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Reference ( gi|2 ) : AGGGGCGTAGCG--GGACAATTTTGAAAGTTACTC--AGGCTCTGGGCAGGGTGTGCGAATGTGATT-CC-AC-TTCCGCTGGTTG-GAGT-----C--GGGATGGGTGGGGATGGGTGGCACC----TTC-C-CT----G-G-----------GAAAT-ATTTT-AGAAAT-AAAA-G--T--G--A-AA-TGATGACTT---C--T--G--GTGA---C-----T-T-----T--TCAAA--TGTT-A------TTATGCT-TCATTTGGGGT-AG-AACA--CA--T----TAC----T----T--A--AA-AC--A---A--T-A----T-TT-A-CC-----TA------CATCG----------GT-----A--A-A-T---GTC--GG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCTA----AATTA--GGTCG-ATA-TTTAAC---ATAAAAGACACAGT--GAAC----ACGGTTGCTAT----ATGCAAGGAACAGTT
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13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|2 : AGGGGCGTAGCGG--GACAATTTTGAAAGTTACTCAG--GCTCTGGGCAGGGT-GTGCGAATGTGATT-CC-A-C-TTCC-GCTG-GTTGGAGTC-G-GGATGGGT--GGGGATGGGTGGC-ACCTTCC-C-T--G-G--GAAA-TATTT--T----A-GAAA-TAAAA-GT----GAAA-TGATGACTT---C--T---GG-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA--TGTT--ATTATGCT-TCATTTGGGGT-AG-AACA--CA--T----TAC----T----T--A--AA----ACA---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---T---AA-AT---------------GTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TA-AC---A---TAAAAGACACAGTGAACACG------GTT-GCTAT----ATGCAAGGAACAGTT
gi|20 : GGC-ACCTTCC-C-C--G-G--GATA-C-TTTA-T----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAAATGGTGATTC---T--T---AA-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AA------T--GTTATACT-TCAAT-GGGAT-AG-AACA--CA--T----TAC----T----T--A--AA----T-----AT-TTTT-AGT-----TA------CATCAG---A---AA-AT---------------GTCAG---CCC--------------------GT--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATAA--GGATG-ATG-TT--TT-AC---A---TAA--GACATGGTGAACAC--------TT-GCTAT----ATGCATGGAACAGTT
gi|21 : agTCCC-C-C--GCG--GAAA-G-TTT--T----A-GAAA-TAACA-GA---AGAAA-AGGTGACTT---C--T---GT-TG------A---C--T--------T-----T--TT--AAA--T-----GTTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-AACA--CC--T----TAC----T----T--A--AA----T------T-TTTT-ACC-----TA------CATCTG---T---AA-AT---------------GTCGC---CCC--------------------GG--AC-----------AGCATA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAATAACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGCACGGAACAG
gi|22 : gggaacaCCCTCC-G-C--A-G--GAAA-C-ATT--T----C-GAAA-TAGAG-GT---AGAAA-TGGTGATTT---C--T---TT-TG----------------------------T--TC--AAA--T-----GTTATACT-TCATTTGG-CT-GA-AACA--CA--T----TAT----T----T--A--AA----AGA---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AT-AT---------------GTTAG---CCT--------------------GG--AA-----------TGCATA--C---TCT---------TA--GGTCA-ATG-TT--TA-AC---A---TAAAAGACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGAATGGAACAGTT
gi|24 : gaacttTCC-C-C--C-G--CAGA-T-TTT--TTTTTA-GAAA-TATGA-GT---AGAAA-TTATGGCTG---T--T---AG-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TT--G--ACGCT-TCAGT-GGGCT-AG-AAAA--CA--T----TAC----T----G--A--CA----G-----AT-ATTT-ACC-----TG------CATTGG---G---AA-AT---------------GTCGG---CTG--------------------GG--AC-----------T--ACA--T---TCT-A----AATTA--GGTTG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAAGACACAGTAAACACT------ATT-GCTAT----A-GCAc
gi|25 : gggaaca-TT--TT-AC---A---CAAAGGGCACA-------CT------GTT-GTGTT----ATGCATGGAACAGTTgag
gi|26 : ttttcggtccgcacac-C-T--G-G--GAAACT-TTT--T----A-TAAA-TAAAA-GT---AGAAA-TTTTGATTT---C--C---GG-TG------A---C--T--------T-----C--TC--AAA--T-----GTTATGCT-TCATT-GGGAT-AG-AACA--CA--T----TAC----T----T--T--GA----T-----AT-ATTT-ACC-----TA------TATTAG---G---AA-AT---------------GTCAG---CCC--------------------AG--AC-----------TGCATA--T---TCT-A----AATTT--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAA--ATACAGTGAACACT------GTT-GCTAT----ATGCATGGAACAGTcatactgcaacgttcaagtaggttacctgtttgtacccctcctgttttcctattagttctttttagcctttttatttttttaagacttcaatttccaatgttactcatcagagtaacttggtatgccacactacgcacttg
gi|27 : -G--GAAA-T-GTT--T----A-GA---TAGAA-GA---AGAAA-TTGTGACTT---C---------------------C--T--------T-----TG-TT--AAA--A-TT---TTATGCT-TCATTT-------------------------AT----T----T--A--AA----ATA----T-ATTT-CCC-----TA------CATCGA---G---AA-ATATCAGCTTGAGAAATGTTGA---CCC--------------------AG--AC-----------TGCACA--C---TCT-A----ACTTA--GGTGG-ATT-AT--TA-AC---A---GAAAGGACATAGTGAACACT------GTT-GTTCT----AAGCAT
gi|28 : aaacttctgctgtCTCCC-C-T--G-G--GATT-C-TTT--T----A-AAAAATTGAA-GT---ATAAA-TGGTGA----------------------------------------T-----T--TT--AAA--C-TT--GT-ATGCT-TCATA-AGGCT-AC-ATCA--CA--T----TACATGTT----T--A--AC----AAA---AT-ATTT-ACC-----TG------CGGCTG---G---AT-AT---------------ATCGA---CCTATATATGTATATGACTTCTAGG--AT-----------TACACA--G---TCA-A----AATTA--GGTCG-ACC-TT--TT-AC---G---CCAAGGACACAGT
gi|29 : tT---AGAAA--GGTGACTT---T--T---TT-T-----------C--T--------G-----T--TC--AAA--T-TT----CATGCT-CCATTTG--TT-AT-GACA--CA--T----TAC----C----T--A--AA----ATA----T-ATTT-TCC-----TT------CATCGG---G---AATAT---------------TTTGA---CCC--------------------GG--AC-----------TTTACA--C---TCT-A----ACGAA--GTCCG-ACG-TT--TT-TC---T---TAAAGGACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGCATGGAACCGTttc
gi|3 : cccacaacctgcggacaattt-TTT--T----A--AAT-TAGAA-AT---ATAAA-TACTGGCTT---C--T---GC-TG------A---C--T--------G-----T--TC--AAA--T-TT--TTTATGTT-TCA-CCGGACT-AA-AATC--CA--T----TAC----T----T--A--AAC---AGA---AT-ATTA-ACC-----TG------CGGCGG---G---AC-AT---------------ATCAG---CCT--------------------GGATAT-----------TGC-----T---TC---------TCG--GATTGAACACTT--TT-AC---A---CAGAGGAC-------ACATT------GTT-GCGTT----ATGCATGGAACAGT
gi|30 : -C-C--GAG--GAAA-T-GTT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---GCAAA-TGGTGACTT---C--A---TA-TG-------------T--------G-----T--TT--AAA--T-TG----TATGCT-TCATTTGA-CT-AG-AACA--CA--T----TGT----T----TTAA--AA----ATAT--AT-ATTT-ACC-----TA------AATCGG---C---AG-AT---------------GTCAC---CCC--------------------GG--AT-----------TGCACA--C---TCT-A----ACTTAG-GGTCG-A-A-TT--TTAAC---A---TAAAGGGCACA-T--------------TT-GCTTT----ATGCGTGGAAcatacttttaagtaggttacctatttgcacccctcctgtttgtttgttttttcagttgcttctaccgactttttagccttttttaaggcttcaattttaaaattgagtatgccatgctacacgcctg
gi|31 : -TTT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TTTTGACTT---C--T------T-----------C--T--------G-----T--TC--AAA--A-TT----TATGCT-TCATTTGG-CT-AG-AGCA--CA--T----TGC----T----T--A--AA----A-----AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-AC---------------GTCTG---CCC--------------------AA--AC-----------TGCACG--C---TCT-A----ACTTA--GGTCT-AAG-TT--TT-AC---A---TAAAGGACACAGTAAACACT------GTT-GCTTT----ATGCATTGAACAGTT
gi|32 : TT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGACTA---C--T---TG-TGTTGTT-G---T--T--------TTTTTCT--TC--AAA--T-T----TTATTCC-TAA-TTGGGTG-AG-AACA--AA--T----TA-----T----T--A--AA----AAA---AT-ATTT-ACTGGAAATAT-----TATCTG---G---AA-AA---------------GTTGA---CCT--------------------GG--AC-----------TGCTAA--C---TCT-T----AAATA--AGTC-------------AC---A---------GCAC-TTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGGATGAAc
gi|33 : -TTT--T----A-GAAA-TAGAA-AT---ATAAA-CAATGGCTT---A--T---GC-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TT---TTATGTT-TCA-TCGGGAT-AA-AACT--CA--T----TAC----TA---T--A--AC----AGA---AT-ATTA-ATC-----TG------TGGCGG---G---GC-AT---------------GTCTG---CCC--------------------GG--AT-----------AAGGC---T---TC---------TCG--GGTTGCACACTT--TT-AC---A---CAACGGAC-------ACACT------GTT-GTGTT----ATGCATGGAACGGTTt
gi|34 : aaGGC-ACCTTCA-C-T--G-G--GAAA-C-TTA--T----A-GAA--TAAAA-AT---AGAAA-TGGTCACTT---C--T---GG-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-----ATTATGCT-TCATT-GGGAT-AG-ATCA--CA--T----ATC----T----T--T--AA----T-----AT-ATTT-ACC-----TA------CCTCGG---G---AA-AT---------------GTCAG---TAT--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTTG-AAG-TT--TT-AC---A---TATAAGACACAGTGAA
gi|35 : agA-TAAAA-GT---AGAAA-TTGCGAGTT---C--T---GG-TG------A---C--T--------T-----T--TT--AAA--T-----GTTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-ATCA--CA--T----TAC----T----T--G--AA----AAA---AT-AATT-ACC-----TT------CATTGG---A---AA-AT---------------GTCGG---CCT--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----ACTTC--GGTTG-ATA-TT--TT-AC---A---AAATAGACATAGTGAACACG------GTT-GCTAT----ATGCATAGAACA
gi|36 : AGGGGCGTAGCGT--G--------GGAAGTTACTCAG------TGGGTGGG--------AGAGGGATT-TC-T-C-T--C-TTTG-A------------G--GGTT--GGGG---------------TC-C-A--G-G--GGAT-T-TTT--T----A-GAAA-CGGAA-GT---AATAA-TGGTGGCTT---C--TCA-GA-TA------A---T--C--------T-----T--TC--AAA--T-TT---TAATGCT-TTATTTGGGCT-AG-AACA--CA--TGAAGTAC----T----T--G--AAT---AAA---AT-ATTT-ACT-----T
gi|37 : cGGC-ACCTTCC-A-C--G-G--GAAACT-TTT--T----A-GAAA-TGAAA-GT---AGGAA-AGGTGACTT---C--T---GT-TA------A---C--T--------T-----T--TC--AAA-----C--GTTATGCT-TCAg
gi|37 : agC-----TT------CAACGA---A---AA-AT---------------GTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-ACATAA---TAAAACACACAGTGAACACT------GGT-GCTAT----ATGAACAGAAGAGTTacgaaaaatgtcggcccggactgcacattctaaattaggtcgatattttacataataaaacacacagtgaacactggtgctatatgaacagaagagtta
gi|38 : agggcaccttccacgggaaactttttagaaatgaaagtaggaaaggtgacttctgttaacttttcaaacgttatgT--T----A-GAAA-TAAAA-GT---ATAAA-AGATGACTT---C--T---TT-TG----------------------------T--TC--AAA--T-TT--G--ATGCT-TCATTTGA-CT-AG-AACA--AA--T----TAC----T----T--A--AA-----------T-GTTTTACC-----TT------AATCGG---G---AA-AT---------------GTCGG---CCC--------------------GA--AC-----------TGCACA--C---TCT-A----ACTTA--CATCG-ATG-TT--TT-AC---A---TTAAGGACACGGT---CACT------GTT-GCTTT----ATGCATGAAACAa
gi|39 : TTGGAAGTTGCTCC-----------TAGGGTTGGGCGG-TGGCACA-CC-C-A-TTCC-GTTG-GTGAGTGCCTGCGG--AGGA--GGGGATGG-TGGG-A------------G-G--G--------T--T----A-GAAA-AAGAA-GT---ATAAA-GTTTGGCTT---C--T---GG-TG------A---C--T--------G-----T--TC--CAA--C-T----TTATGAT-TCA-TTAGGAT-AA-AACA--TAAGT----TAT----T----C--A--A
