lowQualScore : 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 22222 1 1 222 3 3333333333 1 111 222 9999999999999999999999 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111 1 111 111111111111111111111111111111111111111111111111111 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 11 1111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 44444444444444444444444444444 111
lowQualScore : 5 3 77 11111 1 5 6 222 1 3 5555555555 1 4 111 000 9 7 3333333333333333333333 3 77 6 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 777 777 9999999 88888888 0 8 1 333 4 6 777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111 5 33 9 8888888 3 4 7 888 5 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 99 11 8 44444444444444444444444444444 6 6 666
lowQualScore : . . .. ..... . . . ... . . .......... . . ... ... . . ...................... . .. . . ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. ... ... ....... ........ . . . ... . . ................................................... . ................................................................................................................ ... . .. . ....... . . . ... . . ............................................................................. ... .. .. . ............................. . . ...
lowQualScore : 0 5 77 11111 6 0 0 888 4 2 0000000000 8 6 777 888 3 5 7777777777777777777777 3 99 3 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 888 888 1111111 66666666 8 1 3 111 4 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 7 66 9 6666666 7 9 3 888 0 6 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 000 22 44 0 88888888888888888888888888888 0 0 555
consensus : ATTTATTTCGCCTCCAACAA-GTATCCTGCN-TTTTCATTGGACGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTT----------TCTATAGAAGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAGGGCAGGCAAAACAA--AATGTCG--TTAAA-NA--CATTNTCGACTATT--AAAAGAATCGTATACT---AT-ACT------CAAAA---A---T---GA----------ATT------TT------------------C-AATATGGTTCACNCCT--TTGAT-AATG-CGTATGACTATTATTCCGT--------T-----------TATTT---AAATTC---AC---TA--------GAAAC-GGG----CC-TCACAAGA-AA--ANTTGAT----------CTCAGTG-CA-G-TTC---CAA-TACGTAACGAAATAGTGCAATATTCTAGCGCCGT-T-TT-AC--C-GTTGCTTATTT-TTATTGAN------------CTGTAA-ATT-TGTTTTTGA-A--TCA-GAAAAGTGATA--C---GAAAA-AC--TTT-AAAAAATTAACATCGAAAAG----CAAGAAATTGTGTTTTTAAA-ATCCAGATGC-ACAT--AA-----CGTCAAT--ACTT--------AT---GC---C----A---T----CCGCT--C-AA-A---A--A-----A---C-----AATGAAA---A---GCAGCA---NATATG---AT---GTTATCTAGAGAAACA-T-A-AATATATCAA--T-GCAAC----ATAAAT----GACA-ATAAA-----A------C----TTGATATTTAATGCA-TATCTN--ATACATA---TAGT---GT----CAGA---TCG---TTTACTGATAAAAAA--TTAA-----AACCGNC---CNCTTCGAAACTG--TA-TTGTTTA-----AN-T-GCTTCCT--AGCGAC-GCA--CGGTGTTAATAT-------AAAACGTTACTCGT---AA-AANA----T---A-CNTACTC-NAA---------ATG--------CGNTATG-------GT-------T-TTNANT-AA--AAAA-GNTGTCG--ATGAAATAAATC-AGTTATATCT---TTTGNTANTNACCTCCNACGGAAATATGTGGGGTCGGNCGGATAA
Reference ( gi|2 ) : ATTTATTTCAGCTCCAATAA-GTATCCAGCA-TTTTCATTTGATTAGAGCGGCCACATGGTTAACCCCTACTTTT----------TCTTTAGAGGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGACGGCAGGCAAAGCAA--GATGTGG--TTAAA-AATGCATTTTCGACTATT--AGAACAATCGTATACT---GA-ACT------TAAAA---A---T---GA----------GTTA-----TT------------------C-AATACGGTTCATCCCT--TTGAT-AATG-CATATGACTATTATTCCAT--------T-----------TATAT---AAA------AT---TA--------GAAAC-GGT----CC-TCGCAGAA-AA--AGTTGAT----------CTCAGTG-CA-G-TTT---CAA-TATGTAACTAATTAGTACAGTAGTATAGCGCTGT-T-TT-AC--C-GTTGCTTATCT-TTATTGAG------------ATATAAGATT-TGTTTTTGA-A--TCA-GAAAAGTGATA--C---AAAAATAT--TTTTAAAAAAATAACATTAAAAAG----CAAGAAATTGTGTC-----A-GTCCATATGC-ACA---AA-----CGT-AAC--ACTT--------AT---GC---C----A---T----CCGCC--T-AA-A---A--A-----A---C-----AATGAAA---A---GCACCA---TATATG---AT---GTTATCTAGTGAAACA-C-A-AATGTATCAAC-T-TCAAT----TTAAAT----TACACGTAAA-----A------C----TTGATATTTAATGCA-TATCTT--ATGCATA---TAGT---GT----CAGA---TTG---TTTACTGATGAAATA--TTAA-----AACCAGC---CGCCTTGAAACTA-TTA-TTGTTTA-----AC-T-ACTTCCT--TGCAAC-ACA--CGGTGTTAGTAT-------AAGATGTTGCTCGT---AA-AAAA----T---A-CATACTC-CAA---------ATG--------CAGTACG-------GT-------T-TTAAAT-AAT-AAAA-GTTGTCG--ATGAAATAAATC-AGTTATATCT---TTTGATGCTGACCTTTTGCTCAAATATGCGGGGCCAGTTTGATAA
gi|19 : ATTTATTTTACCTCCAATAC-GTATCCTGCT-CTTTGATTGGACGATAGCAGTCAAATGGT
gi|5 : atATTTCGCCTCCAACAA-TTATCCTGTC-TTTTCATTGGATGAGAGTGGTCACATATTCACCTTCTG-TTTT----------TCTATAAAATGTCAGTAA---ATTTTC---GTTGAGGGCAGCCAAATC---------GG--T----------ATATTCAACTTGT--ACAAGAATTGTATACT---AT-ACT------C---------------------------GT------------------------------ATAAGGTCCACCCTT--TTGAT-AATG-CGTAGGACTGTTATTTCAT--------A-----------TATTT---AAATTCC--AT---TAACAAACTGGAAAC-GGG----CC-TCGCA-AT-AA--TTTTGATATGATTATCACTCAGTG-CATG-TTC---AAA-TATGTACGAAAATAATACAATATTCTAGCGC-------------C-GTTGTTT----------GAG------------CTGTAAGATT-TGTTTTTGA-A--TCT-GAAA-GTTATA--C---TTAAA-AT--CTT--GAAAATTAACATTTAAAAG----CAAGAAATTGTGTTTTTAGA-ATCTAGATGC-ATA---CA-----AG---AT--ATCT--------ATAGTGT---C----A---T----CTTCT--C-AA-A---A--ACCTGAA---C-----AATGAAA---A---GCATCA---GCTATG---AT---GTTATCTGGAGAAACA-TAA-AATATATTAA--T-GCAAC----ATAAAC----GACA---AAAAACACA------C----TTGCTATTTAATGCA-TATTTTCGATACCGA---TTGTCAAGT----AAAATG-TTG---TTTACTGATAAAAggccgcctatt
gi|1 : TTTCATCTCCAACAAAGTAACCCACA-TTTTCTATGGATGAGGGCGGTCAT-TGGTTGCCCACTATTTTTCTATAGTTGGTCTTTAGTAGGTCAGTAG---ATTTCC---ATGGAAGATAGGCAAAACAA--ACTGTCGTTTTACA-GA---ATTTTCGACTATT--AAAAGAATCGTTTACT---AT-ATT------CAACA---ACACT---GAACATTTCAATGTTA-----CTGAACAACACATAACATGTC-AATATGGTTCACACCT--TTGAT-AATGCCGTATGACCATTATTATGT--------TAATTAAAGTTCTGTTT---AAA------AG---TG--------GAAAT-GGG----TC-TCACAAGA-AA--AGTTG-T---------------TG-TA-G-CCT---ACA-CAT----CAAAATATTGCCATATTCTAACGCCGT-T-T--------ATT--TTACCTGTTAT-----------------------GTT-TGTTTTTGA-A--ACA-G-AAAGTGATAATC---GAAAA------CTTAAGAAATTAACAGTAAAAA-----TGATAAATTGTGCCTTTTAA-ATCCAGATAC-ACAC--AAGACTTCAT-TACTGACTTCCATTTGAAT---TCAAAC----A---TAATCCTGTCAAT-AA-A---ATGA-----AT--C-----AACGAAA---A---GGCGCA---GATATG---AT---GTT-TCTAAAGAAACT-T-A-AATGTATCAATGTATCAGC-------AAT----GGCATAAAAG-----A------CATATTTGATATTAGATGCA-TATCTTTAAT--ATA---GAGT---GT----TAGG---TTGTTATTTACTCATAAAAAG--TCAA-----AACCGTC---CATTTCGAAACTG-CTC-ATG---------AC-TCACTTAAT--AG--AC-ACA--CAGTGGTATTAT-------AAACTTTTACGCTT---AA-AATA----T---A-CCTACTCTCAATTATATTCGATG--------TTGTA----------T-------T-TTTTAT-CTT-AAAA-CATGTCG--ATAAAATAAATCAAGCTAT---TGGGTTTGTTAATTACCTCCTACAGAAATATGTGAGGTCGGTTGGATAAaaa
gi|10 : tTTCGCCTCCAACAA-GTACCCTGCC-TTTCCATTGGACGATAGCCGTCGCATTGTGATCCCCTA-TTTT----------TCTATAGAGGGTTAGTGG---ATTTTTTTAATAAAGGGCAGGCAAAACAC--ATTGTCG--TTGTT-AA--CAATTTAGACAATA--AAAAGTATCGTATAAT---AT-ACTCTA---CAAAA---C---T---GA----------AAAT-----TT------------------C-AATATGATTCAata
gi|3 : TCACCTCTTACAA-TTGTCC-TCACTTTTCATATGATGGGAAAGGTCACATGGTGACCTCTTA-TTTT----------TCTATAGAATGTTAGTAG---ATTTTCAA-AGAGACGACAGGCAAAACAAACAATGTCG--TTAAACAAT--ATTATCGACTTTT--ACACGAATTGTATAATATAGA-CCTATTCCATAAAA---C---TAA-AA----------ATT------TG------------------C-AATATGGTTCA-CCAT--TTTATGAATG-CTTAT-ACTTTTATTCCATTATTCAAGT-----------TCTGTTTAAAA------AC---TT--------GAAAG-GGTTTCACCGTTACATGT-AACCACTTTA-----------CTCAGTG-CAGG-TTC---CAA-TACGTAA-GAACCTGTACACTATTCTAGCGCTGT-T-TT--CGAC-GTTTCTTATTT-TTGGTCAT------------CTGTAATATT-TGTTTCTGC-A--TAA-G-AAAGTGATA--CTTTAAA---AC--TT---AAAAAATAAAATCGAAAAG----CAAACCATTGTGTTTATAAA-TTCCAGATTC-ACATTGGA-----CTTCGAT--ATT----------T---GC---TTTGAA---T----TCA-A--T-AA-A---ATGA-----A---TG----AGTGAAA---A---G---TA---GATATG---TT---GTTGTTTAGAGAATCA-T-A-AATATATTAA--------------TGA------TACAATTAAC-----A------C----TTTTTGTCTAGTATATTATCTC--GT--------TAA-----------AAG---TTG---TTGACTAATAAAAGA--TGAA-----AACCGTC---AGC--TAAGA-----TA-TCATTTA--------T-GTTACCT--ATCAAC-ACA--TGGTGTTACTAT-------AAAACGTTACTCGT---GA-AAGG-----------ATACTC---G---------ATG--------CTGTAT---------T-------T-TTActaagtttgtctattaaaaatactggaaattggcctcgcaataa
gi|13 : tttaatttgagaTCCAACAA-ATACCCTGCC-ATTTCATTGGATGAGAGCAGTCACATGGTGA---CCTA-TTTT----------TCTATAGACGGTC----G---AGTTTC---ATGGTTGGCAGGCAAAACAA--AAT---G--TTAAA-CA-GCATTGACGACTATTAAAGAAC
gi|16 : aacttttataATCCTGTA-TTTTCATTGGATGAGAGAGGTCATATgtgcaggcctaccatactccacaaaacttaaacaatcaatatggt
gi|4 : tctttctacaatcTCAGTGGTTAATTTCC---ATGGAGGGTAGGCATAATAA--AAT---------AA-CAT-CATTGTCGACAATT--AAAAGAATCGTATTCT---TT-ACT------CCACA---A---TTCTGA-----------CAA-----TT------------------CCAATATGGCTTACACCT--TTGAT-AATA-CGTATAACAATTATTC------------------------AT-T---AAAC-----AC---TA--------GATAC-GGG----CT-TCACAATA-AA--CGTTGAT------------------------------AA--ATAAAACGAAAAGGTGCCATATTCTAGTGCCGT-T-TTTAC--C-GTTGC----CT-TT-TCAAC------------AGACA------TGTTATTAATA--TTC-AAAAAACGA--------GAAAGTGTGCTTTGAAAAACCTGATGTCCACAAGACTTCAA--AATGG-------------CCATCTGTGACA---AAA----CG--AA-----TT--------CT---GG---C----AAAAT----CCACT--C-AATA---A--A-----AT--C-----AAGGAGA---A---GCAGCAGAATATATG---AT---GTTATCTAGAGAAACA-T-A-ACTATATCAA--T-GCAACATAATTAAAT----TACA--TAAACAC--A------C----TTGATATCTAATGTA-TATC-T--A-GTATA---TAGtttcattttttttagttccgcaaaatagaaaattccattatctcaacatgatgttttttaaaggcagttaagtcggtctgttaattagta
gi|8 : tttctttgtctacttgaattCTATT--AAAAGAATCGTATAC-----ACACTA-----TAAAATACA---TC--AA----------ACTGAAAATTT------------------C-AATTCGGTTCACTCCTATTTGAT-A--------T-ACTATTATTCCAT--------T-----------TATTT---AAATTCTATATAAATACT------GAAATAGGC----CC----CAAAATAG--AACTGAT----------CT--GTTTCA-T-TTTACTCAG-TGCACAAAGAAACAGTGCAATATTCTAGCTATGT-T-TCCAC--T-GTTGCTTATTT-TTATTGGGCTCTAATTTAATATATGATATTGTGTTTTTAA-AATCCA-GAaaataaaaaatacttactctaaatgagatatgatgccgtatttttattaaaagagtggtcgatgaaataaatcagttttgtttattactgagcccctacagagtaatgtggattcggttgtaaaaataggtaggggattagtaa
gi|7 : ----------CTCAATG-CA-GGTTC---CGA-TACGTATCGAAATAATGCAATACTTCAGCGCTGT-AATC-AC--CAGTTGCAAATTA-GTATTGAG------------TTGTAAAATT-GGTTTTTGA-A--TTATGAA--GTGATA--C---TCAAAAAC--TT---AAAAATTTACACCGAAAAG----CAAGAAAGTGTGTTTTA--ACGTCAAGATGC-ATATAAAA-----CGTCAAT--ACT--------------GT---C----A---T----CAGCT--TTGA-ATTCA--A-----G---C-----AATATAT---ATATACATTA---TATATATATATCAAGTTATCTAGCGAAATA-T-A-AATGAAACA---------------TAAAT----GACA--TAAA-----AGACATAC----TTGATGTTAAATGAA-TATCTA--ATATATA---GGGT---GT----CA------CG---T--A--GATAAAAAAATTTAA-----TACTGAC---CGCTTCGAAACTG-TTAATTGTTTA-----CA-T-GTTACCT--AGCGAC-GCA--CGGTGTTAATAT-------AAAAAGATATTTGT---AATAAAAGACCT---AGCCTACTC-TAA---------ATG--------AGATTCGAAGTTGTAT-------T-TTTATTAAAA-AAAA-GTTGTCG--GTAAAtgcatgaaacacttcaatactgtcatccgccttgagtccaagcaaaatcctctaaaaaccaaaaaatgagtaaatgaaaagcagcaaaattgatgttacctagagaatcataaatacatcatacaacataaatg
gi|6 : atatgtataaagttggtctgtttgccactttaCAGGA-CA-G-GTT---CAAATAAGCAACAAAGTCATGCCATATCCTAGCGCCGTAT-TT-GC--C-GTTGTTTACTT-TTATTAGC------------CTGTAA--TG-TGTTTAAGA-A--TC--GTAAAGTGATA--CTT-AAAAA
gi|8 : atatatacgtcgctagtctatttatcatttcataC--C-AA-A---A--A-----A---TGAGTAAATGAAA---A---GCAGCA---AAATTG---AT---GTTACCTAGAGAATCA-T-A-AATACATCA---T-ACAAC----ATAAAT----cgtgtgtggttgtaaacttcagatgcatcttaacattcaatattgccatctattttgaactcaatcaaagtcctccaaataaaagaaagcaataaaaagcagttgctatggttatctagggaagcacaaatatatcagtgcagcataaatgaaataaaaatcaaacttgatatttaactcatatctaaatctggaccataccgattactgacaaaaaaataaaaccgccccctttgaaactgaatgttaacatgcttcctggcgactgctgggttttaatataaaacgttactcataaaatatctagtatactaaataagatcgaagtgatattctattataaaaaagttattttggatggttaacgagcccctagaataatatgtggagtcgattatataaatacggg
gi|17 : ctattaaaagaatcgtatacacactataaaatacatcaaactgaaaatttcaattcggttcactcctatttgatatactattattccatttatttaaattctatataaatactgaaataggccccaaaatagaactgatctgtttcattttactcagtgcacaaagaaacagtgcaatattctagctatgtttccactgttgcttatttttattgggctctaatttaatatatgatattgtgtttttaaaatccagatgcatgaaacacttcaatactgtcatccgccttgagtccaagcaaaatcctctaaaaa--T-AA-A---A--A-----GATTT-----AATGAAACACA---GCAGAA---TGTGTT---AT---GTTATCTAGAGAAATATT-A-AATATATCAA--T-GCAAC----ATAAAT----GACATAAAAA-----AACAGT-C----TTGATg
gi|6 : gaattctagcaaattcctctcaa-AG-A---A--A-----G---C-----AATAAAA---A---GCAGTT---GCTATG--------GTTATCTAGGGAAGCA-C-A-AATATATCAG--T-GCAGC----ATAAATGAAATAAAAATCAA-----A------C----TTGATATTTAACTCA-TATCTA--A---ATC---TGG----AC----CATA---CCG---ATTACTGACAAAAAA--ATAA-----AACCGCC---CCCTTTGAAACTG---A-ATG-TTA-----ACAT-GCTTCCT--GGCGACTGCT--GGGTTTTAATAT-------AAAACGTTACTCAT---AA-AATA----TCTAG-TATACT---AA---------ATtt
gi|11 : atatatacgtcgctagtctatttatcatttcatacaggacaggttcaaataagcaacaaagtcatgccatatcctagcgccgtatttgccgttgtttacttttattagcctgtaatgtgtttaagaatcgtaaagtgatacttaaaaacgtgtgtggttgtaaacttcagatgcatcttaacattcaatattgccatctattttgaactcaatcaaagtcctccaaataaaA-A---A--A-----A---T-----AAT-AAA---A---GCAGTA---TACCTG---AT---G------AG--AATCA-T-AGAAT-TATTTA--T-GCAAC----ATAAAG-------ATATAAG------------------TGATATTTAATTCA-AAT-----ATACATAGTATAGT---GTATTACAGAGCATTG---T---------AAAT---TTAG-------TTAAC---CCCTTTGAGACTC-ATA-TTGTTTA-----TG-C-ACCTACT--TGCAAC-GCAG-CAGTGTCAATAT-------AAAACATTACTCaagatcgaagtgatattctattataaaaaagttattttggatggttaacgagcccctagaataatatgtggagtcgattatataaatacggg
gi|12 : ACTAATAAAAAA--TTACTCCCCAACCCGCTTCCCCCTCAAAACTGCTTA-T-GTTTACATGTATAT-GCTTCATAGGGCAAT-GCA--TGGTGTTATTAT-------AAAATGTTACTTGTACAAA-AAAA----G---A-CCTACTT-TAA---------ATG--------AGATGTA-------TT-------TATTAAA--AAG-AAAA---TGCTA--ATGAAATAACTC-G--TA-ATCT---TT--ACATTAACCTa
gi|14 : AAT-ACAGTCAGTGTTAATATTCCAGAAAAGAAGT--CTAAT---TA-AAAA-----------ACGCTC-AAA---------ATGAGACCTGACATTATGTTTTTCTGT-------T-TTAAA-------AAA-GATTTTA--ATGAAATAAATC-AGTTATATTG---TTTGTTTCTGA
gi|4 : gtattaatgcaaaataaattaaataaaaacatatctT---AA-AAAA----T---A-CTTACTC-TAA---------ATG--------AGATATG-------ATGCCGTATT-TTTATT-AA--AAGA-GTGGTCG--ATGAAATAAATC-AGTTgc
gi|18 : tttctttgtctacttgaatttcagtggttaatttccatggagggtaggcataataaaataacatcattgtcgacaattaaaagaatcgtattctttactccacaattctgacaattccaatatggcttacacctttgataatacgtataacaattattcattaaacactagatacgggcttcacaataaacgttgataaataaaacgaaaaggtgccatattctagtgccgtttttaccgttgccttttcaacagacatgttattaatattcaaaaaacgagaaagtgtgctttgaaaaacctgatgtccacaagacttcaaaatggccatctgtgacaaaacgaattctggcaaaatccactcaataaaatcaaggagaagcagcagaatatatgatgttatctagagaaacataactatatcaatgcaacataattaaattacataaacacacttgatatctaatgtatatctagtatatagaaaT---AA-AATA----T---A-AATAGTT-AAC---------ATG--------CATTGTT-------GA-------T-TTAATT-CATCAAAACACTGTCATTATAAAATG--TC-AGTTACAT-T---TTTAATG---ACCGTCAACGGAAATATGTGGGGTCAGGCGGATAAttgtttattactgagcccctacagagtaatgtggattcggttgtaaaaataggtaggggattagtaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCTGTAATATATGTTTTTAAATCAGCAAATGATATTTAAGGATACCCAAACGCTTAAATATCAACATTCAAAGGCAAGCAATTTTAATCCAGAGGCCCATTTGTCTTCAATAATCATCCACTTTGAATTCAGGCAAAATCTTCTAAATGAAATAAAGCAATGAAAAGTGGAAGATCCAGACAAAATTGAATAAATCAATACAATAGGTACGTGATATAAAATGCATTTCAAACAATAGAGCGTCAAGCTAAGTGATGTATATATTAACAGCCTAATGCTTACATGTTTCTTGGCGAACGAACACTCGTAGTTATAAAACGTTACTCGTGAAGATGACATCACGTCTAAATGAAGTCTGACGTTATGTTTTT
Unaligned ( gi|15 ): ATATTATATCATATATCAGGTATGATGCTATCTCGAGGTATAACTACTCATCAACGAACATAAATGACACAAAGCCATACTTGATATTTAATGCATTAAGTGTCACATAAAAATAATAAATCGCCCTCTTCAAAACTACTTATACGTTCTTGTTGACAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 111 555555555555555555555555555555555555555555 111111 999999999999999999999999999999999999999 1 11111 999999999999 111111 1111111 222222222222222222222222 2222222222 111 444444444444444 11 11 44444444444444444444444 222222222222222222 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 111 6666666666666666666666 44444444444444444444444444444444444444444 111111 2222222 33333333 1111111 2222222222 66666666666666666666666666666666666 11111111111 11111111 111
lowQualScore : 0 66 1 2 0 3 1 5 5 222222222 77 0 000 000 77 777777777777777777777777777777777777777777 6 888 444444 99999999 888 333333333333333333333333333333333333333 2 77 5 1 5 6 77777 5 0 666666666666 8 4 666666 6 4444444 44 888888888888888888888888 00 3 5 5 5 2222222222 33333 111 1 1 999999999999999 4 4 00 4 99 66 00000000000000000000000 3 9999 7777 0 4 66 0 2 66 4 4 999999999999999999 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 222 666 999 1 3 3 000 555 0 0 6 3 1 44 3 1 0 7777 0 2222222222222222222222 4 22222222222222222222222222222222222222222 11 4 777777 888888 4 888 5 0 0 6666666 8 77777777 7777 5 5 4 77 4444444 0 4 777 4 1 4444444444 1 4 4 66 8888 22222222222222222222222222222222222 1 99999999999 66 5 1 77 6 66666666 111 1 1 1 4 33
lowQualScore : . .. . . . . . . . ......... .. . ... ... .. .......................................... . ... ...... ........ ... ....................................... . .. . . . . ..... . . ............ . . ...... . ....... .. ........................ .. . . . . .......... ..... ... . . ............... . . .. . .. .. ....................... . .... .... . . .. . . .. . . .................. ................................................................................................................. ... ... ... . . . ... ... . . . . . .. . . . .... . ...................... . ......................................... .. . ...... ...... . ... . . . ....... . ........ .... . . . .. ....... . . ... . . .......... . . . .. .... ................................... . ........... .. . . .. . ........ ... . . . . ..
