lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111
lowQualScore : 6666666666666666 1 77777777 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 111111 1111111 555555555555555555555555555555 1 1 111 11 2222222 111 1 222222222222222 1 8888 1 666666 11 11 1 8888 1
lowQualScore : 8 0 66 7777777777777777 3 1 8 0 4 777 44444444 4 2 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 888888 0 5 1 666666 6666666 222222222222222222222222222222 6 6 0 7 1 1 5 8 333 11 0 5555555 55 4 666 9 8 4 3 111111111111111 2 6 6 5555 7 6 333333 77 4 6 22 22 3 7 5555 5 6
lowQualScore : . . .. ................ . . . . . ... ........ . . .......................................................................................................................................... ...... . . . ...... ....... .............................. . . . . . . . . ... .. . ....... .. . ... . . . . ............... . . . .... . . ...... .. . . .. .. . . .... . .
lowQualScore : 2 1 33 9999999999999999 9 6 0 4 4 888 44444444 4 4 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 333333 1 3 7 444444 2222222 999999999999999999999999999999 0 7 7 2 7 0 0 2 666 00 8 2222222 55 2 777 7 3 7 3 000000000000000 0 0 0 0000 0 0 000000 00 0 0 00 00 0 0 0000 0 0
consensus : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAA-CAC--CTTCCTAAT-CATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATNAAATGG-TTTAAAATTGTTAGTTATGATNGGTGCAGTT-T---ATACAGTTTG-AG-GTGCTCAGAAATG--AC-------------T-------------T---------T-----------TN------AAA-CT----N---------TGTAC--ATT------TGATG--G--------N-------G-----T----A-----GG---A--GAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG-----GG-------T-------T-------TAAAAGCATCCAC-TGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATNAGTGTTCT--GGGATAGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTAGATGTC-TNAATATGTTCGTAACAGTGGATGTTGCTTAGTCTNGATCTGGAGTC-AACGGGAACT-------AGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTATAAAACATTNNTANGCGTGATTGGGTTCTGCAGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTNAGTTTTTTAACATGTAGGTTACGGAGCTTGTGTTATGATATTGAT
Reference ( gi|1 ) : TTTTTTCTTCTTCGAAATACAA-CAC--CTTCATAAT-CATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCACCATAAAATGG-TTTAAAATTGTTAGTTATGATTGGTGCAGTT-T---ATA-----TG-AG-GTGCTCAGAGATG--AC-------------T-------------T---------T-----------TT------AAA-CT----T---------TGTAC--ATT------TGATG--G--------A-------G-----T----A-----GG---A--GAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG-----GG-------T-------T-------TAAAAACATCCAC-TGTGACTGCCTCATGTATAGAGGTTGGGAGTATGGTCCATTGTATTGGTGTTCT--GGGATAGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATATTGCTAAGTCTAGATCTGGAGTC-AA-------T-------AGTAGGTTATTCGGTGGGTTGATAGAGCTCTACTTCATGGTGGATTATTTGGTTAAACATTATTAAGCATGATTGGGTTCTGTGGGTTTCAAAAGTGGGCCAATTTAAGTTTTATAACATGT----TACTGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|6 : TTCTTCTTCTTC-AATTTCAAACACTCCTTCCTAA-------ATAAAGATTTTGTGCCAGCACCATAAAAAAG-T--AAAATTGTTGGTTATGATTGGTGCAGTT-T---ATAAAGTTTA-GG-GTGCACAAAAATG--AC-------------T-------------TGAAATGTTAT-----------TTTTA---AAA-CT----A---------TGTACTTATT------TTATGTTGGCC-----A-------G-----TCTACA-----GGT--AGCGAATGGGGTCAAGGAG------AGTTAC-------ATG-----GA-------T-------
gi|11 : TCTTCATCTTCAAAATGCAA-CAC----TCCT--T-CATTAATGAAGATTTCG-GCCA-CACCATAAAATGT-TTTAAAATTGTTAGTTATGATGGATGCAGTT-T---ATACAGTTTG-AG-GTGCTCAGAGATG--AC-------------T-------------T---------T-----------a
gi|14 : TCTTCTTCCTCAATATACAA-CACTCCTTCGTAA-------ATGAAGACT--GCGCCGGCGCCATAAAATGG-TTTAa
gi|2 : TTTCTTGTTTAAAATACAA-CAC-------TAATTCACAAATGAAGATTTTATGTCGACCCCATCAAATTG-TTTGAAAATATTAGTTATTATCGATGCAGTT-C---ATAAAGT-TGCAT-GGGCTCAGAAATG--AC-------------TCTTAAAATGTTTCT---------T-----------TC------AAA-CT----A---------TGTAC--ATT------TGATG--GTCGTCTACA-------G-----G----T-----GG---A--GAAT-GTGGT-AAAAC------AGCTGC-------AGGAATAAGGGC-----T-------T-------CAAAAGCTTCCAT-TGTGGCCGCCTCATGCACAGAGGCTGGGAGTATGCTCCATTGTATTAATGTTCT--GGGATATAATGAG-------------------------TGTC-AGAATATGTTCGTAACAGTGGATGTTGCTTGGTCTAGATCTGAAGTC-AACGGGAACT-------AGTAGGTTATTCGATGGATTGGTGG----CTACTACAAGGTGAATTATTTTATAAAATATTAGTAAACGTGATTGGGTTCTGCAGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTgt
gi|4 : TTTTTTCTTCAAAATACAA-CAC----TCCT--T-TATTAATGAAGGTTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGT-TTTAAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTT-A---ATACAATTTG-AA-GTGCTCAGAGATG--ACGTTAAAGCGTTACT-------------T---------T-----------TA------AAA-CT----A---------TGTAC--ATT------TGATG--A--------T-------GGTC--T----ACAGGTGG---A--GAATGGGG-TGATGGC------ATCTAC-------AGG-----GA-------TAAGGGCCT-------TAAAAGCATCCAC-TGTGACCGCCTTGTGTGTAGGGGTTGGGAGTATGTTTCATTATATAAGTGTTCTGGGGGA-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGAT
gi|7 : TTTCTTCTTCGAAATGCA--------TTCCT--T-TATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATGAAATAGTTTTAAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTT-T---ATACAGTTTG-AG-GTGATCAGAAATA--A----------------------------------------------------------AAA-C-----------------TA------------TGATG--G--------G-------C-----TAC--A-----GG---A--GAACAGATGTGTGGAA------AGCTAC-------AGG-----GATAAGGGCT-------T-------TAAAAGCACCCACGTTTG-CTACATCATGTAT
gi|5 : aTTATTCTTCAATATTCAA-CACTCCTTC-TGA--CATAACTGAAGATTTTGTACCAGCGCCATTAAATAG-TTTTAAATTATTAATTGTTATCGGTGCAGTT-T---ATACAGT-TGCAG-GTGCTCAGAAATT--AT-------------T-------------TGAAAA----T-----------TCTACTAAAAA-CTACAATGTACATGTACGTAC--ATT------TGTTG--GT-------G-------G-----TTGACA-----GGTGAA--GAATGGAGATGAGAACTGAGTGAGCTACATGGATAAGG-----GG-------C-------T-------TAAAAGCATCCAC-TGTGGCCACCTCATGCATAGAGGTTAAAAATAT
gi|16 : cTCTTCAAAATACAA-TAC----TCCT--T-CATTAATAAAGATTTTG
gi|9 : TACA--CTC--CTGCATAGT-------TGAAGATTTTGTGCCTGCGCCATAAAATGATTTTATTATTTTTAGTTCTGAT--GACCATTC-TAGCATT-----TGTAG-CTGCTTAGAAATG--G----------------------------T---------T-----------AT------AAA-AA----T---------TATAC--AT
gi|17 : cAATGAAGACT--GCGTAGGCGCCATGAAATGG-TTTAAcatgtaacaagtacttttgatggtggtctacagttggca
gi|10 : taATGA-GATTTTGTGCCATCGCCATTTAATGA-ATTAAATTTGTTA-TTGCAGTTCATACAGTTGT---A-A-----T------TGCTTAGAAATGTTAC---------------------------T---------T-----------GA------AAA-CTA---TG--------TGTAC--ATT------TGATG--G--------
gi|3 : ttttcttcttcacctGGTGCAGTT-T---ATAAAGT-TG-AAAGTGCTCAGAAATG--GC-------------T-------------T---------TAAAGCAATACTTT------AAAACT----A---------TGTAC--ATTAAATTTTGATG--G--------T-------GATCTAC----A-----GG---T--GGA-GGGTGCGGGGAC------AGCTGC-------AGG-----GG-------T-------TAGGGCTTTAAAAGCATTCAC-TG---CAGCCGTATTT-------TT---AGCATGTTCTATT---------TTCT--GGAATATAATGAGTACTTCATTTGTACCTGTCTTTAGATATC-TTTATATGTTTGTAACAGTGGATTTTGCTAAGTCTGGATCTGGAGTC-AA-------TTGGAACCAGGAGGTTACTTGGCAGATTGATGG----TTACTACATGGTGAATTATCTtgatctacgggtagaggatgcagagagggtgga
gi|12 : gaacGTAC--ATT------TGATGATG--------ATCAACAGG-----T----------GG---A--GACTGGGGATAAGGAC------AGCTAC-------AGG-----GA-------T-------t
gi|13 : -------AGG-----GC-------T-------A-------TATATGCATCCAT-TGTGGCAGTCTAGTGCACAGAGGCTGGGAGTATGTTCCATTGTATGGTTGTTCT--GACATAGaagggatcagtggccaacactatccactgcact
gi|8 : gataTAGAGGTTGGGACCATGTTCCATTTTATTAGTGTTCT--GTGATAGAAGGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTAGATGTCGTAAATGTGTTTGTAACAGTGGATGCTGCTTAGTCTTGATCTGGAGTCTAACGGGAACT-------AGTAGGTTATT-GGTGAATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTT------ACATTTTTATGC
gi|15 : TTTCAGTTTTTTAACATGTAGGTTACGGAGCTTGTGTTATGATATTGAccattttt
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 444444444444 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 1111111 4444444444444444444444444444444 222222 1 1 2222 1111 2222
lowQualScore : 222222222222 2 1 3 3 6 2 555 55 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 9 444444 4444444 2222222222222222222222222222222 5 0 2 0 5 444 6 000000 0 1 0 1 2 0 4 1 0 99 6 2 1111 9999 22 1 1 4 3333 2
lowQualScore : ............ . . . . . . ... .. ........................................................................................................................................................ . ...... ....... ............................... . . . . . ... . ...... . . . . . . . . . .. . . .... .... .. . . . .... .
