lowQualScore : 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111 7777777777777777777777777777777777 11111111 1 1111
lowQualScore : 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 555555 3 7 1111111111111111111111111111111111 0 8888 7 00000000 8 1111 4 99999 44 0 4
lowQualScore : ................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . ...... . . .................................. . .... . ........ . .... . ..... .. . .
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3 333333 8 4 4444444444444444444444444444444444 7 5555 1 99999999 2 6666 4 66666 66 3 4
consensus : NNNNNNNNNNNNNGTTCA----TTAGTA-GTGGA-A-AGGTACTTTGTTGTTAT-------AGAATATTACTA--CG----TTTTGCATATCAAGTT----ATGA---GTT----TCGAA-GTTTGCGA---AC--AN---TGTT---------AT---TG---------ACACTGTTCTGAC-CTTTT-----TGTTTTGA--------AT-GTTCACACGC--C--AC----AAAG--CC----CC-GT-----CTGAC-G-TCA---TGA---TTGTTAATGATT--AGCCAAT--G----GAA-ACCGG--C------TAC-T-C---A-GTNAAA---------A---CA-----T---------AGTT--C-TA----NCTGTCA----A------TC-A----TTTGAAGCANTTTTCAATGACCA--------ATG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATTATTT-C----AGTTAATC-TNGA-TCGG---CCAATCGCG-TGTGAGAATA
Reference ( gi|4 ) : ATTAGTATTTTTTGTTCACTACTTAATATGTGTATATAAGTACCTTGT-ATTATTAGTACAAGAA-ATT-CTAAACGAAAATATTGCATATCAAGCT----ATGA---GTT----TCAAATGTTTGCGA---AC--AG---TGTT---------AT---TG---------ACACTGTTCTGAC-CTTTT-----TGCTTTGA--------AT-GTCCGCATAC--C--AT----AAAG--TC----CC-AT-----ATGAA-G-TCA---TGA---TTGTAAATGATT--GGCCAAT--G----GAA-TCTGG--C------TAC-T-C---A-GTAAAA---------A---CA-----T---------AGTT--C-TA----CCTGTCA----A------TC-A----TCTGAAGCATTTTTCAATAACCA--------ATG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATCATTT-C----AATTCATC-TTGA-TTGG---CAAACTGTA-TGTGAGAATA
gi|1 : GTTCA----TTAGTA-GTGGA-A-AGGTACTTTGTTGTTAT-------AGAATATTACTA--CG----TTTTGCATGTCAAGTT----A-GA---GTA----TCG-----TTGTAA---AG--AT---TTTC---------AT---TAGAGACAAAAACACTGTTTGGAGGCTTTT-----TGTTGTGATAATTTATGT-GTCTTCA-AA--C--ATCG--AAAG--GCACATCC-ATTGTGTATAAA-GGTCAATCTGG---TTGACAGTGATT--AGCCTAT--G----GAAATCAAG--C------TA--------A-G-AAAACTGGCTTGTA---CA-----A---------AATT--G-TAGATGTCGGTCA----G------TC-A----TTTGAAGCAGTTTCCGATGACCT--------GTC-A-TA--TA-TACA-ATATG---TGCATGTTCATTCCAATTATTT-C----AGCTAATT-TAGA-TTGG---ACAAGTGTG-TGTGAGA
gi|3 : TACATTTCAAGTT-----TGA---GTT-----CGAATGTTGGCGACGTACTTAC---TGTTGATATAAAAATAAATG---------ACACAGTTCTGAT-CTTTTGCTTATATTTTGA--------AT-GTTCACCTGC--C--CT----GAAG--CC----CC-AG-----CTGAT-G-CCA---TGA---GTGTTAACGATA--AAGCAATTAGT---GTA-TATGT--C------TA--------A-AT-----------------------------------GTT--C-CA----GTTGTCA----AGTAG--TC-A----TTTGAAGCATGTTTTAATAGCAA--------AGG-AATA-TT--TCCA-CAA--------G----TATTCAAATGATTT-T------TTTATC-TTAA-TCGC---CCAATACCA-TGTGAGAAtaaagtagattttaatgttaggagatggttatgtacacattgccctttgaggctggcttggttttactttgatttaacgaaaagttga
gi|2 : ttatactaccGCATATCAAG-T----AAGA---GTT----TGGAA-ATTTGC------C--GG---TGTT---------Aaaagaaaacagctttaatatcgccaggcatgtgcaccatgtaatatttccttttgccaatgacgttgtgttgatcttatgtgaagactatctaactttttataagtgacgtagta
gi|11 : CATATCAAGTTTTATATAAACAGTTATTATCAAA-------GA---TC--AT---TTCT---------AA---TG----------CACTGTCCTGAC-CTTAT------GTTTTGA--------AT-GTTTATACGT--C--AC----AAAG--CC----CT-AT-----CTTAATG-CCA---TAT---TTGTTAATGATTTAAGCCAAT--G----GAA-ACCAG----------AC-T-TGCAA-GTCAAA---------ATGTCA-----A---------AGCT--A-TA----TCTGTCA----A------TC-T----TTTGAAACATTGTTCATT---TA--------ATG-AGTT-GTT-T--A-TTAAA---TGCA----CAGTTAACTGATTT-C----ATTTTAactaaacagtcaatatggaaaaaaaacagctttgttttacaatattctgactctttgtttttaatgttgacataccccgttaaacgctatgtttgtaaatttgtaaattatttgccaatgaaaaccggtctctgtgtcaaaatattcaaattctagatgtcaatctgtcatttaaggtgttttccatgacgaaggcgtatgctacattaatatttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttccttgtaataaccattgtttggatcaaacctaaaggagagtctctaaattgttatgcaaggcgtggtaatatcaattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|2 : ttA---AC--AGCTTTGTT----------T---T----------ACAATATTCTGAC--TCTT-----TGTTTTTA--------AT-GTTGACATAC--CCCGT----TAAA--CG----CT-AT-----GT------TTG---TAAAT-TTGTAAATTATT--TGCCAAT--G----AAA-ACCGG--T------CTC-T-G---T-GTCAAA---------A---TA-----TTCA------AATT--C-TA----GATGTCA----ATCTG--TC-A----TTTAAGGTGTTTTCC-ATGACGA--------AGG-CGTA-TGC-TACATTAATA---T
gi|17 : gcatatcaagtaagagtttggaaatttgccggtgttaactaaacagtcaatatggaaaaaaA---AC--AG---TGTTTG-------AT---TT---------GCAATTTTCCAACTCTTTTTTA--TGTTTCGA--------CA-GACTGCACAG--T--AC----AATGGCTC----TC-CT-----A--AC-G-TTA---AGAC--TTGTTTATGGTT--AGTCAAT--G----AAA-ttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttccttgtaataaccattgtttggatcaaacctaaaggagagtctctaaattgttatgcaaggcgtggtaatatcaattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|13 : ccatgttaagagattttaatgtttctggtgtttcttaaacagtagatatcaaagaaaTGAC-CTATT-----TGATTTGT--------TT-GTTTATATGC--C--AT----AAAA--CC----CC-GC-----CTGTC-A-TCA---TG----TTTTAA-TTATT--GTCCAAT--A----AAA----GG--CGGTGTATGC-TTC---A-GT-----------------TG-----T---------A-------TA----TATGTCA----G------AC-AGTAGTTTGAGGCAATTTT-AATAACCA--------ATT-CGTA-TTG-TACA--G-------GCA----CATTCGAACCATTG-T----AGTT--TCTTTGA-TTAGACTCAGCATGTA-TGCGAacaag
gi|5 : AT-CCTTT-----TGTTTTGA--------CT---TCACATGCTAC--ATGTACAAAG--CC----CCCAC-----CTCGA-G-TC----TGGCATTTGTTACTGATT--AGTCAAT--GCAAAGAA-AATGGATT------TA--T-C---T-GTTAAA---------C---CA-----TTCATTGACAAGTT--A-TA----GCCATCATCCTA------TC-A----ATAGCAGCACTTTTTAATGACCA--------TTGCAGT---TA-T----TG-TA---TGCA----CATTAAAATTATTTTC----ATTTGATC-TGAA-TCGC---CAAATCATA-TGTGAGAGTAata
gi|7 : C-CTTTT-----TCGTTTGA--------AT-GTTCACACGC--C--AC----AAAG--CC----CC-AT-----ATGAC-G-TCA---TG-----CGT--ATTATT----C-------------A-TTCGG--T------GTC-T-C---A-GTGAAA---------A---CA---------------------C-TA----AC-GTCA----G------TC-A----GTTGAAGC-CTTTGCTGTGACCA------------AGGC-GCA-CAC--T--TA---T--------ATTCAAATTAGTT-C----AATTAATC-ACAA-TTAG---CCTATCGCA-TGTGAGAATAgccaaaatcaaaccgttttattgtcgttgttgagctgaaacaatttaattttcaataacttattaaacttcaccatga
gi|8 : ttcatgTT-----TG-TTTGA--------ATAGATCACATGT--C--AC----AAA---TA----CA-AT-------------------TGA---TTATTCATGACT--GGCTTAT--G----GAA-GCAGG--C------T---T-T---ACGTGAAA---------A---TA-----C---------A--T--CATA----AC---CA----A------CCCA----TTTGAAGCAGTTTTCAATGATCAAATCATATACG-AGGG-GCA-TATA-TAACG---TACA----TATTCAAGATACTT-T----AGTTAATA-TGTA-TCAG---CCAATTGGA-TGTCAGAATAagctcgactgttgtcggccacgtgccccatgtacaatttccgtgaaagcagtgtggttatttatgtcatgttagtttgagaattgtgttatccaaggcatagtgggtagagta
gi|20 : GTTTTGA--------AT-ATTCACAGGC--C--AC----AAAG---C----CT-GC-----CTGAC-A-TCG---TGA---TATTTAATG-TT--TACCAAA--A----GAA-gataagagcaaacagctctattgtcgtgagtggcgtgctccatccacaatatcattttgttaggcaaggc
gi|18 : C----CC-GC-----CTGAC-G-TTA---TCA---TAGTTAACGATT--AGCCAAT--G----GAA-ACCGA--C---------------------------------A---C-----------------GTT--T-TAAC--CCTG--A----A------TC-AGTACTTTAAGGCATTTTTCAATTACCT--------ATA---TACGTA-TG---TGGCA---TGCA----CACTCAAATTGTAT-T----AGTT-ATC-CGGAATTGG---CTAACAATG-TGTGAGAAaccagtatgtctagatgtcaaa
gi|12 : TGCGAATGATA--AACCAAT--G----AAA-ACGGG----------ACAT-C---A-GTTAAA---------A---CATCATGT---------AGGCAAT-TG----ACTGTAA----AATGGTCTC-A----TTTGAAGCAATTTTCAATGGTCT--------CTA-CG-------TACA-T--TAGCCTGTA----TATTAGAATAATTT-CACGAAATAAATC-TTAA-TTGG---CCAATTACG-CGTGAGGATA
