lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2222222 111 2222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11111111 22222222222 1111 111111 7777777777 555555555555555555555555555555555 11111111 11111 111 111 33333333333 2222222 1111 222222 111111111 11111111111111111111 222222222 666666666666666666666666666666666666666 11 1111
lowQualScore : 888888 66 77 6 5 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 1 6666666 444 5555555 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 00000000 4 4 55 99999999999 3 2222 2 333333 3 7 3 0000000000 222222222222222222222222222222222 2 555 66666 44 1 11111111 1 22222 999 444 44 44 55555555555 4 77 3 2 0000000 555 3 999 3 111 444 555 3 1111 44 3 33 33 2 33 000000 3 8888888 2 44 88 2 2 111111111 2 2 7 2 2 4444 44444444444444444444 000000000 2 6 55555 2 55555 444444444444444444444444444444444444444 4 44 2 2 33 66666 7777777 2 3333 2
lowQualScore : ...... .. .. . . ......................................................... . . . ....... ... ....... ........................................................................... .. ........ . . .. ........... . .... . ...... . . . .......... ................................. . ... ..... .. . ........ . ..... ... ... .. .. ........... . .. . . ....... ... . ... . ... ... ... . .... .. . .. .. . .. ...... . ....... . .. .. . . ......... . . . . . .... .................... ......... . . ..... . ..... ....................................... . .. . . .. ..... ....... . .... .
lowQualScore : 888888 44 66 7 8 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 0 0 0000000 000 0000000 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66 55555555 0 0 00 44444444444 3 5555 2 111111 6 3 5 9999999999 222222222222222222222222222222222 7 444 00000 22 0 22222222 9 66666 555 111 22 22 88888888888 9 33 1 5 9999999 444 1 666 1 222 444 444 1 8888 22 1 99 99 9 00 000000 1 2222222 9 11 44 9 5 444444444 4 4 1 2 2 7777 77777777777777777777 888888888 2 8 66666 2 66666 444444444444444444444444444444444444444 4 77 4 4 22 11111 6666666 5 8888 5
consensus : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGAT----TTC-----TCTT---------GA---------C---------C-AGAGCAGTTATTCGAGTTTATT-------AAACTG---CATATC----GATTT------------------ATG-------------------AANA--------AA----CAGT-----------TCCAAANTTCAA-----C--AATTT-T-ATAAA--ATACTT-A--A-A-TAT-CATGAANACTTAGAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC--------AACATGAAAATAAATGGAATAAATTGCAA-TT-TT-CT-N---AT---AAAAA-TCTCAC-AACTGAACT---TTAATT-C---A--AATTGAC--------AGTGTAAAGCA-CCC-TAA--TCTC--T--TTTC--ATGA--CTA--CN-CTGTTTC--TT-TTC---C---T---TC-T---A-TCCGCGT-C-T---T-T-T--T--CC-TTT--TC--CTCTT-TCTTTCCTCG---TC-TT--TT---CTTATTA-TAA-CAT-TAT-TTCATAGAATACATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC----------T------G--TATGTA--------TTATA-TTAA-----AT-GTATT-----TG--CAA-----------------AA---T-----G-T---TGTAT-TAT-GAA-A-T--A---A-TAA-------AAAA-A----T-AAAAACAA
Reference ( gi|2 ) : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATTTAGATTATTC-----AACAAT----TTT-----TCTT---------GA---------A---------C-AGAACAGTTATTCGAGTTTATT-------AAACTG---TATAGT----GATTT------------------ATG-------------------AACA--------GA----CAGT-----------TCCAAAGTTCAA-----C--AATTT-T-ATAAA--ATACTT-G--A-A-TAT-CATGAACATTTAGAAAA--AA-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGCTTT----AAACATGAAAATAAATGGAATAAATTGCAA-ATATT-CT-A---AT---AAAAATTCTCAC-CACTGAACT---TTAATT-C---A--AATTGAC--------AGTGTAAAGCA-CTT-TAG--TCTA--T--TTTC--ATGA--ATG--CAACTGTCTC--TT-TCC---C---T---TC-T---A-TCCACGT-C-T---T-T-T--T--CC-TTT--TC--CTCTT-TCTTTCCGCG---TC-TT--TC---CTTATTA-TAA-CAT-CAT-TTCATAGAATACATTCA-T-----AT-GAAA-A-A-GT-T-A----AC----------T------A--TATGTA--------ATATA-TCAA-----AT-ATATT-----TG--T-------------------AA---T-----G-T---TGTAT-TAT-TAA-A-T--A---A-TAA-------AAAA-A----T-AAAAACAA
gi|1 : GACAGAACTTGAAGTATACTAGTATCTGAATGAAA--CTTATTGAAACAGTCTTAAATTGTTC-----AAAGAG----TTC-----TCTTTGACATTTTGA---------C---------C-AGAGCAGTTATTCAAGTTTATT-------AAACTG---CATATT----GATTT------------------GTGGAAGATAGTTTATTTGTAAAACA--------AGTATGCAGT-----------TCCAAAGATCAA-----C--AATTA-T-TTAAA--ATA---------A-CAT-GATAA----TTAAAAAA--TA-TAACAGCG-TGTAACAAA-GATAAA-TGACAC--------AACATGAAAAT-AATAGAAGATATTGCAT-TTTTTCCT-A---AT---TAAA--TCTTAC-AAATGAATT---TTAATT-T---A--AACTGTC--------AGTGTA---TT-TTT-TTT--TTTATTT--TTTC--AAGATTATT--C--CTGTTTA--TT-TTC---G---T---TCGTAA-A-TTTA--T-T-T---T-T-A--T--TT-TTT--TC--CCCCT---------CA---TA-TG--TC---CTTATTA-TAA-TAT-CAA-TTCATAGAATACATTCA-T-----AT-AAAACA-A-AA-T-A----AC----------TGGTGCAG--CATGTATTTTTATTACATG-CAAA-----AT-GTATG-----TG--C-------------------AA---C-----G-C---AATA---AT-GAA-A-C--A---A-TTA-------ATAA-A----G-AAAA
gi|23 : gGACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACATACTGAAATAGATTTGGATTATTC-----AACGAT----TTC-----TCTT---------Ggaaag
gi|15 : tagggtttttagGACAGAAACTCAAAT------GTTTTTGAATGAAAAATAAATATACATATATTTAAAATTTTC-----ATTGATCTCATTTGGATATATT---------GA---------C---------C-AGAGTAGCTAC--------ACT-------CAACTG---TATATT----GATAT------------------ATGC------------------AAAA--------TATTT-CATT-----------TTTAAAA-ACAAATATGC--AATTT-TAATAAAAGATATTTAA--A-A-TAC-CATGAAAATCTCGAAAG--AT-TAGTggagtgttgaccagagca
gi|27 : g------GTATCCGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATGT---TTCCCCTTGGGAATA----------------TT---------GA---------C---------C-AATGCAGTTATTCGAGTTTtgacaaa
gi|3 : ATCTGAATGAAAA-CGAATTGAAATGAATTTGGATTCTTC-----AAAGAT----TAC------CTT---------GAGGAATCATTA---------CGAGAGCAGTTATTCGAGTTTATA-------AAACTG---CAT-GC----AAACT------------------ATA-------------------TACAT-------AA----CAGT---------------------AA-----CTGAACTG-T-ATG-----TA----G--A-G-T-T-CATCAA--TTTAGAAAA--AA-AAATAGCG-AATAACAAA-GATAAAGTGGCGC--------AACATGAAAATAAATGGAATAGATTG------------------------AAATTTT----------ACT---TTGATT-G---A--AATTGAC--------ACTGTAAAGCATCTA-TA---TCTT--T--TTAC--ATGT--CTA--CTGCTGGTTCA-TT-TCCTT-C---T---TC-T---A-TCAACGT-A-C---T-T-T--T--CC-TTT--TC--TAATT-TCTTTCCCCA---TT-AA--TT---CTTTTTT-TA--CAT-TAT-TTCATAGAATACATTCA-T-----AT-AAAA-ATA-GT-T-A----ACATAAAATAGTT------A--TATATT--------CTATA-TAAA-----AC-ATATT-----TG--CATAATTTACTCTACTGCAAAA---T-----G-TA--TGTAT-TAT-CAA-A-T--A---A--AT-------AAAA-A----T-AA
gi|6 : TTGGATTATTC-----AACGAT----TCC-----TCTT---------GA---------GAATCTTGATC-GGAGCTGTTATTTGAGTTTATC-------AAACTC---CATATT----GATTT------------------ATGG------------------AATATATTAATTGA----AAGTAAGCAAAAAAATCCA--GTTCAA-----C--AATTT-T-ATAAA--CTATTC-A--A-AATAT-CATGAATCCTTAGAAAA--AAATAACAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGT--------AACATGAATCAAAATGGGA-AAAATGCAA-TTTGT-CT-A---AT---AAAAA--CTCAC---------------------------AATTGAC--------AGTGTAAAGTA--TC-TAA--TCTT--T--GTTC--ATGA--ATA--CTCCTGTTTC--TT-TTCCTTC---T---TC-T---A-TTCGCTT-C-T---TCT-T--T--CC-TTT--AC--AATAT-CCTGTCCTCG---TC-TT--TT---C-AAATA-TAC-CAT-TGC-TTCATAGAATACATTTA-C-----A--AAAC-A-A----T-A----AC----------T------A--CTTGAA--------TTTTA-TCTA-----AT-GTATT-----TGA-T-------------------AA-----------A---TAAATGTAT-TAA-A-T--A------AA-------ACAA-A----T-TAAAACAtccaa
gi|5 : -----TCTT---------GA---------T---------C-AGAGCAGTTATTGGAGTTTATTATGCTGTAAATTGATTTATGGAAAAAGATTTTTTTTTTCAAAAACAAGTATA-------------------AACA--------AA----CAAT-----------TACAAAGTTTAT-----C--AGTTT-C-ATAAA--ATATAT-G--ACA-TAT-CATGAA-----------------AATAGCG-AGTTACAAA-GATAAAGTGACAC--------AACATGTAAATAAATGGAATAAATTGCAA-TTTTT-CT-A---AT---AAAAA--CTCACAAACTGAGCT---TCAATA-C---A--AATTG----------AGCGTAAAGCA-CGG-TAA--TCTC--T--TTTA--ATGA--CTA--CTCTTGTTTC--TT-TTC---CTTTT---TC-T---A-TCCATCC-T-T---T-T-T--T--TC-TTT--TC--CTTTT-TCTTTCCTCG---TC-TT--T----TTTATTA-TAA-CAT-TAT-TTCATAGAATACATTTA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A----AC----------T------G--TATGTA--------TTACA-TTTG-----AT-ATATT-----AG--CA------------------AA---T-----A-T---AATATGTAT-GAA-A-T--A---A-TAA-------AAAA-AT---T-AAAAACAAc
gi|4 : gggaaT------------------GTA-------------------AAAA--------AA----CAAT-----------TCCAAATTTTAA--------GATTTAT-TTATA--ATAGTT---------AC-CATGAATATTTAG---------TAA----G-ATCTATAAA-GATAAACTGACAC-------AAA-GTGAATATAAATGGAATAGATTGCAA-CT-TT-TT-ATTTATTTTAAAA---CTCA---ACTGAACTATTTTTATT-C---A--CACTGAC--------AGTTTAAAGTA-CCC-TTA--TTGA--A--TGTC--ATGACCATC--C--CCGTTTCGTTT-TCT---T---T---TC-T---A-TCTGCCT-C-TGTGT-TGC--T--CC-ATT--GT--CGCTT-TTTACCC------TT-TT--TCGCTCTTGTTC-TAA--ATGTAT-TTCATAGAATACATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC----------T---------T-CGTA--------GTAT----GA-----AT-GTAAT-----TG--T-------------------AA------------------AT-GAA-T-A-A-T--A---A-TAA-------AAAaaaa
gi|13 : gaaT------------------ATG-------------------CAAA--------AA----TAAC-----------TACGAATTTTGA-----C--AATTT-A-A-AAA--ATACTT-A--A-AATAC-CATGAACACCTCGAATG--AT-TAATAGCT--GTAACAAATGACAAAATTACACATTACCAAAACACGAA--------GAATAAACTGC---AT-TT-TT-T---GT---AAGAATGATAAT-TTATGAATA---ATAATC-T---ATGAAATGACATAATTTGAGTGTAAAATA-ATT-CAC--CTTC--T--TTTT--------ATA--CAA----CTC--TT-GCT---C---A---TC-T---G-CCCTCGT-C-T---C-T-C--TGACC-TAT--TCTGTTCTTATCCTTctcatatttgcctattcatagaattatcaagttaatacaactcatgaacatgtatttaattataacaaagtatcatggtataatgcagtcatgttttaattggttaaaattaaa
gi|8 : aaaagcaaa------------------ATG-------------------CAAA--------AA----CAAC-----------CCCGAATTGTAA-----C--AATTT-T-CAGAA--ATA-TT-GAAA-A-TAC-TATGAAAACTTCAAAAT--AT-TAATTGC--ACTAACAAA---------------------AGACATGAAAACAAATGGAATAAACTGCAA-CTTTT-CTGG---AT---AA------------ACTAA--T---TTATCTAT---A--AAGTGAC--------AGTGTGAAGTA-ATT-TA----CCA--TTCTTTCTAAT-A--ATA--TA--TAGCTC--TT-CAG---C---T---TC-T----------GT-C-T---C-T-C--T--CC-CTCAGAC--CTA-T-TCTGTCCTAA---TC-CTAAAC---TTTGGTACTAA-TAT-TACGTTCATA-AACA-ATATA-T-----AT-GAAG-A-ATGTAT-ATTGTAC----------T------ATGTATGTA--------ATA-A-T-AA-----AT-G----------G--T--------------------A---T-----G-TCAATGTAC-TATGGAA-A-T--A------AA-------GAAA-A----TGAAAAACAAaactgtatttattgtatattgcgttcaaaaa
gi|10 : gatatatggacaaaagtagctacagtaaaactgaatattaatatatacaaaatacttaacttttaaaaaacaatgAAGATTCAA-----C--AATTT-T-ACAAA--ATACTTTA--A-A-TAT-CATGAAAATTTAGAAAA--AA-TAATAGCG-AGTAAAAAA-GATAAAGTGACGC--------AACCTGAAAATAAATGGAATAAACTCCAA-TTATT-CT-A---AT---AAAAA-TCTCAC-AACTAAACT---TTAATT-C---A--AATTGAC--------AGTGTAAAGCA-CCT-TAATTTCT---T--TTTC--ATGT--CTG--CAATTGTCTC--TT-TTCCTTC---T---TC-T---A-TCCACGT-C-C---T-T-TTAT--CCATTT--TC--CT-TT-TATTTCCCCG---TC-TC--TT---CTTAGTA-TAA-CAT-TAT-TTCATAGAATACATTCA-T-----------------GT-TAA----AC----------T------G--TATGTA--------TTATA-TCAA-----AT-ATATT-----TG--A-------------------AAAATT-----A-A---TGTAT-TAT-GAA-A-T--A---A-TAA-------AAAA-AAT--T-AAAAACaaa
gi|9 : tcaattgatgttaagttaatgttataaatAAACTTCA------C--A-TTT-T-ATAAT--GTATTT-A--A-AATAT-CATGAACATTTAGAACT--AA-TGACAGCA-AGAATCAAT-GATAAGGTAAAG---------AACATGAAAATAAATGGAAT----------------------------AAAAATTC--AC-AACTGAACT---TTTATT-C---A--AAATGAC--------CATGCAAAGAA-CCCATA---TCTC--T--TTAC--ATGA--CTG--CTCTTGTTTC--TTGTCCTT-C---T---TC-T---A-TCCATGTCC-T---T-T-T--T--CC-TTT--TC--CTTAT-TCTTTCCTCA---TCTTT--TT---CTTATTG-TAA-CAT-TAT-TTCATAGAATATATTCATT-----ATCAAAA-A-A-GT-T-A----AC----------T------G--TATGTA--------TTATATTTAATGTACAT-ACATT-----TG--CAA-----------------AA---T-----G-TA--TGTTT-TAT-GAA-G-T--C---A-TAA-------AAAA-AT---T-ACAAACAA
gi|11 : attgatatgtgaaccttatctgtacatgtaccagAAA--ATAATT-A--A-AATAC-CATGAAAACCTGGAAAG--AT-TAATTGTACAG--ACAAAAGACACAATTACAC--------AACATGAAAACATATGGAATAAACTGCAACAT-TT-CT-A---GT---AAAA------------TAA--T---TTATTT-CTTTA--AAGCGAC--------AGTTTAGAG-------TAA--TTTA--C--CTT------------------TGTTTC--T--------A---T---TC-T---A-------------------------CC-TGT--TT--CTCTT--CTCTCCGAGATATC-CTA-TC---CTAACAA-TAATCTT-TAT-TTCTGAAAATACGTTCG-T-----A---AAC-A-A-AT--------A-----------T------A--TATGAA--------GAATG--CAA-----ATCGTATTATGTATG--C-------------------AA---TTATAAA-T---TGTAT--GT-GAATA-T--A---C-TAT-------GGAA-A----T-AAAAACAAaggaaa
