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gi|10                         :                                                                                                                            AAGTTAATATGTA-TAGGTTTT---AAGTAAATATTTTATGTCAAAATTAATGGACAGAATTTCT-AAGAGTTacc
gi|9                          :                                                                                 agtttattacctccttttataattgttgttgatgtttctgttctatTCAAT---AA-TAGTATTA---AAGTAAATATTTAACATA-AAATCAGTGGACAAAATTTCC-AAGAGTT---AA----------------ATGAC--TGCCCCCACCCCCCATTTCAAAGTAACTGTCTACC-AATGCATA-ACATCAGAAT-----TTTTTTATACaaatgaactcc
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                 AGTTTCAAA----------------GT-----------------------------AAATGTTTACCTATT-AATATACATAAG-TTCAGAATTTCTATTGCTGTATTTTTCNNNNNNNNNNN---NNN-NNNNNN--NNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACT-TA--TA-AGTTTTTT-TCAAATACAACCATGTAAGGAGCCTGCATGAAATTAGGGC-AAGGGTCCATTGGAGCCCAGTAGGGTGACT-----TTTAC------------------------TTATGAGA-----GATAATTTTCTTTTTTCTCATCTGTAACTATAATAaaatgacccaccccacccaatgtcaaagtatatgctgtatgtctgcttgaaatta
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     aGTT--CATAGT-GCAAG--GGTAAC--TTGTCTTGATACTGCTGTA--TG-AGTTTTAT-TCAAGTACTAGTA
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2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CCTCCCTTTATACTTTGTTTTGGTGTTTCTGTTCATTTAGTTAATATGACCTATACATTGTATAGGTTTAAAAAAAATTAAAT
Unaligned ( gi|16 ): TTTATAACTTCCCTTTATATTTCTGTTGTTTCTTTTCA






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Reference ( family-2872 )     :                                                                                                                                                               GTTTATTACCTCCTTTTAT-A-----TTGTTGTTGTTGTTTCTGTTCA--------T---GTTAATAAGTTGA--TA-----TGT--AC-GGTTTT-AAAAAAAAA---------T-T--CATT-ATA-AAAAG-TCAA-T-AATAGTATT----AAAG-TAAATATTTAACATAAAATTAGTGGACAAAATTTCCAAGAGTTT-AAAATGAC----------------C---GC---------------------AGCTGTCTACCTA-----A-ACA-TAACATCGGANTTTTCTNATACTGCTGTAGTTATCACCTTATACTGNTT--CANAGT-GCNAG--NGTAACAATTGTCTCG-ATACTGCTG-----TATGAG---TTTTTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGAAATTAGGGNCAAGGGTCCATTGGAGCCCAGTAGGGTGACT-----TTTAC------------------------TTATGAGAA--CAGATAATTCTCNTTTNTCTCATCTGTAACTATAATAAGTT
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gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGTTT-CAAA------------------------GT---------------------AAATGTTTACCTATTAATATACA-TAAGTTCAGAATTTC----TATTGCTGTATTTTTCNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNACTTATAAG---TTTTTT-TCAAATACAACCATGTAAGGAGCCTGCATGAAATTAGGG-CAAGGGTCCATTGGAGCCCAGTAGGGTGACT-----TTTAC------------------------TTATGAG-----AGATAATTTTCTTTTTTCTCATCTGTAACTATAATAtgaacc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                           aTTAATAAGCTAA--CA-----TGT--AA-AGGTTT-AAAAAA-------------------TC-ATA-AAAAG-TTAAAT-AATAGTATT----AAAG-TAAATATTTAACATAAAATTAGTGGACAAAATTTCCAAACGTTA-AAAGT-----------------------GC---------------------A--TGTCTATCTA-----T-ACA-TGTGATCGGAACTTTCTGAT
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Reference ( family-2872 )     :                                                                                                                                                               GTTTATTACCTCCCTTTATAC--TT----GTTGTTGTTGTTTCTGTTCA--------T---TTAATAAGT-TGA--TA-----TGTATA--GNTTT-AAAAAAAAA---------T-T--CATT-ATA-AAAAG-TCAA-T-AATAGTATT----AAAG-TAAATATTTAACATAAAATTAGTGGACAAAATTTCCAAGAGTT---AAATGAC----------------C---GC---------------------AACTGTCTACCTA-----A-ACATAANATCGGAATTTTCTGAT-------------ACTGCTGTAGTTATCACCTTGTACTGNTT--CAAAGT-ACTAG--GGTAACAATTGTCTCG-ATACTGCTG-----TATGAG---TTTTTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGAAATTAGGGTCAAGGGTCCGTTGGAGCNCAGTAGNNTGACTTTCACTTTACATTAACATACCTACACTTTAAATGCTATGAG--AACAGATAATTCTCATTTGTCTCATCTATAACTATAATAAGTT
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Reference ( family-2872 )     :                                                                                                                                                               GTTTATTACCTCCCTTTATAC--TT----GTTGTTGTTGTTTCTGTTCA--------T---TTAATAAGT-TGA--TA-----TGTATA--GG-TTT-AAAAAAAAA---------T-T--CATT-ATA-AAAAG-TCAA-T-AATAGTATT----AAAG-TAAATATTTAACATAAAATTAGTGGACAAAATTTCCAAGAGTT---AAATGAC----------------C---GC---------------------AACTGTCTACCTA-----A-ACATAANATCGGAATTTTCTGAT-------------ACTGCTGTAGTTATCACCTTGTACTGTTT--CAAAGT-ACTAG--GGTAACAATTGTCTCG-ATACTGCTG-----TATGAG---TTTTTT-TCAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGAAATTAGGGTCAAGGGTCCGTTGGAGCNCAGTAGNNTGACTTTCACTTTACATTAACATACCTACACTTTAAATGCTATGAGAAAACAGATAATTCTCATTTGTCTCATCTATAACTATAATAAGTT
