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Reference ( gi|10 )           :    ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA----ACA-CCC----CCT---CTATCTCTGGGAC
gi|9                          :    ACCTTGTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA----ACA-CTC----CC----CTATATCTGGGAC
gi|5                          :    ACCTTTTGGACATACAG-----A-AGTA-----AATAA----ATA-TCC----CCTCTCCTATCTCTGGGACta
gi|19                         :    ACCTTTTGGACATA-GA-----A-AATA-----AATAA----ATA-CTC----C-----CTATCTCTGGGAC
gi|18                         :    ACCTTTTGGGCATA-AA-----A-AGTA-----AATAA----ACA-TCC----C-----CTATCTTTGAGAC
gi|17                         :    ACCCTTTGGACATA-AA-----T-GGTA-----AATAA----ACA-CCC----A-----CTATCTCTGGGAC
gi|7                          :    ACCTTTTCGACATA-AA-----AAAGTA-----AATAA----ACA-ACC----CCT----TAGCTTTGGGAC
gi|3                          :   aACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATTACCCCCCC-CCC----CCC---CTATTTCTGGGAt
gi|28                         :   aACCTTTTGGACATG-AA-----A-AGTA-----AATAA----ACA-CCC----CCtt
gi|13                         :    ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----ATTAA----ACA-CCA----CA----CTAGCTCTGG
gi|12                         :  aaACCTTTTGGACATG-AA-----C-AGTT-----AAT------ACA-CTT----CCC---CTATCTCTTGGACt
gi|15                         :   aACATTTTAGACATA-AG-----A-ATTT-----AATAA----ACA--------CCT---CTATCTCTGAGACt
gi|20                         :    ACCTTTTGATTATA-AA-----A-ATTA-----AATAA----ACA-CAC----C-----CTAACTCTGGGtg
gi|6                          :   aATCTATTGGACATA-AA-----A-AACA-----AAAAA----AAA-CCT----CC----CTAGCTCTGGGAC
gi|11                         : caaACATTTTG-ACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA----ACA-CCC----C-----GTAGCCATGGGACt
gi|21                         : aaaACCTTTCAGACATA-AA-----A-AGTA-----GACA----------CC----CCA---CTAGCTCTGAGAC
gi|4                          :   aACTTTTTTGACATA-AATAAATA-AATA-----AATAA----ACA-TGC----C-----CTAGCTCTGAGACt
gi|2                          :    ACCTTTTGGACATA-TA-----A-AATA-----AATAC----CCC-CCC----CCC---CCACCCCTtat
gi|1                          :   aATCTATTGGACTTA-AA-----A-AAAACACAAAAAAA----ACA-CCT----CCT----TAGCTCTGGGACatatatgggac
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gi|16                         :      CTTTTGGACATA-CA-----A-AGT-------AT------GCC-CCCCTCACCC---CTATCTCTGGGa
gi|22                         :     gaaTTTCGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA----ATA--CC----CCT---CTATCTCTGAGAC
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CATTTTTGATATTAAAAGTAAAGAAACAACCCTCT






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Reference ( family-2927 )     :      ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-C-------CCC----CTATCTCTGGGAC
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gi|19                         :      ACCTTTTGGACATA-GA-----A-AATA-----AATAA-----ATA----C-------TCC----CTATCTCTGGGAC
gi|2                          :      ACCTTTTGGACATA-TA-----A-AATA-----AATAC-----CCC--C-CCCCCCCACCC----CTATATATGGGAC
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gi|23                         :            TGGACAGA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA----C-------CCC----CTATCTCTTGGt
gi|24                         :            TGGACATA-AA-----A-TGTA-----AATAA-----ACA----C-------CCC----TTATCTCTGGGACtctag
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gi|26                         :          TTTGGGCATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA----T-------CCC----CTATCTTTta
gi|28                         :      ACCTTTTGGACATG-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-C-------CCC----
gi|29                         :        CTTTTGGACATA-AA-----T-GGTA-----AATAA-----ACA--C-A-------CC
gi|3                          :      ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATTACCCCCCCC--C-C-------CCC----CTATTTCTGGGAa
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CATTTTTGATATTAAAAGTAAAGAAACAACCCTCT






