lowQualScore                  :                                                     1  1111                               11111      1                      1                                22                                      222222                                             1                                                                              1111111                                                                                  1                                          1111                      
lowQualScore                  :                                                     3  4444           4        5     2    44444   2  6         888          0      7 1       66         66   44    7                             3   333333            777  2                   4   7   2            5        5     1        7          55       7777              6 3 8888888 0               1    0  3  1 2 33 3     44         3 3   99999      3  3   7     8  2    2   2                 555        2 0000                      
lowQualScore                  :                                                     .  ....           .        .     .    .....   .  .         ...          .      . .       ..         ..   ..    .                             .   ......            ...  .                   .   .   .            .        .     .        .          ..       ....              . . ....... .               .    .  .  . . .. .     ..         . .   .....      .  .   .     .  .    .   .                 ...        . ....                      
lowQualScore                  :                                                     3  2222           8        9     1    33333   3  7         888          8      2 1       99         11   44    4                             6   666666            888  6                   4   7   9            7        2     7        5          00       7777              0 6 2222222 1               0    8  3  4 3 88 3     66         6 6   11111      3  3   3     5  9    9   9                 000        9 0000                      
consensus                     :    GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTGTCANTGTG-----AATTTTAATAAACGAT---AAGACATGTAAATATTTATCTCTAACA--ATATATAAC--TATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTCTATATAT--GAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-AT------ACTGATTGTTAGACAATATTGATAT-TGTAACT-A-CATGT--ATTTATAAA-T-CTT-----TTCAAA-TA-ATTNCCATTATA-TCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
Reference ( gi|3 )            :    GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTCAGTATGTATTATCAATGTG-----AATTTTTATAAACAAT---AAGACATGTATATATTTTTCTCTAACA--ATATATAAC--TAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTCTATATAT--GAAATCT----ACATGTTGAAATGTGA-AA------ACTGATTGTTAGACAATATTGATAT-TGTAACT-A-CATGT--ATTTATAAA-T-CTT-----TTCAAA-TA-ATTGCCATTATA-TCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|4                          :    GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTGGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTCAGTATGTATTATCAATGTG-----AATTTCAATAAACAAT---AAGACATGTAAATATTTTTCTCTAACA--ATATATAAC--TAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTCTATATAT--GAAATCA----ACATGTTGAAATGAAA-AT------ACTGATTGTTAGACAATATTGATAT-TGTAACT-A-CATGT--ATTTATAAA-T-CTT-----TTCAAA-TA-ATTGCCATTATA-TCAT-GTT-TGCATAATATCTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|1                          :    GTGAGCTCATCTAAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTATTATCAATGTG-----AATTTTAATAAACAAT---AAGACATGTAAATATGTTTCTCTAACA--ATATATAAC--TAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTTCTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTCTATATAT--GAAATCA----ACATGTTGAAATGAAA-AT------ACTGATTGTTAGACAATATTGATAT-TGTAACT-A-CATGT--ATTTATAAA-T-CTT-----TTCAAA-TA-ATTGCCACTATA-TCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|2                          : cttGTGAGCCCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGGGCTTAGTATGTATTATCAATGTC-----AATTTTAATAAACAAT---AAGACATGTAAATATTTTTCACTAACA--ATATATAAC--TAT--GACTATTATCCTAATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAAACATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTCTATATAT--GAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-AT------ACTGATTGTTAGACAATATTGATAT-TGTAACT-A-TATGT--ATTTATAAA-T-CTT-----TTCAAA-TA-ATTGCCATTATA-TCAT-GTT-TGCATAATATGCATTGT---CTCTTCAT-A----TATTGAGGAAATAAAGATTATA
gi|9                          :      GAACACATCTTAGTTGTCTTTATGTTTCGTTTCGATTTA---TATCTTAA----TATGATGTACTAATCATGTAATGTCATTGTG-----CATCTTAATAAATGAT---ATGGCATGTAGATATTTATATCTAACA--ATAGATAACTATAT--GAC--TTGTCCTTATCATATATGTTAGTCAAATA--------A-GTTGTTGTTGTC---AAAAATGCA---AGTTTTCACA-CAACCA-TACTTACTTGCTTATTTTTTCAAATAGTTTTTATCTATTTCTACA
gi|5                          :    ttcAGCTCATCTTAGTTTTCTTTATGTTTCGTTTCGATCAAGGCTAT-T-AATGACTATAGTGTGCTTAGCATGTAAAGTCATTTTGCAGCTAAT-----TAAATGAT---GAGACTTGTAGACATaggatcattcaatatataatgcaa
gi|12                         :         catgcaTTTGCTGTCTCGATGTTTCGTTTCGATTTAGGCCTTCTTAA----TATGATGTGCTTAGTATGTAATATCAATGTG-----AATTTTAATAAACATT---AAGACATGTAAATATTTATTTCTAACA--ATATATAAC--AAT--GACTATTATTTTTATTATAGATGTTAGACAAATgactattggtatgttgttgtcgttgttgttgtcctaattaatgtaaatagctatcgcacaactataacttacctgattatttttcaaatggtttataactatttctttatatgaaatctacatgttgaagtgtaaatattaattgttagacagtgttgtaatcgtacatatttataaatctcttcaaatattttccatttaacacgcctgtatactatgtattatctctgcatgtatggaggaaaaaata
gi|7                          :                                                                          ctTATAATGTCGTTGTG-----CATCTTATTAAACGAT---AAGACATGTATATATTTATTTCTAACATTATATATAAC--TATATGATTATTGCCCTTATCATAATTGTAAGCCAAATATGTC------GTTGTTATTGTC---ATAAATGCAGATAGCTATCATA-CAACCAT-ACTTACCTGCTT-ATTTTTCAAATGATTCTTAACTATTTTAATATAT--GAAATTT----ACATGTTAAAATGTAA-AT------ATTGATTGTTAAAAAGAATTCCCAT-T-----T-ATCATGT--TTGTATAA