gi|4 : agtctgacactg-TTT--T----A-GAAA-TACAA-GT---ATCGA-TAATGGCTT---C--T---GC-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TT--TTTATGTT-GCA-TTGGGCT-AATAATT--CT--T----TAC----T----T--A--AAC---AAA---AT-ATTA-ACC-----TG------CGGCGG---G---AC-AT---------------GTCAG---CCC--------------------GG-----------------------T---TTT-G----GCTT----CTCG-AGC-TT--TG-AC---A---CAA-------AGTGCACGCT------GTT-GGGTT----ATGTATGGAACAGTTg
gi|40 : ataaCTTCC-C-C--G-GCTGGAA-T-TTT--T----A-GAAA-CAGAA-GT---AGAAA-TGACTACTT---T--T---G--------------------------------T--CC--AAA--T-TT--A--ATGCT-TTATTTGA-CT-GG-AACA--CA--T----TTC----T----------AA----AAA---A------------------------------------AA-AT---------------AT---------------------------------A------------TGCACA--C---T-----------TA--GGTTG-ACA-TTAATC-AC---A---TCAAGGACACAGTGAACACT--------T-GCTTT----ATGCATGGAACAGTTcatactaaaacttttaagtttgtacgcctcctgtttttctattgttttttttaagccttttttttttaagacttcgattt
gi|41 : gggaa--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---A--T---TG-TGTTGTTTT---T--T--------T-----T--TT--AAT--T-TT--ATT---CC-TAA-TTGGGCC-AG-AACA--AA--T----TAT----T----T--A--AA------A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCTG---G---AG-AA---------------GTCGG---CCC--------------------GA--AC-----------TGCTGA--C---TAT-A----AATTA--AGT------------------------------CACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGTAT-GAACAG
gi|42 : GGGGCGTAGCGT--GACAAATT-AAAGGTTACTCAA------TGAGTAGGG------GGAT----TT-TC-C-C-TTCT-GT-------------------GGGT--TTGGAT--------------C-C-A--G-G--GAAA-T-TTT--T----A-TAAA-TGGAA-GT---AAAAA-TGATGACTT---C--T---GG-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TT--A-AATGCT-TTA-TTGGGTA-AG-ATCA--CA--T----TAA----TCAAGT--A--AA----ATA---AT-
gi|43 : CTTCC-C-C--A-GCGGAGA-T-TTT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAGA-TGGTGACTT---C--T------TG-----------------------------------------------------T-TTATTT-GACT-AG-AACA--CA--T----TAG----T----T--T--TT----TGT---TT-TTTT-ACA-----TA------CATCAG---A---AA-AT---------------GTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--
gi|43 : agaggaaAGGACACGGTGAACACT------GTT-ACTAT----ATGCCCGGAACAGTTggacacggtgaacactgttactatatgcccggaacagttca
gi|45 : agaggaacttccccagcggagatttttagaaatagaagtagagatggtgacttcttgtttatttgactagaacacattagttttttgtttttttacatacatcagaaaatgtcggcccggactgcac-TAGAA-AT---AGAAA-TAGTGATTT---A--T---C--------------C--G--------C-----T--TC--AAG--T-TT----TGTGCT-TCATT--GGCT-AG-AGCA--AA--T----TTC----T----TT-A--AA----AAA---AC-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---C---AA-AT---------------GTCGA---CT--------------------------------------TACACA--C---TCT-A----ACTTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAGCGGACACA---------------GTT-GCTTT----ATACATGca
gi|46 : atgttAGGGGCGTAGCGTTAAACAA--TTGGAAGTAACTCAG--G-----GTTAAGGT-GCGAGAAAGGTATC-TC-C-C-TTCC-GTTG-GTAGG-----G-G-------------ATGAG-GG--GCCTTCT-C-C--T-G--GGAT-G-CTT--T----A-GAAA-AAGAA-AT---ATAAA-TAATGGCTT---C--T---GA-TG------A---C--T--------T-----T--TA--AAA--C-TT---TTATGCT-TCATT
gi|47 : GGCGTAACGT--GAATGTTTTGAAAGTTA---AC--G---TAGGGAGAGT-GTG-GAAGGCTTCT-CC-C-C-TCCC-GCCA-GTGGG-----G-G------T------ATGAG-----GCCCTCT-C-C--A-GA-GAAA-C-TTT--T----A-GGAA-TCAAA-GT---TAAAA-TGGTGGCTT---C--T---GGTTG------T---C--T--------T-----T--GA--AAAACT-TT--ATT
gi|48 : ca--T-TT--GTTATGCT-TCA-TTGGGCT-AG-AACA--CA--T----TAC----T----T--A--AA----AAA---ATAATTT-ACC-----TA------CATCTG---G---AA-AT---------------GTCGG---CCC--------------------AG--AC-----------TGTTCA--T---TCG-T----TATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAAGACACAGGGAACACT------GTT-GTTAT----ATGCACGGAAtttaatt
gi|49 : aaacgttGGC-ACCTTTC-C-C--G-T--GATT-T-TTTTTT----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAA-GGGCGACTT---C--T---GG-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA-----T--GTTATGCT-TC-TTTGAGTT-AG-AATA--CA--C----TGC----T----T--T--AA----A-A---AT-ATTA-ACC-----TA------CGTCAG---G---AA-AT---------------GTTGG---CCC--------------------GG--AC-----------GGCACA--T---TCT-
gi|5 : g-TTT--T----A-GAAA-TACAA-GTATAAAAAA-TGGTTA------C--T---GC-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TTTGAATATA---TCA-TTGGGCTAAA-AACT--CA--T----TAT----T----T--A--AGC---AAA---AT-ATTA-ACC-----TG------CAGCGG---A---AC-AT---------------GTCAG---CCC--------------------GG--AT-----------TTGGCT--T---T----------TCA--GGTTGCACA-CT--TTGAC---A---CAAAGGAC-------ACACT------GTT-ACGTT----ATGCATGGAA-AGTT
gi|50 : taaGGGTGTAGCGT--GACTAATTTGGCAGATACTCAG--G----GGG-AGAGT-GT-C--ATATAATT-CC-CAC-TTTT-GCTG-GTG---------------------------GT--C-ACCT---------G-A--AAAA-T-TTT--T----A-GAAA-TAGAA-GA---ATAAA-TAGTGTCTT---C--T---GG-TG------A---C--T--------T-----T--TC--TAA--C-TT---TTATGCT-TCAcatactgcaacttttaagtaggttacctatttgcagccctcctgtttttctattggatctttttagcctttttag
gi|51 : GGGCATAAAGT--GACACATTATTAAGTTAATCAG--G----AGAT-GGGT-G----------ATT-CC-C-CATTCC-CCTG-GTGGA-----G-G-----------------------------T-C-T--G-T--GAAA-C-TTT--T----A-GAAA-TAAAAAGT---GTAAA-TGGTGTTTT---C--T---GG-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TT---TTATGCT-TCA
gi|52 : atGGTGTAGCAT--GACAAATTTAAAATTTATTCAG--G----GGG-AAGAT-GTGCCAGGGGGAAT-CC-C-C-TTTTTGCTT-GTGGG-----G-G------T--ACAGA--GGT-------CTCC-C-CAAG-G--GAAA-T-ATT--T----A-GAAA-TAGAA-GA---ATAAA-TGGTGACTT---C--T---GG-
gi|53 : aaTTA--GGCCG-ATA-TT--TT-AC---A---GAAAAGACAC---------T------GTT-GCTTT----ATGTATGGAAAAGTTgt
gi|54 : agtCA--G---TCT-A----AATTT--GGTCA-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAGG---------ACACT------GTT-GGTTT----AAGTATGGAAGAGTTaatactgcaactttttaagtacctattagtacacccctcctgttaaatgtctttttcttctatcgatttttgtgcctg
gi|55 : --------T-----T--TC--AAA--T-----GTTACACT-TCATTTGG-CT-AA-ATCA--CA--T----TAC----T----T--G--AA----AAC---AT-ATTT-ACC-----TT------CATCAG---G---AA-AT---------------GTCAT---CCT--------------------GG--CT-----------TGCACA--T---TCC-A----ACTTT--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAGTAGACACAATGcatactgcaactttttaagtacctatgtgtacacccgtcctgttaaatgtatcgcttctatcgacttt
gi|57 : GGC-GCCTTCC-C-C--G-G--GAAA-CGTTT--T----A-GAAA-TAAAA-TT---AGAAA-TGGTGACTC---C--T---GG-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA-----T--GTTATGCT-TCA-TTGGGAT-AG-AACA--CA--T----TAC----T----T--A--AA------T---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-
gi|58 : GGTATAGCGT--GACAACTTTGGAAATTATTCAGGAG---TGGG-AGG
gi|58 : t--G-A--GAAT-T-TTT--T----A-TAAA-CAGAA-GT---AAAAA-TGGTGGTTT---C--T---GG-TT------A---A--T--------T-----T--TC--AAAG-T-TG--A--ATGCG-TCATTagagaattttttataaacagaagtaaaaatggtggtttctggttaattttcaaagttgaatgcgtcattgtacta
gi|60 : tggtatagcgtgacaactttggaaattattcaggagtgggaggaGTAGCGT--GACACATTTGGAAGTTACCGAA-------GGATAAGGT-GTGCGAGGGTAATTCCC-A-T-TTCC-GCTG-AT----------GG--GAGTCAAGGGAT---------------------------AA----TTA--T----A-GAAA-TAGAA-GT---ATAAA-TAATGGCTT---C--T---gtacta
gi|61 : ga-G--GAAA-T-GTA--T----A-GAAA-TCGAA-GT------------T--CTT---C--C---G--------------------------------T--TC--AAA--T-T---AT-ATGCT-TCAT-----------------CA--T----TAC----T----T--G--AA----ATA----T-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-AT---------------GTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCATA--C---TCT-T----ACTTA--
gi|62 : gctgcAGGGGCGTAGCGT--AACACATTTGGAAGTTACTCTG--G---TGTGTGGAGT-GTG
gi|63 : aatacatacaatgtcgacattaaatgtcgttttaaattaatgctttctcc---C--C---GG-TG------AAA-C--T--------T-----T--TT--AGA--C-TT---TTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-AAAA--CA--T----TAC----A----T--A--AA----CAA---Atatgtggggagagggg
gi|64 : tccgagatctcctcccGTGA-TT---C--T---GG-TG------G---C--T--------T-----T--CC--AAC--T-TT----TATGCT-TCATT-GGACC-AG-AAAA--TA--T----TAC----T----A--A--AT----AAA---AT-ATTT-ACC-----TA------Cctttcggtccgaccagtcatagtttttatcggactgcac
gi|65 : aatataccacggggacattttcaTTA--GGTTG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAGGACA-A--------T------GTT-GGTTT----ATGTATGGAAAAGTTtgcttcaaatgt
gi|66 : -T-TTT--T----A-GAAA-TAGAA-TT---AAAAA-CGGTGGTTT---C--TCA-CG-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAAC-T-TT--A--ATGCT-TCA-TCGGATA-AG-AACAGCCA--T----TAC----T----T--G--AAC---AAA---AT-ATAT-ATC-----Tcatactgcaacttgtacctattttaatgtctattgtttccatctattttttagcc
gi|67 : gtAGGGGCGTAGTGT--GACAAATTTAGAAGTTACTCGATTG---TGGGAAGGGG-GT
gi|69 : attattatctgatttagacagaattc-T-TTT--T----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAA-TGGTGGCTT---C--T---GG-TG------A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-cctcccccacccccaccccccattgga
gi|7 : ttcaggagcgtaacgtgacatttttaatgcggattCTTCCAC-C--GCG--GAAA-T-GAT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGATTT---C--T------------------T--T--------TA----T--TC--CAA--T-TG----TATGCT-TCATTTGG-CT-AG-AGTA--CA--T----TAC----T----T--ACAAA----ATATTAGT-ATTT-ACC-----TA------TATCGA---T---AA-TT---------------GTCGG---CCC--------------------CG--AC-----------CGCACA--C---TCT-A----ACTTA--AGTCG-ATG-TT--TA-AC---A---TAAAGAACAGAGTGAACACT------ATT-GCTTT----ATGCATGGAACAGTTgtgatat
gi|70 : ggaaaC-GCCTTCC-C-C--G-GT-GAAA-C-TTC--T----A-AAAcatatcgaaatttttaagtacctttttgtaaccctgccatgctt
gi|70 : ccgaggt---C--C---GG-TG------AAA-C--T--------T-----C--TA--AAA--C-TT---TTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-AAAA--CA--A----TAC----T----T--A--AA----Acttttatgcttcattgggctagaaaacaatacttaaaaacgacactgttggtttg
gi|71 : ccgaggtcgccttccCTTCC-C-T--G-G--GAAA-TATTT--T----A-GAAA-TAAAA-CT---TGAAA-TGATGACTT---C--T---GG-TT------A---CTTT--------T-----T--TC--AA------T--GTTATGCT-TCATCTGGacgacactgttggtttg
gi|72 : g---CTC--------------------GA--AC-----------AGCACA--G---TGT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAG----------ACAAT------GTT-GGTTT----ATGTGTGGAA
gi|75 : ------A---C--T--------T-----T--TA--AAA--C-TT---CTATGCT-TCA-TTGGGCT-AG-Aaa
