lowQualScore : 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 7777 33333333333 33333333333333 1111111 3333333 4444444444444444444444 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111 1 333333333 3 3333 11 1 44 5555555
lowQualScore : 6 6666 11111111111 1 88888888888888 4444444 55555 5555555 9999999999999999999999 2 2 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 3 777 0 000000000 0 1 2 88 2222 88 5 3 2 66 3333333
lowQualScore : . .... ........... . .............. ....... ..... ....... ...................... . . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . .................................................................................................. . . ... . ......... . . . .. .... .. . . . .. .......
lowQualScore : 0 0000 77777777777 8 88888888888888 4444444 66666 9999999 8888888888888888888888 2 7 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2 2 222 0 888888888 0 2 5 55 5555 55 0 0 5 00 0000000
consensus : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGTT--TCCGGT---------CGT--CGCACAATTAAAGAG-----GAAAGCGTGACGGC--C---AACTGTA------AAGGGGTCGACCANCCAAACATGCAGTACGTTGT--------CA-T-----A-------ATCAAAGA-C-ACG-GA-N--CA---ATAGCCTC--T-TTTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAAA----T-AAGTGT-TT---A-A--G-TGACAAT-GA--------C---------C--A---A-G---CG-TA-TTN-----CGAAGCNT------G----T---AAATCACATCACC-AT-NAAA--GTCA--NGT-AA-A----NA----A--A--AC-CATG---T--CGCAAAA-----NTG--NTTT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAATT-GC-GTAGTNAAAT-AAAAA--A--ACGNATTCTGTAATTACGATAGTCTTATTTTTAAAAGAGTA-NNNCGTATGNCATAGCTCGACGNACGCAAC-CAT-CCAAGTGA-G--AA-TA----ACAATATCGAAATCGAANNN--AT---CTCTTCTGTTATAT---A-TTTTGT-ACTTA--TAATTAAA---NTAT-TATTAAN--C---TA--TCAATAA---A-GANAG-ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCAGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTNGGGCTNAGCNNGGACANATATTNACTANTATATGAGT-AATAAAAGAAT
Reference ( gi|1 ) : GGAGAAATAAGCCACCAT---TGGGAC--TCCAGT---------TGG--CGCACAATTAAAGAG-----GAAAACGTAATGAA--G---AACTGTA------AAGGGATCTGCCATTTAAATATACAGTACGTTGTGC--A-AACA-T-----A-------ATCAAAGAACAATA-GA-A--CA---ATAGTCTC--T-TTTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GCTTAGCAAA----TGAAGTGT-TT---A-A--G-TGGCAAT-GA--------C---------C--A---A-G---TG-TA-TTT-----CGAAACGT------G----T---AAATCACATCACC-AT-CAAA--GTCA--TGT-AA-A----TA----A--A--AC-CATG---T--CACAAAA-----TTG--ATTT-AA-ACCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGGGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAGAG--A--ACGT--TCTCTAACT---------------TTAAAAAAAAACACACGTATAATATAGCTCTAGGAACGTCAC-CAT-CCAAATAAGGTAAAAGA----ACAATATCGAAATCGAAGAA--AT---CGCTTTTGTCACAT---G-TTTTGT-ATCTA--TAATTAAA---ATATCTATTAAT--C---TA--TTAATAA---A-AAGAG-ATGCAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGTATATGAAAT-TTAACTTTGTTGAGCTGGAGCCCA-CAAGAACAAATAGTTACTACTAC-TGAGTGAACTATAGAATCTCAAT
gi|6 : GGAGAAGT---TCACCATCCCTGAGTCCTTTCGGT---------AAT--CGCACAGTTACAGAA-----AAAAGCGTGATGAC--C---AAGTGTA------AAGGGATCAACCA-CTAAACATGCAGTACGT-----------CA-T-----AGC-----ATTAAAG--------GA-A--T----ATACCCTC--T-ATTGATACCCTTCTGG----AT-AT--G-TTAGTAAA----TGAGGTTT-GA---A-A--G-TAACA
gi|19 : tttacaaaagccagaccaggaagagaatagtatttgaaggtacaacaatacgtacataaggacaagaatccaatgcctctgtccgtttacgaactgaCATCAT---TGTG----TCCAGT---------CGAGTCACATGGTCACAGAA-----AAAGGCATGACGAC--C---AACTGTA------GCAGGGTCGGTCA-CCAAACATGCAGGAC-------------TA-G-----A-------ATCAAAGAAT--CA-GA-G--C-----------C--TATTTGGCAGACATCTAA----AT-AT--GTCTAGTATA----TGAAGt
gi|12 : ttCAT---TGAGTT--TCCAGTATTTCAGTACGT--CACATAATGACAATA-----AAAAGC---ATGAC--C---AACAGTA------TAAGGATCAACTACTTAA-TATGCAGGACGTTG---------CA-T-----A-------GTCAA-------TG-GG-T--CA----TAGCCTC--T-TTTGATAAACTCCTTA----AT-AT--GTTTTACAAA----T----------------------ACAAT-GA--------C---------C--A---T-G---AG-TC-TTA-----CAAAGCTT------G----T---ctgacagt
gi|8 : AT--TCCAGT---------CAT--CGCACAAATAGAGAGGAGATGAAAA---AATGGA--GGTAAACTGTA------A---------TCAGTCAAACATGCAGTTTGCTGTG----------G-----A-------ATTGAAGAATAAT--------C--------TCTC--T-TT--------TTCTTG----AT-AT--ATTTAGCAA---------------T---A-A-------CATC-AG--------C---------C--T---T-G---CG-AA-TTT--------AATAT------GTTA-T---AAA--ACA-CACC-AA-CAAAATGTCA--TGTCAA-C----TC----A--A--AC-CATG---C--CGAAAAA-----GTG--TTTG-AA-ATCGc
gi|7 : gcaattaaccatgcgcatagcactcagtcttt--TCCTGT---------CCA--CGTACAATTAAAGAG-------AACCGTGGTGGCCTG---AACTGCA------ACGG--TTTAACAACCAAACATGCAGTACACTGT---------A-G-----A-------ATCAAAGTATCAT--------------T-GCCTC--T-TATAACTAACTTATTG----AT-AT--G---------------AAGGTT-TT---ACA--G-TGAAAAT-GA--------C---------C--C---A-GTCTTG-TA-TT--------AAGCTT------G----T---AAATAGCATAACC-AT-T-AA--TTCAAGGGT-AA-A----GACAAGA--A--AT-T-TG---G--C-CAAAACG---TT----TTT-AA-ATCAG---TGT-
gi|35 : agtccctaggcct--TCCGGT---------CGT--CGTACAATTAA-GAG-----GAAAGTGTGATGAC--C---AACTGTC------AAGG
gi|38 : aaatatcagtcactgagttcccattctt--TCCGGC---------TGT--TACAAAATTAAAGAC-----GAAAGCATGGTGAC--C---AACTGTA------
gi|4 : tcctCGGT---------CGC--CACACAATTAAAAAT-----AAAGGTGTGAC--A--GCT-AACTGTA------AAGCAGTCAACCATT-AAACATGTAGTA--TCGTGC------CA-T-----TGGTGTTTATTAAATA----TA-------CC---ATAGCCTA--T-TTTGTTAAACGTATTA----AT-GTTTATTTTTCAAACTATTAAAAGGT-TT---A-AAAG-TGACAAT-AAATAATGTTC---------C--A---ACA---TGACA-TTTACCCATGAAGCTT------G----T---ACATTACACCACTTAT---AC--GTCA--GGT-AA-GACTTTA----A--A-------TA---T--CGTAACA-----T----GTTT-------------GT-T-ATATTT-G-C-AAATGAGAGGAGATTTAGA-ATAGTCAAATTAAAAA--A--ACcaataatcaacaat
gi|14 : attcgccatcatttaattcccagtgctatGT---------CGT--TGCATAATGAAAGAA-----ACAAGCATGATTGT--C---AACTGTAGTTTTTAAGG-----GCCAGCCAAATATGCAGTACATTGT---------A-G-----A-------ATTCAAGATTCACA-G--C--CC---ATA---------TTTGCTCAACCTCTTG----AT-AT--ATTAGGTAAA----AAAAG-AT-TT---A-A--G-TG
gi|9 : cagtccatcacCAATCAAAATG-----GAAAACGTGACGGC--T---AAATGTC------A-----CCTATCAC----ACATACAGT-----GTACTAA-AGCA-T--------------TCAAGGAGCAACGTGA-GTTCA---GTAGTTTT--T-TATGATA-------TG----AT--T--ACCTAACGAG----TAA------TC---A-AT-A-TGACAAT-AA--------C---------C--A---A-G---GA-TG-TTG-----CTTAGCGT------G----T---TAATCACATCATC-AT-TAAA--GCTA--TGT-TA-A----TAT---A--A--AC-CATG---T--CGCGAAAGTTTCTT----TTT-AT-ATC---------T-GTGTTTAG-A-AATTAAGAaaactaacagt
gi|16 : ACACAGTACATT----------------------------TCAAA-ATCAATG-CA-G--CA----TAGTCTCCTT-TTTG-TACAATTA-TG----AT-AT--GTTTA-C----------GGTTT-TA---A-A--G-CGGCCAT-GA--------C---------C--C---A-G----A-TC-TTA-----CAAAGCTT------G----T---TAATCGCATTAC-----CAAA--G--A--TAT-CA-A----GAC---C--A--GC-CATG---T--TGCAAAG-----T
gi|10 : cTGTAT--A-AACAAT-----G-------AT----AAACTATA-TATA--TAT--ATATCTTT--T-TTTGATAAACCTCTTA----AA-AT--GTTTAATTAA----T--AATGT-TTATAA-A--G-TG---AT-AA--------C---------T--ATACA-G---GA-TA-TAA-----CATAATCT------G----T---GGATCTGATCCCA-AT-CAAA--GCCA--TGT-TA-A----TAC---A--A--AC-CGAG---T--CGAAGAA-----GTG--A-TT-GG-ACCAG---TGC-T-GCATTT-ACA-AGATGGGAgttttcaattcg
gi|30 : GC--AGAACA-TTGCGAA-------ATCAAAGG-------GA-C--CA---A--GTCTC--A-TTTGATATACTTTTTG----AT-TT--GTTCATTAAA----TAATGTGT-TA---A-A--G-TGACGAT-GG--------C---------C--A---A-aaag
gi|15 : AAGA-CACCA-GA-AT-CG---A-AGACCCA-T-TTCGATAAA-TACATG----AT-TT--GTACAGCAAA----T-ACGCGT-TTC--A-A--G-TGACAAT-GG--------CGTTCAGGATC--A---G-G---CG-AAATTT-----C-ACACGT------GATTGT---AAATCTCATCACC-AT-AAAA--TCCA--T-T-AA-A----AAC---A--A--AT-CATG---T--CA
gi|3 : A-A--CACGCATAGCTTA--G-TTTGCTTAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGTAAA----T------------------------AAT--A--------C----------------------------TTT--------AAC-T------G----T---AAATCATATC-------------GTCA--GGT-AAGA----TA----A--A---C-CATG---T--TGCAAAA-----ATG--TTTTTAA-ATCGACGATGT-T-GTTTTT-G-C-AATTGATAATAGAATT-GC---AGTGAAA--AAAAATCA--ACGTATTTTGTAATTACGATAGTCTTATTTTTAAAAGAGTA-AGACGTATAA----G-TCGACAAATGCAAA-CCTGCCA--TGA----AAATATTTGACAATATTGAAATTAAATTC--AT---CTCTTT-------T---G-TTTTAT-ACTTATGTAATTATA---A-ATCCA-------C---TA--TCACTAGACTA-GACAC-ATGTAAGTCAAG--AAGGTCAGCTTCAAAATTTGAATTGTTAGCTGTGTTGAGaataagcgttta
gi|28 : TAGCCCA--T-TTT-ATAATTGTCTTG----AT-AT--GCTTGGAAAA----T-ATGGGT-TT---A-A--A-T-----T----------------------------------TG--A-TTA-----CGAAGCTA------G----T---AAATTACATTACC-AT-GGAA--GTCA--TGT-AA-A----GA----A--A--Atgacaaaatcatgtctct
gi|2 : CTT--T-TTTGATACACTTTTTGTTTTATTAT--GCTTAGCAAA------AAGTGTCTT---A-A--G-TGACAACGGA--------C---------C--A---G-G----A-TC-TTA-----CACAGCTT------G----A---ACATCAATTCACC-CT-CAAC--GTCA--CTT-AA-A----GA----C--A--AA-CATG---TCGCACAAAA-----TTGCTATTT--A-TTCGA---AGT-T--T-TTT-----------------AGTT-TC-G-AGT-AAATGAAGAG--ATTACGG--TC---A------------------TTAAAA------TCCCGTATGTCATAGCTTGAGGCACA-AACTCAT-CCAAA----GT----TA----GCAATATCGAAATC--AGAAGTAT---CTTCTCTGTTTCGT---A-TTTTGT-ACTTA--TA---AAA---CTAT-TATTAGTAGC---TATTTTAATCA--------AG-GTGACAGTT------AGA-TACCT--GGTA-A-GAAATGTTAACTTTGTTG
gi|27 : TC--C-TTTGATAAAGTTGTTG----AT-AT--GACTAGCATA----TAAAGTTT-TA---A-A--GTTAACAAT-GA--------C---------C--A---------TGAAA-TTA-----CGAAACCC------G----T---TTATCACATCGCA-ATACAAA--TTTA--GGT-gcctaaatgacaactttattgagccgatgatcacttagataaatatattaacatgtactaccatttgagtga
gi|21 : ----AT-AT--GATGAA-AAA----TAAAG-AT-TT---A-AA-G-TGACAAT-GA--------C---------C--A---A--------TA-CTTTA---CGAAACAC------G----T---TAATTTCATCA-C-AT-AAAC--ATCA---GT-AA-A----GAT---A--A--AT-TTTG---T--CGTGGAA-----ATG--GTTTCAA-ATCGG---CGTATGGTGTTT-tgacaa
gi|17 : CAAA----T-AAGCGT-TT---A-A----TGTTCAG-GA--------T---------C--A---G-G---CG-AC-GCT-----TGACACGTTTACTTG----T---AAATCACCTCACA-AT--AAA--ATCAATTAA-AA-A----CA----A--ATCACACATG---T--CAAATAA-----TCGT-TTTT-AG-ATCGT---TGT-T-GTATTT-T-ACAAATGAGAG
gi|20 : T-TA---A-A--G-TGGCAAT-GA--------C---------CCCA---G-GAT-TC-TA-T--------GAA---T------A----TTAGAAATCAGATAACA-AT-GGAA--GTCC--GGT-AA-A----GA----C--A--AT-CATGACGT--CGCAAAA-----ATAT-ATGT-AATAT--G---TGT-T-GTATGG-G-A-AAATTAGAAGAGAATT-ACAGTAGTAaatattaaaataagaatgt
gi|37 : ATCACC-AT-GAAA--TTCG--GG--AA-A----TG----ACAA--AC-CATA---T--CGCAAAA-----ATG--TCTT-AA--TCGG---TAT-T-GTGTTT-G-C-AAATAActattga
gi|31 : gtaaACGTCCC-AAT-CCAAGTGAGAAAAATAA----ACAATATTGAAAGCAAAACC--AT---CTCTTCTGTTATAT---ATTTTTGT-AC-----TAATTAAA---TCAT-TATT
gi|5 : AAT-GAA-AA--ATTAACACTTTTGCAATATTTTA-TTTTGTCATTTA--T--TTATT---GTACGCATCAAG--C---CA--TTA-TGA---ATAAACGTATATAGGTCAAGTAAAAA-CAGCTTCATCAT-TGGAAC-TTATCTTTGCTGAGCTGGAGCTCAGTAGGAAC-CATATTGATTAATATATGAGT-AATAAAAGAAT
gi|22 : ATTAAATTGATATTTATAAAA--CACGTA--TCAATAA---T---GAG-ATGTAAACCAAG--TAAG-CAGCTCCAGAACTTGAAATGTTTACTTTATTGAGCTTAGACTAA-CTCGGATAAATATTTACTACtatcgatacttaacatattgttcagttaatcagatcagtcaattaagacatcggtgacatctgcctgtgtactcggagaaaggtcaagcataaaatcctcctaagacaaaaacaaatataggacaagcgtttaacaact
13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): AACAAGTATACAATGACTTCGTCTGTTCAAGGCGTTAGATATGAAGAATTCGTCATCATAGCGTTCTCAATCATGTGGTTGTCACACAACTAGAAAGAGAAAAGCGTGCTTGCCAAATGTTAAAAAGCAGACCATCAAACATGGATGCAGTACGCTTTTAGATTCAAAAGAGCGTAGCCTCATTTGATAAAATTC
Unaligned ( gi|13 ): GATCAGCAAGATGTTACTAGTTAAATGTGCGATAAGATGCTTGATAGGTAAGTTTCCAACGCATATGTCTGTTTACGATTTTAAAAGGAATTTACTACTTTTGAATCCATAGTACTTGTAGAGGAATTATATACGGCCAGCTGTAAAATGATCAACCAGCAAACATGC
Unaligned ( gi|18 ): CTGACGCAGCAGGATCAATAACCTAACACGCAATACGCTGTAGAACCAAAAGATCATCTTCTTAATAAAATTCATGATACTACAGCAAAAAAGGTTTTAAGATGGCGGTGGCCAGGAATCTTATAAAACTTTTACATCAGATCACCTCAAAAGTGCAA
Unaligned ( gi|23 ): ACGAAGATAAAGACATGTTTTCAGCACCTCTGTCCGTTTATGATTAAGAAAAAGTTCGCCATCATTGAGTCCTCAATCGTTATAAAAAATGAAACAGAGAGCACGATTATTGAAGAAAGCGTG
Unaligned ( gi|24 ): CCTTCACTAAGTTTCCAGTTCCTACAACCGTCACACAATCTAGGATGTAAGAGTGATGGCCGACTGTAAAAGAAGTAAATCACCGAAAAATGTAGTAATCGCGCAATACGATGTAGATTAA
Unaligned ( gi|25 ): GCGGAAGTCTGAGCAGTAAGATAATTATATTAAAGGTAAGACAAGACAGAGATAAGGACATACACCAGGGGCCTTTGTCCGTTCAGGGATTTAAGAGGAATTCACCATCATTAAGTTC
Unaligned ( gi|26 ): CAACCACCAATAGCACGCTGTAAAACCGAAGGATCATATCCTCCTCTTTTCAATAAACTGTTAAACAAATATGGATATAAATGCTAAAGTGACCATTGGTCTTACAAAGCTTGT
Unaligned ( gi|29 ): TTTCTACCGAATATCACAAAATTAAAGGTGAAAGCACAATGACATACTGTAAAAGATTCAACAATCCAACATGCAGTGGGCTACAGAATGAGAAAA
Unaligned ( gi|32 ): TAAAGGTACAACACTAAAATAAGGACAAGCATCTGGCGCATTCGTTCGTCTAGGACTTAAGGAAGTGATCCCCATTATTGAGTTCCAA
Unaligned ( gi|33 ): TATTATTTAAAGGTACGACCAGCAGGAGATAAGGACACATACCAGATACCTTTGACTTTTAAGGCATTACGTCACCAACATTGCGTT
Unaligned ( gi|34 ): TTTTACAAAAGTCAAAACAGCATGTGGAGAGTAGTAAAGGTACAACACTGAAATAAGGACAAGCATCTGGTGCATTCGTCCGTCT
Unaligned ( gi|36 ): GGAACTCGATATCATTGAGTTCTCAATACTTCCGGTAGCCACATGGTAAAATGTAGAATTAAATGTGAGACAGCTAA
Unaligned ( gi|39 ): CTTTTCGGTCGTCGTAAATTCAAAGAGGAAATCGTAAATGACCACTGTAAAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222 111111111111111 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222222222222222 4444444444444444444444444444444444444 1111111 2222222 11111 222222 11 11 88888888888888888888888888888 222222222 111 11111 1 555555555555555555555555 11111 1 55555555555555555555555555555 11 22222 1 2 1 2
lowQualScore : 777 3 111 9 55 444444444 33 2 33 666666 2 2 1 33 2 111111111111111 22 5555 2 444444444444444444444444444444444444444444444444444 77777 2 0 4444 2 22 2 22 00000000000000000000 2 6666 22 2 4444444444444444444444444444444444444 1111111 88888888 1 444 0 55 2 0 666 2 0000000 6666 555 33 3 555 99 2 8888 77777 3 4 1 44444 1 22 0 4 111111 8 66 11 11111111111111111111111111111 999999999 888 6 6 1 33333 0 555555555555555555555555 2 333 1 66666 8 8 55 44 1 3 88888888888888888888888888888 3 11 8 99 00000 1 0 1 0 1 3 22 0 88 1 1 5 0 4 4
lowQualScore : ... . ... . .. ......... .. . .. ...... . . . .. . ............... .. .... . ................................................... ..... . . .... . .. . .. .................... . .... .. . ..................................... ....... ........ . ... . .. . . ... . ....... .... ... .. . ... .. . .... ..... . . . ..... . .. . . ...... . .. .. ............................. ......... ... . . . ..... . ........................ . ... . ..... . . .. .. . . ............................. . .. . .. ..... . . . . . . .. . .. . . . . . .
