lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 22222222222 222 111111111111 2222 22222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 3333333333 1 33333 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 44444 111 11 11 5555555555555555 3333333333333 222222222222222 3333 2 44444 1 1 1 1 88888888 1 55555 22 11 111 1 1 22222222 22222 444444444444444444444444444444444444444444444444 1 1 1 1 33333 11 4
lowQualScore : 777 0 0 55555555555 0 2 666 1 44 2 66 4 777 777 999999999999 4 2 1111 22222 44 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 6 7 11 3 7777777777 6 4 3 55555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 11111 333 6 888 6 11 11 0000000000000000 6666666666666 6 999999999999999 0 0 5555 0 88888 7 7 6 7 5 88888888 6 5 88 2 00000 6 33 77 000 55 7 6 5 88888888 6 6 66666 999999999999999999999999999999999999999999999999 7 5 7 7 22222 6 22 0
lowQualScore : ... . . ........... . . ... . .. . .. . ... ... ............ . . .... ..... .. .................................................................................................................. . . . .. . .......... . . . ..... ................................................................................................................................................................................................................................. .. ..... ... . ... . .. .. ................ ............. . ............... . . .... . ..... . . . . . ........ . . .. . ..... . .. .. ... .. . . . ........ . . ..... ................................................ . . . . ..... . .. .
lowQualScore : 555 0 2 00000000000 8 0 888 2 77 2 00 4 888 888 444444444444 4 0 0000 55555 99 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 7 3 77 3 7777777777 7 0 3 00000 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 55555 444 0 222 0 00 00 2222222222222222 7777777777777 0 777777777777777 7 7 5555 0 55555 0 0 0 0 0 00000000 0 0 55 5 00000 0 00 55 555 00 0 0 0 00000000 0 0 00000 000000000000000000000000000000000000000000000000 0 0 0 0 00000 0 00 0
consensus : NNNTATTT---AT-TATCATTATTA-T-TA-TACCGTATTTATATAGCACTCTTTTCATATATAAAACACGTTCAAGAGTGC-TTTACAGAACAAAANGTAC-ATACA---GT---GTA---TAA---G--A-CAAAGACATATTC-TAAAACATTA---AAAGAAACANCTNACTTAGGAACACA----GTT--AANT------AAACA-ATTCTAACAAAA-AGT---TGCAG-GTGAAAAACAATAC-ANTGNAG-ACATAAAA--TAAGTAAAA-----CATTGTTAACAGTTCAGTTAAAACATAACAAAAATACTAAAGTTAAA----ATT---ACAGACAGTTCATTNA-AGTACATA-AACTTA--TTTTCCA-TTCCGTAAAGTA------AAATTACTCAANCAGTCCGGANAGTTCAGTTTATATAATAGTGTATTAAGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATACAGCCATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAGCNATTCCATAAGTTG--------------GNAGCTTC-ACT-CCAAACA----------ATTGTACGA-ATC-TC---NGGCACAACTAATGTCACGGAA--T-CTTGG-GATCTTAAGTTCCTACCCGGTCT--GT--ACACTTTNANCA-TGCTGCTGATATAG-CTGG-GACTGATCGTGTAGGGCCTTNTA---GATATGGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCTGTATCACACAG-CAA---GTGGAGTTCCTTGAGNACTNGGGTGATNTGGCTATGGCGGGGAGTCGTTGTTGTAATGNNAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTT
Reference ( gi|1 ) : TGATATTT---AT-TATCATTATT--T-TA-TATTGTATTTATATAGCACTCTTTTCATATATGAAATACGCTCAAAAGTGC-TTTACAAAACAAAAAGTAC-ATACA---GT---GTA---TAA---G--A-CAAAGACATATTC-TAAAACATTA---AAAGAAACAACCAACTTAAGAACACA----GTT--AACTTGGGGGAAATA-ATTCTAACAAAA-AGT---TGCAG-GTAAAAAAAAATAC-ACTGGAG-ACATGAAA--TAAGTAAAATACATCATTGCTAACAGTTCAGTTAAAACATAACAAAAATATCAATGTTAAA----ATT---ACAGACAGTTCATTAA-AGTACATGAAACTTA--TTTTCCA-TTCCATAAAACACCAAAGAAAT--CTCAAACA-TCCAGAAAGTTCAGTTTCTATAAAATTGTATTTAAAAGTGTGTTTTTAACAGCTTTTTGAA------CAT---------ATTC---A-GTTGGTGGGAAGAG-GGTTCCATAAACTG--------------GAAGCTTCTATTTCCAAACA-G-------GATTGTACGG-GTC-CT---AGGCACAACTAATGTCAGAGAA--G-ATTTG-GGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GT--ACTCCTCCAGCA-TGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAGACTTTATA---GGTGTGGACTAACAGTT-TGTA----TTGAATACCGTAACAAACAGGCAACCAATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGATCCTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTTAAAAATCGTCTAATGTGTCCAATATTTCGGAGTTAGACATCAGCAGACCAACACACAGAGTTAACATGTTGCTCCATACACATGTTGGGAGAAAAAATAGCACCTCTGTCTTGTCAGTGTTTAATTTAAGTATGTAATTA
gi|4 : TATAT---AT-TATAATTGTT--TATAGCACTATATTTATA--GCACTCTTTTCATATATAAAATACGCTCAAAAGTGT-TTTACAAAACAAAACGTAC-ATACA---GT---GTA---TAA---A--A-CAAAGACATATTA-TAATACATTA---AAAGAAACAACCTACTTTGGAACACA----TTTAGAAAT----GCAAACATATT---ACAAAA-AGT---TGCAG-GT--AAAAAAATAT-ACTGTAG-TCATAAAA--TAAGTAAGATACGTCATTGTTAACAGTTCAGTTAAAACATAACAAAAATACCAAAGTTAAA----GTT---ACAGACAGTTCATTCA-AGTA-ATATAACTTA--TTTTCCA-TTCCGTAAA--------------------ACA-TCCGGAAAGTTCAGTTTATATAATAGTGTAT
gi|5 : gagacttatttatttattataacgtattTATTTTACATATATCATAATTA-T-TA-TACCATATCTAAATAGCACTCATTTTATACAT---ATACGTTCAAGAGTGA-TTTAAAGAATAAACAATACAATATA---AT---ATA---AAC---G--A-TAACGATATA
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TA--ACTGTAT------------CTTTTCATATATAAAATACGTTCAAAAGTGC-TTTACAAAACAAAAAGTAC-ATACA---GT---GTA---TAA---A--A-CATTGACATACAT-TAAAACATAA---TAAGATACGTCTA--TTAACAAAATA----GTT--ggaattgattacagatctgggataaaatattgctgatttgattactatcacaagaaaaaagtatgcatgtaaaaacacacagatatataaatcattgtaagatttgtagtaaagtaatgcgtataaatctgattaaaataaacaccaataacgttaaacatatcttaaaacacaattactaaatcagttgtaaatagctcagtgaatagcaatggatttttaacaatcttttaaat
gi|15 : g---AT-TATTATTATT--A-CA-CA--GTATTTATAAAGCACTCTTAT-ATATATGAAATATGCCCAAAAGTGC-TTTATAAAACTAAAAGTTT-ATACA---GT---GTA---TAA---A--A-C--AGACATATTC-TAAAAAAATAAATAAATAAACAttttcttgtttct
gi|10 : TATTA-T-TA-TACCAAATTTAAATAGCACTCTTTTCATGTAT---ACACGTTTAAGAGTGT-TGTACTGAATAGATA-TAC-GTACACTCTT---ATA---TGAAC-G--A-TTAAGGTATA----TAACACATTtatct
gi|13 : --T-TG-TATCAAATGTATATAACACTCTTTTCATAT---AGACACGTTCAAGACTGA-TTTACAGAAT-AAATTTAC-ATGCA---AT---GTAACGTGA---ACTATCAAAAATATAT-----AAACATTT---AAAGAtgcacaactgggataaaatacatttcctttttgattaaacgatcacaagaaaaaaatgtacagaataatacaaattataacatattaaacattgtacgacttgtagtaaaatactacatataaacatcagtttcaatatacatatctaaaa
gi|12 : GTATTTATATAGCACTCTTTTCATATATAATATACACTCTAAAGTGA-TCTACATAACAAAAAGTAC-ATACA---GT---GTA---AAA---A--A-CAAAGACATATTC-TAAAACATT------ATTAACAGTTCAGTTA--AAC-CA------T--AAC-------AAA-A-ATACT-----AA-AGT---TG-AA-ATGACAGACAGTTC-ATTGAAGTACATAAAACTTAAGCAgctagggtgatatactgcctatttgattaaattatcacaagaaaaaaaatacatgcaaaatattacaaatgaatacatataaaac
gi|16 : ATTTATATAGCACTCTTTTCGTGCGTATAGCACGTTCAAAAGTGC-TTTACAttccgtttctataatatc
gi|11 : cacTTTATATAAAACAATTTTCATGTAT---ACACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATACAATATAC-ATGAA---ATATGATA---TAATCGG--T-TAAAGATGTA----TAAAATATgcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : attattaacaaactaagACTCTTTTCCTGCAT---ACACGTTCAAGAGTGC-TTTAAAGAATAACATATAC-ACGCA---AT---CT----------G--A-TAA--ACG-ATTCATAAAAC--------AAG-TACA---GACCTGGGATCAAATGATGCT--AATTTACTTAAACTA---TC-AACAAAACAAA---TGTAC-ATGCAAAATAATACAAATGGTT-AC----AA--TA--TAAAA-----CATTG-TAAGATTT--GT---AATTTAATAAATATATTACCTATAAATCTGATTAAAACAGACA--TCAGTAACAATAT-----ACATA--TTT---A-------AAAGTA------AAATTACTCAATCAGTTCAAACAGTTCA--------------GTATTAAGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATACAGCCATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATTTCATTAGTTGGTTGCAGCAAATATGAGGCTTCGATTGCCGAAC-----------ATTGT-C---ATCACTGTAAGGCACAACAAATGTCAAGGAA--T-CTTGC-AATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GT--Aatacagacctgatataaatgatgcttatttgattaaattatcatacacgagaaaaaaataaaatgtacctacaaaataatacaaaagtattaaatacattaaatacaaggtaagacttgtggt
gi|12 : TAACAAAA-AGTACATACAGTGTAAAAAACAA---------AG-ACAT---A--TTC-TAAAA-----CATTATTAACAGTTCAGTTAAACCATAACAAAAATACTAAAGTTGAA----ATG---ACAGACAGTTCATTGA-AGTACATAAAACTTAAGCATTCCGTTTCTATAAtgaagttgccaggagattgatcttgaagcacaggttagaatttcatactctattccatatttcgcagttccttaagcacttgggttatgactatggtgggaagtccttattataatgggagctgctgtgttctggacatgtcgcagattgttcagtaacgtgataccaataggaagtttatcacaatagtccaggttagtgtagtaaccagtcatttcagtggcgacttcatggcatcactgtttaggtcctctcagatatgactat
gi|7 : gtatttatatagcactcttttcatatataatatacactctaaagtgatctacaGGAAGAG-CATTCCATAAGTTG--------------GGAGCTGC-A-----AAACATGAAGTTTCGATTGCAAAACATC-AC---A-ATACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTG-GATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATT--TTAATCA-TGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGGACCTTTCA---GGTGTtatc
gi|3 : gttataataaacacttattacgttatacatatttaaaagcaatatatttttgtccttataaatagtacagtaaaaacaactggcatccccattgttgcgcAAACGT--------------GCAGATTC-ACTCCCACACA-C-------CACAGTACGG-GTC-TC---TGGCACAGCTAATGTCACGGAA--T-CTTGG-GATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GT--ACATGTTTATCA-TGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGAGTCTTGTA---GATATAGGTT-ATAATTGTGTA----atattagggttgggtactatactctggttccttaagtactgaatatatatgactatgacgggaagt
gi|8 : gttttattataataattattattattattattaccattattatgggtatagcaaatttgtatagcatgttcaaaagttcacagaataaaatttacttgcaatgaaatataaacgattaaaaaaatacaaacatccatagtcttatttgatttaagtatcacaagaaaaaaatgtacatgcaaagtaacgaaaatgattaaccataaaacatgtaagacttgttgtaaaacactgcttatctgatgaaaataaacatcagtaactatatacatatataaaaataaaattacagtttaaatagttcagtaaaacaaaatttggtttaaacaagctttgaatgcagtccgtgtgcgggcattcctgatgctgctaggaagagattgtcaagtttgtcgcagcTACAA-ATC-TT---TGGCACAACTAATGTCACAGAA--T-CTTGT-GATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGT--ACACTT--AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGG--TATATAATTGATATGG-TTAGCAGTT-TGTAAGTACTGTATTCTGTATCACACAG-CAA---GTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGATGATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGcgttaatatgtatgtcacctaacagg
gi|17 : caggaagagcattccataagtttggtgcagcagccataaaaatgttattgccatacctcacaacaTTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GT--ACACTTTGAACA-TGga
gi|2 : gtcacggaatcAGTTCCTTAAGCACTTGGGT--TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AATTATTACACCAAATTTATATAGCACTAATTTCTTGCATACACATTTAAAAGTGCTTAGCAGAATATAAAAACACATGTTATCTAATATAAACAATTTAAGAAGCACAAAACATTAACATACCTGTTACAAAATACTGCTTATTTGAATAAACAATCACACGAAAAAAAAATGTATATACCAAATAAATTACAAGTCATTACATATAAAAGATTGTACAAGATTTAGTAAAATACTGCGTACAAATCCTTGTGAAATAATATCACTAAAAATATACTTATTTAAAAGCAAAATTACGTAGTAATTTTACAAAGTTTAGTAAAACCAAATGTGTTTAAACAATCTTTAAA
Unaligned ( gi|9 ): GTTATCATACAAAATTTATCTTGCACACTTTTTCTTGCACACATGTCAAAAACTGGTTAACAGAATGAATATGCATGCGATCTAATATGATTGATTAAAGATATATAAGACATTCATGGAACCTGGATAAAATACTGCATATTTGATGAAATTAACAGAAGAAAAAAATGAACATGCAAAATTATACAAATTATTACATAAAAAACAGTGTAAGACTTGCAGCAAAGTACTGTGTATCTGACTATTAGATGAAAACAGCAGTAACAATATACATATTTAAAAGCAAAAT
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 2 111 111 11111111111 1111 222222222222222222222222 6666666666666666666666666666666666 1111 11 11 22222 111111111 44444 2222 11 3333333333 1 22 111 11 1 22222222 5555555555555555555555555555 1 1 4444444444444444444444444 2 11 444444444444444444444 22 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 555555 33333333333333 11 444444 5555555555555555555555 1 222 555555 33333 2
lowQualScore : 777 0 1 5 000 0 0 2 444 0 4 1 4 777 11111111111 4 5555 66 000000000000000000000000 6666666666666666666666666666666666 4444 6 00 5 5 6 11 11111 6 444444444 00000 77 2 2 4444 3 33 33 3333333333 4 5 44 555 88 3 1 0 22222222 3 8888888888888888888888888888 2 1 5 0 2 1 8 7777777777777777777777777 4 11 8 0 3 0 999999999999999999999 3 44444 99 8 11 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 1 99 22 111 2 99 2222 22 33 66 555555 1 55555555555555 1 6 66 555555 0 3 0 2222222222222222222222 4 1 0 2 555 1 2 0 0 22 4 4 777777 4 4 3 444 22222 4 2 4 4 2 2 0
lowQualScore : ... . . . ... . . . ... . . . . ... ........... . .... .. ........................ .................................. .... . .. . . . .. ..... . ......... ..... .. . . .... . .. .. .......... . . .. ... .. . . . ........ . ............................ . . . . . . . ......................... . .. . . . . ..................... . ..... .. . .. .................................................................................. . . .. .. ... . .. .... .. .. .. ...... . .............. . . .. ...... . . . ...................... . . . . ... . . . . .. . . ...... . . . ... ..... . . . . . . .