lowQualScore : 444444444444 3 0 6 6 3 5 333 55 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 444444 4444444 5555555555555555555555555555555 0 2 7 4 2 333 7 888888 6 8 0 0 0 2 0 0 0 00 5 0 2222 9999 00 0 0 0 5555 5
consensus : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC----TCCT-AT-CATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------T-------------T-----T------------T------AAAAC-------------TAT--------------GTAC--ATT------TGATG-------------GT---------G-T---T--A-----GG---AGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTGT-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
Reference ( family-3133 ) : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--CTTCCTAAT-CATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATNAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATNGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------T-------------T-----T------------T------NAAAC-------------TNT--------------GTAC--ATT------TGATG-------------GN---------G-----T--A-----GG---AGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATNAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTAGATGTC-TNAATATGTTCGTAACAGTGGATGTTGCTTAGTCTNGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTATAAAACATTNNTANGCGTGATTGGGTTCTGCAGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTNAGTTTTTTAACATGTAGGTTACGGAGCTTGTGTTATGATATTGAT
gi|1 : TTTTTCTTCTTCGAAATACAACAC--CTTCATAAT-CATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCACCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATTGGTGCAGTTTATA-----TG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------T-------------T-----T------------T------TAAAC-------------TTT--------------GTAC--ATT------TGATG-------------GA---------G-----T--A-----GG---AGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAACATCCACTGTGACTGCCTCATGTATAGAGGTTGGGAGTATGGTCCATTGTATTGGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATATTGCTAAGTCTAGATCTGGAGTC-AA-------TAGTAGGTTATTCGGTGGGTTGATAGAGCTCTACTTCATGGTGGATTATTTGGTTAAACATTATTAAGCATGATTGGGTTCTGTGGGTTTCAAAAGTGGGCCAATTTAAGTTTTATAACAT----GTTACTGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|10 : tATGA-GATTTTGTGCCATCGCCATTTAATGA-ATT-AAATTTGTTA-T---------TGCAGTTCATACAGTTGT-AATTGCTTAGAAATGTTAC---------------------------T-----T------------G------AAAACTA-----------TGT--------------GTAC--ATT------TGATG-------------GT---------G-----
gi|11 : ttttcttcttcacctTCTTCATCTTCAAAATGCAACAC----TCCT--T-CATTAATGAAGATTTCG-GCCA-CACCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATGGATGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------T-------------T-----T------------atctacgggtagaggatgcagagagggtgga
gi|12 : --------------GTAC--ATT------TGATG-------------AT---------GATCAAC--A-----GGTGGAGACTGGGGATAAGGAC------AGCTAC-------AGG------GA-------T------------------AAGGGAT-CA--GTGGCCa
gi|13 : -------AGG------GC-------T-------A-------T-ATATGCATCCATTGTGGCAGTCTAGTGCACAGAGGCTGGGAGTATGTTCCATTGTATGGTTGTTCTGACAT-AGaacactatccactgcact
gi|14 : gataTCTTCTTCCTCAATATACAACAC----TCCT--T-CGTAAATGAAGACT--GCGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-A
gi|15 : TTTCAGTTTTTTAACATGTAGGTTACGGAGCTTGTGTTATGATATTGATgt
gi|16 : TCTTCAAAATACAATAC----TCCT--T-CATTAATAAAGATTTTGg
gi|17 : AATGAAGACT--GCGTAGGCGCCATGAAATGG-TTT-AA
gi|2 : taTTCTTGTTTAAAATACAACAC-------TAATTCACAAATGAAGATTTTATGTCGACCCCATCAAATTG-TTT-GAAAATATTAGTTATTATCGATGCAGTTCATAAAGTTGC-ATGGGCTCAGAAATG--AC-------------TCTTAAAATGTTTCT-----T------------T------CAAAC-------------TAT--------------GTAC--ATT------TGATG-------------GTCGTCTACAGG-----T--------GG---AGAATGTGG-TAAA-AC------AGCTGC-------AGGAATAAGGG-------C-------T-------TCAAAAGCTTCCATTGTGGCCGCCTCATGCACAGAGGCTGGGAGTATGCTCCATTGTATTAATGTTCTGGGAT-ATAATGAGT-------------------------GTC-AGAATATGTTCGTAACAGTGGATGTTGCTTGGTCTAGATCTGAAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGATGGATTGGTGG----CTACTACAAGGTGAATTATTTTATAAAATATTAGTAAACGTGATTGGGTTCTGCAGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTT
gi|3 : tGAACGGTGCAGTTTATAAAGTTGA-AAGTGCTCAGAAATG--GC-------------T-------------T-----TAAAGCAATACTTT------AAAAC-------------TAT--------------GTAC--ATTAAATTTTGATG-------------GT---------GATCTAC--A-----GG---TGGA-GGGTGCGGGGAC------AGCTGC-------AGG------GG-------T-------TAGGGCTTT-AAAAGCATTCACTGCAGCCG---------TA----TTTTTAGCATGTTCTATT---------TTCTGGAAT-ATAATGAGTACTTCATTTGTACCTGTCTTTAGATATC-TTTATATGTTTGTAACAGTGGATTTTGCTAAGTCTGGATCTGGAGTC-AATTGGAACCAGGAGGTTACTTGGCAGATTGATGG----TTACTACATGGTGAATTATCTT
gi|4 : TTTTTCTTCAAAATACAACAC----TCCT--T-TATTAATGAAGGTTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTAATACAATTTG-AAGTGCTCAGAGATG--ACGTTAAAGCGTTACT-------------T-----T------------T------AAAAC-------------TAT--------------GTAC--ATT------TGATG-------------AT---------GGTC--T--ACAGGTGG---AGAATGGGG-TGATGGC------ATCTAC-------AGG------GA-------TAAGGGCCT-------T-AAAAGCATCCACTGTGACCGCCTTGTGTGTAGGGGTTGGGAGTATGTTTCATTATATAAGTGTTCTGGGGGAAGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGAT
gi|5 : tCTTATTCTTCAATATTCAACACT-CCTTCTGA--CATAACTGAAGATTTTGTACCAGCGCCATTAAATAG-TTT-TAAATTATTAATTGTTATCGGTGCAGTTTATACAGTTGC-AGGTGCTCAGAAATT--AT-------------T-------------TGAAAAT------------TCTACTAAAAACTACAATGTACATGTAC--------------GTAC--ATT------TGTTG-------------GT---------GGTTGAC--A-----GGTGAAGAATGGAGATGAGAACTGAGTGAGCTACATGGATAAGG------GG-------C-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCACCTCATGCATAGAGGTTAAAAATAT
gi|6 : TTCTTCTTCTTCAATTTCAAACACTCCTTCCTAA-------ATAAAGATTTTGTGCCAGCACCATAAAAAAG-T---AAAATTGTTGGTTATGATTGGTGCAGTTTATAAAGTTTA-GGGTGCACAAAAATG--ACTTGAAATGTTAT-T-------------T-----T------------T------AAAAC-------------TAT--------------GTACTTATT------TTATGTTGGCCAGTCTACAG---------G-----T--A------G---CGAATGGGGTCAAGGAG------AGTTAC-------ATG------GA-------T-------
gi|7 : TTCTTCTTCGAAATGCA-------TTCCT--T-TATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATGAAATAG-TTTTAAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGATCAGAAATA--A-------------------------------------------------------AAAC-------------TA------------------------------TGATG-------------GG---------C-----TACA-----GG---AGAACAGATGTGTGGAA------AGCTAC-------AGG------GATAAGGGCT-------T-------T-AAAAGCACCCACGTTTGCTACATCATGTATa
gi|8 : atTAGAGGTTGGGACCATGTTCCATTTTATTAGTGTTCTGTGAT-AGAAGGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTAGATGTCGTAAATGTGTTTGTAACAGTGGATGCTGCTTAGTCTTGATCTGGAGTCTAACGGGAACTAGTAGGTTATT-GGTGAATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTT------ACATTTTTATGC
gi|9 : TGAAGATTTTGTGCCTGCGCCATAAAATGATTTT-ATTATTTTTAGTTCTGAT--GACCATTCTA-GCA-TTTGTAGCTGCTTAGAAATG--GT-------------T-------------A-----T------------A------AAAAT-------------TATACATCATGTAACAAGTAC--TTT------TGATG-------------GT---------G-----ccattttt
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 1111111 4444444444444444444444444444444 222222 1 1 2222 33333 2222
lowQualScore : 55 999999 4 0 3 3 8 2 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 888 9 444444 4444444 2222222222222222222222222222222 5 0 2 0 5 444 6 000000 0 1 0 0 0 1 1 0 99 6 2 1111 88888 1 3333 1
lowQualScore : .. ...... . . . . . . ... ................................................................................................................................................. ... . ...... ....... ............................... . . . . . ... . ...... . . . . . . . . .. . . .... ..... . .... .
