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Reference ( gi|4 ) : AAAACTTGT--CAATCCGATATTTTTCCTGTGCAGAGAGCTAATTGGTTTTTTC-TAT------TGCGCTTA---C---GGGATGTTTGTCTAATTTCGGAGTTGTAACATGGCTTGTCTCTTGGACGAATTGT---TACAAGATTTGTTGGAATACATACTTTCGCTTAA-T-C-ATT-----AAAT-TTTGTAATAAAAGATTTAGTAGCAACATCTA--GAGATCAATC-AAG-----TAC--AAATGTCCAGTCTG-T-A-A-TGGTAATTAA-AT--TATTCAA--TAAT-TT--AAAATCAGCACGCTTATAGTTCCAAAC-TGTTC-TTTTAAATGGTA-TGTTT--TCACATATA---TC--ACTTTTAATAA-ATGCATATGTACCAAAGTG--------GTCAC-TAATGAAACC-CG-GT--GTTTCGTGA--ATGCCCGAGTCA-----AAACATGTTA----GC-TGGTTCGAAAGTGCTATTGGATATATCAATGT--TTGAGTAGTGTTAGTTACACACGTTGGTTCTTTTATTATATTAGACATATTA-T-CAAATTCAAGTTTACTACGAATTTTTTCATTAGAAGGATTGAACAGATCCTCATTTATGTAAC---CTAAAATTATTA---TATTTGAGTGTATT---TCC---GAAGGCTTTTCA--ACATAGACG-TTAACTCTATCCCAAAAAACAACTGCATAGTGTGGAGGTCGGTATACAGTGTA-AATA--AAATAAAAT---TGAC----TTTGATCTTTAAT--TTC--AATCCAAATA
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gi|2 : ---CTAA---TATGA---TGTTT---TGTATT---TTCTCTGAAGCTTTTTCA--ATACATATGTTTAATTTTG-CCCAAAAGTCTACAGTAAAGTGAGGTGGCCTATATAC--TGTA-CATATTAAAAAAGGT---TTAT----TTTTATCTTTGAT--TTC--AACCCAtatctt
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5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-3289 ) : AAAAT-TGCCAATCCGACATTTTTCCTGTGCGGANAGCTAAATGTTTTTGCCTAT-CGC---G-CTNAC---GNGATGTNCGNCTAATTTCGGAATTATACCATGGTTTATCNCTTGGACGAATTG---TTACAAGATTTGTT-----GGAATACATAATTTCGCTAA--GT--CGAT-AAAT-TTTGTAATAAAAGATTTAGT---AGCAACATCTA---GAG-ATCCAT-TAA--GTAC--AAATGNCCAGTCTG-T-A-ATG-GTAATTAA--AT--TATTCAATATNTT-AAAATCAGC-ACGTTTGTAGTTCCAAAC-TGTTC-TTTTAAATGGTA-TG---TTTTCATAT-ATATCACTTTTAATAAA----TG-------CATATGTACCATAATGGTCACTTA-TGAAACC-CG-GT--GTTTCGTGAAT--GCCCGAGTCA-----AAACATGTTA----GC-TGGTTCGAAATTGCAATTGGATCNATCAANGTACTTGAGTAGTGTCAGTNACACGNGTTGGNNCTNTTATNATATTAGTCATGTTA-TCGAATTCAAG--TATATCGCGAAATTTNTTATTAGATGGATTGAGCTGATCTTCGTTTATATCTC---C---T-A--A--ATTATNATATT--T--NTGTATT---TCC---GAA---GCCT-TTTCAATACANATG-TTAACTTTATCCCAAAANTCTACNGTANAGTGTGGAGGNC-GTA-TANAGTGTACATA--A-AA--AAA-GATTNA-T-TTT-ATCTTTAAT--TTC--AATCCATATA
