lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 11111111 111 11 222 1 33333 11 22 1 1 1
lowQualScore : 5 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 8 66 777 4 99 5 4 7 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 0 3 0 55555555 6 777 11 111 0 9 00000 7 55 88 33 4 0 3 7 5 4 4 4 5
lowQualScore : . . .............................................................................................................................................. . . .. ... . .. . . . ................................................................................................... . . . . ........ . ... .. ... . . ..... . .. .. .. . . . . . . . . .
lowQualScore : 0 0 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 9 66 888 4 77 2 4 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 0 1 4 44444444 0 777 00 555 5 5 88888 0 22 00 33 7 7 7 0 0 0 0 0 0
consensus : TTGCATAGGTGCAAAA-A-ATTAAACATAC-----------------ATATCTC-AAA-ACAGGATAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGAATTAATGTTTT-TCACATTTCATATAAGT---TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCA-TTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACC-ATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGATANCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAAC----GAAACGGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGACGACGTTTTTNAGAAATGCAATATTNAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAANTTNTAGCGGCANTTTTT
Reference ( gi|2 ) : TTGCATAGGTGCAAAA-A-ATTAAACATACTTGGCTGTAAGAAAATCATATCTC-AAACACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATTAATGTTTT-TCACATTTCACTTAAGT---TATGTAAACT-TGG-AAAAAAGTGAAACGAAAGCA-TTAAAGAATTTATTATTTCGTTCCTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCGATAGGACAAAGGAGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACGACTGCAACCCTATAT--AGATAGAATTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTATAGCAACCTTCAAGAAAA----GAAACAGAAGAGTTGAGCTATATTTCAAGAGATGAATTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAAATGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATGTTT
gi|11 : TTGCATAGGTGCAAAA-ACATTAATCATAC-----------------ATATCTC-AAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TAGAATTAATGTTTT-TCACATTTCATAAAACT---TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCA-TTAAAGAATTTATTATTTC-TT--TTTCGATTTTGCATAATTGC
gi|10 : TTGCATAAGTGCAAAAAA-ATTAAACATGCATGGCTGTAAGAAAGTCATATCTC-ACACACAAGATGG------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAA-ATAAATGTTTT-TAACATTTCATATAAGT---TATGTAAACT-TGA-AAAAAA--------AAAACATTTAAAGAACT
gi|3 : cattgatttgttgtttgttttgacTTGCATTACTGCAAAA-T--TTAAACAAACTTGGCTGTAAGAAAAGTATATCTC-ACACACTTGATAGccataatatgacatttacttattattagatagtgcaaaa
gi|14 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatTTGCATAGGTGCAAAA-A-Acannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttgaattaatgtttccacatttcatataagatatgttaacatataaataatcgaaaagaaaacattaaagcatttattagtttgttcttttcgattttgcacaattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattgaattaatgtttttcacatttataggacaagagagtaatcttatcattcttaataagcaaacaa
gi|5 : tttgacTGCATAGGTGCAAAA-A-ATTAAACATAC-----------------ATATCTC-AAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAAAATTAATGTTTTTTCACATTTCATACAAGT---TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCA-TTAAAGAATTTATTATTTAGTTCTTTTTGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCatctcaaaacgggatagttatatagatagagatgacgtttttgagaaatgcaatattcaacaaatcaaaaattgttt
gi|4 : AGGTGCAAAA-A-ATTAAACATAC-----------------ATATCTC-AAA-GCAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGAT----TTAATGTTTT-TCACATTTCATATAAGT---TATGTTAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGCAAGCA-TTGAGGAATTTATTGTTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACATATTTCaaaaatatatttataaactatagtacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgccgccctatatagataccgtttgcataggtctcttgtgtgtaaagcaaccttc
gi|6 : AGGTGCATAG-A-AATAAACATAC-----------------ATATCTC-AAA-ACAGGATAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGAATTAATGTTTT-TCACATTTCATATAAGT---TATGCAATCT-TAATAAAAAAGCGAAACGAAAGCA-TTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTGCACATTTCattagtatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagaaaacgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttaagctatattcttt
gi|12 : AGGTGCAAAA-A-ATTAAACATAC-------------------ATCTCTAAAAACAGGATAGataaatatatataaataaactgtagaacaaaggggtaatcttataatacttacatgtataagcaagtaactatcgccctatatagatacatgtgacgtttgacag
gi|12 : TATAATTAATGTTTT-TCATATTTCATATAAGT---AACGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCA-TTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntataattaatgtttttcatatttcatataagtaacgtaaacttgaaaaaaagcgaaacgaaagcattgaggaatttattatttcgttcttttcgattttgcataattgc
gi|1 : aggtgcaaaaaattaaacatacatctctaaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAATTAATGTTTTAACACATTTCA--TAAATATATATATAAACTATAG-AACAAAG
