lowQualScore : 111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 111111 1 11 22222222 111111111 000000000000000000000000 7777777777777777777777 1 1111111111111111111111111111111111111 1 11 1 11 555555555555555555555555555555555555 1111 44 111 222222 11 1 1 22222222222222 22
lowQualScore : 1 000 666666 2 5 1 2 2 77 22 22 88888888 55555555 7 3 5555555 33333 222 3 1 1 111111111 1 3 777777777777777777777777 222 44444 1 0 1 55 2 22 2 22 333 33 9 1111111111111111111111 5 3 33 2 8888888888888888888888888888888888888 7 66 0 7 11 0 555555555555555555555555555555555555 8 5555 9 33 444 6 2 2 0 22 2 0 6 888888 0 8 55 2 7 0 0 88888888888888 8 9 44 3 6
lowQualScore : . ... ...... . . . . . .. .. .. ........ ........ . . ....... ..... ... . . . ......... . . ........................ ... ..... . . . .. . .. . .. ... .. . ...................... . . .. . ..................................... . .. . . .. . .................................... . .... . .. ... . . . . .. . . . ...... . . .. . . . . .............. . . .. . .
lowQualScore : 0 000 999999 1 7 4 5 2 55 88 66 44444444 66666666 2 1 0000000 88888 777 1 5 5 111111111 8 3 444444444444444444444444 888 00000 6 1 6 55 0 88 0 88 555 77 2 0000000000000000000000 5 2 22 2 8888888888888888888888888888888888888 0 00 0 8 00 8 000000000000000000000000000000000000 0 0000 8 00 000 0 2 0 2 22 2 2 0 888888 8 8 88 0 0 2 5 88888888888888 2 6 66 0 0
consensus : TCAAATTGGTTG---TCAAATGANG----TTNA-ACACTAAGTAATAGTTAGTGTT--C--ATT---AA---GTAAAA--------ATTT-A-------ACAAT-----TA---AG-AAAC-C-CA-------AAG-GGAGCNAC--CA--G-------AC--TGGGGTTTCT---TA-----ATTGT-TAAATT-TTTA-CTTA-AT--GAA-C--A---CTA--ACTGGCTTAGTGTTAAACGT----------------------CATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGAC---------TC--TTG---GGC---------GG-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTA-ACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGT-ACA--TGACTCGTTC-AGAA---TTGAATCAAGGGCGGAGTCTGCGCAATGCTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA---GC-GACACAATTTTGAAA-ATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
Reference ( gi|1 ) : TCAAATTGGTTG---TCAAATGAGA----TTAA-AGACTAAGTAATAGTTAAAGTT--C--ATT---GT---GTAAAA--------AATT-A-------ACAAT-----TA---AG-AAAC-C-CA-------AAG-GGAGCTAC--CAAAG-AGT--GAC--TGAGGTTTCT---TA-----ATTGT-TAAATT-TTTA-TTTA-AT--GAA-C--A---CTA--AATGGCTTAGTGTTAAACGT----------------------CATTTGACTGAAAGTTTGACATCATTTGACTTAC---------TC--TTG---GGC---------G--AGCTACGATGAAAGCAGAGATGATTGACATTTGAAAGTTAAT--GTTTGCCT-AGGCCGTTTGAAAGCATAGCTCACGC-GGCTTTGTAGTTTGT-AGA--TGATTCGTT--AGAA---TTGAATCAAAGGCAGAGTCTGTGCAATGTCATTCACGCGTGCGCAGTGATGATGAACTTCTCAA------TAATTAAGAACAAAATTAATAATTAAGTTATTTTGAAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA---GA-AACACAGTTTTGAAT-ATTGAAGTGATTCCATTGGTTGTCGAATGAGGTTAAACAC
gi|4 : TTAAGTTGATGGAGCTCAAATGAAAACTATTAATAG--TGAGTAATA--TAAAGT--------------------AAA--------AATTCA-------ATAAT-----TA---AG-AAAC-C-CA-------AAA-GGAGCGAC--CA--------------TG--GTTTCT---TA-----ATTGT-TAAATC-TTTA-TTTA-AT--GAA-C--A---CTA--ACTGGCTCAGCGTCAAACGTTATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGTGTCATTTGACTGACTATGAGTGGG--AGCTACGATGAAAGCTGAGATGATTGGCGTTTTAAAGTTGAC--GTTT---TAAAACCGTTTCTAAGCATAGCTC-----------GTTGTTTATCAGATTTGGTCGGTTAAAGAATGTTTGAGTCA
gi|4 : tCAAACTGTCAG---TCAAATAACG----TTTG-ACGCTGAGC--CAGTTAGTGTT--C--ATT---AA---ATAAAG--------ATTT-A-------ACAAT-----TA---AG-AAAC-C----------ATG-GTCGCTCC--T------------T--TTGGGTTTCT---TA-----ATTAT-TGAATT-TTTACTTTATAT--TACTC--A---CTATTAATAGTTTggtataaattc
gi|3 : tttaagttgatggagctcaaatgaATTGGTTG---TCAAATGAGG----TTAA-ACACTAAgcgtcatttgactgacagtttggcgtcatttgactgacagtttggtgtcatttgactgactatgagtgggagctacgatgaaagctgagatgattggcgttttaaagttgacgttttaaaaccgtttctaagcatagctcgttgtttatcagatttggtcggttaaagaatgtttgagtcaggtataaattc
gi|2 : taatagttagtgttcattaagtaaagaattaacaattaagaaatgggagcgaccaggtttttttaattgtttaatatttactaaatgaacgctaactggcttagtgttaaacgtcatttgactgatagtttcacgtcatttgactgactgtgggagtagctacgatgaaagctgagatgactgagttgatatttgctgacgcggctttgtattttgtacatgactcgtttggaattgaatcaagggcggagtctgtgcagtgctattcacgcgtgcacagtgatgatgaactacttaataattaagaacgaacataataattaagtaattttgtaggctgtttcaacaaataagagcgacacaattttgaaaattgaagcgattccATTGGTTG---TCAAATGAGG----TTAA-ACACTAA
gi|6 : agtaatagtaagtgttcattaagtaaaaaattaacaattaagaaacccaaagggagcgaccagagtttcttaattgttaaatttttacataaaaaaaaaatctaactggcttagtgttaaatgacatttgattgacagattatataactctgggtggagctacaatgaaagctgagctgactgatgtttgaaagcccattcgttgctaaggccatttctaggcatagcttgcacaggctttgtagtttgtacatgacttgttcagaattgaatcaaggacagagtctgtgcaatatcattcacacatgcacagtgatgacgaacttcttaataccggtaattaagaactaccttagtaattaaattattttgtctgctgtttaacaaataagagttccaaattttgaagaaatgaagcgattccATTGGTTG---TCAAATGAGG----TTAA-ACACa
gi|3 : gagctacgatggaagctgagattattaaagttttaaagttgatgtttgctaacaccgtttctaagcatagctcgcgcggctttgtagtctgtacatgatcgttcagaattaaatcaagggcggagtctgcacaatgctattcacccgtgtgcaatgatgacgaacttgttagtgattaagaacgaactggataataaaattattttgtaagctgttttaagaaataagagcgacacacttttgaaaatttaagcgattccG---TCAAATGACG----TTTA-ACACTAAGC--CAGTTAGCGTT--C--ATT---TA---GTAAAT--------ATTA-A-------ACAAT-----TA---AA-AAAA-C-CT---------G-GTCGCTCC--CA-------------------TTTCT---TA-----ATTGT-TAATTC-TTTA-CTTA-AT--GAA-C--A---CTA--Aa
gi|2 : taatag---TCAAATGTCA----TTTA-ACACTAAGC--CAGTTAGATTT--T--TTTTTTAT---GTAAAA--------ATTT-A-------ACAAT-----TA---AG-AAAC-T-CT---------G-GTCGCTCC--C------------T--TTGGGTTTCT---TA-----ATTGT-TAATTT-TTTA-CTTA-AT--GAA-C--A---CTtgatagtttcacgtcatttgactgactgtgggagtagctacgatgaaagctgagatgactgagttgatatttgctgacgcggctttgtattttgtacatgactcgtttggaattgaatcaagggcggagtctgtgcagtgctattcacgcgtgcacagtgatgatgaactacttaataattaagaacgaacataataattaagtaattttgtaggctgtttcaacaaataagagcgacacaattttgaaaattgaagcgattccattggttgtcaaatgaggttaaacactaa
gi|18 : agtaatagtaACTAAGC--CAGTAAGTGTT--C--ATT---AA---GTAACA--------ATTG-A-------ACAGT-----TA---AG-AAAC-C-Cttgacagattatataactctgggtggagctacaatgaaagctgagctgactgatgtttgaaagcccattcgttgctaaggccatttctaggcatagcttgcacaggctttgtagtttgtacatgacttgttcagaattgaatcaaggacagagtctgtgcaatatcattcacacatgcacagtgatgacgaacttcttaataccggtaattaagaactaccttagtaattaaattattttgtctgctgtttaacaaataagagttccaaattttgaagaaatgaagcgattccattggttgtcaaatgaggttaaacactaaa
gi|7 : ggagtgaccgTAAGTAATAGGTAATGTG--C--ATT---AA---GTAAAA--------ATTT-A-------TTAAA-----CA---AG-AAAC-C-CA-------AAT-TTGGCAAC--CGCAG-TGTGCGAC--CGGTGTTTCT---TA-----ATTGT-TGACGT-TTTA-CTTA-ATTGGAA-CTAA---C-A--ACTGGCTGAGTATTAAA
