lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 99999999999999999999999999999999999 1 1111 111111 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222222222222 111 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 44444444444 3333333333333 66666
lowQualScore : 1 1 66666666666666666666666666666666666 2 44 0 0 666 6666 3 222222 111 4 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555 6666666666666666 3 3 444 55 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 66 44 44444444444 0 1111111111111 3 6 6 88888
lowQualScore : . . ................................... . .. . . ... .... . ...... ... . ........................................................ ................ . . ... .. ................................................................................................................ .. .. .. ........... . ............. . . . .....
lowQualScore : 0 0 66666666666666666666666666666666666 0 99 7 8 222 6666 4 888888 777 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555555555555555 6 6 888 00 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11 44 00000000000 2 4444444444444 0 0 0 00000
consensus : TAAATGTCCGTTTGTTAG---AAC----ATCTGTCCAT-CCGGGC-ANTAA-AAAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGG-G-GTC--TATGTA------TTTAATTAATA-TTT-------GT----GTG--TAC-C-TGT--AT---------------------A--ATTATAAAAT----------------ACAGG-TCAAG-TTCGATATT--T-TN------CAA---------N-AT-GGT----CAA-ATT---A--GGAGTTA-GGCCCCTTTTCA-ACTTAATTTT--T-TAGTAAAA---AAC--GTTT-CT--G-AT--A--TA--GCGGGGGCATCCGTGT--CAAC-GG--ACACATTTCTAGT------GTTT---TCNGTGTTGTT-TGT-ATGAAT
Reference ( gi|7 ) : TAAATATTCGTTTGTTAG---AAC----ATTTGTTCAT-TCAGGCCAGTAA-AAAATTGGTTTCTGATAAATAACTTCTGAAGG-G-GTC--TCTATA------TTTAATTAATA-TTC-------AT----TTG--TAC-C-TGT--AT---------------------A--ATTATAAAAT----------------ACAGG-TCAAG-TTAAATATT--T-TA------CAA---------A-AT---T----CAAAATT---A--GGTGTGACTGCCCCTTTTCA-GCTTAATTTT--T-TAGTAAAA---AATCAGTTT-CT--G-AC--A--TA--GCAAGGGCATCCGTGT--TAAA-AA--ACACATTTCTAGT------GTTT---TCTGTGCTATTGTATCATGAATATATGAATATTAAACTTGGCAAAGATGTTT
gi|10 : TAAATATCCATTTGTTAG---AACGTCCATATGTACGTATGAGGTAACAAA-GAAAAGGGTTTCCGATAAATAACTTCTGAATC-GTGTC--TATGTA------TTT----------TC-------GA----GTG--CAC-C-T-T--AA---------------------A--ATTATAAAAT----------------ACAGG-TCAAG-TTAGCTATT--
gi|3 : agccacttaaaTGTTTGTCTGTTTG-----------TTTGTTCAT-CTGAG---GTTA-AAAATAGGTTTCTGTTCAATAACTTCTGAAGG-G-GTC--TATCTA------TTTAATTACTATTTT-------GT----GTG--CAC-C-TGT--TT---------------------A--ATTATAAAAT----------------ACAGG-TCCAG-TTCAATATTTGT-TAACGTAGCAC---------ATCT---T----TTACAGG---A--GATATA---GCCTCTTTTCG-GCATACTTTT--T-T-GTAAAA---TATTGATTTCCT--GTAA--A--GA--GT-GGGGCATGAGTGT--CAAC-AG--ATGCTAATCTAGT------TTTaatattaccattt
gi|8 : atggcagggtatggttgtttaaagatatcattttttatgtctttgtaattctaaaaaaggtaaaggacattaagttgtatccatgtttgtccattttctctgTGTCCGTTTGTTAG---TGC----ATCTG---AT----------------AATTGGTTCCCGAT------CTTCTGAAGG-C-GTC--CATGTA------TTTTATTAATA-TTTTGTGTATAT----CTG--TACACATGTTAAT---------------------AGTATTATAAAAT----------------ACAGG-TCAAG-TTCGA---T--T-TATGT---CAA---------C-ATTGGT----CAGTTTTAC-A--GGCGTTATGACCCTTTTTCA-ACTTAAa
gi|4 : ttgtctgttgacactaatggggcattatgcgttaaccctctcTTAGTGTAAC----TCCTGTCCAT-GC-GTCCTCTAA-AAAAT-GGTTTACGACTAATGACAT-TGAAGGAG-GT------GTA------TGTGATTAATA-TTT-------GT----GTG--TAG-C-CGT--AT---------------------A--ATTATAAAAT----------------ATAGGTTCACG-TTTGATATT--TGTA-------AA---------C-ATAGAT----CAAAAGT---T--GGAGGAA--------TTTCA-GCTC--CTTT--T-T-GT-------------TTT-CT--G-ATCAA--TA--GCGAGGGCATTCATGT--CAAT-AG--ACACATTAGTAGTTACTAAATTTAAGTCGGTGTTGTT-TGT-ATGAAT
gi|2 : ttatgcatttaatagaaaatattgtcttgactgcttttatgtcccgcaccattagaaaaataatgaagggcaTGTCCAT-CCGTGC-AGTCATCAAATTGGTTT-TGTTGTTT---TTCTAAAAG-G-GTCCATGTATA------TGTAG---ATA-TCT-------AT----TT-------------------------------------------ATAAAAT----------------AAAGA-TCAAG-TT-GATATT--T-GT------CAA---------C-ATTGGT----CAATTTTAC-A--AGAGTTATGGACCCTTTTCATATTTG--TTT--T-TGCTAAAA---------TTTACT--A-AC--ATGTA--GCGGGGGCACCCG--------------ACACATTTCTAGT------GT
gi|6 : ttttgcattaaataataatagtgttttactgtctagtctgttttttttatgccctcgccatttgaagaatggagatgtggcacttaatattaaccgAA-AAAATTAGTTTTCAAAAAATAACTACTGAAGG-C-GTC--TTTATT------TTAAATTGATA-TTTA------AT----GTG--TAC-C-TGT--AT---------------------A--ATTTTAAAATGTATAATTGTTAAAAAGCATG-TCAAA-TTTGTTATT--T-GT------CAA---------T-GTTGGT----CAAATTTTACA--GGAGTTATGGCCCCTTTTTT-ATTCAATTTTAGT-TA-TAAAA---AAT-GGTTT-CC--A-ATCAA--TA--ACAGAGGCTTTTATGT--CAAC-AG--ACACATTCATAGG------ATTA---TCTataaatttgaatttattgtttagagcttatgttttaacacaacttgtagacatttttgtttccatgttgttgt
gi|9 : ttatgccttgcaattccacattaaggtaaaggggaattaagaggtcctcctgtctgtccatgtgtctgagacAGATTGGTTTCTGATCAATAACTTCTGAAAG-G-GTC--TATGTA------GTTATTTAATA-TTT-------G-----GTGAATAG-C-TGT--TT---------------------A--ATTATAAAA-----------------ACA-G-TCAAG-TTCAGTATT--caat
gi|5 : catgtccatctgtcAAATTGGTTTCCAATGAATAACTTCTGAAAG-G-GTT--TATGTACATGTGTTTAGCTAATA-TTT-------GCTGTGTTA--TAA-T-TAT--ATTATTAATTATAATAATATTATA--ATCATAAAAT----------------ACAAG-TAAAGTTTGATTATT--G-T-------CAATGTTAGTCTA-AT---TTTACCAGAATT-------GTG-----GCCCTTTTTCA-ACTTAATTTT--T-GATTAAggtaacgtcggtctaataatttttgcacgagttgtggactcttcaaatacttaaaacttttggtaaaacaagtagaaagggcatctgtggatatact
gi|12 : gttgtacagaactttttgaatggtgattcaagaatggtaatggagcagtaagtgttgccacgtccatcttttgtccattggtgcatctgtctgtcAAATTGGTTTC-AATCAATAACTTGTGAAGttatagaacacaaatctgcatggctgtccaatgg
gi|1 : atcTG------TTGAATTACTT-TTC-------AG----TT---TAC-----------------------------------TTTTAAAAT----------------ACAGA-TCA-G-TTCAATATT--T-GT------CAA---------T-GT---TGCT-CA---TT---ACTGGAGTTGGGGCCACTTTTCC-ACTTA----T--T-TA------------C--TTA-C-----AT--A--TA--GCAGGGGCATCGATGT--CCAATGG--ACACATTCCTAGTTCTA--GTTT---Ttattacaagagttattgttccttatcaaattaaattatggtaaactttacttacatatagcaagggtatccaagtcctatggacatactgggtatttctagtataaa
