lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444444444 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333 111 11 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 3333333333333
lowQualScore : 6 55 000000000000000000 4 3 44 8 7 3 444 777777 33 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222 7 777 8 55 55 55 6 7 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 6 00 3 2222222222222 0 9
lowQualScore : . .. .................. . . .. . . . ... ...... .. . .................................................. . ... . .. .. .. . . . ................................................................................................................ . .. . ............. . .
lowQualScore : 0 00 777777777777777777 5 6 66 8 7 8 777 222222 44 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333 6 777 5 33 00 55 0 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 00 7 2222222222222 8 0
consensus : ACTGAGAGCCAAACAATG--TAGAT-GNAGAC---GA---ANNGCCAA-ACAATGTAGATGTAGACTGNG---AGCCAAAC------AATG--TAGAT---G-A---------C-GACTG------------------------ATT-GCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGAT-GGAGACTGAG--AAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTGTACACT---A---------ACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
Reference ( gi|2 ) : ACCGAGAGCCAAACAATG--TAGAT-TTAGAC---GA---AAGGCCGA-ACAATGTAGATGGAGACGGCG---AGCCAAAC------AATG--TAGAT---G-A---------T-GATTG------------------------ATT-GCAAAACAATGTTGGTGTAGACTGAGAGCAAAACAATGTAGAT-TGAGACTGAG--AAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGACCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACAATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCGTTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAAAATATAATGCGT-CCGCTTTGGGTTTGTACACT---T---------ACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGC
gi|3 : ACTGAGAGCCTAACAATG--TAGAT-GCAGAC---GA---AACGCTAA-ACAATGTAGATGGAGACTGCT---AGCCAAAC------AATG--GAGAT---G-A---------C-AATTG------------------------ATT-GTCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCTAACAATATTGAT-GGAGACTGAG--AAA--TAAATAACAGTGAAATTAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATCAATTACTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACAACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTAGA-TAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACATTCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTGTACACT---A---------ACCGCTGGG-TTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
gi|5 : ACTGCGAGTCAAACAATG--TAGAT----GAC---GATTGATTGCCAA-ACAATGTGGATGTAGACTGAG---AACCAAAC------AATG--AAGAT---G-G---------A-GACTG------------------------Att
gi|1 : agACTGAGAGCCAAACAATG--TAGAT-gtaataaataacagtgaaataaatcagtcagaggcctgttaagcaaaatagtaataaactgctaaattaggttgataaccgatatattgttttgaattgcacgactattgttattgtggcgcccaagtccagtggtcgtgccattggattagtagtccagggttccgggtttgatcctcggttatggcattgataagtatttcccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccataaataacaatcacgaagaatataatgcgcccactttggctttgtacactaatcgctggatttggaagttctgggagctacctaaactattgcgctccccattataattgtagt
gi|6 : agacgaaaggccaaacaatgtagatggagactgcgagccaaataatgtagatgacgattgattgccaaacaatgtggatgtnnnnnnnnnngccaaacaatgtggatgtagACTGCGAGCCAAACAATG--TAGAT----GAC---GATTGATTGCCAA-ACAATGTGGATGTGAACTGGG---AGCCAAAC------AATG--TAGAT---G-ggaggatgagaaataaataacagtgaaataaatcagtcagtggcctgtttagcaaaatagtaataaattgctatattaggttgataaccgatatattgttttgaattgcacgactattgttattgtggcacccaagtccagtggtcgtgtcattggattagtattccagggtcccgggtttgatcctcggttatggcattgataagtatttgccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccataaataacaatcacgaagaaaataatgcgcacactttgggtttgacactaactaactaactaaccgctggatttggaagttctaggagctacctaaactgatgcgctccccattatactttt
gi|9 : agACTGAGAGCCAAACAATG--TAGAT-GGAGACTGAGA---AAgagacttagtaataaataacagtgaactaaatcagtcagaggcctgttaagcaaaatagtaatcaattgctaaattaggttgatgaccgatatattgttttgaattgcacgactattgctatcgtggcgcccaagtccagtggtcgtgtcattggattaatattccaggatcccgggtttgataatcgattatggcacttataagtatttcccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacagacaccataaataacaatcacgaagaatataatacgcccgcatagggtttgtacactaactgctggatttggaagttctgggagctatctaaacaattgcgctccccattataattgtag
gi|10 : ttgccaaacaatgtggatgtagACTGAGAGCCAAACAATA--TAAAC-GGATACT--GA---GAGA-CAA-ACAATGTACATGGAGACTGAA---AGCCAAACTTTATAGATG--TGGATGTAG-A---------CAGACTG------------------------AGT-GTCAAACAATGTATATGGAGACTGAGAGTCAAACAATGTAGAT-GAAGACTGAA--Ataaataacagttaaataaatcagtcagtggttgtttagcaaaatagtaataatttgttattttaggttgatagccgatattttgaattgcacgactattgttattgtggcgcccaagtccagtggtcgtgtcactggattagtattccagggtcccgggtttgatcctcggttatggcattgataagtatttcccacatg
gi|12 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagGAGAGACAAAATATACATAGAT-ATAGAT---TA--------CGATGCAAGGTATAT--AGGCTGAG---AGCCAATC------CATA--TAGAT---G-T---------A-GACAG------------------------AGA-GCAAAACCATGTAGATGCAATATGAGAGGAAAACCATGTAGATACGA-ACTGAG--gccaaactatgtagatgtacact
gi|4 : tGAGCCAAACAATG--TAGAT----GAC---GATTGATTGCCAA-ACAATGTGGATGTAGACTGAG---AGCCAAAC------AATG--TAGAT---G-G---------A-GACTG------------------------Agtccagaccatgcag
gi|1 : gacagcGCCAAACAATG--TGGATGTNNNNN---NN---NNNGCCAA-ACAATGTGGATGTAGACTGAG---AGCCAAAC------AATG--TAGAT---G-gtaataaataacagtgaaataaatcagtcagaagcctgtttagcaaaatagtaataaattgctaaattaggttgataaccgatatattgtttggaattgcacgactattgtaattgtggcgcccaagtccagtggtcgtgtcactggattagtattccagggtcccgggtttgatcctcggttatggcattgataagtatttcccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagtcaccataaataacaatcacgaagaatataatgcgcccactttggctttgtacacttaccgctggatttggaagttgtgggagctacctaaactattgcgctccccattatacttgtaat
