lowQualScore : 1111 8888888888888888888 1 1 1 1
lowQualScore : 3 0 7777 6 4 4 666 2222222222222222222 444 33 2 1 7777777 33 2 2 2 5 2 2 2 4 333 2 888888888 3 2 2 77777777 9
lowQualScore : . . .... . . . ... ................... ... .. . . ....... .. . . . . . . . . ... . ......... . . . ........ .
lowQualScore : 4 5 0000 4 0 0 444 5555555555555555555 777 22 2 0 2222222 11 2 2 8 0 9 2 2 0 999 2 444444444 9 0 0 22222222 3
consensus : TTAACAGATATCTTAAATAT---GAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCA---GTTAA-A---N----TT-----TTGCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCTAA-TGTAGGTTATAGTGGTAAACTCAT-T-TAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-T--------ATGAGAAATTTCACCAGACT
Reference ( gi|4 ) : TTAACAAATATCTTAAATAG---GAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCA---GTT-------T----TT-----TTGCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAATGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCTCA-TGTAGGATATAGTGGTAAACTCAT-T-TAGCCTGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACATGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-T--------ATGAGTAATTTCACCAGACT
gi|2 : TCAACAGATGTCTTAAATAT---GAATGCTTTTG-TTAT-TATCTCGTCCA---GTTAACA---C----TT-----TTGCTTGTGGTGGCCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTAAACT-------AT--TT-T-TTGGTAACCGATTGTTTCTAA-TGTAGGTTATAGCAGTTAACTCAT-T-TAGCCCGGTTG---CCGTTCATA-A---------ACACGCCGTACCTCTTACATCGATTTCTAG-CACAT-A-T--------ATGAGAAATTTCACCAGA
gi|6 : TCAACAGATAGCTTACATAG---GAATG---------AT-T--CTTGTCCA---GTT-------AAAAATT-----TTGCTTGTAGTGACCTTTGACCTTTT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCATAT-------AT--TA-T-TTGGCAACCGATTGTTCCTAA-TGAAGGTTAAAGTGGTAAACTTGT-A-TTGCCCGGTTT---CCGTCCAAG-A---------ACATGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTTAA-T--------ATGAGAAATGTCACCAGA
gi|8 : aTTAACATATATCTTAAATAT---CAATGTTTTTTTGTAT-TATCTCGTCCA---GTTAAGAAA-T----AT-----TTG----TGGTGACCTTT------AT---AACTCAGT--A-AAAAGGTAAAAT-------AC--AT-------------ATTGTTTCTAA-TGCAGGTTACAATGGCACACTCAT-T-TAACCCGGTTG---CTTTCCATG-A---------ACACGCCATACCTCACGCATCGATTTCTAGCAACGT-A-T--------ATGAAATATTTCACCAG
gi|12 : TTAACAGGTATCTTAAACAT---GAATATTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCA---CTTAAAA---A----TT-----TTGCTTGTGGTGACCATTGACCTTGT---AACTCACT--CAAAAAGGTCAAA---------------T-TTAGC--CCGGTTG
gi|7 : aTAGCAAATGTCTTAAAAAT---GAACA-TTTTG-GTAT-TATTTTGTCCA---GTTAAAAAAAT----T-----------------GACCTTTGACCTTAT---AAATCAGT--C-GAAAGGTCAAAT-------AT--GT-T-TTGGTAACCGATTGTTTTTTAATGTAGGTTATAATGGTAAACTCAT-T-TAGCCCGGTTG---CTGTCCGTG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCAAGCCGCAC-A-T--------ATGAGAAATTTCACCAGccgtccatgaacacgccgtacctcatgcatcgatttctagccacttacgagagaaatt
gi|5 : aAACAAATGTCTCAAATAT---GAATACTATTG-GTAT-TATCTCGTCCACTTATT-------T----TT-----TTGCCTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AATTCAGT--C-ATAATGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCTAA-TGTAGGATATAGCGGTGAATTCAT-T-AATCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAG-A-T--------TTGAGAAATTTCACt
gi|1 : cAACAGATTTCTTAAATGT---GAATATTTTTG-CTAT-AAATTCGTTCA---TTTAAAA---T----TT-----TCGCTGGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AAATCAGT--C-AAACGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTTGAA-TGTAGGGCATAGTGGCAAACTCAT-T-TAGCCTGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGCACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTT-A-T--------ATGAGAAATTTCAACAGACTaa
