lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111
lowQualScore : 11 2 7777777777777777 111 1 333 1 2222 2222 1 11 1111111 33333333333333333333333 111111111111111 11 11 33333333333333 111 2222222222222 22 111 11111111111 2222222 1111 111111 111 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 222222222222 111 111 111 11 1111111111 1111111 2222222 666666666666666666 111 11 2 6666666666666666666666666 11 55
lowQualScore : 22 7 1 0 9999999999999999 1 5 000 0 000 1 1111 66 66 77 66 4 3333 5 66 2 11 3 666 7777 2 5 5 33 1111111 33333333333333333333333 2 2 0 666666666666666 2 1 66 00 2 00000000000000 33 000 33 8888888888888 4444 7777777 2 2 77 00 555555 111 2 66666666666 4444444 66 5555 444 7 0 2 1 6 555555 55 888 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 9999 5555 555555555555 7 4 222 2 666 2 0 6666 55 111 33 2 444 2 55 2 1 0 33 0000000000 7777777 444 2 8888888 6 333333333333333333 111 2 33 0 6 7777777777777777777777777 22 6 6 6 55
lowQualScore : .. . . . ................ . . ... . ... . .... .. .. .. .. . .... . .. . .. . ... .... . . . .. ....... ....................... . . . ............... . . .. .. . .............. .. ... .. ............. .... ....... . . .. .. ...... ... . ........... ....... .. .... ... . . . . . ...... .. ... . .................................................................................................................................................................... . .... .... ............ . . ... . ... . . .... .. ... .. . ... . .. . . . .. .......... ....... ... . ....... . .................. ... . .. . . ......................... .. . . . ..
lowQualScore : 00 3 2 8 6666666666666666 4 0 888 5 333 6 0000 11 11 66 11 4 4444 0 11 9 66 6 999 7777 7 3 3 77 1111111 00000000000000000000000 9 9 5 666666666666666 9 1 44 00 7 55555555555555 11 999 11 2222222222222 7777 2222222 1 1 88 99 888888 444 4 77777777777 0000000 22 6666 777 2 7 7 3 3 777777 11 111 7 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 7777 4444 999999999999 1 4 444 2 999 2 6 2222 88 555 11 2 888 6 99 4 9 3 22 9999999999 3333333 111 7 4444444 7 999999999999999999 555 0 88 0 0 0000000000000000000000000 00 0 0 0 00
consensus : AACAAAATTTGCTTTTAAAAAAGAAGTAAA--ATTG-A--TCATTGAGAGNATGAAATG--TACAGAACAAGCANATTTTATTTTTT--AT--TA--ATG-T--TGTCA-ATT---ATTTTAATACTTC--TGCAAAGTATTCNAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGA--TA------ATTAATTTAANTATA---A----AT-A---TT-TGA-TATATTCTGTGAT-AATA--A----GAA-CACA-CATGAATGNTAGGA-AA-NTTA-A---AAC-CTTAAA--TGN--ACT--ACAA-----A-------TA----G-------TCAGAGTTG-T-C-TTCCTG-TTGTTT------TA--ATT-AT-N----A---GTAAC--AT--AATGTATA--NCTC---TTCCCTGTTGT-ATTAAGTCCATANAGC-----TACTACAGCCAAT-ATTT-TGAGA-CCTTG--AT-------TTA--T-T--TT-----TC------AT---ANGGNCGNNNNCGNAANNANTNNNTNGNNNTNNNNTNNNNNNNATANNCGTGTNTNNNNNATACGTA-CNT---A-AT-------TAANT-GTA---------ACAGTA-A--N---AT-AC---TATAGTTGATA----------ATTATGAA-AAG--TA-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA-TTT--TTGTGAT--A-T-TTATCTGTGATAAT-TGTTTGTATTTCAT--GACATATATA----------TTC-------AC--GAATAA-AT---CTATC-TATCTAA-AATAGTAT-A---AAAACA-ATAA--AACATACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( gi|1 ) : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAGAAGTAAA--AATGCACCTCATTAAGAGGATGAAATG--TACAGAACAGGCAGGGTTTATGTTTA--AT--TA--ATA-T--TGTCA-ATT---ATTTTACTACTTC--TGCAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGA--TA------ATTAATTTAAAAATA---A----AT-A---TT-TGA-TATATTCTGTGAA-AATA--A----GTA-CACA-AATGAATGTCAGGA-AA-GTTA-A---AAC-CTTAAA--TGA--ACT--ACAA-----A-------TA----G-------TCAGAGTTG-T-C-CTCTTG-TTGTTT------TA--ATT-AT-T----A---GTAAT--CT--AATGTATA--TTTC---TTCCCCGTTAT-ATTAGGTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAAT-TGTT-TGAGA-CTTTA--AT-------TTG--T-T--TT-----TC------AT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGCA-CTT---A-AT-------TAATT-ATA---------ATAACA-A--A---AT-AC---TATAATTCATA----------AATATGGA-AAG--TA-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA-TTT--TTATGAT--A-T-TAATCTGTGATGAT-TGTTTGTATTTCAT--GACATATATA----------TTC-------AC--GAATAA-AT---TTTTC-TATCTAA-AATAGCATGA---AAAATA-ATGA--AACAT-CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCTA
gi|2 : AACAAAATT-GCTTTTAAAAAAGAAGTAAA--ATTGTAT------------------TG---ACAGGACAAGCAAAATCAATTTTTA---TGATA--ATA-T--TGACA-ATA---ATTTTAATACTTC--TGCAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTC-AAGTCT-TGCTGTGA--TA------ATTAATTTAAATACA---A----AT-T---TT-TGA-TATATTCATTGAT-GATA--A----GAA-CATA-CATGAATGTTAGGA-AA-TTTA-A---AAT-CTTAAT--TAA--ACT--ACAA-----A-------TA----G-------TCAGAATGA-T---CTCTTG-TTGTTT------TA--ATT-AT-A----AGCGGTGAC--AT--AATGTAT
gi|4 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggTGCTTTTAAAAAATAAGTA-----------TTCATTGAGAGGATGAAATG--CACAGAACAAGCATATTTTATTTTTT--AT--TA--ATA-T--TCTTA-ATT---ATTTTAATATTTT--TGCAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGA--TA------ATTAATTTAGATATA---A----AT-A---TT-TTA-TATATTCTGTGAT-AATA--A----GAA-CACG-CATGGATGTTAAGA-AT-TTTA-A---AAT-CTTCTG--TGA--ACT--ACAA-----A-------TA----G-------TCACAGTTG-T-T-TACTTG-TTTGTT------CA--ATT-AT-T----A---GTAAT--AT--AATGTATAGCTTTC---T--CCTGTTAT-GTCTGGTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAAT-TATT-TGAGA-CCTTG--A---------TA--T-T--T--------------AT---ATATTTCTTTTCATAAGGACCCCATTTGAAATAAGTTGTTAAACATCCTATGTATCAATTATATGTA-CAT---A-AT-------TA--------------------------------------TATAATTGATA----------ATTGTAGA-AAG--TA-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT-TTT--TTGTGAT--A-T-TTATCAGTGATACT-TGTTTGTATTTCAT--TATATATATA----------TCC-------AC--GAATAA-AT---CTtaccctgtgtaatatatatgcctcaaatttatgaaccttattgtattagtaatatactttcattgataattatgaatgtatgtaatactgtgatttaatatttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|29 : aaaacTGCTTTAAA-AACGAAGTGAA--ATTG-A--TCATTGAAAGTATGAAATGTTTAC-------------TTTCGTTTTT--AT--TA--ATG-T--TGTTA-A-T---ATTTCAACATTTC--TTCAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----Tat
gi|11 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaaaaaaaacaCTTTTAAAAAAGAAGAGAA--ATTGCA-----TTAAAAGTGTGAAATG--TGCAGAACGAGCAGATTGTATTTTTTTTAT--AA--ATG-T--TGTCA-AT----ATTTTAACACTTC--TGCAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGATATGCATGTCATCATTC-AAGTAT-TTCTATCA--TA------c
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattAAGAAGGAAATAAATCAATAAAGCT----GAGAGGATGATATG--TGCAGAACATGTAGATTTTTTTTTCT--AT--TATAATA-T--TGTAA-ATT---ATTTTAATACTTC--TGCAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTT-AAGTCG-TTCTGTGA--TA------ATTAATTTAAATATT---A----AT-A---TT-TTA-TGTACTCTGTGAA-AATA--A----GGA-AACA-TATGAATGTTAGGA-AA-GTTT-A---AAT-CTTAAA--TGA--ACT--ACAG-----A-------CA----G-------TCATAGTTG-T-C-CTCTTGTTTGTTTTTTTTGTA--ATT-AT-A----A---GTAAT--AT--AATGTATA--GCTC---TTCCCTGTTAT-TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAAT-TTTT-TGAAACCTTTAT-AT-------TTA----A--TT-----TC------AT---gcacatataatgaatgaaaggaaaattaactctgaaacgtgtattacaaaaaaaactagtcagagttgtctttctttgttttattttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|22 : gtaactttgaTAAATTG--TATAGAATATACACA--TTATATTTT--TT--TA--ACAATGATGTCA-AT----ATCTTA--ATTTCAGTGCA--GTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGATATGTAaatgacttcattgcaaagaagtct
gi|15 : attcattgaacattTTTATATTTT--AT--TA--ACG-T--TATCA-AT----ATTTGAATACCTC--TGCAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTC-AAATCT-TTCAGTGA--TA------ATTAATTTCATTACA---A-------A---CT-TGA-TATATTCTGTGAT-AATA--AAATTATA-CACG-AATGA----TAGGA-AC-ATT------AACTCTTAAA--TGT--ACT--ACAG-----AAGTAAT-TG----A-------TCATAGCTG-T-C-TTTCT--TTGTTT------TACTATT-AT-T----A---TTAAattaatatcaatacaattgtgatacattctatcataataaggaacgtgcgtgaatgataggaaatttaactgtaactagtcagagttgtctttcttggttttaccataggtgactaaattatggcgttctctgttgt
gi|10 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataaaagcttatTTAATATTTT--AT--TA--ATG-T--TGCCA-AT----ATTTTAATACTTT--TGTATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTT-AAGTAT-TTCTGTGA--TA------ATTAAGTT--CAATA---T----AC-A---TT-CTA-TATAATCTTTGAT-AATagctttttccctgtt
gi|5 : gaacatgcaaataatataT--TA--AT--T--TTTCATGTTTAAATTTTTCT--TTC--CACGAG---TTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AA--T-------ATTAATTTCATAACA-----------A---TT-TG------CTCTG-GAATAATAGGA----GAA-CACA-TATGAATAATAAGA-AA-ATT------AACTCTTAAA--TGT--ACT--A-AA-----A-------CA----GTCATTATTCAGAGTTG-T-CGTTCT---TTGTTT----------ATT-AT-ttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : ATT-TT--TTTTA----TAA-ATGT-TGTCAATATTT-TAACAC-TTCTGCAAATTATTCCAGATTAGTTCAGTGATATGCATGTCATCA---TT-CAAGTAT-TTCTATCA----TA-------GCA-CATATAATGAATGAAAGGA-AA-ATTA-A-----CTCTGAAACGTGT--ATT--ACAA-----AAAAAAC-TA----G-------TCAGAGTTG-T-C-TTTCT--TTGTTT------TA--TTT-acaagagcatatagcttttccatgtttaatttctaaagtcaatagttttactttttcacgaggactccataggaaaaacgttatagaggtgaatggaatatcctgtgtaacatatacgtctaaaatctatgtaaataaatgtaacagttacggtagtacattataggtatgatagaatgtaatactgtgatttaatttcttttgaaacacatgtttgatatatgttttatttataacatatatattcaggaataaatctatctacacattaaacctttcattgg
gi|7 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattcttttaaaaaagaagagaaattgcattaaaagtgtgaaatgtgcagaacgagcagattgt-TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTC-ACATCT-TTCCATCA--TA------ATAATTTTAAATATA---A----GT-A---GT-TGA-TATATTCTGTAAT-AATA--A----GAA-CACA-CATCAATGCTAAGA-AA-TTTAGA---AAT-CTTAAA--TGA--ACT--ACAA-----A-------TG----T-------TTA----TG--------TTG-TTGTTT------TA--ATT-AT-A----A---GTAAT--TT--AATGTATA--GCTC---TTCCCTGTTAT-ATTAGGTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAAT-ATTT-TGAGA-CCTTG--ATATTTATATCG--T-T--TT-----TT------TT---CCCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCA-------A-ATATGTACATAATT-GTA---------ACAATA-A--T---AT-AC---TATAAGTGATA----------ACTATGAA-AAG--TA-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA-CTT--ATAT-AT--A-T-Ttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|32 : aacaatgaacgaattcaaATATGTAACTCATCATTC-AAGTCT-TTCTGT---------------AATTGCAGTACA---A----GT------T-TGC-TTTATTCTGTG----ATA--A----GAA-CATA-gttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|14 : TGTAAGACATCATTT-AAGTCT-TTCTTTGA--TAT-----ATTca
gi|25 : GTATGCCATTATTC-AAGTCT-TTCTGTGA--TT------ATTAAT--------------------------------ACATTCTATAAA-A-----------TA-CA-----TGAATGATAGGA-TATGT---A---AGT-CTTAAA--TGC--ACT--ACAA-----C-------TG----G-------TCAGAGTTG-TAT-TTCTT---TGTTA------TA---TG-AA-A----A---GTGAC--AT--AAAGTATA--GCAT---TTCCCTGTTGT-ATTAAATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATATG-T-TGAGA-tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|13 : GTCATCATCC-AAATCT-TCCTGTGG--TC------ATTAATTTCATTATA---A-------A---TT-TGA-TATATTCTGTGAA--------------A-C-----ATGAATAACAGGA-AA-TTT------AACTCTTAAG--TGT--TCTTCACCA-----G-------TAATTTG-------TCAGAGTTG-T-C-TTTCT--TCGTTT----------ATT-AT-T----A--------------------------TT---TTCCCTGTTGC-ATAATGTCCACATAGC-----TAC---AGCTAA--TGTTGTGAGG-CCTTGACAT-------TTG--T-T--TT------------------------GTTTATGAGGTACCCAACTAGAAATAGGTTCGTGGTAATATGCATGTCTCAAATATATGTA-CTT---A-AT-------T--TTAACA---------TTAATA-A--A---AT-AT---TAT
gi|6 : gATCATCC-AAGTCT-TTCTGTGA-------------AACT-----ATA---A----AT-A---TT-TAA-TGTAATCTGTGAT-AATA--A----GAA-CACA-CATGAATGTTAGGA-AA---TA-AAGGAAT-CTTAAC--CGA--ACT--ACAA-----T-------AA----G-------TCAGAGTTG-T-C-CTCTAG-TTG-CT------TA--ATT-AT-A----A---GTAAT--AT--AATGTATA--CCTC---TTCCCTGTTAT-ATCAGGTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAAT-AGTT-TGAGA-TCTTG--AT-------ATA--T-T--TTTATTATC------AT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTCAAATA-TA-TAT---A-CT-------TAATC-GTA---------ACAGTA-A--T---AT-AC---TATAATTTAAA----------AATATGAA-AAA--TG-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA-TAT--CTGTGAT--A-T-TTATTTGTGATAAT-TGTTTGT-----------------TA----------TTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAA-TATCTAG-TATTGCATTA---Atcactcaaagactttgaaaatgca
gi|22 : atagcaATTCGAAATTTGTTCTTTGA--TA------TGTAATT--AATATC---A----AT-ACAATTGTGA-TACATTCTATCAT-AATA--A----GGAACGTG-CGTGAATGATAGGA-AA-TTTA-A---------------------CT--GTAA-----C-------TA----G-------TCAGAGTTG-T-CTTTCTTG---GTTT------TA--catgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|24 : attcattgaacatttaaattgtatagaatatacacattatatttttttaacaatgatgtcaatatcttaatttcagtgcagt----AT-A---TC--GA-TATATTCTGTCAT-AATA--A----GAA-CACA-CATGAATGATAGGA-AA-TTTT-A---A-T-CTTAAA-------------CAA-------------------G-------TCAGAGTTG-T-C-TTTCT--TTGTTT------TA--ATT--------------TAA--------AT---TA--TTGC---TTCCCTGTTGT-ATTAAGTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAAT-ATTT-TGAGA-CCTTGATAT-------TTA--TGT--TT-----TC------Accataggtgactaaattatggcgttctctgttgt
gi|23 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggATATTTCGT----AAT--------GTA-TATA---TGAATGTCGATATAA-GT--------AC-AGTAA----------T--ACAA-----C-------TA----G-------ACAGAGTTGGT-T-TTCTT---TGTTT------TA---TT-AT-A----A---GTAAC--AT--AAAGTATA--ACTT---GTCGCTGTTGT-ATTTAGTCCATATAGC-----TACCACAAACAAT-ATTT-TGGGACCTTTAT-AT-------TTA--T-A--TT-----T
gi|33 : cGAATGACAGGA-AA-TTTA-A-----CTCTCACA--TGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----G-------TAAGAGTTA-T-C-TTTCTT-TTGTTT------Tacttaaggaccccattggaaataaggttttctt
gi|34 : GA-AA-ATTA-A-----CTCTTAAA--AGT--ACT--A-AA-----ACAGTTACTA----G-------TCAGAGTTG-T-C-TTTCT--TTGTTT------TA--
gi|3 : atgataTTA-A---AAT-TTTAGA--TGA--ACT--ACAG-----A-------TA----G-------TCAGAGTTG-T-C-CTCTTG-TTGTTT------TA--ATT-AT-TTTAAA---GTAAC--AG--AATGTATA--ACTA---TTTCCTGTTAT-ATCAGATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAAT-AGTT-TTAGA-CATTGATAT-------TTT--C-T--TT-----TCAAAAGGAC---CTCATTGGAAATATAACTAAAAAAATTTTTTCCTGTGTAATGCATATGCTTCAAATATAATTATGTA-CCT---A-AT-------T-----------------GTAACA-GTTATGTAT-AC---TATAATTGATA----------TTTATGAA-AAA--TA-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTATTTT--TTGTGAT--A-T-T-ACCTGTGATAAT-TGTTTGTATTTCAT--GACATATATA----------ATC-------ACTATAATAATGT---CTATC-TATTTTT-AATAGTGTAA---AAAAGATATAA--AACAC-Ctaa
gi|9 : t-CTCAAA--TAT--ACT--ACAA-----C-------CA----G-------TCAGAGTTG-T-C-TTTCT--TTGTTT------TA----T-AT-T----A-----AATAGCTTGAAT-TATA--GCTT---TTCCTTGTTGC-ATCGAGTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AAT-ATCT-TGAGAACATGAC-AT-------TTACTT-T--TT-----TT------AT---AAGGACCCCGTTGGAAATACTTGTAAGTTGTAATATTCAAATGGTTACCCTGTGTTATATATATATA-TCT---ATAT-------CAAAT-ATATGTACTTAAATAAAA-C--A---GT-AA---TATATTTTACATGTAGTCGATAATAACGA-AAAATTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA-TTTTCTTGTTAT--A-T-TTATTTGTGATATT-TATTTGTATCT-AT--GGCATATATA----------TTCTATCTTTAC----ATGA-AC---ATTCCATATTT--------TAT-------AACA-ATAA--AACATACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTagaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|8 : tgataaacattaacccttctt-CTCAAA--TAT--ACT--ACAA-----C-------CA----G-------TCAGAGTTG-T-C-TTTCT--TTGTTT------TA----T-AT-T----A-----AATAGCTTGAAT-TATA--GCTT---TTCCTTGTTGC-ATCGAGTTCATATAGC-----GACTTTAGG-AAT-ATCT-TGAGAACATGAC-AT-------TTA--C-T--TT-----TT------TT---ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NCT---ATAT-------CAAAT-ATATGTACTTAAATAAAA-C--A---GT-AA---TATATTTTACATGTAGTCGATAATAACGA-AAAATTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA-TTTTCTTGTTAT--A-T-TTATTTGTGATATT-TATTTGTATCT-AT--GGCATATATA----------TTCTATCTTTAC----ATGA-AC---ATTCCATATTT--------TAT-------AACA-ATAA--AACATACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|14 : atttgataaaacattaacccttcttGTTA-T-T-ATCTT---TGTTT------TA---TT-ATAT----A----TAAC--TT--AAATTATAG-CTTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAAGTCCATAACGC-----AACAACAGCCAA--TATT-TGAG--------------------G--C-T--TT-----TC------AC---AAGGACGGACCCACAGGAAATATGTGGGTTATCCTGTACTTGTGTAAAAGTGTACGTCCCAAATATA-TGT---A-AT-------TAAAT-ACA---------ACAGTC-A--T---AT-AT---CATAGTGAATA----------AATATAAA-AAA--TA-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA-CTT--T
gi|10 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggaaaatt-TTGTTT------TA--TTTCA-------A---GTAAC--TT--AAATTATA--GCGT---TTTCATGTTGT-ATTAAATC------GC-----TACTACATCCAAT-ATTT-TGAGA-CCTTG--ACA------TTG--T-TATTT-----TC------AT---AAGGAACCCTTCGGTAATAATTTATGAAATTATCCAGTTTAATATATATGTCTCAGAT--------A-CTT---A-AT-------------------------GTAACA-CT-A---AT-ACATGTATA--TTATA----------T-TATGAA-AAA--TA-TAT-GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT-------TTA------A-T--AAGC-GTTATA---TGTTTATATT-CAT--GACATACATA----------TTC-------AC--GAGTAA-G-------TC-TATC
gi|19 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataatttctTATA--TTTT---T-----GTTATTATTAAGTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAAT-ATCT-TGAGACCTTTAC-AT-------TTAT-T-T--TT-----TC------ATATGTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATATATGTCTCGAATCTTTGGA-CT-------TAAAT-GTA---------ACAGTA-ATGA---ATGAT---TGTAG---ACA----------ATTATGAA-AAAC-TA-T---TTAA-TACTTTGATTTAATA
gi|17 : atatagtggctggtacacttaccttgtttctcacatgttaaacA--TTTC---TTT---GTTGT-ATTAAGTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAAT-ATTT-TGAGA-CGTTATCAT-------TTA--TAT--TT-----TC------AT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTCTAATACATA-CTT---A-AA-------TG-TA-ACA---------GTAATATA--A---AT------TATAGTTAATA----------ATTGCGAA-AA---TA-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAGCTT--TTGTGAT--A--------TGT-----T-TGTTT-TA-TTCAT--GAGATATAAA----------Tca
gi|26 : cT---A-CT-------TAAAT-GTA---------ACAGCA-A--T---AT-AT---TATAGGTGATA----------ATTATGAATAAC--TA-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA-ATT--TTGTAAT--A-TATAG-CCGTGAT-AT-TTATTGT-TTTCAT--GACATATATA----------TTC-------AG--GAATAA-AT---TGATC-TATCaagatttatttgtggatatataacta
gi|16 : atctatg-------TAACT-GTA---------ACAGCA-A--T---AT-AC---TATAATTGATG----------ATTATGAA-AAG--TA-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA-TTT--TT-----------------GTGATAAT-TGTTTGGATTTCAT--GACATATATA----------TTC-------AC--GAATAA-AT---AAATC-TATCTAA-aatcgtttctaaccataaaaaccaggagtatattatatt
gi|18 : tgttttattttcgtcaagtgcttctaaggacccgttagaaaaataagttgtaaagcatagcggtttatcctgtgtaatatataaatacgtttcaaatctata-------TAAAT-GTA---------ACAGTG-A--T---GT-AC---AATAATCGATA----------ATTATGAA-AAG--TG-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATA--TATG-TT--------AT--A-T-TTATCTGTGATAAT-TATTTG-ACTTCAT--GACATATACA----------CTC-------TA--AAATAC-AT---ATATC-TATcgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|2 : taacaaaccctttaacggacaatgttttgagacattaatgtttatatattttttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctcaaatacatgcaccATT-GTA---------TTAGTA-A--T---AT-AC---TTTCATTGATA----------ATTATG-A-ATG--TA-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA-TTT--TTGTGAC--ATT-TAAT-TGTGGTAAA-TGTTTGTATTTCAT--GACATATATA----------ATC-------GC--GCATAA-AC---CTATC-TATGTAA-AATatct
gi|21 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctcttgttgttttaattataagcggtgacataatgtattaccctgtgtaatatatatgcctcaaatttatgaaccttTAACA-GT-A---AT-A----TATAGTTGATA----------ATTATGAA-AAA--AAAT---GTAA-CACTGTGATTTG-----TA-A-TTT--TTGTGAT--A-T-ATATCTGTGAT-AT-TTATTGTATT-CAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-A-------TC-TATCTctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|30 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaaagctatgttctgaaatt--A---AT-ACATGTATA--TTATA----------ATTATGAACAAG--TA-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT---------TT--TTGTGAT--A-T-TTATCTGTGATATT-TG-TTGTA-TTCAT--GA
gi|20 : aatttatgaatgtaaatgttacagcT-AC---TGTAG---ATA----------ATTATGAA-AA----A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTA-TTT--TTTTTGTAAA-T-TTATATGCGATATT-TGTTTGTA-TTCAT--GACACATATA----------TTC--------C--AAATAA-A
gi|5 : attttgagaccttgacatttgtggttaattttcatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctgaatatatattaaatttatgtagttaactctaccagtaatatatctagtTTATA----------GGTATG-A-TAG--AA-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT--------TTC--TTTTGAA--A-C-ACATGTTTGAT-ATATGTTT-TATTT-AT--AACATATATA----------TTC-------AG--GAATAA-A-------TC-TATCTAccta
gi|27 : ttaatttttcatgtttaaatttttctttccacgagttcagtatttgttctgtgatatgtatgtcatcattcaaagtatattttgaatattaatttcataacaatttgctctggaataataggagaacacatatgaataataagaaaattaactcttaaatgtactaaaacagtcattattcagagttgtcgttctttgtttattatacaagagcatatagcttttccatgtttaatttctaaagtcaatagttttactttttcacgaggactccataggaaaaacgttatagaggtgaatggaatatcctgtgtaacatatacgtctaaaatctatgtaaataaatgtaacagttacggtagtacaACTGTGATTTAATATTTGTA-TTT--TT-TTAT--C-T-TTATCTGTGATGAT-TGTTTGTATTCCAT--GACATATATA----------TTC-------AC--GAATGA-AT---CTATC-TAATTAACAATA--AGGAAATAAAATC-ATGACCAGCAT-cacattaaacctttcattgg
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTT--TTAGCAT--A-T-TCATTTGTGATATT-TATCTATATTTCATTATATATATATA----------TCC-------AC--GAATAA-AT---CTgagatttaac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG
Unaligned ( gi|35 ): TACAGACTATAATTTGAGGCCTTGACATTTATTTTTTCATATGT
Alignments
lowQualScore : 1 22222 11 1 11 2222222222 2222222222222 22 11111111 11111111 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111111 11111111111111 1111111111 1111111 333333333333333333 11111 11 11
lowQualScore : 5 3 6 3 66666 77 0 33 2 4 1 666 9999 00 55 55 3 55 4 1 0 3 666 7777 2 2 2 55 4 3 2 00 3 44 3 2 1 3 6666666666 33 555 22 3333333333333 4444 6666666 3 22 555555 888 22222222 333 11111111 2 9999999 2 2 0 2 777777 0 2 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 55555 5 9999 33 77777 3 11111111111111 333 555 22 55555555555555 2 333 6666666 4 77 2 2 666 2 777 22 22 4 0 7 4 33 0000000000 5555555 333 4 555 555555555555555555 77 3 44444 8 33 6 88 7 6
lowQualScore : . . . . ..... .. . .. . . . ... .... .. .. .. . .. . . . . ... .... . . . .. . . . .. . .. . . . . .......... .. ... .. ............. .... ....... . .. ...... ... ........ ... ........ . ....... . . . . ...... . . . ............................................................................................................................................................ ..... . .... .. ..... . .............. ... ... .. .............. . ... ....... . .. . . ... . ... .. .. . . . . .. .......... ....... ... . ... .................. .. . ..... . .. . .. . .