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consensus                     :      ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-C-------CCC----CTATCTCTGGGAC
Reference ( family-2927 )     :      ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-C-------CCC----CTATCTCTGGGAC
gi|1                          :      ATCTATTGGACTTA-AA-----A-AAAACACAAAAAAA-----ACA--C-C-------TCC----TTAGCTCTGGGAC
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gi|17                         :   gaaACCCTTTGGACATA-AA-----T-GGTA-----AATAA-----ACA----C-------CCA----CTATCTCTGGGAC
gi|18                         :      ACCTTTTGGGCATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA----T-------CCC----CTATCTTTGAGAC
gi|19                         :      ACCTTTTGGACATA-GA-----A-AATA-----AATAA-----ATA----C-------TCC----CTATCTCTGGGAC
gi|2                          :      ACCTTTTGGACATA-TA-----A-AATA-----AATAC-----CCC--C-CCCCCCCACCC----CTATATATGGGAC
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gi|24                         :            TGGACATA-AA-----A-TGTA-----AATAA-----ACA----C-------CCC----TTATCTCTGGGACtctag
gi|25                         :                CATA-AA-----A--GTA-----AATAA-----ACA----T-------CCC----CTATCTCTGGGACta
gi|26                         :          TTTGGGCATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA----T-------CCC----CTATCTTTta
gi|28                         :      ACCTTTTGGACATG-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-C-------CCC----
gi|29                         :        CTTTTGGACATA-AA-----T-GGTA-----AATAA-----ACA--C-A-------CC
gi|3                          :      ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATTACCCCCCCC--C-C-------CCC----CTATTTCTGGGAa
gi|4                          :     aACTTTTTTGACATA-AATAAATA-AATA-----AATAA-----ACA----T-------GCC----CTAGCTCTGAGACtt
gi|5                          :      ACCTTTTGGACATACAG-----A-AGTA-----AATAA-----ATA--T-C-------CCCTCTCCTATCTCTGGGACtat
gi|6                          :      ATCTATTGGACATA-AA-----A-AACA-----AAAAA-----AAA--C-C-------TCC----CTAGCTCTGGGAC
gi|7                          :   caaACCTTTTCGACATA-AA-----AAAGTA-----AATAA-----ACA--A-C-------CCC----TTAGCTTTGGGACt
gi|8                          :       aCTTATGGACATA-AA-----T-AGTA-----AATAA-----ACAGCC-C-------CCT----CTATCTCTGGAACt
gi|9                          :     tACCTTGTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-T-------CCC----CTATATCTGGGACta


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blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       GCCC           .   
blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       CTT            .   
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blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       TC             .   
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blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       AC             .   
blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       CT             .   
blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       C              .   
blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       C              .   
blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       T              .   
blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       C              .   
blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       C              .   
blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       C              .   
blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       C              .   
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blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       T              .   
blockSeqs                     :                    .  .     .    .         .       T              .   
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blockSeqCons                  :                                  *****
originalCons                  :      ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-C-------CCC----CTATCTCTGGGAC
finalCons                     :      ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-C-------CCC----CTATCTCTGGGAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CATTTTTGATATTAAAAGTAAAGAAACAACCCTCT






Alignments
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lowQualScore                  :                    .  ..... .    .....     .....   ............   ....             
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consensus                     :      ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-C-------CCC----CTATCTCTGGGAC
Reference ( family-2927 )     :      ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-C-------CCC----CTATCTCTGGGAC
gi|1                          :      ATCTATTGGACTTA-AA-----A-AAAACACAAAAAAA-----ACA--C-C-------TCC----TTAGCTCTGGGAC
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gi|12                         :   aaaACCTTTTGGACATG-AA-----C-AGTT-----AAT-------ACA--CTT-------CCC----CTATCTCTTGGAC
gi|13                         :     aACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----ATTAA-----ACA--C-C-------ACA----CTAGCTCTGGt
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gi|20                         :     aACCTTTTGATTATA-AA-----A-ATTA-----AATAA-----ACA----C-------ACC----CTAACTCTGGG
gi|21                         :     aACCTTTCAGACATA-AA-----A-AG---------TAG-----ACA--C-C-------CCA----CTAGCTCTGAGAC
gi|22                         :         aTTTCGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ATA--C-C-------CCT----CTATCTCTGAGACt
gi|23                         :            TGGACAGA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA----C-------CCC----CTATCTCTTGGt
gi|24                         :            TGGACATA-AA-----A-TGTA-----AATAA-----ACA----C-------CCC----TTATCTCTGGGACtctag
gi|25                         :                CATA-AA-----A--GTA-----AATAA-----ACA----T-------CCC----CTATCTCTGGGACta
gi|26                         :          TTTGGGCATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA----T-------CCC----CTATCTTTta
gi|28                         :      ACCTTTTGGACATG-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-C-------CCC----
gi|29                         :        CTTTTGGACATA-AA-----T-GGTA-----AATAA-----ACA--C-A-------CC
gi|3                          :      ACCTTTTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATTACCCCCCCC--C-C-------CCC----CTATTTCTGGGAa
gi|4                          :     aACTTTTTTGACATA-AATAAATA-AATA-----AATAA-----ACA----T-------GCC----CTAGCTCTGAGACtt
gi|5                          :      ACCTTTTGGACATACAG-----A-AGTA-----AATAA-----ATA--T-C-------CCCTCTCCTATCTCTGGGACtat
gi|6                          :      ATCTATTGGACATA-AA-----A-AACA-----AAAAA-----AAA--C-C-------TCC----CTAGCTCTGGGAC
gi|7                          :   caaACCTTTTCGACATA-AA-----AAAGTA-----AATAA-----ACA--A-C-------CCC----TTAGCTTTGGGACt
gi|8                          :       aCTTATGGACATA-AA-----T-AGTA-----AATAA-----ACAGCC-C-------CCT----CTATCTCTGGAACt
gi|9                          :     tACCTTGTGGACATA-AA-----A-AGTA-----AATAA-----ACA--C-T-------CCC----CTATATCTGGGACta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|27 ): CATTTTTGATATTAAAAGTAAAGAAACAACCCTCT