lowQualScore : 111111 222 111111 4444
lowQualScore : 7777777 2 22 333 4 555555 88 22 666666 666666 111 2 5 111111 2 4 2 8888 7 9 4
lowQualScore : ....... . .. ... . ...... .. .. ...... ...... ... . . ...... . . . .... . . .
lowQualScore : 2222222 6 99 777 2 000000 77 99 111111 111111 666 1 2 666666 1 1 9 0000 5 7 3
consensus : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CCTATATA----TAAGATAACATTACAACATNTTTTTC
Reference ( gi|1 ) : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTAGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGGCGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGAG-CCTATATATAATTAAGATATCATTACTACATCTTTTTC
gi|3 : ATTCTCAACATT-------GCCAGGGTAATAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GACGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGAG-CCTATATATA--TAAGATATTATTACTACATCTTTTTC
gi|8 : ATTCTCAACATC-------GCTAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAGGAACGTTTC---T--T-TTTTGCCGAGTTGAG-CCTATATA----TAAGATATCATTACTAC-TTTTTTTC
gi|7 : ATTCTCAACATC-------GCATGGGTAAAAAATACA--T---GTACAATGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCCACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---A--A-TTTTGCCGAGTAGGG-CCTATATA----TAAGATATCATTACTACATCTTTTT
gi|4 : ATTCTCAACATC-------GTCAGGGTAACAAATACACAT---GTACATTAAACATGTTACACAA--AC--AC------A------GACAGAGCTGCATCTGTTAT---AAAA-GAGAAACGTTTC---T--TATTTTGCTGAGTATAG-TTT-TAGATAGTTt
gi|18 : ttATTCTCAAAAAC-------GACAGGGTAAAA--TACA--T---GTACATTAGACATG------TA--AC--AC------ATACGCAGACAGAGCTACATCAGTTAT---AAAA-GAGGGACGTTTC---T--A-TTTTACTGAGTtacgattgtatttcc
gi|17 : ATTCTGAACAGC-------GCCAATGTTTAAAATACA--T---GTACATTGAACATGTAGC--AACTAC--AC------A------GACAAAGCTTCACCGGCTAT---AAAA-CAGGGACGTTTT---TA-G-TTTTCCTGA
gi|10 : TTCTCAACATC-------GCCGGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AT------A------GACAGAGCTACAGCGGATAT-AAAGAA-GAGGGACGTTTCTTTT--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CCTATA------TAAGATAATATTACAACATCTTTTT
gi|20 : TTCTCAACATC-------GCCAAGGTCAAAA-TACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT---AAAA-GAGGGGCGTTTCT--T--T-TTTTGCTGATTA
gi|15 : TTCTCAACATC-------GCCAGAGTAAAAA----A--C---GTACATTGGACATG------TACCACAAAC------A------GACAGAGCTACATCAGTTGT---AAAT-GAGGGACGTTTC---TA-T-TTTTGCCGAGTAc
gi|14 : ttcTTCTGAACATC-------GCCAGGGTTTAAAATACA--T---GTACATTGAACATGTAGC--AACTAC--AC------A------GACAAAGCTTCACCGGCTAT---AAAA-CAGGGACGTTTC---TA-G-TTTTCCTGAG--------TATATATCATTAAtataaatcctaggactttatttt
gi|5 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGAATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAAGGAGGGACGTTTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CCAATATATAAT----ATAACATTACAACATCTTTTTactcaaacatt
gi|6 : TCTCAACATC-------GCCAGGATAAAA-ATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GACAGAGTTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---TTCT-TTTTGCTGAGTAGGG-CCTATATA----TAAGATAACATTACAACATATTTTTCtcc
gi|2 : TCTCAACATCCGTCATCGCCAAGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT--AAAAA-GAGTGACGTTTCT--T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CCTATATA----TAAGATATCATTACGAC-TTTTTTTc
gi|11 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAA-CACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GATAGAGTTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTGT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CCTATATA----TAAGATAACATTACAACATATTTT
gi|13 : TCTCATCATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGAC--TTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGGTTCTATATA----TAAGATAACATTACAACATATTTTCCctc
gi|9 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATATA--T---GTACATTGGGTATT------AA--AC--AA------A------GGCAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAAGGACGTTT----T--T-TTTTGCTGAGTAGGA-CCTATATA----TAAGATAACATTACAACATATTTTTC
gi|12 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATATA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GGCAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAAGGACTTTTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGA-CCTATATA----TAAGATAACATTACAACATATATTTt
gi|19 : ATC-------GCCAGGGTAAAGG-TACA--T---GTACATTTAACATG------TA--AC--ACACACATA------GACAGGGGTATATCAGCAAT---AAAA-GAGATACGTTTC---TA-T-ATTTGCAGAGTA
gi|16 : caatgCCTGGGTATAAAACACA--TTAGATATATCATACA---------A--GC--AC------A------GAGAGAGCTAAATCAGTTAT---AAAA-GAGGAACGCTTC---T--G-TTTTTCTAAG----------TATATAATTA
Alignments
lowQualScore : 111111 111 11
lowQualScore : 6666666 2 22 333 444444 88 22 555555 555555 999 2 777 00 2 2 33 33 2 6666 555 0 0 1
lowQualScore : ....... . .. ... ...... .. .. ...... ...... ... . ... .. . . .. .. . .... ... . . .