lowQualScore : 00 444444 2 6 6 6 2 5 333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 6 444444 4444444 5555555555555555555555555555555 0 2 7 4 2 333 7 888888 6 4 0 2 2 0 2 0 00 5 0 2222 66666 0 5555 0
consensus : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT------TCATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGGT-G--C-T----A---G--G----------G---AGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
Reference ( family-3133 ) : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT----A-TCATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGGT-G--T-T----A------G----------G---AGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|1 : TTTTTCTTCTTCGAAATACAACACCTTCAT----AATCATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCACCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATTGGTGCAGTTTATA-----TG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------T------TAAA-------------C-------------TT--T--------------GTAC--ATT------TGATGGA-G--T------A------G----------G---AGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAACATCCACTGTGACTGCCTCATGTATAGAGGTTGGGAGTATGGTCCATTGTATTGGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATATTGCTAAGTCTAGATCTGGAGTC-AA-------TAGTAGGTTATTCGGTGGGTTGATAGAGCTCTACTTCATGGTGGATTATTTGGTT-AAACATTATTAAGCATGATTGGGTTCTGTGGGTTTCAAAAGTGGGCCAATTTAAGTTTTATAACAT----GTTACTGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|10 : tC--TTCT------TCACCTATGA-GATTTTGTGCCATCGCCATTTAATGA-ATT-AAATTTGTTA-T---------TGCAGTTCATACAGTTGT-AATTGCTTAGAAATGTTAC--------------T-----T------------G------AAAA-------------C-------------TATGT--------------GTAC--ATT------TGATGGT-G--
gi|11 : ttttTCTTCATCTTCAAAATGCAACAC--TCCT------TCATTAATGAAGATTTCG-GCCA-CACCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATGGATGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------atctacgggtagaggatgcagagagggtgga
gi|12 : --------------GTAC--ATT------TGATGAT-GA-T-C----AACAGGTG----------G---AGACTGGGGATAAGGAC------AGCTAC-------AGG------GA-------T------------------AAGGGAT-CA--GTGGCCa
gi|13 : -------AGG------GC-------T-------A-------T-ATATGCATCCATTGTGGCAGTCTAGTGCACAGAGGCTGGGAGTATGTTCCATTGTATGGTTGTTCTGACAT-AGaacactatccactgcact
gi|14 : gataTCTTCTTCCTCAATATACAACAC--TCCT------TCGTAAATGAAGACT--GCGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-A
gi|15 : TTTCAGTTTTTTAACATGTAGGTTACGGAGCTTGTGTTATGATATTGATgt
gi|16 : TCTTCAAAATACAATAC--TCCT------TCATTAATAAAGATTTTGg
gi|17 : AATGAAGACT--GCGTAGGCGCCATGAAATGG-TTT-AA
gi|2 : taTTCTTGTTTAAAATACAACAC--TAAT------TCACAAATGAAGATTTTATGTCGACCCCATCAAATTG-TTT-GAAAATATTAGTTATTATCGATGCAGTTCATAAAGTTGC-ATGGGCTCAGAAATG--AC-------------TC-----T------------T------AAAATGTTTCTTTCAAAC-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGGTCG--TCT----ACAGGT-G----------G---AGAATGTGG-TAAA-AC------AGCTGC-------AGGAATAAGGG-------C-------T-------TCAAAAGCTTCCATTGTGGCCGCCTCATGCACAGAGGCTGGGAGTATGCTCCATTGTATTAATGTTCTGGGAT-ATAATGAGT-------------------------GTC-AGAATATGTTCGTAACAGTGGATGTTGCTTGGTCTAGATCTGAAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGATGGATTGGTGG----CTACTACAAGGTGAATTATTTTA-TAAAATATTAGTAAACGTGATTGGGTTCTGCAGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTT
gi|3 : tGAACGGTGCAGTTTATAAAGTTGA-AAGTGCTCAGAAATG--GC-------------TT-----TAAAGCAATACTTT------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATTAAATTTTGATGGT-G--A-TCTACA------G----------G---TGGA-GGGTGCGGGGAC------AGCTGC-------AGG------GG-------T-------TAGGGCTTT-AAAAGCATTCACTGCAGCCG---------TA----TTTTTAGCATGTTCTATT---------TTCTGGAAT-ATAATGAGTACTTCATTTGTACCTGTCTTTAGATATC-TTTATATGTTTGTAACAGTGGATTTTGCTAAGTCTGGATCTGGAGTC-AATTGGAACCAGGAGGTTACTTGGCAGATTGATGG----TTACTACATGGTGAATTATCTT
gi|4 : TTTTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT------TTATTAATGAAGGTTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTAATACAATTTG-AAGTGCTCAGAGATG--ACGTTAAAGCGTTACTT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGAT-GGTC-T----ACAGGT-G----------G---AGAATGGGG-TGATGGC------ATCTAC-------AGG------GA-------TAAGGGCCT-------T-AAAAGCATCCACTGTGACCGCCTTGTGTGTAGGGGTTGGGAGTATGTTTCATTATATAAGTGTTCTGGGGGAAGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGAT
gi|5 : tCTTATTCTTCAATATTCAACAC--TCCTTCTGA--CATAACTGAAGATTTTGTACCAGCGCCATTAAATAG-TTT-TAAATTATTAATTGTTATCGGTGCAGTTTATACAGTTGC-AGGTGCTCAGAAATT--AT-------------TTGAAAAT------------TCTACTAAAAA-------------CTACAATGTACATGTA--C--------------GTAC--ATT------TGTTGGTGG--T-TGAC-A------G----------GTGAAGAATGGAGATGAGAACTGAGTGAGCTACATGGATAAGG------GG-------C-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCACCTCATGCATAGAGGTTAAAAATAT
gi|6 : TTCTTCTTCTTCAATTTCAAACAC--TCCT------TCCTAAATAAAGATTTTGTGCCAGCACCATAAAAAAG-T---AAAATTGTTGGTTATGATTGGTGCAGTTTATAAAGTTTA-GGGTGCACAAAAATG--ACTTGAAATGTTAT-TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTACTTATT------TTATGTTGG--C-C----A------GTCTACAGGTAG---CGAATGGGGTCAAGGAG------AGTTAC-------ATG------GA-------T-------
gi|7 : TTCTTCTTCGAAATGCA---T--TCCT------TTATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATGAAATAG-TTTTAAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGATCAGAAATA--------------------------------------------AAAA-------------C-------------TA--------------------------------TGATGG--G--C-TAC--A------G----------G---AGAACAGATGTGTGGAA------AGCTAC-------AGG------GATAAGGGCT-------T-------T-AAAAGCACCCACGTTTGCTACATCATGTATa
gi|8 : atTAGAGGTTGGGACCATGTTCCATTTTATTAGTGTTCTGTGAT-AGAAGGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTAGATGTCGTAAATGTGTTTGTAACAGTGGATGCTGCTTAGTCTTGATCTGGAGTCTAACGGGAACTAGTAGGTTATT-GGTGAATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTT-------ACATTTTTATGC
gi|9 : ACAC--TCCT----G--CATAGTTGAAGATTTTGTGCCTGCGCCATAAAATGATTTT-ATTATTTTTAGTTCTGAT--GACCATTCTA-GCA-TTTGTAGCTGCTTAGAAATG--GT-------------TA-----T------------A------AAAA-------------T-------------TA--TACATCATGTAACAAGTAC--TTT------TGATGGT-G--ccattttt
Alignments
lowQualScore : 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 1111111 4444444444444444444444444444444 222222 1 1 2222 33333 2222
lowQualScore : 55 55 7777 1 0 3 3 8 2 555 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9 444444 4444444 2222222222222222222222222222222 5 0 2 0 5 444 6 000000 0 1 0 0 0 1 1 0 99 6 2 1111 88888 1 3333 1
lowQualScore : .. .. .... . . . . . . ... ............................................................................................................................................. . ...... ....... ............................... . . . . . ... . ...... . . . . . . . . .. . . .... ..... . .... .