gi|3 : aaccAACAA---TCT--AATAGTATGAATGCTATTG-GTAT-TATCTCGTCCA---GTT-------AAAAATT-----TTGCTTGAGGTGACCTGTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------ATCTTT-T-TTAGCAACCGATTGTTAATAA-TGTAAGATATAGTGTTTAACTCAT-T-TAGCCCGGTTA---CCGTCCATG-A---------ACACGTCATATTTCGTGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-T--------TTGAGACATTTCACCTGA
gi|9 : AACATATATTTCAAATTT---GAAGGCTTTTG-GTATGTGTCCCTTTCG---GAT-------GAAAATT-----TCGCTTGTTAT----TCTGAC----------CTCCGT--C-AAGATGTCAAATCTGTCAGAT--TT-T-GT-----CCGATGCCTTCTTG-TGTATGATACTGT---------ATGT-TA-CCTGG-CGAAACCGTCCATA-A---------CCATG--------CATGTGTTTGTTTT---CGACA--A----------ATGAGAAGTTACACCAGACT
gi|11 : cTATATTAAATGT---GAATGTTTTAA-GTAT-TATATCGTCCA---GTT--------------AAAAATTGCTTG------------ACCTTAT---A---------------TATCAAAT-------GT--TT-T-TTGGCAACCGAATATTTCTAA-TAAAAGTTAGAGTGGTAATCT-AT-TGCACCCTG-TTG---CCGTTCATG-A---------ACATGCTGTACCTCGTGCATTG------------AT-A-T--------ATGAA-AATGCCACCAGACTat
gi|10 : gCTCGTCCA---GTTAACA---T----TT-----TTGCTTGTGGTGGCCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTAAAAT-------AT--TT-T-TTGGTAACCGATTGTTTCTAA-TGTAGGTTATAGCGGTTAACTCAT-T-TAGCTCGGTTG---CCGTTCATA-A---------ACACGCCGTACCTCTTACATCGATTTCTAGCCACAT-A-T--------ATGAGAAATTTCACCAGA
gi|14 : TTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---TACTCAGT--C-AAAAGGTCAGCT-------AT--TT-T-CTGGCAACAGATTGTTTCATA-TGTAGGTTATAGTGGTTATCTTAT-C-AAGCCCGGTTG---CCGTTCATG-A------------------ACTTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-T--------TTGAGAAGTTTCACTAGA
gi|13 : TGTGGTGACCTTTTTACTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--AG-T-TTGGAAACCGATTTTTTCGAA-TGTAGGTTATGGTGGAAAACTCAT-T-TAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCATACCTCATGCATCTATTT-TAGCTACTT-A-T--------ATGAG-AATTT
gi|20 : ACCTTTGATCTCATCCAAAC-CAGTCCC-CGGAGGTAAAAT-------AT--AT-T-TTGGT-ATCGGTTGTTTtg
gi|15 : cgttcactcaaaagaaCTTGT---AACTTAAT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TC-T-TTGGCAACCGATTGTTTTTTAATGTAGGTTATATTGATAAACTTAT-T-TAGCCCGGTTG---CCGTCCATGAA---------ACACGCTGTACAGCATGCATCGGTTTCCAGCCACAT-T-T--------TTGAGAAATTTCAt
gi|21 : GT--T-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-TTTTGGCAACCGATTGTTTTTGA-TGTAGGTTATAGT
gi|16 : t--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-CTGGCAACCGATTGTTTCTAA-TGTAGGTTATTGCGGTAAACTCAT-T-TATCCCAGTTG---CCGTCCATG-AACACACCGTACACACCGTACCTCATGCATTAATTTCTAGCCACAT-ATT--------ATGAGAAATTTCACCAGa
gi|17 : -AAAAGGTCAA----------T--TTAT-TTGACAATCGATTGTTTCTAG-TGTAGG---------TAAACTCAT-T-TAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACATGCCGTACTTCATGCATCGACTTTTAGCCACAT-A-T--------ATCAGAAATTTCACCAGACT
gi|18 : GTGGTAAACCCAT-T-TTGCCGGGTTG---CCGTCCATG-A---------TCACGCCGCACTACGTGCGTCGATTTCTAACCACAT-A-TTTCGCGAAATGA-T-ATTTCATCAa
gi|19 : ttTCAT-T-TAGCCCGGTTG---CCGTCAATG-A---------ACACGCCGTACCACATGCATCGATTTTTAGCCACAT-A-T--------ATAAA-AATGTCACCct
gi|12 : aaAT-T-TAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTT-A-C--------GAGAGAAATTc
gi|22 : attaacaggtatcttaaacatgaatatttttggtattatctcgtccacttaaaaattttgcttgtggtgaccattgaccttgtaactcactcaaaaaggtcaa---------ACAAGCCATACCCCATGCAGCGATTTTTAGCGTCAT-A-T--------AT
gi|23 : CATGTATCGATTTCTGGCCACAT-A-T--------TGGAGAAATTTaga
Alignments
lowQualScore : 1111111
lowQualScore : 4 3 4 3 3 3 3 9999999 3 444 33 2 6666666 22 2 2 4 2 333 2 888888888 1 1 1 55555
lowQualScore : . . . . . . . ....... . ... .. . ....... .. . . . . ... . ......... . . . .....