gi|19 : gtttatattgatagtgccaaagcatttcgtttgaaatcggttctaatttTAAGTAATAGTAAGTGTT--C--GTG---AA---GTAAAT--------AATTTA-------ACATT-----TA---AG-AAAC-C-CG-------AAA-G
gi|21 : AAGTAA--GT----GTT--C--ATT---AA---GTAAAA--------AATT-A-------ACAAT-----T--------AAC-T-CA-------AAG-G
gi|2 : atgtgaAGTAATAGTAAGTGTT--C--ATT---AA---GTAAAA--------AATT-A-------ACAAT-----TA---AG-AAAC-C-CA-------AAG-GGAGCGAC--CAGAG----------------TTTCT---TA-----ATTGT-TAAATT-TTTA-CATA-AA--AAA-A--AAATCTA--ACTGGCTTAGTGTTAAATGA----------------------CATTTGATTGACAG------ATTATATAACTC----------------TG---GGT---------GG-AGCTACAATGAAAGCTGAGCTGACTGATGTTTGAAAGCCCATTCGTT-GCTA-AGGCCATTTCTAGGCATAGCTTGCACAGGCTTTGTAGTTTGT-ACA--TGACTTGTTC-AGAA---TTGAATCAAGGACAGAGTCTGTGCAATATCATTCACACATGCACAGTGATGACGAACTTCTTAATACCGGTAATTAAGAACTACCTTAGTAATTAAATTATTTTGTCTGCTGTTT-AACAAATAA-----GA---GT-TCCA-AATTTTGAAGAAATGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|15 : GTATTAGTTAGTGTT--C--ATT---TA---TTAAAA--------ATTT-A-------ACAATATCAGTATTTAG-AAAC-C-CA-------AAG-GGAGCtaaa
gi|17 : GTAATAGT--AAGT------ATTT--GTCAAGTAACA--------ATTT-A-------A--AT-----TA---AG-AAAC-C-CA-------AAATGGAGATAC--Caatcgca
gi|16 : GTAATTGTTAGTGTT--C--ATT---AA---GCAAAA--------AGTG-T-------ACAAT-----TA---AGAAAAA-A-CA-------AAA-TGAGCGAC--Cgca
gi|9 : atGTACTAGTTAGTGTT--C--ATT---TA---GTCAAACAATTAACAATT-AACGTTTAACAAT-----TA---AG-AAAC-CAAA-------AAG-AGAGCCAC--C----------------GGGGTTTCT---TT-----TTTCT-T---TT-TTTA-
gi|3 : TAATAGTTAGTGTT--C--ATT---AA---GTAAAG--------AATT-A-------ACAAT-----TA---AG-AAAT--------------G-GGAGCGAC--CAG----GT------------TTTTT---TA-----ATTGT-TTAATA-TTTA-CTAA-AT--GAA-C--G---CTA--ACTGGCTTAGTGTTAAACGT----------------------CATTTGACTGATAGTTTCACGTCATTTGACTGAC---------TG--T-G---GGA---------GT-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGACTGA---------GTTGAT--ATTTGC-----------TGA------------CGC-GGCTTTGTATTTTGT-ACA--TGACTCGTTT-GGAA---TTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAGTGCTATTCACGCGTGCACAGTGATGATGAACTACTTAA------TAATTAAGAACGAACATAATAATTAAGTAATTTTGTAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA---GC-GACACAATTTTGAAA-ATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACACata
gi|10 : TAATAATTA--GTTTCC--ACT---GA---GTAAAA--------ATTA-A-------ACAAT-----TA---AGAAAAC-C-C--------------AGTCAC----------T--CACTTTG-GGTTTCT---TA-----ATAGT-TAAATT-TTtaa
gi|20 : ttcaagtatTAATAGTAAGTGTT--C--ATT---TA---GTAAAA--------ATTT-A-------ACAAT-----AA---AG-AAAC-C-CA-------AAG-GGAGC
gi|23 : TAATAGTTTA-GTT--C--ATT---GA---GTAAAA--------AAAT-A-------ACAAT-----TA---AG-AAAC-C-
gi|22 : ATAGTTAGTGTT--C--ATT---TA---GCAAAA--------ATTT-A-------ACAAT-----TA---AG-AAAC-C-
gi|7 : tgaAGTT--CCAATT---AA---GTAAAA--------CGTC-A-------ACAAT-----TA---AG-AAACAC-CGGTCGCACACT-GCGGTTGC--CAAA---------T--TTGGGTTTCT---TG-----TTTAA-TAAATT-TTTA-CTTA-AT--GCA-C--A---TTA--
gi|12 : gtttatattgatagtgccaaagcatttcgtttgaaatcggttctaattttaagtaataggGTT--C--ATT---AA---GTAAAA--------ATTG-A-------ACAAT-----------------------------AAG-ATAGCGACTGCAGGG-AAC--AACA-TGAG-CTTCT---TA-----ATTGT-TAAATT-TTaacaactggctgagtattaaa
gi|8 : atagc--ATC---GA---GTGAAT--------ATTT-A-------ACAAC-----TA---C--AAAC-C-CC-------GAG-GAAACGAG--CATAG----------------TATCT---TA-----ATTTTATAAATT-TTAA-TTTA-AT--AAA-C--A---CTA--ATTTACTCATAATTTAACCT----------------------CATTTG
gi|24 : ---GTAAAA--------AATT-A-------ACAAT-----TA---AG-AAAC-C-Ccagaattgttgcagcagtttgg
gi|10 : agggagcaaccgAAA--------ATTT-A-------ACTAT-----TA---AG-AAAC-C-CA-------AAG------T--------G-AGT--GAC--TGGGTTTTCT---TA-----ATTGT-TTAATT-TTTA-CTCA-GT--GGA-A--A---CTA--Att
gi|12 : ttcaagtattaataaAAA--------ATTT-A-------ACAAT-----TA---AG-AAGC-T-CA---------T-GTTGTTCC--CT--GCAGT--CGC--TA-----TCT---TA------TTGT-TCAATT-TTTA-CTTA-AT--GAA-C--G---CTA--
gi|14 : aAA--------ATTT-A-------ACAAG-----TA---AG-AAAC-C-C---------CG-GTCGCTCC--C------------T--TTGGGTTTCT---TA-----TCTG---------TCTA-TTTA-AA--GAA-C--A---CT
gi|14 : agtaA--------AATA-G-------ACAGA-----TA---AG-AAAC-C-CA-------AAG-GGAGC----------------GAC--CGGGGTTTCT---TA-----CTTGT-TAAATT-T
gi|18 : agtaagtgttctttG-AGT--GAC--CGGGGTTTCT---TA-----ACTGT-TCAATT-GTTA-CTTA-AT--GAA-C--A---CTT--ACTGGCTTAGT
gi|24 : gG-AGC--AAC--CGGGGTTTCT---TA-----ATTGT-TAATTT-TTTA-CTT
gi|22 : agg--TGAGGTTTCT---TA-----ATTGT-TAAATT-TTTG-CTAA-AT--GAA-C--A---CTA--A
gi|20 : GGTTTCT---TT-----ATTGT-TAAATT-TTTA-CTAA-AT--GAA-C--A---CTctat
gi|23 : taatagtaGGTTTCT---TA-----ATTGT-TATTTT-TTTA-CTCA-AT--GA-----A---CTA--AAcaaagggagc
gi|15 : taatagGGTTTCTAAATACTGATATTGT-TAAATT-TTTA-ATAA-AT--GAA-C--A---CTA--A
gi|19 : gtattagGGTTTCT---TA-----AATGT-TAAATTATTTA-CTTC-AC--GAA-C--A---CTcaaagggagcaatcgca
gi|16 : taagtaatagtaTTTCT---TA-----ATTGT-ACACTT-TTTG-CTTA-AT--GAA-C--A---CTA--Acgaaag
gi|21 : atgtaattgT---TA-----ATTGT-TAATTT-TTTA-CTTA-AT--GAA-C--A---CTaaacaaaatgagcgacc
gi|5 : atgtgaaagtaT----------------------CATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGAC---------TC--T-G---GGC---------GGGAGCTAGGACGAAAGCTGAGACGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTA-ATGCCGTTCCTAAGCAT----------------GTAGTTTGT-ACG--GGACTCGTTC-AGAA---ATGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCGATGTTATTCACGCGTAGACAGTGATGGCGAACTTTTTAA------TCATTAAGAAAGAGCTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAGATAA-----GA---GC-GACATACTTTTGAAA-ATTGAATTGATCCAATTctcaaagg
gi|6 : ---------G--AGCTACGATGGAAGCTGAGATTATTAAAGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTA-ACACCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTCTGT-ACA--TGA-TCGTTC-AGAA---TTAAATCAAGGGCGGAGTCTGCACAATGCTATTCACCCGTGTGCAATGATGACGAACTTGTTAG------TGATTAAGAACGAACTGGATAATAAAATTATTTTGTAAGCTGTTTTAAGAAATAA-----GA---GC-GACACACTTTTGAAA-ATTTAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACACa
gi|11 : AACAAATAATTAATGATTTGACAACAAAATTTTCAGA-ACTGAAACAAGTCCATTGGTTGTCAGATGAGGTTGTACACa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): TTAATTCAATTATGTAAAACGGGCGGAGCTACGACTAAAGCCGAGTTTGAAAAAGCCATCCGTTGCTAAGGCCG
Alignments
lowQualScore : 333 55555555 111111111111111 5555555555555 1 111111 222222 11111 1111
lowQualScore : 3 555 44444444 0 44 2 333333333333333 0 55555 333 2 2 33 2 2 3 9999999999999 1 3 2 66 66 888 2 2 9 66 5 3 99 5 3 333333 3 3 2 333333 0 66666 4444 5 1 6
lowQualScore : . ... ........ . .. . ............... . ..... ... . . .. . . . ............. . . . .. .. ... . . . .. . . .. . . ...... . . . ...... . ..... .... . . .
