lowQualScore                  :            77777777 66 2 8 3 1                           
lowQualScore                  :            ........ .. . . . .                           
lowQualScore                  :            44444444 77 5 8 8 2                           
consensus                     :   TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
Reference ( gi|23 )           :   TTGCTTCGG-T-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
gi|10                         :   TTGCTTCGG-T-G----GTGG-G-G-A-TTGGCCATGTTCAACATGGCTCTTG
gi|14                         :  tTTGCTTCGG-CAG----G--G-G-G-A-TTGGCCGTGTCCAACATGGCTTTTGTT
gi|5                          :   TTGCTTCTG-T-G----G--G-GGG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTTTTGT
gi|12                         :  tTTGCTCCGG-C-G----G--G-G-A-A-TTGGCCATGTCCAATATGGCTCTTATTa
gi|9                          :  tTTGCTTTGG-C-G----G--G-GGG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGATCTTGTT
gi|6                          :   TTGTTTGGC-T-G----G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGT
gi|26                         :  tTTGCTTCGG-C-GA---G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAAAATAGCTCTTGct
gi|18                         :  tTTGCTTCAG-C-G----GA-G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGTTGTTGTT
gi|7                          :   TTGCTTCGG-C-G----GT-G-G-A-A-TTAGCCATGTCCAACGTGGCTCTTG
gi|17                         :  tTTGCTTCGG-CAG----G--G-G-G-A-TTGGCAATGTTCAACATAGCTCTTGTgt
gi|16                         :  tTTGCTTCGA-C-AC---G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGACTCTTGTT
gi|2                          :   TTGCTTCAG-T-GTGGGG--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACAAGGCCCTTGT
gi|29                         :  tTTGCTTCTG-C-A----G--G-G-G-A-ATGGCCATGTCCAACATGACTCTTGTca
gi|25                         :   TTGCTTCGG-C-G----G--G-GGG-A-TTGGCCTTGTCCAACATGGGTCTTG
gi|13                         :  tTTGCTTCAG-C-G----G--GAG-G-A-TTGGCCATGTCCAACAATGCTCTTGTT
gi|3                          :   TTGTATCGGAT-G----T--G-G-A-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
gi|24                         :  tTTGCTTCGA-C-A----G--G-AAG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTATt
gi|11                         :   TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-GGA-TTTGCCATGTCCAGCATGGCTCATGT
gi|30                         :  tTTGCTTCGG-C-A----GA-G-G-G-A-TTGACCATGTTCAACATGGCTCT
gi|15                         :   TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-GCA-TTGGCCATATTCAACATGGCCTTTG
gi|20                         : atTTGCTTGGG-T-G----G--G-GGG-A-TTGGCCGCGACTAACATGGCTCTTGTT
gi|19                         :   TTACTTTGG-C-A----GT-G-G-G-A-TTGGCCATGTCTGACATGGCTCTTGT
gi|28                         :  tTTGTTTCGG-C-A----G--G-GAG-A-TTGGCCATGTTGAACATGGCTTTT
gi|4                          :  tTTGCTTTGG-C-A----G--G-G-GTA-TTTGCCATGACCAGCATGACTCTTGTT
gi|22                         :  tTTGATTCGG-C-G----G--G-G-G-AATTGGTCATGCCCAACATGGATCa
gi|31                         : atTTGCTTTGG-C-A----G--G-GTG-G-TTGGCCATGTCGAACATGGCTat
gi|27                         :   tTGCTTCGG-T-GT---G--G-G-G-A-TTAGCCATGTCCAATATGGCTCTTGT
gi|21                         :   cTGCTTTGG-C-G----G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACTTGGCTCTTG
gi|33                         :    TGCATTGG-C-A----G--G-G-G-A-AAGGCTATGTCCAACATGGTTattg
gi|8                          :          GG-T-G----G--GTG-G-A-TTGGTCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
gi|1                          :      atatGG-T-T----G--G-G-G-G-TTGGTCATGTCAAACATGGCTCTTGTTcca
gi|32                         :            gggg----G--G-G-G-A-GTGGCCATGTTCAACATGGCTCTTTTTatattctatgagta





Alignments
lowQualScore                  :                  1 3 6666 66 2 8 3 1                           
lowQualScore                  :                  . . .... .. . . . .                           