lowQualScore : 8888888 0 88 555 222222 22 88 888888 888888 777 0 555 88 0 9 99 99 9 1111 000 3 2 0
consensus : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATNTTTTTC
Reference ( family-337 ) : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATNTTTTTC
gi|1 : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTAGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGGCGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGAG-CC--TATA--T-ATAATTAAGAT---ATCATTACTACATCTTTTTC
gi|10 : TTCTCAACATC-------GCCGGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AT------A------GACAGAGCTACAGCGGATAT-AAAGAA-GAGGGACGTTTCTTTT--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC----TA--T-A----TAAGAT---AATATTACAACATCTTTTT
gi|11 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAA-CACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GATAGAGTTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTGT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTT
gi|12 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATATA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GGCAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAAGGACTTTTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGA-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATATTTctc
gi|13 : TCTCATCATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGAC--TTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGGTTC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTTCC
gi|14 : TTCTGAACATC-------GCCAGGGTTTAAAATACA--T---GTACATTGAACATGTAGC--AACTAC--AC------A------GACAAAGCTTCACCGGCTAT---AAAA-CAGGGACGTTTC---TA-G-TTTTCCTGAGTA--------TATA--TCA----TTAAACTCAAACATT
gi|15 : TTCTCAACATC-------GCCAGAGTAAAAA----A--C---GTACATTGGACATG------TACCACAAAC------A------GACAGAGCTACATCAGTTGT---AAAT-GAGGGACGTTTC---TA-T-TTTTGCCGAGTA
gi|16 : ttcCCTGGGTATAAAACACA--TTAGATATATCATACA---------A--GC--AC------A------GAGAGAGCTAAATCAGTTAT---AAAA-GAGGAACGCTTC---T--G-TTTTTCTAAGTA--------TATAATT-A----TATGAA---AAGATTATAtataaatcctaggactttatttt
gi|17 : gttcaaATTCTGAACAGC-------GCCAATGTTTAAAATACA--T---GTACATTGAACATGTAGC--AACTAC--AC------A------GACAAAGCTTCACCGGCTAT---AAAA-CAGGGACGTTTT---TA-G-TTTTCCTGAcacttacc
gi|18 : ATTCTCAAAAAC-------GACAGGGTAAAA--TACA--T---GTACATTAGACATG------TA--AC--AC------ATACGCAGACAGAGCTACATCAGTTAT---AAAA-GAGGGACGTTTC---T--A-TTTTACTGAGT
gi|19 : ATC-------GCCAGGGTAAAGG-TACA--T---GTACATTTAACATG------TA--AC--ACACACATA------GACAGGGGTATATCAGCAAT---AAAA-GAGATACGTTTC---TA-T-ATTTGCAGAGTA
gi|2 : caatgTCTCAACATCCGTCATCGCCAAGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT--AAAAA-GAGTGACGTTTCT--T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---ATCATTACGAC-TTTTTTT
gi|20 : TTCTCAACATC-------GCCAAGGTCAAAA-TACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT---AAAA-GAGGGGCGTTTCT--T--T-TTTTGCTGATTA
gi|3 : ATTCTCAACATT-------GCCAGGGTAATAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GACGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGAG-CCTATATA--T-A----TAAGAT---ATTATTACTACATCTTTTTCc
gi|4 : ATTCTCAACATC-------GTCAGGGTAACAAATACACAT---GTACATTAAACATGTTACACAA--AC--AC------A------GACAGAGCTGCATCTGTTAT---AAAA-GAGAAACGTTTC---T--TATTTTGCTGAGTA
gi|5 : ttTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGAATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAAGGAGGGACGTTTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--AATA--T-A----TAATAT---AACATTACAACATCTTTTTtagttttagatagtttacgattgtatttcc