lowQualScore : 7 44 0 0 7 0 7 0 7 999999999 99 7 000 000 99 999999999999999999999999999999999999999999 6 888 444444 88888888 888 666666666666666666666666666666666666666 1 99 7 4 7 6 33333 0 3 333333333333 1 0 444444 6 8888888 55 111111111111111111111111 55 4 0 0 0 4444444444 22222 111 4 0 222222222222222 4 4 66 4 22 11 77777777777777777777777 6 4444 5555 1 7 11 8 6 11 4 4 222222222222222222 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 444 222 0 3 3 444 888 4 8 7 3 7 66 3 8 5 1111 4 2222222222222222222222 0 99999999999999999999999999999999999999999 44 0 666666 999999 8 777 3 9 8 4444444 1 55555555 5555 0 0 4 22 4444444 9 4 000 0 0 0000000000 0 0 0 44 5555 55555555555555555555555555555555555 0 88888888888 99 0 0 99 7 77777777 777 0 0 0 2 00
consensus : ATTTATTTCGCCTCCAACAA-GTATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAA---------------ACAAA--ATGT-CG----TTAAANA--CATTGTCGACTAT---TAAAAGAATCGTA------TACT---AT---A---CT-T------CA--AAAAC---G-A-AN----T-T------TCAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATTTAAATTCTGTTTAAA-ACTGGAAACGGGCCTCGC------AATAA----A--ANTTGAT-----CTCAG-TGCA-GGTT---CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCG-T-T-T-TAC--C-GTTGCTTATTTTTATTGAGCTGTAAT------------A-TT-TGTTTTTGA-A--TCA-GAAA-GTGATA--C----G-A-A-----AA-A-----CTTTAAAAAA-TTAACATCG-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT---A---T--GCC---------------A-TCCG-------CT------C-A---A---------------------A---------------A-----AA------C-----AATGA---AAA---GCAGC---AGA-TAT-G---AT---GTTATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGACA-A-TAAA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--NATACATA---TAGT---GT----CAGA--TCG---TTTACTGATA-AAA--AA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATCGTTTA-----CG-TGCTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGTGTTAN-TAT-------AAAACGT-TACTCGT---AA-AANA----T---A-CNT-AC-TC-NAA----ATG--------CGNT----A---TG-G---T-------TTTTA--TT---AA--AA--AA-GNTGTCG--ATGAAATAAATC-AGTTATATTT---TTTGTTANTGACCTCCTACGGAAATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
Reference ( family-2888 ) : ATTTATTTCGCCTCCAACAA-GTATCCTGCNTTTTCATTGGACGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAA---------------ACAAA--ATGT-CG----TTAAANA--CATTNTCGACTAT---TAAAAGAATCGTA------TACT---AT---A---CT--------CA--AAAAT---G-A-AT----T-T------TCAATATGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCGTTTATTTAAATTC---------ACTAGAAACGGGCCTCAC------AAGAA----A--ANTTGAT-----CTCAG-TGCA-G-TT---CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCG-T-T-T-TAC--C-GTTGCTTATTTTTATTGANCTGTAA-------------A-TT-TGTTTTTGA-A--TCA-GAAAAGTGATA--C----G-A-A-----AA-A-----CTTTAAAAAA-TTAACATCG-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT--TA---T--GCC---------------A-TCCG-------CT------C-A---A---------------------A---------------A-----AA------C-----AATGA---AAA---GCAGC---ANA-TAT-G---AT---GTTATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGACA-A-TAAA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--NATACATA---TAGT---GT----CAGA--TCG---TTTACTGATA-AAA--AA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATTGTTTA-----AN-TGCTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGTGTTAA-TAT-------AAAACGT-TACTCGT---AA-AANA----T---A-CNT-AC-TC-NAA----ATG--------CGNT----A---TG-G---T-------TTTNA--NT---AA--AA--AA-GNTGTCG--ATGAAATAAATC-AGTTATATCT---TTTGNTANTNACCTCCNACGGAAATATGTGGGGTCGGNCGGATAA
gi|1 : TTTCATCTCCAACAAAGTAACCCACATTTTCTATGGATGAGGGCGGTCAT-TGGTTGCCCACTA-TTTTTCTA-TAGTTGGTCTTTAGTAGGTCAGTAG---ATTTCC---ATGGAA--GATAGGCAAAACAAACTGTCGTTTTACAGA--ATTTTCGACTATTAAAAG--AATCGTTTACTATATTCAACAACACTGAA------CATTTCAATGTTA---CT--------GA--ACAAC---A-C-ATAACAT-G------TCAATATGGTTCACACCT--TTGAT-AATGCCGTATGACCATTATTATGTTAATTAAAGTTCTGTTTAAA-AGTGGAAATGGGTCTCAC------AAGAA----A--AGTTG--------T----TGTA-G------CCTACACAT--CAAAA-TATTGCCATATTCTAACGCCG-T-T-T---------------ATTTT-----ACCTGTTAT------------G-TT-TGTTTTTGA-A--ACA-GAAA-GTGATAATC----G-A-A-----AA--------CTTAAGAAA-TTAACA--GTAAAAATGATAAATTGTGC--CTTTTAAAT--CCAGATAC-A-CA--C--AAGA--CT--T-CATTACT--GAC--T--TCC---------------A-TTTGAA-----TT------C-A---A---------------------ACATAATCCTGTCAATA-----AAATGAATC-----AACGA---AAA---GGCGC---AGA-TAT-G---AT---GTT-TCTAAAGAAACTT-A-AATGT--ATCAA-TGTATCA----GCAATGGC--A-TAAAAGACATA-------TTTGATATTAGATGCA-TATCT--TTAATATA---GAGT---GT----TAGG--TTGTTATTTACTCATA-AAA--AG--TCA------AAACCGT--CCATTTCGAAACT-GCTC--ATGACTCA----------CTTAATA----G-AC-ACA-CAGTGGTAT-TAT-------AAACTTT-TACGCTT---AA-AATA----T---A-CCT-AC-TCTCAATTATATT--------CGAT----G---TT-GTATT-------TTTTA--TC---TT--AA--AA-CATGTCG--ATAAAATAAATCAAGCTAT---TGGGTTTGTTAATTACCTCCTACAGAAATATGTGAGGTCGGTTGGATAA
gi|10 : tTTCGCCTCCAACAA-GTACCCTGCCTTTCCATTGGACGATAGCCGTCGCATTGTGATCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--GGGTTAGTGG---ATTTTTTTAATAAAG--GGCAGGCAAA---------------ACACA--TTGT-CG----TTGTTAA--CAATTTAGACAAT---AAAAAGTATCGTA------TAAT---AT---A---CTCTA-----CA--AAACT---GAA-AA----T-T------TCAATATGATTCAC----------T-AA----GTTTGTCTATTA--------A---AAAT-----------ACTGGAAATTGGCCTCGC------AATAA----ata
gi|11 : ---A---------------------A---------------A-----AA------T-----AAT-A---AAA---GCAGT---ATA-CCT-G---AT---G--------AGAATCAT-AGAAT-T--ATTTA-TGCAACA----TAAA-GATA---TAAG----------------TGATATTTAATTCA-AAT-----ATACATAGTATAGT---GTATTACAGA--GCA---TT-----GTA-AATTTAG--TTA------A--------CCCCTTTGAGACTCA--T--ATTGTTTA-----TG-CACCTACTTG--CA-AC-GCAGCAGTGTCAA-TAT-------AAAACAT-TACTC
gi|12 : ACTAATA-AAA--AA--TTACTCCCCAACCCGCTTCCCCCTCAAAACT-GCTT--AT-GTTTACATGTATATGCTTCATAGGGCA-AT-GCA-TGGTGTTAT-TAT-------AAAATGT-TACTTGTACAAA-AAAA----G---A-CCT-AC-TT-TAA----ATG--------AGAT-----------G---T-------ATTTA--TT---AA--AAAGAA-AATGCTA--ATGAAATAACTC-G--TA-ATCT---TT--ACATTAACCTa
gi|13 : TCCAACAA-ATACCCTGCCATTTCATTGGATGAGAGCAGTCACATGGTGA---CCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--CGGTC----G---AGTTTC---ATGGTT--GGCAGGCAAA---------------ACAAA--AT----G----TTAAACAG-CATTGACGACTAT---T-AAAGAA-CGTGCAGGCCTACC---AT---A---CT--------CC--ACAA------A-AC----T-TAAACAATCAATATGGT
gi|14 : aacttttata-CAGTGTTAA-TATTCCAGAAAAGAAGTCTAAT--T---AA-AAAA----------CG---C-TC-AAA----ATGAGACCTGACATT----A---TG-T---T-------TTTCT--GTTTTAA--AA--AA-GATTTTA--ATGAAATAAATC-AGTTATATTG---TTTGTT
gi|15 : gtattaatgcaaaataaattaaataaaaacatatctaatacagtC---AGG-TAT-G---AT---GCTATCTCGAGG--TAT-A-ACTACTCATCAA-CG-AACA----TAAATGACA---CAAAGCCAT-A-------CTTGATATTTAATGCA-T------------TA----AGT---GT----CA--------------C--ATA-AAA--A----TAAT----AAATCGC--CCTCTTCAAAACT-tctgagc
gi|16 : atattatatcatatatACAA-TCATCCTGTATTTTCATTGGATGAGAGAGGTCATATacttatacgttcttgttgacat
gi|17 : tctttct-TCCT-------CT------C-A---ATA-------------------A---------------A-----AAGATT--T-----AATGA---AAC---ACAGC---AGAATGT-GTT-AT---GTTATCTAGAGAAATATTA-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGAC--A-TAAA------AAAACAGTCTTGATtttcattttttttagttccgcaaaatagaaaattccattatctcaacatgatgttttttaaaggcagttaagtcggtctgttaattagta
gi|18 : gaattctagcaaatT---AA-AATA----T---A-AAT-AG-TT-AAC----ATG--------CATT----G---TT-G---A-------TTTAA--TT---CATCAA--AACACTGTCATTATAAAATG--TC-AGTTACATTT---TT----AATGACCGTCAACGGAAATATGTGGGGTCAGGCGGATAAtt
gi|19 : gtATTTATTTTACCTCCAATAC-GTATCCTGCTCTTTGATTGGACGATAGCAGTCAAATGGTGGCCGCCTA-TTatag
gi|2 : atATTTATTTCAGCTCCAATAA-GTATCCAGCATTTTCATTTGATTAGAGCGGCCACATGGTTAACCCCTACTTTTTCTT-TAG---------A--GGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAC--GGCAGGCAAA---------------GCAAG--ATGT-GG----TTAAAAATGCATTTTCGACTAT---TAGAACAATCGTA------TACT---GA---A---CT--------TA--AAAAT---G-A-GT----TAT------TCAATACGGTTCATCCCT--TTGAT-AATGC-ATATGACTATTATTCCATTTATATAAA------------ATTAGAAACGGTCCTCGC------AGAAA----A--AGTTGAT-----CTCAG-TGCA-G-TT---TCAATATGTAACTAAT-TAGTACAGTAGTATAGCGCTG-T-T-T-TAC--C-GTTGCTTATCTTTATTGAGATATAAG------------A-TT-TGTTTTTGA-A--TCA-GAAAAGTGATA--C----A-A-A-----AATAT----TTTTAAAAAA-ATAACATTA-AAAAGCAAGAAATTGTGT--C-----AGT--CCATATGC-A-CA-----A--A--CG--T--AACACT--TA---T--GCC---------------A-TCCG-------CC------T-A---A---------------------A---------------A-----AA------C-----AATGA---AAA---GCACC---ATA-TAT-G---AT---GTTATCTAGTGAAACAC-A-AATGT--ATCAACTTCAATT----TAAATTACACG-TAAA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--TATGCATA---TAGT---GT----CAGA--TTG---TTTACTGATG-AAA--TA--TTA------AAACCAG--CCGCCTTGAAACT-AT-T--ATTGTTTA-----AC-TACTTCCTTG--CA-AC-ACA-CGGTGTTAG-TAT-------AAGATGT-TGCTCGT---AA-AAAA----T---A-CAT-AC-TC-CAA----ATG--------CAGT----A---CG-G---T-------TTTAA--AT---AAT-AA--AA-GTTGTCG--ATGAAATAAATC-AGTTATATCT---TTTGATGCTGACCTTTTGCTCAAATATGCGGGGCCAGTTTGATAA
gi|3 : TCACCTCTTACAA-TTGTCCTCACTTTTCATATGATGGGAAAGGTCACATGGTGACCTCTTA-TTTTTCTA-TAG---------A--ATGTTAGTAG---ATTTTC---AAAGAGACGACAGGCAAA---------------ACAAACAATGT-CG----TTAAACAA-TATTATCGACTTT---TACACGAATTGTA------TAAT---AT---AGACCTATTC----CAT-AAAACTAAA-A-AT----T-T------GCAATATGGTTCAC-CAT--TTTATGAATGC-TTAT-ACTTTTATTCCATT-ATTCAAGTTCTGTTTAAAAACTTGAAA-GGGTTTCACCGTTACATGTA----ACCACTTTA------CTCAG-TGCA-GGTT---CCAATACGTAA-GAAC-CTGTACACTATTCTAGCGCTG-T-T-T-T-CGAC-GTTTCTTATTTTTGGTCATCTGTAAT------------A-TT-TGTTTCTGC-A--TAA-GAAA-GTGATA--C----T-TTA-----AA-A-----CTT-AAAAAA-T-AAAATCG-AAAAGCAAACCATTGTGT--TTATAAATT--CCAGATTC-A-CA--TTGG--A--CT--T-CGATATT-------T--GCT---------------T-TGAA-------TT------C-A---AT--------------------A---------------A-----AA------TG----AATGAGTGAAA-----AGT---AGA-TAT-G---TT---GTTGTTTAGAGAATCAT-A-AATAT--ATTAA-TG----A----T-----ACA-ATTAAC------A-------CTTTTTGTCTAGTATATTATCT--CGT--------TAA-----------AAG--TTG---TTGACTAATA-AAA--GA--TGA------AAACCGT--CAGCTAAGA--------T--ATCATTTA--------TGTTACCTAT--CA-AC-ACA-TGGTGTTAC-TAT-------AAAACGT-TACTCGT---GA-AAGG-----------AT-AC-TC-G------ATG--------CTGT----A---T------T-------TTT
gi|4 : tttaatttgaga-TTTGTCTACTTG---------A--ATTTCAGTGGTTAATTTCC---ATGGAG--GGTAGGCATA---------------ATAAA--AT------------AACAT-CATTGTCGACAAT---TAAAAGAATCGTA------TTCT---TT---A---CT--------CC--ACAATTCTG-ACAA----T-T------CCAATATGGCTTACACCT--TTGAT-AATAC-GTATAACAATTATTC-----A-TTAAA--C---------ACTAGATACGGGCTTCAC------AATAA----A--CGTTGAT--------A----------------AATAA--AACGAAA-AGGTGCCATATTCTAGTGCCGTT-T-T-TAC--C-GTTGCCT-TTTC-----AAC---AG-------------A-CA-TGTTATTAATAT-TCA-AAAA------A--C----G-A-G-----AA-AGTGTGCTTTGAAAAACCTGATGTCC-A----CAAGA----------CTTCAAAATGGCCATCTGTGA-CA--A--A--A--CG-----AATTCT--GG---C--AAA---------------A-TCCA-------CT------C-A---AT--------------------A---------------A-----AAT-----C-----AAGGA---GAA---GCAGCAGAATA-TAT-G---AT---GTTATCTAGAGAAACAT-A-ACTAT--ATCAA-TGCAACATAATTAAATTAC--A-TAAACAC---A-------CTTGATATCTAATGTA-TATCT--AGTATATA---a
gi|4 : tttcT---AA-AAAA----T---A-CTT-AC-TC-TAA----ATG--------AGAT----A---TG-A---TGCCGTATTTTTA--TT---AA--AA--GA-GTGGTCG--ATGAAATAAATC-AGTT---TTG---TTTATTACTGAGCCCCTACAGAGTAATGTGGATTCGGTTgaaataaaaaatacttactctaaatgagatatgatgccgtatttttattaaaagagtggtcgatgaaataaatcagttttgtttattactgagcccctacagagtaatgtggattcggttgtaaaaataggtaggggattagtaa
gi|5 : tttctttgtctacttgaatttcagtggttaatttccatggagggtaggcataataaaataacatcattgtcgacaattaaaagaatcgtattctttactccacaattctgacaattccaatatggcttacacctttgataatacgtataacaattattcattaaacactagatacgggcttcacaataaacgttgataaataaaacgaaaaggtgccatattctagtgccgtttttaccgttgccttttcaacagacatgttattaatattcaaaaaacgagaaagtgtgctttgaaaaacctgatgtccacaagacttcaaaatggccatctgtgacaaaacgaattctggcaaaatccactcaataaaatcaaggagaagcagcagaatatatgatgttatctagagaaacataactatatcaatgcaacataattaaattacataaacacacttgatatctaatgtatatctagtatatagaaaATTTCGCCTCCAACAA-TTATCCTGTCTTTTCATTGGATGAGAGTGGTCACATATTCACCTTCTG-TTTTTCTA-TAA---------A--ATGTCAGTAA---ATTTTC---GTTGAG--GGCAGCCAAA-------------------------T-CG----GTA------TATT--CAACTTG---TACAAGAATTGTA------TACT---AT---A---CT--------CG-----------------------------T--ATAAGGTCCACCCTT--TTGAT-AATGC-GTAGGACTGTTATTTCATATATTTAAATTCCATTAACAAACTGGAAACGGGCCTCGC------AATAATTTTG--ATATGATTATCACTCAG-TGCATG-TT---CAAATATGTA-CGAAAATAATACAATATTCTAGCGCCG-T-T----------GTT------------TGAGCTGTAAG------------A-TT-TGTTTTTGA-A--TCT-GAAA-GTTATA--C----T-T-A-----AA-A-----TCTTGAAAA--TTAACATTT-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAGAAT--CTAGATGC-A-TA--C--A--A---------GATATC--TATAGT--GTC---------------A-TCTT-------CT------C-A---A---------------------A---------------AACCTGAA------C-----AATGA---AAA---GCATC---AGC-TAT-G---AT---GTTATCTGGAGAAACATAA-AATAT--ATTAA-TGCAACA----TAAACGACA-A-AAAACAC---A-------CTTGCTATTTAATGCA-TATTTTCGATACCGA---TTGTCAAGT----AAAATGTTG---TTTACTGATA-AAA--AA--taaaaataggtaggggattagtaa