lowQualScore : 5 2 7 2 99999 99 4 33 3 0 0 999 4444 66 55 55 2 55 0 0 5 6 999 7777 0 7 7 11 0 2 4 22 4 22 1 9 0 6 0000000000 11 444 99 2222222222222 2222 5555555 5 99 555555 222 22222222 777 44444444 5 6666666 0 4 7 6 999999 9 0 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99999 6 4444 44 88888 8 88888888888888 555 222 88 66666666666666 0 777 9999999 2 55 1 1 666 1 555 88 88 4 8 9 1 11 3333333333 3333333 999 7 000 222222222222222222 44 6 33333 0 22 7 33 3 7
consensus : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATTTGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAAATTTA-A---AAC-CTTAAA--TGN--ACT--ACAA-----A-------TA----G-------TCAGAGTTGTCTTTCT--TTGTTT------TA--ATTAT--A----A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-----ATAAGGACCCCNTCGGAAANACTNNNTAGAAN---TANNNTNNNNGTAATANNCA------TG---------------TNTNNNAT-----ATACG---------T-----ACGT----A-AT-----TAAATGTA--------------AC---AGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACA---ATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( family-393 ) : AACAAAATTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACAAGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCNAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAANTATAAATATTTGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGNTAGGAAANTTA-A---AAC-CTTAAA--TGN--ACT--ACAA-----A-------TA----G-------TCAGAGTTGTCTTCCTG-TTGTTT------TA--ATTAT--N----A---GTAACAT-AATGTATANC-TC----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-----ATANGGNCGNNNNCGNAANNANTNNNTNGNNN---TNNNNTNNNNNNNATANNCG------TG---------------TNTNNNNN-----ATACG---------T-----ACNT----A-AT-----TAANTGTA--------------AC---AGTAAN--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATAGT--------AT-AAAAACA---ATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|1 : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAG-AAGTAAAAATGCACCTCA--TTAAGAGGATGAAATGTACAGAACAGGCAGGG--TTTATG----TTTA--AT--TA--ATATTGTCAATTATTTTACTACTTC--TG-CAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAAAATAAATATTTGATATATTCTGTGAAAATA--A-GTACACAAA-TGAATGTCAGGAAAGTTA-A---AAC-CTTAAA--TGA--ACT--ACAA-----A-------TA----G-------TCAGAGTTGTCCTCTTG-TTGTTT------TA--ATTAT--T----A---GTAATCT-AATGTATATT-TC----TTCCCCGTTAT-ATTAG-GTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAATT-GTTTGAGACTTT--A--A--T--TTG--------T-------T---T--T-----T-C-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NN---------------NNNNNNNN-----NNNNG---------C-----ACTT----A-AT-----TAATTATA--------------AT---AACAAA--AT--AC------T------ATAAT---T------CATAAATATGGA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA---TTT--T--TATGATATTAATCTGTGATGATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATTTTTC---TATCTAAAATAGC--------ATGAAAAATA---ATGAAA-CAT--CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCT
gi|10 : GAACATGCAAATAATATATTAATATTTT--AT--TA--ATGTTGCCAAT-ATTTTAATACTTT--TG-TATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTT-AAGTAT-TTCTGTGATA-ATTAAGTTCAATAT--ACATTCTATATAATCTTTGATAATa
gi|10 : TTTCT--TTGTTT------TA--TTT-C--A----A---GTAACTT-AAATTATAGC-GT----TTTCATGTTGT-ATTAA-ATC------GC-----TACTACATCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--CA-TTG--------T-------TAT-T--T-----T-C-----ATAAGGAACCCTTCGGTAATAATTTATGAAAT---TATCC--AGTTTAATATATA------TG---------------TCTCAGA--------------------T-----ACTT----A-AT----------GTA--------------AC---ACTAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------ATA-TTATGAA-AAA-T-A-TAT-GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT------------T-TAATA---AGC-GTTATA--TGTTTATATT-CAT--GACAT----------ACATATTC-------AC--GAGTAA-GTCTATC---ttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataaCTTTTAAAAAAG-AAGAGAAATTG-----CA--TTAAAAGTGTGAAATGTGCAGAACGAGCAGAT--TGTATT----TTTTTTAT--AA--ATGTTGTCAAT-ATTTTAACACTTC--TG-CAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGATATGCATGTCATCATTC-AAGTAT-TTCTATCATA-
gi|11 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattACATATAATGAATGAAAGGAAAATTA-A-----CTCTGAAACGTGT--ATT--ACAA-----AAAAAAC-TA----G-------TCAGAGTTGTCTTTCT--TTGTTT------TA--TTT--------------TACCTT-AAATTATAAC-GT----TTCGTAGTTGT-Agcacatataatgaatgaaaggaaaattaactctgaaacgtgtattacaaaaaaaactagtcagagttgtctttctttgttttattttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattcttttaaaaaagaagagaaattgcattaaaagtgtgaaatgtgcagaacgagcagattgtattttttttataaatgttgtcaatattttaacacttctgcaaattattccagattagttcagtgatatgcatgtcatcattcaagtatttctatcatagcCTTTGAAAGAAGGAAATAAA-TCA-A--TAAAGCTGAGAGGATGATATGTGCAGAACATGTAGAT--TTTTTT----TTCT--AT--TATAATATTGTAAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTT-AAGTCG-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATTAATATTTTATGTACTCTGTGAAAATA--A-GGAAACATA-TGAATGTTAGGAAAGTTT-A---AAT-CTTAAA--TGA--ACT--ACAG-----A-------CA----G-------TCATAGTTGTCCTCTTGTTTGTTTTTTTTGTA--ATTAT--A----A---GTAATAT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT--TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAATT-TTTTGAAACCTT--T--A------TA--------T-------TTAAT--T-----T-C-----ATAATGACTTCATTGCAAAGA
gi|13 : gtaaGTCATCATCC-AAATCT-TCCTGTGGTC-ATTAATTTCATTATAA--ATTTGATATATTCTGTGA-A-------------ACA-TGAATAACAGGAAATTT------AACTCTTAAG--TGT--TCTTCACCA-----G-------TAATTTG-------TCAGAGTTGTCTTTCT--TCGTTT----------ATTAT--T----A----------------------TT----TTCCCTGTTGC-ATAAT-GTCCACATAG--------CTACAGCTAATG-TTGTGAGGCCTT--GACA--T--TTG--------T-------T---TTGT-----T-T-----ATGAGG-----TACCCAA-------CTAGAAA---TAGGTTCGTGGTAATATGCA------TG---------------TCTCAAAT-----ATATG---------T-----ACTT----A-AT-----T---T-TA--------------ACATTAATAAA--AT--AT------T------ATagtct
gi|14 : gTGTAAGACATCATTT-AAGTCT-TTCTTTGATATATTtcactcaaagactttgaaaatgca
gi|14 : AA-----A-------TT----G-------TTA---TTATCTT------TGTTT------TA---TTAT--A----T---ATAACTT-AAATTATAGC-TTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAA-GTCCATAACGC-----AACAACAGCCAATA-TTT-GAGGC---------------------------------T---T--T-----T-C-----ACAAGGACGGACCCACAGGAAATATGTGGGTTA--TCCTGTACTTGTG-TAAAAG------TG---------------TACGTCCC-----AAATA---------T-----ATGT----A-AT-----TAAATACA--------------AC---AGTCAT--AT--AT------C------ATAGT---G------AATAAATATAAA-AAA-T-A-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA---CTT--T--tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|15 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggaAAGCTTAT--TTTATA----TTTT--AT--TA--ACGTTATCAAT-ATTTGAATACCTC--TG-CAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTC-AAATCT-TTCAGTGATA-ATTAATTTCATTACAA--ACTTGATATATTCTGTGATAATA--A-AATTATACA-CGAATGATAGGAACATT------AACTCTTAAA--TGT--ACT--ACAG-----AAGTAAT-TG----A-------TCATAGCTGTCTTTCT--TTGTTT------TACTATTAT--T----A---TTAA-----------AGCTTT----TTCCCTGTT
gi|16 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataaTATCC-------TG---------------TGTAATAT-----ATAAA---------T-----ACGTTTCAA-ATCTATATAACTGTA--------------AC---AGCAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------GATGATTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA---TTT--T--TGTG-------------ATAATTGTTTGGATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATAAATC---TATCTAA
gi|17 : tgttttattttcgtcaagtgcttctaaggacccgttagaaaaataagttgtaaagcatagcggtt----TTCTTTGTTGT-ATTAA-GTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAATA-TTTTGAGACGTT--ATCA--T--TTA--------TA------T---T--T-----T-C-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NN---------------NTTGTCTA-----ATACA---------T-----AC---------T-----TAAATGTA--------------AC---AGTAAT--ATAAAT------T------ATAGT---T------AATAATTGCGAA-AA--T-A-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAG--CTT--T--TGTGATA------TGT-----TTGTTT-TA-TTCAT--GAGAT----------ATA-----------------AATAAGATTTATT---TGTcgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|18 : catACGGACAATG-TTTTGAGACATT--A--A--TGTTTA--------TATATT--T---T--T-----T-C-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NN---------------NNNNNNNNCTCAAATACA---------T-----GC------A-CC-----TAAATGTA--------------AC---AGTGAT--GT--AC------A------ATAAT---C------GATAATTATGAA-AAG-T-G-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATAT----A---T--------GTTATATTTATCTGTGATAATTATTTG-ACTTCAT--GACAT----------ATACACTC-------TA--AAATAC-ATATATC---TATggatatataacta
gi|19 : taacaaaccctttaTGTTATTATTAA-GTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAATA-TCTTGAGACCTTTAC--A--T--TTAT-------T-------T---T--T-----T-C-----ATATG--TGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NN---------------NNNNNNAT-----ATATG---------TCTCGAATCTTTGGA-CT-----TAAATGTA--------------AC---AGTAAT--GA--AT------G------ATTGT---A------GACAATTATGAA-AAACT-A-T---TTAA-TACTTTGATTTAATAatct
gi|2 : atatagtggctggtacacttaccttgtttctcacatgttaaactatattttAACAAAATT-GCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-----TA--TTG--------------ACAGGACAAGCAAA---ATCAAT----TTTT--ATGATA--ATATTGACAATAATTTTAATACTTC--TG-CAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTC-AAGTCT-TGCTGTGATA-ATTAATTTAAATACAAATTTTTGATATATTCATTGATGATA--A-GAACATACA-TGAATGTTAGGAAATTTA-A---AAT-CTTAAT--TAA--ACT--ACAA-----A-------TA----G-------TCAGAATGATC-TCTTG-TTGTTT------TA--ATTAT--A----AGCGGTGACAT-AATGTAT----------TACCCTG-TGT-AATAca
gi|2 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggATTGTA--------------TT---AGTAAT--AT--AC------T------TTCAT---T------GATAATTATGAA-T-G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA---TTT--T--TGTGACATTTAATTGTGGTAAATGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------GC--GCATAA-ACCTATC---TATGTAAAATtatatgcctcaaatttatgaaccttattgtattagtaatatactttcattgataattatgaatgtatgtaatactgtgatttaatatttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|20 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctcttgttgttttaattataagcggtgacataatgtattaccctgtgtaatatatatgcctcaaatttatgaaccttA-TTTTGAGACCTT--G--ACAT--TTG--------TGGTTAA-T---T--T-----T-C-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGAA-------------TATATATT-----AAATT---------T-----ATGT----A-GT-----TAACTCTA--------------CC---AGTAAT--AT--A-------T------CTAGT---TACTGTAGATAATTATGAA-AA----A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTATTTTTT--T--TGTAA-ATTTATATGCGATATTTGTTTGTA-TTCAT--GACAC----------ATATATTC--------C--AAATAA-ACCTActacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|21 : AAATTTA--------------AC---AGTAAT--AT--A---------------TAGT---T------GATAATTATGAA-AAA-A-AAT---GTAA-CACTGTGATTTG-TA-----A---TTT--T--TGTGATATATATCTGTGATATTTA-TTGTA-TTCAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-ATCTATC---T
gi|22 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaaagctatgttctg--TCA--TTGAACATTTAAATTGTATAGAATATACACAT--TATATT----TTTTT-AA--CA--ATGATGTCAAT-ATCTTAAT--TTCAGTG-CA--GTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGATATGTA-------ATT---AAT--------------ATCAATACAATTGT--------GATACATTCTATCATAATA--AGGAACGTGCG-TGAATGATAGGAAATTTA----------------------ACT--GTAA-----C-------TA----G-------TCAGAGTTGTCTTTCT--TGGTTT------T---ACCAT--A----G---GTGAC-T-AAATTATGGC--G----TTCTCTGTTGT-
gi|23 : atGT--AAT--ACAA-----C-------TA----G-------ACAGAGTTGGTTTTCT--TTGTTT------TA---TTAT--A----A---GTAACAT-AAAGTATAAC-TT----GTCGCTGTTGT-ATTTA-GTCCATATAGC-----TACCACAAACAATA-TTTTGGGACCTTTAT--A--T--TTA--------TA------T---T--T-----A-C-----TTAAGGACCCCATTGGAAATA
gi|24 : catatttcgtaatgtatatatgaatgtcgatataagtacaATATC-GATATATTCTGTCATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAAATTT--T---AAT-CTTAA-------------ACA---------------A----G-------TCAGAGTTGTCTTTCT--TTGTTT------TA--ATT--------------TAA-AT-------TATT-GC----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TG------T---T--T-----T-C-----Aaggttttctt
gi|25 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggGTATGCCATTATTC-AAGTCT-TTCTGTGATT-ATTAAT-------------------ACATTCTATAA-AATA-----------CA-TGAATGATAGGATATGTA-A---G-T-CTTAAA--TGC--ACT--ACAA-----C-------TG----G-------TCAGAGTTGTATTTCT--TTGTTA------TA---TGAA--A----A---GTGACAT-AAAGTATAGC-AT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-ATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATA-TGTTGAGA
gi|26 : ---------T-----ATGT----A-CT-----TAAATGTA--------------AC---AGCAAT--AT--AT------T------ATAGG---T------GATAATTATGAATAAC-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---ATT--T--TGTAATATATAGCCGTGATATTTA-TTGT-TTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATTGATC---TATC---AATCGTTTCTAACCAT-AAAAAC
gi|27 : atcACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TTT-ATCTTTATCTGTGATGATTGTTTGTATTCCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATGA-ATCTATC---TAATTAACA------------AT-AAGGA-A---ATAAAATCATGACCAGCcaggagtatattatatt
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTTTGCA---TTT--T--AGC-ATATTCATTTGTGATATTTATCTATATTTCATTATATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATatgagatttaac
gi|29 : catactaatatatcaatgatttggtggtttacagttaatggttgttgtacgtgaataaatagtccgcttatatgttttAAAAAAACATGCTTT-AAAAACG-AAGTGAAATTG-A--TCA--TTGAAAGTATGAAATGT-----------TTAC--TTTCGT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTTAA-TATTTCAACATTTC--TT-CAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----T
gi|3 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaTTA-A---AAT-TTTAGA--TGA--ACT--ACAG-----A-------TA----G-------TCAGAGTTGTCCTCTTG-TTGTTT------TA--ATTAT--TTTAAA---GTAACAG-AATGTATAAC-TA----TTTCCTGTTAT-ATCAG-ATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAATA-GTTTTAGACATT--G--A--TATTTT--------C-------T---T--T-----T-C-----AAAAGGACCTCATTGGAAATA-TAACTAAAAAAATTTTTTCCTGTGTAATGCATA------TG---------------CTTCAAAT-----ATAAT---------T-----ATGT----A-CC-----TAATTGTA--------------AC---AGTTATGTAT--AC------T------ATAAT---T------GATATTTATGAA-AAA-T-A-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTAT--TTT--T--TGTGATA-TTACCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------ACTATAATAATGTCTATC---TATTTTTAATAGT--------GT-AAAAA-AGATATAAAA-CAc
gi|30 : t----A-ATG----TAAATGTT--------------AC---AGCAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------ATAATTATGAACAAG-T-A-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT-----------TT--T--TGTGATATTTATCTGTGATATTTG-TTGTA-TTCAT--GAccagaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|32 : aatttatgATATGTAACTCATCATTC-AAGTCT-TTCTG--------TAATTGCAGTACAA--GTTTGCTTTATTCTGTG---ATA--A-GAACATACA-
gi|33 : GAATGACAGGAAATTTA-A-----CTCTCACA--TGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----G-------TAAGAGTTATCTTTCTT-TTGTTT------T
gi|34 : ATGATAGAAAATT-------AACTCTTAAA--AGT--ACT--A-AA-----ACAGTTACTA----G-------TCAGAGTTGTCTTTCT--TTGTTT------TA--
gi|35 : TACAGACTATA-ATTTGAGGCCTT--G--ACAT--TTA--------T-------T---T--T-----TTC-----ATATGtaa
gi|4 : AAAACT-GCTTTTAAAAAAT-AAGTA----T-----TCA--TTGAGAGGATGAAATGCACAGAACAAGCATAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATATTCTTAATTATTTTAATATTTT--TG-CAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAGATATAAATATTTTATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACGCA-TGGATGTTAAGAATTTTA-A---AAT-CTTCTG--TGA--ACT--ACAA-----A-------TA----G-------TCACAGTTGTTTACTTG-TTTGTT------CA--ATTAT--T----A---GTAATAT-AATGTATAGC-TT----TCTCCTGTTAT-GTCTG-GTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAATT-ATTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TATATTTCT---T--T-----T-C-----ATAAGGAC-------------CCCATTTGAAA---TAAGTTGTTAAACAT-CCTA------TG---------------TATCAATT-----ATATG---------T-----ACAT----A-AT-----TA---------------------------------------------T------ATAAT---T------GATAATTGTAGA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT---TTT--T--TGTGATATTTATCAGTGATACTTGTTTGTATTTCAT--TATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATt
gi|5 : T--TA--ATTTT-TCA--TGTTTAAATTTTTC--TTTCCACGAGTTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AAT--ATTAATTT---CATAACAATTTG-----CTCTGGAATAATAGGA-GAACACATA-TGAATAATAAGAAAATT------AACTCTTAAA--TGT--ACT--A-AA-----A-------CA----GTCATTATTCAGAGTTGTCGTTCT--TTGTTT----------ATTATACA----A---G-AGCA------TATAGC-TT----TTCCATGT-----TTAA-TTT---------------CTAAAGTCAATAGTTTT---AC-------------------------T-------T---T--T-----T-C-----ACGAGGACTCCATAGGAAAAACGTTATAG--------AGGTGAATGGAATATCC-------TG---------------TGTAACAT-----ATACGTCTAAAATCT-----ATGT----A-AA-----TAAATGTA--------------AC---AGT------T--AC------G------GTAGTACAT------TATAGGTATG-A-TAG-A-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT----------TTC--T--TTTGAAACACATGTTTGATATATGTTT-TATTT-AT--AACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATCTATC---TA
gi|6 : ATCATCC-AAGTCT-TTCTGTGA-----------AACTATAAATATTTAATGTAATCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGTTAGGAAA--TA-AAGGAAT-CTTAAC--CGA--ACT--ACAA-----T-------AA----G-------TCAGAGTTGTCCTCTAG-TTG-CT------TA--ATTAT--A----A---GTAATAT-AATGTATACC-TC----TTCCCTGTTAT-ATCAG-GTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAATA-GTTTGAGATCTT--G--A--T--ATA--------T-------T---T--TTATTAT-C-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NN---------------NNNNCTCA-----A-ATA---------T-----ATAT----A-CT-----TAATCGTA--------------AC---AGTAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------TAAAAATATGAA-AAA-T-G-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA---TAT--C--TGTGATATTTATTTGTGATAATTGTTTGT---------------------------TATTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAATATCTAGTATTGC--------AT-TAAcacattaaacctttcattgg
gi|7 : atagcaATTCAA-----TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTC-ACATCT-TTCCATCATA-ATAATTTTAAATATAAGTAGTTGATATATTCTGTAATAATA--A-GAACACACA-TCAATGCTAAGAAATTTAGA---AAT-CTTAAA--TGA--ACT--ACAA-----A-------TG----T-------TTA----TGT-----TG-TTGTTT------TA--ATTAT--A----A---GTAATTT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT-ATTAG-GTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTATATCGTTTT-------T---T--T-----T-CCCCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NN---------------NNNCTCAA-----ATATG---------T-----ACAT----A-AT---------TGTA--------------AC---AATAAT--AT--AC------T------ATAAG---T------GATAACTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA---CTT--A--TAT-ATATTcatgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|8 : aacaatgaacga-CTCAAA--TAT--ACT--ACAA-----C-------CA----G-------TCAGAGTTGTCTTTCT--TTGTTT------TAT-ATTA--------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAG-GAATA-TCTTGAGAACAT--GACA--T--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-----ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------NNNNNNNNNNNNNNNNCTATATCAA-----ATA-----------T-----ATGT----A-CT-----TAAATAAA--------------AC---AGTAAT--AT--ATTTTACAT------GTAGT---C------GATAATAACGAA-AAATT-A-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTTTCT--TGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT----AACA---ATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTgttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|9 : atttgataaaacattaacccttctt-CTCAAA--TAT--ACT--ACAA-----C-------CA----G-------TCAGAGTTGTCTTTCT--TTGTTT------TAT-ATTA--------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AATA-TCTTGAGAACAT--G--ACAT--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-----ATAAGGACCCCGTTGGAAATACTTGTAAGTTG---TAATATTCAAATGGTTACCC------TG---------------TGTTATAT-----ATATA---------T-----ATCT----ATAT-----CAAATATATGTACTTAAATAAAAC---AGTAAT--AT--AT------TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AAA-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTT--TCTTGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT-AA---CA---ATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG
Alignments
lowQualScore : 22222 11 11 22222222222 22222222 11111111111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111 1111111111 1111111 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 3 6 3 66666 77 4 33 2 2 1 66 1 9999 4 66 55 55 11 55 4 1 0 3 666 7777 2 2 2 55 5 1 00 2 3 44 3 2 0 2 44444444444 666666 66 2 22 55555 11111111 4444 6666666 44 22 1 1 66 11111111111 2 7777 333 7777 11 2 4444 2 2 0 2 777777 0 2 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 4 22 8888888888888888 2 333 6666666 4 77 2 2 666 2 777 22 22 4 2 3 4 33 0000000000 5555555 333 4 555 999999999999999999 77 3 5 8 88 6 88 7 6
lowQualScore : ... . . . ..... .. . .. . . . .. . .... . .. .. .. .. .. . . . . ... .... . . . .. . . .. . . .. . . . . ........... ...... .. . .. ..... ........ .... ....... .. .. . . .. ........... . .... ... .... .. . .... . . . . ...... . . . ......................................................................................................................................................................................................................... . .. ................ . ... ....... . .. . . ... . ... .. .. . . . . .. .......... ....... ... . ... .................. .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 222 2 7 2 99999 99 0 33 4 6 0 11 1 4444 4 11 55 55 55 55 0 1 5 6 999 7777 0 7 7 11 8 7 22 9 4 22 1 9 6 5 99999999999 444444 11 5 99 33333 00000000 5555 8888888 33 55 8 8 11 33333333333 0 0000 555 6666 11 0 0000 0 4 7 6 999999 9 0 1 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 88 8888888888888888 0 777 9999999 2 55 1 1 666 1 555 88 88 4 1 9 1 11 3333333333 3333333 999 7 000 222222222222222222 44 6 2 0 88 7 33 3 7
consensus : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----T-TTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----G-------TCAGAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----AA---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----TC-----A--------T----------A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAANACTNNNTAGAANTANNNT----NNNN---GTAATATNC-ATGTN-------TCANA-TAT---ATG---------T-------AC---------------GT----AAT-----TAAATGTAACAGTAAT--ATA--C------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( family-393 ) : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----T-TTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----G-------TCAGAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----AA---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----TC-----A--------T----------A-----------AGG-AC---CCCNTCGGAAANACTNNNTAGAANTANNNT----NNNN---GTAATANNC-ATGTN-------TNNNA-TAT---ACG---------T-------AC---------------GT----AAT-----TAAATGTAACAGTAAT--ATA--C------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|1 : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAG-AAGTAAAAATGCACCTCA--TTAAGAGGATGAAATGTACAGAACAGGCAGGG--TTTATG----T-TTA--AT--TA--ATATTGTCAATTATTTTACTACTTC--TG-CAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAAAATAAATATT-TGATATATTCTGTGAAAATA--A-GTACACAAA-TGAATGTCAGGAA-AGTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TA----G-------TCAGAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-T----TA---GTAATCT-AATGTATATT-TC----TTCCCCGTTAT-ATTAG-GTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAATT-GTTTGAGACTTT--A--A--T--TTG--------T-------T---T--T-----TC-----A--------T----------N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN---NNNNNNNNN-NNNNN-------NNNNN-NNN---NNG---------C-------AC---------------TT----AAT-----TAATTATAATAACAAA--ATA--C------T------ATAAT---T------CATAAATATGGA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA---TTT--T--TATGATATTAATCTGTGATGATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATTTTTC---TATCTAAAATAGC--------ATGAAAAATAATGAAA-CAT--CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCT
gi|10 : GAACATGCAAATAATATATTAATAT-TTT--AT--TA--ATGTTGCCAAT-ATTTTAATACTTT--TG-TATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTT-AAGTAT-TTCTGTGATA-ATTAAGTTCAATAT--ACATT-CTATATAATCTTTGATAATa
gi|10 : --T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT--C----AA---GTAACTT-AAATTATAGC-GT----TTTCATGTTGT-ATTAA-ATC------GC-----TACTACATCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--CA-TTG--------T-------TAT-T--T-----TC-----A--------T----------A-----------AGG-AA---CCCTTCGGTAATAATTTATGAAATTATCC------AGT---TTAATATAT-ATGTC-------TCAGA-TAC------------------------------------------------T-----TAA-TGTAACACTAAT--ACA--TG-----T------ATA-T---T-------ATA-TTATGAA-AAA-T-A-TAT-GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT------------T-TAATA---AGC-GTTATA--TGTTTATATT-CAT--GACAT----------ACATATTC-------AC--GAGTAA-GTCTATC---ttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataaCTTTTAAAAAAG-AAGAGAAATTG-----CA--TTAAAAGTGTGAAATGTGCAGAACGAGCAGAT--TGTATT----T-TTTTTAT--AA--ATGTTGTCAAT-ATTTTAACACTTC--TG-CAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGATATGCATGTCATCATTC-AAGTAT-TTCTATCATA-
gi|11 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattACATATAATGAATGAAAGGAA-AATTA-A-----CTCTG------AAACGTGTATT--ACA-----AAAAAAAC-TA----G-------TCAGAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT-------------TACCTT-AAATTATAAC-GT----TTCGTAGTTGT-Agcacatataatgaatgaaaggaaaattaactctgaaacgtgtattacaaaaaaaactagtcagagttgtctttctttgttttattttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattcttttaaaaaagaagagaaattgcattaaaagtgtgaaatgtgcagaacgagcagattgtattttttttataaatgttgtcaatattttaacacttctgcaaattattccagattagttcagtgatatgcatgtcatcattcaagtatttctatcatagcCTTTGAAAGAAGGAAATAAA-TCA-A--TAAAGCTGAGAGGATGATATGTGCAGAACATGTAGAT--TTTTTT----T-TCT--AT--TATAATATTGTAAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTT-AAGTCG-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATTAATATT-TTATGTACTCTGTGAAAATA--A-GGAAACATA-TGAATGTTAGGAA-AGTTT-AA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----GA-------CA----G-------TCATAGTTGTCCTC--T-TG-T--TTGTTTTTTTTGTA--ATTA-T----AA---GTAATAT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT--TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAATT-TTTTGAAACCTT--T--A------TA--------T-------TTAAT--T-----TC-----A--------T----------A-----------ATG-AC---TTCATTGCAAAGA
gi|13 : gtaaGTCATCATCC-AAATCT-TCCTGTGGTC-ATTAATTTCATTATAA--ATT-TGATATATTCTGTGA-A-------------ACA-TGAATAACAGGAA-ATTT---A---ACTCTT------AAG--TGTTCTTCACC-----AG-------TAATTTG-------TCAGAGTTGTC--T--T-TC-T--TCGTTT----------ATTA-T----------TA----------------TT----TTCCCTGTTGC-ATAAT-GTCCACATAG--------CTACAGCTAATG-TTGTGAGGCCTT--GACA--T--TTG--------T-------T---TTGT-----TT-----A--------T----------G-----------AGGTAC---CC---------AAC----TAGAAATAGGTT----CGTG---GTAATATGC-ATGTC-------TCAAA-TAT---ATG---------T-------AC---------------TT----AAT-----T---T-TAACATTAAT--AAA--A------T------ATagtct
gi|14 : gTGTAAGACATCATTT-AAGTCT-TTCTTTGATATATTtattcactcaaagactttgaaaatgca
gi|14 : AAAATTGTTA-T--TATC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----AT---ATAACTT-AAATTATAGC-TTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAA-GTCCATAACGC-----AACAACAGCCAATA--TTTGAGGC---------------------------------T---T--T-----TC-----A--------C----------A-----------AGG-ACGGACCCACAGGAAATA-TGT---GGGTTATCCTGTACTTGT---GTAA-AAGT-GTACG-------TCCCA-AAT---A-----------T-------AT---------------GT----AAT-----TAAATACAACAGTCAT--ATA--T------C------ATAGT---G------AATAAATATAAA-AAA-T-A-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA---CTT--T--tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|15 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggAAGCTTAT--TTTATA----T-TTT--AT--TA--ACGTTATCAAT-ATTTGAATACCTC--TG-CAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTC-AAATCT-TTCAGTGATA-ATTAATTTCATTACAA--ACT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-AATTATACA-CGAATGATAGGAACATT----A---ACTCTT------AAA--TGTACT--ACA-----GAAGTAAT-TG----A-------TCATAGCTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TACTATTA-T----TA---TTAA-----------AGCTTT----TTCCCTGTT
gi|16 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataaT--G--T--T--TTA--------T-------T---T--TCG---TC-----AAGTGCTTCT----------A-----------AGG-AC---CC-GTTAGAAAAATAAGTTGTAA--AGCAT----AGCG---GTT-TATCC--TGTG-------TAATA-TAT---AAA---------T-------AC---------------GTTTCAAATCTATATAACTGTAACAGCAAT--ATA--C------T------ATAAT---T------GATGATTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA---TTT--T--TGTGATA-------------ATTGTTTGGATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATAAATC---TATCTAA
gi|17 : T----TTCTTTGTTGT-ATTAA-GTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAATA-TTTTGAGACGTT--ATCA--T--TTA--------TA------T---T--T-----TC-----A--------T----------N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN---NNNNNNNNN-NNNNT-------TGTCT-AAT---ACA---------T-------AC-----------------------T-----TAAATGTAACAGTAAT--ATAAAT------T------ATAGT---T------AATAATTGCGAA-AA--T-A-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAG--CTT--T--TGTGATA------TGT-----TTGTTT-TA-TTCAT--GAGAT----------ATA-----------------AATAAGATTTATT---TGTcgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|18 : caACGGACAATG-TTTTGAGACATT--A--A--TGTTTA--------TATATT--T---T--T-----TC-----A--------T----------N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN---NNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNCTCAAA-TAC---ATG---------C-------AC-----------------------C-----TAAATGTAACAGTGAT--GTA--C------A------ATAAT---C------GATAATTATGAA-AAG-T-G-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATAT----A---T--------GTTATATTTATCTGTGATAATTATTTG-ACTTCAT--GACAT----------ATACACTC-------TA--AAATAC-ATATATC---TATggatatataacta
gi|19 : taacaaaccctttaC--T--T-AC-C--TTGTTT------C----TCA-C----AT---GT----T-AAACTATA---TT----TT---TGTTATTATTAA-GTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAATA-TCTTGAGACCTTTAC--A--T--TTAT-------T-------T---T--T-----TC-----A--------T----------ATGTGGNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN---NNNNNATAT-ATGTC-------TCGAA-TCT---TTG---------G-------AC-----------------------T-----TAAATGTAACAGTAAT--GAA--T------G------ATTGT---A------GACAATTATGAA-AAACT-A-T---TTAA-TACTTTGATTTAATAatct
gi|2 : atatagtggctggtacaAACAAAA-TTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-----TA--TTGA--------------CAGGACAAGCAAAA--TCAATT----T-TT---ATGATA--ATATTGACAATAATTTTAATACTTC--TG-CAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTC-AAGTCT-TGCTGTGATA-ATTAATTTAAATACAAATTTT-TGATATATTCATTGATGATA--A-GAACATACA-TGAATGTTAGGAA-ATTTA-AA---AT-CTT------AAT--TAAACT--ACA-----AA-------TA----G-------TCAGAATGATC--T--C-TT-G--TTGTTT------TA--ATTA-T----AAGCGGTGACAT-AATGTA------T----TACCCTG-TGT-AATAca
gi|2 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactgg---GTAATATAT-ATGCC-------TCAAA-TTT---ATG---------A-------AC---------------CT----TAT-----T----GTATTAGTAAT--ATA--C------T------TTCAT---T------GATAATTATGAA-T-G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA---TTT--T--TGTGACATTTAATTGTGGTAAATGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------GC--GCATAA-ACCTATC---TATGTAAAATtatatgcctcaaatttatgaaccttattgtattagtaatatactttcattgataattatgaatgtatgtaatactgtgatttaatatttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|20 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctcttgttgttttaattataagcggtgacataatgtattaccctgtA-TTTTGAGACCTT--G--ACAT--TTG--------TGGTTAA-T---T--T-----TC-----A--------T----------N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN---NNNNNNNNN-NNNNN-------NCTGAATAT---ATA---------TTAAATTTAT---------------GT----AGT-----TAACTCTACCAGTAAT--ATA---------T------CTAGT---TACTGTAGATAATTATGAA-AA----A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTATTTTTT--T--TGTAA-ATTTATATGCGATATTTGTTTGTA-TTCAT--GACAC----------ATATATTC--------C--AAATAA-ACCTActacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|21 : AAATTTAACAGTAAT--ATA-----------------TAGT---T------GATAATTATGAA-AAA-A-AAT---GTAA-CACTGTGATTTG-TA-----A---TTT--T--TGTGATATATATCTGTGATATTTA-TTGTA-TTCAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-ATCTATC---T
gi|22 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaaagctatgttctg--TCA--TTGAACATTTAAATTGTATAGAATATACACAT--TATATT----TTTTT--AA--CA--ATGATGTCAA-TATCTTAAT--TTCAGTG-C--AGTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGATATGTA-------ATT-----------------------AATATCAATACA---ATTGTGATACATTCTATCATAATA--AGGAACGTGCG-TGAATGATAGGAA-ATTTA--------------------------ACT--GTA-----AC-------TA----G-------TCAGAGTTGTC--T--T-TC-T--TGGTTT------T---ACCA-T----AG---GTGACTA-AAT-TATGGC--G----TTCTCTGTTGT-
gi|23 : atGTAAT--ACA-----AC-------TA----G-------ACAGAGTTGGT--T--T-TC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----AA---GTAACAT-AAAGTATAAC-TT----GTCGCTGTTGT-ATTTA-GTCCATATAGC-----TACCACAAACAATA-TTTTGGGACCTTTAT--A--T--TTA--------TA------T---T--T-----AC-----T--------T----------A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAATA
gi|24 : catatttcgtaatgtatatatgaatgtcgatataagtacaATATC--GATATATTCTGTCATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTT-AA----T-CTT------AAA-----------CA-----A--------------G-------TCAGAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATT--T----AA---AT----------TATTGC-TT------CCCTGTTGT-ATTAA-GTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TG------T---T--T-----TC-----A--------aggttttctt
gi|25 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggGTATGCCATTATTC-AAGTCT-TTCTGTGATT-ATTAAT--------------------ACATTCTATAA-AATA-----------CA-TGAATGATAGGAT-ATGTA-AG----T-CTT------AAA--TGCACT--ACA-----AC-------TG----G-------TCAGAGTTGTA--T--T-TC-T--TTGTTA------TA---TGA-A----AA---GTGACAT-AAAGTATAGC-AT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-ATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATA-TGTTGAGA
gi|26 : ---------T-------AT---------------GT----ACT-----TAAATGTAACAGCAAT--ATA--T------T------ATAGG---T------GATAATTATGAATAAC-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---ATT--T--TGTAATATATAGCCGTGATATTTA-TTGT-TTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATTGATC---TATC---AATCGTTTCTAACCAT-AAAAAC
gi|27 : atcACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TTT-ATCTTTATCTGTGATGATTGTTTGTATTCCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATGA-ATCTATC---TAATTAACA------------AT-AAGGA-AATAAAATCATGACCAGCcaggagtatattatatt
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTTTGCA---TTT--T--AGC-ATATTCATTTGTGATATTTATCTATATTTCATTATATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATatgagatttaac
gi|29 : catactaatatatcaatgatttggtggtttacagttaatggttgttgtacgtgaataaatagtccgcttatatgttttAAACATGCTTT-AAAAACG-AAGTGAAATTG-A--TCA--TTGAAAGTATGAAATGTT-----------TAC--TTTCGT----T-TTT--AT--TA--ATGTTGTTAA-TATTTCAACATTTC--TT-CAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----T
