lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 1111 22222 1 1111 1 1 2 22 1 1111 1111 22 1 222 3 1 8888888888888888888 22 222 111111 1 1 1 111 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11 1 222222222222 55555555 22222222 11111111 33 1 11 1111 22222 111 1111 6666666666666666666 222222222 000000000000000000000000000000000000000000 1111 444444444444444444 1111 8888888888888888888888
lowQualScore : 3 1 3 5 2 4444 6 4444 11111 2 6666 5 3 0 0 3 88 0 7777 0 99 99 4 0 8888 33 2 77 555 6 0 0 2 6 2 2222222222222222222 66 6 444 0 666666 77 3 3 5 99 6 5 7 6 000 77 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99 1 3 44 6 5 7 444444444444 00000000 6 6 44444444 0 0 88888888 66 44 4 0 77 33 9 4444 6 1 44444 111 3 3 4444 4444444444444444444 666666666 1 6 4 888888888888888888888888888888888888888888 1 0 0 5 777 1 2222 1 5 5 99 3 0 00 111111111111111111 9999 2 5 0000 5 7777777777777777777777 2 77 5
lowQualScore : . . . . . .... . .... ..... . .... . . . . . .. . .... . .. .. . . .... .. . .. ... . . . . . . ................... .. . ... . ...... .. . . . .. . . . . ... .. . ................................................................................................................ .. . . .. . . . ............ ........ . . ........ . . ........ .. .. . . .. .. . .... . . ..... ... . . .... ................... ......... . . . .......................................... . . . . ... . .... . . . .. . . .. .................. .... . . .... . ...................... . .. .
lowQualScore : 9 4 7 7 7 2222 0 2222 00000 0 5555 0 0 6 4 0 22 6 0000 8 00 00 6 8 8888 00 8 22 000 0 0 0 5 0 0 8888888888888888888 00 7 000 4 444444 99 7 0 7 99 0 0 0 0 000 99 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 22 0 5 33 7 1 1 000000000000 88888888 7 7 22222222 7 7 11111111 99 44 1 0 99 00 1 7777 7 0 22222 777 5 5 2222 3333333333333333333 888888888 7 7 4 000000000000000000000000000000000000000000 4 8 8 0 333 7 1111 4 7 7 44 2 4 55 444444444444444444 2222 0 5 6666 7 6666666666666666666666 3 99 7
consensus : TCAGCAATGTGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTAACAGGT----GCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTAATATNGGAAAA--CCCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTTTGCCATTATAACGGAGAAAAGCCGG----TAACCNAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTTACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTT-CAATATGGTGTCTNCAGCGAGTGTTTCTGAAATT----CG-------------CACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---AGG----CTG--TGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA---TT-------AGATTTG-------TT-A-TGCA--------TATTACGA--------GAAAA--CACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACATAGGANAAC---AAGAGGCCCTA-TATGATAGC--GTATGTTA---TTGCTCTACTAGTT----CA---ATTGGGTGCAAGGATATTTTTTGA------AATA-TATAANAGC----AT-TAT-ATGTGC----GAAAAAAGGCTGNTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTNTATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-T-CAAAA-GGAANGGTGCATGAGCGT-----------------ACATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGC----TAAT-TTT-GC---------------GC--AAA--GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
Reference ( gi|1 ) : TCAGCAATATGCGCTAAATATAGTAACAGTTTT-CCTTAACTGGT----GCTCGGTCACG----TGACTTGCATACAAGTATCGGAAAA--CTCCAAAGAGGGCAAACAATGTTCAGCTTTATTTTGTCATGCTAACTGAGAAAAGCCGG----TAACCAAATGTTTAAAAATAGATTAGCACTTTATGTGTATAACCAAGTTTATTATCCACTTGACTATGTTTGTGTTTAAATCTAAAATGCATATGA-TT-CAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTAAAACT----TG-------------CACCTTTTAAGTGG-AAAAAAGCACACACCACTATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTGTCATAGGTTAAAACATT-GATCAATCTCCGGCAGACATTTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGAATACAATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG----GA----CTG--TGACTACATTGAAACATATTAACTC-GAATTTGAGTGTTATTGGTTTGTGT-AAAAA---TT-------AGATTT--------TT-A-TGCA--------TGTCACGA--------GAAAA--CAC--CTTTCCTGCTAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACATAGGATAAA---AAGAGGCCCTA-TATGATAGC--ATATGTTA---TTACTCTACTAATT----CA---ATTTGTTGCGATGTTGTTTTTTTA------AATA-TATAATAGC----ATATAT-ATGTGT----AAAAAAAGACTACTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTCTGTAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-T-CAAAG-GGAAAGATGCATGAGCGT-----------------ACATTGAA---ACAAGGGCTATAACTCTGC----TAAT-TTTTGC---------------GC--AAA--GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCCT
gi|3 : TCAGCAATGTACGCTAAATATAGTGACAATTTT-CCTTAACAGGT----GCTTGGTCACG----TTACTTGCAT--------TGGAAAA--CCCCATAGAGTGCAAACAATGTTCAGCTTTATTT-GTCATTATAACTAAGGAAAGCTGG----TAACACAATGTTTAAAAATAGACTAGCACTTTATGTGTATTACCAACTTTATTTCCCACTTTACTATGTTTGTGTTTAAATCCTAAATGCACATGATTT-CAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAACTCAAGTGTTTCTGAAACTGACATCTTTTTTGTGGAAAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATAAGTACTGCTTGATATTTACATTTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCATAGGTTAAAACATT-GATTAATCATCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTCGGTGGGGTAATGTGAATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGA----CTG--TGACTACATTGGAACATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTATTGGTTTGTGTAAAAAA---AT-------AGATTTG-------TT-A-TGCA--------TGTCACGA--------GAAAA--CACATCTTTCCTGCTAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACATAGGATAAC---AAGAGGTCCTA-TATTATAGC--ATATGTTA---TTGCTGTACTAGTT----CA---ATTTGGTGCAAAGATTTTTTTTGA------AACA-TATAA
gi|2 : TCAGCAATGTGTACTTAATATAGTAACAATTTT-CCTTAa
gi|4 : gaTCAGCAATATGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTAAGAGGT----GCTTGGTCACG----TGGCTTGCATTCTAATATGTG-----------AAGAGTGCAAACAATGCTAAGCTTTA-TTTGCCATTTTAACAGAGAAAAGCCGG----T-----AATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTAACAATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATCATTT-CAATATGGTGTCTACAGCAAGTGTTTCTGAAATT----CA-------------CGCCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGCATTAGTACTGCTTGATACTTACATATAGTAAT------TA-ATTTGGTTTATC--AGGTTAAAACATT-GATTGATTTTCTACAGTCTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGG----CTG--TGACCACATTGGAGGATATTAACTC-AAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA---TT-------AGATTTG-------TT-A-TGCA--------TATTACAA--------GAACATGCAT--CTTTCCTTCCAC-ACGACtatatatatatataataatactaatataggaaaaaacccaaagagtgcaaacaatactcagctttatttgccattataacggagaaaagctgctaaccaaatttttaaaaataaaccagtatattatgtgtattataaagtttatttcccacttcatttttgtgtttaaattctaaatgcacatgatttcaatatggtgtctgcagcgagtgtttctgaaattctcaccttttctgtggaaaaaagctctcgcctcaatacacactttctatagggtattagtactgcttgatacttacatgtagtaattatattgtttttcacaagttaaaacattgattgatcttctgcagacttctgataaatgaacacagaagtgggtggggtaatgtgactacaatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagactgactacattggaggatattaacttataattagatttgtaatgcatatttcaagaaaacacatctttcctgccacaagacctatgcacttttagataggaaaacaagagaccatattatgatacatgttattgctctactagttcagttgaatgcaaggatttttttgaaatatagaatagcatgtgcaacaaggctactctattcttatacaagctttatcttataaaagaatcagattaagtcaaaaggaccagtgcatgagggttcgttgaaacaaggaccagaactctgctcattttcacagaaaaatatatggcgcc