gi|8                          :                                                                                                            CAATGGAAAGACATGTATATATATATTTCTAAGA--ATTTATAAC--TATATGACT--TGTCCTTATCATATATACAAGCCAAATACGTT--TG-----G--GTTATC---TTAAACGCAAATAGTTATCATATCAA-----ACTTACCTGATTCAT----------------AACTATATCTATATAT--GTAAACT----ACATCCTTAAATGTAA-AT------GTTGATTGTTATGCAATGCTGAAAT-CGTACC--------T--ATTTACA------TT-----TTCAAA-TA-TTTTCCATT-TA-TCAT-GCT-TGTATAATATGTATTAT---TTTTTCAT-GTAATTATGAAAGAAATAAAGGTCATtatgtattatcgctcaatttatggaggaaataaagattatat
gi|6                          :                                                                                                                         ttTAAATATTTATTTCTAACA--ATATATAAC--TATATGACTTTTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT---------GTTGTTGTC---ATCATTGTTAATAGCTATTGTA-CAACCAT-ACTTACCTGCTTTATGTTTCAAATGTTTTTTAACTATTTCTATATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-AGCCCCGGATTGATTGTTAGATAATGTTGTTAT-CATAACT-A-CATGT--ATTCATAAA-T-CTT-----TTCAAA-TA-ATTCCCATT-TA-TCAT-GTT-TGCATAATATGTATTGT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATATAGATTATA
gi|17                         :                                                                                                                                                    ATAAC--TATATGACT--TGTCCTTATCATATATGTTAGTCAAATA--------T-GTTGTTGTTGTC---A
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                TATGTTGTTGTCGTTGTTGTTGTCCTAATTAATGTAAATAGCTATCGCA-CAACTATAACTTACCTGATT-ATTTTTCAAATGGTTTATAACTATTTCTTTATAT--GAAATCT----ACATGTTGAAGTGTAA-AT------ATTAATTGTTAGACAGTGTTGTAAT-CG----T-A-CA--T--ATTTATAAA-T-CTC-----TTCAAA-TA-TTTTCCATT-TA-ACAC-GCC-TGTATACTATGTATTAT---CTCTGCAT-G----TATGGAGGAAA-AAAaaatcactcaggtgagct
gi|10                         :                                                                                                 catgcaagctcatcttagttttctttatgtttcgtttcgatcaaggctattaatgactatagtgtgcttagcatgtaaagtcattttgcagctaattaaatgatgagacttgtagacatgactattggGTAAATAGCTATCGCA-CAACCAT-ACTTACCTGCTTCAGTTTTCATAGGGTTCTTAACTATTTCTTTATAT--GAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-AG------ATTGATTGTTAGACAATATTGATAT-TGTAACT-G-CATAC--ATTTATAAA-T-CTT-----TTAAAA-TA-ATTCCCATTG-A-TCTT-GTT-TGCATATTATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TGTGGAGGAAATAAta
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      CTTAATTATTTCTATATAT--GAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-AT------ACTGATTGTTAGACAATATTGAAAT-TGTAGCT-A-CATGT--ATTTATAAA-T-CTT-----TTCAAA-TA-ATTCCAATT-TA-TCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCCTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTtgttt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tTATATAT--GAAAAAT----ATATCTTGAAATGTAA-AA------ATTGCTTCTTAGAAAATATT------TGAAATC-A-TACCT--ATTTATAAA-T-CTT-----ATCAG--TC-TTTTCCATT-TC-TCAT-GTT-GGTATAATATGTATCAT---CTTTTCAC-A----CATGGAGGTAATAAAGATTATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        T--GAAATCTGTCTACTTAT--AAAAGTAATAA------ACT-----TTAAACAAT-TGGATGT-TTTG-C----CATAT--ATC-ATAAAATGCT---------AAA-TA-TTTTCCAT-ATA-TCTT-GTT-TGCTTAATATGTTTTAT---CTCTTCATCAAC--CATGGAGAAAATAAAGATGATA
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A------AATGATTCTTA-ACTATTTTAATATATGAAATTTA-CATGTTAAAATGTAAA-T-ATTGATTGTTAAAAAGA-ATTCCCATT-TA-TCAT-GTT-TGTATAATATGTATTAT---CGCTCAAT-T----TATGGAGGAAATAAAGATTATAt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                       tataatgtcgttgtgcatcttattaaacgataagacatgtatatatttatttctaacattatatataactatatgattattgcccttatcataattgtaagccaaatatgtcgttgttattgtcataaatgcagatagctatcatacaaccatacttacctgcttatttttcA-TATATTTCTAT-ATAATCAT-GTT-TATATGATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TAAGGAGGAAAATCAGATTAt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ataattctGCCATT-TG-TTATAGTTGTGCA----ATGTATTATAATCTCTTCAC-A----TAT---GGAAATAAAGATTATA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A-TCAT-GTT-TGCATAATATGCATTAT---TTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGAt
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGTGCGATCATGTGTGCGTGCAAACGAGAGAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                   1  1111                                                                                        11                                  1111111111                                                                                                                            1111111                                                                        1                                                                   
lowQualScore                  :                                                                   1  2222                    1     1                              1      2         66            11    5                             6666666666            777  1                   4   2  99            4        2                  44              7777                3 5555555                             2 2         3       3           3   1    2 6      2   2                 444        2 9999                      
lowQualScore                  :                                                                   .  ....                    .     .                              .      .         ..            ..    .                             ..........            ...  .                   .   .  ..            .        .                  ..              ....                . .......                             . .         .       .           .   .    . .      .   .                 ...        . ....                      