lowQualScore : 555 2 777 8 55 666666666 99 7 77 555555 5 5 6 44 5 999999999999999 22 7777 9 777777777777777777777777777777777777777777777777777 88888 1 3 5555 1 99 6 88 00000000000000000000 0 9999 88 1 1111111111111111111111111111111111111 1111111 22222222 0 111 9 22 5 4 999 5 4444444 1111 000 99 8 000 66 9 0000 11111 6 0 4 77777 9 11 7 3 000000 8 88 00 55555555555555555555555555555 777777777 333 7 7 0 77777 0 000000000000000000000000 0 000 4 00000 0 0 22 00 0 3 88888888888888888888888888888 2 00 0 00 00000 0 0 0 7 0 3 00 7 33 0 0 5 0 0 0
consensus : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAAC----ATGCAGTA-CGCT---GT-----CANA-------ATCAAAGA------C--G-GA--TCAATAGCCTC----TTTTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAAAT------AA-GCGT-TT---A-A--G-TG--ACAATG-A--------C---------CA-A----G---CGTA---TTAC----GAA---G----CTTG---TAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGT-AAAG----ACAAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-TT-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAAAA--AACG--TTCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAAGAG-A-ACACGTATA-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC---TAT-AATAAAGA-AGATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCAG-NATTT-----GAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
Reference ( family-327 ) : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCGACCANCCAAAC----ATGCAGTA-CGTT---GT-----CATA-------ATCAAAGA--C-A-C--G-GA--NCAATAGCCTC----TTTTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAAAT------AA-GTGT-TT---A-A--G-TG--ACAATG-A--------C---------CA-A----G---CGTA---TTNC----GAA---G----CNTG---TAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGT-AAAN----A-AAAC----CATG---TCGCA--AAANT---G-NT-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAATT-GC-GTAGTNAAA-TAAAAA--AACGNATTCTGTAATTACGATAGTCTTATTTTTAAAAGAGTA-NNNCGTATGNCATAGCTCGACGNACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCGAANNNATCTCTTCTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--ANC---TATCAATAAAGANAGATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCAG-NATTT-----GAAATGTTAACTTTGTTGAGCTNGGGCTNAGCNNGGACANATATTNACTANTATATGAGT-AATAAAAGAAT
gi|1 : GGAGAAATAAGCCACCAT---TGGGA--CTCCAGT---------TG--GCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAACGT-A-ATGAAG--AACTGT-A------AAGGGATCTGCCATTTAAAT----ATACAGTA-CGTT---GTGCAAACATA-------ATCAAAGAA-C-AAT--A-GA--ACAATAGTCTC----TTTTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GCTTAGCAAATG-----AA-GTGT-TT---A-A--G-TG--GCAATG-A--------C---------CA-A----G---TGTA---TTTC----GAA---A----CGTG---TAAATCACATCACCAT-CA-AAGTCA--TGT-AAAT----A-AAAC----CATG---TCACA--AAATT---G-AT-TT-AA-ACCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGGGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAGAG--AACG--TTCTCTAA---------------CTTTAAAAAAAAACACACGTATAATATAGCTCTAGGAACGTCAC-CAT-CCAA-ATAAGGTAAAA---GA----A-CAATATCGAAATCGAAGAAATCGCTTTTGTCACAT---G-TTT-TGT-ATCTATAATTAAAATATCTATT----A--ATC---TATTAATAAAAAGAGATGCAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGG-TATAT-----GAAAT-TTAACTTTGTTGAGCTGGAGCCCA-CAAGAACAAATAGTTACTACTAC-TGAGTGAACTATAGAAT
gi|10 : ATATCTTT----TTTTGATAAACCTCTTA----AA-AT--GTTTAATTAAT------AA--TGT-TTATAA-A--G-TG--ATAACT-A--------T---------AC-A----G---GATA---TAAC----ATA---A----TCTG---TGGATCTGATCCCAAT-CA-AAGCCA--TGT-TAAT----ACAAAC----CGAG---TCGAA--GAAGT---G-A--TT-GG-ACCAG---TGC-T-GCATTT-ACA-AGATGGGAAAAGctcaat
gi|11 : tgtataaacaatgataaactatatatatatGGT---------TG--TCACACAACT-AGAAAGAG-----AAAAGCGT-G-CTTGCC--AAATGT-T------AAAAAGCAGACCAT-CAAACATGGATGCAGTA-CGCT---TT-----TAGA-------TTCAAA-----------A-GA--GC-GTAGCCTC----ATTTGATAAAATTC
gi|12 : aacaagtatacaatgacttcgtctgttcaaggcgttagatatgaagaattcgtcatcatagcgttctcaatcatgtCAT---TGAGT--TTCCAGTATTTCAGTACG--TCACATAATG-A--CAATA-----AAAAGCAT-G-AC---C--AACAGT-A------TAAGGATCAACTACTTAA-T----ATGCAGGA-CGTT---G------CATA-------GTCAA---------T--G-GG--TCA-TAGCCTC----TTTTGATAAACTCCTTA----AT-AT--GTTTTACAAAT------------------------------ACAATG-A--------C---------CA-T----G---AGTC---TTAC----AAA---G----CTTG---T
gi|13 : AGAG-----G-AATTAT-ATACGGCC--AGCTGT-A------AAATGATCAACCAG-CAAAC----ATGCc
gi|14 : gatcagcaagatgttactagttaaatgtgcgataagatgcttgataggtaagtttccaacgcatatgtctgtttacgattttaaaaggaatttactacttttgaatccatagtacttgtGT---------CG--TTGCATAATG-A--AAGAA-----ACAAGCAT-G-ATTGTC--AACTGT-AGTTTTTAAGGG-----CCAGCCAAAT----ATGCAGTA-CATT---GT------AGA-------ATTCAAGATTC-A-C--A-G---CCCATA----------TTTGCTCAACCTCTTG----AT-AT--ATTAGGTAAAA------AA-AGAT-TT---A-A--G-TG--AAACTA-A--------C---------
gi|15 : cagtccatcacAAGA--C-A-CCAG-AA--TCGAAGACCCA----TTTCGATAAA-TACATG----AT-TT--GTACAGCAAAT------AC-GCGT-TTC--A-A--G-TG--ACAATG-G--------CGTTCAGGATCA-G----G---CGAAA--TTTC----ACACGTG----ATTG---TAAATCTCATCACCAT-AA-AATCCA--T-T-AAAA----ACAAAT----CATG---TCAAA--TAAGC---G-TT-Tagt
gi|16 : C----ACACAGTA-CATT----T-----CAAA-------ATCAA---------T--G-CA--GCA-TAGTCTCCT--TTTTG-TACAATTAT-G----AT-AT--GTTTA-C-----------G-GTTT-TA---A-A--G-CG--GCCATG-A--------C---------CC-A----G----ATC---TTAC----AAA---G----CTTG---TTAATCGCATTACC----A-AAG--A--TAT-CAAG----ACCAGC----CATG---TTGC---AAAGT---G-TT-TT-CA-ATa
gi|17 : CAAAT------AA-GCGT-TT---A-A----TG--TTCAGG-A--------T---------CA-G----G---CG-ACGCTTGA----CAC---GTTTACTTG---TAAATCACCTCACAAT-AA-AA-TCA--ATT-AAAA----ACAAATCACACATG---TCAAA--TAATC---GTTT-TT-AG-ATCGT---TGT-T-GTATTT-T-ACAAATGAGAGAA----------TATTAAAA-TAAGAA--tcg
gi|19 : T---TCATCAT---TG--T--GTCCAGT---------CGAGTCACATGGTC-A--CAGAA-----AAAGGCAT-G-ACGACC--AACTGT-A------GCAGGGTCGGTCA-CCAAAC----ATGCAGGA-C-------------TAGA-------ATCAAAGA------------A--TCAG-AGCCTA-----TTTGGCAGACATCTAA----AT-AT--GTCTAGTATAT------GA-tgt
gi|2 : CTT----TTTTGATACACTTTTTGTTTTATTAT--GCTTAGCAAA-------AA-GTGTCTT---A-A--G-TG--ACAACGGA--------C---------CA-G----G----ATC---TTAC----ACA---G----CTTG---AACATCAATTCACCCT-CA-ACGTCA--CTT-AAAG----A-CAAA----CATG---TCGCACAAAATT---G-CTATT-TA-TTCGA---AGT-T----TTT--------T--------AGTT-TC-G-AGT-AAA-TGAAGA--GA------------TTACG---GTC--ATT----AAA----A-TCCCGTATGTCATAGCTTGAGGCACA-AACTCAT-CCAAAGT------------TA----G-CAATATCGAAATCAGAAGTATCTTCTCTGTTTCGT---A-TTT-TGT-ACTTATA---AAACTAT-TATT----AGTAGC---TAT-------------TTTAA-TCAAG--GTGA-CAG--TTAGATACCTGGTAAGAAATGTTAACTTTGTTGagctgacagt
gi|20 : T-TA---A-A--G-TG--GCAATG-A--------C---------CCCA----G---GATT---CTAT----GAA---T----ATTA---GAAATCAGATAACAAT-GG-AAGTCC--GGT-AAAG----A-CAAT----CATGACGTCGCA--AAAAT---ATAT-GT-AATAT--G---TGT-T-GTATGG-G-A-AAATTAGAAGAGAATT-ACAGTAGTgcctaaatgacaactttattgagccgatgatcacttagataaatatattaacatgtactaccatttgagtga
gi|21 : ----AT-AT--GATGAA-AAAT------AA-AGAT-TT---A-AA-G-TG--ACAATG-A--------C---------CA-A----------TACT-TTAC----GAA---A----CACG---TTAATTTCATCA-CAT-AA-ACATCA---GT-AAAG----ATAAAT----TTTG---TCGTG--GAAAT---G-GT-TTCAA-ATCGG---CGTATGGTGTTT-actattga
gi|22 : ATTAAATTGA-TATTTATAA--AACACGTATCAATAATGA--GATGTAAACCAAG--TAAG-CAGCTCCAG-AACTT-----GAAATGTTTACTTTATTGAGCTTAGACTAA-CTCGGATAAATATTTACTA
gi|24 : tcaatCAC---TAAGT--TTCCAGTTCCTACAACCG--TCACACAATC-T--AGGAT-----GTAAGAGT-G-ATGGCC--GACTGTAA------AAGAAGTAAATCACCGAAAA----ATGTAGTA-c
gi|26 : ccttCAACCA-CCAA---------TAGCA-CGCT---GT-----AA-A-------ACCGAAG------------GA--TCA-TATCCTCCTCTTTTCAATAAAC--------------T--GTTAAACAAAT------AT-GGAT-AT---A-A--A-TGCTAAAGTG-A--------C---------CA-T----T---GGTC---TTAC----AAA---G----CTTG---Tatcgcgcaatacgatgtagattaa
gi|27 : TC----CTTTGATAAAGTTGTTG----AT-AT--GACTAGCATATA-----AA-GTTT-TA---A-A--GTTA--ACAATG-A--------C---------CA-T----G---AA-A---TTAC----GAA---A----CCCG---TTTATCACATCGCAATACA-AATTTA--GGT-TGAC----A-A
gi|28 : TAGCCCA----TTTT-ATAATTGTCTTG----AT-AT--GCTTGGAAAAT------AT-GGGT-TT---A-A--A-TT------TG-----------------------------------A---TTAC----GAA---G----CTAG---TAAATTACATTACCAT-GG-AAGTCA--TGT-AAAG----A-AAA
gi|29 : --TCACAAAATT-A--AAGGT-----GAAAGCAC-A-ATGACA--TACTGT-A------AAAGATTCAACAATCC-AAC----ATGCAGT
gi|3 : tttctaccgaataATAGCTTA----GTTTGCTTAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAG--------------------T---A-A--A-T-----AAT--A--------C----------------------------TTT------AA---------CTG---TAAATCATATC-----------GTCA--GGT-AAGA----T-AAAC----CATG---TTGCA--AAAAT---G-TT-TTTAA-ATCGACGATGT-T-GTTTTT-G-C-AATTGATAATAGAATT-GC---AGTGAAA--AAAAATCAACGTATTTTGTAATTACGATAGTCTTATTTTTAAAAGAGTA-AGACGTATA----AG-TCGACAAATGCAAA-CCTGCCA---TGAA----AA---TATTTGA-CAATATTGAAATTAAATTCATCTCTTTTGTTTTAT---A-CTTATGT-AATTATAAATCCACTAT-CACT----A--GAC---T--------AGACACATGTAAGTCAAG--AAGGTCAGCTTCAA-AATTT-----GAATTGTTAGCTGTGTTGAGgggctacagaatgagaaaa
gi|30 : aacacgcGCAGAA-CATT---GC-----GA-A-------ATCAAAG----------G-GA--CCAA--GTCTC----ATTTGATATACTTTTTG----AT-TT--GTTCATTAAAT------AATGTGT-TA---A-A--G-TG--ACGATG-G--------C---------CA-A----tgacaaaatcatgtctct
gi|31 : AT-CCAA-GTGAG----AAAAATA----AACAATATTGAAAGCAAAACCATCTCTTCTGTTATAT---ATTTT-TGT-AC---TAATTAAATCAT-TATT----
gi|35 : acgtcccaAGT---TC-CCAT---TC--T--TTCCGGT---------CG--TCGTACAATT-A--A-GAG-----GAAAGTGT-G-ATGACC--AACTGT-C------AAGG
gi|37 : aaatatcagtcactgATCACCAT-GA-AATTCG--GGA-AATG----ACAAAC----CATA---TCGCA--AAAAT---G-TC-TT--A-ATCGG---TAT-T-GTGTTT-G-C-AAATAA
gi|38 : gtaa--TTCCGGC---------TG--TTACAAAATT-A--AAGAC-----GAAAGCAT-G-GTGACC--AACTGT-A------
gi|39 : tccT--TTTCGGT---------CG--TCGTA-AATTCA--AAGAG-----GAAATCGTAA-ATGACC---ACTGT-A------AAcaataatcaacaat
gi|4 : cCGGT---------CG--CCACACAATT-A--AAAAT-----AAAGGTGT-G-ACAGCT--AACTGT-A------AAGCAGTCAACCATT-AAAC----ATGTAGTATCGT----GC-----CATTGGTGTTTATTAAATA--T-A-C---------CA-TAGCCTA----TTTTGTTAAACGTATTA----AT-GTTTATTTTTCAAACTATTAAAA-G-GT-TT---A-AAAG-TG--ACAATA-AATAATGTTC---------CA-ACATGA---CAT----TTACCCATGAA---G----CTTG---TACATTACACCAC--T-TATACGTCA--GGT-AAGACTTTA-AA--------TA---TCGTA--ACA-T---G-TT-T--------------GT-T-ATATTT-G-C-AAATGAGAGGAGATTTAGA-ATAGTCAAATTAAAAA--AACa
gi|5 : attcgccatcatttaattcccagtgctatCTTTTGCAATATTTTA-TTT-TGTCATTTAT--TTATTGTACGCATC----A--AGCCATTATGAATAAACGTA--TATAGGTCAAGTAAAAA-CAGCTTCAT-CATTG-----GAACT--TATCTTTGCTGAGCTGGAGCTCAGTAGGAAC-CATATTGATTAATATATGAGT-AATAAAAGAAT
gi|6 : aatgaaaaattaacaGGAGAAGT---TCACCATCCCTGAGTCCTTTCGGT---------AA--TCGCACAGTT-A--CAGAA-----AAAAGCGT-G-ATGACC--AAGTGT-A------AAGGGATCAACCA-CTAAAC----ATGCAGTA-C------GT-----CATAGC-----ATTAAAG----------G-AA--T--ATACCCTC----TATTGATACCCTTCTGG----AT-AT--G-TTAGTAAAT------GA-G-GT-TTGA-A-A--G-TA--ACAtatcgatacttaacatattgttcagttaatcagatcagtcaattaagacatcggtgacatctgcctgtgtactcggagaaaggtcaagcataaaatcctcctaagacaaaaacaaatataggacaagcgtttaacaact
gi|7 : tttacaaaagccagaccaggaagagaatagtatttgaaggtacaacaatacgtacataaggacaagaatccaatgcctctgtccgtttacgaactga--TTCCTGT---------CC--ACGTACAATT-A--AAGAG-------AACCGT-G-GTGGCCTGAACTGC-A------ACGG--TTTAACAACCAAAC----ATGCAGTA-CACT---GT------AGA-------ATCAAAG------------TA--TCATT-GCCTC----TTATAACTAACTTATTG----AT-AT--G----------------AA-GGTT-TT---ACA--G-TG--AAAATG-A--------C---------CC-A----GTCTTGTA---TT-------AA---G----CTTG---TAAATAGCATAACCAT-T--AATTCAAGGGT-AAAG----ACAAGA----AATT---TGGCC--AAAAC---GTTT-TT-AA-ATCAG---TGT-t
gi|8 : agtccctaggcc--TTCCAGT---------CA--TCGCACAAAT-A--GAGAGGAGATGAAAAAAT-G-GAGGTA--AACTGT-A---------------ATCAGTCAAAC----ATGCAGTT-TGCT---GT------GGA-------ATTGAAG------------------AATAATCTC----TCTT------TTTCTTG----AT-AT--ATTTAGCAA----------------------------TA--ACATCA-G--------C---------CT-T----G---CGAA---TTT-------A---A----TATGTTATAAAACACACCAACA--AA-ATGTCA--TGTCAACT----C-AAAC----CATG---CCGAA--AAAGT---G-TT-TG-AA-ATCG
gi|9 : gcaattaaccatgcgcatagcactcagtctttaCAATC-A--AAATG-----GAAAACGT-G-ACGGCT--AAAT---------------GTC-ACCTATCACAC----ATACAGTG-TACTAAAG------CAT---------TCAAGGAG-CAA-C--GTGAGTTCAGTAG--TT----TTTTA----------TG----AT-AT--GATTACCTAAC------GA-GTAA-TC---A-AT-A-TG--ACAATA-A--------C---------CA-A----G---GATG---TTGC----TTA---G----CGTG---TTAATCACATCATCAT-TA-AAGCTA--TGT-TAAT----ATAAAC----CATG---TCGCG--AAAGTTTCT-TT-TT-AT-ATC---------T-GTGTTTAG-A-AATTAAGA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): CTGACGCAGCAGGATCAATAACCTAACACGCAATACGCTGTAGAACCAAAAGATCATCTTCTTAATAAAATTCATGATACTACAGCAAAAAAGGTTTTAAGATGGCGGTGGCCAGGAATCTTATAAAACTTTTACATCAGATCACCTCAAAAGTGCAA
