lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 222 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111111111 111 22222222222222 111111111 555555555 77777777777777777777777777777777777 11111 666666666
lowQualScore : 5 0 333 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 0 0 55555555555 5 55 0 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 88888 7777 8888888888888 88888 111 4 3 33333333333333 3 444444444 2 77777 6666 3 1 3 7777 333333333 99999999 00000000000000000000000000000000000 00000 55 999999999
lowQualScore : . . ... . ........................................................................................... . . . ........... . .. . ................................................................................... ..... .... ............. ..... ... . . .............. . ......... . ..... .... . . . .... ......... ........ ................................... ..... .. .........
lowQualScore : 0 7 333 3 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 8 1 88888888888 0 88 9 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 33333 1111 3333333333333 11111 444 2 1 00000000000000 8 666666666 7 11111 1111 1 5 3 1111 111111111 77777777 77777777777777777777777777777777777 11111 55 000000000
consensus : AATCGTTATATCCGTAGACCAAATACG---TTT-AAGTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAA------AA----------AT----TAACTA---AAATTTAT-T--CTGAAGCATTTGT------AAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATAAATGTGTTCATCC--------TCAAAAA-AAC-TTATTTTATN-TAA---AAGAAAATTTGAGT----ATA---TTATACA----AA----------T----A---TCTA-------ATTG--ATGT-----GT----GC-------------GTGC----GTG---CGTGCGT-G-----CG-------TGCGTG-------A-AAA-TG-----TGTG----CAT-GTTATTT-A----CTCAACTT--------TTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT-T-CAAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCA--ATAAAA--TATTCTTCTTC---TTG--TTCTTCTT
Reference ( gi|1 ) : AAGCATTATATCCGTAGACCAAATATG---TTT-AAGTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAA------AA----------AT----AAACCA---GAATTTATAT--CCGAAGCATTTGT------A------CGTTCCATAATAAATAACTGATAAATGTGTTCATCC--------TCAAAAA-AAC-TTATTTT-TT-TAA---AAAAAAAT-----T----ATA---TTATAC-----AA----------T----A---TCTA-------ATGG--ATGT-----GT----GT-------------GTGC----GTG---CGTGCGT-G-----CA-------TGCGTG-------A-AAA-TG-----TGTG----CAT-GCTATTT-A----CTCAACTT--------TTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTGCA---------AC-AT-TGCAAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCA--ATCAAA--TATTCTTCTTC--CTTGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATATAAACGTGGTTAAGTCACTGATGTATTGTAAACGATATTCACAGTTTTAAAACATTTATGTAAAAAAT
gi|3 : AATCATTATATCTGTAAACCAAATATG---TTA-AAGTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAA------AATAAAAGGGAAATTGTTAAATTATACAAATTTATTTTTCCGAAGCATTTGT------AAAACGATGTTCCATAATAAATAACTGATAA----------------------AAAAA-AAC-TTATTTTATG-TCA---AAGAAAAT-----TTGA-GCA----TATAC-----AAAC--------T----AAATTCTA-------ATTT--ATAT-----GA----GT-------------AT-------TGAAATGTCAATAG-----TA-------AGTGAG-------A-AAA-TG-----TGTG----
gi|8 : tCAATACATCCGTAGACCAAATACGTTTTTT-TTGTTTTTTAATCTTCT-----TCTAAAAACCAGAAATGGTTAA----------AT----TTACCA---AAATTACTAT--TT-ACGCATTTGCGTAAAGA------CGTTCCATAATAAATAACTTAC-AATAAGTTAATTTTTCAAGTATCAAAGATAACATTATTTgtggtgcacgaatgtttatgtatgcatgtgtgtgtatgtgaaaatatgtgcatgttagttactcaacttgttatgtgtttatgtgtttaattattaacatgttatttcaacactg
gi|15 : attatCGTTATATCTATAGATCAAATCTG---TTTAAAGTTTATTAATCATCTAATGATT----AATC-AAA------TA----------AT----TAACTA---AAAATTAT------GAA--AT---T------A--------------AGCAAATA---GATAAATATATTCATCC--------TT-AAAA-AAC-TGATTTT-Tgagcttacatgtatatacaaacaatattctaattta
gi|7 : acT--CTGAAGAATTTAT------AAAACGACGTTTCATTATAAATAACTGATAAATGTGTTCATCC--------TCAAAAA-AAA--AATTTTATG-TAA---CAGAAAATTTGAGT----ATA---TTACAC-----AAACTTAAATCTT----A---TTTATATCAGTATTGAAATGTCGATAGTTAGAGC-------------GAGC----GTGTA-TGTATGT-G-----CG-------TGTGTG-------T-AAA-TGAAATATGTG----CAT-GCTATTT-A----CTCAACTT--------GTTATGTGTT--------TATGTGTTTA
gi|12 : TAAATGATAAATGTCCTCAACC--------GC--AAA-AAC-TGATTTT-TT---A---GGAAAAGT-----T----ATGAGTTTATACAG---AA----------TAAA-A---TCTA-------ATTT--ATAT-----GA----GTATTGAAATAGTAAGTGCTAATATG---TGTG-GT-GATACATA-------TGCGTG-------T-ATA-TA-----TATG----CAT-Gatta
gi|4 : CTGATCAATGTGTTCATCC--------TCAAAAA-AA--TTA-----CT-TAATATAAAAAAGT-----T----TTA---TTATATACA--AA----------TTAAAA---TCTA-------ATtacatgcttgtgtgtatatgaaatatgtgc
gi|5 : TGATAAATGTGTTCATCA--------TC-AAAA-AAT-TCATTTT-----------AGAAAATTTGAGT----ATA---TTATAC-----AA----------T----A---TCTA-------ATGG--Attatatgagtattggaatgtcgatagtaaatgtgaatacgtgtggtggtgcgcgagcgtgtatgtatgtgcgtgtgtgtatgtgaacatatgtgaacatatgttagttactcaacttgtcatgcgtttatgtgtttaattatttacatgattatacaacattgcagtttgatgagaaactatgtatatataaatcagtaaactattc
gi|6 : TGATAAATGTGTTCGTCC--------TC-AAAA-AAC-TTATTTTATG-TAA---AAGAAAATTTGAGT----ATA---TTATACAAACAAA----------A----A---TCAT-------ATTG--ATAT-----GT----GT-------------ATaaggagtattgaaatgtcgatagaaagagcgaatacgtgtggtggggcgcgagcgtgcgtgcgtgcgtatgtgaaaaatgtattcatgctattaactcaacttgttatgtatttatgtgtttaattatttacatgttattacaacattgtaatttgatgagaaacaatgtataatttaaattattacattttcttcttcttcttct
gi|20 : -TTATCTT-TTCTAA---ACA----T-----TTCTAAGA---TAATAC-----AA----------T----A---CTTA-------C-----ATGT-----GT----GT-------------GTGT----GTG---CGTGCGT-G-----CA-------TGCGTC-------A-ACA-Ttgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtgtgtgtttgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgaaaaaaaatgtgcatgttatttacgcaactagttatgtgtttaattatttacatgatataacaacattgtaattt
gi|2 : tg-----AA----------T----A---CC-A-------GTGGC-GTGT-----GT----GC-------------GTCT----GTG---TGTGTGC-G-----CG-------TCCGTGTTT----ATAAA-TA-----TGTG----CATAGCTACTC-AATTTCTCATGTG--------TTTATTTGTT--------TAATTATATGCATGTTACTGCATTGTGTATAACTATGTGTAACTATAACT---ATAACTACATGTGAAACTATGTATAATTTTAATAA--A--AAAGTTATTCTAATTCTACTTG--TTCTTCT
gi|3 : gttttcatccccaaatacttcttttagataagacattgctttatttgagtataattatgtaatctttaatctaatttatatgtgcttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttttgtgcg-------ACGA--ATGT-----TT----AT-------------GTAT----GCA---TGTGTGT-G-----TA-------TG--TG-------A-AAA-TA-----TGTG----CAT-GTTAGTT-A----CTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTT--------TAATTATTAACATGTTATTTCA---------AC-AC-TGgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|14 : taatcattatatctgtaaaccaaatatgttaaagtttattaatcttcttcaatcaaaaaataaaagggaaattgttaaattatacaaatttatttttccgaagcatttgtaaaacgatgttccataataaataactgataaaaaaaaacttattttatgtcaaagaaaatttgagcatatacaaactaaattctaatttatatgagtattgaaatgtcaatagtaagtgagaaaatgtgtggtggtgcTGC-----GT----GT-------------GTGA----GTG---CGTGCGT-G-----C---------GTGTG-------A-AAA-TG-----TGTG----CAT-GCTATTT-A----CTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTT--------TAACTATTTACATGTT------------------AT-TACAAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCA--AT
gi|6 : tgcgTGT-----GT----TT-------------GTGC----GTG---CGTGCGT-G-----CG-------TGCGAA-------A-AAA-AA-----TGTG----CAT-GTTATTT-A----CGCAACTA--------GTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGATAT---A---------A-------CAAC----ATT---GTAATTTaa
gi|4 : tgataaatgtgttcgtcctcaaaaaacttattttatgtaaaagaaaatttgagtatattatacaaacaaaaatcatattgatatgtgtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtgGT-----GT----AT-------------GTAT----GTG---CGTGTGT-G-----TA-------TG--TG-------A-ACA-TA-----TGTGAACATAT-GTTAGTT-A----CTCAACTTGTCATGCGTTTATGTGTT--------TAATTATTTACATG--ATTA-----------------TACAAC----ATT---GCAGTTTGATGAGAAACTATGTATA-TATAAATCA--GTAAAC--TATTC
gi|10 : ctgatcaatgtgttcatcctcaaaaaaattacttaatataaaaaagttttattatatacaaattaaaatctaatttatatgagtattggaatgtcgatagtaaatgtgaatacgtgtggtggtgcgcgagcGT-----GT----GC-------------G-GC----GTG---CGTGTGT-G-----TACGAGATGTGCGTGTTTATAGG-AAA-TA-----TGTG----TAT-GTTAGTTGA----CTCAACGT--------GTTATGTGAT--------TATTTTTTTGCATGTTAT---AT--------AC-AT------C----ATT---GTGATTTAATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATATCAGA--TATTTTTCT
gi|5 : gatatagttggtacgaatacgtatagtg-----GC----GC-------------GAGC----GTG---CGTGCGT-G-----CG-------TATGTG-------A-AAAATG-----TATT----CAT-GCTATTA-A----CTCAACTTGTTATGTATTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT-TG---------------TAATTTGATGAGAAACAATGTATAATTTAAATTA---TTACA--TTTTCTTCTTC--------TTCTTCT
gi|11 : tgataaatgtgttcatcatcaaaaaattcattttagaaaatttgagtatattatacaatatctaatggaaaggagtattgaaatgtcgatagaaagagcgaatacgtgtggtgggGTGTGT-GAAAA-TA-------TGTGTG-------A-AAA-TG-----TGTG----CAT-GCGATTT-A----TTCAACTT--------GTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-
gi|9 : agtattaaaatgtcgatagtaagagcgaatacatgtggtggggcgcgagtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttGT-G-----CT-------TGCGTA-------T-TAC-TA-----TGTG----CAT-GTTAGTT-C----CTCAACTT--------GTTAAGTGT------------TTATGTACATGTTAATGCA---------AC-AT-T----------TTCTAGTACTTAGTTGAGAAACGATGTTTAGTTTAAAGAA--ATC-------TTCTTCTT---ATTATTTTATTTTT
gi|16 : TA-------A-AAA-TG-----TTTG----CAT-ATTACTT-A----CTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTAT---A---------AC-A------AC----AAT---GTAATTTGATGTAAAACTATGTATAGTTTAAATCA--AAAAAA--TATTtaatctgattatcaaagtccttactacatggtcaacacatagtttacatagagacatagtgaaaag
gi|18 : -AAA-TA-----TATA----TAT-GTTATGT-G--------------------TTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT-T--AA-------------AATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCA--ATAAAA--
gi|17 : cTCAACTT--------GGTATGTGTTAATACGTTCAATAATTTTCATGTTATT---------------AT-T---AC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCA--ACAAAA--TAGTCTTCT