gi|3 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaaaaaTTTA-AA---AT-TTT------AGA--TGAACT--ACA-----GA-------TA----G-------TCAGAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-TTTTAAA---GTAACAG-AATGTATAAC-TA----TTTCCTGTTAT-ATCAG-ATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAATA-GTTTTAGACATT--G--A--TATTTT--------C-------T---T--T-----TC-----A--------A----------A-----------AGG-AC---CTCATTGGAAATA-TAACTAAAAAAATTTT----TTCCTGTGTAATGCAT-ATGCT-------TCAAA-TAT---AAT---------T-------AT---------------GT----ACC-----TAATTGTAACAGTTATGTATA--C------T------ATAAT---T------GATATTTATGAA-AAA-T-A-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTAT--TTT--T--TGTGATA-TTACCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------ACTATAATAATGTCTATC---TATTTTTAATAGT--------GT-AAAAAAGATATAA-AAC-ACCAc
gi|30 : ----AATG----TAAATGTTACAGCAAT--ACA--TG-----T------ATA-T---T-------ATAATTATGAACAAG-T-A-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT-----------TT--T--TGTGATATTTATCTGTGATATTTG-TTGTA-TTCAT--GAgaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|32 : aatttatgATATGTAACTCATCATTC-AAGTCT-TTCTG--------TAATTGCAGTACAA--GTT-TGCTTTATTCTGTG---ATA--A-GAACATACA-
gi|33 : GAATGACAGGAA-ATTT---A---ACTCTC------ACATGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----G-------TAAGAGTTATC--T--T-TCTT--TTGTTT------T
gi|34 : ATGATAGAAA-ATT----A---ACTCTT------AAA--AGTACT--A-A-----AACAGTTACTA----G-------TCAGAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--
gi|35 : TACAGACTATA-ATTTGAGGCCTT--G--ACAT--TTA--------TT------T---T--T-----TC-----A--------T----------A-----------taa
gi|4 : AAACT-GCTTTTAAAAAAT-AAGTA----T-----TCA--TTGAGAGGATGAAATGCACAGAACAAGCATAT--TTTATT----T-TTT--AT--TA--ATATTCTTAATTATTTTAATATTTT--TG-CAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTC-AAGTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAGATATAAATATT-TTATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACGCA-TGGATGTTAAGAA-TTTTA-AA---AT-CTT------CTG--TGAACT--ACA-----AA-------TA----G-------TCACAGTTGTT--TACT-TG-T--TTG-TT------CA--ATTA-T----TA---GTAATAT-AATGTATAGC-TT----TCTCCTGTTAT-GTCTG-GTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAATT-ATTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TATATTTCT---T--T-----TC-----A--------T----------A-----------AGG-AC---CCCAT-------------TTGAAATAAGTT----GTTA-----AACATCCTATGTA-------TCAAT-TAT---ATG---------T-------AC---------------AT----AAT-----TA----------------------------T------ATAAT---T------GATAATTGTAGA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT---TTT--T--TGTGATATTTATCAGTGATACTTGTTTGTATTTCAT--TATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATtgt
gi|5 : aT--TA--ATTTT-TCA--TGTTTAAATTTTTC--TTTCCACGAGTTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AAT--ATTAATTT---CATAACAATT-TG-----CTCTGGAATAATAGGA-GAACACATA-TGAATAATAAGAA-AATT---A---ACTCTT------AAA--TGTACT--A-A-----AA-------CA----GTCATTATTCAGAGTTGTC--G--T-TC-T--TTGTTT----------ATTA-TAC--AA---G-AGCA------TATAGC-TT----TTCCATGT-----TTAA-TTT---------------CTAAAGTCAATAGTTTT---AC-------------------------T-------T---T--T-----TC-----A--------C----------G-----------AGG-AC---TCCATAGGAAAAACGTTATAGA-----GGT----GAAT---GGAATATCC--TGTG-------TAACA-TAT---ACGTCTAAAATCT-------AT---------------GT----AAA-----TAAATGTAACAGT------TA--C------G------GTAGTACAT------TATAGGTATG-A-TAG-A-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT----------TTC--T--TTTGAAACACATGTTTGATATATGTTT-TATTT-AT--AACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATCTATC---TA
gi|6 : ATCATCC-AAGTCT-TTCTGTGA-----------AACTATAAATATT-TAATGTAATCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGTTAGGAA-AT--A-AAGGAAT-CTT------AAC--CGAACT--ACA-----AT-------AA----G-------TCAGAGTTGTC--C--T--C-TAGTTGCTT-------A--ATTA-T----AA---GTAATAT-AATGTATACC-TC----TTCCCTGTTAT-ATCAG-GTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAATA-GTTTGAGATCTT--G--A--T--ATA--------T-------T---T--TTATTATC-----A--------TNNN-------N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN---NNNNNNNNN-NNNNC-------TCAAA-TAT---ATA---------T-------AC---------------TT----AAT---------CGTAACAGTAAT--ATA--C------T------ATAAT---T------TAAAAATATGAA-AAA-T-G-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA---TAT--C--TGTGATATTTATTTGTGATAATTGTTTGT---------------------------TATTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAATATCTAGTATTGC--------AT-TAAcacattaaacctttcattgg
gi|7 : atagcaATTCAA-----TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTC-ACATCT-TTCCATCATA-ATAATTTTAAATATAAGTAGT-TGATATATTCTGTAATAATA--A-GAACACACA-TCAATGCTAAGAA-ATTTAGAA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TG----T-------TTAT-GTTG---------------TTGTTT------TA--ATTA-T----AA---GTAATTT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT-ATTAG-GTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTATATCGTTTT-------T---T--T-----TCCCCTNN--------N----------N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN---NNNNNNNNN-NNNNN-------NCTCA-AAT---ATG---------T-------AC---------------AT----AAT---------TGTAACAATAAT--ATA--C------T------ATAAG---T------GATAACTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA---CTT--A--TAT-ATATTcatgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|8 : aacaatgaacgaTGATAAAAC-ATT---AA---CC-CTTCTTCTCAAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----G-------TCAGAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA----TATT----AA---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAG-GAATA-TCTTGAGAACAT--GACA--T--TTACT------T-------T---T--T-----TT-----A--------TNNNNNNNNNNN-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNN---NNNNNNNNN-NNNNN-------NNCTA-TATCAAATA---------T-------AT---------------GT----ACT-----TAAATAAAACAGTAAT--ATA--TTTTACAT------GTAGT---C------GATAATAACGAA-AAATT-A-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTTTCT--TGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT----AACAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTgttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|9 : att-CTC------AAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----G-------TCAGAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TAT-ATTA-------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AATA-TCTTGAGAACAT--G--ACAT--TTACT------T-------T---T--T-----TT-----A--------T----------A-----------AGG-AC---CCCGTTGGAAATACTTGTAAGTTGTAATAT----TCAA---ATGGTTACC-CTGTG-------TTATA-TAT---ATA---------T-------ATCTATATCAAATATATGT----ACT-----TAAATAAAACAGTAAT--ATA--T------TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AAA-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTT--TCTTGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT-AA---CAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG
Alignments
lowQualScore : 22222 11 11 22222222222 22222222 11111111111 11 444444444444444444444444444444 111111111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111 1111111111111111 1111111111111111 1111 1111111111 1111111 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 3 6 3 66666 77 4 33 2 2 1 66 1 9999 4 66 55 55 11 55 4 1 0 3 666 7777 2 2 2 2 5 1 00 2 3 44 3 2 0 2 44444444444 666666 66 2 22 55555 11111111 4444 6666666 44 22 1 1 66 11111111111 2 77777777777 5555 11 2 4444 2 2 2 777777 0 2 0 888888888888888888888888888888 333 22 77777 2 6666666 111111111111111111111111 2 333 0 0 3 777777777777777777777777777777777777777 33 2 4444 88888888 55555555555555555 6666666666666666 5 4444 1 77777 0 2 22 8888888888888888 2 333 6666666 4 0000 2 2 333 2 4 22 22 333 4 2 3 6 33 0000000000 5555555 333 4 555 999999999999999999 77 3 5 8 88 6 88 7 6
lowQualScore : ... . . . ..... .. . .. . . . .. . .... . .. .. .. .. .. . . . . ... .... . . . . . . .. . . .. . . . . ........... ...... .. . .. ..... ........ .... ....... .. .. . . .. ........... . ........... .... .. . .... . . . ...... . . . .............................. ... .. ..... . ....... ........................ . ... . . . ....................................... .. . .... ........ ................. ................ . .... . ..... . . .. ................ . ... ....... . .... . . ... . . .. .. ... . . . . .. .......... ....... ... . ... .................. .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 222 2 7 2 99999 99 0 33 4 6 0 11 1 4444 4 11 55 55 55 55 0 1 5 6 999 7777 0 7 7 7 8 7 22 9 4 22 1 9 6 5 99999999999 444444 11 5 99 33333 00000000 5555 5555555 33 55 8 8 11 33333333333 0 00000000000 1111 11 0 0000 0 4 6 999999 9 0 1 444444444444444444444444444444 555 88 88888 0 5555555 777777777777777777777777 2 999 4 5 2 333333333333333333333333333333333333333 22 4 4444 66666666 44444444444444444 5555555555555555 2 5555 9 44444 8 0 88 8888888888888888 0 777 9999999 2 4444 1 1 777 1 0 88 88 777 4 1 9 8 11 3333333333 3333333 999 7 000 222222222222222222 44 6 2 0 88 7 33 3 7
consensus : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----T-TTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAANACTNNNTAG-----------AANTANNTT----NNNN---GTA--ATA-TNT-ATGTC-------TC-----A----------AATAT---ATGT---------ACGT----AAT-----TAAATGTAACAGTAAT--ATA--C------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA-TTT--T--T---GTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( family-393 ) : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----T-TTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAANACTNNNTAG-----------AANTANNNT----NNNN---GTA--ATA-TNC-ATGTN-------TC-----A----------NATAT---ATGT---------ACGT----AAT-----TAAATGTAACAGTAAT--ATA--C------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA-TTT--T--T---GTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|1 : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAG-AAGTAAAAATGCACCTCA--TTAAGAGGATGAAATGTACAGAACAGGCAGGG--TTTATG----T-TTA--AT--TA--ATATTGTCAATTATTTTACTACTTC--TG-CAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAAAATAAATATT-TGATATATTCTGTGAAAATA--A-GTACACAAA-TGAATGTCAGGAA-AGTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-T----T--A---GTAATCT-AATGTATATT-TC----TTCCCCGTTAT-ATTAG-GTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAATT-GTTTGAGACTTT--A--A--T--TTG--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN----NNNN---NNN--NNN-NNN-NNNNN-------NN-----N----------NNNNN---NNGC---------ACTT----AAT-----TAATTATAATAACAAA--ATA--C------T------ATAAT---T------CATAAATATGGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA-TTT--T--T---ATGATATTAATCTGTGATGATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATTTTTC---TATCTAAAATAGC--------ATGAAAAATAATGAAA-CAT--CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCT
gi|10 : GAACATGCAAATAATATATTAATAT-TTT--AT--TA--ATGTTGCCAAT-ATTTTAATACTTT--TG-TATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTTAA-GTAT-TTCTGTGATA-ATTAAGTTCAATAT--ACATT-CTATATAATCTTTGATAATa
gi|10 : --T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT--C----A--A---GTAACTT-AAATTATAGC-GT----TTTCATGTTGT-ATTAA-ATC------GC-----TACTACATCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--CA-TTG--------TTA-----T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AA---CCCTTCGGTAATAATTTATGA-----------AATTATC------CAGT---TTA--ATA-TAT-ATGTC-------TC-----A----------GATAC--------------------------T-----T-AATGTAACACTAAT--ACA--TG-----T------ATA-T---T-------AT-ATTATGAA-AAATA-T-A-T---GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT--T------------TAATA---AGC-GTTATA--TGTTTATA-TTCAT--GACAT----------ACATATTC-------AC--GAGTAA-GTCTATC---ttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataaCTTTTAAAAAAG-AAGAGAAATTG-----CA--TTAAAAGTGTGAAATGTGCAGAACGAGCAGAT--TGTATT----T-TTTTTAT--AA--ATGTTGTCAAT-ATTTTAACACTTC--TG-CAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGATATGCATGTCATCATTCAA-GTAT-TTCTATCATA-
gi|11 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattACATATAATGAATGAAAGGAA-AATTA-A-----CTCTG------AAACGTGTATT--ACA-----AAAAAAAC-TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT---------------TACCTT-AAATTATAAC-GT----TTCGTAGTTGT-Agcacatataatgaatgaaaggaaaattaactctgaaacgtgtattacaaaaaaaactagtcagagttgtctttctttgttttattttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattcttttaaaaaagaagagaaattgcattaaaagtgtgaaatgtgcagaacgagcagattgtattttttttataaatgttgtcaatattttaacacttctgcaaattattccagattagttcagtgatatgcatgtcatcattcaagtatttctatcatagcCTTTGAAAGAAGGAAATAAA-TCA-A--TAAAGCTGAGAGGATGATATGTGCAGAACATGTAGAT--TTTTTT----T-TCT--AT--TATAATATTGTAAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTTAA-GTCG-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATTAATATT-TTATGTACTCTGTGAAAATA--A-GGAAACATA-TGAATGTTAGGAA-AGTTT-AA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----GA-------CA----GTCA-------TAGTTGTCCTC--T-TG-T--TTGTTTTTTTTGTA--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT--TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAATT-TTTTGAAACCTT--T--A------TA--------T-------TTAAT--T-----T-C-------A--------T---A-----------ATG-AC---TTCATTGCAAAGA
gi|13 : gtaaGTCATCATCCAA-ATCT-TCCTGTGGTC-ATTAATTTCATTATAA--ATT-TGATATATTCTGTGA-A-------------ACA-TGAATAACAGGAA-ATTT---A---ACTCTT------AAG--TGTTCTTCACC-----AG-------TAATTTGTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TCGTTT----------ATTA-T------------TA----------------TT----TTCCCTGTTGC-ATAAT-GTCCACATAG--------CTACAGCTAATG-TTGTGAGGCCTT--GACA--T--TTG--------T-------T---TTGT-----T-T-------A--------T---G-----------AGGTAC---CC---------AAC----TAG-----------AAATAGGTT----CGTG---GTA--ATA-TGC-ATGTC-------TC-----A----------AATAT---ATGT---------ACTT----AAT-----T---T-TAACATTAAT--AAA--A------T------ATagtct
gi|14 : gTGTAAGACATCATTTAA-GTCT-TTCTTTGATATATTtattcactcaaagactttgaaaatgca
gi|14 : A-------AAATTGTTA-T--TATC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--T---ATAACTT-AAATTATAGC-TTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAA-GTCCATAACGC-----AACAACAGCCAATA--TTTGAGGC---------------------------------T---T--T-----T-C-------A--------C---A-----------AGG-ACGGACCCACAGGAAATA-TGT---G-----------GGTTATCCTGTACTTGT---GTA--AAAGTGT-ACGTC-------CC-----A----------AATAT---AT-------------GT----AAT-----TAAATACAACAGTCAT--ATA--T------C------ATAGT---G------AATAAATATAAA-AA--A-T-A-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA-CTT--T--tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|15 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggAAGCTTAT--TTTATA----T-TTT--AT--TA--ACGTTATCAAT-ATTTGAATACCTC--TG-CAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTCAA-ATCT-TTCAGTGATA-ATTAATTTCATTACAA--ACT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-AATTATACA-CGAATGATAGGAACATT----A---ACTCTT------AAA--TGTACT--ACA-----GAAGTAAT-TG----ATCA-------TAGCTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TACTATTA-T----T--A---TTAA-----------AGCTTT----TTCCCTGTT
gi|16 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataaT--G--T--T--TTA--------T-------T---T--TCG---T-C-------AAGTGCTTCT---A-----------AGG-AC---CC-GTTAGAAAAATAAGTTGT-----------AA--AGCAT----AGCG---GTT---TA-TCC--TGTG-------TA-----A----------TATAT---AAAT---------ACGTTTCAAATCTATATAACTGTAACAGCAAT--ATA--C------T------ATAAT---T------GATGATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA-TTT--T--T---GTGATA-------------ATTGTTTGGATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATAAATC---TATCTAA
gi|17 : T----TTCTTTGTTGT-ATTAA-GTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAATA-TTTTGAGACGTT--ATCA--T--TTA--------TA------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN----NNNN---NNN--NNN-NNN-NNNNT-------T------------------GTCT---A-AT---------ACAT----ACT-----TAAATGTAACAGTAAT--ATAAAT------T------ATAGT---T------AATAATTGCGAA-AA----T-A-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAGCTT--T--T---GTGATA------TGT-----TTGTTT-TA-TTCAT--GAGAT----------ATA-----------------AATAAGATTTATT---TGTcgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|18 : caACGGACAATG-TTTTGAGACATT--A--A--TGTTTA--------TATATT--T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN----NNNN---NNN--NNN-NNN-NNNNNNNNNNNCTC-----A----------AATAC---ATGC---------AC--------C-----TAAATGTAACAGTGAT--GTA--C------A------ATAAT---C------GATAATTATGAA-AA--G-T-G-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATAT----A-T-----------GTTATATTTATCTGTGATAATTATTTG-ACTTCAT--GACAT----------ATACACTC-------TA--AAATAC-ATATATC---TATggatatataacta
gi|19 : taacaaaccctttaC--T--T-AC-C--TTGTTT------C----TCA-C----A--T---GT----T-AAACTATA---TT----TT---TGTTATTATTAA-GTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAATA-TCTTGAGACCTT--T--ACAT--TTA--------T-------T---T--T-----TTC-------A--------T---ATGTGGNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN----NNNN---NNN--NNA-TAT-ATGTC-------TC-----G----------AATCT---TTGG---------AC--------T-----TAAATGTAACAGTAAT--GAA--T------G------ATTGT---A------GACAATTATGAA-AA--ACT-A-T---TTAA-TACTTTGATTTAATAatct
gi|2 : atatagtggctggtacaAACAAAA-TTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-----TA--TTGA--------------CAGGACAAGCAAAA--TCAATT----T-TT---ATGATA--ATATTGACAATAATTTTAATACTTC--TG-CAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTCAA-GTCT-TGCTGTGATA-ATTAATTTAAATACAAATTTT-TGATATATTCATTGATGATA--A-GAACATACA-TGAATGTTAGGAA-ATTTA-AA---AT-CTT------AAT--TAAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAATGATC--T--C-TT-G--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--AGCGGTGACAT-AATGTA------T----TACCCTG-TGT-AATAca
gi|2 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactgg---GTA--ATA-TAT-ATGCC-------TC-----A----------AATTT---ATGA---------ACCT----TAT-----T----GTATTAGTAAT--ATA--C------T------TTCAT---T------GATAATTATGAA-T---G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA-TTT--T--T---GTGACATTTAATTGTGGTAAATGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------GC--GCATAA-ACCTATC---TATGTAAAATtatatgcctcaaatttatgaaccttattgtattagtaatatactttcattgataattatgaatgtatgtaatactgtgatttaatatttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|20 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctcttgttgttttaattataagcggtgacataatgtattaccctgtA-TTTTGAGACCTT--G--ACAT--TTG--------TGGTTAA-T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN----NNNN---NNN--NNN-NNN-NNNNN-------NCTGAATA----------TATATTAAATTT---------ATGT----AGT-----TAACTCTACCAGTAAT--ATA---------T------CTAGT---TACTGTAGATAATTATGAA-AA------A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTA-TTT--T--TTTTGTAA-ATTTATATGCGATATTTGTTTGTA-TTCAT--GACAC----------ATATATTC--------C--AAATAA-ACCTActacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|21 : AAATTTAACAGTAAT--ATA-----------------TAGT---T------GATAATTATGAA-AA--A-A-AAT---GTAA-CACTGTGATTTG-TA-----A-TTT--T--T---GTGATATATATCTGTGATATTTA-TTGTA-TTCAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-ATCTATC---T
gi|22 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncccaaagctatgttctg--TCA--TTGAACATTTAAATTGTATAGAATATACACAT--TATATT----TTTTT--AA--CA--ATGATGTCAA-TATCTTAAT--TTCAGTG-C--AGTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGATATGTA-------ATT-----------------------AATATCAATACA---ATTGTGATACATTCTATCATAATA--AGGAACGTGCG-TGAATGATAGGAA-ATTTA--------------------------ACT--GTA-----AC-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TGGTTT------T---ACCA-T----A--G---GTGACTA-AAT-TATGGC--G----TTCTCTGTTGT-
gi|23 : atGTAAT--ACA-----AC-------TA----GACA-------GAGTTGGT--T--T-TC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--A---GTAACAT-AAAGTATAAC-TT----GTCGCTGTTGT-ATTTA-GTCCATATAGC-----TACCACAAACAATA-TTTTGGGACCTTTAT--A--T--TTA--------TA------T---T--T-----A-C-------T--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAATA
gi|24 : catatttcgtaatgtatatatgaatgtcgatataagtacaATATC--GATATATTCTGTCATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTT-AA----T-CTT------AAA-----------CA-----A--------------GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATT--T----A--A---AT----------TATTGC-TT------CCCTGTTGT-ATTAA-GTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TG------T---T--T-----T-C-------A--------aggttttctt
gi|25 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggGTATGCCATTATTCAA-GTCT-TTCTGTGATT-ATTAAT--------------------ACATTCTATAA-AATA-----------CA-TGAATGATAGGAT-ATGTA-AG----T-CTT------AAA--TGCACT--ACA-----AC-------TG----GTCA-------GAGTTGTA--T--T-TC-T--TTGTTA------TA---TGA-A----A--A---GTGACAT-AAAGTATAGC-AT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-ATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATA-TGTTGAGA
gi|26 : ---ATCT---------ATGT----ACT-----TAAATGTAACAGCAAT--ATA--T------T------ATAGG---T------GATAATTATGAATAA--C-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA-ATT--T--T---GTAATATATAGCCGTGATATTTA-TTGT-TTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATTGATC---TATC---AATCGTTTCTAACCAT-AAAAAC
gi|27 : ACTGTGATTTAATATTTGTA-TTT--T--T---TT-ATCTTTATCTGTGATGATTGTTTGTATTCCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATGA-ATCTATC---TAATTAACA------------AT-AAGGA-AATAAAATCATGACCAGCcaggagtatattatatt
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTTTGCA-TTT--T--A---GC-ATATTCATTTGTGATATTTATCTATATTTCATTATATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATatgagatttaac
gi|29 : catactaatatatcaatgatttggtggtttacagttaatggttgttgtacgtgaataaatagtccgcttatatgttttAAACATGCTTT-AAAAACG-AAGTGAAATTG-A--TCA--TTGAAAGTATGAAATGTT-----------TAC--TTTCGT----T-TTT--AT--TA--ATGTTGTTAA-TATTTCAACATTTC--TT-CAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----T
gi|3 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaaaaaTTTA-AA---AT-TTT------AGA--TGAACT--ACA-----GA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-TTTTAA--A---GTAACAG-AATGTATAAC-TA----TTTCCTGTTAT-ATCAG-ATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAATA-GTTTTAGACATT--G--A--TATTTT--------C-------T---T--T-----T-C-------A--------A---A-----------AGG-AC---CTCATTGGAAATA-TAACTAA-----------AAAAATTTT----TTCCTGTGTA--ATG-CAT-ATGCT-------TC-----A----------AATAT---AATT---------ATGT----ACC-----TAATTGTAACAGTTATGTATA--C------T------ATAAT---T------GATATTTATGAA-AA--A-T-A-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTATTTT--T--T---GTGATA-TTACCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------ACTATAATAATGTCTATC---TATTTTTAATAGT--------GT-AAAAAAGATATAA-AAC-ACCAc
gi|30 : ----AATG----TAAATGTTACAGCAAT--ACA--TG-----T------ATA-T---T-------ATAATTATGAACAA--G-T-A-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT---------TT--T--T---GTGATATTTATCTGTGATATTTG-TTGTA-TTCAT--GAgaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|32 : aatttatgATATGTAACTCATCATTCAA-GTCT-TTCTG--------TAATTGCAGTACAA--GTT-TGCTTTATTCTGTG---ATA--A-GAACATACA-
gi|33 : GAATGACAGGAA-ATTT---A---ACTCTC------ACATGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----GTAA-------GAGTTATC--T--T-TCTT--TTGTTT------T
gi|34 : ATGATAGAAA-ATT----A---ACTCTT------AAA--AGTACT--A-A-----AACAGTTACTA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--
gi|35 : TACAGACTATA-ATTTGAGGCCTT--G--ACAT--TTA--------TT------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------taa
gi|4 : AAACT-GCTTTTAAAAAAT-AAGTA----T-----TCA--TTGAGAGGATGAAATGCACAGAACAAGCATAT--TTTATT----T-TTT--AT--TA--ATATTCTTAATTATTTTAATATTTT--TG-CAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAGATATAAATATT-TTATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACGCA-TGGATGTTAAGAA-TTTTA-AA---AT-CTT------CTG--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------CAGTTGTT--TACT-TG-T--TTG-TT------CA--ATTA-T----T--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TT----TCTCCTGTTAT-GTCTG-GTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAATT-ATTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TATATTTCT---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTTGAAA------------------------TAAGTT----GTTA-----A--ACA-TCCTATGTA-------TC-----A----------ATTAT---ATGT---------ACAT----AAT-----TA----------------------------T------ATAAT---T------GATAATTGTAGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT-TTT--T--T---GTGATATTTATCAGTGATACTTGTTTGTATTTCAT--TATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATtgt
gi|5 : aT--TA--ATTTT-TCA--TGTTTAAATTTTTC--TTTCCACGAGTTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AATA--TTAATTT---CATAACAATT-TG-----CTCTGGAATAATAGGA-GAACACATA-TGAATAATAAGAA-AATTA-A-----CTCTT------AAA--TGTACT--A-A-----AA-------CA----GTCATTATTCAGAGTTGTC--G--T-TC-T--TTGTTT----------ATTA-T----ACAA---G-AGCAT-A-----TAGC-TT----TTCCATGTT-----TAA-TTTC---------------TAAAGTCAATAGTTTT---AC-------------------------T-------T---T--T-----T-C-------A--------C---G-----------AGG-AC---TCCATAGGAAAAACGTTATAG-----------A-----GGT----GAAT---GGA--ATA-TCC--TGTG-------TA-----A----------CATAT---ACGTCTAAAATCTATGT----AAA-----TAAATGTAACAGT------TA--C------G------GTAGTACAT------TATAGGTATGAT-A---G-A-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT--------TTC--T--T---TTGAAACACATGTTTGATATATGTTT-TATTT-AT--AACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATCTATC---TA
gi|6 : ATCATCCAA-GTCT-TTCTGTGA-----------AACTATAAATATT-TAATGTAATCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGTTAGGAA-AT--A-AAGGAAT-CTT------AAC--CGAACT--ACA-----AT-------AA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T--C-TAGTTGCTT-------A--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATACC-TC----TTCCCTGTTAT-ATCAG-GTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAATA-GTTTGAGATCTT--G--A--T--ATA--------T-------T---T--TTATTAT-C-------A--------TNNNN-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN----NNNN---NNN--NNN-NNN-NNNNC-------TC-----A----------AATAT---ATAT---------ACTT----AAT---------CGTAACAGTAAT--ATA--C------T------ATAAT---T------TAAAAATATGAA-AA--A-T-G-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA-TAT--C--T---GTGATATTTATTTGTGATAATTGTTTGT---------------------------TATTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAATATCTAGTATTGC--------AT-TAAcacattaaacctttcattgg
gi|7 : atagcaATTCAA-----TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTCAC-ATCT-TTCCATCATA-ATAATTTTAAATATAAGTAGT-TGATATATTCTGTAATAATA--A-GAACACACA-TCAATGCTAAGAA-ATTTAGAA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TG----TTTA-------T-GTTG---------------TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAATTT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT-ATTAG-GTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTATATCGTTTT-------T---T--T-----T-CCCCTNNNN--------N---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN----NNNN---NNN--NNN-NNN-NNNNC-------TC-----A----------A--AT---ATGT---------ACAT----AAT---------TGTAACAATAAT--ATA--C------T------ATAAG---T------GATAACTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA-CTT--A--T---AT-ATATTcatgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|8 : aacaatgaacgaTGATAAAAC-ATT---AA---CC-CTTCTTCTCAAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA----TATT----A--A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAG-GAATA-TCTTGAGAACAT--GACA--T--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-----------NNNNNNNNN----NNNN---NNN--NNN-NNN-NNNNN-------NN-----NNNNNNNNNNCTATATCAAATAT---------ATGT----ACT-----TAAATAAAACAGTAAT--ATA--TTTTACAT------GTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--ATT-A-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA-TTTTCT--T---GTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT----AACAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTgttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|9 : att-CTC------AAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TAT-ATTA---------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AATA-TCTTGAGAACAT--G--ACAT--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCGTTGGAAATACTTGTAAGTTGTAATATTCAAATGGTTA----CCCT---GTGTTATA-TAT-ATATA-------TC----------------TATATCAAATAT---------ATGT----ACT-----TAAATAAAACAGTAAT--ATA--T------TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--A-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA-TTT--TCTT---GTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT-AA---CAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG
Alignments
lowQualScore : 22222 11 11 22222222222 22222222 11111111111 11 444444444444444444444444444444 111111111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 222222222222222 1111111111111111 1111 1111111111 1111111 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 3 6 3 66666 77 4 33 2 2 1 66 1 9999 4 66 55 55 11 55 4 1 0 3 666 7777 2 2 2 2 5 1 00 2 3 44 3 2 0 2 44444444444 666666 66 2 22 55555 11111111 4444 6666666 44 22 1 1 66 11111111111 2 77777777777 5555 11 2 4444 2 2 2 777777 0 2 0 888888888888888888888888888888 333 22 77777 2 6666666 111111111111111111111111 2 333 0 0 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555 2 33 0000 7777777 4444 2 9999999999 333 777777777777777 55555 22 8888888888888888 2 333 6666666 4 0000 2 2 333 2 777 22 22 4 2 3 6 33 0000000000 5555555 333 4 555 999999999999999999 77 3 5 8 88 6 88 7 6
lowQualScore : ... . . . ..... .. . .. . . . .. . .... . .. .. .. .. .. . . . . ... .... . . . . . . .. . . .. . . . . ........... ...... .. . .. ..... ........ .... ....... .. .. . . .. ........... . ........... .... .. . .... . . . ...... . . . .............................. ... .. ..... . ....... ........................ . ... . . . ....................................................... .... . .. .... ....... .... . .......... ... ............... ..... .. ................ . ... ....... . .... . . ... . ... .. .. . . . . .. .......... ....... ... . ... .................. .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 222 2 7 2 99999 99 0 33 4 6 0 11 1 4444 4 11 55 55 55 55 0 1 5 6 999 7777 0 7 7 7 8 7 22 9 4 22 1 9 6 5 99999999999 444444 11 5 99 33333 00000000 5555 5555555 33 55 8 8 11 33333333333 0 00000000000 1111 11 0 0000 0 4 6 999999 9 0 1 444444444444444444444444444444 555 88 88888 0 5555555 777777777777777777777777 2 999 4 5 2 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0000 4 44 0000 2222222 7777 2 2222222222 555 777777777777777 00000 88 8888888888888888 0 777 9999999 2 4444 1 1 777 1 555 88 88 4 1 9 8 11 3333333333 3333333 999 7 000 222222222222222222 44 6 2 0 88 7 33 3 7
consensus : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----T-TTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAANAC------TNNN---TAG-----------AGNT-------ANNTC----CTNT---GTA----ATA-T-ATA----TGT-------CT----C-AA----------ATAT---ATGT-------AC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--ATA--C------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( family-393 ) : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----T-TTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAANAC------TNNN---TAG-----------AANT-------ANNTT----NNNN---GTA----ATA-T-NTA----TGT-------CT----C-AA----------ATAT---ATGT-------ACGTAAT-TAAATGTAACAGTAAT--ATA--C------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|1 : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAG-AAGTAAAAATGCACCTCA--TTAAGAGGATGAAATGTACAGAACAGGCAGGG--TTTATG----T-TTA--AT--TA--ATATTGTCAATTATTTTACTACTTC--TG-CAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAAAATAAATATT-TGATATATTCTGTGAAAATA--A-GTACACAAA-TGAATGTCAGGAA-AGTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-T----T--A---GTAATCT-AATGTATATT-TC----TTCCCCGTTAT-ATTAG-GTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAATT-GTTTGAGACTTT--A--A--T--TTG--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNN------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNNN----NNNN---NNN----NNN-N-NNN----NNN-------NN----N-NN----------NNNN---NNGC-------ACTTAAT-TAATTATAATAACAAA--ATA--C------T------ATAAT---T------CATAAATATGGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA---TTT--T--TATGATATTAATCTGTGATGATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATTTTTC---TATCTAAAATAGC--------ATGAAAAATAATGAAA-CAT--CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCT
gi|10 : GAACATGCAAATAATATATTAATAT-TTT--AT--TA--ATGTTGCCAAT-ATTTTAATACTTT--TG-TATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTTAA-GTAT-TTCTGTGATA-ATTAAGTTCAATAT--ACATT-CTATATAATCTTTGATAATa
gi|10 : --T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT--C----A--A---GTAACTT-AAATTATAGC-GT----TTTCATGTTGT-ATTAA-ATC------GC-----TACTACATCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--CA-TTG--------TTA-----T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AA---CCCTTCGGTAATAA------TTTA---TGA-----------AATT-------A--TC----CAGT---TTA----ATA-T-ATA----TGT-------CT----C-AG----------ATAC--------------------T-T-AATGTAACACTAAT--ACA--TG-----T------ATA-T---T-------AT-ATTATGAA-AAATA-T-A-T---GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT----T---------TAATA---AGC-GTTATA--TGTTTATA-TTCAT--GACAT----------ACATATTC-------AC--GAGTAA-GTCTATC---ttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataaCTTTTAAAAAAG-AAGAGAAATTG-----CA--TTAAAAGTGTGAAATGTGCAGAACGAGCAGAT--TGTATT----T-TTTTTAT--AA--ATGTTGTCAAT-ATTTTAACACTTC--TG-CAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGATATGCATGTCATCATTCAA-GTAT-TTCTATCATA-
gi|11 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattACATATAATGAATGAAAGGAA-AATTA-A-----CTCTG------AAACGTGTATT--ACA-----AAAAAAAC-TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT---------------TACCTT-AAATTATAAC-GT----TTCGTAGTTGT-Agcacatataatgaatgaaaggaaaattaactctgaaacgtgtattacaaaaaaaactagtcagagttgtctttctttgttttattttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattcttttaaaaaagaagagaaattgcattaaaagtgtgaaatgtgcagaacgagcagattgtattttttttataaatgttgtcaatattttaacacttctgcaaattattccagattagttcagtgatatgcatgtcatcattcaagtatttctatcatagcCTTTGAAAGAAGGAAATAAA-TCA-A--TAAAGCTGAGAGGATGATATGTGCAGAACATGTAGAT--TTTTTT----T-TCT--AT--TATAATATTGTAAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTTAA-GTCG-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATTAATATT-TTATGTACTCTGTGAAAATA--A-GGAAACATA-TGAATGTTAGGAA-AGTTT-AA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----GA-------CA----GTCA-------TAGTTGTCCTC--T-TG-T--TTGTTTTTTTTGTA--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT--TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAATT-TTTTGAAACCTT--T--A------TA--------T-------TTAAT--T-----T-C-------A--------T---A-----------ATG-AC---TTCATTGCAAAGA