lowQualScore                  :                                                                   4  1111                    0     0                              8      6         11            22    8                             1111111111            000  0                   0   3  00            1        4                  66              1111                3 2222222                             3 4         3       3           1   0    9 6      7   7                 777        7 3333                      
consensus                     :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTATCAATGTGAATTTTAATAAACGATAAGACATGTANATATTTNTCTCTAACA--ATATATAACTATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------NACTGATTGTTAGACAATATTGATATCGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTNCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
Reference ( family-3679 )     :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTGTCANTGTGAATTTTAATAAACGATAAGACATGTAAATATTTATCTCTAACA--ATATATAACTATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATTGATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTNCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|1                          :                  GTGAGCTCATCTAAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTATTATCAATGTGAATTTTAATAAACAATAAGACATGTAAATATGTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTTCTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCA----ACATGTTGAAATGAAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATTGATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAC-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                  cttGTAAATAGCTATCGCA-CAACCAT-ACTTACCTGCTTCAGTTTTCATAGGGTTCTTAACTATTTC--TTTATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------GATTGATTGTTAGACAATATTGATATTGTAACTGCATACATT-TATAAAT-CTTTTAAAATA-ATTCCCAT-TG-ATCTT-GTT-TGCATATTATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TGTGGAGGAAATAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCTTAATTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATTGAAATTGTAGCTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTCCAAT-T-TATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCCTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTtgttt
gi|12                         :                             TTTGCTGTCTCGATGTTTCGTTTCGATTTAGGCCTTCTTAA----TATGATGTGCTTAGTATGTAATATCAATGTGAATTTTAATAAACATTAAGACATGTAAATATTTATTTCTAACA--ATATATAAC-A-ATGACTATTATTTTTATTATAGATGTTAGACAAAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ct--TATATATGAAAAAT----ATATCTTGAAATGTAA-A------AATTGCTTCTTAGAAAATATT-----TGAAATCATACCTATT-TATAAAT-CTTATCAG-TC-TTTTCCAT-T-TCTCAT-GTT-GGTATAATATGTATCAT---CTTTTCAC-A----CATGGAGGTAATAAAGATTATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TGAAATCTGTCTACTTAT--AAAAGTAATA------AACT-----TTAAACAAT-TGGATGTTTTG-C--CATATATCATA-AAATGCT----AAATA-TTTTCCAT--ATATCTT-GTT-TGCTTAATATGTTTTAT---CTCTTCATCAAC--CATGGAGAAAATAAAGATGATA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ATCAT-GTT-TGCATAATATGCATTAT---TTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGAt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttggtcatacctggctatatctcagactcaactgttnnnnnnnnnnATATATTTCTATATA-ATCAT-GTT-TATATGATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TAAGGAGGAAAATCAGATTA
gi|17                         :                                                                                                                                                  ataattctATAACTATATGACT--TGTCCTTATCATATATGTTAGTCAAATA--------T-GTTGTTGTTGTC---A-AAAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCAT-T-TGTTATAGTTGTGCA----ATGTATTATAATCTCTTCAC-A----TAT---GGAAATAAAGATTATAcactcaggtgagct
gi|2                          :                 gGTGAGCCCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGGGCTTAGTATGTATTATCAATGTCAATTTTAATAAACAATAAGACATGTAAATATTTTTCACTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTAATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAAACATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATTGATATTGTAACTATATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGCATTGT---CTCTTCAT-A----TATTGAGGAAATAAAGATTATAt
gi|3                          :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTCAGTATGTATTATCAATGTGAATTTTTATAAACAATAAGACATGTATATATTTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTGA-A------AACTGATTGTTAGACAATATTGATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|4                          :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTGGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTCAGTATGTATTATCAATGTGAATTTCAATAAACAATAAGACATGTAAATATTTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCA----ACATGTTGAAATGAAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATTGATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATCTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|5                          :                     AGCTCATCTTAGTTTTCTTTATGTTTCGTTTCGATCAAGGCTAT-T-AATGACTATAGTGTGCTTAGCATGTAAAGTCATTTTGCAGCTAATTAAATGATGAGACTTGTAGACAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                              catgcaTATGTTGTTGTCGTTGTTGTTGTCCTAATTAATGTAAATAGCTATCGCA-CAACTATAACTTACCTGATT-ATTTTTCAAATGGTTTATAACTATTTC--TTTATATGAAATCT----ACATGTTGAAGTGTAA-A------TATTAATTGTTAGACAGTGTTGTAATCG----TACA--TATT-TATAAAT-CTCTTCAAATA-TTTTCCAT-T-TAACAC-GCC-TGTATACTATGTATTAT---CTCTGCAT-G----TATGGAGGAAA-AAAgactattggtatgttgttgtcgttgttgttgtcctaattaatgtaaatagctatcgcacaactataacttacctgattatttttcaaatggtttataactatttctttatatgaaatctacatgttgaagtgtaaatattaattgttagacagtgttgtaatcgtacatatttataaatctcttcaaatattttccatttaacacgcctgtatactatgtattatctctgcatgtatggaggaaaaaata
gi|6                          : catgcaagctcatcttagttttctttatgtttcgtttcgatcaaggctattaatgactatagtgtgcttagcatgtaaagtcattttgcagctaattaaatgatgagacttgtagacatgactattggTAAATATTTATTTCTAACA--ATATATAACTATATGACTTTTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATA--------T-GTTGTTGTTGTC---ATCATTGTTAATAGCTATTGTA-CAACCA-TACTTACCTGCTTTATGTTTCAAATGTTTTTTAACTATTTCTATATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-AGCCCCGGATTGATTGTTAGATAATGTTGTTATCATAACTACATGTATT-CATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTCCCAT-T-TATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTGT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATATAGATTATAta
gi|7                          :                                                                                          TATAATGTCGTTGTGCATCTTATTAAACGATAAGACATGTATATATTTATTTCTAACATTATATATAACTATATGATTATTGCCCTTATCATAATTGTAAGCCAAATATGTC------GTTGTTATTGTC---ATAAATGCAGATAGCTATCATA-CAACCAT-ACTTACCTGCTT-ATTTTTCAAATGATTCTTAACTATTTT--AATATATGAAATTT----AC--------ATGTTA-A-------AATG-----TA---AATATTGAT------------TGT------TAAA---------AAGA-ATTCCCAT-T-TATCAT-GTT-TGTATAATATGTATTAT---CGCTCAAT-T----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|8                          :                                                                                                                         AAGACATGTATATATATATTTCTAAGA--ATTTATAACTATATGACT--TGTCCTTATCATATATACAAGCCAAATACGTT--TG-----G--GTTATC---TTAAACGCAAATAGTTATCATATCAA-----ACTTACCTGATTCAT----------------AACTATATC--TATATATGTAAACT----ACATCCTTAAATGTAA-A------TGTTGATTGTTATGCAATGCTGAAATCGTACC------TATT-TACA-----TTTTCAAATA-TTTTCCAT-T-TATCAT-GCT-TGTATAATATGTATTAT---TTTTTCAT-GTAATTATGAAAGAAATAAAGGTCATt
gi|9                          :           ttcaatggaGAACACATCTTAGTTGTCTTTATGTTTCGTTTCGATTTA---TATCTTAA----TATGATGTACTAATCATGTAATGTCATTGTGCATCTTAATAAATGATATGGCATGTAGATATTTATATCTAACA--ATAGATAACTATATGAC--TTGTCCTTATCATATATGTTAGTCAAATA--------A-GTTGTTGTTGTC---AAAAATGCA---AGTTTTCACA-CAACCA-TACTTACTTGCTTATTTTTTCAAATAGTTTTTATCTATTTC--TACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGTGCGATCATGTGTGCGTGCAAACGAGAGAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                   1  1111                                                                                        11                                  1111111111                                                                                                                            1111111                                                                         1                                                                   
lowQualScore                  :                                                                   1  2222                    1     0                              1      1         66            11    5                             6666666666            777  1                   4   2  99            4        2                  44              7777                3 0000000 0                  3     1   4 1         3       3           3   1    2 6      2   2                 444        2 9999                      
lowQualScore                  :                                                                   .  ....                    .     .                              .      .         ..            ..    .                             ..........            ...  .                   .   .  ..            .        .                  ..              ....                . ....... .                  .     .   . .         .       .           .   .    . .      .   .                 ...        . ....                      
lowQualScore                  :                                                                   4  1111                    0     8                              0      0         11            22    8                             1111111111            000  0                   0   3  00            1        4                  66              1111                3 6666666 8                  3     4   3 2         3       3           1   0    9 6      7   7                 777        7 3333                      
consensus                     :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTATCAATGTGAATTTTAATAAACGATAAGACATGTANATATTTNTCTCTAACA--ATATATAACTATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------NACTGATTGTTAGACAATATT-GATATCGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTNCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
Reference ( family-3679 )     :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTATCAATGTGAATTTTAATAAACGATAAGACATGTANATATTTNTCTCTAACA--ATATATAACTATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------NACTGATTGTTAGACAATATT-GATATCGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTNCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|1                          :                  GTGAGCTCATCTAAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTATTATCAATGTGAATTTTAATAAACAATAAGACATGTAAATATGTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTTCTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCA----ACATGTTGAAATGAAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAC-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                  cttGTAAATAGCTATCGCA-CAACCAT-ACTTACCTGCTTCAGTTTTCATAGGGTTCTTAACTATTTC--TTTATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------GATTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTGCATACATT-TATAAAT-CTTTTAAAATA-ATTCCCAT-TG-ATCTT-GTT-TGCATATTATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TGTGGAGGAAATAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCTTAATTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GAAATTGTAGCTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTCCAAT-T-TATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCCTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTtgttt
gi|12                         :                             TTTGCTGTCTCGATGTTTCGTTTCGATTTAGGCCTTCTTAA----TATGATGTGCTTAGTATGTAATATCAATGTGAATTTTAATAAACATTAAGACATGTAAATATTTATTTCTAACA--ATATATAAC-A-ATGACTATTATTTTTATTATAGATGTTAGACAAAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ct--TATATATGAAAAAT----ATATCTTGAAATGTAA-A------AATTGCTTCTTAGAAAATATTTGAAATCATACCTA------TT-TATAAAT-CTTATCAG-TC-TTTTCCAT-T-TCTCAT-GTT-GGTATAATATGTATCAT---CTTTTCAC-A----CATGGAGGTAATAAAGATTATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TGAAATCTGTCTACTTAT--AAAAGTAATA------AACT-----TTAAACAAT-TG-GATGTTTTG-C--CATATATCATA-AAATGCT----AAATA-TTTTCCAT--ATATCTT-GTT-TGCTTAATATGTTTTAT---CTCTTCATCAAC--CATGGAGAAAATAAAGATGATA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATCAT-GTT-TGCATAATATGCATTAT---TTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGAt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttggtcatacctggctatatctcagactcaactgttnnnnnnnnnnATATATTTCTATATA-ATCAT-GTT-TATATGATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TAAGGAGGAAAATCAGATTA
