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lowQualScore                  :       .            ........................................................................................................................................................................................................................................................     ....    ..... ..          .                
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consensus                     :     CATAGCTGCTTTTAG--G-C--A--GC-A-----G-CC----------T-------TTA-TCC-----------GNAAAA-----T-A--T---G-AAAATGAAT---CG-TTAAATGAGC-ATTTTT-ATCTATTTCAATCT-CAGCTTGTCTAGGGCT-----TCA--GG-GGGGC---C-----TTNC------NG-----C---C-------A-A--CGG------ACC-----N--------T-------TG--G---AACCC----CAGTC-CGGGC-CTACAACTTG-AAAAAGGCCAGCTACA
Reference ( gi|7 )            :     CAAAGCTGCTTTTAG--A-C--A--GC-A-----G-------------T-------TTA-TCC-----------ACAAAA-----T-A--T---A-AAAATGAAT---AG-TTAAATGAGC-ATTATT-ATCTATTTCAATCT-CAGCTTCCCTAAGGCT-----TCA--GG-GGGGC---C-----TTAC------AG-----C---C-------A-A--CAG------ACC-----A--------T-------TC--A---AACCC----CAGTC-TGAGT-CTACAACTTG-AAAAAAGCCAGCTACA
gi|5                          :     CATAGCTGCTTTTAG--GTC------C-A-----G-------------A-------TTA-TGT-----------GGAAAA-----TGA--C---T-AAAATGAAT---CA-TTAAATGAAC-ATTTTT-ATCTGTTTCAAACT-CAGGTTGACTTGGGTT-----GAA--AG-CGCTT---C-----TTAC------TT-----C---C------------C-------------------------T-------TG--G---AACCCCATGCAGTC-CGGGC-CTATAACTTG-AAAAAGGTCAGCTA
gi|3                          : gtgcCATAGCTTCTTTTAG--G-CCCA--GC-A-----GGCCCGGGTCTAC-TGA-----TTA-GCT-----------GGAAAG-----T-G--T---A-AAAATTAAT---TG-TTAAATGAGT-AGTTTT-ATCCATCTCAAACT-CA-TTTACCTCGGGCT-----TCACCCG-CTGAT---C-----TTTT------GA-----C---C-------A-----TG------ACT-----C--------T-------TT--G---ATTCC----CAGTC-AGGGC-CTACAACATG-AAAATAGCCAGCTACtgcca
gi|10                         : cagtggAAGGTGCTTTTAG--G-CGCA--GCCA-----A-------------C-------TTAGTCCT----------ACACAT-----T-A--TCCGG-AAAATGAAT---C-------TCAGC-----TT-GTCTAG---GGCCC-CAGT----CTAGGGCT-----TCA--GG-GGAGA---T-----T----------G-----C---C-------ACA--TGG------ACCCCTG-ACTGCCCCCT-------TG--G---AACCC----AAGTC-CGGGT-CTACAAGTTG-AAAAATGCTGGCgtc
gi|4                          :      tgAGCTGCTTTTAGGCA-C--A--GC-A-----GACCTGGCCCTACATA------TTA-TCCGGAAATGCATAATAAAA-----T-AAGT---G-AAAATGAAT---TC-CTTAATGACCGATT-TT-CTCTTTTTTCATTT-CAGCTTGTCCAAGGCT-----TCA---G-GGGTC---T-----TCCC------AG-----CAAGC-------A-A--CA---------C-----A--------T-----------G---GACCC----CAGCA-CAGGC-TTACAA
gi|1                          :      acAGCTGTTTTTAG--G-C--ATAGC-AACACTG-------------TATAATGATTA-ACT-----------GTAAAA-----T----T---G-AAAATGAAT---TA-CTAAATG-------ATT-ATTTAT----ATCTACAGCTTGTCT-GGGCC-----TCA--TG-G
gi|12                         :  cagtagtatTGCTTTTAGGCA-C--A--GC-A-----GGCC----------T-------ACA-TCC-----------AGAAAA-------------------ATAAATCCCAGCTTAAA----C-A---------------AATAT-CAGTTTGTATAGGGCT-----TCA--GGAGGGGCCTGC-----TCAC------AGACCCCC---T-------A-AACCAA------ACT-----G--------TAAATACCTC--ATGTAACCC----TAGT------T-CTACAACTTG-AAAAAGATCAtacgcttcgcacctgaccctcagcctcacccctgcgacaaagtgctgccgtcccctggaaccttagtccagggacctacaccacaaaaaagtcatctacgcc
gi|14                         :                                  -----G-------------T-------TTA-TCA-----------GTAAAA-------A--G---ATAAAATGAAT---CG-TTAAATG----------------CTTCAATCT-CAGCTTGTCTACGGCTGAAAGTTG--GG-GGACC---C-----CTCC------CC-----C---C-------C-ACCCCC------ACC-----T--------C-------TG--G---AACCC----CAGTCTTGCATGCTACACCTGG-
gi|2                          :                                                                   C-----------ATAAAAGCACCT-A--G---A-GAAA--AAT---TG-TTAAATGAGT-ATTTTTTATTAATTTCAATCT-CAGCTT
gi|13                         :                                                                  cagtggtatagttctgggtctactgtg--T---A-AAAGTAAAT---CA-ATGAATGAGG-ATTTTT-ATCTATTTCAATCT-CAGCTgtaatgggcagaccccaccccactaaaaccaccaacttgtcctagggtaacaccccttggaaccccagtccgggcttgcaacttgtagaaggctagctgcacccc