gi|5 : aTCAGCAATGTGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTAACAGGT----GCTTGGTCACG----TGACTTGCATAATAATATCGGAAAA--CCCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTA-TTTGCCATTGTAACGGACAAAAGCCAGTACTTAACCAAATGTTTAAATATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTAATTCCCACTTTACAATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTT-CAATATGGTGTCTCCAGCAAGTGTTTCTGAAATT----CA-------------CACCTTTTCATTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTAAAGGGTATTAGTACTGCTTG-TACTTACATATAGTTATTACCGGTATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATC-GATTGATCTTCTGCAAACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTTGGTGGGGTTATGTGACCACAA
gi|11 : TCAGGAATGTGTGCTAAATATATTAACAACTTC-ATTAAATTTATATTTGCGTGGGCATGAACATGACTTGCATACTAATAT-GGAAAA--CCCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTAATTT-GCCATTATAACGGAGAAAAGCCGG----TAACTTAACTTTTAAAAATAGACCAGAACTT--TGTGTAT
gi|19 : aTCAGCAATGTGCCCTAAATATAATAACAATTTT-TCTTAACAGGT----GCTTGGTCACA----GGACTTGCAT
gi|18 : gaATGTGTGTTAAATATAGTTACAGTTTTACC--GATAGAT----GCTTGGTCATG----TGATATGCATATATGTATTGGAAAA--CCCC
gi|2 : ATACTAATATAGGAAAAAAC-CCAAAGAGTGCAAACAATACTCAGCTTTATTT-GCCATTATAACGGAGAAAAGCTGC----TAACCAAATTTTTAAAAATAAACCAGTATATTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTCATT---TTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGA-TTTCAATATGGTGTCTGCAGCGAGTGTTTCTGAAATT----CT-------------CACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCTCTCGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAAGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NN----NAGACTGACTACATTGGAGGATATTAAC--------------TTAT--------------AA---TT-------AGATTT--------GTAA-TGCA--------TATTTCAA--------GAAAA--CACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTAT--GCACTTTTAG--ATAGGAAAAC---AAGAGACCATATTATGAT-----ACATGTTA---TTGCTCTACTAGTT----CA---GTTGAATGCAAGGAT-TTTTTTGA------AATA-TAGAATAGC-----------ATGTGC------AACAAGGCTACTCTAT---TCTTATACAAGCTTTATCTTATAAAAGAATCAGATT----------AAG-T-CAAAA-GGACCAGTGCATGAGGGT-----------------TCGTTGAA---ACAAGGACCAGAACTCTGC----TCAT-TTT--C---------------AC--AGA--AAAA-
gi|9 : gatcagcaatgtgtacttaatatagtaacaattttccttatatatatatatataataGG-AAAAAAGCACACACCTCAATATACACTTTCTATACGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTT--TTATAGATTAATACATT-GATTGATCTTCTGCAGATTTCTGATTAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGTTAATGTGACTTCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----NNNAGTCTG--TGACCACATTGGAGGATATTAACTT-GAATTTGGGTGTTACTGCTTTATGT-atatggcgcc
gi|12 : -AAAAAAGCACACACCTCAAAACAAATTTCCTATAGGATATTTGCACTACTGAATAGTTAAATATAATAAT------CATATT--GTTTTTCACAGGTTACAACAAG-CATTGATCTTCTACAGGCTTCTGATAAATCTAGAATATAGAACAGTGGGTGAGGTGATTTG---ACAAT
gi|6 : CACACCTCAATACACACTTTCTTTAGGGTATAAGTACTGCATGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAA-ATTCGATTGATTTTCTGCAGACTTCTAATAAAT---GAACACATA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGG----CTG--TGACCACATTGAAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTATAAAAAA---TT-------ATATTTG-------TT-A-TGCA--------TATTAAAA--------GAAAA--CAT--CTTTCCTGCCCC-AAGACCTGT--GCACTTTAAAACATAGGA-AAA---a
gi|8 : ----CTG--TGACCACATTGGAGGATATTAACTCCGAATTTGGGTGATACTGGTTTGTAT-AAAAAAAATT-------AGGTTTG-------TT-A-TGCA--------TATTATGA--------GAAAA--CACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACATAGGAAAAC---AAGAGGCCCTA-TATGATATC--ATATGTTA---TTGCTCTACTAGTT----CA----TTGGGTCCAAAGA-ATTTTTGGA------AATA-TAGAAAAGC----AT-------GTGC----AAAAA--GGCTACTCTAC---CCTTATACAAGCTTTATCTTATGTAAGAATCAGATTTAG----TTAAAG-T-CAAAA-GGAACGGTGCATGAGCAT-----------------CCATTAAA---ACAAGGACCATAACTCTGC----TAAT-TTT--C---------------AT--AGA--AAAA-c
gi|7 : gAATTTGAATGCTATTGATTTGTGT-AAAAA---ATGAGAAACAGATGTGCTACATGTT-AGTGCAATTTGTTGTGTCATGATTAAGTACGAAAA--CACAACTTACCTTCCACTAAG--------------TTAAA--TTGGATGAA---AA-------TA-TATAAT-GT--GTACAAAAAGGTTACTCTATAGATTAGAACACGCATT------GAGGTCATTTTC--A------AGTACTATAGTAGCCAAAAT-TATTCTGTGTTTTTCAGAAATGGTTGGTTTCCAAGCCATATACAAGCTTTATCCTCTATAAGACTCCCATTACGTTCATTAAAGAT-CAAAA-GGAAAGGTGTAAGAGTGTCCACAATGCAAAATTAAACATTGAA---CTAAGGGCCACAATTATGC----TAGT-TTT-------------------C--A-----AAA-TGTTGAGCCGGAGTCGGCCCTgtatggcgc
gi|10 : A--------GAAAA--CACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCTATTTTAG--ATAGCAAAAC---AAGAGGCCCAA-TATGCTATCATATATGTTA---TTGCTCTACTAGTT----CA---ACTGGGTCCAAGG--ATTTTTTGG------AA-A-TATAGAAGC-----------ATGTGC----AGAAA----------------TCTTATATAAGC----------------ATCAGATTAAG----TTATAG-T-CAAAA-GGAATGGTGCATGAGCGT-----------------ACATTGAA---TCAAGGACCATAACTCTGC----TAAT-TTTCGCAGAAAAATATATG--GCCAAAA--GAAA-TTTTGAACCAGAGCAGGCC
gi|13 : A--------GTAAA--CAC--ATTACTTGACACTAAGATTTATAAGCATTTTT-GTCA--ATATAAATACAAGAAATCCTT-TA----AG---GTCTATTA---TTGCTCTATTAGTT----TA---ACTGGATGCAA-G--GAATTTTTAGAAAAAAATA-TATAACA
gi|14 : aTATAT-ATTTTT----GAGAAAAGGCTGGTTT-----TCAAA-ACAAGTTTTATTTTCTAT--GAATCTGATTAAG----TT--TG-TCCACAGTGTAAAAAT-TAT-----T------------------CATCAAA---TCAAGGGCAATAACTCTGC----TAtgc
gi|17 : TATAAGAATCAGTTTAAA----TTAAAG-T-CAAAA-GGA
gi|15 : taATCAGATTAAG----TTAAAG-T-CAAAA-GAAACGGTGCATGAACGT-----------------CTATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGCAGAAAAATATTTGGC---------------AC--AAA--GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCCTccaaaactctgctaattttcgcaaaaaaagaaattttgagccagagccagcc
gi|17 : AAGA---ATCAGTTT-----------------AAATTAAAGTCAAAAGGACCAAAACTCTGC----TAAT-TTTCGC---------------AA--AAAAAGAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCC
gi|16 : tatatAGATGCATGGGCAT-----------------ACATTGAA---ACAAGGACTATAACTCTGC----TAAT-TTTTGCAGAAAAATAAATGGTGC--AAA--GAAATTTTTGAGCCAGAGCC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 2 1111 1 666666666666666666 111111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5555555555555555555555555 1111 111 222222 1111 111 11 111111 666666666666666666666666 11111 1111 33333333333333333333 1111111 7777777777777777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 5 5 22222 0 0000 66 5 6 5 3 1 1 4444 44 0 0 0 1 0 1 000000000000000000 1 5 2 444444 66 5 888 66 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 5 3333333333333333333333333 2222 5 5 4 4 8 66 8888 1 5 000 444444 1 0000 000 88 444444 0 5 1 000000000000000000000000 55 99999 3 3 1 0 0000 0 5 3 1 66666666666666666666 777 4444444 5 5555555555555555555555555555555555555 0 0000 5
lowQualScore : . . ..... . .... .. . . . . . . .... .. . . . . . . .................. . . . ...... .. . ... .. ............................................................................................................ . . ......................... .... . . . . . .. .... . . ... ...... . .... ... .. ...... . . . ........................ .. ..... . . . . .... . . . . .................... ... ....... . ..................................... . .... .