gi|11 : TACAAT----------------ACAGG-TGAAG-ATTGATATT--T-GT------CAA---------A-AT---T--------ATT---A---------------CTTTTCA-AGTTAATTTT--T------AAA---AAC-------------AT--A--TA--GCAGGGACATCCATGTCCTATG-TA--A-ATATTTCTAGT------agatcaatgtaaagtcatgtttaagtgtgttgaatcagtgctcagcatacagttaaacctgtgtaaatgttcacctctattaagcagccacttgtattaagcaatcacatttgctgtttccaatttctatgctcttagagcaaattaacctgtattaagcaacaacctgtcttgaaaggccacttttgctccttccctgaacaagctgcttaagacaggtttgactgtagacttaaatttgcattgaaatgtcacttattcaagtgcttgatacatcgcgggtttgtgccagatcattgtttttatcagtccttgtttaggtttaattttccaaatat
gi|14 : G-TGAAG-TTAGTTATT--T-TG------CAG---------A-A-------------ATT---A------TG---GGCCCTTTT-A-GCTTG-TTTT--T-TGATAAAA---------TTTACT--A-AC--A--TACAGCG-GGGCATCCATttaagtttatattcttaaactgaatcttatgttagtttagatgtgagcctgaat
gi|18 : ttgattccgtcaTTTTCA-ACTTAATTTT--TGTTGTTAAAGTTAACAAGTAC-CT--G----------------GGGTATCCGTGTCCT-AT-GG--ATATATTTCTAGT------ttcatcaattcaaa
gi|16 : CTCAATTTC--TGTAA-AAAA---AAT-AGTTT-TTTCG-ATCAA--TA--GCATGGGCACTCGTGC--CAAA-GACAACACATTTCTAGT------t
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|13 ): AAATGGTGACGGGTAATGAAGTGTTACCCGTGTTCACCGGATTCATTCTTGTGTCCGTCCATCTGTCAAATTGATTTTCACTCTATAACTTTTGAAAGGCTTTACATATTCAAATTTTAAT
Unaligned ( gi|15 ): TATTTACTAACATATAGTGGTGGCATCTGCATCCTATGGACACATTTCTATTTTTTTTTTATATTAAGCATGTTAATCAT
Unaligned ( gi|17 ): TCTGATCAATAGCAGGTGCTCTCGTGTCAATGAGCACATTAATAGTTTAATAAGGTGTGGTTTAAACATATTTGTT
Unaligned ( gi|19 ): TATACTTACATGTATTGTGGGGGCAGCCGTGTCCTATGGACACACTTCTAGA
Unaligned ( gi|20 ): GATAACATTCAATAACATTTAGCGGGGACATCTGTGCCCTATGGGCA
Alignments
lowQualScore : 111111 77777777777777777777 111111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 88888888888888888888888888888888888888888888 77777777777777777777777777777777 11 2222222 111 2 2
lowQualScore : 666666 1 8888 88888888888888888888 3 4 4 111111 9999 8 8 333 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 5 3 33 99999999999999999999999999999999999999999999 2 999 666 44 22222222222222222222222222222222 33 33 2 3 22 5 44 1111111 777 1 0 0
lowQualScore : ...... . .... .................... . . . ...... .... . . ... . .......................................................... . . . .. ............................................ . ... ... .. ................................ .. .. . . .. . .. ....... ... . . .
lowQualScore : 555555 8 5555 77777777777777777777 5 5 0 555555 4444 9 9 999 9 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 3 8 3 00 55555555555555555555555555555555555555555555 0 222 222 66 33333333333333333333333333333333 99 99 9 1 55 6 66 0000000 555 0 0 0
consensus : TAAATGTCCGTTTGTTAG---AACATC----TGTCCAT----CCG-NGC-AGTAA-A-AAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATGTA------TTTAA---TTAATA-TTTG-TGTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGGT-CAAGTTCGA-TATTTGTCAACG-T-GG-TC-A--AA--T------T-----A--GGAGTT--ATGGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--T-TGGTAAAA-A----G-TTT-CT--G--AT--A--TA--GCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ACGG--ACACATTTCTAGT------GTTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
Reference ( family-2603 ) : TAAATGTCCGTTTGTTAG---AACATC----TGTCCAT----CCG-GGC-ANTAA-A-AAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATGTA------TTTAA---TTAATA-TTTG-TGTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGGT-CAAGTTCGA-TATTTTNCAANA-T-GG-TC-A--AA--T------T-----A--GGAGTT--A-GGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--T-TAGTAAAAAAC---G-TTT-CT--G--AT--A--TA--GCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ACGG--ACACATTTCTAGT------GTTT---TCNGTGTTGTT-TGT-ATGAAT
gi|1 : GTT----TA------------C--TTT--------------TA-----------------AAATACAGAT-C-AGTTCAA-TATTTGTCAATGTT-GC-TC-----A--T------T-----ACTGGAGTTG-G-GGCCACTTTTCC---ACTT--ATTT--------------AC-----TTA-C------AT--A--TA--GCA-GGGGCATCGATGTCCA-ATGG--ACACATTCCTAGTTCTA--GTTT---T
gi|10 : tgttgaattacttttcaTAAATATCCATTTGTTAG---AACGTCCATATGTACGT----ATGAGGT-AACAA-AGAAAAGGGTTTCCGATAAATAACTTCTGAATCGTGTCTATGTA------TTT-------------TCG-AGTG---CACCT-TA----AA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGGT-CAAGTTAGC-TATTagatcaatgtaaagtcatgtttaagtgtgttgaatcagtgctcagcatacagttaaacctgtgtaaatgttcacctctattaagcagccacttgtattaagcaatcacatttgctgtttccaatttctatgctcttagagcaaattaacctgtattaagcaacaacctgtcttgaaaggccacttttgctccttccctgaacaagctgcttaagacaggtttgactgtagacttaaatttgcattgaaatgtcacttattcaagtgcttgatacatcgcgggtttgtgccagatcattgtttttatcagtccttgtttaggtttaattttccaaatat
gi|11 : agccacttaaa--------------TA-----------------CAATACAGGT-GAAGATTGA-TATTTGTCAA--------------AA--T------T-----A------TT--A------CTTTTCA---AGTT-AATTTT--T------AAAAAC----------------AT--A--TA--GCA-GGGACATCCATGT-CCTATGT--AAATATTTCTAGT------aatattaccattt
gi|12 : -AAATTGGTTTC-AATCAATAACTTGTGAAGttaagtttatattcttaaactgaatcttatgttagtttagatgtgagcctgaat
gi|13 : atcTC----CGTCCAT----CT--GTC---------AAATTGATTTTCACTCTATAACTTTTGAAAGG-CTTTACATA------TTCAAATTTTAATtattacaagagttattgttccttatcaaattaaattatggtaaactttacttacatatagcaagggtatccaagtcctatggacatactgggtatttctagtataaa
gi|14 : aaatggtgacgggtaatgaagtgttacccgtgttcaccggattcattcttgtgGT-GAAGTTAGT-TATTTTGCAG-----------A--AA--T------T-----A-------T--G-GGCCCTTTT--A---GCTT-G-TTTT--T-TGATAAAA--------TTTACT--A--AC--A--TACAGCG-GGG-CATCCATTT-CA-
gi|15 : ttgattccgtca--AT--A--TA--GTG-GTGGCATCTGCAT-CCTATGG--ACACATTTCTATT------TTTT---Ttcaattcaaa
gi|16 : tatttactaacCTC-AATTTC--T---GTAAAAAAAATAG-TTT-TTTCG--ATCAA--TA--GCA-TGGGCACTCGTGC-CA-AAGACAACACATTTCTAGT------tttatattaagcatgttaatcat
gi|17 : T-CT--G--ATCAA--TA--GCA-GGTGCTCTCGTGT-CA-ATGA--GCACATTAATAGT------ct
gi|18 : TTTTCA---ACTT-AATTTT--TGTTGTTAAA------G-T----T--A--AC--AAGTA--CCT-GGGGTATCCGTGT-CCTATGG--ATATATTTCTAGT------ttaataaggtgtggtttaaacatatttgtt
gi|19 : T--A--TT--GTG-GGGGCAGCCGTGT-CCTATGG--ACACACTTCTAGt
gi|2 : tatacttacatg----TGTCCAT----CCG-TGC-AGTCATC-AAATTGGTTTT--GTTGTT--TTTCTAAAAGG-GTCCATGTA--------TA-------------TG-TAGA---TATCTAT----------------------TTA--------------TA-----------------AAATAAAGAT-CAAGTT-GA-TATTTGTCAACATT-GG-TC-A--AT--T------TTAC--A--AGAGTT--ATGGACCCTTTTCAT--ATTT-G--TTT--T-TGCTAAAA--------TTTACT--AACAT--G--TA--GCG-GGGGCACCC-----------G--ACACATTTCTAGT------GTa
