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Reference ( gi|1 )            : TGACTTACAAATATCAACTCA-TTTGTATAATATAAGGCAATCGGGTACATAAGTGCTATT-GGCAATTTGC-AAA--C-CAAGTA-------ATGCGGAAACGA-G--GCCTTGGCGTATAACAAACACTACA---CATTAACAGAGAATTTACAT----AATTCATGAAGTGAGTAATACCAAGGAATT-ATATA--GAA----GTCCTTGATAATACACATCAAAATAAACAGAACAAATCTACTGGTATGTTATATT-C-TGTAATCGAACTTCTCAGTGGGAGAGATTGATTTATATATTAAGCTAAATTAACATGTACTTTTTGCTGTTTTTTTGGGGGGGTTTTTTTAAGACA-TAATATTTTTGAATTTTTTAATAGTTGCCTAAGCTTGAT--TATATATATA--TTGTTCTAATAATTCTATATGCT-----G-------------GAAATGATATTCTGACACTACTTGGTTTTAATTA
gi|14                         :              TCAACTTAATTT------TATAAAGCAATCGGCAACAAAAGTGTCATT-AGCCATTGGC-AAG--A-TAAGTA-------A
gi|11                         :          caacTCAACTCAATTT------TATTAGGCATTCTGCTATGTAATTGCTATT-GGCCACTTACAAAA--C-CA
gi|3                          :              atAACTTA-ATTTTAT----TAAG-CAATCGGCTTCA-AAATGCCATT-GGCCATTTAC-TAA--G-CAAATA-------ATGTGAAAATAA-G--GC------G-ATAACAAATAATACA---CATTA--AAATAATGTATAT----AATTCATGAtggcaacaaatatagaacttccatatcaggttta
gi|8                          :                                TATTAGGCGATCGGCTACAAAAGTGTCATTAGGCA-TTTAT-AAC--A-CAAGTTT------ATGTG-AAACTATG--GCCATGACATAAAATAGATACTACA---CATTAGCATAGAATTTATAT----AATTCATGAAGTcggacattatacgcaccaaaatagatgttataaatctaagttacatttatgtaatggaaattctcagtgagagagattattttatacatttagctaaatttacatgtacatttttcatttagaagacatcatatttttgaatatttgaatagttgcccaagttcgattttgttctaataatcatgtatgctggacaaacaagtaagagatgaaagttttattctacttggttttaattaaa
gi|5                          :                       tctcaatttTATTAGGCAATCGGCTAAATTAGTTCCATT-AGCAACTAAC-AAA--AACAAGAA-------ATATGAAAATAT-G--ACCATAACATATAACAGCTACTTCA---CATAAACAAATGATTTTCAT----AATTCATGAAATacaaactagacattaaaatc
gi|7                          :                         tcaatctTATTACGTAACCGGCTACAGAAGTGTCATT-GGCTATTTAC-AAA--A-CCAGCA-------ATATGAAAATAT-A--GCCATAACATTTAAGAGATAATTTA---TATTAACAAGTAGTTTACAT----TATTTAacatattatacatcaaatgagcataattagatcttaactgaatttctcacacacacaatttttttcaaatatctagttcaatt
gi|16                         :                        aatcagtttATTAGGCAATCGGCTACATCAATGTCATT-GGCCATaggaatccatattacacatcaaataaaatct
gi|6                          :                          acttagttttaGACAAT-GGCTAAA-AAGTGTCATT-GGTAATTTAC-AAA--G-CAAGTA-------ATTTGAAAAAAA-GAAGCGGTGGCATATAACAAAAAATACA---CATTTACACAGAATTTACAatta
gi|2                          :                           actcaatgttttgAATAGGCTACGAAAGTGCCATT-GGACATTTAC-AAA--A-CCAGTT-------ATGTGAAACCAA-G--GCCATGAAATATAACAGTTAATACA---CAGTAACAGAGAATTTACAT----AATTCTTGAAATccagtaggtacataatacacattaacacagaatttacaccagtcattaagtacat
gi|9                          :                                   tcaattttCGGCTACACAAGTG-TGTT-GACAATTTAC-AAAAAC-CAGTTATAGGAATATATGGAAATAT-G--G---TAACGTATAATAG---CTATATAACATTAACAAACAGTTTGCAT----Aacacattacacatcaactaaacataattatatcttaagctacataaatttctaaacaaatcaattttcccacagagagattcttttatatatttattttaatttacttttaatctttttatttgacgacattatattttttgaatggttgcccaagcttaatagtttataaattttgatctaataatttcatatgctcccaagtataaaatgacagtacgattttacttggctttgattaca