gi|7 : ACCT-A--A-A-CATGCATGGTCAC-----AAATCAG-TAATAGGG-AGTAACAGA-GATAACATGA----TT----CATCATGAAAATAAATGGAATATATTGCAA-TTGTT-CT-T---AT---AAAAA--CCCAC-AACTGAACT---TAAACT-C---A--AATTGAC--------AGTTTAAAACA-CCG-TAA--TCGC--C--TTTC--ATTA--CTGTTCA--TGTTTC--TT-TTC---C---TTTCTC-T---A-TACACGA-C-T---T-T-TG-T--CC-TTT--TC--ATTTT-CCGTTCTTCT---TC-TT--TT---CTTATT-----------AT-TTCATAGAATACATTCA-T-----AT-CCAA----------A----AC----------T------G--TATGTT--------TTTTA-TTCA-----GT-GTATT-----TGAAA-------------------AA---T-----G-----------TAT-GAA-A-T--A---ATTAA-------AAAA-A----T-GAATACAAtgaaaaacaaaaaaaaa
gi|12 : attcacatgatcacaagtcaatgcatatactagatccgtcgcgagaactacttcAACATGAAAATAAATAGAATAAATTGCAA-TTAAT-CT-T---ATCT-AAAA---CTTAC-AGCTCAACT---T------C---A--AATTGAT--------AATGTAAAGCT-CAC-TAA--TCTC--T--TTTC--GTGA--CTA--CTCCTGT-TG--TT-TTT---T---T---TC-A---AAGCCACAT-AAT---T-T-T--T--CC-TTT--T----TCTT-TCTT----CT---TC-TT--TT---CTCATTA-TAA-CAT-TAT-TTCATAGAATACATTCA-TTTAAAAA-AAAA-A-A-GT-T-A----AA----------T------G--CATATA--------TTATA-TTAA-----AT-GTATA-----TG--T--------------------A---T-------T---TGCAA-AAT-GAA-ACT--A---C-TAA-------AAAA-A----T-AAatcgatgtattaaattaaatgaacaagtttattaaattatgctaaggttgagtcactttttggcataagattaa
gi|14 : tgacatATAAATTGCAA-TTATT-CT-T---TT---AAAAATTCTTAC-AACTGAGCT---TTAATT-C---A--AATCAAC--------AGTGTAAAGCA-CCT-TAA--TCTC--T--TTTT--ATGA--CTG--AAACTGTTTC--TT-TTC---C---T---TC-TTCTA-TCTGCGT-C-T---T-T-TT-T--CC-TTT--TC--CTCTT-TCTTTCCCTG---TC-TT--TT---CTTATTA-TAA-CAT-TAT-TTTATAGAATACATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC----------T------G--TATGTA--------TTATA-TTGA-----AT-ATATT-----TG--TAA-----------------AA---T-----GTT---TGTAT-TAT-GAA-A-T--A---A-TAA-------AAAT-T----T-AAAAATAAtataaatattgaataatctcaagtctaatcaaa
gi|19 : TT--TC--ATTTT-TCCTTCCTCT---TC-TG--TC---CTTATTA-TAA-AAC-TAT-TTCATAGAATACATTCA-------AT-CAAG-A-A-GT-T-A----AC----------T------G--TATTTA--------TTGTA-TTTA-----AT-GTAAT-----TG--CAA-----------------AA---T-----A-T---TATAT-AATATAC-A-T--GTATA-TAA-------AAAA-A----T-aa
gi|20 : TTATTA-TAA-GAT-TAT-TTCATAGAATACATTC--T-----AT-AAAA-A-A-AA-T-A----AC----------T------G--TATGTA--------TTATA-TCAA-----AT-ATATT-----TG--CAA-----------------AA---T-----G-TA--TGTAT-TAT-GAA-A-T--A---A-TAA-------AGAATT----T-AAAAGCAA
gi|24 : GAATACAATCA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A----AC----------T------G--TATGTA--------TTATA-TTAA-----AT-ATATT-----T---TCAA----------------AA---T-----A-TA--TGTAT-TAT-GAA-A-T--A---A-TAA-------AAAA-T----T-AAAAACAAaaa
gi|26 : ATACATTCA-T-----AT-AAAA-A-C-GT-T-A----AC----------T------G--TATGTA--------TTAT------------T-GTA-------TG--T-------------------A----------------TGTAT-TAT-GAA-A-T--A---A-TAA-------AAAA-ACTTTT-AAAGACAAaa
gi|25 : AGA-A-A-GT-T-A----AC----------T------G--TATGTA--------TTATA-TAAA-----AT-ATATT-----TG--TAA-----------------AA---T-----G-TA--TGTAT-TAT-GAA-A-TAAA---A-TAACACATTCAAAA-A----C-AAAAAaaa
gi|33 : tc-T-G----AT----------T------G--TATGTA--------TTATA-TTAG-----AT-ATATT-----TG--CAA-----------------AA---T-----G-T---TGTAT-TAT-t
11 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGTTTCTTCAGATTTTGTTTTCTTCTCTCCGACCAATTCTGTCCTAATCCTTAACTTTCTTTCTGATAACACGTTCATAAGTAAGCATATATGGAGAAGTATATATGAGAAATATAAATTTTATTATGTATGTAATGATAAATTGTATGTAAATGTCCTATGAAAATGGAGAAAAAAATAAAAAGTAAAAACAACA
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCTTCTTTTTTTTCTCTCTTCTTTTCGACCTATTCTGTAAACTTTATTTCTAATAATGAGTTTACTAGCAAATGTATATGAAGAATGTGAATTGTGTTATGTATGTAATTATAAATTGTATGTGAACGTAATGTAGAAATAAAATAAAATGAAAAACAAAAAA
Unaligned ( gi|18 ): TCCTAATCTTAAACTTATTTCCGATAATGCGTTCATAAACAATTAAAAAAAAGAAGAAGAATATAGCTTGCATTATGTATGTAAATTGTATATGGATGTTCTATGGAAATAAAAAAAATGAAAAACAAAAAAAACA
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTAAACTTTATTTCTAATGAAGCTTCTTAAACAAATATAAGTAAAGAATGTGAATTTTACTACCCATGCAATTATAAATTATATCTGAATGTACTAAAAAAGTGAAA
Unaligned ( gi|22 ): AACAAGTATAGATAAATAGTGTAAATAGTATTATGTATGTAATTATAAACTGTGTGTGAATGTATTCATGTAGTACCATTGGATTAAAACACTAAAAAACTAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): ATTATGTATGTAATAATAAATTGTATGTGAATGTACTATGGAAATAAAAAAAATTGAAAAAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|29 ): ATGAAAAGCAGTTTGCAATAAAGTTGAATTACATGATAATGTCTCTTGGATATGTTGAATGGAGCA
Unaligned ( gi|30 ): TTTTTATTTGTCTTTCGTCTTCTATCCGTATTCAAAATTTATATCATAGAATGCATTAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATCAATTGTATGTGAATATACTATGGAAATAAAAAAAAATGACAAAAAAAAAAAAGGAA
Unaligned ( gi|32 ): GATACACATACATTTGAATTATTCAATGATCTCCTTTGGATATGTGGACCAGAGTAGCT
Unaligned ( gi|34 ): TAGAGCTTTTAGGACAAATCCTGAAGTATACATGTACCATA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 11111111111111 1 1111 111 11111111 2222222 111 111 11 11111111111111 11111111111111111 222222 1111
lowQualScore : 333333 3 1 2 1 22222 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 66 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 99999 333 99999 00 3 44 99999999999999 2 3 3 1 3 3 555 55 44 6 0 1 6666 44 0 2 5 2 888 777 0000 999 2 2 555 0 0 666666 0 33 0 00000000 666 66 6666 2 2 2 2 2 3333333 2 888 555 555 2 000 3 6 555 3 3 00 44 2 33 888 2 3 2 4444 444 2 444 0 2 2 33 33 33 666666 2 55555 22 2 2 8 4 2 99999 44 00000000000000 333 2 44 22 44 2 555555 44444444444444444 22 333333 555 2 4 2 22 2 2 8888888 2 2 1111 4
lowQualScore : ...... . . . . ..... . .................................................... .. ............................................................. ..... ... ..... .. . .. .............. . . . . . . ... .. .. . . . .... .. . . . . ... ... .... ... . . ... . . ...... . .. . ........ ... .. .... . . . . . ....... . ... ... ... . ... . . ... . . .. .. . .. ... . . . .... ... . ... . . . .. .. .. ...... . ..... .. . . . . . ..... .. .............. ... . .. .. .. . ...... ................. .. ...... ... . . . .. . . ....... . . .... .
lowQualScore : 000000 2 0 2 0 55555 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 55 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 888 11111 00 6 66 33333333333333 3 1 1 0 8 1 777 22 33 7 2 2 5555 22 6 9 7 9 999 999 0000 666 4 9 000 1 2 666666 9 99 3 44444444 888 88 1111 9 9 9 9 9 9999999 9 999 000 000 9 000 4 2 444 1 1 44 22 9 77 333 7 7 7 8888 777 5 444 5 5 5 44 22 11 444444 2 66666 44 1 1 4 0 0 22222 88 99999999999999 555 0 88 88 00 0 888888 00000000000000000 77 000000 888 0 2 1 99 1 1 9999999 1 1 6666 4
consensus : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTATG-------------------NAAA----A----A---C----A------GT-----------TCCA-----AANT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----AAA-TAT-CATGA-ANACTTA-GAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-TCT-NATAA----AAA---CTCAC-AAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TT-TC-ATGACT-A-C-N-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTT--TCCTTTTTCTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A-----AC--T------G-------TA---TGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAAT-G-TA-TGTAT--TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-AA-A----T-AAAAACAA
Reference ( family-2523 ) : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATCGATTTATG-------------------AANA----A----A---C----A------GT-----------TCCA-----AANT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----AAA-TAT-CATGA-ANACTTA-GAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-TCT-NATAA----AAA-T-CTCAC-AAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCCTA--ATC----TC-T-TT-TC-ATGACT-A-C-N-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTT--TCCTCTTTCTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A-----AC--T------G-------TA---TGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAAT-G-T--TGTAT--TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-AA-A----T-AAAAACAA
gi|1 : GACAGAACTTGAAGTATACTAGTATCTGAATGAAA--CTTATTGAAACAGTCTTAAATTGTTC-----AAAGAGTTC---------TC---------TTTGACATTTTG---------A----------CCAGAGCAGTTATTCAAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTGTGGAAGATAGTTTATTTGTAAAACA----AGTATG---C----A------GT-----------TCCA-----AAGA-TCAA-----CAATT--AT-TTAAA--AT-----A--------A-------CATG--ATAATTA-AAAAA--TA-TAACAGCG-TGTAACAAA-GATAAA-TGACAC----AACATGAAAAT---AATAGAAGATATTGC--A-T-T-T-TTT-CCTAATT--AAA-T-CTTAC-AAA---TGAATT---TTAATTTA--AACTGTC--------AGTGT-----ATTTTT--TTTTTTATT-T-TT-TC-AAGATT-ATT-C-C-TGTTTA-TTTTC---G---T---T-----------CGT-AA---A-T-T--T--AT-TTT--TATTTTTTTCC-CCCTCATA-TG---TC---CTTATTA-T---AATAT-CAA-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAACA-A-AA-T-A-----AC--TGGTGCAG-------CA---TGTATT--TT--TATTACA-------------T-----------------GCAAAAT-G-TA-TGTGC--AAC-GCA-A-T--A-A-TGA-------AA-CA-A----T-TAA
gi|10 : gA-----AGAT-TCAA-----CAATT--TT-ACAAA--AT-----ACTTT----AAA-TAT-CATGA-AAATTTA-GAAAA--AA-TAATAGCG-AGTAAAAAA-GATAAAGTGACGC----AACCTGAAAATA--AATGGAATAAACTCC-AA-T-TAT-TCT-AATAA----AAA-T-CTCAC-AAC---TAAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATT----TCTT-TT-TC-ATGTCT-G-CAA-T-TGTCTC-TTTTCCTTC---T---T-CT---ATCCACGT-CC---T-T-TTAT--CCATTT--TCCT-TTTATT-TCCCCGTC-TC---TT---CTTAGTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----------------GT-TAA-----AC--T------G-------TA---TGTA-T--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GAAAAAT---TAATGTAT--TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-AA-AAT--T-AAAAACtaaagaaaagaaag
gi|11 : tcaattgatgttaagttaatgttataaatAAA--AT-----AATT-----AAAATAC-CATGA-AAACCTG-GAAAG--AT-TAATTGTACAG--ACAAAAGACACAATTACAC----AACATGAAAACA--TATGGAATAAACTGC-AA-CAT-T-TCT-AGTAA----AA--------T-AAT---TTA--T---TTC-TTTA--AAGCGAC--------AGTTTAGAGTAATTTA---CC----TT-TGTT-TCTATT-CT-A-C---C-TGTTTC-T-------C---T---T-CT---CTCCG
gi|11 : T-TAT-TTC--TGA--AAA--TAC------GTTCG-T-----AA-ACAA-A-T-ATAT-ATGAAGAA--T------G-------CAAATCGTA-T--TA--TGT---AT-GC------AATT-----------------ATAAA-----T--TGTA---TGT-GAATA-T--A-C-TAT-------GG-AA-A----T-AAAAACAAagatatcctatcctaacaataatctttatttctgaaaatacgttcgtaaacaaatatatatgaagaatgcaaatcgtattatgtatgcaattataaattgtatgtgaatatactatggaaataaaaacaatgaaaaacaaaaaaaaa
gi|12 : aaaataattaaaataccatgaaaacctggaaagattaattgtacagacaaaagacacaattacacaacatgaaaacatatggaataaactgcaacatttctagtaaaataatttatttctttaaagcgacagtttagagtaatttacctttgtttctattctacctgtttctcttctctccgagatatcctatcctaacaataatctTGACAT----AACATGAAAATA--AATAGAATAAATTGC-AA-T-T-AATCT-TATCT----AAA-A-CTTAC-AGC---TCAACT---T-----CA--AATTGAT--------AATGTAAAGCTCACTA--ATC----TC-T-TT-TC-GTGACT-A-CTC-C-TGTTGT-TTTTT---T---T---C-AA---AGCCACATAAT---T-T-T--T--CC-TT--------TTTCTT-TCTTCTTC-TT---TT---CTCATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-TTTAAAAA-AAAA-A-A-GT-T-A-----AA--T------G-------CA---TATA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATAT-----------------GT---AT---T--TGCAA--AAT-GAA-ACT--A-C-TAA-------AA-AA-A----T-AAtgaaaaacaaaaaaaaa
gi|13 : TATG-------------------CAAA----A----A---T----A------AC-----------TACG-----AATT-TTGA-----CAAT---TT-AAAAA--AT-----ACTTA----AAA-TAC-CATGA-ACACCTC-GAATG--AT-TAATAGCT--GTAACAAATGACAAAATTACAC----ATTACCAAAACACGAA--GAATAAACTGC-A----T-T-TTT-TGTAA----GAA----TGAT-AATTTATGAATA---ATAATCTATGAAATGACATAATTTGAGTGTAAAATAATTCA--CCT----TC-T-TT-TT-AT-ACA-A-C-T-C---TTGC-T-------C---A---T-CT---GCCCTCGT-CT---C-T-C--TGACC-TAT--TC--TGTTCTTATCCTTAAC-TG---TA---TTTATTG-T---Atataaatattgaataatctcaagtctaatcaaa
gi|14 : aaaagcaaaATAAATTGC-AA-T-TAT-TCT-TTTAA----AAA-TTCTTAC-AAC---TGAGCT---TTAATTCA--AATCAAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TT-TT-ATGACTGA-A-A-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CTTCTATCTGCGT-CT---T-T-TT-T--CC-TTT--TCCTCTTTCTT-TCCCTGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTT--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A-----AC--T------G-------TA---TGTA-T--TA--TATTGAAT-AT------ATTT-----------------GTAAAAT-GTT--TGTAT--TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-AT-T----T-AAAAATAAtattgcgttcaaaaa