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gi|12                         :                                                                                                                                                                       CCTCCCTTTATACT-TT----GTT-TTGGTGTTTCTGTTCA--------T---TTAGTTAATATGACCTATACATTGTATA--GG-TTT-AAAAAAAAcaccccacccaatgtcaaagtatatgctgtatgtctgcttgaaatta
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -----TATGAG---CTTTTTATCAAATACTTGTATGTAAGGAGTCTGCTTGAAATTAGGGGCAAGGGTCCATTGGAGttaaat
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CTGTT---CATAGT-GCAAG--GGTAAC--TTGTCTTG-ATACTGCTG-----TATGAG---TTTTAT-TCAAGTACTAGTA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ACAGATAATTCTCATTTGTCTCATCTATAACTATAATAAGTT
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                     -TGA--TA-----TGTAGA--GT-TTTTAAAAAAAAA---------T-----ATT-ATA-AAAAG-ACAG-T-AATAATATT----GAAG-TAATTATTTAACATAAAATTAATAGACAAAATGTCCAAGAGTT---AAATGACACCACCAGCCCCATTACAAAGC---------------------AGCTGTCTACCTA-----A-ACATAACATTGGACTTTTTATAT-------------ACTTCTGTAGTTATCACCTTATACTGCTTGCCAAAATAACTAGTTCGT-ACAATTGT---A-ATACTTCTG-----TATTTGTTTTTTTTT-TCAAATACTAGTATGTAACGAGTCTGCTTGAAATTAGAGTTAActtca
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ---GT---------------------AAATGTTTACCTATTAATATACATAAGTTCAGAATTTC----T-------------ATTGCTGTATTTTTCNNNNNNNNNNNNNN--NNNNNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNACTTATAAG---TTTTTT-TCAAATACAACCATGTAAGGAGCCTGCATGAAATTAGGG-CAAGGGTCCATTGGAGCCCAGTAGGGTGACT-----TTTAC------------------------TTATGAGA-----GATAATTTTCTTTTTTCTCATCTGTAACTATAATAtgaacc
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                               aagtttcaaa---TTAATAAGC-TAA--CA-----TGTAAA--GG-TTT-AAAAAA-------------------TC-ATA-AAAAG-TTAAAT-AATAGTATT----AAAG-TAAATATTTAACATAAAATTAGTGGACAAAATTTCCAAACGTT---AAA--AG----------------T---GC---------------------A--TGTCTATCTA-----T-ACATGTGATCGGAACTTTCTGATGTATGAAAGGTAGACTGCTGTA-TT-----CTTTTA---TTT--CAAA-T-ATTAG--
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ACTGCTG-----TATTCT---TTTATT-TCAAATATTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGAAATtatgtaaggagtctgcttgaaat
gi|5                          : ttaataagctaacatgtaaaggtttaaaaaatcataaaaagttaaataatagtattaaagtaaatatttaacataaaattagtggacaaaatttccaaacgttaaaagtgcatgtctatctatacatgtgatcggaactttctgatgtatgaaaggtagTTTATTACCTCCATATATACATTT----GT-GTTGTTGTTTCTGTTCA---------------ATAAGT-TAA--CA-----TATATACAGG-TTT-AAAAGAAAA---------TAT--CATT-A----------------AATGGTATT----AATG-TAAATATTTAACATTATATTAGTGGACAAAACTTCCAAGAGTT---AAATGAC----------------C---CC---------------------CGCCATTT---TA-----------AAGATTAAAATTTTCTGAT-------------ACTGCT---------ACTGTGT-TTGTTT--CAAAA--ACTA
gi|6                          :                                                                                                                                                               GTTTATTTCTTCCCTTTATAC--TTAATTGTTGTTGTTGTATCTGTT---------------TAATAAGC-TGA--CA-----TGTATA--GG-TTT-AAAATAAGT---------A-T--CATT-ACA-AAATG-TTTA-T-AGTATTATT----AAAG-TAAATATTTAATATAAAATAAGTGGAAAAAATTTTAAAGAGTT---AAA
gi|7                          :                                                                                                                                                               GTTTATTACCTCATTTAAT-T--TT----TTTGTTATTGTTTCTGTTCA---------------ATAAGT-TGA--TA-----TGTATA--G--TTT-AAAAAAAAA---------G-C--TATC-ATA-AAAAG-TCAA-T-AATAGTATC----GAAA-TAAATATTTAACATAAAATTAGTGGACAAAATTTCCAAGAGTT---AAATa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                            tTTGTTGTTGTTTATGTTCA---------------ATAAGT-TAA--TA-----TGTTTA--TG-TTT-AAAAAAATA---------C-TATCATT-AAA-AAAAAATAAA-T-AATAGTATT----AAAG-TAAATATTTAACATAAAATTGGTGGACAAAATTCCAAAGAGTT---AAATGGC----------------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tt-TCAA-T-AATAGTATT----AAAG-TAAATATTTAACATAAAATCAGTGGACAAAATTTCCAAGAGTT---AAATGAC----------------T---GCCCCCACCCCCCATTTCAAAGTAACTGTCTACCAA-----T-GCATAACATCAGAATTTTTTTAT-------------AC


blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                   CAT  AATT   G               ATTTA                 A   CC  TACAT      CA GT   T       T CTATC             . T T     A    A G         TCTA    T                                           .         TGCCCCCACCCCCCATTTCAAAGT                    G           TTAATATA     C           TAT  GTATGAAAGGTAG      G  GTTATCACCTTATAC    TGC    ATA     TT   A  A     CTTG          NNACT   G  TTT      A                                       G                 C      GG     .         .                               . 
