lowQualScore : 111 1 11111 1 1 222 3333333333
lowQualScore : 4 1 1 3 3333333 1 1 1 1 0 1 222 5555555 11 999 11 1 1 222 1 44444444 33333 44 2 1 44444444 1 1 11 11111 11 222 1 1 11 1 1 7777777777777 1 5555 333333 1 1 1 1 1 1 666 11 1 0 1 1 1 77777 3333333 1 1 1 1 1 1 5555 4 11 1 11 2222 0 11 11 1 4444 33 11 666 1 222 666 22 4444444 1 22 55 3333333333 33333 6 2 1 9 1 4
lowQualScore : . . . . ....... . . . . . . ... ....... .. ... .. . . ... . ........ ..... .. . . ........ . . .. ..... .. ... . . .. . . ............. . .... ...... . . . . . . ... .. . . . . . ..... ....... . . . . . . .... . .. . .. .... . .. .. . .... .. .. ... . ... ... .. ....... . .. .. .......... ..... . . . . . .
lowQualScore : 5 0 0 1 3333333 0 1 2 2 5 3 333 5555555 88 999 66 2 2 000 1 11111111 00000 11 4 2 44444444 3 2 77 88888 77 222 2 3 77 2 2 1111111111111 2 3333 666666 2 2 2 2 2 2 111 88 2 5 2 2 2 00000 9999999 2 2 1 1 1 1 9999 0 77 2 77 9999 7 77 77 3 2222 22 88 000 3 333 666 00 8888888 5 11 22 8888888888 66666 4 0 5 4 5 6
consensus : TGTAANCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAA-TGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACTTA-C-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGG-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-CT--GCTCAGTGTGTAC-ACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-A-C-CCC-AAT-T-TCCAAGCATC----ANT--TT-T--TTTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC--AAAATGTTCA--AAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AAA--A---AA-A---TGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAATGC-------A-TTTTTAA--AGAAG--AAGAAA-------CGAGGATTAT-----TTATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
Reference ( gi|5 ) : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGGGTC--CC-AAA-TGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACCTA-C-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGG-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-CT--GCTCAGTGTGTAC-ACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGA----A-------TTCAT-A-C-CCC-AAT-T-TCCAAGCATC----ATT--TT-T--TTTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC--AAAATGTTCA--AAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AAA--A---AA-A---TGAGCATTAAAA-ATA--GGAAAATGC-------A-TTTTTAA--AGAAG--AAGAAT-------TGAGGATTAT-----TTACAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGCACTATGC
gi|8 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AACA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGGGTC--CC-TAA-TGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACCTA-C-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGG-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-TTC--T--GCTCAGTGTGTAC-ACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGA----A-------TTCAT-A-C-CCC-AAT-T-TCCAAGCATC----ATT--TT-T--TTTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC--AAAATGTTCA--AAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--ATA--A---AA-A---TGAGCATTAAAA-ATA--GGAAAATGC-------A-TTTTTAA--AGAAG--AAGAAT-------TGAGGATTAT-----TTACAACCGCCCTTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGCACTATG
gi|4 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTT-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-ACTTGTCATTCATAGAGAGTC--CC-AAA-TGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACCTA-C-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGG-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-TTT-CT--GCTCAGTGTGTAC-ACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACA-TCCGAA-ATCA-TGA----A-------TTTAT-A-C-CCC-AAT-T-TCCAAGCATC----A-T--TT-T--TTTT---TCTAGATTCACAATTCAAACATGACAATACTATC--GAAATGTTCA--AAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AAA--A---AA-A---TGAGCATTAAGA-AAA--GGAAAATGC-------A-TTTTTAA--AGATG--AAGAAT-------TGAGGATTAT-----TTGTAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-CGGTGGCACTATGC
gi|10 : gTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCTTTCATAGAGAGTC--CC-AAA-TGA---A-ACAAGT--------GAA-----ACCTA-C-ATT--------TTACGGTTTG-TCAA--CCTATGCACTA--T--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-ATGTAGG-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-CT--GCTCA--GTGTAC-ACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TACGAA-ATCA-TGA----A-------TTCAT-A-C-CCC-AAT-T-TCCAAGTATC----A-T--TT-T--TTTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC--AAAATGTTCA--AAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AAA--A---AA-A---TGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAATGC-------A-TTTTTAA--AGAAG--AAGAAT-------AGAGGATTAT-----TTATAACCGCCA-TAAGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|2 : TGTTATCCCACCGTTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AATG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGGC--CA-AGA-TGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACTTA-C-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--T--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGG-G-------------GTCATGTGTTATAT-ATATAAGA------G-A-T-TT-T-T-TTTTCT--GCTCAGTGTGTAC-ACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TC-GAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-A-T-CCC-AAT-T-TCCAAGCATC----AGT--TT-T--TTTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC--AAAATGTTCA--AAATACATCAAT-AATGCCATTTAAA----T--AAA--ATAAAA-A---AGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAATGC-------ACTTTTTAAGAAGAAG--AAGAAGAAAACAACGAGGATTAT-----TTATAACCGCCATTATGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|3 : ggTGTTATCCCACCGTTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AATG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGGC--CA-AGA-TGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACTTA-C-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--T--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGG-G-------------GTCATGTGTTATAT-ATATAAGA------G-A-T-TT-T-T-TTTTCT--GCTCAGTGTGTAC-ACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TC-GAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-A-T-CCC-AAT-T-TCCAAGCATC----AGT--AT-T--TTTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC--AAAATGTTCA--AAATACATCAAT-AATGCCATTTAAA----T--AAA--ATAAAA-A---AGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAATGC-------A-CTTTTTA--AGAAG--AAGAAGAAAACAACGAGGATTAT-----TTATAACCGCCATTATGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGCc
gi|6 : gTGTAAACCCACCATTAA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-TATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAA-TGA---A-AGAAGT--------GAC-----ACTTA-C-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCCCTGTACTA--T--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGG-G-------------ATCATGTGTCATAT-A----ACA------G-A-T-TTGT-T-TTC-CT--GCTCAGTGTGTAC-ACTGTTGAC-AAGTGAAAGTAGACT-TCCAAA-ATCA-TGC----A-------TTCAT-A-C-CCC-AAT-T-TCC-ATCATC----ATT--TT-T--TTTC---TCT-AATTCACAATTCAAACATGACAATGCTGTC--AAAATGTTCA--AAATATATCAAT-TATGCCATTCATA----T--AAA--A---AC-A---TGAACATTAAAA-TAA--GAAAAATGT-------A-TTTCTAA--AGAAG--AAAAAA-------TGAGAATTAT-----TTATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGAACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGCc
gi|14 : TGTAAACCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTATCATTCATAGAGAATC--CC-AAC-TGA---A-AGAAGT--------GA----------------------------CTGTT----CTA----TCTGCTCTA--T--CG--AA----T-A-TGGTGA--GAA-AAGTAGC-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-TTC--T--GCTCAGTGTGTAC-ACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-T-G-CCC-AAT-T-TCCAAGCATT----ATT--TT-T--TTTT----CTAAATTCACAGTTCAAACATGACAATGCTATC--AAAATGTTTA--AAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AAA--A---AA-AAAAGGAGCATCAAAA-TAA--GGAAAATGC-------A-TTTTTAA--AGACG--AAGAAA-------CGAGGATTAT-----TTGTAACCGTCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGATGGTACTATGCc
gi|11 : tTGTTAGCCCATCATTGA-T-TGT-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATG-AAA----TT-------TGAAG-GTTTGTCATTAATAGAAAGAC--CC-AAA-TGA---A-AGAGGT--------GAA-----ACTTA-C-ATT--------TTACTGTGTG-TCAA--CCTCTGAACTA--C--CA--ATA---T-T-TGATAA--GAA-AAGTAGG-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TC-A-T-TT--CT--GCTCAATGTGTAC-ACT--TGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-G-C-CCC-AAT-T-TCCAAGCGTC----A-A--TT-T--TATA---TCTAAATTCACAATTCAAACATGATAATGC----------TGTTAA--GAATACATAAAT-AATGCCATTCAAA----T--AAA--A---AA-A---TGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAATGC-------A-TCTTTAA--TGGAGA-AAAAAT-------CAAGGATTAT-----TAATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAT-TGGTGGTACTATGCc
gi|12 : gTGTTACCCCACCATTGA-T-T-T-------TTATTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-GTCTGTCATTCATAGTGAGAC--CC-AAA-TGA---A-ACAAGT--------GAA-----ACTTA-C-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGA-G-------------GCCATACGTCATAT-A----TCA------G-ATT-TT-T-T-TTT-CT--GTTCAGTGTGTAC-ACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGT----A-------TGCAT-A-C-CCC-AAT-T-TCCAAACATC----A-----T-T--TTTT---TCTAAATTCAAAATTCAAACATGACAATACTTTC--AGAATGTTCC--GAATACATCAAT-AATGCCATTCAA--------AAA--A---AA-A---TGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAATTC-------A-CTTTTAA--AGAAG--AAAAA--------CAAGGATTAG-----TCAGAACCGCAATTATGC------------GAAGCAATTCCTT-TTTCCAT-TGGTGGTACTATGCc
gi|16 : ggTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AACG---TT-------TGAAG-GTTTGTCATTCATTGAGAGAC--CT-AAA--------------T--------GAA-----ACTTA-C-GTT--------TTATTTTTTG-TTGA--CCTCTGTACTA--C--CA--AAA---A-A-TGATGA--GAA-ACGTAGG-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-GA-T-T-T---CT--GTTTTGTGTGTAC-ACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TG-----------------T-A----CC-AAT-T-TCTAAGCATCA---ATTTGTT-T--TTTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC--AAAATGTTCA--AAACACATCAAT-AATGCC--------------AAA--A---AA-A---TGAGCATTAAAA-TAA--GGAAACGGC-------A-TTGTTAA--AGAAG--AAAAAA-------CAAGGATTAA-----TTTTAACCGCCATTATGCGACTACCCCAC-GAAGCATTTCCTT-TTT-TAA-TGGCGGTTCTATGCt
gi|17 : TGTAAGCCCACTATTGA-T-T-T---------GTTT-TTTATT-CTATAGGAA-GT-GATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGA-GATA--CC-GAATTGA---A-AGAAGC--------GAA-----ACTAA-C-ATT--------AAAGTGTTTGTTCAC--CCTCTGCACTA--C--CA--AAA---C-A-TAATGA--GAA-AAGTAGG-G-------------GCCATATGCCATAT-A----AGA------GTA-T-TT-T-C-T---CT--GTTTAGTATGTACAAC--GTGACAAGGTGAAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TAT----A-------GTTAT-A-C-CCA-AAT-T-TCCAACCATA----A-------T--TTTT---TCTATATTCATAATTCAAACATGAC--T----TC--AAATTGTTCA--AAATACATCAAT-AATGACATTCAAA----T--AAA--A---AA-A-----AACATTAAAA-TAA--GGAAAATGT-------A-TTTTTAA--AGAAG--AAAAACA------T--GGATTAT-----TGATAACCGCCAT-------------------AACATCTCCTG-TTTCCAA-TAGTGGTc
gi|20 : TATAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTT-TTTATT-CTAAAGTAA-AT-AAAA-AAAG---TT-------TGCAT-ACTTGTCATTCATAGAGAATC--CC-AAA---------------------------------CTAAC-ATT--------TTATTGTTTG-TGAAATTCTCTACAATA--T--CA--ATA---T-A-TAATGA--GGA-AAGTAGA-G-------------GCCATGTGTCATCC-A----GGA------G-A-T-AT-G-T-T-C-CT--GTTCA----------CTGTTGACAAAATGAAAGCAGATT-TCCAAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-A-C-CCA-AAT-T-CCCAAGCATA----ATT--CT-T--TT-----TCTAAATTCACAATTAAAACATGACAATGCGTTC--AAAGTGTTTT--AAATGCATCAGT-TATGTCATTCAAA----T--AAA--A---AA------GAGCATTGAAA-TAA--AGAAAAT---------------------GAAG--AAGAAA-------CAAAGATTAC-----TGATGACCGCCATTATGTG-----------------TTTCCTG-TTTCCAA-TGGTGGTACCATAC
gi|27 : TGTAAGTCCACACTTAA-A-T-T-------TTGTTC-TTTATT-TTAAAGTAA-AT-AA-A-AATG---TT-------TGCAT-GCGTGTCAATCATAGAGAGAT--CC-AAC-TGA---A-AGAAAT--------GGA-----ATTTA-C-ATT--------TTATTGGTTG-TCAA--CCTCTGCTCTA--C--CG--AAA---T-G-TGATCA--GAA-ATGTAGG-G-------------GTCATA----ATCC-A----AGA------G-A-T-TT-T-G-TT--CT--GTTCAGTGTGAAC-ACTGTTGACAACATTAAAGTAGACT-TCCGAA-ATTA-TGT----A-------TTCAT-A-T-CCC-ACT-T-TGCAAGCAT-----A-C--CC-T--TTTT---TCTAAATTCACAATTTAAACATGACAATGTTTTC--AAAATGTTCA--AAATACATTAAC-AATGTCATT
gi|36 : ggTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCACAGAGGGTC--CC-AAA-GGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACCTA-C-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGG-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-Ta
gi|19 : gTGTCAGCCCATCATCGA-T-T-T-------GTGTTC-TTTATT-CAATAGTAA-AT-AAC-----GTTTTT-------TGAAG-GCTTGCCATTAAAAGAGAGAC--CC-AAA---A---A-ATAA----------GAA-----A--------------------AGTGTTTG-TCAA--CCTCTGTACTT--C--CA--AAA---T-A-TGGTGA--GAA-AAGTA-A-G-------------GTTATGGGT
gi|35 : gTGTA--CTCACCATTGT-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGCCATTCATAAAGAGGT--CC-AAA-TGA---A-AGAAAT--------GAA-----A---G-T-GTT--------TCA----------AA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAA---T-A-TGATGA--AAA-AGGTAAG-T-------------GTCATGTGTCATAC-A----AGA--------A-T-TT-T-T-TTT-CT--ATTCAGTGTGTAC-AATGacactgttgacaaagcgaacgtagacttccgaaatcatgtactcataccccaatttccaagcatcaatttatttttctaaattcacaactcaaacgtgacaatgctttcaaaatgttcaaaatacattaataatgtcattcaaataaaaaatgagcattgaaataaggaaaaatcatagttaaagaagaggaatgatcatttataatcgccattatgtgataacccaacggaggtatttccctgtttccaatgatggtacaatgc
gi|40 : gTGTCATCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATGGAGAATC--CC-AAA-TGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACCTA-C-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--ATA---T-
gi|23 : gTGTAAGCCCATCGTTGA-T-T-T-------T-GTTC-TTTATT-CTATAGAAA-GT-GA
gi|58 : tTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTT-TTTATT-Caacacacatgttattgtttgtcatcaatgtgataagaacagtagcggtcatgttgcatataagagattttttctgttcagtgtgtacgctgtttacaaagtgaaagtagactccagaaatcatgtattcatactcaaatttacaaccctcatttttaactatttcacaataacaacatcgtaatgcttttcaaatgtttagtaaatatgaccattgaaattaggaaaatgcgtttttaatgaaaaaacaagaattatttataatcgctcttatgagagtatcccatggaagaatttcctgtatccagtggtgcta
gi|56 : aggTGTAACCCCACCATTGG-T-T-T-------GTGTTC-TTTATT-CTA
gi|61 : aggTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTT-TTTA
gi|60 : ggTGTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-TT
gi|57 : TGTAACCCCGCCATTGA-T-TGT-------TGGTTC-TTTATT-
gi|15 : taggGTAGACCCACGATTGA-T-T-T-------TTTTTTGTTTATT-CTATAGTAA-AT-AATC-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCACAGAAAGAC--CC-AAA-TGA---A-ATACGT--------GAA-----GCTTA-C-GTT--------CTATTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--C--TA--GAA---T-A-TGCTGA--GAA-AAGTAGG-G-------------ACCATGTAGCATAT-A----AGA------G-A-T-CT-T-T-TT--CT--GTTCAGTGTGTAC-ACTGTTGAC------AAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-A-C-CCC-AAT-T-TCCAAGAATC----A-----T-T--TTTT---TCTAAATTCATAATT----CATT-CAATGCTTTT--AAAATGTTAA--AAATACATCAAT-AATGCTATTCAAA----T---AA--A---AA-T---TGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAATAA-------A-TCTTTAA--AGAAG--AAGAAA-------CAAGGATTAT-----TTATAACCGCCATTATGCGACTTCCCCGCGTAAGTATTTCTTG-TTTCCAA-TGGTGGTACTATG