lowQualScore : 555 0 7 7 000 4 8 0 222 7 8 0 4 888 77777777777 4 6666 11 333333333333333333333333 9999999999999999999999999999999999 2222 7 22 2 2 3 00 33333 7 222222222 00000 00 5 5 0000 2 88 55 8888888888 0 5 55 555 00 5 0 0 00000000 5 2222222222222222222222222222 5 0 0 0 0 0 0 1111111111111111111111111 0 00 0 8 6 8 555555555555555555555 0 22222 44 0 88 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 88 44 777 5 22 8888 77 55 22 222222 4 88888888888888 8 4 44 222222 8 2 8 4444444444444444444444 2 0 8 0 888 0 0 7 7 00 0 0 555555 0 0 0 000 00000 0 5 0 0 5 5 0
consensus : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-ATA---CCGTATTTATATAGCACTCTTTTCATATATAAAATACGTTCAAAAGTGCTTTACAGAACAAAANGTAC-ATACA---GTGTA---TAA--G--A-CAAAGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAAACANCCGANTTAGGAACACA-------GTTA--ATT------AAACN-ATT-TAACAA----AA-AGT-TGCANGTAAAAAACAATACAC-TGNAG-ACATAAAA--TAAGTAAAATAC-TCATTGTTAANANTT-C--AGTTAA--AACATA--A----C--ANAAATACCGA-GTTAAAATTACAGACAGTTCANTAA-AGTACAT-A-AACTTATTTTCCATTCCGTAAAACA------AAATTACTCAANCAGTC-CAGAAAGTT-CAGTTTATATAATAGTGTATT---AAGA-AATGTATT--TTTAA-CAATCTTTTAAATA---CAGT-----CATTGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGTTT-----G--GN--------------AGC-----------T---------TC-A-TTGCCA-AC---ACA-G--------ATTGT-ACGA-GTCTCAGGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCTGGAGACTGATCGTGTAGGACCTTATA-----GGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTA--TCACGCA-GCA---AGTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGATN-ATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
Reference ( family-3000 ) : NNNTATTT---AT-TATCATTATTATT-ATA---CCGTATTTATATAGCACTCTTTTCATATATAAAACACGTTCAAGAGTGCTTTACAGAACAAAANGTAC-ATACA---GTGTA---TAA--G--A-CAAAGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAAACANCTNACTTAGGAACACA-------GTTA--ANT------AAACA-ATTCTAACAA----AA-AGT-TGCAGGTGAAAAACAATACAN-TGNAG-ACATAAAA--TAAGTAAAA-----CATTGTTAACAGTT-C--AGTTAA--AACATA--A----C--AAAAATACTAAAGTTAAAATTACAGACAGTTCATTNA-AGTACAT-A-AACTTATTTTCCATTCCGTAAAGTA------AAATTACTCAANCAGTC-CGGANAGTT-CAGTTTATATAATAGTGTATT---AAGA-AATGT-TT--TTTAA-CAATCTTTTAAATA---CAGC-----CATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAGCNATT-CCATAAGTT------G--GN--------------AGC-----------T---------TC-A-CT-CCA-A----ACA----------ATTGT-ACGA-ATCTCNGGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGTTCCTACCCGGTCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAG-CTGG-GACTGATCGTGTAGGGCCTTNTA-----GATATGGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCTGTA--TCACACA-GCA---AGTGGAGTTCCTTGAGNACTNGGGTG-ATNTGGCTATGGCGGGGAGTCGTTGTTGTAATGNNAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTT
gi|1 : TATTT---AT-TATCATTATT-TT-ATA---TTGTATTTATATAGCACTCTTTTCATATATGAAATACGCTCAAAAGTGCTTTACAAAACAAAAAGTAC-ATACA---GTGTA---TAA--G--A-CAAAGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAAACAACCAACTTAAGAACACA-------GTTA--ACTTGGGGGAAATA-ATTCTAACAA----AA-AGT-TGCAGGTAAAAAAAAATACAC-TGGAG-ACATGAAA--TAAGTAAAATACATCATTGCTAACAGTT-C--AGTTAA--AACATA--A----C--AAAAATATCAATGTTAAAATTACAGACAGTTCATTAA-AGTACATGA-AACTTATTTTCCATTCCATAAAACACCAAAGAAAT--CTCAAACA-TC-CAGAAAGTT-CAGTTTCTATAAAATTGTATT---TAAA-AGTGTGTT--TTTAA-CAGCTTTTTGAA--------------CAT---------ATTC---A-GTTGGTGGGAAGAG-GGTT-CCATAAACT------G--GA--------------AGC-----------T---------TCTATTT-CCA-A----ACAGG--------ATTGT-ACGG-GTCCTAGGCACAACTAATGTCAGAGAAGA---TTTGGGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GTACTCCTCCAGCATGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAGACTTTATA-----GGTGTGGACTAACAGTT-T----GTATTGAATACCGTA--ACAAACAGGCAACCAATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGATC-CTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTT
gi|10 : tgaTATTATT-ATA---CCAAATTTAAATAGCACTCTTTTCATGTAT---ACACGTTTAAGAGTGTTGTACTGAAT-AGATATAC-GTACACTCTTATA---TGAACG--A-TTAAGGTATA----TAACAC--ATT-------TGCACAACTGGGATA-AAATACATTTCCTTTTTG--ATT------AAACG-ATCACAAGAA----AA-AA-----ATGTACAGAATAATACA-----AA-TTATAACA--TA--TTAAA-----CATTGTaaaaatcgtctaatgtgtccaatatttcggagttagacatcagcagaccaacacacagagttaacatgttgctccatacacatgttgggagaaaaaatagcacctctgtcttgtcagtgtttaatttaagtatgtaatta
gi|12 : GTATTTATATAGCACTCTTTTCATATATAATATACACTCTAAAGTGATCTACATAACAAAAAGTAC-ATACA---GTGTA---AAA--A--A-CAAAGACATATTC-TAAAAC--ATT------ATTAACAGTTCAGTTA--AAC-CA---------TA--AC-------AAA-A-ATACT---------AA-AGT-TG-AAATGACAGACAGTTCAT-TGAAGTACATAAAACTTAAGCAacgacttgtagtaaaatactacatataaacatcagtttcaatatacatatctaaaa
gi|13 : TT-GTA---TCAAATGTATATAACACTCTTTTCATATA---GACACGTTCAAGACTGATTTACAGAAT-AAATTTAC-ATGCA---ATGTAACGTGA--ACTATCAAAAATATAT-----AAAC--ATTT---AAAGAttccgtttctataatatc
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TAA---CTGTAT------------CTTTTCATATATAAAATACGTTCAAAAGTGCTTTACAAAACAAAAAGTAC-ATACA---GTGTA---TAA--A--A-CATTGACATACAT-TAAAAC--ATAA---TAAGATACGTCTA--TTAACAAAATA-------GTTgctagggtgatatactgcctatttgattaaattatcacaagaaaaaaaatacatgcaaaatattacaaatgaatacatataaaac
gi|15 : gATTATTATTATT-ACA---CAGTATTTATAAAGCACTCTTAT-ATATATGAAATATGCCCAAAAGTGCTTTATAAAACTAAAAGTTT-ATACA---GTGTA---TAA--A--A-C--AGACATATTC-TAAAAA--AATAAATAAATAAACAttttcttgtttct
gi|16 : ATTTATATAGCACTCTTTTCGTGCGTATAGCACGTTCAAAAGTGCTTTACAGtatct
gi|17 : cacGTCACGGAATC---TTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTGAACATGcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : ACTCTTTTCCTGCATA---CACGTTCAAGAGTGCTTTAAAGAATAACATATAC-ACGCA---ATCT---------G--A-TAAA--CG-ATTCATAAAAC--A--------AGTA-CAG---ACCTGGGATCAAATGAT---GCTA--ATTTACTT-AAACT-ATC--AACAA----AACAAA-TGTACATGCAAAATAATACAAATGGTT-ACA----A--TA--TAAAA-----CATTGT-AAGATTT-GTAATTTAATAAATATATTA----CCTATAAAT-CTGA--TTAAAA---CAGACA--TCAGTAACAATATAC-A-----TATTT---A------AAAGTA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAACAGTT-CAGT--------------ATT---AAGA-AATGT-TT--TTTAA-CAATCTTTTAAATA---CAGC-----CATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATT-TCATTAGTT------G--GTTGCAGCAAATATGAGGC-----------T---------TCGA-TTGCCG-A----ACA-----------TTGTCATCA-CTGTAAGGCACAACAAATGTCAAGGAATC---TTGCAATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GTA-----TGAA---GTTGCC-----AG---GA-GATTGATCTTGAAG----------------CACAGGTTAG-AATT---TCA-TACTCTATTCCATA--TTTCGCA-G------------TTCCTTAAGCACTTGGGT---TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
gi|3 : AAAATTACAGTTTA---AATAGTTCAGT---AAAACAAAAT-TTGGTTTAAACAAGCTTT-GAATG---CAGT-----CCGTGTGCGGGCATTCCTGATGCTGCTAGGAAGAG--ATTGTCA--AGTTT-----GTCGC--------------AGCAAACGTGCAGAT---------TC-A-CT-CCC-AC---ACACC--------ACAGT-ACGG-GTCTCTGGCACAGCTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GTACATGTTTATCATGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGAGTCTTGTA-----GATATAGGTTA-TAATTGTGTACGT----TAATATGTATGTCACCTA-ACA---GGtaggtcctctcagatatgactat
gi|4 : gttttattataataattattattattattattaccattattatgggtatagcaaatttgtatagcatgttcaaaagttcacagaataaaatttacttgcaatgaaatataaacgattaaaaaaatacaaacatccatagtcttatttgatttaagtatcacaagaaaaaaatgtacatgcaaagtaacgaaaatgattaaccataaaacatgtaagacttgttgtaaaacactgcttatctgatgaaaataaacatcagtaactatatacatatataaaaatTATTT---ATATATTATAATTGTTTATAGCACTATATTTATA--GCACTCTTTTCATATATAAAATACGCTCAAAAGTGTTTTACAAAACAAAACGTAC-ATACA---GTGTA---TAA--A--A-CAAAGACATATTA-TAATAC--ATTA---AAAGAAACAACCTACTTTGGAACACA-------TTTAGAAATGC----AAACATATT---ACAA----AA-AGT-TGCAGGTAAAAAA--ATATAC-TGTAG-TCATAAAA--TAAGTAAGATACGTCATTGTTAACAGTT-C--AGTTAA--AACATA--A----C--AAAAATACCAAAGTTAAAGTTACAGACAGTTCATTCA-AGTA-AT-ATAACTTATTTTCCATTCCGTAAA--------------------ACA-TC-CGGAAAGTT-CAGTTTATATAATAGTGTAT
gi|5 : gagacttatttatttattataacgTATTTTACATATATCATAATTATT-ATA---CCATATCTAAATAGCACTCATTTTATACAT---ATACGTTCAAGAGTGATTTAAAGAATAAACAATACAATATA---ATATA---AAC--G--A-TAACGATATA-----GGAATTGATTA---CAG-----ATCTGGGATA-AAATATT-------GCTG--ATT------TGATT-ACTATCACAAGAAAAA-AGTATGCATGT-AAAAAC---ACA----CAG-ATATA---------TAAAT-----CATTG-TAAGATTTGT--AG-TAA--A--GTA--ATGCGT--ATAAAT-CTGA--TTAAAAT---AAACA--CCAATAA-CGT---T-A-AACATATCT---------TAAAACA------CAATTACTAAATCAGTTGTAAATAGCT-CAGT-----GAATAGC-------------AATGGATT--TTTAA-CAATCTTTTAAAT
gi|7 : TATTTAAAAGC-AATATATT--TTTGT-C---CTTATAAATAGTACAGTAAAAACA----ACTGGCATCCCCATTGTTGCGCGGAAGAGC-ATT-CCATAAGTT------G--GG--------------AGC-----------T---------GC-A------A-A----ACATGAAGTTTCGATTGC-AAAACATCACAA-TACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTGGATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATTTTAATCATGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGGACCTTTCA-----GGTGTATATTAG-GGTTG----GGTACTATACTCTG------------------------GTTCCTTAAGTACT-GAATATATATGACTATGACGGGAAGT
gi|8 : gttataataaacacttattacgttatacaAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGTTTGGTGCA--GC--------------AGC-----------CATAAAAATGTT-A-TTGCCATACCTCACA----------AC-AT-ACAA-ATCTTTGGCACAACTAATGTCACAGAATC---TTGTGATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGTACACTT-AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGG----TATATAATTGATATGG-TTAGCAGTT-TGTAAGTACTGTATTCTGTA--TCACACA-GCA---AGTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGATG-ATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AATTATTACACCAAATTTATATAGCACTAATTTCTTGCATACACATTTAAAAGTGCTTAGCAGAATATAAAAACACATGTTATCTAATATAAACAATTTAAGAAGCACAAAACATTAACATACCTGTTACAAAATACTGCTTATTTGAATAAACAATCACACGAAAAAAAAATGTATATACCAAATAAATTACAAGTCATTACATATAAAAGATTGTACAAGATTTAGTAAAATACTGCGTACAAATCCTTGTGAAATAATATCACTAAAAATATACTTATTTAAAAGCAAAATTACGTAGTAATTTTACAAAGTTTAGTAAAACCAAATGTGTTTAAACAATCTTTAAA
Unaligned ( gi|9 ): GTTATCATACAAAATTTATCTTGCACACTTTTTCTTGCACACATGTCAAAAACTGGTTAACAGAATGAATATGCATGCGATCTAATATGATTGATTAAAGATATATAAGACATTCATGGAACCTGGATAAAATACTGCATATTTGATGAAATTAACAGAAGAAAAAAATGAACATGCAAAATTATACAAATTATTACATAAAAAACAGTGTAAGACTTGCAGCAAAGTACTGTGTATCTGACTATTAGATGAAAACAGCAGTAACAATATACATATTTAAAAGCAAAAT
Unaligned ( gi|11 ): ATTATTAACAAACTAAGTTTATATAAAACAATTTTCATGTATACACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATACAATATACATGAAATATGATATAATCGGTTAAAGATGTATAAAATATATACAGACCTGATATAAATGATGCTTATTTGATTAAATTATCATACACGAGAAAAAAATAAAATGTACCTACAAAATAATACAAAAGTATTAAATACATTAAATACAAGGTAAGACTTGTGGT
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 11111111111 1111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 22222222 22222222222 33333333333333333333333 222222 2222222222222 22222222222 33333333 222 22 111111111111111 6666666666 333333333333333333333 888888888888888888888888 111 444444444444 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 1111111 11111111111 11 444444 6666666666666666666666 222 333333 22222 1
lowQualScore : 777 5 0 5 5 888 8888 0 000 2 3 1 4 777 66666666666 4 0 1 8888 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6666666 5 22222222 1 66 7777 77 22222222222 99999999999999999999999 777777 6666666666666 3 99 22222222222 1 0 66666666 111 55 1 777777777777777 3 0000000000 666666666666666666666 8 6 888888888888888888888888 6 0 3 0 777 222222222222 3 0 888 5 8 8 11 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 1 99 22 111 1 99 2222 22 33 0 7777777 1 1 33333333333 3 66 555555 0 3333333333333333333333 0 0 8 333 1 0 1 1 000000 1 1 1 1 2 77777 1 1 1 1 1 1 5
lowQualScore : ... . . . . ... .... . ... . . . . ... ........... . . . .... .. ...................................................................................... ....... . ........ . .. .... .. ........... ....................... ...... ............. . .. ........... . . ........ ... .. . ............... . .......... ..................... . . ........................ . . . . ... ............ . . ... . . . .. . ............................................................................ . . .. .. ... . .. .... .. .. . ....... . . ........... . .. ...... . ...................... . . . ... . . . . ...... . . . . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 555 5 1 0 0 888 5555 9 666 0 4 0 0 000 55555555555 0 9 6 6666 55 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 2222222 0 11111111 4 00 8888 55 00000000000 66666666666666666666666 777777 3333333333333 2 22 22222222222 0 8 66666666 666 44 0 666666666666666 8 8888888888 444444444444444444444 0 2 666666666666666666666666 8 8 6 8 555 888888888888 0 8 000 0 0 0 88 8 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4 44 88 777 0 22 8888 77 55 8 0000000 0 4 44444444444 8 44 222222 2 2222222222222222222222 8 2 8 888 2 7 0 0 000000 0 0 0 0 5 00000 0 0 0 0 0 0 5
consensus : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATAAAACACGTTCAAAAGTGCTTTACAGAACAAAANGTAC-ATACA---GTGTA---TAA--G--A-CAAAGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAA-----ACA-CCGANTTAGGA----ACAC-----A-------GTT---GAT-T------AAAC-TATCATAAC----AA-------AA-A---GT---TGCAN-GTAA--AAAATAATAC--AC-TGNAG-ACATA--AAA--TA-------------AGTAAAATAC-T-CATTGTTAACA-TT-C--AGTTAA--AACATA--A----C--ATAAATACC-GA-GTTAAAATTACAGACAGTTCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTTTCCATTCC-TAAAACA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAANAGTTCAGTTT-TANAATAGCGTATT---AAGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CA-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-AC---AC-A-------GATCGT-ACGA-GTCTCAGGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATC--AC--GCAGC-AGTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
Reference ( family-3000 ) : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATAAAATACGTTCAAAAGTGCTTTACAGAACAAAANGTAC-ATACA---GTGTA---TAA--G--A-CAAAGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAA-----ACANCCGANTTAGGA----ACAC-----A-------GTT---AAT-T------AAAC-NATT-TAAC----AA-------AA-A---GT---TGCAN-GTAA--AAAACAATAC--AC-TGNAG-ACATA--AAA--TA-------------AGTAAAATAC-T-CATTGTTAANANTT-C--AGTTAA--AACATA--A----C--ANAAATACC-GA-GTTAAAATTACAGACAGTTCANTAA-AGTACAT-A-AACTTATTTTCCATTCCGTAAAACA------AAATTACTCAANCAGTC-CAGAAAGTTCAGTTTATATAATAGTGTATT---AAGAAATGTATTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CATTGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTGCCA-AC---AC-A-------GATTGT-ACGA-GTCTCAGGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCTGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATC--AC--GCAGCAAGTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
gi|1 : TATTT---AT-TATCATTATT-TT-AT-A---TTGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATGAAATACGCTCAAAAGTGCTTTACAAAACAAAAAGTAC-ATACA---GTGTA---TAA--G--A-CAAAGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAA-----ACAACCAACTTAAGA----ACAC-----A-------GTT---AAC-TTGGGGGAAAT-AATTCTAAC----AA-------AA-A---GT---TGCAG-GTAA--AAAAAAATAC--AC-TGGAG-ACATG--AAA--TA-------------AGTAAAATACAT-CATTGCTAACAGTT-C--AGTTAA--AACATA--A----C--AAAAATATC-AATGTTAAAATTACAGACAGTTCATTAA-AGTACATGA-AACTTATTTTCCATTCCATAAAACACCAAAGAAAT--CTCAAACA-TC-CAGAAAGTTCAGTTTCTATAAAATTGTATT---TAAAAGTGTGTTTTTAACAGCTTTTTGAACA---TATT-----CA-------------------GTTGGTGGGAAGAGGG-TT-CCATAAA-C---TG----------GA-----AGC-----------T---------TCTATTTCCA-A----AC-AG------GATTGT-ACGG-GTCCTAGGCACAACTAATGTCAGAGAAGA---TTTGGGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GTACTCCTCCAGCATGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAG-ACTTTATAGGTGTGGACTAACAGTT-T----GTATTGAATACCGTAACAAACAGGCAACCAATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGAT-CCTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTT
gi|10 : tgaTATTATT-AT-A---CCAAATTTAA----ATAGCACTCTTTTCATGTAT---ACACGTTTAAGAGTGTTGTACTGAAT-AGATATAC-GTACACTCTTATA---TGAACG--A-TTAAGGTATA----TAACAC--ATT-------TGC-----ACAACTGGGATA-AA----ATAC-----ATTTCCTTTTT---GAT-T------AAAC-GATCACAAG----AA-------AA-A---A-------AT-GTAC--AGAATAATACAAAT-TATA--ACATATTAAA--CATTGTACGACTTGTAGTAAAATAC-TACA-TATAAACA--T-C--AGTTTC--AATAT---A----C--ATAaaaaatcgtctaatgtgtccaatatttcggagttagacatcagcagaccaacacacagagttaacatgttgctccatacacatgttgggagaaaaaatagcacctctgtcttgtcagtgtttaatttaagtatgtaatta
gi|12 : GTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATAATATACACTCTAAAGTGATCTACATAACAAAAAGTAC-ATACA---GTGTA---AAA--A--A-CAAAGACATATTC-TAAAAC--ATTA-----------------------TTA---------AC-----A-------GTTC--AGT-T------AAAC-CA---TAAC----AAAAATACTAA-A---GT---TG-AA-ATGA--CAGACAGTTC--AT-TGAAGTACATA--AAACTTA-------------AGCAtctaaaa
gi|13 : TT-GT-A---TCAAATGTAT----ATAACACTCTTTTCATAT---AGACACGTTCAAGACTGATTTACAGAAT-AAATTTAC-ATGCA---ATGTAACGTGA--ACTATCAAAAATATAT-----AAAC--ATTT---AAA--------------GAGCTAGGGTGATATACTGCCTA-------TTT---GAT-T------AAAT-TATC---ACAAGAAA-------AA-A---AA---TACAT-GC----AAAATATTACA-AA-TGAAT-ACATAT-AAA--ttccgtttctataatatc
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TA-A---CTGTAT----------------CTTTTCATATATAAAATACGTTCAAAAGTGCTTTACAAAACAAAAAGTAC-ATACA---GTGTA---TAA--A--A-CATTGACATACAT-TAAAAC--ATAA---TAAGAT-----ACGTCT--ATTAACA----AAAT-----A-------GTT---ac
gi|15 : gATTATTATTATT-AC-A---CAGTATTTAT----AAAGCACTCTTAT-ATATATGAAATATGCCCAAAAGTGCTTTATAAAACTAAAAGTTT-ATACA---GTGTA---TAA--A--A-C--AGACATATTC-TAAAAA--AATAAATAAATAA-----ACAttttcttgtttct
gi|16 : ATTTAT----ATAGCACTCTTTTCGTGCGTATAGCACGTTCAAAAGTGCTTTACAGtatct
gi|17 : cacGTCACGGAATC---TTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTGAACATGcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : ACTCTTTTCCTGCATA---CACGTTCAAGAGTGCTTTAAAGAATAACATATAC-ACGCA---ATCT---------G--A-TAAA--CG-ATTCATAAAAC--A--------AGTA------CA---GACCTGGGA----TCAA-----ATGAT---GCT---AAT-TTACTT-AAAC-TATC--AAC----AA-------AACA---AA---TGTAC-ATGC--AAAATAATAC--AAATGGTT-ACA------A--TA---------------TAAAA------CATTGT-AAGATTT-GTAATTTAATAAATATATTA----CCTATAAAT-CT-GA--TTAAAA---CAGACA--TCAGTAACAATATAC-A-----TATTT---A------AAAGTA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAACAGTTCAGT--------------ATT---AAGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGC-----CATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATT-TCATTAGTTGGTTGCAGCAAATATGA-----GGC-----------T---------TCGATTGCCG-A----AC-A---------TTGTCATCA-CTGTAAGGCACAACAAATGTCAAGGAATC---TTGCAATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GTA-----TGAA---GTTGC---------CAGGAGATTGATCTTG------------AAGCACAGGTTAG-AATT---TCA-TACTCTATTCCATATT--TC--GCAG---------TTCCTTAAGCACTTGGGT---TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