gi|19 : T--------TTTAATTACT--------TAATTATTCACATGTTAT---A---------A-------CAAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCA--ATAAAA--T
gi|21 : aT--------TAATTATTTACATGTTATTACA---------GC-AT-T---------------GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCA--ATAAAA--TAT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTGTATGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACATTGACATATTTGTTACCTCAATTTGACTTTATGTAACCAATAACCGATTTACATGTCTTTAATTTAAATACAAATCATGGGATCTAAATGAGTTGAATTATATAATATATGAATAAATATAATATT
Unaligned ( gi|22 ): TATATATCTAAGAATGCTATACATTGTAAATA
Unaligned ( gi|23 ): TTCATGTTTTTTAATAGGATTCACGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 33333333333 666666666666666666666666 111 1111 11111 11 1111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11111111 111111111 1111111 1111111 555555555 555555555555555555555555555555555555 111 1 111
lowQualScore : 0 2 2 222222 11111111111 3 444444444444444444444444 777 4444 8 99999 0 11 0 4444 1 4 4 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 77777 3 7777 55555555 44444444 555555555 1111111 44 0000000 2 2 77777 6666 1 3 888888888 99999999 222222222222222222222222222222222222 44 000 0 444
lowQualScore : . . . ...... ........... . ........................ ... .... . ..... . .. . .... . . . . ................................................................................................................................................................................................ . ..... . .... ........ ........ ......... ....... .. ....... . . ..... .... . . ......... ........ .................................... .. ... . ...
lowQualScore : 8 0 0 555555 22222222222 2 222222222222222222222222 555 0000 0 00000 8 00 8 2222 0 4 0 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 77777 1 1111 44444444 55555555 999999999 8888888 66 6666666 9 9 77777 5555 4 1 666666666 11111111 222222222222222222222222222222222222 66 000 0 000
consensus : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TAT-T---CCGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----G-T----G--------CG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGTTATTT-ACTCAACTT-T-ATG-GTTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTACA------------ACATT-CAAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
Reference ( family-325 ) : AATCGTTATATCCGTAGACCAAATACGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACTA---AAATT--TAT-T---CTGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----G-T----G--------CG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGTTATTT-ACTCAACTT--------TTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTACA------------ACATT-CAAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
gi|1 : AAGCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATA----AACCA---GAATT--TATAT---CCGAAGCATTTG--TA------CGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------T-TTTAAA--AAA-A---A-------ATT------------AT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A---------------T----A----TC-----TA-------AT-----GG--A-----TG-T-----G-T----G--------TG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCATGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTT--------TTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTGCA------------ACATTGCAAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATC--AAATATTC---TTCTTCCTTGTCTTCTTCTT
gi|10 : TA-C--------G-A-----A---------T----A----CG-----TAT------AG-----TG--G-----TG-T-----G-C----GG-------CG--------TGCGTG--T------GTGTACGAGATGTGCGTGT--TTATAG---G-AAA-TA-----TGTG----TATGTTAGTTGACTCAACGT--------GTTATGTGAT--------TATTTTTTTGCATGTTAT------------------ATA-CATC----ATT---GTGATTTAATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATATCAGATATTT---TTCTcttcttcttcttcatataaacgtggttaagtcactgatgtattgtaaacgatattcacagttttaaaacatttatgtaaaaaat
gi|11 : gatatagttggTGT--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCGATTT-ATTCAACTT--------GTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTACA------------AC
gi|12 : agtattaaaatgtcgatagtaagagcgaatacatgtggtggggcgcgagtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtgtgtgaaaataTAAATGATA-AATGTCCTCA-ACCGC--AAAA---A---CTG------A------------TTT-----------------TTTAGG--A-A-A---A-------GTTAT----GAG--T--------T------------------T--ATA-C--------AGA-----A---------TAAA-A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-----G-
gi|14 : -----TG-C-----G-T----G--------CG--------TGTGTG--A------GTGC-------GTGCGTGC--GT---GTG-A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTT--------TAACTATTTACATGTTATTA--------------------CAAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--Aagtattgaaatagtaagtgctaatatgtgtggtgatacatatgcgtgtatatatatgcatgtacatgcttgtgtgtatatgaaatatgtgc
gi|15 : ACCGTTATATCTATAGATCAAATCTGTTTAAA---GTTTATTAATCATCTAATGATT----AATC-AAAT------A----------ATT----AACTA---AAA-----AT-T---ATGAA--ATT------AAGC-------------AAATA---GATA-AATATATTCA-TCCTT-AAAAA---A---CTG------A------------TTT---------------T
gi|16 : T---A---A-AAA-TG-----TTTG----CATATTACTT-ACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATAACA------------ACA-----------AT----GTAATTTGATGTAAAACTATGTATAGTTTAAATCAAAA--AAATATTt
gi|17 : TCAACTT--------GGTATGTGTTAATACGTTCAATAATTTTCATGTTATTA-----------------TT---AC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAACA--AAATAGTC---TTCT
gi|18 : -AAA-TA-----TATA----TATGTTATGT-G----------------TTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTACA------------ACATT--AA-------------AATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAA
gi|19 : cT--------TTTAATTACT--------TAATTATTCACATGTTAT---A------------ACA-----AC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAAT
gi|2 : aGTTTTCA-TCCCCAAATA--------CTT------C------------TTT---------------TAGATAA----GA-C---ATTGCTTTATT-T----GAG--TAT----AAT------------------T--ATG-T--------A-ATCTTTA--------------A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-----G-T----G--------C
gi|2 : -T------------------T--GTG-C--------G-A-----A---------T----A----CC------A-------GT-----GGC-G-----TG-T-----G-T----G--------CG--------TCTGTG--T------GTGT-------GCGCGTCC--GT---GTTTATAAA-TA-----TGTG----CAT---AGCT-ACTCAATTTCTCATGTGTTTATTTGTT--------TAATTATATGCATGTTACTGCATTGTGTATAACTATGTG-TAACTATAACT---ATAACTACATGTGAAACTATGTATAATTTTAATAAAAA--AGTTATTCTAATTCTA-CTTG--TTCTTCTttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttttgtgcgaataccagtggcgtgtgtgcgtctgtgtgtgtgcgcgtccgtgtttataaatatgtgcatagctactcaatttctcatgtgtttatttgtttaattatatgcatgttactgcattgtgtataactatgtgtaactataactataactacatgtgaaactatgtataattttaataaaaaagttattctaattctacttgttcttctgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|20 : gttttcatccccaaatacttcttttagataagacattgctttatttgagtataattatgtaatctttaatctaatttatatgtgcttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttTT------A------------TCT---------------TTTCTAAA--C---------------ATT-TCT--AAG---AT----A-----------------------ATA-C--------A-A---------------T----A----CT-----TA-------C----------A-----TG-T-----G-T----G--------TG--------TGTGTG--C------GTGC-------GTGCATGC--GT---C---A-ACA-Tgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|21 : tgT--------TAATTATTTACATGTTATTACA------------GCATT---------------GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATAT
gi|3 : AATCATTATATCTGTAAACCAAATATGTTA-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------ATAAAAGGGAAATTGTTAAATTATACAAATT--TAT-TTTTCCGAAGCATTTG--TAAAACGATGTTCCATAATAAATAACTGATA-AA---------------AAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTCAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--CAT----A-TACAAACTAAATTCTAATTT--ATA-TGAGTATTGA-A-----A---------T----G----TCAATAGTA-------AG-----TG--AGAAAATG-T-----G-T----GGTGGTGCACGAATGTTTATGTATG--C------ATGT-------GTGTGTAT--GT---G---A-AAA-TA-----TGTG----CATGTTAGTT-ACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTT--------TAATTATTAACATGTTATTTCA------------ACACT-
gi|4 : tCTGATC-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---ATTACTT------AATATAAAAAAGTTTTATTA-----------TATACAAATTAAA-ATCTA-------ATT-TATATGAG--TATTGGAA-TG-----------------TCGATAGT--------A-A-----A---------T----G----TG------A-------ATACGTGTG--G-----TGGT-----G-C----G--------CG--------AGCGTG--TATGTATGTGC-------GTGTGTGTATGT---G---A-ACA-TA-----TGTGAACATATGTTAGTT-ACTCAACTTGTCATGCGTTTATGTGTT--------TAATTATTTACATG--ATTATA------------------CAAC----ATT---GCAGTTTGATGAGAAACTATGTATA-TATAAATCAGTA--AACTATTC---g
gi|5 : TGATA-AATGTGTTCA-TCATCAAAAAATTCA---TTTTAGAAAA------------TTTGAGTATATTATACAATATCTAAT--GGA-A---A-------G--------GAG--TATTGAAA-TG-----------------TCGATA-G--------A-A-----A---------G----A----GC-----GA-------ATACGTGTG--G-----TG-G-----GGC----G--------CG--------AGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTAT--GT---G---A-AAAATG-----TATT----CATGCTATTA-ACTCAACTTGTTATGTATTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGTTATTACA------------ACATT---------------GTAATTTGATGAGAAACAATGTATAATTTAAATTATTA-----CATT----TTCTT-CTTC--TTCTTCT
gi|6 : TGATA-AATGTGTTCG-TCCTCAAAA-A---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------CAAAAA----TC-----AT-------AT-----TG--A-----TA-T-----G-T----G--------
gi|6 : -----TG-T-----G-T----T--------TG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GA---A---A-AAA-AA-----TGTG----CATGTTATTT-ACGCAACTA--------GTTATGTGTT--------TAATTATTTACATGATAT---A------------A-----CAAC----ATT---GTAATTTtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtgtgtgtttgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgaaaaaaaatgtgcatgttatttacgcaactagttatgtgtttaattatttacatgatataacaacattgtaattt