gi|9 : agacgaaaggccaaacaatgtagatggagactgcgagccaaataatgtagatgacgattgattGCCAAACAATG--TGGAT-GTAGAC---TG---AGAGCCAA-ACAATGTAGATGGAGACTGAG---AAATAAAT------AACAGTTAAAT---A-AATCAGTCAGT-GGTTG------------------------TTTAGCAAAATAGTgaggatgagaaataaataacagtgaaataaatcagtcagtggcctgtttagcaaaatagtaataaattgctatattaggttgataaccgatatattgttttgaattgcacgactattgttattgtggcacccaagtccagtggtcgtgtcattggattagtattccagggtcccgggtttgatcctcggttatggcattgataagtatttgccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaccataaataacaatcacgaagaaaataatgcgcacactttgggtttgacactaactaactaactaaccgctggatttggaagttctaggagctacctaaactgatgcgctccccattatactttt
gi|17 : ttGCCAAACAATG--------TTAACT---GA------GTCAA-ACAATGT---T---AAC--TG---AGCAAAAC------AATG--T-------------------T-TACTG------------------------A---GCAAAACAATGaataatttgttattttaggttgatagccgatattttgaattgcacgactattgttattgtggcgcccaagtccagtggtcgtgtcactggattagtattccagggtcccgggtttgatcctcggttatggcattgataagtatttcccacatg
gi|1 : AGAC---GA---AAGGCCAA-ACAATGTAGATGGAGACTGCG---AGCCAAAT------AATG--TAGAT---G-ACGAT-----T-GATTGCCAAACAATGTGGATGTNNNNNNNNNN-GCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGAT-GGAGGATGAG--AAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTATATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCACCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTGCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAAAATAATGCGC-ACACTTTGGGTTTG-ACACTAACTAACTAACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTAGGAGCTACCTAAACTGATGCGCTCCCCATTATACTT
gi|17 : GCCAA-ACAATGT---TA---AC--TG---AGTCAAAC------AATG--T-------------------T-AACTG------------------------A---GCAAAACAATGTT----TA--CTGAG--CAAAACAATGtt
gi|11 : ATGTATGTGTAGACTGCGGAGAGCCACAT------CGTG--TAGAG---GTA---------T-ACTT-------------------------ATA-GGCAAACCATGGGGGTGTAGTCTAAGAGCCAAACTATGTAGAT-
gi|5 : gatgtagactgagatacaaaccatgaatatatagacagagtcaatccgtgtactttgctacatagtcaaatcatgtacAGACTGCG---AGTCAAAC------AATG--TAGAT---G-A---------C-GATTG------------------------ATT-GCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAACCAAACAATGAAGAT-GGAGACTGAG--TAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATAAACTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGCCATTGGATTAGTAGTCCAGGGTTCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTGTACACT---A---------ATCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAG
gi|6 : AGACTGCG---AGCCAAAC------AATG--TAGAT---G-A---------C-GATTG------------------------ATT-GCCAAACAATGTGGATGTGAACTGGGAGCCAAACAATGTAGAT-GGAGACTTAG--TAA--TAAATAACAGTGAACTAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATCAATTGCTAAATTAGGTTGATGACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGCTATCGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAATATTCCAGGATCCCGGGTTTGATAATCGATTATGGCACTTATAAGTATTTCCCACATt
gi|4 : GACAGCG---AGCCAAAC------AATG--TAGAT---G-A---------C-GATTG------------------------ATT-GCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGAT-GGAGACTGAG--TAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAAGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTGGAATTGCACGACTATTGTAATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTGTACACT---T---------ACCGCTGGATTTGGAAGTTGTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacagacaccataaataacaatcacgaagaatataatacgcccgcatagggtttgtacactaactgctggatttggaagttctgggagctatctaaacaattgcgctccccattataattgtag
gi|17 : GCCAAAC------AATG--T-------------------T-AACTG------------------------A---GTCAAACAATGTTA------ACTGAG--CAAAACAATGT---T-T---ACTGAGCAAAA--CAAat
gi|9 : TT-GCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAACAATGTAGAT-GGAGACTGAG--AAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGT-TGTTTAGCAAAATAGTAATAATTTGTTATTTTAGGTTGATAGCCGATAT-----TTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATtg
gi|7 : GAT-GGAGACTGAA--AAAAATAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTGTAGCAAAATAGTTATAAATTGCTTAATAAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGAACGAATATTGTTATTGTGGTGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGATCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCAGTGGTAAGTATTTCCAAAATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACAATAAATAACAATCACGAAGAACATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTGTACACT---A---------ACCGCTGGATTTGG-AGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCTCCATTATACTTGTAg
gi|16 : G--AAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTTCTATATTAAGTTG
gi|8 : AA--TAAATATCAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATTACGAAGAATATAATGCCC-CCGTTTTGGGTTTGTACACT---T---------ACCGCTAGATTTGGAAGTTCTGGGTGTTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTA
gi|6 : AGACACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATACGC-CCGCATAGGGTTTGTACACT---A---------ACTGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTATCTAAACAATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAG
gi|13 : agactgcgagccaaacaatgtagatgacgattgattgccaaacaatgtggatgtgaactgggagccaaacaatgtagatggagacttagtaataaataacagtgaactaaatcagtcagaggcctgttaagcaaaatagtaatcaattgctaaattaggttgatgaccgatatattgttttgaattgcacgactattgctatcgtggcgcccaagtccagtggtcgtgtcattggattaatattccaggatcccgggtttgataatcgattatggcacttataagtatttcccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacAATCACGAAGAACATAATGCGC-TCGCTTTGGGTTCGAACACC---A---------ACCACTGGA-TTGGAAGTTTTGCGAGCTTTCTTAATTATTGCACTCCACATTTTGCTTGT
gi|14 : TTACGAGGAACATTATGCGCACCGCTTTGG--TTGAACACC---A---------AACGCCGGATTTG-AAGTTCTGCGAGCTGCCTTAACTATTGCACTCTCAATTATAt
gi|15 : -CCGCTTTGGGT--GAACACC---A---------AACGCCGGATCTG-AAGTTGTGCAAGCTAACTAAAATATTGCGCTCTCCATTATAcatgca
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGNNNNNNNNNNTAGATGGAAACTGAGAGTCAAACCATGGACACTGAAAGCCAAACTATATATATAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111
lowQualScore : 1 77 22 2 4 55555 8888888 33333333 55 2 66666 1 555 9999999 44 44 55 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 3 5555555555
lowQualScore : . .. .. . . ..... ....... ........ .. . ..... . ... ....... .. .. .. . ...................................................................................................... . . ..........