lowQualScore : 00 00 7777 0 6 6 6 2 5 333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 444444 4444444 5555555555555555555555555555555 0 2 7 4 2 333 7 888888 6 4 0 2 2 0 2 0 00 5 0 2222 66666 0 5555 0
consensus : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGGT-G------CT----AC--G--G---GAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
Reference ( family-3133 ) : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGGT-G------CT----A---G--G---GAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|1 : TTTTTCTTCTTCGAAATACAACACCTTCATAATC----ATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCACCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATTGGTGCAGTTTATA-----TG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------T------TAAA-------------C-------------TT--T--------------GTAC--ATT------TGATGGA-G-------T----A---G--G----AGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAACATCCACTGTGACTGCCTCATGTATAGAGGTTGGGAGTATGGTCCATTGTATTGGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATATTGCTAAGTCTAGATCTGGAGTC-AA-------TAGTAGGTTATTCGGTGGGTTGATAGAGCTCTACTTCATGGTGGATTATTTGGTT-AAACATTATTAAGCATGATTGGGTTCTGTGGGTTTCAAAAGTGGGCCAATTTAAGTTTTATAACAT----GTTACTGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|10 : tC--TTCT--TC----ACCTATGA-GATTTTGTGCCATCGCCATTTAATGA-ATT-AAATTTGTTA-T---------TGCAGTTCATACAGTTGT-AATTGCTTAGAAATGTTAC--------------T-----T------------G------AAAA-------------C-------------TATGT--------------GTAC--ATT------TGATGGT-GAT----CT----AC--G--GGTAGAGGATG
gi|11 : ttttTCTTCATCTTCAAAATGCAACAC--TCCT--TC----ATTAATGAAGATTTCG-GCCA-CACCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATGGATGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------cagagagggtgga
gi|12 : --------------GTAC--ATT------TGATGAT-G------ATCAACA---G--GTG-GAGACTGGGGATAAGGAC------AGCTAC-------AGG------GA-------T------------------AAGGGAT-CA--GTGGCCa
gi|13 : -------AGG------GC-------T-------A-------T-ATATGCATCCATTGTGGCAGTCTAGTGCACAGAGGCTGGGAGTATGTTCCATTGTATGGTTGTTCTGACAT-AGaacactatccactgcact
gi|14 : gataTCTTCTTCCTCAATATACAACAC--TCCT--TC----GTAAATGAAGA--CTGCGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-A
gi|15 : TTTCAGTTTTTTAACATGTAGGTTACGGAGCTTGTGTTATGATATTGATgt
gi|16 : TCTTCAAAATACAATAC--TCCT--TC----ATTAATAAAGATTTTGg
gi|17 : TAAATGAAGACT--GCGTAGGCGCCATGAAATGG-TTT-AA
gi|2 : TTCTTGTTTAAAATACAACAC--TAAT--TC----ACAAATGAAGATTTTATGTCGACCCCATCAAATTG-TTT-GAAAATATTAGTTATTATCGATGCAGTTCATAAAGTTGC-ATGGGCTCAGAAATG--AC-------------TC-----T------------T------AAAATGTTTCTTTCAAAC-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGGTCGT-----CT----ACAGGT-G---GAGAATGTGG-TAAA-AC------AGCTGC-------AGGAATAAGGG-------C-------T-------TCAAAAGCTTCCATTGTGGCCGCCTCATGCACAGAGGCTGGGAGTATGCTCCATTGTATTAATGTTCTGGGAT-ATAATGAGT-------------------------GTC-AGAATATGTTCGTAACAGTGGATGTTGCTTGGTCTAGATCTGAAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGATGGATTGGTGG----CTACTACAAGGTGAATTATTTTA-TAAAATATTAGTAAACGTGATTGGGTTCTGCAGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTT
gi|3 : tGAACGGTGCAGTTTATAAAGTTGA-AAGTGCTCAGAAATG--GC-------------TT-----TAAAGCAATACTTT------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATTAAATTTTGATGGT-GAT----CT----AC--A--G---GTGGA-GGGTGCGGGGAC------AGCTGC-------AGG------GG-------T-------TAGGGCTTT-AAAAGCATTCACTGCAGCCG---------TA----TTTTTAGCATGTTCTATT---------TTCTGGAAT-ATAATGAGTACTTCATTTGTACCTGTCTTTAGATATC-TTTATATGTTTGTAACAGTGGATTTTGCTAAGTCTGGATCTGGAGTC-AATTGGAACCAGGAGGTTACTTGGCAGATTGATGG----TTACTACATGGTGAATTATCTT
gi|4 : TTTTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TT----ATTAATGAAGGTTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTAATACAATTTG-AAGTGCTCAGAGATG--ACGTTAAAGCGTTACTT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGAT-GGT----CT----ACAGGT-G---GAGAATGGGG-TGATGGC------ATCTAC-------AGG------GA-------TAAGGGCCT-------T-AAAAGCATCCACTGTGACCGCCTTGTGTGTAGGGGTTGGGAGTATGTTTCATTATATAAGTGTTCTGGGGGAAGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGAT
gi|5 : tCTTATTCTTCAATATTCAACAC--TCCT--TCTGACATAACTGAAGATTTTGTACCAGCGCCATTAAATAG-TTT-TAAATTATTAATTGTTATCGGTGCAGTTTATACAGTTGC-AGGTGCTCAGAAATT--AT-------------TTGAAAAT------------TCTACTAAAAA-------------CTACAATGTACATGTA--C--------------GTAC--ATT------TGTTGGT-G------GTTGACA---GGTG---AAGAATGGAGATGAGAACTGAGTGAGCTACATGGATAAGG------GG-------C-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCACCTCATGCATAGAGGTTAAAAATAT
gi|6 : TTCTTCTTCTTCAATTTCAAACAC--TCCT--TC----CTAAATAAAGATTTTGTGCCAGCACCATAAAAAAG-T---AAAATTGTTGGTTATGATTGGTGCAGTTTATAAAGTTTA-GGGTGCACAAAAATG--ACTTGAAATGTTAT-TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTACTTATT------TTATGTT-GGCCAGTCTAC--A---G--GTA-GCGAATGGGGTCAAGGAG------AGTTAC-------ATG------GA-------T-------
gi|7 : TTCTTCTTCGAAATGCA---T--TCCT--TT----ATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATGAAATAG-TTTTAAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGATCAGAAATA--------------------------------------------AAAA-------------C-------------TA--------------------------------TGATGG--G------CT----AC--A--G---GAGAACAGATGTGTGGAA------AGCTAC-------AGG------GATAAGGGCT-------T-------T-AAAAGCACCCACGTTTGCTACATCATGTATa
gi|8 : atTAGAGGTTGGGACCATGTTCCATTTTATTAGTGTTCTGTGAT-AGAAGGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTAGATGTCGTAAATGTGTTTGTAACAGTGGATGCTGCTTAGTCTTGATCTGGAGTCTAACGGGAACTAGTAGGTTATT-GGTGAATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTT-------ACATTTTTATGC
gi|9 : ACAC--TCCT--GC----ATAGTTGAAGATTTTGTGCCTGCGCCATAAAATGATTTT-ATTATTTTTAGTTCTGAT--GACCATTCTA-GCA-TTTGTAGCTGCTTAGAAATG--GT-------------TA-----T------------A------AAAA-------------T-------------TA--TACATCATGTAACAAGTAC--TTT------TGATGGT-G------ccattttt
Alignments
lowQualScore : 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 555555555555555555555 111111 1111111 4444444444444444444444444444444 222222 1 1 2222 33333 2222
lowQualScore : 55 55 7777 1 0 3 3 8 2 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 111111 4 333333333333333333333 66 9 444444 4444444 2222222222222222222222222222222 5 0 2 0 5 444 6 000000 0 1 0 0 0 1 1 0 99 6 2 1111 88888 1 3333 1
lowQualScore : .. .. .... . . . . . . ... .............................................................................................. .. ...... . ..................... .. . ...... ....... ............................... . . . . . ... . ...... . . . . . . . . .. . . .... ..... . .... .