gi|10 : TCA----G------TC-A----TTTAAAGCATTTTTCAATGAACA--------AGG-CATA--TATTACA-T-ACA---TACA----CCTTCAAATTATTC-C----AGGTAA---------CGG---TAATCTGCATTGTGAAAATAcgtaaaagtttaatttgtttgtgtggtgttttacgtctttttttcaacagtat
gi|6 : ggcttgtcagacaaaaataaaattgtacagttgctgtatttatcatCA----G------TC-A----TTTGAAGCAGTTTTCAATggttaaaacaaacagctctacattcatcagtgacatgcatcattttaccatttctatgtaataactgcattgttttgatttgatataataagacaattctta
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TCAACTGAACAAACCGGCTTAAAAGTGCAAAATGTCAATTAGTCATTTGAAGCAGTTTCTAGAGGTCCAGTGCATATTATATATTAGATTTATCTAACCTAATCTGGATCGGTCATTCGCATGTAAGAATATGTAAAGCAAACAGCACATTTGTCGTCAATCACATGCACCATAGTAGTATTTCCTTTTAATTACTTGATGTTATATCTGATATACGCAATAGAGTGGTTCTGTAACTTTCTATACAATACGTAGT
Unaligned ( gi|14 ): GTTTATGATATCATTGGAAAAAAGTGTCATTTTCAACAATTCTGGCCATTAACAAAAAGCTAATTGAAACCAGGTGTATCAGACTAAACATTGTGCAGGTAAGTAGTTTTACAAAGATATAGTTGTCAACCAGGCATCTAAAGCAGTTTCAATTATATTACATTGAAATATTTTAACTAATCTGAATGTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAACTATTTCAGCAAAATGCCTTCTAGAATAGGTAAACACAAACTGCTCGATTATCGTCAGTTACGTGCTCCATGTATATATTTATATCCGTTTGATAACAACGCTATCTATATTCTAACTGAAATTGGATATTCTCTTACCTTTATGCAAGCAGTAGTAAATATATAT
Unaligned ( gi|16 ): ACCTTACATATCAAGCTTGAATGTCTGAAACAATTCTTAAAATGTGGGCATCAAAGAAAAACAGTGGCTTTTTTTTTCACCCTTTTGTGTGGCAACAAAAAGTCCCAAAATCTGTTATTATCACTAGCAATTAGCCAATGGGAATCAGCTTAATAATCAAAACTTCATG
Unaligned ( gi|19 ): ACGACAAACAGATCTTATAAACTCGCTAAACGTACTAGAACACTGTAAATATTTGTTTGTGTGGAGTTTTACGCTTTTTTATTCAGTGATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 4444 2 333 1 4444444 1 2222222222 222222 111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 2222 0 2 111 5 3333333 0 3 0 7777777777 0 0 111111 000 77 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 4 55555 0 3 999999 999999 2 2 888888 2 99999999999999999 9999999 0 555 55 66666 555555 5555 2 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 6666 1 2 2 666666666666666666666666666666666666666666 3 3 77777 0 3 33 3 3 555555
lowQualScore : .... . . ... . ....... . . . .......... . . ...... ... .. ................................................................... . . ..... . . ...... ...... . . ...... . ................. ....... . ... .. ..... ...... .... . ................................................................................................. . .... . . . .......................................... . . ..... . . .. . . ......
lowQualScore : 5555 0 5 000 5 3333333 0 2 8 0000000000 6 1 000000 000 99 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 55555 5 3 666666 222222 2 6 888888 1 44444444444444444 3333333 6 000 66 77777 666666 7777 7 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9 1111 0 9 4 888888888888888888888888888888888888888888 1 1 99999 5 3 00 3 6 555555
consensus : NNNNNNNNNNNNNGTTCACTACTTAGTATGTGNATATAGGTACCTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTA--CG----CTTTGCATATCAAGTT----ATGA---G--TT----TC---GAA-GTTTG---CGA---AC--AG---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCCGA-C-CTTTT-----TGTTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC--------G---TC---TG-------ACGTCA---TGA-TTGTTAAT-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GG--C---T---AC-T-C---A-GTNAAA---------A---C--AT---------AGTT-------------C-TA----NCTGTCA----A------TC-A----TTTGAAGCANTTTTCA-ATGACCAA--------TG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATT-ATTT-CA----GTTAATC-TNGA-TC-GGCCAATC-GCG-TGTGAGAATA
Reference ( family-278 ) : NNNNNNNNNNNNNGTTCA----TTAGTA-GTGGA-A-AGGTACTTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTA--CG----TTTTGCATATCAAGTT----ATGA---G--TT----TC---GAA-GTTTG---CGA---AC--AN---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCTGA-C-CTTTT-----TGTTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC--------G---TC---TG-------ACGTCA---TGA-TTGTTAAT-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GG--C---T---AC-T-C---A-GTNAAA---------A---C--AT---------AGTT-------------C-TA----NCTGTCA----A------TC-A----TTTGAAGCANTTTTCA-ATGACCAA--------TG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATT-ATTT-CA----GTTAATC-TNGA-TC-GGCCAATC-GCG-TGTGAGAATA
gi|1 : GTTCA----TTAGTA-GTGGA-A-AGGTACTTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTA--CG----TTTTGCATGTCAAGTT----A-GA---G--TA----TC---G-----TTG---TAA---AG--AT---T-TTC---------AT---TAGAGACAAAAACACTGTTTGGAGG-CTTTT-----TGTTGTG-ATAATTTAT-GTGTCTTCAAACATCG-A------AAGGCAC--------A---TCCATTGTGTATAAAGGTCAATCTGG-TTGACAGT-----GATT--A---GCCTATG----GAAATCAAG--C---T---A--------A-G-AAAACTGGCTTGTA---C--AA---------AATT-------------G-TAGATGTCGGTCA----G------TC-A----TTTGAAGCAGTTTCCG-ATGACCTG--------TC-A-TA--TA-TACA-ATATG---TGCATGTTCATTCCAATT-ATTT-CA----GCTAATT-TAGA-TT-GGACAAGT-GTG-TGTGAGA
gi|10 : TCA----G------TC-A----TTTAAAGCATTTTTCA-ATGAACAA--------GG-CATA--TATTACA-T-ACA---TACA----CCTTCAAATT-ATTC-CA----GGTAA---------C-GG-TAATCTGCATTGTGAAAATAtaaagtagattttaatgttaggagatggttatgtacacattgccctttgaggctggcttggttttactttgatttaacgaaaagttga
gi|11 : ggcttgtcagacaaaaataaaattgtacagttgctgtatttatcatCATATCAAGTTTTATATAAACAG--TTATTATC---AAA-GAT------------C--AT---T-TCT---------AA---T---------G-CACTGTCCTGA-C-CTTAT------GTTTTG-A------AT-G----TTTATACGTCACA------AAGCCCT--------A---TCT--TA-------ATGCCA---TAT-TTGTTAAT-----GATTTAA---GCCAATG----GAAACC-AG----------AC-T-TGCAA-GTCAAA---------ATGTC--AA---------AGCT-------------A-TA----TCTGTCA----A------TC-T----TTTGAAACATTGTTCA-TT---TAA--------TG-AGTT-GTT-T--A-TTAAA---TGCA----CAGTTAACTG-ATTT-CA----TTTggttaaaacaaacagctctacattcatcagtgacatgcatcattttaccatttctatgtaataactgcattgttttgatttgatataataagacaattctta
gi|12 : ttAAT-----GATA--A---ACCAATG----AAAACG-GG----------ACAT-C---A-GTTAAA---------A---C--ATCATGTAGGCAATT----------------G----ACTGTAA----AATGGTCTC-A----TTTGAAGCAATTTTCA-ATGGTCTC--------TA-CGTA-------CA-T--TAGCCTGTA----TATTAGAATA-ATTT-CACGAAATAAATC-TTAA-TT-GGCCAATT-ACG-CGTGAGGATAta
gi|13 : tgcgTGA-C-CTATT-----TGATTTG-T------TT-G----TTTATATGCCATA------AAACCCC--------G---CC---TG-------TCATCA---TG--TT-TTAAT-----TATT--G---TCCAATA----AAAGGC-GG--TGTAT---GC-TTC---A-GTTG---------------T--AT---------A--T-------------A-TG----TCAGACA----G------TA-G----TTTGAGGCAATTTT-A-ATAACCAA--------TT-CGTA-TTG-TACA--G-------GCA----CATTCGAACC-ATTG-TA----GTT--TCTTTGA-TTAGACTCAGC-ATG-TATGCGAATAcgtaaaagtttaatttgtttgtgtggtgttttacgtctttttttcaacagtat
gi|16 : CAAA------AAGTCCC--------AAAATC---TG----------TTA---TTA-TCACTAGC-----AATT--A---GCCAATG----GGAATC-AG--CT--T---AA-T-----A-ATCAAA---------A---C--
gi|17 : accttacatatcaagcttgaatgtctgaaacaattcttaaaatgtgggcatcaaagaaaaacagtggctttttttttcacccttttgtgtggcaaA---AC--AG---T-GTTTG-------AT---T---------TGCAATTTTCCAA-CTCTTTTTTA--TGTTTCG-A------CA-G----ACTGCACAGTACA------ATGGCTC--------T---CC---TA-------ACGTTA---AGACTTGTTTAT-----GGTT--A---GTCAATG----AAAACttcatg
gi|18 : ccatgttaagagattttaatgtttctggtgtttcttaaacagtagatatcaaagaaaCCC--------G---CC---TG-------ACGTTA---TCA-TAGTTAAC-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GA--C---------------------------------A---C--------------GTT-------------T-TA----ACCCTGA----A------TC-AGTACTTTAAGGCATTTTTCA-ATTACCTA--------TA---TACGTA-TG---TGGCA---TGCA----CACTCAAATT-GTAT-TA----GTTA-TC-CGGAATT-GGCTAACA-ATG-TGTGAGAAaag