gi|15 : GACAGAAACTCAAAT------GTTTTTGAATGAAAAATAAATATACATATATTTAAAATTTTC-----ATTGATCTCATTTGGATATA---------TT---------G---------A----------CCAGAGTAGCTA--------CACTCAACTGTATATTGATATATG-------------------CAAA----AT---ATTTC----A------TT-----------TTTA-----AAA--ACAAATATGCAATT--TTAATAAAAGAT-----ATTTA----AAA-TAC-CATGA-AAATCTC-GAAAG--AT-TAGTaa
gi|17 : g-TTC--TTCTTTTTTTT-CTCTCTTC-TT---TTCGACCTATTC-TGTAAACTT-TAT-TTCTAATAATGAGTTTACTAGCAAATGTA-T-----AT-GAAG-A-ATGT-G-A-----AT--T------GTGT----TA---TGTA-TG-TAATTATAAATT-GT------ATGT-----------------G---AAC-G-TAATGTA-------GAA-A-T--A-A--AA-------TA-AA-A----TGAAAAACAAtgacaaa
gi|19 : tgTT--TCATTTTTCCT-TCCTCTTC-TG---TC---CTTATTA-T---AAAAC-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-------AT-CAAG-A-A-GT-T-A-----AC--T------G-------TA---TTTA-T--TG--TATTTAAT-GT------AATT-----------------GCAAAAT-A-T--TATATAATAT-ACATG-T--ATA-TAA-------AA-AA-A----T-aaaa
gi|2 : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATTTAGATTATTC-----AACAATTTT---------TC---------TT---------G---------A----------ACAGAACAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGTATAGTGATTTATG-------------------AACA----G----A---C----A------GT-----------TCCA-----AAGT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----GAA-TAT-CATGA-ACATTTA-GAAAA--AA-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGCTTTAAACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGCAAA-T-A-T-TCT-AATAA----AAATT-CTCAC-CAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACTTTA--GTC----TA-T-TT-TC-ATGAAT-G-CAA-C-TGTCTC-TTTCC---C---T---T-CT---ATCCACGT-CT---T-T-T--T--CC-TTT--TCCTCTTTCTT-TCCGCGTC-TT---TC---CTTATTA-T---AACAT-CAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-GAAA-A-A-GT-T-A-----AC--T------A-------TA---TGTA-A--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GT--AAT-G-T--TGTAT--TAT-TAA-A-T--A-A-TAA-------AA-AA-A----T-AAAAACAA
gi|20 : TTATTA-T---AAGAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTC--T-----AT-AAAA-A-A-AA-T-A-----AC--T------G-------TA---TGTA-T--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GCAAAAT-G-TA-TGTAT--TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AG-AATT----T-AAAAGCAA
gi|23 : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACATACTGAAATAGATTTGGATTATTC-----AACGATTTC---------TCTTGGGAGTGTT---------G---------A----------CCAGAGCAaaa
gi|24 : tagggtttttag--GAA--TAC------AATCA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A-----AC--T------G-------TA---TGTA-T--TA--TATTAAAT-AT------ATTT-----------------TCAAAAT-A-TA-TGTAT--TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-AA-T----T-AAAAACAA
gi|25 : AGA-A-A-GT-T-A-----AC--T------G-------TA---TGTA-T--TA--TATAAAAT-AT------ATTT-----------------GTAAAAT-G-TA-TGTAT--TAT-GAA-A-TAAA-A-TAACACATTCAA-AA-A----C-AAAAAaa
gi|26 : tcA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-C-GT-T-A-----AC--T------G-------TA---TGTA-T--TA--T------T-GT------A--T-----------------GTA----------TGTAT--TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-AA-ACTTTT-AAAGACAAt
gi|27 : ------GTATCCGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATGT---TTCCCCTTGGGAA----------------TA---------TT---------G---------A----------CCAATGCAGTTATTCGAGTTTaaa
gi|3 : ATCTGAATGAAAA-CGAATTGAAATGAATTTGGATTCTTC-----AAAGATTAC----------C---------TT---------G---------AGGAATCATTACGAGAGCAGTTATTCGAGTTTATAAAACTGCATG-CAAACTATA-------------------TACAT---A----A---C----A------GT---------------------AAC-TGAA-----C---T--GT-ATG--------------T-----AGA-GTT-CATCA-AT--TTA-GAAAA--AA-AAATAGCG-AATAACAAA-GATAAAGTGGCGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAGATTGA-AA-T-T-T-T---------------------------------ACT---TTGATTGA--AATTGAC--------ACTGTAAAGCATC-TAT-ATC----TT-T-TT-AC-ATGTCT-A-C-TGC-TGGTTC-ATTTC---C---T---T-CTTCTATCAACGT-AC---T-T-T--T--CC-TTT--TCTAATTTCTT-TCCCCATT-AA---TT---CTTTTTT-T---A-CAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-ATA-GT-T-A-----ACA-T------AAAATAGTTA---TATA-TTCTA--TATAAAAC-AT------ATTTGCATAATTTACTCTACTGCAAAAT-G-TA-TGTAT--TAT-CAA-A-T--A-A--AT-------AA-AA-A----T-AA
gi|32 : ATACATTTGAATTATTC-----AATGATCTC---------CT---------TT---------GGATATGTGGA----------CCAGAGTAGCTtccaa
gi|33 : gatacac-T-G-----AT--T------G-------TA---TGTA-T--TA--TATTAGAT-AT------ATTT-----------------GCAAAAT-G-T--TGTAT--TAT-
gi|4 : TGTA-------------------AAAA----A----A---C----A------AT-----------TCCA-----AATT-TTAA-----GATTTATTT-ATAA-------------T-----AGT-TAC-CATGA-ATATTTA-GTAAG--AT-CTATA-----------AA-GATAAACTGACAC----AAAGTGAATATA--AATGGAATAGATTGC-AA-C-T-T-TTT-ATTTATTTTAAA-A-CTCA---AC---TGAACTATTTTTATTCA--CACTGAC--------AGTTTAAAGTACCCTT--ATT----GA-A-TG-TC-ATGACC-ATC-C-C-CGTTTCGTTTTC---T---T---TTCT---ATCTGCCT-CTGTGT-TGC--T--CC-ATT--GTCGCTTTTTA-CCCTTTTT-CG---CT---CTTGTTC-T---AA-ATGTAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A-----AC--TTC----G-------TA----GTA-T----------GAAT-GT------AATT-----------------GTAAA-----------------T-GAA---T--A-A-TAAT------AA-AA-A----a
gi|5 : gaa---------TC---------TT---------G---------A----------TCAGAGCAGTTATTGGAGTTTATTATGCTGTAAATTGATTTATG-------------------GAAA----A----A---G----ATTTTTTTT-----------TTCAAAAACAAGTATAAA-----CAAACAATT-ACAAA--GTTTATCAGTTTCATAAAA-TAT--ATGACATA-TCATGAA--------AATAGCG-AGTTACAAA-GATAAAGTGACAC----AACATGTAAATA--AATGGAATAAATTGC-AATT-T-T-TCT-AATAA----AAA---CTCACAAAC---TGAGCT---TCAATACA--AATTG----------AGCGTAAAGCACGGTA--ATC----TC-T-TT-TA-ATGACT-A-C-T-CTTGTTTC-TTTTC---CTTTT---T-CT---ATCCATCC-TT---T-T-T--T--TC-TTT--TCCTTTTTCTT-TCCTCGTC-TT---TT----TTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTTA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A-----AC--T------G-------TA---TGTA-T--TA--CATTTGAT-AT------ATTA-----------------GC-AAAT-A-T--AATATG-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-AA-AT---T-AAAAACAActcatatttgcctattcatagaattatcaagttaatacaactcatgaacatgtatttaattataacaaagtatcatggtataatgcagtcatgttttaattggttaaaattaaa
gi|6 : gggaaTTGGATTATTC-----AACGATTCC---------TC---------TT---------G---------AGAATCTTGA-TCGGAGCTGTTATTTGAGTTTATCAAACTCCATATTGATTTATGG------------------AATATATTA----A---TTGAAA------GTAAGCAAAAAAATCCA-------GT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--CT-----ATTC-----AAAATAT-CATGA-ATCCTTA-GAAAA--AAATAACAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGT----AACATGAATCAA--AATGGGA-AAAATGC-AA-T-T-TGTCT-AATAA----AAA---CTCAC--------------------------AATTGAC--------AGTGTAAAGTA-TCTA--ATC----TT-T-GT-TC-ATGAAT-A-CTC-C-TGTTTC-TTTTCCTTC---T---T-CT---ATTCGCTT-CT---TCT-T--T--CC-TTT--ACAATATCCTG-TCCTCGTC-TT---TT---C-AAATA-T---ACCAT-TGC-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTTA-C-----A--AAAC-A-A----T-A-----AC--T------A-------CT---TGAA-T--TT--TATCTAAT-GT------ATTT-----------------GATAAATAA-A--TGTAT--TA-----------A-A-TAA-------AACAA-A----T-TAAAACAaaaa
gi|7 : -----ACCT-----AAA-CATGCATGG-TCAC------AAATCAG-TAATAGGG-AGTAACAGA-GATAACATGATTC----ATCATGAAAATA--AATGGAATATATTGC-AA-T-TGT-TCT-TATAA----AAA---CCCAC-AAC---TGAACT---TAAACTCA--AATTGAC--------AGTTTAAAACACCGTA--ATC----GC-C-TT-TC-ATTACT-G-T-T-CATGTTTC-TTTTC---C---TTTCT-CT---ATACACGA-CT---T-T-TG-T--CC-TTT--TCATTTTCCGT-TCTTCTTC-TT---TT---CTT------------AT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-CCAA----------A-----AC--T------G-------TA---TGTT-T--TT--TATTCAGT-GT------ATTT-----------------GAAAAAT-G-----------TAT-GAA-A-T--A-ATTAA-------AA-AA-A----T-GAATACAAc
gi|8 : attcacatgatcacaagtcaatgcatatactagatccgtcgcgagaactacttcATG-------------------CAAA----A----A---C----A------AC-----------CCCG-----AATT-GTAA-----CAATT--TT-CAGAA--AT-----ATTG-----AAAATAC-TATGA-AAACTTC-AAAAT--AT-TAATTGC--ACTAACAAA------AG-----------ACATGAAAACA--AATGGAATAAACTGC-AACT-T-T-TCTGGATAA----A-----CT----AAT---TTATCT------AT--A--AAGTGAC--------AGTGTGAAGTAATTTACCAT-----TC-T-TTCTA-ATAA-T-A-------TATAGC-TCTTCAG-C---T---T-CT---------GT-CT---C-T-C--T--CC-CTCAGACCTA-TTCTG-TCCTAATC-CTAAACT----TTGGTACT---AATAT-TACGTTC--ATA---AA--CA-------ATATA-T-----AT-GAAG-A-ATGTAT-ATTGT-ACTAT------G-------TA---TGTA-----A--TAATAAATGGT------ATGT------------------CAA---------TGTAC--TATGGAA-A-T--A----AA-------GA-AA-A----TGAAAAACAAatcgatgtattaaattaaatgaacaagtttattaaattatgctaaggttgagtcactttttggcataagattaa
gi|9 : gatatatggacaaaagtagctacagtaaaactgaatattaatatatacaaaatacttaacttttaaaaaacaatgA-----AACT-TCA------CA-TT--TT-ATAAT--GT-----ATTT-----AAAATAT-CATGA-ACATTTA-GAACT--AA-TGACAGCA-AGAATCAAT-GATAAGGTAAAG-----AACATGAAAATA--AATGGAATAAA----------------------------AA-T--TCAC-AAC---TGAACT---TTTATTCA--AAATGAC--------CATGCAAAGAACCCAT--ATC----TC-T-TT-AC-ATGACT-G-C-T-CTTGTTTC-TTGTCCTTC---T---T-CT---ATCCATGTCCT---T-T-T--T--CC-TTT--TCCTTATTCTT-TCCTCATCTTT---TT---CTTATTG-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAT------ATTCATT-----ATCAAAA-A-A-GT-T-A-----AC--T------G-------TA---TGTA-T--TA--TATTTAAT-GTACATACATTT-----------------GCAAAAT-G-TA-TGTTT--TAT-GAA-G-T--C-A-TAA-------AA-AA-AT---T-ACAAACAAaaa
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGTTTCTTCAGATTTTGTTTTCTTCTCTCCGACCAATTCTGTCCTAATCCTTAACTTTCTTTCTGATAACACGTTCATAAGTAAGCATATATGGAGAAGTATATATGAGAAATATAAATTTTATTATGTATGTAATGATAAATTGTATGTAAATGTCCTATGAAAATGGAGAAAAAAATAAAAAGTAAAAACAACA
Unaligned ( gi|18 ): TCCTAATCTTAAACTTATTTCCGATAATGCGTTCATAAACAATTAAAAAAAAGAAGAAGAATATAGCTTGCATTATGTATGTAAATTGTATATGGATGTTCTATGGAAATAAAAAAAATGAAAAACAAAAAAAACA
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTAAACTTTATTTCTAATGAAGCTTCTTAAACAAATATAAGTAAAGAATGTGAATTTTACTACCCATGCAATTATAAATTATATCTGAATGTACTAAAAAAGTGAAA
Unaligned ( gi|22 ): AACAAGTATAGATAAATAGTGTAAATAGTATTATGTATGTAATTATAAACTGTGTGTGAATGTATTCATGTAGTACCATTGGATTAAAACACTAAAAAACTAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): ATTATGTATGTAATAATAAATTGTATGTGAATGTACTATGGAAATAAAAAAAATTGAAAAAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|29 ): ATGAAAAGCAGTTTGCAATAAAGTTGAATTACATGATAATGTCTCTTGGATATGTTGAATGGAGCA
Unaligned ( gi|30 ): TTTTTATTTGTCTTTCGTCTTCTATCCGTATTCAAAATTTATATCATAGAATGCATTAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATCAATTGTATGTGAATATACTATGGAAATAAAAAAAAATGACAAAAAAAAAAAAGGAA
Unaligned ( gi|34 ): TAGAGCTTTTAGGACAAATCCTGAAGTATACATGTACCATA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222 5555555555555555555555555555555555555 11 11111111111111 1 1111111 11111111 2222222 111 111 1111 1111111111 11111111111111 11111111111111111111 1111
lowQualScore : 333333 3 1 2 1 22222 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666666666 1 1111111111111111111111111111111111111 99999 333 99999 00 3 44 99999999999999 2 3 3 1 3 3 555 55 44 6 0 1 6666 44 2 5 2 888 444 55 4444444 6666666 2 5555 0 0 666666 0 33 0 00000000 33 6666 2 2 2 2 2 3333333 2 333 555 555 2 555 3 2 555 2 0000 33 2 0000000000 33 2 2 2 444 444 2 444 2 2 33 33 33 666666 2 55555 33 2 2 8 2 2 4444 44 33333333333333 2 44 22 22 2 555555 77777777777777777777 333333 555555 22 2 2 2 22 2 2 6666666 2 2 2 2222 6
lowQualScore : ...... . . . . ..... . .................................................... .............. . ..................................... ..... ... ..... .. . .. .............. . . . . . . ... .. .. . . . .... .. . . . ... ... .. ....... ....... . .... . . ...... . .. . ........ .. .... . . . . . ....... . ... ... ... . ... . . ... . .... .. . .......... .. . . . ... ... . ... . . .. .. .. ...... . ..... .. . . . . . .... .. .............. . .. .. .. . ...... .................... ...... ...... .. . . . .. . . ....... . . . .... .
