lowQualScore                  :              22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                  5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   
lowQualScore                  :      22      44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    1   1                     1                                 33                                     33             2222   11                  22          1                                                  1111            2        1        1       11      8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888            11                                                              1    1               111111                      2222222222              222              11111  11111                                   11111      11111111              555555555555555555555555      1  88888888888888888888       2222                                             
lowQualScore                  :      11      00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000  6 7   5              6      7     4  3  4 4                   00  6                          6       22             4444   22                  11   6      7                                   6              5555   4  3     3   777  5        0     2 33   6  0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    77  6   11                      8             2       77777             3    4            0  000000        3      55     0000000000 0 777  4     111  777     4   00000  55555    1 2  6666  3             666   88888    4 66666666      5       111111111111111111111111      0  33333333333333333333       7777                               6             
lowQualScore                  :      ..      ....................................................................  . .   .              .      .     .  .  . .                   ..  .                          .       ..             ....   ..                  ..   .      .                                   .              ....   .  .     .   ...  .        .     . ..   .  ...................................................................................................................................................................................................................    ..  .   ..                      .             .       .....             .    .            .  ......        .      ..     .......... . ...  .     ...  ...     .   .....  .....    . .  ....  .             ...   .....    . ........      .       ........................      .  ....................       ....                               .             
lowQualScore                  :      00      00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000  0 0   5              0      0     0  0  0 0                   00  0                          0       00             0000   00                  00   0      0                                   0              0000   0  0     0   555  5        5     5 00   0  3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333    00  0   00                      9             9       11111             0    4            4  555555        6      55     5555555555 8 000  0     000  000     0   00000  55555    2 6  2222  3             444   22222    4 00000000      0       000000000000000000000000      5  22222222222222222222       8888                               0             
consensus                     : NGTAACCTCTATAAACACGCTGAAAGACAAATACATATATT-ATTCACTTAACTTAGACAGGGGAGAACATAACATACA--TTCAATTGATTGATTGGTTGATTGAATATTTAGCGTNATNTTNANGCCATCGAGGGCTAACAGAGTATTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCTCACCTCCACAAGTAACTGATAACTTTTCCACTTGAATCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGNNGACNGTNGCCGGACGGNNNATTCGAACCCANGACCCNTNNATTGACTCNGTACAACAGACTACGTNGATCAACTGGTATAAANGCGTCGGTCGGGCGCGTCNATACGTNNGTNACAATTTTANATGNAACGGC-AGGCA-C--GTCGC-ATATATG---T-ANTAAAT-TA--A-A----ACCATAGAGGAACTCCCCTGCTANGAAGNTGTNCATTGACACGTGTTGNTAGACAT--CATNNANNATACATA---TTACTNNATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-TACA---ATT---TT-TTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTTTCGCCCC---TA-AGTTTTGGGACAC--CTAT--A--TTTT-T----ATTTTTTTTGTACATTGT-------T-------AT-------CTCCGATAA--TTNCG---NATATAT--ATTTTATACGT-TTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGCACATCGTAA
Reference ( gi|1 )            : AGTAAATTCTATAT-CACCCT---AGACAA---CATTTACCCATTCA--TAAATTACACATTA---AGCATGATGTCCTGTTTTATTTGATTGATTGATTGATTAAATATTAAGCATAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGATGATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGATTAACCATAACTCGAGCACACCCTGTCTCTGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCAGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCATATATCAATCATCACAGAGACTGTTGCCGGGTGGGGGATTCAAACTCACGACCCCTGGATTAAT--AGT----CAGAC-GTGTAAGT---------TAAAAGC---------------CTATACATTGATTA------TACATGCAACAGTAAGGTAACATGTCAC-ATATATG---TTACTAAATCTA--ATA----ACCACAAAGTAATTT---TGT-ATGATATTATA---TGACATACACCAGTA-ACATAACATGCAACATACATAATGTTACTTAATCTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCATGAAATTAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-TAGA---ATT---TT-TTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTTTCGTCCC---TA-AGTTTTGGGACAC--CTAT--A--TTTT-T----ATTTTTTTTGGACATTGT-------T-------AT-------CTCCGAAAA--ATGCG---AA-------GTTTTATAAAT-TTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGCCTGTACATCGTAA
gi|9                          :  GTAACCTCTATAAACACGCTGAAAGACAAATACATATATT-ATTCACTTAACTTAGACAGGGGAGAACATAACATACA--TTCAATTG-TTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTTATGTTTATGCCATTGAGGGCTAACAGAGTATTGT
gi|2                          :                                                                                        cgATTGATTGGTTGATTGAATATTTAGCATAATTTTAAAGCCATCGAGGGCTatgttgagtat
gi|2                          :                                                                                                                                                                            CTGGGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCTCACCTCCACAAGTAACTGATAACTTTTCCACTTGAATCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCAGGTTGACTGTTGCCGGACGGGTGATTCGAACTCAAAACCCCTGAATTGATTCCGTACAACAGACTATCTAGATCAACTGGTATAAAAACA--------------CAATACGTAAATGA------TAAATAAAACGAT--GG------GTTGCGATATAT----TTATTTAATATACTGTATCATACCA-AGAGGAACTC-----C-ATGA-GTTATACATTGATACGTGTTGTTA-A-AT--CATGTATC-TATATA----TACTTAATTTATAGCATATT----CTAT-TACTA-------TTTATGTTC-CAGAATA-----TTATTATTTATCggggttaaccagtactcgagcacacctcacctccacaagtaactgataacttttccacttgaatctgtggtgagagacgaatgataatgagacacaatgtcgtatatcaatcatcaggttgactgttgccggacgggtgattcgaactcaaaacccctgaattgattccgtacaacagactatctagatcaactggtataaaaacacaatacgtaaatgataaataaaacgatgggttgcgatatatttatttaatatactgtatcataccaagaggaactccatgagttatacattgatacgtgttgttaaatcatgtatctatatatacttaatttatagcatattctattactatttatgttccagaatattattatttatc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                              attgattggttgattgaatatttagcataattttaaagccatcgagggATTGCAGGGACAGTGGCCGG-TGGTGTAT-CAAACCCATGACCCGTTCATTGAC--AGT----CAGAC-ACGTTA-T---------TAAATGCGTCGGTCGGGCGCGTCT-TACATTTGTTACAATTTTAC-TGTAACAGC-ATGTATCATGTAAG-ATAAATGAAATAAATAAA--TA--AGA----ACCA
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tAAGGCAAC---TC-C-ATGTATA-----AGTAAGTCTA--A-A----AT-ATAAA----TTTCCCTGTTAGGAAAGTGTC---T-ACATA----AGTAGACA---CATTGAAAA-ACAT----TTACTGTATTTAA--CCTATGTACC-TATGTATTGGGGACAACCTATGTTT-TGGGATA-----CCCTTATTTTTCAGG--ATTTTTTTTTTTTTTGA------TATTAAAA-GTTAG
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               gTAC--CATATTTAGCCAATGTATTGGG-ACACCTGATGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATTATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGAG--ATACA-TATA-A---ATT---TT-T--------A---TTCTGTACATTGTTAT-----TTTCTATCTCCGATA-A-TTTCG---CAT--ATATGCA--TTTTAT----ATGTTTTTtttattaaaccgaatttct
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               atAC--CGTATTTACTAT-TGCACTGGG-ATACTCAATGATT-TGAAACA-----CCTTTATTTTTAAGAAAGTTAATTATTCTTTTGA------TAATAAatcccaaaatatccatgaaaaacattgtctgtacatcgtaa
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  C--CATAGTTACCCTCTGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACACCAGTCCCTTATca
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TATTTACCCGATGTATTGGG-ACACCCTCGGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTATATTGATACCAGTAATAAAA-ATTGGG--ATACA-T-TACA---ATT---TT-TTAAA---GA---ACCTG-ATA-----AT-----TTTTCACTCA---TA-AA-TTTAGGACATGAATAC--A--TTTT-T----A----TTTTGTACGTTGT-------TATTTTCCAT-------TTCCGATAA--TTTCA---CATATAT--ATTTTATACAT-TTTAATCCCAAAAT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ctgTTTACCCTATGTTTTGGG-ACACCCT
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTTACCCAATGTATTGGGTACACCTGATGTAT-TGGAACA-----CCCTTTTTTTTCAGGAAAATAATTATTATT---A------TTATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-AACA---ATT---TTTTTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTTTTGCTCA---TA-AGTTTTGGGACAC--GTATAAA--TTTT-T----A----TTTTGTACATTGTTATTTTCT-------AT-------CTCAGATAATTTTGCATATAT-------ATTTTTTATGT-TTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACAtatttttcaggaaaataattatttttttgataataagaattacaacacattagatttttttttaaaaatctgataattgttcgtccctaagttttgggacacctatatttttttatttttggacattgttatctc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-TAGA---ATT---TT-TTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTTTCGTCCC---TA-AGTTTTGGGACAC--CTAT--A--TTTT-T----ATTTTTTTTGGACATTGT-------T-------AT-------CTCCGAAAA--ATGCG---AA-------GTT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTACA--ACACA-T-TAGAT--TTT---TT-TTTAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TGTTCGTCCC---TA-AGTTTTGGGACAC--CTAT--A--TTTT-T-----TTATTTTTGGACATTGT-------T-------AT-------CTC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttACCGTATGTTT-TGGGCCA-----TACTTATTTTACAGGAAA--A--TATTTT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        accgtattaCTATGTTT-TGTGACA-----CCCTTATTAT-CAGGTAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGAGATT-GG--ACACA----ACA---A------T-TTAAAGACAA---CTCTG-ATG-----ATAA---GTTTTGCTCA---TA-AGTTTCGGTACAT--CTAT--A--TTTT-T-----TTATTTTTG
