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Reference ( gi|1 )            :            AATCAAAGA-----AAAAGGA-CTGACAAT-AAGTTG-TAATTG-CTATG--A--T---G-T---C-ATG-TT-AGTTC----TAGTTT------CGCGTGG--------TTTACACTTGATAGCAACG----------ATGGGGACTTTTGATT--A------AGCTTCTGGTA------TTTAT-CCCA--TTA--TA-TGGCATC--AACCTTTCTGCCACCGTAGCTGCAATTGTTTGCTGCTGTAGACATTCAG-AGTCAAATGTT-TGCC-CTCATAGCAG-AAATATTT-CCGC-AAATTTCATG--GGG-AAATGAGAAACAAGATCATAGTATCTGTTTGCTTA-ATT--GTTATTACCAATACTAATT
gi|2                          :             ATCAAAGATAAATGAAAGGA--TAACGCT-GAGT-G--AATGA-CTATG--ACAT---G-TT--C-ATG-TTCAGA-C----AAATTT------GGTGTGG--------TTTAAACTTGCCAGTAATG----------ATTTTGACTT--GATT--ACCGGTAAGCGCCTCATA------TTTAT-ACCC--TTG--CC-CGGAGAC--GAACCTTCTGCT---GTGAC---AAATGTTTGCTGCTGTAGAAATATGG-AGGCAAATATT-TGTTAGTCTTGGCAG--AGTGTTC-TTGC-AAATTTTATA--GGATAAATG-GTAACAA------AGAATTTGTTTGATAA-ATT--ATTTTTA
gi|13                         :           acATCAAAGA-----ATAAGCA-CTGACAAT-GAATGA-CAATGG-CCAGGACA--T---GTT---C-ATG-TT-AG-AC----TCGTTT------CATGCGG--------TTTACACTttgttattgtc
gi|12                         :             ATCAAAAA-----AAAAGG--TTGACTAT-ATGTGA-TAATAG-CTATG--A--TGAGG-T---C-ATG-TT-G-------------------------GA--------TTTATACTCGTCAGTAAAG----------ACTGGGACTTTTG-TT--A------cctctgta
gi|3                          :       tttcattTCGAAGA-----AAATGG--CTGACAGT-GAATGA-TAATAG-CT-TA---------G-C---T-ATGGTT-AGTTC------ATTTAAAAACTGAATGGACTTCCAGTTTACACTTGTCAGTAAC-----------------AC-----ATT--A------TGCTCCATGTA------TTTATACCCA--T-G--TA-TGGCGGC--AA---------------A--TGC---TGTTTGTTGCTGCAAACATATGG-TGGCAACTATA-TACC-GTCA--GCAG-TAATATTT-TCAT-AAATTTTATG--GGA-AAATTAAGAGCAAGA------TATCTGTTCAATTAGATCTAATTATT-TTAGTACTA
gi|6                          : ctttctcacaaaacCAAAGA-----AAA-GCA-CTGACGAT-GAAT-G-AAAGTGACTATG--A--C---G-TGTTT-AGG-TT-AGACT----TTGTTT------CGTGTGG--------TTTATACTCG---GTAACC----------ATTGGGACTTTTGAAT--A------AGCCCCTCGTA------TTTAT-ACCT--TTA--TA-CGGgaa
gi|14                         :          ataccCAAAGA-----AAAAAGAACTGACGAT-GAGAGA-TAATGG-CTATG--ACCT---GTT---C-ATG-TT-AG-AC----TAGTTT------AGTGT-G--------TTTAAACTCGtggcagacatttt
gi|10                         :               CAAAGA-----AATGAGA-CTGACGAT-TAGTGA-TAATGA-CTGAG--ACAT---G-T---CCATG-TT-AGA-C----TAGTCT--------------------------ACTAGTCAGTAATG----------ATAAGAACTTTTGATT--A------AGCTT---GT-------TTTAT-TT----TTA--CACTGGCATtcagttat
gi|9                          : tgtattcacaaataaAAAGA-----AAAAGCA-CTGCCGAT-GAGAGA-TAA--------A--A--T---G-TT--C-ATG-TA-AGA-C----TAGCAT------CGTGTAG--------TTTACACTCGTCTGTAACA----------AAGCAGACTTTTGATT--T------AACTCCTCATA------TTTAT-TTCC--TTA--TA-TGGCCGC--AAACTa
gi|16                         :               tAATGA-----AAATGCA-CTGACGAT-GAGTGA-TAATGA-CTGTG--A--C---A-TATTC-ATG-CT-AGAT-----TAGTTT------CACGTGG--------TTTACACTCGTTAACAgtt
gi|7                          :                AAAGA-----AAAAGCA-CTGATGAT-GAATGA-TAATGG-CTTTA--A--T---G-T-----------------------GGTT------CACTTGT--------TTTCCACTCATCAGTAGTC----------ATGGGGAGTTTTGTGT--A------AGCTTCTCATACCAGTTTTCAT-ACTC--TTA--TG-TGGTGGCAGAATCTTT
gi|11                         :              actAAAA-----AAAAGCA-CTGACGATTGAGTGA-TAATGG-CTATA--A--T---G-T-----------------------GTT---------CATG----------TTACACGTGTCAGTAACA----------ATGGGGACTTTTGACTGGA------ACCTCC---TA------TTTAT-ACCT--TTA--TA-Tgct
gi|15                         :                                 atatatAAT-AGGCTGATGAT-G-CTATG--A------------C-ACG-TTCAGTTCAGACTAGTTT------GGTGTGG--------TTTATAatggtgataaacagtctg
gi|5                          :                                                                      attactatttatgataattgatttaagGTTC------CATGCGG--------TTTACGCTCGTCAGTAATGTTTAGTAATTATCGGAAGTTTTGATT--A------AGCTTC--------------AT----G--TTAGGTA-TGGCAGC--AAACCTTTTG-----------GCA--------CTGTTG-ACACATGTAG-GG--AAGTGTT-TGCC-ATTATAGCAG-ATTTTTTTTCCGC-AAATTTTATG--GGA-AGAT