lowQualScore : 0 33 00 5 4 33333 9999999 33333333 88 5 22222 1 000 1111111 22 22 55 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 6 9999999999
consensus : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACTGNG---AGCCAAAC------AATGTAGATG---AC-G-ACTGATNGCCAAA-CA-----ATGTGGATGTAGACTG---AGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
Reference ( family-3359 ) : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACGAANNGCCAAACAATGTAGATGTAGACTGNG---AGCCAAAC------AATGTAGATG---AC-G-ACTGATTGCCAAA-CA-----ATGTGGATGTAGACTG---AGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
gi|1 : GCCAAACAATGTAGATGGAGACTGCGAGCCAAATAATGTAGATGACGATTGAT---TGCCAAAC------AATGTGGATGT--NN-N-NNNNNNNGCCAAA-CA-----ATGTGGATGTAGACTG---AGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGGATGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTATATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCACCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTGCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAAAATAATGCGC-ACACTTTGGGTTTGACACTAACTAACTAACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTAGGAGCTACCTAAACTGATGCGCTCCCCATTATACTT
gi|10 : agacgaaagCTAGGAGTCAAACAATATCGACATAGATGGAGAGCCTAACAATGAAGATAGAGACTGAG---AGCCAAAC------AATATAAACG---GA-T-ACTGAGAGACAAA-CA-----ATGTACATGGAGACTG---AAAGCCAAACTTTATAGATGTGGATGTAGACAGACTGAGtt
gi|10 : ACTGAGAGCCAAACAATATAAACGGATACTGAGAGACAAACAATGTACATGGAGACTGAA---AGCCAAACTTTATAGATGTGGATGTAGACAG-ACTGAGTGTCAAA-CA-----ATGTATATGGAGACTG---AGAGTCAAAC------AATGTAGATG--A--AGACTGAAAtgtcaaacaatgtatatggagactgagagtcaaacaatgtagatgaagactgaaagccaaactatgtagatgtacact
gi|10 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagACTGAGAGTCAAACAATGTAGATGAAGACTGAAAGCCAAACTATGTAGATGTACACTgccaaactatgtagatgtacact
gi|11 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagactgagagccaaacaatataaacggatactgagagacaaacaatgtacatggagactgaaagccaaactttatagatgtggatgtagacagactgagtgtcaaacaatgtatatggagGATGTAGACTGAGATACAAACCATGAATATATAGAC--AG---AGTCAATC------CGTGTACTTT---GC-T-AC--ATAGTCAAATCATGTACATGTATGTGTAGACTGCGGAGAGCCACAT------CGTGTAGAGG--T--ATACT
gi|11 : ATGTATGTGTAGACTGCGGAGAGCCACAT------CGTGTAGAGG---TA-T-ACTTATAGGCAAA-CC-----ATGGGGGTGTAGTCTA---AGAGCCAAAC------TATGTAGATtataggcaaaccatgggggtgtagtctaagagccaaactatgtagat
gi|12 : gatgtagactgagatacaaaccatgaatatatagacagagtcaatccgtgtactttgctacatagtcaaatcatgtacTGAGAGACAAA--ATATACATAGATATAGATTACGATGCAAGGTA--TATAGGCTGAG---AGCCAATC------CATATAGATG---TA-G-ACAGAGAGCAAAA-CC-----ATGTAGATGCAATATG---AGAGGAAAAC------CATGTAGATA--C--GAACTGAG
gi|12 : CTGAGAGCCAATCCATATAGATGTAGACAGAGAGCAAAACCATGTAGATGCAATATGAG---AGGAAAAC------CATGTAGAT----AC-GAACTGAGGTCCAGA-CC-----ATGgtccagaccatgcag
gi|13 : tgagagacaaaatatacatagatatagattacgatgcaaggtatataggAATCACGAAGAACATAATGCGC-TCGCTTTGGGTTCG-AAC----------ACCAACCACTGGA-TTGGAAGTTTTGCGAGCTTTCTTAATTATTGCACTCCACATTTTGCTTGTcag
gi|14 : TTACGAGGAACATTATGCGCACCGCTTTGG--TTG-AAC----------ACCAAACGCCGGATTTG-AAGTTCTGCGAGCTGCCTTAACTATTGCACTCTCAATTATACATGCAt
gi|15 : ATGCTCACCGCTTTGGGT--G-AAC----------ACCAAACGCCGGATCTG-AAGTTGTGCAAGCTAACTAAAATATTGCGCTCTCCATTATACATGT
gi|16 : GAAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTTCTATATTAAGTTG
gi|17 : GCCAAACAATGT-----TA-ACTG-----AGTCAAAC------AATGT---------T-A-ACTGA--GCAAAA-CA-----ATGT---T-T--ACT-----GAGCAAAAC------AATG
gi|18 : TGNNNNN-NN-----NNNTAGATGGAAACTG---AGAGTCAAAC------------CATG--G--ACACTGAAA
gi|18 : TAGATGGAAACTGAG---AGTCAAAC------CATG-----G---AC---ACTGAAAGCCAAA-CT-----ATATgccaaactatatatatat
gi|2 : tgnnnnnnnnnnACCGAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAAGGCCGAACAATGTAGATGGAGACGGCG---AGCCAAAC------AATGTAGATG---AT-G-ATTGATTGCAAAA-CA-----ATGTTGGTGTAGACTG---AGAGCAAAAC------AATGTAGATT--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGACCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACAATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCGTTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAAAATATAATGCGT-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTTACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGatatat
gi|3 : ACTGAGAGCCTAACAATGTAGATGCAGACGAAACGCTAAACAATGTAGATGGAGACTGCT---AGCCAAAC------AATGGAGATG---AC-A-ATTGATTGTCAAA-CA-----ATGTGGATGTAGACTG---AGAGCCTAAC------AATATTGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATTAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATCAATTACTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACAACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTAGA-TAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACATTCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGG-TTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAGc
gi|4 : GACAGCG---AGCCAAAC------AATGTAGATG---AC-G-ATTGATTGCCAAA-CA-----ATGTGGATGTAGACTG---AGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGTAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAAGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTGGAATTGCACGACTATTGTAATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTG-TAC----------ACTTACCGCTGGATTTGGAAGTTGTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAtt
gi|5 : AGACTGCG---AGTCAAAC------AATGTAGATG---AC-G-ATTGATTGCCAAA-CA-----ATGTGGATGTAGACTG---AGAACCAAAC------AATGAAGATG--G--AGACTGAGTAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATAAACTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGCCATTGGATTAGTAGTCCAGGGTTCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTG-TAC----------ACTAATCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGat
gi|6 : AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGATG---AC-G-ATTGATTGCCAAA-CA-----ATGTGGATGTGAACTG---GGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTTAGTAA--TAAATAACAGTGAACTAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATCAATTGCTAAATTAGGTTGATGACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGCTATCGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAATATTCCAGGATCCCGGGTTTGATAATCGATTATGGCACTTATAAGTATTTCCCACATt
gi|6 : AGACACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATACGC-CCGCATAGGGTTTG-TAC----------ACTAACTGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTATCTAAACAATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacagacaccataaataacaatcacgaagaatataatacgcccgcatagggtttgtacactaactgctggatttggaagttctgggagctatctaaacaattgcgctccccattataattgtag
gi|7 : agactgcgagccaaacaatgtagatgacgattgattgccaaacaatgtggatgtgaactgggagccaaacaatgtagatggagacttagtaataaataacagtgaactaaatcagtcagaggcctgttaagcaaaatagtaatcaattgctaaattaggttgatgaccgatatattgttttgaattgcacgactattgctatcgtggcgcccaagtccagtggtcgtgtcattggattaatattccaggatcccgggtttgataatcgattatggcacttataagtatttcccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacGATG--G--AGACTGAAAAAAATAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTGTAGCAAAATAGTTATAAATTGCTTAATAAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGAACGAATATTGTTATTGTGGTGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGATCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCAGTGGTAAGTATTTCCAAAATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACAATAAATAACAATCACGAAGAACATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGG-AGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCTCCATTATACTTGTA
gi|8 : AA--TAAATATCAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATTACGAAGAATATAATGCCC-CCGTTTTGGGTTTG-TAC----------ACTTACCGCTAGATTTGGAAGTTCTGGGTGTTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTA
gi|9 : TTGCCAAA-CA-----ATGTGGATGTAGACTG---AGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGT-TGTTTAGCAAAATAGTAATAATTTGTTATTTTAGGTTGATAGCCGATAT-----TTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111
lowQualScore : 1 1 77777777777777777777777 3 99999 1 22 77777 888888 8888888888 55 0 999999 55 55 55 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 3 5555555555
lowQualScore : . . ....................... . ..... . .. ..... ...... .......... .. . ...... .. .. .. . ...................................................................................................... . . ..........
