lowQualScore : 11 1 1111 5555555555555555555555555555 1111 2222222222222222222 1111 222222222222222 6666666666666666666666666666666666 1111 2222222 11111 11 1111111 333333333
lowQualScore : 4 88 0 7 8 5 3 7777 4 4444444444444444444444444444 2 8 0 11 999999 0000 999 0 4444444444444444444 1 66 66 55 8888 6 4 3 9 55 11 3 9 8888 55 5555 0 444444444444444 2 5555555555555555555555555555555555 666 2222 3333333 5555 4 4 00000 777 4 7777 55 4 666 66 5555555 222222222 7 4 4 5
lowQualScore : . .. . . . . . .... . ............................ . . . .. ...... .... ... . ................... . .. .. .. .... . . . . .. .. . . .... .. .... . ............... . .................................. ... .... ....... .... . . ..... ... . .... .. . ... .. ....... ......... . . . .
lowQualScore : 0 33 7 3 3 0 2 0000 8 7777777777777777777777777777 7 7 4 66 111111 6666 666 4 3333333333333333333 0 11 11 55 5555 4 0 7 7 00 00 6 9 5555 55 5555 8 333333333333333 3 7777777777777777777777777777777777 444 7777 8888888 7777 0 1 00000 000 5 7777 55 5 444 00 7777777 333333333 8 0 4 0
consensus : TTTCANAATCTCAGTGTT--TTAATATGTTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATT----AAGTAT-GTATCGCGTAT-T-GTTA-TA------GGTACGTTTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--CCATA-----T--A--------TTTATTAG--TGTA--T--A----TACAAT-GTAAATCAAT--TTCGTG-GAAAATC----GGTACA--TGTT----TTATT-------------T-GTACAAA-------A---CG-AAA-TAT----T---T--T-TAA---ACTTCGTAT---GN--TTT--T-A-TGAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTTTATT---ATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTATATA-C------TATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
Reference ( gi|2 ) : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATGTTTCTTTTAACTTCACTTTTAGAGCATT----AAATAT-ATATTGTGTGT-T-GTTT-TA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTAG--TGTA--T--A----TACAAT-GTAAATAAAT--TTCATG-GTAAATC----GGTACA--TGTT----TTATT-------------T-GTACAAA-------A---CG-AAC-TAT----T---C--T-TAA---AATTCGTAT---AC--TTT--T-A-TGAGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGGTTTGTT---ATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTATATG-A------TATGATAAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|5 : TTTCAAAATCTCAGTGTT--TTAACATGTTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATC----AAGTAT-TTATTGT---------TA-TA------GGTACGTCCTGCTTGAGATT----------G--CTCA----GAATTTA--TCATA-----T--A--------TTTGTTAA--TGTT--T--A----TACATTTGTAAATCAAT--TTCATG-GAAAATC----GGTACA--TGTAAAA-CTATT-------------TTGTACAAA-------A---CG-AAAATAT----TAAAT--G-TAA---ACTTGGTATG--AT--TTTATT-A-TGACAGAAAGTATTC-----CTCTTAGTCTCT---TGCAACTTTTAAAAGAGTGACATATCGTATGAGTTTGT----TGTTTTATT---ATTGCATGTGATTAT--A--TGTGCATATA-C------TATAATGAGACTTTAATAAAAGA-TATA-AT
gi|13 : cTTTCATAATTTAAGTGTT--TTAATAGG--------AAGTTT-CTTTTAGTACATTTTTAGAGCATGGTGTT-TCTAT-A-GTTA-TA------GGTGCATTTAGCTCAGGATTAACAACTATTG--CTCA----AATTTTA--CCA-A-----C--A---------CTATAAA--TGTA--T--A----TATAG--GTATAAGAGT--TT-----GTAAAT
gi|3 : tCAGTATTACCTAATATATTTCTTTTTAGCTCACTTTTAGAGCATT----CAGTAT--------GTAT-T-GTTA-AA------GGTACGACTTGCTCGAATTTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--CCATA-----T--A--------CTTAATAG--TGCA--T--T----GATAAT-GTAAATCAGT--TTCATG-GAAAATC----GGTACA--TGTT----TTATT-------------T-GTGCAAA-------A---CG-G---TAT----T---TGATGTAA---ACTATGTTT---CC--CTT--T-A-AGGGAGAAAGTATGC-----CTCTCCGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTAACATAATATATGGTTTTGCTTTTTTTTTTATT---ATTCTATGAGATTAT--AT-T-TGAATATA-C------TATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-
gi|1 : acagtctgtcaaCACTTTCAGAGCATT----AACTAT-GTAT-GCGTGT-T---TA-TA------GGTACATTGTGCTCACGATTAACGACTGTGA--CTCA----AATTTAA---CATA-----T--A--------CATACT------TC--T--A----TACA-T-GTTTATAGAG--T--GTGTGTAAATTCACAGGTACA--TGTT----TAA-----------------GTGTTAA-------A----------TAT----T---T--T-TAAGCAAACT-ATGT---GT--TTT--T-AATGAGAGAACTTG-AC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTGACATATTGCA-AGATTTGC----TGTTTTATT---ATTTTATGTGATTCT--A---------ATG--------TGTGATGAGATTTAAATAAAatag
gi|4 : cttgagaacggatgtaaatatttaattggcttcatttttccgatacaggtaagacaggtatataggtactcaattattaattggtcgcatatgaaacaaaagataATA----AGATAT-ATACCACGTAT-TCGTTA-TATGACATGGTAAGTAT------AGATTAAT--TTGTAAAATTTATTTCAATTTCAATTCAAA-----TCAA--------TTT-TTGA--TGTTGTT--A----CAGAAT--TAAATCAAT--TTCACG-GAAAATC----GGTACA--TGTT----TTATT-------------T-GTAAAAA-------AAACCC-AAA-TAT----TTAAC--G-TAA---ACTTCGTAT---GC--TTT--T-A-TGAGAGAAATTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGATTTTGG----TGTTTTATT---ATTGTATGTGATTAT--A--T-TGTATATA-C------TATGATGAGATTTTAATAAAATA-T-TG-ATAtactatgtactatatatgtagtat
gi|6 : TGTGTAT-ATTTATA------GGTACATTT--CTGAAAGTTAACGTTCGTGG--CTCA----TATTTAA--TTATA-----T--A--------AATA--AG--CGTA--T--A----TAGAGT-GTA------T--TTGTTT-ATAAATA----GGTACA--TGTT----TTATTGTTTTATTGTTATT-GTATAAATT-----A---AA-AAT-GTT----T---CAAT-TCA---AACT-ATAT---ATGATTT--A-A-TTAGGGAAATTATAC-----C---------CT---TG---------AAAGAGTGACATAGTGTATGG-ATTGC----TGTTGTATT---ATTTTATGTGATTAT--GATT-TGTATATA-C------TATAATTGGACtaatataatatacagaatgagtggttatagtatg