gi|4                          :                                                                                                     ------CGTGTGG--------TTTACACT----AGTCAT------------TTGAGA--TTTGATC--A------AGCTTCTCATA---------AG-GCAACTTTG--TT-TGGTGGT--AACCTTT-TGACATCA-------AAATGTT-GCTGCTGTTTACATATGGCAG-CAAAAGGT-TGCC----ATAGCAGTAAATATTT-CTGC-AAATTTTATG--GGA-AATTGttaatatttctttatttgtaacttaaat
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                  taTTTGTCACTGT-TCTGCAATTGTTTGCTGCCATAGGCATATGG-AGGCAAATGTTGTGCC-GGCATAGCAG-AAATATTT-TCGCAAAATTT--TGGTGGA-AAAGGGGGAACAAGA----------TGTTTGAGTA-ATT--GTTGTttagttttattttgctaaattttaaatttctgaactatggtta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): ATATCAAAGAAAAAGCACTGATGATGAGAGATAGTGGTTTCGATGTGTT






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Reference ( family-2633 )     :                               NATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGGCT-----ATG--A--T---G---T---C-ATGTT-AGA--CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTCGTCAGTAACG----------ATNGGGACTTTTGATT--A------AGCTCCTCGTA------TTTATNC--CNT--TA--TATGGCGGCAAACTTTTTGC------AGTCTG-CAAATGTTTGCTGCTGTANACATATGGAGGCAAATGTT-TGCC-GTCATAGCAG-AAATATTTT-CGC-AAATTTTATGGGA-AAATGGGGAAC-AAGA-------ATCTGTTCGATTA-ATT--ATTNTTATTAGTACTA
gi|1                          :                                ATCAAAGA-----AA-AA-GGACTGACAAT-AAGTTGTAATTGCT-----ATG--A--T---G---T---C-ATGTT-AGTT-CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTTGATAGCAACG----------ATGGGGACTTTTGATT--A------AGCTTCTGGTA------TTTATCC--CAT--TA--TATGGCATCAACCTTTCTGCCACCGTAG-CTG-CAATTGTTTGCTGCTGTAGACATTCAGAGTCAAATGTT-TGCC-CTCATAGCAG-AAATATTTC-CGC-AAATTTCATGGGG-AAATGAGAAAC-AAGATCATAGTATCTGTTTGCTTA-ATT--GTTATTACCAATACTA
gi|10                         :                                 aCAAAGA-----AATGA-G-ACTGACGAT-TAGTGATAATGACT-----GAG--ACAT---G---T---CCATGTT-AGA--CT-A-GT----CT------------ACTAGTCAGTAATG----------ATAAGAACTTTTGATT--A------AGCTTGTTTTA------TTTTTAC--att
gi|11                         :                     tgtattcacaaataaAAAA-----AA-AA-GCACTGACGATTGAGTGATAATGGCT-----ATA--A--T---G---T---------------------GT----T---CATG--TTACACGTGTCAGTAACA----------ATGGGGACTTTTGACTGGA------A---CCTCCTA------TTTATAC--CTTTATA--TATGGTGATAAA-------C------AGTCTG-actggcata
gi|12                         :                          atatatATCAAAAA-----AA-AA-G-GTTGACTAT-ATGTGATAATAGCT-----ATG--A--TGAGG---T---C-ATGTT-GGA----------------------TTTATACTCGTCAGTAAAG----------ACTGGGACTTTTG-TT--A------
gi|13                         :                         tttcattATCAAAGA-----AT-AA-GCACTGACAAT-GAATGACAATGGCC-----AGGACA--T---GT--T---C-ATGTT-AGA--CT-C-GT----TTCATGCGGTTTACACTCCTCTGTA
gi|14                         :                                  CAAAGA-----AA-AAAGAACTGACGAT-GAGAGATAATGGCT-----ATG--ACCT---GT--T---C-ATGTT-AGA--CT-A-GT----TTAGTGT-GTTTAAACTCGTCAGT
gi|15                         :                                                                  TGATGATG-CT-----ATG--A--C---ACGTT---C-A-GTTCAGA--CT-A-GT----TTGGTGTGGTTTATAtat
gi|16                         : attactatttatgataattgatttaagaataggcAATGA-----AA-AT-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGACT-----GTG--A--C---A---TATTC-ATGCT-AGA--TT-A-GT----TTCACGTGGTTTACACTCGTTA
gi|17                         :                                ATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGATGAT-GAGAGATAGTGGTT-----TCG--A--T---G---T---aca
gi|2                          :                              atATCAAAGATAAATGA-AA-GGA-TAACGCT-GAGTGA--ATGACT-----ATG--ACAT---G---TT--C-ATGTTCAGA--CA-A-AT----TTGGTGTGGTTTAAACTTGCCAGTAATG----------ATTTTGACTT--GATT--ACCGGTAAGCGCCTCATA------TTTATAC--CCT--TG--CCCGGAGACGAACCTTCTGC--------TGTGACAAATGTTTGCTGCTGTAGAAATATGGAGGCAAATATT-TGTTAGTCTTGGCAG--AGTGTTCT-TGC-AAATTTTATAGGATAAAT-GGTAACAAAGA-------ATTTGTTTGATAA-ATT--ATTTTTATTgtt