gi|13 : gtaaGTCATCATCCAA-ATCT-TCCTGTGGTC-ATTAATTTCATTATAA--ATT-TGATATATTCTGTGA-A-------------ACA-TGAATAACAGGAA-ATTT---A---ACTCTT------AAG--TGTTCTTCACC-----AG-------TAATTTGTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TCGTTT----------ATTA-T------------TA----------------TT----TTCCCTGTTGC-ATAAT-GTCCACATAG--------CTACAGCTAATG-TTGTGAGGCCTT--GACA--T--TTG--------T-------T---TTGT-----T-T-------A--------T---G-----------AGGTAC---CC---------AAC-------------TAG-----------AAAT-------AGGTT----CGTG---GTA----ATA-T-GCA----TGT-------CT----C-AA----------ATAT---ATGT-------ACTTAAT-T---T-TAACATTAAT--AAA--A------T------ATagtct
gi|14 : gTGTAAGACATCATTTAA-GTCT-TTCTTTGATATATTtattcactcaaagactttgaaaatgca
gi|14 : A-------AAATTGTTA-T--TATC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--T---ATAACTT-AAATTATAGC-TTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAA-GTCCATAACGC-----AACAACAGCCAATA--TTTGAGGC---------------------------------T---T--T-----T-C-------A--------C---A-----------AGG-ACGGACCCACAGGAAATA-------TGT------G-----------GGTT-------ATCCTGTACTTGT---GTA----AAAGT-GTA----CGT-------CC----C-AA----------ATAT---AT-----------GTAAT-TAAATACAACAGTCAT--ATA--T------C------ATAGT---G------AATAAATATAAA-AA--A-T-A-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA---CTT--T--tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|15 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggAAGCTTAT--TTTATA----T-TTT--AT--TA--ACGTTATCAAT-ATTTGAATACCTC--TG-CAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTCAA-ATCT-TTCAGTGATA-ATTAATTTCATTACAA--ACT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-AATTATACA-CGAATGATAGGAACATT----A---ACTCTT------AAA--TGTACT--ACA-----GAAGTAAT-TG----ATCA-------TAGCTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TACTATTA-T----T--A---TTAA-----------AGCTTT----TTCCCTGTT
gi|16 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataaT--G--T--T--TTA--------T-------T---T--TCG---T-C-------AAGTGCTTCT---A-----------AGG-AC---CC-GTTAGAAAAATAAGTTGTAAAGCATAG-----------CGGT-------TTATC----CTGT---GTA----ATA-T-ATAAATACGT-------TT----C-AA----------ATCT---ATAT-------A---------ACTGTAACAGCAAT--ATA--C------T------ATAAT---T------GATGATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA---TTT--T--TGTGATA-------------ATTGTTTGGATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATAAATC---TATCTAA
gi|17 : T----TTCTTTGTTGT-ATTAA-GTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAATA-TTTTGAGACGTT--ATCA--T--TTA--------TA------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNN------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNNN----NNNN---NNN----NNN-N-NNNNNNTTGT-------CT-------A----------ATAC---AT---------AC----T-TAAATGTAACAGTAAT--ATAAAT------T------ATAGT---T------AATAATTGCGAA-AA----T-A-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAG--CTT--T--TGTGATA------TGT-----TTGTTT-TA-TTCAT--GAGAT----------ATA-----------------AATAAGATTTATT---TGTcgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|18 : caACGGACAATG-TTTTGAGACATT--A--A--TGTTTA--------TATATT--T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNN------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNNN----NNNN---NNN----NNN-N-NNN----NNNNNNNNNNCT----C-AA----------ATAC---ATGC-------AC----C-TAAATGTAACAGTGAT--GTA--C------A------ATAAT---C------GATAATTATGAA-AA--G-T-G-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATAT----A---T--------GTTATATTTATCTGTGATAATTATTTG-ACTTCAT--GACAT----------ATACACTC-------TA--AAATAC-ATATATC---TATggatatataacta
gi|19 : taacaaaccctttaC--T--T-AC-C--TTGTTT------C----TCA-C----A--T---GT----T-AAACTATA---TT----TT---TGTTATTATTAA-GTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAATA-TCTTGAGACCTT--T--ACAT--TTA--------T-------T---T--T-----TTC-------A--------T---ATGTGGNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNNNNN------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNNN----NNNN---NNN----NNA-T-ATA----TGT-------CT----C-GA----------ATCT---TTGG-------AC----T-TAAATGTAACAGTAAT--GAA--T------G------ATTGT---A------GACAATTATGAA-AA--ACT-A-T---TTAA-TACTTTGATTTAATAatct
gi|2 : atatagtggctggtacaAACAAAA-TTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-----TA--TTGA--------------CAGGACAAGCAAAA--TCAATT----T-TT---ATGATA--ATATTGACAATAATTTTAATACTTC--TG-CAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTCAA-GTCT-TGCTGTGATA-ATTAATTTAAATACAAATTTT-TGATATATTCATTGATGATA--A-GAACATACA-TGAATGTTAGGAA-ATTTA-AA---AT-CTT------AAT--TAAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAATGATC--T--C-TT-G--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--AGCGGTGACAT-AATGTA------T----TACCCTG-TGT-AATAca
gi|2 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactgg---GTA----ATA-T-ATA----TGC-------CT----C-AA----------ATTT---ATGA-------ACCTTAT-T----GTATTAGTAAT--ATA--C------T------TTCAT---T------GATAATTATGAA-T---G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA---TTT--T--TGTGACATTTAATTGTGGTAAATGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------GC--GCATAA-ACCTATC---TATGTAAAATtatatgcctcaaatttatgaaccttattgtattagtaatatactttcattgataattatgaatgtatgtaatactgtgatttaatatttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|20 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctcttgttgttttaattataagcggtgacataatgtattaccctgtA-TTTTGAGACCTT--G--ACAT--TTG--------TGGTTAA-T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNN------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNNN----NNNN---NNN----NNN-N-NNN----NNN-------NN----CTGA----------ATAT---ATATTAAATTTATGTAGT-TAACTCTACCAGTAAT--ATA---------T------CTAGT---TACTGTAGATAATTATGAA-AA------A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTATTTTTT--T--TGTAA-ATTTATATGCGATATTTGTTTGTA-TTCAT--GACAC----------ATATATTC--------C--AAATAA-ACCTActacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|21 : -------CC----C-AA----------AGCT---ATGT-------TC----T-GAAATTTAACAGTAAT--ATA-----------------TAGT---T------GATAATTATGAA-AA--A-A-AAT---GTAA-CACTGTGATTTG-TA-----A---TTT--T--TGTGATATATATCTGTGATATTTA-TTGTA-TTCAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-ATCTATC---T
gi|22 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TCA--TTGAACATTTAAATTGTATAGAATATACACAT--TATATT----TTTTT--AA--CA--ATGATGTCAA-TATCTTAAT--TTCAGTG-C--AGTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGATATGTA-------ATT-----------------------AATATCAATACA---ATTGTGATACATTCTATCATAATA--AGGAACGTGCG-TGAATGATAGGAA-ATTTA--------------------------ACT--GTA-----AC-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TGGTTT------T---ACCA-T----A--G---GTGACTA-AAT-TATGGC--G----TTCTCTGTTGT-
gi|23 : atGTAAT--ACA-----AC-------TA----GACA-------GAGTTGGT--T--T-TC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--A---GTAACAT-AAAGTATAAC-TT----GTCGCTGTTGT-ATTTA-GTCCATATAGC-----TACCACAAACAATA-TTTTGGGACCTTTAT--A--T--TTA--------TA------T---T--T-----A-C-------T--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAATA
gi|24 : catatttcgtaatgtatatatgaatgtcgatataagtacaATATC--GATATATTCTGTCATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTT-AA----T-CTT------AAA-----------CA-----A--------------GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATT--T----A--A---AT----------TATTGC-TT------CCCTGTTGT-ATTAA-GTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TG------T---T--T-----T-C-------A--------aggttttctt
gi|25 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggGTATGCCATTATTCAA-GTCT-TTCTGTGATT-ATTAAT--------------------ACATTCTATAA-AATA-----------CA-TGAATGATAGGAT-ATGTA-AG----T-CTT------AAA--TGCACT--ACA-----AC-------TG----GTCA-------GAGTTGTA--T--T-TC-T--TTGTTA------TA---TGA-A----A--A---GTGACAT-AAAGTATAGC-AT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-ATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATA-TGTTGAGA
gi|26 : ---ATCT-------ATGTACT-TAAATGTAACAGCAAT--ATA--T------T------ATAGG---T------GATAATTATGAATAA--C-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---ATT--T--TGTAATATATAGCCGTGATATTTA-TTGT-TTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATTGATC---TATC---AATCGTTTCTAACCAT-AAAAAC
gi|27 : ACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TTT-ATCTTTATCTGTGATGATTGTTTGTATTCCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATGA-ATCTATC---TAATTAACA------------AT-AAGGA-AATAAAATCATGACCAGCcaggagtatattatatt
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTTTGCA---TTT--T--AGC-ATATTCATTTGTGATATTTATCTATATTTCATTATATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATatgagatttaac
gi|29 : catactaatatatcaatgatttggtggtttacagttaatggttgttgtacgtgaataaatagtccgcttatatgttttAAACATGCTTT-AAAAACG-AAGTGAAATTG-A--TCA--TTGAAAGTATGAAATGTT-----------TAC--TTTCGT----T-TTT--AT--TA--ATGTTGTTAA-TATTTCAACATTTC--TT-CAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----T
gi|3 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaaaaaTTTA-AA---AT-TTT------AGA--TGAACT--ACA-----GA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-TTTTAA--A---GTAACAG-AATGTATAAC-TA----TTTCCTGTTAT-ATCAG-ATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAATA-GTTTTAGACATT--G--A--TATTTT--------C-------T---T--T-----T-C-------A--------A---A-----------AGG-AC---CTCATTGGAAATA-------TAAC---TAA-----------AAAA-------ATTTT----TTCCTGTGTA----ATG-C-ATA----TGC-------TT----C-AA----------ATAT---AATT-------ATGTACC-TAATTGTAACAGTTATGTATA--C------T------ATAAT---T------GATATTTATGAA-AA--A-T-A-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTAT--TTT--T--TGTGATA-TTACCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------ACTATAATAATGTCTATC---TATTTTTAATAGT--------GT-AAAAAAGATATAA-AAC-ACCAc
gi|30 : A----------ATTT---ATG------------AATGTAAATGTTACAGCAAT--ACA--TG-----T------ATA-T---T-------ATAATTATGAACAA--G-T-A-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT-----------TT--T--TGTGATATTTATCTGTGATATTTG-TTGTA-TTCAT--GAgaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|32 : ATATGTAACTCATCATTCAA-GTCT-TTCTG--------TAATTGCAGTACAA--GTT-TGCTTTATTCTGTG---ATA--A-GAACATACA-
gi|33 : GAATGACAGGAA-ATTT---A---ACTCTC------ACATGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----GTAA-------GAGTTATC--T--T-TCTT--TTGTTT------T
gi|34 : ATGATAGAAA-ATT----A---ACTCTT------AAA--AGTACT--A-A-----AACAGTTACTA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--
gi|35 : TACAGACTATA-ATTTGAGGCCTT--G--ACAT--TTA--------TT------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------taa
gi|4 : AAACT-GCTTTTAAAAAAT-AAGTA----T-----TCA--TTGAGAGGATGAAATGCACAGAACAAGCATAT--TTTATT----T-TTT--AT--TA--ATATTCTTAATTATTTTAATATTTT--TG-CAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAGATATAAATATT-TTATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACGCA-TGGATGTTAAGAA-TTTTA-AA---AT-CTT------CTG--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------CAGTTGTT--TACT-TG-T--TTG-TT------CA--ATTA-T----T--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TT----TCTCCTGTTAT-GTCTG-GTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAATT-ATTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TATATTTCT---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTTGAAA---------------------------------T-------AAGTT----GTTA-----A----ACA-TCCTA----TGT-------AT----C-AA----------TTAT---ATGT-------ACATAAT-TA----------------------------T------ATAAT---T------GATAATTGTAGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT---TTT--T--TGTGATATTTATCAGTGATACTTGTTTGTATTTCAT--TATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATtgt
gi|5 : aT--TA--ATTTT-TCA--TGTTTAAATTTTTC--TTTCCACGAGTTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AATA--TTAATTT---CATAACAATT-TG-----CTCTGGAATAATAGGA-GAACACATA-TGAATAATAAGAA-AATTA-A-----CTCTT------AAA--TGTACT--A-A-----AA-------CA----GTCATTATTCAGAGTTGTC--G--T-TC-T--TTGTTT----------ATTA-T----ACAA---G-AGCAT-A-----TAGC-TT----TTCCATGTT-----TAA-TTTC---------------TAAAGTCAATAGTTTT---AC-------------------------T-------T---T--T-----T-C-------A--------C---G-----------AGG-AC---TCCATAGGAAAAAC------GTTA---TAG-----------AGGTGAATGGAATATC----CTGT---GTA----ACA-T-ATA----CGT-------CT----A-AA----------ATCT---ATGT-------A---AAT--AAATGTAACAGT------TA--C------G------GTAGTACAT------TATAGGTATGAT-A---G-A-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT----------TTC--T--TTTGAAACACATGTTTGATATATGTTT-TATTT-AT--AACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATCTATC---TA
gi|6 : ATCATCCAA-GTCT-TTCTGTGA-----------AACTATAAATATT-TAATGTAATCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGTTAGGAA-AT--A-AAGGAAT-CTT------AAC--CGAACT--ACA-----AT-------AA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T--C-TAGTTGCTT-------A--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATACC-TC----TTCCCTGTTAT-ATCAG-GTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAATA-GTTTGAGATCTT--G--A--T--ATA--------T-------T---T--TTATTAT-C-------A--------TNNNN-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNN------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNNN----NNNN---NNN----NNN-N-NNN----NNN-------CT----C-AA----------ATAT---ATAT-------ACTTAAT-----CGTAACAGTAAT--ATA--C------T------ATAAT---T------TAAAAATATGAA-AA--A-T-G-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA---TAT--C--TGTGATATTTATTTGTGATAATTGTTTGT---------------------------TATTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAATATCTAGTATTGC--------AT-TAAcacattaaacctttcattgg
gi|7 : atagcaATTCAA-----TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTCAC-ATCT-TTCCATCATA-ATAATTTTAAATATAAGTAGT-TGATATATTCTGTAATAATA--A-GAACACACA-TCAATGCTAAGAA-ATTTAGAA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TG----TTTA-------T-GTTG---------------TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAATTT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT-ATTAG-GTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTATATCGTTTT-------T---T--T-----T-CCCCTNNNN--------N---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNN------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNNN----NNNN---NNN----NNN-N-NNN----NNN-------CT----C-AA------------AT---ATGT-------ACATAAT-----TGTAACAATAAT--ATA--C------T------ATAAG---T------GATAACTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA---CTT--A--TAT-ATATTcatgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|8 : aacaatgaacgaTGATAAAAC-ATT---AA---CC-CTTCTTCTCAAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA----TATT----A--A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAG-GAATA-TCTTGAGAACAT--GACA--T--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNNN------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNNN----NNNN---NNN----NNN-N-NNN----NNN-------NN----N-NNNNNNNNNNCTATATCAAATAT-------ATGTACT-TAAATAAAACAGTAAT--ATA--TTTTACAT------GTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--ATT-A-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTTTCT--TGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT----AACAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTgttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|9 : att-CTC------AAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TAT-ATTA---------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AATA-TCTTGAGAACAT--G--ACAT--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCGTTGGAAATAC------TTGT---AAGTTGTAATATTCAAAT-------GGTTA----CCCT---GTGTTATATA-T-ATA----TAT-------CTATATC-AA----------ATAT---ATGT-------AC----T-TAAATAAAACAGTAAT--ATA--T------TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--A-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTT--TCTTGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT-AA---CAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG
Alignments
lowQualScore : 22222 11 1 11 22222222222 22222222 11111111111 11 444444444444444444444444444444 111111111111111111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111111111 3333333 11111111111111 1111 1111111111 1111111 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 3 6 3 66666 77 4 33 2 2 1 66 1 9999 00 55 55 3 55 4 1 0 3 666 7777 2 2 2 2 5 1 00 2 3 44 3 2 0 2 44444444444 666666 66 2 22 55555 11111111 4444 6666666 44 22 1 1 66 11111111111 2 77777777777 5555 11 2 4444 2 2 2 777777 0 2 0 888888888888888888888888888888 333 22 77777 2 6666666 111111111111111111111111 2 333 0 0 33 88888888888888888888888888888888888888888888888888 1 2 2 2 2222222222222222222 7777777 4444 8888888888 1 333 4444 2 5555555 3 22 22 66666666666666 2 333 6666666 4 0000 2 2 333 2 777 22 22 4 2 3 6 33 0000000000 5555555 333 4 555 999999999999999999 77 3 5 8 88 6 88 7 6
lowQualScore : ... . . . ..... .. . .. . . . .. . .... .. .. .. . .. . . . . ... .... . . . . . . .. . . .. . . . . ........... ...... .. . .. ..... ........ .... ....... .. .. . . .. ........... . ........... .... .. . .... . . . ...... . . . .............................. ... .. ..... . ....... ........................ . ... . . .. .................................................. . . . . ................... ....... .... .......... . ... .... . ....... . .. .. .............. . ... ....... . .... . . ... . ... .. .. . . . . .. .......... ....... ... . ... .................. .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 222 2 7 2 99999 99 0 33 4 6 0 11 1 4444 66 55 55 2 55 0 1 5 6 999 7777 0 7 7 7 8 7 22 9 4 22 1 9 6 5 99999999999 444444 11 5 99 33333 00000000 5555 5555555 33 55 8 8 11 33333333333 0 00000000000 1111 11 0 0000 0 4 6 999999 9 0 1 444444444444444444444444444444 555 88 88888 0 5555555 777777777777777777777777 2 999 4 5 22 66666666666666666666666666666666666666666666666666 0 4 4 4 5555555555555555555 2222222 7777 8888888888 4 555 2222 3 5555555 3 88 88 11111111111111 0 777 9999999 2 4444 1 1 777 1 555 88 88 4 1 9 8 11 3333333333 3333333 999 7 000 222222222222222222 44 6 2 0 88 7 33 3 7
consensus : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA-NA---C------TNNA---TAG-----------AGNT-------ATNT----CCTGTGT-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( family-393 ) : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA-NA---C------TNNN---TAG-----------AGNT-------ANNT----CCTNTGT-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|1 : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAG-AAGTAAAAATGCACCTCA--TTAAGAGGATGAAATGTACAGAACAGGCAGGG--TTTATG----TTTA--AT--TA--ATATTGTCAATTATTTTACTACTTC--TG-CAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAAAATAAATATT-TGATATATTCTGTGAAAATA--A-GTACACAAA-TGAATGTCAGGAA-AGTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-T----T--A---GTAATCT-AATGTATATT-TC----TTCCCCGTTAT-ATTAG-GTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAATT-GTTTGAGACTTT--A--A--T--TTG--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN-NN---N------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNN----NNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------NN----NNN----------NNNN---N----NGCACTTAAT-TAATTATAATAACAAA--AT--AC------T------ATAAT---T------CATAAATATGGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA---TTT--T--TATGATATTAATCTGTGATGATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATTTTTC---TATCTAAAATAGC--------ATGAAAAATAATGAAA-CAT--CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCT
gi|10 : GAACATGCAAATAATATATTAATATTTT--AT--TA--ATGTTGCCAAT-ATTTTAATACTTT--TG-TATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTTAA-GTAT-TTCTGTGATA-ATTAAGTTCAATAT--ACATT-CTATATAATCTTTGATAATa
gi|10 : --T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT--C----A--A---GTAACTT-AAATTATAGC-GT----TTTCATGTTGT-ATTAA-ATC------GC-----TACTACATCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--CA-TTG--------TTA-----T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AA---CCCTTCGGTAA-TA---A------TTTA---TGA-----------AATT-------A--T----CCAGTTT-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAG----------ATAC-----------------T-T-AATGTAACACTAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------AT-ATTATGAA-AAATA-T-A-T---GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT----T---------TAATA---AGC-GTTATA--TGTTTATA-TTCAT--GACAT----------ACATATTC-------AC--GAGTAA-GTCTATC---ttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataaCTTTTAAAAAAG-AAGAGAAATTG-----CA--TTAAAAGTGTGAAATGTGCAGAACGAGCAGAT--TGTATT----TTTTTTAT--AA--ATGTTGTCAAT-ATTTTAACACTTC--TG-CAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGATATGCATGTCATCATTCAA-GTAT-TTCTATCATA-
gi|11 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattACATATAATGAATGAAAGGAA-AATTA-A-----CTCTG------AAACGTGTATT--ACA-----AAAAAAAC-TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT---------------TACCTT-AAATTATAAC-GT----TTCGTAGTTGT-Agcacatataatgaatgaaaggaaaattaactctgaaacgtgtattacaaaaaaaactagtcagagttgtctttctttgttttattttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattcttttaaaaaagaagagaaattgcattaaaagtgtgaaatgtgcagaacgagcagattgtattttttttataaatgttgtcaatattttaacacttctgcaaattattccagattagttcagtgatatgcatgtcatcattcaagtatttctatcatagcCTTTGAAAGAAGGAAATAAA-TCA-A--TAAAGCTGAGAGGATGATATGTGCAGAACATGTAGAT--TTTTTT----TTCT--AT--TATAATATTGTAAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTTAA-GTCG-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATTAATATT-TTATGTACTCTGTGAAAATA--A-GGAAACATA-TGAATGTTAGGAA-AGTTT-AA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----GA-------CA----GTCA-------TAGTTGTCCTC--T-TG-T--TTGTTTTTTTTGTA--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT--TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAATT-TTTTGAAACCTT--T--A------TA--------T-------TTAAT--T-----T-C-------A--------T---A-----------ATG-AC---TTCATTGCAAA-GA---
gi|13 : gtaaGTCATCATCCAA-ATCT-TCCTGTGGTC-ATTAATTTCATTATAA--ATT-TGATATATTCTGTGA-A-------------ACA-TGAATAACAGGAA-ATTT---A---ACTCTT------AAG--TGTTCTTCACC-----AG-------TAATTTGTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TCGTTT----------ATTA-T------------TA----------------TT----TTCCCTGTTGC-ATAAT-GTCCACATAG--------CTACAGCTAATG-TTGTGAGGCCTT--GACA--T--TTG--------T-------T---TTGT-----T-T-------A--------T---G-----------AGGTAC---CC----------AA---C-------------TAG-----------AAAT-------AGGT----TCGTGGT-A-ATA-T------------GCA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC----T-TAATTTTAACATTAAT--AA--AA------T------ATagtct
gi|14 : gTGTAAGACATCATTTAA-GTCT-TTCTTTGATATATTtattcactcaaagactttgaaaatgca
gi|14 : A-------AAATTGTTA-T--TATC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--T---ATAACTT-AAATTATAGC-TTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAA-GTCCATAACGC-----AACAACAGCCAATA--TTTGAGGC---------------------------------T---T--T-----T-C-------A--------C---A-----------AGG-ACGGACCCACAGGAAA-TA----------TGT------G-----------GGTT-------ATCCTGTACTTGTGT-A-AAAGT------------GTA----CGT-------CC----CAA----------ATAT---A----TG----TAAT-TAAATACAACAGTCAT--AT--AT------C------ATAGT---G------AATAAATATAAA-AA--A-T-A-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA---CTT--T--tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|15 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggAAGCTTAT--TTTATA----TTTT--AT--TA--ACGTTATCAAT-ATTTGAATACCTC--TG-CAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTCAA-ATCT-TTCAGTGATA-ATTAATTTCATTACAA--ACT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-AATTATACA-CGAATGATAGGAACATT----A---ACTCTT------AAA--TGTACT--ACA-----GAAGTAAT-TG----ATCA-------TAGCTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TACTATTA-T----T--A---TTAA-----------AGCTTT----TTCCCTGTT
gi|16 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataaT--G--T--T--TTA--------T-------T---T--TCG---T-C-------AAGTGCTTCT---A-----------AGG-AC---CC-GTTAGAAA-AA---TAAGTTGTAAAGCATAG-----------CGGT-------TTAT----CCTGTGT-A-ATA-T------------ATAAATACGT-------TT----CAA----------ATCT---A----TATA---------ACTGTAACAGCAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------GATGATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA---TTT--T--TGTGATA-------------ATTGTTTGGATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATAAATC---TATCTAA
gi|17 : T----TTCTTTGTTGT-ATTAA-GTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAATA-TTTTGAGACGTT--ATCA--T--TTA--------TA------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN-NN---N------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNN----NNNNNNN-N-NNN-N------------NNNNNNTTGT-------CT------A----------ATAC---A----T--AC-T----TAAATGTAACAGTAAT--ATAAAT------T------ATAGT---T------AATAATTGCGAA-AA----T-A-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAG--CTT--T--TGTGATA------TGT-----TTGTTT-TA-TTCAT--GAGAT----------ATA-----------------AATAAGATTTATT---TGTcgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|18 : caACGGACAATG-TTTTGAGACATT--A--A--TGTTTA--------TATATT--T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN-NN---N------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNN----NNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNNNNNNNNNCT----CAA----------ATAC---A----TGCAC-C----TAAATGTAACAGTGAT--GT--AC------A------ATAAT---C------GATAATTATGAA-AA--G-T-G-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATAT----A---T--------GTTATATTTATCTGTGATAATTATTTG-ACTTCAT--GACAT----------ATACACTC-------TA--AAATAC-ATATATC---TATggatatataacta
gi|19 : taacaaaccctttaC--T--T-AC-C--TTGTTT------C----TCA-C----A--T---GT----T-AAACTATA---TT----TT---TGTTATTATTAA-GTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAATA-TCTTGAGACCTT--T--ACAT--TTA--------T-------T---T--T-----TTC-------A--------T---ATGTGGNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNN-NN---N------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNN----NNNNNNN-N-NNA-T------------ATA----TGT-------CT----CGA----------ATCT---T----TGGAC-T----TAAATGTAACAGTAAT--GA--AT------G------ATTGT---A------GACAATTATGAA-AA--ACT-A-T---TTAA-TACTTTGATTTAATAatct
gi|2 : atatagtggctggtacaAACAAAA-TTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-----TA--TTGA--------------CAGGACAAGCAAAA--TCAATT----TTT---ATGATA--ATATTGACAATAATTTTAATACTTC--TG-CAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTCAA-GTCT-TGCTGTGATA-ATTAATTTAAATACAAATTTT-TGATATATTCATTGATGATA--A-GAACATACA-TGAATGTTAGGAA-ATTTA-AA---AT-CTT------AAT--TAAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAATGATC--T--C-TT-G--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--AGCGGTGACAT-AATGTA------T----TACCCTG-TGT-AATAca
gi|2 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactgg----CCTGTGT-A-ATA-T------------ATA----TGC-------CT----CAA----------ATTT---A----TGAAC-C--T-TAT-TGTATTAGTAAT--AT--AC------T------TTCAT---T------GATAATTATGAA-T---G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA---TTT--T--TGTGACATTTAATTGTGGTAAATGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------GC--GCATAA-ACCTATC---TATGTAAAATtatatgcctcaaatttatgaaccttattgtattagtaatatactttcattgataattatgaatgtatgtaatactgtgatttaatatttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|20 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctcttgttgttttaattataagcggtgacataatgtattacA-TTTTGAGACCTT--G--ACAT--TTG--------TGGTTAA-T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN-NN---N------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNN----NNNNNNN-N-NNN-NNNNNNNNNCTGAATA----TAT-------AT----TAA----------ATTT---A----TGTA----GT-TAACTCTACCAGTAAT--AT--A-------T------CTAGT---TACTGTAGATAATTATGAA-AA------A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTATTTTTT--T--TGTAA-ATTTATATGCGATATTTGTTTGTA-TTCAT--GACAC----------ATATATTC--------C--AAATAA-ACCTActacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|21 : -------CC----CAA----------AGCT---A----TGTTC-TGA----AATTTAACAGTAAT--AT--A---------------TAGT---T------GATAATTATGAA-AA--A-A-AAT---GTAA-CACTGTGATTTG-TA-----A---TTT--T--TGTGATATATATCTGTGATATTTA-TTGTA-TTCAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-ATCTATC---T
gi|22 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TCA--TTGAACATTTAAATTGTATAGAATATACACAT--TATATT----TTTTT-AA--CA--ATGATGTCAAT-ATCTTAAT--TTCAGTG-CA--GTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGATATGTA-------ATT-----------------------AATATCAATACA---ATTGTGATACATTCTATCATAATA--AGGAACGTGCG-TGAATGATAGGAA-ATTTA--------------------------ACT--GTA-----AC-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TGGTTT------T---ACCA-T----A--G---GTGACTA-AAT-TATGGC--G----TTCTCTGTTGT-
gi|23 : atGTAAT--ACA-----AC-------TA----GACA-------GAGTTGGT--T--T-TC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--A---GTAACAT-AAAGTATAAC-TT----GTCGCTGTTGT-ATTTA-GTCCATATAGC-----TACCACAAACAATA-TTTTGGGACCTTTAT--A--T--TTA--------TA------T---T--T-----A-C-------T--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA-TA---
gi|24 : catatttcgtaatgtatatatgaatgtcgatataagtacaATATC--GATATATTCTGTCATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTT-AA----T-CTT------AAA-----------CA-----A--------------GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATT--T----A--A---AT----------TATTGC-TT------CCCTGTTGT-ATTAA-GTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TG------T---T--T-----T-C-------A--------aggttttctt
gi|25 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggGTATGCCATTATTCAA-GTCT-TTCTGTGATT-ATTAAT--------------------ACATTCTATAA-AATA-----------CA-TGAATGATAGGAT-ATGTA-AG----T-CTT------AAA--TGCACT--ACA-----AC-------TG----GTCA-------GAGTTGTA--T--T-TC-T--TTGTTA------TA---TGA-A----A--A---GTGACAT-AAAGTATAGC-AT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-ATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATA-TGTTGAGA
gi|26 : ----------ATCT---A----TGTAC-T----TAAATGTAACAGCAAT--AT--AT------T------ATAGG---T------GATAATTATGAATAA--C-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---ATT--T--TGTAATATATAGCCGTGATATTTA-TTGT-TTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATTGATC---TATC---AATCGTTTCTAACCAT-AAAAAC
gi|27 : ACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TTT-ATCTTTATCTGTGATGATTGTTTGTATTCCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATGA-ATCTATC---TAATTAACA------------AT-AAGGA-AATAAAATCATGACCAGCcaggagtatattatatt
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTTTGCA---TTT--T--AGC-ATATTCATTTGTGATATTTATCTATATTTCATTATATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATatgagatttaac
gi|29 : catactaatatatcaatgatttggtggtttacagttaatggttgttgtacgtgaataaatagtccgcttatatgttttAAACATGCTTT-AAAAACG-AAGTGAAATTG-A--TCA--TTGAAAGTATGAAATGTT-----------TAC--TTTCGT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTTAA-TATTTCAACATTTC--TT-CAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----T
gi|3 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaaaaaTTTA-AA---AT-TTT------AGA--TGAACT--ACA-----GA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-TTTTAA--A---GTAACAG-AATGTATAAC-TA----TTTCCTGTTAT-ATCAG-ATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAATA-GTTTTAGACATT--G--A--TATTTT--------C-------T---T--T-----T-C-------A--------A---A-----------AGG-AC---CTCATTGGAAA-TATAAC------TAAA----AA-----------AATT-------TTTT----CCTGTGT-A-ATG-C------------ATA----TGC-------TT----CAA----------ATAT---AATTATGTACCTAAT-T----GTAACAGTTATGTAT--AC------T------ATAAT---T------GATATTTATGAA-AA--A-T-A-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTAT--TTT--T--TGTGATA-TTACCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------ACTATAATAATGTCTATC---TATTTTTAATAGT--------GT-AAAAAAGATATAA-AAC-ACCAc
gi|30 : A----------ATTT---A----TG-----AATGTAAATGTTACAGCAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------ATAATTATGAACAA--G-T-A-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT-----------TT--T--TGTGATATTTATCTGTGATATTTG-TTGTA-TTCAT--GAgaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|32 : ATATGTAACTCATCATTCAA-GTCT-TTCTG--------TAATTGCAGTACAA--GTT-TGCTTTATTCTGTG---ATA--A-GAACATACA-
gi|33 : GAATGACAGGAA-ATTT---A---ACTCTC------ACATGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----GTAA-------GAGTTATC--T--T-TCTT--TTGTTT------T
gi|34 : ATGATAGAAA-ATT----A---ACTCTT------AAA--AGTACT--A-A-----AACAGTTACTA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--
gi|35 : TACAGACTATA-ATTTGAGGCCTT--G--ACAT--TTA--------TT------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------taa
gi|4 : AAACT-GCTTTTAAAAAAT-AAGTA----T-----TCA--TTGAGAGGATGAAATGCACAGAACAAGCATAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATATTCTTAATTATTTTAATATTTT--TG-CAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAGATATAAATATT-TTATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACGCA-TGGATGTTAAGAA-TTTTA-AA---AT-CTT------CTG--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------CAGTTGTT--TACT-TG-T--TTG-TT------CA--ATTA-T----T--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TT----TCTCCTGTTAT-GTCTG-GTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAATT-ATTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TATATTTCT---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTTGAAATAA---G------TTGT---TAA----------------------ACAT----CCTATGT-A------------------------------------T----CAA----------TTAT---A----TGTACATAAT-TA----------------------------T------ATAAT---T------GATAATTGTAGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT---TTT--T--TGTGATATTTATCAGTGATACTTGTTTGTATTTCAT--TATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATtgt
gi|5 : aT--TA--ATTTT-TCA--TGTTTAAATTTTTC--TTTCCACGAGTTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AATA--TTAATTT---CATAACAATT-TG-----CTCTGGAATAATAGGA-GAACACATA-TGAATAATAAGAA-AATTA-A-----CTCTT------AAA--TGTACT--A-A-----AA-------CA----GTCATTATTCAGAGTTGTC--G--T-TC-T--TTGTTT----------ATTA-T----ACAA---G-AGCAT-A-----TAGC-TT----TTCCATGTT-----TAA-TTTC---------------TAAAGTCAATAGTTTT---AC-------------------------T-------T---T--T-----T-C-------A--------C---G-----------AGG-AC---TCCATAGGAAA-AA---C------GTTA---TAG-----------AGGTGAATGGAATAT----CCTGTGT-A-ACA-T------------ATA----CGT-------CT----AAA----------ATCT---A----TGTA---AAT--AAATGTAACAGT------T--AC------G------GTAGTACAT------TATAGGTATGAT-A---G-A-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT----------TTC--T--TTTGAAACACATGTTTGATATATGTTT-TATTT-AT--AACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATCTATC---TA
gi|6 : ATCATCCAA-GTCT-TTCTGTGA-----------AACTATAAATATT-TAATGTAATCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGTTAGGAA-AT--A-AAGGAAT-CTT------AAC--CGAACT--ACA-----AT-------AA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T--C-TAGTTGCTT-------A--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATACC-TC----TTCCCTGTTAT-ATCAG-GTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAATA-GTTTGAGATCTT--G--A--T--ATA--------T-------T---T--TTATTAT-C-------A--------TNNNN-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN-NN---N------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNN----NNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------CT----CAA----------ATAT---A----TATAC----T-TAATCGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------TAAAAATATGAA-AA--A-T-G-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA---TAT--C--TGTGATATTTATTTGTGATAATTGTTTGT---------------------------TATTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAATATCTAGTATTGC--------AT-TAAcacattaaacctttcattgg