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATGTTT-TGGTATA-----CCATAATTTTTCTTGAAAATAATCAATTTTTCAA------TAATAA-A-ATTGGGAAATACA-TGTGTAACTATT---TT-TTAAA---AAAAGATTTG-ATA-----AT-----GTTTTGCCCA---TATATTTTTGGGACAC--ATAT--tatgtat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aATGTTTCTAGGACA-----TCCTTATTTTTCAGGAAAGTAATTACTTTTC-AA------TACTAAGA-ATTGGG--ACACA-T-TACA---A------T-TTAAAAACAA---ATCTG-ATA-----GT-----TTTTTGCTTC---TA-AGTTTTGGGGC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGTTC-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTCAA------TAATAAGA-ATTGGG--AC--------GA---ATTACGTT-TTAAAACCAA---ATGTG-ATA-----GTATTTGTTTTTGCTCC---TA-CGTTTAAGGACAC--CTATC-ATTTTTT-T----ATTTT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     g-ATTGGG--ACACCCT-TA------TT---TT-TCAGG---AA---AATTA-TTA-----TT-----TTTTTGATAA---TA-AGAATTGAGATAC--ATAT--AAATTTT-T----ATTCT----GTACATTGT-------T-------ATTTTCTATCTCCGATAA--TTTCG---CATATATGCATTTTATATGT-TTTTATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAAagtaaat
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          attaccatatttagccaatgtattgggacacctgatgtCCC---TA-TGTTTTGGGACAC--C
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ccatagttaccctctgtattgggacaCC---TA-TGTTTTGGGATAC--CCTT--A--TTTT-TCAGGATTTTTTTTagtcccttat
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     gaaggcaactccatgtataagtaagtctaaaatataaatttccctgttaggaaagtgtctacataagtagacacattgaaaaacatttactgtatttaacctatgtacctatgtattggggacaaTTTTATA--TGTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAACCATTGTCTGCACATCATAAttttttgatattaaaagttagtttattaaaccgaatttct





Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        
lowQualScore                  :              11      222      222        2     11           222222            333                                                                       1111111111111111111                                                                                                                                      11                               0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000      1111    33333                                                                                                                                                   222               11111                                  11                        4444444444444444                     11                                                        
lowQualScore                  :      2       99   2  111      111   4    0     88   2   2   333333          3 111    4   7       0                 0 1  1  1 1                   55     9999999999999999999             66                                         2          4                                                 0 222   1  1     33  333  7 0   0  1     1 22     6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666   22 6666    88888    22      99                      8             2       66666                                  999999        3      55     9999999 2 888     3   111  777          55555         2  4             777   4 33     9  5 3  0          7777777777777777           1  1 0    11        4    0                                0         
lowQualScore                  :      .       ..   .  ...      ...   .    .     ..   .   .   ......          . ...    .   .       .                 . .  .  . .                   ..     ...................             ..                                         .          .                                                 . ...   .  .     ..  ...  . .   .  .     . ..     .................................................................................................................................................................................................   .. ....    .....    ..      ..                      .             .       .....                                  ......        .      ..     ....... . ...     .   ...  ...          .....         .  .             ...   . ..     .  . .  .          ................           .  . .    ..        .    .                                .         
lowQualScore                  :      5       55   5  000      555   0    0     00   5   5   555555          0 555    0   3       7                 7 0  0  0 0                   55     0000000000000000000             55                                         5          0                                                 7 777   0  0     00  000  3 7   7  0     0 00     8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888   00 7777    00000    00      22                      9             7       77777                                  666666        3      00     1111111 8 111     6   000  000          55555         5  0             222   4 88     4  6 2  2          0000000000000000           0  0 8    00        6    8                                7         
consensus                     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGAC-ACGTN-ATCAA---GT-TAAAAGCG--------------CTATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATGT-ANTAAATN--TA-------A-AACCACAGAG-AATTTC--TG-TATGAAATTATACA-TGACACGCGTCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTGATAAT-----TTTTCGCTCNTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--TTTTTATTNTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
Reference ( family-3326 )     : NGTAACCTCTATAAACACGCTGAAAGACAAATACATATATT-ATTCACTTAACTTAGACAGGGGAGAACATAACATACA--TTCAATTGATTGATTGGTTGATTGAATATTTAGCGTNATNTTNANGCCATCGAGGGCTAACAGAGTATTGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGGGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCTCACCTCCACAAGTAACTGATAACTTTTCCACTTGAATCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGNNGACNGTNGCCGGACGGNNNATTCGAACCCANGACCCNTNNATTGACTCNGTACAACAGACTACGTNGATCAACTGGTATAAANGCGTCGGTCGGGCGCGTCNATACGTNNGTNACAATTTTANATGNAACGGCAGG----CACGTCGC-ATATATGT-ANTAAAT---TA-------A-AACCATAGAGGAACTCCCCTGCTANGAAGNTGTNCATTGACACGTGTTGNTAGACAT--CATNNANNATACATA---TTACTNNATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTGATAAT-----TTTTCGCCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--TTTTTATTTTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTNCGNATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGCACATCGTAA
gi|1                          :  GTAAATTCTATAT-CACCCT---AGACAA---CATTTACCCATTCA--TAAATTACACATTA---AGCATGATGTCCTGTTTTATTTGATTGATTGATTGATTAAATATTAAGCATAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGATGATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGATTAACCATAACTCGAGCACACCCTGTCTCTGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCAGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCATATATCAATCATCACAGAGACTGTTGCCGGGTGGGGGATTCAAACTCACGACCCCTGGATTAAT--AGT----CAGAC---GTG---TAA---GT-TAAAAGC---------------CTATACATTGATTA------TACATGCAACAGTAAGGTAACATGTCAC-ATATATGTTACTAAATC--TA-------ATAACCACAAAGTAATTT---TG-TATGATATTATA---TGACATACACCAGTA-ACATAACATGCAACATACATAATGTTACTTAATCTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCATGAAATTAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTGATAAT-----TTTTCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--TTTTTATTTTTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTCCGAAAAATGCGAA-------GTTTTATAAATTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGCCTGTACATCGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             aACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTACA--ACACA-T-T---AGATTTTTTTT-TAA---AA---ATCTGATAAT-----TGTTCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--TTTTT-TTATTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tttTGTTC-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTCAA------TAATAAGA-ATTGGG--ACGAA-T-T---ACG----TTTT-AAAACCAA---ATGTGATAGTATTTGTTTTTGCTCCTA-CGTTTAAGGACAC--CTATCA--TTTTT-TTATTTTAGTAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                gCTATGTTT-TGTGACA-----CCCTTATTAT-CAGGTAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGAGATT-GG--ACACA-------ACA-A---TTT-AAAGACAA---CTCTGATGATAA---GTTTTGCTCATA-AGTTTCGGTACAT--CTAT-A--TTTTT-TTATTTTTGTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATGTTT-TGGTATA-----CCATAATTTTTCTTGAAAATAATCAATTTTTCAA------TAATAA-A-ATTGGGAAATACA-TGTGTAACT-ATTTTTT-AAA---AAAAGATTTGATAAT-----GTTTTGCCCATATATTTTTGGGACAC--ATAT-tgtat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  aATGTTTCTAGGACA-----TCCTTATTTTTCAGGAAAGTAATTACTTTTC-AA------TACTAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-A---TTT-AAAAACAA---ATCTGATAGT-----TTTTTGCTTCTA-AGTTTTGGGGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 AC--CGTATTTACTAT-TGCACTGGG-ATACTCAATGATT-TGAAACA-----CCTTTATTTTTAAGAAAGTTAATTATTCTTTTGA------TAATAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                CGATAATTTTGCATATAT--ATTTTATATGTTT-AATCCCAAAATATCCATGAAAACCATTGTCTGCACATCATAAca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  C--CATAGTTACCCTCTGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACACCAGTCCCTTAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ACCGTATGTTT-TGGGCCA-----TACTTATTTTACAGGAAAATATTT
gi|2                          :                                                                                 accgtattaATTGATTGGTTGATTGAATATTTAGCATAATTTTAAAGCCATCGAGGGCTt
gi|2                          :                                                                                                                                                                            CTGGGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCTCACCTCCACAAGTAACTGATAACTTTTCCACTTGAATCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCAGGTTGACTGTTGCCGGACGGGTGATTCGAACTCAAAACCCCTGAATTGATTCCGTACAACAGACTATCTAGATCAACTGGTATAAAAACA--------------CAATACGTAAATGA------TAAATAAAACGATGG--------GTTGCGATATATTT-ATTTAATA--TACTGTATCA-TACCA-AGAGGAACTCC------ATG-AGTTATACATTGATACGTGTTGTTAA--AT--CATGTATC-TATATA----TACTTAATTTATAGCATATT----CTAT-TACTA-------TTTATGTTC-CAGAATA-----TTATTATTTATCggggttaaccagtactcgagcacacctcacctccacaagtaactgataacttttccacttgaatctgtggtgagagacgaatgataatgagacacaatgtcgtatatcaatcatcaggttgactgttgccggacgggtgattcgaactcaaaacccctgaattgattccgtacaacagactatctagatcaactggtataaaaacacaatacgtaaatgataaataaaacgatgggttgcgatatatttatttaatatactgtatcataccaagaggaactccatgagttatacattgatacgtgttgttaaatcatgtatctatatatacttaatttatagcatattctattactatttatgttccagaatattattatttatc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         attgattggttgattgaatatttagcataattttaaagccatcgagggTTTACCCAATGTATTGGGTACACCTGATGTAT-TGGAACA-----CCCTTTTTTTTCAGGAAAATAATTATTATT---A------TTATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-A---ACA-ATTTTTTTAAA---AA---ATCTGATAAT-----TTTTTGCTCATA-AGTTTTGGGACAC--GTAT-AAATTTTTATTTT----GTACATTGTT-------ATTTTCTATCTCAGATAATTTTGCATATAT--ATTTTTTATGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TATTTACCCGATGTATTGGG-ACACCCTCGGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTATATTGATACCAGTAATAAAA-ATTGGG--ATACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---GA---ACCTGATAAT-----TTTTCACTCATA-AA-TTTAGGACATGAATAC-A--TTTTTA----TTTTGTACGTTGTTATTTTCCAT-------TTCCGATAATTTCACATATAT--ATTTTATACATTTTAATCCCAAAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ctgTTAC--CATATTTAGCCAATGTATTGGG-ACACCTGATGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATTATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGAG--ATACA---T---ATA-AATTTTT-A