gi|6                          :                                                                                                                                   TACA---CATTAACACAGAATTTACAC----CAGTCATTAAGTtgccacacaatatatattatgcaaca
gi|4                          :   actcaatgttttggacaatggctaaaaagtgtcattggtaatttacaaagcaagtaatttgaaaaaaagaagcggtggcatataacaaaaaatacacatttacacagaatttacaccagtaggtacataaCA---CATTAACAAAGAATTTACAT----AATGAATAAGGTACGTAATACacat
gi|15                         :                                                                                                                                                     ctTTTATATGCTGAATTCAC------AGTAATACCAAGAAATT-ATATA--CAA----GTCCTTGATAATACGTACCacatcaaaataataaaaataaatattaagttacatttctataatcaaattcctcagggagagagattcttttatgtatttagttcagtttttctgtacctttttattttttaaagacataatatttttgaatagttgaccaagcttgattgtgtacatattttgttcaaatacttt
gi|4                          :                                                                                                                                                                                    TAACAAAGAATTTACATAATGAATAAGGTAC---GTAATACACATCAAAATAATAAAAATAAATAT-----TAAGTTACATTTC-TATAATCAAATTCCTCAGGGAGAGAGATTCTTTTATGTATTTAGTTCAGTT---------TTTCTG-TACCTTTTT------ATTTTTTAAAGACA-TAATATTTTTG--------AATAGTTGACCAAGCTTGAT--TGTGTACATATTTTGTTCAAATACTT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                               ctcacatATTATACGCACCAAAATAGATGTTATAAATCTA-----A-GTTACATT-TATGTAATGGAAATTCTCAGTGAGAGAGATTATTTTATACATTTAGCTAAATTTACATGTACATTT-----TTCATTTAG------------AAGACA-TCATATTTTTGAATATTTGAATAGTTGCCCAAGTTCGAT--T-----------TTGTTCTAATAATCATGTATGCT-----GGACAAACAAGTAAGAGATGAAAGTTTTATTCTACTTGGTTTTAATTAt
gi|10                         :                                                                                                 aacttaattttattaagcaatcggcttcaaaatgccattggccatttactaagcaaataatgtgaaaataaggcgataacaaataatacacattaaaataatgtatataattcatgacggacACATATCCAAATAAACATGATAATTC-----GCAAGTTACATTTC-TATAATCGAAATTCTTAGGGAGAGAGATTaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                    attaacaaacaaataattcatacaAATCAATTTTCCCA--CAGAGAGATTCTTTTATATATTTATTTTAATT------TACTTTT---AATCTTTTTA---------TTTGACGACA-TTATAT-------TTTTTGAATGGTTGCCCAAGCTTAATAGTTTATAAATT--TTGATCTAATAATTTCATATGCTCCCAAGTAT----------AAAATGACAGTACGATTTTACTTGGCTTTGATTAct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                    tcaattttaataggctacgaaagtgccattggacatttacaaaaccagttatgtgaaaccaaggccatgaaatataacagttaatacacagtaacagagaatttacataattcttgaaatacacattacacatcaactaaacataattatatcttaagctacataaatttctaaacaGACAATAATGCTTTTAGGTTTTTGAAAAGTTGCCCATGGTTGAT--TGTGTA-ATA--TT-TTGTAACAATTAGATATGCT-----A-------------GAAAca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TCAACTAAATTCTGTAATGCGATTAGTCCAATAGTGGCATTGGCCATTTACAAAGCAGGTAAAGTGAAAATATGGCCAT






Alignments
