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originalCons : ATATTTTTATTTCGTATATTACAACAA-----T-ACA----ATA------TAT-T------TGTACA-CAATATG-AAAAGG---AT----CA----G---A----A----AGA-----TTAAATCTTA---TAG---AGTTCTTATC-CAAAATGTGAAATTTGTTGACATAAAAATAGCGGTA-A--TTTACTTTATGAATATGTTT--AACAGTTGGTATG-----ACT-TTAA--G---TTA-AA-CAAAGTGATTGAAAA-AG-A-GAT---AAGAAATT
finalCons : ATATTTTTATTTCGTATATTACAACAA-----T-ACA----ATA------TAT-T------TGTACA-CAATATG-AAAAGG---AT----CA----G---A----A----AGA-----TTAAATCTTA---TAG---AGTTCTTATC-CAAAATGTGAAATTTGTTGACATAAAAATAGCGGTA-A--TTTACTTTATGAATATGTTT--AACAGTTGGTATG-----ACTTTAAG------TTA-AA-CAAAGTGATTGAAAA-AG-A-GAT---AAGAAATT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): CAAAGTGATTGAAAAAGAAAATAATGAATTCTCTCTTTGACAATTAATGTATTTGTAGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGATTAATATTAAAAAAACGAAGAGAAAAGAAGAAGTGCAAGCTGAGAAATGAACAATAGTGAAGAAAAAAATCTAATCTTCGGGTATTAAGGACTGTGGTGTTCCCCGAGAGAGTACAACATAACCTGACGGCCTCCATTCCTATTTGGAATTGTTAAAAATTGTTACCACATATTGTTTTATTATCGGAAGATTTGAGTCACCGAACTATAGACACAGTGCATAATGGGTTCAATTTATGTGTTAATTCGATATTGTC
Unaligned ( gi|6 ): TAAAAAAACAGAGGAGATTAATCTTTAATAAACGACGTGAAAAGAAGTAAGAGCAGGCTAAAAAAAGAAAAGAAAATAGAGAAGTAAGACTCTATAAAATCTAATCCTACGGTACTAATGGCTGTGATGTGCTCCGTACAGGGACCGACGGTCTCCTCACATTACTCAAATATTCTACTAGATATAAAGATATTTAATACTGCTTTGAATAATGTTGAGGTTATGTTATTCGGATCGTCGTTTGAGTCACCGAACATTAAGATATTAATGGACACAGTGTATATTGGCTTCTATATATGGATTAATTCGATATTGT
Unaligned ( gi|19 ): ACTTAGAACTGTAGTATGACCCCGTGCATGAACAACATAACATGACAGCTACCTCATCATACTTACACATTCCT
Alignments
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lowQualScore : ..... . .... ...... . ...... . . ... .... ............. .... ..... ... ... . . . . . . .. . . .. ..... ........... .. . . .... . ...