gi|3 : ttttgcattaaataataatagtgttttactgtctagtctgttttttttatgccctcgccatttgaagaatggagatgtggcacttaatattaaccgTGTCTGTTTGTT---------------TGTTCAT----CTG-AG---GTTA-A-AAATAGGTTTCTGTTCAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATCTA------TTTAA---TTACTATTTTG-TGTG---CACCTGTT----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGGT-CCAGTTCAA-TATTTGTTAACG-T-AG--C-A--CA--TCTTTTAC-----A--GGAGAT--ATAGCCTCTTTTCG---GCAT-ACTTTT--T-T-GTAAAATATTG-A-TTT-CC--T--GT--A--AA--GAGTGGGGCATGAGTGT-CA-ACAG--ATGCTAATCTAGT------TTTataaatttgaatttattgtttagagcttatgttttaacacaacttgtagacatttttgtttccatgttgttgt
gi|4 : atggcagggtatggttgtttaaagatatcattttttatgtctttgtaattctaaaaaaggtaaaggacattaagttgtatccatgtttgtccattttctctgtgttTTAGTGTAACTCC----TGTCCAT----GCG-TCC-TCTAA-A-AAAT-GGTTTACGACTAATGACAT-TGAAGGA-G---GTGTA------TGTGA---TTAATA-TTTG-TGTG---TAGCCGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATATAGGTTCACGTTTGA-TATTTGTAAACA-T-AGATC-A--AA--------------------AGTTGGA-GGAA---TTTCA---GCTC---CTTT--T-T-GT------------TTT-CT--G--ATCAA--TA--GCG-AGGGCATTCATGT-CA-ATAG--ACACATTAGTAGTTACTAAATTTAAGTCGGTGTTGTT-TGT-ATGAATa
gi|5 : ttatgcatttaatagaaaatattgtcttgactgcttttatgtcccgcaccattagaaaaataatgaagggcaTGTCCATTGGT-------GCATC----TGTCTGT----C---------------AAATTGGTTTCCAATGAATAACTTCTGAAAGG-GTTTATGTACATGTGTTTAG---CTAATA-TTTGCTGTGTTATAATTATATTATTA------------A--TTA--------------TAATAATATTATAATCATAAAATACAAGT-AAAGTTTGATTATTGT-CAATGTT-AG-TC-T--AATTT------T-----ACCAGAATT--GTGGCCCTTTTTCA---ACTT-AATTTT--T-GATTAA
gi|6 : gttgtacagaactttttgaatggtgattcaagaatggtaatggagcagtaagtgttgccacgtccatctttTC----TGTCCATGTGTCTG-AG---ACAA-A-AAATTAGTTTTCAAAAAATAACTACTGAAGGC-GTCTTTATT------TTAAA---TTGATA-TTTAATGTG---TACCTGTA----TA------------ATTTTAAAATGTATAATTGTTA-----------------AAAAGCATGT-CAAATTTGT-TATTTGTCAATG-TTGG-TC-A--AA--T------TTTAC-A--GGAGTT--ATGGCCCCTTTTTT---ATTC-AATTTTAGT-TA-TAAAAAAT---GGTTT-CC--A--ATCAA--TA--ACA-GAGGCTTTTATGT-CA-ACAG--ACACATTCATAGttatagaacacaaatctgcatggctgtccaatgg
gi|7 : ttatgccttgcaattccacattaaggtaaaggggaattaagaggtcctcctgTAAATATTCGTTTGTTAG---AACATT----TGTTCAT----TCA-GGCCAGTAA-A-AAATTGGTTTCTGATAAATAACTTCTGAAGGG-GTCTCTATA------TTTAA---TTAATA-TTCA-TTTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGGT-CAAGTTAAA-TATTTTACAAAA-T----TCAA--AA--T------T-----A--GGTGTG--ACTGCCCCTTTTCA---GCTT-AATTTT--T-TAGTAAAAAATCA-G-TTT-CT--G--AC--A--TA--GCA-AGGGCATCCGTGT-TA-AAAA--ACACATTTCTAGT------GTTT---TCTGTGCTATTGTATCATGAATgattatctcaat
gi|8 : TGTCCGTTTGTTAG---TGCATC----TG---AT---------------------AATTGGTTCCCGAT------CTTCTGAAGGC-GTCCATGTA------TTTTA---TTAATATTTTG-TGTA---TATCTGTA----CACATGTTAATAGTA--TTA--------------TA-----------------AAATACAGGT-CAAGTTCGA-TTTATGTCAACATT-GG-TC-A--GT--T------TTAC--A--GGCGTT--ATGACCCTTTTTCA---ACTT-AAatatgaatattaaacttggcaaagatgttt
gi|9 : ttgtctgttgacactaatggggcattatgcgttaaccctctc----TGTCCAT----CTG-T-C-AG--------ATTGGTTTCTGATCAATAACTTCTGAAAGG-GTCTATGTA------GTTAT---TTAATA-TTTG--GTGAA-TAGCTGTT----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAA-ACA-GT-CAAGTTCAG-TA-TTGGTAACG-TCGG-TCTAATAA--T------TTTTGCA--CGAGTT--GTGGACTC--TTCAAATACTTAAAACTT--T-TGGTAAAACAA---G-------------------TA--GAA-AGGGCATCTGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GATAACATTCAATAACATTTAGCGGGGACATCTGTGCCCTATGGGCA
Alignments
lowQualScore : 111111 77777777777777777777 11111111111111 111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 55555555555555555555555555555555 7777777777777777777777777777777777777777 11 1111111 1111111 111 1 1
lowQualScore : 666666 1 8888 22222222222222222222 3 4 3 22222222222222 111 333 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 4 55555555555555555555555555555555 2 1 888 55 2222222222222222222222222222222222222222 33 66 2 55 5 44 0000000 9999999 777 1 5 5
lowQualScore : ...... . .... .................... . . . .............. ... ... . .......................................................... . . ................................ . . ... .. ........................................ .. .. . .. . .. ....... ....... ... . . .
lowQualScore : 555555 8 5555 33333333333333333333 5 5 6 44444444444444 333 999 9 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 9 11111111111111111111111111111111 4 8 555 44 6666666666666666666666666666666666666666 77 22 9 66 6 22 0000000 9999999 555 0 0 0
consensus : TAAATGTCCGTTTGTTAG---AACATC----TGTCCAT----CCGNG-C-AGTAA-A-AAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAA-GGGGTCTATGTA------TTTAA---TTAATATTT-G-TGTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATATTTGTCAACGTT-GGTC-A--AA--T------T-----A--GGAGTTATGGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--TTGGTAAA--A-----A-----GTTT-CT--G--AT--A--TAGCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ATGG--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
Reference ( family-2603 ) : TAAATGTCCGTTTGTTAG---AACATC----TGTCCAT----CCGNG-C-AGTAA-A-AAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAA-GGGGTCTATGTA------TTTAA---TTAATATTT-G-TGTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATATTTGTCAACG-T-GGTC-A--AA--T------T-----A--GGAGTTATGGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--TTGGTAAA--A-----A-----GTTT-CT--G--AT--A--TAGCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ACGG--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
gi|1 : GTT----TA------------C--TTT--------------TA-----------------AAATACAGA-TCA-GTTCAATATTTGTCAATGTT-GCTC-----A--T------T-----ACTGGAGTTGGGGCCACTTTTCC---ACTT--ATTT-------------------A-----CTTA-C------AT--A--TAGCA-GGGGCATCGATGTCCA-ATGG--ACA-------CATTCCTAGTTCTA--GTTT---T
gi|10 : tgttgaattacttttcaTAAATATCCATTTGTTAG---AACGTCCATATGTACGT----ATGAGGT-AACAA-AGAAAAGGGTTTCCGATAAATAACTTCTGAATCGTGTCTATGTA------TT------------TTC-G-AGTG---CACCT-TA----AA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTAGCTATTagatcaatgtaaagtcatgtttaagtgtgttgaatcagtgctcagcatacagttaaacctgtgtaaatgttcacctctattaagcagccacttgtattaagcaatcacatttgctgtttccaatttctatgctcttagagcaaattaacctgtattaagcaacaacctgtcttgaaaggccacttttgctccttccctgaacaagctgcttaagacaggtttgactgtagacttaaatttgcattgaaatgtcacttattcaagtgcttgatacatcgcgggtttgtgccagatcattgtttttatcagtccttgtttaggtttaattttccaaatat