Unaligned ( gi|23 ): ACGAAGATAAAGACATGTTTTCAGCACCTCTGTCCGTTTATGATTAAGAAAAAGTTCGCCATCATTGAGTCCTCAATCGTTATAAAAAATGAAACAGAGAGCACGATTATTGAAGAAAGCGTG
Unaligned ( gi|25 ): GCGGAAGTCTGAGCAGTAAGATAATTATATTAAAGGTAAGACAAGACAGAGATAAGGACATACACCAGGGGCCTTTGTCCGTTCAGGGATTTAAGAGGAATTCACCATCATTAAGTTC
Unaligned ( gi|32 ): TAAAGGTACAACACTAAAATAAGGACAAGCATCTGGCGCATTCGTTCGTCTAGGACTTAAGGAAGTGATCCCCATTATTGAGTTCCAA
Unaligned ( gi|33 ): TATTATTTAAAGGTACGACCAGCAGGAGATAAGGACACATACCAGATACCTTTGACTTTTAAGGCATTACGTCACCAACATTGCGTT
Unaligned ( gi|34 ): TTTTACAAAAGTCAAAACAGCATGTGGAGAGTAGTAAAGGTACAACACTGAAATAAGGACAAGCATCTGGTGCATTCGTCCGTCT
Unaligned ( gi|36 ): GGAACTCGATATCATTGAGTTCTCAATACTTCCGGTAGCCACATGGTAAAATGTAGAATTAAATGTGAGACAGCTAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222 11 2222222222222222 66666666666666666666 11111111111 11 444444444444444444444444444444444444444 11111 222222 111 11 888888888888888888888888888888888888888 3333 11111 1 555555555555555555555555 11111 1 44444444444444444444444444444444 111 1 1 1 1
lowQualScore : 777 3 111 9 55 444444444 33 2 33 666666 2 2 1 33 99999999999999 0 55 5555 2 44 3333333333333333 33 11111111111111111111 7777 2 2 0 0 4444 2 22 1 0 4444 77777777777 1 22 555 444 1 22 2 555555555555555555555555555555555555555 444 999999999 0 55 2 666 0 444 0 6666 555 33 4 777 666 2 4444 77777 3 4 1 44444 1 22 0 3 111111 222 11 3 777777777777777777777777777777777777777 4444 6 33333 0 555555555555555555555555 22 1 1 66666 8 8 55 44 1 3 44444444444444444444444444444444 0 222 8 3 1 555 1 0 3 1 7 1 5 5 1 1
lowQualScore : ... . ... . .. ......... .. . .. ...... . . . .. .............. . .. .... . .. ................ .. .................... .... . . . . .... . .. . . .... ........... . .. ... ... . .. . ....................................... ... ......... . .. . ... . ... . .... ... .. . ... ... . .... ..... . . . ..... . .. . . ...... ... .. . ....................................... .... . ..... . ........................ .. . . ..... . . .. .. . . ................................ . ... . . . ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 555 2 777 8 55 666666666 99 7 77 555555 5 5 6 44 77777777777777 5 33 3333 5 00 5555555555555555 44 99999999999999999999 0000 0 0 3 4 2222 0 88 5 2 0000 11111111111 9 44 222 777 4 99 1 111111111111111111111111111111111111111 111 000000000 3 00 4 999 9 777 1 1111 000 99 6 999 000 9 9999 11111 6 0 4 77777 9 11 7 7 000000 000 00 2 111111111111111111111111111111111111111 7777 7 77777 0 000000000000000000000000 44 0 4 00000 0 0 22 00 0 3 44444444444444444444444444444444 8 000 0 8 0 888 0 0 3 0 3 0 5 0 0 0
consensus : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAAC----ATGCAGTA-CGCTGT-----CA-------GA--ATCAAAG----A-----G-GA--TCAATAGCCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-A--TGTTTAGCAA----AT------AA-GNGT-TT--A---A-G-TGACAA--TG-A--------C---------CA-AGN---G-----TN----TT---AC----G---AAGCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC---TA-T-NATAAANA-AG---ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
Reference ( family-327 ) : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAAC----ATGCAGTA-CGCTGT-----CA-------NA--ATCAAAG----A----CG-GA--TCAATAGCCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-A--TGTTTAGCAA----AT------AA-GCGT-TT--A---A-G-TGACAA--TG-A--------C---------CA-AGC---G-----TA----TT---AC----G---AAGCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAAGAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC---TA-T-AATAAAGA-AG---ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCAGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
gi|1 : GGAGAAATAAGCCACCAT---TGGGA--CTCCAGT---------TG--GCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAACGT-A-ATGAAG--AACTGT-A------AAGGGATCTGCCATTTAAAT----ATACAGTA-CGTTGTGCAAACA-------TA--ATCAAAG----AACAATA-GA--ACAATAGTCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-A--TGCTTAGCAA----ATG-----AA-GTGT-TT--A---A-G-TGGCAA--TG-A--------C---------CA-AGT---G-----TA----TT---TC----G---AAACGTGTAAATCACATCACCAT-CA-AAGTCA--TGTAAATA----AAAC----CATG---TCACA--AAATT---G-A-T-TT-AA-ACCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGGGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAGAG--AACGT--TCTCTAA---------------CTTTAAAAAAA-AACACACGTATAA-TATAGCTCTAGGAACGTCAC-CAT-CCAA-ATAAGGTAAAA---GA----A-CAATATCGAAATCGAAGAAATCGCTTTTGTCACAT---G-TTT-TGT-ATCTATAATTAAAATATCTATT----A--ATC---TATT-AATAAAAAGAG---ATGCAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGTATATGAAAT-TTAACTTTGTTGAGCTGGAGCCCA-CAAGAACAAATAGTTACTACTAC-TGAGTGAACTATAGAAT
gi|10 : ATATCTTT----T-T-TTGATAAACCTCTTA----AA-A--TGTTTAATTA----AT------AA--TGT-TT--ATAAA-G-TGATAA--CT-A--------T---------AC-AGG---A-----TA----TA---AC----A---TAATCTGTGGATCTGATCCCAAT-CA-AAGCCA--TGTTAATAC---AAAC----CGAG---TCGAA--GAAGT---G---A-TT-GG-ACCAG---TGC-T-GCATTT-ACA-AGATGGGAAAAGctcaat
gi|11 : tgtataaacaatgataaactatatatatatGGT---------TG--TCACACAACT-AGAAAGAG-----AAAAGCGT-G-CTTGCC--AAATGT-T------AAAAAGCAGACCAT-CAAACATGGATGCAGTA-CGCTTT-----TA-------GA--TTCAAA-----------A-GA--GC-GTAGCCTC----A-T-TTGATAAAATTC
gi|12 : aacaagtatacaatgacttcgtctgttcaaggcgttagatatgaagaattcgtcatcatagcgttctcaatcatgtCAT---TGAGT--TTCCAGTATTTCAGTACG--TCACATAATG-A--CAATA-----AAAAGCAT-G-AC---C--AACAGT-A------TAAGGATCAACTACTTAA-T----ATGCAGGA-CGTTG------CA-------TA--GTCAA-----------TG-GG--TCA-TAGCCTC----T-T-TTGATAAACTCCTTA----AT-A--TGTTTTACAA----AT----------------------------ACAA--TG-A--------C---------CA-TGA---G-----TC----TT---AC----A---AAGCTTGT
gi|13 : AGAG-----G-AATTAT-ATACGGCC--AGCTGT-A------AAATGATCAACCAG-CAAAC----ATGCc
gi|14 : gatcagcaagatgttactagttaaatgtgcgataagatgcttgataggtaagtttccaacgcatatgtctgtttacgattttaaaaggaatttactacttttgaatccatagtacttgtGT---------CG--TTGCATAATG-A--AAGAA-----ACAAGCAT-G-ATTGTC--AACTGT-AGTTTTTAAGGG-----CCAGCCAAAT----ATGCAGTA-CATTGT------A-------GA--ATTCAAG----A----T------TC-ACAGCCCA----TAT-TTGCTCAACCTCTTG----AT-A--TATTAGGTAA----AA------AA-AGAT-TT--A---A-G-TGAAAC--TA-A--------C---------
gi|15 : cagtccatcac-----CA-------GA--ATCGAAG----A----C------CCA------------T-T-TCGATAAA-TACATG----AT-T--TGTACAGCAA----AT------AC-GCGT-TTC-A---A-G-TGACAA--TG-G--------CGTTCAGGATCA-GGC---G-----AAAT--TTCACAC----G---T-GATTGTAAATCTCATCACCAT-AA-AATCCA--T-TAAAAAC---AAAT----CATG---TCAAA--TAAGC---G-T-T-Tagt
gi|16 : aagacacC----ACACAGTA-CATT-T-----CA-------AA--ATCAATG---------CA-G----CA-TAGTCTCCT--T-T-TTG-TACAATTAT-G----AT-A--TGTTTA-CG------------------GT-TTTAA---A-G-CGGCCA--TG-A--------C---------CC-AG----A-----TC----TT---AC----A---AAGCTTGTTAATCGCATTACC----A-AAG--A--TATCAAGAC---CAGC----CATG---TTGC---AAAGT---G-T-T-TT-CA-ATa
gi|17 : CAA----AT------AA-GCGT-TT--A---A---TGTTCA--GG-A--------T---------CA-GGC---GACGCTTG----AC---AC----GTTTA--CTTGTAAATCACCTCACAAT-AA-AA-TCA--ATTAAAAAC---AAATCACACATG---TCAAA--TAATC---GTT-T-TT-AG-ATCGT---TGT-T-GTATTT-T-ACAAATGAGAGAA----------TATTAAAAT---AAG--AATGT--tcg
gi|18 : GGATCAAT-AACCTAAC----ACGCAATA-CGCTGT------A-------GA--ACCAAA-----------A-GA--TCA------TC----T-TCTTAATAAAATTCATG----AT-A--C-TACAGCAA----AA------AA-GGTT-TT--A---A-GATGGCGG--TG-G--------C---------CA-GGA---A-----TC----TT---AT----A---AAACTTTTACATCAGATCACCTC-AA-AAGT
gi|19 : ctgacgcagcaT---TCATCAT---TG--T--GTCCAGT---------CGAGTCACATGGTC-A--CAGAA-----AAAGGCAT-G-ACGACC--AACTGT-A------GCAGGGTCGGTCA-CCAAAC----ATGCAGGA-C----------TA-------GA--ATCAAAG----A--------A--TCAG-AGCCTA------T-TTGGCAGACATCTAA----AT-A--TGTCTAGTAT----ATG-----AA-GCgcaa
gi|2 : CTT----T-T-TTGATACACTTTTTGTTTTATTA--TGCTTAGCAA----A-------AA-GTGTCTT--A---A-G-TGACAA--CGGA--------C---------CA-GG----A-----TC----TT---AC----A---CAGCTTGAACATCAATTCACCCT-CA-ACGTCA--CTTAAAGAC---AAAC-----ATG---TCGCACAAAATT---G-C-TATT-TA-TTCGA---AGT-T----TTT--------T--------AGTT-TC-G-AGTAAA--TGAAGA--GA------------TTACG---GTC--ATT---AAAAT-------CCCGTAT-GTCATAGCTTGAGGCACA-AACTCAT-CCAAAGT------------TA----G-CAATATCGAAATCAGAAGTATCTTCTCTGTTTCGT---A-TTT-TGT-ACTTATA---AAACTAT-TATT----AGTAGC---TA-T-TTTAATCA-AG---GTGACAGTT------AGA-TACCT--GGTA--AGAAATGTTAACTTTGTTGtgacagt
gi|20 : T-TA--A---A-G-TGGCAA--TG-A--------C---------CCCAGG---A-----TT----CT---AT----G---AATATTAGAAATCAGATAACAAT-GG-AAGTCC--GGTAAAGAC---AA-T----CATGACGTCGCA--AAAAT---A-TAT-GT-AATAT--G---TGT-T-GTATGG-G-A-AAATTAGAAGAGAATT-ACAGTAGTAgcctaaatgacaactttattgagccgatgatcacttagataaatatattaacatgtactaccatttgagtga
gi|21 : ----AT-A--TGATGAA-AA----AT------AA-AGAT-TT--A---AAG-TGACAA--TG-A--------C---------CA-A-----------TACT--TT---AC----G---AAACACGTTAATTTCATCA-CAT-AA-ACATCA---GTAAAGAT---AAAT----TTTG---TCGTG--GAAATG--G-T-T-TC-AA-ATCGG---CGTATGGTGTTT-ctattga
gi|22 : ATTAAATTGA-TATTTATAA--AACACGTA-TCAATAATGA--G---ATGTAAACCAAG--TAAG-CAGCTCCAGAACTTGAAATGTTTACTTTATTGAGCTTAGACTAA-CTCGGATAAATATTTACTA
gi|24 : tcaatCAC---TAAGT--TTCCAGTTCCTACAACCG--TCACACAATC-T--AGGAT-----GTAAGAGT-G-ATGGCC--GACTGTAA------AAGAAGTAAATCACCGAAAA----ATGTAGTA-c
gi|26 : ccttCAACCA-CCAA---------TAGCA-CGCTGT------A-------AA--ACCGAAG------------GA--TCA-TATCCTCCTCTT-T-TCAATAAACT----------------GTTAAACAA----AT------AT-GGAT-AT--A---A-A-TGCTAAAGTG-A--------C---------CA-TTG---G-----TC----TT---AC----A---AAGCTTGTatcgcgcaatacgatgtagattaa
gi|27 : TC----C-T-TTGATAAAGTTGTTG----AT-A--TGACTAGCAT----AT------AA-A-GT-TTTAA---A-GTTAACAA--TG-A--------C---------CA-TGA---A------A----TT---AC----G---AAACCCGTTTATCACATCGCAATACA-AATTTA--GGT
gi|28 : TAGCCCA----T-T-TT-ATAATTGTCTTG----AT-A--TGCTTGGAAA----AT------AT-GGGT-TT--A---A-A-TT------TG-A---------------------------------------TT---AC----G---AAGCTAGTAAATTACATTACCAT-GG-AAGTCA--TGTAAAGAA---AAtgacaa
gi|29 : --TCACAAAATT-A--AAGGT-----GAAAGCAC-A-ATGACA--TACTGT-A------AAAGATTCAACAATCC-AAC----ATGCAGTG-GGCTA------CA-------GA--AT
gi|3 : tttctaccgaataATAGCTTA----G-T-TTGCTTAACTTCTTG----AT-A--TGTTTAGTAA----AT------AA-TACT-TT--A---A-C-TGgagaaaa
gi|3 : aacacgcTGTAAATCATATC-----------GTCA--GGTAA-GAT---AAAC----CATG---TTGCA--AAAAT---G-T-T-TTTAA-ATCGACGATGT-T-GTTTTT-G-C-AATTGATAATAGAATT-GC---AGTGAAA--AAAAATCAACGTATTTTGTAATTACGATAGTCTTATTTTTAAAAGAGTA--AGACGTAT-A----AG-TCGACAAATGCAAA-CCTGCCA---TGAA----AA---TATTTGA-CAATATTGAAATTAAATTCATCTCTTTTGTTTTAT---A-CTTATGT-AATTATAAATCCACTAT-CACT----A--GAC---T---------AGACAC---ATGTAAGTCAAG--AAGGTCAGCTTCAAAATTTGAATTGTTAGCTGTGTTGAGtaaatcatatcgtcaggtaagataaaccatgttgcaaaaatgtttttaaatcgacgatgttgtttttgcaattgataatagaattgcagtgaaaaaaaatcaacgtattttgtaattacgatagtcttatttttaaaagagtaagacgtataagtcgacaaatgcaaacctgccatgaaaatatttgacaatattgaaattaaattcatctcttttgttttatacttatgtaattataaatccactatcactagactagacacatgtaagtcaagaaggtcagcttcaaaatttgaattgttagctgtgttgagtgacaaaatcatgtctct
gi|30 : aacacgcatagcttagtttgcttaacttcttgatatgtttagtaaataatactttaacGCAGAA-CATTG------CG-------AA--ATCAAAG----------G-GA--CCAA--GTCTC----A-T-TTGATATACTTTTTG----AT-T--TGTTCATTAA----AT------AATGTGT-TA--A---A-G-TGACGA--TG-G--------C---------CA-Atgacaaaatcatgtctct
gi|31 : AT-CCAA-GTGAG----AAAAATA----AACAATATTGAAAGCAAAACCATCTCTTCTGTTATAT---ATTTT-TGT-AC---TAATTAAATCAT-TATT----
gi|35 : acgtcccaAGT---TC-CCAT---TC--T--TTCCGGT---------CG--TCGTACAATT-A--A-GAG-----GAAAGTGT-G-ATGACC--AACTGT-C------AAGG
gi|37 : aaatatcagtcactgATCACCAT-GA-AATTCG--GGAAATGAC---AAAC----CATA---TCGCA--AAAAT---G-T-C-TT--A-ATCGG---TAT-T-GTGTTT-G-C-AAATAA
gi|38 : gtaa--TTCCGGC---------TG--TTACAAAATT-A--AAGAC-----GAAAGCAT-G-GTGACC--AACTGT-A------CAATAATCAAC
gi|39 : tccT--TTTCGGT---------CG--TCGTA-AATTCA--AAGAG-----GAAATCGTAA-ATGACC---ACTGT-A------AAaat
gi|4 : cCGGT---------CG--CCACACAATT-A--AAAAT-----AAAGGTGT-G-ACAGCT--AACTGT-A------AAGCAGTCAACCAT-TAAAC----ATGTAGTATCG-TGC-----CATTGGTGTTT--ATTAAAT----A----T---A--CC-ATAGCCTA----T-T-TTGTTAAACGTATTA----AT-GTTTATTTTTCAA----ACTATTAAAA-G-GT-TTAAA---A-G-TGACAA--TA-AATAATGTTC---------CA-A-C---A-----TGACATTT---ACCCATG---AAGCTTGTACATTACACCAC--T-TATACGTCA--GGT-AAGACTTTAA-------ATA---TCGTA--ACA-T---G-T-T---------------TGT-T-ATATTT-G-C-AAATGAGAGGAGATTTAGA-ATAGTCAAATTAAAAA--AACa
gi|5 : attcgccatcatttaattcccagtgctatAAAATTAACACTTTTGCAATATTTTA-TTT-TGTCATTTAT--TTATTGTACGCATC----A--AGC---CA-T-TATGAATA-AACGTATATAGGTCAAGTAAAAA-CAGCTTCATCATTGGAACT--TATCTTTGCTGAGCTGGAGCTCAGTAGGAAC-CATATTGATTAATATATGAGT-AATAAAAGAAT