gi|6 : TCTCAACATC-------GCCAGGATAAAA-ATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GACAGAGTTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---TTCT-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTTTCtcc
gi|7 : ATTCTCAACATC-------GCATGGGTAAAAAATACA--T---GTACAATGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCCACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---A--A-TTTTGCCGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---ATCATTACTACATCTTTTTc
gi|8 : ATTCTCAACATC-------GCTAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAGGAACGTTTC---T--T-TTTTGCCGAGTTGAG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---ATCATTACTAC-TTTTTTTCt
gi|9 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATATA--T---GTACATTGGGTATT------AA--AC--AA------A------GGCAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAAGGACGTTT----T--T-TTTTGCTGAGTAGGA-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTTTC
Alignments
lowQualScore : 111111 111 11
lowQualScore : 6666666 2 22 333 444444 88 22 555555 555555 999 2 777 00 2 2 33 33 2 6666 555 0 0 1
lowQualScore : ....... . .. ... ...... .. .. ...... ...... ... . ... .. . . .. .. . .... ... . . .
lowQualScore : 8888888 0 88 555 222222 22 88 888888 888888 777 0 555 88 0 9 99 99 9 1111 000 3 2 0
consensus : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATNTTTTTC
Reference ( family-337 ) : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATNTTTTTC
gi|1 : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTAGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGGCGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGAG-CC--TATA--T-ATAATTAAGAT---ATCATTACTACATCTTTTTC
gi|10 : TTCTCAACATC-------GCCGGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AT------A------GACAGAGCTACAGCGGATAT-AAAGAA-GAGGGACGTTTCTTTT--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC----TA--T-A----TAAGAT---AATATTACAACATCTTTTT
gi|11 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAA-CACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GATAGAGTTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTGT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTT
gi|12 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATATA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GGCAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAAGGACTTTTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGA-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATATTTctc
gi|13 : TCTCATCATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGAC--TTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGGTTC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTTCC
gi|14 : TTCTGAACATC-------GCCAGGGTTTAAAATACA--T---GTACATTGAACATGTAGC--AACTAC--AC------A------GACAAAGCTTCACCGGCTAT---AAAA-CAGGGACGTTTC---TA-G-TTTTCCTGAGTA--------TATA--TCA----TTAAACTCAAACATT
gi|15 : TTCTCAACATC-------GCCAGAGTAAAAA----A--C---GTACATTGGACATG------TACCACAAAC------A------GACAGAGCTACATCAGTTGT---AAAT-GAGGGACGTTTC---TA-T-TTTTGCCGAGTA
gi|16 : ttcCCTGGGTATAAAACACA--TTAGATATATCATACA---------A--GC--AC------A------GAGAGAGCTAAATCAGTTAT---AAAA-GAGGAACGCTTC---T--G-TTTTTCTAAGTA--------TATAATT-A----TATGAA---AAGATTATAtataaatcctaggactttatttt
gi|17 : gttcaaATTCTGAACAGC-------GCCAATGTTTAAAATACA--T---GTACATTGAACATGTAGC--AACTAC--AC------A------GACAAAGCTTCACCGGCTAT---AAAA-CAGGGACGTTTT---TA-G-TTTTCCTGAcacttacc