lowQualScore : 0 0 00000000000000000000000 6 11111 4 88 66666 888888 6666666666 00 2 666666 00 00 55 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 6 9999999999
consensus : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAG-----------------------AGCCAAA-CA-----ATGTAGATGGAGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ACTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
Reference ( family-3359 ) : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAG-----------------------AGCCAAA-CA-----ATGTAGATGNAGACTGNG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ACTGATNGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
gi|1 : GCCAAACAATGTAGATGGAGACTGCG-----------------------AGCCAAA-TA-----ATGTAGATGACGATTGAT---TGCCAAAC------AATGTGGAT---GTNN-N-NNNNNNNGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGGATGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTATATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCACCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTGCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAAAATAATGCGC-ACACTTTGGGTTTGACACTAACTAACTAACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTAGGAGCTACCTAAACTGATGCGCTCCCCATTATACTT
gi|10 : agacgaaagCTAGGAGTCAAACAATATCGACATAGATGGAG-----------------------AGCCTAA-CA-----ATGAAGATAGAGACTGAG---AGCCAAAC------AATATAAAC---G-GA-T-ACTGAGAGACAAACAATGTACATGGAGACTGAAAGCCAAACTTTATAGATGTGGATGTAGACAGACTGAGtt
gi|10 : ACTGAGAGCCAAACAATATAAACGGATACTGAG-----------------------AGACAAA-CA-----ATGTACATGGAGACTGAA---AGCCAAACTTTATAGATGTGGATGTAG-ACAG-ACTGAGTGTCAAACAATGTATATGGAGACTGAGAGTCAAAC------AATGTAGATG--A--AGACTGAAAtgtcaaacaatgtatatggagactgagagtcaaacaatgtagatgaagactgaaagccaaactatgtagatgtacact
gi|10 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagACTGAGAGTCAAACAATGTAGATGAAGACTGAA-----------------------AGCCAAA-CT-----ATGTAGATGTACACTgccaaactatgtagatgtacact
gi|11 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagactgagagccaaacaatataaacggatactgagagacaaacaatgtacatggagactgaaagccaaactttatagatgtggatgtagacagactgagtgtcaaacaatgtatatggagACTGAGATACAAACCATGAATATATAGACAGAGTCAATCCGTGTACTTTGCTACATAGTCAAATCATGTACATGTATGTGTAGACTGCGGAGAGCCACAT------CGTGTAGAG---G-TA-T-ACTTATAGGCAAACCATGGGGGTGTAGTCTAAGAGCCAAAC------TATGTAGAT
gi|12 : gatgtagTGAGAGACAAA--ATATACATAGATATAGAT-----------------------TACGATG-CA-----AGGTATAT--AGGCTGAG---AGCCAATC------CATATAGAT---G-TA-G-ACAGAGAGCAAAACCATGTAGATGCAATATGAGAGGAAAAC------CATGTAGATA--C--GAACTGAG
gi|12 : CTGAGAGCCAATCCATATAGATGTAGACAGAG-----------------------AGCAAAA-CC-----ATGTAGATGCAATATGAG---AGGAAAAC------CATGTAGAT-----AC-GAACTGAGGTCCAGACCATGgtccagaccatgcag
gi|13 : tgagagacaaaatatacatagatatagattacgatgcaaggtatataggAATCACGAAGAACATAATGCGC-TCGCTTTGGGTTCG-AAC----------ACCAACCACTGGA-TTGGAAGTTTTGCGAGCTTTCTTAATTATTGCACTCCACATTTTGCTTGTcag
gi|14 : TTACGAGGAACATTATGCGCACCGCTTTGG--TTG-AAC----------ACCAAACGCCGGATTTG-AAGTTCTGCGAGCTGCCTTAACTATTGCACTCTCAATTATACATGCAt
gi|15 : ATGCTCACCGCTTTGGGT--G-AAC----------ACCAAACGCCGGATCTG-AAGTTGTGCAAGCTAACTAAAATATTGCGCTCTCCATTATACATGT
gi|16 : GAAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTTCTATATTAAGTTG
gi|17 : GCCAAA-CA-----ATGT-----TA-ACTG-----AGTCAAAC------AATGT----------T-A-ACTGA--GCAAAACAATGT---T-T--ACT--GAGCAAAAC------AATG
gi|18 : TAGATGGAAACTGAG-----------------------AGTCAAA-CC-----ATG------GACACTGAA---AGCCAAAC------TATATATAT---
gi|2 : tgnnnnnnnnnnACCGAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAA-----------------------GGCCGAA-CA-----ATGTAGATGGAGACGGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AT-G-ATTGATTGCAAAACAATGTTGGTGTAGACTGAGAGCAAAAC------AATGTAGATT--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGACCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACAATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCGTTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAAAATATAATGCGT-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTTACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGat
gi|3 : ACTGAGAGCCTAACAATGTAGATGCAGACGAAA-----------------------CGCTAAA-CA-----ATGTAGATGGAGACTGCT---AGCCAAAC------AATGGAGAT---G-AC-A-ATTGATTGTCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCTAAC------AATATTGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATTAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATCAATTACTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACAACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTAGA-TAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACATTCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGG-TTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAGc
gi|4 : GACAGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGTAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAAGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTGGAATTGCACGACTATTGTAATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTG-TAC----------ACTTACCGCTGGATTTGGAAGTTGTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAtt
gi|5 : AGACTGCG---AGTCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAACCAAAC------AATGAAGATG--G--AGACTGAGTAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATAAACTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGCCATTGGATTAGTAGTCCAGGGTTCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTG-TAC----------ACTAATCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGat
gi|6 : AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTGAACTGGGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTTAGTAA--TAAATAACAGTGAACTAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATCAATTGCTAAATTAGGTTGATGACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGCTATCGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAATATTCCAGGATCCCGGGTTTGATAATCGATTATGGCACTTATAAGTATTTCCCACATt
gi|6 : AGACACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATACGC-CCGCATAGGGTTTG-TAC----------ACTAACTGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTATCTAAACAATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacagacaccataaataacaatcacgaagaatataatacgcccgcatagggtttgtacactaactgctggatttggaagttctgggagctatctaaacaattgcgctccccattataattgtag
gi|7 : agactgcgagccaaacaatgtagatgacgattgattgccaaacaatgtggatgtgaactgggagccaaacaatgtagatggagacttagtaataaataacagtgaactaaatcagtcagaggcctgttaagcaaaatagtaatcaattgctaaattaggttgatgaccgatatattgttttgaattgcacgactattgctatcgtggcgcccaagtccagtggtcgtgtcattggattaatattccaggatcccgggtttgataatcgattatggcacttataagtatttcccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacGATG--G--AGACTGAAAAAAATAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTGTAGCAAAATAGTTATAAATTGCTTAATAAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGAACGAATATTGTTATTGTGGTGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGATCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCAGTGGTAAGTATTTCCAAAATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACAATAAATAACAATCACGAAGAACATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGG-AGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCTCCATTATACTTGTA
gi|8 : AA--TAAATATCAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATTACGAAGAATATAATGCCC-CCGTTTTGGGTTTG-TAC----------ACTTACCGCTAGATTTGGAAGTTCTGGGTGTTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTA
gi|9 : TTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGT-TGTTTAGCAAAATAGTAATAATTTGTTATTTTAGGTTGATAGCCGATAT-----TTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333 1111111 1111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111
lowQualScore : 1 1 77777777777777777777777 1 5555555 99999 888888 0 1111111111 77 3 0 888888 44 44 55 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 3 5555555555
lowQualScore : . . ....................... . ....... ..... ...... . .......... .. . . ...... .. .. .. . ...................................................................................................... . . ..........