gi|7 : tgataaatgtgttcgtcctcaaaaaacttattttatgtaaaagaaaatttgagtatattatacaaacaaaaatcatattgatatgtgtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtg-T---CTGAAGAATTTA--TAAAACGACGTTTCATTATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---A-A------A------------TTT---------------TATGTAAC--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ACA-C--------A-A-----ACTTAAATCTT----A----TT-----TATATCAGTAT-----TGAAA-----TG-TCGATAG-TTAGAG--------CG--------AGCGTGTAT------GTAT-------GTGCGTGT--GT---G---T-AAA-TGAAATATGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTT--------GTTATGTGTT--------TATGTGTTTA
gi|8 : ATCAATACATCCGTAGACCAAATACGTTT-TTTTTGTTTTTTAATCTTCT-----TCTAAAAACCAGAAATGGTTAA----------ATT----TACCA---AAATTACTAT-T---T--ACGCATTTGCGTAAA--GACGTTCCATAATAAATAACT--TACAATAAGTTAATTTTTCAAG--------------------------------------------------TATC--AA--AGATA---ACATT---ATT-T----GAGCTTAC----A-TGTA---------------T--ATA-C--------A-A-----A---------C----AATATTC-----TA-------AT-----Tatta
gi|9 : att-------GTGCTTGC--GT---A---T-TAC-TA-----TGTG----CATGTTAGTT-CCTCAACTT--------GTTAAGTGT------------TTATGTACATGTTAATGCA------------ACATT----------TTCTAGTACTTAGTTGAGAAACGATGTTTAGTTTAAA-----G--AAATCTTC---TTCTT-ATTA--TTTTta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTGTATGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACATTGACATATTTGTTACCTCAATTTGACTTTATGTAACCAATAACCGATTTACATGTCTTTAATTTAAATACAAATCATGGGATCTAAATGAGTTGAATTATATAATATATGAATAAATATAATATT
Unaligned ( gi|22 ): TATATATCTAAGAATGCTATACATTGTAAATA
Unaligned ( gi|23 ): TTCATGTTTTTTAATAGGATTCACGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 33333333333 666666666666666666666666 111 11 2222222 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11111111 111111111 1111111 1111111 4444444444444 55555555555555555555555555555555 111 1 111
lowQualScore : 0 222222 11111111111 3 444444444444444444444444 777 33 9999999 0 777777777 1 4 4 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 77777 3 7777 55555555 44444444 555555555 1111111 44 0000000 3 3 88888 7777 2 3 8888888888888 33 66666666666666666666666666666666 44 000 0 444
lowQualScore : . ...... ........... . ........................ ... .. ....... . ......... . . . . ................................................................................................................................................................................................ . ..... . .... ........ ........ ......... ....... .. ....... . . ..... .... . . ............. .. ................................ .. ... . ...
lowQualScore : 8 555555 22222222222 2 222222222222222222222222 555 88 2222222 8 666666666 0 4 0 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 77777 1 1111 44444444 55555555 999999999 8888888 66 6666666 1 1 33333 1111 2 3 5555555555555 11 66666666666666666666666666666666 66 000 0 000
consensus : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TAT-T---CCGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----G-T----G--------CG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACT--T--T--ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA------------ACATT--AAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
Reference ( family-325 ) : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TAT-T---CCGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----G-T----G--------CG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGTTATTT-ACTCAACT--T--T--ATG-GTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA------------ACATT-CAAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
gi|1 : AAGCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATA----AACCA---GAATT--TATAT---CCGAAGCATTTG--T------ACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------T-TTTAAA--AAA-A---A-------AT------------TAT----A-T------------------T--ATA-C----------A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----GG--A-----TG-T-----G-T----G--------TG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCATGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACT--T----------TTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTGCA------------ACATTGCAAC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATC--AAATATTC---TTCTTCCTTGTCTTCTTCTT
gi|10 : TA-C--------G-A-----A---------T----A----CG-----TAT------AG-----TG--G-----TG-T-----G-C----GG-------CG--------TGCGTG--T------GTGTACGAGATGTGCGTGT--TTATAG---G-AAA-TA-----TGTG----TATGTTAGTTGACTCAAC---------GTG---TTATGTGATTATTTTTTTGCATGTTAT------------------ATA-CATC----ATT---GTGATTTAATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATATCAGATATTT---TTCTcttcttcttcttcatataaacgtggttaagtcactgatgtattgtaaacgatattcacagttttaaaacatttatgtaaaaaat
gi|11 : gatatagttggTGT--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCGATTT-ATTCAACT--T---------GTT-ATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA------------AC
gi|12 : agtattaaaatgtcgatagtaagagcgaatacatgtggtggggcgcgagtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtgtgtgaaaataTAAATGATA-AATGTCCTCA-ACCGC--AAAA---A---CTG------A------------TTT-----------------TTTAGG--A-A-A---A-------GTTAT----GAG--T--------T------------------T--ATA-C--------AGA-----A---------TAAA-A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-----G-
gi|14 : -----TG-C-----G-T----G--------CG--------TGTGTG--A------GTGC-------GTGCGTGC--GT---GTG-A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACT--TGTT--ATGTGTTTATGTGTTTAACTATTTACATGTTATTACA------------AC------------ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--Aagtattgaaatagtaagtgctaatatgtgtggtgatacatatgcgtgtatatatatgcatgtacatgcttgtgtgtatatgaaatatgtgc
gi|15 : ACCGTTATATCTATAGATCAAATCTGTTTAAA---GTTTATTAATCATCTAATGATT----AATC-AAAT------A----------ATT----AACTA---AAAAT--TAT-------GAA--ATT------AAGC-------------AAATA---GATA-AATATATTCA-TCCTT-AAAAA---A---CTG------A------------TTT---------------T
gi|16 : T---A---A-AAA-TG-----TTTG----CATATTACTT-ACTCAACT--TGTT--ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATAACA------------ACA-----------AT----GTAATTTGATGTAAAACTATGTATAGTTTAAATCAAAA--AAATATTt
gi|17 : TCAACT--TGGT--ATGTGTTAATACGTTCAATAATTTTCATGTTATTA-----------------TT---AC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAACA--AAATAGTC---TTCT
gi|18 : --T--T--ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA------------ACATT--AA-------------AATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAA
gi|19 : caaatatatatatgTTTAATTACTTAATTATTCACATGTTAT---A------------ACA-----AC----ATT---GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAAT
gi|2 : atGTTTTCA-TCCCCAAATA--------CTT------C------------TTT---------------TAGATAA----GA-C---ATTGCTTTATT-T----GAG--TAT----AAT------------------T--ATG-T--------A-ATCTTTA--------------A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-----G-T----G--------C
gi|2 : -T------------------T--GTG-C--------G-A-----A---------T----A----CC------A-------GT-----GGC-G-----TG-T-----G-T----G--------CG--------TCTGTG--T------GTGT-------GCGCGTCC--GT---GTTTATAAA-TA-----TGTG----CAT---AGCT-ACTCAATT--T--CTCATGTGTTTATTTGTTTAATTATATGCATGTTACTGCATTGTGTATAACTATGTG-TAACTATAACT---ATAACTACATGTGAAACTATGTATAATTTTAATAAAAA--AGTTATTCTAATTCTA-CTTG--TTCTTCTttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttttgtgcgaataccagtggcgtgtgtgcgtctgtgtgtgtgcgcgtccgtgtttataaatatgtgcatagctactcaatttctcatgtgtttatttgtttaattatatgcatgttactgcattgtgtataactatgtgtaactataactataactacatgtgaaactatgtataattttaataaaaaagttattctaattctacttgttcttctgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|20 : gttttcatccccaaatacttcttttagataagacattgctttatttgagtataattatgtaatctttaatctaatttatatgtgcttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttTT------A------------TCT---------------TTTCTAAA--C---------------ATT-TCT--AAG---AT----A-----------------------ATA-C--------A-A---------------T----A----CT-----TA-------C----------A-----TG-T-----G-T----G--------TG--------TGTGTG--C------GTGC-------GTGCATGC--GT---C---A-ACA-Tgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|21 : tgTTAATTATTTACATGTTATTACA------------GCATT---------------GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATAT
gi|3 : AATCATTATATCTGTAAACCAAATATGTTA-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------ATAAAAGGGAAATTGTTAAATTATACAAATT--TAT-TTTTCCGAAGCATTTG--TAAAACGATGTTCCATAATAAATAACTGATA-AA---------------AAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTCAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--CAT----A-TACAAACTAAATTCTAATTT--ATA-TGAGTATTGA-A-----A---------T----G----TCAATAGTA-------AG-----TG--AGAAAATG-T-----G-T----GGTGGTGCACGAATGTTTATGTATG--C------ATGT-------GTGTGTAT--GT---G---A-AAA-TA-----TGTG----CATGTTAGTT-ACTCAACTTGT--T--ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTAACATGTTATTTCA------------ACACT-
gi|4 : tCTGATC-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---ATTACTT------AATATAAAAAAGTTTTATTA-----------TATACAAATTAAA-ATCTA-------ATT-TATATGAG--TATTGGAA-TG-----------------TCGATAGT--------A-A-----A---------T----G----TG------A-------ATACGTGTG--G-----TGGT-----G-C----G--------CG--------AGCGTG--TATGTATGTGC-------GTGTGTGTATGT---G---A-ACA-TA-----TGTGAACATATGTTAGTT-ACTCAACT--TGTC--ATGCGTTTATGTGTTTAATTATTTACATG--ATTATA------------------CAAC----ATT---GCAGTTTGATGAGAAACTATGTATA-TATAAATCAGTA--AACTATTC---g