lowQualScore : 0 0 55555 1 6666 00 7 6 7 7 8 0 2222 33 3 6 8 0 8 0 666666666666666666 4 7 0 444444 99 0 888 99 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 7 3333333333333333333333333 1111 7 7 4 4 9 99 0000 0 7 000 333333 4 4444 000 00 444444 1 7 0 444444444444444444444444 55 88888 5 0 4 4 6666 1 0 0 9 44444444444444444444 888 4444444 0 6666666666666666666666666666666666666 9 6666 0
consensus : TCAGCAATGTGCGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTNTAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTNACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------GCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAGGAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATAGCGTAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAATTGGG---TGCA---AGGATATTTTTTG----AAATA-TATAANAGC----AT-TATATGTGCG------AAAAAAGGCTACTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTNTATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT----------------GCGC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
Reference ( family-2542 ) : TCAGCAATGTGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTA-ATATNGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTTTGCCATTATAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACCNAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTTACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTNCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------GCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAAT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAGGANAACAAGAGGCCCTA-TATGATAGCGTAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAATTGGG---TGCA---AGGATATTTTTTG----AAATA-TATAANAGC----AT-TATATGTGCG------AAAAAAGGCTGNTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTNTATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGGAANGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT----------------GCGC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
gi|1 : TCAGCAATATGCGCTAAATATAGTAACAGTTTT-CCTTA-A-----CTGGTGCTCGGTCACG----TGACTTGCATACAA-GTATCGGAAAAC-TCCAAAGAGGGCAAACAATGTTCAGCTTTATTTTGTCATGCTAACTGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGATTAGCACTTTATGTGTATAACCAAGTTTATTATCCACTTGACTATGTTTGTGTTTAAATCTAAAATGCATATGATT-CAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTAAAACTT-----------------GCACCTTTTAAGTGG-AAAAAAGCACACACCACTATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTGTCATAGGTTAAAACATT-GATCAATCTCCGGCAGACATTTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGAATACAAT---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-GACTGTGACTACATTGAAACATATTAACTC-GAATTTGAGTGTTATTGGTTTGTGT-AAAAA--T----------------------TAG----ATTT-TTATG-CAT-GTCACG-A-GAAAACAC--CTTTCCTGCTAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAGGATAAAAAGAGGCCCTA-TATGATAGCATAT------GTTATTACTCTACTAATTCAATTTGT---TGCG---ATGTTGTTTTTTT----AAATA-TATAATAGC----ATATATATGTGTA------AAAAAAGACTACTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTCTGTAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAGGGAAAGATGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGGCTATAACTCTGCTA-------ATTTTT----------------GCGC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCCT
gi|10 : -A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCTATTTTAGA---TAGCAAAACAAGAGGCCCAA-TATGCTATCATATAT----GTTATTGCTCTACTAGTTCAACTGGG---TCCA---AGGAT--TTTTTG----GAA-A-TATAGAAGC----AT------GTGCA------GAAA----------------TCTTATATAAGC----------------ATCAGATTAAG----TTATAG-TCAAAAGGAATGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---TCAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT-----------------CGCAGAAAAATATATGGCCAAAA----GAAA-TTTTGAACCAGAGCAGGCC
gi|11 : TCAGGAATGTGTGCTAAATATATTAACAACTT--CATTA-AATTTATATTTGCGTGGGCATGAACATGACTTGCATACTA-ATAT-GGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTAATTT-GCCATTATAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACTTAACTTTTAAAAATAGACCAGAACTT--TGTGTAT
gi|12 : a-AAAAAAGCACACACCTCAAAACAAATTTCCTATAGGATATTTGCACTACTGAATAGTTAAATATAATAAT------CATATT--GTTTTTCACAGGTTACAACAAG-CATTGATCTTCTACAGGCTTCTGATAAATCTAGAATATAGAACAGTGGGTGAGGTGATTTGAC
gi|13 : -A-GTAAACACAT--TACTTGACACTAAGATTTATAAGCATTTTT-GTCAATATAAATACAAGAAATCCTT-TA----AG-GTCT------ATTATTGCTCTATTAGTTTAACTGGA---TGCA---AGGA-ATTTTTAGAAAAAAATA-TATAACAaata
gi|14 : a-TATATTTTTG------AGAAAAGGCTGGTTT-----TC-AAAACAAGTTTTATTTTCTAT--GAATCTGATTAAG----TT--TG-TCCACA------GTGTAAAAAT-T-----------------ATTCATCAAA---TCAAGGGCAATAACTCTGCTA-------tgc
gi|15 : taATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGAAACGGTGCATGAACGT-----------------C--TATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGC-AGAAAAATA-TTTG----------------GCAC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCCT
gi|16 : GATGCATGGGCAT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACTATAACTCTGCTA-------A-TTTTTGCAGAAAAATAAATGGTGC-----------------AAA----GAAATTTTTGAGCCAGAGCC
gi|17 : caTATATAAGAATCAGTTTAAA----TTAAAG-TCAAAAGGAttccc
gi|17 : ATCAGTTT-----------------A--AATTAAAGTCAAAAGGACCAAAACTCTGCTA-------A-TTTT-----------------CGC-----------------AAAAAAAGAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCccaaaactctgctaattttcgcaaaaaaagaaattttgagccagagccagcc
gi|18 : tatataagaATGTGTGTTAAATATAGTTACAGTTTTACC--G-A-----TAGATGCTTGGTCATG----TGATATGCATA-TATGTATTGGAAAAC-CCC
gi|19 : TCAGCAATGTGCCCTAAATATAATAACAATTTT-TCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACA----GGACTTGCAT
gi|2 : gaTCAGCAATGTGTACTTAATATAGTAACAATTTT-CCTTATA-----TATATAT------ATA----TAA--TA-ATACTA-ATATAGGAAAAAACCCAAAGAGTGCAAACAATACTCAGCTTTATTT-GCCATTATAACGGAGAAAAGCTGCTA----ACCAAATTTTTAAAAATAAACCAGTATATTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTT---CATTTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTGCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------TCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCTCTCGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAAGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAC--TGACTACATTGGAGGATATTAACT------------------------TATAA------T----------------------TAG----ATTTGTAATG-CAT-ATTTCA-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTAT--GCACTTTTAG--A-TAGGAAAACAAGAGACCATATTATGATA---CAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAGTTGAA---TGCA---AGGAT-TTTTTTG----AAATA-TAGAATAGC----------ATGTGC--------AACAAGGCTACTCTAT---TCTTATACAAGCTTTATCTTATAAAAGAATCAGATT----------AAG-TCAAAAGGACCAGTGCATGAGGGT-----------------T--CGTTGAA---ACAAGGACCAGAACTCTGCTC-------A-TTTT-----------------CAC-----------------AGA----AAAA-
gi|3 : gaTCAGCAATGTACGCTAAATATAGTGACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TTACTTGCAT---------TGGAAAAC-CCCATAGAGTGCAAACAATGTTCAGCTTTATTT-GTCATTATAACTAAGGAAAGCTGGTA----ACACAATGTTTAAAAATAGACTAGCACTTTATGTGTATTACCAACTTTATTTCCCACTTTACTATGTTTGTGTTTAAATCCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAACTCAAGTGTTTCTGAAACTGACATCTTTTTTGTGGAAAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATAAGTACTGCTTGATATTTACATTTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCATAGGTTAAAACATT-GATTAATCATCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTCGGTGGGGTAATGTGAATACAAT---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACTGTGACTACATTGGAACATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTATTGGTTTGTGTAAAAAA--A----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-GTCACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCTAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAGGATAACAAGAGGTCCTA-TATTATAGCATAT------GTTATTGCTGTACTAGTTCAATTTGG---TGCA---AAGATTTTTTTTG----AAACA-TATAAatatggcgcc