gi|6 : CAG-GACA-GGTT---CAAATAAGCAACAAAG-TCATGCCATATCCTAGCGCCG-TAT-T-TGC--C-GTTGTTTACTTTTATTAGCCTGTAA---------------TG-TGTTTAAGA-A--TC--GTAAAGTGATA--C-------------------------TTAAAAA---------CG--------------TGTGTGGTTGTAAACT--TCAGATGC-ATCT--T--A--A--CA--TTCAATATT----------GCC---------------A-TCTATTTTGAACT------C-A---ATCAAAGTCCTCCAAATAAAAGA---------------A-----AG------C-----AATAA---AAA---GCAGT---TGC-TAT-G--------GTTATCTAGGGAAGCAC-A-AATAT--ATCAG-TGCAGCA----TAAATGA-A-A-TAAA------AATCAAA-CTTGATATTTAACTCA-TATCT--AA---ATC---TGG----AC----CATA--CCG---ATTACTGACA-AAA--AA--ATA------AAACCGC--CCCCTTTGAAACT-G--A--AT-GTTAA-----CA-TGCTTCCTGG--CG-ACTGCT-GGGTTTTAA-TAT-------AAAACGT-TACTCAT---AA-AATA----TCTAG-TAT-AC-T---AA----ATA--------AGATCGAAG---TG-A---TA------TTCTATTAT---AA--AA--AA-GTTATa
gi|7 : atatatacgtcgctagtctatttatcatttcata-----CTCAA-TGCA-GGTT---CCGATACGTATCGAAA-TAATGCAATACTTCAGCGCTG-T-AAT-CAC--CAGTTGCAAATTAGTATTGAGTTGTAA-------------AATT-GGTTTTTGA-A--TTATGAA--GTGATA--C----TCA-A-----AA-A-----CTT--AAAAA-TTTACACCG-AAAAGCAAGAAAGTGTGT--TTT-AACGT--CAAGATGC-A-TA--T--A--AAACG--T-CAATACT----------GTC---------------A-TCAG-------CT------TTG---A---------------------ATTC------------A-----AG------C-----AATAT---ATATATACATT---ATA-TAT-ATATATCAAGTTATCTAGCGAAATAT-A-AAT-----------GAAACA----TAAATGACA---TAAA------AGACATA-CTTGATGTTAAATGAA-TATCT--AATATATA---GGGT---GT----CA-----CG---T--A--GATA-AAA--AAATTTA------ATACTGA--CCGCTTCGAAACT-G--TTAATTGTTTA-----CA-TGTTACCTAG--CG-AC-GCA-CGGTGTTAA-TAT-------AAAAAGA-TATTTGT---AATAAAAGACCT---AGCCT-AC-TC-TAA----ATG--------AGATTCG-AAGTTGTA---T-------TTTTA--TTAA-AA--AA--AA-GTTGTCG--GTAAAtttggatggttaacgagcccctagaataatatgtggagtcgattatataaatacggg
gi|8 : atatgtataaagttggtctgtttgccactttaCTAT---TAAAAGAATCGTA------TAC----AC---A---CTATAAAATACATCAAACT---G-A-AAA---T-T------TCAATTCGGTTCACTCCTATTTGAT-A--------T-ACTATTATTCCATTTATTTAAATTCTATATAAATACT-GAAATAGGCCCCAA------AATAG----A--AC-TGAT-----CT--GTTTCA-T-TTTACTCAGTGCACAAAGAAA-CAGTGCAATATTCTAGCTATG-T-T-TCCAC--T-GTTGCTTATTTTTATTGGGCTCTAATTTAATATATGATA-TTGTGTTTTTAA-AATCCA-GA----TG-CA--T----G-A-A-----AC-A-----CTTCAA
gi|8 : GATATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-TG--A--A--A--CACTT-CAATACTGTCA---TCCGCCTTGAGTCCAAGCAAAA-TCCT-------CTAAAAACC-A---A---------------------A---------------A-----AA------TGAGTAAATGA---AAA---GCAGC---AAA-ATT-G---AT---GTTACCTAGAGAATCAT-A-AATAC--ATC-A-TACAACA----TAAATGtactgtcatccgccttgagtccaagcaaaatcctctaaaaaccaaaaaatgagtaaatgaaaagcagcaaaattgatgttacctagagaatcataaatacatcatacaacataaatg
gi|9 : ctattaaaagaatcgtatacacactataaaatacatcaaactgaaaatttcaattcggttcactcctatttgatatactattattccatttatttaaattctatataaatactgaaataggccccaaaatagaactgatctgtttcattttactcagtgcacaaagaaacagtgcaatattctagctatgtttccactgttgcttatttttattgggctctaatttaatatatCTGTAAT------------A-TA-TGTTTTTAA-A--TCA-GCAAA-TGATA--TTTAAG-G-ATACCCAA-A-----CGCTTAAATA-TCAACATTC-AAAGGCAAGCAATT--------TTAA--T--CCAGAGGC-C-CATTT--G--T--CT--T-CAATAAT--CA---T---CC---------------ACTTTGAA-----TT------C-AGGCA---------------------A---------------A-----AT------CTTCTAAATGAAATAAA---GCAATG--AAA-AGTGG---AA---G--ATCCAGACAAAATT-G-AATAA--ATCAA-TACA--A----TAGGT-----------------A-------CGTGATATAAAATGCA-TTTCA--AACA-ATA---GAGC---GT----CAA-----G---CTAAGTGATGTATA--TA--TTA------A---CAG--CC---------------T--AATGCTTA-----CA-TGTTTCTTGG--CGAAC-GAA-CACTCGTAGTTAT-------AAAACGT-TACTCGT----G-AAGA----TG--A-CATCACGTC-TAA----ATGAAGTCTGACGTT----A---TG-T---T-------TTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 111 3333333333333 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1111111 4444444444444 1111 1111111 111111111 111111 222222222222 222222222222 44444444444444444444444 111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111111 6666666666666666666666666666 33333333333333333333333333333333333333333 111111 2222222222 111111 1111111 2222222222 666666666666666666666666666666666 11 1111111
lowQualScore : 0 66 1 0 3 1 5 5 222222222 77 0 000 000 77 0 888888 0 9999999999999 3 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 5 3 2 77 5 1 5 6 3 2222222 3333333333333 4 2222 5 5 4444444 1 888888888 5 222222 00 3 5 666666666666 33333 444 2 222222222222 4 66 44 66 00000000000000000000000 4 333 7777 0 4 999 2 66 4 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 666 666 1 999 3333333333333 44 0 6 3 44 3 1 0 7777 0 2222222222222222222222222222 4 77777777777777777777777777777777777777777 2 0 4 55 55 777777 4 888 5 0 0 6666666666 55 222222 1 99999 5 4 4 1 4444444 0 4 777 4 1 4444444444 1 4 4 66 8888 555555555555555555555555555555555 777 777 66 5 5 66 00 66 22 5 33 4 2222222 3 1 1 1 8
lowQualScore : . .. . . . . . . ......... .. . ... ... .. . ...... . ............. . ............................................................................... . . . .. . . . . . ....... ............. . .... . . ....... . ......... . ...... .. . . ............ ..... ... . ............ . .. .. .. ....................... . ... .... . . ... . .. . . ................................................................................................................................................ ... ... . ... ............. .. . . . .. . . . .... . ............................ . ......................................... . . . .. .. ...... . ... . . . .......... .. ...... . ..... . . . . ....... . . ... . . .......... . . . .. .... ................................. ... ... .. . . .. .. .. .. . .. . ....... . . . . .
lowQualScore : 7 44 4 7 0 7 0 7 999999999 99 7 000 000 99 1 333333 7 4444444444444 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 1 1 99 7 4 7 6 0 6666666 4444444444444 0 1111 7 7 8888888 0 222222222 0 111111 55 4 0 666666666666 22222 111 5 888888888888 4 11 66 11 44444444444444444444444 4 555 5555 1 7 666 6 11 4 4 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 444 8 222 6666666666666 66 8 7 3 66 3 8 5 1111 4 2222222222222222222222222222 0 66666666666666666666666666666666666666666 5 7 0 55 55 222222 8 777 3 9 8 9999999999 66 888888 2 22222 0 4 4 0 4444444 9 4 000 0 0 0000000000 0 0 0 44 5555 444444444444444444444444444444444 000 000 99 0 0 99 44 99 77 7 11 9 7777777 2 0 8 4 0
consensus : ATTTATTTCGCCTCCAACAA-GTATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAAACAA--AATGTCGTT--A--AA-NA--CATTNTCGACTATTAAAAGAATCGT---------------A------TACT--A------TACTCCA-A-------AA--------ACT-AA------AA-T-TT-CAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATT-AAATTCTGTTT-A-AA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-A----A--ANTTGAT-----CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCGT-TT-T-AC--C-GTTGCTTATTTTTATTGANCTGTA------------ATATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAA-GTGATA--C----GAA-----AA-A-----CTTT-AAAAAAT-TAACATCG-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT-G--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------T------CA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCAGCAGA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGACA-A-TA------AA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--NATACA---TATAGT---GT----CAGA--TCGTT---TACTGATA-AA--AAA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATCGTTTACGTG------CTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTANTAT-------AAAACGT-TACTCGTA---A-AANA----T---A-CNT-AC-TCT-AA----ATG--------CGNT----A---T-G-GT-------TT---T---TATT--A-A-AA--AAGNTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATTT---T---TTGTTANTGACCCCCTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
Reference ( family-2888 ) : ATTTATTTCGCCTCCAACAA-GTATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAAACAA--AATGTCGTT--A--AA-NA--CATTGTCGACTATTAAAAGAATCGT---------------A------TACT--A------TACTTCA-A-------AA--------AC--GA------AN-T-TT-CAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATTTAAATTCTGTTT-A-AA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-A----A--ANTTGAT-----CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCGT-TT-T-AC--C-GTTGCTTATTTTTATTGAGCTGTA------------ATATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAA-GTGATA--C----GAA-----AA-A-----CTTT-AAAAAAT-TAACATCG-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT-A--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------T------CA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCAGCAGA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGACA-A-TA------AA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--NATACA---TATAGT---GT----CAGA--TCGTT---TACTGATA-AA--AAA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATCGTTTACGTG------CTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTANTAT-------AAAACGT-TACTCGTA---A-AANA----T---A-CNT-AC-TCN-AA----ATG--------CGNT----A---T-G-GT-------TT---T---TATT--A-A-AA--AAGNTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATTT---T---TTGTTANTGACCTCCTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
gi|1 : TTTCATCTCCAACAAAGTAACCCACATTTTCTATGGATGAGGGCGGTCAT-TGGTTGCCCACTA-TTTTTCTA-TAGTTGGTCTTTAGTAGGTCAGTAG---ATTTCC---ATGGAA--GATAGGCAAAACAA--ACTGTCGTTTTA--CA-GA---ATTTTCGACTATTAAAAGAATCGTTTACTATATTCAACAA------CACTGAA------CATTTCA-ATGTTACTGA--------AC--AACACATAACAT-GT-CAATATGGTTCACACCT--TTGAT-AATGCCGTATGACCATTATTATGTTAATTAAAGTTCTGTTT-A-AA-AGTGGAAATGGGTCTCAC----A-AGA-A----A--AGTTG--------T---TG-TAG-----CCTACACAT--CAAAA-TATTGCCATATTCTAACGCCGT-TT----------------ATTTT-----ACCTGTT------------ATGTT-TGTTTTTGAA--ACAGAAA-GTGATAATC----GAA-----AA--------CTT-AAGAAAT-TAACA--GTAAAAATGATAAATTGTGC--CTTTTAAAT--CCAGATAC-A-CA--C--A--AGACT--T-CATTACT-GACT-----TCC---------------A--TTTGAA-----T-------T------CA---A---------------------ACATAATCCTGTCAATAA-----AATGAATC-----AACG---A---AAAGGCGCAGA---TATG--A----T-----GT--T-TCTAAAGAAACTT-A-AATGT--ATCAA-TGTATCA----GCAATGGCA---TA------AA------AGACATA-TTTGATATTAGATGCA-TATCT--TTAATA---TAGAGT---GT----TAGG--TTGTTATTTACTCATA-AA--AAG--TCA------AAACCGT--CCATTTCGAAACT-G--C---TCATG-ACTCA------CTTAATAG-----AC-ACA-CAGT-GGTATTAT-------AAACTTT-TACGCTTA---A-AATA----T---A-CCT-AC-TCTCAATTATATT--------CGAT----G---T-T-GTATT----TT---T---TATC--T-T-AA--AACATGTCG--ATAAAATAAATCAAGCTAT---TGGGT---TTGTTAATTACCTCCTACAGA-AATATGTGAGGTCGGTTGGATAA
gi|10 : tTTCGCCTCCAACAA-GTACCCTGCCTTTCCATTGGACGATAGCCGTCGCATTGTGATCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--GGGTTAGTGG---ATTTTTTTAATAAAG--GGCAGGCAAAACAC--ATTGTCGTT--GTTAA-CA---ATT-TAGACAATAAAAAGTATCGT---------------A------TAAT--A------TACTCTACA-------AA--------ACTGAA------AA-T-TT-CAATATGATTCAC----------T-AA----GTTTGTCTATTA----A-------AAAT-------------ACTGGAAATTGGCCTCGC----A-ATA-A----ata
gi|11 : ---A---------------------A----------------A-----AA-----T-----AAT----A---AAAGCAGTATA---CCTG--A----T-----G----------AGAATCAT-AGAAT-T--ATTTA-TGCAACA----TAAA-GAT--A-TA------AG----------------TGATATTTAATTCA-AAT-----ATACATAGTATAGT---GTATTACAGA--GCATT--------GTA-AATTTAG--TTA------A--------CCCCTTTGAGACTCA--T--ATTGTTTATGCA------CCTACTTG--CA-AC-GCAGCAGT-GTCAATAT-------AAAACAT-TACTC
gi|12 : ACTAATA-AA--AAA--TTACTCCCCAACCCGCTTCCCCCTCAAAACT-GCTT--AT-GTTTACATGTATATGCTTCATAGGGCA-AT-GCA-TGGT-GTTATTAT-------AAAATGT-TACTTGTACAAA-AAAA----G---A-CCT-AC-TTT-AA----ATG--------AGAT------------GT-------AT---T---TATT--A-A-AAAGAAAATGCTA--ATGAAATAACTC--GTAATCTTT---a
gi|13 : TCCAACAA-ATACCCTGCCATTTCATTGGATGAGAGCAGTCACATGGTGA---CCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--CGGTC----G---AGTTTC---ATGGTT--GGCAGGCAAAACAA--AAT---GTT--A--AA-CAG-CATTGACGACTATT-AAAGAA-CGT---------------GCAGGCCTACC--A------TACTCCACA-------AA--------ACTTAA------AC-A-AT-CAATATGGTacattaacct
gi|14 : aacttttata-CAGT-GTTAATATTCCAGAAAAGAAGTCTAAT--TA---A-AAAA----------CG---C-TCA-AA----ATGAGACCTGACATT----A---T-G-TT-------TT---TCTGTTTT--A-A-AA--AAGATTTTA--ATGAAATAAATCA-GTTATATTG---T---TTGTTTCTGA
