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Reference ( family-3177 ) : TCCCAGAA--CCTGATATCTCCCGAATCAGGT---C---TA-T-TA--A-CCC----C---CAAT-G-AA---A-AA-G------CA-GGGAA---TT---CTATGCCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--TT-ACTAAAC----TGTGAC------GT--CAT--TCAA-----AC-TT-TCAGCTGA-----AGCAACTGACCAATCAACG-TGCTCAAAT---GTG--GC--TTTCCCAA------C------A----T--T------T--A--ACGGA-CC-CAAT-----CGG--GAGAGCTGG--GTCCGTTCTACAGACTA
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originalCons : TCCCAGAA--CCTGATATCTCCCGAATCAGGT---C---TA-T-TA--A-CCC----C---CAAT-G-AA---A-AA-G------CA-GGGAA---TT---CTATGCCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--TT-ACTAAAC----TGTGAC------GT--CAT--TCAA-----AC-TT-TCAGCTGA-----AGCAACTGACCAATCAACG-TGCTCAAAT---GTG--GC--TTTCCCAA------C------A----T--T------T--A--ACGGA-CC-CAAT-----CGG--GAGAGCTGG--GTCCGTTCTACAGACTA
finalCons : TCCCAGAA--CCTGATATCTCCCGAATCAGGT---C---TA-T-TA--A-CCC----C---CAAT-G-AA---A-AAG-------CA-GGGAA---TT---CTATGCCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--TT-ACTAAAC----TGTGAC------GT--CAT--TCAA-----AC-TT-TCAGCTGA-----AGCAACTGACCAATCAACG-TGCTCAAAT---GTG--GC--TTTCCCAACGCT---------A----T--T------T--A--ACGGA-CC-CAAT-----CGG--GAGAGCTGG--GTCCGTTCTACAGACTA
7 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|32 ): TGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
Unaligned ( gi|45 ): ACACCATCGGCATATATGCTACCAGTGCTATGTAACGGTCATTGGCGGGGAGAGTTGGGGCCGTTTCTGCAGTCTGGTCGCCACACGTTAGATTACTGTTATACATGAAA
Unaligned ( gi|51 ): TCCTAAATCATAACTTCTCCCGATTCAGGTATGTTCTCATCAAAAGGAAAGGCAAAAATCTAAACCTGCTCAGCAATGTATA
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consensus : TCCCAGAA--CCTGATATCTCCCGAATCAGGT---C---TA-T-TA--A-CCC----C---CAAT-G-AA---A-AA-G------CA-GGGAA---TT---CTATGCCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--TT-ACTAAAC----TGTGAC------GT--CAT--TCAA-----AC-TT-TCAGCTGA-----AGCAAC-TGACCAATCAACG-TGCTCAAATGTGGCTTTCC--CA--A---C---G---CT---ATTT--A--ACGGA-CC-CA--AT-----CGG----GAGAG---CTGG--GTCCG-TTCTACAGACTA
Reference ( family-3177 ) : TCCCAGAA--CCTGATATCTCCCGAATCAGGT---C---TA-T-TA--A-CCC----C---CAAT-G-AA---A-AA-G------CA-GGGAA---TT---CTATGCCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--TT-ACTAAAC----TGTGAC------GT--CAT--TCAA-----AC-TT-TCAGCTGA-----AGCAAC-TGACCAATCAACG-TGCTCAAATGTGGCTTTCC--CA--A---C---G---CT---ATTT--A--ACGGA-CC-CA--AT-----CGG----GAGAG---CTGG--GTCCG-TTCTACAGACTA
gi|1 : CCCGCTTCCGGT---C---AG-T-TAT-A-CCC----TAATTAAT-GTAA---A-AA-GTAAAATCA-CGGAA---TT---CCCTGCATGTCCCACAAT---TCATGAC----------------A----CTGT----CAACTCA-TT-ACCGATT----TGTCA-------AT--TGT--TTTACCTCCAC-CT-TCTGCCGA-----AGTAAC-TGACCAATCAGCG-TGCT-AAATGTAGC