lowQualScore : 0 000 55555555 8 88 2 999999999999999 9 66666 999 2 2 11 2 4 8 1111111111111 8 3 7 99 99 888 5 5 5 44 2 0 22 2 2 222222 2 2 8 000000 8 77777 2222 2 5 7
consensus : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTN-AGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCGACCA--------GAC-GGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC--A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACGTCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGACTNT-GGGCGG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
Reference ( family-320 ) : TCAAATTGGTTG---TCAAATGANGTTNAACACTAAGTAATAGTT-AGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCNACCA--------GACTGGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC--A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACGTCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGACTCTTGGGCGG-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGCGCAATGCTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|1 : TCAAATTGGTTG---TCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTT-AAAGTTCATTGTGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCTACCAAAGAGT--GACTGAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTATTTAAT--GAAC--A---CTAAATGGCTTAGTGTTAAACGTCATTTGACTGAAAGTTTGACATCATTTGACTTACTCTTGGGCG--AGCTACGATGAAAGCAGAGATGATTGACATTTGAAAGTTAAT--GTTTGCCTAGGCCGTTTGAAAGCATAGCTCACGC-GGCTTTGTAGTTTGTAGATGATTCGTT-AGAATTGAATCAAAGGCAGAGTCTGTGCAATGTCATTCACGCGTGCGCAGTGATGATGAACTTCTCAA------TAATTAAGAACAAAATTAATAATTAAGTTATTTTGAAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GAAACACAGTTTTGAA-TATTGAAGTGATTCCATTGGTTGTCGAATGAGGTTAAACAC
gi|10 : AA-A---------------ATTTAACTAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-TGAGT-------------GACTGGGTTTTCTTAATTGT-TTAATTTTTACTCAGT--GGAA--A---CTAATT
gi|11 : ttcaagtattaatAACAAATAATTAATGATTTGACAACAAAATTTTCAG-AACTGAAACAAGTCCATTGGTTGTCAGATGAGGTTGTACAC
gi|12 : T-AGCGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTGAACAA------TA---AG-ATAGCGAC-TGCAG-GGAACAAC-----------AT--GAGCTTCTTAATTGT-TAAATTTTtaaa
gi|13 : aGGGCGG-AGCTACGACTAAAGCCGAG
gi|14 : ttaattcaattatgtaaaacAGTA-AGTGTTCTTTAAATAGA-----------------------CAGA-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCGACC-------------GGGGTTTCTTACTTGT-TAAATTTtttgaaaaagccatccgttgctaaggccg
gi|15 : GTATTAGTT-AGTGTTCATTTATTAAA-A---------------ATTTAACAATATCAGTATTTAG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCAATC
gi|16 : GTAATTGTT-AGTGTTCATTAAGCAAA-A---------------AGTGTACAAT-----TA---AGAA-AAA--A-CAAAA-TGAGCGACCgca
gi|17 : atGTAATAGTA-AGTATTTGTCAAGTAAC-A---------------ATTTA--AAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAATGGAGATACC
gi|18 : --------GACCGGGGTTTCTTAACTGT-TCAATTGTTACTTAAT--GAAC--A---CTTACTGGCTTAGTgca
gi|19 : ggagtTAAGTAATAGTA-AGTGTTCGTGAAGTAAATA---------------ATTTAACATT-----TA---AG-A-AAC--C-CGAAA-G
gi|2 : AGTAATAGTA-AGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCGACCA--------GA-----GTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACATAAA--AAAA--AAATCTAACTGGCTTAGTGTTAAATGACATTTGATTGACAGATT------AT---A-TAACTCT-GGGTGG-AGCTACAATGAAAGCTGAGCTGACTGATGTTTGAAAGCCCATTCGTT-GCTAAGGCCATTTCTAGGCATAGCTTGCACAGGCTTTGTAGTTTGTACATGACTTGTTCAGAATTGAATCAAGGACAGAGTCTGTGCAATATCATTCACACATGCACAGTGATGACGAACTTCTTAATACCGGTAATTAAGAACTACCTTAGTAATTAAATTATTTTGTCTGCTG-TTTAACAAATAA-----GA----GTTCCA-AATTTTGAAGAAATGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|20 : TAATAGTA-AGTGTTCATTTAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----AA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCtaaa
gi|21 : GTGAAAGTA-AGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----T---------AAC--T-CAAAG-G
gi|22 : atATAGTT-AGTGTTCATTTAGCAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-
gi|23 : tgaTAATAGTTTAGT--TCATTGAGTAAA-A---------------AAATAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-
gi|24 : AG-GGAGCAACC-------------GGGGTTTCTTAATTGT-TAATTTTTTACTT
gi|3 : TAATAGTT-AGTGTTCATTAAGTAAA-G---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAT--------G-GGAGCGACCA--------G-----GTTTTTTTAATTGT-TTAATATTTACTAAAT--GAAC--G---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACGTCATTTGACTGATAGTTTCACGTCATTTGACTGACTGT-GGGAGT-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGACTGA---------GTTGAT--ATTTGCTGACGC-----------------------GGCTTTGTATTTTGTACATGACTCGTTTGGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAGTGCTATTCACGCGTGCACAGTGATGATGAACTACTTAA------TAATTAAGAACGAACATAATAATTAAGTAATTTTGTAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|4 : TTAAGTTGATGGAGCTCAAATGA-----AA-ACTA-TTAATAGTG-AGTAAT-ATAAAGTAAA-A---------------ATTCAATAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAA-GGAGCGACCA-----------TGG--TTTCTTAATTGT-TAAATCTTTATTTAAT--GAAC--A---CTAACTGGCTCAGCGTCAAACGTTATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGCGtaa
gi|4 : tCGTCATTTGACTGACAGTTTGGTGTCATTTGACTGACTATGAGTGGG-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGATTGGCGTTTTAAAGTTGAC--GTTT--TAAAACCGTTTCTAAGCATAGCTCGtcatttgactgacagtttggtgtcatttgactgactatgagtgggagctacgatgaaagctgagatgattggcgttttaaagttgacgttttaaaaccgtttctaagcatagctcgttgtttatcagatttggtcggttaaagaatgtttgagtcaggtataaattc
gi|5 : tttaagttgatggagctcaaatgaaaactattaatagtgagtaatataaagtaaaaattcaataattaagaaacccaaaaggagcgaccatggtttcttaattgttaaatctttatttaatgaacactaactggctcagcgtcaaacgttatttgactgacagtttggcgtcatttgactgacagtttggTCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGACTCT-GGGCGGGAGCTAGGACGAAAGCTGAGACGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAATGCCGTTCCTAAGCAT----------------GTAGTTTGTACGGGACTCGTTCAGAAATGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCGATGTTATTCACGCGTAGACAGTGATGGCGAACTTTTTAA------TCATTAAGAAAGAGCTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAGATAA-----GA----GCGACATACTTTTGAA-AATTGAATTGATCCAATTttgtttatcagatttggtcggttaaagaatgtttgagtcaggtataaattc
gi|6 : G-AGCTACGATGGAAGCTGAGATTATTAAAGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACACCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTCTGTACATGA-TCGTTCAGAATTAAATCAAGGGCGGAGTCTGCACAATGCTATTCACCCGTGTGCAATGATGACGAACTTGTTAG------TGATTAAGAACGAACTGGATAATAAAATTATTTTGTAAGCTGTTTTAAGAAATAA-----GA----GCGACACACTTTTGAA-AATTTAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACACa
gi|7 : TAAGTAATAGGT-AATGTGCATTAAGTAAA-A---------------ATTTATTAAA-----CA---AG-A-AAC--C-CAAAT-TTGGCAACCGCAGTGTGCGACCGGTGTTTCTTAATTGT-TGACGTTTTACTTAATTGGAACTAA---C-AACTGGCTGAGTATTAAAa
gi|8 : gtttatattgatagtgccaaagcatttcgtttgaaatcggttctaatttATCGAGTGAA-T---------------ATTTAACAAC-----TA---C--A-AAC--C-CCGAG-GAAACGAGCA--------TA-----GTATCTTAATTTTATAAATTTTAATTTAAT--AAAC--A---CTAATTTACTCATAATTTAACCTCATTTG
gi|9 : GTACTAGTT-AGTGTTCATTTAGTCAA-ACAATTAACAATTAACGTTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--CAAAAAG-AGAGCCACC-------------GGGGTTTCTTTTTTCT-T---TTTTTAcagaattgttgcagcagtttgg
Alignments
lowQualScore : 222 333333 111111111111111 66666666666666666 111 5555555555555555555555 7777777777777777777777 111111 222222 11111 1111
lowQualScore : 1 000 000000 0 1 2 555555555555555 0 66666 444 2 2 33 2 2 88888888888888888 2 1 55 222 777 9999999999999999999999 5 0 1111111111111111111111 99 6 5 1 5 3 99 5 3 333333 3 3 333333 0 66666 4444 5 1 6
lowQualScore : . ... ...... . . . ............... . ..... ... . . .. . . ................. . . .. ... ... ...................... . . ...................... .. . . . . . .. . . ...... . . ...... . ..... .... . . .