gi|4 : TCAGCAATATGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----GAGGTGCTTGGTCACG----TGGCTTGCATTCTA-ATATGTG----------AAGAGTGCAAACAATGCTAAGCTTTA-TTTGCCATTTTAACAGAGAAAAGCCGGT---------AATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTAACAATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATCATTTCAATATGGTGTCTACAGCAAGTGTTTCTGAAATTC-----------------ACGCCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGCATTAGTACTGCTTGATACTTACATATAGTAAT------TA-ATTTGGTTTAT--CAGGTTAAAACATT-GATTGATTTTCTACAGTCTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-AAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACA-A-GAACATGCATCTTTCCTTCCAC-ACGACa
gi|5 : aTCAGCAATGTGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATAATA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTGTAACGGACAAAAGCCAGTACTTAACCAAATGTTTAAATATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTAATTCCCACTTTACAATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCAAGTGTTTCTGAAATTC-----------------ACACCTTTTCATTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTAAAGGGTATTAGTACTGCTTG-TACTTACATATAGTTATTACCGGTATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATC-GATTGATCTTCTGCAAACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTTGGTGGGGTTATGTGACCACAA
gi|6 : CACACCTCAATACACACTTTCTTTAGGGTATAAGTACTGCATGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAA-ATTCGATTGATTTTCTGCAGACTTCTAATAAAT---GAACACATA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTGTGACCACATTGAAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTATAAAAAA--T----------------------TAT----ATTTGTTATG-CAT-ATTAAA-A-GAAA--ACATCTTTCCTGCCCC-AAGACCTGT--GCACTTTAAAACA-TAGGAAAAC
gi|7 : AATTTGAATGCTATTGATTTGTGTAAAAAA--TGAGAAACAGATGTGCTACATGTTAGTGCAATTTGTTGTGTCATGATTAAGTACGAAAACACAACTTACCTTCCACTAAG--------------TTAAA---TTGGATGAAAA-------TA-TATAAT-GTGTACAAAAAGGTTA---CTCTA-TAG----ATTAGAACACGCATTGAGGTCATTTTC------AAGTACTATAGTAGCCAAAAT-TAT-TCTGTGTTTTTCAGAAATGGTTGGTTTCCAAGCCATATACAAGCTTTATCCTCTATAAGACTCCCATTACGTTCATTAAAGATCAAAAGGAAAGGTGTAAGAGTGTCCACAATGCAAAATTAAA--CATTGAA---CTAAGGGCCACAATTATGCTA-------G-TTTT-------------------C-----------------A-------AAA-TGTTGAGCCGGAGTCGGCCCT
gi|8 : GCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTCCGAATTTGGGTGATACTGGTTTGTATAAAAAAAAT----------------------TAG----GTTTGTTATG-CAT-ATTATG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAGGAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATATCATAT------GTTATTGCTCTACTAGTTC-ATTGGG---TCCA---AAGA-ATTTTTGG----AAATA-TAGAAAAGC----------ATGTGC--------AAAAAGGCTACTCTAC---CCTTATACAAGCTTTATCTTATGTAAGAATCAGATTTAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCAT-----------------C--CATTAAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT-----------------CAT-----------------AGA----AAAA-
gi|9 : GG-AAAAAAGCACACACCTCAATATACACTTTCTATACGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTT--ATAGATTAATACATT-GATTGATCTTCTGCAGATTTCTGATTAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGTTAATGTGACTTCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTT-GAATTTGGGTGTTACTGCTTTATGTgtatggcgc
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 1111 666666666666666666 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5555555555555555555555555 1111 111 222222 1111 111 11 111111 666666666666666666666666 11111 1111 33333333333333333333 1111111 7777777777777777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 5 5 22222 0 0000 66 5 8 5 6 1 1 4444 44 0 0 1 3 0 000000000000000000 1 5 444444 66 5 888 66 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 5 3333333333333333333333333 2222 5 5 4 4 8 66 6666 66 5 000 444444 1 0000 000 88 444444 0 5 1 000000000000000000000000 2 99999 3 1 0 0000 0 5 1 66666666666666666666 777 4444444 5 5555555555555555555555555555555555555 0 0000 5
lowQualScore : . . ..... . .... .. . . . . . . .... .. . . . . . .................. . . ...... .. . ... .. ........................................................................................................ . . ......................... .... . . . . . .. .... .. . ... ...... . .... ... .. ...... . . . ........................ . ..... . . . .... . . . .................... ... ....... . ..................................... . .... .
lowQualScore : 0 0 55555 1 6666 00 7 9 7 7 0 0 2222 33 3 6 0 8 8 666666666666666666 4 7 444444 99 0 888 99 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 7 3333333333333333333333333 1111 7 7 4 4 9 99 9999 99 7 000 333333 4 4444 000 00 444444 1 7 0 444444444444444444444444 5 88888 0 4 4 6666 1 0 9 44444444444444444444 888 4444444 0 6666666666666666666666666666666666666 9 6666 0
consensus : TCAGCAATGTGCGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTNTAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTNACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------GCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATAGCGTAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAATTGGG---TGCA---AGGATATTTTTTG----AAATA-TATAANAGC----AT-TATATGTGCG------AAAAAAGGCTACTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTNTATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT----------------GCGC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
Reference ( family-2542 ) : TCAGCAATGTGCGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTNTAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTNACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------GCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATAGCGTAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAATTGGG---TGCA---AGGATATTTTTTG----AAATA-TATAANAGC----AT-TATATGTGCG------AAAAAAGGCTACTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTNTATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT----------------GCGC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
gi|1 : TCAGCAATATGCGCTAAATATAGTAACAGTTTT-CCTTA-A-----CTGGTGCTCGGTCACG----TGACTTGCATACAA-GTATCGGAAAAC-TCCAAAGAGGGCAAACAATGTTCAGCTTTATTTTGTCATGCTAACTGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGATTAGCACTTTATGTGTATAACCAAGTTTATTATCCACTTGACTATGTTTGTGTTTAAATCTAAAATGCATATGATT-CAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTAAAACTT-----------------GCACCTTTTAAGTGG-AAAAAAGCACACACCACTATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTGTCATAGGTTAAAACATT-GATCAATCTCCGGCAGACATTTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGAATACAAT---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-GACTGTGACTACATTGAAACATATTAACTC-GAATTTGAGTGTTATTGGTTTGTGT-AAAAA--T----------------------TAG----ATTT-TTATG-CAT-GTCACG-A-GAAAACAC--CTTTCCTGCTAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GATAAAAAGAGGCCCTA-TATGATAGCATAT------GTTATTACTCTACTAATTCAATTTGT---TGCG---ATGTTGTTTTTTT----AAATA-TATAATAGC----ATATATATGTGTA------AAAAAAGACTACTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTCTGTAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAGGGAAAGATGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGGCTATAACTCTGCTA-------ATTTTT----------------GCGC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCCT
gi|10 : -A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCTATTTTAGA---TAG--CAAAACAAGAGGCCCAA-TATGCTATCATATAT----GTTATTGCTCTACTAGTTCAACTGGG---TCCA---AGGAT--TTTTTG----GAA-A-TATAGAAGC----AT------GTGCA------GAAA----------------TCTTATATAAGC----------------ATCAGATTAAG----TTATAG-TCAAAAGGAATGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---TCAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT-----------------CGCAGAAAAATATATGGCCAAAA----GAAA-TTTTGAACCAGAGCAGGCC
gi|11 : TCAGGAATGTGTGCTAAATATATTAACAACTT--CATTA-AATTTATATTTGCGTGGGCATGAACATGACTTGCATACTA-ATAT-GGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTAATTT-GCCATTATAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACTTAACTTTTAAAAATAGACCAGAACTT--TGTGTAT