gi|5 : TGATA-AATGTGTTCA-TCATCAAAAAATTCA---TTTTAGAAAA------------TTTGAGTATATTATACAATATCTAAT--GGA-A---A-------G--------GAG--TATTGAAA-TG-----------------TCGATA-G--------A-A-----A---------G----A----GC-----GA-------ATACGTGTG--G-----TG-G-----GGC----G--------CG--------AGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTAT--GT---G---A-AAAATG-----TATT----CATGCTATTA-ACTCAACT--TGTT--ATGTATTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA------------ACATT---------------GTAATTTGATGAGAAACAATGTATAATTTAAATTATTA-----CATT----TTCTT-CTTC--TTCTTCT
gi|6 : TGATA-AATGTGTTCG-TCCTCAAAA-A---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------CAAAAA----TC-----AT-------AT-----TG--A-----TA-T-----G-T----G--------
gi|6 : -----TG-T-----G-T----T--------TG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GA---A---A-AAA-AA-----TGTG----CATGTTATTT-ACGCAAC----------TA-G-TTATGTGTTTAATTATTTACATGATAT---A------------A-----CAAC----ATT---GTAATTTtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtgtgtgtttgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgaaaaaaaatgtgcatgttatttacgcaactagttatgtgtttaattatttacatgatataacaacattgtaattt
gi|7 : tgataaatgtgttcgtcctcaaaaaacttattttatgtaaaagaaaatttgagtatattatacaaacaaaaatcatattgatatgtgtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtg-T---CTGAAGAATTTA--TAAAACGACGTTTCATTATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---A-A------A------------TTT---------------TATGTAAC--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ACA-C--------A-A-----ACTTAAATCTT----A----TT-----TATATCAGTAT-----TGAAA-----TG-TCGATAG-TTAGAG--------CG--------AGCGTGTAT------GTAT-------GTGCGTGT--GT---G---T-AAA-TGAAATATGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTTGT--T--ATGTGTTTATGTGTTTAATTA
gi|8 : ATCAATACATCCGTAGACCAAATACGTTT-TTTTTGTTTTTTAATCTTCT-----TCTAAAAACCAGAAATGGTTAA----------ATT----TACCA---AAATTACTAT-T---T--ACGCATTTGCGTAAA--GACGTTCCATAATAAATAACT--TACAATAAGTTAATTTTTCAAG--------------------------------------------------TATC--AA--AGATA---ACATT---ATT-T----GAGCTTAC----A-TGTA---------------T--ATA-C--------A-A-----A---------C----AATATTC-----TA-------AT-----T
gi|9 : att-------GTGCTTGC--GT---A---T-TAC-TA-----TGTG----CATGTTAGTT-CCTCAACT---------TG---TTAAGTGT----TTATGTACATGTTAATGCA------------ACATT----------TTCTAGTACTTAGTTGAGAAACGATGTTTAGTTTAAA-----G--AAATCTTC---TTCTT-ATTA--TTTTta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTGTATGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACATTGACATATTTGTTACCTCAATTTGACTTTATGTAACCAATAACCGATTTACATGTCTTTAATTTAAATACAAATCATGGGATCTAAATGAGTTGAATTATATAATATATGAATAAATATAATATT
Unaligned ( gi|22 ): TATATATCTAAGAATGCTATACATTGTAAATA
Unaligned ( gi|23 ): TTCATGTTTTTTAATAGGATTCACGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 33333333333 666666666666666666666666 111 11 2222222 111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111 111111111 11111111 22222222 4444444444444444444444444444 111 1 111
lowQualScore : 0 222222 11111111111 3 444444444444444444444444 777 33 9999999 0 777777777 1 4 4 3 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33333333 7777 555555555 11111111 88888 44 999999999 2 77777 6666 3 1 3 99999999 2 6666666666666666666666666666 2 44 000 0 444
lowQualScore : . ...... ........... . ........................ ... .. ....... . ......... . . . . ................................................................................................................................................................................................................................. ........ .... ......... ........ ..... .. ......... . ..... .... . . . ........ . ............................ . .. ... . ...
lowQualScore : 8 555555 22222222222 2 222222222222222222222222 555 88 2222222 8 666666666 0 4 0 2 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 22222222 7777 000000000 22222222 33333 22 666666666 9 77777 5555 2 0 1 99999999 5 2222222222222222222222222222 3 66 000 0 000
consensus : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TAT-T---CCGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-------------G-T----G--------CG--------TGC----GTG--C------GTGC-------GTG-----CGTGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACT--TG-T--ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T--AAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
Reference ( family-325 ) : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TAT-T---CCGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-------------G-T----G--------CG--------TGC----GTG--C------GTGC-------GTG-----CGTGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACT--T--T--ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T--AAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
gi|1 : AAGCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATA----AACCA---GAATT--TATAT---CCGAAGCATTTG--T------ACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------T-TTTAAA--AAA-A---A-------AT------------TAT----A-T------------------T--ATA-C----------A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----GG--A-----TG-T-------------G-T----G--------TG--------TGC----GTG--C------GTGC-------GTG-----CATGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACT--T----------TTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTGCA---------AC-AT---TGCAAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATC--AAATATTC---TTCTTCCTTGTCTTCTTCTT
gi|10 : TA-C--------G-A-----A---------T----A----CG-----TAT------AG-----TG--G-----TG-T-------------G-C----GG-------CG--------TGC----GTG--T------GTGTACGAGATGTG-----CGTGT--TTATAG---G-AAA-TA-----TGTG----TATGTTAGTTGACTCAAC-----------GTGTT-ATGTGATTATTTTTTTGCATGTTAT-ATA----------C-AT--------C----ATTGTGATTTAATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATATCAGATATTT---TTCTcttcttcttcttcatataaacgtggttaagtcactgatgtattgtaaacgatattcacagttttaaaacatttatgtaaaaaat
gi|11 : gatatagttggTGT--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCGATTT-ATTCAACT--T---------GTT-ATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-
gi|12 : agtattaaaatgtcgatagtaagagcgaatacatgtggtggggcgcgagtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtgtgtgaaaataTAAATGATA-AATGTCCTCA-ACCGC--AAAA---A---CTG------A------------TTT-----------------TTTAGG--A-A-A---A-------GTTAT----GAG--T--------T------------------T--ATA-C--------AGA-----A---------TAAA-A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-TGAGTATTGAAATAG-T----A--------AG--------TGCTAATATG--T------GTG--------GTGATACATATGC--GT---G---T-ATA-TA-----TATG----CATG-TACAT-GC--------T--T--GTGTGTATATG
gi|14 : -----TG-C-------------G-T----G--------CG--------TGT----GTG--A------GTGC-------GTG-----CGTGC--GT---GTG-A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACT--TGTT--ATGTGTTTATGTGTTTAACTATTTACATGTTATTACA---------AC-A---------------TTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--Aaaatatgtgc
gi|15 : ACCGTTATATCTATAGATCAAATCTGTTTAAA---GTTTATTAATCATCTAATGATT----AATC-AAAT------A----------ATT----AACTA---AAAAT--TAT-------GAA--ATT------AAGC-------------AAATA---GATA-AATATATTCA-TCCTT-AAAAA---A---CTG------A------------TTT---------------T
gi|16 : T---A---A-AAA-TG-----TTTG----CATATTACTT-ACTCAACT--TGTT--ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATAACA---------AC-A--------------AT-GTAATTTGATGTAAAACTATGTATAGTTTAAATCAAAA--AAATATTt
gi|17 : TCAACT--TGGT--ATGTGTTAATACGTTCAATAATTTTCATGTTATTA---------------T---T--A-C----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAACA--AAATAGTC---TTCT
gi|18 : --T--T--ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T--AA----------AATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAA
gi|19 : caaatatatatatgTTTAATTACTTAATTATTCACATGTTAT---A---------AC-A--------AC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAAT
gi|2 : atGTTTTCA-TCCCCAAATA--------CTT------C------------TTT---------------TAGATAA----GA-C---ATTGCTTTATT-T----GAG--TAT----AAT------------------T--ATG-T--------A-ATCTTTA--------------A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-------------G-T----G--------C
gi|2 : -T------------------T--GTG-C--------G-A-----A---------T----A----CC------A-------GT-----GGC-G-----TG-T-------------G-T----G--------CG--------TCT----GTG--T------GTGT-------GCG-----CGTCC--GT---GTTTATAAA-TA-----TGTG----CAT---AGCT-ACTCAATT--T--CTCATGTGTTTATTTGTTTAATTATATGCATGTTACTGCATTGTGTATAACTATGTGT--AACTATAACTATAACTACATGTGAAACTATGTATAATTTTAATAAAAA--AGTTATTCTAATTCTA-CTTG--TTCTTCTttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttttgtgcgaataccagtggcgtgtgtgcgtctgtgtgtgtgcgcgtccgtgtttataaatatgtgcatagctactcaatttctcatgtgtttatttgtttaattatatgcatgttactgcattgtgtataactatgtgtaactataactataactacatgtgaaactatgtataattttaataaaaaagttattctaattctacttgttcttctgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|20 : gttttcatccccaaatacttcttttagataagacattgctttatttgagtataattatgtaatctttaatctaatttatatgtgcttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttTT------A------------TCT---------------TTTCTAAA--C---------------ATT-TCT--AAG---AT----A-----------------------ATA-C--------A-A---------------T----A----CT-----TA-------C----------A-----TG-T-------------G-T----G--------TG--------TGT----GTG--C------GTGC-------GTG-----CATGC--GT---C---A-ACA-Tgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|21 : tgTTAATTATTTACATGTTATTACA---------GC-AT---T------------GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATAT
gi|3 : AATCATTATATCTGTAAACCAAATATGTTA-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------ATAAAAGGGAAATTGTTAAATTATACAAATT--TAT-TTTTCCGAAGCATTTG--TAAAACGATGTTCCATAATAAATAACTGATA-AA---------------AAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTCAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--CAT----A-TACAAACTAAATTCTAATTT--ATA-TGAGTATTGA-A-----A---------T----G----TCAATAGTA-------AG-----TG--AGAAAATG-T-------------G-T----GGTGGTGCACGAATGTTTATGT----ATG--C------ATGT-------GTG-----TGTAT--GT---G---A-AAA-TA-----TGTG----CATGTTAGTT-ACTCAACTTGT--T--ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTAACATGTTATTTCA---------AC-AC---T--
gi|4 : tCTGATC-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---ATTACTT------AATATAAAAAAGTTTTATTA-----------TATACAAATTAAA-ATCTA-------ATT-TATATGAG--TATTGGAA-TG-----------------TCGATAGT--------A-A-----A---------T----G----TG------A-------ATACGTGTG--G-----TGGT-------------G-C----G--------CG--------AGC----GTG--TATGTATGTGC-------GTG-----TGTGTATGT---G---A-ACA-TA-----TGTGAACATATGTTAGTT-ACTCAACT--TGTC--ATGCGTTTATGTGTTTAATTATTTACATG--ATTATA-----------------C--AAC----ATTGCAGTTTGATGAGAAACTATGTATA-TATAAATCAGTA--AACTATTC---g
gi|5 : TGATA-AATGTGTTCA-TCATCAAAAAATTCA---TTTTAGAAAA------------TTTGAGTATATTATACAATATCTAAT--GGA-A---A-------G--------GAG--TATTGAAA-TG-----------------TCGATA-G--------A-A-----A---------G----A----GC-----GA-------ATACGTGTG--G-----TG-G-------------GGC----G--------CG--------AGC----GTG--C------GTGC-------GTG-----CGTAT--GT---G---A-AAAATG-----TATT----CATGCTATTA-ACTCAACT--TGTT--ATGTATTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T------------GTAATTTGATGAGAAACAATGTATAATTTAAATTATTA-----CATT----TTCTT-CTTC--TTCTTCT
gi|6 : TGATA-AATGTGTTCG-TCCTCAAAA-A---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------CAAAAA----TC-----AT-------AT-----TG--A-----TA-T-------------G-T----G--------
gi|6 : -----TG-T-------------G-T----T--------TG--------TGC----GTG--C------GTGC-------GTG-----CGTGC--GA---A---A-AAA-AA-----TGTG----CATGTTATTT-ACGCAAC------------TAGTTATGTGTTTAATTATTTACATGATAT---A---------AC---------AAC----ATTGTAATTTtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtgtgtgtttgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgaaaaaaaatgtgcatgttatttacgcaactagttatgtgtttaattatttacatgatataacaacattgtaattt
gi|7 : tgataaatgtgttcgtcctcaaaaaacttattttatgtaaaagaaaatttgagtatattatacaaacaaaaatcatattgatatgtgtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtg-T---CTGAAGAATTTA--TAAAACGACGTTTCATTATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---A-A------A------------TTT---------------TATGTAAC--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ACA-C--------A-A-----ACTTAAATCTT----A----TT-----TATATCAGTAT-----TGAAA-----TG-TCGATA--------G-TTAGAG--------CG--------AGC----GTGTAT------GTAT-------GTG-----CGTGT--GT---G---T-AAA-TGAAATATGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTTGT--T--ATGTGTTTATGTGTTTAATTA
gi|8 : ATCAATACATCCGTAGACCAAATACGTTT-TTTTTGTTTTTTAATCTTCT-----TCTAAAAACCAGAAATGGTTAA----------ATT----TACCA---AAATTACTAT-T---T--ACGCATTTGCGTAAA--GACGTTCCATAATAAATAACT--TACAATAAGTTAATTTTTCAAG--------------------------------------------------TATC--AA--AGATA---ACATT---ATT-T----GAGCTTAC----A-TGTA---------------T--ATA-C--------A-A-----A---------C----AATATTC-----TA-------AT-----T
gi|9 : att-------GTG-----CTTGC--GT---A---T-TAC-TA-----TGTG----CATGTTAGTT-CCTCAACT--TGTT--AAGTGTTTATGT------------ACATGTTAATGCA---------AC-AT---T--TTC-----TAGTACTTAGTTGAGAAACGATGTTTAGTTTAAA-----G--AAATCTTC---TTCTT-ATTA--TTTTta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTGTATGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACATTGACATATTTGTTACCTCAATTTGACTTTATGTAACCAATAACCGATTTACATGTCTTTAATTTAAATACAAATCATGGGATCTAAATGAGTTGAATTATATAATATATGAATAAATATAATATT
Unaligned ( gi|22 ): TATATATCTAAGAATGCTATACATTGTAAATA
Unaligned ( gi|23 ): TTCATGTTTTTTAATAGGATTCACGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 33333333333 666666666666666666666666 111 11 2222222 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222 111111111 1111111 22222222222222222 222 4444444444444444444444444444 111 1 111
lowQualScore : 0 222222 11111111111 3 444444444444444444444444 777 33 9999999 0 777777777 1 4 4 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 77777 6666 222222222222222222 88888 3 555555555 7777777 44 44444444444444444 77777 6666 3 4 3 111 0 2 5555555555555555555555555555 0 44 000 0 444
lowQualScore : . ...... ........... . ........................ ... .. ....... . ......... . . . . ................................................................................................................................................................................................ . ..... .... .................. ..... . ......... ....... .. ................. ..... .... . . . ... . . ............................ . .. ... . ...
lowQualScore : 8 555555 22222222222 2 222222222222222222222222 555 88 2222222 8 666666666 0 4 0 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 77777 5555 000000000000000000 11111 6 888888888 9999999 22 22222222222222222 77777 5555 2 0 1 555 1 5 3333333333333333333333333333 5 66 000 0 000
consensus : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TAT-T---CCGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----GT----G--------CG--------TG----CG-TG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---------A---AAATG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACTTG-T-ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T--AAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
Reference ( family-325 ) : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TAT-T---CCGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----GT----G--------CG--------TG----CG-TG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---------A---AAATG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACTTG-T-ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T--AAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
gi|1 : AAGCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATA----AACCA---GAATT--TATAT---CCGAAGCATTTG--T------ACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------T-TTTAAA--AAA-A---A-------AT------------TAT----A-T------------------T--ATA-C----------A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----GG--A-----TG-T-----GT----G--------TG--------TG----CG-TG--C------GTGC-------GTGCATGC--GT---G---------A---AAATG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTT---------TTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTGCA---------AC-AT---TGCAAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATC--AAATATTC---TTCTTCCTTGTCTTCTTCTT
gi|10 : TA-C--------G-A-----A---------T----A----CG-----TAT------AG-----TG--G-----TG-T-----GC----GG-------CG--------TG----CG-TG--T------GTGTACGAGATGTGCGTGT--TTATAG---------G---AAATA-----TGTG----TATGTTAGTTGACTCAAC--------GTGTT-ATGTGATTATTTTTTTGCATGTTAT-ATA----------C-AT--------C----ATTGTGATTTAATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATATCAGATATTT---TTCTcttcttcttcttcatataaacgtggttaagtcactgatgtattgtaaacgatattcacagttttaaaacatttatgtaaaaaat
gi|11 : gatatagttggTGT--GT---G---------A---AAATG-----TGTG----CATGCGATTT-ATTCAACTTG-T--------TATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-
gi|12 : agtattaaaatgtcgatagtaagagcgaatacatgtggtggggcgcgagtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtgtgtgaaaataTAAATGATA-AATGTCCTCA-ACCGC--AAAA---A---CTG------A------------TTT-----------------TTTAGG--A-A-A---A-------GTTAT----GAG--T--------T------------------T--ATA-C--------AGA-----A---------TAAA-A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-----GA----G--------TAT-------TGAAATAG-TA--A------GTGCTAAT---ATGTGTG---GT---G---------ATACATATG-----CGTG----TATA-TA--T-ATGCA---TG-T-ACATGCTTGTGTGTATA
gi|14 : -----TG-C-----GT----G--------CG--------TG----TG-TG--A------GTGC-------GTGCGTGC--GT---GTG-------A---AAATG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTTG-TTATGTGTTTATGTGTTTAACTATTTACATGTTATTACA---------AC-A---------------TTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--Atgaaatatgtgc
gi|15 : ACCGTTATATCTATAGATCAAATCTGTTTAAA---GTTTATTAATCATCTAATGATT----AATC-AAAT------A----------ATT----AACTA---AAAAT--TAT-------GAA--ATT------AAGC-------------AAATA---GATA-AATATATTCA-TCCTT-AAAAA---A---CTG------A------------TTT---------------T
gi|16 : T---A---------A---AAATG-----TTTG----CATATTACTT-ACTCAACTTG-TTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATAACA---------AC-A--------------AT-GTAATTTGATGTAAAACTATGTATAGTTTAAATCAAAA--AAATATTt
gi|17 : TCAACTTGGT-ATGTGTTAATACGTTCAATAATTTTCATGTTATTA---------------T---T--A-C----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAACA--AAATAGTC---TTCT
gi|18 : -T-ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T--AA----------AATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAA
gi|19 : caaatatatatatgtTTTAATTACTTAATTATTCACATGTTAT---A---------AC-A--------AC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAAT
gi|2 : atGTTTTCA-TCCCCAAATA--------CTT------C------------TTT---------------TAGATAA----GA-C---ATTGCTTTATT-T----GAG--TAT----AAT------------------T--ATG-T--------A-ATCTTTA--------------A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-----GT----G--------C