lowQualScore                  :                  3 9 2222 55 4 5 6 2                           
consensus                     :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
Reference ( family-2901 )     :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
gi|1                          :                      ----G--G-G-G-G-TTGGTCATGTCAAACATGGCTCTTGTT
gi|10                         : ggggggttTTGCTTCGG-T-G----GTGG-G-G-A-TTGGCCATGTTCAACATGGCTCTTGatattctatgagta
gi|11                         :        tTTGCTTCGG-C-G----G--G-G-GGA-TTTGCCATGTCCAGCATGGCTCATGT
gi|12                         :        tTTGCTCCGG-C-G----G--G-G-A-A-TTGGCCATGTCCAATATGGCTCTTATT
gi|13                         :        tTTGCTTCAG-C-G----G--GAG-G-A-TTGGCCATGTCCAACAATGCTCTTGTT
gi|14                         :         TTGCTTCGG-CAG----G--G-G-G-A-TTGGCCGTGTCCAACATGGCTTTTGTT
gi|15                         :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-GCA-TTGGCCATATTCAACATGGCCTTTG
gi|16                         :       atTTGCTTCGA-C-AC---G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGACTCTTGTT
gi|17                         :         TTGCTTCGG-CAG----G--G-G-G-A-TTGGCAATGTTCAACATAGCTCTTGT
gi|18                         :        tTTGCTTCAG-C-G----GA-G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGTTGTTGTT
gi|19                         :         TTACTTTGG-C-A----GT-G-G-G-A-TTGGCCATGTCTGACATGGCTCTTGT
gi|2                          :        tTTGCTTCAG-T-GTGGGG--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACAAGGCCCTTGT
gi|20                         :        tTTGCTTGGG-T-G----G--G-GGG-A-TTGGCCGCGACTAACATGGCTCTTGTTca
gi|21                         :          TGCTTTGG-C-G----G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACTTGGCTCTTG
gi|22                         :         TTGATTCGG-C-G----G--G-G-G-AATTGGTCATGCCCAACATGGATCattg
gi|23                         :       atTTGCTTCGG-T-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTTat
gi|24                         :         TTGCTTCGA-C-A----G--G-AAG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTAT
gi|25                         :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-GGG-A-TTGGCCTTGTCCAACATGGGTCTTG
gi|26                         :        tTTGCTTCGG-C-GA---G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAAAATAGCTCTTG
gi|27                         :         tTGCTTCGG-T-GT---G--G-G-G-A-TTAGCCATGTCCAATATGGCTCTTGT
gi|28                         :        cTTGTTTCGG-C-A----G--G-GAG-A-TTGGCCATGTTGAACATGGCTTTT
gi|29                         :        tTTGCTTCTG-C-A----G--G-G-G-A-ATGGCCATGTCCAACATGACTCTTGT
gi|3                          :         TTGTATCGGAT-G----T--G-G-A-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
gi|30                         :        tTTGCTTCGG-C-A----GA-G-G-G-A-TTGACCATGTTCAACATGGCTCTt
gi|31                         :         TTGCTTTGG-C-A----G--G-GTG-G-TTGGCCATGTCGAACATGGCT
gi|32                         :                     t----G--G-G-G-A-GTGGCCATGTTCAACATGGCTCTTTTT
gi|33                         :          TGCATTGG-C-A----G--G-G-G-A-AAGGCTATGTCCAACATGGTTgaaa
gi|4                          :         TTGCTTTGG-C-A----G--G-G-GTA-TTTGCCATGACCAGCATGACTCTTGTT
gi|5                          :        tTTGCTTCTG-T-G----G--G-GGG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTTTTGTa
gi|6                          :        tTTGTTT-GG-CTG----G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTa
gi|7                          :        tTTGCTTCGG-C-G----GT-G-G-A-A-TTAGCCATGTCCAACGTGGCTCTTGct
gi|8                          :               tGG-T-G----G--GTG-G-A-TTGGTCATGTCCAACATGGCTCTTGTTgt
gi|9                          :     atatTTGCTTTGG-C-G----G--G-GGG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGATCTTGTTcca





Alignments
lowQualScore                  :                  1 3 6666 66 2 8 3 1                           
lowQualScore                  :                  . . .... .. . . . .                           