gi|3                          :                               acTCGAAGA-----AA-AT-G-GCTGACAGT-GAATGATAATAGCTTAGCTATG--G--TTA-G---TT--C-AT-TT-AAAAACTGA-ATGGACTTC---CAGTTTACACTTGTCAGTAAC-----------------AC-----ATT--A------TGCTCCATGTA------TTTATAC--CCA--TG--TATGGCGGCAAA------------------TG-C---TGTTTGTTGCTGCAAACATATGGTGGCAACTATA-TACC-GTCA--GCAG-TAATATTTT-CAT-AAATTTTATGGGA-AAATTAAGAGC-AAGAT------ATCTGTTCAATTAGATCTAATTATT-TTAGTACTAgttattgtc
gi|4                          :                                                                                                                  ctttctcacaaaacCGTGTGGTTTACACTAGTCA-T---------------TTGAGA--TTTGATC--A------AGCTTCTCATA---------AGGCAACTT--TG--TTTGGTGGTAACCTTTTGAC------A-TC---AAAATG-TTGCTGCTGTTTACATATGGCAGCAAAAGGT-TGC----CATAGCAGTAAATATTTC-TGC-AAATTTTATGGGA-AATTGgaa
gi|5                          :                                                                                                                     ta-GT----TCCATGCGGTTTACGCTCGTCAGTAATGTTTAGTAATTATCGGAAGTTTTGATT--A------AGCTTC--------------ATG-----T--TAGGTATGGCAGCAAACCTTTTG------------G-CA--------CTGTTG---ACACATGTAGGGAAGTGTT-TGCC-ATTATAGCAG-ATTTTTTTTCCGC-AAATTTTATGGGA-AGATttagttttattttgctaaattttaaatttctgaactatggtta
gi|6                          :                                  CAAAGA-----AA-A--GCACTGACGAT-GAATGAAAGTGACT-----ATG--A--C---G---TGTTT-AGGTT-AGA--CT-TTGT----TTCGTGTGGTTTATACTCG---GTAACC----------ATTGGGACTTTTGAAT--A------AGCCCCTCGTA------TTTATAC--CTT--TA--TACGGTGGCAGACATTTTttaatatttctttatttgtaacttaaat
gi|7                          :                              ataccAAAGA-----AA-AA-GCACTGATGAT-GAATGATAATGGCT-----TTA--A--T---G---T---------------------GG----TTCACTTGTTTTCCACTCATCAGTAGTC----------ATGGGGAGTTTTGTGT--A------AGCTTCTCATACCAGTTTTCATAC--TCT--TA--TGTGGTGGCAGAATCTTTGC------
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                         actTCTG-CAATTGTTTGCTGCCATAGGCATATGGAGGCAAATGTTGTGCC-GGCATAGCAG-AAATATTTT-CGCAAAATTTTGGTGGA-AAAGGGGGAAC-AAGA----------TGTTTGAGTA-ATT--GTTGTt
gi|9                          :               cggcatatatttgtcactgtAAAGA-----AA-AA-GCACTGCCGAT-GAGAGATAA------------A--A--T---G---TT--C-ATGTA-AGA--CT-A-GC----ATCGTGTAGTTTACACTCGTCTGTAACA----------AAGCAGACTTTTGATT--T------AACTCCTCATA------TTTATTT--CCT--TA--TATGGCCGCAAACTGTT





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consensus                     :                               NATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGGCT-----ATG--A--T---G---T---C-ATGTT-AGA--CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTCGTCAGTAACG----------ATNGGGACTTTTGATT--A------AGCTCCTCGTA------TTTATAC--CCT--TGTATGGCGGCAAACTTTTTGC------ATCTG-CAA-T-GTTTGCTGCTGTAGACATATGGAGGCAAATGTT-TGCC-GTCATAGCAG-AAATATTTT-CGC-AAATTTTATGGGA-AAATGGGGAACAAGA------TATCTGTTCGATTA-ATT--GTTATTATTAGTACTA
Reference ( family-2633 )     :                               NATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGGCT-----ATG--A--T---G---T---C-ATGTT-AGA--CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTCGTCAGTAACG----------ATNGGGACTTTTGATT--A------AGCTCCTCGTA------TTTATAC--CCT--TATATGGCGGCAAACTTTTTGC------ATCTG-CAA-T-GTTTGCTGCTGTAGACATATGGAGGCAAATGTT-TGCC-GTCATAGCAG-AAATATTTT-CGC-AAATTTTATGGGA-AAATGGGGAACAAGA------TATCTGTTCGATTA-ATT--GTTATTATTAGTACTA
gi|1                          :                                ATCAAAGA-----AA-AA-GGACTGACAAT-AAGTTGTAATTGCT-----ATG--A--T---G---T---C-ATGTT-AGTT-CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTTGATAGCAACG----------ATGGGGACTTTTGATT--A------AGCTTCTGGTA------TTTATCC--CAT--TATATGGCATCAACCTTTCTGCCACCGTAGCTG-CAA-TTGTTTGCTGCTGTAGACATTCAGAGTCAAATGTT-TGCC-CTCATAGCAG-AAATATTTC-CGC-AAATTTCATGGGG-AAATGAGAAACAAGATCATAGTATCTGTTTGCTTA-ATT--GTTATTACCAATACTA