gi|17                         :                                                                                                                                                  ataattctATAACTATATGACT--TGTCCTTATCATATATGTTAGTCAAATA--------T-GTTGTTGTTGTC---A-AAAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CCAT-T-TGTTATAGTTGTGCA----ATGTATTATAATCTCTTCAC-A----TAT---GGAAATAAAGATTATAcactcaggtgagct
gi|2                          :                 gGTGAGCCCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGGGCTTAGTATGTATTATCAATGTCAATTTTAATAAACAATAAGACATGTAAATATTTTTCACTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTAATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAAACATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTATATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGCATTGT---CTCTTCAT-A----TATTGAGGAAATAAAGATTATAt
gi|3                          :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTCAGTATGTATTATCAATGTGAATTTTTATAAACAATAAGACATGTATATATTTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTGA-A------AACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|4                          :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTGGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTCAGTATGTATTATCAATGTGAATTTCAATAAACAATAAGACATGTAAATATTTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCA----ACATGTTGAAATGAAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATCTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|5                          :                     AGCTCATCTTAGTTTTCTTTATGTTTCGTTTCGATCAAGGCTAT-T-AATGACTATAGTGTGCTTAGCATGTAAAGTCATTTTGCAGCTAATTAAATGATGAGACTTGTAGACAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                              catgcaTATGTTGTTGTCGTTGTTGTTGTCCTAATTAATGTAAATAGCTATCGCA-CAACTATAACTTACCTGATT-ATTTTTCAAATGGTTTATAACTATTTC--TTTATATGAAATCT----ACATGTTGAAGTGTAA-A------TATTAATTGTTAGACAGTGTT-GTAATCG----TACA--TATT-TATAAAT-CTCTTCAAATA-TTTTCCAT-T-TAACAC-GCC-TGTATACTATGTATTAT---CTCTGCAT-G----TATGGAGGAAA-AAAgactattggtatgttgttgtcgttgttgttgtcctaattaatgtaaatagctatcgcacaactataacttacctgattatttttcaaatggtttataactatttctttatatgaaatctacatgttgaagtgtaaatattaattgttagacagtgttgtaatcgtacatatttataaatctcttcaaatattttccatttaacacgcctgtatactatgtattatctctgcatgtatggaggaaaaaata
gi|6                          : catgcaagctcatcttagttttctttatgtttcgtttcgatcaaggctattaatgactatagtgtgcttagcatgtaaagtcattttgcagctaattaaatgatgagacttgtagacatgactattggTAAATATTTATTTCTAACA--ATATATAACTATATGACTTTTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATA--------T-GTTGTTGTTGTC---ATCATTGTTAATAGCTATTGTA-CAACCA-TACTTACCTGCTTTATGTTTCAAATGTTTTTTAACTATTTCTATATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-AGCCCCGGATTGATTGTTAGATAATGTT-GTTATCATAACTACATGTATT-CATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTCCCAT-T-TATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTGT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATATAGATTATAta
gi|7                          :                                                                                          TATAATGTCGTTGTGCATCTTATTAAACGATAAGACATGTATATATTTATTTCTAACATTATATATAACTATATGATTATTGCCCTTATCATAATTGTAAGCCAAATATGTC------GTTGTTATTGTC---ATAAATGCAGATAGCTATCATA-CAACCAT-ACTTACCTGCTT-ATTTTTCAAATGATTCTTAACTATTTT--AATATATGAAATTT----ACATGTT--------A-A------AA-----TGT---A-AATATT-GAT------------TGT------TAAA---------AAGA-ATTCCCAT-T-TATCAT-GTT-TGTATAATATGTATTAT---CGCTCAAT-T----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|8                          :                                                                                                                         AAGACATGTATATATATATTTCTAAGA--ATTTATAACTATATGACT--TGTCCTTATCATATATACAAGCCAAATACGTT--TG-----G--GTTATC---TTAAACGCAAATAGTTATCATATCAA-----ACTTACCTGATTCAT----------------AACTATATC--TATATATGTAAACT----ACATCCTTAAATGTAA-A------TGTTGATTGTTATGCAATGCT-GAAATCGTACC------TATT-TACA-----TTTTCAAATA-TTTTCCAT-T-TATCAT-GCT-TGTATAATATGTATTAT---TTTTTCAT-GTAATTATGAAAGAAATAAAGGTCATt
gi|9                          :           ttcaatggaGAACACATCTTAGTTGTCTTTATGTTTCGTTTCGATTTA---TATCTTAA----TATGATGTACTAATCATGTAATGTCATTGTGCATCTTAATAAATGATATGGCATGTAGATATTTATATCTAACA--ATAGATAACTATATGAC--TTGTCCTTATCATATATGTTAGTCAAATA--------A-GTTGTTGTTGTC---AAAAATGCA---AGTTTTCACA-CAACCA-TACTTACTTGCTTATTTTTTCAAATAGTTTTTATCTATTTC--TACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGTGCGATCATGTGTGCGTGCAAACGAGAGAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                   1  1111                                                                                        11                                  1111111111                                                                                                                            1111111                                                                         1                                                                   
lowQualScore                  :                                                                   1  2222                    1     0                              1      1         66            11    5                             6666666666            777  1                   4   2  99            4        2                  44              7777                3 0000000 0                  3     1   4 1         3       3           3   1    2 6      2   2                 444        2 9999                      
lowQualScore                  :                                                                   .  ....                    .     .                              .      .         ..            ..    .                             ..........            ...  .                   .   .  ..            .        .                  ..              ....                . ....... .                  .     .   . .         .       .           .   .    . .      .   .                 ...        . ....                      