gi|7 : atagcaATTCAA-----TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTCAC-ATCT-TTCCATCATA-ATAATTTTAAATATAAGTAGT-TGATATATTCTGTAATAATA--A-GAACACACA-TCAATGCTAAGAA-ATTTAGAA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TG----TTTA-------T-GTTG---------------TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAATTT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT-ATTAG-GTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTATATCGTTTT-------T---T--T-----T-CCCCTNNNN--------N---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN-NN---N------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNN----NNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------CT----CAA------------AT---A----TGTACATAAT-----TGTAACAATAAT--AT--AC------T------ATAAG---T------GATAACTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA---CTT--A--TAT-ATATTcatgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|8 : aacaatgaacgaTGATAAAAC-ATT---AA---CC-CTTCTTCTCAAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA----TATT----A--A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAG-GAATA-TCTTGAGAACAT--GACA--T--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN-NN---N------NNNN---NNN-----------NNNN-------NNNN----NNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------NN----NNNNNNNNNNNCTATATCAAA----TATATGTACT-TAAATAAAACAGTAAT--AT--ATTTTACAT------GTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--ATT-A-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTTTCT--TGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT----AACAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTgttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|9 : att-CTC------AAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TAT-ATTA---------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AATA-TCTTGAGAACAT--G--ACAT--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCGTTGGAAA-TA---C------TTGT---AAGTTGTAATATTCAAAT-------GGTTAC--CCTGTGTTATATA-T------------ATA----TAT-------CTATATCAA----------ATAT---A----TGTAC-T----TAAATAAAACAGTAAT--AT--AT------TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--A-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTT--TCTTGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT-AA---CAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG
Alignments
lowQualScore : 22222 11 1 11 22222222222 22222222 11111111111 11 444444444444444444444444444444 111111111111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777 111111111111 1111 3333333 11111111111111 1111 1111111111 1111111 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 3 6 3 66666 77 4 33 2 2 1 66 1 9999 00 55 55 3 55 4 1 0 3 666 7777 2 2 2 2 5 1 00 2 3 44 3 2 0 2 44444444444 666666 66 2 22 55555 11111111 4444 6666666 44 22 1 1 66 11111111111 2 77777777777 5555 11 2 4444 2 2 2 777777 0 2 0 888888888888888888888888888888 333 22 77777 2 6666666 111111111111111111111111 2 333 1 44444444444444444444444444444444444444444444444 2 2 2 444444444444 0000 7777777 4444 8888888888 1 333 4444 2 5555555 3 22 22 66666666666666 2 333 6666666 4 0000 2 2 333 2 777 22 22 4 2 3 6 33 0000000000 5555555 333 4 555 999999999999999999 77 3 5 8 88 6 88 7 6
lowQualScore : ... . . . ..... .. . .. . . . .. . .... .. .. .. . .. . . . . ... .... . . . . . . .. . . .. . . . . ........... ...... .. . .. ..... ........ .... ....... .. .. . . .. ........... . ........... .... .. . .... . . . ...... . . . .............................. ... .. ..... . ....... ........................ . ... . ............................................... . . . ............ .... ....... .... .......... . ... .... . ....... . .. .. .............. . ... ....... . .... . . ... . ... .. .. . . . . .. .......... ....... ... . ... .................. .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 222 2 7 2 99999 99 0 33 4 6 0 11 1 4444 66 55 55 2 55 0 1 5 6 999 7777 0 7 7 7 8 7 22 9 4 22 1 9 6 5 99999999999 444444 11 5 99 33333 00000000 5555 5555555 33 55 8 8 11 33333333333 0 00000000000 1111 11 0 0000 0 4 6 999999 9 0 1 444444444444444444444444444444 555 88 88888 0 5555555 777777777777777777777777 2 999 0 88888888888888888888888888888888888888888888888 4 4 4 444444444444 0000 2222222 7777 8888888888 4 555 2222 3 5555555 3 88 88 11111111111111 0 777 9999999 2 4444 1 1 777 1 555 88 88 4 1 9 8 11 3333333333 3333333 999 7 000 222222222222222222 44 6 2 0 88 7 33 3 7
consensus : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAATA---C------TNNA---TAGAGNT-------NTAT------------CCTGTGT-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( family-393 ) : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAANA---C------TNNA---TAGAGNT-------ATNT------------CCTGTGT-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|1 : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAG-AAGTAAAAATGCACCTCA--TTAAGAGGATGAAATGTACAGAACAGGCAGGG--TTTATG----TTTA--AT--TA--ATATTGTCAATTATTTTACTACTTC--TG-CAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAAAATAAATATT-TGATATATTCTGTGAAAATA--A-GTACACAAA-TGAATGTCAGGAA-AGTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-T----T--A---GTAATCT-AATGTATATT-TC----TTCCCCGTTAT-ATTAG-GTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAATT-GTTTGAGACTTT--A--A--T--TTG--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNN---N------NNNN---NNNNNNN-------NNNN------------NNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------NN----NNN----------NNNN---N----NGCACTTAAT-TAATTATAATAACAAA--AT--AC------T------ATAAT---T------CATAAATATGGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA---TTT--T--TATGATATTAATCTGTGATGATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATTTTTC---TATCTAAAATAGC--------ATGAAAAATAATGAAA-CAT--CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCT
gi|10 : GAACATGCAAATAATATATTAATATTTT--AT--TA--ATGTTGCCAAT-ATTTTAATACTTT--TG-TATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTTAA-GTAT-TTCTGTGATA-ATTAAGTTCAATAT--ACATT-CTATATAATCTTTGATAATa
gi|10 : --T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT--C----A--A---GTAACTT-AAATTATAGC-GT----TTTCATGTTGT-ATTAA-ATC------GC-----TACTACATCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--CA-TTG--------TTA-----T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AA---CCCTTCGGTAATA---A------TTTA---T-GAAAT--------TAT------------CCAGTTT-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAG----------ATAC-----------------T-T-AATGTAACACTAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------AT-ATTATGAA-AAATA-T-A-T---GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT----T---------TAATA---AGC-GTTATA--TGTTTATA-TTCAT--GACAT----------ACATATTC-------AC--GAGTAA-GTCTATC---ttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataaCTTTTAAAAAAG-AAGAGAAATTG-----CA--TTAAAAGTGTGAAATGTGCAGAACGAGCAGAT--TGTATT----TTTTTTAT--AA--ATGTTGTCAAT-ATTTTAACACTTC--TG-CAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGATATGCATGTCATCATTCAA-GTAT-TTCTATCATA-
gi|11 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattACATATAATGAATGAAAGGAA-AATTA-A-----CTCTG------AAACGTGTATT--ACA-----AAAAAAAC-TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT---------------TACCTT-AAATTATAAC-GT----TTCGTAGTTGT-Agcacatataatgaatgaaaggaaaattaactctgaaacgtgtattacaaaaaaaactagtcagagttgtctttctttgttttattttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattcttttaaaaaagaagagaaattgcattaaaagtgtgaaatgtgcagaacgagcagattgtattttttttataaatgttgtcaatattttaacacttctgcaaattattccagattagttcagtgatatgcatgtcatcattcaagtatttctatcatagcCTTTGAAAGAAGGAAATAAA-TCA-A--TAAAGCTGAGAGGATGATATGTGCAGAACATGTAGAT--TTTTTT----TTCT--AT--TATAATATTGTAAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTTAA-GTCG-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATTAATATT-TTATGTACTCTGTGAAAATA--A-GGAAACATA-TGAATGTTAGGAA-AGTTT-AA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----GA-------CA----GTCA-------TAGTTGTCCTC--T-TG-T--TTGTTTTTTTTGTA--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT--TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAATT-TTTTGAAACCTT--T--A------TA--------T-------TTAAT--T-----T-C-------A--------T---A-----------ATG-AC---TTCATTGCAAAGA---
gi|13 : gtaaGTCATCATCCAA-ATCT-TCCTGTGGTC-ATTAATTTCATTATAA--ATT-TGATATATTCTGTGA-A-------------ACA-TGAATAACAGGAA-ATTT---A---ACTCTT------AAG--TGTTCTTCACC-----AG-------TAATTTGTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TCGTTT----------ATTA-T------------TA----------------TT----TTCCCTGTTGC-ATAAT-GTCCACATAG--------CTACAGCTAATG-TTGTGAGGCCTT--GACA--T--TTG--------T-------T---TTGT-----T-T-------A--------T---G-----------AGGTAC---CCAACTAGAAAT---------------------AGGT----------T------------CGTG-GT-A-ATA-T------------GCA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC----T-TAATTTTAACATTAAT--AA--AA------T------ATagtct
gi|14 : gTGTAAGACATCATTTAA-GTCT-TTCTTTGATATATTtattcactcaaagactttgaaaatgca
gi|14 : A-------AAATTGTTA-T--TATC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--T---ATAACTT-AAATTATAGC-TTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAA-GTCCATAACGC-----AACAACAGCCAATA--TTTGAGGC---------------------------------T---T--T-----T-C-------A--------C---A-----------AGG-ACGGACCCACAGGAAATA----------TGT------GGGTT-------ATCCTGTA--------CTTGTGT-A-AAAGT------------GTA----CGT-------CC----CAA----------ATAT---A----TG----TAAT-TAAATACAACAGTCAT--AT--AT------C------ATAGT---G------AATAAATATAAA-AA--A-T-A-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA---CTT--T--tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|15 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggAAGCTTAT--TTTATA----TTTT--AT--TA--ACGTTATCAAT-ATTTGAATACCTC--TG-CAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTCAA-ATCT-TTCAGTGATA-ATTAATTTCATTACAA--ACT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-AATTATACA-CGAATGATAGGAACATT----A---ACTCTT------AAA--TGTACT--ACA-----GAAGTAAT-TG----ATCA-------TAGCTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TACTATTA-T----T--A---TTAA-----------AGCTTT----TTCCCTGTT
gi|16 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataaT--G--T--T--TTA--------T-------T---T--TCG---T-C-------AAGTGCTTCT---A-----------AGG-AC---CC-GTTAGAAAAA---TAAGTTGTAAAGCATAGCGGT-------TTAT------------CCTGTGT-A-ATA-T------------ATAAATACGT-------TT----CAA----------ATCT---A----TATA---------ACTGTAACAGCAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------GATGATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA---TTT--T--TGTGATA-------------ATTGTTTGGATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATAAATC---TATCTAA
gi|17 : T----TTCTTTGTTGT-ATTAA-GTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAATA-TTTTGAGACGTT--ATCA--T--TTA--------TA------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNN---N------NNNN---NNNNNNN-------NNNN------------NNNNNNN-N-NNN-N------------NNNNNNTTGT-------CT------A----------ATAC---A----T--AC-T----TAAATGTAACAGTAAT--ATAAAT------T------ATAGT---T------AATAATTGCGAA-AA----T-A-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAG--CTT--T--TGTGATA------TGT-----TTGTTT-TA-TTCAT--GAGAT----------ATA-----------------AATAAGATTTATT---TGTcgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|18 : caACGGACAATG-TTTTGAGACATT--A--A--TGTTTA--------TATATT--T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNN---N------NNNN---NNNNNNN-------NNNN------------NNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNNNNNNNNNCT----CAA----------ATAC---A----TGCAC-C----TAAATGTAACAGTGAT--GT--AC------A------ATAAT---C------GATAATTATGAA-AA--G-T-G-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATAT----A---T--------GTTATATTTATCTGTGATAATTATTTG-ACTTCAT--GACAT----------ATACACTC-------TA--AAATAC-ATATATC---TATggatatataacta
gi|19 : taacaaaccctttaC--T--T-AC-C--TTGTTT------C----TCA-C----A--T---GT----T-AAACTATA---TT----TT---TGTTATTATTAA-GTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAATA-TCTTGAGACCTT--T--ACAT--TTA--------T-------T---T--T-----TTC-------A--------T---ATGTGGNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNNNN---N------NNNN---NNNNNNN-------NNNN------------NNNNNNN-N-NNA-T------------ATA----TGT-------CT----CGA----------ATCT---T----TGGAC-T----TAAATGTAACAGTAAT--GA--AT------G------ATTGT---A------GACAATTATGAA-AA--ACT-A-T---TTAA-TACTTTGATTTAATAatct
gi|2 : atatagtggctggtacaAACAAAA-TTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-----TA--TTGA--------------CAGGACAAGCAAAA--TCAATT----TTT---ATGATA--ATATTGACAATAATTTTAATACTTC--TG-CAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTCAA-GTCT-TGCTGTGATA-ATTAATTTAAATACAAATTTT-TGATATATTCATTGATGATA--A-GAACATACA-TGAATGTTAGGAA-ATTTA-AA---AT-CTT------AAT--TAAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAATGATC--T--C-TT-G--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--AGCGGTGACAT-AATGTA------T----TACCCTG-TGT-AATAca
gi|2 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggTAC------------CCTGTGT-A-ATA-T------------ATA----TGC-------CT----CAA----------ATTT---A----TGAAC-C--T-TAT-TGTATTAGTAAT--AT--AC------T------TTCAT---T------GATAATTATGAA-T---G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA---TTT--T--TGTGACATTTAATTGTGGTAAATGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------GC--GCATAA-ACCTATC---TATGTAAAATtatatgcctcaaatttatgaaccttattgtattagtaatatactttcattgataattatgaatgtatgtaatactgtgatttaatatttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|20 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctcttgttgttttaattataagcggtgacataatgtatA-TTTTGAGACCTT--G--ACAT--TTG--------TGGTTAA-T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNN---N------NNNN---NNNNNNN-------NNNN------------NNNNNNN-N-NNN-NNNNNNNNNCTGAATA----TAT-------AT----TAA----------ATTT---A----TGTA----GT-TAACTCTACCAGTAAT--AT--A-------T------CTAGT---TACTGTAGATAATTATGAA-AA------A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTATTTTTT--T--TGTAA-ATTTATATGCGATATTTGTTTGTA-TTCAT--GACAC----------ATATATTC--------C--AAATAA-ACCTActacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|21 : -------CC----CAA----------AGCT---A----TGTTC-TGA----AATTTAACAGTAAT--AT--A---------------TAGT---T------GATAATTATGAA-AA--A-A-AAT---GTAA-CACTGTGATTTG-TA-----A---TTT--T--TGTGATATATATCTGTGATATTTA-TTGTA-TTCAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-ATCTATC---T
gi|22 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TCA--TTGAACATTTAAATTGTATAGAATATACACAT--TATATT----TTTTT-AA--CA--ATGATGTCAAT-ATCTTAAT--TTCAGTG-CA--GTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGATATGTA-------ATT-----------------------AATATCAATACA---ATTGTGATACATTCTATCATAATA--AGGAACGTGCG-TGAATGATAGGAA-ATTTA--------------------------ACT--GTA-----AC-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TGGTTT------T---ACCA-T----A--G---GTGACTA-AAT-TATGGC--G----TTCTCTGTTGT-
gi|23 : atGTAAT--ACA-----AC-------TA----GACA-------GAGTTGGT--T--T-TC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--A---GTAACAT-AAAGTATAAC-TT----GTCGCTGTTGT-ATTTA-GTCCATATAGC-----TACCACAAACAATA-TTTTGGGACCTTTAT--A--T--TTA--------TA------T---T--T-----A-C-------T--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAATA---
gi|24 : catatttcgtaatgtatatatgaatgtcgatataagtacaATATC--GATATATTCTGTCATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTT-AA----T-CTT------AAA-----------CA-----A--------------GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATT--T----A--A---AT----------TATTGC-TT------CCCTGTTGT-ATTAA-GTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TG------T---T--T-----T-C-------A--------aggttttctt
gi|25 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggGTATGCCATTATTCAA-GTCT-TTCTGTGATT-ATTAAT--------------------ACATTCTATAA-AATA-----------CA-TGAATGATAGGAT-ATGTA-AG----T-CTT------AAA--TGCACT--ACA-----AC-------TG----GTCA-------GAGTTGTA--T--T-TC-T--TTGTTA------TA---TGA-A----A--A---GTGACAT-AAAGTATAGC-AT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-ATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATA-TGTTGAGA
gi|26 : ----------ATCT---A----TGTAC-T----TAAATGTAACAGCAAT--AT--AT------T------ATAGG---T------GATAATTATGAATAA--C-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---ATT--T--TGTAATATATAGCCGTGATATTTA-TTGT-TTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATTGATC---TATC---AATCGTTTCTAACCAT-AAAAAC
gi|27 : ACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TTT-ATCTTTATCTGTGATGATTGTTTGTATTCCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATGA-ATCTATC---TAATTAACA------------AT-AAGGA-AATAAAATCATGACCAGCcaggagtatattatatt
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTTTGCA---TTT--T--AGC-ATATTCATTTGTGATATTTATCTATATTTCATTATATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATatgagatttaac
gi|29 : catactaatatatcaatgatttggtggtttacagttaatggttgttgtacgtgaataaatagtccgcttatatgttttAAACATGCTTT-AAAAACG-AAGTGAAATTG-A--TCA--TTGAAAGTATGAAATGTT-----------TAC--TTTCGT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTTAA-TATTTCAACATTTC--TT-CAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----T
gi|3 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaaaaaTTTA-AA---AT-TTT------AGA--TGAACT--ACA-----GA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-TTTTAA--A---GTAACAG-AATGTATAAC-TA----TTTCCTGTTAT-ATCAG-ATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAATA-GTTTTAGACATT--G--A--TATTTT--------C-------T---T--T-----T-C-------A--------A---A-----------AGG-AC---CTCATTGGAAATATAAC------TAAA----AAAATT-------TTTT------------CCTGTGT-A-ATG-C------------ATA----TGC-------TT----CAA----------ATAT---AATTATGTACCTAAT-T----GTAACAGTTATGTAT--AC------T------ATAAT---T------GATATTTATGAA-AA--A-T-A-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTAT--TTT--T--TGTGATA-TTACCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------ACTATAATAATGTCTATC---TATTTTTAATAGT--------GT-AAAAAAGATATAA-AAC-ACCAc
gi|30 : A----------ATTT---A----TG-----AATGTAAATGTTACAGCAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------ATAATTATGAACAA--G-T-A-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT-----------TT--T--TGTGATATTTATCTGTGATATTTG-TTGTA-TTCAT--GAgaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|32 : ATATGTAACTCATCATTCAA-GTCT-TTCTG--------TAATTGCAGTACAA--GTT-TGCTTTATTCTGTG---ATA--A-GAACATACA-
gi|33 : GAATGACAGGAA-ATTT---A---ACTCTC------ACATGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----GTAA-------GAGTTATC--T--T-TCTT--TTGTTT------T
gi|34 : ATGATAGAAA-ATT----A---ACTCTT------AAA--AGTACT--A-A-----AACAGTTACTA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--
gi|35 : TACAGACTATA-ATTTGAGGCCTT--G--ACAT--TTA--------TT------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------taa
gi|4 : AAACT-GCTTTTAAAAAAT-AAGTA----T-----TCA--TTGAGAGGATGAAATGCACAGAACAAGCATAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATATTCTTAATTATTTTAATATTTT--TG-CAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAGATATAAATATT-TTATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACGCA-TGGATGTTAAGAA-TTTTA-AA---AT-CTT------CTG--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------CAGTTGTT--TACT-TG-T--TTG-TT------CA--ATTA-T----T--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TT----TCTCCTGTTAT-GTCTG-GTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAATT-ATTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TATATTTCT---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTTGAAATA--------------------AGT--------------------------TGTTA-A-ACA-TC-----------CTA----TGT-------AT----CAA----------TTAT---A----TGTACATAAT-TA----------------------------T------ATAAT---T------GATAATTGTAGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT---TTT--T--TGTGATATTTATCAGTGATACTTGTTTGTATTTCAT--TATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATtgt
gi|5 : aT--TA--ATTTT-TCA--TGTTTAAATTTTTC--TTTCCACGAGTTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AATA--TTAATTT---CATAACAATT-TG-----CTCTGGAATAATAGGA-GAACACATA-TGAATAATAAGAA-AATTA-A-----CTCTT------AAA--TGTACT--A-A-----AA-------CA----GTCATTATTCAGAGTTGTC--G--T-TC-T--TTGTTT----------ATTA-T----ACAA---G-AGCAT-A-----TAGC-TT----TTCCATGTT-----TAA-TTTC---------------TAAAGTCAATAGTTTT---AC-------------------------T-------T---T--T-----T-C-------A--------C---G-----------AGG-AC---TCCATAGGAAAAA---C------GTTA---TAGAGGTGAATGGAATAT------------CCTGTGT-A-ACA-T------------ATA----CGT-------CT----AAA----------ATCT---A----TGTA---AAT--AAATGTAACAGT------T--AC------G------GTAGTACAT------TATAGGTATGAT-A---G-A-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT----------TTC--T--TTTGAAACACATGTTTGATATATGTTT-TATTT-AT--AACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATCTATC---TA
gi|6 : ATCATCCAA-GTCT-TTCTGTGA-----------AACTATAAATATT-TAATGTAATCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGTTAGGAA-AT--A-AAGGAAT-CTT------AAC--CGAACT--ACA-----AT-------AA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T--C-TAGTTGCTT-------A--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATACC-TC----TTCCCTGTTAT-ATCAG-GTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAATA-GTTTGAGATCTT--G--A--T--ATA--------T-------T---T--TTATTAT-C-------A--------TNNNN-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNN---N------NNNN---NNNNNNN-------NNNN------------NNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------CT----CAA----------ATAT---A----TATAC----T-TAATCGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------TAAAAATATGAA-AA--A-T-G-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA---TAT--C--TGTGATATTTATTTGTGATAATTGTTTGT---------------------------TATTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAATATCTAGTATTGC--------AT-TAAcacattaaacctttcattgg
gi|7 : atagcaATTCAA-----TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTCAC-ATCT-TTCCATCATA-ATAATTTTAAATATAAGTAGT-TGATATATTCTGTAATAATA--A-GAACACACA-TCAATGCTAAGAA-ATTTAGAA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TG----TTTA-------T-GTTG---------------TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAATTT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT-ATTAG-GTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTATATCGTTTT-------T---T--T-----T-CCCCTNNNN--------N---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNN---N------NNNN---NNNNNNN-------NNNN------------NNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------CT----CAA------------AT---A----TGTACATAAT-----TGTAACAATAAT--AT--AC------T------ATAAG---T------GATAACTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA---CTT--A--TAT-ATATTcatgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|8 : aacaatgaacgaTGATAAAAC-ATT---AA---CC-CTTCTTCTCAAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA----TATT----A--A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAG-GAATA-TCTTGAGAACAT--GACA--T--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNNNN---N------NNNN---NNNNNNN-------NNNN------------NNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------NN----NNNNNNNNNNNCTATATCAAA----TATATGTACT-TAAATAAAACAGTAAT--AT--ATTTTACAT------GTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--ATT-A-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTTTCT--TGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT----AACAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTgttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|9 : att-CTC------AAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TAT-ATTA---------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AATA-TCTTGAGAACAT--G--ACAT--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCGTTGGAAATA---C------TTG----TA-AGTTGTA----ATATTCAAATGGTTACCCTGTGTTATATA-T------------ATA----TAT-------CTATATCAA----------ATAT---A----TGTAC-T----TAAATAAAACAGTAAT--AT--AT------TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--A-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTT--TCTTGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT-AA---CAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG
Alignments
lowQualScore : 22222 11 1 11 22222222222 22222222 11111111111 11 444444444444444444444444444444 111111111111111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111 3333333 11111111111111 1111 1111111111 1111111 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 3 6 3 66666 77 4 33 2 2 1 66 1 9999 00 55 55 3 55 4 1 0 3 666 7777 2 2 2 2 5 1 00 2 3 44 3 2 0 2 44444444444 666666 66 2 22 55555 11111111 4444 6666666 44 22 1 1 66 11111111111 2 77777777777 5555 11 2 4444 2 2 2 777777 0 2 0 888888888888888888888888888888 333 22 77777 2 6666666 111111111111111111111111 2 333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 2 2 2222222222222222222 7777777 4444 8888888888 1 333 4444 2 5555555 3 22 22 66666666666666 2 333 6666666 4 0000 2 2 333 2 777 22 22 4 2 3 6 33 0000000000 5555555 333 4 555 999999999999999999 77 3 5 8 88 6 88 7 6
lowQualScore : ... . . . ..... .. . .. . . . .. . .... .. .. .. . .. . . . . ... .... . . . . . . .. . . .. . . . . ........... ...... .. . .. ..... ........ .... ....... .. .. . . .. ........... . ........... .... .. . .... . . . ...... . . . .............................. ... .. ..... . ....... ........................ . ... .......................................................... . . . ................... ....... .... .......... . ... .... . ....... . .. .. .............. . ... ....... . .... . . ... . ... .. .. . . . . .. .......... ....... ... . ... .................. .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 222 2 7 2 99999 99 0 33 4 6 0 11 1 4444 66 55 55 2 55 0 1 5 6 999 7777 0 7 7 7 8 7 22 9 4 22 1 9 6 5 99999999999 444444 11 5 99 33333 00000000 5555 5555555 33 55 8 8 11 33333333333 0 00000000000 1111 11 0 0000 0 4 6 999999 9 0 1 444444444444444444444444444444 555 88 88888 0 5555555 777777777777777777777777 2 999 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4 4 4 5555555555555555555 2222222 7777 8888888888 4 555 2222 3 5555555 3 88 88 11111111111111 0 777 9999999 2 4444 1 1 777 1 555 88 88 4 1 9 8 11 3333333333 3333333 999 7 000 222222222222222222 44 6 2 0 88 7 33 3 7
consensus : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA---N-TNNATAGAGNTG-------T-----A---------------TCCTGTGT-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( family-393 ) : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--T--TTA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA---C-TNNATAGAGNTN-------T-----A---------------TCCTGTGT-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|1 : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAG-AAGTAAAAATGCACCTCA--TTAAGAGGATGAAATGTACAGAACAGGCAGGG--TTTATG----TTTA--AT--TA--ATATTGTCAATTATTTTACTACTTC--TG-CAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAAAATAAATATT-TGATATATTCTGTGAAAATA--A-GTACACAAA-TGAATGTCAGGAA-AGTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-T----T--A---GTAATCT-AATGTATATT-TC----TTCCCCGTTAT-ATTAG-GTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAATT-GTTTGAGACTTT--A--A--T--TTG--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN---N-NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------NN----NNN----------NNNN---N----NGCACTTAAT-TAATTATAATAACAAA--AT--AC------T------ATAAT---T------CATAAATATGGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA---TTT--T--TATGATATTAATCTGTGATGATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATTTTTC---TATCTAAAATAGC--------ATGAAAAATAATGAAA-CAT--CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCT
gi|10 : GAACATGCAAATAATATATTAATATTTT--AT--TA--ATGTTGCCAAT-ATTTTAATACTTT--TG-TATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTTAA-GTAT-TTCTGTGATA-ATTAAGTTCAATAT--ACATT-CTATATAATCTTTGATAATa
gi|10 : --T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT--C----A--A---GTAACTT-AAATTATAGC-GT----TTTCATGTTGT-ATTAA-ATC------GC-----TACTACATCCAATA-TTTTGAGACCTT--G--A--CA-TTG--------TTA-----T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AA---CCCTTCGGTAA---------TA---A-TTTAT-GAAAT--------T-----A---------------TCCAGTTT-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAG----------ATAC-----------------T-T-AATGTAACACTAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------AT-ATTATGAA-AAATA-T-A-T---GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT----T---------TAATA---AGC-GTTATA--TGTTTATA-TTCAT--GACAT----------ACATATTC-------AC--GAGTAA-GTCTATC---ttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataaCTTTTAAAAAAG-AAGAGAAATTG-----CA--TTAAAAGTGTGAAATGTGCAGAACGAGCAGAT--TGTATT----TTTTTTAT--AA--ATGTTGTCAAT-ATTTTAACACTTC--TG-CAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGATATGCATGTCATCATTCAA-GTAT-TTCTATCATA-
gi|11 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattACATATAATGAATGAAAGGAA-AATTA-A-----CTCTG------AAACGTGTATT--ACA-----AAAAAAAC-TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT---------------TACCTT-AAATTATAAC-GT----TTCGTAGTTGT-Agcacatataatgaatgaaaggaaaattaactctgaaacgtgtattacaaaaaaaactagtcagagttgtctttctttgttttattttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattcttttaaaaaagaagagaaattgcattaaaagtgtgaaatgtgcagaacgagcagattgtattttttttataaatgttgtcaatattttaacacttctgcaaattattccagattagttcagtgatatgcatgtcatcattcaagtatttctatcatagcCTTTGAAAGAAGGAAATAAA-TCA-A--TAAAGCTGAGAGGATGATATGTGCAGAACATGTAGAT--TTTTTT----TTCT--AT--TATAATATTGTAAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTTAA-GTCG-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATTAATATT-TTATGTACTCTGTGAAAATA--A-GGAAACATA-TGAATGTTAGGAA-AGTTT-AA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----GA-------CA----GTCA-------TAGTTGTCCTC--T-TG-T--TTGTTTTTTTTGTA--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT--TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAATT-TTTTGAAACCTT--T--A------TA--------T-------TTAAT--T-----T-C-------A--------T---A-----------ATG-AC---TTCATTGCAAA---------
gi|13 : gtaaGTCATCATCCAA-ATCT-TCCTGTGGTC-ATTAATTTCATTATAA--ATT-TGATATATTCTGTGA-A-------------ACA-TGAATAACAGGAA-ATTT---A---ACTCTT------AAG--TGTTCTTCACC-----AG-------TAATTTGTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TCGTTT----------ATTA-T------------TA----------------TT----TTCCCTGTTGC-ATAAT-GTCCACATAG--------CTACAGCTAATG-TTGTGAGGCCTT--GACA--T--TTG--------T-------T---TTGT-----T-T-------A--------T---G-----------AGGTAC---CCAACTAGAAA---------T-------------AGGT------------------------------TCGTG-GT-A-ATA-T------------GCA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC----T-TAATTTTAACATTAAT--AA--AA------T------ATgaagtct
gi|14 : gTGTAAGACATCATTTAA-GTCT-TTCTTTGATATATTtattcactcaaagactttgaaaatgca
gi|14 : A-------AAATTGTTA-T--TATC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--T---ATAACTT-AAATTATAGC-TTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAA-GTCCATAACGC-----AACAACAGCCAATA--TTTGAGGC---------------------------------T---T--T-----T-C-------A--------C---A-----------AGG-ACGGACCCACAGGAAA---------TA---TGTGGGTTATCCTG-------T-----A----------------CTTGTGT-A-AAAGT------------GTA----CGT-------CC----CAA----------ATAT---A----TG----TAAT-TAAATACAACAGTCAT--AT--AT------C------ATAGT---G------AATAAATATAAA-AA--A-T-A-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA---CTT--T--tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|15 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggAAGCTTAT--TTTATA----TTTT--AT--TA--ACGTTATCAAT-ATTTGAATACCTC--TG-CAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTCAA-ATCT-TTCAGTGATA-ATTAATTTCATTACAA--ACT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-AATTATACA-CGAATGATAGGAACATT----A---ACTCTT------AAA--TGTACT--ACA-----GAAGTAAT-TG----ATCA-------TAGCTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TACTATTA-T----T--A---TTAA-----------AGCTTT----TTCCCTGTT
gi|16 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataaT--G--T--T--TTA--------T-------T---T--TCG---T-C-------AAGTGCTTCT---A-----------AGG-AC---CC-GTTAGAAAAATAAGTTGTA---A-AGCATAGCGGTT-------T-----A---------------TCCTGTGT-A-ATA-T------------ATAAATACGT-------TT----CAA----------ATCT---A----TATA---------ACTGTAACAGCAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------GATGATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA---TTT--T--TGTGATA-------------ATTGTTTGGATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATAAATC---TATCTAA
gi|17 : T----TTCTTTGTTGT-ATTAA-GTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAATA-TTTTGAGACGTT--ATCA--T--TTA--------TA------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN---N-NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNNNNNTTGT-------CT------A----------ATAC---A----T--AC-T----TAAATGTAACAGTAAT--ATAAAT------T------ATAGT---T------AATAATTGCGAA-AA----T-A-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAG--CTT--T--TGTGATA------TGT-----TTGTTT-TA-TTCAT--GAGAT----------ATA-----------------AATAAGATTTATT---TGTcgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|18 : caACGGACAATG-TTTTGAGACATT--A--A--TGTTTA--------TATATT--T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN---N-NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNNNNNNNNNCT----CAA----------ATAC---A----TGCAC-C----TAAATGTAACAGTGAT--GT--AC------A------ATAAT---C------GATAATTATGAA-AA--G-T-G-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATAT----A---T--------GTTATATTTATCTGTGATAATTATTTG-ACTTCAT--GACAT----------ATACACTC-------TA--AAATAC-ATATATC---TATggatatataacta
gi|19 : taacaaaccctttaC--T--T-AC-C--TTGTTT------C----TCA-C----A--T---GT----T-AAACTATA---TT----TT---TGTTATTATTAA-GTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAATA-TCTTGAGACCTT--T--ACAT--TTA--------T-------T---T--T-----TTC-------A--------T---ATGTGGNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN---N-NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNA-T------------ATA----TGT-------CT----CGA----------ATCT---T----TGGAC-T----TAAATGTAACAGTAAT--GA--AT------G------ATTGT---A------GACAATTATGAA-AA--ACT-A-T---TTAA-TACTTTGATTTAATAatct
