lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222 11111 22222222 1 44444444444444444444444444 1 11111111 222222222222 111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000000000000000000000000000000000 1111111111 222222222 1 555555555555555555 222222222222 1111 5555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 6 5 2 11 1 5555555555 22222 66 88888888 4 4 4 3 22222222222222222222222222 0 66 55 3 0 444 22222222 3 000000000000 7777 111 5555 2 2 99999 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7777777777777777777777777777777777 0 33 2 2 33 2222222222 2 2 888888888 4 3 33 0 2 2 2 555 333333333333333333 555 44 5 333333333333 4 3 0000 88888 2 0 6 4 1111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : . . . .. . .......... ..... .. ........ . . . . .......................... . .. .. . . ... ........ . ............ .... ... .... . . ..... . ......................................................... .................................. . .. . . .. .......... . . ......... . . .. . . . . ... .................. ... .. . ............ . . .... ..... . . . . ........................................
lowQualScore : 0 0 2 77 4 1111111111 55555 99 11111111 5 5 1 8 11111111111111111111111111 1 33 44 6 5 222 11111111 1 444444444444 4444 555 6666 9 9 11111 6 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111111111111111111111111111111 6 44 5 4 22 6666666666 4 5 444444444 1 0 22 2 5 7 7 000 666666666666666666 222 22 4 555555555555 1 3 4444 33333 3 5 0 0 1111111111111111111111111111111111111111
consensus : GATGAAATCCAAGCAAATNACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CATATAC-----AC--AGC-------ATTTAATCTACGTATGTCAAGTATA---N---AGGGT--TCTG-AA-----TCTTTTAACAAATCANTGTTT-GTGAGG--------CCTTGTGTGTGTG-GN--T----AC-GAGT--G-AA-N-ATATAT---A-T-TAA----CTATCATGGATGATATAT-----GGAANTTTAGATATAT---ATNTATATT----AAAAA-GTAAATT-G--T--TTACGAAATTCATTTA-T-AA---ATAA---TAAG----TCCAAC-C-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAA-TATT-T-AAAAA---TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AA-ATG-TGTCACG---TG-A-TAN--T-A-----GAT--GTA--TTGTA------------TGTA-TGT----TA-----TANTGTATGTATGTAATGAGA-AA----------C---A-T---A------TG-TTTA------AGTTACAAATAAAGAAATC
Reference ( gi|3 ) : GATGAAGTCTAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAACA--------CATATAC-----AC--AGC-------CTTTAATCTACATATATCTAGTATA---A---AGGGT--TCTGTAA-----TCTTTTGACAAATCAATGTTT-GTGAGG--------CCTTGTGTGTGTG-GT--T----AC-AAGT--A-AA-A-ATATAT---A-T-TAA----CTATCATGGATGATATAT-----TGAAATTTAGATATAT---ATATATATT----AAAAA-GTAAATT-T--T--TTACGAAATTCATTTA-T-AA---GTAACCCTAAC----CCCAAC-C-TGTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAA-TATT-TAAAAAA---TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AA-ATG-TGTCACG---TA-A-TAA-AT-A-----AAT--ATA--TTGGA------------TGCA-TGT----TA-----TAATATGTGTATGTAATGAGA-AA----------C---A-T---A------TG-TTT-------AGTTACAAATAAAGAAATC
gi|7 : GATGAAATCCAACCAAATTGCAGAACTTTTAAAATTGGGGAAATA--------CATATAC-----AC--AGC-------ATTTAATATACCTATGTCAAGTATA---T---AGG----------------TTTTTAGA-----------------AGG--------CCTTTTGTGTGTA-AA--T----AT-GAGT--G-AA-C-ATATAT---A-T-TAT----ATAACATGGATGATTTAT-----GGAATTTTAGATATTT---ATCT----------AGAA-GTAAATT-G--T--TTACAAAATTCATTTA---AA---ATA-----AGT----CCAAAC-T-CTTTA-T--G-AAATATTGATTACAAATG-CACAGATGCTACTT----T----------ATGTTACAAA-TATT-T-AATTA---TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AA-ATG-TGTCGCG---T
gi|2 : taatcattttaggtttaatgttgttggctatttattgaattGATGAAATCCAAGCAAATAACAGAACTT--------GGGAAAATA--------CATATAC-----AC--GGCATTTAATCTTTAATCTACATATGTCAAGTTTA---T---AGGGT--TCTGGGA-----TCTTTTAACAAATCAGTGTTT-GTAAGG--------CCCTGTGTGTTTG-TTGAT----AT-GAGT--G-AA-C-ATATAT---AGT-TAA-----TATTTTGGATGAAATAT-----TGAATTTTAGATATTT---ATTT-TA------AAAAA-GTAAATA-G--T--TTATGAAATTAATAAA-T-AA----TAA----AGT----CCAAACAC-TATT-TT----AAATATAAATTACATTTG-TACATATGCTACCTC--AT----------GTGTTACAAA-TACT-TA--------------CGAAT-TGTTTCATA-A
gi|5 : attttatgtaatacatacgatagggaagacgagtattatttcattcttatttatccgttatacagcgatattcgcaaaatgtatataaactcttataatttcaatagtgtttataaaggtattaaattGATGAAATCTAAGCAAATAACAGACTTTTTTAAAATGGGAAATTT--------CATATTC-----AC--AAC-------ATTTAATCTACGTGTGTCAAGTATA---T---AGGAT--T----AAGGATTTCTTTTAACACGTCATTGTTT-TTGAGG--------CCTTGCGTGTGTG-GG--T----AT-GGGT--G-AA-T-ATATGT---G-T-TAA----ATATAATGACTGATATA------TGAAATTT-----TAG---ATATTTATT----TAAGG-GTAAATT-G--T--TCTCGAAATTCTCTTA-T-AA---ATAA
gi|1 : tatgtaatgtaatacatacgattttgaagacaagtatcatttcagtcttatctgtccgttgtacggcgatattcgcaaattgtgtataaaatcttatgattactataggcacaacgttaattagtttatagaattAAATCAAAGCAATTCACAGAACATTTAAAACAGGGCAAATA--------CATATACTATACAC--AGC-------GTTTACTCTACATATGTTAAGTATA---T---AGAGTAGTTT-TAA-----TA-TTTGACAATTCGCTGTTT-AAAAGG--------TCAAATGTGTGTG-AT--TGTGAAA-AAAC--A-AC-A-ACAAAA---A----AA----CTTTCATAGATGATATAT-----GG------AGGTATAA---ATATATATC----AAAAA-GAAAATCGC--T--TTAC--AATT--TTTA-T------TTAA---TAA------------------ATT--C-AAATATAAACTACATATT-TGCAGATGCTTTTTT--GT----------GTGTTTCAAA-TATT-T-AAAAT---TATGTACGAA----TTTAATA-ACTATGATATCAT-----------------------AT--GTC--CTTTA------------TGTA-TGT----TA-----TAGTGTATATATTTAGTGAGA-AATAT-------C---A-T---A------TG-TTTA------AGTGACAAATAAATAAATCtaaatttca
gi|18 : gtatcattatgttcttatttgtccgtagtacattgacattctcaaactatagatacaaccgttttaatataatacacccagcgtataaacgttaatagtatttatGCAAATTACAGAACTTTTGAAACTGCGAAAATA--------CATATAC-----AC--AGC-------ATTTAAT----GTATGTCAAGTATATACATGTAGGGT--TCTGGAA-----CCTTTTAACAAATCATTATTT-GTGAGG--------CCTTGTGTATGTG-GG--T----AC-GAGT--G-AA-C-ATAttgaatcttgaatctt
gi|8 : AAATTACAGAACTTTTAA--CTGG-AGAATT--------CATATAC-----ATGTAGC-------ATTTAATCTACGTACGTCAAGTACA---A---AGGGC--TCTTGGA-----TCTTTTAACACATCA---TTT-GCGAGG--------CGTTGTGTGTGTA-GG--T----AT-GAGT--G-GA-A--TATAT---A-T-TAA----CTATCAGAGATGATATAT-----GTAATTTTAGATA--------AT-TATT----AAGAA-GTAAATT-C--C--TTACGAAATTCATTCA-T-AA---ATA---TTAAAG---CCCAAC-C-TCTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TACAGATTCTACTTT--AT----------GTGTTACAAA-TATT-T-AAATA---TATCTACGAAC-T-TTTCATA-AA-ATG-TGTCACG---T------G-GT-A-----CAT--ATA--TTGGA------------T
gi|12 : AACTTT-AAAACTAGGAATATATACTGTAGCATATAC-----AC--AGC-------ATTTAA------TGTAT-TAATGTC---G---AG-------TATA-------------------TAAGGTCT-GTGAGA--------CCCTGTGTGTGTG-GT--T----G---AGT--G-AACA-ATATTA---A-T-TAA----TTATCA------------------------TGGATATAT---AT---TAAT----AGAAA-ATCA-------C--TTACTAAATTCGTTCA-C-AA---TTAAA--TAA--------AAG-T-TATTATT--G-AAATATAAAC---AGATG-TGCAGATGCTATTTT--AT----------GTGTTACAAA-TATT-TTAGGA------TTT---------TTTC-TACAA-ATG-TGTCACG---TG-A-T-A-TT-A-----GAT--GTA--CTATA------------TGTA-TTT----TG-----TAATGT
gi|4 : AC-----AT--TGC-------ATTCCATTTACGCATGTCAAGTATA---A---ATAAT--ACCTTAA-----TATT--GACAAAATACTGTTTTGAGAGGTATTTTGTCCTTGTGTCCGTG-GT--T----AT-CAGT--A-AA-CCATATAC---A-T-TAA----CCATCATGGATGGGAT------------TTTAG---------ATATATATC----GGAAA-GGAAATT-TGCT--TCACAAAATATATTTA-CGAA---ATAG---TAAA----TTTGAT-TATTTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TGCCACTAATACCTT--AT----------GTTTTACAAA-TACTATATAAAC---TATATAAAAATAAG--TCAAC-CA-ATG-TGTCACT---TG-A-TAC-TT-ATTTTGGAT--GTA--TTGCA------------TGCA-TG-----AA-----TAGTAAATCCATGTAATGAAA-AATAATATTTTTT---A-T---A------TG-TTTA------AGTTACGACTTAAAAA
gi|6 : AGTATAT--A---GGGGT--TTTG-AA-----CCTTT-AACAATTCAGT-TTT-AAAAGG--------TCACGTGTGTGTGAGT----------GAGG--A-AA-A-ACA-AC---A-A-CAAAAAACTATCATGGATAATATCT-----GGAGTTTTAGATATTT---ATTTACATG----AACA--------T-C--T--TAACGAATTACAATTAAT-AGTTGATAA----AAA----TCCAAC-C-TTTTATT--G-AACTATGAAATACAGATG-TACAGGTGCTTCTGA--AT----------GTGTAACAAA-TATT-T-AAAAT---TATATACGAAT-TGTC---------ACG-TG----G---TA-ACTAT-AT-AG----GAT--GTA--CTTTA------------TTTA-TGT----TA-----TATTGTATGTATGTACTGAGA-AA----------C---A-T---AATAATTTC-TTTTTTTTTAAACTACAAATAAAGAAATttattgaatcttgaatcttt
gi|14 : aGTTT-GTGAGG--------CCGTGTGCGGGTG-GT--T----AT-GAGTTAA-AA-A-ATATAT---A-T-TAA----ATATCAAGGATGATATGT-----CGAATTTT---T-TAT---ATTTATTTT----AAA---GTAAATT-G--T--TTACGATATTCATTTA-T-AA---ATAATA--AAG----TCCAAC-C-TCTTATT--G-AAACATTAACTGCAGATG-TACTGTTGCTACCTTTAAT----------ATGGGACAAA-TATT-T-AAAAA---TATTAACGAAT-TGTTattgaatttcttaaatcttga
gi|16 : GTTT-GGGAGG--------CATTGTGTGTGTG-AA--T----AT-GAGT--G-TA-C-ATTAAT---A-T-TAT----CTATCATGGATGATGTAT-----GGAAGTTTAGATAT-T--------TATT----TAAAT-GTTAATT-G--T--TTACGAAATTCATTTA-T-AA-----AA---TAAG----TCCAAC-C-TCTTTAT--G-AAATATTAACTACAGATGCTAC
gi|11 : TT-ATAATA--------CCTTGT---TGCA-AA--T----GC-CAGT--G-AACA-ATATAA---A-T-TAA----TTATCATGGGTGATGTAT-----GGAAA---AAAT-TA----ATTTACATT----TAAAA-GGAAATCGT--T--TTACGAAGTACATTT-------------C---------------------TTATT--GAAAAAATAAACCACAGATG-TAAAGGTGCTACTTC--AC----------GCGTCACAA------------------ACCTACGATT-TATTTTATA-AT-AAA-CGTCAGGTGTTA-A-CAATATCA-----AAT--GTACTTTGTACTTTGTACTTTGTGTA-TGT----TACATCCTAATGTATTCATGCAATGAAATAA----------CAGTA-T---A------TGTTTT-------AGTTTCAAGTAAAGAAATCt
gi|9 : TGTGTGTATT-GT--T----TCTAAGT--GTAA-C-ATATAA---C-T-TAA----CAGTCACTGATGATACATGTGTATGGAATTT-----TAA---ATATATATT------------------------TTACGAAA--CAATTA----A---GT--------------TCAGC-C-TCTTATA--G-AAATATAAACTACTGGTG-TGCAGATGCTACGGT--AT----------GTTTTACAGA-TATT-T-TAAGA---TATATACGAAT-TGTTTCTTA-AA-ACG-TGTCACG---T--G-T----T-A-----ACT--ATA--TTGGA------------TGTACTGTA---TA-----TACGCTATGTATG
gi|10 : tcttataacaaaggaaacatgtcagatttcgtctgaccttaaaagAAT--A-AA-A-ATATATTACA-TATA------TATCATGAA--AT-TAA-----TGAAA-----ATATATTACATATATATTTTTTAAAACTGTGAATA-T--CGCTTA-GAAA--CAGTTA----------AACTTTGACAAAATTCGAC-C-GTTTTTT--G-AA------------GATG-TA--------ACTTT--AG----------GTAGTGCAAA-AATC-TAAAAAAAAATATACACGAAC-TATCTCATA-AA-ATG-TGTCACG---T------G-AT-A-----GCC--ATA--TTGGATGTAC-------TGCA-TGTAATGTA-----TAAAATATGTATGTAACGACA-TA----------T---A-T---A------TG-TTTA------AATTAGAAATAAAGAAATctatagtgtatgcaaaataaaaatatagtgaatct