lowQualScore : 8 6 9 6 6 3 3 9999999 3 444 11 1 8888888 99 1 1 7 1 777 1 000000000 9 9 9 00000
consensus : TTAACAGATATCTTA-AATATGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AA---TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGACT
Reference ( family-3868 ) : TTAACAGATATCTTA-AATATGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AN---TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGACT
gi|1 : AACAGATTTCTTA-AATGTGAATATTTTTG-CTAT-AAATTCGTTCAT-TT-AA--AA---TTTTCGCTGGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AAATCAGT--C-AAACGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTTG-AATGTAGGGCATAGTGGCAAACTCAT-TTAGCCTGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGCACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCAACAGACT
gi|10 : aaccCTCGTCCAG-TT-AAC-AT---TTTT-GCTTGTGGTGGCCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTAAAAT-------AT--TT-T-TTGGTAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGCGGTTAACTCAT-TTAGCTCGGTTG---CCGTTCATA-A---------ACACGCCGTACCTCTTACATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGA
gi|11 : TATATTA-AATGTGAATGTTTTAA-GTAT-TATATCGTCCAG-TT-AA--AA---ATT--GCTTG------------ACCTTAT---A---------T-A-----TCAAAT-------GT--TT-T-TTGGCAACCGAATATTTCT-AATAAAAGTTAGAGTGGTAATCT-AT-TGCACCCTGTTG---CCGTTCATG-A---------ACATGCTGTACCTCGTGCATTG------------AT-A-TAT-GA-AA-----ATGCCACCAGACT
gi|12 : gTTAACAGGTATCTTA-AACATGAATATTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAC-TTAAA--AA---TTTT-GCTTGTGGTGACCATTGACCTTGT---AACTCACT--CAAAAAGGTCAAA---------------T-TTAGC--CCGGTTG
gi|12 : aAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTT-A-CGA-GAGAA-----ATTccgtccatgaacacgccgtacctcatgcatcgatttctagccacttacgagagaaatt
gi|13 : attaacaggtatcttaaacatgaatatttttggtattatctcgtccacttaaaaattttgcttgtggtgaccattgaccttgtaactcactcaaaaaggtcaaTGTGGTGACCTTTTTACTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--AG-T-TTGGAAACCGATTTTTTCG-AATGTAGGTTATGGTGGAAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCATACCTCATGCATCTATTT-TAGCTACTT-A-TAT-GAGAA-----TTTT
gi|14 : TTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---TACTCAGT--C-AAAAGGTCAGCT-------AT--TT-T-CTGGCAACAGATTGTTTCA-TATGTAGGTTATAGTGGTTATCTTAT-CAAGCCCGGTTG---CCGTTCATG-A------------------ACTTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TTT-GAGAA-----GTTTCACTAGAg
gi|15 : CTTGT---AACTTAAT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TC-T-TTGGCAACCGATTGTTTTTTAATGTAGGTTATATTGATAAACTTAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATGAA---------ACACGCTGTACAGCATGCATCGGTTTCCAGCCACAT-T-TTT-GAGAA-----ATTTCA
gi|16 : --C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-CTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATTGCGGTAAACTCAT-TTATCCCAGTTG---CCGTCCATG-AACACACCGTACACACCGTACCTCATGCATTAATTTCTAGCCACAT-ATTAT-GAGAA-----ATTTCACCAG
gi|17 : -AAAAGGTCAA----------T--TTAT-TTGACAATCGATTGTTTCT-AGTGTAGGT---------AAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACATGCCGTACTTCATGCATCGACTTTTAGCCACAT-A-TAT-CAGAA-----ATTTCACCAGACT
gi|18 : GTGGTAAACCCAT-TTTGCCGGGTTG---CCGTCCATG-A---------TCACGCCGCACTACGTGCGTCGATTTCTAACCACAT-A-TTTCGCGAAATGATATTTCATCAa
gi|19 : ttTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCAATG-A---------ACACGCCGTACCACATGCATCGATTTTTAGCCACAT-A-TAT--AAAA-----ATGTCACCct