gi|10                         :                                 aCAAAGA-----AATGA-G-ACTGACGAT-TAGTGATAATGACT-----GAG--ACAT---G---T---CCATGTT-AGA--CT-A-GT----CT------------ACTAGTCAGTAATG----------ATAAGAACTTTTGATT--A------AGCTTGTTTTA------TTTTTAC--ACT--att
gi|11                         :                     tgtattcacaaataaAAAA-----AA-AA-GCACTGACGATTGAGTGATAATGGCT-----ATA--A--T---G---T---------------------GT----T---CATG--TTACACGTGTCAGTAACA----------ATGGGGACTTTTGACTGGA------A---CCTCCTA------TTTATAC--CTTTATATATGGTGATAAACggcata
gi|12                         :                          atatatATCAAAAA-----AA-AA-G-GTTGACTAT-ATGTGATAATAGCT-----ATG--A--TGAGG---T---C-ATGTT-GGA----------------------TTTATACTCGTCAGTAAAG----------ACTGGGACTTTTG-TT--A------agtctg
gi|13                         :                         tttcattATCAAAGA-----AT-AA-GCACTGACAAT-GAATGACAATGGCC-----AGGACA--T---GT--T---C-ATGTT-AGA--CT-C-GT----TTCATGCGGTTTACACTCCTCTGTA
gi|14                         :                                  CAAAGA-----AA-AAAGAACTGACGAT-GAGAGATAATGGCT-----ATG--ACCT---GT--T---C-ATGTT-AGA--CT-A-GT----TTAGTGT-GTTTAAACTCGTCAGT
gi|15                         :                                                                  TGATGATG-CT-----ATG--A--C---ACGTT---C-A-GTTCAGA--CT-A-GT----TTGGTGTGGTTTATAtat
gi|16                         : attactatttatgataattgatttaagaataggcAATGA-----AA-AT-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGACT-----GTG--A--C---A---TATTC-ATGCT-AGA--TT-A-GT----TTCACGTGGTTTACACTCGTTA
gi|17                         :                                ATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGATGAT-GAGAGATAGTGGTT-----TCG--A--T---G---T---aca
gi|2                          :                              atATCAAAGATAAATGA-AA-GGA-TAACGCT-GAGTGA--ATGACT-----ATG--ACAT---G---TT--C-ATGTTCAGA--CA-A-AT----TTGGTGTGGTTTAAACTTGCCAGTAATG----------ATTTTGACTT--GATT--ACCGGTAAGCGCCTCATA------TTTATAC--CCT--TGCCCGGAGACGAACCTTCTGC-------TGTGACAAAT-GTTTGCTGCTGTAGAAATATGGAGGCAAATATT-TGTTAGTCTTGGCAG--AGTGTTCT-TGC-AAATTTTATAGGATAAAT-GGTAACAAAG------AATTTGTTTGATAA-ATT--ATTTTTATTgtt
gi|3                          :                               acTCGAAGA-----AA-AT-G-GCTGACAGT-GAATGATAATAGCTTAGCTATG--G--TTA-G---TT--C-AT-TT-AAAAACTGA-ATGGACTTC---CAGTTTACACTTGTCAGTAAC-----------------AC-----ATT--A------TGCTCCATGTA------TTTATAC--CCA--TGTATGGCGGCAAA-----------------TG-C---T-GTTTGTTGCTGCAAACATATGGTGGCAACTATA-TACC-GTCA--GCAG-TAATATTTT-CAT-AAATTTTATGGGA-AAATTAAGAGCAAGA------TATCTGTTCAATTAGATCTAATTATT-TTAGTACTAgttattgtc
gi|4                          :                                                                                                                  ctttctcacaaaacCGTGTGGTTTACACTAGTCA-T---------------TTGAGA--TTTGATC--A------AGCTTCTCATA---------AGGCAACTT--TGTTTGGTGGTAACCTTTTGAC------ATC-A-AAA-T-GTT-GCTGCTGTTTACATATGGCAGCAAAAGGT-TGCC----ATAGCAGTAAATATTTC-TGC-AAATTTTATGGGA-AATTGgaa
gi|5                          :                                                                                                                     ta-GT----TCCATGCGGTTTACGCTCGTCAGTAATGTTTAGTAATTATCGGAAGTTTTGATT--A------AGCT--TCATG------TTAG-----------GTATGGCAGCAAACCTTTTG-----------G-CAC-T-GTT----------GACACATGTAGGGAAGTGTT-TGCC-ATTATAGCAG-ATTTTTTTTCCGC-AAATTTTATGGGA-AGATttagttttattttgctaaattttaaatttctgaactatggtta
gi|6                          :                                  CAAAGA-----AA-A--GCACTGACGAT-GAATGAAAGTGACT-----ATG--A--C---G---TGTTT-AGGTT-AGA--CT-TTGT----TTCGTGTGGTTTATACTCG---GTAACC----------ATTGGGACTTTTGAAT--A------AGCCCCTCGTA------TTTATAC--CTT--TATACGGTGGCAGACATTTTttaatatttctttatttgtaacttaaat
gi|7                          :                              ataccAAAGA-----AA-AA-GCACTGATGAT-GAATGATAATGGCT-----TTA--A--T---G---T---------------------GG----TTCACTTGTTTTCCACTCATCAGTAGTC----------ATGGGGAGTTTTGTGT--A------AGCTTCTCATACCAGTTTTCATAC--TCT--TATGTGGTGGCAGAATCTTTGC------