gi|18 : GTAATCCCACCATTGA-T-T-G-------TCGTTC-TTTATT-AAATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAT--CC-AAA-TGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACTTA-C-ATT--------TTACTGTTTT-TCAA--TCTCTGCACTA--T--TA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGC-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-T---CT--GCTCAGTATGTAC-ACTGTTGACAAAGTGAAAGTAAACT-TTCGAA-ATCA-AGT----A-------TTCAT-A-C-CGC-AAT-T-TCCAAGCATC----AAT--CT-T--TTTT-----TAATTTCACAATTCAAACATGACACTGCTGAC--AAAATGTTCA--AAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AAA--A---AA-G---T
gi|21 : ggcGTAAGTTCACAATTGA-TGT-T-------TTAGTT-TTTATT-CAATAGTAA-AT-AAAAGAAAG---TT-------TGCAT-GCGTATCATCCATAGAGAGAA--CC-AAA-TGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACTTA-C---T--------TCATTGTTTG-TCAA--CCTCTGGGCTA--C--CA--CAG---T-T-TGATGA--GAA-AGGTAGG-G-------------GCCATTTGTTATTT-G----AGA------G-A-T-TT-T-T-CCG-CT--GCTCAGTGCATAG-ATTGATGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCTGAA-ATCA-TAATTATA-------TTCAT-A-C-CGC-ATT-T-TCCAAGCATCAATAATT--TTGT--CTTT---CCTAATTTCACAATTCAAACATGAAAATACTTTC--AAAATGTTCA--AAATACATTAAT-AATGCCAATCAAA----TTAAAA--A---AA-A---AGAGCATCAA----------AAAGTGA-------T-TTTTTAA--AGAAA--AACAAA-------TTAAGATTAC-----TTtcatgatcgtgttctttcgagaaatattttatacgtcattaagtgtttgcctttatcttttatctttaaaca
gi|25 : GTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTAACT-CTTTGGTAA-AT----------------------TGAA-----CGT--TTTAT-GAGAAAC--CC-AAA--AA---A-AGACGC--------TAA-----ACCTA-T-ATT--------TT---GTTTG-TCAA--CCTCTGCATTA--C--CA--AAA---TAA-AAATGA--GAA-AAGTAGG-G-------------GTCATGTGACATCC-G----GAA------G-A-T-TT-T-T-TT--CT--GTCCAGTGTGTAC-ACTGTTGACAAAGTGAGAGTAGACG-TCGAAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-A---CCC-AAT-TATCTATTCATC----ATT--CC-CCGCCCC---CCTTTATTCGCAATTCAGTCATAACAATGCTTTC--AAAATTTTTC--AAATACACCAAT-AATGCCATTCAA--------AAT--A---AA-A---TGAGAATTAAAT-A-A--GGAAAATGC-------A-TGTTtaac
gi|24 : ggGTAAGGCCGCCATTGACT-T-T-------TTTTTA-CTTATTTCCACAGTGA-AT-GA-A-ATAT---TT-------TTAATTGCTCGCCATTCATAGAAAGAC--CC-AAA-TCA---C-AGACGG--------GAA-----AGTTA-C-ATT--------TTATTGTT-G-TTGA--CATCTG-A-TAAGC--CA--AAA---T-A-TCAATA--GAA-AAGTAGG-T-------------GCCATATTTTGTCC-A----AGA------C-A-TATT-T-T-TTT-CT--TCTCGGTGTGTAC-AGTGTTG-CAAAGTGAAAGTAAACG-TCAGAA-ATCA-TTT----A-------TTTAT-A-C-TTC-AAT-C-TATTAGAATC----AAT--TG-T--TTTG---TCTGAATTCACAATTGTAATATGACAATGCAATC--GTAATGTTAT--AAATACATCAAG-AATTCCATTCCAA----T--AAA--A---AA-A---
gi|51 : GTAAGTCAACCATTGG-T-------------GTTC-TTTATT-C-------------AT------------------------GCTTGTCATTCGTAGAGATAC--CCAAAA-TGA---A-AGAGGaaaggcatc
gi|54 : GTTACACCATCATTGA-T-TGT-------TTGTTT-TTTATT-CTATA
gi|29 : tattgggTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TC-TTC-TT-ATT-CTATAGTAT-AT-GA-A-GTAT---TTC------TAAAT-GCTTGTCATTCATAGAAAGAC--CC-AGA-TAA---A-AAATGG--------AAA-----ACTTA-C-AAT--------TTATCGTTTG-TTGA--CATCTGCAGT----------------------ATGA--GAA-AAATAGG-G-------------GCCATCCG------------AGT------T-A-T-TG-T-T-T---------TCAGGGTGTAC-ACTGGTGACCGCATGAAAGTA--------GAA-GT-A-TGT----A-------TCCAT-A-CATCC-AAT-C-TCCAAGCATC----GTT--TC-C--T------------TTCA----------ATGACAATGCTTTT--AAAATGTTCC--AAATGC
gi|7 : aACCCCACTATTGA-T-T--------------C-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAA---TT--------GAAC-TCTTGTCATGTATAGAGAGAC--CC-AAA-TGA---A-AGAAGT--------GAAGTGAAACTTA-C-ATTATTTTTTTTTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCATTT--C--CG--AAA---T-A-GGCTGA--GAA-AAGTGGC-G-------------GTCATGTGTCATTT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-TTC--T--GCTCAGTGTGTAC-ACTGTTGGCAAAGTAAAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-A-C-CCA-AAT-T-TCCAAGCATC----AGT--TT-T--TTTT---TCTAAATTCACAATTCAAACTTGGCAATGCTTTC--AAAATGTTCA--AAGTACACCAAT-AATGCCATTCAAA----A--AAA--A---AA-G---T--GCATTAAGA-TAA--GGAAAATGC-------T-TTTTTAA--AGGAG--AAGAAA-------CAATGATTAT-----TTATAACCGTCATTATGAGACTACCCCACGAAAGCACTTCCCT-TTTCTAA-TGGTGGTACTATGCcaaatgagcaattaaggtagttcgcggtgtttctatcggattttattacat
gi|9 : CCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-AAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAA-TGA---A-AGAAGT--------GAA-----ACCTA-C-ATC--------T-ACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAA---T-A-TGATGA--GAA-AAGTAGA-G-------------GTCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-TTC--T--GCTCAGTGTGTAC-ACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGATT-TCCGAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-A-C-CCC-AAT-T-TCCAAGCATC----AAA--TT-T--TTTT---TTTGAATTCACAATTCAAACACGACAATGCTATC--AAAGTGTTCA--AAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AAA--A---AA-A---TGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAATGC-------A-TTTTTAA--AGAAG--CAGAAA-------TGAGGATTAT-----TTAAAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAGGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|22 : tcgtCCCACCAATGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTAA-AT-AATA-TAAG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAAAGAC--CC-AGA-TGA---A-AGAAAT--------G
gi|26 : CCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CCATAGTAA-AT-AATA-AATG---TT-------TGAAG-TCTTGTCATTCATAGAGAGTC--CT-AAA-TGA---A-GGAAGT--------GAA----------------------------TGTGTA-TCAA--CCTCTGCACTA--T--TA--AAC---T-A-TGATGA--GTA-AGGTAGGTGTCATGTGTCATGTGTCATGTGTCATAT-A----AGA------T---T-TT-T-T-TTT-CT--GTTCAGTGTGTAC-AATGTT--CAAAATtaggggccatgtgtcatataagagattttattttctactcagtgtgtacactgttgacaaagtgaaagtagacttccgaaatcatgtattcatacccccaatttacaagcattgtttgtttggctaaattcataattcaaacacgacaatactttcaaaaagttcaaaatacatcaataatgccattcaaataaataaatgagcattaaaataaggaaaaggcatttttaaagaagaagaaaaaaggagtatttataaccgtcattatgcgactaccccacagaagcgcatcctttttcctatggtcgtactatgc
gi|53 : aCCCACCATTGA-T-T-T-------TTGTTC-TATATA-CTGCAGTTA-AT-AAacatcaacaatgccatttaaataaaaaaatatgcattaaaatatggaaaatgcgtttttaaagaaaaagaataattatttataaatgccgttatgcgactacccggtggaagcgcatccttttctcaatgaagtgctgtgt
gi|13 : ggttaagattttagCCAACATTGA-T-T-TGACTGATTTGCTT-TTTGT--CGATAATGGTAC-AACA-AA------T-------TACAC-GCTTGTTATTCATAGAACAAC--AC-AAA-TAA---A-CAAAGG--------GAA-----AGTTA-T-AGT--------TTATTGTGTG-TTGA--CACATGCAGTG--C--CAGTATA---T-A-TCATTA--AAT-AAGCAGG-G-------------AACATATTTCAAAC-A----AAA------T-A-C-TT-T-GGTTT-CT--GTT-AGAGTGTTT-ATTGTTGTCAAAATGAAAGTAGACT-TCAAAA-TTAA-TAT----A-------TTTAT-------T-GATAT-T---AATATT----ATT--TA-T--ATCCGAATTTATATTCACGTTAAAAACATGACAATGCTTTC--AAAAGTTTCC--AAATACATCAAT-TATGACATTCAAT----T--CAC--A---AA-A---TAACCAATAAAA-A-A--GGAAAATGC-------A-TTTATAA--AAAAATCATATGT-------TAAGAATTAT-----TTATGACCACCATGATGCGA-----------AATTACTTTCTG-TTTCCAA-TAGatat
gi|39 : caCCACCATTGC-T-G-T-------TCCCTC-TTGCTT-CTATACTG-----AATA-AAAC---TTTTTTTTATAAA-----TGTCATTCATATAAATTC--TC-CAA-TTA---ACAAAGGG--------GAA-----ATTTA-T--TT--------TTATTGTTTG-TTCA--CAACTGAAGTG--C--TA--AAA---T-GCTAAAGA--GAA-gtctaata
gi|46 : a-T-T-T-------TTGTTC-TTTATT-CTATAGTTA-ATAAAAA-AAAG---TT-------TGCAT-GCCTGTCATTGAAAGAGAAACAAAA-AAA-TGA---A-AGAAGT--------
gi|42 : aattcacacgctattgttttTGTCATTCATAGAAGGAC--CC-AA---GACCCA-AGAAGG--------G-----------A-T-ATT--------TTATTATTTG-a
gi|47 : caatttagaagtaaaaccgcctttgaattgtttcagtcctagttcatagtaaccgaaatgtattttcaTCATTCATAGAA------CA-AAA-TAC---A-AAAAATTTTTAGGAAAA-----AATGA-T-GTT--------TTATTGTTTG-TTAA--TACGTGCAGTG--C--CA--ACATTTT-A-TTTTGA---AA-AAGTAGG-ctgcatttg
gi|30 : tt--CC-AAA-TAA---A-AGA-GT--------GAA-----AATTA-CCAGT--------TTATTGTTTG-TTGG--CATCTGCAGTG--TGGCA--AAA---T-A-TCATTA--GAA-AAGTAAG-G-------------GCCATGT------T-A----A----------A-T------------CT--GCTCAGTATGTAC-GCTGTTGGCAAAGTGAAAGTAGACT-TCAGAA-ATCC-TGT----A-------TTTAT-G-G-CGA-TAT-T-TCCAAGCATC----ACT--TC-T--TTGC---TCTGG--TCACGATTCAAA-ATGACAACGCTTTG--AAAATGTTC-----------CAATAAATGCCTTTTTAA----T--CAC--A---GA-A---TGAATATT-TAA-ATA--TGAA
gi|38 : gttgtatgtgatttaaacatttttaggttattcagaaataaaca---A-AGAA-T--------GGG-----AGCTAAC-ATG--------CTATTGTGTG-TTTA--TATCAGGGATG--T--CA--AA--------T--TGA--AAATAAGTAAA-T-------------GCCATATATCATCC-A----GTA------C-A-T-GT-T-T-T---CT--GTTCAGTGTATttcagaataag
gi|23 : cttatttcttaaaaatacatgtagttgtgattaacattataagacaaccaatccAAGT--------GAA-----ACACA-C-ATG--------TTATTGTTTG-TCA----------------T--CA--A-----T-G-TGATAA--GAA-CAGTAGC-G-------------GTCATGTTGCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-T-T-T---CT--GTTCAGTGTGTAC-GCTGTTTACAAAGTGAAAGTAGACT-CCAGAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-A-C-TCA-AAT-T-TACAACCCTC----ATT--TT-T--AACT-------ATTTCACAATAACAACATCGTAATGCTTTT--CAAATGTTTAGTAAAT------AT-GA--CCATTGAAAT---T--AGG--A---AA-A---T------------------------GC-------G-TTTTTAA--TGAAA--AAACA----------AGAATTAT-----TTATAATCGCTCTTATGAGAGTATCCCATGGAAGAATTTCCTG-TATCCAG-TGGTGttagtgctg
gi|22 : ttgtaagcccatcgttgattttgttctttattctatagaGATGAAAGAA-ATGTAGG-G-------------GCCATGTGTCATAT-A----AGA------G-A-T-TT-TAT-TTT-CT--ACTCAGTGTGTAC-ACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGT----A-------TTCAT-ACC-CCC-AAT-T-TACAAGCATT----G-T--TT-G--TTTG---GCTAAATTCATAATTCAAACACGACAATACTTTC--AAAAAGTTCA--AAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AAA--T---AA-A---TGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAAGGC-------A-TTTTTAA--AGAAG--AAGAAA-------AAAGGAGTAT-----TTATAACCGTCATTATGCGACTACCCCACAGAAGCGCATCCTT-TTTCCTA-TGGTCGTACTATGCcta
gi|31 : cccaccaatgatttttgttctttattctatagtaaataatataagtttgaaggcttgtcattcatagaaagacccaG-G-------------GCCATGAGTCATAT-A----AGA------T---T-TT-T-T-TTT-CT--GCGCAGTGTGTAC-ACTGATGTAAAAGTGAAAGAAGAC------------A-TTT----A-------TCCAT-A-C-CCC-AAT-T-TACAAGCATC----AGT--TT-T--TTTT---T-TAATTTCATAATTCAAACATGACAATGCTTTC--AAAATGTTCA--AAATACGTCAGT-GGTGCCATTCAAA----T--AAA--GT--AA-A---CGAGCATTATAA-TAA--GGAAAATGC-------A-TTTTTAA--AGAAA--AAGAAA-------CAAGGATTAT-----TTATAACCGCCATTATGCAACTTCCCCACGGAAGCATTACCTT-TTTCCAG-TGGTGGTACTTTGC
gi|32 : TGTCATAT-A----AGA--------A-T-TG-T-T-TT------GCTCAGTGTGTAC-ACTGTTGACAAAATGAAGGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGT----A-------TTCGT-A-T-CCC-AAT-T-TACAAGCATC----A----TT-T--TTTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTGTC---AAATGTTCA--AAATACATT-----------TTTAAA----G--AAGATA---AA-A---CGAGGATTA
gi|45 : CATATCA----AGATTTTGTG-A-T-TT-T-T-TCC-CTCTGTTCAGTG----C-ATTGTTGACAAATTG--------CTGTCC-AA-ATTAGTGT----A-------TTCAT-A-C-CTC-CAT-T-CCCAGGttaatcttataacagccgtaatgagtctaccccacagaagcactttcttttttgaattgtggtattatgc
gi|25 : tcaaatttcatcCAGTGTACAC-ACTG--GACAGAA-AAAAAT---CT-TCCGGATGTCA------------------CATGA-C-CCCTACT-T-TTC-----TC----ATT--TT-T--ATTT---T
gi|28 : gggtaagcccaccattgatttttgttcttaactctttggtaaattgaacgttttatgagaaacccaaaaaaagacgctaaacctatattttgtttgtcaacctctgcattaccAGTGTGTAC-ACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAA-AACA-TGT----A-------TTCAT-A-T-CCC-AAT-T-TCCATGCATC----AAT--TT-C--TTTT----CTAAATTCACAATTCAAACATGACAATTCT-TCCAAAAATGTTCA--ACATACATTAGT-AATGCCATTCAAA----T---AA--A---AA-A---TGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAATGC-------A-TTTTTCA--ATAAG--AAGAAA-------CAATCATTAT-----TTATAACCGCCATTATGTAACTATTCAACAGAAGTATTTCCTG-TTTCTAA-TTGTGGTACTATGttgacaaagtgagagtagacgtcgaaaatcatgtattcatacccaattatctattcatcattccccgcccccctttattcgcaattcagtcataacaatgctttcaaaatttttcaaatacaccaataatgccattcaaaataaaatgagaattaaataaggaaaatgcatgtt
gi|19 : aggttactgtttcagacaaattctgcagaagattaaactgtcagggTGGGTAC-ACTGTTGACAAAGCGAACGTAGACT-TCCGAA-ATCA-TGT----A-------CTCAT-A-C-CCC-AAT-T-TCCAAGCATC----AAT--TT-A--TTTT---TCTAAATTCACAACTCAAACGTGACAATGCTTTC--AAAATGTTCA--AAATACATTAAT-AATGTCATTCAAA----T---AA--A---AA-A---TGAGCATTGAAA-TAA--GGAAAAATC-------A-TAGTTAA--AGAAG--AGGAAT-----------GATCAT-----TTATAATCGCCATTATGTGATAACCCAACGGAGGTATTTCCCTGTTTCCAA-TGATGGTACAATGCt
gi|33 : gtgtcagcccatcatcgatttgtgttctttattcaatagtaaataacgttttttgaaggcttgccattaaaagagagacccaaaaaataagaaaagtgtttgtcaacctctgtacttccaaaatatggtgagaaaagtaaggttaTGAAACTAGACT-CCCAAA-ATAA-TGT----ACAGCGTGTTCGT-G-C-CCT-CAT-T-TC-AAG--TCCGG-GGT--TC-T--ATTG---TCTAAATTCAAAATTCAAACAT
gi|55 : ttctatagtgaataaactcatttttaaaaaaaaaaacatcattaaaagatagacctaaagtaaagacgggacgtgtggttacatccacagtaccaaactactattataggcatcatgttttgcattgtTAGACA-TTTGAA-ATAT-TGT----A-------TTCAT-T-A-CCC-AAT-T-TCCAAGCAattattggcttta
gi|34 : T-A-T-CCA-AAT-T-TCAAAGCATC----AAA--TT-T--ATTT---TAATAATTCACAATTCAAACATTAAAAAGCT-----------TTCA--AAAAACACCAAT-AATATCGTTCAAACTTTT--AAA--A---GATA---TGAGCATTAAAA-TAA--GGAAAATGCATCTTTAA-TCTTTAA--AGAAGA-AAGAA----------AGCATTAT-----TTATAGCCGCAATCATGCGGCAACCACGCGGAAG--CTTTCTG-TTACCAA-TGGTGATACTATGC
gi|52 : -CCC-AAT-T-CCTAGACCTC----AAC--TT-A--ATTT----CTAAAGTCACAACTCGAACCTGAAATTGCTTTT--AAAAT
gi|37 : TCAGAATTTAAACGTAACAATGCTCTC--AA-----CCA--ACATGT-TCAAT-A-TGCCATTCAAA----TG-AAA--A---AA-A---TAGGCATTAAAA-TAA--GGAAAATGC-------A-TTTTTAA--AGAAG--TAGAAA-------CAAAGATTAT-----TTATAACCGCCATTATG-----------TGGGAGCATTTCCTG-TTTCCAG-TGATGGTGCTA
gi|26 : gcaAATGTTCA--AAATACATCAAC-AATGCCATTTAAA----T--AAA--A---AA-A---TATGCATTAAAATAT---GGAAAATGC-------G-TTTTTAA--AGAAA--AAGAAT-----------AATTAT-----TTATAAATGCCGTTATGCGACTACCCGGTGGAAGCGCATCCTT-TTCTCAA-TGatg
gi|44 : acccaccattgatttttgttctttattccatagtaaataataaatgtttgaagtcttgtcattcatagagagtcctaaatgaaggaagtgaatgtgtatcaacctctgcactattaaactatgatgagtaaggtaggtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatataagatttttttttctgttcagtgtgtacAAA-ATAAAGAAAAATGC-------A-TTTTTAA--AAAAG--AAGAAA-------CAAGGAATATTAATGTTATTATCGCCATTTTG---CTACCCCACGGATGCATTTCCTG-TTTCCGATTGGTGaagtgctgtgt
gi|50 : tcAT-----TTAAAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TCTGCAA-TGGTGGTACTATGCa
gi|32 : -----TTATAACAGCCGTAATGAGTCTACCCCACAGAAGCACTTTCTT-TTTTGAA-TTGTGGTATTATGC
6 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AAAAGACATAGAAAGTATAAAATAAATGTATATATGTTTTAAACTAAAAAATACACGTTTTATTATGATAACATATGTTTTTAATCAGATATATTAAATAAATATTGATTTACTAATTAAAATTACATGTACTGCTATATCTTAACCAGGGTAGTAATTTATACAAAAAGTTAGTTAGTATATATATATATTACATAAATTATATGAAACTGCCGTAGATTATACGGCGTCAATCAACGAATAGTAGAATGTCGATTGTTCGAACAAGGTTTCTGGAACACCACATATATCTTGAACTACTGACCTGGTTCTGGTCAAATTCCTATTTCGATGTATATATTTGTAAATGTAGAATATGATATTGAACAAAATTTGGCTCGAATAACCCTTAACTCGAACTATTTTGTCCAGTGCCGTTGGATTCGAGCCATCGAAGTTCTACTGTATATAAAGCGTGATGCGATCCAGCCGCTATTATAATCCTATGATCTAATGGAAATAAATAAAAGAAGATAAAGTAAATATGTTACTGTTTTATGAAACACAACTGGGGTTAATAACATACCTGATTTTCATGAAACGTACACACTAATTA
Unaligned ( gi|41 ): TGTATTGTCATCAATGAGTTTTATTTTTGCTTTTTTTTAGAGTTTTAGAGAATAAAGTATTTTTACTTGGCGGTCATTGATAGGAAACTCATATCAAAGACTTGAAAGTTTTTTTTATTACTTGTTAA
Unaligned ( gi|43 ): CTTATGGTGACGAGATCATTTTGACGGTGTGATTTCTATATTGACACCGCTTTAAACAACAAGCGTCTTTGAGAGAAAGAACATTGAACATGACGGAAGAGAAAATGGAAGTTGTTCTTAAA
Unaligned ( gi|48 ): TTTTCTTCTTATTTCTTTATAGAATATATTTTTTTTAATCATAGAAAGACAAATCATAGAAGGGGAACTTACATTTCATAGTTTGTGGACATTGAT
Unaligned ( gi|49 ): AAGCCTACCATTGATTTTCTTTCATATTTCTATAATGAATGAAACATTTTATTTTAAAATGTCATTAATATAAAAATCC
Unaligned ( gi|59 ): GGCACATCATATGAATATAAATTTTGCGTTGAAAG
Alignments
lowQualScore : 11 11111
lowQualScore : 1 2 1 3 3333333 11 1 1 11 1 1 1 1 222 222 5555555 22 22 1 222 1 33333 1 44444444 0 1 11 33333 11 1 1 11 5555 666666666666 1 333333 1 5 1 1 1 1 11 11 1 3333 3333333 1 1 1 1 222 66666 11 222 222 1 1 1 2222 33 444 11 1 1 222 1 4444444 2 33 7777777 444444 33333 33333 1 1 0 1
lowQualScore : . . . . ....... .. . . .. . . . . ... ... ....... .. .. . ... . ..... . ........ . . .. ..... .. . . .. .... ............ . ...... . . . . . . .. .. . .... ....... . . . . ... ..... .. ... ... . . . .... .. ... .. . . ... . ....... . .. ....... ...... ..... ..... . . . .