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Reference ( family-2872 )     :                                                                                                                                                               GTTTATTACCTCCCTTTATA-N--TT----GTTGTTGTTGTTTCTGTTCAATAA---------------GTTGATA------------TGTATA--GGTTTAAAAAAAAA--A--------T-TATT-ATA-AAAAG-TCAA-T-AATAGTATT----AAAG-TAAATATTTAACATAAAATTAGTGGACAAAATTTCCAAGAGTT---AAATGAC----------------C---GC---------------------AACTGTCTACCTA-----A-ACATAANATCGGAATTTTCTGAT-------------ACTGCTGTA----TCTC---TTTNT---GTTT--CAAAGTA-CTAGG--GTAACAATTGTCTCG-ATACTGCTG------------TATGAGTTTTTT-T---CAAATACTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGAAATTAGGGTCAAGGGTCCGTTGGAGCNCAGTAGNNTGACTTTCACTTTACATTAACATACCTACACTTTAAATGCTATGAGAAAACAGATAATTCTCATTTGTCTCATCTATAACTATAATAAGTT
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gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ACTGCTG------------TATTCTTTTATT-T---CAAATATTAGTATGTAAGGAGTCTGCTTGAAATtatgtaaggagtctgcttgaaat
gi|5                          : ttaataagctaacatgtaaaggtttaaaaaatcataaaaagttaaataatagtattaaagtaaatatttaacataaaattagtggacaaaatttccaaacgttaaaagtgcatgtctatctatacatgtgatcggaactttctgatgtatgaaaggtagTTTATTACCTCCATATATA-CATTT----GT-GTTGTTGTTTCTGTTCAATAA---------------GTTAACA------------TATATACAGGTTTAAAAGAAAAT-A--------T-CATT-A----------------AATGGTATT----AATG-TAAATATTTAACATTATATTAGTGGACAAAACTTCCAAGAGTT---AAATGAC----------------C---CC---------------------CGCCATTT---TA-----------AAGATTAAAATTTTCTGAT-------------ACTGCTA-------CTG---TGTTT---GTTT--CAAAA-A-CTA
gi|6                          :                                                                                                                                                               GTTTATTTCTTCCCTTTATA-C--TTAATTGTTGTTGTTGTATCTGTTTAATAA---------------GCTGACA------------TGTATA--GGTTTAAAATAAGT--A--------T-CATT-ACA-AAATG-TTTA-T-AGTATTATT----AAAG-TAAATATTTAATATAAAATAAGTGGAAAAAATTTTAAAGAGTT---AAA
gi|7                          :                                                                                                                                                               GTTTATTACCTCATTTAAT--T--TT----TTTGTTATTGTTTCTGTTCAATAA---------------GTTGATA------------TGTATA--G-TTTAAAAAAAAA--G--------C-TATC-ATA-AAAAG-TCAA-T-AATAGTATC----GAAA-TAAATATTTAACATAAAATTAGTGGACAAAATTTCCAAGAGTT---AAATa
gi|8                          :                                                                                                                                                                                             tTTGTTGTTGTTTATGTTCAATAA---------------GTTAATA------------TGTTTA--TGTTTAAAAAAATACTA--------T-CATT-AAA-AAAAAATAAA-T-AATAGTATT----AAAG-TAAATATTTAACATAAAATTGGTGGACAAAATTCCAAAGAGTT---AAATGGC----------------
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tt-TCAA-T-AATAGTATT----AAAG-TAAATATTTAACATAAAATCAGTGGACAAAATTTCCAAGAGTT---AAATGAC----------------T---GCCCCCACCCCCCATTTCAAAGTAACTGTCTACCAA-----T-GCATAACATCAGAATTTTTTTAT-------------AC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TTTATAACTTCCCTTTATATTTCTGTTGTTTCTTTTCA