gi|2 : GCATATCAAG-T----AAGA---G--TT----TG---GAA-ATTTG---C------C--GG---T-GTT---------A
gi|2 : A---AC--AGCTTT-GTT----------T---T----------ACAATATTCTGA-C--TCTT-----TGTTTTT-A------AT-G----TTGACAT--------------ACCCC--------G---TT---AA-------ACGCTA---TGT-TTGTAAATTTGTAAATT--ATTTGCCAATG----AAAACC-GG--T---C---TC-T-G---T-GTCAAA---------A---T--ATTCA------AATT-------------C-TA----GATGTCA----ATCTG--TC-A----TTTAAGGT-GTTTTCC-ATGACGAA--------GG-CGTA-TGC-TACATTAATA---Tactaaacagtcaatatggaaaaaaaacagctttgttttacaatattctgactctttgtttttaatgttgacataccccgttaaacgctatgtttgtaaatttgtaaattatttgccaatgaaaaccggtctctgtgtcaaaatattcaaattctagatgtcaatctgtcatttaaggtgttttccatgacgaaggcgtatgctacattaatatttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttccttgtaataaccattgtttggatcaaacctaaaggagagtctctaaattgttatgcaaggcgtggtaatatcaattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|2 : gcatatcaagtaagagtttggaaatttgccggtgttaactaaacagtcaatatggaaaaaa-ATATTACCA--CG----CCTTGCATAACAATTT----A-GA---GACTC----TCCTTTAG-GTTTGATCCAA---AC--AA---TGGTT---------AT---T----------ACAttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttccttgtaataaccattgtttggatcaaacctaaaggagagtctctaaattgttatgcaaggcgtggtaatatcaattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|20 : gcatatcaagtaagagtttggaaatttgccggtgttaactaaacagtcaatatggaaaaaaaacagctttgttttacaatattctgactctttgtttttaatgttgacataccccgttaaacgctatgtttgtaaatttgtaaattatttgccaatgaaaaccggtctctgtgtcaaaatattcaaattctagatgtcaatctgtcatttaaggtgttttccatgacgaaggcgtatgctacattaatatttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttcctGTTTTG-A------AT-A----TTCACAGGCCACA------AAG-CCT--------G---CC---TG-------ACATCG---TGA-TATTTAAT-----GTTT--A----CCAAAA----GAAACC-AG--caattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|3 : TACTA--C-------CTACATTTCAAGTT-----TGA---G--TT-----C---GAATGTTGG---CGACGTACTTAC---T-GTTGATATAAAAATAAAT---------GACACAGTTCTGA-T-CTTTTGCTTATATTTTG-A------AT-G----TTCACCTGCCCTG------AAGCCCC--------A---GC---TG-------ATGCCA---TGA-GTGTTAAC-----GATA--A---AGCAATT-------AGT-GT--A---T---AT---------GTCTAA---------A---T--------------GTT-------------C-CA----GTTGTCA----AGTAG--TC-A----TTTGAAGCATGTTTTA-ATAGCAAA--------GG-AATA-TT--TCCA-CAA--------G----TATTCAAATG-ATTT-T------TTTATC-TTAA-TC-GCCCAATA-CCA-TGTGAGAAtatgtctagatgtcaaa
gi|4 : ttaGTTCACTACTTAATATGTGTATATAAGTACCTTGT-ATTATTAGTACAAGA-A-ATT-CTAAACGAAAATATTGCATATCAAGCT----ATGA---G--TT----TC---AAATGTTTG---CGA---AC--AG---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCTGA-C-CTTTT-----TGCTTTG-A------AT-G----TCCGCATACCATA------AAGTCCC--------A---TA---TG-------AAGTCA---TGA-TTGTAAAT-----GATT--G---GCCAATG----GAATCT-GG--C---T---AC-T-C---A-GTAAAA---------A---C--AT---------AGTT-------------C-TA----CCTGTCA----A------TC-A----TCTGAAGCATTTTTCA-ATAACCAA--------TG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATC-ATTT-CA----ATTCATC-TTGA-TT-GGCAAACT-GTA-TGTGAGAATAaaagaaaacagctttaatatcgccaggcatgtgcaccatgtaatatttccttttgccaatgacgttgtgttgatcttatgtgaagactatctaactttttataagtgacgtagta
gi|5 : attagtattttttA-T-CCTTT-----TGTTTTG-A------CT-------TCACATGCTACATGTACAAAGCCCCCACCTCGAG---TC---TG-------GCAT---------TTGTTACT-----GATT--A---GTCAATGCAAAGAAAAT-GGATT---T---A--T-C---T-GTTAAA---------C---C--ATTCATTGACAAGTT-------------A-TA----GCCATCATCCTA------TC-A----ATAGCAGCACTTTTTA-ATGACCAT--------TGCAGT---TA-T----TG-TA---TGCA----CATTAAAATT-ATTTTCA----TTTGATC-TGAA-TC-GCCAAATC-ATA-TGTGAGAGTA
gi|6 : GTGAT-------AGACATGTTAATA--TG----CTTTGCATTTCAAGTT----GTGA---G--TT----TG---GAgccaaaatcaaaccgttttattgtcgttgttgagctgaaacaatttaattttcaataacttattaaacttcaccatga
gi|6 : CACTGTTCCAA-C-TCTTT-----TG--TTGCA------ATAG----TTTATAAATCTTA------AAGCATT--------G---CT---TC-------ATTTCA---ATA-TTGGTAGT-----AACT--A---GCGGATG----GAAATC-AG--T---CAAAAT-T-T---T-GTGTAA---------G---CAAAC---------AGTTTTTAAAAAAAGACT-TA----ACTCTCA----AACAG--TC-A----TTTGAAGCAGTTTTCA-AT-------------------TA-AAA-T--------------TA----CATTCAGATTAATTT-AA----GCAAATC-TGAA-Ttccgagcgctccttaaaaagtcttgtatcaaagatacacagtacctttcttccactgttccaactcttttgttgcaatagtttataaatcttaaagcattgcttcatttcaatattggtagtaactagcggatggaaatcagtcaaaattttgtgtaagcaaacagtttttaaaaaaagacttaactctcaaacagtcatttgaagcagttttcaattaaaattacattcagattaatttaagcaaatctgaattagg
gi|7 : gtgatagacatgttaatatgctttgcatttcaagttgtgagtttggatccgagcgctccttaaaaagtcttgtatcaaagatacacagtacctttcttc-C-CTTTT-----TCGTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC--------A---TA---TG-------ACGTCA---TGC-GTATTATT-----CATT----------------------C-GG--T---G---TC-T-C---A-GTGAAA---------A---C--A---------------------------C-TA----AC-GTCA----G------TC-A----GTTGAAGC-CTTTGCT-GTGACCA------------AGGC-GCA-CAC--T--TA---T--------ATTCAAATT-AGTT-CA----ATTAATC-ACAA-TT-AGCCTATC-GCA-TGTGAGAATAtagg
gi|8 : ttcatgTT-----TGTTT-G-A------ATAG----ATCACATGTCACA------AA-----------------TA---CA-------AT-------TGA-TTATTCAT-----GACT--G---GCTTATG----GAAGCA-GG--C---T------T-T---ACGTGAAA---------A---T--AC---------A--T-------------CATA----AC---CA----A------CCCA----TTTGAAGCAGTTTTCA-ATGATCAAATCATATACG-AGGG-GCA-TATA-TAACG---TACA----TATTCAAGAT-ACTT-TA----GTTAATA-TGTA-TC-AGCCAATT-GGA-TGTCAGAATAagctcgactgttgtcggccacgtgccccatgtacaatttccgtgaaagcagtgtggttatttatgtcatgttagtttgagaattgtgttatccaaggcatagtgggtagagta
gi|9 : AAACC-GG--C---T---------------TAAA----------------------------AGTG-------------C-AA----AATGTCA----ATTAG--TC-A----TTTGAAGCAGTTTCTAGAGGTCCAG--------TG-CATA-TTA-TATA-TTAGA---T---------------TT-ATCT-AA----CCTAATC-TGGA-TC-GGTCATTC-GCA-TGTAAGAATAgataagagcaaacagctctattgtcgtgagtggcgtgctccatccacaatatcattttgttaggcaaggc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTTTATGATATCATTGGAAAAAAGTGTCATTTTCAACAATTCTGGCCATTAACAAAAAGCTAATTGAAACCAGGTGTATCAGACTAAACATTGTGCAGGTAAGTAGTTTTACAAAGATATAGTTGTCAACCAGGCATCTAAAGCAGTTTCAATTATATTACATTGAAATATTTTAACTAATCTGAATGTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAACTATTTCAGCAAAATGCCTTCTAGAATAGGTAAACACAAACTGCTCGATTATCGTCAGTTACGTGCTCCATGTATATATTTATATCCGTTTGATAACAACGCTATCTATATTCTAACTGAAATTGGATATTCTCTTACCTTTATGCAAGCAGTAGTAAATATATAT
Unaligned ( gi|19 ): ACGACAAACAGATCTTATAAACTCGCTAAACGTACTAGAACACTGTAAATATTTGTTTGTGTGGAGTTTTACGCTTTTTTATTCAGTGATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 222 1 4444444 1 222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3333 5 1 222 5 3333333 0 3 0 888888888 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 4 4 55555 3 999999 999999 2 2 888888 2 99999999999999999 9999999 0 555 55 66666 555555 5555 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6666 2 6666 1 2 2 666666666666666666666666666666666666666666 3 888888 1 0 3 33 3 3 555555
lowQualScore : .... . . ... . ....... . . . ......... . . ................................................................................... . . . ..... . ...... ...... . . ...... . ................. ....... . ... .. ..... ...... .... . ................................................................................................. .... . .... . . . .......................................... . ...... . . . .. . . ......