gi|2 : atatagtggctggtacaAACAAAA-TTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-----TA--TTGA--------------CAGGACAAGCAAAA--TCAATT----TTT---ATGATA--ATATTGACAATAATTTTAATACTTC--TG-CAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTCAA-GTCT-TGCTGTGATA-ATTAATTTAAATACAAATTTT-TGATATATTCATTGATGATA--A-GAACATACA-TGAATGTTAGGAA-ATTTA-AA---AT-CTT------AAT--TAAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAATGATC--T--C-TT-G--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--AGCGGTGACAT-AATGTA------T----TACCCTG-TGT-AATAca
gi|2 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactgg-------T-----A---------------CCCTGTGT-A-ATA-T------------ATA----TGC-------CT----CAA----------ATTT---A----TGAAC-C--T-TAT-TGTATTAGTAAT--AT--AC------T------TTCAT---T------GATAATTATGAA-T---G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA---TTT--T--TGTGACATTTAATTGTGGTAAATGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------GC--GCATAA-ACCTATC---TATGTAAAATtatatgcctcaaatttatgaaccttattgtattagtaatatactttcattgataattatgaatgtatgtaatactgtgatttaatatttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|20 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctcttgttgttttaattataagcggtgacataatgtatA-TTTTGAGACCTT--G--ACAT--TTG--------TGGTTAA-T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN---N-NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-NNNNNNNNNCTGAATA----TAT-------AT----TAA----------ATTT---A----TGTA----GT-TAACTCTACCAGTAAT--AT--A-------T------CTAGT---TACTGTAGATAATTATGAA-AA------A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTATTTTTT--T--TGTAA-ATTTATATGCGATATTTGTTTGTA-TTCAT--GACAC----------ATATATTC--------C--AAATAA-ACCTActacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|21 : -------CC----CAA----------AGCT---A----TGTTC-TGA----AATTTAACAGTAAT--AT--A---------------TAGT---T------GATAATTATGAA-AA--A-A-AAT---GTAA-CACTGTGATTTG-TA-----A---TTT--T--TGTGATATATATCTGTGATATTTA-TTGTA-TTCAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-ATCTATC---T
gi|22 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TCA--TTGAACATTTAAATTGTATAGAATATACACAT--TATATT----TTTTT-AA--CA--ATGATGTCAAT-ATCTTAAT--TTCAGTG-CA--GTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGATATGTA-------ATT-----------------------AATATCAATACA---ATTGTGATACATTCTATCATAATA--AGGAACGTGCG-TGAATGATAGGAA-ATTTA--------------------------ACT--GTA-----AC-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TGGTTT------T---ACCA-T----A--G---GTGACTA-AAT-TATGGC--G----TTCTCTGTTGT-
gi|23 : atGTAAT--ACA-----AC-------TA----GACA-------GAGTTGGT--T--T-TC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--A---GTAACAT-AAAGTATAAC-TT----GTCGCTGTTGT-ATTTA-GTCCATATAGC-----TACCACAAACAATA-TTTTGGGACCTTTAT--A--T--TTA--------TA------T---T--T-----A-C-------T--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA---
gi|24 : catatttcgtaatgtatatatgaatgtcgatataagtacaATATC--GATATATTCTGTCATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTT-AA----T-CTT------AAA-----------CA-----A--------------GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATT--T----A--A---AT----------TATTGC-TT------CCCTGTTGT-ATTAA-GTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TG------T---T--T-----T-C-------A--------aggttttctt
gi|25 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggGTATGCCATTATTCAA-GTCT-TTCTGTGATT-ATTAAT--------------------ACATTCTATAA-AATA-----------CA-TGAATGATAGGAT-ATGTA-AG----T-CTT------AAA--TGCACT--ACA-----AC-------TG----GTCA-------GAGTTGTA--T--T-TC-T--TTGTTA------TA---TGA-A----A--A---GTGACAT-AAAGTATAGC-AT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-ATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATA-TGTTGAGA
gi|26 : ----------ATCT---A----TGTAC-T----TAAATGTAACAGCAAT--AT--AT------T------ATAGG---T------GATAATTATGAATAA--C-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---ATT--T--TGTAATATATAGCCGTGATATTTA-TTGT-TTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATTGATC---TATC---AATCGTTTCTAACCAT-AAAAAC
gi|27 : ACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TTT-ATCTTTATCTGTGATGATTGTTTGTATTCCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATGA-ATCTATC---TAATTAACA------------AT-AAGGA-AATAAAATCATGACCAGCcaggagtatattatatt
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTTTGCA---TTT--T--AGC-ATATTCATTTGTGATATTTATCTATATTTCATTATATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATatgagatttaac
gi|29 : catactaatatatcaatgatttggtggtttacagttaatggttgttgtacgtgaataaatagtccgcttatatgttttAAACATGCTTT-AAAAACG-AAGTGAAATTG-A--TCA--TTGAAAGTATGAAATGTT-----------TAC--TTTCGT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTTAA-TATTTCAACATTTC--TT-CAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----T
gi|3 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaaaaaTTTA-AA---AT-TTT------AGA--TGAACT--ACA-----GA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-TTTTAA--A---GTAACAG-AATGTATAAC-TA----TTTCCTGTTAT-ATCAG-ATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAATA-GTTTTAGACATT--G--A--TATTTT--------C-------T---T--T-----T-C-------A--------A---A-----------AGG-AC---CTCATTGGAAA---------TATAAC-TAAA-AAAATTT-------T-----T---------------TCCTGTGT-A-ATG-C------------ATA----TGC-------TT----CAA----------ATAT---AATTATGTACCTAAT-T----GTAACAGTTATGTAT--AC------T------ATAAT---T------GATATTTATGAA-AA--A-T-A-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTAT--TTT--T--TGTGATA-TTACCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------ACTATAATAATGTCTATC---TATTTTTAATAGT--------GT-AAAAAAGATATAA-AAC-ACCAc
gi|30 : A----------ATTT---A----TG-----AATGTAAATGTTACAGCAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------ATAATTATGAACAA--G-T-A-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT-----------TT--T--TGTGATATTTATCTGTGATATTTG-TTGTA-TTCAT--GAgaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|32 : ATATGTAACTCATCATTCAA-GTCT-TTCTG--------TAATTGCAGTACAA--GTT-TGCTTTATTCTGTG---ATA--A-GAACATACA-
gi|33 : GAATGACAGGAA-ATTT---A---ACTCTC------ACATGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----GTAA-------GAGTTATC--T--T-TCTT--TTGTTT------T
gi|34 : ATGATAGAAA-ATT----A---ACTCTT------AAA--AGTACT--A-A-----AACAGTTACTA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--
gi|35 : TACAGACTATA-ATTTGAGGCCTT--G--ACAT--TTA--------TT------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------taa
gi|4 : AAACT-GCTTTTAAAAAAT-AAGTA----T-----TCA--TTGAGAGGATGAAATGCACAGAACAAGCATAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATATTCTTAATTATTTTAATATTTT--TG-CAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAGATATAAATATT-TTATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACGCA-TGGATGTTAAGAA-TTTTA-AA---AT-CTT------CTG--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------CAGTTGTT--TACT-TG-T--TTG-TT------CA--ATTA-T----T--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TT----TCTCCTGTTAT-GTCTG-GTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAATT-ATTTGAGACCTT--GATA--T--TTA--------TATATTTCT---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTTGAAA---------TA------------AGTTG-------TTAAACA---------------TCCTATGT-A------------------------------------T----CAA----------TTAT---A----TGTACATAAT-TA----------------------------T------ATAAT---T------GATAATTGTAGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT---TTT--T--TGTGATATTTATCAGTGATACTTGTTTGTATTTCAT--TATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATtgt
gi|5 : aT--TA--ATTTT-TCA--TGTTTAAATTTTTC--TTTCCACGAGTTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AATA--TTAATTT---CATAACAATT-TG-----CTCTGGAATAATAGGA-GAACACATA-TGAATAATAAGAA-AATTA-A-----CTCTT------AAA--TGTACT--A-A-----AA-------CA----GTCATTATTCAGAGTTGTC--G--T-TC-T--TTGTTT----------ATTA-T----ACAA---G-AGCAT-A-----TAGC-TT----TTCCATGTT-----TAA-TTTC---------------TAAAGTCAATAGTTTT---AC-------------------------T-------T---T--T-----T-C-------A--------C---G-----------AGG-AC---TCCATAGGAAA---------AA---C-GTTATAGAGGTGAATGGAAT-----A---------------TCCTGTGT-A-ACA-T------------ATA----CGT-------CT----AAA----------ATCT---A----TGTA---AAT--AAATGTAACAGT------T--AC------G------GTAGTACAT------TATAGGTATGAT-A---G-A-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT----------TTC--T--TTTGAAACACATGTTTGATATATGTTT-TATTT-AT--AACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATCTATC---TA
gi|6 : ATCATCCAA-GTCT-TTCTGTGA-----------AACTATAAATATT-TAATGTAATCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGTTAGGAA-AT--A-AAGGAAT-CTT------AAC--CGAACT--ACA-----AT-------AA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T--C-TAGTTGCTT-------A--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATACC-TC----TTCCCTGTTAT-ATCAG-GTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAATA-GTTTGAGATCTT--G--A--T--ATA--------T-------T---T--TTATTAT-C-------A--------TNNNN-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN---N-NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------CT----CAA----------ATAT---A----TATAC----T-TAATCGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------TAAAAATATGAA-AA--A-T-G-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA---TAT--C--TGTGATATTTATTTGTGATAATTGTTTGT---------------------------TATTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAATATCTAGTATTGC--------AT-TAAcacattaaacctttcattgg
gi|7 : atagcaATTCAA-----TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTCAC-ATCT-TTCCATCATA-ATAATTTTAAATATAAGTAGT-TGATATATTCTGTAATAATA--A-GAACACACA-TCAATGCTAAGAA-ATTTAGAA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TG----TTTA-------T-GTTG---------------TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAATTT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT-ATTAG-GTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAATA-TTTTGAGACCTT--GATA--T--TTATATCGTTTT-------T---T--T-----T-CCCCTNNNN--------N---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN---N-NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------CT----CAA------------AT---A----TGTACATAAT-----TGTAACAATAAT--AT--AC------T------ATAAG---T------GATAACTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA---CTT--A--TAT-ATATTcatgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|8 : aacaatgaacgaTGATAAAAC-ATT---AA---CC-CTTCTTCTCAAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA----TATT----A--A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAG-GAATA-TCTTGAGAACAT--GACA--T--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN---N-NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNN----NNN-------NN----NNNNNNNNNNNCTATATCAAA----TATATGTACT-TAAATAAAACAGTAAT--AT--ATTTTACAT------GTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--ATT-A-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTTTCT--TGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT----AACAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTgttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|9 : att-CTC------AAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TAT-ATTA---------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AATA-TCTTGAGAACAT--G--ACAT--TTACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCGTTGGAAA---------TA---C-TTG-TA-AGTTG-------T-----AATATTCAAATGGTTACCCTGTGTTATATA-T------------ATA----TAT-------CTATATCAA----------ATAT---A----TGTAC-T----TAAATAAAACAGTAAT--AT--AT------TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--A-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTT--TCTTGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT-AA---CAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG
Alignments
lowQualScore : 22222 11 1 11 22222222222 22222222 11111111111 11 4444444444444444444444444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111 3333333 11111111111111 1111 1111111111 1111111 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 3 6 3 66666 77 4 33 2 2 1 66 1 9999 00 55 55 3 55 4 1 0 3 666 7777 2 2 2 2 5 1 00 2 3 44 3 2 0 2 44444444444 666666 66 2 22 55555 11111111 4444 6666666 44 22 1 1 66 11111111111 2 77777777777 5555 11 2 4444 2 2 2 999999 0 1 1 1 6666666666666666666666666666666 333 22 99999 1 5555555 66666666 333 99999999999 2 555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 2 2 2 1111111111111111111 7777777 4444 8888888888 1 333 4444 2 5555555 3 22 22 66666666666666 2 333 6666666 4 0000 2 2 333 2 777 22 22 4 2 3 6 33 0000000000 5555555 333 4 555 999999999999999999 77 3 5 8 88 6 88 7 6
lowQualScore : ... . . . ..... .. . .. . . . .. . .... .. .. .. . .. . . . . ... .... . . . . . . .. . . .. . . . . ........... ...... .. . .. ..... ........ .... ....... .. .. . . .. ........... . ........... .... .. . .... . . . ...... . . . . ............................... ... .. ..... . ....... ........ ... ........... . ... ......................................................... ... . . . ................... ....... .... .......... . ... .... . ....... . .. .. .............. . ... ....... . .... . . ... . ... .. .. . . . . .. .......... ....... ... . ... .................. .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 222 2 7 2 99999 99 0 33 4 6 0 11 1 4444 66 55 55 2 55 0 1 5 6 999 7777 0 7 7 7 8 7 22 9 4 22 1 9 6 5 99999999999 444444 11 5 99 33333 00000000 5555 5555555 33 55 8 8 11 33333333333 0 00000000000 1111 11 0 0000 0 2 6 777777 2 6 9 9 3333333333333333333333333333333 222 55 55555 8 9999999 66666666 333 00000000000 0 555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 999 2 2 2 9999999999999999999 2222222 7777 8888888888 4 555 2222 3 5555555 3 88 88 11111111111111 0 777 9999999 2 4444 1 1 777 1 555 88 88 4 1 9 8 11 3333333333 3333333 999 7 000 222222222222222222 44 6 2 0 88 7 33 3 7
consensus : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTT-TGAGACCTT--G--A--T--T-TA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA-N---TNNATAGAGNTG-------T-----A---------------TCCTGTG---T-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( family-393 ) : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTT-TGAGACCTT--G--A--T--T-TA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA-N---TNNATAGAGNTG-------T-----A---------------TCCTGTG---T-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|1 : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAG-AAGTAAAAATGCACCTCA--TTAAGAGGATGAAATGTACAGAACAGGCAGGG--TTTATG----TTTA--AT--TA--ATATTGTCAATTATTTTACTACTTC--TG-CAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAAAATAAATATT-TGATATATTCTGTGAAAATA--A-GTACACAAA-TGAATGTCAGGAA-AGTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-T----T--A---GTAATCT-AATGTATATT-TC----TTCCCCGTTAT-ATTAG-GTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAATT-GTT-TGAGACTTT--A--A--T--T-TG--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNN----NNN-------NN----NNN----------NNNN---N----NGCACTTAAT-TAATTATAATAACAAA--AT--AC------T------ATAAT---T------CATAAATATGGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA---TTT--T--TATGATATTAATCTGTGATGATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATTTTTC---TATCTAAAATAGC--------ATGAAAAATAATGAAA-CAT--CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCT
gi|10 : GAACATGCAAATAATATATTAATATTTT--AT--TA--ATGTTGCCAAT-ATTTTAATACTTT--TG-TATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTTAA-GTAT-TTCTGTGATA-ATTAAGTTCAATAT--ACATT-CTATATAATCTTTGATAATa
gi|10 : --T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT--C----A--A---GTAACTT-AAATTATAGC-GT----TTTCATGTTGT-ATTAA-ATC------GC-----TACTACATCCAATA-TTT-TGAGACCTT--G--A--CA-T-TG--------TTA-----T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AA---CCCTTCGGTAA---------TA-A---TTTAT-GAAAT--------T-----A---------------TCCAGTT---T-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAG----------ATAC-----------------T-T-AATGTAACACTAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------AT-ATTATGAA-AAATA-T-A-T---GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT----T---------TAATA---AGC-GTTATA--TGTTTATA-TTCAT--GACAT----------ACATATTC-------AC--GAGTAA-GTCTATC---ttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataaCTTTTAAAAAAG-AAGAGAAATTG-----CA--TTAAAAGTGTGAAATGTGCAGAACGAGCAGAT--TGTATT----TTTTTTAT--AA--ATGTTGTCAAT-ATTTTAACACTTC--TG-CAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGATATGCATGTCATCATTCAA-GTAT-TTCTATCATA-
gi|11 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattACATATAATGAATGAAAGGAA-AATTA-A-----CTCTG------AAACGTGTATT--ACA-----AAAAAAAC-TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT---------------TACCTT-AAATTATAAC-GT----TTCGTAGTTGT-Agcacatataatgaatgaaaggaaaattaactctgaaacgtgtattacaaaaaaaactagtcagagttgtctttctttgttttattttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattcttttaaaaaagaagagaaattgcattaaaagtgtgaaatgtgcagaacgagcagattgtattttttttataaatgttgtcaatattttaacacttctgcaaattattccagattagttcagtgatatgcatgtcatcattcaagtatttctatcatagcCTTTGAAAGAAGGAAATAAA-TCA-A--TAAAGCTGAGAGGATGATATGTGCAGAACATGTAGAT--TTTTTT----TTCT--AT--TATAATATTGTAAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTTAA-GTCG-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATTAATATT-TTATGTACTCTGTGAAAATA--A-GGAAACATA-TGAATGTTAGGAA-AGTTT-AA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----GA-------CA----GTCA-------TAGTTGTCCTC--T-TG-T--TTGTTTTTTTTGTA--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT--TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAATT-TTT-TGAAACCTT--T--A-------TA--------T-------TTAAT--T-----T-C-------A--------T---A-----------ATG-AC---TTCATTGCAAA---------
gi|13 : gtaaGTCATCATCCAA-ATCT-TCCTGTGGTC-ATTAATTTCATTATAA--ATT-TGATATATTCTGTGA-A-------------ACA-TGAATAACAGGAA-ATTT---A---ACTCTT------AAG--TGTTCTTCACC-----AG-------TAATTTGTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TCGTTT----------ATTA-T------------TA----------------TT----TTCCCTGTTGC-ATAAT-GTCCACATAG--------CTACAGCTAATG-TTG-TGAGGCCTT--GACA--T--T-TG--------T-------T---TTGT-----T-T-------A--------T---G-----------AGGTAC---CCAACTAGAAA---------T-------------AGGT------------------------------TCGTG-G---T-A-ATA-T------------GCA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC----T-TAATTTTAACATTAAT--AA--AA------T------ATgaagtct
gi|14 : gTGTAAGACATCATTTAA-GTCT-TTCTTTGATATATTtattcactcaaagactttgaaaatgca
gi|14 : A-------AAATTGTTA-T--TATC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--T---ATAACTT-AAATTATAGC-TTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAA-GTCCATAACGC-----AACAACAGCCAATA--TT-TGAGGC----------------------------------T---T--T-----T-C-------A--------C---A-----------AGG-ACGGACCCACAGGAAA---------TATG---TGGGTTATCCTG-------T-----A----------------CTTGTG---T-A-AAAGT------------GTA----CGT-------CC----CAA----------ATAT---A----TG----TAAT-TAAATACAACAGTCAT--AT--AT------C------ATAGT---G------AATAAATATAAA-AA--A-T-A-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA---CTT--T--tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|15 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggAAGCTTAT--TTTATA----TTTT--AT--TA--ACGTTATCAAT-ATTTGAATACCTC--TG-CAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTCAA-ATCT-TTCAGTGATA-ATTAATTTCATTACAA--ACT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-AATTATACA-CGAATGATAGGAACATT----A---ACTCTT------AAA--TGTACT--ACA-----GAAGTAAT-TG----ATCA-------TAGCTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TACTATTA-T----T--A---TTAA-----------AGCTTT----TTCCCTGTT
gi|16 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataaT--G--T--T--T-TA--------T-------T---T--TCG---T-C-------AAGTGCTTCT---A-----------AGG-AC---CC-GTTAGAAAAATAAGTTGTA-A---AGCATAGCGGTT-------T-----A---------------TCCTGTG---T-A-ATA-T------------ATAAATACGT-------TT----CAA----------ATCT---A----TATA---------ACTGTAACAGCAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------GATGATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA---TTT--T--TGTGATA-------------ATTGTTTGGATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATAAATC---TATCTAA
gi|17 : T----TTCTTTGTTGT-ATTAA-GTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAATA-TTT-TGAGACGTT--ATCA--T--T-TA--------TA------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNNNNNTTGT-------CT------A----------ATAC---A----T--AC-T----TAAATGTAACAGTAAT--ATAAAT------T------ATAGT---T------AATAATTGCGAA-AA----T-A-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAG--CTT--T--TGTGATA------TGT-----TTGTTT-TA-TTCAT--GAGAT----------ATA-----------------AATAAGATTTATT---TGTcgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|18 : caACGGACAATG-TTT-TGAGACATT--A--A--TGTT-TA--------TATATT--T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNN----NNNNNNNNNNCT----CAA----------ATAC---A----TGCAC-C----TAAATGTAACAGTGAT--GT--AC------A------ATAAT---C------GATAATTATGAA-AA--G-T-G-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATAT----A---T--------GTTATATTTATCTGTGATAATTATTTG-ACTTCAT--GACAT----------ATACACTC-------TA--AAATAC-ATATATC---TATggatatataacta
gi|19 : taacaaaccctttaC--T--T-AC-C--TTGTTT------C----TCA-C----A--T---GT----T-AAACTATA---TT----TT---TGTTATTATTAA-GTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAATA-TCT-TGAGACCTT--T--ACAT--T-TA--------T-------T---T--T-----TTC-------A--------T---ATGTGGNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNA-T------------ATA----TGT-------CT----CGA----------ATCT---T----TGGAC-T----TAAATGTAACAGTAAT--GA--AT------G------ATTGT---A------GACAATTATGAA-AA--ACT-A-T---TTAA-TACTTTGATTTAATAatct
gi|2 : atatagtggctggtacaAACAAAA-TTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-----TA--TTGA--------------CAGGACAAGCAAAA--TCAATT----TTT---ATGATA--ATATTGACAATAATTTTAATACTTC--TG-CAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTCAA-GTCT-TGCTGTGATA-ATTAATTTAAATACAAATTTT-TGATATATTCATTGATGATA--A-GAACATACA-TGAATGTTAGGAA-ATTTA-AA---AT-CTT------AAT--TAAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAATGATC--T--C-TT-G--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--AGCGGTGACAT-AATGTA------T----TACCCTG-TGT-AATA-----TATAT-GC-------CT-----CAA-A-TTTATGA-ACCTT-----A--T--TGTA--------T-------T---A--G-----T-A-------A--------T---A-------------T-ACT--TTCATTGATAA---------TT-A---TGAATGTA--TG-------TA----A---------------TACTGTGATTT-A-ATA-T------------ca
gi|2 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggCTT--G--------T-TG--------T-------T---T--TAA---T-T-------A--------T---A-----------AG---------CGGTG-ACA---------TA-A---TGTAT--------------T-----A---------------CCCTGTG---T-A-ATA-T------------ATA----TGC-------CT----CAA----------ATTT---A----TGAAC-C--T-TAT-TGTATTAGTAAT--AT--AC------T------TTCAT---T------GATAATTATGAA-T---G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA---TTT--T--TGTGACATTTAATTGTGGTAAATGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------GC--GCATAA-ACCTATC---TATGTAAAATttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|20 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctA-TTT-TGAGACCTT--G--ACAT--T-TG--------TGGTTAA-T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-NNNNNNNNNCTGAATA----TAT-------AT----TAA----------ATTT---A----TGTA----GT-TAACTCTACCAGTAAT--AT--A-------T------CTAGT---TACTGTAGATAATTATGAA-AA------A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTATTTTTT--T--TGTAA-ATTTATATGCGATATTTGTTTGTA-TTCAT--GACAC----------ATATATTC--------C--AAATAA-ACCTActacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|21 : -------CC----CAA----------AGCT---A----TGTTC-TGA----AATTTAACAGTAAT--AT--A---------------TAGT---T------GATAATTATGAA-AA--A-A-AAT---GTAA-CACTGTGATTTG-TA-----A---TTT--T--TGTGATATATATCTGTGATATTTA-TTGTA-TTCAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-ATCTATC---T
gi|22 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TCA--TTGAACATTTAAATTGTATAGAATATACACAT--TATATT----TTTTT-AA--CA--ATGATGTCAAT-ATCTTAAT--TTCAGTG-CA--GTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGATATGTA-------ATT-----------------------AATATCAATACA---ATTGTGATACATTCTATCATAATA--AGGAACGTGCG-TGAATGATAGGAA-ATTTA--------------------------ACT--GTA-----AC-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TGGTTT------T---ACCA-T----A--G---GTGACTA-AAT-TATGGC--G----TTCTCTGTTGT-
gi|23 : atGTAAT--ACA-----AC-------TA----GACA-------GAGTTGGT--T--T-TC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--A---GTAACAT-AAAGTATAAC-TT----GTCGCTGTTGT-ATTTA-GTCCATATAGC-----TACCACAAACAATA-TTT-TGGGACCTTTAT--A--T--T-TA--------TA------T---T--T-----A-C-------T--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA-
gi|24 : catatttcgtaatgtatatatgaatgtcgatataagtacaATATC--GATATATTCTGTCATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTT-AA----T-CTT------AAA-----------CA-----A--------------GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATT--T----A--A---AT----------TATTGC-TT------CCCTGTTGT-ATTAA-GTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAATA-TTT-TGAGACCTT--GATA--T--T-TA--------TG------T---T--T-----T-C-------A--------aggttttctt
gi|25 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggGTATGCCATTATTCAA-GTCT-TTCTGTGATT-ATTAAT--------------------ACATTCTATAA-AATA-----------CA-TGAATGATAGGAT-ATGTA-AG----T-CTT------AAA--TGCACT--ACA-----AC-------TG----GTCA-------GAGTTGTA--T--T-TC-T--TTGTTA------TA---TGA-A----A--A---GTGACAT-AAAGTATAGC-AT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-ATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATA-TGT-TGAGA
gi|26 : ----------ATCT---A----TGTAC-T----TAAATGTAACAGCAAT--AT--AT------T------ATAGG---T------GATAATTATGAATAA--C-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---ATT--T--TGTAATATATAGCCGTGATATTTA-TTGT-TTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATTGATC---TATC---AATCGTTTCTAACCAT-AAAAAC
gi|27 : ACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TTT-ATCTTTATCTGTGATGATTGTTTGTATTCCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATGA-ATCTATC---TAATTAACA------------AT-AAGGA-AATAAAATCATGACCAGCcaggagtatattatatt
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTTTGCA---TTT--T--AGC-ATATTCATTTGTGATATTTATCTATATTTCATTATATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATatgagatttaac
gi|29 : catactaatatatcaatgatttggtggtttacagttaatggttgttgtacgtgaataaatagtccgcttatatgttttAAACATGCTTT-AAAAACG-AAGTGAAATTG-A--TCA--TTGAAAGTATGAAATGTT-----------TAC--TTTCGT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTTAA-TATTTCAACATTTC--TT-CAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----T
gi|3 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaaaaaTTTA-AA---AT-TTT------AGA--TGAACT--ACA-----GA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-TTTTAA--A---GTAACAG-AATGTATAAC-TA----TTTCCTGTTAT-ATCAG-ATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAATA-GTT-TTAGACATT--G--A--TATT-TT--------C-------T---T--T-----T-C-------A--------A---A-----------AGG-AC---CTCATTGGAAA---------TA-TAACTAAA-AAAATTT-------T-----T---------------TCCTGTG---T-A-ATG-C------------ATA----TGC-------TT----CAA----------ATAT---AATTATGTACCTAAT-T----GTAACAGTTATGTAT--AC------T------ATAAT---T------GATATTTATGAA-AA--A-T-A-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTAT--TTT--T--TGTGATA-TTACCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------ACTATAATAATGTCTATC---TATTTTTAATAGT--------GT-AAAAAAGATATAA-AAC-ACCAc
gi|30 : A----------ATTT---A----TG-----AATGTAAATGTTACAGCAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------ATAATTATGAACAA--G-T-A-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT-----------TT--T--TGTGATATTTATCTGTGATATTTG-TTGTA-TTCAT--GAgaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|32 : ATATGTAACTCATCATTCAA-GTCT-TTCTG--------TAATTGCAGTACAA--GTT-TGCTTTATTCTGTG---ATA--A-GAACATACA-
gi|33 : GAATGACAGGAA-ATTT---A---ACTCTC------ACATGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----GTAA-------GAGTTATC--T--T-TCTT--TTGTTT------T
gi|34 : ATGATAGAAA-ATT----A---ACTCTT------AAA--AGTACT--A-A-----AACAGTTACTA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--
gi|35 : TACAGACTATA-ATT-TGAGGCCTT--G--ACAT--T-TA--------TT------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------taa
gi|4 : AAACT-GCTTTTAAAAAAT-AAGTA----T-----TCA--TTGAGAGGATGAAATGCACAGAACAAGCATAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATATTCTTAATTATTTTAATATTTT--TG-CAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAGATATAAATATT-TTATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACGCA-TGGATGTTAAGAA-TTTTA-AA---AT-CTT------CTG--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------CAGTTGTT--TACT-TG-T--TTG-TT------CA--ATTA-T----T--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TT----TCTCCTGTTAT-GTCTG-GTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAATT-ATT-TGAGACCTT--GATA--T--T-TA--------TATATTTCT---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTTGAAA---------TA------------AGTTG-------TTAAACA---------------TCCTATG---T-A------------------------------------T----CAA----------TTAT---A----TGTACATAAT-TA----------------------------T------ATAAT---T------GATAATTGTAGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT---TTT--T--TGTGATATTTATCAGTGATACTTGTTTGTATTTCAT--TATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATtgt
gi|5 : aT--TA--ATTTT-TCA--TGTTTAAATTTTTC--TTTCCACGAGTTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AATA--TTAATTT---CATAACAATT-TG-----CTCTGGAATAATAGGA-GAACACATA-TGAATAATAAGAA-AATTA-A-----CTCTT------AAA--TGTACT--A-A-----AA-------CA----GTCATTATTCAGAGTTGTC--G--T-TC-T--TTGTTT----------ATTA-T----ACAA---G-AGCAT-A-----TAGC-TT----TTCCATGTT-----TAA-TTTC---------------TAAAGTCAATAGTTT-T---AC--------------------------T-------T---T--T-----T-C-------A--------C---G-----------AGG-AC---TCCATAGGAAA---------AA-C---GTTATAGAGGTGAATGGAAT-----A---------------TCCTGTG---T-A-ACA-T------------ATA----CGT-------CT----AAA----------ATCT---A----TGTA---AAT--AAATGTAACAGT------T--AC------G------GTAGTACAT------TATAGGTATGAT-A---G-A-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT----------TTC--T--TTTGAAACACATGTTTGATATATGTTT-TATTT-AT--AACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATCTATC---TA
gi|6 : ATCATCCAA-GTCT-TTCTGTGA-----------AACTATAAATATT-TAATGTAATCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGTTAGGAA-AT--A-AAGGAAT-CTT------AAC--CGAACT--ACA-----AT-------AA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T--C-TAGTTGCTT-------A--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATACC-TC----TTCCCTGTTAT-ATCAG-GTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAATA-GTT-TGAGATCTT--G--A--T--A-TA--------T-------T---T--TTATTAT-C-------A--------TNNNN-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNN----NNN-------CT----CAA----------ATAT---A----TATAC----T-TAATCGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------TAAAAATATGAA-AA--A-T-G-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA---TAT--C--TGTGATATTTATTTGTGATAATTGTTTGT---------------------------TATTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAATATCTAGTATTGC--------AT-TAAcacattaaacctttcattgg
gi|7 : atagcaATTCAA-----TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTCAC-ATCT-TTCCATCATA-ATAATTTTAAATATAAGTAGT-TGATATATTCTGTAATAATA--A-GAACACACA-TCAATGCTAAGAA-ATTTAGAA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TG----TTTA-------T-GTTG---------------TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAATTT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT-ATTAG-GTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAATA-TTT-TGAGACCTT--GATA--T--T-TATATCGTTTT-------T---T--T-----T-CCCCTNNNN--------N---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNN----NNN-------CT----CAA------------AT---A----TGTACATAAT-----TGTAACAATAAT--AT--AC------T------ATAAG---T------GATAACTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA---CTT--A--TAT-ATATTcatgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|8 : aacaatgaacgaTGATAAAAC-ATT---AA---CC-CTTCTTCTCAAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA----TATT----A--A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAG-GAATA-TCT-TGAGAACAT--GACA--T--T-TACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNN----NNN-------NN----NNNNNNNNNNNCTATATCAAA----TATATGTACT-TAAATAAAACAGTAAT--AT--ATTTTACAT------GTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--ATT-A-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTTTCT--TGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT----AACAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTgttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|9 : att-CTC------AAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TAT-ATTA---------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AATA-TCT-TGAGAACAT--G--ACAT--T-TACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCGTTGGAAA---------TA-C---TTG-TA-AGTTG-------T-----AATATTCAAATGGTTACCCTGTG---TTATATA-T------------ATA----TAT-------CTATATCAA----------ATAT---A----TGTAC-T----TAAATAAAACAGTAAT--AT--AT------TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--A-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTT--TCTTGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT-AA---CAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG
Alignments
lowQualScore : 22222 11 1 11 22222222222 22222222 11111111111 11 4444444444444444444444444444444 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111111111111111 3333333 11111111111111 1111 1111111111 1111111 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 3 6 3 66666 77 4 33 2 2 1 66 1 9999 00 55 55 3 55 4 1 0 3 666 7777 2 2 2 2 5 1 00 2 3 44 3 2 0 2 44444444444 666666 66 2 22 55555 11111111 4444 6666666 44 22 1 1 66 11111111111 2 77777777777 5555 11 2 4444 2 2 2 999999 0 1 1 1 6666666666666666666666666666666 333 22 99999 1 5555555 66666666 333 99999999999 2 555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 2 2 2 1111111111111111111 7777777 4444 8888888888 1 333 4444 2 5555555 3 22 22 66666666666666 2 333 6666666 4 0000 2 2 333 2 777 22 22 4 2 3 6 33 0000000000 5555555 333 4 555 999999999999999999 77 3 5 8 88 6 88 7 6
lowQualScore : ... . . . ..... .. . .. . . . .. . .... .. .. .. . .. . . . . ... .... . . . . . . .. . . .. . . . . ........... ...... .. . .. ..... ........ .... ....... .. .. . . .. ........... . ........... .... .. . .... . . . ...... . . . . ............................... ... .. ..... . ....... ........ ... ........... . ... ......................................................... ... . . . ................... ....... .... .......... . ... .... . ....... . .. .. .............. . ... ....... . .... . . ... . ... .. .. . . . . .. .......... ....... ... . ... .................. .. . . . .. . .. . .