gi|18 : ATTCTCAAAAAC-------GACAGGGTAAAA--TACA--T---GTACATTAGACATG------TA--AC--AC------ATACGCAGACAGAGCTACATCAGTTAT---AAAA-GAGGGACGTTTC---T--A-TTTTACTGAGT
gi|19 : ATC-------GCCAGGGTAAAGG-TACA--T---GTACATTTAACATG------TA--AC--ACACACATA------GACAGGGGTATATCAGCAAT---AAAA-GAGATACGTTTC---TA-T-ATTTGCAGAGTA
gi|2 : caatgTCTCAACATCCGTCATCGCCAAGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT--AAAAA-GAGTGACGTTTCT--T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---ATCATTACGAC-TTTTTTT
gi|20 : TTCTCAACATC-------GCCAAGGTCAAAA-TACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT---AAAA-GAGGGGCGTTTCT--T--T-TTTTGCTGATTA
gi|3 : ATTCTCAACATT-------GCCAGGGTAATAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GACGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGAG-CCTATATA--T-A----TAAGAT---ATTATTACTACATCTTTTTCc
gi|4 : ATTCTCAACATC-------GTCAGGGTAACAAATACACAT---GTACATTAAACATGTTACACAA--AC--AC------A------GACAGAGCTGCATCTGTTAT---AAAA-GAGAAACGTTTC---T--TATTTTGCTGAGTA
gi|5 : ttTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGAATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAAGGAGGGACGTTTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--AATA--T-A----TAATAT---AACATTACAACATCTTTTTtagttttagatagtttacgattgtatttcc
gi|6 : TCTCAACATC-------GCCAGGATAAAA-ATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GACAGAGTTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---TTCT-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTTTCtcc
gi|7 : ATTCTCAACATC-------GCATGGGTAAAAAATACA--T---GTACAATGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCCACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---A--A-TTTTGCCGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---ATCATTACTACATCTTTTTc
gi|8 : ATTCTCAACATC-------GCTAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAGGAACGTTTC---T--T-TTTTGCCGAGTTGAG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---ATCATTACTAC-TTTTTTTCt
gi|9 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATATA--T---GTACATTGGGTATT------AA--AC--AA------A------GGCAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAAGGACGTTT----T--T-TTTTGCTGAGTAGGA-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTTTC
blockSeqs : CGTCATC A CA TAG TTACAC CT AA ACACAT TACGCA AAA G TTT TC A T TA AT C . TCA C
blockSeqs : . A . . TAGC CC . . . AAA . T A . . . . . . . A
blockSeqs : . A . . TAGC CT . . . AAA . T A . . . . . . . A
blockSeqs : . A . . . . . . . AA . . A . . . . . . . A
blockSeqs : . A . . . . . . . AA . . A . . . . . . . T
blockSeqs : . A . . . . . . . AA . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . A . . . . . . . AA . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . A . . . . . . . AA . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . A . . . . . . . AA . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . A . . . . . . . AA . . . . . . . . . . T
blockSeqs : . A . . . . . . . A . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : AA* ****
originalCons : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATNTTTTTC
finalCons : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTATAA-AAAA-GAGGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATNTTTTTC
Alignments
lowQualScore : 111111 111 11
lowQualScore : 6666666 2 22 333 444444 88 22 555555 555555 999 2 777 00 2 2 33 33 2 6666 555 0 0 1
lowQualScore : ....... . .. ... ...... .. .. ...... ...... ... . ... .. . . .. .. . .... ... . . .