lowQualScore : 5555 5 0 000 5 3333333 0 2 8 222222222 6 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 0 0 55555 3 666666 222222 2 6 888888 1 44444444444444444 3333333 6 000 66 77777 666666 7777 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 9 1111 0 9 4 888888888888888888888888888888888888888888 1 444444 4 5 3 00 3 6 555555
consensus : NNNNNNNNNNNNNGTTCACTACTTAGTATGTGNATATAGGTACCTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGC-----T-TTGCATATCAAGTT----ATGA---G--TT----TC---GAA-GTTTG---CGA---AC--AG---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCCGA-C-CTTTT-----TGTTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC--------G---TC---TG-------ACGTCA---TGA-TTGTTAAT-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GG--C---TA---C-T-C---A-GTNAAA---------A---CA--T---------AGTTC-T-------------A----NCTGTCA----A------T----C-A----TTTGAAGCANTTTTCA-ATGACCAA--------TG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATT-ATTT-C----AGTTAATC-TNGA-TC-GGCCAATC-GCG-TGTGAGAATA
Reference ( family-278 ) : NNNNNNNNNNNNNGTTCACTACTTAGTATGTGNATATAGGTACCTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGC-----T-TTGCATATCAAGTT----ATGA---G--TT----TC---GAA-GTTTG---CGA---AC--AG---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCCGA-C-CTTTT-----TGTTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC--------G---TC---TG-------ACGTCA---TGA-TTGTTAAT-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GG--C---TA---C-T-C---A-GTNAAA---------A---CA--T---------AGTTC-T-------------A----NCTGTCA----A------T----C-A----TTTGAAGCANTTTTCA-ATGACCAA--------TG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATT-ATTT-C----AGTTAATC-TNGA-TC-GGCCAATC-GCG-TGTGAGAATA
gi|1 : GTTCA----TTAGTA-GTGGA-A-AGGTACTTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGT-----T-TTGCATGTCAAGTT----A-GA---G--TA----TC---G-----TTG---TAA---AG--AT---T-TTC---------AT---TAGAGACAAAAACACTGTTTGGAGG-CTTTT-----TGTTGTG-ATAATTTAT-GTGTCTTCAAACATCG-A------AAGGCAC--------A---TCCATTGTGTATAAAGGTCAATCTGG-TTGACAGT-----GATT--A---GCCTATG----GAAATCAAG--C---TA-----------A-G-AAAACTGGCTTGTA---CA--A---------AATTG-T-------------AGATGTCGGTCA----G------T----C-A----TTTGAAGCAGTTTCCG-ATGACCTG--------TC-A-TA--TA-TACA-ATATG---TGCATGTTCATTCCAATT-ATTT-C----AGCTAATT-TAGA-TT-GGACAAGT-GTG-TGTGAGA
gi|10 : TCA----G------T----C-A----TTTAAAGCATTTTTCA-ATGAACAA--------GG-CATA--TATTACA-T-ACA---TACA----CCTTCAAATT-ATTC-C----AGGTAA---------C-GG-TAATCTGCATTGTGAAAATAtaaagtagattttaatgttaggagatggttatgtacacattgccctttgaggctggcttggttttactttgatttaacgaaaagttga
gi|11 : ggcttgtcagacaaaaataaaattgtacagttgctgtatttatcatCATATCAAGTTTTATATAAACAG--TTATTATC---AAA-GAT------------C--AT---T-TCT---------AA---T---------G-CACTGTCCTGA-C-CTTAT------GTTTTG-A------AT-G----TTTATACGTCACA------AAGCCCT--------A---TCT--TA-------ATGCCA---TAT-TTGTTAAT-----GATTTAA---GCCAATG----GAAACC-AG-------A---C-T-TGCAA-GTCAAA---------ATGTCA--A---------AGCTA-T-------------A----TCTGTCA----A------T----C-T----TTTGAAACATTGTTCA-TT---TAA--------TG-AGTT-GTT-T--A-TTAAA---TGCA----CAGTTAACTG-ATTT-C----ATTTggttaaaacaaacagctctacattcatcagtgacatgcatcattttaccatttctatgtaataactgcattgttttgatttgatataataagacaattctta
gi|12 : ttAAT-----GATA--A---ACCAATG----AAAACG-GG-------A---CAT-C---A-GTTAAA---------A---CA--TCATGTAGGCAATT----------------G----ACTGTAA----AATGGTCT----C-A----TTTGAAGCAATTTTCA-ATGGTCTC--------TA-CG-------TACA-T--TAGCCTGTA----TATTAGAATA-ATTT-CACGAAATAAATC-TTAA-TT-GGCCAATT-ACG-CGTGAGGATAta
gi|13 : tgcgGA-C-CTATT-----TGATTTG-T------TT-G----TTTATATGCCATA------AAACCCC--------G---CC---TG-------TCATCA---TG--TT-TTAAT-----TATT--G---TCCAATA----AAAGGC-GG--TGTATG---C-TTC---A-GTTG---------------TA--T---------A--TA-T-------------G----TCAGACA----G------T----A-G----TTTGAGGCAATTTT-A-ATAACCAA--------TT-CGTA-TTG-TACA--G-------GCA----CATTCGAACC-ATTG-T----AGTT--TCTTTGA-TTAGACTCAGC-ATG-TATGCGAATAcgtaaaagtttaatttgtttgtgtggtgttttacgtctttttttcaacagtat
gi|16 : tCAAA------AAGTCCC--------AAAATC---TG----------TTA---TTA-TCACTAGC-----AATT--A---GCCAATG----GGAATC-AG--CT--TA---A-T-----A-ATCAAA---------A---C
gi|17 : accttacatatcaagcttgaatgtctgaaacaattcttaaaatgtgggcatcaaagaaaaacagtggctttttttttcacccttttgtgtggcaaA---AC--AG---T-GTTTG-------AT---T---------TGCAATTTTCCAA-CTCTTTTTTA--TGTTTCG-A------CA-G----ACTGCACAGTACA------ATGGCTC--------T---CC---TA-------ACGTTA---AGACTTGTTTAT-----GGTT--A---GTCAATG----AAAACttcatg
gi|18 : ccatgttaagagattttaatgtttctggtgtttcttaaacagtagatatcaaagaaaCCC--------G---CC---TG-------ACGTTA---TCA-TAGTTAAC-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GA--C---------------------------------A---C--------------GTTT-T-------------A----ACCCTGA----A------T----C-AGTACTTTAAGGCATTTTTCA-ATTACCTA--------TA---TACGTA-TG---TGGCA---TGCA----CACTCAAATT-GTAT-T----AGTTA-TC-CGGAATT-GGCTAACA-ATG-TGTGAGAAaag
gi|2 : GCATATCAAG-T----AAGA---G--TT----TG---GAA-ATTTG---C------C--GG---T-GTT---------A
gi|2 : A---AC--AGCTTT-GTT----------T---T----------ACAATATTCTGA-C--TCTT-----TGTTTTT-A------AT-G----TTGACAT--------------ACCCC--------G---TT---AA-------ACGCTA---TGT-TTGTAAATTTGTAAATT--ATTTGCCAATG----AAAACC-GG--T---CT---C-T-G---T-GTCAAA---------A---TA--TTCA------AATTC-T-------------A----GATGTCA----ATCTG--T----C-A----TTTAAGGT-GTTTTCC-ATGACGAA--------GG-CGTA-TGC-TACATTAATA---Tactaaacagtcaatatggaaaaaaaacagctttgttttacaatattctgactctttgtttttaatgttgacataccccgttaaacgctatgtttgtaaatttgtaaattatttgccaatgaaaaccggtctctgtgtcaaaatattcaaattctagatgtcaatctgtcatttaaggtgttttccatgacgaaggcgtatgctacattaatatttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttccttgtaataaccattgtttggatcaaacctaaaggagagtctctaaattgttatgcaaggcgtggtaatatcaattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|2 : gcatatcaagtaagagtttggaaatttgccggtgttaactaaacagtcaatatggaaaaaa-ATATTACCACGC-----C-TTGCATAACAATTT----A-GA---GACTC----TCCTTTAG-GTTTGATCCAA---AC--AA---TGGTT---------AT---T----------ACAttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttccttgtaataaccattgtttggatcaaacctaaaggagagtctctaaattgttatgcaaggcgtggtaatatcaattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|20 : gcatatcaagtaagagtttggaaatttgccggtgttaactaaacagtcaatatggaaaaaaaacagctttgttttacaatattctgactctttgtttttaatgttgacataccccgttaaacgctatgtttgtaaatttgtaaattatttgccaatgaaaaccggtctctgtgtcaaaatattcaaattctagatgtcaatctgtcatttaaggtgttttccatgacgaaggcgtatgctacattaatatttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttcctGTTTTG-A------AT-A----TTCACAGGCCACA------AAG-CCT--------G---CC---TG-------ACATCG---TGA-TATTTAAT-----GTTT--A----CCAAAA----GAAACC-AG--caattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|3 : TACTAC---------CTACATTTCAAGTT-----TGA---G--TT-----C---GAATGTTGG---CGACGTACTTAC---T-GTTGATATAAAAATAAAT---------GACACAGTTCTGA-T-CTTTTGCTTATATTTTG-A------AT-G----TTCACCTGCCCTG------AAGCCCC--------A---GC---TG-------ATGCCA---TGA-GTGTTAAC-----GATA--A---AGCAATT-------AGT-GT--A---TA---T---------GTCTAA---------A---T--------------GTTC-C-------------A----GTTGTCA----AGTAG--T----C-A----TTTGAAGCATGTTTTA-ATAGCAAA--------GG-AATA-TT--TCCA-CAA--------G----TATTCAAATG-ATTT-T------TTTATC-TTAA-TC-GCCCAATA-CCA-TGTGAGAAtatgtctagatgtcaaa
gi|4 : ttaGTTCACTACTTAATATGTGTATATAAGTACCTTGT-ATTATTAGTACAAGA-A-ATT-CTAAACGAAAATATTGCATATCAAGCT----ATGA---G--TT----TC---AAATGTTTG---CGA---AC--AG---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCTGA-C-CTTTT-----TGCTTTG-A------AT-G----TCCGCATACCATA------AAGTCCC--------A---TA---TG-------AAGTCA---TGA-TTGTAAAT-----GATT--G---GCCAATG----GAATCT-GG--C---TA---C-T-C---A-GTAAAA---------A---CA--T---------AGTTC-T-------------A----CCTGTCA----A------T----C-A----TCTGAAGCATTTTTCA-ATAACCAA--------TG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATC-ATTT-C----AATTCATC-TTGA-TT-GGCAAACT-GTA-TGTGAGAATAaaagaaaacagctttaatatcgccaggcatgtgcaccatgtaatatttccttttgccaatgacgttgtgttgatcttatgtgaagactatctaactttttataagtgacgtagta
gi|5 : attagtattttttA-T-CCTTT-----TGTTTTG-A------CT-------TCACATGCTACATGTACAAAGCCCCCACCTCGAG---TC---TG-------GCAT---------TTGTTACT-----GATT--A---GTCAATGCAAAGAAAAT-GGATT---TA-----T-C---T-GTTAAA---------C---CA--TTCATTGACAAGTTA-T-------------A----GCCATCATCCTA------T----C-A----ATAGCAGCACTTTTTA-ATGACCAT--------TGCAGT---TA-T----TG-TA---TGCA----CATTAAAATT-ATTTTC----ATTTGATC-TGAA-TC-GCCAAATC-ATA-TGTGAGAGTA