lowQualScore : 222 2 7 2 99999 99 0 33 4 6 0 11 1 4444 66 55 55 2 55 0 1 5 6 999 7777 0 7 7 7 8 7 22 9 4 22 1 9 6 5 99999999999 444444 11 5 99 33333 00000000 5555 5555555 33 55 8 8 11 33333333333 0 00000000000 1111 11 0 0000 0 2 6 777777 2 6 9 9 3333333333333333333333333333333 222 55 55555 8 9999999 66666666 333 00000000000 0 555 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 999 2 2 2 9999999999999999999 2222222 7777 8888888888 4 555 2222 3 5555555 3 88 88 11111111111111 0 777 9999999 2 4444 1 1 777 1 555 88 88 4 1 9 8 11 3333333333 3333333 999 7 000 222222222222222222 44 6 2 0 88 7 33 3 7
consensus : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTT-TGAGACCTT--G--A--T--T-TA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA-N---TNNATAGAGNTG-------T-----A---------------TCCTGTG---T-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( family-393 ) : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTT-TGAGACCTT--G--A--T--T-TA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA-N---TNNATAGAGNTG-------T-----A---------------TCCTGTG---T-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|1 : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAG-AAGTAAAAATGCACCTCA--TTAAGAGGATGAAATGTACAGAACAGGCAGGG--TTTATG----TTTA--AT--TA--ATATTGTCAATTATTTTACTACTTC--TG-CAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAAAATAAATATT-TGATATATTCTGTGAAAATA--A-GTACACAAA-TGAATGTCAGGAA-AGTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-T----T--A---GTAATCT-AATGTATATT-TC----TTCCCCGTTAT-ATTAG-GTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAATT-GTT-TGAGACTTT--A--A--T--T-TG--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNN----NNN-------NN----NNN----------NNNN---N----NGCACTTAAT-TAATTATAATAACAAA--AT--AC------T------ATAAT---T------CATAAATATGGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA---TTT--T--TATGATATTAATCTGTGATGATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATTTTTC---TATCTAAAATAGC--------ATGAAAAATAATGAAA-CAT--CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCT
gi|10 : GAACATGCAAATAATATATTAATATTTT--AT--TA--ATGTTGCCAAT-ATTTTAATACTTT--TG-TATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTTAA-GTAT-TTCTGTGATA-ATTAAGTTCAATAT--ACATT-CTATATAATCTTTGATAATa
gi|10 : --T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT--C----A--A---GTAACTT-AAATTATAGC-GT----TTTCATGTTGT-ATTAA-ATC------GC-----TACTACATCCAATA-TTT-TGAGACCTT--G--A--CA-T-TG--------TTA-----T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AA---CCCTTCGGTAA---------TA-A---TTTAT-GAAAT--------T-----A---------------TCCAGTT---T-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAG----------ATAC-----------------T-T-AATGTAACACTAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------AT-ATTATGAA-AAATA-T-A-T---GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT----T---------TAATA---AGC-GTTATA--TGTTTATA-TTCAT--GACAT----------ACATATTC-------AC--GAGTAA-GTCTATC---ttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataaCTTTTAAAAAAG-AAGAGAAATTG-----CA--TTAAAAGTGTGAAATGTGCAGAACGAGCAGAT--TGTATT----TTTTTTAT--AA--ATGTTGTCAAT-ATTTTAACACTTC--TG-CAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGATATGCATGTCATCATTCAA-GTAT-TTCTATCATA-
gi|11 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattACATATAATGAATGAAAGGAA-AATTA-A-----CTCTG------AAACGTGTATT--ACA-----AAAAAAAC-TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT---------------TACCTT-AAATTATAAC-GT----TTCGTAGTTGT-Agcacatataatgaatgaaaggaaaattaactctgaaacgtgtattacaaaaaaaactagtcagagttgtctttctttgttttattttaccttaaattataacgtttcgtagttgta
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattcttttaaaaaagaagagaaattgcattaaaagtgtgaaatgtgcagaacgagcagattgtattttttttataaatgttgtcaatattttaacacttctgcaaattattccagattagttcagtgatatgcatgtcatcattcaagtatttctatcatagcCTTTGAAAGAAGGAAATAAA-TCA-A--TAAAGCTGAGAGGATGATATGTGCAGAACATGTAGAT--TTTTTT----TTCT--AT--TATAATATTGTAAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTTAA-GTCG-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATTAATATT-TTATGTACTCTGTGAAAATA--A-GGAAACATA-TGAATGTTAGGAA-AGTTT-AA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----GA-------CA----GTCA-------TAGTTGTCCTC--T-TG-T--TTGTTTTTTTTGTA--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT--TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAATT-TTT-TGAAACCTT--T--A-------TA--------T-------TTAAT--T-----T-C-------A--------T---A-----------ATG-AC---TTCATTGCAAA---------
gi|13 : gtaaGTCATCATCCAA-ATCT-TCCTGTGGTC-ATTAATTTCATTATAA--ATT-TGATATATTCTGTGA-A-------------ACA-TGAATAACAGGAA-ATTT---A---ACTCTT------AAG--TGTTCTTCACC-----AG-------TAATTTGTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TCGTTT----------ATTA-T------------TA----------------TT----TTCCCTGTTGC-ATAAT-GTCCACATAG--------CTACAGCTAATG-TTG-TGAGGCCTT--GACA--T--T-TG--------T-------T---TTGT-----T-T-------A--------T---G-----------AGGTAC---CCAACTAGAAA---------T-------------AGGT------------------------------TCGTG-G---T-A-ATA-T------------GCA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC----T-TAATTTTAACATTAAT--AA--AA------T------ATgaagtct
gi|14 : gTGTAAGACATCATTTAA-GTCT-TTCTTTGATATATTtattcactcaaagactttgaaaatgca
gi|14 : A-------AAATTGTTA-T--TATC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--T---ATAACTT-AAATTATAGC-TTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAA-GTCCATAACGC-----AACAACAGCCAATA--TT-TGAGGC----------------------------------T---T--T-----T-C-------A--------C---A-----------AGG-ACGGACCCACAGGAAA---------TATG---TGGGTTATCCTG-------T-----A----------------CTTGTG---T-A-AAAGT------------GTA----CGT-------CC----CAA----------ATAT---A----TG----TAAT-TAAATACAACAGTCAT--AT--AT------C------ATAGT---G------AATAAATATAAA-AA--A-T-A-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA---CTT--T--tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|15 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggAAGCTTAT--TTTATA----TTTT--AT--TA--ACGTTATCAAT-ATTTGAATACCTC--TG-CAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTCAA-ATCT-TTCAGTGATA-ATTAATTTCATTACAA--ACT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-AATTATACA-CGAATGATAGGAACATT----A---ACTCTT------AAA--TGTACT--ACA-----GAAGTAAT-TG----ATCA-------TAGCTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TACTATTA-T----T--A---TTAA-----------AGCTTT----TTCCCTGTT
gi|16 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataaT--G--T--T--T-TA--------T-------T---T--TCG---T-C-------AAGTGCTTCT---A-----------AGG-AC---CC-GTTAGAAAAATAAGTTGTA-A---AGCATAGCGGTT-------T-----A---------------TCCTGTG---T-A-ATA-T------------ATAAATACGT-------TT----CAA----------ATCT---A----TATA---------ACTGTAACAGCAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------GATGATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA---TTT--T--TGTGATA-------------ATTGTTTGGATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATAAATC---TATCTAA
gi|17 : T----TTCTTTGTTGT-ATTAA-GTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAATA-TTT-TGAGACGTT--ATCA--T--T-TA--------TA------T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNNNNNTTGT-------CT------A----------ATAC---A----T--AC-T----TAAATGTAACAGTAAT--ATAAAT------T------ATAGT---T------AATAATTGCGAA-AA----T-A-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAG--CTT--T--TGTGATA------TGT-----TTGTTT-TA-TTCAT--GAGAT----------ATA-----------------AATAAGATTTATT---TGTcgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|18 : caACGGACAATG-TTT-TGAGACATT--A--A--TGTT-TA--------TATATT--T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNN----NNNNNNNNNNCT----CAA----------ATAC---A----TGCAC-C----TAAATGTAACAGTGAT--GT--AC------A------ATAAT---C------GATAATTATGAA-AA--G-T-G-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATAT----A---T--------GTTATATTTATCTGTGATAATTATTTG-ACTTCAT--GACAT----------ATACACTC-------TA--AAATAC-ATATATC---TATggatatataacta
gi|19 : taacaaaccctttaC--T--T-AC-C--TTGTTT------C----TCA-C----A--T---GT----T-AAACTATA---TT----TT---TGTTATTATTAA-GTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAATA-TCT-TGAGACCTT--T--ACAT--T-TA--------T-------T---T--T-----TTC-------A--------T---ATGTGGNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNA-T------------ATA----TGT-------CT----CGA----------ATCT---T----TGGAC-T----TAAATGTAACAGTAAT--GA--AT------G------ATTGT---A------GACAATTATGAA-AA--ACT-A-T---TTAA-TACTTTGATTTAATAatct
gi|2 : atatagtggctggtacaAACAAAA-TTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-----TA--TTGA--------------CAGGACAAGCAAAA--TCAATT----TTT---ATGATA--ATATTGACAATAATTTTAATACTTC--TG-CAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTCAA-GTCT-TGCTGTGATA-ATTAATTTAAATACAAATTTT-TGATATATTCATTGATGATA--A-GAACATACA-TGAATGTTAGGAA-ATTTA-AA---AT-CTT------AAT--TAAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAATGATC--T--C-TT-G--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--AGCGGTGACAT-AATGTA------T----TACCCTG-TGT-AATA-----TATAT-GC-------CT-----CAA-A-TTTATGA-ACCTT-----A--T--TGTA--------T-------T---A--G-----T-A-------A--------T---A-------------T-ACT--TTCATTGATAA---------TT-A---TGAATGTA--TG-------TA----A---------------TACTGTGATTT-A-ATA-T------------ca
gi|2 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggCTT--G--------T-TG--------T-------T---T--TAA---T-T-------A--------T---A-----------AG---------CGGTG-ACA---------TA-A---TGTAT--------------T-----A---------------CCCTGTG---T-A-ATA-T------------ATA----TGC-------CT----CAA----------ATTT---A----TGAAC-C--T-TAT-TGTATTAGTAAT--AT--AC------T------TTCAT---T------GATAATTATGAA-T---G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA---TTT--T--TGTGACATTTAATTGTGGTAAATGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------GC--GCATAA-ACCTATC---TATGTAAAATttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|20 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctA-TTT-TGAGACCTT--G--ACAT--T-TG--------TGGTTAA-T---T--T-----T-C-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-NNNNNNNNNCTGAATA----TAT-------AT----TAA----------ATTT---A----TGTA----GT-TAACTCTACCAGTAAT--AT--A-------T------CTAGT---TACTGTAGATAATTATGAA-AA------A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTATTTTTT--T--TGTAA-ATTTATATGCGATATTTGTTTGTA-TTCAT--GACAC----------ATATATTC--------C--AAATAA-ACCTActacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|21 : -------CC----CAA----------AGCT---A----TGTTC-TGA----AATTTAACAGTAAT--AT--A---------------TAGT---T------GATAATTATGAA-AA--A-A-AAT---GTAA-CACTGTGATTTG-TA-----A---TTT--T--TGTGATATATATCTGTGATATTTA-TTGTA-TTCAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-ATCTATC---T
gi|22 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--TCA--TTGAACATTTAAATTGTATAGAATATACACAT--TATATT----TTTTT-AA--CA--ATGATGTCAAT-ATCTTAAT--TTCAGTG-CA--GTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGATATGTA-------ATT-----------------------AATATCAATACA---ATTGTGATACATTCTATCATAATA--AGGAACGTGCG-TGAATGATAGGAA-ATTTA--------------------------ACT--GTA-----AC-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TGGTTT------T---ACCA-T----A--G---GTGACTA-AAT-TATGGC--G----TTCTCTGTTGT-
gi|23 : atGTAAT--ACA-----AC-------TA----GACA-------GAGTTGGT--T--T-TC-T--TTGTTT------TA---TTA-T----A--A---GTAACAT-AAAGTATAAC-TT----GTCGCTGTTGT-ATTTA-GTCCATATAGC-----TACCACAAACAATA-TTT-TGGGACCTTTAT--A--T--T-TA--------TA------T---T--T-----A-C-------T--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA-
gi|24 : catatttcgtaatgtatatatgaatgtcgatataagtacaATATC--GATATATTCTGTCATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTT-AA----T-CTT------AAA-----------CA-----A--------------GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATT--T----A--A---AT----------TATTGC-TT------CCCTGTTGT-ATTAA-GTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAATA-TTT-TGAGACCTT--GATA--T--T-TA--------TG------T---T--T-----T-C-------A--------aggttttctt
gi|25 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggGTATGCCATTATTCAA-GTCT-TTCTGTGATT-ATTAAT--------------------ACATTCTATAA-AATA-----------CA-TGAATGATAGGAT-ATGTA-AG----T-CTT------AAA--TGCACT--ACA-----AC-------TG----GTCA-------GAGTTGTA--T--T-TC-T--TTGTTA------TA---TGA-A----A--A---GTGACAT-AAAGTATAGC-AT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-ATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATA-TGT-TGAGA
gi|26 : ----------ATCT---A----TGTAC-T----TAAATGTAACAGCAAT--AT--AT------T------ATAGG---T------GATAATTATGAATAA--C-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---ATT--T--TGTAATATATAGCCGTGATATTTA-TTGT-TTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATTGATC---TATC---AATCGTTTCTAACCAT-AAAAAC
gi|27 : ACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TTT-ATCTTTATCTGTGATGATTGTTTGTATTCCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATGA-ATCTATC---TAATTAACA------------AT-AAGGA-AATAAAATCATGACCAGCcaggagtatattatatt
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTTTGCA---TTT--T--AGC-ATATTCATTTGTGATATTTATCTATATTTCATTATATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATatgagatttaac
gi|29 : catactaatatatcaatgatttggtggtttacagttaatggttgttgtacgtgaataaatagtccgcttatatgttttAAACATGCTTT-AAAAACG-AAGTGAAATTG-A--TCA--TTGAAAGTATGAAATGTT-----------TAC--TTTCGT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTTAA-TATTTCAACATTTC--TT-CAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----T
gi|3 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaaaaaTTTA-AA---AT-TTT------AGA--TGAACT--ACA-----GA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTA-TTTTAA--A---GTAACAG-AATGTATAAC-TA----TTTCCTGTTAT-ATCAG-ATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAATA-GTT-TTAGACATT--G--A--TATT-TT--------C-------T---T--T-----T-C-------A--------A---A-----------AGG-AC---CTCATTGGAAA---------TA-TAACTAAA-AAAATTT-------T-----T---------------TCCTGTG---T-A-ATG-C------------ATA----TGC-------TT----CAA----------ATAT---AATTATGTACCTAAT-T----GTAACAGTTATGTAT--AC------T------ATAAT---T------GATATTTATGAA-AA--A-T-A-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTAT--TTT--T--TGTGATA-TTACCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------ACTATAATAATGTCTATC---TATTTTTAATAGT--------GT-AAAAAAGATATAA-AAC-ACCAc
gi|30 : A----------ATTT---A----TG-----AATGTAAATGTTACAGCAAT--AC--ATG-----T------ATA-T---T-------ATAATTATGAACAA--G-T-A-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT-----------TT--T--TGTGATATTTATCTGTGATATTTG-TTGTA-TTCAT--GAgaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|32 : ATATGTAACTCATCATTCAA-GTCT-TTCTG--------TAATTGCAGTACAA--GTT-TGCTTTATTCTGTG---ATA--A-GAACATACA-
gi|33 : GAATGACAGGAA-ATTT---A---ACTCTC------ACATGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----GTAA-------GAGTTATC--T--T-TCTT--TTGTTT------T
gi|34 : ATGATAGAAA-ATT----A---ACTCTT------AAA--AGTACT--A-A-----AACAGTTACTA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--
gi|35 : TACAGACTATA-ATT-TGAGGCCTT--G--ACAT--T-TA--------TT------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------taa
gi|4 : AAACT-GCTTTTAAAAAAT-AAGTA----T-----TCA--TTGAGAGGATGAAATGCACAGAACAAGCATAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATATTCTTAATTATTTTAATATTTT--TG-CAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAGATATAAATATT-TTATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACGCA-TGGATGTTAAGAA-TTTTA-AA---AT-CTT------CTG--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------CAGTTGTT--TACT-TG-T--TTG-TT------CA--ATTA-T----T--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TT----TCTCCTGTTAT-GTCTG-GTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAATT-ATT-TGAGACCTT--GATA--T--T-TA--------TATATTTCT---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTTGAAA---------TA------------AGTTG-------TTAAACA---------------TCCTATG---T-A------------------------------------T----CAA----------TTAT---A----TGTACATAAT-TA----------------------------T------ATAAT---T------GATAATTGTAGA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT---TTT--T--TGTGATATTTATCAGTGATACTTGTTTGTATTTCAT--TATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATtgt
gi|5 : aT--TA--ATTTT-TCA--TGTTTAAATTTTTC--TTTCCACGAGTTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AATA--TTAATTT---CATAACAATT-TG-----CTCTGGAATAATAGGA-GAACACATA-TGAATAATAAGAA-AATTA-A-----CTCTT------AAA--TGTACT--A-A-----AA-------CA----GTCATTATTCAGAGTTGTC--G--T-TC-T--TTGTTT----------ATTA-T----ACAA---G-AGCAT-A-----TAGC-TT----TTCCATGTT-----TAA-TTTC---------------TAAAGTCAATAGTTT-T---AC--------------------------T-------T---T--T-----T-C-------A--------C---G-----------AGG-AC---TCCATAGGAAA---------AA-C---GTTATAGAGGTGAATGGAAT-----A---------------TCCTGTG---T-A-ACA-T------------ATA----CGT-------CT----AAA----------ATCT---A----TGTA---AAT--AAATGTAACAGT------T--AC------G------GTAGTACAT------TATAGGTATGAT-A---G-A-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT----------TTC--T--TTTGAAACACATGTTTGATATATGTTT-TATTT-AT--AACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATCTATC---TA
gi|6 : ATCATCCAA-GTCT-TTCTGTGA-----------AACTATAAATATT-TAATGTAATCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGTTAGGAA-AT--A-AAGGAAT-CTT------AAC--CGAACT--ACA-----AT-------AA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T--C-TAGTTGCTT-------A--ATTA-T----A--A---GTAATAT-AATGTATACC-TC----TTCCCTGTTAT-ATCAG-GTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAATA-GTT-TGAGATCTT--G--A--T--A-TA--------T-------T---T--TTATTAT-C-------A--------TNNNN-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNN----NNN-------CT----CAA----------ATAT---A----TATAC----T-TAATCGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAAT---T------TAAAAATATGAA-AA--A-T-G-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA---TAT--C--TGTGATATTTATTTGTGATAATTGTTTGT---------------------------TATTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAATATCTAGTATTGC--------AT-TAAcacattaaacctttcattgg
gi|7 : atagcaATTCAA-----TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTCAC-ATCT-TTCCATCATA-ATAATTTTAAATATAAGTAGT-TGATATATTCTGTAATAATA--A-GAACACACA-TCAATGCTAAGAA-ATTTAGAA---AT-CTT------AAA--TGAACT--ACA-----AA-------TG----TTTA-------T-GTTG---------------TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAATTT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT-ATTAG-GTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAATA-TTT-TGAGACCTT--GATA--T--T-TATATCGTTTT-------T---T--T-----T-CCCCTNNNN--------N---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNN----NNN-------CT----CAA------------AT---A----TGTACATAAT-----TGTAACAATAAT--AT--AC------T------ATAAG---T------GATAACTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA---CTT--A--TAT-ATATTcatgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|8 : aacaatgaacgaTGATAAAAC-ATT---AA---CC-CTTCTTCTCAAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA----TATT----A--A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAG-GAATA-TCT-TGAGAACAT--GACA--T--T-TACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NN-N---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNN---N-N-NNN-N------------NNN----NNN-------NN----NNNNNNNNNNNCTATATCAAA----TATATGTACT-TAAATAAAACAGTAAT--AT--ATTTTACAT------GTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--ATT-A-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTTTCT--TGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT----AACAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTgttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|9 : att-CTC------AAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TAT-ATTA---------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AATA-TCT-TGAGAACAT--G--ACAT--T-TACT------T-------T---T--T-----T-T-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCGTTGGAAA---------TA-C---TTG-TA-AGTTG-------T-----AATATTCAAATGGTTACCCTGTG---TTATATA-T------------ATA----TAT-------CTATATCAA----------ATAT---A----TGTAC-T----TAAATAAAACAGTAAT--AT--AT------TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AA--A-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA---TTT--TCTTGTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TC---CAT-----ATTTT--------AT-AA---CAATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
blockSeqs : CAT T G A AA AG A TG G T A AA A AATA TT GA TA T AG T C A TTT ATAC G A A T C A AC G T GG G A C AAAGGAAT CTTCTC CG T TC ACAGT ACAGTTAC ATTT TTATTCA CT AC A T AG TTTTTGTAA T TTTAAA CTTG AT T CAGT T G A TACAGT C G A GATATTTATATCGTTTT TAA TG TATTA T CCCTNNN AGTGCTTC NNN TGTGGNNNNNN T GGA TACTTGTAAGTTGTAATATTCAAATGGTTA ATT T T G NNNNNNNNCTGAATA NNNNNNN ATAT NNNNNNNNCT A CAA ATTA T CCTAAT A GT AA TTTTACAT G ACA ACTGTAG T ATA T A AAT T TTT TC CT A T A T TA ATATAAAAAA TATCTTT TAT G TAA CAATCGTTTCTAACC A A C T GA C . A G
blockSeqs : TT G . A GA . G GA G A G . G . T . . A . . C . T . T . . . A A AT . A . . . . TAGAAAT . TG A . . AAAAAAC . . A . . . G TACTA . AAGCG CTTG AT . . . . T T C . . GATATTTATATATTTC . . CG . . . . . . T AATAAGTTGTAAAGCATAGCGGTTTA . . . . ATAAATA . . . A . . T CATAAT T . . TTTTACAT A . A C AC . . . . G . . G T A C . . TATCTTT G T . TTTTAATAGT A G A . A C . A G
blockSeqs : CT T . A G . A TT A T G . T . . . . T . . A . G . G . . . C T AT . T . . . . TTAAAT . . T . . AAGTAAT . . . . . . . TATA . ACAA CTT TG . . . . A T C . . GACATTTGTGGTTAA . . AA . . . . . . . AACGTTATAGAGGTGAATGGAATA . . . . NNNNNNT . . . A . . C CATAAT A . . TGT G . G . AT . . . . T . . G T A T . . . G . . CTAGTATTGC A A C . A
blockSeqs : T . . G . A TA T A T . T . . . . T . . C . G . T . . . C T AT . T . . . . TAAAAT . . T . . A . . . . . . . TAT . AA CTT AT . . . . T A C . . AATGTTTATATATT . . . . . . . . . . TATAACTAAAAAAATTTTT . . . . ATA . . . C . . G TGTACT C . . TGT A . A . A . . . . . . . T T T T . . . A . . TTAACA T A C . A
blockSeqs : . . . . . G GA A A A . C . . . . T . . A . T . A . . . A A AT . T . . . . TAAAAT . . A . . G . . . . . . . TAT . AA TAT AC . . . . C T A . . GACATTTACTT . . . . . . . . . . TATGTGGGTTATCCTGTA . . . . GCA . . . A . . A TAAT A . . AT G . G . G . . . . . . . G T T T . . . G . . ATTTT A . .
blockSeqs : . . . . T C . A . . . . . . . G . G . G . . . C A CA . T . . . . TAAAAT . . T . . A . . . . . . . TAA . AT CTT TG . . . . T T C . . GACATTTACTT . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . GTA . . . A . . T CTGA A . . TC A . G . G . . . . . . . A T T T . . . A . . ATTTT . .
blockSeqs : A T . T . . . . . . . C . G . T . . . C G AT . T . . . . TAACT . . C . . C . . . . . . . TAA . TA CAT AG . . . . T T A . . GACATTGTTA . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . NNN . . . C . . T AATG A . . CT G . G . G . . . . . . . G T A T . . . G . .
blockSeqs : . T . T . . . . . . . A . T . C . . . A A GT . T . . . . TAACT . . A . . C . . . . . . . TAA . AT CTA AG . . . . T T T . . ATCATTTATA . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . ATA . . . T . . T CCT C . . TT G . G . A . . . . . . . A T T T . . . G . .
blockSeqs : . . . . . A . G . T . . . A C . . T . . . . TTAAT . . T . . C . . . . . . . CAA . AG CAT TG . . . . T G C . . TATATTTATA . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . ATA . . . T . . T AAT A . . CA G . G . C . . . . . . . G T A T . . . G . .