gi|15 : gtattaatgcaaaataaattaaataaaaacatatctaatacagtCAGG---TATG--A----T-----GC--TATCTCGAGG--TAT-A-ACTACTCATCAA-CG-AACA----TAAATGACA---CA------AAGCCAT-A-------CTTGATATTTAATGCA-T---------------TA-AGT---GT----CACA--T----------------AA--AAA--TAAT-----AAATCGC--CCTCTTCAAAACT-A-------CTTATACGTT------CTTgc
gi|16 : atattatatcatatatACAA-TCATCCTGTATTTTCATTGGATGAGAGAGGTCATATgttgacat
gi|17 : tctttct--TCCT-------C-------T------CA---ATA-------------------A----------------A-----AAGATT-T-----AATG---A---AACACAGCAGAA--TGTGTTA----T-----GT--TATCTAGAGAAATATTA-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGAC--A-TA------AA------AAAACAGTCTTGATtttcattttttttagttccgcaaaatagaaaattccattatctcaacatgatgttttttaaaggcagttaagtcggtctgttaattagta
gi|18 : gaattctagcaaatTA---A-AATA----T---A-AAT-AG-TTA-AC----ATG--------CATT----G---TTG-AT-------TTAATT---CATC--A-A-AA--CA-CTGTCATTATAAAATG--TCA-GTTACATTT---T---T----AATGACCGTCAACGGA-AATATGTGGGGTCAGGCGGATAAtt
gi|19 : gtATTTATTTTACCTCCAATAC-GTATCCTGCTCTTTGATTGGACGATAGCAGTCAAATGGTGGCCGCCTA-TTatag
gi|2 : atATTTATTTCAGCTCCAATAA-GTATCCAGCATTTTCATTTGATTAGAGCGGCCACATGGTTAACCCCTACTTTTTCTT-TAG---------A--GGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAC--GGCAGGCAAAGCAA--GATGTGGTT--A--AA-AATGCATTTTCGACTATTAGAACAATCGT---------------A------TACT--G------AACTT-A-A-------AA--------AT--GA------GT-TATT-CAATACGGTTCATCCCT--TTGAT-AATGC-ATATGACTATTATTCCATTTAT----AT--------A-AA-ATTAGAAACGGTCCTCGC----A-GAA-A----A--AGTTGAT-----CTCAGTG-CAG-TT--TCAATATGTAACTAAT-TAGTACAGTAGTATAGCGCTGT-TT-T-AC--C-GTTGCTTATCTTTATTGAGATATA------------AGATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAAAGTGATA--C----AAA-----AATA-----TTTTTAAAAAAA-TAACATTA-AAAAGCAAGAAATTGTGT--C-----AGT--CCATATGC-A-CA-----A--A--CG--T--AACACTTA--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------C------TA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCACCATA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGTGAAACAC-A-AATGT--ATCAACTTCAATT----TAAATTACACG-TA------AA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--TATGCA---TATAGT---GT----CAGA--TTGTT---TACTGATG-AA--ATA--TTA------AAACCAG--CCGCCTTGAAACT-AT-T--ATTGTTTAACTA------CTTCCTTG--CA-AC-ACA-CGGT-GTTAGTAT-------AAGATGT-TGCTCGTA---A-AAAA----T---A-CAT-AC-TCC-AA----ATG--------CAGT----A---C-G-GT-------TT---T---AAAT--A-ATAA--AAGTTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATCT---T---TTGATGCTGACCTTTTGCTCA-AATATGCGGGGCCAGTTTGATAA
gi|3 : TCACCTCTTACAA-TTGTCCTCACTTTTCATATGATGGGAAAGGTCACATGGTGACCTCTTA-TTTTTCTA-TAG---------A--ATGTTAGTAG---ATTTTC---AAAGAGACGACAGGCAAAACAAACAATGTCGTT--A--AACAA--TATTATCGACTTTTACACGAATTGT---------------A------TAAT--ATAGACCTATTCCATA-------AA--------ACTAAA------AA-T-TTGCAATATGGTTCAC-CAT--TTTATGAATGC-TTAT-ACTTTTATTCCA-TTATTCAAGTTCTGTTTAA-AA-ACTTGAAA-GGGTTTCACCGTTACATGTA----ACCACTTTA------CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAA-GAAC-CTGTACACTATTCTAGCGCTGT-TT-T--CGAC-GTTTCTTATTTTTGGTCATCTGTA------------ATATT-TGTTTCTGCA--TAAGAAA-GTGATA--CT---TTA-----AA-A-----C-TT-AAAAAA--TAAAATCG-AAAAGCAAACCATTGTGT--TTATAAATT--CCAGATTC-A-CA--TTGG--A--CT--T-CGATATT----T-----GCT---------------T--TGAA-------T-------T------CA---AT--------------------A----------------A-----AA-----TG----AATG---AGTGAAA--AGTAGA---TATG--T----T-----GT--TGTTTAGAGAATCAT-A-AATAT--ATTAA-TG----A----T-----ACA-ATTA------AC------A-------CTTTTTGTCTAGTATATTATCT--CGT--------TAA-----------AAG--TTGTT---GACTAATA-AA--AGA--TGA------AAACCGT--CAGCTAAGA--------T--ATCATTTA--TG------TTACCTAT--CA-AC-ACA-TGGT-GTTACTAT-------AAAACGT-TACTCGTG---A-AAGG-----------AT-AC-TCG-------ATG--------CTGT----A--------T-------TT---T---TA
gi|4 : tttaatttgaga-TTTGTCTACTTG---------A--ATTTCAGTGGTTAATTTCC---ATGGAG--GGTAGGCATAATAA--AAT-----------AA-CAT-CATTGTCGACAATTAAAAGAATCGT---------------A------TTCT--T------TACTCCA-C-------AATTCTG---AC----------AA-T-TC-CAATATGGCTTACACCT--TTGAT-AATAC-GTATAACAATTATTC-----ATT-AAAC-------------ACTAGATACGGGCTTCAC----A-ATA-A----A--CGTTGAT--------------A--------AATAA--AACGAAA-AGGTGCCATATTCTAGTGCCGT-TT-TTAC--C-GTTGCCT-TTTCAACAGACATGT--------------TATT-AATATT-------CAAAAA------A--C----GAG-----AA-AGTGTGCTTT-GAAAAACCTGATGTCC-A----CAAGA----------CTTCAAAATGGCCATCTGTGA-CA--A--A--A--CG-----AATTCT-G--------GCA---------------AAATCCA-------C-------T------CA---AT--------------------A----------------A-----AAT----C-----AAGG---A---GAAGCAGCAGAATATATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-ACTAT--ATCAA-TGCAACATAATTAAATTAC--A-TA------AACAC---A-------CTTGATATCTAATGTA-TATCT--AGTATA---TA
gi|4 : tttcTA---A-AAAA----T---A-CTT-AC-TCT-AA----ATG--------AGAT----A---T-G-ATGCCGTATTT---T---TATT--A-A-AA--GAGTGGTCG--ATGAAATAAATCA-GTT---TTG---T---TTATTACTGAGCCCCTACAGA-GTAATGTGGATTCGGTTGgaaataaaaaatacttactctaaatgagatatgatgccgtatttttattaaaagagtggtcgatgaaataaatcagttttgtttattactgagcccctacagagtaatgtggattcggttgtaaaaataggtaggggattagtaa
gi|5 : tttctttgtctacttgaatttcagtggttaatttccatggagggtaggcataataaaataacatcattgtcgacaattaaaagaatcgtattctttactccacaattctgacaattccaatatggcttacacctttgataatacgtataacaattattcattaaacactagatacgggcttcacaataaacgttgataaataaaacgaaaaggtgccatattctagtgccgtttttaccgttgccttttcaacagacatgttattaatattcaaaaaacgagaaagtgtgctttgaaaaacctgatgtccacaagacttcaaaatggccatctgtgacaaaacgaattctggcaaaatccactcaataaaatcaaggagaagcagcagaatatatgatgttatctagagaaacataactatatcaatgcaacataattaaattacataaacacacttgatatctaatgtatatctagtatatagaaaATTTCGCCTCCAACAA-TTATCCTGTCTTTTCATTGGATGAGAGTGGTCACATATTCACCTTCTG-TTTTTCTA-TAA---------A--ATGTCAGTAA---ATTTTC---GTTGAG--GGCAGCCAAA----------TCGGT--A---------TATT--CAACTTGTACAAGAATTGT---------------A------TACT--A------TACT-----------------------C--G-------------T---ATAAGGTCCACCCTT--TTGAT-AATGC-GTAGGACTGTTATTTCATATATTTAAATTCCATTA-ACAA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-ATTTTG--ATATGATTATCACTCAGTG-CATGTT--CAAATATGTA-CGAAAATAATACAATATTCTAGCGCCGT-T----------GTT------------TGAGCTGTA------------AGATT-TGTTTTTGAA--TCTGAAA-GTTATA--C----TTA-----AA-A-----TCTT-GAAAA-T-TAACATTT-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAGAAT--CTAGATGC-A-TA--C--AAGA--TA--T-CTATA---G--T-----GTC---------------A--TCTT-------C-------T------CA---A---------------------A----------------AACCTGAA-----C-----AATG---A---AAAGCATCAGC---TATG--A----T-----GT--TATCTGGAGAAACATAA-AATAT--ATTAA-TGCAACA----TAAACGACA-A-AA------AACAC---A-------CTTGCTATTTAATGCA-TATTTTCGATACC---GATTGTCAAGT----AAAATGTTGTT---TACTGATA-AA--AAA--taaaaataggtaggggattagtaa
gi|6 : CAGGA-CAGGTT--CAAATAAGCAACAAAG-TCATGCCATATCCTAGCGCCGTATT-T-GC--C-GTTGTTTACTTTTATTAGCCTGTA------------ATGT---GTTTAAGAA--TCGTAAA-GTGATA--C-----------------------TT-AAAAA---------CG--------------TGTGTGGTTGTAAACT--TCAGATGC-ATCT--T--A--A--CA--TTCAATATT----------GCC---------------A--TCTATTTTGAAC-------T------CA---ATCAAAGTCCTCCAAATAAAAGA----------------A-----AG-----C-----AATA---A---AAAGCAGTTGC---TATG-------------GT--TATCTAGGGAAGCAC-A-AATAT--ATCAG-TGCAGCA----TAAATGA-A-A-TAAAAATCAA------A-------CTTGATATTTAACTCA-TATCT--AA---A---TCTGG----AC----CATA--CCGAT---TACTGACA-AA--AAA--ATA------AAACCGC--CCCCTTTGAAACT-G--A--AT-GTTAACATG------CTTCCTGG--CG-ACTGCT-GGGT-TTTAATAT-------AAAACGT-TACTCATA---A-AATA----TCTAG-TAT-AC-T---AA----ATA--------AGATCGAAG---T-G-ATA------TT---C---TATT--ATA-AA--AA---------------------A-GT--TATTT---TGGATGGTTAACGAGCCCCTA-GAATAATATGTGGAGTCGATTATATAAa
gi|7 : atatatacgtcgctagtctatttatcatttcata-----CTCAATG-CAGGTT--CCGATACGTATCGAAA-TAATGCAATACTTCAGCGCTGTAAT-C-AC--CAGTTGCAAATTAGTATTGAGTTGTA------------AAATT-GGTTTTTGAA--TTATGAA-GTGATA--CT---CAA-----AA-A-----CTT---AAAAAT-TTACACCG-AAAAGCAAGAAAGTGTG---TTTTAACGT--CAAGATGC-A-TA--TAAA--A--CG--T-CAATAC-----T-----GTC---------------A--TCAG-------CT------T------TG---A---------------------ATTC-------------A-----AG-----C-----AATATATA---TATACATTATA---TATAT-A----TATCAAGT--TATCTAGCGAAATAT-A-----------AA-TGAAACA----TAAATGAC--A-TA------AAAGACATA-------CTTGATGTTAAATGAA-TATCT--AATATA---TAGGGT---GT----CA-----CG-----TA--GATA-AA--AAAATTTA------ATACTGA--CCGCTTCGAAACT-G--TTAATTGTTTACATG------TTACCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTAATAT-------AAAAAGA-TATTTGTA---ATAAAAGACCT---AGCCT-AC-TCT-AA----ATG--------AGATTCG-AAGTT-GTAT-------TT---T---TATTAAA-A-AA--AAGTTGTCG--GTAAAatacggg
gi|8 : atatgtataaagttggtctgtttgccactttaCTATTAAAAGAATCGT---------------A------TAC---A------CACTATA-A-------AATACATCAAACTGAA------AA-T-TT-CAATTCGGTTCACTCCTATTTGAT-A--------T-ACTATTATTCCATTTATTTAAATTCTATAT-A-AATACTG-AAATAGGCCCCAA----A-ATA-G----A--ACT-GAT-----CT--GTTTCATTTTACTCAGTGCACAAAGAAA-CAGTGCAATATTCTAGCTATGT-TTCC-AC--T-GTTGCTTATTTTTATTGGGCTCTAATTTAATATATGATATTGTGTTTTTAAAATCCAGA----TG-CA--T----GAA-----AC-A-----CTTC-AA
gi|8 : GATATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-TG--A--A--A--CACTT-CAATACT-G--TCATCCGCCTTGAGTCCAAGCAAAA--TCCT-------C-------TAAAAACCA---A---------------------A----------------A-----AA-----TGAGTAAATG---A---AAAGCAGCAAA---ATTG--A----T-----GT--TACCTAGAGAATCAT-A-AATAC--ATC-A-TACAACA----TAAATGtactgtcatccgccttgagtccaagcaaaatcctctaaaaaccaaaaaatgagtaaatgaaaagcagcaaaattgatgttacctagagaatcataaatacatcatacaacataaatg
gi|9 : ctattaaaagaatcgtatacacactataaaatacatcaaactgaaaatttcaattcggttcactcctatttgatatactattattccatttatttaaattctatataaatactgaaataggccccaaaatagaactgatctgtttcattttactcagtgcacaaagaaacagtgcaatattctagctatgtttccactgttgcttatttttattgggctctaatttaatatatCTGTA------------ATATA-TGTTTTTAAA--TCAGCAA-ATGATA--TTTAAGGATACCCAA-A-----CGCT-TAAATAT-CAACATTC-AAAGGCAAGCAATT--------TTAA--T--CCAGAGGC-C-CATTT--G--T--CT--T-CAATA---A--T-------C---------------A--TCCA-------CTTTGAATT------CAGGCA---------------------A----------------A-----AT-----CTTCTAAATG---A---AATAAAGCA------ATG--AAAAGT-----GGAAGATCCAGACAAAATT-G-AATAA--ATCAA-TACA--A----TAGGT-----------------------A-------CGTGATATAAAATGCA-TTTCA--AACA-A---TAGAGC---GT----CAA-----GCT---AAGTGATGTAT--ATA--TTA------A---CAG--CC---------------T--AATGCTTACATG------TTTCTTGG--CGAAC-GAA-CACTCGTAGTTAT-------AAAACGT-TACTCGT----G-AAGA----TG--A-CATCACGTCT-AA----ATGAAGTCTGACGTT----A---T-G-TT-------TT---T---
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 111 33333333333 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 444444444444 1111 1111111 111111111 111111 22222222222 222222222222 44444444444444444444444 111 22222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 6666666666666666666666666666 33333333333333333333333333333333333333333 111111 2222222222 111111 1111111 222222222222 1111 666666666666666666666666666666666 11 1111111
lowQualScore : 0 66 1 0 3 1 5 5 222222222 77 0 000 000 77 0 888888 0 11111111111 6 444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 2 77 5 1 5 6 00 4444 7 000000000000 5 4 2222 5 5 4444444 1 888888888 5 222222 00 3 5 66666666666 33333 444 1 222222222222 4 66 44 66 00000000000000000000000 4 333 7777 0 4 999 2 66 4 4 66666666666666666 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666 666 1 999 3333333333333 44 0 6 3 44 3 1 0 7777 0 2222222222222222222222222222 4 77777777777777777777777777777777777777777 2 0 4 55 55 777777 4 888 5 0 0 6666666666 55 222222 1 99999 5 4 4 1 4444444 0 4 777 4 1 111111111111 4 4 4 2222 555555555555555555555555555555555 777 777 66 5 5 66 00 66 22 5 33 4 2222222 3 1 1 1 8
lowQualScore : . .. . . . . . . ......... .. . ... ... .. . ...... . ........... . ...... ........................................................................ . . .. . . . . .. .... . ............ . . .... . . ....... . ......... . ...... .. . . ........... ..... ... . ............ . .. .. .. ....................... . ... .... . . ... . .. . . ................. . ........................................................................................................................ ... ... . ... ............. .. . . . .. . . . .... . ............................ . ......................................... . . . .. .. ...... . ... . . . .......... .. ...... . ..... . . . . ....... . . ... . . ............ . . . .... ................................. ... ... .. . . .. .. .. .. . .. . ....... . . . . .