gi|8 : tctgaggtcgtctccccctgtgaaCCT---C--C---GG-TG------A-----------------------------AA--C-TT---TTATGCC-TCGTA-GGGCC-AG-AAAA--GA--C----TAC----T----C--A--AA----CAA---AT----T-ATCAG---TA------GGTCCA---G---AT-AT---------------GGTTT---CTC--------------------GG--AC-----------TGCAG-------TCT-A----AATTA--GGTCA-ATA-TT--TG-AC---A---TAAAGGACACTGTTGGCCCG------GTT-TATATATAAATGTATGGAAAAGTT
gi|9 : ccaaggtctcctAAGGGCGTAGCGA--AACAAATTTGGAAGTTATGCA------------AGAAT-GTGCGAGGGCGATT-CC-A-AATTCC-GCTG-ATGGG-----G-G----------------------------TC-C-T--G-G--GATA-A-TTT--T----A-GAAA-TATAA-AT---ATAAA-TAATGGCTT---C--T---GC-CT------A---C--TTTCAAAACT-----T--TT--AAA--C-TT--TTTATG-T-TCA-TTGTGCT-AA-AAAATCCA--T----TAC----T----T--A--AAC---AAA---GT-ATTA-ACC-----TG------CGGCGATATG---AC-AT---------------GTCAG---CCC--------------------GG--AT-----------Tcatactgcaactgtttaaataccttgtacacccgcccagtaaaatgtctattgcttctatcaatttttaacattt
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GATGTTGGTTTATGCAGAGACATAGATACATGTATCACTGTCTCTGGCTTATGTATGGAAAAGTTCATACTACAACTTTTTAAGTTCCTATTTGTACACCTCATCTGTTAAATGTTTATTACTTCTATCGATTTTATCCCTTTTCTAAGACTTTGATTTTTTTATCAAATTTTATCTATTGAGCCAATCAAAAACAAAACACGCCTGTTAGACACAACAAGGAATAAGAGATATAGGTCTTTGGACACAGCCATTAATTCTCAC
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Reference ( family-301 ) : AGGGGCGTAGCGT--GACAAATTTGGAAGTTACTCAG--G---TGGGTAGGGT-GTGCGAGNGNGATTC-CC-C-TTCC-GCTG-GTGGG-----G-GG--GGGT--GGGGATGGGTGGC-GCCTTCC-C-C--G-G--GAAA-T-TTT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TTGTTATGCT-TCATTTGGGCT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-A-AA----AA----A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAGGACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGCATGGAACAGTT
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gi|16 : aatTCC-CAC--GCG--GCAA-T-TTT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---TAAAA-TGGTGACTT---C--T---TC-TG------------------------------TCGAAAA--T-TT---ATGCT-TCATTTGG-CT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----A-T-A-AA----AA----C---AT-ATTT-ACC-----TAGATCTACATCGG---G---AA-ATGTTGA---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--C---TCT-ATTTTGATCGATGGTCG--TG-TT--TT-AC---A---TAAAGGACATAGTGGACACA------GTT-GCTTT----ATGCCTGGAACAGTcatgctgcagctatcaagtacaaatttgaactcctgttacatttctattgacgttttagcctt
gi|17 : ggaacaGGT-GCCTTTC-C-T--G-G--GAAA-CATTT--T----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---C--T---GT-TG-----A---A--G--------T-----T--TC--AAA--T---GTTATCCC-TCAGTTGGA-T-AG-AACA--CA--T----T-----CC----T-T-A-AA----TA---------T-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TAT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-GC---A---TAAAAGACACAGTCAAAACTGTAACAGTT-GCTAC----ATGCGCGAAGCA
gi|18 : CTTCC-CTC--G-C--GGAA-T-TTT--T----A-GAAA-TAGGA-GT---AGAAA-TGATGGCTT---T--T---AG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TT--TACGCT-TTAAT-GGGTT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-T-AA----AA----G---AT-ATTT-ACT-----TG------CATTGAT--A---AA-ATGTCGG---CTC--------------------GG--AC-----------TGCA----T---TCT-A----AATTA--GTTTG-ATA-TT--TT-AC---A---TGAAAGACACAGTGGACACT------ATT-GCTAT----ATGCACGGAACAGTTct
gi|19 : gaaC-GCCTTCC-C-C--G-G--GAAA-C-GTT--T----AAGAAA-TAAAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----TGGTG--AAA--T---GTTATGCT-TCATT-GGGTT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-----AT----AA----C---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---A---AA-ACGTCGG---CCC--------------------GG--GC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTTG-ATA-TT--TT-AA---A---CAAAAGACACAGTGAACACT------GTT-GCTAT----ATGCACGGAACAGTc
gi|2 : AGGGGCGTAGCGG--GACAATTTTGAAAGTTACTCAG--GCTCTGGGCAGGGT-GTGCGAATGTGATTC-CA-C-TTCC-GCTG-GTTGGAGTC-G-GGATGGGT--GGGGATGGGTGGC-ACCTTCC-C-T--G-G--GAAA-TATTT--T----A-GAAA-TAAAA-GT----GAAA-TGATGACTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--TGTTATTATGCT-TCATTTGGGGT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-A-AA----AC----A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---T---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TA-AC---A---TAAAAGACACAGTGAACACG------GTT-GCTAT----ATGCAAGGAACAGTT
gi|20 : GGC-ACCTTCC-C-C--G-G--GATA-C-TTTA-T----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAAATGGTGATTC---T--T---AA-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AA------TGTTATACT-TCAAT-GGGAT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-A-AA----TA---------T-TTTT-AGT-----TA------CATCAG---A---AA-ATGTCAG---CCC--------------------GT--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATAA--GGATG-ATG-TT--TT-AC---A---TAA--GACATGGTGAACAC--------TT-GCTAT----ATGCATGGAACAGTT
gi|21 : agTCCC-C-C--GCG--GAAA-G-TTT--T----A-GAAA-TAACA-GA---AGAAA-AGGTGACTT---C--T---GT-TG-----A---C--T--------T-----T--TT--AAA--T---GTTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-AACA--CC--T----T-----AC----T-T-A-AA----T----------T-TTTT-ACC-----TA------CATCTG---T---AA-ATGTCGC---CCC--------------------GG--AC-----------AGCATA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAATAACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGCACGGAACAG
gi|22 : gggaacaCCCTCC-G-C--A-G--GAAA-C-ATT--T----C-GAAA-TAGAG-GT---AGAAA-TGGTGATTT---C--T---TT-TG---------------------------T--TC--AAA--T---GTTATACT-TCATTTGG-CT-GA-AACA--CA--T----T-----AT----T-T-A-AA----AG----A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AT-ATGTTAG---CCT--------------------GG--AA-----------TGCATA--C---TCT---------TA--GGTCA-ATG-TT--TA-AC---A---TAAAAGACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGAATGGAACAGTT
gi|23 : gaacttTATGCT-TCATT-GTGCT-AG-AAAA--CA--T----T-----AT----A-T-A-AA----c
gi|24 : ccgaggtcgcccttttaaaacaaaTCC-C-C--C-G--CAGA-T-TTT--TTTTTA-GAAA-TATGA-GT---AGAAA-TTATGGCTG---T--T---AG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TTG--ACGCT-TCAGT-GGGCT-AG-AAAA--CA--T----T-----AC----T-----GA----CA----G---AT-ATTT-ACC-----TG------CATTGG---G---AA-ATGTCGG---CTG--------------------GG--AC-----------T--ACA--T---TCT-A----AATTA--GGTTG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAAGACACAGTAAACACT------ATT-GCTAT----A-GCActagcggtcggtccagatatggtttctcggattctaccgtctaaatgtacaaaaaggacactgttggcttaaatagggagtgtctatacgtcaactgttttaagtacctcctgttaaatgcctattgcttctatcgatttgttagcctt
gi|25 : gggaaca-TT--TT-AC---A---CAAAGGGCACA-------CT------GTT-GTGTT----ATGCATGGAACAGTTgag
gi|26 : ttttcggtccgcacac-C-T--G-G--GAAACT-TTT--T----A-TAAA-TAAAA-GT---AGAAA-TTTTGATTT---C--C---GG-TG-----A---C--T--------T-----C--TC--AAA--T---GTTATGCT-TCATT-GGGAT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-T-GA----TA---------T-ATTT-ACC-----TA------TATTAG---G---AA-ATGTCAG---CCC--------------------AG--AC-----------TGCATA--T---TCT-A----AATTT--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAA--ATACAGTGAACACT------GTT-GCTAT----ATGCATGGAACAGTcatactgcaacgttcaagtaggttacctgtttgtacccctcctgttttcctattagttctttttagcctttttatttttttaagacttcaatttccaatgttactcatcagagtaacttggtatgccacactacgcacttg
gi|27 : -G--GAAA-T-GTT--T----A-GA---TAGAA-GA---AGAAA-TTGTGACTT---C--------------------C--T--------T-----TG-TT--AAA--A-TT-TTATGCT-TCATTTAT-TT-AA-AATA--TA--T----TTCCCTAC----A-T-C-GA----GA----A---AT-ATCA-GCT-----T-----------GA---G---AA-ATGTTGA---CCC--------------------AG--AC-----------TGCACA--C---TCT-A----ACTTA--GGTGG-ATT-AT--TA-AC---A---GAAAGGACATAGTGAACACT------GTT-GTTCT----AAGCAT
gi|28 : aaacttctgctgtCTCCC-C-T--G-G--GATT-C-TTT--T----A-AAAAATTGAA-GT---ATAAA-TGGTGA---------------------------------------T-----T--TT--AAA--C-TTGT-ATGCT-TCATA-AGGCT-AC-ATCA--CA--T----T-----ACATGTT-T-A-AC----AA----A---AT-ATTT-ACC-----TG------CGGCTG---G---AT-ATATCGA---CCTATATATGTATATGACTTCTAGG--AT-----------TACACA--G---TCA-A----AATTA--GGTCG-ACC-TT--TT-AC---G---CCAAGGACACAGT
gi|29 : tT---AGAAA--GGTGACTT---T--T---TT-T----------C--T--------G-----T--TC--AAA--T-TT--CATGCT-CCATTTG--TT-AT-GACA--CA--T----T-----AC----C-T-A-AA----AT----A----T-ATTT-TCC-----TT------CATCGG---G---AATATTTTGA---CCC--------------------GG--AC-----------TTTACA--C---TCT-A----ACGAA--GTCCG-ACG-TT--TT-TC---T---TAAAGGACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGCATGGAACCGTttc
gi|3 : cccacaacctgcggacaattt-TTT--T----A--AAT-TAGAA-AT---ATAAA-TACTGGCTT---C--T---GC-TG-----A---C--T--------G-----T--TC--AAA--T-TTTTTATGTT-TCA-CCGGACT-AA-AATC--CA--T----T-----AC----T-T-A-AAC---AG----A---AT-ATTA-ACC-----TG------CGGCGG---G---AC-ATATCAG---CCT--------------------GGATAT-----------TGC-----T---TC---------TCG--GATTGAACACTT--TT-AC---A---CAGAGGAC-------ACATT------GTT-GCGTT----ATGCATGGAACAGT
gi|30 : -C-C--GAG--GAAA-T-GTT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---GCAAA-TGGTGACTT---C--A---TA-TG------------T--------G-----T--TT--AAA--T-T-GT-ATGCT-TCATTTGA-CT-AG-AACA--CA--T----T-----GT----T-T-T-AA----AA----ATATAT-ATTT-ACC-----TA------AATCGG---C---AG-ATGTCAC---CCC--------------------GG--AT-----------TGCACA--C---TCT-A----ACTTAG-GGTCG-A-A-TT--TTAAC---A---TAAAGGGCACA-T--------------TT-GCTTT----ATGCGTGGAAcatacttttaagtaggttacctatttgcacccctcctgtttgtttgttttttcagttgcttctaccgactttttagccttttttaaggcttcaattttaaaattgagtatgccatgctacacgcctg
gi|31 : -TTT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TTTTGACTT---C--T------T----------C--T--------G-----T--TC--AAA--A-TT--TATGCT-TCATTTGG-CT-AG-AGCA--CA--T----T-----GC----T-T-A-AA----A---------AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-ACGTCTG---CCC--------------------AA--AC-----------TGCACG--C---TCT-A----ACTTA--GGTCT-AAG-TT--TT-AC---A---TAAAGGACACAGTAAACACT------GTT-GCTTT----ATGCATTGAACAGTT
gi|32 : TT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGACTA---C--T---TG-TGTTGTTG---T--T--------TTTTTCT--TC--AAA--T-T--TTATTCC-TAA-TTGGGTG-AG-AACA--AA--T----T-----A-----T-T-A-AA----AA----A---AT-ATTT-ACTGGAAATAT-----TATCTG---G---AA-AAGTTGA---CCT--------------------GG--AC-----------TGCTAA--C---TCT-T----AAATA--AGTC-------------AC---A---------GCAC-TTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGGATGAAc
gi|33 : -TTT--T----A-GAAA-TAGAA-AT---ATAAA-CAATGGCTT---A--T---GC-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TT-TTATGTT-TCA-TCGGGAT-AA-AACT--CA--T----T-----AC----TAT-A-AC----AG----A---AT-ATTA-ATC-----TG------TGGCGG---G---GC-ATGTCTG---CCC--------------------GG--AT-----------AAGGC---T---TC---------TCG--GGTTGCACACTT--TT-AC---A---CAACGGAC-------ACACT------GTT-GTGTT----ATGCATGGAACGGTTt
gi|34 : aaGGC-ACCTTCA-C-T--G-G--GAAA-C-TTA--T----A-GAA--TAAAA-AT---AGAAA-TGGTCACTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T---ATTATGCT-TCATT-GGGAT-AG-ATCA--CA--T----A-----TC----T-T-T-AA----TA---------T-ATTT-ACC-----TA------CCTCGG---G---AA-ATGTCAG---TAT--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTTG-AAG-TT--TT-AC---A---TATAAGACACAGTGAA
gi|35 : agA-TAAAA-GT---AGAAA-TTGCGAGTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TT--AAA--T---GTTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-ATCA--CA--T----T-----AC----T-T-G-AA----AA----A---AT-AATT-ACC-----TT------CATTGG---A---AA-ATGTCGG---CCT--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----ACTTC--GGTTG-ATA-TT--TT-AC---A---AAATAGACATAGTGAACACG------GTT-GCTAT----ATGCATAGAACA
gi|36 : AGGGGCGTAGCGT--G--------GGAAGTTACTCAG------TGGGTGGG--------AGAGGGATTT-CT-C-T--C-TTTG-A------------G--GGTT--GGGG---------------TC-C-A--G-G--GGAT-T-TTT--T----A-GAAA-CGGAA-GT---AATAA-TGGTGGCTT---C--TCA-GA-TA-----A---T--C--------T-----T--TC--AAA--T-TT-TAATGCT-TTATTTGGGCT-AG-AACA--CA--TGAAGT-----AC----T-T-G-AAT---AA----A---AT-ATTT-ACT-----T
gi|37 : cGGC-ACCTTCC-A-C--G-G--GAAA-C-TTT--T-----------TAGAA-AT---GAAAG-TAGGAAA------------GG-TG-----A---C--T--------------------------T-CTGTTA-ACT-T--TTC---------AA-A--CG--T----T-----A---------------------------------T-GCT-----T-------CAACGA---A---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-ACATAA---TAAAACACACAGTGAACACT------GGT-GCTAT----ATGAACAGAAGAGTTg
gi|38 : agT--T----A-GAAA-TAAAA-GT---ATAAA-AGATGACTT---C--T---TT-TG---------------------------T--TC--AAA--T-TTG--ATGCT-TCATTTGA-CT-AG-AACA--AA--T----T-----AC----T-T-A-AA---------------T-GTTTTACC-----TT------AATCGG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GA--AC-----------TGCACA--C---TCT-A----ACTTA--CATCG-ATG-TT--TT-AC---A---TTAAGGACACGGT---CACT------GTT-GCTTT----ATGCATGAAACAa
gi|39 : TTGGAAGTTGCTCC-----------TAGGGTTGGGCG-GTGGCACAC-CC-A-TTCC-GTTG-GTGAGTGCCTGCGG--AGGA--GGGGATGG-TGGG-A------------G-G--G--------T--T----A-GAAA-AAGAA-GT---ATAAA-GTTTGGCTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------G-----T--TC--CAA--C-T--TTATGAT-TCA-TTAGGAT-AA-AACA--TAAGT----T-----AT----T-C-A-A
gi|4 : agtctgacactg-TTT--T----A-GAAA-TACAA-GT---ATCGA-TAATGGCTT---C--T---GC-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TTTTTATGTT-GCA-TTGGGCT-AATAATT--CT--T----T-----AC----T-T-A-AAC---AA----A---AT-ATTA-ACC-----TG------CGGCGG---G---AC-ATGTCAG---CCC--------------------GG-----------------------T---TTT-G----GCTT----CTCG-AGC-TT--TG-AC---A---CAA-------AGTGCACGCT------GTT-GGGTT----ATGTATGGAACAGTTg
gi|40 : ataaCTTCC-C-C--G-GCTGGAA-T-TTT--T----A-GAAA-CAGAA-GT---AGAAA-TGACTACTT---T--T---G-------------------------------T--CC--AAA--T-TTA--ATGCT-TTATTTGA-CT-GG-AACA--CA--T----T-----TC----T-----AA----AA----A---A------------------------------------AA-ATAT---------------------------------A------------TGCACA--C---T-----------TA--GGTTG-ACA-TTAATC-AC---A---TCAAGGACACAGTGAACACT--------T-GCTTT----ATGCATGGAACAGTTcatactaaaacttttaagtttgtacgcctcctgtttttctattgttttttttaagccttttttttttaagacttcgattt
gi|41 : gggaa--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---A--T---TG-TGTTGTTT---T--T--------T-----T--TT--TAA--T-T--TTATTCC-TAA-TTGGGCC-AG-AACA--AA--T----T-----AT----T-T----A----AA----A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCTG---G---AG-AAGTCGG---CCC--------------------GA--AC-----------TGCTGA--C---TAT-A----AATTA--AGT------------------------------CACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGTAT-GAACAG
gi|42 : GGGGCGTAGCGT--GACAAATT-AAAGGTTACTCAA------TGAGTAGGG-----------GGATTTTCC-C-TTCT-GT-------------------GGGT--TTGGAT--------------C-C-A--G-G--GAAA-T-TTT--T----A-TAAA-TGGAA-GT---AAAAA-TGATGACTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TTA-AATGCT-TTA-TTGGGTA-AG-ATCA--CA--T----T-----AA----T-C-A-AGT---AA----A---AT-A
gi|43 : CTTCC-C-C--A-GCGGAGA-T-TTT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAGA-TGGTGACTT---C--T------TG--------------------------------------------------T-TTATTT-GACT-AG-AACA--CA--T----T-----AG----T-T-T-TT----TG----T---TT-TTTT-ACA-----TA------CATCAG---A---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--at
gi|43 : agaggaaAGGACACGGTGAACACT------GTT-ACTAT----ATGCCCGGAACAGTTggacacggtgaacactgttactatatgcccggaacagttca
gi|45 : agaggaacttccccagcggagatttttagaaatagaagtagagatggtgacttcttgtttatttgactagaacacattagttttttgtttttttacatacatcagaaaatgtcggcccggactgcac-TAGAA-AT---AGAAA-TAGTGATTT---A--T---C-------------C--G--------C-----T--TC--AAG--T-TT--TGTGCT-TCATT--GGCT-AG-AGCA--AA--T----T-----TC----T-TTA-AA----AA----A---AC-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---C---AA-ATGTCGA---CT--------------------------------------TACACA--C---TCT-A----ACTTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAGCGGACACA---------------GTT-GCTTT----ATACATGca
gi|46 : atgttAGGGGCGTAGCGTTAAACAA--TTGGAAGTAACTCAG--G-----GTTAAGGT-GCGAGAAAGGTATCT-CC-C-TTCC-GTTG-GTAGG-----G-G-------------ATGAG-GG--GCCTTCT-C-C--T-G--GGAT-G-CTT--T----A-GAAA-AAGAA-AT---ATAAA-TAATGGCTT---C--T---GA-TG-----A---C--T--------T-----T--TA--AAA--C-TT-TTATGCT-TCATT
gi|47 : GGCGTAACGT--GAATGTTTTGAAAGTTA---AC--G---TAGGGAGAGT-GTG-GAAGGCTTCTC-CC-C-TCCC-GCCA-GTGGG-----G-G------T------ATGAG-----GCCCTCT-C-C--A-GA-GAAA-C-TTT--T----A-GGAA-TCAAA-GT---TAAAA-TGGTGGCTT---C--T---GGTTG-----T---C--T--------T-----T--GA--AAAACT-TTATT
gi|48 : ca--T-TTGTTATGCT-TCA-TTGGGCT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-A-AA----AA----A---ATAATTT-ACC-----TA------CATCTG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------AG--AC-----------TGTTCA--T---TCG-T----TATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAAGACACAGGGAACACT------GTT-GTTAT----ATGCACGGAAtttaatt
gi|49 : aaacgttGGC-ACCTTTC-C-C--G-T--GATT-T-TTTTTT----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAA-GGGCGACTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA-----TGTTATGCT-TC-TTTGAGTT-AG-AATA--CA--C----T-----GC----T-T---TA----AA----A---AT-ATTA-ACC-----TA------CGTCAG---G---AA-ATGTTGG---CCC--------------------GG--AC-----------GGCACA--T---TCT-
gi|5 : g-TTT--T----A-GAAA-TACAA-GTATAAAAAA-TGGTTA------C--T---GC-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TTTGAATATA-TCA-TTGGGCTAAA-AACT--CA--T----T-----AT----T-T-A-AGC---AA----A---AT-ATTA-ACC-----TG------CAGCGG---A---AC-ATGTCAG---CCC--------------------GG--AT-----------TTGGCT--T---T----------TCA--GGTTGCACA-CT--TTGAC---A---CAAAGGAC-------ACACT------GTT-ACGTT----ATGCATGGAA-AGTT
gi|50 : taaGGGTGTAGCGT--GACTAATTTGGCAGATACTCAG--G----GGG-AGAGT-GT-CA--TATAATTC-CCAC-TTTT-GCTG-GTG---------------------------GT--C-ACCT---------G-A--AAAA-T-TTT--T----A-GAAA-TAGAA-GA---ATAAA-TAGTGTCTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--TAA--C-TT-TTATGCT-TCAcatactgcaacttttaagtaggttacctatttgcagccctcctgtttttctattggatctttttagcctttttag
gi|51 : GGGCATAAAGT--GACACATTATTAAGTTAATCAG--G----AGAT-GGGT-G----------ATTC-CC-CATTCC-CCTG-GTGGA-----G-G-----------------------------T-C-T--G-T--GAAA-C-TTT--T----A-GAAA-TAAAAAGT---GTAAA-TGGTGTTTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TT-TTATGCT-TCA
gi|52 : atGGTGTAGCAT--GACAAATTTAAAATTTATTCAG--G----GGG-AAGAT-GTGCCAGGGGGAATC-CC-C-TTTTTGCTT-GTGGG-----G-G------T--ACAGA--GGT-------CTCC-C-CAAG-G--GAAA-T-ATT--T----A-GAAA-TAGAA-GA---ATAAA-TGGTGACTT---C--T---GG-
gi|53 : aaTTA--GGCCG-ATA-TT--TT-AC---A---GAAAAGACAC---------T------GTT-GCTTT----ATGTATGGAAAAGTTgt
gi|54 : agtCA--G---TCT-A----AATTT--GGTCA-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAGG---------ACACT------GTT-GGTTT----AAGTATGGAAGAGTTaatactgcaactttttaagtacctattagtacacccctcctgttaaatgtctttttcttctatcgatttttgtgcctg
gi|55 : --------T-----T--TC--AAA--T---GTTACACT-TCATTTGG-CT-AA-ATCA--CA--T----T-----AC----T-T-G-AA----AA----C---AT-ATTT-ACC-----TT------CATCAG---G---AA-ATGTCAT---CCT--------------------GG--CT-----------TGCACA--T---TCC-A----ACTTT--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAGTAGACACAATGcatactgcaactttttaagtacctatgtgtacacccgtcctgttaaatgtatcgcttctatcgacttt
gi|57 : GGC-GCCTTCC-C-C--G-G--GAAA-CGTTT--T----A-GAAA-TAAAA-TT---AGAAA-TGGTGACTC---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA-----TGTTATGCT-TCA-TTGGGAT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T----A----AA----T---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-
gi|58 : GGTATAGCGT--GACAACTTTGGAAATTATTCAGGAG---TGGG-AGG
gi|58 : t--G-A--GAAT-T-TTT--T----A-TAAA-CAGAA-GT---AAAAA-TGGTGGTTT---C--T---GG-TT-----A---A--T--------T-----T--TC--AAA--G-TTG-AATGCG-TCATTagagaattttttataaacagaagtaaaaatggtggtttctggttaattttcaaagttgaatgcgtcattgtacta
gi|60 : tggtatagcgtgacaactttggaaattattcaggagtgggaggaGTAGCGT--GACACATTTGGAAGTTACCGAA-------GGATAAGGT-GTGCGAGGGTAATTC-CCAT-TTCC-GCTG-AT----------GG--GAGTCAAGGGAT---------------------------AA----TTA--T----A-GAAA-TAGAA-GT---ATAAA-TAATGGCTT---C--T---gtacta
gi|61 : ga-G--GAAA-T-GTA--T----A-GAAA-TCGAA-GT------------T--CTT---C--C---G-------------------------------T--TC--AAA--T-TA--TATGCT-TCAT-----------------CA--T----T-----AC----T-T-G-AA----AT----A----T-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCATA--C---TCT-T----ACTTA--