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     a-ATTGGG--ACACCCT-T---A----TTTTTC-AGG---AA---AATTATTATT-----TTTTTGATAATA-AGAATTGAGATAC--ATAT-AAATTTTTATTCT----GTACATTGTT-------ATTTTCTATCTCCGATAATTTCGCATATATGCATTTTATATGTTTTTATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAAttctgtacattgttattttctatctccgataatttcgcatatatgcattttatatgtttttatcccaaaatatccatgaaaaacattgtctgtacatcgtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     attaccatatttagccaatgtattgggacacctgatgtAGG----CAACTC-C-ATGTATA--AGTAAGTC--TA-------A-AAT-ATA----AATTTCCCTGTTAGGAAAGTGTCTA----CA----TAAGTAGACA---CATTGAAAA-ACAT----TTACTGTATTTAA--CCTATGTACC-TATGTATTGGGGACAACCTATGTTT-TGGGATA-----CCCTTATTTTTCAGG--ATTTTTTTTTTTTTTGA------TATTAAAA-GTTAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gaCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTGATAAT-----TTTTCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--TTTTTATTTTTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTCCGAAAAATGCGAAtttattaaaccgaatttct
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTGCAGGGACAGTGGCCGG-TGGTGTAT-CAAACCCATGACCCGTTCATTGAC--AGT----CAGAC-ACGTT-AT---------TAAATGCGTCGGTCGGGCGCGTCT-TACATTTGTTACAATTTTAC-TGTAACAGCATGTAT-CATGTAAG-ATAAATGA-AATAAATAAATA-------AGAACCAgtt
gi|9                          : tGTAACCTCTATAAACACGCTGAAAGACAAATACATATATT-ATTCACTTAACTTAGACAGGGGAGAACATAACATACA--TTCAATTG-TTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTTATGTTTATGCCATTGAGGGCTAACAGAGTATTGT





Alignments
lowQualScore                  :              11      222      222        1     11              222            111                                                                                                                                                                                                                                11                                11   2222     1    888888888888888  1       1              333333              444444444444444      222       111  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888        11    33333                                                                                                                                                   111                     11111                                     11                            4444444444444444                     11                                                        
lowQualScore                  :      1       66   1  111      111   1    5     88   1   1   22 000          1 999    1   7                         0                             22                                     22                                         2          1                                                 0 0 1            22       7 0      3        1      88   8888     3 0  222222222222222  3       2 4    0  1    888888   7  1   0   222222222222222      000 1     444  33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333    1   44    88888            99                      8             2       66666                                  999999        3      55     3 99999 88888     3   999  666     3   99999  44444   666      1  3             888   4 22 777    88888               7777777777777777                0    11        4    0                                          
lowQualScore                  :      .       ..   .  ...      ...   .    .     ..   .   .   .. ...          . ...    .   .                         .                             ..                                     ..                                         .          .                                                 . . .            ..       . .      .        .      ..   ....     . .  ...............  .       . .    .  .    ......   .  .   .   ...............      ... .     ...  .......................................................................    .   ..    .....            ..                      .             .       .....                                  ......        .      ..     . ..... .....     .   ...  ...     .   .....  .....   ...      .  .             ...   . .. ...    .....               ................                .    ..        .    .                                          
lowQualScore                  :      0       55   0  000      555   0    0     00   0   0   00 555          0 000    0   3                         7                             00                                     00                                         5          0                                                 7 7 0            77       3 7      7        0      33   3333     3 7  777777777777777  3       0 7    7  0    333333   3  0   7   555555555555555      000 0     888  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    0   77    00000            22                      9             7       77777                                  666666        3      00     6 22222 55555     6   111  444     6   11111  11111   444      0  6             000   0 22 888    88888               0000000000000000                8    00        6    8                                          
consensus                     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGAC-GCGT--ATCAA-TG-----GT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TNTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
Reference ( family-3326 )     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGAC-ACGT-NATCAA--------GT-TAAAAGCGCTATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGTCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCTCNTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TNTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
gi|1                          :  GTAAATTCTATAT-CACCCT---AGACAA---CATTTACCCATTCA--TAAATTACACATTA---AGCATGATGTCCTGTTTTATTTGATTGATTGATTGATTAAATATTAAGCATAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGATGATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGATTAACCATAACTCGAGCACACCCTGTCTCTGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCAGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCATATATCAATCATCACAGAGACTGTTGCCGGGTGGGGGATTCAAACTCACGACCCCTGGATTAAT--AGT----CAGAC-GTGT-----AA--------GT-TAAAAGC-CTATACATTGATTA------TACATGCAACAGTAAGGTAACATGTCAC-ATATATGTTACTAAAT--CTA-------ATAACCACAAA-GTAATTT---TGT-ATGATATTAT----A-TGACATACACCAGTA-ACATAACATGCAACATACATAATGTTACTTAATCTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCATGAAATTAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TTTTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTCCGAAAAATGCGAA-------GTTTTATAAATTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGCCTGTACATCGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTACA--ACACA-T-T---AGATTTTTTTT-TAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TGT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTT-T-TATTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttTGTTC-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTCAA------TAATAAGA-ATTGGG--ACGAA-T-T---ACG----TTTT-AAAACCAA---ATGTG-ATA-----GTATTTGTTT---TTGCTCCTA-CGTTTAAGGACAC--CTATCA--T---TTTT-T-TATTTTAGTAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gCTATGTTT-TGTGACA-----CCCTTATTAT-CAGGTAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGAGATT-GG--ACACA-------ACA-A---TTT-AAAGACAA---CTCTG-ATG-----ATAA---GTT---TTGCTCATA-AGTTTCGGTACAT--CTAT-A--T---TTTT-T-TATTTTTGTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TATGTTT-TGGTATA-----CCATAATTTTTCTTGAAAATAATCAATTTTTCAA------TAATAA-A-ATTGGGAAATACA-TGTGTAACT-ATTTTTT-AAA---AAAAGATTTG-ATA-----AT-----GTT---TTGCCCATATATTTTTGGGACAC--ATAT-tgtat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            aATGTTTCTAGGACA-----TCCTTATTTTTCAGGAAAGTAATTACTTTTC-AA------TACTAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-A---TTT-AAAAACAA---ATCTG-ATA-----GT-----TTT---TTGCTTCTA-AGTTTTGGGGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AC--CGTATTTACTAT-TGCACTGGG-ATACTCAATGATT-TGAAACA-----CCTTTATTTTTAAGAAAGTTAATTATTCTTTTGA------TAATAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       CGATAATTTTGCATATAT--ATTTTATATGTTT-AATCCCAAAATATCCATGAAAACCATTGTCTGCACATCATAAca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            C--CATAGTTACCCTCTGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACACCAGTCCCTTAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ACCGTATGTTT-TGGGCCA-----TACTTATTTTACAGGAAAATATTT
gi|2                          :                                                                                 accgtattaATTGATTGGTTGATTGAATATTTAGCATAATTTTAAAGCCATCGAGGGCTt