gi|2 : -T------------------T--GTG-C--------G-A-----A---------T----A----CC------A-------GT-----GGC-G-----TG-T-----GT----G--------CG--------TC----TG-TG--T------GTGT-------GCGCGTCC--GT---GTTT------AT--AAATA-----TGTG----CAT---AGCT-ACTCAATTTC-TCATGTGTTTATTTGTTTAATTATATGCATGTTACTGCATTGTGTATAACTATGTGT--AACTATAACTATAACTACATGTGAAACTATGTATAATTTTAATAAAAA--AGTTATTCTAATTCTA-CTTG--TTCTTCTttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttttgtgcgaataccagtggcgtgtgtgcgtctgtgtgtgtgcgcgtccgtgtttataaatatgtgcatagctactcaatttctcatgtgtttatttgtttaattatatgcatgttactgcattgtgtataactatgtgtaactataactataactacatgtgaaactatgtataattttaataaaaaagttattctaattctacttgttcttctgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|20 : gttttcatccccaaatacttcttttagataagacattgctttatttgagtataattatgtaatctttaatctaatttatatgtgcttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttTT------A------------TCT---------------TTTCTAAA--C---------------ATT-TCT--AAG---AT----A-----------------------ATA-C--------A-A---------------T----A----CT-----TA-------C----------A-----TG-T-----GT----G--------TG--------TG----TG-TG--C------GTGC-------GTGCATGC--GT---C---------A---ACATgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|21 : tgTTAATTATTTACATGTTATTACA---------GC-AT---T------------GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATAT
gi|3 : AATCATTATATCTGTAAACCAAATATGTTA-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------ATAAAAGGGAAATTGTTAAATTATACAAATT--TAT-TTTTCCGAAGCATTTG--TAAAACGATGTTCCATAATAAATAACTGATA-AA---------------AAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTCAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--CAT----A-TACAAACTAAATTCTAATTT--ATA-TGAGTATTGA-A-----A---------T----G----TCAATAGTA-------AG-----TG--AGAAAATG-T-----GT----GGTGGTGCACGAATGTTTATG----TA-TG--C------ATGT-------GTGTGTAT--GT---G---------A---AAATA-----TGTG----CATGTTAGTT-ACTCAACTTGTT-ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTAACATGTTATTTCA---------AC-AC---T--
gi|4 : tCTGATC-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---ATTACTT------AATATAAAAAAGTTTTATTA-----------TATACAAATTAAA-ATCTA-------ATT-TATATGAG--TATTGGAA-TG-----------------TCGATAGT--------A-A-----A---------T----G----TG------A-------ATACGTGTG--G-----TGGT-----GC----G--------CG--------AG----CG-TG--TATGTATGTGC-------GTGTGTGTATGT---G---------A---ACATA-----TGTGAACATATGTTAGTT-ACTCAACTTG-TCATGCGTTTATGTGTTTAATTATTTACATG--ATTATA-----------------C--AAC----ATTGCAGTTTGATGAGAAACTATGTATA-TATAAATCAGTA--AACTATTC---g
gi|5 : TGATA-AATGTGTTCA-TCATCAAAAAATTCA---TTTTAGAAAA------------TTTGAGTATATTATACAATATCTAAT--GGA-A---A-------G--------GAG--TATTGAAA-TG-----------------TCGATA-G--------A-A-----A---------G----A----GC-----GA-------AT---------A-----CG-T-----GT----G---------G--------TG----GGGCG--C------GAGC-------GTGCGTGC--GT---GCGTATGTGAA---AAATG-----TATT----CATGCTATTA-ACTCAACTTGTT-ATGTATTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTAC---------------------AAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACAATGTATAATTTAAATT-ATT--ACATTTTC---TTCTT-CTTC--TTCT
gi|6 : TGATA-AATGTGTTCG-TCCTCAAAA-A---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------CAAAAA----TC-----AT-------AT-----TG--A-----TA-T-----GT----G--------
gi|6 : -----TG-T-----GT----T--------TG--------TG----CG-TG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GA---A---------A---AAAAA-----TGTG----CATGTTATTT-ACGCAACTAG---------TTATGTGTTTAATTATTTACATGATAT---A---------AC---------AAC----ATTGTAATTTtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtgtgtgtttgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgaaaaaaaatgtgcatgttatttacgcaactagttatgtgtttaattatttacatgatataacaacattgtaattt
gi|7 : tgataaatgtgttcgtcctcaaaaaacttattttatgtaaaagaaaatttgagtatattatacaaacaaaaatcatattgatatgtgtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtg-T---CTGAAGAATTTA--TAAAACGACGTTTCATTATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---A-A------A------------TTT---------------TATGTAAC--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ACA-C--------A-A-----ACTTAAATCTT----A----TT-----TATATCAGTAT-----TGAAA-----TG-TCGATAGTTAGAG--------CG--------AG----CG-TGTAT------GTAT-------GTGCGTGT--GT---G---------T---AAATGAAATATGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTTGTT-ATGTGTTTATGTGTTTAATTA
gi|8 : ATCAATACATCCGTAGACCAAATACGTTT-TTTTTGTTTTTTAATCTTCT-----TCTAAAAACCAGAAATGGTTAA----------ATT----TACCA---AAATTACTAT-T---T--ACGCATTTGCGTAAA--GACGTTCCATAATAAATAACT--TACAATAAGTTAATTTTTCAAG--------------------------------------------------TATC--AA--AGATA---ACATT---ATT-T----GAGCTTAC----A-TGTA---------------T--ATA-C--------A-A-----A---------C----AATATTC-----TA-------AT-----T
gi|9 : att-------GTGCTTGC--GT---A---------T---TACTA-----TGTG----CATGTTAGTT-CCTCAACTTG-TTAAGTGTTTATGT------------ACATGTTAATGCA---------AC-AT---T--TTC-----TAGTACTTAGTTGAGAAACGATGTTTAGTTTAAA-----G--AAATCTTC---TTCTT-ATTA--TTTTta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTGTATGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACATTGACATATTTGTTACCTCAATTTGACTTTATGTAACCAATAACCGATTTACATGTCTTTAATTTAAATACAAATCATGGGATCTAAATGAGTTGAATTATATAATATATGAATAAATATAATATT
Unaligned ( gi|22 ): TATATATCTAAGAATGCTATACATTGTAAATA
Unaligned ( gi|23 ): TTCATGTTTTTTAATAGGATTCACGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 33333333333 666666666666666666666666 111 11 2222222 111111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 222222222222222222 111111111 1111111 22222222222222222 222 4444444444444444444444444444 111 1 111
lowQualScore : 0 222222 11111111111 3 444444444444444444444444 777 33 9999999 0 777777777 1 4 4 3 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3 77777 6666 222222222222222222 88888 3 555555555 7777777 44 44444444444444444 77777 6666 3 4 3 111 0 2 5555555555555555555555555555 0 44 000 0 444
lowQualScore : . ...... ........... . ........................ ... .. ....... . ......... . . . . ................................................................................................................................................................................................ . ..... .... .................. ..... . ......... ....... .. ................. ..... .... . . . ... . . ............................ . .. ... . ...
lowQualScore : 8 555555 22222222222 2 222222222222222222222222 555 88 2222222 8 666666666 0 4 0 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 77777 5555 000000000000000000 11111 6 888888888 9999999 22 22222222222222222 77777 5555 2 0 1 555 1 5 3333333333333333333333333333 5 66 000 0 000
consensus : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TAT-T---CCGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----GT----G--------CG--------TG----CG-TG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---------A---AAATG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACTTG-T-ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T--AAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
Reference ( family-325 ) : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TAT-T---CCGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----GT----G--------CG--------TG----CG-TG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---------A---AAATG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACTTG-T-ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T--AAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
gi|1 : AAGCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATA----AACCA---GAATT--TATAT---CCGAAGCATTTG--T------ACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------T-TTTAAA--AAA-A---A-------AT------------TAT----A-T------------------T--ATA-C----------A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----GG--A-----TG-T-----GT----G--------TG--------TG----CG-TG--C------GTGC-------GTGCATGC--GT---G---------A---AAATG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTT---------TTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTGCA---------AC-AT---TGCAAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATC--AAATATTC---TTCTTCCTTGTCTTCTTCTT
gi|10 : TA-C--------G-A-----A---------T----A----CG-----TAT------AG-----TG--G-----TG-T-----GC----GG-------CG--------TG----CG-TG--T------GTGTACGAGATGTGCGTGT--TTATAG---------G---AAATA-----TGTG----TATGTTAGTTGACTCAAC--------GTGTT-ATGTGATTATTTTTTTGCATGTTAT-ATA----------C-AT--------C----ATTGTGATTTAATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATATCAGATATTT---TTCTcttcttcttcttcatataaacgtggttaagtcactgatgtattgtaaacgatattcacagttttaaaacatttatgtaaaaaat
gi|11 : gatatagttggTGT--GT---G---------A---AAATG-----TGTG----CATGCGATTT-ATTCAACTTG-T--------TATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-
gi|12 : agtattaaaatgtcgatagtaagagcgaatacatgtggtggggcgcgagtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtgtgtgaaaataTAAATGATA-AATGTCCTCA-ACCGC--AAAA---A---CTG------A------------TTT-----------------TTTAGG--A-A-A---A-------GTTAT----GAG--T--------T------------------T--ATA-C--------AGA-----A---------TAAA-A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-----GA----G--------TAT-------TGAAATAG-TA--A------GTGCTAAT---ATGTGTG---GT---G---------ATACATATG-----CGTG----TATA-TA--T-ATGCA---TG-T-ACATGCTTGTGTGTATA
gi|14 : -----TG-C-----GT----G--------CG--------TG----TG-TG--A------GTGC-------GTGCGTGC--GT---GTG-------A---AAATG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTTG-TTATGTGTTTATGTGTTTAACTATTTACATGTTATTACA---------AC-A---------------TTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--Atgaaatatgtgc
gi|15 : ACCGTTATATCTATAGATCAAATCTGTTTAAA---GTTTATTAATCATCTAATGATT----AATC-AAAT------A----------ATT----AACTA---AAAAT--TAT-------GAA--ATT------AAGC-------------AAATA---GATA-AATATATTCA-TCCTT-AAAAA---A---CTG------A------------TTT---------------T
gi|16 : T---A---------A---AAATG-----TTTG----CATATTACTT-ACTCAACTTG-TTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATAACA---------AC-A--------------AT-GTAATTTGATGTAAAACTATGTATAGTTTAAATCAAAA--AAATATTt