gi|26 : -ATATAT---A-T-TAC----CTATCATGGATGATGTAT-----GGAAGTTTAGATATTT---ATCT----------AAAT-GTAAATT-G--T--TTAgctagtattgaatcttgaatcttaattg
gi|17 : agatgaatgtacTATCATGGATGATATAT------GGAATTAAGATATTT---AT-----TT----AAAA--GTAAATT-G--A--TTACGAAATTCATTTA-T-AA---ATAATA--AAG----TCCAAC-C-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGAAA-TACAGATGCTTCATT--ATG---------ATAT--CAAT-TAT
gi|13 : TAT---ATATACATT----GAG-----------------CTACGAAGTTTATTAA-TGAA---ATAGTT-TAAG----TTC--------TTATTTAG-AACT-TAAAATACAGATG-TATAAATGTTAATTT--AT----------ATGTTGTAAT-TATT-T-AAAAA---T-TCTACTAA-----TTCATA-AA-CTA-TTTTATG---TG-T-TGA-TT-A-----TACTAATA--TTATA------------TGTA--GT-------------GTATATGAATATAATGAGA-AA----------C---A-TTGCA------TG-TTTA------AGTTACGTATAAAGAAAaccggtaataatatt
gi|19 : TT----AAAAT-GTAAATC-G--T--TTATGAAATTCATTTA-A-AA----------TAAG----TCCAAC-T-TCTTTAT--G-AAATATCAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAA-TATT-TAA
gi|27 : atggatcgggaaagtaggtcCCAAC-C-GTTTTTT--G-AAATATAAACTACATATG-TACAGACGC
gi|15 : ataaagtAATATAAACTACAATTG-CGCAGGTGTTTCTTT--ATTAGTGTATATGTGTTACAAATTATT-T-AAAAT---TATTTACGAAT-TGT--------G-ACG-TGATACC---TATA-T----T-A-----GAT--GTA--CTTTA------------TGTG-TGT----TA-----CAGTGAATGTATGTAATGAGA-TA----------T---ATT---A------TA-TATCAA----AGTTACAAATAAAGAAA
gi|25 : ATTCTACTTT--AT----------ATGTTACAAG-TATT-T-ATCAA---TATTTACGAAT-TGTTTCATT-AA-ATG-TGcggtcattaagtcttgaatcttta
gi|20 : tatctaaatgtaaattgttt--AT----------ATGATACAGA-T-TT-TAAAAC----TATACACGAAT-TGC----------ATG-TGATAAG---TG-A-TAT--T-G-----GAT--GGA--TTGTA------------TGTA-TGT----TA-----TATTGTATGTAGGTAGTAAG--AA----------C---A-T---A------
gi|21 : TTTATGAAT-TGTTTCATA-AA-ATG-TGTC------TA-A-TGA--T-A-----AAT--ATA--TTGGA------------TATA-TGT----TA-----CAATATATGTATGTAATGAGA-AA----------TG--A-T---A------TA-TTTA------AGTTACAAATAAAGAAATatacaccgaccaataatgaa
gi|22 : TTTACAAAC-TGTTTCATA-GA-ATG-TGTCACG---TG-C-TAA-CT-G-----CA---------TGGA------------AGAA-TGT----TA-----CAATATATGTTTGTAACG-GA-TA----------T---A-TAA-A------TG-TTTG------AGTTACAAATTAAGAGATCattaaat
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATACAAACATTTAAAACTATACGCGAATTGCATGTGATAACTGATATTGGATGGACTTTATGTATGCTATATTGTATATAGGTAGTGAGAAACATTATATGATAC
Unaligned ( gi|24 ): ATGATACAAATTTTAAAACTTCACACGAATTGCATGTGATAACTGATATTGGATGGACTTTATGTATGCTATATTGTATATAGGTAGTGAGAAACATAATA
Unaligned ( gi|28 ): ATGTTCAAGTTACAACTAAACTGATATTGAATCTTGCATCTTT
Unaligned ( gi|29 ): GCAAATTATATATTAAAAATTACAATAGGCCCAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111 1111111 1111111 222222222222 11111111111111111 11111111 55555555 2222222222222222 111 22222222222222222222222 111111111 111111111111 22222222222222 111111111111
lowQualScore : 1 1 0 0 88888888 22222 66 2 4444444 0 2222222 666666666666 5555 99999999999999999 1 00000000 6666 77 1 666 33 2 55 55 888 2 2 77777 7777777 66666 3 00000000 55 2 33 7 0000000000000000 444 000 2 0 33 2 2 33 9999999999 2 2 2 2 99999 2 2 5 1 222 4 1 77777777777777777777777 22 555 000000000 222222222222 2 66666 1 777 22222222222222 888 555555555555
lowQualScore : . . . . ........ ..... .. . ....... . ....... ............ .... ................. . ........ .... .. . ... .. . .. .. ... . . ..... ....... ..... . ........ .. . .. . ................ ... ... . . .. . . .. .......... . . . . ..... . . . . ... . . ....................... .. ... ......... ............ . ..... . ... .............. ... ............
lowQualScore : 4 0 1 1 11111111 55555 11 9 4444444 9 5555555 000000000000 4444 33333333333333333 1 44444444 1111 99 0 999 44 5 99 99 333 7 7 88888 2222222 66666 9 00000000 99 4 22 1 8888888888888888 111 222 4 2 22 4 2 11 7777777777 1 1 1 1 44444 4 0 2 3 888 4 2 66666666666666666666666 88 000 000000000 888888888888 7 77777 0 999 22222222222222 999 888888888888
consensus : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATA------TAGGG-T--TCT-G-A-AT--CTTTTAACAAA---------TCANTG-TTTGTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GNTAC-GAGT--G-AA-CA--TATAT---A-T-TAA----CTATCATGGATGATA------TATGGAATT---TTAGATATNTATTTAT-T-AAAAA-GTAAA-T--CG-TTTACGAAATTCATTTA----T-AA---A---TAA---TAA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------T------TAG-ATGTA--CTG---------TA------------TGTA-TGTTA-----TANTGTATGTATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
Reference ( family-394 ) : GATGAAATCCAAGCAAATNACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATA------NAGGG-T--TCT-G-A-AT--CTTTTAACAAA---------TCANTG-TTTGTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GNTAC-GAGT--G-AA-NA--TATAT---A-T-TAA----CTATCATGGATGATA------TATGGAANT---TTAGATATATATNTATATTAAAAA-GTAAA-T--TG-TTTACGAAATTCATTTA----T-AA---A---TAA---TAA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAA----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------N------TAG-ATGTA--TTG---------TA------------TGTA-TGTTA-----TANTGTATGTATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
gi|1 : AAATCAAAGCAATTCACAGAACATTTAAAACAGGGCAAATA--------CATATACTATACAC--AGCGTTTACTCT-------ACATATGTTAAGTATA------TAGAG-TAGTTT-T-A-AT--A-TTTGACAAT---------TCGCTG-TTTAAAAGG--------TCAA----ATGTGTGTG--ATTGT-GAAA--A-AA-CAACAACAA---A-A-AAA----CTTTCATAGATGATA------TATGG---------AGGTATAAATATATATCAAAAA-GAAAA-T--CGCTTTAC--AATT--TTTA----T------T---TAA---TAA---------------ATT--C-AAATATAAACTACATATT-TGCAGATGCTTTTTT--GT----------GTGTTTCAAAT-ATT-T-A-AAAT----TATGTACGAA----TTTAATA-A--------C-TATG------AT-A------T------CAT-ATGTC--CTT---------TA------------TGTA-TGTTA-----TAGTGTATATATTTAGTGAGA---AATAT-------C---AT---A------------TGTTTAAGTGACAAATAAATAAATC
gi|10 : gtatcattatgttcttatttgtccgtagtacattgacattctcaaactatagatacaaccgttttaatataatacacccagcgtataaacgttaatagtatttatAAT--A-AA-AA--TATATTACA-TATA------TATCATGAA--ATT------AATGAAAATATATTACATATATATTT-T-TTAAAACTGTGAA-TATCG-CTTA-GAAA--CAGTTA-------A---ACTTTGA---CAA-AATTCGACC-GTTTTTT--G-AA------------GATG-TA--------ACTTT--AG----------GTAGTGCAAAA-ATC-T-A-AAAAAAAATATACACGAAC-TATCTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------GCCATATTGG-ATGTA--CTG---------CA------------TGTAATGT-A-----TAAAATATGTATGTAACGACA---TA----------T---AT---A------------TGTTTAAATTAGAAATAAAGAAATttgaatcttgaatctt
gi|11 : TTATAATA--------CCTT----GT---TGCA--AATGC-CAGT--G-AA-CAA-TATAA---A-T-TAA----TTATCATGGGTGATG------TATGGAAA------AAAT-TA-ATTTACATTTAAAA-GGAAA-T--CGTTTTACGAAGTACATT-------------------------------------TCTTATT--GAAAAAATAAACCACAGATG-TAAAGGTGCTACTTC--AC----------GCGTCACAA--------------------ACCTACGATT-TATTTTATA-ATAAACG-TCAGGTGTTAACAAT-A------T------CAA-ATGTACTTTG---------TACTTTGTACTTTGTGTA-TGTTACATCCTAATGTATTCATGCAATGAAAT--AA----------CAGTAT---A------------TGTTTTAGTTTCAAGTAAAGAAATCgctagtattgaatcttgaatcttaattg
gi|12 : AACTTT-AAAACTAGGAATATATACTGTAGCA-----TATACAC--AGCATTTAATGT-------ATTAATGTCGAGTATA------TAAGG-------------------------------------------TCTGTGAGA--------CCCT----GTGTGTGTG--GTT---GAGT--G-AA-CA---ATATTA-A-T-TAA----TTATCATGGAT----------------------------ATATATT-------AATA-GAAAA-T--CA-CTTACTAAATTCGTTCACAATT-AA---A---TAA----AA-G-T-------TATTATT--G-AAATATAA---ACAGATG-TGCAGATGCTATTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-----------TA-----GGAT-TTTTTC-TACAAATGTG-TCACGTG------AT-A------T------TAG-ATGTA--CTA---------TA------------TGTA-TTTTG-----TAATGT
gi|13 : TACGAAGTTTATTAA----T-GA---A-----A---TA--G-TTTAAGT-TCTTATTTAG-AACT-TAAAATACAGATG-TATAAATGTTAATTT--AT----------ATGTTGTAATT-ATT-T-A-AAAA----T-TCTACTAA-----TTCATA-AACTATT-TTATGTGTTGATTAT-A------C------TA----ATA--TTA---------TA------------TGTA--GT---------GTATATGAATATAATGAGA---AA----------C---ATTGCA------------TGTTTAAGTTACGTATAAAGAAA
gi|14 : tatatatacattgagcG-TTTGTGAGG--------CCGT----GTGCGGGTG--GTTAT-GAGTTAA-AA-AA--TATAT---A-T-TAA----ATATCAAGGATGATA------TGTCGAATT---TT---T-TATATTTATTTTAAA---GTAAA-T--TG-TTTACGATATTCATTTA----T-AA---A---TAA---TAAAG-TCCAACC-TCTTATT--G-AAACATTAACTGCAGATG-TACTGTTGCTACCTTTAAT----------ATGGGACAAAT-ATT-T-A-AAAA----TATTAACGAAT-TGTT
gi|15 : AATATAAACTACAATTG-CGCAGGTGTTTCTTT--ATTAGTGTATATGTGTTACAAATTATT-T-A-AAAT----TATTTACGAAT-TGT--------GACGTG-ATACCT-------AT-A------T------TAG-ATGTA--CTT---------TA------------TGTG-TGTTA-----CAGTGAATGTATGTAATGAGATATAT----------T---AT---A------------TATCAAAGTTACAAATAAAGAAA
gi|16 : G-TTTGGGAGG--------CATT----GTGTGTGTG--AATAT-GAGT--G-TA-CA--TTAAT---A-T-TAT----CTATCATGGATGATG------TATGGAAGT---TTAGATATTTATTT------AAAT-GTTAA-T--TG-TTTACGAAATTCATTTA----T-AA--------AA---TAA-G-TCCAACC-TCTTTAT--G-AAATATTAACTACAGATGCTACcggtcattaagtcttgaatcttta
gi|17 : TATCATGGATGATA------TATGGAA-T---TAAGATATTTATTTA------AAA-GTAAA-T--TG-ATTACGAAATTCATTTA----T-AA---A---TAA---TAAAG-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGAAA-TACAGATGCTTCATT--AT----------Gt
gi|18 : GCAAATTACAGAACTTTTGAAACTGCGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAAT-----------GTATGTCAAGTATATACATGTAGGG-T--TCTGG-A-AC--CTTTTAACAAA---------TCATTA-TTTGTGAGG--------CCTT----GTGTATGTG--GGTAC-GAGT--G-AA-CA--TAatatcaattataccggtaataatatt
gi|19 : TTAAAAT-GTAAA-T--CG-TTTATGAAATTCATTTA-----------A----AA---TAA-G-TCCAACT-TCTTTAT--G-AAATATCAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAAT-ATT-T-A-A
gi|2 : atggatcgggaaagtaggtcGATGAAATCCAAGCAAATAACAGAACTT--------GGGAAAATA--------CA-----TATACAC--GGCATTTAATCTTTAATCTACATATGTCAAGTTTA------TAGGG-T--TCT-G-GGAT--CTTTTAACAAA---------TCAGTG-TTTGTAAGG--------CCCT----GTGTGTTTGTTGATAT-GAGT--G-AA-CA--TATAT---AGT-TAA-----TATTTTGGATGAAA------TATTGAATT---TTAGATATTTATTT-TA--AAAAA-GTAAA-T--AG-TTTATGAAATT-A---A----T-AA---A---TAA---TAAAG-TCCAAAC-ACTATTT--T-AAATATAAATTACATTTG-TACATATGCTACCTC--AT----------GTGTTACAAAT-ACT-----------------TACGAAT-TGTTTCATA-A