gi|6 : GTGAT-------AGACATGTTAATATGC-----T-TTGCATTTCAAGTT----GTGA---G--TT----TG---GAgccaaaatcaaaccgttttattgtcgttgttgagctgaaacaatttaattttcaataacttattaaacttcaccatga
gi|6 : CACTGTTCCAA-C-TCTTT-----TGTT--GCA------ATAG----TTTATAAATCTTA------AAGCATT--------G---CT---TC-------ATTTCA---ATA-TTGGTAGT-----AACT--A---GCGGATG----GAAATC-AG--T---CAAAAT-T-T---T-GTGTAA---------G---CAAAC---------AGTTT-TTAAAAAAAGACTTA----ACTCTCA----AACAG--T----C-A----TTTGAAGCAGTTTTCA-AT-------------------TA-AAA-T--------------TA----CATTCAGATTAATTT-A----AGCAAATC-TGAA-Ttccgagcgctccttaaaaagtcttgtatcaaagatacacagtacctttcttccactgttccaactcttttgttgcaatagtttataaatcttaaagcattgcttcatttcaatattggtagtaactagcggatggaaatcagtcaaaattttgtgtaagcaaacagtttttaaaaaaagacttaactctcaaacagtcatttgaagcagttttcaattaaaattacattcagattaatttaagcaaatctgaattagg
gi|7 : gtgatagacatgttaatatgctttgcatttcaagttgtgagtttggatccgagcgctccttaaaaagtcttgtatcaaagatacacagtacctttcttc-C-CTTTT-----TCGTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC--------A---TA---TG-------ACGTCA---TGC-GTATTATT-----CATT----------------------C-GG--T---GT---C-T-C---A-GTGAAA---------A---CA----------------C-T-------------A----AC-GTCA----G------T----C-A----GTTGAAGC-CTTTGCT-GTGACCA------------AGGC-GCA-CAC--T--TA---T--------ATTCAAATT-AGTT-C----AATTAATC-ACAA-TT-AGCCTATC-GCA-TGTGAGAATAtagg
gi|8 : ttcatgTT-----TGTTT-G-A------ATAG----ATCACATGTCACA------AA-----------------TA---CA-------AT-------TGA-TTATTCAT-----GACT--G---GCTTATG----GAAGCA-GG--C---T------T-T---ACGTGAAA---------A---TA--C---------A--TCAT-------------A----AC---CA----A------C----CCA----TTTGAAGCAGTTTTCA-ATGATCAAATCATATACG-AGGG-GCA-TATA-TAACG---TACA----TATTCAAGAT-ACTT-T----AGTTAATA-TGTA-TC-AGCCAATT-GGA-TGTCAGAATAagctcgactgttgtcggccacgtgccccatgtacaatttccgtgaaagcagtgtggttatttatgtcatgttagtttgagaattgtgttatccaaggcatagtgggtagagta
gi|9 : AAACC-GG--C---T----------------TAAA---------A------------------GTGC-A-------------A----AATGTCA----A------TTAGTC-A----TTTGAAGCAGTTTCTAGAGGTCCAG--------TG-CATA-TTA-TATA-TTAGA---T---------------TT-ATCT-A----ACCTAATC-TGGA-TC-GGTCATTC-GCA-TGTAAGAATAgataagagcaaacagctctattgtcgtgagtggcgtgctccatccacaatatcattttgttaggcaaggc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTTTATGATATCATTGGAAAAAAGTGTCATTTTCAACAATTCTGGCCATTAACAAAAAGCTAATTGAAACCAGGTGTATCAGACTAAACATTGTGCAGGTAAGTAGTTTTACAAAGATATAGTTGTCAACCAGGCATCTAAAGCAGTTTCAATTATATTACATTGAAATATTTTAACTAATCTGAATGTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAACTATTTCAGCAAAATGCCTTCTAGAATAGGTAAACACAAACTGCTCGATTATCGTCAGTTACGTGCTCCATGTATATATTTATATCCGTTTGATAACAACGCTATCTATATTCTAACTGAAATTGGATATTCTCTTACCTTTATGCAAGCAGTAGTAAATATATAT
Unaligned ( gi|19 ): ACGACAAACAGATCTTATAAACTCGCTAAACGTACTAGAACACTGTAAATATTTGTTTGTGTGGAGTTTTACGCTTTTTTATTCAGTGATAT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 222 1 4444444 1 222222222 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111 11111111111111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 3333 5 1 222 5 3333333 0 3 0 888888888 0 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 4 4 55555 3 999999 999999 2 2 888888 2 99999999999999999 9999999 0 555 55 66666 555555 5555 2 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6666 2 6666 1 2 2 666666666666666666666666666666666666666666 3 888888 1 0 3 33 3 3 555555
lowQualScore : .... . . ... . ....... . . . ......... . . ................................................................................... . . . ..... . ...... ...... . . ...... . ................. ....... . ... .. ..... ...... .... . ................................................................................................. .... . .... . . . .......................................... . ...... . . . .. . . ......
lowQualScore : 5555 5 0 000 5 3333333 0 2 8 222222222 6 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 0 0 55555 3 666666 222222 2 6 888888 1 44444444444444444 3333333 6 000 66 77777 666666 7777 7 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111 9 1111 0 9 4 888888888888888888888888888888888888888888 1 444444 4 5 3 00 3 6 555555
consensus : NNNNNNNNNNNNNGTTCACTACTTAGTATGTGNATATAGGTACCTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGC-----T-TTGCATATCAAGTT----ATGA---G--TT----TC---GAA-GTTTG---CGA---AC--AG---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCCGA-C-CTTTT-----TGTTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC--------G---TC---TG-------ACGTCA---TGA-TTGTTAAT-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GG--C---TA---C-T-C---A-GTNAAA---------A---CA--T---------AGTTC-T-------------A----NCTGTCA----A------T----C-A----TTTGAAGCANTTTTCA-ATGACCAA--------TG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATT-ATTT-C----AGTTAATC-TNGA-TC-GGCCAATC-GCG-TGTGAGAATA
Reference ( family-278 ) : NNNNNNNNNNNNNGTTCACTACTTAGTATGTGNATATAGGTACCTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGC-----T-TTGCATATCAAGTT----ATGA---G--TT----TC---GAA-GTTTG---CGA---AC--AG---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCCGA-C-CTTTT-----TGTTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC--------G---TC---TG-------ACGTCA---TGA-TTGTTAAT-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GG--C---TA---C-T-C---A-GTNAAA---------A---CA--T---------AGTTC-T-------------A----NCTGTCA----A------T----C-A----TTTGAAGCANTTTTCA-ATGACCAA--------TG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATT-ATTT-C----AGTTAATC-TNGA-TC-GGCCAATC-GCG-TGTGAGAATA
gi|1 : GTTCA----TTAGTA-GTGGA-A-AGGTACTTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGT-----T-TTGCATGTCAAGTT----A-GA---G--TA----TC---G-----TTG---TAA---AG--AT---T-TTC---------AT---TAGAGACAAAAACACTGTTTGGAGG-CTTTT-----TGTTGTG-ATAATTTAT-GTGTCTTCAAACATCG-A------AAGGCAC--------A---TCCATTGTGTATAAAGGTCAATCTGG-TTGACAGT-----GATT--A---GCCTATG----GAAATCAAG--C---TA-----------A-G-AAAACTGGCTTGTA---CA--A---------AATTG-T-------------AGATGTCGGTCA----G------T----C-A----TTTGAAGCAGTTTCCG-ATGACCTG--------TC-A-TA--TA-TACA-ATATG---TGCATGTTCATTCCAATT-ATTT-C----AGCTAATT-TAGA-TT-GGACAAGT-GTG-TGTGAGA
gi|10 : TCA----G------T----C-A----TTTAAAGCATTTTTCA-ATGAACAA--------GG-CATA--TATTACA-T-ACA---TACA----CCTTCAAATT-ATTC-C----AGGTAA---------C-GG-TAATCTGCATTGTGAAAATAtaaagtagattttaatgttaggagatggttatgtacacattgccctttgaggctggcttggttttactttgatttaacgaaaagttga
gi|11 : ggcttgtcagacaaaaataaaattgtacagttgctgtatttatcatCATATCAAGTTTTATATAAACAG--TTATTATC---AAA-GAT------------C--AT---T-TCT---------AA---T---------G-CACTGTCCTGA-C-CTTAT------GTTTTG-A------AT-G----TTTATACGTCACA------AAGCCCT--------A---TCT--TA-------ATGCCA---TAT-TTGTTAAT-----GATTTAA---GCCAATG----GAAACC-AG-------A---C-T-TGCAA-GTCAAA---------ATGTCA--A---------AGCTA-T-------------A----TCTGTCA----A------T----C-T----TTTGAAACATTGTTCA-TT---TAA--------TG-AGTT-GTT-T--A-TTAAA---TGCA----CAGTTAACTG-ATTT-C----ATTTggttaaaacaaacagctctacattcatcagtgacatgcatcattttaccatttctatgtaataactgcattgttttgatttgatataataagacaattctta
gi|12 : ttAAT-----GATA--A---ACCAATG----AAAACG-GG-------A---CAT-C---A-GTTAAA---------A---CA--TCATGTAGGCAATT----------------G----ACTGTAA----AATGGTCT----C-A----TTTGAAGCAATTTTCA-ATGGTCTC--------TA-CG-------TACA-T--TAGCCTGTA----TATTAGAATA-ATTT-CACGAAATAAATC-TTAA-TT-GGCCAATT-ACG-CGTGAGGATAta
gi|13 : tgcgGA-C-CTATT-----TGATTTG-T------TT-G----TTTATATGCCATA------AAACCCC--------G---CC---TG-------TCATCA---TG--TT-TTAAT-----TATT--G---TCCAATA----AAAGGC-GG--TGTATG---C-TTC---A-GTTG---------------TA--T---------A--TA-T-------------G----TCAGACA----G------T----A-G----TTTGAGGCAATTTT-A-ATAACCAA--------TT-CGTA-TTG-TACA--G-------GCA----CATTCGAACC-ATTG-T----AGTT--TCTTTGA-TTAGACTCAGC-ATG-TATGCGAATAcgtaaaagtttaatttgtttgtgtggtgttttacgtctttttttcaacagtat
gi|16 : tCAAA------AAGTCCC--------AAAATC---TG----------TTA---TTA-TCACTAGC-----AATT--A---GCCAATG----GGAATC-AG--CT--TA---A-T-----A-ATCAAA---------A---C