lowQualScore : 33333 1 5555 888888 1 111111 1 1 444 5555 7777777777777 5555 11111 000 000 6 5 8 6 4 0 99 8 2 99 33333 00000000000 33 7 0 8888 7 555
consensus : ATATTTTTATTTCGTATATTACAACAA-----T-ACA----ATA------TAT-T------TGTACA-CAATATG-AAAAGG---AT----CA----G---A----A----AGA-----TTAAATCTTA---TAG---AGTTCTTATC-CAAAATGTGAAATTTGTTGACATAAAAATAGCGGTA-A--TTTACTTTATGAATATGTTT--AACAGTTGGTATG-----ACT-TTAA--G---TTA-AA-CAAAGTGATTGAAAA-AG-A-GAT---AAGAAATT
Reference ( family-3683 ) : ATATTTTTATTTCGTATATTACAACAA-----T-ACA----ATA------TAT-T------TGTACA-CAATATG-AAAAGG---AT----CA----G---A----A----AGA-----TTAAATCTTA---TAG---AGTTCTTATC-CAAAATGTGAAATTTGTTGACATAAAAATAGCGGTA-A--TTTACTTTATGAATATGTTT--AACAGTTGGTATG-----ACT-TTAA--G---TTA-AA-CAAAGTGATTGAAAA-AG-A-GAT---AAGAAATT
gi|1 : A---TAG---AGTTCTTATTAAAAAATGTGAAATTCGTTAACAT-AAAATAGCGGTA-A--TTTACTTTATGGGTATGTTT--AACAGTTTGTATG-----ACT-TTGA--ATGTTTACAA-CAAAGTGGTTGAAAA-AG-A-AA
gi|10 : ATTATCATTTCGTATATAACAGCAC-----TCACA----ATA------TAT-C------TGTTCG-CAATTTG-AAAAGG---AT----CATAATG---A----A----AGA-----TTAAATCTTC---CAG---AGTTTTTATC-CAATAGGTGAAAATTGTTAGCTTGAAAATaatcaaaaaaatctatcttttgaaaattaataaacttgtggagtagaaatacaacggagataaatgttttaaacggagagaaaaaaacaggagcaagctgagaaatgataagaagaggaaaaaaacaaaatataatcttagggtactaaggactgtggagttcagggaaaacataacatgaggccatacattccagttggcattattgaaatatttaactagatataatgttattttgtactgcttcgaatattgtaaagtttctattattcggatggttcgagtcaccgaacattaggatatgtatagacacagtgtatactgggttcaatttgtgaattaatttgactgtgatattgtc
gi|11 : aaacaATTTCGTATATAACAACAT-----T-ACA----ATA------TAT-T------TGTACA-CAATATG-AAAAGG---AT----CA----G---AACGCA----AGA-----TTAGATCTTATT-TAG---AGTTCTTATC-CAAAATGTGAAATGTGTTAACATAAA
gi|12 : c-ACA----ACA------TAT-T------TGTGTAATAATAAG-AAAAGG---AT----CA----GAACA----A----AGA------TAAATCTTA---TAA---AGTTCTtgt
gi|13 : taaaaacactgttattggtcattatctctactgcataATACTTTTATTTTGTATATTACAACAA-----T-ACA----ATA------TATATAA----TGTACA-CAATATG-GAACGA---AT----CATAACG---A----A----AGG-----TTGGATCTTA---TAG---AGTTCTTA
gi|14 : TTTTTATTTTTTATATTAAAACAA-----A-ACAATATATA------TAT-T------TGCACA-CAATATATAAAAGG---AT----CAGAACG---A----A----AGA-----TTAAACTTTA---TAG---AGTTTTTAT
gi|15 : TAGTTCATATATTACAACAAAACACT-ATA----ATT------TAT-TATTATGTGTACA-CAATATC-AAAAGG---AT----CAAAACA---A----A----AAA-----TTAAATCTTA---T
gi|16 : atgATTTTGTATATTACAACAA-----T-ACA----ATA------TAT-G------TGTACA-C-ATATG-AAAATG---AT----CA----G---A----A----CGAAATATTTAATTATCA---TTG---TGTTCTTATC-CAtc
gi|17 : A-----TTAAA-CTTA---TAG---AGTTCTTATC-CAAAATATAAAAATTGCGGACATGAAAACAGTGGTA-A--TTTATTCTATGA
gi|18 : atcaaatgtatgtTGAAATTTGTTGACATAAAAATAGCTGTA-A--TTTACTTTATGGATATGTTT--ACGAGTTGGTATG-----ACT-TTAG--G---TTA-