gi|20 : attttatgtaatacatacgatagggaagacgagtattatttcattcttatttatccgttatacagcgatattcgcaaaatgtatataaactcttataatttcaatagtgtttataaaggtattaaatt--AT----------ATGATACAGAT--TT-T-A-AAAC----TATACACGAAT-TGC---------ATGTG-ATAAGTG------AT-A------T------TGG-ATGGA--TTG---------TA------------TGTA-TGTTA-----TATTGTATGTAGGTAGTAAG----AA----------C---AT---A------------
gi|21 : TTTATGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TC---TA------AT-G------A------TAA-ATATA--TTG---------GA------------TATA-TGTTA-----CAATATATGTATGTAATGAGA---AA----------TG--AT---A------------TATTTAAGTTACAAATAAAGAAATatacaccgaccaataatgaa
gi|22 : TTTACAAAC-TGTTTCATA-GAATGTG-TCACGTG----------------C------TAA-CTGCA---TG---------GA------------AGAA-TGTTA-----CAATATATGTTTGTAACG-GA---TA----------T---ATAA-A------------TGTTTGAGTTACAAATTAAGAGATCattaaat
gi|23 : TACAAAC-ATT-T-A-AAAC----TATACGCGAAT-TGC---------ATGTGATAAC-TG------AT-A------T------TGG-ATGGA--CTT---------TA------------TGTA-TGCTA-----TATTGTATATAGGTAGTGAGA---AA----------C---AT---tt
gi|24 : aTGATACAAAT--TT-T-A-AAAC----TTCACACGAAT-TGC---------ATGTGATAAC-TG------AT-A------T------TGG-ATGGA--CTT---------TA------------TGTA-TGCTA-----TATTGTATATAGGTAGTGAGA---AA----------C---AT---A------------tatatgatac
gi|25 : aATTCTACTTT--AT----------ATGTTACAAGT-ATT-T-A-TCAA----TATTTACGAAT-TGTTTCATT-AAATGTG-ata
gi|26 : tatctaaatgtaaattgtttAT-GAAT--G-TA-CA--TATAT---A-T-TAC----CTATCATGGATGATG------TATGGAAGT---TTAGATATTTATCT------AAAT-GTAAA-T--TG-TTTA
gi|27 : agAA-G-TCCAACC-GTTTTTT--G-AAATATAAACTACATATG-TACAGACGC
gi|3 : ataGATGAAGTCTAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAACA--------CA-----TATACAC--AGCCTTTAATCT-------ACATATATCTAGTATA------AAGGG-T--TCT-GTA-AT--CTTTTGACAAA---------TCAATG-TTTGTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GTTAC-AAGT--A-AA-AA--TATAT---A-T-TAA----CTATCATGGATGATA------TATTGAAAT---TTAGATATATATATATATTAAAAA-GTAAA-T--TT-TTTACGAAATTCATTTA----T-AA---G---TAACCCTAA-C-CCCAACC-TGTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAAT-ATT-TAA-AAAA----TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTA------ATAA------A------TAA-ATATA--TTG---------GA------------TGCA-TGTTA-----TAATATGTGTATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTT-AGTTACAAATAAAGAAATC
gi|4 : ACAT--TGCATTCCATTT-------ACGCATGTCAAGTATA------AATAA-TA-CCT-T-A-AT--A--TTGACAAA---------ATACTGTTTTGAGAGGTATTTTGTCCTT----GTGTCCGTG--GTTAT-CAGT--A-AACCA--TATAC---A-T-TAA----CCATCATGG-------------ATGGGATT---TTAGATATATATC------GGAAA-GGAAATT--TGCTTCACAAAATATATTTA----CGAA---A---TAG---TAA-A-TTTGATTATTTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TGCCACTAATACCTT--AT----------GTTTTACAAAT-ACTAT-ATAAAC----TATATAAAAATAAG--TCAAC-CAATGTG-TCACTTG------AT-ACTTATTT------TGG-ATGTA--TTG---------CA------------TGCA-TG-AA-----TAGTAAATCCATGTAATGAAA---AATAATATTTTTT---AT---A------------TGTTTAAGTTACGACTTAAAAA
gi|5 : GATGAAATCTAAGCAAATAACAGACTTTTTTAAAATGGGAAATTT--------CA-----TATTCAC--AACATTTAATCT-------ACGTGTGTCAAGTATA------TAGGA-T--TAA-G-G-ATTTCTTTTAACACG---------TCATTG-TTTTTGAGG--------CCTT----GCGTGTGTG--GGTAT-GGGT--G-AA-TA--TATGT---G-T-TAA----ATATAATGACTGATA------TATGAAATT---TTAGATATTTATTT------AAGG-GTAAA-T--TG-TTCTCGAAATTCTCTTA----T-AA---A---TAA---TAA-A-Tttattgaatcttgaatcttt
gi|6 : tatgtaatgtaatacatacgattttgaagacaagtatcatttcagtcttatctgtccgttgtacggcgatattcgcaaattgtgtataaaatcttatgattactataggcacaacgttaattagtttatagaattAAGTATA------TAGGGGT--TTT-G-A-AC--CTTT-AACAAT---------TCAGT--TTTAAAAGG--------TCAC----GTGTGTGTG--AGT---GAGG--A-AA-AA--CA-AC---A-A-CAAAAAACTATCATGGATAATA------TCTGGAGTT---TTAGATATTTATTTACATGAACA-----------TC-TTAACGAATTACAATTAA---T-AGTTGA---TAA----AA-A-TCCAACC-TTTTATT--G-AACTATGAAATACAGATG-TACAGGTGCTTCTGA--AT----------GTGTAACAAAT-ATT-T-A-AAAT----TATATACGAAT-TGT----------------CACGTG------GT-A------ACTATA-TAGGATGTA--CTT---------TA------------TTTA-TGTTA-----TATTGTATGTATGTACTGAGA---AA----------C---AT---AATAATTTCTTTTTTTTTAAACTACAAATAAAGAAATttca
gi|7 : GATGAAATCCAACCAAATTGCAGAACTTTTAAAATTGGGGAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATAT-------ACCTATGTCAAGTATA------TAGG-----------------TTTTTAG-------------------------AAGG--------CCTT----TTGTGTGTA--AATAT-GAGT--G-AA-CA--TATAT---A-T-TAT----ATAACATGGATGATT------TATGGAATT---TTAGATATTTATCT------AGAA-GTAAA-T--TG-TTTACAAAATTCATTTA------A---------AA---TAA-G-TCCAAAC-TCTTTAT--G-AAATATTGATTACAAATG-CACAGATGCTACTTT--A------------TGTTACAAAT-ATT-T-A-ATTA----TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCGCGTattgaatttcttaaatcttga
gi|8 : taatcattttaggtttaatgttgttggctatttattgaattAAATTACAGAACTTTTAA--CTGG-AGAATT--------CA-----TATACATGTAGCATTTAATCT-------ACGTACGTCAAGTACA------AAGGG-C--TCTTG-G-AT--CTTTTAACACA---------TCA----TTTGCGAGG--------CGTT----GTGTGTGTA--GGTAT-GAGT--G-GA--A--TATAT---A-T-TAA----CTATCAGAGATGATA------TATGTAATT---TTAGATA---AT---TATTAAGAA-GTAAA-T--TC-CTTACGAAATTCATTCA----T-AA---A---TAT---TAAAG-CCCAACC-TCTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TACAGATTCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AATA----TATCTACGAAC-T-TTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------GT-A------C----------ATATA--TTG---------GA------------T
gi|9 : T--CTTATAACAAAGGAAACATGTCAGAT-TTCGTCTGA--------CCTTAAAAGTGTGTGTATTGTTTCTAAGT--GTAA-CA--TATAA---C-T-TAA----CAGTCACTGATGATACATGTGTATGGAATT---TTAAATATATAT-------------------------TTTACGAAAC--------------A---A---T-----TAA-G-TTCAGCC-TCTTATA--G-AAATATAAACTACTGGTG-TGCAGATGCTACGGT--AT----------GTTTTACAGAT-ATT-T-T-AAGA----TATATACGAAT-TGTTTCTTA-AAACGTG-TCACGTGTTAACTAT-A------T------TGG-ATGTA--CTGTATATACGCTA------------TGTA-TGCTA-----TAGTGTATGCA--AAAT-AAA---AA----------T---AT---A------------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATGTTCAAGTTACAACTAAACTGATATTGAATCTTGCATCTTT
Unaligned ( gi|29 ): GCAAATTATATATTAAAAATTACAATAGGCCCAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111 1111111 222222222222222222222222 1111111111111111 11111111 333333 11111 1111111111111111 222222 111111 1111111111111111111111111 22222222222222 111111111111
lowQualScore : 1 0 0 0 88888888 22222 66 2 4444444 0 555555555555555555555555 6666666666666666 2 1 00000000 6666 77 1 666 33 2 2 55 33 2 5555 5555 1 777777 0 3 44 2 2 555555 66 2 00000 2 1 8888888888888888 55555 888 2 0 33 2 2 33 9999999999 2 2 2 2 88888 2 2 4 1 222 4 1 888888 5 444444 33 5555555555555555555555555 5555 2 0 66666 1 33 777 22222222222222 888 555555555555
lowQualScore : . . . . ........ ..... .. . ....... . ........................ ................ . . ........ .... .. . ... .. . . .. .. . .... .... . ...... . . .. . . ...... .. . ..... . . ................ ..... ... . . .. . . .. .......... . . . . ..... . . . . ... . . ...... . ...... .. ......................... .... . . ..... . .. ... .............. ... ............
lowQualScore : 4 6 1 1 11111111 55555 11 9 4444444 9 000000000000000000000000 2222222222222222 9 1 44444444 1111 99 0 999 77 7 5 99 77 7 7777 7777 5 222222 9 2 55 5 5 444444 00 4 00000 4 5 5555555555555555 44444 000 4 2 22 4 2 11 7777777777 1 1 1 1 11111 4 0 0 3 888 4 2 888888 0 444444 77 7777777777777777777777777 7777 7 5 77777 0 99 999 22222222222222 999 888888888888
consensus : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATATA------GGGT--TCT-G-A-AT--CTTTTAACAAA---------TCANTGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GNTAC-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATGGAATTTTAGATATTTAT-T-T--ATTAAAAA-GTAAA-T--CG-TTTACGAAATTC-ATTTA----T-A---AA---TAA---T-AA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTGGATGTAC--T-G---------TA------------TGT----A-TGTTA-----TANTGTATGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
Reference ( family-394 ) : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATATA------GGGT--TCT-G-A-AT--CTTTTAACAAA---------TCANTGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GNTAC-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATGGAATTTTAGATATNTAT-T-T--ATTAAAAA-GTAAA-T--CG-TTTACGAAATTC-ATTTA----T-A---AA---TAA---T-AA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTAGATGTAC--T-G---------TA------------TGT----A-TGTTA-----TANTGTATGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
gi|1 : AAATCAAAGCAATTCACAGAACATTTAAAACAGGGCAAATA--------CATATACTATACAC--AGCGTTTACTCT-------ACATATGTTAAGTATATA------GAGTAGTTT-T-A-AT--A-TTTGACAAT---------TCGCTGTTT-AAAAGG--------TCAA----ATGTGTGTG--ATTGT-GAAA--A-AAC-AACAACAA--A-AA----A----ACTTTCATAGATGATA------TATGGAGGTATAAATATA------T--ATCAAAAA-GAAAA-T--CGCTTTAC--AATT---TTTA----T------T---TAA---T-AA---------------ATT--C-AAATATAAACTACATATT-TGCAGATGCTTTTTT--GT----------GTGTTTCAAAT-ATT-T-A-AAAT----TATGTACGAA----TTTAATA-A--------C-TATG------AT-A------TCATATGTCC--T-T---------TA------------TGT----A-TGTTA-----TAGTGTATAT--ATTTAGTGAGA---AATAT-------C---AT---A------------TGTTTAAGTGACAAATAAATAAATC
gi|10 : gtatcattatgttcttatttgtccgtagtacattgacattctcaaactatagatacaaccgttttaatataatacacccagcgtataaacgttaatagtatttatAC-A--TATAT--A-TC----ATGAAATTA--ATGAA-AATA------TAT-------TACATATATAT-T-T--TTTAAAACTGTGAA-TATCG-CTTA-GAAA--C-AGTTA----------AACTTTGA---C-AA-AATTCGACC-GTTTTTT--G-AA------------GATG-TA--------ACTTT--AG----------GTAGTGCAAAA-ATC-T-A-AAAAAAAATATACACGAAC-TATCTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-AGCCATATTGGATGTAC--T-G---------CA------------TGT----AATGT-A-----TAAAATATGT--ATGTAACGACA---TA----------T---AT---A------------TGTTTAAATTAGAAATAAAGAAATttgaatcttgaatctt
gi|11 : aataaaaatatattTT-ATAATA--------CCTT----GT---TGCA--AATGC-CAGT--G-AAC-AA-TATAA--A-TT----A----ATTATCATGGGTGATG------TATGGAA----AAA-ATTAAT-T-TACATTTAAAA-GGAAA-T--CGTTTTACGAAGTAC-ATT--------------------------------------TCTTATT--GAAAAAATAAACCACAGATG-TAAAGGTGCTACTTC--AC----------GCGTCACAA--------------------ACCTACGATT-TATTTTATA-ATAAACG-TCAGGTGTTAACAAT-A------TCAAATGTACTTT-G---------TACTTTGTACTTTGTGT----A-TGTTACATCCTAATGTATTC--ATGCAATGAAAT--AA----------CAGTAT---A------------TGTTTTAGTTTCAAGTAAAGAAATCgctagtattgaatcttgaatcttaattg