lowQualScore : 4 0 0 8 1111111 33 0 0 44 1 1 1 2 111 111 0000000 22 77 1 000 1 00000 2 44444444 8 2 88 44444 88 3 3 88 2222 444444444444 2 666666 2 0 2 2 2 2 11 88 2 8888 9999999 2 1 1 1 111 77777 77 111 111 5 2 2 7777 11 555 88 3 3 333 4 5555555 8 99 7777777 333333 44444 44444 5 4 1 4
consensus : TGTAANCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ANT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
Reference ( family-3553 ) : TGTAANCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ANT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|10 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCTTTCATAGAGAGTC--CC-AAATGA---A-ACAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACGGTTTG-TCAA--CCTATGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAATGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCA--GTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TACGAAATCA----TGAA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGTATC---A-T---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AT-AG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCA-TAAGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|11 : TGTTAGCCCATCATTGA-T-TGT-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATG-AA---A----TT-------TGAAG-GTTTGTCATTAATAGAAAGAC--CC-AAATGA---A-AGAGGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTGTG-TCAA--CCTCTGAACTA--C--CA--ATAT-T-TGATAA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TC-A-T-TT-CT--GCTCAATGTGTACAC--TTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATG-C-CCCAAT-T-TCCAAGCGTC---AA----TTT--T---ATA---TCTAAATTCACAATTCAAACATGATAATGC---------TGTTAAGAATACATAAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TCTTTA--ATGGAGAAAA-------AATCA---AGGATTAT-----T-----AATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAT-TGGTGGTACTATGC
gi|12 : gTGTTACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--ATTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GTCTGTCATTCATAGTGAGAC--CC-AAATGA---A-ACAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGAGGCCATACGT----CAT------------AT-ATCA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GTTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TGCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAACATC---A------TT--T---TTT---TCTAAATTCAAAATTCAAACATGACAATACTTTC-AGAATGTTCCGAATACATCAAT-AATGCCATTCAA--------AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TTC-------A-CTTTTA--AAGAAGAA-A-------AA-CA---AGGATTAG-----T-----CAGAACCGCAATTATGC------------GAAGCAATTCCTT-TTTCCAT-TGGTGGTACTATGCc
gi|13 : ggCCAACATTGA-T-T-TGACTGATTT--GCTT-TTTGT--CG--ATAATGGTAC-AACA-AA---------T-------TACAC-GCTTGTTATTCATAGAACAAC--AC-AAATAA---A-CAAAGGGAA-----AGTTAT-AGT--------TTATTGTGTG-TTGA--CACATGCAGTG--C--CAGTATAT-A-TCATTA--AATAAGCAGGGAACATATTT----CAA------------AC-AAAA------T-A-C-TT-T-GGTTTCT--GTT-AGAGTGTTTATTGTTGTCAAAATGAAAGTAGACT-TCAAAATTAA----TATA-------TTTAT------TGATAT-T---AATATT---ATT---TAT--A---TCCGAATTTATATTCACGTTAAAAACATGACAATGCTTTC-AAAAGTTTCCAAATACATCAAT-TATGACATTCAAT----T--CA---C--A-AA-A---TAACCAATAAAA-AAGGAAAA-TGC-------A-TTTATA--AAAAA-ATCA-------TA-TGTTAAGAATTAT-----T-----TATGACCACCATGATGCGA-----------AATTACTTTCTG-TTTCCAA-TAGt
gi|14 : caTGTAAACCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTATCATTCATAGAGAATC--CC-AACTGA---A-AGAAGTGA---------------------------CTGTT----CTA----TCTGCTCTA--T--CG--AA-T-A-TGGTGA--GAAAAGTAGCGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATT-G-CCCAAT-T-TCCAAGCATT---A-T---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAGTTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTTAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-AAAAGGAGCATCAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGACGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TGTAACCGTCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGATGGTACTATGCgtctaata
gi|15 : tGTAGACCCACGATTGA-T-T-T-------TT--TTTTGTTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATC-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCACAGAAAGAC--CC-AAATGA---A-ATACGTGAA-----GCTTAC-GTT--------CTATTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--C--TA--GAAT-A-TGCTGA--GAAAAGTAGGGACCATGTAG----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-CT-T-T-TT-CT--GTTCAGTGTGTACACTGTTGAC------AAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGAATC---A------TT--T---TTT---TCTAAATTCATAATT----CATT-CAATGCTTTT-AAAATGTTAAAAATACATCAAT-AATGCTATTCAAA----T---A---A--A-AA-T---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TAA-------A-TCTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CA---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTTCCCCGCGTAAGTATTTCTTG-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGc
gi|16 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---CG---TT-------TGAAG-GTTTGTCATTCATTGAGAGAC--CT-AAA-------------TGAA-----ACTTAC-GTT--------TTATTTTTTG-TTGA--CCTCTGTACTA--C--CA--AAAA-A-TGATGA--GAAACGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-GA-T-T-T--CT--GTTTTGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-----------------CCAAT-T-TCTAAGCATC---AATTTGTTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAACACATCAAT-AATGCC--------------AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAC-GGC-------A-TTGTTA--AAGAAGAAAA-------AA-CA---AGGATTAA-----T-----TTTAACCGCCATTATGCGACTACCCCAC-GAAGCATTTCCTT-TTT-TAA-TGGCGGTTCTATGC
gi|17 : TGTAAGCCCACTATTGA-T-T-T-----------GTTT-TTTATT-CT--ATAGGAA-GT-GATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGATAC--CG-AATTGA---A-AGAAGCGAA-----ACTAAC-ATT--------AAAGTGTTTGTTCAC--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAC-A-TAATGA--GAAAAGTAGGGGCCATATGC----CAT------------AT-AAGA------GTA-T-TT-T-C-T--CT--GTTTAGTATGTACAACG-TGACAAGGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TATA-------GTTATA-C-CCAAAT-T-TCCAACCATA---A-------T--T---TTT---TCTATATTCATAATTCAAACATGAC------TTC-AAATTGTTCAAAATACATCAAT-AATGACATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A-----AACATTAAAATAAGGAAAA-TGT-------A-TTTTTA--AAGAAGAA-A-------AA-CA---TGGATTAT-----T-----GATAACCGCCAT-------------------AACATCTCCTG-TTTCCAA-TAGTGGTAc
gi|18 : GTAATCCCACCATTGA-T-T-G-------TC--GTTC-TTTATT-AA--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAT--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTT-TCAA--TCTCTGCACTA--T--TA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGCGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-T--CT--GCTCAGTATGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAAACT-TTCGAAATCA----AGTA-------TTCATA-C-CGCAAT-T-TCCAAGCATC---AAT---CTT--T---TTT-----TAATTTCACAATTCAAACATGACACTGCTGAC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-G---T
gi|19 : ggcTGTCAGCCCATCATCGA-T-T-T-------GT--GTTC-TTTATT-CA--ATAGTAA-AT-AAC--------GTTTTT-------TGAAG-GCTTGCCATTAAAAGAGAGAC--CC-AAA--A---A-ATAA--GAA-----A-------------------AGTGTTTG-TCAA--CCTCTGTACTT--C--CA--AAAT-A-TGGTGA--GAAAAGTA-AGGTTATGGGT----tcatgatcgtgttctttcgagaaatattttatacgtcattaagtgtttgcctttatcttttatctttaaaca
gi|19 : gTGGGTACACTGTTGACAAAGCGAACGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------CTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AAT---TTA--T---TTT---TCTAAATTCACAACTCAAACGTGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATTAAT-AATGTCATTCAAA----T---A---A--A-AA-A---TGAGCATTGAAATAAGGAAAA-ATC-------A-TAGTTA--AAGAAGAGGA---------------ATGATCAT-----T-----TATAATCGCCATTATGTGATAACCCAACGGAGGTATTTCCCTGTTTCCAA-TGATGGTACAATGCacactgttgacaaagcgaacgtagacttccgaaatcatgtactcataccccaatttccaagcatcaatttatttttctaaattcacaactcaaacgtgacaatgctttcaaaatgttcaaaatacattaataatgtcattcaaataaaaaatgagcattgaaataaggaaaaatcatagttaaagaagaggaatgatcatttataatcgccattatgtgataacccaacggaggtatttccctgtttccaatgatggtacaatgc
gi|2 : gtgtcagcccatcatcgatttgtgttctttattcaatagtaaataacgttttttgaaggcttgccattaaaagagagacccaaaaaataagaaaagtgtttgtcaacctctgtacttccaaaatatggtgagaaaagtaaggttaTGTTATCCCACCGTTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---TG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGGC--CA-AGATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGTTATATAT------------AT-AAGA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-T-CGAAATCA----TGTA-------TTCATA-T-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AGT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTTAAA----T--AAAATA--A-AA-A---AGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------ACTTTTTAAGAAGAAGAAGAAGAAAACAA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|20 : ggTATAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTATT-CT--AAAGTAA-AT-AAAA-AA---AG---TT-------TGCAT-ACTTGTCATTCATAGAGAATC--CC-AAA-----------------------CTAAC-ATT--------TTATTGTTTG-TGAAATTCTCTACAATA--T--CA--ATAT-A-TAATGA--GGAAAGTAGAGGCCATGTGT----CAT------------CC-AGGA------G-A-T-AT-G-T-T-CCT--GTTCA---------CTGTTGACAAAATGAAAGCAGATT-TCCAAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCAAAT-T-CCCAAGCATA---A-----TTC--T---TTT---TCTAAATTCACAATTAAAACATGACAATGCGTTC-AAAGTGTTTTAAATGCATCAGT-TATGTCATTCAAA----T--AA---A--A-AA------GAGCATTGAAATAAAGAAAA-T---------------------GAAGAAGA-------AA-CA---AAGATTAC-----T-----GATGACCGCCATTATGTG-----------------TTTCCTG-TTTCCAA-TGGTGGTACCATACc
gi|21 : GTAAGTTCACAATTGA-TGT-T-------TT--AGTT-TTTATT-CA--ATAGTAA-AT-AAAAGAA---AG---TT-------TGCAT-GCGTATCATCCATAGAGAGAA--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC---T--------TCATTGTTTG-TCAA--CCTCTGGGCTA--C--CA--CAGT-T-TGATGA--GAAAGGTAGGGGCCATTTGT----TAT------------TT-GAGA------G-A-T-TT-T-T-CCGCT--GCTCAGTGCATAGATTGATGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCTGAAATCATAATTATA-------TTCATA-C-CGCATT-T-TCCAAGCATC---AATAA-TTT--TGTCTTT---CCTAATTTCACAATTCAAACATGAAAATACTTTC-AAAATGTTCAAAATACATTAAT-AATGCCAATCAAA----TTAAA---A--A-AA-A---AGAGCATCAA-------AAAG-TGA-------T-TTTTTA--AAGAAAAACA-------AA-TT---AAGATTAC-----T-----T-TAAC
gi|22 : CCCACCAATGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-TA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAAAGAC--CC-AGATGA---A-AGAAATG
gi|22 : GATGAAAGAAATGTAGGGGCCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-TAT-TTTCT--ACTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATACC-CCCAAT-T-TACAAGCATT----GT---TTG--T---TTG---GCTAAATTCATAATTCAAACACGACAATACTTTC-AAAAAGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--T-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-GGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-AA---AGGAGTAT-----T-----TATAACCGTCATTATGCGACTACCCCACAGAAGCGCATCCTT-TTTCCTA-TGGTCGTACTATGCtaggggccatgtgtcatataagagattttattttctactcagtgtgtacactgttgacaaagtgaaagtagacttccgaaatcatgtattcatacccccaatttacaagcattgtttgtttggctaaattcataattcaaacacgacaatactttcaaaaagttcaaaatacatcaataatgccattcaaataaataaatgagcattaaaataaggaaaaggcatttttaaagaagaagaaaaaaggagtatttataaccgtcattatgcgactaccccacagaagcgcatcctttttcctatggtcgtactatgc
gi|23 : cccaccaatgatttttgttctttattctatagtaaataatataagtttgaaggcttgtcattcatagaaagacccaTGTAAGCCCATCGTTGA-T-T-T-------T---GTTC-TTTATT-CT--ATAGAAA-GT-GA
gi|23 : tAAGTGAA-----ACACAC-ATG--------TTATTGTTTG-TCA-----TC-----------------AAT-G-TGATAA--GAACAGTAGCGGTCATGTTG----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-T--CT--GTTCAGTGTGTACGCTGTTTACAAAGTGAAAGTAGACT-CCAGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-TCAAAT-T-TACAACCCTC---A------TT--T---TTA---ACT-ATTTCACAATAACAACATCGTAATGCTTTT-CAAATGTT-------------T-AGT-------AAA----T---------------A---TGACCATTGAAATTAGGAAAA-TGC-------G-TTTTTA-----ATGAAAA-------AA-CA---AGAATTAT-----T-----TATAATCGCTCTTATGAGAGTATCCCATGGAAGAATTTCCTG-TATCCAG-TGGTGCTAaacacacatgttattgtttgtcatcaatgtgataagaacagtagcggtcatgttgcatataagagattttttctgttcagtgtgtacgctgtttacaaagtgaaagtagactccagaaatcatgtattcatactcaaatttacaaccctcatttttaactatttcacaataacaacatcgtaatgcttttcaaatgtttagtaaatatgaccattgaaattaggaaaatgcgtttttaatgaaaaaacaagaattatttataatcgctcttatgagagtatcccatggaagaatttcctgtatccagtggtgcta
gi|24 : ttgtaagcccatcgttgattttgttctttattctatagaGTAAGGCCGCCATTGACT-T-T-------TT--TTTA-CTTATTTCC--ACAGTGA-AT-GA-A-AT---AT---TT-------TTAATTGCTCGCCATTCATAGAAAGAC--CC-AAATCA---C-AGACGGGAA-----AGTTAC-ATT--------TTATTGTT-G-TTGA--CATCTG-A-TAAGC--CA--AAAT-A-TCAATA--GAAAAGTAGGTGCCATATTT----TGT------------CC-AAGA------C-A-TATT-T-T-TTTCT--TCTCGGTGTGTACAGTGTTG-CAAAGTGAAAGTAAACG-TCAGAAATCA----TTTA-------TTTATA-C-TTCAAT-C-TATTAGAATC---AAT---TGT--T---TTG---TCTGAATTCACAATTGTAATATGACAATGCAATC-GTAATGTTATAAATACATCAAG-AATTCCATTCCAA----T--AA---A--A-AA-A---
gi|25 : GTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTAACT-CT--TTGGTAA-AT-------------------------TGAA-----CGT--TTTAT-GAGAAAC--CC-AAA-AA---A-AGACGCTAA-----ACCTAT-ATT--------TT---GTTTG-TCAA--CCTCTGCATTA--C--CA--AAATAA-AAATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGA----CAT------------CC-GGAA------G-A-T-TT-T-T-TT-CT--GTCCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAGAGTAGACG-TCGAAAATCA----TGTA-------TTCATA---CCCAAT-TATCTATTCATC---ATT---CCCCGC---CCC---CCTTTATTCGCAATTCAGTCATAACAATGCTTTC-AAAATTTTTCAAATACACCAAT-AATGCCATTCAA--------AA---T--A-AA-A---TGAGAATT-AAATAAGGAAAA-TGC-------A-TGTTaaaggcatc
gi|26 : ggCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CC--ATAGTAA-AT-AATA-AA---TG---TT-------TGAAG-TCTTGTCATTCATAGAGAGTC--CT-AAATGA---A-GGAAGTGAA---------------------------TGTGTA-TCAA--CCTCTGCACTA--T--TA--AACT-A-TGATGA--GTAAGGTAGGTGTCATGTGT----CATGTGTCATGTGTCAT-ATAA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GTTCAGTGTGTACAATGTT--CAAAAT