gi|10 : agccaatacaagtctcagacataaTCCCAAAG--CTTGATATCTCTGGAACCAGGTGTACA--TA-T-TA--G-CCC----C---AATT-A-AA---A-AA-G------CA-GGGAA---TT---CCCTGCCTGTCCCACATT---CCATAGC----------------T----AT-A----GCTCGC--TT-ACTAAAT----CGCGAC------GT--CAT--TCAA-----AG-TT-TC-CCTGA-----AGCATC-TGGCCAATGAACG-TGCACAGAT---------T--CA--T---T---G---CT---ATGT--A--ACGGA-CT-TA--AT-----CGG----GAGAG---CTGT--ACCTG-TTCTACAGAggtcacttgtggagacatttaggataagtttcttgagactcgtaggtcaagcaaactaccgatacaaaactgcatgcagcacaacattgtac
gi|11 : taCCCAGAA--CCTGATATCTCCCGAATCAGGT---C---TA-T-TT--A-CCA----C---CAAT-G-AA---A-TA-G------CA-TGGGA---TT---CTATGCCTGTCTCACAAC---TCATAGA----------------A----AT-T----GAACGC--TT-ACTAAAC----TGTGAC------GT--CA---TAAA-----AC-TT-TCATTTAA-----AACACC-TGACCAATCAATA-TGCTCAAATGTAGCTTTCC--CG--A---CAT-G---CT---ATTT--A--ACGGA-CC-CA--AT-----CGG----AAGAG---CTGG--GTCCG-
gi|12 : TCCCAAAA--CTTGATATCTCCCGAATCAGGT---C---TA-T-TA--A-CCA----C---CAAT-GGAA---A-AA-G------CA-GGGTA---TT---CTATGCCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AT-T----GAACAC--TT-ACTCAAC----TATGAC------GT--CAT--TCAA-----AT-GT-TC-CCTTG-----GGCAAC-TGACCAATCAGCA-TGCTC----GTAA--------CA--AT--T---G---CT---AGTT--A--ACGGA-CC-CA--AT-----CAG----GAGAG---TTGG--GTTCG-TTCTACAGAacaa
gi|13 : taATCTCTCCCGAATCAG-----T---TA-T-TA--A-CCG----T---CAAT-G-AG---G-GA-G------TG-GGTTA---TT---CAATGCCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AC-T----TAACGC--TT-ATTAAAC----TGTGAC------GT--CAT--TCAA-----AC-TT-TCCCTTGA-----AGTAAC-TGACCAATCATCG-TGCTCAAAAGCGGCTTTCC--CA--A---CATTG---TT---ATTT--A--ACGGA-CC-CA--AT-----CGG----GAGAG---TCGT--GTCAG-TACTACAGACTA
gi|14 : CCCAGAA--CCTGATATCTCCCGAATCAGGT---C---TA-T-CA--A-TCA----C---CAAC-G-GA---A-AACG------CA-GGGAA---TT---AAATGCCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--TA-ACTAAAC----TATGAC------GT--CAT--TC-------AC-TT-TC-CCTAA-----AGCAAC-TGACCAATCAATG-TGCTCGTAT-TTGCT------------------G---CT---TTTT--A--AGGGA-CA-CA--AT-----CGG----GAGAG---CTGGTCGTTCG-TTCTACGG
gi|15 : TCCCAGGA--CCTGATATCTCCC----------------TA-T-TA--A-AC-----------AC-A-AA---A-AA-G------CA-GGGAAGAATT---CTATGCCTGTCCAAAAAT---CCATAGC----------------A----GT-T----GAACGT--TT-GCTAAAC----TGTGGC------GC--CAT---CAA-----AC-TT-TAAGTTGA-----AACAAC-TGACCAATCAACG-TGCTTAAAAGTGACTTTCC--CA--A---C---A---TT---G-TT--A--CCGGA-TG-AT--AT-----CGG----GAAAG---CTTG--GTCTG-TACTACAGAC
gi|16 : aCAGAA--CTTGATATCTCCCAAATCAGGT---C---TA-T-TA--A-CCA----C---CAAT-GGAA---A-AA-G------CA-GGGAA---TC---CTCTGCCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--TT-ACTAAAC----TATGAC------GT--CAT--TCAA-----AT-GT-TC-CCTGT-----AGCAAC-TGACCAATCAGCG-TGCTC----GTAA--------CA--AT--T---G---CT---AGTT--T--ACGGA-CC-CC--AT-----CGG----GAGAG---CTGG--GTTCG-TTCTACAG