lowQualScore : 0 555 000000 8 0 5 666666666666666 5 22222 444 5 5 44 5 2 00000000000000000 9 0 55 555 000 2222222222222222222222 0 8 0000000000000000000000 00 7 7 4 2 0 22 2 2 222222 2 2 000000 8 77777 2222 2 5 7
consensus : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCGACCA---------A-C-GGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
Reference ( family-320 ) : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCGACCA--------GA-C-GGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|1 : TCAAATTGGTTG---TCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTTAAAGTTCATTGTGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCTACCAAAGAGT--GA-CTGAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTATTTAAT--GAAC---A---CTAAATGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGAAAGTTTGACATCATTTGACTTA----------------------CTCTTGGGC--G-AGCTACGATGAAAGCAGAGATGATTGACATTTGAAAGTTAAT--GTTTGCCTAGGCCGTTTGAAAGCATAGCTCACGC-GGCTTTGTAGTTTGTAGATGATTCGTT-AGAATTGAATCAAAGGCAGAGTCTGTGCAATGTCATTCACGCGTGCGCAGTGATGATGAACTTCTCAA------TAATTAAGAACAAAATTAATAATTAAGTTATTTTGAAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GAAACACAGTTTTGAA-TATTGAAGTGATTCCATTGGTTGTCGAATGAGGTTAAACAC
gi|10 : AA-A---------------ATTTAACTAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-TGAGTGACT--------------GGGTTTTCTTAATTGT-TTAATTTTTACTCAGT--GGAA---A---CTAATT
gi|11 : ttcaagtattaatAACAAATAATTAATGATTTGACAACAAAATTTTCAG-AACTGAAACAAGTCCATTGGTTGTCAGATGAGGTTGTACAC
gi|12 : AGCGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTGAACAA------TA---AG-ATAGCGAC-TGCAG-GGAACAAC-----------A-T--GAGCTTCTTAATTGT-TAAATTTTtaaa
gi|13 : atGGGC-GG-AGCTACGACTAAAGCCGAG
gi|14 : ttaattcaattatgtaaaacAGTAAGTGTTCTTTAAATAGA-----------------------CAGA-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCGAC-------------C-GGGGTTTCTTACTTGT-TAAATTTtttgaaaaagccatccgttgctaaggccg
gi|15 : GTATTAGTTAGTGTTCATTTATTAAA-A---------------ATTTAACAATATCAGTATTTAG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCAATC
gi|16 : GTAATTGTTAGTGTTCATTAAGCAAA-A---------------AGTGTACAAT-----TA---AGAA-AAA--A-CAAAA-TGAGCGACCgca
gi|17 : atGTAATAGTAAGTATTTGTCAAGTAAC-A---------------ATTTA--AAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAATGGAG
gi|18 : -GGAGTGACC--------------GGGGTTTCTTAACTGT-TCAATTGTTACTTAAT--GAAC---A---CTTACTGGCTTAGTataccgca
gi|19 : TAAGTAATAGTAAGTGTTCGTGAAGTAAATA---------------ATTTAACATT-----TA---AG-A-AAC--C-CGAAA-G
gi|2 : AGTAATAGTAAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCGACCA--------GA------GTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACATAAA--AAAA---AAATCTAACTGGCTTAGTGTTAAATG----------------------ACATTTGATTGACAGATT------AT---A-TAA----------------------CT-CTGGGT-GG-AGCTACAATGAAAGCTGAGCTGACTGATGTTTGAAAGCCCATTCGTT-GCTAAGGCCATTTCTAGGCATAGCTTGCACAGGCTTTGTAGTTTGTACATGACTTGTTCAGAATTGAATCAAGGACAGAGTCTGTGCAATATCATTCACACATGCACAGTGATGACGAACTTCTTAATACCGGTAATTAAGAACTACCTTAGTAATTAAATTATTTTGTCTGCTG-TTTAACAAATAA-----GA----GTTCCA-AATTTTGAAGAAATGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|20 : TAATAGTAAGTGTTCATTTAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----AA---AG-A-AAC--C-CAAAG-GGAGCtaaa
gi|21 : GTGAAAGTAAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----T---------AAC--T-CAAAG-G
gi|22 : at-GAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTGCTAAAT--GAAC---A---CTAACT
gi|23 : tGGTTTCTTAATTGT-TATTTTTTTACTCAAT--GAACTAAA---CTAat
gi|24 : taaAG-GGAGCAACC--------------GGGGTTTCTTAATTGT-TAATTTTTTACTT
gi|3 : TAATAGTTAGTGTTCATTAAGTAAA-G---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAT--------G-GGAGCGACCA--------G------GTTTTTTTAATTGT-TTAATATTTACTAAAT--GAAC---G---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGATAGTTTCACGTCATTTGACTGA----------------------CT-GTGGGA-GT-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGACTGA---------GTTGAT--ATTTGCTGACGC-----------------------GGCTTTGTATTTTGTACATGACTCGTTTGGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAGTGCTATTCACGCGTGCACAGTGATGATGAACTACTTAA------TAATTAAGAACGAACATAATAATTAAGTAATTTTGTAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|4 : TTAAGTTGATGGAGCTCAAATGAAA------ACTA-TTAATAGTGAGTAAT-ATAAAGTAAA-A---------------ATTCAATAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAAA-GGAGCGACCA--------T------GGTTTCTTAATTGT-TAAATCTTTATTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTCAGCGTCAAACGTTATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGTGTCATTTGACTGACT-ATGAGTGGG-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGATTGGCGTTTTAAAGTTGAC--GTTT--TAAAACCGTTTCTAAGCATAGCTCGtaa
gi|5 : t----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-CTGGGC-GGGAGCTAGGACGAAAGCTGAGACGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAATGCCGTTCCTAAGCAT----------------GTAGTTTGTACGGGACTCGTTCAGAAATGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCGATGTTATTCACGCGTAGACAGTGATGGCGAACTTTTTAA------TCATTAAGAAAGAGCTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAGATAA-----GA----GCGACATACTTTTGAA-AATTGAATTGATCCAATTttgtttatcagatttggtcggttaaagaatgtttgagtcaggtataaattc
gi|6 : G-AGCTACGATGGAAGCTGAGATTATTAAAGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACACCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTCTGTACATGA-TCGTTCAGAATTAAATCAAGGGCGGAGTCTGCACAATGCTATTCACCCGTGTGCAATGATGACGAACTTGTTAG------TGATTAAGAACGAACTGGATAATAAAATTATTTTGTAAGCTGTTTTAAGAAATAA-----GA----GCGACACACTTTTGAA-AATTTAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACACa
gi|7 : TAAGTAATAGGTAATGTGCATTAAGTAAA-A---------------ATTTATTAAA-----CA---AG-A-AAC--C-CAAAT-TTGGCAACCGCAGTGTGCGACC-GGTGTTTCTTAATTGT-TGACGTTTTACTTAATTGGAACTA-A---C-AACTGGCTGAGTATTAAAa
gi|8 : gtttatattgatagtgccaaagcatttcgtttgaaatcggttctaatttATCGAGTGAA-T---------------ATTTAACAAC-----TA---C--A-AAC--C-CCGAG-GAAACGAGCA--------TA------GTATCTTAATTTTATAAATTTTAATTTAAT--AAAC---A---CTAATTTACTCATAATTTAACC----------------------TCATTTG
gi|9 : GTACTAGTTAGTGTTCATTTAGTCAA-ACAATTAACAATTAACGTTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--CAAAAAG-AGAGCCAC-------------C-GGGGTTTCTTTTTTCT-T---TTTTTAcagaattgttgcagcagtttgg
Alignments
lowQualScore : 222 333333 111111111111111 1111111111 5555555555555 111 5555555555555555555555 7777777777777777777777 111111 222222 11111 1111
lowQualScore : 1 000 000000 0 1 2 555555555555555 0 66666 444 2 2 33 444 2 0000000000 5555555555555 2 1 55 222 777 9999999999999999999999 5 0 1111111111111111111111 99 6 5 1 5 3 99 5 3 333333 3 3 333333 0 66666 4444 5 1 6
lowQualScore : . ... ...... . . . ............... . ..... ... . . .. ... . .......... ............. . . .. ... ... ...................... . . ...................... .. . . . . . .. . . ...... . . ...... . ..... .... . . .