gi|1 : AAAATGTTCCAATCTGACAGTTTTTA-GTTCGTATAGCTAAATGTTTT--ACTAT-CTC---T-TTATC---TCGTCATACGACGAATTTCAGAATTATACCATGGTTTATCATTTAGATGAATAG---TTACTAAATATGTT-----GGAATACATGTTTTAGCTAA--AT--CAAG-AAAT-TTGGAAATAAAG---TTATTGCAAGCTATATCAATCGAAG-AACTAT-ACA--G-----AAATGTCCAATCTG-T-C-ATTTGTA-TTAA--GT--CACTCATTTTTTT-AAAATCAGC-TCGTTTGTAATTCCATAC-TCTTC-TTTTATATGGAA-TGAAAGAATCGAAA-ATAATATTT---ATATG----TA-------CAAATGTAGCATTATTGTCACTTA-T---ACCACT-GTCCGTTT--TCAATATGCCATAATCA-----TA-CGTAGTA----ACATTATTTGAGATTGCAATAGGATCAAT-AAGG-ATTTGAGAAAAGTCAGTTACACGAGTAAGCCCTTAAATTATATTTTTCATGTTA-TTTAATTCAAG--GCTGTGGCAAAATTTAGTGTTTGATAAATTGAGCTGATTTTCGTTTATATCTC---C---C-ACTAGTGTTATACTATT--T--TCAT-TT---TCC---GTC---GCCT-TATCAAGACACATA-CTAACTTTATCCCAAAATTCTACAGTATAGTGTAGAGGAC-G-A-TAGAGTGTACATA--ATAA--AAATGATGGT-G-TTT-ATCTTTAAT--TTC--AATCCATATA
gi|10 : tttgttgcattacaatcattaagtgtgtattctatattgttaaaaaatatctctttagcatgcattttcatagttttcaccttgtttctaagacgtttaGTATGTCTTATGTCTAAATCATACCTAGGTTTATCATTTGGTCGTATAG---TCACA-----TGTTCGAAAGGGATGCATAATT-CGACAA--GTTTC-AT-AAAC-TTGGAAGTAAAATGTTGACA---GGCAATATCAA---CATTATACATATAATTGTAAGGAAATGACCAGTCGA-T-A-TTC-GAAATAAG--AT--CATTAAATGTGGG-GAAATTTGC-CCTTTTGTAAATCCAAAC-ACCTC-TGGTAAATG------------TCGAAT--TAACAAGTTGAAAAAAAAACTGTATATGTTATATGTACCATAACGGTCAGTGA-CGTCACG-GG-GC--GTTTCgattctaggagatatgtccctaactcagtcactattttcggtcttcaatgagaagatacttagacttataatccatcagaatattcagtaatgtatttttccaaacaatgtatcaaatctctctaggtgcagcatatcgtcactgatataatcggatcataggtttctgttaaacatagaatattaaagtctcggaaattgtcagttatatagtctattttttctaatactacgaatattttggtgaagaactgagtgacaattagaagaatcgtaaactggtccaggataaggttctatataaccagacatgacaattaatctatacgaatacagggtatattggatagttggattaagacatgaacaattatcacgcactttagttatagtccgtgatctcactctggctaaattcaacaggtaaaacaactgtaaaagcaaatgcaggcacagtattcctttacaaagttcaaaggtaaaaacgttaaaaaaataaagaagataaaactgtaaacgatcattatagtacatcgataatcaataagaa
gi|11 : tgtcttttcAAAAT-TGCCAATACGATATTTTTCCTGTGCGGGGAACTAAATGTTTTTGCCTAT-CGC---G-CTGAC---GGGATGTTTGTCTAATTTCGGAGCTGTGCCATGGCTTGTCTCTTGGACGAATTG---TTACAAGATTTGTT-----GGAATACATACTTTCGCTAA--GT--CAGT-ATTTGTTTTTAATAGACGATTAAGT---AACAACATTTA---GAG-ATCCAT-TCA--GTAT--Atataataccagaactctatagaactcgaaa
gi|12 : atttgttgagttaatatcacccaattagtattctagattattaaaatatatttcatttacgtgttgtttttttttcatgttatttaccttcttttaaatttttaaCTTGGACGAATTG---TTACAAGATTTGTT-----CGAATACATAATTTCGCTAA--GT--CAAT-AAAT-TCTGTA-TAAAAGAGTTAGT---AGCAACATCTA---GAG-ATTCAT-CAT--GTAC--AAAGGTCAAGTCTG-T-A-ATG-GTAATTAA--AT--TAAT-AATATTTT-AAAATCAGC-ACGCTTGTAGTTCCAAAC-TGTTA-TTTTAAATGGTA-TG---TTTTCATGT-ATATCACTTATAATAAA----TG-------CATATATACCAAAGTGACCACTTA-TGAAACC-CG-GT--GTTTCGTGAAT--GCCCGAATCA-----AAACATGTTA----GC-TGGTTCGAAAtagattca