lowQualScore : 8888888 0 88 555 222222 22 88 888888 888888 777 0 555 88 0 9 99 99 9 1111 000 3 2 0
consensus : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATNTTTTTC
Reference ( family-337 ) : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATNTTTTTC
gi|1 : ATTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTAGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGGCGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGAG-CC--TATA--T-ATAATTAAGAT---ATCATTACTACATCTTTTTC
gi|10 : TTCTCAACATC-------GCCGGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AT------A------GACAGAGCTACAGCGGATAT-AAAGAA-GAGGGACGTTTCTTTT--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC----TA--T-A----TAAGAT---AATATTACAACATCTTTTT
gi|11 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAA-CACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GATAGAGTTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTGT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTT
gi|12 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATATA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GGCAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAAGGACTTTTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGA-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATATTTctc
gi|13 : TCTCATCATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGAC--TTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGGTTC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTTCC
gi|14 : TTCTGAACATC-------GCCAGGGTTTAAAATACA--T---GTACATTGAACATGTAGC--AACTAC--AC------A------GACAAAGCTTCACCGGCTAT---AAAA-CAGGGACGTTTC---TA-G-TTTTCCTGAGTA--------TATA--TCA----TTAAACTCAAACATT
gi|15 : TTCTCAACATC-------GCCAGAGTAAAAA----A--C---GTACATTGGACATG------TACCACAAAC------A------GACAGAGCTACATCAGTTGT---AAAT-GAGGGACGTTTC---TA-T-TTTTGCCGAGTA
gi|16 : ttcCCTGGGTATAAAACACA--TTAGATATATCATACA---------A--GC--AC------A------GAGAGAGCTAAATCAGTTAT---AAAA-GAGGAACGCTTC---T--G-TTTTTCTAAGTA--------TATAATT-A----TATGAA---AAGATTATAtataaatcctaggactttatttt
gi|17 : gttcaaATTCTGAACAGC-------GCCAATGTTTAAAATACA--T---GTACATTGAACATGTAGC--AACTAC--AC------A------GACAAAGCTTCACCGGCTAT---AAAA-CAGGGACGTTTT---TA-G-TTTTCCTGAcacttacc
gi|18 : ATTCTCAAAAAC-------GACAGGGTAAAA--TACA--T---GTACATTAGACATG------TA--AC--AC------ATACGCAGACAGAGCTACATCAGTTAT---AAAA-GAGGGACGTTTC---T--A-TTTTACTGAGT
gi|19 : ATC-------GCCAGGGTAAAGG-TACA--T---GTACATTTAACATG------TA--AC--ACACACATA------GACAGGGGTATATCAGCAAT---AAAA-GAGATACGTTTC---TA-T-ATTTGCAGAGTA
gi|2 : caatgTCTCAACATCCGTCATCGCCAAGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT--AAAAA-GAGTGACGTTTCT--T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---ATCATTACGAC-TTTTTTT
gi|20 : TTCTCAACATC-------GCCAAGGTCAAAA-TACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT---AAAA-GAGGGGCGTTTCT--T--T-TTTTGCTGATTA
gi|3 : ATTCTCAACATT-------GCCAGGGTAATAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAA-GACGGACGTTTC---T--T-TTTTGCTGAGTAGAG-CCTATATA--T-A----TAAGAT---ATTATTACTACATCTTTTTCc
gi|4 : ATTCTCAACATC-------GTCAGGGTAACAAATACACAT---GTACATTAAACATGTTACACAA--AC--AC------A------GACAGAGCTGCATCTGTTAT---AAAA-GAGAAACGTTTC---T--TATTTTGCTGAGTA
gi|5 : ttTCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGGAATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTAT-AAAAAAGGAGGGACGTTTT---T--T-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--AATA--T-A----TAATAT---AACATTACAACATCTTTTTtagttttagatagtttacgattgtatttcc
gi|6 : TCTCAACATC-------GCCAGGATAAAA-ATACA--T---GTACATTGGGCATG------AA--AC--AA------A------GACAGAGTTACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---TTCT-TTTTGCTGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTTTCtcc
gi|7 : ATTCTCAACATC-------GCATGGGTAAAAAATACA--T---GTACAATGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCCACATCAGTTAT-AAAAAA-GAGGGACGTTTC---A--A-TTTTGCCGAGTAGGG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---ATCATTACTACATCTTTTTc
gi|8 : ATTCTCAACATC-------GCTAGGGTAAAAAATACA--T---GTACATTGGACATG------AA--AC--AC------A------GACAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAGGAACGTTTC---T--T-TTTTGCCGAGTTGAG-CC--TATA--T-A----TAAGAT---ATCATTACTAC-TTTTTTTCt
gi|9 : TCTCAACATC-------GCCAGGGTAAAAAATATA--T---GTACATTGGGTATT------AA--AC--AA------A------GGCAGAGCTACATCAGTTATAAAAAAA-GAAGGACGTTT----T--T-TTTTGCTGAGTAGGA-CC--TATA--T-A----TAAGAT---AACATTACAACATATTTTTC