gi|26 : aAATGTTCAAAATACATCAAC-AATGCCATTTAAA----T--AA---A--A-AA-A---TATGCATTAAAATATGGAAAA-TGC-------G-TTTTTA--AAGAAAAAGA---------------ATAATTAT-----T-----TATAAATGCCGTTATGCGACTACCCGGTGGAAGCGCATCCTT-TTCTCAA-TGA-AGTGCTGTGacatcaacaatgccatttaaataaaaaaatatgcattaaaatatggaaaatgcgtttttaaagaaaaagaataattatttataaatgccgttatgcgactacccggtggaagcgcatccttttctcaatgaagtgctgtgt
gi|27 : acccaccattgatttttgttctttattccatagtaaataataaatgtttgaagtcttgtcattcatagagagtcctaaatgaaggaagtgaatgtgtatcaacctctgcactattaaactatgatgagtaaggtaggtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatataagatttttttttctgttcagtgtgtacTGTAAGTCCACACTTAA-A-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-TT--AAAGTAA-AT-AA-A-AA---TG---TT-------TGCAT-GCGTGTCAATCATAGAGAGAT--CC-AACTGA---A-AGAAATGGA-----ATTTAC-ATT--------TTATTGGTTG-TCAA--CCTCTGCTCTA--C--CG--AAAT-G-TGATCA--GAAATGTAGGGGTCATA--------AT------------CC-AAGA------G-A-T-TT-T-G-TT-CT--GTTCAGTGTGAACACTGTTGACAACATTAAAGTAGACT-TCCGAAATTA----TGTA-------TTCATA-T-CCCACT-T-TGCAAGCAT-----AC---CCT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTTAAACATGACAATGTTTTC-AAAATGTTCAAAATACATTAAC-AATGTCATTt
gi|28 : ggAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAAACA----TGTA-------TTCATA-T-CCCAAT-T-TCCATGCATC---AAT---TTC--T---TTT----CTAAATTCACAATTCAAACATGACAATTCTTCCAAAAATGTTCAACATACATTAGT-AATGCCATTCAAA----T---A---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTC--AATAAGAAGA-------AA-CA---ATCATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGTAACTATTCAACAGAAGTATTTCCTG-TTTCTAA-TTGTGGTACTATGa
gi|29 : aggttactgtttcagacaaattctgcagaagattaaactgtcagggTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TC---TTC-TT-ATT-CT--ATAGTAT-AT-GA-A-GT---AT---TTC------TAAAT-GCTTGTCATTCATAGAAAGAC--CC-AGATAA---A-AAATGGAAA-----ACTTAC-AAT--------TTATCGTTTG-TTGA--CATCTGCAGT-------------------ATGA--GAAAAATAGGGGCCATCCG------------------------AGT------T-A-T-TG-T-T-T--------TCAGGGTGTACACTGGTGACCGCATGAAAGTA--------GAAGT-A----TGTA-------TCCATA-CATCCAAT-C-TCCAAGCATC---G--------------TTT---CCT---TTCA----------ATGACAATGCTTTT-AAAATGTTCCAAATGCt
gi|3 : aTGTTATCCCACCGTTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---TG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGGC--CA-AGATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGTTATATAT------------AT-AAGA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-T-CGAAATCA----TGTA-------TTCATA-T-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AGT---ATT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTTAAA----T--AAAATA--A-AA-A---AGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------ACTTTTTAAGAAGAAGAAGAAAAC---AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGCcaaatgagcaattaaggtagttcgcggtgtttctatcggattttattacat
gi|30 : gGTTATTCAGAAATAAACA-CC-AAATAA---A-AGA-GTGAA-----AATTACCAGT--------TTATTGTTTG-TTGG--CATCTGCAGTG--TGGCA--AAAT-A-TCATTA--GAAAAGTAAGGGCCATGT----------------------T-AA----------A-T-----------CT--GCTCAGTATGTACGCTGTTGGCAAAGTGAAAGTAGACT-TCAGAAATCC----TGTA-------TTTATG-G-CGATAT-T-TCCAAGCATC---ACT---TCT--T---TGC---TCTGG--TCACGATTCAAA-ATGACAACGCTTTG-AAAATGTTC---------CAATAAATGCCTTTTTAA----T--CA---C--A-GA-A---TGAATATTTAAATAc
gi|31 : gttgtatgtgatttaaacatttttagGGGCCATGAGT----CAT------------AT-AAGA------T---T-TT-T-T-TTTCT--GCGCAGTGTGTACACTGATGTAAAAGTGAAAGAAGAC-----------A----TTTA-------TCCATA-C-CCCAAT-T-TACAAGCATC---AGT---TTT--T---TTT---T-TAATTTCATAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACGTCAGT-GGTGCCATTCAAA----T--AA---A--GTAA-A---CGAGCATTATAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAAAAGA-------AA-CA---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCAACTTCCCCACGGAAGCATTACCTT-TTTCCAG-TGGTGGTACTTTGCtgaattcagaataag
gi|32 : TGT----CAT------------AT-AAGA--------A-T-TG-T-T-TT-----GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAATGAAGGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCGTA-T-CCCAAT-T-TACAAGCATC---A-----TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTGTC--AAATGTTCAAAATACATT-----------TTTAAA----G--AA---GATA-AA-A---CGAGGATTA
gi|32 : AAAA-TAC-------A-TTTTTA--AAGAAGATAA-------AA-CG---AGGATTAT-----TAATCTTATAACAGCCGTAATGAGTCTACCCCACAGAAGCACTTTCTT-TTTTGAA-TTGTGGTATTATGCttaatcttataacagccgtaatgagtctaccccacagaagcactttcttttttgaattgtggtattatgc
gi|33 : tgtcatataagaattgttttgctcagtgtgtacactgttgacaaaatgaaggtagacttccgaaatcatgtattcgtatcccaatttacaagcatcattttttttctaaattcacaattcaaacatgacaatgctgtcaaatgttcTGAAACTAGACT-CCCAAAATAA----TGTACAGCGTGTTCGTG-C-CCTCAT-T-TC-AAG--TCCGGGGT---TCT--A---TTG---TCTAAATTCAAAATTCAAACAT
gi|34 : ttctatagtgaataaactcatttttaaaaaaaaaaacatcattaaaagatagacctaaagtaaagacgggacgtgtggttacatccacagtaccaaactactattataggcatcatgttttgcattgtTA-T-CCAAAT-T-TCAAAGCATC---AAA---TTT--A---TTT---TAATAATTCACAATTCAAACATTAAAAAGCTTTC-AAAA-----A----ACACCAAT-AATATCGTTCAAACTTTT--AA---A--A-GATA---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGCATCTTTAA-TCTTTA--AAGAAGAAAG-------AA------AGCATTAT-----T-----TATAGCCGCAATCATGCGGCAACCACGCGGAAG--CTTTCTG-TTACCAA-TGGTGATACTATGCattattggcttta
gi|35 : TGTA--CTCACCATTGT-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGCCATTCATAAAGAGGT--CC-AAATGA---A-AGAAATGAA-----AGT----GTT--------TCA----------AA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--AAAAGGTAAGTGTCATGTGT----CAT------------AC-AAGA--------A-T-TT-T-T-TTTCT--ATTCAGTGTGTACAATG
gi|36 : gTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCACAGAGGGTC--CC-AAAGGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-T
gi|37 : gTCAGAATTTAAACGTAACAATGCTCTC-AA-----CCAACATGT-TCAAT-A-TGCCATTCAAA----TG-AA---A--A-AA-A---TAGGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGTAGA-------AA-CA---AAGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATG-----------TGGGAGCATTTCCTG-TTTCCAG-TGATGGTGCTA
gi|39 : gcaCCACCATTGC-T-G-T-------TC--CCTC-TTGCTT-CT--ATACTG-----AATA-AA---AC---TTTTTTTTATAAA-----TGTCATTCATATAAATTC--TC-CAATTA---ACAAAGGGGAA-----ATTTAT--TT--------TTATTGTTTG-TTCA--CAACTGAAGTG--C--TA--AAAT-GCTAAAGA--GAAatg
gi|4 : aTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-ACTTGTCATTCATAGAGAGTC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTTCT--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACA-TCCGAAATCA----TGAA-------TTTATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---A-T---TTT--T---TTT---TCTAGATTCACAATTCAAACATGACAATACTATC-GAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAGAAAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGATGAAGA-------AT-TG---AGGATTAT-----T-----TGTAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-CGGTGGCACTATGC
gi|40 : gTGTCATCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATGGAGAATC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--ATAT-
gi|42 : gGTAAAACCGCCTTTGAAT-TGT-------TTCAGTCC-T--AGT-TC--ATAGTAA-CC-GA---AATGTAT---TT-------TCA------TGTCATTCATAGAAGGAC--CC-AA--GACCCA-AGAAGGG-----------AT-ATT--------TTATTATTTG-
gi|44 : caatttagaaTCAAAATAAAGAAAAATGC-------A-TTTTTA--AAAAAGAAGA-------AA-CA---AGGAATATTAATGT-----TATTATCGCCATTTTG---CTACCCCACGGATGCATTTCCTG-TTTCCGATTGGTGctgcatttg
gi|45 : ----CAT------------ATCAAGATTTTGTG-A-T-TT-T-T-TCCCTCTGTTCAGTG----CATTGTTGACAAATTG--------CTGTCC-AAATTAG---TGTA-------TTCATA-C-CTCCAT-T-CCCAGGa
gi|46 : tcaaatttcatc-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTTA-ATAAAAA-AA---AG---TT-------TGCAT-GCCTGTCATTGAAAGAGAAACAAAA-AAATGA---A-AGAAGT
gi|48 : aattcacacgctattgtttt-T-T-------TT--CTTC-TTATTT-CTTTATAG--A-AT-A-TA-----------TT-------T-------TTTTTAATCATAGAAAGAC-----AAATCA---T-AGAAGGGGA-----ACTTAC-ATT--------TCATAGTTTG-Ta
gi|5 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGGGTC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGAA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ATT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAAATAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AT-TG---AGGATTAT-----T-----TACAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGCACTATGCggacattgat
gi|50 : AT-----T-----TAAAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TCTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|51 : GTAAGTCAACCATTGG-T---------------GTTC-TTTATT-C---------------AT---------------------------GCTTGTCATTCGTAGAGATAC--CCAAAATGA---A-AGAGG
gi|52 : -CCCAAT-T-CCTAGACCTC---AAC---TTA--A---TTT----CTAAAGTCACAACTCGAACCTGAAATTGCTTTT-AAAAT
gi|53 : AGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TATATA-CT--GCAGTTA-AT-AA
gi|54 : ggttaagattttCCATCATTGA-T-TGT-------TT--GTTT-TTTATT-CT--ATAatat
gi|55 : tattggggttacaTAGACA-TTTGAAATAT----TGTA-------TTCATT-A-CCCAAT-T-TCCAAGCA
gi|56 : TGTAACCCCACCATTGG-T-T-T-------GT--GTTC-TTTATT-CT--A
gi|57 : aggTGTAACCCCGCCATTGA-T-TGT-------TG--GTTC-TTTATT-
gi|58 : taggTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTATT-C
gi|6 : aggTGTAAACCCACCATTAA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-TATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAC-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCCCTGTACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGATCATGTGT----CAT------------AT-AACA------G-A-T-TTGT-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGAC-AAGTGAAAGTAGACT-TCCAAAATCA----TGCA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCC-ATCATC---ATT---TTT--T---TTC---TCT-AATTCACAATTCAAACATGACAATGCTGTC-AAAATGTTCAAAATATATCAAT-TATGCCATTCATA----T--AA---A--A-AC-A---TGAACATTAAAATAAGAAAAA-TGT-------A-TTTCTA--AAGAAGAAAA-------AA-TG---AGAATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGAACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|60 : TGTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-TT--c
gi|61 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTA
gi|7 : ggACCCCACTATTGA-T-T----------------C-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AA---TT--------GAAC-TCTTGTCATGTATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAAGTGAAACTTAC-ATTATTTTTTTTTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCATTT--C--CG--AAAT-A-GGCTGA--GAAAAGTGGCGGTCATGTGT----CAT------------TT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGTTGGCAAAGTAAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCAAAT-T-TCCAAGCATC---AGT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACTTGGCAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAGTACACCAAT-AATGCCATTCAAA----A--AA---A--A-AA-G---T--GCATTAAGATAAGGAAAA-TGC-------T-TTTTTA--AAGGAGAAGA-------AA-CA---ATGATTAT-----T-----TATAACCGTCATTATGAGACTACCCCACGAAAGCACTTCCCT-TTTCTAA-TGGTGGTACTATGC
gi|8 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AACA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGGGTC--CC-TAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGAA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ATT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AT---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAAATAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AT-TG---AGGATTAT-----T-----TACAACCGCCCTTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGCACTATG
gi|9 : CCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATC--------T-ACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGAGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGATT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AAA---TTT--T---TTT---TTTGAATTCACAATTCAAACACGACAATGCTATC-AAAGTGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGCAGA-------AA-TG---AGGATTAT-----T-----TAAAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAGGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AAAAGACATAGAAAGTATAAAATAAATGTATATATGTTTTAAACTAAAAAATACACGTTTTATTATGATAACATATGTTTTTAATCAGATATATTAAATAAATATTGATTTACTAATTAAAATTACATGTACTGCTATATCTTAACCAGGGTAGTAATTTATACAAAAAGTTAGTTAGTATATATATATATTACATAAATTATATGAAACTGCCGTAGATTATACGGCGTCAATCAACGAATAGTAGAATGTCGATTGTTCGAACAAGGTTTCTGGAACACCACATATATCTTGAACTACTGACCTGGTTCTGGTCAAATTCCTATTTCGATGTATATATTTGTAAATGTAGAATATGATATTGAACAAAATTTGGCTCGAATAACCCTTAACTCGAACTATTTTGTCCAGTGCCGTTGGATTCGAGCCATCGAAGTTCTACTGTATATAAAGCGTGATGCGATCCAGCCGCTATTATAATCCTATGATCTAATGGAAATAAATAAAAGAAGATAAAGTAAATATGTTACTGTTTTATGAAACACAACTGGGGTTAATAACATACCTGATTTTCATGAAACGTACACACTAATTA
Unaligned ( gi|38 ): CTTATTTCTTAAAAATACATGTAGTTGTGATTAACATTATAAGACAACCAATCCAAGAATGGGAGCTAACATGCTATTGTGTGTTTATATCAGGGATGTCAAATTGAAAATAAGTAAATGCCATATATCATCCAGTACATGTTTTCTGTTCAGTGTATTTAGTGCTG
Unaligned ( gi|41 ): TGTATTGTCATCAATGAGTTTTATTTTTGCTTTTTTTTAGAGTTTTAGAGAATAAAGTATTTTTACTTGGCGGTCATTGATAGGAAACTCATATCAAAGACTTGAAAGTTTTTTTTATTACTTGTTAA
Unaligned ( gi|43 ): CTTATGGTGACGAGATCATTTTGACGGTGTGATTTCTATATTGACACCGCTTTAAACAACAAGCGTCTTTGAGAGAAAGAACATTGAACATGACGGAAGAGAAAATGGAAGTTGTTCTTAAA
Unaligned ( gi|47 ): TTTCATTCATAGAACAAAATACAAAAAATTTTTAGGAAAAAATGATGTTTTATTGTTTGTTAATACGTGCAGTGCCAACATTTTATTTTGAAAAAGTAGG
Unaligned ( gi|49 ): AAGCCTACCATTGATTTTCTTTCATATTTCTATAATGAATGAAACATTTTATTTTAAAATGTCATTAATATAAAAATCC
Unaligned ( gi|59 ): GGCACATCATATGAATATAAATTTTGCGTTGAAAG
Alignments
lowQualScore : 11 11111
lowQualScore : 1 2 1 3 3333333 11 1 1 11 1 1 1 1 222 222 5555555 22 22 1 222 1 33333 1 44444444 0 1 11 33333 11 1 1 11 5555 666666666666 1 333333 1 5 1 1 1 1 11 11 1 3333 3333333 1 1 1 1 222 66666 11 222 222 1 1 1 2222 33 444 11 1 1 222 1 4444444 2 33 7777777 444444 33333 33333 1 1 0 1
lowQualScore : . . . . ....... .. . . .. . . . . ... ... ....... .. .. . ... . ..... . ........ . . .. ..... .. . . .. .... ............ . ...... . . . . . . .. .. . .... ....... . . . . ... ..... .. ... ... . . . .... .. ... .. . . ... . ....... . .. ....... ...... ..... ..... . . . .