blockSeqs : A . T . C . . . A A . . T . . . . TAAGT . . T . . A . . . . . . . TAA . AA CAT TG . . . . A A C . . GATATTTATG . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . ATA . . . C . . T CT A . . TG A . G . A . . . . . . . G C T T . . . G . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . TAACT . . A . . A . . . . . . . TA . AA CAG TG . . . . A T A . . GACATTTATT . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . ATA . . . C . . T CT A . . CT A . G . G . . . . . . . G T C T . . . G . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . TAACT . . T . . A . . . . . . . TA . AA TAT TG . . . . A T C . . GACATTTGT . . . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNN . . . . NNN . . . A . . T CC A . . TT G . T . G . . . . . . . G T T . . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . AACT . . A . . A . . . . . . . TA . TA CAT T . . . . A G T . . TACATTTAT . . . . . . . . . . TTATGAATGTATGTAA . . . . NNN . . . T . . T CT T . . CT A . T . G . . . . . . . G T A . . . . G . .
blockSeqs : . . . . AACT . . A . . T . . . . . . . TA . AA TAT T . . . . T G C . . GATATTTTC . . . . . . . . . . TAATTTATGAAATTA . . . . NNN . . . A . . T GT A . . CG A . G . A . . . . . . . T T T . . . . . .
blockSeqs : . AACC . . T . . A . . . . . . . AA . AA TTT T . . . . T . C . . GTTTTAT . . . . . . . . . . TAAGTTGTTAAACA . . . . ATA . . . C . . T CT A . . CT G . G . G . . . . . . . T . T . . . . . .
blockSeqs : TA . . T . . C . . . . . . . TA . AA T . . . . . . . C . . ATTGTAT . . . . . . . . . . TAATGTATTA . . . . . . . . A . . . CT . . . CT G . G . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . . . A . A . . . . . . . . . . . GATATAT . . . . . . . . . . TAGGT . . . . . . . A . . . CT . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . TATAT . . . . . . . . . . . A . . . T . . . T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . . . . GTTGT . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : G**** TAANT****** ** GACATTTATT********************* CT***** CATTTTA*********** A* A*
originalCons : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG-A--TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTA-AA---AC-CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTT-TGAGACCTT--G--A--T--T-TA--------T-------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA-N---TNNATAGAGNTG-------T-----A---------------TCCTGTG---T-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTAC-TAAT-TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCTAAAATNGT--------AT-AAAAACAATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
finalCons : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG----TCA--TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--A-GAACACACA-TGAATGATAGGAA-ATTTAANT------CTT------AAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTA-T----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATA-TTT-TGAGACCTTGACATTTATT---------------------T---T--T-----T-C-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA-N---TNNATAGAGNTG-------T-----A---------------TCCTGTG---T-A-ATA-T------------ATA----TGT-------CT----CAA----------ATAT---A----TGTACT-----TAAATGTAACAGTAAT--AT--AC------T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AA--G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA---TTT--T--TGTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATC---TATCATTTTA-----------ATA-AAAACAATAAAA-CATA-CCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG
Alignments
lowQualScore : 22222222222222222 11 1 11 22222222 1111111111 11 222222222222222 111111111111111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222222222222222222222222 22222222222 1111111111 1111111 55555555555555555555555555555555555555 11 11
lowQualScore : 777 3 6 44444444444444444 0 33 2 1 666 9999 00 55 55 3 55 4 1 0 3 666 7777 6 2 2 0 2 4 2 1 33 2 2 33 2 2 1 2 7 66 55 66 2 22 55555 11111111 4444 6666666 44 22 1 1 66 1111111111 88888888888 5555 11 2 4444 2 2 2 777777 0 888888888 333333333333333 2 6666 6666666 222222222222222222222222 2 333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 2 2 111111111111111111111111 7777777 4444 1 4444 0 99999 22 00000000000 2 333 6666666 4 55 4 2 666 2 4 55 333 4 2 3 4 33 0000000000 5555555 333 4 44444444444444444444444444444444444444 8 33 6 88 7 6
lowQualScore : ... . . ................. . .. . . ... .... .. .. .. . .. . . . . ... .... . . . . . . . . .. . . .. . . . . . .. .. .. . .. ..... ........ .... ....... .. .. . . .. .......... ........... .... .. . .... . . . ...... . ......... ............... . .... ....... ........................ . ... ......................................................... . . . ........................ ....... .... . .... . ..... .. ........... . ... ....... . .. . . ... . . .. ... . . . . .. .......... ....... ... . ...................................... . .. . .. . .
lowQualScore : 222 2 7 44444444444444444 4 33 6 0 999 4444 66 55 55 2 55 0 1 5 6 999 7777 6 7 7 7 7 8 0 6 22 7 6 99 9 9 3 5 5 99 77 11 5 99 33333 00000000 5555 5555555 33 55 8 8 11 0000000000 22222222222 1111 11 0 0000 0 4 6 999999 7 000000000 888888888888888 0 2222 5555555 222222222222222222222222 2 999 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 4 4 999999999999999999999999 2222222 7777 4 2222 7 00000 88 11111111111 0 777 9999999 2 44 2 1 666 1 0 55 777 4 1 9 1 11 3333333333 3333333 999 7 99999999999999999999999999999999999999 0 22 7 33 3 7
consensus : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG----TCA------TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--AG-AACACACA-TGAATGATAGGAAA-TTT-A--AA-TCTTAAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTAT----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATATTTTGAGACCTTGACA---------TTTA-------T----T--TT-T----TC-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TAN---TNNATAGAGNTG-------T-----A---------------TCCTGTGT-A-ATA-T------------ATA---------TGT-------CT----CAAATATA----TGTACTTAA--A--TGTAACAGTAAT--ATA--C-T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA-TTTT--T---GTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATCTATCA-----TT-TTA---AT------A----AAAACA---ATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
Reference ( family-393 ) : AACGAAACTTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG----TCA------TTGAGAGNATGAAATGTACAGAACANGCANAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTCAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGNCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATAAATATT-TGATATATTCTGTGATAATA--AG-AACACACA-TGAATGATAGGAAA-TTT-A--AN-TCTTAAA--TGNACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATTAT----A--A---GTAACNT-AATGTATAGC-TT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-GTCCATANAGC-----TACTACAGCCAATATTTTGAGACCTTGACA---------TTTA-------T----T--TT-T----TC-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TAN---TNNATAGAGNTG-------T-----A---------------TCCTGTGT-A-ATA-T------------ATA---------TGT-------CT----CAAATATA----TGTACTTAA--A--TGTAACAGTAAT--ATA--C-T------ATAGT---T------GATAATTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA-TTTT--T---GTGATATTTATCTGTGATANTTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATCTATCTATCA-----TT-TTA---AT------A----AAAACA---ATAAAA-CAT-ACCAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
gi|1 : AACGGAATTTGCTTTTAATAAAG-AAGTAAAAATGCACCTCA------TTAAGAGGATGAAATGTACAGAACAGGCAGGG--TTTATG----TTTA--AT--TA--ATATTGTCAATTATTTTACTACTTC--TG-CAAAGTATTTAAGATT-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAAAATAAATATT-TGATATATTCTGTGAAAATA--AG-TACACAAA-TGAATGTCAGGAAA-GTTAA--AA-CCTTAAA--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTAT----T--A---GTAATCT-AATGTATATT-TC----TTCCCCGTTAT-ATTAG-GTCCATAAAGC-----CACTATAGCCAATTGTTTGAGACTTTA--A---------TTTG------------T--TT-T----TC-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NNN---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNN---------NNN-------NN----NNNNNNNN----NGCACTTAATTAATTATAATAACAAA--ATA--C-T------ATAAT---T------CATAAATATGGA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTATA-TTTT--T---ATGATATTAATCTGTGATGATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATTTTTCTATC-------T-AAA---ATAGCATGA----AAAATA---ATGAAA-CAT--CCAAC--ACCCTCAATCCAGTAG------CTAGGTCTTCATAGATA--TTCT
gi|10 : GAACATGCAAATAATATATTAATATTTT--AT--TA--ATGTTGCCAAT-ATTTTAATACTTT--TG-TATAATATTGCAGAGT-AT--TTGAGATACTAGTATGTATGGCATCATTTAA-GTAT-TTCTGTGATA-ATTAAGTTCAATAT--ACATT-CTATATAATCTTTGATAATa
gi|10 : --T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT-C----A--A---GTAACTT-AAATTATAGC-GT----TTTCATGTTGT-ATTAA-ATC------GC-----TACTACATCCAATATTTTGAGACCTTGACA---------TT-G-------T----TA-TT-T----TC-------A--------T---A-----------AGG-AA---CCCTTCGGTAA---------TAA---TTTAT-GAAAT--------T-----A---------------TCCAGTTT-A-ATA-T------------ATA---------TGT-------CT----CAGATA----------CTTAA-----TGTAACACTAAT--ACA--TGT------ATA-T---T-------ATA-TTATGAA-AAA-T-A-TAT-GTGA-TACTGTGATTTAATATTTGT--------T----TAATA---AGC-GTTATA--TGTTTATATT-CAT--GACAT----------ACATATTC-------AC--GAGTAA-GTCTATCttctttgttttatttcaagtaacttaaattatagcgttttcatgttgtattaaatcgctactacatccaatattttgagaccttgacattgttattttcataaggaacccttcggtaataatttatgaaattatccagtttaatatatatgtctcagatacttaatgtaacactaatacatgtatattatattatgaaaaatatatgtgatactgtgatttaatatttgtttaataagcgttatatgtttatattcatgacatacatattcacgagtaagtctatc
gi|11 : gaacatgcaaataatatattaatattttattaatgttgccaatattttaatacttttgtataatattgcagagtatttgagatactagtatgtatggcatcatttaagtatttctgtgataattaagttcaatatacattctatataatctttgataaCTTTTAAAAAAG-AAGAGAAATTG-----CA------TTAAAAGTGTGAAATGTGCAGAACGAGCAGAT--TGTATT----TTTTTTAT--AA--ATGTTGTCAAT-ATTTTAACACTTC--TG-CAAATTATTCCAGATT-AG--TTCAG----TGA----TATG----CAT-----GTC-------------ATCA-TTCAAGTAT---------------TTCTATCATA------G-CACATATAATGAATGAAAGGAAA-ATT-A--AC-TCTGAAACGTGTATT--ACA-----AAAAAAAC-TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--TTT--------------TACCTT-AAATTATAAC-GT----TTCGTAGTTGT-A
gi|12 : ataacgttattctagtctctaaaacacatttttataatagtagacatagttttgacaattgttatgaacctcaggtagaaagttttacttcaaatgccatatcaagttatttggaacagttttccaagaaaaataaaaacgacgaaaatcagatattCTTTGAAAGAAGGAAATAAA--------TCAATAAAGCTGAGAGGATGATATGTGCAGAACATGTAGAT--TTTTTT----TTCT--AT--TATAATATTGTAAATTATTTTAATACTTC--TG-CAAAGTATTCAATATT-TTTTTTCTG----TGATATGTATGGCATCTTTTAA-GTCG-TTCTGTGATA-ATTAATTTAAATATTAATATT-TTATGTACTCTGTGAAAATA--AG-GAAACATA-TGAATGTTAGGAAAGTTT-A--AA-TCTTAAA--TGAACT--ACA-----GA-------CA----GTCA-------TAGTTGTCCTC--T-TG-T--TTGTTTTTTTTGTA--ATTAT----A--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT--TTAAGGTCTAAAAAGC-----TACTACGG-CAATTTTTTGAAACCTTTATA---------TTTA---------------AT-T----TC-------A--------T---A-----------ATG-AC---TTCATTGCAAA---------
gi|13 : gtaaGTCATCATCCAA-ATCT-TCCTGTGGTC-ATTAATTTCATTATAA--ATT-TGATATATTCTGTGA-A-------------ACA-TGAATAACAGGAAA-TTT-A--AC-TCTTAAG--TGTTCTTCACC-----AG-------TAATTTGTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TCGTTT----------ATTAT------------TA----------------TT----TTCCCTGTTGC-ATAAT-GTCCACATAG--------CTACAGCTAATGTTGTGAGGCCTTGACA---------TTTG-------T----T--TTGT----TT-------A--------T---G-----------AGGTAC---CCAACTAGAAA---------T------------AGGT------------------------------TCGTG-GT-A-ATA-T------------GCA---------TGT-------CT----CAAATATA----TGTACTTAA--T--TTTAACATTAAT--AAA--A-T------ATgaagtct
gi|14 : gTGTAAGACATCATTTAA-GTCT-TTCTTTGATATATTtattcactcaaagactttgaaaatgca
gi|14 : A-------AAATTGTTA-T--TATC-T--TTGTTT------TA---TTAT----A--T---ATAACTT-AAATTATAGC-TTCAGTTTCCCTGTTTT-ATTAA-GTCCATAACGC-----AACAACAGCCAATATTT-GAGGC-----------------------------------TT-T----TC-------A--------C---A-----------AGG-ACGGACCCACAGGAAA---------TATG--TGGGTTATCCTG-------T-----A----------------CTTGTGT-A-AAAGT------------GTA---------CGT-------CC----CAAATATA----TGTAATTAA--A--TACAACAGTCAT--ATA--T-C------ATAGT---G------AATAAATATAAA-AAA-T-A-A---ACAATTACTATGATCTGATATTTGTA-CTTT--tgcatggatgataggaaaattgttattatctttgttttattatatataacttaaattatagcttcagtttccctgttttattaagtccataacgcaacaacagccaatatttgaggcttttcacaaggacggacccacaggaaatatgtgggttatcctgtacttgtgtaaaagtgtacgtcccaaatatatgtaattaaatacaacagtcatatatcatagtgaataaatataaaaaataaacaattactatgatctgatatttgtacttt
gi|15 : tgtaagacatcatttaagtctttctttgatatatttgcatggatgataggAAGCTTAT--TTTATA----TTTT--AT--TA--ACGTTATCAAT-ATTTGAATACCTC--TG-CAAAGTATTCCAGATT-TG--TCCTG----GGATATGTATGGCATCATTCAA-ATCT-TTCAGTGATA-ATTAATTTCATTACAA--ACT-TGATATATTCTGTGATAATA--AA-ATTATACA-CGAATGATAGGAAC-ATT-A--AC-TCTTAAA--TGTACT--ACA-----GAAGTAAT-TG----ATCA-------TAGCTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TACTATTAT----T--A---TTAA-----------AGCTTT----TTCCCTGTT
gi|16 : aacagttttccaagaaatataaaaggaatgaaaaaaatatgcttttaataa---------TTTA-------T----T--TT-CG---TC-------AAGTGCTTCT---A-----------AGG-AC---CC-GTTAGAAAAATAAGTTGTAA---AGCATAGCGGTT-------T-----A---------------TCCTGTGT-A-ATA-T------------ATAAATA-----CGT-------TT----CAAATCTA----TATA----A--C--TGTAACAGCAAT--ATA--C-T------ATAAT---T------GATGATTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTTATATTAGTA-TTTT--T---GTGATA-------------ATTGTTTGGATTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATAA-ATAAATCTATC
gi|17 : tgtT----TTCTTTGTTGT-ATTAA-GTCAATGTAGC-----TACTGCAGCCAATATTTTGAGACGTTATCA---------TTTA-------T----A--TT-T----TC-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NNN---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNNNNNT-----TGT-------CT------AATACA----T--ACTTAA--A--TGTAACAGTAAT--ATAAAT-T------ATAGT---T------AATAATTGCGAA-AA--T-A-T---GTAA-TACTGCGATTTAATATTTGTAGCTTT--T---GTGATA------TGT-----TTGTTT-TA-TTCAT--GAGAT----------ATA-----------------AATAAGATTTATTTGTtaacgattcttttatcagctattatttaaatgactgtaagcaaaattaagct
gi|18 : caACGGACAATGTTTTGAGACATTAATG---------TTTA-------TATATT--TT-T----TC-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NNN---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNN---------NNNNNNNNNNCT----CAAATACA----TGCACCTAA--A--TGTAACAGTGAT--GTA--C-A------ATAAT---C------GATAATTATGAA-AAG-T-G-T---GTAA-TTCTGTAATTTAATAT----A-T---------GTTATATTTATCTGTGATAATTATTTG-ACTTCAT--GACAT----------ATACACTC-------TA--AAATAC-ATATATCTATggatatataacta
gi|19 : taacaaaccctttaC--T--T-AC-C--TTGTTT------C----TCAC----A--T---GT----T-AAACTATA---TT----TT---TGTTATTATTAA-GTCTATACAAC-----TTCTACAGCCAATATCTTGAGACCTTTACA---------TTTA-------T----T--TT-T----TC-------A--------T---ATGTGGNNNNNNNNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NNN---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNA-T------------ATA---------TGT-------CT----CGAATCTT----TGGACTTAA--A--TGTAACAGTAAT--GAA--T-G------ATTGT---A------GACAATTATGAA-AAACT-A-T---TTAA-TACTTTGATTTAATAatct
gi|2 : atatagtggctggtacaAACAAAA-TTGCTTTTAAAAAAG-AAGTAAAATTG----T-A------TTG--------------ACAGGACAAGCAAA---ATCAAT----TTTT--ATGATA--ATATTGACAATAATTTTAATACTTC--TG-CAAATAATTAAAGACA-TT--TTCTG----TGATATGTATGTCAACATTCAA-GTCT-TGCTGTGATA-ATTAATTTAAATACAAATTTT-TGATATATTCATTGATGATA--AG-AACATACA-TGAATGTTAGGAAA-TTTAA--AA-TCTTAAT--TAAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------GAATGATC--T--C-TT-G--TTGTTT------TA--ATTAT----A--AGCGGTGACAT-AATGTA------T----TACCCTG-TGT-AATAca
gi|2 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactgg-------T-----A---------------CCCTGTGT-A-ATA-T------------ATA---------TGC-------CT----CAAATTTA----TGAACCTTA--T--TGTATTAGTAAT--ATA--C-T------TTCAT---T------GATAATTATGAA-T-G-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGCA-TTTT--T---GTGACATTTAATTGTGGTAAATGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------GC--GCATAA-ACCTATCTATtatatgcctcaaatttatgaaccttattgtattagtaatatactttcattgataattatgaatgtatgtaatactgtgatttaatatttgcatttttgtgacatttaattgtggtaaatgtttgtatttcatgacatatataatcgcgcataaacctatctatgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|20 : attttagcctcgaactgaggcgcattcttaaaatagtcgatatagtttttggaaattttcatgtacctcaggtagatagttttatgtcaactggaacaaaattgcttttaaaaaagaagtaaaattgtattgacaggacaagcaaaatcaatttttatgataatattgacaataattttaatacttctgcaaataattaaagacattttctgtgatatgtatgtcaacattcaagtcttgctgtgataattaatttaaatacaaatttttgatatattcattgatgataagaacatacatgaatgttaggaaatttaaaatcttaattaaactacaaatagtcagaatgatctcttgttgttttaattataagcggtgacataatgtatATTTTGAGACCTTGACA---------TTTG-------TGGT-TAATT-T----TC-------A--------T---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NNN---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-NNNNNNNNNCTGAATA---------TAT-------AT----TAAATTTA----TGTAGTTAA--C--TCTACCAGTAAT--ATA----T------CTAGT---TACTGTAGATAATTATGAA-AA----A-T---G-AA-TACTACAATTTTATATTTGTA-TTTT--TTTTGTAA-ATTTATATGCGATATTTGTTTGTA-TTCAT--GACAC----------ATATATTC--------C--AAATAA-ACCTAgtaaaatctacattttttcttacgttttctgattgagaattacattcgcaaaaatgcatatg
gi|21 : -------CC----CAAAGCTA----TGTTCTGAA--A--TTTAACAGTAAT--ATA------------TAGT---T------GATAATTATGAA-AAA-A-AAT---GTAA-CACTGTGATTTG-TA-----A-TTTT--T---GTGATATATATCTGTGATATTTA-TTGTA-TTCAG--GACATATATAAAAAAATATATTC-------AT--GAATAA-ATCTATCT
gi|22 : tactatcaacaatgtagatatatgtgtactttttatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn----TCA------TTGAACATTTAAATTGTATAGAATATACACAT--TATATT----TTTTT-AA--CA--ATGATGTCAAT-ATCTTAAT--TTCAGTG-CA--GTATTCGAAATT-TG--TTCTT----TGAT----ATG-------------------------TA-ATTAATATCAATACAA---TTGTGATACATTCTATCATAATA--AGGAACGTGCG-TGAATGATAGGAAA-TTT-A--A---------------CT--GTA-----AC-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TGGTTT------T---ACCAT----A--G---GTGACTA-AAT-TATGGC--G----TTCTCTGTTGT-
gi|23 : atGTAAT--ACA-----AC-------TA----GACA-------GAGTTGGT--T--T-TC-T--TTGTTT------TA---TTAT----A--A---GTAACAT-AAAGTATAAC-TT----GTCGCTGTTGT-ATTTA-GTCCATATAGC-----TACCACAAACAATATTTTGGGACCTTTATA---------TTTA-------T----A--TT-T----AC-------T--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTGGAAA---------TA
gi|24 : catatttcgtaatgtatatatgaatgtcgatataagtacaATATC--GATATATTCTGTCATAATA--AG-AACACACA-TGAATGATAGGAAA-TTT-T--AA-TCTTAAA-----------CA-----A--------------GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--ATT-T----A--A---AT----------TATTGC-TT------CCCTGTTGT-ATTAA-GTCAATATAGC-----TACTTCAGTCAATATTTTGAGACCTTGATA---------TTTA-------T----G--TT-T----TC-------A--------aggttttctt
gi|25 : ttaagttcatgcatgcaaactggaggGTATGCCATTATTCAA-GTCT-TTCTGTGATT-ATTAAT--------------------ACATTCTATAA-AATA-----------CA-TGAATGATAGGATA-TGT-A--AG-TCTTAAA--TGCACT--ACA-----AC-------TG----GTCA-------GAGTTGTA--T--T-TC-T--TTGTTA------T---ATGAA----A--A---GTGACAT-AAAGTATAGC-AT----TTCCCTGTTGT-ATTAA-ATCCATATAGC-----GGCTTCAGCCAATATGTTGAGA
gi|26 : ATCTA----TGTACTTAA--A--TGTAACAGCAAT--ATA--T-T------ATAGG---T------GATAATTATGAATAAC-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTA-ATTT--T---GTAATATATAGCCGTGATATTTA-TTGT-TTTCAT--GACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATTGATCTATCAATCGTTT-CTAACCAT------A----AAAAC
gi|27 : ACTGTGATTTAATATTTGTA-TTTT--T---TT-ATCTTTATCTGTGATGATTGTTTGTATTCCAT--GACAT----------ATATATTC-------AC--GAATGA-ATCTATCTA--A-----TTAACA---AT------A----AGGA-A---ATAAAATCATGACCAGCcaggagtatattatatt
gi|28 : atctaacaagaagatgttatgaacatcaTTTGCA-TTTT--A---GC-ATATTCATTTGTGATATTTATCTATATTTCATTATATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATatgagatttaac
gi|29 : catactaatatatcaatgatttggtggtttacagttaatggttgttgtacgtgaataaatagtccgcttatatgttttAAACATGCTTT-AAAAACG-AAGTGAAATTGA---TCA------TTGAAAGTATGAAATGTT-----------TAC--TTTCGT----TTTT--AT--TA--ATGTTGTTAA-TATTTCAACATTTC--TT-CAAAGAATTCCAGGAT-TG--CTCTG----T
gi|3 : agtcttatccaaggcataacggaatgcaaaaaa-TTT-A--AAATTTTAGA--TGAACT--ACA-----GA-------TA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T-CT-TG-TTGTTT------TA--ATTATTTTAA--A---GTAACAG-AATGTATAAC-TA----TTTCCTGTTAT-ATCAG-ATCCATAAAGC-----AACTACGGCCAATAGTTTTAGACATTGATA---------TTT--------T----C--TT-T----TC-------A--------A---A-----------AGG-AC---CTCATTGGAAA---------TATAACTAAA-AAAATTT-------T-----T---------------TCCTGTGT-A-ATG-C------------ATA---------TGC-------TT----CAAATATAATTATGTACCTAA--T--TGTAACAGTTATGTATA--C-T------ATAAT---T------GATATTTATGAA-AAA-T-A-T---TTAA-TACTGTGATTTAATATTTGTATTTTT--T---GTGATA-TTACCTGTGATAATTGTTTGTATTTCAT--GACAT----------ATATAATC-------ACTATAATAATGTCTATCTAT-------TT-TTA---AT------AGTGTAAAAAAGATATAAAA-CAc
gi|30 : AATTTA----TGAATGTAA--A--TGTTACAGCAAT--ACA--TGT------ATA-T---T-------ATAATTATGAACAAG-T-A-TAATGTAA-TACTGGGATTTAAT---------TTT--T---GTGATATTTATCTGTGATATTTG-TTGTA-TTCAT--GAccagaatgtgtttattataacacagtggtatatagctgtggcaatctgtttacatctagctgtgctagttctatttttaacacagtactgctgtctgtcaaatatacacacacctcgccggagtatcaaatcctatggatcgggaaagtaggtcttaaaatgtaa
gi|32 : ATATGTAACTCATCATTCAA-GTCT-TTCTG--------TAATTGCAGTACAA--GTT-TGCTTTATTCTGTG---ATA--AG-AACATACA-
gi|33 : GAATGACAGGAAA-TTT-A--AC-TCTCACATGTGTACT--ACAACAGTAA-------AA----GTAA-------GAGTTATC--T--T-TCTT--TTGTTT------T
gi|34 : ATGATAGAAAA-TT--A--AC-TCTTAAA--AGTACT--A-A-----AACAGTTACTA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TA--
gi|35 : TACAGACTATAATTTGAGGCCTTGACA---------TTTA-------T----T--TT-T----TC-------A--------T---A-----------taa
gi|4 : AAACT-GCTTTTAAAAAAT-AAGTA----T-----TCA------TTGAGAGGATGAAATGCACAGAACAAGCATAT--TTTATT----TTTT--AT--TA--ATATTCTTAATTATTTTAATATTTT--TG-CAAAGTATTCAAGATTATT--TTCTG----TTATGTGTATGCCATCATTCAA-GTCT-TTCTGTGATA-ATTAATTTAGATATAAATATT-TTATATATTCTGTGATAATA--AG-AACACGCA-TGGATGTTAAGAAT-TTTAA--AA-TCTTCTG--TGAACT--ACA-----AA-------TA----GTCA-------CAGTTGTT--TACT-TG-T--TTG-TT------CA--ATTAT----T--A---GTAATAT-AATGTATAGC-TT----TCTCCTGTTAT-GTCTG-GTCCATAAAGCTACAGTACTATGGCCAATTATTTGAGACCTTGATA---------TTTATATATT-T----C--TT-T----TC-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCATTTGAAA---------TA-----------AGTTG-------TTAAACA---------------TCCTATGT-A-----------------------------------------T----CAATTATA----TGTAC----------------ATAAT---TA----T------ATAAT---T------GATAATTGTAGA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATCTAATAATTGTT-TTTT--T---GTGATATTTATCAGTGATACTTGTTTGTATTTCAT--TATAT----------ATATATCC-------AC--GAATAA-ATCTATtgt
gi|5 : aT--TA--ATTTT-TCA--TGTTTAAATTTTTC--TTTCCACGAGTTCAGTATT-TG--TTCTG----TGATATGTATGTCATCATTCAAAGTATATTTTG-AATA--TTAATTT---CATAACAATT-TG-----CTCTGGAATAATAGGAG-AACACATA-TGAATAATAAGAAA-ATT-A--AC-TCTTAAA--TGTACT--A-A-----AA-------CA----GTCATTATTCAGAGTTGTC--G--T-TC-T--TTGTTT----------ATTAT----ACAA---G-AGCAT-A-----TAGC-TT----TTCCATGTT-----TAA-TTTC---------------TAAAGTCAATAGTTT-----------------------TA-------C----T--TT-T----TC-------A--------C---G-----------AGG-AC---TCCATAGGAAA---------AAC---GTTATAGAGGTGAATGGAAT-----A---------------TCCTGTGT-A-ACA-T------------ATA---------CGT-------CT----AAAATCTA----TGTAAATAA--A--TGTAACAGT------TA--C-G------GTAGTACAT------TATAGGTATG-A-TAG-A-A-T---GTAA-TACTGTGATTTAAT--------TTCT--T---TTGAAACACATGTTTGATATATGTTT-TATTT-AT--AACAT----------ATATATTC-------AG--GAATAA-ATCTATCTA-CA-----CA-TTA---A
gi|6 : ATCATCCAA-GTCT-TTCTGTGA-----------AACTATAAATATT-TAATGTAATCTGTGATAATA--AG-AACACACA-TGAATGTTAGGAAA-TAA-AGGAA-TCTTAAC--CGAACT--ACA-----AT-------AA----GTCA-------GAGTTGTC--C--T--C-TAGTTGCTT-------A--ATTAT----A--A---GTAATAT-AATGTATACC-TC----TTCCCTGTTAT-ATCAG-GTCCTTTAAGC-----TACTACGGCCAATAGTTTGAGATCTTGATA-----------TA-------T----T--TT-TATTATC-------A--------TNNNN-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NNN---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNN---------NNN-------CT----CAAATATA----TATACTTAA--T--CGTAACAGTAAT--ATA--C-T------ATAAT---T------TAAAAATATGAA-AAA-T-G-T---GTAA-TACTGTGATGTAATATTTGTA-TATC--T---GTGATATTTATTTGTGATAATTGTTTGT---------------------------TATTC-------AC--GAATAA-ATCTATTTAacctttcattgg
gi|7 : atagcaATTCAA-----TT--TTCTG----TCATATGTATGGCATTTTTCAC-ATCT-TTCCATCATA-ATAATTTTAAATATAAGTAGT-TGATATATTCTGTAATAATA--AG-AACACACA-TCAATGCTAAGAAA-TTT-AGAAA-TCTTAAA--TGAACT--ACA-----AA-------TG----TTTA-------T-GTTGT---------------TGTTT------TA--ATTAT----A--A---GTAATTT-AATGTATAGC-TC----TTCCCTGTTAT-ATTAG-GTCCATAAATC-----TACCGCTTCCAATATTTTGAGACCTTGATA---------TTTATATCGTTT----T--TT-T----TCCCCTNNNN--------N---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NNN---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNN---------NNN-------CT----CAA--ATA----TGTACATAA--T--TGTAACAATAAT--ATA--C-T------ATAAG---T------GATAACTATGAA-AAG-T-A-T---GTAA-TACTGTGATTTGATAAT--TA-CTTA--T---AT-ATATTatatctagtattgcattaacatgttgttttaactgaaaaatttgaaagctggatatg
gi|8 : aacaatgaacga-TCTCAAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TAT-ATTA--------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGG-AATATCTTGAGAACATGACATTTACTTTTTTTA-------T----N--NN-N----NN-------N--------N---N-----------NNN-NN---NNNNNNNNNNN---------NNN---NNNNNNNNNNNN-------N-----N---------------NNNNNNNN-N-NNN-N------------NNNNNNNNNNNCTAT-------AT----CAAATATA----TGTACTTAA--A--TAAAACAGTAAT--ATA--T-TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AAA-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA-TTTTCTT---GTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TCCAT-A-----TT-TTA----T------A----A---CA---ATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCTgttcatacattatgtttagaggaaacttattaagtacatatattaag
gi|9 : atttgataaaacattaacccttct-TCTCAAA--TATACT--ACA-----AC-------CA----GTCA-------GAGTTGTC--T--T-TC-T--TTGTTT------TAT-ATTA--------A---ATAGCTTGAAT-TATAGC-TT----TTCCTTGTTGC-ATCGA-GTTCATATAGC-----GACTTTAGC-AATATCTTGAGAACATGACA---------TTTAC------T----T--TT-T----TT-------A--------T---A-----------AGG-AC---CCCGTTGGAAA---------TAC---TTG-TA-AGTTG-------T-----AATATTCAAATGGTTACCCTGTGTTATATA-T------------ATA---------TAT-------CTATATCAAATATA----TGTACTTAA--A--TAAAACAGTAAT--ATA--T-TTTACATGTAGT---C------GATAATAACGAA-AAA-TTA-T---GAGA-TACTGTGATTTAATATATGTA-TTTTCTT---GTTATATTTATTTGTGATATTTATTTGTATCT-AT--GGCAT----------ATATATTCTATCTTTAC----ATGA-ACAT-TCCAT-A-----TT-TTA----T------A----A---CA---ATAAAA-CAT-ACTAACCTATCCTCTAT--AGAAGAGAGTTTTAAATCCTTATAAATAGTTTCT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTGTATCGACAAACGCTGTACAAGAAAATAAGTGCTACGAATACCAATCCAGCCATTCTGTCTAATATACACACATACGTTCTAATAATG