gi|17 : --CTTGGTATCTCCCGAATAAGGT---C---TG-T-TC--A-CCT----G---CAAT-G-AA---A-AA-C------GA-GGGAA---TT---ATATGCATGTCCCACAAT---TCCTAGC----------------T----AT-T----TAATGC--TT-A--AAACAATTTATGAC------GT--CAT--TTAA-----TT-AT-TC--TTGA-----AGCAAC-TGGCATATCGGGG-TACTTAAA--------TCT--CA--T---T---G---CT---ATGT--A--ACTAA-CA-CT--AT-----CGG----GAGAG---CTTG--GTCTG-TTCTACAGA
gi|19 : gtcAGAA--CCTGGTATCTCCCGATTTAGGT---A---TA-T-TA----CCC----C---CAAT-G-AA---A-AA---------A-GGAAA---TT---CTACGTCTGTTCTACAAC---CCATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--TT-GCTAA------TATGAC------GT--CAT--TCGA-----AC-TT-TTA-CCGA-----AGCAAC-TGGCCACCCAACG-TGCTCAAATGTG--TTT---------------------T---GTTT--G--ACGGA-CC-CA--AA-----CGG----GAGAG---CTGC--GTCCA-TTCTACAGACT
gi|2 : tatA-T-TA--T-ACC----C---TAAT-G-CA---A-AA-T------CA-TTGAA---TT---CCATGTCTATCCCACAAT---CC--------------------------AT-T----GCAC--------------------TGAC------GT--AAA--TC-A-----AC-TT-GCA-CAAC-----AGCAGT-TGACCAATCAGCA-TGCTCCAATGTAACT------------------G---TT---ATGT--A--ACGGT-CC-
gi|20 : gatttatcccagtatcatctagtcttatgtaCCCTGAA--CCTGATATCTCTCAAATCGGGT---C---TA-T-TA--A-CCC----A---CAAT-T-AG---A-AA-G------CA-GGGAA---TT---ATATGTCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AA-T----GAACGC--TT-ACTAAAC----TGTGAC------GT--CA---TCAA-----AC-TT-T-------------------TGACCAATTAACG-TGCTCAAATGTGGCTTTTC--CA--A---CAATG---CT---ATTT--A--ATGGA-CT-CA--AT-----CGG----CAGAG---CTAG--GTCCG-CTCTtttgtggggagatatatagctgtttctaaagtctaagtaaaatcatacaattatgataaaattattgcatacactaaacatgta
gi|21 : CCAGAA--CATGATGTCTCCCGA-TTATGT---C---TA-T-AA--A-CCA----C---CAAT-G-AA---A-AG-G------CA-GG-AA---TT---CTATGCCTGTCCAAAAAT---TAAAAGC----------------A----AT-T----GAA------------AAC----TGTGAC------GT--CAT--TCGA-----AC-TT-TCAGTTGA-----ACCAGC-TGACCAATCAACG-TGCTCAAAAGTGGCTTTCC--CA--A---TAGAG---CT---TTTA--A--ACGTA-CA-TA--AT-----CAG----GAGAG---CTGT--ATCC
gi|22 : TCCCAGAA--CCTGACATCGCCCGA-------------------------CCA----C---CAAT-G-AA---A-AA-A------CA-GGGAA---TT---CTATACCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--TC-ACTACAC----TGTGAC------GT--CAT--TAAA-----AC-TT-TCAGTTGA-----CGCAAC-TGACCAATCAACG-TGCTCAAATAGGGCTTTCC--CA--A---CATTG---CT---ATTT--A--ACAGA-CC-CA--AT-----CGG----GAGAA---CTGG--ATCCta
gi|23 : taAGAA--CCGGATATCTCCCGAATCAGGT---C---TA-T-TT--A-TCC----C---CAAT-C-AA---A-ATTG------CA-GGGAA---TT---CCATACCTGTCTCACAAT---GCATAGC----------------T----AT-T----GAACGC--TT-ACTTAAC----TGTGAC------GT--CAT--TCAA-----AC-GT-TC-CCTGA-----AGCAAC-TGACCAATTAACG-TGCTC----GT------------------T---G---CT---ATGT--T--GCGGA-AA-CA--CT-----CGG----GAGAG---CTGG--GTCCG-TTCTACAG
gi|24 : CCAGAATCAGGT---C---TT-T-AA--A-CCG----T---CAAT-G-AA---A-AG-G------CA-GGGAC---TT---CTGAGCCTGTCCCACAAT---TCATAGC----------------A----GT-T----GAACGC--TT-ACTTATC----TGTGAC------GT--CAT--C--A-----AT-TT-TCAGTTGA-----AACAAC-TGACCAATCAACG-TGCTCAAAAGTGGCTTTCC--CA--A---C---A---CTGCAATTT--A--ACGGA-CC-CA--AT-----CTG----GAGAA---CTTG--CTCCG-TACTGC