gi|15                         :                               ttttcagtgacttggctaattttagccacagaaagtccaccaggtctacagattatcaggaaatgcatatagtatgtgtatatttaaagATGAGC-ATTTTT-ATCTATTTCAATCT-CAGCTTGCCTGAAGCT-----TCA-----AGAGC---CCAAAACTGC------CG-----C---C-------C-A--AGG------AGCTGCTGC--------T-------TCTTG---GAACC----CAATA-TGGGC-CTTCACTTTT-AAAAAAGCTAGCT
gi|11                         :                                                                                                                                              tAATTT-CAGTTTGTC-----CT-----TCA--TG-GGGGC---T-----TTGCCGACCCAA-----C---CCTTATCTA-A--CGGTTCATCGCC-----A--------T-------TG--G---AATCC----CAGTC-CATGT-CTACAACTTG-AAAAAAGCCtcg
gi|9                          :                                                                                     tttttggggaaatcaggccagacataagattatcaggaaaatgaatctcggcttgaatgACCT-TAGTTTGTCTAAGGCC-----TCG--GA-GGGGT---T-----TTAC-------------C---C-------C-A--CTG------ACC-----
gi|16                         :                                                                                                                     taaaatatgataaaagctgcattaaacacagcaggtccgggcctacagattatccggatacattgg---C-----TTAC------AA-----C---C-------C-A--CA---------C-----A--------T-----------G---GACCC----CAGCA-CAGGC-TTACAACTTGTAAACAAGCCAGCTACAcccactactaaggggcttccccacttggtacccttgtcgatgaatagaacttgaaa
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                            CC-----C--------T-------TG--G---AACCC----CAGTC-CGGGC-TTGCAACTTG-TAGAAGGCTAGCTGCAc
gi|8                          :                                                                                                                           cagtggtatagttctgggtctactgtgcataaaagcacctagagaaaaattgttaaatgagtattttttattaatttcaatctcagcttgtaatgggcagaccccaccccactaaaaccaccaacttgtcctagggtaacac---AACCC----CAGTG-TTGGC-ATACAACTTG-AAAAcccc
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): CAGTGGCGAAGCTGCTTTTGTGCCCAGCAGAGCCGGGCCTACAGATTTTCCGGGAAATATAAAGATGGTATTTTTATCAGCTTGTCTATGGCTTAAGAGGGCCAATGCCCCCTTCCCCCGACCAAGGGCGAATACCAGGCATACAACTTGAAATAATCAGCTAGGCTACGT






Alignments
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Reference ( family-2685 )     :                                                                                                                                                                CATAGCTGCTTTTAGG--C--A--GCAG-------C-C--T-----------TTA-T---------CC-GNAAA-----------A-T-A--T---GAAAATGAATC---G-TTAAATGAGCATTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGTCTAGGGCT-----TCA--GG-GG-----G-----G--C---C-----TTNCNG-------------CC----------A----A--C---GG------A-------CC--------N------------T-TGGAACCC----CAGTCC--GGGCCTACA--ACTTG-AAA-AAGGCCAGCTACA
gi|1                          :                                                                                                                                                                 ATAGCTGTTTTTAGG--C--ATAGCAA-------CAC--T-----------GTA-TAATGATTAACT-GTAAA-----------A-T----T---GAAAATGAATT---A-CTAAATGATTATTTAT-ATCTA---------CAGCTTGTCT-GGGCC-----TCA--TG-G
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   cagtagt-------CC--------C------------C-TGGAACCT----TAGTCCAGGGACCTACACCAC----AAA-AAAGTCATCTACtacgcttcgcacctgaccctcagcctcacccctgcgacaaagtgctgccgtcccctggaaccttagtccagggacctacaccacaaaaaagtcatctacgcc
gi|10                         : cagtagtatagctgtttttaggcatagcaacactgtataatgattaactgtaaaattgaaaatgaattactaaatgattatttatatctacagcttgtctgggcctcatggtacgcttcgcacctgaccctcagcctcacccctgcgacaaagtgctgccgtAGGTGCTTTTAGG--C-----GCAG-------C-CAAC-----------TTAGT---------CCTACACA-----------T-T-A--TCCGGAAAATGAATC----------TCAGC----TT-GTCTAG---GGCCCCAG----TCTAGGGCT-----TCA--GG-GG-----A-----G--------------ATTG-------------CC----------AC---A--T---GG------A-------CC--------CCTGACTGCCCCCT-TGGAACCC----AAGTCC--GGGTCTACA--AGTTG-AAA-AATGCTGGCgcc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tgaAATTTCAGTTTGTC-----CT-----TCA--TG-GG-----G-----G--C---T-----TTGCCGACCCAACCCTTATCT----------A----A--C---GGTTCATCG-------CC--------A------------T-TGGAATCC----CAGTCC--ATGTCTACA--ACTTG-AAA-AAAGCC