gi|17 : accttacatatcaagcttgaatgtctgaaacaattcttaaaatgtgggcatcaaagaaaaacagtggctttttttttcacccttttgtgtggcaaA---AC--AG---T-GTTTG-------AT---T---------TGCAATTTTCCAA-CTCTTTTTTA--TGTTTCG-A------CA-G----ACTGCACAGTACA------ATGGCTC--------T---CC---TA-------ACGTTA---AGACTTGTTTAT-----GGTT--A---GTCAATG----AAAACttcatg
gi|18 : ccatgttaagagattttaatgtttctggtgtttcttaaacagtagatatcaaagaaaCCC--------G---CC---TG-------ACGTTA---TCA-TAGTTAAC-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GA--C---------------------------------A---C--------------GTTT-T-------------A----ACCCTGA----A------T----C-AGTACTTTAAGGCATTTTTCA-ATTACCTA--------TA---TACGTA-TG---TGGCA---TGCA----CACTCAAATT-GTAT-T----AGTTA-TC-CGGAATT-GGCTAACA-ATG-TGTGAGAAaag
gi|2 : GCATATCAAG-T----AAGA---G--TT----TG---GAA-ATTTG---C------C--GG---T-GTT---------A
gi|2 : A---AC--AGCTTT-GTT----------T---T----------ACAATATTCTGA-C--TCTT-----TGTTTTT-A------AT-G----TTGACAT--------------ACCCC--------G---TT---AA-------ACGCTA---TGT-TTGTAAATTTGTAAATT--ATTTGCCAATG----AAAACC-GG--T---CT---C-T-G---T-GTCAAA---------A---TA--TTCA------AATTC-T-------------A----GATGTCA----ATCTG--T----C-A----TTTAAGGT-GTTTTCC-ATGACGAA--------GG-CGTA-TGC-TACATTAATA---Tactaaacagtcaatatggaaaaaaaacagctttgttttacaatattctgactctttgtttttaatgttgacataccccgttaaacgctatgtttgtaaatttgtaaattatttgccaatgaaaaccggtctctgtgtcaaaatattcaaattctagatgtcaatctgtcatttaaggtgttttccatgacgaaggcgtatgctacattaatatttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttccttgtaataaccattgtttggatcaaacctaaaggagagtctctaaattgttatgcaaggcgtggtaatatcaattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|2 : gcatatcaagtaagagtttggaaatttgccggtgttaactaaacagtcaatatggaaaaaa-ATATTACCACGC-----C-TTGCATAACAATTT----A-GA---GACTC----TCCTTTAG-GTTTGATCCAA---AC--AA---TGGTT---------AT---T----------ACAttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttccttgtaataaccattgtttggatcaaacctaaaggagagtctctaaattgttatgcaaggcgtggtaatatcaattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|20 : gcatatcaagtaagagtttggaaatttgccggtgttaactaaacagtcaatatggaaaaaaaacagctttgttttacaatattctgactctttgtttttaatgttgacataccccgttaaacgctatgtttgtaaatttgtaaattatttgccaatgaaaaccggtctctgtgtcaaaatattcaaattctagatgtcaatctgtcatttaaggtgttttccatgacgaaggcgtatgctacattaatatttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttcctGTTTTG-A------AT-A----TTCACAGGCCACA------AAG-CCT--------G---CC---TG-------ACATCG---TGA-TATTTAAT-----GTTT--A----CCAAAA----GAAACC-AG--caattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|3 : TACTAC---------CTACATTTCAAGTT-----TGA---G--TT-----C---GAATGTTGG---CGACGTACTTAC---T-GTTGATATAAAAATAAAT---------GACACAGTTCTGA-T-CTTTTGCTTATATTTTG-A------AT-G----TTCACCTGCCCTG------AAGCCCC--------A---GC---TG-------ATGCCA---TGA-GTGTTAAC-----GATA--A---AGCAATT-------AGT-GT--A---TA---T---------GTCTAA---------A---T--------------GTTC-C-------------A----GTTGTCA----AGTAG--T----C-A----TTTGAAGCATGTTTTA-ATAGCAAA--------GG-AATA-TT--TCCA-CAA--------G----TATTCAAATG-ATTT-T------TTTATC-TTAA-TC-GCCCAATA-CCA-TGTGAGAAtatgtctagatgtcaaa
gi|4 : ttaGTTCACTACTTAATATGTGTATATAAGTACCTTGT-ATTATTAGTACAAGA-A-ATT-CTAAACGAAAATATTGCATATCAAGCT----ATGA---G--TT----TC---AAATGTTTG---CGA---AC--AG---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCTGA-C-CTTTT-----TGCTTTG-A------AT-G----TCCGCATACCATA------AAGTCCC--------A---TA---TG-------AAGTCA---TGA-TTGTAAAT-----GATT--G---GCCAATG----GAATCT-GG--C---TA---C-T-C---A-GTAAAA---------A---CA--T---------AGTTC-T-------------A----CCTGTCA----A------T----C-A----TCTGAAGCATTTTTCA-ATAACCAA--------TG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATC-ATTT-C----AATTCATC-TTGA-TT-GGCAAACT-GTA-TGTGAGAATAaaagaaaacagctttaatatcgccaggcatgtgcaccatgtaatatttccttttgccaatgacgttgtgttgatcttatgtgaagactatctaactttttataagtgacgtagta
gi|5 : attagtattttttA-T-CCTTT-----TGTTTTG-A------CT-------TCACATGCTACATGTACAAAGCCCCCACCTCGAG---TC---TG-------GCAT---------TTGTTACT-----GATT--A---GTCAATGCAAAGAAAAT-GGATT---TA-----T-C---T-GTTAAA---------C---CA--TTCATTGACAAGTTA-T-------------A----GCCATCATCCTA------T----C-A----ATAGCAGCACTTTTTA-ATGACCAT--------TGCAGT---TA-T----TG-TA---TGCA----CATTAAAATT-ATTTTC----ATTTGATC-TGAA-TC-GCCAAATC-ATA-TGTGAGAGTA
gi|6 : GTGAT-------AGACATGTTAATATGC-----T-TTGCATTTCAAGTT----GTGA---G--TT----TG---GAgccaaaatcaaaccgttttattgtcgttgttgagctgaaacaatttaattttcaataacttattaaacttcaccatga
gi|6 : CACTGTTCCAA-C-TCTTT-----TGTT--GCA------ATAG----TTTATAAATCTTA------AAGCATT--------G---CT---TC-------ATTTCA---ATA-TTGGTAGT-----AACT--A---GCGGATG----GAAATC-AG--T---CAAAAT-T-T---T-GTGTAA---------G---CAAAC---------AGTTT-TTAAAAAAAGACTTA----ACTCTCA----AACAG--T----C-A----TTTGAAGCAGTTTTCA-AT-------------------TA-AAA-T--------------TA----CATTCAGATTAATTT-A----AGCAAATC-TGAA-Ttccgagcgctccttaaaaagtcttgtatcaaagatacacagtacctttcttccactgttccaactcttttgttgcaatagtttataaatcttaaagcattgcttcatttcaatattggtagtaactagcggatggaaatcagtcaaaattttgtgtaagcaaacagtttttaaaaaaagacttaactctcaaacagtcatttgaagcagttttcaattaaaattacattcagattaatttaagcaaatctgaattagg
gi|7 : gtgatagacatgttaatatgctttgcatttcaagttgtgagtttggatccgagcgctccttaaaaagtcttgtatcaaagatacacagtacctttcttc-C-CTTTT-----TCGTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC--------A---TA---TG-------ACGTCA---TGC-GTATTATT-----CATT----------------------C-GG--T---GT---C-T-C---A-GTGAAA---------A---CA----------------C-T-------------A----AC-GTCA----G------T----C-A----GTTGAAGC-CTTTGCT-GTGACCA------------AGGC-GCA-CAC--T--TA---T--------ATTCAAATT-AGTT-C----AATTAATC-ACAA-TT-AGCCTATC-GCA-TGTGAGAATAtagg
gi|8 : ttcatgTT-----TGTTT-G-A------ATAG----ATCACATGTCACA------AA-----------------TA---CA-------AT-------TGA-TTATTCAT-----GACT--G---GCTTATG----GAAGCA-GG--C---T------T-T---ACGTGAAA---------A---TA--C---------A--TCAT-------------A----AC---CA----A------C----CCA----TTTGAAGCAGTTTTCA-ATGATCAAATCATATACG-AGGG-GCA-TATA-TAACG---TACA----TATTCAAGAT-ACTT-T----AGTTAATA-TGTA-TC-AGCCAATT-GGA-TGTCAGAATAagctcgactgttgtcggccacgtgccccatgtacaatttccgtgaaagcagtgtggttatttatgtcatgttagtttgagaattgtgttatccaaggcatagtgggtagagta
gi|9 : AAACC-GG--C---T----------------TAAA---------A------------------GTGC-A-------------A----AATGTCA----A------TTAGTC-A----TTTGAAGCAGTTTCTAGAGGTCCAG--------TG-CATA-TTA-TATA-TTAGA---T---------------TT-ATCT-A----ACCTAATC-TGGA-TC-GGTCATTC-GCA-TGTAAGAATAgataagagcaaacagctctattgtcgtgagtggcgtgctccatccacaatatcattttgttaggcaaggc
blockSeqs : CTAC T T TAT . TAGTACA C T ACGAAAATA TGAGTTCGAATGTTGGCGACGTACTTACTGTTGATATAAAAATAAATGA T . T GCTTA C . AG C C TGTACA C CACCTCGAGTC . . AC TTGTA ATTT CAAA . TCAAAATTTTGTGTAAGCAAACAGTTTTTAAAAAAAGACTTAACTCTCAAACAG TAGT C GTAC T G G AATCATATACGAGGGGCATATATAACGTACA A CACGA G T TA A A CTGCAT
blockSeqs : . . T GCC AGAGACTCTCCTTTAGGTTTGATCCAAACAATGGTTATTA C . . TTA . . AG T T . C AAAATC . . T . TAA . . ATTTATCTGTTAAACCATTCATTGACAAGTTATAGCCATCATCCTA . . . T . G ATGAGTAGTATACATGATATGCA . TC T . TG . . TACG
blockSeqs : . . GCT TTATATAAACAGTTATTATCAAAGATCATTTCTAATG T . . . . . G C A . T ATCT . . A . A . . ACATCAGTTAAAACATCATGTAGGCAATTGACTGTAAAATGGTC . . . A . A AGGCATATATTACATACATACA . C A . GG . . CATG
blockSeqs : . ATGAGTTTCAAATGTTTGCGAACAGTGTTATTGA T . . . . . G T C . G GCC . . A . G . . TCTCTGTGTCAAAATATTCAAATTCTAGATGTCAATCTG . . . A . T ATGAGTTGTTTATTAAATGCA . C G . TA . . AATG
blockSeqs : T . . . . . G G C . C TCC . . T . A . . ACTTGCAAGTCAAAATGTCAAAGCTATATCTGTCAA . . . T . G ATATACGTATGTGGCATGCA . T G . TG . . ACCA
blockSeqs : C . . . . . G T T . C GCC . . A . A . . CTACTCAGTAAAAACATAGTTCTACCTGTCAA . . . G . A GTGCATATTATATATTAGAT . T A . GA . . TGTA
blockSeqs : . . . . . A T T . T GTT . . A . A . . TGTATGCTTCAGTTGTATATATGTCAGACAG . . . T . A CTACGTACATTAGCCTGTA . T T . GA . . CATA
blockSeqs : . . . . . G T C . C GCC . . A . A . . ATATGTCTAAATGTTCCAGTTGTCAAGTAG . . . T . G ATTCGTATTGTACAGGCA . C G . CA . . CGCA
blockSeqs : . . . . . G A T . C AGC . . A . A . . CTTTACGTGAAAATACATCATAACCAA . . . C . G TTGCAGTTATTGTATGCA . A A . GT . . TGGA
blockSeqs : . . . G C C . C ATA . . C . G . . TGTCTCAGTGAAAACACTAACGTCAG . . . G . G AGGAATATTTCCACAAG . C G . GG . . CGCA
blockSeqs : . . . T C . . GCT . . A . A . . CTTAAAAGTGCAAAATGTCAA . . . C . G AGGCGCACACTTAT . T C . . .