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Reference ( family-3461 )     :                                                                                                                                                   NNNNNNNNNNNNNTCAACTTAATTT------TA-TTAGGCAATCGGCTACANAAGTGCCATTGGCCAT-TTACAAAA--CAAGTA-------ATGTGAAAATANG--GCCATGACGTATAACAGATA-ATACACATTAACAAAGAATTTACAT----AATTCATGAAGTANGTA--ATAC-------CAAGGAATTTACA-TAATNAATAAGGTNCTTGATAATACGCACCAAAATAAACGTNATAA-ATCT-----CAAGTTACAT----TTCTATA---ATCGAANTTCTCAGGGAGAGAGATTCTTTTATATATTTAGTTNAATT------TACTTT----T-ATCTTTTT-A---------TTT-GAAGACA-TNATATTTTTGGGTTTTTGAATAGTTGCCCAAGCTTGATTGTGT---A-ATA--TTGTTCTAATAATTACGTATGCT-----G-AC----------GAAATGANAGTNCGATTCTACTTGGCTTTGATTA
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gi|6                          : tcaatcttattaggcaatcggctaaattagttccattagcaactaacaaaaacaagaaatatgaaaatatgaccataacatataacagctacttcacataaacaaatgattttcataattcatgaaatacatattatacatcaaatgagcataattagatctACTCAATGT------T--TTGGACAAT-GGCTA-AAAAGTGTCATTGGTAAT-TTACAAAG--CAAGTA-------ATTTGAAAAAAAGAAGCGGTGGCATATAACAAAAA-ATACACATTTACACAGAATTTACA--------CCAGTAGGTACATA--ATACACATTAACACAGAATTTACACCAGTCATTAAG
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Reference ( family-3461 )     :                                                                                                                                                        NNNNNNNNNNNNNTCAACTCAATTT------TA-TTAGGCAATCGGCTACANAAGTGCCATTGGCCAT-TTACAAAA--CAAGTA-------ATGTGAAAATANG--GCCATGACGTATAACAGATA-ATACACATTAACAAANAATTTACATAATTCATGAAGTACGTA--ATAC-------CAAA-GAATTTACATAATNAATGAGGTACTT-ATAATACGCATCAAAATAAACATAATAA-ATCT-----TAAGTTACAT----TTCTATA---ATCGAANTTCTCAGNGAGAGAGATTCTTTTATATATTTAGTTNAATTTACTTNT-ACCTT------TTT-A---TTT-G-------------AAGACA-TAATATTTTTGAATTTTTGAATAGTTGCCCAAGCTTGATTGTGT---A-ATA--TTGTTCTAATAATTNTATATGCT-----G-AC----------GAAATGANAGTNCGATTCTACTTGGTTTTAATTA
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gi|14                         :                                                                                                                                                                     TCAACTTAATTT------TA-TAAAGCAATCGGCAACAAAAGTGTCATTAGCCAT-TGGCAAGA--TAAGTA-------A
gi|16                         :                                                                                                                                                                    caacACTTAGTTT------TAATTAGGCAATCGGCTACATCAATGTCATTGGCCATATTA
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gi|6                          : tcaatcttattaggcaatcggctaaattagttccattagcaactaacaaaaacaagaaatatgaaaatatgaccataacatataacagctacttcacataaacaaatgattttcataattcatgaaatacatattatacatcaaatgagcataattagatcttaactACTCAATGT------T--TTGGACAAT-GGCTA-AAAAGTGTCATTGGTAAT-TTACAAAG--CAAGTA-------ATTTGAAAAAAAGAAGCGGTGGCATATAACAAAAA-ATACACATTTACACAGAATTTACA----CCAGTAGGTACATA--ATACACATTAACACA-GAATTTACACCAGTCATTAAGTAC