gi|3 : TATTATTATTATT-ATTA---CCATTATTATGGGTATAGCAA-------ATTTGTATAGCATGTTCAAAAGT---TCACAGAATAAAATTTAC-TTGCA---ATG-----------------AA---ATAT-----AAACG-ATTA---AAAAAATACAAACATCCA---TAGT------CTT-----A-------TTT---GAT-T------TAAG-TATCACAAG----AA-------AA-AAATGTACATGCAAAGTAACGAAAATGATTA--AC--------CATA--AAA--CA-------------TGTAAGA--C-T-TGTTG----------------TAA--AACACT--G----C--TTA--T-CT-GA--TGAAAAT---AAACA--TCAGTAA-C-TATAT-A-CATATAT-----A------AAAATA------AAATTAC------AGTT-TAAATAGTTCAGT----AAAACA-------------AAATTTGGTTTAAACAAGCTTT-GAATG---CAGT-----CCGTGTGCGGGCATTCCTGATGCTGCTAGGAAGAG-A-TTGTCA--AGTT---TGTC--------GC-----AGCAAACGTGCAGAT---------TC-ACTCCCACAC---ACCA-------CA--GT-ACGG-GTCTCTGGCACAGCTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GTACATGTTTATCATGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGA-GTCTTGTAGATATAGGTTA-TAATTGTGTACGTtaggtcctctcagatatgactat
gi|4 : gttttattataataatTATTT---ATATATTATAATTGTTTAT-AGCACTATATTTAT----A--GCACTCTTTTCATATATAAAATACGCTCAAAAGTGTTTTACAAAACAAAACGTAC-ATACA---GTGTA---TAA--A--A-CAAAGACATATTA-TAATAC--ATTA---AAAGAA-----ACAACCTACTTTGGA----ACAC-----A-------TTTAGAAATGC------AAACATATT---AC----AA-------AA-A---GT---TGCAG-GTAA--AAA--AATAT--AC-TGTAG-TCATA--AAA--TA-------------AGTAAGATACGT-CATTGTTAACAGTT-C--AGTTAA--AACATA--A----C--AAAAATACCAAA-GTTAAAGTTACAGACAGTTCATTCA-AGTA-AT-ATAACTTATTTTCCATTCCGTAAAACA---------------------TC-CGGAAAGTTCAGTTTATATAATAGTGTATtaatatgtatgtcacctaacagg
gi|5 : gagacttatttatttattataacgTATTTTACATATATCATAATTATT-AT-A---CCATATCTAA----ATAGCACTCATTTTATACAT---ATACGTTCAAGAGTGATTTAAAGAATAAACAATACAATATA---ATATA---AAC--G--A-TAACGATATA-----GGAATTGATTA---CAG----------ATCTGGGATA-AA----ATAT-----T-------GCT---GAT-T------TGAT-TACTATCACAAGAAA-------AA-A---GTA--TGCAT-GTAA--A----AACAC--AC----AG-ATATA------------------------TAAA-----T-CATTG-TAAGATTTGT--AG-TAA--A--GTA--ATGCGT--ATAAAT-CT-GA--TTAAAAT---AAACA--CCAATAA-CGT---T-A-AACATATCT---------TAAAACA------CAATTACTAAATCAGTTGTAAATAGCTCAGT-----GAATAGC------------AATGGATTTTTAACAATCTTTTAAAT
gi|7 : TATTTAAAAGCAATATATTTTTGTC---CTTATAAATAGTACAGTAAAAACA----ACTGGCATCCCCATTGTTGCGCGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT----G----------GG-----AGC-----------T---------GC-A----AA-AC---AT-GAAGTTTCGATTGC-AAAACATCACAA-TACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTGGATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATTTTAATCATGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGG-ACCTTTCAGGTGTATATTAG-GGTTG----GGTACTATACTCTG----------------------GTTCCTTAAGTACT-GAATATATATGACTATGACGGGAAGT
gi|8 : gttataataaacacttattacgttatacaAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GTGCAGCAGC-----------CATAAAAATGTT-ATTGCCATACCTCAC-A-------A--CAT-ACAA-ATCTTTGGCACAACTAATGTCACAGAATC---TTGTGATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGTACACTT-AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGGTATATAATTGATAT-GGTTAGCAGTT-TGTAAGTACTGTATTCTGTATC--AC--ACAGCAAGTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGAT-GATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): AATTATTACACCAAATTTATATAGCACTAATTTCTTGCATACACATTTAAAAGTGCTTAGCAGAATATAAAAACACATGTTATCTAATATAAACAATTTAAGAAGCACAAAACATTAACATACCTGTTACAAAATACTGCTTATTTGAATAAACAATCACACGAAAAAAAAATGTATATACCAAATAAATTACAAGTCATTACATATAAAAGATTGTACAAGATTTAGTAAAATACTGCGTACAAATCCTTGTGAAATAATATCACTAAAAATATACTTATTTAAAAGCAAAATTACGTAGTAATTTTACAAAGTTTAGTAAAACCAAATGTGTTTAAACAATCTTTAAA
Unaligned ( gi|9 ): GTTATCATACAAAATTTATCTTGCACACTTTTTCTTGCACACATGTCAAAAACTGGTTAACAGAATGAATATGCATGCGATCTAATATGATTGATTAAAGATATATAAGACATTCATGGAACCTGGATAAAATACTGCATATTTGATGAAATTAACAGAAGAAAAAAATGAACATGCAAAATTATACAAATTATTACATAAAAAACAGTGTAAGACTTGCAGCAAAGTACTGTGTATCTGACTATTAGATGAAAACAGCAGTAACAATATACATATTTAAAAGCAAAAT
Unaligned ( gi|11 ): ATTATTAACAAACTAAGTTTATATAAAACAATTTTCATGTATACACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATACAATATACATGAAATATGATATAATCGGTTAAAGATGTATAAAATATATACAGACCTGATATAAATGATGCTTATTTGATTAAATTATCATACACGAGAAAAAAATAAAATGTACCTACAAAATAATACAAAAGTATTAAATACATTAAATACAAGGTAAGACTTGTGGT
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 111 222222222222222222 22222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111 1111111 333333333 33333333333333333333333333333333333333333333 222222 333333333333 1 2222 33333333 111 22 222222222222 888888888888 222222222222222222222 00000000000000000000000 111 5555555555555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 1111111 11111111111 11 444444 66666666666666666666666 222 333333 22222 1
lowQualScore : 777 5 4 4 777 00 7777 777 33 3 333 3 0 444444444444444444 3 7777 55555 77 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55 8 3 555555555 3333333 4 222222222 2 55 888 0 55 99999999999999999999999999999999999999999999 222222 333333333333 2 4 9 0000 77 77777777 3 999 3 66 1 333333333333 1 000000000000 444444444444444444444 6 1 66666666666666666666666 66 1 777 1111111111111 3 0 888 5 8 8 0 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 8 1 1 22222 111 1 99 2222 22 33 0 4444444 1 1 33333333333 3 66 555555 0 88888888888888888888888 0 0 8 333 1 0 1 1 000000 1 1 1 1 2 77777 1 1 1 1 1 1 5
lowQualScore : ... . . . ... .. .... ... .. . ... . . .................. . .... ..... .. ........................................................................ .. . . ......... ....... . ......... . .. ... . .. ............................................ ...... ............ . . . .... .. ........ . ... . .. . ............ . ............ ..................... . . ....................... .. . ... ............. . . ... . . . . . ............................................................................ . . . ..... ... . .. .... .. .. . ....... . . ........... . .. ...... . ....................... . . . ... . . . . ...... . . . . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 555 5 0 0 000 66 1111 888 22 3 000 3 1 777777777777777777 3 1111 44444 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55 4 4 555555555 0000000 0 222222222 3 00 555 8 55 33333333333333333333333333333333333333333333 333333 777777777777 1 0 1 0000 99 55555555 2 777 7 22 0 000000000000 0 555555555555 000000000000000000000 7 0 33333333333333333333333 88 5 555 5555555555555 0 8 000 0 0 0 8 8 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 4 4 88888 777 0 22 8888 77 55 8 6666666 0 4 44444444444 8 44 222222 2 00000000000000000000000 8 2 8 888 2 7 0 0 000000 0 0 0 0 5 00000 0 0 0 0 0 0 5
consensus : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTATA-AACACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGAATA-AAANGTACA-TACAGT---GTA---TAA---G--A-CAA----AGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAA-----AC-ACCGANTTA-G--GA----ACAC-----A----TTT-------GA-T-T------AA--ACTATCACA--A-N----AA-------AA-A---GT----TGCAN-GTAA--AAAATAA--TAC--A-----CTGNAG-ACATA--AAA--TA-------------A-GTAAAATAC-T-CATTGT--AACA-TTC--AGTTAAAACATNAC----ATA--AAT-CC-GA-GTTAAAAT-ACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT---A--CC-TAAAACA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAANAGTTCAGT---TANAATA-C-TATT----AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----C-AT-GTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-AC---ACA-AA---TCG--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
Reference ( family-3000 ) : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATAAAACACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGAACA-AAANGTACA-TACAGT---GTA---TAA---G--A-CAA----AGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAA-----AC-ACCGANTTA-G--GA----ACAC-----A----GTT-------GA-T-T------AA--ACTATCATA--A-C----AA-------AA-A---GT----TGCAN-GTAA--AAAATAA--TAC--A-----CTGNAG-ACATA--AAA--TA-------------A-GTAAAATAC-T-CATTGT-TAACA-TTC--AGTTAAAACATAAC----ATA--AATACC-GA-GTTAAAATTACAGACAGTTCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTTTCCATTCC-TAAAACA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAANAGTTCAGTTT-TANAATAGCGTATT---AAGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----C-AT-GTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-AC---ACA-GA---TCG--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
gi|1 : TATTT---AT-TATCATTATT-TT-AT-A---TTGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATGAAATACGCTCAAAAGTGC-TTTACAAAACA-AAAAGTACA-TACAGT---GTA---TAA---G--A-CAA----AGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAA-----ACAACCAACTTA-A--GA----ACAC-----A----GTT-------AA-C-TTGGGGGAA--ATAATTCTA--A-C----AA-------AA-A---GT----TGCAG-GTAA--AAAAAAA--TAC--A-----CTGGAG-ACATG--AAA--TA-------------A-GTAAAATACAT-CATTGC-TAACAGTTC--AGTTAAAACATAAC----AAA--AATATC-AATGTTAAAATTACAGACAGTTCATTAA-AGTACATGA-AACTTATTTTCCATTCCATAAAACACCAAAGAAAT--CTCAAACA-TC-CAGAAAGTTCAGTTTCTATAAAATTGTATT---TAAAAGTGTGTTTTTAACAGCTTTTTGAACA---TATT-----C-A-------------------GTTGGTGGGAAGAGGG-TT-CCATAAA-C---TG----------GA-----AGC-----------T---------TCTATTTCCA-A----ACAGGA---TTG--T-ACGGGTC-CTA-GGCACAACTAATGTCAGAGAAGA---TTTGGGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GTACTCCTCCAGCATGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAG-ACTTTATAGGTGTGGACTAACAGTT-T----GTATTGAATACCGTAACAAACAGGCAACCA-ATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGAT-CCTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTT
gi|10 : tgaTATTATT-AT-A---CCAAATTTAA----ATAGCACTCTTTTCATGTATA---CACGTTTAAGAGTGT-TGTACTGAATA-GA-TATACG-TACACTCTTATA---TGAAC-G--A-TTA----AGGTATAT----AACAC--ATTT---GCACAA---------CTGGGATA-A---A----ATAC-----A----TTTCCTTTTTGA-T-T------AA--ACGATCACA--A-G----AA-------AA-A---A--------AT-GTAC--AGAATAA--TACAAA-----TTATA--ACATATTAAA--CATTGTACGACTTGTA-GTAAAATAC-TACA-TAT-AAACA--TC--AGTTTCAATAT-AC----ATA--aaaaatcgtctaatgtgtccaatatttcggagttagacatcagcagaccaacacacagagttaacatgttgctccatacacatgttgggagaaaaaatagcacctctgtcttgtcagtgtttaatttaagtatgtaatta
gi|11 : ATTATTAAC-AA-A---CTAAGTTTAT----ATAAAACAATTTTCATGTAT---ACACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATA-CAATATACA-TGAAATATGATA---TAATCGG--T-TAA----AGATGTA----TAAAAT--AT-----ATACAG-----AC--CTGATATA-AATGAT---GCTT-----A----TTT-------GA-T-T------AA--ATTATCATAC-A-CGAGAAA-------AA-A---ATAAAATGTAC-CTAC--AAAATAA--TAC--A--------AAA-GTATT--AAA--TA-------------C-ATTAAATAC-tctaaaa
gi|12 : GTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATAATATACACTCTAAAGTGA-TCTACATAACA-AAAAGTACA-TACAGT---GTA---AAA---A--A-CAA----AGACATATTC-TAAAAC--ATTA-----------------------TTA------------AC-----A----GTT-------CAGT-T------AA--AC---CATA--A-C----AAAAATACTAA-A---GT----TG-AA-ATGA--CAGACAG--TTC--A-----TTGAAGTACATA--AAACTTA-------------A-GCAaaggtaagacttgtggt
gi|13 : TT-GT-A---TCAAATGTAT----ATAACACTCTTTTCATATA---GACACGTTCAAGACTGA-TTTACAGAATA-AA-TTTACA-TGCAAT---GTAACGTGA---ACTATCAA----AAATATAT-----AAAC--ATTT---AAAGA--------------GCTA-G--GGTGATATACTGCCTA----TTT-------GA-T-T------AA--ATTATCACA--AGA----AA-------AA-A---AA----TACAT-GC----AAAATAT--TACA-A-----ATGAAT-ACATAT-AAA--ttccgtttctataatatc
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TA-A---CTGTAT----------------CTTTTCATATATAAAATACGTTCAAAAGTGC-TTTACAAAACA-AAAAGTACA-TACAGT---GTA---TAA---A--A-CAT----TGACATACAT-TAAAAC--ATAA---TAAGAT-----AC-GTCTA-TTA-A--CA----AAAT-----A----GTT-------ac
gi|15 : gATTATTATTATT-AC-A---CAGTATTTAT----AAAGCACTCTTAT-ATATATGAAATATGCCCAAAAGTGC-TTTATAAAACT-AAAAGTTTA-TACAGT---GTA---TAA---A--A-C------AGACATATTC-TAAAAA--AATAAATAAATAA-----AC-Attttcttgtttct
gi|16 : ATTTAT----ATAGCACTCTTTTCGTGCGTATAGCACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGtatct
gi|17 : cacGTCACGGAATC---TTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTGAACATGcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : ACTCTTTTCCTGCATA---CACGTTCAAGAGTGC-TTTAAAGAATA-ACATATACA-CGCAAT---CT----------G--A-TAA----A--CG-ATTCATAAAAC--A-----------A-----GT-ACAGACCTG-G--GA----TCAA-----ATGATGCT-------AA-T-TTACTT-AA--ACTATCA----A-C----AA-------AACA---AA----TGTAC-ATGC--AAAATAA--TAC--AAATGGTTACA--ATATA--AAA--CA-------------TTGTAAGAT-------TTGT---A-A-TTT--AATAAATATATTACCT--ATA--AAT-CT-GA--TTAAAA---CAGACA--TCAGTAACAATATA------CATATTT---A------AAAGTA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAACAGTTCAGT--------------ATT---AAGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGC-----C-ATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATT-TCATTAGTTGGTTGCAGCAAATATGA-----GGC-----------T---------TCGATTGCCG-A----ACA------TTG--TCATCACTG-TAA-GGCACAACAAATGTCAAGGAATC---TTGCAATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GTA-----TGAA---GTTGC---------CAGGAGATTGATCTTG------------AAGCACAGGTTAG-AATT---TCA-TACTCTATTCCATATTTCGCAG--------------TTCCTTAAGCACTTGGGT---TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
gi|3 : TATTATTATTATT-ATTA---CCATTATTATGGGTATAGCAA-------ATTTGTATAGCATGTTCAAAAGT----TCACAGAATA-AAATTTACT-TGCAAT---G------------------A----A---ATAT-----AAACG-ATTA---AAAAAATACAAAC-ATCCA--TA-G--T------CTT-----A----TTT-------GA-T-T------TA--AGTATCACA--A-G----AA-------AA-AAATGTACA-TGCAAAGTAACGAAAATGA--TTA--A-----C-------CATA--AAA--CA-------------T-GTAAGA--C-T-TGTTGT----------------AAAACACTGC----TTA----T-CT-GA--TGAAAAT---AAACA--TCAGTAA-C-TATAT-A-CATATAT-----A------AAAATA------AAATTAC------AGTT-TAAATAGTTCAGT----AAAACA-------------AAATTTGGTTTAAACAAGCTTT-GAATG---CAGT-----CCGT-GTGCGGGCATTCCTGATGCTGCTAGGAAGAG-A-TTGTC--AAGTT---TGTC--------GC-----AGCAAACGTGCAGAT---------TC-ACTCCC--AC---ACACCA---CAG--T-ACGGGTC-TCT-GGCACAGCTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GTACATGTTTATCATGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGA-GTCTTGTAGATATAGGTTA-TAATTGTGTACGTtaggtcctctcagatatgactat
gi|4 : gttttattataataatTATTT---ATATATTATAATTGTTTAT-AGCACTATATTTAT----A--GCACTCTTTTCATATATAAAATACGCTCAAAAGTGT-TTTACAAAACA-AAACGTACA-TACAGT---GTA---TAA---A--A-CAA----AGACATATTA-TAATAC--ATTA---AAAGAA-----ACAACCTACTTT-G--GA----ACAC-----A----TTTAGA----AA-TGC------AA--AC-AT-ATT--A-C----AA-------AA-A---GT----TGCAG-GTAA--AAA--AA--TAT--A-----CTGTAG-TCATA--AAA--TA-------------A-GTAAGATACGT-CATTGT-TAACAGTTC--AGTTAAAACATAAC----AAA--AATACCAAA-GTTAAAGTTACAGACAGTTCATTCA-AGTA-AT-ATAACTTATTTTCCATTCCGTAAAACA---------------------TC-CGGAAAGTTCAGTTTATATAATAGTGTATtaatatgtatgtcacctaacagg
gi|5 : gagacttatttatttattataacgTATTTTACATATATCATAATTATT-AT-A---CCATATCTAA----ATAGCACTCATTTTATACATA---TACGTTCAAGAGTGA-TTTAAAGAATA-AACAATACAATATAAT---ATA---AAC---G--A-TAA----CGATATA-----GGAATTGATTA---------------C-A--GATCTG-G--GATAAAATAT-----T----GCT-------GA-T-TT-----GATTACTATCACA--A-G----AA-------AA-AA--GTA---TGCAT-GTAA--AAA------CAC--A-----C---AG-ATATA-------------------------TAAA-----T-CATTGT--AAGA-TTTGTAGT--AAA-GTAATGCGTATA--AAT-CT-GA--TTAAAAT---AAACA--CCAATAA-CGT---T-A-AACATAT--------CT-TAAAACA------CAATTACTAAATCAGTTGTAAATAGCTCAGT-----GAATAGC------------AATGGATTTTTAACAATCTTTTAAAT
gi|6 : ATTATT-AC-A---CCAAATTTAT----ATAGCACTAATTTCTTGCATA---CACATTTAAAAGTGC-TTAGCAGAATATAAAAACACA-TGTTATCTAATA---TAA------A-CAATTTAAGAAGCAC----AAAAC--ATTA---ACA---------T-ACCT-GTTACA--AA----ATACTGCTTA----TTT-------GA-A-T------AA--ACAATCACACGA-A----AA-------AA-A---AA----TGTAT-ATAC--CAAATAAATTAC--A---------AG-TCATT--ACA--TA----------------TAAAAGA------TTGTACAAGA-TTT--AGT-AAAATACTGC----GTACAAAT-CC-TT-GT-GAAATAATA------TCACTAA-AA-ATAT-A---CTTATTT---A------AAAGCA------AAATTACGTAGTAATTT-TACAAAGTTTAG----TAAAAC--C-----------AAATGTG-TTTAAACAATC-TTTAAA
gi|7 : aATA-CATATTTAAAAGCAATATATTTTTGTC---CTTATAAATAGTACAGTAAAAAC-A----ACTGGCATCCCCATTGTTGCGCGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT----G----------GG-----AGC-----------T---------GC-A----AA-AC---ATG-AAGTTTCGATT-GCAAAACATCACAATACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTGGATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATTTTAATCATGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGG-ACCTTTCAGGTGTATATTAG-GGTTG----GGTACTATACTCTG-----------------------GTTCCTTAAGTACT-GAATATATATGACTATGACGGGAAGT
gi|8 : gttataataaacacttattacgttAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GTGCAGCAGC-----------CATAAAAATGTT-ATTGCCATACCTCACA-A-----CA--T-ACAAATC-TTT-GGCACAACTAATGTCACAGAATC---TTGTGATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGTACACTT-AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGGTATATAATTGATAT-GGTTAGCAGTT-TGTAAGTACTGTATTCTGTATCACACAG-----CAAGTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGAT-GATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GTTATCATACAAAATTTATCTTGCACACTTTTTCTTGCACACATGTCAAAAACTGGTTAACAGAATGAATATGCATGCGATCTAATATGATTGATTAAAGATATATAAGACATTCATGGAACCTGGATAAAATACTGCATATTTGATGAAATTAACAGAAGAAAAAAATGAACATGCAAAATTATACAAATTATTACATAAAAAACAGTGTAAGACTTGCAGCAAAGTACTGTGTATCTGACTATTAGATGAAAACAGCAGTAACAATATACATATTTAAAAGCAAAAT
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 2222222 22222222222222222222222222 22222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 11111111111 333333333 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333 111111 11 3333333333333 5555555555 111111 111 1 0000000000000000000000000 111 5555555555555 11 2222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 1111111 11111111111 11 444444 7777777777777777777777 222 333333 22222 1
lowQualScore : 777 5 3 3 666 222 6666 4 4444444 44 3 222 3 5555 33333333333333333333333333 6666 88888 77 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 666 3 000000 3 3 00000000000 7777 444444444 3 44 999 55 3 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 22 444444444444444444444 55 999999 33 2 5555555555555 1 1 5555555555 0 666666 555 3 0 6 1 9999999999999999999999999 66 1 777 1111111111111 3 0 888 33 8 11 4444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 1 1 22222 111 1 99 2222 22 33 0 4444444 1 1 33333333333 3 66 555555 0 7777777777777777777777 0 0 8 333 1 0 1 1 000000 1 1 1 1 2 77777 1 1 1 1 1 1 5
lowQualScore : ... . . . ... ... .... . ....... .. . ... . .... .......................... .... ..... .. ............................................................. ... . ...... . . ........... .... ......... . .. ... .. . ............................................................... .. ..................... .. ...... .. . ............. . . .......... . ...... ... . . . . ......................... .. . ... ............. . . ... .. . .. .... ........................................................................ . . . ..... ... . .. .... .. .. . ....... . . ........... . .. ...... . ...................... . . . ... . . . . ...... . . . . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 555 5 6 6 444 999 5555 0 6666666 11 1 666 1 9999 11111111111111111111111111 5555 22222 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 444 6 555555 6 6 00000000000 7777 333333333 5 66 111 00 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 88 888888888888888888888 11 111111 88 8 9999999999999 0 7 1111111111 9 444444 000 7 8 7 0 3333333333333333333333333 88 5 555 5555555555555 0 8 000 00 0 88 6666 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 4 4 88888 777 0 22 8888 77 55 8 6666666 0 4 44444444444 8 44 222222 2 2222222222222222222222 8 2 8 888 2 7 0 0 000000 0 0 0 0 5 00000 0 0 0 0 0 0 5