gi|2 : aaTCAACAGATGTCTTA-AATATGAATGCTTTTG-TTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AAC-AC---TTTT-GCTTGTGGTGGCCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTAAACT-------AT--TT-T-TTGGTAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGCAGTTAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTTCATA-A---------ACACGCCGTACCTCTTACATCGATTTCTAG-CACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGAc
gi|20 : ACCTTTGATCTCATCCAAAC-CAGTCCC-CGGAGGTAAAAT-------AT--AT-T-TTGGT-ATCGGTTGTTT
gi|21 : cgttcactcaaaagaaGT--T-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-TTTTGGCAACCGATTGTTTTT-GATGTAGGTTATAGTt
gi|22 : t---------ACAAGCCATACCCCATGCAGCGATTTTTAGCGTCAT-A-TAT--AGAa
gi|23 : CATGTATCGATTTCTGGCCACAT-A-TTG-GAGAA-----ATTT
gi|3 : ttcAACA---ATCTAATAGTATGAATGCTATTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AAA--TTTT-GCTTGAGGTGACCTGTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------ATCTTT-T-TTAGCAACCGATTGTTAAT-AATGTAAGATATAGTGTTTAACTCAT-TTAGCCCGGTTA---CCGTCCATG-A---------ACACGTCATATTTCGTGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TTT-GAGAC-----ATTTCACCTGA
gi|4 : TTAACAAATATCTTA-AATAGGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT------T---TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAATGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-CATGTAGGATATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCTGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACATGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGTA-----ATTTCACCAGACT
gi|5 : AACAAATGTCTCA-AATATGAATACTATTG-GTAT-TATCTCGTCCAC-TT-AT--TT---TTTT-GCCTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AATTCAGT--C-ATAATGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGATATAGCGGTGAATTCAT-TAATCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAG-A-TTT-GAGAA-----ATTTCAC
gi|6 : cTCAACAGATAGCTTA-CATAGGAATG---------AT-T--CTTGTCCAG-TT-AA--AAA--TTTT-GCTTGTAGTGACCTTTGACCTTTT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCATAT-------AT--TA-T-TTGGCAACCGATTGTTCCT-AATGAAGGTTAAAGTGGTAAACTTGT-ATTGCCCGGTTT---CCGTCCAAG-A---------ACATGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTTAA-TAT-GAGAA-----ATGTCACCAGAaa
gi|7 : aTAGCAAATGTCTTA-AAAATGAACA-TTTTG-GTAT-TATTTTGTCCAG-TT-AA--AAAAATT------------GACCTTTGACCTTAT---AAATCAGT--C-GAAAGGTCAAAT-------AT--GT-T-TTGGTAACCGATTGTTTTTTAATGTAGGTTATAATGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CTGTCCGTG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCAAGCCGCAC-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAG
gi|8 : aTTAACATATATCTTA-AATATCAATGTTTTTTTGTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AAGAAA---TATT----TGTGGTGACCTTT------AT---AACTCAGT--A-AAAAGGTAAAAT-------AC--AT-------------ATTGTTTCT-AATGCAGGTTACAATGGCACACTCAT-TTAACCCGGTTG---CTTTCCATG-A---------ACACGCCATACCTCACGCATCGATTTCTAGCAACGT-A-TAT-GAAAT-----ATTTCACCAGt
gi|9 : AACATATATTTCA-AATTTGAAGGCTTTTG-GTATGTGTCCCTTTCGGATG-AA--AA---TTTC-GCTTGTTAT----TCTGAC----------CTCCGT--C-AAGATGTCAAATCTGTCAGAT--TT-T-GT-----CCGATGCCTTCT-TGTGTATG--ATACTG-------TATGTTA-CCTGG-CGAAACCGTCCATA-A---------CCATG--------CATGTGTTTGTTTT---CGACA--A--AT-GAGAA-----GTTACACCAGACT
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 4 3 4 3 3 3 3 44 555 6 444 33 2 6666666 22 2 2 4 2 333 2 888888888 1 1 1 55555
lowQualScore : . . . . . . . .. ... . ... .. . ....... .. . . . . ... . ......... . . . .....