gi|7 : ttgaggaatttattatttcgttcttttcgatttagcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgAATTAATGTTTT-TCACATTTCATATAAGT---TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGTGAAACGAAAGCA-TTGAGGAATTTATTATTTTGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCgggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagatagcgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttgagctatatttcaagagacgatgtttttaaggaatgcaatattgatcaaatcaaaaattgtttgtgttaatttcaataagtaatttatagcggcatttttttttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|3 : tctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatAATTAATGTTTC--CACATTTCATATAAGA---TATGTTAACA-TAT-AAATAATCGAAAAGAAAACA-TTAAAGCATTTATTAGTTTGTTCTTTTCGATTTTGCACAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTGAATTAATGTTTTT-CACATTTataaatatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccct
gi|1 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatttgcattactgcaaaatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttg-TTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTAGCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGTTTTAACACATTTCataggacaagagagtaatcttatcattcttaataagcaaacaa
gi|13 : ACC-ATAGAACAAGAGAGTTTTCTTATGATACT------T-Aataaatatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagatagcgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttgagctatatttcaagagacgatgtttttaaggaatgcaatattgatcaaatcaaaaattgtttgtgttaatttcaataagtaatttatagcggcatttttttttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|1 : catatataataacacctgcagtatatcatgaattcacgtcaaaaattaatatatttaagaaattattttaatagttaaatctctttttaatataaATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGATAGCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAAC----GAAACAGAAGAGTTGAGCTATATTTCAAGAGACGATGTTTTTAAGGAATGCAATATTGATCAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATT-TCAATAAGTAATTTATAGCGGCATTTTTTat
gi|5 : ttgaggaatttattatttcgttcttttcgatttagcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgttttaacacatttcataaatatatatataaactATAGTACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATACCGTTTGCATAGGTCTCTTGTGTGTAAAGCAACCTTCtttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|7 : tgcataggtgcaaaaaattaaacatacatatctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaattaatgttttttcacatttcatacaagttatgtaaacttgaaaaaaagcgaaacgaaagcattaaagaatttattatttagttctttttgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcaaaaatatatttataaactATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCT
gi|4 : tctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataattaatgtttttcacatttcatataagttatgtaaacttgaaaaaaagtgaaacgaaagcattgaggaatttattattttgttcttttcgattttgcataattgcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcataaatatatatataaactATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGAAAACGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAAC----GAAACAGAAGAGTTAAGCTATATT
gi|8 : aggtgcaaaaaattaaacatacatatctcaaagcaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagatttaatgtttttcacatttcatataagttatgttaacttgaaaaaaagcgaaacgcaagcattgaggaatttattgtttcgttcttttcgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacatatttcattagtatatatataaactATAGGACATGAGAGTAATCTTATAATACT------TGATAAGCAAACAACTACAGCTCTATATCTAGATACAGTTTGCATGGGCTTCTTGTAAATATAGCAATCGTCATGAAAT----GAAAC--AAGAGTTAActtt
gi|3 : ctttggctattttttttgagctaccatattgtggcctgtttattaccctgtaatgtgtctgcaggggttaaagtcatcccactgcaaaccatacaataataacatgtatagaagtttaacacaatttgaatgcaacaaacattttatgtcatattataatgaaatctctttttaatataaactATAGGACAAGAGAGTAATCTTATCATTCT------TAATAAGCAAACAAa
gi|6 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatttgcattactgcaaaatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttgaattaatgtttccacatttcatataagatatgttaacatataaataatcgaaaagaaaacattaaagcatttattagtttgttcttttcgattttgcacaattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattgaattaatgtttttcacatttTAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACTTACATGT-ATAAGCAAGTAACTATCGCCCTATAT--AGATA
gi|14 : aggtgcatagaaataaacatacatatctcaaaacaggataggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaattaatgtttttcacatttcatataagttatgcaatcttaataaaaaagcgaaacgaaagcattgaggaatttattatttcgttcttttcgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttgcacatttcataaatatatataaataaactgCAAAAAAATCTCAAAACGGGATAGTTA---TATAGAT--AGAGATGACGTTTTTGAGAAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTcatgtgacgtttgacag
gi|9 : tttgacttgcataggtgGAGATGATTTTTTTTAAATATACAATAATTAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAAATTTTAGTGGCAATTTTT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGCATCCACCAAACATTTAATGTCATAATTATGATAGTTTTTATATGAACTTGGATACAAGAGATTAATCTAATAATACTAAATAAAAACAGCCGC
Unaligned ( gi|16 ): GTTTTGACTTGCAAAGGTGCAAAACATTCTCAAAACAGGATAGTTATACGTTAAAT
Unaligned ( gi|17 ): GACTTGCATAGGTGCAAAATATTCTCAAAACAGGATAGTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 55555555555555555555555555555555555 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 2222222
lowQualScore : 4 44 0 0 11111111111111111111111111111111111 0 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 3 4 4 4 4 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 222222 8 99 0000000 1 0 9 0 6 2 66 1 1 0 6 1 1 1
lowQualScore : . .. . . ................................... . . ....................................................................................................... . . . . . . ................................................................................................. . .................................................... . ...... . .. ....... . . . . . . .. . . . . . . .