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Reference ( family-2685 )     :                                                                                                                                                                CATAGCTGCTTTTA-GG-CA-AGC------A------GGCCT-----------TTAT---------CCG-GAAA-----------AT-A--TGAAAATGAATC---G-TTAAATGAGCATTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGTCTAGGGCT-----TCA--GG-GG-----G-----G--C-C-----T--T-----------NCCG-------------CCA----A--C---GG------A-------C--------C--------C------------T--TGGA----ACCC----C----------AGTCC--GGGCCTACA--ACTTG-AAAAAAGCCAGCTACA
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gi|10                         : cagtagtatagctgtttttaggcatagcaacactgtataatgattaactgtaaaattgaaaatgaattactaaatgattatttatatctacagcttgtctgggcctcatggtacgcttcgcacctgaccctcagcctcacccctgcgacaaagtgctgccgtAGGTGCTTTTA-GG-CGCAGCCAACTTA------GTCCTACACA------TTAT---------CCG-GAAA-----------AT-----------GAATC----------TCAGC----TT-GTCTAG---GGCCCCAG----TCTAGGGCT-----TCA--GG-GG-----A-----G--A-------T--T-----------GCCA-------------C------A--T---GG------A-------C--------C--------CCTGACTGCCCCCT--TGGA----ACCC----A----------AGTCC--GGGTCTACA--AGTTG-AAAAATGCTGGCgcc
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gi|12                         :                                                                                                           tttttggggaaatcaggccagacataagattatcaggaaaatgaatctcggcttgaatgTGCTTTTA-GG-CACAGC------A------GGCCT-----------ACAT---------CCA-GAAA-----------A----------ATAAATCCCAGCTTAAA----CA---------------AATATCAGTTTGTATAGGGCT-----TCA--GGAGG-----G-----G--C-C-----TGCTCACAGA-----CCCC-------------CTA----AACC---AA------A-------CTGTAAATAC--------C------------TCATGTA----ACCC----T----------AGT-------TCTACA--ACTTG-AAAAAGATCA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                       AAA-----------GT-A----AAAGTAAATC---A-ATGAATGAGGATTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCT
gi|14                         :                                                                                                                    ttttcagtgacttggctaattttagccacagaaagtccaccaggtctacagattatcaggaaatgcatatagtatgtgtatatttT-----------TTAT---------CAGTAAAA-----------AG-A--T-AAAATGAATC---G-TTAAATG---------------CTTCAATCTCAGCTTGTCTACGGCTGAAAGTTG--GG-GG-----A-----C--C-C-----C--T-----------CCCC-------------CCC----ACCC---CC------A-------C--------C--------T------------C--TGGA----ACCC----C----------AGTC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               gATGAGCATTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGCCTGAAGCT-----TCA-----AG-----A-----G--C-CCAAAAC--T-----------GCCG-------------CCC----A--A---GG------A-------G--------CTGCTGCTTC------------T--TGGA----A-CC----C----------AATAT--GGGCCTTCA--CTTTT-AAAAAAGCTAGCTttgcatgctacacctgga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                tCA----A--C---CC------A-------C--------A--------C------------A--TGGA-----CCC----C----------AGCAC--AGGCTTACA--ACTTGTAAACAAGCCAGCTACAtcg
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                        cttaGAAAA---ATT---G-TTAAATGAGTATTTTTTATTAATTTCAATCTCAGCTTGTAATGGGC---------------A-----G-----A--C-C-----C--CACCCCACTAAAACCA-------------CCA----A--C---TT------G-------T--------C--------C------------T--AGGGTAACACCC----CTTGGAACCCCAGTCC--GGGCTTGCA--ACTTG-TAGAAGGCTAGCTGCAc
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gi|6                          :                                                                                                                                                               gtgcAGCTGCTTTTGTGC-CC-AGC------AGAGCCGGGCCTACAGA------TTTT---------CCG-GGAA-----------AT-A--TAAAGATG-----------------GTATTTTT-A------------TCAGCTTGTCTATGGCT-----TAA--GA-GG-----GCCAATGCCC-C-----C--T-----------TCCC-------------CCG----A--CCAAGG------G-------C-----------------------------------GA----ATAC----C----------A-------GGCATACA--ACTTG-AAATAA-TCAGCTAtgcca