gi|17 : TCAACTTGGT-ATGTGTTAATACGTTCAATAATTTTCATGTTATTA---------------T---T--A-C----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAACA--AAATAGTC---TTCT
gi|18 : -T-ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T--AA----------AATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAA
gi|19 : caaatatatatatgtTTTAATTACTTAATTATTCACATGTTAT---A---------AC-A--------AC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAAT
gi|2 : atGTTTTCA-TCCCCAAATA--------CTT------C------------TTT---------------TAGATAA----GA-C---ATTGCTTTATT-T----GAG--TAT----AAT------------------T--ATG-T--------A-ATCTTTA--------------A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-----GT----G--------C
gi|2 : -T------------------T--GTG-C--------G-A-----A---------T----A----CC------A-------GT-----GGC-G-----TG-T-----GT----G--------CG--------TC----TG-TG--T------GTGT-------GCGCGTCC--GT---GTTT------AT--AAATA-----TGTG----CAT---AGCT-ACTCAATTTC-TCATGTGTTTATTTGTTTAATTATATGCATGTTACTGCATTGTGTATAACTATGTGT--AACTATAACTATAACTACATGTGAAACTATGTATAATTTTAATAAAAA--AGTTATTCTAATTCTA-CTTG--TTCTTCTttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttttgtgcgaataccagtggcgtgtgtgcgtctgtgtgtgtgcgcgtccgtgtttataaatatgtgcatagctactcaatttctcatgtgtttatttgtttaattatatgcatgttactgcattgtgtataactatgtgtaactataactataactacatgtgaaactatgtataattttaataaaaaagttattctaattctacttgttcttctgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|20 : gttttcatccccaaatacttcttttagataagacattgctttatttgagtataattatgtaatctttaatctaatttatatgtgcttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttTT------A------------TCT---------------TTTCTAAA--C---------------ATT-TCT--AAG---AT----A-----------------------ATA-C--------A-A---------------T----A----CT-----TA-------C----------A-----TG-T-----GT----G--------TG--------TG----TG-TG--C------GTGC-------GTGCATGC--GT---C---------A---ACATgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|21 : tgTTAATTATTTACATGTTATTACA---------GC-AT---T------------GTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATAT
gi|3 : AATCATTATATCTGTAAACCAAATATGTTA-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------ATAAAAGGGAAATTGTTAAATTATACAAATT--TAT-TTTTCCGAAGCATTTG--TAAAACGATGTTCCATAATAAATAACTGATA-AA---------------AAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTCAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--CAT----A-TACAAACTAAATTCTAATTT--ATA-TGAGTATTGA-A-----A---------T----G----TCAATAGTA-------AG-----TG--AGAAAATG-T-----GT----GGTGGTGCACGAATGTTTATG----TA-TG--C------ATGT-------GTGTGTAT--GT---G---------A---AAATA-----TGTG----CATGTTAGTT-ACTCAACTTGTT-ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTAACATGTTATTTCA---------AC-AC---T--
gi|4 : tCTGATC-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---ATTACTT------AATATAAAAAAGTTTTATTA-----------TATACAAATTAAA-ATCTA-------ATT-TATATGAG--TATTGGAA-TG-----------------TCGATAGT--------A-A-----A---------T----G----TG------A-------ATACGTGTG--G-----TGGT-----GC----G--------CG--------AG----CG-TG--TATGTATGTGC-------GTGTGTGTATGT---G---------A---ACATA-----TGTGAACATATGTTAGTT-ACTCAACTTG-TCATGCGTTTATGTGTTTAATTATTTACATG--ATTATA-----------------C--AAC----ATTGCAGTTTGATGAGAAACTATGTATA-TATAAATCAGTA--AACTATTC---g
gi|5 : TGATA-AATGTGTTCA-TCATCAAAAAATTCA---TTTTAGAAAA------------TTTGAGTATATTATACAATATCTAAT--GGA-A---A-------G--------GAG--TATTGAAA-TG-----------------TCGATA-G--------A-A-----A---------G----A----GC-----GA-------AT---------A-----CG-T-----GT----G---------G--------TG----GGGCG--C------GAGC-------GTGCGTGC--GT---GCGTATGTGAA---AAATG-----TATT----CATGCTATTA-ACTCAACTTGTT-ATGTATTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTAC---------------------AAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACAATGTATAATTTAAATT-ATT--ACATTTTC---TTCTT-CTTC--TTCT
gi|6 : TGATA-AATGTGTTCG-TCCTCAAAA-A---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------CAAAAA----TC-----AT-------AT-----TG--A-----TA-T-----GT----G--------
gi|6 : -----TG-T-----GT----T--------TG--------TG----CG-TG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GA---A---------A---AAAAA-----TGTG----CATGTTATTT-ACGCAACTAG---------TTATGTGTTTAATTATTTACATGATAT---A---------AC---------AAC----ATTGTAATTTtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtgtgtgtttgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgaaaaaaaatgtgcatgttatttacgcaactagttatgtgtttaattatttacatgatataacaacattgtaattt
gi|7 : tgataaatgtgttcgtcctcaaaaaacttattttatgtaaaagaaaatttgagtatattatacaaacaaaaatcatattgatatgtgtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtg-T---CTGAAGAATTTA--TAAAACGACGTTTCATTATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---A-A------A------------TTT---------------TATGTAAC--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ACA-C--------A-A-----ACTTAAATCTT----A----TT-----TATATCAGTAT-----TGAAA-----TG-TCGATAGTTAGAG--------CG--------AG----CG-TGTAT------GTAT-------GTGCGTGT--GT---G---------T---AAATGAAATATGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTTGTT-ATGTGTTTATGTGTTTAATTA
gi|8 : ATCAATACATCCGTAGACCAAATACGTTT-TTTTTGTTTTTTAATCTTCT-----TCTAAAAACCAGAAATGGTTAA----------ATT----TACCA---AAATTACTAT-T---T--ACGCATTTGCGTAAA--GACGTTCCATAATAAATAACT--TACAATAAGTTAATTTTTCAAG--------------------------------------------------TATC--AA--AGATA---ACATT---ATT-T----GAGCTTAC----A-TGTA---------------T--ATA-C--------A-A-----A---------C----AATATTC-----TA-------AT-----T
gi|9 : att-------GTGCTTGC--GT---A---------T---TACTA-----TGTG----CATGTTAGTT-CCTCAACTTG-TTAAGTGTTTATGT------------ACATGTTAATGCA---------AC-AT---T--TTC-----TAGTACTTAGTTGAGAAACGATGTTTAGTTTAAA-----G--AAATCTTC---TTCTT-ATTA--TTTTta
blockSeqs : TTTTT AATGATT A ATAAAAGGGAAATTGTTA TAC AC TTTTCC TAAAACG A C T A ATTACTTAATATAAAAAAGTTTTATTATATACAAATTAAAATCTAATTTATATGAGTATTGGAATGTCGATAGTAAATGTGAATACGTGTGG G CGATA TAGA GTGGTGCACGAATGTTTA AAATA G TATGTAT ACGAGAT AT GCGTATGTGAA AAATA AACA T G G TT T TTGTGTATAACTATGTGTAACTATAA TC TAA . G
blockSeqs : AAA TCTAAA A TGGTTAAATT . . TCT TAAAACG T . . A ACTTATTTTATGTCAAAGAAAATTTGAGCATATACAAACTAAATTCTAATTTATATGAGTATTGAAATGTCAATAGTAAGTGAGAAAA . . . GCG C . TAT TAAT . GTTTAT . . C T . TT T ACATTTTC . . . C
blockSeqs : AA TC . AATT . . TT CGTAAAG A . . A TTCATTTTAGAAAATTTGAGTATATTATACAATATCTAATGGAAAGGAGTATTGAAATGTCGATAGAAAGAGCGAATA . . . TAT T . T . . ATAGG . . C T . GT A ACATTAA . . . A
blockSeqs : . AAGC . . . A AAAATTTTATGTAACAGAAAATTTGAGTATATTACACAAACTTAAATCTTATTTATATCAGTATTGAAA . . . CG T . A . . GATAC . . T C . TC T ACAACA . .
blockSeqs : . . A CTTCTTTTAGATAAGACATTGCTTTATTTGAGTATAATTATGTAATCTTTAATCTAATTTA . . . CG T . A . . GTGA . . T G . TT T ACAACA . .
blockSeqs : . . A ACTTATTTTATGTAAAAGAAAATTTGAGTATATTATACAAACAAAAATCATATTGA . . . TG T . T . . GA . . T G . TC T CATCA . .
blockSeqs : . . . ACTGATTTTTTAGGAAAAGTTATGAGTTTATACAGAATAAAATCTAATTTA . . . CG C . C . . AA . . C G . TT T TTACA .
blockSeqs : . . . . . . TG G . C . . CA . . T T . TT T GCATT .
blockSeqs : . . . . . CG C . C . . GA . . C T . TT T CAACA .
blockSeqs : . . . G C . C . . GA . . T T . T T ACAA .
blockSeqs : . . . . . AA . . . G . T T AACA .
blockSeqs : . . . . GT . . . . . T . ACA
blockSeqs : AT . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : TT***** TAAAACG** TT* ACAACA**********************
originalCons : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TAT-T---CCGAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----GT----G--------CG--------TG----CG-TG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---------A---AAATG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACTTG-T-ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA---------AC-AT---T--AAC----ATTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
finalCons : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TATTT-----GAAGCATTTGTAAAACG--ACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----GT----G--------CG--------TG----CG-TG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---------A---AAATG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACTTGTT-ATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACAACAACA----------------------TTGTAATTTGATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTT-CTTG--TTCTTCTT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTGTATGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACATTGACATATTTGTTACCTCAATTTGACTTTATGTAACCAATAACCGATTTACATGTCTTTAATTTAAATACAAATCATGGGATCTAAATGAGTTGAATTATATAATATATGAATAAATATAATATT
Unaligned ( gi|22 ): TATATATCTAAGAATGCTATACATTGTAAATA
Unaligned ( gi|23 ): TTCATGTTTTTTAATAGGATTCACGTATAAA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 33333333333 666666666666666666666666 111 11 2222 11 1111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 11111111 111111111 1111111 1111111 1111111111 222222222 11111111111 111 1 22222
lowQualScore : 0 222222 11111111111 3 444444444444444444444444 777 33 44 8888 0 11 0 4444 1 4 4 3 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 77777 3 7777 55555555 44444444 555555555 1111111 44 0000000 3 3 88888 7777 0 1 3 1 3333333333 111111111 3 77777 3 55555555555 44 000 0 0 55555
lowQualScore : . ...... ........... . ........................ ... .. .. .... . .. . .... . . . . ................................................................................................................................................................................................ . ..... . .... ........ ........ ......... ....... .. ....... . . ..... .... . . . . .......... ......... . ..... . ........... .. ... . . .....