gi|6 : aatgaGGAGAAGT---TCACCATCCCTGAGTCCTTTCGGT---------AA--TCGCACAGTT-A--CAGAA-----AAAAGCGT-G-ATGACC--AAGTGT-A------AAGGGATCAACCA-CTAAAC----ATGCAGTA-C---GT-----CA-------TAGCATTAAAG----------G-AA--T--ATACCCTC----T-A-TTGATACCCTTCTGG----AT-A--TG-TTAGTAA----AT------GA-G-GT-TTGAA---A-G-TAACAtatcgatacttaacatattgttcagttaatcagatcagtcaattaagacatcggtgacatctgcctgtgtactcggagaaaggtcaagcataaaatcctcctaagacaaaaacaaatataggacaagcgtttaacaact
gi|7 : tttacaaaagccagaccaggaagagaatagtatttgaaggtacaacaatacgtacataaggacaagaatccaatgcctctgtccgtttacgaactga--TTCCTGT---------CC--ACGTACAATT-A--AAGAG-------AACCGT-G-GTGGCCTGAACTGC-A------ACGGT-TTAAC-AACCAAAC----ATGCAGTA-CACTGT------A-------GA--ATCAAAG------------TA--TCATT-GCCTC----T-T-ATAACTAACTTATTG----AT-A--TG--------------------AA-GGTT-TT--AC--A-G-TGAAAA--TG-A--------C---------CC-AGTCTTG-----TA----TT---A----------AGCTTGTAAATAGCATAACCAT-T--AATTCAAGGGTAAAGAC---AAGA----AATT---TGGCC--AAAAC---GTT-T-TT-AA-ATCAG---TGT-t
gi|8 : agtccctaggcc--TTCCAGT---------CA--TCGCACAAAT-A--GAGAGGAGATGAAAAAAT-G-GAGGTA--AACTGT----------------AATCAGTCAAAC----ATGCAGTT-TGCTGT------G-------GA--ATTGAAG------------------AATAATCTC----T-C-TT------TTTCTTG----AT-A--TATTTAGCAATAACAT------CA-GCCT-T---------G-CG--AA--T------------------------------T-----TA----AT---AT----G-------TTATAAAACACACCAACA--AA-ATGTCA--TGTCAACTC---AAAC----CATG---CCGAA--AAAGT---G-T-T-TG-AA-ATCG
gi|9 : gcaattaaccatgcgcatagcactcagtctttaCAATC-A--AAATG-----GAAAACGT-G-ACGGCT--AAAT---------------GTCACCTAT-CACAC----ATACAGTG-TACTAA-----AG-------CA--TTCAAGGAGCAA----CGTGAGTTCAGTAGTTTT----T-T-ATGATA-------TG----AT----TACCTAACGA----GT------AA------TC--A---ATA-TGACAA--TA-A--------C---------CA-AGG---A-----TG----TT---GC----T---TAGCGTGTTAATCACATCATCAT-TA-AAGCTA--TGTTAATAT---AAAC----CATG---TCGCG--AAAGTTTCT-T-T-TT-AT-ATC---------T-GTGTTTAG-A-AATTAAGA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACGAAGATAAAGACATGTTTTCAGCACCTCTGTCCGTTTATGATTAAGAAAAAGTTCGCCATCATTGAGTCCTCAATCGTTATAAAAAATGAAACAGAGAGCACGATTATTGAAGAAAGCGTG
Unaligned ( gi|25 ): GCGGAAGTCTGAGCAGTAAGATAATTATATTAAAGGTAAGACAAGACAGAGATAAGGACATACACCAGGGGCCTTTGTCCGTTCAGGGATTTAAGAGGAATTCACCATCATTAAGTTC
Unaligned ( gi|32 ): TAAAGGTACAACACTAAAATAAGGACAAGCATCTGGCGCATTCGTTCGTCTAGGACTTAAGGAAGTGATCCCCATTATTGAGTTCCAA
Unaligned ( gi|33 ): TATTATTTAAAGGTACGACCAGCAGGAGATAAGGACACATACCAGATACCTTTGACTTTTAAGGCATTACGTCACCAACATTGCGTT
Unaligned ( gi|34 ): TTTTACAAAAGTCAAAACAGCATGTGGAGAGTAGTAAAGGTACAACACTGAAATAAGGACAAGCATCTGGTGCATTCGTCCGTCT
Unaligned ( gi|36 ): GGAACTCGATATCATTGAGTTCTCAATACTTCCGGTAGCCACATGGTAAAATGTAGAATTAAATGTGAGACAGCTAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222 111 2222222 5555555555555555 11111111111 33333333333333333333333333333333333 11111111 11111 222222 111 11 888888888888888888888888888888888888888 3333 11111 1 555555555555555555555555 11111 1 2222222222222222222222222222222 111 1 1 1 1
lowQualScore : 777 3 111 9 55 444444444 33 2 33 666666 2 2 1 33 99999999999999 0 111 5555 2 1 5555555 33 66666 5 2 2 5555555555555555 7777 2 2 0 0 4444 2 22 1 11 4444 33333333333 1 77 555 88888 2 22 2 33333333333333333333333333333333333 44444444 1 0 55 2 666 444 6666 555 33 4 777 666 2 4444 77777 3 4 1 44444 1 22 0 3 111111 222 11 3 444444444444444444444444444444444444444 4444 6 33333 0 555555555555555555555555 22 1 1 66666 8 8 55 44 1 3 5555555555555555555555555555555 0 222 8 3 1 555 1 0 3 1 7 1 5 5 1 1
lowQualScore : ... . ... . .. ......... .. . .. ...... . . . .. .............. . ... .... . . ....... .. ..... . . . ................ .... . . . . .... . .. . .. .... ........... . .. ... ..... . .. . ................................... ........ . . .. . ... ... .... ... .. . ... ... . .... ..... . . . ..... . .. . . ...... ... .. . ....................................... .... . ..... . ........................ .. . . ..... . . .. .. . . ............................... . ... . . . ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 555 2 777 8 55 666666666 99 7 77 555555 5 5 6 44 77777777777777 5 333 0000 5 4 2222222 44 22222 0 7 0 1111111111111111 0000 0 0 3 4 2222 0 88 5 22 0000 00000000000 9 11 222 33333 0 88 0 00000000000000000000000000000000000 22222222 4 3 00 4 999 777 1111 000 99 6 999 000 9 9999 11111 6 0 4 77777 9 11 7 7 000000 000 00 2 444444444444444444444444444444444444444 7777 7 77777 0 000000000000000000000000 44 0 4 00000 0 0 22 00 0 3 4444444444444444444444444444444 8 000 0 8 0 888 0 0 3 0 3 0 5 0 0 0
consensus : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAACATG----CAGTA-CGCTGT-----CA--GA-----A-TC-AAAGAG------GA--TCAATAGCCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAA----AT-----AA-GGGT-TT--A---A--G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A---GNG-----TNTTAC----G---AAGCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC---TA-TNATAAATA-AG---ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
Reference ( family-327 ) : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAACATG----CAGTA-CGCTGT-----CA--GA-----A-TC-AAAGAG------GA--TCAATAGCCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAA----AT-----AA-GNGT-TT--A---A--G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A---GNG-----TNTTAC----G---AAGCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC---TA-TNATAAANA-AG---ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
gi|1 : GGAGAAATAAGCCACCAT---TGGGA--CTCCAGT---------TG--GCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAACGT-A-ATGAAG--AACTGT-A------AAGGGATCTGCCATTTAAATATA----CAGTA-CGTTGTGCAAACA--TA-----A-TC-AAAGAACAATA-GA--ACAATAGTCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GCTTAGCAA----ATG----AA-GTGT-TT--A---A--G--TGGCAA--TG-A--------C---------CA-A---GTG-----TATTTC----G---AAACGTGTAAATCACATCACCAT-CA-AAGTCA--TGTAAATA----AAAC----CATG---TCACA--AAATT---G-A-T-TT-AA-ACCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGGGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAGAG--AACGT--TCTCTAA---------------CTTTAAAAAAA-AACACACGTATAA-TATAGCTCTAGGAACGTCAC-CAT-CCAA-ATAAGGTAAAA---GA----A-CAATATCGAAATCGAAGAAATCGCTTTTGTCACAT---G-TTT-TGT-ATCTATAATTAAAATATCTATT----A--ATC---TATTAATAAAAAGAG---ATGCAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGTATATGAAAT-TTAACTTTGTTGAGCTGGAGCCCA-CAAGAACAAATAGTTACTACTAC-TGAGTGAACTATAGAAT
gi|10 : ATATCTTT----T-T-TTGATAAACCTCTTA----AA-AT--GTTTAATTA----AT-----AA--TGT-TT--ATAAA--G--TGATAA--CT-A--------T---------AC-A---GGA-----TATAAC----A---TAATCTGTGGATCTGATCCCAAT-CA-AAGCCA--TGTTAATAC---AAAC----CGAG---TCGAA--GAAGT---G---A-TT-GG-ACCAG---TGC-T-GCATTT-ACA-AGATGGGAAAAGctcaat
gi|11 : tgtataaacaatgataaactatatatatatGGT---------TG--TCACACAACT-AGAAAGAG-----AAAAGCGT-G-CTTGCC--AAATGT-T------AAAAAGCAGACCATC-AAACATGGATGCAGTA-CGCTTT-----TA--GA-----T-TCAAAAGAG-----------C-GTAGCCTC----A-T-TTGATAAAATTC
gi|12 : aacaagtatacaatgacttcgtctgttcaaggcgttagatatgaagaattcgtcatcatagcgttctcaatcatgtCAT---TGAGT--TTCCAGTATTTCAGTACG--TCACATAATG-A--CAATA-----AAAAGCAT-G-AC---C--AACAGT-A------TAAGGATCAACTACTTAA-TATG----CAGGA-CGTTG------CA--TA-----G-TC-AATGGG----------TCA-TAGCCTC----T-T-TTGATAAACTCCTTA----AT-AT--GTTTTACAA----AT-----------------------------ACAA--TG-A--------C---------CA-T---GAG-----TCTTAC----A---AAGCTTGT
gi|13 : AGAG-----G-AATTAT-ATACGGCC--AGCTGT-A------AAATGATCAACCAG-CAAACATG----Cc
gi|14 : gatcagcaagatgttactagttaaatgtgcgataagatgcttgataggtaagtttccaacgcatatgtctgtttacgattttaaaaggaatttactacttttgaatccatagtacttgtGT---------CG--TTGCATAATG-A--AAGAA-----ACAAGCAT-G-ATTGTC--AACTGT-AGTTTTTAAGGG-----CCAGCCAAATATG----CAGTA-CATTGT------A--GA-----ATTC-AA----------GA--TTCACAGCCCA----TAT-TTGCTCAACCTCTTG----AT-AT--ATTAGGTAA----AA-----AA-AGAT-TT--A---A--G--TGAAAC--TA-A--------C---------
gi|15 : cagtccatcac-----CA--GA-----A-TC-GAAGA------------------CCCA----T-T-TCGATAAA-TACATG----AT-TT--GTACAGCAA----AT-----AC-GCGT-TTC-A---A--G--TGACAA--TG-G--------CGTTCAGGATCA-G---GCGAAA--TTTCACACGTG---A---TTGTAAATCTCATCACCAT-AA-AATCCA--T-TAAAAAC---AAAT----CATG---TCAAA--TAAGC---G-T-T-Tagt
gi|16 : aagacacCACA----CAGTA-CATT-T-----CA--AA-----A-TC-AATGCA------G----CA-TAGTCTCCT--T-T-TTG-TACAATTAT-G----AT-AT--GTTTA-C-----------------GGT-TTTAA---A--G--CGGCCA--TG-A--------C---------CC-A---GA------TCTTAC----A---AAGCTTGTTAATCGCATTACC----A-AAG--A--TATCAAGAC---CAGC----CATG---TTGC---AAAGT---G-T-T-TT-CA-ATa
gi|17 : CAA----AT-----AA-GCGT-TT--A---A-----TGTTCA--GG-A--------T---------CA-G---GCGACGCTTGACAC----GTTTA--CTTGTAAATCACCTCACAAT-AA-AA-TCA--ATTAAAAAC---AAATCACACATG---TCAAA--TAATC---GTT-T-TT-AG-ATCGT---TGT-T-GTATTT-T-ACAAATGAGAGAA----------TATTAAAAT---AAG--AATGT--tcg
gi|18 : GGATCAAT-AACCTAACACG----CAATA-CGCTGT------A--GA-----A-CC-AA--AA------GA--TCA------TC----T-TCTTAATAAAATTCATG----AT-AC---TACAGCAA----AA-----AA-GGTT-TT--A---A--GA-TGGCGG--TG-G--------C---------CA-G---GAA-----TCTTAT----A---AAACTTTTACATCAGATCACCTC-AA-AAGT
gi|19 : ctgacgcagcaT---TCATCAT---TG--T--GTCCAGT---------CGAGTCACATGGTC-A--CAGAA-----AAAGGCAT-G-ACGACC--AACTGT-A------GCAGGGTCGGTCA-CCAAACATG----CAGGA-C----------TA--GA-----A-TC-AAAGA--------A--TCAG-AGCCTA------T-TTGGCAGACATCTAA----AT-AT--GTCTAGTAT----AT-----GA-gcaa
gi|2 : CTT----T-T-TTGATACACTTTTTGTTTTATTAT--GCTTAGCAA----A------AA-GTGTCTT--A---A--G--TGACAA--CGGA--------C---------CA-G---GA------TCTTAC----A---CAGCTTGAACATCAATTCACCCT-CA-ACGTCA--CTTAAAGAC---AAAC-----ATG---TCGCACAAAATT---G-C-TATT-TA-TTCGA---AGT-T----TTT--------T--------AGTT-TC-G-AGTAAA--TGAAGA--GA------------TTACG---GTC--ATT---AAAAT-------CCCGTAT-GTCATAGCTTGAGGCACA-AACTCAT-CCAAAGT------------TA----G-CAATATCGAAATCAGAAGTATCTTCTCTGTTTCGT---A-TTT-TGT-ACTTATA---AAACTAT-TATT----AGTAGC---TA-TTTTAATCA-AG---GTGACAGTT------AGA-TACCT--GGTA--AGAAATGTTAACTTTGTTGagctgacagt
gi|20 : T-TA--A---A--G--TGGCAA--TG-A--------C---------CCCA---GGA-----TTCTAT----G---AATATTAGAAATCAGATAACAAT-GG-AAGTCC--GGTAAAGAC---AA-T----CATGACGTCGCA--AAAAT---A-TAT-GT-AATAT--G---TGT-T-GTATGG-G-A-AAATTAGAAGAGAATT-ACAGTAGTAgcctaaatgacaactttattgagccgatgatcacttagataaatatattaacatgtactaccatttgagtga
gi|21 : ----AT-AT--GATGAA-AA----AT-----AA-AGAT-TT--A---AA-G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A----TA-----CTTTAC----G---AAACACGTTAATTTCATCA-CAT-AA-ACATCA---GTAAAGAT---AAAT----TTTG---TCGTG--GAAATG--G-T-T-TC-AA-ATCGG---CGTATGGTGTTT-ctattga
gi|22 : ATTAAATTGA-TATTTATAA--AACACGTA-TCAATAATG-AG---ATGTAAACCAAG--TAAG-CAGCTCCAGAACTTGAAATGTTTACTTTATTGAGCTTAGACTAA-CTCGGATAAATATTTACTA
gi|24 : tcaatCAC---TAAGT--TTCCAGTTCCTACAACCG--TCACACAATC-T--AGGAT-----GTAAGAGT-G-ATGGCC--GACTGTAA------AAGAAGTAAATCACCGAAAAATG----TAGTA-c
gi|26 : ccttCAACCA-CCAA---------TAGCA-CGCTGT------A--AA-----A-CC-GAAG--------GA--TCA-TATCCTCCTCTT-T-TCAATAAACT----------------GTTAAACAA----AT-----AT-GGAT-AT--A---A--A--TGCTAAAGTG-A--------C---------CA-T---TGG-----TCTTAC----A---AAGCTTGTatcgcgcaatacgatgtagattaa
gi|27 : TC----C-T-TTGATAAAGTTGTTG----AT-AT--GACTAGCAT----AT-----AA-AGTT-TT--A---A--AGTTAACAA--TG-A--------C---------CA-T---GAA------ATTAC----G---AAACCCGTTTATCACATCGCAATACA-AATTTA--GGT
gi|28 : TAGCCCA----T-T-TT-ATAATTGTCTTG----AT-AT--GCTTGGAAA----AT-----AT-GGGT-TT--A---A--A--TT------TG-A-----------------------------------TTAC----G---AAGCTAGTAAATTACATTACCAT-GG-AAGTCA--TGTAAAGAA---AAtgacaa
gi|29 : --TCACAAAATT-A--AAGGT-----GAAAGCAC-A-ATGACA--TACTGT-A------AAAGATTCAACAATCC-AACATG----CAGTG-GGCTA------CA--GA-----A-T
gi|3 : tttctaccgaataATAGCTTA----G-T-TTGCTTAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAG-----------------------T--A---A--A--T---AA--T--A--------C------------------------TTTAAC-------------TGTAAATCATATC-----------GTCA--GGTAA-GAT---AAAC----CATG---TTGCA--AAAAT---G-T-T-TTTAA-ATCGACGATGT-T-GTTTTT-G-C-AATTGATAATAGAATT-GC---AGTGAAA--AAAAATCAACGTATTTTGTAATTACGATAGTCTTATTTTTAAAAGAGTA--AGACGTAT-A----AG-TCGACAAATGCAAA-CCTGCCA---TGAA----AA---TATTTGA-CAATATTGAAATTAAATTCATCTCTTTTGTTTTAT---A-CTTATGT-AATTATAAATCCACTAT-CACT----A--GAC---TA--GAC------AC---ATGTAAGTCAAG--AAGGTCAGCTTCAAAATTTGAATTGTTAGCTGTGTTGAGgagaaaa
gi|30 : aacacgcG----CAGAA-CATTG------CG--AA-----A-TC-AAAG-G------GA--CCAA--GTCTC----A-T-TTGATATACTTTTTG----AT-TT--GTTCATTAA----AT-----AATGTGT-TA--A---A--G--TGACGA--TG-G--------C---------CA-A---tgacaaaatcatgtctct