lowQualScore : 0 99 7 8 88888888888888888888888888888888888 7 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 0 0 0 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 888888 9 22 2222222 4 2 6 8 7 0 88 0 0 7 7 0 0 0
consensus : TTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------A-----------------TATCTCAAA-ACAGGATAGGGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------NCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATGACGTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATTTTT
Reference ( family-3533 ) : TTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------A-----------------TATCTCAAA-ACAGGATAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGATA------NCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACGGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGACGACGTTTTTNAGAAATGCAATATTNAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAANTTNTAGCGGCANTTTTT
gi|1 : TTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTAGCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGTTTTAACACATTTC
gi|1 : ACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGATA------GCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTGAGCTATATTTCAAGAGACGATGTTTTTAAGGAATGCAATATTGATCAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATT-TCAATAAGTAATTTATAGCGGCATTTTTTataaatatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagatagcgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttgagctatatttcaagagacgatgtttttaaggaatgcaatattgatcaaatcaaaaattgtttgtgttaatttcaataagtaatttatagcggcatttttttttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|10 : ttgaggaatttattatttcgttcttttcgatttagcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgttttaacacatttcataaatatatatataaTTGCATAAGTGCAAAAA-AATTAAACATGC-----------------ATGGCTGTAAGAAAGTCATATCTCACACACAAGAT--GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TA-AATAAATGTTTT-T-AACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAA--AAAACtttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|11 : cattgatttgttgtttgttttgacTTGCATAGGTGCAAAAACA-TTAATCATAC-----------------A-----------------TATCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATAAAACT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTC---TTTTTCGATTTTGCATAATTGCatttaaagaactccataatatgacatttacttattattagatagtgcaaaa
gi|12 : AGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------A-----------------TCTCT-AAA-A----ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------TATAATTAATGTTTT-T-CATATTTCATATAAGT-AACGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGC
gi|13 : ACCATAGAACAAGAGAGTTTTCTTATGATACT------T-A
gi|14 : catatataataacacctgcagtatatcatgaattcacgtcaaaaattaatatatttaagaaattattttaatagttaaatctctttttaatataaTTGCATAGGTGCAAAAA-A-----------------------------------------------ATCTCAAA-ACGGGATAGat
gi|14 : tttgacCAAAACGGGATAGTTA---TATAGAT--AGAGATGACGTTTTTGAGAAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTttatatagatagagatgacgtttttgagaaatgcaatattcaacaaatcaaaaattgttt
gi|16 : tttgacttgcataggtgcaaaaaaatctTTGCAAAGGTGCAAAA-------------C-----------------A-----------------T-TCTCAAA-ACAGGATAG
gi|17 : gttttgacTTGCATAGGTGCAAAAT-A-TT----------------------------------------------CTCAAA-ACAGGATAGttatacgttaaat
gi|2 : gacTTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATACTTGGCTGTAAGAAAATCA-----------------TATCTCAAACACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATTAATGTTTT-T-CACATTTCACTTAAGT-TATGTAAACT-TGG-AAAAAAGTGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTCGTTCCTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCGATAGGACAAAGGAGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACGACTGCAACCCTATAT--AGATA------GAATTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTATAGCAACCTTCAAGAAAAGAAACAGAAGAGTTGAGCTATATTTCAAGAGATGAATTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAAATGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATGTTTtt
gi|3 : AAATCGCTAAGACATTTATT-TGTTGTTCGTTTTGATTT-GCATTACTGCAAA
gi|3 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaGAATTAATGTTTC---CACATTTCATATAAGA-TATGTTAACA-TAT-AAATAATCGAAAAGAAAACATTAAAGCATTTATTAGTTTGTTCTTTTCGATTTTGCACAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTGAATTAATGTTTTT-CACATTTatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttgaattaatgtttccacatttcatataagatatgttaacatataaataatcgaaaagaaaacattaaagcatttattagtttgttcttttcgattttgcacaattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattgaattaatgtttttcacatttataggacaagagagtaatcttatcattcttaataagcaaacaa
gi|3 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatttgcattactgcaaaatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttATAGGACAAGAGAGTAATCTTATCATTCT------TAATAAGCAAACAAataggacaagagagtaatcttatcattcttaataagcaaacaa
gi|4 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatttgcattactgcaaaatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttgaattaatgtttccacatttcatataagatatgttaacatataaataatcgaaaagaaaacattaaagcatttattagtttgttcttttcgattttgcacaattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattgaattaatgtttttcacatttAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------A-----------------TATCTCAAA-GCAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGATTTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTTAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGCAAGCATTGAGGAATTTATTGTTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACATATTTC
gi|4 : ACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGAAA------ACGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTattagtatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagaaaacgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttaagctatattcttt
gi|5 : aggtgcaaaaaattaaacatacatatctcaaagcaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagatttaatgtttttcacatttcatataagttatgttaacttgaaaaaaagcgaaacgcaagcattgaggaatttattgtttcgttcttttcgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacatatttcattagtatatatataaTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------A-----------------TATCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAAAATTAATGTTTTTT-CACATTTCATACAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTAGTTCTTTTTGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCcttt
gi|5 : ACTATAGTACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------CCGTTTGCATAGGTCTCTTGTGTGTAAAGCAACCTTCaaaaatatatttataaactatagtacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgccgccctatatagataccgtttgcataggtctcttgtgtgtaaagcaaccttc
gi|6 : tgcataggtgcaaaaaattaaacatacatatctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaattaatgttttttcacatttcatacaagttatgtaaacttgaaaaaaagcgaaacgaaagcattaaagaatttattatttagttctttttgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcaaaaatatatttataaAGGTGCATAGA-A-ATAAACATAC-----------------A-----------------TATCTCAAA-ACAGGATAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGCAATCT-TAATAAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTGCACATTTC
gi|6 : ACTGTAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACTTACATGT-ATAAGCAAGTAACTATCGCCCTATAT--AGATACATGTGACGTTTG-ACAGataaatatatataaataaactgtagaacaaaggggtaatcttataatacttacatgtataagcaagtaactatcgccctatatagatacatgtgacgtttgacag
gi|7 : aggtgcatagaaataaacatacatatctcaaaacaggataggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaattaatgtttttcacatttcatataagttatgcaatcttaataaaaaagcgaaacgaaagcattgaggaatttattatttcgttcttttcgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttgcacatttcataaatatatataaataaTCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGTGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTTGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTC
gi|7 : GAATTAATGCTTT-TACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAG-AACAAAGataaatatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccct
gi|7 : tctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataattaatgtttttcacatttcatataagttatgtaaacttgaaaaaaagtgaaacgaaagcattgaggaatttattattttgttcttttcgattttgcataattgcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTgggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccct
gi|8 : tctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataattaatgtttttcacatttcatataagttatgtaaacttgaaaaaaagtgaaacgaaagcattgaggaatttattattttgttcttttcgattttgcataattgcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcataaatatatatataaACTATAGGACATGAGAGTAATCTTATAATACT------TGATAAGCAAACAACTACAGCTCTATATCTAGATA------CAGTTTGCATGGGCTTCTTGTAAATATAGCAATCGTCATGAAATGAAAC--AAGAGTTAA
gi|9 : ctttggctattttttttgagctaccatattgtggcctgtttattaccctgtaatgtgtctgcaggggttaaagtcatcccactgcaaaccatacaataataacatgtatagaagtttaacacaatttgaatgcaacaaacattttatgtcatattataatgaaatctctttttaatataaGAGATGATTTTTTTTAAATATACAATAATTAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAAATTTTAGTGGCAATTTTTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGCATCCACCAAACATTTAATGTCATAATTATGATAGTTTTTATATGAACTTGGATACAAGAGATTAATCTAATAATACTAAATAAAAACAGCCGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 2222222
lowQualScore : 4 44 0 0 8888888888888888888888888888888888888 7 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 4 4 4 4 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222 8 99 0000000 1 0 3 0 6 66 1 0 6
lowQualScore : . .. . . ..................................... . ....................................................................................................... . . . . . . ................................................................................................. . ................................................... ...... . .. ....... . . . . . .. . . .