lowQualScore : 8 6 9 6 6 3 3 66 888 7 444 11 1 8888888 99 1 1 7 1 777 1 000000000 9 9 9 00000
consensus : TTAACAGATATCTTA-AATATGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AA---TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGACT
Reference ( family-3868 ) : TTAACAGATATCTTA-AATATGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AA---TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGACT
gi|1 : AACAGATTTCTTA-AATGTGAATATTTTTG-CTAT-AAATTCGTTCAT-TT-AA--AA---TTTTCGCTGGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AAATCAGT--C-AAACGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTTG-AATGTAGGGCATAGTGGCAAACTCAT-TTAGCCTGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGCACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCAACAGACT
gi|10 : aaccCTCGTCCAG-TT-AA--CA---TTTTTGCTTGTGGTGGCCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTAAAAT-------AT--TT-T-TTGGTAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGCGGTTAACTCAT-TTAGCTCGGTTG---CCGTTCATA-A---------ACACGCCGTACCTCTTACATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGA
gi|11 : TATATTA-AATGTGAATGTTTTAA-GTAT-TATATCGTCCAG-TT-AA--AA---ATT--GCTTG------------ACCTTAT---A---------T-A-----TCAAAT-------GT--TT-T-TTGGCAACCGAATATTTCT-AATAAAAGTTAGAGTGGTAATCT-AT-TGCACCCTGTTG---CCGTTCATG-A---------ACATGCTGTACCTCGTGCATTG------------AT-A-TAT-GA-AA-----ATGCCACCAGACT
gi|12 : gTTAACAGGTATCTTA-AACATGAATATTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAC-TTAAA--AA---TTTT-GCTTGTGGTGACCATTGACCTTGT---AACTCACT--CAAAAAGGTCAAA---------------T-TTAGC--CCGGTTG
gi|12 : aAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTT-A-CGA-GAGAA-----ATTccgtccatgaacacgccgtacctcatgcatcgatttctagccacttacgagagaaatt
gi|13 : attaacaggtatcttaaacatgaatatttttggtattatctcgtccacttaaaaattttgcttgtggtgaccattgaccttgtaactcactcaaaaaggtcaaTGTGGTGACCTTTTTACTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--AG-T-TTGGAAACCGATTTTTTCG-AATGTAGGTTATGGTGGAAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCATACCTCATGCATCTATTT-TAGCTACTT-A-TAT-GAGAA-----TTTT
gi|14 : TTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---TACTCAGT--C-AAAAGGTCAGCT-------AT--TT-T-CTGGCAACAGATTGTTTCA-TATGTAGGTTATAGTGGTTATCTTAT-CAAGCCCGGTTG---CCGTTCATG-A------------------ACTTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TTT-GAGAA-----GTTTCACTAGAg
gi|15 : CTTGT---AACTTAAT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TC-T-TTGGCAACCGATTGTTTTTTAATGTAGGTTATATTGATAAACTTAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATGAA---------ACACGCTGTACAGCATGCATCGGTTTCCAGCCACAT-T-TTT-GAGAA-----ATTTCA
gi|16 : --C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-CTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATTGCGGTAAACTCAT-TTATCCCAGTTG---CCGTCCATG-AACACACCGTACACACCGTACCTCATGCATTAATTTCTAGCCACAT-ATTAT-GAGAA-----ATTTCACCAG
gi|17 : -AAAAGGTCAA----------T--TTAT-TTGACAATCGATTGTTTCT-AGTGTAGGT---------AAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACATGCCGTACTTCATGCATCGACTTTTAGCCACAT-A-TAT-CAGAA-----ATTTCACCAGACT
gi|18 : GTGGTAAACCCAT-TTTGCCGGGTTG---CCGTCCATG-A---------TCACGCCGCACTACGTGCGTCGATTTCTAACCACAT-A-TTTCGCGAAATGATATTTCATCAa
gi|19 : ttTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCAATG-A---------ACACGCCGTACCACATGCATCGATTTTTAGCCACAT-A-TAT--AAAA-----ATGTCACCct
gi|2 : aaTCAACAGATGTCTTA-AATATGAATGCTTTTG-TTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--CAC--TTTT-GCTTGTGGTGGCCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTAAACT-------AT--TT-T-TTGGTAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGCAGTTAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTTCATA-A---------ACACGCCGTACCTCTTACATCGATTTCTAG-CACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGAc
gi|20 : ACCTTTGATCTCATCCAAAC-CAGTCCC-CGGAGGTAAAAT-------AT--AT-T-TTGGT-ATCGGTTGTTT
gi|21 : cgttcactcaaaagaaGT--T-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-TTTTGGCAACCGATTGTTTTT-GATGTAGGTTATAGTt
gi|22 : t---------ACAAGCCATACCCCATGCAGCGATTTTTAGCGTCAT-A-TAT--AGAa
gi|23 : CATGTATCGATTTCTGGCCACAT-A-TTG-GAGAA-----ATTT
gi|3 : ttcAACA---ATCTAATAGTATGAATGCTATTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AAA--TTTT-GCTTGAGGTGACCTGTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------ATCTTT-T-TTAGCAACCGATTGTTAAT-AATGTAAGATATAGTGTTTAACTCAT-TTAGCCCGGTTA---CCGTCCATG-A---------ACACGTCATATTTCGTGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TTT-GAGAC-----ATTTCACCTGA
gi|4 : TTAACAAATATCTTA-AATAGGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-T--------TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAATGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-CATGTAGGATATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCTGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACATGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGTA-----ATTTCACCAGACT
gi|5 : AACAAATGTCTCA-AATATGAATACTATTG-GTAT-TATCTCGTCCAC-TT-AT--TT---TTTT-GCCTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AATTCAGT--C-ATAATGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGATATAGCGGTGAATTCAT-TAATCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAG-A-TTT-GAGAA-----ATTTCAC
gi|6 : cTCAACAGATAGCTTA-CATAGGAATG---------AT-T--CTTGTCCAG-TT-AA--AAA--TTTT-GCTTGTAGTGACCTTTGACCTTTT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCATAT-------AT--TA-T-TTGGCAACCGATTGTTCCT-AATGAAGGTTAAAGTGGTAAACTTGT-ATTGCCCGGTTT---CCGTCCAAG-A---------ACATGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTTAA-TAT-GAGAA-----ATGTCACCAGAaa
gi|7 : aTAGCAAATGTCTTA-AAAATGAACA-TTTTG-GTAT-TATTTTGTCCAG-TT-AA--AAAAATT------------GACCTTTGACCTTAT---AAATCAGT--C-GAAAGGTCAAAT-------AT--GT-T-TTGGTAACCGATTGTTTTTTAATGTAGGTTATAATGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CTGTCCGTG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCAAGCCGCAC-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAG
gi|8 : aTTAACATATATCTTA-AATATCAATGTTTTTTTGTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AAGAAA---TATT----TGTGGTGACCTTT------AT---AACTCAGT--A-AAAAGGTAAAAT-------AC--AT-------------ATTGTTTCT-AATGCAGGTTACAATGGCACACTCAT-TTAACCCGGTTG---CTTTCCATG-A---------ACACGCCATACCTCACGCATCGATTTCTAGCAACGT-A-TAT-GAAAT-----ATTTCACCAGt
gi|9 : AACATATATTTCA-AATTTGAAGGCTTTTG-GTATGTGTCCCTTTCGGATG-AA--AA---TTTC-GCTTGTTAT----TCTGAC----------CTCCGT--C-AAGATGTCAAATCTGTCAGAT--TT-T-GT-----CCGATGCCTTCT-TGTGTATG--ATACTG-------TATGTTA-CCTGG-CGAAACCGTCCATA-A---------CCATG--------CATGTGTTTGTTTT---CGACA--A--AT-GAGAA-----GTTACACCAGACT
blockSeqs : G T T T G A A GA AAA T CCA CC A CTGTCAG CT A T T G AAA A ACACACCGT A T C ATGAT
blockSeqs : G . T . . . . . C . . . . . . . . T . . . . . . . .
blockSeqs : A . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . C . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons :
originalCons : TTAACAGATATCTTA-AATATGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AA---TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGACT
finalCons : TTAACAGATATCTTA-AATATGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AA---TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGACT
Alignments
lowQualScore : 111
lowQualScore : 4 3 4 3 3 3 3 44 555 6 444 33 2 6666666 22 2 2 4 2 333 2 888888888 1 1 1 55555
lowQualScore : . . . . . . . .. ... . ... .. . ....... .. . . . . ... . ......... . . . .....