lowQualScore : 7 44 4 7 0 7 0 7 999999999 99 7 000 000 99 1 333333 7 99999999999 6 444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 99 7 4 7 6 66 7777 1 999999999999 7 0 1111 7 7 8888888 0 222222222 0 111111 55 4 0 66666666666 22222 111 0 888888888888 4 11 66 11 44444444444444444444444 4 555 5555 1 7 666 6 11 4 4 88888888888888888 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 444 8 222 6666666666666 66 8 7 3 66 3 8 5 1111 4 2222222222222222222222222222 0 66666666666666666666666666666666666666666 5 7 0 55 55 222222 8 777 3 9 8 9999999999 66 888888 2 22222 0 4 4 0 4444444 9 4 000 0 0 999999999999 0 0 0 5555 444444444444444444444444444444444 000 000 99 0 0 99 44 99 77 7 11 9 7777777 2 0 4 4 0
consensus : ATTTATTTCGCCTCCAACAA-GTATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAAACAA--AATGTCGTT--AAA-AA--CATTNTCGACTATTAAAAGAATCGTA------TAC--TA------T---------------ACTCCA-A-------AA--------A-C------T-AA-AAT-TT-CAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATT-AAA-TTCTGTTT-A-AA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-A----A--ANTTGAT-----CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCGT-TTT-AC--C-GTTGCTTATTTTTATTGANCTGTA------------ATATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAA-GTGATA--C----GAA-----AA-A-----CTTT-AAAAAAT-TAACATCG-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT-G--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------T------CA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCAGCAGA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGACA-A-TA------AA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--NATACA---TATAGT---GT----CAGA--TCGTT---TACTGATA-AA--AAA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATCGTTTACGTG------CTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTANTAT-------AAAACGT-TACTCGTA---A-AANA----T-A-C--NT-AC-TCT-AA----ATG--------CGNT----A---T-G-GT-------TT---T---TATT--A-A-AA--AAGNTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATTT---T---TTGTTANTGACCCCCTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
Reference ( family-2888 ) : ATTTATTTCGCCTCCAACAA-GTATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAAACAA--AATGTCGTT--AAA-NA--CATTNTCGACTATTAAAAGAATCGTA------TAC--TA------T---------------ACTCCA-A-------AA--------A-C------T-AA-AAT-TT-CAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATT-AAA-TTCTGTTT-A-AA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-A----A--ANTTGAT-----CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCGT-TTT-AC--C-GTTGCTTATTTTTATTGANCTGTA------------ATATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAA-GTGATA--C----GAA-----AA-A-----CTTT-AAAAAAT-TAACATCG-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT-G--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------T------CA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCAGCAGA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGACA-A-TA------AA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--NATACA---TATAGT---GT----CAGA--TCGTT---TACTGATA-AA--AAA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATCGTTTACGTG------CTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTANTAT-------AAAACGT-TACTCGTA---A-AANA----T-A-C--NT-AC-TCT-AA----ATG--------CGNT----A---T-G-GT-------TT---T---TATT--A-A-AA--AAGNTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATTT---T---TTGTTANTGACCCCCTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
gi|1 : TTTCATCTCCAACAAAGTAACCCACATTTTCTATGGATGAGGGCGGTCAT-TGGTTGCCCACTA-TTTTTCTA-TAGTTGGTCTTTAGTAGGTCAGTAG---ATTTCC---ATGGAA--GATAGGCAAAACAA--ACTGTCGTTTTACA-GA---ATTTTCGACTATTAAAAGAATCGTT------TACTATA------TTCAACAACACTGAACATTTCA-ATGTTACTGA--------A-CAACACAT-AA-CAT-GT-CAATATGGTTCACACCT--TTGAT-AATGCCGTATGACCATTATTATGTTAATT-AAAGTTCTGTTT-A-AA-AGTGGAAATGGGTCTCAC----A-AGA-A----A--AGTTG--------T---TG-TAG-----CCTACACAT--CAAAA-TATTGCCATATTCTAACGCCGT-TT---------------ATTTT-----ACCTGTT------------ATGTT-TGTTTTTGAA--ACAGAAA-GTGATAATC----GAA-----AA--------CTT-AAGAAAT-TAACA--GTAAAAATGATAAATTGTGC--CTTTTAAAT--CCAGATAC-A-CA--C--A--AGACT--T-CATTACT-GACT-----TCC---------------A--TTTGAA-----T-------T------CA---A---------------------ACATAATCCTGTCAATAA-----AATGAATC-----AACG---A---AAAGGCGCAGA---TATG--A----T-----GT--T-TCTAAAGAAACTT-A-AATGT--ATCAA-TGTATCA----GCAATGGCA---TA------AA------AGACATA-TTTGATATTAGATGCA-TATCT--TTAATA---TAGAGT---GT----TAGG--TTGTTATTTACTCATA-AA--AAG--TCA------AAACCGT--CCATTTCGAAACT-G--C---TCATG-ACTCA------CTTAATAG-----AC-ACA-CAGT-GGTATTAT-------AAACTTT-TACGCTTA---A-AATA----T-A-C--CT-AC-TCTCAATTATATT--------CGAT----G---T-T-GTATT----TT---T---TATC--T-T-AA--AACATGTCG--ATAAAATAAATCAAGCTAT---TGGGT---TTGTTAATTACCTCCTACAGA-AATATGTGAGGTCGGTTGGATAA
gi|10 : tTTCGCCTCCAACAA-GTACCCTGCCTTTCCATTGGACGATAGCCGTCGCATTGTGATCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--GGGTTAGTGG---ATTTTTTTAATAAAG--GGCAGGCAAAACAC--ATTGTCGTT--GTT-AA--CAATTTAGACAATAAAAAGTATCGTA------TAA--TA------T---------------ACTCTACA-------AA--------A-C------TGAA-AAT-TT-CAATATGATTCAC----------T-AA----GTTTG------------TCTATT-AAA----------A-AT-ACTGGAAATTGGCCTCGC----A-ATA-A----ata
gi|11 : ---A---------------------A----------------A-----AA-----T-----AAT----A---AAAGCAGTATA---CCTG--A----T-----G----------AGAATCAT-AGAAT-T--ATTTA-TGCAACA----TAAA-GAT--A-TA------AG----------------TGATATTTAATTCA-AAT-----ATACATAGTATAGT---GTATTACAGA--GCATT--------GTA-AATTTAG--TTA------A--------CCCCTTTGAGACTCA--T--ATTGTTTATGCA------CCTACTTG--CA-AC-GCAGCAGT-GTCAATAT-------AAAACAT-TACTC
gi|12 : ACTAATA-AA--AAA--TTACTCCCCAACCCGCTTCCCCCTCAAAACT-GCTT--AT-GTTTACATGTATATGCTTCATAGGGCA-AT-GCA-TGGT-GTTATTAT-------AAAATGT-TACTTGTACAAA-AAAA----G-A-C--CT-AC-TTT-AA----ATG--------AGAT------------GT-------AT---T---TATT--A-A-AAAGAAAATGCTA--ATGAAATAACTC--GTAATCTTT---a
gi|13 : TCCAACAA-ATACCCTGCCATTTCATTGGATGAGAGCAGTCACATGGTGA---CCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--CGGTC----G---AGTTTC---ATGGTT--GGCAGGCAAAACAA--AAT---GTT--AAA-CAG-CATTGACGACTATT-AAAGAA-CGTGCAGGCCTAC--CA------T---------------ACTCCACA-------AA--------A-C------T-TA-AACAAT-CAATATGGTacattaacct
gi|14 : aacttttata-CAGT-GTTAATATTCCAGAAAAGAAGTCTAAT--TA---A-AAAA--------C--G---C-TCA-AA----ATGAGACCTGACATT----A---T-G-TT-------TT---TCTGTTTT--A-A-AA--AAGATTTTA--ATGAAATAAATCA-GTTATATTG---T---TTGTTTCTGA
gi|15 : gtattaatgcaaaataaattaaataaaaacatatctaatacagtCAGG---TATG--A----T-----GC--TATCTCGAGG--TAT-A-ACTACTCATCAA-CG-AACA----TAAATGACA---CA------AAGCCAT-A-------CTTGATATTTAATGCA-T---------------TA-AGT---GT----CACA--T----------------AA--AAA--TAAT-----AAATCGC--CCTCTTCAAAACT-A-------CTTATACGTT------CTTgc
gi|16 : atattatatcatatatACAA-TCATCCTGTATTTTCATTGGATGAGAGAGGTCATATgttgacat
gi|17 : tctttct--TCCT-------C-------T------CA---ATA-------------------A----------------A-----AAGATT-T-----AATG---A---AACACAGCAGAA--TGTGTTA----T-----GT--TATCTAGAGAAATATTA-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGAC--A-TA------AA------AAAACAGTCTTGATtttcattttttttagttccgcaaaatagaaaattccattatctcaacatgatgttttttaaaggcagttaagtcggtctgttaattagta
gi|18 : gaattctagcaaatTA---A-AATA----T-A-A--AT-AG-T-T-AAC---ATG--------CATT----G---TTG-AT-------TTAATT---CATC--A-A-AA--CA-CTGTCATTATAAAATG--TCA-GTTACATTT---T---T----AATGACCGTCAACGGA-AATATGTGGGGTCAGGCGGATAAtt
gi|19 : gtATTTATTTTACCTCCAATAC-GTATCCTGCTCTTTGATTGGACGATAGCAGTCAAATGGTGGCCGCCTA-TTatag
gi|2 : atATTTATTTCAGCTCCAATAA-GTATCCAGCATTTTCATTTGATTAGAGCGGCCACATGGTTAACCCCTACTTTTTCTT-TAG---------A--GGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAC--GGCAGGCAAAGCAA--GATGTGGTT--AAA-AATGCATTTTCGACTATTAGAACAATCGTA------TAC--TG------A---------------ACTT-A-A-------AA--------A--------T-GA-GTTATT-CAATACGGTTCATCCCT--TTGAT-AATGC-ATATGACTATTATTCCATTTAT----A-T--------A-AA-ATTAGAAACGGTCCTCGC----A-GAA-A----A--AGTTGAT-----CTCAGTG-CAG-TT--TCAATATGTAACTAAT-TAGTACAGTAGTATAGCGCTGT-TTT-AC--C-GTTGCTTATCTTTATTGAGATATA------------AGATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAAAGTGATA--C----AAA-----AATA-----TTTTTAAAAAAA-TAACATTA-AAAAGCAAGAAATTGTGT--C-----AGT--CCATATGC-A-CA-----A--A--CG--T--AACACTTA--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------C------TA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCACCATA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGTGAAACAC-A-AATGT--ATCAACTTCAATT----TAAATTACACG-TA------AA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--TATGCA---TATAGT---GT----CAGA--TTGTT---TACTGATG-AA--ATA--TTA------AAACCAG--CCGCCTTGAAACT-AT-T--ATTGTTTAACTA------CTTCCTTG--CA-AC-ACA-CGGT-GTTAGTAT-------AAGATGT-TGCTCGTA---A-AAAA----T-A-C--AT-AC-TCC-AA----ATG--------CAGT----A---C-G-GT-------TT---T---AAAT--A-ATAA--AAGTTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATCT---T---TTGATGCTGACCTTTTGCTCA-AATATGCGGGGCCAGTTTGATAA
gi|3 : TCACCTCTTACAA-TTGTCCTCACTTTTCATATGATGGGAAAGGTCACATGGTGACCTCTTA-TTTTTCTA-TAG---------A--ATGTTAGTAG---ATTTTC---AAAGAGACGACAGGCAAAACAAACAATGTCGTT--AAACAA--TATTATCGACTTTTACACGAATTGTA------TAA--TATAGACCT---------------ATTCCATA-------AA--------A-C------TAAA-AAT-TTGCAATATGGTTCAC-CAT--TTTATGAATGC-TTAT-ACTTTTATTCCA-TTATTCAAG-TTCTGTTTAA-AA-ACTTGAAA-GGGTTTCACCGTTACATGTA----ACCACTTTA------CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAA-GAAC-CTGTACACTATTCTAGCGCTGT-TTT--CGAC-GTTTCTTATTTTTGGTCATCTGTA------------ATATT-TGTTTCTGCA--TAAGAAA-GTGATA--CT---TTA-----AA-A-----C-TT-AAAAAA--TAAAATCG-AAAAGCAAACCATTGTGT--TTATAAATT--CCAGATTC-A-CA--TTGG--A--CT--T-CGATATT----T-----GCT---------------T--TGAA-------T-------T------CA---AT--------------------A----------------A-----AA-----TG----AATG---AGTGAAA--AGTAGA---TATG--T----T-----GT--TGTTTAGAGAATCAT-A-AATAT--ATTAA-TG----A----T-----ACA-ATTA------AC------A-------CTTTTTGTCTAGTATATTATCT--CGT--------TAA-----------AAG--TTGTT---GACTAATA-AA--AGA--TGA------AAACCGT--CAGCTAAGA--------T--ATCATTTA--TG------TTACCTAT--CA-AC-ACA-TGGT-GTTACTAT-------AAAACGT-TACTCGTG---A-AAGG-----------AT-AC-TC---G----ATG--------CTGT----A--------T-------TT---T---TA
gi|4 : tttaatttgaga-TTTGTCTACTTG---------A--ATTTCAGTGGTTAATTTCC---ATGGAG--GGTAGGCATAATAA--AAT---------AA-CAT-CATTGTCGACAATTAAAAGAATCGTA------TTC--TT------T---------------ACTCCA-C-------AA--------TTC------T-GACAAT-TC-CAATATGGCTTACACCT--TTGAT-AATAC-GTATAACAATTATTC-----ATT-AAA-C-------------ACTAGATACGGGCTTCAC----A-ATA-A----A--CGTTGAT--------------A--------AATAA--AACGAAA-AGGTGCCATATTCTAGTGCCGT-TTTTAC--C-GTTGCCT-TTTCAACAGACATGT--------------TATT-AATATT-------CAAAAA------A--C----GAG-----AA-AGTGTGCTTT-GAAAAACCTGATGTCC-A----CAAGA----------CTTCAAAATGGCCATCTGTGA-CA--A--A--A--CG-----AATTCT-G--------GCA---------------AAATCCA-------C-------T------CA---AT--------------------A----------------A-----AAT----C-----AAGG---A---GAAGCAGCAGAATATATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-ACTAT--ATCAA-TGCAACATAATTAAATTAC--A-TA------AACAC---A-------CTTGATATCTAATGTA-TATCT--AGTATA---TA
gi|4 : tttcTA---A-AAAA----T-A-C--TT-AC-TCT-AA----ATG--------AGAT----A---T-G-ATGCCGTATTT---T---TATT--A-A-AA--GAGTGGTCG--ATGAAATAAATCA-GTT---TTG---T---TTATTACTGAGCCCCTACAGA-GTAATGTGGATTCGGTTGgaaataaaaaatacttactctaaatgagatatgatgccgtatttttattaaaagagtggtcgatgaaataaatcagttttgtttattactgagcccctacagagtaatgtggattcggttgtaaaaataggtaggggattagtaa
gi|5 : tttctttgtctacttgaatttcagtggttaatttccatggagggtaggcataataaaataacatcattgtcgacaattaaaagaatcgtattctttactccacaattctgacaattccaatatggcttacacctttgataatacgtataacaattattcattaaacactagatacgggcttcacaataaacgttgataaataaaacgaaaaggtgccatattctagtgccgtttttaccgttgccttttcaacagacatgttattaatattcaaaaaacgagaaagtgtgctttgaaaaacctgatgtccacaagacttcaaaatggccatctgtgacaaaacgaattctggcaaaatccactcaataaaatcaaggagaagcagcagaatatatgatgttatctagagaaacataactatatcaatgcaacataattaaattacataaacacacttgatatctaatgtatatctagtatatagaaaATTTCGCCTCCAACAA-TTATCCTGTCTTTTCATTGGATGAGAGTGGTCACATATTCACCTTCTG-TTTTTCTA-TAA---------A--ATGTCAGTAA---ATTTTC---GTTGAG--GGCAGCCAAA----------TCGGT--A-------TATT--CAACTTGTACAAGAATTGTA------TAC--TA------T---------------ACTC------------------------------------GT------ATAAGGTCCACCCTT--TTGAT-AATGC-GTAGGACTGTTATTTCATATATTTAAA-TTCCATTA-ACAA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-ATTTTG--ATATGATTATCACTCAGTG-CATGTT--CAAATATGTA-CGAAAATAATACAATATTCTAGCGCCGT-T---------GTT------------TGAGCTGTA------------AGATT-TGTTTTTGAA--TCTGAAA-GTTATA--C----TTA-----AA-A-----TCTT-GAAAA-T-TAACATTT-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAGAAT--CTAGATGC-A-TA--C--AAGA--TA--T-CTATA---G--T-----GTC---------------A--TCTT-------C-------T------CA---A---------------------A----------------AACCTGAA-----C-----AATG---A---AAAGCATCAGC---TATG--A----T-----GT--TATCTGGAGAAACATAA-AATAT--ATTAA-TGCAACA----TAAACGACA-A-AA------AACAC---A-------CTTGCTATTTAATGCA-TATTTTCGATACC---GATTGTCAAGT----AAAATGTTGTT---TACTGATA-AA--AAA--taaaaataggtaggggattagtaa
gi|6 : CAGGA-CAGGTT--CAAATAAGCAACAAAG-TCATGCCATATCCTAGCGCCGTATTT-GC--C-GTTGTTTACTTTTATTAGCCTGTA------------ATGT---GTTTAAGAA--TCGTAAA-GTGATA--C-----------------------TT-AAAAA---------CG--------------TGTGTGGTTGTAAACT--TCAGATGC-ATCT--T--A--A--CA--TTCAATATT-G---------CC---------------A--TCTATTTTGAAC-------T------CA---ATCAAAGTCCTCCAAATAAAAGA----------------A-----AG-----C-----AATA---A---AAAGCAGTTGC---TATG-------------GT--TATCTAGGGAAGCAC-A-AATAT--ATCAG-TGCAGCA----TAAATGA-A-A-TAAAAATCAA------A-------CTTGATATTTAACTCA-TATCT--AA---A---TCTGG----AC----CATA--CCGAT---TACTGACA-AA--AAA--ATA------AAACCGC--CCCCTTTGAAACT-G--A--AT-GTTAACATG------CTTCCTGG--CG-ACTGCT-GGGT-TTTAATAT-------AAAACGT-TACTCATA---A-AATA----T---CTAGT-AT-ACT-AA----ATA--------AGATCGAAG---T-G-ATA------TT---C---TATT--ATA-AA--AA---------------------A-GT--TATTT---TGGATGGTTAACGAGCCCCTA-GAATAATATGTGGAGTCGATTATATAAa
gi|7 : atatatacgtcgctagtctatttatcatttcata-----CTCAATG-CAGGTT--CCGATACGTATCGAAA-TAATGCAATACTTCAGCGCTGTAATC-AC--CAGTTGCAAATTAGTATTGAGTTGTA------------AAATT-GGTTTTTGAA--TTATGAA-GTGATA--CT---CAA-----AA-A-----CTT---AAAAAT-TTACACCG-AAAAGCAAGAAAGTGTG---TTTTAACGT--CAAGATGC-A-TA--TAAA--A--CG--T-CAATACT-G--T-------C---------------A--TCAG-------CT------T------TG---A---------------------ATTC-------------A-----AG-----C-----AATATATA---TATACATTATA---TATAT-A----TATCAAGT--TATCTAGCGAAATAT-A-----------AA-TGAAACA----TAAATGAC--A-TA------AAAGACATA-------CTTGATGTTAAATGAA-TATCT--AATATA---TAGGGT---GT----CA-----CG-----TA--GATA-AA--AAAATTTA------ATACTGA--CCGCTTCGAAACT-G--TTAATTGTTTACATG------TTACCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTAATAT-------AAAAAGA-TATTTGTA---ATAAAAGACCT-AGC--CT-AC-TCT-AA----ATG--------AGATTCG-AAGTT-GTAT-------TT---T---TATTAAA-A-AA--AAGTTGTCG--GTAAAatacggg
gi|8 : atatgtataaagttggtctgtttgccactttaCTATTAAAAGAATCGTA------TAC---A------C---------------ACTATA-A-------AATACATCAAA-C------TGAA-AAT-TT-CAATTCGGTTCACTCCTATTTGAT-A--------T-ACTATTATTCCATTTATTTAAA-TTCTATAT-A-AATACTG-AAATAGGCCCCAA----A-ATA-G----A--ACT-GAT-----CT--GTTTCATTTTACTCAGTGCACAAAGAAA-CAGTGCAATATTCTAGCTATGT-TTCCAC--T-GTTGCTTATTTTTATTGGGCTCTAATTTAATATATGATATTGTGTTTTTAAAATCCAGA----TG-CA--T----GAA-----AC-A-----CTTC-AA
gi|8 : GATATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-TG--A--A--A--CACTT-CAATACT-G--TCATCCGCCTTGAGTCCAAGCAAAA--TCCT-------C-------TAAAAACCA---A---------------------A----------------A-----AA-----TGAGTAAATG---A---AAAGCAGCAAA---ATTG--A----T-----GT--TACCTAGAGAATCAT-A-AATAC--ATC-A-TACAACA----TAAATGtactgtcatccgccttgagtccaagcaaaatcctctaaaaaccaaaaaatgagtaaatgaaaagcagcaaaattgatgttacctagagaatcataaatacatcatacaacataaatg
gi|9 : ctattaaaagaatcgtatacacactataaaatacatcaaactgaaaatttcaattcggttcactcctatttgatatactattattccatttatttaaattctatataaatactgaaataggccccaaaatagaactgatctgtttcattttactcagtgcacaaagaaacagtgcaatattctagctatgtttccactgttgcttatttttattgggctctaatttaatatatCTGTA------------ATATA-TGTTTTTAAA--TCAGCAA-ATGATA--TTTAAGGATACCCAA-A-----CGCT-TAAATAT-CAACATTC-AAAGGCAAGCAATT--------TTAA--T--CCAGAGGC-C-CATTT--G--T--CT--T-CAATAAT------------C---------------A--TCCA-------CTTTGAATT------CAGGCA---------------------A----------------A-----AT-----CTTCTAAATG---A---AATAAAGCA------ATG--AAAAGT-----GGAAGATCCAGACAAAATT-G-AATAA--ATCAA-TACA--A----TAGGT-----------------------A-------CGTGATATAAAATGCA-TTTCA--AACA-A---TAGAGC---GT----CAA-----GCT---AAGTGATGTAT--ATA--TTA------A---CAG--CC---------------T--AATGCTTACATG------TTTCTTGG--CGAAC-GAA-CACTCGTAGTTAT-------AAAACGT-TACTCGT----G-AAGA----TGA-C--ATCACGTCT-AA----ATGAAGTCTGACGTT----A---T-G-TT-------TT---T---
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 111 22222222222 111111 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 444444444444 1111 1111111 111111111 111111 22222222222 222222222222 44444444444444444444444 111 22222222222222222 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111111 6666666666666666666666666666 33333333333333333333333333333333333333333 111111 2222222222 111111 1111111 222222222222 1111 666666666666666666666666666666666 11 1111111
lowQualScore : 0 66 1 0 3 1 5 5 222222222 77 0 000 000 77 0 888888 0 55555555555 6 444444 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 2 77 5 1 5 6 00 4444 7 000000000000 5 4 2222 5 5 4444444 1 888888888 5 222222 00 3 5 66666666666 33333 444 1 222222222222 4 66 44 66 00000000000000000000000 4 333 7777 0 4 999 2 66 4 4 66666666666666666 1 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666 666 1 999 3333333333333 44 0 6 3 44 3 1 0 7777 0 2222222222222222222222222222 4 77777777777777777777777777777777777777777 2 0 4 55 55 777777 4 888 5 0 0 6666666666 55 222222 1 99999 5 4 4 1 4444444 0 4 777 4 1 111111111111 4 4 4 2222 555555555555555555555555555555555 777 777 66 5 5 66 00 66 22 5 33 4 2222222 3 1 1 1 8
lowQualScore : . .. . . . . . . ......... .. . ... ... .. . ...... . ........... . ...... ........................................................................ . . .. . . . . .. .... . ............ . . .... . . ....... . ......... . ...... .. . . ........... ..... ... . ............ . .. .. .. ....................... . ... .... . . ... . .. . . ................. . ........................................................................................................................ ... ... . ... ............. .. . . . .. . . . .... . ............................ . ......................................... . . . .. .. ...... . ... . . . .......... .. ...... . ..... . . . . ....... . . ... . . ............ . . . .... ................................. ... ... .. . . .. .. .. .. . .. . ....... . . . . .