gi|12 : AACTTT-AAAACTAGGAATATATACTGTAGCA-----TATACAC--AGCATTTAATGT-------ATTAATGTCGAGTATATA------AGG-----------------------------------------TCT-GTGAGA--------CCCT----GTGTGTGTG--GTT---GAGT--G-AAC-A---ATATTAA-TT----A----ATTATCATGGAT-ATA------TATTAA----TAGA------------------------AAA-T--CA-CTTACTAAATTC-GTTCACAATT-A---AA---TAA-----AA-G-T-------TATTATT--G-AAATATAA---ACAGATG-TGCAGATGCTATTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-----------TA-----GGAT-TTTTTC-TACAAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTAGATGTAC--T-A---------TA------------TGT----A-TTTTG-----TAATGT
gi|13 : TACGAAGTTT-ATTAA----T-G---AA-----A---T-A--G-TTTAAGT-TCTTATTTAG-AACT-TAAAATACAGATG-TATAAATGTTAATTT--AT----------ATGTTGTAATT-ATT-T-A-AAAA----T-TCTACTAA-----TTCATA-AACTATT-TTATGTG------TTGA------TTA----TAC--TAA---------TA------------T-T----A-TA-TG-----TAGTGTATATGAATATAATGAGA---AA----------C---ATTGCA------------TGTTTAAGTTACGTATAAAGAAA
gi|14 : tatatatacattgagcGTTT-GTGAGG--------CCGT----GTGCGGGTG--GTTAT-GAGTTAA-AAA-A--TATAT--A-TT----A----AATATCAAGGATGATA------TGTCGAATTTTTTATATTTAT-T-T----TAAA---GTAAA-T--TG-TTTACGATATTC-ATTTA----T-A---AA---TAA---T-AAAG-TCCAACC-TCTTATT--G-AAACATTAACTGCAGATG-TACTGTTGCTACCTTTAAT----------ATGGGACAAAT-ATT-T-A-AAAA----TATTAACGAAT-TGTT
gi|15 : AATATAAACTACAATTG-CGCAGGTGTTTCTTT--ATTAGTGTATATGTGTTACAAATTATT-T-A-AAAT----TATTTACGAAT-TGT--------GACGTG-ATACCT-------AT-A------TTAGATGTAC--T-T---------TA------------TGT----G-TGTTA-----CAGTGAATGT--ATGTAATGAGATATAT----------T---AT---A------------TATCAAAGTTACAAATAAAGAAA
gi|16 : GTTT-GGGAGG--------CATT----GTGTGTGTG--AATAT-GAGT--G-TAC-A--TTAAT--A-TT----A----TCTATCATGGATGATG------TATGGAAGTTTAGATATTTAT-T-T------AAAT-GTTAA-T--TG-TTTACGAAATTC-ATTTA----T-A---A-----AA---T-AA-G-TCCAACC-TCTTTAT--G-AAATATTAACTACAGATGCTACcggtcattaagtcttgaatcttta
gi|17 : TATCATGGATGATA------TATGGAATTA-AGATATTTAT-T-T--A----AAA-GTAAA-T--TG-ATTACGAAATTC-ATTTA----T-A---AA---TAA---T-AAAG-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGAAA-TACAGATGCTTCATT--AT----------Gt
gi|18 : GCAAATTACAGAACTTTTGAAACTGCGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAAT-----------GTATGTCAAGTATATACATGTAGGGT--TCT-GGA-AC--CTTTTAACAAA---------TCATTATTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTATGTG--GGTAC-GAGT--G-AAC-A--TAatatcaattataccggtaataatatt
gi|19 : TTAAAAT-GTAAA-T--CG-TTTATGAAATTC-ATTTA-----------A----AA---T-AA-G-TCCAACT-TCTTTAT--G-AAATATCAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAAT-ATT-T-A-A
gi|2 : atggatcgggaaagtaggtcGATGAAATCCAAGCAAATAACAGAACTT--------GGGAAAATA--------CA-----TATACAC--GGCATTTAATCTTTAATCTACATATGTCAAGTTTATA------GGGT--TCT-G-GGAT--CTTTTAACAAA---------TCAGTGTTT-GTAAGG--------CCCT----GTGTGTTTGTTGATAT-GAGT--G-AAC-A--TATAT--AGTT----A----A-TATTTTGGATGAAA------TATTGAATTTTAGATATTTAT-T-T---TAAAAAA-GTAAA-T--AG-TTTATGAAATT--A---A----T-A---AA---TAA---TAAA-G-TCCAAAC-ACTATTT--T-AAATATAAATTACATTTG-TACATATGCTACCTC--AT----------GTGTTACAAAT-ACT-----------------TACGAAT-TGTTTCATA-A
gi|20 : attttatgtaatacatacgatagggaagacgagtattatttcattcttatttatccgttatacagcgatattcgcaaaatgtatataaactcttataatttcaatagtgtttataaaggtattaaatt--AT----------ATGATACAGAT--TT-T-A-AAAC----TATACACGAAT-TGC---------ATGTG-ATAAGTG------AT-A------TTGGATGGAT--T-G---------TA------------TGT----A-TGTTA-----TATTGTATGT--AGGTAGTAAG----AA----------C---AT---A------------
gi|21 : TTTATGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TC---TA------AT-G------ATAAATATAT--T-G---------GA------------TAT----A-TGTTA-----CAATATATGT--ATGTAATGAGA---AA----------TG--AT---A------------TATTTAAGTTACAAATAAAGAAATatacaccgaccaataatgaa
gi|22 : TTTACAAAC-TGTTTCATA-GAATGTG-TCACGTG------CT-A--------------AC--T-G---------CA------------TGGAAGAA-TGTTA-----CAATATATGT--TTGTAACG-GA---TA----------T---ATAA-A------------TGTTTGAGTTACAAATTAAGAGATCattaaat
gi|23 : TACAAAC-ATT-T-A-AAAC----TATACGCGAAT-TGC---------ATGTGATAAC-TG------AT-A------TTGGATGGAC--T-T---------TA------------TGT----A-TGCTA-----TATTGTATAT--AGGTAGTGAGA---AA----------C---AT---tt
gi|24 : aTGATACAAAT--TT-T-A-AAAC----TTCACACGAAT-TGC---------ATGTGATAAC-TG------AT-A------TTGGATGGAC--T-T---------TA------------TGT----A-TGCTA-----TATTGTATAT--AGGTAGTGAGA---AA----------C---AT---A------------tatatgatac
gi|25 : aATTCTACTTT--AT----------ATGTTACAAGT-ATT-T-A-TCAA----TATTTACGAAT-TGTTTCATT-AAATGTG-ata
gi|26 : tatctaaatgtaaattgtttAT-GAAT--G-TAC-A--TATAT--A-TT----A----CCTATCATGGATGATG------TATGGAAGTTTAGATATTTAT-C-T------AAAT-GTAAA-T--TG-TTTA
gi|27 : ag-AA-G-TCCAACC-GTTTTTT--G-AAATATAAACTACATATG-TACAGACGC
gi|3 : ataGATGAAGTCTAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAACA--------CA-----TATACAC--AGCCTTTAATCT-------ACATATATCTAGTATAAA------GGGT--TCT-GTA-AT--CTTTTGACAAA---------TCAATGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GTTAC-AAGT--A-AAA-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATTGAAATTTAGATATATATATAT--ATTAAAAA-GTAAA-T--TT-TTTACGAAATTC-ATTTA----T-A---AG---TAACCCT-AA-C-CCCAACC-TGTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAAT-ATT-TAA-AAAA----TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTA------ATAA------ATAAATATAT--T-G---------GA------------TGC----A-TGTTA-----TAATATGTGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTT-AGTTACAAATAAAGAAATC
gi|4 : ACAT--TGCATTCCATTT-------ACGCATGTCAAGTATAAA------TAATA-CCT-T-A-AT--ATT--GACAAA---------ATACTGTTTTGAGAGGTATTTTGTCCTT----GTGTCCGTG--GTTAT-CAGT--A-AACCA--TATAC--A-TT----A----ACCATCATGGATG-------------GGATTTTAGATATA------T--ATCGGAAA-GGAAATT--TGCTTCACAAAATAT-ATTTA----CGA---AA---TAG---T-AA-A-TTTGATTATTTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TGCCACTAATACCTT--AT----------GTTTTACAAAT-ACTAT-ATAAAC----TATATAAAAATAAG--TCAAC-CAATGTG-TCACTTG------AT-ACTTATTTTGGATGTAT--T-G---------CA------------TGC----A-TG-AA-----TAGTAAATCC--ATGTAATGAAA---AATAATATTTTTT---AT---A------------TGTTTAAGTTACGACTTAAAAA
gi|5 : GATGAAATCTAAGCAAATAACAGACTTTTTTAAAATGGGAAATTT--------CA-----TATTCAC--AACATTTAATCT-------ACGTGTGTCAAGTATATA------GGAT--TAA-G-G-ATTTCTTTTAACACG---------TCATTGTTT-TTGAGG--------CCTT----GCGTGTGTG--GGTAT-GGGT--G-AAT-A--TATGT--G-TT----A----AATATAATGACTGATA------TATGAAATTTTAGATATTTAT-T-T------AAGG-GTAAA-T--TG-TTCTCGAAATTC-TCTTA----T-A---AA---TAA---T-AA-A-Tttattgaatcttgaatcttt
gi|6 : tatgtaatgtaatacatacgattttgaagacaagtatcatttcagtcttatctgtccgttgtacggcgatattcgcaaattgtgtataaaatcttatgattactataggcacaacgttaattagtttatagaattAAGTATATAG-----GGGT--TTT-G-A-A---CCTTTAACAAT---------TCAGT-TTT-AAAAGG--------TCAC----GTGTGTGTG--AGT---GAGG--A-AAA-A--CA-AC--A-ACAAAAA----ACTATCATGGATAATA------TCTGGAGTTTTAGATATTTAT-T-T--AC----AT-GAACA-T--C--TTAACGAATTACAATTAA----T-AGTTGA---TAA-----AA-A-TCCAACC-TTTTATT--G-AACTATGAAATACAGATG-TACAGGTGCTTCTGA--AT----------GTGTAACAAAT-ATT-T-A-AAAT----TATATACGAAT----------------TG-TCACGTGGTAACTAT-A------TAGGATGTAC--T-T---------TA------------TTT----A-TGTTA-----TATTGTATGT--ATGTACTGAGA---AA----------C---AT---AATAATTTCTTTTTTTTTAAACTACAAATAAAGAAATttca
gi|7 : GATGAAATCCAACCAAATTGCAGAACTTTTAAAATTGGGGAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATAT-------ACCTATGTCAAGTATATA------GG----------------TTTTTAG-------------------------AAGG--------CCTT----TTGTGTGTA--AATAT-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----TATAACATGGATGATT------TATGGAATTTTAGATATTTAT-C-T------AGAA-GTAAA-T--TG-TTTACAAAATTC-ATTTA------A---------AA---T-AA-G-TCCAAAC-TCTTTAT--G-AAATATTGATTACAAATG-CACAGATGCTACTTT--A------------TGTTACAAAT-ATT-T-A-ATTA----TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCGCGTattgaatttcttaaatcttga
gi|8 : taatcattttaggtttaatgttgttggctatttattgaattAAATTACAGAACTTTTAA--CTGG-AGAATT--------CA-----TATACATGTAGCATTTAATCT-------ACGTACGTCAAGTACAAA------GGGC--TCTTG-G-AT--CTTTTAACACA---------TCA---TTT-GCGAGG--------CGTT----GTGTGTGTA--GGTAT-GAGT--G-GA--A--TATAT--A-TT----A----ACTATCAGAGATGATA------TATGTAATTTTAGATA---AT-T----ATTAAGAA-GTAAA-T--TC-CTTACGAAATTC-ATTCA----T-A---AA---TAT---T-AAAG-CCCAACC-TCTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TACAGATTCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AATA----TATCTACGAAC-T-TTTCATA-AAATGTG-TCACGTGGTACATAT-A------TTGGAT
gi|9 : T--CTTATAACAAAGGAAACATGTCAGATTTC-GTCTGA--------CCTTAAAAGTGTGTGTATTGTTTCTAAGT--GTAAC-A--TATAA--C-TT----A----ACAGTCACTGATGATACATGTGTATGGAATTTTAAATATATAT-T-T-------------------------TACGAAAC------------------AA---T-----T-AA-G-TTCAGCC-TCTTATA--G-AAATATAAACTACTGGTG-TGCAGATGCTACGGT--AT----------GTTTTACAGAT-ATT-T-T-AAGA----TATATACGAAT-TGTTTCTTA-AAACGTG-TCACGTGTTAACTAT-A------TTGGATGTAC--T-GTATATACGCTA------------TGT----A-TGCTA-----TAGTGTATGC--A--AAAT-AAA---AA----------T---AT---A------------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATGTTCAAGTTACAACTAAACTGATATTGAATCTTGCATCTTT
Unaligned ( gi|29 ): GCAAATTATATATTAAAAATTACAATAGGCCCAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111 1111111 222222222222222222222222 1111111111111111 11111111 333333 111111111111 111 222222 111111 1111111111111111111111111 22222222222222 111111111111
lowQualScore : 1 0 0 0 88888888 22222 66 2 4444444 0 555555555555555555555555 6666666666666666 2 1 00000000 6666 77 1 666 33 2 2 55 33 2 5555 5555 1 777777 0 3 5555 000000 66 2 99999 555 2 333333333333 444 000 2 0 33 2 2 33 9999999999 2 2 2 2 88888 2 2 4 1 222 4 0 888888 2 444444 33 5555555555555555555555555 8888 3 66666 1 33 777 22222222222222 888 555555555555
lowQualScore : . . . . ........ ..... .. . ....... . ........................ ................ . . ........ .... .. . ... .. . . .. .. . .... .... . ...... . . .... ...... .. . ..... ... . ............ ... ... . . .. . . .. .......... . . . . ..... . . . . ... . . ...... . ...... .. ......................... .... . ..... . .. ... .............. ... ............