gi|8 : TTTATA------GGTACGTTTTGTTCGAGATTATCGATTCTGG--CTCA----AATTTTA--CCGTAAATTAT--G--------TTTATAAG--TGTA--T--A----TACAAT-GTTAATTTAT--TTCATG-GAAAATC----GGTACA--TGTT----TTATT-------------T-GTAAAAAAATAGACA---CGAAAC-TAT----TAAAT--G-TAA---ACTTCGTAT---GG--TTT--TAA-TGAGAGAAATTATAC-----TTCGCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACAT--------GTTTTGC----TATTTTATTATCATTGAATTTGATTAT--A--C-----------------TATGATGAGAC-TTGATAAAAAA-aaaatataagttatatctatatattacactcagttggtggaagaaggttataatatga
gi|7 : tagtactACGATT--AA--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--ACATACGTGTATATTAAGATATA--C--A----TACG-T-GTATATAAAGAGTGTGTA-AAAAAT------ATATA--TATA----TTGTT---------------GT-----------------------TAT----T---G--T-AAA---AAAT-ATAT---GA--TTT--A-A-TGAGAGAAATTGAAC-----TT---AGTTTCTAAATGCAACTCTTCAACGAGTGACACAGTGTCTGATTTT-C----TGTTTAATG---ATTCTATGTGAATATA-A--TGTGTATATACATTATACTATGATGAGATTTAAATGAAATT-T-TACATAAaatgatat
gi|9 : acatcatcctc--A--------TTTATTAG--TGTA--TTTAGGCCTACAAT-GTAAATCAAT--TTCATG-GAAAATC----GGTACA--TGTG----TTATT-------------T-GTACAAA-------A---CG-AAA-TATCTAAT---G--T-TAA---C-TTCGTAT---GA--CTT--T-G-TGAAA-AATGTATAC-----CTCTCTGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTAACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTTTATT---ATTCCATGTGATTAT--A--T-TGTAT----A------TATGATGAGACTTTAATAAAATA-T-TA-ATAttgagacaatatactaactgaacaacaatatcaattaa
gi|15 : --A----TACAAT-ATAAATTAAT--TTCCTG-GAAAATC----AGTACACGTGTTAATGTTA-T-------------T-GTATAAA-------A---CG-AAA--AT----G---C--T-TAA---
gi|11 : atatatatggaagtccttgAAT--TTCATG-GAAAATC----GATACA--TGTT----CTATT-------------T-GTACAAA-------A---TT-AAA-TAT----T---TAATGTAA---ACTTCGTATGAAAT--TTT--T-A----GAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAATGGTATAGTGTATTGTTTAGC----TGTTTTATT---ATTCCATGTGATTAA--A--T-TATATATA-T------TATGATTATACTTTAATAAAAGA-C-TG-ATAAtgtaaac
gi|12 : ----T---T--T-TAG---AAGCTGAAT---AA--TTT--T-A-CGAAAGACAATATATGTTTTTTCTCAGTCTCT---TGTTACTCTTTTAAGAGTGACATGGTGTATTG-TATGA----T-GTCTGTA---ATGTTATGTTATTGTAAA--T-TGTATATA-C------CATGATGAGACTTTAATAAACGA-T-TA-
gi|14 : taatgGAGTGACATAGTGTATGATTTTGT----T---TTACT---ATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTATATA-C------TATGATGAGACTTTAATAAAAGGTT-TA-ATata
gi|17 : tataattttatgtgtcaatgctgcccttatgtatattaatcaagtttTTGTATGTGAACAT--AATT-TGTATATA-C------TATGATGAGCCTTAAATAAAAG--T-TA-tattaacat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGTCAGTACAACAAAAGGTAAAGGCAAACAACTAAATTGTATGTTAATCTGCAGTTCATTTTTGTTTATTGGAGAACAGTTGTAAACATGTTATTGACCAATACAGGTAAGACAGGTACATAGATACTCAATTATGAAGTGTTTGGATTCAAAACAGTAATTACCCGCTTTATCTATACCATGATATTCAAACTACACGTATGCTCTCTAGAATACATCTCAGGATT
Unaligned ( gi|16 ): TATGATGTTTTAAAAGCTGTAAAACTTTATAAGAGACAACCTATGTTTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11 111 222 111111 1111111111111111111 111 222222222222222222 22222222222 4444444444 11111 11111 1111111
lowQualScore : 1 0 33 777 9 1 6 3 999 77 444444 6 0 1 66 9999 1 777 8888888888888888888 55 55 55 7777 666 4 3 2 3 666 000 3 555555555555555555 3 4 55 33333333333 6 5555555555 7777 88 7777 00000 1 99999 666 3 7777 3 1 44444 6 0000000 3 4 4
lowQualScore : . . .. ... . . . . ... .. ...... . . . .. .... . ... ................... .. .. .. .... ... . . . . ... ... . .................. . . .. ........... . .......... .... .. .... ..... . ..... ... . .... . . ..... . ....... . . .
lowQualScore : 0 7 88 555 8 7 7 7 555 55 444444 5 1 9 11 4444 0 888 1111111111111111111 55 55 00 7777 444 0 2 5 6 444 000 6 999999999999999999 6 3 00 55555555555 7 3333333333 1111 88 4444 55555 0 11111 444 3 1111 3 0 88888 2 0000000 6 0 4
consensus : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTAG--TGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG--AAA-TATT---T-A--T-TAA----ACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
Reference ( family-2516 ) : TTTCANAATCTCAGTGTT--TTAATATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTTTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--CCATA-----T--A--------TTTATTAG--TGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG--AAA-TATT---T----T-TAA----ACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|1 : CACTTTCAGAGCATTAAC-TATGTAT-GCGTGTT---TATA------GGTACATTGTGCTCACGATTAACGACTGTGA--CTCA----AATTT-A--ACATA-----T--A--------CATACT------TC--T--A----TACA----T-GTTTATAGAGTGTGTGTA-AATTCACAGGTACATGTT---T-----------------------------AA--G-------TGTTAAA-TATT---T----T-TAAGCAAACT--ATGTG---TTTTTAAT---GAGAGAACTTG-AC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTGACATATTGCA-AGATTTGC----TGTTT-TATTATTTTATGTGATTCT--A--A-TG--------------TGTGATGAGATTTAAATAAA
gi|11 : cttgagaacggatgtaaatatttaattggcttcatttttccgatacaggtaagacaggtatataggtactcaattattaattggtcgcatatgaaacaaaagataAATTTCATGGA-AAATC---GATACATGTT---CT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------TT--AAA-TATT---TAA--TGTAA----ACTTCGTATGAAATTTTT-------AGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAATGGTATAGTGTATTGTTTAGC----TGTTT-TATTATTCCATGTGATTAA--A--T-TATA-------TATATTATGATTATACTTTAATAAAAGA-C-TG-ATAAtactatgtactatatatgtagtat
gi|12 : AA-TGTT---T----TAGAA----GCT--GAATA---ATTTTA-C---GAAAGACAATATATGTTTTTTCTCAGTCTCT---TGTTACTCTTTTAAGAGTGACATGGTGTATTG-TATGA----TGTCTGTA--ATGTTATGTTATTGTAAA--T-TGTA-------TATACCATGATGAGACTTTAATAAACGA-T-TA-
gi|13 : tTTTCATAATTTAAGTGTT--TTAATAGGAAGTTTCTTTT-AGTACATTTTTAGAGCAT---G--GTGTTTC---TATA-GTTATA------GGTGCATTTAGCTCAGGATTAACAACTATTG--CTCA----AATTTTA--CCA-A-----C--A---------CTATAAA--TGTA--T--A----TATA---ata