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                      actTCTG-CAA-TTGTTTGCTGCCATAGGCATATGGAGGCAAATGTTGTGCC-GGCATAGCAG-AAATATTTT-CGCAAAATTTTGGTGGA-AAAGGGGGAACAAGA----------TGTTTGAGTA-ATT--GTTGTt
gi|9                          :               cggcatatatttgtcactgtAAAGA-----AA-AA-GCACTGCCGAT-GAGAGATAA------------A--A--T---G---TT--C-ATGTA-AGA--CT-A-GC----ATCGTGTAGTTTACACTCGTCTGTAACA----------AAGCAGACTTTTGATT--T------AACTCCTCATA------TTTATTT--CCT--TATATGGCCGCAAACTGTT





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lowQualScore                  :                                        77777  1  1 3         1              11111   99 5555555555555555 3   2   1111111  1111  888                     555555555555  3             00 555555    4   0  555555       55   55               0     4444444444444444444   3                             7    88         22        7   7             7    0  2       5555555  2    0     0   88   2  3         
consensus                     :                               NATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGGCT-----ATG--A--T---G---T---C-ATGTT-AGA--CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTCGTCAGTAACG----------ATNGGGACTTTTGATT--A------AGCTCCTCGTA------TTTATAC--CCT--TGTATGGCGGCAAACTTTTTGC------ATCTG-CAA-T-GTTTGCTGCTGTAGACATATGGAGGCAAATGTT-TGCC-GTCATAGCAG-AAATATTTT-CGC-AAATTTTATGGGA-AAATGGGGAACAAGA------TATCTGTTCGATTA-ATT--GTTATTATTAGTACTA
Reference ( family-2633 )     :                               NATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGGCT-----ATG--A--T---G---T---C-ATGTT-AGA--CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTCGTCAGTAACG----------ATNGGGACTTTTGATT--A------AGCTCCTCGTA------TTTATAC--CCT--TGTATGGCGGCAAACTTTTTGC------ATCTG-CAA-T-GTTTGCTGCTGTAGACATATGGAGGCAAATGTT-TGCC-GTCATAGCAG-AAATATTTT-CGC-AAATTTTATGGGA-AAATGGGGAACAAGA------TATCTGTTCGATTA-ATT--GTTATTATTAGTACTA
gi|1                          :                                ATCAAAGA-----AA-AA-GGACTGACAAT-AAGTTGTAATTGCT-----ATG--A--T---G---T---C-ATGTT-AGTT-CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTTGATAGCAACG----------ATGGGGACTTTTGATT--A------AGCTTCTGGTA------TTTATCC--CAT--TATATGGCATCAACCTTTCTGCCACCGTAGCTG-CAA-TTGTTTGCTGCTGTAGACATTCAGAGTCAAATGTT-TGCC-CTCATAGCAG-AAATATTTC-CGC-AAATTTCATGGGG-AAATGAGAAACAAGATCATAGTATCTGTTTGCTTA-ATT--GTTATTACCAATACTA
gi|10                         :                                 aCAAAGA-----AATGA-G-ACTGACGAT-TAGTGATAATGACT-----GAG--ACAT---G---T---CCATGTT-AGA--CT-A-GT----CT------------ACTAGTCAGTAATG----------ATAAGAACTTTTGATT--A------AGCTTGTTTTA------TTTTTAC--ACT--GGCATatt
gi|11                         :                     tgtattcacaaataaAAAA-----AA-AA-GCACTGACGATTGAGTGATAATGGCT-----ATA--A--T---G---T---------------------GT----T---CATG--TTACACGTGTCAGTAACA----------ATGGGGACTTTTGACTGGA------A---CCTCCTA------TTTATAC--CTTTATATATGGTGATAAACa
gi|12                         :                          atatatATCAAAAA-----AA-AA-G-GTTGACTAT-ATGTGATAATAGCT-----ATG--A--TGAGG---T---C-ATGTT-GGA----------------------TTTATACTCGTCAGTAAAG----------ACTGGGACTTTTG-TT--A------agtctg
gi|13                         :                         tttcattATCAAAGA-----AT-AA-GCACTGACAAT-GAATGACAATGGCC-----AGGACA--T---GT--T---C-ATGTT-AGA--CT-C-GT----TTCATGCGGTTTACACTCCTCTGTA
gi|14                         :                                  CAAAGA-----AA-AAAGAACTGACGAT-GAGAGATAATGGCT-----ATG--ACCT---GT--T---C-ATGTT-AGA--CT-A-GT----TTAGTGT-GTTTAAACTCGTCAGT
gi|15                         :                                                                  TGATGATG-CT-----ATG--A--C---ACGTT---C-A-GTTCAGA--CT-A-GT----TTGGTGTGGTTTATAtat