lowQualScore : 0 555 000000 8 0 5 666666666666666 5 22222 444 5 5 44 111 2 9999999999 0000000000000 9 0 55 555 000 2222222222222222222222 0 8 0000000000000000000000 00 7 7 4 2 0 22 2 2 222222 2 2 000000 8 77777 2222 2 5 7
consensus : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--CCAAA---G-GGA----------GCGACCA-----------GGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
Reference ( family-320 ) : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--CCAAA---G-GGA----------GCGACCA-A--------CGGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|1 : TCAAATTGGTTG---TCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTTAAAGTTCATTGTGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--CCAAA---G-GGA----------GCTACCA-AAGAGTGACTGAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTATTTAAT--GAAC---A---CTAAATGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGAAAGTTTGACATCATTTGACTTA----------------------CTCTTGGGC--G-AGCTACGATGAAAGCAGAGATGATTGACATTTGAAAGTTAAT--GTTTGCCTAGGCCGTTTGAAAGCATAGCTCACGC-GGCTTTGTAGTTTGTAGATGATTCGTT-AGAATTGAATCAAAGGCAGAGTCTGTGCAATGTCATTCACGCGTGCGCAGTGATGATGAACTTCTCAA------TAATTAAGAACAAAATTAATAATTAAGTTATTTTGAAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GAAACACAGTTTTGAA-TATTGAAGTGATTCCATTGGTTGTCGAATGAGGTTAAACAC
gi|10 : AA-A---------------ATTTAACTAT-----TA---AG-A-AAC--CCAAA---G-TGA----------GTGACT------------GGGTTTTCTTAATTGT-TTAATTTTTACTCAGT--GGAA---A---CTAATT
gi|11 : ttcaagtattaatAACAAATAATTAATGATTTGACAACAAAATTTTCAG-AACTGAAACAAGTCCATTGGTTGTCAGATGAGGTTGTACAC
gi|12 : AGCGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTGAACAA------TA---AG-ATAGCGACTGCA---G-GGA----------ACAAC---A--------T-GAGCTTCTTAATTGT-TAAATTTTtaaa
gi|13 : atGGGC-GG-AGCTACGACTAAAGCCGAG
gi|14 : ttaattcaattatgtaaaacAGTAAGTGTTCTTTAAATAGA-----------------------CAGA-----TA---AG-A-AAC--CCAAA---G-GGA----------GCGAC------------CGGGGTTTCTTACTTGT-TAAATTTtttgaaaaagccatccgttgctaaggccg
gi|15 : GTATTAGTTAGTGTTCATTTATTAAA-A---------------ATTTAACAATATCAGTATTTAG-A-AAC--CCAAA---G-GGA----------GCAATC
gi|16 : GTAATTGTTAGTGTTCATTAAGCAAA-A---------------AGTGTACAAT-----TA---AGAA-AAA--ACAAA---A-TGA----------GCGACCgca
gi|17 : atGTAATAGTAAGTATTTGTCAAGTAAC-A---------------ATTTA--AAT-----TA---AG-A-AAC--CCAAA---ATGGA----------G
gi|18 : -GGA----------GTGACC------------GGGGTTTCTTAACTGT-TCAATTGTTACTTAAT--GAAC---A---CTTACTGGCTTAGTataccgca
gi|19 : TAAGTAATAGTAAGTGTTCGTGAAGTAAATA---------------ATTTAACATT-----TA---AG-A-AAC--CCGAA---A-G
gi|2 : AGTAATAGTAAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--CCAAA---G-GGA----------GCGACCA------------GAGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACATAAA--AAAA---AAATCTAACTGGCTTAGTGTTAAATG----------------------ACATTTGATTGACAGATT------AT---A-TAA----------------------CT-CTGGGT-GG-AGCTACAATGAAAGCTGAGCTGACTGATGTTTGAAAGCCCATTCGTT-GCTAAGGCCATTTCTAGGCATAGCTTGCACAGGCTTTGTAGTTTGTACATGACTTGTTCAGAATTGAATCAAGGACAGAGTCTGTGCAATATCATTCACACATGCACAGTGATGACGAACTTCTTAATACCGGTAATTAAGAACTACCTTAGTAATTAAATTATTTTGTCTGCTG-TTTAACAAATAA-----GA----GTTCCA-AATTTTGAAGAAATGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|20 : TAATAGTAAGTGTTCATTTAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----AA---AG-A-AAC--CCAAA---G-GGA----------GCtaaa
gi|21 : GTGAAAGTAAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----T---------AAC--TCAAA---G-G
gi|22 : atGAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTGCTAAAT--GAAC---A---CTAACT
gi|23 : tGGTTTCTTAATTGT-TATTTTTTTACTCAAT--GAACTAAA---CTAat
gi|24 : taaA---G-GGA----------GCAACC------------GGGGTTTCTTAATTGT-TAATTTTTTACTT
gi|3 : TAATAGTTAGTGTTCATTAAGTAAA-G---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAT----------G-GGA----------GCGACCA------------GGTTTTTTTAATTGT-TTAATATTTACTAAAT--GAAC---G---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGATAGTTTCACGTCATTTGACTGA----------------------CT-GTGGGA-GT-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGACTGA---------GTTGAT--ATTTGCTGACGC-----------------------GGCTTTGTATTTTGTACATGACTCGTTTGGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAGTGCTATTCACGCGTGCACAGTGATGATGAACTACTTAA------TAATTAAGAACGAACATAATAATTAAGTAATTTTGTAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|4 : TTAAGTTGATGGAGCTCAAATGAAA------ACTA-TTAATAGTGAGTAAT-ATAAAGTAAA-A---------------ATTCAATAAT-----TA---AG-A-AAC--CCAAA---A-GGA----------GCGACCA------------TGGTTTCTTAATTGT-TAAATCTTTATTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTCAGCGTCAAACGTTATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGTGTCATTTGACTGACT-ATGAGTGGG-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGATTGGCGTTTTAAAGTTGAC--GTTT--TAAAACCGTTTCTAAGCATAGCTCGtaa
gi|5 : t----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-CTGGGC-GGGAGCTAGGACGAAAGCTGAGACGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAATGCCGTTCCTAAGCAT----------------GTAGTTTGTACGGGACTCGTTCAGAAATGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCGATGTTATTCACGCGTAGACAGTGATGGCGAACTTTTTAA------TCATTAAGAAAGAGCTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAGATAA-----GA----GCGACATACTTTTGAA-AATTGAATTGATCCAATTttgtttatcagatttggtcggttaaagaatgtttgagtcaggtataaattc
gi|6 : G-AGCTACGATGGAAGCTGAGATTATTAAAGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACACCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTCTGTACATGA-TCGTTCAGAATTAAATCAAGGGCGGAGTCTGCACAATGCTATTCACCCGTGTGCAATGATGACGAACTTGTTAG------TGATTAAGAACGAACTGGATAATAAAATTATTTTGTAAGCTGTTTTAAGAAATAA-----GA----GCGACACACTTTTGAA-AATTTAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACACa
gi|7 : TAAGTAATAGGTAATGTGCATTAAGTAAA-A---------------ATTTATTAAA-----CA---AG-A-AAC--CCAAATTTG-GCAACCGCAGTGTGCGACC------------GGTGTTTCTTAATTGT-TGACGTTTTACTTAATTGGAACTA-A---C-AACTGGCTGAGTATTAAAa
gi|8 : gtttatattgatagtgccaaagcatttcgtttgaaatcggttctaatttATCGAGTGAA-T---------------ATTTAACAAC-----TA---C--A-AAC--CCCGA---G-GAA----------ACGAGCATA------------GTATCTTAATTTTATAAATTTTAATTTAAT--AAAC---A---CTAATTTACTCATAATTTAACC----------------------TCATTTG
gi|9 : GTACTAGTTAGTGTTCATTTAGTCAA-ACAATTAACAATTAACGTTTAACAAT-----TA---AG-A-AA---CCAAA---A-AGA----------GAG-CCA-C--------CGGGGTTTCTTTTTTCT-T---TTTTTAcagaattgttgcagcagtttgg
Alignments
lowQualScore : 222 333333 111111111111111 1111111111 22222222222 111 5555555555555555555555 7777777777777777777777 111111 222222 11111 1111
lowQualScore : 1 000 000000 0 1 2 555555555555555 0 66666 444 2 2 33 2 444 2 0000000000 99999999999 6 2 1 55 222 777 9999999999999999999999 5 0 1111111111111111111111 99 6 5 1 5 3 99 5 3 333333 3 3 333333 0 66666 4444 5 1 6
lowQualScore : . ... ...... . . . ............... . ..... ... . . .. . ... . .......... ........... . . . .. ... ... ...................... . . ...................... .. . . . . . .. . . ...... . . ...... . ..... .... . . .