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Reference ( family-3461 )     :   NNNNNNNNNNNNNTCAACTCAATTT------TA-TTAGGCAATCGGCTACANAAGTGCCATTGGCCAT-TTACAAAA--CAAGTA-------ATGTGAAAATANG--GCCATGACGTATAACAGATA-ATACACATTAACAAANAATTTACATAATTCATGAAGTACGTA--ATAC-------CAAA-GAATTTACATAATTNA--------TGAAGTACTC-ATAATACACATCAAAATAAACATAATAA-ATCT-----TAAGTTACAT----TTCTATA---ATCGAANTTCTCAGNGAGAGAGATTCTTTTATATATTTAGTTNAATTTACNTGT-ACCTT------TTT-A---TTT-G-------------AAGACA-TAATATTTTTGAATTTTTGAATAGTTGCCCAAGCTTGATTGTGT---A-ATA--TTGTTCTAATAATTNTATATGCT-----G-AC----------GAAATGANAGTNCGATTCTACTTGGTTTTAATTA
gi|1                          :                TCAACTCA-TTTGTATAATA-TAAGGCAATCGGGTACATAAGTGCTATTGGCAAT-TTGCAAAC--CAAGTA-------ATGCGGAAACGAG--GCCTTGGCGTATAACAAACA-CTACACATTAACAGAGAATTTACATAATTCATGAAGTGAGTA--ATAC-------CAAG-GAA-TTATATA--------------GAAGTCCTTGATAATACACATCAAAATAAACAGAACAA-ATCTACTGGTATGTTATA-----TTCTGTA---ATCGAACTTCTCAGTGGGAGAGATTGATTTATATATTAAGCTAAATTAACATGT-ACTTTTTGCTGTTT-T---TTT-GGGGGGGTTTTTTTAAGACA-TAATATTTTTGAATTTTTTAATAGTTGCCTAAGCTTGATTATAT---ATATA--TTGTTCTAATAATTCTATATGCT-----G-------------GAAATGATATTCTGACACTACTTGGTTTTAATTA
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gi|11                         : attaacaaacaaataTCAACTCAATTT------TA-TTAGGCATTCTGCTATGTAATTGCTATTGGCCAC-TTACAAAA--C
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         atTT-G-------------ACGACAATAATGCTTTTAGGTTTTTGAAAAGTTGCCCATGGTTGATTGTGT---A-ATA--TT-TTGTAACAATTAGATATGCT-----A-------------GAAAcatggcaacaaatatagaacttccatatcaggttta
gi|13                         :             ttgTCAACTAAATTC------TG-TAATGCGATTAG-TCCAATAGTGGCATTGGCCAT-TTACAAAG--CAGGTA-------AAGTGAAAATATG--GCCAT
gi|14                         :                TCAACTTAATTT------TA-TAAAGCAATCGGCAACAAAAGTGTCATTAGCCAT-TGGCAAGA--TAAGTA-------A
gi|16                         :               caacACTTAGTTT------TAATTAGGCAATCGGCTACATCAATGTCATTGGCCATATTA
gi|2                          :                     TCAATTT------TA--------ATAGGCTACGAAAGTGCCATTGGACAT-TTACAAAA--CCAGTT-------ATGTGAAACCAAG--GCCATGA------------A-ATA-----TAACAGTTAAT--ACACA-------------GTA--A----------CAGA-GAATTTACATAATTCT--------TGAAATACAC-AT--TACACATCAAC-TAAACATAATTATATCT-----TAAGCTACATAAATTTCTAAACAAATCAATTTTCCCAC--AGAGAGATTCTTTTATATATTTATTTTAATTTACTTTTAATCTT------TTT-A---TTT-G-------------ACGACA-TTATAT-------TTTTTGAATGGTTGCCCAAGCTTAATAGTTTATAA-ATT--TTGATCTAATAATTTCATATGCTCCCAAGTAT----------AAAATGACAGTACGATTTTACTTGGCTTTGATTA
gi|3                          :                  AACTTAATTT------TA-TTAAGCAATCGGCTTCAAAA-TGCCATTGGCCAT-TTACTAAG--CA------------------AATAAT--G---TGA--------AAATA-AGGCG-AT-AACAAATAAT--ACA-----CATTAA------A--ATA---------------ATGTATATAATTCA--------TGACGGAC---ATTATACGCACCAAAATAGATGTTATAA-ATCT------AAGTTACAT----TTATGTA---ATGGAAATTCTCAGTGAGAGAGATTATTTTATACATTTAGCTAAATTTACATGT-ACATT------TTTCA---TTTAG-------------AAGACA-TCATATTTTTGAATATTTGAATAGTTGCCCAAGTTCGATT--------------TTGTTCTAATAATCATGTATGCTG----G-ACAAACAAGTAAGAGATGAAAGTTTTATTCTACTTGGTTTTAATTAca