consensus : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGAATA-AAANGTACA-TGCA---GT---GTA---TAA---G--A-C-----AA----AGACATATT--TAAAAC--ATTA---AAAGAA-----AC-ACCGANNTA-G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TATCA-C-----A--A-GAA----AAA---GT----TGCAC-GTAN--AAAATAA--TAC-A-----CTG-AG-NCATA-AAA--TAA-GTAAAATAC-TCATTG-TA--ANA-TT--C--AGTTAAAATACTGC--GTA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-TACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTTAC--------AAAGCA------AAATTAC-TNAATCAGTT-CAAANAGTTCAGT------A-AATAC-TA-------AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----C-A-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-AC---ACG-AA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
Reference ( family-3000 ) : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGAATA-AAANGTACA-TACA---GT---GTA---TAA---G--A-C-----AA----AGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAA-----AC-ACCGANTTA-G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TATCA-C-----A--A-NAA----AAA---GT----TGCAN-GTAA--AAAATAA--TAC-A-----CTGNAG-ACATA-AAA--TAA-GTAAAATAC-TCATTG-TA--ACA-TT--C--AGTTAAAACATNAC--ATA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-TACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTTACC------TAAAACA------AAATTAC-TCAATCAGTT-CAAANAGTTCAGT-----TANAATAC-TA-TT----AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----C-A-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-AC---ACA-AA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
gi|1 : TATTT---AT-TATCATTATT-TT-AT-A---TTGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATGA-A-A-TACGCTCAAAAGTGC-TTTACAAAACA-AAAAGTACA-TACA---GT---GTA---TAA---G--A-C-----AA----AGACATATTC-TAAAAC--ATTA---AAAGAA-----ACAACCAACTTA-A--GA----ACA-------C-----A-------GTT---AAC-TTGGGGGAAAT-AATTC-T-----A--A-CAA----AAA---GT----TGCAG-GTAA--AAAAAAA--TAC-A-----CTGGAG-ACATG-AAA--TAA-GTAAAATACATCATTGCTA--ACAGTT--C--AGTTAAAACATAAC--AAA--A---ATATC-AATGT-TAAAATTACAGACAGTTCATTAA-AGTACATGA-AACTTATTTTCCATTCCATAAAACACCAAAGAAAT--C-TCAAACA-TC-CAGAAAGTTCAGTTTCTATAAAATTG-TATTT----AAAAGTGTGTTTTTAACAGCTTTTTGAACA---TATT-----C-A-------------------GTTGGTGGGAAGAGG-GTT-CCATAAA----CTG----------GA-----AGC-----------T---------TCTATTTCCA-A----ACAGGA---TT-G--T-ACGGGTC-CTA-GGCACAACTAATGTCAGAGAAGA---TTTGGGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GTACTCCTCCAGCATGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAG-ACTTTATAGGTGTGGACTAACAGTT-T----GTATTGAATACCGTAACAAACAGGCAACCA-ATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGAT-CCTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTT
gi|10 : tgaTATTATT-AT-A---CCAAATTTAA----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-----A-CACGTTTAAGAGTGT-TGTACTGAAT--AGATATACG-TACACTCTT---ATA---TGAAC-G--A-T-----TA----AGGTATA----TAACAC--ATTT---GCACA---------ACTGGGATA----AA----ATA-------C-----ATTTCCTTTTT---GAT-T------AAAC-GATCA-C-----A--A-GAA----AAA---A--------AT-GTAC--AGAATAA--TAC-A---------AA-TTATA-ACA--T-A-TTAAA------CATTG-TACGACT-TG--T--AG-TAAAATACTAC--ATAT-AAACAT-C---A-GT-TTCAA-TATACATA--TC--TAA-Aaaaaatcgtctaatgtgtccaatatttcggagttagacatcagcagaccaacacacagagttaacatgttgctccatacacatgttgggagaaaaaatagcacctctgtcttgtcagtgtttaatttaagtatgtaatta
gi|11 : ATTATTAAC-AA-A---CTAAGTTTAT----ATAAAACAATTTTCATGTAT-----A-CACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATA-CAATATACA-TGAA---ATATGATA---TAATCGG--T-T-----AA----AGATGTA----TAAAAT--AT-----ATACAG-----AC--CTGATATA-AATGAT---GCT-------T-----A-------TTT---GAT-T------AAAT-TATCA-TACACGA--G-AAA----AAA---ATAAAATGTAC-CTAC--AAAATAA--TAC-A--------AAA-GTATT-AAA--TAC-ATTAAATAC-a
gi|12 : GTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATAT-A-ATA-TACACTCTAAAGTGA-TCTACATAACA-AAAAGTACA-TACA---GT---GTA---AAA---A--A-C-----AA----AGACATATTC-TAAAAC--ATTA-----------------------TT------A----ACA-------------G-------TTC---AGT-T------AAAC-CATAA-C-----A--A-AAATACTAAA---GT----TG-AA-ATGA--CAGACAG--TTC-A-----TTGAAGTACATA-AAACTTAA-GCAaaggtaagacttgtggt
gi|13 : TT-GT-A---TCAAATGTAT----ATAACACTCTTTTCAT--AT-A-G-A-CACGTTCAAGACTGA-TTTACAGAATA-AA-TTTACA-TGCA---AT---GTAACGTGA---ACTATC-----AA----AAATATAT-----AAAC--ATTT---AAAGA--------------GCTA-G--GGTGATATA-------CTGCCTA-------TTT---GAT-T------AAAT-TATCA-C-----A--AGAAA----AAA---AA----TACAT-GC----AAAATAT--TACAA-----ATGAAT-ACATATAAA--ttccgtttctataatatc
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TA-A---CTGTAT----------------CTTTTCATATAT-A-A-AATACGTTCAAAAGTGC-TTTACAAAACA-AAAAGTACA-TACA---GT---GTA---TAA---A--A-C-----AT----TGACATACAT-TAAAAC--ATAA---TAAGAT-----AC-ac
gi|15 : gATTATTATTATT-AC-A---CAGTATTTAT----AAAGCACTCTTAT-ATATATGA-A-A-TATGCCCAAAAGTGC-TTTATAAAACT-AAAAGTTTA-TACA---GT---GTA---TAA---A--A-C-----------AGACATATTC-TAAAAA--AATAAATAAATAA-----AC-Agtctattaacaaaatagttttttcttgtttct
gi|16 : ATTTAT----ATAGCACTCTTTTCGTGCGT-ATA-G-CACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGtatct
gi|17 : cacGTCACGGAATC---TTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTGAACATGcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : ACTCTTTTCCTGCAT-A-----CACGTTCAAGAGTGC-TTTAAAGAATA-ACATATACA-CGCA---AT---CT----------G--A-T-----AA----A--CG-ATTCATAAAAC--A-----------A-----GT-ACAGACCTG-G--GA----TCAAATGATGCTA---A-------TTT---ACT-T------AAAC-TATCAAC-----A--A-AAC----AAA---------TGTAC-ATGC--AAAATAA--TAC-AAATGGTTACA--ATATA-AAA--CATTGTAAGAT------TTG-TA--A---TT--T--AATAAATATATTACCTATA--A---AT-CT-GA--T-TAAAA---CAGACA--TCAGTAACAATATA------CATATTTA---------AAAGTA------AAATTAC-TCAATCAGTT-CAAACAGTTCAG-----------TAT-TA-------AGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGC-----C-ATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATT-TCATTAGTTGGTTGCAGCAAATATGA-----GGC-----------T---------TCGATTGCCG-A----AC---A---TT-G--TCATCACTG-TAA-GGCACAACAAATGTCAAGGAATC---TTGCAATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GTA-----TGAA---GTTGC---------CAGGAGATTGATCTTG------------AAGCACAGGTTAG-AATT---TCA-TACTCTATTCCATATTTCGC--------------AGTTCCTTAAGCACTTGGGT---TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
gi|3 : TATTATTATTATT-ATTA---CCATTATTATGGGTATAGCAAATTT-----GTAT-A-G---CATGTTCAAAAGT----TCACAGAATA-AAATTTACT-TGCA---AT---G-----------------------A----A---ATAT-----AAACG-ATTA---AAAAAATACAAAC-ATCCA--TA-G--T------CT-------T-----A-------TTT---GAT-T------TAAG-TATCA-C-----A--A-GAA----AAAAATGTACA-TGCAAAGTAACGAAAATGA--TTA-A-----C-------CATA-AAA--CAT-GTAAGA--C-TTGTTG-TA--A----------------AACACTGC--TTA-------T-CT-GA--T-GAAAA-TA--AACA--TCAGTAA-C-TATAT-A---CATATATA---------AAAATA------AAATTAC-------AGTT-TAAATAGTTCAGT------AAAACA-------------AAATTTGGTTTAAACAAGCTTT-GAATG---CAGT-----CCG-TGTGCGGGCATTCCTGATGCTGCTAGGAAGAG--ATTGTCA--AGT---TTGTC--------GC-----AGCAAACGTGCAGAT---------TC-ACTCCCACAC---ACC-A-----CAG--T-ACGGGTC-TCT-GGCACAGCTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GTACATGTTTATCATGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGA-GTCTTGTAGATATAGGTTA-TAATTGTGTACGTtaggtcctctcagatatgactat
gi|4 : gttttattataataatTATTT---ATATATTATAATTGTTTAT-AGCACTATATTTAT----A--GCACTCTTTTCATATAT-A-A-AATACGCTCAAAAGTGT-TTTACAAAACA-AAACGTACA-TACA---GT---GTA---TAA---A--A-C-----AA----AGACATATTA-TAATAC--ATTA---AAAGAA-----ACAACCTACTTT-G--GA----ACA-------C-----A-------TTTAGAAATGC------AAACATATTA-C-----------AA----AAA---GT----TGCAG-GTAA--AAA--AA--TAT-A-----CTGTAG-TCATA-AAA--TAA-GTAAGATACGTCATTGTTA--ACAGTT--C--AGTTAAAACATAAC--AAA--A---ATACCAAA-GT-TAAAGTTACAGACAGTTCATTCA-AGTA-AT-ATAACTTATTTTCC---------------------ATTCCGTAAAACA-TC-CGGAAAGTTCAGTTTA--TATAATAtaatatgtatgtcacctaacagg
gi|5 : gagacttatttatttattataacgTATTTTACATATATCATAATTATT-AT-A---CCATATCTAA----ATAGCACTCATTTTATACAT-A-----TACGTTCAAGAGTGA-TTTAAAGAATA-AACAATACAATATA---AT---ATA---AAC---G--A-T-----AA----CGATATA-----GGAATTGATTA---------------C-A--GATCTG-G--GATAAAATA-------TTGCTGA-------TTT---GAT-T------A--C-TATCA-C-----A--A-GAA----AAAA--GTA---TGCAT-GTAA--AAA------CAC-A-----C---AG-ATATA-----------TAAA-----TCATTG-TA--AGA-TT--TGTAGT-AAAGTAATGCGTATA--A---AT-CT-GA--T-TAAAA-TA--AACA--CCAATAA-CGT---T-A-AACATAT---CT------TAAAACA------CAATTAC-TAAATCAGTTGTAAATAGCTCAGT-------GAATA------------GCAATGGATTTTTAACAATCTTTTAAATgtgtat
gi|6 : ATTATT-AC-A---CCAAATTTAT----ATAGCACTAATTTCTTGCAT-A-----CACATTTAAAAGTGC-TTAGCAGAATATAAAAACACA-TGTT---ATCTAATA---TAA------A-C-----AATTTAAGAAGCAC----AAAAC--ATTA---ACA---------T-ACCT-GTTACA--AA----ATA-------CTGCTTA-------TTT---GAA-T------AAAC-AATCA-C-----ACGA-AAA----AAA---AA----TGTAT-ATAC--CAAATAAATTAC-A---------AG-TCATT-ACA--TA---TAAAAGA-----TTG-TACAAGA-TT--T--AGT-AAAATACTGC--GTACAA---AT-CC-TT-GT--GAAA-TA---ATA--TCACTAA-AA-ATAT-A---CTTATTTA---------AAAGCA------AAATTAC-GTAGTAATTT-TACAAAGTTTAGT--------AAAAC-C----------AAATGTG-TTTAAACAATC-TTTAAA
gi|7 : aATACATA-TTTAAAAGCAATATATTTTTGTC---CTTATAAATAGTACAGTAAAAAC-A----ACTGGCATCCCCATTGTTGCGCGGAAGAGC-ATT-CCATAAG----TTG----------GG-----AGC-----------T---------GC-A----AA-AC---ATG-AAGTTTC-GATT-GCAAAACATCACAATACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTGGATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATTTTAATCATGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGG-ACCTTTCAGGTGTATATTAG-GGTTG----GGTACTATACTCTG-----------------------GTTCCTTAAGTACT-GAATATATATGACTATGACGGGAAGT
gi|8 : gttataataaacacttattacgttAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GTGCAGCAGC-----------CATAAAAATGTT-ATTGCCATACCTCACA-A-----C-A--T-ACAAATC-TTT-GGCACAACTAATGTCACAGAATC---TTGTGATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGTACACTT-AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGGTATATAATTGATAT-GGTTAGCAGTT-TGTAAGTACTGTATTCTGTATCACACAG-----CAAGTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGAT-GATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGA
gi|9 : cTTATC-AT-A---CAAAATTTAT----CTTGCACACTTTTTCT-TGC-A-C-A-CATGTCAAAAACTGG-TTAACAGAATG-AA-TATGCA-TGCG---AT---CTAA--TAT---G--A-TTGATTAA----AGATATAT----AAGAC--ATTC---ATGGAA---------CCTGGATA-A--AATACTGCA-------T-----A-------TTT---GAT-G------AAAT-TAACA-G-----A--A-GAA----AAA---AA----TGAAC-ATGC--AAAATTA--TAC-A---------AA-TTATT-ACA--TAA---AAAA-----CAGTG-TA--AGA-CTTGC--AG-CAAAGTACTGT--GT-------AT-CT-GA-CTATTAGA-TGAAAACA--GCAGTAACAATAT------ACATATTTA---------AAAGCA------AAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 2222222 11111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 2222222 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333333333 111111 11 3333333333333 4444444444 111111 111 1 55555555555555555555 111 5555555555555 11 2222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 1111111 11111111111 11 444444 7777777777777777777777 222 333333 22222 1
lowQualScore : 777 5 3 3 666 222 6666 4 4444444 44 3 555 1 3 1 9999999 888 66666666666666 0 0 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666 3 000000 3 7777 3 55 3 7777 7777777 6 22 1 1 55 3 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 777777777777777777777 55 999999 33 2 5555555555555 1 5555555555 0 666666 333 3 0 6 1 66666666666666666666 66 1 777 1111111111111 3 0 888 33 8 11 4444 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 1 1 22222 111 1 99 2222 22 33 0 4444444 1 1 33333333333 3 66 555555 0 7777777777777777777777 0 0 8 333 1 0 1 1 000000 1 1 1 1 2 77777 1 1 1 1 1 1 5
lowQualScore : ... . . . ... ... .... . ....... .. . ... . . . ....... ... .............. . . .............................................................................. ... . ...... . .... . .. . .... ....... . .. . . .. . .................................................................... . ..................... .. ...... .. . ............. . .......... . ...... ... . . . . .................... .. . ... ............. . . ... .. . .. .... ........................................................................ . . . ..... ... . .. .... .. .. . ....... . . ........... . .. ...... . ...................... . . . ... . . . . ...... . . . . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 555 5 6 6 444 999 5555 0 6666666 11 1 444 0 1 2 5555555 555 99999999999999 8 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 444 6 555555 6 7777 6 00 6 7777 5555555 4 22 0 3 00 6 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 999999999999999999999 11 111111 88 8 9999999999999 0 6666666666 4 444444 222 7 8 7 0 88888888888888888888 88 5 555 5555555555555 0 8 000 00 0 88 6666 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 4 4 88888 777 0 22 8888 77 55 8 6666666 0 4 44444444444 8 44 222222 2 2222222222222222222222 8 2 8 888 2 7 0 0 000000 0 0 0 0 5 00000 0 0 0 0 0 0 5
consensus : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGT---G---TA---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-T-TAAAA--C--ATTA---AA-ACA--AAC-A---CCGACNTAG--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TAT----CA-CA--AG-AA----AAA-AT----TGTACGTGCAAAATAA--T-ACA--T-G-A---G--NCATAAAA--TAAGTAAAA-AC-TCATTG-TA--AGA-TT--C--AGT--T----AAA-ATACTGC--GTA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-TACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTAC-TNAATCAGTT-CAAANAGTTCAG------TAAA----TACT-AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----C-A-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-AC---AC-GAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
Reference ( family-3000 ) : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGT---G---TA---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-T-TAAAA--C--ATTA---AA-AGA--AAC-A---CCGANNTAG--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TAT----CA-CA--AG-AA----AAA-GT----TGCACGTANAAAATAA--T-ACAC-T-G-A---G--NCATAAAA--TAAGTAAAATAC-TCATTG-TA--ANA-TT--C--AGT--T----AAA-ATACTGC--GTA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-TACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------ACAAAGCA------AAATTAC-TNAATCAGTT-CAAANAGTTCAG------TAAA----TACTAAGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----C-A-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-AC---AC-GAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
gi|1 : TATTT---AT-TATCATTATT-TT-AT-A---TTGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATGA-A-A-TACGCTCAAAAGTGC-TTTACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGT---G---TA---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-TCTAAAA--C--ATTA---AA-AGA--AACAA---CCAACTTAA--GA----ACA-------C-----A-------GTT---AAC-TTGGGGGAAAT-AAT----TC-TA--AC-AA----AAA-GT----TGCAGGTAAAAAAAAA--T-ACAC-TGG-A---G--ACATGAAA--TAAGTAAAATACATCATTGCTA--ACAGTT--C--AGT--T----AAA-ACATAAC--AAA--A---ATATC-AATGT-TAAAATTACAGACAGTTCATTAA-AGTACATGA-AACTTATTTTCCATTCCATAAAACACCAAAGAAAT--C-TCAAACA-TC-CAGAAAGTTCAGTTTCTATAAAATTGTATTTAAAAGTGTGTTTTTAACAGCTTTTTGAACA---TATT-----C-A-------------------GTTGGTGGGAAGAGG-GTT-CCATAAA----CTG----------GA-----AGC-----------T---------TCTATTTCCA-A----ACAGGA---TT-G--T-ACGGGTC-CTA-GGCACAACTAATGTCAGAGAAGA---TTTGGGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GTACTCCTCCAGCATGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAG-ACTTTATAGGTGTGGACTAACAGTT-T----GTATTGAATACCGTAACAAACAGGCAACCA-ATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGAT-CCTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTT
gi|10 : tgaTATTATT-AT-A---CCAAATTTAA----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-----A-CACGTTTAAGAGTGT-TGTACTGAATA-GATATACGTACA-CTC-TT---A---TA---TGAAC-G--A-T-----TAAGGTATA----TAACA--C--ATTT---GC-ACA------A---CTGGGATA---AA----ATA-------C-----ATTTCCTTTTT---GAT-T------AAAC-GAT----CA-CA--AG-AA----AAA-A--------ATGTACAGAATAA--T-ACA------A---A--TTATAACA--T-ATTAAA------CATTG-TA--CGA-CT--T---GTAGT----AAA-ATACTAC--ATAT-AAACAT-C---A-GT-TTCAA-TATACATA--TC--TAA-Aaaaaatcgtctaatgtgtccaatatttcggagttagacatcagcagaccaacacacagagttaacatgttgctccatacacatgttgggagaaaaaatagcacctctgtcttgtcagtgtttaatttaagtatgtaatta
gi|11 : ATTATTAAC-AA-A---CTAAGTTTAT----ATAAAACAATTTTCATGTAT-----A-CACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATA-CA---ATATACA-TGAAATATGA---TA---TAATCGG--T-T-----AAAGATGTA----TAAAA--T--AT-----AT-ACA--GAC-----CTGATATAAATGAT---GCT-------T-----A-------TTT---GAT-T------AAAT-TATCATACA-CG--AGAAA----AAA-ATAAAATGTACCTACAAAATAA--T-ACA----A-A---A--GTATTAAA--TACATTAAATAC-a
gi|12 : GTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATAT-A-ATA-TACACTCTAAAGTGA-TCTACATAACA-AA---AAGTACA-TACAGT---G---TA---AAA---A--A-C-----AAAGACATAT-TCTAAAA--C--ATTA------------------------TT-----A----ACA-------------G-------TTC---AGT-T------AAAC-CAT----AA-CA--AA-AATACTAAA-GT----TG-AAATGACAGACAG--T-TCAT-T-G-A---AGTACATAAAACTTAAGCAaaggtaagacttgtggt
gi|13 : TT-GT-A---TCAAATGTAT----ATAACACTCTTTTCAT--AT-A-G-A-CACGTTCAAGACTGA-TTTACAGAAT--AA---ATTTACA-TGCAAT---G---TAACGTGA---ACTATC-----AAAAATATAT-----AAA--C--ATTT---AA-A--------------GAGCTAG--GGTGATATA-------CTGCCTA-------TTT---GAT-T------AAAT-TAT----CA-CA--AG-AA----AAA-A-----AATACATGCAAAATAT--T-ACAttccgtttctataatatc
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TA-A---CTGTAT----------------CTTTTCATATAT-A-A-AATACGTTCAAAAGTGC-TTTACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGT---G---TA---TAA---A--A-C-----ATTGACATACAT-TAAAA--C--ATAA---TA-AGA--TAC-aatgaatacatataaaac
gi|15 : gATTATTATTATT-AC-A---CAGTATTTAT----AAAGCACTCTTAT-ATATATGA-A-A-TATGCCCAAAAGTGC-TTTATAAAACT-AA---AAGTTTA-TACAGT---G---TA---TAA---A--A-C-------AGACATAT-TCTAAAA--A--AATAAATAA-ATA--AAC-A---gtctattaacaaaatagttttttcttgtttct
gi|16 : ATTTAT----ATAGCACTCTTTTCGTGCGT-ATA-G-CACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGtatct
gi|17 : cacGTCACGGAATC---TTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTGAACATGcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : ACTCTTTTCCTGCAT-A-----CACGTTCAAGAGTGC-TTTAAAGAATA-AC---ATATACA-CGCAAT---C---T----------G--A-T-----AAA--CG-AT-T-CA----------TA---AA-ACA--AGT-A---CAGACCTGG--GA----TCAAATGATGCTA---A-------TTT---ACT-T------AAAC-TAT----CAACA--AA-AC----AAA-------TGTACATGCAAAATAA--T-ACAAAT-G-----G--T--TACAA--TA--TAAAA-----CATTG-TA--AGA-TT--TGTAAT--TTAATAAATATATTACCTATA--A---AT-CT-GA--T-TAAAA---CAGACA--TCAGTAACAATATA------CATATTT--------A-AAAGTA------AAATTAC-TCAATCAGTT-CAAACAGTTCAG--------------TATTAAGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGC-----C-ATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATT-TCATTAGTTGGTTGCAGCAAATATGA-----GGC-----------T---------TCGATTGCCG-A----AC---A---TT-G--TCATCACTG-TAA-GGCACAACAAATGTCAAGGAATC---TTGCAATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GTA-----TGAA---GTTGC---------CAGGAGATTGATCTTG------------AAGCACAGGTTAG-AATT---TCA-TACTCTATTCCATATTTCGC--------------AGTTCCTTAAGCACTTGGGT---TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
gi|3 : TATTATTATTATT-ATTA---CCATTATTATGGGTATAGCAAATTT-----GTAT-A-G---CATGTTCAAAAGT----TCACAGAATA-AA---ATTTACT-TGCAAT---GAAATA---TAA------A-C-----GA---------T-TAAAA--------A---AATACA--AAC-A---TC--CATAG--T------CT-------T-----A-------TTT---GAT-T------TAAG-TAT----CA-CA--AG-AA----AAA-AA----TGTACATGCAAAGTAA--CGAAAA-T-G-ATTAA--CCATAAAA--CATGTAAGA--C-TTGTTG-TA--A----------------------A-ACACTGC--TTA-------T-CT-GA--T-GAAAA-TA--AACA--TCAGTAA-C-TATAT-A---CATATAT--------A-AAAATA------AAATTAC-------AGTT-TAAATAGTTCAG------TAAA-----AC---AAAATTTGGTTTAAACAAGCTTT-GAATG---CAGT-----CCG-TGTGCGGGCATTCCTGATGCTGCTAGGAAGAG--ATTGTCA--AGT---TTGTC--------GC-----AGCAAACGTGCAGAT---------TC-ACTCCCACAC---AC-CA-----CAG--T-ACGGGTC-TCT-GGCACAGCTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GTACATGTTTATCATGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGA-GTCTTGTAGATATAGGTTA-TAATTGTGTACGTtaggtcctctcagatatgactat
gi|4 : gttttattataataatTATTT---ATATATTATAATTGTTTAT-AGCACTATATTTAT----A--GCACTCTTTTCATATAT-A-A-AATACGCTCAAAAGTGT-TTTACAAAACA-AA---ACGTACA-TACAGT---G---TA---TAA---A--A-C-----AAAGACATAT-TATAATA--C--ATTA---AA-AGA--AACAA---CCTACTTTG--GA----ACA-------C-----A-------TTTAGAAATGC------AAACATAT----TA-C------AA----AAA-GT----TGCAGGTAAAAA--AA--T-ATAC-T-GTA---G--TCATAAAA--TAAGTAAGATACGTCATTGTTA--ACAGTT--C--AGT--T----AAA-ACATAAC--AAA--A---ATACCAAA-GT-TAAAGTTACAGACAGTTCATTCA-AGTA-AT-ATAACTTATTT--------TC----C---------ATTCCGTAAAACA-TC-CGGAAAGTTCAG------Ttaatatgtatgtcacctaacagg
gi|5 : gagacttatttatttattataacgTATTTTACATATATCATAATTATT-AT-A---CCATATCTAA----ATAGCACTCATTTTATACAT-A-----TACGTTCAAGAGTGA-TTTAAAGAATA-AA---CAATACAATATAAT---A---TA---AAC---G--A-T-----AACGATATA-----GGAA--TTGATTA-------------C-A-----GATCTGG--GATAAAATA-------TTGCTGA-------TTT---GAT-T------A--C-TAT----CA-CA--AG-AA----AAAAGTA---TGCATGTAAAAA------C-ACAC-----A---G--ATATA---------TAAA-----TCATTG-TA--AGA-TT--TGTAGT-------AAA-GTAATGC--GTATAA---AT-CT-GA--T-TAAAA-TA--AACA--CCAATAA-CGT---T-A-AACATATCT---------TAAAACA------CAATTAC-TAAATCAGTTGTAAATAGCTCAG------TGAA----TA----GCAATGGATTTTTAACAATCTTTTAAATttatataatagtgtat
gi|6 : ATTATT-AC-A---CCAAATTTAT----ATAGCACTAATTTCTTGCAT-A-----CACATTTAAAAGTGC-TTAGCAGAATATAA---AAACACA-TGT--T---A---TC---TAA---T--A-T-----AAA--CA-AT-T-TAAGAAGC--AC-A---AA-ACATTAAC-ATACCTGTTACAA---A----ATA-------CTGCTTA-------TTT---GAA-T------AAAC-AAT----CA-CACGAA-AA----AAA-AA----TGTATATACCAAATAAATT-ACA------A---G--TCATTACA--TA--TAAAAGA-----TTG-TACAAGA-TT--T--AGT-------AAA-ATACTGC--GTACAA---AT-CC-TT-GT--GAAA-TA---ATA--TCACTAA-AA-ATAT-A---CTTATTT--------A-AAAGCA------AAATTAC-GTAGTAATTT-TACAAAGTTTAG------TAAA-----ACC---AAATGTG-TTTAAACAATC-TTTAAA
gi|7 : aAAGCAATATATTTTTGTC---CTTATAAATAGTACAGTAAAAAC-A----ACTGGCATCCCCATTGTTGCGCGGAAGAGC-ATT-CCATAAG----TTG----------GG-----AGC-----------T---------GC-A----AA-AC---AT-GAAGTTTC-GATT-GCAAAACATCACAATACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTGGATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATTTTAATCATGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGG-ACCTTTCAGGTGTATATTAG-GGTTG----GGTACTATACTCTG-----------------------GTTCCTTAAGTACT-GAATATATATGACTATGACGGGAAGT
gi|8 : gttataataaacacttattacgttatacatatttaaAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GTGCAGCAGC-----------CATAAAAATGTT-ATTGCCATACCTCAC-AA-----C-A--T-ACAAATC-TTT-GGCACAACTAATGTCACAGAATC---TTGTGATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGTACACTT-AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGGTATATAATTGATAT-GGTTAGCAGTT-TGTAAGTACTGTATTCTGTATCACACAG-----CAAGTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGAT-GATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGA
gi|9 : cTTATC-AT-A---CAAAATTTAT----CTTGCACACTTTTTCT-TGC-A-C-A-CATGTCAAAAACTGG-TTAACAGAATG-AA----TATGCA-TGCGAT---C---TAA--TAT---G--A-TTGATTAAAGATATAT----AAGA--C--ATTC---AT-GGA--A-------CCTGGATAA--AATACTGCA-------T-----A-------TTT---GAT-G------AAAT-TAA----CA-GA--AG-AA----AAA-AA----TGAACATGCAAAATTA--T-ACA------A---A--TTATTACA--TAA--AAAA-----CAGTG-TA--AGA-CTTGC--AG---C----AAA-GTACTGT--GT-------AT-CT-GA-CTATTAGA-TGAAAACA--GCAGTAACAATAT------ACATATTT--------A-AAAGCA------AAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 2222222 111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 11111 6666666666666666666666666666666666666666 444444444444444444 333333333333333333333 1111111 11 3333333333333 2222222222 111111 7777777777777777777 111 5555555555555 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111 111 1111111 11111111111 11 444444 7777777777777777777777 222 333333 22222 1
lowQualScore : 777 5 3 3 666 222 6666 4 4444444 44 33 555 1 3 1 9999999 3 555 999999999999 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666 3 000000 3 7777 3 55 3 7777 77777 0 77 1 1 55 55 55 3333333333333333333333333333333333333333 8 66 1 333333333333333333 5 777777777777777777777 55 9999999 33 2 5555555555555 1 2222222222 999999 0 99 1 5 8 1 3333333333333333333 66 1 777 1111111111111 3 0 888 5 8 8 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 1 1 22222 111 1 99 2222 22 33 0 4444444 1 1 33333333333 3 66 555555 0 7777777777777777777777 0 0 8 333 1 0 1 1 000000 1 1 1 1 2 77777 1 1 1 1 1 1 5
lowQualScore : ... . . . ... ... .... . ....... .. .. ... . . . ....... . ... ............ . . ............................................................................................ ... . ...... . .... . .. . .... ..... . .. . . .. .. .. ........................................ . .. . .................. . ..................... .. ....... .. . ............. . .......... ...... . .. . . . . ................... .. . ... ............. . . ... . . . . ............................................................................. . . . ..... ... . .. .... .. .. . ....... . . ........... . .. ...... . ...................... . . . ... . . . . ...... . . . . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 555 5 6 6 444 999 5555 0 6666666 11 66 444 0 1 2 5555555 1 444 555555555555 8 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 6 555555 6 7777 6 00 6 7777 00000 5 55 2 5 00 00 00 4444444444444444444444444444444444444444 9 11 1 222222222222222222 0 999999999999999999999 11 1111111 88 8 9999999999999 0 7777777777 222222 8 44 0 0 0 0 8888888888888888888 88 5 555 5555555555555 0 8 000 0 0 0 8 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4 4 88888 777 0 22 8888 77 55 8 6666666 0 4 44444444444 8 44 222222 2 2222222222222222222222 8 2 8 888 2 7 0 0 000000 0 0 0 0 5 00000 0 0 0 0 0 0 5
consensus : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGT---G---T-A---TAA---G--A-----CAAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AAC-A-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TAT----CA-CA--AG-AA----AAAAN----TGTACATGCAAAATAA--T--AC--A--C--G-A---G--NCATA-AAA--TA-AGTAAAA----TCATTG-TA--AGA-TT--C--AGT--T----AAA-ATACTGC--GTA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-T-ACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGT-------AAAT---ACT-AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----C-AT-GTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
Reference ( family-3000 ) : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGT---G---T-A---TAA---G--A-----CAAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AAC-A-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TAT----CA-CA--AG-AA----AAAAT----TGTACGTGCAAAATAA--T--AC--A--T--G-A---G--NCATA-AAA--TA-AGTAAAA-AC-TCATTG-TA--AGA-TT--C--AGT--T----AAA-ATACTGC--GTA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-T-ACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTNAATCAGTT-CAAANAGTTCAGT-------AAAT---ACT-AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----C-AT-GTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
gi|1 : TATTT---AT-TATCATTATT-TT-AT-A---TTGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATGA-A-A-TACGCTCAAAAGTGC-TTTACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGT---G---T-A---TAA---G--A-----CAAAGACATAT-TCTAAAA--C--AT--TA---A---A-AG-------A--AAC-AACCAACTTA----A--GA----ACA-------C-----A-------GTT---AAC-TTGGGGGAAAT-AAT----TC-TA--AC-AA----AAAGT----TGCAGGTAAAAAAAAA--T--AC--A--CTGG-A---G--ACATG-AAA--TA-AGTAAAATACATCATTGCTA--ACAGTT--C--AGT--T----AAA-ACATAAC--AAA--A---ATATC-AATGT-TAAAA-TTACAGACAGTTCATTAA-AGTACATGA-AACTTATTTTCCATTCCATAAAACACCAAAGAAAT--CTCAAACA-TC-CAGAAAGTTCAGTTTCTATAAAATTGTATTTAAAAGTGTGTTTTTAACAGCTTTTTGAACA---TATT-----C-A-------------------GTTGGTGGGAAGAGGG-TT-CCATAAACT----G----------GA-----AGC-----------T---------TCTATTTCCA-AAC---A-GGA---TT-G--T-ACGGGTC-CTA-GGCACAACTAATGTCAGAGAAGA---TTTGGGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GTACTCCTCCAGCATGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAG-ACTTTATAGGTGTGGACTAACAGTT-T----GTATTGAATACCGTAACAAACAGGCAACCA-ATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGAT-CCTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTT
gi|10 : tgaTATTATT-AT-A---CCAAATTTAA----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-----A-CACGTTTAAGAGTGT-TGTACTGAATA-GATATACGTACA-CTC-TT---A---T-A---TGAAC-G--A-----TTAAGGTATA----TAACA--C--AT--TT---G---C-AC-------A------A-CTGGGATA-------AA----ATA-------C-----ATTTCCTTTTT---GAT-T------AAAC-GAT----CA-CA--AG-AA----AAAAA----TGTA----CAGAATAA--T--AC--A-------A---A--TTATA-ACA--T--ATTAAA------CATTG-TA--CGA-CT--T---GTAGT----AAA-ATACTAC--ATAT-AAACAT-C---A-GT-TTCAA-T-ATACATA--TC--TAA-Aaaaaatcgtctaatgtgtccaatatttcggagttagacatcagcagaccaacacacagagttaacatgttgctccatacacatgttgggagaaaaaatagcacctctgtcttgtcagtgtttaatttaagtatgtaatta
gi|11 : ATTATTAAC-AA-A---CTAAGTTTAT----ATAAAACAATTTTCATGTAT-----A-CACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATA-CA---ATATACA-TGAAATATGA---T-A---TAATCGG--T-----TAAAGATGTA----TAAAA--T--AT-------A---T-AC-------A--GAC---CTGATATA----AATGAT---GCT-------T-----A-------TTT---GAT-T------AAAT-TATCATACA-CG--AGAAA----AAAATAAAATGTACCTACAAAATAA--T--AC--A--A--A-A---G--T-ATT-AAA--TACATTAAAT-A---CAAGG-TA--AGA-CT--a
gi|12 : GTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATAT-A-ATA-TACACTCTAAAGTGA-TCTACATAACA-AA---AAGTACA-TACAGT---G---T-A---AAA---A--A-----CAAAGACATAT-TCTAAAA--C--AT--TA--------------------------------TT---------A----ACA-------------G-------TTC---AGT-T------AAAC-CAT----AA-CA--AA-AATACTAAAGT----TG-AAATGACAGACAG--T--TC--AT-T--G-A---AGTACATA-AAACTTA-AGCAtgtggt
gi|13 : TT-GT-A---TCAAATGTAT----ATAACACTCTTTTCAT--AT-A-G-A-CACGTTCAAGACTGA-TTTACAGAAT--AA---ATTTACA-TGCAAT---G---T-AACGTGA---ACTAT----CAAAAATATAT-----AAA--C--AT--TT---A---A-A-------------------GAGCTA----G--GGTGATATA-------CTGCCTA-------TTT---GAT-T------AAAT-TAT----CA-CA--AG-AA----AAAA-----AATACATGCAAAATAT--T--ACAAA--T--G-A---AT-ACATATAAA--ttccgtttctataatatc
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TA-A---CTGTAT----------------CTTTTCATATAT-A-A-AATACGTTCAAAAGTGC-TTTACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGT---G---T-A---TAA---A--A-----CATTGACATACAT-TAAAA--C--ATAATA---A---G-AT-------A--ac
gi|15 : gATTATTATTATT-AC-A---CAGTATTTAT----AAAGCACTCTTAT-ATATATGA-A-A-TATGCCCAAAAGTGC-TTTATAAAACT-AA---AAGTTTA-TACAGT---G---T-A---TAA---A--A-----C--AGACATAT-TCTAAAA--A--AA--TAAATA---A-AT-------A--AAC-A-cgtctattaacaaaatagttttttcttgtttct
gi|16 : ATTTAT----ATAGCACTCTTTTCGTGCGT-ATA-G-CACGTTCAAAAGTGC-TTTACAGtatct
gi|17 : cacGTCACGGAATC---TTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTGAACATGcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : ACTCTTTTCCTGCAT-A-----CACGTTCAAGAGTGC-TTTAAAGAATA-AC---ATATACA-CGCAAT---C---T-----------G--A-----TAAA--CG-AT-T-CA------------TA---A---A-AC-------A--AGT-A-CAGACCTG----G--GA----TCAAATGATGCTA---A-------TTT---ACT-T------AAAC-TAT----CAACA--AA-AC----AAA------TGTACATGCAAAATAA--T--AC--AAAT--G-----G--T--TA-CAA--TA---TAAAA-----CATTG-TA--AGA-TT--TGTAAT--TTAATAAATATATTACCTATA--A---AT-CT-GA--T-TAAAA----CAGACA--TCAGTAACAATATA------CATATTT--------A-AAAGTA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAACAGTTCAGT-------AT-T---A---AGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGC-----C-ATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATT-TCATTAGTTGGTTGCAGCAAATATGA-----GGC-----------T---------TCGATTGCCG-A-----AC--A---TT-G--TCATCACTG-TAA-GGCACAACAAATGTCAAGGAATC---TTGCAATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GTA-----TGAA---GTTGC---------CAGGAGATTGATCTTG------------AAGCACAGGTTAG-AATT---TCA-TACTCTATTCCATATTTCGC--------------AGTTCCTTAAGCACTTGGGT---TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
gi|3 : TATTATTATTATT-ATTA---CCATTATTATGGGTATAGCAAATTT-----GTAT-A-G---CATGTTCAAAAGT----TCACAGAATA-AA---ATTTACT-TGCAAT---GAAAT-A---TAA------A-----CGA---------T-TAAAA----------A---A---ATAC-------A--AAC-A-TC--CATA----G--T------CT-------T-----A-------TTT---GAT-T------TAAG-TAT----CA-CA--AG-AA----AAAAA----TGTACATGCAAAGTAA--CGAAA--A--T--G-ATTAA--CCATA-AAA--CA-TGTAAGA--C-TTGTTG-TA--A----------------------A-ACACTGC--TTA-------T-CT-GA--T-GAAAA-T-A--AACA--TCAGTAA-C-TATAT-A---CATATAT--------A-AAAATA------AAATTAC------AGTT-TAAATAGTTCAGT-------AAA----AC---AAAATTTGGTTTAAACAAGCTTT-GAATG---CAGT-----CCGT-GTGCGGGCATTCCTGATGCTGCTAGGAAGAG-A-TTGTC--AAGTT---TGTC--------GC-----AGCAAACGTGCAGAT---------TC-ACTCCCACA-C---ACCA-----CAG--T-ACGGGTC-TCT-GGCACAGCTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GTACATGTTTATCATGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGA-GTCTTGTAGATATAGGTTA-TAATTGTGTACGTtaggtcctctcagatatgactat
gi|4 : gttttattataataatTATTT---ATATATTATAATTGTTTAT-AGCACTATATTTAT----A--GCACTCTTTTCATATAT-A-A-AATACGCTCAAAAGTGT-TTTACAAAACA-AA---ACGTACA-TACAGT---G---T-A---TAA---A--A-----CAAAGACATAT-TATAATA--C--AT--TA---A---A-AG-------A--AACAA-CCTACTTT----G--GA----ACA-------C-----A-------TTTAGAAATGC------AAACATAT----TA-C------AA----AAAGT----TGCAGGT--AAAAAAA--T--AT--AC-T--GTA---G--TCATA-AAA--TA-AGTAAGATACGTCATTGTTA--ACAGTT--C--AGT--T----AAA-ACATAAC--AAA--A---ATACCAAA-GT-TAAAGTT-ACAGACAGTTCATTCA-AGTA-AT-ATAACTTATTT--------taatatgtatgtcacctaacagg
gi|5 : gagacttatttatttattataacgTATTTTACATATATCATAATTATT-AT-A---CCATATCTAA----ATAGCACTCATTTTATACAT-A-----TACGTTCAAGAGTGA-TTTAAAGAATA-AA---CAATACAATATAAT---A---T-A---AAC---G--A-----TAACGATATA-----GGAA--TTGAT--TA----------C-------A--GAT---CTGGGATA----A---A----ATA-------TTGCTGA-------TTT---GAT-T------A--C-TAT----CA-CA--AG-AA----AAAAG----TATGCATGTAAAA--A--C--AC--A--C----A---G--ATATA-----------TAAA-----TCATTG-TA--AGA-TT--TGTAGT-------AAA-GTAATGC--GTATAA---AT-CT-GA--T-TAAAA-T-A--AACA--CCAATAA-CGT---T-A-AACATATCT--------T-AAAACA------CAATTACTAAATCAGTTGTAAATAGCTCAGT-------GAA------T-AGCAATGGATTTTTAACAATCTTTTAAATtccattccgtaaaacatccggaaagttcagtttatataatagtgtat
gi|6 : ATTATT-AC-A---CCAAATTTAT----ATAGCACTAATTTCTTGCAT-A-----CACATTTAAAAGTGC-TTAGCAGAATATAA---AAACACA-TGT--T---A---T-C---TAA---T--A-----TAAA--CA-AT-T-TAAGAAGC--AC---A---A---A-AC-------ATTAAC-A-T--ACCTGTTACA--AA----ATA-------CTGCTTA-------TTT---GAA-T------AAAC-AAT----CA-CACGAA-AA----AAAAA----TGTATATACCAAATAAATT--AC--A-------A---G--TCATT-ACA--TA---TAAAA-G----ATTG-TACAAGA-TT--T--AGT-------AAA-ATACTGC--GTACAA---AT-CC-TT-GT--GAAA-T-A---ATA--TCACTAA-AA-ATAT-A---CTTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACGTAGTAATTT-TACAAAGTTTAGT-------AAA----ACC---AAATGTG-TTTAAACAATC-TTTAAA
gi|7 : a-AGCAATATATTTTTGTC---CTTATAAATAGTACAGTAAAAAC-A----ACTGGCATCCCCATTGTTGCGCGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT----G----------GG-----AGC-----------T---------GC-A----AA-A-C---ATGAAGTTTC-GATT-GCAAAACATCACAATACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTGGATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATTTTAATCATGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGG-ACCTTTCAGGTGTATATTAG-GGTTG----GGTACTATACTCTG-----------------------GTTCCTTAAGTACT-GAATATATATGACTATGACGGGAAGT
gi|8 : gttataataaacacttattacgttatacatatttaaaAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GTGCAGCAGC-----------CATAAAAATGTT-ATTGCCATA-CCTCACAA-----C-A--T-ACAAATC-TTT-GGCACAACTAATGTCACAGAATC---TTGTGATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGTACACTT-AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGGTATATAATTGATAT-GGTTAGCAGTT-TGTAAGTACTGTATTCTGTATCACACAG-----CAAGTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGAT-GATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGA
gi|9 : cTTATC-AT-A---CAAAATTTAT----CTTGCACACTTTTTCT-TGC-A-C-A-CATGTCAAAAACTGG-TTAACAGAAT--GA---ATATGCA-TGCGAT---C---TAA---TAT---G--ATTGATTAAAGATATA----TAAGA--C--AT--TC---ATGGA-ACCTGGATAA--AAT-A-CTG-------------------CA-------T-----A-------TTT---GAT-G------AAAT-TAA----CA-GA--AG-AA----AAAAA----TGAACATGCAAAATTA--T--AC--A-------A---A--TTATT-ACA--TA-A--AAAA-----CAGTG-TA--AGA-CTTGC--AG---C----AAA-GTACTGT--GT-------AT-CT-GA-CTATTAGA-T-GAAAACA--GCAGTAACAATAT------ACATATTT--------A-AAAGCA------AAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 2222222 1111111 11111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 444444444444444444444444444444444444 3333333333 33333333333333333333333 111 11 333333333333 2222222222 111111 7777777777777777777 111 555555555555 11 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 1111111 11111111111 11 444444 7777777777777777777777 222 333333 22222 1
lowQualScore : 777 5 3 3 666 222 6666 4 4444444 1 2 3 555 1 3 1 555 0000000 66666666666666 2 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666 3 000000 3 3 7777 55 7777 1 99999 3 0 55 555555555555555555555555555555555555 3 8 55 4 8 5555555555 5 77777777777777777777777 55 5 777 2 33 2 0 444444444444 1 2222222222 999999 0 33 1 5 8 1 3333333333333333333 66 1 7 777 111111111111 3 0 888 33 8 0 7777 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 1 1 22222 111 1 99 2222 22 33 0 4444444 1 1 33333333333 3 66 555555 0 7777777777777777777777 0 0 8 333 1 0 1 1 000000 1 1 1 1 2 77777 1 1 1 1 1 1 5