gi|31 : AT-CCAA-GTGAG----AAAAATA----AACAATATTGAAAGCAAAACCATCTCTTCTGTTATAT---ATTTT-TGT-AC---TAATTAAATCAT-TATT----
gi|35 : acgtcccaAGT---TC-CCAT---TC--T--TTCCGGT---------CG--TCGTACAATT-A--A-GAG-----GAAAGTGT-G-ATGACC--AACTGT-C------AAGG
gi|37 : aaatatcagtcactgATCACCAT-GA-AATTCG--GGAAATGAC---AAAC----CATA---TCGCA--AAAAT---G-T-C-TT--A-ATCGG---TAT-T-GTGTTT-G-C-AAATAA
gi|38 : gtaa--TTCCGGC---------TG--TTACAAAATT-A--AAGAC-----GAAAGCAT-G-GTGACC--AACTGT-A------CAATAATCAAC
gi|39 : tccT--TTTCGGT---------CG--TCGTA-AATTCA--AAGAG-----GAAATCGTAA-ATGACC---ACTGT-A------AAaat
gi|4 : cCGGT---------CG--CCACACAATT-A--AAAAT-----AAAGGTGT-G-ACAGCT--AACTGT-A------AAGCAGTCAACCATT-AAACATG----TAGTATCG-TGC-----CATTGGTGTTTA-TT-AAATAT-------A--CCA-TAGCCTA----T-T-TTGTTAAACGTATTA----AT-GTTTATTTTTCAA----ACTATTAAA-AGGT-TT--A---AAAG--TGACAA--TA-AATAATGTTC---------CA-ACATGAC-----ATTTACCCATG---AAGCTTGTACATTACACCAC--T-TATACGTCA--GGTAA-GACTTTAAA-------TA---TCGTA--ACA-T---G-T-T-T--------------GT-T-ATATTT-G-C-AAATGAGAGGAGATTTAGA-ATAGTCAAATTAAAAA--AACa
gi|5 : attcgccatcatttaattcccagtgctatAAAATTAACACTTTTGCAATATTTTA-TTT-TGTCATTTAT--TTATTGTACGCATC----A--AGC---CA-TTATGAATA-AACGTATATAGGTCAAGTAAAAA-CAGCTTCATCATTGGAACT--TATCTTTGCTGAGCTGGAGCTCAGTAGGAAC-CATATTGATTAATATATGAGT-AATAAAAGAAT
gi|6 : aatgaGGAGAAGT---TCACCATCCCTGAGTCCTTTCGGT---------AA--TCGCACAGTT-A--CAGAA-----AAAAGCGT-G-ATGACC--AAGTGT-A------AAGGGATCAACCA-CTAAACATG----CAGTA-CGTCAT------A--GC-----A-TT-AAAG-G------AA--T--ATACCCTC----T-A-TTGATACCCTTCTGG----AT-AT--G-TTAGTAA----AT-----GA-G-GT-TTGAA---A--G--TAACAtatcgatacttaacatattgttcagttaatcagatcagtcaattaagacatcggtgacatctgcctgtgtactcggagaaaggtcaagcataaaatcctcctaagacaaaaacaaatataggacaagcgtttaacaact
gi|7 : tttacaaaagccagaccaggaagagaatagtatttgaaggtacaacaatacgtacataaggacaagaatccaatgcctctgtccgtttacgaactga--TTCCTGT---------CC--ACGTACAATT-A--AAGAG-------AACCGT-G-GTGGCCTGAACTGC-A------ACGGT-TTAAC-AACCAAACATG----CAGTA-CACTGT------A--GA-----A-TC-AAAG--------TA--TCATT-GCCTC----T-T-ATAACTAACTTATTG----AT-AT--G-------------------AA-GGTT-TT--AC--A--G--TGAAAA--TG-A--------C---------CC-A---GTC-----TTGTAT----T---AAGCTTGTAAATAGCATAACCAT-T--AATTCAAGGGTAAAGAC---AAGA----AATT---TGGCC--AAAAC---GTT-T-TT-AA-ATCAG---TGT-t
gi|8 : agtccctaggcc--TTCCAGT---------CA--TCGCACAAAT-A--GAGAGGAGATGAAAAAAT-G-GAGGTA--AACTGT----------------AATCAGTCAAACATG----CAGTT-TGCTGT------G--GA-----A-TT-GAAG--------------AATAATCTC----T-C-TT------TTTCTTG----AT-AT--ATTTAGCAATAACAT-----CA-GCCT-T----------G--CG--AA--T-----------T---------TA-A--------------TAT----G-------TTATAAAACACACCAACA--AA-ATGTCA--TGTCAACTC---AAAC----CATG---CCGAA--AAAGT---G-T-T-TG-AA-ATCG
gi|9 : gcaattaaccatgcgcatagcactcagtctttaCAATC-A--AAATG-----GAAAACGT-G-ACGGCT--AAAT---------------GTCACCTAT-CACACATA----CAGTG-TACTA------AA--GC-----ATTC-AAGGAGCAACGTGAGTTCAGTAGTTTT----T-T-ATGATA-------TG----AT--T--ACCTAACGA----GT-----AA------TC--A---AT-A--TGACAA--TA-A--------C---------CA-A---GGA-----TGTTGC----T---TAGCGTGTTAATCACATCATCAT-TA-AAGCTA--TGTTAATAT---AAAC----CATG---TCGCG--AAAGTTTCT-T-T-TT-AT-ATC---------T-GTGTTTAG-A-AATTAAGA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACGAAGATAAAGACATGTTTTCAGCACCTCTGTCCGTTTATGATTAAGAAAAAGTTCGCCATCATTGAGTCCTCAATCGTTATAAAAAATGAAACAGAGAGCACGATTATTGAAGAAAGCGTG
Unaligned ( gi|25 ): GCGGAAGTCTGAGCAGTAAGATAATTATATTAAAGGTAAGACAAGACAGAGATAAGGACATACACCAGGGGCCTTTGTCCGTTCAGGGATTTAAGAGGAATTCACCATCATTAAGTTC
Unaligned ( gi|32 ): TAAAGGTACAACACTAAAATAAGGACAAGCATCTGGCGCATTCGTTCGTCTAGGACTTAAGGAAGTGATCCCCATTATTGAGTTCCAA
Unaligned ( gi|33 ): TATTATTTAAAGGTACGACCAGCAGGAGATAAGGACACATACCAGATACCTTTGACTTTTAAGGCATTACGTCACCAACATTGCGTT
Unaligned ( gi|34 ): TTTTACAAAAGTCAAAACAGCATGTGGAGAGTAGTAAAGGTACAACACTGAAATAAGGACAAGCATCTGGTGCATTCGTCCGTCT
Unaligned ( gi|36 ): GGAACTCGATATCATTGAGTTCTCAATACTTCCGGTAGCCACATGGTAAAATGTAGAATTAAATGTGAGACAGCTAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222 111 2222222 5555555555555555 111111111111 333333333333333333333333333333333 111111111111111111 11111 222222 111 11 888888888888888888888888888888888888888 3333 11111 1 555555555555555555555555 11111 1 2222222222222222222222222222222 111 1 1 1 1
lowQualScore : 777 3 111 9 55 444444444 33 2 33 666666 2 2 1 33 99999999999999 0 111 5555 2 1 5555555 33 66666 2 2 2 2 5555555555555555 7777 2 2 0 0 4444 2 22 1 11 555555555555 1 77 555 99999 22 2 000000000000000000000000000000000 1 666666666666666666 0 55 2 666 444 6666 555 33 4 777 666 2 4444 77777 3 4 1 44444 1 22 0 3 111111 222 11 3 444444444444444444444444444444444444444 4444 6 33333 0 555555555555555555555555 22 1 1 66666 8 8 55 44 1 3 5555555555555555555555555555555 0 222 8 3 1 555 1 0 3 1 7 1 5 5 1 1
lowQualScore : ... . ... . .. ......... .. . .. ...... . . . .. .............. . ... .... . . ....... .. ..... . . . . ................ .... . . . . .... . .. . .. ............ . .. ... ..... .. . ................................. . .................. . .. . ... ... .... ... .. . ... ... . .... ..... . . . ..... . .. . . ...... ... .. . ....................................... .... . ..... . ........................ .. . . ..... . . .. .. . . ............................... . ... . . . ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 555 2 777 8 55 666666666 99 7 77 555555 5 5 6 44 77777777777777 5 333 0000 5 4 2222222 44 22222 5 5 7 0 1111111111111111 0000 0 0 3 4 2222 0 88 5 22 999999999999 9 11 222 55555 88 0 777777777777777777777777777777777 8 666666666666666666 3 00 4 999 777 1111 000 99 6 999 000 9 9999 11111 6 0 4 77777 9 11 7 7 000000 000 00 2 444444444444444444444444444444444444444 7777 7 77777 0 000000000000000000000000 44 0 4 00000 0 0 22 00 0 3 6666666666666666666666666666666 8 000 0 8 0 888 0 0 3 0 3 0 5 0 0 0
consensus : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAACATG----CAGTA-CGCTGT-----CA--GA-----A-T-C-AAAGAG------GA--TCAATAGCCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAAAT-----AA-GGGT-TT--A---A--G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A---GNG-----TNTTAC----G---AA--------GCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC---TA-TNATAAATA-AG---ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
Reference ( family-327 ) : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAACATG----CAGTA-CGCTGT-----CA--GA-----A-T-C-AAAGAG------GA--TCAATAGCCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAAAT-----AA-GGGT-TT--A---A--G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A---GNG-----TNTTAC----G---AA--------GCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC---TA-TNATAAATA-AG---ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
gi|1 : GGAGAAATAAGCCACCAT---TGGGA--CTCCAGT---------TG--GCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAACGT-A-ATGAAG--AACTGT-A------AAGGGATCTGCCATTTAAATATA----CAGTA-CGTTGTGCAAACA--TA-----A-T-C-AAAGAACAATA-GA--ACAATAGTCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GCTTAGCAAATG----AA-GTGT-TT--A---A--G--TGGCAA--TG-A--------C---------CA-A---GTG-----TATTTC----G---AA--------ACGTGTAAATCACATCACCAT-CA-AAGTCA--TGTAAATA----AAAC----CATG---TCACA--AAATT---G-A-T-TT-AA-ACCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGGGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAGAG--AACGT--TCTCTAA---------------CTTTAAAAAAA-AACACACGTATAA-TATAGCTCTAGGAACGTCAC-CAT-CCAA-ATAAGGTAAAA---GA----A-CAATATCGAAATCGAAGAAATCGCTTTTGTCACAT---G-TTT-TGT-ATCTATAATTAAAATATCTATT----A--ATC---TATTAATAAAAAGAG---ATGCAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGTATATGAAAT-TTAACTTTGTTGAGCTGGAGCCCA-CAAGAACAAATAGTTACTACTAC-TGAGTGAACTATAGAAT
gi|10 : ATATCTTT----T-T-TTGATAAACCTCTTA----AA-AT--GTTTAATTAAT-----AA-TG-T-TT--ATAAA--G--TGATAA--CT-A--------T---------AC-A---GGA-----TATAAC----A---TA--------ATCTGTGGATCTGATCCCAAT-CA-AAGCCA--TGTTAATAC---AAAC----CGAG---TCGAA--GAAGT---G---A-TT-GG-ACCAG---TGC-T-GCATTT-ACA-AGATGGGAAAAGctcaat
gi|11 : tgtataaacaatgataaactatatatatatGGT---------TG--TCACACAACT-AGAAAGAG-----AAAAGCGT-G-CTTGCC--AAATGT-T------AAAAAGCAGACCATC-AAACATGGATGCAGTA-CGCTTT-----TA--GA-----T-T-CAAAAGAG-----------C-GTAGCCTC----A-T-TTGATAAAATTC
gi|12 : aacaagtatacaatgacttcgtctgttcaaggcgttagatatgaagaattcgtcatcatagcgttctcaatcatgtCAT---TGAGT--TTCCAGTATTTCAGTACG--TCACATAATG-A--CAATA-----AAAAGCAT-G-AC---C--AACAGT-A------TAAGGATCAACTACTTAA-TATG----CAGGA-CGTTG------CA--TA-----G-T-C-AATGGG----------TCA-TAGCCTC----T-T-TTGATAAACTCCTTA----AT-AT--GTTTTACAAAT-----------------------------ACAA--TG-A--------C---------CA-T---GAG-----TCTTAC----A---AA--------GCTTGT
gi|13 : AGAG-----G-AATTAT-ATACGGCC--AGCTGT-A------AAATGATCAACCAG-CAAACATG----Cc
gi|14 : gatcagcaagatgttactagttaaatgtgcgataagatgcttgataggtaagtttccaacgcatatgtctgtttacgattttaaaaggaatttactacttttgaatccatagtacttgtGT---------CG--TTGCATAATG-A--AAGAA-----ACAAGCAT-G-ATTGTC--AACTGT-AGTTTTTAAGGG-----CCAGCCAAATATG----CAGTA-CATTGT------A--GA-----A-TTC-AA----------GA--TTCACAGCCCA----TAT-TTGCTCAACCTCTTG----AT-AT--ATTAGGTAAAA-----AA-AGAT-TT--A---A--G--TGAAAC--TA-A--------C---------
gi|15 : cagtccatcac-----CA--GA-----A-T-C-GAAGA------------------CCCA----T-T-TCGATAAA-TACATG----AT-TT--GTACAGCAAAT-----AC-GCGT-TTC-A---A--G--TGACAA--TG-G--------CGTTCAGGATCA-G---GCGAAA--TTTCACACGTG---A-----------TTGTAAATCTCATCACCAT-AA-AATCCA--T-TAAAAAC---AAAT----CATG---TCAAA--TAAGC---G-T-T-Tagt
gi|16 : aagacacCACA----CAGTA-CATT-T-----CA--AA-----A-T-C-AATGCA------G----CA-TAGTCTCCT--T-T-TTG-TACAATTAT-G----AT-AT--GTTTA-C-------------GGT-TTTAA---A--G--CGGCCA--TG-A--------C---------CC-A---GA------TCTTAC----A---AA--------GCTTGTTAATCGCATTACC----A-AAG--A--TATCAAGAC---CAGC----CATG---TTGC---AAAGT---G-T-T-TT-CA-ATa
gi|17 : CAAAT-----AA-GCGT-TT--A---A-----TGTTCA--GG-A--------T---------CA-G---GCGACGCTTGACAC----GTTTA----------CTTGTAAATCACCTCACAAT-AA-AA-TCA--ATTAAAAAC---AAATCACACATG---TCAAA--TAATC---GTT-T-TT-AG-ATCGT---TGT-T-GTATTT-T-ACAAATGAGAGAA----------TATTAAAAT---AAG--AATGT--tcg
gi|18 : GGATCAAT-AACCTAACACG----CAATA-CGCTGT------A--GA-----A-C-C-AA--AA------GA--TCA------TC----T-TCTTAATAAAATTCATG----AT-AC---TACAGCAAAA-----AA-GGTT-TT--A---A--GA-TGGCGG--TG-G--------C---------CA-G---GAA-----TCTTAT----A---AA--------ACTTTTACATCAGATCACCTC-AA-AAGT
gi|19 : ctgacgcagcaT---TCATCAT---TG--T--GTCCAGT---------CGAGTCACATGGTC-A--CAGAA-----AAAGGCAT-G-ACGACC--AACTGT-A------GCAGGGTCGGTCA-CCAAACATG----CAGGA-C----------TA--GA-----A-T-C-AAAGA--------A--TCAG-AGCCTA------T-TTGGCAGACATCTAA----AT-AT--GTCTAGTATAT-----GA-AGgcaa
gi|2 : CTT----T-T-TTGATACACTTTTTGTTTTATTAT--GCTTAGCAAA------AA-GTGTCTT--A---A--G--TGACAA--CGGA--------C---------CA-G---GA------TCTTAC----A---CA--------GCTTGAACATCAATTCACCCT-CA-ACGTCA--CTTAAAGAC---AAAC-----ATG---TCGCACAAAATT---G-C-TATT-TA-TTCGA---AGT-T----TTT--------T--------AGTT-TC-G-AGTAAA--TGAAGA--GA------------TTACG---GTC--ATT---AAAAT-------CCCGTAT-GTCATAGCTTGAGGCACA-AACTCAT-CCAAAGT------------TA----G-CAATATCGAAATCAGAAGTATCTTCTCTGTTTCGT---A-TTT-TGT-ACTTATA---AAACTAT-TATT----AGTAGC---TA-TTTTAATCA-AG---GTGACAGTT------AGA-TACCT--GGTA--AGAAATGTTAACTTTGTTGctgacagt
gi|20 : T-TA--A---A--G--TGGCAA--TG-A--------C---------CCCA---GGA-----TTCTAT----G---AA--------TATTAGAAATCAGATAACAAT-GG-AAGTCC--GGTAAAGAC---AA-T----CATGACGTCGCA--AAAAT---A-TAT-GT-AATAT--G---TGT-T-GTATGG-G-A-AAATTAGAAGAGAATT-ACAGTAGTAgcctaaatgacaactttattgagccgatgatcacttagataaatatattaacatgtactaccatttgagtga
gi|21 : ----AT-AT--GATGAA-AAAT-----AA-AGAT-TT--A---AA-G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A----TA-----CTTTAC----G---AA--------ACACGTTAATTTCATCA-CAT-AA-ACATCA---GTAAAGAT---AAAT----TTTG---TCGTG--GAAATG--G-T-T-TC-AA-ATCGG---CGTATGGTGTTT-ctattga
gi|22 : ATTAAATTGA-TATTTATAA--AACACGTA-TCAATAATG-AG---ATGTAAACCAAG--TAAG-CAGCTCCAGAACTTGAAATGTTTACTTTATTGAGCTTAGACTAA-CTCGGATAAATATTTACTA
gi|24 : tcaatCAC---TAAGT--TTCCAGTTCCTACAACCG--TCACACAATC-T--AGGAT-----GTAAGAGT-G-ATGGCC--GACTGTAA------AAGAAGTAAATCACCGAAAAATG----TAGTA-c
gi|26 : ccttCAACCA-CCAA---------TAGCA-CGCTGT------A--AA-----A-C-C-GAAG--------GA--TCA-TATCCTCCTCTT-T-TCAATAAACT----------------GTTAAACAAAT-----AT-GGAT-AT--A---A--A--TGCTAAAGTG-A--------C---------CA-T---TGG-----TCTTAC----A---AA--------GCTTGTatcgcgcaatacgatgtagattaa