blockSeqs : . . . ATA . . . . A . . CACGTTTTAACCCTGAA . . . G . . TAAAATTA . A .
blockSeqs : TA . . . . G . . . . . G . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : ****** G***** GCC************** ******* *** ATGCGTAGTATACATNANATGCA*******************
originalCons : NNNNNNNNNNNNNGTTCACTACTTAGTATGTGNATATAGGTACCTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGC-----T-TTGCATATCAAGTT----ATGA---G--TT----TC---GAA-GTTTG---CGA---AC--AG---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCCGA-C-CTTTT-----TGTTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC--------G---TC---TG-------ACGTCA---TGA-TTGTTAAT-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GG--C---TA---C-T-C---A-GTNAAA---------A---CA--T---------AGTTC-T-------------A----NCTGTCA----A------T----C-A----TTTGAAGCANTTTTCA-ATGACCAA--------TG-AGTA-GTA-TACA-TGATA---TGCA----CATTCAAATT-ATTT-C----AGTTAATC-TNGA-TC-GGCCAATC-GCG-TGTGAGAATA
finalCons : NNNNNNNNNNNNNGTTCACTACTTAGTATGTGNATATAGGTACCTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGC-----T-TTGCATATCAAGTT----ATGA---G--TT----TC---GAA-GTTTG---CGA---AC--AG---T-GTT---------AT---T---------GACACTGTTCCGA-C-CTTTT-----TGTTTTG-A------ATG-----TTCACACGCCACA------AAGCCCCGCC--------------TG-------ACGTCA---TGA-TTGTTAAT-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GG--C---TA---C-T-C---A-GTNAAA---------A---CA--T---------AGTTC-T-------------A----NCTGTCA----A------T----C-A----TTTGAAGCANTTTTCA-ATGACCAATGCGTAGTATACATNANATGCA-------------------CATTCAAATT-ATTT-C----AGTTAATC-TNGA-TC-GGCCAATC-GCG-TGTGAGAATA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTTTATGATATCATTGGAAAAAAGTGTCATTTTCAACAATTCTGGCCATTAACAAAAAGCTAATTGAAACCAGGTGTATCAGACTAAACATTGTGCAGGTAAGTAGTTTTACAAAGATATAGTTGTCAACCAGGCATCTAAAGCAGTTTCAATTATATTACATTGAAATATTTTAACTAATCTGAATGTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAACTATTTCAGCAAAATGCCTTCTAGAATAGGTAAACACAAACTGCTCGATTATCGTCAGTTACGTGCTCCATGTATATATTTATATCCGTTTGATAACAACGCTATCTATATTCTAACTGAAATTGGATATTCTCTTACCTTTATGCAAGCAGTAGTAAATATATAT
Unaligned ( gi|19 ): ACGACAAACAGATCTTATAAACTCGCTAAACGTACTAGAACACTGTAAATATTTGTTTGTGTGGAGTTTTACGCTTTTTTATTCAGTGATAT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1 222 1 4444444 1 222222222 1111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 1111111111111111111 1111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44444444444444444444444444444
lowQualScore : 3333 5 1 222 5 3333333 0 3 0 888888888 0 8888888 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 4 4 55555 0 3 999999 999999 2 999999 2222222222222222222 999 1111 77777 666666 6666 2 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6666 2 6666 1 2 2 1 00000000000000000000000000000 6666 3 888888 1 0 3 33 3 3 555555
lowQualScore : .... . . ... . ....... . . . ......... . ....... . .................................................................................................. . . . ..... . . ...... ...... . ...... ................... ... .... ..... ...... .... . ................................................................................................ .... . .... . . . . ............................. .... . ...... . . . .. . . ......
lowQualScore : 5555 5 0 000 5 3333333 0 2 8 222222222 6 6666666 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 0 0 55555 5 3 666666 222222 2 666666 3333333333333333333 666 4444 11111 666666 1111 9 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111 9 1111 0 9 4 4 22222222222222222222222222222 5555 1 444444 4 5 3 00 3 6 555555
consensus : NNNNNNNNNNNNNGTTCACTACTTAGTATGTGNATATAGGTACCTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGC-----T-TTGCATATCA-------AGTT----AT--GA---G--T--T----TC----GAA-GT-TTG---C------GA---AC--AG---T-G---TT---------AT---T---------GACACTGTTCCGA-C-CTTTT-----TGTTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC-G-CC--T-G-------ACGTCA---TGA---TTGTTAAT-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GG--C---T---AC-TC---A-GTNAAA---------A---C--AT---------AGTT-------------C-TA----NCTGTCA----A------T----C-A----TTTGAAGCANTTTTCA-ATGACCAATG-CGTA---------TA-TACATTA-NATGCA----CATTCAAATT-ATTT-C----AGTTAATC-TNGA-TC-GGCCAATC-GCG-TGTGAGAATA
Reference ( family-278 ) : NNNNNNNNNNNNNGTTCACTACTTAGTATGTGNATATAGGTACCTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGC-----T-TTGCATATCA-------AGTT----AT--GA---G--T--T----TC----GAA-GT-TTG---C------GA---AC--AG---T-G---TT---------AT---T---------GACACTGTTCCGA-C-CTTTT-----TGTTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC-G-CC--T-G-------ACGTCA---TGA---TTGTTAAT-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GG--C---T---AC-TC---A-GTNAAA---------A---C--AT---------AGTT-------------C-TA----NCTGTCA----A------T----C-A----TTTGAAGCANTTTTCA-ATGACCAATG-CGTA--------GTA-TACATNA-NATGCA----CATTCAAATT-ATTT-C----AGTTAATC-TNGA-TC-GGCCAATC-GCG-TGTGAGAATA
gi|1 : GTTCA----TTAGTA-GTGGA-A-AGGTACTTTGTTGTTAT-------AGA-ATATTACTACGT-----T-TTGCATGTCA-------AGTT----A---GA---G--T--A----TC----G------TTG---T------AA---AG--AT---T-T---TC---------AT---TAGAGACAAAAACACTGTTTGGAGG-CTTTT-----TGTTGTG-ATAATTTAT-GTGTCTTCAAACATCGAA------AGGCACA-T-CCATT-GTGTATAAAGGTCAATCTGG---TTGACAGT-----GATT--A---GCCTATG----GAAATCAAG--C---T---A-------A-G-AAAACTGGCTTGTA---C--AA---------AATT-------------G-TAGATGTCGGTCA----G------T----C-A----TTTGAAGCAGTTTCCG-ATGACC--TGTCATA---------TA-TACAATA-TGTGCATGTTCATTCCAATT-ATTT-C----AGCTAATT-TAGA-TT-GGACAAGT-GTG-TGTGAGA
gi|10 : TCA----G------T----C-A----TTTAAAGCATTTTTCA-ATGAACAAGG-CATA---------TATTACAT-A-CATACA----CCTTCAAATT-ATTC-C----AGGTAA---------C-GG-TAATCTGCATTGTGAAAATAtaaagtagattttaatgttaggagatggttatgtacacattgccctttgaggctggcttggttttactttgatttaacgaaaagttga
gi|11 : ggcttgtcagacaaaaataaaattgtacagttgctgtatttatcatCATATCA-------AGTTTTATAT--AAACAG--T--TATTATC----AAA-GA-T------------------C--AT---T-T---CT---------AA---T---------G-CACTGTCCTGA-C-CTTAT------GTTTTG-A------AT-G----TTTATACGTCACA------AAGCCCT-ATCT--T-A-------ATGCCA---TAT---TTGTTAAT-----GATTTAA---GCCAATG----GAAACC-AG----------AC-TTGCAA-GTCAAA---------ATGTC--AA---------AGCT-------------A-TA----TCTGTCA----A------T----C-T----TTTGAAACATTGTTCA-TT---TAATG-AGTT--------GTT-T--ATTA-AATGCA----CAGTTAACTG-ATTT-C----ATTTggttaaaacaaacagctctacattcatcagtgacatgcatcattttaccatttctatgtaataactgcattgttttgatttgatataataagacaattctta
gi|12 : ttAAT-----GATA--A---ACCAATG----AAAACG-GG----------ACATC---A-GTTAAA---------A---C--ATCATGTAGGCAATT----------------G----ACTGTAA----AATGGTCT----C-A----TTTGAAGCAATTTTCA-ATGGTCTCTA-CG--------------TACATTAGCCTGTA----TATTAGAATA-ATTT-CACGAAATAAATC-TTAA-TT-GGCCAATT-ACG-CGTGAGGATAta