lowQualScore : 000000 2 0 2 0 55555 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 0 8888888888888888888888888888888888888 11111 888 11111 00 6 66 33333333333333 3 1 1 0 8 1 777 22 33 7 2 2 5555 22 9 7 9 999 000 99 4444444 9999999 9 6666 1 2 666666 9 99 3 44444444 99 1111 9 9 9 9 9 9999999 9 999 000 000 9 000 4 9 000 9 3333 99 7 6666666666 44 5 8 5 444 444 4 111 5 5 44 22 11 444444 2 66666 22 1 1 4 0 0 2222 88 44444444444444 0 88 88 88 0 888888 00000000000000000000 777777 888888 77 0 1 1 99 1 1 8888888 1 1 2 2222 7
consensus : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTA--------------TGNAA--------------A-A-A---------CA------GTTCCA-----AANT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----AAA-TAT-CATGA-ANACTTA-GAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-T--CT-NAT--A----AAAA--CTC--AC-AAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TT-TC-ATGACT-A-C-T-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
Reference ( family-2523 ) : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTA--------------TGNAA--------------A-A-A---------CA------GTTCCA-----AANT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----AAA-TAT-CATGA-ANACTTA-GAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-T--CT-NAT--A----AAAA--CTC--AC-AAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TT-TC-ATGACT-A-C-N-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
gi|1 : GACAGAACTTGAAGTATACTAGTATCTGAATGAAA--CTTATTGAAACAGTCTTAAATTGTTC-----AAAGAGTTC---------TC---------TTTGACATTTTG---------A----------CCAGAGCAGTTATTCAAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTG--------------TGGAAGATAGTTTATTTGTA-A-AACAAGTATGCA------GTTCCA-----AAGA-TCAA-----CAATT--AT-TTAAA--AT-----A--------A-------CATG--ATAATTA-AAAAA--TA-TAACAGCG-TGTAACAAA-GATAAA-TGACAC----AACATGAAAAT---AATAGAAGATATTGC-AT-T-T-T-TTCCT-AAT--T----AAAT--CTT--AC-AAA---TGAATT---TTAATTTA--AACTGTC--------AGTGT-----ATTTTT--TTTTTTATT-T-TT-TC-AAGATT-ATT-C-C-TGTTTA-TTTTC---G---T---T-----------CGT-AA---A-T-T--T--AT-TTTTA---TT-----TTTT--TCC-CCCTCATA-TG---TC---CTTATTA-T---AATAT-CAA-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAACA-A-AA-T-A----AC--TGGTGCAG-------CATGTATT--TT--TATTACA-------------T-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TGC-AAC-GCA-A-T--A-A-TGA-------AA-C-A-A----T-TAA
gi|10 : gA-----AGAT-TCAA-----CAATT--TT-ACAAA--AT-----ACTTT----AAA-TAT-CATGA-AAATTTA-GAAAA--AA-TAATAGCG-AGTAAAAAA-GATAAAGTGACGC----AACCTGAAAATA--AATGGAATAAACTCC-AA-T-TAT-T--CT-AAT--A----AAAAT-CTC--AC-AAC---TAAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATT----TCTT-TT-TC-ATGTCT-G-CAA-T-TGTCTC-TTTTCCTTC---T---T-CT---ATCCACGT-CC---T-T-TTAT--CC-ATTTT---CC-----TTTT--ATT-TCCCCGTC-TC---TT---CTTAGTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----------------GT-TAA----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GAAAAATT-A-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-AAT--T-AAAAACtaaagaaaagaaag
gi|11 : tcaattgatgttaagttaatgttataaatAAA--AT-----AATT-----AAAATAC-CATGA-AAACCTG-GAAAG--AT-TAATTGTACAG--ACAAAAGACACAATTACAC----AACATGAAAACA--TATGGAATAAACTGC-AA-CAT-T-T--CT-AGT--A----AAA---------T-AAT---TTA--T---TTC-TTTA--AAGCGAC--------AGTTTAGAGTAATTTA---CC----TT-TGTT-TCTATT-CT-A-C---C-TGTTTC-T-------C---T---T-CT---CTCCGAG-------A-T-A--T--CC--TATC---CTAACAATAAT--CTT-TA--------T---TT---CTGAAAA-T----ACGT------TC--GTA---AA--CAA------ATATA-T-----AT-GAAG-A-A-TG-C-A----AA--T----------------CGTA-T--TA--TGT---AT-GC------AATT-----------------ATAAATTG-T-A--TGTGAATATAC-TAT-GGA------A-A-TAA-------AA-ACA-A----TGAAAAACAA
gi|12 : TGACAT----AACATGAAAATA--AATAGAATAAATTGC-AA-T-T-AAT--CT-TAT--CT---AAAA--CTT--AC-AGC---TCAACT---T-----CA--AATTGAT--------AATGTAAAGCTCACTA--ATC----TC-T-TT-TC-GTGACT-A-CTC-C-TGTTGT-TTTTT---T---T---C-AA---AGCCACAT-AA---T------------TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCTTCTTC-TT---TT---CTCATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-TTTAAAAA-AAAA-A-A-GT-T-A----AA--T------G-------CATATA-T--TA--TATTAAAT-GT------AT------------------------ATG-T-ATTTG------CAA-AAT-GAA-ACT--A-C-TAA-------AA-A-A-A----T-AAaaaaaaa
gi|13 : TA--------------TGCAA--------------A-A-A---------TA------ACTACG-----AATT-TTGA-----CAAT---TT-AAAAA--AT-----ACTTA----AAA-TAC-CATGA-ACACCTC-GAATG--AT-TAATAGCT--GTAACAAATGACAAAATTACAC----ATTACCAAAACACGAA--GAATAAACTGC-A----T-T-T--TT-TGT--A----AGAA---TG--AT-AATTTATGAATA---ATAATCTATGAAATGACATAATTTGAGTGTAAAATAATTCA--CCT----TC-T-TT-TT-AT-ACA-A-C-T-C---TTGC-T-------C---A---T-CT---GCCCTCGT-CT---C-T-C--TGACC-TATTC----------TGTT--CTTATCCTTAAC-TG---TA---TTTATTG-T---Atataaatattgaataatctcaagtctaatcaaa
gi|14 : aaaagcaaaATAAATTGC-AA-T-TAT-T--CT-TTT--A----AAAA--TTCTTAC-AAC---TGAGCT---TTAATTCA--AATCAAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TT-TT-ATGACTGA-A-A-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CTTCTATCTGCGT-CT---T-T-TT-T--CC-TTTTC---CT-----CTTT--CTT-TCCCTGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTT--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTGAAT-AT------ATTT-----------------GTAAAATG-T-T--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-T-T----T-AAAAATAAtattgcgttcaaaaa
gi|15 : GACAGAAACTCAAAT------GTTTTTGAATGAAAAATAAATATACATATATTTAAAATTTTC-----ATTGATCTCATTTGGATATA---------TT---------G---------A----------CCAGAGTAGCTA--------CACTCAACTGTATATTGATATA--------------TGCAA--------------A-ATATTT------CA------TTTTTA-----AAA--ACAAATATGCAATT--TTAATAAAAGAT-----ATTTA----AAA-TAC-CATGA-AAATCTC-GAAAG--AT-TAGTaa
gi|17 : g-TTCTT---CT-----TTTT--TTT-CTCTCTTC-TT---TTCGACCTATTC-TGTAAACTT-TAT-TTCTAATAATGAGTTTACTAGCAAATGTA-T-----AT-GAAG-A-ATGT-G-A----AT--T------GTGT----TATGTA-TG-TAATTATAAATT-GT------ATGT-----------------G---AACG-TAA--TG------TA------GAA-A-T--A-A--AA-------TA-A-A-A----TGAAAAACAAtgacaaa
gi|19 : tgTTTC---AT-----TTTT--CCT-TCCTCTTC-TG---TC---CTTATTA-T---AAAAC-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-------AT-CAAG-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATTTA-T--TG--TATTTAAT-GT------AATT-----------------GCAAAATATT-A--TA------TAA-TAT-ACATG-T--ATA-TAA-------AA-A-A-A----T-aaaa
gi|2 : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATTTAGATTATTC-----AACAATTTT---------TC---------TT---------G---------A----------ACAGAACAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGTATAGTGATTTA--------------TGAAC--------------A-G-A---------CA------GTTCCA-----AAGT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----GAA-TAT-CATGA-ACATTTA-GAAAA--AA-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGCTTTAAACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGCAAA-T-A-T-T--CT-AAT--A----AAAATTCTC--AC-CAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACTTTA--GTC----TA-T-TT-TC-ATGAAT-G-CAA-C-TGTCTC-TTTCC---C---T---T-CT---ATCCACGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----CTTT--CTT-TCCGCGTC-TT---TC---CTTATTA-T---AACAT-CAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-GAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------A-------TATGTA-A--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GT--AATG-T----TG------TAT-TAT-TAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
gi|20 : TTATTA-T---AAGAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTC--T-----AT-AAAA-A-A-AA-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AG-A-ATT----T-AAAAGCAA
gi|23 : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACATACTGAAATAGATTTGGATTATTC-----AACGATTTC---------TCTTGGGAGTGTT---------G---------A----------CCAGAGCAaaa
gi|24 : tagggtttttag--GAA--TAC------AATCA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-AT------ATTT-----------------TCAAAATA-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-T----T-AAAAACAA
gi|25 : AGA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATAAAAT-AT------ATTT-----------------GTAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-TAAA-A-TAACACATTCAA-A-A-A----C-AAAAAaa
gi|26 : tcA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-C-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--T------T-GT--------------------------------ATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-ACTTTT-AAAGACAAt
gi|27 : ------GTATCCGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATGT---TTCCCCTTGGGAA----------------TA---------TT---------G---------A----------CCAATGCAGTTATTCGAGTTTaaa
gi|3 : ATCTGAATGAAAA-CGAATTGAAATGAATTTGGATTCTTC-----AAAGATTAC----------C---------TT---------G---------AGGAATCATTACGAGAGCAGTTATTCGAGTTTATAAAACTGCATGCAAACT-A--------------TATAC--------------ATA-A---------CA------GT----------AAC-TGAA-----C---T--GT-ATG--------------T-----AGA-GTT-CATCA-AT--TTA-GAAAA--AA-AAATAGCG-AATAACAAA-GATAAAGTGGCGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAGATTGA-AA-T-T-T-T--------------------------------------ACT---TTGATTGA--AATTGAC--------ACTGTAAAGCATCTAT--ATC----TT-T-TT-AC-ATGTCT-A-C-TGC-TGGTTC-ATTTC---C---T---T-CTTCTATCAACGT-AC---T-T-T--T--CC-TTTTC---TA-----ATTT--CTT-TCCCCATT-AA---TT---CTTTTTT-T---A-CAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-ATA-GT-T-A----ACA-T------AAAATAGTTATATA-TTCTA--TATAAAAC-AT------ATTTGCATAATTTACTCTACTGCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-CAA-A-T--A-A--AT-------AA-A-A-A----T-AA
gi|32 : ATACATTTGAATTATTC-----AATGATCTC---------CT---------TT---------GGATATGTGGA----------CCAGAGTAGCTtccaa
gi|33 : gatacac-T-G----AT--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAGAT-AT------ATTT-----------------GCAAAATG-T----TG------TAT-TAT-
gi|4 : TG--------------TAAAA--------------A-A-A---------CA------ATTCCA-----AATT-TTAA-----GATTTATTT-ATAA-------------T-----AGT-TAC-CATGA-ATATTTA-GTAAG--AT-CTATA-----------AA-GATAAACTGACAC----AAAGTGAATATA--AATGGAATAGATTGC-AA-C-T-T-T---T-TATTTATTTTAAAA--CTC--A---AC---TGAACTATTTTTATTCA--CACTGAC--------AGTTTAAAGTACCCTT--ATT----GA-A-TG-TC-ATGACC-ATC-C-C-CGTTTCGTTTTC---T---T---TTCT---ATCTGCCT-CTGTGT-TGC--T--CCATTGTCG--CT-----TTTTACCCT-TTTTCGC--------T---CTTGTTC-T---AA-ATGTAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--TTC----G-------TA-GTA-----------TGAAT-GT------AATT-----------------GT-AAATG-A-A--T-----------------A-A-T--A-A-TAA-------AA-A-a
gi|5 : gaa---------TC---------TT---------G---------A----------TCAGAGCAGTTATTGGAGTTTATTATGCTGTAAATTGATTTA--------------TGGAA--------------A-A-A---------GATTTTTTTTTTCAAAAACAAGTATAAA-----CAAACAATT-ACAAA--GTTTATCAGTTTCATAAAA-TAT--ATGACATA-TCATGAA--------AATAGCG-AGTTACAAA-GATAAAGTGACAC----AACATGTAAATA--AATGGAATAAATTGC-AATT-T-T-T--CT-AAT--A----AAAA--CTC--ACAAAC---TGAGCT---TCAATACA--AATTG----------AGCGTAAAGCACGGTA--ATC----TC-T-TT-TA-ATGACT-A-C-T-CTTGTTTC-TTTTC---CTTTT---T-CT---ATCCATCC-TT---T-T-T--T--TC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT----TTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTTA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--CATTTGAT-AT------ATTA-----------------GC-AAATA-T-A---A------TATGTAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-AT---T-AAAAACAActcatatttgcctattcatagaattatcaagttaatacaactcatgaacatgtatttaattataacaaagtatcatggtataatgcagtcatgttttaattggttaaaattaaa
gi|6 : gggaaTTGGATTATTC-----AACGATTCC---------TC---------TT---------G---------AGAATCTTGA-TCGGAGCTGTTATTTGAGTTTATCAAACTCCATATTGATTTATGGAATATATTAATTGAAAGTAAGC--------A-A-A---------AA------AATCCA-------GT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--CT-----ATTC-----AAAATAT-CATGA-ATCCTTA-GAAAA--AAATAACAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGT----AACATGAATCAA--AATGGGAAAAAT-GC-AA-T-T-TGT--CT-AAT--A----AAAA--CTC--AC-AA-------------------------TTGAC--------AGTGTAAAGTATCT-A--ATC----TT-T-GT-TC-ATGAAT-A-C-T-CCTGTTTC-TTTTC---C---T---T-CTTCTATTCGCTT-CT---TCT-T--T--CC-TTTAC---AA-----TATC--CTG-TCCTCGTC-TT---TT---CAAAT-A-T---ACCAT-TGC-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTTA-C-----A--AAAC-A-A----T-A----AC--T------A-------CTTGAA-T--TT--TATCTAAT-GT------ATTT-----------------GATAAATA-A-A--TG------TAT-TA-----------A-A-TAA-------AACA-A-A----T-TAAAACAaaaa
gi|7 : -----ACCT-----AAA-CATGCATGG-TCAC------AAATCAG-TAATAGGG-AGTAACAGA-GATAACATGATTC----ATCATGAAAATA--AATGGAATATATTGC-AA-T-TGT-T--CT-TAT--A----AAAA--CCC--AC-AAC---TGAACT---TAAACTCA--AATTGAC--------AGTTTAAAACACCGTA--ATC----GC-C-TT-TC-ATTACT-G-T-T-CATGTTTC-TTTTC---C---TTTCT-CT---ATACACGA-CT---T-T-TG-T--CC-TTTTC---AT-----TTTC--CGT-TCTTCTTC-TT---TT---CTT------------AT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-CCAA----------A----AC--T------G-------TATGTT-T--TT--TATTCAGT-GT------ATTT-----------------GAAAAATG------------------TAT-GAA-A-T--A-ATTAA-------AA-A-A-A----T-GAATACAAc
gi|8 : attcacatgatcacaagtcaatgcatatactagatccgtcgcgagaactacttcA--------------TGCAA--------------A-A-A---------CA------ACCCCG-----AATT-GTAA-----CAATT--TT-CAGAA--AT-----ATTG-----AAAATAC-TATGA-AAACTTC-AAAAT--AT-TAATTGC--ACTAACAAA------AG-----------ACATGAAAACA--AATGGAATAAACTGC-AACT-T-T-T--CTGGAT--------AAA--CT------AAT---TTATCT------AT--A--AAGTGAC--------AGTGTGAAGTAATTTACCAT-----TC-T-TTCTA-ATAA-T-A-------TATAGC-TCTTCAG-C---T---T-CT---------GT-CT---C-T-C--T--CC---CTCAGACC-----TATT--CTG-TCCTAATC-CTAAACT----TTGGTACT---AATAT-TACGTTC--ATA---AA--CA-------ATATA-T-----AT-GAAG-A-ATGTAT-ATTGTACTAT------G-------TATGTA-----A--TAATAAATGGT------ATGT------------------CA--------A--TG------TAC-TATGGAA-A-T--A----AA-------GA-A-A-A----TGAAAAACAAatcgatgtattaaattaaatgaacaagtttattaaattatgctaaggttgagtcactttttggcataagattaa
gi|9 : gatatatggacaaaagtagctacagtaaaactgaatattaatatatacaaaatacttaacttttaaaaaacaatgA-----AACT-TCA------CA-TT--TT-ATAAT--GT-----ATTT-----AAAATAT-CATGA-ACATTTA-GAACT--AA-TGACAGCA-AGAATCAAT-GATAAGGTAAAG-----AACATGAAAATA--AATGGAATAAA--------------------------------AA--TTC--AC-AAC---TGAACT---TTTATTCA--AAATGAC--------CATGCAAAGAACCCAT--ATC----TC-T-TT-AC-ATGACT-G-C-T-CTTGTTTC-TTGTCCTTC---T---T-CT---ATCCATGTCCT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TATT--CTT-TCCTCATCTTT---TT---CTTATTG-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAT------ATTCATT-----ATCAAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTTAAT-GTACATACATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TTT-TAT-GAA-G-T--C-A-TAA-------AA-A-A-AT---T-ACAAACAAaaa
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGTTTCTTCAGATTTTGTTTTCTTCTCTCCGACCAATTCTGTCCTAATCCTTAACTTTCTTTCTGATAACACGTTCATAAGTAAGCATATATGGAGAAGTATATATGAGAAATATAAATTTTATTATGTATGTAATGATAAATTGTATGTAAATGTCCTATGAAAATGGAGAAAAAAATAAAAAGTAAAAACAACA
Unaligned ( gi|18 ): TCCTAATCTTAAACTTATTTCCGATAATGCGTTCATAAACAATTAAAAAAAAGAAGAAGAATATAGCTTGCATTATGTATGTAAATTGTATATGGATGTTCTATGGAAATAAAAAAAATGAAAAACAAAAAAAACA
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTAAACTTTATTTCTAATGAAGCTTCTTAAACAAATATAAGTAAAGAATGTGAATTTTACTACCCATGCAATTATAAATTATATCTGAATGTACTAAAAAAGTGAAA
Unaligned ( gi|22 ): AACAAGTATAGATAAATAGTGTAAATAGTATTATGTATGTAATTATAAACTGTGTGTGAATGTATTCATGTAGTACCATTGGATTAAAACACTAAAAAACTAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): ATTATGTATGTAATAATAAATTGTATGTGAATGTACTATGGAAATAAAAAAAATTGAAAAAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|29 ): ATGAAAAGCAGTTTGCAATAAAGTTGAATTACATGATAATGTCTCTTGGATATGTTGAATGGAGCA
Unaligned ( gi|30 ): TTTTTATTTGTCTTTCGTCTTCTATCCGTATTCAAAATTTATATCATAGAATGCATTAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATCAATTGTATGTGAATATACTATGGAAATAAAAAAAAATGACAAAAAAAAAAAAGGAA
Unaligned ( gi|34 ): TAGAGCTTTTAGGACAAATCCTGAAGTATACATGTACCATA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222 5555555555555555555555555555555555 11 11111111111111 1 1111111 11111111 222222 111 111 1111 1111111111 11111111111111 11111111111111111111 1111
lowQualScore : 333333 3 1 2 1 22222 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666666666 1 1111111111111111111111111111111111 99999 333 99999 00 3 44 99999999999999 2 33 3 1 3 3 555 55 44 6 0 1 6666 44 2 5 2 888 444 55 4444444 6666666 2 5555 0 0 666666 0 33 0 00000000 33 6666 2 2 2 2 2 111111 2 333 555 555 2 555 3 2 555 2 0000 33 2 0000000000 33 2 2 2 444 444 2 444 2 2 33 33 33 666666 2 55555 33 2 2 8 2 2 4444 44 33333333333333 2 44 22 22 2 555555 77777777777777777777 333333 555555 22 2 2 2 22 2 2 6666666 2 2 2 2222 6
lowQualScore : ...... . . . . ..... . .................................................... .............. . .................................. ..... ... ..... .. . .. .............. . .. . . . . ... .. .. . . . .... .. . . . ... ... .. ....... ....... . .... . . ...... . .. . ........ .. .... . . . . . ...... . ... ... ... . ... . . ... . .... .. . .......... .. . . . ... ... . ... . . .. .. .. ...... . ..... .. . . . . . .... .. .............. . .. .. .. . ...... .................... ...... ...... .. . . . .. . . ....... . . . .... .