lowQualScore                  :                                                                   4  1111                    0     8                              0      0         11            22    8                             1111111111            000  0                   0   3  00            1        4                  66              1111                3 6666666 8                  3     4   3 2         3       3           1   0    9 6      7   7                 777        7 3333                      
consensus                     :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTATCAATGTGAATTTTAATAAACGATAAGACATGTANATATTTNTCTCTAACA--ATATATAACTATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------NACTGATTGTTAGACAATATT-GATATCGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTNCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
Reference ( family-3679 )     :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTATCAATGTGAATTTTAATAAACGATAAGACATGTANATATTTNTCTCTAACA--ATATATAACTATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------NACTGATTGTTAGACAATATT-GATATCGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTNCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|1                          :                  GTGAGCTCATCTAAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTATTATCAATGTGAATTTTAATAAACAATAAGACATGTAAATATGTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTTCTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCA----ACATGTTGAAATGAAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAC-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                  cttGTAAATAGCTATCGCA-CAACCAT-ACTTACCTGCTTCAGTTTTCATAGGGTTCTTAACTATTTC--TTTATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------GATTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTGCATACATT-TATAAAT-CTTTTAAAATA-ATTCCCAT-TG-ATCTT-GTT-TGCATATTATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TGTGGAGGAAATAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCTTAATTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GAAATTGTAGCTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTCCAAT-T-TATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCCTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTtgttt
gi|12                         :                             TTTGCTGTCTCGATGTTTCGTTTCGATTTAGGCCTTCTTAA----TATGATGTGCTTAGTATGTAATATCAATGTGAATTTTAATAAACATTAAGACATGTAAATATTTATTTCTAACA--ATATATAAC-A-ATGACTATTATTTTTATTATAGATGTTAGACAAAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ct--TATATATGAAAAAT----ATATCTTGAAATGTAA-A------AATTGCTTCTTAGAAAATATTTGAAATCATACCTA------TT-TATAAAT-CTTATCAG-TC-TTTTCCAT-T-TCTCAT-GTT-GGTATAATATGTATCAT---CTTTTCAC-A----CATGGAGGTAATAAAGATTATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TGAAATCTGTCTACTTAT--AAAAGTAATA------AACT-----TTAAACAAT-TG-GATGTTTTG-C--CATATATCATA-AAATGCT----AAATA-TTTTCCAT--ATATCTT-GTT-TGCTTAATATGTTTTAT---CTCTTCATCAAC--CATGGAGAAAATAAAGATGATA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATCAT-GTT-TGCATAATATGCATTAT---TTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGAt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttggtcatacctggctatatctcagactcaactgttnnnnnnnnnnATATATTTCTATATA-ATCAT-GTT-TATATGATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TAAGGAGGAAAATCAGATTA
gi|17                         :                                                                                                                                                  ataattctATAACTATATGACT--TGTCCTTATCATATATGTTAGTCAAATA--------T-GTTGTTGTTGTC---A-AAAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CCAT-T-TGTTATAGTTGTGCA----ATGTATTATAATCTCTTCAC-A----TAT---GGAAATAAAGATTATAcactcaggtgagct
gi|2                          :                 gGTGAGCCCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGGGCTTAGTATGTATTATCAATGTCAATTTTAATAAACAATAAGACATGTAAATATTTTTCACTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTAATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAAACATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTATATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGCATTGT---CTCTTCAT-A----TATTGAGGAAATAAAGATTATAt
gi|3                          :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTCAGTATGTATTATCAATGTGAATTTTTATAAACAATAAGACATGTATATATTTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTGA-A------AACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|4                          :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTGGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTCAGTATGTATTATCAATGTGAATTTCAATAAACAATAAGACATGTAAATATTTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCA----ACATGTTGAAATGAAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATCTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|5                          :                     AGCTCATCTTAGTTTTCTTTATGTTTCGTTTCGATCAAGGCTAT-T-AATGACTATAGTGTGCTTAGCATGTAAAGTCATTTTGCAGCTAATTAAATGATGAGACTTGTAGACAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                              catgcaTATGTTGTTGTCGTTGTTGTTGTCCTAATTAATGTAAATAGCTATCGCA-CAACTATAACTTACCTGATT-ATTTTTCAAATGGTTTATAACTATTTC--TTTATATGAAATCT----ACATGTTGAAGTGTAA-A------TATTAATTGTTAGACAGTGTT-GTAATCG----TACA--TATT-TATAAAT-CTCTTCAAATA-TTTTCCAT-T-TAACAC-GCC-TGTATACTATGTATTAT---CTCTGCAT-G----TATGGAGGAAA-AAAgactattggtatgttgttgtcgttgttgttgtcctaattaatgtaaatagctatcgcacaactataacttacctgattatttttcaaatggtttataactatttctttatatgaaatctacatgttgaagtgtaaatattaattgttagacagtgttgtaatcgtacatatttataaatctcttcaaatattttccatttaacacgcctgtatactatgtattatctctgcatgtatggaggaaaaaata
gi|6                          : catgcaagctcatcttagttttctttatgtttcgtttcgatcaaggctattaatgactatagtgtgcttagcatgtaaagtcattttgcagctaattaaatgatgagacttgtagacatgactattggTAAATATTTATTTCTAACA--ATATATAACTATATGACTTTTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATA--------T-GTTGTTGTTGTC---ATCATTGTTAATAGCTATTGTA-CAACCA-TACTTACCTGCTTTATGTTTCAAATGTTTTTTAACTATTTCTATATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-AGCCCCGGATTGATTGTTAGATAATGTT-GTTATCATAACTACATGTATT-CATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTCCCAT-T-TATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTGT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATATAGATTATAta
gi|7                          :                                                                                          TATAATGTCGTTGTGCATCTTATTAAACGATAAGACATGTATATATTTATTTCTAACATTATATATAACTATATGATTATTGCCCTTATCATAATTGTAAGCCAAATATGTC------GTTGTTATTGTC---ATAAATGCAGATAGCTATCATA-CAACCAT-ACTTACCTGCTT-ATTTTTCAAATGATTCTTAACTATTTT--AATATATGAAATTT----ACATGTT--------A-A------AA-----TGT---A-AATATT-GAT------------TGT------TAAA---------AAGA-ATTCCCAT-T-TATCAT-GTT-TGTATAATATGTATTAT---CGCTCAAT-T----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|8                          :                                                                                                                         AAGACATGTATATATATATTTCTAAGA--ATTTATAACTATATGACT--TGTCCTTATCATATATACAAGCCAAATACGTT--TG-----G--GTTATC---TTAAACGCAAATAGTTATCATATCAA-----ACTTACCTGATTCAT----------------AACTATATC--TATATATGTAAACT----ACATCCTTAAATGTAA-A------TGTTGATTGTTATGCAATGCT-GAAATCGTACC------TATT-TACA-----TTTTCAAATA-TTTTCCAT-T-TATCAT-GCT-TGTATAATATGTATTAT---TTTTTCAT-GTAATTATGAAAGAAATAAAGGTCATt
gi|9                          :           ttcaatggaGAACACATCTTAGTTGTCTTTATGTTTCGTTTCGATTTA---TATCTTAA----TATGATGTACTAATCATGTAATGTCATTGTGCATCTTAATAAATGATATGGCATGTAGATATTTATATCTAACA--ATAGATAACTATATGAC--TTGTCCTTATCATATATGTTAGTCAAATA--------A-GTTGTTGTTGTC---AAAAATGCA---AGTTTTCACA-CAACCA-TACTTACTTGCTTATTTTTTCAAATAGTTTTTATCTATTTC--TACA