gi|25 : GAT--CCTGATATCTCCCAAATCAGGT---C---TA-T-TA--A-CCA----C---CAATGG-AA---A-AA-G------CA-GGGAA---TT---CTATGCCTGT--------------TAGC----------------T----AT-T----GAACGC--TT-ACTAAAT----TTTGAC------GT--CAT--TCAA-----AC-TT-TC-CCTGA-----AGCAAC-TGACCAATAAGCG-TTCTC----GTAA--------CA--AT--T---G---CT---ACTG--A--ACAGA-CC-CA--AT-----CGGGA--GAGAG---CTGG--GTTCG-TTCTACAGAC
gi|26 : TATCTCTGGAATCAGGT---C---TA-G-TA--A-CCC----C---CAAT-G-AA---A-AA-G------CA-GGGAA---TT---CTATACC---------AT-----ATAGT----------------A----AC-T---------------ACTAAAC----AGTGAC------AT--CAT--TGAA-----AC-TT-TCAGTTGA-----AGCAAC-TGACCAATCAACT-TGTTCAAATGTGACTTTCC--CA--A---CATTG---CT---ATAT--A--AAGGATCC-CA--AT-----CGG----GAGGA---CTGG--GTCCG-TATTATAGACCA
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gi|28 : ctattgGAA--GCTTATATCTCCAGAATCAGGT---C---TG-T-TA--A-CCT----C---CAAT-G-AA---A-AA-G------CC-GGGAA---TT---CTATG-----------------------------------------------------AACGC--TT-ACTAAAC----TGTGAC------GT--CAT---CAA-----AC-TT-TCAGTTGA-----AGAAAC-TGACCAATCAACT-TGCCCATATGTGGTTTTCC--CA--A---CACTG---CT---ATTT--A--ACGAA-CC-TA--TT-----CAG----GAGGG---CTGG--GTCCG-TTCTACCGAtgacagtgagatatgg
gi|29 : GAT--CCTGATATCACCTGAATCAGGT---A---TGCT-TA--A-TAC----C----AAT---AA---A-AA-G------CA-GGGAA---AG---CTTTGTCTGTCCCACAAT---TTATAAC----------------T----AT-T----TAACAC--TTAACT-GAC----TGAGAA------GG--CAT--TTGC-----TC-TT-CC--CTGA-----AACATC-TGACCAATCGAAG-TGCTCCA--------TTCC--CATTA---T---G---CT---A
gi|3 : --CCTAACATTTCCCGATTCCGATG--CAAGCA-TGTC--A-TTC----C---CTTT-G-TA---A-AA-T------TT-TGGAA---TT---TCCTGCCTGTCAAACAAT---TCATAGC----------------A----CT-CTTACAAATGCGTTT-ATCAAAC----TTTGAC------GT--CAT--TCAA------C-TT-CCA-CTAA-----AACAAC-TGACCAATCAGCG-TGCTCATATGTGAC---------------C---A---CT---ATGT--G--ACGGT-CTGTA--AC-----GGG----GAGTG---TTAG--TACCG-TTgtaaagataacacgtacattacccgga
gi|30 : tctattgcagtatatATCTCCAGAATCAGGT---C---TG-T-TA--A-ACC----C---AAAC-A-AA---A-AA--------CA-GGGAA---TT---CTACACCTGTTCAACAAT---TCATGAT----------------A----CT-T----TTACAC--TT-TCTAAAT----AACAAC------AT--CAT--TC-A-----AC-TG-TC-GCTGA-----AGCAAC-TGACCATTCAACA-TGCTCAAA--------TCT--CA--C---T---G---CT---ACGT--G--ACGAA-CC-CA--GC-----CAG----GAGAG---CTGG--tatac
gi|31 : TCAGGC---A---TA-T-TACAA-CCCAACCC---TGAT-G-AA---A-AACG------CA-GAGAA---TT---CCATGCCTATCCCACAAT---TCTTATC----------------A----AT-T----GAATGC--TT-ACTAAAC----TATGAC------GT--CAT--TC-------AC-TT-TC-CCTAA-----AGCAAC-TGACCAGTCAATG-TGCTCGTAT-TTGCT------------------G---CT---ATTT--A--AGAGA-CC-CA--AT-----CGG----GAGAG---CTGGTCGTTCG-TTCtttatccta
gi|33 : GT---C---TG-T-TA--A-CCC----C---AAAT-G-AA---AGAA-A------CA-GGGAA---TT---ATACGCGTGTCCCACAGT---TCATAGC----------------A----AT-C----GAACGC--TT-ACTAAAC----TATGAC------GT--CGT--GCAA-----CCGTT-TC--CTAA-----AGCAAC-TGACTAATCAACT-TGCTCAGATAT-GCT------------------G---CT---ATTT--A--ACGGA-CC-CA--GT-----CGG----AAGAG---CAGG--GTCCG-TTCTACAGATT