lowQualScore : 8 6 9 6 6 3 3 66 888 7 444 11 1 8888888 99 1 1 7 1 777 1 000000000 9 9 9 00000
consensus : TTAACAGATATCTTA-AATATGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AA---TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGACT
Reference ( family-3868 ) : TTAACAGATATCTTA-AATATGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AA---TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGACT
gi|1 : AACAGATTTCTTA-AATGTGAATATTTTTG-CTAT-AAATTCGTTCAT-TT-AA--AA---TTTTCGCTGGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AAATCAGT--C-AAACGGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTTG-AATGTAGGGCATAGTGGCAAACTCAT-TTAGCCTGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGCACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCAACAGACT
gi|10 : aaccCTCGTCCAG-TT-AA--CA---TTTTTGCTTGTGGTGGCCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTAAAAT-------AT--TT-T-TTGGTAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGCGGTTAACTCAT-TTAGCTCGGTTG---CCGTTCATA-A---------ACACGCCGTACCTCTTACATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGA
gi|11 : TATATTA-AATGTGAATGTTTTAA-GTAT-TATATCGTCCAG-TT-AA--AA---ATT--GCTTG------------ACCTTAT---A---------T-A-----TCAAAT-------GT--TT-T-TTGGCAACCGAATATTTCT-AATAAAAGTTAGAGTGGTAATCT-AT-TGCACCCTGTTG---CCGTTCATG-A---------ACATGCTGTACCTCGTGCATTG------------AT-A-TAT-GA-AA-----ATGCCACCAGACT
gi|12 : gTTAACAGGTATCTTA-AACATGAATATTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAC-TTAAA--AA---TTTT-GCTTGTGGTGACCATTGACCTTGT---AACTCACT--CAAAAAGGTCAAA---------------T-TTAGC--CCGGTTG
gi|12 : aAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTT-A-CGA-GAGAA-----ATTccgtccatgaacacgccgtacctcatgcatcgatttctagccacttacgagagaaatt
gi|13 : attaacaggtatcttaaacatgaatatttttggtattatctcgtccacttaaaaattttgcttgtggtgaccattgaccttgtaactcactcaaaaaggtcaaTGTGGTGACCTTTTTACTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--AG-T-TTGGAAACCGATTTTTTCG-AATGTAGGTTATGGTGGAAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCATACCTCATGCATCTATTT-TAGCTACTT-A-TAT-GAGAA-----TTTT
gi|14 : TTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---TACTCAGT--C-AAAAGGTCAGCT-------AT--TT-T-CTGGCAACAGATTGTTTCA-TATGTAGGTTATAGTGGTTATCTTAT-CAAGCCCGGTTG---CCGTTCATG-A------------------ACTTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TTT-GAGAA-----GTTTCACTAGAg
gi|15 : CTTGT---AACTTAAT--C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TC-T-TTGGCAACCGATTGTTTTTTAATGTAGGTTATATTGATAAACTTAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATGAA---------ACACGCTGTACAGCATGCATCGGTTTCCAGCCACAT-T-TTT-GAGAA-----ATTTCA
gi|16 : --C-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-T-CTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATTGCGGTAAACTCAT-TTATCCCAGTTG---CCGTCCATG-AACACACCGTACACACCGTACCTCATGCATTAATTTCTAGCCACAT-ATTAT-GAGAA-----ATTTCACCAG
gi|17 : -AAAAGGTCAA----------T--TTAT-TTGACAATCGATTGTTTCT-AGTGTAGGT---------AAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACATGCCGTACTTCATGCATCGACTTTTAGCCACAT-A-TAT-CAGAA-----ATTTCACCAGACT
gi|18 : GTGGTAAACCCAT-TTTGCCGGGTTG---CCGTCCATG-A---------TCACGCCGCACTACGTGCGTCGATTTCTAACCACAT-A-TTTCGCGAAATGATATTTCATCAa
