAAAA---GTAAGAAAaat
gi|34 : acaacaaaaatca-----------------T-------------G-------------T-CA------GTCAT-T-T---TACAT-GT-TAATTTCTTT-TCATAATATTAAA-------AA--TA--T----AT-GT-----ATGAAAATCGGAAGTTTT--TTTTTAGTT
gi|35 : tcaaaactaGTT-ACAC-C-T-----G-TA-TT-TGTCTGACAC------AT--------A------------------T------------A--GTGTCATCCTGAAAC----T-------------G-------------TTAG------GTAGT-T-T---TACAT-GT-TTATTTATTT-TTACAAgagtatatg
gi|36 : gcacttattatacgg-------------T----T--------G-A----TA-TGA----T-------A-GAA-AC--G-CAACA-ACTGGC---CCGTACA-TGCACGT-------GAAAAT-----CAA
gi|37 : tcttagactgcaagtAAAT-CATAGCGGCACTTAA-------GTATAGCGG---AA----G-----C--T-TCTT--TTAC-TT--GT----TCAg
gi|38 : gacatcaaAAAT-CATAGCTGCACTTAG-------ATACAGCGG---AA----G-----T--T-TGTT--T----T
gi|39 : -GT-----ATGAAAATCGGAAATTTC-----TT-GTTTTGTTCgtcccc
gi|4 : AAGT-CAAACCTACTTTTAA-------ACATGGCTG---AA----G-----T--T-TCTT--T----TT--GT----TCAGT-AAT-------GACACG-T-G--AC----------TGGAATTTT----AAGCATATGATAAA---CCAGGAAAA-CT-GAA-C-A-A-ATTGCA--GTG--GTTT---AACGTC--TTTT-ATTTA----T-TCACAATGCATTTATAA--AATCAGACT-----AA-------------------A---------A-----G---------A-------------A----T--------G-A----CT-TGA----T-------A-AAC-AC--G-GAACATATGGAT---CCGGGCG-TACATGT-------TGAAAT-----TGATTTTC--ACGTTGTCTATTTTGTCT--AATGC--G--CGGGT---GTT--AATT-ATAA-T-T-----G-GT-TT-CATCTGACAC------AT--------T-----------------AT------------A--CT-----------------TCGCCTGAAACTACG-------------T-AG------GTCG--T-T---TACAT-GT-TTTTTTCATT-TTATAATATAAAA-------AA--CA--T----GT-GT-----ACGAAAATCGGAAGTTTC-----TT-GTTTTGTTCagtatatat
gi|5 : agaaAAAT-CACAGCTGCACTTAA-------ACCTAGCAG---AA----G-----T--T-TCTT--T----TT--TTCCCCTCAGT-AAG-------GGCCCT-T-T-CGCGTAAATTTTGTAGAGTTTT----AGGCATATTAAAAA---CTTGAAAAAAGG-GAA-C-A-A-ATTTCA--ATG--TTTTT-TAAAGTC--TTAT-TCTCA----T-G-ACAAT--------AA--AGCC----T-----AT-------------------A---------C-----G---------A-------------T----T--------A-A----TT-TGA----T-------G-AAC-AC--A-GAACATTCTGAT---CCGTGCA-TGCACGT-------GAAAAT-----CGATTTTC--ATGTTGTCTATTTTGTCT--TATGC--G--CACGT---GTT--AATT-ACAT-T-T-----T-TT-TTCTATCTGACAC------TT--------A-----------------AT------------A--GT-----------------T-------------G-------------T-AG------GTCAT-T-T---TACAT-GG-TTATTTCTTT-TTATAGCA--AAA-------TACCTA--A----AT-GT-----ATGGAAATCGGAAGTATC--TTGTT-GTTTTGTTCtatat
gi|6 : ctAAAT-CATAGCTGCA-TTAACGATCGAACAATGCGA---AC----G-----T--T-TCTTGAT----TT--GT----TCG--------------------------CGTAAATGTT-TGGAAGTTT----AGACATATTAGATA----TAAGGATAACT-GAA-C-A-A--TTTCA--ATG--TTTTTTCAACG-C--ATTT-TCTTA----TTG-ACAATGGTATTT-AA--AATC----------AG-------------------A---------CT----G---------A-------------TAGTAT--------G-A----TT--GA----C-------A-AAC-AC--A-AGACAAACTGGT---CCGTGCA-TGCACAT-------AGACAT-----TGACTTTT--ACGTTGTCTACTTT-TTT--CATGC--G--CACGT---GCT--ATTT-ACAA-T-T-----G-GT-TT-TATCTGACAC------TT--------A-----------------A-----------------C-----------------C-------------G-------------T-AG------GTTTT-T-T---TACAT-GT-TGGTTTCTTT-TTATAACATTAAAAAAAAATAA--TA--T----AT-AT-----ATG
gi|7 : ggtcgaaaataaAAGT-CATATCTGCACTAAA-------ACATAGCGA---AAAAAAG-----T--T-T-----------T--GT----TCAGT-AAT-------GACGTG-T-T-GACGTAAAT---GTGGAATTTT----AGGCATAT--AAAATTTCTAGG-AACACT-AAA-T-A-A-ATTTCA--CTG--TTTTT-CAACACT--GCTT-TCCTAT---T-A-ACAAT--------AA--AGTC----TCCAAAATCAG----------------A---------CTGAAAG---------G-------------C----T--------G-A----TT-TGA----T-------A-AAC-AC--G-GAAAATACAAG----CCATGT-------------------AAT-----CGACTTTCAGACGTTGTATATTTTATCT--AATGC--G--AATGC---GCT---GTTAACAA-T-T-----A-GT-TT-AATCTGATGC------TC--------G-----------------A-------------A--------------------------------------------------------------AC-T-T---TCCAT-GT-TTA-TTCCTT-CTATAACACTAA-------------A--C----GT-GT-----ATGAAAATCGGACGTTTC--TTtgtgatttgttttgttcact
gi|8 : aaaacaaAAATTCTTATCTGCATGTAA-------ACATAGCGG---AA-------------T-TAAT--T----TT---------CAGT-ATT-------GCCACG-T-T-CACGTATACTTTGTTGAATATT----AGGCATATTGAAAA---CTAGGAAAA-CT-GAA-C-A-A-ATTCCA--ATGAGTTTAT-C----------TT-TCTTA----TTG-ACAGT--------AA---GTC----T-----AT-------------------AAAATCAGACT-----G---------AAAGT---------T----T--------G-A----TT-TGA----T-------G-AAC-AC--G-GAATATACTGGC---GCATGCA-TGTACGT-------AGAAAT-----CGACTTTC--ATCTTGCCTATTTTGTTT--AATAC--G--CACGT---GCA--AGTT-GCAA-T-T-----T-GT-TT-TATCGGACAA------CT--------A-----------------A--------------------------------------------------------------------------------------ACAT-GT-TTATTTCTTTGTTACAACATTAAA-------AC--TA--T----AT-AT-----ATTAAAATCGGAAGTTttctgtatataag
gi|9 : gaaaacaAAAT-TACAGCTGCATTTAA-------ACATGGTGG---AAT---G-----T--T-
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Unaligned ( gi|40 ): GAAACCACACGTTTCTTGTTTTGTTCTTTATATAA