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Reference ( gi|3 ) : TACATTATCCAAG-------G-GTTGTGTAATATTATCCATAGGTTATA-AAAATAA--C--CACATGGAAT-TACC-GGTAGT--AAT-TTTTCTA-AG-G-TTA---------AT-T----GGA-TTTT--TGTCCA-AATACTCCT-AGG-TT-TG-CAAA--A-A---TTTCCAT-GGTTTTC-A--TAC--CAA-TTT---------------------CCA-CAG--A-CTTTTTT---TCTCC---A-CCT-----TGTGC-AAA------TTAACGTCCA--T--AT------TT---T--TTT--T---TC----C---A-AAGC-TC--GGAATTT----GCTGTCCAAATAC
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Reference ( family-2959 ) : TACATTTTCCAAG-------G-GTTGTATAA--TATTTTCCAAGGA----T-TAT-----A-AAAAAA-AC--CA-CACGGAATTNCC-GGTAGT---AATTTTTCNA-AG-GTTNAT-TGGA-TTTT--TGT-CCGA-ATA---CTC--C-GAGG-TT-TA-CAAA--A-A---TTTCCGTGG-TTTT-TA--TAC--CAA-TTTCCGCGGA-T--TTTTTT-----C-C-C-C----A---CCT----T---GTA----------CA------A------A-----T----GT-CCA--T--GT------T--T---T--TTTT----TC-C-----A-AACCTCGGA-A---T-TTGGTGTCCGAATAC
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gi|19 : ggtttgtatgacattttccgaggtttataaaaaaaatcaccaatcttcaaatactccaagtttacatggtttttccccaaccttgtacaaatatccatgtttttttcttctcaaaaccCATTTTCCAAA-------G-GTTATGTAA--TATTGTCTAAGAA----T-TAT-----A-CAAAAA-AC--AA-CATG--AT------ATAAG---CATTTTTTAT-AG-AAAAA-------------TGT-CCGT-ATA---CGG--T-GA-G-TT-TA-CAGC--A-------TCAG-------------TAT--CAG-TTTCCACAGA-T--TTTTTT-----CAC-C-C----A---TCG----T---TTA----------CA------A------A-----T----GT-CCA--T--TT------T--T---ccatggaaaatgtata
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gi|9 : atggtttgtatagtattttaggaggattataaaaaacactatagcc--TGT-CTGA-ATA---CTT--T-GAGG-TT-TA-CAAA--C-A---TTTCTGTGG-TTTT-TA-------------TCTGCAAA----TTTTTC-----C-C-C-C----A---ACT----T---GTA----------C-------A------A-----T----GT-CCA--T--GTGTTTAGT--T---T--TTTT----TC-A-----A-AACATAGGT-A---T-tctaacgttcaagcctcggaacatgtat
Alignments
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Reference ( family-2959 ) : TACATTTTCCAAG-------G-GTTGTATAATATTTTCCGAGGAT----TAT-----A-AAAAAA---AC--CA-CACGGAATNNCCGGTAGT---AATTTTTCNA-AGGTTTAT-TGGA-TTTT--TGT-CCGA-ATA---CTC--C-GAGG-TT-TA-CAAA--A-A---TTTCCGTGG-TTTT-TA--TAC--CAA-TTTCCGCGGA-T--TTTTTT-----C-C-C-C----A---CCT----T---GTA----------CA------A------A-----T----GT-CCA--T--G---T------T--T---T--T---TTT-----TC---NA-AACCTCGGA-A---T-TTGGTGTCCGAATAC
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Reference ( family-2959 ) : TACATTTTCCAAG-------G-GTTGTATAATATTTTCCGA--GGAT----TAT-----A--AA------AAAA---AC--CA-CAC-GGA----ATGNCC---GGT--AAT---AATTTTTCNA-AGGTTTAT------------T--------------GGA-TTTT--TGT-CC----GA-A--TA---CTC--C-GAGG-TT-TA-CAAA--A-A---TTTCCGTGG-TTTT-TA--TAC--CAA-TTTCCGCGGA-T--TTTTTT-----C-C-C-C-----A---CCT----T---G--TA----------CA------AA-----T----GT-CCA--T--G---T------T----T--T--T---TTT-----TC---AAAACCTCGGAA---T-TTGGTGTCCGAATAC
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gi|18 : ggT-------------T--------------GGA-----ATT------TGA-TGCCC----AA-A--TA---ATCC-GAGG-TT----CAAA--atccgaggttcaaaccatggaaaatgtata