gi|12 : a-AAAAAAGCACACACCTCAAAACAAATTTCCTATAGGATATTTGCACTACTGAATAGTTAAATATAATAAT------CATATT--GTTTTTCACAGGTTACAACAAG-CATTGATCTTCTACAGGCTTCTGATAAATCTAGAATATAGAACAGTGGGTGAGGTGATTTGAC
gi|13 : -A-GTAAACACAT--TACTTGACACTAAGATTTATAAGCATTTTT-GTCAATAT--AAATACAAGAAATCCTT-TA----AG-GTCT------ATTATTGCTCTATTAGTTTAACTGGA---TGCA---AGGA-ATTTTTAGAAAAAAATA-TATAACAaata
gi|14 : a-TATATTTTTG------AGAAAAGGCTGGTTT-----TCAAA-ACAAGTTTTATTTTCTAT--GAATCTGATTAAG----TT--TG-TC------CACAGTGTAAAAAT-T-----------------ATTCATCAAA---TCAAGGGCAATAACTCTGCTA-------tgc
gi|15 : taATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGAAACGGTGCATGAACGT-----------------C--TATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGC-AGAAAAATA-TTTG----------------GCAC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCCT
gi|16 : GATGCATGGGCAT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACTATAACTCTGCTA-------A-TTTTTGCAGAAAAATAAATGGTGC-----------------AAA----GAAATTTTTGAGCCAGAGCC
gi|17 : caTATATAAGAATCAGTTTAAA----TTAAAG-TCAAAAGGAttccc
gi|17 : ATCAGTTT-----------------A--AATTAAAGTCAAAAGGACCAAAACTCTGCTA-------A-TTTT-----------------CGC-----------------AAAAAAAGAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCccaaaactctgctaattttcgcaaaaaaagaaattttgagccagagccagcc
gi|18 : tatataagaATGTGTGTTAAATATAGTTACAGTTTTACC--G-A-----TAGATGCTTGGTCATG----TGATATGCATA-TATGTATTGGAAAAC-CCC
gi|19 : TCAGCAATGTGCCCTAAATATAATAACAATTTT-TCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACA----GGACTTGCAT
gi|2 : gaTCAGCAATGTGTACTTAATATAGTAACAATTTT-CCTTATA-----TATATAT------ATA----TAA--TA-ATACTA-ATATAGGAAAAAACCCAAAGAGTGCAAACAATACTCAGCTTTATTT-GCCATTATAACGGAGAAAAGCTGCTA----ACCAAATTTTTAAAAATAAACCAGTATATTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTCA---TTTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTGCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------TCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCTCTCGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAAGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAC--TGACTACATTGGAGGATATTAACT------------------------TATAA------T----------------------TAG----ATTTGTAATG-CAT-ATTTCA-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTAT--GCACTTTTAG--A-TAG--GAAAACAAGAGACCATATTATGATA---CAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAGTTGAA---TGCA---AGGAT-TTTTTTG----AAATA-TAGAATAGC----------ATGTGC--------AACAAGGCTACTCTAT---TCTTATACAAGCTTTATCTTATAAAAGAATCAGATT----------AAG-TCAAAAGGACCAGTGCATGAGGGT-----------------T--CGTTGAA---ACAAGGACCAGAACTCTGCTC-------A-TTTT-----------------CAC-----------------AGA----AAAA-
gi|3 : gaTCAGCAATGTACGCTAAATATAGTGACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TTACTTGCAT---------TGGAAAAC-CCCATAGAGTGCAAACAATGTTCAGCTTTATTT-GTCATTATAACTAAGGAAAGCTGGTA----ACACAATGTTTAAAAATAGACTAGCACTTTATGTGTATTACCAACTTTATTTCCCACTTTACTATGTTTGTGTTTAAATCCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAACTCAAGTGTTTCTGAAACTGACATCTTTTTTGTGGAAAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATAAGTACTGCTTGATATTTACATTTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCATAGGTTAAAACATT-GATTAATCATCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTCGGTGGGGTAATGTGAATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACTGTGACTACATTGGAACATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTATTGGTTTGTGTAAAAAA--A----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-GTCACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCTAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GATAACAAGAGGTCCTA-TATTATAGCATAT------GTTATTGCTGTACTAGTTCAATTTGG---TGCA---AAGATTTTTTTTG----AAACA-TATAAatatggcgcc
gi|4 : TCAGCAATATGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----GAGGTGCTTGGTCACG----TGGCTTGCATTCTA-ATATGTG----------AAGAGTGCAAACAATGCTAAGCTTTATTT-GCCATTTTAACAGAGAAAAGCCGGT---------AATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTAACAATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATCATTTCAATATGGTGTCTACAGCAAGTGTTTCTGAAATTC-----------------ACGCCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGCATTAGTACTGCTTGATACTTACATATAGTAAT------TA-ATTTGGTTTAT--CAGGTTAAAACATT-GATTGATTTTCTACAGTCTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-AAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACA-A-GAACATGCATCTTTCCTTCCAC-ACGACa
gi|5 : aTCAGCAATGTGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATAATA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTGTAACGGACAAAAGCCAGTACTTAACCAAATGTTTAAATATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTAATTCCCACTTTACAATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCAAGTGTTTCTGAAATTC-----------------ACACCTTTTCATTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTAAAGGGTATTAGTACTGCTTG-TACTTACATATAGTTATTACCGGTATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATC-GATTGATCTTCTGCAAACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTTGGTGGGGTTATGTGACCACAA
gi|6 : CACACCTCAATACACACTTTCTTTAGGGTATAAGTACTGCATGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAA-ATTCGATTGATTTTCTGCAGACTTCTAATAAAT---GAACACATA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTGTGACCACATTGAAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTATAAAAAA--T----------------------TAT----ATTTGTTATG-CAT-ATTAAA-A-GAAA--ACATCTTTCCTGCCCC-AAGACCTGT--GCACTTTAAAACA-TAG--GAAAAC
gi|7 : AATTTGAATGCTATTGATTTGTGTAAAAAA--TGAGAAACAGATGTGCTACATGTTAGTGCAATTTGTTGTGTCATGATTAAGTACGAAAACACAACTTACCTTCCACTAAG--------------TTAAAT--TGGATGAAAA----------TA-TATAAT-GTGTACAAAAAGGTTA---CTCTA-TAG----ATTAGAACACGCATTGAGGTCATTTTC------AAGTACTATAGTAGCCAAAAT-TAT-TCTGTGTTTTTCAGAAATGGTTGGTTTCCAAGCCATATACAAGCTTTATCCTCTATAAGACTCCCATTACGTTCATTAAAGATCAAAAGGAAAGGTGTAAGAGTGTCCACAATGCAAAATTAAA--CATTGAA---CTAAGGGCCACAATTATGCTA-------G-TTTT-------------------C-----------------A-------AAA-TGTTGAGCCGGAGTCGGCCCT
gi|8 : GCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTCCGAATTTGGGTGATACTGGTTTGTATAAAAAAAAT----------------------TAG----GTTTGTTATG-CAT-ATTATG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATATCATAT------GTTATTGCTCTACTAGTTC-ATTGGG---TCCA---AAGA-ATTTTTGG----AAATA-TAGAAAAGC----------ATGTGC--------AAAAAGGCTACTCTAC---CCTTATACAAGCTTTATCTTATGTAAGAATCAGATTTAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCAT-----------------C--CATTAAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT-----------------CAT-----------------AGA----AAAA-
gi|9 : GG-AAAAAAGCACACACCTCAATATACACTTTCTATACGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTT--ATAGATTAATACATT-GATTGATCTTCTGCAGATTTCTGATTAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGTTAATGTGACTTCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTT-GAATTTGGGTGTTACTGCTTTATGTgtatggcgc
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 1111 666666666666666666 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5555555555555555555555555 1111 111 222222 1111 111 11 111111 666666666666666666666666 11111 1111 33333333333333333333 1111111 7777777777777777777777777777777777777 1111
lowQualScore : 5 5 22222 0 0000 66 5 8 5 6 1 1 4444 44 0 0 1 3 0 000000000000000000 1 5 444444 66 5 888 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 5 3333333333333333333333333 2222 5 5 4 4 8 66 6666 66 5 000 444444 1 0000 000 88 444444 0 5 1 000000000000000000000000 2 99999 3 1 0 0000 0 5 1 66666666666666666666 777 4444444 5 5555555555555555555555555555555555555 0 0000 5
lowQualScore : . . ..... . .... .. . . . . . . .... .. . . . . . .................. . . ...... .. . ... .. ........................................................................................................ . . ......................... .... . . . . . .. .... .. . ... ...... . .... ... .. ...... . . . ........................ . ..... . . . .... . . . .................... ... ....... . ..................................... . .... .