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gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AATCTCATCTTGACTAGAGAT-----TCA--GG-GGTCTTTG-----T--C-T-----C--C-----------CCCGATTTCAACCT---CCACGGGA--C---GG------GGCTGCCGC--------C--------C------------TA-TGGA----ACCC----C----------AGTGT--TGGCATACA--ACTTG-AAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                            gaagtatgataatgtattagtgaacagcaggcccgggcatacatcttatccggaaaataACCTTAGTTTGTCTAAGGCC-----TCG--GA-GG-----G-----G--T-T-----T--T-----------ACC--------------CC-----A--C---TG------A-------C--------C--------C------------g





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consensus                     :                                                      CATAGCTGCTTTTAG-GCACAGC------A------GGCCTG----------TTAT---------CCG-GAAA-----------AT-A--TGAAAATG-AATC---G-TTAAAT-GAG---CA----TTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGTCTA--GGGCT-----TCA--GG-GGG-----G--C-C-----T--T-----------NCCG-------------C-----C-------AA--CCG------AC-----C--------CT-TGG--AAC------------CC----CAGT-CCGGGCCTACAACTTG-AAAAAAGCCAGCTACA
Reference ( family-2685 )     :                                                      CATAGCTGCTTTTAG-GCACAGC------A------GGCCT-----------TTAT---------CCG-GAAA-----------AT-A--TGAAAATG-AATC---G-TTAAAT-GAG---CA----TTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGTCTA--GGGCT-----TCA--GG-GGG-----G--C-C-----T--T-----------NCCG-------------C-----C-------AA--CNG------AC-----C--------CT-TGG--AAC------------CC----CAGT-CCGGGCCTACAACTTG-AAAAAAGCCAGCTACA
gi|1                          :                                                       ATAGCTGTTTTTAG-GCATAGC------A------ACACT-----------GTATAATGATTAACTG-TAAA-----------AT----TGAAAATG-AATT---A-CTAAAT-GAT---TA----TTTAT-ATCTA---------CAGCTTGTCT---GGGCC-----TCA--TG-GTA-----C--G-C-----T--T-------------CG-------------------C-------AC--CTG------AC-----C--------CT-CAG----C------------CT----CA---CC---CCTGCGAC
gi|10                         :                                                  cagtagtAGGTGCTTTTAG-GCGCAGCCAACTTA------GTCCTACACA------TTAT---------CCG-GAAA-----------AT-----------G-AATC----------T-CAG---C--------TT-GTCTAG---GGCCCCAG----TCTA--GGGCT-----TCA--GG-GGA-----G--A-------T--T-----------GCCA-------------CATGGAC-------CC--CTG------ACTGCCCC--------CT-TGG--AAC------------CC----AAGT-CCGGGTCTACAAGTTG-AAAAATGCTGGCaaagtgctgccgtcccctggaaccttagtccagggacctacaccacaaaaaagtcatctacgcc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                 tgaAATTTCAGTTTGTC-------CT-----TCA--TG-GGG-----G--C-T-----T--T-----------GCCGACCCAACCCTTATC-----T-------AA--CGGTTCATCGC-----C--------AT-TGG--AAT------------CC----CAGT-CCATGTCTACAACTTG-AAAAAAGCC
gi|12                         : tttttggggaaatcaggccagacataagattatcaggaaaatgaatctcggcttgaatgTGCTTTTAG-GCACAGC------A------GGCCT-----------ACAT---------CCA-GA---------------------AAAATA-AATCCCAGCTTAAA--------CA-------------------AATATCAGTTTGTATA--GGGCT-----TCA--GGAGGG-----G--C-C-----TGCTCACAG------ACCC-------------C-----CTAAACCAAA--CTGTAAAT-AC-----CT-------CA-TGT--AAC------------CC----TAGT------TCTACAACTTG-AAAAAGATCA
gi|13                         :                                                                                                                            AAA-----------GT-A----AAAGTA-AATC---A-ATGAAT-GAG---GA----TTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCT
gi|14                         :         ttttcagtgacttggctaattttagccacagaaagtccaccaggtctacagattatcaggaaatgcatatagtatgtgtatatttT-----------TTAT---------CAGTAAAA-----------AG-A--T-AAAATG-AATC---G-TTAAAT-G----------------------CTTCAATCTCAGCTTGTCTA--CGGCTGAAAGTTG--GG-GGA-----C--C-C-----C--T-----------CCCC-------------C-----C-------CACCCCC------AC-----C--------TC-TGG--AAC------------CC----CAGT-C