gi|2                          :                                                                                                                                                                            CTGGGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCTCACCTCCACAAGTAACTGATAACTTTTCCACTTGAATCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCAGGTTGACTGTTGCCGGACGGGTGATTCGAACTCAAAACCCCTGAATTGATTCCGTACAACAGACTATCTAGATCAACTG-----GTATAAAAACACAATACGTAAATGA------TAAATAAAACGATGG--------GTTGCGATATATT-TATTTAAT--ATACTGTATCA-TACCA-AGAGG-AACTCC------ATG-AGTTAT--ACATTGATACGTGTTGTTAA--AT--CATGTATC-TATATA----TACTTAATTTATAGCATATT----CTAT-TACTA-------TTTATGTTC-CAGAATA-----TTATTATTTATCggggttaaccagtactcgagcacacctcacctccacaagtaactgataacttttccacttgaatctgtggtgagagacgaatgataatgagacacaatgtcgtatatcaatcatcaggttgactgttgccggacgggtgattcgaactcaaaacccctgaattgattccgtacaacagactatctagatcaactggtataaaaacacaatacgtaaatgataaataaaacgatgggttgcgatatatttatttaatatactgtatcataccaagaggaactccatgagttatacattgatacgtgttgttaaatcatgtatctatatatacttaatttatagcatattctattactatttatgttccagaatattattatttatc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   attgattggttgattgaatatttagcataattttaaagccatcgagggTTTACCCAATGTATTGGGTACACCTGATGTAT-TGGAACA-----CCCTTTTTTTTCAGGAAAATAATTATTATT---A------TTATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-A---ACA-ATTTTTTTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TTGCTCATA-AGTTTTGGGACAC--GTAT-AAAT---TTTTAT-T----TTGTACATTGTT-------ATTTTCTATCTCAGATAATTTTGCATATAT--ATTTTTTATGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 TATTTACCCGATGTATTGGG-ACACCCTCGGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTATATTGATACCAGTAATAAAA-ATTGGG--ATACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---GA---ACCTG-ATA-----AT-----TTT---TCACTCATA-AA-TTTAGGACATGAATAC-A--T---TTTTA-----TTTTGTACGTTGTTATTTTCCAT-------TTCCGATAATTTCACATATAT--ATTTTATACATTTTAATCCCAAAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ctgTTAC--CATATTTAGCCAATGTATTGGG-ACACCTGATGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATTATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGAG--ATACA-TAT---A-A-ATTTTT---------A---TTCTGTACATTGTTAT-----TTTCTATCTCCGATA-A-TTTCG---CA----TAT-A--TGCATTTTATATGTTTTTAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               a-ATTGGG--ACACCCT-T---A----TTTTTC-AGG---AA---AATTA-TTA-----TT-----TTT---TTGATAATA-AGAATTGAGATAC--ATAT-AAAT---TTTTAT-TCT----GTACATTGTT-------ATTTTCTATCTCCGATAATTTCGCATATATGCATTTTATATGTTTTTATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAAcccaaaatatccatgaaaaacattgtctgtacatcgtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            attaccatatttagccaatgtattgggacacctgatgtAGG----CAACTC-C-ATGTATA--AGTAAGT--CTA-------A-AAT-ATA-----AATTTCCCTGTTAGGAAAGTGTCTACA-TAA---------GTAGACA---CATTGAAAA-ACAT----TTACTGTATTTAA--CCTATGTACC-TATGTATTGGGGACAACCTATGTTT-TGGGATA-----CCCTTATTTTTCAGG--ATTTTTTTTTTTTTTGA------TATTAAAA-GTTAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      gaCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TTTTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTCCGAAAAtttattaaaccgaatttct
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTGCAGGGACAGTGGCCGG-TGGTGTAT-CAAACCCATGACCCGTTCATTGAC--AGT----CAGAC-ACGT-TATTAAATGCGTCGGT-CGGGCGCGTCTTACATTTGTTACAATTTTAC-TGTAACAGCATGTAT-CATGTAAG-ATAAATG-AAATAAATAAATA-------AGAACCAatgcgaagtt
gi|9                          : tGTAACCTCTATAAACACGCTGAAAGACAAATACATATATT-ATTCACTTAACTTAGACAGGGGAGAACATAACATACA--TTCAATTG-TTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTTATGTTTATGCCATTGAGGGCTAACAGAGTATTGT





Alignments
lowQualScore                  :              11      222      222        1     11              222            111                                                                                                                                                                                                                                11                                11   2222     999999999999999999999   1       1              333333              444444444444444      222       111  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888        11    33333                                                                                                                                                   111                     11111                                     11                            4444444444444444                     11                                                        
lowQualScore                  :      1       66   1  111      111   1    5     88   1   1   22 000          1 999    1   7                         0                             22                                     22                                         2          1                                                 0 0 1            22       7 0      3        1      88   8888     666666666666666666666   3       2 1    0  1    888888   7  1   0   222222222222222      000 1     444  33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333    1   44    88888            99                      8             2       66666                                  999999        3      55     3 99999 88888     3   999  666     3   99999  44444   666      1  3             888   4 22 777    88888               7777777777777777                0    11        4    0                                          
lowQualScore                  :      .       ..   .  ...      ...   .    .     ..   .   .   .. ...          . ...    .   .                         .                             ..                                     ..                                         .          .                                                 . . .            ..       . .      .        .      ..   ....     .....................   .       . .    .  .    ......   .  .   .   ...............      ... .     ...  .......................................................................    .   ..    .....            ..                      .             .       .....                                  ......        .      ..     . ..... .....     .   ...  ...     .   .....  .....   ...      .  .             ...   . .. ...    .....               ................                .    ..        .    .                                          
lowQualScore                  :      0       55   0  000      555   0    0     00   0   0   00 555          0 000    0   3                         7                             00                                     00                                         5          0                                                 7 7 0            77       3 7      7        0      33   3333     333333333333333333333   3       0 0    7  0    333333   3  0   7   555555555555555      000 0     888  55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    0   77    00000            22                      9             7       77777                                  666666        3      00     6 22222 55555     6   111  444     6   11111  11111   444      9  6             000   0 22 888    88888               0000000000000000                8    00        6    8                                          
consensus                     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGACGCG-T----ATCAA------CGGT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TNTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
Reference ( family-3326 )     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGACGCG-T----ATCAA------TGGT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TNTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
gi|1                          :  GTAAATTCTATAT-CACCCT---AGACAA---CATTTACCCATTCA--TAAATTACACATTA---AGCATGATGTCCTGTTTTATTTGATTGATTGATTGATTAAATATTAAGCATAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGATGATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGATTAACCATAACTCGAGCACACCCTGTCTCTGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCAGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCATATATCAATCATCACAGAGACTGTTGCCGGGTGGGGGATTCAAACTCACGACCCCTGGATTAAT--AGT----CAGACGTG-T----A-----------AGT-TAAAAGC-CTATACATTGATTA------TACATGCAACAGTAAGGTAACATGTCAC-ATATATGTTACTAAAT--CTA-------ATAACCACAAA-GTAATTT---TGT-ATGATATTAT----A-TGACATACACCAGTA-ACATAACATGCAACATACATAATGTTACTTAATCTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCATGAAATTAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TTTTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTCCGAAAAATGCGAA-------GTTTTATAAATTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGCCTGTACATCGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         aACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTACA--ACACA-T-T---AGATTTTTTTT-TAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TGT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTT-T-TATTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tttTGTTC-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTCAA------TAATAAGA-ATTGGG--ACGAA-T-T---ACG----TTTT-AAAACCAA---ATGTG-ATA-----GTATTTGTTT---TTGCTCCTA-CGTTTAAGGACAC--CTATCA--T---TTTT-T-TATTTTAGTAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            gCTATGTTT-TGTGACA-----CCCTTATTAT-CAGGTAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGAGATT-GG--ACACA-------ACA-A---TTT-AAAGACAA---CTCTG-ATG-----ATAA---GTT---TTGCTCATA-AGTTTCGGTACAT--CTAT-A--T---TTTT-T-TATTTTTGTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TATGTTT-TGGTATA-----CCATAATTTTTCTTGAAAATAATCAATTTTTCAA------TAATAA-A-ATTGGGAAATACA-TGTGTAACT-ATTTTTT-AAA---AAAAGATTTG-ATA-----AT-----GTT---TTGCCCATATATTTTTGGGACAC--ATAT-tgtat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aATGTTTCTAGGACA-----TCCTTATTTTTCAGGAAAGTAATTACTTTTC-AA------TACTAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-A---TTT-AAAAACAA---ATCTG-ATA-----GT-----TTT---TTGCTTCTA-AGTTTTGGGGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             AC--CGTATTTACTAT-TGCACTGGG-ATACTCAATGATT-TGAAACA-----CCTTTATTTTTAAGAAAGTTAATTATTCTTTTGA------TAATAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         CGATAATTTTGCATATAT--ATTTTATATGTTT-AATCCCAAAATATCCATGAAAACCATTGTCTGCACATCATAAca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              C--CATAGTTACCCTCTGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACACCAGTCCCTTAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ACCGTATGTTT-TGGGCCA-----TACTTATTTTACAGGAAAATATTT
gi|2                          :                                                                                 accgtattaATTGATTGGTTGATTGAATATTTAGCATAATTTTAAAGCCATCGAGGGCTt