lowQualScore : 000000 2 0 2 0 55555 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 0 8888888888888888888888888888888888 11111 888 11111 00 6 66 33333333333333 3 66 1 0 8 1 777 22 33 7 2 2 5555 22 9 7 9 999 000 99 4444444 9999999 9 6666 1 2 666666 9 99 3 44444444 99 1111 9 9 9 9 9 444444 9 999 000 000 9 000 4 9 000 9 3333 99 7 6666666666 44 5 8 5 444 444 4 111 5 5 44 22 11 444444 2 66666 22 1 1 4 0 0 2222 88 44444444444444 0 88 88 88 0 888888 00000000000000000000 777777 888888 77 0 1 1 99 1 1 8888888 1 1 2 2222 7
consensus : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTA--------------TGNAA---------------A-A-A---CA--------GTTCCA-----AANT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----AAA-TAT-CATGA-ANACTTA-GAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-T--CT-NAT--A----AAAA--CTC--AC-AAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTC-ATGACT-A-C--T-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
Reference ( family-2523 ) : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTA--------------TGNAA---------------A-A-A---CA--------GTTCCA-----AANT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----AAA-TAT-CATGA-ANACTTA-GAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-T--CT-NAT--A----AAAA--CTC--AC-AAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTC-ATGACT-A-C--T-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
gi|1 : GACAGAACTTGAAGTATACTAGTATCTGAATGAAA--CTTATTGAAACAGTCTTAAATTGTTC-----AAAGAGTTC---------TC---------TTTGACATTTTG---------A----------CCAGAGCAGTTATTCAAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTG--------------TGGAAGATAGTTTATTTGTAA-A-A---CAAGTATGCAGTTCCA-----AAGA-TCAA-----CAATT--AT-TTAAA--AT-----A-------------A--CATGA--TAATTA-AAAAA--TA-TAACAGCG-TGTAACAAA-GATAAA-TGACAC----AACATGAAAAT---AATAGAAGATATTGC-AT-T-T-T-TTCCT-AAT--T----AAAT--CTT--AC-AAA---TGAATT---TTAATTTA--AACTGTC--------AGTGT-----ATTTTT--TTTTTTATT-T-TTTC-AAGATT-A-T--TCC-TGTTTA-TTTTC---G---T---T-----------CGT-AA---A-T-T--T--AT-TTTTA---TT-----TTTT--TCC-CCCTCATA-TG---TC---CTTATTA-T---AATAT-CAA-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAACA-A-AA-T-A----AC--TGGTGCAG-------CATGTATT--TT--TATTACA-------------T-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TGC-AAC-GCA-A-T--A-A-TGA-------AA-C-A-A----T-TAA
gi|10 : gA-----AGAT-TCAA-----CAATT--TT-ACAAA--AT-----ACTTT----AAA-TAT-CATGA-AAATTTA-GAAAA--AA-TAATAGCG-AGTAAAAAA-GATAAAGTGACGC----AACCTGAAAATA--AATGGAATAAACTCC-AA-T-TAT-T--CT-AAT--A----AAAAT-CTC--AC-AAC---TAAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATT----TCTT-TTTC-ATGTCT-G-CAAT---TGTCTC-TTTTCCTTC---T---T-CT---ATCCACGT-CC---T-T-TTAT--CC-ATTTT---CC-----TTTT--ATT-TCCCCGTC-TC---TT---CTTAGTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----------------GT-TAA----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GAAAAATT-A-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-AAT--T-AAAAACtaaagaaaagaaag
gi|11 : tcaattgatgttaagttaatgttataaatAAA--AT-----AATT-----AAAATAC-CATGA-AAACCTG-GAAAG--AT-TAATTGTACAG--ACAAAAGACACAATTACAC----AACATGAAAACA--TATGGAATAAACTGC-AA-CAT-T-T--CT-AGT--A----AAA---------T-AAT---TTA--T---TTC-TTTA--AAGCGAC--------AGTTTAGAGTAATTTA---CC----TT-TGTTTCTATT-CT-A-C----C-TGTTTC-T-------C---T---T-CT---CTCCGAG-------A-T-A--T--CC--TATC---CTAACAATAAT--CTT-TA--------T---TT---CTGAAAA-T----ACGT------TC--GTA---AA--CAA------ATATA-T-----AT-GAAG-A-A-TG-C-A----AA--T----------------CGTA-T--TA--TGT---AT-GC------AATT-----------------ATAAATTG-T-A--TGTGAATATAC-TAT-GGA------A-A-TAA-------AA-ACA-A----TGAAAAACAA
gi|12 : TGACAT----AACATGAAAATA--AATAGAATAAATTGC-AA-T-T-AAT--CT-TAT--CT---AAAA--CTT--AC-AGC---TCAACT---T-----CA--AATTGAT--------AATGTAAAGCTCACTA--ATC----TC-T-TTTC-GTGACT-A-C--TCC-TGTTGT-TTTTT---T---T---C-AA---AGCCACAT-AA---T------------TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCTTCTTC-TT---TT---CTCATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-TTTAAAAA-AAAA-A-A-GT-T-A----AA--T------G-------CATATA-T--TA--TATTAAAT-GT------AT------------------------ATG-T-ATTTG------CAA-AAT-GAA-ACT--A-C-TAA-------AA-A-A-A----T-AAaaaaaaa
gi|13 : TA--------------TGCAA---------------A-A-A---TA--------ACTACG-----AATT-TTGA-----CAAT---TT-AAAAA--AT-----ACTTA----AAA-TAC-CATGA-ACACCTC-GAATG--AT-TAATAGCT--GTAACAAATGACAAAATTACAC----ATTACCAAAACACGAA--GAATAAACTGC-A----T-T-T--TT-TGT--A----AGAA---TG--AT-AATTTATGAATA---ATAATCTATGAAATGACATAATTTGAGTGTAAAATAATTCA--CCT----TC-T-TTTT-AT-ACA-A-C--T-C---TTGC-T-------C---A---T-CT---GCCCTCGT-CT---C-T-C--TGACC-TATTC----------TGTT--CTTATCCTTAAC-TG---TA---TTTATTG-T---Atataaatattgaataatctcaagtctaatcaaa
gi|14 : aaaagcaaaATAAATTGC-AA-T-TAT-T--CT-TTT--A----AAAA--TTCTTAC-AAC---TGAGCT---TTAATTCA--AATCAAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTT-ATGACTGA-A--A-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CTTCTATCTGCGT-CT---T-T-TT-T--CC-TTTTC---CT-----CTTT--CTT-TCCCTGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTT--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTGAAT-AT------ATTT-----------------GTAAAATG-T-T--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-T-T----T-AAAAATAAtattgcgttcaaaaa
gi|15 : GACAGAAACTCAAAT------GTTTTTGAATGAAAAATAAATATACATATATTTAAAATTTTC-----ATTGATCTCATTTGGATATA---------TT---------G---------A----------CCAGAGTAGCTA--------CACTCAACTGTATATTGATATA--------------TGCAA---------------A-ATATTTCA--------TTTTTA-----AAA--ACAAATATGCAATT--TTAATAAAAGAT-----ATTTA----AAA-TAC-CATGA-AAATCTC-GAAAG--AT-TAGTaa
gi|17 : g-TTCTT---CT-----TTTT--TTT-CTCTCTTC-TT---TTCGACCTATTC-TGTAAACTT-TAT-TTCTAATAATGAGTTTACTAGCAAATGTA-T-----AT-GAAG-A-ATGT-G-A----AT--T------GTGT----TATGTA-TG-TAATTATAAATT-GT------ATGT-----------------G---AACG-TAA--TG------TA------GAA-A-T--A-A--AA-------TA-A-A-A----TGAAAAACAAtgacaaa
gi|19 : tgTTTC---AT-----TTTT--CCT-TCCTCTTC-TG---TC---CTTATTA-T---AAAAC-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-------AT-CAAG-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATTTA-T--TG--TATTTAAT-GT------AATT-----------------GCAAAATATT-A--TA------TAA-TAT-ACATG-T--ATA-TAA-------AA-A-A-A----T-aaaa
gi|2 : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATTTAGATTATTC-----AACAATTTT---------TC---------TT---------G---------A----------ACAGAACAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGTATAGTGATTTA--------------TGAAC---------------A-G-A---CA--------GTTCCA-----AAGT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----GAA-TAT-CATGA-ACATTTA-GAAAA--AA-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGCTTTAAACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGCAAA-T-A-T-T--CT-AAT--A----AAAATTCTC--AC-CAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACTTTA--GTC----TA-T-TTTC-ATGAAT-G-CA-A-C-TGTCTC-TTTCC---C---T---T-CT---ATCCACGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----CTTT--CTT-TCCGCGTC-TT---TC---CTTATTA-T---AACAT-CAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-GAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------A-------TATGTA-A--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GT--AATG-T----TG------TAT-TAT-TAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
gi|20 : TTATTA-T---AAGAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTC--T-----AT-AAAA-A-A-AA-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AG-A-ATT----T-AAAAGCAA
gi|23 : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACATACTGAAATAGATTTGGATTATTC-----AACGATTTC---------TCTTGGGAGTGTT---------G---------A----------CCAGAGCAaaa
gi|24 : tagggtttttag--GAA--TAC------AATCA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-AT------ATTT-----------------TCAAAATA-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-T----T-AAAAACAA
gi|25 : AGA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATAAAAT-AT------ATTT-----------------GTAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-TAAA-A-TAACACATTCAA-A-A-A----C-AAAAAaa
gi|26 : tcA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-C-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--T------T-GT--------------------------------ATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-ACTTTT-AAAGACAAt
gi|27 : ------GTATCCGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATGT---TTCCCCTTGGGAA----------------TA---------TT---------G---------A----------CCAATGCAGTTATTCGAGTTTaaa
gi|3 : ATCTGAATGAAAA-CGAATTGAAATGAATTTGGATTCTTC-----AAAGATTAC----------C---------TT---------G---------AGGAATCATTACGAGAGCAGTTATTCGAGTTTATAAAACTGCATGCAAACT-A--------------TATAC---------------ATA-A---CA--------GT----------AAC-TGAA-----C---T--GT-ATG--------------T-----AGA-GTT-CATCA-AT--TTA-GAAAA--AA-AAATAGCG-AATAACAAA-GATAAAGTGGCGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAGATTGA-AA-T-T-T-T--------------------------------------ACT---TTGATTGA--AATTGAC--------ACTGTAAAGCATCTAT--ATC----TT-T-TTAC-ATGTCT-A-C--TGC-TGGTTC-ATTTC---C---T---T-CTTCTATCAACGT-AC---T-T-T--T--CC-TTTTC---TA-----ATTT--CTT-TCCCCATT-AA---TT---CTTTTTT-T---A-CAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-ATA-GT-T-A----ACA-T------AAAATAGTTATATA-TTCTA--TATAAAAC-AT------ATTTGCATAATTTACTCTACTGCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-CAA-A-T--A-A--AT-------AA-A-A-A----T-AA
gi|32 : ATACATTTGAATTATTC-----AATGATCTC---------CT---------TT---------GGATATGTGGA----------CCAGAGTAGCTtccaa
gi|33 : gatacac-T-G----AT--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAGAT-AT------ATTT-----------------GCAAAATG-T----TG------TAT-TAT-
gi|4 : TG--------------TAAAA---------------A-A-A---CA--------ATTCCA-----AATT-TTAA-----GATTTATTT-ATAA-------------T-----AGT-TAC-CATGA-ATATTTA-GTAAG--AT-CTATA-----------AA-GATAAACTGACAC----AAAGTGAATATA--AATGGAATAGATTGC-AA-C-T-T-T---T-TATTTATTTTAAAA--CTC--A---AC---TGAACTATTTTTATTCA--CACTGAC--------AGTTTAAAGTACCCTT--ATT----GA-A-TGTC-ATGACC-ATC--C-C-CGTTTCGTTTTC---T---T---TTCT---ATCTGCCT-CTGTGT-TGC--T--CCATTGTCG--CT-----TTTTACCCT-TTTTCGC--------T---CTTGTTC-T---AA-ATGTAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--TTC----G-------TA-GTA-----------TGAAT-GT------AATT-----------------GT-AAATG-A-A--T-----------------A-A-T--A-A-TAA-------AA-A-a
gi|5 : gaa---------TC---------TT---------G---------A----------TCAGAGCAGTTATTGGAGTTTATTATGCTGTAAATTGATTTA--------------TGGAA---------------A-A-A---GATTTTTT--TTTTCAAAAACAAGTATAAA-----CAAACAATT-ACAAA--GTTTATCAGTTTCATAAAA-TAT--ATGACATA-TCATGAA--------AATAGCG-AGTTACAAA-GATAAAGTGACAC----AACATGTAAATA--AATGGAATAAATTGC-AATT-T-T-T--CT-AAT--A----AAAA--CTC--ACAAAC---TGAGCT---TCAATACA--AATTG----------AGCGTAAAGCACGGTA--ATC----TC-T-TTTA-ATGACT-A-C--T-CTTGTTTC-TTTTC---CTTTT---T-CT---ATCCATCC-TT---T-T-T--T--TC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT----TTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTTA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--CATTTGAT-AT------ATTA-----------------GC-AAATA-T-A---A------TATGTAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-AT---T-AAAAACAActcatatttgcctattcatagaattatcaagttaatacaactcatgaacatgtatttaattataacaaagtatcatggtataatgcagtcatgttttaattggttaaaattaaa
gi|6 : gggaaTTGGATTATTC-----AACGATTCC---------TC---------TT---------G---------AGAATCTTGA-TCGGAGCTGTTATTTGAGTTTATCAAACTCCATATTGATTTATGGAATATATTAATTGAAAGTAAGC---------A-A-A---AA--------AATCCA-------GT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--CT-----ATTC-----AAAATAT-CATGA-ATCCTTA-GAAAA--AAATAACAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGT----AACATGAATCAA--AATGGGAAAAAT-GC-AA-T-T-TGT--CT-AAT--A----AAAA--CTC--AC-AA-------------------------TTGAC--------AGTGTAAAGTATCT-A--ATC----TT-T-GTTC-ATGAAT-A-C--T-CCTGTTTC-TTTTC---C---T---T-CTTCTATTCGCTT-CT---TCT-T--T--CC-TTTAC---AA-----TATC--CTG-TCCTCGTC-TT---TT---CAAAT-A-T---ACCAT-TGC-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTTA-C-----A--AAAC-A-A----T-A----AC--T------A-------CTTGAA-T--TT--TATCTAAT-GT------ATTT-----------------GATAAATA-A-A--TG------TAT-TA-----------A-A-TAA-------AACA-A-A----T-TAAAACAaaaa
gi|7 : -----ACCT-----AAA-CATGCATGG-TCAC------AAATCAG-TAATAGGG-AGTAACAGA-GATAACATGATTC----ATCATGAAAATA--AATGGAATATATTGC-AA-T-TGT-T--CT-TAT--A----AAAA--CCC--AC-AAC---TGAACT---TAAACTCA--AATTGAC--------AGTTTAAAACACCGTA--ATC----GC-C-TTTC-ATTACT-G-T--T-CATGTTTC-TTTTC---C---TTTCT-CT---ATACACGA-CT---T-T-TG-T--CC-TTTTC---AT-----TTTC--CGT-TCTTCTTC-TT---TT---CTT------------AT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-CCAA----------A----AC--T------G-------TATGTT-T--TT--TATTCAGT-GT------ATTT-----------------GAAAAATG------------------TAT-GAA-A-T--A-ATTAA-------AA-A-A-A----T-GAATACAAc
gi|8 : attcacatgatcacaagtcaatgcatatactagatccgtcgcgagaactacttcA--------------TGCAA---------------A-A-A---CA--------ACCCCG-----AATT-GTAA-----CAATT--TT-CAGAA--AT-----ATTG-----AAAATAC-TATGA-AAACTTC-AAAAT--AT-TAATTGC--ACTAACAAA------AG-----------ACATGAAAACA--AATGGAATAAACTGC-AACT-T-T-T--CTGGAT--------AAA--CT------AAT---TTATCT------AT--A--AAGTGAC--------AGTGTGAAGTAATTTACCAT-----TC-T-TTC---TAA-T-A-A--T-A-TATAGC-TCTTCAG-C---T---T-CT---------GT-CT---C-T-C--T--CC---CTCAGACC-----TATT--CTG-TCCTAATC-CTAAACT----TTGGTACT---AATAT-TACGTTC--ATA---AA--CA-------ATATA-T-----AT-GAAG-A-ATGTAT-ATTGTACTAT------G-------TATGTA-----A--TAATAAATGGT------ATGT------------------CA--------A--TG------TAC-TATGGAA-A-T--A----AA-------GA-A-A-A----TGAAAAACAAatcgatgtattaaattaaatgaacaagtttattaaattatgctaaggttgagtcactttttggcataagattaa
gi|9 : gatatatggacaaaagtagctacagtaaaactgaatattaatatatacaaaatacttaacttttaaaaaacaatgA-----AACT-TCA------CA-TT--TT-ATAAT--GT-----ATTT-----AAAATAT-CATGA-ACATTTA-GAACT--AA-TGACAGCA-AGAATCAAT-GATAAGGTAAAG-----AACATGAAAATA--AATGGAATAAA--------------------------------AA--TTC--AC-AAC---TGAACT---TTTATTCA--AAATGAC--------CATGCAAAGAACCCAT--ATC----TC-T-TTAC-ATGACT-G-C--T-CTTGTTTC-TTGTCCTTC---T---T-CT---ATCCATGTCCT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TATT--CTT-TCCTCATCTTT---TT---CTTATTG-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAT------ATTCATT-----ATCAAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTTAAT-GTACATACATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TTT-TAT-GAA-G-T--C-A-TAA-------AA-A-A-AT---T-ACAAACAAaaa
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGTTTCTTCAGATTTTGTTTTCTTCTCTCCGACCAATTCTGTCCTAATCCTTAACTTTCTTTCTGATAACACGTTCATAAGTAAGCATATATGGAGAAGTATATATGAGAAATATAAATTTTATTATGTATGTAATGATAAATTGTATGTAAATGTCCTATGAAAATGGAGAAAAAAATAAAAAGTAAAAACAACA
Unaligned ( gi|18 ): TCCTAATCTTAAACTTATTTCCGATAATGCGTTCATAAACAATTAAAAAAAAGAAGAAGAATATAGCTTGCATTATGTATGTAAATTGTATATGGATGTTCTATGGAAATAAAAAAAATGAAAAACAAAAAAAACA
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTAAACTTTATTTCTAATGAAGCTTCTTAAACAAATATAAGTAAAGAATGTGAATTTTACTACCCATGCAATTATAAATTATATCTGAATGTACTAAAAAAGTGAAA
Unaligned ( gi|22 ): AACAAGTATAGATAAATAGTGTAAATAGTATTATGTATGTAATTATAAACTGTGTGTGAATGTATTCATGTAGTACCATTGGATTAAAACACTAAAAAACTAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): ATTATGTATGTAATAATAAATTGTATGTGAATGTACTATGGAAATAAAAAAAATTGAAAAAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|29 ): ATGAAAAGCAGTTTGCAATAAAGTTGAATTACATGATAATGTCTCTTGGATATGTTGAATGGAGCA
Unaligned ( gi|30 ): TTTTTATTTGTCTTTCGTCTTCTATCCGTATTCAAAATTTATATCATAGAATGCATTAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATCAATTGTATGTGAATATACTATGGAAATAAAAAAAAATGACAAAAAAAAAAAAGGAA
Unaligned ( gi|34 ): TAGAGCTTTTAGGACAAATCCTGAAGTATACATGTACCATA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 22222222222222 5555555555555555555555555555555555 11 11111111111111 1 1111111 11111111 222222 111 111 1111 1111111111 11111111111111 11111111111111111111 1111
lowQualScore : 333333 3 1 2 1 22222 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 66666666666666 1 1111111111111111111111111111111111 99999 333 99999 00 3 44 99999999999999 2 33 3 1 3 3 555 55 44 6 0 1 6666 44 2 5 2 888 444 55 4444444 6666666 2 5555 0 0 666666 0 33 0 00000000 33 6666 2 2 2 2 2 111111 2 333 555 555 2 555 3 2 555 2 0000 33 2 0000000000 33 2 2 2 444 444 2 444 2 2 33 33 33 666666 2 55555 33 2 2 8 2 2 4444 44 33333333333333 2 44 22 22 2 555555 77777777777777777777 333333 555555 22 2 2 2 22 2 2 6666666 2 2 2 2222 6
lowQualScore : ...... . . . . ..... . .................................................... .............. . .................................. ..... ... ..... .. . .. .............. . .. . . . . ... .. .. . . . .... .. . . . ... ... .. ....... ....... . .... . . ...... . .. . ........ .. .... . . . . . ...... . ... ... ... . ... . . ... . .... .. . .......... .. . . . ... ... . ... . . .. .. .. ...... . ..... .. . . . . . .... .. .............. . .. .. .. . ...... .................... ...... ...... .. . . . .. . . ....... . . . .... .