gi|14 : tGAGTGACATAGTGTATGATTTTG-------TTT-TACTATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGGTT-TA-ATggtataagagtttgtaaat
gi|15 : tataattttatgtgtcaatgctgcccttatgtatattaatcaagttt--A----TACA---AT-ATAAATTAATTTCCTGGA-AAATC---AGTACACGTG---TTAATGTTAT-------------T-GTATAAA--A-------CG--AAA--ATG---C----T-TAA----tattaacat
gi|17 : atatatatggaagtccttgTTGTATGTGAACAT--AATT-TGTA-------TATACTATGATGAGCCTTAAATAAAAG--T-TA-tgtaaac
gi|2 : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTAACTTCACTTTTAGAGCATTAAA-TATATATTGTGTGTT-GTTTTA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTAG--TGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATAAATTTCATGGT-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG--AAC-TATT---C----T-TAA----AATTCGTATA---CTTTTA-T---GAGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGGTT-TGTTATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATGATATGATAAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|3 : CAGTATTACCTAATATA---TTTCTTTTTAGCTCACTTTTAGAGCATTCAG-TATGTAT-------T-GTTAAA------GGTACGACTTGCTCGAATTTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--CCATA-----T--A--------CTTAATAG--TGCA--T--T----GATA---AT-GTAAATCAGTTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTGCAAA--A-------CG----G-TATT---TGA--TGTAA----ACTATGTTTC---CCTTTA-A---GGGAGAAAGTATGC-----CTCTCCGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTAACATAATATATGGTTTTGCTTTTTTTTT-TATTATTCTATGAGATTAT--AT-T-TGAA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-
gi|4 : acagtctgtcaaTAAGATATATACCACGTATTCGTTATATGACATGGTAAGTAT------AGATTAAT--TTGTAAAATTTATTTCAATTTCAATTCAAA-----TCAA--------TTT-TTGA--TGTTGTT--A----CAGA---AT--TAAATCAATTTCACGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTAAAAA--AAAC----CC--AAA-TATT---TAAC-G-TAA----ACTTCGTATG---CTTTTA-T---GAGAGAAATTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGATTTTGG----TGTTT-TATTATTGTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGATTTTAATAAAATA-T-TG-ATAatag
gi|5 : aTTTCAAAATCTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATCAAG-TAT---T----TATT-GTTATA------GGTACGTCCTGCTTGAGATT----------G--CTCA----GAATTTA--TCATA-----T--A--------TTTGTTAA--TGTT--T--A----TACA---TTTGTAAATCAATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTAAAACT-AT----T-------------TTGTACAAA--A-------CG--AAAATATTAAAT----G-TAA----ACTTGGTATG---ATTTTA-TTATGACAGAAAGTATTC-----CTCTTAGTCTCT---TGCAACTTTTAAAAGAGTGACATATCGTATGAGTTTGT----TGTTT-TATTATTGCATGTGATTAT--A--TGTGCA-------TATACTATAATGAGACTTTAATAAAAGA-TATA-ATtaatataatatacagaatgagtggttatagtatg
gi|6 : cGTGTATA-TTTATA------GGTACATTT--CTGAAAGTTAACGTTCGTGG--CTCA----TATTTAA--TTATA-----T--A--------AATA--AG--CGTA--T--A----TAGA---GT-GTA-------TTTGTTTATAAATA---GGTACATGTT---TT-AT----TGTTTTATTGTTATT-GTATAAATTA--------A--AAA-TGTT---TCAATT-CAA----ACTATATATG---ATTTAA-T---TAGGGAAATTATAC-----C---------CT---TG---------AAAGAGTGACATAGTGTATGG-ATTGC----TGTTG-TATTATTTTATGTGATTAT--GATT-TGTA-------TATACTATAATTGGAC
gi|7 : tACGATTA--A--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--ACATACGTGTATATTAAGATATA--C--A----TACGTGTAT-ATAAA--GAGTGTGTAAA-AAATA---TATATATATTG--TT-GT----TAT-----------T-GTA---A--A-----------AAA-TAT-------------------------ATG---ATTTAA-T---GAGAGAAATTGAAC-----TT---AGTTTCTAAATGCAACTCTTCAACGAGTGACACAGTGTCTGATTTT-C----TGTTT-AATGATTCTATGTGAATATA-A--TGTGTATATACATTATACTATGATGAGATTTAAATGAAATT-T-TACATAAaaaatataagttatatctatatattacactcagttggtggaagaaggttataatatga
gi|8 : acatcatcctcGTACT-TTTATA------GGTACGTTTTGTTCGAGATTATCGATTCTGG--CTCA----AATTTTA--CCGTAAATTAT--G--------TTTATAAG--TGTA--T--A----TACA---AT-GTTAATTTATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTAAAAA--AATAGACACG--AAACTATTAAAT----G-TAA----ACTTCGTATG---GTTTTAAT---GAGAGAAATTATAC-----TTCGCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACAT--------GTTTTGC----TATTT-TATTATCAT---TGA--AT-----T-TGAT-------TATACTATGATGAGAC-TTGATAAAAAA-ttgagacaatatactaactgaacaacaatatcaattaa
gi|9 : ta--A--------TTTATTAG--TGTA--TTTAGGCCTACA---AT-GTAAATCAATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTG---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG--AAA-TATC---TAATGT-TAA-----CTTCGTATG---ACTTTG-T---GAAA-AATGTATAC-----CTCTCTGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTAACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTCCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TA---TATGATGAGACTTTAATAAAATA-T-TA-ATAaatgatat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGTCAGTACAACAAAAGGTAAAGGCAAACAACTAAATTGTATGTTAATCTGCAGTTCATTTTTGTTTATTGGAGAACAGTTGTAAACATGTTATTGACCAATACAGGTAAGACAGGTACATAGATACTCAATTATGAAGTGTTTGGATTCAAAACAGTAATTACCCGCTTTATCTATACCATGATATTCAAACTACACGTATGCTCTCTAGAATACATCTCAGGATT
Unaligned ( gi|16 ): TATGATGTTTTAAAAGCTGTAAAACTTTATAAGAGACAACCTATGTTTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11 111 222 111111 1111111111111111111 111 222222222222222222 22222222222 555555555 11111 11111 1111111
lowQualScore : 33 777 9 1 6 3 999 77 444444 1 6 0 1 66 9999 777 8888888888888888888 55 55 55 7777 666 4 3 2 3 666 000 3 555555555555555555 3 4 55 77777777777 7 444444444 3 44 7777 00000 1 99999 666 3 7777 3 1 44444 6 0000000 3 4 4
lowQualScore : .. ... . . . . ... .. ...... . . . . .. .... ... ................... .. .. .. .... ... . . . . ... ... . .................. . . .. ........... . ......... . .. .... ..... . ..... ... . .... . . ..... . ....... . . .