gi|27 : TC----C-T-TTGATAAAGTTGTTG----AT-AT--GACTAGCATAT-----AA-AGTT-TT--A---A--AGTTAACAA--TG-A--------C---------CA-T---GAA------ATTAC----G---AA--------ACCCGTTTATCACATCGCAATACA-AATTTA--GGT
gi|28 : TAGCCCA----T-T-TT-ATAATTGTCTTG----AT-AT--GCTTGGAAAAT-----AT-GGGT-TT--A---A--A--TT------TG-A-----------------------------------TTAC----G---AA--------GCTAGTAAATTACATTACCAT-GG-AAGTCA--TGTAAAGAA---AAtgacaa
gi|29 : --TCACAAAATT-A--AAGGT-----GAAAGCAC-A-ATGACA--TACTGT-A------AAAGATTCAACAATCC-AACATG----CAGTG-GGCTA------CA--GA-----A-T-
gi|3 : tttctaccgaataATAGCTTA----G-T-TTGCTTAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAG-------------------T--A---A--A--T---AA--T--A--------C------------------------TTTAAC---------------------TGTAAATCATATC-----------GTCA--GGTAA-GAT---AAAC----CATG---TTGCA--AAAAT---G-T-T-TTTAA-ATCGACGATGT-T-GTTTTT-G-C-AATTGATAATAGAATT-GC---AGTGAAA--AAAAATCAACGTATTTTGTAATTACGATAGTCTTATTTTTAAAAGAGTA--AGACGTAT-A----AG-TCGACAAATGCAAA-CCTGCCA---TGAA----AA---TATTTGA-CAATATTGAAATTAAATTCATCTCTTTTGTTTTAT---A-CTTATGT-AATTATAAATCCACTAT-CACT----A--GAC---TA--GAC------AC---ATGTAAGTCAAG--AAGGTCAGCTTCAAAATTTGAATTGTTAGCTGTGTTGAGgagaaaa
gi|30 : aacacgcG----CAGAA-CATTG------CG--AA-----A-T-C-AAAG-G------GA--CCAA--GTCTC----A-T-TTGATATACTTTTTG----AT-TT--GTTCATTAAAT-----AATGTGT-TA--A---A--G--TGACGA--TG-G--------C---------CA-A---tgacaaaatcatgtctct
gi|31 : AT-CCAA-GTGAG----AAAAATA----AACAATATTGAAAGCAAAACCATCTCTTCTGTTATAT---ATTTT-TGT-AC---TAATTAAATCAT-TATT----
gi|35 : acgtcccaAGT---TC-CCAT---TC--T--TTCCGGT---------CG--TCGTACAATT-A--A-GAG-----GAAAGTGT-G-ATGACC--AACTGT-C------AAGG
gi|37 : aaatatcagtcactgATCACCAT-GA-AATTCG--GGAAATGAC---AAAC----CATA---TCGCA--AAAAT---G-T-C-TT--A-ATCGG---TAT-T-GTGTTT-G-C-AAATAA
gi|38 : gtaa--TTCCGGC---------TG--TTACAAAATT-A--AAGAC-----GAAAGCAT-G-GTGACC--AACTGT-A------CAATAATCAAC
gi|39 : tccT--TTTCGGT---------CG--TCGTA-AATTCA--AAGAG-----GAAATCGTAA-ATGACC---ACTGT-A------AAaat
gi|4 : cCGGT---------CG--CCACACAATT-A--AAAAT-----AAAGGTGT-G-ACAGCT--AACTGT-A------AAGCAGTCAACCATT-AAACATG----TAGTATCG-TGC-----CATTGGTGTTTA-T-T-AAATAT-------A--CCA-TAGCCTA----T-T-TTGTTAAACGTATTA----AT-GTTTATTTTTCAAACTATTAAA-AGGT-TT--A---AAAG--TGACAA--TA-AATAATGTTC---------CA-ACATGAC-----ATTTACCCATG---AA--------GCTTGTACATTACACCAC--T-TATACGTCA--GGTAA-GACTTTAAA-------TA---TCGTA--ACA-T---G-T-T-T--------------GT-T-ATATTT-G-C-AAATGAGAGGAGATTTAGA-ATAGTCAAATTAAAAA--AACa
gi|5 : attcgccatcatttaattcccagtgctatAAAATTAACACTTTTGCAATATTTTA-TTT-TGTCATTTAT--TTATTGTACGCATC----A--AGC---CA-TTATGAATA-AACGTATATAGGTCAAGTAAAAA-CAGCTTCATCATTGGAACT--TATCTTTGCTGAGCTGGAGCTCAGTAGGAAC-CATATTGATTAATATATGAGT-AATAAAAGAAT
gi|6 : aatgaGGAGAAGT---TCACCATCCCTGAGTCCTTTCGGT---------AA--TCGCACAGTT-A--CAGAA-----AAAAGCGT-G-ATGACC--AAGTGT-A------AAGGGATCAACCA-CTAAACATG----CAGTA-CGTCAT------A--GC-----A-T-T-AAAG-G------AA--T--ATACCCTC----T-A-TTGATACCCTTCTGG----AT-AT--G-TTAGTAAAT-----GA--GGT-TTGAA---A--G--TAACAtatcgatacttaacatattgttcagttaatcagatcagtcaattaagacatcggtgacatctgcctgtgtactcggagaaaggtcaagcataaaatcctcctaagacaaaaacaaatataggacaagcgtttaacaact
gi|7 : tttacaaaagccagaccaggaagagaatagtatttgaaggtacaacaatacgtacataaggacaagaatccaatgcctctgtccgtttacgaactga--TTCCTGT---------CC--ACGTACAATT-A--AAGAG-------AACCGT-G-GTGGCCTGAACTGC-A------ACGGT-TTAAC-AACCAAACATG----CAGTA-CACTGT------A--GA-----A-T-C-AAAG--------TA--TCATT-GCCTC----T-T-ATAACTAACTTATTG----AT-AT--G---------------AA-GGTT-TT--AC--A--G--TGAAAA--TG-A--------C---------CC-A---GTC-----TTGTAT----T---AA--------GCTTGTAAATAGCATAACCAT-T--AATTCAAGGGTAAAGAC---AAGA----AATT---TGGCC--AAAAC---GTT-T-TT-AA-ATCAG---TGT-t
gi|8 : agtccctaggcc--TTCCAGT---------CA--TCGCACAAAT-A--GAGAGGAGATGAAAAAAT-G-GAGGTA--AACTGT----------------AATCAGTCAAACATG----CAGTT-TGCTGT------G--GA-----A-T-T-GAAG--------------AATAATCTC----T-C-TT------TTTCTTG----AT-AT--ATTTAGCAA-----------------------------TAAC-------A--------T---------CA-------G-----CCTTGC----G---AATTTAATATG-TTATAAAACACACCAACA--AA-ATGTCA--TGTCAACTC---AAAC----CATG---CCGAA--AAAGT---G-T-T-TG-AA-ATCG
gi|9 : gcaattaaccatgcgcatagcactcagtctttaCAATC-A--AAATG-----GAAAACGT-G-ACGGCT--AAAT---------------GTCACCTAT-CACACATA----CAGTG-TACTA------AA--GC-----ATT-C-AAGGAGCAACGTGAGTTCAGTAGTTTT----T-T-ATGATA-------TG----AT--T--ACCTAACGAGT-----AA------TC--A---AT-A--TGACAA--TA-A--------C---------CA-A---GGA-----TGTTGC----T---TA--------GCGTGTTAATCACATCATCAT-TA-AAGCTA--TGTTAATAT---AAAC----CATG---TCGCG--AAAGTTTCT-T-T-TT-AT-ATC---------T-GTGTTTAG-A-AATTAAGA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACGAAGATAAAGACATGTTTTCAGCACCTCTGTCCGTTTATGATTAAGAAAAAGTTCGCCATCATTGAGTCCTCAATCGTTATAAAAAATGAAACAGAGAGCACGATTATTGAAGAAAGCGTG
Unaligned ( gi|25 ): GCGGAAGTCTGAGCAGTAAGATAATTATATTAAAGGTAAGACAAGACAGAGATAAGGACATACACCAGGGGCCTTTGTCCGTTCAGGGATTTAAGAGGAATTCACCATCATTAAGTTC
Unaligned ( gi|32 ): TAAAGGTACAACACTAAAATAAGGACAAGCATCTGGCGCATTCGTTCGTCTAGGACTTAAGGAAGTGATCCCCATTATTGAGTTCCAA
Unaligned ( gi|33 ): TATTATTTAAAGGTACGACCAGCAGGAGATAAGGACACATACCAGATACCTTTGACTTTTAAGGCATTACGTCACCAACATTGCGTT
Unaligned ( gi|34 ): TTTTACAAAAGTCAAAACAGCATGTGGAGAGTAGTAAAGGTACAACACTGAAATAAGGACAAGCATCTGGTGCATTCGTCCGTCT
Unaligned ( gi|36 ): GGAACTCGATATCATTGAGTTCTCAATACTTCCGGTAGCCACATGGTAAAATGTAGAATTAAATGTGAGACAGCTAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222 111 2222222 5555555555555555 111111111111 333333333333333333333333333333333 111111111111111111 11111 222222 111 11 888888888888888888888888888888888888888 3333 11111 1 555555555555555555555555 11111 1 2222222222222222222222222222222 111 1 1 1 1
lowQualScore : 777 3 111 9 55 444444444 33 2 33 666666 2 2 1 33 99999999999999 0 111 5555 2 1 5555555 33 66666 2 2 2 2 5555555555555555 7777 2 2 0 0 4444 2 22 1 11 555555555555 1 77 555 99999 22 2 000000000000000000000000000000000 1 666666666666666666 0 55 2 666 444 6666 555 33 4 777 666 2 4444 77777 3 4 1 44444 1 22 0 3 111111 222 11 3 444444444444444444444444444444444444444 4444 6 33333 0 555555555555555555555555 22 1 1 66666 8 8 55 44 1 3 5555555555555555555555555555555 0 222 8 3 1 555 1 0 3 1 7 1 5 5 1 1
lowQualScore : ... . ... . .. ......... .. . .. ...... . . . .. .............. . ... .... . . ....... .. ..... . . . . ................ .... . . . . .... . .. . .. ............ . .. ... ..... .. . ................................. . .................. . .. . ... ... .... ... .. . ... ... . .... ..... . . . ..... . .. . . ...... ... .. . ....................................... .... . ..... . ........................ .. . . ..... . . .. .. . . ............................... . ... . . . ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 555 2 777 8 55 666666666 99 7 77 555555 5 5 6 44 77777777777777 5 333 0000 5 4 2222222 44 22222 5 5 7 0 1111111111111111 0000 0 0 3 4 2222 0 88 5 22 999999999999 9 11 222 55555 88 0 777777777777777777777777777777777 8 666666666666666666 3 00 4 999 777 1111 000 99 6 999 000 9 9999 11111 6 0 4 77777 9 11 7 7 000000 000 00 2 444444444444444444444444444444444444444 7777 7 77777 0 000000000000000000000000 44 0 4 00000 0 0 22 00 0 3 6666666666666666666666666666666 8 000 0 8 0 888 0 0 3 0 3 0 5 0 0 0
consensus : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAACATG----CAGTA-CGCTGT-----CA--GA-----A-T-C-AAAGAG------GA--TCAATAGCCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAAAT-----AA-GGGT-TT--A---A--G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A---GNG-----TNTTAC----G---AA--------GCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC---TA-TNATAAATA-AG---ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
Reference ( family-327 ) : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAACATG----CAGTA-CGCTGT-----CA--GA-----A-T-C-AAAGAG------GA--TCAATAGCCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAAAT-----AA-GGGT-TT--A---A--G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A---GNG-----TNTTAC----G---AA--------GCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC---TA-TNATAAATA-AG---ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
gi|1 : GGAGAAATAAGCCACCAT---TGGGA--CTCCAGT---------TG--GCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAACGT-A-ATGAAG--AACTGT-A------AAGGGATCTGCCATTTAAATATA----CAGTA-CGTTGTGCAAACA--TA-----A-T-C-AAAGAACAATA-GA--ACAATAGTCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GCTTAGCAAATG----AA-GTGT-TT--A---A--G--TGGCAA--TG-A--------C---------CA-A---GTG-----TATTTC----G---AA--------ACGTGTAAATCACATCACCAT-CA-AAGTCA--TGTAAATA----AAAC----CATG---TCACA--AAATT---G-A-T-TT-AA-ACCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGGGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAGAG--AACGT--TCTCTAA---------------CTTTAAAAAAA-AACACACGTATAA-TATAGCTCTAGGAACGTCAC-CAT-CCAA-ATAAGGTAAAA---GA----A-CAATATCGAAATCGAAGAAATCGCTTTTGTCACAT---G-TTT-TGT-ATCTATAATTAAAATATCTATT----A--ATC---TATTAATAAAAAGAG---ATGCAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGTATATGAAAT-TTAACTTTGTTGAGCTGGAGCCCA-CAAGAACAAATAGTTACTACTAC-TGAGTGAACTATAGAAT
gi|10 : ATATCTTT----T-T-TTGATAAACCTCTTA----AA-AT--GTTTAATTAAT-----AA-TG-T-TT--ATAAA--G--TGATAA--CT-A--------T---------AC-A---GGA-----TATAAC----A---TA--------ATCTGTGGATCTGATCCCAAT-CA-AAGCCA--TGTTAATAC---AAAC----CGAG---TCGAA--GAAGT---G---A-TT-GG-ACCAG---TGC-T-GCATTT-ACA-AGATGGGAAAAGctcaat
gi|11 : tgtataaacaatgataaactatatatatatGGT---------TG--TCACACAACT-AGAAAGAG-----AAAAGCGT-G-CTTGCC--AAATGT-T------AAAAAGCAGACCATC-AAACATGGATGCAGTA-CGCTTT-----TA--GA-----T-T-CAAAAGAG-----------C-GTAGCCTC----A-T-TTGATAAAATTC
gi|12 : aacaagtatacaatgacttcgtctgttcaaggcgttagatatgaagaattcgtcatcatagcgttctcaatcatgtCAT---TGAGT--TTCCAGTATTTCAGTACG--TCACATAATG-A--CAATA-----AAAAGCAT-G-AC---C--AACAGT-A------TAAGGATCAACTACTTAA-TATG----CAGGA-CGTTG------CA--TA-----G-T-C-AATGGG----------TCA-TAGCCTC----T-T-TTGATAAACTCCTTA----AT-AT--GTTTTACAAAT-----------------------------ACAA--TG-A--------C---------CA-T---GAG-----TCTTAC----A---AA--------GCTTGT
gi|13 : AGAG-----G-AATTAT-ATACGGCC--AGCTGT-A------AAATGATCAACCAG-CAAACATG----Cc
gi|14 : gatcagcaagatgttactagttaaatgtgcgataagatgcttgataggtaagtttccaacgcatatgtctgtttacgattttaaaaggaatttactacttttgaatccatagtacttgtGT---------CG--TTGCATAATG-A--AAGAA-----ACAAGCAT-G-ATTGTC--AACTGT-AGTTTTTAAGGG-----CCAGCCAAATATG----CAGTA-CATTGT------A--GA-----A-TTC-AA----------GA--TTCACAGCCCA----TAT-TTGCTCAACCTCTTG----AT-AT--ATTAGGTAAAA-----AA-AGAT-TT--A---A--G--TGAAAC--TA-A--------C---------
gi|15 : cagtccatcac-----CA--GA-----A-T-C-GAAGA------------------CCCA----T-T-TCGATAAA-TACATG----AT-TT--GTACAGCAAAT-----AC-GCGT-TTC-A---A--G--TGACAA--TG-G--------CGTTCAGGATCA-G---GCGAAA--TTTCACACGTG---A-----------TTGTAAATCTCATCACCAT-AA-AATCCA--T-TAAAAAC---AAAT----CATG---TCAAA--TAAGC---G-T-T-Tagt
gi|16 : aagacacCACA----CAGTA-CATT-T-----CA--AA-----A-T-C-AATGCA------G----CA-TAGTCTCCT--T-T-TTG-TACAATTAT-G----AT-AT--GTTTA-C-------------GGT-TTTAA---A--G--CGGCCA--TG-A--------C---------CC-A---GA------TCTTAC----A---AA--------GCTTGTTAATCGCATTACC----A-AAG--A--TATCAAGAC---CAGC----CATG---TTGC---AAAGT---G-T-T-TT-CA-ATa
gi|17 : CAAAT-----AA-GCGT-TT--A---A-----TGTTCA--GG-A--------T---------CA-G---GCGACGCTTGACAC----GTTTA----------CTTGTAAATCACCTCACAAT-AA-AA-TCA--ATTAAAAAC---AAATCACACATG---TCAAA--TAATC---GTT-T-TT-AG-ATCGT---TGT-T-GTATTT-T-ACAAATGAGAGAA----------TATTAAAAT---AAG--AATGT--tcg
gi|18 : GGATCAAT-AACCTAACACG----CAATA-CGCTGT------A--GA-----A-C-C-AA--AA------GA--TCA------TC----T-TCTTAATAAAATTCATG----AT-AC---TACAGCAAAA-----AA-GGTT-TT--A---A--GA-TGGCGG--TG-G--------C---------CA-G---GAA-----TCTTAT----A---AA--------ACTTTTACATCAGATCACCTC-AA-AAGT
gi|19 : ctgacgcagcaT---TCATCAT---TG--T--GTCCAGT---------CGAGTCACATGGTC-A--CAGAA-----AAAGGCAT-G-ACGACC--AACTGT-A------GCAGGGTCGGTCA-CCAAACATG----CAGGA-C----------TA--GA-----A-T-C-AAAGA--------A--TCAG-AGCCTA------T-TTGGCAGACATCTAA----AT-AT--GTCTAGTATAT-----GA-AGgcaa
gi|2 : CTT----T-T-TTGATACACTTTTTGTTTTATTAT--GCTTAGCAAA------AA-GTGTCTT--A---A--G--TGACAA--CGGA--------C---------CA-G---GA------TCTTAC----A---CA--------GCTTGAACATCAATTCACCCT-CA-ACGTCA--CTTAAAGAC---AAAC-----ATG---TCGCACAAAATT---G-C-TATT-TA-TTCGA---AGT-T----TTT--------T--------AGTT-TC-G-AGTAAA--TGAAGA--GA------------TTACG---GTC--ATT---AAAAT-------CCCGTAT-GTCATAGCTTGAGGCACA-AACTCAT-CCAAAGT------------TA----G-CAATATCGAAATCAGAAGTATCTTCTCTGTTTCGT---A-TTT-TGT-ACTTATA---AAACTAT-TATT----AGTAGC---TA-TTTTAATCA-AG---GTGACAGTT------AGA-TACCT--GGTA--AGAAATGTTAACTTTGTTGctgacagt