lowQualScore : 000000 2 0 2 0 55555 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111 0 8888888888888888888888888888888888 11111 888 11111 00 6 66 33333333333333 3 66 1 0 8 1 777 22 33 7 2 2 5555 22 9 7 9 999 000 99 4444444 9999999 9 6666 1 2 666666 9 99 3 44444444 99 1111 9 9 9 9 9 444444 9 999 000 000 9 000 4 9 000 9 3333 99 7 6666666666 44 5 8 5 444 444 4 111 5 5 44 22 11 444444 2 66666 22 1 1 4 0 0 2222 88 44444444444444 0 88 88 88 0 888888 00000000000000000000 777777 888888 77 0 1 1 99 1 1 8888888 1 1 2 2222 7
consensus : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTA--------------TGNAA---------------A-A-A---CA--------GTTCCA-----AANT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----AAA-TAT-CATGA-ANACTTA-GAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-T--CT-NAT--A----AAAA--CTC--AC-AAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTC-ATGACT-A-C--T-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
Reference ( family-2523 ) : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTA--------------TGNAA---------------A-A-A---CA--------GTTCCA-----AANT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----AAA-TAT-CATGA-ANACTTA-GAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-T--CT-NAT--A----AAAA--CTC--AC-AAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTC-ATGACT-A-C--T-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
gi|1 : GACAGAACTTGAAGTATACTAGTATCTGAATGAAA--CTTATTGAAACAGTCTTAAATTGTTC-----AAAGAGTTC---------TC---------TTTGACATTTTG---------A----------CCAGAGCAGTTATTCAAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTG--------------TGGAAGATAGTTTATTTGTAA-A-A---CAAGTATGCAGTTCCA-----AAGA-TCAA-----CAATT--AT-TTAAA--AT-----A-------------A--CATGA--TAATTA-AAAAA--TA-TAACAGCG-TGTAACAAA-GATAAA-TGACAC----AACATGAAAAT---AATAGAAGATATTGC-AT-T-T-T-TTCCT-AAT--T----AAAT--CTT--AC-AAA---TGAATT---TTAATTTA--AACTGTC--------AGTGT-----ATTTTT--TTTTTTATT-T-TTTC-AAGATT-A-T--TCC-TGTTTA-TTTTC---G---T---T-----------CGT-AA---A-T-T--T--AT-TTTTA---TT-----TTTT--TCC-CCCTCATA-TG---TC---CTTATTA-T---AATAT-CAA-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAACA-A-AA-T-A----AC--TGGTGCAG-------CATGTATT--TT--TATTACA-------------T-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TGC-AAC-GCA-A-T--A-A-TGA-------AA-C-A-A----T-TAA
gi|10 : gA-----AGAT-TCAA-----CAATT--TT-ACAAA--AT-----ACTTT----AAA-TAT-CATGA-AAATTTA-GAAAA--AA-TAATAGCG-AGTAAAAAA-GATAAAGTGACGC----AACCTGAAAATA--AATGGAATAAACTCC-AA-T-TAT-T--CT-AAT--A----AAAAT-CTC--AC-AAC---TAAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATT----TCTT-TTTC-ATGTCT-G-CAAT---TGTCTC-TTTTCCTTC---T---T-CT---ATCCACGT-CC---T-T-TTAT--CC-ATTTT---CC-----TTTT--ATT-TCCCCGTC-TC---TT---CTTAGTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----------------GT-TAA----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GAAAAATT-A-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-AAT--T-AAAAACtaaagaaaagaaag
gi|11 : tcaattgatgttaagttaatgttataaatAAA--AT-----AATT-----AAAATAC-CATGA-AAACCTG-GAAAG--AT-TAATTGTACAG--ACAAAAGACACAATTACAC----AACATGAAAACA--TATGGAATAAACTGC-AA-CAT-T-T--CT-AGT--A----AAA---------T-AAT---TTA--T---TTC-TTTA--AAGCGAC--------AGTTTAGAGTAATTTA---CC----TT-TGTTTCTATT-CT-A-C----C-TGTTTC-T-------C---T---T-CT---CTCCGAG-------A-T-A--T--CC--TATC---CTAACAATAAT--CTT-TA--------T---TT---CTGAAAA-T----ACGT------TC--GTA---AA--CAA------ATATA-T-----AT-GAAG-A-A-TG-C-A----AA--T----------------CGTA-T--TA--TGT---AT-GC------AATT-----------------ATAAATTG-T-A--TGTGAATATAC-TAT-GGA------A-A-TAA-------AA-ACA-A----TGAAAAACAA
gi|12 : TGACAT----AACATGAAAATA--AATAGAATAAATTGC-AA-T-T-AAT--CT-TAT--CT---AAAA--CTT--AC-AGC---TCAACT---T-----CA--AATTGAT--------AATGTAAAGCTCACTA--ATC----TC-T-TTTC-GTGACT-A-C--TCC-TGTTGT-TTTTT---T---T---C-AA---AGCCACAT-AA---T------------TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCTTCTTC-TT---TT---CTCATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-TTTAAAAA-AAAA-A-A-GT-T-A----AA--T------G-------CATATA-T--TA--TATTAAAT-GT------AT------------------------ATG-T-ATTTG------CAA-AAT-GAA-ACT--A-C-TAA-------AA-A-A-A----T-AAaaaaaaa
gi|13 : TA--------------TGCAA---------------A-A-A---TA--------ACTACG-----AATT-TTGA-----CAAT---TT-AAAAA--AT-----ACTTA----AAA-TAC-CATGA-ACACCTC-GAATG--AT-TAATAGCT--GTAACAAATGACAAAATTACAC----ATTACCAAAACACGAA--GAATAAACTGC-A----T-T-T--TT-TGT--A----AGAA---TG--AT-AATTTATGAATA---ATAATCTATGAAATGACATAATTTGAGTGTAAAATAATTCA--CCT----TC-T-TTTT-AT-ACA-A-C--T-C---TTGC-T-------C---A---T-CT---GCCCTCGT-CT---C-T-C--TGACC-TATTC----------TGTT--CTTATCCTTAAC-TG---TA---TTTATTG-T---Atataaatattgaataatctcaagtctaatcaaa
gi|14 : aaaagcaaaATAAATTGC-AA-T-TAT-T--CT-TTT--A----AAAA--TTCTTAC-AAC---TGAGCT---TTAATTCA--AATCAAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTT-ATGACTGA-A--A-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CTTCTATCTGCGT-CT---T-T-TT-T--CC-TTTTC---CT-----CTTT--CTT-TCCCTGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTT--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTGAAT-AT------ATTT-----------------GTAAAATG-T-T--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-T-T----T-AAAAATAAtattgcgttcaaaaa
gi|15 : GACAGAAACTCAAAT------GTTTTTGAATGAAAAATAAATATACATATATTTAAAATTTTC-----ATTGATCTCATTTGGATATA---------TT---------G---------A----------CCAGAGTAGCTA--------CACTCAACTGTATATTGATATA--------------TGCAA---------------A-ATATTTCA--------TTTTTA-----AAA--ACAAATATGCAATT--TTAATAAAAGAT-----ATTTA----AAA-TAC-CATGA-AAATCTC-GAAAG--AT-TAGTaa
gi|17 : g-TTCTT---CT-----TTTT--TTT-CTCTCTTC-TT---TTCGACCTATTC-TGTAAACTT-TAT-TTCTAATAATGAGTTTACTAGCAAATGTA-T-----AT-GAAG-A-ATGT-G-A----AT--T------GTGT----TATGTA-TG-TAATTATAAATT-GT------ATGT-----------------G---AACG-TAA--TG------TA------GAA-A-T--A-A--AA-------TA-A-A-A----TGAAAAACAAtgacaaa
gi|19 : tgTTTC---AT-----TTTT--CCT-TCCTCTTC-TG---TC---CTTATTA-T---AAAAC-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-------AT-CAAG-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATTTA-T--TG--TATTTAAT-GT------AATT-----------------GCAAAATATT-A--TA------TAA-TAT-ACATG-T--ATA-TAA-------AA-A-A-A----T-aaaa
gi|2 : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATTTAGATTATTC-----AACAATTTT---------TC---------TT---------G---------A----------ACAGAACAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGTATAGTGATTTA--------------TGAAC---------------A-G-A---CA--------GTTCCA-----AAGT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----GAA-TAT-CATGA-ACATTTA-GAAAA--AA-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGCTTTAAACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGCAAA-T-A-T-T--CT-AAT--A----AAAATTCTC--AC-CAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACTTTA--GTC----TA-T-TTTC-ATGAAT-G-CA-A-C-TGTCTC-TTTCC---C---T---T-CT---ATCCACGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----CTTT--CTT-TCCGCGTC-TT---TC---CTTATTA-T---AACAT-CAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-GAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------A-------TATGTA-A--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GT--AATG-T----TG------TAT-TAT-TAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
gi|20 : TTATTA-T---AAGAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTC--T-----AT-AAAA-A-A-AA-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AG-A-ATT----T-AAAAGCAA
gi|23 : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACATACTGAAATAGATTTGGATTATTC-----AACGATTTC---------TCTTGGGAGTGTT---------G---------A----------CCAGAGCAaaa
gi|24 : tagggtttttag--GAA--TAC------AATCA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-AT------ATTT-----------------TCAAAATA-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-T----T-AAAAACAA
gi|25 : AGA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATAAAAT-AT------ATTT-----------------GTAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-TAAA-A-TAACACATTCAA-A-A-A----C-AAAAAaa
gi|26 : tcA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-C-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--T------T-GT--------------------------------ATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-ACTTTT-AAAGACAAt
gi|27 : ------GTATCCGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATGT---TTCCCCTTGGGAA----------------TA---------TT---------G---------A----------CCAATGCAGTTATTCGAGTTTaaa
gi|3 : ATCTGAATGAAAA-CGAATTGAAATGAATTTGGATTCTTC-----AAAGATTAC----------C---------TT---------G---------AGGAATCATTACGAGAGCAGTTATTCGAGTTTATAAAACTGCATGCAAACT-A--------------TATAC---------------ATA-A---CA--------GT----------AAC-TGAA-----C---T--GT-ATG--------------T-----AGA-GTT-CATCA-AT--TTA-GAAAA--AA-AAATAGCG-AATAACAAA-GATAAAGTGGCGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAGATTGA-AA-T-T-T-T--------------------------------------ACT---TTGATTGA--AATTGAC--------ACTGTAAAGCATCTAT--ATC----TT-T-TTAC-ATGTCT-A-C--TGC-TGGTTC-ATTTC---C---T---T-CTTCTATCAACGT-AC---T-T-T--T--CC-TTTTC---TA-----ATTT--CTT-TCCCCATT-AA---TT---CTTTTTT-T---A-CAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-ATA-GT-T-A----ACA-T------AAAATAGTTATATA-TTCTA--TATAAAAC-AT------ATTTGCATAATTTACTCTACTGCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-CAA-A-T--A-A--AT-------AA-A-A-A----T-AA
gi|32 : ATACATTTGAATTATTC-----AATGATCTC---------CT---------TT---------GGATATGTGGA----------CCAGAGTAGCTtccaa
gi|33 : gatacac-T-G----AT--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAGAT-AT------ATTT-----------------GCAAAATG-T----TG------TAT-TAT-
gi|4 : TG--------------TAAAA---------------A-A-A---CA--------ATTCCA-----AATT-TTAA-----GATTTATTT-ATAA-------------T-----AGT-TAC-CATGA-ATATTTA-GTAAG--AT-CTATA-----------AA-GATAAACTGACAC----AAAGTGAATATA--AATGGAATAGATTGC-AA-C-T-T-T---T-TATTTATTTTAAAA--CTC--A---AC---TGAACTATTTTTATTCA--CACTGAC--------AGTTTAAAGTACCCTT--ATT----GA-A-TGTC-ATGACC-ATC--C-C-CGTTTCGTTTTC---T---T---TTCT---ATCTGCCT-CTGTGT-TGC--T--CCATTGTCG--CT-----TTTTACCCT-TTTTCGC--------T---CTTGTTC-T---AA-ATGTAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--TTC----G-------TA-GTA-----------TGAAT-GT------AATT-----------------GT-AAATG-A-A--T-----------------A-A-T--A-A-TAA-------AA-A-a
gi|5 : gaa---------TC---------TT---------G---------A----------TCAGAGCAGTTATTGGAGTTTATTATGCTGTAAATTGATTTA--------------TGGAA---------------A-A-A---GATTTTTT--TTTTCAAAAACAAGTATAAA-----CAAACAATT-ACAAA--GTTTATCAGTTTCATAAAA-TAT--ATGACATA-TCATGAA--------AATAGCG-AGTTACAAA-GATAAAGTGACAC----AACATGTAAATA--AATGGAATAAATTGC-AATT-T-T-T--CT-AAT--A----AAAA--CTC--ACAAAC---TGAGCT---TCAATACA--AATTG----------AGCGTAAAGCACGGTA--ATC----TC-T-TTTA-ATGACT-A-C--T-CTTGTTTC-TTTTC---CTTTT---T-CT---ATCCATCC-TT---T-T-T--T--TC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT----TTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTTA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--CATTTGAT-AT------ATTA-----------------GC-AAATA-T-A---A------TATGTAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-AT---T-AAAAACAActcatatttgcctattcatagaattatcaagttaatacaactcatgaacatgtatttaattataacaaagtatcatggtataatgcagtcatgttttaattggttaaaattaaa