lowQualScore : 00 00 7777 0 6 6 6 2 5 333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 55 555555 0 444444444444444444444 11 6 444444 4444444 5555555555555555555555555555555 0 2 7 4 2 333 7 888888 6 4 0 2 2 0 2 0 00 5 0 2222 66666 0 5555 0
consensus : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGGT-GGT----CT--ACAG---GTGGA--GAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
Reference ( family-3133 ) : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGGT-G------CT--ACGG---G---A--GAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|1 : TTTTTCTTCTTCGAAATACAACACCTTCATAATC----ATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCACCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATTGGTGCAGTTTATA-----TG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------T------TAAA-------------C-------------TT--T--------------GTAC--ATT------TGATGGA-G-------T--A--G---G---A--GAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAACATCCACTGTGACTGCCTCATGTATAGAGGTTGGGAGTATGGTCCATTGTATTGGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATATTGCTAAGTCTAGATCTGGAGTC-AA-------TAGTAGGTTATTCGGTGGGTTGATAGAGCTCTACTTCATGGTGGATTATTTGGTT-AAACATTATTAAGCATGATTGGGTTCTGTGGGTTTCAAAAGTGGGCCAATTTAAGTTTTATAACAT----GTTACTGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|10 : tC--TTCT--TC----ACCTATGA-GATTTTGTGCCATCGCCATTTAATGA-ATT-AAATTTGTTA-T---------TGCAGTTCATACAGTTGT-AATTGCTTAGAAATGTTAC--------------T-----T------------G------AAAA-------------C-------------TATGT--------------GTAC--ATT------TGATGGT-GAT----CT--ACGGGTAG---A--GGATG
gi|11 : ttttTCTTCATCTTCAAAATGCAACAC--TCCT--TC----ATTAATGAAGATTTCG-GCCA-CACCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATGGATGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------cagagagggtgga
gi|12 : --------------GTAC--ATT------TGATGAT-G------ATCAACAG---GTGGA--GACTGGGGATAAGGAC------AGCTAC-------AGG------GA-------T------------------AAGGGAT-CA--GTGGCCa
gi|13 : -------AGG------GC-------T-------A-------T-ATATGCATCCATTGTGGCAGTCTAGTGCACAGAGGCTGGGAGTATGTTCCATTGTATGGTTGTTCTGACAT-AGaacactatccactgcact
gi|14 : gataTCTTCTTCCTCAATATACAACAC--TCCT--TC----GTAAATGAAGA--CTGCGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-A
gi|15 : TTTCAGTTTTTTAACATGTAGGTTACGGAGCTTGTGTTATGATATTGATgt
gi|16 : TCTTCAAAATACAATAC--TCCT--TC----ATTAATAAAGATTTTGg
gi|17 : TAAATGAAGACT--GCGTAGGCGCCATGAAATGG-TTT-AA
gi|2 : TTCTTGTTTAAAATACAACAC--TAAT--TC----ACAAATGAAGATTTTATGTCGACCCCATCAAATTG-TTT-GAAAATATTAGTTATTATCGATGCAGTTCATAAAGTTGC-ATGGGCTCAGAAATG--AC-------------TC-----T------------T------AAAATGTTTCTTTCAAAC-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGGTCGT-----CT--ACAG---GTGGA--GAATGTGG-TAAA-AC------AGCTGC-------AGGAATAAGGG-------C-------T-------TCAAAAGCTTCCATTGTGGCCGCCTCATGCACAGAGGCTGGGAGTATGCTCCATTGTATTAATGTTCTGGGAT-ATAATGAGT-------------------------GTC-AGAATATGTTCGTAACAGTGGATGTTGCTTGGTCTAGATCTGAAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGATGGATTGGTGG----CTACTACAAGGTGAATTATTTTA-TAAAATATTAGTAAACGTGATTGGGTTCTGCAGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTT
gi|3 : tGAACGGTGCAGTTTATAAAGTTGA-AAGTGCTCAGAAATG--GC-------------TT-----TAAAGCAATACTTT------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATTAAATTTTGATGGT-GAT----CT--ACAG---G---T--GGA-GGGTGCGGGGAC------AGCTGC-------AGG------GG-------T-------TAGGGCTTT-AAAAGCATTCACTGCAGCCG---------TA----TTTTTAGCATGTTCTATT---------TTCTGGAAT-ATAATGAGTACTTCATTTGTACCTGTCTTTAGATATC-TTTATATGTTTGTAACAGTGGATTTTGCTAAGTCTGGATCTGGAGTC-AATTGGAACCAGGAGGTTACTTGGCAGATTGATGG----TTACTACATGGTGAATTATCTT
gi|4 : TTTTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TT----ATTAATGAAGGTTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTAATACAATTTG-AAGTGCTCAGAGATG--ACGTTAAAGCGTTACTT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTAC--ATT------TGATGAT-GGT----CT--ACAG---GTGGA--GAATGGGG-TGATGGC------ATCTAC-------AGG------GA-------TAAGGGCCT-------T-AAAAGCATCCACTGTGACCGCCTTGTGTGTAGGGGTTGGGAGTATGTTTCATTATATAAGTGTTCTGGGGGAAGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGAT
gi|5 : tCTTATTCTTCAATATTCAACAC--TCCT--TCTGACATAACTGAAGATTTTGTACCAGCGCCATTAAATAG-TTT-TAAATTATTAATTGTTATCGGTGCAGTTTATACAGTTGC-AGGTGCTCAGAAATT--AT-------------TTGAAAAT------------TCTACTAAAAA-------------CTACAATGTACATGTA--C--------------GTAC--ATT------TGTTGGT-G------GTTGACAG---GTGAA--GAATGGAGATGAGAACTGAGTGAGCTACATGGATAAGG------GG-------C-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCACCTCATGCATAGAGGTTAAAAATAT
gi|6 : TTCTTCTTCTTCAATTTCAAACAC--TCCT--TC----CTAAATAAAGATTTTGTGCCAGCACCATAAAAAAG-T---AAAATTGTTGGTTATGATTGGTGCAGTTTATAAAGTTTA-GGGTGCACAAAAATG--ACTTGAAATGTTAT-TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TA--T--------------GTACTTATT------TTATGTT-GGCCAGTCT--ACAG---GT--AGCGAATGGGGTCAAGGAG------AGTTAC-------ATG------GA-------T-------
gi|7 : TTCTTCTTCGAAATGCA---T--TCCT--TT----ATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATGAAATAG-TTTTAAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGATCAGAAATA--------------------------------------------AAAA-------------C-------------TA--------------------------------TGATGG--G------CT--ACAG---G---A--GAACAGATGTGTGGAA------AGCTAC-------AGG------GATAAGGGCT-------T-------T-AAAAGCACCCACGTTTGCTACATCATGTATa
gi|8 : atTAGAGGTTGGGACCATGTTCCATTTTATTAGTGTTCTGTGAT-AGAAGGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTAGATGTCGTAAATGTGTTTGTAACAGTGGATGCTGCTTAGTCTTGATCTGGAGTCTAACGGGAACTAGTAGGTTATT-GGTGAATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTT-------ACATTTTTATGC
gi|9 : ACAC--TCCT--GC----ATAGTTGAAGATTTTGTGCCTGCGCCATAAAATGATTTT-ATTATTTTTAGTTCTGAT--GACCATTCTA-GCA-TTTGTAGCTGCTTAGAAATG--GT-------------TA-----T------------A------AAAA-------------T-------------TA--TACATCATGTAACAAGTAC--TTT------TGATGGT-GGT----CT--ACAG---ccattttt
Alignments
lowQualScore : 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 1111111 4444444444444444444444444444444 222222 1 1 2222 33333 2222
lowQualScore : 55 55 7777 1 0 3 3 0 2 555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 55 111111 8888 9 444444 4444444 2222222222222222222222222222222 5 0 2 0 5 444 6 000000 0 1 0 0 0 1 1 0 99 6 2 1111 88888 1 3333 1
lowQualScore : .. .. .... . . . . . . ... ............................................................................................ .. .. ...... .... . ...... ....... ............................... . . . . . ... . ...... . . . . . . . . .. . . .... ..... . .... .
