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Reference ( gi|1 )            :       CGTTCGACCAATGAAACAGCCGGATATTTATAGACTTTTGGACAGTGAACACGATTGTAGTTTTAGCGAAATCTTACAATTCGCGAGAGTCGAAACTCGCGAATAATAGC-GAAA-TAACAGTTATCAC---T------AATAAA-AAG---TG-----TTTT--AC-----AGTAT---ATGTACTT---AT-CTCAGATATGCTAACAT-TGT-ATCGGT---------TCA---------ACCGCAATTAA-TT-GTCATATGTGTGTTTC---AAGATGATGAAATTG-TTGGACT-----TA-AATTGAGAAACAAGGT-AAAA-----ACTTT----TTTGTCTTGGAT---T---ACCAT---------A----TCTAAATTTGACAT--AATAACCATACTTGCGTGA--TTAAAGGTTTTAAGTGTA
gi|7                          :                            GGATATT-GTAAACATTCCGACAGTAAACATGATTTTAGTTTTAGCAAAATTTT---------------TGAA-CTCGCGAATAATTGCAAAAA-TAA-AGTTCTCGC---T------AATAAA-AAG---TG-----TTTT--AT-----AGTAT---A
gi|8                          : aagtgaaacagccagaaacttgtttttttatttTTGTAAACATTCGGACAGTGAACATGATTGCAATTTTAGTGAAATATT
gi|10                         :                                                                                    gcttttttattctgctaACCCACGAATAATAGC-AAAAATAA-AGTTCCCGC---TTCTAAAGATAAA-ACG---TG-----TTTT--AC-----AGTAtgaactt
gi|2                          :                                                                                                                     -GAAA-TA-TATTTAACGC---C------ATTAAA-A-G---CGATAGCTTTTGAAT-----ATTAT---TTTTTTTT---AC-CTTA--TATGCTATCAT-TGTTATCAATACATATATGTCG---------ATCGCAATTTA-TTAGTTAAATTTGTGTTTTTTTAAG-TGATGAAAATG-TTGGAATAAAATTA-AATTGAAAAACAAAGTTAGAA-----AGTTT----T--GTCTTGGTT---T---ATCATTCATGTCATA----TCTTATTTTGATAC--AATACCAATACTTG-G-GATTTTAAAAGTGTTAAGTAaa
gi|4                          :                                                                                           aaactttaattcaactaacagatcat-GATA-TAA-AGTTAACGCCTTT------AAAAAACAAG----G-----TTTT--AATATTGAATAG---ATGT---T---AT-TTCGG-----CT--CATATAT-GTCG-----------------------ACTGGAATTAAATC-TTTAAATATGTGTTTT---AAAGTGATAAAATTGATTGAA-------TACAATTGAAAAACAAGGT-AAGAGTGTTGTTTT----TTTGTTCATCATTCAT---GTCAC---------A----TCTATATTTGATCC--AATGCCAATTCTTGCGTTT--TGAAAGGCGTAAAGCATAggttcatcgaataccttagcaatatcaacatccacacgaggt
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7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Reference ( family-29 )       :       NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGATATTTGTAAACATTCGGACAGTGAACACGATTGTAGTTTTAGCGAAATNT---------------TCGAAACTCGCGAATAATNGCAGAAATAA-AGTTANCG-C---T------AATAAA-AAG---TG-----TTTT-----A-T--AGT--ATATTT-TTT-AT-CTCAGATNTGCTATCATTTTTATCGGT---------TCA---------ACCGCAATTAATTTGTTAAATTTGTGTTTTA--AA-GTGATGAAATTGTTGGAATNAAATT-----GAAAAACAAGGTAAGAAAGTTTTTGTCTTGGAT-TATCATTCACGT-CATATCTAGATTTGATAC--AATACCNATACTTGCGTTTTTAAAGGCGTTAAGTATA
gi|1                          :                            GGATATTTATAGACTTTTGGACAGTGAACACGATTGTAGTTTTAGCGAAATCTTACAATTCGCGAGAGTCGAAACTCGCGAATAATAGC-GAAATAACAGTTATCA-C---T------AATAAA-AAG---TG-----TTTT-----A-C--AGT--ATATGTACTT-AT-CTCAGATATGCTAACA-TTGTATCGGT---------TCA---------ACCGCAATTAA-TTGTCATATGTGTGTTTCA--AG-ATGATGAAATTGTTGGACTTAAATT-----GAGAAACAAGGTAAAAACTTTTTTGTCTTGGAT-TA---------C-CATATCTAAATTTGACAT--AATAACCATACTTGCGTGATTAAAGGTTTTAAGTGTA
gi|10                         :                                                                                cgttcgaccaatgaaacagccACCCACGAATAATAGCAAAAATAA-AGTTCCCG-C---TTCTAAAGATAAA-ACG---TG-----TTTT-----A-C--AGT--A
gi|12                         :                            GGATATT-ATAAACATCCGGACAGaa
gi|2                          :                                                                                   aaatagtgaaaccgccggaaatgcattttttattcGAAATAT-ATTTAACG-C---C------ATTAAA-A-G---CGATAGCTTTTGA---A-T--ATT--ATTTTT-TTTTAC-CTTA--TATGCTATCATTGTTATCAATACATATATGTCG---------ATCGCAATTTATTAGTTAAATTTGTGTTTTTTTAA-GTGATGAAAATGTTGGAATAAAATTAAATTGAAAAACAAAGTTAGAAAGTTTT-GTCTTGGTT-TATCATTCATGT-CATATCTTATTTTGATAC--AATACCAATACTTGGGATTTTAAAAGTGTTAAGTAT