gi|19 : ttTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTCAATG-A---------ACACGCCGTACCACATGCATCGATTTTTAGCCACAT-A-TAT--AAAA-----ATGTCACCct
gi|2 : aaTCAACAGATGTCTTA-AATATGAATGCTTTTG-TTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--CAC--TTTT-GCTTGTGGTGGCCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTAAACT-------AT--TT-T-TTGGTAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGTTATAGCAGTTAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CCGTTCATA-A---------ACACGCCGTACCTCTTACATCGATTTCTAG-CACAT-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAGAc
gi|20 : ACCTTTGATCTCATCCAAAC-CAGTCCC-CGGAGGTAAAAT-------AT--AT-T-TTGGT-ATCGGTTGTTT
gi|21 : cgttcactcaaaagaaGT--T-AAAAGGTCAAAT-------AT--TT-TTTTGGCAACCGATTGTTTTT-GATGTAGGTTATAGTt
gi|22 : t---------ACAAGCCATACCCCATGCAGCGATTTTTAGCGTCAT-A-TAT--AGAa
gi|23 : CATGTATCGATTTCTGGCCACAT-A-TTG-GAGAA-----ATTT
gi|3 : ttcAACA---ATCTAATAGTATGAATGCTATTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AA--AAA--TTTT-GCTTGAGGTGACCTGTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCAAAT-------ATCTTT-T-TTAGCAACCGATTGTTAAT-AATGTAAGATATAGTGTTTAACTCAT-TTAGCCCGGTTA---CCGTCCATG-A---------ACACGTCATATTTCGTGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TTT-GAGAC-----ATTTCACCTGA
gi|4 : TTAACAAATATCTTA-AATAGGAATGCTTTTG-GTAT-TATCTCGTCCAG-TT-T--------TTTT-GCTTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AACTCAGT--C-AAAATGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-CATGTAGGATATAGTGGTAAACTCAT-TTAGCCTGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACATGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAT-A-TAT-GAGTA-----ATTTCACCAGACT
gi|5 : AACAAATGTCTCA-AATATGAATACTATTG-GTAT-TATCTCGTCCAC-TT-AT--TT---TTTT-GCCTGTGGTGACCTTTGACCTTAT---AATTCAGT--C-ATAATGTCAAAT-------AT--TT-T-TTGGCAACCGATTGTTTCT-AATGTAGGATATAGCGGTGAATTCAT-TAATCCCGGTTG---CCGTCCATG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACAG-A-TTT-GAGAA-----ATTTCAC
gi|6 : cTCAACAGATAGCTTA-CATAGGAATG---------AT-T--CTTGTCCAG-TT-AA--AAA--TTTT-GCTTGTAGTGACCTTTGACCTTTT---AACTCAGT--C-AAAAGGTCATAT-------AT--TA-T-TTGGCAACCGATTGTTCCT-AATGAAGGTTAAAGTGGTAAACTTGT-ATTGCCCGGTTT---CCGTCCAAG-A---------ACATGCCGTACCTCATGCATCGATTTCTAGCCACTTAA-TAT-GAGAA-----ATGTCACCAGAaa
gi|7 : aTAGCAAATGTCTTA-AAAATGAACA-TTTTG-GTAT-TATTTTGTCCAG-TT-AA--AAAAATT------------GACCTTTGACCTTAT---AAATCAGT--C-GAAAGGTCAAAT-------AT--GT-T-TTGGTAACCGATTGTTTTTTAATGTAGGTTATAATGGTAAACTCAT-TTAGCCCGGTTG---CTGTCCGTG-A---------ACACGCCGTACCTCATGCATCGATTTCAAGCCGCAC-A-TAT-GAGAA-----ATTTCACCAG
gi|8 : aTTAACATATATCTTA-AATATCAATGTTTTTTTGTAT-TATCTCGTCCAG-TT-AAGAAA---TATT----TGTGGTGACCTTT------AT---AACTCAGT--A-AAAAGGTAAAAT-------AC--AT-------------ATTGTTTCT-AATGCAGGTTACAATGGCACACTCAT-TTAACCCGGTTG---CTTTCCATG-A---------ACACGCCATACCTCACGCATCGATTTCTAGCAACGT-A-TAT-GAAAT-----ATTTCACCAGt
gi|9 : AACATATATTTCA-AATTTGAAGGCTTTTG-GTATGTGTCCCTTTCGGATG-AA--AA---TTTC-GCTTGTTAT----TCTGAC----------CTCCGT--C-AAGATGTCAAATCTGTCAGAT--TT-T-GT-----CCGATGCCTTCT-TGTGTATG--ATACTG-------TATGTTA-CCTGG-CGAAACCGTCCATA-A---------CCATG--------CATGTGTTTGTTTT---CGACA--A--AT-GAGAA-----GTTACACCAGACT