lowQualScore : 0 555 000000 8 0 5 666666666666666 5 22222 444 5 5 44 5 111 2 9999999999 00000000000 1 9 0 55 555 000 2222222222222222222222 0 8 0000000000000000000000 00 7 7 4 2 0 22 2 2 222222 2 2 000000 8 77777 2222 2 5 7
consensus : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCGACCA----------GGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
Reference ( family-320 ) : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCGACCA----------GGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|1 : TCAAATTGGTTG---TCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTTAAAGTTCATTGTGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCTACCAAAGAGTGACTGAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTATTTAAT--GAAC---A---CTAAATGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGAAAGTTTGACATCATTTGACTTA----------------------CTCTTGGGC--G-AGCTACGATGAAAGCAGAGATGATTGACATTTGAAAGTTAAT--GTTTGCCTAGGCCGTTTGAAAGCATAGCTCACGC-GGCTTTGTAGTTTGTAGATGATTCGTT-AGAATTGAATCAAAGGCAGAGTCTGTGCAATGTCATTCACGCGTGCGCAGTGATGATGAACTTCTCAA------TAATTAAGAACAAAATTAATAATTAAGTTATTTTGAAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GAAACACAGTTTTGAA-TATTGAAGTGATTCCATTGGTTGTCGAATGAGGTTAAACAC
gi|10 : AA-A---------------ATTTAACTAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-TGA----------GTGACT-----------GGGTTTTCTTAATTGT-TTAATTTTTACTCAGT--GGAA---A---CTAATT
gi|11 : ttcaagtattaatAACAAATAATTAATGATTTGACAACAAAATTTTCAG-AACTGAAACAAGTCCATTGGTTGTCAGATGAGGTTGTACAC
gi|12 : AGCGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTGAACAA------TA---AG-ATAGCGAC-TGCA---G-GGA----------ACAA-CA----------TGAGCTTCTTAATTGT-TAAATTTTtaaa
gi|13 : atGGGC-GG-AGCTACGACTAAAGCCGAG
gi|14 : ttaattcaattatgtaaaacAGTAAGTGTTCTTTAAATAGA-----------------------CAGA-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCGACC-----------GGGGTTTCTTACTTGT-TAAATTTtttgaaaaagccatccgttgctaaggccg
gi|15 : GTATTAGTTAGTGTTCATTTATTAAA-A---------------ATTTAACAATATCAGTATTTAG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCAATC
gi|16 : GTAATTGTTAGTGTTCATTAAGCAAA-A---------------AGTGTACAAT-----TA---AGAA-AAA--A-CAAA---A-TGA----------GCGACCgca
gi|17 : atGTAATAGTAAGTATTTGTCAAGTAAC-A---------------ATTTA--AAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---ATGGA----------G
gi|18 : -GGA----------GTGACC-----------GGGGTTTCTTAACTGT-TCAATTGTTACTTAAT--GAAC---A---CTTACTGGCTTAGTataccgca
gi|19 : TAAGTAATAGTAAGTGTTCGTGAAGTAAATA---------------ATTTAACATT-----TA---AG-A-AAC--C-CGAA---A-G
gi|2 : AGTAATAGTAAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCGACCA----------GAG-TTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACATAAA--AAAA---AAATCTAACTGGCTTAGTGTTAAATG----------------------ACATTTGATTGACAGATT------AT---A-TAA----------------------CT-CTGGGT-GG-AGCTACAATGAAAGCTGAGCTGACTGATGTTTGAAAGCCCATTCGTT-GCTAAGGCCATTTCTAGGCATAGCTTGCACAGGCTTTGTAGTTTGTACATGACTTGTTCAGAATTGAATCAAGGACAGAGTCTGTGCAATATCATTCACACATGCACAGTGATGACGAACTTCTTAATACCGGTAATTAAGAACTACCTTAGTAATTAAATTATTTTGTCTGCTG-TTTAACAAATAA-----GA----GTTCCA-AATTTTGAAGAAATGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|20 : TAATAGTAAGTGTTCATTTAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----AA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCtaaa
gi|21 : GTGAAAGTAAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----T---------AAC--T-CAAA---G-G
gi|22 : at----------GAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTGCTAAAT--GAAC---A---CTAACT
gi|23 : tGGTTTCTTAATTGT-TATTTTTTTACTCAAT--GAACTAAA---CTAat
gi|24 : taaA---G-GGA----------GCAACC-----------GGGGTTTCTTAATTGT-TAATTTTTTACTT
gi|3 : TAATAGTTAGTGTTCATTAAGTAAA-G---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAT-----------G-GGA----------GCGACCA----------GGT-TTTTTTAATTGT-TTAATATTTACTAAAT--GAAC---G---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGATAGTTTCACGTCATTTGACTGA----------------------CT-GTGGGA-GT-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGACTGA---------GTTGAT--ATTTGCTGACGC-----------------------GGCTTTGTATTTTGTACATGACTCGTTTGGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAGTGCTATTCACGCGTGCACAGTGATGATGAACTACTTAA------TAATTAAGAACGAACATAATAATTAAGTAATTTTGTAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|4 : TTAAGTTGATGGAGCTCAAATGAAA------ACTA-TTAATAGTGAGTAAT-ATAAAGTAAA-A---------------ATTCAATAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---A-GGA----------GCGACCA----------TGG-TTTCTTAATTGT-TAAATCTTTATTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTCAGCGTCAAACGTTATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGTGTCATTTGACTGACT-ATGAGTGGG-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGATTGGCGTTTTAAAGTTGAC--GTTT--TAAAACCGTTTCTAAGCATAGCTCGtaa
gi|5 : t----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-CTGGGC-GGGAGCTAGGACGAAAGCTGAGACGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAATGCCGTTCCTAAGCAT----------------GTAGTTTGTACGGGACTCGTTCAGAAATGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCGATGTTATTCACGCGTAGACAGTGATGGCGAACTTTTTAA------TCATTAAGAAAGAGCTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAGATAA-----GA----GCGACATACTTTTGAA-AATTGAATTGATCCAATTttgtttatcagatttggtcggttaaagaatgtttgagtcaggtataaattc
gi|6 : G-AGCTACGATGGAAGCTGAGATTATTAAAGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACACCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTCTGTACATGA-TCGTTCAGAATTAAATCAAGGGCGGAGTCTGCACAATGCTATTCACCCGTGTGCAATGATGACGAACTTGTTAG------TGATTAAGAACGAACTGGATAATAAAATTATTTTGTAAGCTGTTTTAAGAAATAA-----GA----GCGACACACTTTTGAA-AATTTAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACACa
gi|7 : TAAGTAATAGGTAATGTGCATTAAGTAAA-A---------------ATTTATTAAA-----CA---AG-A-AAC--C-CAAATTTG-GCAACCGCAGTGTGCGACC-----------GGTGTTTCTTAATTGT-TGACGTTTTACTTAATTGGAACTA-A---C-AACTGGCTGAGTATTAAAa
gi|8 : gtttatattgatagtgccaaagcatttcgtttgaaatcggttctaatttATCGAGTGAA-T---------------ATTTAACAAC-----TA---C--A-AAC--C-CCGA---G-GAA----------ACGAGCA----------TAG-TATCTTAATTTTATAAATTTTAATTTAAT--AAAC---A---CTAATTTACTCATAATTTAACC----------------------TCATTTG
gi|9 : GTACTAGTTAGTGTTCATTTAGTCAA-ACAATTAACAATTAACGTTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--CAAAAA---G-AGA----------GCCACC-----------GGGGTTTCTTTTTTCT-T---TTTTTAcagaattgttgcagcagtttgg
Alignments
lowQualScore : 222 333333 111111111111111 1111111111 22222222222 111 5555555555555555555555 7777777777777777777777 111111 222222 11111 1111
lowQualScore : 1 000 000000 0 1 2 555555555555555 0 66666 444 2 2 33 2 444 2 0000000000 99999999999 6 2 1 55 222 777 9999999999999999999999 5 0 1111111111111111111111 99 6 5 1 5 3 99 5 3 333333 3 3 333333 0 66666 4444 5 1 6
lowQualScore : . ... ...... . . . ............... . ..... ... . . .. . ... . .......... ........... . . . .. ... ... ...................... . . ...................... .. . . . . . .. . . ...... . . ...... . ..... .... . . .