lowQualScore : 4 0 0 8 1111111 33 0 0 44 1 1 1 2 111 111 0000000 22 77 1 000 1 00000 2 44444444 8 2 88 44444 88 3 3 88 2222 444444444444 2 666666 2 0 2 2 2 2 11 88 2 8888 9999999 2 1 1 1 111 77777 77 111 111 5 2 2 7777 11 555 88 3 3 333 4 5555555 8 99 7777777 333333 44444 44444 5 4 1 4
consensus : TGTAANCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ANT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
Reference ( family-3553 ) : TGTAANCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ANT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|10 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCTTTCATAGAGAGTC--CC-AAATGA---A-ACAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACGGTTTG-TCAA--CCTATGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAATGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCA--GTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TACGAAATCA----TGAA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGTATC---A-T---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AT-AG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCA-TAAGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|11 : TGTTAGCCCATCATTGA-T-TGT-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATG-AA---A----TT-------TGAAG-GTTTGTCATTAATAGAAAGAC--CC-AAATGA---A-AGAGGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTGTG-TCAA--CCTCTGAACTA--C--CA--ATAT-T-TGATAA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TC-A-T-TT-CT--GCTCAATGTGTACAC--TTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATG-C-CCCAAT-T-TCCAAGCGTC---AA----TTT--T---ATA---TCTAAATTCACAATTCAAACATGATAATGC---------TGTTAAGAATACATAAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TCTTTA--ATGGAGAAAA-------AATCA---AGGATTAT-----T-----AATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAT-TGGTGGTACTATGC
gi|12 : gTGTTACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--ATTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GTCTGTCATTCATAGTGAGAC--CC-AAATGA---A-ACAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGAGGCCATACGT----CAT------------AT-ATCA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GTTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TGCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAACATC---A------TT--T---TTT---TCTAAATTCAAAATTCAAACATGACAATACTTTC-AGAATGTTCCGAATACATCAAT-AATGCCATTCAA--------AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TTC-------A-CTTTTA--AAGAAGAA-A-------AA-CA---AGGATTAG-----T-----CAGAACCGCAATTATGC------------GAAGCAATTCCTT-TTTCCAT-TGGTGGTACTATGCc
gi|13 : ggCCAACATTGA-T-T-TGACTGATTT--GCTT-TTTGT--CG--ATAATGGTAC-AACA-AA---------T-------TACAC-GCTTGTTATTCATAGAACAAC--AC-AAATAA---A-CAAAGGGAA-----AGTTAT-AGT--------TTATTGTGTG-TTGA--CACATGCAGTG--C--CAGTATAT-A-TCATTA--AATAAGCAGGGAACATATTT----CAA------------AC-AAAA------T-A-C-TT-T-GGTTTCT--GTT-AGAGTGTTTATTGTTGTCAAAATGAAAGTAGACT-TCAAAATTAA----TATA-------TTTAT------TGATAT-T---AATATT---ATT---TAT--A---TCCGAATTTATATTCACGTTAAAAACATGACAATGCTTTC-AAAAGTTTCCAAATACATCAAT-TATGACATTCAAT----T--CA---C--A-AA-A---TAACCAATAAAA-AAGGAAAA-TGC-------A-TTTATA--AAAAA-ATCA-------TA-TGTTAAGAATTAT-----T-----TATGACCACCATGATGCGA-----------AATTACTTTCTG-TTTCCAA-TAGt
gi|14 : caTGTAAACCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTATCATTCATAGAGAATC--CC-AACTGA---A-AGAAGTGA---------------------------CTGTT----CTA----TCTGCTCTA--T--CG--AA-T-A-TGGTGA--GAAAAGTAGCGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATT-G-CCCAAT-T-TCCAAGCATT---A-T---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAGTTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTTAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-AAAAGGAGCATCAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGACGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TGTAACCGTCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGATGGTACTATGCgtctaata
gi|15 : tGTAGACCCACGATTGA-T-T-T-------TT--TTTTGTTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATC-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCACAGAAAGAC--CC-AAATGA---A-ATACGTGAA-----GCTTAC-GTT--------CTATTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--C--TA--GAAT-A-TGCTGA--GAAAAGTAGGGACCATGTAG----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-CT-T-T-TT-CT--GTTCAGTGTGTACACTGTTGAC------AAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGAATC---A------TT--T---TTT---TCTAAATTCATAATT----CATT-CAATGCTTTT-AAAATGTTAAAAATACATCAAT-AATGCTATTCAAA----T---A---A--A-AA-T---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TAA-------A-TCTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CA---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTTCCCCGCGTAAGTATTTCTTG-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGc
gi|16 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---CG---TT-------TGAAG-GTTTGTCATTCATTGAGAGAC--CT-AAA-------------TGAA-----ACTTAC-GTT--------TTATTTTTTG-TTGA--CCTCTGTACTA--C--CA--AAAA-A-TGATGA--GAAACGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-GA-T-T-T--CT--GTTTTGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-----------------CCAAT-T-TCTAAGCATC---AATTTGTTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAACACATCAAT-AATGCC--------------AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAC-GGC-------A-TTGTTA--AAGAAGAAAA-------AA-CA---AGGATTAA-----T-----TTTAACCGCCATTATGCGACTACCCCAC-GAAGCATTTCCTT-TTT-TAA-TGGCGGTTCTATGC
gi|17 : TGTAAGCCCACTATTGA-T-T-T-----------GTTT-TTTATT-CT--ATAGGAA-GT-GATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGATAC--CG-AATTGA---A-AGAAGCGAA-----ACTAAC-ATT--------AAAGTGTTTGTTCAC--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAC-A-TAATGA--GAAAAGTAGGGGCCATATGC----CAT------------AT-AAGA------GTA-T-TT-T-C-T--CT--GTTTAGTATGTACAACG-TGACAAGGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TATA-------GTTATA-C-CCAAAT-T-TCCAACCATA---A-------T--T---TTT---TCTATATTCATAATTCAAACATGAC------TTC-AAATTGTTCAAAATACATCAAT-AATGACATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A-----AACATTAAAATAAGGAAAA-TGT-------A-TTTTTA--AAGAAGAA-A-------AA-CA---TGGATTAT-----T-----GATAACCGCCAT-------------------AACATCTCCTG-TTTCCAA-TAGTGGTAc
gi|18 : GTAATCCCACCATTGA-T-T-G-------TC--GTTC-TTTATT-AA--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAT--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTT-TCAA--TCTCTGCACTA--T--TA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGCGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-T--CT--GCTCAGTATGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAAACT-TTCGAAATCA----AGTA-------TTCATA-C-CGCAAT-T-TCCAAGCATC---AAT---CTT--T---TTT-----TAATTTCACAATTCAAACATGACACTGCTGAC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-G---T
gi|19 : ggcTGTCAGCCCATCATCGA-T-T-T-------GT--GTTC-TTTATT-CA--ATAGTAA-AT-AAC--------GTTTTT-------TGAAG-GCTTGCCATTAAAAGAGAGAC--CC-AAA--A---A-ATAA--GAA-----A-------------------AGTGTTTG-TCAA--CCTCTGTACTT--C--CA--AAAT-A-TGGTGA--GAAAAGTA-AGGTTATGGGT----tcatgatcgtgttctttcgagaaatattttatacgtcattaagtgtttgcctttatcttttatctttaaaca
gi|19 : gTGGGTACACTGTTGACAAAGCGAACGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------CTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AAT---TTA--T---TTT---TCTAAATTCACAACTCAAACGTGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATTAAT-AATGTCATTCAAA----T---A---A--A-AA-A---TGAGCATTGAAATAAGGAAAA-ATC-------A-TAGTTA--AAGAAGAGGA---------------ATGATCAT-----T-----TATAATCGCCATTATGTGATAACCCAACGGAGGTATTTCCCTGTTTCCAA-TGATGGTACAATGCacactgttgacaaagcgaacgtagacttccgaaatcatgtactcataccccaatttccaagcatcaatttatttttctaaattcacaactcaaacgtgacaatgctttcaaaatgttcaaaatacattaataatgtcattcaaataaaaaatgagcattgaaataaggaaaaatcatagttaaagaagaggaatgatcatttataatcgccattatgtgataacccaacggaggtatttccctgtttccaatgatggtacaatgc
gi|2 : gtgtcagcccatcatcgatttgtgttctttattcaatagtaaataacgttttttgaaggcttgccattaaaagagagacccaaaaaataagaaaagtgtttgtcaacctctgtacttccaaaatatggtgagaaaagtaaggttaTGTTATCCCACCGTTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---TG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGGC--CA-AGATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGTTATATAT------------AT-AAGA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-T-CGAAATCA----TGTA-------TTCATA-T-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AGT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTTAAA----T--AAAATA--A-AA-A---AGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------ACTTTTTAAGAAGAAGAAGAAGAAAACAA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|20 : ggTATAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTATT-CT--AAAGTAA-AT-AAAA-AA---AG---TT-------TGCAT-ACTTGTCATTCATAGAGAATC--CC-AAA-----------------------CTAAC-ATT--------TTATTGTTTG-TGAAATTCTCTACAATA--T--CA--ATAT-A-TAATGA--GGAAAGTAGAGGCCATGTGT----CAT------------CC-AGGA------G-A-T-AT-G-T-T-CCT--GTTCA---------CTGTTGACAAAATGAAAGCAGATT-TCCAAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCAAAT-T-CCCAAGCATA---A-----TTC--T---TTT---TCTAAATTCACAATTAAAACATGACAATGCGTTC-AAAGTGTTTTAAATGCATCAGT-TATGTCATTCAAA----T--AA---A--A-AA------GAGCATTGAAATAAAGAAAA-T---------------------GAAGAAGA-------AA-CA---AAGATTAC-----T-----GATGACCGCCATTATGTG-----------------TTTCCTG-TTTCCAA-TGGTGGTACCATACc
gi|21 : GTAAGTTCACAATTGA-TGT-T-------TT--AGTT-TTTATT-CA--ATAGTAA-AT-AAAAGAA---AG---TT-------TGCAT-GCGTATCATCCATAGAGAGAA--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC---T--------TCATTGTTTG-TCAA--CCTCTGGGCTA--C--CA--CAGT-T-TGATGA--GAAAGGTAGGGGCCATTTGT----TAT------------TT-GAGA------G-A-T-TT-T-T-CCGCT--GCTCAGTGCATAGATTGATGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCTGAAATCATAATTATA-------TTCATA-C-CGCATT-T-TCCAAGCATC---AATAA-TTT--TGTCTTT---CCTAATTTCACAATTCAAACATGAAAATACTTTC-AAAATGTTCAAAATACATTAAT-AATGCCAATCAAA----TTAAA---A--A-AA-A---AGAGCATCAA-------AAAG-TGA-------T-TTTTTA--AAGAAAAACA-------AA-TT---AAGATTAC-----T-----T-TAAC
gi|22 : CCCACCAATGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-TA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAAAGAC--CC-AGATGA---A-AGAAATG
gi|22 : GATGAAAGAAATGTAGGGGCCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-TAT-TTTCT--ACTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATACC-CCCAAT-T-TACAAGCATT----GT---TTG--T---TTG---GCTAAATTCATAATTCAAACACGACAATACTTTC-AAAAAGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--T-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-GGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-AA---AGGAGTAT-----T-----TATAACCGTCATTATGCGACTACCCCACAGAAGCGCATCCTT-TTTCCTA-TGGTCGTACTATGCtaggggccatgtgtcatataagagattttattttctactcagtgtgtacactgttgacaaagtgaaagtagacttccgaaatcatgtattcatacccccaatttacaagcattgtttgtttggctaaattcataattcaaacacgacaatactttcaaaaagttcaaaatacatcaataatgccattcaaataaataaatgagcattaaaataaggaaaaggcatttttaaagaagaagaaaaaaggagtatttataaccgtcattatgcgactaccccacagaagcgcatcctttttcctatggtcgtactatgc
gi|23 : cccaccaatgatttttgttctttattctatagtaaataatataagtttgaaggcttgtcattcatagaaagacccaTGTAAGCCCATCGTTGA-T-T-T-------T---GTTC-TTTATT-CT--ATAGAAA-GT-GA
gi|23 : tAAGTGAA-----ACACAC-ATG--------TTATTGTTTG-TCA-----TC-----------------AAT-G-TGATAA--GAACAGTAGCGGTCATGTTG----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-T--CT--GTTCAGTGTGTACGCTGTTTACAAAGTGAAAGTAGACT-CCAGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-TCAAAT-T-TACAACCCTC---A------TT--T---TTA---ACT-ATTTCACAATAACAACATCGTAATGCTTTT-CAAATGTT-------------T-AGT-------AAA----T---------------A---TGACCATTGAAATTAGGAAAA-TGC-------G-TTTTTA-----ATGAAAA-------AA-CA---AGAATTAT-----T-----TATAATCGCTCTTATGAGAGTATCCCATGGAAGAATTTCCTG-TATCCAG-TGGTGCTAaacacacatgttattgtttgtcatcaatgtgataagaacagtagcggtcatgttgcatataagagattttttctgttcagtgtgtacgctgtttacaaagtgaaagtagactccagaaatcatgtattcatactcaaatttacaaccctcatttttaactatttcacaataacaacatcgtaatgcttttcaaatgtttagtaaatatgaccattgaaattaggaaaatgcgtttttaatgaaaaaacaagaattatttataatcgctcttatgagagtatcccatggaagaatttcctgtatccagtggtgcta
gi|24 : ttgtaagcccatcgttgattttgttctttattctatagaGTAAGGCCGCCATTGACT-T-T-------TT--TTTA-CTTATTTCC--ACAGTGA-AT-GA-A-AT---AT---TT-------TTAATTGCTCGCCATTCATAGAAAGAC--CC-AAATCA---C-AGACGGGAA-----AGTTAC-ATT--------TTATTGTT-G-TTGA--CATCTG-A-TAAGC--CA--AAAT-A-TCAATA--GAAAAGTAGGTGCCATATTT----TGT------------CC-AAGA------C-A-TATT-T-T-TTTCT--TCTCGGTGTGTACAGTGTTG-CAAAGTGAAAGTAAACG-TCAGAAATCA----TTTA-------TTTATA-C-TTCAAT-C-TATTAGAATC---AAT---TGT--T---TTG---TCTGAATTCACAATTGTAATATGACAATGCAATC-GTAATGTTATAAATACATCAAG-AATTCCATTCCAA----T--AA---A--A-AA-A---
gi|25 : GTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTAACT-CT--TTGGTAA-AT-------------------------TGAA-----CGT--TTTAT-GAGAAAC--CC-AAA-AA---A-AGACGCTAA-----ACCTAT-ATT--------TT---GTTTG-TCAA--CCTCTGCATTA--C--CA--AAATAA-AAATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGA----CAT------------CC-GGAA------G-A-T-TT-T-T-TT-CT--GTCCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAGAGTAGACG-TCGAAAATCA----TGTA-------TTCATA---CCCAAT-TATCTATTCATC---ATT---CCCCGC---CCC---CCTTTATTCGCAATTCAGTCATAACAATGCTTTC-AAAATTTTTCAAATACACCAAT-AATGCCATTCAA--------AA---T--A-AA-A---TGAGAATT-AAATAAGGAAAA-TGC-------A-TGTTaaaggcatc
gi|26 : ggCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CC--ATAGTAA-AT-AATA-AA---TG---TT-------TGAAG-TCTTGTCATTCATAGAGAGTC--CT-AAATGA---A-GGAAGTGAA---------------------------TGTGTA-TCAA--CCTCTGCACTA--T--TA--AACT-A-TGATGA--GTAAGGTAGGTGTCATGTGT----CATGTGTCATGTGTCAT-ATAA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GTTCAGTGTGTACAATGTT--CAAAAT
gi|26 : aAATGTTCAAAATACATCAAC-AATGCCATTTAAA----T--AA---A--A-AA-A---TATGCATTAAAATATGGAAAA-TGC-------G-TTTTTA--AAGAAAAAGA---------------ATAATTAT-----T-----TATAAATGCCGTTATGCGACTACCCGGTGGAAGCGCATCCTT-TTCTCAA-TGA-AGTGCTGTGacatcaacaatgccatttaaataaaaaaatatgcattaaaatatggaaaatgcgtttttaaagaaaaagaataattatttataaatgccgttatgcgactacccggtggaagcgcatccttttctcaatgaagtgctgtgt