lowQualScore : 7 44 4 7 0 7 0 7 999999999 99 7 000 000 99 1 333333 7 66666666666 6 444444 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 99 7 4 7 6 66 7777 1 999999999999 7 0 1111 7 7 8888888 0 222222222 0 111111 55 4 0 66666666666 22222 111 0 888888888888 4 11 66 11 44444444444444444444444 4 555 5555 1 7 666 6 11 4 4 88888888888888888 9 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 444 8 222 6666666666666 66 8 7 3 66 3 8 5 1111 4 2222222222222222222222222222 0 66666666666666666666666666666666666666666 5 7 0 55 55 222222 8 777 3 9 8 9999999999 66 888888 2 22222 0 4 4 0 4444444 9 4 000 0 0 999999999999 0 0 0 5555 444444444444444444444444444444444 000 000 99 0 0 99 44 99 77 7 11 9 7777777 2 0 4 4 0
consensus : ATTTATTTCGCCTCCAACAA-GTATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAAACAA--AATGTCGTT--AAA-AA--CATTNTCGACTATTAAAAGAATCGTA------TAC--TA------T---------------ACTCCA-A-------AA--------A-C------T-AA-AAT-TT-CAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATT-AAA-TTCTGTTT-A-AA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-A----A--ANTTGAT-----CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCGT-TTT-AC--C-GTTGCTTATTTTTATTGANCTGTA------------ATATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAA-GTGATA--C----GAA-----AA-A-----CTTT-AAAAAAT-TAACATCG-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT-G--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------T------CA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCAGCAGA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGACA-A-TA------AA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--NATACA---TATAGT---GT----CAGA--TCGTT---TACTGATA-AA--AAA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATCGTTTACGTG------CTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTANTAT-------AAAACGT-TACTCGTA---A-AANA----T-A-C--NT-AC-TCT-AA----ATG--------CGNT----A---T-G-GT-------TT---T---TATT--A-A-AA--AAGNTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATTT---T---TTGTTANTGACCCCCTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
Reference ( family-2888 ) : ATTTATTTCGCCTCCAACAA-GTATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAAACAA--AATGTCGTT--AAA-AA--CATTNTCGACTATTAAAAGAATCGTA------TAC--TA------T---------------ACTCCA-A-------AA--------A-C------T-AA-AAT-TT-CAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATT-AAA-TTCTGTTT-A-AA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-A----A--ANTTGAT-----CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCGT-TTT-AC--C-GTTGCTTATTTTTATTGANCTGTA------------ATATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAA-GTGATA--C----GAA-----AA-A-----CTTT-AAAAAAT-TAACATCG-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT-G--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------T------CA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCAGCAGA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGACA-A-TA------AA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--NATACA---TATAGT---GT----CAGA--TCGTT---TACTGATA-AA--AAA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATCGTTTACGTG------CTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTANTAT-------AAAACGT-TACTCGTA---A-AANA----T-A-C--NT-AC-TCT-AA----ATG--------CGNT----A---T-G-GT-------TT---T---TATT--A-A-AA--AAGNTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATTT---T---TTGTTANTGACCCCCTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
gi|1 : TTTCATCTCCAACAAAGTAACCCACATTTTCTATGGATGAGGGCGGTCAT-TGGTTGCCCACTA-TTTTTCTA-TAGTTGGTCTTTAGTAGGTCAGTAG---ATTTCC---ATGGAA--GATAGGCAAAACAA--ACTGTCGTTTTACA-GA---ATTTTCGACTATTAAAAGAATCGTT------TACTATA------TTCAACAACACTGAACATTTCA-ATGTTACTGA--------A-CAACACAT-AA-CAT-GT-CAATATGGTTCACACCT--TTGAT-AATGCCGTATGACCATTATTATGTTAATT-AAAGTTCTGTTT-A-AA-AGTGGAAATGGGTCTCAC----A-AGA-A----A--AGTTG--------T---TG-TAG-----CCTACACAT--CAAAA-TATTGCCATATTCTAACGCCGT-TT---------------ATTTT-----ACCTGTT------------ATGTT-TGTTTTTGAA--ACAGAAA-GTGATAATC----GAA-----AA--------CTT-AAGAAAT-TAACA--GTAAAAATGATAAATTGTGC--CTTTTAAAT--CCAGATAC-A-CA--C--A--AGACT--T-CATTACT-GACT-----TCC---------------A--TTTGAA-----T-------T------CA---A---------------------ACATAATCCTGTCAATAA-----AATGAATC-----AACG---A---AAAGGCGCAGA---TATG--A----T-----GT--T-TCTAAAGAAACTT-A-AATGT--ATCAA-TGTATCA----GCAATGGCA---TA------AA------AGACATA-TTTGATATTAGATGCA-TATCT--TTAATA---TAGAGT---GT----TAGG--TTGTTATTTACTCATA-AA--AAG--TCA------AAACCGT--CCATTTCGAAACT-G--C---TCATG-ACTCA------CTTAATAG-----AC-ACA-CAGT-GGTATTAT-------AAACTTT-TACGCTTA---A-AATA----T-A-C--CT-AC-TCTCAATTATATT--------CGAT----G---T-T-GTATT----TT---T---TATC--T-T-AA--AACATGTCG--ATAAAATAAATCAAGCTAT---TGGGT---TTGTTAATTACCTCCTACAGA-AATATGTGAGGTCGGTTGGATAA
gi|10 : tTTCGCCTCCAACAA-GTACCCTGCCTTTCCATTGGACGATAGCCGTCGCATTGTGATCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--GGGTTAGTGG---ATTTTTTTAATAAAG--GGCAGGCAAAACAC--ATTGTCGTT--GTT-AA--CAATTTAGACAATAAAAAGTATCGTA------TAA--TA------T---------------ACTCTACA-------AA--------A-C------TGAA-AAT-TT-CAATATGATTCAC----------T-AA----GTTTG------------TCTATT-AAA----------A-AT-ACTGGAAATTGGCCTCGC----A-ATA-A----ata
gi|11 : ---A---------------------A----------------A-----AA-----T-----AAT----A---AAAGCAGTATA---CCTG--A----T-----G----------AGAATCAT-AGAAT-T--ATTTA-TGCAACA----TAAA-GAT--A-TA------AG----------------TGATATTTAATTCA-AAT-----ATACATAGTATAGT---GTATTACAGA--GCATT--------GTA-AATTTAG--TTA------A--------CCCCTTTGAGACTCA--T--ATTGTTTATGCA------CCTACTTG--CA-AC-GCAGCAGT-GTCAATAT-------AAAACAT-TACTC
gi|12 : ACTAATA-AA--AAA--TTACTCCCCAACCCGCTTCCCCCTCAAAACT-GCTT--AT-GTTTACATGTATATGCTTCATAGGGCA-AT-GCA-TGGT-GTTATTAT-------AAAATGT-TACTTGTACAAA-AAAA----G-A-C--CT-AC-TTT-AA----ATG--------AGAT------------GT-------AT---T---TATT--A-A-AAAGAAAATGCTA--ATGAAATAACTC--GTAATCTTT---a
gi|13 : TCCAACAA-ATACCCTGCCATTTCATTGGATGAGAGCAGTCACATGGTGA---CCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--CGGTC----G---AGTTTC---ATGGTT--GGCAGGCAAAACAA--AAT---GTT--AAACAG--CATTGACGACTATT-AAAGAA-CGTGCAGGCCTAC--CA------T---------------ACTCCACA-------AA--------A-C------T-TA-AACAAT-CAATATGGTacattaacct
gi|14 : aacttttata-CAGT-GTTAATATTCCAGAAAAGAAGTCTAAT--TA---A-AAAA--------C--G---C-TCA-AA----ATGAGACCTGACATT----A---T-G-TT-------TT---TCTGTTTT--A-A-AA--AAGATTTTA--ATGAAATAAATCA-GTTATATTG---T---TTGTTTCTGA
gi|15 : gtattaatgcaaaataaattaaataaaaacatatctaatacagtCAGG---TATG--A----T-----GC--TATCTCGAGG--TAT-A-ACTACTCATCAA-CG-AACA----TAAATGACA---CA------AAGCCAT-A-------CTTGATATTTAATGCA-T---------------TA-AGT---GT----CACA--T----------------AA--AAA--TAAT-----AAATCGC--CCTCTTCAAAACT-A-------CTTATACGTT------CTTgc
gi|16 : atattatatcatatatACAA-TCATCCTGTATTTTCATTGGATGAGAGAGGTCATATgttgacat
gi|17 : tctttct--TCCT-------C-------T------CA---ATA-------------------A----------------A-----AAGATT-T-----AATG---A---AACACAGCAGAA--TGTGTTA----T-----GT--TATCTAGAGAAATATTA-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGAC--A-TA------AA------AAAACAGTCTTGATtttcattttttttagttccgcaaaatagaaaattccattatctcaacatgatgttttttaaaggcagttaagtcggtctgttaattagta
gi|18 : gaattctagcaaatTA---A-AATA----T-A-A--AT-AG-T-T-AAC---ATG--------CATT----G---TTG-AT-------TTAATT---CATC--A-A-AA--CA-CTGTCATTATAAAATG--TCA-GTTACATTT---T---T----AATGACCGTCAACGGA-AATATGTGGGGTCAGGCGGATAAtt
gi|19 : gtATTTATTTTACCTCCAATAC-GTATCCTGCTCTTTGATTGGACGATAGCAGTCAAATGGTGGCCGCCTA-TTatag
gi|2 : atATTTATTTCAGCTCCAATAA-GTATCCAGCATTTTCATTTGATTAGAGCGGCCACATGGTTAACCCCTACTTTTTCTT-TAG---------A--GGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAC--GGCAGGCAAAGCAA--GATGTGGTT--AAA-AATGCATTTTCGACTATTAGAACAATCGTA------TAC--TG------A---------------ACTT-A-A-------AA--------A--------T-GA-GTTATT-CAATACGGTTCATCCCT--TTGAT-AATGC-ATATGACTATTATTCCATTTAT----A-T--------A-AA-ATTAGAAACGGTCCTCGC----A-GAA-A----A--AGTTGAT-----CTCAGTG-CAG-TT--TCAATATGTAACTAAT-TAGTACAGTAGTATAGCGCTGT-TTT-AC--C-GTTGCTTATCTTTATTGAGATATA------------AGATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAAAGTGATA--C----AAA-----AATA-----TTTTTAAAAAAA-TAACATTA-AAAAGCAAGAAATTGTGT--C-----AGT--CCATATGC-A-CA-----A--A--CG--T--AACACTTA--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------C------TA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCACCATA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGTGAAACAC-A-AATGT--ATCAACTTCAATT----TAAATTACACG-TA------AA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--TATGCA---TATAGT---GT----CAGA--TTGTT---TACTGATG-AA--ATA--TTA------AAACCAG--CCGCCTTGAAACT-AT-T--ATTGTTTAACTA------CTTCCTTG--CA-AC-ACA-CGGT-GTTAGTAT-------AAGATGT-TGCTCGTA---A-AAAA----T-A-C--AT-AC-TCC-AA----ATG--------CAGT----A---C-G-GT-------TT---T---AAAT--A-ATAA--AAGTTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATCT---T---TTGATGCTGACCTTTTGCTCA-AATATGCGGGGCCAGTTTGATAA
gi|3 : TCACCTCTTACAA-TTGTCCTCACTTTTCATATGATGGGAAAGGTCACATGGTGACCTCTTA-TTTTTCTA-TAG---------A--ATGTTAGTAG---ATTTTC---AAAGAGACGACAGGCAAAACAAACAATGTCGTT--AAACAA--TATTATCGACTTTTACACGAATTGTA------TAA--TATAGACCT---------------ATTCCATA-------AA--------A-C------TAAA-AAT-TTGCAATATGGTTCAC-CAT--TTTATGAATGC-TTAT-ACTTTTATTCCA-TTATTCAAG-TTCTGTTTAA-AA-ACTTGAAA-GGGTTTCACCGTTACATGTA----ACCACTTTA------CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAA-GAAC-CTGTACACTATTCTAGCGCTGT-TTT--CGAC-GTTTCTTATTTTTGGTCATCTGTA------------ATATT-TGTTTCTGCA--TAAGAAA-GTGATA--CT---TTA-----AA-A-----C-TT-AAAAAA--TAAAATCG-AAAAGCAAACCATTGTGT--TTATAAATT--CCAGATTC-A-CA--TTGG--A--CT--T-CGATATT----T-----GCT---------------T--TGAA-------T-------T------CA---AT--------------------A----------------A-----AA-----TG----AATG---AGTGAAA--AGTAGA---TATG--T----T-----GT--TGTTTAGAGAATCAT-A-AATAT--ATTAA-TG----A----T-----ACA-ATTA------AC------A-------CTTTTTGTCTAGTATATTATCT--CGT--------TAA-----------AAG--TTGTT---GACTAATA-AA--AGA--TGA------AAACCGT--CAGCTAAGA--------T--ATCATTTA--TG------TTACCTAT--CA-AC-ACA-TGGT-GTTACTAT-------AAAACGT-TACTCGTG---A-AAGG-----------AT-AC-TC---G----ATG--------CTGT----A--------T-------TT---T---TA
gi|4 : tttaatttgaga-TTTGTCTACTTG---------A--ATTTCAGTGGTTAATTTCC---ATGGAG--GGTAGGCATAATAA--AAT--------AAC-AT--CATTGTCGACAATTAAAAGAATCGTA------TTC--TT------T---------------ACTCCA-C-------AA--------TTC------T-GACAAT-TC-CAATATGGCTTACACCT--TTGAT-AATAC-GTATAACAATTATTC-----ATT-AAA-C-------------ACTAGATACGGGCTTCAC----A-ATA-A----A--CGTTGAT--------------A--------AATAA--AACGAAA-AGGTGCCATATTCTAGTGCCGT-TTTTAC--C-GTTGCCT-TTTCAACAGACATGT--------------TATT-AATATT-------CAAAAA------A--C----GAG-----AA-AGTGTGCTTT-GAAAAACCTGATGTCC-A----CAAGA----------CTTCAAAATGGCCATCTGTGA-CA--A--A--A--CG-----AATTCT-G--------GCA---------------AAATCCA-------C-------T------CA---AT--------------------A----------------A-----AAT----C-----AAGG---A---GAAGCAGCAGAATATATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-ACTAT--ATCAA-TGCAACATAATTAAATTAC--A-TA------AACAC---A-------CTTGATATCTAATGTA-TATCT--AGTATA---TA
gi|4 : tttcTA---A-AAAA----T-A-C--TT-AC-TCT-AA----ATG--------AGAT----A---T-G-ATGCCGTATTT---T---TATT--A-A-AA--GAGTGGTCG--ATGAAATAAATCA-GTT---TTG---T---TTATTACTGAGCCCCTACAGA-GTAATGTGGATTCGGTTGgaaataaaaaatacttactctaaatgagatatgatgccgtatttttattaaaagagtggtcgatgaaataaatcagttttgtttattactgagcccctacagagtaatgtggattcggttgtaaaaataggtaggggattagtaa
gi|5 : tttctttgtctacttgaatttcagtggttaatttccatggagggtaggcataataaaataacatcattgtcgacaattaaaagaatcgtattctttactccacaattctgacaattccaatatggcttacacctttgataatacgtataacaattattcattaaacactagatacgggcttcacaataaacgttgataaataaaacgaaaaggtgccatattctagtgccgtttttaccgttgccttttcaacagacatgttattaatattcaaaaaacgagaaagtgtgctttgaaaaacctgatgtccacaagacttcaaaatggccatctgtgacaaaacgaattctggcaaaatccactcaataaaatcaaggagaagcagcagaatatatgatgttatctagagaaacataactatatcaatgcaacataattaaattacataaacacacttgatatctaatgtatatctagtatatagaaaATTTCGCCTCCAACAA-TTATCCTGTCTTTTCATTGGATGAGAGTGGTCACATATTCACCTTCTG-TTTTTCTA-TAA---------A--ATGTCAGTAA---ATTTTC---GTTGAG--GGCAGCCAAA----------TCGGT--A-------TATT--CAACTTGTACAAGAATTGTA------TAC--TA------T---------------ACTC------------------------------------GT------ATAAGGTCCACCCTT--TTGAT-AATGC-GTAGGACTGTTATTTCATATATTTAAA-TTCCATTA-ACAA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-ATTTTG--ATATGATTATCACTCAGTG-CATGTT--CAAATATGTA-CGAAAATAATACAATATTCTAGCGCCGT-T---------GTT------------TGAGCTGTA------------AGATT-TGTTTTTGAA--TCTGAAA-GTTATA--C----TTA-----AA-A-----TCTT-GAAAA-T-TAACATTT-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAGAAT--CTAGATGC-A-TA--C--AAGA--TA--T-CTATA---G--T-----GTC---------------A--TCTT-------C-------T------CA---A---------------------A----------------AACCTGAA-----C-----AATG---A---AAAGCATCAGC---TATG--A----T-----GT--TATCTGGAGAAACATAA-AATAT--ATTAA-TGCAACA----TAAACGACA-A-AA------AACAC---A-------CTTGCTATTTAATGCA-TATTTTCGATACC---GATTGTCAAGT----AAAATGTTGTT---TACTGATA-AA--AAA--taaaaataggtaggggattagtaa