lowQualScore : 0 99 7 8 3333333333333333333333333333333333333 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 0 0 0 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000 888888 9 22 2222222 4 2 8 8 7 88 2 2 7
consensus : TTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGGGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------NCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATGACGTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATTTTT
Reference ( family-3533 ) : TTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGGGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------NCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATGACGTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATTTTT
gi|1 : TTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTAGCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGTTTTAACACATTTC
gi|1 : AACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGATA------GCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTGAGCTATATTTCAAGAGACGATGTTTTTAAGGAATGCAATATTGATCAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATT-TCAATAAGTAATTTATAGCGGCATTTTTTataaatatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagatagcgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttgagctatatttcaagagacgatgtttttaaggaatgcaatattgatcaaatcaaaaattgtttgtgttaatttcaataagtaatttatagcggcatttttttttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|10 : ttgaggaatttattatttcgttcttttcgatttagcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgttttaacacatttcataaatatatatataTTGCATAAGTGCAAAAA-AATTAAACATGC-----------------ATGGCTGTAAGAAAGTCATATCTCACACACAAGAT--GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TA-AATAAATGTTTT-T-AACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAA--AAAACtttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|11 : cattgatttgttgtttgttttgacTTGCATAGGTGCAAAAACA-TTAATCATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATAAAACT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTC---TTTTTCGATTTTGCATAATTGCatttaaagaactccataatatgacatttacttattattagatagtgcaaaa
gi|12 : AGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------CTCTAAAA-ACAGGA-----TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------TATAATTAATGTTTT-T-CATATTTCATATAAGT-AACGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGC
gi|13 : AACCATAGAACAAGAGAGTTTTCTTATGATACT------T-A
gi|14 : catatataataacacctgcagtatatcatgaattcacgtcaaaaattaatatatttaagaaattattttaatagttaaatctctttttaatataTTGCATAGGTGCAAAAA-A-----------------------------------------------ATCTCAAA-ACGGGATAGat
gi|14 : tttgacCAAAACGGGATAGTTA---TATAGAT--AGAGATGACGTTTTTGAGAAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTttatatagatagagatgacgtttttgagaaatgcaatattcaacaaatcaaaaattgttt
gi|16 : tttgacttgcataggtgcaaaaaaatctTTGCAAAGGTGCAAAA-------------C-----------------AT------------------TCTCAAA-ACAGGATAG
gi|17 : gttttgacTTGCATAGGTGCAAAAT-A-TT----------------------------------------------CTCAAA-ACAGGATAGttatacgttaaat
gi|2 : gacTTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATACTTGGCTGTAAGAAAATCAT-----------------ATCTCAAACACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATTAATGTTTT-T-CACATTTCACTTAAGT-TATGTAAACT-TGG-AAAAAAGTGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTCGTTCCTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCGATAGGACAAAGGAGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACGACTGCAACCCTATAT--AGATA------GAATTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTATAGCAACCTTCAAGAAAAGAAACAGAAGAGTTGAGCTATATTTCAAGAGATGAATTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAAATGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATGTTTtt
gi|3 : AAATCGCTAAGACATTTATT-TGTTGTTCGTTTTGATTT-GCATTACTGCAAA
gi|3 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaGAATTAATGTTTC---CACATTTCATATAAGA-TATGTTAACA-TAT-AAATAATCGAAAAGAAAACATTAAAGCATTTATTAGTTTGTTCTTTTCGATTTTGCACAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTGAATTAATGTTTTT-CACATTTatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttgaattaatgtttccacatttcatataagatatgttaacatataaataatcgaaaagaaaacattaaagcatttattagtttgttcttttcgattttgcacaattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattgaattaatgtttttcacatttataggacaagagagtaatcttatcattcttaataagcaaacaa
gi|3 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatttgcattactgcaaaatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttTATAGGACAAGAGAGTAATCTTATCATTCT------TAATAAGCAAACAAataggacaagagagtaatcttatcattcttaataagcaaacaa
gi|4 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatttgcattactgcaaaatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttgaattaatgtttccacatttcatataagatatgttaacatataaataatcgaaaagaaaacattaaagcatttattagtttgttcttttcgattttgcacaattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattgaattaatgtttttcacattAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-GCAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGATTTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTTAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGCAAGCATTGAGGAATTTATTGTTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACATATTTC
gi|4 : AACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGAAA------ACGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTattagtatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagaaaacgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttaagctatattcttt
gi|5 : aggtgcaaaaaattaaacatacatatctcaaagcaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagatttaatgtttttcacatttcatataagttatgttaacttgaaaaaaagcgaaacgcaagcattgaggaatttattgtttcgttcttttcgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacatatttcattagtatatatataTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAAAATTAATGTTTTTT-CACATTTCATACAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTAGTTCTTTTTGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCcttt
gi|5 : AACTATAGTACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------CCGTTTGCATAGGTCTCTTGTGTGTAAAGCAACCTTCaaaaatatatttataaactatagtacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgccgccctatatagataccgtttgcataggtctcttgtgtgtaaagcaaccttc