lowQualScore : 0 0 00000000000000000000000 4 0000000 00000 222222 1 2222222222 22 5 6 222222 66 66 55 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 6 9999999999
consensus : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAG-----------------------AGCCAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ACTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
Reference ( family-3359 ) : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAG-----------------------AGCCAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ACTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
gi|1 : GCCAAACAATGTAGATGGAGACTGCG-----------------------AGCCAAATAATGTAGATG-----A-CGATTGAT---TGCCAAAC------AATGTGGAT---GTNN-N-NNNNNNNGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGGATGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTATATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCACCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTGCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAAAATAATGCGC-ACACTTTGGGTTTGACACTAACTAACTAACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTAGGAGCTACCTAAACTGATGCGCTCCCCATTATACTT
gi|10 : agacgaaagCTAGGAGTCAAACAATATCGACATAGATGGAG-----------------------AGCCTAACAATGAAGATA-----G-AGACTGAG---AGCCAAAC------AATATAAAC---G-GA-T-ACTGAGAGACAAACAATGTACATGGAGACTGAAAGCCAAACTTTATAGATGTGGATGTAGACAGACTGAGtt
gi|10 : ACTGAGAGCCAAACAATATAAACGGATACTGAG-----------------------AGACAAACAATGTACATG-----G-AGACTGAA---AGCCAAACTTTATAGATGTGGATGTAG-ACAG-ACTGAGTGTCAAACAATGTATATGGAGACTGAGAGTCAAAC------AATGTAGATG--A--AGACTGAAAtgtcaaacaatgtatatggagactgagagtcaaacaatgtagatgaagactgaaagccaaactatgtagatgtacact
gi|10 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagACTGAGAGTCAAACAATGTAGATGAAGACTGAA-----------------------AGCCAAACTATGTAGATG-----T-ACACTgccaaactatgtagatgtacact
gi|11 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagactgagagccaaacaatataaacggatactgagagacaaacaatgtacatggagactgaaagccaaactttatagatgtggatgtagacagactgagtgtcaaacaatgtatatggagACTGAGATACAAACCATGAATATATAGACAGAGTCAATCCGTGTACTTTGCTACATAGTCAAATCATGTACATGTATGTGTAGACTGCGGAGAGCCACAT------CGTGTAGAG---G-TA-T-ACTTATAGGCAAACCATGGGGGTGTAGTCTAAGAGCCAAAC------TATGTAGAT
gi|12 : gatgtagTGAGAGACAAA--ATATACATAGATATAGAT-----------------------TACGATGCAAGGTATAT--------AGGCTGAG---AGCCAATC------CATATAGAT---G-TA-G-ACAGAGAGCAAAACCATGTAGATGCAATATGAGAGGAAAAC------CATGTAGATA--C--GAACTGAG
gi|12 : CTGAGAGCCAATCCATATAGATGTAGACAGAG-----------------------AGCAAAACCATGTAGATG-----C-AATATGAG---AGGAAAAC------CATGTAGAT-----AC-GAACTGAGGTCCAGACCATGgtccagaccatgcag
gi|13 : tgagagacaaaatatacatagatatagattacgatgcaaggtatataggAATCACGAAGAACATAATGCGC-TCGCTTTGGGTTCG-AAC----------ACCAACCACTGGA-TTGGAAGTTTTGCGAGCTTTCTTAATTATTGCACTCCACATTTTGCTTGTcag
gi|14 : TTACGAGGAACATTATGCGCACCGCTTTGG--TTG-AAC----------ACCAAACGCCGGATTTG-AAGTTCTGCGAGCTGCCTTAACTATTGCACTCTCAATTATACATGCAt
gi|15 : ATGCTCACCGCTTTGGGT--G-AAC----------ACCAAACGCCGGATCTG-AAGTTGTGCAAGCTAACTAAAATATTGCGCTCTCCATTATACATGT
gi|16 : GAAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTTCTATATTAAGTTG
gi|17 : GCCAAAC------AATGT----------T-A-ACTGA--GTCAAACAATGT-----TA-ACTGAG--CAAAAC------AATGT
gi|17 : GCCAAACAATGT---TA---------ACTG-----AGTCAAAC------AATGT----------T-A-ACTGA--GCAAAACAATGT---T-TA--CTGAG--CAAAAC------AATGttactgagcaaaacaatg
gi|18 : TGNNNNNNNNNNTAGATGGAAACTGAGAGTCAAAC------------CATG--G--ACACTGAAA
gi|18 : TAGATGGAAACTGAG-----------------------AGTCAAACCATG-----------G-ACACTGAA---AGCCAAAC------TATATATAT---gccaaactatatatatat
gi|2 : tgnnnnnnnnnnACCGAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAA-----------------------GGCCGAACAATGTAGATG-----G-AGACGGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AT-G-ATTGATTGCAAAACAATGTTGGTGTAGACTGAGAGCAAAAC------AATGTAGATT--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGACCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACAATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCGTTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAAAATATAATGCGT-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTTACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGat
gi|3 : ACTGAGAGCCTAACAATGTAGATGCAGACGAAA-----------------------CGCTAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCT---AGCCAAAC------AATGGAGAT---G-AC-A-ATTGATTGTCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCTAAC------AATATTGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATTAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATCAATTACTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACAACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTAGA-TAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACATTCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGG-TTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAGc
gi|4 : GACAGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGTAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAAGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTGGAATTGCACGACTATTGTAATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTG-TAC----------ACTTACCGCTGGATTTGGAAGTTGTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAtt
gi|5 : -AGACTGCG---AGTCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAACCAAAC------AATGAAGATG--G--AGACTGAGTAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATAAACTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGCCATTGGATTAGTAGTCCAGGGTTCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTG-TAC----------ACTAATCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGat
gi|6 : -AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTGAACTGGGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTTAGTAA--TAAATAACAGTGAACTAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATCAATTGCTAAATTAGGTTGATGACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGCTATCGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAATATTCCAGGATCCCGGGTTTGATAATCGATTATGGCACTTATAAGTATTTCCCACATt
gi|6 : AGACACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATACGC-CCGCATAGGGTTTG-TAC----------ACTAACTGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTATCTAAACAATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacagacaccataaataacaatcacgaagaatataatacgcccgcatagggtttgtacactaactgctggatttggaagttctgggagctatctaaacaattgcgctccccattataattgtag