lowQualScore : 88 555 8 7 7 7 555 55 444444 1 5 1 9 11 4444 666 1111111111111111111 55 55 00 7777 444 0 2 5 6 444 000 6 999999999999999999 6 3 00 11111111111 3 333333333 6 22 4444 55555 0 11111 444 3 1111 3 0 88888 2 0000000 6 0 4
consensus : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTAG--TGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG--AAA-TATTT---AA--TGT-AAACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
Reference ( family-2516 ) : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTAG--TGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG--AAA-TATTT---A---T-T-AAACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|1 : CACTTTCAGAGCATTAAC-TATGTAT-GCGTGTT---TATA------GGTACATTGTGCTCACGATTAACGACTGTGA--CTCA----AATTTAA---CATA-----T--A--------CATACT------TC--T--A----TACA----T-GTTTATAGAGTGTGTGTA-AATTCACAGGTACATGTT---T-----------------------------AA--G-------TGTTAAA-TATTTTTAA---G-C-AAACT--ATGTG---TTTTTAAT---GAGAGAACTTG-AC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTGACATATTGCA-AGATTTGC----TGTTT-TATTATTTTATGTGATTCT--A--A-TG--------------TGTGATGAGATTTAAATAAA
gi|11 : cttgagaacggatgtaaatatttaattggcttcatttttccgatacaggtaagacaggtatataggtactcaattattaattggtcgcatatgaaacaaaagataAATTTCATGGA-AAATC---GATACATGTT---CT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------TT--AAA-TATTT---AA--TGT-AAACTTCGTATGAAATTTTT-------AGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAATGGTATAGTGTATTGTTTAGC----TGTTT-TATTATTCCATGTGATTAA--A--T-TATA-------TATATTATGATTATACTTTAATAAAAGA-C-TG-ATAAtactatgtactatatatgtagtat
gi|12 : ATA---ATTTTA-C---GAAAGACAATATATGTTTTTTCTCAGTCTCT---TGTTACTCTTTTAAGAGTGACATGGTGTATTG-TATGA----TGTCTGTA--ATGTTATGTTATTGTAAA--T-TGTA-------TATACCATGATGAGACTTTAATAAACGA-T-TA-
gi|13 : taatgttttagaagctgaTTTCATAATTTAAGTGTT--TTAATAGGAAGTTTCTTTT-AGTACATTTTTAGAGCAT---G--GTGTTTC---TATA-GTTATA------GGTGCATTTAGCTCAGGATTAACAACTATTG--CTCA----AATTTTA--CCA-A-----C--A---------CTATAAA--TGTA--T--A----TATA---ata
gi|14 : tGAGTGACATAGTGTATGATTTTG-------TTT-TACTATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGGTT-TA-ATggtataagagtttgtaaat
gi|15 : tataattttatgtgtcaatgctgcccttatgtatattaatcaagttt--A----TACA---AT-ATAAATTAATTTCCTGGA-AAATC---AGTACACGTG---TTAATGTTAT-------------T-GTATAAA--A-------CGA-AAA-TGCTTA--A---TGT-AAACtattaacat
gi|17 : atatatatggaagtccttgTTGTATGTGAACAT--AATT-TGTA-------TATACTATGATGAGCCTTAAATAAAAG--T-TA-
gi|2 : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTAACTTCACTTTTAGAGCATTAAA-TATATATTGTGTGTT-GTTTTA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTAG--TGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATAAATTTCATGGT-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG--AAC-TATTC-------T-T-AAAATTCGTATA---CTTTTA-T---GAGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGGTT-TGTTATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATGATATGATAAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|3 : CAGTATTACCTAATATA---TTTCTTTTTAGCTCACTTTTAGAGCATTCAG-TATGTAT-------T-GTTAAA------GGTACGACTTGCTCGAATTTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--CCATA-----T--A--------CTTAATAG--TGCA--T--T----GATA---AT-GTAAATCAGTTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTGCAAA--A-------CG----G-TATTTG--A---TGT-AAACTATGTTTC---CCTTTA-A---GGGAGAAAGTATGC-----CTCTCCGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTAACATAATATATGGTTTTGCTTTTTTTTT-TATTATTCTATGAGATTAT--AT-T-TGAA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-
gi|4 : acagtctgtcaaTAAGATATATACCACGTATTCGTTATATGACATGGTAAGTAT------AGATTAAT--TTGTAAAATTTATTTCAATTTCAATTCAAA-----TCAA--------TTT-TTGA--TGTTGTT--A----CAGA---AT--TAAATCAATTTCACGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTAAAAA--AAAC----CC--AAA-TATTT---AAC-G-T-AAACTTCGTATG---CTTTTA-T---GAGAGAAATTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGATTTTGG----TGTTT-TATTATTGTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGATTTTAATAAAATA-T-TG-ATAatag
gi|5 : aTTTCAAAATCTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATCAAG-TAT---T----TATT-GTTATA------GGTACGTCCTGCTTGAGATT----------G--CTCA----GAATTTA--TCATA-----T--A--------TTTGTTAA--TGTT--T--A----TACA---TTTGTAAATCAATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTAAAACT-AT----T-------------TTGTACAAA--A-------CG--AAAATATTA---AA--TGT-AAACTTGGTATG---ATTTTA-TTATGACAGAAAGTATTC-----CTCTTAGTCTCT---TGCAACTTTTAAAAGAGTGACATATCGTATGAGTTTGT----TGTTT-TATTATTGCATGTGATTAT--A--TGTGCA-------TATACTATAATGAGACTTTAATAAAAGA-TATA-ATtaatataatatacagaatgagtggttatagtatg
gi|6 : cGTGTATA-TTTATA------GGTACATTT--CTGAAAGTTAACGTTCGTGG--CTCA----TATTTAA--TTATA-----T--A--------AATA--AG--CGTA--T--A----TAGA---GT-GTA-------TTTGTTTATAAATA---GGTACATGTT---TT-AT----TGTTTTATTGTTATT-GTATAAATTA--------A--AAA-TGTTTCA-A---T-TCAAACTATATATG---ATTTAA-T---TAGGGAAATTATAC-----C---------CT---TG---------AAAGAGTGACATAGTGTATGG-ATTGC----TGTTG-TATTATTTTATGTGATTAT--GATT-TGTA-------TATACTATAATTGGAC
gi|7 : tACGATTA--A--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--ACATACGTGTATATTAAGATATA--C--A----TACGTGTAT-ATAAA--GAGTGTGTAAA-AAATA---TATATATATTG--TT-GT----TAT-----------T-GTA---A--A-----------AAA-TAT----------------------ATG---ATTTAA-T---GAGAGAAATTGAAC-----TT---AGTTTCTAAATGCAACTCTTCAACGAGTGACACAGTGTCTGATTTT-C----TGTTT-AATGATTCTATGTGAATATA-A--TGTGTATATACATTATACTATGATGAGATTTAAATGAAATT-T-TACATAAaaaatataagttatatctatatattacactcagttggtggaagaaggttataatatga
gi|8 : acatcatcctcGTACT-TTTATA------GGTACGTTTTGTTCGAGATTATCGATTCTGG--CTCA----AATTTTA--CCGTAAATTAT--G--------TTTATAAG--TGTA--T--A----TACA---AT-GTTAATTTATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTAAAAA--AATAGACACG--AAACTATTA---AA--TGT-AAACTTCGTATG---GTTTTAAT---GAGAGAAATTATAC-----TTCGCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACAT--------GTTTTGC----TATTT-TATTATCAT---TGA--AT-----T-TGAT-------TATACTATGATGAGAC-TTGATAAAAAA-ttgagacaatatactaactgaacaacaatatcaattaa
gi|9 : ta--A--------TTTATTAG--TGTA--TTTAGGCCTACA---AT-GTAAATCAATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTG---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG--AAA-TATCT---AATGT-T-AA-CTTCGTATG---ACTTTG-T---GAAA-AATGTATAC-----CTCTCTGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTAACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTCCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TA---TATGATGAGACTTTAATAAAATA-T-TA-ATAaatgatat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGTCAGTACAACAAAAGGTAAAGGCAAACAACTAAATTGTATGTTAATCTGCAGTTCATTTTTGTTTATTGGAGAACAGTTGTAAACATGTTATTGACCAATACAGGTAAGACAGGTACATAGATACTCAATTATGAAGTGTTTGGATTCAAAACAGTAATTACCCGCTTTATCTATACCATGATATTCAAACTACACGTATGCTCTCTAGAATACATCTCAGGATT
Unaligned ( gi|16 ): TATGATGTTTTAAAAGCTGTAAAACTTTATAAGAGACAACCTATGTTTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11 111 222 111111 1111111111111111111 222222222222222222 22222222222222 11 11111 11111 1111111
lowQualScore : 33 777 9 1 6 3 999 77 444444 4 444 0 1 66 9999 777 8888888888888888888 55 55 55 7777 666 4 3 2 3 666 6666 3 000000000000000000 3 1 55 55555555555555 3 3 0 88888 11 7777 00000 1 99999 666 1 7777 3 1 44444 6 0000000 3 4 4
lowQualScore : .. ... . . . . ... .. ...... . ... . . .. .... ... ................... .. .. .. .... ... . . . . ... .... . .................. . . .. .............. . . . ..... .. .... ..... . ..... ... . .... . . ..... . ....... . . .