lowQualScore : 00 00 7777 0 6 6 6 7 5 333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 555555 5555 6 444444 4444444 5555555555555555555555555555555 0 2 7 4 2 333 7 888888 6 4 0 2 2 0 2 0 00 5 0 2222 66666 0 5555 0
consensus : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTG----GTCTACAGGTGGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
Reference ( family-3133 ) : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTG----GTCTACAGGTGGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|1 : TTTTTCTTCTTCGAAATACAACACCTTCATAATC----ATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCACCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATTGGTGCAGTTTATA-----TG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------T------TAAA-------------C-------------TTT--------------GT--AC--ATT------TGATGGAG-------TA-----GGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAACATCCACTGTGACTGCCTCATGTATAGAGGTTGGGAGTATGGTCCATTGTATTGGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATATTGCTAAGTCTAGATCTGGAGTC-AA-------TAGTAGGTTATTCGGTGGGTTGATAGAGCTCTACTTCATGGTGGATTATTTGGTT-AAACATTATTAAGCATGATTGGGTTCTGTGGGTTTCAAAAGTGGGCCAATTTAAGTTTTATAACAT----GTTACTGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|10 : tC--TTCT--TC----ACCTATGA-GATTTTGTGCCATCGCCATTTAATGA-ATT-AAATTTGTTA-------T---TGCAGTTCATACAGTTGT-AATTGCTTAGAAATGTTAC-------------TT-----G-------------------AAAA-------------C-------------TAT--------------GTGTAC--ATT------TGATGGTG----ATCTACGGGTAGAGGATG
gi|11 : ttttTCTTCATCTTCAAAATGCAACAC--TCCT--TC----ATTAATGAAGATTTCG-GCCA-CACCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATGGATGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------cagagagggtgga
gi|12 : --------------GT--AC--ATT------TGATGATG----ATCAACAGGTGGAGACTGGGGATAAGGAC------AGCTAC-------AGG------GA-------T------------------AAGGGAT-CA--GTGGCCa
gi|13 : -------AGG------GC-------T-------A-------T-ATATGCATCCATTGTGGCAGTCTAGTGCACAGAGGCTGGGAGTATGTTCCATTGTATGGTTGTTCTGACAT-AGaacactatccactgcact
gi|14 : gataTCTTCTTCCTCAATATACAACAC--TCCT--TC----GTAAATGAAGA--CTGCGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-A
gi|15 : TTTCAGTTTTTTAACATGTAGGTTACGGAGCTTGTGTTATGATATTGATgt
gi|16 : TCTTCAAAATACAATAC--TCCT--TC----ATTAATAAAGATTTTGg
gi|17 : TAAATGAAGACT--GCGTAGGCGCCATGAAATGG-TTT-AA
gi|2 : TTCTTGTTTAAAATACAACAC--TAAT--TC----ACAAATGAAGATTTTATGTCGACCCCATCAAATTG-TTT-GAAAATATTAGTTATTATCGATGCAGTTCATAAAGTTGC-ATGGGCTCAGAAATG--AC-------------TC-----T------------T------AAAATGTTTCTTTCAAAC-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTC----GTCTACAGGTGGAGAATGTGG-TAAA-AC------AGCTGC-------AGGAATAAGGG-------C-------T-------TCAAAAGCTTCCATTGTGGCCGCCTCATGCACAGAGGCTGGGAGTATGCTCCATTGTATTAATGTTCTGGGAT-ATAATGAGT-------------------------GTC-AGAATATGTTCGTAACAGTGGATGTTGCTTGGTCTAGATCTGAAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGATGGATTGGTGG----CTACTACAAGGTGAATTATTTTA-TAAAATATTAGTAAACGTGATTGGGTTCTGCAGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTT
gi|3 : tGAACGGTGCAGTTTATAAAGTTGA-AAGTGCTCAGAAATG--GC-------------TT-----TAAAGCAATACTTT------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATTAAATTTTGATGGTG----ATCTACAGGTGGAG----GGTGCGGGGAC------AGCTGC-------AGG------GG-------T-------TAGGGCTTT-AAAAGCATTCACTGCAGCCG---------TA----TTTTTAGCATGTTCTATT---------TTCTGGAAT-ATAATGAGTACTTCATTTGTACCTGTCTTTAGATATC-TTTATATGTTTGTAACAGTGGATTTTGCTAAGTCTGGATCTGGAGTC-AATTGGAACCAGGAGGTTACTTGGCAGATTGATGG----TTACTACATGGTGAATTATCTT
gi|4 : TTTTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TT----ATTAATGAAGGTTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTAATACAATTTG-AAGTGCTCAGAGATG--ACGTTAAAGCGTTACTT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGATG----GTCTACAGGTGGAGAATGGGG-TGATGGC------ATCTAC-------AGG------GA-------TAAGGGCCT-------T-AAAAGCATCCACTGTGACCGCCTTGTGTGTAGGGGTTGGGAGTATGTTTCATTATATAAGTGTTCTGGGGGAAGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGAT
gi|5 : tCTTATTCTTCAATATTCAACAC--TCCT--TCTGACATAACTGAAGATTTTGTACCAGCGCCATTAAATAG-TTT-TAAATTATTAATTGTTATCGGTGCAGTTTATACAGTTGC-AGGTGCTCAGAAATT--AT-------------TTGAAAAT------------TCTACTAAAAA-------------CTACAATGTACATGTAC--------------GT--AC--ATT------TGTTGGTG----GTTGACAGGTGAAGAATGGAGATGAGAACTGAGTGAGCTACATGGATAAGG------GG-------C-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCACCTCATGCATAGAGGTTAAAAATAT
gi|6 : TTCTTCTTCTTCAATTTCAAACAC--TCCT--TC----CTAAATAAAGATTTTGTGCCAGCACCATAAAAAAG-T---AAAATTGTTGGTTATGATTGGTGCAGTTTATAAAGTTTA-GGGTGCACAAAAATG--ACTTGAAATGTTAT-TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--ACTTATT------TTATGTTGGCCAGTCTACAGGTAGCGAATGGGGTCAAGGAG------AGTTAC-------ATG------GA-------T-------
gi|7 : TTCTTCTTCGAAATGCA---T--TCCT--TT----ATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATGAAATAG-TTTTAAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGATCAGAAATA--------------------------------------------AAAA-------------C-------------T-----------------------------------ATGATG----GGCTACA---GGAGAACAGATGTGTGGAA------AGCTAC-------AGG------GATAAGGGCT-------T-------T-AAAAGCACCCACGTTTGCTACATCATGTATa
gi|8 : atTAGAGGTTGGGACCATGTTCCATTTTATTAGTGTTCTGTGAT-AGAAGGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTAGATGTCGTAAATGTGTTTGTAACAGTGGATGCTGCTTAGTCTTGATCTGGAGTCTAACGGGAACTAGTAGGTTATT-GGTGAATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTT-------ACATTTTTATGC
gi|9 : ACAC--TCCT--GC----ATAGTTGAAGATTTTGTGCCTGCGCCATAAAATGATTTT-ATTATTTTTAGTTCTGAT--GACCATTCTA-GCA-TTTGTAGCTGCTTAGAAATG--GT-------------TA-----T------------A------AAAA-------------T-------------TATACATCATGTAACAAGT--AC--TTT------TGATGGTG----GTCTACAGTTGGccattttt
Alignments
lowQualScore : 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 1111111 4444444444444444444444444444444 222222 1 1 2222 33333 2222
lowQualScore : 55 55 7777 1 0 3 3 0 2 555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 55 111111 8888 9 444444 4444444 2222222222222222222222222222222 5 0 2 0 5 444 6 000000 0 1 0 0 0 1 1 0 99 6 2 1111 88888 1 3333 1
lowQualScore : .. .. .... . . . . . . ... ............................................................................................ .. .. ...... .... . ...... ....... ............................... . . . . . ... . ...... . . . . . . . . .. . . .... ..... . .... .