gi|11 : agccacttaaa--------------TA-----------------CAATACAGG-TGAAGATTGATATTTGTCA-----------A--AA--T------T-----A------TTA------CTTTTCA---AGTT-AATTTT------TAAA--A-----A----------C------AT--A--TAGCA-GGGACATCCATGT-CCTATGT--AAA-------TATTTCTAGT------aatattaccattt
gi|12 : -AAATTGGTTTC-AATCAATAACTTGTGAA-Gttaagtttatattcttaaactgaatcttatgttagtttagatgtgagcctgaat
gi|12 : atc-----A--AGAGTTATTGTTCCTTATCA---AATT-AA-ATT--ATGGT--A--A-----A-----CTTTACTTAC--AT--A--TAGCA-AGGGTATCCAAGT-CCTATGG--ACATACTGGGTATTTCTAGT------ATtattacaagagttattgttccttatcaaattaaattatggtaaactttacttacatatagcaagggtatccaagtcctatggacatactgggtatttctagtataaa
gi|13 : atcaaattggtttcaatcaataacttgtgaagtattacTC----CGTCCAT----CTGT--C---------AAATTGATTTTCACTCTATAACTTTTGAA-AGGCTTTACATA------TTCAAATTTTAATaaa
gi|14 : aaatggtgacgggtaatgaagtgttacccgtgttcaccggattcattcttgtg-----A--GAAATTATGGGCCCTTTT-A---GCTT--GTTTT--TTGATAAA--A------------TTTACT--AACAT--A--CAGC--GGGGCATCCATTT-CA-
gi|15 : ttgattccgtcagtgaagttagttattttgc--AT--A--TAGTG-GTGGCATCTGCAT-CCTATGG--ACA-------CATTTCTATT------TTTT---Ttcaattcaaa
gi|16 : tatttactaacCTC-AATTTC--T--GTAAA--A-----AAAATAGTTT-TTTCG--ATCAA--TAGCA-TGGGCACTCGTGC-CA-AAGACAACA-------CATTTCTAGT------tttatattaagcatgttaatcat
gi|17 : T-CT--G--ATCAA--TAGCA-GGTGCTCTCGTGT-CA-ATGA--GCA-------CATTAATAGT------ct
gi|18 : TTTTCA---ACTT-AATTTTTGTTGTT--A--A-----A-----GT----T--A--AC--AAGTACCT-GGGGTATCCGTGT-CCTATGG--ATA-------TATTTCTAGT------ttaataaggtgtggtttaaacatatttgtt
gi|19 : T--A--TTGTG-GGGGCAGCCGTGT-CCTATGG--ACA-------CACTTCTAGt
gi|2 : tatacttacatg----TGTCCAT----CCGTG-C-AGTCATC-AAATTGGTTTT--GTTGTT--TTTCTAAA-AGGGTCCATGTA------T------------AT---G-TAGA---TATCTAT----------------------TTA--------------TA-----------------AAATAAAGA-TCAAGTT-GATATTTGTCAACATT-GGTC-A--AT--T------TTAC--A--AGAGTTATGGACCCTTTTCAT--ATTT-G--TTT--TTGCTAAA--A------------TTTACT--AACAT--G--TAGCG-GGGGCACCC-----------G--ACA-------CATTTCTAGT------GTa
gi|3 : ttttgcattaaataataatagtgttttactgtctagtctgttttttttatgccctcgccatttgaagaatggagatgtggcacttaatattaaccgTGTCTGTTTGTT---------------TGTTCAT----CTGAG----GTTA-A-AAATAGGTTTCTGTTCAATAACTTCTGAA-GGGGTCTATCTA------TTTAA---TTACTATTTTG-TGTG---CACCTGTT----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCCAGTTCAATATTTGTTAACG-T-AG-C-A--CA--TCTTTTAC-----A--GGAGATATAGCCTCTTTTCG---GCAT-ACTTTT--TT-GTAAA--ATATTGA-----TTTC-CT--G---T--A--AAGAGTGGGGCATGAGTGT-CA-ACAG--ATG-------CTAATCTAGT------TTTataaatttgaatttattgtttagagcttatgttttaacacaacttgtagacatttttgtttccatgttgttgt
gi|4 : atggcagggtatggttgtttaaagatatcattttttatgtctttgtaattctaaaaaaggtaaaggacattaagttgtatccatgtttgtccattttctctgtgttTTAGTGTAACTCC----TGTCCAT----GCGTC-C-TCTAA-A-AAAT-GGTTTACGACTAATGACAT-TGAA-GGAG---GTGTA------TGTGA---TTAATATTT-G-TGTG---TAGCCGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATATAGGTTCACGTTTGATATTTGTAAACA-TAGATC-A--AAAGT------T--------GGAGGAA--------TTTCA---GCTC---CTTT--TT-GT------------------TTT-CT--G--ATCAA--TAGCG-AGGGCATTCATGT-CA-ATAG--ACA-------CATTAGTAGTTACTAAATTTAAGTCGGTGTTGTT-TGT-ATGAATa
gi|5 : ttatgcatttaatagaaaatattgtcttgactgcttttatgtcccgcaccattagaaaaataatgaagggcaTGTCCATTGGT-------GCATC----TGTCTGT----C---------------AAATTGGTTTCCAATGAATAACTTCTGAA-AGGGTTTATGTACATGTGTTTAG---CTAATATTT-GCTGTGTTATAATTATATTATTA------------A--TTA--------------TAATAATATTATAATCATAAAATACAAG-TAAAGTTTGATTATTGTCAATGTT-AGTC-T--AATTT------T-----ACCAGAATTGTGGCCCTTTTTCA---ACTT-AATTTT--T
gi|6 : gttgtacagaactttttgaatggtgattcaagaatggtaatggagcagtaagtgttgccacgtccatctttTC----TGTCCATGTGTCTGAG----ACAA-A-AAATTAGTTTTCAAAAAATAACTACTGAA-GGCGTCTTTATT------TTAAA---TTGATATTT-AATGTG---TACCTGTA----TA------------ATTTTAAAATGTATAATTGTTA-----------------AAAAGCATG-TCAAATTTGTTATTTGTCAATG-TTGGTC-A--AA--T------TTTAC-A--GGAGTTATGGCCCCTTTTTT---ATTC-AATTTTAGTT-ATAAA--A-----AATG--GTTT-CC--A--ATCAA--TAACA-GAGGCTTTTATGT-CA-ACAG--ACA-------CATTCATAGgattaattatagaacacaaatctgcatggctgtccaatgg
gi|7 : ttatgccttgcaattccacattaaggtaaaggggaattaagaggtcctcctgTAAATATTCGTTTGTTAG---AACATT----TGTTCAT----TCAGG-CCAGTAA-A-AAATTGGTTTCTGATAAATAACTTCTGAA-GGGGTCTCTATA------TTTAA---TTAATATTC-A-TTTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTAAATATTTTACAAAA-T---TCAA--AA--T------T-----A--GGTGTGACTGCCCCTTTTCA---GCTT-AATTTT--TTAGTAAA--AAATC-A-----GTTT-CT--G--AC--A--TAGCA-AGGGCATCCGTGT-TA-AAAA--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCTGTGCTATTGTATCATGAATgattatctcaat
gi|8 : TGTCCGTTTGTTAG---TGCATC----TG---AT---------------------AATTGGTTCCCGAT------CTTCTGAA-GGCGTCCATGTA------TTTTA---TTAATATTTTG-TGTA---TATCTGTA----CACATGTTAATAGTA--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATTTATGTCAACATT-GGTC-A--GT--T------TTAC--A--GGCGTTATGACCCTTTTTCA---ACTT-AAatatgaatattaaacttggcaaagatgttt
gi|9 : ttgtctgttgacactaatggggcattatgcgttaaccctctc----TGTCCAT----CTGT--C-AG--------ATTGGTTTCTGATCAATAACTTCTGAA-AGGGTCTATGTA------GTTAT---TTAATATTT-G--GTGAA-TAGCTGTT----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAA-ACA-G-TCAAGTTCAGTATTGGT-AACG-TCGGTCTAATAA--T------TTTTGCA--CGAGTTGTGGACTC--TTCAAATACTTAAAACTT--TTGGTAAAACA-----A-----G------------------TAGAA-AGGGCATCTGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GATAACATTCAATAACATTTAGCGGGGACATCTGTGCCCTATGGGCA
Alignments
lowQualScore : 111111 66666666666666666666 111111 111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444 7777777777777777777777777777777777777777 11 1111111 1111111 111 1 1
lowQualScore : 666666 1 8888 99999999999999999999 3 4 4 111111 99999 111 333 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 4 2 555 5555555555555555555555555 2 1 888 55 2222222222222222222222222222222222222222 33 66 2 55 44 0000000 9999999 777 1 5 5
lowQualScore : ...... . .... .................... . . . ...... ..... ... ... . .......................................................... . . . ... ......................... . . ... .. ........................................ .. .. . .. .. ....... ....... ... . . .