gi|2                          :                                                                                                                                                                            CTGGGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCTCACCTCCACAAGTAACTGATAACTTTTCCACTTGAATCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCAGGTTGACTGTTGCCGGACGGGTGATTCGAACTCAAAACCCCTGAATTGATTCCGTACAACAGAC-TA-TCTAGATCAAC-----TGGTATAAAAACACAATACGTAAATGA------TAAATAAAACGATGG--------GTTGCGATATATT-TATTTAAT--ATACTGTATCA-TACCA-AGAGG-AACTCC------ATG-AGTTAT--ACATTGATACGTGTTGTTAA--AT--CATGTATC-TATATA----TACTTAATTTATAGCATATT----CTAT-TACTA-------TTTATGTTC-CAGAATA-----TTATTATTTATCggggttaaccagtactcgagcacacctcacctccacaagtaactgataacttttccacttgaatctgtggtgagagacgaatgataatgagacacaatgtcgtatatcaatcatcaggttgactgttgccggacgggtgattcgaactcaaaacccctgaattgattccgtacaacagactatctagatcaactggtataaaaacacaatacgtaaatgataaataaaacgatgggttgcgatatatttatttaatatactgtatcataccaagaggaactccatgagttatacattgatacgtgttgttaaatcatgtatctatatatacttaatttatagcatattctattactatttatgttccagaatattattatttatc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     attgattggttgattgaatatttagcataattttaaagccatcgagggTTTACCCAATGTATTGGGTACACCTGATGTAT-TGGAACA-----CCCTTTTTTTTCAGGAAAATAATTATTATT---A------TTATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-A---ACA-ATTTTTTTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TTGCTCATA-AGTTTTGGGACAC--GTAT-AAAT---TTTTAT-T----TTGTACATTGTT-------ATTTTCTATCTCAGATAATTTTGCATATAT--ATTTTTTATGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TATTTACCCGATGTATTGGG-ACACCCTCGGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTATATTGATACCAGTAATAAAA-ATTGGG--ATACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---GA---ACCTG-ATA-----AT-----TTT---TCACTCATA-AA-TTTAGGACATGAATAC-A--T---TTTTA-----TTTTGTACGTTGTTATTTTCCAT-------TTCCGATAATTTCACATATAT--ATTTTATACATTTTAATCCCAAAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ctgTTAC--CATATTTAGCCAATGTATTGGG-ACACCTGATGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATTATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGAG--ATACA-TAT---A-A-ATTTTT---------A---TTCTGTACATTGTTAT-----TTTCTATCTCCGATA-A-TTTCG---CA----TAT-A--TGCATTTTATATGTTTTTAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 a-ATTGGG--ACACCCT-T---A----TTTTTC-AGG---AA---AATTA-TTA-----TT-----TTT---TTGATAATA-AGAATTGAGATAC--ATAT-AAAT---TTTTAT-TCT----GTACATTGTT-------ATTTTCTATCTCCGATAATTTCGCATATATGCATTTTATATGTTTTTATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAAcccaaaatatccatgaaaaacattgtctgtacatcgtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              attaccatatttagccaatgtattgggacacctgatgtAGG----CAACTC-C-ATGTATA--AGTAAGT--CTA-------A-AAT-ATA-----AATTTCCCTGTTAGGAAAGTGTCTACA-TAA---------GTAGACA---CATTGAAAA-ACAT----TTACTGTATTTAA--CCTATGTACC-TATGTATTGGGGACAACCTATGTTT-TGGGATA-----CCCTTATTTTTCAGG--ATTTTTTTTTTTTTTGA------TATTAAAA-GTTAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        gaCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TTTTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTCCGAAAAtttattaaaccgaatttct
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTGCAGGGACAGTGGCCGG-TGGTGTAT-CAAACCCATGACCCGTTCATTGAC--AGT----CAGACACGTT----ATTAAATGCGTCGGT-CGGGCGCGTCTTACATTTGTTACAATTTTAC-TGTAACAGCATGTAT-CATGTAAG-ATAAATG-AAATAAATAAATA-------AGAACCAatgcgaagtt
gi|9                          : tGTAACCTCTATAAACACGCTGAAAGACAAATACATATATT-ATTCACTTAACTTAGACAGGGGAGAACATAACATACA--TTCAATTG-TTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTTATGTTTATGCCATTGAGGGCTAACAGAGTATTGT





Alignments
lowQualScore                  :              11      222      222        1     11              222            111                                                                                                                                                                                                                                11                                11   2222     9999999999999999999999   1       1              333333              444444444444444      222       111  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888        11    33333                                                                                                                                                   111                     11111                                     11                            4444444444444444                     11                                                        
lowQualScore                  :      1       66   1  111      111   1    5     88   1   1   22 000          1 999    1   7                         0                             22                                     22                                         2          1                                                 0 0 1            22       7 0      3        1      88   8888     0000000000000000000000   3       2 1    0  1    888888   7  1   0   222222222222222      000 1     444  33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333    1   44    88888            99                      8             2       66666                                  999999        3      55     3 99999 88888     3   999  666     3   99999  44444   666      1  3             888   4 22 777    88888               7777777777777777                0    11        4    0                                          
lowQualScore                  :      .       ..   .  ...      ...   .    .     ..   .   .   .. ...          . ...    .   .                         .                             ..                                     ..                                         .          .                                                 . . .            ..       . .      .        .      ..   ....     ......................   .       . .    .  .    ......   .  .   .   ...............      ... .     ...  .......................................................................    .   ..    .....            ..                      .             .       .....                                  ......        .      ..     . ..... .....     .   ...  ...     .   .....  .....   ...      .  .             ...   . .. ...    .....               ................                .    ..        .    .                                          
lowQualScore                  :      0       55   0  000      555   0    0     00   0   0   00 555          0 000    0   3                         7                             00                                     00                                         5          0                                                 7 7 0            77       3 7      7        0      33   3333     7777777777777777777777   3       0 0    7  0    333333   3  0   7   555555555555555      000 0     888  55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    0   77    00000            22                      9             7       77777                                  666666        3      00     6 22222 55555     6   111  444     6   11111  11111   444      9  6             000   0 22 888    88888               0000000000000000                8    00        6    8                                          
consensus                     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGACGCG-T----ATCAA------C-GGT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TNTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
Reference ( family-3326 )     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGACGCG-T----ATCAA------C-GGT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TNTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
gi|1                          :  GTAAATTCTATAT-CACCCT---AGACAA---CATTTACCCATTCA--TAAATTACACATTA---AGCATGATGTCCTGTTTTATTTGATTGATTGATTGATTAAATATTAAGCATAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGATGATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGATTAACCATAACTCGAGCACACCCTGTCTCTGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCAGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCATATATCAATCATCACAGAGACTGTTGCCGGGTGGGGGATTCAAACTCACGACCCCTGGATTAAT--AGT----CAGACGTG-T----A------------AGT-TAAAAGC-CTATACATTGATTA------TACATGCAACAGTAAGGTAACATGTCAC-ATATATGTTACTAAAT--CTA-------ATAACCACAAA-GTAATTT---TGT-ATGATATTAT----A-TGACATACACCAGTA-ACATAACATGCAACATACATAATGTTACTTAATCTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCATGAAATTAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TTTTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTCCGAAAAATGCGAA-------GTTTTATAAATTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGCCTGTACATCGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTACA--ACACA-T-T---AGATTTTTTTT-TAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TGT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTT-T-TATTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttTGTTC-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTCAA------TAATAAGA-ATTGGG--ACGAA-T-T---ACG----TTTT-AAAACCAA---ATGTG-ATA-----GTATTTGTTT---TTGCTCCTA-CGTTTAAGGACAC--CTATCA--T---TTTT-T-TATTTTAGTAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gCTATGTTT-TGTGACA-----CCCTTATTAT-CAGGTAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGAGATT-GG--ACACA-------ACA-A---TTT-AAAGACAA---CTCTG-ATG-----ATAA---GTT---TTGCTCATA-AGTTTCGGTACAT--CTAT-A--T---TTTT-T-TATTTTTGTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATGTTT-TGGTATA-----CCATAATTTTTCTTGAAAATAATCAATTTTTCAA------TAATAA-A-ATTGGGAAATACA-TGTGTAACT-ATTTTTT-AAA---AAAAGATTTG-ATA-----AT-----GTT---TTGCCCATATATTTTTGGGACAC--ATAT-tgtat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aATGTTTCTAGGACA-----TCCTTATTTTTCAGGAAAGTAATTACTTTTC-AA------TACTAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-A---TTT-AAAAACAA---ATCTG-ATA-----GT-----TTT---TTGCTTCTA-AGTTTTGGGGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC--CGTATTTACTAT-TGCACTGGG-ATACTCAATGATT-TGAAACA-----CCTTTATTTTTAAGAAAGTTAATTATTCTTTTGA------TAATAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CGATAATTTTGCATATAT--ATTTTATATGTTT-AATCCCAAAATATCCATGAAAACCATTGTCTGCACATCATAAca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               C--CATAGTTACCCTCTGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACACCAGTCCCTTAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACCGTATGTTT-TGGGCCA-----TACTTATTTTACAGGAAAATATTT
gi|2                          :                                                                                 accgtattaATTGATTGGTTGATTGAATATTTAGCATAATTTTAAAGCCATCGAGGGCTt