gi|62 : gctgcAGGGGCGTAGCGT--AACACATTTGGAAGTTACTCTG--G---TGTGTGGAGT-GTG
gi|63 : aatacatacaatgtcgacattaaatgtcgttttaaattaatgctttctcc---C--C---GG-TG-----AAA-C--T--------T-----T--TT--AGA--C-TT-TTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-AAAA--CA--T----T-----AC----A-T-A-AA----CA----A---Atatgtggggagagggg
gi|64 : tccgagatctcctcccGTGA-TT---C--T---GG-TG-----G---C--T--------T-----T--CC--AAC--T-TT--TATGCT-TCATT-GGACC-AG-AAAA--TA--T----T-----AC----T-A-A-AT----AA----A---AT-ATTT-ACC-----TA------Cctttcggtccgaccagtcatagtttttatcggactgcac
gi|65 : aatataccacggggacattttcaTTA--GGTTG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAGGACA-A--------T------GTT-GGTTT----ATGTATGGAAAAGTTtgcttcaaatgt
gi|66 : -T-TTT--T----A-GAAA-TAGAA-TT---AAAAA-CGGTGGTTT---C--TCA-CG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TT-TAATGCT-TCA-TCGGATA-AG-AACAGCCA--T----T-----AC----T-T-G-AAC---AA----A---AT-ATAT-ATC-----Tcatactgcaacttgtacctattttaatgtctattgtttccatctattttttagcc
gi|67 : gtAGGGGCGTAGTGT--GACAAATTTAGAAGTTACTCGATTG---TGGGAAGGGG-GT
gi|69 : attattatctgatttagacagaattc-T-TTT--T----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAA-TGGTGGCTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-GTGATATcctcccccacccccaccccccattgga
gi|7 : ttcaggagcgtaacgtgacatttttaatgcggattCTTCCAC-C--GCG--GAAA-T-GAT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGATTT---C--T---TT-TA---------------------T-----T--CC--AA-----TTGT-ATGCT-TCATTTGG-CT-AG-AGTA--CA--T----T-----AC----T-T-ACAA----AATATTA---GT-ATTT-ACC-----TA------TATCGA---T---AA-TTGTCGG---CCC--------------------CG--AC-----------CGCACA--C---TCT-A----ACTTA--AGTCG-ATG-TT--TA-AC---A---TAAAGAACAGAGTGAACACT------ATT-GCTTT----ATGCATGGAACAGTT
gi|70 : ggaaaC-GCCTTCC-C-C--G-GT-GAAA-C-TTC--T----A-AAAcatatcgaaatttttaagtacctttttgtaaccctgccatgctt
gi|70 : ccgaggt---C--C---GG-TG-----AAA-C--T--------T-----C--TA--AAA--C-TT-TTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-AAAA--CA--A----T-----AC----T-T-A-AA----AA----cttttatgcttcattgggctagaaaacaatacttaaaaacgacactgttggtttg
gi|71 : ccgaggtcgccttccCTTCC-C-T--G-G--GAAA-TATTT--T----A-GAAA-TAAAA-CT---TGAAA-TGATGACTT---C--T---GG-TT-----A---CTTT--------T-----T--TC--AA------TGTTATGCT-TCATCTGGcgacactgttggtttg
gi|72 : g---CTC--------------------GA--AC-----------AGCACA--G---TGT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAG----------ACAAT------GTT-GGTTT----ATGTGTGGAA
gi|75 : -----A---C--T--------T-----T--TA--AAA--C-TT-CTATGCT-TCA-TTGGGCT-AG-Aaa
gi|8 : tctgaggtcgtctccccctgtgaaCCT---C--C---GG-TG-----A-----------------------------AA--C-TT-TTATGCC-TCGTA-GGGCC-AG-AAAA--GA--C----T-----AC----T-C-A-AA----CA----A---AT----T-ATCAG---TA------GGTCCA---G---AT-ATGGTTT---CTC--------------------GG--AC-----------TGCAG-------TCT-A----AATTA--GGTCA-ATA-TT--TG-AC---A---TAAAGGACACTGTTGGCCCG------GTT-TATATATAAATGTATGGAAAAGTT
gi|9 : ccaaggtctcctAAGGGCGTAGCGA--AACAAATTTGGAAGTTATGCA------------AGAAT-GTGCGAGGGCGATTC-CA-AATTCC-GCTG-ATGGG-----G-G----------------------------TC-C-T--G-G--GATA-A-TTT--T----A-GAAA-TATAA-AT---ATAAA-TAATGGCTT---C--T---GC-CT-----A---C--TTTCAAAACT-----T--TT--AAA--C-TTTTTATG-T-TCA-TTGTGCT-AA-AAAATCCA--T----T-----AC----T-T-A-AAC---AA----A---GT-ATTA-ACC-----TG------CGGCGATATG---AC-ATGTCAG---CCC--------------------GG--AT-----------Tcatactgcaactgtttaaataccttgtacacccgcccagtaaaatgtctattgcttctatcaatttttaacattt
blockSeqs : TA AA GGCTCTGGGCAGGGTGTGCGAATGTG T AC T . TGGAGTCGGGATGGGTGGGGATGGGTGGCA A A AA C CT CA TT TTTT ATA AAA CC CAGA TTGTTG TT TTCAAAAC TTTTC GG ACTTTA TTT G GC AG GAAG TCCCT ATGT TA CTGT TATTA GGAAA AGATCTA TAT TCC TTT ATATATGTATATGACTTCTA AT ACGTTTTTTTT GCTGAG TTTT AT A C AA A ATA TAG ATAACAA GTAACA ATAA
blockSeqs : . AT CGTAGGGAGAGTGTGGAAGGCT . CA . . GAGTGCCTGCGGAGGAGGGGATGGTGGGA . T . C CG TA A . . . . CACG TTGTTT . . . G TGTTA GTT A TC . . . . AC C ATAT GG AT T . . . A . C . G C C . G . . ATAGTGG . .
blockSeqs : . AA GGGTTAAGGTGCGAGAAAGGT . AT . . TGGGTCTGAGGCTG . . . A T CT . . . . . GGT AAAG . . . . TGTG TTT G . . . . . A C A AG AT . . . . . . T . . C . . . . . ACAGTCA . .
blockSeqs : . GT GGGGGAAGATGTGCCAGGGGG . AA . . GGGGGTACAGAGGT . . . C A CG . . . . . GG AAA . . . . TTTG TTT G . . . . . A C A . C . . . . . . G . . . . . . . . ACAGTGG . .
blockSeqs : . AA AGGATAAGGTGTGCGAGGGTA . C . . GGGAGTCAAGGGAT . . . . T TA . . . . . GC AAA . . . . CTTG TTT G . . . . . T T A . A . . . . . . T . . . . . . . . ACAGTGA . .
blockSeqs : . CA GGGGGAGAGTGTCATATA . C . . AGGGGATGAGGGG . . . . . C . . . . . GG AAA . . . . TTTT TTT G . . . . . A C A . G . . . . . . C . . . . . . . . ACAGTGA . .
blockSeqs : . AA TAGGGTTGGGCGGTGGC . C . . GGGGGTATGAGG . . . . . T . . . . . GG A . . . . TCTG TTT A . . . . . A T A . A . . . . . . T . . . . . . . . ATGGTGA . .
blockSeqs : . AC AGAATGTGCGAGGGCG . A . . GGGTTTGGAT . . . . . T . . . . . TC A . . . . TTTG TTT G . . . . . A C A . G . . . . . . T . . . . . . . . ACAGTGA . .
blockSeqs : . CA GTGGGTGGGAGAGGG . C . . GGGTTGGGG . . . . . C . . . . . GT A . . . . CTTT TTT G . . . . . A C C . A . . . . . . T . . . . . . . . ACAGTGA . .
blockSeqs : . CA GGTGAGGTCCAA . C . . GGTCA . . . . . C . . . . . AG A . . . . TTTA TTC G . . . . . T C G . G . . . . . . T . . . . . . . . ACAGTAA . .
blockSeqs : . AA ATGAGTAGGGGG . C . . GGAGG . . . . . G . . . . . GG A . . . . CTTA TTT G . . . . . A . C . A . . . . . . T . . . . . . . . ACAGTGA . .
blockSeqs : . AA GGAGATGGGTG . C . . GGGGG . . . . . C . . . . . GG A . . . . TTTG TTT G . . . . . A . A . A . . . . . . T . . . . . . . . ATAGTGA . .
blockSeqs : . A . . . . . T . . . . . AA A . . . . TTTT TTT G . . . . . A . A . A . . . . . . C . . . . . . . . ACAGTGA . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . . . GT A . . . . GTTG TTT G . . . . . A . G . A . . . . . . T . . . . . . . . ACAGTAA . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . TT A . . . . TGTG TTT G . . . . . A . A . A . . . . . . T . . . . . . . . ACAGTGA . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . AG A . . . . CTTT TTT G . . . . . T . A . G . . . . . . C . . . . . . . . ATAGTGA . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . GG A . . . . CGT TCT A . . . . . C . A . A . . . . . . G . . . . . . . . ACAGTGA . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . TT A . . . . CTT TT G . . . . . A . A . G . . . . . . C . . . . . . . . ACAGTGA . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . GC A . . . . TTT TT G . . . . . A . A . T . . . . . . T . . . . . . . . ACAGTGA . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . TA A . . . . CTT TC G . . . . . A . A . G . . . . . . C . . . . . . . . ACGGTGA . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . TG A . . . . TTT TT G . . . . . T . A . A . . . . . . C . . . . . . . . ACAGGGA . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . GC A . . . . TTT TT G . . . . . A . A . A . . . . . . C . . . . . . . . AGAGTGA . .
blockSeqs : . . . . . G . . . . . GG A . . . . ATT AT G . . . . . A . A . G . . . . . . T . . . . . . . . ACTGTTG . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . GG A . . . . TTT TT G . . . . . A . A . A . . . . . . T . . . . . . . . ACTTGA . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . GG A . . . . TTG AT G . . . . . T . A . T . . . . . . T . . . . . . . . ACGGT . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . TT A . . . . ATT TT G . . . . . G . A . T . . . . . . T . . . . . . . . AGTGC . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . GG T . . . . CTT TT A . . . . . G . T . G . . . . . . C . . . . . . . . ACAT . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . GC A . . . . TTT GT G . . . . . A . A . A . . . . . . T . . . . . . . . ACA . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . TG A . . . . TTT TT G . . . . . A . A . A . . . . . . C . . . . . . . . ACA . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . GG A . . . . CTT TA G . . . . . A . A . A . . . . . . C . . . . . . . . GA . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . GA A . . . . CTT CC G . . . . . A . A . A . . . . . . C . . . . . . . . AC . .
blockSeqs : . . . . . T . . . . . GG A . . . . CTT TT G . . . . . T . C . A . . . . . . T . . . . . . . . AA . .
blockSeqs : . . . T . . . . . GC A . . . . TTA TC G . . . . . A . T . G . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . GG G . . . . CTT TT A . . . . . A . A . T . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A . . . . . GG A . . . . TTT TT A . . . . . G . A . A . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GG A . . . . CTT TT G . . . . . G . A . A . . . . . . T . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . GG A . . . . TTG TT G . . . . . A . A . A . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GG A . . . . CTT TT G . . . . . A . A . A . . . . . . C . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GG A . . . . CTT TT G . . . . . G . A . A . . . . . . G . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GG A . . . . CTT TT . . . . . . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GG . . . . . TG TT . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TT . . . . . TG TT . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GG . . . . . TG TT . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GG . . . . . TG TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GG . . . . . TG TT . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . GC . . . . . TG TC . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . G . . . . . TT TT . . . . . . . . .
blockSeqs : . . C . . . . . TA TT . . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . TT T .