lowQualScore : 4 6 1 1 11111111 55555 11 9 4444444 9 000000000000000000000000 2222222222222222 9 1 44444444 1111 99 0 999 77 7 5 99 77 7 7777 7777 5 222222 9 2 6666 666666 00 4 11111 888 1 555555555555 111 222 4 2 22 4 2 11 7777777777 1 1 1 1 11111 4 0 0 3 888 4 7 888888 5 444444 77 7777777777777777777777777 3333 8 77777 0 99 999 22222222222222 999 888888888888
consensus : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATATA------GGGT--TCT-G-A-AT--CTTTTAACAAA---------TCANTGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GNTAC-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATGGAATTTTAGATAT-T-TATTT--ATTAAAAA-GTAAA-T--CG-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---TAA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTGGATGTAC--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TANTGTATGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
Reference ( family-394 ) : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATATA------GGGT--TCT-G-A-AT--CTTTTAACAAA---------TCANTGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GNTAC-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATGGAATTTTAGATAT-T-TATTT--ATTAAAAA-GTAAA-T--CG-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---TAA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTGGATGTAC--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TANTGTATGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
gi|1 : AAATCAAAGCAATTCACAGAACATTTAAAACAGGGCAAATA--------CATATACTATACAC--AGCGTTTACTCT-------ACATATGTTAAGTATATA------GAGTAGTTT-T-A-AT--A-TTTGACAAT---------TCGCTGTTT-AAAAGG--------TCAA----ATGTGTGTG--ATTGT-GAAA--A-AAC-AACAACAA--A-AA----A----ACTTTCATAGATGATA------TATGGAGGTATAAATA----TA--T--ATCAAAAA-GAAAA-T--CGCTTTAC--AATT---TTTAT------T---TAA---TAA---------------ATT--C-AAATATAAACTACATATT-TGCAGATGCTTTTTT--GT----------GTGTTTCAAAT-ATT-T-A-AAAT----TATGTACGAA----TTTAATA-A--------C-TATG------AT-A------TCATATGTCC--T-T---------TA------------TGT----ATGTTA-----TAGTGTATAT--ATTTAGTGAGA---AATAT-------C---AT---A------------TGTTTAAGTGACAAATAAATAAATC
gi|10 : gtatcattatgttcttatttgtccgtagtacattgacattctcaaactatagatacaaccgttttaatataatacacccagcgtataaacgttaatagtatttatAC-A--TATAT--A-TC----ATGAAATTA--ATGAA-AATA------TAT-------TACATAT-A-TATTT--TTTAAAACTGTGAA-TATCG-CTTA-GAAA--C-AGTTA------AACTTTGA---CAA-AATTCGACC-GTTTTTT--G-AA------------GATG-TA--------ACTTT--AG----------GTAGTGCAAAA-ATC-T-A-AAAAAAAATATACACGAAC-TATCTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-AGCCATATTGGATGTAC--T-G---------CA------------TGTA---ATG-TA-----TAAAATATGT--ATGTAACGACA---TA----------T---AT---A------------TGTTTAAATTAGAAATAAAGAAATttgaatcttgaatctt
gi|11 : aataaaaatatattTT-ATAATA--------CCTT----GT---TGCA--AATGC-CAGT--G-AAC-AA-TATAA--A-TT----A----ATTATCATGGGTGATG------TATGGAA----AAA-AT-T-AATTTACATTTAAAA-GGAAA-T--CGTTTTACGAAGTAC-ATT---------------------------------TCTTATT--GAAAAAATAAACCACAGATG-TAAAGGTGCTACTTC--AC----------GCGTCACAA--------------------ACCTACGATT-TATTTTATA-ATAAACG-TCAGGTGTTAACAAT-A------TCAAATGTACTTT-G---------TACTTTGTACTTTGTGT----ATGTTACATCCTAATGTATTC--ATGCAATGAAAT--AA----------CAGTAT---A------------TGTTTTAGTTTCAAGTAAAGAAATCgctagtattgaatcttgaatcttaattg
gi|12 : AACTTT-AAAACTAGGAATATATACTGTAGCA-----TATACAC--AGCATTTAATGT-------ATTAATGTCGAGTATATA------AGG-----------------------------------------TCT-GTGAGA--------CCCT----GTGTGTGTG--GTT---GAGT--G-AAC-A---ATATTAA-TT----A----ATTATCATGGAT-ATA------TATTAA----TAGAAAA-T-CACTT--ACTAAA----T----T--CG-TTCAC--AAT--------T-A---AA---TAA----AA-G-T-------TATTATT--G-AAATATAA---ACAGATG-TGCAGATGCTATTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-----------TA-----GGAT-TTTTTC-TACAAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTAGATGTAC--T-A---------TA------------TGT----ATTTTG-----TAATGT
gi|13 : TACGAAGTTT-ATTAAT-G---AA-----A---TA--G-TTTAAGT-TCTTATTTAG-AACT-TAAAATACAGATG-TATAAATGTTAATTT--AT----------ATGTTGTAATT-ATT-T-A-AAAA----T-TCTACTAA-----TTCATA-AACTATT-TTATGTG----------------TTGATTATAC--TAA---------TA------------T-T----ATA-TG-----TAGTGTATATGAATATAATGAGA---AA----------C---ATTGCA------------TGTTTAAGTTACGTATAAAGAAA
gi|14 : tatatatacattgagcGTTT-GTGAGG--------CCGT----GTGCGGGTG--GTTAT-GAGTTAA-AAA-A--TATAT--A-TT----A----AATATCAAGGATGATA------TGTCGAATTTTTTATAT-T-TATTT----TAAA---GTAAA-T--TG-TTTACGATATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---TAAAG-TCCAACC-TCTTATT--G-AAACATTAACTGCAGATG-TACTGTTGCTACCTTTAAT----------ATGGGACAAAT-ATT-T-A-AAAA----TATTAACGAAT-TGTT
gi|15 : AATATAAACTACAATTG-CGCAGGTGTTTCTTT--ATTAGTGTATATGTGTTACAAATTATT-T-A-AAAT----TATTTACGAAT-TGT--------GACGTG-ATACCT-------AT-A------TTAGATGTAC--T-T---------TA------------TGT----GTGTTA-----CAGTGAATGT--ATGTAATGAGATATAT----------T---AT---A------------TATCAAAGTTACAAATAAAGAAA
gi|16 : GTTT-GGGAGG--------CATT----GTGTGTGTG--AATAT-GAGT--G-TAC-A--TTAAT--A-TT----A----TCTATCATGGATGATG------TATGGAAGTTTAGATAT-T-TATTT------AAAT-GTTAA-T--TG-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---A-----AA---TAA-G-TCCAACC-TCTTTAT--G-AAATATTAACTACAGATGCTACcggtcattaagtcttgaatcttta
gi|17 : TATCATGGATGATA------TATGGAATTA-AGATAT-T-TATTT--A----AAA-GTAAA-T--TG-ATTACGAAATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---TAAAG-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGAAA-TACAGATGCTTCATT--AT----------Gt
gi|18 : GCAAATTACAGAACTTTTGAAACTGCGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAAT-----------GTATGTCAAGTATATACATGTAGGGT--TCT-GGA-AC--CTTTTAACAAA---------TCATTATTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTATGTG--GGTAC-GAGT--G-AAC-A--TAatatcaattataccggtaataatatt
gi|19 : TTAAAAT-GTAAA-T--CG-TTTATGAAATTC-ATTTA-------A----AA---TAA-G-TCCAACT-TCTTTAT--G-AAATATCAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAAT-ATT-T-A-A
gi|2 : atggatcgggaaagtaggtcGATGAAATCCAAGCAAATAACAGAACTT--------GGGAAAATA--------CA-----TATACAC--GGCATTTAATCTTTAATCTACATATGTCAAGTTTATA------GGGT--TCT-G-GGAT--CTTTTAACAAA---------TCAGTGTTT-GTAAGG--------CCCT----GTGTGTTTGTTGATAT-GAGT--G-AAC-A--TATAT--AGTT----A----A-TATTTTGGATGAAA------TATTGAATTTTAGATAT-T-TATTT---TAAAAAA-GTAAA-T--AG-TTTATGAAATT--A---AT-A---AA---TAA---TAAAG-TCCAAAC-ACTATTT--T-AAATATAAATTACATTTG-TACATATGCTACCTC--AT----------GTGTTACAAAT-ACT-T-A---------------CGAAT-TGTTTCATA-A
gi|20 : attttatgtaatacatacgatagggaagacgagtattatttcattcttatttatccgttatacagcgatattcgcaaaatgtatataaactcttataatttcaatagtgtttataaaggtattaaatt--AT----------ATGATACAGAT--TT-T-A-AAAC----TATACACGAAT-TGC---------ATGTG-ATAAGTG------AT-A------TTGGATGGAT--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TATTGTATGT--AGGTAGTAAG----AA----------C---AT---A------------
gi|21 : TTTATGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCTAATG------AT-A---------AATATAT--T-G---------GA------------TAT----ATGTTA-----CAATATATGT--ATGTAATGAGA---AA----------TG--AT---A------------TATTTAAGTTACAAATAAAGAAATatacaccgaccaataatgaa
gi|22 : TTTACAAAC-TGTTTCATA-GAATGTG-TCACGTG------CT-A--------------AC--T-G---------CA------------TGGAAGAATGTTA-----CAATATATGT--TTGTAACG-GA---TA----------T---ATAA-A------------TGTTTGAGTTACAAATTAAGAGATCattaaat
gi|23 : TACAAAC-ATT-T-A-AAAC----TATACGCGAAT-TGC---------ATGTGATAAC-TG------AT-A------TTGGATGGAC--T-T---------TA------------TGT----ATGCTA-----TATTGTATAT--AGGTAGTGAGA---AA----------C---AT---tt
gi|24 : aTGATACAAAT--TT-T-A-AAAC----TTCACACGAAT-TGC---------ATGTGATAAC-TG------AT-A------TTGGATGGAC--T-T---------TA------------TGT----ATGCTA-----TATTGTATAT--AGGTAGTGAGA---AA----------C---AT---A------------tatatgatac
gi|25 : aATTCTACTTT--AT----------ATGTTACAAGT-ATT-T-A-TCAA----TATTTACGAAT-TGTTTCATT-AAATGTG-ata
gi|26 : tatctaaatgtaaattgtttAT-GAAT--G-TAC-A--TATAT--A-TT----A----CCTATCATGGATGATG------TATGGAAGTTTAGATAT-T-TATCT------AAAT-GTAAA-T--TG-TTTA
gi|27 : agAA-G-TCCAACC-GTTTTTT--G-AAATATAAACTACATATG-TACAGACGC
gi|3 : ataGATGAAGTCTAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAACA--------CA-----TATACAC--AGCCTTTAATCT-------ACATATATCTAGTATAAA------GGGT--TCT-GTA-AT--CTTTTGACAAA---------TCAATGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GTTAC-AAGT--A-AAA-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATTGAAATTTAGATATATATATAT--ATTAAAAA-GTAAA-T--TT-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---AG---TAACCCTAA-C-CCCAACC-TGTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAAT-ATT-TAA-AAAA----TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTA------ATAA------ATAAATATAT--T-G---------GA------------TGC----ATGTTA-----TAATATGTGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTT-AGTTACAAATAAAGAAATC
gi|4 : ACAT--TGCATTCCATTT-------ACGCATGTCAAGTATAAA------TAATA-CCT-T-A-AT--ATT--GACAAA---------ATACTGTTTTGAGAGGTATTTTGTCCTT----GTGTCCGTG--GTTAT-CAGT--A-AACCA--TATAC--A-TT----A----ACCATCATGGATG-------------GGATTTTAGATA----TA--T--ATCGGAAA-GGAAATT--TGCTTCACAAAATAT-ATTTACGA---AA---TAG---TAA-A-TTTGATTATTTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TGCCACTAATACCTT--AT----------GTTTTACAAAT-ACTAT-ATAAAC----TATATAAAAATAAG--TCAAC-CAATGTG-TCACTTG------AT-ACTTATTTTGGATGTAT--T-G---------CA------------TGC----ATG-AA-----TAGTAAATCC--ATGTAATGAAA---AATAATATTTTTT---AT---A------------TGTTTAAGTTACGACTTAAAAA
gi|5 : GATGAAATCTAAGCAAATAACAGACTTTTTTAAAATGGGAAATTT--------CA-----TATTCAC--AACATTTAATCT-------ACGTGTGTCAAGTATATA------GGAT--TAA-G-G-ATTTCTTTTAACACG---------TCATTGTTT-TTGAGG--------CCTT----GCGTGTGTG--GGTAT-GGGT--G-AAT-A--TATGT--G-TT----A----AATATAATGACTGATA------TATGAAATTTTAGATAT-T-TATTT------AAGG-GTAAA-T--TG-TTCTCGAAATTC-TCTTAT-A---AA---TAA---TAA-A-Tttattgaatcttgaatcttt
gi|6 : tatgtaatgtaatacatacgattttgaagacaagtatcatttcagtcttatctgtccgttgtacggcgatattcgcaaattgtgtataaaatcttatgattactataggcacaacgttaattagtttatagaattAAGTATATAG-----GGGT--TTT-G-A-A---CCTTTAACAAT---------TCAGT-TTT-AAAAGG--------TCAC----GTGTGTGTG--AGT---GAGG--A-AAA-A--CA-AC--A-ACAAAAA----ACTATCATGGATAATA------TCTGGAGTTTTAGATAT-T-TATTT--AC----AT-GAACA-T--C--TTAACGAATTACAATTAAT-AGTTGA---TAA----AA-A-TCCAACC-TTTTATT--G-AACTATGAAATACAGATG-TACAGGTGCTTCTGA--AT----------GTGTAACAAAT-ATT-T-A-AAAT----TATATACGAAT----------------TG-TCACGTGGTAACTAT-A------TAGGATGTAC--T-T---------TA------------TTT----ATGTTA-----TATTGTATGT--ATGTACTGAGA---AA----------C---AT---AATAATTTCTTTTTTTTTAAACTACAAATAAAGAAATttca
gi|7 : GATGAAATCCAACCAAATTGCAGAACTTTTAAAATTGGGGAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATAT-------ACCTATGTCAAGTATATA------GG----------------TTTTTAG-------------------------AAGG--------CCTT----TTGTGTGTA--AATAT-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----TATAACATGGATGATT------TATGGAATTTTAGATAT-T-TATCT------AGAA-GTAAA-T--TG-TTTACAAAATTC-ATTTA--A---------AA---TAA-G-TCCAAAC-TCTTTAT--G-AAATATTGATTACAAATG-CACAGATGCTACTTT--A------------TGTTACAAAT-ATT-T-A-ATTA----TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCGCGTattgaatttcttaaatcttga
gi|8 : taatcattttaggtttaatgttgttggctatttattgaattAAATTACAGAACTTTTAA--CTGG-AGAATT--------CA-----TATACATGTAGCATTTAATCT-------ACGTACGTCAAGTACAAA------GGGC--TCTTG-G-AT--CTTTTAACACA---------TCA---TTT-GCGAGG--------CGTT----GTGTGTGTA--GGTAT-GAGT--G-GA--A--TATAT--A-TT----A----ACTATCAGAGATGATA------TATGTAATTTTAGATA-----ATT---ATTAAGAA-GTAAA-T--TC-CTTACGAAATTC-ATTCAT-A---AA---TAT---TAAAG-CCCAACC-TCTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TACAGATTCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AATA----TATCTACGAAC-T-TTTCATA-AAATGTG-TCACGTGGTACATAT-A------TTGGAT
gi|9 : T--CTTATAACAAAGGAAACATGTCAGATTTC-GTCTGA--------CCTTAAAAGTGTGTGTATTGTTTCTAAGT--GTAAC-A--TATAA--C-TT----A----ACAGTCACTGATGATACATGTGTATGGAATTTTAAATAT-A-TATTT-------------------------TACGAAAC--------------AA---T-----TAA-G-TTCAGCC-TCTTATA--G-AAATATAAACTACTGGTG-TGCAGATGCTACGGT--AT----------GTTTTACAGAT-ATT-T-T-AAGA----TATATACGAAT-TGTTTCTTA-AAACGTG-TCACGTGTTAACTAT-A------TTGGATGTAC--T-GTATATACGCTA------------TGT----ATGCTA-----TAGTGTATGC--A--AAAT-AAA---AA----------T---AT---A------------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATGTTCAAGTTACAACTAAACTGATATTGAATCTTGCATCTTT
Unaligned ( gi|29 ): GCAAATTATATATTAAAAATTACAATAGGCCCAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111 1111111 222222222222222222222222 1111111111111111 11111111 333333 111111111111 111 222222 111111 1111111111111111111111111 22222222222222 111111111111
lowQualScore : 1 0 0 0 88888888 22222 66 2 4444444 0 555555555555555555555555 6666666666666666 2 1 00000000 6666 77 1 666 33 2 2 55 33 2 5555 5555 1 777777 0 3 5555 000000 66 2 99999 555 2 333333333333 444 000 2 0 33 2 2 33 9999999999 2 2 2 2 88888 2 2 4 1 222 4 0 888888 2 444444 33 5555555555555555555555555 8888 3 66666 1 33 777 22222222222222 888 555555555555
lowQualScore : . . . . ........ ..... .. . ....... . ........................ ................ . . ........ .... .. . ... .. . . .. .. . .... .... . ...... . . .... ...... .. . ..... ... . ............ ... ... . . .. . . .. .......... . . . . ..... . . . . ... . . ...... . ...... .. ......................... .... . ..... . .. ... .............. ... ............