gi|2                          :                                                                                                                                                                            CTGGGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCTCACCTCCACAAGTAACTGATAACTTTTCCACTTGAATCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCAGGTTGACTGTTGCCGGACGGGTGATTCGAACTCAAAACCCCTGAATTGATTCCGTACAACAGAC-TA-TCTAGATCAA------CTGGTATAAAAACACAATACGTAAATGA------TAAATAAAACGATGG--------GTTGCGATATATT-TATTTAAT--ATACTGTATCA-TACCA-AGAGG-AACTCC------ATG-AGTTAT--ACATTGATACGTGTTGTTAA--AT--CATGTATC-TATATA----TACTTAATTTATAGCATATT----CTAT-TACTA-------TTTATGTTC-CAGAATA-----TTATTATTTATCggggttaaccagtactcgagcacacctcacctccacaagtaactgataacttttccacttgaatctgtggtgagagacgaatgataatgagacacaatgtcgtatatcaatcatcaggttgactgttgccggacgggtgattcgaactcaaaacccctgaattgattccgtacaacagactatctagatcaactggtataaaaacacaatacgtaaatgataaataaaacgatgggttgcgatatatttatttaatatactgtatcataccaagaggaactccatgagttatacattgatacgtgttgttaaatcatgtatctatatatacttaatttatagcatattctattactatttatgttccagaatattattatttatc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      attgattggttgattgaatatttagcataattttaaagccatcgagggTTTACCCAATGTATTGGGTACACCTGATGTAT-TGGAACA-----CCCTTTTTTTTCAGGAAAATAATTATTATT---A------TTATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-A---ACA-ATTTTTTTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TTGCTCATA-AGTTTTGGGACAC--GTAT-AAAT---TTTTAT-T----TTGTACATTGTT-------ATTTTCTATCTCAGATAATTTTGCATATAT--ATTTTTTATGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TATTTACCCGATGTATTGGG-ACACCCTCGGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTATATTGATACCAGTAATAAAA-ATTGGG--ATACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---GA---ACCTG-ATA-----AT-----TTT---TCACTCATA-AA-TTTAGGACATGAATAC-A--T---TTTTA-----TTTTGTACGTTGTTATTTTCCAT-------TTCCGATAATTTCACATATAT--ATTTTATACATTTTAATCCCAAAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ctgTTAC--CATATTTAGCCAATGTATTGGG-ACACCTGATGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATTATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGAG--ATACA-TAT---A-A-ATTTTT---------A---TTCTGTACATTGTTAT-----TTTCTATCTCCGATA-A-TTTCG---CA----TAT-A--TGCATTTTATATGTTTTTAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  a-ATTGGG--ACACCCT-T---A----TTTTTC-AGG---AA---AATTA-TTA-----TT-----TTT---TTGATAATA-AGAATTGAGATAC--ATAT-AAAT---TTTTAT-TCT----GTACATTGTT-------ATTTTCTATCTCCGATAATTTCGCATATATGCATTTTATATGTTTTTATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAAcccaaaatatccatgaaaaacattgtctgtacatcgtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               attaccatatttagccaatgtattgggacacctgatgtAGG----CAACTC-C-ATGTATA--AGTAAGT--CTA-------A-AAT-ATA-----AATTTCCCTGTTAGGAAAGTGTCTACA-TAA---------GTAGACA---CATTGAAAA-ACAT----TTACTGTATTTAA--CCTATGTACC-TATGTATTGGGGACAACCTATGTTT-TGGGATA-----CCCTTATTTTTCAGG--ATTTTTTTTTTTTTTGA------TATTAAAA-GTTAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gaCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TTTTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTCCGAAAAtttattaaaccgaatttct
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTGCAGGGACAGTGGCCGG-TGGTGTAT-CAAACCCATGACCCGTTCATTGAC--AGT----CAGACACGTT----ATTAAATGCGTC-GGT-CGGGCGCGTCTTACATTTGTTACAATTTTAC-TGTAACAGCATGTAT-CATGTAAG-ATAAATG-AAATAAATAAATA-------AGAACCAatgcgaagtt
gi|9                          : tGTAACCTCTATAAACACGCTGAAAGACAAATACATATATT-ATTCACTTAACTTAGACAGGGGAGAACATAACATACA--TTCAATTG-TTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTTATGTTTATGCCATTGAGGGCTAACAGAGTATTGT





Alignments
lowQualScore                  :              11      222      222        1     11              222            111                                                                                                                                                                                                                                11                                11   2222     9999999999999999999999   1       1              333333              444444444444444      222       111  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888        11    33333                                                                                                                                                   111                     11111                                     11                            4444444444444444                     11                                                        
lowQualScore                  :      1       66   1  111      111   1    5     88   1   1   22 000          1 999    1   7                         0                             22                                     22                                         2          1                                                 0 0 1            22       7 0      3        1      88   8888     0000000000000000000000   3       2 1    0  1    888888   7  1   0   222222222222222      000 1     444  33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333    1   44    88888            99                      8             2       66666                                  999999        3      55     3 99999 88888     3   999  666     3   99999  44444   666      1  3             888   4 22 777    88888               7777777777777777                0    11        4    0                                          
lowQualScore                  :      .       ..   .  ...      ...   .    .     ..   .   .   .. ...          . ...    .   .                         .                             ..                                     ..                                         .          .                                                 . . .            ..       . .      .        .      ..   ....     ......................   .       . .    .  .    ......   .  .   .   ...............      ... .     ...  .......................................................................    .   ..    .....            ..                      .             .       .....                                  ......        .      ..     . ..... .....     .   ...  ...     .   .....  .....   ...      .  .             ...   . .. ...    .....               ................                .    ..        .    .                                          
lowQualScore                  :      0       55   0  000      555   0    0     00   0   0   00 555          0 000    0   3                         7                             00                                     00                                         5          0                                                 7 7 0            77       3 7      7        0      33   3333     7777777777777777777777   3       0 0    7  0    333333   3  0   7   555555555555555      000 0     888  55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    0   77    00000            22                      9             7       77777                                  666666        3      00     6 22222 55555     6   111  444     6   11111  11111   444      9  6             000   0 22 888    88888               0000000000000000                8    00        6    8                                          
consensus                     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGACGCG-T----ATCAA------C-GGT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TNTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
Reference ( family-3326 )     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGACGCG-T----ATCAA------C-GGT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TNTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
gi|1                          :  GTAAATTCTATAT-CACCCT---AGACAA---CATTTACCCATTCA--TAAATTACACATTA---AGCATGATGTCCTGTTTTATTTGATTGATTGATTGATTAAATATTAAGCATAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGATGATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGATTAACCATAACTCGAGCACACCCTGTCTCTGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCAGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCATATATCAATCATCACAGAGACTGTTGCCGGGTGGGGGATTCAAACTCACGACCCCTGGATTAAT--AGT----CAGACGTG-T----A------------AGT-TAAAAGC-CTATACATTGATTA------TACATGCAACAGTAAGGTAACATGTCAC-ATATATGTTACTAAAT--CTA-------ATAACCACAAA-GTAATTT---TGT-ATGATATTAT----A-TGACATACACCAGTA-ACATAACATGCAACATACATAATGTTACTTAATCTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCATGAAATTAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TTTTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTCCGAAAAATGCGAA-------GTTTTATAAATTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGCCTGTACATCGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTACA--ACACA-T-T---AGATTTTTTTT-TAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TGT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTT-T-TATTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTC
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttTGTTC-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTCAA------TAATAAGA-ATTGGG--ACGAA-T-T---ACG----TTTT-AAAACCAA---ATGTG-ATA-----GTATTTGTTT---TTGCTCCTA-CGTTTAAGGACAC--CTATCA--T---TTTT-T-TATTTTAGTAAAT
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gCTATGTTT-TGTGACA-----CCCTTATTAT-CAGGTAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGAGATT-GG--ACACA-------ACA-A---TTT-AAAGACAA---CTCTG-ATG-----ATAA---GTT---TTGCTCATA-AGTTTCGGTACAT--CTAT-A--T---TTTT-T-TATTTTTGTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATGTTT-TGGTATA-----CCATAATTTTTCTTGAAAATAATCAATTTTTCAA------TAATAA-A-ATTGGGAAATACA-TGTGTAACT-ATTTTTT-AAA---AAAAGATTTG-ATA-----AT-----GTT---TTGCCCATATATTTTTGGGACAC--ATAT-tgtat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aATGTTTCTAGGACA-----TCCTTATTTTTCAGGAAAGTAATTACTTTTC-AA------TACTAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-A---TTT-AAAAACAA---ATCTG-ATA-----GT-----TTT---TTGCTTCTA-AGTTTTGGGGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC--CGTATTTACTAT-TGCACTGGG-ATACTCAATGATT-TGAAACA-----CCTTTATTTTTAAGAAAGTTAATTATTCTTTTGA------TAATAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          CGATAATTTTGCATATAT--ATTTTATATGTTT-AATCCCAAAATATCCATGAAAACCATTGTCTGCACATCATAAca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               C--CATAGTTACCCTCTGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACACCAGTCCCTTAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACCGTATGTTT-TGGGCCA-----TACTTATTTTACAGGAAAATATTT
gi|2                          :                                                                                 accgtattaATTGATTGGTTGATTGAATATTTAGCATAATTTTAAAGCCATCGAGGGCTt