gi|19 : ggtttgtatgacattttccgaggtttataaaaaaaatcaccaatcttcaaatactccaagtttacatggtttttccccaaccttgtacaaatatccatgtttttttcttctcaaaaccCATTTTCCAAA-------G-GTTATGTAATATTGTCTAA--GAAT----TAT-----A--CA------AAAA----AC--AA-CA--TG--AT-----A-TAAGCA-T-T-T--------TTTAT-------------A--------------GAA---------------AAATGTCC----GT-A--TA---CGGT-GA-G-TT-TA-CAGC--A-------TCAG------------TAT--CAG-TTTCCACAGA-T--TTTTTT-----CACC-C-----A-TCG----T---T--TACA------AA-----T----GTCCA--T--T---T------T----T--ccatggaaaatgtata
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gi|21 : t---TGTCT----GA-T--TA---CTCT-GGGA-TT-TA-CAAG--A-A---TTTACATGG-TTTTcaagaatttacatggttttccccaccttgtcttaatgtgactttgtgtcaatatgttttttttnnnnnnnnnnca
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gi|22 : gagctA-T-T-TTCT-GAGGATTAT-----------------------------AA---------------------------AA-A--TA---CTCT-GAGG-TT-TA-TAAA---------TTGTTTTG-TTTTTA--TAT--CAT-TTTCGAAGGA-T--TTTTT------C-CC-A-----A-CCT----T---G--GACA------AT-----T----GTCCA--C--G---TG-----T----T--T--T---TTC-----CC---AGAACCTTGGAA---T-TTGGTGTCTGAtactctgaggtttataaattgttttgtttttatatcattttcgaaggattttttcccaaccttggacaattgtccacgtgttttttcccagaaccttggaatttggtgtctga
gi|23 : gagctttgtatgat-TA-CAAG--A-A---TTTCCGTGT-ATTTTA--TAC--CAA-TTTTCGCGGA-T--TCCCCCA----C-CC-A-----A-CCA----T---G--TACA------CA-----T----GGCCA--T--GAGTT------T----T--T--T---CTC-----CC---AAAACATTGGCA---T-TTGTTGTCCAAGTA
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gi|25 : aacaaaaA-A--TA---CTTC-AAGG-TT-TA-CTAA--A-A---TTTCTG---------------------------CTGA-T--TTTTTT-----C-CC-CCA---A-TCT----T---G--TACA------AAATTGTT----GTCCA--T--G---T------G----TGAT--T---TTC-----TC---AAAACCTTTGAA---T-TTTGTGTCTGAAtccacagttcagacgccggaaaatgtat
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blockSeqs : . G TA . . . . . AAT . C T A GAATACTCT TGGATTTT . . . . . . . . . . . AT . . . . TG T C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . T TG . . . . . ACC . T T C AATACTCCC TGGATTTT . . . . . . . . . . . TT . . . . CA T T . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
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blockSeqs : C . . . . . A . C . T ATTACTCT . . . . . . . . . . . AT . . . . TA T C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . AATACTCC . . . . . . . . . . . GT . . . . CA T C . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . AATACTTT . . . . . . . . . . . GT . . . . CA T C . . . . . . . . . . . . G . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . GT . . . . AA T C . . . . . . . . . . . . T . . . . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : ** ** ACC****** C** AATACTCT********* NGGAATTTT**************************************** **** ****** ** **
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finalCons : TACATTTTCCAAG-------G-GTTGTATAATATTTTCCGA--GGAT----TAT-----A--AA------AAAAACC------A-CAC--GGAAT-GTCCGAATACTCT---------GAGGTTTATNGGAATTTT----------------------------------------TGTCC----GA-A--TA---CTCC-GAGG-TT-TA-CAAA--A-A---TTTCCGTGG-TTTTTA--TAC--CAA-TTTCCGCGGA-T--TTTTTT-----C-CC-C-----A-CCT----T---G--TACA------AA-----T----GTCCA--T--G---T------T----T--T--T---TTT-----TC---AAAACCTCGGAA---T-TTGGTGTCCGAATAC
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