lowQualScore : 4 6 1 1 11111111 55555 11 9 4444444 9 000000000000000000000000 2222222222222222 9 1 44444444 1111 99 0 999 77 7 5 99 77 7 7777 7777 5 222222 9 2 6666 666666 00 4 11111 888 1 555555555555 111 222 4 2 22 4 2 11 7777777777 1 1 1 1 11111 4 0 0 3 888 4 7 888888 5 444444 77 7777777777777777777777777 3333 8 77777 0 99 999 22222222222222 999 888888888888
consensus : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATATA------GGGT--TCT-G-A-AT--CTTTTAACAAA---------TCANTGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GNTAC-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATGGAATTTTAGATAT-T-TATTT--ATTAAAAA-GTAAA-T--CG-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---TAA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTGGATGTAC--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TANTGTATGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
Reference ( family-394 ) : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATATA------GGGT--TCT-G-A-AT--CTTTTAACAAA---------TCANTGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GNTAC-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATGGAATTTTAGATAT-T-TATTT--ATTAAAAA-GTAAA-T--CG-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---TAA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTGGATGTAC--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TANTGTATGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
gi|1 : AAATCAAAGCAATTCACAGAACATTTAAAACAGGGCAAATA--------CATATACTATACAC--AGCGTTTACTCT-------ACATATGTTAAGTATATA------GAGTAGTTT-T-A-AT--A-TTTGACAAT---------TCGCTGTTT-AAAAGG--------TCAA----ATGTGTGTG--ATTGT-GAAA--A-AAC-AACAACAA--A-AA----A----ACTTTCATAGATGATA------TATGGAGGTATAAATA----TA--T--ATCAAAAA-GAAAA-T--CGCTTTAC--AATT---TTTAT------T---TAA---TAA---------------ATT--C-AAATATAAACTACATATT-TGCAGATGCTTTTTT--GT----------GTGTTTCAAAT-ATT-T-A-AAAT----TATGTACGAA----TTTAATA-A--------C-TATG------AT-A------TCATATGTCC--T-T---------TA------------TGT----ATGTTA-----TAGTGTATAT--ATTTAGTGAGA---AATAT-------C---AT---A------------TGTTTAAGTGACAAATAAATAAATC
gi|10 : gtatcattatgttcttatttgtccgtagtacattgacattctcaaactatagatacaaccgttttaatataatacacccagcgtataaacgttaatagtatttatAC-A--TATAT--A-TC----ATGAAATTA--ATGAA-AATA------TAT-------TACATAT-A-TATTT--TTTAAAACTGTGAA-TATCG-CTTA-GAAA--C-AGTTA------AACTTTGA---CAA-AATTCGACC-GTTTTTT--G-AA------------GATG-TA--------ACTTT--AG----------GTAGTGCAAAA-ATC-T-A-AAAAAAAATATACACGAAC-TATCTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-AGCCATATTGGATGTAC--T-G---------CA------------TGTA---ATG-TA-----TAAAATATGT--ATGTAACGACA---TA----------T---AT---A------------TGTTTAAATTAGAAATAAAGAAATttgaatcttgaatctt
gi|11 : aataaaaatatattTT-ATAATA--------CCTT----GT---TGCA--AATGC-CAGT--G-AAC-AA-TATAA--A-TT----A----ATTATCATGGGTGATG------TATGGAA----AAA-AT-T-AATTTACATTTAAAA-GGAAA-T--CGTTTTACGAAGTAC-ATT---------------------------------TCTTATT--GAAAAAATAAACCACAGATG-TAAAGGTGCTACTTC--AC----------GCGTCACAA--------------------ACCTACGATT-TATTTTATA-ATAAACG-TCAGGTGTTAACAAT-A------TCAAATGTACTTT-G---------TACTTTGTACTTTGTGT----ATGTTACATCCTAATGTATTC--ATGCAATGAAAT--AA----------CAGTAT---A------------TGTTTTAGTTTCAAGTAAAGAAATCgctagtattgaatcttgaatcttaattg
gi|12 : AACTTT-AAAACTAGGAATATATACTGTAGCA-----TATACAC--AGCATTTAATGT-------ATTAATGTCGAGTATATA------AGG-----------------------------------------TCT-GTGAGA--------CCCT----GTGTGTGTG--GTT---GAGT--G-AAC-A---ATATTAA-TT----A----ATTATCATGGAT-ATA------TATTAA----TAGAAAA-T-CACTT--ACTAAA----T----T--CG-TTCAC--AAT--------T-A---AA---TAA----AA-G-T-------TATTATT--G-AAATATAA---ACAGATG-TGCAGATGCTATTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-----------TA-----GGAT-TTTTTC-TACAAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTAGATGTAC--T-A---------TA------------TGT----ATTTTG-----TAATGT
gi|13 : TACGAAGTTT-ATTAAT-G---AA-----A---TA--G-TTTAAGT-TCTTATTTAG-AACT-TAAAATACAGATG-TATAAATGTTAATTT--AT----------ATGTTGTAATT-ATT-T-A-AAAA----T-TCTACTAA-----TTCATA-AACTATT-TTATGTG----------------TTGATTATAC--TAA---------TA------------T-T----ATA-TG-----TAGTGTATATGAATATAATGAGA---AA----------C---ATTGCA------------TGTTTAAGTTACGTATAAAGAAA
gi|14 : tatatatacattgagcGTTT-GTGAGG--------CCGT----GTGCGGGTG--GTTAT-GAGTTAA-AAA-A--TATAT--A-TT----A----AATATCAAGGATGATA------TGTCGAATTTTTTATAT-T-TATTT----TAAA---GTAAA-T--TG-TTTACGATATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---TAAAG-TCCAACC-TCTTATT--G-AAACATTAACTGCAGATG-TACTGTTGCTACCTTTAAT----------ATGGGACAAAT-ATT-T-A-AAAA----TATTAACGAAT-TGTT
gi|15 : AATATAAACTACAATTG-CGCAGGTGTTTCTTT--ATTAGTGTATATGTGTTACAAATTATT-T-A-AAAT----TATTTACGAAT-TGT--------GACGTG-ATACCT-------AT-A------TTAGATGTAC--T-T---------TA------------TGT----GTGTTA-----CAGTGAATGT--ATGTAATGAGATATAT----------T---AT---A------------TATCAAAGTTACAAATAAAGAAA
gi|16 : GTTT-GGGAGG--------CATT----GTGTGTGTG--AATAT-GAGT--G-TAC-A--TTAAT--A-TT----A----TCTATCATGGATGATG------TATGGAAGTTTAGATAT-T-TATTT------AAAT-GTTAA-T--TG-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---A-----AA---TAA-G-TCCAACC-TCTTTAT--G-AAATATTAACTACAGATGCTACcggtcattaagtcttgaatcttta
gi|17 : TATCATGGATGATA------TATGGAATTA-AGATAT-T-TATTT--A----AAA-GTAAA-T--TG-ATTACGAAATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---TAAAG-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGAAA-TACAGATGCTTCATT--AT----------Gt
gi|18 : GCAAATTACAGAACTTTTGAAACTGCGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAAT-----------GTATGTCAAGTATATACATGTAGGGT--TCT-GGA-AC--CTTTTAACAAA---------TCATTATTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTATGTG--GGTAC-GAGT--G-AAC-A--TAatatcaattataccggtaataatatt
gi|19 : TTAAAAT-GTAAA-T--CG-TTTATGAAATTC-ATTTA-------A----AA---TAA-G-TCCAACT-TCTTTAT--G-AAATATCAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAAT-ATT-T-A-A
gi|2 : atggatcgggaaagtaggtcGATGAAATCCAAGCAAATAACAGAACTT--------GGGAAAATA--------CA-----TATACAC--GGCATTTAATCTTTAATCTACATATGTCAAGTTTATA------GGGT--TCT-G-GGAT--CTTTTAACAAA---------TCAGTGTTT-GTAAGG--------CCCT----GTGTGTTTGTTGATAT-GAGT--G-AAC-A--TATAT--AGTT----A----A-TATTTTGGATGAAA------TATTGAATTTTAGATAT-T-TATTT---TAAAAAA-GTAAA-T--AG-TTTATGAAATT--A---AT-A---AA---TAA---TAAAG-TCCAAAC-ACTATTT--T-AAATATAAATTACATTTG-TACATATGCTACCTC--AT----------GTGTTACAAAT-ACT-T-A---------------CGAAT-TGTTTCATA-A
gi|20 : attttatgtaatacatacgatagggaagacgagtattatttcattcttatttatccgttatacagcgatattcgcaaaatgtatataaactcttataatttcaatagtgtttataaaggtattaaatt--AT----------ATGATACAGAT--TT-T-A-AAAC----TATACACGAAT-TGC---------ATGTG-ATAAGTG------AT-A------TTGGATGGAT--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TATTGTATGT--AGGTAGTAAG----AA----------C---AT---A------------
gi|21 : TTTATGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCTAATG------AT-A---------AATATAT--T-G---------GA------------TAT----ATGTTA-----CAATATATGT--ATGTAATGAGA---AA----------TG--AT---A------------TATTTAAGTTACAAATAAAGAAATatacaccgaccaataatgaa
gi|22 : TTTACAAAC-TGTTTCATA-GAATGTG-TCACGTG------CT-A--------------AC--T-G---------CA------------TGGAAGAATGTTA-----CAATATATGT--TTGTAACG-GA---TA----------T---ATAA-A------------TGTTTGAGTTACAAATTAAGAGATCattaaat
gi|23 : TACAAAC-ATT-T-A-AAAC----TATACGCGAAT-TGC---------ATGTGATAAC-TG------AT-A------TTGGATGGAC--T-T---------TA------------TGT----ATGCTA-----TATTGTATAT--AGGTAGTGAGA---AA----------C---AT---tt
gi|24 : aTGATACAAAT--TT-T-A-AAAC----TTCACACGAAT-TGC---------ATGTGATAAC-TG------AT-A------TTGGATGGAC--T-T---------TA------------TGT----ATGCTA-----TATTGTATAT--AGGTAGTGAGA---AA----------C---AT---A------------tatatgatac
gi|25 : aATTCTACTTT--AT----------ATGTTACAAGT-ATT-T-A-TCAA----TATTTACGAAT-TGTTTCATT-AAATGTG-ata
gi|26 : tatctaaatgtaaattgtttAT-GAAT--G-TAC-A--TATAT--A-TT----A----CCTATCATGGATGATG------TATGGAAGTTTAGATAT-T-TATCT------AAAT-GTAAA-T--TG-TTTA
gi|27 : agAA-G-TCCAACC-GTTTTTT--G-AAATATAAACTACATATG-TACAGACGC
gi|3 : ataGATGAAGTCTAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAACA--------CA-----TATACAC--AGCCTTTAATCT-------ACATATATCTAGTATAAA------GGGT--TCT-GTA-AT--CTTTTGACAAA---------TCAATGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GTTAC-AAGT--A-AAA-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATTGAAATTTAGATATATATATAT--ATTAAAAA-GTAAA-T--TT-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---AG---TAACCCTAA-C-CCCAACC-TGTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAAT-ATT-TAA-AAAA----TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTA------ATAA------ATAAATATAT--T-G---------GA------------TGC----ATGTTA-----TAATATGTGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTT-AGTTACAAATAAAGAAATC