lowQualScore : 88 555 8 7 7 7 555 55 444444 8 999 1 9 11 4444 666 1111111111111111111 55 55 00 7777 444 0 2 5 6 444 5555 6 999999999999999999 6 2 00 77777777777777 3 3 4 33333 11 4444 55555 0 11111 444 4 1111 3 0 88888 2 0000000 6 0 4
consensus : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAA-TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
Reference ( family-2516 ) : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAA-TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|1 : CACTTTCAGAGCATTAAC-TATGTAT-GCGTGTT---TATA------GGTACATTGTGCTCACGATTAACGACTGTGA--CTCA----AATTTAA---CATA-----T--A--------CATACT------TC--T--A----TACA----T-GTTTATAGAGTGTGTGTA-AATTCACAGGTACATGTT---TA-A---------------------GTGTTAA--A-------T----A-TTTT-T-AA-GC-----AAACT--ATGTG---TTTTTAAT---GAGAGAACTTG-AC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTGACATATTGCA-AGATTTGC----TGTTT-TATTATTTTATGTGATTCT--A--A-TG--------------TGTGATGAGATTTAAATAAA
gi|11 : cttgagaacggatgtaaatatttaattggcttcatttttccgatacaggtaagacaggtatataggtactcaattattaattggtcgcatatgaaacaaaagataAATTTCATGGA-AAATC---GATACATGTT---CT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------TT-AAA-TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATGAAATTTTT-------AGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAATGGTATAGTGTATTGTTTAGC----TGTTT-TATTATTCCATGTGATTAA--A--T-TATA-------TATATTATGATTATACTTTAATAAAAGA-C-TG-ATAAtactatgtactatatatgtagtat
gi|12 : -T-AATGTTTTAGAAGCT--GAATA---ATTTTA-C---GAAAGACAATATATGTTTTTTCTCAGTCTCT---TGTTACTCTTTTAAGAGTGACATGGTGTATTG-TATGA----TGTCTGTA--ATGTTATGTTATTGTAAA--T-TGTA-------TATACCATGATGAGACTTTAATAAACGA-T-TA-
gi|13 : TTTCATAATTTAAGTGTT--TTAATAGGAAGTTTCTTTT-AGTACATTTTTAGAGCAT---G--GTGTTTC---TATA-GTTATA------GGTGCATTTAGCTCAGGATTAACAACTATTG--CTCA----AATTTTA--CCA-A-----C--A---------CTATAA--ATGTA--T--A----TATA---ata
gi|14 : tGAGTGACATAGTGTATGATTTTG-------TTT-TACTATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGGTT-TA-ATggtataagagtttgtaaat
gi|15 : tataattttatgtgtcaatgctgcccttatgtatattaatcaagttt--A----TACA---AT-ATAAATTAATTTCCTGGA-AAATC---AGTACACGTG---TTAATGTTAT-------------T-GTATAAA--A-------CGAAAA-TGCT-T-AATGT-----AAACtattaacat
gi|17 : atatatatggaagtccttgTTGTATGTGAACAT--AATT-TGTA-------TATACTATGATGAGCCTTAAATAAAAG--T-TA-
gi|2 : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTAACTTCACTTTTAGAGCATTAAA-TATATATTGTGTGTT-GTTTTA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATAAATTTCATGGT-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAC-TATT-C---T-T-----AAAATTCGTATA---CTTTTA-T---GAGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGGTT-TGTTATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATGATATGATAAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|3 : CAGTATTACCTAATATA---TTTCTTTTTAGCTCACTTTTAGAGCATTCAG-TATGTAT-------T-GTTAAA------GGTACGACTTGCTCGAATTTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--CCATA-----T--A--------CTTAATA--GTGCA--T--T----GATA---AT-GTAAATCAGTTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTGCAAA--A-------CG---G-TATT-T-GATGT-----AAACTATGTTTC---CCTTTA-A---GGGAGAAAGTATGC-----CTCTCCGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTAACATAATATATGGTTTTGCTTTTTTTTT-TATTATTCTATGAGATTAT--AT-T-TGAA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-
gi|4 : acagtctgtcaaTAAGATATATACCACGTATTCGTTATATGACATGGTAAGTAT------AGATTAAT--TTGTAAAATTTATTTCAATTTCAATTCAAA-----TCAA--------TTT-TTG--ATGTTGTT--A----CAGA---AT--TAAATCAATTTCACGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTAAAAA--AAAC----CC-AAA-TATT-T-AACGT-----AAACTTCGTATG---CTTTTA-T---GAGAGAAATTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGATTTTGG----TGTTT-TATTATTGTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGATTTTAATAAAATA-T-TG-ATAatag
gi|5 : aTTTCAAAATCTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATCAAG-TAT---T----TATT-GTTATA------GGTACGTCCTGCTTGAGATT----------G--CTCA----GAATTTA--TCATA-----T--A--------TTTGTTA--ATGTT--T--A----TACA---TTTGTAAATCAATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTAAAACT-AT----T-------------TTGTACAAA--A-------CG-AAAATATT-A-AATGT-----AAACTTGGTATG---ATTTTA-TTATGACAGAAAGTATTC-----CTCTTAGTCTCT---TGCAACTTTTAAAAGAGTGACATATCGTATGAGTTTGT----TGTTT-TATTATTGCATGTGATTAT--A--TGTGCA-------TATACTATAATGAGACTTTAATAAAAGA-TATA-ATtaatataatatacagaatgagtggttatagtatg
gi|6 : cGTGTATA-TTTATA------GGTACATTT--CTGAAAGTTAACGTTCGTGG--CTCA----TATTTAA--TTATA-----T--A--------AATA--A--GCGTA--T--A----TAGA---GT-GTA-------TTTGTTTATAAATA---GGTACATGTT---TT-AT----TGTTTTATTGTTATT-GTATAAATTA--------A-AAA-TGTT-TCAATTC-----AAACTATATATG---ATTTAA-T---TAGGGAAATTATAC-----C---------CT---TG---------AAAGAGTGACATAGTGTATGGATT-GC----TGTTG-TATTATTTTATGTGATTAT--GATT-TGTA-------TATACTATAATTGGAC
gi|7 : tACATCATCCTCACGATTAA-----------CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--ACATACGTGTATATTAAGATATA--C--A----TACGTGTAT-ATAAA--GAGTGTGTAAA-AAAT-----ATATATATA---TT-G-----T-------------T-GT----------------------TATTGT-AA--------AAAAT--ATATG---ATTTAA-T---GAGAGAAATTGAA--------CTTAGTTTCTAAATGCAACTCTTCAACGAGTGACACAGTGTCTGATTTT-C----TGTTT-AATGATTCTATGTGAATATA-A--TGTGTATATACATTATACTATGATGAGATTTAAATGAAATT-T-TACATAAaaaatataagttatatctatatattacactcagttggtggaagaaggttataatatga
gi|8 : GTACT-TTTATA------GGTACGTTTTGTTCGAGATTATCGATTCTGG--CTCA----AATTTTA--CCGTAAATTAT--G--------TTTATAA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTTAATTTATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTAAAAA--AATAGACACG-AAACTATT-A-AATGT-----AAACTTCGTATG---GTTTTAAT---GAGAGAAATTATAC-----TTCGCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACAT--------GTTTTGC----TATTT-TATTATCAT---TGA--AT-----T-TGAT-------TATACTATGATGAGAC-TTGATAAAAAA-ttgagacaatatactaactgaacaacaatatcaattaa
gi|9 : ta--A--------TTTATTA--GTGTA--TTTAGGCCTACA---AT-GTAAATCAATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTG---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAA-TATC-T-AATGT-----TAACTTCGTATG---ACTTTG-T---GAAA-AATGTATAC-----CTCTCTGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTAACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTCCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TA---TATGATGAGACTTTAATAAAATA-T-TA-ATAaatgatat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGTCAGTACAACAAAAGGTAAAGGCAAACAACTAAATTGTATGTTAATCTGCAGTTCATTTTTGTTTATTGGAGAACAGTTGTAAACATGTTATTGACCAATACAGGTAAGACAGGTACATAGATACTCAATTATGAAGTGTTTGGATTCAAAACAGTAATTACCCGCTTTATCTATACCATGATATTCAAACTACACGTATGCTCTCTAGAATACATCTCAGGATT
Unaligned ( gi|16 ): TATGATGTTTTAAAAGCTGTAAAACTTTATAAGAGACAACCTATGTTTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11 111 222 111111 1111111111111111111 222222222222222222 22222222222222 11 11111 11111 1111111
lowQualScore : 33 777 9 1 6 3 999 77 444444 4 444 0 1 66 9999 777 8888888888888888888 55 55 55 7777 666 4 3 2 3 666 6666 3 000000000000000000 3 1 55 55555555555555 3 3 0 88888 11 7777 00000 1 99999 666 1 7777 3 1 44444 6 0000000 3 4 4
lowQualScore : .. ... . . . . ... .. ...... . ... . . .. .... ... ................... .. .. .. .... ... . . . . ... .... . .................. . . .. .............. . . . ..... .. .... ..... . ..... ... . .... . . ..... . ....... . . .