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gi|5                          :              ctcacatTCAATCT------TA-TTAGGCAATCGGCTAAATTAGTTCCATTAGCAAC-TAACAAAAA-CAAGAA-------ATATGAAAATATG--ACCATAACATATAACAGCTA-CTTCACATAAACAAATGATTTTCATAATTCATGAAATACATATTATACAT-----CAAATGA----GCATAATTAGATCTTAACTGAATTTCTC-AC-ACACACAt
gi|6                          :                   ACTCAATGT------T--TTGGACAAT-GGCTA-AAAAGTGTCATTGGTAAT-TTACAAAG--CAAGTA-------ATTTGAAAAAAAGAAGCGGTGGCATATAACAAAAA-ATACACATTTACACAGAATTTACA----CCAGTAGGTACATA--ATACACATTAACACA-GAATTTACACCAGTCA--------TTAAGTACatttttttcaaatatctagttcaatt
gi|7                          :                     TCAGTTT------TA-TTACGTAACCGGCTACAGAAGTGTCATTGGCTAT-TTACAAAA--CCAGCA-------ATATGAAAATATA--GCCATAACATTTAAGAGATA-ATTTATATTAACAAGTAGTTTACATTATTTAAGGAATCCATA--TTAC-------at
gi|8                          :                  aaCTCAATTT------TA-TTAGGCGATCGGCTACAAAAGTGTCATTAGGCAT-TTATAACA--CAAGTTT------ATGTGAAACTATG--GCCATGACATAAAATAGATA-CTACACATTAGCATAGAATTTATATAATTCATGAAGTACacatcaaataaaatct
gi|9                          :                                             tCGGCTACACAAGTGT-GTTGACAAT-TTACAAAAACCAGTTATAGGAATATATGGAAATATG--G---TAACGTATAATAGCTATATA-ACATTAACAAACAGTTTGCATAaaactagacattaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTATATGCTGAATTCACAGTAATACCAAGAAATTATATACAAGTCCTTGATAATACGTACC






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consensus                     :   NNNNNNNNNNNNNTCAACTCAATTT------TA-TTAGGCAATCGGCTACANAAGTGCCATTGGCCAT-TTACAAAA--CAAGTA-------ATGTGAAAATANG--GCCATGACGTATAACAGATA-ATACACATTAACAAANAATTTACATAATTCATGAAGTACGTA--ATAC-------CAAA-GAATTTACATAATTCATGAAGTACTC-ATAATACACATCAAAATAAACATAATAA-ATCT-----TAAGTTACAT----TTCTATA---ATCGAANTTCTCAGNGAGAGAGATTCTTTTATATATTTAGCTNAATTTACNTGT-ACCTT------TTT-A---TTT-G-------------AAGACA-TAATATTTTTGAATTTTTGAATAGTTGCCCAAGCTTGATTGTGT---A-ATA--TTGTTCTAATAATTNTATATGCT-----G-AC----------GAAATGANAGTNCGATTCTACTTGGTTTTAATTA
Reference ( family-3461 )     :   NNNNNNNNNNNNNTCAACTCAATTT------TA-TTAGGCAATCGGCTACANAAGTGCCATTGGCCAT-TTACAAAA--CAAGTA-------ATGTGAAAATANG--GCCATGACGTATAACAGATA-ATACACATTAACAAANAATTTACATAATTCATGAAGTACGTA--ATAC-------CAAA-GAATTTACATAATTCATGAAGTACTC-ATAATACACATCAAAATAAACATAATAA-ATCT-----TAAGTTACAT----TTCTATA---ATCGAANTTCTCAGNGAGAGAGATTCTTTTATATATTTAGCTNAATTTACNTGT-ACCTT------TTT-A---TTT-G-------------AAGACA-TAATATTTTTGAATTTTTGAATAGTTGCCCAAGCTTGATTGTGT---A-ATA--TTGTTCTAATAATTNTATATGCT-----G-AC----------GAAATGANAGTNCGATTCTACTTGGTTTTAATTA
gi|1                          :                TCAACTCA-TTTGTATAATA-TAAGGCAATCGGGTACATAAGTGCTATTGGCAAT-TTGCAAAC--CAAGTA-------ATGCGGAAACGAG--GCCTTGGCGTATAACAAACA-CTACACATTAACAGAGAATTTACATAATTCATGAAGTGAGTA--ATAC-------CAAG-GAA-TTATATA------GAAGTCCTTGATAATACACATCAAAATAAACAGAACAA-ATCTACTGGTATGTTATA-----TTCTGTA---ATCGAACTTCTCAGTGGGAGAGATTGATTTATATATTAAGCTAAATTAACATGT-ACTTTTTGCTGTTT-T---TTT-GGGGGGGTTTTTTTAAGACA-TAATATTTTTGAATTTTTTAATAGTTGCCTAAGCTTGATTATAT---ATATA--TTGTTCTAATAATTCTATATGCT-----G-------------GAAATGATATTCTGACACTACTTGGTTTTAATTA