lowQualScore : ... . . . ... ... .... . ....... . . . ... . . . ... ....... .............. . . ............................................................................................ ... . ...... . . .... .. .... . ..... . . .. .................................... . . .. . . .......... . ....................... .. . ... . .. . . ............ . .......... ...... . .. . . . . ................... .. . . ... ............ . . ... .. . . .... . ........................................................................ . . . ..... ... . .. .... .. .. . ....... . . ........... . .. ...... . ...................... . . . ... . . . . ...... . . . . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 555 5 6 6 444 999 5555 0 6666666 2 9 1 444 0 1 2 444 5555555 99999999999999 4 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 6 555555 6 6 7777 00 7777 0 11111 6 5 00 222222222222222222222222222222222222 3 0 55 0 0 9999999999 0 99999999999999999999999 11 0 888 2 88 8 1 999999999999 0 7777777777 222222 8 88 0 0 0 0 8888888888888888888 88 5 3 555 555555555555 0 8 000 00 0 8 8888 8 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 4 4 88888 777 0 22 8888 77 55 8 6666666 0 4 44444444444 8 44 222222 2 2222222222222222222222 8 2 8 888 2 7 0 0 000000 0 0 0 0 5 00000 0 0 0 0 0 0 5
consensus : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AAC-A-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TATC-A----CA--AGAA----AAAAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACAC--G-AGTCA-TNA--AATAA-TAAAA----T----CATTG-TA--AG-A-TT--CAGT----TAAA-ATACTGC--G--TA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-T-ACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGT-------AAAT---ACT-AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CA-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
Reference ( family-3000 ) : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AAC-A-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TATC-A----CA--AGAA----AAAANT-----GTACATGCAAAATAA--TACAC--G-AGNCA-TAA--AATAAGTAAAA----T----CATTG-TA--AG-A-TT--CAGT----TAAA-ATACTGC--G--TA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-T-ACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGT-------AAAT---ACT-AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CA-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
gi|1 : TATTT---AT-TATCATTATT-TT-AT-A---TTGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATGA-A-A-TACGCTCAAAAGTGCTTT-ACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-TCTAAAA--C--AT--TA---A---A-AG-------A--AAC-AACCAACTTA----A--GA----ACA-------C-----A-------GTT---AAC-TTGGGGGAAAT-AATT-C----TA--ACAA----AAAGTT-----GCAGGTAAAAAAAAA--TACACTGG-AGACA-TGA--AATAAGTAAAA----TACATCATTGCTA--AC-AGTT--CAGT----TAAA-ACATAAC--A--AA--A---ATATC-AATGT-TAAAA-TTACAGACAGTTCATTAA-AGTACATGA-AACTTATTTTCCATTCCATAAAACACCAAAGAAAT--CTCAAACA-TC-CAGAAAGTTCAGTTTCTATAAAATTGTATTTAAAAGTGTGTTTTTAACAGCTTTTTGAACA---TATT-----CA-------------------GTTGGTGGGAAGAGG-GTT-CCATAAAC---T-G----------GA-----AGC-----------T---------TCTATTTCCA-AAC---A-GGA---TT-G--T-ACGGGTC-CTA-GGCACAACTAATGTCAGAGAAGA---TTTGGGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GTACTCCTCCAGCATGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAG-ACTTTATAGGTGTGGACTAACAGTT-T----GTATTGAATACCGTAACAAACAGGCAACCA-ATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGAT-CCTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTT
gi|10 : tgaTATTATT-AT-A---CCAAATTTAA----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-----A-CACGTTTAAGAGTGTTGT-ACTGAATA-GATATACGTACA-CTC-TTA---T---A---TGAAC-G--A-T-----TAAGGTATA----TAACA--C--AT--TT---G---C-AC-------A------A-CTGGGATA-------AA----ATA-------C-----ATTTCCTTTTT---GAT-T------AAAC-GATC-A----CA--AGAA----AAAAAT-----GTA----CAGAATAA--TACA-----AATTA-TAA--CAT-ATTAAA----------CATTG-TA--CG-A-CT--T-GTAG--TAAA-ATACTAC--A--TAT-AAACAT-C---A-GT-TTCAA-T-ATACATA--TC--TAA-Aaaaaatcgtctaatgtgtccaatatttcggagttagacatcagcagaccaacacacagagttaacatgttgctccatacacatgttgggagaaaaaatagcacctctgtcttgtcagtgtttaatttaagtatgtaatta
gi|11 : ATTATTAAC-AA-A---CTAAGTTTAT----ATAAAACAATTTTCATGTAT-A-----CACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATA-CA---ATATACA-TGAAATA---TGATA---TAATCGG--T-T-----AAAGATGTAT----AAAA--T--AT-------A---T-AC-------A--GAC---CTGATATA----AATGAT---GCT-------T-----A-------TTT---GAT-T------AAAT-TATC-ATACACG--AGAA----AAAAATAAAATGTACCTACAAAATAA--TACAA--A-AGT-A-TTA--AATACATTAAA----TA---CAAGG-TA--AG-A-CT--a
gi|12 : GTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATAT-A-ATA-TACACTCTAAAGTGATCT-ACATAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---AAA---A--A-C-----AAAGACATAT-TCTAAAA--C--AT--TA--------------------------------TT---------A----ACA-------------G-------TTC---AGT-T------AAAC-CATA-A----CA--AAAATACTAAAGTT-----G--------AAATGA--CAGAC--A-GTTCATTGA--AGTACATAAAA----C----T-----TA--AGCA-TT--CCGT----Ttgtggt
gi|13 : TT-GT-A---TCAAATGTAT----ATAACACTCTTTTCAT--AT-A-G-A-CACGTTCAAGACTGATTT-ACAGAAT--AA---ATTTACA-TGCAATG---T---AACGTGA---ACTATC-----AAAAATATAT-----AAA--C--AT--TT---A---A-A-------------------GAGCTA----G--GGTGATATA-------CTGCCTA-------TTT---GAT-T------AAAT-TATC-A----CA--AGAA----AAAAA------ATACATGCAAAATAT--TACAtctataatatc
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TA-A---CTGTAT----------------CTTTTCATATAT-A-A-AATACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-C-----ATTGACATACAT-TAAAA--C--ATAATA---A---G-AT-------A--aatgaatacatataaaac
gi|15 : gATTATTATTATT-AC-A---CAGTATTTAT----AAAGCACTCTTAT-ATATATGA-A-A-TATGCCCAAAAGTGCTTT-ATAAAACT-AA---AAGTTTA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-C-------AGACATAT-TCTAAAA--A--AA--TAAATA---A-AT-------A--AAC-A-cgtctattaacaaaatagttttttcttgtttct
gi|16 : ATTTAT----ATAGCACTCTTTTCGTGCGT-ATA-G-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGtatct
gi|17 : cacGTCACGGAATC---TTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTGAACATGcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : ACTCTTTTCCTGCAT-A-----CACGTTCAAGAGTGCTTT-AAAGAATA-AC---ATATACA-CGCAATC---T-------------G--A-T-----AA--ACG-AT-T-CA------------TA---A---A-AC-------A--AGT-A-CAGACCTG----G--GA----TCAAATGATGCTA---A-------TTT---ACT-T------AAAC-TATCAA----CA----AA----ACAAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACAA--A-TGGT--TAC--AATA--TAAAA---------CATTG-TA--AG-A-TTTGTAATTTAATAAATATATTACCTA--TA--A---AT-CT-GA--T-TAAA----ACAGACA--TCAGTAACAATAT------ACATATTT--------A-AAAGTA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAACAGTTCAGT--------ATT---A---AGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGC-----CATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATT-TCATTAGTTGGTTGCAGCAAATATGA-----GGC-----------T---------TCGATTGCCG-A-----AC--A---TT-G--TCATCACTG-TAA-GGCACAACAAATGTCAAGGAATC---TTGCAATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GTA-----TGAA---GTTGC---------CAGGAGATTGATCTTG------------AAGCACAGGTTAG-AATT---TCA-TACTCTATTCCATATTTCGC--------------AGTTCCTTAAGCACTTGGGT---TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
gi|3 : TATTATTATTATT-ATTA---CCATTATTATGGGTATAGCAAATTT-----GTAT-A-G---CATGTTCAAAAGT---TC-ACAGAATA-AA---ATTTACT-TGCAATGAAAT---A---TAA------A-C-----GA---------T-TAAAA----------A---A---ATAC-------A--AAC-A-TC--CATA----G--T------CT-------T-----A-------TTT---GAT-T------TAAG-TATC-A----CA--AGAA----AAAAAT-----GTACATGCAAAGTA------AC--G-AAA-A-TGATTAACCA-TAAAA---------CA-TG-TA--AG-A-CT--T-GTTG--TAAA-ACACTGC--T--T-------AT-CT-GA--T-GAAAA-T---AAACA--TCAGT-A-ACTATAT----ACATATAT--------A-AAAATA------AAATTA------CAGTT-TAAATAGTTCAGT-------AAA----AC---AAAATTTGGTTTAAACAAGC-TTTGAATG---CAGTC----CG-TGTGCGGGCATTCCTGATGCTGCTAGGAAGAG--ATTGTC--AAGT---TTGTC--------GC-----AGCAAACGTGCAGAT---------TC-ACTCCCACA-C---ACCA-----CAG--T-ACGGGTC-TCT-GGCACAGCTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GTACATGTTTATCATGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGA-GTCTTGTAGATATAGGTTA-TAATTGTGTACGTtaggtcctctcagatatgactat
gi|4 : gttttattataataatTATTT---ATATATTATAATTGTTTAT-AGCACTATATTTAT----A--GCACTCTTTTCATATAT-A-A-AATACGCTCAAAAGTGTTTT-ACAAAACA-AA---ACGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-C-----AAAGACATAT-TATAATA--C--AT--TA---A---A-AG-------A--AACAA-CCTACTTT----G--GA----ACA-------C-----A-------TTTAGAAATGC------AAACATATT-A----C-----AA----AAAGTT-----G--CAGGTAAAAAAA--TATACT-GTAGTCA-TAA--AATAAGTAAGATACGT----CATTGTTA--AC-AGTT--CAGT----TAAA-ACATAAC--A--AA--A---ATACCAAA-GT-TAAAGTT-ACAGACAGTTCATTCA-AGTA-AT-ATAACTTATTT--------taatatgtatgtcacctaacagg
gi|5 : gagacttatttatttattataacgTATTTTACATATATCATAATTATT-AT-A---CCATATCTAA----ATAGCACTCATTTTATACAT-A-----TACGTTCAAGAGTGATTT-AAAGAATA-AA---CAATACAATATAATA---T---A---AAC---G--A-T-----AACGATATA-----GGAA--TTGAT--TA----------C-------A--GAT---CTGGGATA----A---A----ATA-------TTGCTGA-------TTT---GAT-T------A--C-TATC-A----CA--AGAA----AAAAGT-----ATGCATGTAAA--AA--CACAC----AGATA-T-----AT-----AAA----T----CATTG-TA--AG-A-TT--T-GTAG--TAAA-GTAATGC--GTATA--A---AT-CT-GA--T-TAAAA-T---AAACA--CCAATAA-CGT---T-A-AACATATCT--------T-AAAACA------CAATTACTAAATCAGTTGTAAATAGCTCAGT-------GAA------T-AGCAATGGATTTTTAACAATCTTTTAAATtccattccgtaaaacatccggaaagttcagtttatataatagtgtat
gi|6 : ATTATT-AC-A---CCAAATTTAT----ATAGCACTAATTTCTTGCAT-A-----CACATTTAAAAGTGCTTA-GCAGAATATAA---AAACACA-TGT--TA---T---C---TAA---T--A-T-----AAA--CA-AT-T-TAAGAAGC--AC---A---A---A-AC-------ATTAAC-A-T--ACCTGTTACA--AA----ATA-------CTGCTTA-------TTT---GAA-T------AAAC-AATC-A----CACGAAAA----AAAAAT-----GTATATACCAAATAAATTACA-----AGTCA-TTA--CATA--TAAAA----G-----ATTG-TACAAG-A-TT--TAGT-----AAA-ATACTGC--G--TACAA---AT-CC-TT-GT--GAAA-T-A---ATA--TCACTAA-AA-ATAT-A---CTTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACGTAGTAATTT-TACAAAGTTTAGT-------AAA----ACC---AAATGTG-TTTAAACAATC-TTTAAA
gi|7 : a-AGCAATATATTTTTGTC---CTTATAAATAGTACAGTAAAAACA----ACTGGCATCCCCATTGTTGCGCGGAAGAGC-ATT-CCATAAG----TTG----------GG-----AGC-----------T---------GC-A----AA-A-C---ATGAAGTTTC-GATT-GCAAAACATCACAATACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTGGATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATTTTAATCATGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGG-ACCTTTCAGGTGTATATTAG-GGTTG----GGTACTATACTCTG-----------------------GTTCCTTAAGTACT-GAATATATATGACTATGACGGGAAGT
gi|8 : gttataataaacacttattacgttatacatatttaaaAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GTGCAGCAGC-----------CATAAAAATGTT-ATTGCCATA-CCTCACAA-----C-A--T-ACAAATC-TTT-GGCACAACTAATGTCACAGAATC---TTGTGATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGTACACTT-AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGGTATATAATTGATAT-GGTTAGCAGTT-TGTAAGTACTGTATTCTGTATCACACAG-----CAAGTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGAT-GATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGA
gi|9 : cTTATC-AT-A---CAAAATTTAT----CTTGCACACTTTTTCT-TGC-A-C-A-CATGTCAAAAACTGGTTA-ACAGAATG-AA----TATGCA-TGCGATC---T---AA--TAT---G--A-TTGATTAAAGATATAT----AAGA--C--AT--TC---ATGGA-ACCTGGATAA--AAT-A-CTG-------------------CA-------T-----A-------TTT---GAT-G------AAAT-TAAC-A----GA--AGAA----AAAAAT-----GAACATGCAAAATTA--TACA-----AATTA-TTA--CATAA--AAAA---------CAGTG-TA--AG-A-CTTGCAG-----CAAA-GTACTGT--G--T-------AT-CT-GA-CTATTAGA-T-GAAAACA--GCAGTAACAATAT------ACATATTT--------A-AAAGCA------AAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 2222222 1111111 11111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 1111 3333333333333333333333333333333333333 333333333333333 33333333333333333333333 22222 11 333333333333 2222222222 111111 7777777777777777777 111 555555555555 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 1111111 11111111111 11 444444 7777777777777777777777 222 333333 22222 1
lowQualScore : 777 5 3 3 666 222 6666 4 4444444 1 2 3 555 1 3 1 555 0000000 66666666666666 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666 3 000000 3 1111 55 2 55 99999 0 55 9999999999999999999999999999999999999 3 8 55 4 8 444444444444444 5 77777777777777777777777 55 22222 2 33 2 0 111111111111 1 2222222222 999999 0 33 1 5 8 1 3333333333333333333 66 1 7 777 111111111111 3 0 888 5 8 8 0 3 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 1 1 22222 111 1 99 2222 22 33 0 4444444 1 1 33333333333 3 66 555555 0 7777777777777777777777 0 0 8 333 1 0 1 1 000000 1 1 1 1 2 77777 1 1 1 1 1 1 5
lowQualScore : ... . . . ... ... .... . ....... . . . ... . . . ... ....... .............. . . ............................................................................................ ... . ...... . .... .. . .. ..... . .. ..................................... . . .. . . ............... . ....................... .. ..... . .. . . ............ . .......... ...... . .. . . . . ................... .. . . ... ............ . . ... . . . . . ............................................................................. . . . ..... ... . .. .... .. .. . ....... . . ........... . .. ...... . ...................... . . . ... . . . . ...... . . . . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 555 5 6 6 444 999 5555 0 6666666 2 9 1 444 0 1 2 444 5555555 99999999999999 8 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 6 555555 6 4444 00 0 00 11111 5 00 2222222222222222222222222222222222222 3 0 55 0 0 666666666666666 0 99999999999999999999999 11 99999 2 88 8 1 444444444444 0 7777777777 222222 8 88 0 0 0 0 8888888888888888888 88 5 3 555 555555555555 0 8 000 0 0 0 8 8 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 4 4 88888 777 0 22 8888 77 55 8 6666666 0 4 44444444444 8 44 222222 2 2222222222222222222222 8 2 8 888 2 7 0 0 000000 0 0 0 0 5 00000 0 0 0 0 0 0 5
consensus : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AAC-A-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TATCA----CA--AGAAAA--AAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACAC----AGTCA-TNA-AATA-A-TA-AAA----T----CATTG-TA--AG-A-TT--C--AGT--T----AAA-ATACTGC--G--TA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-T-ACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGT-------AAAT---ACT-AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CAT-GTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
Reference ( family-3000 ) : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AAC-A-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TATCA----CA--AGAAAA--AAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACAC--G-AGTCA-TNA-AATA-A-TA-AAA----T----CATTG-TA--AG-A-TT--C--AGT--T----AAA-ATACTGC--G--TA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-T-ACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGT-------AAAT---ACT-AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CAT-GTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
gi|1 : TATTT---AT-TATCATTATT-TT-AT-A---TTGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATGA-A-A-TACGCTCAAAAGTGCTTT-ACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-TCTAAAA--C--AT--TA---A---A-AG-------A--AAC-AACCAACTTA----A--GA----ACA-------C-----A-------GTT---AAC-TTGGGGGAAAT-AATTC----TA--ACAAAA--AGTT-----GCAGGTAAAAAAAAA--TACACTGG-AGACA-TGA-AATA-AGTA-AAA----TACATCATTGCTA--AC-AGTT--C--AGT--T----AAA-ACATAAC--A--AA--A---ATATC-AATGT-TAAAA-TTACAGACAGTTCATTAA-AGTACATGA-AACTTATTTTCCATTCCATAAAACACCAAAGAAAT--CTCAAACA-TC-CAGAAAGTTCAGTTTCTATAAAATTGTATTTAAAAGTGTGTTTTTAACAGCTTTTTGAACA---TATT-----CA-------------------GTTGGTGGGAAGAGGG-TT-CCATAAACT----G----------GA-----AGC-----------T---------TCTATTTCCA-AAC---A-GGA---TT-G--T-ACGGGTC-CTA-GGCACAACTAATGTCAGAGAAGA---TTTGGGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GTACTCCTCCAGCATGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAG-ACTTTATAGGTGTGGACTAACAGTT-T----GTATTGAATACCGTAACAAACAGGCAACCA-ATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGAT-CCTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTT
gi|10 : tgaTATTATT-AT-A---CCAAATTTAA----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-----A-CACGTTTAAGAGTGTTGT-ACTGAATA-GATATACGTACA-CTC-TTA---T---A---TGAAC-G--A-T-----TAAGGTATA----TAACA--C--AT--TT---G---C-AC-------A------A-CTGGGATA-------AA----ATA-------C-----ATTTCCTTTTT---GAT-T------AAAC-GATCA----CA--AGAAAA--AAAT-----GTA----CAGAATAA--TACA-----AATTA-TAA-CATA-T-TA-AA----------CATTG-TA--CG-A-CT--T---GTAGT----AAA-ATACTAC--A--TAT-AAACAT-C---A-GT-TTCAA-T-ATACATA--TC--TAA-Aaaaaatcgtctaatgtgtccaatatttcggagttagacatcagcagaccaacacacagagttaacatgttgctccatacacatgttgggagaaaaaatagcacctctgtcttgtcagtgtttaatttaagtatgtaatta
gi|11 : ATTATTAAC-AA-A---CTAAGTTTAT----ATAAAACAATTTTCATGTAT-A-----CACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATA-CA---ATATACA-TGAAATA---TGATA---TAATCGG--T-T-----AAAGATGTAT----AAAA--T--AT-------A---T-AC-------A--GAC---CTGATATA----AATGAT---GCT-------T-----A-------TTT---GAT-T------AAAT-TATCATACACG--AGAAAA--AAATAAAATGTACCTACAAAATAA--TACAA--A-AGT-A-TTA-AATACA-TT-AAA----TA---CAAGG-TA--AG-A-CT--a
gi|12 : GTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATAT-A-ATA-TACACTCTAAAGTGATCT-ACATAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---AAA---A--A-C-----AAAGACATAT-TCTAAAA--C--AT--TA--------------------------------TT---------A----ACA-------------G-------TTC---AGT-T------AAAC-CATAA----CA--AAAATACTAAA------GT---TG--AAATGA--CAGAC--A-GTTCATTGA-AGTACA-TA-AAA----C----T-----TA--AGCA-TT--C--CGT--T----tgtggt
gi|13 : TT-GT-A---TCAAATGTAT----ATAACACTCTTTTCAT--AT-A-G-A-CACGTTCAAGACTGATTT-ACAGAAT--AA---ATTTACA-TGCAATG---T---AACGTGA---ACTATC-----AAAAATATAT-----AAA--C--AT--TT---A---A-A-------------------GAGCTA----G--GGTGATATA-------CTGCCTA-------TTT---GAT-T------AAAT-TATCA----CA--AGAAAA--AAA------ATACATGCAAAATAT--TACAtctataatatc
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TA-A---CTGTAT----------------CTTTTCATATAT-A-A-AATACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-C-----ATTGACATACAT-TAAAA--C--ATAATA---A---G-AT-------A--aatgaatacatataaaac
gi|15 : gATTATTATTATT-AC-A---CAGTATTTAT----AAAGCACTCTTAT-ATATATGA-A-A-TATGCCCAAAAGTGCTTT-ATAAAACT-AA---AAGTTTA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-C-------AGACATAT-TCTAAAA--A--AA--TAAATA---A-AT-------A--AAC-A-cgtctattaacaaaatagttttttcttgtttct