gi|16                         : attactatttatgataattgatttaagaataggcAATGA-----AA-AT-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGACT-----GTG--A--C---A---TATTC-ATGCT-AGA--TT-A-GT----TTCACGTGGTTTACACTCGTTA
gi|17                         :                                ATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGATGAT-GAGAGATAGTGGTT-----TCG--A--T---G---T---aca
gi|2                          :                              atATCAAAGATAAATGA-AA-GGA-TAACGCT-GAGTGA--ATGACT-----ATG--ACAT---G---TT--C-ATGTTCAGA--CA-A-AT----TTGGTGTGGTTTAAACTTGCCAGTAATG----------ATTTTGACTT--GATT--ACCGGTAAGCGCCTCATA------TTTATAC--CCT--TGCCCGGAGACGAACCTTCTGC-------TGTGACAAAT-GTTTGCTGCTGTAGAAATATGGAGGCAAATATT-TGTTAGTCTTGGCAG--AGTGTTCT-TGC-AAATTTTATAGGATAAAT-GGTAACAAAG------AATTTGTTTGATAA-ATT--ATTTTTATTgtt
gi|3                          :                               acTCGAAGA-----AA-AT-G-GCTGACAGT-GAATGATAATAGCTTAGCTATG--G--TTA-G---TT--C-AT-TT-AAAAACTGA-ATGGACTTC---CAGTTTACACTTGTCAGTAAC-----------------AC-----ATT--A------TGCTCCATGTA------TTTATAC--CCA--TGTATGGCGGCAAA-----------------TG-C---T-GTTTGTTGCTGCAAACATATGGTGGCAACTATA-TACC-GTCA--GCAG-TAATATTTT-CAT-AAATTTTATGGGA-AAATTAAGAGCAAGA------TATCTGTTCAATTAGATCTAATTATT-TTAGTACTAgttattgtc
gi|4                          :                                                                                                                  ctttctcacaaaacCGTGTGGTTTACACTAGTCA-T---------------TTGAGA--TTTGATC--A------AGCTTCTCATA---------AGGCAACTT--TGTTTGGTGGTAACCTTTTGAC------ATC-A-AAA-T-GTT-GCTGCTGTTTACATATGGCAGCAAAAGGT-TGCC----ATAGCAGTAAATATTTC-TGC-AAATTTTATGGGA-AATTGgaa
gi|5                          :                                                                                                                     ta-GT----TCCATGCGGTTTACGCTCGTCAGTAATGTTTAGTAATTATCGGAAGTTTTGATT--A------AGCT--TCATG------TTAG-----------GTATGGCAGCAAACCTTTTG-----------G-CAC-T-GTT----------GACACATGTAGGGAAGTGTT-TGCC-ATTATAGCAG-ATTTTTTTTCCGC-AAATTTTATGGGA-AGATttagttttattttgctaaattttaaatttctgaactatggtta
gi|6                          :                                  CAAAGA-----AA-A--GCACTGACGAT-GAATGAAAGTGACT-----ATG--A--C---G---TGTTT-AGGTT-AGA--CT-TTGT----TTCGTGTGGTTTATACTCG---GTAACC----------ATTGGGACTTTTGAAT--A------AGCCCCTCGTA------TTTATAC--CTT--TATACGGTGGCAGACATTTTttaatatttctttatttgtaacttaaat
gi|7                          :                              ataccAAAGA-----AA-AA-GCACTGATGAT-GAATGATAATGGCT-----TTA--A--T---G---T---------------------GG----TTCACTTGTTTTCCACTCATCAGTAGTC----------ATGGGGAGTTTTGTGT--A------AGCTTCTCATACCAGTTTTCATAC--TCT--TATGTGGTGGCAGAATCTTTGC------
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                      actTCTG-CAA-TTGTTTGCTGCCATAGGCATATGGAGGCAAATGTTGTGCC-GGCATAGCAG-AAATATTTT-CGCAAAATTTTGGTGGA-AAAGGGGGAACAAGA----------TGTTTGAGTA-ATT--GTTGTt
gi|9                          :               cggcatatatttgtcactgtAAAGA-----AA-AA-GCACTGCCGAT-GAGAGATAA------------A--A--T---G---TT--C-ATGTA-AGA--CT-A-GC----ATCGTGTAGTTTACACTCGTCTGTAACA----------AAGCAGACTTTTGATT--T------AACTCCTCATA------TTTATTT--CCT--TATATGGCCGCAAACTGTT


blockSeqs                     :                                        TAAAT  T  A C         T              TAGCT   AC CATGTCC              C   AACTGA   GGAC  CAT                     TGTTTAGTAATT  A             GG CCGGTA    T   T  CCAGTT       AA   TA               C     CTGTGACAAAT           T                             G    AG         TA        C   A             T    T          A             T     G   TA   T  A
blockSeqs                     :                                        .      .  . C         .              .       .  TGAGGTC              C   CTTT     .     AGT                     TG            G             .  .         C   C  .            .    .                T     CATCAAAAT             T                             .    G          T         .   .             .    G          T             C     .   .    A  .