lowQualScore                  :                  3 9 2222 55 4 5 6 2                           
consensus                     :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
Reference ( family-2901 )     :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
gi|1                          :                      ----G--G-G-G-G-TTGGTCATGTCAAACATGGCTCTTGTT
gi|10                         : ggggggttTTGCTTCGG-T-G----GTGG-G-G-A-TTGGCCATGTTCAACATGGCTCTTGatattctatgagta
gi|11                         :        tTTGCTTCGG-C-G----G--G-G-GGA-TTTGCCATGTCCAGCATGGCTCATGT
gi|12                         :        tTTGCTCCGG-C-G----G--G-G-A-A-TTGGCCATGTCCAATATGGCTCTTATT
gi|13                         :        tTTGCTTCAG-C-G----G--GAG-G-A-TTGGCCATGTCCAACAATGCTCTTGTT
gi|14                         :         TTGCTTCGG-CAG----G--G-G-G-A-TTGGCCGTGTCCAACATGGCTTTTGTT
gi|15                         :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-GCA-TTGGCCATATTCAACATGGCCTTTG
gi|16                         :       atTTGCTTCGA-C-AC---G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGACTCTTGTT
gi|17                         :         TTGCTTCGG-CAG----G--G-G-G-A-TTGGCAATGTTCAACATAGCTCTTGT
gi|18                         :        tTTGCTTCAG-C-G----GA-G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGTTGTTGTT
gi|19                         :         TTACTTTGG-C-A----GT-G-G-G-A-TTGGCCATGTCTGACATGGCTCTTGT
gi|2                          :        tTTGCTTCAG-T-GTGGGG--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACAAGGCCCTTGT
gi|20                         :        tTTGCTTGGG-T-G----G--G-GGG-A-TTGGCCGCGACTAACATGGCTCTTGTTca
gi|21                         :          TGCTTTGG-C-G----G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACTTGGCTCTTG
gi|22                         :         TTGATTCGG-C-G----G--G-G-G-AATTGGTCATGCCCAACATGGATCattg
gi|23                         :       atTTGCTTCGG-T-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTTat
gi|24                         :         TTGCTTCGA-C-A----G--G-AAG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTAT
gi|25                         :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-GGG-A-TTGGCCTTGTCCAACATGGGTCTTG
gi|26                         :        tTTGCTTCGG-C-GA---G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAAAATAGCTCTTG
gi|27                         :         tTGCTTCGG-T-GT---G--G-G-G-A-TTAGCCATGTCCAATATGGCTCTTGT
gi|28                         :        cTTGTTTCGG-C-A----G--G-GAG-A-TTGGCCATGTTGAACATGGCTTTT
gi|29                         :        tTTGCTTCTG-C-A----G--G-G-G-A-ATGGCCATGTCCAACATGACTCTTGT
gi|3                          :         TTGTATCGGAT-G----T--G-G-A-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
gi|30                         :        tTTGCTTCGG-C-A----GA-G-G-G-A-TTGACCATGTTCAACATGGCTCTt
gi|31                         :         TTGCTTTGG-C-A----G--G-GTG-G-TTGGCCATGTCGAACATGGCT
gi|32                         :                     t----G--G-G-G-A-GTGGCCATGTTCAACATGGCTCTTTTT
gi|33                         :          TGCATTGG-C-A----G--G-G-G-A-AAGGCTATGTCCAACATGGTTgaaa
gi|4                          :         TTGCTTTGG-C-A----G--G-G-GTA-TTTGCCATGACCAGCATGACTCTTGTT
gi|5                          :        tTTGCTTCTG-T-G----G--G-GGG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTTTTGTa
gi|6                          :        tTTGTTT-GG-CTG----G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTa
gi|7                          :        tTTGCTTCGG-C-G----GT-G-G-A-A-TTAGCCATGTCCAACGTGGCTCTTGct
gi|8                          :               tGG-T-G----G--GTG-G-A-TTGGTCATGTCCAACATGGCTCTTGTTgt
gi|9                          :     atatTTGCTTTGG-C-G----G--G-GGG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGATCTTGTTcca


blockSeqs                     :                  A A TGGG TG A G G A
blockSeqs                     :                  . A C    A  T A C .
blockSeqs                     :                  . T A    T  . G T .
blockSeqs                     :                  . . T    A  . A . .
blockSeqs                     :                  . . .    T  . T . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . G . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . G . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                  . . .    .  . . . .
blockSeqs                     :                      .    .  . . . .
blockSeqs                     :                      .    .  . . . .