lowQualScore : 88 555 8 7 7 7 555 55 444444 8 999 1 9 11 4444 666 1111111111111111111 55 55 00 7777 444 0 2 5 6 444 5555 6 999999999999999999 6 2 00 77777777777777 3 3 4 33333 11 4444 55555 0 11111 444 4 1111 3 0 88888 2 0000000 6 0 4
consensus : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAA-TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
Reference ( family-2516 ) : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAA-TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|1 : CACTTTCAGAGCATTAAC-TATGTAT-GCGTGTT---TATA------GGTACATTGTGCTCACGATTAACGACTGTGA--CTCA----AATTTAA---CATA-----T--A--------CATACT------TC--T--A----TACA----T-GTTTATAGAGTGTGTGTA-AATTCACAGGTACATGTT---TA-A---------------------GTGTTAA--A-------T----A-TTTT-T-AA-GC-----AAACT--ATGTG---TTTTTAAT---GAGAGAACTTG-AC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTGACATATTGCA-AGATTTGC----TGTTT-TATTATTTTATGTGATTCT--A--A-TG--------------TGTGATGAGATTTAAATAAA
gi|11 : cttgagaacggatgtaaatatttaattggcttcatttttccgatacaggtaagacaggtatataggtactcaattattaattggtcgcatatgaaacaaaagataAATTTCATGGA-AAATC---GATACATGTT---CT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------TT-AAA-TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATGAAATTTTT-------AGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAATGGTATAGTGTATTGTTTAGC----TGTTT-TATTATTCCATGTGATTAA--A--T-TATA-------TATATTATGATTATACTTTAATAAAAGA-C-TG-ATAAtactatgtactatatatgtagtat
gi|12 : -T-AATGTTTTAGAAGCT--GAATA---ATTTTA-C---GAAAGACAATATATGTTTTTTCTCAGTCTCT---TGTTACTCTTTTAAGAGTGACATGGTGTATTG-TATGA----TGTCTGTA--ATGTTATGTTATTGTAAA--T-TGTA-------TATACCATGATGAGACTTTAATAAACGA-T-TA-
gi|13 : TTTCATAATTTAAGTGTT--TTAATAGGAAGTTTCTTTT-AGTACATTTTTAGAGCAT---G--GTGTTTC---TATA-GTTATA------GGTGCATTTAGCTCAGGATTAACAACTATTG--CTCA----AATTTTA--CCA-A-----C--A---------CTATAA--ATGTA--T--A----TATA---ata
gi|14 : tGAGTGACATAGTGTATGATTTTG-------TTT-TACTATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGGTT-TA-ATggtataagagtttgtaaat
gi|15 : tataattttatgtgtcaatgctgcccttatgtatattaatcaagttt--A----TACA---AT-ATAAATTAATTTCCTGGA-AAATC---AGTACACGTG---TTAATGTTAT-------------T-GTATAAA--A-------CGAAAA-TGCT-T-AATGT-----AAACtattaacat
gi|17 : atatatatggaagtccttgTTGTATGTGAACAT--AATT-TGTA-------TATACTATGATGAGCCTTAAATAAAAG--T-TA-
gi|2 : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTAACTTCACTTTTAGAGCATTAAA-TATATATTGTGTGTT-GTTTTA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATAAATTTCATGGT-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAC-TATT-C---T-T-----AAAATTCGTATA---CTTTTA-T---GAGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGGTT-TGTTATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATGATATGATAAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|3 : CAGTATTACCTAATATA---TTTCTTTTTAGCTCACTTTTAGAGCATTCAG-TATGTAT-------T-GTTAAA------GGTACGACTTGCTCGAATTTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--CCATA-----T--A--------CTTAATA--GTGCA--T--T----GATA---AT-GTAAATCAGTTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTGCAAA--A-------CG---G-TATT-T-GATGT-----AAACTATGTTTC---CCTTTA-A---GGGAGAAAGTATGC-----CTCTCCGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTAACATAATATATGGTTTTGCTTTTTTTTT-TATTATTCTATGAGATTAT--AT-T-TGAA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-
gi|4 : acagtctgtcaaTAAGATATATACCACGTATTCGTTATATGACATGGTAAGTAT------AGATTAAT--TTGTAAAATTTATTTCAATTTCAATTCAAA-----TCAA--------TTT-TTG--ATGTTGTT--A----CAGA---AT--TAAATCAATTTCACGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTAAAAA--AAAC----CC-AAA-TATT-T-AACGT-----AAACTTCGTATG---CTTTTA-T---GAGAGAAATTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGATTTTGG----TGTTT-TATTATTGTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGATTTTAATAAAATA-T-TG-ATAatag
gi|5 : aTTTCAAAATCTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATCAAG-TAT---T----TATT-GTTATA------GGTACGTCCTGCTTGAGATT----------G--CTCA----GAATTTA--TCATA-----T--A--------TTTGTTA--ATGTT--T--A----TACA---TTTGTAAATCAATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTAAAACT-AT----T-------------TTGTACAAA--A-------CG-AAAATATT-A-AATGT-----AAACTTGGTATG---ATTTTA-TTATGACAGAAAGTATTC-----CTCTTAGTCTCT---TGCAACTTTTAAAAGAGTGACATATCGTATGAGTTTGT----TGTTT-TATTATTGCATGTGATTAT--A--TGTGCA-------TATACTATAATGAGACTTTAATAAAAGA-TATA-ATtaatataatatacagaatgagtggttatagtatg