gi|7 : agactgcgagccaaacaatgtagatgacgattgattgccaaacaatgtggatgtgaactgggagccaaacaatgtagatggagacttagtaataaataacagtgaactaaatcagtcagaggcctgttaagcaaaatagtaatcaattgctaaattaggttgatgaccgatatattgttttgaattgcacgactattgctatcgtggcgcccaagtccagtggtcgtgtcattggattaatattccaggatcccgggtttgataatcgattatggcacttataagtatttcccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacGATG--G--AGACTGAAAAAAATAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTGTAGCAAAATAGTTATAAATTGCTTAATAAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGAACGAATATTGTTATTGTGGTGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGATCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCAGTGGTAAGTATTTCCAAAATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACAATAAATAACAATCACGAAGAACATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGG-AGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCTCCATTATACTTGTA
gi|8 : AA--TAAATATCAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATTACGAAGAATATAATGCCC-CCGTTTTGGGTTTG-TAC----------ACTTACCGCTAGATTTGGAAGTTCTGGGTGTTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTA
gi|9 : TTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGT-TGTTTAGCAAAATAGTAATAATTTGTTATTTTAGGTTGATAGCCGATAT-----TTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333 1111111 1111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111
lowQualScore : 1 1 77777777777777777777777 1 5555555 99999 888888 0 1111111111 77 3 0 888888 44 44 55 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 3 5555555555
lowQualScore : . . ....................... . ....... ..... ...... . .......... .. . . ...... .. .. .. . ...................................................................................................... . . ..........
lowQualScore : 0 0 00000000000000000000000 4 0000000 00000 222222 1 2222222222 22 5 6 222222 66 66 55 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 6 9999999999
consensus : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAG-----------------------AGCCAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ACTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
Reference ( family-3359 ) : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAG-----------------------AGCCAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ACTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
gi|1 : GCCAAACAATGTAGATGGAGACTGCG-----------------------AGCCAAATAATGTAGATG-----A-CGATTGAT---TGCCAAAC------AATGTGGAT---GTNN-N-NNNNNNNGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGGATGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTATATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCACCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTGCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAAAATAATGCGC-ACACTTTGGGTTTGACACTAACTAACTAACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTAGGAGCTACCTAAACTGATGCGCTCCCCATTATACTT
gi|10 : agacgaaagCTAGGAGTCAAACAATATCGACATAGATGGAG-----------------------AGCCTAACAATGAAGATA-----G-AGACTGAG---AGCCAAAC------AATATAAAC---G-GA-T-ACTGAGAGACAAACAATGTACATGGAGACTGAAAGCCAAACTTTATAGATGTGGATGTAGACAGACTGAGtt
gi|10 : ACTGAGAGCCAAACAATATAAACGGATACTGAG-----------------------AGACAAACAATGTACATG-----G-AGACTGAA---AGCCAAACTTTATAGATGTGGATGTAG-ACAG-ACTGAGTGTCAAACAATGTATATGGAGACTGAGAGTCAAAC------AATGTAGATG--A--AGACTGAAAtgtcaaacaatgtatatggagactgagagtcaaacaatgtagatgaagactgaaagccaaactatgtagatgtacact
gi|10 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagACTGAGAGTCAAACAATGTAGATGAAGACTGAA-----------------------AGCCAAACTATGTAGATG-----T-ACACTgccaaactatgtagatgtacact
gi|11 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagactgagagccaaacaatataaacggatactgagagacaaacaatgtacatggagactgaaagccaaactttatagatgtggatgtagacagactgagtgtcaaacaatgtatatggagACTGAGATACAAACCATGAATATATAGACAGAGTCAATCCGTGTACTTTGCTACATAGTCAAATCATGTACATGTATGTGTAGACTGCGGAGAGCCACAT------CGTGTAGAG---G-TA-T-ACTTATAGGCAAACCATGGGGGTGTAGTCTAAGAGCCAAAC------TATGTAGAT
gi|12 : gatgtagTGAGAGACAAA--ATATACATAGATATAGAT-----------------------TACGATGCAAGGTATAT--------AGGCTGAG---AGCCAATC------CATATAGAT---G-TA-G-ACAGAGAGCAAAACCATGTAGATGCAATATGAGAGGAAAAC------CATGTAGATA--C--GAACTGAG
gi|12 : CTGAGAGCCAATCCATATAGATGTAGACAGAG-----------------------AGCAAAACCATGTAGATG-----C-AATATGAG---AGGAAAAC------CATGTAGAT-----AC-GAACTGAGGTCCAGACCATGgtccagaccatgcag
gi|13 : tgagagacaaaatatacatagatatagattacgatgcaaggtatataggAATCACGAAGAACATAATGCGC-TCGCTTTGGGTTCG-AAC----------ACCAACCACTGGA-TTGGAAGTTTTGCGAGCTTTCTTAATTATTGCACTCCACATTTTGCTTGTcag
gi|14 : TTACGAGGAACATTATGCGCACCGCTTTGG--TTG-AAC----------ACCAAACGCCGGATTTG-AAGTTCTGCGAGCTGCCTTAACTATTGCACTCTCAATTATACATGCAt
gi|15 : ATGCTCACCGCTTTGGGT--G-AAC----------ACCAAACGCCGGATCTG-AAGTTGTGCAAGCTAACTAAAATATTGCGCTCTCCATTATACATGT
gi|16 : GAAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTTCTATATTAAGTTG
gi|17 : GCCAAAC------AATGT----------T-A-ACTGA--GTCAAACAATGT-----TA-ACTGAG--CAAAAC------AATGT
gi|17 : GCCAAACAATGT---TA---------ACTG-----AGTCAAAC------AATGT----------T-A-ACTGA--GCAAAACAATGT---T-TA--CTGAG--CAAAAC------AATGttactgagcaaaacaatg
gi|18 : TGNNNNNNNNNNTAGATGGAAACTGAGAGTCAAAC------------CATG--G--ACACTGAAA
gi|18 : TAGATGGAAACTGAG-----------------------AGTCAAACCATG-----------G-ACACTGAA---AGCCAAAC------TATATATAT---gccaaactatatatatat
gi|2 : tgnnnnnnnnnnACCGAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAA-----------------------GGCCGAACAATGTAGATG-----G-AGACGGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AT-G-ATTGATTGCAAAACAATGTTGGTGTAGACTGAGAGCAAAAC------AATGTAGATT--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGACCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACAATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCGTTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAAAATATAATGCGT-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTTACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGat
gi|3 : ACTGAGAGCCTAACAATGTAGATGCAGACGAAA-----------------------CGCTAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCT---AGCCAAAC------AATGGAGAT---G-AC-A-ATTGATTGTCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCTAAC------AATATTGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATTAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATCAATTACTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACAACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTAGA-TAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACATTCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGG-TTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAGc
gi|4 : GACAGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGTAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAAGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTGGAATTGCACGACTATTGTAATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTG-TAC----------ACTTACCGCTGGATTTGGAAGTTGTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAtt
gi|5 : -AGACTGCG---AGTCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAACCAAAC------AATGAAGATG--G--AGACTGAGTAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATAAACTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGCCATTGGATTAGTAGTCCAGGGTTCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTG-TAC----------ACTAATCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGat
gi|6 : -AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTGAACTGGGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTTAGTAA--TAAATAACAGTGAACTAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATCAATTGCTAAATTAGGTTGATGACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGCTATCGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAATATTCCAGGATCCCGGGTTTGATAATCGATTATGGCACTTATAAGTATTTCCCACATt
gi|6 : AGACACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATACGC-CCGCATAGGGTTTG-TAC----------ACTAACTGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTATCTAAACAATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacagacaccataaataacaatcacgaagaatataatacgcccgcatagggtttgtacactaactgctggatttggaagttctgggagctatctaaacaattgcgctccccattataattgtag
gi|7 : agactgcgagccaaacaatgtagatgacgattgattgccaaacaatgtggatgtgaactgggagccaaacaatgtagatggagacttagtaataaataacagtgaactaaatcagtcagaggcctgttaagcaaaatagtaatcaattgctaaattaggttgatgaccgatatattgttttgaattgcacgactattgctatcgtggcgcccaagtccagtggtcgtgtcattggattaatattccaggatcccgggtttgataatcgattatggcacttataagtatttcccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacGATG--G--AGACTGAAAAAAATAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTGTAGCAAAATAGTTATAAATTGCTTAATAAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGAACGAATATTGTTATTGTGGTGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGATCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCAGTGGTAAGTATTTCCAAAATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACAATAAATAACAATCACGAAGAACATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGG-AGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCTCCATTATACTTGTA
gi|8 : AA--TAAATATCAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATTACGAAGAATATAATGCCC-CCGTTTTGGGTTTG-TAC----------ACTTACCGCTAGATTTGGAAGTTCTGGGTGTTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTA
gi|9 : TTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGT-TGTTTAGCAAAATAGTAATAATTTGTTATTTTAGGTTGATAGCCGATAT-----TTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATG
blockSeqs : T G TCAATCCGTGTACTTTGCTACAT G TATGTGT CGGAG TTTATA GTAGACAG GA A TTTATA TA AC AA N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . .
blockSeqs : G T . C G AG . GGAT GT A . . . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN A . .
blockSeqs : A T . G G AA . GTAT TA G . . . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . .
blockSeqs : T A . C T AG . GTAG GA A . . . . G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . .
blockSeqs : G A . T C AG . ACGA GG A . . . . N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . .
blockSeqs : T A . G G AA . GATG TT T . . . . G NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . . .
blockSeqs : G T . G G CG . GACA TT G . . . . . . . .
blockSeqs : T G . G G CT . GACG TT G . . . . . . .
blockSeqs : C G . . . CG . GACG TT G . . . . . . .
blockSeqs : . . CG . GACG TT G . . . . . .
blockSeqs : CG . TA TT G . . .
blockSeqs : . . TA . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : GACG****** **********
originalCons : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAG-----------------------AGCCAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ACTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
finalCons : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAG-----------------------AGCCAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGATGACG------ACTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 33333333333333333333333 1111111 1111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111111111
lowQualScore : 1 1 77777777777777777777777 1 5555555 99999 888888 0 1111111111 77 3 0 888888 44 44 55 3 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 3 5555555555
lowQualScore : . . ....................... . ....... ..... ...... . .......... .. . . ...... .. .. .. . ...................................................................................................... . . ..........
lowQualScore : 0 0 00000000000000000000000 4 0000000 00000 222222 1 2222222222 22 5 6 222222 66 66 55 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 6 9999999999
consensus : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAG-----------------------AGCCAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ACTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
Reference ( family-3359 ) : ACTGAGAGCCAAACAATGTAGATGNAGACNGAG-----------------------AGCCAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ACTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAG
gi|1 : GCCAAACAATGTAGATGGAGACTGCG-----------------------AGCCAAATAATGTAGATG-----A-CGATTGAT---TGCCAAAC------AATGTGGAT---GTNN-N-NNNNNNNGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGGATGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTATATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCACCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTGCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAAAATAATGCGC-ACACTTTGGGTTTGACACTAACTAACTAACTAACCGCTGGATTTGGAAGTTCTAGGAGCTACCTAAACTGATGCGCTCCCCATTATACTT
gi|10 : agacgaaagCTAGGAGTCAAACAATATCGACATAGATGGAG-----------------------AGCCTAACAATGAAGATA-----G-AGACTGAG---AGCCAAAC------AATATAAAC---G-GA-T-ACTGAGAGACAAACAATGTACATGGAGACTGAAAGCCAAACTTTATAGATGTGGATGTAGACAGACTGAGtt
gi|10 : ACTGAGAGCCAAACAATATAAACGGATACTGAG-----------------------AGACAAACAATGTACATG-----G-AGACTGAA---AGCCAAACTTTATAGATGTGGATGTAG-ACAG-ACTGAGTGTCAAACAATGTATATGGAGACTGAGAGTCAAAC------AATGTAGATG--A--AGACTGAAAtgtcaaacaatgtatatggagactgagagtcaaacaatgtagatgaagactgaaagccaaactatgtagatgtacact