lowQualScore : 0 0 55555 1 6666 00 7 9 7 7 0 0 2222 33 3 6 0 8 8 666666666666666666 4 7 444444 99 0 888 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 7 3333333333333333333333333 1111 7 7 4 4 9 99 9999 99 7 000 333333 4 4444 000 00 444444 1 7 0 444444444444444444444444 5 88888 0 4 4 6666 1 0 9 44444444444444444444 888 4444444 0 6666666666666666666666666666666666666 9 6666 0
consensus : TCAGCAATGTGCGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTNTAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTNACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------GCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATAGCGTAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAATTGGG---TGCA---AGGATATTTTTTG----AAATA-TATAANAGC----AT-TATATGTGCG------AAAAAAGGCTACTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTNTATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT----------------GCGC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
Reference ( family-2542 ) : TCAGCAATGTGCGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTNTAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTNACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------GCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATAGCGTAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAATTGGG---TGCA---AGGATATTTTTTG----AAATA-TATAANAGC----AT-TATATGTGCG------AAAAAAGGCTACTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTNTATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT----------------GCGC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
gi|1 : TCAGCAATATGCGCTAAATATAGTAACAGTTTT-CCTTA-A-----CTGGTGCTCGGTCACG----TGACTTGCATACAA-GTATCGGAAAAC-TCCAAAGAGGGCAAACAATGTTCAGCTTTATTTTGTCATGCTAACTGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGATTAGCACTTTATGTGTATAACCAAGTTTATTATCCACTTGACTATGTTTGTGTTTAAATCTAAAATGCATATGATT-CAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTAAAACTT-----------------GCACCTTTTAAGTGG-AAAAAAGCACACACCACTATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTGTCATAGGTTAAAACATT-GATCAATCTCCGGCAGACATTTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGAATACAAT---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-GACTGTGACTACATTGAAACATATTAACTC-GAATTTGAGTGTTATTGGTTTGTGT-AAAAA--T----------------------TAG----ATTT-TTATG-CAT-GTCACG-A-GAAAACAC--CTTTCCTGCTAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GATAAAAAGAGGCCCTA-TATGATAGCATAT------GTTATTACTCTACTAATTCAATTTGT---TGCG---ATGTTGTTTTTTT----AAATA-TATAATAGC----ATATATATGTGTA------AAAAAAGACTACTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTCTGTAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAGGGAAAGATGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGGCTATAACTCTGCTA-------ATTTTT----------------GCGC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCCT
gi|10 : -A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCTATTTTAGA---TAG--CAAAACAAGAGGCCCAA-TATGCTATCATATAT----GTTATTGCTCTACTAGTTCAACTGGG---TCCA---AGGAT--TTTTTG----GAA-A-TATAGAAGC----AT------GTGCA------GAAA----------------TCTTATATAAGC----------------ATCAGATTAAG----TTATAG-TCAAAAGGAATGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---TCAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT-----------------CGCAGAAAAATATATGGCCAAAA----GAAA-TTTTGAACCAGAGCAGGCC
gi|11 : TCAGGAATGTGTGCTAAATATATTAACAACTT--CATTA-AATTTATATTTGCGTGGGCATGAACATGACTTGCATACTA-ATAT-GGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTAATTT-GCCATTATAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACTTAACTTTTAAAAATAGACCAGAACTT--TGTGTAT
gi|12 : a-AAAAAAGCACACACCTCAAAACAAATTTCCTATAGGATATTTGCACTACTGAATAGTTAAATATAATAAT------CATATT--GTTTTTCACAGGTTACAACAAG-CATTGATCTTCTACAGGCTTCTGATAAATCTAGAATATAGAACAGTGGGTGAGGTGATTTGAC
gi|13 : -A-GTAAACACAT--TACTTGACACTAAGATTTATAAGCATTTTT-GTCAATAT--AAATACAAGAAATCCTT-TA----AG-GTCT------ATTATTGCTCTATTAGTTTAACTGGA---TGCA---AGGA-ATTTTTAGAAAAAAATA-TATAACAaata
gi|14 : a-TATATTTTTG------AGAAAAGGCTGGTTT-----TCAAA-ACAAGTTTTATTTTCTAT--GAATCTGATTAAG----TT--TG-TC------CACAGTGTAAAAAT-T-----------------ATTCATCAAA---TCAAGGGCAATAACTCTGCTA-------tgc
gi|15 : taATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGAAACGGTGCATGAACGT-----------------C--TATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGC-AGAAAAATA-TTTG----------------GCAC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCCT
gi|16 : GATGCATGGGCAT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACTATAACTCTGCTA-------A-TTTTTGCAGAAAAATAAATGGTGC-----------------AAA----GAAATTTTTGAGCCAGAGCC
gi|17 : caTATATAAGAATCAGTTTAAA----TTAAAG-TCAAAAGGAttccc
gi|17 : ATCAGTTT-----------------A--AATTAAAGTCAAAAGGACCAAAACTCTGCTA-------A-TTTT-----------------CGC-----------------AAAAAAAGAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCccaaaactctgctaattttcgcaaaaaaagaaattttgagccagagccagcc
gi|18 : tatataagaATGTGTGTTAAATATAGTTACAGTTTTACC--G-A-----TAGATGCTTGGTCATG----TGATATGCATA-TATGTATTGGAAAAC-CCC
gi|19 : TCAGCAATGTGCCCTAAATATAATAACAATTTT-TCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACA----GGACTTGCAT
gi|2 : gaTCAGCAATGTGTACTTAATATAGTAACAATTTT-CCTTATA-----TATATAT------ATA----TAA--TA-ATACTA-ATATAGGAAAAAACCCAAAGAGTGCAAACAATACTCAGCTTTATTT-GCCATTATAACGGAGAAAAGCTGCTA----ACCAAATTTTTAAAAATAAACCAGTATATTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTCA---TTTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTGCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------TCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCTCTCGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAAGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAC--TGACTACATTGGAGGATATTAACT------------------------TATAA------T----------------------TAG----ATTTGTAATG-CAT-ATTTCA-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTAT--GCACTTTTAG--A-TAG--GAAAACAAGAGACCATATTATGATA---CAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAGTTGAA---TGCA---AGGAT-TTTTTTG----AAATA-TAGAATAGC----------ATGTGC--------AACAAGGCTACTCTAT---TCTTATACAAGCTTTATCTTATAAAAGAATCAGATT----------AAG-TCAAAAGGACCAGTGCATGAGGGT-----------------T--CGTTGAA---ACAAGGACCAGAACTCTGCTC-------A-TTTT-----------------CAC-----------------AGA----AAAA-
gi|3 : gaTCAGCAATGTACGCTAAATATAGTGACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TTACTTGCAT---------TGGAAAAC-CCCATAGAGTGCAAACAATGTTCAGCTTTATTT-GTCATTATAACTAAGGAAAGCTGGTA----ACACAATGTTTAAAAATAGACTAGCACTTTATGTGTATTACCAACTTTATTTCCCACTTTACTATGTTTGTGTTTAAATCCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAACTCAAGTGTTTCTGAAACTGACATCTTTTTTGTGGAAAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATAAGTACTGCTTGATATTTACATTTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCATAGGTTAAAACATT-GATTAATCATCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTCGGTGGGGTAATGTGAATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACTGTGACTACATTGGAACATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTATTGGTTTGTGTAAAAAA--A----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-GTCACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCTAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GATAACAAGAGGTCCTA-TATTATAGCATAT------GTTATTGCTGTACTAGTTCAATTTGG---TGCA---AAGATTTTTTTTG----AAACA-TATAAatatggcgcc
gi|4 : TCAGCAATATGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----GAGGTGCTTGGTCACG----TGGCTTGCATTCTA-ATATGTG----------AAGAGTGCAAACAATGCTAAGCTTTATTT-GCCATTTTAACAGAGAAAAGCCGGT---------AATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTAACAATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATCATTTCAATATGGTGTCTACAGCAAGTGTTTCTGAAATTC-----------------ACGCCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGCATTAGTACTGCTTGATACTTACATATAGTAAT------TA-ATTTGGTTTAT--CAGGTTAAAACATT-GATTGATTTTCTACAGTCTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-AAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACA-A-GAACATGCATCTTTCCTTCCAC-ACGACa
gi|5 : aTCAGCAATGTGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATAATA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTGTAACGGACAAAAGCCAGTACTTAACCAAATGTTTAAATATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTAATTCCCACTTTACAATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCAAGTGTTTCTGAAATTC-----------------ACACCTTTTCATTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTAAAGGGTATTAGTACTGCTTG-TACTTACATATAGTTATTACCGGTATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATC-GATTGATCTTCTGCAAACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTTGGTGGGGTTATGTGACCACAA
gi|6 : CACACCTCAATACACACTTTCTTTAGGGTATAAGTACTGCATGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAA-ATTCGATTGATTTTCTGCAGACTTCTAATAAAT---GAACACATA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTGTGACCACATTGAAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTATAAAAAA--T----------------------TAT----ATTTGTTATG-CAT-ATTAAA-A-GAAA--ACATCTTTCCTGCCCC-AAGACCTGT--GCACTTTAAAACA-TAG--GAAAAC
gi|7 : AATTTGAATGCTATTGATTTGTGTAAAAAA--TGAGAAACAGATGTGCTACATGTTAGTGCAATTTGTTGTGTCATGATTAAGTACGAAAACACAACTTACCTTCCACTAAG--------------TTAAAT--TGGATGAAAA----------TA-TATAAT-GTGTACAAAAAGGTTA---CTCTA-TAG----ATTAGAACACGCATTGAGGTCATTTTC------AAGTACTATAGTAGCCAAAAT-TAT-TCTGTGTTTTTCAGAAATGGTTGGTTTCCAAGCCATATACAAGCTTTATCCTCTATAAGACTCCCATTACGTTCATTAAAGATCAAAAGGAAAGGTGTAAGAGTGTCCACAATGCAAAATTAAA--CATTGAA---CTAAGGGCCACAATTATGCTA-------G-TTTT-------------------C-----------------A-------AAA-TGTTGAGCCGGAGTCGGCCCT
gi|8 : GCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTCCGAATTTGGGTGATACTGGTTTGTATAAAAAAAAT----------------------TAG----GTTTGTTATG-CAT-ATTATG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATATCATAT------GTTATTGCTCTACTAGTTC-ATTGGG---TCCA---AAGA-ATTTTTGG----AAATA-TAGAAAAGC----------ATGTGC--------AAAAAGGCTACTCTAC---CCTTATACAAGCTTTATCTTATGTAAGAATCAGATTTAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCAT-----------------C--CATTAAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT-----------------CAT-----------------AGA----AAAA-
gi|9 : GG-AAAAAAGCACACACCTCAATATACACTTTCTATACGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTT--ATAGATTAATACATT-GATTGATCTTCTGCAGATTTCTGATTAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGTTAATGTGACTTCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTT-GAATTTGGGTGTTACTGCTTTATGTgtatggcgc
blockSeqs : A T ATTTA AACA AC T T A . A G CTTA TT C T AAGTGTTTCTGAAACTGA T A TACCGG TG C CTA AC NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN C TGAGAAACAGATGTGCTACATGT TGCA T G T C T AA TCAA AT T TCA AAAAAG A AACA TTG TT AGAAAA C A CAAAATTATTCTGTGTTTTTCA G CCAAG C A TTCA A G CCACAATGCAAAATTAAA GTC GAAAAAT . CGCAGAAAAATATATGGCCA AAAA T
blockSeqs : . . . . AC . A . . A G . CA T A T T . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . AAT . . . . . T . ACA . . GCA AT A G . CA TG . C ATGTGCAG C AT A A . . G ATT . . . TGCAGAAAAATAAATGGTGC . .