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blockSeqs : . . . . . . . . TG
blockSeqs : . . . . . TG
blockSeqs : . . TG
blockSeqs : .
blockSeqCons : GGGGTAGGGTGTGCGAGGGCG******** GGGGGTTGAGG************************ T** GG**** TTTG*** ACAGTGA
originalCons : AGGGGCGTAGCGT--GACAAATTTGGAAGTTACTCAG--G---TGGGTAGGGT-GTGCGAGNGNGATTC-CC-C-TTCC-GCTG-GTGGG-----G-GG--GGGT--GGGGATGGGTGGC-GCCTTCC-C-C--G-G--GAAA-T-TTT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---C--T---GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TTGTTATGCT-TCATTTGGGCT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-A-AA----AA----A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAGGACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGCATGGAACAGTT
finalCons : AGGGGCGTAGCGT--GACAAATTTGGAAGTTACTCAGGGGTAGGGTGTGCGAGGGCG--------ATTC-CC-C-TTCC-GCTG-GTGGGGGTTGAGG------------------------CCTTCC-C-C--G-G--GAAAT--TTT--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---C--TGG----TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAATTTG---TTATGCT-TCATTTGGGCT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-A-AA----AA----A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAGGACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGCATGGAACAGTT
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): GATGTTGGTTTATGCAGAGACATAGATACATGTATCACTGTCTCTGGCTTATGTATGGAAAAGTTCATACTACAACTTTTTAAGTTCCTATTTGTACACCTCATCTGTTAAATGTTTATTACTTCTATCGATTTTATCCCTTTTCTAAGACTTTGATTTTTTTATCAAATTTTATCTATTGAGCCAATCAAAAACAAAACACGCCTGTTAGACACAACAAGGAATAAGAGATATAGGTCTTTGGACACAGCCATTAATTCTCAC
Unaligned ( gi|44 ): ATACTTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCTGTTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACGCGTCTGGTCGCAAATCACAAATCACATCA
Unaligned ( gi|56 ): ATTCCGAAAACCCGCCCAGTTACATTTCTATTTGCTTCTCTCGAATTTAGTATTTTCAATATATAGGCTTTGCTTTCTAGTAATACTCAGAGCAGAGTAAACGAGTATGCCACGCTACGCGCCTG
Unaligned ( gi|59 ): TATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGCGCCTAACAGAAACAGTACAAGAAAATGTAGTAAATGCGATTTTTAGAACAATAACTAGCTTTTA
Unaligned ( gi|68 ): TTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACGCGCCTGATGTGTAAATTACATCAATTACCTC
Unaligned ( gi|73 ): AAGTACCTATTTGTACACCCCTGCTGTTAAGTGTTTATTGCTTATGTCGATTTTTAGACTT
Unaligned ( gi|74 ): TCTGCGTTCGTCTCCTCTGGTGAAACTTTAAAAACATTTATGCTTCATTCGAAAAAA
Unaligned ( gi|76 ): CATGCCGAAACTGTTAAGTACCTAGATTTAACCCACTCATGCTTTTCAATAT
Unaligned ( gi|77 ): TTTAGACCTTAACTTCAAATGCTACTCAGCTGCAGAGTAAATGCTAC
Unaligned ( gi|78 ): TAGTCTTTGATTTCAAATGTAAATCTGCCACGCTACGCGCCT
Unaligned ( gi|79 ): AGGCTTTGATTTCAAAAGTATGCCACGCTACACGCCT
Unaligned ( gi|80 ): AAATCCGAAACTTGTATGTACCTATTTACCCTCTCC
Alignments
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lowQualScore : 33 11 2 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444 0 0 4444444444444444444444444444444444444 0 1 1 2 11 4 66 1 3 0 3333333 22 1111 0 0 0 111 0 0 111 11 22222 999999999 11 22222222 11111 11 11 6666666 0 000 1 0 0 22 11 1111 22222 1111 0 222 8888 33333333 0 0 44444 4444444 222 111 0 111 77777777777777777777 22 44444444444 333333 1 2222 1 22 2 1 11 1 111 111 8888888 222222 1 2222
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Reference ( family-301 ) : AGGGGCGTAGCGT--GACAAATTTGGAAGTTA-CTC----AG-G-----G-GTA-----------------GGGT-GTGCGAGGGCGA--------T--TCCC-C-TTCCGCTGGTGGGGGT---------T----GA--G---G----------C---CTTC-C-C-C--G-G--GAAA-T-T-T-------T--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TTGTTATGCT-TCATTTGGGCT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-A-AA----AA----A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAGGACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGCATGGAACAGTT
gi|1 : GGGCGTAGCGT--GACATATTTGGAAGTTA-ATCGGGTGG-G-----G-GTATGTGTGTTTGTGTTTGTGTGT-GTGTGTGGGAGAGGGGAGGGT--TCCCTC-TTCTCCTGATGGAGAC---------C----GA--GGTAG----------C---CTCC-A-C-C--G-GT-GAAA-C-T-T-------T--T----
gi|1 : taattaataaaatgtgtatagagattatcatttcattttaagccaggtcca---C--C--GG-TG-----A----------------------------AAC--T-TTTTTATGCTCTCATA-GGGCT-AG-AACA--CC--C----T-----------T-T-A-AC----AA----A---CT-ATCT--CC-----GG--------TCCA---G---AT-ATTTTTT---CTC--------------------GG--AC-----------TGCACA--G---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---G---TAAAGG---------ACACT------GTA-GGTTT----ATGTATGGAAAAGTttatgctctcatagggctagaacaccctttaacaaactatctccggtccagatattttttctcggactgcacagtctaaattaggtcgatattttacgtaaaggacactgtaggtttatgtatggaaaagtccactaattcaatcaaatgtcttttgcttcttatcgatttttagccttt
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gi|14 : cccggtgaaactttaaaaaacgtatttgtttaaAGGGGCGTAGCGT--GACAAATTTGGAAGTAA-CTC-----------------------------------GGGT-G----AGG---------------TCCAAC-TTCTCCTGATTGGGTC---------T----GA--G---G----------CTGCCTTC-C-C-T--G-GT-GAAA-C-T-T-------C--T----A-AAAcatactgcaacgttttaagtacctattgtttacctctccagttgaatgtctattgctttaatcgatgttttagcct
gi|14 : TGCCTT---CCCT--GG-TG-----AAA-C--T--------T-----C--TA--AAA--C-TT-TTATGCT-TCATT-GGGCT-A------------------------------------A----AA----A---AC-ATT--ACT-----TA------AACTGT---C---A----GTTGG---TCC--------------------AG--ATACGTTTTTTTTTG-ACAGCTGAGTCT-A----AATTA--GGTCA-ATA-TT--TT-AC---G---TAAAGG---------ACACT------GTT-GGTTT----ATATATCAAAAAGTTcttttatgcttcattgggctaaaaaacattacttaaactgtcagttggtccagatacgtttttttttgacagctgagtctaaattaggtcaatattttacgtaaaggacactgttggtttatatatcaaaaagttc
gi|15 : aggggcgtagcgtgacaaatttggaagtaactcgggtgaggtccaacttctcctgattgggtctgaggcACTTAAAC--T--GG-TT-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-GTGTT-TGCT-TCA-TTGGGCT-AA-CAAA--GA--T----T-----AC----C-T-A-AAC---GA----A---AT-ATTT-CCC-----TG------CGGTAG---G---AA-ACGCCGG---AAT--------------------GGA-AA-----------TG-AC---T---TCTCA----GAT----GGC---ACA-GT--CT-AC---A---T-----ACATAACAAATAC-----------ACTTT----GTGT-TGAAACAGTTc
gi|16 : aatTC-C-CAC--GCG--GCAA-T-T-T-------T--T----A-GAAA-TAGAA-GT---TAAAA-TGGTGACTT---C--T--TC-TG------------------------------TCGAAAA--T-TT---ATGCT-TCATTTGG-CT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----A-T-A-AA----AA----C---AT-ATTT-ACC-----TAGATCTACATCGG---G---AA-ATGTTGA---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--C---TCT-ATTTTGATCGATGGTCG--TG-TT--TT-AC---A---TAAAGGACATAGTGGACACA------GTT-GCTTT----ATGCCTGGAACAGTcatgctgcagctatcaagtacaaatttgaactcctgttacatttctattgacgttttagcctt
gi|17 : ggaaca---G----------C---CTTT-C-C-T--G-G--GAAA-CAT-T-------T--T----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---C--T--GT-TG-----A---A--G--------T-----T--TC--AAA--T---GTTATCCC-TCAGTTGGA-T-AG-AACA--CA--T----T-----CC----T-T-A-AA----TA---------T-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TAT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-GC---A---TAAAAGACACAGTCAAAACTGTAACAGTT-GCTAC----ATGCGCGAAGCA
gi|18 : ggt---CTTC-C-CTC--G-C--GGAA-T-T-T-------T--T----A-GAAA-TAGGA-GT---AGAAA-TGATGGCTT---T--T--AG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TT--TACGCT-TTAAT-GGGTT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-T-AA----AA----G---AT-ATTT-ACT-----TG------CATTGAT--A---AA-ATGTCGG---CTC--------------------GG--AC-----------TGCA----T---TCT-A----AATTA--GTTTG-ATA-TT--TT-AC---A---TGAAAGACACAGTGGACACT------ATT-GCTAT----ATGCACGGAACAGTTct
gi|19 : gaa---G----------C---CTTC-C-C-C--G-G--GAAA-C-G-T-------T--T----AAGAAA-TAAAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----TGGTG--AAA--T---GTTATGCT-TCATT-GGGTT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-----AT----AA----C---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---A---AA-ACGTCGG---CCC--------------------GG--GC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTTG-ATA-TT--TT-AA---A---CAAAAGACACAGTGAACACT------GTT-GCTAT----ATGCACGGAACAGTc
gi|2 : cAGGGGCGTAGCGG--GACAATTTTGAAAGTTA-CTC----AG-GCTCTGG-GCA-----------------GGGT-GTGCGAATGTGA--------T--TCCA-C-TTCCGCTGGTTGGAGTCGGGATGGGT----GG--G---GATGGGTGGCAC---CTTC-C-C-T--G-G--GAAA-TAT-T-------T--T----A-GAAA-TAAAA-GT----GAAA-TGATGACTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--TGTTATTATGCT-TCATTTGGGGT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-A-AA----AC----A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---T---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TA-AC---A---TAAAAGACACAGTGAACACG------GTT-GCTAT----ATGCAAGGAACAGTT
gi|20 : ----------C---CTTC-C-C-C--G-G--GATA-C-T-T-------TA-T----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAAATGGTGATTC---T--T--AA-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AA------TGTTATACT-TCAAT-GGGAT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-A-AA----TA---------T-TTTT-AGT-----TA------CATCAG---A---AA-ATGTCAG---CCC--------------------GT--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATAA--GGATG-ATG-TT--TT-AC---A---TAA--GACATGGTGAACAC--------TT-GCTAT----ATGCATGGAACAGTT
gi|21 : agggcaTCC-C-C-C--GCG--GAAA-G-T-T-------T--T----A-GAAA-TAACA-GA---AGAAA-AGGTGACTT---C--T--GT-TG-----A---C--T--------T-----T--TT--AAA--T---GTTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-AACA--CC--T----T-----AC----T-T-A-AA----T----------T-TTTT-ACC-----TA------CATCTG---T---AA-ATGTCGC---CCC--------------------GG--AC-----------AGCATA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAATAACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGCACGGAACAG
gi|22 : gggaaca----------C---CCTC-C-G-C--A-G--GAAA-C-A-T-------T--T----C-GAAA-TAGAG-GT---AGAAA-TGGTGATTT---C--T--TT-TG---------------------------T--TC--AAA--T---GTTATACT-TCATTTGG-CT-GA-AACA--CA--T----T-----AT----T-T-A-AA----AG----A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AT-ATGTTAG---CCT--------------------GG--AA-----------TGCATA--C---TCT---------TA--GGTCA-ATG-TT--TA-AC---A---TAAAAGACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGAATGGAACAGTT
gi|23 : gaacttTATGCT-TCATT-GTGCT-AG-AAAA--CA--T----T-----AT----A-T-A-AA----c
gi|24 : ccgaggtcgcccttttaaaacaaaTC-C-C-C--C-G--CAGA-T-T-T-------T--TTTTTA-GAAA-TATGA-GT---AGAAA-TTATGGCTG---T--T--AG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TTG--ACGCT-TCAGT-GGGCT-AG-AAAA--CA--T----T-----AC----T-----GA----CA----G---AT-ATTT-ACC-----TG------CATTGG---G---AA-ATGTCGG---CTG--------------------GG--AC-----------T--ACA--T---TCT-A----AATTA--GGTTG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAAGACACAGTAAACACT------ATT-GCTAT----A-GCActagcggtcggtccagatatggtttctcggattctaccgtctaaatgtacaaaaaggacactgttggcttaaatagggagtgtctatacgtcaactgttttaagtacctcctgttaaatgcctattgcttctatcgatttgttagcctt
gi|25 : gggaaca-TT--TT-AC---A---CAAAGGGCACA-------CT------GTT-GTGTT----ATGCATGGAACAGTTgag
gi|26 : ttttcggtccgcacac-C-T--G-G--GAAACT-T-T-------T--T----A-TAAA-TAAAA-GT---AGAAA-TTTTGATTT---C--C--GG-TG-----A---C--T--------T-----C--TC--AAA--T---GTTATGCT-TCATT-GGGAT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-T-GA----TA---------T-ATTT-ACC-----TA------TATTAG---G---AA-ATGTCAG---CCC--------------------AG--AC-----------TGCATA--T---TCT-A----AATTT--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAA--ATACAGTGAACACT------GTT-GCTAT----ATGCATGGAACAGTcatactgcaacgttcaagtaggttacctgtttgtacccctcctgttttcctattagttctttttagcctttttatttttttaagacttcaatttccaatgttactcatcagagtaacttggtatgccacactacgcacttg
gi|27 : -G--GAAA-T-G-T-------T--T----A-GA---TAGAA-GA---AGAAA-TTGTGACTT---C-------------------C--T--------T-----TG-TT--AAA--A-TT-TTATGCT-TCATTTAT-TT-AA-AATA--TA--T----TTCCCTAC----A-T-C-GA----GA----A---AT-ATCA-GCT-----T-----------GA---G---AA-ATGTTGA---CCC--------------------AG--AC-----------TGCACA--C---TCT-A----ACTTA--GGTGG-ATT-AT--TA-AC---A---GAAAGGACATAGTGAACACT------GTT-GTTCT----AAGCAT
gi|28 : aaacttctgctgt---CTCC-C-C-T--G-G--GATT-C-T-T-------T--T----A-AAAAATTGAA-GT---ATAAA-TGGTGA--------------------------------------T-----T--TT--AAA--C-TTGT-ATGCT-TCATA-AGGCT-AC-ATCA--CA--T----T-----ACATGTT-T-A-AC----AA----A---AT-ATTT-ACC-----TG------CGGCTG---G---AT-ATATCGA---CCTATATATGTATATGACTTCTAGG--AT-----------TACACA--G---TCA-A----AATTA--GGTCG-ACC-TT--TT-AC---G---CCAAGGACACAGT
gi|29 : tT---AGAAA--GGTGACTT---T--T--TT-T----------C--T--------G-----T--TC--AAA--T-TT--CATGCT-CCATTTG--TT-AT-GACA--CA--T----T-----AC----C-T-A-AA----AT----A----T-ATTT-TCC-----TT------CATCGG---G---AATATTTTGA---CCC--------------------GG--AC-----------TTTACA--C---TCT-A----ACGAA--GTCCG-ACG-TT--TT-TC---T---TAAAGGACACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGCATGGAACCGTttc
gi|3 : cccacaacctgcggacaattt-T-T-------T--T----A--AAT-TAGAA-AT---ATAAA-TACTGGCTT---C--T--GC-TG-----A---C--T--------G-----T--TC--AAA--T-TTTTTATGTT-TCA-CCGGACT-AA-AATC--CA--T----T-----AC----T-T-A-AAC---AG----A---AT-ATTA-ACC-----TG------CGGCGG---G---AC-ATATCAG---CCT--------------------GGATAT-----------TGC-----T---TC---------TCG--GATTGAACACTT--TT-AC---A---CAGAGGAC-------ACATT------GTT-GCGTT----ATGCATGGAACAGT
gi|30 : -C-C--GAG--GAAA-T-G-T-------T--T----A-GAAA-TAGAA-GT---GCAAA-TGGTGACTT---C--A--TA-TG------------T--------G-----T--TT--AAA--T-T-GT-ATGCT-TCATTTGA-CT-AG-AACA--CA--T----T-----GT----T-T-T-AA----AA----ATATAT-ATTT-ACC-----TA------AATCGG---C---AG-ATGTCAC---CCC--------------------GG--AT-----------TGCACA--C---TCT-A----ACTTAG-GGTCG-A-A-TT--TTAAC---A---TAAAGGGCACA-T--------------TT-GCTTT----ATGCGTGGAAcatacttttaagtaggttacctatttgcacccctcctgtttgtttgttttttcagttgcttctaccgactttttagccttttttaaggcttcaattttaaaattgagtatgccatgctacacgcctg
gi|31 : -T-T-------T--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TTTTGACTT---C--T-----T----------C--T--------G-----T--TC--AAA--A-TT--TATGCT-TCATTTGG-CT-AG-AGCA--CA--T----T-----GC----T-T-A-AA----A---------AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-ACGTCTG---CCC--------------------AA--AC-----------TGCACG--C---TCT-A----ACTTA--GGTCT-AAG-TT--TT-AC---A---TAAAGGACACAGTAAACACT------GTT-GCTTT----ATGCATTGAACAGTT
gi|32 : -T-------T--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGACTA---C--T--TG-TGTTGTTG---T--T--------TTTTTCT--TC--AAA--T-T--TTATTCC-TAA-TTGGGTG-AG-AACA--AA--T----T-----A-----T-T-A-AA----AA----A---AT-ATTT-ACTGGAAATAT-----TATCTG---G---AA-AAGTTGA---CCT--------------------GG--AC-----------TGCTAA--C---TCT-T----AAATA--AGTC-------------AC---A---------GCAC-TTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGGATGAAc
gi|33 : -T-T-------T--T----A-GAAA-TAGAA-AT---ATAAA-CAATGGCTT---A--T--GC-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TT-TTATGTT-TCA-TCGGGAT-AA-AACT--CA--T----T-----AC----TAT-A-AC----AG----A---AT-ATTA-ATC-----TG------TGGCGG---G---GC-ATGTCTG---CCC--------------------GG--AT-----------AAGGC---T---TC---------TCG--GGTTGCACACTT--TT-AC---A---CAACGGAC-------ACACT------GTT-GTGTT----ATGCATGGAACGGTTt
gi|34 : aa----------C---CTTC-A-C-T--G-G--GAAA-C-T-T-------A--T----A-GAA--TAAAA-AT---AGAAA-TGGTCACTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T---ATTATGCT-TCATT-GGGAT-AG-ATCA--CA--T----A-----TC----T-T-T-AA----TA---------T-ATTT-ACC-----TA------CCTCGG---G---AA-ATGTCAG---TAT--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTTG-AAG-TT--TT-AC---A---TATAAGACACAGTGAA
gi|35 : agggcaA-TAAAA-GT---AGAAA-TTGCGAGTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TT--AAA--T---GTTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-ATCA--CA--T----T-----AC----T-T-G-AA----AA----A---AT-AATT-ACC-----TT------CATTGG---A---AA-ATGTCGG---CCT--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----ACTTC--GGTTG-ATA-TT--TT-AC---A---AAATAGACATAGTGAACACG------GTT-GCTAT----ATGCATAGAACA
gi|36 : AGGGGCGTAGCGT--G--------GGAAGTTA-CTC----AG-T-----G-G------------------------GTGGGAGAGGGA--------T--TTCT-C-T----CTT-TGAGGGT---------T----GG--G---G----------T---C------C-A--G-G--GGAT-T-T-T-------T--T----A-GAAA-CGGAA-GT---AATAA-TGGTGGCTT---C--TCAGA-TA-----A---T--C--------T-----T--TC--AAA--T-TT-TAATGCT-TTATTTGGGCT-AG-AACA--CA--TGAAGT-----AC----T-T-G-AAT---AA----A---AT-ATTT-ACT-----T
gi|37 : c----------C---CTTC-C-A-C--G-G--GAAA-C-T-T-------T--T-----------TAGAA-AT---GAAAG-TAGGAAA-----------GG-TG-----A---C--T--------------------------T-CTGTTA-ACT-T--TTC---------AA-A--CG--T----T-----A---------------------------------T-GCT-----T-------CAACGA---A---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--T---TCT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-ACATAA---TAAAACACACAGTGAACACT------GGT-GCTAT----ATGAACAGAAGAGTTg
gi|38 : agggca-------T--T----A-GAAA-TAAAA-GT---ATAAA-AGATGACTT---C--T--TT-TG---------------------------T--TC--AAA--T-TTG--ATGCT-TCATTTGA-CT-AG-AACA--AA--T----T-----AC----T-T-A-AA---------------T-GTTTTACC-----TT------AATCGG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GA--AC-----------TGCACA--C---TCT-A----ACTTA--CATCG-ATG-TT--TT-AC---A---TTAAGGACACGGT---CACT------GTT-GCTTT----ATGCATGAAACAa
gi|39 : TTGGAAGTTG-CTC----C-----------TA-----------------GGGTTGGGCGGTGGC-A--------C--ACCC-A-TTCCGTTGGTGAGTGC---------CTGCGGA--G---G--------------------------A-G--GGGA-T-GGTGGGAGGGT--T----A-GAAA-AAGAA-GT---ATAAA-GTTTGGCTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------G-----T--TC--CAA--C-T--TTATGAT-TCA-TTAGGAT-AA-AACA--TAAGT----T-----AT----T-C-A-A
gi|4 : agtctgacactg-T-T-------T--T----A-GAAA-TACAA-GT---ATCGA-TAATGGCTT---C--T--GC-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TTTTTATGTT-GCA-TTGGGCT-AATAATT--CT--T----T-----AC----T-T-A-AAC---AA----A---AT-ATTA-ACC-----TG------CGGCGG---G---AC-ATGTCAG---CCC--------------------GG-----------------------T---TTT-G----GCTT----CTCG-AGC-TT--TG-AC---A---CAA-------AGTGCACGCT------GTT-GGGTT----ATGTATGGAACAGTTg
gi|40 : ataa---CTTC-C-C-C--G-GCTGGAA-T-T-T-------T--T----A-GAAA-CAGAA-GT---AGAAA-TGACTACTT---T--T--G-------------------------------T--CC--AAA--T-TTA--ATGCT-TTATTTGA-CT-GG-AACA--CA--T----T-----TC----T-----AA----AA----A---A------------------------------------AA-ATAT---------------------------------A------------TGCACA--C---T-----------TA--GGTTG-ACA-TTAATC-AC---A---TCAAGGACACAGTGAACACT--------T-GCTTT----ATGCATGGAACAGTTcatactaaaacttttaagtttgtacgcctcctgtttttctattgttttttttaagccttttttttttaagacttcgattt
gi|41 : gggaa--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGACTT---A--T--TG-TGTTGTTT---T--T--------T-----T--TT--TAA--T-T--TTATTCC-TAA-TTGGGCC-AG-AACA--AA--T----T-----AT----T-T----A----AA----A---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCTG---G---AG-AAGTCGG---CCC--------------------GA--AC-----------TGCTGA--C---TAT-A----AATTA--AGT------------------------------CACAGTGAACACT------GTT-GCTTT----ATGTAT-GAACAG
gi|42 : GGGGCGTAGCGT--GACAAA-TTAAAGGTTA-CTC----AATG-----A-GTA-----------------GGG--------GGAT----------T--TTCC-C-TTC------TGTGGGT---------T----TG--G---A-----------------T-C-C-A--G-G--GAAA-T-T-T-------T--T----A-TAAA-TGGAA-GT---AAAAA-TGATGACTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TTA-AATGCT-TTA-TTGGGTA-AG-ATCA--CA--T----T-----AA----T-C-A-AGT---AA----A---AT-A