gi|6 : tgcataggtgcaaaaaattaaacatacatatctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaattaatgttttttcacatttcatacaagttatgtaaacttgaaaaaaagcgaaacgaaagcattaaagaatttattatttagttctttttgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcaaaaatatatttataAGGTGCATAGA-A-ATAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGCAATCT-TAATAAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTGCACATTTC
gi|6 : AACTGTAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACTTACATGT-ATAAGCAAGTAACTATCGCCCTATAT--AGATACATGTGACGTTTG-ACAGataaatatatataaataaactgtagaacaaaggggtaatcttataatacttacatgtataagcaagtaactatcgccctatatagatacatgtgacgtttgacag
gi|7 : aggtgcatagaaataaacatacatatctcaaaacaggataggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaattaatgtttttcacatttcatataagttatgcaatcttaataaaaaagcgaaacgaaagcattgaggaatttattatttcgttcttttcgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttgcacatttcataaatatatataaataTCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGTGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTTGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTC
gi|7 : GAATTAATGCTTT-TACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAG-AACAAAGataaatatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccct
gi|7 : tctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataattaatgtttttcacatttcatataagttatgtaaacttgaaaaaaagtgaaacgaaagcattgaggaatttattattttgttcttttcgattttgcataattgcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTgggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccct
gi|8 : tctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataattaatgtttttcacatttcatataagttatgtaaacttgaaaaaaagtgaaacgaaagcattgaggaatttattattttgttcttttcgattttgcataattgcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcataaatatatatataAACTATAGGACATGAGAGTAATCTTATAATACT------TGATAAGCAAACAACTACAGCTCTATATCTAGATA------CAGTTTGCATGGGCTTCTTGTAAATATAGCAATCGTCATGAAATGAAAC--AAGAGTTAA
gi|9 : ctttggctattttttttgagctaccatattgtggcctgtttattaccctgtaatgtgtctgcaggggttaaagtcatcccactgcaaaccatacaataataacatgtatagaagtttaacacaatttgaatgcaacaaacattttatgtcatattataatgaaatctctttttaatataGAGATGATTTTTTTTAAATATACAATAATTAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAAATTTTAGTGGCAATTTTTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGCATCCACCAAACATTTAATGTCATAATTATGATAGTTTTTATATGAACTTGGATACAAGAGATTAATCTAATAATACTAAATAAAAACAGCCGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 2222222
lowQualScore : 4 44 0 0 8888888888888888888888888888888888888 7 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 4 4 4 4 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222 8 99 0000000 1 0 3 0 6 66 1 0 6
lowQualScore : . .. . . ..................................... . ....................................................................................................... . . . . . . ................................................................................................. . ................................................... ...... . .. ....... . . . . . .. . . .
lowQualScore : 0 99 7 8 3333333333333333333333333333333333333 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 0 0 0 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000 888888 9 22 2222222 4 2 8 8 7 88 2 2 7
consensus : TTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGGGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------NCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATGACGTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATTTTT
Reference ( family-3533 ) : TTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGGGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------NCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATGACGTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATTTTT
gi|1 : TTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTAGCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGTTTTAACACATTTC
gi|1 : AACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGATA------GCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTGAGCTATATTTCAAGAGACGATGTTTTTAAGGAATGCAATATTGATCAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATT-TCAATAAGTAATTTATAGCGGCATTTTTTataaatatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagatagcgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttgagctatatttcaagagacgatgtttttaaggaatgcaatattgatcaaatcaaaaattgtttgtgttaatttcaataagtaatttatagcggcatttttttttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|10 : ttgaggaatttattatttcgttcttttcgatttagcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgttttaacacatttcataaatatatatataTTGCATAAGTGCAAAAA-AATTAAACATGC-----------------ATGGCTGTAAGAAAGTCATATCTCACACACAAGAT--GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TA-AATAAATGTTTT-T-AACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAA--AAAACtttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|11 : cattgatttgttgtttgttttgacTTGCATAGGTGCAAAAACA-TTAATCATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATAAAACT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTC---TTTTTCGATTTTGCATAATTGCatttaaagaactccataatatgacatttacttattattagatagtgcaaaa
gi|12 : AGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------CTCTAAAA-ACAGGA-----TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------TATAATTAATGTTTT-T-CATATTTCATATAAGT-AACGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGC
gi|13 : AACCATAGAACAAGAGAGTTTTCTTATGATACT------T-A
gi|14 : catatataataacacctgcagtatatcatgaattcacgtcaaaaattaatatatttaagaaattattttaatagttaaatctctttttaatataTTGCATAGGTGCAAAAA-A-----------------------------------------------ATCTCAAA-ACGGGATAGat
gi|14 : tttgacCAAAACGGGATAGTTA---TATAGAT--AGAGATGACGTTTTTGAGAAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTttatatagatagagatgacgtttttgagaaatgcaatattcaacaaatcaaaaattgttt
gi|16 : tttgacttgcataggtgcaaaaaaatctTTGCAAAGGTGCAAAA-------------C-----------------AT------------------TCTCAAA-ACAGGATAG