blockSeqs : . . . . TC . T . . A T . AC A A A T . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T . . . . . . . ACA . . GTG . A A . T TG . T ATGTGC G AC A A . . A A . . . GCAC . .
blockSeqs : . . . . AA . G . . T A . CA T . A A . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . A . . . . . . . ACA . . TCA . A A . A TG . T ATGTGC C . C A . . T C . . . CGC . .
blockSeqs : . . . . A . C . . G G . . . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN . T . . . . . . . AT . . GG . . G . T GG . A . . A . . . G A . . . CAC . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . A . . . . . G . A . . . . . . G A . . . CAT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . . . A T . . . C . .
blockSeqs : . . . . C . .
blockSeqCons : N* ATGTGC****************** A**** CGC**********************************
originalCons : TCAGCAATGTGCGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTNTAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTNACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------GCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATAGCGTAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAATTGGG---TGCA---AGGATATTTTTTG----AAATA-TATAANAGC----AT-TATATGTGCG------AAAAAAGGCTACTCTAC---TCTTATACAAGCTTTATCTTNTATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTT----------------GCGC-----------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
finalCons : TCAGCAATGTGCGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTNTAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTNACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------GCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T----------------------TAG----ATTTGTTATG-CAT-ATTACG-A-GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAG--GAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATAGCGTAT------GTTATTGCTCTACTAGTTCAATTGGG---TGCA---AGGAN-TTTTTTG----AAATA-TATAANAGCATGTGC------------------AAAAAGGCTACTCTA----TCTTATACAAGCTTTATCTTNTATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGCTA-------A-TTTTCGC----------------------------------AAA----GAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 1111 1111 666666666666666666 111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111 22222222 22222222 11111111 22222 111111 222222 11 22 1111 33333333333333333333 8888888888888888888888
lowQualScore : 5 5 22222 0 0000 66 5 8 5 6 1 1 4444 44 0 0 1 3 0 000000000000000000 1 5 444444 66 5 888 66 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 5 999999999 00000000 00000000 66666666 8 77 8 5 6 33333 5 0 5 88 333333 1 3 333333 11 33 1 3 1 0 0000 0 5 1 66666666666666666666 777 9999 5 3333333333333333333333 5
lowQualScore : . . ..... . .... .. . . . . . . .... .. . . . . . .................. . . ...... .. . ... .. ........................................................................................................ . . ......... ........ ........ ........ . .. . . . ..... . . . .. ...... . . ...... .. .. . . . . .... . . . .................... ... .... . ...................... .
lowQualScore : 0 0 55555 1 6666 00 7 9 7 7 0 0 2222 33 3 6 0 8 8 666666666666666666 4 7 444444 99 0 888 99 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 7 000000000 77777777 77777777 11111111 9 99 7 7 7 22222 7 4 7 77 000000 3 3 000000 00 22 0 2 0 4 6666 1 0 9 44444444444444444444 888 4444 0 8888888888888888888888 0
consensus : TCAGCAATGTGCGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTNTAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTNACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------GCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T------TAGATTTGTTA--------TGCA--------TGTCACGA--------GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAGGAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATAGC--ATATGTTATTGCTCTACTA-GTTCAATTGGGTGCAA-GGA-NTTTTTNG----AAATATATAATAGC------ATGTGC--AAAAAGGCTACTCTACTCTTATACAAGCTTTATCTTATATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGC----TAAT-TTT--CGCA-AA-------------AAAGAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
Reference ( family-2542 ) : TCAGCAATGTGCGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATACTA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTNTAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTNACNATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------GCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T------TAGATTTGTTA--------TGCA--------TATTACGA--------GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAGGAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATAGC--GTATGTTATTGCTCTACTA-GTTCAATTGGGTGCAA-GGA-NTTTTTTG----AAATATATAANAGC------ATGTGC--AAAAAGGCTACTCTA-TCTTATACAAGCTTTATCTTNTATAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGC----TAAT-TTT--CGC-----------------AAAGAAA-TTTTGAGCCAGAGCCGGCCCT
gi|1 : TCAGCAATATGCGCTAAATATAGTAACAGTTTT-CCTTA-A-----CTGGTGCTCGGTCACG----TGACTTGCATACAA-GTATCGGAAAAC-TCCAAAGAGGGCAAACAATGTTCAGCTTTATTTTGTCATGCTAACTGAGAAAAGCCGGTA----ACCAAATGTTTAAAAATAGATTAGCACTTTATGTGTATAACCAAGTTTATTATCCACTTGACTATGTTTGTGTTTAAATCTAAAATGCATATGATT-CAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTAAAACTT-----------------GCACCTTTTAAGTGG-AAAAAAGCACACACCACTATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTGTCATAGGTTAAAACATT-GATCAATCTCCGGCAGACATTTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGAATACAAT---TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-GACTGTGACTACATTGAAACATATTAACTC-GAATTTGAGTGTTATTGGTTTGTGT-AAAAA--T------TAGATTT-TTA--------TGCA--------TGTCACGA--------GAAAACAC--CTTTCCTGCTAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAGGATAAAAAGAGGCCCTA-TATGATAGC--ATATGTTATTACTCTACTA-ATTCAATTTGTTGCGATGTT-GTTTTTTT----AAATATATAATAGCATATATATGTGTAAAAAAAGACTACTCTACTCTTATACAAGCTTTATCTTCTGTAAGAATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAGGGAAAGATGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGGCTATAACTCTGC----TAAT-TTTTGCGC-----------------AAAGAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCCT
gi|10 : A--------GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCTATTTTAG--A-TAGCAAAACAAGAGGCCCAA-TATGCTATCATATATGTTATTGCTCTACTA-GTTCAACTGGGTCCAA-GGA-TTTTTTGG----AAATATAGA--AGC------ATGTGC--AGAA---------------------------ATCTTATATAAGCATCAGATTAAG----TTATAG-TCAAAAGGAATGGTGCATGAGCGT-----------------A--CATTGAA---TCAAGGACCATAACTCTGC----TAAT-TTT--CGCAGAAAAATATATGGCCAAAAGAAA-TTTTGAACCAGAGCAGGCC
gi|11 : TCAGGAATGTGTGCTAAATATATTAACAACTT--CATTA-AATTTATATTTGCGTGGGCATGAACATGACTTGCATACTA-ATAT-GGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTAATTT-GCCATTATAACGGAGAAAAGCCGGTA----ACTTAACTTTTAAAAATAGACCAGAACTT--TGTGTAT
gi|12 : a-AAAAAAGCACACACCTCAAAACAAATTTCCTATAGGATATTTGCACTACTGAATAGTTAAATATAATAAT------CATATT--GTTTTTCACAGGTTACAACAAG-CATTGATCTTCTACAGGCTTCTGATAAATCTAGAATATAGAACAGTGGGTGAGGTGATTTGAC