lowQualScore : 8 555555 22222222222 2 222222222222222222222222 555 88 88 0000 8 00 8 2222 0 4 0 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 77777 1 1111 44444444 55555555 999999999 8888888 66 6666666 1 1 33333 1111 1 0 3 4 0000000000 999999999 1 77777 1 88888888888 66 000 0 2 00000
consensus : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TATTT----GAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----G-T----G--------CG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA------ACA-----AC-AT-T-----GTAATT-TG-----------ATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTTC-TTGT-----TCTTCTT
Reference ( family-325 ) : AATCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATT----AACCA---AAATT--TATTT----GAAGCATTTG--TAAAACGACGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATNTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------T----A----TC-----TA-------AT-----TG--A-----TG-T-----G-T----G--------CG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTANTT-ACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA------ACA-----AC-AT-T-----GTAATT-TG-----------ATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATATTC---TTCTTC-TTGT-----TCTTCTT
gi|1 : AAGCATTATATCCGTAGACCAAATATGTTT-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------A----------ATA----AACCA---GAATT--TATATCC--GAAGCATTTG--TA------CGTTCCATAATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------T-TTTAAA--AAA-A---A-------ATT------------AT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A---------------T----A----TC-----TA-------AT-----GG--A-----TG-T-----G-T----G--------TG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCATGC--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTT--------TTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTGCA------ACATTGCAAC-AT-T-----GTAATT-TG-----------ATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATC--AAATATTC---TTCTTCCTTGTCTTCTTCTTCTT
gi|10 : TA-C--------G-A-----A---------T----A----CG-----TAT------AG-----TG--G-----TG-T-----G-C----GG-------CG--------TGCGTG--T------GTGTACGAGATGTGCGTGT--TTATAG---G-AAA-TA-----TGTG----TATGTTAGTTGACTCAACGTGTTATGTGATTAT---TTT-----TTTGCATGTTAT-ATA-------CA-----TC-AT-T-----GTGATT-TA-----------ATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATATCAGATATTT---TTCTcttcttcttcatataaacgtggttaagtcactgatgtattgtaaacgatattcacagttttaaaacatttatgtaaaaaat
gi|11 : gatatagttggTGT--GT---G---A-AAA-TG-----TGTG----CATGCGATTT-ATTCAACTTG--------TTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA------AC
gi|12 : agtattaaaatgtcgatagtaagagcgaatacatgtggtggggcgcgagtgtgtgtgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgtgtgtgaaaataTAAATGATA-AATGTCCTCA-ACCGC--AAAA---A---CTG------A------------TTT-----------------TTTAGG--A-A-A---A-------GTTAT----GAG--T--------T------------------T--ATA-C--------AGA-----A---------TAAA-A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-----G-
gi|14 : -----TG-C-----G-T----G--------CG--------TGTGTG--A------GTGC-------GTGCGTGC--GT---GTG-A-AAA-TG-----TGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAACTATTTACATGTTATT---------ACA-----AC-AT-T-----GTAATT-TG-----------ATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--Aagtattgaaatagtaagtgctaatatgtgtggtgatacatatgcgtgtatatatatgcatgtacatgcttgtgtgtatatgaaatatgtgc
gi|15 : ACCGTTATATCTATAGATCAAATCTGTTTAAA---GTTTATTAATCATCTAATGATT----AATC-AAAT------A----------ATT----AACTA---AAAAT--TA--T----GAA--ATT------AAGC-------------AAATA---GATA-AATATATTCA-TCCTT-AAAAA---A---CTG------A------------TTT---------------T
gi|16 : T---A---A-AAA-TG-----TTTG----CATATTACTT-ACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTAT---A------ACA-----AC-AA-T-----GTAATT-TG-----------ATGTAAAACTATGTATAGTTTAAATCAAAA--AAATATTt
gi|17 : TCAACTTGGTATGTGTTAATACGTTCAATAATTTTCATGTTATTATT------ACA---------T-T-----GTAATT-TG-----------ATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAACA--AAATAGTC---TTCT
gi|18 : TGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA------ACA---------T-T-----AAAATT-TG-----------ATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAA
gi|19 : caaatatatataTTTAATTACTTAATTATTCACATGTTAT---A------ACA-----AC-AT-T-----GTAATT-TG-----------ATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAAT
gi|2 : atGTTTTCA-TCCCCAAATA--------CTT------C------------TTT---------------TAGATAA----GA-C---ATTGCTTTATT-T----GAG--TAT----AAT------------------T--ATG-T--------A-ATCTTTA--------------A----TC-----TA-------AT-----TT--A-----TA-T-----G-T----G--------C
gi|2 : -T------------------T--GTG-C--------G-A-----A---------T----A----CC------A-------GT-----GGC-G-----TG-T-----G-T----G--------CG--------TCTGTG--T------GTGT-------GCGCGTCC--GT---GTTTATAAA-TA-----TGTG----CAT---AGCT-ACTCAATTTCTCATGTGTTTATTTGTTTAATTATATGCATGTTACTGCATTGTGTATA-----ACTATGT-----GTAACTATAACTATAACTACATGTGAAACTATGTATAATTTTAATAAAAA--AGTTATTCTAATTCTAC-TTGT-----TCTTCTttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttttgtgcgaataccagtggcgtgtgtgcgtctgtgtgtgtgcgcgtccgtgtttataaatatgtgcatagctactcaatttctcatgtgtttatttgtttaattatatgcatgttactgcattgtgtataactatgtgtaactataactataactacatgtgaaactatgtataattttaataaaaaagttattctaattctacttgttcttctgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|20 : gttttcatccccaaatacttcttttagataagacattgctttatttgagtataattatgtaatctttaatctaatttatatgtgcttatatgaatttatattgaaacgtcgacgtttTT------A------------TCT---------------TTTCTAAA--C---------------ATT-TCT--AAG---AT----A-----------------------ATA-C--------A-A---------------T----A----CT-----TA-------C----------A-----TG-T-----G-T----G--------TG--------TGTGTG--C------GTGC-------GTGCATGC--GT---C---A-ACA-Tgtagacgatgatgcgttaatgtatatct
gi|21 : tgTTAATTATTTACATGTTATTACA------GCA---------T-T-----GTAATT-TG-----------ATGAGAAACTATGTATAGTTTAAATCAATA--AAATAT
gi|3 : AATCATTATATCTGTAAACCAAATATGTTA-AA---GTTTATTAATCTTCT-----TC----AATCAAAAA------ATAAAAGGGAAATTGTTAAATTATACAAATT--TATTTTTCCGAAGCATTTG--TAAAACGATGTTCCATAATAAATAACTGATA-AA---------------AAAAA---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTCAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--CAT----A-TACAAACTAAATTCTAATTT--ATA-TGAGTATTGA-A-----A---------T----G----TCAATAGTA-------AG-----TG--AGAAAATG-T-----G-T----GGTGGTGCACGAATGTTTATGTATG--C------ATGT-------GTGTGTAT--GT---G---A-AAA-TA-----TGTG----CATGTTAGTT-ACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTATTAACATGTTATTTCA------ACA-----
gi|4 : tCTGATC-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---ATTACTT------AATATAAAAAAGTTTTATTA-----------TATACAAATTAAA-ATCTA-------ATT-TATATGAG--TATTGGAA-TG-----------------TCGATAGT--------A-A-----A---------T----G----TG------A-------ATACGTGTG--G-----TGGT-----G-C----G--------CG--------AGCGTG--TATGTATGTGC-------GTGTGTGTATGT---G---A-ACA-TA-----TGTGAACATATGTTAGTT-ACTCAACTTGTCATGCGTTTATGTGTTTAATTATTTACATG--ATTAT-------ACA-----AC-AT-T-----GCAGTT-TG-----------ATGAGAAACTATGTATA-TATAAATCAGTA--AACTATTC---ctg
gi|5 : TGATA-AATGTGTTCA-TCATCAAAAAATTCA---TTTTAGAAAA------------TTTGAGTATATTATACAATATCTAAT--GGA-A---A-------G--------GAG--TATTGAAA-TG-----------------TCGATA-G--------A-A-----A---------G----A----GC-----GA-------ATACGTGTG--G-----TG-G-----GGC----G--------CG--------AGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTAT--GT---G---A-AAAATG-----TATT----CATGCTATTA-ACTCAACTTGTTATGTATTTATGTGTTTAATTATTTACATGTTATTACA------ACA---------T-T-----GTAATT-TG-----------ATGAGAAACAATGTATAATTTAAATTATTA-----CATT----TTCTTC-TTCT-----TCTTCT
gi|6 : TGATA-AATGTGTTCG-TCCTCAAAA-A---A---CTT------A------------TTT---------------TATGTAAA--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ATA-C--------A-A-----A---------CAAAAA----TC-----AT-------AT-----TG--A-----TA-T-----G-T----G--------
gi|6 : -----TG-T-----G-T----T--------TG--------TGCGTG--C------GTGC-------GTGCGTGC--GA---A---A-AAA-AA-----TGTG----CATGTTATTT-ACGCAACTAG--------TTATGTGTTTAATTATTTACATGATAT---A------ACA-----AC-AT-T-----GTAATT-Ttattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtgtgtgtttgtgcgtgcgtgcgtgcgtgcgaaaaaaaatgtgcatgttatttacgcaactagttatgtgtttaattatttacatgatataacaacattgtaattt
gi|7 : tgataaatgtgttcgtcctcaaaaaacttattttatgtaaaagaaaatttgagtatattatacaaacaaaaatcatattgatatgtgtattgaaatgtcgttagaaagagcgaatacgtgagtagggacgcgagcgtgtgTCT----GAAGAATTTA--TAAAACGACGTTTCATTATAAATAACTGATA-AATGTGTTCA-TCCTCAAAAAA---A---A-A------A------------TTT---------------TATGTAAC--AGA-A---A-------ATT-T----GAG--TAT----A-T------------------T--ACA-C--------A-A-----ACTTAAATCTT----A----TT-----TATATCAGTAT-----TGAAA-----TG-TCGATAG-TTAGAG--------CG--------AGCGTGTAT------GTAT-------GTGCGTGT--GT---G---T-AAA-TGAAATATGTG----CATGCTATTT-ACTCAACTTGTTATGTGTTTATGTGTTTAATTA
gi|8 : ATCAATACATCCGTAGACCAAATACGTTT-TTTTTGTTTTTTAATCTTCT-----TCTAAAAACCAGAAATGGTTAA----------ATT----TACCA---AAATTACTATTT-----ACGCATTTGCGTAAA--GACGTTCCATAATAAATAACT--TACAATAAGTTAATTTTTCAAG--------------------------------------------------TATC--AA--AGATA---ACATT---ATT-T----GAGCTTAC----A-TGTA---------------T--ATA-C--------A-A-----A---------C----AATATTC-----TA-------AT-----T
gi|9 : att-------GTGCTTGC--GT---A---T-TAC-TA-----TGTG----CATGTTAGTT-CCTCAACTTGTTAAGTGTTTATGT------------ACATGTTAATGCA------ACA---------T-TTTCTAGTACTT-AG-----------TTGAGAAACGATGTTTAGTTTAAA-----G--AAATCTTC---TTCTTA-TTAT-----TTTta
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TGTGTATGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTACACATTGACATATTTGTTACCTCAATTTGACTTTATGTAACCAATAACCGATTTACATGTCTTTAATTTAAATACAAATCATGGGATCTAAATGAGTTGAATTATATAATATATGAATAAATATAATATT
Unaligned ( gi|22 ): TATATATCTAAGAATGCTATACATTGTAAATA
Unaligned ( gi|23 ): TTCATGTTTTTTAATAGGATTCACGTATAAA