gi|17 : gttttgacTTGCATAGGTGCAAAAT-A-TT----------------------------------------------CTCAAA-ACAGGATAGttatacgttaaat
gi|2 : gacTTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATACTTGGCTGTAAGAAAATCAT-----------------ATCTCAAACACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATTAATGTTTT-T-CACATTTCACTTAAGT-TATGTAAACT-TGG-AAAAAAGTGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTCGTTCCTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCGATAGGACAAAGGAGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACGACTGCAACCCTATAT--AGATA------GAATTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTATAGCAACCTTCAAGAAAAGAAACAGAAGAGTTGAGCTATATTTCAAGAGATGAATTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAAATGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATGTTTtt
gi|3 : AAATCGCTAAGACATTTATT-TGTTGTTCGTTTTGATTT-GCATTACTGCAAA
gi|3 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaGAATTAATGTTTC---CACATTTCATATAAGA-TATGTTAACA-TAT-AAATAATCGAAAAGAAAACATTAAAGCATTTATTAGTTTGTTCTTTTCGATTTTGCACAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTGAATTAATGTTTTT-CACATTTatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttgaattaatgtttccacatttcatataagatatgttaacatataaataatcgaaaagaaaacattaaagcatttattagtttgttcttttcgattttgcacaattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattgaattaatgtttttcacatttataggacaagagagtaatcttatcattcttaataagcaaacaa
gi|3 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatttgcattactgcaaaatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttTATAGGACAAGAGAGTAATCTTATCATTCT------TAATAAGCAAACAAataggacaagagagtaatcttatcattcttaataagcaaacaa
gi|4 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatttgcattactgcaaaatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttgaattaatgtttccacatttcatataagatatgttaacatataaataatcgaaaagaaaacattaaagcatttattagtttgttcttttcgattttgcacaattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattgaattaatgtttttcacattAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-GCAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGATTTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTTAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGCAAGCATTGAGGAATTTATTGTTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACATATTTC
gi|4 : AACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGAAA------ACGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTattagtatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagaaaacgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttaagctatattcttt
gi|5 : aggtgcaaaaaattaaacatacatatctcaaagcaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagatttaatgtttttcacatttcatataagttatgttaacttgaaaaaaagcgaaacgcaagcattgaggaatttattgtttcgttcttttcgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacatatttcattagtatatatataTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAAAATTAATGTTTTTT-CACATTTCATACAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTAGTTCTTTTTGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCcttt
gi|5 : AACTATAGTACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------CCGTTTGCATAGGTCTCTTGTGTGTAAAGCAACCTTCaaaaatatatttataaactatagtacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgccgccctatatagataccgtttgcataggtctcttgtgtgtaaagcaaccttc
gi|6 : tgcataggtgcaaaaaattaaacatacatatctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaattaatgttttttcacatttcatacaagttatgtaaacttgaaaaaaagcgaaacgaaagcattaaagaatttattatttagttctttttgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcaaaaatatatttataAGGTGCATAGA-A-ATAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGCAATCT-TAATAAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTGCACATTTC
gi|6 : AACTGTAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACTTACATGT-ATAAGCAAGTAACTATCGCCCTATAT--AGATACATGTGACGTTTG-ACAGataaatatatataaataaactgtagaacaaaggggtaatcttataatacttacatgtataagcaagtaactatcgccctatatagatacatgtgacgtttgacag
gi|7 : aggtgcatagaaataaacatacatatctcaaaacaggataggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaattaatgtttttcacatttcatataagttatgcaatcttaataaaaaagcgaaacgaaagcattgaggaatttattatttcgttcttttcgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttgcacatttcataaatatatataaataTCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGTGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTTGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTC
gi|7 : GAATTAATGCTTT-TACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAG-AACAAAGataaatatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccct
gi|7 : tctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataattaatgtttttcacatttcatataagttatgtaaacttgaaaaaaagtgaaacgaaagcattgaggaatttattattttgttcttttcgattttgcataattgcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTgggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccct
gi|8 : tctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataattaatgtttttcacatttcatataagttatgtaaacttgaaaaaaagtgaaacgaaagcattgaggaatttattattttgttcttttcgattttgcataattgcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcataaatatatatataAACTATAGGACATGAGAGTAATCTTATAATACT------TGATAAGCAAACAACTACAGCTCTATATCTAGATA------CAGTTTGCATGGGCTTCTTGTAAATATAGCAATCGTCATGAAATGAAAC--AAGAGTTAA
gi|9 : ctttggctattttttttgagctaccatattgtggcctgtttattaccctgtaatgtgtctgcaggggttaaagtcatcccactgcaaaccatacaataataacatgtatagaagtttaacacaatttgaatgcaacaaacattttatgtcatattataatgaaatctctttttaatataGAGATGATTTTTTTTAAATATACAATAATTAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAAATTTTAGTGGCAATTTTTa
blockSeqs : C T TTGGCTGTAAGAAAATCATA C NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G T A A A T NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAA TACATG A CT CATGTGA T G C CG G C
blockSeqs : . T ATA . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . G . G A A . AT A C
blockSeqs : . T ATC . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . A A A TT T
blockSeqs : . T ATA . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . C T .
blockSeqs : . T ATA . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . . . C
blockSeqs : . T ATA . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG . .
blockSeqs : . A AT . TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN G . . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . G . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : T* ATA**********************************
originalCons : TTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGGGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------NCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATGACGTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATTTTT
finalCons : TTGCATAGGTGCAAAAA-AT-TAAACATACATA----------------------------------TCTCAAA-ACAGGATAGGGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------NCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATGACGTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATTTTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGCATCCACCAAACATTTAATGTCATAATTATGATAGTTTTTATATGAACTTGGATACAAGAGATTAATCTAATAATACTAAATAAAAACAGCCGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444444444444444444444444444444444444 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111 2222222
lowQualScore : 4 44 0 0 8888888888888888888888888888888888888 7 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 4 4 4 4 4 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 111111111111111111111111111111111111111111111111111 222222 8 99 0000000 1 0 3 0 6 66 1 0 6
lowQualScore : . .. . . ..................................... . ....................................................................................................... . . . . . . ................................................................................................. . ................................................... ...... . .. ....... . . . . . .. . . .
lowQualScore : 0 99 7 8 3333333333333333333333333333333333333 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 0 0 0 0 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000 888888 9 22 2222222 4 2 8 8 7 88 2 2 7
consensus : TTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGGGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------NCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATGACGTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATTTTT
Reference ( family-3533 ) : TTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGGGTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------NCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTTCAAGAGATGACGTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATTTTT
gi|1 : TTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTAGCATANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGTTTTAACACATTTC
gi|1 : AACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGATA------GCGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTGAGCTATATTTCAAGAGACGATGTTTTTAAGGAATGCAATATTGATCAAATCAAAAATTGTTTGTGTTAATT-TCAATAAGTAATTTATAGCGGCATTTTTTataaatatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagatagcgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttgagctatatttcaagagacgatgtttttaaggaatgcaatattgatcaaatcaaaaattgtttgtgttaatttcaataagtaatttatagcggcatttttttttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|10 : ttgaggaatttattatttcgttcttttcgatttagcatannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgttttaacacatttcataaatatatatataTTGCATAAGTGCAAAAA-AATTAAACATGC-----------------ATGGCTGTAAGAAAGTCATATCTCACACACAAGAT--GGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNT----TA-AATAAATGTTTT-T-AACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAA--AAAACtttcttggttttaaaattacaatctgtttttatatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctaaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttccatttcaattcaaatacaatagtgttaaataaattacgttgacctaagtacaatgtcggcaatttgcaaattgcgcaagcctatatctagtaagtcgattactttattaagtataatctcaaagttcgctaaaacgggttttataatttcgcagctaaagaataagtgaacaacagtttctctttcccgtttgcatatattacaaagacctttagatactcccattaaatttaattggtgttcagtgtaaattgaattgtgaagaaatttccattgaaattgtattgctttatttgagcagtaagcatttttgatatttatccaaacggtgtaccaatcaatattatttaagtttaatttttcttcccagtttcgttgtgcttttgcttgagtcgaacttttggaattgatgtacgtttgtattagtttcgattttaatttgcatggcgagattatttttttaaaattacagtctgtttttttatacaacgtattgtattaaaaaataatgtctctgaaatatgtatttgtttatcaaatttacagctattcctgtacttccatatgttcca
gi|11 : cattgatttgttgtttgttttgacTTGCATAGGTGCAAAAACA-TTAATCATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATAAAACT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTC---TTTTTCGATTTTGCATAATTGCatttaaagaactccataatatgacatttacttattattagatagtgcaaaa
gi|12 : AGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------CTCTAAAA-ACAGGA-----TAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--------TATAATTAATGTTTT-T-CATATTTCATATAAGT-AACGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGC
gi|13 : AACCATAGAACAAGAGAGTTTTCTTATGATACT------T-A
gi|14 : catatataataacacctgcagtatatcatgaattcacgtcaaaaattaatatatttaagaaattattttaatagttaaatctctttttaatataTTGCATAGGTGCAAAAA-A-----------------------------------------------ATCTCAAA-ACGGGATAGat
gi|14 : tttgacCAAAACGGGATAGTTA---TATAGAT--AGAGATGACGTTTTTGAGAAATGCAATATTCAACAAATCAAAAATTGTTTttatatagatagagatgacgtttttgagaaatgcaatattcaacaaatcaaaaattgttt
gi|16 : tttgacttgcataggtgcaaaaaaatctTTGCAAAGGTGCAAAA-------------C-----------------AT------------------TCTCAAA-ACAGGATAG
gi|17 : gttttgacTTGCATAGGTGCAAAAT-A-TT----------------------------------------------CTCAAA-ACAGGATAGttatacgttaaat
gi|2 : gacTTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATACTTGGCTGTAAGAAAATCAT-----------------ATCTCAAACACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAAAATTAATGTTTT-T-CACATTTCACTTAAGT-TATGTAAACT-TGG-AAAAAAGTGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTCGTTCCTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCGATAGGACAAAGGAGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACGACTGCAACCCTATAT--AGATA------GAATTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTATAGCAACCTTCAAGAAAAGAAACAGAAGAGTTGAGCTATATTTCAAGAGATGAATTTTTTAAGGAATGCAATATTCAACAAATCAAAAAATGTTTGTGTTAATTCTCAATAAGTAATTTATAGCGGCAATGTTTtt