gi|4 : ACAT--TGCATTCCATTT-------ACGCATGTCAAGTATAAA------TAATA-CCT-T-A-AT--ATT--GACAAA---------ATACTGTTTTGAGAGGTATTTTGTCCTT----GTGTCCGTG--GTTAT-CAGT--A-AACCA--TATAC--A-TT----A----ACCATCATGGATG-------------GGATTTTAGATA----TA--T--ATCGGAAA-GGAAATT--TGCTTCACAAAATAT-ATTTACGA---AA---TAG---TAA-A-TTTGATTATTTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TGCCACTAATACCTT--AT----------GTTTTACAAAT-ACTAT-ATAAAC----TATATAAAAATAAG--TCAAC-CAATGTG-TCACTTG------AT-ACTTATTTTGGATGTAT--T-G---------CA------------TGC----ATG-AA-----TAGTAAATCC--ATGTAATGAAA---AATAATATTTTTT---AT---A------------TGTTTAAGTTACGACTTAAAAA
gi|5 : GATGAAATCTAAGCAAATAACAGACTTTTTTAAAATGGGAAATTT--------CA-----TATTCAC--AACATTTAATCT-------ACGTGTGTCAAGTATATA------GGAT--TAA-G-G-ATTTCTTTTAACACG---------TCATTGTTT-TTGAGG--------CCTT----GCGTGTGTG--GGTAT-GGGT--G-AAT-A--TATGT--G-TT----A----AATATAATGACTGATA------TATGAAATTTTAGATAT-T-TATTT------AAGG-GTAAA-T--TG-TTCTCGAAATTC-TCTTAT-A---AA---TAA---TAA-A-Tttattgaatcttgaatcttt
gi|6 : tatgtaatgtaatacatacgattttgaagacaagtatcatttcagtcttatctgtccgttgtacggcgatattcgcaaattgtgtataaaatcttatgattactataggcacaacgttaattagtttatagaattAAGTATATAG-----GGGT--TTT-G-A-A---CCTTTAACAAT---------TCAGT-TTT-AAAAGG--------TCAC----GTGTGTGTG--AGT---GAGG--A-AAA-A--CA-AC--A-ACAAAAA----ACTATCATGGATAATA------TCTGGAGTTTTAGATAT-T-TATTT--AC----AT-GAACA-T--C--TTAACGAATTACAATTAAT-AGTTGA---TAA----AA-A-TCCAACC-TTTTATT--G-AACTATGAAATACAGATG-TACAGGTGCTTCTGA--AT----------GTGTAACAAAT-ATT-T-A-AAAT----TATATACGAAT----------------TG-TCACGTGGTAACTAT-A------TAGGATGTAC--T-T---------TA------------TTT----ATGTTA-----TATTGTATGT--ATGTACTGAGA---AA----------C---AT---AATAATTTCTTTTTTTTTAAACTACAAATAAAGAAATttca
gi|7 : GATGAAATCCAACCAAATTGCAGAACTTTTAAAATTGGGGAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATAT-------ACCTATGTCAAGTATATA------GG----------------TTTTTAG-------------------------AAGG--------CCTT----TTGTGTGTA--AATAT-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----TATAACATGGATGATT------TATGGAATTTTAGATAT-T-TATCT------AGAA-GTAAA-T--TG-TTTACAAAATTC-ATTTA--A---------AA---TAA-G-TCCAAAC-TCTTTAT--G-AAATATTGATTACAAATG-CACAGATGCTACTTT--A------------TGTTACAAAT-ATT-T-A-ATTA----TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCGCGTattgaatttcttaaatcttga
gi|8 : taatcattttaggtttaatgttgttggctatttattgaattAAATTACAGAACTTTTAA--CTGG-AGAATT--------CA-----TATACATGTAGCATTTAATCT-------ACGTACGTCAAGTACAAA------GGGC--TCTTG-G-AT--CTTTTAACACA---------TCA---TTT-GCGAGG--------CGTT----GTGTGTGTA--GGTAT-GAGT--G-GA--A--TATAT--A-TT----A----ACTATCAGAGATGATA------TATGTAATTTTAGATA-----ATT---ATTAAGAA-GTAAA-T--TC-CTTACGAAATTC-ATTCAT-A---AA---TAT---TAAAG-CCCAACC-TCTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TACAGATTCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AATA----TATCTACGAAC-T-TTTCATA-AAATGTG-TCACGTGGTACATAT-A------TTGGAT
gi|9 : T--CTTATAACAAAGGAAACATGTCAGATTTC-GTCTGA--------CCTTAAAAGTGTGTGTATTGTTTCTAAGT--GTAAC-A--TATAA--C-TT----A----ACAGTCACTGATGATACATGTGTATGGAATTTTAAATAT-A-TATTT-------------------------TACGAAAC--------------AA---T-----TAA-G-TTCAGCC-TCTTATA--G-AAATATAAACTACTGGTG-TGCAGATGCTACGGT--AT----------GTTTTACAGAT-ATT-T-T-AAGA----TATATACGAAT-TGTTTCTTA-AAACGTG-TCACGTGTTAACTAT-A------TTGGATGTAC--T-GTATATACGCTA------------TGT----ATGCTA-----TAGTGTATGC--A--AAAT-AAA---AA----------T---AT---A------------
blockSeqs : C TACTGTAG . GT G TTAATCT CATGTAGGGTTCTGGAAC AGGAAACATGTCAGAT T T TATTTTGT AAAA TT A TCT TA T C A TA G AAAA TGAA T CATGTG T TATA ACATTT CT T ATCG ACA T TAGTTGAT CCC AA A TA A C TA TAGTGTATAT T A A T AAAAA A A C A CAA A TTAACA A GCCATA TT GTACTTTGTACTTTG AAGA T CATCC A GA TAT TAATATTTTTT TGC ATAATTTCTTTT
blockSeqs : T . . . C . GGATTAAGGATTT ATCATTA . T . . TT T GC . . . . . . . . T . G TA TTTA A . CGT AC A AACTTT . AG . . . . . . . . . . A C . T A AA A GTAACT . CTTATT . GTATATACGCTA A T . A . T CAGT AA .
blockSeqs : T . . . C . GGGTTCTGGGAT ATCAGTG . T . . . T AT . . . . . . . . T . T TT ACTA T . TGC TT T CGAAAT . AG . . . . . . . . . . A C . T A AT . GTACAT . . . AATA . T . A . . TG . .
blockSeqs : C . . . T . GGGTTCTGTAAT ATCAATG . G . . . A AT . . . . . . . . A . T AT ATTA A . CG TC T TAAAT . AG . . . . . . . . . . T T . T A AA . TTAACT . . . GCA . T . G . . T . .
blockSeqs : . . . C . TAATACCTTAAT AATACTG . T . . . G AC . . . . . . . . C . G TT ATCG T . TG TC T TAAAT . AG . . . . . . . . . . C T . T A AA . . . . . ATA . T . G . . C . .
blockSeqs : . . . A . GGGCTCTTGGAT GTCATTG . T . . . A AT . . . . . . . . C . A TT ATTA A . TG TC T TAAAT . G . . . . . . . . . . C A . T A GA . . . . . TTA . T . T . . T . .
blockSeqs : . . . C . GGGGTTTTGAA TTCAGT . T . . . T AT . . . . . . . . C . T TT TAA T . TG TC T TAAAT . G . . . . . . . . . . C T . T A AA . . . . . GTA . C . A . . C . .
blockSeqs : . . . AGG ATCA . A . . . T AC . . . . . . . . C . T TT TA A . CG TC T TAAGT . G . . . . . . . . . . A T . T A AA . . . . . GGA . C . A . . T . .
blockSeqs : GG . . T . . . G AT . . . . . . . . A . T TT AC A . AG AT T TAAAT . G . . . . . . . . . . A A . T A CA . . . . . GCA . T . T . . C . .
blockSeqs : . . A . . . G AT . . . . . . . . C . T TT A G . TG TC A TAAAT . G . . . . . . . . . . C A . T A AA . . . . . TTA . T . T . . C . .
blockSeqs : . C . . . A AT . . . . . . . . A . T TT . T . TT TC T TGAA . C . . . . . . . . . . T T . T A AA . . . . . TTA . C . A . . C . .
blockSeqs : . T . . . G AT . . . . . . . . C . T TT . A . TG TC C TAA . A . . . . . . . . . . A T . T T AA . . . . . GGA . . . G . . C . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . . . . . C . . TA . A . TG C . AAT . A . . . . . . . . . . A A . T . G . . . . . GCA . . . T . . T .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . TC T . A . A . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . TTA . . . G
blockSeqs : . . . . . . . . C . . A . G . . . . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ***** GGGTTCTGGAAT************ ** TT** TG*** TC* TAAAT******* G** AA* C*************
originalCons : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATATA------GGGT--TCT-G-A-AT--CTTTTAACAAA---------TCANTGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GNTAC-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATGGAATTTTAGATAT-T-TATTT--ATTAAAAA-GTAAA-T--CG-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---TAA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTGGATGTAC--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TANTGTATGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
finalCons : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CA-----TATACAC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATATAGGGTTCTGGAAT------------CTTTTAACAAA---------TCANTGTTT-GTGAGG--------CCTT----GTGTGTGTG--GNTAC-GAGT--G-AAC-A--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATGGAATTTTAGATATT--TATTT--ATTAAAAA-GTAAA-TTG---TTTACGAAATTC-ATTTATAAAT-------AA---TAAG--TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATAAA-ATGTG-TCACGTG------AT-A------TTGGATGTAC--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TANTGTATGT--ATGTAATGAGA---AAC-------------AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATGTTCAAGTTACAACTAAACTGATATTGAATCTTGCATCTTT
Unaligned ( gi|29 ): GCAAATTATATATTAAAAATTACAATAGGCCCAACAAAT
Alignments
lowQualScore : 11111111 11111 1111111 1111111111 111111111111111 11111111111111111 11111111 2222222 1111111111111111111 222222 111111 1111111111111111111111111 22222222222222 111111111111
lowQualScore : 1 0 0 0 88888888 11111 66 2 4444444 0 2222222222 111111111111111 99999999999999999 1 00000000 6666 33 33 1 666 33 2 2 55 33 2 5555 5555 1 777777 3 5555 9999999 444 2 33 7 555 2 4444444444444444444 555 2 0 33 2 2 33 9999999999 2 2 2 2 88888 2 2 4 1 222 4 0 888888 2 444444 33 5555555555555555555555555 8888 3 66666 1 33 777 22222222222222 888 555555555555
lowQualScore : . . . . ........ ..... .. . ....... . .......... ............... ................. . ........ .... .. .. . ... .. . . .. .. . .... .... . ...... . .... ....... ... . .. . ... . ................... ... . . .. . . .. .......... . . . . ..... . . . . ... . . ...... . ...... .. ......................... .... . ..... . .. ... .............. ... ............