blockSeqs                     :                                                                   T  TGAC                    A                                    A      A         TT            AT    A                             TGTTGTTGTC            CTA  A                   T   C  TT            C        T                  TA              GTCT                T GCCCCGG                    T     T   A T         A       G           T   C    A G      A   G                 AAT        C TAAT
blockSeqs                     :                                                                   T  .                       T                                    A      T         .             AT    A                             TGTTTGT               .    T                   .   A  TT            C        T                  .               .                   . G                          .     T   G T         .       .           .   C    . A      .   .                 .          . AC  
blockSeqs                     :                                                                   .  .                       T                                    T      T         .             AT    A                             TGTTTGT               .    T                   .   T  TT            C        T                  .               .                   . T                          .     C   C T         .       .           .   T    . A      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                   .  .                       T                                    A      T         .             AT    A                             TGTTTGT               .    T                   .   T  TA            C        T                  .               .                   . A                          .     T   A T         .       .           .   T    . A      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                   .  .                       A                                    G      A         .             AT    T                             CGTTTG                .    T                   .   C  T             T        A                  .               .                   . A                          .     T   A T         .       .           .   T    . A      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                   .  .                       A                                    A      A         .             AT    A                             TGTC                  .    C                   .   C  T             C        A                  .               .                   . T                          .     T   A T         .       .           .   G    . A      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                                              A                                    T      A         .             .     .                             T                     .    A                   .   C  T             A        A                  .               .                   . A                          .     T   A T         .       .           .   G    . .      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                   T      A         .             .     .                             T                     .    A                   .   C  T             .        A                  .               .                   . T                          .     C   C T         .       .           .   G    . .      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                   G                              .     .                             A                     .    A                   .   .  .             .        .                  .               .                   . T                          .     C   . .         .       .           .   T    . .      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .               .                   . A                          .     C   . .         .       .           .   C    . .      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .               .                   . T                          .     .   . .         .       .           .   C    . .      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .   T    . .      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          . .      .   .                 .          . .   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .   .                 .          . .   


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                  AT                                  TGTTTGT***
originalCons                  :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTATCAATGTGAATTTTAATAAACGATAAGACATGTANATATTTNTCTCTAACA--ATATATAACTATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------NACTGATTGTTAGACAATATT-GATATCGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTNCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
finalCons                     :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTATCAATGTGAATTTTAATAAACGATAAGACATGTANATATTTNTCTCTAACA--ATATATAACTATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTTTGT---GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------NACTGATTGTTAGACAATATT-GATATCGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTNCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGTGCGATCATGTGTGCGTGCAAACGAGAGAC






Alignments
lowQualScore                  :                                                                   1  1111                                                                                        11                                  1111111111                                                                                                                            1111111                                                                         1                                                                   
lowQualScore                  :                                                                   1  2222                    1     0                              1      1         66            11    5                             6666666666            777  1                   4   2  99            4        2                  44              7777                3 0000000 0                  3     1   4 1         3       3           3   1    2 6      2   2                 444        2 9999                      
lowQualScore                  :                                                                   .  ....                    .     .                              .      .         ..            ..    .                             ..........            ...  .                   .   .  ..            .        .                  ..              ....                . ....... .                  .     .   . .         .       .           .   .    . .      .   .                 ...        . ....                      
lowQualScore                  :                                                                   4  1111                    0     8                              0      0         11            22    8                             1111111111            000  0                   0   3  00            1        4                  66              1111                3 6666666 8                  3     4   3 2         3       3           1   0    9 6      7   7                 777        7 3333                      