gi|6 : CAGGA-CAGGTT--CAAATAAGCAACAAAG-TCATGCCATATCCTAGCGCCGTATTT-GC--C-GTTGTTTACTTTTATTAGCCTGTA------------ATGT---GTTTAAGAA--TCGTAAA-GTGATA--C-----------------------TT-AAAAA---------CG--------------TGTGTGGTTGTAAACT--TCAGATGC-ATCT--T--A--A--CA--TTCAATATT-G---------CC---------------A--TCTATTTTGAAC-------T------CA---ATCAAAGTCCTCCAAATAAAAGA----------------A-----AG-----C-----AATA---A---AAAGCAGTTGC---TATG-------------GT--TATCTAGGGAAGCAC-A-AATAT--ATCAG-TGCAGCA----TAAATGA-A-A-TAAAAATCAA------A-------CTTGATATTTAACTCA-TATCT--AA---A---TCTGG----AC----CATA--CCGAT---TACTGACA-AA--AAA--ATA------AAACCGC--CCCCTTTGAAACT-G--A--AT-GTTAACATG------CTTCCTGG--CG-ACTGCT-GGGT-TTTAATAT-------AAAACGT-TACTCATA---A-AATA----T---CTAGT-AT-ACT-AA----ATA--------AGATCGAAG---T-G-ATA------TT---C---TATT--ATA-AA--AA---------------------A-GT--TATTT---TGGATGGTTAACGAGCCCCTA-GAATAATATGTGGAGTCGATTATATAAa
gi|7 : atatatacgtcgctagtctatttatcatttcata-----CTCAATG-CAGGTT--CCGATACGTATCGAAA-TAATGCAATACTTCAGCGCTGTAATC-AC--CAGTTGCAAATTAGTATTGAGTTGTA------------AAATT-GGTTTTTGAA--TTATGAA-GTGATA--CT---CAA-----AA-A-----CTT---AAAAAT-TTACACCG-AAAAGCAAGAAAGTGTG---TTTTAACGT--CAAGATGC-A-TA--TAAA--A--CG--T-CAATACT-G--T-------C---------------A--TCAG-------CT------T------TG---A---------------------ATTC-------------A-----AG-----C-----AATATATA---TATACATTATA---TATAT-A----TATCAAGT--TATCTAGCGAAATAT-A-----------AA-TGAAACA----TAAATGAC--A-TA------AAAGACATA-------CTTGATGTTAAATGAA-TATCT--AATATA---TAGGGT---GT----CA-----CG-----TA--GATA-AA--AAAATTTA------ATACTGA--CCGCTTCGAAACT-G--TTAATTGTTTACATG------TTACCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTAATAT-------AAAAAGA-TATTTGTA---ATAAAAGACCT-AGC--CT-AC-TCT-AA----ATG--------AGATTCG-AAGTT-GTAT-------TT---T---TATTAAA-A-AA--AAGTTGTCG--GTAAAatacggg
gi|8 : atatgtataaagttggtctgtttgccactttaCTATTAAAAGAATCGTA------TAC---A------C---------------ACTATA-A-------AATACATCAAA-C------TGAA-AAT-TT-CAATTCGGTTCACTCCTATTTGAT-A--------T-ACTATTATTCCATTTATTTAAA-TTCTATAT-A-AATACTG-AAATAGGCCCCAA----A-ATA-G----A--ACT-GAT-----CT--GTTTCATTTTACTCAGTGCACAAAGAAA-CAGTGCAATATTCTAGCTATGT-TTCCAC--T-GTTGCTTATTTTTATTGGGCTCTAATTTAATATATGATATTGTGTTTTTAAAATCCAGA----TG-CA--T----GAA-----AC-A-----CTTC-AA
gi|8 : GATATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-TG--A--A--A--CACTT-CAATACT-G--TCATCCGCCTTGAGTCCAAGCAAAA--TCCT-------C-------TAAAAACCA---A---------------------A----------------A-----AA-----TGAGTAAATG---A---AAAGCAGCAAA---ATTG--A----T-----GT--TACCTAGAGAATCAT-A-AATAC--ATC-A-TACAACA----TAAATGtactgtcatccgccttgagtccaagcaaaatcctctaaaaaccaaaaaatgagtaaatgaaaagcagcaaaattgatgttacctagagaatcataaatacatcatacaacataaatg
gi|9 : ctattaaaagaatcgtatacacactataaaatacatcaaactgaaaatttcaattcggttcactcctatttgatatactattattccatttatttaaattctatataaatactgaaataggccccaaaatagaactgatctgtttcattttactcagtgcacaaagaaacagtgcaatattctagctatgtttccactgttgcttatttttattgggctctaatttaatatatCTGTA------------ATATA-TGTTTTTAAA--TCAGCAA-ATGATA--TTTAAGGATACCCAA-A-----CGCT-TAAATAT-CAACATTC-AAAGGCAAGCAATT--------TTAA--T--CCAGAGGC-C-CATTT--G--T--CT--T-CAATAAT------------C---------------A--TCCA-------CTTTGAATT------CAGGCA---------------------A----------------A-----AT-----CTTCTAAATG---A---AATAAAGCA------ATG--AAAAGT-----GGAAGATCCAGACAAAATT-G-AATAA--ATCAA-TACA--A----TAGGT-----------------------A-------CGTGATATAAAATGCA-TTTCA--AACA-A---TAGAGC---GT----CAA-----GCT---AAGTGATGTAT--ATA--TTA------A---CAG--CC---------------T--AATGCTTACATG------TTTCTTGG--CGAAC-GAA-CACTCGTAGTTAT-------AAAACGT-TACTCGT----G-AAGA----TGA-C--ATCACGTCT-AA----ATGAAGTCTGACGTT----A---T-G-TT-------TT---T---
blockSeqs : G C T C C C . . TTA TTA AC ACAATG AAAAATGC T CAGGCC TATAGACCTATTCCATAAAACTAAAAATTTG T C AT G T . G CATT C TTCTGTTTAA T T CGTT C T TTTTG G TTATCACTC T TTTTAC A A AATCACCA GCTTA TAT G ATTTAATATATG G AT AG . TTAAGGATACCCAAACG T ACC TTA A TGG G GG G T TTGGACTT C GTCATCCGCCTTGAGTCCAAGCAAAATCCTCTAAAAACCAAAAAATGAGTA TAT GTG T ATA TATATCAA AA T G TC C C TAAT ATAAAAAAACAGT T TCGATACCGATTGTCAAGTAAAATGTTGTTT C T TT AT CTCCCC A CTT C GTTAATT TG TATATG T GGCA T G C A TCCAGAA C CAA T A GACCTAGCC C G . C AGACCTGACATTATGTT AAT CTG AA T T AG AA TT AC . AA C TGGA T C G G T
blockSeqs : A C C G . . . . . . . ATTG AAACAGC G . ACACTATAAAATACATCAAACTGAAAATTT T A . . T . G CATA T TTCCATTAAC . C . . . ACC C TCTC . GGTT A . TTTCGAC TCTTA TGG T . . . G . GAGAAAGTGTGCT . AA TCG C T T . . . CAAGATAT T GCCATCTATTTTGAACTCAATCAAAGTCCTCCAAATAAAAGAAAGC . . G A AAAAGT . A . . . C . AATAAAAATCAAA . ATACATAGTATAGTGTATTACAGAGCATT C . . . T A C C CATATT CA . A CGA . . . T . . . . A TCTAG . . . . AAGTCTGACGTTATGTT . . . . . . GA . AA . TA A T T A T T .
blockSeqs : T A A C . . . . . . . GATG AAACAAT T . TATACTCTACAAAACTGAAAATTT C C . . T . A CATT T TTCTATATA . C . . . A G CTC . TGTT A . TTTTACC GTTTA AAC C . . . G . AAAAATATT . AT TCC A T A . . . TAAAACGT C CATCCACTTTGAATTCAGGCAAAATCTTCTA . . G . TTAT . . . . . C . ATAAAAGACATA . TATGCATATAGTGTCAGATTGTTT C . . . . A G T GCTTAT CG . T CA . . . A . . . . T TGACA . . . . AGATATGATGCCGTAT . . . . . . GT . AA . TA A T T C C A .
blockSeqs : G T C T . . . . . . . AAT GTTAAC A . CATACTCCACAAAACTTAAACAAT T T . . T . G CAT . TA . C . . . A T TCT . GGTT A . ATTTGCC GCAAA TAT G . . . G . TCAAAAACT . AT TTT A T A . . . AAACACTT T GTGTCATCTTCTCAAAAACCTGAAC . . T . AT . . . . . C . ACAAAGCCATA . AAATCTGGACCATACCGATT C . . . . A T G ATTATT AC . A CA . . . G . . . . A GACC . . . . AGATTCGAAGTTGTAT . . . . . . GT . AA . TA A T G C C G .
blockSeqs : G A C T . . . . . . . AAT AACATC G . TTTACTCCACAATTCTGACAATTC T . . . . . . TC . A . T . . . A C T . GGTT T . TTCCACT GCTTA TAT C . . . G . TTTAAAAC . A CCG T T C . . . TTTGTCTT C GGCAAAATCCACTCAATAAAATC . . G . AT . . . . . C . AAAAAACACA . AACAATAGAGCGTCAAGCTA C . . . . A C G TATC CA . G CA . . . C . . . . G TAAA . . . . AGATCGAAGTGATA . . . . . . GT . . . T A T . A
blockSeqs : T C . . . . . . . . . . AT . . TGAACTTAAAAATGAGTTATT A . . . . . . . . C . . . . . . GTT A . TTTACC GCCT TAT G . . . A . TTAAAATC . T TTC A . G . . . TAACATT C GTCATCAGCTTTGAATTCAAGC . . G . AT . . . . . C . ATAAACACA . AATATATAGGGTGTCACGT G . . . . T A C GAAT CA . A CG . . . A . . . . A TACA . . . . CATTGTTGAT . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : T C . . TATACTCGT C . . . . T . . G . . . . . GAAACACT . . CG . . A . . . AACGT A TATGCCATCCGCCTAAAAAAC . . G . TT . . . . . A . ACGTAAAA . CGTTAAAAGTTGTTG . . . . . . G G TAAT CA . G CG . . . A . . . . T TACT . . . . CAGTACGGT . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AAACG . TGCTTTGAATTCAATAAAATG . . G . AT . . . . . C . AATTAACA . TAAGTGTCACAT . . . . . . . . AC . . . . T . . . . A CG . . . . AGATGT . .
blockSeqs : . . T . AT . . . . . C . ATAAG . . . . . . . G A . . . . CTGTAT . .
blockSeqs : . . A . AT . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqCons : N* ********* ** AATG** TCTC***** GGTT** TTTCGCC**** GCTTA TAT ** TNAAAAACT************** TCN* ATAAACACA******************* NATAATANAGTGTCANACGCTT******************* GTATT***** CG*** **** AGATCGAGTTGTGT******************* T******
originalCons : ATTTATTTCGCCTCCAACAA-GTATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAAACAA--AATGTCGTT--AAA-AA--CATTNTCGACTATTAAAAGAATCGTA------TAC--TA------T---------------ACTCCA-A-------AA--------A-C------T-AA-AAT-TT-CAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATT-AAA-TTCTGTTT-A-AA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-A----A--ANTTGAT-----CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCGT-TTT-AC--C-GTTGCTTATTTTTATTGANCTGTA------------ATATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAA-GTGATA--C----GAA-----AA-A-----CTTT-AAAAAAT-TAACATCG-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT-G--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------T------CA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCAGCAGA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGACA-A-TA------AA------A-------CTTGATATTTAATGCA-TATCT--NATACA---TATAGT---GT----CAGA--TCGTT---TACTGATA-AA--AAA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATCGTTTACGTG------CTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTANTAT-------AAAACGT-TACTCGTA---A-AANA----T-A-C--NT-AC-TCT-AA----ATG--------CGNT----A---T-G-GT-------TT---T---TATT--A-A-AA--AAGNTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATTT---T---TTGTTANTGACCCCCTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
finalCons : ATTTATTTCGCCTCCAACAAN-TATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAAACAAAATG--TCGTT--AAA-AA--CATTNTCGACTATTAAAAGAATCGTA------TAC--TA------T---------------ACTCCA-A-------AA--------A-C------T-AA-AAT-TT-CAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATT-AAA-TTCTGTTT-A-AA-ACTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-A----A--ANTTGATCTC-----AGTG-CAGGTT--CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCGTTTTCGCC----GTTGCTTATTTTTATTGANCTGTA------------ATATT-TGTTTTTGAA--TCAGAAA-GTGATA--CTNAAAAACT--------------TT-AAAAAAT-TAACATCN-AAAAGCAAGAAATTGTGT--TTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT-G--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------T------CA---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATG---A---AAAGCAGCAGA---TATG--A----T-----GT--TATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TAAATGACATAAACACA-------------------CTTGATATTTAATGCA-TATCTNATAATANAGTGTCANACGCTT-------------------ACTGATA-AA--AAA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACTGTATT-----GTTTACGTG------CTTCCTAGCG---AC-GCA-CGGT-GTTANTAT-------AAAACGT-TACTCGTA---A-AANA----T-A-C--NT-AC-TCT-AA----ATGAGATCGAGTTGTGT-------------------TT---T---TATT--A-A-AA--AAGNTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATTTT------TTGTTANTGACCCCCTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222 111 111 11111 22222222222 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1 33333333333 1111 1111111 111111111 111111 1111111 222222222222 111 33333333333333333333333 22222222222222222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 333333 6666666666666666666666666666666666666666666 111111 22222222 111111 1111111 222222222222 44444444444 1111111 11 1111111
lowQualScore : 0 66 1 0 3 1 5 5 222222222 77 0 000 000 77 0 11111 0 55555555555 6 444444 66 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 3 2 77 5 1 5 6 00 3 55 7 55555555555 5 5 4 2222 5 5 4444444 1 888888888 5 222222 00 3 5 5555555 33333 444 1 222222222222 4 333 1 4 33333333333333333333333 55 77 0 2 66 777 66 4 4 66666666666666666 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 666 666 1 999 44444444 555 44 0 6 3 1 44 3 1 0 7777 3 2 3 66666 111111 55 4 9999999999999999999999999999999999999999999 1 4 777777 888888 4 888 5 0 0 55555555 1 55 222222 1 99999 5 4 4 1 4444444 0 4 777 4 1 111111111111 4 4 4 4 55555555555 4 4 55 4 2222222 5 5 66 00 66 22 5 33 4 2222222 3 1 1 1 8
lowQualScore : . .. . . . . . . ......... .. . ... ... .. . ..... . ........... . ...... .. .................................................................... . . .. . . . . .. . .. . ........... . . . .... . . ....... . ......... . ...... .. . . ....... ..... ... . ............ . ... . . ....................... .. .. . . .. ... .. . . ................. . ......................................................................................................................... ... ... . ... ........ ... .. . . . . .. . . . .... . . . ..... ...... .. . ........................................... . . ...... ...... . ... . . . ........ . .. ...... . ..... . . . . ....... . . ... . . ............ . . . . ........... . . .. . ....... . . .. .. .. .. . .. . ....... . . . . .