lowQualScore : 0 555 000000 8 0 5 666666666666666 5 22222 444 5 5 44 5 111 2 9999999999 00000000000 1 9 0 55 555 000 2222222222222222222222 0 8 0000000000000000000000 00 7 7 4 2 0 22 2 2 222222 2 2 000000 8 77777 2222 2 5 7
consensus : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCGACCA----------GGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
Reference ( family-320 ) : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCGACCA----------GGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|1 : TCAAATTGGTTG---TCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTTAAAGTTCATTGTGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCTACCAAAGAGTGACTGAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTATTTAAT--GAAC---A---CTAAATGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGAAAGTTTGACATCATTTGACTTA----------------------CTCTTGGGC--G-AGCTACGATGAAAGCAGAGATGATTGACATTTGAAAGTTAAT--GTTTGCCTAGGCCGTTTGAAAGCATAGCTCACGC-GGCTTTGTAGTTTGTAGATGATTCGTT-AGAATTGAATCAAAGGCAGAGTCTGTGCAATGTCATTCACGCGTGCGCAGTGATGATGAACTTCTCAA------TAATTAAGAACAAAATTAATAATTAAGTTATTTTGAAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GAAACACAGTTTTGAA-TATTGAAGTGATTCCATTGGTTGTCGAATGAGGTTAAACAC
gi|10 : AA-A---------------ATTTAACTAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-TGA----------GTGACT-----------GGGTTTTCTTAATTGT-TTAATTTTTACTCAGT--GGAA---A---CTAATT
gi|11 : ttcaagtattaatAACAAATAATTAATGATTTGACAACAAAATTTTCAG-AACTGAAACAAGTCCATTGGTTGTCAGATGAGGTTGTACAC
gi|12 : AGCGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTGAACAA------TA---AG-ATAGCGAC-TGCA---G-GGA----------ACAA-CA----------TGAGCTTCTTAATTGT-TAAATTTTtaaa
gi|13 : atGGGC-GG-AGCTACGACTAAAGCCGAG
gi|14 : ttaattcaattatgtaaaacAGTAAGTGTTCTTTAAATAGA-----------------------CAGA-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCGACC-----------GGGGTTTCTTACTTGT-TAAATTTtttgaaaaagccatccgttgctaaggccg
gi|15 : GTATTAGTTAGTGTTCATTTATTAAA-A---------------ATTTAACAATATCAGTATTTAG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCAATC
gi|16 : GTAATTGTTAGTGTTCATTAAGCAAA-A---------------AGTGTACAAT-----TA---AGAA-AAA--A-CAAA---A-TGA----------GCGACCgca
gi|17 : atGTAATAGTAAGTATTTGTCAAGTAAC-A---------------ATTTA--AAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---ATGGA----------G
gi|18 : -GGA----------GTGACC-----------GGGGTTTCTTAACTGT-TCAATTGTTACTTAAT--GAAC---A---CTTACTGGCTTAGTataccgca
gi|19 : TAAGTAATAGTAAGTGTTCGTGAAGTAAATA---------------ATTTAACATT-----TA---AG-A-AAC--C-CGAA---A-G
gi|2 : AGTAATAGTAAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCGACCA----------GAG-TTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACATAAA--AAAA---AAATCTAACTGGCTTAGTGTTAAATG----------------------ACATTTGATTGACAGATT------AT---A-TAA----------------------CT-CTGGGT-GG-AGCTACAATGAAAGCTGAGCTGACTGATGTTTGAAAGCCCATTCGTT-GCTAAGGCCATTTCTAGGCATAGCTTGCACAGGCTTTGTAGTTTGTACATGACTTGTTCAGAATTGAATCAAGGACAGAGTCTGTGCAATATCATTCACACATGCACAGTGATGACGAACTTCTTAATACCGGTAATTAAGAACTACCTTAGTAATTAAATTATTTTGTCTGCTG-TTTAACAAATAA-----GA----GTTCCA-AATTTTGAAGAAATGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|20 : TAATAGTAAGTGTTCATTTAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----AA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCtaaa
gi|21 : GTGAAAGTAAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----T---------AAC--T-CAAA---G-G
gi|22 : at----------GAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTGCTAAAT--GAAC---A---CTAACT
gi|23 : tGGTTTCTTAATTGT-TATTTTTTTACTCAAT--GAACTAAA---CTAat
gi|24 : taaA---G-GGA----------GCAACC-----------GGGGTTTCTTAATTGT-TAATTTTTTACTT
gi|3 : TAATAGTTAGTGTTCATTAAGTAAA-G---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAT-----------G-GGA----------GCGACCA----------GGT-TTTTTTAATTGT-TTAATATTTACTAAAT--GAAC---G---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGATAGTTTCACGTCATTTGACTGA----------------------CT-GTGGGA-GT-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGACTGA---------GTTGAT--ATTTGCTGACGC-----------------------GGCTTTGTATTTTGTACATGACTCGTTTGGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAGTGCTATTCACGCGTGCACAGTGATGATGAACTACTTAA------TAATTAAGAACGAACATAATAATTAAGTAATTTTGTAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|4 : TTAAGTTGATGGAGCTCAAATGAAA------ACTA-TTAATAGTGAGTAAT-ATAAAGTAAA-A---------------ATTCAATAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---A-GGA----------GCGACCA----------TGG-TTTCTTAATTGT-TAAATCTTTATTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTCAGCGTCAAACGTTATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGTGTCATTTGACTGACT-ATGAGTGGG-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGATTGGCGTTTTAAAGTTGAC--GTTT--TAAAACCGTTTCTAAGCATAGCTCGtaa
gi|5 : t----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-CTGGGC-GGGAGCTAGGACGAAAGCTGAGACGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAATGCCGTTCCTAAGCAT----------------GTAGTTTGTACGGGACTCGTTCAGAAATGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCGATGTTATTCACGCGTAGACAGTGATGGCGAACTTTTTAA------TCATTAAGAAAGAGCTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAGATAA-----GA----GCGACATACTTTTGAA-AATTGAATTGATCCAATTttgtttatcagatttggtcggttaaagaatgtttgagtcaggtataaattc
gi|6 : G-AGCTACGATGGAAGCTGAGATTATTAAAGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACACCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTCTGTACATGA-TCGTTCAGAATTAAATCAAGGGCGGAGTCTGCACAATGCTATTCACCCGTGTGCAATGATGACGAACTTGTTAG------TGATTAAGAACGAACTGGATAATAAAATTATTTTGTAAGCTGTTTTAAGAAATAA-----GA----GCGACACACTTTTGAA-AATTTAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACACa
gi|7 : TAAGTAATAGGTAATGTGCATTAAGTAAA-A---------------ATTTATTAAA-----CA---AG-A-AAC--C-CAAATTTG-GCAACCGCAGTGTGCGACC-----------GGTGTTTCTTAATTGT-TGACGTTTTACTTAATTGGAACTA-A---C-AACTGGCTGAGTATTAAAa
gi|8 : gtttatattgatagtgccaaagcatttcgtttgaaatcggttctaatttATCGAGTGAA-T---------------ATTTAACAAC-----TA---C--A-AAC--C-CCGA---G-GAA----------ACGAGCA----------TAG-TATCTTAATTTTATAAATTTTAATTTAAT--AAAC---A---CTAATTTACTCATAATTTAACC----------------------TCATTTG
gi|9 : GTACTAGTTAGTGTTCATTTAGTCAA-ACAATTAACAATTAACGTTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--CAAAAA---G-AGA----------GCCACC-----------GGGGTTTCTTTTTTCT-T---TTTTTAcagaattgttgcagcagtttgg
blockSeqs : G AGC . A T CAATTAACAATTAAC ATCAG TTT A T GA A TTT T ACCGCAGTGT A T A T TG TAA AAT TTATTTGACTGACAGTTTGGCG C CAGTTTGGTGTCATTTGACTGA C G G C T G TC G A TGCACA C C TACCGG TTAAT TTTG A A G
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . A G . A . TA . . G . G . . T C T . C A CGCGC C T . . . C A .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . A G . A . . . . G . A . . T C T . A A . C C . . . T A .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . A G . C . . . . . . C . . T A T . T . . . C . . . C C .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . A G . A . . . . . . C . . . C . . . . C .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . G . A . . . . T
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . G . A . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . G . A . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . G . T . . .
blockSeqs : G . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . G
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : *********** N* CGCGC*
originalCons : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCGACCA----------GGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
finalCons : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCGACC-----------GGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CTN-TGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
Alignments
lowQualScore : 222 333333 111111111111111 1111111111 11111111111 111 5555555555555555555555 7777777777777777777777 111111 222222 11111 1111
lowQualScore : 1 000 000000 0 1 2 555555555555555 0 66666 444 2 2 33 2 444 2 0000000000 11111111111 2 1 55 222 777 9999999999999999999999 5 0 1111111111111111111111 99 6 5 1 5 3 99 5 3 333333 3 3 333333 0 66666 4444 5 1 6
lowQualScore : . ... ...... . . . ............... . ..... ... . . .. . ... . .......... ........... . . .. ... ... ...................... . . ...................... .. . . . . . .. . . ...... . . ...... . ..... .... . . .