gi|27 : acccaccattgatttttgttctttattccatagtaaataataaatgtttgaagtcttgtcattcatagagagtcctaaatgaaggaagtgaatgtgtatcaacctctgcactattaaactatgatgagtaaggtaggtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatataagatttttttttctgttcagtgtgtacTGTAAGTCCACACTTAA-A-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-TT--AAAGTAA-AT-AA-A-AA---TG---TT-------TGCAT-GCGTGTCAATCATAGAGAGAT--CC-AACTGA---A-AGAAATGGA-----ATTTAC-ATT--------TTATTGGTTG-TCAA--CCTCTGCTCTA--C--CG--AAAT-G-TGATCA--GAAATGTAGGGGTCATA--------AT------------CC-AAGA------G-A-T-TT-T-G-TT-CT--GTTCAGTGTGAACACTGTTGACAACATTAAAGTAGACT-TCCGAAATTA----TGTA-------TTCATA-T-CCCACT-T-TGCAAGCAT-----AC---CCT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTTAAACATGACAATGTTTTC-AAAATGTTCAAAATACATTAAC-AATGTCATTt
gi|28 : ggAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAAACA----TGTA-------TTCATA-T-CCCAAT-T-TCCATGCATC---AAT---TTC--T---TTT----CTAAATTCACAATTCAAACATGACAATTCTTCCAAAAATGTTCAACATACATTAGT-AATGCCATTCAAA----T---A---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTC--AATAAGAAGA-------AA-CA---ATCATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGTAACTATTCAACAGAAGTATTTCCTG-TTTCTAA-TTGTGGTACTATGa
gi|29 : aggttactgtttcagacaaattctgcagaagattaaactgtcagggTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TC---TTC-TT-ATT-CT--ATAGTAT-AT-GA-A-GT---AT---TTC------TAAAT-GCTTGTCATTCATAGAAAGAC--CC-AGATAA---A-AAATGGAAA-----ACTTAC-AAT--------TTATCGTTTG-TTGA--CATCTGCAGT-------------------ATGA--GAAAAATAGGGGCCATCCG------------------------AGT------T-A-T-TG-T-T-T--------TCAGGGTGTACACTGGTGACCGCATGAAAGTA--------GAAGT-A----TGTA-------TCCATA-CATCCAAT-C-TCCAAGCATC---G--------------TTT---CCT---TTCA----------ATGACAATGCTTTT-AAAATGTTCCAAATGCt
gi|3 : aTGTTATCCCACCGTTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---TG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGGC--CA-AGATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGTTATATAT------------AT-AAGA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-T-CGAAATCA----TGTA-------TTCATA-T-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AGT---ATT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTTAAA----T--AAAATA--A-AA-A---AGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------ACTTTTTAAGAAGAAGAAGAAAAC---AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGCcaaatgagcaattaaggtagttcgcggtgtttctatcggattttattacat
gi|30 : gGTTATTCAGAAATAAACA-CC-AAATAA---A-AGA-GTGAA-----AATTACCAGT--------TTATTGTTTG-TTGG--CATCTGCAGTG--TGGCA--AAAT-A-TCATTA--GAAAAGTAAGGGCCATGT----------------------T-AA----------A-T-----------CT--GCTCAGTATGTACGCTGTTGGCAAAGTGAAAGTAGACT-TCAGAAATCC----TGTA-------TTTATG-G-CGATAT-T-TCCAAGCATC---ACT---TCT--T---TGC---TCTGG--TCACGATTCAAA-ATGACAACGCTTTG-AAAATGTTC---------CAATAAATGCCTTTTTAA----T--CA---C--A-GA-A---TGAATATTTAAATAc
gi|31 : gttgtatgtgatttaaacatttttagGGGCCATGAGT----CAT------------AT-AAGA------T---T-TT-T-T-TTTCT--GCGCAGTGTGTACACTGATGTAAAAGTGAAAGAAGAC-----------A----TTTA-------TCCATA-C-CCCAAT-T-TACAAGCATC---AGT---TTT--T---TTT---T-TAATTTCATAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACGTCAGT-GGTGCCATTCAAA----T--AA---A--GTAA-A---CGAGCATTATAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAAAAGA-------AA-CA---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCAACTTCCCCACGGAAGCATTACCTT-TTTCCAG-TGGTGGTACTTTGCtgaattcagaataag
gi|32 : TGT----CAT------------AT-AAGA--------A-T-TG-T-T-TT-----GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAATGAAGGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCGTA-T-CCCAAT-T-TACAAGCATC---A-----TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTGTC--AAATGTTCAAAATACATT-----------TTTAAA----G--AA---GATA-AA-A---CGAGGATTA
gi|32 : AAAA-TAC-------A-TTTTTA--AAGAAGATAA-------AA-CG---AGGATTAT-----TAATCTTATAACAGCCGTAATGAGTCTACCCCACAGAAGCACTTTCTT-TTTTGAA-TTGTGGTATTATGCttaatcttataacagccgtaatgagtctaccccacagaagcactttcttttttgaattgtggtattatgc
gi|33 : tgtcatataagaattgttttgctcagtgtgtacactgttgacaaaatgaaggtagacttccgaaatcatgtattcgtatcccaatttacaagcatcattttttttctaaattcacaattcaaacatgacaatgctgtcaaatgttcTGAAACTAGACT-CCCAAAATAA----TGTACAGCGTGTTCGTG-C-CCTCAT-T-TC-AAG--TCCGGGGT---TCT--A---TTG---TCTAAATTCAAAATTCAAACAT
gi|34 : ttctatagtgaataaactcatttttaaaaaaaaaaacatcattaaaagatagacctaaagtaaagacgggacgtgtggttacatccacagtaccaaactactattataggcatcatgttttgcattgtTA-T-CCAAAT-T-TCAAAGCATC---AAA---TTT--A---TTT---TAATAATTCACAATTCAAACATTAAAAAGCTTTC-AAAA-----A----ACACCAAT-AATATCGTTCAAACTTTT--AA---A--A-GATA---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGCATCTTTAA-TCTTTA--AAGAAGAAAG-------AA------AGCATTAT-----T-----TATAGCCGCAATCATGCGGCAACCACGCGGAAG--CTTTCTG-TTACCAA-TGGTGATACTATGCattattggcttta
gi|35 : TGTA--CTCACCATTGT-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGCCATTCATAAAGAGGT--CC-AAATGA---A-AGAAATGAA-----AGT----GTT--------TCA----------AA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--AAAAGGTAAGTGTCATGTGT----CAT------------AC-AAGA--------A-T-TT-T-T-TTTCT--ATTCAGTGTGTACAATG
gi|36 : gTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCACAGAGGGTC--CC-AAAGGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-T
gi|37 : gTCAGAATTTAAACGTAACAATGCTCTC-AA-----CCAACATGT-TCAAT-A-TGCCATTCAAA----TG-AA---A--A-AA-A---TAGGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGTAGA-------AA-CA---AAGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATG-----------TGGGAGCATTTCCTG-TTTCCAG-TGATGGTGCTA
gi|39 : gcaCCACCATTGC-T-G-T-------TC--CCTC-TTGCTT-CT--ATACTG-----AATA-AA---AC---TTTTTTTTATAAA-----TGTCATTCATATAAATTC--TC-CAATTA---ACAAAGGGGAA-----ATTTAT--TT--------TTATTGTTTG-TTCA--CAACTGAAGTG--C--TA--AAAT-GCTAAAGA--GAAatg
gi|4 : aTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-ACTTGTCATTCATAGAGAGTC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTTCT--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACA-TCCGAAATCA----TGAA-------TTTATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---A-T---TTT--T---TTT---TCTAGATTCACAATTCAAACATGACAATACTATC-GAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAGAAAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGATGAAGA-------AT-TG---AGGATTAT-----T-----TGTAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-CGGTGGCACTATGC
gi|40 : gTGTCATCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATGGAGAATC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--ATAT-
gi|42 : gGTAAAACCGCCTTTGAAT-TGT-------TTCAGTCC-T--AGT-TC--ATAGTAA-CC-GA---AATGTAT---TT-------TCA------TGTCATTCATAGAAGGAC--CC-AA--GACCCA-AGAAGGG-----------AT-ATT--------TTATTATTTG-
gi|44 : caatttagaaTCAAAATAAAGAAAAATGC-------A-TTTTTA--AAAAAGAAGA-------AA-CA---AGGAATATTAATGT-----TATTATCGCCATTTTG---CTACCCCACGGATGCATTTCCTG-TTTCCGATTGGTGctgcatttg
gi|45 : ----CAT------------ATCAAGATTTTGTG-A-T-TT-T-T-TCCCTCTGTTCAGTG----CATTGTTGACAAATTG--------CTGTCC-AAATTAG---TGTA-------TTCATA-C-CTCCAT-T-CCCAGGa
gi|46 : tcaaatttcatc-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTTA-ATAAAAA-AA---AG---TT-------TGCAT-GCCTGTCATTGAAAGAGAAACAAAA-AAATGA---A-AGAAGT
gi|48 : aattcacacgctattgtttt-T-T-------TT--CTTC-TTATTT-CTTTATAG--A-AT-A-TA-----------TT-------T-------TTTTTAATCATAGAAAGAC-----AAATCA---T-AGAAGGGGA-----ACTTAC-ATT--------TCATAGTTTG-Ta
gi|5 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGGGTC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGAA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ATT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAAATAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AT-TG---AGGATTAT-----T-----TACAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGCACTATGCggacattgat
gi|50 : AT-----T-----TAAAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TCTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|51 : GTAAGTCAACCATTGG-T---------------GTTC-TTTATT-C---------------AT---------------------------GCTTGTCATTCGTAGAGATAC--CCAAAATGA---A-AGAGG
gi|52 : -CCCAAT-T-CCTAGACCTC---AAC---TTA--A---TTT----CTAAAGTCACAACTCGAACCTGAAATTGCTTTT-AAAAT
gi|53 : AGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TATATA-CT--GCAGTTA-AT-AA
gi|54 : ggttaagattttCCATCATTGA-T-TGT-------TT--GTTT-TTTATT-CT--ATAatat
gi|55 : tattggggttacaTAGACA-TTTGAAATAT----TGTA-------TTCATT-A-CCCAAT-T-TCCAAGCA
gi|56 : TGTAACCCCACCATTGG-T-T-T-------GT--GTTC-TTTATT-CT--A
gi|57 : aggTGTAACCCCGCCATTGA-T-TGT-------TG--GTTC-TTTATT-
gi|58 : taggTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTATT-C
gi|6 : aggTGTAAACCCACCATTAA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-TATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAC-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCCCTGTACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGATCATGTGT----CAT------------AT-AACA------G-A-T-TTGT-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGAC-AAGTGAAAGTAGACT-TCCAAAATCA----TGCA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCC-ATCATC---ATT---TTT--T---TTC---TCT-AATTCACAATTCAAACATGACAATGCTGTC-AAAATGTTCAAAATATATCAAT-TATGCCATTCATA----T--AA---A--A-AC-A---TGAACATTAAAATAAGAAAAA-TGT-------A-TTTCTA--AAGAAGAAAA-------AA-TG---AGAATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGAACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|60 : TGTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-TT--c
gi|61 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTA
gi|7 : ggACCCCACTATTGA-T-T----------------C-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AA---TT--------GAAC-TCTTGTCATGTATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAAGTGAAACTTAC-ATTATTTTTTTTTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCATTT--C--CG--AAAT-A-GGCTGA--GAAAAGTGGCGGTCATGTGT----CAT------------TT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGTTGGCAAAGTAAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCAAAT-T-TCCAAGCATC---AGT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACTTGGCAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAGTACACCAAT-AATGCCATTCAAA----A--AA---A--A-AA-G---T--GCATTAAGATAAGGAAAA-TGC-------T-TTTTTA--AAGGAGAAGA-------AA-CA---ATGATTAT-----T-----TATAACCGTCATTATGAGACTACCCCACGAAAGCACTTCCCT-TTTCTAA-TGGTGGTACTATGC
gi|8 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AACA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGGGTC--CC-TAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGAA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ATT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AT---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAAATAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AT-TG---AGGATTAT-----T-----TACAACCGCCCTTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGCACTATG
gi|9 : CCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATC--------T-ACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGAGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGATT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AAA---TTT--T---TTT---TTTGAATTCACAATTCAAACACGACAATGCTATC-AAAGTGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGCAGA-------AA-TG---AGGATTAT-----T-----TAAAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAGGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
blockSeqs : G C G GACTGAT CA TT T A T G TGT TTT TTTTTTA TT AA A CCC C GTGAA C ATTTTTTT T AT AGC GT A C AA TATA GTGTCATGTGTC C TTTTGT T T A G A G TT CT G TAAT CAGCGTG C A A A CGG ATTTG CG GTC GAA T A A CTTT TA AAT AT T T AAA A ATCTTTA C AG AGAAAAC TGTTA TAATG AATCT C G T
blockSeqs : C A G . . . . . T . . . C G A . . . . . . . . TGG . . . . TATA . . . . T . . . . TT . . G . . . . . . ATAA . . . T . . . G AAT . . . . . . C AG AAAC TCA . . C . .
blockSeqs : A . G . . . . . C . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . TC . . . . . . . . . TT . . . A . . . . . . . . . . . . . . CA . . C . .
blockSeqs : A . G . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . . T . . . . TT . . . . . . . . . AT . . . T . . . . . . . . . . . . . . CG . . C . .
blockSeqs : C . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . CG . . . . . . . . . AT . . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . C . .
blockSeqs : G . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . GT . . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . C . .
blockSeqs : T . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . GT . . . G . . . . . . . . . . . . . . CA . . T . .
blockSeqs : G . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . AT . . . T . . . . . . . . . . . . . . CG . . G . .
blockSeqs : T . . . . . . . C . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . TT . . . A . . . . . . . . . . . . . . CA . . T . .
blockSeqs : G . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . AC . . . T . . . . . . . . . . . . . . TT . . C . .
blockSeqs : G . . . . . . . A . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . AT . . . T . . . . . . . . . . . . . . AA . . A . .
blockSeqs : G . . . . . . . A . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . . . GT . . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . C . .
blockSeqs : G . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . CC . . . . . . . . . CT . . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . T . .
blockSeqs : G . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . GT . . . A . . . . . . . . . . . . . . CG . . G . .
blockSeqs : G . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . GT . . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . C . .
blockSeqs : G . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . AA . . . T . . . . . . . . . . . . . . CG . . A . .
blockSeqs : T . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . TT . . . T . . . . . . . . . . . . . . CA . . C . .
blockSeqs : C . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . TC . . . . . . . . . AC . . . T . . . . . . . . . . . . . . TG . . C . .
blockSeqs : C . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . TT . . . A . . . . . . . . . . . . . . CA . . C . .
blockSeqs : T . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . GT . . . T . . . . . . . . . . . . . . TG . . C . .
blockSeqs : A . . . . . . . A . . . . G . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . TT . . . T . . . . . . . . . . . . . . TG . . C . .
blockSeqs : C . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . AA . . . G . . . . . . . . . . . . . . CA . . A . .
blockSeqs : G . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . TG . . C . .
blockSeqs : G . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . T . . . C . . . . . . . . . . . . . . TG . . C . .