lowQualScore : 555555 8 5555 99999999999999999999 5 5 0 555555 33333 333 999 9 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 9 3 777 5555555555555555555555555 4 8 555 44 9999999999999999999999999999999999999999 77 22 9 66 22 0000000 9999999 555 0 0 0
consensus : TAAATGTCCGTTTGTTAG---AACATC----TGTCCAT----CCGNG-C-AGTAA-A-AAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATGTA------TTTAA---TTAATATTT-G-TGTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATATTTGTCAACGTTGGTC-A--AA--T------T-----A--GGAGTTATGGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--TTGGTAAA--A-----A-----GTTT-CT--G--AT--A--TAGCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ATGG--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
Reference ( family-2603 ) : TAAATGTCCGTTTGTTAG---AACATC----TGTCCAT----CCGNG-C-AGTAA-A-AAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATGTA------TTTAA---TTAATATTT-G-TGTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATATTTGTCAACGTTGGTC-A--AA--T------T-----A--GGAGTTATGGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--TTGGTAAA--A-----A-----GTTT-CT--G--AT--A--TAGCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ATGG--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
gi|1 : GTT----TA------------C--TTT--------------TA-----------------AAATACAGA-TCA-GTTCAATATTTGTCAATGTTGCTC-----A--T------T-----ACTGGAGTTGGGGCCACTTTTCC---ACTT--ATTT-------------------A-----CTTA-C------AT--A--TAGCA-GGGGCATCGATGTCCA-ATGG--ACA-------CATTCCTAGTTCTA--GTTT---T
gi|10 : tgttgaattacttttcaTAAATATCCATTTGTTAG---AACGTCCATATGTACGT----ATGAGGT-AACAA-AGAAAAGGGTTTCCGATAAATAACTTCTGAATCGTGTCTATGTA------TTT------------TC-G-AGTG---CACCT-TA----AA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTAGCTATTagatcaatgtaaagtcatgtttaagtgtgttgaatcagtgctcagcatacagttaaacctgtgtaaatgttcacctctattaagcagccacttgtattaagcaatcacatttgctgtttccaatttctatgctcttagagcaaattaacctgtattaagcaacaacctgtcttgaaaggccacttttgctccttccctgaacaagctgcttaagacaggtttgactgtagacttaaatttgcattgaaatgtcacttattcaagtgcttgatacatcgcgggtttgtgccagatcattgtttttatcagtccttgtttaggtttaattttccaaatat
gi|11 : agccacttaaa--------------TA-----------------CAATACAGG-TGAAGATTGATATTTGTCAA------------AA--T------T-----A------TTA------CTTTTCA---AGTT-AATTTT--T----AAA--A-----A----------C------AT--A--TAGCA-GGGACATCCATGT-CCTATGT--AAA-------TATTTCTAGT------aatattaccattt
gi|12 : -AAATTGGTTTC-AATCAATAACTTGTGAAGttaagtttatattcttaaactgaatcttatgttagtttagatgtgagcctgaat
gi|12 : atc-----A--AGAGTTATTGTTCCTTATCA---AATT-AA-ATT--ATGGT--A--A-----A-----CTTTACTTAC--AT--A--TAGCA-AGGGTATCCAAGT-CCTATGG--ACATACTGGGTATTTCTAGT------ATtattacaagagttattgttccttatcaaattaaattatggtaaactttacttacatatagcaagggtatccaagtcctatggacatactgggtatttctagtataaa
gi|13 : atcaaattggtttcaatcaataacttgtgaagtattacTC----CGTCCAT----CTGT--C-A--------AATTGATTTTCACTCTATAACTTTTGAAAGG-CTTTACATA------TTCAAATTTTAATaaa
gi|14 : aaatggtgacgggtaatgaagtgttacccgtgttcaccggattcattcttgtg-----A--GAAATTATGGGCCCTTTT-A---GCTT--GTTTT--TTGATAAA--A------------TTTACT--AACAT--A--CAGC--GGGGCATCCATTT-CA-
gi|15 : ttgattccgtcagtgaagttagttattttgc--AT--A--TAGTG-GTGGCATCTGCAT-CCTATGG--ACA-------CATTTCTATT------TTTT---Ttcaattcaaa
gi|16 : tatttactaacCTC-AATTTC--T--GTAAA--A-----AAAATAGTTT-TTTCG--ATCAA--TAGCA-TGGGCACTCGTGC-CA-AAGACAACA-------CATTTCTAGT------tttatattaagcatgttaatcat
gi|17 : T-CT--G--ATCAA--TAGCA-GGTGCTCTCGTGT-CA-ATGA--GCA-------CATTAATAGT------ct
gi|18 : TTTTCA---ACTT-AATTTTTGTTGTT--A--A-----A-----GT----T--A--AC--AAGTACCT-GGGGTATCCGTGT-CCTATGG--ATA-------TATTTCTAGT------ttaataaggtgtggtttaaacatatttgtt
gi|19 : T--A--TTGTG-GGGGCAGCCGTGT-CCTATGG--ACA-------CACTTCTAGt
gi|2 : tatacttacatg----TGTCCAT----CCGTG-C-AGTCATC-AAATTGGTTTT--GTTGTT--TTTCTAAAAGG-GTCCATGTA------T------------AT---G-TAGA---TATCTAT----------------------TTA--------------TA-----------------AAATAAAGA-TCAAGTT-GATATTTGTCAACATTGGTC-A--AT--T------TTAC--A--AGAGTTATGGACCCTTTTCAT--ATTT-G--TTT--TTGCTAAA--A------------TTTACT--AACAT--G--TAGCG-GGGGCACCC-----------G--ACA-------CATTTCTAGT------GTa
gi|3 : ttttgcattaaataataatagtgttttactgtctagtctgttttttttatgccctcgccatttgaagaatggagatgtggcacttaatattaaccgTGTCTGTTTGTT---------------TGTTCAT----CTGAG----GTTA-A-AAATAGGTTTCTGTTCAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATCTA------TTTAA---TTACTATTTTG-TGTG---CACCTGTT----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCCAGTTCAATATTTGTTAACGTAG--C-A--CA--TCTTTTAC-----A--GGAGATATAGCCTCTTTTCG---GCAT-ACTTTT--TT-GTAAA--ATATTGA-----TTTC-CT--G---T--A--AAGAGTGGGGCATGAGTGT-CA-ACAG--ATG-------CTAATCTAGT------TTTataaatttgaatttattgtttagagcttatgttttaacacaacttgtagacatttttgtttccatgttgttgt
gi|4 : atggcagggtatggttgtttaaagatatcattttttatgtctttgtaattctaaaaaaggtaaaggacattaagttgtatccatgtttgtccattttctctgtgttTTAGTGTAACTCC----TGTCCAT----GCGTC-C-TCTAA-A-AAAT-GGTTTACGACTAATGACAT-TGAAGGA-G---GTGTA------TGTGA---TTAATATTT-G-TGTG---TAGCCGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATATAGGTTCACGTTTGATATTTGTAAACATAGATC-A--AAAGT------T--------GGAGGAA--------TTTCA---GCTC---CTTT--TT-GT------------------TTT-CT--G--ATCAA--TAGCG-AGGGCATTCATGT-CA-ATAG--ACA-------CATTAGTAGTTACTAAATTTAAGTCGGTGTTGTT-TGT-ATGAATa
gi|5 : ttatgcatttaatagaaaatattgtcttgactgcttttatgtcccgcaccattagaaaaataatgaagggcaTGTCCATTGGT-------GCATC----TGTCTGT----C---------------AAATTGGTTTCCAATGAATAACTTCTGAAAGG-GTTTATGTACATGTGTTTAG---CTAATATTT-GCTGTGTTATAATTATATTATTA------------A--TTA--------------TAATAATATTATAATCATAAAATACAAG-TAAAGTTTGATTATTGTCAATGTTAGTC-T--AATTT------T-----ACCAGAATTGTGGCCCTTTTTCA---ACTT-AATTTT--T
gi|6 : gttgtacagaactttttgaatggtgattcaagaatggtaatggagcagtaagtgttgccacgtccatctttTC----TGTCCATGTGTCTGAG----ACAA-A-AAATTAGTTTTCAAAAAATAACTACTGAAGGC-GTCTTTATT------TTAAA---TTGATATTT-AATGTG---TACCTGTA----TA------------ATTTTAAAATGTATAATTGTTA-----------------AAAAGCATG-TCAAATTTGTTATTTGTCAATGTTGGTC-A--AA--T------TTTAC-A--GGAGTTATGGCCCCTTTTTT---ATTC-AATTTTAGTT-ATAAA--A-----AATG--GTTT-CC--A--ATCAA--TAACA-GAGGCTTTTATGT-CA-ACAG--ACA-------CATTCATAGgattaattatagaacacaaatctgcatggctgtccaatgg
gi|7 : ttatgccttgcaattccacattaaggtaaaggggaattaagaggtcctcctgTAAATATTCGTTTGTTAG---AACATT----TGTTCAT----TCAGG-CCAGTAA-A-AAATTGGTTTCTGATAAATAACTTCTGAAGGG-GTCTCTATA------TTTAA---TTAATATTC-A-TTTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTAAATATTTTACAAAAT---TCAA--AA--T------T-----A--GGTGTGACTGCCCCTTTTCA---GCTT-AATTTT--TTAGTAAA--AAATC-A-----GTTT-CT--G--AC--A--TAGCA-AGGGCATCCGTGT-TA-AAAA--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCTGTGCTATTGTATCATGAATgattatctcaat
gi|8 : TGTCCGTTTGTTAG---TGCATC----TG---AT---------------------AATTGGTTCCCGAT------CTTCTGAAGGC-GTCCATGTA------TTTTA---TTAATATTTTG-TGTA---TATCTGTA----CACATGTTAATAGTA--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATTTATGTCAACATTGGTC-A--GT--T------TTAC--A--GGCGTTATGACCCTTTTTCA---ACTT-AAatatgaatattaaacttggcaaagatgttt
gi|9 : ttgtctgttgacactaatggggcattatgcgttaaccctctc----TGTCCAT----CTGT--C-AG--------ATTGGTTTCTGATCAATAACTTCTGAAAGG-GTCTATGTA------GTTAT---TTAATATTT-G--GTGAA-TAGCTGTT----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAA-ACA-G-TCAAGTTCAGTATTGGT-AACGTCGGTCTAATAA--T------TTTTGCA--CGAGTTGTGGACTC--TTCAAATACTTAAAACTT--TTGGTAAAACA-----A-----G------------------TAGAA-AGGGCATCTGTG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GATAACATTCAATAACATTTAGCGGGGACATCTGTGCCCTATGGGCA
Alignments
lowQualScore : 111111 66666666666666666666 111111 111 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444444444444444444444 7777777777777777777777777777777777777777 11 1111111 1111111 111 1 1
lowQualScore : 666666 1 8888 99999999999999999999 3 4 4 111111 99999 111 333 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 3 4 2 555 5555555555555555555555555 2 1 888 55 2222222222222222222222222222222222222222 33 66 2 55 44 0000000 9999999 777 1 5 5
lowQualScore : ...... . .... .................... . . . ...... ..... ... ... . .......................................................... . . . ... ......................... . . ... .. ........................................ .. .. . .. .. ....... ....... ... . . .