gi|20 : T-TA--A---A--G--TGGCAA--TG-A--------C---------CCCA---GGA-----TTCTAT----G---AA--------TATTAGAAATCAGATAACAAT-GG-AAGTCC--GGTAAAGAC---AA-T----CATGACGTCGCA--AAAAT---A-TAT-GT-AATAT--G---TGT-T-GTATGG-G-A-AAATTAGAAGAGAATT-ACAGTAGTAgcctaaatgacaactttattgagccgatgatcacttagataaatatattaacatgtactaccatttgagtga
gi|21 : ----AT-AT--GATGAA-AAAT-----AA-AGAT-TT--A---AA-G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A----TA-----CTTTAC----G---AA--------ACACGTTAATTTCATCA-CAT-AA-ACATCA---GTAAAGAT---AAAT----TTTG---TCGTG--GAAATG--G-T-T-TC-AA-ATCGG---CGTATGGTGTTT-ctattga
gi|22 : ATTAAATTGA-TATTTATAA--AACACGTA-TCAATAATG-AG---ATGTAAACCAAG--TAAG-CAGCTCCAGAACTTGAAATGTTTACTTTATTGAGCTTAGACTAA-CTCGGATAAATATTTACTA
gi|24 : tcaatCAC---TAAGT--TTCCAGTTCCTACAACCG--TCACACAATC-T--AGGAT-----GTAAGAGT-G-ATGGCC--GACTGTAA------AAGAAGTAAATCACCGAAAAATG----TAGTA-c
gi|26 : ccttCAACCA-CCAA---------TAGCA-CGCTGT------A--AA-----A-C-C-GAAG--------GA--TCA-TATCCTCCTCTT-T-TCAATAAACT----------------GTTAAACAAAT-----AT-GGAT-AT--A---A--A--TGCTAAAGTG-A--------C---------CA-T---TGG-----TCTTAC----A---AA--------GCTTGTatcgcgcaatacgatgtagattaa
gi|27 : TC----C-T-TTGATAAAGTTGTTG----AT-AT--GACTAGCATAT-----AA-AGTT-TT--A---A--AGTTAACAA--TG-A--------C---------CA-T---GAA------ATTAC----G---AA--------ACCCGTTTATCACATCGCAATACA-AATTTA--GGT
gi|28 : TAGCCCA----T-T-TT-ATAATTGTCTTG----AT-AT--GCTTGGAAAAT-----AT-GGGT-TT--A---A--A--TT------TG-A-----------------------------------TTAC----G---AA--------GCTAGTAAATTACATTACCAT-GG-AAGTCA--TGTAAAGAA---AAtgacaa
gi|29 : --TCACAAAATT-A--AAGGT-----GAAAGCAC-A-ATGACA--TACTGT-A------AAAGATTCAACAATCC-AACATG----CAGTG-GGCTA------CA--GA-----A-T-
gi|3 : tttctaccgaataATAGCTTA----G-T-TTGCTTAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAG-------------------T--A---A--A--T---AA--T--A--------C------------------------TTTAAC---------------------TGTAAATCATATC-----------GTCA--GGTAA-GAT---AAAC----CATG---TTGCA--AAAAT---G-T-T-TTTAA-ATCGACGATGT-T-GTTTTT-G-C-AATTGATAATAGAATT-GC---AGTGAAA--AAAAATCAACGTATTTTGTAATTACGATAGTCTTATTTTTAAAAGAGTA--AGACGTAT-A----AG-TCGACAAATGCAAA-CCTGCCA---TGAA----AA---TATTTGA-CAATATTGAAATTAAATTCATCTCTTTTGTTTTAT---A-CTTATGT-AATTATAAATCCACTAT-CACT----A--GAC---TA--GAC------AC---ATGTAAGTCAAG--AAGGTCAGCTTCAAAATTTGAATTGTTAGCTGTGTTGAGgagaaaa
gi|30 : aacacgcG----CAGAA-CATTG------CG--AA-----A-T-C-AAAG-G------GA--CCAA--GTCTC----A-T-TTGATATACTTTTTG----AT-TT--GTTCATTAAAT-----AATGTGT-TA--A---A--G--TGACGA--TG-G--------C---------CA-A---tgacaaaatcatgtctct
gi|31 : AT-CCAA-GTGAG----AAAAATA----AACAATATTGAAAGCAAAACCATCTCTTCTGTTATAT---ATTTT-TGT-AC---TAATTAAATCAT-TATT----
gi|35 : acgtcccaAGT---TC-CCAT---TC--T--TTCCGGT---------CG--TCGTACAATT-A--A-GAG-----GAAAGTGT-G-ATGACC--AACTGT-C------AAGG
gi|37 : aaatatcagtcactgATCACCAT-GA-AATTCG--GGAAATGAC---AAAC----CATA---TCGCA--AAAAT---G-T-C-TT--A-ATCGG---TAT-T-GTGTTT-G-C-AAATAA
gi|38 : gtaa--TTCCGGC---------TG--TTACAAAATT-A--AAGAC-----GAAAGCAT-G-GTGACC--AACTGT-A------CAATAATCAAC
gi|39 : tccT--TTTCGGT---------CG--TCGTA-AATTCA--AAGAG-----GAAATCGTAA-ATGACC---ACTGT-A------AAaat
gi|4 : cCGGT---------CG--CCACACAATT-A--AAAAT-----AAAGGTGT-G-ACAGCT--AACTGT-A------AAGCAGTCAACCATT-AAACATG----TAGTATCG-TGC-----CATTGGTGTTTA-T-T-AAATAT-------A--CCA-TAGCCTA----T-T-TTGTTAAACGTATTA----AT-GTTTATTTTTCAAACTATTAAA-AGGT-TT--A---AAAG--TGACAA--TA-AATAATGTTC---------CA-ACATGAC-----ATTTACCCATG---AA--------GCTTGTACATTACACCAC--T-TATACGTCA--GGTAA-GACTTTAAA-------TA---TCGTA--ACA-T---G-T-T-T--------------GT-T-ATATTT-G-C-AAATGAGAGGAGATTTAGA-ATAGTCAAATTAAAAA--AACa
gi|5 : attcgccatcatttaattcccagtgctatAAAATTAACACTTTTGCAATATTTTA-TTT-TGTCATTTAT--TTATTGTACGCATC----A--AGC---CA-TTATGAATA-AACGTATATAGGTCAAGTAAAAA-CAGCTTCATCATTGGAACT--TATCTTTGCTGAGCTGGAGCTCAGTAGGAAC-CATATTGATTAATATATGAGT-AATAAAAGAAT
gi|6 : aatgaGGAGAAGT---TCACCATCCCTGAGTCCTTTCGGT---------AA--TCGCACAGTT-A--CAGAA-----AAAAGCGT-G-ATGACC--AAGTGT-A------AAGGGATCAACCA-CTAAACATG----CAGTA-CGTCAT------A--GC-----A-T-T-AAAG-G------AA--T--ATACCCTC----T-A-TTGATACCCTTCTGG----AT-AT--G-TTAGTAAAT-----GA--GGT-TTGAA---A--G--TAACAtatcgatacttaacatattgttcagttaatcagatcagtcaattaagacatcggtgacatctgcctgtgtactcggagaaaggtcaagcataaaatcctcctaagacaaaaacaaatataggacaagcgtttaacaact
gi|7 : tttacaaaagccagaccaggaagagaatagtatttgaaggtacaacaatacgtacataaggacaagaatccaatgcctctgtccgtttacgaactga--TTCCTGT---------CC--ACGTACAATT-A--AAGAG-------AACCGT-G-GTGGCCTGAACTGC-A------ACGGT-TTAAC-AACCAAACATG----CAGTA-CACTGT------A--GA-----A-T-C-AAAG--------TA--TCATT-GCCTC----T-T-ATAACTAACTTATTG----AT-AT--G---------------AA-GGTT-TT--AC--A--G--TGAAAA--TG-A--------C---------CC-A---GTC-----TTGTAT----T---AA--------GCTTGTAAATAGCATAACCAT-T--AATTCAAGGGTAAAGAC---AAGA----AATT---TGGCC--AAAAC---GTT-T-TT-AA-ATCAG---TGT-t
gi|8 : agtccctaggcc--TTCCAGT---------CA--TCGCACAAAT-A--GAGAGGAGATGAAAAAAT-G-GAGGTA--AACTGT----------------AATCAGTCAAACATG----CAGTT-TGCTGT------G--GA-----A-T-T-GAAG--------------AATAATCTC----T-C-TT------TTTCTTG----AT-AT--ATTTAGCAA-----------------------------TAAC-------A--------T---------CA-------G-----CCTTGC----G---AATTTAATATG-TTATAAAACACACCAACA--AA-ATGTCA--TGTCAACTC---AAAC----CATG---CCGAA--AAAGT---G-T-T-TG-AA-ATCG
gi|9 : gcaattaaccatgcgcatagcactcagtctttaCAATC-A--AAATG-----GAAAACGT-G-ACGGCT--AAAT---------------GTCACCTAT-CACACATA----CAGTG-TACTA------AA--GC-----ATT-C-AAGGAGCAACGTGAGTTCAGTAGTTTT----T-T-ATGATA-------TG----AT--T--ACCTAACGAGT-----AA------TC--A---AT-A--TGACAA--TA-A--------C---------CA-A---GGA-----TGTTGC----T---TA--------GCGTGTTAATCACATCATCAT-TA-AAGCTA--TGTTAATAT---AAAC----CATG---TCGCG--AAAGTTTCT-T-T-TT-AT-ATC---------T-GTGTTTAG-A-AATTAAGA
blockSeqs : . A CCC A CC ATTTCAGTA AG C GA GGAGAT A T T TG AGTTTTTAAGGG CTT GATG T C TT TT TGTTT T T A A AGCAACGTGAGTTCAG CTCT A C TTTT T TT T AT CTATTAAAAGG C TA TAA AGT AG G CGTTCAGGATCAGGCGAAA A GAATTTAATAT AC T AGG TTT CACA ACG CA G TTC TT A AAT GACGA A G A ACA G AA G ACAGT ATT TC T ATTTTGTAATTACGATAGTCTTATTTTTAAAAGAGTA GTC C AACT G AGTGAGAAAAATAAA GT T T TTTA A C CT AA C G TATAAAACACGTATCAATAATGAG TAA T C T CTT A G G C A A A . A A
blockSeqs : . A . A . TCCTACAAC . . . G . . C . AAAAGAAG GCC . . T TC . . . . . T AAGATCA CT . . . . . T AC TAATGTG . GA C AAG . . ATAATGTTCCAACATGAC C CCATGAA C . T . . . . G G TA . TAA AG . . A TAC G GA A AGAAT AT . C TTACGGTCATTAAAAT A . CAAA . TGAAAATATTTGA TC T T AT . . AT AA T . AAGCCATTATGAATAAACGT T . T A TTT A G . G .
blockSeqs : . . . A . . . . . A . . C . TAAAAAG ACC . . T CC . . . . . A GGACCAA . . . . . . T GT AAAAGA . C . GA . . TCAGGCGACGCT T ACGTGA A . T . . . . G . TT . GG GT . . A AGA T AG A TCG T . C . AAGTTAG CC T A A . . TT A C . AGTAGCTATTTTAATCAAG A . T A TTG T G
blockSeqs : . . . . . . . G . . T . ATAAGGA CCG . . T C . . . . . T GATTCA . . . . . . T GC TACGCG . . . AG . . CCCCAGGA C GTTTA A . T . . . . T . T . CA GA . . G GA G AT T GC A . . TT A A A . . C . T . AGACTAGACAC . . . C A C .
blockSeqs : . . . . . . . A . . C . AAAATGA TCC . . C T . . . . . A AATCAG . . . . . . T GC TAAGCG . . . TA . . TACAGGA G ATA A . A . . . . T . T . AG GG . . T GC A GG . T G .
blockSeqs : . . . . . A . . T . AGCAGGG ACC . . C T . . . . . A ATACCA . . . . . . T GT AAAGGT . . . G . . CCATGAG C AAA C . C . . . . A . C . TA GG . . G GC G .
blockSeqs : . . . . . T . . T . AAAAGAT GTC . . C T . . . . . A TATCAT . . . . . . T GC TAAAGA . . . G . . CCAGGAA C AAA G . G . . . . A . T . AA AG . . A GC A
blockSeqs : . . . . . T . . T . ACAATAA TC . . T T . . . . . A GGTCA . . . . . . C AC TATGGA . . . G . . CCATTGG T AAA A . G . . . . A . T . AA G . . G . .
blockSeqs : . . . . . G . . T . AAAGCAG GC . . T C . . . . . A CAGCA . . . . . . A GC TAAAGT . . . G . . CCATGAA T ACA G . T . . . . A . T . AA . . . .
blockSeqs : . . . . C . . T . AAAGGGA CC . . C C . . . . . A GATCA . . . . . . T GA TATGGG . . . G . . CCCAGTC C GAA G . G . . . . A . T . AT . .
blockSeqs : . . . . G . . C . AACGGT CC . . C T . . . . . A GAATA . . . . . . A TT TAATG . . . G . . CCAAGGA A GAA T . G . . . . G . T . A
blockSeqs : . . . . T . . T . G TT . . C T . . . . . G AGCG . . . . . . C TC AAGTG . . . A . . CCCAGA T AAA T . G . . . . G . T . .
blockSeqs : . . . A . . T . . CT . . . T . . . . . . AA . . . . . . T GT TGAGG . . . A . . CCAGGA T GAA A . T . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . A . TC . . . A . . . . . . A . . . . . . T GC AAGGT . . . A . . CCAATA T GAA T . T .
blockSeqs : G . . C . . . . . . . . . . . . . T AC TAA . . . G . . TCAG C TAA . . .
blockSeqs : . . . . . . . T C GG . . . G . . C G TTA . .
blockSeqs : . . . . . . C A T . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : T****** GATCA*********** TAAGGG****** GGT*** AT* AAGCACTTNAATAAAA***************
originalCons : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAACATG----CAGTA-CGCTGT-----CA--GA-----A-T-C-AAAGAG------GA--TCAATAGCCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAAAT-----AA-GGGT-TT--A---A--G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A---GNG-----TNTTAC----G---AA--------GCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT-GC-GTAGTAAAATTAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC---TA-TNATAAATA-AG---ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
finalCons : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAG-----GAAAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAACATG----CAGTA-CGCTGT------A--GA-----A-T-C-AAAGGATCA-----------TAGCCTC----T-T-TTGATAAACTTCTTG----AT-AT--GTTTAGCAAATAAGGG------T-TT--A---A--G--TGACAA--TG-A--------C---------CA-A---GNG-----TNTTAC----G---AA--------GCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CATG---TCGCA--AAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTTGGT---AGTAAAAT-AAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CCAA-GTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATTAAGCACTTNAATAAAA---------------ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACGAAGATAAAGACATGTTTTCAGCACCTCTGTCCGTTTATGATTAAGAAAAAGTTCGCCATCATTGAGTCCTCAATCGTTATAAAAAATGAAACAGAGAGCACGATTATTGAAGAAAGCGTG
Unaligned ( gi|25 ): GCGGAAGTCTGAGCAGTAAGATAATTATATTAAAGGTAAGACAAGACAGAGATAAGGACATACACCAGGGGCCTTTGTCCGTTCAGGGATTTAAGAGGAATTCACCATCATTAAGTTC
Unaligned ( gi|32 ): TAAAGGTACAACACTAAAATAAGGACAAGCATCTGGCGCATTCGTTCGTCTAGGACTTAAGGAAGTGATCCCCATTATTGAGTTCCAA
Unaligned ( gi|33 ): TATTATTTAAAGGTACGACCAGCAGGAGATAAGGACACATACCAGATACCTTTGACTTTTAAGGCATTACGTCACCAACATTGCGTT
Unaligned ( gi|34 ): TTTTACAAAAGTCAAAACAGCATGTGGAGAGTAGTAAAGGTACAACACTGAAATAAGGACAAGCATCTGGTGCATTCGTCCGTCT
Unaligned ( gi|36 ): GGAACTCGATATCATTGAGTTCTCAATACTTCCGGTAGCCACATGGTAAAATGTAGAATTAAATGTGAGACAGCTAA
Alignments
lowQualScore : 111 111 222222222 111111111111 111 111111111 1111111 1111111111111111111 333333333333333333333333333333333 111111111111111111 11111 3333333 11 99999999999999999999999999999999 4444444 3333 11111 1 1 55555555555555555555 11111 1 7777777777777777777777777777777 111 1 1 1 1
lowQualScore : 777 3 111 9 55 444444444 33 2 33 0 66666 2 2 1 33 2 000000000000 0 111 5555 444 999999 66666 2 000000000 2 2 333 2 1111111 2 4444 2 22 2 11 4444444444444444444 1 99999 22 2 000000000000000000000000000000000 1 666666666666666666 0 55 2 666 444 99999 555 33 4 777 666 2 4444 77777 3 4 3 44444 22 0 3 5555555 5 66 55555555555555555555555555555555 2222222 4444 6 33333 0 0 33 00000000000000000000 22 1 1 66666 8 8 55 44 1 3 0000000000000000000000000000000 0 222 8 3 1 555 1 0 3 1 7 1 5 5 1 1
lowQualScore : ... . ... . .. ......... .. . .. . ..... . . . .. . ............ . ... .... ... ...... ..... . ......... . . ... . ....... . .... . .. . .. ................... . ..... .. . ................................. . .................. . .. . ... ... ..... ... .. . ... ... . .... ..... . . . ..... .. . . ....... . .. ................................ ....... .... . ..... . . .. .................... .. . . ..... . . .. .. . . ............................... . ... . . . ... . . . . . . . . . .