lowQualScore : 00 00 7777 0 6 6 6 7 5 333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 555555 5555 6 444444 4444444 5555555555555555555555555555555 0 2 7 4 2 333 7 888888 6 4 0 2 2 0 2 0 00 5 0 2222 66666 0 5555 0
consensus : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTG----GTCTACAGGTGGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
Reference ( family-3133 ) : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTG----GTCTACAGGTGGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|1 : TTTTTCTTCTTCGAAATACAACACCTTCATAATC----ATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCACCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATTGGTGCAGTTTATA-----TG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------T------TAAA-------------C-------------TTT--------------GT--AC--ATT------TGATGGAG-------TA-----GGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAACATCCACTGTGACTGCCTCATGTATAGAGGTTGGGAGTATGGTCCATTGTATTGGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATATTGCTAAGTCTAGATCTGGAGTC-AA-------TAGTAGGTTATTCGGTGGGTTGATAGAGCTCTACTTCATGGTGGATTATTTGGTT-AAACATTATTAAGCATGATTGGGTTCTGTGGGTTTCAAAAGTGGGCCAATTTAAGTTTTATAACAT----GTTACTGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|10 : tC--TTCT--TC----ACCTATGA-GATTTTGTGCCATCGCCATTTAATGA-ATT-AAATTTGTTA-------T---TGCAGTTCATACAGTTGT-AATTGCTTAGAAATGTTAC-------------TT-----G-------------------AAAA-------------C-------------TAT--------------GTGTAC--ATT------TGATGGTG----ATCTACGGGTAGAGGATG
gi|11 : ttttTCTTCATCTTCAAAATGCAACAC--TCCT--TC----ATTAATGAAGATTTCG-GCCA-CACCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATGGATGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------cagagagggtgga
gi|12 : --------------GT--AC--ATT------TGATGATG----ATCAACAGGTGGAGACTGGGGATAAGGAC------AGCTAC-------AGG------GA-------T------------------AAGGGAT-CA--GTGGCCa
gi|13 : -------AGG------GC-------T-------A-------T-ATATGCATCCATTGTGGCAGTCTAGTGCACAGAGGCTGGGAGTATGTTCCATTGTATGGTTGTTCTGACAT-AGaacactatccactgcact
gi|14 : gataTCTTCTTCCTCAATATACAACAC--TCCT--TC----GTAAATGAAGA--CTGCGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-A
gi|15 : TTTCAGTTTTTTAACATGTAGGTTACGGAGCTTGTGTTATGATATTGATgt
gi|16 : TCTTCAAAATACAATAC--TCCT--TC----ATTAATAAAGATTTTGg
gi|17 : TAAATGAAGACT--GCGTAGGCGCCATGAAATGG-TTT-AA
gi|2 : TTCTTGTTTAAAATACAACAC--TAAT--TC----ACAAATGAAGATTTTATGTCGACCCCATCAAATTG-TTT-GAAAATATTAGTTATTATCGATGCAGTTCATAAAGTTGC-ATGGGCTCAGAAATG--AC-------------TC-----T------------T------AAAATGTTTCTTTCAAAC-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTC----GTCTACAGGTGGAGAATGTGG-TAAA-AC------AGCTGC-------AGGAATAAGGG-------C-------T-------TCAAAAGCTTCCATTGTGGCCGCCTCATGCACAGAGGCTGGGAGTATGCTCCATTGTATTAATGTTCTGGGAT-ATAATGAGT-------------------------GTC-AGAATATGTTCGTAACAGTGGATGTTGCTTGGTCTAGATCTGAAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGATGGATTGGTGG----CTACTACAAGGTGAATTATTTTA-TAAAATATTAGTAAACGTGATTGGGTTCTGCAGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTT
gi|3 : tGAACGGTGCAGTTTATAAAGTTGA-AAGTGCTCAGAAATG--GC-------------TT-----TAAAGCAATACTTT------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATTAAATTTTGATGGTG----ATCTACAGGTGGAG----GGTGCGGGGAC------AGCTGC-------AGG------GG-------T-------TAGGGCTTT-AAAAGCATTCACTGCAGCCG---------TA----TTTTTAGCATGTTCTATT---------TTCTGGAAT-ATAATGAGTACTTCATTTGTACCTGTCTTTAGATATC-TTTATATGTTTGTAACAGTGGATTTTGCTAAGTCTGGATCTGGAGTC-AATTGGAACCAGGAGGTTACTTGGCAGATTGATGG----TTACTACATGGTGAATTATCTT
gi|4 : TTTTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TT----ATTAATGAAGGTTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTAATACAATTTG-AAGTGCTCAGAGATG--ACGTTAAAGCGTTACTT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGATG----GTCTACAGGTGGAGAATGGGG-TGATGGC------ATCTAC-------AGG------GA-------TAAGGGCCT-------T-AAAAGCATCCACTGTGACCGCCTTGTGTGTAGGGGTTGGGAGTATGTTTCATTATATAAGTGTTCTGGGGGAAGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGAT
gi|5 : tCTTATTCTTCAATATTCAACAC--TCCT--TCTGACATAACTGAAGATTTTGTACCAGCGCCATTAAATAG-TTT-TAAATTATTAATTGTTATCGGTGCAGTTTATACAGTTGC-AGGTGCTCAGAAATT--AT-------------TTGAAAAT------------TCTACTAAAAA-------------CTACAATGTACATGTAC--------------GT--AC--ATT------TGTTGGTG----GTTGACAGGTGAAGAATGGAGATGAGAACTGAGTGAGCTACATGGATAAGG------GG-------C-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCACCTCATGCATAGAGGTTAAAAATAT
gi|6 : TTCTTCTTCTTCAATTTCAAACAC--TCCT--TC----CTAAATAAAGATTTTGTGCCAGCACCATAAAAAAG-T---AAAATTGTTGGTTATGATTGGTGCAGTTTATAAAGTTTA-GGGTGCACAAAAATG--ACTTGAAATGTTAT-TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--ACTTATT------TTATGTTGGCCAGTCTACAGGTAGCGAATGGGGTCAAGGAG------AGTTAC-------ATG------GA-------T-------
gi|7 : TTCTTCTTCGAAATGCA---T--TCCT--TT----ATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATGAAATAG-TTTTAAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGATCAGAAATA--------------------------------------------AAAA-------------C-------------T-----------------------------------ATGATG----GGCTACA---GGAGAACAGATGTGTGGAA------AGCTAC-------AGG------GATAAGGGCT-------T-------T-AAAAGCACCCACGTTTGCTACATCATGTATa
gi|8 : atTAGAGGTTGGGACCATGTTCCATTTTATTAGTGTTCTGTGAT-AGAAGGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTAGATGTCGTAAATGTGTTTGTAACAGTGGATGCTGCTTAGTCTTGATCTGGAGTCTAACGGGAACTAGTAGGTTATT-GGTGAATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTT-------ACATTTTTATGC
gi|9 : ACAC--TCCT--GC----ATAGTTGAAGATTTTGTGCCTGCGCCATAAAATGATTTT-ATTATTTTTAGTTCTGAT--GACCATTCTA-GCA-TTTGTAGCTGCTTAGAAATG--GT-------------TA-----T------------A------AAAA-------------T-------------TATACATCATGTAACAAGT--AC--TTT------TGATGGTG----GTCTACAGTTGGccattttt
blockSeqs : . . TGAC C T T G C TGT ATTTGAAAATTCTACTAAAAACTACAATGTACATGTAC GT TT AAATTT GCCA A TGAGTG ATGGATA GGTTAGGGCTT C G G GGT A ACTTCA A G T A T CG C T . TATA T GTAG G
blockSeqs : . . . T . . C C GT GTTATAAAAATTATACATCATGTAACAA . . . . G . . GATAAGGGCCT . A G TAA . A G . A G . TT T C . .
blockSeqs : . . . A . . C A TG ACTCTTAAAATGTTTCTTTCAAACTAT . . . . A . . GATAAGGGCTT . G A AAG . A A . T T . CG . T .
blockSeqs : . . . T . . A A GC ACGTTAAAGCGTTACTTTTAAAACTAT . . . . T . . AATAAGGGCT . A T TAG . . .
blockSeqs : . . . A . . C C GA GCTTTAAAGCAATACTTTAAAACTAT . . . . G . . GCTA . A . . .
blockSeqs : . . . A . . T C TG ACTTGAAATGTTATTTTTAAAACTAT . . . . . . . GGCT . .
blockSeqs : . . . T . . A A GC TTACTTGAAAACTAT . . . . . . . GAT .
blockSeqs : . . . A . . . C TA AAAACT . . . . .
blockSeqs : . . . A . . . C TG . . . .
blockSeqs : . . . T . .
blockSeqs : A
blockSeqCons : ** ** GATAAGGGCT*********************
originalCons : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTG----GTCTACAGGTGGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGG------GG-------T-------T-------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
finalCons : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTG----GTCTACAGGTGGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTAC-------AGGGATAAGGGCT---------------------T-AAAAGCATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
Alignments
lowQualScore : 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 111111 111111 1 1111111 222222 1 1 2222 33333 2222
lowQualScore : 55 55 7777 1 0 3 3 0 2 555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 55 111111 8888 0 3 444444 5 555 5 0 6666666 2 0 5 444 6 000000 0 1 0 0 0 1 1 0 99 6 2 1111 88888 1 3333 1
lowQualScore : .. .. .... . . . . . . ... ............................................................................................ .. .. ...... .... . . ...... . ... . . ....... . . . ... . ...... . . . . . . . . .. . . .... ..... . .... .