gi|16 : ATTTAT----ATAGCACTCTTTTCGTGCGT-ATA-G-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGtatct
gi|17 : cacGTCACGGAATC---TTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTGAACATGcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : ACTCTTTTCCTGCAT-A-----CACGTTCAAGAGTGCTTT-AAAGAATA-AC---ATATACA-CGCAATC---T-------------G--A-T-----AAA--CG-AT-T-CA------------TA---A---A-AC-------A--AGT-A-CAGACCTG----G--GA----TCAAATGATGCTA---A-------TTT---ACT-T------AAAC-TATCAA---CA--A--AAC--AAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACA-----AATGG-TTACAATA---TA-AAA---------CATTG-TA--AG-A-TT--TGTAAT--TTAATAAATATATTACCTA--TA--A---AT-CT-GA--T-TAAAA----CAGACA--TCAGTAACAATATA------CATATTT--------A-AAAGTA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAACAGTTCAGT-------AT-T---A---AGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGC-----CATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATT-TCATTAGTTGGTTGCAGCAAATATGA-----GGC-----------T---------TCGATTGCCG-A-----AC--A---TT-G--TCATCACTG-TAA-GGCACAACAAATGTCAAGGAATC---TTGCAATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GTA-----TGAA---GTTGC---------CAGGAGATTGATCTTG------------AAGCACAGGTTAG-AATT---TCA-TACTCTATTCCATATTTCGC--------------AGTTCCTTAAGCACTTGGGT---TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
gi|3 : TATTATTATTATT-ATTA---CCATTATTATGGGTATAGCAAATTT-----GTAT-A-G---CATGTTCAAAAGT---TC-ACAGAATA-AA---ATTTACT-TGCAATGAAAT---A---TAA------A-C-----GA---------T-TAAAA----------A---A---ATAC-------A--AAC-A-TC--CATA----G--T------CT-------T-----A-------TTT---GAT-T------TAAG-TATCA----CA--AGAAAA--AAAT-----GTACATGCAAAGTA----ACGA--A-AATGA-TT--AACC-A-TA-AAA---------CA-TG-TA--AG-A-CT--T---GTTGT----AAA-ACACTGC--T--T-------AT-CT-GA--T-GAAAA-T---AAACA--TCAGT-A-ACTATAT----ACATATAT--------A-AAAATA------AAATTA------CAGTT-TAAATAGTTCAGT-------AAA----AC---AAAATTTGGTTTAAACAAGC-TTTGAATG---CAGTC----CGT-GTGCGGGCATTCCTGATGCTGCTAGGAAGAG-A-TTGTC--AAGTT---TGTC--------GC-----AGCAAACGTGCAGAT---------TC-ACTCCCACA-C---ACCA-----CAG--T-ACGGGTC-TCT-GGCACAGCTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GTACATGTTTATCATGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGA-GTCTTGTAGATATAGGTTA-TAATTGTGTACGTtaggtcctctcagatatgactat
gi|4 : gttttattataataatTATTT---ATATATTATAATTGTTTAT-AGCACTATATTTAT----A--GCACTCTTTTCATATAT-A-A-AATACGCTCAAAAGTGTTTT-ACAAAACA-AA---ACGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-C-----AAAGACATAT-TATAATA--C--AT--TA---A---A-AG-------A--AACAA-CCTACTTT----G--GA----ACA-------C-----A-------TTTAGAAATGC------AAACATATTA----C------AAA--AAGT------TGCAGGTAAAAAAA--TATACT-GTAGTCA-TAA-AATA-AGTA-AGATACGT----CATTGTTA--AC-AGTT--C--AGT--T----AAA-ACATAAC--A--AA--A---ATACCAAA-GT-TAAAGTT-ACAGACAGTTCATTCA-AGTA-AT-ATAACTTATTT--------taatatgtatgtcacctaacagg
gi|5 : gagacttatttatttattataacgTATTTTACATATATCATAATTATT-AT-A---CCATATCTAA----ATAGCACTCATTTTATACAT-A-----TACGTTCAAGAGTGATTT-AAAGAATA-AA---CAATACAATATAATA---T---A---AAC---G--A-T-----AACGATATA-----GGAA--TTGAT--TA----------C-------A--GAT---CTGGGATA----A---A----ATA-------TTGCTGA-------TTT---GAT-T------A--C-TATCA----CA--AGAAAA--AAGT-----ATGCATGTAAA--AA--CACAC------------A-GAT--A-TATAAA----T----CATTG-TA--AG-A-TT--T---GTAGT----AAA-GTAATGC--GTATA--A---AT-CT-GA--T-TAAAA-T---AAACA--CCAATAA-CGT---T-A-AACATATCT--------T-AAAACA------CAATTACTAAATCAGTTGTAAATAGCTCAGT-------GAA------T-AGCAATGGATTTTTAACAATCTTTTAAATtccattccgtaaaacatccggaaagttcagtttatataatagtgtat
gi|6 : ATTATT-AC-A---CCAAATTTAT----ATAGCACTAATTTCTTGCAT-A-----CACATTTAAAAGTGCTTA-GCAGAATATAA---AAACACA-TGT--TA---T---C---TAA---T--A-T-----AAA--CA-AT-T-TAAGAAGC--AC---A---A---A-AC-------ATTAAC-A-T--ACCTGTTACA--AA----ATA-------CTGCTTA-------TTT---GAA-T------AAAC-AATCA----CACGAAAAAA--AAAT-----GTATATACCAAATAAATTACA-----AGTCA-TTA-CATA---TA-AAA----G-----ATTG-TACAAG-A-TT--T--AGT-------AAA-ATACTGC--G--TACAA---AT-CC-TT-GT--GAAA-T-A---ATA--TCACTAA-AA-ATAT-A---CTTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACGTAGTAATTT-TACAAAGTTTAGT-------AAA----ACC---AAATGTG-TTTAAACAATC-TTTAAA
gi|7 : a-AGCAATATATTTTTGTC---CTTATAAATAGTACAGTAAAAACA----ACTGGCATCCCCATTGTTGCGCGGAAGAGCA-TT-CCATAAG-T---TG----------GG-----AGC-----------T---------GC-A----AA-A-C---ATGAAGTTTC-GATT-GCAAAACATCACAATACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTGGATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATTTTAATCATGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGG-ACCTTTCAGGTGTATATTAG-GGTTG----GGTACTATACTCTG-----------------------GTTCCTTAAGTACT-GAATATATATGACTATGACGGGAAGT
gi|8 : gttataataaacacttattacgttatacatatttaaaAGGAAGAGCA-TT-CCATAAGTT---TG----------GTGCAGCAGC-----------CATAAAAATGTT-ATTGCCATA-CCTCACAA-----C-A--T-ACAAATC-TTT-GGCACAACTAATGTCACAGAATC---TTGTGATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGTACACTT-AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGGTATATAATTGATAT-GGTTAGCAGTT-TGTAAGTACTGTATTCTGTATCACACAG-----CAAGTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGAT-GATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGA
gi|9 : cTTATC-AT-A---CAAAATTTAT----CTTGCACACTTTTTCT-TGC-A-C-A-CATGTCAAAAACTGGTTA-ACAGAATG-AA----TATGCA-TGCGATC---T---AA--TAT---G--A-TTGATTAAAGATATAT----AAGA--C--AT--TC---ATGGA-ACCTGGATAA--AAT-A-CTG-------------------CA-------T-----A-------TTT---GAT-G------AAAT-TAACA----GA--AGAAAA--AAAT-----GAACATGCAAAATTA--TACA-----AATTA-TTA-CATA-A--A-AAA---------CAGTG-TA--AG-A-CTTGC--AG---C----AAA-GTACTGT--G--T-------AT-CT-GA-CTATTAGA-T-GAAAACA--GCAGTAACAATAT------ACATATTT--------A-AAAGCA------AAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 2222222 1111111 11111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111 3333333333333333333333333333333333333 3333333333 33333333333333333333333 111 11 333333333333 2222222222 111111 7777777777777777777 111 555555555555 11 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 1111111 11111111111 11 444444 7777777777777777777777 222 333333 22222 1
lowQualScore : 777 5 3 3 666 222 6666 4 4444444 1 2 3 555 1 3 1 555 0000000 66666666666666 2 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666 3 000000 3 3 7777 55 55 99999 0 55 3333333333333333333333333333333333333 3 8 55 4 8 5555555555 5 77777777777777777777777 55 5 777 2 33 2 0 444444444444 1 2222222222 999999 0 33 1 5 8 1 3333333333333333333 66 1 7 777 111111111111 3 0 888 33 8 0 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 8 1 1 22222 111 1 99 2222 22 33 0 4444444 1 1 33333333333 3 66 555555 0 7777777777777777777777 0 0 8 333 1 0 1 1 000000 1 1 1 1 2 77777 1 1 1 1 1 1 5
lowQualScore : ... . . . ... ... .... . ....... . . . ... . . . ... ....... .............. . . ............................................................................................ ... . ...... . . .... .. .. ..... . .. ..................................... . . .. . . .......... . ....................... .. . ... . .. . . ............ . .......... ...... . .. . . . . ................... .. . . ... ............ . . ... .. . . .............................................................................. . . . ..... ... . .. .... .. .. . ....... . . ........... . .. ...... . ...................... . . . ... . . . . ...... . . . . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 555 5 6 6 444 999 5555 0 6666666 2 9 1 444 0 1 2 444 5555555 99999999999999 4 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 444 6 555555 6 6 7777 00 00 11111 5 00 1111111111111111111111111111111111111 3 0 55 0 0 9999999999 0 99999999999999999999999 11 0 888 2 88 8 1 999999999999 0 7777777777 222222 8 88 0 0 0 0 8888888888888888888 88 5 3 555 555555555555 0 8 000 00 0 8 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 4 4 88888 777 0 22 8888 77 55 8 6666666 0 4 44444444444 8 44 222222 2 2222222222222222222222 8 2 8 888 2 7 0 0 000000 0 0 0 0 5 00000 0 0 0 0 0 0 5
consensus : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AAC-A-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TATC-A----CA--AGAAAA--AAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACAC---AG-TCA-TTA-AATA-A-TA-AAA----T----CATTG-TA--AG-A-TT--CAGT----TAAA-ATACTGC--G--TA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-T-ACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGT-------AAAT---ACT-AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CA-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
Reference ( family-3000 ) : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AAC-A-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TATC-A----CA--AGAAAA--AAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACAC---AG-TCA-TNA-AATA-A-TA-AAA----T----CATTG-TA--AG-A-TT--CAGT----TAAA-ATACTGC--G--TA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-T-ACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGT-------AAAT---ACT-AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CA-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
gi|1 : TATTT---AT-TATCATTATT-TT-AT-A---TTGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATGA-A-A-TACGCTCAAAAGTGCTTT-ACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-TCTAAAA--C--AT--TA---A---A-AG-------A--AAC-AACCAACTTA----A--GA----ACA-------C-----A-------GTT---AAC-TTGGGGGAAAT-AATT-C----TA--ACAAAA--AGTT-----GCAGGTAAAAAAAAA--TACACTGGAG-ACA-TGA-AATA-AGTA-AAA----TACATCATTGCTA--AC-AGTT--CAGT----TAAA-ACATAAC--A--AA--A---ATATC-AATGT-TAAAA-TTACAGACAGTTCATTAA-AGTACATGA-AACTTATTTTCCATTCCATAAAACACCAAAGAAAT--CTCAAACA-TC-CAGAAAGTTCAGTTTCTATAAAATTGTATTTAAAAGTGTGTTTTTAACAGCTTTTTGAACA---TATT-----CA-------------------GTTGGTGGGAAGAGG-GTT-CCATAAAC---T-G----------GA-----AGC-----------T---------TCTATTTCCA-AAC---A-GGA---TT-G--T-ACGGGTC-CTA-GGCACAACTAATGTCAGAGAAGA---TTTGGGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GTACTCCTCCAGCATGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAG-ACTTTATAGGTGTGGACTAACAGTT-T----GTATTGAATACCGTAACAAACAGGCAACCA-ATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGAT-CCTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTT
gi|10 : tgaTATTATT-AT-A---CCAAATTTAA----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-----A-CACGTTTAAGAGTGTTGT-ACTGAATA-GATATACGTACA-CTC-TTA---T---A---TGAAC-G--A-T-----TAAGGTATA----TAACA--C--AT--TT---G---C-AC-------A------A-CTGGGATA-------AA----ATA-------C-----ATTTCCTTTTT---GAT-T------AAAC-GATC-A----CA--AGAAAA--AAAT-----GTA----CAGAATAA--TACA----AA-TTA-TAA-CATA-T-TA-AA----------CATTG-TA--CG-A-CT--T-GTAG--TAAA-ATACTAC--A--TAT-AAACAT-C---A-GT-TTCAA-T-ATACATA--TC--TAA-Aaaaaatcgtctaatgtgtccaatatttcggagttagacatcagcagaccaacacacagagttaacatgttgctccatacacatgttgggagaaaaaatagcacctctgtcttgtcagtgtttaatttaagtatgtaatta
gi|11 : ATTATTAAC-AA-A---CTAAGTTTAT----ATAAAACAATTTTCATGTAT-A-----CACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATA-CA---ATATACA-TGAAATA---TGATA---TAATCGG--T-T-----AAAGATGTAT----AAAA--T--AT-------A---T-AC-------A--GAC---CTGATATA----AATGAT---GCT-------T-----A-------TTT---GAT-T------AAAT-TATC-ATACACG--AGAAAA--AAATAAAATGTACCTACAAAATAA--TACAA---AA-GTA-TTA-AATACA-TT-AAA----TA---CAAGG-TA--AG-A-CT--a
gi|12 : GTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATAT-A-ATA-TACACTCTAAAGTGATCT-ACATAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---AAA---A--A-C-----AAAGACATAT-TCTAAAA--C--AT--TA--------------------------------TT---------A----ACA-------------G-------TTC---AGT-T------AAAC-CATA-A----CA--AAAATACTAAA------GT---TG--AAATGA--CAGAC---AGTTCATTGA-AGTACA-TA-AAA----C----T-----TA--AGCA-TT--CCGT----Ttgtggt
gi|13 : TT-GT-A---TCAAATGTAT----ATAACACTCTTTTCAT--AT-A-G-A-CACGTTCAAGACTGATTT-ACAGAAT--AA---ATTTACA-TGCAATG---T---AACGTGA---ACTATC-----AAAAATATAT-----AAA--C--AT--TT---A---A-A-------------------GAGCTA----G--GGTGATATA-------CTGCCTA-------TTT---GAT-T------AAAT-TATC-A----CA--AGAAAA--AAA------ATACATGCAAAATAT--TACA----AA-TGA-ATA-CAT--A-TA-AAA----tctataatatc
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TA-A---CTGTAT----------------CTTTTCATATAT-A-A-AATACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-C-----ATTGACATACAT-TAAAA--C--ATAATA---A---G-AT-------A--c
gi|15 : gATTATTATTATT-AC-A---CAGTATTTAT----AAAGCACTCTTAT-ATATATGA-A-A-TATGCCCAAAAGTGCTTT-ATAAAACT-AA---AAGTTTA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-C-------AGACATAT-TCTAAAA--A--AA--TAAATA---A-AT-------A--AAC-A-cgtctattaacaaaatagttttttcttgtttct
gi|16 : ATTTAT----ATAGCACTCTTTTCGTGCGT-ATA-G-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGtatct
gi|17 : cacGTCACGGAATC---TTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTGAACATGcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : ACTCTTTTCCTGCAT-A-----CACGTTCAAGAGTGCTTT-AAAGAATA-AC---ATATACA-CGCAATC---T-------------G--A-T-----AA--ACG-AT-T-CA------------TA---A---A-AC-------A--AGT-A-CAGACCTG----G--GA----TCAAATGATGCTA---A-------TTT---ACT-T------AAAC-TATCAA----CA----AAAC--AAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACA----AA-TGG-TTACAAT--A-TA-AAA---------CATTG-TA--AG-A-TTTGTAATTTAATAAATATATTACCTA--TA--A---AT-CT-GA--T-TAAA----ACAGACA--TCAGTAACAATAT------ACATATTT--------A-AAAGTA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAACAGTTCAGT--------ATT---A---AGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGC-----CATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATT-TCATTAGTTGGTTGCAGCAAATATGA-----GGC-----------T---------TCGATTGCCG-A-----AC--A---TT-G--TCATCACTG-TAA-GGCACAACAAATGTCAAGGAATC---TTGCAATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GTA-----TGAA---GTTGC---------CAGGAGATTGATCTTG------------AAGCACAGGTTAG-AATT---TCA-TACTCTATTCCATATTTCGC--------------AGTTCCTTAAGCACTTGGGT---TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
gi|3 : TATTATTATTATT-ATTA---CCATTATTATGGGTATAGCAAATTT-----GTAT-A-G---CATGTTCAAAAGT---TC-ACAGAATA-AA---ATTTACT-TGCAATGAAAT---A---TAA------A-C-----GA---------T-TAAAA----------A---A---ATAC-------A--AAC-A-TC--CATA----G--T------CT-------T-----A-------TTT---GAT-T------TAAG-TATC-A----CA--AGAAAA--AAAT-----GTACATGCAAAGTAA--CG-AA---AA-TGA-TT--AACC-A-TA-AAA---------CA-TG-TA--AG-A-CT--T-GTTG--TAAA-ACACTGC--T--T-------AT-CT-GA--T-GAAAA-T---AAACA--TCAGT-A-ACTATAT----ACATATAT--------A-AAAATA------AAATTA------CAGTT-TAAATAGTTCAGT-------AAA----AC---AAAATTTGGTTTAAACAAGC-TTTGAATG---CAGTC----CG-TGTGCGGGCATTCCTGATGCTGCTAGGAAGAG--ATTGTC--AAGT---TTGTC--------GC-----AGCAAACGTGCAGAT---------TC-ACTCCCACA-C---ACCA-----CAG--T-ACGGGTC-TCT-GGCACAGCTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GTACATGTTTATCATGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGA-GTCTTGTAGATATAGGTTA-TAATTGTGTACGTtaggtcctctcagatatgactat
gi|4 : gttttattataataatTATTT---ATATATTATAATTGTTTAT-AGCACTATATTTAT----A--GCACTCTTTTCATATAT-A-A-AATACGCTCAAAAGTGTTTT-ACAAAACA-AA---ACGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-C-----AAAGACATAT-TATAATA--C--AT--TA---A---A-AG-------A--AACAA-CCTACTTT----G--GA----ACA-------C-----A-------TTTAGAAATGC------AAACATATT-A----C------AAA--AAGT------TGCAGGTAAAAAAA--TATACTGTAG-TCA-TAA-AATA-AGTA-AGATACGT----CATTGTTA--AC-AGTT--CAGT----TAAA-ACATAAC--A--AA--A---ATACCAAA-GT-TAAAGTT-ACAGACAGTTCATTCA-AGTA-AT-ATAACTTATTT--------taatatgtatgtcacctaacagg
gi|5 : gagacttatttatttattataacgTATTTTACATATATCATAATTATT-AT-A---CCATATCTAA----ATAGCACTCATTTTATACAT-A-----TACGTTCAAGAGTGATTT-AAAGAATA-AA---CAATACAATATAATA---T---A---AAC---G--A-T-----AACGATATA-----GGAA--TTGAT--TA----------C-------A--GAT---CTGGGATA----A---A----ATA-------TTGCTGA-------TTT---GAT-T------A--C-TATC-A----CA--AGAAAA--AAGT-----ATGCATGTAAA--AA--CACAC---AG---A-T--------A-TATAAA----T----CATTG-TA--AG-A-TT--T-GTAG--TAAA-GTAATGC--GTATA--A---AT-CT-GA--T-TAAAA-T---AAACA--CCAATAA-CGT---T-A-AACATATCT--------T-AAAACA------CAATTACTAAATCAGTTGTAAATAGCTCAGT-------GAA------T-AGCAATGGATTTTTAACAATCTTTTAAATtccattccgtaaaacatccggaaagttcagtttatataatagtgtat
gi|6 : ATTATT-AC-A---CCAAATTTAT----ATAGCACTAATTTCTTGCAT-A-----CACATTTAAAAGTGCTTA-GCAGAATATAA---AAACACA-TGT--TA---T---C---TAA---T--A-T-----AAA--CA-AT-T-TAAGAAGC--AC---A---A---A-AC-------ATTAAC-A-T--ACCTGTTACA--AA----ATA-------CTGCTTA-------TTT---GAA-T------AAAC-AATC-A----CACGAAAAAA--AAAT-----GTATATACCAAATAAATTACA----AG-TCA-TTA-CATA---TA-AAA----G-----ATTG-TACAAG-A-TT--TAGT-----AAA-ATACTGC--G--TACAA---AT-CC-TT-GT--GAAA-T-A---ATA--TCACTAA-AA-ATAT-A---CTTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACGTAGTAATTT-TACAAAGTTTAGT-------AAA----ACC---AAATGTG-TTTAAACAATC-TTTAAA
gi|7 : a-AGCAATATATTTTTGTC---CTTATAAATAGTACAGTAAAAACA----ACTGGCATCCCCATTGTTGCGCGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---T-G----------GG-----AGC-----------T---------GC-A----AA-A-C---ATGAAGTTTC-GATT-GCAAAACATCACAATACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTGGATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATTTTAATCATGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGG-ACCTTTCAGGTGTATATTAG-GGTTG----GGTACTATACTCTG-----------------------GTTCCTTAAGTACT-GAATATATATGACTATGACGGGAAGT
gi|8 : gttataataaacacttattacgttatacatatttaaaAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GTGCAGCAGC-----------CATAAAAATGTT-ATTGCCATA-CCTCACAA-----C-A--T-ACAAATC-TTT-GGCACAACTAATGTCACAGAATC---TTGTGATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGTACACTT-AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGGTATATAATTGATAT-GGTTAGCAGTT-TGTAAGTACTGTATTCTGTATCACACAG-----CAAGTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGAT-GATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGA
gi|9 : cTTATC-AT-A---CAAAATTTAT----CTTGCACACTTTTTCT-TGC-A-C-A-CATGTCAAAAACTGGTTA-ACAGAATG-AA----TATGCA-TGCGATC---T---AA--TAT---G--A-TTGATTAAAGATATAT----AAGA--C--AT--TC---ATGGA-ACCTGGATAA--AAT-A-CTG-------------------CA-------T-----A-------TTT---GAT-G------AAAT-TAAC-A----GA--AGAAAA--AAAT-----GAACATGCAAAATTA--TACA----AA-TTA-TTA-CATA-A--A-AAA---------CAGTG-TA--AG-A-CTTGCAG-----CAAA-GTACTGT--G--T-------AT-CT-GA-CTATTAGA-T-GAAAACA--GCAGTAACAATAT------ACATATTT--------A-AAAGCA------AAAT
blockSeqs : TAC A T T GCA CAA GGGT G AATA T T T TAT C A T AAA GATA GATTGATT A TTTAAGAAGCACAAAACATTAACATACCTGTTACAAAATACTGCTTA AGA G . A A TACA CG CT AAAAT AT CTGTAGTCATAAAATAAGTAAGATACGT T T CA C G TGTAATTTAA T ATATAAACATCAG AT T AT C GT G AGTAATATA A A . TC T G G C AAAACC GG T T GTA AAAAACAA T TGA CA G TTGGTGCAGCAGCCATAAAAATGTTATTGCCATACCTCACAACA C C C ATCAC GTA C CG CACT TG AC ATAGTTT A T TAGGTATATAA A GC GTGTAC TATCACACAGCAAGTGG T ATA A A A . A T A G T TGTA A C T T G C .