lowQualScore : 555 2 777 8 55 666666666 99 7 77 2 22222 5 5 6 44 5 333333333333 5 333 0000 777 777777 22222 7 000000000 9 4 999 2 0000000 1 2222 0 88 1 77 6666666666666666666 9 55555 66 0 666666666666666666666666666666666 8 666666666666666666 3 00 4 999 777 66666 000 99 6 999 000 9 9999 11111 6 0 9 77777 11 7 7 3333333 7 88 22222222222222222222222222222222 7777777 7777 7 77777 0 0 55 55555555555555555555 44 0 4 00000 0 0 22 00 0 3 0000000000000000000000000000000 8 000 0 8 0 888 0 0 3 0 3 0 5 0 0 0
consensus : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAGGA-----AAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGATCAACCANCCAAACATG----CAGTAC---GCTGT------AGA-----ATCAAA-G-------G-ANC-A---T-AGCCTC----T-TTTGATAAACTTCT-TG----AT-AT--GTTTAGCAAAT-----AA-GGGT-TT---A-A--G--TG--ACAAT-GA--------C---------CA-A---GNG-----TNTTAC----G---AA--------GCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CAT---GTCG--CAAAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT--G-G--TAGTAAAATTAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--A-CTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CC-AAGTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC-AC-TATTAATAA--AN----ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
Reference ( family-327 ) : GGAGAAGT---TCACCAT---TGAGT--TTCCGGT---------CG--TCGCACAATT-A--AAGAGGA-----AAGCGT-G-ACGGCC--AACTGT-A------AAGGGGTCAACCANCCAAACATG----CAGTAC---GCTGT------AGA-----ATCAAA-G-------G-ATC-A---T-AGCCTC----T-TTTGATAAACTTCT-TG----AT-AT--GTTTAGCAAAT-----AA-GGGT-TT---A-A--G--TG--ACAAT-GA--------C---------CA-A---GNG-----TNTTAC----G---AA--------GCTTGTAAATCACATCACCAT-NA-AAGTCA--NGTAAAGAC---AAAC----CAT---GTCG--CAAAAGT---G-T-T-TT-AA-ATCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGAGAGTT--G-G--TAGTAAAA-TAAAAA--AACGT--TCT-TAATTACG---GTC--ATTTTTAAAANAG-A--ACACGTAT-A-CATAGCTCGAGGAACGCAAC-CAT-CC-AAGTGAG----AA---TA----A-CAATATCGAAATCAAAANCATCTCTTTTGTTATAT---A-TTT-TGT-ACTTATAATTAAANTAT-TATT----A--AGC-AC-T-TNAATAA--AA----ATGTAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGNATTTGAAATGTTAACTTTGTTGAGCTGGAGCTCA-CANGAACAAATATTTACTANTACATGAGTGAACNANAGAAT
gi|1 : GGAGAAATAAGCCACCAT---TGGGA--CTCCAGT---------TG--GCGCACAATT-A--AAGAGGA-----AAACGT-A-ATGAAG--AACTGT-A------AAGGGATCTGCCATTTAAATATA----CAGTAC---GTTGTGCAAACATA-----ATCAAA-GAACAATAG-AACAA---T-AGTCTC----T-TTTGATAAACTTCT-TG----AT-AT--GCTTAGCAAATG----AA-GTGT-TT---A-A--G--TG--GCAAT-GA--------C---------CA-A---GTG-----TATTTC----G---AA--------ACGTGTAAATCACATCACCAT-CA-AAGTCA--TGTAAATA----AAAC----CAT---GTCA--CAAAATT---G-A-T-TT-AA-ACCGG---TGT-T-GTGTTT-G-A-AAATGAGAGGGGAGTT--GCG--TAGTAAAATTAAGAG--AACGT--TCTCTAA---------------CTTTAAAAAAA-AACACACGTATAA-TATAGCTCTAGGAACGTCAC-CAT-CC-AAATAAGGTAAAA---GA----A-CAATATCGAAATCGAAGAAATCGCTTTTGTCACAT---G-TTT-TGT-ATCTATAATTAAAATATCTATT----A--AT---C-TATTAATAA--AAAGAGATGCAAGTCAAG--AAGG-CAGCTTCGGTATATGAAAT-TTAACTTTGTTGAGCTGGAGCCCA-CAAGAACAAATAGTTACTACTAC-TGAGTGAACTATAGAAT
gi|10 : -A---T-ATCTTT----T-TTTGATAAACCTCT-TA----AA-AT--GTTTAATTAAT-----AA--TGT-TTATAA-A--G--TG--ATAAC-TA--------T---------AC-A---GGA-----TATAAC----A---TA--------ATCTGTGGATCTGATCCCAAT-CA-AAGCCA--TGTTAATAC---AAAC----CGA---GTCG--AAGAAGT---G---A-TT-GG-ACCAG---TGC-T-GCATTT-ACA-AGATGGGAAAAGctcaat
gi|11 : tgtataaacaatgataaactatatatatatGGT---------TG--TCACACAACT-AGAAAGAGAA-----AAGCGT-G-CTTGCC--AAATGT-T------AAAAAGCAGACCATC-AAACATGGATGCAGTAC---GCTTTT-----AGA-----TTCAAA-A-------G-AGC-G---T-AGCCTC----A-TTTGATAAAATTC
gi|12 : aacaagtatacaatgacttcgtctgttcaaggcgttagatatgaagaattcgtcatcatagcgttctcaatcatgtCAT---TGAGT--TTCCAGTATTTCAGTACG--TCACATAATG-A--CAATAAA-----AAGCAT-G-AC---C--AACAGT-A------TAAGGATCAACTACTTAA-TATG----CAGGAC---GTTGC------ATA-----GTCAAT-G-------G-GTC-A---T-AGCCTC----T-TTTGATAAACTCCT-TA----AT-AT--GTTTTACAAAT------------------------------ACAAT-GA--------C---------CA-T---GAG-----TCTTAC----A---AA--------GCTTGT
gi|13 : AGAGG------AATTAT-ATACGGCC--AGCTGT-A------AAATGATCAACCAG-CAAACATG----Cc
gi|14 : gatcagcaagatgttactagttaaatgtgcgataagatgcttgataggtaagtttccaacgcatatgtctgtttacgattttaaaaggaatttactacttttgaatccatagtacttgtGT---------CG--TTGCATAATG-A--AAGAAAC-----AAGCAT-G-ATTGTC--AACTGT-AGTTTTTAAGGG-----CCAGCCAAATATG----CAGTAC---ATTGT------AGA-----ATTCAA-G-------A-TTC-A---C-AGCCCA----TATTTGCTCAACCTCT-TG----AT-AT--ATTAGGTAAAA-----AA-AGAT-TT---A-A--G--TG--AAACT-AA--------C---------
gi|15 : cagtccatcac------AGA-----ATCGAA-G-------A-------------CCCA----T-TTCGATAAA-TACA-TG----AT-TT--GTACAGCAAAT-----AC-GCGT-TTC--A-A--G--TG--ACAAT-GG--------CGTTCAGGATCA-G---GCGAAA--TTTCACACGTG---A-----------TTGTAAATCTCATCACCAT-AA-AATCCA--T-TAAAAAC---AAAT----CAT---GTCA--AATAAGC---G-T-T-Tagt
gi|16 : aagacaccCACA----CAGTAC---ATTTC------AAA-----ATCAAT-G-------C-AGC-A---T-AGTCTCCT--T-TTTG-TACAATTAT--G----AT-AT--GTTTA-C-------------GGT-TTTA-A-A--G--CG--GCCAT-GA--------C---------CC-A---GA------TCTTAC----A---AA--------GCTTGTTAATCGCATTACC----A-AAG--A--TATCAAGAC---CAGC----CAT---GTTG--C-AAAGT---G-T-T-TT-CA-ATa
gi|17 : CAAAT-----AA-GCGT-TT---A-A-----TG--TTCAG-GA--------T---------CA-G---GCGACGCTTGACAC----GTTTA----------CTTGTAAATCACCTCACAAT-AA-AA-TCA--ATTAAAAAC---AAATCACACAT---GTCA--AATAATC---GTT-T-TT-AG-ATCGT---TGT-T-GTATTT-T-ACAAATGAGAGAA------------TATTAAAA-TAAGAA--tcg
gi|18 : GGATCAAT-AACCTAACACG----CAATAC---GCTGT------AGA-----ACCAAA-A-------G-ATC-A---T---CTTC-------TTAATAAAATTCA-TG----AT-AC---TACAGCAAAA-----AA-GGTT-TT---A-A--GA-TG--GCGGT-GG--------C---------CA-G---GAA-----TCTTAT----A---AA--------ACTTTTACATCAGATCACCTC-AA-AAGTtgt
gi|19 : ctgacgcagcaT---TCATCAT---TG--T--GTCCAGT---------CGAGTCACATGGTC-A--CAGAAAA-----AGGCAT-G-ACGACC--AACTGT-A------GCAGGGTCGGTCA-CCAAACATG----CAGGAC-------T------AGA-----ATCAAA-G-------A-ATC-A---G-AGCCTA------TTTGGCAGACATCT-AA----AT-AT--GTCTAGTATAT-----GA-AGgcaa
gi|2 : CTT----T-TTTGATACACTTTT-TGTTTTATTAT--GCTTAGCAAA------AA-GTGTCTT---A-A--G--TG--ACAACGGA--------C---------C--A---GGA-----TCTTAC----A---CA--------GCTTGAACATCAATTCACCCT-CA-ACGTCA--CTTAAAGAC---AAA-----CAT---GTCGCACAAAATT---G-C-TATT-TA-TTCGA---AGT-T--T-TTT-----------------AGTT--T-C--GAGT-AAA-TGAAGA--------------GATTACG---GTC--A---TTAAAAT-------CCCGTAT-GTCATAGCTTGAGGCACA-AACTCAT-CCAAAGT------------TA----G-CAATATCGAAATCAGAAGTATCTTCTCTGTTTCGT---A-TTT-TGT-ACTTATA---AAACTAT-TATT----AGTAGCTAT-T-TTAATCA--AG----GTGACAGTT------AGA-TACCT--GGTA--AGAAATGTTAACTTTGTTGctgacagt
gi|20 : T-TA---A-A--G--TG--GCAAT-GA--------C---------CCCA---GGA-----TTCTAT----G---AA--------TATTAGAAATCAGATAACAAT-GG-AAGTCC--GGTAAAGAC----AAT----CATGACGTCG--CAAAAAT---A-TAT-GT-AATAT--G---TGT-T-GTATGG-G-A-AAATTAGAAGAGAATTACA-G--TAGTAgcctaaatgacaactttattgagccgatgatcacttagataaatatattaacatgtactaccatttgagtga
gi|21 : ----AT-AT--GATGAA-AAAT-----AA-AGAT-TT---A-AA-G--TG--ACAAT-GA--------C---------CA-A----TA-----CTTTAC----G---AA--------ACACGTTAATTTCATCA-CAT-AA-ACATCA---GTAAAGAT---AAAT----TTT---GTCG--TGGAAATG--G-T-T-TC-AA-ATCGG---CGTATGGTGTTT-ctattga
gi|22 : ATTAAATTGA-TATTTATAA--AAC-ACGTATCAATAATGAG----ATGTAAACCAAG--TAAG-CAGCTCCAGAACTTGAAATGTTTACTTTATTGAGCTTAGACTAA-CTCGGATAAATATTTACTA
gi|24 : tcaatCAC---TAAGT--TTCCAGTTCCTACAACCG--TCACACAATC-T--AGGATGT-----AAGAGT-G-ATGGCC--GACTGTAA------AAGAAGTAAATCACCGAAAAATG----TAGTAc
gi|26 : ccttCAACCA-CCAA---------TAGCAC---GCTGT------AAA-----ACCGAA-G-------G-ATC-A---T-ATCCTCCTCTT-TTCAATAAAC---------------T--GTTAAACAAAT-----AT-GGAT-AT---A-A--A--TGCTAAAGT-GA--------C---------CA-T---TGG-----TCTTAC----A---AA--------GCTTGTatcgcgcaatacgatgtagattaa
gi|27 : TC----C-TTTGATAAAGTTGT-TG----AT-AT--GACTAGCATAT-----AA-AGTT-TT---A-A--AGTTA--ACAAT-GA--------C---------CA-T---GAA------ATTAC----G---AA--------ACCCGTTTATCACATCGCAATACA-AATTTA--GGT
gi|28 : ---T-AGCCCA----T-TTT-ATAATTGTCT-TG----AT-AT--GCTTGGAAAAT-----AT-GGGT-TT---A-A--A--TT------T-GA-----------------------------------TTAC----G---AA--------GCTAGTAAATTACATTACCAT-GG-AAGTCA--TGTAAAGAA---AAtgacaa
gi|29 : --TCACAAAATT-A--AAGGTGA-----AAGCAC-A-ATGACA--TACTGT-A------AAAGATTCAACAATCC-AACATG----CAGTGG---GCTAC------AGA-----AT
gi|3 : tttctaccgaataC-A---T-AGCTTA----G-TTTGCTTAACTTCT-TG----AT-AT--GTTTAG-------------------T---A-A--A--T-----AAT--A--------C------------------------TTTAAC---------------------TGTAAATCATATC-----------GTCA--GGTAA-GAT---AAAC----CAT---GTTG--CAAAAAT---G-T-T-TTTAA-ATCGACGATGT-T-GTTTTT-G-C-AATTGATAATAGAATT--G----CAGTGAAA--AAAAATCAACGTATTTTGTAATTACGATAGTCTTATTTTTAAAAGAGTA--AGACGTAT-A----AG-TCGACAAATGCAAA-CCTGCC-A--TGAA----AA---TATTTGA-CAATATTGAAATTAAATTCATCTCTTTTGTTTTAT---A-CTTATGT-AATTATAAATCCACTAT-CACT----A--G---AC-T----AGAC--AC----ATGTAAGTCAAG--AAGGTCAGCTTCAAAATTTGAATTGTTAGCTGTGTTGAGgagaaaa
gi|30 : aacacgG----CAGAAC---ATTGC------GAA-----ATCAAAGG-------G-ACC-A-----AGTCTC----A-TTTGATATACTTTT-TG----AT-TT--GTTCATTAAAT-----AATGTGT-TA---A-A--G--TG--ACGAT-GG--------C---------CA-A---tgacaaaatcatgtctct
gi|31 : AT-CC-AAGTGAG----AAAAATA----AACAATATTGAAAGCAAAACCATCTCTTCTGTTATAT---ATTTT-TGT-AC---TAATTAAATCAT-TATT----
gi|35 : acgtcccaAGT---TC-CCAT---TC--T--TTCCGGT---------CG--TCGTACAATT-A--A-GAGGA-----AAGTGT-G-ATGACC--AACTGT-C------AAGG
gi|37 : aaatatcagtcactgATCACCAT-GA-AATTCG--GGAAATGAC---AAAC----CAT---ATCG--CAAAAAT---G-T-C-TT--A-ATCGG---TAT-T-GTGTTT-G-C-AAATAA
gi|38 : gtaa--TTCCGGC---------TG--TTACAAAATT-A--AAGACGA-----AAGCAT-G-GTGACC--AACTGT-A------CAATAATCAAC
gi|39 : tccT--TTTCGGT---------CG--TCGTA-AATTCA--AAGAGGA-----AATCGTAA-ATGACC---ACTGT-A------AAaat
gi|4 : cCGGT---------CG--CCACACAATT-A--AAAATAA-----AGGTGT-G-ACAGCT--AACTGT-A------AAGCAGTCAACCATT-AAACATG----TAGTATCGTGCCAT------TGGTGTTTATTAAA-T-------ATACC-A---T-AGCCTA----T-TTTGTTAAACGTAT-TA----AT-GTTTATTTTTCAAACTATTAAA-AGGT-TT---A-AAAG--TG--ACAAT-AAATAATGTTC---------CA-ACATGAC-----ATTTACCCATG---AA--------GCTTGTACATTACACCAC--T-TATACGTCA--GGTAA-GACTTTAAA-------T---ATCG--TAACA-T---G-T-T-T--------------GT-T-ATATTT-G-C-AAATGAGAGGAGATTT--A-GAATAGTCAAATTAAAAA--AACa
gi|5 : attcgccatcatttaattcccagtgctatAAAATTAACACTTTTGCAATATTTTA-TTT-TGTCATTTAT--TTATTGTACGCATC----A--AGCCAT-TATGAATAA--ACGT--ATATAGGTCAAGTAAAAA-CAGCTTCATCATTGGAACT--TATCTTTGCTGAGCTGGAGCTCAGTAGGAAC-CATATTGATTAATATATGAGT-AATAAAAGAAT
gi|6 : aatgaGGAGAAGT---TCACCATCCCTGAGTCCTTTCGGT---------AA--TCGCACAGTT-A--CAGAAAA-----AAGCGT-G-ATGACC--AAGTGT-A------AAGGGATCAACCA-CTAAACATG----CAGTAC---GTCAT------AGC-----ATTAAA-G-------G-AAT-A---T-ACCCTC----T-ATTGATACCCTTCT-GG----AT-AT--G-TTAGTAAAT-----GA--GGT-TTGA-A-A--G--TA--ACAtatcgatacttaacatattgttcagttaatcagatcagtcaattaagacatcggtgacatctgcctgtgtactcggagaaaggtcaagcataaaatcctcctaagacaaaaacaaatataggacaagcgtttaacaact
gi|7 : tttacaaaagccagaccaggaagagaatagtatttgaaggtacaacaatacgtacataaggacaagaatccaatgcctctgtccgtttacgaactga--TTCCTGT---------CC--ACGTACAATT-A--AAGAG-------AACCGT-G-GTGGCCTGAACTGC-A------ACGGT-TTAAC-AACCAAACATG----CAGTAC---ACTGT------AGA-----ATCAAA-G-------T-ATC-A---T-TGCCTC----T-TATAACTAACTTAT-TG----AT-AT--G---------------AA-GGTT-TT---ACA--G--TG--AAAAT-GA--------C---------CC-A---GTC-----TTGTAT----T---AA--------GCTTGTAAATAGCATAACCAT-T--AATTCAAGGGTAAAGAC---AAGA----AAT---TTGG--CCAAAAC---GTT-T-TT-AA-ATCAG---TGT-t
gi|8 : agtccctaggcc--TTCCAGT---------CA--TCGCACAAAT-A--GAGAGGAGATGAAAAAAT-G-GAGGTA--AACTGT-A------A---------TCAGTCAAACATG----CAGTTT---GCTGT------GGA-----ATTGAA-G-------A-ATA-A---T----CTC----T-CTT------TTTCT-TG----AT-AT--ATTTAGCAA----------------------------TA--AC-----A--------T---------CA-------G-----CCTTGC----G---AATTTAATATG-TTATAAAACACACCAACA--AA-ATGTCA--TGTCAACTC---AAAC----CAT---GCCG--AAAAAGT---G-T-T-TG-AA-ATCG
gi|9 : gcaattaaccatgcgcatagcactcagtctttaCAATC-A--AAATGGA-----AAACGT-G-ACGGCT--AAATGT---------------CACCTATC-ACACATA----CAGTGT---ACTAA------AGC-----ATTCAA-G-------G-AGC-AACGTGAG----------TTCAGTAGTTTTTTATG----AT-AT--GATTACCTAAC-----GA-GTAA-TC---A-AT-A--TG--ACAAT-AA--------C---------CA-A---GGA-----TGTTGC----T---TA--------GCGTGTTAATCACATCATCAT-TA-AAGCTA--TGTTAATAT---AAAC----CAT---GTCG--CGAAAGTTTCT-T-T-TT-AT-ATC---------T-GTGTTTAG-A-AATTAAGA
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ACGAAGATAAAGACATGTTTTCAGCACCTCTGTCCGTTTATGATTAAGAAAAAGTTCGCCATCATTGAGTCCTCAATCGTTATAAAAAATGAAACAGAGAGCACGATTATTGAAGAAAGCGTG
Unaligned ( gi|25 ): GCGGAAGTCTGAGCAGTAAGATAATTATATTAAAGGTAAGACAAGACAGAGATAAGGACATACACCAGGGGCCTTTGTCCGTTCAGGGATTTAAGAGGAATTCACCATCATTAAGTTC
Unaligned ( gi|32 ): TAAAGGTACAACACTAAAATAAGGACAAGCATCTGGCGCATTCGTTCGTCTAGGACTTAAGGAAGTGATCCCCATTATTGAGTTCCAA
Unaligned ( gi|33 ): TATTATTTAAAGGTACGACCAGCAGGAGATAAGGACACATACCAGATACCTTTGACTTTTAAGGCATTACGTCACCAACATTGCGTT
Unaligned ( gi|34 ): TTTTACAAAAGTCAAAACAGCATGTGGAGAGTAGTAAAGGTACAACACTGAAATAAGGACAAGCATCTGGTGCATTCGTCCGTCT
Unaligned ( gi|36 ): GGAACTCGATATCATTGAGTTCTCAATACTTCCGGTAGCCACATGGTAAAATGTAGAATTAAATGTGAGACAGCTAA