blockSeqs : C . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . T . . . . C . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . C . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . T . . . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : NT***
originalCons : TGTAANCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ANT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
finalCons : TGTAANCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ANT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AAAAGACATAGAAAGTATAAAATAAATGTATATATGTTTTAAACTAAAAAATACACGTTTTATTATGATAACATATGTTTTTAATCAGATATATTAAATAAATATTGATTTACTAATTAAAATTACATGTACTGCTATATCTTAACCAGGGTAGTAATTTATACAAAAAGTTAGTTAGTATATATATATATTACATAAATTATATGAAACTGCCGTAGATTATACGGCGTCAATCAACGAATAGTAGAATGTCGATTGTTCGAACAAGGTTTCTGGAACACCACATATATCTTGAACTACTGACCTGGTTCTGGTCAAATTCCTATTTCGATGTATATATTTGTAAATGTAGAATATGATATTGAACAAAATTTGGCTCGAATAACCCTTAACTCGAACTATTTTGTCCAGTGCCGTTGGATTCGAGCCATCGAAGTTCTACTGTATATAAAGCGTGATGCGATCCAGCCGCTATTATAATCCTATGATCTAATGGAAATAAATAAAAGAAGATAAAGTAAATATGTTACTGTTTTATGAAACACAACTGGGGTTAATAACATACCTGATTTTCATGAAACGTACACACTAATTA
Unaligned ( gi|38 ): CTTATTTCTTAAAAATACATGTAGTTGTGATTAACATTATAAGACAACCAATCCAAGAATGGGAGCTAACATGCTATTGTGTGTTTATATCAGGGATGTCAAATTGAAAATAAGTAAATGCCATATATCATCCAGTACATGTTTTCTGTTCAGTGTATTTAGTGCTG
Unaligned ( gi|41 ): TGTATTGTCATCAATGAGTTTTATTTTTGCTTTTTTTTAGAGTTTTAGAGAATAAAGTATTTTTACTTGGCGGTCATTGATAGGAAACTCATATCAAAGACTTGAAAGTTTTTTTTATTACTTGTTAA
Unaligned ( gi|43 ): CTTATGGTGACGAGATCATTTTGACGGTGTGATTTCTATATTGACACCGCTTTAAACAACAAGCGTCTTTGAGAGAAAGAACATTGAACATGACGGAAGAGAAAATGGAAGTTGTTCTTAAA
Unaligned ( gi|47 ): TTTCATTCATAGAACAAAATACAAAAAATTTTTAGGAAAAAATGATGTTTTATTGTTTGTTAATACGTGCAGTGCCAACATTTTATTTTGAAAAAGTAGG
Unaligned ( gi|49 ): AAGCCTACCATTGATTTTCTTTCATATTTCTATAATGAATGAAACATTTTATTTTAAAATGTCATTAATATAAAAATCC
Unaligned ( gi|59 ): GGCACATCATATGAATATAAATTTTGCGTTGAAAG
Alignments
lowQualScore : 11 11111
lowQualScore : 1 2 1 3 3333333 11 1 1 11 1 1 1 1 222 222 5555555 22 22 1 222 1 33333 1 44444444 0 1 11 33333 11 1 1 11 5555 666666666666 1 333333 1 5 1 1 1 1 11 11 1 3333 3333333 1 1 1 1 222 66666 11 222 222 1 1 1 2222 33 444 11 1 1 222 1 4444444 2 33 7777777 444444 33333 33333 1 1 0 1
lowQualScore : . . . . ....... .. . . .. . . . . ... ... ....... .. .. . ... . ..... . ........ . . .. ..... .. . . .. .... ............ . ...... . . . . . . .. .. . .... ....... . . . . ... ..... .. ... ... . . . .... .. ... .. . . ... . ....... . .. ....... ...... ..... ..... . . . .
lowQualScore : 4 0 0 8 1111111 33 0 0 44 1 1 1 2 111 111 0000000 22 77 1 000 1 00000 2 44444444 8 2 88 44444 88 3 3 88 2222 444444444444 2 666666 2 0 2 2 2 2 11 88 2 8888 9999999 2 1 1 1 111 77777 77 111 111 5 2 2 7777 11 555 88 3 3 333 4 5555555 8 99 7777777 333333 44444 44444 5 4 1 4
consensus : TGTAANCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ANT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
Reference ( family-3553 ) : TGTAANCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ANT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|10 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCTTTCATAGAGAGTC--CC-AAATGA---A-ACAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACGGTTTG-TCAA--CCTATGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAATGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCA--GTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TACGAAATCA----TGAA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGTATC---A-T---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AT-AG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCA-TAAGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|11 : TGTTAGCCCATCATTGA-T-TGT-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATG-AA---A----TT-------TGAAG-GTTTGTCATTAATAGAAAGAC--CC-AAATGA---A-AGAGGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTGTG-TCAA--CCTCTGAACTA--C--CA--ATAT-T-TGATAA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TC-A-T-TT-CT--GCTCAATGTGTACAC--TTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATG-C-CCCAAT-T-TCCAAGCGTC---AA----TTT--T---ATA---TCTAAATTCACAATTCAAACATGATAATGC---------TGTTAAGAATACATAAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TCTTTA--ATGGAGAAAA-------AATCA---AGGATTAT-----T-----AATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAT-TGGTGGTACTATGC
gi|12 : gTGTTACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--ATTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GTCTGTCATTCATAGTGAGAC--CC-AAATGA---A-ACAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGAGGCCATACGT----CAT------------AT-ATCA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GTTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TGCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAACATC---A------TT--T---TTT---TCTAAATTCAAAATTCAAACATGACAATACTTTC-AGAATGTTCCGAATACATCAAT-AATGCCATTCAA--------AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TTC-------A-CTTTTA--AAGAAGAA-A-------AA-CA---AGGATTAG-----T-----CAGAACCGCAATTATGC------------GAAGCAATTCCTT-TTTCCAT-TGGTGGTACTATGCc
gi|13 : ggCCAACATTGA-T-T-TGACTGATTT--GCTT-TTTGT--CG--ATAATGGTAC-AACA-AA---------T-------TACAC-GCTTGTTATTCATAGAACAAC--AC-AAATAA---A-CAAAGGGAA-----AGTTAT-AGT--------TTATTGTGTG-TTGA--CACATGCAGTG--C--CAGTATAT-A-TCATTA--AATAAGCAGGGAACATATTT----CAA------------AC-AAAA------T-A-C-TT-T-GGTTTCT--GTT-AGAGTGTTTATTGTTGTCAAAATGAAAGTAGACT-TCAAAATTAA----TATA-------TTTAT------TGATAT-T---AATATT---ATT---TAT--A---TCCGAATTTATATTCACGTTAAAAACATGACAATGCTTTC-AAAAGTTTCCAAATACATCAAT-TATGACATTCAAT----T--CA---C--A-AA-A---TAACCAATAAAA-AAGGAAAA-TGC-------A-TTTATA--AAAAA-ATCA-------TA-TGTTAAGAATTAT-----T-----TATGACCACCATGATGCGA-----------AATTACTTTCTG-TTTCCAA-TAGt
gi|14 : caTGTAAACCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTATCATTCATAGAGAATC--CC-AACTGA---A-AGAAGTGA---------------------------CTGTT----CTA----TCTGCTCTA--T--CG--AA-T-A-TGGTGA--GAAAAGTAGCGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATT-G-CCCAAT-T-TCCAAGCATT---A-T---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAGTTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTTAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-AAAAGGAGCATCAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGACGAAGA-------AA-CG---AGGATTAT-----T-----TGTAACCGTCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTCCAA-TGATGGTACTATGCgtctaata
gi|15 : tGTAGACCCACGATTGA-T-T-T-------TT--TTTTGTTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATC-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCACAGAAAGAC--CC-AAATGA---A-ATACGTGAA-----GCTTAC-GTT--------CTATTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--C--TA--GAAT-A-TGCTGA--GAAAAGTAGGGACCATGTAG----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-CT-T-T-TT-CT--GTTCAGTGTGTACACTGTTGAC------AAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGAATC---A------TT--T---TTT---TCTAAATTCATAATT----CATT-CAATGCTTTT-AAAATGTTAAAAATACATCAAT-AATGCTATTCAAA----T---A---A--A-AA-T---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TAA-------A-TCTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-CA---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTTCCCCGCGTAAGTATTTCTTG-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGc
gi|16 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---CG---TT-------TGAAG-GTTTGTCATTCATTGAGAGAC--CT-AAA-------------TGAA-----ACTTAC-GTT--------TTATTTTTTG-TTGA--CCTCTGTACTA--C--CA--AAAA-A-TGATGA--GAAACGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-GA-T-T-T--CT--GTTTTGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-----------------CCAAT-T-TCTAAGCATC---AATTTGTTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAACACATCAAT-AATGCC--------------AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAC-GGC-------A-TTGTTA--AAGAAGAAAA-------AA-CA---AGGATTAA-----T-----TTTAACCGCCATTATGCGACTACCCCAC-GAAGCATTTCCTT-TTT-TAA-TGGCGGTTCTATGC
gi|17 : TGTAAGCCCACTATTGA-T-T-T-----------GTTT-TTTATT-CT--ATAGGAA-GT-GATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGATAC--CG-AATTGA---A-AGAAGCGAA-----ACTAAC-ATT--------AAAGTGTTTGTTCAC--CCTCTGCACTA--C--CA--AAAC-A-TAATGA--GAAAAGTAGGGGCCATATGC----CAT------------AT-AAGA------GTA-T-TT-T-C-T--CT--GTTTAGTATGTACAACG-TGACAAGGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TATA-------GTTATA-C-CCAAAT-T-TCCAACCATA---A-------T--T---TTT---TCTATATTCATAATTCAAACATGAC------TTC-AAATTGTTCAAAATACATCAAT-AATGACATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A-----AACATTAAAATAAGGAAAA-TGT-------A-TTTTTA--AAGAAGAA-A-------AA-CA---TGGATTAT-----T-----GATAACCGCCAT-------------------AACATCTCCTG-TTTCCAA-TAGTGGTAc
gi|18 : GTAATCCCACCATTGA-T-T-G-------TC--GTTC-TTTATT-AA--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAT--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTT-TCAA--TCTCTGCACTA--T--TA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGCGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-T--CT--GCTCAGTATGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAAACT-TTCGAAATCA----AGTA-------TTCATA-C-CGCAAT-T-TCCAAGCATC---AAT---CTT--T---TTT-----TAATTTCACAATTCAAACATGACACTGCTGAC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-G---T
gi|19 : ggcTGTCAGCCCATCATCGA-T-T-T-------GT--GTTC-TTTATT-CA--ATAGTAA-AT-AAC--------GTTTTT-------TGAAG-GCTTGCCATTAAAAGAGAGAC--CC-AAA--A---A-ATAA--GAA-----A-------------------AGTGTTTG-TCAA--CCTCTGTACTT--C--CA--AAAT-A-TGGTGA--GAAAAGTA-AGGTTATGGGT----tcatgatcgtgttctttcgagaaatattttatacgtcattaagtgtttgcctttatcttttatctttaaaca
gi|19 : gTGGGTACACTGTTGACAAAGCGAACGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------CTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AAT---TTA--T---TTT---TCTAAATTCACAACTCAAACGTGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACATTAAT-AATGTCATTCAAA----T---A---A--A-AA-A---TGAGCATTGAAATAAGGAAAA-ATC-------A-TAGTTA--AAGAAGAGGA---------------ATGATCAT-----T-----TATAATCGCCATTATGTGATAACCCAACGGAGGTATTTCCCTGTTTCCAA-TGATGGTACAATGCacactgttgacaaagcgaacgtagacttccgaaatcatgtactcataccccaatttccaagcatcaatttatttttctaaattcacaactcaaacgtgacaatgctttcaaaatgttcaaaatacattaataatgtcattcaaataaaaaatgagcattgaaataaggaaaaatcatagttaaagaagaggaatgatcatttataatcgccattatgtgataacccaacggaggtatttccctgtttccaatgatggtacaatgc
gi|2 : gtgtcagcccatcatcgatttgtgttctttattcaatagtaaataacgttttttgaaggcttgccattaaaagagagacccaaaaaataagaaaagtgtttgtcaacctctgtacttccaaaatatggtgagaaaagtaaggttaTGTTATCCCACCGTTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---TG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGGC--CA-AGATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGTTATATAT------------AT-AAGA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-T-CGAAATCA----TGTA-------TTCATA-T-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AGT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTTAAA----T--AAAATA--A-AA-A---AGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------ACTTTTTAAGAAGAAGAAGAAGAAAACAA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|20 : ggTATAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTATT-CT--AAAGTAA-AT-AAAA-AA---AG---TT-------TGCAT-ACTTGTCATTCATAGAGAATC--CC-AAA-----------------------CTAAC-ATT--------TTATTGTTTG-TGAAATTCTCTACAATA--T--CA--ATAT-A-TAATGA--GGAAAGTAGAGGCCATGTGT----CAT------------CC-AGGA------G-A-T-AT-G-T-T-CCT--GTTCA---------CTGTTGACAAAATGAAAGCAGATT-TCCAAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCAAAT-T-CCCAAGCATA---A-----TTC--T---TTT---TCTAAATTCACAATTAAAACATGACAATGCGTTC-AAAGTGTTTTAAATGCATCAGT-TATGTCATTCAAA----T--AA---A--A-AA------GAGCATTGAAATAAAGAAAA-T---------------------GAAGAAGA-------AA-CA---AAGATTAC-----T-----GATGACCGCCATTATGTG-----------------TTTCCTG-TTTCCAA-TGGTGGTACCATACc
gi|21 : GTAAGTTCACAATTGA-TGT-T-------TT--AGTT-TTTATT-CA--ATAGTAA-AT-AAAAGAA---AG---TT-------TGCAT-GCGTATCATCCATAGAGAGAA--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC---T--------TCATTGTTTG-TCAA--CCTCTGGGCTA--C--CA--CAGT-T-TGATGA--GAAAGGTAGGGGCCATTTGT----TAT------------TT-GAGA------G-A-T-TT-T-T-CCGCT--GCTCAGTGCATAGATTGATGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCTGAAATCATAATTATA-------TTCATA-C-CGCATT-T-TCCAAGCATC---AATAA-TTT--TGTCTTT---CCTAATTTCACAATTCAAACATGAAAATACTTTC-AAAATGTTCAAAATACATTAAT-AATGCCAATCAAA----TTAAA---A--A-AA-A---AGAGCATCAA-------AAAG-TGA-------T-TTTTTA--AAGAAAAACA-------AA-TT---AAGATTAC-----T-----T-TAAC
gi|22 : CCCACCAATGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-TA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAAAGAC--CC-AGATGA---A-AGAAATG
gi|22 : GATGAAAGAAATGTAGGGGCCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-TAT-TTTCT--ACTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATACC-CCCAAT-T-TACAAGCATT----GT---TTG--T---TTG---GCTAAATTCATAATTCAAACACGACAATACTTTC-AAAAAGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--T-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-GGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AA-AA---AGGAGTAT-----T-----TATAACCGTCATTATGCGACTACCCCACAGAAGCGCATCCTT-TTTCCTA-TGGTCGTACTATGCtaggggccatgtgtcatataagagattttattttctactcagtgtgtacactgttgacaaagtgaaagtagacttccgaaatcatgtattcatacccccaatttacaagcattgtttgtttggctaaattcataattcaaacacgacaatactttcaaaaagttcaaaatacatcaataatgccattcaaataaataaatgagcattaaaataaggaaaaggcatttttaaagaagaagaaaaaaggagtatttataaccgtcattatgcgactaccccacagaagcgcatcctttttcctatggtcgtactatgc
gi|23 : cccaccaatgatttttgttctttattctatagtaaataatataagtttgaaggcttgtcattcatagaaagacccaTGTAAGCCCATCGTTGA-T-T-T-------T---GTTC-TTTATT-CT--ATAGAAA-GT-GA
gi|23 : tAAGTGAA-----ACACAC-ATG--------TTATTGTTTG-TCA-----TC-----------------AAT-G-TGATAA--GAACAGTAGCGGTCATGTTG----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-T--CT--GTTCAGTGTGTACGCTGTTTACAAAGTGAAAGTAGACT-CCAGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-TCAAAT-T-TACAACCCTC---A------TT--T---TTA---ACT-ATTTCACAATAACAACATCGTAATGCTTTT-CAAATGTT-------------T-AGT-------AAA----T---------------A---TGACCATTGAAATTAGGAAAA-TGC-------G-TTTTTA-----ATGAAAA-------AA-CA---AGAATTAT-----T-----TATAATCGCTCTTATGAGAGTATCCCATGGAAGAATTTCCTG-TATCCAG-TGGTGCTAaacacacatgttattgtttgtcatcaatgtgataagaacagtagcggtcatgttgcatataagagattttttctgttcagtgtgtacgctgtttacaaagtgaaagtagactccagaaatcatgtattcatactcaaatttacaaccctcatttttaactatttcacaataacaacatcgtaatgcttttcaaatgtttagtaaatatgaccattgaaattaggaaaatgcgtttttaatgaaaaaacaagaattatttataatcgctcttatgagagtatcccatggaagaatttcctgtatccagtggtgcta
gi|24 : ttgtaagcccatcgttgattttgttctttattctatagaGTAAGGCCGCCATTGACT-T-T-------TT--TTTA-CTTATTTCC--ACAGTGA-AT-GA-A-AT---AT---TT-------TTAATTGCTCGCCATTCATAGAAAGAC--CC-AAATCA---C-AGACGGGAA-----AGTTAC-ATT--------TTATTGTT-G-TTGA--CATCTG-A-TAAGC--CA--AAAT-A-TCAATA--GAAAAGTAGGTGCCATATTT----TGT------------CC-AAGA------C-A-TATT-T-T-TTTCT--TCTCGGTGTGTACAGTGTTG-CAAAGTGAAAGTAAACG-TCAGAAATCA----TTTA-------TTTATA-C-TTCAAT-C-TATTAGAATC---AAT---TGT--T---TTG---TCTGAATTCACAATTGTAATATGACAATGCAATC-GTAATGTTATAAATACATCAAG-AATTCCATTCCAA----T--AA---A--A-AA-A---