lowQualScore : 7 00 4 7 0 7 0 7 999999999 99 7 000 000 99 1 77777 7 66666666666 6 444444 99 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 99 7 4 7 6 66 0 44 1 11111111111 7 7 0 1111 7 7 8888888 0 222222222 0 111111 55 4 0 8888888 22222 111 0 888888888888 4 999 1 4 99999999999999999999999 44 00 1 5 44 222 11 4 4 88888888888888888 9 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 444 444 8 222 88888888 888 66 8 7 3 7 66 3 8 5 1111 3 5 6 99999 000000 00 0 7777777777777777777777777777777777777777777 6 0 666666 999999 8 777 3 9 8 77777777 3 66 888888 2 22222 0 4 4 0 4444444 9 4 000 0 0 999999999999 0 0 0 0 77777777777 0 0 55 0 2222222 0 0 99 44 99 77 7 11 9 7777777 2 0 4 4 0
consensus : ATTTATTTCGCCTCCAACAAN-TATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAAACAAA--ATGTCGTT--AAA-AA--CATTNTCGACTATTAAAAGAATCGTA------TAC--TAT---------------A------CTCCA-A-------AA--------A-C------T-AA-AA-T-TT-CAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATT-AAA-TTCTGTTTA-AA-A-CTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-A----A--ANTTGAT-----CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCGTTTTCGCC-GTTGCTTATTTTTATTGANCTGTAAT------------ATT-TGTTTTTGAA---TCAGAAA-GTGATAC-TTAA--------AAAC---TTTAAAAAATTAACATCGAAAAGCAAGAAATTGTGTTTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT-G--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------T------C-A---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATGA---AAA---GCAGCAGA---TATG---A----T---GT--TATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TA-AATGAC-A--T--AAA---CACA--CTTGATATTTAATGCA-TATCTN--ATA-ATANAG--TGT----CAGA--------C----GTTTACTGATA-AAA--AA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATTGTTTACGTG------CTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTANTAT-------AAAACGT-TACTCGT---AA-AANA----T-A-C--NT-AC-TCTAA-ATG-AGA-T-C-G-A-GTTGTG-T-T--TTT-AT----T--A-A-AA--AAGNTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATTT---T---TTGTTANTGACCCCCTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
Reference ( family-2888 ) : ATTTATTTCGCCTCCAACAAN-TATCCTGCCTTTTCATTGGATGAGAGCGGTCACATGGTGACCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--AGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAG--GGCAGGCAAAACAAA--ATGTCGTT--AAA-AA--CATTNTCGACTATTAAAAGAATCGTA------TAC--TAT---------------A------CTCCA-A-------AA--------A-C------T-AA-AA-T-TT-CAATACGGTTCACNCCT--TTGAT-AATGC-GTATGACTATTATTCCATTTATT-AAA-TTCTGTTTA-AA-A-CTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-A----A--ANTTGAT-----CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAACGAAA-TAGTGCAATATTCTAGCGCCGTTTTCGCC-GTTGCTTATTTTTATTGANCTGTAAT------------ATT-TGTTTTTGAA---TCAGAAA-GTGATAC-TNAA--------AAAC---TTTAAAAAATTAACATCNAAAAGCAAGAAATTGTGTTTTTAAAAT--CCAGATGC-A-CA--T--A--A--CG--T-CAATACT-G--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------T------C-A---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATGA---AAA---GCAGCAGA---TATG---A----T---GT--TATCTAGAGAAACAT-A-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TA-AATGAC-A--T--AAA---CACA--CTTGATATTTAATGCA-TATCTN--ATA-ATANAG--TGT----CANA--------C----GCTTACTGATA-AAA--AA--TTA------AAACCGN--CCNCTTCGAAACT-G--T--ATTGTTTACGTG------CTTCCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTANTAT-------AAAACGT-TACTCGT---AA-AANA----T-A-C--NT-AC-TCTAA-ATG-AGA-T-C-G-A-GTTGTG-T-T--TTT-AT----T--A-A-AA--AAGNTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATTT---T---TTGTTANTGACCCCCTACGGA-AATATGTGGGGTCGGTTGGATAA
gi|1 : TTTCATCTCCAACAAAGTAACCCACATTTTCTATGGATGAGGGCGGTCAT-TGGTTGCCCACTA-TTTTTCTA-TAGTTGGTCTTTAGTAGGTCAGTAG---ATTTCC---ATGGAA--GATAGGCAAAACAAA--CTGTCGTTTTACA-GA---ATTTTCGACTATTAAAAGAATCGTT------TACTATATTCAACAACACTGAACA------TTTCA-ATGTTACTGA--------A-CAACACAT-AA-CA-T-GT-CAATATGGTTCACACCT--TTGAT-AATGCCGTATGACCATTATTATGTTAATT-AAAGTTCTGTTTA-AA-A-GTGGAAATGGGTCTCAC----A-AGA-A----A--AGTTG--------T---TG-TAG-----CCTACACAT--CAAAA-TATTGCCATATTCTAACGCCGTTT-------------ATTTT-----ACCTGTTAT------------GTT-TGTTTTTGAA---ACAGAAA-GTGATAA-TCGA--------AAAC---TT-AAGAAATTAACAGTAAAAA-TGATAAATTGTGCCTTTTAAAT--CCAGATAC-A-CA--C--A--AGACT--T-CATTACT-GACT-----TCC---------------A--TTTGAA-----T-------T------C-A---A---------------------ACATAATCCTGTCAATAA-----AATGAATC-----AACGA---AAA---GGCGCAGA---TATG---A----T---GT--T-TCTAAAGAAACTT-A-AATGT--ATCAA-TGTATCA----GC-AATGGC-A--T--AAAAGACATA--TTTGATATTAGATGCA-TATCTTTAATA--TAGAG--TGT----TAGG--------TTGTTATTTACTCATA-AAA--AG--TCA------AAACCGT--CCATTTCGAAACT-GC-T--CATG---ACTCA------CTTAATAG-----AC-ACA-CAGT-GGTATTAT-------AAACTTT-TACGCTT---AA-AATA----T-A-C--CT-AC-TCTCA-ATT-ATA-TTC-G-ATGTTGTA-T-T--TTTTAT----C--T-T-AA--AACATGTCG--ATAAAATAAATCAAGCTAT---TGGGT---TTGTTAATTACCTCCTACAGA-AATATGTGAGGTCGGTTGGATAA
gi|10 : tTTCGCCTCCAACAAG-TACCCTGCCTTTCCATTGGACGATAGCCGTCGCATTGTGATCCCCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--GGGTTAGTGG---ATTTTTTTAATAAAG--GGCAGGCAAAACACA--TTGTCGTT--GTT-AA--CAATTTAGACAATAAAAAGTATCGTA------TAA--TAT---------------A------CTCTACA-------AA--------A-C------TGAA-AA-T-TT-CAATATGATTCAC----------T-AA----GTTTG------------TCTATT-AAA---------A-AT-A-CTGGAAATTGGCCTCGC----A-ATA-A----ata
gi|11 : ---A---------------------A----------------A-----AA-----T-----AAT-A---AAA---GCAGTATA---CCTG---A----T---G----------AGAATCAT-AGAAT-T--ATTTA-TGCAACA----TA-AA-GAT-A--T--AAG-----------TGATATTTAATTCA-AATATAC-ATA-GTATAG--TGTATTACAGA-------------GC--ATTG-TA-AATTTAG--TTA------A--------CCCCTTTGAGACTCA--T--ATTGTTTATGCA------CCTACTTG--CA-AC-GCAGCAGT-GTCAATAT-------AAAACAT-TACTC
gi|12 : ACTAATA-AAA--AA--TTACTCCCCAACCCGCTTCCCCCTCAAAACT-GCTT--AT-GTTTACATGTATATGCTTCATAGGGCA-AT-GCA-TGGT-GTTATTAT-------AAAATGT-TACTTGTACAAA-AAAA----G-A-C--CT-AC-TTTAA-ATG-AGA-------------TG-T-A--TTT-AT----T--A-A-AAAGAAAATGCTA--ATGAAATAACTC--GTAATCTTT---a
gi|13 : TCCAACAAA-TACCCTGCCATTTCATTGGATGAGAGCAGTCACATGGTGA---CCTA-TTTTTCTA-TAG---------A--CGGTC----G---AGTTTC---ATGGTT--GGCAGGCAAAACAAA--AT---GTT--AAACAG--CATTGACGACTATT-AAAGAA-CGTGCAGGCCTAC--CAT---------------A------CTCCACA-------AA--------A-C------T-TA-AA-CAAT-CAATATGGTacattaacct
gi|14 : aacttttata-CAGT-GTTAATATTCCAGAAAAGAAGTCTAAT--T---AA-AAAA--------C--G---C-TCAAA-ATG-AGA-C-CTG-ACATTATG-T-T--TTT-CTGTTTT--A-A-AA--AAGATTTTA--ATGAAATAAATCA-GTTATATTG---T---TTGTTTCTGA
gi|15 : gtattaatgcaaaataaattaaataaaaacatatctaatacagtCAGG---TATG---A----T---GC--TATCTCGAGG--TAT-A-ACTACTCATCAA-CG-AACA----TA-AATGAC-A--C--AAAGC-CATA--CTTGATATTTAATGCA-T--------TA-----AG--TGT----CAC----------------------ATA-AAA--A----TAAT----AAATCGC--CCTCTTCAAAAC-----T--ACT-TATACGTT------CTTgc
gi|16 : atattatatcatatatACAAT-CATCCTGTATTTTCATTGGATGAGAGAGGTCATATgttgacat
gi|17 : tctttct--TCCT-------C-------T------C-A---ATA-------------------A----------------A-----AAGATT-T-----AATGA---AAC---ACAGCAGAA--TGTGTT-A----T---GT--TATCTAGAGAAATATTA-AATAT--ATCAA-TGCAACA----TA-AATGAC-A--TAAAAA---AACAGTCTTGATtttcattttttttagttccgcaaaatagaaaattccattatctcaacatgatgttttttaaaggcagttaagtcggtctgttaattagta
gi|18 : gaattctagcaaatT---AA-AATA----T-A-A--AT-AG-T-TAACATG-C-A-T-T-G----TTGAT-T-TAATTC-AT----C--A-A-AA--CA-CTGTCATTATAAAATG--TCA-GTTACATTT---T---T----AATGACCGTCAACGGA-AATATGTGGGGTCAGGCGGATAAtt
gi|19 : gtATTTATTTTACCTCCAATACG-TATCCTGCTCTTTGATTGGACGATAGCAGTCAAATGGTGGCCGCCTA-TTatag
gi|2 : atATTTATTTCAGCTCCAATAAG-TATCCAGCATTTTCATTTGATTAGAGCGGCCACATGGTTAACCCCTACTTTTTCTT-TAG---------A--GGGTCAGTAG---ATTTTC---ATGGAC--GGCAGGCAAAGCAAG--ATGTGGTT--AAA-AATGCATTTTCGACTATTAGAACAATCGTA------TAC--TGA---------------A------CTT-A-A-------AA--------A--------T-GA-GT-TATT-CAATACGGTTCATCCCT--TTGAT-AATGC-ATATGACTATTATTCCATTTAT----A-T-------A-AA-A-TTAGAAACGGTCCTCGC----A-GAA-A----A--AGTTGAT-----CTCAGTG-CAG-TT--TCAATATGTAACTAAT-TAGTACAGTAGTATAGCGCTGTTTT-ACC-GTTGCTTATCTTTATTGAGATATAAG------------ATT-TGTTTTTGAA---TCAGAAAAGTGATAC---AA--------AAATATTTTTAAAAAAATAACATTAAAAAGCAAGAAATTGTGTC-----AGT--CCATATGC-A-CA-----A--A--CG--T--AACACTTA--T-----GCC---------------A--TCCG-------C-------C------T-A---A---------------------A----------------A-----AA-----C-----AATGA---AAA---GCACCATA---TATG---A----T---GT--TATCTAGTGAAACAC-A-AATGT--ATCAACTTCAATT----TA-AATTAC-ACGT--AAA------A--CTTGATATTTAATGCA-TATCTT--ATGCATATAG--TGT----CAGAT-------T----GTTTACTGATG-AAA--TA--TTA------AAACCAG--CCGCCTTGAAACT-AT-T--ATTGTTTAACTA------CTTCCTTG--CA-AC-ACA-CGGT-GTTAGTAT-------AAGATGT-TGCTCGT---AA-AAAA----T-A-C--AT-AC-TCCAA-ATGCAGT-A-C-G--------G-T-T--TTA-AA----T--A-ATAA--AAGTTGTCG--ATGAAATAAATCA-GTTATATCT---T---TTGATGCTGACCTTTTGCTCA-AATATGCGGGGCCAGTTTGATAA
gi|3 : TCACCTCTTACAAT-TGTCCTCACTTTTCATATGATGGGAAAGGTCACATGGTGACCTCTTA-TTTTTCTA-TAG---------A--ATGTTAGTAG---ATTTTC---AAAGAGACGACAGGCAAAACAAACAATGTCGTT--AAACAA--TATTATCGACTTTTACACGAATTGTA------TAA--TAT---------------AGACCTATTCCATA-------AA--------A-C------T-AA-AAAT-TTGCAATATGGTTCAC-CAT--TTTATGAATGC-TTAT-ACTTTTATTCCATT-ATTCAAG-TTCTGTTTA-AA-AACTTGAAA-GGGTTTCACCGTTACATGTA----ACCACTTTA------CTCAGTG-CAGGTT--CCAATACGTAA-GAAC-CTGTACACTATTCTAGCGCTGTTTTCGAC-GTTTCTTATTTTTGGTCATCTGTAAT------------ATT-TGTTTCTGCA---TAAGAAA-GTGATAC-TTTA--------AAAC----TTAAAAAA-TAAAATCGAAAAGCAAACCATTGTGTTTATAAATT--CCAGATTC-A-CA--TTGG--A--CT--T-CGATATT----T-----GCT---------------T--TGAA-------T-------T------C-A---AT--------------------A----------------A-----AA-----TG----AATGAGTGAAA-----AGTAGA---TATG---T----T---GT--TGTTTAGAGAATCAT-A-AATAT--ATTAA-TG----A----TACAAT-------T--A------ACA--CTTTTTGTCTAGTATATTATCTC--GTT-A-AAAG--T------------------T----GTTGACTAATA-AAA--GA--TGA------AAACCGT--CAGCTAAGA--------T--ATCATTTA--TG------TTACCTAT--CA-AC-ACA-TGGT-GTTACTAT-------AAAACGT-TACTCGT---GA-AAGG-----------AT-AC-TC---------GA-T-------GCTGTA-T-T--TTT-A
gi|4 : tttaatttgaga-TTTGTCTACTTG---------A--ATTTCAGTGGTTAATTTCC---ATGGAG--GGTAGGCATAATAAA--AT--------AAC-AT--CATTGTCGACAATTAAAAGAATCGTA------TTC--TTT---------------A------CTCCA-C-------AA--------TTC------T-GACAA-T-TC-CAATATGGCTTACACCT--TTGAT-AATAC-GTATAACAATTATTC-----ATT-AAA-C------------A-CTAGATACGGGCTTCAC----A-ATA-A----A--CGTTGAT--------------A--------AATAA--AACGAAA-AGGTGCCATATTCTAGTGCCGTTTTTACC-GTTGCCT-TTTCAACAGACATGT--T------------ATT-AATATTCAAAAAACGAGAAA-GTG-TGC-T------------------TTGAAAAACCTGATGTCCA----CAAGA--------CTTCAAAATGGCCATCTGTGA-CA--A--A--A--CG-----AATTCT-G--------GCA---------------AAATCCA-------C-------T------C-A---AT--------------------A----------------A-----AAT----C-----AAGGA---GAA---GCAGCAGAATATATG---A----T---GT--TATCTAGAGAAACAT-A-ACTAT--ATCAA-TGCAACATAATTA-AATTAC-A--T--AAA---CACA--CTTGATATCTAATGTA-TATCTA--GT--ATATAG--
gi|4 : tttcT---AA-AAAA----T-A-C--TT-AC-TCTAA-ATG-AGA-TAT-G-ATGCCGTA-T-T--TTT-AT----T--A-A-AA--GAGTGGTCG--ATGAAATAAATCA-GTT---TTG---T---TTATTACTGAGCCCCTACAGA-GTAATGTGGATTCGGTTGaaataaaaaatacttactctaaatgagatatgatgccgtatttttattaaaagagtggtcgatgaaataaatcagttttgtttattactgagcccctacagagtaatgtggattcggttgtaaaaataggtaggggattagtaa
gi|5 : tttctttgtctacttgaatttcagtggttaatttccatggagggtaggcataataaaataacatcattgtcgacaattaaaagaatcgtattctttactccacaattctgacaattccaatatggcttacacctttgataatacgtataacaattattcattaaacactagatacgggcttcacaataaacgttgataaataaaacgaaaaggtgccatattctagtgccgtttttaccgttgccttttcaacagacatgttattaatattcaaaaaacgagaaagtgtgctttgaaaaacctgatgtccacaagacttcaaaatggccatctgtgacaaaacgaattctggcaaaatccactcaataaaatcaaggagaagcagcagaatatatgatgttatctagagaaacataactatatcaatgcaacataattaaattacataaacacacttgatatctaatgtatatctagtatatagaaaATTTCGCCTCCAACAAT-TATCCTGTCTTTTCATTGGATGAGAGTGGTCACATATTCACCTTCTG-TTTTTCTA-TAA---------A--ATGTCAGTAA---ATTTTC---GTTGAG--GGCAGCCAAA----------TCGGT--A-------TATT--CAACTTGTACAAGAATTGTA------TAC--TAT---------------A------CTC------------------------------------G-T------ATAAGGTCCACCCTT--TTGAT-AATGC-GTAGGACTGTTATTTCATATATTTAAA-TTCCATTAACAA-A-CTGGAAACGGGCCTCGC----A-ATA-ATTTTG--ATATGATTATCACTCAGTG-CATGTT--CAAATATGTA-CGAAAATAATACAATATTCTAGCGCCGTT-------GTT------------TGAGCTGTAAG------------ATT-TGTTTTTGAA---TCTGAAA-GTTATAC-TTAA--------AATC---TT--GAAAATTAACATTTAAAAGCAAGAAATTGTGTTTTTAGAAT--CTAGATGC-A-TA--C--AAGA--TA--T-CTATA---G--T-----GTC---------------A--TCTT-------C-------T------C-A---A---------------------A----------------AACCTGAA-----C-----AATGA---AAA---GCATCAGC---TATG---A----T---GT--TATCTGGAGAAACATAA-AATAT--ATTAA-TGCAACA----TA-AACGACAA--A--AAA---CACA--CTTGCTATTTAATGCA-TATTTT---CG-ATACCGATTGT----CAAGTAAAATGTT----GTTTACTGATA-AAA--AA--taaaaataggtaggggattagtaa
gi|6 : CAGGA-CAGGTT--CAAATAAGCAACAAAG-TCATGCCATATCCTAGCGCCGTATTTGCC-GTTGTTTACTTTTATTAGCCTGTAAT------------GT---GTTTAAGAA---TCGTAAA-GTGATAC-T--------------------TAAAAA-----CGT----------G----TGTGGTTGTAAACT--TCAGATGC-ATCT--T--A--A--CA--TTCAATATT-G---------CC---------------A--TCTATTTTGAAC-------T------C-A---ATCAAAGTCCTCCAAATAAAAGA----------------A-----AG-----C-----AATAA---AAA---GCAGTTGC---TATG------------GT--TATCTAGGGAAGCAC-A-AATAT--ATCAG-TGCAGCA----TA-AATGAA-A--T--AAAAATCAAA--CTTGATATTTAACTCA-TATCTA----A-ATCTGG---AC----CATAC-------C----GATTACTGACA-AAA--AA--ATA------AAACCGC--CCCCTTTGAAACT-G-----AATGTTAACATG------CTTCCTGG--CG-ACTGCT-GGGT-TTTAATAT-------AAAACGT-TACTCAT---AA-AATA----T---CTAGT-AT-ACTAA-ATA-AGA-T-C-G-A-A--GTGATAT--TCT-AT----T--ATA-AA--AA---------------------A-GT--TATTT---TGGATGGTTAACGAGCCCCTA-GAATAATATGTGGAGTCGATTATATAAa
gi|7 : atatatacgtcgctagtctatttatcatttcata-----CTCAATG-CAGGTT--CCGATACGTATCGAAA-TAATGCAATACTTCAGCGCTGTAATCACCAGTTGCAAATTAGTATTGAGTTGTAAA------------ATT-GGTTTTTGAA---TTATGAA-GTGATAC-TCAA--------AAAC---TT--AAAAATTTACACCGAAAAGCAAGAAAGTGTGTTTT-AACGT--CAAGATGC-A-TA--T--A--AAACG--T-CAATACT-G--T-------C---------------A--TCAG-------C-------T------TTG---A---------------------ATTC-------------A-----AG-----C-----AATAT---ATATATACATTATA---TATATATA----TCAAGT--TATCTAGCGAAATAT-A-AAT-----------GAAACA----TA-AATGAC-A--T--AAAAGACATA--CTTGATGTTAAATGAA-TATCTA--ATATATAGGG--TGT----CA----------C----G--TA--GATA-AAA--AAATTTA------ATACTGA--CCGCTTCGAAACT-G--TTAATTGTTTACATG------TTACCTAG--CG-AC-GCA-CGGT-GTTAATAT-------AAAAAGA-TATTTGT---AATAAAAGACCT-AGC--CT-AC-TCTAA-ATG-AGATT-C-GAA-GTTGTA-T-T--TTT-AT----TAAA-A-AA--AAGTTGTCG--GTAAAatacggg
gi|8 : atatgtataaagttggtctgtttgccactttaCTATTAAAAGAATCGTA------TAC---AC---------------A------CTATA-A-------AATACATCAAA-C------TGAA-AA-T-TT-CAATTCGGTTCACTCCTATTTGAT-A--------T-ACTATTATTCCATTTATTTAAA-TTCTATATA-AATA-CTG-AAATAGGCCCCAA----A-ATA-G----A--ACT-GAT-----CT--GTTTCATTTTACTCAGTGCACAAAGAAA-CAGTGCAATATTCTAGCTATGTTTCCACT-GTTGCTTATTTTTATTGGGCTCTAATTTAATATATGATATTGTGTTTTTAAAAT-CCA-------GATGCATGAA--------ACAC---TTCAA
gi|8 : GATATTGTGTTTTTAAAAT--CCAGATGC-A-TG--A--A--A--CACTT-CAATACT-G--TCATCCGCCTTGAGTCCAAGCAAAA--TCCT-------C-------TAAAAACC-A---A---------------------A----------------A-----AA-----TGAGTAAATGA---AAA---GCAGCAAA---ATTG---A----T---GT--TACCTAGAGAATCAT-A-AATAC--ATC-A-TACAACA----TA-AATGtactgtcatccgccttgagtccaagcaaaatcctctaaaaaccaaaaaatgagtaaatgaaaagcagcaaaattgatgttacctagagaatcataaatacatcatacaacataaatg
gi|9 : ctattaaaagaatcgtatacacactataaaatacatcaaactgaaaatttcaattcggttcactcctatttgatatactattattccatttatttaaattctatataaatactgaaataggccccaaaatagaactgatctgtttcattttactcagtgcacaaagaaacagtgcaatattctagctatgtttccactgttgcttatttttattgggctctaatttaatatatCTGTAAT------------ATA-TGTTTTTAAA---TCAGCAA-ATGATAT-TTAAGGATACCCAAAC---GCTTAAATATCAACATTCAAAGGCAAGCAATT---TT-----AAT--CCAGAGGC-C-CATTT--G--T--CT--T-CAATAAT------------C---------------A--TCCA-------CTTTGAATT------C-AGGCA---------------------A----------------A-----AT-----CTTCTAAATGA---AAT---AAAGCA------ATG---AAAAGT---GGAAGATCCAGACAAAATT-G-AATAA--ATCAA-TACA--A----TA-GGT-------------------A--CGTGATATAAAATGCA-TTTCAA--ACA-ATAGAG--CGT----CAA--------------GCTAAGTGATGTATA--TA--TTA------A---CAG--CC---------------T--AATGCTTACATG------TTTCTTGG--CGAAC-GAA-CACTCGTAGTTAT-------AAAACGT-TACTCGT----G-AAGA----TGA-C--ATCACGTCTAA-ATG-AAG-T-CTG-ACGTTATG-T-T--TTT-