lowQualScore : 4 6 1 1 11111111 11111 11 9 4444444 9 6666666666 666666666666666 33333333333333333 1 44444444 1111 99 99 0 999 77 7 5 99 77 7 7777 7777 5 222222 2 6666 5555555 999 4 22 1 888 1 9999999999999999999 888 4 2 22 4 2 11 7777777777 1 1 1 1 11111 4 0 0 3 888 4 7 888888 5 444444 77 7777777777777777777777777 3333 8 77777 0 99 999 22222222222222 999 888888888888
consensus : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CATATAC-----AC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATATA------G---GGTTCTGGAAT-CTT----TTAACAAA---------TCANTG-TTTGTGAGG--------CCTT----GTGTG--TGTG--GNTAC-GAGT--G-AA-CA--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATGGAATTTTAGATAT-T-TATTT--AT-TAAAAA-GTAAA-T--CG-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---T-AA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTGGATGTAC--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TANTGTATGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
Reference ( family-394 ) : GATGAAATCCAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAATA--------CATATAC-----AC--AGCATTTAATCT-------ACGTATGTCAAGTATATA------G---GGTTCTGGAAT-CTT----TTAACAAA---------TCANTG-TTTGTGAGG--------CCTT----GTGTG--TGTG--GNTAC-GAGT--G-AA-CA--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATGGAATTTTAGATAT-T-TATTT--AT-TAAAAA-GTAAA-T--TG-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---T-AA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AAAN----TATNTACGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTGGATGTAC--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TANTGTATGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTTAAGTTACAAATAAAGAAATC
gi|1 : AAATCAAAGCAATTCACAGAACATTTAAAACAGGGCAAATA--------CATATACTATACAC--AGCGTTTACTCT-------ACATATGTTAAGTATATA------GAGTAGTTTT--AAT-A-T----TTGACAAT---------TCGCTG-TTTAAAAGG--------TCAA----ATGTG--TGTG--ATTGT-GAAA--A-AA-CAACAACAA--A-AA----A----ACTTTCATAGATGATA------TATGGAGGTATAAATA----TA--T--AT-CAAAAA-GAAAA-T--CGCTTTAC--AATT---TTTAT------T---TAA---T-AA---------------ATT--C-AAATATAAACTACATATT-TGCAGATGCTTTTTT--GT----------GTGTTTCAAAT-ATT-T-A-AAAT----TATGTACGAA----TTTAATA-A--------C-TATG------AT-A------TCATATGTCC--T-T---------TA------------TGT----ATGTTA-----TAGTGTATAT--ATTTAGTGAGA---AATAT-------C---AT---A------------TGTTTAAGTGACAAATAAATAAATC
gi|10 : gtatcattatgttcttatttgtccgtagtacattgacattctcaaactatagatacaaccgttttaatataatacacccagcgtataaacgttaatagtatttatA-CA--TATAT--A-TC----ATGAAATTA--ATGAA-AATA------TAT-------TACATAT-A-TATTT--TT-TAAAACTGTGAA-TATCG-CTTA-GAAA--C-AGTTA------AACTTTGA---C-AA-AATTCGACC-GTTTTTT--G-AA------------GATG-TA--------ACTTT--AG----------GTAGTGCAAAA-ATC-T-A-AAAAAAAATATACACGAAC-TATCTCATA-AAATGTG-TCACGTG------AT-AGCCATATTGGATGTAC--T-G---------CA------------TGTA---ATG-TA-----TAAAATATGT--ATGTAACGACA---TA----------T---AT---A------------TGTTTAAATTAGAAATAAAGAAATttgaatcttgaatctt
gi|11 : aataaaaatatattTTATAATA--------CCTT----GT-----TGCA--AATGC-CAGT--G-AA-CAA-TATAA--A-TT----A----ATTATCATGGGTGATG------TATGGAA----AAA-AT-T-AATTTACAT-TTAAAA-GGAAA-T--CGTTTTACGAAGTAC-ATT----------------------------------TCTTATT--GAAAAAATAAACCACAGATG-TAAAGGTGCTACTTC--AC----------GCGTCACAA--------------------ACCTACGATT-TATTTTATA-ATAAACG-TCAGGTGTTAACAAT-A------TCAAATGTACTTT-G---------TACTTTGTACTTTGTGT----ATGTTACATCCTAATGTATTC--ATGCAATGAAAT--AA----------CAGTAT---A------------TGTTTTAGTTTCAAGTAAAGAAATCgctagtattgaatcttgaatcttaattg
gi|12 : AACTTT-AAAACTAGGAATATATACTGTAGCATATAC-----AC--AGCATTTAATGT-------ATTAATGTCGAGTATATA------A---GG-----------------------------------------TCTGTGAGA--------CCCT----GTGTG--TGTG--GTT---GAGT--G-AA-CA---ATATTAA-TT----A----ATTATCATGGAT-ATA------TATTAA----TAGAAAA-T-CACTT--AC-TAAA----T----T--CG-TTCAC--AAT--------T-A---AA---TAA-----AA-G-T-------TATTATT--G-AAATATAA---ACAGATG-TGCAGATGCTATTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-----------TA-----GGAT-TTTTTC-TACAAATGTG-TCACGTG------AT-A------TTAGATGTAC--T-A---------TA------------TGT----ATTTTG-----TAATGT
gi|13 : TACGAAGTTT-ATTAAT-G---AA-----A---T-A--G-TTTAAGT-TCTTATTTAG-AACT-TAAAATACAGATG-TATAAATGTTAATTT--AT----------ATGTTGTAATT-ATT-T-A-AAAA----T-TCTACTAA-----TTCATA-AACTATT-TTATGTG----------------TTGATTATAC--TAA---------TA------------T-T----ATA-TG-----TAGTGTATATGAATATAATGAGA---AA----------C---ATTGCA------------TGTTTAAGTTACGTATAAAGAAA
gi|14 : tatatatacattgagcG-TTTGTGAGG--------CCGT----GTGCG--GGTG--GTTAT-GAGTTAA-AA-AA--TATAT--A-TT----A----AATATCAAGGATGATA------TGTCGAATTTTTTATAT-T-TATTT-----TAAA---GTAAA-T--TG-TTTACGATATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---TAAA-G-TCCAACC-TCTTATT--G-AAACATTAACTGCAGATG-TACTGTTGCTACCTTTAAT----------ATGGGACAAAT-ATT-T-A-AAAA----TATTAACGAAT-TGTT
gi|15 : AATATAAACTACAATTG-CGCAGGTGTTTCTTT--ATTAGTGTATATGTGTTACAAATTATT-T-A-AAAT----TATTTACGAAT-TGT--------GACGTG-ATACCT-------AT-A------TTAGATGTAC--T-T---------TA------------TGT----GTGTTA-----CAGTGAATGT--ATGTAATGAGATATAT----------T---AT---A------------TATCAAAGTTACAAATAAAGAAA
gi|16 : G-TTTGGGAGG--------CATT----GTGTG--TGTG--AATAT-GAGT--G-TA-CA--TTAAT--A-TT----A----TCTATCATGGATGATG------TATGGAAGTTTAGATAT-T-TATTT-------AAAT-GTTAA-T--TG-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---A-----AA---T-AA-G-TCCAACC-TCTTTAT--G-AAATATTAACTACAGATGCTACcggtcattaagtcttgaatcttta
gi|17 : TATCATGGATGATA------TATGGAATTA-AGATAT-T-TATTT--A-----AAA-GTAAA-T--TG-ATTACGAAATTC-ATTTAT-A---AA---TAA---T-AAAG-TCCAACC-TCTTATT--G-AAATATAAACTACAGAAA-TACAGATGCTTCATT--AT----------Gt
gi|18 : GCAAATTACAGAACTTTTGAAACTGCGAAAATA--------CATATAC-----AC--AGCATTTAAT-----------GTATGTCAAGTATATACATGTAG---GGTTCTGGAAC-CTT----TTAACAAA---------TCATTA-TTTGTGAGG--------CCTT----GTGTA--TGTG--GGTAC-GAGT--G-AA-CA--TAatatcaattataccggtaataatatt
gi|19 : T-TAAAAT-GTAAA-T--CG-TTTATGAAATTC-ATTTA-------A----AA---T-AA-G-TCCAACT-TCTTTAT--G-AAATATCAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAAT-ATT-T-A-A
gi|2 : atggatcgggaaagtaggtcGATGAAATCCAAGCAAATAACAGAACTT--------GGGAAAATA--------CATATAC-----AC--GGCATTTAATCTTTAATCTACATATGTCAAGTTTATA------G---GGTTCTGGGAT-CTT----TTAACAAA---------TCAGTG-TTTGTAAGG--------CCCT----GTGTGTTTGTT--GATAT-GAGT--G-AA-CA--TATAT--AGTT----A----A-TATTTTGGATGAAA------TATTGAATTTTAGATAT-T-TATTT---T-AAAAAA-GTAAA-T--AG-TTTATGAAATT--A---AT-A---AA---TAA---TAAA-G-TCCAAAC-ACTATTT--T-AAATATAAATTACATTTG-TACATATGCTACCTC--AT----------GTGTTACAAAT-ACT-----------------TACGAAT-TGTTTCATA-A
gi|20 : attttatgtaatacatacgatagggaagacgagtattatttcattcttatttatccgttatacagcgatattcgcaaaatgtatataaactcttataatttcaatagtgtttataaaggtattaaatt--AT----------ATGATACAGAT--TT-T-A-AAAC----TATACACGAAT-TGC---------ATGTG-ATAAGTG------AT-A------TTGGATGGAT--T-G---------TA------------TGT----ATGTTA-----TATTGTATGT--AGGTAGTAAG----AA----------C---AT---A------------
gi|21 : TTTATGAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCTAATG------AT-A---------AATATAT--T-G---------GA------------TAT----ATGTTA-----CAATATATGT--ATGTAATGAGA---AA----------TG--AT---A------------TATTTAAGTTACAAATAAAGAAATatacaccgaccaataatgaa
gi|22 : TTTACAAAC-TGTTTCATA-GAATGTG-TCACGTG------CT-A--------------AC--T-G---------CA------------TGGAAGAATGTTA-----CAATATATGT--TTGTAACG-GA---TA----------T---ATAA-A------------TGTTTGAGTTACAAATTAAGAGATCattaaat
gi|23 : TACAAAC-ATT-T-A-AAAC----TATACGCGAAT-TGC---------ATGTGATAAC-TG------AT-A------TTGGATGGAC--T-T---------TA------------TGT----ATGCTA-----TATTGTATAT--AGGTAGTGAGA---AA----------C---AT---tt
gi|24 : aTGATACAAAT--TT-T-A-AAAC----TTCACACGAAT-TGC---------ATGTGATAAC-TG------AT-A------TTGGATGGAC--T-T---------TA------------TGT----ATGCTA-----TATTGTATAT--AGGTAGTGAGA---AA----------C---AT---A------------tatatgatac
gi|25 : aATTCTACTTT--AT----------ATGTTACAAGT-ATT-T-A-TCAA----TATTTACGAAT-TGTTTCATT-AAATGTG-ata
gi|26 : tatctaaatgtaaattgtttAT-GAAT--G-TA-CA--TATAT--A-TT----A----CCTATCATGGATGATG------TATGGAAGTTTAGATAT-T-TATCT-------AAAT-GTAAA-T--TG-TTTA
gi|27 : ag-AA-G-TCCAACC-GTTTTTT--G-AAATATAAACTACATATG-TACAGACGC
gi|3 : ataGATGAAGTCTAAGCAAATTACAGAACTTTTAAAACTGGGAAAACA--------CATATAC-----AC--AGCCTTTAATCT-------ACATATATCTAGTATAAA------G---GGTTCTGTAAT-CTT----TTGACAAA---------TCAATG-TTTGTGAGG--------CCTT----GTGTG--TGTG--GTTAC-AAGT--A-AA-AA--TATAT--A-TT----A----ACTATCATGGATGATA------TATTGAAATTTAGATATATATATAT--AT-TAAAAA-GTAAA-T--TT-TTTACGAAATTC-ATTTAT-A---AG---TAACCCT-AA-C-CCCAACC-TGTTATT--G-AAATATAAACTACAGATG-TACAGATGCTACTTT--AT----------ATGTTACAAAT-ATT-TAA-AAAA----TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCACGTA------ATAA------ATAAATATAT--T-G---------GA------------TGC----ATGTTA-----TAATATGTGT--ATGTAATGAGA---AA----------C---AT---A------------TGTTT-AGTTACAAATAAAGAAATC
gi|4 : AC-----AT--TGCATTCCATTT-------ACGCATGTCAAGTATAAA------T---AAT------AC-CTTAATATTGACAAA---------ATACTGTTTTGAGAGGTATTTTGTCCTT----GTGTC--CGTG--GTTAT-CAGT--A-AACCA--TATAC--A-TT----A----ACCATCATGG-------------ATGGGATTTTAGATA----TA--T--AT-CGGAAA-GGAAATT--TGCTTCACAAAATAT-ATTTACGA---AA---TAG---T-AA-A-TTTGATTATTTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TGCCACTAATACCTT--AT----------GTTTTACAAAT-ACTAT-ATAAAC----TATATAAAAATAAG--TCAAC-CAATGTG-TCACTTG------AT-ACTTATTTTGGATGTAT--T-G---------CA------------TGC----ATG-AA-----TAGTAAATCC--ATGTAATGAAA---AATAATATTTTTT---AT---A------------TGTTTAAGTTACGACTTAAAAA
gi|5 : GATGAAATCTAAGCAAATAACAGACTTTTTTAAAATGGGAAATTT--------CATATTC-----AC--AACATTTAATCT-------ACGTGTGTCAAGTATATA------G---GATTAAGGATTTCTT----TTAACACG---------TCATTG-TTTTTGAGG--------CCTT----GCGTG--TGTG--GGTAT-GGGT--G-AA-TA--TATGT--G-TT----A----AATATAATGACTGATA------TATGAAATTTTAGATAT-T-TATTT-------AAGG-GTAAA-T--TG-TTCTCGAAATTC-TCTTAT-A---AA---TAA---T-AA-A-Tttattgaatcttgaatcttt
gi|6 : tatgtaatgtaatacatacgattttgaagacaagtatcatttcagtcttatctgtccgttgtacggcgatattcgcaaattgtgtataaaatcttatgattactataggcacaacgttaattagtttatagaattAAGTATATA------G---GGGTTTTGAA--CCT----TTAACAAT---------TCAGT--TTTAAAAGG--------TCAC----GTGTG--TGTG--AGT---GAGG--A-AA-AA--CA-AC--A-ACAAAAA----ACTATCATGGATAATA------TCTGGAGTTTTAGATAT-T-TATTT--ACATGAACA----------TC-TTAACGAATTACAATTAAT-AGTTGA---TAA-----AA-A-TCCAACC-TTTTATT--G-AACTATGAAATACAGATG-TACAGGTGCTTCTGA--AT----------GTGTAACAAAT-ATT-T-A-AAAT----TATATACGAAT----------------TG-TCACGTGGTAACTAT-A------TAGGATGTAC--T-T---------TA------------TTT----ATGTTA-----TATTGTATGT--ATGTACTGAGA---AA----------C---AT---AATAATTTCTTTTTTTTTAAACTACAAATAAAGAAATttca
gi|7 : GATGAAATCCAACCAAATTGCAGAACTTTTAAAATTGGGGAAATA--------CATATAC-----AC--AGCATTTAATAT-------ACCTATGTCAAGTATATA------G---GTTTTTAGAA----------------------------------------GG--------CCTT----TTGTG--TGTA--AATAT-GAGT--G-AA-CA--TATAT--A-TT----A----TATAACATGGATGATT------TATGGAATTTTAGATAT-T-TATCT-------AGAA-GTAAA-T--TG-TTTACAAAATTC-ATTTA--A---------AA---T-AA-G-TCCAAAC-TCTTTAT--G-AAATATTGATTACAAATG-CACAGATGCTACTTT--A------------TGTTACAAAT-ATT-T-A-ATTA----TATTTACCAAT-TGTTTCATA-AAATGTG-TCGCGTattgaatttcttaaatcttga
gi|8 : taatcattttaggtttaatgttgttggctatttattgaattAAATTACAGAACTTTTAA--CTGG-AGAATT--------CATATAC-----ATGTAGCATTTAATCT-------ACGTACGTCAAGTACAAA------G---GGCTCTTGGAT-CTT----TTAACACA---------TCA----TTTGCGAGG--------CGTT----GTGTG--TGTA--GGTAT-GAGT--G-GA--A--TATAT--A-TT----A----ACTATCAGAGATGATA------TATGTAATTTTAGATA-----ATT---AT-TAAGAA-GTAAA-T--TC-CTTACGAAATTC-ATTCAT-A---AA---TAT---T-AAAG-CCCAACC-TCTTATT--G-AGATATAAATTACAGATG-TACAGATTCTACTTT--AT----------GTGTTACAAAT-ATT-T-A-AATA----TATCTACGAAC-T-TTTCATA-AAATGTG-TCACGTGGTACATAT-A------TTGGAT
gi|9 : T-CTT----ATAACAAAGGAAACATGTCAGAT-TTCGTCTGA--------CCTTAAAAGTGTG--TGTATTGTTTCTAAGT--GTAA-CA--TATAA--C-TT----A----ACAGTCACTGATGATACATGTGTATGGAATTTTAAATAT-A-TATTT--------------------------TACGAAAC--------------AA---T-----T-AA-G-TTCAGCC-TCTTATA--G-AAATATAAACTACTGGTG-TGCAGATGCTACGGT--AT----------GTTTTACAGAT-ATT-T-T-AAGA----TATATACGAAT-TGTTTCTTA-AAACGTG-TCACGTGTTAACTAT-A------TTGGATGTAC--T-GTATATACGCTA------------TGT----ATGCTA-----TAGTGTATGC--A--AAAT-AAA---AA----------T---AT---A------------
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): ATGTTCAAGTTACAACTAAACTGATATTGAATCTTGCATCTTT
Unaligned ( gi|29 ): GCAAATTATATATTAAAAATTACAATAGGCCCAACAAAT