gi|10 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagACTGAGAGTCAAACAATGTAGATGAAGACTGAA-----------------------AGCCAAACTATGTAGATG-----T-ACACTgccaaactatgtagatgtacact
gi|11 : ctaggagtcaaacaatatcgacatagatggagagcctaacaatgaagatagagactgagagccaaacaatataaacggatactgagagacaaacaatgtacatggagactgaaagccaaactttatagatgtggatgtagacagactgagtgtcaaacaatgtatatggagACTGAGATACAAACCATGAATATATAGACAGAGTCAATCCGTGTACTTTGCTACATAGTCAAATCATGTACATGTATGTGTAGACTGCGGAGAGCCACAT------CGTGTAGAG---G-TA-T-ACTTATAGGCAAACCATGGGGGTGTAGTCTAAGAGCCAAAC------TATGTAGAT
gi|12 : gatgtagTGAGAGACAAA--ATATACATAGATATAGAT-----------------------TACGATGCAAGGTATAT--------AGGCTGAG---AGCCAATC------CATATAGAT---G-TA-G-ACAGAGAGCAAAACCATGTAGATGCAATATGAGAGGAAAAC------CATGTAGATA--C--GAACTGAG
gi|12 : CTGAGAGCCAATCCATATAGATGTAGACAGAG-----------------------AGCAAAACCATGTAGATG-----C-AATATGAG---AGGAAAAC------CATGTAGAT-----AC-GAACTGAGGTCCAGACCATGgtccagaccatgcag
gi|13 : tgagagacaaaatatacatagatatagattacgatgcaaggtatataggAATCACGAAGAACATAATGCGC-TCGCTTTGGGTTCG-AAC----------ACCAACCACTGGA-TTGGAAGTTTTGCGAGCTTTCTTAATTATTGCACTCCACATTTTGCTTGTcag
gi|14 : TTACGAGGAACATTATGCGCACCGCTTTGG--TTG-AAC----------ACCAAACGCCGGATTTG-AAGTTCTGCGAGCTGCCTTAACTATTGCACTCTCAATTATACATGCAt
gi|15 : ATGCTCACCGCTTTGGGT--G-AAC----------ACCAAACGCCGGATCTG-AAGTTGTGCAAGCTAACTAAAATATTGCGCTCTCCATTATACATGT
gi|16 : GAAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTTCTATATTAAGTTG
gi|17 : GCCAAAC------AATGT----------T-A-ACTGA--GTCAAACAATGT-----TA-ACTGAG--CAAAAC------AATGT
gi|17 : GCCAAACAATGT---TA---------ACTG-----AGTCAAAC------AATGT----------T-A-ACTGA--GCAAAACAATGT---T-TA--CTGAG--CAAAAC------AATGttactgagcaaaacaatg
gi|18 : TGNNNNNNNNNNTAGATGGAAACTGAGAGTCAAAC------------CATG--G--ACACTGAAA
gi|18 : TAGATGGAAACTGAG-----------------------AGTCAAACCATG-----------G-ACACTGAA---AGCCAAAC------TATATATAT---gccaaactatatatatat
gi|2 : tgnnnnnnnnnnACCGAGAGCCAAACAATGTAGATTTAGACGAAA-----------------------GGCCGAACAATGTAGATG-----G-AGACGGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AT-G-ATTGATTGCAAAACAATGTTGGTGTAGACTGAGAGCAAAAC------AATGTAGATT--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGACCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACAATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCGTTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAAAATATAATGCGT-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTTACCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGat
gi|3 : ACTGAGAGCCTAACAATGTAGATGCAGACGAAA-----------------------CGCTAAACAATGTAGATG-----G-AGACTGCT---AGCCAAAC------AATGGAGAT---G-AC-A-ATTGATTGTCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCTAAC------AATATTGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTGAAATTAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATCAATTACTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACAACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTAGA-TAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACATTCACGAAGAATATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGG-TTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAGc
gi|4 : GACAGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGTAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAAGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTGGAATTGCACGACTATTGTAATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTG-TAC----------ACTTACCGCTGGATTTGGAAGTTGTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTAtt
gi|5 : -AGACTGCG---AGTCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAACCAAAC------AATGAAGATG--G--AGACTGAGTAA--TAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATAAACTGCTAAATTAGGTTGATAACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGCCATTGGATTAGTAGTCCAGGGTTCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACAT-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATGCGC-CCACTTTGGCTTTG-TAC----------ACTAATCGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGat
gi|6 : -AGACTGCG---AGCCAAAC------AATGTAGAT---G-AC-G-ATTGATTGCCAAACAATGTGGATGTGAACTGGGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTTAGTAA--TAAATAACAGTGAACTAAATCAGTCAGAGGCCTGTTAAGCAAAATAGTAATCAATTGCTAAATTAGGTTGATGACCGATATATTGTTTTGAATTGCACGACTATTGCTATCGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAATATTCCAGGATCCCGGGTTTGATAATCGATTATGGCACTTATAAGTATTTCCCACATt
gi|6 : AGACACCATAAATAACAATCACGAAGAATATAATACGC-CCGCATAGGGTTTG-TAC----------ACTAACTGCTGGATTTGGAAGTTCTGGGAGCTATCTAAACAATTGCGCTCCCCATTATAATTGTAGnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacagacaccataaataacaatcacgaagaatataatacgcccgcatagggtttgtacactaactgctggatttggaagttctgggagctatctaaacaattgcgctccccattataattgtag
gi|7 : agactgcgagccaaacaatgtagatgacgattgattgccaaacaatgtggatgtgaactgggagccaaacaatgtagatggagacttagtaataaataacagtgaactaaatcagtcagaggcctgttaagcaaaatagtaatcaattgctaaattaggttgatgaccgatatattgttttgaattgcacgactattgctatcgtggcgcccaagtccagtggtcgtgtcattggattaatattccaggatcccgggtttgataatcgattatggcacttataagtatttcccacatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagaatatttatataaaaataacGATG--G--AGACTGAAAAAAATAAATAACAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTGTAGCAAAATAGTTATAAATTGCTTAATAAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGAACGAATATTGTTATTGTGGTGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGATCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCAGTGGTAAGTATTTCCAAAATGTCGTATTAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACAATAAATAACAATCACGAAGAACATAATGCGC-CCGCTTTGGGTTTG-TAC----------ACTAACCGCTGGATTTGG-AGTTCTGGGAGCTACCTAAACTATTGCGCTCTCCATTATACTTGTA
gi|8 : AA--TAAATATCAGTGAAATAAATCAGTCAGTGGCCTGTTTAGCAAAATAGTAATAAATTGCTAAATTAGATTGATAACCGATATATTGTATTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCATTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATTCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCACCATAAATAACAATTACGAAGAATATAATGCCC-CCGTTTTGGGTTTG-TAC----------ACTTACCGCTAGATTTGGAAGTTCTGGGTGTTACCTAAACTATTGCGCTCCCCATTATACTTGTA
gi|9 : TTGCCAAACAATGTGGATGTAGACTGAGAGCCAAAC------AATGTAGATG--G--AGACTGAGAAA--TAAATAACAGTTAAATAAATCAGTCAGTGGT-TGTTTAGCAAAATAGTAATAATTTGTTATTTTAGGTTGATAGCCGATAT-----TTTGAATTGCACGACTATTGTTATTGTGGCGCCCAAGTCCAGTGGTCGTGTCACTGGATTAGTATTCCAGGGTCCCGGGTTTGATCCTCGGTTATGGCATTGATAAGTATTTCCCACATG