gi|6 : gggaaTTGGATTATTC-----AACGATTCC---------TC---------TT---------G---------AGAATCTTGA-TCGGAGCTGTTATTTGAGTTTATCAAACTCCATATTGATTTATGGAATATATTAATTGAAAGTAAGC---------A-A-A---AA--------AATCCA-------GT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--CT-----ATTC-----AAAATAT-CATGA-ATCCTTA-GAAAA--AAATAACAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGT----AACATGAATCAA--AATGGGAAAAAT-GC-AA-T-T-TGT--CT-AAT--A----AAAA--CTC--AC-AA-------------------------TTGAC--------AGTGTAAAGTATCT-A--ATC----TT-T-GTTC-ATGAAT-A-C--T-CCTGTTTC-TTTTC---C---T---T-CTTCTATTCGCTT-CT---TCT-T--T--CC-TTTAC---AA-----TATC--CTG-TCCTCGTC-TT---TT---CAAAT-A-T---ACCAT-TGC-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTTA-C-----A--AAAC-A-A----T-A----AC--T------A-------CTTGAA-T--TT--TATCTAAT-GT------ATTT-----------------GATAAATA-A-A--TG------TAT-TA-----------A-A-TAA-------AACA-A-A----T-TAAAACAaaaa
gi|7 : -----ACCT-----AAA-CATGCATGG-TCAC------AAATCAG-TAATAGGG-AGTAACAGA-GATAACATGATTC----ATCATGAAAATA--AATGGAATATATTGC-AA-T-TGT-T--CT-TAT--A----AAAA--CCC--AC-AAC---TGAACT---TAAACTCA--AATTGAC--------AGTTTAAAACACCGTA--ATC----GC-C-TTTC-ATTACT-G-T--T-CATGTTTC-TTTTC---C---TTTCT-CT---ATACACGA-CT---T-T-TG-T--CC-TTTTC---AT-----TTTC--CGT-TCTTCTTC-TT---TT---CTT------------AT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-CCAA----------A----AC--T------G-------TATGTT-T--TT--TATTCAGT-GT------ATTT-----------------GAAAAATG------------------TAT-GAA-A-T--A-ATTAA-------AA-A-A-A----T-GAATACAAc
gi|8 : attcacatgatcacaagtcaatgcatatactagatccgtcgcgagaactacttcA--------------TGCAA---------------A-A-A---CA--------ACCCCG-----AATT-GTAA-----CAATT--TT-CAGAA--AT-----ATTG-----AAAATAC-TATGA-AAACTTC-AAAAT--AT-TAATTGC--ACTAACAAA------AG-----------ACATGAAAACA--AATGGAATAAACTGC-AACT-T-T-T--CTGGAT--------AAA--CT------AAT---TTATCT------AT--A--AAGTGAC--------AGTGTGAAGTAATTTACCAT-----TC-T-TTC---TAA-T-A-A--T-A-TATAGC-TCTTCAG-C---T---T-CT---------GT-CT---C-T-C--T--CC---CTCAGACC-----TATT--CTG-TCCTAATC-CTAAACT----TTGGTACT---AATAT-TACGTTC--ATA---AA--CA-------ATATA-T-----AT-GAAG-A-ATGTAT-ATTGTACTAT------G-------TATGTA-----A--TAATAAATGGT------ATGT------------------CA--------A--TG------TAC-TATGGAA-A-T--A----AA-------GA-A-A-A----TGAAAAACAAatcgatgtattaaattaaatgaacaagtttattaaattatgctaaggttgagtcactttttggcataagattaa
gi|9 : gatatatggacaaaagtagctacagtaaaactgaatattaatatatacaaaatacttaacttttaaaaaacaatgA-----AACT-TCA------CA-TT--TT-ATAAT--GT-----ATTT-----AAAATAT-CATGA-ACATTTA-GAACT--AA-TGACAGCA-AGAATCAAT-GATAAGGTAAAG-----AACATGAAAATA--AATGGAATAAA--------------------------------AA--TTC--AC-AAC---TGAACT---TTTATTCA--AAATGAC--------CATGCAAAGAACCCAT--ATC----TC-T-TTAC-ATGACT-G-C--T-CTTGTTTC-TTGTCCTTC---T---T-CT---ATCCATGTCCT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TATT--CTT-TCCTCATCTTT---TT---CTTATTG-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAT------ATTCATT-----ATCAAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTTAAT-GTACATACATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TTT-TAT-GAA-G-T--C-A-TAA-------AA-A-A-AT---T-ACAAACAAaaa
blockSeqs : . A A A T TTGGG T ATTTGGATATATTGA TGGAATATATTAAT C AAAGATTTTTTT AAAAC GTA ATATG AT A AG TTATCAGTTTCATA A TG C A T T ATC AA AC A G TTTA CG A T A AT C GG TTATTTT TTCTT A TTTA ATTTTT TG ATAATTTG CC . T G T G T AAT G CTT TTT TTC T TCT A C GTG C TTA GA A CTAACAA AC A G T AAA CGA C GTA G G TA AT TT TAGCAA T TTAAA CA . T T A A TTGT TA AAAATAGT . TC AT CA G ACATAC GCATAATTTACTCTACTGCA TATT TGAATA TG G T C AA T T CACATTC C C T CTTT G
blockSeqs : . A T A A . C TCTTGGGAGTGTTGA . C GTAAGCAAAAAA . AT . AA . . ACTTT A T . A C . A A G T A . . . C . AA C A CT TTCTC . C TTA . . . . . . . . . TCC . CTT . . . TCT G . . . TT . . AGACC . . T . . . . . . . . . . . . . G . . T . . . A GTGT . G . TA . . GAA TAA . T . . . . . . . . . . AT G
blockSeqs : . A A G A . C CTTGAGGAATCATTA . A AATATTTCAT . TT . . . . ACTTA A C . C C . G T T . A . . . . . AT C A A TCTC . T TTC . . . . . . . . . AAC . AG . . . TCT A . . . GC . . GCT . . A . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . TCG . . . TG . . ATA TTA . C . . . . . . . . . . T G
blockSeqs : . A T G C . A CTTTGGATATGTGGA . T ATAACAG . GT . . . . ATTTA A C . A T . G T G . A . . . . . TG T T A CTT . C ATA . . . . . . . . . TGC . . . . . . T . . . TG . . CC . . G . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . G . . . AA . . GTA AA . A . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . G G C . T TCTTGAGAATCTTGA . A AAATAA . AC . . . . AATT . C . C T . G T G . G . . . . . GT C T A CTC . C TTA . . . . . . . . . TCT . . . . . . G . . . A . . CT . . T . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . G . . . TT . . GCA TA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : G A . C TCTTGA . G AGACAG . TT . . . . ACTT . T . T T . A A G . G . . . . . T C T A CTC . C TTA . . . . . . . . . TCC . . . . . . A . . . C . . CT . . T . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . G . . . CA . . GCA TT . A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . TATTGA . A AAACAA . GT . . . . ATTC . T . T C . A A G . A . . . . . T C A A CTC . C TTG . . . . . . . . . TCA . . . . . . A . . . T . . CT . . G . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . G . . . CA . . TCA TA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : TCTTGA . C AAACAA . TT . . . . ACCT . C . T C . G T G . A . . . . . T C T A CCC . C TCA . . . . . . . . . TCT . . . . . . G . . . T . . AT . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . A . . . TA . . GTA TA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CT . . . . ATTG . T . T C . A G A . G . . . . . T C A A TTC . C TAA . . . . . . . . . TC . . . . . . A . . . T . . CT . . G . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . G . . . AA . . GCA TA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . ATTT . T . C T . T T . . T . . . . . T C A A TG . T TTT . . . . . . . . . AC . . . . . . G . . . T . . TA . . G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . . AA . . GAT TA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . T . C . A . . T A . . G . . . . . T . T . CT . C T . . . . . . . . . CC . . . . . . A . . . C . . CT . . G . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . . TA . . GAA TA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . T . C . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . TA . . . . . . A . . . T . . AA . . T . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . . TG . . GCA AA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . AT . . A . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . G . . . TT . . GT TA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CT . . A . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . G . . . CT . . GT AA . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . TC . . GC TA . C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . G . . . TA . . CA T . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . TT . . G T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ****** AAACAN**************************** ATTT********** C* C** **** G*************
originalCons : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTA--------------TGNAA---------------A-A-A---CA--------GTTCCA-----AANT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--AT-----ACTT-----AAA-TAT-CATGA-ANACTTA-GAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-T--CT-NAT--A----AAAA--CTC--AC-AAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTC-ATGACT-A-C--T-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
finalCons : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTA--------------TGNAAAAACAN----------------------------TTCCA-----AANT-TCAA-----CAATT--TT-ATAAA--ATATTT----------AAA-TAC-CATGA-ANACTTA-GAAAA--AN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-TC--T-NAT--A----AAAA--CTC--AC-AAC---TGAACT---TTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTC-ATGACT-A-C--T-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---T-CT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--TG-------------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGTTTCTTCAGATTTTGTTTTCTTCTCTCCGACCAATTCTGTCCTAATCCTTAACTTTCTTTCTGATAACACGTTCATAAGTAAGCATATATGGAGAAGTATATATGAGAAATATAAATTTTATTATGTATGTAATGATAAATTGTATGTAAATGTCCTATGAAAATGGAGAAAAAAATAAAAAGTAAAAACAACA
Unaligned ( gi|18 ): TCCTAATCTTAAACTTATTTCCGATAATGCGTTCATAAACAATTAAAAAAAAGAAGAAGAATATAGCTTGCATTATGTATGTAAATTGTATATGGATGTTCTATGGAAATAAAAAAAATGAAAAACAAAAAAAACA
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTAAACTTTATTTCTAATGAAGCTTCTTAAACAAATATAAGTAAAGAATGTGAATTTTACTACCCATGCAATTATAAATTATATCTGAATGTACTAAAAAAGTGAAA
Unaligned ( gi|22 ): AACAAGTATAGATAAATAGTGTAAATAGTATTATGTATGTAATTATAAACTGTGTGTGAATGTATTCATGTAGTACCATTGGATTAAAACACTAAAAAACTAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): ATTATGTATGTAATAATAAATTGTATGTGAATGTACTATGGAAATAAAAAAAATTGAAAAAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|29 ): ATGAAAAGCAGTTTGCAATAAAGTTGAATTACATGATAATGTCTCTTGGATATGTTGAATGGAGCA
Unaligned ( gi|30 ): TTTTTATTTGTCTTTCGTCTTCTATCCGTATTCAAAATTTATATCATAGAATGCATTAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATCAATTGTATGTGAATATACTATGGAAATAAAAAAAAATGACAAAAAAAAAAAAGGAA
Unaligned ( gi|34 ): TAGAGCTTTTAGGACAAATCCTGAAGTATACATGTACCATA
Alignments
lowQualScore : 222222 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111 2222222222222222222222 2 11111111111 1111111 11111111 222222 111 111 1111 1111111111 11111111111111 11111111111111111111 1111
lowQualScore : 333333 3 1 2 1 22222 6 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 00000000000000 99999 1111111111111111111111 6666 3 3 3 0 0 666 0 2 55 44 6 0 1 6666 44 2 5 2 888 444 33333333333 0000000 2 5555 0 0 555 33 0 33 0 00000000 33 6666 2 2 2 2 2 111111 2 666 555 555 555 3 2 555 2 0000 33 2 0000000000 33 2 2 2 444 444 2 444 2 2 33 33 33 666666 2 55555 33 2 2 8 2 2 4444 44 33333333333333 2 44 22 22 2 555555 77777777777777777777 333333 555555 22 2 2 2 22 2 2 6666666 2 2 2 2222 6
lowQualScore : ...... . . . . ..... . .................................................... .............................................................. .............. ..... ...................... .... . . . . . ... . . .. .. . . . .... .. . . . ... ... ........... ....... . .... . . ... .. . .. . ........ .. .... . . . . . ...... . ... ... ... ... . . ... . .... .. . .......... .. . . . ... ... . ... . . .. .. .. ...... . ..... .. . . . . . .... .. .............. . .. .. .. . ...... .................... ...... ...... .. . . . .. . . ....... . . . .... .