gi|6 : cGTGTATA-TTTATA------GGTACATTT--CTGAAAGTTAACGTTCGTGG--CTCA----TATTTAA--TTATA-----T--A--------AATA--A--GCGTA--T--A----TAGA---GT-GTA-------TTTGTTTATAAATA---GGTACATGTT---TT-AT----TGTTTTATTGTTATT-GTATAAATTA--------A-AAA-TGTT-TCAATTC-----AAACTATATATG---ATTTAA-T---TAGGGAAATTATAC-----C---------CT---TG---------AAAGAGTGACATAGTGTATGGATT-GC----TGTTG-TATTATTTTATGTGATTAT--GATT-TGTA-------TATACTATAATTGGAC
gi|7 : tACATCATCCTCACGATTAA-----------CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--ACATACGTGTATATTAAGATATA--C--A----TACGTGTAT-ATAAA--GAGTGTGTAAA-AAAT-----ATATATATA---TT-G-----T-------------T-GT----------------------TATTGT-AA--------AAAAT--ATATG---ATTTAA-T---GAGAGAAATTGAA--------CTTAGTTTCTAAATGCAACTCTTCAACGAGTGACACAGTGTCTGATTTT-C----TGTTT-AATGATTCTATGTGAATATA-A--TGTGTATATACATTATACTATGATGAGATTTAAATGAAATT-T-TACATAAaaaatataagttatatctatatattacactcagttggtggaagaaggttataatatga
gi|8 : GTACT-TTTATA------GGTACGTTTTGTTCGAGATTATCGATTCTGG--CTCA----AATTTTA--CCGTAAATTAT--G--------TTTATAA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTTAATTTATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTAAAAA--AATAGACACG-AAACTATT-A-AATGT-----AAACTTCGTATG---GTTTTAAT---GAGAGAAATTATAC-----TTCGCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACAT--------GTTTTGC----TATTT-TATTATCAT---TGA--AT-----T-TGAT-------TATACTATGATGAGAC-TTGATAAAAAA-ttgagacaatatactaactgaacaacaatatcaattaa
gi|9 : ta--A--------TTTATTA--GTGTA--TTTAGGCCTACA---AT-GTAAATCAATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTG---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAA-TATC-T-AATGT-----TAACTTCGTATG---ACTTTG-T---GAAA-AATGTATAC-----CTCTCTGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTAACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTCCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TA---TATGATGAGACTTTAATAAAATA-T-TA-ATAaatgatat
blockSeqs : AC . A T A G TGT CG TGACAT A CAA T AA TTTC ATT TACATACGTGTA AG GT TT GGCC TGT T T A T . AAAA A TGTTTTATTGTTAT T C TT ATAGACACGAAAC G C TTTAG TC AAAT TTAT G GTTTT AAA T TTTT G C AAA G TATACAT T A C
blockSeqs : . . T T . A CAC G . T CGA A . . C AATTATGTT . . . . . . A C . . T . GTTAT . T . AACCCAAA . . . TC A AT A . . T . . T AAT G . . . .
blockSeqs : . . T T . G C G . T CGA G . . T TCAATT . . . . . . C A . . G . T . C . CGAAAA . . . AT C C G . . T . . G GAT . . . . .
blockSeqs : C . A . G . T CGT A . . C TATT . . . . . . C A . . T . T . C . CGAAAA . . . TC C T G . . T . . G AT . . . . .
blockSeqs : . . . . G . T CGA G . . T TACT . . . . . . C A . . T . T . A . TTAAA . . . TG C A T . . T . . G AA . . . . .
blockSeqs : T . T T G . . T TATT . . . . . . T A . . T . T . C . CGAAC . . . AT A T G . . G . . C A . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . T TAAA . . . . . . C G . . T . T . T . CGAAA . . . TC A T T . . A . . G A . . . . .
blockSeqs : . . . . . C CAC . . . . . . . G . . A . T . A . AAAA . . . TC A T T . . T . . G A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . T . T . C . CGG . . . . G T T . . T . . T A . . . .
blockSeqs : . . . A . . G . T . . . . . . . . A . G . . T . . C A . . .
blockSeqs : . . . . . . A A . .
blockSeqs : C . . .
blockSeqCons : CGC G* C** *** T***************** CGAAA********* TC T****
originalCons : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAA-TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
finalCons : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATTG-TTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTAC--CATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-ATT-----------------T-GTACAAA--ACGAAA---------TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATG---NTTTTAT----GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGTCAGTACAACAAAAGGTAAAGGCAAACAACTAAATTGTATGTTAATCTGCAGTTCATTTTTGTTTATTGGAGAACAGTTGTAAACATGTTATTGACCAATACAGGTAAGACAGGTACATAGATACTCAATTATGAAGTGTTTGGATTCAAAACAGTAATTACCCGCTTTATCTATACCATGATATTCAAACTACACGTATGCTCTCTAGAATACATCTCAGGATT
Unaligned ( gi|16 ): TATGATGTTTTAAAAGCTGTAAAACTTTATAAGAGACAACCTATGTTTTTCT
Alignments
lowQualScore : 11 111 222 111111 1111111111111111111 222222222222222222 22222222222222 11 11111 11111 1111111
lowQualScore : 33 777 9 1 6 3 999 77 444444 4 444 0 1 66 9999 1 777 8888888888888888888 55 55 55 7777 666 4 3 2 3 666 6666 3 000000000000000000 3 1 55 55555555555555 3 3 0 88888 11 7777 00000 1 99999 666 1 7777 3 1 44444 6 0000000 3 4 4
lowQualScore : .. ... . . . . ... .. ...... . ... . . .. .... . ... ................... .. .. .. .... ... . . . . ... .... . .................. . . .. .............. . . . ..... .. .... ..... . ..... ... . .... . . ..... . ....... . . .