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Reference ( family-3289 ) : AAAAT-TGCCAATCCGACATTTTTCCTGTGCGGANAGCTAAATGTTTTTGCCTAT-CGC---G-CTNAC---GNGATGTNCGNCTAATTTCGGAATTATACCATGGTTTATCNCTTGGACGAATTG---TTACAAGATTTGTT-----GGAATACATAATTTCGCTAA--G--TCGAT-AAAT-TTTGTAATAAAAGATTTAGT---AGCAACATCTA---GA-GATCCAT-TAA--GTA--CAAATGNCCAGTCTG-T-A-ATG-GTAATTAA--AT--TATTCAATATNTT-AAAATCAGC-ACGTTTGTAGTTCCAAAC-TGTTC-TTTTAAATGGTA-TG---TTTTCATAT-ATATCACTTTTAATAAA----TG-------CATATGTACCATAATGGTCACTTA-TGAAACC-CG-GT--GTTTCGTGA--ATGCCCGAGTCA-----AAACATGTTA----GC-TGGTTCGAAATTGCAATTGGATCNATCAANGTACTTGAGTAGTGTCAGTNACACGNGTTGGNNCTNTTATNATATTAGTCATGTTA-TCGAATTCAAG--TATATCGCGAAATTTNTTATTAGATGGATTGAGCTGATCTTCGTTTATATCTC---C---T-A--A--ATTATNATATT--T--TTGTATT---TCC---GAAG---CCT-TTTCAATACANATG-TTAACTTTATCCCAAAANTCTACNGTANAGTGTGGAGGNC--TATANAGTGTACATA--A-AA--AAA-GATTNA-T-TTT-ATCTTTAAT--TTC--AATCCATATA
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blockSeqs : . . C . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . G
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|19 ): CATTTTTTAAAACCCATCAGAGATAAAAAAACAAAAAAACTGTTGTTTACTTCTTTTGTTAAATGTGAAACATAAAATGTCATAATCTTGTAAAGTTTTTCTCATGTAATTCAATTTATTTTTAATACT
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Reference ( family-3289 ) : AAAAT-TGCCAATCCGACATTTTTCCTGTGCGGANAGCTAAATGTTTTTGCCTAT-CGC---G-CTNAC---GNGATGTNCGNCTAATTTCGGAATTATACCATGGTTTATCNCTTGGACGAATTG---TTACAAGATTTGTT-----GGAATACATAATTTCGCTAA--G--TCGAT-AAAT-TTTGTAATAAAAGATTTAGT---AGCAACATCTA---GA-GATCCAT-TAA--GTA--CAAATGNCCAGTCTG-T-A-ATG-GTAATTAA--AT--TATTCAATATNTT-AAAATCAGC-ACGTTTGTAGTTCCAAAC-TGTTC-TTTTAAATGGTA-TG---TTTTCATAT-ATATCACTTTTAATAAA----TG-------CATATGTACCATAATGGTCACTTA-TGAAACC-CG-GT--GTTTCGTGA--ATGCCCGAGTCA-----AAACATGTTA----GC-TGGTTCGAAATTGCAATTGGATCNATCAANGTACTTGAGTAGTGTCAGTNACACGNGTTGGNNCTNTTATNATATTAGTCATGTTA-TCGAATTCAAG--TATATCGCGAAATTTNTTATTAGATGGATTGAGCTGATCTTCGTTTATATCTCCNAATAATTATNATATTATGATTGTA-TT---TCC---GAAG---CCT-TTTCAATACANATG-TTAACTTTATCCCAAAANTCTACNGTANAGTGTGGAGGNC--TATANAGTGTACAT-A-TAAA-AAAGATTNATNTTTATCTTTAAT--TTC--AATCCATATA
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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