lowQualScore : 0 555 000000 8 0 5 666666666666666 5 22222 444 5 5 44 5 111 2 9999999999 99999999999 9 0 55 555 000 2222222222222222222222 0 8 0000000000000000000000 00 7 7 4 2 0 22 2 2 222222 2 2 000000 8 77777 2222 2 5 7
consensus : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GC-----------GACCGGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
Reference ( family-320 ) : TCAAGTTGGTNGAGCTCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTNAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GC-----------GACCGGGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-NTGGGC-GG-AGCTACGACGAAAGCTGAGATGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACGCCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTTTGTACATGACTCGTTCAGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAATGTTATTCACGCGTGCGCAGTGATGACGAACTTCTTAA------TAATTAAGAACGAACTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|1 : TCAAATTGGTTG---TCAAATGAGATTAAAGACTAAGTAATAGTTAAAGTTCATTGTGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GCTACCAAAGAGTGACTGAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTATTTAAT--GAAC---A---CTAAATGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGAAAGTTTGACATCATTTGACTTA----------------------CTCTTGGGC--G-AGCTACGATGAAAGCAGAGATGATTGACATTTGAAAGTTAAT--GTTTGCCTAGGCCGTTTGAAAGCATAGCTCACGC-GGCTTTGTAGTTTGTAGATGATTCGTT-AGAATTGAATCAAAGGCAGAGTCTGTGCAATGTCATTCACGCGTGCGCAGTGATGATGAACTTCTCAA------TAATTAAGAACAAAATTAATAATTAAGTTATTTTGAAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GAAACACAGTTTTGAA-TATTGAAGTGATTCCATTGGTTGTCGAATGAGGTTAAACAC
gi|10 : AA-A---------------ATTTAACTAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-TGA----------GT-----------GACTGGGTTTTCTTAATTGT-TTAATTTTTACTCAGT--GGAA---A---CTAATT
gi|11 : ttcaagtattaatAACAAATAATTAATGATTTGACAACAAAATTTTCAG-AACTGAAACAAGTCCATTGGTTGTCAGATGAGGTTGTACAC
gi|12 : AGCGTTCATTAAGTAAA-A---------------ATTGAACAA------TA---AG-ATAGCGAC-TGCA---G-GGA----------AC-----------AACATGAGCTTCTTAATTGT-TAAATTTTtaaa
gi|13 : atGGGC-GG-AGCTACGACTAAAGCCGAG
gi|14 : ttaattcaattatgtaaaacAGTAAGTGTTCTTTAAATAGA-----------------------CAGA-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GC-----------GACCGGGGTTTCTTACTTGT-TAAATTTtttgaaaaagccatccgttgctaaggccg
gi|15 : GTATTAGTTAGTGTTCATTTATTAAA-A---------------ATTTAACAATATCAGTATTTAG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GC-----------AATCG
gi|16 : GTAATTGTTAGTGTTCATTAAGCAAA-A---------------AGTGTACAAT-----TA---AGAA-AAA--A-CAAA---A-TGA----------GC-----------GACCca
gi|17 : atGTAATAGTAAGTATTTGTCAAGTAAC-A---------------ATTTA--AAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---ATGGA----------GA-----------TACCG
gi|18 : -GGA----------GT-----------GACCGGGGTTTCTTAACTGT-TCAATTGTTACTTAAT--GAAC---A---CTTACTGGCTTAGTca
gi|19 : TAAGTAATAGTAAGTGTTCGTGAAGTAAATA---------------ATTTAACATT-----TA---AG-A-AAC--C-CGAA---A-G
gi|2 : AGTAATAGTAAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GC-----------GACCAGAGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTACATAAA--AAAA---AAATCTAACTGGCTTAGTGTTAAATG----------------------ACATTTGATTGACAGATT------AT---A-TAA----------------------CT-CTGGGT-GG-AGCTACAATGAAAGCTGAGCTGACTGATGTTTGAAAGCCCATTCGTT-GCTAAGGCCATTTCTAGGCATAGCTTGCACAGGCTTTGTAGTTTGTACATGACTTGTTCAGAATTGAATCAAGGACAGAGTCTGTGCAATATCATTCACACATGCACAGTGATGACGAACTTCTTAATACCGGTAATTAAGAACTACCTTAGTAATTAAATTATTTTGTCTGCTG-TTTAACAAATAA-----GA----GTTCCA-AATTTTGAAGAAATGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|20 : TAATAGTAAGTGTTCATTTAGTAAA-A---------------ATTTAACAAT-----AA---AG-A-AAC--C-CAAA---G-GGA----------GC-----------taaa
gi|21 : GTGAAAGTAAGTGTTCATTAAGTAAA-A---------------AATTAACAAT-----T---------AAC--T-CAAA---G-G
gi|22 : atGAGGTTTCTTAATTGT-TAAATTTTTGCTAAAT--GAAC---A---CTAACT
gi|23 : tGGTTTCTTAATTGT-TATTTTTTTACTCAAT--GAACTAAA---CTAat
gi|24 : taaA---G-GGA----------GC-----------AACCGGGGTTTCTTAATTGT-TAATTTTTTACTT
gi|3 : TAATAGTTAGTGTTCATTAAGTAAA-G---------------AATTAACAAT-----TA---AG-A-AAT-----------G-GGA----------GC-----------GACCAGGTTTTTTTAATTGT-TTAATATTTACTAAAT--GAAC---G---CTAACTGGCTTAGTGTTAAACG----------------------TCATTTGACTGATAGTTTCACGTCATTTGACTGA----------------------CT-GTGGGA-GT-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGACTGA---------GTTGAT--ATTTGCTGACGC-----------------------GGCTTTGTATTTTGTACATGACTCGTTTGGAATTGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCAGTGCTATTCACGCGTGCACAGTGATGATGAACTACTTAA------TAATTAAGAACGAACATAATAATTAAGTAATTTTGTAGGCTGTTTCAACAAATAA-----GA----GCGACACAATTTTGAA-AATTGAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACAC
gi|4 : TTAAGTTGATGGAGCTCAAATGAAA------ACTA-TTAATAGTGAGTAAT-ATAAAGTAAA-A---------------ATTCAATAAT-----TA---AG-A-AAC--C-CAAA---A-GGA----------GC-----------GACCATGGTTTCTTAATTGT-TAAATCTTTATTTAAT--GAAC---A---CTAACTGGCTCAGCGTCAAACGTTATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGCGTCATTTGACTGACAGTTTGGTGTCATTTGACTGACT-ATGAGTGGG-AGCTACGATGAAAGCTGAGATGATTGGCGTTTTAAAGTTGAC--GTTT--TAAAACCGTTTCTAAGCATAGCTCGtaa
gi|5 : t----------------------TCATTTGACTGACAGTTTGACGTCATTTGACTGA----------------------CT-CTGGGC-GGGAGCTAGGACGAAAGCTGAGACGACTGACGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAATGCCGTTCCTAAGCAT----------------GTAGTTTGTACGGGACTCGTTCAGAAATGAATCAAGGGCGGAGTCTGTGCGATGTTATTCACGCGTAGACAGTGATGGCGAACTTTTTAA------TCATTAAGAAAGAGCTTAATAATTAAATTATTTTGTAGGCTGTTTTAACAGATAA-----GA----GCGACATACTTTTGAA-AATTGAATTGATCCAATTttgtttatcagatttggtcggttaaagaatgtttgagtcaggtataaattc
gi|6 : G-AGCTACGATGGAAGCTGAGATTATTAAAGTTTTAAAGTTGAT--GTTTGCTAACACCGTTTCTAAGCATAGCTCGCGC-GGCTTTGTAGTCTGTACATGA-TCGTTCAGAATTAAATCAAGGGCGGAGTCTGCACAATGCTATTCACCCGTGTGCAATGATGACGAACTTGTTAG------TGATTAAGAACGAACTGGATAATAAAATTATTTTGTAAGCTGTTTTAAGAAATAA-----GA----GCGACACACTTTTGAA-AATTTAAGCGATTCCATTGGTTGTCAAATGAGGTTAAACACa
gi|7 : TAAGTAATAGGTAATGTGCATTAAGTAAA-A---------------ATTTATTAAA-----CA---AG-A-AAC--C-CAAATTTG-GCAACCGCAGTGTGC-----------GACCGGTGTTTCTTAATTGT-TGACGTTTTACTTAATTGGAACTA-A---C-AACTGGCTGAGTATTAAAa
gi|8 : gtttatattgatagtgccaaagcatttcgtttgaaatcggttctaatttATCGAGTGAA-T---------------ATTTAACAAC-----T----AC-A-AAC--C-CCGA---G-GAA----------AC-----------GAGCATAGTATCTTAATTTTATAAATTTTAATTTAAT--AAAC---A---CTAATTTACTCATAATTTAACC----------------------TCATTTG
gi|9 : GTACTAGTTAGTGTTCATTTAGTCAA-ACAATTAACAATTAACGTTTAACAAT-----TA---AG-A-AAC--CAAAAA---G-AGA----------GC-----------CACCGGGGTTTCTTTTTTCT-T---TTTTTAcagaattgttgcagcagtttgg