gi|2                          :                                                                                                                                                                            CTGGGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCTCACCTCCACAAGTAACTGATAACTTTTCCACTTGAATCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCAGGTTGACTGTTGCCGGACGGGTGATTCGAACTCAAAACCCCTGAATTGATTCCGTACAACAGAC-TA-TCTAGATCAA------CTGGTATAAAAACACAATACGTAAATGA------TAAATAAAACGATGG--------GTTGCGATATATT-TATTTAAT--ATACTGTATCA-TACCA-AGAGG-AACTCC------ATG-AGTTAT--ACATTGATACGTGTTGTTAA--AT--CATGTATC-TATATA----TACTTAATTTATAGCATATT----CTAT-TACTA-------TTTATGTTC-CAGAATA-----TTATTATTTATCggggttaaccagtactcgagcacacctcacctccacaagtaactgataacttttccacttgaatctgtggtgagagacgaatgataatgagacacaatgtcgtatatcaatcatcaggttgactgttgccggacgggtgattcgaactcaaaacccctgaattgattccgtacaacagactatctagatcaactggtataaaaacacaatacgtaaatgataaataaaacgatgggttgcgatatatttatttaatatactgtatcataccaagaggaactccatgagttatacattgatacgtgttgttaaatcatgtatctatatatacttaatttatagcatattctattactatttatgttccagaatattattatttatc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      attgattggttgattgaatatttagcataattttaaagccatcgagggTTTACCCAATGTATTGGGTACACCTGATGTAT-TGGAACA-----CCCTTTTTTTTCAGGAAAATAATTATTATT---A------TTATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-A---ACA-ATTTTTTTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TTGCTCATA-AGTTTTGGGACAC--GTAT-AAAT---TTTTAT-T----TTGTACATTGTT-------ATTTTCTATCTCAGATAATTTTGCATATAT--ATTTTTTATGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TATTTACCCGATGTATTGGG-ACACCCTCGGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTATATTGATACCAGTAATAAAA-ATTGGG--ATACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---GA---ACCTG-ATA-----AT-----TTT---TCACTCATA-AA-TTTAGGACATGAATAC-A--T---TTTTA-----TTTTGTACGTTGTTATTTTCCAT-------TTCCGATAATTTCACATATAT--ATTTTATACATTTTAATCCCAAAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ctgTTAC--CATATTTAGCCAATGTATTGGG-ACACCTGATGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATTATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGAG--ATACA-TAT---A-A-ATTTTT---------A---TTCTGTACATTGTTAT-----TTTCTATCTCCGATA-A-TTTCG---CA----TAT-A--TGCATTTTATATGTTTTTAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  a-ATTGGG--ACACCCT-T---A----TTTTTC-AGG---AA---AATTA-TTA-----TT-----TTT---TTGATAATA-AGAATTGAGATAC--ATAT-AAAT---TTTTAT-TCT----GTACATTGTT-------ATTTTCTATCTCCGATAATTTCGCATATATGCATTTTATATGTTTTTATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAAcccaaaatatccatgaaaaacattgtctgtacatcgtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               attaccatatttagccaatgtattgggacacctgatgtAGG----CAACTC-C-ATGTATA--AGTAAGT--CTA-------A-AAT-ATA-----AATTTCCCTGTTAGGAAAGTGTCTACA-TAA---------GTAGACA---CATTGAAAA-ACAT----TTACTGTATTTAA--CCTATGTACC-TATGTATTGGGGACAACCTATGTTT-TGGGATA-----CCCTTATTTTTCAGG--ATTTTTTTTTTTTTTGA------TATTAAAA-GTTAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gaCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TTTTTTTGGACATTGTT-------AT-------CTCCGAAAAtttattaaaccgaatttct
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTGCAGGGACAGTGGCCGG-TGGTGTAT-CAAACCCATGACCCGTTCATTGAC--AGT----CAGACACGTT----ATTAAATGCGTC-GGT-CGGGCGCGTCTTACATTTGTTACAATTTTAC-TGTAACAGCATGTAT-CATGTAAG-ATAAATG-AAATAAATAAATA-------AGAACCAatgcgaagtt
gi|9                          : tGTAACCTCTATAAACACGCTGAAAGACAAATACATATATT-ATTCACTTAACTTAGACAGGGGAGAACATAACATACA--TTCAATTG-TTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTTATGTTTATGCCATTGAGGGCTAACAGAGTATTGT


blockSeqs                     :      C       AA   G  GAA      ATA   A    .     CT   C   G   GG GAG          A A      A   A                                                       GT                                     GT                                         C          T                                                     T            AC       T        A        A      TC   ACAA     ACGTTATTAAATGCGTC        A       A A       A    CAATTT   A  A       TGTATCATGTAAG        TT  T     AAA  CTGTATCATACCAAGAGGAACTCCATGAGTTATACATTGATACGTGTTGTTAAAT                    T   T     A                AG                      T             C       CCAGT                                  TACCAG        G      AA     C GTGTA GATTT     T   ACC  AAG     T   TTGTT  ATTTG   CTA      C  T             GAA   C AA GCA    ATATG               ATTTTCTAT                            GC        T
blockSeqs                     :                                                                                          .                                                                                                                                                                                                          G            T        .        T        C      .    .        TATCTAGATCAACT           .       G C       T    .        .  T       GGCAACTCC            GA  G     A    AAATATAAATTTCCCTGTTAGGAAAGTGTCTACATAAGTAGACA                               G   A     T                .                       G             .       .                                      .             .      .      . AT    CTAT      .   GAC  .       .   .      AA      .        C  .             C     . AA .      ATTC                ATTTTCCAT                            .         T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GGTTGCG              A   A     C                                                                                                          .                       .             .       .                                      .             .      .      . T     CAAT      .   AAC  .       .   .      .       .        A  .             C     . .  .      ATTT                ATTTTCTAT                            .         C
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .                       .             .       .                                      .             .      .      . T     CAAT      .   .    .       .   .      .       .        A  .             C     . .  .      TTA                 AT                                   .         T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                .                       .             .       .                                      .             .      .      . T     GAAT      .   .    .       .   .      .       .        C  .             A     . .  .      TTA                 AT                                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .             .       .                                      .             .      .      . A     CAA       .   .    .       .   .      .       .        A  .             G     . .  .      TTA                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .             .       .                                      .             .      .      . T     CAA       .   .    .       .   .      .       .        A  .             A     . .  .      ATT                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        .             .       .                                      .             .      .      . T     AAT       .   .    .       .   .      .       .        A  .             C     . .  .      A                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .       .                                      .             .      .      . T     CG        .   .    .       .   .      .       .        A  .             .     .                                                                               
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .       .                                      .             .      .      . .     T         .   .    .       .   .      .       .        C  .                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .       .                                      .             .                                                                                                                                                                                   
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .       .                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .       .                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      .       .                                                                                                                                                                                                                                        


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TTA**               ATTTTCTAT*******
originalCons                  : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGACGCG-T----ATCAA------C-GGT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTAT-TNTTTTTGTACATTGTT-------AT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
finalCons                     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGACGCG-T----ATCAA------C-GGT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGA------TAATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-ATTTTTT-AAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACAC--CTAT-A--T---TTTTTTA--TTTTTGTACATTGTTATTTTCTAT-------CTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA





Alignments
lowQualScore                  :              11      222      222        1     11              222            111                                                                                                                                                                                                                                11                                11   2222     9999999999999999999999   1       1              333333              444444444444444      222       111  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888        11    33333                                                                                                                               111111111111        111                     11111                                                                                            11                                                        