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gi|11                         : attaacaaacaaataTCAACTCAATTT------TA-TTAGGCATTCTGCTATGTAATTGCTATTGGCCAC-TTACAAAA--C
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 atTT-G-------------ACGACAATAATGCTTTTAGGTTTTTGAAAAGTTGCCCATGGTTGATTGTGT---A-ATA--TT-TTGTAACAATTAGATATGCT-----A-------------GAAAcatggcaacaaatatagaacttccatatcaggttta
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gi|14                         :                TCAACTTAATTT------TA-TAAAGCAATCGGCAACAAAAGTGTCATTAGCCAT-TGGCAAGA--TAAGTA-------A
gi|16                         :               caacACTTAGTTT------TAATTAGGCAATCGGCTACATCAATGTCATTGGCCATATTA
gi|2                          :                     TCAATTT------TA--------ATAGGCTACGAAAGTGCCATTGGACAT-TTACAAAA--CCAGTT-------ATGTGAAACCAAG--GCCATGA------------A-ATA-----TAACAGTTAAT--ACACA-------------GTA--A----------CAGA-GAATTTACATAATTCTTGAAATACAC-AT--TACACATCAAC-TAAACATAATTATATCT-----TAAGCTACATAAATTTCTAAACAAATCAATTTTCCCAC--AGAGAGATTCTTTTATATATTTATTTTAATTTACTTTTAATCTT------TTT-A---TTT-G-------------ACGACA-TTATAT-------TTTTTGAATGGTTGCCCAAGCTTAATAGTTTATAA-ATT--TTGATCTAATAATTTCATATGCTCCCAAGTAT----------AAAATGACAGTACGATTTTACTTGGCTTTGATTA
gi|3                          :                  AACTTAATTT------TA-TTAAGCAATCGGCTTCAAAA-TGCCATTGGCCAT-TTACTAAG--CA------------------AATAAT--G---TGA--------AAATA-AGGCG-AT-AACAAATAAT--ACA-----CATTAA------A--ATA---------------ATGTATATAATTCATGACGGAC---ATTATACGCACCAAAATAGATGTTATAA-ATCT------AAGTTACAT----TTATGTA---ATGGAAATTCTCAGTGAGAGAGATTATTTTATACATTTAGCTAAATTTACATGT-ACATT------TTTCA---TTTAG-------------AAGACA-TCATATTTTTGAATATTTGAATAGTTGCCCAAGTTCGATT--------------TTGTTCTAATAATCATGTATGCTG----G-ACAAACAAGTAAGAGATGAAAGTTTTATTCTACTTGGTTTTAATTAca
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gi|5                          :              ctcacatTCAATCT------TA-TTAGGCAATCGGCTAAATTAGTTCCATTAGCAAC-TAACAAAAA-CAAGAA-------ATATGAAAATATG--ACCATAACATATAACAGCTA-CTTCACATAAACAAATGATTTTCATAATTCATGAAATACATATTATACAT-----CAAATGA----GCATAATTt
gi|6                          :                   ACTCAATGT------T--TTGGACAAT-GGCTA-AAAAGTGTCATTGGTAAT-TTACAAAG--CAAGTA-------ATTTGAAAAAAAGAAGCGGTGGCATATAACAAAAA-ATACACATTTACACAGAATTTACA----CCAGTAGGTACATA--ATACACATTAACACA-GAATTTACACCAGTCATTAAGTACagatcttaactgaatttctcacacacacaatttttttcaaatatctagttcaatt
gi|7                          :                     TCAGTTT------TA-TTACGTAACCGGCTACAGAAGTGTCATTGGCTAT-TTACAAAA--CCAGCA-------ATATGAAAATATA--GCCATAACATTTAAGAGATA-ATTTATATTAACAAGTAGTTTACATTATTTAAGGAATCCATA--TTAC-------at
gi|8                          :                  aaCTCAATTT------TA-TTAGGCGATCGGCTACAAAAGTGTCATTAGGCAT-TTATAACA--CAAGTTT------ATGTGAAACTATG--GCCATGACATAAAATAGATA-CTACACATTAGCATAGAATTTATATAATTCATGAAGTACacatcaaataaaatct