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gi|36 : TATATCTGTCCCACAAT----CATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--AT-ACTAAAG----TGTGACTAAACAGTGACATCATCAA-----AC-TT-TCAGTTAA-----AACAAC-TGACCAATCAACG-TGCTCAAAGGAGGCTTTTC--CA--A---C---ATTTCT---ATTT--A--ACGGA-CC-TA--AT-----CAT----GTGAG---CTGG--GTTTG-TTCTACAGcaggtc
gi|37 : TCAGGT---A---TA-T-TT--G-CAC----G---AAAT-G-AA---A-A--G------CA-AGGAA---TT---ACATGCCTGTCCCACAAT---GCCTAGC----------------T----AT-T----TAACGC--TG-ACCAAAT----TGTGAC------CT--CAT--TAAA-----AT-TTCTCA----A-----AACAGC---ATCAATCAACG-TGCTCAAATTTCGTT------------------G---CT---ATGT--A--ACGGG-CC-AA--AT-----TGG----GAAAG---
gi|38 : --CCTGACATCTCCTGGTTCGGAT---C---TG-T-TT--A-ACC----C---TAAT-G-TA---A-AA-A------CA-TGAAA----------AAATCTGTCCCAAAAT---TACTCGCAAAAAAAAACAAAAAAA----AA-A----AAACGCG-TT-ACCAAAC----TATGTC------TT--GTT--TCAC-----A--TT-CCA-CTGA-----AGCAAA-CGACCAAa
gi|39 : cgtcCAAT---TCATAGC----------------A----AA-T----GAACGC--TT-ACTAAAT----TGTGAC------GT--CAT--TCAA-----AC-TT-TCAGTTGA-----AGCAAC-TGACCATTCAAAG-TGCTCAAATGTGGCTTTCC--CA--A---CATTG---CT---ATTT--A--ACAGA-CC-CA--AT-----CAG----GAGAG---CT-A--GTCCG-TTCac
gi|4 : tTCCCAGAC--CCTGATGTGTTCCAAATCAGAT---A---TT-T-TA--A-CCC----C---CAAT-G-AA---A-AA-G------TA-GGTAA---TA---CTTTGCCTG--CCACA------CATAGC----------------A----AT-T----GAACGC--TT-ACTAACC----TCTGAC------GT--CAT--ACAA-----AC-TT-TTAGTTAA-----AGCAAC-TGACAAATCAACG-TGCTCAAATGTGGCTTTTC--CA--A---CATTG---CT---ATTT--A--ATGGA-GT-CC--AT-----CGG----GAGAA---CTAG--GTCCG-TTCTACAGACTAagc
gi|40 : CACAATACACCACAGC----------------T----AT-T----TGACGC--T--ATTAA-C----AGTGAT------GT--CAT--TCAA-----AC-GT-TC-CCTGT-----AAAAA-----------------GCTCA------GTTTT--------A---T---G---C----------A--ACAGA-CA-CA--AT-----CCG----GACAG---CTGG--A-CCG-TTCT
gi|41 : ttatttaattcacaaattatagtcaataatgttTCCAACAGT---TCATAGC----------------C----AT-T----TAACGT--TT-ATCAAAC----TGTGAC------GT--AAT--ACAC------C-TT-TCC-CTGACTATAAGCAAC-TGACCAATCAACG-TGCTCAAATAT----------CA--T---T---G---CT---ATAA--A--ACGGA-TC-CA--AG-----CGG----AAGAG---TT
gi|42 : aT---TTATAGT----------------G----GT------GAAC-------ACTAAAC----AGTGAT------GT--CAT--ACAC-----AC-TT-TCTGCTTG-----AGCAAC-TCACCAATCAATG-TGCTCAAATGCGGCTTTCC--CA--ATATT---G---CT---ATTT--A--ACAGA-TC-AA--AT-----CCG----TAGAtga
gi|43 : ctgCAGAA--TCT-ATATCTCCCGAGTCAGGT---C---TA-T-CC--A-GCC----C---CAAT-G-TATT-A-AA--------CA-GAAAA---TT---CTATGCCTGTCCCGAAAC---TCATAGC----------------A----AT-A----G----------GCTGAAC----TATGAC------GT--CAT--TCAA-----AC-TC-Ttcc
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Unaligned ( gi|57 ): TGACCGATCAGCGTGCTTGTTATTACTGCTGTTGAGAGAGCTGGGTTTGTTCTTCAGA