lowQualScore : 000000 2 0 2 0 55555 5 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555555555 11111 2222222222222222222222 1111 3 3 3 0 1 222 2 3 22 33 7 2 2 5555 22 9 7 9 999 000 11111111111 4444444 9 6666 1 2 000 55 9 99 3 44444444 99 1111 9 9 9 9 9 444444 9 888 000 000 000 4 9 000 9 3333 99 7 6666666666 44 5 8 5 444 444 4 111 5 5 44 22 11 444444 2 66666 22 1 1 4 0 0 2222 88 44444444444444 0 88 88 88 0 888888 00000000000000000000 777777 888888 77 0 1 1 99 1 1 8888888 1 1 2 2222 7
consensus : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTAT------------------GNAA---------------A-A-A---CA------A--------TTCCA-----AANT-----TCAA-----CAAT-------TTT-AT---------AAA--ATA-TTT-AA-AATACCATGAANACTTAGAAAGAN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-T--CT-NA--TA----AAAA--CTC--AC-AAC---TGAAC---TTTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTC-ATGACT-A-C--T-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---TCT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
Reference ( family-2523 ) : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACNTATTGAAATAGATTTGGATTNTTC-----AACGATTTC---------TC---------TT---------G---------A----------CCAGAGCAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTAT------------------GNAA---------------A-A-A---CA------N--------TTCCA-----AANT-----TCAA-----CAAT-------TTT-AT---------AAA--ATA-TTT-AA-A-TACCATGAANACTTAGAAAAAN-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGC-AA-T-T-T-T--CT-NA--TA----AAAA--CTC--AC-AAC---TGAAC---TTTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTC-ATGACT-A-C--T-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---TCT---ATCCGCGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-GT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
gi|1 : GACAGAACTTGAAGTATACTAGTATCTGAATGAAA--CTTATTGAAACAGTCTTAAATTGTTC-----AAAGAGTTC---------TC---------TTTGACATTTTG---------A----------CCAGAGCAGTTATTCAAGTTTATTAAACTGCATATTGATTTGT------------------GGAAGATAGTTTATTTGTAA-A-A---CA------AGTATGCAGTTCCA-----AAGA-----TCAA-----CAAT-------T---------------------A-TTT-AA-AATAACATGA-TAATTAAAAAATA-TAACAGCG-TGTAACAAA-GATAAA-TGACAC----AACATGAAAAT---AATAGAAGATATTGC-AT-T-T-T-TTCCT-AA--TT----AAAT--CTT--AC-AAA---TGAAT---TTTAATTTA--AACTGTC--------AGTGT-----ATTTTT--TTTTTTATT-T-TTTC-AAGATT-A-T--TCC-TGTTTA-TTTTC---G---T---T----------CGT-AA---A-T-T--T--AT-TTTTA---TT-----TTTT--TCC-CCCTCATA-TG---TC---CTTATTA-T---AATAT-CAA-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAACA-A-AA-T-A----AC--TGGTGCAG-------CATGTATT--TT--TATTACA-------------T-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TGC-AAC-GCA-A-T--A-A-TGA-------AA-C-A-A----T-TAA
gi|10 : gA-----AGAT-----TCAA-----CAAT-------TTT-AC---------AAA--ATACTTT-AA-A-TATCATGAAAATTTAGAAAAAA-TAATAGCG-AGTAAAAAA-GATAAAGTGACGC----AACCTGAAAATA--AATGGAATAAACTCC-AA-T-TAT-T--CT-AA--TA----AAAAT-CTC--AC-AAC---TAAAC---TTTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATT----TCTT-TTTC-ATGTCT-G-CAAT---TGTCTC-TTTTCCTTC---T---TCT---ATCCACGT-CC---T-T-TTAT--CC-ATTTT---CC-----TTTT--ATT-TCCCCGTC-TC---TT---CTTAGTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----------------GT-TAA----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GAAAAATT-A-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-AAT--T-AAAAACtaaagaaaagaaag
gi|11 : tcaattgatgttaagttaatgttataaat---------AAA--ATA-ATT-AA-AATACCATGAAAACCTGGAAAGAT-TAATTGTACAG--ACAAAAGACACAATTACAC----AACATGAAAACA--TATGGAATAAACTGC-AA-CAT-T-T--CT-AG--TA----AAA---------T-AAT---TTA-----TTTC-TTTA--AAGCGAC--------AGTTTAGAGTAATTTA---CC----TT-TGTTTCTATT-CT-A-C----C-TGTTTC-T-------C---T---TCT---CTCCGAG-------A-T-A--T--CC--TATC---CTAACAATAAT--CTT-TA--------T---TT---CTGAAAA-T----ACGT------TC--GTA---AA--CAA------ATATA-T-----AT-GAAG-A-A-TG-C-A----AA--T----------------CGTA-T--TA--TGT---AT-GC------AATT-----------------ATAAATTG-T-A--TGTGAATATAC-TAT-GGA------A-A-TAA-------AA-ACA-A----TGAAAAACAA
gi|12 : TGACAT----AACATGAAAATA--AATAGAATAAATTGC-AA-T-T-AAT--CT-TA--TCT---AAAA--CTT--AC-AGC---TCAAC---TT-----CA--AATTGAT--------AATGTAAAGCTCACTA--ATC----TC-T-TTTC-GTGACT-A-C--TCC-TGTTGT-TTTTT---T---T---CAA---AGCCACAT-AA---T------------TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCTTCTTC-TT---TT---CTCATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-TTTAAAAA-AAAA-A-A-GT-T-A----AA--T------G-------CATATA-T--TA--TATTAAAT-GT------AT------------------------ATG-T-ATTTG------CAA-AAT-GAA-ACT--A-C-TAA-------AA-A-A-A----T-AAaaaaaaa
gi|13 : TAT------------------GCAA---------------A-A-A---TA------A--------CTACG-----AATT-----TTGA-----CAAT-------TTA-A----------AAA--ATA-CTT-AA-AATACCATGAACACCTCGAATGAT-TAATAGCT--GTAACAAATGACAAAATTACAC----ATTACCAAAACACGAA--GAATAAACTGC-A----T-T-T--TT-TG--TA----AGAA---TG--AT-AATTTATGAAT---AATAATCTATGAAATGACATAATTTGAGTGTAAAATAATTCA--CCT----TC-T-TTTT-AT-ACA-A-C--T-C---TTGC-T-------C---A---TCT---GCCCTCGT-CT---C-T-C--TGACC-TATTC----------TGTT--CTTATCCTTAAC-TG---TA---TTTATTG-T---Atataaatattgaataatctcaagtctaatcaaa
gi|14 : aaaagcaaaATAAATTGC-AA-T-TAT-T--CT-TT--TA----AAAA--TTCTTAC-AAC---TGAGC---TTTAATTCA--AATCAAC--------AGTGTAAAGCACCTTA--ATC----TC-T-TTTT-ATGACTGA-A--A-C-TGTTTC-TTTTC---C---T---TCTTCTATCTGCGT-CT---T-T-TT-T--CC-TTTTC---CT-----CTTT--CTT-TCCCTGTC-TT---TT---CTTATTA-T---AACAT-TAT-TTT--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTGAAT-AT------ATTT-----------------GTAAAATG-T-T--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-T-T----T-AAAAATAAtattgcgttcaaaaa
gi|15 : GACAGAAACTCAAAT------GTTTTTGAATGAAAAATAAATATACATATATTTAAAATTTTC-----ATTGATCTCATTTGGATATA---------TT---------G---------A----------CCAGAGTAGCTA--------CACTCAACTGTATATTGATATAT------------------GCAA---------------A-ATATTTCA------T--------TTTTA-----AAA------ACAAATATGCAAT-------TTTAAT---------AAAAGATA-TTTAAA-A-TACCATGAAAATCTCGAAAGAT-TAGTaa
gi|17 : g-TTCTT---CT-----TTTT--TTT-CTCTCTTC-TT---TTCGACCTATTC-TGTAAACTT-TAT-TTCTAATAATGAGTTTACTAGCAAATGTA-T-----AT-GAAG-A-ATGT-G-A----AT--T------GTGT----TATGTA-TG-TAATTATAAATT-GT------ATGT-----------------G---AACG-TAA--TG------TA------GAA-A-T--A-A--AA-------TA-A-A-A----TGAAAAACAAtgacaaa
gi|19 : tgTTTC---AT-----TTTT--CCT-TCCTCTTC-TG---TC---CTTATTA-T---AAAAC-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-------AT-CAAG-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATTTA-T--TG--TATTTAAT-GT------AATT-----------------GCAAAATATT-A--TA------TAA-TAT-ACATG-T--ATA-TAA-------AA-A-A-A----T-aaaa
gi|2 : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATTTAGATTATTC-----AACAATTTT---------TC---------TT---------G---------A----------ACAGAACAGTTATTCGAGTTTATTAAACTGTATAGTGATTTAT------------------GAAC---------------A-G-A---CA------G--------TTCCA-----AAGT-----TCAA-----CAAT-------TTT-AT---------AAA--ATA-CTT-GA-A-TATCATGAACATTTAGAAAAAA-TAATAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGCTTTAAACATGAAAATA--AATGGAATAAATTGCAAA-T-A-T-T--CT-AA--TA----AAAATTCTC--AC-CAC---TGAAC---TTTAATTCA--AATTGAC--------AGTGTAAAGCACTTTA--GTC----TA-T-TTTC-ATGAAT-G-CA-A-C-TGTCTC-TTTCC---C---T---TCT---ATCCACGT-CT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----CTTT--CTT-TCCGCGTC-TT---TC---CTTATTA-T---AACAT-CAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-GAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------A-------TATGTA-A--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GT--AATG-T----TG------TAT-TAT-TAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-A----T-AAAAACAA
gi|20 : TTATTA-T---AAGAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTC--T-----AT-AAAA-A-A-AA-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATCAAAT-AT------ATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AG-A-ATT----T-AAAAGCAA
gi|23 : GACAGAACTTGAAGT------GTATCTGAATGAAAAACATACTGAAATAGATTTGGATTATTC-----AACGATTTC---------TCTTGGGAGTGTT---------G---------A----------CCAGAGCAaaa
gi|24 : tagggtttttag--GAA--TAC------AATCA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAAAT-AT------ATTT-----------------TCAAAATA-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-T----T-AAAAACAA
gi|25 : AGA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATAAAAT-AT------ATTT-----------------GTAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-TAAA-A-TAACACATTCAA-A-A-A----C-AAAAAaa
gi|26 : tcA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-C-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--T------T-GT--------------------------------ATG-T-A--TG------TAT-TAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-ACTTTT-AAAGACAAt
gi|27 : ------GTATCCGAATGAAAAACTTATTGAAATAGATGT---TTCCCCTTGGGAA----------------TA---------TT---------G---------A----------CCAATGCAGTTATTCGAGTTTaaa
gi|3 : ATCTGAATGAAAA-CGAATTGAAATGAATTTGGATTCTTC-----AAAGATTAC----------C---------TT---------G---------AGGAATCATTACGAGAGCAGTTATTCGAGTTTATAAAACTGCATGCAAACT-AT------------------ATAC---------------ATA-A---CA------G--------T----------AAC-----TGAA-----C---------------T---------G-----TA-TGT-AG-A-GTTCATCAAT--TTAGAAAAAA-AAATAGCG-AATAACAAA-GATAAAGTGGCGC----AACATGAAAATA--AATGGAATAGATTGA-AA-T-T-T-T--------------------------------------AC---TTTGATTGA--AATTGAC--------ACTGTAAAGCATCTAT--ATC----TT-T-TTAC-ATGTCT-A-C--TGC-TGGTTC-ATTTC---C---T---TCTTCTATCAACGT-AC---T-T-T--T--CC-TTTTC---TA-----ATTT--CTT-TCCCCATT-AA---TT---CTTTTTT-T---A-CAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-ATA-GT-T-A----ACA-T------AAAATAGTTATATA-TTCTA--TATAAAAC-AT------ATTTGCATAATTTACTCTACTGCAAAATG-T-A--TG------TAT-TAT-CAA-A-T--A-A--AT-------AA-A-A-A----T-AA
gi|32 : ATACATTTGAATTATTC-----AATGATCTC---------CT---------TT---------GGATATGTGGA----------CCAGAGTAGCTtccaa
gi|33 : gatacac-T-G----AT--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTAGAT-AT------ATTT-----------------GCAAAATG-T----TG------TAT-TAT-
gi|4 : TGT------------------AAAA---------------A-A-A---CA------A--------TTCCA-----AATT-----TTAA-----GATTTA-----TTT-AT---------AA---------T-AG-T-TACCATGAATATTTAGTAAGAT-CTAT-----------AAA-GATAAACTGACAC----AAAGTGAATATA--AATGGAATAGATTGC-AA-C-T-T-T---T-TATTTATTTTAAAA--CT----C-AAC---TGAACTATTTTTATTCA--CACTGAC--------AGTTTAAAGTACCCTT--ATT----GA-A-TGTC-ATGACC-ATC--C-C-CGTTTCGTTTTCT--T---T---TCT---ATCTGCCT-CTGTGT-TGC--T--CCATTGTCG--CT-----TTTTACCCT-TTTTCG--------CT---CTTGTTC-T---AA-ATGTAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-AAAA-A-A-GT-T-A----AC--TTC----G-------TA-GTA-----------TGAAT-GT------AATT-----------------GT-AAATG-A-A--T-----------------A-A-T--A-A-TAA-------AA-A-a
gi|5 : gaa---------TC---------TT---------G---------A----------TCAGAGCAGTTATTGGAGTTTATTATGCTGTAAATTGATTTAT------------------GGAA---------------A-A-A---GATTTTTTT--------TTTCAAAAACAAGTATAAACAAA-----CAATTACAAAGTTT-ATCAGTTTCATAAA--ATA-TAT-GACA-TATCATGAA---------------AATAGCG-AGTTACAAA-GATAAAGTGACAC----AACATGTAAATA--AATGGAATAAATTGC-AATT-T-T-T--CT-AA--TA----AAAA--CTC--ACAAAC---TGAGC---TTCAATACA--AATTG----------AGCGTAAAGCACGGTA--ATC----TC-T-TTTA-ATGACT-A-C--T-CTTGTTTC-TTTTC---CTTTT---TCT---ATCCATCC-TT---T-T-T--T--TC-TTTTC---CT-----TTTT--CTT-TCCTCGTC-TT---TT----TTATTA-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTTA-T-----AT-CAAA-A-ATGT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--CATTTGAT-AT------ATTA-----------------GC-AAATA-T-A---A------TATGTAT-GAA-A-T--A-A-TAA-------AA-A-A-AT---T-AAAAACAActcatatttgcctattcatagaattatcaagttaatacaactcatgaacatgtatttaattataacaaagtatcatggtataatgcagtcatgttttaattggttaaaattaaa
gi|6 : gggaaTTGGATTATTC-----AACGATTCC---------TC---------TT---------G---------AGAATCTTGA-TCGGAGCTGTTATTTGAGTTTATCAAACTCCATATTGATTTATGGAATATATTAATTGAAAGTAAGC-------------A-A-A---AA------A--------ATCCA-------GT-----TCAA-----CAAT-------TTT-AT---------AAA--CTA-TTC-AA-AATATCATGAATCCTTAGAAAAAAATAACAGCG-AGTAACAAA-GATAAAGTGACGT----AACATGAATCAA--AATGGGAAAAAT-GC-AA-T-T-TGT--CT-AA--TA----AAAA--CTC--AC-AA-------------------------TTGAC--------AGTGTAAAGTATCT-A--ATC----TT-T-GTTC-ATGAAT-A-C--T-CCTGTTTC-TTTTC---C---T---TCTTCTATTCGCTT-CT---TCT-T--T--CC-TTTAC---AA-----TATC--CTG-TCCTCGTC-TT---TT---CAAAT-A-T---ACCAT-TGC-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTTA-C-----A--AAAC-A-A----T-A----AC--T------A-------CTTGAA-T--TT--TATCTAAT-GT------ATTT-----------------GATAAATA-A-A--TG------TAT-TA-----------A-A-TAA-------AACA-A-A----T-TAAAACAaaaa
gi|7 : AG-TAATAGGG-AGTAACAGA-GATAACATGATTC----ATCATGAAAATA--AATGGAATATATTGC-AA-T-TGT-T--CT-TA--TA----AAAA--CCC--AC-AAC---TGAAC---TTAAACTCA--AATTGAC--------AGTTTAAAACACCGTA--ATC----GC-C-TTTC-ATTACT-G-T--T-CATGTTTC-TTTTC---C---TTTCTCT---ATACACGA-CT---T-T-TG-T--CC-TTTTC---AT-----TTTC--CGT-TCTTCTTC-TT---TT---CTT------------AT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAC------ATTCA-T-----AT-CCAA----------A----AC--T------G-------TATGTT-T--TT--TATTCAGT-GT------ATTT-----------------GAAAAATG------------------TAT-GAA-A-T--A-ATTAA-------AA-A-A-A----T-GAATACAAc
gi|8 : attcacatgatcacaagtcaatgcatatactagatccgtcgcgagaactacttcacctaaacatgcatggtcacaaatcAT------------------GCAA---------------A-A-A---CA------A--------CCCCG-----AATT-----GTAA-----CAAT-------TTT-CA---------GAA--ATA-TTG-AA-AATACTATGAAAACTTCAAAATAT-TAATTGC--ACTAACAAA------AG-----------ACATGAAAACA--AATGGAATAAACTGC-AACT-T-T-T--CTGGA--T------AAA--CT------AAT---TTATC---T---AT--A--AAGTGAC--------AGTGTGAAGTAATTTACCAT-----TC-T-TTC---TAA-T-A-A--T-A-TATAGC-TCTTCAG-C---T---TCT---------GT-CT---C-T-C--T--CC---CTCAGACC-----TATT--CTG-TCCTAATC-CTAAACT----TTGGTACT---AATAT-TACGTTC--ATA---AA--CA-------ATATA-T-----AT-GAAG-A-ATGTAT-ATTGTACTAT------G-------TATGTA-----A--TAATAAATGGT------ATGT------------------CA--------A--TG------TAC-TATGGAA-A-T--A----AA-------GA-A-A-A----TGAAAAACAAatcgatgtattaaattaaatgaacaagtttattaaattatgctaaggttgagtcactttttggcataagattaa
gi|9 : gatatatggacaaaagtagctacagtaaaactgaatattaatatatacaaaatacttaacttttaaaaaacaatgA-----AACT-----TCA------CA-T-------TTT-AT---------AAT--GTA-TTT-AA-AATATCATGAACATTTAGAACTAA-TGACAGCA-AGAATCAAT-GATAAGGTAAAG-----AACATGAAAATA--AATGGAATAAA--------------------------------AA--TTC--AC-AAC---TGAAC---TTTTATTCA--AAATGAC--------CATGCAAAGAACCCAT--ATC----TC-T-TTAC-ATGACT-G-C--T-CTTGTTTC-TTGTCCTTC---T---TCT---ATCCATGTCCT---T-T-T--T--CC-TTTTC---CT-----TATT--CTT-TCCTCATCTTT---TT---CTTATTG-T---AACAT-TAT-TTC--ATA--GAA--TAT------ATTCATT-----ATCAAAA-A-A-GT-T-A----AC--T------G-------TATGTA-T--TA--TATTTAAT-GTACATACATTT-----------------GCAAAATG-T-A--TG------TTT-TAT-GAA-G-T--C-A-TAA-------AA-A-A-AT---T-ACAAACAAaaa
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TATGTTTCTTCAGATTTTGTTTTCTTCTCTCCGACCAATTCTGTCCTAATCCTTAACTTTCTTTCTGATAACACGTTCATAAGTAAGCATATATGGAGAAGTATATATGAGAAATATAAATTTTATTATGTATGTAATGATAAATTGTATGTAAATGTCCTATGAAAATGGAGAAAAAAATAAAAAGTAAAAACAACA
Unaligned ( gi|18 ): TCCTAATCTTAAACTTATTTCCGATAATGCGTTCATAAACAATTAAAAAAAAGAAGAAGAATATAGCTTGCATTATGTATGTAAATTGTATATGGATGTTCTATGGAAATAAAAAAAATGAAAAACAAAAAAAACA
Unaligned ( gi|21 ): AATCCTAAACTTTATTTCTAATGAAGCTTCTTAAACAAATATAAGTAAAGAATGTGAATTTTACTACCCATGCAATTATAAATTATATCTGAATGTACTAAAAAAGTGAAA
Unaligned ( gi|22 ): AACAAGTATAGATAAATAGTGTAAATAGTATTATGTATGTAATTATAAACTGTGTGTGAATGTATTCATGTAGTACCATTGGATTAAAACACTAAAAAACTAAAAAA
Unaligned ( gi|28 ): ATTATGTATGTAATAATAAATTGTATGTGAATGTACTATGGAAATAAAAAAAATTGAAAAAAAATAAAAA
Unaligned ( gi|29 ): ATGAAAAGCAGTTTGCAATAAAGTTGAATTACATGATAATGTCTCTTGGATATGTTGAATGGAGCA
Unaligned ( gi|30 ): TTTTTATTTGTCTTTCGTCTTCTATCCGTATTCAAAATTTATATCATAGAATGCATTAAATC
Unaligned ( gi|31 ): ATCAATTGTATGTGAATATACTATGGAAATAAAAAAAAATGACAAAAAAAAAAAAGGAA
Unaligned ( gi|34 ): TAGAGCTTTTAGGACAAATCCTGAAGTATACATGTACCATA