blockSeqs                     :                                        .      .  . A         .              .       .  CCTGTTC              .   CTA      .     GGT                     CA            T             .  .         C   A  .            .    .                C     GCACT                 T                             .    A          A         .   .             .    G          .             T     .   .    G   
blockSeqs                     :                                        .      .  . C         .              .       .  CACGTTC              .   CTC      .     CAC                     AG            T             .  .         C   G  .            .    .                A     TGCT                  .                             .    G          A         .   .             .    .                                           
blockSeqs                     :                                        .      .  . C         .              .       .  CATATTC              .   CTA      .     GGT                     TG            T             .  .         T   A  .            .    .                T                           .                             .    .          .         .   .             .                                                
blockSeqs                     :                                        .      .  . G         .              .       .  CATGTTC              .   CTA      .     CGT                     CC            C             .  .         C   A  .            .    .                T                                                                                                                                                      
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blockSeqs                     :                                        .      .  . C         .              .       .  CGTGTTT              .   CAA      .     CGT                     CA            G             .  .         C   A  .            .    .                                                                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                        .      .  . C         .              .       .  TGTTC                .   CTA      .     CAC                     C             G             .  .         .   A  .            .    .                                                                                                                                                                       
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blockSeqCons                  :                                                                                        CGTGTTC*********         CTA****                                                                                                                         CGCT***************
originalCons                  :                               NATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGGCT-----ATG--A--T---G---T---C-ATGTT-AGA--CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTCGTCAGTAACG----------ATNGGGACTTTTGATT--A------AGCTCCTCGTA------TTTATAC--CCT--TGTATGGCGGCAAACTTTTTGC------ATCTG-CAA-T-GTTTGCTGCTGTAGACATATGGAGGCAAATGTT-TGCC-GTCATAGCAG-AAATATTTT-CGC-AAATTTTATGGGA-AAATGGGGAACAAGA------TATCTGTTCGATTA-ATT--GTTATTATTAGTACTA
finalCons                     :                               NATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGGCT-----ATG--ACGTGTTC---------ATGTT-AGACTA----GT----TTCGCGTGGTTTACACTCGTCAGTAACG----------ATNGGGACTTTTGATT--A------AGCTCCTCGTA------TTTATAC--CCT--TGTATGGCGGCAAACTTTTTGCGCT---------------GTTTGCTGCTGTAGACATATGGAGGCAAATGTT-TGCC-GTCATAGCAG-AAATATTTT-CGC-AAATTTTATGGGA-AAATGGGGAACAAGA------TATCTGTTCGATTA-ATT--GTTATTATTAGTACTA





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consensus                     :                               NATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGGCT-----ATGACGT--GTTCATGTT-AGA--CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTCGTCAGTAACG----------ATNGGGACTTTTGATT--A------AGCTCCTCGTA------TTTATAC--CCT--TGTATGGCGGCAAACT-TTTTG-C-------G-C-G----TGTTTGCTGCTGTAGACATATGGAGGCAAATGTT-TGCC-GTCATAGCAG-AAATATTTT-CGC-AAATTTTATGGGA-AAATGGGGAACAAGA------TATCTGTTCGATTA-ATT--GTTATTATTAGTACTA
Reference ( family-2633 )     :                               NATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGGCT-----ATGACGT--GTTCATGTT-AGA--CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTCGTCAGTAACG----------ATNGGGACTTTTGATT--A------AGCTCCTCGTA------TTTATAC--CCT--TGTATGGCGGCAAACT-TTTTG-C-------G-C------TGTTTGCTGCTGTAGACATATGGAGGCAAATGTT-TGCC-GTCATAGCAG-AAATATTTT-CGC-AAATTTTATGGGA-AAATGGGGAACAAGA------TATCTGTTCGATTA-ATT--GTTATTATTAGTACTA