gi|25 : GTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTAACT-CT--TTGGTAA-AT-------------------------TGAA-----CGT--TTTAT-GAGAAAC--CC-AAA-AA---A-AGACGCTAA-----ACCTAT-ATT--------TT---GTTTG-TCAA--CCTCTGCATTA--C--CA--AAATAA-AAATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGA----CAT------------CC-GGAA------G-A-T-TT-T-T-TT-CT--GTCCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAGAGTAGACG-TCGAAAATCA----TGTA-------TTCATA---CCCAAT-TATCTATTCATC---ATT---CCCCGC---CCC---CCTTTATTCGCAATTCAGTCATAACAATGCTTTC-AAAATTTTTCAAATACACCAAT-AATGCCATTCAA--------AA---T--A-AA-A---TGAGAATT-AAATAAGGAAAA-TGC-------A-TGTTaaaggcatc
gi|26 : ggCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CC--ATAGTAA-AT-AATA-AA---TG---TT-------TGAAG-TCTTGTCATTCATAGAGAGTC--CT-AAATGA---A-GGAAGTGAA---------------------------TGTGTA-TCAA--CCTCTGCACTA--T--TA--AACT-A-TGATGA--GTAAGGTAGGTGTCATGTGT----CATGTGTCATGTGTCAT-ATAA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GTTCAGTGTGTACAATGTT--CAAAAT
gi|26 : aAATGTTCAAAATACATCAAC-AATGCCATTTAAA----T--AA---A--A-AA-A---TATGCATTAAAATATGGAAAA-TGC-------G-TTTTTA--AAGAAAAAGA---------------ATAATTAT-----T-----TATAAATGCCGTTATGCGACTACCCGGTGGAAGCGCATCCTT-TTCTCAA-TGA-AGTGCTGTGacatcaacaatgccatttaaataaaaaaatatgcattaaaatatggaaaatgcgtttttaaagaaaaagaataattatttataaatgccgttatgcgactacccggtggaagcgcatccttttctcaatgaagtgctgtgt
gi|27 : acccaccattgatttttgttctttattccatagtaaataataaatgtttgaagtcttgtcattcatagagagtcctaaatgaaggaagtgaatgtgtatcaacctctgcactattaaactatgatgagtaaggtaggtgtcatgtgtcatgtgtcatgtgtcatataagatttttttttctgttcagtgtgtacTGTAAGTCCACACTTAA-A-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-TT--AAAGTAA-AT-AA-A-AA---TG---TT-------TGCAT-GCGTGTCAATCATAGAGAGAT--CC-AACTGA---A-AGAAATGGA-----ATTTAC-ATT--------TTATTGGTTG-TCAA--CCTCTGCTCTA--C--CG--AAAT-G-TGATCA--GAAATGTAGGGGTCATA--------AT------------CC-AAGA------G-A-T-TT-T-G-TT-CT--GTTCAGTGTGAACACTGTTGACAACATTAAAGTAGACT-TCCGAAATTA----TGTA-------TTCATA-T-CCCACT-T-TGCAAGCAT-----AC---CCT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTTAAACATGACAATGTTTTC-AAAATGTTCAAAATACATTAAC-AATGTCATTt
gi|28 : ggAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAAACA----TGTA-------TTCATA-T-CCCAAT-T-TCCATGCATC---AAT---TTC--T---TTT----CTAAATTCACAATTCAAACATGACAATTCTTCCAAAAATGTTCAACATACATTAGT-AATGCCATTCAAA----T---A---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTC--AATAAGAAGA-------AA-CA---ATCATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGTAACTATTCAACAGAAGTATTTCCTG-TTTCTAA-TTGTGGTACTATGa
gi|29 : aggttactgtttcagacaaattctgcagaagattaaactgtcagggTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TC---TTC-TT-ATT-CT--ATAGTAT-AT-GA-A-GT---AT---TTC------TAAAT-GCTTGTCATTCATAGAAAGAC--CC-AGATAA---A-AAATGGAAA-----ACTTAC-AAT--------TTATCGTTTG-TTGA--CATCTGCAGT-------------------ATGA--GAAAAATAGGGGCCATCCG------------------------AGT------T-A-T-TG-T-T-T--------TCAGGGTGTACACTGGTGACCGCATGAAAGTA--------GAAGT-A----TGTA-------TCCATA-CATCCAAT-C-TCCAAGCATC---G--------------TTT---CCT---TTCA----------ATGACAATGCTTTT-AAAATGTTCCAAATGCt
gi|3 : aTGTTATCCCACCGTTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---TG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGGC--CA-AGATGA---A-AGAAGTGAA-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CATCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGTTATATAT------------AT-AAGA------G-ATT-TT-T-T-TTTCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAGTGAAAGTAGACT-T-CGAAATCA----TGTA-------TTCATA-T-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AGT---ATT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTTAAA----T--AAAATA--A-AA-A---AGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------ACTTTTTAAGAAGAAGAAGAAAAC---AA-CG---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGGGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGCcaaatgagcaattaaggtagttcgcggtgtttctatcggattttattacat
gi|30 : gGTTATTCAGAAATAAACA-CC-AAATAA---A-AGA-GTGAA-----AATTACCAGT--------TTATTGTTTG-TTGG--CATCTGCAGTG--TGGCA--AAAT-A-TCATTA--GAAAAGTAAGGGCCATGT----------------------T-AA----------A-T-----------CT--GCTCAGTATGTACGCTGTTGGCAAAGTGAAAGTAGACT-TCAGAAATCC----TGTA-------TTTATG-G-CGATAT-T-TCCAAGCATC---ACT---TCT--T---TGC---TCTGG--TCACGATTCAAA-ATGACAACGCTTTG-AAAATGTTC---------CAATAAATGCCTTTTTAA----T--CA---C--A-GA-A---TGAATATTTAAATAc
gi|31 : gttgtatgtgatttaaacatttttagGGGCCATGAGT----CAT------------AT-AAGA------T---T-TT-T-T-TTTCT--GCGCAGTGTGTACACTGATGTAAAAGTGAAAGAAGAC-----------A----TTTA-------TCCATA-C-CCCAAT-T-TACAAGCATC---AGT---TTT--T---TTT---T-TAATTTCATAATTCAAACATGACAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAATACGTCAGT-GGTGCCATTCAAA----T--AA---A--GTAA-A---CGAGCATTATAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAAAAGA-------AA-CA---AGGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCAACTTCCCCACGGAAGCATTACCTT-TTTCCAG-TGGTGGTACTTTGCtgaattcagaataag
gi|32 : TGT----CAT------------AT-AAGA--------A-T-TG-T-T-TT-----GCTCAGTGTGTACACTGTTGACAAAATGAAGGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCGTA-T-CCCAAT-T-TACAAGCATC---A-----TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTGTC--AAATGTTCAAAATACATT-----------TTTAAA----G--AA---GATA-AA-A---CGAGGATTA
gi|32 : AAAA-TAC-------A-TTTTTA--AAGAAGATAA-------AA-CG---AGGATTAT-----TAATCTTATAACAGCCGTAATGAGTCTACCCCACAGAAGCACTTTCTT-TTTTGAA-TTGTGGTATTATGCttaatcttataacagccgtaatgagtctaccccacagaagcactttcttttttgaattgtggtattatgc
gi|33 : tgtcatataagaattgttttgctcagtgtgtacactgttgacaaaatgaaggtagacttccgaaatcatgtattcgtatcccaatttacaagcatcattttttttctaaattcacaattcaaacatgacaatgctgtcaaatgttcTGAAACTAGACT-CCCAAAATAA----TGTACAGCGTGTTCGTG-C-CCTCAT-T-TC-AAG--TCCGGGGT---TCT--A---TTG---TCTAAATTCAAAATTCAAACAT
gi|34 : ttctatagtgaataaactcatttttaaaaaaaaaaacatcattaaaagatagacctaaagtaaagacgggacgtgtggttacatccacagtaccaaactactattataggcatcatgttttgcattgtTA-T-CCAAAT-T-TCAAAGCATC---AAA---TTT--A---TTT---TAATAATTCACAATTCAAACATTAAAAAGCTTTC-AAAA-----A----ACACCAAT-AATATCGTTCAAACTTTT--AA---A--A-GATA---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGCATCTTTAA-TCTTTA--AAGAAGAAAG-------AA------AGCATTAT-----T-----TATAGCCGCAATCATGCGGCAACCACGCGGAAG--CTTTCTG-TTACCAA-TGGTGATACTATGCattattggcttta
gi|35 : TGTA--CTCACCATTGT-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGCCATTCATAAAGAGGT--CC-AAATGA---A-AGAAATGAA-----AGT----GTT--------TCA----------AA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--AAAAGGTAAGTGTCATGTGT----CAT------------AC-AAGA--------A-T-TT-T-T-TTTCT--ATTCAGTGTGTACAATG
gi|36 : gTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCACAGAGGGTC--CC-AAAGGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-T
gi|37 : gTCAGAATTTAAACGTAACAATGCTCTC-AA-----CCAACATGT-TCAAT-A-TGCCATTCAAA----TG-AA---A--A-AA-A---TAGGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGTAGA-------AA-CA---AAGATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATG-----------TGGGAGCATTTCCTG-TTTCCAG-TGATGGTGCTA
gi|39 : gcaCCACCATTGC-T-G-T-------TC--CCTC-TTGCTT-CT--ATACTG-----AATA-AA---AC---TTTTTTTTATAAA-----TGTCATTCATATAAATTC--TC-CAATTA---ACAAAGGGGAA-----ATTTAT--TT--------TTATTGTTTG-TTCA--CAACTGAAGTG--C--TA--AAAT-GCTAAAGA--GAAatg
gi|4 : aTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-ACTTGTCATTCATAGAGAGTC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTTCT--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACA-TCCGAAATCA----TGAA-------TTTATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---A-T---TTT--T---TTT---TCTAGATTCACAATTCAAACATGACAATACTATC-GAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAGAAAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGATGAAGA-------AT-TG---AGGATTAT-----T-----TGTAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-CGGTGGCACTATGC
gi|40 : gTGTCATCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATGGAGAATC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--ATAT-
gi|42 : gGTAAAACCGCCTTTGAAT-TGT-------TTCAGTCC-T--AGT-TC--ATAGTAA-CC-GA---AATGTAT---TT-------TCA------TGTCATTCATAGAAGGAC--CC-AA--GACCCA-AGAAGGG-----------AT-ATT--------TTATTATTTG-
gi|44 : caatttagaaTCAAAATAAAGAAAAATGC-------A-TTTTTA--AAAAAGAAGA-------AA-CA---AGGAATATTAATGT-----TATTATCGCCATTTTG---CTACCCCACGGATGCATTTCCTG-TTTCCGATTGGTGctgcatttg
gi|45 : ----CAT------------ATCAAGATTTTGTG-A-T-TT-T-T-TCCCTCTGTTCAGTG----CATTGTTGACAAATTG--------CTGTCC-AAATTAG---TGTA-------TTCATA-C-CTCCAT-T-CCCAGGa
gi|46 : tcaaatttcatc-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTTA-ATAAAAA-AA---AG---TT-------TGCAT-GCCTGTCATTGAAAGAGAAACAAAA-AAATGA---A-AGAAGT
gi|48 : aattcacacgctattgtttt-T-T-------TT--CTTC-TTATTT-CTTTATAG--A-AT-A-TA-----------TT-------T-------TTTTTAATCATAGAAAGAC-----AAATCA---T-AGAAGGGGA-----ACTTAC-ATT--------TCATAGTTTG-Ta
gi|5 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGGGTC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGAA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ATT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAAATAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AT-TG---AGGATTAT-----T-----TACAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGCACTATGCggacattgat
gi|50 : AT-----T-----TAAAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TCTGCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|51 : GTAAGTCAACCATTGG-T---------------GTTC-TTTATT-C---------------AT---------------------------GCTTGTCATTCGTAGAGATAC--CCAAAATGA---A-AGAGG
gi|52 : -CCCAAT-T-CCTAGACCTC---AAC---TTA--A---TTT----CTAAAGTCACAACTCGAACCTGAAATTGCTTTT-AAAAT
gi|53 : AGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TATATA-CT--GCAGTTA-AT-AA
gi|54 : ggttaagattttCCATCATTGA-T-TGT-------TT--GTTT-TTTATT-CT--ATAatat
gi|55 : tattggggttacaTAGACA-TTTGAAATAT----TGTA-------TTCATT-A-CCCAAT-T-TCCAAGCA
gi|56 : TGTAACCCCACCATTGG-T-T-T-------GT--GTTC-TTTATT-CT--A
gi|57 : aggTGTAACCCCGCCATTGA-T-TGT-------TG--GTTC-TTTATT-
gi|58 : taggTGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTATT-C
gi|6 : aggTGTAAACCCACCATTAA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-TATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAC-----ACTTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCCCTGTACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGATCATGTGT----CAT------------AT-AACA------G-A-T-TTGT-T-TTCCT--GCTCAGTGTGTACACTGTTGAC-AAGTGAAAGTAGACT-TCCAAAATCA----TGCA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCC-ATCATC---ATT---TTT--T---TTC---TCT-AATTCACAATTCAAACATGACAATGCTGTC-AAAATGTTCAAAATATATCAAT-TATGCCATTCATA----T--AA---A--A-AC-A---TGAACATTAAAATAAGAAAAA-TGT-------A-TTTCTA--AAGAAGAAAA-------AA-TG---AGAATTAT-----T-----TATAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAAGAACTTCCTT-TTTCCAA-TGGTGGTACTATGC
gi|60 : TGTAAGCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-TT--c
gi|61 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTT-TTTA
gi|7 : ggACCCCACTATTGA-T-T----------------C-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AA---TT--------GAAC-TCTTGTCATGTATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAAGTGAAACTTAC-ATTATTTTTTTTTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCATTT--C--CG--AAAT-A-GGCTGA--GAAAAGTGGCGGTCATGTGT----CAT------------TT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGTTGGCAAAGTAAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCAAAT-T-TCCAAGCATC---AGT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACTTGGCAATGCTTTC-AAAATGTTCAAAGTACACCAAT-AATGCCATTCAAA----A--AA---A--A-AA-G---T--GCATTAAGATAAGGAAAA-TGC-------T-TTTTTA--AAGGAGAAGA-------AA-CA---ATGATTAT-----T-----TATAACCGTCATTATGAGACTACCCCACGAAAGCACTTCCCT-TTTCTAA-TGGTGGTACTATGC
gi|8 : TGTAACCCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AACA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGGGTC--CC-TAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATT--------TTACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGGGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGACT-TCCGAAATCA----TGAA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---ATT---TTT--T---TTT---TCTAAATTCACAATTCAAACATGACAATGCTATC-AAAATGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AT---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAAATAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGAAGA-------AT-TG---AGGATTAT-----T-----TACAACCGCCCTTATGCGACTACCCCACGGAAGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGCACTATG
gi|9 : CCCACCATTGA-T-T-T-------TT--GTTC-TTTATT-CT--ATAGTAA-AT-AATA-AA---AG---TT-------TGAAG-GCTTGTCATTCATAGAGAGAC--CC-AAATGA---A-AGAAGTGAA-----ACCTAC-ATC--------T-ACTGTTTG-TCAA--CCTCTGCACTA--T--CA--AAAT-A-TGATGA--GAAAAGTAGAGGTCATGTGT----CAT------------AT-AAGA------G-A-T-TT-T-T-TTC-T--GCTCAGTGTGTACACTGGTGACAAAGTGAAAGTAGATT-TCCGAAATCA----TGTA-------TTCATA-C-CCCAAT-T-TCCAAGCATC---AAA---TTT--T---TTT---TTTGAATTCACAATTCAAACACGACAATGCTATC-AAAGTGTTCAAAATACATCAAT-AATGCCATTCAAA----T--AA---A--A-AA-A---TGAGCATTAAAATAAGGAAAA-TGC-------A-TTTTTA--AAGAAGCAGA-------AA-TG---AGGATTAT-----T-----TAAAACCGCCATTATGCGACTACCCCACGGAGGCACTTCCTT-TTTGCAA-TGGTGGTACTATGC
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): AAAAGACATAGAAAGTATAAAATAAATGTATATATGTTTTAAACTAAAAAATACACGTTTTATTATGATAACATATGTTTTTAATCAGATATATTAAATAAATATTGATTTACTAATTAAAATTACATGTACTGCTATATCTTAACCAGGGTAGTAATTTATACAAAAAGTTAGTTAGTATATATATATATTACATAAATTATATGAAACTGCCGTAGATTATACGGCGTCAATCAACGAATAGTAGAATGTCGATTGTTCGAACAAGGTTTCTGGAACACCACATATATCTTGAACTACTGACCTGGTTCTGGTCAAATTCCTATTTCGATGTATATATTTGTAAATGTAGAATATGATATTGAACAAAATTTGGCTCGAATAACCCTTAACTCGAACTATTTTGTCCAGTGCCGTTGGATTCGAGCCATCGAAGTTCTACTGTATATAAAGCGTGATGCGATCCAGCCGCTATTATAATCCTATGATCTAATGGAAATAAATAAAAGAAGATAAAGTAAATATGTTACTGTTTTATGAAACACAACTGGGGTTAATAACATACCTGATTTTCATGAAACGTACACACTAATTA
Unaligned ( gi|38 ): CTTATTTCTTAAAAATACATGTAGTTGTGATTAACATTATAAGACAACCAATCCAAGAATGGGAGCTAACATGCTATTGTGTGTTTATATCAGGGATGTCAAATTGAAAATAAGTAAATGCCATATATCATCCAGTACATGTTTTCTGTTCAGTGTATTTAGTGCTG
Unaligned ( gi|41 ): TGTATTGTCATCAATGAGTTTTATTTTTGCTTTTTTTTAGAGTTTTAGAGAATAAAGTATTTTTACTTGGCGGTCATTGATAGGAAACTCATATCAAAGACTTGAAAGTTTTTTTTATTACTTGTTAA
Unaligned ( gi|43 ): CTTATGGTGACGAGATCATTTTGACGGTGTGATTTCTATATTGACACCGCTTTAAACAACAAGCGTCTTTGAGAGAAAGAACATTGAACATGACGGAAGAGAAAATGGAAGTTGTTCTTAAA
Unaligned ( gi|47 ): TTTCATTCATAGAACAAAATACAAAAAATTTTTAGGAAAAAATGATGTTTTATTGTTTGTTAATACGTGCAGTGCCAACATTTTATTTTGAAAAAGTAGG
Unaligned ( gi|49 ): AAGCCTACCATTGATTTTCTTTCATATTTCTATAATGAATGAAACATTTTATTTTAAAATGTCATTAATATAAAAATCC
Unaligned ( gi|59 ): GGCACATCATATGAATATAAATTTTGCGTTGAAAG