gi|15                         :                                                                                                                                                                     gAT-GAG---CA----TTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGCCTG--AAGCT-----TCA-----AGA-----G--C-CCAAAAC--T-----------GCCG-------------C-----C-------CA--AGG------AG-----CTGCTGCTTCT-TGG--AA-------------CC----CAAT-ATGGGCCTTCACTTTT-AAAAAAGCTAGCTttgcatgctacacctgga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           t-----C-------AA--CCC------AC-----A--------CA-TGG--A-C------------CC----CAGC-ACAGGCTTACAACTTGTAAACAAGCCAGCTACAtcg
gi|2                          :                                                    cttaTAGGTGCTTTTAT-GCACAGT------A------GACCc
gi|2                          :                                                                                                                                 cagtggtatagttctgGAAAA----ATT---G-TTAAAT-GAG---TA----TTTTTTATTAATTTCAATCTCAGCTTGTAAT--GGGC---------------AG-----A--C-C-----C--CACCCCACTAAAACCA-------------C-----C-------AA--CTT------GT-----C--------CT-AGGGTAACACCCCTTGGAACCC----CAGT-CCGGGCTTGCAACTTG-TAGAAGGCTAGCTGCAgagaaaaattgttaaatgagtattttttattaatttcaatctcagcttgtaatgggcagaccccaccccactaaaaccaccaacttgtcctagggtaacaccccttggaaccccagtccgggcttgcaacttgtagaaggctagctgcacccc
gi|3                          :           cagtggtatagttctgggtctactgtgcataaaagcacctagaCATAGCTTCTTTTAG-GCCCAGC------A------GGCCCGGGTCTACTGATTAG---------CTG-GAAA-----------GT-G--TAAAAATT-AATT---G-TTAAAT-GAG---TA----GTTTT-ATCCATCTCAAACTCA-TTTACCTC--GGGCT-----TCACCCG-CTG-----A--T-C-----T--T-----------TTGA-------------C-----C-------A----TG------AC-----T--------CT-TTG--ATT------------CC----CAGT-CAGGGCCTACAACATG-AAAATAGCCAGCTACcccc
gi|4                          :                                                 cagtggACAGCTGCTTTTAG-GCACAGC------A------GACCTGGCCCTACATATTAT---------CCG-GAAATGCATAATAAAAT-AAGTGAAAATG-AATT---C-CTTAAT-GAC---CG----ATTTT-CTCTTTTTTCATTTCAGCTTGTCCA--AGGCT-----TCA-----GGG-----G--T-C-----T--T-----------CCCA-------------G-----C-------AA--GCA------AC-----A--------CA-TGG---AC------------CC----CAGC-ACAGGCTTACAAgtc
gi|5                          :                                                      CATAGCTGCTTTTAG-GTCCAG-------A----------------------TTAT---------GTG-GAAA-----------ATGA--CTAAAATG-AATC---A-TTAAAT-GAA---CA----TTTTT-ATCTGTTTCAAACTCAGGTTGACTT--GGGTT-----------G-AAA-----G--CGC-----T--T----------------------------C-----T-------TA--CTT-------C-----C--------CT-TGG--AAC------------CCCATGCAGT-CCGGGCCTATAACTTG-AAAAAGGTCAGCTA
gi|6                          :                                                     gtgcAGCTGCTTTTGT-GCCCAGC------AGAGCCGGGCCTACAGA------TTTT---------CCG-GGAA-----------AT-A--TAAAGATG-------------------G---TA----TTTTT-A------------TCAGCTTGTCTA--TGGCT-----TAA--GA-GGGCCAATGCCC-C-----C--T-----------TCCC-------------C-----C-------GA--CCA------A-------------------GG--G---------------C----GAATACCAGGCATACAACTTG-AAATAA-TCAGCTAtgcca
gi|7                          :                                             cagtggcgaCAAAGCTGCTTTTAG---ACAGC------A------G---T-----------TTAT---------CCA-CAAA-----------AT-A--TAAAAATG-AATA---G-TTAAAT-GAG---CA----TTATT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTCCCTA--AGGCT-----TCA--GG-GGG-----G--C-C-----T--T-----------ACAG-------------C-----C-------AA--CAG------AC-----C--------AT-TCA--AAC------------CC----CAGT-CTGAGTCTACAACTTG-AAAAAAGCCAGCTACAggctacgt
gi|8                          :                                                                 TTAGTGAACAGC------A------GGCCCGGGCATACATCTTAT---------CCG-GAAA-----------AT-A------AATCTCATC-----TTGACTAGAGATTCAGGGGTCTTT-GTCTCCCCCGATTTCAACCT--CCACGGGAC--------------GGG-----G--C----------T-----------GCCG-------------C-----C------------------------------------CTATGG--AAC------------CC----CAGT-GTTGGCATACAACTTG-AAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                     gaagtatgataatgtaACCTTAGTTTGTCTA--AGGCC-----TCG--GA-GGG-----G--T-T-----T--T-----------ACC--------------C-----C--------A--CTG------AC-----C--------Cg