gi|1                          :                                ATCAAAGA-----AA-AA-GGACTGACAAT-AAGTTGTAATTGCT-----ATGATGT-----CATGTT-AGTT-CT-A-GT----TTCGCGTGGTTTACACTTGATAGCAACG----------ATGGGGACTTTTGATT--A------AGCTTCTGGTA------TTTATCC--CAT--TATATGGCATCAACCT-TTCTG-CCACCGTAG-CTGCAATTGTTTGCTGCTGTAGACATTCAGAGTCAAATGTT-TGCC-CTCATAGCAG-AAATATTTC-CGC-AAATTTCATGGGG-AAATGAGAAACAAGATCATAGTATCTGTTTGCTTA-ATT--GTTATTACCAATACTA
gi|10                         :                                 aCAAAGA-----AATGA-G-ACTGACGAT-TAGTGATAATGACT-----GAGACAT--GTCCATGTT-AGA--CT-A-GT----CT------------ACTAGTCAGTAATG----------ATAAGAACTTTTGATT--A------AGCTTGTTTTA------TTTTTAC--ACT--GGCATatt
gi|11                         :                     tgtattcacaaataaAAAA-----AA-AA-GCACTGACGATTGAGTGATAATGGCT-----ATAATGT--GTTCATGTT-A-----------------CACGT-----------GTCAGTAACA----------ATGGGGACTTTTGACTGGA------A---CCTCCTA------TTTATAC--CTTTATATATGGTGATAAACa
gi|12                         :                          atatatATCAAAAA-----AA-AA-G-GTTGACTAT-ATGTGATAATAGCT-----ATGATGA--GGTCATGTT-GGA----------------------TTTATACTCGTCAGTAAAG----------ACTGGGACTTTTG-TT--A------agtctg
gi|13                         :                         tttcattATCAAAGA-----AT-AA-GCACTGACAAT-GAATGACAATGGCC-----AGGACAT--GTTCATGTT-AGA--CT-C-GT----TTCATGCGGTTTACACTCCTCTGTA
gi|14                         :                                  CAAAGA-----AA-AAAGAACTGACGAT-GAGAGATAATGGCT-----ATGACCT--GTTCATGTT-AGA--CT-A-GT----TTAGTGT-GTTTAAACTCGTCAGT
gi|15                         :                                                                  TGATGATG-CT-----ATGACAC--GTTCA-GTTCAGA--CT-A-GT----TTGGTGTGGTTTATAtat
gi|16                         : attactatttatgataattgatttaagaataggcAATGA-----AA-AT-GCACTGACGAT-GAGTGATAATGACT-----GTGACAT--ATTCATGCT-AGA--TT-A-GT----TTCACGTGGTTTACACTCGTTA
gi|17                         :                                ATCAAAGA-----AA-AA-GCACTGATGAT-GAGAGATAGTGGTT-----TCGATGT--GTTaca
gi|2                          :                              atATCAAAGATAAATGA-AA-GGA-TAACGCT-GAGTGA--ATGACT-----ATGACAT--GTTCATGTTCAGA--CA-A-AT----TTGGTGTGGTTTAAACTTGCCAGTAATG----------ATTTTGACTT--GATT--ACCGGTAAGCGCCTCATA------TTTATAC--CCT--TGCCCGGAGACGAACC-TTCTG-CTGTG---A-CAAA---TGTTTGCTGCTGTAGAAATATGGAGGCAAATATT-TGTTAGTCTTGGCAG--AGTGTTCT-TGC-AAATTTTATAGGATAAAT-GGTAACAAAG------AATTTGTTTGATAA-ATT--ATTTTTATT
gi|3                          :                               acTCGAAGA-----AA-AT-G-GCTGACAGT-GAATGATAATAGCTTAGCTATG--GTTAGTTCAT-TT-AAAAACTGA-ATGGACTTC---CAGTTTACACTTGTCAGTAAC-----------------AC-----ATT--A------TGCTCCATGTA------TTTATAC--CCA--TGTATGGCGGCAAAT----------------G-C------TGTTTGTTGCTGCAAACATATGGTGGCAACTATA-TACC-GTCA--GCAG-TAATATTTT-CAT-AAATTTTATGGGA-AAATTAAGAGCAAGA------TATCTGTTCAATTAGATCTAATTATT-TTAGTACTAgttattgtc
gi|4                          :                                                                                                         ctttctcacaaaacCGTGTGGTTTACACTAGTCA-T---------------TTGAGA--TTTGATC--A------AGCTTCTCATA---------AGGCAACTT--TGTTTGGTGGTAACCT-TTTGA-C-------A-TCAAAA-TGTT-GCTGCTGTTTACATATGGCAGCAAAAGGT-TGCC----ATAGCAGTAAATATTTC-TGC-AAATTTTATGGGA-AATTGgaa
gi|5                          :                                                                                                            ta-GT----TCCATGCGGTTTACGCTCGTCAGTAATGTTTAGTAATTATCGGAAGTTTTGATT--A------AGCT--TCATG------TTAG-----------GTATGGCAGCAAACC-TTTTGGC-------A-C------TGTT----------GACACATGTAGGGAAGTGTT-TGCC-ATTATAGCAG-ATTTTTTTTCCGC-AAATTTTATGGGA-AGATttagttttattttgctaaattttaaatttctgaactatggtta
gi|6                          :                                  CAAAGA-----AA-A--GCACTGACGAT-GAATGAAAGTGACT-----ATGACGT--GTTTAGGTT-AGA--CT-TTGT----TTCGTGTGGTTTATACTCG---GTAACC----------ATTGGGACTTTTGAAT--A------AGCCCCTCGTA------TTTATAC--CTT--TATACGGTGGCAGACA-TTTTttaatatttctttatttgtaacttaaat
gi|7                          :                              ataccAAAGA-----AA-AA-GCACTGATGAT-GAATGATAATGGCT---------------TTAATGT------------GG----TTCACTTGTTTTCCACTCATCAGTAGTC----------ATGGGGAGTTTTGTGT--A------AGCTTCTCATACCAGTTTTCATAC--TCT--TATGTGGTGGCAGAAT-CTTTG-C-------
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gi|9                          :                    cggcatatatttgtcAAAGA-----AA-AA-GCACTGCCGAT-GAGAGATAA-------------A-AT--GTTCATGTA-AGA--CT-A-GC----ATCGTGTAGTTTACACTCGTCTGTAACA----------AAGCAGACTTTTGATT--T------AACTCCTCATA------TTTATTT--CCT--TATATGGCCGCAAACT-GTT