lowQualScore : 555555 8 5555 99999999999999999999 5 5 0 555555 33333 333 999 9 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 6 9 3 777 5555555555555555555555555 4 8 555 44 9999999999999999999999999999999999999999 77 22 9 66 22 0000000 9999999 555 0 0 0
consensus : TAAATGTCCGTTTGTTAG---AACATC----TGTCCAT----CCGNG-C-AGTAA-A-AAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATGTA------TTTAA---TTAATATTT-G-TGTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATATTTGTCAACGTTGGTC-A--AA--T------T-----A--GGAGTTATGGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--TTGGTAAA--A-----A-----GTTT-CT--G--AT--A--TAGCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ATGG--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
Reference ( family-2603 ) : TAAATGTCCGTTTGTTAG---AACATC----TGTCCAT----CCGNG-C-AGTAA-A-AAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATGTA------TTTAA---TTAATATTT-G-TGTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATATTTGTCAACGTTGGTC-A--AA--T------T-----A--GGAGTTATGGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--TTGGTAAA--A-----A-----GTTT-CT--G--AT--A--TAGCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ATGG--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
gi|1 : GTT----TA------------C--TTT--------------TA-----------------AAATACAGA-TCA-GTTCAATATTTGTCAATGTTGCTC-----A--T------T-----ACTGGAGTTGGGGCCACTTTTCC---ACTT--ATTT-------------------A-----CTTA-C------AT--A--TAGCA-GGGGCATCGATGTCCA-ATGG--ACA-------CATTCCTAGTTCTA--GTTT---T
gi|10 : tgttgaattacttttcaTAAATATCCATTTGTTAG---AACGTCCATATGTACGT----ATGAGGT-AACAA-AGAAAAGGGTTTCCGATAAATAACTTCTGAATCGTGTCTATGTA------TTT------------TC-G-AGTG---CACCT-TA----AA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTAGCTATTagatcaatgtaaagtcatgtttaagtgtgttgaatcagtgctcagcatacagttaaacctgtgtaaatgttcacctctattaagcagccacttgtattaagcaatcacatttgctgtttccaatttctatgctcttagagcaaattaacctgtattaagcaacaacctgtcttgaaaggccacttttgctccttccctgaacaagctgcttaagacaggtttgactgtagacttaaatttgcattgaaatgtcacttattcaagtgcttgatacatcgcgggtttgtgccagatcattgtttttatcagtccttgtttaggtttaattttccaaatat
gi|11 : agccacttaaa--------------TA-----------------CAATACAGG-TGAAGATTGATATTTGTCAA------------AA--T------T-----A------TTA------CTTTTCA---AGTT-AATTTT--T----AAA--A-----A----------C------AT--A--TAGCA-GGGACATCCATGT-CCTATGT--AAA-------TATTTCTAGT------aatattaccattt
gi|12 : -AAATTGGTTTC-AATCAATAACTTGTGAAGttaagtttatattcttaaactgaatcttatgttagtttagatgtgagcctgaat
gi|12 : atc-----A--AGAGTTATTGTTCCTTATCA---AATT-AA-ATT--ATGGT--A--A-----A-----CTTTACTTAC--AT--A--TAGCA-AGGGTATCCAAGT-CCTATGG--ACATACTGGGTATTTCTAGT------ATtattacaagagttattgttccttatcaaattaaattatggtaaactttacttacatatagcaagggtatccaagtcctatggacatactgggtatttctagtataaa
gi|13 : atcaaattggtttcaatcaataacttgtgaagtattacTC----CGTCCAT----CTGT--C-A--------AATTGATTTTCACTCTATAACTTTTGAAAGG-CTTTACATA------TTCAAATTTTAATaaa
gi|14 : aaatggtgacgggtaatgaagtgttacccgtgttcaccggattcattcttgtg-----A--GAAATTATGGGCCCTTTT-A---GCTT--GTTTT--TTGATAAA--A------------TTTACT--AACAT--A--CAGC--GGGGCATCCATTT-CA-
gi|15 : ttgattccgtcagtgaagttagttattttgc--AT--A--TAGTG-GTGGCATCTGCAT-CCTATGG--ACA-------CATTTCTATT------TTTT---Ttcaattcaaa
gi|16 : tatttactaacCTC-AATTTC--T--GTAAA--A-----AAAATAGTTT-TTTCG--ATCAA--TAGCA-TGGGCACTCGTGC-CA-AAGACAACA-------CATTTCTAGT------tttatattaagcatgttaatcat
gi|17 : T-CT--G--ATCAA--TAGCA-GGTGCTCTCGTGT-CA-ATGA--GCA-------CATTAATAGT------ct
gi|18 : TTTTCA---ACTT-AATTTTTGTTGTT--A--A-----A-----GT----T--A--AC--AAGTACCT-GGGGTATCCGTGT-CCTATGG--ATA-------TATTTCTAGT------ttaataaggtgtggtttaaacatatttgtt
gi|19 : T--A--TTGTG-GGGGCAGCCGTGT-CCTATGG--ACA-------CACTTCTAGt
gi|2 : tatacttacatg----TGTCCAT----CCGTG-C-AGTCATC-AAATTGGTTTT--GTTGTT--TTTCTAAAAGG-GTCCATGTA------T------------AT---G-TAGA---TATCTAT----------------------TTA--------------TA-----------------AAATAAAGA-TCAAGTT-GATATTTGTCAACATTGGTC-A--AT--T------TTAC--A--AGAGTTATGGACCCTTTTCAT--ATTT-G--TTT--TTGCTAAA--A------------TTTACT--AACAT--G--TAGCG-GGGGCACCC-----------G--ACA-------CATTTCTAGT------GTa
gi|3 : ttttgcattaaataataatagtgttttactgtctagtctgttttttttatgccctcgccatttgaagaatggagatgtggcacttaatattaaccgTGTCTGTTTGTT---------------TGTTCAT----CTGAG----GTTA-A-AAATAGGTTTCTGTTCAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATCTA------TTTAA---TTACTATTTTG-TGTG---CACCTGTT----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCCAGTTCAATATTTGTTAACGTAG--C-A--CA--TCTTTTAC-----A--GGAGATATAGCCTCTTTTCG---GCAT-ACTTTT--TT-GTAAA--ATATTGA-----TTTC-CT--G---T--A--AAGAGTGGGGCATGAGTGT-CA-ACAG--ATG-------CTAATCTAGT------TTTataaatttgaatttattgtttagagcttatgttttaacacaacttgtagacatttttgtttccatgttgttgt
gi|4 : atggcagggtatggttgtttaaagatatcattttttatgtctttgtaattctaaaaaaggtaaaggacattaagttgtatccatgtttgtccattttctctgtgttTTAGTGTAACTCC----TGTCCAT----GCGTC-C-TCTAA-A-AAAT-GGTTTACGACTAATGACAT-TGAAGGA-G---GTGTA------TGTGA---TTAATATTT-G-TGTG---TAGCCGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATATAGGTTCACGTTTGATATTTGTAAACATAGATC-A--AAAGT------T--------GGAGGAA--------TTTCA---GCTC---CTTT--TT-GT------------------TTT-CT--G--ATCAA--TAGCG-AGGGCATTCATGT-CA-ATAG--ACA-------CATTAGTAGTTACTAAATTTAAGTCGGTGTTGTT-TGT-ATGAATa