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Reference ( family-2685 )     :                                            CATAGCTGCTTTTAG-GCACAGC------AG------GCCTG----------T--------TATCCG-GAAA-----------AT-A--T---GAAAATG-AATC---G-TTAAAT-GAG---CA----TTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGTCTA--GGGCT-----TCA--GG-GGG-----G--C-C-----T--T-----NCCG--CC--A--------A-------CC-------GAC---------CC-T--TGG--AAC------------CC----CAGT-CCGGGCCTACAACTTG-AAAAAAGCCAGCTACA
gi|1                          :                                             ATAGCTGTTTTTAG-GCATAGC------AA------CACTG----------TATAATGATTAACTG-TAAA-----------AT----T---GAAAATG-AATT---A-CTAAAT-GAT---TA----TTTAT-ATCTA---------CAGCTTGTCT---GGGCC-----TCA--TG-GTA-----C--G-C-----T--T-------CG--C------------A-------CCT------GAC---------CC-T--CAG----C------------CT----CA---CC---CCTGCGAC
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gi|12                         :                                                 tTGCTTTTAG-GCACAGC------AG------GCCTA-------------------CATCCA-GA------------------------AAAATA-AATCCCAGCTTAAA--------CA-------------------AATATCAGTTTGTATA--GGGCT-----TCA--GGAGGG-----G--C-C-----TGCTCACAGACCC--CCTAA--------A-------CCA------AACTGTAAATA-CC-TCATGT--AAC------------CC----TAGT------TCTACAACTTG-AAAAAGATCA
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gi|14                         : ttttcagtgacttggctaattttagccacagaaagtccaccaggtctacagattatcaggaaatgcatatagtatgtgtatattt----------T--------TATCAGTAAAA-----------AG-A--T----AAAATG-AATC---G-TTAAAT-G----------------------CTTCAATCTCAGCTTGTCTA--CGGCTGAAAGTTG--GG-GGA-----C--C-C-----C--T-----CCCC--CC--C--------ACC-----CC-------CAC---------CT-C--TGG--AAC------------CC----CAGT-C
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gi|2                          :                                          cttaTAGGTGCTTTTAT-GCACAGT------AG------ACCc
gi|2                          :                                                                                                                      cagtggtatagttctg---GAAAA----ATT---G-TTAAAT-GAG---TA----TTTTTTATTAATTTCAATCTCAGCTTGTAAT--GGGC---------------AG-----A--C-C-----C--C-----ACC---CC--ACTAAAACCA-------CC-------AACTTGT-----CC-T--AGGGTAACACCCCTTGGAACCC----CAGT-CCGGGCTTGCAACTTG-TAGAAGGCTAGCTGCAgagaaaaattgttaaatgagtattttttattaatttcaatctcagcttgtaatgggcagaccccaccccactaaaaccaccaacttgtcctagggtaacaccccttggaaccccagtccgggcttgcaacttgtagaaggctagctgcacccc
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gi|7                          :                                   cagtggcgaCAAAGCTGCTTTTAG---ACAGC------AG---------T-----------T--------TATCCA-CAAA-----------AT-A--T---AAAAATG-AATA---G-TTAAAT-GAG---CA----TTATT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTCCCTA--AGGCT-----TCA--GG-GGG-----G--C-C-----T--T-----ACAG--CC--A--------A-------CA-------GAC---------CA-T--TCA--AAC------------CC----CAGT-CTGAGTCTACAACTTG-AAAAAAGCCAGCTACAggctacgt
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Reference ( family-2685 )     :                                            CATAGCTGCTTTTAG-GCACAGC------AG------GCCTG----------T--------TATCCG-GAAA-----------AT-A--T---GAAAATG-AATC---G-TTAAAT-GAG---CA----TTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGTCTA--GGGCT-----TCA--GG-GGG-----G--C-C-----T--T-----NCCG--CC--A--------A-------CC-------GAC---------CC-T--TGG--AAC------------CC----CAGT-CCGGGCCTACAACTTG-AAAAAAGCCAGCTACA
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gi|14                         : ttttcagtgacttggctaattttagccacagaaagtccaccaggtctacagattatcaggaaatgcatatagtatgtgtatattt----------T--------TATCAGTAAAA-----------AG-A--T----AAAATG-AATC---G-TTAAAT-G----------------------CTTCAATCTCAGCTTGTCTA--CGGCTGAAAGTTG--GG-GGA-----C--C-C-----C--T-----CCCC--CC--C--------ACC-----CC-------CAC---------CT-C--TGG--AAC------------CC----CAGT-C
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                  tC--A--------A-------CC-------CAC---------AC-A--TGG--A-C------------CC----CAGC-ACAGGCTTACAACTTGTAAACAAGCCAGCTACAtcg