gi|13 : tgcgGA-C-CTATT-----TGATTTG-T------TT-G----TTTATATGCCATA------AAACCCC-G-CC--T-G-------TCATCA---TG----TT-TTAAT-----TATT--G---TCCAATA----AAAGGC-GG--TGTAT---GCTTC---A-GTT------------G---T--AT---------A--T-------------A-TG----TCAGACA----G------T----A-G----TTTGAGGCAATTTT-A-ATAACCAATT-CGTA--------TTG-TAC------AGGCA----CATTCGAACC-ATTG-T----AGTT--TCTTTGA-TTAGACTCAGC-ATG-TATGCGAATAcgtaaaagtttaatttgtttgtgtggtgttttacgtctttttttcaacagtat
gi|17 : tA---AC--AG---T-G---TTTG-------AT---T---------TGCAATTTTCCAA-CTCTTTTTTA--TGTTTCG-A------CA-G----ACTGCACAGTACA------ATGGCTC-T-CC--T-A-------ACGTTA---AGAC--TTGTTTAT-----GGTT--A---GTCAATG----AAAAC
gi|18 : ccatgttaagagattttaatgtttctggtgtttcttaaacagtagatatcaaagaaaCCC-G-CC--T-G-------ACGTTA---TCA---TAGTTAAC-----GATT--A---GCCAATG----GAAACC-GA--C--------------------------------A---C--------------GTT-------------T-TA----ACCCTGA----A------T----C-AGTACTTTAAGGCATTTTTCA-ATTACCTATA---TAC-------GTA-TG--TGG-CATGCA----CACTCAAATT-GTAT-T----AGTTA-TC-CGGAATT-GGCTAACA-ATG-TGTGAGAAaag
gi|2 : GCATATCA-------AG-T----AA--GA---G--T--T----TG----GAA-AT-TTG---C------------C--GG---T-G---TT---------A
gi|2 : A---AC--AGCTTT-G---TT----------T---T----------ACAATATTCTGA-C--TCTT-----TGTTTTT-A------AT-G----TTGACAT--------------ACCCC-G-TT--A-A-------ACGCTA---TGT---TTGTAAATTTGTAAATT--ATTTGCCAATG----AAAACC-GG--T---C---TC-TG---T-GTCAAA---------A---T--ATTCA------AATT-------------C-TA----GATGTCA----ATCTG--T----C-A----TTTAAGGT-GTTTTCC-ATGACGAAGG-CGTA--------TGC-TACATTA-actaaacagtcaatatggaaaaaaaacagctttgttttacaatattctgactctttgtttttaatgttgacataccccgttaaacgctatgtttgtaaatttgtaaattatttgccaatgaaaaccggtctctgtgtcaaaatattcaaattctagatgtcaatctgtcatttaaggtgttttccatgacgaaggcgtatgctacattaatatttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttccttgtaataaccattgtttggatcaaacctaaaggagagtctctaaattgttatgcaaggcgtggtaatatcaattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|2 : gcatatcaagtaagagtttggaaatttgccggtgttaactaaacagtcaatatggaaaaaa-ATATTACCACGC-----C-TTGCATAACA-------ATTT----A---GA---GACT--C----TCCTT-TAG-GT-TTGATCC------AA---AC--AA---TGG---TT---------AT---T----------ACAatatttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttccttgtaataaccattgtttggatcaaacctaaaggagagtctctaaattgttatgcaaggcgtggtaatatcaattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|20 : gcatatcaagtaagagtttggaaatttgccggtgttaactaaacagtcaatatggaaaaaaaacagctttgttttacaatattctgactctttgtttttaatgttgacataccccgttaaacgctatgtttgtaaatttgtaaattatttgccaatgaaaaccggtctctgtgtcaaaatattcaaattctagatgtcaatctgtcatttaaggtgttttccatgacgaaggcgtatgctacattaatatttgactaaccacgtgtaagaatagttaaaagcaaacagctttgcagtcgtcatttgtgtgcaacattaattatttcctGTTTTG-A------AT-A----TTCACAGGCCACA------AAG-CCT-G-CC--T-G-------ACATCG---TGA---TATTTAAT-----GTTT--A----CCAAAA----GAAACC-AG--caattaattgtttaatatttggtattgattc
gi|3 : TACTAC---------CTACATTTCA-------AGTT-----T--GA---G--T--T-----C----GAATGT-TGG---C------GACGTACTTAC---T-G---TTGATATAAAAATAAAT---------GACACAGTTCTGA-T-CTTTTGCTTATATTTTG-A------AT-G----TTCACCTGCCCTG------AAGCCCC-A-GC--T-G-------ATGCCA---TGA---GTGTTAAC-----GATA--A---AGCAATT-------AGT-GT--A---T---AT--------GTCTAA---------A---T--------------GTT-------------C-CA----GTTGTCA----AGTAG--T----C-A----TTTGAAGCATGTTTTA-ATAGCAAAGG-AATA--------TT--TCCACAA-G---------TATTCAAATG-ATTT-T------TTTATC-TTAA-TC-GCCCAATA-CCA-TGTGAGAAtatgtctagatgtcaaa
gi|4 : ttaGTTCACTACTTAATATGTGTATATAAGTACCTTGT-ATTATTAGTACAAGA-A-ATT-CTAAACGAAAATATTGCATATCA-------AGCT----AT--GA---G--T--T----TC----AAATGT-TTG---C------GA---AC--AG---T-G---TT---------AT---T---------GACACTGTTCTGA-C-CTTTT-----TGCTTTG-A------AT-G----TCCGCATACCATA------AAGTCCC-A-TA--T-G-------AAGTCA---TGA---TTGTAAAT-----GATT--G---GCCAATG----GAATCT-GG--C---T---AC-TC---A-GTAAAA---------A---C--AT---------AGTT-------------C-TA----CCTGTCA----A------T----C-A----TCTGAAGCATTTTTCA-ATAACCAATG-AGTA--------GTA-TACATGA-TATGCA----CATTCAAATC-ATTT-C----AATTCATC-TTGA-TT-GGCAAACT-GTA-TGTGAGAATAaaagaaaacagctttaatatcgccaggcatgtgcaccatgtaatatttccttttgccaatgacgttgtgttgatcttatgtgaagactatctaactttttataagtgacgtagta
gi|5 : attagtattttttA-T-CCTTT-----TGTTTTG-A------CT-------TCACATGCTACATGTACAAAGCCCCCA-CC--TCG-------A-GTC----TGGCATTTGTTACT-----GATT--A---GTCAATGCAAAGAAAAT-GGATT---T---A--TC---T-GTTAAA---------C---C--ATTCATTGACAAGTT-------------A-TA----GCCATCATCCTA------T----C-A----ATAGCAGCACTTTTTA-ATGACCATTG-C--A--------GT----TATTG-TATGCA----CATTAAAATT-ATTTTC----ATTTGATC-TGAA-TC-GCCAAATC-ATA-TGTGAGAGTA
gi|6 : GTGAT-------AGACATGTTAATATGC-----T-TTGCATTTCAAGTTGTGAGTTTGG-ATCCGA---G--CGCT----CCTTAAAAA-GTCTTG---TATCAAAGATACAC--AG---T-ACCTTT---------CT---T---------C-CACTGTTCCAA-C-TCTTT-----TG--TTGCA------ATAG----TTTATAAATCTTA------AAGCATT-G-CT--T-C-------ATTTCA---ATA---TTGGTAGT-----AACT--A---GCGGATG----GAAATC-AG--T---CAAAAT-TT---T-GTGTAA---------G---CAAAC---------AGTTTTTAAAAAAAGACT-TA----ACTCTCA----AACAG--T----C-A----TTTGAAGCAGTTTTCA-AT-----------------------------TAA-AAT-TA----CATTCAGATTAATTT-A----AGCAAATC-TGAA-Tgccaaaatcaaaccgttttattgtcgttgttgagctgaaacaatttaattttcaataacttattaaacttcaccatga
gi|7 : -C-CTTTT-----TCGTTTG-A------AT-G----TTCACACGCCACA------AAGCCCC-A-TA--T-G-------ACGTCA---TGC---GTATTATT-----CATT----------------------C-GG--T---G---TC-TC---A-GTGAAA---------A---C--A---------------------------C-TA----AC-GTCA----G------T----C-A----GTTGAAGC-CTTTGCT-GTGACCAAGG-CGCA--------------CACT------TA----TATTCAAATT-AGTT-C----AATTAATC-ACAA-TT-AGCCTATC-GCA-TGTGAGAATAtagg
gi|8 : ttcatgTT-----TGTTT-G-A------ATAG----ATCACATGTCACA------AA------------T-A-----------CAAT-TGA---TTATTCAT-----GACT--G---GCTTATG----GAAGCA-GG--C---T------TT---ACGTGAAA---------A---T--AC---------A--T-------------CATA----AC---CA----A------C----CCA----TTTGAAGCAGTTTTCA-ATGATCAAAT-CATATACGAGGGGCA-TATATAA-CGTACA----TATTCAAGAT-ACTT-T----AGTTAATA-TGTA-TC-AGCCAATT-GGA-TGTCAGAATAagctcgactgttgtcggccacgtgccccatgtacaatttccgtgaaagcagtgtggttatttatgtcatgttagtttgagaattgtgttatccaaggcatagtgggtagagta
gi|9 : AAACC-GG--C---T---------------TAAA---------A------------------GTG-------------C-AA----AATGTCA----A------TTAGTC-A----TTTGAAGCAGTTTCTAGAGGTCCAGTG-CATA--------TTA-TATATTA-GAT---------------TT-ATCT-A----ACCTAATC-TGGA-TC-GGTCATTC-GCA-TGTAAGAATAgataagagcaaacagctctattgtcgtgagtggcgtgctccatccacaatatcattttgttaggcaaggc
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): GTTTATGATATCATTGGAAAAAAGTGTCATTTTCAACAATTCTGGCCATTAACAAAAAGCTAATTGAAACCAGGTGTATCAGACTAAACATTGTGCAGGTAAGTAGTTTTACAAAGATATAGTTGTCAACCAGGCATCTAAAGCAGTTTCAATTATATTACATTGAAATATTTTAACTAATCTGAATGTA
Unaligned ( gi|15 ): ACAACTATTTCAGCAAAATGCCTTCTAGAATAGGTAAACACAAACTGCTCGATTATCGTCAGTTACGTGCTCCATGTATATATTTATATCCGTTTGATAACAACGCTATCTATATTCTAACTGAAATTGGATATTCTCTTACCTTTATGCAAGCAGTAGTAAATATATAT
Unaligned ( gi|16 ): ACCTTACATATCAAGCTTGAATGTCTGAAACAATTCTTAAAATGTGGGCATCAAAGAAAAACAGTGGCTTTTTTTTTCACCCTTTTGTGTGGCAACAAAAAGTCCCAAAATCTGTTATTATCACTAGCAATTAGCCAATGGGAATCAGCTTAATAATCAAAACTTCATG
Unaligned ( gi|19 ): ACGACAAACAGATCTTATAAACTCGCTAAACGTACTAGAACACTGTAAATATTTGTTTGTGTGGAGTTTTACGCTTTTTTATTCAGTGATAT