gi|13 : A--------GTAAACACAT--TACTTGACACTAAGATTTATAAGCATTTTT-GTCAATATAAATACAAGAAATCCTT-TA----AG---GTCTATTATTGCTCTATTA-GTTTAACTGGATGCAA-GGA-ATTTTTAGAAAAAAATATATAACAaata
gi|14 : aAAAAGGCTGGTTT--TCAAA-ACAAGTTTTATTTTCTAT--GAATCTGATTAAG----TT--TG-TC------CACAGTGTAAAAAT-T-----------------ATTCATCAAA---TCAAGGGCAATAACTCTGC----TAtgc
gi|15 : tatatatttttgagATCAGATTAAG----TTAAAG-TCAAAAGAAACGGTGCATGAACGT-----------------C--TATTGAA---ACAAGGACCATAACTCTGCAGAAAAATATTTGGCAC-----------------AAAGAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCCT
gi|16 : GATGCATGGGCAT-----------------A--CATTGAA---ACAAGGACTATAACTCTGC----TAAT-TTT--TGCAGAAAAATAAATGGTGCAAAGAAATTTTTGAGCCAGAGCC
gi|17 : caTATATAAGAATCAGTTTAAA----TTAAAG-TCAAAAGGAttccc
gi|17 : ATCAGTTT-----------------A--AATTAAAGTCAAAAGGACCAAAACTCTGC----TAAT-TTT--CGCAAAA-------------AAAGAAA-TTTTGAGCCAGAGCCAGCCccaaaactctgctaattttcgcaaaaaaagaaattttgagccagagccagcc
gi|18 : tatataagaATGTGTGTTAAATATAGTTACAGTTTTACC--G-A-----TAGATGCTTGGTCATG----TGATATGCATA-TATGTATTGGAAAAC-CCC
gi|19 : TCAGCAATGTGCCCTAAATATAATAACAATTTT-TCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACA----GGACTTGCAT
gi|2 : gaTCAGCAATGTGTACTTAATATAGTAACAATTTT-CCTTATA-----TATATAT------ATA----TAA--TA-ATACTA-ATATAGGAAAAAACCCAAAGAGTGCAAACAATACTCAGCTTTATTT-GCCATTATAACGGAGAAAAGCTGCTA----ACCAAATTTTTAAAAATAAACCAGTATATTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTCA---TTTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTGCAGCGAGTGTTTCTGAAATTC-----------------TCACCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCTCTCGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAAGTTAAAACATT-GATTGATCTTCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAC--TGACTACATTGGAGGATATTAACT------------------------TATAA------T------TAGATTTGTAA--------TGCA--------TATTTCAA--------GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTAT--GCACTTTTAG--A-TAGGAAAACAAGAGACCATATTATGATA-----CATGTTATTGCTCTACTA-GTTCAGTTGAATGCAA-GGA-TTTTTTTG----AAATATAGAATAGC------ATGTGC--AACAAGGCTACTCTATTCTTATACAAGCTTTATCTTATAAAAGAATCAGATT----------AAG-TCAAAAGGACCAGTGCATGAGGGT-----------------T--CGTTGAA---ACAAGGACCAGAACTCTGC----TCAT-TTT--CAC-----------------AGAAAAA-
gi|3 : gaTCAGCAATGTACGCTAAATATAGTGACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TTACTTGCAT---------TGGAAAAC-CCCATAGAGTGCAAACAATGTTCAGCTTTATTT-GTCATTATAACTAAGGAAAGCTGGTA----ACACAATGTTTAAAAATAGACTAGCACTTTATGTGTATTACCAACTTTATTTCCCACTTTACTATGTTTGTGTTTAAATCCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCGAGTGTTTCTGAAACTCAAGTGTTTCTGAAACTGACATCTTTTTTGTGGAAAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTATAGGGTATAAGTACTGCTTGATATTTACATTTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCATAGGTTAAAACATT-GATTAATCATCTGCAGACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTCGGTGGGGTAATGTGAATACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACTGTGACTACATTGGAACATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTATTGGTTTGTGTAAAAAA--A------TAGATTTGTTA--------TGCA--------TGTCACGA--------GAAAACACATCTTTCCTGCTAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAGGATAACAAGAGGTCCTA-TATTATAGC--ATATGTTATTGCTGTACTA-GTTCAATTTGGTGCAA-AGATTTTTTTTG----AAACATATAAatatggcgcc
gi|4 : TCAGCAATATGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----GAGGTGCTTGGTCACG----TGGCTTGCATTCTA-ATATGTG----------AAGAGTGCAAACAATGCTAAGCTTTATTT-GCCATTTTAACAGAGAAAAGCCGGT---------AATGTTTAAAAATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTATTTCCCACTTAACAATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATCATTTCAATATGGTGTCTACAGCAAGTGTTTCTGAAATTC-----------------ACGCCTTTTCTGTGG-AAAAAAGCACACGCCTCAATACACACTTTCTATAGGGCATTAGTACTGCTTGATACTTACATATAGTAAT------TA-ATTTGGTTTAT--CAGGTTAAAACATT-GATTGATTTTCTACAGTCTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTC-AAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTGTAAAAAA--T------TAGATTTGTTA--------TGCA--------TATTACAA--------GAACATGCATCTTTCCTTCCAC-ACGACa
gi|5 : aTCAGCAATGTGTGCTAAATATAGTAACAATTTT-CCTTA-A-----CAGGTGCTTGGTCACG----TGACTTGCATAATA-ATATCGGAAAAC-CCCAAAGAGTGCAAACAATGCTCAGCTTTATTT-GCCATTGTAACGGACAAAAGCCAGTACTTAACCAAATGTTTAAATATAGACCAGTACTTTATGTGTATTATAAAGTTTAATTCCCACTTTACAATGTTTGTGTTTAAATTCTAAATGCACATGATTTCAATATGGTGTCTCCAGCAAGTGTTTCTGAAATTC-----------------ACACCTTTTCATTGG-AAAAAAGCACACACCTCAATACACACTTTCTAAAGGGTATTAGTACTGCTTG-TACTTACATATAGTTATTACCGGTATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAACATC-GATTGATCTTCTGCAAACTTCTGATAAAT---GAACACAGA--AGTTGGTGGGGTTATGTGACCACAA
gi|6 : CACACCTCAATACACACTTTCTTTAGGGTATAAGTACTGCATGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTTTCACAGGTTAAAA-ATTCGATTGATTTTCTGCAGACTTCTAATAAAT---GAACACATA--AGTGGGTGGGGTAATGTGACTACAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGGCTGTGACCACATTGAAGGATATTAACTC-GAATTTGGGTGTTACTGGTTTGTATAAAAAA--T------TATATTTGTTA--------TGCA--------TATTAAAA--------GAAA--ACATCTTTCCTGCCCC-AAGACCTGT--GCACTTTAAAACA-TAGGAAAAC
gi|7 : AATTTGAATGCTATTGATTTGTGTAAAAAA--TGAGAAACAGATGTGCTACATGTTAGTGCAATTTGTTGTGTCATGATTAAGTACGAAAACACAACTTACCTTCCACTAAG
gi|7 : TCCACTAAGTTAAATTGGATG---------------A----AAATATATAATG---------TGTAC--AAAAAGGTTACTCTA-Tttaaattggatgaaaatatataatgtgtacaaaaaggttactctatagattagaacacgcattgaggtcattttcaagtactatagtagccaaaattattctgtgtttttcagaaatggttggtttccaagccatatacaagctttatcctctataagactcccattacgttcattaaagatcaaaaggaaaggtgtaagagtgtccacaatgcaaaattaaacattgaactaagggccacaattatgctagttttcaaaatgttgagccggagtcggccct
gi|7 : aatttgaatgctattgatttgtgtaaaaaatgagaaacagatgtgctacatgttagtgcaatttgttgtgtcatgattaagtacgaaaacacaacttacctTATACAAGCTTTATCCTCTATAAGACTCCCATTACGTTCATTAAAGATCAAAAGGAAAGGTGTAAGAGTGTCCACAATGCAAAATTAAA--CATTGAA---CTAAGGGCCACAATTATGC----TAGT-TTT--C----------------------AAAA-TGTTGAGCCGGAGTCGGCCCTagattagaacacgcattgaggtcattttcaagtactatagtagccaaaattattctgtgtttttcagaaatggttggtttccaagccatatacaagctttatcctctataagactcccattacgttcattaaagatcaaaaggaaaggtgtaagagtgtccacaatgcaaaattaaacattgaactaagggccacaattatgctagttttcaaaatgttgagccggagtcggccct
gi|8 : aatttgaatgctattgatttgtgtaaaaaatgagaaacagatgtgctacatgttagtgcaatttgttgtgtcatgattaagtacgaaaacacaacttaccttccactaagttaaattggatgaaaatatataatgtgtacaaaaaggttactctatagattagaacacgcattgaggtcattttcaagtactatagtagccaaaattattctgtgtttttcagaaatggttggtttccaagccaGCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTCCGAATTTGGGTGATACTGGTTTGTATAAAAAAAAT------TAGGTTTGTTA--------TGCA--------TATTATGA--------GAAAACACATCTTTCCTGCCAC-AAGACCTGT--GCACTTTTAGACA-TAGGAAAACAAGAGGCCCTA-TATGATATC--ATATGTTATTGCTCTACTA-GTTC-ATTGGGTCCAA-AGA-ATTTTTGG----AAATATAGAAAAGC------ATGTGC--AAAAAGGCTACTCTACCCTTATACAAGCTTTATCTTATGTAAGAATCAGATTTAG----TTAAAG-TCAAAAGGAACGGTGCATGAGCAT-----------------C--CATTAAA---ACAAGGACCATAACTCTGC----TAAT-TTT--CAT-----------------AGAAAAA-
gi|9 : GG-AAAAAAGCACACACCTCAATATACACTTTCTATACGGTATTAGTACTGCTTGATACTTACATGTAGTAAT------TATATT--GTTTT--ATAGATTAATACATT-GATTGATCTTCTGCAGATTTCTGATTAAT---GAACACAGA--AGTGGGTGGGTTAATGTGACTTCAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTCTGTGACCACATTGGAGGATATTAACTT-GAATTTGGGTGTTACTGCTTTATGTgtatggcgc