blockSeqCons                  :         
originalCons                  :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
finalCons                     :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT





Alignments
lowQualScore                  :                  1 3 6666 66 2 8 3 1                           
lowQualScore                  :                  . . .... .. . . . .                           
lowQualScore                  :                  3 9 2222 55 4 5 6 2                           
consensus                     :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
Reference ( family-2901 )     :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
gi|1                          :                      ----G--G-G-G-G-TTGGTCATGTCAAACATGGCTCTTGTT
gi|10                         : ggggggttTTGCTTCGG-T-G----GTGG-G-G-A-TTGGCCATGTTCAACATGGCTCTTGatattctatgagta
gi|11                         :        tTTGCTTCGG-C-G----G--G-G-GGA-TTTGCCATGTCCAGCATGGCTCATGT
gi|12                         :        tTTGCTCCGG-C-G----G--G-G-A-A-TTGGCCATGTCCAATATGGCTCTTATT
gi|13                         :        tTTGCTTCAG-C-G----G--GAG-G-A-TTGGCCATGTCCAACAATGCTCTTGTT
gi|14                         :         TTGCTTCGG-CAG----G--G-G-G-A-TTGGCCGTGTCCAACATGGCTTTTGTT
gi|15                         :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-G-GCA-TTGGCCATATTCAACATGGCCTTTG
gi|16                         :       atTTGCTTCGA-C-AC---G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGACTCTTGTT
gi|17                         :         TTGCTTCGG-CAG----G--G-G-G-A-TTGGCAATGTTCAACATAGCTCTTGT
gi|18                         :        tTTGCTTCAG-C-G----GA-G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGTTGTTGTT
gi|19                         :         TTACTTTGG-C-A----GT-G-G-G-A-TTGGCCATGTCTGACATGGCTCTTGT
gi|2                          :        tTTGCTTCAG-T-GTGGGG--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACAAGGCCCTTGT
gi|20                         :        tTTGCTTGGG-T-G----G--G-GGG-A-TTGGCCGCGACTAACATGGCTCTTGTTca
gi|21                         :          TGCTTTGG-C-G----G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACTTGGCTCTTG
gi|22                         :         TTGATTCGG-C-G----G--G-G-G-AATTGGTCATGCCCAACATGGATCattg
gi|23                         :       atTTGCTTCGG-T-G----G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTTat
gi|24                         :         TTGCTTCGA-C-A----G--G-AAG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTAT
gi|25                         :         TTGCTTCGG-C-G----G--G-GGG-A-TTGGCCTTGTCCAACATGGGTCTTG
gi|26                         :        tTTGCTTCGG-C-GA---G--G-G-G-A-TTGGCCATGTCCAAAATAGCTCTTG
gi|27                         :         tTGCTTCGG-T-GT---G--G-G-G-A-TTAGCCATGTCCAATATGGCTCTTGT
gi|28                         :        cTTGTTTCGG-C-A----G--G-GAG-A-TTGGCCATGTTGAACATGGCTTTT
gi|29                         :        tTTGCTTCTG-C-A----G--G-G-G-A-ATGGCCATGTCCAACATGACTCTTGT
gi|3                          :         TTGTATCGGAT-G----T--G-G-A-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTT
gi|30                         :        tTTGCTTCGG-C-A----GA-G-G-G-A-TTGACCATGTTCAACATGGCTCTt
gi|31                         :         TTGCTTTGG-C-A----G--G-GTG-G-TTGGCCATGTCGAACATGGCT
gi|32                         :                     t----G--G-G-G-A-GTGGCCATGTTCAACATGGCTCTTTTT
gi|33                         :          TGCATTGG-C-A----G--G-G-G-A-AAGGCTATGTCCAACATGGTTgaaa
gi|4                          :         TTGCTTTGG-C-A----G--G-G-GTA-TTTGCCATGACCAGCATGACTCTTGTT
gi|5                          :        tTTGCTTCTG-T-G----G--G-GGG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTTTTGTa
gi|6                          :        tTTGTTT-GG-CTG----G--A-G-G-A-TTGGCCATGTCCAACATGGCTCTTGTa
gi|7                          :        tTTGCTTCGG-C-G----GT-G-G-A-A-TTAGCCATGTCCAACGTGGCTCTTGct
gi|8                          :               tGG-T-G----G--GTG-G-A-TTGGTCATGTCCAACATGGCTCTTGTTgt
gi|9                          :     atatTTGCTTTGG-C-G----G--G-GGG-A-TTGGCCATGTCCAACATGGATCTTGTTcca