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gi|8                          : aagtgaaacagccagaaacttgtttttttatttTTGTAAACATTCGGACAGTGAACATGATTGCAATTTTAGTGAAATAT---------------TTGAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                         gcttttttattctgctaTAAATTTGTATTTTA--AA-GTGATAAAATTGTTGGAATAAATTT-----TAAATGCAAGGTAAAAAAGTATTT-TCTTGGctt


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6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-29 )       :       NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGATATTTGTAAACATTCGGACAGTGAACACGATTGTAGTTTTAGCGAAATNT---------------TCGAAACTCGCGAATAATAG--CA-GAAATAA-AGTTANCG-C---T------AATAAA-AAG---TG-----TTTT-----A-T--AGT--ATATTT-TTT-AT-CTCAGATNTGCTATCATTTTTATCGG------------GACCGCAATTAATTTGTTAAATTTGTGTTTTA--AA-GTGATGAAATTGTTGGAATNAAAT-----TGAAAAACAAGGTAAGAAA--GTTTTNTCTTGGAT-TATCATTCACGT-CATATCTAAATTTGATA--CAATACCNATACTTGCGTTTTTAAAGGCGTTAAGTATA
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gi|3                          :                                                                                                                    aaactttaattcaacTTAACGTC---TTTA---AAAAAA-AAGAACTG-----TTTTTGAATA-TTGAAT--ATATTT-TTC-ATGCCCAG-TCTATTACCATTTTTATCGGTTCATATATGTTGACTGCAATTATTTTGTTAAAT---------A--AATATCATAAAATAGTTGGAAT-------------AAAACAAGGTAAGAAA--GTTTTGTCTTAGTT-TATAATTCAAGTGC---TCCAGATTTGATACCCAATATCTATGCTTGCGTTTTTAAAGACGTTAAATATAggttcatcgaataccttagcaatatcaacatccacacgaggt
gi|4                          :                                                                                              taagataacattatttattggtatac-GATATAA-AGTTAACG-CCTTT------AAAAAACAAG----G-----TTTT-----AAT--ATTGAATAGAT-GTT-AT-TTCGG-----CT--CATATATGTCG--------------ACTGGAATTAAATCTTTAAATATGTGTTTTA--AA-GTGATAAAATTGATTGAATACAAT-----TGAAAAACAAGGTAAGAGT--GTTGTTTTTTTGTT-CATCATTCATGT-CACATCTATATTTGATC--CAATGCCAATTCTTGCGTTTTGAAAGGCGTAAAGCATAtatataatatgtacgtttttgtaaaatttaatttttataattataaatttaccatttgaaa
gi|5                          :                                                                                                                                          aagtt------AATATATAAG---TT-----TTTT-----A---------ATATTT-TTT-AT-ATCAGATCTGCTATCATTTTTATTGG------------AAA-GCAATTAATTTGTTAAATTTGTGTTTTA--AA-GTGATGAAATTCTTGGATTTAAAT-----TGAAAAACAAGATAAAACA--GTTTTTTCTT-GATATATCATTCAGAT-CACATCTAAAT--------------------TTGTGTTTTTAAAGGTGTTAAcaatatctttgatagtcggtttttgagtcatgttattaattcaataatttatataagtacacttttttgaa
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                            tcaaacaatcagattatagataaattagtaaattgttttaaatgcacAAAGTATTGAAATCG--T-----T--AAAATAAGGTAAGAAT--GTTCTGGTTTAC-C-TATCATTCACGC-CATATTTAGAGTCGGTA--CAATGCCCATACTTACGTGTTTAACGGTGTTAAGTATAtacgtctaataagcattattgcagc
gi|7                          :                            GGATATT-GTAAACATTCCGACAGTAAACATGATTTTAGTTTTAGCAAAATTT---------------TTGAA-CTCGCGAATAATTG--CA-AAAATAA-AGTTCTCG-C---T------AATAAA-AAG---TG-----TTTT-----A-T--AGT--ATAattaaagcagcaaataaaggccgtcaacatatatatccaacaggagat
gi|8                          : aagtgaaacagccagaaacttgtttttttatttTTGTAAACATTCGGACAGTGAACATGATTGCAATTTTAGTGAAATAT---------------TTGAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                gcttttttattctgctaTAAATTTGTATTTTA--AA-GTGATAAAATTGTTGGAATAAATT-----TTAAATGCAAGGTAAAAAA--GTATTTTCTTGGctt
6 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|11 ): CAAAATGTGAAACCTCCGGAAATGTATTTTTTTATTCAGATATCGTAAACCTTCGGACAG
Unaligned ( gi|13 ): CGAAAAGTGCAACCGCCGGAAATGCATTTTTATTAGGCTATTGTGAACATTCGGACAA
Unaligned ( gi|14 ): AAAAAGTGAAACCACCAGAAATGCATTTTTTATTCGGATATCATAAACATTTGGAGA
Unaligned ( gi|15 ): GAAAGGTGAAACCGCTTGAAATGCAAGTTTTATACGGATATTACAAACATTCGGACA
Unaligned ( gi|16 ): TGAAAAGTGAAACTGCCGGAAATGCATTTTTACTTGGATATTGTAAACATTCCGAC
Unaligned ( gi|17 ): CACATGGTTGTACTTTTAGCTAAAGATTTGAA