gi|3 : AAATCGCTAAGACATTTATT-TGTTGTTCGTTTTGATTT-GCATTACTGCAAA
gi|3 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaGAATTAATGTTTC---CACATTTCATATAAGA-TATGTTAACA-TAT-AAATAATCGAAAAGAAAACATTAAAGCATTTATTAGTTTGTTCTTTTCGATTTTGCACAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTAATTGAATTAATGTTTTT-CACATTTatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttgaattaatgtttccacatttcatataagatatgttaacatataaataatcgaaaagaaaacattaaagcatttattagtttgttcttttcgattttgcacaattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattgaattaatgtttttcacatttataggacaagagagtaatcttatcattcttaataagcaaacaa
gi|3 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatttgcattactgcaaaatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttTATAGGACAAGAGAGTAATCTTATCATTCT------TAATAAGCAAACAAataggacaagagagtaatcttatcattcttaataagcaaacaa
gi|4 : aaaccgtacaataataacatgtatagaattttaatacattttgcaaaatgtataatgccatatagtaaaatcgctaagacatttatttgttgttcgttttgatttgcattactgcaaaatttaaacaaacttggctgtaagaaaagtatatctcacacacttgatagcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngagttgaattaatgtttccacatttcatataagatatgttaacatataaataatcgaaaagaaaacattaaagcatttattagtttgttcttttcgattttgcacaattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaattgaattaatgtttttcacattAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-GCAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGATTTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTTAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGCAAGCATTGAGGAATTTATTGTTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACATATTTC
gi|4 : AACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTATAT--AGAAA------ACGTTTGCACAGGCCTCTCGTGTGTAAAGCAACCTTCACGAAACGAAACAGAAGAGTTAAGCTATATTattagtatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccctatatagaaaacgtttgcacaggcctctcgtgtgtaaagcaaccttcacgaaacgaaacagaagagttaagctatattcttt
gi|5 : aggtgcaaaaaattaaacatacatatctcaaagcaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagatttaatgtttttcacatttcatataagttatgttaacttgaaaaaaagcgaaacgcaagcattgaggaatttattgtttcgttcttttcgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacatatttcattagtatatatataTGCATAGGTGCAAAAA-A-TTAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAAAATTAATGTTTTTT-CACATTTCATACAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGCGAAACGAAAGCATTAAAGAATTTATTATTTAGTTCTTTTTGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTCcttt
gi|5 : AACTATAGTACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGCCGCCCTATAT--AGATA------CCGTTTGCATAGGTCTCTTGTGTGTAAAGCAACCTTCaaaaatatatttataaactatagtacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgccgccctatatagataccgtttgcataggtctcttgtgtgtaaagcaaccttc
gi|6 : tgcataggtgcaaaaaattaaacatacatatctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntaaaattaatgttttttcacatttcatacaagttatgtaaacttgaaaaaaagcgaaacgaaagcattaaagaatttattatttagttctttttgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcaaaaatatatttataAGGTGCATAGA-A-ATAAACATAC-----------------AT-----------------ATCTCAAA-ACAGGATAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TAGAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGCAATCT-TAATAAAAAAGCGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTCGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTGCACATTTC
gi|6 : AACTGTAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACTTACATGT-ATAAGCAAGTAACTATCGCCCTATAT--AGATACATGTGACGTTTG-ACAGataaatatatataaataaactgtagaacaaaggggtaatcttataatacttacatgtataagcaagtaactatcgccctatatagatacatgtgacgtttgacag
gi|7 : aggtgcatagaaataaacatacatatctcaaaacaggataggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaattaatgtttttcacatttcatataagttatgcaatcttaataaaaaagcgaaacgaaagcattgaggaatttattatttcgttcttttcgattttgcataattgcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttgcacatttcataaatatatataaataTCTCAAA-ACAGGATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----CATAATTAATGTTTT-T-CACATTTCATATAAGT-TATGTAAACT-TGA-AAAAAAGTGAAACGAAAGCATTGAGGAATTTATTATTTTGTTCTTTTCGATTTTGCATAATTGCAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----TTGAATTAATGCTTTTACACATTTC
gi|7 : GAATTAATGCTTT-TACACATTTCATAAATATATATATAAACTATAG-AACAAAGataaatatatatataaactatagaacaaaggggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccct
gi|7 : tctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataattaatgtttttcacatttcatataagttatgtaaacttgaaaaaaagtgaaacgaaagcattgaggaatttattattttgttcttttcgattttgcataattgcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttAACTATAGAACAAAGGGGTAATCTTATAATACT------T-ATAAGCAAACAACTGTCGCCCTgggtaatcttataatacttataagcaaacaactgtcgccct
gi|8 : tctcaaaacaggatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataattaatgtttttcacatttcatataagttatgtaaacttgaaaaaaagtgaaacgaaagcattgaggaatttattattttgttcttttcgattttgcataattgcaaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngttgaattaatgcttttacacatttcataaatatatatataAACTATAGGACATGAGAGTAATCTTATAATACT------TGATAAGCAAACAACTACAGCTCTATATCTAGATA------CAGTTTGCATGGGCTTCTTGTAAATATAGCAATCGTCATGAAATGAAAC--AAGAGTTAA
gi|9 : ctttggctattttttttgagctaccatattgtggcctgtttattaccctgtaatgtgtctgcaggggttaaagtcatcccactgcaaaccatacaataataacatgtatagaagtttaacacaatttgaatgcaacaaacattttatgtcatattataatgaaatctctttttaatataGAGATGATTTTTTTTAAATATACAATAATTAACAAATCAAAAATTGTTTGTGTCAATTCTCAATAAGTAAATTTTAGTGGCAATTTTTa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TGCATCCACCAAACATTTAATGTCATAATTATGATAGTTTTTATATGAACTTGGATACAAGAGATTAATCTAATAATACTAAATAAAAACAGCCGC