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Reference ( gi|22 )           :       CAATCTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATA--CGCGG-CCCC-AACTGCAA
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gi|11                         :       CAATCTTACAT-TCAATGCCGGGTAAAATA--CGCAG-CCCA-AACTGCAAt
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Reference ( family-2644 )     :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCA--G-CCCC-AAATGCAA
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Reference ( family-2644 )     :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCA--G-CCCC-AAATGCAA
gi|1                          :            CAATATTACAT-TGAGTGTGGGGTATAAAATGCA--A-CCCC-AA
gi|10                         :            CAATTTTACAT-TTAATGCCGGGTATAATACGCA--T-CCCC-AAGTGCActatccccaactccaatgc
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gi|35                         :           tCAATCTTACAT-TGAATGAAGGGTATAAAACGCA--G-CCCC-AAATgt
gi|36                         :             AATCTTATAT-TGAATGCAGGGTAAAAAATGCA--G-CC
gi|37                         :                    CAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCT--G-ACCC-AAaagttgc
gi|38                         :        tgtcacgttTTTCAT-TGAATGCCGGGTATAAAACACA--
gi|39                         :              ATCTTACAT-CAAATGCCGGGTATAACACGCA--G-CCCcttccccga
gi|4                          :            CAATCTTACAT-TGATTGCCAGGTATAATACGCA--T-CCCC-TAAAGCA
gi|5                          :            CAATCTTACAT-TGATTGCCTGGAATAATACGCA--T-CCCT-TAATGCAgtt
gi|6                          :            CAATTTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCA--T-CCCC-GAGTGCAgtt
gi|7                          :            CAATTTTACAT-TGATTGCCGGGTACAATACTCA--G-CCCC-AAATGTAgt
gi|8                          :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGCTATAATACGCA--G-CCCCAAAATGCAgt
gi|9                          :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCA--G-CACA-CACTGCAAg


blockSeqs                     :                       A                      CT C    A
blockSeqs                     :                       .                      CT C    A
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .    .
blockSeqs                     :                       .                      .  .     
blockSeqs                     :                       .                      .  .     
blockSeqs                     :                       .                      .        


blockSeqCons                  :            
originalCons                  :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCA--G-CCCC-AAATGCAA
finalCons                     :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCA--G-CCCC-AAATGCAA

lowQualScore                  :                       1                      22 2    2        
lowQualScore                  :                       .                      .. .    .        
lowQualScore                  :                       0                      88 1    2        
consensus                     :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCA--G-CCCC-AAATGCAA
Reference ( family-2644 )     :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCA--G-CCCC-AAATGCAA
gi|1                          :            CAATATTACAT-TGAGTGTGGGGTATAAAATGCA--A-CCCC-AA
gi|10                         :            CAATTTTACAT-TTAATGCCGGGTATAATACGCA--T-CCCC-AAGTGCActatccccaactccaatgc
gi|11                         :            CAATCTTACAT-TCAATGCCGGGTAAAATACGCA--G-CCCA-AACTGCAAgt
gi|12                         :            CAATCTTATAT-TGATTGCCGGGTATAATACGCA--T-CCCC-TAATGCAt
gi|13                         :            CAATCTTTCAT-CGAATGCCGGGTAAAATGTGCA--G-CCCC-AAATACAAgt
gi|14                         :            CAATCTATTAT-TGAATACCGGGTATAATACGCA--G-GCTC-AAATGCAAt
gi|15                         :            CAGTCTTACGT-TGAATGCCGGAAATAATACGTA--G-TCGC-ATCTGCAAt
gi|16                         :             AGTCTTACAAATGAATGCTGGGAATAATATGCA--G-TCTC-AAATGCAAt
gi|17                         :                 TTACAT-TCAATACCGGACAAACTACGCG--G-CCCA-AAATGCAAt
gi|18                         :          actAATCTTATAT-TGTATGCCGGGTATAAAACCCACTT-CCCC-AAtgc
gi|19                         :             AATCTTACAT-TGAATGCCGGGTACATTACACA--G-CTCC-AAATGCAActtca
gi|2                          :                 TTACAT-TGAATGCCGGGTATGAAACGCA--G--CCC-ATATGCAAt
gi|20                         : caatcattacgCAATCTTACAT-TGATTGCCGGGTGTAATACGCA--G-CCCC-AAATGCAtg
gi|21                         :              ATCTTACAT-TGAACGCCGGGTATAAAACGCA--GCCCCC-AAATGCAg
gi|22                         :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCG--G-CCCC-AACTGCAAgt
gi|23                         :             AGTCTTACAC-TGAATGTCGGGTATAATACGCA--G-CACC-AAATGTAA
gi|24                         :             AATCTTACAT-CGAATGCCAGATATAATACACA--G-CCCC-AAATGCAAt
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gi|34                         :              ttaTTACAT-TGAATGCCGGGTATATTACGCA--T-CCCC-AAGTGCAa
gi|35                         :           tCAATCTTACAT-TGAATGAAGGGTATAAAACGCA--G-CCCC-AAATgt
gi|36                         :             AATCTTATAT-TGAATGCAGGGTAAAAAATGCA--G-CC
gi|37                         :                    CAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCT--G-ACCC-AAaagttgc
gi|38                         :        tgtcacgttTTTCAT-TGAATGCCGGGTATAAAACACA--
gi|39                         :              ATCTTACAT-CAAATGCCGGGTATAACACGCA--G-CCCcttccccga
gi|4                          :            CAATCTTACAT-TGATTGCCAGGTATAATACGCA--T-CCCC-TAAAGCA
gi|5                          :            CAATCTTACAT-TGATTGCCTGGAATAATACGCA--T-CCCT-TAATGCAgtt
gi|6                          :            CAATTTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCA--T-CCCC-GAGTGCAgtt
gi|7                          :            CAATTTTACAT-TGATTGCCGGGTACAATACTCA--G-CCCC-AAATGTAgt
gi|8                          :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGCTATAATACGCA--G-CCCCAAAATGCAgt
gi|9                          :            CAATCTTACAT-TGAATGCCGGGTATAATACGCA--G-CACA-CACTGCAAg