gi|9                          :                                             tCGGCTACACAAGTGT-GTTGACAAT-TTACAAAAACCAGTTATAGGAATATATGGAAATATG--G---TAACGTATAATAGCTATATA-ACATTAACAAACAGTTTGCATAaaactagacattaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTATATGCTGAATTCACAGTAATACCAAGAAATTATATACAAGTCCTTGATAATACGTACC






Alignments
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Reference ( family-3461 )     :   NNNNNNNNNNNNNTCAACTCAATTT------TA-TTAGGCAATCGGCTACANAAGTGCCATTGGCCAT-TTACAAAA--CAAGTA-------ATGTGAAAATANG--GCCATGACGTATAACAGATA-ATACACATTAACAAANAATTTACATAATTCATGAAGTACGTA--ATAC-------CAAA-GAATTTACATAATTCATGAAGTACTC-ATAATACACATCAAAATAAACATAATAA-ATCT-----TAAGTTACAT----TTCTATA---ATCGAANTTCTCAGNGAGAGAGATTCTTTTATATATTTAGCTNAATTTACNTGT-ACCTT------TTT-A---TTT-G-------------AAGACA-TAATATTTTTGAATTTTTGAATAGTTGCCCAAGCTTGATTGTGT---A-ATA--TTGTTCTAATAATTNTATATGCT-----G-AC----------GAAATGANAGTNCGATTCTACTTGGTTTTAATTA
gi|1                          :                TCAACTCA-TTTGTATAATA-TAAGGCAATCGGGTACATAAGTGCTATTGGCAAT-TTGCAAAC--CAAGTA-------ATGCGGAAACGAG--GCCTTGGCGTATAACAAACA-CTACACATTAACAGAGAATTTACATAATTCATGAAGTGAGTA--ATAC-------CAAG-GAA-TTATATA------GAAGTCCTTGATAATACACATCAAAATAAACAGAACAA-ATCTACTGGTATGTTATA-----TTCTGTA---ATCGAACTTCTCAGTGGGAGAGATTGATTTATATATTAAGCTAAATTAACATGT-ACTTTTTGCTGTTT-T---TTT-GGGGGGGTTTTTTTAAGACA-TAATATTTTTGAATTTTTTAATAGTTGCCTAAGCTTGATTATAT---ATATA--TTGTTCTAATAATTCTATATGCT-----G-------------GAAATGATATTCTGACACTACTTGGTTTTAATTA
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gi|11                         : attaacaaacaaataTCAACTCAATTT------TA-TTAGGCATTCTGCTATGTAATTGCTATTGGCCAC-TTACAAAA--C
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gi|16                         :               caacACTTAGTTT------TAATTAGGCAATCGGCTACATCAATGTCATTGGCCATATTA
gi|2                          :                     TCAATTT------TA--------ATAGGCTACGAAAGTGCCATTGGACAT-TTACAAAA--CCAGTT-------ATGTGAAACCAAG--GCCATGA------------A-ATA-----TAACAGTTAAT--ACACA-------------GTA--A----------CAGA-GAATTTACATAATTCTTGAAATACAC-AT--TACACATCAAC-TAAACATAATTATATCT-----TAAGCTACATAAATTTCTAAACAAATCAATTTTCCCAC--AGAGAGATTCTTTTATATATTTATTTTAATTTACTTTTAATCTT------TTT-A---TTT-G-------------ACGACA-TTATAT-------TTTTTGAATGGTTGCCCAAGCTTAATAGTTTATAA-ATT--TTGATCTAATAATTTCATATGCTCCCAAGTAT----------AAAATGACAGTACGATTTTACTTGGCTTTGATTA
gi|3                          :                  AACTTAATTT------TA-TTAAGCAATCGGCTTCAAAA-TGCCATTGGCCAT-TTACTAAG--CA------------------AATAAT--G---TGA--------AAATA-AGGCG-AT-AACAAATAAT--ACA-----CATTAA------A--ATA---------------ATGTATATAATTCATGACGGAC---ATTATACGCACCAAAATAGATGTTATAA-ATCT------AAGTTACAT----TTATGTA---ATGGAAATTCTCAGTGAGAGAGATTATTTTATACATTTAGCTAAATTTACATGT-ACATT------TTTCA---TTTAG-------------AAGACA-TCATATTTTTGAATATTTGAATAGTTGCCCAAGTTCGATT--------------TTGTTCTAATAATCATGTATGCTG----G-ACAAACAAGTAAGAGATGAAAGTTTTATTCTACTTGGTTTTAATTAca
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gi|5                          :              ctcacatTCAATCT------TA-TTAGGCAATCGGCTAAATTAGTTCCATTAGCAAC-TAACAAAAA-CAAGAA-------ATATGAAAATATG--ACCATAACATATAACAGCTA-CTTCACATAAACAAATGATTTTCATAATTCATGAAATACATATTATACAT-----CAAATGA----GCATAATTt