lowQualScore                  :      1       66   1  111      111   1    5     88   1   1   22 000          1 999    1   7                         0                             22                                     22                                         2          1                                                 0 0 1            22       7 0      3        1      88   8888     0000000000000000000000   3       2 1    0  1    888888   7  1   0   222222222222222      000 1     444  33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333    1   44    88888            99                      8             2       66666                                    999999      3      55     3 222222222222        999  666     3   99999  44444   666      1  3     0       2   4  777    8       4                                   0    11        4    0                                          
lowQualScore                  :      .       ..   .  ...      ...   .    .     ..   .   .   .. ...          . ...    .   .                         .                             ..                                     ..                                         .          .                                                 . . .            ..       . .      .        .      ..   ....     ......................   .       . .    .  .    ......   .  .   .   ...............      ... .     ...  .......................................................................    .   ..    .....            ..                      .             .       .....                                    ......      .      ..     . ............        ...  ...     .   .....  .....   ...      .  .     .       .   .  ...    .       .                                   .    ..        .    .                                          
lowQualScore                  :      0       55   0  000      555   0    0     00   0   0   00 555          0 000    0   3                         7                             00                                     00                                         5          0                                                 7 7 0            77       3 7      7        0      33   3333     7777777777777777777777   3       0 0    7  0    333333   3  0   7   555555555555555      000 0     888  55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    0   77    00000            22                      9             7       77777                                    666666      3      00     6 444444444444        111  444     6   11111  11111   444      9  6     5       5   0  888    9       8                                   8    00        6    8                                          
consensus                     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGACGCG-T----ATCAA------C-GGT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGATA------ATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-A-TTTTTTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACACCTAT-AT---TTTT-TTATTTTTGTACATTGTTATTTTCTATCTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
Reference ( family-3326 )     : NGTAANCTCTATANACACNCTGAAAGACAAATACATNTACCCATTCACTTAANTTANACANNGGAGAGCATGACGTNCNGTTTCANTTGATTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGANNATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGGTTAACCANNACTCGAGCACACCCCGCCTCCGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCNGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCGCGGNGACTGTTGCCGGGCGGGGGATTCGAACTCACGACCCCTGNATTGAT--AGT----CAGACGCG-T----ATCAA------C-GGT-TAAAAGCGCNATACGTTNATTA------TACATGNAACGGTAGG----CATGTCGC-ATATATG-TANTAAAT--NTA-------A-AACCACAGA-G-AATTTC--TGT-ATGAAATTAT--ACA-TGACACGCGCCGGTAGACAT--CATGNAACATACATA---TTACTTAATTTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGATA------ATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-A-TTTTTTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGCCCATA-AGTTTTGGGACACCTAT-AT---TTTT-TTATTTTTGTACATTGTTATTTTCTATCTCCGATAATTTCGCATATAT--ATTTTATACGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAA
gi|1                          :  GTAAATTCTATAT-CACCCT---AGACAA---CATTTACCCATTCA--TAAATTACACATTA---AGCATGATGTCCTGTTTTATTTGATTGATTGATTGATTAAATATTAAGCATAATTTTTATGCCATCGAGGGCTAACAGATGATCGTTTAACCTAACCACTATTTCCTGGGATTAACCATAACTCGAGCACACCCTGTCTCTGCAAGTAACTGATAACTTTCGCACCTGAATCAGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCATATATCAATCATCACAGAGACTGTTGCCGGGTGGGGGATTCAAACTCACGACCCCTGGATTAAT--AGT----CAGACGTG-T----A------------AGT-TAAAAGC-CTATACATTGATTA------TACATGCAACAGTAAGGTAACATGTCAC-ATATATGTTACTAAAT--CTA-------ATAACCACAAA-GTAATTT---TGT-ATGATATTAT----A-TGACATACACCAGTA-ACATAACATGCAACATACATAATGTTACTTAATCTAC--CATATTTACCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCATGAAATTAATTATTTTTTTGATA------ATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-A-TTTTTTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACACCTAT-AT---TTTTATTTTTTTTGGACATTGT-------TATCTCCGAAAAATGCGAA-------GTTTTATAAATTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGCCTGTACATCGTAA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGATA------ATAAGA-ATTACA--ACACA-T-T---AGATT-TTTTTTTAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TGT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACACCTAT-AT---TTTT-TTATTTTTGGACATTGTTATCT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttTGTTC-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTCAATA------ATAAGA-ATTGGG--ACGAA-T-T---ACG-----TTTTAAAACCAA---ATGTG-ATA-----GTATTTGTTT---TTGCTCCTA-CGTTTAAGGACACCTATCAT---TTTT-TTATTTTAGTAAATc
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             gCTATGTTT-TGTGACA-----CCCTTATTAT-CAGGTAAATAATTATTTTTTTGATA------ATAAGAGATT-GG--ACACA-------ACA-A----TTTAAAGACAA---CTCTG-ATG-----ATAA---GTT---TTGCTCATA-AGTTTCGGTACATCTAT-AT---TTTT-TTATTTTTGTA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TATGTTT-TGGTATA-----CCATAATTTTTCTTGAAAATAATCAATTTTTCAATA------ATAA-A-ATTGGGAAATACA-TGTGTAACT-A-TTTTTTAAA---AAAAGATTTG-ATA-----AT-----GTT---TTGCCCATATATTTTTGGGACACATAT-tgtat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               aATGTTTCTAGGACA-----TCCTTATTTTTCAGGAAAGTAATTACTTTTC-AATA------CTAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---ACA-A----TTTAAAAACAA---ATCTG-ATA-----GT-----TTT---TTGCTTCTA-AGTTTTGGGGC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              AC--CGTATTTACTAT-TGCACTGGG-ATACTCAATGATT-TGAAACA-----CCTTTATTTTTAAGAAAGTTAATTATTCTTTTGATA------ATAA
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              CGATAATTTTGCATATAT--ATTTTATATGTTT-AATCCCAAAATATCCATGAAAACCATTGTCTGCACATCATAAca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               C--CATAGTTACCCTCTGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACACCAGTCCCTTAT
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACCGTATGTTT-TGGGCCA-----TACTTATTTTACAGGAAAATATTT
gi|2                          :                                                                                 accgtattaATTGATTGGTTGATTGAATATTTAGCATAATTTTAAAGCCATCGAGGGCTt
gi|2                          :                                                                                                                                                                            CTGGGGTTAACCAGTACTCGAGCACACCTCACCTCCACAAGTAACTGATAACTTTTCCACTTGAATCTGTGGTGAGAGACGAATGATAATGAGACACAATGTCGTATATCAATCATCAGGTTGACTGTTGCCGGACGGGTGATTCGAACTCAAAACCCCTGAATTGATTCCGTACAACAGAC-TA-TCTAGATCAA------CTGGTATAAAAACACAATACGTAAATGA------TAAATAAAACGATGG--------GTTGCGATATATT-TATTTAAT--ATACTGTATCA-TACCA-AGAGG-AACTCC------ATG-AGTTAT--ACATTGATACGTGTTGTTAA--AT--CATGTATC-TATATA----TACTTAATTTATAGCATATT----CTAT-TACTA-------TTTATGTTC-CAGAATA-----TTATTATTTATCggggttaaccagtactcgagcacacctcacctccacaagtaactgataacttttccacttgaatctgtggtgagagacgaatgataatgagacacaatgtcgtatatcaatcatcaggttgactgttgccggacgggtgattcgaactcaaaacccctgaattgattccgtacaacagactatctagatcaactggtataaaaacacaatacgtaaatgataaataaaacgatgggttgcgatatatttatttaatatactgtatcataccaagaggaactccatgagttatacattgatacgtgttgttaaatcatgtatctatatatacttaatttatagcatattctattactatttatgttccagaatattattatttatc
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      attgattggttgattgaatatttagcataattttaaagccatcgagggTTTACCCAATGTATTGGGTACACCTGATGTAT-TGGAACA-----CCCTTTTTTTTCAGGAAAATAATTATTATT---ATT------ATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-A---ACA-ATTTTTTTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TTGCTCATA-AGTTTTGGGACACGTAT-AA---ATTT-TTA-TTTTGTACATTGTTATTTTCTATCTCAGATAATTTTGCATATAT--ATTTTTTATGTTTTAATCCCAAAATATCCATGAAAAACA
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TATTTACCCGATGTATTGGG-ACACCCTCGGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTATATTGATACCAGTAATAAAA-ATTGGG--ATACA-T-T---ACA-A-TTTTTTAAA---GA---ACCTG-ATA-----AT-----TTT---TCACTCATA-AATTT-AGGACATGAAT-AC---ATTT-TTATTTT-GTACGTTGTTATTTTCCATTTCCGATAATTTCACATATAT--ATTTTATACATTTTAATCCCAAAAT
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ctgTTAC--CATATTTAGCCAATGTATTGGG-ACACCTGATGTAT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATTATTATTTTTTTGATA------ATAAGA-ATTGAG--ATACA-TAT---A-A-A-TTTTT--------A---TTCTGTACATTGTTAT-----TTTCTATCTCCGATA-A-TTTCG---CA--TAT-ATGCATTTT-ATATGTTTTTA
gi|5                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  a-ATTGGG--ACACCCT-T---A-----TTTTTCAGG---AA---AATTA-TTA-----TT-----TTT---TTGATAATA-AGAATTGAGATACATAT-AA---ATTT-TTATTCT-GTACATTGTTATTTTCTATCTCCGATAATTTCGCATATATGCATTTTATATGTTTTTATCCCAAAATATCCATGAAAAACATTGTCTGTACATCGTAAtcccaaaatatccatgaaaaacattgtctgtacatcgtaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               attaccatatttagccaatgtattgggacacctgatgtAGG----CAACTC-C-ATGTATA--AGTAAGT--CTA-------A-AAT-ATA-----AATTTCCCTGTTAGGAAAGTGTCTACA-TAA---------GTAGACA---CATTGAAAA-ACAT----TTACTGTATTTAA--CCTATGTACC-TATGTATTGGGGACAACCTATGTTT-TGGGATA-----CCCTTATTTTTCAGG--ATTTTTTTTTTTTTTGATA------TTAAAA-GTTAG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gaCCTATGTATTGGG-ACACCCTATGTTT-TGGGACA-----CCCTTATTTTTCAGGAAAATAATTATTTTTTTGATA------ATAAGA-ATTGGG--ACACA-T-T---AGA-A-TTTTTTAAA---AA---ATCTG-ATA-----AT-----TTT---TCGTCCCTA-AGTTTTGGGACACCTAT-AT---TTTTATTTTTTTTGGACATTGTTATCTCCtttattaaaccgaatttct
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTGCAGGGACAGTGGCCGG-TGGTGTAT-CAAACCCATGACCCGTTCATTGAC--AGT----CAGACACGTT----ATTAAATGCGTC-GGT-CGGGCGCGTCTTACATTTGTTACAATTTTAC-TGTAACAGCATGTAT-CATGTAAG-ATAAATG-AAATAAATAAATA-------AGAACCAgaaaaatgcgaagtt
gi|9                          : tGTAACCTCTATAAACACGCTGAAAGACAAATACATATATT-ATTCACTTAACTTAGACAGGGGAGAACATAACATACA--TTCAATTG-TTGATTGATTGATTGAATATTTAGCGTTATGTTTATGCCATTGAGGGCTAACAGAGTATTGT