blockSeqs : . A . . . TAA . G AAAA C . . . T . A . AACG TCGGTT A TTCATAAAACAAGTACAGACCTGGGATCAAATGATGCTAA . . . . . . . . . . CAGTTCATTGAAGTACATAAAAC A . . . . TGTAG . AAAAATACCAAAG T . AC G . G ACTATAT A A . TA T G . T ATTAA AT G T . CATTGTA G TGA C . TTGTCGCAGCAAACGTGCAGATTCACTCCCACACACCACAG . G G TAA . C . CATG TG TC ATAGACT T C TAGAGTCTTG A G TGTAA TATTTCGC G GA A
blockSeqs : . . . . . CAA . A GAAA A . . . A . G . AA ACTATC A TTATAATACATTAAAAGAAACAACCTACTTTGGAACACA . . . . . . . . . . AAAGTATTAAATACATTAAATA T . . . . TGTTG . GTACAAATCCTTG T . AC A . T AAATATA T T . GT T G . T AAAAC AT T T . CCGTGTG T CAT C . TGGTTGCAGCAAATATGAGGCTTCGATTGCCGAACATTG . A A TCT . G . AATT TT TC CA A T TTGGACCTTT A T TCA . . . T
blockSeqs : . . . TGT . A ATAG A . . . T . A . A ACGAT A TAACACATTTGCACAACTGGGATAAAATACATTTCCTT . . . . . . . . . . AATGGTTACAATATAAAA T . . . . TGTAG . CTATAAATCTGA G . GA G . A CAATAT A A . . . T . A GAATA T T . . . TGGGAGCTGCAAAACATGAAGTTTCGAT . A A TTT . G . CACT TA TA . . . . . G GG
blockSeqs : . . . AGT . A AAAA C . . . A . G . A AAC T GGAATTGATTACAGATCTGGGATAAAATATTGCTGA . . . . . . . . . . AAATGATTAACCATAAAA T . . . . TGCAG . GTATAAATCTGA T . A A . C CGTTAA T A . G . . . T . . A A
blockSeqs : . . . CAT . G AGA C . . . A . G . A AAC A TAAGACATTCATGGAACCTGGATAAAATACTGCATA . . . . . . . . . . AGTCATTACATATAAAAG T . . . . CCGT . GTATCTGAC T . . A . G CAATAT A
blockSeqs : . . . TAT . G ACA C . . . T . A . A AAC A TAAAATATATACAGACCTGATATAAATGATGCTTA . . . . . . . . . . AATTATAACATATTAAA G . . . . CAGT . TTATCTGA . . . . . .
blockSeqs : . . . CAT . G AG C . . . T . A . A GAT C TAAACATTTAAAGAGCTAGGGTGATATACTGCCTA . . . . . . . . . . AATTATTACATAAAAAA . . . . . TAGT
blockSeqs : . . . CAA . A A T . . . C . G . A AAC A TTAAAAAAATACAAACATCCATAGTCTTA . . . . . . . . . . CAGATATATAAAT . . . . .
blockSeqs : . . . AAA . A A A . . . A . A . A GAT A TTCTAAAACATTATTAACAG . . . . . . . . . .
blockSeqs : . G A C . . . A . A . C TAT .
blockSeqs : . . A G . . . T . . . . AC .
blockSeqs : . A . .
blockSeqCons : ****** AATNATTACATAAAAAA******************** CGTAG***** AC* ** ACAATATA**** A********* ****** AAAAA************** G* TG****
originalCons : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AAC-A-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TATC-A----CA--AGAAAA--AAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACAC---AG-TCA-TTA-AATA-A-TA-AAA----T----CATTG-TA--AG-A-TT--CAGT----TAAA-ATACTGC--G--TA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-T-ACAGACA--TCANTAA-AGTATAT-A-AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGT-------AAAT---ACT-AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CA-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTGTGTAAGTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
finalCons : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGTG---T---A---TAA---G--A-C-----AAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AAC-A-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----A-------TTT---GAT-T------AAAC-TATC-A----CA--AGAAAA--AAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACAAATNATTACATAAAAAA--------------------CATTG-TA--AG-A-TTCGTAG-----TAAA-ATACTGC--G--TA--A---AT-CC-GA-GT-TAAAA-TAC-AGACA--TCANTAAACAATATA----ACNTATTTA---------AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGTAAAAA--------------GAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CA-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAG-AGTTTG----GTACTGTATTCCGTATCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 1 22222 1111111 111111111111 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11111111111 111111 11111 1111 11111 111 22222 11111111 5555555555555555555555555555 11 22 222 1111111111 111111 222222222222222222 111 555555555555 11 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111 111 1111111 11111111111 1 22222 6666666666666666666666 222 333333 22222 1
lowQualScore : 777 5 3 3 666 222 6666 4 5 77777 1 2 33 555 1 3 1 555 0000000 999999999999 2 0 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444 4 111111 4 4 8888 55 1 00000 55 7777 00000 4 1 7777 777 00000 2 4 4 66 8 99999999 6 5 3333333333333333333333333333 1 33 1 00 33 222 1 8888888888 999999 0 33 1 5 8 1 777777777777777777 66 1 7 777 111111111111 3 0 888 33 8 0 7777 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 1 1 22222 111 1 99 2222 22 33 0 4444444 1 1 33333333333 3 6 44444 3 0 4444444444444444444444 0 0 8 333 1 0 1 1 000000 1 1 1 1 2 77777 1 1 1 1 1 1 5
lowQualScore : ... . . . ... ... .... . . ..... . . .. ... . . . ... ....... ............ . . ................................................................................... ........... . ...... . . .... .. . ..... .. .... ..... . . .... ... ..... . . . .. . ........ . . ............................ . .. . .. .. ... . .......... ...... . .. . . . . .................. .. . . ... ............ . . ... .. . . .... . ........................................................................ . . . ..... ... . .. .... .. .. . ....... . . ........... . . ..... . . ...................... . . . ... . . . . ...... . . . . . ..... . . . . . . .
lowQualScore : 555 5 6 6 444 999 5555 0 7 99999 2 9 66 444 0 1 2 444 5555555 555555555555 4 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 88888888888 0 555555 0 0 5555 55 6 00000 55 0000 00000 9 0 0000 444 00000 0 4 4 11 9 00000000 4 0 4444444444444444444444444444 1 88 0 55 66 444 0 6666666666 222222 8 88 0 0 0 0 222222222222222222 88 5 3 555 555555555555 0 8 000 00 0 8 8888 8 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 4 4 88888 777 0 22 8888 77 55 8 6666666 0 4 44444444444 8 0 66666 2 8 4444444444444444444444 8 2 8 888 2 7 0 0 000000 0 0 0 0 5 00000 0 0 0 0 0 0 5
consensus : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGTG---T---A---TAA---G--A-----CAAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AACA-CCGACNTA----G--GA----ACA-------CT----ATTT-------G---AT-T------AAAC-TATC-A----CA--AGAAAAAAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACA----AA-----TNATTA--C-ATAN--AAAA-----CATTG-T-A--AGA-CTT-G-----TAGTAAA-ATACTGC--GTA--AAT-CCGA-GT-TAAAAT-ACAGACA--TCAGT-AAACAATAT--AACATATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGT------AAAA--------AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CA-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAGCAGTTTN---GTACTNTATTCCGTA--TCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
Reference ( family-3000 ) : NNNTATTT---ATATATCATTATTATT-AT-A---CCGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-A-A-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGAATA-AA---ANGTACA-TGCAGTG---T---A---TAA---G--A-----CAAAGACATAT-T-TAAAA--C--AT--TA---A---A-AC-------A--AACA-CCGACNTA----G--GA----ACA-------C-----ATTT-------G---AT-T------AAAC-TATC-A----CA--AGAAAAAAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACA----AA-----TNATTA--C-ATAA--AAAA-----CATTG-T-A--AGA-TTC-G-----TAGTAAA-ATACTGC--GTA--AAT-CCGA-GT-TAAAAT-ACAGACA--TCANT-AAACAATAT--AACNTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACTCAATCAGTT-TAAANAGTTCAGT------AAAA--------AGAAATGTGTTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGT-----CA-TGTACTGGCATTCCCGATGTTGCTAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GN-----AGC-----------T---------TC-ATTNCCA-A-C---ACGAA---TC-G--T-ACGAGTC-TCA-GGCACAACTAATGTCACGGAATC---TTGNGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTNANCATGCTGCTGATATAGTCNGGAGACTGATCGTGTAGG-ACCTTATAGGTATAGGTTAG-AGTTTG---GTACTGTATTCCGTA--TCACGCAG-----CA-GTGGAGTTCCTTAAGCACTGGGAT-NATATGGCTATGGCGGGAAGTCGTTGTTATAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGACATGCCGCAGNTTGCTCAGCANCGTGTTAGAAACACCANTAGGGAGCNCATCNCAGTAGTCCAGNCGAGTGTACGTNACNAGNCANTTCANCGGNGACTTCGTGGCATCACTTGTT
gi|1 : TATTT---AT-TATCATTATT-TT-AT-A---TTGTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATATGA-A-A-TACGCTCAAAAGTGCTTT-ACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---G--A-----CAAAGACATAT-TCTAAAA--C--AT--TA---A---A-AG-------A--AACAACCAACTTA----A--GA----ACA-------C-----AGTT-------A---AC-TTGGGGGAAAT-AATT-C----TA--ACAAAAAGTT-----GCAGGTAAAAAAAAA--TACACTGGAG-----ACATGA--A-ATAAGTAAAATACATCATTGCT-A--ACAGTTCAG-----T--TAAA-ACATAAC--AAA--AATATCAATGT-TAAAATTACAGACAGTTCATT-AAAGTACATGAAACTTATTTTCCATTCCATAAAACACCAAAGAAAT--CTCAAACA-TC-CAGAAAGTTCAGTTTCTATAAAATTGTATTTAAAAGTGTGTTTTTAACAGCTTTTTGAACA---TATT-----CA-------------------GTTGGTGGGAAGAGG-GTT-CCATAAAC---T-G----------GA-----AGC-----------T---------TCTATTTCCA-AAC---A-GGA---TT-G--T-ACGGGTC-CTA-GGCACAACTAATGTCAGAGAAGA---TTTGGGTCTTAAATCCCTATTTGGCCT--GTACTCCTCCAGCATGTCTCTGATATAGTCAGGAGACTGATTGTGCAAG-ACTTTATAGGTGTGGACTAACAGTTT----GTATTGAATACCGTA--ACAAACAGGCAACCA-ATGGAGTTCTTTCAGCGCTGGGAT-CCTGCGGTTAAAGTGGGAAGTTGGTGTCACAATGCCAGCTGCAGTATTCTGCACATACTGTAATTTGCTTAACATTGTGTTAGAAACATCATTAAGGAGCACATTCCAGTAGTCCAACCGAG---ACGTTACGAGACAATTCACCAGGGATTTTGTGGCATCACTTGTT
gi|10 : tgaTATTATT-AT-A---CCAAATTTAA----ATAGCACTCTTTTCATGTAT-A-----CACGTTTAAGAGTGTTGT-ACTGAATA-GATATACGTACA-CTC-TTA---T---A---TGAAC-G--A-----TTAAGGTATAT----AACA--C--AT--TT---G---C-AC-------A--A----CTGGGATA----A---A----ATA-------C-----ATTTCCTTTTTG---AT-T------AAAC-GATC-A----CA--AGAAAAAAAT-----GTACA----GAATAA--TACA----AA-----TTATAA--C-ATAT--TAAA-----CATTG-T-A--CGA-CTT-G-----TAGTAAA-ATACTAC-----------------------AT-ATAAACA--TCAGT--TTCAATAT---ACATATCT--------A-AAAaaaaatcgtctaatgtgtccaatatttcggagttagacatcagcagaccaacacacagagttaacatgttgctccatacacatgttgggagaaaaaatagcacctctgtcttgtcagtgtttaatttaagtatgtaatta
gi|11 : ATTATTAAC-AA-A---CTAAGTTTAT----ATAAAACAATTTTCATGTAT-A-----CACGTTCGAGAGTGCTTTTACAGAATA-CA---ATATACA-TGAAATA---TGATA---TAATCGG--T-----TAAAGATGTAT----AAAA--T--AT-------A---T-AC-------A--GAC--CTGATATA----AATGAT---GCT-------T-----ATTT-------G---AT-T------AAAT-TATC-ATACACG--AGAAAAAAATAAAATGTACCTACAAAATAA--TACA----AAAGTATTAAATA--C-ATTA--AATA-----CAAGG-T-A--AGA-CTT-G-----TGGT
gi|12 : GTATTTAT----ATAGCACTCTTTTCATATAT-A-ATA-TACACTCTAAAGTGATCT-ACATAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---AAA---A--A-----CAAAGACATAT-TCTAAAA--C--AT--TA---
gi|13 : TT-GT-A---TCAAATGTAT----ATAACACTCTTTTCAT--AT-A-G-A-CACGTTCAAGACTGATTT-ACAGAAT--AA---ATTTACA-TGCAATG---T---AACGTGA---ACTAT----CAAAAATATAT-----AAA--C--AT--TT---A---A-A------------------GAGCTA----G--GGTGATATA-------CTGCCTATTT-------G---AT-T------AAAT-TATC-A----CA--AGAAAAAAA------ATACATGCAAAATAT--TACA----AA-----TGAATA--C-ATAT--AAAA-----Cttaacagttcagttaaaccataacaaaaatactaaagttgaaatgacagacagttcattgaagtacataaaacttaagcattccgtttctataatatc
gi|14 : TT---AT-TATCATTATTATT-TA-A---CTGTAT----------------CTTTTCATATAT-A-A-AATACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAAAACA-AA---AAGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-----CATTGACATACAT-TAAAA--C--ATAATA---A---G-AT-------A--
gi|15 : gATTATTATTATT-AC-A---CAGTATTTAT----AAAGCACTCTTAT-ATATATGA-A-A-TATGCCCAAAAGTGCTTT-ATAAAACT-AA---AAGTTTA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-----C--AGACATAT-TCTAAAA--A--AA--TAAATA---A-AT-------A--AACA-cgtctattaacaaaatagttttttcttgtttct
gi|16 : ATTTAT----ATAGCACTCTTTTCGTGCGT-ATA-G-CACGTTCAAAAGTGCTTT-ACAGtatct
gi|17 : cacGTCACGGAATC---TTGCGATCTTAAGTTCCTACCCGGCCT--GTACACTTTGAACATGcttgcattcaacaaatacagaaacaacaaacataagattaaactaaataaaaaa
gi|2 : ACTCTTTTCCTGCAT-A-----CACGTTCAAGAGTGCTTT-AAAGAATA-AC---ATATACA-CGCAATC---T-------------G--A-----TAA--ACG-AT-T-CA------------TA---A---A-AC-------A--AGTA-CAGACCTG----G--GA----TCAAATGATGCTA---ATTT-------A---CT-T------AAAC-TATCAA----CA----AAACAAAT-----GTACATGCAAAATAA--TACA----AA-----TGGTTA--CAATAT--AAAA-----CATTG-T-A--AGA-TTT-GTAATTTAATAAATATATTACCTATA--AAT-CTGA--T-TAAA---ACAGACA--TCAGT--AACAATAT---ACATATTT--------A-AAAGTA------AAATTACTCAATCAGTT-CAAACAGTTCAGT------ATTA--------AGAAATGT-TTTTTAACAATCTTTTAAATA---CAGC-----CATTGTACTGGCATTCCTGATGTTGCTAGGAAGAACAATT-TCATTAGTTGGTTGCAGCAAATATGA-----GGC-----------T---------TCGATTGCCG-A-----AC--A---TT-G--TCATCACTG-TAA-GGCACAACAAATGTCAAGGAATC---TTGCAATCTGAAGTTCCTACCCAGTCT--GTA-----TGAA---GTTGC---------CAGGAGATTGATCTTG------------AAGCACAGGTTAG-AATTTC---ATACTCTATTCCATA--TTTCGC--------------AGTTCCTTAAGCACTTGGGT---TATGACTATGGTGGGAAGTCCTTATTATAATGGGAGCTGCTGTGTTCTGGACATGTCGCAGATTGTTCAGTAACGTG------ATACCAATAGGAAGTTTATCACAATAGTCCAGGTTAGTGTA-GTAACCAGTCATTTCAGTGGCGACTTCATGGCATCAC-TGTTat
gi|3 : TATTATTATTATT-ATTA---CCATTATTATGGGTATAGCAAATTT-----GTAT-A-G---CATGTTCAAAAGT---TC-ACAGAATA-AA---ATTTACT-TGCAATGAAAT---A---TAA------A-----CGA---------T-TAAAA----------A---A---ATAC-------A--AACA-TC--CATA----G--T------CT-------T-----ATTT-------G---AT-T------TAAG-TATC-A----CA--AGAAAAAAAT-----GTACATGCAAAGTAA--CGAA----AA-----TGATTAACC-AT----AAAA-----CA-TG-T-A--AGA-CTT-G-----TTGTAAA-ACACTGC--TT----AT-CTGA--T-GAAAAT---AAACA--TCAGT--AACTATAT---ACATATAT--------A-AAAATA------AAATTA------CAGTT-TAAATAGTTCAGT------AAAA--------CAAAATTTGGTTTAAACAAGC-TTTGAATG---CAGTC----CG-TGTGCGGGCATTCCTGATGCTGCTAGGAAGAG--ATTGTC--AAGT---TTGTC--------GC-----AGCAAACGTGCAGAT---------TC-ACTCCCACA-C---ACCA-----CAG--T-ACGGGTC-TCT-GGCACAGCTAATGTCACGGAATC---TTGGGATCTTAAGATCCTATTCGGTCT--GTACATGTTTATCATGCTGCTGATATAGTTTGGTGACTGATCGTGTAGA-GTCTTGTAGATATAGGTTAT-AATTGT---GTACGTTAATATGTATGTCACCTAA-----CA-Gtaggtcctctcagatatgactat
gi|4 : gttttattataataatTATTT---ATATATTATAATTGTTTAT-AGCACTATATTTAT----A--GCACTCTTTTCATATAT-A-A-AATACGCTCAAAAGTGTTTT-ACAAAACA-AA---ACGTACA-TACAGTG---T---A---TAA---A--A-----CAAAGACATAT-TATAATA--C--AT--TA---A---A-AG-------A--AACAACCTACTTT----G--GA----ACA-------C-----ATTT-------AGAAATGC------AAACATATT-A----CA--A----AAAGT------TGCAGGTAAAAAAA--TATACTGTAG-----TCATAA--A-ATAAGTAAGATACGTCATTG-TTA--ACAGTTCAG-----T--TAAA-ACATAAC--AAA--AATACCAAAGT-TAAAGTTACAGACAGTTCATTCAAGTAATAT--AACTTATTT--------g
gi|5 : gagacttatttatttattataacgTATTTTACATATATCATAATTATT-AT-A---CCATATCTAA----ATAGCACTCATTTTATACAT-A-----TACGTTCAAGAGTGATTT-AAAGAATA-AA---CAATACAATATAATA---T---A---AAC---G--A-----TAACGATATA-----GGAA--TTGAT--TA----------C-------A--GAT--CTGGGATA----A---A----ATA-------TTGCTGATTT-------G---AT-T------A--C-TATC-A----CA--AGAAAAAAGT-----ATGCATGTAAAAACA--CACA----GA-----T---------ATAT--AAAT-----CATTG-T-A--AGA-TTT-G-----TAGTAAA-GTAATGC--GTATAAAT-CTGA--T-TAAAAT-A--AACA--CCAAT-AA-CGTTA---AACATATCT--------T-AAAACA------CAATTACTAAATCAGTTGTAAATAGCTCAGT------GAAT--------AGCAATGGATTTTTAACAATCTTTTAAATtccattccgtaaaacatccggaaagttcagtttatataatagtgtat
gi|6 : ATTATT-AC-A---CCAAATTTAT----ATAGCACTAATTTCTTGCAT-A-----CACATTTAAAAGTGCTTA-GCAGAATATAA---AAACACA-TGT--TA---T---C---TAA---T--A-----TAAA--CA-AT-T-TAAGAAGC--AC---A---A---A-AC-------ATTAACA-T--ACCTGTTACA--AA----ATA-------CTGCTTATTT-------G---AA-T------AAAC-AATC-A----CACGAAAAAAAAAT-----GTATATACCAAATAAATTACA----AG-----TCATTA--C-ATAT--AAAA-----GATTG-T-ACAAGA-TT--------TAGTAAA-ATACTGC--GTACAAAT-CCTT-GT--GAAAT-A---ATA--TCACT-AAA-AATAT--A-CTTATTT--------A-AAAGCA------AAATTACGTAGTAATTT-TACAAAGTTTAGT------AAAA--------CCAAATGTG-TTTAAACAATC-TTTAAA
gi|7 : aAAA--------AGCAATATATTTTTGTC---CTTATAAATAGTACAGTAAAAACA----ACTGGCATCCCCATTGTTGCGCGGAAGAGC-ATT-CCATAAG----TTG----------GG-----AGC-----------T---------GC-A----AA-A-C---ATGAAGTTTC-GATT-GCAAAACATCACAATACGAGTAACGTCACGCAATCGTATTTGGATCTTACGTTCCTACTCGGTCT--GTCAATTTTAATCATGCTGCTGAT-------------TGATCGTGTTGG-ACCTTTCAGGTGTATATTAG-GGTTGG---GTACTATACTCTG-------------------------GTTCCTTAAGTACT-GAATATATATGACTATGACGGGAAGT
gi|8 : gttataataaacacttattacgttatacatatttAGGAAGAGC-ATT-CCATAAGT---TTG----------GTGCAGCAGC-----------CATAAAAATGTT-ATTGCCATA-CCTCACAA-----C-A--T-ACAAATC-TTT-GGCACAACTAATGTCACAGAATC---TTGTGATCTTCAGTTCCTATCCGGCCTCGGTACACTT-AATAATGCTGCTGATATAGACTGGAGATTGATCGTGTAGGTATATAATTGATAT-GGTTAGCAGTTTGTAAGTACTGTATTCTGTA--TCACACAG-----CAAGTGGAGTTCCTTGAGGACTGGGAT-GATTTGGCTATGGCAAGGAGTTGTTGTTGTAATGCCAGCTGCTGTGTTCTGGA
gi|9 : cTTATC-AT-A---CAAAATTTAT----CTTGCACACTTTTTCT-TGC-A-C-A-CATGTCAAAAACTGGTTA-ACAGAAT--GA---ATATGCA-TGCGATC---TA--A---TAT---G--ATTGATTAAAGATATA----TAAGA--C--AT--TC---ATGGA-ACCTGGATAA--AATA-CTG-------------------CA-------T-----ATTT-------G---AT-G------AAAT-TAAC-A----GA--AGAAAAAAAT-----GAACATGCAAAATTA--TACA----AA-----TTATTA--C-ATAA--AAAA-----CAGTG-T-A--AGA-CTT-G-----CAGCAAA-GTACTGT--GT----AT-CTGA-CTATTAGAT-GAAAACA--GCAGT--AACAATAT---ACATATTT--------A-AAAGCA------AAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TAATGTTTATTTTATTATTACTATTATTATTATC