gi|5 : ttatgcatttaatagaaaatattgtcttgactgcttttatgtcccgcaccattagaaaaataatgaagggcaTGTCCATTGGT-------GCATC----TGTCTGT----C---------------AAATTGGTTTCCAATGAATAACTTCTGAAAGG-GTTTATGTACATGTGTTTAG---CTAATATTT-GCTGTGTTATAATTATATTATTA------------A--TTA--------------TAATAATATTATAATCATAAAATACAAG-TAAAGTTTGATTATTGTCAATGTTAGTC-T--AATTT------T-----ACCAGAATTGTGGCCCTTTTTCA---ACTT-AATTTT--T
gi|6 : gttgtacagaactttttgaatggtgattcaagaatggtaatggagcagtaagtgttgccacgtccatctttTC----TGTCCATGTGTCTGAG----ACAA-A-AAATTAGTTTTCAAAAAATAACTACTGAAGGC-GTCTTTATT------TTAAA---TTGATATTT-AATGTG---TACCTGTA----TA------------ATTTTAAAATGTATAATTGTTA-----------------AAAAGCATG-TCAAATTTGTTATTTGTCAATGTTGGTC-A--AA--T------TTTAC-A--GGAGTTATGGCCCCTTTTTT---ATTC-AATTTTAGTT-ATAAA--A-----AATG--GTTT-CC--A--ATCAA--TAACA-GAGGCTTTTATGT-CA-ACAG--ACA-------CATTCATAGgattaattatagaacacaaatctgcatggctgtccaatgg
gi|7 : ttatgccttgcaattccacattaaggtaaaggggaattaagaggtcctcctgTAAATATTCGTTTGTTAG---AACATT----TGTTCAT----TCAGG-CCAGTAA-A-AAATTGGTTTCTGATAAATAACTTCTGAAGGG-GTCTCTATA------TTTAA---TTAATATTC-A-TTTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTAAATATTTTACAAAAT---TCAA--AA--T------T-----A--GGTGTGACTGCCCCTTTTCA---GCTT-AATTTT--TTAGTAAA--AAATC-A-----GTTT-CT--G--AC--A--TAGCA-AGGGCATCCGTGT-TA-AAAA--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCTGTGCTATTGTATCATGAATgattatctcaat
gi|8 : TGTCCGTTTGTTAG---TGCATC----TG---AT---------------------AATTGGTTCCCGAT------CTTCTGAAGGC-GTCCATGTA------TTTTA---TTAATATTTTG-TGTA---TATCTGTA----CACATGTTAATAGTA--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATTTATGTCAACATTGGTC-A--GT--T------TTAC--A--GGCGTTATGACCCTTTTTCA---ACTT-AAatatgaatattaaacttggcaaagatgttt
gi|9 : ttgtctgttgacactaatggggcattatgcgttaaccctctc----TGTCCAT----CTGT--C-AG--------ATTGGTTTCTGATCAATAACTTCTGAAAGG-GTCTATGTA------GTTAT---TTAATATTT-G--GTGAA-TAGCTGTT----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAA-ACA-G-TCAAGTTCAGTATTGGT-AACGTCGGTCTAATAA--T------TTTTGCA--CGAGTTGTGGACTC--TTCAAATACTTAAAACTT--TTGGTAAAACA-----A-----G------------------TAGAA-AGGGCATCTGTG
blockSeqs : AGTGTA T . GTGTCTGAGACAAA C C . CATGTG AAATT TG TTA T ATTATTAATTATAATAATATTATAATCATA T A C TGG TAATAATTTTTGCAC T T AAT AA TGTAAAAAAAATAGTTTTTTCGATCA AG GT . CT CA TACTGGG TACTAAA AAG T G C
blockSeqs : AGA A . CCGTGCAGTCATC T C . . AA GC AA C ATAATTTTAAAATGTATAATTGTTA . T C AGA ACATCTTTTACAG T G T A AGTTATAAAAAATGGTTTCCAATCA . A . CT . . A .
blockSeqs : AGT A . TCAGGCCAGTAAA C T . . GA AA . G ACACATGTTAATAGTATTATA . C C TAG TAATTTTACCA T A . A TTAGTAAAAAATCAGTTTCTGAC . A . CT . . T .
blockSeqs : . A . GCGTCCTCTAAA C C . . AG TG . A AAAATTATA . T T TGG AAATTTTACAG T C . A TTGTAAAATATTGATTTCCTGT . G . CT . . G
blockSeqs : . . . CTGAGGTTAA C T . . AA G . C TTAATTATA . T T TGG AATTTTACAA T C . A ATGGTAAACTTTACTTACAT . A . CT . . T
blockSeqs : . CTGTCAG T G . . AA G . C ATAATTATA . T A CGG AGTTTTACAG T C . G TTGATAAAATTTACTAACAT . A . A . . G
blockSeqs : . CTGTCA C A . . TA A . T ATAATTATA . A C AG AAAAGTTG C C . A TTGCTAAAATTTACTAACAT . T . A . .
blockSeqs : . C T A . . AT G . G TTAATTATA . C C . AAAATTAG T C . A TGTTGTTAAAGTTAAC . G . A . .
blockSeqs : . . . C . . . TTATA . C . . AATTA T A . A TTGTTTTCTGATCA . G . A . .
blockSeqs : . . . . . . . A TTGGTAAAACAAG . G . A . .
blockSeqs : . . . A TAAAAACAT . A . A . .
blockSeqs : . . . A . A . .
blockSeqs : . . A . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : AG**** **** CCGTCAA************* AA*** AAATTTTACAG************** A* TTGGTAAAATTTCTAACAT********************* N******
originalCons : TAAATGTCCGTTTGTTAG---AACATC----TGTCCAT----CCGNG-C-AGTAA-A-AAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATGTA------TTTAA---TTAATATTT-G-TGTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATATTTGTCAACGTTGGTC-A--AA--T------T-----A--GGAGTTATGGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--TTGGTAAA--A-----A-----GTTT-CT--G--AT--A--TAGCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ATGG--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
finalCons : TAAATGTCCGTTTGTTAG----ACATC----TGTCCATCCGTCAA-------------AAATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATGTA------TTTAA---TTAATATTT-G-TGTG---TACCTGTA----TA------------A--TTA--------------TA-----------------AAATACAGG-TCAAGTTCGATATTTGTCAACGTTGGTCAAATTTTACAG--------------GAGTTATGGCCCCTTTTCA---ACTTA-ATTTTTTGGTAAAATTTCTAACAT---------------------A--TAGCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ATGG--ACA-------CATTTCTAGTN------TTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GATAACATTCAATAACATTTAGCGGGGACATCTGTGCCCTATGGGCA
Alignments
lowQualScore : 4444444444 555555555555555555555555555555 111111 11111 555555555555555555555555555555555555555 22222222222222 1111111 5555555555555555555555555555555555 11 1111111 111 1 1
lowQualScore : 4444444444 999999999999999999999999999999 55 3 4 4 111111 99999 33333 4 4 66 1 000000000000000000000000000000000000000 11111111111111 3 4 2 3 3333333 888 2 0 4444444444444444444444444444444444 2 5 33 55 2 88 33 9999999 0000000 777 1 5 5
lowQualScore : .......... .............................. .. . . . ...... ..... ..... . . .. . ....................................... .............. . . . . ....... ... . . .................................. . . .. .. . .. .. ....... ....... ... . . .