consensus                     :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTATCAATGTGAATTTTAATAAACGATAAGACATGTANATATTTNTCTCTAACA--ATATATAACTATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------NACTGATTGTTAGACAATATT-GATATCGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTNCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
Reference ( family-3679 )     :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTANTATCAATGTGAATTTTAATAAACGATAAGACATGTANATATTTNTCTCTAACA--ATATATAACTATATGACTATTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATNAATGTAAATAGCTATCGTA-CAACCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCANATGGTTCTTAACTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------NACTGATTGTTAGACAATATT-GATATCGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTNCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|1                          :                  GTGAGCTCATCTAAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTTAGTATGTATTATCAATGTGAATTTTAATAAACAATAAGACATGTAAATATGTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTTCTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCA----ACATGTTGAAATGAAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAC-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                  cttGTAAATAGCTATCGCA-CAACCAT-ACTTACCTGCTTCAGTTTTCATAGGGTTCTTAACTATTTC--TTTATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------GATTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTGCATACATT-TATAAAT-CTTTTAAAATA-ATTCCCAT-TG-ATCTT-GTT-TGCATATTATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TGTGGAGGAAATAA
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCTTAATTATTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GAAATTGTAGCTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTCCAAT-T-TATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCCTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTtgttt
gi|12                         :                             TTTGCTGTCTCGATGTTTCGTTTCGATTTAGGCCTTCTTAA----TATGATGTGCTTAGTATGTAATATCAATGTGAATTTTAATAAACATTAAGACATGTAAATATTTATTTCTAACA--ATATATAAC-A-ATGACTATTATTTTTATTATAGATGTTAGACAAAT
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ct--TATATATGAAAAAT----ATATCTTGAAATGTAA-A------AATTGCTTCTTAGAAAATATTTGAAATCATACCTA------TT-TATAAAT-CTTATCAG-TC-TTTTCCAT-T-TCTCAT-GTT-GGTATAATATGTATCAT---CTTTTCAC-A----CATGGAGGTAATAAAGATTATA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TGAAATCTGTCTACTTAT--AAAAGTAATA------AACT-----TTAAACAAT-TG-GATGTTTTG-C--CATATATCATA-AAATGCT----AAATA-TTTTCCAT--ATATCTT-GTT-TGCTTAATATGTTTTAT---CTCTTCATCAAC--CATGGAGAAAATAAAGATGATA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATCAT-GTT-TGCATAATATGCATTAT---TTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGAt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tttggtcatacctggctatatctcagactcaactgttnnnnnnnnnnATATATTTCTATATA-ATCAT-GTT-TATATGATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TAAGGAGGAAAATCAGATTA
gi|17                         :                                                                                                                                                  ataattctATAACTATATGACT--TGTCCTTATCATATATGTTAGTCAAATA--------T-GTTGTTGTTGTC---A-AAAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CCAT-T-TGTTATAGTTGTGCA----ATGTATTATAATCTCTTCAC-A----TAT---GGAAATAAAGATTATAcactcaggtgagct
gi|2                          :                 gGTGAGCCCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGGGCTTAGTATGTATTATCAATGTCAATTTTAATAAACAATAAGACATGTAAATATTTTTCACTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTAATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAAACATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTATATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGCATTGT---CTCTTCAT-A----TATTGAGGAAATAAAGATTATAt
gi|3                          :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTCGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTCAGTATGTATTATCAATGTGAATTTTTATAAACAATAAGACATGTATATATTTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTGA-A------AACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|4                          :                  GTGAGCTCATCTTAGTTGTCTTGATGTTTGGTTTCGATTAAGGCTGTCT-AA----TATGATGTGCTCAGTATGTATTATCAATGTGAATTTCAATAAACAATAAGACATGTAAATATTTTTCTCTAACA--ATATATAACTAT--GACTATTATCCTTATCATATATGTAAGTCAAATATGTT--TGT-GTTGTTGTTGTC---ATTAATGTAAATAGCTATCGTA-CAATCATTACTTACCTGCTTCATTTTTCATATGGTCCTTAACTAGTTC--TATATATGAAATCA----ACATGTTGAAATGAAA-A------TACTGATTGTTAGACAATATT-GATATTGTAACTACATGTATT-TATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTGCCAT-TATATCAT-GTT-TGCATAATATCTATTAT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|5                          :                     AGCTCATCTTAGTTTTCTTTATGTTTCGTTTCGATCAAGGCTAT-T-AATGACTATAGTGTGCTTAGCATGTAAAGTCATTTTGCAGCTAATTAAATGATGAGACTTGTAGACAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                              catgcaTATGTTGTTGTCGTTGTTGTTGTCCTAATTAATGTAAATAGCTATCGCA-CAACTATAACTTACCTGATT-ATTTTTCAAATGGTTTATAACTATTTC--TTTATATGAAATCT----ACATGTTGAAGTGTAA-A------TATTAATTGTTAGACAGTGTT-GTAATCG----TACA--TATT-TATAAAT-CTCTTCAAATA-TTTTCCAT-T-TAACAC-GCC-TGTATACTATGTATTAT---CTCTGCAT-G----TATGGAGGAAA-AAAgactattggtatgttgttgtcgttgttgttgtcctaattaatgtaaatagctatcgcacaactataacttacctgattatttttcaaatggtttataactatttctttatatgaaatctacatgttgaagtgtaaatattaattgttagacagtgttgtaatcgtacatatttataaatctcttcaaatattttccatttaacacgcctgtatactatgtattatctctgcatgtatggaggaaaaaata
gi|6                          : catgcaagctcatcttagttttctttatgtttcgtttcgatcaaggctattaatgactatagtgtgcttagcatgtaaagtcattttgcagctaattaaatgatgagacttgtagacatgactattggTAAATATTTATTTCTAACA--ATATATAACTATATGACTTTTGTCCTTATCATATATGTAAGTCAAATA--------T-GTTGTTGTTGTC---ATCATTGTTAATAGCTATTGTA-CAACCA-TACTTACCTGCTTTATGTTTCAAATGTTTTTTAACTATTTCTATATATATGAAATCT----ACATGTTGAAATGTAA-AGCCCCGGATTGATTGTTAGATAATGTT-GTTATCATAACTACATGTATT-CATAAAT-CTTTTCAAATA-ATTCCCAT-T-TATCAT-GTT-TGCATAATATGTATTGT---CTCTTCAT-A----TATGGAGGAAATATAGATTATAta
gi|7                          :                                                                                          TATAATGTCGTTGTGCATCTTATTAAACGATAAGACATGTATATATTTATTTCTAACATTATATATAACTATATGATTATTGCCCTTATCATAATTGTAAGCCAAATATGTC------GTTGTTATTGTC---ATAAATGCAGATAGCTATCATA-CAACCAT-ACTTACCTGCTT-ATTTTTCAAATGATTCTTAACTATTTT--AATATATGAAATTT----ACATGTT--------A-A------AA-----TGT---A-AATATT-GAT------------TGT------TAAA---------AAGA-ATTCCCAT-T-TATCAT-GTT-TGTATAATATGTATTAT---CGCTCAAT-T----TATGGAGGAAATAAAGATTATA
gi|8                          :                                                                                                                         AAGACATGTATATATATATTTCTAAGA--ATTTATAACTATATGACT--TGTCCTTATCATATATACAAGCCAAATACGTT--TG-----G--GTTATC---TTAAACGCAAATAGTTATCATATCAA-----ACTTACCTGATTCAT----------------AACTATATC--TATATATGTAAACT----ACATCCTTAAATGTAA-A------TGTTGATTGTTATGCAATGCT-GAAATCGTACC------TATT-TACA-----TTTTCAAATA-TTTTCCAT-T-TATCAT-GCT-TGTATAATATGTATTAT---TTTTTCAT-GTAATTATGAAAGAAATAAAGGTCATt
gi|9                          :           ttcaatggaGAACACATCTTAGTTGTCTTTATGTTTCGTTTCGATTTA---TATCTTAA----TATGATGTACTAATCATGTAATGTCATTGTGCATCTTAATAAATGATATGGCATGTAGATATTTATATCTAACA--ATAGATAACTATATGAC--TTGTCCTTATCATATATGTTAGTCAAATA--------A-GTTGTTGTTGTC---AAAAATGCA---AGTTTTCACA-CAACCA-TACTTACTTGCTTATTTTTTCAAATAGTTTTTATCTATTTC--TACA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): TCGTGCGATCATGTGTGCGTGCAAACGAGAGAC