lowQualScore : 00 00 7777 0 6 6 6 7 5 333 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 55 55 555555 5555 1 4 444444 0 111 0 0 2222222 7 4 2 333 7 888888 6 4 0 2 2 0 2 0 00 5 0 2222 66666 0 5555 0
consensus : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTG----GTCTACAGGTGGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTACAGGGATAA-GGG-C-T-T-AAAAGC-------ATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
Reference ( family-3133 ) : NTTCTTCTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TC----ATNAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATCGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAAATG--AC-------------TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTG----GTCTACAGGTGGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTACAGGGATAA-GGG-C-T-T-AAAAGC-------ATCCACTGTGGCCGCCTCGTGCATAGAGGTTGGGAGTATGTTCCATTGTATTAGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATGTTGCTNAGTCTAGATCTGGAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGGCGGATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTTTG-T-AAACATTATTAAGCGTGATTGGGTTCTGCGGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTTTNTAACATGTAGGTTACNGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|1 : TTTTTCTTCTTCGAAATACAACACCTTCATAATC----ATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCACCATAAAATGG-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATTGGTGCAGTTTATA-----TG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------T------TAAA-------------C-------------TTT--------------GT--AC--ATT------TGATGGAG-------TA-----GGAGAATGGGGGTGAGGAC------AGCTACAGGG-------G-T-T-T-AAAAAC-------ATCCACTGTGACTGCCTCATGTATAGAGGTTGGGAGTATGGTCCATTGTATTGGTGTTCTGGGAT-AGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGATGTC-TGAATATGTTTGTAACAGTGGATATTGCTAAGTCTAGATCTGGAGTC-AA-------TAGTAGGTTATTCGGTGGGTTGATAGAGCTCTACTTCATGGTGGATTATTTGGTT-AAACATTATTAAGCATGATTGGGTTCTGTGGGTTTCAAAAGTGGGCCAATTTAAGTTTTATAACAT----GTTACTGAGCTTGTGTTATGATATTGGT
gi|10 : tC--TTCT--TC----ACCTATGA-GATTTTGTGCCATCGCCATTTAATGA-ATT-AAATTTGTTA-------T---TGCAGTTCATACAGTTGT-AATTGCTTAGAAATGTTAC-------------TT-----G-------------------AAAA-------------C-------------TAT--------------GTGTAC--ATT------TGATGGTG----ATCTACGGGTAGAGGATG
gi|11 : ttttTCTTCATCTTCAAAATGCAACAC--TCCT--TC----ATTAATGAAGATTTCG-GCCA-CACCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATGGATGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGCTCAGAGATG--AC-------------TT-----T------------cagagagggtgga
gi|12 : --------------GT--AC--ATT------TGATGATG----ATCAACAGGTGGAGACTGGGGATAAGGAC------AGCTACAGGGATAA-GGG-A-T-C-AGTGGCCAACACTATCCACTGa
gi|13 : GATAA-GGG-C-TAT-ATATGC-------ATCCATTGTGGCAGTCTAGTGCACAGAGGCTGGGAGTATGTTCCATTGTATGGTTGTTCTGACAT-AGcact
gi|14 : TCTTCTTCCTCAATATACAACAC--TCCT--TC----GTAAATGAAGA--CTGCGCCGGCGCCATAAAATGG-TTT-A
gi|15 : TTTCAGTTTTTTAACATGTAGGTTACGGAGCTTGTGTTATGATATTGATgt
gi|16 : TCTTCAAAATACAATAC--TCCT--TC----ATTAATAAAGATTTTGg
gi|17 : TAAATGAAGACT--GCGTAGGCGCCATGAAATGG-TTT-AA
gi|2 : TTCTTGTTTAAAATACAACAC--TAAT--TC----ACAAATGAAGATTTTATGTCGACCCCATCAAATTG-TTT-GAAAATATTAGTTATTATCGATGCAGTTCATAAAGTTGC-ATGGGCTCAGAAATG--AC-------------TC-----T------------T------AAAATGTTTCTTTCAAAC-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGGTC----GTCTACAGGTGGAGAATGTGG-TAAA-AC------AGCTGCAGGAATAA-GGG-C-T-TCAAAAGC-------TTCCATTGTGGCCGCCTCATGCACAGAGGCTGGGAGTATGCTCCATTGTATTAATGTTCTGGGAT-ATAATGAGT-------------------------GTC-AGAATATGTTCGTAACAGTGGATGTTGCTTGGTCTAGATCTGAAGTC-AACGGGAACTAGTAGGTTATTCGATGGATTGGTGG----CTACTACAAGGTGAATTATTTTA-TAAAATATTAGTAAACGTGATTGGGTTCTGCAGGTTTCAAGGGTGGGCCAATTTAAGTTT
gi|3 : tGAACGGTGCAGTTTATAAAGTTGA-AAGTGCTCAGAAATG--GC-------------TT-----TAAAGCAATACTTT------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATTAAATTTTGATGGTG----ATCTACAGGTGGAG----GGTGCGGGGAC------AGCTGCAGGGGTTA-GGG-C-T-TTAAAAGC-------ATTCACTGCAGCCG---------TA----TTTTTAGCATGTTCTATT---------TTCTGGAAT-ATAATGAGTACTTCATTTGTACCTGTCTTTAGATATC-TTTATATGTTTGTAACAGTGGATTTTGCTAAGTCTGGATCTGGAGTC-AATTGGAACCAGGAGGTTACTTGGCAGATTGATGG----TTACTACATGGTGAATTATCTT
gi|4 : TTTTTCTTCAAAATACAACAC--TCCT--TT----ATTAATGAAGGTTTTGTGCCGGCGCCATAAAATGT-TTT-AAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTAATACAATTTG-AAGTGCTCAGAGATG--ACGTTAAAGCGTTACTT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--AC--ATT------TGATGATG----GTCTACAGGTGGAGAAT-GGGGTGATGGC------ATCTACAGGGATAA-GGGCC-T-T-AAAAGC-------ATCCACTGTGACCGCCTTGTGTGTAGGGGTTGGGAGTATGTTTCATTATATAAGTGTTCTGGGGGAAGAATGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTGGAT
gi|5 : tCTTATTCTTCAATATTCAACAC--TCCT--TCTGACATAACTGAAGATTTTGTACCAGCGCCATTAAATAG-TTT-TAAATTATTAATTGTTATCGGTGCAGTTTATACAGTTGC-AGGTGCTCAGAAATT--AT-------------TTGAAAAT------------TCTACTAAAAA-------------CTACAATGTACATGTAC--------------GT--AC--ATT------TGTTGGTG----GTTGACAGGTGAAGAATGGAGATGAGAACTGAGTGAGCTACATGGATAAGGGG-C-T-T-AAAAGC-------ATCCACTGTGGCCACCTCATGCATAGAGGTTAAAAATAT
gi|6 : TTCTTCTTCTTCAATTTCAAACAC--TCCT--TC----CTAAATAAAGATTTTGTGCCAGCACCATAAAAAAG-T---AAAATTGTTGGTTATGATTGGTGCAGTTTATAAAGTTTA-GGGTGCACAAAAATG--ACTTGAAATGTTAT-TT-----T------------T------AAAA-------------C-------------TAT--------------GT--ACTTATT------TTATGTTGGCCAGTCTACAGGTAGCGAATGGGGTCAAGGAG------AGTTACATGGATA
gi|7 : TTCTTCTTCGAAATGCA---T--TCCT--TT----ATTAATGAAGATTTTGTGCCGGCGCCATGAAATAG-TTTTAAAATTGTTAGTTATGATAGGTGCAGTTTATACAGTTTG-AGGTGATCAGAAATA--------------------------------------------AAAA-------------C-------------T-----------------------------------ATGATG----GGCTACA---GGAGAACAGATGTGTGGAA------AGCTACAGGGATAA-GGG-CTT-T-AAAAGC-------ACCCACGTTTGCTACATCATGTAT
gi|8 : atTAGAGGTTGGGACCATGTTCCATTTTATTAGTGTTCTGTGAT-AGAAGGAGTA-----TTTGTAAGTGTCTTTAGATGTCGTAAATGTGTTTGTAACAGTGGATGCTGCTTAGTCTTGATCTGGAGTCTAACGGGAACTAGTAGGTTATT-GGTGAATTGATGG----CTACTACATGGTGAATTATTT-------ACATTTTTATGC
gi|9 : ACAC--TCCT--GC----ATAGTTGAAGATTTTGTGCCTGCGCCATAAAATGATTTT-ATTATTTTTAGTTCTGAT--GACCATTCTA-GCA-TTTGTAGCTGCTTAGAAATG--GT-------------TA-----T------------A------AAAA-------------T-------------TATACATCATGTAACAAGT--AC--TTT------TGATGGTG----GTCTACAGTTGGccattttt