lowQualScore : 2222222222 777777777777777777777777777777 00 5 5 0 555555 33333 77777 4 4 11 9 444444444444444444444444444444444444444 44444444444444 6 9 3 7 4444444 555 9 8 1111111111111111111111111111111111 7 9 44 22 7 22 99 3333333 6666666 555 0 0 0
consensus : TAAATGTCCGTTTGTTAG-GA----CATCTGTCCATCC------G---T--C-------AA-----A--AATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATGTA------TTTAA---TTAATATT---T-G-TG-TG--TACCTGTA---------------------TA------------A--TTA--------------TAAAATACAGG-TCAAGTTCGATATTTGTCAACGTTGGTC----AAATTTTACAGGAGTTATGGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--TTGGTAAA------A----------TTT-CTAA-CATATA--GCG-GGGGCATCCGTGT-CATATGG--ACA-------CATTTCTAGT------NTTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
Reference ( family-2603 ) : TAAATGTCCGTTTGTTAG-A-----CATCTGTCCATCC------G---T--C-------AA-----A--AATTGGTTTCCGATNAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATGTA------TTTAA---TTAATATT---T-G-TG-TG--TACCTGTA---------------------TA------------A--TTA--------------TAAAATACAGG-TCAAGTTCGATATTTGTCAACGTTGGTC----AAATTTTACAGGAGTTATGGCCCCTTTTCA---ACTT-AATTTT--TTGGTAAA------A----------TTT-CTAA-CATATA--GCG-GGGGCATCCGTGT-CA-ATGG--ACA-------CATTTCTAGT------NTTT---TCNGTGCTGTTGTGTCATGAAT
gi|1 : GTT---------------------TA------------C--TTT--------------TAAAATACAGA-TCA-GTTCAATATTTGTCAATGTTGCTC----A----TTACTGGAGTTGGGGCCACTTTTCC---ACTT--ATTT-----------------A----------CTT----A-CATATA--GCA-GGGGCATCGATGTCCA-ATGG--ACA-------CATTCCTAGT------TCT
gi|10 : tgttgaattacttttcaTAAATATCCATTTGTTAG-AACGTCCATATGTACGTAT------GAGGTAAC-------AA-----AGAAAAGGGTTTCCGATAAATAACTTCTGAATCGTGTCTATGTA------TTT------------T---C-G-AG-TG--CACCT-TA---------------------AA------------A--TTA--------------TAAAATACAGG-TCAAGTTAGCTATTagttttagatcaatgtaaagtcatgtttaagtgtgttgaatcagtgctcagcatacagttaaacctgtgtaaatgttcacctctattaagcagccacttgtattaagcaatcacatttgctgtttccaatttctatgctcttagagcaaattaacctgtattaagcaacaacctgtcttgaaaggccacttttgctccttccctgaacaagctgcttaagacaggtttgactgtagacttaaatttgcattgaaatgtcacttattcaagtgcttgatacatcgcgggtttgtgccagatcattgtttttatcagtccttgtttaggtttaattttccaaatat
gi|11 : agccacttaaa--------------TACAATACAGG-TGAAGATTGATATTTGTCAA-------------AATT--------ATTA------CTTTTCA---AGTT-AATTTT--T-----AA------A----------------AA-CATATA--GCA-GGGACATCCATGT-CCTATGT--AAA-------TATTTCTAGT------TTaatattaccattt
gi|12 : -----A--AATTGGTTTC-AATCAATAACTTGTGAAGaagtttatattcttaaactgaatcttatgttagtttagatgtgagcctgaat
gi|12 : atcGTG----AAGTATTACAAGAGTTATTGTTCCTTATCA---AATT-AAATTA--T-GGTAAA------C----------TTTACTTA-CATATA--GCA-AGGGTATCCAAGT-CCTATGG--ACATACTGGGTATTTCTAGT------ATtattacaagagttattgttccttatcaaattaaattatggtaaactttacttacatatagcaagggtatccaagtcctatggacatactgggtatttctagtataaa
gi|13 : atcaaattggtttcaatcaataacttTCCGTCCATCT------G---T--C-------AA-----A----TTGATTTTCACTCTATAACTTTTGAAAGG-CTTTACATA------TTCAAATTTTAATaaa
gi|14 : aaatggtgacgggtaatgaagtgttacccgtgttcaccggattcattcttgtgGTTAGTT----A--TTTTGCAGAAATTATGGGCCCTTTT-A---GCTT-G-TTTT--TTGATAAA------A----------TTTACTAA-CATACA--GC--GGGGCATCCATTT-CA-
gi|15 : ttgattccgtcagtgaa------A----------TTTACTAA-CATATA--GTG-GTGGCATCTGCAT-CCTATGG--ACA-------CATTTCTATT------TTTT---Ttcaattcaaa
gi|16 : tCTC-AATTTC--T--GTAAA------AAAAATAGTTTTTT-CGAT-CA-ATA--GCA-TGGGCACTCGTGC-CA-AAGACAACA-------CATTTCTAGT------CTtttatattaagcatgttaatcat
gi|17 : ATA--GCA-GGTGCTCTCGTGT-CA-ATGA--GCA-------CATTAATAGT------TT
gi|18 : tctgatcaTTTTCA---ACTT-AATTTTTGTTGTTAAA------G----------T----TAA-CAAGTA--CCT-GGGGTATCCGTGT-CCTATGG--ATA-------TATTTCTAGT------aataaggtgtggtttaaacatatttgtt
gi|19 : -CTTA-CATGTATTGTG-GGGGCAGCCGTGT-CCTATGG--ACA-------CACTTCTAGt
gi|2 : tataTGTCCATCC------G---TG-C-------AGTCATCA--AATTGGTTTT--GTTGTT--TTTCTAAAAGG-GTCCATGTA------T------------AT------G-TA-GA--TATCTAT---------------------------------------TTA--------------TAAAATAAAGA-TCAAGTT-GATATTTGTCAACATTGGTC----AA-TTTTACAAGAGTTATGGACCCTTTTCAT--ATTT-G--TTT--TTGCTAAA------A----------TTTACTAA-CATGTA--GCG-GGGGCACCC-----------G--ACA-------CATTTCTAGT------GTa
gi|20 : ttttgcattaaataataatagtgttttactgtctagtctgttttttttatgccctcgccatttgaagaatggagatgtggcacttaatattaaccgTAA-CATTTA--GCG-GGGACATCTGTGC-CCTATGG--GCA-------ataaatttgaatttattgtttagagcttatgttttaacacaacttgtagacatttttgtttccatgttgttgt
gi|3 : gataacattcaaTGTCTGTTTGTT-------------TGTTCATCT------GAGGT--T-------AA-----A--AATAGGTTTCTGTTCAATAACTTCTGAAGGG-GTCTATCTA------TTTAA---TTACTATT---TTG-TG-TG--CACCTGTT---------------------TA------------A--TTA--------------TAAAATACAGG-TCCAGTTCAATATTTGTTAACGTAGCAC----ATCTTTTACAGGAGATATAGCCTCTTTTCG---GCAT-ACTTTT--TT-GTAAAATATTGA----------TTT-CC---TGTAAA--GAGTGGGGCATGAGTGT-CA-ACAG--ATG-------CTAATCTAGT------TTT
gi|4 : atggcagggtatggttgtttaaagatatcattttttatgtctttgtaattctaaaaaaggtaaaggacattaagttgtatccatgtttgtccattttctctgtgttCTGTCCATGC------G---T--CCTCT---AA-----A--AAATGGTTTACGACTAATGACAT-TGAAGGA-G---GTGTA------TGTGA---TTAATATT---T-G-TG-TG--TAGCCGTA---------------------TA------------A--TTA--------------TAAAATATAGGTTCACGTTTGATATTTGTAAACATAGATC----AAAAGTTGGAGGAATTTCAGCTCCTTTTT----------GTTTT--CTGAT-----------------------------CA-ATA--GCG-AGGGCATTCATGT-CA-ATAG--ACA-------CATTAGTAGTTACTAAATTTAAGTCGGTGTTGTT-TGT-ATGAATa
gi|5 : ttatgcatttaatagaaaatattgtcttgactgcttttatgtcccgcaccattagaaaaataatgaagggcattagtgtaactcTGTCCATTGGT----G-----CATCTGTCTGTC-----------------------------A--AATTGGTTTCCAATGAATAACTTCTGAAAGG-GTTTATGTACATGTGTTTAG---CTAATATTTGCT-G-TGTTA--TAATTATATTATTAATTATAATAATATTATA------------A--TCA--------------TAAAATACAAG-TAAAGTTTGATTATTGTCAATGTTAGTC----TAATTTTACCAGAATTGTGGCCCTTTTTCA---ACTT-AATTTT--T
gi|6 : gttgtacagaactttttgaatggtgattcaagaatggtaatggagcagtaagtgttgccacgtccatctttTCTGTCCATGT------G---T--CTGAGACAAA-----A--AATTAGTTTTCAAAAAATAACTACTGAAGGC-GTCTTTATT------TTAAA---TTGATATT---T-AATG-TG--TACCTGTA---------------------TA------------ATTTTAAAATGTATAATTGTTAAAAAGCATG-TCAAATTTGTTATTTGTCAATGTTGGTC----AAATTTTACAGGAGTTATGGCCCCTTTTTT---ATTC-AATTTTAGTT-ATAAA------AAATGG-----TTT-CCAATCA-ATA--ACA-GAGGCTTTTATGT-CA-ACAG--ACA-------CATTCATAGG------ATTA---TCgattaattatagaacacaaatctgcatggctgtccaatgg
gi|7 : ttatgccttgcaattccacattaaggtaaaggggaattaagaggtcctcctgTAAATATTCGTTTGTTAG-AA----CATTTGTTCATTCAGGCCAG---T--A-------AA-----A--AATTGGTTTCTGATAAATAACTTCTGAAGGG-GTCTCTATA------TTTAA---TTAATATT---C-A-TT-TG--TACCTGTA---------------------TA------------A--TTA--------------TAAAATACAGG-TCAAGTTAAATATTTTACAAAAT---TC----AAAATT---AGGTGTGACTGCCCCTTTTCA---GCTT-AATTTT--TTAGTAAA------AAATCAG----TTT-CTGA-C--ATA--GCA-AGGGCATCCGTGT-TA-AAAA--ACA-------CATTTCTAGT------GTTT---TCTGTGCTATTGTATCATGAATtcaat
gi|8 : TGTCCGTTTGTTAGTG-----CATCTG---AT---------------------------------AATTGGTTCCCGAT------CTTCTGAAGGC-GTCCATGTA------TTTTA---TTAATATT---TTG-TG-TA--TATCTGTA---------------------CACATGTTAATAGTA--TTA--------------TAAAATACAGG-TCAAGTTCGATTTATGTCAACATTGGTC-----AGTTTTACAGGCGTTATGACCCTTTTTCA---ACTT-AAatatgaatattaaacttggcaaagatgttt
gi|9 : ttgtctgttgacactaatggggcattatgcgttaaccctctcTGTCCATCT------G---T--C-------AG-----A----TTGGTTTCTGATCAATAACTTCTGAAAGG-GTCTATGTA------GTTAT---TTAATATT---T-G--G-TGAATAGCTGTT---------------------TA------------A--TTA--------------TAAAA-ACA-G-TCAAGTTCAGTATTGGT-AACGTCGGTCTAATAATTTTTGCACGAGTTGTGGACTC--TTCAAATACTTAAAACTT--TTGGTAA------------------------AA-CAAGTA--GAA-AGGGCATCTGTG