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gi|2                          :                                                                                                                      cagtggtatagttctg---GAAAA----ATT---G-TTAAAT-GAG---TA----TTTTTTATTAATTTCAATCTCAGCTTGTAAT--GGGC---------------AG-----A--C-C-----C--C-----ACC---CC--ACTAAAACCA-------CC-------AACTTGT-----CC-T--AGGGTAACACCCCTTGGAACCC----CAGT-CCGGGCTTGCAACTTG-TAGAAGGCTAGCTGCAgagaaaaattgttaaatgagtattttttattaatttcaatctcagcttgtaatgggcagaccccaccccactaaaaccaccaacttgtcctagggtaacaccccttggaaccccagtccgggcttgcaacttgtagaaggctagctgcacccc
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gi|8                          :                                                       TTAGTGAACAGC------AG------GCCCGGGCATACATCT--------TATCCG-GAAA-----------AT-A---------AATCTCATC-----TTGACTAGAGATTCAGGGGTCTTT-GTCTCCCCCGATTTCAACCT--CCACGGGAC--------------GGG-----G--C----------T-----GCCG--CC-----------------------------------------C-TA-TGG--AAC------------CC----CAGT-GTTGGCATACAACTTG-AAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                             gaagtatgataatgtaACCTTAGTTTGTCTA--AGGCC-----TCG--GA-GGG-----G--T-T-----T--T-----ACC---CC-----------A-------CT-------GAC---------CC-g


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consensus                     :              CATAGCTGCTTTTAG-GCACAGCAG-G----CC-GGG-CC-TAC-A-ATTAT---CCG-GAAA----------------A-----T-A--T-------AAAAATG-AATC---G-TTAAAT-GAG---CA----TTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGTCTA--GGGCT-----TCA--GG-GGG-----G--C-C-----T--T-----NCCG--CC--A--------A-------CC-------GAC---------CC-T--TGG--AAC------------CC----CAGT-CCGGGCCTACAACTTG-AAAAAAGCCAGCTACA
Reference ( family-2685 )     :              CATAGCTGCTTTTAG-GCACAGCAG-G----CC-GGG-CC-TAC-A-ATTAT---CCG-GAAA----------------A-----T-A--T-------AAAAATG-AATC---G-TTAAAT-GAG---CA----TTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGTCTA--GGGCT-----TCA--GG-GGG-----G--C-C-----T--T-----NCCG--CC--A--------A-------CC-------GAC---------CC-T--TGG--AAC------------CC----CAGT-CCGGGCCTACAACTTG-AAAAAAGCCAGCTACA
gi|1                          :               ATAGCTGTTTTTAG-GCATAGCAACA----CT-G------TAT-A-ATGATTAACTG-TAAA----------------A-----T----T-------GAAAATG-AATT---A-CTAAAT-GAT---TA----TTTAT-ATCTA---------CAGCTTGTCT---GGGCC-----TCA--TG-GTA-----C--G-C-----T--T-------CG--C------------A-------CCT------GAC---------CC-T--CAG----C------------CT----CA---CC---CCTGCGAC
gi|10                         :          cagtagtAGGTGCTTTTAG-GCGCAGCCA-A----CT-TAGTCC-TAC-ACATTAT---CCG-GAAA----------------A-----T------------------G-AATC----------T-CAG---C--------TT-GTCTAG---GGCCCCAG----TCTA--GGGCT-----TCA--GG-GGA-----G--A-------T--T-----GCCA--CATGG--------A-------CCCCT----GACTGCCC----CC-T--TGG--AAC------------CC----AAGT-CCGGGTCTACAAGTTG-AAAAATGCTGGCaaagtgctgccgtcccctggaaccttagtccagggacctacaccacaaaaaagtcatctacgcc
gi|11                         :                    tgaTTTTGG-GGAAATCAG-G----CC-AGA-CA-TAA-G-ATTAT---CAG-GAAA----------------A-----T------------------G-AATCTCGGCTTGAAT-GA--------------------------ATTTCAGTTTGTC-------CT-----TCA--TG-GGG-----G--C-T-----T--T-----GCCGACCC--A--------A-------CCCTTATCTAACGGTTCATCGCCAT--TGG--AAT------------CC----CAGT-CCATGTCTACAACTTG-AAAAAAGCC
gi|12                         :                   tTGCTTTTAG-GCACAGCA-----------GG-CC-TAC------AT---CCA-G--------------------------------------AAAAATA-AATCCCAGCTTAAA--------CA-------------------AATATCAGTTTGTATA--GGGCT-----TCA--GGAGGG-----G--C-C-----TGCTCACAGACCC--CCTAA--------A-------CCA------AACTGTAAATA-CC-TCATGT--AAC------------CC----TAGT------TCTACAACTTG-AAAAAGATCA
gi|13                         :                TGGCTAATTTTAG-CCACAGAAA-GTCCACC-AGG-TC-TAC-AGATTAT---CAG-GAAATGCATATAGTATGTGTA-----T-A--TTTAAAGTAAAAGTA-AATC---A-ATGAAT-GAG---GA----TTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCT
gi|14                         :                                                  ttttcagtgactTTAT---CAGTAAAA----------------A-----G-A--T-------AAAA-TG-AATC---G-TTAAAT-G----------------------CTTCAATCTCAGCTTGTCTA--CGGCTGAAAGTTG--GG-GGA-----C--C-C-----C--T-----CCCC--CC--C--------ACC-----CC-------CAC---------CT-C--TGG--AAC------------CC----CAGT-C
gi|15                         :                                                                                                                                   gtAT-GAG---CA----TTTTT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTGCCTG--AAGCT-----TCA-----AGA-----G--C-CCAAAAC--T-----GCCGC-CC--A--------AGGAGCTGCT-------GCT---------TC-T--TGG--AA-------------CC----CAAT-ATGGGCCTTCACTTTT-AAAAAAGCTAGCTttgcatgctacacctgga
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                         tC--A--------A-------CC-------CAC---------AC-A--TGG--A-C------------CC----CAGC-ACAGGCTTACAACTTGTAAACAAGCCAGCTACAtcg
gi|2                          :                                     ctta----CT-GGG-TC-TAC-----TGT---GCA-TAAA----------------AGCACCT-A--G-------AGAAA---AATT---G-TTAAAT-GAG---TA----TTTTTTATTAATTTCAATCTCAGCTTGTAAT--GGGC---------------AG-----A--C-C-----C--C-----ACC---CC--ACTAAAACCA-------CC-------AACTTGT-----CC-T--AGGGTAACACCCCTTGGAACCC----CAGT-CCGGGCTTGCAACTTG-TAGAAGGCTAGCTGCAc
gi|3                          : cagtggtatagttCATAGCTTCTTTTAG-GCCCAGCAG-G----CCCGGG-TC-TACTG-ATTAG---CTG-GAAA----------------G-----T-G--T-------AAAAATT-AATT---G-TTAAAT-GAG---TA----GTTTT-ATCCATCTCAAACTCA-TTTACCTC--GGGCT-----TCACCCG-CTG-----A--T-C-----T--T-----TTGA--CC--A-----------------T-------GAC---------TC-T--TTG--ATT------------CC----CAGT-CAGGGCCTACAACATG-AAAATAGCCAGCTACcccc
gi|4                          :         cagtggACAGCTGCTTTTAG-GCACAGCAG-A----CC-TGG-CCCTAC-ATATTAT---CCG-GAAATGCATAATAAA-----A-----T-AAGT-------GAAAATG-AATT---C-CTTAAT-GAC---CG----ATTTT-CTCTTTTTTCATTTCAGCTTGTCCA--AGGCT-----TCA-----GGG-----G--T-C-----T--T-----CCCA--GC--A--------A-------GC-------AAC---------AC-A--TGG---AC------------CC----CAGC-ACAGGCTTACAAgtc
gi|5                          :              CATAGCTGCTTTTAG-GTCCAG-------------------------ATTAT---GTG-GAAA----------------A-----TGA--C-------TAAAATG-AATC---A-TTAAAT-GAA---CA----TTTTT-ATCTGTTTCAAACTCAGGTTGACTT--GGGTT-----------G-AAA-----G--CGC-----T--T-----CTTA--CT-----------------------------TC---------CC-T--TGG--AAC------------CCCATGCAGT-CCGGGCCTATAACTTG-AAAAAGGTCAGCTA
gi|6                          :             gtgcAGCTGCTTTTGT-GCCCAGCAGAG----CC-GGG-CC-TAC-AGATTTT---CCG-GGAA----------------A-----T-A--T-------AAAGATG-------------------G---TA----TTTTT-A------------TCAGCTTGTCTA--TGGCT-----TAA--GA-GGGCCAATGCCC-C-----C--T-----TCCC--CC--G--------A-------CC-------AA-----------------GG--G---------------C----GAATACCAGGCATACAACTTG-AAATAA-TCAGCTAtgcca
gi|7                          :     cagtggcgaCAAAGCTGCTTTTAG---ACAGCAG----------------T------TTAT---CCA-CAAA----------------A-----T-A--T-------AAAAATG-AATA---G-TTAAAT-GAG---CA----TTATT-ATCTATTTCAATCTCAGCTTCCCTA--AGGCT-----TCA--GG-GGG-----G--C-C-----T--T-----ACAG--CC--A--------A-------CA-------GAC---------CA-T--TCA--AAC------------CC----CAGT-CTGAGTCTACAACTTG-AAAAAAGCCAGCTACAggctacgt
gi|8                          :                         TTAGTGAACAGCAG-G----CCCGGG-CA-TAC-ATCTTAT---CCG-GAAA----------------A-----T-A-------------AATCTCATC-----TTGACTAGAGATTCAGGGGTCTTT-GTCTCCCCCGATTTCAACCT--CCACGGGAC--------------GGG-----G--C----------T-----GCCG--CC-----------------------------------------C-TA-TGG--AAC------------CC----CAGT-GTTGGCATACAACTTG-AAAA
gi|9                          : gaagtatgataatgtaAGCTGCATT-AA-ACACAGCAG-GT---CC-GGG-CC-TAC-AGATTAT---CCG-GAg
gi|9                          :                                                                                                                                                      taaaatatgataaaACCTTAGTTTGTCTA--AGGCC-----TCG--GA-GGG-----G--T-T-----T--T-----ACC---CC-----------A-------CT-------GAC---------CC-tacattggaccttagtttgtctaaggcctcggaggggttttaccccactgacccccactactaaggggcttccccacttggtacccttgtcgatgaatagaacttgaaa