lowQualScore : 88 555 8 7 7 7 555 55 444444 8 999 1 9 11 4444 0 888 1111111111111111111 55 55 00 7777 444 0 2 5 6 444 5555 6 999999999999999999 6 2 00 77777777777777 3 3 4 33333 11 4444 55555 0 11111 444 4 1111 3 0 88888 2 0000000 6 0 4
consensus : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAA-TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
Reference ( family-2516 ) : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATTAAG-TATGTATCGCGTATT-GTTATA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--CCATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATCAATTTCGTGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAA-TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATG---NTTTTA-T---GAGAGAAANTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTNTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|1 : CACTTTCAGAGCATTAAC-TATGTAT-GCGTGTT---TATA------GGTACATTGTGCTCACGATTAACGACTGTGA--CTCA----AATTT-A--ACATA-----T--A--------CATACT------TC--T--A----TACA----T-GTTTATAGAGTGTGTGTA-AATTCACAGGTACATGTT---TA-A---------------------GTGTTAA--A-------T----A-TTTT-T-AA-GC-----AAACT--ATGTG---TTTTTAAT---GAGAGAACTTG-AC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTGACATATTGCA-AGATTTGC----TGTTT-TATTATTTTATGTGATTCT--A--A-TG--------------TGTGATGAGATTTAAATAAA
gi|11 : cttgagaacggatgtaaatatttaattggcttcatttttccgatacaggtaagacaggtatataggtactcaattattaattggtcgcatatgaaacaaaagataAATTTCATGGA-AAATC---GATACATGTT---CT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------TT-AAA-TATT-T-AATGT-----AAACTTCGTATGAAATTTTT-------AGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAATGGTATAGTGTATTGTTTAGC----TGTTT-TATTATTCCATGTGATTAA--A--T-TATA-------TATATTATGATTATACTTTAATAAAAGA-C-TG-ATAAtactatgtactatatatgtagtat
gi|12 : -T-AATGTTTTAGAAGCT--GAATA---ATTTTA-C---GAAAGACAATATATGTTTTTTCTCAGTCTCT---TGTTACTCTTTTAAGAGTGACATGGTGTATTG-TATGA----TGTCTGTA--ATGTTATGTTATTGTAAA--T-TGTA-------TATACCATGATGAGACTTTAATAAACGA-T-TA-
gi|13 : TTTCATAATTTAAGTGTT--TTAATAGGAAGTTTCTTTT-AGTACATTTTTAGAGCAT---G--GTGTTTC---TATA-GTTATA------GGTGCATTTAGCTCAGGATTAACAACTATTG--CTCA----AATTTTA--CCA-A-----C--A---------CTATAA--ATGTA--T--A----TATA---ata
gi|14 : tGAGTGACATAGTGTATGATTTTG-------TTT-TACTATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGGTT-TA-ATggtataagagtttgtaaat
gi|15 : tataattttatgtgtcaatgctgcccttatgtatattaatcaagttt--A----TACA---AT-ATAAATTAATTTCCTGGA-AAATC---AGTACACGTG---TTAATGTTAT-------------T-GTATAAA--A-------CGAAAA-TGCT-T-AATGT-----AAACtattaacat
gi|17 : atatatatggaagtccttgTTGTATGTGAACAT--AATT-TGTA-------TATACTATGATGAGCCTTAAATAAAAG--T-TA-
gi|2 : TTTCAAAATTTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTAACTTCACTTTTAGAGCATTAAA-TATATATTGTGTGTT-GTTTTA------GGTACGTCTTGCTCGAGATTAACGATTGTAG--CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--A--------TTTATTA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTAAATAAATTTCATGGT-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAC-TATT-C---T-T-----AAAATTCGTATA---CTTTTA-T---GAGAGAAAGTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGGTTTTGC----TGGTT-TGTTATTGCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATGATATGATAAGACTTTAATAAAAGA-T-TA-ATAA
gi|3 : CAGTATTACCTAATATA---TTTCTTTTTAGCTCACTTTTAGAGCATTCAG-TATGTAT-------T-GTTAAA------GGTACGACTTGCTCGAATTTAACGATTGTGG--CTCA----AATTTTA--CCATA-----T--A--------CTTAATA--GTGCA--T--T----GATA---AT-GTAAATCAGTTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTGCAAA--A-------CG---G-TATT-T-GATGT-----AAACTATGTTTC---CCTTTA-A---GGGAGAAAGTATGC-----CTCTCCGTCTCT---TGCAACTCTTTAAAGAGTAACATAATATATGGTTTTGCTTTTTTTTT-TATTATTCTATGAGATTAT--AT-T-TGAA-------TATACTATGATGAGACTTTAATAAAAGA-T-
gi|4 : acagtctgtcaaTAAGATATATACCACGTATTCGTTATATGACATGGTAAGTAT------AGATTAAT--TTGTAAAATTTATTTCAATTTCAATTCAAA-----TCAA--------TTT-TTG--ATGTTGTT--A----CAGA---AT--TAAATCAATTTCACGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTAAAAA--AAAC----CC-AAA-TATT-T-AACGT-----AAACTTCGTATG---CTTTTA-T---GAGAGAAATTATAC-----CTCTCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACATAGTGTATGATTTTGG----TGTTT-TATTATTGTATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TATACTATGATGAGATTTTAATAAAATA-T-TG-ATAatag
gi|5 : aTTTCAAAATCTCAGTGTT--TTAACATG---TTTCTTTTTAGTTCACTTTTAGAGCATCAAG-TAT---T----TATT-GTTATA------GGTACGTCCTGCTTGAGATT----------G--CTCA----GAATTTA--TCATA-----T--A--------TTTGTTA--ATGTT--T--A----TACA---TTTGTAAATCAATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTAAAACT-AT----T-------------TTGTACAAA--A-------CG-AAAATATT-A-AATGT-----AAACTTGGTATG---ATTTTA-TTATGACAGAAAGTATTC-----CTCTTAGTCTCT---TGCAACTTTTAAAAGAGTGACATATCGTATGAGTTTGT----TGTTT-TATTATTGCATGTGATTAT--A--TGTGCA-------TATACTATAATGAGACTTTAATAAAAGA-TATA-ATtaatataatatacagaatgagtggttatagtatg
gi|6 : cGTGTATA-TTTATA------GGTACATTT--CTGAAAGTTAACGTTCGTGG--CTCA----TATTTAA--TTATA-----T--A--------AATA--A--GCGTA--T--A----TAGA---GT-GTA-------TTTGTTTATAAATA---GGTACATGTT---TT-AT----TGTTTTATTGTTATT-GTATAAATTA--------A-AAA-TGTT-TCAATTC-----AAACTATATATG---ATTTAA-T---TAGGGAAATTATAC-----C---------CT---TG---------AAAGAGTGACATAGTGTATGGATT-GC----TGTTG-TATTATTTTATGTGATTAT--GATT-TGTA-------TATACTATAATTGGAC
gi|7 : tACATCATCCTCACGATTAA-----------CTCA----AATTTTA--TCATA-----T--ACATACGTGTATATTAAGATATA--C--A----TACGTGTAT-ATAAA--GAGTGTGTAAA-AAAT-----ATATATATA---TT-G-----T-------------T-GT----------------------TATTGT-AA--------AAAAT--ATATG---ATTTAA-T---GAGAGAAATTGAA--------CTTAGTTTCTAAATGCAACTCTTCAACGAGTGACACAGTGTCTGATTTT-C----TGTTT-AATGATTCTATGTGAATATA-A--TGTGTATATACATTATACTATGATGAGATTTAAATGAAATT-T-TACATAAaaaatataagttatatctatatattacactcagttggtggaagaaggttataatatga
gi|8 : GTACT-TTTATA------GGTACGTTTTGTTCGAGATTATCGATTCTGG--CTCA----AATTTTA--CCGTAAATTAT--G--------TTTATAA--GTGTA--T--A----TACA---AT-GTTAATTTATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTT---TT-AT----T-------------T-GTAAAAA--AATAGACACG-AAACTATT-A-AATGT-----AAACTTCGTATG---GTTTTAAT---GAGAGAAATTATAC-----TTCGCAGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTGACAT--------GTTTTGC----TATTT-TATTATCAT---TGA--AT-----T-TGAT-------TATACTATGATGAGAC-TTGATAAAAAA-ttgagacaatatactaactgaacaacaatatcaattaa
gi|9 : ta--A--------TTTATTA--GTGTA--TTTAGGCCTACA---AT-GTAAATCAATTTCATGGA-AAATC---GGTACATGTG---TT-AT----T-------------T-GTACAAA--A-------CG-AAA-TATC-T-AATGT-----TAACTTCGTATG---ACTTTG-T---GAAA-AATGTATAC-----CTCTCTGTCTCT---TGCAACTCTTCAAAGAGTAACATAGTGTATGGTTTTGC----TGTTT-TATTATTCCATGTGATTAT--A--T-TGTA-------TA---TATGATGAGACTTTAATAAAATA-T-TA-ATAaatgatat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): TGGTCAGTACAACAAAAGGTAAAGGCAAACAACTAAATTGTATGTTAATCTGCAGTTCATTTTTGTTTATTGGAGAACAGTTGTAAACATGTTATTGACCAATACAGGTAAGACAGGTACATAGATACTCAATTATGAAGTGTTTGGATTCAAAACAGTAATTACCCGCTTTATCTATACCATGATATTCAAACTACACGTATGCTCTCTAGAATACATCTCAGGATT
Unaligned ( gi|16 ): TATGATGTTTTAAAAGCTGTAAAACTTTATAAGAGACAACCTATGTTTTTCT