gi|2 : ATTTTTATTTCAGATATTACAACAA-----T-ACA----GTA------CAT-T------TGTACA-CAATATG-AAATGGAAAAT----AAC---G---A----A----ATA-----TTAGACCATA---TCG---AGTTTTAATC-CAGAGTGTG---TTTGTTTCCATATAAATAAC-ATAGA--TTTACTGTATGACTATGTCT--AACAGTTCAAATG-----ACTATT--------TTA-CATCACATTTATTGAAAG-AG-A-Gtt
gi|3 : CAA-----T-ACG----TCA------TAT-T------TGTATA-CATTATG-AAAAGG---AT----CA----G---A----ATGAAAGA-----TTAAATCTTA---CAG---AGTTCTTATC-CAAAATGTTTAAGTTGCTGACATAAAGATAGAG--A-ATGTTTACTCTCTGAATGTGTTT--AACAGGTGACATG-----AAT---------------GG-CAAAGTGATTAAAAA-AGAA-AATTAAAAGAAATcttaaacacaacattatatcattttaaatacatgatatgatcaatatatttgtagagtagaaatacataggagattaattttaaataaaattaaacaatgagaaaagaagaaagagcaagctgagaaatgaacaatagaaaagaaaaaaacttggagcactgaggactgtgatgtgtcccgtgcatggacaacataatgtcacactcacacatt
gi|4 : ATATTTTTATTTCGTATATTACATCAA-----T-ACA----ATA------TAT-T------AATACA-CAATTTG-AAAAGG---AT--------------------------------TTAA----TAT--TAA---AGTTCTTATC-CAAAATGTGAAA-TTACTAACAT--AGATA--GGTA-A--TTTACTTTTTGAATATGTTG--AACAGTTGATATGAATGTACT-ATAA--GT--TTT-AA-TAAAGTCATTGAAAACCA-A-AAT---AAGAAATTacttttaaatgattgctctatttgtagagtagaagtacaaaggaaattaatctttaaaaataacatttaaacagaaataaaaacaaattagtgaaagacacaatgagaaataataaataagagaatatatctaatagtattatacttaggactgtgttgtgctgcccagtgctgggacaac
gi|7 : taaatATATTGTTATTTCGTATATTACAACAA-----T-ACA----ACA------TAT-T------TGTACA-CAATATG-GAAATG---AT----CA----G---A----A----AGA-----TTAGATCTTA---TAG---AATTCTTATC-CAAAGTGTGAAATTTGTTTTCATAAAAATAGCGGCA-A--TTTACTTTATAAATATGTTT--AACAGTTGGTATG-----ACT-TTAA--G---TTA-AA-CAAAGTGATTGAAAA-AT-A-GAT---AAGAAACTatagcatttaagataactgataaatatttttgtggtaactgaagtacagagaaaattaatctttaaaaaacaaacaaaatactaggatactatggactgtggtgtgccctgtgcagagataatataacatgacggttcacattca
gi|8 : TTTTATTTCGTATATTACAACAA-----T-GCA----GCA------TAT-G------TGTACA-CACTATG-GAAGGA---ATGGAAC-----G---A----A----GGG-----ATACATATTA---AAG---TGTTCCCATC-CAAAAAGTCAAAGCTGCCGAGATAACAATAGCAGTA-A--GTTTC-----------GTTTGGAACAGTTGATATA-----AC--TTAATTC---TTC-AA-TAAAGTAATTACAAA-AA-ATGAC---AGAAAA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|5 ): CAAAGTGATTGAAAAAGAAAATAATGAATTCTCTCTTTGACAATTAATGTATTTGTAGAGAAGAAAAAAACAGAGAAGATTAATATTAAAAAAACGAAGAGAAAAGAAGAAGTGCAAGCTGAGAAATGAACAATAGTGAAGAAAAAAATCTAATCTTCGGGTATTAAGGACTGTGGTGTTCCCCGAGAGAGTACAACATAACCTGACGGCCTCCATTCCTATTTGGAATTGTTAAAAATTGTTACCACATATTGTTTTATTATCGGAAGATTTGAGTCACCGAACTATAGACACAGTGCATAATGGGTTCAATTTATGTGTTAATTCGATATTGTC
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Unaligned ( gi|19 ): ACTTAGAACTGTAGTATGACCCCGTGCATGAACAACATAACATGACAGCTACCTCATCATACTTACACATTCCT