gi|43 : ---CTTC-C-C-C--A-GCGGAGA-T-T-T-------T--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAGA-TGGTGACTT---C--T-----TG--------------------------------------------------T-TTATTT-GACT-AG-AACA--CA--T----T-----AG----T-T-T-TT----TG----T---TT-TTTT-ACA-----TA------CATCAG---A---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCACA--at
gi|43 : agaggaaAGGACACGGTGAACACT------GTT-ACTAT----ATGCCCGGAACAGTTggacacggtgaacactgttactatatgcccggaacagttca
gi|45 : agaggaacttccccagcggagatttttagaaatagaagtagagatggtgacttcttgtttatttgactagaacacattagttttttgtttttttacatacatcagaaaatgtcggcccggactgcac-TAGAA-AT---AGAAA-TAGTGATTT---A--T--C-------------C--G--------C-----T--TC--AAG--T-TT--TGTGCT-TCATT--GGCT-AG-AGCA--AA--T----T-----TC----T-TTA-AA----AA----A---AC-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---C---AA-ATGTCGA---CT--------------------------------------TACACA--C---TCT-A----ACTTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAGCGGACACA---------------GTT-GCTTT----ATACATGca
gi|46 : atgttAGGGGCGTAGCGTTAAACAA--TTGGAAGTAA-CTC----AG-G-----G-TTA-----------------AGGT-GCGAGAAAGGTA--------T--CTCC-C-TTCCGTTGGTAGGGGA---------T----GAGGG---G----------C---CTTC-T-C-C--T-G--GGAT-G-C-T-------T--T----A-GAAA-AAGAA-AT---ATAAA-TAATGGCTT---C--T--GA-TG-----A---C--T--------T-----T--TA--AAA--C-TT-TTATGCT-TCATT
gi|47 : GGCGTAACGT--GAATGTTTTGAAAGTTAACGT----AG-G-----G---A-----------------GAGT-GTG-GAAGGCTT--------C--TCCC-C-TCCCGCCAGTGGGGGTA--------T----GA--G---G----------C---CCTC-T-C-C--A-GA-GAAA-C-T-T-------T--T----A-GGAA-TCAAA-GT---TAAAA-TGGTGGCTT---C--T--GGTTG-----T---C--T--------T-----T--GA--AAAACT-TTATT
gi|48 : ca--T-TTGTTATGCT-TCA-TTGGGCT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T-A-AA----AA----A---ATAATTT-ACC-----TA------CATCTG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------AG--AC-----------TGTTCA--T---TCG-T----TATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAAGACACAGGGAACACT------GTT-GTTAT----ATGCACGGAAtttaatt
gi|49 : aaacgtt----------C---CTTT-C-C-C--G-T--GATT-T-T-T-------TTTT----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAA-GGGCGACTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA-----TGTTATGCT-TC-TTTGAGTT-AG-AATA--CA--C----T-----GC----T-T---TA----AA----A---AT-ATTA-ACC-----TA------CGTCAG---G---AA-ATGTTGG---CCC--------------------GG--AC-----------GGCACA--T---TCT-
gi|5 : gggca-T-T-------T--T----A-GAAA-TACAA-GTATAAAAAA-TGGTTA------C--T--GC-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-TTTGAATATA-TCA-TTGGGCTAAA-AACT--CA--T----T-----AT----T-T-A-AGC---AA----A---AT-ATTA-ACC-----TG------CAGCGG---A---AC-ATGTCAG---CCC--------------------GG--AT-----------TTGGCT--T---T----------TCA--GGTTGCACA-CT--TTGAC---A---CAAAGGAC-------ACACT------GTT-ACGTT----ATGCATGGAA-AGTT
gi|50 : taaGGGTGTAGCGT--GACTAATTTGGCAGATA-CTC----AG-G-----G-GGA-----------------GAGT-GTCATA---TAA--------T--TCCCAC-TTTTGCTGGTGG-------------------------------------------TCAC-C-T--G-A--AAAA-T-T-T-------T--T----A-GAAA-TAGAA-GA---ATAAA-TAGTGTCTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--TAA--C-TT-TTATGCT-TCAcatactgcaacttttaagtaggttacctatttgcagccctcctgtttttctattggatctttttagcctttttag
gi|51 : GGGCATAAAGT--GACACATTATTAAGTTA-ATC----AG-G-----A-G------------------------ATG----GGTGA--------T--TCCC-CATTCCCCTGGTGGAGGT--------------------------------------------C-T--G-T--GAAA-C-T-T-------T--T----A-GAAA-TAAAAAGT---GTAAA-TGGTGTTTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TT-TTATGCT-TCA
gi|52 : atGGTGTAGCAT--GACAAATTTAAAATTTA-TTC----AG-G-----G-GGA-----------------AGAT-GTGCCAGGGGGA--------A--TCCC-CTTTTTGCTTGTGGGGGTAC-------A----GA--G---G----------T---C-TC-C-C-CAAG-G--GAAA-T-A-T-------T--T----A-GAAA-TAGAA-GA---ATAAA-TGGTGACTT---C--T--GG-
gi|53 : aaTTA--GGCCG-ATA-TT--TT-AC---A---GAAAAGACAC---------T------GTT-GCTTT----ATGTATGGAAAAGTTgt
gi|54 : agtCA--G---TCT-A----AATTT--GGTCA-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAGG---------ACACT------GTT-GGTTT----AAGTATGGAAGAGTTaatactgcaactttttaagtacctattagtacacccctcctgttaaatgtctttttcttctatcgatttttgtgcctg
gi|55 : --------T-----T--TC--AAA--T---GTTACACT-TCATTTGG-CT-AA-ATCA--CA--T----T-----AC----T-T-G-AA----AA----C---AT-ATTT-ACC-----TT------CATCAG---G---AA-ATGTCAT---CCT--------------------GG--CT-----------TGCACA--T---TCC-A----ACTTT--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAGTAGACACAATGcatactgcaactttttaagtacctatgtgtacacccgtcctgttaaatgtatcgcttctatcgacttt
gi|57 : ---G----------C---CTTC-C-C-C--G-G--GAAA-CGT-T-------T--T----A-GAAA-TAAAA-TT---AGAAA-TGGTGACTC---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA-----TGTTATGCT-TCA-TTGGGAT-AG-AACA--CA--T----T-----AC----T-T----A----AA----T---AT-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-
gi|58 : ggcGGTATAGCGT--GACAACTTTGGAAATTA-TTC----AG-G-----A-GTG-----------------GG
gi|58 : t--G-A--GAAT-T-T-T-------T--T----A-TAAA-CAGAA-GT---AAAAA-TGGTGGTTT---C--T--GG-TT-----A---A--T--------T-----T--TC--AAA--G-TTG-AATGCG-TCATTaggagagaattttttataaacagaagtaaaaatggtggtttctggttaattttcaaagttgaatgcgtcattgtacta
gi|60 : tggtatagcgtgacaactttggaaattattcaggagtgggaggaGTAGCGT--GACACATTTGGAAGTTA-CCG----AA-G-----G-ATA-----------------AGGT-GTGCGAGGGTAA--------T--TCCCAT-TTCCGCTGATGGGAGT---------C----AA--G---G-------------------------------GATA-A-T-T-------A--T----A-GAAA-TAGAA-GT---ATAAA-TAATGGCTT---C--T--gtacta
gi|61 : ga-G--GAAA-T-G-T-------A--T----A-GAAA-TCGAA-GT------------T--CTT---C--C--G-------------------------------T--TC--AAA--T-TA--TATGCT-TCAT-----------------CA--T----T-----AC----T-T-G-AA----AT----A----T-ATTT-ACC-----TA------CATCGG---G---AA-ATGTCGG---CCC--------------------GG--AC-----------TGCATA--C---TCT-T----ACTTA--
gi|62 : gctgcAGGGGCGTAGCGT--AACACATTTGGAAGTTA-CTC----TG-GT----GTGTG-----------------GAGT-GTG
gi|63 : aatacatacaatgtcgacattaaatgtcgttttaaattaatgctttctcc---C--C--GG-TG-----AAA-C--T--------T-----T--TT--AGA--C-TT-TTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-AAAA--CA--T----T-----AC----A-T-A-AA----CA----A---Atatgtggggagagggg
gi|64 : tccgagatctcctcccGTGA-TT---C--T--GG-TG-----G---C--T--------T-----T--CC--AAC--T-TT--TATGCT-TCATT-GGACC-AG-AAAA--TA--T----T-----AC----T-A-A-AT----AA----A---AT-ATTT-ACC-----TA------Cctttcggtccgaccagtcatagtttttatcggactgcac
gi|65 : aatataccacggggacattttcaTTA--GGTTG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAGGACA-A--------T------GTT-GGTTT----ATGTATGGAAAAGTTtgcttcaaatgt
gi|66 : -T-T-T-------T--T----A-GAAA-TAGAA-TT---AAAAA-CGGTGGTTT---C--TCACG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--C-TT-TAATGCT-TCA-TCGGATA-AG-AACAGCCA--T----T-----AC----T-T-G-AAC---AA----A---AT-ATAT-ATC-----Tcatactgcaacttgtacctattttaatgtctattgtttccatctattttttagcc
gi|67 : gtAGGGGCGTAGTGT--GACAAATTTAGAAGTTA-CTC-------------G-AT---------------------T-GTGGGAAGGGGG--------TCCTCCC-C-
gi|69 : attattatctgatttagacagaattc-T-T-T-------T--T----A-GAAA-TAAAA-GT---AGAAA-TGGTGGCTT---C--T--GG-TG-----A---C--T--------T-----T--TC--AAA--T-GTGATATcacccccaccccccattgga
gi|7 : ttcaggagcgtaacgtgacatttttaatgcggatt---CTTC-CAC-C--GCG--GAAA-T-G-A-------T--T----A-GAAA-TAGAA-GT---AGAAA-TGGTGATTT---C--T--TT-TA---------------------T-----T--CC--AA-----TTGT-ATGCT-TCATTTGG-CT-AG-AGTA--CA--T----T-----AC----T-T-ACAA----AATATTA---GT-ATTT-ACC-----TA------TATCGA---T---AA-TTGTCGG---CCC--------------------CG--AC-----------CGCACA--C---TCT-A----ACTTA--AGTCG-ATG-TT--TA-AC---A---TAAAGAACAGAGTGAACACT------ATT-GCTTT----ATGCATGGAACAGTT
gi|70 : ggaaa---C--C--GG-TG-----AAA-C--T--------T-----C--TA--AAA--C-TT-TTATGCT-TCATT-GGGCT-AG-AAAA--CA--A----T-----AC----T-T-A-AA----AA----catatcgaaatttttaagtacctttttgtaaccctgccatgctt
gi|71 : ccgaggtcgccttcc---CTTC-C-C-T--G-G--GAAA-TAT-T-------T--T----A-GAAA-TAAAA-CT---TGAAA-TGATGACTT---C--T--GG-TT-----A---CTTT--------T-----T--TC--AA------TGTTATGCT-TCATCTGGcgacactgttggtttg
gi|72 : g---CTC--------------------GA--AC-----------AGCACA--G---TGT-A----AATTA--GGTCG-ATA-TT--TT-AC---A---TAAAG----------ACAAT------GTT-GGTTT----ATGTGTGGAA
gi|75 : -----A---C--T--------T-----T--TA--AAA--C-TT-CTATGCT-TCA-TTGGGCT-AG-Aaa
gi|8 : tctgaggtcgtctccccctgtgaaCCT---C--C--GG-TG-----A-----------------------------AA--C-TT-TTATGCC-TCGTA-GGGCC-AG-AAAA--GA--C----T-----AC----T-C-A-AA----CA----A---AT----T-ATCAG---TA------GGTCCA---G---AT-ATGGTTT---CTC--------------------GG--AC-----------TGCAG-------TCT-A----AATTA--GGTCA-ATA-TT--TG-AC---A---TAAAGGACACTGTTGGCCCG------GTT-TATATATAAATGTATGGAAAAGTT
gi|9 : ccaaggtctcctAAGGGCGTAGCGA--AACAAATTTGGAAGTTA-TGC----A------------A-----------------GAAT-GTGCGAGGGCGA--------T--TCCA-AATTCCGCTGATGGGGGT------------------------------------------C-C-T--G-G--GATA-A-T-T-------T--T----A-GAAA-TATAA-AT---ATAAA-TAATGGCTT---C--T--GC-CT-----A---C--TTTCAAAACT-----T--TT--AAA--C-TTTTTATG-T-TCA-TTGTGCT-AA-AAAATCCA--T----T-----AC----T-T-A-AAC---AA----A---GT-ATTA-ACC-----TG------CGGCGATATG---AC-ATGTCAG---CCC--------------------GG--AT-----------Tcatactgcaactgtttaaataccttgtacacccgcccagtaaaatgtctattgcttctatcaatttttaacattt
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Unaligned ( gi|68 ): TTANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTACGCGCCTGATGTGTAAATTACATCAATTACCTC
Unaligned ( gi|73 ): AAGTACCTATTTGTACACCCCTGCTGTTAAGTGTTTATTGCTTATGTCGATTTTTAGACTT
Unaligned ( gi|74 ): TCTGCGTTCGTCTCCTCTGGTGAAACTTTAAAAACATTTATGCTTCATTCGAAAAAA
Unaligned ( gi|76 ): CATGCCGAAACTGTTAAGTACCTAGATTTAACCCACTCATGCTTTTCAATAT
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