gi|6                          :                   ACTCAATGT------T--TTGGACAAT-GGCTA-AAAAGTGTCATTGGTAAT-TTACAAAG--CAAGTA-------ATTTGAAAAAAAGAAGCGGTGGCATATAACAAAAA-ATACACATTTACACAGAATTTACA----CCAGTAGGTACATA--ATACACATTAACACA-GAATTTACACCAGTCATTAAGTACagatcttaactgaatttctcacacacacaatttttttcaaatatctagttcaatt
gi|7                          :                     TCAGTTT------TA-TTACGTAACCGGCTACAGAAGTGTCATTGGCTAT-TTACAAAA--CCAGCA-------ATATGAAAATATA--GCCATAACATTTAAGAGATA-ATTTATATTAACAAGTAGTTTACATTATTTAAGGAATCCATA--TTAC-------at
gi|8                          :                  aaCTCAATTT------TA-TTAGGCGATCGGCTACAAAAGTGTCATTAGGCAT-TTATAACA--CAAGTTT------ATGTGAAACTATG--GCCATGACATAAAATAGATA-CTACACATTAGCATAGAATTTATATAATTCATGAAGTACacatcaaataaaatct
gi|9                          :                                             tCGGCTACACAAGTGT-GTTGACAAT-TTACAAAAACCAGTTATAGGAATATATGGAAATATG--G---TAACGTATAATAGCTATATA-ACATTAACAAACAGTTTGCATAaaactagacattaaaatc


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Reference ( family-3461 )     : NNNNNNNNNNNNNTCAACTCAATTT------TA-TTAGGCAATCGGCTACANAAGTGCCATTGGCCAT-TTACAAAA--CAAGTA-------ATGTGAAAATANG--GCCATGACGTATAACAGATA-ATACACATTAACAAANAATTTACATAATTCATGAAGTACGTA--ATACA-CA----A----A-GAATTTACATAATTCATGAAGTAC-C---ATAATACACATCAAAATAAACATAATAA-ATCT-----TAAGTTACAT----TTCTATA---ATCGAANTTCTCAGNGAGAGAGATTCTTTTATATATTTAGCTNAATTTACNTGT-ACCTT------TTT-A---TTT-G-------------AAGACA-TAATATTTTTGAATTTTTGAATAGTTGCCCAAGCTTGAT--TGTGTA-A-A----TTGT--TCTAATAATTNTATATGCT-----G-AC----------GAAATGANAGTNCGATTCTACTTGGTTTTAATTA
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gi|5                          :          ctcacattaTCAATCT------TA-TTAGGCAATCGGCTAAATTAGTTCCATTAGCAAC-TAACAAAAA-CAAGAA-------ATATGAAAATATG--ACCATAACATATAACAGCTA-CTTCACATAAACAAATGATTTTCATAATTCATGAAATACATATTATACATCA----A----ATGA----GCATAATTt
gi|6                          :                 ACTCAATGT------T--TTGGACAAT-GGCTA-AAAAGTGTCATTGGTAAT-TTACAAAG--CAAGTA-------ATTTGAAAAAAAGAAGCGGTGGCATATAACAAAAA-ATACACATTTACACAGAATTTACA----CCAGTAGGTACATA--ATACA-CATT--AACACA-GAATTTACACCAGTCATTAAGTAC-agatcttaactgaatttctcacacacacaatttttttcaaatatctagttcaatt
gi|7                          :                   TCAGTTT------TA-TTACGTAACCGGCTACAGAAGTGTCATTGGCTAT-TTACAAAA--CCAGCA-------ATATGAAAATATA--GCCATAACATTTAAGAGATA-ATTTATATTAACAAGTAGTTTACATTATTTAAGGAATCCATA--TTACA-CA----at
gi|8                          :                aaCTCAATTT------TA-TTAGGCGATCGGCTACAAAAGTGTCATTAGGCAT-TTATAACA--CAAGTTT------ATGTGAAACTATG--GCCATGACATAAAATAGATA-CTACACATTAGCATAGAATTTATATAATTCATGAAGTACAAA--CTAGA-CA----tcaaataaaatct
gi|9                          :                                           tCGGCTACACAAGTGT-GTTGACAAT-TTACAAAAACCAGTTATAGGAATATATGGAAATATG--G---TAACGTATAATAGCTATATA-ACATTAACAAACAGTTTGCATAttaaaatc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTATATGCTGAATTCACAGTAATACCAAGAAATTATATACAAGTCCTTGATAATACGTACC